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利用組蛋白脫乙醯酶抑制劑治療白血病的製作方法

2023-05-13 21:05:56


相關申請的交叉引用

本申請涉及於2014年7月7日提交的美國臨時申請號62/021,473,於2014年10月8日提交的美國臨時申請號62/061,233和於2015年4月14日提交的美國臨時申請號62/147,218。這些申請的全部內容通過引用併入本文。

背景

癌症的特徵在於細胞的不受控增殖。血液的細胞組分來源於多能造血幹細胞。通過其再生和分化能力,幹細胞產生淋巴和骨髓前體,後者然後產生淋巴細胞、嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞、嗜鹼性粒細胞、紅細胞和血小板。在白血病中,存在高水平的未成熟白細胞或母細胞(blasts)。四種主要類型的白血病被認為是:急性淋巴細胞性白血病(all)、急性骨髓性白血病(aml)、慢性淋巴細胞性白血病(cll)和慢性骨髓性白血病(cml);儘管較不常見的類型也是已知的。

白血病的平均5年死亡率為40%,2012年在全球超過35萬人中出現。因此,對針對白血病治療的治療的仍然存在持續和迫切的需求。

概要

在一個方面,本文提供了用於治療白血病的藥物組合,包含治療有效量的組蛋白脫乙醯酶(hdac)抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。在一個實施方案中,hdac抑制劑是hdac6特異性抑制劑。在另一個實施方案中,hdac抑制劑是hdac1/2特異性抑制劑。在另一個實施方案中,hdac抑制劑是hdac1/2/6特異性抑制劑。

在一個實施方案中,hdac6特異性抑制劑是式i的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac6特異性抑制劑是式ii的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac1/2特異性抑制劑是式iii的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac抑制劑是:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac1/2/6特異性抑制劑是式iv的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,所述組合還包含藥學上可接受的載體。

在另一方面,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的藥物組合,所述藥物組合物包含組蛋白脫乙醯酶(hdac)抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。在一個實施方案中,hdac抑制劑是hdac6特異性抑制劑。在另一個實施方案中,hdac抑制劑是hdac1/2特異性抑制劑。在另一個實施方案中,hdac抑制劑是hdac1/2/6特異性抑制劑。

在另一個實施方案中,hdac6特異性抑制劑是式i的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac6特異性抑制劑是式ii的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac1/2特異性抑制劑是式iii的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac抑制劑是:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac1/2/6特異性抑制劑是式iv的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一方面,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式i化合物:

或其藥學可接受的鹽。

在另一方面,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式ii化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一方面,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iii化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一方面,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的以下化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一方面,本文提供了用於在治療有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iv化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在一個實施方案中,式iv的化合物是:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一方面,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2特異性抑制劑。

在另一方面,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2/6特異性抑制劑。

附圖簡述

圖1a-d是示出了hdac抑制劑和阿扎胞苷在aml細胞上的協同作用的一組四個圖。每個圖示出了作為fa的函數繪製的ci值。圖1a示出了阿扎胞苷和化合物a在hl-60細胞上的數據,圖1b示出了阿扎胞苷和化合物c在hl-60細胞上的數據,圖1c示出了阿扎胞苷和化合物e在hl-60細胞上的數據,以及圖1d示出了阿扎胞苷和化合物f在hl-60細胞上的數據。

圖2a-d是示出了aml中hdac抑制增加細胞凋亡並抑制aml1/eto的一組三個圖和圖片。圖2a-c示出了72小時時kasumi-1細胞周期的數據。圖2a示出了化合物b的數據,圖2b示出了化合物g的數據,以及圖2c示出了化合物e的數據。圖2d示出了凝膠照片和融合蛋白aml1/eto或actb的表達。示出了化合物a和帕比司他(panobinostat)的數據。

圖3a-d是示出了單一藥劑對aml細胞系存活力的活性的一組四個圖。6個aml細胞系:hl-60(大實心圓)、thp-1(直立實心三角形)、mv-4-11(小實心菱形)、kasumi-1(空心正方形)、nb4(空心倒立三角形)和molm-13(空心菱形)暴露於濃度增加的化合物b(圖3a)、化合物a(圖3b)、化合物e(圖3c)或阿扎胞苷(圖3d),以確定其對藥物處理的反應。

圖4a-f是示出了aml細胞系中單一藥劑對分化和凋亡的活性的一組6個圖。用指示濃度的化合物處理3個aml細胞系:hl-60(圖4a和4d)、kasumi-1(圖4b和4e)和nb4(圖4c和4f)。在圖4a-c中,測定骨髓分化標誌物cd11b的表面水平。在圖4d-f中,通過在處理後96小時測量碘化丙啶的膜聯蛋白v結合和細胞通透性,通過流式細胞術評估凋亡。然後確定存活的、早期凋亡的、晚期凋亡的或死亡的細胞的相對分數。

圖5a-f是示出了hl-60細胞系中hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合的一組6個圖。將細胞用作為單一藥劑或與阿扎胞苷組合的dmso、化合物b、化合物a或化合物e處理96小時。測定骨髓分化標誌物cd11b的表面水平(圖5a、5c、5e)。通過在處理後96小時測量碘化丙啶的膜聯蛋白v結合和細胞通透性,通過流式細胞術評估凋亡(圖5b、5d、5f)。然後確定存活的、早期凋亡的、晚期凋亡的或死亡的細胞的相對分數。

圖6a-f是示出了kasumi-1細胞系中hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合的一組6個圖。將細胞用作為單一藥劑或與阿扎胞苷組合的dmso、化合物b、化合物a或化合物e在指示濃度處理。測定骨髓分化標誌物cd11b的表面水平(圖6a、6c、6e)。通過在處理後96小時測量碘化丙啶的膜聯蛋白v結合和細胞通透性,通過流式細胞術評估凋亡(圖6b、6d、6f)。然後確定存活的、早期凋亡的、晚期凋亡的或死亡的細胞的相對分數。

圖7a-f是示出了nb4細胞系中hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合的一組6個圖。將細胞用作為單一藥劑或與阿扎胞苷組合的dmso、化合物b、化合物a或化合物e在指示濃度處理。測定骨髓分化標誌物cd11b的表面水平(圖7a、7c、7e)。通過在處理後96小時測量碘化丙啶的膜聯蛋白v結合和細胞通透性,通過流式細胞術評估凋亡(圖7b、7d、7f)。然後確定存活的、早期凋亡的、晚期凋亡的或死亡的細胞的相對分數。

圖8a-f示出了將aml細胞系暴露於增加劑量的化合物e(圖8a)、化合物h(圖8b)、化合物c(圖8c)、化合物a(圖8d)、化合物b(圖8e)和化合物g(圖8f)72小時以確認其對hdac抑制的敏感性。在本研究中使用6個aml細胞系:hl-60(大實心圓)、nb4(直立實心三角形)、kasumi-1(小實心菱形)、mv4-11(空心正方形)、thp-1(空心倒立三角形)和molm-13(空心菱形)。

圖9a-c示出了用指示劑量的化合物處理mv4-11。圖9a示出了在處理後72小時通過facs測定的骨髓分化標誌物cd11b的表面水平。化合物e、化合物h、化合物a和化合物g增加cd11b陽性細胞的百分比。化合物c沒有效果。圖9b示出了在處理後72小時摻入edu並且用遠紅色(farred)染色後通過流式細胞術評估細胞周期。測定細胞在g0/g1期、g2/m期、s期和亞g1期的分布。圖9c示出了通過在處理後96小時測量碘化丙啶的膜聯蛋白v結合和細胞通透性,通過流式細胞術評估凋亡。然後確定存活的、早期凋亡的、晚期凋亡的或死亡的細胞的相對分數。

圖10a-f示出了用指示劑量的化合物處理以下aml細胞系:kasumi-1(圖10a和10b)、hl-60(圖10c和10d)和nb4(圖10e和10f)。圖10a、10c和10e示出了在處理後72小時通過facs測定的骨髓分化標誌物cd11b的表面水平。圖10b、10d和10f示出了處理後96小時通過facs評估凋亡(參見例如圖9c)。

圖11a-d示出了hdac1/2抑制與阿扎胞苷的組合導致hl-60細胞存活力的協同減少。用遞增劑量的阿扎胞苷與化合物e(圖11a)或與化合物a(圖11b)或與化合物h(圖11c)或與化合物c(圖11d)處理hl-60細胞,並在72小時通過細胞滴度glo測定評估細胞存活力。使用calcusyn軟體在每個劑量水平測定組合指數(ci)和相對受影響分數(fa)。ci值小於1(陰影區)的測量強烈支持藥物之間的協同相互作用。

圖12a-f示出了用作為單一藥劑或與阿扎胞苷組合的化合物e或化合物a或化合物b在指示劑量處理mv4-11細胞。圖12a、12c和12e示出了在處理後72小時通過facs測定的cd11b的表面水平。圖12b、12d和12f示出了在處理後96小時通過facs評估凋亡。

圖13a示出了與單獨用阿扎胞苷或載劑的處理相比,用化合物a加阿扎胞苷的處理降低體內腫瘤生長。

圖13b示出了與單獨用阿扎胞苷或載劑的處理相比,用化合物a加阿扎胞苷的處理降低腫瘤體積變化倍數。

圖13c示出了與單獨用阿扎胞苷或載劑的處理相比,用化合物a加阿扎胞苷的處理增加體內存活。

圖14a示出了化合物a、化合物j和阿扎胞苷抑制來自aml患者的6個骨髓樣品中的集落形成的ic50值。

圖14b示出了單獨的和與阿扎胞苷組合的hdac1/2抑制對原代aml患者樣品4031113sh的集落形成的影響。

圖14c示出了單獨的和與阿扎胞苷組合的hdac1/2抑制對原代aml患者樣品vmbm0007的集落形成的作用。

圖14d示出了單獨的和與阿扎胞苷組合的hdac1/2抑制對原代aml患者樣品184090514的集落形成的作用。

圖14e示出了單獨的和與阿扎胞苷組合的hdac1/2抑制對原代aml患者樣品103113sh的集落形成的作用。

圖15a示出了阿扎胞苷、化合物a和化合物j對抑制新鮮來自aml患者骨髓的aml母細胞增殖的ic50值。

圖15b示出了阿扎胞苷、化合物a和化合物j對抑制新鮮來自aml患者骨髓的aml母細胞增殖的auc(曲線下面積)值。

圖15c表明在5個骨髓樣品中的4個中,阿扎胞苷與化合物j的組合導致兩種藥物之間抑制新鮮來自aml患者的原代aml細胞的增殖的協同相互作用。

圖16示出了化合物e和阿扎胞苷在mv4-11aml細胞中協同誘導gata2表達。

圖17a表明各種aml細胞系對hdac1/2抑制敏感。

圖17b示出了用指示化合物處理72小時後通過facs測定的mv4-11(aml)細胞中骨髓分化標誌物cd11b的表面水平。

圖17c示出了在用指示化合物處理72小時後通過流式細胞術測定的mv4-11(aml)細胞中的細胞周期評估。

圖17d示出了在用指示化合物處理72小時後通過流式細胞術評估的存活的、早期凋亡的、晚期凋亡的或死亡的mv4-11(aml)細胞的相對分數。詳述

本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的包含hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合。本文還提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的包含hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合。本文還提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用有效量的hdac抑制劑,或者備選地施用包含hdac抑制劑和阿扎胞苷的上述組合。本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用有效量的hdac抑制劑,或者備選地施用包含hdac抑制劑和阿扎胞苷的上述組合。

定義

下面列出的是本文使用的各種術語的定義。這些定義適用於在整個說明書和權利要求書中使用的術語,無論所述術語是單獨的還是作為較大基團的一部分,除非在特定情況另有限定。

術語「約」通常表示不大於值的10%、5%或1%的可能變化。例如,在其最廣泛的意義上,「約25mg/kg」通常表示22.5-27.5mg/kg,即25±2.5mg/kg的值。

術語「烷基」是指飽和的直鏈或支鏈烴部分,在某些實施方案中,分別含有一至六個碳原子(c1-6烷基)或一至八個碳原子(c1-8烷基)。c1-6烷基部分的實例包括但不限於甲基、乙基、丙基、異丙基、正丁基、叔丁基、新戊基、正己基部分;c1-8烷基部分的實例包括但不限於甲基、乙基、丙基、異丙基、正丁基、叔丁基、新戊基、正己基、庚基和辛基部分。

烷基取代基中的碳原子數可以由前綴「cx-y」表示,其中x是最小值,y是取代基中碳原子的最大數目。同樣,cx鏈是指含有x個碳原子的烷基鏈。

術語「烷氧基」是指-o-烷基部分。

術語「環烷基」或「環亞烷基」表示衍生自單環或多環飽和或部分不飽和碳環化合物的單價基團。c3-8-環烷基的實例包括但不限於環丙基、環丁基、環戊基、環己基、環戊基和環辛基;c3-c12-環烷基的實例包括但不限於環丙基、環丁基、環戊基、環己基、雙環[2.2.1]庚基和雙環[2.2.2]辛基。還涵蓋衍生自具有至少一個碳-碳雙鍵的單環或多環碳環化合物的基團。此類基團的實例包括但不限於環丙烯基、環丁烯基、環戊烯基、環己烯基、環庚烯基、環辛烯基等。在一些實施方案中,環烷基具有三至六個碳原子(c3-6環烷基)。在一些實施方案中,環烷基具有三至八個碳原子(c3-8環烷基)。

術語「芳基」是指具有一個或多個稠合或非稠合的芳環的單環或多環碳環系統,包括但不限於苯基,萘基,四氫萘基,茚滿基,茚基等。在一些實施方案中,芳基具有6個碳原子。在一些實施方案中,芳基具有6至10個碳原子(c6-10-芳基)。在一些實施方案中,芳基具有6至16個碳原子(c6-16-芳基)。

術語「雜芳基」是指具有至少一個芳環的單環或多環(例如,雙環或三環或更多環)稠合或非稠合部分或環系,所述芳環具有5至10個環原子,其中一個環原子選自s、o、n和si;0、1或2個環原自是獨立選自s、o、n和si的額外的雜原子;其餘環原子是碳。雜芳基包括但不限於吡啶基、吡嗪基、嘧啶基、吡咯基、吡唑基、咪唑基、噻唑基、惡唑基、異惡唑基、噻二唑基、惡二唑基、噻吩基、呋喃基、喹啉基、異喹啉基、苯並咪唑基、苯並惡唑基、喹喔啉基等。

術語「滷代」是指滷素,例如氟、氯、溴和碘。

術語「烯基」表示衍生自具有至少一個碳-碳雙鍵的烴部分的單價基團,在某些實施方案中,所述烴部分包含2至6個碳原子(c2-6烯基)或2至8個碳原子(c2-8烯基)。雙鍵可以是或可以不是與另一個基團的連接點。烯基包括但不限於例如乙烯基、丙烯基、丁烯基、1-甲基-2-丁烯-1-基、庚烯基、辛烯基等。

術語「環烷基」表示衍生自單環或多環飽和或部分不飽和碳環化合物的單價基團。c3-8-環烷基的實例包括但不限於環丙基、環丁基、環戊基、環己基、環戊基和環辛基;c3-12-環烷基的實例包括但不限於環丙基、環丁基、環戊基、環己基、雙環[2.2.1]庚基和雙環[2.2.2]辛基。還涵蓋衍生自具有至少一個碳-碳雙鍵的單環或多環碳環化合物的基團。此類基團的實例包括但不限於環丙烯基、環丁烯基、環戊烯基、環己烯基、環庚烯基、環辛烯基等。在一些實施方案中,環烷基具有3至6個碳原子(c3-6環烷基)。在一些實施方案中,環烷基具有3至8個碳原子(c3-8環烷基)。

術語「雜環烷基」是指非芳香族的3-、4-、5-、6-或7-元環或雙環或三環基團稠合或非稠合系統,其中(i)每個環含有一至三個獨立地選自氧、硫和氮的雜原子,(ii)每個5-元環具有0至1個雙鍵,每個6元環具有0至2個雙鍵,(iii)氮和硫雜原子可以任選地被氧化,(iv)氮雜原子可以任選地被季銨化,以及(iv)任何上述環可以與苯環稠合。代表性的雜環烷基包括但不限於[1,3]二氧戊環、吡咯烷基、吡唑啉基、吡唑烷基、咪唑啉基、咪唑烷基、哌啶基、哌嗪基、惡唑烷基、異惡唑烷基、嗎啉基、噻唑烷基、異噻唑烷基和四氫呋喃基。在一個實施方案中,雜環烷基是4-7元環,例如4-6元環。

術語「hdac」是指組蛋白脫乙醯酶,其是從核心組蛋白中的賴氨酸殘基上除去乙醯基團的酶,從而導致形成濃縮的和轉錄沉默的染色質。目前有18種已知的組蛋白脫乙醯酶,分為四組。i類hdac包括hdac1、hdac2、hdac3和hdac8,與酵母rpd3基因有關。ii類hdac包括hdac4、hdac5、hdac6、hdac7、hdac9和hdac10,與酵母hda1基因有關。iii類hdac也稱為sirtuin,與sir2基因有關,包括sirt1-7。iv類hdac僅包包括hdac11,具有i類和ii類hdac兩者的特徵。除非另有說明,術語「hdac」是指18種已知組蛋白脫乙醯酶中的任何一種或多種。

術語「hdac6特異性」是指與任何其他類型的hdac酶,例如hdac1或hdac2相比,化合物以基本上更大的程度與hdac6結合,例如為5x、10x、15x、20x或更多。也就是說,相對於任何其他類型的hdac酶,所述化合物對hdac6具有選擇性。例如,以10nm的ic50與hdac6結合併且以50nm的ic50與hdac1結合的化合物是hdac6特異性的。另一方面,以50nm的ic50與hdac6結合併且以60nm的ic50與hdac1結合的化合物不是hdac6特異性的。

術語「hdac1/2特異性」是指與任何其他類型的hdac酶,例如hdac3或hdac6相比,化合物以基本上更大的程度與hdac1和hdac2結合,例如為5x、10x、15x、20x或更多。也就是說,相對於任何其他類型的hdac酶,所述化合物對hdac1和hdac2具有選擇性。例如,以10nm的ic50與hdac1和hdac2結合併且以50nm的ic50與hdac3結合的化合物是hdac1/2特異性的。另一方面,以50nm的ic50與hdac1和hdac2結合併且以60nm的ic50與hdac3結合的化合物不是hdac1/2特異性的。

術語「hdac1/2/6特異性」是指與任何其他類型的hdac酶,例如hdac3相比,化合物以基本上更大的程度與hdac1、hdac2和hdac6結合,例如為5x、10x、15x、20x或更多。也就是說,相對於任何其他類型的hdac酶,所述化合物對hdac1、hdac2和hdac6具有選擇性。例如,以10nm的ic50與hdac1、hdac2和hdac6結合併且以50nm的ic50與hdac3結合的化合物是hdac1/2特異性的。另一方面,以50nm的ic50與hdac1、hdac2和hdac6結合併且以60nm的ic50與hdac3結合的化合物不是hdac1/2特異性的。

術語「組合」是指治療本公開中所述的治療病症或障礙的兩種或更多種治療劑。治療劑的這種組合可以是單一丸劑、膠囊或靜脈內溶液的形式。然而,術語「組合」還包括當兩種或更多種治療劑處於分開的丸劑、膠囊或靜脈內溶液中時的情況。同樣,術語「組合治療」是指施用兩種或更多種治療劑以治療本公開中所述的治療病症或障礙。這樣的施用包括以基本上同時的方式共同施用這些治療劑,例如在具有固定比例的活性成分的單個膠囊中,或在多個中,或在用於每種活性成分的分開的容器(例如膠囊)中。此外,這樣的施用還包括在大致相同的時間或在不同的時間以順序方式使用每種類型的治療劑。在任一情況下,治療方案將提供藥物組合在治療本文所述的病症或障礙中的有益效果。

術語「白血病」是指血液惡性腫瘤。術語「白血病」包括但不限於急性成淋巴細胞性白血病(all)、急性骨髓性白血病(aml)、慢性淋巴細胞性白血病(cll)、慢性骨髓性白血病(cml)、急性單核細胞性白血病(aml)、雙表型急性白血病bal)、毛細胞白血病(hcl)或急性早幼粒細胞白血病(apl)。

如本文所用,術語「表達cd11b」是指分化簇分子11b(cd11b)的表達。

術語「抑制劑」與術語拮抗劑同義。

組蛋白脫乙醯酶(hdac)抑制劑

本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法。本文還提供了用於在有需要的受試者中治療白血病(例如,aml)的藥物組合。

本文提供的組合和方法包括組蛋白脫乙醯酶(hdac)抑制劑。hdac抑制劑可以是任何hdac抑制劑。因此,hdac抑制劑可以對特定類型的組蛋白脫乙醯酶是選擇性的或非選擇性的。優選地,hdac抑制劑是選擇性hdac抑制劑。更優選地,hdac抑制劑是hdac6特異性抑制劑、hdac1/2特異性抑制劑或hdac1/2/6特異性抑制劑。

在一些實施方案中,hdac6特異性抑制劑是式i的化合物:

或其藥學上可接受的鹽,

其中,

環b是芳基或雜芳基;

r1是芳基或雜芳基,其各自可以任選被oh、滷代或c1-6-烷基取代;並且

r是h或c1-6-烷基。

式i的代表性化合物包括但不限於:

或其藥學上可接受的鹽。

根據式i的選擇性hdac6抑制劑的製備和性質在國際專利申請號pct/us2011/021982中提供,其全部內容通過引用併入本文。

在另一些實施方案中,hdac6特異性抑制劑是式ii的化合物:

或其藥學上可接受的鹽,

其中,

rx和ry與其各自連接的碳一起形成環丙基、環丁基、環戊基、環己基、環庚基或環辛基;

每個ra獨立地為c1-6-烷基、c1-6-烷氧基、滷代、oh、-no2、-cn或-nh2;並且

m是0、1或2。

式ii的代表性化合物包括但不限於:

或其藥學上可接受的鹽。

根據式ii的選擇性hdac6抑制劑的製備和性質在國際專利申請號pct/us2011/060791中提供,其全部內容通過引用併入本文。

在一些實施方案中,hdac1/2特異性抑制劑是式iii的化合物:

或其藥學上可接受的鹽,

其中,

r1是芳基或雜芳基;

r2和r3各自獨立地選自c3-6-環烷基、c1-6-烷基-or6、c1-6-烷基-c3-6-環烷基、c1-6-烷基-雜環烷基和c2-6-烯基;

r6是h或c1-6-烷基;並且

r7是h或c3-6-環烷基。

式iii的化合物非限制性地由化合物e或其藥學上可接受的鹽表示。

在另一個實施方案中,hdac1/2特異性抑制劑是n-(2-氨基-5-(苯硫-2-基)苯基)-2-(哌嗪-1-基)喹啉-6-甲醯胺(或藥學上可接受的鹽:

根據式iii的選擇性hdac1/2抑制劑以及化合物j的製備和性質在美國專利申請號14/069,741中提供,其全部內容通過引用併入本文。

在另一個實施方案中,hdac抑制劑是4-乙醯氨基-n-(2-氨基-5-氟苯基)苯甲醯胺(化合物f)或其藥學上可接受的鹽。

hdac抑制劑化合物f的製備和性質在國際專利申請號pct/us2013/052572中提供,其全部內容通過引用併入本文。

在一些實施方案中,hdac1/2/6特異性抑制劑是式iv的化合物:

或其藥學上可接受的鹽,

其中,

rx獨立地選自由–c(o)r1、–co2r1和–c(o)n(r1)2組成的組;

ry選自由h、c1-6-烷基、c1-6-烷氧基、滷代、–oh、–no2、–cn、–nh2、–c(o)r1、–co2r1和–c(o)n(r1)2組成的組;

每個r1每次出現時獨立地選自由h、c1-6-烷基、c3-8-環烷基、c3-7-雜環烷基、芳基、雜芳基、c1-6-烷基-環烷基、c1-6-烷基-雜環烷基、c1-6-烷基-芳基和c1-6-烷基-雜芳基組成的組;並且

rz選自由c1-6-烷基、c3-8-環烷基、c3-7-雜環烷基、芳基和雜芳基組成的組。

式iv的化合物非限制性地由化合物g或其藥學上可接受的鹽表示。

根據式iv的hdac1/2/6特異性抑制劑的製備和性質在國際申請號pct/us2014/059863中提供,其全部內容通過引用併入本文。

在一些實施方案中,本文所述的化合物是非溶劑化物。在另一些實施方案中,一種或多種化合物是溶劑化物形式。如本領域中公知的,溶劑化物可以是任何藥學上可接受的溶劑,例如水、乙醇等。

組合/藥物組合

本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的組合。在一些實施方案中提供了用於在有需要的受試者中治療白血病(例如,aml)的包含組蛋白脫乙醯酶(hdac)抑制劑和阿扎胞苷的組合。

在組合的一些實施方案中,hdac抑制劑是hdac6特異性抑制劑。在一些具體的實施方案中,hdac6特異性抑制劑是式i的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在一些優選實施方案中,式i的化合物是:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一些優選實施方案中,式i的化合物是:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一些具體實施方案中,hdac6特異性抑制劑是式ii的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在一些優選實施方案中,式ii的化合物是:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一些優選實施方案中,式ii的化合物是:

或其藥學上可接受的鹽。

在組合的一些實施方案中,hdac抑制劑是hdac1/2特異性抑制劑。在一些具體實施方案中,hdac1/2特異性抑制劑是式iii的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在一些優選實施方案中,式iii的化合物是:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac1/2特異性抑制劑是化合物j:

或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,hdac抑制劑是化合物f:

或其藥學上可接受的鹽。

在組合的一些實施方案中,hdac抑制劑是hdac1/2/6特異性抑制劑。在另一些具體的實施方案中,hdac1/2/6特異性抑制劑是式iv的化合物:

或其藥學上可接受的鹽。

在一些優選實施方案中,式iv的化合物是:

或其藥學上可接受的鹽。

在組合的一些實施方案中,阿扎胞苷可以是游離鹼或其藥學上可接受的鹽。見cihak,「biologicaleffectsof5-azacytidineineukaryotes」,oncology,卷30(5),第405-422頁(1974)。5-氮雜胞苷(也稱作阿扎胞苷和4-氨基-1-β-d-呋喃核糖基-s-三嗪-2(1h)-酮;國家服務中心(nationservicecenter)指定nsc-102816;cas登記號320-67-2)以商品名vidaza銷售用於治療骨髓增生異常症候群(mds)。

雖然式i、ii、iii、iv的化合物、化合物f和化合物j以其中性形式描述,但在一些實施方案中,這些化合物以藥學上可接受的鹽形式使用。如本文所用,「藥學上可接受的鹽」是指所公開的化合物的衍生物,其中通過將現有的酸或鹼部分轉化為其鹽形式對母體化合物進行修飾。合適的鹽的列表可見於remington'spharmaceuticalsciences,第17版,mackpublishingcompany,easton,pa.,1985,第1418頁和journalofpharmaceuticalscience,66,2(1977),其各自通過引用整體併入本文

施用/劑量

在一些實施方案中,hdac抑制劑(式i、ii、iii、iv的化合物、化合物f或化合物j)與阿扎胞苷同時施用。同時施用通常意味著這兩種化合物在完全相同的時間進入患者。然而,同時施用也包括hdac抑制劑和阿扎胞苷在不同時間進入患者的可能性,但在時間上的差足夠小,使得在第二施用化合物進入之前,第一施用化合物不提供在患者中起效的時間。這種延遲時間通常對應於小於1分鐘,更通常小於30秒。在其中化合物在溶液中的一個實例中,同時施用可通過施用含有化合物組合的溶液來實現。在另一實例中,可以採用同時施用分開的溶液,其中一種含有hdac抑制劑,另一種含有阿扎胞苷。在其中化合物是固體形式的一個實例中,同時施用可以通過施用含有化合物組合的組合物來實現。或者,同時施用可以通過施用兩種分開的組合物來實現,一種含有hdac抑制劑,另一種含有阿扎胞苷。

在另一些實施方案中,hdac抑制劑和阿扎胞苷不同時施用。在一些實施方案中,hdac抑制劑在阿扎胞苷之前施用。在另一些實施方案中,阿扎胞苷在hdac抑制劑之前施用。在另一些實施方案中,在施用第二施用化合物之前,第一施用化合物提供在患者中起效的時間。通常,時間差不延長超過第一施用化合物在患者中完成其效果的時間,或超過第一施用化合物在患者中完全或基本上消除或失活的時間。

在一些實施方案中,hdac抑制劑和阿扎胞苷中的一種或兩種以治療有效量或劑量施用。「治療有效量」是當單獨向患者施用時有效治療白血病的hdac抑制劑(式i、ii、iii、iv的化合物、化合物f或化合物j)或阿扎胞苷的量。對於特定受試者在給定情況下證明為「治療有效量」的量可能不是對於對所考慮的疾病或病症進行類似治療的100%受試者都有效,即使這樣的劑量被熟練的從業者視為「治療有效量」。對應於治療有效量的化合物的量強烈依賴於癌症的類型、癌症的階段、所治療的患者的年齡和其他事實。通常,這些化合物的治療有效量是本領域公知的,例如在上面引用的參考文獻中提供的。

在另一些實施方案中,hdac抑制劑和阿扎胞苷中的一種或兩種以亞治療有效量或劑量施用。亞治療有效量是當單獨向患者施用時,hdac抑制劑(式i、ii、iii、iv的化合物、化合物f或化合物j)或阿扎胞苷的不隨時間完全抑制預期靶標的生物活性的量。

無論以治療量或亞治療量施用,hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合應當有效治療白血病,例如aml。例如,如果當與式i、ii、iii、iv的化合物、化合物f或化合物j(hdac抑制劑)組合時,亞治療量的阿扎胞苷化合物可能是有效量的,所述組合有效治療白血病。例如,如果當與式i、ii、iii的化合物、化合物f或化合物j(hdac抑制劑)組合時,亞治療量的阿扎胞苷化合物可能是有效量的,所述組合有效治療白血病,其中所述組合物以這樣的劑量施用,當一種或兩種化合物單獨施用時,所述劑量不是有效的,但是在組合時所述量是有效的。

在一些實施方案中,化合物的組合在白血病的治療中表現出協同效應(即,大於加性效應)。在另一些實施方案中,化合物的組合在治療急性骨髓性白血病中表現出協同效應(即,大於加性效應)。術語「協同作用」是指兩種藥劑(例如hdac抑制劑和阿扎胞苷)的作用產生例如減緩癌症或其症狀的症狀進展的效果,其大單獨施用的每種藥物的效果的簡單相加。協同效應可以例如使用合適的方法計算,例如sigmoid-emax方程(holford,n.h.g.和scheiner,l.b.,clin.pharmacokinet.6:429-453(1981))、loewe加性方程(loewe,s.和muischnek,h.,arch.exp.patholpharmacol.114:313-326(1926))和中值效應方程(chou,t.c.和talalay,p.,adv.enzymeregul.22:27-55(1984))。上面提到的每個方程可以應用於實驗數據以產生相應的圖以幫助評估藥物組合的效果。與上述方程相關的相應圖分別是濃度-效應曲線、等效線圖曲線和組合指數曲線。

在一些優選實施方案中,本文提供了包括式i的hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合和方法。因此,在一個實施方案中,組合和方法包括化合物a和阿扎胞苷。在另一個實施方案中,組合和方法包括化合物b和阿扎胞苷。在本文提供的另一些優選實施方案中,組合和方法包括式ii的hdac抑制劑和阿扎胞苷。因此,在一個實施方案中,組合和方法包括化合物c和阿扎胞苷。在另一個實施方案中,組合和方法包括化合物d和阿扎胞苷。在本文提供的另一些優選實施方案中,組合和方法包括式iii的hdac抑制劑和阿扎胞苷。因此,在一個實施方案中,組合和方法包括化合物e和阿扎胞苷。在本文提供的另一個優選實施方案中,組合和方法包括hdac抑制劑化合物j和阿扎胞苷。在本文提供的另一些優選實施方案中,組合和方法包括hdac抑制劑化合物f和阿扎胞苷。在本文提供的另一些優選實施方案中,組合和方法包括式iv的hdac抑制劑和阿扎胞苷。因此,在一個實施方案中,組合和方法包括化合物g和阿扎胞苷。

在一些不同的實施方案中,根據所使用的組合和有效量,化合物的組合可以抑制白血病生長、實現白血病停滯或甚至實現基本上或完全的白血病消退。

儘管hdac抑制劑和阿扎胞苷的量應當導致白血病的有效治療,但是當組合時,所述量優選對患者不是過度毒性的(即,所述量優選在通過醫學指南確定的毒性極限內)。在一些實施方案中,為了防止過度的毒性和/或提供更有效的白血病治療,提供了對總施用劑量的限制。通常,本文考慮的量是每天;然而,本文也考慮半天和兩天或三天的周期。

不同的劑量方案可以用於治療白血病。在一些實施方案中,每日劑量,例如上述任何示例性劑量,每天施用一次、兩次、三次或四次,持續三、四、五、六、七、八、九或十天。取決於癌症的階段和嚴重程度,可以使用更短的治療時間(例如,多至五天)和高劑量,或可以使用更長的治療時間(例如十天或更多天,或數周,或一個月,或更久)和低劑量。在一些實施方案中,每隔一天施用每日一次或兩次的劑量。在一些實施方案中,每個劑量含有作為單一劑量遞送的hdac抑制劑和阿扎胞苷,而在另一些實施方案中,每個劑量含有作為分開的劑量遞送的hdac抑制劑或阿扎胞苷。

純形式的或在合適的藥物組合物中的式i、ii、iii、iv化合物、化合物f或化合物j或其藥學上可接受的鹽或溶劑化物形式可以通過本領域中是已知的任何可接受的施用方式或藥劑施用。化合物可以例如口服、鼻、胃腸外(靜脈內、肌內或皮下)、局部、經皮、陰道內、膀胱內、腦池內或直腸施用。劑型可以是例如固體、半固體、凍乾粉末或液體劑型,例如片劑、丸劑、軟彈性或硬明膠膠囊劑、散劑、溶液劑、混懸劑、栓劑、氣霧劑等,優選以適於簡單施用精確劑量的單位劑型。具體的施用途徑是口服,特別是其中可以根據待治療的疾病的嚴重程度調節方便的日劑量方案的途徑。

如上所述,hdac抑制劑和阿扎胞苷藥物組合可以以單一單位劑量或分開的劑型施用。因此,短語「藥物組合」包括單一劑型或分開的劑型中的兩種藥物的組合,即,整個申請中描述的藥學上可接受的載體和賦形劑可與hdac抑制劑和阿扎胞苷以單一單位劑量組合,以及當這些化合物分開施用時,分別與hdac抑制劑和阿扎胞苷組合。

輔助劑和佐劑可包括例如防腐劑、潤溼劑、懸浮劑、甜味劑、調味劑、加香劑、乳化劑和分散劑。通常通過各種抗細菌劑和抗真菌劑,例如對羥基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸等提供對微生物作用的預防。還可以包括等滲劑,例如糖、氯化鈉等。可注射藥物形式的延長吸收可以通過使用延遲吸收的試劑,例如單硬脂酸鋁和明膠來實現。輔助劑還可以包括潤溼劑、乳化劑、ph緩衝劑和抗氧化劑,例如檸檬酸、脫水山梨糖醇單月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯、丁基化羥基甲苯等。

固體劑型可以製備有包衣和殼,例如腸溶衣和本領域熟知的其他物質。其可以包含鎮靜劑,並且可以是這樣的組合物,使得其以延遲的方式在腸道的某一部分釋放活性化合物。可以使用的嵌入組合物的實例是聚合物質和蠟。活性化合物也可以是微囊化形式,如果合適,與一種或多種上述賦形劑一起。

用於口服施用的液體劑型包括藥學上可接受的乳劑、溶液劑、混懸劑、糖漿劑和酏劑。這樣的劑型例如通過將本文所述的hdac抑制劑或阿扎胞苷或者其藥學上可接受的鹽和任選的藥物佐劑溶解、分散等在以下物質中以形成溶液或懸浮液來製備:載體,例如水、鹽水、葡萄糖水溶液、甘油、乙醇等;增溶劑和乳化劑,例如乙醇、異丙醇、碳酸乙酯、乙酸乙酯、苯甲醇、苯甲酸苄酯、丙二醇、1,3-丁二醇、二甲基甲醯胺;油,特別是棉籽油、花生油、玉米胚芽油、橄欖油、蓖麻油和芝麻油、甘油、四氫糠醇、聚乙二醇和脫水山梨糖醇的脂肪酸酯;或這些物質的混合物等。

通常,根據預期的施用方式,藥學上可接受的組合物將包含約1重量%至約99重量%的本文所述的化合物或其藥學上可接受的鹽,以及99重量%至1重量%的藥學上可接受的賦形劑。在一個實例中,組合物將是約5重量%至約75重量%的本文所述的化合物或其藥學上可接受的鹽,其餘是合適的藥物賦形劑。

製備這些劑型的實際方法是本領域技術人員已知的或將是顯而易見的。參考例如remington'spharmaceuticalsciences,第18版.(mackpublishingcompany,easton,pa.,1990)。

方法

本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用本文提供的藥物組合。本文還提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用hdac抑制劑。因此,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的包含hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合,或者向受試者施用治療有效量的hdac抑制劑。在本文提供的方法的一個優選實施方案中,白血病是急性骨髓性白血病。在本文提供的方法的另一個優選實施方案中,hdac抑制劑是hdac6特異性抑制劑、hdac1/2特異性抑制劑或hdac1/2/6特異性抑制劑。在本文提供的方法的另一個優選實施方案中,hdac抑制劑是式i、式ii、式iii或式iv的化合物。在本文提供的方法的另一個優選實施方案中,hdac抑制劑是化合物a、化合物b、化合物c、化合物d、化合物e、化合物f、化合物g、化合物h或化合物j。

本文還提供了用於在有需要的受試者中治療表達cd11b的癌症的方法,包括向受試者施用本文提供的藥物組合。本文還提供了用於在有需要的受試者中治療表達cd11b的癌症的方法,包括向受試者施用hdac抑制劑。因此,本文提供了用於在有需要的受試者中治療表達cd11b的癌症的方法,包括向受試者施用治療有效量的包含hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合,或者向受試者施用治療有效量的hdac抑制劑。在本文提供的方法的另一個優選實施方案中,hdac抑制劑是hdac6特異性抑制劑、hdac1/2特異性抑制劑或hdac1/2/6特異性抑制劑。在本文提供的方法的另一個優選實施方案中,hdac抑制劑是式i、式ii、式iii或式iv的化合物。在本文提供的方法的另一個優選實施方案中,hdac抑制劑是化合物a、化合物b、化合物c、化合物d、化合物e、化合物f、化合物g、化合物h或化合物j。

本文考慮的受試者通常是人。然而,受試者可以是需要治療的任何哺乳動物。因此,本文所述的方法可應用於人類和獸醫應用。

術語「治療(treating)」或「治療(treatment)」表示該方法至少具有緩解的異常細胞增殖。例如,該方法可以降低患者中白血病生長的速率,或防止白血病的持續生長或擴散,或甚至降低白血病的總體覆蓋範圍。

在一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac6特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或藥學上可接受的其鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2/6特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式i化合物或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式ii化合物或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iii化合物或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iv化合物或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物a或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物b或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種在有此需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物c或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物d或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物e或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物f或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物g或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物h或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物j或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac6特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2/6特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式i化合物或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式ii化合物或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iii化合物或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iv化合物或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物a或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物b或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物c或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物d或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物e或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物f或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物g或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物h或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物j或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

在一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac6特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2/6特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式i的化合物或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式ii化合物或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iii化合物或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iv化合物或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物a或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種在有此需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物b或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種在有此需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物c或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物d或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種在有此需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物e或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種在有此需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物f或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物g或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物h或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物j或其藥學上可接受的鹽。

在一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac6特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的hdac1/2/6特異性抑制劑或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式i化合物或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式ii化合物或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iii化合物或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中,本文提供了用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的式iv化合物或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物a或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物b或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物c或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物d或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物e或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物f或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物g或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物h或其藥學上可接受的鹽。

在另一個實施方案中是一種用於在有需要的受試者中治療急性骨髓性白血病的方法,包括向受試者施用治療有效量的化合物j或其藥學上可接受的鹽。

本文還提供了用於抑制白血病細胞遷移和/或侵襲的方法。特別地,本文提供了用於在有需要的受試者中抑制白血病細胞的遷移和侵襲或其兩者的方法,包括向受試者施用治療有效量的式i、ii、iii、iv、化合物a、化合物b、化合物c、化合物d、化合物e、化合物f、化合物g、化合物h或化合物j的hdac抑制劑。在一個實施方案中,hdac抑制劑是化合物j或其藥學上可接受的鹽。

本文還提供了通過施用包含hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合來降低癌細胞的細胞存活力的方法。在一個實施方案中,hdac抑制劑是化合物j或其藥學上可接受的鹽。

本文還提供了通過施用包含hdac抑制劑和阿扎胞苷的組合來誘導癌細胞分化的方法。在一個實施方案中,hdac抑制劑是化合物j或其藥學上可接受的鹽。

本文還提供了通過施用包含hdac抑制劑和阿扎胞苷組合來誘導癌細胞凋亡的方法。在一個實施方案中,hdac抑制劑是化合物j或其藥學上可接受的鹽。

試劑盒

在另一些實施方案中,提供了試劑盒。本文提供的試劑盒包括包含本文提供的化合物或組合物的包裝。在一些實施方案中,試劑盒包含hdac抑制劑或其藥學上可接受的鹽和阿扎胞苷或其藥學上可接受的鹽。

短語「包裝」是指含有本文提出的化合物或組合物的任何容器。在一些實施方案中,包裝可以是盒或包裹(wrapping)。用於包裝藥物產品的包裝材料是本領域技術人員公知的。藥物包裝材料的實例包括但不限於瓶、管、吸入器、泵、袋、小瓶、容器、注射器、瓶,以及適合於所選擇的製劑和預期的施用和治療模式的任何包裝材料。

試劑盒還可以包括不包含在包裝內,但附著在包裝外部的物品,例如移液管。

試劑盒還可以包含用於向患者施用本文提供的化合物或組合物的說明書。試劑盒還可以包括由管理機構(例如美國食品和藥物管理局)批准使用本文化合物的說明書。試劑盒還可以包含化合物的標記或產品插入件。包裝和/或任何產品插入件本身可以由管理機構批准。試劑盒可以包括在包裝中的固相或液相(例如提供的緩衝液)中的化合物。試劑盒還可以包括用於製備用於進行所述方法的溶液的緩衝液和用於將液體從一個容器轉移到另一個容器的移液管。

實施例

下面為了說明的目的和描述本文提供的某些具體實施方案闡述了實施例。然而,權利要求書的範圍不以任何方式受本文所闡述的實施例的限制。對所公開的實施方案的各種改變和修飾對於本領域技術人員將是顯而易見的,並且可以進行這樣的改變和修飾,包括但不限於與本文提供的化學結構、取代基、衍生物、製劑和/方法有關的那些,而不脫離本文提供的精神和所附權利要求書的範圍。本文方案中結構中的變量的定義與本文提供的式中的相應位置的那些相當。

式i化合物(化合物a和b)的合成提供在pct/us2011/021982中,其通過引用整體併入本文。式ii化合物(化合物c和d)的合成提供在pct/us2011/060791中,其通過引用整體併入本文。式iii化合物以及化合物j的合成提供在美國申請號14/069,741中,其通過引用整體併入本文。式iv化合物(例如,化合物g)的合成提供在國際申請號pct/us2014/059863中,其通過引用整體併入本文。

實施例1:2-(二苯基氨基)-n-(7-(羥基氨基)-7-氧代庚基)嘧啶-5-甲醯胺(化合物a)的合成

化合物a

中間體2的合成:將苯胺(3.7g,40mmol)、化合物1(7.5g,40mmol)和k2co3(11g,80mmol)在dmf(100ml)中的混合物脫氣並在120℃下在n2下攪拌過夜。將反應混合物冷卻至室溫,用etoac(200ml)稀釋,然後用飽和鹽水(200ml×3)洗滌。分離有機層,用na2so4乾燥,蒸發至幹,通過矽膠色譜法(石油醚/etoac=10/1)純化,得到為白色固體的所需產物(6.2g,64%)。

中間體3的合成:將化合物2(6.2g,25mmol)、碘苯(6.12g,30mmol)、cui(955mg,5.0mmol)、cs2co3(16.3g,50mmol)在teos(200ml)中的混合物脫氣並用氮氣吹掃。將所得混合物在140℃下攪拌14小時。冷卻至室溫後,將殘餘物用etoac(200ml)稀釋。加入95%etoh(200ml)和矽膠上的nh4f-h2o(50g,通過將水(1500ml)中的nh4f(100g)加入到矽膠(500g,100-200目)中預製備),將所得混合物在室溫下保持2小時。將固化材料過濾並用etoac洗滌。將濾液蒸發至幹,殘餘物通過矽膠色譜法(石油醚/etoac=10/1)純化,得到黃色固體(3g,38%)。

中間體4的合成:將2nnaoh(200ml)加入化合物3(3.0g,9.4mmol)在etoh(200ml)中的溶液中。將混合物在60℃下攪拌30分鐘。蒸發溶劑後,溶液用2nhcl中和,得到白色沉澱。用etoac(2×200ml)萃取懸浮液,分離有機層,用水(2×100ml)、鹽水(2×100ml)洗滌,並且用na2so4乾燥。除去溶劑,得到棕色固體(2.5g,92%)。

中間體6的合成:將化合物4(2.5g,8.58mmol)、化合物5(2.52g,12.87mmol)、hatu(3.91g,10.30mmol)和dipea(4.43g,34.32mmol)的混合物在室溫下攪拌過夜。反應混合物過濾後,將濾液蒸發至幹,殘餘物通過矽膠色譜法(石油醚/etoac=2/1)純化,得到棕色固體(2g,54%)。

2-(二苯基氨基)-n-(7-(羥基氨基)-7-氧代庚基)嘧啶-5-甲醯胺(化合物a)的合成:將化合物6(2.0g,4.6mmol)、氫氧化鈉(2n,20ml)在meoh(50ml)和dcm(25ml)中的混合物在0℃下攪拌10分鐘。將羥胺(50%)(10ml)冷卻至0℃並加入混合物中。將所得混合物在室溫下攪拌20分鐘。除去溶劑後,將混合物用1mhcl中和,得到白色沉澱。將粗產物過濾並通過製備型hplc純化,得到白色固體(950mg,48%)。

實施例2:2-((2-氯苯基)(苯基)氨基)-n-(7-(羥基氨基)-7-氧代庚基)嘧啶-5-甲醯胺(化合物b)的合成

中間體2的合成:參見實施例1中中間體2的合成。

中間體3的合成:將化合物2(69.2g,1當量)、1-氯-2-碘苯(135.7g,2當量)、li2co3(42.04g,2當量)、k2co3(39.32g,1當量),cu(1當量,45μm)在dmso(690ml)中的混合物脫氣並用氮氣吹掃。將所得混合物在140℃下攪拌。進行反應後處理,得到化合物3,產率為93%。

中間體4的合成:參見實施例1中中間體4的合成。

中間體6的合成:參見實施例1中中間體6的合成。

2-((2-氯苯基)(苯基)氨基)-n-(7-(羥基氨基)-7-氧代庚基)嘧啶-5-甲醯胺(化合物b)的合成:參見實施例1中化合物a的合成。

實施例3:2-((1-(3-氟苯基)環己基)氨基)-n-羥基嘧啶-5-甲醯胺(化合物c)的合成

中間體2的合成:向化合物1(100g,0.74mol)在無水dmf(1000ml)中的溶液中加入1,5-二溴戊烷(170g,0.74mol)。在將反應在冰浴中冷卻的同時滴加nah(65g,2.2當量)。將所得混合物在50℃劇烈攪拌過夜。將懸浮液小心地用冰水淬滅並用乙酸乙酯(3×500ml)萃取。將合併的有機層濃縮,得到粗產物,通過快速柱色譜法純化,得到作為灰白色固體的化合物2(100g,67%)。

中間體3的合成:將化合物2(100g,0.49mol)在ppa(500ml)中的溶液在110℃加熱約5-6小時。完成後,將所得混合物用飽和nahco3溶液小心地調節至約8-9的ph。收集所得沉澱,用水(1000ml)洗滌,得到作為白色固體的化合物3(95g,87%)。

中間體4的合成:向化合物3(95g,0.43mol)的n-buoh(800ml)溶液中加入naclo(260ml,1.4當量)。然後在0℃下加入3nnaoh(400ml,2.8當量),將反應物在室溫下攪拌過夜。將所得混合物用ea(2×500ml)萃取,並將合併的有機層用鹽水洗滌。真空除去溶劑,得到粗產物,將其通過用hcl鹽處理進一步純化,得到作為白色粉末的化合物4(72g,73%)。

中間體6的合成:向化合物4(2.29g,10mmol)在二噁烷(50ml)中的溶液中加入化合物5(1.87g,1.0當量)和dipea(2.58g,2.0當量)。將混合物在110-120℃下加熱過夜。將所得混合物在矽膠柱上直接純化,得到作為白色固體的偶聯產物化合物6(1.37g,40%)。

2((1-(3-氟苯基)環己基)氨基)-n-羥基嘧啶-5-甲醯胺(化合物c)的合成:

向化合物6(100mg,0.29mmol)在meoh/dcm(10ml,1:1)中的溶液中加入水中的50%nh2oh(2ml,過量)。然後在0℃下加入在meoh中的飽和naoh(2ml,過量),將反應物攪拌3-4小時。完成後,將所得混合物濃縮並用2nhcl酸化至ph為4-5。收集沉澱物並用水(10ml)洗滌以除去過量的nh2oh。將沉澱乾燥,得到作為白色粉末的2-((1-(3-氟苯基)環己基)氨基)-n-羥基嘧啶-5-甲醯胺(70mg,73%)。

實施例4:n-羥基-2-((1-苯基環丙基)氨基)嘧啶-5-甲醯胺(化合物d)的合成

中間體2的合成:在氮氣氛下將化合物1、苄腈(250g,1.0當量)和ti(oipr)4(1330ml,1.5當量)在mbte(3750ml)中的溶液冷卻至約-10℃至-5℃。經過60分鐘的時間滴加etmgbr(1610ml,3.0m,2.3當量),在此期間反應的內部溫度保持低於5℃。將反應混合物溫熱至15-20℃1小時。經過60分鐘的時間滴加bf3-乙醚(1300ml,2.0當量),同時將內部溫度保持在15℃以下。將反應混合物在15-20℃下攪拌1-2小時。並在剩餘低水平的苄腈時停止。滴加1nhcl(2500ml),同時保持內部溫度低於30℃。滴加naoh(20%,3000ml)使ph達到約9.0,同時仍保持溫度低於30℃。將反應混合物用mtbe(3l×2)和etoac(3l×2)萃取,將合併的有機層用無水na2so4乾燥並在減壓下(低於45℃)濃縮,得到紅色油狀物。將mtbe(2500ml)加入到油狀物中以得到澄清溶液,並且在用幹hcl氣體鼓泡時,沉澱固體。將該固體過濾並真空乾燥,得到143g化合物2。

中間體4的合成:將化合物2(620g,1.0當量)和dipea(1080g,2.2當量)溶於nmp(3100ml)中並攪拌20分鐘,加入化合物3(680g,1.02當量),將反應混合物加熱至約85-95℃4小時,使溶液緩慢冷卻至室溫。將該溶液倒在h2o(20l)上,並在強烈攪拌下從溶液中沉澱出大部分固體,過濾,濾餅在50℃減壓乾燥24小時,得到896g化合物4(固體,86.8%)。

n-羥基-2-((1-苯基環丙基)氨基)嘧啶-5-甲醯胺(化合物d)的合成:在攪拌下將meoh(1000ml)溶液冷卻至約0-5℃。加入nh2ohhcl(1107g,10當量),然後小心地加入naoch3(1000g,12.0當量)。將所得混合物在0-5℃下攪拌1小時,過濾除去固體。將化合物4(450g,1.0當量)一次性加入到反應混合物中,並在10℃下攪拌2小時,直到化合物4耗盡。通過加入hcl(6n)將反應混合物調節至約8.5-9的ph,導致沉澱。將混合物減壓濃縮。在強烈攪拌下將水(3000ml)加入到殘餘物中,並通過過濾收集沉澱。將產物在45℃的烘箱中乾燥過夜(340g,79%產率)。

實施例5:n-(2-氨基-5-(苯硫-2-基)苯基)-2-環丙基-1-(2-嗎啉代乙基)-1h-吲哚-5-甲醯胺(化合物e)的合成

實驗程序

步驟1:向化合物1在dce中的溶液中加入pobr3和咪唑。將反應物在80℃下攪拌過夜。將水和dcm加入到反應物中,並分離有機層,用鹽水洗滌,減壓乾燥,得到化合物2。

步驟2:向化合物2在dmso中的溶液中加入化合物a和koh。將所得反應混合物在45℃下攪拌4小時,用h2o淬滅,並用ea萃取。將合併的有機層通過凝膠色譜法純化,得到所需產物化合物3。

步驟3:將化合物3、環丙基硼酸、pd(oac)2、三環己基膦和k3po4在甲苯和水中的混合物在100℃的n2氣氛下攪拌過夜。將混合物冷卻,過濾並濃縮,得到殘餘物,將其通過製備型tlc純化,得到化合物4。

步驟4:將化合物4和naoh在etoh和thf中的混合物在60℃下攪拌5小時。將混合物濃縮,得到殘餘物,向其中加入飽和檸檬酸水溶液並用ea萃取。分離有機層,乾燥,過濾並濃縮,得到化合物5。

步驟5:將化合物5、2-氨基-4-(苯硫-2-基)苯基氨基甲酸叔丁酯、hoat、edci和dipea在dmf中的混合物在55℃下攪拌過夜。向混合物中加入水,並用ea萃取。分離有機層,乾燥,過濾並濃縮,得到殘餘物,將其通過製備型tlc純化,得到化合物6。

步驟6:向化合物6在dcm中的溶液中加入tfa,並在室溫下攪拌1小時。將混合物濃縮,得到殘餘物,將其通過製備型hplc純化,得到化合物7。1hnmr(500mhz,dmso)δ9.63(s,1h),8.16(s,1h),7.79–7.73(m,1h),7.51(d,j=2.1hz,2h),7.36(d,j=5.1hz,1h),7.29(dd,j=8.3,2.1hz,1h),7.25(d,j=3.5hz,1h),7.05(dd,j=5.0,3.6hz,1h),6.82(d,j=8.3hz,1h),6.24(s,1h),5.12(s,2h),4.43(s,2h),3.57(s,5h),2.77–2.58(m,2h),2.09(s,1h),1.02(d,j=8.0hz,2h),0.76(d,j=4.4hz,2h)。lcms:m/z=487.2(m+h)+。

實施例6:n-羥基-2-((4-苯基-1-(苯基氨基甲醯基)哌啶-4-基)氨基)嘧啶-5-甲醯胺(化合物g)的合成。

步驟1:在室溫下向化合物8(85mg,0.26mmol)在thf(4ml)中的溶液中加入異氰酸基苯(46mg,0.39mmol)、dipea(0.2ml)。將反應物攪拌2小時。並隨後真空濃縮,得到化合物9(80g,產率:69%)。

步驟2:在0℃下向化合物9(80mg,0.18mmol)在meoh(3ml)和dcm(1ml)中的溶液中加入nh2oh(0.2ml)。將反應物攪拌10分鐘,此時加入naoh/meoh(0.4ml)。將反應物攪拌2小時。將所得反應混合物濃縮,使用2nhcl調節至ph=5,用ea(10ml)萃取,通過製備型hplc純化,得到n-羥基-2-((4-苯基-1-(苯基氨基甲醯基)哌啶-4-基)氨基)嘧啶-5-甲醯胺(14mg,17%)。1hnmr(500mhz,dmso)δ10.83(s,1h),8.96(s,1h),8.60(s,1h),8.49(s,2h),8.37(s,1h),8.20(s,1h),7.47-7.46(d,j=7.6hz,2h),7.41-7.39(d,j=7.4hz,2h),7.29-7.26(t,j=7.7hz,2h),7.23-7.20(m,j=7.7hz,2h),7.18-7.15(t,j=7.3hz,1h),6.92(t,j=7.3hz,1h),4.03(d,j=13.2hz,2h),3.13(t,j=12.1hz,2h),2.64(d,j=13.0hz,2h),1.90(t,j=11.0hz,2h)。lcms:m/z=433(m+h)+。

實施例7:n-(2-氨基-5-(苯硫-2-基)苯基)-2-(哌嗪-1-基)喹啉-6-甲醯胺化合物j的合成

化合物j的製備在美國專利申請號14/069,741中提供,其總結如下。

反應方案:

實驗程序

步驟1:將化合物1(10g,0.53mol)和m-cpba(18.4g,0.106mol)在dcm(50ml)中的混合物在室溫下攪拌過夜。將nahco3水溶液(40ml,飽和)加入到反應混合物中並攪拌30分鐘。分離有機層,乾燥,過濾並濃縮,得到殘餘物,將其在乙酸乙酯(5ml)中重結晶,得到作為淺黃色固體的化合物2。

步驟2:在0℃下向化合物2(4.0g,0.020)和dmf(8ml)在dcm中的溶液中緩慢加入socl2(8ml)並在室溫下攪拌5小時。將所得混合物濃縮,得到殘餘物,加入dcm(50ml)和nahco3水溶液(飽和,20ml)並攪拌30分鐘。分離有機層並濃縮,得到殘餘物,將其通過矽膠色譜法純化,得到作為白色固體的化合物3。

步驟3:將化合物3(10g,0.045mol)、cui(10g,0.53mol)、n-boc-哌嗪(25g,0.135mol)和k2co3(18.6g,0.135mol)在dmso(120ml)中的混合物在100℃下攪拌過夜。通過tlc(薄層色譜)監測完成後,加入300mlea(乙酸乙酯),然後過濾。濃縮混合物得到殘餘物,向其中加入水(300ml)和檸檬酸水溶液(飽和,30ml)。在室溫攪拌30分鐘,然後過濾,得到作為黃色固體的化合物4,其可以不經純化用於下一步驟。

步驟4:將化合物4(18g,粗品)和2mnaoh(50ml)在etoh(100ml)和thf(100ml)中的混合物在70℃下攪拌4小時。tlc可用於監測反應。將反應混合物濃縮至殘餘物,向其中加入水(300ml)和飽和檸檬酸水溶液(40ml)。隨後過濾得到為黃色固體的化合物5。

步驟5:將化合物5(1當量)、2-氨基-4-(苯硫-2-基)苯基氨基甲酸叔丁酯(1當量)、hoat(1.5當量)、edci(2當量)和dipea(4當量)在dmf中的混合物在55℃下攪拌過夜。將水加入混合物中,並用ea萃取。分離有機層,乾燥,過濾並濃縮,得到殘餘物,其可通過製備型tlc純化,得到化合物7。

步驟6:將化合物7(95mg0.15mmol)和tfa(2ml)在2mldcm中的混合物在室溫下攪拌2小時。蒸發溶劑,得到粗產物,其可以通過hplc純化,得到白色產物化合物j(19mg,30%)。1hnmr(500mhz,dmso)δ9.79(s,1h),8.42(d,j=1.8hz,1h),8.17–8.09(m,2h),7.60(d,j=8.8hz,1h),7.51(d,j=2.0hz,1h),7.36(dd,j=5.1,0.8hz,1h),7.33–7.28(m,2h),7.25(d,j=3.5hz,1h),7.06(dd,j=5.0,3.6hz,1h),6.83(d,j=8.3hz,1h),5.18(s,2h),3.73(s,4h),2.89(s,4h)。lcms:m/z=430(m+h)+

實施例8:hdac酶測定

將用於測試的化合物在dmso中稀釋至終濃度的50倍,並進行十點三倍稀釋系列。將化合物在測定緩衝液(50mmph7.4的hepes、100mmkill、0.001%tween-20、0.05%base、20μmtec)中稀釋至其終濃度的6倍。將hdac酶(購自bpsbiosciences)在測定緩衝液中稀釋至其終濃度的1.5倍。將二肽底物和0.05μm終濃度的胰蛋白酶在測定緩衝液中稀釋至其終濃度的6倍。在這些測定中使用的最終酶濃度為3.3ng/ml(hdac1)、0.2ng/ml(hdac2)、0.08ng/ml(hdac3)和2ng/ml(hdac6)。使用的最終底物濃度為16μm(hdac1)、10μm(hdac2)、17μm(hdac3)和14μm(hdac6)。將5μl的化合物和20μl的酶一式兩份加入黑色不透明384孔板的孔中。將酶和化合物在室溫下一起孵育10分鐘。每個孔中加入將5μl底物,將板振蕩60秒,並置於victor2微升板讀數器中。監測螢光的顯色60分鐘。並計算反應的線性速率。使用graphpadprism通過四參數曲線擬合確定ic50。

實施例9:hdac抑制劑和阿扎胞苷對aml細胞的協同作用

hdac或dnmt(dna甲基轉移酶)的抑制已經顯示出對aml細胞具有細胞毒性。不同的hdac抑制劑(化合物a和化合物c是hdac6選擇性的,化合物e是hdac1/2選擇性的,化合物f是對照)和dnmt抑制劑阿扎胞苷在通過celltitergloassaytm測量的aml細胞存活力測定中組合。在每孔中相同量的培養的aml細胞的情況下,從左到右向每一行孔加入一種化合物的系列稀釋液,並將第二化合物的系列稀釋液從上到下混合到這些孔的每一列中。因此,將測試板上的那些aml細胞暴露於不同濃度的兩種化合物的各種組合。在37℃孵育72小時後測量每個孔中的活細胞,計算不可存活細胞的百分比並相對於總細胞標準化。這些值報告為0-1.0的範圍內的fa(分數活性),以反映單獨或組合的測試化合物的細胞毒性。使用軟體calcusyn計算組合指數(ci)值,以確定組合是協同(ci1.0)。將ci值繪製為fa的函數,如圖1a-d所示。為了避免由於實驗數據變異性引起的任何可能的假陽性,僅當ci阿扎胞苷>化合物a.(b-e)將來自aml患者的每個骨髓樣品用濃度增加的阿扎胞苷單獨或在1um或3um化合物j或1um、3um或10um化合物a的存在下進行處理。對每個患者樣品繪製ic50值。對於樣品4031113sh(b)和樣品vmbm0007(c),化合物j和化合物a降低阿扎胞苷ic50值,表明hdac1/2抑制與阿扎胞苷對這些原代aml細胞生長具有良好組合效應。對於樣品184090514(d),3um的化合物j和10um的化合物a(接近其ic50值的濃度)顯著降低阿扎胞苷ic50值,表明良好的組合效果。對於樣品103113sh(e),只有3um的化合物j降低阿扎胞苷ic50。總之,化合物j在抑制原代aml細胞生長方面比化合物a和氮胞苷更有效。接近或低於其自身ic50值的化合物j顯著降低阿扎胞苷對所有4種原代aml細胞集落形成的ic50值。

實施例19:阿扎胞苷、化合物a和化合物j的離體藥理學分析

圖15a-c示出了單獨的以及與阿扎胞苷組合的hdac1/2抑制劑抑制新鮮來自aml患者骨髓的aml母細胞的增殖。(a-b),用濃度增加的阿扎胞苷、化合物a和化合物j處理來自aml患者的5個骨髓樣品,並通過流式細胞術在96小時定量活aml細胞。繪製ic50值(a)和auc值(b)。化合物a、化合物j和阿扎胞苷的中值ic50值分別為7.2um、0.6um和2.1um。三種藥物的相對效力為化合物j>阿扎胞苷>化合物a,與圖2中的結果一致。(c)用增加劑量的阿扎胞苷和化合物j處理來自aml患者的5個骨髓樣品,通過流式細胞術在96小時定量活aml細胞。計算組合指數(combidx),並繪製中值combidx值。在5個樣品中的4個中,combidx值小於1,支持兩種藥物之間對於抑制新鮮來源於aml患者的原代aml細胞的增殖的協同相互作用。

實施例20:基因表達譜分析

將mv4-11細胞以2×105個細胞/ml布板,並用1μm阿扎胞苷、1μm化合物e、2μm化合物e、1μm阿扎胞苷加1μm化合物e、1μm阿扎胞苷加2μm化合物e處理24小時和48小時。收集細胞並分離rna。rna樣品進行affymetrixprimeview基因表達譜分析。在48小時時1μm阿扎胞苷和2μm化合物e是初始數據分析的焦點。通過gsea(http://www.broadinstitute.org/gsea/index.jsp)分析分子標記。通過單一和組合處理上調的基因和標記顯著大於下調的基因和標記,與化合物的機制一致。為了鑑定介導阿扎胞苷與化合物e的組合效應的途徑和/或基因,鑑定了通過單一藥劑上調和通過組合處理進一步上調的標記和基因。包括凋亡和cebpa途徑(驅動分化的主要轉錄因子)的標記是鑑定的頂部途徑和/或基因之一。超過60基因(包括gata2和cd86)遵循此表達模式。

實施例21:mv4-11aml細胞系中gata2表達的誘導

圖16.化合物e加阿扎胞苷的處理顯著誘導mv4-11細胞中的gata2。(a-b)將mv4-11細胞以2×105個細胞/ml以指定劑量布板48小時和72小時。製備rna並分析gata2和gapdh作為內部對照。1μm阿扎胞苷和1μm化合物e在48小時和72小時誘導作為單一試劑的gata2水平。阿扎胞苷和化合物e的組合進一步在兩個時間點誘導gata2表達。

實施例22:aml細胞系中的單一藥劑活性

圖17.化合物j在aml細胞中降低細胞存活力,誘導cd11b和凋亡。(a)將指示的aml細胞系暴露於濃度增加的化合物j,以確認其對hdac1/2抑制的敏感性。(b-d)用指示濃度的化合物處理mv4-11細胞。(b)在處理後72小時通過facs測定骨髓分化標誌物cd11b的表面水平。化合物j在增加cd11b陽性細胞的百分比中示出了最高效力。(c)在處理後72小時摻入edu和用遠紅色染色後通過流式細胞術評價細胞周期。確定細胞在g0/g1期、g2/m期、s期和亞g1期的分布。化合物j、化合物e和化合物a誘導細胞周期阻滯以及細胞凋亡。(d)通過在處理後96小時測量對碘化丙啶的膜聯蛋白v結合和細胞通透性,通過流式細胞術評估凋亡。然後確定活的、早期凋亡、晚期凋亡或死亡細胞的相對分數。用化合物j、化合物e和化合物a的處理導致相對於對照增加細胞凋亡。

通過引用併入

本申請全文引用的所有參考文獻(包括參考文獻、授權的專利、公開的專利申請和共同未決的專利申請)的內容在此明確地整體併入本文。除非另有定義,本文使用的所有技術和科學術語符合本領域普通技術人員通常已知的含義。

等同

本領域技術人員將承認或僅使用常規實驗就能夠確定本文所提供的具體實施方案的許多等同物。這些等同物旨在被所附權利要求書所涵蓋。

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