關於對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林應答的與預治療血清ip-10定量結合的il28b基因多態...的製作方法

2023-07-20 11:05:11 2

專利名稱：關於對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林應答的與預治療血清ip-10定量結合的il28b基因多態 ...的製作方法
關於對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林應答的與預治療血清IP-10定量結合的IL28B基因多態性的預測值相比這些生物標記中任何單獨一種增強本發明涉及一種方法，所述方法將7ZJ 部基因型測定與IP- ο的預治療血清水平測量結合，以預測感染HCV的個體患者對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林持續病毒應答(SVR)或不應答的結果。作為黃病毒科的成員的C型肝炎病毒(HCV)是一種能導致慢性肝炎的血源性病毒，並可導致肝纖維化、肝硬變和癌症。世界範圍內約I億7000萬人感染HCV，但治療選擇有限。治療慢性C型肝炎目前的護理標準由每周注射一次聚乙二醇化幹擾素a (IFN-a)和每日口服兩次利巴韋林構成(Fried和Hadziyannis, 2004, Semin Liver Dis 24 Suppl2，47-54)。然而，接受48周療程後，僅40-50%的感染基因型I或4的患者達到持續的病 毒應答(SVR)，相比之下感染基因型2或3的患者為80%。由此可見，顯然病毒基因型部分決定IFN-α /利巴韋林治療應答。此外，當前的護理標準通常伴隨副作用，例如抑鬱和貧血(Fried和Hadziyannis，2004)。因此對HCV患者而言，存在對新型更有效更安全治療的選擇的未滿足醫學需要。因而對治療HCV基因型I的護理標準目前包括服用48周的聚乙二醇IFN- α和利巴韋林，24周的隨訪以確定是否達到持續病毒應答。持續病毒應答(SVR)定義為治療停止後至少24周檢測不到HCV RNA。關於利用這些藥劑治療的持續時間、費用和死亡率已在本領域構成以下需求更好地理解應答和提前識別可從修改治療策略中受益的患者。近期已產生的資料顯示對IFN-α應答的遺傳貢獻(genetic contribution),其中在來自不同種族背景的HCV感染個體中IL28B多態性與臨床測定的病毒清除率之間有很強的關聯。該資料支持宿主部分決定先前與細胞因子血清標記相關的治療失敗，其中最相關的是在開始治療前測定的ip- ο血清水平。顯示抗HCV活性的IFN- λ蛋白質由沒和TZ匆基因編碼(Kotenko,等，2003,Nature Immunol. 4:69; Sheppard 等，2003，Nature Tmmunol. 4:63),而部基因編碼幹擾素-λ 3 (IFN-A3)。近期研究已識別了一種單核苷酸多態性(SNP) (rsl2979860,SEQ ID NO: I)，其位於7ZJ 部基因上遊3千鹼基(3kb)處，可作為治療應答的潛在預測標記(Ge等，2009，Nature 461:399)。該發現由其他使用其他臨近IL28B基因的SNP標記(rsl2980275, SEQ ID NO: 2 和 rs8099917, SEQ ID NO: 3)的獨立研究所證實(Suppiah等，2009， Nature Genetics 41:1100; Tanaka 等，2009，Nature Genetics 41:1105)。有利的突體顯示與多於應答HCV藥物治療的兩倍差異緊密關聯。在多種族群體中，約80%具有兩個有利變體拷貝的患者在IFN-α治療期間清除了病毒，並且在治療後24周時間中仍不存在病毒。該遺傳關聯似乎在包括歐洲、非洲和亞洲患者在內的所研究的所有族群中的應答預測都是重要的。這些研究也提供了以下初步證據在外周血單核細胞(PBMC)中7ZJ 部mRNA表達受與對IFN-a治療的增強應答相關的7ZJ 部基因型影響。在後期的研究中，該基因型也顯示大大地增強了在歐洲和非洲裔個體中HCV感染的自然解析度(naturalresolution) (Thomas等,2009，Nature 461:798)。這些研究還為在個性化醫學設定中預測對的IFN-α的應答提供了一定希望。在將IFN-Y誘導蛋白10(IP-10或CXCL10)識別為非應答的標記之前，腫瘤壞死因子a (TNF- α )、白介素(IL) 1B、IL_10和IL_8被識別為對IFN- α治療不應答的血清標記。ΙΡ-10在HCV患者肝臟和血清中顯示提升，並且發現其水平在對IFN- α不應答的HCV患者中相比應答者中提高更多。該發現也在包括歐洲高加索裔DITTO-研究在內的更大數據集中被證實，其中基線水平為對治療應答預測的最重要的決定因子(Romeix)等，2006，JID 194:895; Lagging 等，2006，Hepatology 44:1617)。後來，關於 IP-10 的發現延伸到HCV/HIV共感染的患者(Zeremski等，2007，JAIDS 45:262)，其隨後在二次研究中證實並且還與這些患者中肝炎和纖維化相關(Reiberger等,2008，Antivir Ther 13:969)。所述IP-10關聯性也在不同的種族群體中顯示(Fried等，AASLD 2008, poster 1223)。本領域出現了這樣的一種普遍性的觀點，即在RNA、細胞或蛋白水平顯示的免疫應答的提升可表明對IFN-α /利巴韋林療法的應答不強，儘管這沒有達到在臨床使用的分析或先進技術水平。儘管標記是已知的，但關於不應答的機制仍然未知。此外，儘管有前景， 但IL28B基因型沒有解釋幹擾素應答的所有方面，並且該發現與其他已知生物標記(如病毒基因型、病毒載量、重量、纖維化和IP-10)如何聯繫起來還不清楚。在IL28B基因產物IFN-λ 3的活性和免疫基因表達之間的分子聯繫表明IL28B和下遊細胞因子和趨化因子水平應為獨立的，因而下遊血清標記例如IP-10可有效描述同樣的基因型現象。最近報導的IL28B遺傳多態性極其令人振奮，其可以產生關於對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林治療實現持續病毒應答的重要預後信息。然而，其作為獨立試驗的臨床實用性仍為有限的。對於CC基因型，SVR的似然率(likelihood)估計為約80%。相比之下，對於TC雜合子，應答的似然率降低到約50%。因而，該基因分型試驗的陽性或陰性預測值相對低，這可弱化其在抗病毒治療決策中的應用。建立於其預測能力的方法(遺傳試驗與抗病毒應答的其他易得標記聯用)可改進陽性或陰性預測值並改善臨床實用性。本發明的一部分為高加索人和非裔美國人的HCV樣品分析，其中意想不到地確定，IP- ο血清水平和IL28B基因型互為補充且為獨立的應答預測物，特別地對於IL28B基因型雜合的或對不應答者基因型純合的感染HCV的患者中測量的IP-10水平為在測定對IFN-a治療的應答方面提供了另外的價值。對來自VIRAHEP-C (NIH資助的臨床試驗)的80名參與者使用ABI TaqMan等位區分試劑盒測試IL28B多態性標記rsl2979860。基因分型的患者為子研究的一部分，為其在歸檔血清中測定一組血清因子(Fried等，EASL 2008)。本群體包括40名SVR和40名不應答者，其中39名為高加索人，41名為非裔美國人。CC、CT或TT基因型分別以19%、61%和20%存在，其相應的SVR率分別為87%、47%和25%(x 2=13. 4，p=0. 0012)，其與Ge等的初始報告一致(2009，Nature 461:399)。平均血清IP-10水平是相似的，且似乎與7ZJ 部基因型不相關(p=0. 28)。在IP-10水平低 600 pg/ml)的患者中發現78%的SVR率，相比之下IP-10水平高(>600 pg/ml)的患者的 SVR 率為 36% ( X 2=17· I, ρ〈0· 0001)。在7ZJ 部基因型群體中血清ΙΡ-10水平提供關於SVR似然率的另外和獨立的信息(x2=27. 5, ρ〈0. 0001)。更具體而言，IP-IO水平低的CT攜帶者SVR為79%，相比之下高IP-10水平為34%。在TT攜帶者其中，確定到相似的關係(低IP-10的50%對比高IP-10的 10%)。
權利要求
1.一種方法，其將兩個或更多個選自以下的參數結合以預測感染HCV的個體患者對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林持續病毒應答(SVR)或不應答的結果IP-10的預治療血清水平測量值、基因型測定結果、種族或C型肝炎病毒載量測定結果。
2.權利要求I的方法，其中將所述7ZJ 部基因型測定結果和所述IP-IO的預治療血清水平測量值結合，以預測感染HCV的個體患者對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林持續病毒應答(SVR)或不應答的結果。
3.權利要求2的方法，其中加入種族參數。
4.權利要求2的方法，其中加入C型肝炎病毒載量測定結果。
5.權利要求2的方法，其中加入種族參數和C型肝炎病毒載量測定結果。
6.根據權利要求1-5中任一項的方法，其中所述7ZJ 部基因型包括如下多態性標記rsl2979860、rsl2980275和/或rs8099917，或任何其它與這些標記連鎖不平衡的基因標記。
7.權利要求6的方法，其中相比7ZJ 部基因型和血清IP-10水平兩種單獨標記中任一種，結合測量結果進一步區分感染HCV的個體患者對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林的SVR和不應答。
8.用於權利要求1-7中任一項的方法的診斷測定產品，其包括用於至少測定或測量HCV感染患者血清中IL28B多態性和IP-10水平的工具。
9.包括建模軟體的計算機系統，所述建模軟體使用由權利要求1-7中任一項的方法獲得的結果信息，用於預測對感染HCV的個體患者對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林的持續病毒應答(SVR)或不應答。
全文摘要
本發明涉及一種方法，所述方法將IL28B基因型測定與IP-10的預治療血清水平測量結合，以預測感染HCV的個體患者對聚乙二醇幹擾素和利巴韋林持續病毒應答(SVR)或不應答的結果。
文檔編號C12Q1/68GK102770557SQ201080058772
公開日2012年11月7日 申請日期2010年12月21日 優先權日2009年12月22日
發明者G.C.範寧, J.阿爾森斯, M.W.弗裡德 申請人:愛爾蘭詹森研發公司