用於治療和診斷乳腺癌的方法和組合物的製作方法

2023-08-05 15:44:26

用於治療和診斷乳腺癌的方法和組合物的製作方法
【專利摘要】本發明提供包括但不限於乳腺癌的癌症的診斷、預後和治療方法。具體地，本發明提供了乳腺癌相關的標誌基因的表達譜作為診斷和治療的靶標。本發明進一步公開了通過測量一個以上標誌基因的表達水平確定乳腺癌是否發展的方法。
【專利說明】用於治療和診斷乳腺癌的方法和組合物
[0001]本申請要求2011年8月16日提交的美國臨時申請61/524，170以及2011年10月31日提交的美國臨時申請61/553，706的優先權，兩臨時申請均整體以引用方式併入。
發明領域
[0002]本發明的領域涉及癌症以及癌症的診斷和治療。
[0003]背景
[0004]癌症的早期檢測可影響治療結果和疾病進展。通常，癌症檢測依賴於得自活組織檢查、X光、CAT掃描、NMR等的診斷信息。這些程序可能是侵入性、耗時而又昂貴的。此外，它們就靈敏性和特異性而言存在局限。在癌症診斷領域存在對高特異性、高靈敏性、快速、低成本和相對非侵入性的癌症診斷方法的需要。在下文所述的本發明的各種實施方案滿足此需要以及在癌症診斷和治療領域中的其他需要。
發明概要
[0005]本公開的實施方案提供諸如乳腺癌的癌症的診斷、預後和治療方法。其他實施方案提供與諸如乳腺癌的癌症的診斷、預後和治療相關的組合物。
[0006]在某些實施方案中，本發明提供檢測受試者中的乳腺癌的方法，其包括:a)從受試者獲得樣品山)將得自受試者的樣品與檢測由乳腺癌細胞表達的一種或多種標記物的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將得自受試者的樣品中的標記物表達水平與非癌性細胞中的表達水平進行比較，其中與非癌性細胞相比樣品中標記物的表達水平更高表明受試者患有乳腺癌。
[0007]在某些實施方案中，本發明提供檢測受試者中的乳腺癌的方法，其包括:a)從受試者獲得樣品山)將得自受試者的樣品與檢測表1中所列標記物中的至少一種的表達的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞(例如得自乳腺組織的非癌性細胞)與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將得自受試者的樣品中表1所列標記物中一種或多種的表達水平與非癌性細胞中表1所列標記物中一種或多種的表達水平進行比較，其中與非癌性細胞相比在樣品中表1所列標記物中一種或多種的表達水平更高表明受試者患有乳腺癌。
[0008]在其他實施方案中，本發明提供檢測受試者中的乳腺癌的方法，其包括:a)從受試者獲得樣品；b)將得自受試者的樣品與檢測由SEQ ID NO:1-70或其補體編碼的標記物中至少一種的表達的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞(例如得自乳腺組織的非癌性細胞)與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將得自受試者的樣品中由SEQ IDNO:1-70或其補體編碼的標記物中一種或多種的表達水平與非癌性細胞中由SEQ ID NO:1-70或其補體編碼的標記物中一種或多種的表達水平進行比較，其中與非癌性細胞相比在樣品中表1所列標記物中一種或多種的表達水平更高表明受試者患有乳腺癌。
[0009]在一些實施方案中，本發明提供檢測受試者中的乳腺癌的方法，包括:a)從受試者獲得樣品；b)將得自受試者的樣品與檢測由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、COL1A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU LOC647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、LOC727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、LOC727941 (XR_037165.1)、NATl、NXPHl、SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428, L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU 或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞(例如得自乳腺組織的非癌性細胞)與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將從受試者獲得的樣品中由選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、C0L10Al、MMPll、DSCR6、CYP4Zl、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、COLlIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl、SERHL2、SYCP2、D59687、CYP41、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平與非癌性細胞中由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HISTlH4H、ASCLl、C0L10Al、MMPll、DSCR6、CYP4Zl、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、 FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、COLlIAU DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941(XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl、SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428,L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平進行比較，其中與非癌性細胞相比在樣品中由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、⑶LIIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145, L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1A1、NMU或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平更高表明受試者患有乳腺癌。
[0010] 在另外的實施方案中，本發明提供檢測樣品中的乳腺癌細胞的方法，包括:a)從受試者獲得樣品山)將在a)中得到的樣品與檢測由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、COL1A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、LOC727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、LOC727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428, L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU 或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞(例如得自乳腺組織的非癌性細胞)與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將在 a)中得到的樣品中由選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLUC0L10Al、MMPll、DSCR6、CYP4Zl、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、COLlIAU DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428,L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平與非癌性細胞中由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HISTlH4H、ASCLl、C0L10Al、MMPll、DSCR6、CYP4Zl、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、 FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、COLlIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941(XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平進行比較，其中與非癌性細胞相比在樣品中由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、⑶LIIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATl、NXPHl、SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、N0S1AP、UGT2B28、GRM4、FU30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平更高表明樣品含有乳腺癌細胞。樣品可以為體外樣品或體內樣品，或衍生自體內樣品。
[0011]至於在前述段落中所述的實施方案，樣品可以為下文所述的任何樣品，例如體液，諸如血液、血清或尿液。樣品可以為細胞樣品或細胞樣品的提取物。試劑可以為特異性結合到由癌細胞表達的一種或多種蛋白或由細胞表達的一種或多種核酸的一種或多種分子。例如，試劑可以為特異性結合到由下文確定的標記基因之一表達的蛋白的蛋白，諸如抗體。試劑可以為雜交到由癌細胞表達的核酸的一種或多種核酸。由癌細胞表達的核酸可以為RNA分子，例如mRNA分子。雜交到由癌細胞表達的核酸的核酸分子可以為DNA分子,諸如DNA探針。
[0012]在另外其他實施方案中，本發明提供可用於從非癌性細胞中區分乳腺癌細胞的物質組合物，其包含特異性結合到與非癌細胞相比在乳腺癌細胞上以較高水平表達的分子的一種或多種分子。例如，該組合物可包含結合到與非癌細胞相比由癌細胞以較高水平表達的一種或多種分子的蛋白。又如，該組合物可包含結合到與非癌細胞相比由乳腺癌細胞以較高水平表達的一種或多種分子的核酸。
[0013]在一些實施方案中，本發明提供包含諸如抗體的蛋白的物質組合物，該蛋白特異性結合到由乳腺癌細胞表達的分子，該分子選自由表1所列的序列編碼的標記物。由乳腺癌細胞表達的分子可由乳腺癌細胞以比非癌性細胞(諸如非癌性乳腺組織細胞)表達的水平更高的水平表達。
[0014]在一些實施方案中，本發明提供包含諸如抗體的蛋白的物質組合物，該蛋白特異性結合到由乳腺癌細胞表達的分子，該分子選自由SEQ ID NO:1-70編碼的標記物。由乳腺癌細胞表達的分子可由乳腺癌細胞以比非癌性細胞(諸如非癌性乳腺組織細胞)表達的水平更高的水平表達。
[0015]在某些實施方案中，本發明提供包含諸如抗體的蛋白的物質組合物，該蛋白特異性結合到由乳腺癌細胞表達的分子，該分子選自由選自以下的基因中的一種或多種編碼的分子:Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、C0L10A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl 16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCC11、ANKRD30A、CNTD2、COLl IAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、 RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428, L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU或其補體。由乳腺癌細胞表達的分子可由乳腺癌細胞以比非癌性細胞(諸如非癌性乳腺組織細胞)表達的水平更高的水平表達。
[0016]在其他實施方案中，本發明提供包含核酸的物質組合物，該核酸特異性結合到由乳腺癌細胞表達的分子，諸如mRNA分子，其中該分子選自由表1所列的基因編碼的標記物。由乳腺癌細胞表達的分子可由乳腺癌細胞以比非癌性細胞(諸如非癌性乳腺組織細胞)表達的水平更高的水平表達。
[0017]在另外的實施方案中，本發明提供包含核酸的物質組合物，該核酸特異性結合到由乳腺癌細胞表達的分子，諸如mRNA分子，其中該mRNA分子選自由SEQ ID N0:l_70編碼的mRNA。由乳腺癌細胞表達的分子可由乳腺癌細胞以比非癌性細胞(諸如非癌性乳腺組織細胞)表達的水平更高的水平表達。
[0018]在其他實施方案中，本發明提供包含核酸的物質組合物，該核酸特異性結合到由乳腺癌細胞表達的分子，諸如mRNA分子，其中該分子由選自以下的基因編碼:Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、⑶L10A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC,FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428, L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU或其補體。由乳腺癌細胞表達的分子可由乳腺癌細胞以比非癌性細胞(諸如非癌性乳腺組織細胞)表達的水平更高的水平表達。
[0019]在另外其他實施方案中，本發明提供確定受試者中的癌症是否進展的方法，其包括:a)在第一時間點測量與癌症相關的一種或多種標記物的表達水平；b)在第二時間點測量在a)中測量的所述一種或多種標記物的表達水平，其中第二時間點在第一時間點之後；以及c)對在a)和b)中測量的表達水平進行比較，其中與a)相比在b)中所述一種或多種標記物的表達水平升高表明受試者的癌症正在進展。
[0020]在一些實施方案中，本發明提供確定受試者中的乳腺癌是否進展的方法，其包括:a)在第一時間點測量表1中所列的一種或多種標記物的表達水平；b)在第二時間點測量在a)中測量的所述一種或多種標記物的表達水平，其中第二時間點在第一時間點之後；以及c)對在a)和b)中測量的表達水平進行比較，其中與第一時間點相比在第二時間點所述一種或多種標記物的表達水平升高表明受試者的乳腺癌正在進展。
[0021]在另外的實施方案中，本發明提供確定受試者中的乳腺癌是否進展的方法，其包括:a)在第一時間點測量由SEQ ID NO:1-70編碼的一種或多種標記物的表達水平；b)在第二時間點測量在a)中測量的所述一種或多種標記物的表達水平，其中第二時間點在第一時間點之後；以及c)對在a)和b)中測量的表達水平進行比較，其中與第一時間點相比在第二時間點所述一種或多種標記物的表達水平升高表明受試者的乳腺癌正在進展。
[0022]在其他實施方案中，本發明提供確定受試者中的乳腺癌是否進展的方法，其包括:a)在第一時間點測量由選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、C0L10Al、MMPll、DSCR6、CYP4Zl、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANK RD30A、CNTD2、COLlIAU DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU或其補體的基因編碼的一種或多種標記物的表達水平；b)在第二時間點測量在a)中測量的所述一種或多種標記物的表達水平，其中第二時間點在第一時間點之後；以及c)對在a)和b)中測量的表達水平進行比較，其中與第一時間點相比在第二時間點所述一種或多種標記物的表達水平升高表明受試者的乳腺癌正在進展。
[0023]在一些實施方案中，本發明提供與乳腺癌相關的抗原(即，癌相關多肽)作為診斷性和/或治療性抗體的靶標。在一些實施方案中，該抗原可選自由表1所列的基因、其片段編碼的蛋白或由表1所列的基因編碼的蛋白的組合。
[0024]在其他實施方案中，本發明提供與乳腺癌相關的抗原(即，癌相關多肽)作為診斷性和/或治療性抗體的靶標。在一些實施方案中，抗原可選自由選自SEQ ID NO:1-70的序列、其片段編碼的蛋白，或由選自SEQ ID NO:1-70的序列編碼的蛋白的組合。
[0025]在一些實施方案中，本發明提供與乳腺癌相關的抗原(即，癌相關多肽)作為診斷性和/或治療性抗體的靶標。在一些實施方案中，抗原可選自由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、⑶LIIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, LOC441376、LOC643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、LOC388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、LOC647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、LOC727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、LOC727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOS1AP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI的基因、其片段編碼的蛋白，或由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLUC0L10Al、MMPll、DSCR6、CYP4Zl、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、COLl IAU DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428,L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU的基因(或其片段)編碼的蛋白的組合。
[0026]在另外其他實施方案中，本發明提供引起對乳腺癌細胞的免疫反應的方法，其包括將受試者與由乳腺癌細胞表達的蛋白或蛋白片段接觸，從而引起對癌細胞的免疫反應。例如，受試者可通過靜脈內或肌內接觸。
[0027]在另外的實施方案中，本發明提供引起對乳腺癌細胞的免疫反應的方法，其包括將受試者與由選自表1所列的基因的基因編碼的一種或多種蛋白或蛋白片段接觸，從而引起對乳腺癌細胞的免疫反應。例如，受試者可通過靜脈內或肌內接觸。
[0028]在另外其他實施方案中，本發明提供引起對乳腺癌細胞的免疫反應的方法，其包括將受試者與由SEQ ID NO:1-70所列的序列編碼的一種或多種蛋白或蛋白片段接觸，從而引起對乳腺癌細胞的免疫反應。例如，受試者可通過靜脈內或肌內接觸。
[0029]在另外其他實施方案中，本發明提供引起對乳腺癌細胞的免疫反應的方法，其包括將受試者與由選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、C0L10A1、MMP11、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl 16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、COLlIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5,L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428,L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU的基因編碼的一種或多種蛋白或蛋白片段接觸，從而引起對乳腺癌細胞的免疫反應。例如，受試者可通過靜脈內或肌內接觸。
[0030]在其他實施方案中，本發明提供檢測得自受試者的樣品中的癌症的試劑盒。該試劑盒可包含特異性結合到由乳腺癌細胞特異性表達的分子的一種或多種試劑。該試劑盒可包含一個或多個容器和確定樣品是否為癌症陽性的使用說明。該試劑盒可任選地包含一個或多個多孔板、可檢測的物質，諸如染料、放射性標記分子、化學發光標記分子等。該試劑盒還可以包含陽性對照(例如，一種或多種癌性乳腺細胞；或具體已知量的由癌細胞表達的分子)和陰性對照(例如，非癌性組織或細胞樣品)。
[0031]在一些實施方案中，本發明提供檢測乳腺癌的試劑盒，該試劑盒包含特異性結合由選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、COL1A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl 16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCC11、ANKRD30A、CNTD2、COLl IAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATl、NXPHl、SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428, L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU的基因編碼的一種或多種標記物的一種或多種試劑。該試劑可以為蛋白，諸如抗體。作為另外一種選擇，該試劑可以為核酸，諸如DNA分子或RNA分子。該試劑盒可包含一個或多個容器和確定樣品是否為癌症陽性的使用說明。該試劑盒可任選地包含一個或多個多孔板、可檢測的物質，諸如染料、放射性標記分子、化學發光標記分子等。該試劑盒還可以包含陽性對照(例如，一種或多種癌性細胞；或具體已知量的由癌細胞表達的分子)和陰性對照(例如，非癌性組織或細胞樣品)。例如，試劑盒可以呈ELISA或DNA微陣列的形式。
[0032]一些實施方案涉及治療受試者中的乳腺癌的方法，該方法包括向對其有需要的受試者施用調節乳腺癌相關蛋白的活性的治療劑，其中癌相關蛋白由表1所列的基因、其同源物、其組合或其片段編碼。在一些實施方案中，治療劑結合到乳腺癌相關蛋白。在一些實施方案中，治療劑為抗體。在一些實施方案中，抗體可以為單克隆抗體或多克隆抗體。在一些實施方案中， 抗體為人源化或人類抗體。
[0033]其他實施方案涉及治療受試者中的乳腺癌的方法，該方法包括向對其有需要的受試者施用調節癌相關蛋白的活性的治療劑，其中癌相關蛋白由選自SEQ ID N0:l-70、其同源物、其組合或其片段的一種或多種序列編碼。在一些實施方案中，治療劑結合到乳腺癌相關蛋白。在一些實施方案中，治療劑為抗體。在一些實施方案中，抗體可以為單克隆抗體或多克隆抗體。在一些實施方案中，抗體為人源化或人類抗體。在一些實施方案中，抗體為人源化或人類抗體。
[0034]本文的實施方案涉及治療受試者中的乳腺癌的方法，該方法包括向對其有需要的受試者施用調節癌相關蛋白的活性的治療劑，其中癌相關蛋白由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、⑶LIIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145, L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1A1、NMU的基因、其同源物、其組合或其片段編碼。在一些實施方案中，治療劑結合到乳腺癌相關蛋白。在一些實施方案中，治療劑為抗體。在一些實施方案中，抗體可以為單克隆抗體或多克隆抗體。在一些實施方案中，抗體為人源化或人類抗體。
[0035]在一些實施方案中，治療受試者中的乳腺癌的方法可包括向對其有需要的受試者施用調節選自表1所列的那些、其片段、其同源物和/或其補體的一種或多種基因的表達的治療劑。
[0036]在一些實施方案中，治療受試者中的乳腺癌的方法可包括向對其有需要的受試者施用調節選自SEQ ID NO:1-70、其片段、其同源物和/或其補體的一種或多種序列的表達的治療劑。
[0037]在一些實施方案中，治療受試者中的乳腺癌的方法可包括向對其有需要的受試者施用調節選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、C0L10A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、COLlIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5,L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941(XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU的一種或多種基因、其片段、其同源物和/或其補體的表達的治療劑。
[0038]在另外的實施方案中，本發明提供治療乳腺癌的方法，可包括表1中所列的一種或多種基因、其片段、其同源物和/或其補體的基因敲低。在一些實施方案中，治療乳腺癌的方法可包括對細胞進行處理以敲低或抑制基因的表達，該基因編碼選自表1所列的那些、其片段、其同源物和/或其補體的一種或多種基因的mRNA。
[0039]在其他實施方案中，治療乳腺癌的方法可包括選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEMl45, L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1A1、NMU的一種或多種基因的基因敲低。在一些實施方案中，治療乳腺癌的方法可包括對細胞進行處理以敲低或抑制基因的表達，該基因編碼選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、COL1A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2,⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATl、NXPHl、SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428, L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AU NMU 的一種或多種基因的mRNA。
[0040]在另外其他實施方案中，本發明提供篩選候選藥物的抗乳腺癌活性的方法，該方法包括:(a)將表達選自表1所列的那些的一種或多種癌相關基因的細胞與候選藥物接觸；(b)檢測候選藥物對得自a)的細胞中所述一種或多種乳腺癌相關基因的表達的影響；以及(C)將不存在候選藥物的情況下在a)中所列的基因中的一種或多種的表達水平與存在候選藥物的情況下所述一種或多種基因的表達水平進行比較；其中在存在候選藥物的情況下乳腺癌相關基因表達的降低表明候選藥物具有抗乳腺癌活性。
[0041]在另外其他實施方案中，本發明提供篩選候選藥物的抗乳腺癌活性的方法，該方法包括:(a)將表達選自由SEQ ID NO: 1_70編碼的那些基因的一種或多種癌相關基因的細胞與候選藥物接觸；(b)檢測候選藥物對得自a)的細胞中所述一種或多種乳腺癌相關基因的表達的影響；以及(C)將不存在候選藥物的情況下在a)中所列的基因中的一種或多種的表達水平與存在候選藥物的情況下所述一種或多種基因的表達水平進行比較；其中在存在候選藥物的情況下乳腺癌相關基因表達的降低表明候選藥物具有抗乳腺癌活性。
[0042]在另外的實施方案中，本發明提供篩選候選藥物的抗乳腺癌活性的方法，該方法包括:(a)將表達選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、C0L10A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、COLlIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5,L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941(XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU的一種或多種乳腺癌相關基因的細胞與候選藥物接觸；(b)檢測候選藥物對得自a)的細胞中所述一種或多種乳腺癌相關基因的表達的影響；以及(c)將不存在候選藥物的情況下在a)中所列的基因中的一種或多種的表達水平與存在候選藥物的情況下的表達水平進行比較；其中在存在候選藥物的情況下乳腺癌相關基因表達的降低表明候選藥物具有抗乳腺癌活性。
[0043]在一些實施方案中，本發明提供受試者中的乳腺癌腫瘤的可視化方法，其包括:a)將一種或多種乳腺癌相關蛋白用特異性結合到乳腺癌腫瘤的標記分子靶向，其中癌相關蛋白選自由選自表1所列的那些的一種或多種基因編碼的蛋白；以及b)檢測標記分子，其中標記分子使受試者中的腫瘤可視化。可視化可在體內或體外進行。
[0044]在其他實施方案中，本發明提供受試者中的乳腺癌腫瘤的可視化方法，其包括:a)將一種或多種乳腺癌相關蛋白用特異性結合到乳腺癌腫瘤的標記分子靶向，其中癌相關蛋白選自由選自SEQ ID NO:1-70的一種或多種序列編碼的蛋白；以及b)檢測標記分子，其中標記分子使受試者中的腫瘤可視化。可視化可在體內或體外進行。
[0045]在另外其他實施方案中，本發明提供受試者中的乳腺癌腫瘤的可視化方法，其包括:a)將一種或多種乳腺癌相關蛋白用特異性結合到乳腺癌腫瘤的標記分子靶向，其中癌相關蛋白選自由選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、COL1A1、MMPl 1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、COLlIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5,L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941(XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1、NMU 的一種或多種基因編碼的蛋白；以及 b)檢測標記分子，其中標記分子使受試者中的腫瘤可視化。可視化可在體內或體外進行。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0046]為了進一步理解本發明的實質和優點，應結合附圖參考以下詳細說明，其中:
[0047]圖1顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的Clorf64的表達。
[0048]圖2顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的L0C648879的表達。
[0049]圖3顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的HIST1H4H的表達。
[0050]圖4顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的HIST2H4B的表達。
[0051]圖5顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的BX116033的表達。
[0052]圖6顯示了在乳腺腫瘤、多種類型的惡性腫瘤和正常組織中的DSCR6的表達。
[0053]圖7顯示了在不同來源組織的轉移性腫瘤與正常組織中的DSCR6的表達。
[0054]圖8顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的POTEC的表達。
[0055]圖9顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的FSIPl的表達。
[0056]圖10顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的GFRAl的表達。
[0057]圖11顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的POTEF、POTEE和POTEK的表達。
[0058]圖12顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的C2orf27A的表達。
[0059]圖13顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的L0C727941的表達。
[0060]圖14顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的NBPF22P的表達。
[0061]圖15顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的POTEG的表達。
[0062]圖16顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的RET的表達。
[0063]圖17顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的TMEM145的表達。
[0064]圖18顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的L0C727941的表達。
[0065]圖19顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的NATl的表達。
[0066]圖20顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的NXPHl的表達。
[0067]圖21顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的SERHL2的表達。
[0068]圖22顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的SYCP2的表達。
[0069]圖23顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的D59687的表達。
[0070]圖24顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的CYP4Z1的表達。
[0071]圖25顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的L0C730024的表達。
[0072]圖26顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的NOSlAP的表達。
[0073]圖27顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的UGT2B28的表達。
[0074]圖28顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的GRM4的表達。
[0075]圖29顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的FLJ30428的表達。
[0076]圖30顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的L0C440905的表達。
[0077]圖31顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的L0C642460的表達。
[0078]圖32顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的MTL5的表達。
[0079]圖33顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的GRPR的表達。
[0080]圖34顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的C0L10A1的表達。
[0081]圖35顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的ASCLl的表達水平。
[0082]圖36顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的BX116033的表達水平。
[0083]圖37顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的Clorf64的表達水平。
[0084]圖38顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的C0L10A1的表達水平。
[0085]圖39顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的DSCR6的表達水平。
[0086]圖40顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的FLJ23152的表達水平。
[0087]圖41顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的GRM4的表達水平。
[0088]圖42顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的TMEM145的表達水平。
[0089]圖43顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的POTEG的表達水平。
[0090]圖44顯示了在乳腺腫瘤與正常組織中的FSIPl的表達水平。
[0091]圖45顯示了乳腺腫瘤中膠原10(C0L10A1)的表達。
[0092]圖46顯示了乳腺腫瘤中MMPll的表達。
[0093]圖47顯示了得自乳腺癌患者的血清與正常供體血清中ANKRD30A的表達水平。
[0094]圖48顯示了得自乳腺癌患者的血清與正常供體血清中Clorf64的表達水平。
[0095]圖49顯示了得自乳腺癌患者的血清與正常供體血清中C0L10A1的表達水平。
[0096]圖50顯示了得自乳腺癌患者的血清與正常供體血清中MMPll的表達水平。
[0097]圖51顯示了得自乳腺癌患者的血清與正常供體血清中C0L11A1的表達水平。
[0098]圖52顯示了得自乳腺癌患者的血清與正常供體血清中POTEG的表達水平。
[0099]圖53顯示了乳腺腫瘤中FSIPl的表達。
[0100]圖54顯示了得自乳腺癌患者的血清與正常供體血清中NMU的表達水平。

【具體實施方式】
[0101]在描述本發明的組合物和方法前，應當理解，本發明不限於所述的特定過程、組合物或方法學，因為它們可以變化。還應當理解，在說明書中所用的術語僅是為了描述特定的形式或實施方案，而不旨在限制本發明的範圍，本發明的範圍將只由所附權利要求書限制。除非另有定義，否則本文使用的所有技術和科學術語具有如本領域的普通技術人員通常理解的相同含義。雖然類似於或等同於本文所述的那些的任何方法和材料均可用於實踐或檢驗本公開的實施方案，但是現在描述優選的方法、裝置和材料。本文中的任何信息都不應解釋為承認本發明不能因為是在先發明而先於包含在引用的出版物中的這些揭示。
[0102]定義
[0103]如本文所用，除非上下文另外明確指出，否則單數形式「一」、「一個/種」和「該/所述」也包括複數指代。因此，例如，提及「治療劑」涉及一種或多種治療劑以及本領域技術人員已知的其等同形式等等。
[0104]如本文所用，術語「約」意指與其一起使用的數值的加或減10%。因此，約50%意指在45%至55%的範圍內。
[0105]「施用」在結合治療劑使用時意指直接向靶組織中或上施用治療劑或向患者施用治療劑，該治療劑從而對其靶向的組織產生積極影響。因此，如本文所用，術語「施用」在結合治療劑使用時可包括但不限於:向靶組織中或上提供治療劑；通過例如靜脈注射向患者全身提供治療劑，治療劑從而達到靶組織；向靶組織提供其編碼序列形式的治療劑(例如通過所謂的基因療法技術)。「施用」組合物可通過經口施用、靜脈注射、腹膜內注射、肌內注射、皮下注射、透皮擴散或電泳、局部注射、諸如可生物侵蝕的或基於貯存器的植入物的延釋遞送裝置(包括局部植入的延釋裝置)、作為蛋白治療劑或通過基因療法載體作為核酸治療劑、局部施用、或通過與其他已知技術結合的任何這些方法實現。此類組合技術包括但不限於加熱、福射和超聲。
[0106]如本文所用的術語「動物」、「患者」或「受試者」包括但不限於人和非人脊椎動物，諸如野生、家養和農場動物。受試者可以為例如任何哺乳動物，包括人、非人靈長類動物、狗、貓、嚙齒類動物，諸如大鼠或小鼠、兔、豚鼠、豬、奶牛、綿羊等。在一些實施方案中，術語「受試者」、「患者」或「動物」是指雄性。在一些實施方案中，術語「受試者」、「患者」或「動物」是指雌性。
[0107]如本文所用的術語「乳腺癌」可包括以下一者或多者:導管原位癌(DCIS)、浸潤性導管癌(IDC)、髓樣癌、浸潤性小葉癌(ILC)、小管癌、粘液癌、炎性乳腺癌(IBC)、小葉原位癌(LCIS)、男性乳腺癌、乳頭派傑氏病、乳腺葉狀腫瘤、復發性和轉移性乳腺癌。
[0108]術語「捕獲試劑」是指能夠結合要在樣品中進行檢測的靶標分子或分析物的試劑，例如抗體或抗原結合蛋白。
[0109]術語「抑制」包括施用本公開的化合物以防止症狀的發生、緩解症狀或消除疾病、
病症或障礙。
[0110]術語「分化細胞」當關於通過本發明的方法由多能幹細胞製備的細胞使用時是指當與親本多能幹細胞相比時分化潛力降低的細胞。本發明的分化細胞包括可進一步分化的細胞(即，它們可以不是終末分化的)。
[0111]術語「基因表達結果」是指關於基因或基因產物的表達的定性和/或定量結果。基因表達結果可以是基因、基因編碼的RNA、基因編碼的mRNA、基因編碼的蛋白產物或其任意組合的量或拷貝數。基因表達結果也可針對標準進行標準化或與標準進行比較。基因表達結果可用於例如確定基因在兩個或更多個樣品中是否表達、過表達或差異表達。
[0112]如本文所用的術語「同源性」是指互補性程度。可以存在部分同源性或完全同源性。詞語「同一性」可代替詞語「同源性」。至少部分地抑制相同的序列雜交到靶標核酸的部分互補的核酸序列稱為「基本上同源的」。完全互補的核酸序列與靶標序列的雜交的抑制可使用雜交陣列(Southern或Northern印跡、液相雜交等)在低嚴格性條件下進行研究。基本上同源的序列或雜交探針在低嚴格性條件下將競爭並抑制完全同源的序列與靶標序列的結合。這並非是說，低嚴格性條件使得允許非特異性結合，因為低嚴格性條件要求兩種序列彼此之間的結合為特異性(即，選擇性)的相互作用。不存在非特異性結合可通過使用第二靶標序列加以測試，該序列甚至缺乏部分互補性程度(例如，低於約30%的同源性或同一性)。在不存在非特異性結合的情況下，基本上同源的序列或探針將不會雜交到第二非互補靶標序列。
[0113]短語「百分比同源性」、同源性」、「百分比同一性」或同一性」是指存在於兩種或更多種胺基酸或核酸序列的比較中的序列相似性百分比。百分比同一性可例如通過使用MEGALIGN程序(LASERGENE軟體包，DNASTAR)以電子方式測定。MEGALIGN程序可根據不同的方法在兩個或更多個序列之間形成比對，例如Clustal方法(Higgins，D.G和P.M.Sharp (1988) Gene73:237-244)。Clustal算法通過檢查所有對之間的距離而將序列分成聚類。對聚類進行成對比對然後分組。兩個胺基酸序列(例如序列A與序列B)之間的百分比相似性的計算方式為:將序列A的長度減去序列A中的間隙殘基數減去序列B中的間隙殘基數除以序列A與序列B之間的殘基匹配總和再乘以一百。在確定百分比相似性時，並不將兩個胺基酸序列之間低同源性或無同源性的間隙包括在內。核酸序列之間的百分比同一'I"生也可通過Clustal方法或通過本領域已知的其他方法計算,諸如Jotun Hein方法(參見例如Hein, J.(1990)Methods Enzymol.183:626-645)。序列之間的同一性也可通過本領域已知的其他方法確定，例如通過改變雜交條件。
[0114]術語「標記」或「可檢測物質」是指能夠產生表明在測定樣品中存在靶多核苷酸的可檢測信號的組合物。合適的標記包括放射性同位素、核苷酸發色團、酶、底物、螢光分子、化學發光部分、磁粒、生物發光部分等。因此，標記是能夠由裝置或方法檢測的任意組合物，諸如但不限於光譜、光化學、生物化學、免疫化學、電、光學、化學檢測裝置或任何其他合適的裝置。在一些實施方案中，標記可無需藉助於裝置而在視覺上檢測。術語「標記」用於指代具有可檢測的物理性質的任何化學基團或部分或能夠導致化學基團或部分表現出可檢測的物理性質的任何化合物，諸如催化底物轉化成可檢測產物的酶。術語「標記」還涵蓋抑制特定物理性質的表現的化合物。標記也可以是作為結合對的成員的化合物，其另一個成員具有可檢測的物理性質。
[0115]如本文所用的「微陣列」是指在固相載體的表面上形成的例如離散區的線性或二維陣列，每個離散區具有限定的區域。離散區在微陣列上的密度由要在單一固相載體的表面上檢測的靶多核苷酸的總數決定，優選至少約50個/cm2，更優選至少約100個/cm2，甚至更優選至少約500個/cm2,還優選至少約1,000個/cm2。如本文所用,DNA微陣列是用於鑑定、擴增、檢測或克隆靶多核苷酸的置於晶片或其他表面上的寡核苷酸引物的陣列。由於陣列中每一特定組的引物的位置都是已知的，因此可基於目標多核苷酸與微陣列中特定位置的結合而確定它們的種類。
[0116]如本文所用，術語「天然存在的」是指可以為通常存在於自然界中的形式的序列或結構。「天然存在的」可包括以通常存在於任何動物中的形式的序列。
[0117]本文的術語「核酸」、「多核苷酸」或「寡核苷酸」或其等同形式意指共價連接在一起的至少兩個核苷酸。在一些實施方案中，寡核苷酸是6、8、10、12、20、30或多達100個核苷酸的低聚物。在一些實施方案中，寡核苷酸是至少6、8、10、12、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400或500個核苷酸的低聚物。「多核苷酸」或「寡核苷酸」可包括DNA、RNA、PNA或通過磷酸二酯鍵和/或任何替代鍵連接的核苷酸的聚合物。
[0118]所謂「藥學上可接受的」是指載體、稀釋劑或賦形劑必須與製劑的其他成分相容並且對其受體無害。
[0119]如本文所用，「衍生自」指定序列的多核苷酸是指由對應於指定核苷酸序列的一定區域的大致至少約6個核苷酸、優選至少約8個核苷酸、更優選至少約10-12個核苷酸甚至更優選至少約15-20個核苷酸的序列構成的多核苷酸序列。「對應」意指與指定序列同源或互補。優選地，衍生出多核苷酸的區域的序列與癌相關基因特有的序列同源或互補。
[0120]如本文所用的「重組蛋白」是使用重組技術製備的蛋白，例如但不限於通過表達如上所述的重組核酸。重組蛋白可通過至少一種或多種特性而區別於天然存在的蛋白。例如，蛋白可以從與其在野生型宿主中通常相關的蛋白和化合物中的一些或全部分離或純化，並因而可以為基本上純的。例如，分離的蛋白不伴有在其自然狀態中通常與之相關的材料中的至少一些，優選地在給定的樣品中佔總蛋白重量的至少約0.5%，更優選地至少約5%。基本上純的蛋白佔約50-75%、約80%或約90%。在一些實施方案中，基本上純的蛋白佔總蛋白重量的約80-99 %、85-99 %、90-99 %、95-99 %或97-99 %。重組蛋白還可以包括在不同的生物體(例如酵母、大腸桿菌等)或宿主細胞中從一種生物體(例如人類)產生癌相關蛋白。作為另外一種選擇，蛋白可以通過使用誘導型啟動子或高表達啟動子以比通常所見的明顯更高的濃度製備，使得蛋白以提高的濃度水平製備。作為另外一種選擇，蛋白可以為不通常存在於自然界中的形式，如添加表位標籤或發生胺基酸取代、插入和缺失，如本文所述。
[0121]術語「特異性結合」是指其中兩種或更多種分子形成可在生理或測定條件下測量的複合物並為選擇性的情況。將抗體或抗原結合蛋白或其他分子在以下情況下稱為「特異性結合」到蛋白、抗原或表位:在適當選擇的條件下，這種結合不受到實質性抑制，而同時非特異性結合受到抑制。特異性結合的特徵在於高親和力以及對化合物、蛋白、表位或抗原的選擇性。非特異性結合通常具有較低的親和力。
[0122]例如IgG抗體中的特異性結合的特徵通常在於至少約10_7M或更高，諸如至少約10_8M或更高，或至少約10_9M或更高，或至少約10,或更高，或至少約10_nM或更高，或至少約KT12M或更高的親和力。該條件也可適用於以下情況:例如，抗原結合域為不被許多抗原攜帶的特定表位特異性的時，在該情況下，攜帶抗原結合域的抗體或抗原結合蛋白通常將不結合其他抗原。
[0123]如本文所用，術語「樣品」是指進行測試或用試劑(諸如但不限於治療劑、藥物或候選試劑)處理的組合物 。樣品可得自受試者。在一些實施方案中，樣品可以為血液、血漿、血清或其任意組合。樣品可衍生自血液、血漿、血清或其任意組合。其他典型的樣品包括但不限於得自哺乳動物受試者、組織活檢、痰、淋巴液、血細胞(例如外周血單核細胞)、組織或細針活檢樣品、尿液、腹膜液、初乳、母乳、胎液、糞便、淚液、胸膜液的任何體液或其中的細胞。樣品可在用於本文所述的方法前以一定的方式加以處理，例如可將要根據下文所述的任何方法進行分析或測試的特定組分從樣品中分離。
[0124]術語「載體」是指常規載體，諸如珠子、粒子、試紙條、纖維、過濾器、膜和矽烷或矽酸鹽載體，諸如載玻片。
[0125]如本文所用，術語「標籤」、「序列標籤」或「引物標籤序列」是指具有用於鑑定一批在其中具有此類標籤的多核苷酸的特定核酸序列的寡核苷酸。將得自相同生物來源的多核苷酸用特定的序列標籤進行共價標記，使得在後續分析中該多核苷酸可根據其起源而加以鑑定。序列標籤還充當核酸擴增反應的引物。
[0126]如本文所用，術語「治療劑」意指可用於治療、抗爭、減輕、預防或改善患者的不想要的病症或疾病的試劑。在某種程度上，本公開的實施方案涉及治療癌症或減少細胞增殖。在一些實施方案中，術語「治療劑」可以指與靶標記、其表達或其功能相關或影響靶標記、其表達或其功能的任何分子。在多種實施方案中，此類治療劑可包括與靶標記、其表達或其功能相關或影響靶標記、其表達或其功能的諸如治療性細胞、治療性肽、治療性基因、治療性化合物等分子。
[0127]組合物的「治療有效量」或「有效量」是經計算實現所需的效果即抑制、阻斷或逆轉細胞的活化、遷移或增殖的預定量。在一些實施方案中，有效量是預防量。在一些實施方案中，有效量是用於醫治疾病或病症的量。根據本發明施用以獲得治療性和/或預防性效果的組合物的具體劑量將當然由與病例相關的特定情況決定，例如施用的組合物、施用途徑和所治療的病症。應當理解，施用的有效量將由醫生根據相關的情況決定，包括待治療的病症、對將施用的組合物的選擇以及所選的施用途徑。本發明的組合物的治療有效量通常為當以生理上可耐受的賦形劑組合物施用時足以實現所需的全身性濃度或靶組織中的局部濃度的量。
[0128]術語「組織」是指在特定功能的表現中聯合的相似特化細胞的任何聚集。
[0129]如本文所用的術語「治療」可指治療性處理或預防性措施，其中目標是預防或減慢(減輕)非期望的生理狀況、障礙或疾病，或獲得有益的或所需的臨床結果。這些術語也可以表示改善與疾病或病症相關的一種或多種症狀。在一些實施方案中，該術語既可以指代治療也可以指代預防。出於本公開的目的，這些術語包括但不限於減輕病症、障礙或疾病的程度；穩定(即，不惡化)病症、障礙或疾病的狀態；延遲病症、障礙或疾病的發生或減緩其進展；改善病症、障礙或疾病狀態；以及緩解(無論是部分的還是完全的)(無論是可檢測的還是不可檢測的)或改進或改善病症、障礙或疾病。治療還可以包括相比未接受治療時的預期存活期延長的存活期。
[0130]在某些實施方案中，本文所述的發明提供用於檢測和/或診斷受試者中的諸如乳腺癌的癌症的快速、相對非侵入性、靈敏且特異性的方法。在某些實施方案中的方法包括從受試者中分離樣品並根據本文所述的方法對樣品進行分析，以確定受試者是否患有癌症，例如乳腺癌。本文所述的其他實施方案提供通過靶向在癌細胞中表達的標記物的表達和/或活性而治療癌症的方法。另外的實施方案包括通過分析供試化合物對癌性細胞的影響(包括對本文所公開的標記物的表達和/或活性的影響)而篩選具有抗癌活性的化合物。
[0131]診斷癌症的方法
[0132]可檢測任何類型的樣品中的乳腺癌，包括但不限於血清、血液、組織等。樣品可以為得自任何受試者的如本文所述的任何類型的樣品。
[0133]在一些實施方案中，癌症可選自導管原位癌(DCIS)、浸潤性導管癌(IDC)、髓樣癌、浸潤性小葉癌(ILC)、小管癌、粘液癌、炎性乳腺癌(IBC)、小葉原位癌(LCIS)、男性乳腺癌、乳頭派傑氏病、乳腺葉狀腫瘤、復發性和轉移性乳腺癌或其組合。
[0134]在一些實施方案中，診斷乳腺癌的方法包括從受試者獲得樣品、然後對樣品分析樣品中選自以下的一種或多種基因的表達水平:Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、COL1A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2,⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1A1、NMU0 與正常非癌性樣品相比表達水平升高可表明受試者患有癌症。任何上述基因的表達水平等於或高於存在於已知為癌症(例如乳腺癌)陽性的樣品中的水平也可表明受試者患有癌症。
[0135]在一些實施方案中，診斷乳腺癌的方法可包括檢測受試者中癌相關蛋白的水平。在一些實施方案中，篩查癌症的方法可包括檢測得自受試者的樣品中的癌相關蛋白的水平。在一些實施方案中，癌相關蛋白由選自SEQ ID NO:1-70的核苷酸序列、其部分或其互補序列的核苷酸序列編碼。
[0136]在一些實施方案中，檢測選自SEQ ID NO:1-70的癌相關序列的存在性包括將得自受試者的樣品與特異性結合到癌相關序列的蛋白的抗體或其他類型的捕獲試劑接觸，然後檢測樣品中是否存在與癌相關序列的蛋白的結合。可用來檢測與通過如下文所述的癌相關序列編碼的蛋白的結合的測定法的實例包括但不限於ELISA、放射性免疫測定(RIA)、流式細胞術等。
[0137]在一些實施方案中，診斷受試者患有乳腺癌的方法包括檢測選自SEQ ID NO:1_70的癌相關序列的存在性和/或表達水平，其中癌相關序列的存在和/或表達水平表明受試者患有乳腺癌。癌相關序列的表達水平可通過從得自受試者的樣品中分離諸如mRNA的核酸而加以分析。在一些實施方案中，該方法包括檢測選自SEQ ID NO:1-70的癌相關序列的存在與否，其中不存在癌相關序列表明不存在乳腺癌。
[0138]在一些實施方案中，診斷乳腺癌的方法可包括測定對其有需要的受試者的基因表達。在一些實施方案中，檢測癌相關序列的水平可包括從得自受試者的樣品中分離mRNA或蛋白，然後使用諸如但不限於PCR、質譜、微陣列或本文所述的其他檢測技術或本領域已知的任何技術的技術對樣品進行分析。
[0139]在一些實施方案中，本公開提供診斷受試者中的乳腺癌、癌症或贅生性病況的方法，該方法包括從衍生自受試者的樣品中獲得選自SEQ ID NO:1-70的癌相關序列的癌相關序列基因表達結果；以及基於癌相關序列基因表達結果診斷受試者中的乳腺癌或贅生性病況，其中如果癌相關序列過表達或以存在於陽性對照(諸如，已知為癌性從而例如被診斷為乳腺癌陽性的樣品)中的水平表達則將受試者診斷為患有乳腺癌或贅生性病況。陽性診斷可通過將癌相關序列的表達水平與得自沒有癌症的對照受試者的正常樣品進行比較而作出。高於存在於正常樣品中的表達水平的供試樣品中的表達水平可表明供試受試者患有癌症。
[0140]在一些實施方案中，本公開提供診斷供試樣品中的癌症的方法，包括:(i)檢測作為基因產物的至少一種多肽的活性水平；以及(ii)將供試樣品中的多肽的活性水平與正常樣品(得自沒有癌症的受試者)中的多肽的活性水平進行比較，其中相對於正常樣品中的多肽活性水平而言供試樣品中的多肽活性水平發生改變表明供試樣品中存在癌症，其中所述基因產物是選自以下的基因的產物:Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、COL1A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2,⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG、RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AU NMU 或其組合。
[0141]在一些實施方案中，如果癌相關序列不過表達或以低於存在於陽性對照(例如，已知為癌症陽性的樣品)中的水平表達，則將受試者診斷為沒有乳腺癌、癌症或贅生性病況。
[0142]在本發明的一些實施方案中，基於如下所述的癌相關序列基因表達結果或癌相關序列或蛋白的存在與否而診斷的癌症是選自以下的癌症:導管原位癌(DCIS)、浸潤性導管癌(IDC)、髓樣癌、浸潤性小葉癌(ILC)、小管癌、粘液癌、炎性乳腺癌(IBC)、小葉原位癌(LCIS)、男性乳腺癌、乳頭派傑氏病、乳腺葉狀腫瘤、復發性和轉移性乳腺癌或其任意組合。
[0143]在一些實施方案中，本發明提供檢測或診斷諸如乳腺癌的癌症的方法，其包括檢測選自SEQ ID NO:1-66的核酸序列的表達，其中將樣品與包含選自SEQ ID N0:l_70、其同源物、其組合或其片段的序列的生物晶片接觸。核酸可以為mRNA。
[0144]在一些實施方案中，本發明提供通過供試樣品中多肽的表達而檢測癌相關序列的方法，其包括檢測至少一種多肽諸如但不限於癌相關蛋白或其片段的表達水平。在一些實施方案中，該方法包括將供試樣品中多肽的表達水平與正常樣品中多肽的表達水平進行比較，其中相對於正常樣品中的多肽表達水平而言供試樣品中多肽的表達水平發生改變表明供試樣品中存在癌症。在一些實施方案中，將多肽表達與癌症樣品進行比較，其中表達水平至少與癌症相同表明供試樣品中存在癌症。在一些實施方案中，樣品為細胞樣品。
[0145]在一些實施方案中，本發明提供通過檢測供試樣品中抗體的存在性而檢測癌症的方法。樣品可以為例如血清 。在一些實施方案中，抗體識別作為癌相關序列的本文所公開的多肽或其表位。在一些實施方案中，抗體識別由本文所公開的核酸序列編碼的多肽或其表位。在一些實施方案中，該方法包括檢測針對抗原性多肽(諸如但不限於癌相關蛋白)或其抗原性片段的抗體的水平。在一些實施方案中，該方法包括將供試樣品中的抗體水平與對照樣品中的抗體水平進行比較，其中相對於對照樣品中的抗體水平而言所述供試樣品中的抗體水平發生改變表明在供試樣品中存在癌症。在一些實施方案中，對照樣品是衍生自正常細胞的樣品或非癌性樣品。在一些實施方案中，對照衍生自癌症樣品，並因此在一些實施方案中，該方法包括比較樣品中抗體的結合水平和/或量。因此，如果對照為陰性對照，則與陰性對照相比具有更高的抗體量的樣品可表明受試者患有癌症。如果對照為陽性對照，則存在於供試樣品中的抗體量等於或大於存在於陽性對照中的量可表明受試者患有癌症。
[0146]本文還提供診斷癌症或確定癌症傾向的方法，這些癌症例如但不限於導管原位癌(DCIS)、浸潤性導管癌(IDC)、髓樣癌、浸潤性小葉癌(ILC)、小管癌、粘液癌、炎性乳腺癌(IBC)、小葉原位癌(LCIS)、男性乳腺癌、乳頭派傑氏病、乳腺葉狀腫瘤、復發性和轉移性乳腺癌或其組合。確定發生癌症(諸如乳腺癌)的傾向的方法可包括測量本文所公開的癌相關標記物的表達水平。本文所公開的癌相關序列的表達水平升高可表明發生癌症的傾向。升高的水平可通過將得自受試者的供試樣品中本文所公開的一種或多種癌相關序列的表達水平與已知為癌症陰性的樣品和/或已知為癌症陽性的樣品進行比較而加以測定。
[0147]在一些實施方案中，診斷癌症或贅生性病況的方法包括:a)在第一個體的第一樣品類型(例如組織)中測定包含選自表1中所述的人類基因組和mRNA序列的核酸序列的一種或多種基因的表達；以及b)比較得自所述第一個體或第二未受影響個體的第二正常樣品類型的所述基因的所述表達；其中所述表達的差異表明第一個體患有癌症。在一些實施方案中，該表達與正常樣品相比升高。在一些實施方案中，該表達與正常樣品相比降低。
[0148]在一些實施方案中，本發明還提供檢測受試者中的癌細胞的存在與否的方法。在一些實施方案中，該方法包括將得自受試者的一個或多個細胞與本文所述的抗體接觸。在一些實施方案中，該方法包括檢測癌相關蛋白和抗體的複合物，其中檢測到複合物表明受試者中存在癌細胞。
[0149]在一些實施方案中，本公開提供診斷受試者中的癌症或贅生性病況的方法，該方法包括:a)測定一種或多種基因或基因產物或其同源物的表達；以及b)比較得自所述第一受試者或第二未受影響的受試者的第二正常樣品的所述一種或多種核酸序列的所述表達，其中所述表達的差異表明第一受試者患有癌症，其中所述基因或基因產物稱為選自以下的基因:人染色體I開放閱讀框64(Clorf64)、人假想蛋白L0C338579轉錄變體2 (L0C338579)、人類似蛋白表達於前列腺、卵巢、睪丸和胎盤14同工型POTE-14A (L0C648879)、人組蛋白簇I，H4h (HIST1H4H)、人無剛毛鱗甲複合體同源物I (ASCLl)、人膠原X型a l(COLlOAl)、人基質金屬肽酶11 (溶基質素3) (MMPll)、人唐氏症候群關鍵區基因6(DSCR6)、人細胞色素P450家族4亞家族Z多肽I (CYP4Z1)、人組蛋白簇2，H4b(HIST2H4B)、BX116033NCI_CGAP_Lu24 人 cDNA 克隆 IMAGp998A155622 (BXl 16033)、人染色體6開放閱讀框126 (C6orfl26)、人C型凝集素結構域家族3成員A(CLEC3A)、人組蛋白簇 2，H4a(HIST2H4A)、人絲氨酸水解酶樣 2 (SERHL2)、人假想蛋白 L0C401236 (FLJ23152)、人ATP結合盒亞家族C(CFTR/MRP)成員11 (ABCCll)轉錄變體3、人錨蛋白重複域30A (ANKRD30A)、人含周期蛋白N端結構域2 (CNTD2)、人膠原XI型a I (COL 11A1)轉錄變體A、人脫氫酶/還原酶(SDR家族)成員2(DHRS2)轉錄變體1、人組蛋白簇1，H3f(HISTlH3F)、人組蛋白簇 1，H3h (HIST1H3H)、人組蛋白簇 2，H2ab (HIST2H2AB)、人鉀通道亞家族K成員15(KCNK15)、人AARD蛋白(L0C441376)、人類似甘氨酸-N-醯基轉移酶樣I (L0C643637)、人hCG 25653 (L0C646360)、人蛋白酪氨酸磷酸酶受體型T (PTPRT)轉錄變體
2、人含RUN域3A(RUNDC3A)、人分泌球蛋白家族2A成員2 (SCGB2A2)、人SLIT和NTRK樣家族成員6(SLITRK6)、人突觸素(SYP)、人泛素結合酶E2C(UBE2C)轉錄變體3、人鋅指蛋白552 (ZNF552)、人類似鈣蛋白酶8轉錄變體4 (L0C388743)、NMU(NM_006681.1)(人神經調節肽mRNA)或其組合。
[0150]癌相關序列
[0151 ] 在一些實施方案中，本公開提供與癌症相關的核酸和蛋白序列，在本文稱為「癌相關」或「CA」序列。癌相關序列可例如為已分離的mRNA和/或蛋白。癌相關序列可以為下文所述的癌相關序列的任一者的片段。癌相關序列可相對於存在於生物樣品中的進行化學修飾。
[0152]在一些實施方案中，本公開提供與乳腺癌相關的核酸和蛋白序列，這些乳腺癌諸如但不限於導管原位癌(DCIS)、浸潤性導管癌(IDC)、髓樣癌、浸潤性小葉癌(ILC)、小管癌、粘液癌、炎性乳腺癌(IBC)、小葉原位癌(LCIS)、男性乳腺癌、乳頭派傑氏病、乳腺葉狀腫瘤、復發性和轉移性乳腺癌或其任意組合。在一些實施方案中，本公開提供與癌症相關的核酸和蛋白序列，這些癌症諸如但不限於:小細胞肺癌、轉移性子宮頸腺癌、膀胱癌、轉移性前列腺腺癌、子宮內膜間質肉瘤、胃腫瘤腺癌、轉移性扁桃體癌、大腸直腸腫瘤腺癌、轉移性胃腫瘤、移行細胞癌轉移性腎腫瘤、轉移性子宮內膜間質肉瘤、胸膜腫瘤惡性肉瘤、直腸腺癌、軟骨肉瘤、胰腺神經內分泌癌、肺鱗癌、腎癌、肝膽管癌、轉移性骨肉瘤、食管胃結合部轉移性腺癌、轉移性甲狀腺癌、卵巢腫瘤、前列腺腺癌、直腸轉移性腫瘤或其組合。在一些實施方案中，術語「癌相關序列」可指代與正常組織相比核苷酸或蛋白序列在癌症中差異表達、活化、失活或改變。癌相關序列可包括在癌症中上調(即，以較高的水平表達)以及下調(即，以較低的水平表達)的那些。癌相關序列還可以包括已發生改變(即，易位、截短的序列或具有取代、缺失或插入的序列，包括但不限於點突變)並顯示出相同的表達譜或改變的表達譜的序列。在一些實施方案中，癌相關序列可得自人類；然而，如本領域的技術人員將會認識到，得自其他生物體的癌相關序列也可用於疾病和藥物評價模型；因此，其他癌相關序列可能是有用的，諸如但不限於得自以下的序列:脊椎動物，包括哺乳動物，諸如嚙齒類動物(大鼠、小鼠、倉鼠、豚鼠等)、靈長類動物和農場動物(包括綿羊、山羊、豬、奶牛、馬等)。得自其他生物體的癌相關序列可使用本文所述的技術獲得。
[0153]本文的實施方案的癌相關序列例如在表1中公開。這些序列從倍數變化和過濾分析KC110729.5中提取。這些癌相關序列在正常和乳腺腫瘤組織中的表達在表2中公開。一旦確定表達後，即對基因序列結果通過考慮以下因素而進一步過濾:癌細胞系與正常組織中的倍數變化、一般特異性、分泌與否、癌細胞系中的表達水平以及信噪比。
[0154]癌相關序列可包括多肽和/或多核苷酸。因此，癌相關序列可包括胺基酸序列和/或核酸序列。癌相關序列可包括表1中所列的序列。癌相關序列可包括SEQ IDNO:1-70。癌相關序列可包括編碼 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLUC0L10Al、MMPll、DSCR6、CYP4Zl、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、COLlIAU DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、 ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE、POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428,L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1中的一者或多者的序列。在一些實施方案中，癌相關序列可以為編碼上述mRNA或由上述mRNA或其同源物表達的癌相關蛋白或癌相關多肽的DNA序列。在一些實施方案中，癌相關序列可以為上文所公開的序列的突變體核酸。在一些實施方案中，同源物可具有與所公開的多肽序列至少約60%、至少約65%、至少約70 %、至少約75 %、至少約80 %、至少約85 %、至少約90 %、至少約95 %、至少約97 %、至少約98%、至少約99%、至少約99.5%的同一性。
[0155]在一些實施方案中，癌相關序列既可以包括核酸序列也可以包括胺基酸序列。在一些實施方案中，癌相關序列可包括與所公開的序列具有至少約60%同源性的序列。在一些實施方案中，癌相關序列可與所公開的序列具有至少約65%、約70%、約75%、約80%、約85 %、約90 %、約95 %、約97 %、約99 %、約99.8 %的同源性。在一些實施方案中，癌相關序列可以是「突變體核酸」。如本文所用，「突變體核酸」是指缺失突變體、插入、點突變、取代、易位。
[0156]本公開的核酸可包含磷酸二酯鍵，然而在一些情況下，如下文所述(例如，在反義應用中或當核酸為候選試劑時)，核酸類似物可具有包含例如磷醯胺酯(Beaucage等人，Tetrahedron49 (10): 1925 (1993)及其中的參考文獻；Letsinger, J.0rg.Chem.35:3800 (1970) ;Sprinzl 等人,Eur.J.B1chem.81:579(1977) ;Letsinger 等人,Nucl.AcidsRes.14:3487 (1986) ；Sawai 等人，Chem.Lett.805(1984)，Letsinger 等人，J.Am.Chem.Soc.110:4470 (1988)和 Pauwels 等人,Chemica Scripta26:14191986))、硫代憐酸酯(Mag 等人，Nucleic Acids Res.19:1437 (1991)和美國專利 5，644，048)、二硫代磷酸酯(Briu 等人,J.Am.Chem.Soc.1ll:2321 (1989)、O-甲基亞磷醯胺酯鍵合(參見 Eckstein,Oligonucleotides and Analogues:A Practical Approach, Oxford University Press)的交替主鏈，以及肽核酸主鏈和鍵合(參見Egholm，J.Am.Chem.Soc.114:1895(1992)；Meier 等人，Chem.1nt.Ed.Engl.31: 1008 (1992) ；Nielsen, Nature, 365:566(1993)；Carlsson等人，Nature380:207 (1996)。其他類似核酸包括具有帶正電荷主鏈(Denpcy等人，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA92:6097 (1995)、非離子型主鏈(美國專利 5，386，023、5，637，684,5, 602，240,5, 216，141 和 4，469，863 ；Kiedrowshi 等人，Angew.Chem.1ntl.Ed.English30:423(1991) ;Letsinger 等人，J.Am.Chern.Soc.110:4470(1988) ；Letsinger等人，Nucleoside & Nucleotidel3:1597 (1994);第 2 和 3 章,ASC Symposium Series580,「Carbohydrate Modificat1ns in Antisense Research，，，編者 Y.S.Sanghui 和 P.DanCook ;Mesmaeker 等人，B10rganic & Medicinal Chem.Lett.4:395(1994) ;Jeffs 等人，J.B1molecular NMR34:17(1994) !Tetrahedron Lett.37:743 (1996))和非核糖主鏈(包括在美國專利 5，235，033 和 5，034，506 以及第 6 和 7 章，ASC Symposium Series580,uCarbohydrate Modificat1ns in Antisense Research，，,編者Y.S.Sanghui 和 P.Dan Cook中所述的那些)的那些。包含一個或多個碳環糖的核酸也包括在核酸的一種定義內(參見Jenkins 等人，Chem.Soc.Rev.(1995)ppl69_176)。多種核酸在 Rawls, C&E News, 1997 年 6月2日，第35頁中進行了描述。對磷酸核糖主鏈的這些修飾可因多種原因而進行，例如增加此類分子在生理環境下的穩定性和半衰期以用於反義應用或作為生物晶片上的探針。
[0157]如本領域的技術人員將會認識到，此類核酸類似物可用於本公開的一些實施方案。此外，可以製備天然存在的核酸和類似物的混合物；作為另外一種選擇，可製備不同核酸類似物的混合物以及天然存在的核酸和類似物的混合物。
[0158]在一些實施方案中，核酸可以為單鏈的或雙鏈的，或可以包含雙鏈或單鏈序列的部分。如本領域的技術人員將會認識到，對單鏈的描繪也限定了另一條鏈的序列；因此，本文所述的序列還包含序列的補體。核酸可以為DNA、基因組和cDNA、RNA或雜交體，其中核酸包含脫氧核糖核苷酸和核糖核苷酸的任意組合以及鹼基(包括尿嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鳥嘌呤、肌苷、黃嘌呤、次黃嘌呤、異胞嘧啶、異鳥嘌呤等)的任意組合。如本文所用，術語「核苷」包括核苷酸和核苷及核苷酸類似物，以及修飾的核苷，諸如氨基修飾的核苷。此外，「核苷」包括非天然存在的類似物結構。因此，例如，肽核酸的主題單元(每一個包含鹼基)在本文稱為核苷。
[0159]在一些實施方案中，癌相關序列可以是重組核酸。在本文中所謂術語「重組核酸」是指非通常存在於自然界中的形式的一般通過用聚合酶和內切酶操縱核酸而最初在體外形成的核酸分子。因此，重組核酸也可以為線性形式的分離核酸，或在通過連接通常未接合的DNA分子而在體外形成的載體中進行克隆，出於本發明的目的，兩者都被視為重組的。應當理解，一旦製備了重組核酸並將其重新引入宿主細胞或生物體後，它就可以在體內使用宿主細胞的細胞機器複製，而不是在體外操縱；然而，此類核酸一旦通過重組方式產生後，雖然隨後在體內進行複製，但出於本發明的目的仍被視為重組的或分離的。如本文所用，「多核苷酸」或「核酸」是任何長度的核苷酸(核糖核苷酸或脫氧核糖核苷酸)的聚合物形式。該術語包括雙鏈和單鏈DNA和RNA。它還包括已知類型的修飾，例如本領域已知的標記；甲基化；「帽」;用類似物取代一個或多個天然存在的核苷酸；核苷酸間修飾，諸如具有不帶電鍵合(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的那些；含側基部分的那些，諸如蛋白(包括例如核酸酶、毒素、抗體、信號肽、多聚賴氨酸等)；具有嵌入劑(例如吖啶、補骨脂素等)的那些；含螯合劑(例如金屬、放射性金屬等)的那些；含烷化劑的那些；含修飾鍵合(例如α異頭核酸等)的那些；以及多核苷酸的未修飾形式。
[0160]一些實施方案提供與多種癌症相關的多肽和抗原(例如，癌相關多肽)作為診斷性和/或治療性抗體的靶標。這些抗原也可用於藥物發現(例如，小分子)和對細胞調控、生長及分化的進一步表徵。
[0161]在一些實施方案中，本發明提供包含選自表1中所公開的癌相關多核苷酸序列和/或SEQ ID NO:1-70的序列的至少10、12、15、20或30個連續核苷酸的分離核酸。
[0162]在一些實施方案中，多核苷酸或其補體或其片段還包含可檢測的物質或標記、附接到固相載體、至少部分地通過化學合成而製備、為反義片段、為單鏈的、為雙鏈的或構成微陣列。
[0163]在一些實施方案中，本發明提供在選自SEQ ID NO: 1_70和/或表1所示的多核苷酸序列或其補體的癌相關序列的開放閱讀框內編碼的分離多肽。在一些實施方案中，本發明提供分離的多肽，其中所述多肽包含通過選自SEQ ID NO:1-70的多核苷酸編碼的胺基酸序列。在一些實施方案中，本發明提供分離的多肽，其中所述多肽包含由癌相關多肽編碼的胺基酸序列。
[0164]在一些實施方案中，本發明還提供包含癌相關多肽的胺基酸序列的表位的胺基酸序列的分離多肽，其中該多肽或其片段可附接到固相載體。在一些實施方案中，本發明提供結合到這種多肽的分離抗體(單克隆或多克隆的)或其抗原結合片段。分離的抗體或其抗原結合片段可附接到固相載體，或進一步包含可檢測的標記。
[0165]用於分析樣品的檢測方法
[0166]檢測下文所公開的一種或多種標記物的表達水平可通過本領域已知的任何方式進行。例如，如果標記物是與乳腺癌相關的蛋白，則可將ELISA用於檢測標記物的表達水平。其他合適的用於檢測蛋白標記物存在性的測定法包括放射免疫測定法、Western印跡和免疫沉澱測定法，諸如基於微珠的測定法，例如基於磁珠的測定法。在一些實施方案中，可將標記物在檢測前從樣品中分離，但在其他實施方案中，不從樣品中分離。在一些實施方案中，蛋白標記物可在細胞背景下表達(即，在細胞表面上或細胞內)。在這些情況下，可將免疫細胞化學用於檢測標記物。作為另外一種選擇，可將流式細胞術用於檢測標記物。如果標記物包含在細胞內，則可將細胞用洗滌劑處理以使得標記物可接近檢測試劑。合適的檢測試劑將包括特異性結合標記物的任何分子，諸如特異性結合到標記物上的表位的抗體。
[0167]合適的檢測如下文所公開的蛋白標記物的試劑包括乳腺癌標記物的任何特異性結合伴侶。例如，特異性結合伴侶可以是結合乳腺癌標記物的蛋白，諸如抗體。其他合適的特異性結合伴侶可包括結合乳腺癌標記物的受體或特異性結合乳腺癌標記物的酶。
[0168]還可以通過標記分子的可視化將癌症診斷到特定的組織類型。分子可使用諸如但不限於MR1、CAT掃描、PET掃描等任何方法可視化或檢測。在一些實施方案中，抗體可結合到蛋白，然後接受檢測。在一些實施方案中，可對抗體結合水平進行定量以確定蛋白是否過表達。差異表達也可以通過已知的方法加以測定。因此，其實施方案提供對患有癌症、疑似患有癌症或正在接受診斷程序以確定該人是否患有癌症的受試者的組織結構和細胞成像的方法。如果成像表明癌相關蛋白過表達或差異表達，則將患者診斷為患有癌症或疑似患有癌症。也可以進行其他測試，諸如但不限於活組織檢查以確認或以其他方式有助於診斷。
[0169]標記分子也可通過但不限於可通過PET或SPECT相機成像的任何放射性同位素加以標記。例如，多種實施方案的放射性藥物可通過諸如但不限於76Br、1231、1251、1311、99mTc、nC、18F或其他Y或正電子發射放射性核素的放射性同位素進行放射性標記。在其他實施方案中，標記分子可通過放射性同位素的組合進行放射性標記。
[0170]在一些實施方案中，與乳腺癌相關的標記物可以為核酸，例如mRNA分子。核酸可從樣品中分離。核酸的檢測可通過本領域已知的任何方式進行。例如，核酸分子可通過Southern印跡或Northern印跡、質譜、微陣列等進行檢測。核酸可使用PCR進行檢測,例如，如果核酸為RNA分子，諸如mRNA分子，則可以使用rtPCR。PCR可以為定量PCR(例如qPCT)或實時PCR。如果樣品包含乳腺癌細胞，則核酸可通過原位雜交進行檢測。
[0171]上述測定法可包括使用探針檢測核酸標記物。探針在下文進行描述。簡而言之，探針可以是長度在5-40、10-35、15-30核苷酸範圍內的核酸分子。探針的長度可以為約5、約10、約20、約25、約30、約35個核苷酸。探針可包含編碼乳腺癌標記物的基因或編碼乳腺癌標記物的基因的補體的一部分。
[0172]基因表達水平可表示為針對ADPRT(登錄號NM_001618.2)、GAPD (登錄號NM_002046.2，)或本領域已知的其他看家基因進行標準化的相對表達。就mRNA表達的微陣列化探針而言，基因表達數據也可用中值法的中位值來進行標準化。在該方法中，每個陣列產生不同的總強度。使用中位值是比較實驗中的細胞系(陣列)的可靠方式。例如，找出每個細胞系的中位值，隨後這些中位值的中位值成為用於標準化的值。相對於其他細胞系的每一個產生來自各細胞系的信號。
[0173]癌相關序列的鑑定和用途
[0174]基因表達的微陣列分析可用於鑑定與乳腺癌相關的序列。然後可將這些鑑定的序列以多種不同的方式使用，包括診斷、預後、篩選調節劑(包括激動劑和拮抗劑兩者)、生成抗體(用於免疫療法和成像)等。然而，如本領域的技術人員將會認識到，在一種類型的癌症中鑑定的序列可具有也涉及在其他類型的癌症中的高可能性。因此，雖然本文所述的序列最初鑑定為與乳腺癌相關，但是它們也可存在於其他類型的癌症中。
[0175]如本領域的技術人員將認識到，本文實施方案的癌相關序列可用於檢測受試者中的核酸表達水平。它們也可用於治療性應用。另外，本文中的實施方案的癌相關序列可用於篩選應用；例如，生成包含癌相關序列的核酸探針的生物晶片。
[0176]癌基因是可以導致癌症的基因。致癌作用可通過多種機制發生，包括細胞被含有癌基因的病毒感染、宿主基因組中原癌基因的活化以及原癌基因和腫瘤抑制基因的突變。致癌作用從根本上說由體細胞進化(即，生長控制逐步喪失的變體的突變和自然選擇)而驅動。將充當這些體細胞突變的靶標的基因根據其突變表型是顯性的還是隱性的而分別歸為原癌基因或腫瘤抑制基因。
[0177]本發明的一些實施方案涉及癌相關序列(「靶標記物」)。一些實施方案涉及鑑定可用於診斷和治療癌症的新型靶標記物的方法，其中在五類細胞類型之間對mRNA、miRNA、蛋白的表達水平或包括但不限於磷醯化和SUMO化的蛋白翻譯後修飾進行比較:(I)永生化多能幹細胞(諸如胚胎幹(「ES」)細胞、誘導多能幹(「iPS」)細胞和生殖細胞，諸如胚胎癌性(「EC」)細胞)或性腺組織；(2)ES、iPS或EC衍生的克隆胚胎祖(「EP」)細胞系；
(3)有核血細胞，包括但不限於CD34+細胞和CD133+細胞；(4)正常非永生化成體細胞衍生的組織和培養的細胞，包括:皮膚成纖維細胞、血管內皮細胞、正常非淋巴和非癌性組織等；以及(5)惡性癌細胞，包括培養的癌細胞系或人類腫瘤組織。通常在(或不在)第1、3和5類或第I和5類中表達但不在(或在)第2和4類中表達的mRNA、miRNA或蛋白是癌症診斷和療法的候選靶標。本文的一些實施方案涉及人類應用、非人類獸醫應用或其組合。
[0178]在一些實施方案中，鑑定靶標記物的方法包括以下步驟:1)獲得以下細胞的mRNA、miRNA、蛋白或蛋白修飾的分子譜:永生化多能幹細胞(諸如胚胎幹(「ES」)細胞、誘導多能幹(「iPS」)細胞和生殖細胞，諸如胚胎癌性(「EC」)細胞)；ES、iPS或EC衍生的克隆胚胎祖(「EP」)細胞系；惡性癌細胞，包括培養的癌細胞系或人類腫瘤組織；以及2)將那些分子與存在於非永生化體細胞類型(諸如培養的複製人胚胎祖細胞、培養的得自胎兒或成年來源的體細胞、或惡性癌細胞的正常組織對應物)中的那些進行比較。在諸如hES細胞的多能幹細胞與惡性癌細胞之間共有但不存在於大部分體細胞類型中的靶標記物可能是候選診斷標記物和治療祀標。
[0179]分析表達數據的方法
[0180]應當理解，存在多種獲得表達數據的方法和表達數據的用途。例如，可用於檢測或診斷受試者患有癌症的表達數據可通過實驗獲得。在一些實施方案中，獲得表達數據包括獲得樣品並對樣品進行處理以從實驗上確定表達數據。表達數據可包括本文所述的癌相關序列中的一種或多種的表達數據。表達數據可通過例如使用微陣列或諸如但不限於本文所述的那些的定量擴增方法從實驗上確定。在一些實施方案中，獲得與樣品相關的表達數據包括從已對樣品進行了處理而從實驗上確定了表達數據的第三方接收表達數據。
[0181]檢測表達水平或本文所述的相似步驟可通過實驗進行或由第三方提供，如本文所述。因此，例如，「檢測表達水平」可表示從實驗上測量數據和/或獲得已對樣品進行了處理而確定了表達數據並檢測了表達水平的另一方所提供的數據。在一些實施方案中，表達數據可通過實驗檢測並由第三方提供。
[0182]使用雜交到由以下不同類別的細胞類型製備的RNA探針序列(表1所示)的Illumina基因表達微陣列，進行了 mRNA水平上基因表達的比較:1)人胚胎幹(「ES」)細胞或性腺組織；2)ES、iPS或EC衍生的克隆胚胎祖(「EP」)細胞系；3)有核血細胞，包括但不限於⑶34+細胞和⑶133+細胞；4)正常非永生化成體細胞衍生的組織和培養的細胞，包括:皮膚成纖維細胞、血管內皮細胞、正常非淋巴和非癌性組織等；以及5)惡性癌細胞，包括培養的癌細胞系或人類腫瘤組織，以檢測通常在(或不在)第1、3和5類或第I和5類中表達但不在(或在)第2和4類中表達的基因。基於此觀察結果對這些癌症的療法將基於降低在癌症中上調的上文提及的轉錄物的表達，或者說是降低基因產物的表達。
[0183]基因表達陣列:測量基因表達水平可通過本領域中任何已知的方法進行，包括但不限於定量PCR、或微陣列基因表達分析、微珠陣列基因表達分析和Northern分析。基因表達水平可表示為針對ADPRT(登錄號NM_001618.2 ;SEQ ID NO:37)、GAPD(登錄號NM_002046.2 ；SEQ ID NO:38)或本領域已知的其他看家基因進行標準化的相對表達。就mRNA表達的微陣列化探針而言，基因表達數據也可用中值法的中位值來進行標準化。在該方法中，每個陣列產生不同的總強度。使用中位值是比較實驗中的細胞系(陣列)的可靠方式。例如，找出每個細胞系的中位值，隨後這些中位值的中位值成為用於標準化的值。相對於其他細胞系的每一個產生來自各細胞系的信號。
[0184]得自受試者的樣品可通過本領域已知的任何方法進行分析以確定受試者是否患有癌症。例如，可對mRNA進行分析以確定下文所述的一種或多種癌相關序列的表達水平。RNA提取:可將本公開的細胞用0.05%的胰蛋白酶和0.5mM的EDTA孵育，然後收集在含有0.5% BSA 的 DMEM(Gibco,Gaithersburg,MD)中。可使用 RNeasy 小量提取試劑盒(Qiagen，Hilden, Germany)從細胞中純化總RNA。
[0185]微RNA和小RNA可實現基因表達。因此，癌症可與微RNA (miRNA)或小RNA的異常表達相關。可從在收穫RNA前經歷了血清飢餓以接近在許多成熟組織中觀察到的細胞生長停滯的細胞培養物中分離總RNA或富集了小RNA物種的樣品。細胞生長停滯可通過更換到含有0.5%血清的培養基持續5天(其中在第一次添加低血清培養基後2-3天更換一次培養基)而進行。RNA可根據Qiagen RNAeasy試劑盒的供應商說明而收穫以分離總RNA,或根據Amb1n mirVana試劑盒的供應商說明而收穫以分離富集了小RNA物種的RNA。RNA濃度可通過分光光度法測定，RNA質量可通過變性瓊脂糖凝膠電泳以顯示28S和18S RNA而測定。具有清楚可見的28S和18S條帶而無降解跡象並處於約2: I的28S: 18S比率的樣品可用於隨後的miRNA分析。
[0186]miRNA 可使用得自 Applied B1systems, Inc.的 Human Panel TaqMan MicroRNAAssay進行定量。這是一種兩步測定法，它將莖環引物用於逆轉錄(RT)，然後進行實時TaqMan?。可進行總共330種miRNA測定以對H9人類胚胎幹細胞系、分化的成纖維細胞系和從人類胚胎幹細胞分化的九種細胞系中的miRNA水平進行定量。測定法包括兩個步驟:逆轉錄(RT)和定量PCR。實時PCR可在Applied B1systems7500實時PCR系統上進行。每個細胞的拷貝數可基於合成的mir-16miRNA的標準曲線並假定約15pg/細胞的總RNA質量而估計。
[0187]逆轉錄反應可使用5 μ I最終體積中的Ix cDNA存檔緩衝液、3.35單位MMLV逆轉錄酶、5mM各dNTP、l.3單位AB RNA酶抑制劑、2.5nM330-plex反向引物(RP)、3ng細胞RNA進行。逆轉錄反應可在B1Rad或MJ熱循環儀上按以下循環參數進行:20°C 30秒，42°C 30秒，50°C I秒，60個循環，然後是85°C 5min的一個循環。
[0188]實時PCR。兩微升按1: 400稀釋的Pre-PCR產物可用於20ul反應。所有反應均一式兩份進行。由於方法非常可靠，重複樣品可以是足夠並且也足夠準確以獲得miRNA表達水平的值。ABI的TaqMan universal PCR master mix (TaqMan通用PCR擴增預混試劑)可根據製造商的建議使用。簡而言之，可將Ix TaqMan Universal Master Mix(ABI) >IuM正向引物、IuM通用反向引物和0.2uM TaqMan探針用於各實時PCR。所用的條件可以如下:95°C lOmin，然後是95°C 15s和60°C Imin的40個循環。所有反應均可在ABI Prism7000序列檢測系統上運行。
[0189]微陣列雜交和數據處理:可通過體外轉錄(IVT) (Affymetrix, Santa Clara,CA)或使用Illumina Total Prep RNA Labelling試劑盒使cDNA樣品和細胞總RNA(在八根單獨的管中各5yg)接受用於生物素標記的單循環靶標記程序。對於Affymetix基因晶片上的分析，可隨後使cRNA片段化然後根據製造商的說明雜交到Human GenomeU133Plus2.0Array (Affymetrix)。微陣列數據可通過 GeneChip Scanner3000 (Affymetrix)處理以生成CEL數據。然後可使CEL數據接受dChip軟體分析，該軟體具有同時標準化和處理多個數據集的優點。從八個得自細胞的未擴增對照、從八個得自稀釋的細胞RNA的獨立擴增樣品以及從得自20個單細胞的擴增cDNA樣品獲得的數據可根據程序的默認設置在相應的組內單獨標準化。基於模型的表達指數(MBEI)可使用PM/MM差模通過信號強度的log-2變換和低值截斷到零而計算。絕對結果(存在、臨界和不存在)可通過AffymetrixMicroarray Software5.0 (MAS5.0)算法使用dChip默認設置計算。只有「存在」的探針的表達水平可考慮用於下文所述的所有定量分析。微陣列數據的GEO登錄號為GSE4309。對於在 Illumina Human HT-12v4Express1n Bead Chips 上的分析而言，標記的 cRNA可根據製造商的說明進行雜交。
[0190]覆蓋度和準確度的計算:將真陽性定義為結果為在八個未擴增對照的至少六個中「存在」的探針，將真表達水平定義為「存在」的探針的對數平均表達水平。覆蓋度的定義為(在擴增樣品中檢測到的真陽性探針數)/(真陽性探針數)。準確度的定義為(在擴增樣品中檢測到的真陽性探針數)/(在擴增樣品中檢測到的探針數)。擴增的和未擴增的樣品的表達水平可按20.5(20,20.5，21，21.5...)的組距劃分，其中對準確度和覆蓋度進行計算。這些表達水平區間也可用於分析所檢測的探針的頻率分布。
[0191]細胞的基因表達譜分析:對得自細胞的微陣列數據的非監督聚類和鄰類分析可使用GenePattern軟體進行，該軟體結合排列檢驗進行信噪比分析/T檢驗以通過高置信度排除任何樣本變異性(包括得自方法和/或活組織檢查的那些)帶來的貢獻。這些分析可在14，128個探針上進行，對於這些探針，20個單細胞中至少6個提供「存在」結果，而20個樣品中至少I個提供> 20個拷貝每個細胞的表達水平。可將結果為不存在/臨界的探針所計算的表達水平截斷到零。為了計算相對基因表達水平，可將通過Q-PCR分析獲得的Ct值用通過人類全基因組(BD B1sciences)或含有基因片段的質粒定量的各個引物對的效率加以校正。相對表達水平可通過用包含在反應混合物中的加標RNA計算的校準曲線而進一步轉化成拷貝數(1gltl[表達水平]=1.05X 1gltl[拷貝數]+4.65)。可進行獨立性的卡方檢驗以評價基因表達與Gata4的關聯，它表示通過非監督聚類分析確定的聚類I與聚類2之間的差異並在隨後的階段限於PE。通過Q-PCR測量的各個基因的表達水平可分成三類:高(> 100個拷貝每個細胞)、中(10-100個拷貝每個細胞)和低(< 10個拷貝每個細胞)。得自Gata4表達的獨立性卡方檢驗和P值可基於該分類而計算。卡方定義如下:χ2=ΣΣ (n fij-fi fj)2/n fi fj，其中i和分別表示參照(Gata4)和靶基因的表達水平類別(高、中或低)和fij分別表示觀察到的類別1、和ij的頻率；以及η表示樣品數(η=24) 0自由度可定義為(r-1) X (c-1)，其中r和c分別表示Gata4和靶基因的表達水平類別的可用數量。
[0192]治療癌症的癌症治療劑和方法
[0193]在一些實施方案中，本發明提供抑制受試者中的癌細胞生長的方法。在一些實施方案中，該方法包括向受試者施用有效量的如本文所述的藥物組合物。在一些實施方案中，本發明提供向受試者中的癌細胞遞送治療劑的方法，該方法包括:向受試者施用有效量的根據本發明的藥物組合物。
[0194]在一些實施方案中，本發明提供治療諸如乳腺癌的癌症的方法。在一些實施方案中，癌症可選自導管原位癌(DCIS)、浸潤性導管癌(IDC)、髓樣癌、浸潤性小葉癌(ILC)、小管癌、粘液癌、炎性乳腺癌(IBC)、小葉原位癌(LCIS)、男性乳腺癌、乳頭派傑氏病、乳腺葉狀腫瘤、復發性和轉移性乳腺癌或其組合。
[0195]在一些實施方案中，表達乳腺癌相關序列之一的乳腺癌可通過拮抗癌相關序列的活性而治療。在一些實施方案中，治療乳腺癌的方法可包括施用治療劑，諸如但不限於拮抗結合到癌相關序列的配體的抗體，抑制癌相關序列的表達或活性的小分子，針對癌相關序列的siRNA等。在一些實施方案中，可將諸如ELISA的技術以及本文所述的其他檢測技術用於篩查乳腺癌。
[0196]在一些實施方案中，本公開提供治療受試者中的癌症的方法，該方法包括向患有癌症的受試者施用抑制選自以下的癌相關序列的活性的試劑:Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、⑶LIIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC, FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG,RET、TMEM145, L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、N0S1AP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI或其組合。在一些實施方案中，該試劑包括特異性結合到選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、 ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PIPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC, FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG,RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、N0S1AP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI或其組合的癌相關序列的抗體。
[0197]在一些實施方案中，治療癌症的方法可包括向對其有需要的受試者施用蛋白的抗體。在一些實施方案中，抗體可以為單克隆抗體或多克隆抗體。在一些實施方案中，該抗體可以是人源化抗體或重組抗體。可使用已知的方法製備特異性結合到此區域的抗體，並且任何方法均是合適的。在一些實施方案中，該抗體特異性結合到Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC, FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF, POTEE, POTEK, C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG,RET、TMEMl45, L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI
或其片段。例如，抗體可結合到存在於由本文所述的癌相關序列編碼的任何蛋白的特定表位。在一些實施方案中，該表位包含癌相關序列的約1-10、1-20、1-30、3-10或3_15個殘基。在一些實施方案中，該表位不是線性的。
[0198]在一些實施方案中，該抗體結合到本文所述的區域或與該區域具有至少90%、95%或99%同源性或同一性的肽。在一些實施方案中，本文所述的區域的片段的長度為5-10個殘基。在一些實施方案中，本文所述的區域的片段(例如表位)的長度為3-5個殘基。這些片段基於所提供的長度進行描述。在一些實施方案中，表位的長度為約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15 或 20 個殘基。
[0199]在一些實施方案中，抗體結合的序列可包括核酸和胺基酸序列兩者。在一些實施方案中，抗體結合的序列可包括與所公開的序列具有至少約60%同源性的序列。在一些實施方案中，抗體結合的序列可與所公開的序列具有至少約65%、約70%、約75%、約80%、約85 %、約90 %、約95 %、約97 %、約99 %、約99.8 %的同源性。在一些實施方案中，序列可稱為「突變體核酸」或「突變體肽序列」。
[0200]在一些實施方案中，該方法還包括用下述抗體治療診斷患有乳腺癌的受試者，該抗體結合到選自SEQ ID NO:1-70的癌相關序列並抑制乳腺癌的生長或進展。
[0201]與受體表達相關的信息也可用於確定目的在於使用激動劑或拮抗劑上調或下調癌相關序列信號轉導的療法。
[0202]在一些實施方案中，治療癌症(例如乳腺癌或其他類型的癌症)的方法包括檢測癌相關序列的受體的存在性並施用癌症治療措施。癌症治療措施可以是任何癌症治療措施，例如，抑制癌相關序列的作用特異性的治療措施。例如，可在給予癌症治療措施前對各種癌症進行檢測以確定是否存在特定的分子。因此，在一些實施方案中，樣品將得自患者並如本文所述檢測癌相關序列的存在性或癌相關序列的過表達。在一些實施方案中，如果發現癌相關序列過表達，則將乳腺癌治療措施或治療劑施用給受試者。乳腺癌治療措施可以是常規的非特異性治療措施，諸如化療，或者治療措施可包括僅靶向癌相關序列的活性或癌相關序列結合的受體的特異性治療措施。這些治療措施可以為例如特異性結合癌相關序列並抑制其活性的抗體。
[0203]在一些實施方案中，治療癌症的方法可包括施用幹擾癌相關蛋白或其受體的合成、分泌、受體結合或受體信號轉導的試劑。
[0204]在一些實施方案中，可基於差異表達的基因或基因產物將癌細胞用治療劑特異性靶向。例如，在一些實施方案中，差異表達的基因產物可以是酶，其可以將抗癌前藥轉化成其活性形式。因此，在正常細胞中，其中差異表達的基因產物不表達或以明顯較低的水平表達，前藥可以未活化或以較低的量活化，並因此可對正常細胞的毒性較低。因此，癌症前藥可在一些實施方案中以較高的劑量給予，使得癌細胞可代謝前藥，其將例如殺死癌細胞，而正常細胞將不代謝前藥或不同樣地代謝，並因此對患者的毒性較低。這方面的實例是其中腫瘤細胞過表達金屬蛋白酶，其在Atkinson等人，British Journal ofPharmacology (2008) 153，1344-1352中有所描述，該文獻的整個內容以及特異性靶向癌細胞的方法據此以引用方式併入。使用蛋白酶靶向癌細胞還在Carl等人，PAAS, Vol.77，N0.4，第2224-2228頁，1980年4月中有所描述，該文獻的整個內容以及特異性靶向癌細胞的方法據此以引用方式併入。例如，可將多柔比星或其他類型的化療劑連接到由差異表達的基因產物特異性裂解或識別的肽序列。然後將多柔比星或其他類型的化療劑從肽序列裂解並活化，使得它可以殺死癌細胞或抑制癌細胞的生長，而在正常細胞中，化療劑不內化到細胞中或不夠有效地代謝並因此毒性較低。
[0205]在一些實施方案中，治療乳腺癌的方法可包括本文所述的一種或多種癌相關序列的基因敲低。基因敲低是指降低生物體基因中的一種或多種的表達所藉助的技術，其通過遺傳修飾(生物體染色體之一的DNA中的變化，諸如但不限於編碼癌相關序列的染色體)或通過用諸如序列與mRNA轉錄物或基因互補的短DNA或RNA寡核苷酸的試劑處理而進行。在一些實施方案中，所用的寡核苷酸可選自:RNA酶-H感受態反義寡核苷酸，諸如但不限於ssDNA寡核苷酸、ssRNA寡核苷酸、硫代磷酸寡核苷酸或嵌合寡核苷酸；RNA酶非依賴性反義寡核苷酸，諸如嗎啉代寡核苷酸、2' -O-甲基硫代磷酸寡核苷酸、鎖核酸寡核苷酸或肽核酸寡核苷酸；RNAi寡核苷酸，諸如但不限於siRNA雙鏈寡核苷酸或shRNA寡核苷酸；或其任意組合。在一些實施方案中，可將質粒引入細胞，其中該質粒表達反義RNA轉錄物或shRNA轉錄物。引入的寡核苷酸或表達的轉錄物可通過互補鹼基配對(有義-反義相互作用)與靶mRNA (例如SEQ ID NO: 1-70)相互作用。
[0206]具體的沉默機制可隨寡核苷酸化學而變化。在一些實施方案中，本文所述的寡核苷酸的結合以活化基因或其轉錄物可通過以下機制導致表達降低:阻斷轉錄，降解mRNA轉錄物(例如，通過小幹擾RNA (siRNA)或RNA酶-H依賴性反義寡核苷酸)，或阻斷mRNA翻譯、前mRNA剪接位點或用於其他功能性RNA諸如miRNA成熟的核酸酶裂解位點(例如，通過嗎啉代寡核苷酸或其他RNA酶-H非依賴性反義寡核苷酸)。例如，RNA酶-H感受態反義寡核苷酸(和反義RNA轉錄物)可與由裂解RNA鏈的酶RNA酶-H識別的RNA形成雙鏈體。又如，RNA酶非依賴性寡核苷酸可結合到mRNA並阻斷翻譯過程。在一些實施方案中，寡核苷酸可在5' -UTR中結合併在起始複合物從5'-帽到起始密碼子時停止起始複合物，從而防止核糖體組裝。RNAi寡核苷酸的單鏈可被加載到RISC複合物中，該複合物催化裂解互補序列並抑制具有部分互補序列的一些mRNA的翻譯。可通過任何技術將寡核苷酸引入細胞，這些技術包括但不限於電穿孔、顯微注射、鹽應激法(諸如CaC12應激)；通過陽離子脂質諸如Lipofectamine轉染陰離子寡核苷酸；通過胞內釋放劑諸如Endo-Porter轉染不帶電的寡核苷酸；或其任意組合。在一些實施方案中，可使用選自以下的技術將寡核苷酸從血液遞送到胞液:納米粒子複合物、病毒介導的轉染、連接到八胍鎗鹽樹枝狀聚合物(octaguanidinium dendrimer)的寡核苷酸(嗎啉代寡核苷酸)或其任意組合。
[0207]在一些實施方案中，治療乳腺癌的方法可包括對細胞進行處理以敲低或抑制編碼在SEQ ID NO:1-70中所公開的mRNA的基因的表達。該方法可包括用表達針對癌相關序列的沉默RNA的逆轉錄病毒對衍生自hES細胞的克隆胚胎祖細胞系CM02和EN13 (參見名稱為「Methods to accelerate the isolat1n of novel cell strains from pluripotentstem cells and cells obtained thereby」 的美國專利公布 2008/0070303 和 2009 年7 月 16 日提交的並且名稱為 「Methods to Accelerate the Isolat1n of Novel CellStrains from Pluripotent Stem Cells and Cells Obtained Thereby」 的美國專利申請12/504，630，兩專利均據此整體以引用方式併入)進行培養。在一些實施方案中，該方法還可以包括通過qPCR確認下調。在一些實施方案中，該方法還包括對細胞進行冷凍保存。在一些實施方案中，該方法還包括對細胞進行重編程。在一些實施方案中，該方法包括通過外源性施用 0CT4、MYC、KLF4 和 S0X2 (參見 Takahashi 和 Yamanaka2006 年 8 月 25 日；126 (4):663-76 ;以 US2009/0068742 公布的並且名稱為 「Nuclear Reprogramming Factor」 的美國專利申請12/086，479，每一者均以引用方式併入本文)以及通過在以W0/2007/019398公布的並且名稱為 「Improved Methods of Reprogramming Animal Somatic Cells，，的 PCT/US06/30632中所述的方法在兩天內對細胞進行冷凍保存或重編程。在一些實施方案中，該方法可包括在促進ES細胞繁殖的條件下對哺乳動物分化的細胞進行培養。在一些實施方案中，可以使用任何便利的ES細胞繁殖條件，例如，在飼養層上或在能夠繁殖ES細胞的無飼養層培養基中。在一些實施方案中，該方法包括從培養物中的ES集落鑑定細胞。然後可對得自鑑定的ES集落的細胞評價ES標記物，例如0ct4、TRAl-60、TRAl-81、SSEA4等，然後可擴增具有ES細胞表型的那些細胞。可平行地對尚未通過敲低而預處理的對照細胞系進行重編程以證實預處理的有效性。在一些實施方案中，治療癌症的方法包括向對其有需要的受試者施用調節癌相關蛋白的活性的治療劑，其中癌相關蛋白由包含選自表1中的人類核酸序列的核酸序列的核酸編碼並且其中治療劑結合到癌相關蛋白。
[0208]在一些實施方案中，治療癌症的方法包括施用抗體(例如，單克隆抗體、人類抗體、人源化抗體、重組抗體、嵌合抗體等)，該抗體特異性結合到在細胞表面上表達的癌相關蛋白。在一些實施方案中，抗體結合到癌相關蛋白的胞外域。在一些實施方案中，抗體結合到相對於正常細胞表面在癌細胞表面上差異表達的癌相關蛋白，或在一些實施方案中，結合到至少一個人類癌細胞系。在一些實施方案中，抗體連接到治療劑。
[0209]篩選抗癌劑
[0210]在一些實施方案中，提供了鑑定抗癌劑的方法，其中該方法包括將候選試劑與樣品接觸；以及測定樣品中癌相關序列的活性。在一些實施方案中，如果樣品中癌相關序列的活性在接觸後降低，則將該候選試劑鑑定為抗癌劑。在一些實施方案中，候選試劑為候選抗體。在一些實施方案中，該方法包括將結合到癌相關序列的候選抗體與樣品接觸，並測定癌相關序列的活性，其中如果樣品中癌相關序列活性在接觸後降低則將該候選抗體鑑定為抗癌劑。癌相關序列的活性可以是癌相關序列的任何活性。
[0211]在一些實施方案中，本公開提供鑑定抗癌(例如，乳腺癌)劑的方法，該方法包括將候選試劑與細胞樣品接觸；以及測定細胞樣品中選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、COL1A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2,⑶L11A1、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、P0TEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF, Ρ0ΤΕΕ、Ρ0ΤΕΚ、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI 或其組合的癌相關序列的活性，其中如果癌相關序列的活性在接觸後在細胞樣品中降低則將候選試劑鑑定為抗癌劑。
[0212]在一些實施方案中，本公開提供鑑定抗癌劑的方法，該方法包括將結合到選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLl、C0L10A1、MMPl1、DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl 16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCC11、ANKRD30A、CNTD2、COLl IAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC,FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF, POTEE, POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG, RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428, L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1或其組合的癌相關序列的候選抗體與細胞樣品接觸，以及測定癌相關序列的活性，其中如果癌相關序列的活性在接觸後在細胞樣品中降低則將候選抗體鑑定為抗癌劑。
[0213]在一些實施方案中，篩選候選藥物的方法包括將不存在候選藥物的情況下癌相關序列的表達水平與存在候選藥物的情況下的表達水平進行比較。表達水平可例如通過測量下文所公開的一種或多種癌相關序列的mRNA水平而測定。作為另外一種選擇，表達水平可通過測量由下文所公開的癌序列編碼的一種或多種蛋白的表達水平。
[0214]一些實施方案涉及篩選能夠結合到癌相關序列(核酸或蛋白)的治療劑的方法，該方法包括將癌相關序列和候選治療劑組合，並測定候選試劑與癌相關序列的結合。
[0215]本文還提供了篩選能夠調節癌相關序列的活性的治療劑的方法。在一些實施方案中，該方法包括將癌相關序列和候選治療劑組合，並測定候選試劑對癌相關序列的生物活性的影響。可將調節癌相關序列的生物活性的試劑用作能夠調節癌相關序列的活性的治療劑。
[0216]一種篩選抗癌活性的方法，該方法包括:(a)將表達癌相關基因的細胞與抗癌候選藥物接觸，該癌相關基因轉錄選自SEQ ID NO:1-70的癌相關序列、其同源物、其組合或其片段；(b)檢測細胞中抗癌候選藥物對癌相關多核苷酸的表達的影響；以及(c)將不存在候選藥物的情況下的表達水平與存在候選藥物的情況下的表達水平進行比較；其中對癌相關多核苷酸的表達的影響表明候選藥物具有抗癌活性。
[0217]在一些實施方案中，評價候選抗癌藥物的影響的方法可包括向患者施用藥物並從患者中取出細胞樣品。然後測定細胞的表達譜。在一些實施方案中，該方法還可以包括將患者的表達譜與健康個體的表達譜進行比較。在一些實施方案中，表達譜包括測量本文所公開的序列的一種或多種或其任意組合的表達。在一些實施方案中，如果本文所公開的序列的一種或多種或其任意組合的表達譜發生改變(升高或降低)，則將候選抗癌藥物稱為是有效的。
[0218]特定活細胞中的基因表達模式可能是其當前狀態所特有的。幾乎所有的細胞狀態或類型差異都反映在一種或多種基因的RNA水平的差異。比較未表徵的基因的表達模式可提供其功能的線索。對成百上千種基因的表達進行高通量分析可有助於(a)鑑定複雜的遺傳疾病，(b)分析隨著時間的推移組織與疾病狀態之間的差異基因表達，以及(C)藥物發現和毒理學研究。某些基因的表達水平的升高或降低與癌症生物學相關聯。例如，癌基因是腫瘤發生的正調節物，而腫瘤抑制基因是腫瘤發生的負調節物(Marshall，Cell，64:313-326(1991) ；ffeinberg, Science，254:1138-1146 (1991))。因此，本文的一些實施方案提供在癌症中、尤其是在癌發生中涉及的多核苷酸和多肽序列。
[0219]在一些實施方案中，這些方法包括靶向與正常體組織相比在乳腺癌組織中以異常水平表達的標記物。在一些實施方案中，該標記物可包括SEQ ID NO:1-70或其任意組合。
[0220]在一些實施方案中，本發明提供篩選抗癌活性的方法，其包括:(a)提供表達癌相關基因的細胞，該癌相關基因編碼選自表1 (SEQ ID NO:1-70)中所示的癌相關序列或其片段的核酸序列；(b)將可衍生自癌細胞的細胞與抗癌候選藥物接觸；(c)監測細胞樣品中抗癌候選藥物對癌相關序列的表達的影響；以及任選地(d)將不存在所述候選藥物的情況下的表達水平與存在候選藥物的情況下的表達水平進行比較。候選藥物可以是轉錄抑制劑、G蛋白偶聯受體拮抗劑、生長因子拮抗劑、絲氨酸-蘇氨酸激酶拮抗劑、酪氨酸激酶拮抗劑。在一些實施方案中，如果候選藥物調節癌相關序列的表達，則將候選藥物稱為具有抗癌活性。在一些實施方案中，抗癌活性通過測量細胞生長而測定。在一些實施方案中，候選藥物抑制或阻礙細胞生長，並稱為具有抗癌活性。在一些實施方案中，候選藥物導致細胞死亡，並因此將候選藥物稱為具有抗癌活性。
[0221]在一些實施方案中，本發明提供篩選抗乳腺癌活性的方法。在一些實施方案中，該方法包括將過表達癌相關基因的細胞與乳腺癌候選藥物接觸，該癌相關基因與選自SEQ IDNO:1-70、其同源物、其組合或其片段的癌相關序列互補。在一些實施方案中，該方法包括檢測乳腺癌候選藥物對細胞中癌相關多核苷酸的影響或對細胞生長或活力的影響。在一些實施方案中，該方法包括將不存在候選藥物的情況下的表達水平、細胞生長或活力與存在候選藥物的情況下的表達水平、細胞生長或活力進行比較；其中對癌相關多核苷酸表達、細胞生長或活力的影響表明候選藥物具有對抗過表達癌相關基因的乳腺癌細胞的活性，其中所述基因包含的序列為選自SEQ ID NO:1-70、其互補序列、其同源物、其組合或其片段的序列。在一些實施方案中，候選藥物選自轉錄抑制劑、G蛋白偶聯受體拮抗劑、生長因子拮抗劑、絲氨酸-蘇氨酸激酶拮抗劑或酪氨酸激酶拮抗劑。
[0222]在一些實施方案中，本發明提供篩選能夠調節癌相關序列的活性的治療劑的方法，其中所述序列可由包含選自SEQ ID N0:l-70和/或表1中所示的多核苷酸序列的核酸序列的核酸編碼，所述方法包括:a)將所述癌相關序列和候選治療劑組合；以及b)測定候選試劑對所述癌相關序列的生物活性的影響。在一些實施方案中，治療劑影響癌相關序列的表達；影響癌相關序列的活性。在一些實施方案中，癌相關序列是癌相關蛋白。在一些實施方案中，癌相關序列是癌相關核酸分子。
[0223]針對癌症的免疫反應
[0224]下文所公開的癌相關序列可用作抗原以刺激受試者中的免疫反應。
[0225]在一些實施方案中，可將抗原呈遞細胞(APC)用於在體內或離體活化T淋巴細胞，以引起針對表達癌相關序列的細胞的免疫反應。APC是高度特化的細胞並可包括但不限於巨噬細胞、單核細胞和樹突狀細胞(DC)。APC可加工抗原並將其肽片段與淋巴細胞活化所需的分子一起展示在細胞表面上。在一些實施方案中，APC可以是樹突狀細胞。DC可分成亞類，包括例如濾泡樹突狀細胞、朗格漢斯樹突狀細胞和表皮樹突狀細胞。
[0226]一些實施方案涉及癌相關多肽和編碼癌相關序列的多核苷酸、其片段或其突變體以及抗原呈遞細胞(諸如但不限於樹突狀細胞)在受試者中引起針對表達癌相關多肽序列的細胞(諸如但不限於癌細胞)的免疫反應的用途。在一些實施方案中，引起針對表達癌相關序列的細胞的免疫反應的方法包括:(I)分離造血幹細胞，(2)對細胞進行遺傳修飾以表達癌症相關序列，(3)將細胞分化成DC，以及(4)將DC施用給受試者(例如，人類患者)。在一些實施方案中，引起免疫反應的方法包括:(I)分離DC(或分離並分化DC前體細胞)，(2)用癌相關序列對細胞進行衝擊，以及(3)將DC施用給受試者。這些途徑在下文予以更詳細的描述。在一些實施方案中，可將衝擊後的DC或表達性DC用於離體活化T淋巴細胞。這些一般技術及其變型形式可在本領域技術人員的知識範圍內(參見例如W097/29182、TO97/04802、TO97/22349、TO96/23060、W098/01538 ；Hsu 等人，1996，NatureMed.2:52-58)，並且另外其他變型形式可能在將來發現。在一些實施方案中，將癌相關序列與受試者接觸以刺激免疫反應。在一些實施方案中，免疫反應是治療性免疫反應。在一些實施方案中，免疫反應是預防性免疫反應。例如，可將癌相關序列與受試者在刺激免疫反應有效的條件下接觸。癌相關序列可作為例如DNA分子(例如DNA疫苗)、RNA分子或多肽或其任意組合而施用。施用序列以刺激免疫反應是已知的，但是在本公開之前尚不清楚將使用的序列的種類。本文所公開的任何序列或序列組合或其同源物均可施用給受試者以刺激免疫反應。
[0227]在一些實施方案中，將樹突狀細胞前體細胞分離以通過癌相關序列轉導，然後進行誘導以分化成樹突狀細胞。進行了遺傳修飾的DC表達癌相關序列，並可在細胞表面上展示肽片段。
[0228]在一些實施方案中，所表達的癌相關序列包括天然存在的蛋白的序列。在一些實施方案中，癌相關序列不包括天然存在的序列。如前面所述，可以使用天然存在的蛋白的片段；此外，表達的多肽與天然存在的多肽相比可包含突變，諸如缺失、插入或胺基酸取代，只要至少一個肽表位可由DC加工並呈遞在MHC I類或II類表面分子上。在一些實施方案中，可能有利的是使用非「野生型」的序列，以便例如增強肽的抗原性或提高肽表達水平。在一些實施方案中，引入的癌相關序列可編碼變體，諸如多態變體(例如由特定的人類患者表達的變體)或特定癌症( 例如，在特定受試者中的癌症)所特有的變體。
[0229]在一些實施方案中，可通過多種標準方法中的任一種將癌相關表達序列引入(轉導進)DC或幹細胞，這些方法包括轉染、重組牛痘病毒、腺相關病毒(AAV)、逆轉錄病毒等。
[0230]在一些實施方案中，可將本發明的轉化DC引入受試者(例如但不限於人類患者)，其中DC可誘導免疫反應。通常，免疫反應包括針對具有抗原肽(例如，在MHC I類/肽複合物中)的靶細胞的細胞毒性T淋巴細胞(CTL)反應。這些靶細胞通常為癌細胞。
[0231]在一些實施方案中，當將DC施用給受試者時，它們可優選地從得自該受試者的前體細胞分離或衍生自該前體細胞(即，可將DC施用給自體受試者)。然而，可將細胞輸注進HLA匹配的異體或HLA不匹配的異體受試者。在後一情況中，可向受試者施用免疫抑制藥物。
[0232]在一些實施方案中，細胞可按任何合適的方式施用。在一些實施方案中，細胞可通過藥學上可接受的載體(例如鹽水)施用。在一些實施方案中，細胞可通過靜脈內、關節內、肌內、真皮內、腹膜內或皮下途徑施用。施用(即，免疫)可按一定的時間間隔重複。DC的輸注可與作用於維持DC數量和活性(例如GM-CSF、IL-12)的細胞因子的施用相結合。
[0233]在一些實施方案中，施用給受試者的劑量可以是足以隨著時間的推移在患者中誘導通過測量T細胞增殖、T淋巴細胞細胞毒性的測定法所檢測的免疫反應和/或實現有益治療反應的劑量，例如以抑制癌細胞生長或導致癌細胞數量或腫瘤大小的減小。
[0234]在一些實施方案中，獲得DC(例如，從患者中或通過前體細胞的體外分化獲得)，然後用具有癌相關序列的抗原肽衝擊。衝擊導致肽呈遞到細胞的表面MHC分子上。展示在細胞表面上的肽/MHC複合物可能能夠誘導針對表達癌相關多肽的靶細胞(例如但不限於癌細胞)的MHC限制性細胞毒性T淋巴細胞反應。
[0235]在一些實施方案中，用於衝擊的癌相關序列的長度可以為至少約6個或8個胺基酸並少於約30個胺基酸或少於約50個胺基酸。在一些實施方案中，免疫原性肽序列可具有約8至約12個胺基酸。在一些實施方案中，可以使用人類蛋白片段的混合物；作為另外一種選擇，可以使用限定序列的特定肽。肽抗原可通過以下方式產生:從頭肽合成、用酶消化純化的或重組的人類肽、從天然來源(例如受試者或得自受試者的腫瘤細胞)純化肽序列、或表達編碼人類肽片段的重組多核苷酸。
[0236]在一些實施方案中，用於衝擊DC的肽的量可取決於肽或多肽的性質、大小和純度。在一些實施方案中，可以使用約0.05ug/ml至約lmg/ml、約0.05ug/ml至約500ug/ml、約 0.05ug/ml 至約 250ug/ml、約 0.5ug/ml 至約 lmg/ml、約 0.5ug/ml 至約 500ug/ml、約
0.5ug/ml至約250ug/ml或約lug/ml至約100ug/ml量的肽。在向培養的DC添加肽抗原後，然後可允許細胞吸收並加工抗原足夠的時間並與I類或II類MHC相連在細胞表面上表達抗原肽。在一些實施方案中，吸收和加工抗原的時間可為約18至約30小時、約20至約30小時或約24小時。
[0237]已經描述了用於預測不同的MHC I類和II類分子的肽結合基序的系統和方法的許多實例。這種預測可用於預測將結合到所需的MHC I類或II類分子的肽基序。此類方法、系統以及本領域的普通技術人員可出於此目的而查閱的資料庫的實例包括:Peptide Binding Motifs for MHC Class I and II Molecules ；William E.Biddison,Roland Martin, Current Protocols in Immunology, UnitlI(D01:10.1002/0471142735.1ma01is36 ；Online Posting Date:May，2001)。
[0238]Biddison提供了肽結合基序在預測與特定MHC I或II類等位基因相互作用方面的用途，並給出了 MHC結合基序在預測T細胞識別方面的用途的實例。
[0239]表3提供了在NIH Center for Informat1n Technology(美國衛生研究院信息技術中心)網站、B1lnformatics 和 Molecular Analysis Sect1n (http://www-bimas.cit.nih.gov/cg1-bin/molb1/ken—parker—comboform)進行的 HLA 妝基序搜索的不例性結果。將全長HIST1H4H肽序列(SEQ ID NO:39)用作搜索查詢。
[0240]表3:HLA肽基序搜索的示例性結果

【權利要求】
1.一種檢測受試者中的乳腺癌的方法，包括:a)從受試者獲得樣品，b)將得自所述受試者的所述樣品與檢測由基因FSIPl、Col 10A、MMPl1、NMU和Clorf64或其補體編碼的標記物的表達的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將得自所述受試者的所述樣品中由基因FSIPl、CollOA, MMPl1、NMU和Clorf64或其補體編碼的標記物的表達水平與所述非癌性細胞中由基因FSIPl、Col 10A、MMPl1、NMU和Clorf64編碼的標記物之一的表達水平進行比較，其中與所述非癌性細胞相比所述樣品中由基因FSIPl、Col 10A、MMPl1、NMU和Clorf64表達的標記物中的至少一種的表達更高表明所述受試者患有乳腺癌。
2.一種檢測受試者中的乳腺癌的方法，包括:a)從受試者獲得樣品；b)將得自所述受試者的所述樣品與檢測由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLUC0L10Al、MMPll、DSCR6、CYP4Zl、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、COLlIAU DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC, FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE, POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達的一種或 多種試劑接觸；c)將例如得自乳腺組織的非癌性細胞的非癌性細胞與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將得自所述受試者的所述樣品中由選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BXl 16033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCC11、ANKRD30A、CNTD2、COLl IAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5, L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP, UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC,FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE, POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG, RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428, L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平與所述非癌性細胞中由選自 Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlUDSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、COLlIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNKl5,L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT、RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP、UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPU GFRAU L0C647333、POTEF、POTEE, POTEK、C2orf27A、L0C727941(XR_037440.1)、NBPF22P、P0TEG、RET、TMEM145、L0C727941(XR_037165.1)、NAT1、NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP, UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、C0L10A1或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平進行比較，其中與所述非癌性細胞相比在所述樣品中由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCClU ANKRD30A、CNTD2、COLlIAUDHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP, UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、LOC647333、POTEF、POTEE, POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG,RET、TMEM145, L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHU SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI或其補體的基因編碼的標記物中一種或多種的表達水平更高表明所述受試者患有乳腺癌。
3.根據權利要求2所述的方法，其中所述受試者為人。
4.根據權利要求2所述的方法，其中所述樣品為體液。
5.根據權利要求4所述的方法，其中所述體液為血清。
6.根據權利要求2所述的方法，其中所述試劑結合到所述標記物之一。
7.根據權利要求2所述的方法，其中所述試劑為核酸。
8.根據權利要求7所述的方法，其中所述核酸選自DNA和RNA。
9.根據權利要求2所述的方法，其中所述試劑為蛋白。
10.根據權利要求2所述的方法，其中所述蛋白為抗體。
11.據權利要求2所述的方法，其中所述樣品為組織樣品。
12.據權利要求2所述的方法，還包括從所述樣品中分離至少一種分子。
13.據權利要求12所述的方法，其中所述分子為編碼所述標記物之一的核酸。
14.據權利要求11所述的方法，其中所述分子是由選自Clorf64、L0C338579、L0C648879、HIST1H4H、ASCLU C0L10A1、MMPlU DSCR6、CYP4Z1、HIST2H4B、BX116033、C6orfl26、CLEC3A、HIST2H4A、SERHL2、FLJ23152、ABCCl1、ANKRD30A、CNTD2、COLlIAl、DHRS2、HIST1H3F、HIST1H3H、HIST2H2AB、KCNK15、L0C441376、L0C643637、L0C646360、PTPRT, RUNDC3A、SCGB2A2、SLITRK6、SYP, UBE2C、ZNF552、L0C388743、POTEC、FSIPl、GFRAl、L0C647333、POTEF、POTEE, POTEK、C2orf27A、L0C727941 (XR_037440.1)、NBPF22P、POTEG,RET、TMEM145、L0C727941 (XR_037165.1)、NATU NXPHl, SERHL2、SYCP2、D59687、CYP4Z1、L0C730024、NOSIAP、UGT2B28、GRM4、FLJ30428、L0C440905、L0C642460、MTL5、GRPR、COL1AI的基因中的一種或多種編碼的蛋白。
15.種檢測受試者中的乳腺癌的方法，包括:a)從受試者獲得樣品，b)將得自所述受試者的所述樣品與檢測由基因MMPll、Coll0A、C10rf64、ColllA、P0TEG和FSIPl或其補體編碼的標記物的表達的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將得自所述受試者的所述樣品中由基因MMPll、Coll0A、C10rf64、ColllA、POTEG和FSIPl或其補體編碼的標記物的表達水平與所述非癌性細胞中由基因MMP11、CollOA, C10rf64、ColllA, POTEG和FSIPl編碼的標記物之一的表達水平進行比較，其中與所述非癌性細胞相比所述樣品中由基因MMPl1、CollOA, C10rf64、ColllA, POTEG和FSIPl編碼的標記物中的至少一種的表達更高表明所述受試者患有乳腺癌。
16.根據權利要求15所述的方法，其中所述受試者為人。
17.根據權利要求15所述的方法，其中所述樣品為體液。
18.根據權利要求17所述的方法，其中所述體液為血清。
【文檔編號】G01N33/567GK104080924SQ201280050952
【公開日】2014年10月1日 申請日期:2012年8月16日 優先權日:2011年8月16日
【發明者】克倫·查普曼, 約瑟夫·華格納, 麥可·韋斯特, 詹妮弗·洛麗·基德, 瑪麗亞·J·普倫德斯 申請人:昂科賽特公司