一種用於卵巢癌的體外診斷或預後的方法

2023-11-03 01:55:52

一種用於卵巢癌的體外診斷或預後的方法
【專利摘要】本發明涉及一種用於卵巢癌的體外診斷或預後的方法，其包括檢測至少一種HERV核酸序列的至少一種表達產物的步驟，所述核酸序列一旦分離作為一種或更多種分子標記物的用途，和包括HERV核酸序列的至少一種表達產物的至少一種特異性結合配偶體的試劑盒。
【專利說明】一種用於卵巢癌的體外診斷或預後的方法
[0001]內源逆轉錄病毒構成傳染性逆轉錄病毒的後代，其以它們的原病毒形式整合入種系細胞，並通過這種方式傳染入宿主後代的基因組。
[0002]人類基因組測序使顯示極高豐度的轉座因子或其衍生物成為可能。實際上，重複序列代表接近一半的人類基因組，而內源逆轉錄病毒和逆轉錄轉座子組成所述基因組的8%,當前元件數目接近超過400，000個。
[0003]目前存在於人類基因組的內源逆轉錄病毒元件(ERVs)的豐度是約100代內生化(endogenizat1ns)的結果，其成功地發生在人類品系的進化過程中。在我們的時代之前，內生化的不同波動跨越範圍從200萬年到9000萬年的周期，並通過「拷貝/粘貼」型現象繼之以拷貝數目的擴增，具有錯誤表型的可能性，起因於，源於HERVs家族(即顯示序列同源性的一組元件)形成中的遺傳原病毒。根據推測最古老的元件(HERV-L家族的那些元件)在哺乳動物出現之前已經整合。兩個家族(HERV-F和HERV-H)在第一代靈長類動物塑造它們的外觀時期已經出現。HERV-FRD和HERV-K(HML-5)家族(在4000到5500萬年前整合)是對高等靈長類動物特異的。另一方面，HERV-W和HERV-E家族，例如，在500萬年到1000萬年後整合,在與新大陸猴(New World monkeys)分離後，並且對狹鼻猴(似人猿的(Hominoids)和稱猴科(Cercopithecidae))是特異的。
[0004]ERV序列在全部染色體上呈現，具有根據家族的不同密度，在ERVs的物理鄰近性與它們的種系發生鄰近性之間不存在相關性。
[0005]很長一段時間內，ERVs被認為是寄生物或是簡單的DNA廢物。儘管如此，ERVs對生物體的影響不是僅僅限於它們過去在模式化基因組中的參與或仍能提供支持的有害重組。
[0006]ERVs的豐度和結構複雜性使它們的表達分析非常複雜，並且常常難於解釋。HERV表達的檢測可以反映相同家族內一個或更多個基因座的轉錄活化。此外活化的單個基因座或多個基因座可能根據組織和/或背景而不同。
[0007]本發明人現在已經發現和證明，對應於精確鑑定的內源逆轉錄病毒元件的基因座的核酸序列與卵巢癌有關，並且這些序列是病理性病症的分子標記物。鑑定的序列或者是原病毒，即序列包含位於長末端重複(LTRs) 5』和3』位置側翼的所有或部分gag、pol和env基因，或所有或部分的LTRs或所有或部分的分離的基因。鑑定的DNA序列在序列表中分別用SEQ ID NO:1到510表示，它們的染色體位置在下文表中(NCBI36/hgl8)標出，而它們的表達、過表達或低表達用癌症樣本和正常樣本之間的「表達比值」來表示。當核酸的表達或核酸表達的改變是對卵巢組織特異時，該信息用靶組織列中的符號「X」來標示。這表示如果在除了卵巢組織之外的生物區室中檢測到相關核酸的表達或核酸表達的改變，這表示不能作為卵巢癌的標記物。經鑑定對卵巢組織特異的DNA序列分別用SEQ ID NOs表示:SEQ IDNO: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139。經鑑定對卵巢組織不特異的 DNA 序列分別表示為 SEQ ID NOs: 1，4，5，7，8，12，13，14，15，16，17，18，19，21，22，27，28，29，31，32，33，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，
【權利要求】
1.一種用於取自患者的生物樣本中卵巢癌體外診斷或預後的方法，其包括檢測至少兩種核酸序列的相應至少兩種表達產物的步驟，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:1到510所示序列或選自與SEQ ID NOs:1到510所示序列之一顯示至少99%同一'丨生的序列。
2.如權利要求1所述的方法，其中檢測至少兩種核酸序列的表達產物，所述至少兩種核酸序列選自以下所示的序列組

3.如權利要求2所述的方法，其中檢測至少兩種核酸序列的表達產物，優選三種核酸序列的表達產物，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:l，17和29所示的序列組，或選自與SEQID NOs: 1,17和29所示序列顯示至少99%同一『丨生的序列。
4.如權利要求1所述的方法，其中檢測至少兩種核酸序列的表達產物，所述核酸序列選自由 SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示序列組成的組，或選自與 SEQ ID N0s:2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示序列之一顯示至少99%同一性的序列。
5.如權利要求4所述的方法，其中檢測至少兩種核酸序列的表達產物，優選三種核酸序列的表達產物，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:2，3和6所示的序列組，或選自與SEQ IDNOs: 2，3和6所示序列顯示至少99%同一『丨生的序列。
6.如權利要求1所述的方法，其中檢測如權利要求2或3限定的至少一種核酸序列的表達產物和如權利要求4或5限定的至少一種核酸序列的表達產物。
7.前述權利要求中任一項所述的方法，其中檢測的表達產物是至少一種RNA轉錄物或至少一種多肽。
8.如權利要求7所述的方法,其特徵在於所述RNA轉錄物是至少一種mRNA。
9.如權利要求7或8所述的方法，其中通過雜交，通過擴增或通過測序來檢測RNA轉錄物，特別是mRNA。
10.如權利要求8所述的方法，其中在允許雜交的預定條件下，將mRNA與至少一種探針和/或至少一種引物接觸，並檢測與mRNA雜交的存在或缺失。
11.如權利要求8所述的方法，其特徵在於製備mRNA的DNA拷貝，在允許雜交的預定條件下將所述DNA拷貝與至少一種探針和/或至少一種引物接觸，並檢測與所述DNA拷貝雜交的存在或缺失。
12.如權利要求7所述的方法，其中通過與所述多肽的至少一種特異性結合配偶體接觸來檢測表達的多肽，所述特異性結合配偶體特別是抗體或抗體類似物，親和蛋白或適體。
13.至少兩種核酸序列的用途，一旦分離，其作為卵巢癌體外診斷或預後的分子標記物，其特徵在於所述兩種核酸序列由以下組成: ⑴選自序列SEQ ID NOs:1到510的至少兩種DNA序列，優選的選自如下所示序列:

(?)至少兩種DNA序列，其與⑴限定的至少兩種序列分別互補， (iii)至少兩種DNA序列,其與⑴和(ii)限定的兩種序列分別顯示至少99%同一'丨生，優選的至少99.5%同一性和有利地至少99.6%或至少99.7%同一性，或 (iv)至少兩種RNA序列，其分別是選自(i)限定的兩種序列的轉錄產物，或 (V)至少兩種RNA序列，其是下述兩種序列的轉錄產物:選自與(i)限定的序列顯示至少99%同一性，優選的至少99.5%同一性和有利地至少99.6%或至少99.7%同一性的序列。
14.一種用於取自患者的生物樣本中卵巢癌的體外診斷或預後的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的至少兩種表達產物的至少兩種相應的特異性結合配偶體，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:1到510所示的序列或與SEQ ID NOs:1到510所示核酸序列顯示至少99%同一性的序列，並且包括不超過510種核酸序列表達產物的特異性結合配偶體，所述核酸序列如SEQ ID NOs:1到510所示,或所述核酸序列與SEQ ID NOs:1到510所示核酸序列顯示至少99%同一『丨生。
15.權利要求14所述的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的表達產物的至少兩種相應的特異性結合配偶體，所述核酸序列選自如下所示的序列組:SEQ ID N0s:l，4，5，7，8，12，.13，14，15，16，17，18，19，21，22，27，28，29，31，32，33，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，.45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，.71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，

16.如權利要求15所述的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的表達產物的至少兩種相應的特異性結合配偶體，優選的三種核酸序列的，所述核酸序列選自SEQ ID NOs: 1，17和29所示的序列組，或選自與SEQ ID NOs: 1,17和29所示序列之一顯示至少99%同一'丨生的序列。
17.如權利要求14所述的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的表達產物的至少兩種相應的特異性結合配偶體，所述核酸序列選自SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示的序列組，或選自與 SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59和139所示序列之一顯示至少99%同一『丨生的序列。
18.如權利要求17所述的試劑盒，其包括兩種或三種序列的至少兩種相應的特異性結合配偶體，優選至少三種相應的特異性結合配偶體，所述序列選自SEQ ID NOs: 2，3和6所示序列或選自與SEQ ID N0s:2,3和6所示序列之一顯示至少99%同一'丨生的序列。
19.如權利要求14至18中任一項所述的試劑盒，其中表達產物的至少兩種相應的特異性結合配偶體分別是至少一種雜交探針和/或至少一種擴增引物，或至少一種抗體，或至少一種抗體類似物，或至少一種親和蛋白，或至少一種適體。
20.一種用於評估卵巢癌的治療效果和/或進展的方法，其包括分別檢測至少兩種核酸序列的至少兩種表達產物的步驟，所述兩種核酸序列選自SEQ ID NOs:1到510所示的序列，或選自與SEQ ID NOs:1到510所示的序列分別顯示至少99%同一'丨生的序列。
21.如權利要求20所述的方法，其中檢測至少兩種核酸序列的表達產物，所述至少兩種核酸序列選自如權利要求2限定的序列組。
22.如權利要求21所述的方法，其中檢測至少兩種核酸序列的表達產物，優選至少三種核酸序列的，所述核酸序列選自SEQ ID NOs: 1，17和29所示的序列。
【文檔編號】C12Q1/68GK104169434SQ201280063325
【公開日】2014年11月26日 申請日期:2012年12月19日 優先權日:2011年12月20日
【發明者】菲力浦·佩羅, 弗朗索瓦·馬萊, 娜塔莉·米尼耶 申請人:拜奧默裡克斯公司