一種用於鑑別卵巢癌易感性的分子標記、試劑盒及其鑑別方法
2023-12-09 09:11:36
專利名稱：一種用於鑑別卵巢癌易感性的分子標記、試劑盒及其鑑別方法
技術領域：
本發明涉及一種用於鑑別卵巢癌易感性的分子標記、試劑盒及其鑑別方法，具體地涉及GADD45A基因的單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism, SNP)及其與卵巢癌的相關性，及鑑別這些SNP的方法和試劑盒，屬於分子生物學和醫學領域。
背景技術：
卵巢癌是致死率最高的女性生殖系統腫瘤，2008年全球新發病例225500人，死亡140200人。由於起病隱匿，症狀不明顯，多數患者發現時已屆晚期，晚期卵巢癌患者5年生存率僅為30 45%左右，預後差，而早期卵巢癌患者5年生存率高達90%，這提示我們提高卵巢癌患者預後和生存的關鍵是早診、早治，因此探討卵巢癌發生發展的生物學機制，尋 找鑑定卵巢癌易感人群的分子標記，卵巢癌患者分子分型和預後預測的分子標記，對於高危人群或易感個體及卵巢癌患者實施有效的早診、早治和個體化防治具有重要意義。現有技術中，雖然已經有超過200個候選基因和20個遺傳區域的1100個遺傳變異與卵巢癌易感性相關，但是與卵巢癌相關性很強的遺傳變異卻很少。並且沒有GADD45A基因與卵巢癌相關性的報導，更沒有GADD45A基因SNP與卵巢癌相關性的報導。因此，本領域急需進一步尋找卵巢癌易感基因，開發檢測卵巢癌高危人群和易感個體的方法、試劑盒，以及相關的治療藥物。
發明內容
針對上述現有技術，本申請的發明人經過深入而廣泛的研究，對大量候選基因的SNP進行了測定和分析，首次發現GADD45A和卵巢癌易感性密切相關，可作為卵巢癌易感性檢測或者早期診斷的分子標記，因此，本發明提供了一種用於檢測卵巢癌易感性的試劑盒及其方法，以及體外檢測樣品是否存在GADD45A基因的單核苷酸多態性的方法。本發明是通過以下技術方案實現的一種用於鑑別卵巢癌易感性的分子標記，其核苷酸序列如SEQ ID NO :1所示，其與正常的GADD45A基因相比，區別在於第1481位存在一個單核苷酸多態性G>A，即第1481位的鹼基包括鹼基G和鹼基A兩種情形，當為鹼基G時，為正常的GADD45A基因，當為鹼基A時，為突變的GADD45A基因cagtggctgg taggcagtgg ctgggaggca gcggcccaat tagtgtcgtg cggcccgtgg 60cgaggcgagg tccggggagc gagcgagcaa gcaaggcggg aggggtggcc ggagctgcgg 120cggctggcac aggaggagga gcccgggcgg gcgaggggcg gccggagagc gccagggcct 180gagctgccgg agcggcgcct gtgagtgagt gcagaaagca ggcgcccgcg cgctagccgt 240ggcaggagca gcccgcacgc cgcgctctct ccctgggcga cctgcagttt gcaatatgac 300tttggaggaa ttctcggctg gagagcagaa gaccgaaagg tgagtcggcc tgcggactct 360tccggcccga acttctctta cctaccccgc gctccccggt gcagccgggc tgtggaaggc 420
ttgcagggga ggaagctaaa aagtttgcac agggcaactc ccgcccttgc tccctcggga480ctctccgtgg agctcccacg gactgaaaga gcgtgccccc caacccgaac gagccccgcc540ggggcctttg caaagggcag cagtggccgt cgctgcccgt gcggctcccg tggctggcag600cctgtggcag gggcactctc gggacttctc acgggacgcc cggtccttgg gcgtgcaggg660gtcatggggg gtgacggggc cgcgggagcg ccgggttttc gtagagccca ggtgcgcggt720ggtgcttgca ttcgagaggg aggggcgtgg taccggacga ggggggcggc gatggccccg780agggcaccgg ggctgacggg acccctcgcc cttgcccgcg tgtaggatgg ataaggtggg840ggatgccctg gaggaagtgc tcagcaaagc cctgagtcag cgcacgatca ctgtcggggt900gtacgaagcg gccaagctgc tcaacgtgta agtggggccc ttgcgcgtcc cccatggcac960cccttcccgc cccagcccgg gaggtcgcct tggctgggcg cccctcgccc ggccgcgcca1020cttcctgtcg cttttctgcc tgtctcggaa gggagggggc gagcgggccg ggcggcgacc1080cccagggacc cgggcagggg ttgagggcgc ccgcgcttct gcgctcactg gccccgcccg1140ctgcccccag cgaccccgat aacgtggtgt tgtgcctgct ggcggcggac gaggacgacg1200acagagatgt ggctctgcag atccacttca ccctgatcca ggcgttttgc tgcgagaacg1260acatcaacat cctgcgcgtc agcaacccgg gccggctggc ggagctcctg ctcttggaga1320
ccgacgctgg ccccgcggcg agcgagggcg ccgagcagcc cccggacctg cactgcgtgc1380tggtgacggt aagggactgg gggactgcag cctgcagggt agagccccgg aaggacggga1440gtcagggctg ggttgcctga ttgtggatct gtggtaggtg rgggtcagga gggtggctgc15001481ctttgtccga ctagagtgtg gctggacttt cagccgagat gtgctagttt catcaccagg1560attttctgtg gtacagaaca tgtctaagca tgctggggac tgccagcagc ggaagagatc1620cctgtgagtc agcagtcagc ccagctactc cctacctaca tctgcactgc ctcccgtgac1680taattccttt agcagggcag attagataaa gccaaatgaa ttcctggctc acccctcatt1740aaggagtcag cttcattctc tgccagtcag agctaaaaat agaaattgtg taggagacaa1800accttgttaa ttccctagaa atacattaag aggatagagt ggaatttttt ttctctgcaa1860tcttgcattt ttttaatggc tctttttttt tttcctgata aaaacctttg gtaggtaggg1920aagttatgtt ttcaggggta aatgtgctac ttttgtcttc taaattttgc tcttttttga1980ctggtctagt caagtgacag cccgattatt ttgctactcc ttaaaagtac tattctgtct2040cttggagtat ggttgatggc aattccagtt aactgctgtg cagctctcat ctcattgtgc2100acacagcatg gaaatctttc tcaaaactgt ttcactcagg tcagggtaac aagtttggta2160gagcaaaccg gtgaatgata ctctcatgca aaactgaaca gatatgcaaa catatgtatg2220tggttcagct tgggttgcat gggttcagac tttgcaatgt gtagtttaat aggtaattac2280ccttaacgct tttgcaggga acccaactac cttgaagaaa ctttaatttt tttgtgcttc2340taatttgtct ccatgtcaca tagccaaaat atagaatgtt caagtgtttt ctcctcaaaa2400gtataattac tagaatatac tggtttttaa aataagttta tttttataaa tttgtttcca2460g2461一種用於鑑別卵巢癌易感性的試劑盒，包括特異性引物，該引物為一對，具有SEQID NO :2和SEQ ID NO :3的序列，能夠特異性的擴增GADD45A基因的引物，能特異性地擴增出長度200 2700bp。
進一步地，試劑盒還包括PCR反應液，PCR反應液由dNTP、Mg2+、Taq酶和Buffer組成。PCR反應液中各組分的用量關係為常規的，對所屬領域技術人員而言是公知常識。一種體外鑑別樣品是否存在GADD45A基因的單核苷酸多態性的方法，步驟如下(I)用GADD45A基因特異性引物擴增樣品的GADD45A基因，得到擴增產物；所述引物為一對，具有SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3的序列；(2)對擴增產物進行序列測定，檢測擴增產物中是否存在以下單核苷酸多態性1481G>A;1481G>A突變位置編號基於SEQ ID NO: I的序列。一種對個體的卵巢癌易感性或患病風險進行鑑別、檢測或診斷的方法，步驟如下 檢測該個體的GADD45A基因、轉錄本和/或蛋白，並與正常的GADD45A基因、轉錄本和/或蛋白進行比較，存在差異就表明該個體患卵巢癌的可能性低於正常人群。所述差異是指是否存在單核苷酸多態性1481G>A ;1481G>A突變位置編號基於SEQ ID NO: I的序列。本發明的用於鑑別卵巢癌易感性的分子標記、試劑盒及其方法，以及體外鑑別樣品是否存在GADD45A基因的單核苷酸多態性的方法，檢測簡單、準確、快速，特異性強，對於高危人群或易感個體及卵巢癌患者實施有效的早診、早治和個體化防治具有重要意義。
具體實施例方式下面結合實施例對本發明作進一步的說明。實施例I GADD45A基因突變的檢測及與卵巢癌的關聯分析I. I研究對象選取卵巢癌患者139例，2008年9月 2011年4月於山東大學齊魯醫院確診治療，臨床資料從病歷獲得。年齡匹配的對照病人189例，為齊魯醫院健康體檢中心健康查體婦女。大部分受試者均為山東省內漢族居民。取受試人員外周血I. 5ml，於-80°C冷藏保存。所有受試人員均按照山東大學齊魯醫院倫理委員會要求徵得同意。1.2DNA 提取用常規酚氯仿法提取受試者外周血DNA，具體如下(I)取400ul血加於I. 5ml離心管中。(2)加入 800ul PBS,混勻，3500g，15min，棄上清；重複一遍。(3)加入 400ul 裂解液，37°C，lh。(4)加入蛋白酶 K 4ul，濃度 200ug/ml。(5) 55°C水浴消化過夜(4_12h)。(6)加入400ul的Tris飽和酹，混合搖動lOmin。(7) 5000g，15min，取水相。(8)加入 IOOul NaAc，800ul 無水乙醇，-20°C，20min。(9) 12000g，5min，棄上清。(10) 600ul 70% 冰乙醇，12000g，5min，棄上清，重複一次。(11) 12000rpm離心，10分鐘。棄上清，晾乾。溶於100 μ I TE。(12)測定濃度和純度，分裝，凍存於_80°C。
I. 3引物、PCR擴增和測序從GenBank下載 GADD45A 基因組序列(GenBank 序列；AY135686. I ；GI: 22122007),用primer premier5. O設計引物。具體引物詳細信息見表I。表I引物序列表
權利要求
1.一種用於鑑別卵巢癌易感性的分子標記，其特徵在於其核苷酸序列如SEQ ID NOI所示，第1481位存在一個單核苷酸多態性G>A，即第1481位的鹼基包括鹼基G和鹼基A兩種情形 cagtggctgg taggcagtgg ctgggaggca gcggcccaat tagtgtcgtg cggcccgtgg60cgaggcgagg tccggggagc gagcgagcaa gcaaggcggg aggggtggcc ggagctgcgg120cggctggcac aggaggagga gcccgggcgg gcgaggggcg gccggagagc gccagggcct180gagctgccgg agcggcgcct gtgagtgagt gcagaaagca ggcgcccgcg cgctagccgt240ggcaggagca gcccgcacgc cgcgctctct ccctgggcga cctgcagttt gcaatatgac300 tttggaggaa ttctcggctg gagagcagaa gaccgaaagg tgagtcggcc tgcggactct360tccggcccga acttctctta cctaccccgc gctccccggt gcagccgggc tgtggaaggc420ttgcagggga ggaagctaaa aagtttgcac agggcaactc ccgcccttgc tccctcggga480ctctccgtgg agctcccacg gactgaaaga gcgtgccccc caacccgaac gagccccgcc540ggggcctttg caaagggcag cagtggccgt cgctgcccgt gcggctcccg tggctggcag600cctgtggcag gggcactctc gggacttctc acgggacgcc cggtccttgg gcgtgcaggg660gtcatggggg gtgacggggc cgcgggagcg ccgggttttc gtagagccca ggtgcgcggt720ggtgcttgca ttcgagaggg aggggcgtgg taccggacga ggggggcggc gatggccccg780agggcaccgg ggctgacggg acccctcgcc cttgcccgcg tgtaggatgg ataaggtggg840ggatgccctg gaggaagtgc tcagcaaagc cctgagtcag cgcacgatca ctgtcggggt900gtacgaagcg gccaagctgc tcaacgtgta agtggggccc ttgcgcgtcc cccatggcac960cccttcccgc cccagcccgg gaggtcgcct tggctgggcg cccctcgccc ggccgcgcca1020cttcctgtcg cttttctgcc tgtctcggaa gggagggggc gagcgggccg ggcggcgacc1080cccagggacc cgggcagggg ttgagggcgc ccgcgcttct gcgctcactg gccccgcccg1140ctgcccccag cgaccccgat aacgtggtgt tgtgcctgct ggcggcggac gaggacgacg1200acagagatgt ggctctgcag atccacttca ccctgatcca ggcgttttgc tgcgagaacg1260acatcaacat cctgcgcgtc agcaacccgg gccggctggc ggagctcctg ctcttggaga1320ccgacgctgg ccccgcggcg agcgagggcg ccgagcagcc cccggacctg cactgcgtgc1380tggtgacggt aagggactgg gggactgcag cctgcagggt agagccccgg aaggacggga1440gtcagggctg ggttgcctga ttgtggatct gtggtaggtg rgggtcagga gggtggctgc1500 1481ctttgtccga ctagagtgtg gctggacttt cagccgagat gtgctagttt catcaccagg1560attttctgtg gtacagaaca tgtctaagca tgctggggac tgccagcagc ggaagagatc1620cctgtgagtc agcagtcagc ccagctactc cctacctaca tctgcactgc ctcccgtgac1680taattccttt agcagggcag attagataaa gccaaatgaa ttcctggctc acccctcatt1740aaggagtcag cttcattctc tgccagtcag agctaaaaat agaaattgtg taggagacaa1800accttgttaa ttccctagaa atacattaag aggatagagt ggaatttttt ttctctgcaa1860tcttgcattt ttttaatggc tctttttttt tttcctgata aaaacctttg gtaggtaggg1920aagttatgtt ttcaggggta aatgtgctac ttttgtcttc taaattttgc tcttttttga1980ctggtctagt caagtgacag cccgattatt ttgctactcc ttaaaagtac tattctgtct2040cttggagtat ggttgatggc aattccagtt aactgctgtg cagctctcat ctcattgtgc2100acacagcatg gaaatctttc tcaaaactgt ttcactcagg tcagggtaac aagtttggta 2160gagcaaaccg gtgaatgata ctctcatgca aaactgaaca gatatgcaaa catatgtatg 2220tggttcagct tgggttgcat gggttcagac tttgcaatgt gtagtttaat aggtaattac 2280ccttaacgct tttgcaggga acccaactac cttgaagaaa ctttaatttt tttgtgcttc 2340taatttgtct ccatgtcaca tagccaaaat atagaatgtt caagtgtttt ctcctcaaaa 2400gtataattac tagaatatac tggtttttaa aataagttta tttttataaa tttgtttcca 2460g2461ο
2.一種用於鑑別卵巢癌易感性的試劑盒，其特徵在於包括特異性引物，該引物為一對，具有SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3的序列。
3.根據權利要求I所述的用於鑑別卵巢癌易感性的試劑盒，其特徵在於還包括PCR反應液，PCR反應液由dNTP、Mg2+、Taq酶和Buffer組成。
4.一種體外鑑別樣品是否存在GADD45A基因的單核苷酸多態性的方法，其特徵在於步驟如下 (1)用GADD45A基因特異性引物擴增樣品的GADD45A基因，得到擴增產物；所述引物為一對，具有SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3的序列； (2)對擴增產物進行序列測定，檢測擴增產物中是否存在以下單核苷酸多態性1481G>A;1481G>A突變位置編號基於SEQ ID NO: I的序列。
全文摘要
本發明公開了一種用於鑑別卵巢癌易感性的分子標記，其核苷酸序列如SEQ ID NO1所示，第1481位存在一個單核苷酸多態性G>A。一種用於鑑別卵巢癌易感性的試劑盒，包括特異性引物，該引物為一對，具有SEQ ID NO2和SEQ ID NO3的序列。一種體外鑑別樣品是否存在GADD45A基因的單核苷酸多態性的方法，步驟如下(1)用特異性引物擴增樣品的GADD45A基因，得到擴增產物；(2)對擴增產物進行序列測定，檢測擴增產物中是否存在以下單核苷酸多態性1481G>A。本發明的方法鑑別簡單、準確、快速，特異性強，對於高危人群或易感個體及卵巢癌患者實施有效的早診、早治和個體化防治具有重要意義。
文檔編號C12N15/12GK102851388SQ20121037659
公開日2013年1月2日 申請日期2012年9月29日 優先權日2012年9月29日
發明者苑存忠, 孔北華, 楊其峰, 閆實, 劉曉燕, 楊寧 申請人:山東大學齊魯醫院