利用外代謝轉換劑(輔酶q10)治療肉瘤的方法

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專利名稱：利用外代謝轉換劑(輔酶q10)治療肉瘤的方法
利用外代謝轉換劑(輔酶Q10)治療肉瘤的方法相關申請本申請要求2009年8月 25 日提交的題為「Methods for Treatment of a Sarcoma Using an Epimetabolic Shifter (Coenzyme Q10) 」(代理人案卷號117732-(^601)的 61/236，845號美國臨時申請的優先權。上述申請的全文通過引用在此引入。發明背景癌症是目前發達國家的主要死亡原因之一，也是現代社會的一個嚴重的威脅。特別地，肉瘤代表了在包括骨骼肌、平滑肌、骨骼和軟骨的遍及全身的原發部位發生的，間充質細胞源的異質惡性腫瘤組。尤文氏腫瘤族(EFT)代表包括經典骨骼尤文氏肉瘤(ES)、骨外尤文氏肉瘤(EOE)和原始神經外胚葉腫瘤(PNET)的一類形態上的小圓形細胞惡性腫瘤。 他們代表幾乎3%的小兒癌症和在兒童和青少年中第二普遍的惡性腫瘤。尤文氏肉瘤在西半球的發病率是大約1-3例/100萬。雖然在治療尤文氏肉瘤中的相當大的進展已經增加了 5年生存率，但患有轉移性疾病的尤文氏瘤患者的結果仍然嚴峻，其低於25%生存超過5 年。尤文氏肉瘤是一種其發病率似乎與孟德爾遺傳、環境或藥物暴露不相關的高度侵襲性的癌症。尤文氏肉瘤最一致的特徵是由於EWSRl基因座和ETS轉錄因子基因之間的染色體易位而導致的融合基因的存在。EWS-ETS融合基因編碼轉錄因子如EWS-FLI1，其異常的功能與尤文氏肉瘤的發病機理相關。儘管最近的研究已經極大地增加了我們對許多腫瘤發生的分子機制的理解，並提供了許多治療癌症的新途徑，但對包括尤文氏腫瘤族的大多數惡性腫瘤的標準療法包括完全切除、化療和放療。這些治療可能會引起許多不希望的副作用。例如，外科手術可能導致疼痛、對健康組織的外傷性損傷和疤痕。放射療法具有殺死癌細胞的優勢，但它同時也損害非癌性組織。化療涉及向病人施用各種抗癌藥物。這些標準療法常常伴隨著有害的副作用， 例如，噁心、免疫抑制、胃潰瘍和繼發性腫瘤發生。多年來，許多個人和公司已經進行了廣泛的研究以尋找改善對治療包括尤文氏腫瘤族的各種各樣的癌症的方法。多家公司正在開發有望提供更為有利的癌症療法的生物活性劑，包括化學實體如小分子，和生物製劑如抗體。例如，正在研究胰島素樣生長因子受體-1 (IGF-IR)抗體單獨地和與其它標準化療相結合作為潛在的療法用於復發性尤文氏族腫瘤的治療。然而，到目前為止，尤文氏庭腫瘤的治療仍然非常困難。因此，迫切需要開發成功治療尤文氏肉瘤的新療法。輔酶Q10，本文也稱之為CoQIO、Q10、泛醌或泛癸利酮，是一種流行的營養補充劑且可以在營養品商店、保健食品商店、藥店等等中作為維生素類補充品以膠囊的形式找到， 其有助於通過泛醇(輔酶QlO的還原形式)的抗氧化性質保護免疫系統。輔酶QlO是本領域內公知的，並進一步在國際公開號WO 2005/069916中被公開，其全部公開在本文中通過引用引入。Turunen 等，Biochimica et Biophysica Acta 1660 :171-199(2004)中描述了輔酶QlO的代謝和功能，包括輔酶Q 10的代謝產物，該文獻的全部內容在此通過引用引入。輔酶QlO被發現遍及人體的大部分組織和其它哺乳動物的組織。在MiagavanHN 等的綜述文獻，Coenzyme QlO :Absorption， tissue uptake， metabolism and pharmacokinetic，Free Radical Research 40 (5)，445-453 (2006)(以下，Bhagavan 等) 中綜述了輔酶QlO在人體中的組織分布和氧化還原狀態。作者報告，「作為一般規則，具有高能源需求或代謝活性的組織，如心臟、腎臟、肝臟和肌肉，含有相對高濃度的輔酶Q10。」 作者進一步地報告，「除腦部和肺部以外，組織中輔酶QlO的主要部分是對苯二酚或泛醇 (uniquinol)的還原形式」，其「在這兩種組織中表現為增強的氧化應激的反映」。特別是， Miagavan等報告，在心臟、腎臟、肝臟、肌肉、腸和血液(血漿)中，分別約61%、75%、95%、 65%、95%和96%的輔酶QlO是還原形式的。類似地，Ruiz-Jiminez等，Determination of the ubiquinol-10 and ubiquinone-10(coenzyme Q10)in human serum by liquid chromatography tandem mass spectrometry to evaluate the oxidative stress, J. Chroma A 1175(2),242-248(2007)(以下，Ruiz-Jiminez 等)報告，當測量人血漿的 QlO 和還原形式的Q10(Q10H2)時，發現大多數(90% )的分子為還原形式。輔酶QlO是高度親脂性的，且對於其大部分來說，不溶於水。由於其在水中的不溶解性、在脂質中有限的溶解度和相對大的分子量，口服輔酶QlO的吸收率很差。Miagavan 等報告，「在用大鼠進行的一項研究中，據報告只有大約2-3%的口服施用的輔酶QlO被吸收」。Miagavan等進一步報告，「來自大鼠研究的數據表明，輔酶QlO在腸道內吸收過程中或吸收之後被還原為泛醇」。輔酶QlO在文獻中已經與癌症相關聯很多年了。下面描述一些有代表性的，但不是包括所有文獻中報告的相關性的例子。Karl Folkers等，Survival of Cancer Patients on Therapy with Coenzyme Q10,Biochemical and Biophysical Research Communication 192,241-245(1993)(以下，『Tolkers等」)描述了 8個「用輔酶QlO治療」的癌症患者的病
歷及「5-15年時間的」他們的生存史.......向八個患有包括胰腺癌、腺癌、喉癌、乳腺癌、
結腸癌、肺癌和前列腺癌的不同類型癌症的患者口服施用輔酶Q10。folkers等闡述，「目前這些結果證明了全身性的方案」。Lockwood 等，Progress on Therapy of Breast Cancer with Vitamin QlO and the Regression of Metastases, Biochemical and Biophysical Research Communication 212，172-177 (1995)(以下，「Lockwood 等」)是另一個報導關於 「用維生素QlO治療乳腺癌的進展」的綜述文章。Lockwood等引用R)lkers等，其「涵蓋了 35年的關於動物和人類的國際研究，顯示在非腫瘤和腫瘤組織中維生素QlO的不同水平且包括基於具有腫瘤的處理小鼠的生存者增加的宿主防禦系統固有的維生素QlO的數據」。 Lockwood等進一步闡述，依靠測定在199個瑞典和美國的癌症患者中的輔酶QlO血液濃度的研究(其表明在乳腺癌的情況下不同水平的缺乏)，「人類癌症的維生素QlO療法的潛力在1961年得到證明」。2002年7月9日授權的6，417，233號美國專利(以下，Sears等) 描述了含有脂溶性苯醌的組合物，如輔酶Q10，用於預防和/或治療線粒體病。kars等闡述了 「輔酶QlO治療已被報導在癌症患者中提供了一些優勢(見第2欄，30-31行)」。截至提交本申請之日，據美國國家癌症研究所報告，還沒有進行涉及大量患者的輔酶QlO用於癌症治療的良好設計的臨床試驗，因為「進行研究的方法和報導的信息量使得該益處是由輔酶QlO還是由其它物質所引起的還不清楚」。可通過www. cancer, gov/ cancertopics/pdq/cam/coenzymeQ10/patient/allpages (2008 年 9 月 29 日)訪問美國國家癌症研究所(NCI)。特別地，NCI引用了關於在乳腺癌患者的標準治療後使用輔酶QlO作
10為輔助療法的3個小型研究，其中一些患者表現出受益於該治療，並重申「然而，研究設計和報告的缺陷使得該益處是由輔酶QlO還是由其它物質所造成的並不清楚」。NCI特別指出，「這些研究具有以下缺點這些研究不是隨機的或對照的；除了輔酶QlO外患者還使用了其它的補充劑；患者在輔酶QlO療法之前或期間接受標準治療；且在研究中沒有報告所有患者的詳細情況」。NCI進一步報告了關於「輔酶QlO已幫助一些癌症患者，包括患有胰腺癌、肺癌、結腸癌、直腸癌和前列腺癌的患者，活得更長的未經證實的報導」，但是其指出「然而，在這些報告中所描述的病人也接受了除輔酶QlO以外的其它治療，包括化療、放療和手術」。2006年2月16日公布的美國專利申請公開2006/0035981 (以下稱「Mazzio 2006」)描述了使用組合物治療或預防人類和動物的癌症的方法和製劑，該組合物利用了癌症與宿主相反的對葡萄糖的非氧化磷酸化以獲取能量的厭氧需求的弱點。Mazzio 2006的製劑包含一種或多種協同地促進氧化代謝和/或阻礙乳酸脫氫酶或無氧糖代謝的化合物， 和特別地描述為含有「2，3_ 二甲氧基-5-甲基-1，4-苯醌(本文也稱為「DMBQ」)(醌式鹼) 和整個泛醌系列的可選項，包括相應的對苯二酚、泛色烯醇、泛色烯醇或合成的/天然的衍生物和類似物。見mazzio2006第3頁，第0010段。Mazzio 2006確認「短鏈泛醌(CoQ < 3) 作為抗癌劑」，且甚至進一步確認「2，3_ 二甲氧基-5-甲基-1，4-苯醌(DMBQ)作為抗癌劑比輔酶QlO效力高出1000倍」。見mazzio 2006第3頁，第0011段。Mazzio 2006進一步闡述，該研究「沒有發現輔酶QlO如所預計的一樣是致死性的」且似乎「採用輔酶QlO對抗癌症的先前研究存在一些矛盾」。見mazzio 2006第3_4頁大量列出的支持了這一論述的引用文獻列表。2007年10月25日公布的美國專利申請公開2007/0M8693 (本文以下稱「Mazzio 2007」)還描述了營養保健組合物及其用於治療或預防癌症的用途。而且，公布的該專利申請集中於短鏈泛醌，並具體地闡明輔酶QlO不是該發明的關鍵成分。根據Mazzio 2007，「雖然輔酶QlO可以增加癌細胞中線粒體複合體II活性的Vmax(Mazzio和Soliman，Biochem Pharmacol. 67 :1167-84，2004)，它沒有控制通過複合體IV的線粒體呼吸率或氧氣利用率。 而且，輔酶QlO沒有如預計的一樣是致死性的。同樣地，輔酶QlO對抗癌症的結果是矛盾的，，。見 mazzio 2007 第 5 頁，第 0019 段。申請人:先前已經描述了輔酶QlO的局部製劑和在動物受試者中降低腫瘤的生長速度的方法(Hsia等，2005年8月4日公開的W02005/069916)。在Hsia等所描述的該實驗中，證明輔酶QlO增加了皮膚癌細胞而非正常細胞的培養物中的細胞凋亡速率。此外，證明用輔酶QlO的局部製劑治療荷瘤動物顯著地降低了該動物中腫瘤的生長速率。本發明至少部分地基於對輔酶QlO在人體和/或細胞中作用的更完全的了解。特別地，本發明的方法和製劑至少部分地基於從輔酶QlO體外治療肉瘤細胞的廣泛研究中獲得的關於輔酶QlO 的治療機制的知識。具體來說，在至少一個實施方式中，本發明的方法和製劑至少部分地基於用輔酶 QlO治療的原代肉瘤細胞中調節相當數目的基因的表達的驚人發現。發現這些被調節的蛋白質被群集到幾個細胞途徑中，包括細胞過程、代謝過程、轉錄調控、程序性細胞死亡(細胞凋亡)、細胞發育、細胞骨架、細胞核、蛋白質組和器官發育的調節。綜上所述，本文所述的結果已經為QlO的治療機制提供了深刻的理解。雖然不希望被理論約束，本文所述的結果表明，輔酶QlO誘導細胞骨架蛋白的全面的表達，從而破壞細胞的結構體系的穩定並啟動以不同尋常和出乎意料的速度達到頂點的細胞過程和穩定的細胞凋亡反應。因此，本發明的一個方面提供了通過向人體局部施用輔酶QlO分子(例如，輔酶 QlO、輔酶QlO的組成部分、輔酶QlO的衍生物、輔酶QlO的類似物、輔酶QlO的代謝產物或輔酶生物合成途徑的中間產物)來治療或預防發生以治療或預防人類中的肉瘤的方法。在一個實施方式中，局部施用是用於對特定的待治療肉瘤在人體中提供療效而選擇的劑量。在某些實施方式中，通過施用輔酶QlO的氧化形式進行肉瘤的治療或預防。在某些實施方式中，被治療或預防的肉瘤不是通常通過局部施用進行治療或預防的肉瘤，而是預期系統遞送治療上有效水平的活性劑。在一些實施方式中，被治療的人類組織中的輔酶QlO分子的濃度與代表健康或正常狀態的人類組織的對照標準濃度不同。在本發明的另一些實施方式中，向人類施用的所述輔酶QlO分子的形式與在人類的體循環中發現的主要形式不同。在本發明的另一實施方式中，該治療涉及或者通過輔酶QlO分子(如CoQ10、CoQ10 的組成部分、CoQlO的衍生物、CoQlO的類似物、CoQlO的代謝物或輔酶生物合成途徑的中間體)與選自於 ANGPTL3、CCL2、CDH5、CXCLl、CXCL3、PRMT3、HDAC2、一氧化氮合酶 bNOS、 乙醯磷酸化組蛋白H3AL9S10、MTA 2、穀氨酸脫羧酶GAD65 67、KSR、HDAC4、BOBl OBFU al 互生蛋白(Syntrophin)、BAPl、Importina 57、α E-聯蛋白(Catenin)、Grb2、Bax、蛋白酶體26S亞基13(End0philin Bi)、類肌動蛋白6A(真核起始因子4A11)、核氯離子通道蛋白、蛋白酶體26S亞基、Cu/Si過氧化物歧化酶、轉位蛋白(Translin)相關因子X、亞砷酸鹽移位ATP酶(精胺合成酶)、核糖體蛋白質SA、dCTP焦磷酸酶1、蛋白酶體β 3、蛋白酶體β 4、酸性磷酸酶1、苯二氮草結合抑制劑、a2-HS糖蛋白(黃牛(Bos Taurus)，牛)、核糖體蛋白P2 (RPIi^)；組蛋白H2A、微管相關蛋白、蛋白酶體α 3、真核翻譯延長因子1δ、 核纖層蛋白Bl、mif 二 3同源物2(mif two 3 homolog 2)的SMT3抑制因子、熱休克蛋白27kD、hnRNP C1/C2、真核翻譯延長因子1 β 2、類似於HSPC-300、DNA指導的DNA聚合酶 epislon 3 ； (canopy 2 同源物)、LAMA5、PXLDCl、p300CBP、P53R2、磷脂醯絲氨酸受體、細胞角蛋白肽17、細胞角蛋白肽13、神經絲160 200、Rab5、晶絲蛋白(Filensin)、P53R2、MDM2、 MSH6、熱休克因子 2、AFX、FLIPg d、JAB 1、肌球蛋白(Myosine)、MEKK4、cfcif pSer62UFKHR FOXOla, MDM2、Fas 配體、P53R2、肌球蛋白調節輕鏈、hnRNP C1/C2、Ubiquilin 1 (磷酸酶 2A)、hnRNP C1/C2、a2_HS糖蛋白(黃牛，牛)、β-肌動蛋白、hnRNP C1/C2、熱休克蛋白 70kD、β -微管蛋白、ATP依賴的解旋酶II、真核翻譯延長因子1 β 2、ER脂筏相關2同型體 1(β肌動蛋白)、信號序列受體IS、真核翻譯起始因子3、亞基3 Y、膽綠素(Bilverdin) 還原酶A (轉醛醇酶1)、角蛋白1，10 (旁胸腺素(Parathymosin))、GSTco 1、B鏈多巴胺苯醌結合DJ-1、蛋白酶體激活劑Reg(Ci)、T-複合蛋白1同型體A、鏈A甲巰蛋白(Tapasin) ERP57(含伴侶蛋白(Chaperonin)的TCP1)、泛素激活酶El ；丙氨醯-tRNA合成酶、動力蛋白激活蛋白(Dynactin) 1、熱休克蛋白60kd、β肌動蛋白、亞精胺合成酶(β肌動蛋白)、 熱休克蛋白70kd、視網膜母細胞瘤結合蛋白4同型體A、TAR DNA結合蛋白、真核翻譯延長因子1 β 2、含伴侶蛋白的TCP1、亞基3、胞質動力蛋白IC-2、血管緊張素轉化酶(ACE)、半胱天冬酶3、GARS、基質金屬蛋白酶(MMP-6)、溶神經素(NLN)-催化結構域和溶神經素(NLN)、ADRB, CEACAM1、DUSP4、F0XC2、F0XP3、GCGR、GPDl、HMOXl、IL4R、INPPLl、IRS2、VEGFA、假定的c-myc反應性同型體1、PDK1、半胱天冬酶12、磷脂酶DU P34cdc2, P53BP1、BTK、ASC2、 BUBRl、ARTS、PCAF, Rafl、MSKl、SNAP25、APRIL、DAPK, RAIDD、HATl、PSF, HDACl、Radl7、生存素(surviving)、SLIPR、MAG13、半胱天冬酶 10、Crk2、Cdc 6、P21 WAF 1 Cip UASPP 1、 HDAC 4、細胞周期蛋白B1、CD40、GAD 65、TAP、Par4(前列腺凋亡反應蛋白4)、MRP1、MDC1、層粘連蛋白2 a2、b聯蛋白，FXR2、膜聯蛋白V、SMAC Diablo、MBNLl、二甲基組蛋白h3、獨立生長因子 1、U2AF65、mTOR、E2F2、Kaiso、糖原合酶激酶 3、ATF2、HDRP MITR、Neurabin I、APl 和Apafl組成的組的基因(或蛋白質)的相互作用進行。在一個實施方式中，以在向人施用所述的輔酶QlO分子後至少1個小時誘導肉瘤細胞的細胞凋亡的劑量施用輔酶QlO分子。在其它實施方式中，通過以在向人施用輔酶QlO 後至少約2小時、3小時、4小時、5小時、6小時、7小時、8小時、9小時、10小時、12小時、15 小時、18小時、M小時、36小時、48小時後誘導肉瘤細胞的細胞凋亡的劑量施用輔酶QlO分子。在本發明的某些實施方式中，提供了通過向人局部地施用輔酶QlO分子以進行治療或預防而用於治療或預防人的肉瘤的方法，其中向人類施用外用劑量的外用介質中的輔酶Q10，其中以每平方釐米的皮膚約0. 01至約0. 5毫克的輔酶QlO的劑量範圍向靶組織應用輔酶Q10。在一個實施方式中，以每平方釐米的皮膚約0. 09至約0. 15毫克的輔酶QlO的劑量範圍向靶組織應用該輔酶Q10。在另一個實施方式中，以每平方釐米的皮膚約0. 12毫克的輔酶QlO的劑量向靶組織應用輔酶Q10。在本發明的某些實施方式中，被治療和預防的肉瘤是尤文氏腫瘤族中的肉瘤類型。在某些實施方式中，被治療和預防的尤文氏腫瘤族中的肉瘤類型是尤文氏肉瘤。本發明的某些方面提供了通過向人局部地施用輔酶QlO分子以進行治療或預防而用於治療或預防人的肉瘤的方法，其中每M小時局部應用該輔酶QlO分子一次或多次， 持續六星期或更多的時間。在另一個方面，本發明提供了用於治療或預防人中肉瘤的方法，包括以使輔酶QlO 在肉瘤的治療過程中維持其氧化形式的方式向人施用輔酶Q10。在一個實施方式中，被治療的肉瘤不是通常通過局部給藥治療的肉瘤，而是預期以治療有效水平系統遞送活性劑治療的肉瘤，如尤文氏肉瘤。然而本發明的再另一個方面提供了抑制在尤文氏肉瘤中發現的通過染色體11和 22之間的易位產生的融合蛋白(即EWS-FLIl融合蛋白)的活性的方法，這些方法包括選擇或治療患有肉瘤的人類受試者和向所述的人類受試者施用治療上有效量的輔酶QlO分子， 從而抑制EWS-FLI1融合蛋白的活性。在某些實施方式中，輔酶QlO分子是CoQlO生物合成途徑的中間體，包括(a)苯醌或至少一種促進苯醌環生物合成的分子，和(b)至少一種促進類異戊二烯單元合成和/ 或連接到苯醌環的分子。在其它實施方式中，所述的至少一種促進苯醌環生物合成的分子包括L-苯丙氨酸、DL-苯丙氨酸、D-苯丙氨酸、L-酪氨酸、DL-酪氨酸、D-酪氨酸、4-羥基-苯丙酮酸、3-甲氧基-4-羥基扁桃酸(香草基扁桃酸酯或VMA)、香草酸、吡哆醇或泛醯醇。在其它實施方式中，所述的至少一種促進類異戊二烯單元合成和/或連接到苯醌環的分子包括乙酸苯酯、4-羥基苯甲酸、甲羥戊酸、醋甘氨酸、乙醯輔酶A或法呢基。在其它實施方式中，所述中間體包括(a) L-苯丙氨酸、L-酪氨酸和4-羥基苯丙酮酸中的一種或多種；和(b)4_羥基苯甲酸、乙酸苯酯和苯醌中的一種或多種。在其它實施方式中，該中間體 (a)抑制Bcl-2的表達和/或促進半胱天冬酶-3的表達；和/或(b)抑制細胞增殖。在另一個方面，本發明提供了用於治療或預防人的肉瘤的方法。該方法包括按給藥方案向需要的人施用輔酶QlO分子，從而調節人的細胞膜的滲透性和進行治療或預防。在一些實施方式中，用於治療或預防人的肉瘤或抑制人的EWS-FLIl融合蛋白活性的方法進一步地包括上調選自於LAMA5、PXLDCl、p300CBP、P53R2、磷脂醯絲氨酸受體、細胞角蛋白肽17、細胞角蛋白肽13、神經絲160 200、Rab5、晶絲蛋白、P53R2、MDM2、MSH6、熱休克因子 2、AFX、FLIPg d、JAB 1、肌球蛋白、MEKK4、cRaf pSer62U FKHR FOXOla、MDM2、 Fas配體、P53R2、蛋白酶體^S亞基13 (Endophilin Bi)、肌球蛋白調節輕鏈、hnRNP Cl/ C2、Ubiquilin 1 (磷酸酶 2A)、hnRNP C1/C2、a2_HS 糖蛋白(黃牛，牛)、β-肌動蛋白、 hnRNP C1/C2、熱休克蛋白70kD、微管相關蛋白、β微管蛋白、蛋白酶體a 3、ΑΤΡ依賴的解旋酶II、真核翻譯延長因子1 S、熱休克蛋白27kD、真核翻譯延長因子1β2、類似於HSPC-300、 ER脂筏相關2同型體1 ( β肌動蛋白)、銅/鋅過氧化物歧化酶和信號序列受體1 δ、ADRB、 CEACAMU DUSP4、F0XC2、F0XP3、GCGR、GPDU HMOXU IL4R、INPPLU IRS2 和 VEGFA、假定的 c-myc反應性同型體1、PDKl、半胱天冬酶12、磷脂酶Dl、P34 cdc2、P53BP1、BTK、ASC2、 BUBRl、ARTS、PCAF, Rafl、MSKl、SNAP25、APRIL、DAPK, RAIDD、HATl、PSF, HDACl、Radl7、生存素、SLIPR、MAG13、半胱天冬酶 10、Crk2、Cdc 6、P21 WAF 1 Cip UASPP UHDAC 4、細胞周期蛋白Bi、⑶40、GAD 65、TAP、Par4(前列腺凋亡反應蛋白4)和MRPl組成的組的一個或者多個基因的表達水平；和/或下調選自於ANGPTL3、CCL2、CDH5、CXCLl、CXCL3、PRMT3、 HDAC2、一氧化氮合酶bNOS、乙醯磷酸化組蛋白H3 AL9 S10、MTA 2、穀氨酸脫羧酶GAD65 67、 KSR、HDAC4、BOBl OBFl、al 互生蛋白、BAPl、Importina 57、α E-聯蛋白、Grb2、Bax、蛋白酶體26S亞基13(End0philin Bi)、類肌動蛋白6A(真核起始因子4A11)、核氯離子通道蛋白、蛋白酶體26S亞基，Cu/Zn過氧化物歧化酶、轉位蛋白相關因子X、亞砷酸鹽移位ATP酶 (精胺合成酶)、核糖體蛋白質SA、dCTP焦磷酸酶1、蛋白酶體β 3、蛋白酶體β 4、酸性磷酸酶1、苯二氮革結合抑制劑、核糖體蛋白Ρ2 (RPIi^)；組蛋白Η2Α、微管相關蛋白、蛋白酶體 α 3，真核翻譯延長因子1 δ，核纖層蛋白Bl、mif 二 3同源物2的SMT3抑制因子、熱休克蛋白27kD，hnRNP C1/C2，真核翻譯延長因子1 β 2、類似於HSPC-300、DNA指導的DNA聚合酶 epislon 3 ； (canopy 2同源物)、血管緊張素轉化酶(ACE)、半胱天冬酶3、GARS、基質金屬蛋白酶(MMP-6)、溶神經素(NLN)-催化結構域和溶神經素(NLN)、MDC1、層粘連蛋白h2、b聯蛋白、FXR2、膜聯蛋白V、SMAC Diablo、MBNL1、二甲基組蛋白h3、獨立生長因子1、U2AF65、 mT0R、E2F2、Kaiso、糖原合酶激酶 3、ATF2、HDRP MITR、Neurabin I、API 和 Apafl 組成的組的一個或者多個基因的表達水平。在本發明的一些實施方式中，用於治療或預防人的肉瘤或抑制人的EWS-FLIl融合蛋白活性的方法包括或通過輔酶QlO分子與選自於ANGPTL3、CCL2、⑶H5、CXCLl、CXCL3、 PRMT3、HDAC2、一氧化氮合酶bNOS、乙醯磷酸化組蛋白H3 AL9 S10, MTA 2、穀氨酸脫羧酶 GAD65 67、KSR、HDAC4、B0B1 OBFl、al 互生蛋白、BAPl、Importina 57、0已-聯蛋白、6計2、 Bax、蛋白酶體26S亞基13 (EndophilinBl)、類肌動蛋白6A(真核起始因子4A11)、核氯離子通道蛋白、蛋白酶體26S亞基，Cu/Zn過氧化物歧化酶、轉位蛋白相關因子X、亞砷酸鹽移位ATP酶(精胺合成酶)、核糖體蛋白質SA、dCTP焦磷酸酶1、蛋白酶體β 3、蛋白酶體β 4、 酸性磷酸酶1、苯二氮革結合抑制劑、a2-HS糖蛋白(黃牛，牛)、核糖體蛋白P2(RPLP2)； 組蛋白H2A、微管相關蛋白、蛋白酶體α 3，真核翻譯延長因子1 δ、核纖層蛋白Bi、mif 二 3同源物2的SMT3抑制因子、熱休克蛋白27kD，hnRNP C1/C2、真核翻譯延長因子1 β 2、類似於 HSPC-300、DNA 指導的 DNA 聚合酶印i si on 3 ； (canopy 2 同源物)、LAMA5、PXLDCl、 P300CBP、P53R2、磷脂醯絲氨酸受體、細胞角蛋白肽17、細胞角蛋白肽13、神經絲160 200、 Rab5、晶絲蛋白、P53R2、MDM2、MSH6、熱休克因子 2、AFX、FLIPg d、JAB 1、肌球蛋白、MEKK4、 CRafpSer62U FKHR FOXOla、MDM2、Fas 配體、P53R2、肌球蛋白調節輕鏈、hnRNP C1/C2、 Ubiquilin 1 (磷酸酶 2A)、hnRNP C1/C2、a2_HS 糖蛋白(黃牛，牛)、β-肌動蛋白、hnRNP C1/C2、熱休克蛋白70kD、β-微管蛋白、ATP依賴的解旋酶II、真核翻譯延長因子1 β 2、ER 脂筏相關2同型體1 ( β肌動蛋白)、信號序列受體1 δ、真核翻譯起始因子3、亞基3 γ、膽綠素還原酶A (轉醛醇酶1)、角蛋白1，10 (旁胸腺素)、GST ω 1、B鏈多巴胺苯醌結合DJ-I、 蛋白酶體激活劑Reg(a)、T_複合蛋白1同型體A、鏈A甲巰蛋白ERP57 (含伴侶蛋白的 TCP1)、泛素激活酶El ；丙氨醯-tRNA合成酶、動力蛋白激活蛋白1、熱休克蛋白60kd、β肌動蛋白、亞精胺合成酶(β肌動蛋白)、熱休克蛋白70kd、視網膜母細胞瘤結合蛋白4同型體A、TAR DNA結合蛋白、真核翻譯延長因子1 β 2、含伴侶蛋白的TCP1、亞基3、胞質動力蛋白IC-2、血管緊張素轉化酶(ACE)、半胱天冬酶3、GARS、基質金屬蛋白酶(MMP-6)、溶神經素(NLN)-催化結構域和溶神經素(NLN)、ADRB, CEACAM1、DUSP4, F0XC2,F0XP3, GCGR,GPDl、 HMOXl、IL4R、INPPLl、IRS2、VEGFA、假定的c_myc反應性同型體1、PDK1、半胱天冬酶12、磷脂酶 Dl、P34 cdc2、P53 BPl、BTK、ASC2、BUBRl、ARTS、PCAF、Rafl、MSKl、SNAP25、APRIL、DAPK、 RAIDD、HATU PSF, HDACU Radl7、生存素、SLIPR、MAG13、半胱天冬酶 10、Crk2、Cdc 6、P21 WAFl Cip UASPP 1、HDAC 4、細胞周期蛋白 Bi、CD 40、GAD 65、TAP、Par4(前列腺凋亡反應蛋白4)、MRPl、MDCl、層粘連蛋白2a2、b聯蛋白，FXR2、膜聯蛋白V、SMAC Diablo、MBNLl、 二甲基組蛋白h3、獨立生長因子1、似六 65、11111( 32 2、1^丨80、糖原合酶激酶3、六1 2、皿1^ MITR, Neurabin I, APl和Apaf 1組成的組的基因的相互作用進行。在本發明的某些實施方式中，該方法進一步包含包括外科手術、放射療法、激素治療、抗體治療、應用生長因子、細胞因子的療法、化療和同種異體幹細胞療法中的任何一個或者其組合的治療方案。而在再另一個方面，本發明提供了評估用於治療受試者中肉瘤的療法的效力的方法。該方法包括將向受試者施用治療方案的至少一部分前從該受試者獲得的第一樣品中存在的標誌物的表達水平(其中該標誌物選自於表2-9中列出的標誌物組成的組)和從施用了治療方案的至少一部分後的受試者中獲得的第二樣品中存在的標誌物的表達水平進行比較，其中與第一樣品相比，第二樣品中的標誌物的表達水平的調節表明該療法對治療受試者中的肉瘤是有效的。但在再另一個方面，本發明提供了評估受試者是否患有肉瘤的方法。該方法包括測定從受試者中獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平(其中該標誌物選自於表2-9 中列出的標誌物組成的組)及比較從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平和對照樣品中存在的標誌物的表達水平，其中相對於對照樣品中標誌物的表達水平，從受試者中獲得的生物樣品中標誌物的表達水平的調節表明該受試者患有肉瘤，由此評估受試者是否患有肉瘤。
在另一個方面，本發明提供了預測受試者是否具有患肉瘤的傾向的方法。該方法包括測定從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表 2-9中列出的標誌物組成的組，和比較從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平和對照樣品中存在的標誌物的表達水平，其中相對於對照樣品中標誌物的表達水平，從受試者獲得的生物樣品中標誌物的表達水平的調節表明該受試者具有患肉瘤的傾向，從而預測受試者是否有患肉瘤的傾向。而在再另一個方面，本發明提供了預測受試者中肉瘤復發的方法。該方法包括測定從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表2-9中列出的標誌物組成的組，和比較從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平和對照樣品中存在的標誌物的表達水平，其中相對於對照樣品中標誌物的表達水平，從受試者獲得的生物樣品中標誌物的表達水平的調節表明肉瘤的復發，從而預測受試者中肉瘤的復發。一個方面，本發明提供了預測患有肉瘤的受試者的生存的方法，該方法包括測定從受試者中獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表2-9中列出的標誌物組成的組，和比較從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平和對照樣品中存在的標誌物的表達水平，其中相對於對照樣品中存在的標誌物的表達水平，從受試者獲得的生物樣品中標誌物的表達水平的調節是受試者的生存的指示，從而預測患有肉瘤的受試者的生存。在再另一個方面，本發明提供了監測受試者中肉瘤發展的方法。該方法包括比較向受試者施用治療方案的至少一部分前從該受試者獲得的第一樣品中存在的標誌物的表達水平和從施用了治療方案的至少一部分後從受試者中獲得的第二樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表2-9中列出的標誌物組成的組，從而監測受試者中肉瘤的發展。在再另一個方面，本發明提供了鑑定用於治療受試者中肉瘤的化合物的方法。該方法包括從受試者中獲得生物樣品，將該生物樣品與受試化合物接觸，測定從受試者獲得的生物樣品中存在的一個或多個標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表2-9中列出的具有正倍數變化和/或負倍數變化的標誌物組成的組，比較生物樣品中存在的一個或多個標誌物的表達水平和適合的對照，及選擇降低生物樣品中存在的具有負倍數變化的一個或多個標誌物的表達水平和/或提高生物樣品中存在的具有正倍數變化的了一個或多個標誌物的表達水平的受試化合物，從而鑑定用於治療受試者中肉瘤的化合物。在一個實施方式中，該肉瘤是尤文氏腫瘤族中的肉瘤類型。在一個實施方式中，該肉瘤類型是尤文氏肉瘤。適合用於本發明的方法中的樣品包括，例如，流體，例如從受試者獲得的血液流體、嘔吐物、唾液、淋巴液、囊腫液(cystic fluid)、尿液、通過支氣管灌洗收集的流體、通過腹膜衝洗收集的流體和婦科流體。在一個實施方式中，該樣品是血液樣品或其成分。適用於本發明的方法中的樣品也可以包括，例如，組織或其組成部分，例如，骨骼、結締組織、軟骨、 肺、肝、腎、肌肉組織、心臟、胰腺和/或皮膚。 在一個實施方式中，該受試者是人類。 在一個實施方式中，通過分析樣品中轉錄的多核苷酸或其部分(例如，通過擴增該轉錄的多核苷酸)而測定生物樣品中標誌物的表達水平。在另一個實施方式中，通過使用例如與樣品中的蛋白質特異地結合的試劑(例如，標記試劑)分析蛋白質或其部分測定受試者樣品中的標誌物的表達水平。在一個實施方式中，該試劑選自於抗體和抗原結合的抗體片段組成的組。在一個實施方式中，使用選自於所述樣品的聚合酶鏈反應(PCR)擴增反應、 逆轉錄酶PCR分析、單鏈構象多態性分析(SSCP)、錯配裂解檢測(mi smatch c 1 eavage detection)、異源雙鏈體分析、Southern印跡分析、Northern印跡分析、Western印跡分析、 原位雜交、陣列分析、脫氧核糖核酸測序、限制性片段長度多態性分析及其組合或亞組合組成的組的技術測定樣品中標誌物的表達水平。在另一個實施方式中，使用選自於免疫組織化學、免疫細胞化學、流式細胞儀、 ELISA和質譜分析組成的組的技術測定樣品中標誌物的表達水平。在另一個實施方式中，該標誌物是選自於ANGPTL3、CCL2、CDH5、CXCLU CXCL3、 PRMT3、HDAC2、一氧化氮合酶bNOS、乙醯磷酸化組蛋白H3 AL9 S10, MTA 2、穀氨酸脫羧酶 GAD65 67、KSR、HDAC4、B0B1 OBFl、al 互生蛋白、BAPl、Importina 57、α E-聯蛋白、GA2、 Bax、蛋白酶體26S亞基13 (Endophilin Bi)、類肌動蛋白6A(真核起始因子4A11)、核氯離子通道蛋白、蛋白酶體26S亞基，Cu/Zn過氧化物歧化酶、轉位蛋白相關因子X、亞砷酸鹽移位ATP酶(精胺合成酶)、核糖體蛋白質SA、dCTP焦磷酸酶1、蛋白酶體β 3、蛋白酶體β 4、 酸性磷酸酶1、苯二氮草結合抑制劑、α 2-HS糖蛋白(黃牛，牛)、核糖體蛋白P2(RPLP2)；組蛋白H2A、微管相關蛋白、蛋白酶體α 3、真核翻譯延長因子1 δ、核纖層蛋白Bl、mif 二 3同源物2的SMT3抑制因子、熱休克蛋白27kD，hnRNP C1/C2，真核翻譯延長因子1 β 2、類似於 HSPC-300、DNA 指導的 DNA 聚合酶印islon 3 ； (canopy 2 同源物)、LAMA5、PXLDCl、p300CBP、 P53R2、磷脂醯絲氨酸受體、細胞角蛋白肽17、細胞角蛋白肽13、神經絲160200、Rab5、晶絲蛋白、P53R2、MDM2、MSH6、熱休克因子 2、AFX、FLIPg d、JAB 1、肌球蛋白、MEKK4、cfcif pSer62UFKHR F0X0 la、MDM2、Fas 配體、P53R2、肌球蛋白調節輕鏈、hnRNPCl/C2、Ubiquilin 1 (磷酸酶2A)、hnRNP C1/C2、a2_HS糖蛋白(黃牛，牛)、β-肌動蛋白、hnRNP C1/C2、熱休克蛋白70kD、β-微管蛋白、ATP依賴的解旋酶II、真核翻譯延長因子li32、ER脂筏相關的2同型體1 ( β肌動蛋白)、信號序列受體1 δ、真核翻譯起始因子3、亞基3 γ、膽綠素還原酶A (轉醛醇酶1)、角蛋白1，10 (旁胸腺素)、GST ω 1、B鏈多巴胺苯醌結合DJ-I、蛋白酶體激活劑Reg(a)、T-複合蛋白1同型體A、鏈A甲巰蛋白ERP57 (含伴侶蛋白的TCP1)、泛素激活酶El ；丙氨醯-tRNA合成酶、動力蛋白激活蛋白1、熱休克蛋白60kd、β肌動蛋白、 亞精胺合成酶(β肌動蛋白)、熱休克蛋白70kd、視網膜母細胞瘤結合蛋白4同型體A、TAR DNA結合蛋白、真核翻譯延長因子1 β 2、含伴侶蛋白的TCP1、亞基3、胞質動力蛋白IC-2、血管緊張素轉化酶(ACE)、半胱天冬酶3、GARS、基質金屬蛋白酶(MMP-6)、溶神經素(NLN)-催化結構域和溶神經素(NLN)、ADRB、CEACAM1、DUSP4、F0XC2、F0XP3、GCGR、GPD1、HM0X1、IL4R、 INPPLU IRS2、VEGFA、假定的c_myc反應性同型體1、PDK1、半胱天冬酶12、磷脂酶Dl、P34 cdc2、P53 BPl、BTK、ASC2、BUBRl、ARTS、PCAF, Rafl、MSKl、SNAP25、APRIL、DAPK, RAIDD、 HATU PSF、HDACU Radl7、生存素、SLIPR、MAG13、半胱天冬酶 10、Crk2、Cdc 6、P21 WAF 1 Cip UASPP UHDAC 4、細胞周期蛋白Bi、CD 40, GAD 65、TAP、Par4 (前列腺凋亡反應蛋白 4)、MRPl、MDCl、層粘連蛋白 2 a2、b 聯蛋白，FXR2、膜聯蛋白 V、SMAC Diablo、MBNLl、二甲基組蛋白h3、獨立生長因子1、似々 65、!1111( 32 2、1^丨80、糖原合酶激酶3、41 2、!101^ MITR、 Neurabinl, APl和Apafl組成的組的標誌物在一個實施方式中，測定多個標誌物的表達水平。在一個實施方式中，用選自於環境影響劑(environmental influencer)化合物、 外科手術、放射療法、激素治療、抗體治療、應用生長因子、細胞因子的療法、化學療法、同種異體幹細胞療法組成的組的療法治療受試者。在一個實施方式中，該療法包括環境影響劑化合物和任選地進一步地包括選自於外科手術、放射療法、激素治療、抗體治療、應用生長因子、細胞因子的療法、化學療法、同種異體幹細胞療法組成的組的治療方案。環境影響劑化合物可以是多維細胞內分子(multidimensional intracellular molecule) (MIM)、外代謝轉換劑(epimetabolic shifter)(外-轉換劑(epi-shifter))、輔酶QlO分子、維生素D3、乙醯輔酶A、棕櫚醯基、L-肉毒鹼、酪氨酸、苯丙氨酸、半胱氨酸、小分子、纖維連接蛋白、TNF-α、IL-5、IL-12、IL-23、血管生成因子和/或細胞凋亡因子。在本發明的再另一個方面，提供了用於評估受試者是否患有肉瘤的試劑盒。該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒評估受試者是否患有肉瘤的說明。一方面，本發明提供了用於預測受試者是否具有患肉瘤的傾向的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒預測受試者是否具有患肉瘤的傾向的說明。在另一個方面，本發明提供了用於預測受試者中肉瘤復發的試劑盒，該試劑盒包括用於評估選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑， 和應用該試劑盒預測肉瘤復發的說明。在另一個方面，本發明提供了用於預測肉瘤復發的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒預測肉瘤復發的說明。在再另一個方面，本發明提供了用於預測患有肉瘤的受試者的生存的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒預測患有肉瘤的受試者的生存的說明。在另一個方面，本發明提供了用於監測受試者中肉瘤發展的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑， 和應用該試劑盒預測受試者中肉瘤的發展的說明。在再另一個方面，本發明提供了用於評估治療肉瘤的療法的效果的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒評估治療肉瘤的療法的效力的說明。本發明的試劑盒可以進一步包含從受試者獲得生物樣品的手段、對照樣品和/或環境影響劑化合物。用於測定至少一個標誌物的表達水平的手段可以包括用於分析樣品中轉錄的多核苷酸或其部分的手段和/或用於分析樣品中的蛋白質或其部分的手段。在一個實施方式中，該試劑盒包含用於測定多個標誌物的表達水平的試劑。
附圖簡要說明本公開的各種實施方式將在本文下面根據附圖進行描述，其中

圖1 來自不同的處理組的NCIES0808細胞的顯微照片。㈧3小時培養基，⑶3小時50uM的Q10, (C)3小時IOOuM的Q10, (D) 6小時媒介，(E) 6個小時50uM的Q10, (F) 6個小時IOOuM的Q10, (G) 24小時培養基，(H) 24小時50uM的Q10, (I) 24小時IOOuM的Q10, (J) 48小時培養基，(K) 48小時50uM的Q10, (L) 48小時IOOuM的Q10，在任何組中，QlO處理後的細胞數量或形態都沒有明顯差異。圖2 從用50 μ M輔酶QlO處理3個小時的NCIES0808細胞分離的蛋白的示例性抗體陣列的圖樣分析(pattern analysis)。圖3 用輔酶QlO處理M個小時的NCIES0808細胞的2_D凝膠電泳示例凝膠分析。 標記了切除用於鑑別的點。圖4 從用50uM或IOOuM輔酶QlO處理M小時的NCIES0808細胞中分離的蛋白質使用不同的抗體進行的Western印跡分析。(A)抗血管緊縮素轉化酶(ACE) (Santa Cruz 生物技術公司，sc-23908)。(B)抗半胱天冬酶(abeam公司，ab44976)。(C)抗GARS (abeam 公司，ab42905)。(D)抗基質金屬蛋白酶(MMP-6) (Santa Cruz生物技術公司，sc_101453)。 (E)抗溶神經素(NON)-催化結構域(abeam公司，ab59523)。(F)抗溶神經素(NLN) (abeam 公司，ab59519)。圖5 ㈧EWS和FLIl蛋白的蛋白質相互作用的網絡。(B)ANGPTL3蛋白的蛋白質相互作用的網絡。發明詳述為了更容易地理解本發明，首先定義一些術語。一、定義本文所使用的下列各個術語具有與其在本節中相關的含義。本文所使用的冠詞「一 (a) 」和「一個(an) 」是指一個或多於一個(即指至少一個) 該冠詞語法上的賓語。舉例來說，「一個元件」是指一個元件或多於一個元件。本文所使用的術語「包括」是指「包括但不限於」並與該短語可互換地使用。本文所使用的術語「或」是指「和/或」並與該術語可互換地使用，除非上下文清楚地表明另外的情況。本文所使用的術語「例如」是指「例如但不限於」，並與該短語可互換地使用。本發明的方法治療的「患者」或「受試者」可以指人或者非人類的動物，優選地是哺乳動物。應當指出，本文所描述的臨床觀察是對人類受試者進行的，且至少在某些實施方式中，該受試者是人類。「治療有效量」是指當用於治療疾病而向患者施用時，足以實現對該疾病的治療的化合物的量。當用以預防疾病而施用時，該量足以避免或延緩疾病的發作。「治療有效量」 將根據化合物、疾病及其嚴重程度和被治療的患者的年齡、體重等發生變化。「預防」或「防止」是指減少獲得疾病或失調的風險(即導致在可能會暴露於或具有患疾病的傾向但還沒有發生或顯示疾病症狀的患者中不出現該疾病的至少一種臨床症狀)。術語「預防性的」或「治療性的」治療是指向受試者施用一種或多種所述組合物。
19CN 102548549 A如果在有害的病症(例如，宿主動物的疾病或其它有害的狀態)的臨床表現之前施用，那麼該治療是預防性的，即它保護宿主抵抗有害的病症發生，然而如果在有害的病症表現後施用，該治療是治療性的(即，它的目的是減少、緩解或維持現有的有害的病症或由其產生的副作用)。術語「療效」是指由藥理活性物質引起的，在動物中，特別地是哺乳動物中，更特別地是在人體中，局部的或全身性的效應。因此該術語是指在動物或人類中意圖用於疾病的診斷、治癒、緩解、治療或預防的或用於增強希望的身體或精神的發展和狀態的任何物質。 短語「治療有效量」意思是以適用於任何治療的合理的利益/風險比產生想要的局部或全身性效應的這種物質的量。在某些實施方式中，化合物的治療有效量將取決於其治療指數、 溶解性等等。例如，由本發明的方法發現的某些化合物可以足夠的量施用以產生適用於這種治療的合理的利益/風險比。「患者」是指包括馬、狗、貓、豬、山羊、兔、倉鼠、猴、豚鼠、大鼠、小鼠、蜥蜴、蛇、綿
羊、牛、魚和鳥類的任何動物(如人類)。「代謝途徑」是指將一種化合物轉化為另一種化合物並為細胞功能提供中間體和能源的一系列酶介導的反應。代謝途徑可以是線性的或環狀的。「代謝狀態」是指在給定的時間點通過各種化學和生物指示劑測量的特定細胞、多細胞或組織環境的分子含量，因為它們與健康或疾病的狀態有關。術語「微陣列」是指在基底，如紙、尼龍或其它類型的膜、濾器、晶片、載玻片或任何其它合適的固體載體上合成的不同的多核苷酸、寡核苷酸、多肽(如抗體)或肽的陣列。術語「失調」和「疾病」以包容的方式使用，並指與身體的任何部分、器官或系統 (或其任何組合)的正常結構或功能的任何偏離。特定的疾病由特徵性的症狀和體徵表現， 包括生物的、化學的和物理的變化，並且常常與包括，但不僅限於，人口統計的、環境的、職業、遺傳的和醫療史的因素的多種其它因素相關。可以通過多種方法定量某些特徵性的體徵、症狀和相關的因素，以產生重要的診斷信息。術語「肉瘤」指連接、支持或包圍身體的其它結構和器官的組織的惡性腫瘤。在一個實施方式中，肉瘤是「尤文氏腫瘤族」的腫瘤類型。本文所用的術語「尤文氏腫瘤族」與術語「EFT」互換地使用，並指影響骨骼或附近的軟組織的一組癌症。本文所使用的「尤文氏腫瘤族」包括骨骼的尤文氏腫瘤(也稱為尤文氏肉瘤)，最常見類型的EFT，骨外尤文氏肉瘤(EOE)，在骨外軟組織中生長的腫瘤，以及外周原發性神經外胚層瘤(PPNET)，在骨骼和軟組織中發現的癌症，包括Askin腫瘤，其是胸壁的PPNET。本文所使用的術語「表達」是指從DNA產生多肽的過程。該過程包括將基因轉錄成mRNA和該mRNA翻譯成多肽。根據在其中使用的上下文，「表達」可指RNA、蛋白質或兩者的產生。術語「細胞中的基因表達水平」或「基因表達水平」是指細胞中基因編碼的mRNA、 以及pre-mRNA初生轉錄本、轉錄本加工中間體、成熟的mRNA和降解產物的水平。術語「調節」是指反應的上調(即激活或刺激)、下調(即，抑制或阻止)或這兩者組合或分離。「調節劑」是調節的化合物或分子，且可以是例如，激動劑、拮抗劑、活化劑、刺激物、抑制物或抑制劑。
「較高的表達水平」、「較高的活性水平」、「提高的表達水平」或「提高的活性水平」 是指測試樣品中大於用於評估表達和/或活性的試驗的標準誤差的表達水平和/或活性， 並且優選為對照樣品(例如，源自未患肉瘤的健康受試者的樣品)中的標誌物的表達水平和/或活性和優選地幾個對照樣品中的標誌物的平均表達水平和/或活性的至少兩倍，和更優選地三倍、四倍、五倍或十倍或更多倍，且優選地。「較低的表達水平」、「較低的活性水平」、「降低的表達水平」或「降低的活性水平」是指測試樣品中高於用於評估表達和/或活性的試驗的標準誤差的表達水平和/或活性，但是優選比對照樣品(例如，已經被直接地或間接地針對具有用作用於標誌物的預測能力的驗證標準的隨訪信息校準的一組肉瘤校準的樣品)中的標誌物的表達水平和/或活性和優選地幾個對照樣品中的標誌物的平均表達水平和/或活性低至少兩倍，優選地三倍、四倍、 五倍或十倍或更多倍。本文所用的「抗體」包括，例如，自然發生的抗體形式(例如，IgG、IgA、IgM、IgE) 和重組抗體，如單鏈抗體、嵌合的和人源化的抗體及多特異性抗體，以及所有上述的片段及衍生物，該片段和衍生物至少具有抗原結合位點。抗體衍生物可以包含與抗體偶聯的蛋白質或化學部分。本文所使用的「已知標準」或「對照」是指關於本發明的標誌物的一個或多個量和 /或數學關係(如果適用的話)，和存在或不存在肉瘤。已知標準優選反映復發性腫瘤和非復發性腫瘤和/或侵襲性或非侵襲性腫瘤特徵性的這類量和/或數學關係。用於產生已知標準的試劑包括，但不限於，從已知為侵襲性的腫瘤得到的腫瘤細胞、從已知為非侵襲性的腫瘤得到的腫瘤細胞和任選標記的抗體。已知標準也可以包括組織培養細胞系(包括，但不僅限於，已被操作以表達特定的標誌物蛋白或者不表達特定的標誌物蛋白的細胞系，或者組成地含有恆定量的標誌物蛋白或可以被操作(例如，通過暴露於改變化的環境，其中這種改變的環境可以包括但不限於生長因子、激素類、類固醇、細胞因子、抗體、各種藥物和抗代謝物、及細胞外基質)以表達標誌物蛋白的腫瘤異種移植物。細胞系可直接裝載在用於分析的載玻片上、固定、直接作為團粒包埋在石蠟中，或者懸浮於如瓊脂糖的基質中，然後固定、石蠟包埋、切片和加工成組織樣品。該標準必須針對具有用作標誌物蛋白的預測能力的驗證標準的隨訪信息的肉瘤組直接或間接地校準。本文所用的「初級治療」是指患有肉瘤的受試者的原始治療。初級治療包括但不限於，外科手術、放療、激素治療、化療、免疫療法、血管生成療法、同種異體幹細胞療法和通過生物調節劑的治療。如果肉瘤的至少一種症狀預計將或者被緩解、終止、減緩或防止，則肉瘤被「治療」。如本文使用的，如果肉瘤的復發或轉移被減少、減緩、延遲或防止，則肉瘤也被「治療」。試劑盒是包含特異性地檢測本發明的標誌物的至少一種試劑，如探針，的任何製品(如包裝或容器)，該製品作為用於執行本發明的方法的單位推銷、分銷或出售。本文所使用的術語「三乙醇胺(Tro 1 amine) 」是指三乙醇胺NF、三羥乙基胺、 TEAlan 、TEAlan 99%、三羥乙基胺，99%、三羥乙基胺，NF、或者三羥乙基胺，99%，NF。這些術語在此可以互換使用。本文所使用的「輔酶QlO分子」或「CoQIO分子」包括輔酶Q10、輔酶QlO的組成部分、輔酶QlO的衍生物、輔酶QlO的類似物、輔酶QlO的代謝產物或輔酶生物合成途徑的中間體。CoQlO具有以下結構
權利要求
1.ー種治療或預防人的肉瘤的方法，包括向該個人局部地施用輔酶QlO分子以治療或預防肉瘤發生。
2.權利要求1的方法，其中所述局部施用是通過為在人體中對所治療的肉瘤提供療效而選擇的劑量。
3.權利要求1的方法，其中被治療的肉瘤不是通常通過局部施用來治療的肉瘤，而是預期以治療有效水平系統遞送活性劑。
4.權利要求1的方法，其中所述輔酶QlO分子在被治療的人類組織中的濃度與代表健康或正常狀態的人類組織的對照標準的濃度不同。
5.權利要求1的方法，其中向人體施用的所述輔酶QlO分子的形式與在人體內系統循環中發現的主要形式不同。
6.權利要求1-5中的任ー項的方法，其中所述治療通過輔酶QlO分子與選自下組的基因的相互作用進行ANGPTL3、CCL2、CDH5、CXCLl、CXCL3、PRMT3、HDAC2、ー氧化氮合酶 bNOS、 乙醯磷酸化組蛋白H3AL9S10、MTA 2、穀氨酸脫羧酶GAD65 67、KSR、HDAC4、BOBl OBFU al 互生蛋白、BAPl、Importina 57、α E-聯蛋白、Grb2、Bax、蛋白酶體 ^S 亞基 13 (Endophilin Bi)、類肌動蛋白6A(真核起始因子4A11)、核氯離子通道蛋白、蛋白酶體26S亞基、Cu/Zn 過氧化物歧化酶、轉位蛋白相關因子X、亞砷酸鹽移位ATP酶(精胺合成酶)、核糖體蛋白質SA、dCTP焦磷酸酶1、蛋白酶體β 3、蛋白酶體β 4、酸性磷酸酶1、苯ニ氮草結合抑制劑、 ci2-HS糖蛋白(黃牛，牛)、核糖體蛋白P2(RPLP2)；組蛋白H2A、微管相關蛋白、蛋白酶體 α 3、真核翻譯延長因子1 δ、核纖層蛋白Bi、mif ニ 3同源物2的SMT3抑制因子、熱休克蛋白27kD、hnRNP C1/C2、真核翻譯延長因子1 β 2、類似於HSPC-300、DNA指導的DNA聚合酶印islon 3 ； (canopy 2 同源物)、LAMA5、PXLDC1、p300CBP、P53R2、磷脂醯絲氨酸受體、細胞角蛋白肽17、細胞角蛋白肽13、神經絲160200、Rab5、晶絲蛋白、P53R2、MDM2、MSH6、熱休克因子 2、AFX、FLIPg d、JAB 1、肌球蛋白、MEKK4、cRaf pSer621、FKHR FOXOla、MDM2、Fas 配體、P53R2、肌球蛋白調節輕鏈、hnRNPCl/C2、Ubiquilin 1 (磷酸酶 2A)、hnRNP C1/C2、 ci2-HS糖蛋白(黃牛，牛)、β-肌動蛋白、hnRNP C1/C2、熱休克蛋白70kD、β-微管蛋白、 ATP依賴的解旋酶II、真核翻譯延長因子1 β 2、ER脂筏相關的2同型體1 (β肌動蛋白)、 信號序列受體1 δ、真核翻譯起始因子3、亞基3 γ、膽綠素還原酶A(轉醛醇酶1)、角蛋白 1,10(旁胸腺素)、GST ω 1、B鏈多巴胺苯醌結合DJ-I、蛋白酶體激活劑Reg ( α )、T-複合蛋白1同型體Α、鏈A甲巰蛋白ERP57(含伴侶蛋白的TCP1)、泛素激活酶El ；丙氨醯_tRNA合成酶、動カ蛋白激活蛋白1、熱休克蛋白60kd、β肌動蛋白、亞精胺合成酶(β肌動蛋白)、 熱休克蛋白70kd、視網膜母細胞瘤結合蛋白4同型體A、TAR DNA結合蛋白、真核翻譯延長因子1 β 2、含伴侶蛋白的TCP1、亞基3、胞質動力蛋白IC-2、血管緊張素轉化酶(ACE)、半胱天冬酶3、GARS、基質金屬蛋白酶(MMP-6)、溶神經素(NLN)-催化結構域和溶神經素(NLN)、 ADRB, CEACAM1、DUSP4、F0XC2、F0XP3、GCGR、GPDl、HM0X1、IL4R、INPPLl、IRS2、VEGFA、假定的c-myc反應性同型體1、PDK1、半胱天冬酶12、磷脂酶D1、P34 cdc2、P53 BP1、BTK、ASC2、 BUBRl、ARTS、PCAF, Rafl、MSKl、SNAP25、APRIL、DAPK, RAIDD、HATl、PSF, HDACl、Radl7、生存素、SLIPR、MAG13、半胱天冬酶 10、Crk2、Cdc 6、P21 WAF 1 Cip UASPP UHDAC 4、細胞周期蛋白Bi、⑶40, GAD 65、TAP、Par4(前列腺凋亡反應蛋白4)、MRPl、MDCl、層粘連蛋白 2 a2、b聯蛋白，FXR2、膜聯蛋白V、SMAC Diablo、MBNLl、ニ甲基組蛋白h3、獨立生長因子1、U2AF65、mTOR、E2F2、Kaiso、糖原合酶激酶 3、ATF2、HDRP MITR、NeurabinI、API 和 Apafl。
7.權利要求2的方法，其中所述輔酶QlO分子以每平方釐米皮膚約0.01至約0. 5毫克輔酶QlO的劑量範圍在局部載體中應用於靶組織。
8.權利要求2的方法，其中所述輔酶QlO分子以每平方釐米皮膚約0.09至約0. 15毫克輔酶QlO的劑量範圍在局部載體中應用於靶組織。
9.權利要求2的方法，其中所述輔酶QlO分子以每平方釐米皮膚約0.12毫克輔酶QlO 的劑量範圍在局部載體中應用於靶組織。
10.權利要求1的方法，其中所述肉瘤是尤文氏腫瘤族中的肉瘤類型。
11.權利要求10的方法，其中所述尤文氏腫瘤族中的肉瘤類型是尤文氏肉瘤。
12.—種抑制人中EWS-FLIl融合蛋白的活性的方法，包括選擇患有肉瘤的人類受試者，以及向所述人類受試者施用治療有效量的輔酶QlO分子，從而抑制EWS-FLIl融合蛋白的活性。
13.一種治療或預防人中肉瘤的方法，包括按照給藥方案向需要的人施用輔酶QlO分子以使得調節人的細胞膜的滲透性，和治療或預防肉瘤發生。
14.權利要求1-5和8-13中任一項的方法，進一步地包括上調選自於下組的一種或者多種基因的表達水平LAMA5、PXLDCl、p300 CBP, P53R2、 磷脂醯絲氨酸受體、細胞角蛋白肽17、細胞角蛋白肽13、神經絲160 200、Rab5、晶絲蛋白、 P53R2、MDM2、MSH6、熱休克因子 2、AFX、FLIPg d、JAB 1、肌球蛋白、MEKK4、cRaf pSer62U FKHR F0X01a、MDM2、Fas配體、P53R2、蛋白酶體洸5亞基13 (Endophilin Bi)、肌球蛋白調節輕鏈、hnRNP C1/C2,Ubiquilin 1 (磷酸酶 2A)、hnRNP C1/C2、α 2-HS 糖蛋白(黃牛，牛)、 β-肌動蛋白、hnRNP C1/C2、熱休克蛋白70kD、微管相關蛋白、β微管蛋白、蛋白酶體α 3、 ATP依賴的解旋酶II、真核翻譯延長因子1 δ、熱休克蛋白27kD、真核翻譯延長因子1 β 2、類似於HSPC-300、ER脂筏相關的2同型體1 (β肌動蛋白)、銅/鋅過氧化物歧化酶、信號序列受體 1 δ、ADRB, CEACAM1、DUSP4、F0XC2、F0XP3、GCGR、GPDl、HMOXl、IL4R、INPPLl、IRS2 和 VEGFA^Sm c-myc反應性同型體1、PDK1、半胱天冬酶12、磷脂酶Dl、P34 cdc2、P53BPU BTK、ASC2、BUBRl、ARTS、PCAF, Rafl、MSKl、SNAP25、APRIL、DAPK, RAIDD、HATl、PSF, HDACl、 Radl7、生存素、SLIPR、MAG13、半胱天冬酶 10、Crk2、Cdc 6、P21 WAF 1 Cip UASPP UHDAC 4、細胞周期蛋白Bi、CD 40、GAD 65、TAP、Par4 (前列腺凋亡反應蛋白4)和MRPl ；和/或下調選自於下組的一種或者多種基因的表達水平ANGPTL3、CCL2、raH5、CXCLl、CXCL3、 PRMT3、HDAC2、一氧化氮合酶bNOS、乙醯磷酸化組蛋白H3AL9S10、MTA 2、穀氨酸脫羧酶 GAD6567、KSR、HDAC4、BOBl OBFl、al 互生蛋白、BAPl、Importina 57、α E-聯蛋白、Grb2、 Bax、蛋白酶體26S亞基13 (Endophilin Bi)、類肌動蛋白6A(真核起始因子4A11)、核氯離子通道蛋白、蛋白酶體26S亞基，Cu/Zn過氧化物歧化酶、轉位蛋白相關因子X、亞砷酸鹽移位ATP酶(精胺合成酶)、核糖體蛋白質SA、dCTP焦磷酸酶1、蛋白酶體β 3、蛋白酶體β 4、 酸性磷酸酶1、苯二氮草結合抑制劑、核糖體蛋白Ρ2 (RPIi^)；組蛋白Η2Α、微管相關蛋白、蛋白酶體α 3、真核翻譯延長因子1 δ、核纖層蛋白Bi、mif 二 3同源物2的SMT3抑制因子、 熱休克蛋白27kD、hnRNP C1/C2、真核翻譯延長因子1 β 2、類似於HSPC_300、DNA指導的DNA聚合酶vision 3 ； (canopy 2同源物)、血管緊張素轉化酶(ACE)、半胱天冬酶3、GARS、基質金屬蛋白酶(MMP-6)、溶神經素(NLN)-催化結構域和溶神經素(NLN)、MDC1、層粘連蛋白 h2、b聯蛋白、FXR2、膜聯蛋白V、SMAC Diablo、MBNL1、ニ甲基組蛋白h3、獨立生長因子1、 U2AF65、mT0R、E2F2、Kaiso、糖原合酶激酶 3、ATF2、HDRP MITR、NeurabinI、API 和 Apafl。
15.權利要求12或13的方法，其中所述治療通過所述輔酶QlO分子與選自於下組的基因的相互作用進行ANGPTL3、CCL2、CDH5、CXCLl、CXCL3、PRMT3、HDAC2、ー氧化氮合酶 bNOS、 乙醯磷酸化組蛋白H3 AL9 S10,MTA 2、穀氨酸脫羧酶GAD65 67、KSR、HDAC4、B0B1 OBFUal 互生蛋白、BAPl、Importina 57、α E-聯蛋白、Grb2、Bax、蛋白酶體 ^S 亞基 13 (Endophilin Bi)、類肌動蛋白6A(真核起始因子4A11)、核氯離子通道蛋白、蛋白酶體26S亞基，Cu/Zn 過氧化物歧化酶、轉位蛋白相關因子X、亞砷酸鹽移位ATP酶(精胺合成酶)、核糖體蛋白質SA、dCTP焦磷酸酶1、蛋白酶體β 3、蛋白酶體β 4、酸性磷酸酶1、苯ニ氮草結合抑制劑、 ci2-HS糖蛋白(黃牛，牛)、核糖體蛋白P2(RPLP2)；組蛋白H2A、微管相關蛋白、蛋白酶體 α 3、真核翻譯延長因子1 δ、核纖層蛋白Bi、mif ニ 3同源物2的SMT3抑制因子、熱休克蛋白27kD、hnRNP C1/C2、真核翻譯延長因子1 β 2、類似於HSPC-300、DNA指導的DNA聚合酶印islon 3 ； (canopy 2 同源物)、LAMA5、PXLDC1、p300CBP、P53R2、磷脂醯絲氨酸受體、細胞角蛋白肽17、細胞角蛋白肽13、神經絲160200、Rab5、晶絲蛋白、P53R2、MDM2、MSH6、熱休克因子 2、AFX、FLIPg d、JAB 1、肌球蛋白、MEKK4、cRaf pSer621、FKHR FOXOla、MDM2、Fas 配體、P53R2、肌球蛋白調節輕鏈、hnRNPCl/C2、Ubiquilin 1 (磷酸酶 2A)、hnRNP C1/C2、 ci2-HS糖蛋白(黃牛，牛)、β-肌動蛋白、hnRNP C1/C2、熱休克蛋白70kD、β-微管蛋白、 ATP依賴的解旋酶II、真核翻譯延長因子1 β 2、ER脂筏相關的2同型體1 (β肌動蛋白)、 信號序列受體1 δ、真核翻譯起始因子3、亞基3 γ、膽綠素還原酶A(轉醛醇酶1)、角蛋白 1,10(旁胸腺素)、GST ω 1、B鏈多巴胺苯醌結合DJ-I、蛋白酶體激活劑Reg ( α )、T-複合蛋白1同型體Α、鏈A甲巰蛋白ERP57(含伴侶蛋白的TCP1)、泛素激活酶El ；丙氨醯_tRNA合成酶、動カ蛋白激活蛋白1、熱休克蛋白60kd、β肌動蛋白、亞精胺合成酶(β肌動蛋白)、 熱休克蛋白70kd、視網膜母細胞瘤結合蛋白4同型體A、TAR DNA結合蛋白、真核翻譯延長因子1 β 2、含伴侶蛋白的TCP1、亞基3、胞質動力蛋白IC-2、血管緊張素轉化酶(ACE)、半胱天冬酶3、GARS、基質金屬蛋白酶(MMP-6)、溶神經素(NLN)-催化結構域和溶神經素(NLN)、 ADRB, CEACAM1、DUSP4、F0XC2、F0XP3、GCGR、GPDl、HM0X1、IL4R、INPPLl、IRS2、VEGFA、假定的c-myc反應性同型體1、PDK1、半胱天冬酶12、磷脂酶D1、P34 cdc2、P53 BP1、BTK、ASC2、 BUBRl、ARTS、PCAF, Rafl、MSKl、SNAP25、APRIL、DAPK, RAIDD、HATl、PSF, HDACl、Radl7、生存素、SLIPR、MAG13、半胱天冬酶 10、Crk2、Cdc 6、P21 WAF 1 Cip UASPP UHDAC 4、細胞周期蛋白Bi、⑶40, GAD 65、TAP、Par4(前列腺凋亡反應蛋白4)、MRPl、MDCl、層粘連蛋白 2 a2、b聯蛋白，FXR2、膜聯蛋白V、SMAC Diablo、MBNLl、ニ甲基組蛋白h3、獨立生長因子1、 じ2八ド65、11111( 』2ド2、1^丨80、糖原合酶激酶3、ム1ド2、!101^ MITR、Neurabin I、APl 和 Apafl。
16.權利要求1-15任ー項的方法，進ー步包含選自於外科手術、放射療法、激素治療、 抗體治療、利用生長因子、細胞因子的療法、化療和同種異體幹細胞療法的治療方案。
17.一種評估用於治療受試者中肉瘤的療法的效カ的方法，該方法包括比較向受試者施用治療方案的至少一部分之前從該受試者獲得的第一樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表2-9中列出的標誌物組成的組；和從施用了治療方案的至少一部分後從受試者獲得的第二樣品中存在的標誌物的表達水平，其中與第一樣品相比，第二樣品中標誌物的表達水平的調節表明該療法對治療受試者中的肉瘤是有效的。
18.—種評估受試者是否患有肉瘤的方法，該方法包括測定從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表 2-9中列出的標誌物組成的組；和對比從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平和對照樣品中存在的標誌物的表達水平，其中相對於對照樣品中標誌物的表達水平，從受試者獲得的生物樣品中標誌物的表達水平的調節表明該受試者患有肉瘤，由此評估受試者是否患有肉瘤。
19.一種預測受試者是否有患肉瘤的傾向的方法，該方法包括測定從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表 2-9中列出的標誌物組成的組；和對比從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平和對照樣品中存在的標誌物的表達水平，其中相對於對照樣品中標誌物的表達水平，從受試者獲得的生物樣品中標誌物的表達水平的調節表明該受試者易患肉瘤，從而預測受試者是否有患肉瘤的傾向。
20.一種預測受試者中肉瘤復發的方法，該方法包括測定從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表 2-9中列出的標誌物組成的組；和對比從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平和對照樣品中存在的標誌物的表達水平，其中相對於對照樣品中標誌物的表達水平，從受試者獲得的生物樣品中標誌物的表達水平的調節表明肉瘤的復發，從而預測受試者中肉瘤的復發。
21.一種預測患有肉瘤的受試者的生存的方法，該方法包括測定從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表 2-9中列出的標誌物組成的組；和對比從受試者獲得的生物樣品中存在的標誌物的表達水平和對照樣品中存在的標誌物的表達水平，其中相對於對照樣品中標誌物的表達水平，從受試者獲得的生物樣品中標誌物的表達水平的調節是受試者的生存的指示，從而預測患有肉瘤的受試者的生存。
22.—種監測受試者中肉瘤發展的方法，該方法包括比較在向受試者施用治療方案的至少一部分前從該受試者獲得的第一樣品中存在的標誌物的表達水平和施用了治療方案的至少一部分後從受試者獲得的第二樣品中存在的標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表2-9中列出的標誌物組成的組，從而監測受試者中肉瘤的發展。
23.一種鑑別用於治療受試者中肉瘤的化合物的方法，該方法包括從受試者獲得生物樣品；將該生物樣品與測試化合物接觸；測定從受試者獲得的生物樣品中存在的一種或多種標誌物的表達水平，其中該標誌物選自於表2-9中列出的具有正倍數變化和/或負倍數變化的標誌物組成的組；對比生物樣品中該一種或多種標誌物的表達水平和適合的對照；和選擇降低生物樣品中存在的具有負倍數變化的一種或多種標誌物的表達水平和/或提高生物樣品中存在的具有正倍數變化的一種或多種標誌物的表達水平的受試化合物，從而鑑別用於治療受試者中肉瘤的化合物。
24.權利要求17-23中任一項的方法，其中所述肉瘤是尤文氏腫瘤族中的肉瘤類型。
25.權利要求M的方法，其中所述尤文氏腫瘤族中的肉瘤類型是尤文氏肉瘤。
26.權利要求17-23中任一項的方法，其中所述樣品包括從受試者獲得的流體。
27.權利要求沈的方法，其中所述流體選自於血液流體、嘔吐物、唾液、淋巴液、囊腫液、尿液、通過支氣管灌洗收集的流體、通過腹膜衝洗收集的流體和婦科流體組成的組。
28.權利要求27的方法，其中所述樣品是血液樣品或其成分。
29.權利要求17-23任一項的方法，其中所述樣品包括從受試者獲得的組織或其成分。
30.權利要求四的方法，其中所述組織選自於骨骼、結締組織、軟骨、肺、肝、腎、肌肉組織、心臟、胰和皮膚組成的組。
31.權利要求17-23中任一項的方法，其中所述受試者是人。
32.權利要求17-23中任一項的方法，其中通過分析樣品中轉錄的多核苷酸或其部分而測定生物樣品中標誌物的表達水平。
33.權利要求32的方法，其中分析轉錄的多核苷酸包括擴增該轉錄的多核苷酸。
34.權利要求17-23中任一項的方法，其中通過分析樣品中的蛋白質或其部分測定受試者樣品中標誌物的表達水平。
35.權利要求34的方法，其中所述蛋白質利用與該蛋白質特異性結合的試劑進行分析。
36.權利要求17-23中任一項的方法，其中使用選自於所述樣品的聚合酶鏈反應(PCR) 擴增反應、逆轉錄酶PCR分析、單鏈構象多態性分析(SSCP)、錯配裂解檢測、異源雙鏈體分析、Southern印跡分析、Northern印跡分析、^festern印跡分析、原位雜交、陣列分析、脫氧核糖核酸測序、限制性片段長度多態性分析及其組合或亞組合組成的組的技術測定樣品中標誌物的表達水平。
37.權利要求17-23中任一項的方法，其中使用選自於免疫組織化學、免疫細胞化學、 流式細胞分析、ELISA和質譜分析組成的組的技術測定樣品中標誌物的表達水平。
38.權利要求17-23中任一項的方法，其中所述標誌物是選自於下組的標誌物 ANGPTL3、CCL2、CDH5、CXCLU CXCL3、PRMT3、HDAC2、一氧化氮合酶 bNOS、乙醯磷酸化組蛋白 H3AL9S10、MTA2、穀氨酸脫羧酶 GAD6567、KSR、HDAC4、BOBl OBFU al 互生蛋白、BAP1、 Importina 57、α E-聯蛋白、Grb2、Bax、蛋白酶體 ^S 亞基 13 (Endophilin Bi)、類肌動蛋白 6A(真核起始因子4A11)、核氯離子通道蛋白、蛋白酶體26S亞基，Cu/Zn過氧化物歧化酶、 轉位蛋白相關因子X、亞砷酸鹽移位ATP酶(精胺合成酶)、核糖體蛋白質SA、dCTP焦磷酸酶1、蛋白酶體β 3、蛋白酶體β 4、酸性磷酸酶1、苯二氮草結合抑制劑、α 2-HS糖蛋白(黃牛，牛)、核糖體蛋白P2(RPLP2)；組蛋白H2A、微管相關蛋白、蛋白酶體α 3、真核翻譯延長因子1 S、核纖層蛋白Bi、mif 二 3同源物2的SMT3抑制因子、熱休克蛋白27kD，hnRNP Cl/ C2、真核翻譯延長因子1 β 2、類似於HSPC-300、DNA指導的DNA聚合酶^islon 3 ； (canopy 2同源物)、LAMA5、PXLDCU p300CBP、P53R2、磷脂醯絲氨酸受體、細胞角蛋白肽17、細胞角蛋白肽13、神經絲160200、Rab5、晶絲蛋白、P53R2、MDM2、MSH6、熱休克因子2、AFX、FLIPgd、JAB 1、肌球蛋白、MEKK4、cfcif pSer62UFKHR FOXOla、MDM2、Fas 配體、P53R2、肌球蛋白調節輕鏈、hnRNP C1/C2、Ubiquilin 1 (磷酸酶 2A)、hnRNP C1/C2、a2_HS 糖蛋白(黃牛， 牛)、β-肌動蛋白、hnRNPCl/C2、熱休克蛋白70kD、β -微管蛋白、ATP依賴的解旋酶II、真核翻譯延長因子1 β 2、ER脂筏相關的2同型體1 (β肌動蛋白)、信號序列受體1 δ、真核翻譯起始因子3、亞基3 γ、膽綠素還原酶A(轉醛醇酶1)、角蛋白1，10 (旁胸腺素)、GSTco 1、 B鏈多巴胺苯醌結合DJ-I、蛋白酶體激活劑Reg( a )、T-複合蛋白1同型體A、鏈A甲巰蛋白ERP57(含伴侶蛋白的TCP1)、泛素激活酶El ；丙氨醯_tRNA合成酶、動力蛋白激活蛋白 1、熱休克蛋白60kd、β肌動蛋白、亞精胺合成酶(β肌動蛋白)、熱休克蛋白70kd、視網膜母細胞瘤結合蛋白4同型體A、TAR DNA結合蛋白、真核翻譯延長因子1 β 2、含伴侶蛋白的 TCP1、亞基3、胞質動力蛋白IC-2、血管緊張素轉化酶(ACE)、半胱天冬酶3、GARS、基質金屬蛋白酶(MMP-6)、溶神經素(NLN)-催化結構域和溶神經素(NLN)、ADRB、CEACAM1、DUSP4、 F0XC2、F0XP3、GCGR、GPDU HMOXU IL4R、INPPLU IRS2、VEGFA、假定的 c_myc 反應性同型體 1、PDKl、半胱天冬酶 12、磷脂酶 Dl、P34cdc2、P53BP1、BTK、ASC2、BUBRl、ARTS、PCAF、Rafl、 MSK1、SNAP25、APRIL、DAPK、RAIDD、HATl、PSF、HDACl、Radl7、生存素、SLIPR、MAG13、半胱天冬酶 10、Crk2、Cdc 6, P2IffAF 1 Cip UASPP UHDAC 4、細胞周期蛋白 Bi、CD 40、GAD 65、 TAP、Par4(前列腺凋亡反應蛋白4)、MRP1、MDC1、層粘連蛋白h2、b聯蛋白、FXR2、膜聯蛋白 V,SMAC Diablo、MBNLl、二甲基組蛋白 h3、獨立生長因子 l、U2AF65、mT0R、E2F2、Kaiso、糖原合酶激酶 3、ATF2、HDRP MITR、Neurabin I、API 和 Apafl。
39.權利要求17-23中任一項的方法，其中測定多個標誌物的表達水平。
40.權利要求17-23中任一項的方法，其中所述受試者用選自於環境影響劑化合物、夕卜科手術、放射療法、激素治療、抗體治療、用生長因子、細胞因子的療法、化學療法、同種異體幹細胞療法組成的組的療法進行治療。
41.權利要求40的方法，其中該環境影響劑化合物是輔酶QlO分子。
42.一種用於評估治療肉瘤的療法的效力的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表 2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒評估治療肉瘤的療法的效力的說明。
43.一種用於評估受試者是否患有肉瘤的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表 2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒評估受試者是否患有肉瘤的說明。
44.一種用於預測受試者是否易於發生肉瘤的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒預測受試者是否易於發生肉瘤的說明。
45.一種用於預測受試者中肉瘤復發的試劑盒，該試劑盒包括用於評估選自於表2-9 中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒預測肉瘤復發的說明。
46.一種用於預測肉瘤復發的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒預測肉瘤復發的說明。
47.一種用於預測患有肉瘤的受試者的生存的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒預測患有肉瘤的受試者的生存的說明。
48.一個用於監測受試者中肉瘤發展的試劑盒，該試劑盒包括用於測定選自於表2-9 中列出的標誌物組成的組的至少一個標誌物的表達水平的試劑，和應用該試劑盒預測受試者中肉瘤的發展的說明。
49.權利要求42-48中任一項的試劑盒，進一步包括從受試者獲得生物樣品的手段。
50.權利要求42-48中任一項的試劑盒，進一步包括對照樣品。
51.權利要求42-48中任一項的試劑盒，其中用於測定至少一個標誌物的表達水平的手段包括用於分析樣品中轉錄的多核苷酸或其部分的手段。
52.權利要求42-48中任一項的試劑盒，其中用於測定至少一個標誌物的表達水平的手段包括用於分析樣品中蛋白質或其部分的方法。
53.權利要求42-48中任一項的試劑盒，進一步包括環境影響劑化合物。
54.權利要求42-48中任一項的試劑盒，其中該試劑盒包括用於測定多個標誌物的表達水平的試劑。
全文摘要
本申請描述了利用外代謝轉換劑，例如輔酶Q10、輔酶Q10的組成部分、輔酶Q10的衍生物、輔酶Q10的類似物、輔酶Q10的代謝產物或輔酶生物合成途徑的中間體，治療人類肉瘤的方法和製劑。還提供了評估肉瘤的治療效果、診斷和預後的方法。
文檔編號A61K31/122GK102548549SQ201080042757
公開日2012年7月4日 申請日期2010年8月25日 優先權日2009年8月25日
發明者J·P·麥庫克, N·R·納萊恩, R·薩蘭加拉簡 申請人:細胞研究有限公司