用於評價和治療銀屑病及相關疾病的標記與方法

2023-10-09 12:52:49

專利名稱：：用於評價和治療銀屑病及相關疾病的標記與方法
技術領域：
：本發明涉及指示皮膚相關疾病(例如活動性銀屑病)的表達譜(expressionprofile)和核酸的鑑定以及這些表達譜和核酸在《艮屑病和相關疾病診斷中的用途。本發明還涉及鑑定和應用調節銀屑病的候選藥物和/或耙標的方法。
背景技術：
：銀屑病是一種慢性炎症性皮膚病，其病理生理學基礎十分複雜。細胞組分包括增生性表皮角化細胞、浸潤性單核細胞，包括T細胞、嗜中性粒細胞、樹突細胞和巨噬細胞(Barker,JN.1994.BaillieresClinRheumatol8:429-)。介導這些疾病的細胞顯示出異常產生細胞因子、趨化因子、翁著分子、蛋白酶和蛋白酶抑制蛋白等數個蛋白質家族。這些蛋白質的功能從先天免疫和炎症延伸到細胞分化和增殖(Barker，J等，1991.JDermatolSci，2:106-;Austin,LM1999.JInvestDermatol.113:752-)。從臨床研究到翻譯研究顯示，這些分子中至少有一些在銀屑病發展和維持中起著關鍵作用。一般認為，在銀屑病中對產生Thl免疫應答非常重要的兩種細胞因子是白介素-12(IL-12)和IL-23。這兩種細胞因子均由例如巨噬細胞和樹突細胞等抗原呈遞細胞產生，並且通過激活T細胞和自然殺傷細胞而起作用。IL-12和IL-23是可溶性細胞因子異二聚體家族的成員，在IL-12中由p35/p40蛋白亞基組成，在IL-23中由pl9/p40蛋白亞基組成。兩種細胞因子中任一種的IL-12p40亞基與存在於免疫細胞表面的跨膜IL-12受體(31(IL-12R1)結合。隨後IL-12p35或者IL-23p19分別與其受體配偶體(即IL-12R2和IL-23R)結合，導致對各細胞因子特異性的免疫信號轉導活動。因此，IL-12p額L誦12Rl相互作用的中斷將抑制IL-12和IL-23兩者的生物學活性。IL-12的功能已經得到充分表徵，包括幹擾素-(IFN-)的誘導、Thl細胞的分化和先天抗性與適應性免疫的銜接(Trinchieri,G.2003Interleukin-12andtheregulationofinnateresistanceandadaptiveimmunity(白介素-12和先天抗性與適應性免疫的調節).NatRevImmunol3:133146)。雖然IL-23的許多免疫後果依然是現行研究中的課題，但是有研究指出IL-23功能與IL-12的相似但卻不完全相同(Oppmann等，2000/m麵w砂13:715-725)。微陣列技術是一種強大的工具，因為它能夠同時對數千種基因的表達進行分析，而且還可以是允許高通量方式的自動化操作。在與複雜的宿主功能有關的疾病(例如被稱為自身免疫性疾病(例如銀屑病)的疾病)中，微陣列的結果能夠提供基因表達譜，這可以用來設計新的疾病診斷和管理方法。這些方法還用來鑑定新的基因以及對迄今為止與所述疾病或病症尚無關聯的未知功能的基因進行論釋。基因表達可以按幾種不同的方式進行調節，包括應用siRNA、shRNA、反義分子和DNA核酶。SiRNA和shRNA均通過RNAi途徑進行，並且已經成功地用來抑制基因的表達。最早在蠕蟲中發現了RNAi，Fire和Mello最先報導了植物中基因沉默與dsRNA相關的現象，他們認為這是植物細胞抵禦RNA病毒感染的一種方式。在這一途徑中，長的dsRNA病毒產物通過DICER樣酶被加工成長度為21-25bp的較小片段，然後雙鏈分子解旋並且插到RNA誘導性沉默複合物(RISC)中。在哺乳動物細胞中已經鑑定出具有顯著差異的類似途徑，為了避免誘導所謂的幹擾素應答，dsRNA分子的長度必需小於30bp，幹擾素應答不是基因特異性的，會導致細胞中蛋白質合成的完全中斷。已經成功設計出選擇性靶向單一基因並且可以被體外或體內遞送至細胞內的合成siRNA。ShRNA是siRNA分子的DNA等同物，具有被摻入細胞基因組的優勢，在基因組中在每個有絲分裂周期內進行複製。DNA核酶還被用來調節基因表達。DNA核酶是切割單鏈RNA的催化性DNA分子。它們對靶RNA序列具有高度選擇性，因此可通過靶向信使RNA而用於下調特異性基因。因此，有需要鑑定和表徵新的基因標記，用於開發診斷和治療自發明概述本發明涉及通過鑑定和使用調節銀屑病和/或相關疾病或病症的候選藥物和/或靶標來診斷和/或治療這些疾病或病症的方法。本發明包括以下發現在銀屑病患者和/或用有效減輕銀屑病症狀的藥物進行治療的患者體內，一組36個基因的表達水平發生改變。改變的表達水平構成了表達譜，可用作指示銀屑病的生物標記譜(biomarkerprofile)和/或患者對治療的反應。在一個具體的實施方案中，本發明包括根據構成表達譜的36個基因中一個或多個基因的表達模式對治療銀屑病的功效進行測定的方法。例如，對於受治療者，這可以在臨床反應的其它一般測定顯示出結果之前進行。在一個實施方案中，候選藥物的篩選方法包括將候選藥物不存在時的表達水平與候選藥物存在時的表達水平進行比較，其中如果候選藥物存在時，候選藥物的濃度可以變化，並且其中該項比較可發生在用候選藥物治療期間或治療之後。在一個典型的實施方案中，細胞樣本表達至少兩個表達譜基因。該表達譜基因可能顯示增力口或減少。在一個實施方案中，銀屑病相關基因譜(psoriasis-relatedgeneprofile)用來產生用於預後或診斷目的基於陣列的方法，該方法包括(a)由從患者獲得的樣本中製備代表性的核酸混合物，用可檢測標記對混合物中的所述樣品核酸進行標記；(b)使樣品與包含大量核酸區段的陣列接觸，其中每個核酸區段被固定在基質表面不連續的已知地址(address)上，其中一組銀屑病相關生物標記通過地址被鑑定為陣列的特徵(feature)，其中所述陣列在基質的已知地址上還包括至少一種校準核酸，其中接觸是在其中樣品核酸可與固定在陣列上的核酸區段特異性結合的條件下進行的；(c)將得自經治療患者的所有試驗樣品與參比標準進行統計比較5和(d)將試驗樣品各特徵的強度變化模式與是銀屑病相關基因譜成員的特徵的強度變化模式進行比較，所述銀屑病相關基因譜具有歷史模式，其樣品取自從對CNT01275治療有反應的患者。在一個替代實施方案中，本發明包括試劑盒，該試劑盒用於通過鑑定和使用調節4艮屑病和/或相關疾病或病症的候選藥物和/或靶標來診斷這些疾病或病症，並且用於根據基因表達模式來測定銀屑病和/或相關疾病或病症的治療效果。本發明的另一個實施方案涉及一組4艮屑病相關基因(psoriasis-relatedgenepanel)的基因轉錄或基因產物的激動劑和/或拮抗劑以及使用一組銀屑病相關基因的拮抗劑來治療銀屑病或相關疾病的方法，所述拮抗劑包括針對一組銀屑病相關基因的產物的抗體。一方面，一組銀屑病相關基因的拮抗劑是與一組銀屑病相關基因的產物特異性結合的抗體。這種抗體的一個特別優勢是它們能夠與一組銀屑病相關基因的產物以抑制其作用的方式結合。因此，本發明的方法利用具有所需抑制性質的抗體，使之成為理想的適用於治療性和預防性治療人類或非人類患者的與各種皮膚相關疾病有關的疾病。因此，本發明涉及治療需要這種治療的患者的4艮屑病或相關疾病或病症的方法，該方法包括給予患者一定量的一組銀屑病相關基因的產物的中和抗體以抑制4艮屑病相關疾病或病症。另一方面，本發明提供調節一組銀屑病相關基因的基因活性的方法，該方法包括使細胞與調節(抑制或增強)一組銀屑病相關基因的基因活性或表達的調節劑(例如拮抗劑或激動劑)接觸，從而調節在細胞內的活性或表達。在一個優選的實施方案中，所述調節劑是與一組銀屑病相關基因特異性結合的抗體。在其它實施方案中，所述調節劑是肽、肽模擬物或其它小分子。本發明還提供治療患有銀屑病或相關疾病患者的方法，其中可通過調節一組銀屑病相關基因的含量或活性來減輕所述疾病。本發明還提供通過給予患者調節一組銀屑病相關基因的產物活性的調節劑或調節一組銀屑病相關基因的表達的調節劑來治療患有以一組銀屑病相關基因的產物或其一種編碼多核苷酸的活性異常為特徵的疾病的患者的方法。在一個實施方案中，調節劑是多肽或小分子化合物。在另一個實施方案中，調節劑是多核苷酸。在一個具體的實施方案中，一組4艮屑病相關基因的拮抗劑是能夠抑制細胞產生一組銀屑病相關基因的siRNA分子、shRNA分子、反義分子、核酶或DNA核酶。本發明還提供本文記載的任何發明。附圖簡述圖1A-D表示用定量RT-PCR法測定的BLMH(A)、IL1F5(B)、IL-8(C)和PLAT(D)成員組的基因表達模式。圖2A-D表示用定量RT-PCR法測定的絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B3(A)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B4(B)、GJB2(C)和IL1F9(D)成員組的基因表達模式。發明詳述定義下面的定義用以說明和限定用來描述本發明的各種術語的含義和範圍。多肽的"活性，，、生物活性和功能活性是指按照標準技術，體內、原位或體外測定的一組銀屑病相關基因中的某個基因在響應其與其它蛋白質或分子特異性相互作用時產生的活性。這種活性可以是直接活性，例如與第二蛋白締合或對第二蛋白的酶促活性，或者可以是間接活性，例如由該蛋白與第二蛋白相互作用所介導的細胞過程或如胞內信號轉導或凝結級聯(coagulationcascade)中一系列相互作用所介導的細胞過程。"抗體，，包括含有至少部分免疫球蛋白分子的含任何多肽或肽的分子，例如但不限於重鏈或輕鏈的至少一個互補決定區(CDR)或其配體結合部分、重鏈或輕鏈可變區、重鏈或輕鏈恆定區、構架區或其任何部分、片段或變體。術語"抗體"另還包括抗體、其消化片段、特定部分和變體，包括了抗體模擬物或者包含模擬抗體或其特定片段或部分(包括單鏈抗體及其片段)的結構和/或功能的抗體部分。例如，抗體片段包括但不限於Fab片段(例如通過木瓜蛋白酶消化產生)、Fab'片段(例如通過胃蛋白酶消化和部分還原產生)和F(ab，)2片段(例如通過胃蛋白酶消化產生)、facb片段(例如通過纖維蛋白溶酶消化產生)、pFc，片段(例如通過胃蛋白酶或纖維蛋白溶酶消化產生)、Fd片段(例如通過胃蛋白酶消化、部分還原和重聚集產生)、Fv片段或scFv片段(例如通過分子生物學技術產生)，這些均包括在本發明內(參見例如Colligan等(編輯)，CurrentProtocolsinImmunology,JohnWiley&Sons,Inc.,NY(1994-2001);Colligan等，CurrentProtocolsinPolypeptideScience,JohnWiley&Sons,NY(1997-2001))。本文所用術語"陣列，，或"微陣列"或"生物晶片"或"晶片"是指包含固定在固體表面的大量固定化靶成分(targetdement)的製造品或裝置，各靶成分包含"克隆"、"特徵(feature)"、"斑點(spot)"或者包含特定組分(例如核酸分子或多肽等生物分子)的規定區域，下面將作詳細i侖述。本發明核S交序列的"互補序列"或與本發明核酸序列"互補的"是指與第一多核苷酸相比具有互補鹼基序列及相反取向的多核苷酸分子。如本領域所知，"同一性"是指通過序列比較測定的兩個或更多個多肽序列或者兩個或更多個多核苷酸序列之間的關係。本領域中，"同一性"也指多肽序列之間或多核香酸序列之間序列相關性的程度，通過這些序列的序列段之間的匹配加以確定。"同一性"和"相似性"易通過已知方法計算得出，該方法包括但不限於以下文獻所述方法ComputationalMolecularBiology(計算分子生物學)，Lesk,A.M.主編，OxfordUniversityPress,NewYork,1988;Biocomputing:InformaticsandGenomeProjects(生物計算信息學與基因組工程)，Smith,D.W.主編，AcademicPress,NewYork,1993;ComputerAnalysisofSequenceData(序列數據的計算機分析)，第I部,Griffin,A.M.和Griffin,H.G.主編,HumanaPress,NewJersey,1994;SequenceAnalysisinMolecularBiology(分子生物學的序列分析)，vonHeinje,G.,AcademicPress,1987;SequenceAnalysisPrimer(序列分才斤引物)，Gribskov,M.和Devereux,J.主編，MStocktonPress,NewYork,1991;以及Carillo,H.和Lipman,D.,SiamJ.AppliedMath.,48:1073(1988)。另夕卜，運用VectorNTISuite8.0(Informax,Frederick,MD)的AlignX構件的默認設置，可以由所產生的胺基酸和核苷酸序列比對獲得同一性的百分比值。本文所用術語"與......特異性雜交"、"特異性雜交到"、"特異性雜交，，和"與......選擇性雜交"是指在嚴格條件下核酸分子優先與特定核苷酸序列結合、形成雙鏈體或雜交。術語"嚴格條件"是指探針優先與其靶亞序列雜交，並且與其它序列以較低程度雜交或完全不雜交的條件。核酸雜交範圍(例如陣列、DNA雜交或RNA雜交)中的"嚴格雜交"和"嚴格雜交洗滌條件"是序列依賴性的，在不同的環境參數下各不相同。下面將詳細說明可以用於實施本發明的替代的雜交條件。在替代方面，雜交和/或洗滌條件在溫和條件、嚴格條件和高嚴格性條件下進行，見下面的進一步詳述。替代的洗滌條件還用於不同的方面，見本文的進一步詳述。本文所用術語"標記生物分子"或"用可^T測組分標記"或"用可檢測部分標記"是指包含可檢測組分(即標記)的生物分子(例如核酸)，見下面的詳述。標記也可以是另一種生物分子(如核酸)，例如如下所述的以莖-環結構的形式作為"分子信標"的核酸。這包括通過例如切口平移、隨機引物延伸、用簡併引物擴增等方法，將已標記的鹼基(或可與可檢測標記結合的鹼基)摻到核酸中。可以使用任何標記，例如化學發光標記、放射性標記、酶標記等。可通過任何方法糹企測標記，例如肉眼才企測、分光鏡才企測、光化學4企測、生化4企測、免疫化學檢測、物理檢測、化學檢測和/或化學發光檢測。本發明可使用含有固定化核酸的陣列，所述核酸含有可4企測標記。本文所用術語"核酸"是指單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核苷酸(DNA)或核糖核普酸(RNA)。該術語包括含有天然核苷酸的已知類似物的核酸。該術語核酸可與基因、DNA、RNA、cDNA、mRNA、寡核普酸引物、探針和擴增產物互換使用。該術語還包括DNA骨架類似物，例如磷酸二酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、曱基膦酸酯、氨基磷酸酯、烷基磷酸三酯、氨基磺酸酯、3'-硫縮醛、亞曱基(甲基亞氨基)(methylene(methylimino))、3'-N-氨基曱酸酯、嗎啉代氨基曱酸酯和肽核酸(PNA)。本文所用術語"樣品"或"核酸樣品"是指含有DNA或RNA或從天然來源分離出來的DNA或RNA核酸代表的樣品。"核酸樣品"的形式適於與另一種核酸(例如固定化探針)雜交(例如作為可溶性水溶液)。可以從特定細胞或組織中分離、克隆或提取樣品核酸。用來製備核酸樣品的細胞或組織樣品，通常取自患有或者疑似患有銀屑病或相關疾病或病症的患者。細胞和組織樣品的分離方法為本領域技術人員所熟知，包括但不限於吸出(aspiration)、組織切片、穿刺活檢等。樣品通常是"臨床樣品"，就是從患者身上獲得的樣品，包括組織切片，例如用於組織學目的的冷凍切片或石蠟切片。還可以從(細胞)上清液或者取自患者或細胞培養物的細胞本身、得自組織培養物和其它說明書第9/45頁介質的細胞中獲得樣品，所述介質適宜檢測對候選藥物的反應。在某些情況下，核酸可以在雜交前用標準技術(例如PCR)進行擴增。探針可由代表性核酸源產生，總的來說可以是代表性的核酸源，得自一個或多個特定(預選)部分，例如一批聚合酶鏈式反應(PCR)擴增產物、基本完整的染色體或染色體片段、或者基本完整的基因組，例如一批克隆(例如BAC、PAC、YAC等)(見下文)。"核酸"是核苷酸的多聚體，其中核苷酸包括鹼基、糖和二價分子(例如磷酸)，其中鹼基與糖連接，而糖又通過間插至少一個二價分子(例如磷酸)而彼此相連接。在天然存在的核酸中，糖或者是2，-脫氧核糖(DNA)或核糖(RNA)。非天然的多核苷酸或寡核苷酸含有修飾鹼基、糖或連接分子，但是一般認為在它們設計出來後會模擬天然存在的核酸的互補性質。非天然的寡核苷酸的實例為具有硫代磷酸酯骨架的反義分子組分。"寡核普酸"一般是指不超過30個核苷酸的核酸分子。術語"譜(profile)"是指一種模式並涉及許多特徵變化的大小和方向。譜可以在嚴格意義上作出解釋，也就是說特徵展示譜內的各特徵的程度和/或數目的變化基本上類似於參比譜，或者譜可以在不太嚴格的意義上作出解釋，例如，要求所有或各組特徵性特徵是一種趨勢性而不是絕對的匹配。術語"蛋白質"、"蛋白"、"多肽"和"肽"包括"類似物"或"保守變體"和"模擬物"或"肽模擬物"，這些變體的結構和活性基本上對應於它們所來源的多肽，有關詳述見上文。"多肽"是多個胺基酸殘基由肽鍵結合起來的多聚體，肽一般是指不超過12個殘基的胺基酸多聚體。肽鍵可以在核酸模板指導下自然產生，或者通過本領域眾所周知的方法合成產生。"蛋白質"或"蛋白"是包含一條或多條多肽鏈的大分子。蛋白質或"蛋白"還包含與不參與肽鍵形成的胺基酸側基連接的取代基。真核細胞表達所形成的蛋白質通常還含有糖類。本文根據蛋白質的胺基酸序列或骨架對蛋白質進行限定，對取代基未作規定，不論是否已知。術語"受體"是指在例如細胞內通過與特異性配體或結合配偶體相互作用從而具有影響生物活性的能力的分子。細胞膜結合受體以胞外配體結合域、一個或多個3,膜域和胞內效應物域(intracellulareffectordomain)(通常參與信號轉導)為特徵。配體與細胞膜受體結合虧1起跨細胞膜進行通信的胞外域發生改變，與一種或多種胞內蛋白質發生直接或間接相互作用，從而改變細胞性質，例如酶活性、細胞形狀或基因表達語。受體也可以與細胞表面解離，因此受體可以是胞質的、核的，或者從細胞內完全釋放。非細胞締合受體稱為可溶性受體或配體。本文所引用的所有出版物或專利都通過引用全部結合到本文中，不論是否相應地加以特別註明，因為它們表示本發明所處時期的現有技術，和/或供描述和實施本發明。出版物是指任何科學或專利出版物，或以包括所有記錄形式、電子形式或印刷形式在內的任何媒體形式獲取的任何其它資料。下面的參考文獻通過引用全部結合到本文中Ausubel等主編，CurrentProtocolsinMolecularBiology(最新分子生物學實驗方法)，JohnWiley&Sons,Inc.,NY(1987-2001);Sambrook等,MolecularCloning:ALaboratoryManual(分子克隆實驗室指南)，第二片反，ColdSpringHarbor,NY(1989);Harlow和Lane，Antibodies,aLaboratoryManual(抗體實驗室指南)，ColdSpringHarbor,NY(1989);Colligan等主編，CurrentProtocolsinImmunology(最新免疫學實驗方法)，JohnWiley&Sons，Inc.,NY(1994-2001);Colligan等，CurrentProtocolsinProteinScience(最新蛋白質科學實驗方法)，JohnWiley&Sons,NY(1997-2001)。一組基因的鑑定與！HitCNTO1275是與人IL-12和IL-23的p40亞基結合的人抗IL-12p40人IgGl抗體(Centocor公司)。CNTO1275在臨床試驗中用於治療4艮屑病。中度及嚴重銀屑病患者中，CNTO1275的最初臨床測試(研究名稱T01)表明，單次靜脈劑量後臨床症狀得到顯著改善(Kauffman，CL等，2004.JInvestDermatol.123:1037-1044)。首次在人體進行的I期非隨機開放標記研究表明，單次靜脈內輸注CNT0127的耐受性普遍良好，引起銀屑病皮損的濃度依賴性改善。雖然銀屑病是人類最普通的T細胞介導的炎性疾病之一，也是最普通的免疫介導的炎性疾病和病症，但是尚未鑑定出自身抗原。一般認為，銀屑病的發病機製取決於病變和/或循環T細胞的激活及其分泌產物，導致角化細胞過度增殖和血管生成並伴有顯著血管擴張。在T01研究中，用單次靜脈內輸注對體表面積範圍為3%-35%和至少兩個斑塊位於軀幹或四肢的18名患者進行了治療。劑量範圍為0.1-5.0mg/kg。未發現與CNT01275有關的嚴重不良反應。據報導，最常見的不良反應包括CD4+和CD16/56+細胞的瞬時減少、頭痛、感冒症狀和活檢部位疼痛。在研究給藥後的第8周和第16周之間，18名受治療者中有12名(67。/。)在銀屑病活性和嚴重度指數(psoriasisactivityandseverityindex,PASI)上達到至少75%的改善。臨床症狀的改善是濃度依賴性的。在一個類似研究T02中(見實施例1),在研究中用得自受治療者的皮膚活檢樣品，通過微陣列對基因表達譜進行分析，在通過PASI評分測定的可見臨床症狀改善之前便可鑑定出與CNTO1275治療效果有關的一糹且予貞後指示基因(prognosticindicatorgenepanel)。本發明提供用於診斷銀屑病相關疾病的新的方法，以及用於篩選調節銀屑病症狀、特別是銀屑病皮損的組分的方法。本文所用術語"4艮屑病"、"銀屑病皮損"、"銀屑病相關疾病"或語法上的等同詞彙，是指以T細胞介導的炎性疾病為標誌的疾病狀況或病症，所述T細胞介導的炎性疾病導致角化細胞過度增殖和血管生成並伴有明顯的血管擴張，即發療性皮損。其它皮膚T細胞疾病包括皮膚T細胞淋巴瘤。在4艮屑病或相關疾病的治療中，理想的是限制致病性T細胞應答。已經鑑定出IL-12家族的細胞因子IL-12、IL-23涉及Thl驅動的免疫應答。因此，共享卩(p40)亞基的所有成員(不僅僅局限於IL-12或IL-23)的拮抗劑都被選擇作為治療銀屑病的首選人用藥物。一方面，在需要診斷信息的不同患者的樣品中，對基因的表達水平進行測定以提供表達譜。具體樣品的表達譜基本上是該樣品狀況的"指紋"；雖然兩種狀態可能是任何具體基因進行的類似表達，但是同時評價多個基因使得所產生的基因表達譜對於所述患者樣品的狀況而言則都是唯一的。也就是說，可把正常組織和病變組織區分開，並且可把經治療的患者組織和未治療患者的組織區分開。通過對不同的已知疾病狀況的組織的表達譜進行比較，獲得有關在每種狀況下是十分重要的基因信息(包括基因上調和下調)。在疾病組織中，對進行差異表達的序列(基因)進行鑑定能夠以多種方式利用這些信息。例如，可以對具體治療方案的評價法進行評價。同樣地，用已知的表達譜對患者樣品進行比較，可進行診斷或者確診。此外，這些基因表達譜(或各個基因)允許用肉眼篩選候選藥物、模擬或改變特定的表達譜；例如，可以對用於抑制血管生成表達譜的藥物進行篩選。這可以通過製備包含整套重要疾病基因的生物晶片來進行，生物晶片進而可用於這些篩選。這些方法還可以在蛋白質基礎上進行；也就是說，可以對銀屑病相關基因產物蛋白質的蛋白質表達水平進行評價用於診斷目的或篩選候選藥物。另外，包含4艮屑病相關基因譜的核酸序列可以用來設計包括反義核酸在內的治療藥，或者由該基因序列編碼的蛋白質可以作為疫苗的成分給予。因此，本發明提供在銀屑病中進行差異表達的核酸序列和蛋白質序列的信息，本文稱為"銀屑病相關基因序列"。如下文中所概述的一樣，銀屑病相關基因序列包括在銀屑病相關疾病中上調(即按較高水平表達)，以及下調(即按較低水平表達)的基因序列。在一個優選的實施方案中，銀屑病相關基因序列得自人；然而，本領域技術人員應當理解的是，得自其它生物的銀屑病相關基因序列可用於疾病動物模型和藥物評價；因此，本發明提供得自脊推動物的其它銀屑病相關基因序列，脊推動物包括哺乳動物、包括齧齒動物(大鼠、小鼠、倉鼠、豚鼠等)、靈長類、農場動物(包括綿羊、山羊、豬、牛、馬等)。可以用本領域已知技術獲得來自其它生物的銀屑病相關基因序列。銀屑病相關基因序列可包括核酸序列及胺基酸序列。在一個優選的實施方案中，4艮屑病相關基因序列是重組核酸。本文所用術語"重組核酸"是指一般來講是用聚合酶和內切核酸酶通過核酸操作最初在體外形成的核酸，其形式通常不存在於天然情況下。因此，線狀形式的分離核酸，或者通過體外非正常連接方式連接DNA分子所形成的表達載體，均被視為用於本發明目的的重組體。要理解的是一旦重組核酸形成，並再導入宿主細胞或生物內，它將非重組性進行複製，也就是說，利用宿主細胞的體內細胞機器而不是體外操作；然而，該核酸一旦經重組產生，雖然隨後進行非重組性複製，但是仍被視為用於本發明目的的重組體。實施本發明的方法
技術領域：
：本發明提供在計算機晶片上基於陣列的方法，該方法取決於兩個或更多個樣品中結合分子(例如核酸序列)的相對含量。本發明還提供用於測定兩個或更多個樣品中結合分子(例如核酸序列)的相對含量的計算機執行方法，並且利用已測定的相對結合量來診斷疾病和給疾病分期、預測對具體療法的反應性以及監測和提高治療性治療。為了實施本發明的方法，將兩個或更多個經標記的生物分子(例如核酸)樣品加到兩個或更多個陣列中，其中所述陣列具有與固定化結合分子(例如能夠與標記樣品核酸雜交的固定化核酸)基本相同的互補序列。兩個或更多個陣列通常是多拷貝的相同陣列。然而，由於陣列上的每個"斑點"、"克隆"或"特徵"具有相似的生物分子(例如同一序列的核酸)，並且每個斑點中的生物分子(例如核酸)是已知的，如典型的核酸陣列和其它陣列，所以用於本發明的多個陣列在構造上不必相同，需要的僅僅是清楚基質上每個特徵的位置，也就是說，具有地址。因此，一方面，多種生物分子(例如核酸)樣品相應地結合到陣列(例如同時雜交)上，所收集的信息經過解碼，使得結果是基於所述特徵(例如核酸序列)的內在性質，而不是在基質上的位置。核酸的擴增使用寡核苷酸引物的擴增可用來產生用於本發明組合物和方法的核酸，以檢測或測定與陣列雜交的實驗樣品或對照樣品的水平等。技術人員可以選擇和設計合適的寡核苷酸擴增引物。擴增方法是本領域眾所周知的，包括例如聚合酶鏈式反應PCR(PCRPROTOCOLS,AGUIDETOMETHODSANDAPPLICATIONS(PCR實驗方法和應用指南)，主編Innis,AcademicPress,N.Y.(1990)和PCRSTRATEGIES(RCR策略)(1995),主編Innis，AcademicPress,Inc.,N.Y,;連接酶鏈式反應(LCR)(參見例如Wu(1989)Genomics4:560;Landegren(1988)Science241:1077;Barringer(1990)Gene89:117);轉錄擴增(參見例如Kwoh(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA86:1173);自動維持序列擴增(參見例如Guatelli(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87:1874);Q卩複製酶擴增(參見例如Smith(1997)J.Clin.Microbiol.35:1477-1491);自動Q-(3複製酶擴增實驗(參見例如Burg(1996)Mol.Cell.Probes10:257-271)和其它RNA聚合酶介導技術(例如NASBA，Cangene,Mississauga,Ontario);另參見Berger(1987)MethodsEnzymol.152:307-316;Sambrook;A應bel;美國專利號4,683,195和4,683,202;Sook腦an(1995)Biotechnology13:563-564。核酸雜交為了實施本發明的方法，將核酸的試^r樣品和對照樣品在例如陣列上與固定化探針核酸雜交。在替代方面，在溫和條件、嚴格條件和高嚴格性條件下實施雜交和/或洗滌條件。對於核酸雜交的詳盡指導參見例如SambrookAusubel，Tijssen。通常對於特定序列，在規定的離子強度和pH下，選擇比熱熔點(Tm)大約低5"的高嚴格性雜交和洗滌子強度和pH下)。對於特定探針，選擇等於Tm的高嚴格性條件。互Sambrook),於42。C進行雜交過夜，所述互補核酸在陣列或DAN印跡法或RNA印跡法濾膜上的互補殘基超過100個。高嚴格性洗滌條件的實例為0.15MNaCl,72'C下約15分鐘。嚴格的洗滌條件的實例為在65。C下用0.2xSSC洗滌15分鐘(參見例如Sambrook)。通常高嚴格性洗滌之前通過中等嚴格性或低嚴格性洗滌以除去本底探針信號。對於雙鏈體(例如超過100個核苦酸)，中等嚴格洗滌的實例為lxSSC，45。C15分鐘。對於例如超過100個核苷酸的雙鏈體，低嚴格性洗滌的實例為4xSSC至6xSSC,40。C15分鐘。在本發明的組合物和方法的替代方面，例如，在實施比較核酸雜交(例如與陣列的比較基因組雜交(CGH))時，使用螢光染料Cy3⑧和Cy5⑧以對得自兩個樣品的核酸片段進行差異性標記，例如陣列固定化核酸與樣品核酸，或者由對照製備的核酸與由試驗細胞或組織製備的核酸。許多市售儀器被設計用來檢測這兩種染料。為了增強Cy5⑧或螢光色素或其它氧化敏感性化合物的穩定性，可在雜交混合物、雜交和/或洗滌溶液中使用抗氧化劑和自由基清除劑。因此，Cy5⑧信號急劇增強，較長的雜交時間是可行的。參見WO0194630A2和美國專利申請號20020006622。為了進一步提高雜交靈敏度，可以在受控的不飽和溼度環境中進行雜交；因此，如果溼度是不飽和的，則雜交效率明顯提高。參見WO0194630A2和美國專利申請號20020006622。如果溼度受到動態的控制，也就是說如果在雜交期間溼度改變，則可提高雜交效率。在動態平衡的溼度環境中會促進傳質。可以逐步或連續地調節雜交環境中的溼度。可以使用陣列裝置，該裝置包括外罩和控制器，使得操作員能在雜交前、雜交、洗滌和/或檢測階段控制溼度。該裝置可具有檢測、控制和記憶組件，以便對包括雜交前、雜交、洗滌和檢測步驟的整個操作循環的溼度和溫度控制(它是恆定或精確的，或者是波動的)和其它參數進行預先編程。參見WO0194630A2和美國專利申請號20020006622。本發明的方法可包括有滲透壓波動(osmoticfluctuation)的雜交條件。通過雜交環境也可提高雜交效率(即達到平衡的時間)，雜交環境包括改變高滲性/低滲性(例如溶質梯度)。溶質梯度是在裝置中建立的。例如，將低鹽雜交溶液》文入陣列雜交池(arrayhybridizationchamber)—側，將較高鹽緩沖液放入另一側以在雜交池中產生溶質梯度。參見WO0194630A2和美國專利申請號20020006622。阻斷重複核酸序列進行雜交的能力本發明的方法可以包括在固定化核酸區段中阻斷重複核酸序列進行雜交的能力(即阻斷"雜交能力")的步驟。可以通過將樣品核酸序列與未標記的或替代性標記的重複核酸序列相混合來阻斷樣品核酸序列中重複核酸序列的雜交能力。可以在與陣列-固定化核酸區段接觸的步驟前，使樣品核酸序列與重複核酸序列混合。阻斷序列例如是Cot-lDNA、鮭精DNA或特異性重複基因組序列。重複核S吏序列可以是未標記的。已知消除重複序列雜交能力和/或使雜交能力喪失的多種方法，例如使用Cot-l;參見例如Craig(1997)Hum.Genet.100:472-476;WO93/18186。可以通過;茲力純化(magneticpurification)和親和PCR從文庫探針中除去重複DNA序列，參見例如Rauch(2000)J.Biochem.Biophys.Methods44:59-72。陣列一般是固定在平板表面被稱為"斑點(spot)"或"簇(cluster)"或"特徵"的大量靶成分，每個靶成分包含一個或多個固定在固體表面上的生物分子(例如核酸或多肽)用於與樣品中的分子特異性結合(例如雜交)。該固定化核酸可包含從特定信息(例如cDNA文庫)或基因(例如基因組文庫)、包括人基因組獲得的序列。其它靶成分可含有參比序列等。陣列的生物分子可以按不同的大小和不同的密度排列在固體表面上。簇中生物分子的密度和陣列中簇的數量取決於多種因素，例如標記的性質、固相支持體、基質表面的疏水程度等。每個特徵可以包含基本相同的生物分子(例如核酸)或生物分子的混合物(例如不同長度和/或序列的核酸)。因此，例如特徵可含有不止一個拷貝的DNA克隆節段，每個拷貝還可斷裂成不同長度的片段。生物分子(例如核酸)所固定的陣列基質表面可包括硝酸纖維素膜、玻璃、石英、熔融石英、塑料等，有關論述見下文。本發明的組合物和方法可應用到整個或部分陣列設計中，有關成分和方法如下例如美國專利號6,344,316、6,197,503、6,174,684、6,159,685、6,156,501、6,093,370、6,087,112、6,087,103、6,087,102、6,083,697、6,080,585、6,054,270、6,048,695、6,045,996、6,022,963、6,013,440、5,959,098、5,856,174、5,843,655、5,837,832、5,770,456、5,723,320、5,700,637、5,695,940、5,556,752、5,143,854;另參見例如WO99/51773、WO99/09217、WO97/46313、WO96/17958、WO89/10977;另參見例如Johnston(1998)Curr.Biol.8:R171-174;Schummer(1997)Biotechniques23:1087-1092;Kern(1997)Biotechniques23:120-124;Solinas畫Toldo(1997)Genes,Chromosomes&Cancer(基因、染色體與癌症)20:399-407;Bowtell(1999)NatureGeneticsSupp.21:25-32;Epstein(2000)CurrentOpinioninBiotech,11:36-41;Mendoza(1999)Biotechniques27:778-788;Lueking(1999)Anal.Biochem.270:103-111;Davies(1999)Biotechniques27:1258-1261。基質表面可用於本發明的組合物和方法的基質表面包括例如玻璃(參見例如美國專利第5,843,767號)、陶瓷和石英。陣列的基質表面可為剛性、半剛性或柔性材料。基質表面可以是平坦或平面的，也可以做成孔(well)、凸起區、蝕刻溝、洞(pore)、小珠、細絲等形狀。基質表面還可包括各種材料，例如硝酸纖維素膜、紙、晶體基質(例如砷化鎵)、金屬、非金屬、聚丙烯醯嗎啉、各種塑料和塑料共聚物、Nylon⑧、特氟隆(Teflon⑧)、聚乙烯、聚丙烯、乳膠、聚曱基丙烯酸酯、聚對苯二甲酸乙二酯、嫘縈、尼龍、聚丁酸乙烯酯和乙酸纖維素。基質可以是塗覆的，而且可以使基質和塗層材料官能化以便能夠例如與胺綴合。包含標準序列的陣列本發明提供包含固定化標準序列的陣列的用途，所述標準序列使基於陣列的雜交反應結果歸一化，本發明還提供使用這些標準序列例如測定"歸一化"或"標準化"比率譜的標準序列拷貝數的方法。標準序列可與陣列上固定化核酸序列中的獨特序列基本相同。例如，得自陣列上每個"斑點"或"生物位點(biosite)"的"標記"序列(僅存在於該斑點，使之成為該斑點的"標記")用一個或多個"對照"或"校準"斑點中的相應序列表示。利用"對照斑點，，或"校準斑點"來進行"歸一化，，以提供可靠和可重複的信息。對照斑點可提供獨立於與陣列雜交的標記樣品(或樣品的標記結合分子)的一致結果。對照斑點可用來產生"歸一化"或"標準化，，曲線以抵銷用於本發明在計算機晶片上基於陣列的方法的兩個陣列(或更多陣列)間可能的強度錯誤。在陣列上產生對照的一種方法可以是利用點到陣列上並形成單一斑點的所有生物分子(例如核酸序列)的等摩爾混合物。該單一斑點可能具有與陣列中所有其它斑點等量的生物分子(例如核酸序列)。多個對照斑點可以通過改變等摩爾混合物的濃度產生。樣品與樣本可從特定細胞、組織或其它樣本中分離、克隆或提取樣品核酸。用來製備核酸樣品的細胞或組織樣品通常取自患有或疑似患有銀屑病或相關疾病的患者。細胞和組織樣品的分離方法為本領域技術人員所熟知，包括但不限於吸出、組織切片、穿刺活衝僉等。樣品常常是"臨床樣品"，就是從患者獲得的樣品，包括全血或組織切片，例如用於組織學目的的冷凍切片或石蠟切片。還可以從(細胞)上清液或者取自患者或細胞培養物的細胞本身、得自組織培養物和其它介質的細胞中獲得樣品，所述介質適宜檢測對候選藥物的反應。在某些情況下，核酸可在雜交前用標準技術(例如PCR)進行擴增。在一個實施方案中，本發明提供監測疾病消退的治療後方法。該方法包括(l)從診斷患有銀屑病或相關疾病或病症的個體取得皮損皮膚或其它樣本，(2)測定一組譜基因的表達水平，(3)將個體治療後的基因表達水平與治療前的參比譜進行比較，和(4)通過監測至少一個《艮屑病相關基因譜的組成確定銀屑病皮損消退的預後。在另一個實施方案中，本發明提供用於銀屑病的診斷方法，參比標準(樣品)取自未受累部位，試驗樣品取自疑似病變部位。評價生物標記效用的方法對於評價患者對治療的反應、預後或疾病的存在、程度、嚴重性或階段的本發明一組生物標記基因的診斷和預後效用，可以通過採用評價患者健康狀態或疾病的其它方法加以驗證。例如，疾病的一般測定可以通過某些成像方法進行評價和記錄，例如但不限於醫師評價、通過照相、放射或i"茲共振技術成像。健康或疾病的普通指數還包括血清或血液組成(蛋白質、肝酶、pH、電解質、紅細胞容積、血細胞比容、血紅蛋白或特異性蛋白質)。然而，在某些疾病中，對於病因仍然是了解甚少。銀屑病便是這種疾病的實例。最常見的銀屑病類型稱為斑塊型。斑塊型銀屑病患者具有穩定但緩慢擴大的斑塊，在很長一段時期內基本上保持不變。斑塊銀屑病最常見的部位發生在肘、膝、臀裂和頭皮上。累及部位往往是對稱的。皮褶銀屑病累及包括腋窩、腹股溝、乳腺下區域和臍在內的擦爛區；還往往累及頭皮、手掌和足底。個體病變是界線清晰的斑塊，但是由於所處部位可能是溼潤的。斑塊銀屑病一般發展緩慢，並經歷無痛病程。幾乎不能自發恢復。發滲性銀屑病(滴狀銀屑病)在兒童和青年人中最為常見。在無銀屑病的個體或者患慢性斑塊銀屑病的個體中急性發作。患者出現許多小的紅斑、鱗狀丘滲，常常發生在攜帶溶血性鏈球菌的上呼吸道感染後。鑑別診斷應包括玫瑰糠滲和二期梅毒滲。膿皰性銀屑病是另一種變體。患者的疾病部位可能局限於手掌和足底，或者遍及全身並伴有發熱、不適、腹瀉和關節痛。所有銀屑病患者中約半數累及指甲，出現點狀凹痕、指甲增厚或曱床角化過度。大約5-10%的銀屑病患者伴有關節疾病，這些最常見於累及指甲的患者。雖然一些患者同時出現典型類風溼性關節炎，但是許多患者的關節疾病屬於以下與銀屑病相關的三種疾病類型之一(l)不對稱性炎症性關節炎(asymmetricinflammatoryarthritis),最常累及遠端指間關節(distalinterphalangealjoint)和近端指間關節(proximalinterphalangealjoint),較少累及膝、臀、踝和腕；(2)血清反應陰性類風溼性關節炎樣疾病；這些患者中大部分繼續發展成嚴重的破壞性關節炎(destructivearthritis);或者(3)局限於脊柱的疾病(銀屑病性脊推炎(psoriaticspondylitis))。對銀屑病的病因仍然了解甚少，但是清楚的是該病的遺傳成分。超過50%的銀屑病患者陳述有陽性家族史。銀屑病與HLA-Cw6有關，並在較小程度上與HLA-DR7有關。銀屑病病變的特徵是因活化T細胞而出現皮膚浸潤，T細胞似乎在4艮屑病病理生理學中發揮作用。據長因子。抑制T細胞活化、克隆擴充或促炎細胞因子釋放的藥物對治療嚴重4艮屑病往往是有效的。銀屑病的治療取決於疾病的類型、部位和程度。所有患者都應遵醫囑避免皮膚過度乾燥或刺激，並且保護適當的皮膚水分。大多數局限性斑塊型銀屑病患者可以用中等功效的局部用糖皮質激素加以控制，雖然長期使用常常伴有功效喪失(快速減敏)和皮膚萎縮。局部用維生素D類似物(卡泊三烯)和類視色素(他扎羅汀)也有效用於治療銀屑病，並被大量用於替代其它局部用藥，例如煤焦油、水楊酸和地蒽酚。天然和人工紫外線對於廣泛性銀屑病患者是有效的療法。單用紫外線B(UV-B)是有效的，或者可以與煤焦油或地蒽酚4關用。紫外線A(UV-A)與口服或局部補骨脂內酯(PUVA)聯用對於治療4艮屑病極其有效，但是長期使用可能伴有鱗狀細胞癌和皮膚黑素瘤的發生。其它多種藥物可用於嚴重廣泛性銀屑病。口服糖皮質激素不應當用來治療銀屑病，因為停止治療時，可能發展成威脅生命的膿皰性銀屑病。曱氨蝶呤是有效的藥物，尤其是治療銀屑病性關節炎患者；然而，肝臟毒性和骨髓抑制限制了它的使用。合成的類視色素阿維A對於某些嚴重銀屑病患者來說是有效的。它是強效的致畸劑，不應用於懷孕婦女。銀屑病作為T細胞介導的疾病的證據使治療努力轉向免疫調節。在特定的患有嚴重疾病的患者中，環孢菌素非常有效，但是腎毒性和高血壓使其應用變得複雜起來。英夫利昔單抗和依那西普(腫瘤壞死因子(TNFa)拮抗藥)現已獲準用於銀屑病性關節炎。其它TNFa拮抗劑和靶向促炎細胞因子、T細胞活化和淋巴細胞運輸的其它藥物可用於抑制炎症性質的銀屑病。患者評價和監測一般採用銀屑病皮損面積和嚴重度指數(PsoriasisAreaandSeverityIndex,PASI)和醫!^全面^H介(PhysicianGlobalAssessment,PGA)對銀屑病患者進行評價。PASI(3)評價銀屑病斑塊的紅斑程度、厚度和鱗屑，對四個獨立的身體部位(頭、軀幹、上肢和下肢)的受累程度進行評價。PASI綜合評分(範圍為0-72)提供了主觀的測量，並依賴於對受累體表面積(BSA)的評價。PGA是一個六個點的評分，概括了相對於基線評價的總體質量(紅斑、鱗屑和厚度)和斑塊程度(BSA)。患者的反應被分為較差，差(0-24%)，一般(25-49%)，良好(50-74%)，很好(75-99%)或消除(100%)。最近，美國國立銀屑病基金會(NPF)醫學顧問理事會(NationalPsoriasisFoundation'sMedicalAdvisoryBoard)開發出一個5項目方法NPF-銀屑病評分(NPF-PS)。NPF-PS的等權初級終點(equallyweightedprimaryendpoint)(對總評分的貢獻為0-30)包括兩個靶皮損的硬結、BSA、醫師靜態全面評價、患者全面評價和瘙癢(Kreuger，G.1999.NationalPsoriasisFoundationPsoriasisForum5:1陽5)。NPF-PS賦予患者和調查人員臨床嚴重程度整體評價的同等權數。其次，雖然瘙癢是佔銀屑病患者79%的疾患，但是PASI和PGA均未包括瘙癢的衡量。其它免疫介導的皮膚疾病包括尋常天皰瘡。免疫性尋常天皰瘡(immunologicallypemphigusvulgaris)、落葉狀天皰疾、副腫瘤性天皰痴、大皰性類天皰齊、妊娠類天皰瘠(pemphigoidgestationis)、皰齊寸生皮炎、線狀IgA疾病(linearigadisease)、後天性大皰性表皮+>解、疤痕性類天皰痴、皮肌炎、紅斑狼瘡、硬皮病和硬斑病。皮肌炎、紅斑狼瘡、硬皮病和硬斑病被歸類到具有明顯皮膚特徵的自身免疫系統疾病。其它皮膚疾病當皮滲以皮損、丘滲(〈lcm)或斑塊(Hcm)力口重，並伴有鱗屑時，被稱為丘疹鱗屑性皮損。最常見的丘疹鱗屑性疾病一銀屑病、癬、玫瑰糠疹和扁平苔癬一是最主要的皮膚疾病。如果^^屑病皮損伴有關節炎，就應考慮銀屑病性關節炎或賴特病(Reiter'sdisease)的可能性。口腔潰癧、結膜炎、眼色素層炎和/或尿道炎史指向後一種診斷。在滴狀銀屑病中，廣泛M的均勻小皮損急性發作，常常伴有鏈球菌感染。還已知鋰、(3阻斷劑、HIV感染和全身糖皮質激素的快速減少能加重銀屑病。當做出玫瑰糠滲或扁平苔癬的診斷時，對患者的藥物治療進行評價是十分重要的，因為只是停止不理想的藥物便可以治療出疹。玫瑰糠滲樣藥滲最常見於卩阻斷劑、血管緊張素轉化酶(ACE)抑制劑、金和曱硝唑的使用，而引起苔蘚樣滲的藥物包括金、抗疰藥、噻。秦類、奎尼丁、吩噻嗪、磺醯脲和ACE抑制劑。在慢性移植物抗宿主病中也觀察到扁平苔癬樣皮損。皮膚T細胞淋巴瘤(CTCL)的早期可能與溼滲或銀屑病混淆，但是它常常對用於這些炎性疾病的合適療法不起反應。CTCL可能在大斑塊類銀屑病皮損中發生，皮損厚度增加便意味著CTCL。通過皮膚活檢確定CTCL的診斷，其中在表皮和真皮內發現非典型T淋巴細胞聚積。當病情發展時，可能出現皮膚腫瘤和淋巴結累及。在二期梅毒滲中，出現具有薄鱗屑的分散的紅棕色丘疹。出疹常常累及手掌和足底，可能與玫瑰糠疹類似。有關發現有助於做出診斷，這些發現包括面部的環狀斑塊、非結痂性脫髮(nonscarringalopecia)、扁平溼疣(寬底和溼潤)和扁頭溼疣以及淋巴結病、不適、發熱、頭痛和肌痛。一期下疳與二期之間的間隔通常為4-8周，觀察到無需適當治療便自行消退。既然本發明的分析方法預測對Thl型疾病的反應者，因此本發明方法可以用來評價出現各種皮膚症狀的患者，並推薦治療方法。雖然之前有報導指出一組基因中的大多數在銀屑病皮膚中表達異常，但是在4艮屑病治療中，還沒有對治療過程中基因的表達模式進行研究，而且也沒有鑑定出具有預測價值的基因。本發明公開的一組基因表達生物標記形成了快速和可靠的診斷工具或預後工具的方法，診斷工具用於預測銀屑病臨床試驗的臨床結果，預後工具則用於跟蹤銀屑病療法的功效。本發明還提供基於檢測樣品中這些基因的診斷和預後方法。例如，可以使用這些組合物來預防和治療各種免疫介導的炎性疾病。治療藥物拮抗劑本文所用術語"拮抗劑"是指抑制或抵消本發明一組4艮屑病相關基因的基因產物的生物活性的物質。這些拮抗劑以多種方式實現這一作用。一類拮抗劑與基因產物蛋白質結合，該拮抗劑具有足夠的親和性和特異性以抵消所述蛋白質的生物作用。這一類分子包括抗體和抗體片段(例如F(ab)或F(ab，)2分子)。另一類拮抗劑包括基因產物蛋白質的片段、突變蛋白或有機小分子(即肽模擬物)，可與關聯結合配偶體(cognatebindingpartner)或基因產物的配體結合，從而抑制基因產物與其關聯配體或受體的特異性相互作用的生物活性。銀屑病相關基因拮抗劑可以是這種類型中的任一種，只要是抑制基因產物的至少一種生物活性的物質。拮抗劑包括針對基因產物蛋白質的一個或多個區或基因產物蛋白質片段的抗體、針對關聯配體或受體的抗體以及抑制基因產物至少一種生物活性的基因產物的部分肽或其關聯配體。另一類拮抗劑包括靶向基因序列的siRNA、shRNA、反義分子和DNA核酶，正如本發明公開的本領域已知情況一樣。合適的抗體包括與單克隆抗體竟爭性結合銀屑病相關基因產物的抗體，它阻礙銀屑病相關基因產物的活化，或者防止銀屑病相關基因產物與其關聯配體結合，或者防止銀屑病相關基因產物的信號轉導。靶向銀屑病相關基因產物的誘導物的治療藥能提供更好的成功機會。可以數種不同的方式調節基因表達，包括使用siRNA、shRNA、反義分子和DNA核酶。合成siRNA、shRNA和DNA核酶可一皮設計成特異性靶向一個或多個基因，並且可容易地在體外或體內遞送到細胞內。本發明提供反義核酸分子，也就是說與編碼銀屑病相關基因產物多肽的有義核酸互補的分子，例如與雙鏈cDNA分子的編碼鏈互補或與mRNA序列互補的分子。因此，反義核酸可通過氫鍵與有義核酸鍵合。反義核酸可與整條編碼鏈或僅與其部分互補，例如所有或部分蛋白質編碼區(或可讀框)。反義核酸分子可與編碼銀屑病相關基因產物多肽的核苷酸序列編碼鏈的所有或部分非編碼區是反義的。非編碼區("5'和3'非翻譯區，，)是鄰接編碼區的5'和3'序列，並且不翻譯成胺基酸。本發明還提供嵌合蛋白或融合蛋白。本文所用"嵌合蛋白"或"融合蛋白"包括所有或部分(優選生物活性部分)的銀屑病相關基因產物多肽與異源多肽(即多肽不同於銀屑病相關基因產物的多肽)操作性連接。在融合蛋白內，術語"操作性連接"是指銀屑病相關基因產物多肽與異源多肽符合讀框地二波此融合。異源多肽可與4艮屑病相關基因產物多肽的N端或C端融合。在另一個實施方案中，銀屑病相關基因產物多肽或其結構域或活性片段可與異源蛋白序列或其片段融合形成嵌合蛋白，其中多肽、結構域或片段不是頭尾融合而是插入異源蛋白質構架內。在又一個實施方案中，融合蛋白是免疫球蛋白融合蛋白，其中所有或部分銀屑病相關基因產物多肽與從免疫球蛋白家族成員中獲得的序列融合。本發明的免疫球蛋白融合蛋白可以加到藥物組合物中，並且給予受治療者以抑制配體(可溶或膜結合的)與細胞表面蛋白(受體)之間的相互作用，從而抑制體內信號轉導。免疫球蛋白融合蛋白可用來影響銀屑病相關基因產物多肽的關聯配體的生物利用度。抑制配體/受體的相互作用在治療上可用於治療增殖性和分化性疾病並用於調節(例如促進或抑制)細胞存活。免疫球蛋白嵌合蛋白的一個優選的實施方案為缺失CH1結構域的免疫球蛋白或"模擬抗體(mimetibody)",模擬抗體具有插入到修飾構架區內的活性多肽片段，參見同時待審申請PCTWO/04002417。此外，本發明的免疫球蛋白融合蛋白可以用作免疫原以在患者體內產生針對銀屑病相關基因產物多肽的抗體，用於純化配體並且在篩選實驗中鑑定抑制受體與配體相互作用的分子。組合物及其應用按照本發明，本文所述抑制銀屑病相關基因產物的拮抗劑(例如單克隆抗體)，可用來抑制銀屑病相關基因產物的活性。此外，這種拮抗劑可用來抑制發病機制或銀屑病及適宜這種治療的相關炎性疾病，可包括但不限於風溼性疾病。待治療的個體可以是任何哺乳動物，優選靈長類動物，屬於哺乳動物類的陪伴動物，最優選為病人。拮抗劑的給藥量隨使用目的和給藥方法而變化。銀屑病相關基因拮抗劑可以通過許多方法給予，從而在病理活性需要受到抑制或終止的組織內產生作用。此外，抗銀屑病相關基因產物拮抗劑不必局部存在以賦予對銀屑病相關基因產物活性的作用，因此，它們可以任何達到含有銀屑病相關基因產物的身體部位和體液的途徑給予。在紅腫、惡性或其它受累組織的情況下，這些方法可包括直接使用含有該拮抗劑的製劑。該方法包括靜脈內給予液體組合物、經皮給予液體或固體製劑、口服、局部給藥或間質內或手術之間給藥(inter-operativeadministration)。糹會藥可能受才直入裝置的影響，才直入裝置的主要功能可能不是作為遞藥載體。對於抗體，優選的劑量為體重的約0.1mg/kg-100mg/kg(—般約10mg/kg-20mg/kg)。如果抗體是在腦內起作用的，則約50mg/kg-100mg/kg的劑量通常是適當的。通常部分人抗體和完全人抗體在人體內比其它抗體具有較長的半壽期。因此，採用較低劑量和較低頻率的給藥常常是可行的。可以採用修飾(例如脂質化)穩定抗體並增加吸收和組織滲透(例如進入腦內)。抗體脂質化的方法見Cruikshank等(1997)Jc^MzVet//mmwweZ)eyc/e"c_y5y"t/n9mei1/fww""7e/ravz'ra/ogy14:193。可將銀屑病相關基因產物拮抗劑核酸分子插入載體中並用作基因治療載體。基因治療載體可通過以下方法遞送給患者，例如靜脈內注射、局部給藥(美國專利第5，328，470號)或立體定位注射(stereotacticinjection)(參見例如Chen等(1994)iVoc,A^/.5W,tZSL491:3054-3057)。基因治療載體的藥物製劑可包括可接受的稀釋劑中的基因治療載體，或者可包含緩釋基質，基因遞送載體被包埋在其中。或者，可以從重組細胞中完整地製備完整基因遞送載體，例如反轉錄病毒載體，藥物製劑可以包括產生基因遞送系統的一種或多種細胞。藥物組合物可與用藥說明書一起裝入容器、包裝或分配器中。藥物基因組學可以給予個體在本文所述的篩選實驗中所鑑定的對銀屑病相關基因產物多肽的活性或表達具有刺激或抑制作用的藥物或調節劑，以治療(預防性或治療性)與所述多肽活性異常有關的疾病。結合所述治療，可以考慮個體的藥物基因組學(即研究個體的基因型與個體對外源化合物或藥物的反應之間關係的學科)。治療藥代謝的差異可通過改變藥理活性藥物的劑量與血藥濃度之間的關係而導致嚴重毒性或治療失敗。因此，個體的藥物基因組學使得能夠在考慮個體基因型的基礎上，選擇用於預防性或治療性治療的有效成分(例如藥物)。這種藥物基因組學還可用於確定合適的劑量和治療方案。因此，可以測定個體中銀屑病相關基因產物多肽的活性、銀屑病相關基因產物核酸的表達或銀屑病相關基因產物基因的突變量，從而選擇合適的藥物對個體進^^'臺療性或預防性治療。藥物基因組學研究的是受累個體在響應藥物時因藥物特性改變和異常作用所導致的臨床上的重要遺傳變異。參見例如Linder(1997)C7/".CAew.43(2):254-266。一般而言，藥物遺傳條件可以分為兩種類型。遺傳成為改變藥物作用於身體的方式的單一因素遺傳條件被稱為"藥物作用改變(altereddrugaction)"。遺傳成為改變身體作用於藥物的方式的單一因素遺傳條件被稱為"藥物代謝改變(altereddrugmetabolism)"。這些藥物遺傳條件可以罕見缺陷(raredefect)或以多態性發生。例如，葡萄糖-6-磷酸脫氫酶(G6PD)缺乏症是常見的遺傳性酶病，其中主要的臨床併發症是攝取氧化性藥物(抗疾藥、磺胺類藥、鎮痛藥、硝基呋喃類藥)和食入蠶豆後出現溶血現象。一個示例性實施方案中，藥物代謝酶(drugmetabolizingenzyme)的活性是藥物作用強度和持續時間的主要決定因素。藥物代謝酶(例如N-乙醯轉移酶2(NAT2)和細胞色素P450酶CYP2D6和CYP2C19)的遺傳多態性的發現，為在攝取標準和安全劑量的藥物後為什麼有些患者無法獲得預期的藥物作用或者表現出過度的藥物反應及嚴重毒性提供了解釋。這些多態性在群體中表現為兩種表型，即強代謝者(extensivemetabolizer,EM)和弱^i射者(poormetabolizer，PM)。PM的發生率在不同群體中是不同的。例如，CYP2D6的編碼基因是高度多態性的，在PM中已經鑑定出若干突變，所有這些突變都導致缺乏功能性CYP2D6。當接受標準劑量時，CYP2D6和CYP2C19的弱代謝者相當頻繁地經歷過度的藥物反應和副作用。如果代謝物是活性治療成分，則PM將無法顯示治療反應，正如由形成CYP2D6的代謝物嗎啡介導的可待因的鎮痛作用所證實的一樣。其它極端例子是不對標準劑量起反應的所謂的超快代謝者(ultra-rapidmetabolizer)。最近，已經鑑定出超快代謝的分子基礎是由CYP2D6基因擴增所致。因此，可以測定個體中銀屑病相關基因產物多肽的活性、多肽編碼核酸的表達或多肽編碼基因的突變量，從而選擇合適的藥物用於個體的治療性或預防性治療。另外，藥物遺傳學(pharmacogenetics)研究可應用於對編碼藥物代謝酶的多態性等位基因進行基因分型以鑑定個體的藥物反應性表型。這些知識，當應用於劑量確定或藥物篩選時，可避免不利反應或治療失敗，從而在用多肽活性或表達的調節劑(例如由一個本文所述示例性篩選實驗中鑑定出的調節劑)治療患者時，提高治療或預防效率。治療方法
技術領域：
：本發明提供用於治療受治療者的預防及治療方法，所述受治療者有疾病(或易感疾病)風險或患有與銀屑病相關基因產物多肽表達或活性異常相關的疾病和/或其中涉及銀屑病相關基因產物多肽的疾病。本發明提供使用至少一種銀屑病相關基因產物拮抗劑，在細胞、組織、器官、動物或患者體內調節或治療至少一種與銀屑病相關基因產物有關的疾病或病症的方法，如本領域已知或如本文所述一樣。病或相關疾病，例如哮喘、硬皮病、特發性肺纖維變性。本發明還提供用於在細胞、組織、器官、動物或患者體內調節或治療至少一種免疫相關疾病的方法，包括但不限於至少一種以下疾病類風溼性關節炎、青少年類風溼性關節炎、全身發作性青少年類風溼性關節炎(systemiconsetjuvenilerheumatoidarthritis)、4艮屑病性關節炎、關節強硬性脊推炎、胃潰瘍、血清反應陰性關節病、骨關節炎、炎性腸病、潰瘍性結腸炎、系統性紅斑狼瘡、抗磷脂症候群、虹膜睫狀體炎/眼色素層炎/一見神經炎、特發性肺纖維變性、系統性脈管炎/韋格納肉芽肺病(Wegener'sgranulomatosis)、結節病、睪丸炎/輸精管切除逆轉術、變應性疾病/特應性疾病、變應性鼻炎、溼滲、變應性接觸性皮炎、變應性結月莫炎、超壽文反應性月巿炎(hypersensitivitypneumonitis)、移植、器官移植排斥、移植物抗宿主病、全身炎症反應症候群、膿毒症症候群、革蘭氏陽性膿毒症、革蘭氏陰性膿毒症、培養物陰性膿毒症、真菌性膿毒症、中性白細胞減少性發熱(neutropenicfever)、尿膿毒症、腦膜炎球菌血症、創傷/出血、燒傷、電離輻射暴露、急性胰腺炎、成人呼吸窘迫症候群、類風溼性關節炎、酒精誘導性肝炎、慢性炎症病理、結節病、克羅恩病理(Crohn'spathology)、鐮狀細胞性貧血、糖尿病、腎變病、特應性疾病、超敏反應、變應性鼻炎、枯草熱、常年性鼻炎、結膜炎、子宮內膜異位症、蕁麻症、全身性過敏反應、皮炎、惡性貧血、溶血病、血小板減少症、任何器官或組織的移植排斥、腎移植排斥、心臟移植排斥、肝移植排斥、胰腺移植排斥、肺移植排斥、骨髓移植(BMT)排斥、皮膚同種異體移植排斥、軟骨移植排斥、骨移植排斥、小腸移植排斥、胎兒胸腺植入物排斥、副曱狀腺移植排斥、任何器官或組織的異種移植排斥、同種異體移植物排斥、抗受體超壽文反應、才各雷夫斯病(Gravesdisease)、雷i若病(Raynoud，sdisease)、B型胰島素抵抗糖尿病、重症肌無力、抗體介導的細胞毒性、III型超敏反應、系統性紅斑狼掩、POEMS症候群(多神經病、內臟巨大、內分泌病、單克隆y-3求蛋白病和皮月夫病變綜合4正(skinchangessyndrome))、抗磷脂症候群、天皰療、硬皮病、混合性結締組織病、特發性艾迪生病(idiopathicAddison'sdisease)、糖尿病、慢性活動性肝炎、原發性膽汁性肝硬化、白斑、脈管炎、MI心切開術後症候群(post-MIcardiotomysyndrome)、IV型超敏反應、接觸性皮炎、超敏反應性肺炎、同種異體移植物排斥、胞內生物所致肉芽腫、藥物敏感性、代謝性/特發性肝豆狀核變性(Wilson'sdisease)、血色素沉著症、a-l-抗胰蛋白酶缺乏症、糖尿病性視網膜病、橋本甲狀腺炎(hashimoto'sthyroiditis)、骨質疏鬆症、下丘腦-垂體-腎上腺軸評價、原發性膽汁性肝硬化、曱狀腺炎、腦脊髓炎、惡病質、嚢性纖維變性、家族性噬血細胞性淋巴組織細胞增多症(familialhematophagocyticlymphohistiocytosis)、皮膚病、4艮屑病、脫髮、腎病症候群、腎炎、腎小^求腎炎、急性腎衰竭、血液透析、尿毒症、毒性、子癇前期、okt3療法、抗cd3療法、細胞因子療法、化學療法、放射療法(例如包括但不限於虛弱、貧血、惡病質等)、慢性水楊酸中毒等。參見例如theMerckManual(默克診療手冊)，第12版至第17版，Merck&Company,Rahway,NJ(1972,1977,1982,1987，1992,1999)，PharmacotherapyHandbook(藥物治療手冊)，Wells等主編，第2版，AppletonandLange,Stamford,Conn.(1998，2000)，各文獻經引用全部結合到本文。本發明還提供用於在細胞、組織、器官、動物或患者體內調節或治療至少一種惡性疾病的方法，包括但不限於至少一種以下疾病白血病、急性白血病、急性成淋巴細胞白血病(ALL)、B細胞ALL、T細胞ALL或FABALL、急性髓細胞白血病(AML)、急性前髓細胞白血病(APL)、慢性髓細胞白血病(CML)、慢性淋巴細胞白血病(CLL)、毛細胞白血病、脊推增生異常症候群(MDS)、淋巴瘤、霍奇金病(Hodgkin'sdisease)、惡性淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤(Burkitt，slymphoma),多發性骨髓瘤、卡波西肉瘤(Kaposi'ssarcoma)、結腸直腸癌、胰腺癌、鼻咽癌、惡性組織細胞增多症、副腫瘤症候群(paraneoplasticsyndrome)/惡性高4丐血症、實體肺瘤、腺癌、肉瘤、惡性黑素瘤、血管瘤、轉移性疾病、癌症相關性骨吸收、癌症相關性骨疼痛等。本說明書其它部分也描述了以銀屑病相關基因產物多肽的表達或活性異常為特徵的疾病。1.預防方法一方面，本發明提供通過給予受治療者調節多肽的表達或至少一種活性的藥物，從而在受治療者體內至少基本上抑制與銀屑病相關基因產物多肽表達或活性異常有關的疾病的方法。可以採用例如本文所述診斷試驗或預後試驗的任一種或者組合試驗來鑑定有疾病風險的受治療者，該病由銀屑病相關基因產物表達或活性異常引起或造成。可以在出現異常症狀特徵之前給予預防藥，這樣便能預防疾病或病症或者延緩其進程。例如，可以根據異常的類型，給予激動劑或拮抗劑藥物以治療受治療者。合適的藥物可根據本文所述篩選實驗確定。2.治療方法
技術領域：
：本發明另一方面涉及調節銀屑病相關基因或基因產物的表達或活性的方法以用於治療目的。本發明的調節方法包括使細胞與調節多肽的一種或多種活性的藥物接觸。調節活性的藥物可以是本文所述藥物，例如核酸或蛋白質、天然存在的多肽關聯配體、肽、肽模擬物或其它小分子。在一個實施方案中，該藥物刺激多肽的一種或多種生物活性。在另一個實施方案中，該藥物抑制銀屑病相關基因或基因產物多肽的一種或多種生物活性。這類抑制藥物的實例包括反義核酸分子和抗體和本文所述其它藥物。可以在體外(例如使細胞與藥物一起培養)或者體內(例如給予受治療者藥物)實施這種調節方法。因此，本發明提供治療個體的方法，所述個體患有以銀屑病相關基因產物多肽表達或活性異常為特徵的疾病或病症。在一個實施方案中，該方法包括給予藥物(例如用本文所述篩選實驗鑑定的藥物)或調節(例如上調或下調)表達或活性的藥物的組合。在其中活性或表達異常高或異常上調的情況下需要抑制活性和/或其中活性降低很可能是具有有益作用。雖然對本發明進行了概括性描述，但是在下面的實施例中將進一步公開本發明的實施方案，不得將這些實施例理解為是對所附權利要求書的限制。實施例l:用核酸^t陣列進行樣品分析本研究(方案C0379T02)設計為I期雙盲安慰劑對照研究，用於評價單次皮下給予中度至嚴重尋常銀屑病患者人抗IL-12單克隆抗體(CNT01275)的安全性和藥理。在美國佛羅裡達州、新澤西州和賓夕法尼亞州的多個中心進行本項研究。21名患者被隨機分為活性藥物治療或安慰劑治療，用4次連續遞增劑量組中的1個劑量(0.3mg/kg、0.75mg/kg、1.5mg/kg或3.0mg/kg)在3個部位進行治療。每位患者接受單次皮下注射，接受研究藥物後在門診部停留至少8小時。患者在24周時間內返回進行定期隨訪調查，要求患者必須進行至少4周隨訪調查。患者參與最多28周的隨訪調查，其中包括給予試驗藥物前4周。允許對患中度至嚴重斑塊銀屑病、累及>3。/。體表面積(BSA)並且一般健康狀況良好的患者(18-65歲)進行研究。治療前24小時(基線)和治療後一周，從臨床試驗患者身上獲取皮膚活檢樣品。由研究人員鑑別位於軀幹或四肢具有適當真皮和SC組織的有代表性的活檢靶皮損用於活檢分析。在基線和給予試驗藥物後一周鑽取6mm活檢組織。有4個樣品得自第0天和第1周的2名無反應者。這些樣品沒有包括在分析中。以下所示數據是基於用抗IL-12p40治療後4艮屑病病況得到改善的患者的樣品。採用RNeasy試劑盒(Qiagen,Valencia,CA)，,人這些皮膚活;險組織中分離出總RNA。應用BioAnalyzer(Agilent,SouthPlainfield,NewJersey)對RNA質量進行評價。僅高質量RNA用於含有由IMAGE集團和IncyteGenomices(SantaClara,CA)收集的8160個單一人cDNA克隆的微陣列分析。RNA擴增、探針合成和標記、cDNA晶片雜交和洗滌按前述方法進行(Salunga等，1999.載於M.Schena(編輯)，DNAmicroarraysapracticalapproach(DNA微P車歹'J實用方法)，OxfordUniversityPress,Oxford,第121-137頁)。使用Agilent圖像掃描儀對cDNA晶片(PaloAlto,CA)進行掃描。運用ImaGene軟體(BioDiscovery,LosAngeles,CA)獲得陣列的每個特徵的螢光強度。對得自5個治療組(安慰劑、0.3mg/kg、0.75mg/kg、1.5mg/kg和3.0mg/kg)和兩個時間點(基線和第1周)一共24個樣品進行了分析，見表1。表l.用於微陣列分析的組織活檢樣品tableseeoriginaldocumentpage40數據處理與分析運用GeneSpringTM專t件6.0版(SiliconGenetics,RedwoodCity,CA),使所有樣品中每個特徵的平均強度進一步歸一化。通過將每個克隆的平均強度除以晶片的中等強度來進行晶片間的歸一化。然後每個克隆的強度被歸一化至對照組中該克隆的中等強度。本項研究中的基線值是治療前第0天所有樣品的平均值。通過對二重對數變換歸一化強度的單因素方差分析(one-wayANOVA)(P<0.05)，對每個劑量組(1.5mg/kg除外，因為^義有兩個樣品)的抗IL-12p40治療組與安慰劑組進行統計比4交。隨後，同樣用p值為0.05進行統計學兩兩分析。這些參數使得有可能偶然從全部可能的基因中鑑定出350-400個基因。然而，鑑定出來的基因確實與該病有關，因為它們的表達模式與臨床反應是一致的；在治療前的樣品中相對穩定，治療後下調，而且決定性的是，許多基因是已知的免疫應答基因，例如IL1F5、IL1F9、IL1RN、IL8,並且之前伴有炎性疾病。因此，相信它們是真實可靠的銀屑病相關基因的生物標記。;敞陣列結果表2A-F是26個基因一覽表，統計檢驗顯示這些基因在至少一個劑量組比較中顯示出顯著變化，在第二劑量組比較中顯示有至少1.4倍的變化。所列26個基因代表一組銀屑病相關基因，再分為6個功能類別，它們是經歷了銀屑病消退並向正常皮膚結構和功能改善的表達調節指標。僅才艮告了第1周所鑑定的基因；沒有包括符合相同標準但是得自第0天樣品的基因。tableseeoriginaldocumentpage41基檢索號名稱說明0.30.751.53.0因mg/kgmg/kgmg/kgmg/kg4畫—000584IL8白介素8,-1.63-1.61-1.79-1.66CXCL85NM—001511CXCL1趨化因子(c-x-c-2.29-2.00-1.57-1.72基序)配體1,GROl6NM一002983CCL3趨化因子(c-c基-1.60-1.75-1.421.17序)配體3，MIP-l-a表2B.蛋白酶基檢索號名稱說明0.30.751.53.0因mg/kgmg/kgmg/kgmg/kg7NM一000386BLMH博來黴素水解酶2.121.521.201.628僱—015596KLK13激肽釋it酶13-1,37-2.07-1.68-1.289NM—000930PLAT組織纖溶酶原激-1.46-2.051.20-1.70活物表2C.蛋白酶抑制蛋白基檢索號名稱說明0.30.751.53.0因mg/kgmg/kgmg/kgmg/kg10NM—002974絲氨酸絲氨酸(或半胱氨-2.79-4.67-2.20-1.61蛋白酶酸)蛋白酶抑制蛋抑制蛋白，B分化體(卵白B4清蛋白)，成員411畫—006919絲氨酸絲氨酸(或半胱氨-2.21-2.92-1.151.64蛋白酶酸)蛋白酶抑制蛋抑制蛋白，B分化體(卯白B3清蛋白)，成員312NM一002638PI3皮膚衍生的蛋白-1.29-2.13-1.45陽U8酶抑制蛋白3(SKALP)13NM—012397絲氨酸絲氨酸(或半胱氨-1.08-1.78-1.45-1.20蛋白酶酸)蛋白酶抑制抑制蛋蛋白，B分化體白B13(卵清蛋白)，成員14應—000100CSTB1j半胱氨酸蛋白酶-1.65-2.26-2.30-1.39抑制蛋白Btableseeoriginaldocumentpage43表2E.脂質與鈞代謝tableseeoriginaldocumentpage43表2F.受體tableseeoriginaldocumentpage43家族6(神經遞質轉運蛋白)，成員14細胞因子和趨化因子雖然已知許多Thl細胞因子(例如TNF-ot和IFN-Y)在銀屑病皮損皮膚中上調(2，3),但是在第1周抗IL-12p40治療選擇性地下調三種了解較少的IL-1家族成員:IL1F5(IL陽15)和IL1F9(IL-ls)和IL1RN(與IL1F5同源性很高的IL-1受體拮抗劑)。雖然研究報告指出所有這些IL-1細胞因子在銀屑病皮膚中基本是上調的(Debets等，2001.JImmunol.167(3)1440-6;Zhou等，PhysiolGenomics,2003.13(1).69-78)，但是本發明顯示由於治療使它們成為第一批在臨床症狀明顯改善之前數周下調的細胞因子。已知的事實是IL1F5和IL1F9優選在上皮細胞中進行表達、特別是由角化細胞進行表達，這就表明了這兩種細胞因子在銀屑病發病機制中可能起著更大更多的特異性作用。同樣地，發現在銀屑病皮損中過度表達的許多趨化因子(Zhou等，2003，出處同上)中，抗IL-12p40治療選擇性地下調IL-8和CXCL1(GROl)，這兩種因子為嗜中性粒細胞潛在的化學引誘物。因為嗜中性粒細胞趨化因子的過量產生及嗜中性粒細胞浸潤的結果是銀屑病的分子和細胞特點，所以預期有效的治療可能減少這些趨化因子的產生。預想不到的是，通過抗IL-12p40還使巨噬細胞趨化因子CCL3下調。還沒有報導指出銀屑病涉及CCL3,雖然發現特應性皮炎(AD)(與銀屑病共享許多臨床特徵的一種疾病)患者的PBMC中CCL3上調(Hatano等，1999.ClinExpImmunol,117(2).237-43)。作為炎性介質的皮膚蛋白酶和蛋白酶抑制蛋白有報導指出某些絲氨酸蛋白酶及其抑制劑與銀屑病有關。我們發現了這類基因的下調。例如，用抗IL-12p40治療使絲氨酸蛋白酶的激肽釋放酶(KLK)家族的兩個成員KLK6和KLK13下調。由染色體19ql3上的15個基因簇編碼的KLK，參與角化細胞的終末分化而分化成角膜細胞(corneocyte)(Lu，J.等，2005.JInvestDermatol.124(4).778-85)。由絲氨酸蛋白酶抑制蛋白(SERPIN)家族成員負調節至少一些KLK。有趣的是，用抗IL-12p40下調了4個絲氨酸蛋白酶抑制蛋白成員，絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B3、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B4、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B5和絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B13。總之，KLK-絲氨酸蛋白酶抑制蛋白網與銀屑病的發病機制密切相關。皮膚蛋白酶的另一個實例是組織纖溶酶原激活物(PLAT),它是銀屑病表皮、創傷修復中的表皮和培養物中的角化細胞共有的標記(Jensen,PJ等，1990.JInvestDermatol95(5).13S-14S)。通過抗IL-12p40治療使PLAT下調。皮膚特異性蛋白酶抑制蛋白的另一個實例是PI3或皮膚衍生的蛋白酶抑制蛋白3或抑彈性蛋白酶蛋白前體。PI3是不存在於正常皮膚但是在紅腫皮膚(例如4艮屑病)的角化細胞中被高度誘導的上皮宿主防禦蛋白(PolA等，2003JInvestDermatol120(2).301-7)。已知PI3的表達被血清或TNF-a誘導，並且被類視色素、地蒽酚和p38MAP激酶抑制劑抑制。本發明^^開了通過抗IL-12p40也可^吏PB的表達下調。在由於抗IL-12p40治療而上調的基因中，結果最一致的是博來黴素水解酶(BLMH)。它是一種胞質半胱氨酸肽酶。這一基因的多態性與神經變性性疾病、特別是與阿爾茨海默病(Alzheimerdisease)有關(Montoya,SE等，1998.NatGenet18(3).211-2)。還沒有BLMH在4艮屑病中的作用的報導。結構和黏著分子銀屑病皮損的消除包括許多結構變化，實際上檢測到許多對構成真皮和表皮成分是必需的分子的基因改變。例如，在角化細胞分化早期和晚期的一種間隙連接成分GJB2(連接蛋白26),通過抗IU2p40治療下調。在銀屑病斑塊外周和完全發育的銀屑病表皮的各層中，在基底層和顆粒層的角化細胞之間始終檢測到GJB2。然而，在對照和銀屑病表皮的非病變區域之前幾乎未觀察到GJB2或者僅觀察到最小量的GJB2(Labarthe，MP等,1998.JInvestDermatol111(1).72-6)。由於銀屑病皮損中角化細胞的異常分化，因此早期分化標記(例如富含脯氨酸的蛋白(SPRR1A))過量表達，而晚期分化標記(例如兜甲蛋白(LOR))則消失(Iizuka，H等,2004.JDermatol31(4).271-6)。在抗IL-12p40治療後僅一周就發現這種傾向的逆轉，這是一種臨床症狀改善的明確標誌。最著名和可能是臨床消退最可靠的標記之一是角蛋白16(KRT16)減少(Holland,DB等，1989.BrJDermatol120(1).9-19)。在抗IL-12p40治療早期檢測到KRT16和角蛋白14均受到抑制。脂質代謝蛋白質作為免疫介質檢測到通過抗IL-12p40使膜聯蛋白I(脂皮質蛋白I)下調，膜聯蛋白I是一種鈣結合蛋白和磷脂結合蛋白，它參與調節表皮角化細胞的分化和增殖，在銀屑病表皮中的表達比正常表皮中的表達高(Iizuka,H.2004,出處同上)。檢測到通過抗IL12p40下調的另一個重要的免疫介質是嗜中性粒細胞明膠酶相關脂籠蛋白(NGAL、脂籠蛋白-2、LCN2)。一般認為，LCN2蛋白與小的親脂物質(例如細菌衍生的脂多糖(LPS)和曱醯肽)結合，可能起炎症調節劑的功能(Flo，THS等，2004.Nature432:.917-921)。另外，LCN還是人皮膚中角化細胞分化失調的標記(Mallbris,L等，2002.ExpDermatol11(6).584-91)。銀屑病相關脂肪酸結合蛋白(FABP5或PA-FABP)是另一種在銀屑病皮膚中高度上調(Madsen，P.等，1992.JInvestDermatol99(3).299-305)、但是通過抗IL-12p40治療下調的標記。之前曾有報導指出當用局部用類固醇治療銀屑病病變皮膚時，在銀屑病皮損消退期間PI3和FABP5表達模式的變化以與已知細胞生物活動一致的方式發生(Kuijpers，Al等，1997.ActaDermVenereol77(1).14-9)。用RT-PCR檢測基因表達變化在微陣列分析後，用餘下有限的RNA樣品，對表2中的少數基因進行Taqman分析。將體積50(^1中1微克的總RNA在MultiScribe逆轉錄酶存在下轉化為cDNA。通過保溫使反應在25。C下進行10分鐘後，在48。C下進行30分鐘。在95°C5分鐘使逆轉錄酶失活。用ABI7900系統(FosterCity,California)進行實時PCR，每次反應使用20毫微克cDNA。在AmpliTaqGoldDNA聚合酶(ABIbiosystem，FosterCity,Califomia)存在下，使反應物在50。C下保溫2分鐘後，在95。C下保溫IO分鐘。然後，使反應進行40次循環，每次循環95。C15秒和60。C1分鐘。採用持家基因GAPDH(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)使基因表達歸一化。圖1A-D表示由Taqman檢測的BLMH(A)、IL1F5(B)、IL畫8(C)和PLAT(D)的基因表達模式，基本上證實了所觀察到的這些特異性基因在相對表達中的變化，所述特異性基因的相對表達用孩i陣列分析計算得出。實施例2:第二銀屑病群組的Taqman分析本項研究(C0379T04)是對中度至嚴重銀屑病患者採用皮下(SC)給予CNTO1275單劑量和多劑量方案進行的II期隨機雙盲安慰劑對照平行研究。CNT01275是對人IL-12p40亞基和IL-23p40亞基有特異性的完全人單克隆抗體。本研究由5組患者組成，如下接受單劑量或多劑量CNTO1275或安慰劑皮下(SC)給藥第I組第1天(第0周)為CNTO127545mg，在第1周、第2周和第3周為安慰劑第II組第1天(第0周)為CNTO127590mg,在第1周、第2周和第3周為安慰劑第III組第l天(第0周)和第1周、第2周和第3周為CNT0127545mg第IV組在第l天(第0周)和第l周、第2周和第3周為CNTO127590mg第V組在第1天(第0周)和第1周、第2周和第3周為安慰劑由研究人員鑑別位於軀幹或四肢具有足夠真皮和SC組織的代表性靶皮損用於活檢分析。在基線和給予研究藥物後12周，從預先鑑別出的靶皮損中鑽取4mm活檢組織。採用RNeasy迷你試劑盒(QiagenInc，Valencia,CA)，從活檢樣品中獲得總RNA。RNA質量用Agilent2100BioAnalyzer(AgilentTechnologies,PaloAlto,CA)力口以檢驗。將總共39個RNA樣品(見表3)用於DNA微陣列。表3.各劑量組中的樣品數tableseeoriginaldocumentpage48用RNeasy試劑盒(Qiagen，Valencia,CA)，從這些皮膚活4全組織樣品中分離出總RNA。用BioAnalyzer(Agilent,SouthPlainfield，NewJersey)對RNA質量進行評價。僅高質量RNA用於含有由IMAGE集團和IncyteGenomices(SantaClara，CA)收集的8160個單一人cDNA克隆的微陣列分析。RNA擴增、探針合成和標記、cDNA晶片雜交和洗滌按前述方法進行(Salunga等，1999.載於M.Schena(編輯)，DNAmicroarraysapracticalapproach(DNA微陣歹'j實用方法),OxfordUniversityPress,Oxford,第121-137頁)。使用Agilent圖像掃描儀對cDNA晶片(PaloAlto，CA)進行掃描。運用ImaGene軟體(BioDiscovery,LosAngeles,CA)獲得陣列的每個特徵的焚光強度。運用GeneSpringTM軟體6,0片反(SiliconGenetics,RedwoodCity,CA),使所有樣品中每個特徵的平均強度進一步歸一化。通過將每個克隆的平均強度除以晶片的中等強度來進行晶片間的歸一化。然後每個克隆的強度被歸一化至對照組中克隆的中等強度。本項研究中的基線值是治療前第0天所有樣品的平均值。通過對二重對數變換歸一化強度的單因素方差分析(P0.05)，對每個劑量組的抗IL-12p40治療組與安慰劑進行統計比較。隨後，同樣用p值為0.05進行統計學兩兩分析。這些參數使得有可能偶然從全部可能的基因中鑑定出350-400個基因。然而，鑑定出來的基因確實與該病有關，因為它們的表達模式與臨床反應是一致的；在治療前的樣品中相對穩定，治療後下調，而且決定性的是，許多基因是已知的免疫應答基因，例如PBEF、S100A11和IL4R，並且之前伴有炎性疾病。因此，相信它們是真實可靠的銀屑病相關基因的生物標記。微陣列結果表4A-E是10個基因一覽表，統計檢驗顯示這些基因在至少一個劑量組比較中發生顯著變化，在第二劑量組比較中發生至少1.5倍的變化。所列10個基因代表一組銀屑病相關基因，再分為5個功能類別，它們是經歷了銀屑病消退並向正常皮膚結構和功能改善的表達調節標誌指標。僅"^艮告了第12周所鑑定的基因；沒有包括符合相同標準但得自第0天樣品的基因。表4.其功能類別自基線顯著改變的基因一覽表表4A.細胞因子、趨化因子和生長因子tableseeoriginaldocumentpage49表4B.蛋白酶基因檢索號名稱說明90mgR安慰劑"僱—002776KLK10激肽釋放酶10-2.031.05表4C.結構和黏著分子基因檢索號名稱說明90mgR安慰劑30NM—006121KRT1角蛋白1(表皮鬆解性-2.891.14角化過度症)31麗—005557KRT16角蛋白16(局灶性非-3.11-1.02表皮鬆解性掌蹠角皮病)32僱—006945SPRR2B智人富含脯氨酸小蛋-6.54-1.03白2B表4D.脂質與鈣代謝基因檢索號名稱說明90mgR安慰劑33麗—000359TGM1轉穀氨醯胺酶1(K多-2.04-1.01肽表皮I型，蛋白質-穀氨醯胺-y-穀氨醯轉移酶)34NM一002079GOT1穀草轉氨酶1,可溶-1.781.01性(天冬氨酸轉氨酶1、35NM—005620S100A1S1004丐結合蛋白All-1.50-1.091(calgizzarin)表4E.受體基因檢索號名稱說明90mgR安慰劑36麗_000418IL4R白介素4受體-1.92-1.08用RT-PCR檢測的基因表達變化在微陣列分析後餘留的RNA樣品中，對表4中的少數基因進行Taqman分析。將體積50^1中1微克的總RNA在MultiScribe逆轉錄酶存在下轉化為cDNA。通過保溫使反應在25。C下進行10分鐘後，在48。C下進行30分鐘。在95。C5分鐘使逆轉錄酶失活。用ABI7900系統(FosterCity,Califomia)進行實時PCR，每次反應使用20毫微克cDNA。在AmpliTaqGoldDNA聚合酶(ABIbiosystem,FosterCity,Califomia)存在下，使反應物在50。C下保溫2分鐘後，在95。C下保溫IO分鐘。然後，使反應進行40次循環，每次循環95。C15秒和60。C1分鐘。採用持家基因GAPDH(甘油醛-3-磷酸脫氬酶)使基因表達歸一化。圖2A-D表示由Taqman檢測的絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B3(A)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B4(B)、GJB2(C)和IL1F9(D)的基因表達模式，基本上證實了所觀察到的這些特異性基因在相對表達中的變化，所述特異性基因的相對表達用微陣列分析計算得出。數據概述總之，本發明鑑定出一組潛在的表示銀屑病治療有利結果的分子生物標記及其所調節的方向。該組生物標記特別用於指導判斷臨床進展，因為可以在臨床可測量參數(例如PASI評分(銀屑病皮損面積和嚴重性指數))改善之前，獲得和/或檢測到該組基因表達的變化。因此，36個經鑑定的基因代表了一組銀屑病相關基因，可用作監測任何4艮屑病治療藥(例如CNTO1275)功效的工具，並提供指導劑量方案的有價值的信息。已證實本文鑑定為銀屑病相關基因的一組基因與銀屑病、皮膚和炎症有關。如本發明分析所證實的一樣，該組基因大體上提供衡量使皮損受累部位及嚴重程度得到改善的銀屑病治療效果的指紋。之前曾有研究指出有多個基因是該組銀屑病相關基因的成員，在銀屑病皮膚中表達異常。例如，有報導指出銀屑病皮膚中IL1F5、IL1F9和IL1RN水平增加基本上是上調的。本發明研究為IL1F5、IL1F9和IL1RN是在該病中維持炎症狀態的關鍵細胞因子提供了證據。其它基因(例如IL-8和PI3)是其它炎性疾病所共有的。因此，總而言之，監測該組基因提供了用於評價候選藥物的方法，至於調節這些基因的表達，則預測了銀屑病療法的臨床結果。雖然參照某些具體的實施方案進行了說明和描述，但是本發明並不局限於所述詳情。相反地，本發明涉及銀屑病相關基因和基因產物。本文所公開的多核苷酸、抗體、儀器和藥盒及其使用以及用於控制銀屑病相關生物標記基因水平的方法，都可在所附權利要求書等同內容的範圍以及在不偏離本發明精神的情況下對各個細節進行修改。權利要求1.一種用於對受治療者的皮膚相關疾病進行預後或診斷評價的方法，該方法包括a)從由受治療者獲得的樣本製備核酸樣品；b)使樣品與由至少兩個選自基因1-36的成員組成的一組核酸區段接觸以檢測該組區段的水平；c)對照參比標準對樣品進行評價以測定樣品中存在的至少兩個成員含量的變化值；和d)使所述變化值與皮膚相關疾病的存在或消退相互關聯。2.權利要求1的方法，其中所述受治療者是患皮膚相關疾病的患者，在用皮膚相關疾病的療法對患者進行治療前、治療期間和/或治療後進行步驟a)-d)。3.權利要求2的方法，其中所述皮膚相關疾病是^l艮屑病。4.權利要求2的方法，其中所述參比標準選自患者的正常皮膚組織、未經治療的4艮屑病患者的皮膚組織和經過治療的銀屑病患者的皮膚組織。5.權利要求2的方法，其中所迷參比標準得自用所述療法治療前的受治療者，所述核酸樣品得自用所述療法治療後的受治療者，所述關聯步驟對所述療法的治療效果進行評價。6.權利要求2的方法，其中所述療法是抗IL-12抗體。7.權利要求6的方法，其中所述抗IL-12抗體是CNT01275。8.權利要求l的方法，其中所述集合體是核酸區段的陣列。9.權利要求2的方法，其中所述樣品得自選自以下患者的皮損皮膚疑患斑塊銀屑病的患者、被診斷患有《艮屑病正用已批准藥物進行治療的患者和被診斷患有銀屑病正用實驗藥物進行治療的患者。10.權利要求2的方法，其中所述樣品的來源選自在給予所述療法之前提供樣品的患者、患有皮膚相關疾病接受安慰劑治療的患者和生物庫的樣品。11.權利要求1的方法，其中所述得自所述集合體的至少一個基因是選自細胞因子、趨化因子、轉錄因子、蛋白酶、蛋白酶抑制蛋白、結構和黏著分子、受體和參與脂質代謝的蛋白的基因。12.權利要求l的方法，其中所述樣品包括皮膚活檢樣品。13.權利要求l的方法，其中所述樣品包括外周血細胞。14.權利要求1的方法，其中將所述樣品與包含選自基因1-36的至少4個成員的一組核酸區段接觸。15.權利要求14的方法，其中所述至少4個核酸區段是以下各組的代表或選自以下各組IL1F5(基因1)、IL1F9(基因2)和PBEF(基因27);絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B3(基因11)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B4(基因IO)和絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B13(基因13);KLK10(基因29)和KLK13(基因8);以及CCL3(基因6)、BLMH(基因7)和GJB2(基因16)。16.權利要求1的方法，其中至少兩個核酸區段中的至少一個是以下成分的代表或選自以下成分CXCL1(基因5)、CCL3(基因6)、BLMH(基因7)、GJB2(基因16)、IL1F5(基因1)、IL1F9(基因2)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B3(基因11)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B4(基因10)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B13(基因13)、KLK10(基因29)、PBEF(基因27)、S100A11(基因35)、IL4R(基因36)和KLKL13(基因8)。17.權利要求1的方法，其中所述至少兩個基因區段是以下各組的代表或選自以下各組IL1F5(基因1)、IL1F9(基因2)和PBEF(基因27);以及CCL3(基因6)、BLMH(基因7)和GJB2(基因16)。18.—種用於對患者的皮膚相關疾病進行預後或診斷評價的方法，該方法包4舌a)從由患者獲得的樣品製備核酸樣品；b)將所述樣品與由選自以下的至少一個成員組成的一組核酸區段接觸以檢測該組區段的存在IL1F5(基因1)、IUF9(基因2)、CCL3(基因6)、BLMH(基因7)、GJB2(基因16)、PBEF(基因27)、S100A11(基因35)和IL4R(基因36);c)對照參比標準對樣品進行評價以測定樣品中存在的至少一個成員的量的變化值和/或表達水平的變化值；d)使所述變化值和/或表達水平的數值與皮膚相關疾病的存在或消退相互關聯。19.—種用於對患者的皮膚相關疾病進行預後或診斷評價的基於陣列的測定方法，該方法包括a)從由患者獲得的樣本製備核酸混合物；b)用可檢測標記對所迷樣本核酸進行標記以形成樣品；c)使所述樣品與包含大量核酸區段的陣列接觸，其中每個核酸區段被固定在陣列基質表面不連續的已知地址上，其中由基因1-36組成其中所述陣列在基質的已知地址上還包括至少一種校準核酸；d)測定樣本核酸與核酸區段結合的程度；和e)與參比標準結合程度進行比較以便能夠進行預後或診斷評價。20.權利要求19的方法，該方法還包括對得自用所述療法治療的皮膚相關疾病患者的樣本核酸與參比標準進行統計比較以評價所述療法的治療效果的步驟。21.權利要求20的方法，其中所述皮膚相關疾病是4艮屑病，所述一組皮膚相關基因是一組銀屑病相關基因。22.權利要求21的方法，其中所述療法是抗IL-12抗體。23.權利要求22的方法，其中所述抗IL-12抗體是CNT01275。24.權利要求20的方法，其中所述樣本得自選自以下患者的皮損皮膚疑患斑塊銀屑病的患者、被診斷患有銀屑病但未經過治療的患者和被診斷患有銀屑病正用所述療法進行治療的患者。25.權利要求20的方法，其中所述樣本的來源選自在給予所述療法之前提供樣本的患者、患有類似疾病或病症正用安慰劑治療的患者200680053465.7權利要求書第4/6頁和生物庫的樣品026.權利要求20的方法，其中所述一組基因的成員選自細胞因子、趨化因子、轉錄因子、蛋白酶、蛋白酶抑制蛋白、結構和黏著分子、受體和參與脂質代謝的蛋白的基因。27.權利要求20的方法，其中所述樣本包括皮膚活糹企樣品。28.權利要求20的方法，其中所述樣本包括外周血細胞。29.權利要求21的方法，其中所述比較結合程度的步驟還包括一組銀屑病相關基因的陣列的特徵強度變化相似性的精確斥全驗。30.—種測定細胞或受治療者對皮膚相關疾病的反應性的試劑，所述試劑包含至少兩個選自以下的成員含有與基因l-36之一的核苷酸序列互補的至少15個核苷酸的寡核苷酸、由基因l-36之一的至少一部分所編碼的多肽和由基因1-36之一的至少一部分所編碼的多肽的配體。31.權利要求30的試劑，其中所述皮膚相關疾病是銀屑病。32.—種測定患者樣品對皮膚相關疾病的反應性的方法，該方法包括將樣品與權利要求30的試劑接觸。33.權利要求32的方法，其中所述測定用RT-PCR進行。34.權利要求32的方法，其中所述測定用ELISA進行。35.—種測定皮膚相關疾病療法的療效的方法，該方法包括a)將得自正接受皮膚相關疾病治療的患者的樣品與權利要求30的試劑接觸；b)測定至少兩個成員的水平；c)與參比標準水平進行比較，和d)使至少兩個成員的水平與所述療法的療效相互關聯。36.權利要求35的方法，其中所述皮膚相關疾病是4艮屑病。37.權利要求35的方法，其中所述療法包括IL-12、IL-23或者IL-12與IL-23兩者的拮抗劑。38.權利要求37的方法，其中所述拮抗劑是針對IL-12和IL-235的抗體。39.權利要求38的方法，其中所述針對IL-12和IL-23的抗體是CNTO1275。40.權利要求35的方法，其中所述參比標準選自得自患者的正常皮膚組織、得自未經治療的銀屑病患者的皮膚組織和得自經治療的銀屑病患者的皮膚組織。41.權利要求35的方法，其中所述至少兩個成員選自細胞因子、趨化因子、轉錄因子、蛋白酶、蛋白酶抑制蛋白、結構和黏著分子、受體和參與脂質代謝的蛋白的基因。42.權利要求35的方法，其中所述樣品包括皮膚活檯r樣品。43.權利要求35的方法，其中所述樣品包括外周血細胞。44.權利要求35的方法，其中將所述樣品與一組核酸區段接觸，所述一組核酸區段包含至少4個選自基因1-36的成員。45.權利要求44的方法，其中所述至少4個核酸區段是以下各組的代表或選自以下各組IL1F5(基因1)、IL1F9(基因2)和PBEF(基因27);絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B3(基因11)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B4(基因IO)和絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B13(基因13》KLK10(基因29)和KLK13(基因8);以及CCL3(基因6)、BLMH(基因7)和GJB2(基因16)。46.權利要求35的方法，其中所迷至少兩個成員中的至少一個是以下成分的代表或選自以下成分CXCL1(基因5)、CCL3(基因6)、BLMH(基因7)、GJB2(基因16)、IL1F5(基因1)、IL1F9(基因2)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B3(基因11)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B4(基因10)、絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B13(基因13)、KLK10(基因29)、PBEF(基因27)、S100A11(基因35)、IL4R(基因36)和KLKL13(基因8)。47.權利要求35的方法，其中所述至少兩個成員是以下各組的代表或者選自以下各組IL1F5(基因1)、IL1F9(基因2)和PBEF(基因27);以及CCL3(基因6)、BLMH(基因7)和GJB2(基因16)。48.—種用於銀屑病的治療藥，所述治療藥包括多核苷酸序列，所述多核香酸序列與包含選自基因1-36的至少一個基因的至少15個連續核普酸的序列互補。49.權利要求48的治療藥，其中所述多核苷酸序列是反義DNA。50.—種用於預後或診斷用途的試劑盒，所述試劑盒包括含有至少15個核苷酸的寡核苷酸和表達標記基因的細胞，其中所述寡核苷酸與包含標記基因的核苷酸序列的多核苷酸或其互補鏈互補，所述標記基因選自基因1-36。51.—種用於篩選銀屑病治療藥的試劑盒，所述試劑盒包括識別包含由標記基因編碼的胺基酸序列的肽的抗體和表達標記基因的細胞，其中所述標記基因選自基因1-36。52.本文記載的任何發明。全文摘要本發明提供對受治療者的皮膚相關疾病(例如銀屑病)進行預後或診斷評價的方法，該方法包括將樣品中基因的存在與否和/或數量與參比標準相互關聯，以確定疾病的存在和/或嚴重程度和/或對疾病治療的反應。本發明的方法能夠鑑定出候選療法的療效。文檔編號G01N33/566GK101389769SQ200680053465公開日2009年3月18日申請日期2006年12月28日優先權日2005年12月28日發明者B·阿梅加奇,C·黃,G·劉,J·本森,X·李申請人:森託科爾公司