基於低her3表達預測對her二聚化抑制劑的響應的製作方法

2023-11-30 18:22:31 1

基於低her3表達預測對her二聚化抑制劑的響應的製作方法
【專利摘要】本申請涉及基於低HER3表達預測對HER二聚化抑制劑的響應。本申請描述了低HER3作為用HER抑制劑諸如Pertuzumab治療患者的選擇標準的用途。還描述了高HER2:HER3比作為用HER抑制劑諸如Pertuzumab治療癌症患者諸如卵巢癌患者的選擇標準的用途。另外，本申請描述了高HER3作為用化療劑例如吉西他濱治療癌症患者的選擇標準的用途。
【專利說明】基於低HER3表達預測對HER 二聚化抑制劑的響應
[0001]本申請是申請日為2008年02月29日、中國申請號為200880014539.5、發明名稱為「基於低J1ER3表達預測對HER 二聚化抑制劑的響應」的發明申請的分案申請。
發明領域
[0002]本發明關注低HER3作為用HER抑制劑諸如Pertuzumab治療癌症患者諸如卵巢癌患者的選擇標準的用途。
[0003]而且，本發明涉及高HER2:HER3比作為用HER抑制劑諸如Pertuzumab治療癌症患者諸如卵巢癌患者的選擇標準的用途。
[0004]另外，本發明還涉及高HER3作為用化療劑例如吉西他濱治療癌症患者的選擇標準的用途。
[0005]發明背景
[0006]HER受體及針對它的抗體
[0007]受體酪氨酸激酶的HER家族是細胞生長、分化和存活的重要介質。該受體家族包括四個截然不同的成員，包括表皮生長因子受體(EGFR、ErbBl或HER1)、HER2 (ErbB2或pl85neu)、HER3 (ErbB3)和 HER4 (ErbB4 或 tyro2)。
[0008]由erbBl基因編碼的EGFR已經在因果關係方面與人惡性腫瘤聯繫起來。具體而言，在乳腺癌、膀胱癌、肺癌、頭癌、頸癌和胃癌以及成膠質細胞瘤中觀察到EGFR表達升高。EGFR受體表達升高常常與同一腫瘤細胞的EGFR配體轉化生長因子a (TGF- a )的產量升高有關，通過自分泌刺激途徑導致受體活化。Base I ga和Mende I sohn, Pharmac.Ther.64:127-154(1994)。針對EGFR或其配體TGF-a和EGF的單克隆抗體已經作為此類惡性腫瘤治療中的治療劑進行了評估。參見例如Baselga和Mendelsohn,見上文；Masui等，Cancer Research44:1002-1007 (1984) ; Wu 等，J.Cl in.1nvest.95:1897-1905 (1995)。
[0009]HER家族的第二個成員P185neu最初鑑定為來自化學處理大鼠的成神經細胞瘤的轉化基因的產物。neu原癌基因的活化形式源自所編碼蛋白質跨膜區中的點突變(纈氨酸變成穀氨酸)。在乳腺癌和卵巢癌中觀察到neu的人同系物的擴增，而且這與不良預後相關(Slamon 等，Science235:177-182(1987);Slamon 等，Science244:707-712 (1989);美國專利第4，968，603號)。迄今為止，對於人腫瘤尚無與neu原癌基因中類似的點突變的報導。在其它癌中也已觀察到J1ER2的過表達(頻繁但不均一，原因在於基因擴增)，包括胃、子宮內膜、唾液腺、肺、腎、結腸、甲狀腺、胰和膀胱的癌。參見King等，Science229:974(1985);Yokota 等，Lancetl:765-767 (1986);Fukushige 等,Mol.Cell Biol.6:955-958 (1986) ;Guerin 等，Oncogene Res.3:21-31 (1988) ;Cohen等，0ncogene4:81-88 (1989) ;Yonemura 等，Cancer Res.51:1034 (1991) ;Borst等，Gynecol.0ncol.38:364(1990);Weiner 等，Cancer Res.50:421-425(1990);Kern等，Cancer Res.50:5184 (1990) ; Park 等，Cancer Res.49:6605 (1989) ; Zhau 等，Mol.Carcinog.3:254-257(1990);Aasland 等，Br.J.Cancer 57:358-363(1988);Williams等，Pathobiology59:46-52(1991);McCann 等，Cancer65:88-92 (1990)等等。HER2可在前列腺癌中過表達(Gu 等，Cancer Lett.99:185-9 (1996) ; Ross 等，Hum.Pathol.28:827-33 (1997) ;Ross 等，Cancer79:2162-70 (1997);Sadasivan 等，J.Urol.150:126-31(1993))。
[0010]針對大鼠pl85nemAHER2蛋白質產物的抗體已有記載。
[0011]Drebin及其同事製備了針對大鼠neu基因產物pl85neu的抗體。參見例如Drebin等,Cell41:695-706(1985);Myers 等，Meth.Enzym.198:277-290(1991);WO 94/22478。Drebin等，0ncogene2:273-277 (1988)報導了與pl85neu的兩個不同區域有反應性的抗體混合物對植入裸鼠的neu轉化的NIH-3T3細胞產生協同抗腫瘤作用。還可參見1998年10月20日公告的美國專利第5，824，311號。
[0012]Hudziak 等,Mol.Cell.Biol.9(3):1165-1172(1989)描述了ー組 HER2 抗體的生成，並使用人乳腺腫瘤細胞系SK-BR-3進行了表徵。將SK-BR-3細胞暴露於抗體後72小時通過細胞單層的結晶紫染色測定了相對細胞増殖。利用此測定法，用稱作4D5的抗體獲得了最大抑制，它抑制細胞增殖達56%。該組其它抗體在此測定法中以較低程度降低細胞増殖。還發現抗體4D5使過表達HER2的乳腺腫瘤細胞系對TNF-a的細胞毒性作用敏感化。還可參見1997年10月14日公告的美國專利第5，677，171號。Hudziak等人的文章中所討論的HER2抗體在下列文獻中進行了進ー步表徵=Fendly等，CancerResearch 50:1550-1558 (1990);Kotts 等,In Vitro26 (3):59A(1990);Sarup 等,GrowthRegulationl:72-82(1991);Shepard 等,J.Clin.1mmunol.11 (3): 117-127(1991);Kumar 等，Mol.Cell.Biol.11(2):979-986(1991);Lewis 等，Cancer Immunol.1mmunother? 37:255-263(1993);Pietras 等，0ncogene9:1829-1838(1994);Vitetta 等，Cancer Research54:5301-5309(1994);Sliwkowski 等，J.Biol.Chem.269(20):14661-14665(1994) ; Scott 等，J.Biol.Chem.266:14300-5 (1991) ; D ' souza 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.91:7202-7206(1994);Lewis 等，Cancer Research 56:1457-1465 (1996);Schaefer等，0ncogenel5:1385-1394 (1997)。
[0013]鼠HER2抗體4D5的重組人源化型式(huMAb4D5_8、rhuMAb HER2、曲妥單抗或HERCEPTIN? ;美國專利第5，821，337號)在臨床上對患有HER2過表達的轉移性乳腺癌並已接受大量現有抗癌療法的患者起作用(Baselga等，J.Clin.0ncol.14:737-744(1996))。曲妥單抗在1998年9月25日得到了美國食品和藥品管理局的銷售許可，可用於治療其腫瘤過表達J1ER2蛋白質的轉移性乳腺癌患者。
[0014]下列文獻中記載了具有各種特性的其它HER2抗體=Tagliabue等，Int.J.Cancer47:933-937 (1991) ;McKenzie 等，0ncogene4:543_548(1989);Maier等,Cancer Res.51:5361-5369 (1991) ;Bacus 等,Molecular Carcinogenesis3: 350-362 (1990) ;Stancovski 等，PNAS (USA) 88:8691-8695 (1991) ;Bacus等，Cancer Research 52:2580-2589 (1992) ;Xu 等，Int? J.Cancer53:40 1-408 (1993) ;W094/00136;Kasprzyk 等，Cancer Research52:277 1-2776 (I992) ;Hancock 等，Cancer Res? 5 1:4575-4580 (199 I) ;Shawver 等，CancerRes.54:1367-1373 (1994);Arteaga 等，Cancer Res.54:3758-3765(1994);Harwerth , J.Biol.Chem.267:15160-15167 (1992);美國專利第 5，783，186 號;Klapper等，0ncogenel4:2099-2109 (1997)。[0015]同源性篩選使得HER受體家族的兩個其它成員得以鑑定:HER3 (美國專利第5，183，884 和 5，480，968 號以及 Kraus 等，PNAS (USA) 86:9193-9197 (1989))和 HER4(歐洲專利申請第 599，274 號；Plowman 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:1746-1750 (1993) ; Plowman等，Nature366:473-475 (1993))。這兩種受體都在至少有些乳腺癌細胞系中展示出表達升聞。
[0016]HER受體在細胞中通常以多種組合發現，而且認為異ニ聚化增加了對各種HER 配體的細胞應答的多樣性(Earp 等，Breast Cancer Research and Treatment35:115-132(1995))。EGFR受到6種不同配體的結合:表皮生長因子(EGF)、轉化生長因子a (TGF-a)、雙調蛋白、肝素結合表皮生長因子(HB-EGF)、細胞調節素和上皮調節蛋白(Groenen 等，Growth Factors 11:235-257(1994))。由單一基因的可變剪接產生的ー個調蛋白蛋白質家族是J1ER3和HER4的配體。調蛋白家族包括a、3 和 Y 調蛋白(Holmes 等，Science 256:1205-1210 (1992);美國專利第 5，641，869號；Schaefer 等，Oncogene 15:1385-1394 (1997) ) ;neu 分化因子(NDF);神經膠質生長因子(GGF);こ醯膽鹼受體誘導活性(ARIA);及感覺和運動神經元衍生因子(SMDF)。有關綜述參見 Groenen 等，Growth Factors 11:235-257 (1994) ; Lemke, G., Molec.&Cell.Neurosc1.7:247-262 (1996) ; Lee 等，Pharm.Rev.47:51-85 (1995)。最近鑑定了另外三種HER配體:神經調節蛋白-2 (NRG-2)，據報導它結合HER3或HER4 (Chang等，Nature387:509-512(1997) ; Carraway 等,Nature387:512-516 (1997));神經調節蛋白-3，它結合 HER4 (Zhang 等，PNAS (USA) 94 (18):9562-7(1997));和神經調節蛋白 _4，它結合 HER4(Harari等，Oncogene 18:2681-89(1999))。HB-EGF, 細胞調節素和上皮調節蛋白也結合 HER4。
[0017]儘管EGF和TGF a不結合HER2，但是EGF刺激EGFR和HER2形成異ニ聚體，它活化EGFR並導致異ニ聚體中HER2的轉磷酸作用。ニ聚化作用和/或轉磷酸作用似乎活化HER2酪氨酸激酶。參見Earp等，見上文。同樣，當HER3與HER2共表達時，形成有活性的信號複合物，而針對J1ER2的抗體能夠破壞此複合物(Sliwkowski等，J.Biol.Chem.269(20):14661-14665(1994))。另タ卜，在與 HER2 共表達時，HER3 對調蛋白(HRG)的親和カ升高到更高的親和カ狀態。關於HER2-HER3蛋白質複合物還可參見Levi等，Journal of Neuroscience 15:1329-1340 (1995) ;Morrissey 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA92:1431-1435 (1995) ; Lewis 等，Cancer Res.56:1457-1465 (1996)。HER4,與 HER3 類似，與HER2形成有活性的信號複合物(Carraway和Cantley, Cell78:5-8 (1994))。
[0018]涉及HER 抗體的專利出版物包括:US 5,677, 171 ；US 5, 720, 937 ；US5, 720, 954 ；US 5, 725,856 ；US 5, 770, 195 ；US 5, 772,997 ；US 6, 165,464 ；US6, 387,371 ；US6,399,063 ；US 2002/0192211 Al ；US 6,015,567 ；US 6,333,169 ；US 4,968,603 ；US 5, 821, 337 ；US 6, 054, 297 ；US 6, 407, 213 ；US 6, 719, 971 ；US 6, 800, 738 ；US2004/0236078 Al ；US 5,648,237 ；US 6,267,958 ；US6, 685, 940 ；US 6,821,515 ；W098/17797 ；US 6, 127, 526 ；US 6, 333, 398 ；US6,797,814 ；US 6, 339, 142 ；US 6, 417, 335 ；US6, 489, 447 ；W0 99/31140 ；US2003/0147884A1 ；US 2003/0170234A1 ；US 2005/0002928 Al;US 6, 573, 043 ；US 2003/0152987 Al ；W0 99/48527 ；US 2002/0141993 Al ；W0 01/00245 ；US 2003/0086924 ；US 2004/0013667 Al ；W0 00/69460 ；W0 01/00238 ；W001/15730 ；US6，627，196 BI ；US 6，632，979 BI ；W0 01/00244 ；US 2002/0090662A1 ；WO 01/89566 ；US2002/0064785 ；US 2003/0134344 ；WO 04/24866 ；US 2004/0082047 ；US 2003/0175845A1 ；WO 03/087131 ；US 2003/0228663 ；W0 2004/008099 A2 ；US 2004/0106161 ；W02004/048525 ；US 2004/0258685A1 ；US 5, 985, 553 ；US 5,747,261 ；US 4，935，341 ;US5, 401, 638 ；US 5, 604, 107 ；W0 87/07646 ；W0 89/10412 ；W0 91/05264 ；EP 412,116B1 ；EP 494, 135B1 ；US 5,824,311 ；EP 444,181 BI ；EP I,006,194 A2 ；US 2002/0155527A1 ；W091/02062 ；US 5, 571,894 ；US 5, 939, 531 ；EP 502, 812B1 ；W0 93/03741 ；EP554,441BI ；EP 656,367 Al ；US 5, 288, 477 ；US 5, 514, 554 ；US 5, 587, 458 ；W0 93/12220 ；W093/16185 ；US 5,877, 305 ；W0 93/21319 ；W0 93/21232 ；US 5,856, 089 ；W0 94/22478 ；US
5,910, 486 ；US 6, 028, 059 ；W0 96/07321 ；US 5, 804, 396 ；US 5, 846, 749 ；EP 711,565 ；WO 96/16673 ；US 5, 783, 404 ；US5, 977, 322 ；US 6, 512, 097 ；W0 97/00271 ；US 6,270, 765 ；US 6，395，272 ；US5, 837，243 ；W0 96/40789 ；US 5，783，186 ；US 6，458，356 ；W0 97/20858 ；W097/38731 ；US 6, 214, 388 ；US 5, 925, 519 ；W0 98/02463 ；US 5, 922, 845 ；W098/18489 ；WO 98/33914 ；US 5,994, 071 ；W0 98/45479 ；US 6,358, 682B1 ；US 2003/0059790 ；W099/55367 ；W0 01/20033 ；US 2002/0076695A1；W000/78347 ；W0 01/09187 ；W0 01/21192 ；WO 01/32155 ；W0 01/53354 ；W001/56604；W0 01/76630 ；W0 02/05791 ；W0 02/11677 ；US
6,582, 919 ；US2002/0192652A1 ；US 2003/0211530A1 ；W0 02/44413 ；US 2002/0142328 ；US 6,602,670 B2 ；W0 02/45653 ；W0 02/055106 ；US 2003/0152572 ；US2003/0165840 ；WO 02/087619 ；W0 03/006509 ；W0 03/012072 ；W003/028638 ；US 2003/0068318 ；W003/041736 ；EP I,357,132 ；US2003/0202973 ；US 2004/0138160 ；US 5, 705, 157 ；US6, 123, 939 ；EP 616,812 B I ；US 2003/0103973 ；US 2003/0108545 ；US 6,403, 630 BI ；W000/61145 ；W000/61185 ；US 6,333,348 BI ；W0 01/05425 ；W0 01/64246 ；US 2003/0022918 ；US 2002/0051785 Al ；US 6, 767, 541 ；W0 01/76586 ；US 2003/0144252 ；W001/87336 ；US 2002/0031515A1 ；W0 01/87334 ；W0 02/05791 ；W0 02/09754 ；US 2003/0157097 ；US2002/0076408 ；W0 02/055106 ；W0 02/070008 ；W002/089842;和 WO 03/86467。
[0019]診斷劑
[0020]用HER2抗體曲妥單抗治療的患者是基於HER2過表達/擴增而選擇接受治療的。參見例如 WO 99/31140 (Paton 等)、US2003/0170234A1 (Hellmann, S.)和US2003/0147884 (Paton 等)；以及 W001/89566、US2002/0064785 和 US2003/0134344 (Mass等)。關於檢測HER2過表達和擴增的免疫組織化學(IHC)和螢光原位雜交(FISH)還可參見 US2003/0152987 (Cohen 等)。
[0021]W02004/053497 和 US2004/024815A1 (Bacus 等)，以及 US2003/0190689 (Crosby 和Smith)涉及測定或預測對曲妥單抗療法的響應。US2004/013297A1 (Bacus等)涉及測定或預測對ABX0303 EGFR抗體療法的響應。W02004/000094 (Bacus等)涉及測定對GW572016，ー種小分子EGFR-HER2酪氨酸激酶抑制劑的響應。W02004/063709 (Amler等)涉及用於測定對EGFR抑制劑，鹽酸erlotinib的敏感性的生物標誌和方法。US2004/0209290 (Cobleigh等)涉及用於乳腺癌預後的基因表達標誌。
[0022]可基於HER活化或ニ聚化選擇用Pertuzumab治療的患者來接受治療。涉及Pertuzumab及用其治療的患者的選擇的專利出版物包括:W001/00245 (Adams等);US2003/0086924(SIiwkowski,M.);US2004/0013667A1 (Sliwkowski, M.);及 W02004/008099A2 和US2004/0106161(Bossenmaier 等)。
[0023]Cronin等，Am.J.Path.164(1):35-42(2004)記載了保留的石蠟包埋組織中基因表達的測量法。Ma等，Cancer Cell5:607-616 (2004)記載了使用取自保留的原代活檢的腫瘤組織切片的分離RNA通過基因寡核苷酸微陣列的基因概況分析。
[0024]Pertuzumab (又稱為重組人單克隆抗體 2C4 ；0MNITARG?, Genetech, Inc, SouthSan Francisco)是ー類稱為HER ニ聚化抑制劑(HDI)的新作用劑中第一個問世的，它的功能是抑制J1ER2與其它HER受體(諸如EGFR/HER1、HER3和HER4)形成活性異ニ聚體的能力，而且不論J1ER2表達水平如何，它都有活性。參見例如Harari和Yarden, Oncogene 19:6102-14(2000);Yarden 和 Sliwkowski, Nat Rev Mol Cell Biol2:127-37 (2001) ;Sliwkowski,Nat Struct Biol 10:158-9(2003);Cho 等，Nature421:756-60(2003) ;Malik 等，Pro Am Soc Cancer Res44:176-7 (2003)。
[0025]已經證明,Pertuzumab對腫瘤細胞中HER2-HER3異ニ聚體形成的阻斷抑制關鍵性的細胞信號傳導，導致腫瘤擴增和存活降低(Agus等，Cancer Cell 2:127-37(2002))。
[0026]Pertuzumab已在臨床上作為單ー藥劑進行了檢驗,其中在患有晚期癌症的患者中進行Ia期試驗，在患有卵巣癌和乳腺癌以及肺癌和前列腺癌的患者中進行II期試驗。在I期研究中，對具有標準治療期間或之後發展的，不可治癒的、局部發展為晩期的、復發性的或轉移性的實體瘤的患者姆三周靜脈內給予Pertuzumab進行治療。對Pertuzumab的耐受普遍較好。在響應可評估的20名患者中有3名實現了腫瘤消退。兩名患者證實有部分響應。在21名患者中有6名觀察到 持續超過2.5個月的病情穩定(Agus等，Pro Am Soc ClinOncol 22:192(2003))。在2.0_15mg/kg的劑量,Pertuzumab的藥動學是線性的,平均清除的範圍是2.69-3.74mL/天/kg，平均終末消除半衰期的範圍是15.3-27.6天。沒有檢測到針對 Pertuzumab 的抗體(Allison 等，Pro Am Soc Clin Oncol 22:197(2003))。
[0027]Sergina等報告了用於評估HER酪氨酸激酶抑制劑(TKI)功效的生物學標誌物應當是 HER3 的轉憐酸化而非自憐酸化(Sergina 等，Nature 445 (7126): 437-441 (2007))。
[0028]Jazaeri等評估了上皮卵巣癌中與對化療劑的響應有關的基因表達序型(Jazaeri 等，Clin.Cancer Res.11(17):6300-6310(2005))。
[0029]Tanner等報告了 HER3預測卵巢癌中的存活(Tanner等，J.Clin.0ncol.24(26):4317-4323(2006))。
[0030]發明概述
[0031]本申請至少部分涉及如下出乎意料的觀察結果，即其癌症以低水平表達HER3的癌症患者(例如卵巣癌患者)在人體臨床試驗中對HER ニ聚化抑制劑的響應好於那些其癌症以高水平表達J1ER3的患者。一般而言，此類患者具有高HER2:HER3比(由於HER3水平低)，所以評估J1ER2和HER3 二者的相對水平提供了額外的或備選的手段，來為HER ニ聚化抑制劑療法選擇患者。
[0032]如此，在第一個方面，本文中的發明關注一種用於治療患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的!!ER抑制劑，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3。所涵蓋的HER抑制劑的例子包括HER抗體或小分子抑制劑；HER2抗體或小分子抑制劑；酪氨酸激酶抑制劑，包括但不限於lapatinib, Tykerb ;等。更優選地,所述HER抑制劑是HER ニ聚化抑制劑。因而,本發明提供了一種用於治療患有能夠響應!!ER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的HER ニ聚化抑制劑，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0033]根據此實施方案，優選地，所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達第25百分位的水平表達HER3。任選地，此類患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位、優選大於中值水平、最優選大於第75百分位的水平表達HER2: HER3。用於測量HER3(和HER2)表達的優選測定法包括聚合酶鏈式反應(PCR)，最優選定量實時聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)。
[0034]優選地,所述HER ニ聚化抑制劑是抗體,最優選地，HER2抗體,諸如Pertuzumab。
[0035]優選地，本文中要治療或診斷的癌症類型選自卵巢癌、腹膜癌、輸卵管癌、轉移性乳腺癌(MBC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、和結腸直腸癌。最優選地，本文中要治療或診斷的癌症類型是卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌。所述癌症類型可以是化療抗性的、鉬抗性的、晩期的、頑固性的、和/或復發性的。所述方法可延長所述患者中的存活，包括無進展存活(PFS)和總體存活(OS)。
[0036]所述HER抑制劑可以作為單ー抗腫瘤劑來施用，或者可以與ー種或多種其它療法組合。在一個實施方案中，所述HER抑制劑是與ー種或多種化療劑一起施用的，諸如吉西他濱(gemcitabine)、卡鉬(carboplatin)、帕利他塞(paclitaxel)、多西他塞(docetaxel)、拓撲替康(topotecan)、和多柔比星脂質體(liposomal doxorubicin),優選地,抗代謝物，諸如吉西他濱。所述HER抑制劑也可以與曲妥單抗、erlotinib、或貝伐單抗組合。
[0037]在 另ー個方面，本發明屬於ー種用於治療患有卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌的患者的方法,包括對該患者施用治療有效量的Pertuzumab,其中所述患者的癌症以小於卵巢癌、腹膜癌、或輸卵管癌中J1ER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0038]本文中的發明進一步關注ー種用於為患有能夠響應HER抑制劑(例如HER ニ聚化抑制劑)的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的J1ER3表達，並且，如果該癌症樣品以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3，那麼選擇HER抑制劑(例如HER ニ聚化抑制劑)作為療法。
[0039]另外，本發明提供了ー種製品，包括包裝在一起的藥物組合物和標籤，所述藥物組合物在藥學可接受載體中包含HER ニ聚化抑制劑，所述標籤聲明所述抑制劑或藥物組合物指明用於治療患有能夠響應!ER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中J1ER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0040]在另ー個方面，本發明屬於ー種用於製造HER ニ聚化抑制劑或其藥物組合物的方法，包括在包裝中組合所述抑制劑或藥物組合物及標籤，所述標籤聲明所述抑制劑或藥物組合物指明用於治療患有能夠響應!!ER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0041]在又一個實施方案中，本發明提供了ー種為HER ニ聚化抑制劑或其藥學可接受組合物做廣告的方法，包括向目標受眾(audicence)推廣HER ニ聚化抑制劑或其藥物組合物用於治療患有一種癌症類型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3。[0042]在上述發明之外，本文中所提供的人體臨床數據證明了其癌症以高水平表達HER3的癌症患者(例如卵巣癌患者)對化療劑(諸如吉西他濱)的臨床響應好於那些其癌症以低水平表達J1ER3的患者。
[0043]關於本發明的此方面，本發明提供了一種為患有有可能響應化療劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的J1ER3表達，並且，如果該癌症樣品以大於該癌症類型中J1ER3表達水平中值的水平表達HER3，那麼選擇化療劑作為療法。優選地，所述癌症類型是卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌，包括鉬抗性卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌，以及晚期的、頑固性的、或復發性的卵巣癌。優選地，所選擇的化療劑是抗代謝物，諸如吉西他濱。
[0044]本發明還關注ー種用於治療患有能夠響應化療劑的癌症類型的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的化療劑，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達J1ER3。優選地，所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER3表達第25百分位的水平表達HER3。用於測量HER3表達的優選測定法包括聚合酶鏈式反應(PCR)，最優選定量實時聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)。
[0045]優選地，所述化療劑是抗代謝物，最優選吉西他濱。
[0046]優選地，依照本發明此方面要治療或診斷的癌症類型是卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌。所述癌症類型可以是化療抗性的(chemotherapy-resistant)、鉬抗性的(platinum-resistant)、晚期的、頑固性的(refractory)、和/或復發性的(recurrent)。所述方法可延長所述患者中的存活，包括無進展存活(PFS)和總體存活(OS)。
[0047]在另ー個方面，本發明屬於ー種用於治療患有卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌的患者的方法，包括對所述患者施用治療·有效量的吉西他濱，其中所述患者的癌症以大於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中J1ER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0048]本發明還提供了ー種製品，包括包裝在一起的藥物組合物和標籤，所述藥物組合物在藥學可接受載體中包含化療劑(諸如吉西他濱)，所述標籤聲明所述化療劑或藥物組合物指明用於治療患有一種癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中J1ER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0049]在又ー個方面，本發明關注ー種用於製造化療劑(諸如吉西他濱)或其藥物組合物的方法,包括在包裝中組合所述化療劑或藥物組合物及標籤,所述標籤聲明所述化療劑或藥物組合物指明用於治療患有一種癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0050]在又一個實施方案中，本發明提供了一種為化療劑或其藥學可接受組合物做廣告的方法，包括向目標受眾推廣化療劑或其藥物組合物用於治療患有一種癌症類型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中J1ER3表達水平中值的水平表達HER3。[0051 ] 本發明提供了人體臨床數據，證明了具有高HER2:HER3表達的患者更有利地響應HER抑制劑諸如Pertuzumab。如此,在另ー個方面,本發明提供了 ー種用於選擇患者的手段，其通過評估HER2和HER3表達水平，並從療法中排除那些其癌症以低水平表達HER2:HER3 的患者。
[0052]如此，本發明還關注一種用於治療患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的HER抑制劑，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。優選地，所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達中值、最優選大於第75百分位的水平表達HER2:HER3。
[0053]另外，提供了ー種用於治療患有卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌的患者的方法，包括對所述患者施用治療有效量Pertuzumab，其中所述患者的癌症以大於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0054]在另Iv方面，本發明關注一種用於為患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的J1ER2和HER3表達，並且，如果該癌症樣品以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3，那麼選擇HER抑制劑作為療法。
[0055]而且，本發明涉及ー種製品，包括包裝在一起的藥物組合物和標籤，所述藥物組合物在藥學可接受載體中包含HER抑制劑，所述標籤聲明所述抑制劑或藥物組合物指明用於治療患有能夠響應!ER抑制劑的癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0056]此外，本發明提供了一種用於製造HER抑制劑或其藥物組合物的方法，包括在包裝中組合所述抑制劑或藥物組合物及標籤，所述標籤聲明所述抑制劑或藥物組合物指明用於治療患有能夠響應!!ER抑制劑的癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0057]另外，本發明涉及ー種為HER抑制劑或其藥學可接受組合物做廣告的方法，包括向目標受眾推廣!ER抑制劑或其藥物組合物用於治療患有一種癌症類型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0058]本發明涉及下述各項。
[0059]1.一種用於治療患有能夠響應HER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的HER ニ聚化抑制劑，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0060]2.項I的方法，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達第25百分位的水平表達HER3。
[0061]3.項I或項2的方法，其中HER3表達是使用聚合酶鏈式反應(PCR)測定的。
[0062]4.項3的方法，其中所述PCR是定量實時聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)。
[0063]5.前述項任ー項的方法，其中所述HER ニ聚化抑制劑是HER2 ニ聚化抑制劑。
[0064]6.前述項任ー項的方法，其中所述HER ニ聚化抑制劑抑制HER ニ聚化。
[0065]7.前述項任ー項的方法，其中所述HER ニ聚化抑制劑是抗體。
[0066]8.項7的方法，其中所述抗體結合選自EGFR、HER2和HER3中的ー種或多種HER受體。
[0067]9.項8的方法，其中所述抗體結合HER2。
[0068]10.項9的方法，其中所述HER2抗體結合HER2胞外結構域的結構域II。
[0069]11.項10的方法，其中所述抗體結合HER2胞外結構域的結構域1、11和III之間的連接處。
[0070]12.項10的方法，其中所述HER2抗體包含SEQ ID N0.3和4中的可變輕鏈和重鏈胺基酸序列。
[0071]13.項12的方法，其中所述HER2抗體是Pertuzumab。
[0072]14.項7-13任ー項的方法，其中所述HER抗體是裸抗體。
[0073]15.項7-14任ー項的方法，其中所述HER抗體是完整抗體。
[0074]16.項7-14任ー項的方法，其中所述HER抗體是包含抗原結合區的抗體片段。
[0075]17.前述項任ー項的方法，其中所述癌症類型選自卵巢癌、腹膜癌、輸卵管癌、轉移性乳腺癌(MBC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、和結腸直腸癌中的ー種或多種。
[0076]18.項17的方法，其中所述癌症類型是卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌。
[0077]19.項18的方法，其中所述癌症類型是鉬抗性的。
[0078]20.項18的方法，其中所述癌症類型是晚期的、頑固性的、或復發性的卵巢癌。
[0079]21.前述項任ー項的方法，其延長所述患者中的無進展存活(PFS)。
[0080]22.前述項任ー項的方法，其延長所述患者中的總體存活(OS)。
[0081]23.前述項任ー項的方法，其中所述HER ニ聚化抑制劑是作為單ー抗腫瘤劑施用的。
[0082]24.項1-22任ー項的方法，包括對所述患者`施用第二治療劑。
[0083]25.項24的方法，其中所述第二治療劑選自:化療劑、HER抗體、針對腫瘤相關抗原的抗體、抗激素化合物、心臟保護劑、細胞因子、EGFR靶向藥物、抗血管發生劑、酪氨酸激酶抑制劑、COX抑制劑、非類固醇抗炎藥、法尼基轉移酶抑制劑、結合癌胚蛋白CA 125的抗體、HER2疫苗、HER靶向療法、Raf或ras抑制劑、多柔比星脂質體、拓撲替康、紫杉烷、雙重酪氨酸激酶抑制劑、TLK286、EMD-7200、治療噁心的藥物、預防或治療皮疹的藥物或標準痤瘡療法、治療或預防腹瀉的藥物、降低體溫的藥物和造血生長因子中的ー種或多種。
[0084]26.項25的方法，其中所述第二治療劑是化療劑。
[0085]27.項26的方法，其中所述化療劑選自吉西他濱、卡鉬、帕利他塞、多西他塞、拓撲替康和多柔比星脂質體中的ー種或多種。
[0086]28.項26的方法，其中所述化療劑是抗代謝物。
[0087]29.項28的方法，其中所述抗代謝物化療劑是吉西他濱。
[0088]30.項24的方法，其中所述第二治療劑是曲妥單抗、erlotinib、或貝伐單抗。
[0089]31.前述項任ー項的方法，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0090]32.項31的方法，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達水平中值的水平表達J1ER2: HER3。
[0091]33.項32的方法，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第75百分位的水平表達ffiR2: HER3。
[0092]34.一種用於治療患有卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的Pertuzumab，其中所述患者的癌症以小於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0093]35.項34的方法，其中所述患者的癌症以小於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER3表達第25百分位的水平表達HER3。
[0094]36.項34或項35的方法，其中HER3表達是使用聚合酶鏈式反應(PCR)測定的。[0095]37.項36的方法，其中所述PCR是定量實時聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)。
[0096]38.項34-37任ー項的方法，其延長無進展存活(PFS)。
[0097]39.項34-38任ー項的方法，其延長總體存活(OS)。
[0098]40.項34-39任ー項的方法，其中所述患者患有卵巢癌。
[0099]41.項40的方法，其中所述卵巢癌是鉬抗性卵巢癌。
[0100]42.項40或項41的方法，其中所述患者患有晚期的、頑固性的、或復發性的卵巢癌。
[0101]43.項34-42任ー項的方法，進ー步包括對所述患者施用化療劑。
[0102]44.項43的方法，其中所述化療劑選自吉西他濱、卡鉬、帕利他塞、多西他塞、拓撲替康、和多柔比星脂質體。
[0103]45.項44的方法，其中所述化療劑是抗代謝物化療劑。
[0104]46.項45的方法，其中所述抗代謝物化療劑是吉西他濱。
[0105]47.項34-46任ー項·的方法，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0106]48.項47的方法，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達水平中值的水平表達J1ER2: HER3。
[0107]49.項48的方法，其中所述患者的癌症以大於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER2:HER3表達第75百分位的水平表達HER2:HER3。
[0108]50.ー種用於為患有能夠響應HER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的J1ER3表達，並且，如果該癌症樣品以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3，那麼選擇HER ニ聚化抑制劑作為療法。
[0109]51.ー種製品，包括包裝在一起的藥物組合物和標籤，所述藥物組合物在藥學可接受載體中包含!ER ニ聚化抑制劑，所述標籤聲明所述抑制劑或藥物組合物指明用於治療患有能夠響應HER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0110]52.一種用於製造HER ニ聚化抑制劑或其藥物組合物的方法，包括在包裝中組合所述抑制劑或藥物組合物及標籤，所述標籤聲明所述抑制劑或藥物組合物指明用於治療患有能夠響應HER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0111]53.ー種為HER ニ聚化抑制劑或其藥學可接受組合物做廣告的方法，包括向目標受眾推廣HER ニ聚化抑制劑或其藥物組合物用於治療患有一種癌症類型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中J1ER3表達水平中值的水平表達HER3。
[0112]54.ー種用於為患有能夠響應化療劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的HER3表達，並且，如果該癌症樣品以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3，那麼選擇化療劑作為療法。
[0113]55.項54的方法，其中所述癌症類型是卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌。
[0114]56.項55的方法，其中所述癌症類型是鉬抗性卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌。
[0115]57.項55的方法，其中所述癌症類型是晩期的、頑固性的、或復發性的卵巣癌。
[0116]58.項54-57任ー項的方法，其中所述化療劑是抗代謝物。[0117]59.項58的方法，其中所述抗代謝物化療劑是吉西他濱。
[0118]60.一種用於治療患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的!ER抑制劑，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0119]61.項60的方法，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達水平中值的水平表達J1ER2: HER3。
[0120]62.項61的方法，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第75百分位的水平表達ffiR2: HER3。
[0121]63.項60-62任ー項的方法，其中HER2和HER3表達是使用聚合酶鏈式反應(PCR)測定的。
[0122]64.項63的方法，其中所述PCR是定量實時聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)。
[0123]65.項60-64任ー項的方法，其中所述HER ニ聚化抑制劑是HER ニ聚化抑制劑。
[0124]66.項60-65任ー項的方法，其中所述HER抑制劑是HER2抑制劑。
[0125]67.項65或項66的方法，其中所述HER ニ聚化抑制劑是HER2 ニ聚化抑制劑。
[0126]68.項65的方法，其中所述HER抑制劑抑制HER ニ聚化。
[0127]69.項60-68任ー項的方法，其中所述HER抑制劑是抗體。
[0128]70.項69的方法，其中所述抗體結合選自EGFR、HER2和HER3中的ー種或多種HER受體。`
[0129]71.項70的方法，其中所述抗體結合HER2。
[0130]72.項71的方法，其中所述HER2抗體結合HER2胞外結構域的結構域II。
[0131]73.項71的方法，其中所述抗體結合HER2胞外結構域的結構域1、11和III之間的連接處。
[0132]74.項73的方法，其中所述HER2抗體包含SEQ ID N0.3和4中的可變輕鏈胺基酸序列和可變重鏈胺基酸序列。
[0133]75.項74的方法,其中所述HER2抗體是Pertuzumab。
[0134]76.項69-75任ー項的方法，其中所述HER抗體是裸抗體。
[0135]77.項69-76任ー項的方法，其中所述HER抗體是完整抗體。
[0136]78.項69-76任ー項的方法，其中所述HER抗體是包含抗原結合區的抗體片段。
[0137]79.項60-78任ー項的方法，其中所述癌症類型選自卵巢癌、腹膜癌、輸卵管癌、轉移性乳腺癌(MBC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌和結腸直腸癌中的ー種或多種。
[0138]80.項79的方法，其中所述癌症類型是卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌。
[0139]81.項80的方法，其中所述癌症類型是鉬抗性的。
[0140]82.項80的方法，其中所述癌症類型是晩期的、頑固性的、或復發性的卵巣癌。
[0141]83.項60-82任ー項的方法，其延長所述患者中的無進展存活(PFS)。
[0142]84.項60-83任ー項的方法，其延長所述患者中的總體存活(OS)。
[0143]85.項60-84任ー項的方法，其中所述HER抑制劑是作為單ー抗腫瘤劑施用的。
[0144]86.項60-84任ー項的方法，包括對所述患者施用第二治療劑。
[0145]87.項86的方法，其中所述第二治療劑選自:化療劑、HER抗體、針對腫瘤相關抗原的抗體、抗激素化合物、心臟保護劑、細胞因子、EGFR靶向藥物、抗血管發生劑、酪氨酸激酶抑制劑、COX抑制劑、非類固醇抗炎藥、法尼基轉移酶抑制劑、結合癌胚蛋白CA 125的抗體、HER2疫苗、HER靶向療法、Raf或ras抑制劑、多柔比星脂質體、拓撲替康、紫杉烷、雙重酪氨酸激酶抑制劑、TLK286、EMD-7200、治療噁心的藥物、預防或治療皮疹的藥物或標準痤瘡療法、治療或預防腹瀉的藥物、降低體溫的藥物和造血生長因子中的ー種或多種。
[0146]88.項86的方法，其中所述第二治療劑是化療劑。
[0147]89.項88的方法，其中所述化療劑選自吉西他濱、卡鉬、帕利他塞、多西他塞、拓撲替康和多柔比星脂質體中的ー種或多種。
[0148]90.項88的方法，其中所述化療劑是抗代謝物。
[0149]91.項90的方法，其中所述抗代謝物化療劑是吉西他濱。
[0150]92.項86的方法,其中所述第二治療劑是曲妥單抗、erlotinib、或貝伐單抗。
[0151]93.一種用於治療患有卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的Pertuzumab，其中所述患者的癌症以大於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0152]94.項93的方法，其中所述患者的癌症以大於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER2:HER3表達水平中值的水平表達HER2:HER3。
[0153]95.項94的方法，其中所述患者的癌症以大於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER2:HER3表達第75百分位的水平表達HER2:HER3。
[0154]96.項93-95任ー項的方法，其中HER2和HER3表達是使用聚合酶鏈式反應(PCR)測定的。
[0155]97.項96的方法，其中所述PCR是定量實時聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)。
[0156]98.項93-97任ー項的方法，其延長無進展存活(PFS)。
[0157]99.項93-98任ー項的方法，其延長總體存活(OS)。
[0158]100.項93-99任ー項的方法，其中所述患者患有卵巢癌。
[0159]101.項100的方法，其中所述卵巢癌是鉬抗性卵巢癌。
[0160]102.項100或項101的方法，其中所述患者患有晚期的、頑固性的、或復發性的卵巢癌。
[0161]103.項93-102任ー項的方法，進ー步包括對所述患者施用化療劑。
[0162]104.項103的方法，其中所述化療劑選自吉西他濱、卡鉬、帕利他塞、多西他塞、拓撲替康和多柔比星脂質體中的ー種或多種。
[0163]105.項103的方法，其中所述化療劑是抗代謝物化療劑。
[0164]106.項105的方法，其中所述抗代謝物化療劑是吉西他濱。
[0165]107.ー種用於為患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的HER2和HER3表達，並且，如果該癌症樣品以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3，那麼選擇HER抑制劑作為療法。
[0166]108.ー種製品，包括包裝在一起的藥物組合物和標籤，所述藥物組合物在藥學可接受載體中包含!!ER抑制劑，所述標籤聲明所述抑制劑或藥物組合物指明用於治療患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2: HER3表達第25百分位的水平表達HER2: HER3。
[0167]109.一種用於製造HER抑制劑或其藥物組合物的方法，包括在包裝中組合所述抑制劑或藥物組合物及標籤，所述標籤聲明所述抑制劑或藥物組合物指明用於治療患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0168]110.ー種為HER抑制劑或其藥學可接受組合物做廣告的方法，包括向目標受眾推廣HER抑制劑或其藥物組合物用於治療患有一種癌症類型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
[0169]111.一種用於治療患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對所述患者施用治療有效量的HER抑制劑，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達J1ER3。
[0170]112.ー種用於為患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的J1ER3表達，並且，如果該癌症樣品以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3，那麼選擇HER抑制劑作為療法。
[0171]113.項111或項112的方法，其中所述HER抑制劑是HER2抑制劑。
[0172]附圖簡述
[0173]圖1提供了 HER2蛋白質結構的示意圖，及其胞外結構域的結構域1-1V的胺基酸序列(分別是 SEQ ID N0.19-22)。
[0174]圖2A和2B描繪了鼠單克隆抗體2C4的輕鏈可變區(\)(圖2A)和重鏈可變區(Vh)(圖2B)(分別是SEQ ID N0.1和2);變體574/Pertuzumab的Vl和Vh結構域(分別是SEQ ID N0.3和4);及人 和Vh共有框架(humK 1，輕鏈k亞組I ;hum III，重鏈亞組III)(分別是SEQ ID N0.5和6)的胺基酸序列對比。星號標示Pertuzumab可變域和鼠單克隆抗體2C4之間或Pertuzumab可變域和人框架之間的差異。互補決定區(CTR)包在括號中。
[0175]圖3A 和 3B 顯示了 Pertuzumab 輕鏈(圖 3A ;SEQ ID N0.13)和重鏈(圖 3B ;SEQID N0.14)的胺基酸序列。⑶R以粗體顯示。輕鏈和重鏈的計算分子量是23，526.22Da和49, 216.56Da (半胱氨酸為還原形式)。碳水化合物模塊(moiety)附著於重鏈的Asn299。
[0176]圖4以圖描述了 2C4在HER2的異ニ聚體結合位點處的結合，由此阻止與活化的EGFR或HER3的異ニ聚化。
[0177]圖5描繪了 HER2/HER3與MAPK和Akt途徑的偶聯。
[0178]圖6 比較了 Trastuzumab 和 Pertuzumab 的各種活性。
[0179]圖7A 和 7B 分別顯示了 Trastuzumab 輕鏈(圖 7A ；SEQ ID N0.15)和重鏈(圖 7B ；SEQ ID N0.16)的胺基酸序列。
[0180]圖8A和8B分別描繪了變體Pertuzumab輕鏈序列(圖8A ；SEQ ID N0.17)和變體Pertuzumab 重鏈序列(圖 8B ；SEQ ID N0.18)。
[0181]圖9描繪了實施例1中的臨床試驗的研究設計/方案，涉及患有鉬抗性卵巣癌、原發性腹膜癌、或輸卵管癌的、用吉西他濱和安慰劑或吉西他濱和Pertuzumab治療的患者。
[0182]圖1OA描繪了來自實施例1中研究的所有患者的無進展存活(PFS)。
[0183]圖1OB是圖1OA的更新版。已經通過隨機化分層因素(ECOG PS、針對鉬抗性疾病的在先治療方案(regimen)的數目、和疾病可測性)使用分層Cox模型和分層1ngrank檢驗估算了 PFS。
[0184]圖1IA呈現了通過預測pHER2狀態得到的PFS。[0185]圖1lB是圖1lA的更新版。
[0186]圖12A 呈現了通過 qRT-PCR EGFR(HERl)截留得到的 PFS。
[0187]圖12B是通過wRT-PCR EGFR(HERl)截留得到的PFS的另ー呈現，也指明了各種EGFR截留值時HERl (高)和HERl (低)組中的受試者數目。
[0188]圖13A呈現了通過qRT-PCR HER2截留得到的PFS。
[0189]圖13B是通過qRT-PCR HER2截留得到的PFS的另ー呈現，也指明了各種HER2截留值時HERl (高)和HERl (低)組中的受試者數目。
[0190]圖14A呈現了通過qRT-PCR HER3截留得到的PFS。
[0191]圖14B是通過qRT-PCR HER3截留得到的PFS的另ー呈現，也指明了各種HER3截留值時HER3 (高)和HER3 (低)組中的受試者數目。
[0192]圖15A顯示了通過HER3亞組得到的PFS。Pertuzumab活性在患有低HER3表達腫瘤的患者中最大，且趨向於隨J1ER3基因表達水平降低而升高。
[0193]圖15B是通過qRT-PCR HER3水平得到的PFS的另ー呈現。
[0194]圖16A展示了通過HER3亞組得到的PFS。數據顯示了在具有HER3高表達的腫瘤的患者中，Pertuzumab與吉西他濱之間可能有消極的相互作用。
[0195]圖16B是通過qRT-PCR HER3水平得到的PFS的另ー呈現。數據進ー步證實了在具有HER3高表達的腫瘤的患者中，Pertuzumab與吉西他濱之間可能有消極的相互作用。
[0196]圖17A總結了通 過HER3亞組得到的PFS:高HER3表達亞組和低HER3表達亞組。
[0197]圖17B是圖17B所示通過qRT-PCR HER3水平得到的PFS的更新版。
[0198]圖18A進ー步展示了通過HER3亞組得到的PFS。
[0199]圖18B是圖18A所示通過HER3表達四分位得到的PFS分析的更新版。
[0200]圖19A顯示了通過HER3 qRT-PCR得到的PFS，50/50拆分；低HER3表達在小於第50百分位中，而高HER3表達在大於或等於第50百分位中。
[0201]圖19B是圖19A所示通過HER3 qRT-PCR得到的PFS，50/50拆分的更新版
[0202]圖20A顯示了通過HER3 qRT-PCR得到的PFS，25/75拆分；低HER3表達在小於第25百分位中，而高HER3表達在大於或等於第25百分位中。
[0203]圖20B是圖20A所示通過HER3 qRT-PCR得到的PFS，25/75拆分的更新版。
[0204]圖21A顯示了所有患者中的總體存活(OS)的初歩數據。數據基於46/130例事件。
[0205]圖21B是OS數據的更新圖，即通過隨機化分層因素(ECOG PS、針對鉬抗性疾病的在先治療方案的數目、和疾病可測性)估算的層次Cox模型和分層1grank-檢驗。
[0206]圖22A圖示了在qRT-PCR中通過HER3得到的OS初步數據。數據基於43/119例事件。
[0207]圖22B是在qRT-PCR中通過HER3得到的OS的更新圖，50/50拆分，低HER3表達在小於第50百分位中，而高HER3表達在大於或等於第25百分位中。
[0208]圖23A展示了通過HER3 qRT-PCR得到的PFS，比較了高對低危害比(high versus丄ow hazard ratio, HR)。
[0209]圖23B是通過HER3 qRT-PCR得到的PFS的更新圖，比較高對低危害比(HR)。
[0210]圖24A顯示了實施例1中Pertuzumab鉬抗性卵巢癌的全套數據,及通過qRT-PCRHER3得到的PFS。注意:HR和Log-rank p值沒有為多重比較進行調整。[0211]圖24B是Pertuzumab鉬抗性卵巢癌的另ー套數據，及通過qRT-PCR HER3得到的PFS0正如圖24A中的，HR和Log-rank p值沒有為多重比較進行調整。
[0212]圖25顯示了為如實施例2中那樣用Pertuzumab單ー藥劑治療的患者通過HER3qRT-PCR得到的PFS和OS。高HER3為在大於和等於第75百分比中的患者；低HER3中的患者為那些小於第75百分位的。低表達患者的存活中值為3.31年(95%CI，1.93-4.69);高HER3表達患者的存活中值為1.80 (95%CI,0.83-2.78)。
[0213]圖26A 顯不了 HER3 校準標準化比(calibrated normalizated ratio);表達範圍為約20-80倍。大多數樣品的CP介於約23和30之間。
[0214]圖26B是顯示HER3校準標準化比的另ー圖；表達範圍為約20_80倍。大多數樣品的CP介於約23和30之間。
[0215]圖27顯示了體外診斷(IVD)測定法工作流程中的LIGHTCYCLER⑩2.0Pertuzumab qRT-PCR。
[0216]圖28顯示了 Pertuzumab IVD測定法工作流程和分析,其中有一種標誌物和參照物。
[0217]圖29A提供了為實施例1中所治療的患者通過HER2:HER3百分位得到的PFS。
[0218]圖29B是顯示為實施例1中所治療的患者通過HER2:HER3百分位得到的PFS的另ー圖。注意:HR和log-rank p值沒有為多重比較進行調整。
[0219]圖30A使用Kaplan Meyer圖對實施例1評估通過HER2: HER3比得到的PFS，具體是對HER2對HER3比值高於中值的、或高於第75百分位的患者。
[0220]圖30B是使用Kaplan Meyer圖對實施例1顯示通過HER2:HER3比得到的PFS的更新，具體是對J1ER2對HER3比值高於中值的、或高於第75百分位的患者。
[0221]圖31A評估了通過HER2:HER3比四分位亞組得到的PFS，同樣來自實施例1。
[0222]圖31B是通過HER2/HER3四分位復發性卵巣癌得到的PFS分析的另ー總結。
[0223]圖32顯示了如實施例3中所述治療的、卵巣癌分別具有小於中值的或者等於或大於中值的J1ER3水平的受試者的PFS的Kaplan-Meier圖。
[0224]圖33顯示了 HER3水平小於中值的和等於或大於中值的患者組中用化療或Pertuzumab治療卵巢癌的受試者的PFS Kaplan-Meier圖。
[0225]圖34顯示了用Pertuzumab和化療或用單獨的Pertuzumab治療卵巢癌的、HER2/HER3比低於中值的和等於或大於中值的受試者的PFS Kaplan-Meier圖。
[0226]圖35顯示了用化療或Pertuzumab治療卵巢癌的、HER2/HER3比低於中值的和等於或大於中值的受試者的PFS Kaplan-Meier圖。
[0227]發明詳述
[0228]1.定義
[0229]「HER受體」是屬於HER受體家族的受體蛋白質酪氨酸激酶，包括EGFR、HER2、HER3和HER4受體。HER受體通常將包含胞外結構域，它可結合HER配體和/或與另ー HER受體分子ニ聚化；親脂性跨膜結構域；保守的胞內酪氨酸激酶結構域；和含有數個可磷酸化的酪氨酸殘基的羧基末端信號結構域。！ER受體可以是「天然序列」!ER受體或其「胺基酸序列變體」。優選的是，HER受體是天然序列人HER受體。
[0230]術語11 1」、「肥?1」、「表皮生長因子受體」和16?1?」在本文中可互換使用，指例如 Carpenter 等，Ann.Rev.Biochem.56:881-914(1987)中所披露的 EGFR，包括其天然存在的突變體形式(例如Humphrey等，PNAS (USA) 87:4207-4211 (1990)中的刪除突變體EGFR)。erbBl指編碼EGFR蛋白質產物的基因。
[0231]表述「ErbB2」和「 HER2」在本文中可互換使用，指例如Semba等，PNAS (USA) 82:6497-6501 (1985)和 Yamamoto 等，Nature 319:230-234(1986)中記載的人HER2蛋白(Genebank編號X03363)。術語「erbB2」指編碼人ErbB2的基因，而「neu」指編碼大鼠Pl85neu的基因。優選的HER2是天然序列人HER2。
[0232]在本文中，「 HER2胞外結構域」或「 HER2 ECD」指HER2在細胞外的結構域，或是錨定於細胞膜或是在循環中，包括其片段。在一個實施方案中，HER2的胞外結構域可包含4個結構域:「結構域I」(大約第1-195位胺基酸殘基；SEQ ID N0:19)、「結構域II」(大約第196-319位胺基酸殘基；SEQ ID N0:20)、「結構域III」(大約第320-488位胺基酸殘基；SEQ ID N0:21)和「結構域IV」(大約第489-630位胺基酸殘基；SEQ ID N0:22)(殘基編號不包括信號月太)。參見 Garrett 等,Mol.Cell.11:495-505 (2003) ; Cho 等,Nature421:756-760(2003);Franklin 等,Cancer Cell 5:317-328(2004);Plowman 等,Proc.Natl.Acad.Sc1.90:1746-1750 (1993)，以及本文中的圖1。
[0233]「ErbB3」和「HER3」指例如美國專利第5，183,884號和第5, 480, 968號及Kraus等，PNAS (USA) 86:9193-9197 (1989)中所披露的受體多肽。
[0234]術語「ErbB4」和「HER4」指例如歐洲專利申請第599，274號；Plowman等，Proc.Natl.Acad.Sci USA90:1746-1750 (1993) ;Plowman 等,Nature366:473-475 (1993)中所披露的受體多肽，包括其同種型，例如1999年4月22日公布的W099/19488中所披露的。
[0235]「HER配體」指結合和/或活化HER受體的多肽。本文中特別感興趣的HER配體是天然序列人HER配體，諸如表皮生長因子(EGF) (Savage等，J.Biol.Chem.247:7612-7621 (1972));轉化生長因子 a (TGF-a )(Marquardt 等，Science223:1079-1082(1984));雙調蛋白(amphiregulin)，也稱為施旺細胞瘤或角質形成細胞自分泌生長因子(Shoyab 等，Science243:1074-1076(1989);Kimura等，Nature348:257-260 (1990) ;Cook 等，Mol.Cel 1.Biol.11:2547-2557 (1991))；3 細胞調節素(betacellulin)(Shing 等，Science 259:1604-1607(1993);Sasada等，Biochem.Biophys.Res.Commun.190:1173(1993));肝素結合表皮生長因子(HB-EGF)(Higashiyama 等，Science251:936-939 (1991));上皮調節蛋白(epiregulin) (Toyoda 等，J.Biol.Chem.270:7495-7500 (1995) ;Komurasaki等，0ncogenel5:2841-2848 (1997)) ； a 調蛋白(heregulin)(見下文)；神經調節蛋白(neuregulin)-2(NRG-2)(Carraway 等，Nature387:512-516(1997));神經調節蛋白-3(NRG-3)(Zhang 等,Proc.Natl.Acad.Sc1.94:9562-9567 (1997));神經調節蛋白-4(NRG-4)(Harari 等,0ncogenel8:2681-89 (1999))；和 cripto(CR-1)(Kannan 等,J.Biol.Chem.272(6): 3330-3335 (1997))。結合 EGFR 的 HER 配體包括 EGF、TGF-a、雙調蛋白、 細胞調節素(betacellulin)、HB-EGF和上皮調節蛋白Epiregulin)。結合HER3的HER配體包括調蛋白。能夠結合HER4的HER配體包括P細胞調節素、上皮調節蛋白、HB-EGF、NRG-2、NRG-3、NRG-4 和調蛋白。
[0236]「調蛋白」(HRG)在用於本文時指由調蛋白基因編碼的多肽，如美國專利第 5,641,869 號或 Marchionni 等，Nature362:312-318 (1993)中所披露的。調蛋白的例子包括調蛋白-a、調蛋白-@ 1、調蛋白-@ 2和調蛋白3(HolmeS等，Science256:1205-1210(1992);美國專利第 5，641，869 號)；neu 分化因子(NDF) (Peles 等，Cell69:205-216 (1992));こ醯膽鹼受體誘導活性(ARIA)(Falls 等，Cell72:801-815(1993));神經膠質生長因子(GGF)(Marchionni等，Nature362:312-318 (1993));感覺和運動神經元衍生因子(SMDF) (Ho等，J.Biol.Chem.270: 14523-14532 (1995)) -調蛋白(Schaefer 等，Oncogene15:1385-1394(1997))。
[0237]「HER ニ聚體」在本文中指包含至少兩個HER受體的非共價結合ニ聚體。在表達兩種或多種!!ER受體的細胞暴露於!!ER配體時可形成這樣的複合物，可通過免疫沉澱來分離並通過SDS-PAGE來分析，如例如Sliwkowski等，J.Biol.Chem.269(20):14661-14665(1994)中所記載的。其它蛋白質，諸如細胞因子受體亞基(例如gpl30)可與ニ聚體結合。優選的是，所述HER ニ聚體包含HER2。
[0238]「HER異ニ聚體」在本文中指包含至少兩個不同HER受體的非共價結合異ニ聚體，諸如 EGFR-HER2、HER2-HER3 或 HER2-HER4 異ニ聚體。
[0239]「HER抑制劑」指幹擾HER活化或功能的藥劑。HER抑制劑的例子包括HER抗體(例如EGFR、HER2、HER3或HER4抗體)；EGFR靶向藥物；小分子HER拮抗劑；HER酪氨酸激酶抑制劑；HER2和EGFR雙重酪氨酸激酶抑制劑，諸如lapatinib/GW572016 ;反義分子(參見例如TO2004/87207);和/或結合下遊信號分子諸如MAPK或Akt (見圖5)或幹擾其功能的藥齊U。優選的是，所述!ER抑制劑是結合!ER受體的抗體或小分子。
[0240]「HER ニ聚化抑制劑」指抑制HER ニ聚體或HER異ニ聚體形成的藥劑。優選的是，HER ニ聚化抑制劑是HER2 ニ聚化抑制劑和/或抑制HER ニ聚化。優選的是，HER ニ聚化抑制劑是抗體，例如在J1ER2的異ニ聚體結合位點結合HER2的抗體。本文中最優選的HER ニ聚化抑制劑是Pertuzumab或MAb2C4。2C4對HER2的異ニ聚體結合位點的結合示於圖4。HER ニ聚化抑制劑的其它例子包括結合EGFR並抑制其與一種或多種其它HER受體ニ聚化的抗體(例如EGFR單克隆抗體806，MAb806，它結合活化的或「未系留的(untethered) 」EGFR ；參見 Johns 等，J.Biol.Chem.279 (29): 30375-30384 (2004));結合 HER3 並抑制其與ー種或多種其它HER受體ニ聚化的抗體；結合HER4並抑制其與一種或多種其它HER受體ニ聚化的抗體；肽ニ聚化抑制劑(美國專利第6，417，168號)；反義ニ聚化抑制劑；等等。
[0241]「HER2 ニ聚化抑制劑」指抑制包含HER2的ニ聚體或異ニ聚體形成的藥劑。
[0242]「HER抗體」指結合HER受體的抗體。任選的是，HER抗體還幹擾HER活化或功能。優選的是，！ER抗體結合J1ER2受體。本文中特別感興趣的HER2抗體是Pertuzumab。HER2抗體的另一個例子是trastuzumab。EGFR抗體的例子包括cetuximab和ABX0303。
[0243]「HER活化」指任何ー種或多種HER受體的活化或磷酸化。通常，HER活化導致信號轉導(例如由!!ER受體胞內激酶結構域引起的信號轉導，該激酶結構域磷酸化!!ER受體或底物多肽中的酪氨酸殘基)。HER活化可由結合包含目的HER受體的HER ニ聚體的HER配體介導。結合HER ニ聚體的HER配體可活化ニ聚體中ー種或多種!!ER受體的激酶結構域，由此導致ー種或多種!ER受體中 酪氨酸殘基的磷酸化和/或其它底物多肽諸如Akt或MAPK胞內激酶中酪氨酸殘基的磷酸化。參見例如圖5。[0244]「磷酸化」指對蛋白質諸如HER受體，或其底物添加一個或多個磷酸基團。
[0245]「抑制HER 二聚化」的抗體指抑制或幹擾HER 二聚體形成的抗體。優選的是，此類抗體在HER2的異二聚體結合位點處結合HER2。本文中最優選的二聚化抑制性抗體是Pertuzumab或MAb2C4。2C4對HER2的異二聚體結合位點的結合示於圖4。抑制HER 二聚化的抗體的其它例子包括結合EGFR並抑制其與一種或多種其它HER受體二聚化的抗體(例如EGFR單克隆抗體806，MAb806,它結合活化的或「未系留的」EGFR ;參見Johns等，J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004));結合HER3並抑制其與一種或多種其它HER受體二聚化的抗體；及結合HER4並抑制其與一種或多種其它HER受體二聚化的抗體。
[0246]「比trastuzumab更有效地阻斷配體對HER受體之活化」的抗體指比trastuzumab更有效(例如功效提高至少約2倍)地降低或消除HER配體對HER受體之活化的抗體。優選的是，此類抗體至少大約像鼠單克隆抗體2C4或其Fab片段或者像Pertuzumab或其Fab片段那樣有效地阻斷HER配體對HER受體之活化。可通過直接研究HER 二聚體，或者通過評估由HER 二聚化引起的HER活化或下遊信號傳導，和/或通過評估抗體-HER2結合位點等來評估抗體阻斷配體對HER受體之活化的能力。用於篩選比trastuzumab更有效地抑制配體對HER受體之活化的抗體的測定法記載於Agus等，Cancer Cell2:127-137 (2002)和WOO 1/00245 (Adams等)。僅作為例示，可測定以下各項:對HER 二聚體形成的抑制(參見例如 Agus 等，Cancer Cell2:127-137 (2002)的附圖1A-B 和 WOO 1/00245);表達 HER 二聚體的細胞中 HER 配體活化的降低(例如 W001/00245 和 Agus 等，Cancer Cell2:127-137 (2002)的附圖2A-B);對HER配體結合表達HER 二聚體的細胞的阻斷(例如W001/00245和Agus等，Cancer Cell 2:127-137(2002)的附圖2E);在存在(或缺乏)HER配體時對表達HER 二聚體的癌細胞(例如MCF7、MDA-MD-134、ZR-75-1、MD-MB-175、T-47D細胞)的細胞生長抑制(例如 W001/00245 和 Agus 等，Cancer Cell 2:127-137(2002)的附圖 3A-D);對下遊信號傳導的抑制(例如對HRG依賴性AKT磷酸化的抑制或者對HRG或TGF α依賴性MAPK磷酸化的抑制)(例如 W001/00245 和 Agus 等，Cancer Cell2:127-137 (2002)的附圖 2C-D)。還可通過研究抗體-HER2結合位 點來評估抗體是否抑制HER 二聚化，例如通過評估與HER2結合的抗體的結構或模型，諸如晶體結構來評估抗體是否抑制HER 二聚化(參見例如Franklin等，Cancer Cell5:317-328 (2004))。
[0247]HER2上的「異二聚體結合位點」指在HER2與EGFR、HER3或HER4形成二聚體時，與EGFR、HER3或HER4胞外結構域中某區域接觸或形成介面的HER2胞外結構域中的區域。已發現所述區域在 HER2 的結構域 II 中。Franklin 等，Cancer Cell5:317-328 (2004)。
[0248]HER2抗體可以比trastuzumab更有效地(例如功效提高至少2倍)「抑制HRG依賴性AKT磷酸化」和/或抑制「HRG或TGF α依賴性MAPK磷酸化」(參見例如Agus等，CancerCell2:127-137(2002)和 W001/00245)。
[0249]HER2抗體可以是像Pertuzumab那樣「不抑制HER2胞外域切割」的抗體(Molina等,Cancer Res.61:4744-4749 (2001))。另一方面，trastuzumab 可抑制 HER2 胞外域切割。
[0250]「結合HER2的異二聚體結合位點的」HER2抗體結合結構域II中的殘基(任選還結合HER2胞外結構域的其它結構域，諸如結構域I和III中的殘基)，且至少在一定程度上可在空間上阻礙HER2-EGFR、HER2-HER3或HER2-HER4異二聚體的形成。Frankl in等，Cancer Cell5:317-328 (2004)表徵了存放在 RCSB 蛋白質資料庫(ID Code IS78)的HER2-Pertuzumab晶體結構，圖解了結合HER2的異二聚體結合位點的例示性抗體。
[0251]「結合HER2的結構域II」的抗體結合結構域II中的殘基和任選HER2的其它結構域，諸如結構域I和III中的殘基。優選的是，結合結構域II的抗體結合HER2的結構域1、II和III之間的連接處。
[0252]蛋白質「表達」指基因中所編碼的信息轉換成信使RNA(mRNA)，然後轉換成蛋白質。
[0253]在本文中，「表達」目的蛋白質(諸如HER3和/或HER2)的樣品或細胞指其中測定出存在編碼該蛋白質的mRNA或蛋白質包括其片段的樣品或細胞。
[0254]「以小於一種癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3」的樣品、細胞、腫瘤或癌症指其中HER3表達水平被技術人員認為是該癌症類型的「低HER3水平」的樣品、細胞、腫瘤或癌症。一般而言，此類水平會在相對於相同癌症類型的一群樣品、細胞、腫瘤、或癌症中HER3水平而言約O至小於約50%的範圍內。例如，用於獲得所述表達水平中值的群體可以是一般而言的卵巢癌樣品，或其亞組，諸如化療抗性卵巢癌、鉬抗性卵巢癌、以及晚期的、頑固性的或復發性的卵巢癌。本文中的實施例證明了如何能測定表達水平中值。這可構成表達絕對值。如此，參照本文中的圖17A和17B，以被認為以低水平表達HER3的鉬抗性卵巢癌患者的截留(cut off)可以是約2.8或更小(小於第60百分位);約2.41或更小(小於第55百分位)；約2.28或更小(小於第50百分位)；約1.88或更小(小於第45百分位)；約
1.71或更小(小於第40百分位)；約1.57或更小(小於第35百分位)；約1.4或更小(小於第30百分位);約1.19或更小(小於第25百分位);約0.99或更小(小於第20百分位);等。此類絕對值會在規定的測定條件下的測定法中量化，諸如本文中所公開的qRT-PCR，最優選實施例1中的qRT-PCR測定法。優選地，HER3表達水平小於第50百分位，最優選小於第30或第25百分位。`
[0255]本文中的表述「HER2:HER3」或「HER2對HER3」指樣品、細胞、腫瘤或癌症中HER2表達水平相對於HER3表達水平。此類表達水平可使用多種不同技術來量化，諸如本文中所公開的那些。雖然這可以以HER2表達對HER3表達的比來計算，但是本發明涵蓋以各種其它方式評估HER2和HER3水平，從而為本文中的療法選擇患者，包括但不限於使用決策樹(decision tree),其中，如果患者的HER2和/或HER3表達高於或低於某截留等,那麼選擇他們。本文中的短語「HER2:HER3」或「HER2對HER3」涵蓋用於比較HER2與HER3的此類各種其它手段。
[0256]「以大於一種癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3」的樣品、細胞、腫瘤或癌症指其中HER2表達相對於HER3表達的比不是該癌症類型的「低HER2:HER3水平」的樣品、細胞、腫瘤或癌症。優選地，此類水平會在相對於相同癌症類型的一群樣品、細胞、腫瘤、或癌症中HER2:HER3水平而言大於約25%至約100%的範圍內。例如，用於獲得所述表達水平的群體可以是一般而言的卵巢癌樣品，或其亞組，諸如化療抗性卵巢癌、鉬抗性卵巢癌、以及晚期的、頑固性的或復發性的卵巢癌。本文中的實施例證明了如何能測定百分位表達水平。在一個實施方案中，HER2:HER3水平構成表達絕對值。如此，參照本文中的圖29A和29B，以此水平表達HER2:HER3的鉬抗性卵巢癌患者的截留可以是約0.82或更大(大於第25百分位);約0.90或更大(大於第30百分位);約1.06或更大(大於第35百分位)；約1.13或更大(大於第40百分位)；約1.26或更大(大於第45百分位)；約1.53或更大(大於第50百分位);約1.70或更大(大於第55百分位);約1.86或更大(大於第60百分位)；約2.15或更大(大於第65百分位)；約2.49或更大(大於第70百分位)；約2.62或更大(大於第75百分位);約2.92或更大(大於第80百分位);等。此類絕對值會在規定的測定條件下的測定法中量化，諸如本文中所公開的qRT-PCR，最優選實施例1中的qRT-PCR測定法。在一個實施方案中，HER2:HER3水平大於第50百分位，優選大於第70百分位，最優選大於第75百分位。其癌症以本文所述水平表達HER2:HER3的患者可過表達或不過表達HER2。
[0257]「聚合酶鏈式反應」或「PCR」技術在用於本文時一般指其中如1987年7月28日公告的美國專利第4，683，195號中所記載的，擴增微量的核酸、RNA和/或DNA特定片段的流程。通常，需要獲知目的區域末端或以外的序列信息，從而可設計寡核苷酸引物；這些引物在序列上將與待擴增模板的相對鏈相同或相似。兩條引物的5』末端核苷酸可與所擴增物質的末端一致。PCR可用於從總基因組DNA和由總細胞RNA轉錄的cDNA、噬菌體或質粒序列等擴增特定RNA序列、特定DNA序列。一般參見Mullis等，Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.51:263 (1987) ; Erlich ed., PCR Technology, Stockton Press, NY, 1989。在用於本文時，PCR視為用於擴增核酸測試樣品的核酸聚合酶反應方法的一個但非唯一的例子，包括使用已知核酸(DNA或RNA)作為引物並利用核酸聚合酶來擴增或生成特定核酸片段，或者擴增或生成與特定核酸互補的特定核酸片段。
[0258]「定量實時聚合酶鏈式反應」或「qRT-PCR」指PCR的一種形式，其中在PCR反應的每個步驟測量PCR產物的量。這種技術已經記載於多份出版物，包括Cronin等，Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004) ;Ma 等，Cancer Cell.5:607-616(2004)。
[0259]術語「微陣列」指可雜交陣列元素，優選多核苷酸探針在基片上的有序排列。
[0260]術語「多核苷酸」在以單數或複數使用時一般指任何多聚核糖核苷酸或多聚脫氧核糖核苷酸，可以是未經修飾的RNA或DNA或者是經過修飾的RNA或DNA。如此，例如，本文中所定義的多核苷酸包括但不限於單鏈和雙鏈DNA、包含單鏈區和雙鏈區的DNA、單鏈和雙鏈RNA、及包含單鏈區和雙鏈區的RNA，包含DNA和RNA的雜合分子，它可以是單鏈的，或者更典型的是雙鏈的，或者 包含單鏈區和雙鏈區。另外，術語「多核苷酸」在用於本文時指包含RNA或DNA或RNA和DNA 二者的三鏈區。此類區中的鏈可來自相同分子或來自不同分子。所述區可包含一種或多種分子的整個，但是更典型的是只包含有些分子的一個區。三股螺旋區的分子之一常常是寡核苷酸。術語「多核苷酸」明確包括cDNA。該術語包括包含一種或多種經修飾鹼基的DNA (包括cDNA)和RNA。如此，主鏈為穩定性或其它原因而修飾的DNA或RNA也是「多核苷酸」該術語在本文中的意圖所在。此外，包含罕見鹼基諸如肌苷或經修飾鹼基諸如氚化鹼基的DNA或RNA也包括在本文中所定義的術語「多核苷酸」內。一般而言，術語「多核苷酸」涵蓋未修飾多核苷酸的所有化學、酶學和/或代謝修飾形式，以及病毒和細胞，包括簡單和複雜細胞的特徵性的DNA和RNA的化學形式。
[0261]術語「寡核苷酸」指相對較短的多核苷酸，包括但不限於單鏈脫氧核糖核苷酸、單鏈或雙鏈核糖核苷酸、RNAiDNA雜合物、及雙鏈DNA。寡核苷酸，諸如單鏈DNA探針寡核苷酸，常常通過化學方法來合成，例如使用商品化的自動化寡核苷酸合成儀。然而，寡核苷酸可通過多種其它方法來製備,包括體外重組DNA介導的技術和通過DNA在細胞和生物體中的表達。
[0262]短語「基因擴增」指通過它在特定細胞或細胞系中形成基因或基因片段的多個拷貝的過程。所複製區域(一段擴增的DNA)常常稱為「擴增子」。通常，所生成的信使RNA(mRNA)的量也按所表達特定基因生成的拷貝數的比例升高。
[0263]雜交反應的「嚴格性」可以由本領域普通技術人員容易地確定，而且通常根據探針長度、洗滌溫度和鹽濃度憑經驗計算。一般而言，較長的探針要求較高的溫度以正確退火，而較短的探針需要較低的溫度。雜交通常依賴於當互補鏈存在於小於其解鏈溫度的環境中時變性DNA重新退火的能力。探針與可雜交序列之間的期望同源性程度越高，可使用的相對溫度也越高。結果，可推出較高相對溫度將趨向於使反應條件更為嚴格，而較低溫度也就較不嚴格。關於雜交反應嚴格性的其它細節和解釋，參見Ausubel等，Current Protocolsin Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers,1995。
[0264]「嚴格條件」或「高嚴格性條件」，如本文中所定義的，通常:(1)採用低離子強度和高溫進行洗滌，例如0.015M氯化鈉/0.0015M檸檬酸鈉/0.1%十二烷基硫酸鈉，於50°C ;
(2)在雜交期間採用變性劑，諸如甲醯胺，例如50%(v/v)甲醯胺及0.1%牛血清清蛋白/0.l%Ficoll/0.1%聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸鈉緩衝液pH6.5及750mM氯化鈉，75mM檸檬酸鈉，於42 °C ;或(3)採用50%甲醯胺，5x SSC (0.75M NaCl, 0.075M檸檬酸鈉)，50mM磷酸鈉(pH6.8)，0.1%焦磷酸鈉，5x Denhardt氏溶液，超聲處理的鮭魚精DNA (50 μ g/ml), 0.1%SDS,和10%硫酸右旋糖苷，於42°C，及於42°C在0.2x SSC (氯化鈉/檸檬酸鈉)和50%甲醯胺中洗滌，接著於55°C在含EDTA的0.1x SSC中進行高嚴格性洗滌。
[0265]「中等嚴格條件」可以如 Sambrook 等，Molecular Cloning:A LaboratoryManual, New York, Cold Spring Harbor Press, 1989中所述來鑑定,包括使用比上文所述較不嚴格的洗滌溶液和雜交條件(例如溫度、離子強度和％SDS)。中等嚴格條件的例子是於37°C 在含 20% 甲醯胺，5x SSC(150mM NaCl, 15mM 檸檬酸三鈉)，50mM 磷酸鈉(pH7.6)，5xDenhardt氏溶液，10%硫酸右旋糖苷，和20mg/ml變性剪切的鮭魚精DNA的溶液中溫育過夜，接著於大約37-50°C在Ix SSC中洗滌濾膜。熟練技術人員將認識到如何在必要時調整溫度、離子強度等以適應諸如 探針長度等因素。
[0266]「天然序列」多肽指與衍生自自然界的多肽(例如HER受體或HER配體)具有相同胺基酸序列的多肽，包括天然存在的或等位變體。此類天然序列多肽可以從自然界分離，或者可通過重組或合成手段生成。如此，天然序列多肽可具有天然存在人多肽、鼠多肽、或來自任何其它哺乳動物類物種的多肽的胺基酸序列。
[0267]術語「抗體」在本文中以最廣義使用，明確覆蓋單克隆抗體、多克隆抗體、自至少兩種完整抗體形成的多特異性抗體(例如雙特異性抗體)、及抗體片段，只要它們展現出期望的生物學活性。
[0268]「分離的」抗體指已經鑑定且與/由其天然環境的一種成分分開和/或回收的抗體。其天然環境的汙染性成分指將會干擾該抗體的研究、診斷或治療用途的物質，可包括酶、激素、和其它蛋白質性質或非蛋白質性質的溶質。在一些實施方案中，將抗體純化至(I)根據例如Lowry法的測定,抗體重量超過95%,在一些實施方案中重量超過99%, (2)足以通過使用例如轉杯式測序儀獲得至少15個殘基的N-末端或內部胺基酸序列的程度，或(3)根據還原性或非還原性條件下的SDS-PAGE及使用例如考馬斯藍或銀染色，達到同質。既然抗體天然環境的至少一種成分不會存在，那麼分離的抗體包括重組細胞內的原位抗體。然而，分離的抗體通常將通過至少一個純化步驟來製備。[0269]「天然抗體」指通常由兩條相同的輕(L)鏈和兩條相同的重⑶鏈構成的約150，000道爾頓的異四聚體糖蛋白。每條輕鏈通過一個共價二硫鍵與重鏈連接，而二硫鍵的數目在不同免疫球蛋白同種型的重鏈間有變化。每條重鏈和輕鏈還具有間隔規律的鏈內二硫鍵。每條重鏈在一端具有一個可變域(Vh)，接著是多個恆定域。每條輕鏈在一端具有一個可變域(')，而另一端是一個恆定域。輕鏈的恆定域與重鏈的第一恆定域排列在一起，而輕鏈的可變域與重鏈的可變域排列在一起。認為特定的胺基酸殘基在輕鏈和重鏈可變域之間形成界面。
[0270]抗體「可變區」或「可變域」指抗體重鏈或輕鏈的氨基末端結構域。重鏈的可變域可稱作「VH」。輕鏈的可變域可稱作「VL」。這些域一般是抗體中最易變的部分，而且含有抗原結合位點。
[0271]術語「可變的」指可變域中的某些部分在抗體序列間差異廣泛且用於每種特定抗體對其特定抗原的結合和特異性的實情。然而，變異性並非均勻分布於抗體的整個可變域。它集中於輕鏈和重鏈可變域中稱作高變區(HVR)的三個區段。可變域中更加高度保守的部分稱作框架區(FR)。天然重鏈和輕鏈的可變域各自包含四個FR，它們大多採取β-摺疊片構象，通過形成環狀連接且在有些情況中形成β_摺疊片結構一部分的三個HVR連接。每條鏈中的HVR通過FR非常接近的保持在一起，並與另一條鏈的HVR —起促成抗體的抗原結合位點的形成(參見 Kabat 等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5 版，National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991)。恆定域不直接參與抗體與抗原的結合，但展現出多種效應物功能，諸如抗體依賴性細胞的細胞毒性(ADCC)中抗體的參與。
[0272]根據其恆定域胺基酸序列，來自任何脊椎動物物種的抗體(免疫球蛋白)的「輕鏈」可歸入兩種截然不同類型中的一種，稱作卡帕(K)和拉姆達(λ)。
[0273]根據其重鏈恆定域的胺基酸序列，抗體(免疫球蛋白)可歸入不同的類。免疫球蛋白有五大類:IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中有些可進一步分為亞類(同種型)，例如IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgAl和 IgA2。將與不同類的免疫球蛋白對應的重鏈恆定域分別稱作α、δ、ε、Υ和μ。不同類別免疫球蛋白的亞基結構和三維構造是眾所周知的，一般性描述於例如 Abbas 等，Cellular and Mol.1mmunology,第 4 版(W.B.Saunders, C0., 2000)。抗體可以是抗體與一種或多種其它蛋白質或肽共價或非共價關聯而形成的更大融合分子的一部分。
[0274]術語「全長抗體」和「完整抗體」在本文中可互換使用，指基本上完整形式的抗體而非如下文所定義的抗體片段。該術語具體指重鏈包含Fe區的抗體。
[0275]「裸抗體(裸露的抗體)」為本發明目的指未偶聯細胞毒性模塊或放射性標記物的抗體。
[0276]「抗體片段」包含完整抗體的一部分，優選包含其抗原結合區。抗體片段的例子包括Fab、Fab'、F(ab' )2和Fv片段；雙抗體(diabody);線性抗體；單鏈抗體分子；及由抗體片段形成的多特異性抗體。
[0277]用木瓜蛋白酶消化抗體產生兩個相同的抗原結合片段，稱為「Fab」片段，各自具有一個抗原結合位點，及一個剩餘的「Fe」片段，其名稱反映了它易於結晶的能力。胃蛋白酶處理產生一個F (ab' )2片段，它具有兩個抗原結合位點且仍能夠交聯抗原。[0278]「Fv」是包含完整抗原結合位點的最小抗體片段。在一個實施方案中，雙鏈Fv種類由緊密、非共價結合的一個重鏈可變域和一個輕鏈可變域的二聚體組成。在單鏈Fv(scFv)種類中，一個重鏈可變域和一個輕鏈可變域可以通過柔性肽接頭共價相連接，使得輕鏈和重鏈在與雙鏈Fv種類類似的「 二聚體」結構中相結合。正是在這種構造中，每個可變域的三個HVR相互作用而在Vh-' 二聚體表面上限定了一個抗原結合位點。六個HVR —起賦予抗體以抗原結合特異性。然而，即使是單個可變域(或是只包含對抗原特異性的三個HVR的半個Fv)也具有識別和結合抗原的能力，只是親和力小於完整結合位點。
[0279]Fab片段包含重鏈可變域和輕鏈可變域，而且還包含輕鏈的恆定域和重鏈的第一恆定域(CHI)。Fab'片段與Fab片段的不同之處在於重鏈CHl結構域的羧基末端增加了少數殘基，包括來自抗體鉸鏈區的一個或多個半胱氨酸。Fab' -SH是本文中對其中恆定域半胱氨酸殘基攜帶游離硫醇基的Fab'的稱謂。F(ab' ) 2抗體片段最初是作為在成對Fab'片段之間有鉸鏈半胱氨酸的成對Fab'片段生成的。還知道抗體片段的其它化學偶聯形式。
[0280]「單鏈Fv」或「scFv」抗體片段包含抗體的Vh和\結構域，其中這些結構域存在於一條多肽鏈上。一般而言，scFv多肽在Vh與'結構域之間進一步包含多肽接頭，其使得scFv能夠形成結合抗原的期望結構。關於scFv的綜述參見例如Pliickthun,於《The Pharmacology of Monoclonal Antibodies》，第 113 卷，Rosenburg 和 Moore 編，Springer-Verlag, New York, 1994,第269-315頁。本文中的scFv片段明確包括「小分子免疫藥物」(SMIP)，諸如指派給 Trubion 的 US2005/0180970A1 和 US2005/0186216A1 中所披露的。
[0281]術語「雙抗體」指具有兩個抗原結合位點的小型抗體片段，該片段在同一條多肽鏈(Vh-VJ中包含相連的重鏈可變域(Vh)和輕鏈可變域(')。通過使用過短的接頭使得同一條鏈上的兩個結構域之間不能配對，迫使這些結構域與另一條鏈的互補結構域配對，從而產生兩個抗原結合位點。雙抗體可以是二價的或雙特異性的。雙抗體更完整的記載於例如EP404，097;W01993/01161;Hudson 等,Nat.Med.9:129-134 (2003);及 Hollinger 等,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:64`44-6448 (1993)。三抗體(Triabody)和四抗體(tetrabody)也記載於 Hudson 等，Nat.Med.9:129-134 (2003)。
[0282]術語「單克隆抗體」在用於本文時指從一群基本上同質的抗體獲得的抗體，即構成群體的各個抗體相同，除了可能以極小量存在的可能的突變，例如天然存在的突變。如此，修飾語「單克隆」表明抗體不是分立的抗體的混合物的特徵。在某些實施方案中，此類單克隆抗體典型的包括包含結合靶物的多肽序列的抗體，其中靶物結合多肽序列是通過包括從眾多多肽序列中選擇單一靶物結合多肽序列在內的過程得到的。例如，選擇過程可以是從眾多克隆諸如雜交瘤克隆、噬菌體克隆或重組DNA克隆的集合中選擇獨特克隆。應當理解，所選擇的靶物結合序列可進一步改變，例如為了提高對靶物的親和力、將靶物結合序列人源化、提高其在細胞培養物中的產量、降低其在體內的免疫原性、創建多特異性抗體等，而且包含改變後的靶物結合序列的抗體也是本發明的單克隆抗體。與典型的包含針對不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體製備物不同，單克隆抗體製備物的每個單克隆抗體針對抗原上的單一決定簇。在它們的特異性外，單克隆抗體製備物的優勢在於它們通常未受到其它免疫球蛋白的汙染。
[0283]修飾語「單克隆」表明抗體從基本上同質的抗體群獲得的特徵，不應解釋為要求通過任何特定方法來生產抗體。例如，將依照本發明使用的單克隆抗體可通過多種技術來生成，包括例如雜交瘤法(例如Kohler和Milstein, Nature, 256:495-97(1975);Hongo 等,Hybridoma, 14(3):253-260(1995), Harlow 等,Antibodies:A LaboratoryManual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press,第 2 版 1988) ;Hammerling 等,於:Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas563-681(Elsevier, N.Y., 1981)) >重組DNA法(參見例如美國專利N0.4，816，567)、噬菌體展示技術(參見例如Clackson等，Nature 352:624-628(1991);Marks 等，J.Mol.Biol.222:581-597(1992);Sidhu等,J.Mol.Biol.338 (2): 299-310 (2004) ; Lee 等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004);Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA 101 (34):12467-12472 (2004);Lee 等，J.1mmunol.Methods284 (1-2):119-132 (2004))、及用於在具有部分或整個人免疫球蛋白基因座或編碼人免疫球蛋白序列的基因的動物中生成人或人樣抗體的技術(參見例如WO1998/24893; WO 1996/34096; WO 1996/33735; WO 1991/10741; Jakobovits 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:2551 (1993);Jakobovits 等,Nature 362:255-258(1993);Bruggemann等，Year in Immun0.7:33(1993);美國專利 N0.5，545，807; 5，545，806; 5，569，825; 5，625，126; 5，633，425;和 5，661，016; Marks 等，Bio/Technology 10:779-783 (1992) ; Lonberg等，Nature368:856-859 (1994);Morrison, Nature 368:812-813(1994);FishwiId等，Nature Biotechnol.14:845-851(1996);Neuberger, Nature Biotechnol.14:826 (1996);Lonberg和Huszar, Intern.Rev.Tmmunol.13:65-93(1995))。
[0284]單克隆抗體在本文中明確包括「嵌合」抗體，其中重鏈和/或輕鏈的一部分與衍生自特定物種或屬於特定·抗體類別或亞類的抗體中的相應序列相同或同源，而鏈的剩餘部分與衍生自另一物種或屬於另一抗體類別或亞類的抗體中的相應序列相同或同源，以及此類抗體的片段，只要它們展現出期望的生物學活性(參見例如美國專利N0.4，816，567;Morrison 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA81:6851-6855 (1984))。嵌合抗體包括「靈長類化」抗體，其中抗體的抗原結合區衍生自通過例如用感興趣抗原免疫獼猴而生成的抗體。
[0285]非人(例如鼠)抗體的「人源化」形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋白的序列的嵌合抗體。在一個實施方案中，人源化抗體指人免疫球蛋白(受體抗體)中的HVR殘基用具有期望特異性、親和力和/或能力的非人物種(供體抗體)諸如小鼠、大鼠、兔或非人靈長類動物的HVR殘基替換的免疫球蛋白。在有些情況中，將人免疫球蛋白的FR殘基用相應的非人殘基替換。此外，人源化抗體可包含在受體抗體或供體抗體中沒有找到的殘基。可以進行這些修飾以進一步改進抗體的性能。一般而言，人源化抗體將包含至少一個、通常兩個基本上整個如下可變域，其中所有或基本上所有高變環對應於非人免疫球蛋白的高變環，且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗體任選還將包含至少部分免疫球蛋白恆定區(Fe)，通常是人免疫球蛋白的恆定區。更多細節參見例如Jones等，Nature321:522-525 (1986);Riechmann 等,Nature 332:323-329 (1988);和 Presta, Curr.0p.Struct.Biol.2:593-596 (1992)。還可參見例如 Vaswani 和 Hamilton, Ann.AIlergy，Asthma&Immunol.1:105-115 (1998) ;Harris, Biochem.Soc.Transactions23:1035-1038 (1995) ; Hurle 和 Gross, Curr.0p.Biotech.5:428-433 (1994);及美國專利N0.6，982，321 和 7，087，409。[0286]人源化HER2 抗體包括 huMAb4D5-l、huMAb4D5-2、huMAb4D5-3、huMAb4D5-4、
huMAb4D5-5、huMAb4D5-6、huMAb4D5-7 和 huMAb4D5-8 或 trastuzumab (HERCEPTIN?),
如美國專利第5，821，337號表3中所記載的，明確收入本文作為參考；人源化520C9(W093/21319);及人源化2C4抗體,諸如pertuzamab,如本文所述。
[0287]為了本發明的目的，「 trastuzumab 」、"HERCEPTIN?"和 「huMAb4D5-8 」 指包含
分別在SEQ ID N0.15和16中示出的輕鏈和重鏈胺基酸序列的抗體。
[0288]在本文中，「Pertuzumab」和「0MNITARG?」指包含分別在SEQ ID N0.13和14中示出的輕鏈和重鏈胺基酸序列的抗體。
[0289]trastuzumab與Pertuzumab之間的功能差異不於圖6。
[0290]「人抗體」指擁有與由人生成的抗體的胺基酸序列對應的胺基酸序列和/或使用本文所公開的用於生成人抗體的任何技術生成的抗體。人抗體的這種定義明確排除包含非人抗原結合殘基的人源化抗體。人抗體可使用本領域已知的多種技術來生成，包括曬菌體展不文庫(Hoogenboom 和 Winter, J.Mol.Biol.227:381 (1991) ;Marks 等,J.Mol.Biol.222:581 (1991))。還可用於製備人單克隆抗體的是以下文獻中記載的方法=Cole等,Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R.Liss, p.77 (1985);Boerner等，J.1mmunol.147 (I): 86-95 (1991)。還可參見 van Dijk 和 van de ffinkel, Curr.0pin.Pharmacol., 5:368-74(2001)。可通過給已經修飾以應答抗原性刺激而生成人抗體但其內源基因組已經失能的轉基因動物例如經過免疫的異種小鼠(xenomice)施用抗原來製備人抗體(參見例如6，075，181和6，150，584，關於XEN0M0USE?技術)。還可參見例如Li等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 103:3557-3562 (2006)，關於經人 B-細胞雜交瘤技術生成的人抗體。
[0291]「框架」或「FR」殘基指可變域中那些除此處定義的HVR殘基以外的殘基。
[0292]術語「依照Kabat的可變域殘基編號方式」或「依照Kabat的胺基酸位置編號方式」及其變化形式指Kabat等，見上文中的用於抗體重鏈可變域或輕鏈可變域編輯的編號系統。使用此編號系統，實際的線性胺基酸序列可包含較少或另外的胺基酸，對應於可變域FR或HVR的縮短或插入。例如，重鏈可變域可包含H2殘基52後的單一胺基酸插入(依照Kabat為殘基52a)及重鏈FR殘基82後的插入殘基(例如依照Kabat為殘基82a、82b和82c等)。給定抗體的Kabat殘基編號方式可通過將抗體序列與「標準」Kabat編號序列對比同源區來確定。
[0293]貫穿本說明書和權利要求書，Kabat編號系統一般在提及可變域中的殘基(大約是輕鏈殘基1-107和重鏈殘基1-113)時使用(例如Kabat等，Sequences ofImmunological Interest.5th Ed.Public Health Service, National Institutes ofHealth，Bethesda，Md.(1991))。
[0294]「EU編號系統」或「EU索引」 一般在提及免疫球蛋白重鏈恆定區中的殘基時使用(例如 Kabat 等，Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed.PublicHealth Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD(1991)中報導的 EU 索弓丨，明確收入本文作為參考)。除非本文中另有說明，提及抗體可變域中的殘基編號指根據Kabat編號系統的殘基編號方式。除非本文中另有說明，提及抗體恆定域中的殘基編號指根據EU編號系統的殘基編號方式(例如參見美國臨時申請N0.60/640，323，EU編號方式的圖)。
[0295]「親和力成熟的」抗體指在抗體的一個或多個HVR中具有一處或多處改變、導致該抗體對抗原的親和力與沒有這些改變的親本抗體相比有所改進的抗體。在一個實施方案，親和力成熟的抗體具有納摩爾或甚至皮摩爾量級的對靶抗原的親和力。親和力成熟的抗體可使用本領域已知的某些規程來生成。例如Marks等，Bio/Technology 10:779-783 (1992)記載了通過VH和VL結構域改組進行的親和力成熟。以下文獻記載了 HVR和/或框架殘基的隨機誘變:例如 Barbas 等,Proc.Nat.Acad.Sc1.USA91:3809-3813 (1994) ; Schier等，Genel69:147-155 (1995) ; Yelton 等，J.1mmunol.155:1994-2004 (1995) ; Jackson 等，J.1mmunol.154(7):3310-9(1995);Hawkins 等，J.Mol.Biol.226:889-896(1992)。
[0296]抗體「效應器功能」指那些可歸於抗體Fe區(天然序列Fe區或胺基酸序列變體Fe區)且隨抗體同種型而變化的生物學活性。抗體效應器功能的例子包括:Clq結合和補體依賴性細胞毒性(CDC) ;Fc受體結合；抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC);吞噬作用；細胞表面受體(例如B細胞受體)下調；和B細胞活化。
[0297]術語「Fe區」在本文中用於定義免疫球蛋白重鏈的C末端區，包括天然序列Fe區和變體Fe區。雖然免疫球蛋白重鏈Fe區的邊界可能變化，但是人IgG重鏈Fe區通常定義為從其Cys226或Pro230位置的胺基酸殘基至C末端的區段。Fe區的C末端賴氨酸(殘基447，根據EU編號系統)可以消除，例如在生產或純化抗體的過程中，或者通過對編碼抗體重鏈的核酸進行重組工程。因此，完整抗體組合物可包括消除了所有K447殘基的抗體群體、沒有消除K447殘基的抗體群體、或者混合了有和沒有K447殘基的抗體的抗體群體。
[0298]除非另有說明，本文中免疫球蛋白重鏈中殘基的編號是如Kabat等，見上文中的EU索引的編號。「如Kabat中的EU索引」指人IgGlEU抗體的殘基編號。
[0299]「功能性Fe區」擁有天然序列Fe區的「效應器功能」。例示性的「效應器功能」包括Clq結合、⑶C、Fc受體結合、AD`CC、吞噬作用、細胞表面受體(例如B細胞受體；BCR)下調等。此類效應器功能通常要求Fe區與結合域(例如抗體可變域)聯合，而且可使用多種已公開的(例如在本文中的定義中)測定法來評估。
[0300]「天然序列Fe區」包含與自然界中找到的Fe區的胺基酸序列相同的胺基酸序列。天然序列人Fe區包括天然序列人IgGlFc區(非A和A同種異型)、天然序列人IgG2Fc區、天然序列人IgG3Fc區、及天然序列人IgG4Fc區,及其天然存在變體。
[0301]「變異Fe區」包含由於至少一處胺基酸修飾，優選一處或多處胺基酸替代而與天然序列Fe區有所不同的胺基酸序列。優選的是，變異Fe區具有與天然序列Fe區相比或與親本多肽的Fe區相比至少一處胺基酸替代，例如在天然序列Fe區中或在親本多肽的Fe區中具有約I處至約10處胺基酸替代，優選約I處至約5處胺基酸替代。變異Fe區在本文中將優選與天然序列Fe區和/或親本多肽的Fe區擁有至少約80%的同源性，更優選至少約90%的同源性,最優選至少約95%的同源性。
[0302]「Fe受體」和「FcR」描述結合抗體Fe區的受體。在一些實施方案中，FcR是天然人FcR。在一些實施方案中，FcR是結合IgG抗體的FcR ( Y受體)，包括FcyR1、FcyRII和FcyRIII亞類的受體，包括那些受體的等位變體和可變剪接形式。FcyRII受體包括Fe Y RIIA (「活化受體」)和Fe Y RIIB (「抑制受體」)，它們具有相似的胺基酸序列，區別主要在其胞質結構域中。活化受體Fe Y RIIA在其胞質結構域中包含免疫受體基於酪氨酸的活化基序(ITAM)。抑制受體Fe Y RIIB在其胞質結構域中包含免疫受體基於酪氨酸的抑制基序(ITIM)(參見例如DaSron，Annu.Rev.1mmunol.15:203-234(1997))。FcR 的綜述參見例如 Ravetch 和 Kinet, Annu.Rev.1mmunol.9:457-492 (1991) ; Capel等,Immunomethods4:25-34 (1994) ; de Haas 等,J.Lab.Clin.Med.126:330-41 (1995)。術語「FcR」在本文中涵蓋其它FcR，包括那些未來將會鑑定的。
[0303]術語「Fe受體」或「FcR」還包括新生兒受體，FcRn，它負責將母體IgG轉移給胎兒(Guyer 等,J.1mmunol.117:587 (1976)和 Kim 等,J.1mmunol.24:249 (1994))和調節免疫球蛋白的動態平衡。測量對FcRn的結合的方法是已知的(參見例如Ghetie和Ward, ImmunolTodayl8 (12):592-598(1997);Ghetie 等，Nature Biotechnology, 15(7):637-640(1997);Hinton 等，J.Biol.Chem 279 (8):6213-6216(2004);及 W02004/92219(Hinton 等))。
[0304]可測定人FcRn高親和力結合多肽與人FcRn的體內結合和血清半衰期，例如在表達人FcRn的轉基因小鼠或經轉染的人細胞系中，或者在施用了具有變異Fe區的多肽的靈長類動物中。W02000/42072 (Presta)記載了對FcR的結合得到改良或消除的抗體變體。還可參見例如 Shields 等 J.Biol.Chem.9 (2):6591-6604(2001)。
·[0305]「人效應細胞」指表達一種或多種FcR並行使效應器功能的白細胞。在某些實施方案中，該細胞至少表達Fe YRIII並行使ADCC效應器功能。介導ADCC的人白細胞的例子包括外周血單個核細胞(PBMC)、天然殺傷(NK)細胞、單核細胞、細胞毒性T細胞和嗜中性粒細胞。效應細胞可以從其天然來源分離，例如血液。
[0306]「抗體依賴性細胞介導的細胞毒性」或「ADCC」指其中結合到某些細胞毒性細胞(例如NK細胞、嗜中性細胞和巨噬細胞)上存在的Fe受體(FcR)上的分泌型Ig使得這些細胞毒性效應細胞能夠特異性結合攜帶抗原的靶細胞，隨後用細胞毒素殺死靶細胞的細胞毒性形式。介導ADCC的主要細胞即NK細胞只表達Fe Y RIII，而單核細胞表達Fe y R1、Fc y RII
Fe Y RII1 Ravetch 和 Kinet, Annu.Rev.1mmunol.9:457-92 (1991)第 464 頁表 3 總結了造血細胞上的FcR表達。為了評估感興趣分子的ADCC活性，可進行體外ADCC測定法，諸如美國專利N0.5，500，362或5，821，337或美國專利N0.6，737，056 (Presta)中所記載的。可用於此類測定法的效應細胞包括PBMC和NK細胞。或者/另外，可在體內評估感興趣分子的ADCC活性，例如在動物模型中，諸如Clynes等，PNAS (USA) 95:652-656 (1998)中所披露的。
[0307]「補體依賴性細胞毒性」或「CDC」指存在補體時對靶細胞的溶解。經典補體途徑的激活是由補體系統第一組分(Clq)結合抗體(適宜亞類的)起始的，該抗體已結合至其關聯抗原。為了評估補體激活，可進行⑶C測定法,例如如Gazzano-Santoro等，J.1mmunol.Methods202:163 (1996)中所記載的。具有更改的Fe區胺基酸序列(具有變異Fe區的多肽)及提高或降低的Clq結合能力的多肽變體記載於例如美國專利N0.6，194，551B1和WO1999/51642。還可參見例如 Idusogie 等，J.1mmunol.164:4178-4184(2000)。
[0308]「含Fe區抗體」指包含Fe區的抗體。Fe區的C-末端賴氨酸(依照EU編號系統的殘基447)可以消除，例如在純化抗體的過程中或者通過重組改造編碼抗體的核酸。因此，依照本發明包含具有Fe區的抗體的組合物可包含具有K447的多肽、消除了所有K447的多肽、或具有與沒有K447殘基的抗體的混合物。[0309]術語「主要種類抗體」在本文中指組合物中作為數量上主要抗體分子的抗體結構。在一個實施方案中，主要種類抗體是HER2抗體，諸如結合HER2的結構域II的抗體、比Trastuzumab更有效的抑制HER 二聚化的抗體、和/或結合HER2的異二聚體結合位點的抗體。本文中主要種類抗體的優選實施方案是包含SEQ ID N0.3和4中的輕鏈和重鏈可變區胺基酸序列，最優選包含SEQID N0.13和14中的輕鏈和重鏈胺基酸序列的抗體(Pertuzumab)。
[0310]「胺基酸序列變體」抗體在本文中指具有與主要種類抗體不同的胺基酸序列的抗體。通常，胺基酸序列變體將與主要種類抗體具有至少約70%的同源性，而且優選的是，它們將是與主要種類抗體至少約80%，更優選至少約90%同源。胺基酸序列變體在主要種類抗體胺基酸序列內部或鄰近的某些位置具有替代、刪除和/或添加。本文中胺基酸序列變體的例子包括酸性變體(例如脫醯胺抗體變體)、鹼性變體、在其一條或兩條輕鏈上具有氨基末端前導延伸(例如VHS-)的抗體、在其一條或兩條重鏈上具有C-末端賴氨酸殘基的抗體、等，且包括重鏈和/或輕鏈胺基酸序列變異的組合。本文中特別感興趣的抗體變體是在其一條或兩條輕鏈上包含氨基末端前導延伸的抗體，任選相對於主要種類抗體還包含其它胺基酸序列和/或糖基化差異。
[0311]「糖基化變體」抗體在本文中指附著有一種或多種碳水化合物模塊且所述碳水化合物與附著於主要種類抗體的一種或多種碳水化合物模塊不同的抗體。本文中糖基化變體的例子包括其Fe區附著有Gl或G2寡糖結構代替GO寡糖結構的抗體、其一條或兩條輕鏈附著有一種或兩種碳水化合物模塊的抗體、其一條或兩條重鏈沒有附著碳水化合物模塊的抗體、等，及糖基化改變的組合。
[0312]若抗體具有Fe區，則抗體的一條或兩條重鏈，例如殘基299處(298，Eu殘基編號)可附著有寡糖結構。對於Pertuzumab,GO是主要的寡糖結構,而在Pertuzumab組合物中找到的其它寡糖結構諸如GO-F、G-1、Man5、Man6、Gl-1、Gl (1-6)、Gl (1-3)和G2的量較少。
[0313]除非另有說明，「61寡糖結構」在本文中包括61、61-1、61(1_6)和Gl (1-3)結構。
[0314]「氨基末端前導延伸」在本文中指在抗體的任何一條或多條重鏈或輕鏈的氨基末端存在的氨基末端前導序列的一個或多個胺基酸殘基。例示性的氨基末端前導延伸包含三個胺基酸殘基，VHS或由其組成，它們存在於抗體變體的一條或所有兩條輕鏈上。
[0315]「脫醯胺」抗體指其中一個或多個天冬醯胺殘基衍生成例如天冬氨酸、琥珀醯亞胺或異天冬氨酸的抗體。
[0316]術語「癌症」和「癌性」指向或描述哺乳動物中特徵通常為細胞生長不受調控的生理疾患。本文中的「癌症類型」指癌症的一個特定類別或適應症。此類癌症類型的例子包括但不限於癌、淋巴瘤、母細胞瘤(包括髓母細胞瘤和視網膜母細胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜細胞肉瘤)、神經內分泌腫瘤(包括類癌瘤、胃泌素瘤和胰島細胞癌)、間皮瘤、施旺氏細胞瘤(包括聽神經瘤)、腦膜瘤、腺癌、黑素瘤、和白血病或淋巴樣惡性腫瘤。此類癌症的更具體例子包括鱗狀細胞癌(例如上皮鱗狀細胞癌)、肺癌包括小細胞肺癌(SCLC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、肺的腺癌和肺的鱗癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌(gastric or stomachcancer)包括胃腸癌、胰腺癌、成膠質細胞瘤、宮頸癌、卵巢癌、肝癌(liver cancer, hepaticcarcinoma)、膀胱癌、肝瘤( hepatoma)、乳腺癌(包括轉移性乳腺癌)、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮內膜癌或子宮癌、唾液腺癌、腎癌(kidney or renal cancer)、前列腺癌、夕卜陰癌、甲狀腺癌、肛門癌、陰莖癌、睪丸癌、食道癌、膽管腫瘤、及頭和頸癌，以及任何此類癌症的亞類，包括但不限於其化療抗性的、鉬抗性的、晚期的、頑固性的、和/或復發性的類型。
[0317]「能夠響應HER抑制劑的癌症類型」指依照熟練腫瘤學家知道的治療任何有效性標準，包括本文中詳述的那些，特別是在存活方面，包括無進展存活(PFS)和/或總體存活
(OS)，在用HER抑制劑(諸如HER2抗體或小分子抑制劑)治療時在患者中顯示出治療有效益處的癌症類型。優選地，此類癌症選自卵巢癌、腹膜癌、輸卵管癌、轉移性乳腺癌(MBC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、和結腸直腸癌。最優選地，所述癌症是卵巢癌、腹膜癌、或輸卵管癌，包括此類癌症的鉬抗性形式，以及晚期的、頑固性的或復發性的卵巢癌。
[0318]「能夠響應HER 二聚化抑制劑的癌症類型」指依照熟練腫瘤學家知道的治療任何有效性標準，包括本文中詳述的那些，特別是在存活方面，包括無進展存活(PFS)和/或總體存活(OS)，在用HER 二聚化抑制劑(諸如Pertuzumab)治療時在患者中顯示出治療有效益處的癌症類型。優選地，此類癌症選自卵巢癌、腹膜癌、輸卵管癌、轉移性乳腺癌(MBC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、和結腸直腸癌。最優選地，所述癌症是卵巢癌、腹膜癌、或輸卵管癌，包括此類癌症的鉬抗性形式，以及晚期的、頑固性的或復發性的卵巢癌。
[0319]「有效響應」和類似用語指比來自不以期望水平表達HER3的患者的響應顯著高於對HER 二聚化抑制劑、HER抑制劑或化療劑的響應。
[0320]「晚期」(advanced)癌症指通過局部侵入或轉移而擴散到最初的部位或器官之外
的癌症。
[0321]「頑固性」或「不應性」(refractory)癌症指即使對患者施用抗腫瘤劑，諸如化療齊U，仍然發生進展的癌症。頑固性癌症的一個例子是鉬抗性癌症。
[0322]「復發性」(recurrent)癌症指在對初始治療的響應之後，在初始部位或遠端部位再次生長的癌症。
[0323]在本文中，「患者」指人患者。所述患者可以是「癌症患者」，即患有或有風險患上癌症的一種或多種症狀的患者。
[0324]「腫瘤樣品」在本文中指衍生自患者腫瘤或包含來自患者腫瘤的腫瘤細胞的樣品。腫瘤樣品的例子在本文中包括但不限於腫瘤活檢、循環中的腫瘤細胞、循環中的血漿蛋白質、腹水、衍生自腫瘤或展現出腫瘤樣特性的原代細胞培養物或細胞系，以及保存的腫瘤樣品，諸如福馬林固定的、石蠟包埋的腫瘤樣品或冷凍的腫瘤樣品。
[0325]「固定的」腫瘤樣品指已經使用固定劑以組織學方法保存的腫瘤樣品。
[0326]「福馬林固定的」腫瘤樣品指已經使用甲醛作為固定劑保存的腫瘤樣品。
[0327]「包埋的」腫瘤樣品指用堅固的且通常是硬的介質諸如石蠟、蠟、火棉或樹脂包圍的腫瘤樣品。包埋使得有可能切出薄片供顯微鏡檢查或生成組織微陣列(TMA)。
[0328]「石蠟包埋的」腫瘤樣品指用衍生自石油的固體碳氫化合物的純化混合物包圍的腫瘤樣品。`
[0329]在本文中，「冷凍的」腫瘤樣品指冷凍的或冷凍過的腫瘤樣品。
[0330]「展示出HER表達、擴增或活化」的癌或生物學樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)HER受體，具有擴增的HER基因，和/或以其它方式展現出HER受體活化或磷酸化的癌或生物學樣品。
[0331]「HER受體過表達或擴增」的癌細胞指與同一組織類型的非癌細胞相比，具有顯著更高水平的HER受體蛋白質或基因的癌細胞。此類過表達可以是由基因擴增或者轉錄或翻譯增加引起的。可在診斷或預後測定法中通過評估細胞表面上存在的HER蛋白質水平的升高(例如通過免疫組化測定法；IHC)來測定HER受體的過表達或擴增。或者/另外，可測量細胞中編碼HER的核酸的水平，例如通過螢光原位雜交(FISH;參見1998年10月公布的W098/45479)、Southern印跡或聚合酶鏈式反應(PCR)技術，諸如定量實時PCR(qRT-PCR)。還可通過測量生物學流體諸如血清中的脫落抗原(例如HER胞外結構域)來研究HER受體過表達或擴增(參見例如1990年6月12日公告的美國專利第4，933，294號；1991年4月18日公布的WO 91/05264; 1995年3月28日公告的美國專利第5，401，638號;Sias等，J.1mmunol.Methods 132:73-80 (1990))。在上述測定法之外，熟練從業人員還可利用多種體內測定法。例如，可將患者體內細胞暴露於任選用可檢測標記物例如放射性同位素標記的抗體，並且可評估該抗體與患者體內細胞的結合，例如通過外部掃描放射性或通過分析取自事先已暴露於所述抗體的患者的活檢樣品進行檢測。
[0332]相反，「HER受體不過表達或擴增」的癌症指與同一組織類型的非癌細胞相比，沒有高於正常水平的HER受體蛋白質或基因的癌症。抑制HER 二聚化的抗體，諸如Pertuzumab，可用於治療不過表達或擴增HER2受體的癌症。
[0333]在本文中，「抗腫瘤劑」指用於治療癌症的藥物。本文中的抗腫瘤劑的非限制性例子包括化療劑、HER抑制劑、HER 二聚化抑制劑、HER抗體、針對腫瘤相關抗原的抗體、抗激素化合物、細胞因子、EGFR靶向藥物、抗血管發生劑、酪氨酸激酶抑制劑、生長抑制劑和生長抑制性抗體、細胞毒劑、誘發凋亡的抗體、COX抑制劑、法尼基轉移酶抑制劑、結合癌胚蛋白CA125的抗體、HER2疫苗、Raf或ras抑制劑、多柔比星脂質體、託泊替康、紫杉烷(taxane)、雙重酪氨酸激酶抑制劑、TLK286、EMD-7200、Pertuzumab、trastuzumab、erlotinib、和bevacizumab。
[0334]「已批准的抗腫瘤劑」指已經得到管理機構諸如食品和藥品管理局(Food and DrugAdministration, FDA)或其相當的外國機構的上市批准,用於治療癌症的藥物。
[0335]若HER抑制劑或HE R 二聚化抑制劑作為「單一抗腫瘤劑」施用，則它是唯一施用來治療癌症的抗腫瘤劑，即它不與另一抗腫瘤劑諸如化療聯合施用。
[0336]「標準治療」(standard of care)在本文中意指常規用來治療特定形式的癌症的一種或多種抗腫瘤劑。例如，對於鉬抗性卵巢癌，標準治療是託泊替康或多柔比星脂質體。
[0337]「生長抑制劑」在用於本文時指在體外或在體內抑制細胞，尤其是表達HER的癌細胞生長的化合物或組合物。如此，生長抑制劑可以是顯著降低處於S期的表達HER的細胞百分比的藥劑。生長抑制劑的例子包括阻斷細胞周期行進(處於S期以外的位置)的藥劑，諸如誘導Gl停滯和M期停滯的藥劑。經典的M期阻斷劑包括長春藥類(vincas)(長春新鹼(vincristine)和長春鹼(vinblastine))、紫杉燒類(taxanes)、和拓撲異構酶II抑制劑諸如多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、柔紅黴素(daunorubicin)、依託泊苷(etoposide)和博來黴素(bleomycin)。那些阻滯Gl的藥劑也溢出進入S期停滯,例如DNA燒化劑類諸如他莫昔芬(tamoxifen)、潑尼松(prednisone)、達卡巴嗪(dacarbazine)、雙氯乙基甲胺(mechlorethamine)、順鉬(cisplatin)、甲氨喋呤(methotrexate)、5-氟尿卩密唳(5-fIuorouracil)和 ara_C。更多信息可參見 The Molecular Basis ofCancer, Mendelsohn 和 Israel 編，章 1，題為 「Cell cycle regulation, oncogenes, andantineoplastic drugs，，，Murakami 等，WB Saunders, Philadelphia, 1995,尤其是第 13 頁。
[0338]「生長抑制性」抗體的例子是那些結合HER2並抑制過表達HER2的癌細胞生長的抗體。優選的生長抑制性HER2抗體在約0.5-30 μ g/ml的抗體濃度對細胞培養物中SK-BR-3乳腺腫瘤細胞的生長抑制超過20%，優選超過50% (例如約50%至約100%)，其中生長抑制是在SK-BR-3細胞暴露於抗體後6天測定的(參見1997年10月14日公告的美國專利第5，677，171號)。該專利及下文中更詳細的描述了 SK-BR-3細胞生長抑制測定法。優選的生長抑制性抗體是鼠單克隆抗體4D5的人源化變體,例如trastuzumab。
[0339]「誘導凋亡」的抗體指根據膜聯蛋白V結合、DNA斷裂、細胞收縮、內質網膨脹、細胞破裂、和/或膜囊(稱作凋亡小體)形成的測定，誘導程序性細胞死亡的抗體。所述細胞通常是過表達HER2受體的細胞。優選的是，所述細胞是腫瘤細胞，例如乳房、卵巢、胃、子宮內膜、唾液腺、肺、腎、結腸、甲狀腺、胰或膀胱腫瘤細胞。在體外，所述細胞可以是SK-BR-3、BT474、Calu3細胞、MDA-MB_453、MDA-MB_361或SK0V3細胞。有多種方法可用於評估與凋亡有關的細胞事件。例如，可通過膜聯蛋白結合來測量磷脂醯絲氨酸(PS)易位；可通過DNA梯化(laddering)來評估DNA斷裂；及可通過亞二倍體細胞的任何增加來評估伴隨著DNA斷裂的核/染色質濃縮。優選的是，誘導凋亡的抗體是在使用BT474細胞的膜聯蛋白結合測定法(見下文)中導致對膜聯蛋白的結合相對於未處理細胞誘導約2至50倍，優選約5至50倍，最優選約10至50倍的抗體。誘導凋亡的HER2抗體的例子有7C2和7F3。
·[0340]「表位2C4」指HER2的胞外結構域中抗體2C4所結合的區域。為了篩選結合2C4表位的抗體，可進行常規的交叉阻斷測定法，諸如Antibodies, A Laboratory Manual, ColdSpring Harbor Laboratory, Ed Harlow 和 David Lane, 1988 中所記載的。優選的是，所述抗體將2C4對HER2的結合阻斷約50%或更多。或者，可進行表位作圖以評估抗體是否結合HER2的2C4表位。表位2C4包含來自HER2胞外結構域中結構域II的殘基。2C4和Pertuzumab在結構域1、II和III的連接處結合HER2的胞外結構域。Franklin等，CancerCell5:317-328(2004)。
[0341]「表位 4D5」指 HER2 的胞外結構域中抗體 4D5 (ATCC CRL10463)和 trastuzumab 所結合的區域。此表位接近HER2的跨膜結構域，且在HER2的結構域IV內。為了篩選結合4D5表位的抗體，可進行常規的交叉阻斷測定法，諸如Antibodies, A Laboratory Manual, ColdSpring Harbor Laboratory, Ed Harlow 和 David Lane, 1988 中所記載的。或者，可進行表位作圖以評估抗體是否結合HER2的4D5表位(例如HER2ECD的大約第529位殘基至大約第625位殘基區域(含兩端點)內的任何一個或多個殘基，殘基編號包括信號肽)。
[0342]「表位7C2/7F3」指HER2的胞外結構域的結構域I內N末端處7C2和/或7F3抗體(各自保藏於ATCC，見下文)所結合的區域。為了篩選結合7C2/7F3表位的抗體，可進行常規的交叉阻斷測定法，諸如 Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring HarborLaboratory, Ed Harlow和David Lane, 1988中所記載的。或者,可進行表位作圖以確定抗體是否結合HER2上的7C2/7F3表位(例如HER2E⑶的大約第22位殘基至大約第53位殘基區域內的任何一個或多個殘基，殘基編號包括信號肽)。
[0343]「處理」和「治療」(treatment)指治療性處置和預防性或防範性措施二者。需要治療的受試者包括那些早就患有癌症的以及那些要預防癌症的。因此，本文中待治療的患者可能已經診斷為患有癌症或者可能有患上癌症的傾向性或易感性。[0344]術語「治療有效量」或「有效量」指在患者中有效治療癌症的藥物量。有效量的藥物可減少癌細胞的數目；縮小腫瘤的尺寸；抑制(即一定程度的減緩和優選阻止)癌細胞浸潤到周圍器官中；抑制(即一定程度的減緩和優選阻止)腫瘤轉移；一定程度的抑制腫瘤生長；和/或一定程度的減輕一種或多種與癌症有關的症狀。根據藥物可阻止現有癌細胞生長和/或殺死現有癌細胞的程度，它可以是抑制細胞的和/或毒害細胞的(細胞毒性的)。有效量可延長無進展存活(例如根據實體瘤的響應評估標準(Response Evaluation Criteria forSolid Tumors, RECIST)或CA-125變化的測量)，導致客觀響應(包括部分響應，PR或完全響應，CR)，改善存活(包括總體存活和無進展存活)，和/或改善癌症的一種或多種症狀(例如根據FOSI的評估)。最優選地，所述藥物的治療有效量有效改善無進展存活(PFS)和/或總體存活(OS)。
[0345]「存活」(survival)指患者保持存活,包括總體存活(overall survival)和無進展存活(progress free survival)。
[0346]「總體存活」指保持一定時期諸如I年、5年等存活的患者，自診斷或治療時起計
笪
ο
[0347]「無進展存活」指保持存活且癌症沒有進展或惡化的患者。
[0348]「延長存活」意味·著使接受治療的患者的總體存活或無進展存活相對於未接受治療的患者(即相對於未用HER抑制劑、HER 二聚化抑制劑諸如Pertuzumab治療的患者)或者不以期望水平表達HER3或HER2:HER3的患者，和/或相對於用已獲批准的抗腫瘤劑(諸如託泊替康或多柔比星脂質體，在癌症是卵巢癌時)治療的患者有延長。
[0349]「客觀響應」(objective response)指可測量的響應,包括完全響應(CR)或部分響應(PR)。
[0350]「完全響應"(complete response)或「CR」指癌症的所有體徵響應治療而消失。這並不總是意味著癌症已經治癒。
[0351]「部分響應」(partial response)或「PR」指一處或多處腫瘤或損害的大小或體內癌症的程度響應治療而減小。
[0352]術語「細胞毒劑」在用於本文時指抑制或阻止細胞的功能和/或引起細胞破壞的物質。該術語意圖包括放射性同位素(例如At211、Im、I125、Y9°、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)、化療劑、和毒素諸如小分子毒素或者細菌、真菌、植物或動物起源的酶活毒素，包括其片段和/或變體。
[0353]「化療劑」指可用於治療癌症的化學化合物。化療劑的例子包括燒化劑類(alkylating agents),諸如塞替派(thiotepa)和環磷醯胺
(cyclophosphamide) (CYTOXAN?)；橫酸燒基酯類(alkyl sulfonates)，諸
如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙唳類(aziridines),諸如苯佐替派(benzodepa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedepa)和烏瑞替派(uredepa)；乙撐亞胺類(ethylenimines)和甲基蜜胺類(methylamelamines),包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撐蜜胺(triethylenemeIamine)、三乙撐憐酸胺(triethylenephosphoramide)、三乙撐硫代憐酸胺(triethylenethiophosphoramide)和三輕甲蜜胺(trimethylolomelamine);番蒸枝內酯類(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone));δ_9_ 四氫大麻酌.(tetrahydrocannabinol)(屈大麻酌.(dronabinol)，MARINOL?);β -拉帕醌(Iapachone)；拉帕醇(Iapachol);秋水仙素類(colchicines)；白樺脂酸(betulinic acid)；喜樹鹼(camptothecin)(包括合成類似物託泊替康(topotecan) (HYCAMTIN?)、CPT-1l (伊立替康(irinotecan)，CAMPTOSAR?)、乙醯喜樹鹼、東莨菪亭(scopoletin)和9_氨基喜樹鹼)；苔蘚抑素(bryostatin)；callystatin ;CC_1065 (包括其阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)和比折來新(bizelesin)合成類似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin);鬼臼酸(podophyllinicacid);替尼泊苷(teniposide);隱藻素類(cryptophycins)(特別是隱藻素I和隱藻素8);多拉司他汀(dolastatin) ；duocarmycin (包括合成類似物，KW-2189和CB1-TM1);艾植塞洛素(eleutherobin) ;pancratistatin ;sarcodictyin ;海綿抑素(spongistatin);氮芥類(nitrogen mustards)，諸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、膽磷醯胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、異環磷醯胺(ifosfamide)、雙氯乙基甲胺(mechlorethamine)、鹽酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法侖(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥膽甾酉享(phenesterine)、潑尼莫司汀(prednimustine)、曲憐胺(trofosfamide)、尿啼唳氮芥(uracil mustard)；亞硝脲類(nitrosoureas)，諸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(1mustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimustine);抗生素類，諸如烯二炔類抗生素(enediyne)(例如加利車黴素(calicheamicin)，尤其是加利車黴素Y II和加利車黴素ω Il (參見例如Nicolaou等，Angew.Chem.1ntl.Ed.Engl.33:183-186(1994)) ;CDP323，一種口服 α -4 整聯蛋白抑制劑；蒽環類抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A ;埃斯波黴素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)發色團和相關色蛋白烯二炔類抗生素髮色團)、阿克拉黴素(aclacinomycin)、放線菌素(actinomycin)、氨茴黴素(anthramycin)、偶氮絲氨酸(azaserine)、博來黴素(bleomycin)、放線菌素 C (cactinomycin)、carabicin、洋紅黴素(carminomycin)、嗜癌黴素(carzinophilin)、色黴素(chromomycin)、方文線菌素 D (dactinomycin)、柔紅黴素(daunorubicin)、地託比星(detorubicin)、6_ 二氮-5-氧-L-正亮氨酸、多 柔比星(doxorubicin)(包括ADRIAMY CTN?、嗎啉代多柔比星、氰基嗎啉代多柔比星、2-吡咯代多柔比星、鹽酸多柔比星脂質體注射劑(D0XIL?)、脂質體多柔比星TLC D-99 (MYOCET?), peg化脂質體多柔比星
(CAEIΛ Χ__.κ O和脫氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊達比星(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素類(mitomycins)諸如絲裂黴素 C、黴酷酸(mycophenolic acid)、諾拉黴素(nogalamycin)、橄欖黴素(olivomycin)、培洛黴素(peplomycin)、泊非黴素(potf iromycin)、票呤黴素(puromycin)、三鐵阿黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌素(streptonigrin)、鏈佐星(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin);抗代謝物類，諸如甲氨蝶呤(methotrexate)、吉
西他濱(gemcitabine) (GEMZAR?)、替加氟(tegafur) (UFTORAL?),卡培他濱(capecitabine) (XELODA?)、埃坡黴素(epothilone)和 5-氟尿卩密I澱(5-FU);葉酸類
似物類，諸如二甲葉酸(denopterin)、甲氨蝶呤(methotrexate)、蝶羅呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate) ; 票呤類似物類，諸如氟達拉濱(f Iudarabine)、6_巰基_呤(mercaptopurine)、硫咪票呤(thiamiprine)、硫鳥票呤(thioguanine);啼卩定類似物類，諸如安西他濱(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6_氮尿苷(azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、雙脫氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifIuridine)、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷(f1xuridine);抗腎上腺類，諸如氨魯米特(aminoglutethimide)、米託坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane);葉酸補充劑，諸如亞葉酸(folinic acid);醋葡醒內酯(aceglatone);醒磷醯胺糖苷(aldophosphamideglycoside);氨基乙酉先丙酸(aminolevulinic acid);恩尿啼唳(eniluracil);安口丫P定(amsacrine) ；bestrabucil ;比生群(bisantrene);依達曲沙(edatraxate);地憐酉先胺(defosfamide);地美可辛(demecolcine);地口丫酉昆(diaziquone) ;elfornithine ;依利醋銨(elliptinium acetate);依託格魯(etoglucid);硝酸鎵；輕脲(hydroxyurea)；香燕多糖(Ientinan);氯尼達明(1nidamine);美登木素生物鹼類(maytansinoids)諸如美登素(maytansine)和安絲菌素(ansamitocin);米託胍腙(mitoguazone)；米託蒽醌(mitoxantrone);莫哌達醇(mopidamol) ； 二胺硝口丫 P定(nitracrine)；噴司他丁 (pentostatin);蛋氨氮芥(phenamet)；卩比柔比星(pirarubicin);洛索蒽醌(1soxantrone) ；2- 乙基酸餅(ethylhydrazide);丙卡巴餅(procarbazine) ； PSK?，多糖複合物(JHS Natural Products, Eugene, OR);雷佐生(razoxane);根黴素(rhizoxin)；西佐喃(sizofiran);螺旋錯(spirogermanium);細交鏈抱菌酮酸(tenuazonic acid);三亞胺醌(triaziquone) ；2, 2 '，2"-三氯三乙胺；單端孢菌素類(trichothecenes)(尤其是T-2毒素、撫孢菌素(verrucarin) A、杆孢菌素(roridin) A和蛇行菌素(anguidin));烏拉坦(urethan);達卡巴曝(dacarbazine);甘露莫司汀(mannomustine) ;二漠甘露醇(mitobronitol) ; 二溴衛矛醇(mitolactol);哌泊溴焼(pipobroman) ；gacytosine ；阿糖胞苷(arabinoside) ( 「Ara_C」)；塞替派(thiotepa);類紫杉醇(taxoid)，例如帕
利他塞(paclitaxel) (TAXOLf)),帕利他塞的清蛋白改造納米顆粒劑型(ABRAXANE?)
和多西他塞(docetaxel) (TAXOTERE?));苯丁酸氮芥(chlorambucil) ;6_ 硫鳥口票呤(thioguanine);疏基票呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate);鉬劑類，諸如順鉬(cisplatin)、奧沙利鉬(oxaliplatin)和卡鉬(carboplatin);長春藥類(vincas)，它們阻止微管蛋白聚合形成微管，包括長春鹼(vinblastine) (VELBAN?)、
長春新鹼(vincristine) (ONCOVIN?).長春地辛(vindesine) (ELDISINE?,
FILD1-SIN'.H!)和長春瑞濱(vinorelbine) (NAVELBINE?)；依託泊苷(etoposide)
(VP-16);異環磷醯胺(ifosfamide);米託蒽酉昆(mitoxantrone);亞葉酸(Ieucovorin)；能滅瘤(novantrone);依達曲沙(edatrexate);道諾黴素(daunomycin);氨基喋呤(aminopterin);伊本膦酸鹽(ibandronate);拓撲異構酶抑制劑RFS2000 ； 二氟甲基鳥氨酸(DMFO);類視黃酸類(retinoids),諸如視黃酸(retinoic acid),包括貝沙羅汀(bexarotene) (TARGRETIN?); 二膦 酸鹽類(bisphosphonates)，
諸如氯膦酸鹽(clodronate)(例如BONEFOS?或OSTAC?)、依替膦酸鹽
(etidronate) (DIDROCAL?)、NE-58095、唑來勝酸 / 唑來勝酸鹽(zoledronic acid/
zoledronate) (ZOMETA?)、阿倫勝酸鹽(alendronate) (FOSAMAXfJ))、帕米勝酸
鹽(pamidronate) (AREDIA?),替魯膦酸鹽(tiludronate) (SKEUD?)或利塞膦酸
鹽(risedronate) (ACTONELCR))；曲沙他濱(troxacitabine) (1，3_ 二氧戍環核苷胞
嘧啶類似物)；反義寡核苷酸類，特別是那些抑制涉及異常細胞增殖的信號傳導途經中的基因表達的，諸如例如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生長因子受體(EGF-R);疫苗類，諸如
THERATOPEi)疫苗和基因療法疫苗，例如ALLOVECnN(I)疫苗、LEUVECTIN?疫苗和VAXID(I)疫苗；拓撲異構酶I抑制劑(例如LURTOTECAN?) ； rmRH(例如 ABARELIX?.) ; BAY439006 (sorafenib; Bayer) ；SU-11248 (Pfizer);哌立福辛(perifosine)、C0X-2抑制劑(例如塞來考昔(celecoxib)或艾託考昔(etoricoxib))、蛋白體抑制劑(例如 PS341) ；bortezomib (VELCADE?)； CC1-779 ；tipifarnib (R11577)；
orafenib ；ABT510 ;Bcl_2 抑制劑，諸如哈眠那(oblimersen sodium) (GENASENSE?);
pixantrone ；EGFR抑制劑(參見下文定義);酪氨酸激酶抑制劑(參見下文定義);及任何上述物質的藥劑學可接受的鹽、酸或衍生物；以及兩種或多種上述物質的組合，諸如CHOP (環磷醯胺、多柔比星、長春新鹼和潑尼松龍聯合療法的縮寫)和FOLFOX (奧沙利鉬(EL0XATIN?)聯合5-FU和亞葉酸的治療方案的縮寫)。
[0354] 在本文中，化療 劑包括起調節、降低、阻斷或抑制可促進癌生長的激素效果作用的「抗激素劑」或「內分泌治療劑」類。它們自身可以是激素，包括但不限於:具有混合的激動劑/拮抗劑特性的抗雌激素類，包括他莫昔芬(tamoxifen) (NOLVADEX)、4_羥
基他莫昔芬、託瑞米芬(toremifene) (FARESTON?)、艾多昔芬(idoxifene)、屈洛
昔芬(droloxifene)、雷洛昔芬(raloxifene) (EVISTA?)、曲沃昔芬(trioxifene)、
那洛昔芬(keoxifene)，和選擇性雌激素受體調節劑類(SERM)，諸如SERM3 ;沒有激動劑
特性的純的抗雌激素類，諸如氟維司群(fulvestrant) (FASL0DEX?)和EM800 (此
類藥劑可阻斷雌激素受體(ER) 二聚化、抑制DNA結合、提高ER周轉、和/或遏制ER水平)；芳香酶抑制劑類，包括類固醇芳香酶抑制劑類，諸如福美坦(formestane)和依
西美坦(exemestane) (AROMASTN?)，和非類固醇芳香酶抑制劑類，諸如阿那曲唑(anastrozole) (ARIMIDEX?)、來曲唑(letrozole) (FEMARA?):和氨魯米特(aminoglutethimide)，和其它芳香酶抑制劑類，包括伏氯唑(vorozole) (RIVISOR j)、醋酸甲地孕酮(megestrol acetate) (MEGASE?)、法倔唑(fadrozole)和 4(5)-咪唑；促黃體生成激素釋放激素激動劑類，包括亮丙瑞林(leuprolide) (LUPRONJP和ELIGARD?)、戈舍瑞林(goserelin)、布舍瑞林(buserelin)和曲普瑞林(triptorelin);性類固醇類(sex steroids)，包括妊娠素類(progestine)，諸如醋酸甲地孕酮和醋酸甲輕孕酮(medroxyprogesterone acetate)，雌激素類，諸如二乙基己烯雌酷(diethylstiIbestrol)和普雷馬林(premarin)，和雄激素類/類視黃酸類，諸如氟甲睪酮(f Iuoxymesterone)、所有反式視黃酸(transretionic acid)和芬維 A 胺(fenretinide)；奧那司酮(onapristone);抗孕酮類；雌激素受體下調劑類(ERD);抗雄激素類，諸如氟他米特(flutamide)、尼魯米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide);及任何上述物質的藥劑學可接受的鹽、酸或衍生物；以及兩種或多種上述物質的組合。
[0355]「抗代謝物類化療劑」指在結構上與代謝物相似但不能被身體以生產性方式利用的藥劑。許多抗代謝物類化療劑幹擾核酸，RNA和DNA的生成。抗代謝物類化療劑的例子包括吉西他濱(gemcitabine) (GEMZAR?)、5_氟尿啼卩定(5-FU)、卡培他
濱(capecitabine) (XELODA?)、6_ 疏基票呤、甲氨噪呤(methotrexate)、6_ 硫鳥票呤、培美曲塞(pemetrexed)、雷替曲塞(raltitrexed)、阿糖胞苷(arabinosylcytosine
ARA-C cytarabine) (CYTOSAR-U?)、達卡巴嚷(dacarbazine) (DTIC-DOME?)、
偶氮胞啼P定(azocytosine)、脫氧胞啼卩定(deoxycytosine)、pyridmidene、氟達拉濱(fIudarabine) (FLUDARA?),克拉屈濱(cladrabine)、2_脫氧-D-葡萄糖等。優選的抗代謝物類化療劑是吉西他濱。
[0356]「吉西他濱」或「2'-脫氧-2' ,2' -二氟胞苷單鹽酸(b-異構體)」是展現出抗腫瘤活性的核苷類似物。鹽酸吉西他濱的經驗式是C9H11F2N304.HC1。鹽酸吉西他濱由Eli Lilly 以商標GEMZAR?銷售。
[0357]「基於鉬的化療劑」包括包含鉬作為分子的主要部分的有機化合物。基於鉬的化療劑的例子包括卡鉬(carboplatin)、順鉬(cisplatin)和奧沙利鉬(oxaliplatinum)。
[0358]「基於鉬的化療法」指使用一種或多種基於鉬的化療劑的療法，任選聯合一種或多種其它化療劑。
[0359]「化療法耐受性」癌症指癌症患者在接受化療方案時(癌症)有進展(即患者是「化療不應性」的)，或者患者在完成化療方案後12個月內(例如6個月內)(癌症)有進展。
[0360]「鉬抗性」癌症指癌症患者在接受基於鉬的化療法時(癌症)有進展(即患者是「鉬不應性」的)，或者患者在完成基於鉬的化療方案後12個月內(例如6個月內)(癌症)有進展。
[0361]「抗血管發生劑」指阻斷或一定程度的幹擾血管發育的化合物。抗血管發生因子可以是例如結合涉及促進血管發生的生長因子或生長因子受體的小分子或抗體。在本文中優選的抗血管發生因子是結合血管內皮生長因子(VEGF)的抗體，諸如bevacizumab ( AVAST)。
[0362]術語「細胞因子」是由一種細胞群釋放，作為細胞間介質作用於另一細胞的蛋白質的通稱。此類細胞因子的例子有淋巴因子、單核因子和傳統的多肽激素。細胞因子包括生長激素，諸如人生長激素、N-甲硫氨醯人生長激素和牛生長激素；甲狀旁腺素；甲狀腺素；胰島素；胰島素原；松馳素；松馳素原；糖蛋白激素類，諸如促卵泡激素(FSH)、促甲狀腺激素(TSH)和促黃體激素(LH);肝生長因子；成纖維細胞生長因子；促乳素；胎盤催乳激素；腫瘤壞死因子-α和;穆勒氏(Mullerian)抑制性物質；小鼠促性腺激素相關肽；抑制素；激活素；血管內皮生長因子；整聯蛋白；血小板生成素(TPO);神經生長因子，諸如NGF-β ;血小板衍生生長因子；轉化生長因子(TGF)，諸如TGF-α和TGF-β ;胰島素樣生長因子-1和-1I ;紅細胞生成素(EPO);骨誘導因子(osteoinductive factor);幹擾素,諸如幹擾素-α、_β和-Y ;集落刺激因子(CSF)，諸如巨噬細胞CSF(M-CSF)、粒細胞-巨噬細胞 CSF(GM-CSF)和粒細胞 CSF(G-CSF);白介素(IL)，諸如 IL-1、IL-1 a、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12 ;腫瘤壞死因子，諸如 TNF-α 或 TNF-β ；及其它多肽因子，包括LIF和kit配體(KL)。在用於本文時，術語細胞因子包括來自天然來源或來自重組細胞培養物的蛋 白質及天然序列細胞因子的生物學活性等效物。
[0363]在用於本文時，術語「 EGFR靶向藥物」指結合EGFR並任選抑制EGFR活化的治療劑。此類藥劑的例子包括結合EGFR的抗體和小分子。結合EGFR的抗體的例子包括 MAb 579 (ATCC CRL HB8506)、MAb 455 (ATCC CRL HB 8507)、MAb 225 (ATCC CRL8508)、MAb 528 (ATCC CRL 8509)(參見美國專利第 4，943, 533 號，Mendelsohn 等)及其變體，諸如嵌合化225 (C225或Cetuximab; ERBUTIX?):和重構人225 (H225)(參見 TO 96/40210, Imclone Systems Inc.) ；IMC-11F8, 一種完全人的 EGFR 靶向抗體(Imclone);結合II型突變體EGFR的抗體(美國專利第5，212，290號)；結合EGFR的人源化和嵌合抗體，如美國專利第5，891，996號中所記載的；及結合EGFR的人抗體，諸如 ABX-EGF(參見 WO 98/50433，Abgenix) ；EMD 55900(Stragliotto 等，Eur.J.Cancer32A: 636-640 (1996)) ；EMD 7200 (matuzumab)，一種針對 EGFR 的人源化 EGFR 抗體，其與 EGF 和 TGF-α 二者競爭 EGFR 結合；及 mAb 806 或人源化 mAb806 (Johns 等，J.Biol.Chem.279 (29): 30375-30384 (2004))。抗EGFR抗體可偶聯細胞毒劑，如此產生免疫偶聯物(參見例如EP659, 439A2，Merck Patent GmbH)。結合EGFR的小分子的例子包括ZD1839或 Gefitinib(IRESSA?;Astra Zeneca) ；CP-358774 或 Erlotinib(TARCEVA?;Genentech/0SI);和 AG1478、AG1571(SU5271;Sugen) ;EMD_7200。
[0364]「酪氨酸激酶抑制劑」指抑制酪氨酸激酶諸如HER受體的酪氨酸激酶活性的分子。此類抑制劑的例子包括上一段中提到的EGFR靶向藥物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制劑，諸如可從Takeda購買的TAK165 ;CP_724，714，一種口服的ErbB2受體酪氨酸激酶選擇性抑制劑(Pfizer和0SI);優先結合EGFR但抑制HER2和EGFR 二者過表達細胞的雙重HER抑制劑，諸如EKB-569 (可從Wyeth購買)；GW572016 (可從Glaxo購買)，一種口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制劑;PKI_166 (可從Novartis購買);泛(pan)HER抑制劑，諸如 canertinib (C1-1033;Pharmacia) ；Raf-1 抑制劑，諸如可從 ISIS Pharmaceuticals購買、抑制Raf -1信號傳導的反義劑ISIS-513 2 ;非HER靶向TK抑制劑，諸如可從GI axo購買的Imatinib mesylate (GLEEVAC?) ；MAPK胞外調控激酶I抑制劑C1-1040 (可從Pharmacia購買);喹唑啉類，諸如H) 153035,4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶並嘧啶類；嘧啶並嘧啶類；吡咯並嘧啶類，諸如CGP 59326、CGP 60261和CGP 62706 ;吡唑並嘧啶類，
4-(苯氨基)-7H-吡咯[2，3-d]嘧啶；薑黃素(二阿魏醯甲烷，4，5-雙(4-氟苯胺基)-酞亞胺)；含硝基噻吩模塊的tyrphostines ；PD-0183805 (Warner-Lambert);反義分子(例如那些結合HER編碼核酸的)；喹喔啉類(美國專利第5，804，396號)；tryph0stins (美國專利第 5, 804, 396 號)；ZD6474 (Astra Zeneca) ；PTK-787 (Novartis/Schering AG)；泛 HER 抑制劑，諸如 C1-1033 (Pfizer) ；Affinitac(ISIS3521;Isis/Lilly) ；Imatinibmesylate(Gleevac;Novartis) ；PKI 166(Novartis) ；GW2016 (Glaxo SmithKline)；C1-1033 (Pfizer) ；EKB-569 (Wyeth) ;Semaxinib(Sugen) ；ZD6474 (AstraZeneca)；PTK-787 (Novartis/Schering AG) ；INC-1C11 (Imclone);或任何以下專利出版物中所記載的:美國專利第 5，804, 396 號；TO 99/09016 (American Cyanimid) ;W098/43960 (AmericanCyanamid) ;WO 97/38983 (Warner Lambert) ;W099/06378 (Warner Lambert) ;WO99/06396(Warner Lambert);W0 96/30347(Pfizer, Inc.);WO 96/33978 (Zeneca);W096/3397(Zeneca);W0 96/33980 (Zeneca)。
[0365]本文中，化療劑的「固定的」(fixed)或「不變的」(flat)劑量指不考慮患者的體重(WT)和體表面積(BSA)而施用於人類患者的劑量。因此，固定的或不變的劑量不是作為mg/kg劑量或mg/m2劑量提供的，而是作為治療劑的絕對量提供的。
[0366]「加載」(loading)劑量在本文中一般包括施用於患者的治療劑的初始劑量,後續其一個或多個維持劑量。一般而言，施用單個加載劑量，但本文中也設想了多個加載劑量。通常，所施用的加載劑量的量超過所施用的維持劑量的量，和/或加載劑量的施用比維持劑量更頻繁，從而比使用維持劑量更早達到化療劑的期望穩態濃度。
[0367]「維持」 (maintenance)劑量在本文中指在治療期間施用於患者的一個或多個劑量的治療劑。通常，維持劑量以一定的治療間隔施用，例如大約每周一次，大約每兩周一次，大約每三周一次，或大約每四周一次。
[0368]「藥物」指用於治療癌症的活性藥物，諸如HER抑制劑、HER 二聚化抑制劑(諸如Pertuzumab)或化療劑(諸如吉西他濱)。
[0369]「目標受眾(target audience) 」指接受如通過推銷或做廣告(尤其為了特定用途、治療、或適應症)進行的特定藥物宣傳或即將進行的特定藥物宣傳的人群或機構，諸如患者個體，患者群體，報紙、醫 學文獻、和雜誌讀者，電視或網際網路觀眾，無線電或網際網路聽眾，內科醫生，藥品公司等。
[0370]「包裝插頁」用於指通常包括在治療用產品的商業包裝中的說明書，它們包含有關涉及此類治療用產品應用的適應徵、用法、劑量、施用、禁忌症、與該包裝產品聯合的其它治療用產品和/或警告等的信息。
[0371]I1.抗體的生成
[0372]由於在優選的實施方案中，HER抑制劑是抗體，下文描述了用於生成依照本發明使用的HER抗體的例示性技術。用於生成抗體的HER抗原可以是例如可溶形式的HER受體胞外結構域或其包含期望表位的部分。或者，在其細胞表面表達HER的細胞(例如經轉化而過表達HER2的NIH-3T3細胞；或癌細胞系，諸如SK-BR-3細胞，參見Stancovski等，PNAS (USA) 88:8691-8695 (1991))可用於生成抗體。可用於生成抗體的其它形式HER受體對於本領域技術人員將是顯而易見的。
[0373](I)多克隆抗體
[0374]多克隆抗體優選通過在動物中多次皮下(SC)或腹膜內(ip)注射相關抗原和佐劑來生成。使用雙功能或衍生化試劑，例如馬來醯亞胺苯甲醯磺基琥珀醯亞胺酯(通過半胱氨酸殘基偶聯)、N-羥基琥珀醯亞胺(通過賴氨酸殘基)、戊二醛、琥珀酸酐、SOCl2、或R1N=C=NR(其中R和R1是不同的烴基)，將相關抗原與在待免疫物種中有免疫原性的蛋白質偶聯可能是有用的，例如匙孔I處血藍蛋白、血清清蛋白、牛甲狀腺球蛋白或大豆胰蛋白酶抑制劑。
[0375]通過將例如100 μ g或5 μ g蛋白質或偶聯物(分別用於兔或小鼠)與3倍體積的弗氏完全佐劑混和並將該溶液皮內注射於多個部位，將動物針對抗原、免疫原性偶聯物或衍生物進行免疫。一個月後，通過多個部位的皮下注射，用弗氏完全佐劑中初始量1/5-1/10的肽或偶聯物對動物進行加強免疫。7-14天後，採集動物的血液，並測定血清的抗體滴度。對動物進行加強免疫，直到滴度達到平臺(plateau)。優選的是，將動物用相同抗原但與不同蛋白質和/或通過不同交聯劑偶聯得到的偶聯物進行加強免疫。偶聯物還可在重組細胞培養中作為蛋白質融合物來製備。同樣，適當使用凝聚劑諸如明礬來增強免疫應答。
[0376](ii)單克隆抗體
[0377]本領域有多種方法可用於製備本文中的單克隆抗體。例如，單克隆抗體可使用最初由Kohler等，Nature256:495 (1975)記載的雜交瘤方法、通過重組DNA方法(美國專利第4，816, 567號)來製備。
[0378]在雜交瘤方法中，如上所述免疫小鼠或其它適宜的宿主動物，諸如倉鼠，以引發生成或能夠生成如下抗體的淋巴細胞，所述抗體將特異性結合用於免疫的蛋白質。或者，可以在體外免疫淋巴細胞。然後，使用合適的融合劑諸如聚乙二醇將淋巴細胞與骨髓瘤細胞融合，以形成雜交瘤細胞(Goding, Monoclonal Antibodies !Principles andPractice, pp.59-103，Academic Press,1986)。
[0379]將如此製備的雜交瘤細胞在合適的培養基中接種和培養，所述培養基優選含有抑制未融合的親本骨髓瘤細胞生長或存活的一種或多種物質。例如，若親本骨髓瘤細胞缺乏酶次黃嘌呤鳥嘌呤磷酸核糖轉移酶(HGPRT或HPRT)，則用於雜交瘤的培養基典型的將含有次黃嘌呤、氨基蝶呤和胸苷(HAT培養基)，這些物質阻止HGPRT缺陷細胞生長。
[0380]優選的骨髓 瘤細胞是那些高效融合、支持所選抗體生成細胞穩定的高水平生成抗體、並對諸如HAT培養基等培養基敏感的。在這些細胞中，優選的骨髓瘤細胞系是鼠骨髓瘤系，諸如那些可從索爾克研究所細胞分配中心(Salklnstitute Cell DistributionCenter, San Diego, California, USA)獲得的 M0PC-21 和 MPC-11 小鼠腫瘤及可從美國典型培養物保藏中心(American Type Culture Collection, Rockville, Maryland, USA)獲得的SP-2或X63-Ag8-653細胞衍生的。人骨髓瘤和小鼠-人異源骨髓瘤細胞系用於生成人單克隆抗體也已有記載(Kozbor, J.1mmunol.133:3001 (1984) ; Brodeur等，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp.51-63, MarcelDekker, Inc., New York, 1987)。
[0381]可對雜交瘤細胞正在其中生長的培養基測定針對抗原的單克隆抗體的生成。優選的是，通過免疫沉澱或通過體外結合測定法，諸如放射性免疫測定法(RIA)或酶聯免疫吸附測定法(ELISA)，測定由雜交瘤細胞生成的單克隆抗體的結合特異性。
[0382]單克隆抗體的結合親和力可通過例如Munson等，Anal.Biochem.107:220 (1980)的Scatchard分析來測定。
[0383]在鑑定得到生成具有期望特異性、親和力和/或活性的抗體的雜交瘤細胞後，所述克隆可通過有限稀釋流程進行亞克隆，並通過標準方法進行培養(Goding，MonoclonalAntibodies !Principles and Practice, pp.59-103, Academic Press, 1986)。適於這一目的的培養基包括例如D-MEM或RPM1-1640培養基。另外，雜交瘤細胞可在動物中作為腹水瘤進行體內培養。
[0384]可通過常規抗體純化流程，諸如例如蛋白A-Sepharose、羥磷灰石層析、凝膠電泳、透析或親和層析，將亞克隆分泌的單克隆抗體與培養基、腹水或血清適當分開。
[0385]編碼單克隆抗體的DNA易於使用常規流程分離和測序(例如通過使用能夠特異性結合編碼鼠抗體重鏈和輕鏈的基因的寡核苷酸探針)。以雜交瘤細胞作為此類DNA的優選來源。一旦分離，可將DNA置於表達載體中，然後將該表達載體轉染到不另外生成抗體蛋白質的宿主細胞中，諸如大腸桿菌細胞、猿猴COS細胞、中國倉鼠卵巢(CHO)細胞或骨髓瘤細胞，以在重組宿主細胞中獲得單克隆抗體的合成。關於編碼抗體的DNA在細菌中的重組表達的綜述性論文包括 Skerra 等，Curr.0pinion in Immunol.5:256-262 (1993)及Pliickthun, Tmmunol.Revs.130:151-188 (1992)。
[0386]在另一個實施方案中，可從使用McCafferty等，Nature 348:552-554(1990)所記載的技術構建的曬菌體抗體庫中分離單克隆抗體或抗體片段。Clackson等，Nature352:624-628(1991)及 Marks 等，J.Mol.Biol.222:581-597 (1991)分別記載了使用噬菌體文庫分離鼠和人抗體。後續出版物記載了通過鏈改組(Marks等，Bio/Technology10:779-783(1992))，以及組合感染和體內重組作為構建非常大的噬菌體文庫的策略(Waterhouse 等,Nuc.Acids Res.21:2265-2266 (1993))，生成高親和力(nM 範圍)的人抗體。如此，這些技術是用於分離單克隆抗體的傳統單克隆抗體雜交瘤技術的可行替代方法。
[0387]還可以修飾DNA，例如通過替代即用人重鏈和輕鏈恆定域的編碼序列代替同源鼠序列(美國專利第 4,816,567 號；Morrison 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA81:6851 (1984))，或通過將非免疫球蛋白多肽的整個或部分編碼序列與免疫球蛋白編碼序列共價接合。
[0388]典型的是，用此類非免疫球蛋白多肽替代抗體的恆定域，或者用它們替代抗體的一個抗原結合位點的可變域 ，以產生嵌合二價抗體，它包含對一種抗原具有特異性的一個抗原結合位點和對不同抗原具有特異性的另一個抗原結合位點。
[0389](iii)人源化抗體
[0390]本領域已經記載了用於將非人抗體人源化的方法。優選的是，人源化抗體具有一個或多個從非人來源引入的胺基酸殘基。這些非人胺基酸殘基常常稱作「輸入」殘基，它們典型的取自「輸入」可變域。人源化可基本上遵循Winter及其同事的方法進行(Jones等，Nature321:522-525(1986);Riechmann 等，Nature 332:323-327(1988);Verhoeyen等，Science 239:1534-1536 (1988))，通過用高變區序列替代相應的人抗體序列。因此，此類「人源化」抗體是嵌合抗體(美國專利第4，816，567號)，其中本質上少於整個人可變域用來自非人物種的相應序列替代。在實踐中，人源化抗體典型的是其中一些高變區殘基和可能的一些FR殘基用來自嚙齒類抗體中類似位點的殘基替代的人抗體。
[0391]用於構建人源化抗體的人可變域的選擇，包括輕鏈和重鏈二者，對於降低抗原性非常重要。依照所謂的「最適」(best-fit)方法，用嚙齒類抗體的可變域序列對已知的人可變域序列的整個文庫進行篩選。然後選擇與嚙齒類最接近的人序列作為人源化抗體的人框架區(FR) (Sims 等,J.1mmunol.151:2296 (1993) ; Chothia 等,J.Mol.Biol.196:901 (1987))。另一種方法使用由特定輕鏈或重鏈亞組的所有人抗體的共有序列衍生的特定框架區。同一框架可用於數種不同的人源化抗體(Carter等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA 89:4285(1992);Presta 等，J.1mmunol.151:2623 (1993))。
[0392]更為重要的是，抗體在人源化後保持對抗原的高親和力及其它有利的生物學特性。為了實現這一目標，依照一種優選的方法，通過使用親本和人源化序列的三維模型分析親本序列和各種概念性人源化產物的方法來製備人源化抗體。三維免疫球蛋白模型是公眾可獲得的，且為本領域技術人員所熟悉。可獲得圖解和顯示所選候選免疫球蛋白序列的可能三維構象結構的電腦程式。檢查這些顯示圖像容許分析殘基在候選免疫球蛋白序列行使功能中的可能作用，即分析影響候選免疫球蛋白結合其抗原的能力的殘基。這樣，可從受體和輸入序列中選出FR殘基並進行組合，從而獲得期望抗體特徵，諸如對靶抗原的親和力提高。一般而言，高變區殘基直接且最實質的涉及對抗原結合的影響。
[0393]W001/00245記載了結合HER2並阻斷配體對HER受體之活化的例示性人源化HER2抗體的生成。本文中特別感興趣的人源化抗體基本上像鼠單克隆抗體2C4 (或其Fab片段)一樣有效的阻斷EGF、TGF- α和/或HRG介導的MAPK激活，和/或基本上像鼠單克隆抗體2C4 (或其Fab片段)一樣有效的結合HER2。本文中的人源化抗體可例如包含摻入人重鏈可變域的非人高變區殘基，而且還可在選自69Η、71Η和73Η的位置包含框架區(FR)替代，採用的是 Kabat 等，Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., PublicHealth Service, ·National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991 中列出的可變域編號系統。在一個實施方案中，人源化抗體在69H、7IH和73H的兩個或所有位置包含FR替代。
[0394]本文中感興趣的例示性人源化抗體包含重鏈可變域互補決定殘基GFTFTDYTMX，其中 X 優選是 D 或 S (SEQ ID N0:7)；DVNPNSGGSIYNQRFKG (SEQ ID NO:8);和 / 或 NLGPSFYFDY(SEQ ID NO:9)，任選包含那些⑶R殘基的胺基酸修飾，例如其中修飾基本上保持或改善抗體的親和力。例如，目的抗體變體可在上述重鏈可變域CDR序列中具有約I處至約7處或者約5處胺基酸替代。此類抗體變體可通過親和力成熟來製備，例如如下文所述。最優選的人源化抗體包含SEQ ID NO:4中的重鏈可變域胺基酸序列。
[0395]例如，在前一段中的那些重鏈可變域⑶R殘基之外，人源化抗體還可包含輕鏈可變域互補決定殘基KASQDVSIGVA (SEQ ID NO: 10) JASYX1X2X3,其中X1優選是R或L，X2優選是 Y 或 E，而 X3 優選是 T 或 S (SEQ ID NO: 11);和 / 或 QQYYIYPYT (SEQ ID NO: 12)。此類人源化抗體任選包含上述CDR殘基的胺基酸修飾，例如其中修飾基本上保持或改善抗體的親和力。例如，目的抗體變體可在上述輕鏈可變域CDR序列中具有約I處至約7處或者約5處胺基酸替代。此類抗體變體可通過親和力成熟來製備，例如如下文所述。最優選的人源化抗體包含SEQ ID NO:3中的輕鏈可變域胺基酸序列。
[0396]本申請還設想了親和力成熟的抗體，它結合HER2並阻斷配體對HER受體之活化。親本抗體可以是人抗體或人源化抗體，例如所含輕鏈可變域和/或重鏈可變域序列分別為SEQ ID NO:3和4(即包含Pertuzumab的VL和/或VH)的抗體。親和力成熟的抗體優選以優於鼠2C4或Pertuzumab的親和力結合HER2受體(例如根據使用HER2胞外結構域(E⑶)ELISA的評估，例如親和力提高約2倍或約4倍至約100倍或約1000倍)。例示性的用於替代的重鏈可變域⑶R殘基包括H28、H30、H34、H35、H64、H96、H99，或者上述殘基的兩個或多個的組合(例如這些殘基中的2個、3個、4個、5個、6個或7個的組合)。用於改變的輕鏈可變域CDR殘基的例子包括L28、L50、L53、L56、L91、L92、L93、L94、L96、L97,或者上述殘基的兩個或多個的組合(例如這些殘基中的2個至3個、4個、5個或直到約10個的組合)。
[0397]設想了各種形式的人源化抗體或親和力成熟的抗體。例如，人源化抗體或親和力成熟的抗體可以是抗體片段，諸如Fab，它任選與一種或多種細胞毒劑偶聯以產生免疫偶聯物。或者，人源化抗體或親和力成熟的抗體可以是完整抗體，諸如完整的IgGl抗體。優選的完整IgGl抗體包含SEQ ID NO: 13中的輕鏈序列和SEQ ID NO: 14中的重鏈序列。
[0398](iv)人杭體
[0399]作為人源化的替代方法，可生成人抗體。例如，現在有可能生成在缺乏內源免疫球蛋白生成的情況下能夠在免疫時生成人抗體完整全集的轉基因動物(例如小鼠)。例如，已經記載了嵌合和種系突變小鼠中抗體重鏈連接區(Jh)基因的純合刪除導致內源抗體生成的完全抑制。在此類種系突變小鼠中轉移大量人種系免疫球蛋白基因將導致在抗原攻擊時生成人抗體。參見例如Jakobovits等,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:2551(1993);Jakobovits 等,Nature362:255-258(1993);Bruggermann 等,Year inImmun0.7:33(1993);及美國專利第 5，591，669 號、第 5，589，369 號和第 5，545，807 號。
[0400]或者，噬菌體展示技術(McCafferty等，Nature348:552-553 (1990))可用於在體外從來自未免疫供體的免疫球蛋白可變(V)域基因全集生成人抗體和抗體片段。依照這種技術，將抗體V結構域基因以符合讀碼框的方式克隆到絲狀噬菌體諸如M13或fd的主要或次要外殼蛋白基因中，並在噬菌體顆粒表面上展示為功能性抗體片段。因為絲狀噬菌體顆粒包含噬菌體基因組的單鏈DNA拷貝，以抗體的功能特性為基礎進行的選擇也導致編碼展示那些特性的抗體的基因的選擇。如此，噬菌體模擬B細胞的一些特性。噬菌體展示可以多種形式進行；有關綜述參見例如Johnson, Kevin S.和Chiswell, David J., CurrentOpinion in Structural Biology3:564-571 (1993)。V基因區段的數種來源可用於卩遼菌體展示。Clackson等，Nature352:624-628 (1991)從衍生自經免疫小鼠脾的小型V基因隨機組合文庫中分離得到大量不同的抗口惡唑酮抗體。可本質上遵循Marks等，J.Mol.Biol.222:581-597(1991)或 Griffith 等，EMBO J.12:725-734(1993)所記載的技術，由未免疫人供體構建V基因全 集和分離針對大量不同抗原(包括自身抗原)的抗體。還可參見美國專利第5，565，332號和第5，573，905號。
[0401]如上所述，還可通過體外激活B細胞來生成人抗體(參見美國專利第5，567，610號和第5，229，275號)。
[0402]1998年6月30日公告的美國專利第5，772，997號和1997年I月3日公布的WO97/00271中記載了人HER2抗體。
[0403](V)抗體片段
[0404]已經開發了用於生成包含一個或多個抗原結合區的抗體片段的多種技術。傳統上，通過蛋白水解消化完整抗體來衍生這些片段(參見例如Morimoto等,Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117(1992);Brennan等，SCienCe229:81(1985))。然而，現在可直接由重組宿主細胞生成這些片段。例如，可從上文討論的噬菌體抗體庫中分離抗體片段。或者，可直接從大腸桿菌回收Fab' -SH片段並化學偶聯以形成 F(ab' ) 2 片段(Carter 等，Bio/Technology 10:163-167(1992))。依照另一種方法，可直接從重組宿主細胞培養物分離F(ab' )2片段。用於生成抗體片段的其它技術對熟練從業人員將是顯而易見的。在其它實施方案中，選擇的抗體是單鏈Fv片段(scFv)。參見TO 93/16185;美國專利第5，571，894號；美國專利第5，587，458號。抗體片段還可以是「線性抗體」，例如如美國專利第5，641，870號中所記載的。此類線性抗體片段可以是單特異性的或雙特異性的。
[0405](vi)雙特異性抗體
[0406]雙特異性抗體指具有對至少兩種不同表位的結合特異性的抗體。例示性的雙特異性抗體可結合HER2蛋白質的兩種不同表位。其它此類抗體可將HER2結合位點與EGFR、HER3和/或HER4的結合位點組合在一起。或者，可將HER2臂與結合白細胞上觸發分子諸如T細胞受體分子(例如 CD2 或CD3)或 IgG 的 Fe 受體(Fe y R)，諸如 Fe y RI (CD64)、Fe Y RII (CD32)和Fe Y RIII (⑶16)的臂組合在一起，使得細胞防禦機制聚焦於表達HER2的細胞。雙特異性抗體還可用於將細胞毒劑定位於表達HER2的細胞。這些抗體擁有HER2結合臂和結合細胞毒劑(例如肥皂草毒蛋白、抗幹擾素-α、長春花生物鹼類、蓖麻毒蛋白A鏈、甲氨喋呤或放射性同位素半抗原)的臂。可將雙特異性抗體製備成全長抗體或抗體片段(例如F(ab' )2雙特異性抗體)。
[0407]WO 96/16673記載了一種雙特異性HER2/Fc y RIII抗體，美國專利第5，837，234號披露了一種雙特異性HER2/FC Y RI抗體IDMl (Osidem)。W098/02463顯示了一種雙特異性HER2/FC α抗體。美國專利第5，821，337號教授了一種雙特異性HER2/CD3抗體。MDX-210是一種雙特異性HER2/FC YRIII抗體。
[0408]用於構建雙特異性抗體的方法是本領域已知的。全長雙特異性抗體的傳統生成基於兩對免疫球蛋白重鏈-輕鏈的共表達，其中兩種鏈具有不同的特異性(Millstein等，Nature305:537-539 (1983))。由於免疫球蛋白重鏈和輕鏈的隨機分配，這些雜交瘤(四源雜交瘤(quadroma))生成10種不同抗體分子的潛在混合物,其中只有一種具有正確的雙特異性結構。通常通過親和層析步驟進行的正確分子的純化相當麻煩且產物產量低。WO93/08829 及 Traunecker 等，EMBO J.10:3655-3659(1991)中披露了類似的流程。
[0409]依照一種不同的方法，將具有期望結合特異性(抗體-抗原結合位點)的抗體可變域與免疫球蛋白恆定域序列融合。融合優選使用包含至少部分鉸鏈、CH2和CH3區的免疫球蛋白重鏈恆定域。優選的是，在至少一種融合物中，第一重鏈恆定區(CHl)包含輕鏈結合所必需的位點。將編碼免疫球蛋白重鏈融合物和(如果需要)免疫球蛋白輕鏈的DNA插入分開的表達載體，並共轉染到合適的宿主生物體中。在用於構建的三種多肽鏈比例不等時提供最佳產量的實施方案中，這為調整三種多肽片段的相互比例提供了極大的靈活性。然而，在至少兩種多肽鏈以相同比率表達導致高產量時或在該比率沒有特別意義時，有可能將兩種或所有三種多肽鏈的編碼序列插入同一個表達載體。
[0410]在該方法的一個優選實施方案中，雙特異性抗體由一個臂上具有第一結合特異性的雜合免疫球蛋白重鏈，和另一個臂上的雜合免疫球蛋白重鏈-輕鏈對(提供第二結合特異性)構成。由於免疫球蛋白輕鏈僅在半個雙特異性分子中的存在提供了分離的便利途徑，因此發現這種不對稱結構便於將期望的雙特異性複合物與不想要的免疫球蛋白鏈組合分開。該方法披露於W094/04690。關於生成雙特異性抗體的進一步詳情參見例如Suresh等，Methods in Enzymology 121:210(1986)。
[0411]依照美國專利第5，731，168號中記載的另一種方法，可改造一對抗體分子之間的界面，以將從重組細胞培養物回收的異二聚體的百分比最大化。優選的界面包含至少部分抗體恆定域的Ch3結構域。在該方法中，將第一抗體分子的界面的一個或多個小胺基酸側鏈用較大側鏈(例如酪氨酸或色氨酸)替換。通過將大胺基酸側鏈用較小胺基酸側鏈(例如丙氨酸或蘇氨酸)替換，在第二抗體分子的界面上產生針對大側鏈的相同或相似大小的補償性「空腔」。這提供了較之其它不想要的終產物諸如同二聚體提高異二聚體產量的機制。
[0412]雙特異性抗體包括交聯的或「異源偶聯的」抗體。例如，異源偶聯物中的一種抗體可與親合素偶聯，另一種抗體與生物素偶聯。例如，此類抗體建議用於將免疫系統細胞靶向不想要的細胞(美國專利第4，676，980號)，及用於治療HIV感染(W0 91/00360、WO92/200373和EP 03089)。可使用任何便利的交聯方法來製備異源偶聯抗體。合適的交聯劑是本領域眾所周知的，並且連同許多交聯技術一起披露於美國專利第4，676，980號。
[0413]文獻中還記載了自抗體片段生成雙特異性抗體的技術。例如，可使用化學連接來製備雙特異性抗體。Brennan等，Science229:81 (1985)記載了通過蛋白水解切割完整抗體以生成F(ab' )2片段的流程。將這些片段在存在二硫醇絡合劑亞砷酸鈉的情況下還原，以穩定鄰近的二硫醇並防止分子間二硫鍵的形成。然後將產生的Fab』片段轉變為硫代硝基苯甲酸酯(TNB)衍生物。然後將Fab』-TNB衍生物之一通過巰基乙胺的還原重新恢復成Fab』 -硫醇，並與等摩爾量的另一種Fab, -TNB衍生物混合，以形成雙特異性抗體。產生的雙特異性抗體可用作酶的選擇性固定化試劑。
[0414]最新的進展便於從大腸桿菌中直接回收Fab' -SH片段，這些片段可化學偶聯以形成雙特異性抗體。Shalaby等，J.Exp.Med.175:217-225(1992)記載了生成完全人源化的雙特異性抗體F(ab' )2分子。每個Fab'片段由大腸桿菌分開分泌，並在體外進行定向化學偶聯以形成雙特異性抗體。如此形成的雙特異性抗體能夠結合過表達HER2受體的細胞和正常人T細胞，以及觸發人細胞毒性淋巴細胞針對人乳腺腫瘤靶物的溶胞活性。
[0415]還記載了從重組細胞培養物直接製備和分離雙特異性抗體片段的多種技術。例如，已使用亮氨酸拉鏈來生成雙特異性抗體。Kostelny等，J.1mmunol.148 (5): 1547-1553 (1992)。將來自Fos和Jun蛋白的亮氨酸拉鏈肽通過基因融合與兩種不同抗體的Fab'部分連接。抗體同二聚體在鉸鏈區還原而形成單體，然後重新氧化而形成抗體異二聚體。這種方法也可用於生成抗體同二聚體。由Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:6444-6448 (1993)記載的「雙抗體」技術提供了構建雙特異性抗體片段的替代機制。該片段包含通過接頭相連的重鏈可變域(Vh)和輕鏈可變域(')，所述接頭太短使得同一條鏈上的兩個結構域之間不能配對。因此，迫使一個片段上的％和'結構域與另一個片段上的互補\和Vh結構域配對，由此形成兩個抗原結合位點。還報導了通過使用單鏈Fv(sFv) 二聚體構建雙特異性抗體片段的另一種策略。參見Gruber等，J.1mmunol.152:5368(1994)。
[0416]設想了具有超過兩個效價的抗體。例如，可製備三特異性抗體。Tutt等，J.1mmunol.147:60(1991)。
·[0417](Vii)其它胺基酸序列修飾
[0418]設想了本文所述抗體的胺基酸序列修飾。例如，可能希望改進抗體的結合親和力和/或其它生物學特性。通過將適宜的核苷酸變化引入抗體核酸或者通過肽合成來製備抗體的胺基酸序列變體。此類修飾包括例如抗體胺基酸序列內的殘基刪除和/或插入和/或替代。只要最終的構建物具有期望的特性，可進行刪除、插入和替代的任意組合以獲得最終的構建物。胺基酸變化還可改變抗體的翻譯後加工，諸如改變糖基化位點的數目或位置。
[0419]可用於鑑定抗體中作為優選誘變位置的某些殘基或區域的一種方法稱作「丙氨酸掃描誘變」，如 Cunningham 和 Wells, Science244:1081-1085 (1989)所記載的。這裡，鑑定了一個殘基或一組靶殘基(例如帶電荷的殘基，諸如精氨酸、天冬氨酸、組氨酸、賴氨酸和穀氨酸)，並用中性或帶負電荷的胺基酸(最優選丙氨酸或聚丙氨酸)替代，以影響胺基酸與抗原的相互作用。然後通過在或對替代位點引入更多或其它變體，推敲那些對替代展現出功能敏感性的胺基酸位置。如此，雖然引入胺基酸序列變異的位點是預先決定的，但是突變本身的性質不需要預先決定。例如，為了分析在給定位點處的突變的後果，在靶密碼子或區域進行丙氨酸掃描誘變或隨機誘變，並對所表達的抗體變體篩選期望活性。
[0420]胺基酸序列插入包括氨基和/或羧基末端的融合，長度範圍從一個殘基至包含上百個或更多殘基的多肽，以及單個或多個胺基酸殘基的序列內插入。末端插入的例子包括具有N-末端甲硫氨醯殘基的抗體或與細胞毒性多肽融合的抗體。抗體分子的其它插入變體包括在抗體的N-或C-末端融合酶(例如用於ADEPT)或提高抗體血清半衰期的多肽。
[0421]另一類變體是胺基酸替代變體。這些變體在抗體分子中有至少一個胺基酸殘基用不同殘基替換。最感興趣進行替代誘變的位點包括高變區，但也設想了 FR改變。保守替代在表I中顯示在標題「優選替代」下。如果此類替代導致生物學活性的改變，那麼可以引入表I中稱為「例示替代」的更實質性改變，或如下文中關於胺基酸種類的進一步描述，並篩選產物。
[0422]表I
[0423]
原始殘基 I例示替代I優選替代
Ala(A)Val; Leu; HeVal
Arg(R)Lys;Gin;AsnLys
Asn (N)Gln;His;Asp;Lys;ArgGln
Asp (D)Glu;AsnGlu
Cys (C)Ser;AlaSer
Gln (Q)Asn;GluAsn
Glu(E)Asp;GlnAsp
Gly(G)AlaAla
His(H)Asn;Gin;Lys;ArgArg
He (I)Leu; Val; Met; Ala; Phe;正亮氨酸Leu
【權利要求】
1.一種用於治療患有能夠響應!ER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的!ER ニ聚化抑制劑，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中J1ER3表達水平中值的水平表達HER3。
2.ー種用於治療患有卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的Pertuzumab，其中所述患者的癌症以小於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER3表達水平中值的水平表達HER3。
3.ー種用於為患有能夠響應HER ニ聚化抑制劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的J1ER3表達，並且，如果該癌症樣品以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3，那麼選擇HER ニ聚化抑制劑作為療法。
4.ー種用於為患有能夠響應化療劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的J1ER3表達，並且，如果該癌症樣品以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達J1ER3，那麼選擇化療劑作為療法。
5.一種用於治療患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的!ER抑制劑，其中所述患者的癌症以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2: HER3。
6.—種用於治療患有卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌的患者的方法，包括對該患者施用治療有效量的Pertuzumab，其中所述患者的癌症以大於卵巣癌、腹膜癌、或輸卵管癌中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3。
7.ー種用於為患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的HER2和HER3表達，並且，如果該癌症樣品以大於該癌症類型中HER2:HER3表達第25百分位的水平表達HER2:HER3，那麼選擇HER抑制劑作為療法。`
8.一種用於治療患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者的方法，包括對所述患者施用治療有效量的!ER抑制劑，其中所述患者的癌症以小於該癌症類型中J1ER3表達水平中值的水平表達J1ER3。
9.ー種用於為患有能夠響應HER抑制劑的癌症類型的患者選擇療法的方法，包括測定來自該患者的癌症樣品中的J1ER3表達，並且，如果該癌症樣品以小於該癌症類型中HER3表達水平中值的水平表達HER3，那麼選擇HER抑制劑作為療法。
【文檔編號】A61P35/00GK103432580SQ201310386357
【公開日】2013年12月11日 申請日期:2008年2月29日 優先權日:2007年3月2日
【發明者】盧卡斯.C.阿姆勒, 梅麗爾.伯克納, 林錦瑜, 喬基姆.莫克斯, 安德烈亞斯.史特勞斯 申請人:健泰科生物技術公司, 霍夫曼-拉羅奇有限公司