成癮性的標誌物的製作方法

2023-10-11 03:59:59 2

專利名稱：：成癮性的標誌物的製作方法
技術領域：
：本發明屬於成癮性(addiction)診斷、預後和治療的領域。本發明涉及多態性和成癮性之間的相關性以及用於診斷、預後和治療成癮性的系統和試劑盒，以及鑑定成癮性調節劑的方法。附圖本申請在此通過引用全文引入包含表1的下列圖26圖26的內容如下TopSNPs.txt本圖包含隨本申請說明書一起提交的稱為表1的表格，其包含在例如實施例1、2、3等等的實施例中發現與尼古丁成癮性有關的SNP的信息，並且其為可以認為是相關序列的一些實施方案。上述表格中，第一行為具有列名稱的標題行。所述列如下1.SNPJDDPerlegen內部的SNP標識符。2.refsnp_ID每個變體的的標識號。此為通過國立衛生研究所的國立醫學圖書館的NCBI產生和維護的dbSNP資料庫的索引號)3.nda01_all_result.CASES_P所有樣品的病例等位基因頻率4.nda01_all_result.CNRLS_P所有樣品的對照等位基因頻率5.nda01_all_result.DELTA_P所有樣品的Δ等位基因頻率6.nda01_all_result.CALL_RATE所有樣品的就診率7.nda01_all_result.HWE_P_VALUE_CTRLS對照的Hardy-Weinberg平均(Hardy-Weinbergequilibrium，HWE)p-值8.nda01_all_result.GC_TREND_SCORE_P所有樣品的基因組對照-校正趨勢得分p-值9.nda01_all_result.TRENDjSCOREJFWER所有樣品的由候選基因趨勢得分算起的族系誤差率10.nda01_all_result_sex_strat.TREND_SCORE_P_SEX_STRAT所有樣品的性別-分層趨勢得分p-值11.nda01_regression_result.ALL_GLM_P_VALUE對所有樣品的病例/對照ANOVAp-值的邏輯回歸12.nda01_regression_result.ALL_LM_P_VALUE對所有樣品的FIND得分ANOVAp-值的線性回歸13.nda01_ig_result.CASES_P合併的樣本的病例等位基因頻率14.nda01_ig_result.CTRLS_P合併的樣本的對照等位基因頻率15.nda01_ig_result.DELTA_P合併的樣本的Δ等位基因頻率16.nda01_ig_result.CALL_RATE合併的樣本的就診率17.nda01_ig_result.HWE_P_VALUE_CTRLS合併的樣本中對照的HWEp-值18.nda01_ig_result.TREND_SCORE_P合併的樣本的趨勢得分的未校正p-值19.nda01_ig_result_sex_strat.TREND_SCORE_P_SEX_STRAT合併的樣本的性別-分層趨勢得分p-值20.nda01_regression_result.IG_GLM_P_VALUE對合併的樣本的病例/對照ANOVAp-值的邏輯回歸21.nda01_regression_result.IG_LM_P_VALUE對合併的樣本的FTND得分ANOVAp-值的線性回歸22.nda01_rep_result.CASES_P確認樣品的病例等位基因頻率23.nda01_rep_result.CTRLS_P確認樣品的對照等位基因頻率24.nda01_rep_result.DELTA_P確認樣品的Δ等位基因頻率25.nda01_rep_result.CALL_RATE確認樣品的就診率26.nda01_rep_result.HWE_P_VALUE_CTRLS確認樣品中對照的HWEp-值27.nda01_rep_result.GC_TREND_SCORE_P確認樣品的基因組對照-校正趨勢得分p-值28.nda01_rep_result_sex_strat.TREND_SCORE_P_SEX_STRAT確認樣品的性別-分層趨勢得分p-值29.nda01_regression_result.REP_GLM_P_VALUE對確認樣品的病例/對照ANOVAp-值的邏輯回歸30.nda01_regression_result.REP_LM_P_VALUE對確認樣品的FTND得分ANOVAp-值的線性回歸31.CHROMOSOMEJDD其中SNP作圖於人基因組的NCBIBuild35的染色體32.contig(重疊群)其上SNP作圖於人基因組NCBIBuild35的重疊群33.位點其中SNP作圖的染色體上的位點34.基因名稱SNP作圖於其附近或內部的基因的基因符號35.基因超連結指示基因可在NCBIGENE資料庫中找到36.HIT_TYPE其中SNP位於相關基因的例如上遊、下遊、內含子、外顯子中等等。37.同義詞SNP等位基因是否在所述基因序列中產生同義(＂是＂)或非-同義(＂否＂)的變化38.is_candidate_region如果SNP選自候選基因區域的SNP則為1；如果SNP選自合併SNP的分析則為039.備註關於SNP的另外的注釋
背景技術：
：根據發病率、死亡率和對社會的經濟成本，尼古丁成癮性的影響是巨大的。菸草每年殺死超過430,000美國公民，超過酒精、古柯鹼、海洛因、殺人案件、自殺、車禍、火災和AIDS的加在一起的人數。在美國菸草的使用為主要的可預防的死因。經濟上看，每年全部美國保健花費的估計800億美元可歸因於吸菸。然而，此花費遠遠低於社會的總成本，因為其不包括來自吸菸-引起的火災的燒傷護理，母親吸菸的低-出生-重量嬰兒的產期護理以及與由二手菸引起的疾病有關的醫療護理。合起來，直接和間接的吸菸花費估計為每年1380億美元。尼古丁為來自菸草產品如香菸、雪茄、菸斗和無煙菸草產品，如鼻煙和嚼用菸草的煙霧中發現的數千化合物的一種。尼古丁為最常用的上癮藥物的一種。在19世紀早期最初鑑定時，尼古丁為作用於腦的菸草中主要成分，並且表明具有許多複合物且有時對腦和身體具有不可預知的作用。成癮性以強迫性的尋求藥物並且使用，甚至不顧負面健康後果為特徵。大部分吸菸者認為菸草有害並且表示希望減少或停止使用，但每年接近3500萬認真嘗試放棄的人中小於7％的能夠成功。對於最初使用並且最終成癮，還有一些因素充當決定因素，如其高水平的可得性，菸草使用的法律和社會後果的少數，以及菸草公司所用的改進的銷售和廣告宣傳方法。研究已經表明尼古丁如何提高腦迴路中調節快感的多巴胺的水平，所謂的回報途徑，以及其對成癮性質最重要。還發現尼古丁的藥物動力學性質增強其濫用的可能性。香菸煙霧產生尼古丁的快速分布以使大腦死亡，在吸入的10秒內達到藥物水平的峰值。在幾分鐘內尼古丁的急性效應消散，引起吸菸者整天持續頻繁給量以維持藥物的快樂作用並且防止消退。發明概述本發明提供大量尼古丁成癮性(nicotineaddiction)和各種多態性等位基因之間的新的遺傳相關性(correlation)，其提供易感個體早期檢測的基礎，以及在分子和細胞水平提高對尼古丁成癮性和相關病症的認識。本發明的這些和其它的特徵在以下綜述中將是明顯的。因此，本發明提供各種多態性和成癮性表型之間的之前未知的相關性，例如對尼古丁成癮性的敏感性。這些多態性(或其連接的基因座)的檢測因此提供用於鑑定處於尼古丁成癮性和相關病症風險中有效和精確的方法和系統。此外，這些多態性的鑑定提供用於鑑定成癮性表型調節劑的高-通量系統和方法。表1提供多態性的說明。多態性的說明還包括表21的多態性，α5菸鹼樣受體基因rs16969968的多態性或具有包括如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡(linkagedisequilibrium)的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、表6的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因的多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。因此，第一個方面提供鑑定生物體或源自其的生物樣品成癮性表型的方法。該方法包括檢測所述生物體或生物樣品中基因或緊密連接其的基因座的多態性。基因實例包括列於表1的那些，其中多態性與成癮性表型有關。同樣，表1或緊密連接其的基因座的多態性檢測可用於鑑定與成癮性表型有關的多態性。在兩種情況下，相應多態性的存在與成癮性表型相關連，由此鑑定相應的成癮性表型。與成癮性有關的任何表型可以構成成癮性表型，例如表型可包括對尼古丁成癮性增強的敏感性，等等。所述方面還包括多態性，例如表21中的多態性、α5菸鹼樣受體基因rs16969968的多態性或具有包括如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18中的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、表6的VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因的多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9中的多態性。生物體或生物樣品可以是或可以源自哺乳動物。例如，生物體可以是人患者，或生物樣品可以源自人患者(血液、淋巴、皮膚、組織、唾液、源自其的原代或次代細胞培養物等等)。檢測多態性可以包括擴增多態性或與此關聯的序列以及檢測得到的擴增子。例如，擴增多態性可以包括將擴增引物或擴增引物對與分離自生物體或生物樣品的核酸模板混合。引物或引物對通常與基因或其它多態性，或其鄰近序列的至少一部分互補或部分互補，並且能夠通過核酸模板上的聚合酶起始核酸聚合作用。擴增還可以包括在DNA聚合反應中利用聚合酶和模板核酸延伸引物或引物對以產生擴增子。擴增子可以通過將擴增子與陣列雜交、用限制性內切酶消化擴增子、實時PCR分析、擴增子的測序等等檢測。任選地，擴增可以包括利用分離自生物體或生物樣品的核酸作為PCR、RT-PCR或LCR中的模板而進行聚合酶鏈式反應(PCR)、逆轉錄酶PCR(RT-PCR)或連接酶鏈式反應(LCR)。任選地，擴增可以包括進行全-基因組擴增，如例如2005年6月30日提交的USSN11/173,309，題為＂HybridizationofGenomicNucleicAcidwithoutComplexityReduction.＂中所述。其它形式可以包括等位基因特異性雜交、單核苷酸延伸等等。多態性可以是任何可檢測的多態性，例如SNP。例如，等位基因可以是表1中記錄的任何那些等位基因。等位基因可以與一種或多種成癮性表型正相關或可以負相關。每種的實例在表1中描述。另外的實例包括表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因rs16969968的多態性或具有包括如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、表6的VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因的多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。與列於表1的基因緊密連接的多態性和/或表1的任何多態性可以用作成癮性表型的標誌物(marker)。所述緊密連接的標誌物通常離目的基因或其它目的多態性(例如表1中的等位標誌基因座(alleticmarkerlocus))約20cM或更近，例如15cM或更近，常常為10cM或更近並且在某些優選實施方案中，為5cM或更近。連接標誌物(linkermarker)當然可以離表1的基因或標誌基因座近於5cM，例如4、3、2、1、0.5、0.25、0.1cM或更近。通常，連鎖(linkage)(或關聯(association))越緊密，越容易預測關聯的標誌物為基因或給定的標誌基因座(或關聯)的等位基因。這裡也可任選地使用其它的多態性，例如表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因rs16969968的多態性或具有包括如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、表6的VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因的多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。一個典型的實施方案中，通過對照包括多態性的等位基因和表型之間相關性的查閱表進行多態性關聯。該表可以為例如包括相關的關聯信息的紙或電子資料庫。在一個方面，資料庫可以為包括多重關聯並且同時考慮多重關聯關係的多維資料庫。使用查閱表可包括通過查表提取關聯信息或可包括更多的複雜統計分析，如主成分分析(principlecomponentanalysis，PCA)、追蹤和/或更新關聯信息(例如神經網絡)的啟發式算法、隱馬爾可夫模型(hiddenMarkovmodeling)等等。關聯信息可用於確定易感性(例如患者對成癮性的敏感性，例如尼古丁成癮性)和預後(例如戒菸常規方法根據患者基因型而有效的可能性)。包括例如用於鑑定此處標誌物的探針的試劑盒也為本發明的特徵，該標誌物例如包裝在合適容器中，其帶有用於關聯檢測的等位基因與成癮性表型，例如對成癮性增強的敏感性的說明書。另外的方面，提供鑑定成癮性表型調節劑的方法。該方法包括將可能的調節劑與基因或基因產物接觸，如對應於列於表1的那些的基因產物，和/或表1中任何的基因產物，和/或對應於任何這些基因產物的基因。檢測可能的調節劑對基因或基因產物的作用，由此鑑定該可能的調節劑是否調節成癮性表型。上述用於等位基因、基因、標誌物等等的所有特徵也適用於這些方法。所述方法還包括多態性，如表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因rs16969968的多態性或具有包括如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、表6的VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因的多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。篩選的目的作用包括(a)調節劑存在時增強或降低表1的任何基因和/或這些基因編碼的任何蛋白質的表達；(b)調節劑存在時表1的任何基因和/或這些基因編碼的任何蛋白質表達時間或位置的改變；(c)調節劑存在時表1的任何基因編碼的任何基因產物任何活性的改變；和/或(d)調節劑存在時表1的基因編碼的蛋白質定位的改變。這裡多態性也可包括表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因rs16969968的多態性或具有包括如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、表6的VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因的多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。本發明還包括用於成癮性表型治療的試劑盒。在一個方面，試劑盒包括通過以上方法鑑定的調節劑和用於將該化合物給予患者以治療成癮性表型的說明書。另外的方面，提供鑑定生物體或源自其的生物樣品成癮性表型的方法。所述系統包括，例如設置以檢測與成癮性表型關聯的一種或多種基因或相連基因座的至少一種等位基因的標誌物探針和/或引物組，其中該基因包括或編碼表1的任何基因或基因產物。通常，標誌物探針或引物組可包括或檢測表1的核苷酸序列，或與其緊密連接的等位基因。該系統通常還包括設置以檢測一種或多種來自該標誌物探針和/或引物組或由該標誌物探針和/或引物組產生的擴增子的信號輸出(例如光輻射)的檢測器，由此確定等位基因的存在或不存在。將預測的成癮性表型與等位基因的存在或缺乏相關聯，由此鑑定生物體或源自其的生物樣品成癮性表型的系統說明書也是該系統的特徵。該說明書可包括至少一種查閱表(lookuptable)，其包括一種或多種等位基因的存在或缺乏與成癮性易感性之間的關聯。該系統可進一步包括樣品，其通常源自哺乳動物，包括例如基因組DNA、擴增的基因組DNA、cDNA、擴增的cDNA、RNA或擴增的RNA。此處系統還可以包括表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因rs16969968的多態性或具有包括如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、表6的VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因的多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。可以理解的是以上方法、系統和試劑盒可全部以不同的組合一起使用，並且所述方法的特徵可反映在系統和試劑盒中，反之亦然。附圖簡述本專利或申請文件包含至少一種彩圖。具有彩圖的本專利或專利申請的拷貝將根據要求和支付必要的費用而由專利商標局提供。圖1-6顯示實施例1中第I輪組(round1sets)的Q-Q曲線圖。圖7顯示來自實施例1的SNPS順序組中FDRq-值的曲線圖。圖8顯示第一個600SNP的放大區域。圖9顯示實施例1的有序分布曲線圖。圖10顯示第一個300SNP的放大區域。圖11顯示整個實施例1中21SNP滑動窗符號一致。圖12顯示與實施例1中圖11的101窗口大小的符號一致。圖13顯示實施例3中候選基因關聯分析的結果。圖14，平板(panel)a-c，顯示實施例3中上部關聯信號的詳細結果。圖15，平板a和b，顯示菸鹼樣受體基因的(A)CHRNB3-CHRNA6和(B)CHRNA5-CHRNA3-CHRNB4簇中標誌物之間的連鎖不均衡(LD)。圖16顯示用於影響發展成尼古丁依賴性風險的基因的基因組-寬關聯掃描的P值。圖17，平板a和b，顯示(A)選自合併基因型級的31,960個基因型SNP的I級樣品的p-值分布和(B)在H級添加的另外的樣品的p-值分布。圖18顯示來自合併的和第I時期樣品(StageIsample)各基因分型的等位基因頻率散布圖。圖19顯示利用不同標準選擇的SNP的標準誤的分布圖。圖20顯示產生自在第II時期(stageII)時加至第I時期樣品的邏輯回歸ANOVA偏差的Q-Q圖。圖21顯示CHRNA5基因中SNP中的LD和r2。圖22顯示CHRNA5的單倍型網絡。圖23顯示不同種的α5菸鹼受體的對比序列分析。圖24顯示rs16969968的A等位基因分布。圖25顯示影響nAChR功能的多態性。圖26顯示錶1。發明詳述本發明提供表1中基因或基因座中或鄰近的基因或基因座中多態性和成癮性表型之間的相關性。因此，這些基因座、基因或基因產物(例如RNA或蛋白質產物)中具體的多態性的檢測提供用於鑑定具有或處於成癮性風險例如尼古丁成癮性等等中的患者的方法。用於檢測和將等位基因與成癮性表型關聯，例如用於實施該方法的系統也是本發明的特徵。此外，這些多態性的鑑定提供用於鑑定成癮性表型調節劑的高-通量系統和方法。提供下列定義以更清楚地確定本發明的各方面。其不應用於任何其它的相關或無關的申請或專利。定義可理解的是本發明不限於具體的實施方案，其當然可以有變化。還應理解此處所用的術語僅用於描述具體的實施方案而不試圖限制。如本說明書和附加的權利要求中所用的，除非上下文另外明確規定，例如單數和單數形式「一」、「一個」和「這個」的術語可任選地包括複數對象。因此例如，「探針」的引用任選地包括多種探針分子；同樣取決於上下文，術語「核酸」的使用任選地包括，實際上也是如此，核酸分子的許多拷貝。用於基因或蛋白質的字母名稱可指基因形式、RNA形式和/或蛋白質形式，取決於上下文。技術人員完全能通過參考此處的序列、已知序列和遺傳密碼而將有關生物分子的核酸和胺基酸形式相對應。除非另有陳述，核酸以5』至3』的方向從左到右書寫。說明書內列舉的數值範圍包括定義範圍的數值並且包括該定義的範圍內每個整數或任何非-整數部分。除非另外定義，此處所用的所有技術和科學名詞具有本發明所屬本領域的普通技術人員通常所理解的相同的含義。雖然與此處所述的那些相似或同等的任何方法和材料可用於本發明的實踐或檢驗，此處描述了該優選材料和方法。在描述和權利要求本發明時，下列術語根據以下所述的定義使用。「表型」為個體或群體中可觀察到的性狀或性狀的集合。性狀可以是定量的(定量性狀或QTL)或定性的。例如，對成癮性的敏感性為可根據此處的方法、組合物和系統監測的表型。「成癮性表型(addictionphenotype)」為個體中呈現發展為成癮性的傾向性的表型或呈現對成癮性增強的敏感性的表型。呈現成癮性的傾向性的表型例如在具有該表型的個體中比給定環境條件組下的常規群體成員中表現出更高的成癮性出現的可能性。成癮性表型包括，例如對成癮性的敏感性或對成癮性降低的耐受性病史的存在，如尼古丁成癮性或對其它物質如古柯鹼、海洛因、酒精、脫氧麻黃鹼等等的成癮性。成癮性表型還包括對任何上述表型的治療(無論是預防性的與否)的應答，包括有效的應答以及副作用。「多態性」為可變的基因座；其在群體內為具有超過一種型式或等位基因的多態性的核苷酸序列。術語＂等位基因＂指兩種或多種不同核苷酸序列中的一種，其在特定的基因座出現或由其編碼，或由所述基因座編碼的兩種或多種不同的多肽序列。例如，第一個等位基因可出現在一條染色體上，而第二個等位基因出現在第二個同源染色體上，例如在雜合體的不同染色體或群體中不同的純合或雜合體之間出現。多態性的一個實例為「單核苷酸多態性」(SNP)，其為基因組中單個核苷酸位點的多態性(該指定位點的核苷酸在個體或群體之間變化)。當等位基因與性狀關聯並且當該等位基因的存在為包括該等位基因的個體中將出現該性狀或性狀形式的指示時，該等位基因與該性狀正相關。當等位基因與性狀關聯並且當該等位基因的存在為包括該等位基因的個體中不出現該性狀或性狀形式的指示時，該等位基因與該性狀負相關。當標誌物多態性或等位基因與表型可在統計上關聯時(正或負)，該標誌物多態性(markerpolymorphism)或等位基因與該特定表型(成癮性易感性等等)相關。該相關實際上常常推論為在本質上有因果關係，但其不必為某性狀基因座的簡單的遺傳連鎖(與之相關)，在該性狀下表型是充分的。「有利的等位基因」是在特定基因座的等位基因，其與所需表型例如對成癮性的抵制呈正相關，或者是與不想要的表型呈負相關的等位基因，例如與成癮性傾向呈負相關的等位基因。關聯標誌物的有利的等位基因為與有利的等位基因分離的標誌物等位基因。染色體區段的有利的等位形式為包括物理上位於該染色體區段上的一個或多個基因位點處與所需表型正相關或與不利表型負相關的核苷酸序列的染色體區段。「不利的等位基因」為特定基因座的等位基因，其與所需表型呈負相關，或者與不想要的表型呈正相關，例如與成癮性易感性呈正相關。關聯標誌物的不利的等位基因為與不利的等位基因分離的標誌物等位基因。染色體區段的不利的等位形式為包括物理上位於該染色體區段上的一個或多個基因位點處與所需表型負相關或與不想要的表型正相關的核苷酸序列的染色體區段。「等位基因頻率」指個體內、系內或系的群體內等位基因存在於基因座的頻率(比例或百分比)。例如，對於等位基因「A」，二倍體基因型個體「AA」、「Aa」或「aa」分別具有1.0、0.5或0.0的等位基因頻率。可以通過平均來自系或群體的個體樣品的等位基因頻率而評估該系或群體內的等位基因頻率。同樣，可以通過平均組成群體的系的等位基因頻率而計算群體內的等位基因頻率。術語「純合的(homozygous)」指，如果個體在給定基因座只有一種類型的等位基因，那麼該個體是純合的(例如兩個同源染色體的每一個基因座有相同的等位基因的拷貝的二倍體個體。)如果給定的基因座存在超過一種等位基因型，則個體為「雜合的」(例如具有兩種不同等位基因的每種一個拷貝的二倍體個體)。術語「同質性(homogeneity)」表示群體中成員具有一種或多種特定基因座的相同基因型。相反，術語「異質性(heterogeneity)」用於表示組內個體在一種或多種特定基因座方面不同。「基因座(座位)(locus)」是染色體上的位置或區域。例如，多態性基因座為其中多態性核酸、性狀決定因素、基因或標誌物定位的位置或區域。另一個例子中，「基因座」為其中發現特定基因的物種基因組中特定的染色體部位。同樣，術語「定量性狀基因座」或「QTL」指具有至少兩種等位基因的基因座，其在至少一種遺傳背景中，例如在至少一種繁殖種群或子代中分別影響表達或改變定量或連續表型性狀的變化。「標誌物」、「分子標記」或「標誌物核酸」指在鑑定基因座或連鎖基因座時用作參照點的核苷酸序列或其編碼產物(例如蛋白質)。標誌物可以源自基因組核苷酸序列或來自表達的核苷酸序列(例如來自RNA、cDNA等等)，或來自編碼的多肽。該術語還指與該標誌物序列互補或其側翼的核酸序列，如用作能夠擴增該標誌物序列的探針或引物對的核酸。「標誌物探針」為可用於鑑定標誌物基因座存在的核酸序列或分子，例如與標誌物基因座序列互補的核酸探針。當核酸在溶液中例如根據Watson-Crick鹼基配對規則特異性雜交時，核酸為「互補的」。「標誌物基因座」為可用於追蹤第二個連鎖基因座存在的基因座，例如編碼或有助於表型性狀群體變化的連鎖或關聯基因座。例如，標誌物基因座可用於監測基因座等位基因的分離，如與標誌物基因座在遺傳學上或物理上連鎖的QTL。因此，「標誌物等位基因」或者「標誌物基因座的等位基因」為在該標誌物基因座多態性的群體中標誌物基因座處發現的多種多態性核苷酸序列的一種。在一個方面，本發明提供與目的表型，例如成癮性易感性/耐受性(抵抗性)有關的標誌物基因座。每種鑑定的標誌物預計與遺傳因子，例如有助於相關表型的QTL在物理學上和遺傳學上緊密鄰近(產生物理和/或遺傳連鎖)。對應於群體成員之間遺傳多態性的標誌物可通過本領域已有的方法檢測。所述方法包括，例如基於PCR的序列特異性擴增方法、限制性片段長度多態性(RFLP)的檢測、同功酶標誌物的檢測、等位基因特異性雜交(ASH)的檢測、單核苷酸延伸的檢測、擴增的基因組可變序列的檢測、自主序列複製的檢測、單序列重複(SSR)的檢測、單核苷酸多態性(SNP)的檢測或擴增片段長度多態性(AFLP)的檢測。「遺傳圖譜」為給定的物種內一條或多條染色體上基因座之間遺傳連鎖(或關聯)關係的說明，通常以圖表或表格形式描述。「作圖」為通過使用遺傳標記、標誌物的群體分離和標準的重組頻率遺傳原理定義基因座連鎖關係的過程。「作圖位置」為相對於其中可在給定的物種內發現特定標誌物的連鎖遺傳標記，遺傳圖譜上的指定部位。術語「染色體區段」指存在於單條染色體上基因組DNA的連續的線性跨度。同樣，「單倍型」為個體或群體的遺傳物質中發現的基因座組(該組可以是連續的或非-連續的)。本發明上下文中，遺傳因子如此處的一種或多種等位基因和一種或多種連鎖標誌物等位基因可以坐落在染色體區段內並且因此也遺傳連鎖指定的小於或等於20分摩(centimorgan，cM)或更短的遺傳重組距離，例如15cM或更短，常常為10cM或更短，例如約9、8、7、6、5、4、3、2、1、0.75、0.5、0.25或0.1CM或更短的遺傳重組距離。也就是說，單個染色體區段內兩種緊密連鎖的遺傳因子在減數分裂期間互相以小於或等於約20％，例如約19％、18％、17％、16％、15％、14％、13％12％、、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.75％、0.5％、0.25％或0.1％或更小的頻率重組。「基因重組頻率」是兩個基因座之間重組事件的頻率。重組頻率可以通過減數分裂期間標誌物和/或性狀的分離而觀察。本發明上下文中，當相關的基因座因為關聯而為相同連鎖群的一部分並且連鎖不均衡時，標誌物基因座與另一個標誌物基因座或其它的基因座(例如成癮性易感性基因座)關聯(連接)。這在當標誌物基因座和連鎖基因座在子代中比隨機分離時更頻繁地發現在一起時發生。同樣，標誌物基因座還可以與所述性狀關聯，例如當標誌物基因座與給定性狀連鎖不均衡時標誌物可以與所述給定的性狀(成癮性耐受性或易感性)關聯。術語「連鎖不均衡」指基因座或性狀(或兩者)不隨機分離。在任何一種情況下，連鎖不均衡暗示相關的基因座在充分物理鄰近一段染色體內以使其以大於隨機頻率而一起分離(在共-分離性狀的情況下，支持性狀的基因座相互充分接近)。連鎖基因座在超過50％的時間內共-分離，例如約51％至約100％的時間內。有利地，兩個基因座緊密接近使得減數分裂期間同源染色體對之間的重組在兩個基因座之間不以高頻率發生，這樣使得緊密連鎖的基因座在至少約80％的時間，更優選至少約85％的時間，再優選至少90％的時間，例如91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.75％或99.90％或更多時間共-分離(co-segregate)。本申請中短語＂緊密連鎖＂指兩個連鎖基因座(例如，如此處表1中鑑定的一種SNP和第二個連鎖等位基因)之間的重組以等於或小於約20％的頻率發生。以另一種方式，緊密(或緊緊)連鎖的基因座在至少80％的時間內共-分離。當標誌物基因座與靶基因座(例如成癮性的QTL，或者僅僅是其它的成癮性標誌物基因座)緊密連鎖時，其對本發明尤其有用。標誌物與靶基因座連接越緊密，該標誌物為靶基因座的越好的指示物。因此，在一個實施方案中，緊密連鎖的基因座如標誌物基因座和第二種基因座呈現約20％或更低，例如15％或更低，例如10％或更低，優選約9％或更低，更優選約8％或更低，再更優選約7％或更低，更優選約6％或更低，再更優選約5％或更低，更優選約4％或更低，再更優選約3％或更低，並且更優選約2％或更低的基因座內重組頻率。在非常優選的實施方案中，相關的基因座(例如標誌物基因座和靶基因座如QTL)呈現約1％或更低，例如約0.75％或更低，更優選約0.5％或更低，或再更優選約0.25％或更低，或更優選約0.1％或更低的重組頻率。定位至相同染色體，並且在使得這兩個基因座之間以小於約20％，例如15％，更優選10％(例如約9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.75％、0.5％、0.25％、0.1％或更低)的頻率重組的距離內的兩個基因座稱為相互「鄰近的」。當涉及兩個連鎖遺傳因子，如體現性狀的遺傳因子和鄰近的標誌物之間的關係時，＂偶聯＂期連鎖表示其中性狀基因座上「有利的」等位基因作為各自連鎖標誌物基因座的「有利的」等位基因而物理關聯於相同染色體鏈上的時期。偶聯期中，兩種有利的等位基因通過繼承該染色體鏈的子代一起遺傳。「排斥」期連鎖中，目的基因座的「有利的」等位基因(例如成癮性易感性的QTL)作為鄰近的標誌物基因座處「不利的」等位基因而物理關聯於相同染色體鏈上，並且這兩個「有利的」等位基因並不一起遺傳(即這兩個基因座互相＂不同相＂)。在核酸背景中術語「擴增」為藉此產生所選核酸(或其轉錄形式)的另外的拷貝的任何過程。典型的擴增方法包括基於各種聚合酶的複製方法，包括聚合酶鏈式反應(PCR)和全基因組擴增、連接酶介導的方法如連接酶鏈式反應(LCR)和基於RNA聚合酶的擴增方法(例如通過轉錄)。「擴增子」為擴增的核酸，例如通過任何有效的擴增方法(例如PCR、LCR、轉錄等等)擴增模板核酸而產生的核酸。「基因組核酸」為序列上對應於細胞中可遺傳核酸的核酸。常見的實例包括核基因組DNA和其擴增子。基因組核酸有時不同於剪接的RNA或相應的cDNA，因為剪接的RNA或cDNA例如通過剪接結構除去內含子而加工。基因組核酸任選地包括未-轉錄的(例如染色體結構序列、啟動子區域、增強子區域等等)和/或未-翻譯的序列(例如內含子)，而剪接的RNA/cDNA通常不具有未-轉錄的序列或內含子。「模板基因組核酸」為在擴增反應(例如基於聚合酶的擴增反應如PCR、全基因組擴增、連接酶介導的擴增反應如LCR、轉錄反應等等)中充當模板的基因組核酸。「外源核酸」是對序列、基因組位置，或兩者而言，對特定系統不是天然的核酸。如此處所用的，應用於多核苷酸或多肽的術語「外源的」或「異源的」通常指人工提供給生物系統(例如細胞、個體等等)並且對該特定的生物系統並不是天然的的分子。該術語可表示相關的物質來源於除了天然存在的來源外的來源，或可指具有其部分的非天然的構型、遺傳位置或排列的分子。當指將異源或外源的核酸移位入細胞時術語「導入」指利用任何方法將核酸摻入細胞。該術語包含所述核酸的導入方法如「轉染」、「轉化」和「轉導」。「載體」指將核酸片段轉入細胞的多核苷酸或其它分子。術語「媒介物」有時可與「載體」互換使用。載體任選地包括介導載體維持並且能夠進行其所需的用途的部分(例如複製所必需的序列、賦予藥物或抗生素抗性的基因、多克隆位點、可操作連接的啟動子/增強子元件，其使得能夠表現克隆的基因等等)。載體常常源自質粒、噬菌體或植物或動物病毒。「克隆載體」或「穿梭載體」或「亞克隆載體」包含便於亞克隆步驟的可操作連接的部分(例如包含多個限制性核酸內切酶位點的多克隆位點)。如此處所用的術語＂表達載體＂指包括便於編碼序列在特定的宿主生物體中表達的可操作連接的多核苷酸序列的載體(例如細菌表達載體或哺乳動物細胞表達載體)。便於在原核生物中表達的多核苷酸序列一般常常包括與其它序列一起的，例如啟動子、操縱基因(可選的)和核糖體結合位點。真核細胞可使用啟動子、增強子、終止子和聚腺苷酸化信號以及其它的序列，其通常不同於原核生物所使用的那些。在一個可選的實施方案中，對應於此處基因座的基因克隆入表達載體並且表達，其基因產物用於此處用於調節劑鑑定的方法和系統中。當其利用給定的核酸的序列構建時或當特定的核酸利用給定的核酸構建時，該特定的核酸「源自」給定的核酸。「基因」為基因組中一起編碼一種或多種表達分子例如RNA或多肽的一種或多種核苷酸序列。基因可包括轉錄為RNA，其可隨後翻譯為多肽序列的編碼序列，並且可包括有助於基因的複製或表達的關聯結構或調控序列。本發明中的目的基因包括那些包括表1基因座的那些基因或緊密連鎖至表1基因座的那些基因。「基因型」為一個或多個基因座處個體(或個體組)的基因組成。基因型通過個體的一個或多個已知基因座的等位基因定義，通常等位基因的彙編遺傳自其親本。「單倍型」為單條DNA鏈上多個基因座處個體的基因型。通常，通過單倍型描述的基因座在物理和遺傳上連鎖，即在相同的染色體鏈上。標誌物或探針「組」指標誌物或探針的集合或歸組，或源自其中的數據，其用於共同的目的，例如鑑定具有特定表型的個體(例如成癮性耐受性或易感性)。常常，對應於標誌物或探針，或源自其用途的數據存儲在電子介質中。雖然每個組成員具有對於特定目的的功用，選自該組的個體標誌物以及包括一些，而不是所有標誌物的子集對於實現特定的目的也是有效的。「查閱表(lookuptable)」為一個表，其將數據的一種形式關聯至另一種，或具有預計結果的數據的一種或多種形式關聯至相關的數據。例如，查閱表可包括等位基因數據和預計性狀之間的關聯性，包含一種或多種給定等位基因的個體很可能呈現該性狀。這些表可以為，並且通常為多維的，例如在進行性狀預測中同時考慮多個等位基因，以及任選地也考慮其它的因素，如遺傳背景。「計算機可讀介質」為可通過利用可利用的或客戶界面的計算機訪問的信息存儲介質。實例包括存儲器(例如ROM或RAM，快閃記憶體等等)、光存儲介質(例如CD-ROM)、磁存儲介質(計算機硬碟、軟盤等等)、穿孔卡和許多市場上可買到的其它的存儲器。信息可在目的系統和計算機之間傳輸，或從計算機傳輸或傳輸至計算機的用於存儲信息貯存或訪問的可讀介質。該傳輸可以是電傳遞，或可通過其它有效的方法進行，如IR連結、無線連接等等。「系統指令」為可通過系統部分或全部執行的指令組。通常，指令組以系統軟體呈現。「翻譯產物」為作為核酸翻譯的結果產生的產物(通常為多肽)。＂轉錄產物＂為作為核酸轉錄(例如DNA)的結果產生的產物(例如RNA、任選地包括mRNA或例如催化活性或生物學活性的RNA)。「陣列(array)」為要素的集合。該集合可以是空間有序的(「模式陣列(patternedarray)」)或無序的(「隨機模式」陣列)。陣列可以形成或包括一種或多種功能性要素(例如微陣列上的探針區域)或其可以是無功能的。如此處所用的，術語「SNP」或「單核苷酸多態性」指個體之間的遺傳變異；例如生物體的DNA中可變的單個含氮鹼基的位置。如此處所用的，「SNPs」為SNP的複數。當然，當此處指DNA時，所述引用可包括DNA的衍生物例如擴增子，其RNA轉錄物等等。概述本發明包括表1的多態性之間的新的相關性(和包括或鄰近該多態性的基因)以及一種或多種成癮性表型(例如對成癮性的傾向性)。這些基因或基因產物中以及與之連鎖的某些等位基因預示具有該相關等位基因的個體發展成癮性或成癮性表型的可能性。因此，這些等位基因通過任何有效方法的檢測可用於診斷目的，如成癮性表型的早期檢測、對成癮性表型敏感性的診斷、呈現成癮性表型的患者的預後以及用於確定呈現或處於發展成癮性表型風險中的患者合適的治療或預防。表1的多態性、基因或基因產物與成癮性表型關聯的鑑定也提供用於篩選成癮性病症潛在的調節劑的平臺。對應於表1多態性的任何基因或編碼的蛋白質的活性調節劑預計對成癮性表型起作用。因此，篩選的方法、用於篩選的系統等等為本發明的特徵。通過這些篩選方法鑑定的調節劑也為本發明的特徵。用於成癮性表型診斷和治療的試劑盒，其例如包括鑑定相關等位基因的探針、包裝材料以及用於將相關等位基因的檢測與成癮性表型關聯的說明書，也為本發明的特徵。這些試劑盒還可以包括成癮性表型的調節劑和/或用於利用常規方法治療患者的說明書。確定成癮性傾向性的方法如所要注意的，本發明提供表1的某些基因或其它的基因座與成癮性表型有關的發現。因此，通過檢測與有關表型正或負相關的標誌物(例如表1中的SNP或與其緊密連鎖的基因座)，可確定個體或群體是否可能包括這些表型。此提供加強的早期檢測選擇以確定患者是否有處於發展成癮性表型(例如尼古丁成癮性等等)的風險，有時例如通過採取早期的預防性措施可以預防成癮性表型的實際的發生。此外，例如通過提供患者可對成癮性的常規療法有多大可能響應的指標，對該病症是否存在分子基礎的認識還可以幫助確定患者的預後。疾病治療還可以基於患者呈現什麼類型的分子病症而為靶向性的。此外，此處各種標誌物的用途也增加了現有診斷技術的確定性，所述診斷技術用於確定患者是否患有或將發展特定的成癮性表型。對於利用用於風險評估、診斷、預後和治療的標誌物的特定方法，參見例如2004年9月30日提交的USSN10/956,224，題為＂MethodsforGeneticAnalysis，＂以及2005年3月3日提交的PCT申請US2005/007375，題為＂MethodsforGeneticAnalysis＂。個體或群體是否可能包括一種或多種成癮性表型的測定可包括檢測與有關的表型正或負相關的標誌物(例如表1中的SNP或緊密連鎖的基因座)，以及結合其它的檢驗以提供另外的風險分層(對於結合表型利用基因型的方法，參見例如，USSN11/043,689，2005年1月24日提交，題為＂AssociationsusingGenotypesandPhenotypes＂)。用於檢測有關等位基因的檢測方法可包括任何可利用的方法，例如擴增技術。例如，檢測可包括擴增多態性或與此關聯的序列以及檢測得到的擴增子。此可包括將擴增引物或擴增引物對與分離自生物體或生物樣品的核酸模板(例如包括SNP或其它的多態性)混合，例如其中引物或引物對與基因或緊密連鎖的多態性的至少一部分或與其鄰近的序列互補或部分互補。所述引物通常能夠通過核酸模板上的聚合酶起始核酸聚合作用。引物或引物對例如在包含聚合酶和模板核酸的DNA聚合反應中(PCR、RT-PCR等等)延伸以產生擴增子。擴增子通過任何可利用的檢測方法檢測，例如測序、將擴增子與陣列雜交(或將擴增子固定至陣列並使其與探針雜交)、用限制性內切酶消化擴增子(例如RFLP)、實時PCR分析、單核苷酸延伸、等位基因-特異性雜交等等。所檢測的多態性和性狀之間的相關性可通過能確定等位基因和表型之間相互關係的任何方法實現。最常見地，這些方法包括參考包含多態性等位基因和表型之間相關性的查閱表。該表可包括多種基因-表型相互關係的數據並且可考慮附加物或其它多種基因-表型相互關係的更高級的作用，例如通過使用如主成分分析、啟發式算法等等的統計工具。在這些方法背景內，下列論述首先集中於標誌物和等位基因如何關聯以及該現象可怎樣用於確定成癮性表型的方法的環境中，以及隨後集中於標誌物的檢測方法。以下另外的章節論述數據分析。標誌物連鎖和等位基因常規的連鎖(或關聯)分析中，不需要直接了解染色體上基因的物理關係。孟德爾第一定律為成對性狀的因子是分離的，表示二倍體性狀的等位基因分入兩個配子並且隨後進入不同的子代。標準的連鎖分析可認為是不同性狀共分離相對頻率的統計說明。連鎖分析為性狀如何以其一起分離的頻率為基礎集中在一起的良好的已確立的描述框架。也就是說，如果兩個非-等位性狀以大於隨機的頻率一起遺傳，其稱為＂連鎖的＂。性狀一起遺傳的頻率為性狀如何緊密連鎖的主要度量，即以較高頻率一起遺傳的性狀比以較低(但仍然高於隨機的)頻率一起遺傳的性狀更緊密地連鎖。由於體現性狀的基因在相同的染色體上相互靠近，因此性狀為連鎖的。由於減數分裂期間同源染色體重組，染色體上基因離得越遠，其一起分離的可能性越低。因此染色體上基因離得越遠，減數分裂期間重組事件的可能性越高，其導致兩個基因分別分離進入子代。連鎖(或關聯)的常見度量為性狀共分離的頻率。此可表示為共分離的百分比(重組頻率)，或通常也可表示為釐摩(cM)，其實際上為重組頻率的倒數單位。cM以先驅遺傳學家ThomasHuntMorgan命名並且為遺傳重組頻率的度量單位。1cM等於1％的機率，即由於在單個世代中重組(表示性狀在99％的時間內分離)，一個基因座的性狀與另一個基因座的性狀分離的機率。由於染色體的距離大約與性狀之間重組事件的頻率成正比，因此存在與重組頻率有關的估計的物理距離。例如在人中，1cM平均指約一百萬個鹼基對(IMbp)。標誌物基因座自身為性狀並且可通過分離期間追蹤標誌物基因座的標準連鎖分析而評估。因此在本發明中，1cM等於1％的機率，即由於在單個世代中重組，標誌物基因座與另一個基因座(其可以是任何其它的性狀，例如另一個標誌物基因座或編碼成癮性QTL的另一個性狀基因座)分離的機率。此處例如列於表1的那些標誌物可與成癮性相關聯。此表示標誌物包括或足夠鄰近於成癮性的QTL，使得其可用作性狀本身的預測因子。此在疾病診斷中非常有用。根據上文，很顯然與目的性狀基因座有關的任何標誌物(例如在目前的情況下為例如表1中的成癮性的QTL或鑑定的成癮性連鎖標誌物基因座)可用作該性狀的標誌物。因此，除了表1中指出的標誌物外，與表1中列舉的標誌物緊密連鎖的其它標誌物也可以有效地預測表1中指出的標誌物等位基因的存在(以及由此預測有關的表型性狀)。所述連鎖標誌物在其與給定的基因座足夠近而使得其呈現出與給定的基因座的低重組頻率時尤其有用。本發明中，所述緊密連鎖的標誌物為本發明的特徵。緊密連鎖的基因座呈現與給定的標誌物約20％或更低的重組頻率(給定的標誌物在基因座的20cM之內)。換句話說，緊密連鎖的基因座在至少80％的時間內共-分離。更優選，重組頻率為10％或更低，例如9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.25％或0.1％或更低。在一類典型的實施方案中，緊密連鎖的基因座相互在5cM或更小範圍內。本領域技術人員將認識到重組頻率(以及因此的作圖位置)可取決於所用的作圖(以及該圖上的標誌物)而不同。緊密連鎖(例如約20cM內，或更優選約10cM內)表1中鑑定的標誌物的另外的標誌物可很容易地用於鑑定成癮性傾向性的QTL。當標誌物基因座與靶基因座(例如成癮性表型的QTL，或者僅僅是與所述QTL連鎖的其它的成癮性標誌物基因座)緊密連鎖時，其對本發明尤其有用，此時靶基因座用作標誌物。標誌物與編碼或影響表型性狀的靶基因座連鎖越緊密，該標誌物為靶基因座越好的指示物(由於靶基因座和標誌物之間降低的交叉頻率)。因此，在一個實施方案中，緊密連鎖的基因座如標誌物基因座和第二種基因座(例如給定的表1的標誌物基因座和另外的第二種基因座)呈現約20％或更低，例如15％或更低，例如10％或更低，優選約9％或更低，更優選約8％或更低，再更優選約7％或更低，更優選約6％或更低，再更優選約5％或更低，更優選約4％或更低，再更優選約3％或更低，並且更優選約2％或更低的基因座內交叉頻率。在非常優選的實施方案中，相關的基因座(例如標誌物基因座和靶基因座如QTL)呈現約1％或更低，例如約0.75％或更低，更優選約0.5％或更低，或再更優選約0.25％或更低，或更優選約0.1％或更低的重組頻率。因此，基因座相距為約20cM、19cM、18cM、17cM、16cM、15cM、14cM、13cM、12cM、11cM、10cM、9cM、8cM、7cM、6cM、5cM、4cM、3cM、2cM、1cM、0.75cM、0.5cM、0.25cM、0.1cM或更低。換種說法，定位至相同染色體，並且在使得這兩個基因座之間以小於約20％，(例如約19％、18％、17％、16％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.75％、0.5％、0.25％、0.1％或更低)的頻率重組的距離內的兩個基因座稱為相互「鄰近的」。在一個方面，連鎖標誌物相互在100kb(其在人中約0.1cM，取決於局部重組率)，例如50kb或甚至20kb或更近的距離範圍內。當涉及兩個遺傳因子，如體現成癮性的遺傳因子和鄰近的標誌物之間的關係時，「偶聯」期連鎖表示其中性狀基因座上＂有利的＂等位基因作為各自連鎖標誌物基因座的＂有利的＂等位基因而物理關聯於相同染色體鏈上的時期。偶聯期中，兩種有利的等位基因通過繼承該染色體鏈的子代一起遺傳。「排斥」期連鎖中，目的基因座的「有利的」等位基因(例如成癮性易感性的QTL)與鄰近的標誌物基因座處「不利的」等位基因而物理連鎖，並且這兩個「有利的」等位基因並不一起遺傳(即這兩個基因座互相「不同相」)。除了追蹤基因組和相應的表達核酸和多肽中SNP和其它的多態性外，個體或群體之間mRNA或蛋白質形式的表1的基因產物表達水平的差異也可以與成癮性相關聯。因此，本發明的標誌物可包括任何，例如基因組基因座、轉錄的核酸、剪接的核酸、表達的蛋白質、轉錄核酸的水平、剪接核酸的水平以及表達蛋白質的水平。標誌物擴增策略用於擴增標誌物(例如標誌物基因座)的引物和檢測所述標誌物或根據多個標誌物等位基因基因分型樣品的合適的探針為本發明的特徵。表1中，與技術人員在設計所述引物中可以很容易地使用的擴增子序列一起(可選擇與已知的側翼序列同時使用)，提供用於擴增的特異性基因座。例如，遠程PCR的引物選擇在2005年5月24日授權的美國專利6,898,531，題為＂AlgorithmsforSelectionofPrimerPairs＂和2002年9月5日提交的USSN10/236,480中描述；短程PCR的引物選擇在2003年1月14日提交的USSN10/341,832中描述並且提供引物選擇的指導。此外，還有可用於引物設計的公眾可得到的程序如「Oligo」。用所述可得到的引物選擇和設計軟體，公眾可得到的人基因組序列和如提供於表1的多態性位置，技術人員可以設計引物擴增本發明的SNP。進一步，可以理解的是用於包含SNP的核酸(例如包含SNP的擴增子)檢測的精確的探針可以不同，例如可鑑定所要檢測的標誌物擴增子區域的任何探針可與本發明結合使用。進一步，檢測探針的構型當然可以不同。因此，本發明不限於此處列舉的序列。實際上，可以理解的是擴增並不是標誌物檢測必需的-例如可以只通過對基因組DNA樣品進行Southern印跡而直接檢測未擴增的基因組DNA。進行Southern印跡法、標準擴增(PCR、LCR等等)和許多其它的核酸檢測方法的過程是沿用已久的並且例如在Sambrook等，MolecularCloning-ALaboratoryManual(3rdEd.)，Vol.1-3，ColdSpringHarborLaboratory，ColdSpringHarbor，NewYork，2000(＂Sambrook＂)；CurrentProtocolsinMolecularBiology，F.M.Ausubel等，eds.，CurrentProtocols，GreenePublishingAssociates，Inc.和JohnWiley&Sons，Inc.之間合資的(在2002年增補)(＂Ausubel＂))和PCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplications(Innis等)AcademicPressInc.SanDiego，CA(1990)(Innis)中教導。在擴增/檢測方法中，還可以例如通過進行實時擴增反應，其通過有關的擴增引物摻入產物、標記的核苷酸摻入擴增子的改進而檢測產物形成，或通過監測擴增子相比未擴增的前體在分子旋轉性質方面的變化(例如通過螢光偏振)而省略不同的檢測探針。通常，分子標誌物通過本領域已知的任何建立的方法檢測，包括但不限於，等位基因特異性雜交(ASH)、單個核苷酸延伸的探測、陣列雜交(任選地包括ASH)或用於檢測單核苷酸多態性(SNP)的其它方法、擴增片段長度多態性(AFLP)檢測、擴增的可變序列檢測、隨機擴增的多態性DNA(RAPD)檢測、限制性片段長度多態性(RFLP)檢測、自主序列複製檢測、單序列重複(SSR)檢測、單-鏈構象多態性(SSCP)檢測、同功酶標誌物檢測、northern分析(其中表達水平用作標誌物)、mRNA或cDNA的定量擴增等等。雖然此處圖和表中提供的例證性的標誌物為SNP標誌物，任何上述標誌物類型可應用於本發明上下文中以鑑定與成癮性表型有關的連鎖基因座。用於標誌物檢測的例證性技術本發明提供包括成癮性表型QTL的分子標誌物或連鎖至成癮性表型QTL的分子標誌物。該標誌物用於疾病傾向性診斷、預後、治療等等中。本發明並不限於用於這些標誌物檢測的任何具體的方法。對應於群體成員之間遺傳多態性的標誌物可通過本領域公認的許多方法檢測(例如基於PCR的序列特異性擴增、限制性片段長度多態性(RFLP)、同功酶標誌物、northern分析、等位基因特異性雜交(ASH)、基於陣列的雜交、擴增的基因組可變序列、自主序列複製、單序列重複(SSR)、單核苷酸多態性(SNP)、隨機的擴增多態性DNA(「RAPD」)或擴增的片段長度多態性(AFLP))。另外的一個實施方案中，僅通過多態性標誌物區域的核苷酸序列的測定確定分子標誌物的存在或缺乏。任何這些方法很容易適合於高通量的分析。用於檢測遺傳標記的一些技術利用探針核酸與對應於該遺傳標記的核酸(例如利用基因組DNA作為模板產生的擴增的核酸)的雜交。包括但不限於液相、固相、混合相或原位雜交分析的雜交形式可用於等位基因檢測。Tijssen(1993)LaboratoryTechniquesinBiochemistry和MolecularBiologyHybridizationwithNucleicAcidProbesElsevier，NewYork，以及Sambrook、Berger和Ausubel中給出了核酸雜交的廣泛指導。例如，通過將通常為所要檢測核酸的亞-片段(或對應於亞-片段的合成寡核苷酸)的探針與限制性內切酶酶切消化的基因組DNA雜交檢測包含限制性片段長度多態性(RFLP)的標誌物。選擇限制性內切酶以提供不同個體或群體中至少兩種可選擇(或多態性)長度的限制性片段。確定產生標誌物每個等位基因的大信息量片段的一種或多種限制性內切酶為本領域熟知的簡單方法。在合適的基質(例如瓊脂糖或聚丙烯醯胺)中通過長度分離以及轉移至膜(例如硝酸纖維素、尼龍等等)後，標記的探針在導致探針均衡結合的條件下與靶標雜交，隨後通過洗滌除去過量探針。可克隆和/或合成標誌物基因座的核酸探針。任何合適的標誌物可和本發明的探針一起使用。適於和核酸探針一起使用的可檢測的標誌物包括，例如通過分光光度鏡、放射性同位素、光化學、生化、免疫化學、電學、光學或化學方法可檢測的任何組合物。有用的標誌物包括用於用標記的鏈親和素偶聯物染色的生物素、磁珠、螢光染料、放射性標記、酶和比色標誌物。其它的標誌物包括用螢光團、化學發光試劑和酶標記的抗體的配體。探針還可以組成用於產生放射性標記的擴增子的放射性標記PCR引物。用於標記核酸的標記策略和相應的檢測策略可在例如Haugland(2003)HandbookofFluorescentProbesandResearchChemicalsNinthEditionbyMolecularProbes，Inc.(EugeneOR)中找到。關於標誌物檢測策略的另外的細節如下。基於擴增的檢測方法PCR、RT-PCR和LCR作為用於擴增目的核酸(例如包含標誌物基因座的那些)的擴增和擴增-檢測方法尤其具有廣泛的應用，便於目的核酸的檢測。關於這些和其它擴增方法的詳述可在例如包括Sambrook、Ausubel和Berger的任何多種標準文獻中找到。許多可得到的生物學文獻還具有有關PCR和相關擴增方法的延伸論述。技術人員將理解基本上任何RNA可轉化成適於限制性酶切消化、PCR擴充和利用逆轉錄酶和聚合酶測序(「逆轉錄-PCR或「RT-PCR」)的雙鏈DNA-也參見上述Ausubel、Sambrook和Berger。這些方法還可以用於定量擴增mRNA或相應的cDNA，提供與例如個體中表1的基因或基因產物對應的mRNA表達水平的指標。個體、家族、系和/或群體之間這些基因的表達水平差異可用作成癮性表型的標誌物。實時擴增/檢測方法在一個方面，例如利用分子信標或TaqManTM探針對此處所述的擴增混合物進行實時PCR或LCR。分子信標(MB)為寡核苷酸或PNA，其在合適的雜交條件下自雜交以形成莖和環結構。MB在寡核苷酸或PNA的末端具有標誌物和猝滅劑；因此在允許分子內雜交的條件下，標誌物通常通過猝滅劑淬火(或至少改變其螢光)。在MB不顯示分子內雜交的條件下(例如當結合靶核酸時，例如在擴增期間結合至擴增子的區域)，MB標誌物未淬滅。關於製備和利用MB的標準方法的詳述已在文獻中沿用已久並且MB可以從大量商品化的試劑來源中獲得。也參見例如Leone等.(1995)＂MolecularbeaconprobescombinedwithamplificationbyNASBAenablehomogenousrealtimedetectionofRNA.＂NucleicAcidsRes.262150-2155；TyagiandKramer(1996)＂Molecularbeaconsprobesthatfluoresceuponhybridization＂NatureBiotechnology14303-308；BlokandKramer(1997)＂Amplifiablehybridizationprobescontainingamolecularswitch＂MolCellProbes11187-194；Hsuih等.(1997)＂Novel，ligation-dependentPCRassayfordetectionofhepatitisCinserum＂JClinMicrobiol34501-507；Kostrikis等.(1998)＂Molecularbeaconsspectralgenotypingofhumanalleles＂Science2791228-1229；Sokol等.(1998)＂RealtimedetectionofDNARNAhybridizationinlivingcells＂Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.9511538-11543；Tyagi等.(1998)＂Multicolormolecularbeaconsforallelediscrimination＂NatureBiotechnology1649-53；Bonnet等.(1999)＂ThermodynamicbasisofthechemicalspecificityofstructuredDNAprobes＂Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.966171-6176；Fang等.(1999)＂Designinganovelmolecularbeaconforsurface-immobilizedDNAhybridizationstudies＂J.Am.Chem.Soc.1212921-2922；Marras等.(1999)＂Multiplexdetectionofsingle-nucleotidevariationusingmolecularbeacons＂Genet.Anal.Biomol.Eng.14151-156；andVet等.(1999)＂Multiplexdetectionoffourpathogenicretrovirusesusingmolecularbeacons＂Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.966394-6399。關於MB構建和應用的另外的詳述在專利文獻中，例如Tyagi等.的USP5,925,517(1999年7月20日)，題為＂Detectablylabeleddualconformationoligonucleotideprobes，assaysandkits；＂Tyagi等.的USP6,150,097(2000年11月21日)題為＂Nucleicaciddetectionprobeshavingnon-FRETfluorescencequenchingandkitsandassaysincludingsuchprobes＂和Tyagi等.的USP6,037,130(2000年3月14日)，題為＂Wavelength-shiftingprobesandprimersandtheiruseinassaysandkits.＂。還可根據本發明進行利用雙-標記生成螢光的寡核苷酸探針的PCR檢測和定量，其通常稱為TaqManTM探針。這些探針由短的(例如20-25個鹼基)的寡脫氧核苷酸組成，其用兩種不同的螢光染料標記。每個探針5′末端上為報導分子染料，並且每個探針3′末端上為淬火染料。寡核苷酸探針序列與PCR擴增子中存在的內部靶序列互補。當所述探針為完整的時，兩種螢光團之間發生能量傳遞並且來自報導分子的放射通過FRET猝滅劑淬火。PCR延伸期期間，所述探針由反應中所用的聚合酶的5′核酸酶活性裂解，由此從寡核苷酸-猝滅劑釋放報導分子並且產生報導分子放射強度的提高。因此，TaqManTM探針為具有標誌物和猝滅劑的寡核苷酸，其中標誌物在擴增期間由擴增中所用的聚合酶的核酸外切酶作用釋放。此提供合成期間擴增的實時測量。各種TaqManTM試劑為市場上可買到的，例如從AppliedBiosystems(DivisionHeadquartersinFosterCity，CA)以及從各種專門供應商如BiosearchTechnologies(例如黑洞猝滅劑探針)購買。關於雙-標記探針策略的更多細節例如可在WO92/02638中找到。其它類似的方法包括例如兩種鄰近雜交探針之間的螢光共振能量傳遞，例如利用U.S.6,174,670中所述的「LightCycler」形式進行。基於陣列的標誌物檢測基於陣列的檢測可利用市場上可買到的陣列進行，例如從Affymetrix(SantaClara，CA)或其它的製造商購買。關於核酸陣列操作的綜述包括Sapolsky等.(1999)＂High-throughputpolymorphismscreeningandgenotypingwithhigh-densityoligonucleotidearrays.＂GeneticAnalysisBiomolecularEngineering14187-192；Lockhart(1998)＂Mutantyeastondrugs＂NatureMedicine41235-1236；Fodor(1997)＂Genes，ChipsandtheHumanGenome.＂FASEBJournal11A879；Fodor(1997)＂MassivelyParallelGenomics.＂Science277393-395；和Chee等.(1996)＂AccessingGeneticInformationwithHigh-DensityDNAArrays.＂Science274610-614。由於基於陣列的檢測固有的高-通量性質，基於陣列的檢測為用於鑑定本發明樣品中標誌物的優選方法。各種探針陣列已在文獻中描述並且可用於本發明範圍中用於檢測與此處指出的表型相關的標誌物。例如，DNA探針陣列晶片或更大的DNA探針陣列晶片(單獨的晶片另外通過分解該晶片而獲得)用於本發明的一個實施方案中。DNA探針陣列晶片通常包含玻璃晶片，其上置有高密度的DNA探針陣列(短的DNA片段)。每個這些晶片可容納例如大約6000萬個DNA探針，其用於識別更長的樣品DNA序列(例如來自個體或群體，例如包含目的標誌物)。樣品DNA通過玻璃晶片上DNA探針組的識別通過DNA雜交發生。當DNA樣品與DNA探針陣列雜交時，樣品結合至與樣品DNA序列互補的那些探針。通過評估個體的樣品DNA與哪個探針更強烈地雜交，有可能確定已知核酸的序列在不在樣品中，由此確定核酸中發現的標誌物是否存在。還可以通過控制雜交條件以允許單個核苷酸的鑑別而用該方法進行ASH，例如用於SNP鑑定和用於對樣品的一個或多個SNP進行基因分型。使用DNA探針陣列獲得等位基因信息通常包括下列常規步驟DNA探針陣列的設計和製造、樣品的製備、樣品DNA雜交至陣列、雜交事件的檢測和數據分析以確定序列。優選的晶片利用由半導體製造改編而來的方法製造以取得成本效率和高質量，並且例如可從Affymetrix，IncofSantaClara，California得到。例如，探針陣列可通過光-引導的化學合成方法製造，其結合固相化學合成與光刻製造技術，後者用於半導體工業中。利用一系列光刻屏蔽以限定晶片的陳列位置，隨後為特定的化學合成步驟，該過程構建高-密度寡核苷酸陣列，其每個探針在陣列中的預定位置中。可在大玻璃晶片上同時合成多個探針陣列。該並行過程提高了可再現性並且有助於實現規模經濟。一旦製造，DNA探針陣列可用於獲得關於目的標誌物存在和/或表達水平的數據。DNA樣品可用生物素和/或螢光報導基團通過標準的生化方法標記。標記的樣品與陣列溫育，並且該樣品的片段與陣列上的互補序列結合或雜交。可洗滌和/或染色陣列以產生雜交模式。隨後掃描陣列並且通過來自螢光報導基團的光輻射檢測雜交的模式。以下實施例中有關於這些方法的另外的詳述。由於陣列上每個探針的身份和位置已知，可確定施加於陣列的樣品中DNA序列的性質。當這些陣列用於基因分型實驗時，其可稱為基因分型陣列。分離所要分析的核酸樣品，擴增並且通常用生物素和/或螢光報導基團標記。標記的核酸樣品隨後利用射流站和雜交烘箱與陣列溫育。視檢測方法的情況而定，可洗滌和/或染色或復染該陣列。雜交後洗滌和染色，該陣列插入掃描儀中，在其中檢測雜交的模式。雜交數據作為來自已摻入標記核酸中的螢光報導基團的光輻射而收集，該核酸如今結合至探針陣列。最清楚匹配標記核酸的探針比那些錯配的產生更強的信號。由於陣列上每個探針的序列和位置已知，通過互補性可鑑定施加於探針陣列的核酸樣品的身份。在一個實施方案中，兩種DNA樣品可分別標記並且與單組設計的基因分型陣列雜交。在這種方法中可從相同的物理陣列獲得兩組數據。可使用的標誌物包括但不限於，cychrome、螢光素或生物素(雜交後稍晚用藻紅蛋白-鏈親和素染色)。雙色標記在美國專利6,342,355中描述，在此通過引用全文引入。可掃描每個陣列使得同時檢測來自兩種標誌物的信號，或可以掃描兩次以分別檢測每種信號。通過掃描儀收集每個個體的全部標誌物的強度數據，其檢測標誌物的存在。測量的強度為給定個體的樣品中存在的具體標誌物量的度量指示(取決於是否分析基因組或表達的核酸，個體中存在的等位基因的表達水平和/或拷貝數)。此可用於確定對於目的標誌物個體是否為純合的或雜合的。處理強度數據以提供相應的各種強度的標誌物信息。關於擴增的可變序列、SSR、AFLP、ASH、SNP和同功酶標誌物的另外的詳述擴增的可變序列指相同的物種成員之間表現出高核酸殘基可變性的擴增的基因組序列。所有生物體具有可變的基因組序列並且每個生物體(除克隆之外，例如克隆的細胞)具有不同的可變序列組。一旦鑑定，特定的可變序列的存在可用於預測表型的性狀。優選，來自基因組的DNA充當用位於DNA可變序列側翼的引物的擴增模板。擴增可變序列並且隨後測序。或者，自主序列複製可用於鑑定遺傳標誌物。自主序列複製指利用在基本等溫的條件下體外指數複製的靶核酸序列擴增核酸的方法，其利用涉及逆轉錄複製的三種酶活性(1)逆轉錄酶、(2)RnaseH和(3)依賴DNA的RNA聚合酶(Guatelli等.(1990)ProcNatlAcadSciUSA871874)。通過藉助cDNA中間體模擬RNA複製的逆轉錄策略，該反應積累原始靶標的cDNA和RNA拷貝。擴增的片段長度多態性(AFLP)也可用作基因標誌物。短語「擴增的片段長度多態性」指通過限制性核酸內切酶裂解前後擴增的選擇的限制性片段。擴增步驟允許特定限制性片段更容易的檢測。AFLP允許檢測大量多態性標誌物並且已用於遺傳作圖(Becker等.(1995)MolGenGenet24965；和Meksem等.(1995)MolGenGenet24974V)等位基因-特異性雜交(ASH)可用於鑑定本發明的基因標誌物。ASH技術基於短的、單鏈寡核苷酸探針與完全互補的單-鏈靶核酸的穩定退火。檢測可以通過附著於探針的同位素或非-同位素的標誌物完成。對於每種多態性，兩種或多種不同的ASH探針設計成除了多態性的核苷酸外具有相同的DNA序列。每種探針具有與一種等位基因序列的精確的同源性以使探針的範圍可區分所有已知的另外的等位基因序列。每種探針雜交至靶DNA。在合適的探針設計和雜交條件下，所述探針和靶DNA之間的單-鹼基錯配將阻止雜交。如此，僅選擇性探針的一種雜交至等位基因是純合的或同質的靶樣品。兩種等位基因為雜合的或異質的樣品將雜交至兩種選擇性的探針兩者。ASH標誌物用作主要標誌物，其中僅一種等位基因的存在或缺乏根據僅一種探針的雜交或雜交的缺乏而確定。可根據雜交的缺乏推斷選擇性的等位基因。ASH探針和靶分子為可選擇地是RNA或DNA；靶分子為長度超過與探針互補的序列的任何長度的核苷酸；所述探針設計成能與DNA靶標的任一鏈雜交；探針的大小範圍適應不同嚴謹度的雜交條件等等。PCR允許從相對小體積的低濃度核酸中擴增ASH的靶序列。另外，基因組DNA的靶序列用限制性核酸內切酶消化並且通過凝膠電泳分離大小。雜交通常與結合至膜表面的靶序列發生，或如美國專利5,468,613所述，ASH探針序列可以結合至膜。在一個實施方案中，通常通過利用PCR從基因組DNA擴增核酸片段(擴增子)、將擴增子靶DNA以點-斑點的形式轉移至膜、將標記的寡核苷酸探針與擴增子靶標雜交並且通過放射自顯影法觀察雜交點而獲得ASH數據。單核苷酸多態性(SNP)是在單個核苷酸基礎上組成序列差異的標誌物。通常，該區別通過包含SNP的擴增子的差異遷移模式，例如在丙烯醯胺凝膠上檢測。然而，檢測的替代方式如雜交，例如ASH或RFLP分析也是合適的。同功酶標誌物可用作遺傳標誌物，例如用於追蹤與在此的標誌物連鎖的同功酶標誌物。同功酶為彼此胺基酸不同並且因此其核酸序列不同的酶的多個形式。一些同功酶為包含稍不同亞基的多聚體酶。其它的同功酶為多聚體或單體但已在胺基酸序列的不同位點從酶原裂解。可在蛋白水平鑑定和分析同功酶，或者可測定核酸水平不同的同功酶。在此情況下此處所述的任何基於核酸的方法都可用於分析同功酶標誌物。關於核酸擴增的另外的詳述如指出的，核酸擴增技術如PCR和LCR為本領域所熟知並且可用於本發明以擴增和/或檢測目的核酸，如包含標誌物基因座的核酸。通過所述體外方法，其包括聚合酶鏈式反應(PCR)、連接酶鏈式反應(LCR)Qβ-複製酶擴增和其它的RNA聚合酶介導的技術(例如NASBA)足以指導技術人員的技術的實例在以上指出的參考文獻中，例如Innis、Sambrook、Ausubel和Berger另外的細節在以下文獻中有描述Mullisetal.(1987)U.S.PatentNo.4,683,202；Arnheim&Levinson(October1，1990)C&EN36-47；TheJournalOfNIHResearch(1991)3，81-94；(Kwothetal.(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA86，1173；Guatellietal.(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87，1874；Lomelletal.(1989)J.Clin.Chem35，1826；Landegrenetal.，(1988)Science241，1077-1080；VanBrunt(1990)Biotechnology8，291-294；WuandWallace，(1989)Gene4,560；Barringeretal.(1990)Gene89，117，andSooknananandMalek(1995)Biotechnology13563-564。通過PCR擴增大核酸的改進的方法，其用於定點克隆中，在Cheng等.(1994)Nature369684和其參考文獻中進一步概括，其中可產生長達40kb的PCR擴增子。公開了遠程PCR的方法，例如在美國專利6,898,531，2005年5月24日授權，題為＂AlgorithmsforSelectionofPrimerPairs＂；美國專利申請10/236,480，2002年9月9日提交，題為＂MethodsforAmplificationofNucleicAcids＂；和美國專利6,740,510，2004年5月24日授權，題為＂MethodsforAmplificationofNucleicAcids＂。USSN10/341,832(2003年1月14日提交)也提供了關於用於進行短程PCR的引物選擇方法的詳述。蛋白質表達產物的檢測蛋白質，如由表1所列基因編碼的蛋白質由核酸編碼，該核酸包括含有與目的表型相關的標誌物的那些核酸。用於描述分子生物學的基本範例，包括DNA表達(轉錄和/或翻譯)為RNA及蛋白質的內容，參見，Alberts等(2002)MolecularBiologyoftheCell.4thEditionTaylor和Francis，Inc.，ISBN0815332181(＂Alberts＂)，以及Lodish等(1999)MolecularCellBiology.4thEditionWHFreeman&Co，ISBN071673706X(＂Lodish＂)。因此，對應於表1基因蛋白質可作為標誌物檢測，例如，通過檢測個體之間或群體之間不同的蛋白同種型(isotype)，或通過檢測這樣的目的蛋白(例如表1中基因的基因產物)的差異性存在、缺如或表達水平來實現上述檢測。各種蛋白檢測方法是已知的，並且可用於區分標誌物。除了上文的各個參考文獻之外，各種蛋白質操作和檢測方法為本領域所熟知，包括例如那些在R.Scopes，ProteinPurification，Springer-Verlag，N.Y.(1982)；Deutscher，MethodsinEnzymologyVol.182GuidetoProteinPurification，AcademicPress，Inc.N.Y.(1990)；Sandana(1997)BioseparationofProteins，AcademicPress，Inc.；Bollag等(1996)ProteinMethods，2ndEditionWiley-Liss，NY；Walker(1996)TheProteinProtocolsHandbookHumanaPress，NJ，Harris和Angal(1990)ProteinPurificationApplicationsAPracticalApproachIRLPressatOxford，Oxford，England；Harris和AngalProteinPurificationMethodsAPracticalApproachIRLPressatOxford，Oxford，England；Scopes(1993)ProteinPurificationPrinciplesandPractice3rdEditionSpringerVerlag，NY；Janson和Ryden(1998)ProteinPurificationPrinciples.HighResolutionMethodsandApplications，SecondEditionWiley-VCH，NY；andWalker(1998)ProteinProtocolsonCD-ROMHumanaPress，NJ；以及在其中引用的參考文獻中闡述的。關於蛋白質純化和檢測方法的另外的詳述可在SatinderAhujaed.，HandbookofBioseparations，AcademicPress(2000)中找到。「蛋白質組」的檢測方法，為同時檢測許多蛋白的方法。這些方法可包括各種多維電泳法(例如二維凝膠電泳)、基於質譜法的方法(例如SELDI、MALDI、電噴射等等)或表面胞質團共振方法(surfaceplasmonreasonancemethod)。例如MALDI中，樣品通常與合適的基質混合，置於探針表面並且通過雷射解吸/電離檢查。MALDI技術為本領域所熟知。參見，例如.美國專利5,045,694(Beavis等)、美國專利5,202,561(Gleissmann等)和美國專利6,111,251(Hillenkamp)。同樣對於SELDI，第一等份樣品與固相支持物-結合(例如基質-結合的)吸附劑接觸。基質通常為探針(例如生物晶片)，其可用氣相離子分光計置於可尋址的相互關係中。SELDI也是熟知的技術，並且已經應用於診斷蛋白質組。參見例如Issaq等.(2003)＂SELDI-TOFMSforDiagnosticProteomics＂AnalyticalChemistry75149A-155A。通常，上述方法可用於檢測蛋白質的不同形式(等位基因)和/或可用於檢測個體、家族、系、群體等等之間蛋白質的不同表達水平(其可應歸於等位差異)。當受控於環境因素時，表達水平的差異可以是目的基因QTL的不同等位基因的指示，即使編碼差異表達的蛋白質本身相同。此發生在例如其中存在非編碼區基因的多個等位形式時，例如如控制基因表達的啟動子或增強子區域。因此，差異表達水平的檢測可用作檢測等位差異的方法。在本發明的其它方面，包含與成癮性表型相關的核酸的基因、與成癮性表型相關的核酸不均衡連鎖的基因、在與成癮性表型相關的核酸控制下的基因，可呈現出差異性的等位基因表達。如此處所用的「差異性等位表達」指存在於細胞的單個基因的多種等位基因等位表達的定性和定量差異。因而，呈現差異性等位表達的基因可具有在相同的細胞/組織中與第二種等位基因相比在不同的時間或以不同水平表達的一種等位基因。例如，與成癮性表型有關的等位基因可以比與成癮性表型無關的等位基因更高或較低的水平表達，即使兩者為相同基因的等位基因並且存在於相同的細胞/組織中。差異性等位表達和分析方法在2003年5月13日提交的美國專利申請10/438,184和2004年5月12日提交的美國專利申請.10/845,316中詳細公開，兩者題為＂Allele-specificexpressionpatterns＂。與成癮性表型的有關一種或多種核酸或其片段、衍生物、多態性、變體或互補體的差異性等位表達模式的檢測是用於成癮性表型易感性/抗性的預後和診斷性的；同樣地，與成癮性表型有關的一種或多種核酸或其片段、衍生物、多態性、變體或互補體的差異性等位表達模式的檢測是成癮性表型和/或成癮性治療結果的預後和診斷性的。關於適於篩選的標誌物類型的另外的詳述篩選用於關聯此處表型的生物標誌物可以是任何類型的標誌物，其可通過篩選例如遺傳標誌物如基因座的等位變體(例如SNP)、表達標誌物(例如mRNA和/或蛋白質的存在或定量)和/或同類標誌物而檢測。所要用本發明的方法擴增、轉錄、翻譯和/或檢測的目的核酸基本上可以是任何核酸，不過源自人來源的核酸與和疾病診斷和臨床應用有關的標誌物的檢測尤其相關。許多核酸和胺基酸(可通過反向翻譯從其得到核酸序列)的序列為可得到的，包括表1的基因/蛋白質的序列。已知核酸的共同序列庫包括EMBL、DDBJ和NCBI。其它的庫可通過查找網際網路而很容易地鑑定。所要擴增、轉錄、翻譯和/或檢測的核酸可以是RNA(例如其中擴增包括RT-PCR或LCR、Van-GelderEberwine反應或Ribo-SPIA)或DNA(例如擴增的DNA、cDNA或基因組DNA)或甚至其任何類似物(例如對於其合成核酸或類似物的檢測，例如其中目的樣品包括或用於衍生或合成人工核酸)。個體或群體之間核酸序列或表達水平的任何變化可作為標誌物檢測，例如突變、多態性、單核苷酸多態性(SNP)、等位基因、同種型、RNA或蛋白質的表達等等。可以檢測作為與成癮性表型相關連的標誌物的序列、表達水平或基因拷貝數的變化。例如，本發明的方法可用於篩選源自患者樣品的目的標誌物核酸，所述樣品例如來自體液(血液、唾液、尿等等)、組織和/或來自患者的排洩物。因此糞便、痰液、唾液、血液、淋巴、眼淚、汗、尿、陰道分泌物、精液等等可很容易地通過本發明的方法篩選其核酸，如基本上可以是包含合適的核酸的任何目的組織。這些樣品通常在經同意後，通過標準的醫學實驗室方法從患者取得。在純化和/或檢測包含標誌物的核酸之前，任選將所述核酸通過任何可利用的方法從樣品純化，所述方法例如，如下文獻記載的方法Berger和Kimmel，GuidetoMolecularCloningTechniques，MethodsinEnzymologyvolume152AcademicPress，Inc.，SanDiego，CA(Berger)；Sambrooketal.，MolecularCloning-ALaboratoryManual(3rdEd.)，Vol.1-3，ColdSpringHarborLaboratory，ColdSpringHarbor，NewYork，2001(「Sambrook」)；and/orCurrentProtocolsinMolecularBiology，F.M.Ausubeletal.，eds.，CurrentProtocols，ajointventurebetweenGreenePublishingAssociates，Inc.andJohnWiley&Sons，Inc.，(supplementedthrough2002)(「Ausubel」))。從細胞或其它樣品純化核酸的各種試劑盒可以從商業渠道直接購買(參見，例如EasyPrepTM，FlexiPrepTM，bothfromPharmaciaBiotech；StrataCleanTM，fromStratagene；and，QIAprepTMfromQiagen)。或者，樣品可簡單地直接經過擴增或檢測，例如在等份分裝和/或稀釋後直接擴增或檢測。標誌物的實例包括多態性、單核苷酸多態性、樣品中一種或多種核酸的存在、樣品中一種或多種核酸的缺乏、一種或多種基因組DNA序列的存在、一種或多種基因組DNA序列的缺乏、一種或多種mRNA的存在、一種或多種mRNA的缺乏、一種或多種mRNA的表達水平、一種或多種蛋白質的存在、一種或多種蛋白質的表達水平和/或源自任何之前的或其組合的數據。基本上可利用有效的方法，例如利用提供高密度、高通量標誌物作圖的陣列技術檢測許多標誌物。因此，可同時或以連續的方式(或其組合)檢測至少約10、100、1,000、10,000或甚至100,000或更多的遺傳標誌物，用於在第一個和/或第二個群體中關聯至相關的表型。還可以預期檢測標誌物的組合，例如以鑑定群體中與表型相關聯的遺傳組合或表達模式組合。如指出的，所要檢測的生物標誌物可以是任何可檢測的生物組分。通常檢測的標誌物包括遺傳標誌物(例如存在於基因組DNA中的DNA序列標誌物或其表達產物)和表達標誌物(其可反映遺傳編碼因子、環境因素或兩者)。標誌物為表達標誌物時，該方法可包括測定第一個體或群體的第一表達分布型(例如一種或多種表示標誌物的，例如表達的標誌物組)，並且將第一表達分布型與第二個體或群體的第二表達分布型比較。該實例中，將表達標誌物與特定的表型關聯可包括將第一或第二表達分布型與目的表型關聯。探針/引物的合成方法通常，製備寡核苷酸，包括探針、引物、分子信標(beacon)、PNA，LNA(鎖定的核酸)的合成方法是已知的。例如，可根據Beaucage和Caruthers(1981)，TetrahedronLetts..22(20)1859-1862所述的固相亞磷醯胺三酯物方法化學合成寡核苷酸，例如利用市場上可買到的自動合成器，如Needham-VanDevanter等.(1984)NucleicAcidsRes.，126159-6168中所述的。包含修飾的寡核苷酸的寡核苷酸還可以從技術人員所知的各種商品化來源定購。已有寡聚物合成服務的許多商品化供應者，並且因此其為廣泛可獲得的技術。任何核酸可從任何各種商品化的來源定購，例如TheMidlandCertifiedReagentCompany([email protected])、TheGreatAmericanGeneCompany(www.genco.com)，ExpressGenInc.(www.expressgen.com)、OperonTechnologiesInc.(Alameda，CA)和許多其它的公司。同樣，PNA可從任何各種來源定購，例如PeptidoGenic([email protected])，HTIBio-products，inc.(htibio.com)、BMABiomedicalsLtd(U.K.)，Bio-Synthesis，Inc.，和許多其它的公司。計算機標誌物檢測一些實施方案中，計算機方法可用於檢測目的標誌物基因座。例如，包含目的標誌物基因座的核酸序列可貯存在計算機中。可利用合適的核酸檢索算法鑑定所想要的標誌物基因座序列或其同系物，所述算法例如以很容易得到的程序如BLAST或甚至簡單的文字處理機中提供。已經測序完整的人基因組並且因此序列信息可用於鑑定標誌物區域、側翼核酸等等。用於標誌物檢測的擴增引物一些優選實施方案中，本發明的分子標誌物利用合適的基於PCR的檢測方法檢測，其中PCR擴增子的大小或序列為標誌物缺乏或存在的指示(例如特定的標誌物等位基因)。這類方法中，PCR引物雜交多態性標誌物區域側翼的保守區域。可以理解的是可利用任何合適的方法設計用於本發明的合適的引物。並不希望本發明限於任何具體的引物或引物對。例如，可利用任何合適的軟體程序，例如在例如考慮公眾可得到的序列信息後設計引物。一些實施方案中，本發明的引物為放射性標記的，或通過任何合適的方法標記的(例如利用非放射性的螢光素標籤)以允許在擴增反應後沒有任何另外的標記步驟或顯影步驟時不同大小的擴增子的快速顯影。一些實施方案中，不標記引物，並且根據其大小解析度例如用瓊脂糖或丙烯醯胺凝膠電泳顯現擴增子。一些實施方案中，PCR擴增子根據大小解析度的溴化乙錠染色允許不同大小擴增子的顯影。並不希望本發明的引物限於生成任何特定大小的擴增子。例如，用於擴增此處標誌物基因座和等位基因的引物不限於擴增相關基因座的整個區域。該引物可產生任何合適長度的擴增子。一些實施方案中，標誌物擴增產生至少20個核苷酸長的擴增子，或者至少50個核苷酸長、或者至少100個核苷酸長、或者至少200個核苷酸長。用於定點克隆的標誌物的檢測一些實施方案中，核酸探針用於檢測包含標誌物序列的核酸。所述探針可例如用於定點克隆以分離連鎖標誌物核苷酸序列的核苷酸序列。並不希望本發明的核酸探針限於任何特定的大小。一些實施方案中，核酸探針為至少20個核苷酸長、或者至少50個核苷酸長、或者至少100個核苷酸長、或者至少200個核苷酸長。取決於所要檢測的標記，利用放射自顯影法、螢光顯影或其它類似的檢測技術檢測雜交探針。特定的雜交方案的實例可在本領域中廣泛得到，參見，例如本申請說明書中Berger、Sambrook和Ausubel所述文獻，此處所有的。轉基因細胞的產生本發明還提供用對應於本發明鑑定的QTL的核酸轉化的細胞。例如，所述核酸包括染色體間隔(例如基因組片段)、ORF和/或cDNA，其編碼對應於或連鎖於成癮性表型的QTL的基因。另外，本發明提供影響成癮性表型的多肽產物。此例如可用於預防、預測或治療成癮性，並且用於產生轉基因細胞。這些細胞提供具有影響有關表型的確定基因商業上有用的細胞系，由此提供篩選潛在的表型調節劑的平臺，以及每種目的基因作用機理的基礎研究平臺。此外，基因治療可用於將合乎需要的基因導入個體或其群體中。所述基因療法可用於提供通過個體呈現的病症的治療，或可用作預防處於風險中的個體所述病症發生的預防方法。可產生此處指出的任何基因的基因敲除動物，如基因敲除小鼠以進一步鑑定基因對表型的作用。同樣，例如通過基因敲除此處任何天然的基因和導入(例如通過同源重組)人(或其它物種)基因至動物中，重組小鼠或其它的動物可用作人疾病的模型。調節劑對異源人基因和基因產物的作用可隨後在得到的體內模型動物系統中監測。描述用於克隆和核酸操作以及編碼的多肽產生的分子生物技術的一般文本包括Berger和Kimmel，GuidetoMolecularCloningTechniques，MethodsinEnzymologyvolume152AcademicPress，Inc.，SanDiego，CA(Berger)；Sambrooketal.，MolecularCloning-ALaboratoryManual(3rdEd.).Vol.1-3，ColdSpringHarborLaboratory，ColdSpringHarbor，NewYork，2001(＂Sambrook＂)和CurrentProtocolsinMolecularBiology，F.M.Ausubeletal.，eds.，CurrentProtocols，ajointventurebetweenGreenePublishingAssociates，Inc.andJohnWiley&Sons，Inc.，(supplementedthrough2004orlater)(＂Ausubel＂))。這些文本描述例如與包含目的核酸的克隆產生有關的誘變、載體、啟動子和許多其它相關主題的使用，目的核酸為例如與標誌物基因座分離的基因、標誌物基因座、標誌物探針、QTL等等。宿主細胞為用本發明的載體(例如載體，如包含源自或與QTL有關的的ORF的表達載體)遺傳工程改造的(例如轉導、轉染、轉化等等)，本發明的載體可以為例如克隆載體、穿梭載體或表達載體。所述載體為例如質粒、噬菌粒、土壤桿菌、病毒、裸多核苷酸(線性或環形)或偶聯的多核苷酸形式的。尤其為了增殖和擴增的目的，載體可導入細菌中。關於核酸導入方法的另外的詳述在下文Sambrook、Berger和Ausubel中。將本發明的核酸導入宿主細胞的方法並不是本發明的關鍵，並且並不希望本發明限於將外源遺傳物質導入宿主細胞中的任何具體的方法。因此可採用和與本發明一起使用任何合適的方法，例如包括但不限於此處提供的方法，其使得核酸有效導入細胞或原生質體中。工程改造的宿主細胞可在常規培養基中培養，其酌情因所述活性如，例如活化啟動子或選擇轉化體而改進。除了Sambrook、Berger和Ausubel之外，所有下文，Atlas和Parks(eds)TheHandbookofMicrobiologicalMedia(1993)CRCPress，BocaRaton，FL和可得到的商業文獻如來自Sigma-Aldrich，Inc(StLouis，MO)(＂Sigma-LSRCCC＂)的LifeScienceResearchCellCultureCatalogue(2004)提供另外的詳述。製備基因敲除動物和轉基因動物轉基因動物為用於研究基因功能和檢驗假定的基因或基因產物調節劑的有用的工具。人(或其它選擇的物種)基因此處可導入而代替實驗動物的內源基因，使得其能夠在很容易操作和研究的實驗動物中研究人(或其它的，例如家畜)基因或基因產物的功能。可以理解的是不同動物中同源基因之間不會總是存在對調節劑應答的精確的對應，其使得能夠在尤其有用的實驗動物中研究人或其它目的物種。雖然可在組織培養中進行類似的遺傳操作，完整的生物體中基因和基因產物的相互作用提供比在簡單的基於細胞的篩選分析中可取得的所述基因和基因產物更全面的和生理學相關的闡述。因此，本發明的一個特徵為包含目的異源基因，例如表1中的基因的轉基因動物的產生。通常，所述轉基因動物只不過是已將合適的基因(或部分基因，例如包含偶聯啟動子的編碼序列)人工導入其一種或多種細胞的動物。此為最常進行的兩種方式的一種。第一，DNA可通過將其注入受精卵原核中而隨機整合。在這種情況下，DNA可整合在基因組的任何地方。該方法中，不需要注入的DNA和宿主基因組之間的同源性。第二，可通過將(異源的)DNA導入胚胎幹(ES)細胞並且選擇其中異源DNA已與細胞基因組的同源序列進行同源重組的細胞而完成靶向插入。通常，異源DNA和基因組DNA之間存在幾kb的同源性，並且陽性篩選標誌物(例如抗生素抗性基因)包括在異源DNA中以提供轉化體的選擇。此外，陰性篩選標誌物(例如「毒性」基因如核酸酶BN(barnase))可用於選擇已通過非-同源重組(隨機插入)引入DNA的細胞。DNA靶向插入的一種常見用途為製備基因敲除小鼠。通常，同源重組用於將由組成型啟動子的驅動的可選擇的基因插入希望破壞的基因的必要外顯子中(例如第一編碼外顯子)。為了實現此，可篩選的標誌物的側翼為DNA大片段，該片段與所需插入點周圍的基因組序列匹配。一旦構建體電穿孔進入ES細胞，細胞的自身結構進行同源重組。為了能夠選擇通過非同源重組引入DNA的ES細胞，常見的是靶向構建體在想要經重組的區域外部包含可負選擇的基因(通常在鄰近基因組同源性兩個區域的更短的區域克隆該基因)。由於位於基因組同源性區域外部的DNA在同源重組期間丟失，不能選擇經同源重組的細胞，而常常可以選擇經DNA隨機整合的細胞。用於負選擇的常用基因為皰疹病毒胸苷激酶基因，其賦予對藥物丙氧鳥苷(gancyclovir)的敏感性。如果需要，在正選擇和負選擇後，根據構建體是否摻入了正確的基因組基因座篩選ES細胞克隆。通常，設計靶向構建體以使在Southern印跡或PCR擴增後通常可見的條帶由當同源重組發生時預計大小的條帶代替。由於ES細胞為二倍體，通過重組事件通常改變僅僅一個等位基因，所以當合適的靶向發生時，通常可見代表野生型和靶向等位基因兩者的條帶。用於靶向插入的胚胎幹(ES)細胞源自胚囊內細胞團(innercellmassesofblastocytes)(早期的小鼠胚胎)。這些細胞為多能性的，表示其可以發展成為任何組織類型。一旦陽性ES克隆長大並且冷凍，可以開始產生轉基因動物。交配供體雌性，收集胚囊並且將一些ES細胞注入每個胚囊中。胚囊隨後移植入每個受體的子宮角。通過選擇合適的供體系，可簡單地觀察毛髮和/或眼睛的顏色而檢測嵌合子代(即其中組織的某部份源自轉基因ES細胞的那些)。如果轉基因ES細胞對種系(精子或卵)沒有做出貢獻，則轉基因不能傳遞至子代。將標誌物與表型關聯本發明的一個方面為如表1表明的多態性和成癮性表型之間相關性的描述。這些相關性的了解可用於本發明以將確定個體或樣品具有的多態性組的信息與其可能呈現的表型關聯。進一步，還可對與表型的相關性評估一種或多種不同基因中等位基因組合所致的更高級的相關性。這些相關性可通過能確定等位基因和表型，或等位基因組合和表型組合之間相互關係的任何方法進行。例如，表1中一種或多種基因或基因座的等位基因可與一種或多種成癮性表型相關連。最常見地，這些方法包括對照包含多態性等位基因和表型之間相關性的查閱表。該表可包括多種等位基因-表型相互關係的數據並且可考慮附加物或其它多種等位基因-表型相互關係的更高級的作用，例如通過使用如主成分分析(principlecomponentanalysis)、啟發式算法(heuristicalgorithms)等等的統計工具。標誌物與表型的關聯任選地包括進行一種或多種統計學相關檢驗。許多統計學檢驗是已知的，並且大多數為便於分析的計算機-執行的。測定表型性狀和生物標誌物之間關聯/相關的各種統計方法是已知的並且可用於本發明中。對於該主題的介紹，參見，Hartl(1981)APrimerofPopulationGeneticsWashingtonUniversity，SaintLouisSinauerAssociates，Inc.Sunderland，MAISBN0-087893-271-2。各種合適的統計模式在Lynch和Walsh(1998)GeneticsandAnalysisofQuantitativeTraits.SinauerAssociates，Inc.SunderlandMAISBN0-87893-481-2中描述。例如可提供這些模型用於基因型和表型值之間的關聯，鑑定基因座對表型的影響，歸類環境和基因分型之間的相互關係，確定基因的顯性或外顯率(penetrance)，確定母系和其它的後生效應(epigeneticeffects)，確定分析中的主要組分(通過主成分分析，或「PCA」)等等。這些文本中引用的參考文獻提供對用於關聯標誌物和表型的統計模式更進一步的詳述。除用於確定相關性的標準統計方法之外，通過模式識別和訓練，如通過利用遺傳算法確定相關性的其它方法可用於確定標誌物和表型之間的相關性。這在鑑定多個等位基因和多種表型之間的更高級相關性時尤其有用。舉例說明，神經網絡(neuralnetwork)方法可與遺傳算法型程序結合用於結構-功能數據空間模型的啟發式開發，該模型確定遺傳信息和表型結果之間的相關性。例如，NNUGA(利用遺傳算法的神經網絡)為可得到的程序(例如在全球資訊網cs.bgu.ac.il/～omri/NNUGA)其聯結神經網絡和遺傳算法。神經網絡的介紹可例如在KevinGurney，AnIntroductiontoNeuralNetworks.UCLPress(1999)和全球資訊網上shef.ac.uk/psychology/gurney/notes/index.html中找到。另外有用的神經網絡參照包括以上指出的遺傳算法和例如，Bishop，NeuralNetworksforPatternRecognition，OxfordUniversityPress(1995)，和Ripley等，PatternRecognitionandNeuralNetworks.CambridgeUniversityPress(1995)。顯示包括某些統計分析的例證性數據組的兩個表在附件1中呈現。具體地，表1顯示設計成能鑑定與成癮性有關的遺傳基因座的關聯研究的數據，表2顯示將各種成癮性表型與＂案例狀態＂即至少一種成癮性發生率關聯的關聯研究的數據。這些數據在下文進一步討論。對了解利用和建立相關性、分析的主要組分、神經網絡模型等等的數據分析應用有用的另外的參考文獻包括，例如，Hinchliffe，ModelingMolecularStructures.JohnWileyandSons(1996)，GibasandJambeck，BioinformaticsComputerSkills，O′Reilly(2001)，Pevzner，ComputationalMolecularBiologyandAlgorithmicApproach.TheMITPress(2000)，Durbin等，BiologicalSequenceAnalysisProbabilisticModelsofProteinsandNucleicAcids，CambridgeUniversityPress(1998)，andRashidiandBuehler，BioinformaticBasicsApplicationsinBiologicalScienceandMedicine.CRCPressLLC(2000)。總之，基本上任何統計檢驗可通過標準編程方法或利用任何各種進行所述統計分析的現成的軟體包應用於計算機執行模型中，軟體包包括例如，以上指出的那些和市場上可買到的那些，例如來自PartekIncorporated(St.Peters，Missouri；www.partek.com)，例如，提供用於模式識別軟體(例如提供PartekPro2000模式識別軟體)的那些，其可用於多元數據分析、交互顯現、變量選擇、神經網絡&統計模型化等等的遺傳算法。例如可通過製作分布圖和雙標圖的主成分分析(PCA)、製作分布圖、星型圖的多維分級(MDS)等等分析相互關係。進行相關分析的可用的軟體包括SAS、R和MathLab。無論是多態性或表達模式的標誌物可用於任何各種遺傳分析。例如，一旦鑑定標誌物，如在目前的情況下，其可用於關聯研究的大量不同分析。例如，可設計查詢這些標誌物的微陣列的探針。其它的例證性分析包括，例如上文所述的Taqman分析和分子信標分析，以及常規的PCR和/或測序技術。一旦在群體中鑑定標誌物(例如SNP為基因分型的)，該信息可用於多重關聯研究。所述使用可通過標誌物和表型信息貯存入資料庫中而變得容易，該資料庫日後可以用於補充分析而進入。關於關聯研究的另外的詳述可在美國專利6,969,589，2005年11月29日授權，題為＂MethodsforGenomicAnalysis；＂美國專利6,897,025，2005年5月24日授權，題為＂GeneticAnalysisSystemsandMethods；＂USSN10/286,417，2002年10月31日提交，題為＂MethodsforGenomicAnalysis；＂USSN10/768,788，2004年1月30日提交，題為＂ApparatusandMethodsforAnalyzingandCharacterizingNucleicAcidSequences；＂USSN10/447,685，2003年5月28日提交，題為＂LiverRelatedDiseaseCompositionsandMemods；＂USSN10/970,761，2004年10月20日提交，題為＂AnalysisMethodsandApparatusforIndividualGenotyping；＂USSN10/956,224，2004年9月30日提交，題為＂MethodsforGeneticAnalysis；＂以及USSN60/722,357，2005年9月30日提交，題為＂MethodsandCompositionsforScreeningandTreatmentofDisordersofBloodGlucoseRegulation.＂中找到。一些實施方案中，標誌物數據用於進行關聯研究以呈現標誌物和表型之間的相關性。此可通過測定具有目的表型的個體(即呈現目的表型的個體或群體)中標誌物的特徵並且將這些個體中標誌物的等位基因頻率或其它的特徵(表達水平等等)與對照組個體中等位基因頻率或其它的特徵比較而實現。所述標誌物測定可在基因組範圍的基礎上進行，或可集中在基因組的特定區域上(例如目的單倍型區段)。在一個實施方案中，評估連鎖表1中基因或基因座的標誌物與一種或多種特定表型的相關性。除了此處公開的本發明方法的另一個實施方案之外，該方法另外允許表型的「分離(dissectiom)」。也就是說，具體的表型可由兩種或多種不同的遺傳基礎產生。例如，一個個體中的易感性表型可以是表1中基因「缺陷」的結果(或只是具體的等位基因-關於易感性表型的「缺陷」與上下文相關，例如不管該表型在給定環境的個體中是合乎需要或不合需要的)，而不同個體中相同的基本表型可以是表1中多個基因多重＂缺陷＂的結果。因此，掃描多個標誌物(例如基因組或單倍型區段掃描)允許類似(或漸變(graduated))表型不同遺傳基礎的分離(dissection)。在一個方面，所述分離允許更個性化的治療，因為具有相同臨床表型的兩個不同的患者可能具有體現對治療差別應答的不同的基因分布型。因而，包括其基因分型分析的個體的診斷可用於確定合適的治療方案。例如，具有給定表型(例如成癮史)和表1中的一種或多種SNP或緊密連鎖其的SNP具體基因分型的第一個體組可能對醫學治療(例如包括「藥物X」的給藥)具有非常有效的應答，而具有相同的表型但表1中一種或多種SNP不同基因分型的第二個體組反而所述對治療產生不良的副作用(例如失眠、增重、抑鬱等等)。本發明的標誌物可用於關聯分析中以區分治療之前的第一組個體和第二組個體，由此區分哪些人可能受益於所述治療以及鑑定哪些人可能經歷另一種治療的副作用。這些方法例如在2004年9月30日提交的USSN10/956,224，題為＂MethodsforGeneticAnalysis，＂以及2005年3月3日提交的PCT申請US2005/007375，題為＂MethodsforGeneticAnalysis＂中更詳細地討論。如上所述，進行關聯研究的一種方法為將具有目的表型的個體中(「案例組」)標誌物的等位基因頻率(或表達水平)與對照組個體中該等位基因的頻率比較。在一種方法中，提供信息的SNP用於產生SNP單倍型模式對比(「提供信息的SNP」為遺傳SNP標誌物，如易於從其它的SNP、基因組或單倍型模式區分一種SNP或基因組或單倍型模式的基因組或單倍型區段中的SNP或SNP子集(超過一種))。利用提供信息的SNP的方法具有超過本領域已知的其它全基因組掃描或基因分型方法的優點，其不讀取每個個體基因組的所有30億個鹼基-或甚至讀取可能找到的3-4百萬常見的SNP-僅需要檢測來自預測定群體樣品的提供信息的SNP。如上所述，讀取這些具體的、提供信息的SNP提供充分的信息以允許從特定的實驗群體提取統計上準確的關聯數據。因此，確定遺傳關聯的一種方法的實施方案中，對不呈現該表型的對照群體的基因組測定提供信息的SNP的等位基因頻率。還對顯示該表型的群體的基因組測定提供信息的SNP的等位基因頻率。比較提供信息的SNP等位基因頻率。例如可通過確定每種群體中每個提供信息的SNP位點處等位基因的頻率(群體中具體等位基因的例子數除以等位基因總數)並且比較這些等位基因頻率來進行等位基因頻率比較。選擇在對照對比案例群體/組中呈現等位基因出現頻率之間差異的提供信息的SNP用於分析。一旦選擇出提供信息的SNP，鑑定包含該提供信息的SNP的SNP單倍型區段(block)，隨後鑑定與所述表型有關的目的基因組區域。所述基因組區域可通過本領域已知的遺傳或任何生物學方法分析，例如用作藥物發現靶標或診斷標誌物。本發明的另一實施方案中，不止或除了將SNP分類為單倍型區段和模式之外，連鎖不均衡(LD)作圖用於分類用於關聯研究的SNP。相互緊密鄰近的SNP常常強烈關聯，但該相關性結構或LD是複雜的並且在基因組的一個區域至另一個區域，以及在不同群體之間不同。鑑定包含連鎖SNP的「LD倉(LDbin)」後，能夠通過讀取(例如基因分型)來自每個LD倉的僅一個或幾個SNP而確定另外個體的序列，因為這些SNP預示LD倉中其它SNP基因的分型。至於基於單倍型模式的方法，所述預示性SNP稱為＂提供信息的SNP(informativeSNP)＂。用於LD模式測定和使用的方法例如在Hinds，等(2005)＂Whole-GenomePatternsofCommonDNAVariationinThreeHumanPopulations＂，Science3071072-1079中提供。用於鑑定成癮性表型的系統用於進行上述相關性的系統也是本發明的特徵。通常，該系統包括將等位基因的存在或缺乏(不管直接檢測的或例如通過表達水平檢測的)與預測的表型關聯的系統指令。系統指令可比較關於等位基因序列或表達水平的檢測信息與包含等位基因和相關表型之間相關性的資料庫。如上所述，該資料庫可以是多維的，由此包含等位基因組合和相關的表型之間更高級的相互關係。這些相互關係可以存儲在許多查閱表中，例如採取電子數據表(例如ExcelTM電子數據表)或資料庫如AccessTM，SQLTM，OracleTM，ParadoxTM，或類似的資料庫的形式。該系統包含用於例如通過自動或用戶界面輸入涉及等位基因檢測信息的樣品-特定信息以及用於將該信息與查閱表比較的物質。任選地，該系統指令還可以包含接受與任何檢測的等位基因信息有關的診斷信息的軟體，例如具有相關等位基因的主體具有特定表型的診斷。該軟體事實上可以是啟發式的，利用所述輸入的關聯以提高查閱表和/或查閱表經該系統解釋的準確性。包含神經網絡、馬爾可夫模型化(Markovmodeling)和其它的統計分析的各種所述方法如上所述。本發明提供用於檢測一種或多種可檢測遺傳標誌物(例如包含一種或多種生物分子探針、檢測器、液體處理機等等的一種或多種陣列)的數據採集模件。所述數據採集模件的生物分子探針可包括適於檢測生物標誌物例如寡核苷酸探針、蛋白質、適體、抗體等等的任何物質。這些可包括樣品處理機(例如液體處理機)、機器人、微流體系統、核酸或蛋白質純化模塊、陣列(例如核酸陣列)、檢測器、熱循環儀或其組合，例如用於獲得樣品、稀釋或等分樣品、純化標誌物材料(例如核酸或蛋白質)、擴增標誌物核酸、檢測擴增的標誌物核酸等等。例如，可加入此處系統的自動化裝置已用於評估各種生物現象，包括例如，基因響應選擇的刺激的表達水平(Service(1998)＂MicrochipsArraysPutDNAontheSpot＂Science282396-399)、高通量DNA基因分型(Zhang等.(1999)＂AutomatedandIntegratedSystemforHigh-ThroughputDNAGenotypingDirectlyfromBlood＂Anal.Chem.711138-1145)和許多其它的現象。同樣，用於進行混合實驗、DNA擴增、DNA測序等等的集成系統也是可利用的。參見例如，Service(1998)＂ComingSoonthePocketDNASequencer＂Science282399-401。各種自動化系統部件可從例如CaliperTechnologies(Hopkinton，MA)，whichutilizevariousZymatesystems得到，其通常包括例如機器人和流體處置模塊。同樣，常見的機器人也是市場上可買到的，例如購自BeckmanCoulter，Inc(Fullerton，CA)，其用於各種實驗室系統，例如用於微量滴定盤操作。同樣，可用作本發明系統部件的市場上可買到的微流體系統包括來自Agilenttechnologies和CaliperTechnologies的那些。此外，專利和技術文獻包括許多微流體系統的實例，包括可直接與用於自動流體處置的微量平皿連接的那些。任何各種液體操作和/或陣列結構可用於此處的系統中。用於此處系統中的一種常見的形式為微量滴定板，其中陣列或液體處理機包括微量滴定盤。所述盤為市場上可買到的並且可以以各種孔的大小和每一盤的孔數目，以及與用於結合分析或陣列部件的任何各種功能化表面一起定購。常見的盤包括普遍存在的96孔平皿，384和1536孔平皿也是常用的。樣品可在所述盤中處理，所有處理步驟在該盤中進行。樣品還可以在微流體裝置或微量滴定和微流體裝置的組合中處理。除了液相陣列之外，組分可存儲在或在固相陣列上分析。這些陣列以在固體基質如膜(例如尼龍或硝酸纖維素)、聚合物或陶器表面、玻璃或修飾的矽石表面、金屬表面等等上空間可接近的模式(例如行和列的網格)固定材料。組分可例如通過雜交、通過局部再水合(例如利用移液管或其它的流體處置元件)和流體轉移或通過剪下陣列或切下陣列上的目的位點而獲取。該系統還可以包括檢測裝置，其利用此處指出的任何方法檢測等位基因信息。例如，配置以檢測實時PCR產物的檢測器(例如光檢測器，如螢光檢測器)或陣列讀取器可加入該系統中。例如，可配置檢測器以檢測來自包含目的等位基因的雜交或擴增反應的光輻射，其中該光輻射為該等位基因存在或缺乏的指示。任選地，提供檢測器和包含以上指出的系統指令的計算機之間的可操作連接，允許所檢測等位基因-特定的信息自動輸入計算機，其可例如存儲資料庫信息和/或執行系統指令以將所檢測的等位基因特定信息與查閱表對照。用於產生通過檢測器檢測的信息的探針也可以與利用該探針檢測擴增子的任何其它硬體或軟體一起引入該系統內。這些可包括熱循環儀元件(例如進行通過探針檢測的等位基因的PCR或LCR擴增)、其上有探針排列和/或雜交的陣列等等。以上指出用於處理樣品的流體處理元件可用於將樣品材料(例如所要檢測的模板核酸和/或蛋白質)、引物、探針、擴增子等等移動而彼此接觸。例如，該系統可包括配置以檢測與表型有關的一種或多種基因或連鎖基因座的至少一種等位基因的標誌物探針或引物組，其中該基因編碼表1中的多態性(例如列於表1的基因)。設置檢測器模塊以檢測來自標誌物探針或引物組，或由該標誌物探針或引物組產生的擴增子的一種或多種信號輸出，由此鑑定等位基因的存在或缺乏。所要分析的樣品任選為系統的一部分，或可以考慮與之分離。如此處指出的，樣品任選包括例如，基因組DNA、擴增的基因組DNA、cDNA、擴增的cDNA、RNA、擴增的RNA、蛋白質等等。在一個方面，樣品源自哺乳動物如人患者。任選地，提供用於與用戶連接的系統部件。例如，系統可包括用於觀看計算機-執行系統指令的輸出的用戶可觀察的顯示器，用於輸入用戶命令和激活該系統的用戶輸入裝置(例如鍵盤或點擊裝置如滑鼠)等等。通常，目的系統包括計算機，其中各種計算機-執行系統指令包含在計算機軟體中，例如存儲在計算機可讀介質上。標準桌面應用程式如文字處理軟體(例如，MicrosoftWordTM或CorelWordPerfectTM)和資料庫軟體(例如電子數據表軟體如MicrosoftExcelTM，CorelQuattroProTM，或資料庫程序如MicrosoftAccessTM或SequelTM，OracleTM，ParadoxTM)可通過輸入對應於此處等位基因或等位基因和表型之間關聯的字符串而用於本發明。例如，所述系統可包括具有合適的字符串信息(例如與用戶界面(例如標準作業系統如Windows、Macintosh或LINUX系統中的GUI)同時使用以操作字符串)的軟體。專業的序列對比程序如BLAST也可以納入本發明系統中用於核酸或蛋白質(或對應的字符串)的比對，例如用於鑑定和聯繫多個等位基因。如指出的，系統可包括具有合適的資料庫和本發明的等位基因序列或相關性的計算機。用於比對序列的軟體，以及被納入包含此處任何序列的軟體系統的數據組，可以是本發明的特徵。計算機可以是例如，PC(Intelx86或基於Pentium晶片-兼容的DOSTM，OS2TMWINDOWSTMWINDOWSNTTM，WINDOWS95TM，WINDOWS98TM，WINDOWS2000，WINDOWSME，或LINUX的機器、MACINTOSHTM，PowerPC，或基於UNIX(例如SUNTM工作站、或基於LINUX的機器)或技術人員已知的其它商業上常見的計算機。輸入和排列或操作序列的軟體是可得到的，例如BLASTP和BLASTN，或可以通過技術人員利用標準程序語言如Visualbasic、Fortran、Basic、Java等等很容易地構建。鑑定調節劑的方法除了提供用於鑑定成癮性傾向性等的各種診斷和預後標誌物外，本發明還提供鑑定成癮性表型調節劑的方法。該方法中，潛在的調節劑與對應於表1中基因座的相關蛋白質接觸，或與編碼所述蛋白質的核酸接觸。檢測潛在的調節劑對基因或基因產物的作用，由此鑑定該潛在的調節劑是否是調節該表型的分子基礎。此外，該方法可包括例如，將一種或多種假定的調節劑給予呈現相關表型的個體並且測定假定的調節劑是否例如在臨床試驗或治療範圍內調節個體表型。隨後確定假定的調節劑是否為臨床上有效的。調節劑接觸的基因或基因產物可包括此處指出的任何等位形式。與不想要的表型正相關的等位形式，無論是基因、RNA或蛋白質，為用於調節劑篩選的優選靶標。篩選的目的作用包括(a)調節劑存在時表1中基因或基因產物增強或降低的表達；(b)表1中基因和/或其RNA或蛋白質產物表達時間或位置的改變，或者改變的表達模式；(c)調節劑存在時表1中基因的基因產物增強或降低的活性；(d)調節劑存在時表1的基因座編碼的RNA和/或蛋白質定位的改變，或者改變的表達模式。當然，調節劑篩選的精確形式將取決於所要檢測的作用和可用的設備而不同。Northern分析、定量RT-PCR和/或基於陣列的檢測形式可用於區別以上指出的基因的表達水平或模式。還可以利用有效的方法檢測蛋白質表達水平，如Western印跡法、ELISA分析、抗體雜交、BIAcore等等。任何這些方法可用於區分由潛在的調節劑產生的表1的基因座或由其編碼的RNA或蛋白質表達水平的變化。因此，可以根據活性或表達篩選表1的基因和/或由其編碼的RNA和蛋白質的潛在調節劑。例如，潛在的調節劑(小分子、RNA(例如RNAi)、有機分子、無機分子、蛋白質、激素、轉錄因子等等)可接觸包含目的等位基因和對對應於表1中基因、RNA或蛋白質的活性或表達(或兩者)作用的細胞。例如，可例如通過northern分析或定量(可任選實時定量)RT-PCR在潛在的表達調節劑施加前後檢測表1的任何基因的表達。同樣，各種基因的啟動子區域(例如通常在轉錄起始位點區域的序列，例如在起始位點的5KB內，例如在起始位點的1KB或更小例如500BP內或250BP或100BP內)可聯結報告構建體(CAT、β-半乳糖苷酶、螢光素酶或任何其它有效的報導分子)並且同樣可檢測潛在調節劑的表達活性調節作用。在兩種情況下，可以例如利用以連續或並行方式的自動流體處置和/或檢測系統以高-通量的方式進行分析。同樣，可通過將潛在的調節劑與合適的細胞接觸而利用此處的任何活性檢測方法檢測活性調節劑，而不管所要檢測的活性是否為活性調節、表達調節或兩者的結果。這些分析可以是體外的、基於細胞的，或可篩選在如包含目的基因的基因敲除轉基因小鼠的實驗動物上進行的調節劑活性。檢測調節劑活性的生物傳感器也是本發明的特徵。這些包括包含對應於表1基因座的基因或基因產物的裝置或系統，其與測量或呈現該基因或產物一種或多種活性的讀數器連接。因此，任何上述分析部件可通過將合適的分析部件可操作連接至讀數器而設置為生物傳感器。讀數器可以是光學的(例如檢測細胞標誌物或細胞存活的)、電學的(例如連接FET、BIAcore或其它的任何各種)、光譜的等等，並且可任選地包括用戶可觀察顯示器(例如CRT或光學展示臺)。生物傳感器可與機器人或其它的自動裝置例如微流體系統連接，其直接使本發明蛋白質與所述的推定的調節劑接觸而例如用於推定的調節劑接觸活性的自動化高-通量分析。適合於本發明的生物傳感器一起使用的大量自動化系統為市場上可買到的。例如，已製造自動化系統以評估各種生命現象，包括例如響應所選擇刺激的基因表達水平(Service(1998)＂MicrochipsArraysPutDNAontheSpot＂Science282396-399)。實驗室系統還可以執行用於將物質轉移至或轉移出試劑貯存系統的重複流體處置操作(例如移液)，該試劑貯存系統包含陣列，如微滴定盤(microtitertray)或其它的晶片盤，其用作各種自動化實驗室方法的基本容器元件。同樣，系統操縱例如微滴定盤和控制各種環境條件如溫度、曝露於光或空氣等等。許多所述的自動化系統為市場上可買到的並且在此描述，包括如上所述的那些。這些包括各種Zymate系統、機器人、微流體裝置等等。例如，CaliperTechnologies，MountainView，CA的LabMicrofluidic高通量篩選系統(HTS)可適用於本發明中以篩選調節劑活性。通常，檢測蛋白質表達水平和活性的方法和傳感器為可得到的，包括以上各種參考文獻中教導的那些，包括R.Scopes，ProteinPurification.Springer-Verlag，N.Y.(1982)；Deutscher，MethodsinEnzvmologvVol.182GuidetoProteinPurification，AcademicPress，Inc.N.Y.(1990)；Sandana(1997)BioseparationofProteins.AcademicPress，Inc.；Bollagetal.(1996)′ProteinMethods，2ndEditionWiley-Liss，NY；Walker(1996)TheProteinProtocolsHandbookHumanaPress，NJ，HarrisandAngal(1990)ProteinPurificationApplicationsAPracticalApproachIRLPressatOxford，Oxford，England；HarrisandAngalProteinPurificationMethodsAPracticalApproachIRLPressatOxford，Oxford，England；Scopes(1993)ProteinPurificationPrinciplesandPractice3rdEditionSpringerVerlag，NY；JansonandRyden(1998)ProteinPurificationPrinciples，HighResolutionMethodsandApplications，SecondEditionWiley-VCH，NY；andWalker(1998^ProteinProtocolsonCD-ROMHumanaPress，NJ；andSatinderAhujaed.，HandbookofBioseparations，AcademicPress(2000)。同時檢測許多蛋白質的＂蛋白質組＂檢測方法已有描述並且如上所指出的，包括各種多維電泳法(例如二維凝膠電泳)、基於質譜法的方法(例如SELDI、MALDI、電噴射等等)或表面胞質團共振方法。這些還可以用於追蹤蛋白質活性和/或表達水平。同樣，可利用任何可得到的方法，包括northern分析、定量RT-PCR等等檢測核酸表達水平(例如mRNA)。足以指導技術人員使用這些方法的參考文獻是很容易得到的，包括Ausubel、Sambrook和Berger所述的那些。全動物分析也可以例如通過監測對基於細胞的現象的作用，所呈現的動物表型的改變等等而用於評估調節劑對細胞或全動物(例如轉基因的基因敲除小鼠)的作用。所要篩選對表達和/或活性的作用的潛在調節劑文庫為可得到的。這些文庫可以是隨機的或可以是靶向性的。例如，調節劑文庫可以篩選對例如表1的任何基因表達的作用。靶向性文庫包括利用選擇支架或結構單元以產生組合文庫的任何形式的合理設計技術設計的那些。這些技術包括用於靶標-集中文庫的設計和組合合成的許多方法，包括用生物電子等排變形的變構，靶標-特異性特別結構的分析等等。通常，可得到表1基因或基因產物結構的信息時，可以例如利用柔性對接方法等等設計合適的結合配偶體。同樣，存在用於各種基本化學支架的隨機文庫。在兩種情況下，可得到用於化學文庫的數千支架和結構單元，包括具有多肽、核酸、糖類和其它主鏈的那些。市場上可買到的文庫和文庫設計服務包括由ChemicalDiversity(SanDiego，CA)，Affymetrix(SantaClara，CA)，Sigma(St.LouisMO)，ChemBridgeResearchLaboratories(SanDiego，CA)，TimTec(Newark，DE)，NuevolutionA/S(Copenhagen，Denmark)和許多其它的公司提供的那些。用於成癮性表型治療的試劑盒可包括如上所述鑑定的調節劑和用於將該化合物給予患者以預防或治療成癮性的說明書。細胞拯救和治療給藥在一個方面，本發明包括細胞的拯救，其為一種或多種表1的內源基因或其基因產物的功能缺陷型(因此賦予相關的目的表型，例如成癮性易感性或耐受性等等)。此可通過簡單地導入基因的新拷貝(或表達相關蛋白質的異源核酸)，即具有所需等位基因的基因進入該細胞而實現。其它的方法，如同源重組以修復缺陷型基因(例如通過嵌合修復術)也可以進行。在任何情況下，功能拯救可例如以在此指出的任何測定法測量。實際上，該方法可用作體外篩選細胞的表1的任何基因或其基因產物的表達或活性的常規方法。因此，功能的體外拯救在這裡對如上指出的無數體外篩選方法是有效的。拯救的細胞可包括培養物中的細胞(包括來自患者的原代或次代細胞培養物，以及已建立細胞的培養物)。由於細胞分離自患者，此在確定哪個基因或基因產物在呈現相關表型的患者中為缺陷型中具有另外的診斷功用。另一個方面中，在患者例如人中存在細胞拯救，例如以彌補缺陷。因此，本發明的一個方面為基因治療以彌補缺陷。這些應用中，本發明的核酸任選地克隆進入合適的基因治療載體(和/或僅作為裸露的或脂質體-偶聯的核酸投遞)，其隨後任選地與合適的載體或投遞劑結合而投遞。蛋白質也可以直接投遞，但核酸的投遞在需要穩定表達的應用中通常是優選的。同樣，通過此處的方法鑑定的任何缺陷的調節劑可用於治療。用於給藥的組合物例如包含治療有效量的調節劑、基因治療載體或其它的相關核酸和藥學可接受載體或賦形劑。所述載體或賦形劑包括但不限於，鹽水、緩衝鹽水、右旋糖、水、甘油、乙醇、和/或其組合。所述製劑製備成適合給藥的形式。通常，為了局部應用而給予基因治療載體的方法為本領域所熟知並且可用於本發明核酸的給藥。包含本發明的一種或多種調節劑或基因治療核酸的治療組合物在一種或多種合適的體外和/或體內疾病動物模型中任選地檢測以證實其效力、組織代謝，並且根據本領域熟知的方法評估劑量。尤其，劑量可通過所述製劑的活性、穩定性或其它合適的方法而在最初就確定。給藥通過通常用於將分子導入而最終接觸細胞的任何途徑進行。調節劑和/或編碼相關序列(例如表1的任何基因)的核酸可以任何合適的方式給予，任選地與一種或多種藥學可接受載體一起。將本發明的所述核酸給予患者的合適的方法是可得到的，並且雖然超過一種途徑可用於給予具體的組合物，具體的途徑常常可以提供比另一種途徑更快速和更有效的作用或反應。藥學可接受載體部分由所給予的具體的組合物，以及由用於給予該組合物的具體的方法確定。因此，存在本發明藥物組合物的多種合適的製劑。組合物可以通過許多途徑給予，包括但不限於口腔的、靜脈內的、腹腔內的、肌內的、透皮的、皮下的、局部的、舌下的或直腸給藥。組合物可以通過脂質體(例如局部地)或經裸DNA或病毒載體的局部投遞而給予。所述給藥途徑和合適的製劑通常為本領域技術人員所知。單獨或與其它合適的組分聯合使用的組合物還可以製成氣霧劑(即其可以是「霧化的」)以經吸入給藥。氣霧劑製劑可置於增壓的可接受推進劑中，如二氯二氟甲烷、丙烷、氮氣等等。例如通過關節內(關節中)、靜脈內的、肌內的、皮內的、腹腔內的和皮下的途徑適於腸胃外給藥的製劑包括水相的和非水的、等滲的無菌注射液，其可以包含抗氧化劑、緩衝液、抑菌劑以及使得製劑與將接受其的受體的血液等滲的溶質，以及可包括懸浮劑、增溶劑、稠化劑、穩定劑和防腐劑的水相的和無水的無菌懸浮液。包裝的核酸的製劑可以單位-劑量或多-劑量密封容器，如安瓿和管瓶存在。本發明範圍內給予患者的劑量隨著時間足以在患者中產生有益的預防性和/或治療性應答。所述劑量由具體的載體或其它製劑的效力、所表達的多肽或其它基因產物的活性、穩定性或血清半衰期和所要治療的患者的病情，以及所要治療的患者體重或體表面積確定。劑量大小也由伴隨具體的載體、製劑等等給藥於特定患者的任何有害副作用的存在、性質和程度而確定。在確定疾病治療(例如成癮性)中所給藥的載體或製劑的有效量中，醫師評估局部表達或循環的血漿水平、製劑毒性、相關疾病的進展和/或相關的由多核苷酸編碼的蛋白質的抗體的產生。例如給予70千克患者的劑量通常在相當於目前-所用的治療蛋白質等等的劑量範圍中，根據相關組合物改變的活性或血清半衰期而適當調節。本發明的載體可通過任何已知的常規療法補充治療條件。為了給藥，本發明的製劑以通過相關製劑的LD-50，和/或本發明的載體在各種濃度的任何副作用的觀察，例如施加於群體或局部投遞區域時以及患者整體的健康所確定的速率而給予。給藥可以經單一或分開的劑量完成。如果經受治療的患者出現發燒、寒戰或肌肉疼痛，他/她接受合適劑量的阿斯匹林、布洛芬、撲熱息痛或其它的疼痛/發燒控制藥物。對組合物有反應，如發燒、肌肉疼痛和寒戰的患者在輸液之前30分鐘可給藥阿斯匹林、撲熱息痛或例如苯海拉明。哌替啶用於更嚴重的寒戰和肌肉疼痛，所述寒戰和肌肉疼痛對退熱劑和抗組胺藥不發生快速響應。治療減緩或停止取決于于反應的嚴重程度。實施例提供下列實施例用於舉例說明，而不是限制所要求的發明。技術人員將能識別各種非-關鍵的參數，其可在本發明的範圍內改變。實施例1用於成癮性標誌物鑑定的策略引言鑑定常見的遺傳變體本研究的目的是鑑定基因標誌物和確定成癮性。成癮性標誌物等位基因的鑑定對公共健康有重要的應用。其中遺傳變異歸因於許多基因座，取決於易感性基因座遺傳的高-風險等位基因的數目，個體的風險有著很大的不同。賦予合適風險度的常見的遺傳變體在群體水平分別具有重要的作用。鑑定為與成癮性風險相關聯的基因可用於對關聯的和個體的風險的估計。(參見例如USSN10/956,224，2004年9月30日提交，題為「MethodsforGeneticAnalysis，」和PCT申請US2005/007375，2005年3月3日提交，題為「MethodsforGeneticAnalysis.」)。此風險估計的實際結果是真實的。此外，如果變體指示用於幹預的可行機制，此也為靶向預防提供了新的可能性。除了這些實際的結果之外，成癮性易感性基因座和基因的鑑定有助於闡明成癮性和其它相關疾病和病症(例如尼古丁成癮性等等)的發生機制。擴展超過已知的候選者而至全基因組的查找具有全新機制呈現的重大優點。這些機制也提供新的治療靶標。最後，對易感性基因的認識允許通過如利用此處所述的群組研究基因的作用和這些組合的風險因素而闡明生活方式風險因素的作用。研究設計鑑定常見的低風險等位基因的有效設計是病例/對照研究。與成癮性有關的變體通過其在病例中比在遺傳背景匹配的對照中以顯著更高的頻率出現而鑑定。該研究中，所述變體為單核苷酸多態性(SNP)。病例對照關聯研究(case-controlassociationstudy)方法之前已用於「候選者基因」基礎。然而，候選基因方法存在嚴重的局限性。其緩慢並且相對昂貴，依賴於通過所要檢測的每個基因SNP基礎對SNP的發生測定法；其在其覆蓋範圍甚至候選基因中是不完全的，尤其在大多數情況下忽略潛在的調控變化；並且其受到當前對疾病生物學的認識的限制。相反，該研究中所用的基因組-範圍的查找具有在對功能或定位沒有任何之前的認識情況下鑑定有活性的常見變體的潛力。該研究中，用於～240萬單核苷酸多態性(SNP)的集中的基因分型(pooledgenotyping)利用482個「病例」(長期尼古丁使用者，其尼古丁依賴性Fagerstrom檢驗(FagerstromTestofNicotineDependence，FTND)得分為至少3)和466個「對照」(長期尼古丁使用者，其FTND得分為0)進行。部分基於集中的基因分型的結果，選擇44,454個，以及另外的568個病例和413個對照用於相同的病例和對照組中個體的基因分型。個體基因分型後發現的正關聯在表1中顯示。用於樣品採集、處理和SNP基因分型的實驗設計簡而言之，試驗設計如下。其樣品用於該研究之前所有患者讀取和籤字告知的許可表格。所有樣品編條型碼並且患者信息輸入採集場所的電子資料庫中。樣品唯一聯繫至所收集的患者，並且每個樣品容器為唯一可識別的。提供基因分型實驗室條型碼樣品，並且在該實驗室內樣品用實驗信息管理系統(Thermo，AltringhamUK)追蹤。如上所述，對樣品DNA進行全基因組擴增，並且這些樣品隨後經PCR和合併和/或個體基因型。基因型輸出至資料庫並且關聯至每個主體的表型數據。作為質量控制步驟，檢測對照基因型用於Hardy-Weinberg平衡的偏差(departurefromHardy-Weinbergequilibrium)。研究設計該研究為幾個時期時期1.在482個成癮性病例和466個對照中利用集中的基因分型方法分析全組-240萬個SNP。時期2.在最初的病例和對照，以及另外的568個成癮性病例和413個對照中評估44,454個SNP的組(例如在集中的基因分型中成癮性病例和對照之間呈現頻率顯著差異的那些)。大約4000個SNP鑑定為與尼古丁成癮性表型有關，並且這些SNP列於表1中。用於研究設計的理論選擇分期設計以便所需進行的基因分型最小化，而保持檢測SNP的高效，對風險的適度作用。計算表明所述分期設計(phaseddesign)與對所有SNP基因分型所有樣品相比非常有效(SatagopanJM等.(2002)「Two-stageddesignsforgene-diseaseassociationstudies.」Biometrics58163-170)。掃描質量控制在結合在高-密度寡核苷酸微陣列的240萬SNP的基因組-範圍的平臺上分別對每個樣品基因分型。每個樣品的掃描經受標準質量標準，其包括在要求覆蓋用於重疊SNP的微陣列中的高就診率(highcallrate)、高一致性，以及其它指標。如此獲得良好的質量數據。個體基因分型報導定製的個體基因分型(IG)晶片上包括的大部分SNP選自集中的基因分型，而為了覆蓋候選基因區域和因為其它的具體理由而添加其它的SNP。另外的311個分層SNP(stratificationSNP)和許多QCSNP也結合在晶片上以幫助評估群體結構和基因組控制校正。表2以排除的遞減次序概述了不同種類中SNP的計數(即如果SNP已由以上給定種類的任何種類覆蓋，則其並不算入給定的種類中—以防止SNP的重複計算)。許多選擇標準應用於該SNP組以得出35,673個可靠的SNP組，其與其基因分型一起報導。表2表3顯示集中的基因分型(pooledgenotyping，PG)樣品(1/0或Y/N)和複製樣品(replicationsample)(分別基因分型，而不經集中的基因分型的另外的樣品)之間樣品數的分離，病例對照狀態和性別表3趨勢得分分析對PG樣品(第一輪)和複製樣品以及對聯合組(combinedset)分別計算趨勢得分(trendscore)。以下概述Armitage的趨勢得分X2的計算其中ΔP為病例和對照之間觀察到的等位基因頻率差異，P1為隨機指定為「1」等位基因的總的群體發病率，P11為具有等位基因「1」兩個拷貝的樣品部分，nc和nr分別為病例和對照樣品數。GC校正趨勢得分用GC校正來校正。對不依賴集中研究(pooledstudy)和候選基因區域而選擇的QC組和分層SNP組計算第一輪樣品和全組樣品的GC校正。這些SNP因此提供第一輪和全組樣品中無偏差的GC校正評估。對於複製樣品，所有SNP用於GC評估並且大量SNP允許使用回歸以在改變等位基因頻率差異評估置信度時更好地分布SNP之間的GC校正。SNP等位基因頻率差異的置信度通過計算自濾過和未濾過基因分型的病例和對照之間等位基因頻率差異之間的Δ絕對值而評估。未濾過的對比濾過的基因分型的等位基因頻率差異之間Δ越大，由基因分型過濾引起的濾過的基因分型中等位基因頻率差異的失真可能性越大。等位基因頻率差異Δ的趨勢得分值的回歸利用對數聯繫和γ分布完成。該方法允許來自以病例和對照之間Δ等位基因頻率置信度為基礎的SNP之間GC校正更好的命中能力分布。該回歸因此產生對計算自SNP的Δ的每個SNP特定的GC校正。對於性連鎖SNP由於樣品當中男性的存在，對少量染色體校正GC校正方差膨脹因子(GCcorrectionvarianceinflationfactor)λ其中並且其中nC.F、nC.M、nT.F、nT.M分別為女性病例數、男性病例數、女性對照數和男性對照數。λcorr.x和λcorr.y分別為對染色體X和染色體Y性連鎖SNP的校正λ。結果應用的檢驗第一輪樣品得到0.881的GC校正方差膨脹因子並且因此無GC校正應用於趨勢得分和其p-值。複製樣品得到1.070的GC校正方差膨脹因子，然而個體GC校正方差膨脹因子利用以上所述的回歸方法計算。趨勢得分值的回歸對利用對數聯繫(loglink)和γ分布得到的等位基因頻率差異Δ產生正斜率，表明正如所料，計算自未濾過的和濾過的基因分型等位基因頻率差異之間的Δ越大，趨勢得分更趨於膨脹。如上所述由於樣品當中男性的存在，對少量染色體的性連鎖SNP另外校正這些GC校正方差膨脹因子。整個樣品組產生1.026的GC校正方差膨脹因子並且由於評估方差膨脹因子的有限的SNP數目，使用由方差膨脹因子有效等分的每個趨勢得分的更強的校正方法。用線性回歸和邏輯回歸計算另一組P值。表型關聯的顯著性評估不同的模型。各種複雜度的模型評估不同協變量根據的顯著性表4ANOVAp-值表明僅性別和地址解釋顯著的表型差異。地址3和4顯示與大部分關聯有關。性別和地址的顯著性預期來自不同性別和地址之間病例和對照的非均勻分布。模型包含性別和地址僅通過基因分型和任何協變量之間的相關性程度而降低了基因分型與表型的可能的關聯。可能存在降低檢測基因分型關聯能力的某些隨機相關性，但其不應該有很大的影響。該模型還包含性別和基因分型之間的相互作用，因為可以設想基因分型作用可能對不同性別具有不同的斜率(即兩種性別之間的關聯強度可能不同)。因此以下模型利用邏輯回歸(利用雙病例對照分配)調整並且定量FTND性狀利用線性回歸調整表型-性別+因子(地址)+基因分型+性別基因分型。圖1-6的Q-Q圖表明回歸產生很好地對應預期的零分布(nulldistribution)的統計分布。僅對期待為無分布的分層和QCSNP進行第一輪樣品和全組樣品的統計。候選基因區域的分析候選基因區域由4901個CGSNP組成並且如與所述的相一致，分別分析39個定製的附加SNP。該區域產生4222個可靠的SNP。該候選基因區域中無SNP在通過Bonferroni對4222個檢測的SNP(其與未校正的1.2e-5p-值對應)校正的0.05水平為嚴格顯著的。然而，8個SNP顯示來自線性回歸的e-5範圍p-值並且2個SNP具有來自邏輯回歸的e-5範圍的p-值。因為存在降低有效獨立檢驗數的LD區域，Bonferroni校正也可能是太過保守。利用Storey方法分別對候選基因區域計算錯誤發現率(Falsediscoveryrate，FDR)q-值。FDRq-值計算自從全組樣品的趨勢得分獲得的p-值和來自線性和邏輯回歸的p-值。候選基因區域的最先的6個SNP具有計算自邏輯回歸<10％的q-值並且591個SNP具有<50％的q-值。圖7中的圖以通過其邏輯回歸p-值排序的SNP組顯示FDRq-值。圖8顯示最初的600個SNP的放大區域(zoomed-insection)。線性回歸提供具有FDRq-值<10％的15個SNP以及具有FDRq-值<50％的234個SNP。圖9和10中的圖顯示其有序分布，圖10描述最初的300個SNP的放大區域。集中的SNP的分析集中的SNP(pooledSNP)產生31,162個可靠的SNP。無SNP顯示來自第一輪IG或來自全組樣品的邏輯或線性回歸的基因組-範圍的顯著p-值。具有僅對來自PG的SNP數的校正p-值的複製樣品中也無SNP是顯著的(p80％；2)病例和對照中HWEp-值>1e-15；3)可觀察到具有1e-4和1e-15之間的病例或對照中HWEp-值的SNP並且排除不好的SNP；4)排除呈現男性和女性之間固定差異的SNP。基於來自邏輯回歸ANOVA檢驗的p-值選擇SNP作為兩個種類的最前面的SNP(來自集中研究或對候選基因區域覆蓋範圍的選擇)，在排除性別和DNA採集地址的影響後檢驗基因分型關聯。表1中的列通常指研究的個體基因分型時期並且已在上文詳細描述。實施例3a5nAChR基因中胺基酸取代影響對尼古丁依賴性的風險菸鹼樣受體基因CHRNA5中發現與尼古丁依賴性關聯的非同義(nonsynonymous)SNP並且通過隱性遺傳方式造成風險加大2倍。尼古丁依賴是世界範圍內造成死亡的首要原因之一。為了發現影響對尼古丁依賴性風險的遺傳變體，靶向超過三百個候選基因用於基因分型並且在1,050個病例和879個對照中分析3,713個單核苷酸多態性(SNP)。尼古丁依賴性的Fagerstrom檢驗(FIND)用於評估依賴性，其中病例要求具有4或以上的FTND。對照標準很嚴格對照主體必須在其一生至少吸菸100根香菸並且在最重的吸菸期間具有0FTND。在通過控制假髮現率(falsediscoveryrate)而校正多個檢驗後，一些膽鹼能菸鹼樣受體(nAChR)基因主導主要的信號(topsignal)。最強的關聯來自代表CHRNB3的SNP，β3菸鹼樣受體亞基基因(p＝9.4x10-5)。生物學上，風險變體的最有力證據來自α5菸鹼樣受體亞基基因CHRNA5(p＝6.4x10-4)的不同義的SNP。該SNP表現出隱性遺傳方式的證據，引起個體一旦暴露於香菸煙霧時發展尼古丁依賴性的風險加大兩倍。主要信號當中其它的基因為KCNJ6和GABRA4。該實施例代表尼古丁依賴性的最有效和廣泛的研究，並且已找到由複製研究任選地證實的新的風險基因座。世界衛生組織評價如果持續目前的趨勢每年菸草-相關疾病的死亡數將加倍，從2000年的500萬到2020年的1000萬。(1，2)尼古丁，菸草中發現的天然存在的生物鹼、模擬乙醯膽鹼以及尼古丁結合菸鹼膽鹼能受體(nAChR)的能力構成尼古丁依賴性(對菸草成癮性的敏感性，[MIM188890])的分子基礎。長期的尼古丁暴露產生持久的行為和生理變化，包括提高的突觸強度、改變的基因表達和nAChR上調。(3)雖然nAChR在整個中樞神經系統表達，但認為尼古丁上癮的作用由中腦-皮層-邊緣多巴胺(DA)途徑介導。(4)人們相信穀氨酸、多巴胺和γ-氨基丁酸(GABA)系統當中的相互作用為加強尼古丁作用的關鍵。(3，5)香菸為全世界菸草使用的主要形式(6)，並且遺傳因素對尼古丁依賴性的病因學很重要，估計遺傳率(heritability)從44％到60％(7)。通過關聯研究鑑定影響香菸煙霧行為的易感性基因座的工作使用用病例-對照以及基於家族設計的候選基因方法。已經研究了可能影響煙霧的一些候選基因，包括菸鹼樣受體(8-10)、尼古丁代謝基因(11-13)、多巴胺系統受體(14-17)、GABA受體(18)以及其它的神經遞質和受體(19-21)。候選基因中的連鎖發現和關聯發現當中似乎極少有一致性(在22中綜述)。至今一篇基因組-範圍的關聯研究(GWAS)論文為Bierut等的，(23)，其與當前的實例研究平行進行並且使用相同的病例-對照樣品。該實施例的方法是為了通過病例-對照設計，將SNP基因分型廣泛的候選基因組靶向檢測與尼古丁依賴相關的變體。用於基因分型的超過三百個基因作為靶標，設計允許大約4,000個SNP。這些包括編碼菸鹼樣受體、多巴胺能受體和γ-氨基丁酸受體的基因家族，其已知為參與依賴性的生物途徑的一部分。此與基因組-範圍的關聯研究(GWAS)一起完成，參見實施例4和Bierut(23)。兩種研究都使用大的歐洲血統的病例和對照樣品。1,050個尼古丁依賴的病例與獨特的879個個體對照樣品對比，後者不是依賴性吸菸者。樣品規模和嚴格的控制準則應當提供足夠的能力以檢測影響尼古丁依賴性的變體，但已知候選基因覆蓋範圍的深度是遠大的開且需要精密的操作以處理多個檢驗的複雜問題。假髮現率(FDR)用於限制多個檢驗的作用(23，24)，並且用於在FDR-控制的關聯列表上報導。實施例3的結果該實施例的候選基因列表最初編號448個，並且分成類別「A」和「B」。靶向所有55個「A」類別基因用於SNP基因分型，但因為其超出了易於靶向所有剩下的393個「B」類別基因的手段之外，根據平行GWAS中集中的基因分型的結果，這些優先考慮用於SNP基因分型(參見Bierut(23)和實施例4)。表5呈現候選基因中集中的基因分型結果的概要。393個考慮用於SNP選擇的」B」類基因當中，296個作為靶標用於候選基因研究中的個體基因分型。這些利用最小校正的最小p-值選擇，如公式1中定義的(參見以下)，其中邊界為大約p≤0.95。這些候選基因中的4,309個SNP分別進行基因分型，以及在質量控制濾過後，對3,713個SNP檢測關聯。對52個A類基因檢測515個SNP並且對296個B類基因檢測3,198個SNP。表5表5呈現來自平行基因組-範圍的關聯研究(GWAS)的候選基因中集中的基因分型的結果。總共2,177,718個SNP經過質量控制(QC)方法並且檢測關聯。結果用於對SNP選擇排序B類基因。「檢測的基因」和「檢測的SNP」列顯示經過QC並且檢測關聯的那些基因中的基因數和SNP數。基因內集中的基因分型中所有檢測關聯的SNP的最小p-值根據公式(1)校正檢測數。a平均值±標準差。表6中，顯示其中加權FDR小於40％的與尼古丁依賴性的主要的關聯。當評估FDR時來自「A」類基因的SNP比「B」類基因加權大10倍。信號通過將基因分型項和經過性別相互作用項的基因分型添加至邏輯回歸基礎模型的主要的2度自由度p-值而歸類。具有功能「FP」的SNP在基因覆蓋區的範圍之內，用於顯示目的而定義為轉錄區域的±10kb。標記「LDBIN」的那些在覆蓋區外並且選擇用於外顯子附近具有SNP的LD的基因分型。括號中的基因為候選基因，對其選擇SNP。「LDBinID」列確定為LD倉(bin)；具有相同的LDBinID的SNP有效地產生單個關聯信號。此報導了所述標記和「Min(r2)」列的倉中其它SNP之間最小的相關性。該等級通過所有3,713個基因分型的SNP中最初的p-值確定。自有義鏈報導所有等位基因。病例p和對照q中風險等位基因的頻率(等位基因在病例中比在對照中更常見)用注釋p/q報導。表6a非-倍增模型(non-multiplicativemodel)有重要的證據，參見表8(其顯示每一LD倉的一種SNP)；b性別-特異性風險也有重要的證據，參見表9(其顯示每一LD倉的一種SNP)；c非常微小的等位基因頻率。表7顯示最前面的信號(topsignal)當中具有SNP(即表6中出現的SNP)的所有「A」類基因和任何「B」類基因的細節。列「檢測的SNP」指檢測的關聯的SNP數，並且「最前面的信號中的SNP(SNPsintopsignals」列指表6中出現的SNP。一些SNP代表多個基因，尤其在兩個基因相互靠近時；因此由這兩列代表的SNP的基因之間存在重疊。具有最前面的信號中的SNP的基因以黑體顯示。表7對候選基因的個體基因分型中，來自最初的關聯分析的十個最小的p-值從9.36x10-5至1.22x10-3。存在39個FDR小於40％的SNP，表明約存在24個正確的信號(signal)(表5和6以及圖13)。這些最前面的39個標誌由菸鹼樣受體基因控制(圖14和15)。最前面的5個FDR值對應於基因CHRNB3、CHRNA3和CHRNA5並且從0.056至0.166。最好的證據為這5個標誌的4個來自真正的關聯並且並不歸因於隨機效應。置換FDR評估與FDR大致相同，相差不超過0.02，SNPrs6474413具有0.07的最小的置換FDR(minimumpermutationFDR)。從每個連鎖不均衡(LD)倉選擇單個SNP後，這39個SNP的3個顯示非-倍增模型(non-multiplicativemodel)(表8)的重要證據並且發現一些SNP具有通過基因分型相互作用的重要性別(表9；也參見表14，來自表6的所有SNP列表顯示通過基因分型p-值的性別以及性別-特異性優勢率(gender-specificoddsratios))。圖13顯示候選基因關聯分析的結果。來自最初分析的p-值利用-log10(p)變形(transformation)在表意符號(ideogram)下對每個染色體作圖。底軸為p＝1以及上軸為p＝10-3。「A」類基因在以下圖中以紅色顯示而「B」類基因在「A」類基因下以青色顯示。其在圖14中更詳細顯示的染色體8和15上的區域以紅色顯露。圖15顯示菸鹼樣受體基因的(A)CHRNB3-CHRNA6和(B)CHRNA5-CHRNA3-CHRNB4簇中標誌物之間的連鎖不均衡(LD)。β3菸鹼樣受體亞基基因CHRNB3，位於染色體8上，說明來自分析rs6474413和rs10958726(圖14A)的兩個最有力的標誌。由於其在具有r2相關性≥0.99的很高的LD中，這2個SNP有效影響單個標誌。其都在假定的5′啟動子區域中；SNPrs6474413在第一個5』啟動子的2Kb之內並且SNPrs10958726位於另外的上遊15Kb。CHRNB3中兩個其它的SNP，rs4953和rs4952也在最前面的標誌當中。這些為外顯子5中的同義SNP並且為僅知曉編碼CHRNB3的SNP(dbSNPbulid125，網際網路www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP)。此外，這些代表其基因分型完全關聯的單個標誌。圖14顯示最前面的關聯標誌的詳細結果。(A)最前面的2個標誌靠近染色體8上的CHRNB3菸鹼樣受體基因。(B)非同義的SNPrs16969968和菸鹼樣受體基因CHRNA5-CHRNA3-CHRNB4簇在染色體15上。表6中出現的SNP用dbSNPrsID標記。追蹤「UCSC最保守的」(網際網路上genome.ucsc.edu，2004年5月建立，表「phastConsElementsl7way」)突顯的區域在人和其它的物種包括小鼠、大鼠和雞之間保守；最大保守性得分為1000。最初的p-值利用-log(p)變形以紅色作圖。「LDBins」徑跡顯示來自「SNP」追蹤入LD倉(LDbin)的SNP的分布，其中所有SNP在具有標記SNP的病例和對照中都具有r2≥0.8。僅顯示具有超過2個SNP的倉，並且所述倉用SNPN數、倉中具有另外的SNP的標記的最小r2、倉中等位基因頻率的範圍以及標記SNP注釋。(C)表明著色方案的圖例。最前面的標誌當中下一組SNP在染色體15上的菸鹼樣受體基因CHRNA5-CHRNA3-CHRNB4簇中(圖14B)。第三個最重要的標誌為在α3菸鹼樣受體亞基基因CHRNA3的3』非翻譯區(UTR)中的SNPrs578776(圖14B)。來自CHRNA3下遊大約5Kb的為第五個最有力的標誌rs16969968，α5菸鹼樣受體亞基基因CHRNA5外顯子5中非同義的編碼SNP。該SNP在具有rs1051730的非常強的LD中，CHRNA3中同義的編碼SNP，r2相關性≥0.99。最有興趣的標誌好象是CHRNA5中的非同義SNPrs16969968，然而如上所述，其與CHRNA3基因中的SNP完全關聯(圖14B)。rs16969968的等位基因A在病例中具有38％的頻率並且在對照中具有32％的頻率。該SNP的隱性遺傳方式存在令人信服的證據(表8)。相比無拷貝，具有1個拷貝和2個拷貝A等位基因的優勢率(oddsratio)分別為1.1(95％CI0.9-1.4)以及1.9(95％CI1.4-2.6)。也就是說，相比具有其它基因分型的個體，具有AA基因分型的個體具有幾乎兩倍的尼古丁依賴性症狀的可能性。表8顯示呈現來自倍增遺傳模式(multiplicativegeneticmodel)的顯著差異的SNP。具有最小的最初p-值的SNP選自表10的每個LD倉。倍增的p-值來自對公式(3)中雜合子項H顯著性的1自由度檢驗。我們僅顯示具有p<0.05的SNP。最後二列顯示基因分型之間相對風險的優勢率和95％的置信區間。SNPrs16969968明顯遵循隱性模式，其中攜帶兩個拷貝A等位基因的個體與具有0或1個拷貝的個體相比具有幾乎兩倍尼古丁依賴性症狀的可能性。表8實施例3的討論來自菸草煙霧的尼古丁成癮性每年造成超過300萬人死亡，使得其為世界上可預防死亡率的主要原因(1)。2003年美國21.6％的成人吸菸，其中24％的男人和19％的婦女吸菸(26)。之前的關聯研究局限於候選基因研究。本候選基因研究範圍更大，在1,050個尼古丁依賴病例和879個非-依賴性吸菸者中對348個候選者基因分型3,713個SNP，其中對照組的限定尤其嚴格。主要的控制FDR的發現由菸鹼樣受體基因控制。α5和β3菸鹼樣受體亞基的正關聯發現為新的。菸鹼樣受體和尼古丁依賴性的大多數人遺傳學和生物學研究集中在α4和β2亞基，因為其以高-親和受體共同出現並且在腦中廣泛表達(27)。然而，小鼠研究已證實α4β2包含介導多巴胺釋放的受體，也包含相當大比例的α5(28)。此與當前用於α5在尼古丁依賴性易感性中重要作用的證據相一致。此外，大腦中α4β2受體，α5或β3亞基可佔據對應於肌肉的β3五聚物中的第五個位點。雖然認為α5和β3均不參與形成結合位點，其能夠影響通道的性質並且影響激動劑的效力，因為其參與與活化和脫敏有關的構象變化(27)。尼古丁依賴性風險因素的最強有力的生物學證據來自CHRNA5中的非同義SNPrs16969968。該SNP引起胺基酸398從天冬醯胺(由G等位基因編碼)變化為天冬氨酸(由A編碼，風險等位基因)，其導致α5亞基第二個胞內環胺基酸電荷的改變(29)。風險等位基因看起來以隱性方式起作用，其中A等位基因純合的個體以2倍風險發展尼古丁依賴性。雖然沒有廣泛研究α5亞基，並且沒有該多態性已知的功能性作用的報導，引人注目的是非-同義電荷-改變α4nAChR亞基相應的胞內環中多態性已經顯示在小鼠中響應尼古丁暴露而改變nAChR功能(30-33)。該變體在歐洲血統群體中常見(A等位基因的等位基因頻率大約42％)但在亞洲或非洲血統群體中罕見(<5％，數據源自國際HapMap計劃，網際網路上www.hapmap.org)。基因KCNJ6(也稱為GIRK2)和GABRA4也在主要的39個FDR-控制的標誌當中。這些為除了具有小於0.001p-值的SNP的菸鹼樣受體外唯一其它的基因。KCNJ6屬於內向整流鉀通道(inwardlyrectifyingpotassiumchannel，GIRK)基因家族。GIRK提供許多神經遞質受體和突觸傳遞的調控之間的常用聯繫(34)。GABA為哺乳動物中樞神經系統中的主要抑制性遞質，並且是加強尼古丁作用的關健(3，5)。發現重要的證據，即應歸於基因分型的風險在男人中比在婦女中更強(表9)，其中男性優勢率為2.2(95％CI1.4-3.3)。之前報導的其它菸鹼樣受體中的發現並不在最重要的發現當中。先前的CHRNA4研究中，用尼古丁依賴性方法的名義上的關聯在美裔非洲人家族中的SNPrs2236196和rs3787137以及歐洲-美洲人中的rs2273504和rs1044396報導，但多個檢驗校正後僅保留非洲-美洲人中的rs2236196(9)。此外在CHRNA4中，rs1044396和rs1044397與基於家族的亞洲男性吸菸者樣品中的FTND得分和定性尼古丁依賴性關聯(8)。該歐洲血統樣品中，對CHRNA4檢驗11個SNP，包括除了rs2273504的上述的SNP，其沒有通過嚴格的質量檢驗標準。所有11個SNP最小的最初p-值對rs2236196為0.026(研究-廣泛排序＝132)；在該SNP特定的先前發現結果的情況下該特定的結果可能考慮為單個檢驗，並且因此提供複製的合適證據。分析的之前報導的剩下的4個SNP顯示大於0.8的p-值。這些結果的差異可能是部分由於各個樣品不同的族性。以色列婦女中吸菸起始和尼古丁依賴性嚴重程度的最近的研究(10)分析了11個菸鹼樣受體亞基基因中的39個SNP。其單個SNP分析也沒有檢測出α4中SNP的關聯，包括rs2236196、rs1044396和rs1044397，而是發現α7、α9、β2和β3亞基中名義上的顯著性。其研究不包括包含該實施例菸鹼樣受體基因中4個最強關聯的β3亞基和α5-α3-β4簇，中相同的SNP；其分析了該實施例的第五個菸鹼樣受體，SNPrs1051730，並且，當在比此處更少的樣品中比較＂高＂尼古丁依賴的主體與「低」尼古丁依賴的主體時發現了提示性的0.08的p值。該研究不能確證Beuten和其同事對GABAB受體GABBR2(也叫做GABABR2、GABAB2和GPR51)的β2亞基報導的關聯發現。對GABBR2中的32個SNP進行基因分型，包括Beuten和同事報導的5個SNP(18)，其中3個通過該研究中的至少一種檢驗確定為歐洲美洲人中最重要的。此處研究中所有的32個SNP的最初的p-值大於0.07，並且之前報導的5個SNP的p-值大於0.3。同樣，對DDC基因基因分型的31個SNP的最初檢測中沒發現名義上的關聯的證據，其包括在歐洲-美洲人中之前報導重要的SNP(35)。覆蓋基因BDNF的11個SNP，3個(rs6265、rs2030324、rs7934165)之前報導在歐洲-美洲男性中關聯(21)；這3個在本樣品中並不重要(最初的p分別＝0.86、0.088和0.12)，並且剩下的8個SNP當中最小的最初p-值為0.02，其並不經受得住對覆蓋該基因的6個LD倉的校正。注意最初的檢驗利用對數-加法模型，而以前的報導有時在其它的模型下發現其最強的結果(例如隱性的、顯性的)；然而對於這些之前報導的關聯，對來自對數-加法模型偏差的本檢驗沒有發現另一種遺傳方式下改進的證據。本實施例中最初的關聯分析為添加基因分型和性別相互作用項對基礎預測因子性別和地址的基因分型顯著性的兩個自由度檢驗。該方法有助於確保明顯受性別影響的關聯的檢測。缺點為額外的自由度使得具有不重要的性別相互作用的關聯整體上似乎不甚重要。因為此處的對照是嚴格選擇的，並且甚至可以考慮「保護」對尼古丁依賴性的敏感性，該結果的解釋必須考慮來自該研究的關聯標誌實際上可能代表保護性的而不是風險效應的可能性。更常見的等位基因用於病例中而作為慣例用於報導這些數據以便於SNP當中優勢率的對比；此不應該看作是具體的變體如何影響尼古丁依賴性風險的結論。變體改變風險的機制精確的確定僅可來自功能性研究。利用僅來自美國的個體樣品進行另外的關聯檢驗以確定最初的結論是否仍然在797個病例和813個對照子集中保持(僅僅澳大利亞的樣品太少而不能用於關聯檢驗，僅具有253個病例和66個對照)。相同的邏輯回歸方法用於全部樣品，除了省略項「地址」。兩個關聯檢驗之間p-值的Spearman等級-順序相關性(rank-ordercorrelation)為0.87。表15顯示來自主要的關聯列表的39個SNP的僅美國樣品分析的結果(表6)，具有最初的順序和FDR過濾，和來自美國樣品的結果並列。表16描述了完全僅以美國樣品開始並且利用其而通過p-值排序的結果，通過FDR<40％濾過，並且計算LD倉。在這種情況下，最初的主要標誌組中30/39(77％)的SNP(表6)在僅美國分析的主要標誌列表中出現(表16)，其包括來自初次分析的主要基因，基因CHRNA5和CHRNB3。因此，雖然結果的順序存在一些變化，當對美國子樣品進行分析時與菸鹼樣受體CHRNB3和CHRNA5關聯的最初結論仍然有效。伴隨候選基因研究，同時進行基因組範圍的關聯研究(GWAS)(參見以下和Bierut(23))。在二級設計中對整個人基因組基因分型大約240萬個SNP，該設計從在一部分樣品中集中的基因分型並且隨後為對主要的40,000個標誌的全部樣品的個體基因分型開始。20個-來自GWAS的最強的標誌應歸因於CHRNB3第一個5』啟動子3Kb上遊的SNP，CHRNB3為具有來自候選基因研究的最有力標誌的基因。此標誌來自SNPrs13277254(僅對GWAS基因分型並且不對候選基因研究進行基因分型)並且具有6.52x10-5的p-值。來自兩個不同研究設計的收斂性(convergence)提供該基因中的標誌並不是隨機效應的另外的支持。最後，一些遺傳變體鑑定為與候選基因中的尼古丁依賴性有關，其大部分為菸鹼樣受體基因。涉及的一種SNP具有許多生物學上相關的結果，使得其為影響煙霧行為的尤其合理的候選者。這些變體應該考慮為遺傳危險的潛在來源。本申請外的另外的研究用以進一步檢查複製和詳述其在尼古丁劑量給藥應答的藥物遺傳學以及對尼古丁依賴性治療中的作用。實施例3的材料和方法受試者所有受試者(表10)選自兩個正在進行的研究。尼古丁依賴性的合作遺傳學研究(美國)從美國的3個市區招募受試者並且尼古丁成癮性遺傳學(澳大利亞)研究徵集來自澳大利亞的歐洲祖先的受試者。兩種研究都使用基於社區的招募並且進行同等評估。利用其一生吸菸100支或100支以上的標準鑑定為吸菸者的受試者利用FTND調查表更詳細地詢問。美國樣品在聖路易斯、底特律和明尼阿波利斯登記，其中基於社區的受試者的電話篩選用於確定受試者是否滿足病例(當前的FTND≥4)或對照狀態的標準。澳大利亞樣品的研究參與者在澳大利亞的昆士蘭醫療研究所登記，其中家族鑑定自澳大利亞孿生小組的兩個群組，其包括這兩個群組年齡較大群組的配偶，總共大約12,500個具有關於吸菸信息的家族。澳大利亞樣品的祖先主要是英國的-凱爾特人和北方的歐洲人。機構評審委員會批准兩種研究並且所有受試者同意參與。從每個受試者收集血樣用於DNA分析並且與兩種研究的電子表型和遺傳學數據一起提交至藥物濫用國立研究所(NTDA)遺傳研究中心，其根據國立衛生研究院的準則管理研究數據的共享。病例受試者要求在吸菸最重時期對尼古丁依賴性的Fagerstrom檢驗(FTND)(36)得分在4或以上(最大的可能得分為10)。此為定義尼古丁依賴性的常用標準。對照受試者必須在其一生吸菸100支或以上，然而從未表現出尼古丁依賴性的症狀其為在吸菸最重時期對FTND的得分為0的吸菸者。通過選擇具有重要吸菸史的對照，可檢查尼古丁依賴性特定的的遺傳效應。來自澳大利亞孿生小組的另外的數據支持此對照狀態的命名(參見下一個實施例和(23))。美國研究中，在篩選過程期間利用確定為吸菸者(一生吸菸100支或以上)的15,086個受試者樣品，「尼古丁依賴性」的發病率(FTND大於或等於4)為46.4％，並且＂無尼古丁依賴性吸菸＂的發病率(FTND＝0)為20.1％。候選基因選擇用於候選基因選擇的標準以已知的生物學、尼古丁依賴性和其它的表型之間的相關性以及之前對尼古丁依賴性遺傳學和相關性狀的報導為基礎。基因通過來自具有尼古丁和其它物質依賴性研究專家NIDA遺傳學協會(網際網路上的zork.wustl.edu/nida)研究者專家委員會命名。這些包括應答尼古丁的經典的基因，如菸鹼樣受體以及參與上癮過程的其它基因。總共對SNP基因分型考慮448個基因。所述基因分成2個類別「A」和「B」。「A」類基因，其包括菸鹼和多巴胺能受體，被認為具有更高的優先關聯概率(priorprobabilityofassociation)，並且確保靶向用於基因分型。因為研究設計允許大約4,000個單核苷酸多態性(SNP)的個體基因分型，一旦「A」基因已經充分覆蓋時「B」類基因太多而不能接受充分的SNP覆蓋。因此「B」類基因利用來自伴隨GWAS研究的集中的基因分型結果優先考慮(以下和(23))。表現出與尼古丁依賴性關聯最多證據的基因為了覆蓋而優先考慮。一些基因比其它的更大並且因此可能接受更多的SNP。這些基因可因此由於所進行的增加的檢驗數而顯得更重要。因此，如下進行多個檢驗的校正。對於「B」列表上給定的候選基因，如果pmin為用於基因中所有SNP基因分型的GWASI期集中的基因分型中測定的最小p-值，並且N為檢測的SNP數時，則利用公式計算校正的最小p-值pcorr由於任何染色體區域中大致50％的SNP為高度連鎖不均衡(LD)(37)，(N+1)/2用作指數。「B」類基因隨後通過這些校正的最小p-值排序並且從順序表最前面選擇SNP直至用盡資源。SNP選擇選擇外顯子內的所有SNP，而不管等位基因頻率，以及所注釋的基因啟動子+/-2kb內的所有SNP，其中歐洲美洲人較小的等位基因頻率為至少4％。隨後對所有歐洲美洲人LD倉(38)跨越候選基因外顯子選擇標記SNP，具有3個或以上SNP的每個倉選擇2個SNP。首先從用於在伴隨的集中研究(以下和(23))中個體基因分型的那些選擇滿足這些標準的SNP，並且隨後如果存在另外的SNP選擇則儘可能均勻地覆蓋所述物理區域。此外，包括已在如與尼古丁依賴性有關的文獻中報導的具體的SNP(8、9、18、34)。集中的基因分型參見以下和Bierut(23)的集中的基因分型(pooledgenotyping)說明。個體基因分型對於個體基因分型，定製的高-密度寡核苷酸陣列(customhigh-densityoligonucleotidearray)設計成能查詢選自候選基因的SNP，以及質量控制SNP。每個SNP通過在玻璃基質上合成的二十四個25聚體寡核苷酸探針查詢。二十四個特徵包含查詢SNP對照近鄰以及正向和對照鏈上交互等位基因的4組6個特徵。每個等位基因和鏈通過五種位移(offset)表示-2、-1、0、1、2表示25-聚體內SNP的位置，第十三鹼基為零。在位移0處平鋪四個一組(quartet)，其包括與對照完全匹配的和交互的SNP等位基因以及作為錯配探針的兩個保留核苷酸。當可能時，錯配特徵選擇為嘌呤完全匹配核苷酸被嘌呤核苷酸所取代以及嘧啶完全匹配核苷酸被嘧啶核苷酸所取代。因此，每個鏈和等位基因由包含五個完全匹配的探針和一個錯配的六個特徵組成。個體基因分型清理利用用於基因分型質量的監測預測算法清理個體基因分型，其根據描述SNP和基因分型質量的15個輸入度量編寫。基因分型質量度量與Perlegen平臺和外部基因分型平臺(即非-PerlegenHapMap計劃基因分型)之間具有不一致呼叫的概率有關。利用Perlegen基因分型和HapMap計劃基因分型之間一致數據(concordancedata)的獨立數據組構建10個自展集合回歸樹(bootstrapaggregatedregressiontree)的系統。建立的預測者隨後用於預測該數據組中(參見以下關於清理的更多信息)每一基因分型的基因分型質量。群體分層分析為了避免由於群體分層(populationstratification)帶來的假陽性，利用STRUCTURE軟體(39)進行分析。該程序通過利用在整個基因組選擇的標誌物的MarkovchainMonteCarlo採樣方法鑑定遺傳類似的個體亞群。對所有1,929個樣品分析289個高性能SNP的基因分型數據。該分析沒有顯示群體混合的證據。遺傳關聯分析檢驗各種表型預測能力的ANOVA分析表明性別和地址(美國或澳大利亞)提供最多的信息，以及年齡和其它人口統計變量並不導致重要的另外的性狀差異(表11)。最初的分析方法以邏輯回歸為基礎如果p為成為病例的概率，則線性邏輯模型具有公式其中α為截距，g為分別用於男性或女性的性別代碼0或1，並且s為分別用於美國或澳大利亞的地址代碼0或1。可變量G代表基因分型並且作為風險等位基因的拷貝數而編碼，作為病例中比對照中更常見的等位基因而定義。其遵循公式(2)，即基因分型風險利用對數線性(即倍增的)等級而不是加法等級建模。利用SAS軟體包計算優勢率係數和置信區間的極大似然估計(40)。基礎模型的預測者為性別和地址。隨後檢測通過基因分型相互作用的基因分型和性別添加至基礎模型是否顯著提高預測能力，並且使用產生2自由度的x2(chi-squared)統計通過相應的p-值分級SNP。表12顯示根據係數的優勢率公式。根據這些最初的分析，最前面等級的SNP進一步分析顯性或隱性遺傳方式的重要證據。此利用公式的邏輯回歸進行其中H對雜合子為1否則為0。當H為顯著的時解釋為遺傳效應明顯偏離對數-線性模型。隨後如表13所述計算顯性和隱性模型的優勢率。連鎖不均衡在病例和對照中對1Mb窗口內的所有SNP對利用如在電腦程式Haploview(3.2型，網際網路上www.broad.mit.edu/mpg/haploview)(41)中執行的EM算法分別進行r2相關性評估。LD的最終測量為來自兩個樣品的最小r2。根據Hinds等(38)和Carlson等(42)的算法，SNP歸組於倉中，其中每一倉包含滿足該倉中每一SNP的min(r2)≥0.8的至少一個「標記SNP」。來自所述LD倉的關聯標誌組可基本上看作單個標誌(singlesignal)。對多個檢驗的校正為了說明多個檢驗，評估假髮現率(FalseDiscoveryRate，FDR)(24，25)以控制報導的標誌當中假陽性的比例。由於「A」類基因被認為具有更高的關聯先驗概率(priorprobabilityofassociation)，進行Roeder等的建議(43)並且加權「A」類基因SNP10倍。因此，「B」類基因一定具有更強的關聯標誌用以包含在FDR-濾過的最前面標誌的列表中。對於每個p-值，利用公式計算加權的p-值pw其中定義w以使加權平均值為1(此取決於選擇用於「A」和「B」基因的SNP數)。對於每個加權p-值，計算q-值qw0，其具有在qw<qw0的所有SNP當中FDR不大於qw0的性質(25，44)。此利用電腦程式QVALUE進行(1.1版，網際網路上faculty.washington.edu/jstorey/qvalue)(45)。FDR的評估以q-值為基礎。評估FDR的該方法不考慮LD。因此，作為校正多個檢驗並且評估統計顯著性的另外的度量，FDR利用排列和對「A」和「B」基因加權的p-值評估，其保留LD結構。此通過進行病例對照狀態的1,000個隨機排列和檢驗關聯排列數據而完成。來自原始數據的p-值顯著性通過計數更顯著的加權p-值以隨機排列出現的次數而評估，其中加權與用於FDR評估的那些相同。實施例3的補充的材料DNA製備在利用PuraGeneReagentSystem(GENTRA系統)的AutoPureLS自動化DNA提取器上從全血和EBV轉化的細胞系提取DNA。RNase加至用異丙醇沉澱DNA的WBC溶解期並且重懸浮於IXTE緩衝液(pH8.0)中。DNA通過DU-640分光光度計(Beckman)上260nm的光密度(OD)定量並且OD260/280吸光率比例在1.8-2.0之間。等份DNA並且在-80℃冷凍儲存直至分配至基因分型實驗室。個體基因分型清理對對照和交互的等位基因特徵組獨立計算一致性，隨後取兩個值的最大值。對於在正反向鏈特徵組的每個位移的每個等位基因，標出最有效特徵(brightestfeature)的身份。具體的等位基因的一致性計算為最有效的完全匹配特徵的次數與整個正反向鏈位移總數的比率。24個特徵SNP中每個等位基因通過6個特徵表示，順著5個位移和正反向鏈分布，五個完全匹配的探針和一個錯配。如果NXPM為等位基因X在全部位移和兩條鏈中完全匹配的特徵比錯配特徵更奪目時的次數，則具有一致性(concordance)<0.9的SNP特徵組放棄進一步的評估。使得ITM為給定的等位基因和通過下標表示的鏈完全匹配強度的修整平均值。計算算術平均值之前修整平均值放棄來自24個-特徵中5個完全匹配強度的最高和最低強度。使得IM為錯配強度的平均值；因為每個等位基因和鏈僅存在一個錯配並且不進行修整。信噪比(信號/背景)則定義為計算自完全匹配特徵強度的修整平均值的信號振輻和計算自錯配特徵強度平均值的背景振輻之間的比例。信號和背景如下計算具有信號/背景<1.5的SNP特徵組放棄進一步的評估。飽和特徵數計算為達到數位化數字強度值可能的最高強度的特徵數。具有非零飽和特徵數的SNP放棄進一步的評估。作為最後的檢驗，檢驗SNP的Hardy-Weinberg平衡(HWE)。放棄在病例或對照中均具有精確的小於10-15HWEp-值的那些SNP。肉眼檢查具有10-15和10-4之間HWEp-值的SNP並且在檢測成簇(clustering)問題時放棄之。表14顯示錶6中SNP的性別-特異性優勢率和95％的置信區間。優勢率以公式(2)中基因分型項G的係數為基礎並代表G中每個單位增加的風險增高；即風險遵循對數-線性模型(參見表12)。表14表15顯示呈現來自最初分析的結果以及僅以美國樣品為基礎的結果的尼古丁依賴性最前面的關聯(topassociation)。慣例與表6相同。a類別表15表16顯示僅以美國樣品為基礎的尼古丁依賴性的最前面的關聯。美國樣品的p-值利用省略「地址」項的原始分析的相同的邏輯回歸模型。僅顯示其中美國樣品中加權FDR小於40％的結果。用於倉的LD評估來自美國樣品。慣例與表6相同。a類別表9.表6中SNP的性別-特異性優勢率和95％的置信區間。僅顯示其中性別通過基因分型相互作用而顯著的(p<0.05)SNP，並且從每個LD倉選擇具有最顯著最初的p-值的SNP。優勢率以公式(2)中基因分型項G的係數為基礎並且代表G中每個單位增加的風險的提高；即風險遵循對數-線性模型(參見表12和13)。表9.表10.樣品中協變量和FIND得分的概要。根據定義，所有對照受試者對尼古丁依賴性Fagerstrom檢驗(FTND)的得分為0(34)。表10a平均值±標準差。表11.協變量的ANOVA分析。對顯示的協變量進行邏輯回歸、建模成為病例的概率。X2統計來自公式-2(ΔlogL)，其中ΔlogL為邏輯回歸中可能性的變化。可變量「地址」具有兩種水平美國和澳大利亞。表11表12和13.(12)用於最初的邏輯回歸模型中性別項g和基因分型項G的編碼。等位基因α為風險等位基因，該等位基因在病例中比在對照中更常見。可變量G定義為風險等位基因的拷貝數，對男性或女性g分別為0或1。最後一欄顯示給定的基因分型相比AA基因分型性別-特異性優勢率的表示，其完全遵循公式(2)中的邏輯回歸模型。(13)用於第二個邏輯回歸模型的編碼。優勢率完全遵循公式(3)。注意對於顯性模型，兩種優勢率相等，而對於隱性模型，aA的優勢率為1。表12表13實施例3的參考文獻1.WorldHealthOrganization，WorldHealthStatistics2006(2006)WHOPress，ontheinternetatwww.who.int/whosis(accessed6/20/2006).2.Warren，C.W.，Jones，N.R.，Eriksen，M.P.andAsma，S.(2006)GlobalTobaccoSurveillanceSystem(GTSS)collaborativegroup.Patternsofglobaltobaccouseinyoungpeopleandimplicationsforfuturechronicdiseaseburdeninadults.Lancet，367，749-753.3.Tapper，A.R.，Nashmi，R.andLester，H.A.(2006)Neuronalnicotinicacetylcholinereceptorsandnicotinedependence.InMadras，B.K.，Colvis，C.M.，Pollock，J.D.，Rutter，J.L.，Shurtleff，D.，vonZastrow，M.，(eds.)，CellBiologyofAddiction.ColdSpringHarborLaboratoryPress，ColdSpringHarbor，NY.4.Laviolette，S.R.andVandeKooy，D.(2004)TheneurobiologyofnicotineaddictionBridgingthegapfrommoleculestobehavior.Nat.Rev.Neurosci.5，55-65.5.Corrigall，W.A.，Coen，K.M.andAdamson，K.L.(1994)Self-administerednicotineactivatesthemesolimbicdopaminesystemthroughtheventraltegmentalarea.Brain.Res.，653，278-284.6.WorldHealthOrganization，TheTobaccoAtlas(2006)，TypesofTobaccoUse，ontheinternetatwww.who.int/tobacco/resources/publications/tobaccoatlas(accessed6/19/06)7.Lessov，C.N.，Martin，N.G.，Statham，D.J.，Todorov，A.A.，Slutske，W.S.，Bucholz，K.K.，Heath，A.C.，Madden，P.A.(2004)DefiningnicotinedependenceforgeneticresearchevidencefromAustraliantwins.Psychol.Med.，34，865-879.8.Feng，Y.，Niu，T.，Xing，H.，Xu，X.，Chen，C.，Peng，S.，Wang，L.，Laird，N.andXu，X.(2004)Acommonhaplotypeofthenicotineacetylcholinereceptoralpha4subunitgeneisassociatedwithvulnerabilitytonicotineaddictioninmen.Am.J.Hum.Genet.，75，112-121.9.Li，M.D.，Beuten，J.，Ma，J.Z.，Payne，T.J.，Lou，X.Y.，Garcia，V.，Duenes，A.S.，Crews，K.M.andElston，R.C.(2005)Ethnic-andgender-specificassociationofthenicotinicacetylcholinereceptoralpha4subunitgene(CHRNA4)withnicotinedependence.Hum.Mol.Genet.，14，1211-1219.10.Greenbaum，L.，Kanyas，K.，Karni，O.，Merbl，Y.，Olender，T.，Horowitz，A.，Yakir，A.，Lancet，D.，Ben-Asher，E.andLerer，B.(2006)Whydoyoungwomensmoke？I.Directandinteractiveeffectsofenvironment，psychologicalcharacteristicsandnicotiniccholinergicreceptorgenes.Mol.Psychiatir.，11，312-322.11.Boustead，C.，Taber，H.，Idle，J.R.andCholerton，S.(1997)CYP2D6genotypeandsmokingbehaviourincigarettesmokers.Pharmacogenetics，7，411-414.12.Pianezza，M.L.，Sellers，E.M.，andTyndale，R.F.(1998)Nicotinemetabolismdefectreducessmoking.Nature，393，750.13.Cholerton，S.，Boustead，C.，Taber，H.，Arpanahi，A.andIdle，J.R.(1996)CYP2D6genotypesincigarettesmokersandnon-tobaccousers.Pharmacogenetics，6，261-263.14.Comings，D.E.，Ferry，L.，Bradshaw-Robinson，S.，Burchette，R.，Chiu，C.andMuhleman，D.(1996)ThedopamineD2receptor(DRD2)geneageneticriskfactorinsmoking.Pharmacogenetics6，73-79.15.Shields，P.G.，Lerman，C.，Audrain，J.，Bowman，E.D.，Main，D.，Boyd，N.R.andCaporaso，N.E.(1998)DopamineD4receptorsandtheriskofcigarettesmokinginAfrican-AmericansandCaucasians.CancerEpidemiol.BiomarkersPrev.，7，453-458.16.Lerman，C.，Caporaso，N.E.，Audrain，J.，Main，D.，Bowman，E.D.，Lockshin，B.，Boyd，N.R.andShields，P.G.(1999)Evidencesuggestingtheroleofspecificgeneticfactorsincigarettesmoking.HealthPsychol.，18，14-20.17.Spitz，M.R.，Shi，H.，Yang，F.，Hudmon，K.S.，Jiang，H.，Chamberlain，R.M.，Amos，C.I.，Wan，Y.，Cinciripini，P.，Hong，W.K.andWu，X.(1998)Case-controlstudyoftheD2dopaminereceptorgeneandsmokingstatusinlungcancerpatients.J.Natl.Cancer.Inst.，90，358-363.18.Beuten，J.，Ma，J.Z.，Payne，T.J.，Dupont，R.T.，Crews，K.M.，Somes，G.，Williams，N.J.，Elston，R.C.andLi，M.D.(2005)Single-andmultilocusallelicvariantswithintheGABA(B)receptorsubunit2(GABAB2)genearesignificantlyassociatedwithnicotinedependence.Am.J.Hum.Genet.，76，859-864.19.Hu，S.，Brody，C.L.，Fisher，C.，Gunzerath，L.，Nelson，M.L.，Sabol，S.Z.，Sirota，L.A.，Marcus，S.E.，Greenberg，B.D.，Murphy，D.L.andHamer，D.H.(2000)Interactionbetweentheserotonintransportergeneandneuroticismincigarettesmokingbehavior.Mol.Psychiatry，5，181-188.20.Lerman，C.，Caporaso，N.E.，Audrain，J.，Main，D.，Boyd，N.R.andShields，P.G.(2000)Interactingeffectsoftheserotonintransportergeneandneuroticisminsmokingpracticesandnicotinedependence.Mol.Psychiatry，5，189-192.21.Beuten，J.，Ma，J.Z.，Payne，T.J.，Dupont，R.T.，Quezada，P.，Huang，W.，Crews，K.M.andLi，M.D.(2005)SignificantassociationofBDNFhaplotypesinEuropean-AmericanmalesmokersbutnotinEuropean-AmericanfemaleorAfrican-Americansmokers.Am.J.Med.Genet.BNeuropsychiatr.Genet.，139B，73-80.22.Li，M.D.(2006)Thegeneticsofnicotinedependence.Curr.Psychiatry.Rep.，8，158-164.23.Bierut，L.J.，etal.，(2006)Novelgenesidentifiedinahigh-densitygenomewideassociationstudyfornicotinedependence，Hum.Mol.Genet.，16，24-35.24.Hochberg，Y.andBenjamini，Y.(1990)Morepowerfulproceduresformultiplesignificancetesting.Stat.Med.，9，811-818.25.Storey，J.D.(2002)Adirectapproachtofalsediscoveryrates.J.R.Statist.Soc.B，64，479-498.26.CDC(2005)Annualsmoking-attributablemortality，yearsofpotentiallifelost，andproductivitylosses-UnitedStates.Morbidity&MortalityWeeklyReport，54，625-628.27.Lindstrom，J.M.(2003)Nicotinicacetylcholinereceptorsofmus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遺傳關聯。我們對階段I中的最前面的SNP使用了作用方向一致性，這與在階段II，作為數據組中真正關聯的證據指標所添加的那些樣品形成對比。如果數據中沒有正確的關聯，期望值將為兩個樣品組之間作用方向的隨機分配。相反，階段I樣品中頭35個SNP的30個在另外的階段II樣品組中顯示相同的作用方向。一致性的水平高度顯著，具有來自二項分布的1.1x10-5的p-值，表明誤差率與排除偶然一致性的假設有關。因此，根據病例和對照之間真實和可再現的等位基因頻率差異富集最前面的SNP(topSNP)。真正關聯存在的進一步的證據來自這些結果與同時進行的候選基因研究的對比。候選基因研究中最重要的發現，β3菸鹼樣受體候選基因CHRNB3也通過在基因組範圍的關聯研究中鑑定的SNP而得到標記。該基因具有與尼古丁依賴性相互關係的有力的先驗概率(strongpriorprobability)，並且上述實施例中的任何候選基因選擇在基因組範圍關聯研究中最前面的SNP組(topgroupofSNP)中的可能性小於5％。為了調查病例和對照之間等位基因頻率差異的集中的基因分型評估的準確性，檢查了集中的和個體基因分型結果之間的相互關係。集中的基因分型實際上富集了集中的研究中包括的病例和對照之間相當大等位基因頻率差異的所選擇的SNP組。當p-值僅利用階段I的樣品計算自個體基因分型時，存在小p-值的有力的富集(參見圖17a)。如果集中的基因分型一點也不成功，p-值的分布將是均勻的，並且如果合併(pooling)完全準確，則僅小的p-值存在於在樣品子集中評估的個體基因分型階段中。如參見圖17a，結果在兩端之間。還檢查了加入階段II的樣品的p-值，其不在合併的步驟中。因為這些階段II樣品為來自病例和對照群體的獨立隨機樣本，並不期待其顯示如階段I樣品的相同的等位基因頻率差異，階段I樣品的那些差異應歸於抽樣誤差。因此，其p-值除了可能的真實關聯外應該是均勻分布的，其在兩組樣品之間將是一致的。此參見圖17b。該圖表是相當均一的，僅有小p-值的微小增加。圖17中，板A顯示來自31960個選自集中的基因分型階段個體，基因分型SNP的階段I樣品的p-值分布。該分布表明集中的基因分型產生具有小p-值的SNP的富集。如果集中的基因分型和個體基因分型之間沒有相關性則從0-1的均勻分布是可預期的。圖17的板B顯示來自加入階段II的另外的樣品的p-值分布。該分布是相當均一的，僅有小p-值的微小富集。此外，直接比較以集中的基因分型為基礎評估的等位基因頻率與以個體基因分型為基礎評估的等位基因頻率。如參見圖18，評估自集中的和個體的基因分型結果的大部分等位基因頻率沿著對角線分布。如果分別檢查病例或對照樣品可見類似的發現。計算評估自病例集中的基因分型的等位基因頻率和階段I的病例個體基因分型樣品(病例受試者N＝482)中計算的等位基因頻率之間87％的相關性。同樣，來自階段I的對照樣品中(對照受試者N＝466)集中的基因分型和個體的基因分型的對比中存在84％的等位基因頻率相關性。當比較庫(pool)中病例和對照之間的頻率差異(其由於對個體基因分型SNP選擇而無疑很大)與個體基因分型中病例和對照之間的差異時，發現58％的相關性。此表明集中的基因分型和個體的基因分型結果之間高水平的一致性；因此集中的基因分型在鑑定個體基因分型病例和對照受試者中呈現等位基因頻率差異的SNP上獲得成功。圖18顯示來自階段I樣品的合併的和個體基因分型的等位基因頻率散布圖。最後，檢查美國和澳大利亞樣品之間可能的差異。來自兩個群體的病例和對照的對比在性別或分層結果上沒有顯示任何顯著差異。實施例4的論述吸菸促進群體的大部分的發病率和死亡率，並列研究提供強有力的證據，即遺傳因素實質上影響發生尼古丁依賴性的風險。此為目的是為了鑑定尼古丁依賴性的常見易感性或抗性基因變體的第一個高密度、基因組範圍的關聯研究。該研究鑑定了一些新的基因，其作為尼古丁依賴性發生的潛在的貢獻者，如神經元表面蛋白1(NRXN1)。NRXN1中至少存在兩個信號，參見表18。SNPrs10490162與另外的兩個SNP弱相關，其在基因中進行了基因分型(與該另外的兩個SNP的最大成對相關性(maximumpaircorrelation)為r2＝0.45，發現互相處於很強的不均衡中)。感興趣的是，另一個神經元表面蛋白基因神經元表面蛋白3(NRXN3)報導為通過Uhl和同事(19)的集中的基因組範圍關聯研究中多種物質成癮性的易感性基因。此外，研究的NRXN3中最重要的SNPrs2221299具有0.0034的p-值。雖然研究中實質上存在與NRXN3關聯的更少的證據，物質依賴性的兩個獨立研究發現與神經元表面蛋白基因關聯的證據的事實值得進一步研究。神經元表面蛋白基因家族為在細胞間相互作用中起作用並且要求正常的神經遞質釋放的主要在神經元中表達的一組多型細胞表面蛋白質(20)。神經元表面蛋白為γ-氨基丁酸能和穀氨酸能突觸發生的重要因子並且為報導誘導γ-氨基丁酸能突觸後分化的唯一的已知因子。NRXN1和NRXN3在最大的已知人基因當中，並且其利用至少兩個啟動子和可選擇的剪接外顯子以產生數千不同的mRNA轉錄物和蛋白質異構體。有假說認為神經元表面蛋白異構型通過γ-氨基丁酸能和穀氨酸能神經元的差異表達促進突觸後分化的局部誘導。由於物質依賴性作為刺激性和抑制性神經傳遞的相對不平衡而建模(或與「抑制解除」有關)，神經元表面蛋白基因為通過刺激性或抑制性途徑之間調節的選擇而促進依賴性神經生物學的似合理的新候選基因。這些基因的生物學表徵可定義神經發育或神經遞質釋放和依賴性的作用。該研究還鑑定了空泡分選蛋白VPS13A，其作為尼古丁依賴性潛在的貢獻者。感興趣的是，3個獨立的吸菸遺傳連鎖研究(11-13)鑑定了該基因附近染色體9上的區域。該基因看來似乎通過細胞膜控制蛋白質的循環，並且存在許多可選擇的轉錄物。VPS13A基因中的變體引起漸進性的神經變性以及紅細胞棘紅細胞症(redcellacanthocytosis)(22)。用於進一步研究的另一個新的基因為TRPC7(瞬間受體電位)通道，其編碼多聚體鈣離子通道的亞基(23)。利用動物模型的最近的研究表明TRPC通道可在運動迴路中功能性地調節尼古丁-誘導的神經元活性(24)。存在通過最前面的SNP標記的一些其他基因。α連環蛋白基因CTNNA3抑制Wnt信號並且具有影響阿爾茨海默氏病家族中血漿澱粉樣蛋白β蛋白(Abeta42)水平的變體(25)，雖然其他報導未能發現與阿爾茨海默氏病的關聯(26)。CLCA1基因編碼鈣-激活的氯通道，其為哮喘(27)和慢性阻塞性肺病(28)的發病機理。雖然這些基因不具有與尼古丁代謝或作用機理的已知的相互關係，但其參與大腦和肺的功能並且因此具有與吸菸行為和依賴性的似合理的生物學相互關係。除了基因組範圍的關聯研究涉及的新基因之外，經典的候選基因β3菸鹼樣受體(CHRNB3)也在該最前面的組(topgroup)當中。菸鹼樣受體是突觸介導快速信號傳遞的配體-門控的離子通道家族。尼古丁為產生生理應答的這些受體的激動劑。根據作為最初的分析模型一部分的不同的性別作用檢測SNP。部分最前面的SNP對男人和婦女具有明顯不同的優勢率(表17)。根據流行病學數據很清楚依賴性發生風險中存在重要的性別差異，並且該研究提供分開的基因可能促進男性和女性中尼古丁依賴性發生的證據。最初的分析之後，進一步分析最前面等級的SNP以確定是否存在其他傳遞方式，如隱性或顯性模型的證據。最前面組中任何SNP的這些模型的任何一個不存在合適改進的證據。這些最前面關聯SNP的最大作用範圍為2.53的優勢率。由於許多多重比較的「累積效應」，這些評估很可能是正確群體值的過高估計。存在用於校正這些評估的一些替代物，但還沒應用於這些數據。效應規模評估與促進依賴性發生的多個基因的合適效應一致。基因組範圍的關聯研究是尼古丁依賴性大範圍遺傳檢測的第一步。我們的分析計劃確定為演繹性質的，使得我們能夠最清楚地解釋所述結果。有目的地選擇以檢查全部樣品作為最初的分析，而不是使用分開的樣本設計，因為感覺此具有檢測正確的發現的最大能力(29)。例如吸菸和尼古丁依賴性與許多其他的病症有關，如酒精依賴性和主要的壓抑病症(-33)。樣品的初步分析已證實其他的病症與尼古丁依賴性的集中存在於樣品中。此外，尼古丁依賴性可通過其他指標定義，如診斷和統計手冊，TV版本(DSM-IV)中的AmericanPsychiatricAssociation標準(34)。以前的工作已表明由於FIND和DSM-IV定義集中於依賴性的不同特徵，因此雖然尼古丁依賴性以不同的指標關聯，但不存在完美的重疊(35)。FTND為集中於生理依賴性的指標，而DSM-IV依賴性包括依賴性的認知和行為方面。尼古丁依賴性通過FTND和DSM-IV的不同分類也在受DSM-IV尼古丁依賴性影響的75％的病例(FTND≥4)和24％對照(FTND＝0)樣品中可見。還預期可檢查並存病症和尼古丁依賴性的不同定義以解釋有助於這些關聯發現的一些個體特徵。總之，了解尼古丁依賴性的工作很重要而使得可發展新的方法以降低菸草的使用尤其是吸菸。基因組的系統調查命名了新的基因，如NRXN1，其提高個體從吸菸轉變至尼古丁依賴性的風險。這些基因的遺傳學和生物學表徵促進了解強調的尼古丁依賴性的因果關係並且可選擇性地提供用於終止吸菸的新的藥物開發靶標。這些變體通常也選擇性地參與上癮行為。當前用於尼古丁依賴性的藥物治療繼續只產生有限的戒癮成功性，而改造藥物以促進在個體遺傳背景下的吸菸終止(例如通過本發明)可顯著提高治療效力。我們的工作可通過遺傳變體的大規模研究而選擇性地促進醫學實踐中個性化的方案。如今可研究新的靶標並且有希望促進改進的治療選擇的出現以減輕主要的健康負擔並且降低吸菸相關的死亡。實施例4的材料和方法該研究的目的為鑑定促進吸菸至發展為尼古丁依賴性的進展的基因。因此，該研究檢查尼古丁依賴性受試者和吸菸但從未發展成尼古丁依賴性的個體之間的表型對比。受試者所有受試者(1050個病例和879個對照)選自兩個正在進行的研究尼古丁依賴性的合作遺傳研究，基於美國的樣品(St.Louis，Detroit和Minneapolis)以及尼古丁成癮性遺傳學研究，基於澳大利亞的歐洲-祖先的樣品。美國樣品通過受試者基於社區電話篩選而招募，電話篩選用以確定作為病例(當前的FTND≥4)或對照狀態的招募合格性。邀請合格受試者參與該遺傳研究。澳大利亞參與者作為澳大利亞並行小組的家族和配偶而在昆士蘭醫學研究所登記。機構評審委員會批准兩種研究並且所有受試者書面同意。從每個受試者收集血樣用於DNA分析並且與電子表型數據一起提交至NBDA遺傳研究中心，其根據NTH準則管理研究數據的共享。所有受試者自我鑑定為歐洲血統的。參見用於進一步人口統計細節的表19。表型數據在兩個地址進行同等評估。給予利用一些不同的標準如用於尼古丁依賴性的Fagerstrom檢驗(36)和精神錯亂-IV診斷和統計手冊(34)全面評估尼古丁依賴性的面談情況。尼古丁依賴性的病例定義該實施例關注用於尼古丁依賴性遺傳關聯研究的無關個體的病例對照設計。通過常用的尼古丁依賴性定義確定病例，即當吸菸最厲害時用於尼古丁依賴性的Fagerstrom檢驗(FTND)的得分為4或更大(最大得分為10)(36)。美國和澳大利亞樣品之間沒有觀察到顯著差異(平均FTND美國的為6.43而澳大利亞病例為6.06)。對照的定義對照受試者狀態定義為吸菸(通過其一生吸菸至少100支定義)然而從未變成依賴性的(一生FTND＝0)個體。歷史上吸菸100支或以上的閥值已作為「吸菸者」的定義用於調查研究中。選擇吸菸對照後，該研究集中於與從吸菸轉變至尼古丁依賴性有發生關的那些遺傳效應。來自澳大利亞並行小組的另外的數據支持此對照狀態的定義。吸菸的同卵雙生孿生子當中，利用重度吸菸指標(HSI-，FTND的簡略版)(37)定義為得分4或以上的尼古丁依賴性比率，在具有HSI得分為0的雙胞胎中最低；甚至比已嘗試吸菸的雙胞胎更低，但從未變成吸菸者，或者是從未吸菸甚至是一支香菸的雙胞胎(參見表20)。DNA製備從全血和EBV轉化的細胞系提取DNA並且等份和冷凍儲存在-80℃直至分配給基因分型實驗室。研究設計為了提供超過240萬SNP的有效、快速和經濟合算的篩選，利用兩階段設計進行全基因組關聯研究。階段I-集中的基因分型高-密度寡核苷酸基因分型陣列階段I中，選擇來自歐洲祖先的美國和澳大利亞受試者的482個病例和466個對照DNA樣品用於研究。為了檢查潛在的群體分層，利用295個個體基因分型的SNP進行結構分析(38)。選擇的SNP大致以均勻間距跨越常染色體並且選擇用於分層分析(39)。該結構程序通過利用在整個基因組選擇的標記物的MarkovchainMonteCarlo採樣方法鑑定遺傳類似的個體亞群。沒有群體混合的證據。病例和對照隨後置於庫(pool)中用於240萬個SNP的基因分型，並且確定病例和對照庫之間等位基因頻率差異的評估。利用8個病例和8個對照庫進行集中的基因分型。利用PicoGreen定量DNA。標準化並且驗證濃度至變化係數(coefficientofvariation)在<10％內。來自大約60個個體的等摩爾量的DNA置入16個庫的每個中。個體樣品僅包含在一個庫中。該16個庫與設計用以查詢全基因組2427354個SNP的49個晶片雜交。庫等位基因頻率評估的確定利用收集自高-密度寡核苷酸陣列的強度估計等位基因頻率。SNP的等位基因頻率p為參照等位基因的DNA的相對含量與DNA總量的比例，並且因此可具有0和1之間的值其中CRef和CAlt分別為參照等位基因和交互等位基因的濃度。因為探針強度與SNP等位基因的濃度直接相關，計算自參照和交互特徵強度的為正確的等位基因頻率p的很好的近似值。值計算自減去計算自錯配特徵調整的強度平均值的背景數據後，完全匹配特徵的調整的強度平均值其中ITM為給定的等位基因和通過下標表示的鏈完全匹配或錯配強度的調整的平均值。計算算術平均值之前修整平均值(trimmedmean)不考慮來自40個-特徵中5個完全匹配強度和5個錯配強度的最高和最低強度。發展三種質量控制度量以評估陣列掃描上的SNP的強度置信度。第一種度量，一致性(concordance)，對SNP評估靶標的存在。第二種度量，信噪比，涉及特異性和非特異性結合的量，其評估自完全匹配和錯配特徵的強度。第三種度量追蹤具有飽和強度的每個SNP中的特徵數。截距應用於所有的三種度量，並且放棄沒有通過所述度量的SNP特徵組，這些組不進行進一步評估。對對照和交互的等位基因特徵組獨立計算一致性，隨後取兩個值的最大值。對於在正反向鏈特徵組的每個位移的每個等位基因，標出最有效特徵(brightestfeature)的身份。具體的等位基因的一致性計算為完全匹配特徵最有效的次數與整個正反向鏈位移總數的比率。40個特徵SNP中每個等位基因由20個特徵表示，沿著5的位移和正反向鏈分布。如果NXPM為等位基因X在全部位移和兩條鏈中完全匹配的特徵比錯配特徵更有效時的次數，則具有一致性<0.9的SNP特徵組放棄進一步的評估。信噪比為計算自完全匹配特徵強度的修整平均值的信號振輻和計算自錯配特徵強度修整平均值的背景振輻之間的比例。信號和背景如下計算如上所述獲得完全匹配特徵組的和錯配特徵組的修整平均強度ITM。具有信號/背景0飽和特徵數的SNP放棄進一步的評估。階段IISNP選擇計算經驗p-值以分別評估每個SNP的關聯與正常的t檢驗p-值類似計算校正的t檢驗p-值。為了檢驗平均病例和平均對照之間的差異，通過特定設計的加法常數晶片校正標準誤。通過最小化每個晶片設計的t檢驗的離差係數獲得加法常數。標準誤加法常數確保SNP選擇不偏向低的或高的標準誤，因為沒有具有低或高標準誤的SNP或多或少可能與表型有關的之前的證據。經驗p-值通過將等級除以該晶片設計上通過的SNP總數而計算自每個晶片設計的校正的t檢驗p-值等級。參見標準誤分布的圖19。SNP選擇標準SNP選自那些對病例和對照具有至少兩個合格值的SNP。選擇的SNP作圖於人基因組構造(humangenomebuild)35上並且成功設計了測定法。0.0196的經驗p-值截距用於選擇SNP。階段II個體基因分型為了個體基因分型，設計定製的陣列(customarray)以查詢41402個SNP，其包括選自集中的基因分型(39213)的SNP和分層以及質量控制的SNP(2189)。階段II中，對最初的病例和對照樣品以及歐洲血統的另外的病例和對照受試者進行個體基因分型，最終的樣本量為1929個個體(1050個病例和879個對照)。通過將所有的SNP掃描歸類於通過參照和交互的完全匹配修整平均值強度定義的2-維空間而確定個體基因分型。修整平均值強度如上所述在節「集中的等位基因頻率評估的確定」中計算。基因分型歸類方法(genotypeclusteringprocedure)為作為K-平均值和強制多重線性回歸的組合而開發的迭代算法(iterativealgorithm)。每個步驟的K-平均值重新評價代表不同二倍體基因分型的歸類成員。多重線性回歸最小化每個歸類內的變化而優化回歸線的普通交叉。普通交叉限定用於調整K-平均值下一步等位基因頻率的常見背景。重複K-平均值和多重線性回歸步驟直至歸類成員和背景評估收斂。通過最大化超過可能的歸類數1、2和3(代表3種可能的二倍體基因分型組合)的總可能性而選擇最好的歸類數(numberofcluster)。總可能性由數據可能性和模型可能性組成。利用用於圍繞歸類平均值(clustermean)的分布的標準混合模型確定數據可能性。利用預期歸類位置(priordistributionofexpectedclusterposition)的先驗分布計算模型可能性，其產生純合對照歸類0.8，雜合歸類的0.5以及純合交互歸類的0.2的最適的位置。利用描述SNP和基因分型質量的15個輸入度量對每個基因分型編寫基因分型質量度量。基因分型質量度量與Perlegen平臺和外部基因分型平臺(即非-PerlegenHapMap計劃基因分型)之間具有不一致呼叫的概率有關。利用Perlegen基因分型和HapMap計劃基因分型之間一致數據的獨立數據集構建10個自展集合回歸樹(bootstrapaggregatedregressiontree)的系統。構建的預測因子用於對該數據集中每一基因分型預測基因分型質量。圖19顯示利用不同標準選擇的SNP的標準誤的分布圖。該圖舉例說明了截距優先選擇具有高Δ標準誤的SNP，正常的t檢驗優先選擇具有低標準誤的SNP並且校正的t檢驗以來自所有SNP的標準誤分布為中心。HardyWeinberg均衡分別對病例和對照檢驗HardyWeinberg均衡(HardyWeinbergEquilibrium)，(HWE)。排除病例或對照中不滿足p-值<10-15水平HWE的SNP。由於病例和對照中的該極度不均衡分別有859個和797個常染色體SNP被排除，這些SNP的765個為兩組所共有。來自HWE的該偏差水平指出SNP基因分型和歸類(clustering)的問題。由於與表型關聯可導致SNP不在HWE中，觀察具有10-4和10-15之間HWEp-值的SNP，並且檢測歸類問題，排除所述SNP用以進一步的分析。此產生分析所用的31960個SNP。群體分層為了避免由於在較大樣品中隱蔽的群體分層而造成的假陽性結果，在1929個受試者的擴大樣本中(38)利用對289個良好表現的SNP的基因分型數據(39)重複結構分析。再次沒有顯示群體混合(populationadmixture)的證據。另外僅階段II樣品中檢驗統計量的非-膨脹(non-inflated)Q-Q圖(圖20)表明缺乏與病例對照狀態有關的群體混合。圖20顯示產生自在階段II時加至階段I樣品的樣品邏輯回歸ANOVA偏差的Q-Q圖。由於這些樣品與用於來自集中的基因分型的SNP選擇的階段I樣品無關，因此檢驗統計量預計基本上遵循零分布(nulldistribution)(2自由度的Chi平方分布(Chi-squaredistributionwith2degreesoffreedom)。由於該樣品組相比樣品聯合組的較低的能力以及該研究中發現的小的效應規模，並不期待任何可能的關聯以低p-值群集，由此改變該Q-Q圖的線性形狀。虛線代表預期零分布的95％點置信度包跡(95％point-wiseconfidenceenvelope)。協變量分析個體可用的協變量為性別、年齡、地址(美國或澳大利亞)以及樣品(第一個或第二個)。進行遺傳分析之前，對數據的檢查表明性別和招募地址的協變量為病例和對照狀態的重要的預測因子並且用作邏輯回歸模型中的協變量。遺傳關聯開發了一種演繹分析策略以使隨後能解釋結果並且避免利用不同分析方法帶來的多個檢驗問題。由於其檢測正確發現的最強的能力，最初的分析中選擇檢查1929個個體的總樣品(29)。對於最初的單個SNP關聯分析，使用邏輯回歸以引入重要的協變量性別和地址(美國，澳大利亞)並且利用具有2自由度的Chi平方統計量標準似然比與基因分型性別相互作用項一起進行基因分型的作用的檢測。該方法使得我們能夠檢測具有性別-特定作用的SNP以及在男性和女性中具有類似作用的SNP。對於這些最初的分析，根據「風險」等位基因數(0、1或2)編碼基因分型，其中該風險等位基因定義為在病例中比在對照中具有更高頻率的等位基因。該編碼添加至對數標度並且因此與倍增遺傳模式對應。完整模型與僅包括性別和招募地址的簡化模型相比較，並且通過具有2自由度的Chi平方檢驗評估顯著性。得到的p-值用於排序SNP。這些最初的分析之後，進一步分析最前面等級的SNP以確定是否存在選擇性的傳遞方式，如隱性或顯性模型的重要證據。表17.具有最初模型p-值0.85最小的成對r2相關性的九個Chr的14個SNPc>0.85最小的成對r2相關性的四個Chr的9個SNPd0.99r2相關性的兩個Chr的5個SNP(另外的兩個Chr的5個SNP不相關)e>0.95最小的成對r2相關性的四個Chr的11個SNPf1r2相關性的兩個Chr的8個SNPg0.91r2相關性的兩個Chr的2個SNP(另外的兩個Chr的2個SNP具有<50％的成對相關性)h任意選擇風險等位基因為病例中更佔優勢的等位基因以便於整個SNP作用規模的對比。無論如何此並不暗示變體的作用是已知的；另外的等位基因可以是保護性的。此外，等位基因可以與dbSNP中報導的那些互補(參見在線SNP信息)。Irs999的等位基因頻率在這些數據中比dbSNP中報導的有很大的不同；此可以表示該研究中正確基因分型此SNP的失敗。表18.基因NRNX1和VPS13A中所有SNP個體基因分型a染色體b來自邏輯回歸分析的最初的2dfp-值表19.病例和對照中性別、年齡、FIND得分和招募地址的分布表20.同卵雙生孿生子中尼古丁依賴性的發病率雙胞胎吸菸史吸菸者當中尼古丁依賴的應答％從不吸菸16.67％吸菸1-2次4.84％吸菸3-20次4.17％吸菸21-99次6.52％吸菸100次或更多，HSI＝01.63％吸菸100次或更多，HSI＝12.47％吸菸100次或更多，HSI＝24.79％吸菸100次或更多，HSI＝35.06％吸菸100次或更多，HSI＝450.78％吸菸100次或更多，HSI＝568.42％吸菸100次或更多，HSI＝672.73％實施例4的參考文獻1.WHO(2006)(ontheinternetatwww.wpro.who.int/mediacentre/factsheets/fs20060530.htm)Thefactsaboutsmokingandhealth.2.CDC(2005)Annualsmoking-attributablemortality，yearsofpotentiallifelost，andproductivitylosses--UnitedS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控制指標。統計分析利用運用SAS/STAT軟體(SAS2003)以擬合歸納的線性混合模型的SASMacros程序組進行統計分析。由於分析可遺傳的性狀，因此期望家譜內的個體與表型以及基因分型相關聯。處理所有個體如無關的個體會導致數據的偏差，尤其對大的家譜而言。因此，利用通過估計遺傳力加權的親緣關係係數作為用於該模型的隨機-作用協方差陣(random-effectscovariancematrix)(Yu等，2006)。除了控制表型之間預期的相關性之外，年齡和性別也納入分析中。CHRNA5遺傳變體的功能研究細胞培養HEK293T細胞維持在37℃溼潤狀態，5％CO2環境，Dulbecco改進伊格爾培養基(高葡萄糖，無丙酮酸)(DMEM)，10％加熱-滅活的胎牛血清和抗生素/抗黴菌的(100U/mL青黴素，100/ug/mL鏈黴素和0.25ug/mL二性黴素B)培養基中。培養試劑購自Biowhittaker(EastRutherford，NJ，USA)或Invitrogen(Carlsbad，CA，USA)。胞內鈣的測量激動劑-引起的胞內鈣的變化利用如之前所述的基於水母發光蛋白的發光測定法進行(Karadsheh等，2004)。HEK293T細胞接種在6-孔平皿上(1.5x106細胞/孔)並且隨後的幾天用包含人密碼子-優化的水母發光蛋白cDNA(Vernon和Printen2002)的質粒(每一質粒0.25μg/孔)轉染，小鼠的α4和β2cDNA以及野生型小鼠α5cDNA(D398)或小鼠α5cDNA，其中D398突變為N398。利用廠家推薦的任一脂質轉染胺Plus試劑(Invitrogen)或FugeneHD轉染試劑(Roche，Indianapolis，IN)進行轉染。轉染後大約48h，培養基用DMEM+0.1％胎牛血清和2.5μM腔腸素-hcp(coelenterizine-hcp)(Invitrogen)代替並且所述細胞在37℃在溼潤的5％CO2溫箱中溫育3h。腔腸素溫育後，從培養皿輕輕地吸出細胞並且轉入2ml試管。細胞隨後通過在4℃800g離心5min而沉澱，丟棄上清並且細胞重懸浮於1x的分析緩衝液中(補充到10mM的CaCl2的Hank′s平衡鹽溶液(Cambrex，EastRutherford，NJ))。移去一半細胞用於配體結合，剩下的細胞再次沉澱並且隨後重懸浮於新鮮的1x分析緩衝液中(500μl/樣品)並且在開始分析之前在4°c溫育1h。每個nAChR變體的樣品大小為n＝12(來自3個獨立實驗的每一變體的12個分開的轉染)。對於地棘蛙素(epibatidine)濃度-反應曲線，50μl細胞加至96-孔不透明白色平皿的每個孔並且置於Victor3V平皿讀數器中(PerkinElmer)。讀取1秒基線後，50μl地棘蛙素注入每個樣品並且在添加激動劑後立即以0.2s的間隔記錄20s發光。激動劑刺激完成時，包含0.1％Tritonx-100和100mMCaCl2的100μl溶液注入每個孔並且以0.1s的間隔記錄5s發光。為了控制每一孔細胞數的差異以及轉染率的變化和腔腸素的裝載，通過將激動劑-刺激發光(L)的最大峰值除以總峰發光值(Lmax)(最大峰激動劑-刺激發光+由高鈣存在時細胞溶解作用產生的最大峰發光)而標準化激動劑應答。[125I]-地棘蛙素結合如之前所述從樣品製備膜組分(Marks等，1998)，不同的是第一次離心之前與50μg/mLDNAse一起在37℃進行15分鐘溫育。基本如之前所述在包括結合緩衝液(118mMNaCl，4.8mMKCl，2.5mMCaCl2，1.2mMMg2SO4和20mMHEPESpH7.5)和200pM[125I]-地棘蛙素的30μl反應液中完成[125I]-地棘蛙素結合至膜組分(Marks等，1998)。通過在該反應中包含10μM金花鹼(cytisine)而確定非特異性結合。用不產生配體消耗的大量勻漿進行配體結合。通過Lowry的方法(Lowry等，1951)測定勻漿的蛋白質水平。數據分析地棘蛙素-激起的應答通過將該功能性應答(L/Lmax)除以每一樣品孔的nAChRfmol而標準化。該標準化提供每一受體值應答。對濃度反應曲線的EC50和最大響應值利用GraphpadPrism3.0軟體(SanDiego，CA)中的4參數邏輯公式計算。兩種nAChR群體的濃度反應曲線利用地棘蛙素濃度和受體變體的2-式ANOVA評估。α4β2α5D398和α4β2α5N398之間的最大應答和EC50值利用Student′st檢驗比較。結果單個SNP關聯CHRNA5中存在與NICSNP樣品中尼古丁依賴性和COGA樣品中習慣性吸菸的兩種獨立的遺傳關聯發現的強有力的證據。參見表21的結果。最強有力的發現為rs6969968，其提高兩種樣品中尼古丁依賴性的風險(OR＝1.56(1.28-1.95)NICSNP中p<0.0001；OR＝1.31(1.14-1.54)p＝0.0001)。該SNP常見具有34-35％的較小的等位基因頻率(MAF)，並且其標明從天冬氨酸(G)至天冬醯胺(A)的胺基酸變化。第二個發現參見基因rs684513，其降低NICSNP樣品中發展成為尼古丁依賴性的風險(OR＝0.79(0.66-0.94))。SNPrs905739與rs684513高度連鎖不均衡(r2＝0.9)並且其也呈現關聯。連鎖不均衡的圖21跨越該基因。存在與習慣性吸菸的關聯趨勢以及COGA樣品中的這些SNP。為了進一步調查這些關聯發現，進行樹狀掃描。樹狀掃描鑑定出兩個主分支，其標明與尼古丁成癮性的顯著關聯(參見圖22)。H4和H5之間的分枝A通過rs16969968的胺基酸變化定義。從G到A的轉變定義具有提高的對尼古丁成癮性風險的單倍型組，並且標記的該分枝的關聯非常強(p＝0.0001)。在調節由分枝E定義的作用時(p＝0.004)該作用得到保留。第二個單倍型組證實降低的尼古丁成癮性風險。降低的風險單倍型組在rs16969968的「保護性的」G等位基因上(P值p.014-p.0074)。調節A分枝的作用後，雖然可能是由於能力(power)的損失，所述關聯不再顯著。因此，鑑定可以促進尼古丁依賴性的α5菸鹼樣受體中的兩種遺傳效應—其為風險變體的rs16969968的胺基酸變化和第二個保護性的單倍型組。利用生物信息資料庫(對照)進一步跨越物種檢查rs16969968。參見圖23。胺基酸位置398的天冬氨酸殘基高度保守進一步提示其功能的重要性。為了跨越多個群體評估較小的等位基因，rs16969968的A等位基因的分布，在HGDP-CEPH人基因組多樣性細胞系組中歸類該SNP，所述細胞系組包括表示52個不同群體的995個個體(Cann等，2002)。白種人群體中，除雅庫特(Yakut)群體(MAF＝0.06)之外A等位基因為從21％到50％。非洲人和亞洲群體中沒有檢測到A等位基因或很罕見。參見等位基因頻率地理分布的圖24。為了確定D398N多態性是否改變了nAChR功能，用異源性表達α4β2α5D398或α4β2α5N398nAChR的HEK293T細胞，檢測了菸鹼激動劑引發的細胞內鈣變化。為了相對於受體數標準化激動劑應答，對每個樣品測定受體水平。雙向ANOVA分析表明菸鹼激動劑地棘蛙素的濃度反應曲線在α4β2α5N398和α4β2α5D398nAChR變體之間顯著不同(p<0.0001)。發現每一受體對激動劑的最大應答α4β2α5N398nAChR變體相對於α4β2α5D398nAChR變體高於超過兩倍(分別為0.356±0.022和0.147±0.01；p<0.0005)(圖24)。因為其EC50值沒有不同(α4β2α5D398EC50＝25.9±1.5pM；α4β2α5N398EC50＝19.1±1.4pM，p＝0.25)，因此對激動劑的濃度-應答曲線和最大應答的差異並不歸因於nAChR變體之間對通過地棘蛙素活化的敏感性的轉變。討論該研究證實α5菸鹼樣受體中胺基酸的變化提高吸菸者轉變成依賴性的風險，並且該發現在獨立樣品中得到了重複。此外，該胺基酸變化導致菸鹼樣受體功能的改變。該胺基酸變化的頻率在不同人種/種族組中不同。「處於風險中」的基因分型主要在歐洲血統的群體中可見並且在亞洲或非洲人來源群體中罕見或不存在。這些發現提示該SNP在歐洲來源群體中相比其他的群體，是尼古丁依賴性的更顯著的風險因素，不同的遺傳風險因素在其他的人種/種族組中起著更重要的作用。其中胺基酸變化在α5受體中的區域在小鼠、大鼠、雞、猴和黑猩猩物種之間高度保守，在該位置是天冬氨酸的。人類中，該胺基酸可以是天冬氨酸或天冬醯胺。天冬醯胺取代導致體外試驗中α4β2α5受體響應的提高並且與發展成為尼古丁依賴性的風險增加有關。α5亞基與α4β2受體組合形成五聚體受體，其在紋狀體的多巴胺細胞中表達。該腦區域與參與依賴性的反饋途徑有關並且神經遞質多巴胺在依賴性的發展過程中起著關鍵作用。匯集的生物學數據另外支持我們的CHRNA5在尼古丁依賴性發展過程中重要作用的發現。有證據說明該基因存在第二個遺傳變體，其為「保護性的」變體。還不知道該變體可能的功能作用。同樣需要重點關注的是這些關聯SNP與α3基因中的SNP強連鎖不均衡，並且因此該功能作用可能在α3基因中。總之，本實施例提供α5菸鹼樣受體中胺基酸變化導致功能變化的強有力證據，其提高個體從吸菸者轉變為依賴尼古丁的風險。該變體在歐洲血統群體中常見並且提高發展成為尼古丁依賴性的風險，或反之變體的前體預防從吸菸轉變為依賴。這些結果支持α5菸鹼樣受體在對尼古丁的遺傳藥理學應答中的作用，其導致依賴性並且提供對依賴性產生的更進一步的生物學理解。COGA的NICSNP和習慣性吸菸中CHRNA5SNP與尼古丁依賴性的*邏輯回歸分析的概要。利用KINMIX在COGA家族中建模SNP作用。NICSNP和COGA下的空白表條目表明SNP在相關數據集中並不基因分型。1常見的等位基因為對照等位基因並且較少的等位基因為風險等位基因。2rs3841324為indel；22個鹼基對缺失為對照並且野生型為風險。實施例5的參考文獻1.Karadsheh，M.S.，Shah，M.S.，Tang，X.，Macdonald，R.L，&Stitzel，J.A.Functionalcharacterizationofmousealpha4beta2nicotinicacetylcholinereceptorsstablyexpressedin5HEK293Tcells.J.Neurochem.91，1138-1150(2004).2.Lowry，O.H.，Rosebrough，N.J.，Farr，A.L.，&Randall，R.J.ProteinmeasurementwiththeFolinphenolreagent.J.BiolChem.193，265-275(1951).3.Marks，M.J.，Smith，K.W.，&Collins，A.C.Differentialagonistinhibitionidentifiesmultipleepibatidinebindingsitesinmousebrain.J.PharmacoLExp.Ther.285，377-386(1998).4.Vernon，W.I.&Printen，J.A.Assayforintracellularcalciumusingacodon-optimizedaequorin.Biotechniques33，730，732，734(2002).雖然為了澄清和了解的目的已較詳細地描述了本發明，本領域技術人員清楚的是閱讀本說明書後可在不背離本發明正確範圍下進行形式和細節上的各種改變。例如，所有如上所述的技術和裝置可以不同的組合使用。為了所有的目的，本申請中引用的所有出版物、專利、專利申請和/或其他的文獻通過引用整體引入，就像每一出版物、專利、專利申請和/或其他的文獻分別表明為了所有目的而通過引用引入一樣。權利要求1.鑑定生物體或源自其中的生物樣品成癮性表型的方法，該方法包括在該生物體或生物樣品中檢測多態性或與其緊密連鎖的基因座，該多態性選自表1的多態性，其中該多態性與成癮性表型關聯；和將該多態性與表型關聯。2.權利要求1的方法，其中所述生物體為哺乳動物或所述生物樣品源自哺乳動物。3.權利要求1的方法，其中所述生物體為人患者或所述生物樣品源自人患者。4.權利要求1的方法，其中所述檢測包括擴增所述多態性、所述連鎖的基因座或與此關聯的序列並且檢測所述得到的擴增子。5.權利要求4的方法，其中所述擴增包括a)將擴增引物或擴增引物對與分離自所述生物體或生物樣品的核酸模板混合，其中所述引物或引物對與所述多態性或連鎖基因座的鄰近區域互補或部分互補，或與包括所述多態性或連鎖基因座的區域互補或部分互補，並且能夠通過核酸模板上的聚合酶起動核酸聚合反應；和，b)在包括聚合酶和模板核酸的DNA聚合反應中延伸引物或引物對以產生擴增子。6.權利要求4的方法，其中所述擴增子通過包括以下一種或多種的方法檢測將所述擴增子與陣列雜交、用限制性內切酶消化所述擴增子或實時PCR分析。7.權利要求4的方法，包括部分或完全測序所述擴增子。8.權利要求4的方法，其中所述擴增包括利用分離自在PCR、RT-PCR或LCR中作為模板的所述生物體或生物樣品的核酸進行聚合酶鏈式反應(PCR)、逆轉錄PCR(RT-PCR)或連接酶鏈式反應(LCR)。9.權利要求1的方法，其中所述多態性為SNP。10.權利要求1的方法，其中所述多態性包括列於表1的一種或多種等位基因。11.權利要求1的方法，其中與其緊密連鎖的所述基因座離所述多態性約5cM或更近。12.權利要求1的方法，其中關聯所述多態性包括對照包含所述多態性的等位基因和所述表型之間相關性的查閱表。13.鑑定生物體或源自其中的生物樣品成癮性表型的方法，所述方法包括在所述生物體或生物樣品中檢測多態性或與其緊密連鎖的基因座，所述多態性顯示與選自表1的多態性>80％的共分離相關性，其中所述多態性選自與成癮性表型關聯的表1；和將所述多態性與所述表型關聯。14.權利要求13的方法，其中所述多態性顯示與選自表1的多態性至少約85％的共分離相關性，至少90％的共分離相關性，至少91％的共分離相關性，92％，至少93％的共分離相關性，至少94％的共分離相關性，至少95％的共分離相關性，至少96％的共分離相關性，至少97％的共分離相關性，至少98％的共分離相關性，至少99％的共分離相關性，至少99.5％的共分離相關性，至少99.75％的共分離相關性或至少99.90％或以上的共分離相關性。15.鑑定成癮性表型潛在調節劑的方法，所述方法包括使推定的潛在調節劑與基因或基因產物接觸，其中所述基因或基因產物與表1的多態性緊密關聯；和監測所述推定的潛在調節劑對所述基因或基因產物的作用，由此鑑定所述推定的潛在調節劑是否調節所述基因或基因產物以及因此為成癮性表型的潛在調節劑。16.鑑定成癮性表型調節劑的方法，所述方法包括將權利要求15的成癮性表型的潛在調節劑給予受試者；監測受試者成癮性表型的降低或預防，由此鑑定成癮性表型的調節劑。17.權利要求15或16的方法，其中所述基因或基因產物包括選自列於表1的多態性。18.權利要求15或16的方法，其中所述作用選自(a)提高或降低所述調節劑存在時所述基因或基因產物的表達；(b)提高或降低所述調節劑存在時所述基因產物的活性；和，(c)所述調節劑存在時所述基因或基因產物改變的表達模式。19.用於成癮性表型治療的試劑盒，所述試劑盒包括通過權利要求15的方法鑑定的潛在調節劑和/或權利要求16的調節劑，以及用於將所述調節劑和/或潛在調節劑給予患者以治療所述表型的說明書。20.用於鑑定生物體或源自其的生物樣品成癮性表型的系統，所述系統包括a)設置以檢測一種或多種多態性或與其連鎖的基因座的至少一個等位基因的標記物探針組和/或引物組，其中所述多態性選自表1的多態性；b)設置以檢測一種或多種來自所述標記物探針組和/或引物組或由所述標記物探針組和/或引物組產生的擴增子的信號輸出的檢測器，由此確定所述等位基因的存在或不存在；和，c)將等位基因的所述存在或缺乏與預測的表型關聯的系統說明。21.權利要求20的系統，其中所述標記物探針組和/或引物組包括表1的核苷酸序列。22.權利要求20的系統，其中所述檢測器檢測一種或多種光輻射，其中所述光輻射為所述等位基因存在或缺乏的指示。23.權利要求20的系統，其中所述說明包含至少一種查閱表，其包括所述等位基因的存在或缺乏與所述表型之間的相關性。24.權利要求20的系統，其中所述系統包括樣品。25.權利要求24的系統，其中所述樣品包括基因組DNA、擴增的基因組DNA、cDNA、擴增的cDNA、RNA或擴增的RNA。26.權利要求24的系統，其中所述樣品源自哺乳動物。27.鑑定生物體或源自其的生物樣品成癮性表型的方法，所述方法包括在所述生物體或生物樣品中檢測多態性或與其緊密連鎖的基因座，所述多態性選自表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因的多態性rs16969968或與包含如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCAl的多態性、表6的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性，其中所述多態性與成癮性表型關聯；和將所述多態性與所述表型關聯。28.權利要求27的方法，其中所述多態性包含等位基因，該等位基因選自如下的一種或多種表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因的多態性rs16969968或與包含如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、表6的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因的多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。29.鑑定生物體或源自其的生物樣品成癮性表型的方法，所述方法包括在所述生物體或生物樣品中檢測多態性或與其緊密連鎖的基因座，所述多態性顯示與選自表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因的多態性rs16969968或與包含如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、VPS13A多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、表6的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性>80％的共分離相關性；其中如此選擇的所述多態性與成癮性表型關聯；和將所述多態性與所述表型關聯。30.鑑定成癮性表型潛在調節劑的方法，所述方法包括將推定的潛在調節劑與基因或基因產物接觸，其中所述基因或基因產物與選自表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因的多態性rs16969968或與包含如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCA1的多態性、表6的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性緊密連鎖；和，監測推定的潛在調節劑對所述基因或基因產物的作用，由此鑑定所述推定的潛在調節劑是否調節所述基因或基因產物以及因此為成癮性表型的潛在調節劑。31.鑑定成癮性表型潛在調節劑的方法，所述方法包括將權利要求30的成癮性表型的潛在調節劑給予受試者；監測受試者成癮性的降低或預防，由此鑑定成癮性表型的調節劑。32.權利要求30或31的方法，其中所述基因或基因產物包含選自表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因的多態性rs16969968或與包含如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、VPS13A的多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCAl的多態性、表6的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。33.用於鑑定生物體或源自其的生物樣品成癮性表型的系統，所述系統包括a)設置以檢測一種或多種多態性或與其連鎖的基因座的至少一個等位基因的標記物探針組和/或引物組，其中所述多態性選自表21的多態性、α5菸鹼樣受體基因的多態性rs16969968或與包含如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、VPS13A多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCAl的多態性、表6的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性。b)設置以檢測一種或多種來自所述標記物探針組和/或引物組或由所述標記物探針組和/或引物組產生的擴增子的信號輸出的檢測器，由此確定所述等位基因的存在或不存在；和，c)將等位基因的所述存在或缺乏與預測的表型關聯的系統說明。34.權利要求33的系統，其中所述標記物探針組和/或引物組包含選自如下的一種或多種核苷酸序列表21的多態性，α5菸鹼樣受體基因的多態性rs16969968或與包含如圖22中舉例說明的所述單倍型或任何單倍型連鎖不均衡的多態性、表17的多態性、表18的多態性、表18的NRXN1的多態性、表18的VPS13A的多態性、VPS13A多態性、TRPC7的多態性、CTNNA3的多態性、CLCAl的多態性、表6的多態性、CHRNB3和/或CHRNA3的多態性、選自CHRNB3、CHRNA3、KCNJ6、CHRNA5、GABRA4、CHRNA3和PIP5K2A的基因多態性、選自rs6474413、rs10958726、rs578766、rs6517442、rs16969968、rs3762611、rs1051730和rs10508649的多態性或表9的多態性的。全文摘要本發明提供了多態性和成癮性之間的相關性。本發明提供了診斷、預後和治療成癮性的方法。提供了用於診斷、預後和治療成癮性的系統和試劑盒。還描述了鑑定成癮性調節劑的方法。文檔編號C12Q1/68GK101437960SQ200780015884公開日2009年5月20日申請日期2007年3月1日優先權日2006年3月1日發明者丹尼斯·巴林傑,卡雷爾·康維卡,蘿拉·J·比拉特,約翰·賴斯,斯科特·薩康尼申請人:佩勒根科學有限公司