新四季網

一種STR分型陽性參照物的製作方法

2023-10-07 04:56:59


本發明涉及法醫學技術領域,具體涉及一種STR分型陽性參照物。



背景技術:

自20世紀90年代至今,STR分型技術作為第二代DNA分型技術已廣泛應用於法醫DNA分型實驗室,因其準確、快速、靈敏等優點,成為了當前法醫物證鑑定的主流技術。將多色螢光標記的STR複合擴增產物與等位基因分型標準物ladder比對,確定各基因座的基因分型,此分型結果是個人認定及親權關係認定的關鍵。但是,由於法醫生物學檢材來源具有多樣性,STR分型結果有時出現丟峰、一個基因座檢出多個等位基因、甚至出現ladder樣圖譜。為了排除檢測分析人員、實驗室環境DNA汙染等因素對實驗結果的影響,常用人類基因組DNA作為陽性參照物,確保檢測結果真實準確。目前我國法醫學領域常使用9947A、9948、2800M、007、K562等的基因組DNA作為陽性參照物,然而上述幾種基因組皆源自特定匿名供體的細胞所建立細胞系,需要通過基因組DNA提取及定量,最後完成定值並作為陽性參照物而使用。上述陽性參照物具有一些不足之處。一是基因型為自然人所具有,二是需進行細胞系的建立,獲取難度大,工作量大,程序複雜,成本高。



技術實現要素:

本發明所要解決的技術問題是提供一種作為STR分型陽性參照物的DNA混合物。

本發明所提供的作為STR分型陽性參照物的DNA混合物,含有DNA片段1、DNA片段2、DNA片段3、DNA片段4、DNA片段5、DNA片段6、DNA片段7、DNA片段8、DNA片段9、DNA片段10、DNA片段11、DNA片段12、DNA片段13、DNA片段14、DNA片段15、DNA片段16、DNA片段17、DNA片段18、DNA片段19、DNA片段20、DNA片段21、DNA片段22、DNA片段23、DNA片段24、DNA片段25和DNA片段26。

所述DNA片段1為DNA片段a或含有DNA片段a的DNA分子;所述DNA片段a是將人類基因組hg38Y染色體上第4402412至4403492位核苷酸所示DNA分子中的區段A替換為5』-[AGAT]15-3』得到的;所述區段A如人類基因組hg38Y染色體上第4402919至4402978位核苷酸所示。

所述DNA片段2為DNA片段b或含有DNA片段b的DNA分子;所述DNA片段b是將人類基因組hg38Y染色體上第12499943至12501067位核苷酸所示DNA分子中的區段B替換為5』-[TCTG]5[TCTA]12-3』得到的;所述區段B如人類基因組hg38Y染色體上第12500544至12500611位核苷酸所示。

所述DNA片段3為DNA片段c或含有DNA片段c的DNA分子;所述DNA片段c是將人類基因組hg38Y染色體上第12499943至12501067位核苷酸所示DNA分子中的區段C替換為5』

-[TCTG]5[TCTA]12TCATTATACCTACTTCTGTATCCAACTCTCATCTGTATTATCTATGTA[TCTG]3[TCTA]9[TCCC]2-3』得到的;所述區段C如人類基因組hg38Y染色體上第12500440至

12500611位核苷酸所示。

所述DNA片段4為DNA片段d或含有DNA片段d的DNA分子;所述DNA片段d為人類基因組hg38Y染色體上第15162506至15163693位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段5為DNA片段e或含有DNA片段e的DNA分子;所述DNA片段e是將人類基因組hg38Y染色體上第7999327至8000423位核苷酸所示DNA分子中的區段E替換為5』-[GAAA]16-3』得到的;所述區段E如人類基因組hg38Y染色體上第7999839至7999902位核苷酸所示。

所述DNA片段6為DNA片段f或含有DNA片段f的DNA分子;所述DNA片段f是將人類基因組hg38Y染色體上第9683880至9684943位核苷酸所示DNA分子中的區段F替換為5』-[GAAA]16-3』得到的;所述區段F如人類基因組hg38Y染色體上第9684380至9684443位核苷酸所示。

所述DNA片段7為DNA片段g或含有DNA片段g的DNA分子;所述DNA片段g為人類基因組hg38Y染色體上第18639212至18640255位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段8為DNA片段h或含有DNA片段h的DNA分子;所述DNA片段h為人類基因組hg38Y染色體上第18680133至18681188位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段9為DNA片段i或含有DNA片段i的DNA分子;所述DNA片段i是將人類基因組hg38Y染色體上第3262548至3263624位核苷酸所示DNA分子中的區段I替換為5』-[AGAT]12-3』得到的;所述區段I如人類基因組hg38Y染色體上第3263111至3263158位核苷酸所示。

所述DNA片段10為DNA片段j或含有DNA片段j的DNA分子;所述DNA片段j是將人類基因組hg38Y染色體上第11981535至11982727位核苷酸所示DNA分子中的區段J替換為5』-[TCTA]11-3』得到的;所述區段J如人類基因組hg38Y染色體上第11982089至11982132位核苷酸所示。

所述DNA片段11為DNA片段k或含有DNA片段k的DNA分子;所述DNA片段k為人類基因組hg38Y染色體上第12403016至12404148位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段12為DNA片段l或含有DNA片段l的DNA分子;所述DNA片段l為人類基因組hg38Y染色體上第12258360至12259484位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段13為DNA片段m或含有DNA片段m的DNA分子;所述DNA片段m為人類基因組hg38Y染色體上第20471493至20472591位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段14為DNA片段n或含有DNA片段n的DNA分子;所述DNA片段n為人類基因組hg38Y染色體上第16631132至16632289位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段15為DNA片段o或含有DNA片段o的DNA分子;所述DNA片段o為人類基因組hg38Y染色體上第12345767至12346826位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段16為DNA片段p或含有DNA片段p的DNA分子;所述DNA片段p是將人類基因組hg38Y染色體上第12825368至12826501位核苷酸所示DNA分子中的區段P替換為5』-[TTTTC]12-3』得到的;所述區段P如人類基因組hg38Y染色體上第12825889至12825948位核苷酸所示。

所述DNA片段17為DNA片段q或含有DNA片段q的DNA分子;所述DNA片段q為人類基因組hg38Y染色體上第22218501至22219600位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段18為DNA片段r或含有DNA片段r的DNA分子;所述DNA片段r為人類基因組hg38Y染色體上第7546860至7548164位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段19為DNA片段s或含有DNA片段s的DNA分子;所述DNA片段s是將人類基因組hg38Y染色體上第17113629至17114936位核苷酸所示DNA分子中的區段S替換為5』-[ATAG]14-3』得到的;所述區段S如人類基因組hg38Y染色體上第17114309至17114364位核苷酸所示。

所述DNA片段20為DNA片段t或含有DNA片段t的DNA分子;所述DNA片段t是將人類基因組hg38Y染色體上第18888396至18889560位核苷酸所示DNA分子中的區段T替換為5』-[ATAG]10-3』得到的;所述區段T如人類基因組hg38Y染色體上第18888956至18888995位核苷酸所示。

所述DNA片段21為DNA片段u或含有DNA片段u的DNA分子;所述DNA片段u為人類基因組hg38Y染色體上第13166268至13167351位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段22為DNA片段v或含有DNA片段v的DNA分子;所述DNA片段v為人類基因組hg38Y染色體上第16968971至16970301位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段23為DNA片段w或含有DNA片段w的DNA分子;所述DNA片段w是將人類基因組hg38Y染色體上第23739148至23740275位核苷酸所示DNA分子中的區段W替換為5』-[GAAA]15[GGAA]7-3』得到的;所述區段W如人類基因組hg38Y染色體上第23739648至23739735位核苷酸所示。

所述DNA片段24為DNA片段x或含有DNA片段x的DNA分子;所述DNA片段x為人類基因組hg38Y染色體上第25929809至25930928位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段25為DNA片段y或含有DNA片段y的DNA分子;所述DNA片段y為人類基因組hg38X染色體上第11296467至11296999位核苷酸所示DNA分子。

所述DNA片段26為DNA片段z或含有DNA片段z的DNA分子;所述DNA片段z為人類基因組hg38Y染色體上第6869827至6870365位核苷酸所示DNA分子。

以上任一所述DNA片段1和/或DNA片段2和/或DNA片段3和/或DNA片段4和/或DNA片段5和/或DNA片段6和/或DNA片段7和/或DNA片段8和/或DNA片段9和/或DNA片段10和/或DNA片段11和/或DNA片段12和/或DNA片段13和/或DNA片段14和/或DNA片段15和/或DNA片段16和/或DNA片段17和/或DNA片段18和/或DNA片段19和/或DNA片段20和/或DNA片段21和/或DNA片段22和/或DNA片段23和/或DNA片段24和/或DNA片段25和/或DNA片段26均為雙鏈DNA分子。

所述DNA混合物具體由所述DNA片段1、所述DNA片段2、所述DNA片段3、所述DNA片段4、所述DNA片段5、所述DNA片段6、所述DNA片段7、所述DNA片段8、所述DNA片段9、所述DNA片段10、所述DNA片段11、所述DNA片段12、所述DNA片段13、所述DNA片段14、所述DNA片段15、所述DNA片段16、所述DNA片段17、所述DNA片段18、所述DNA片段19、所述DNA片段20、所述DNA片段21、所述DNA片段22、所述DNA片段23、所述DNA片段24、所述DNA片段25和所述DNA片段26組成。

所述DNA片段1、所述DNA片段2、所述DNA片段3、所述DNA片段4、所述DNA片段5、所述DNA片段6、所述DNA片段7、所述DNA片段8、所述DNA片段9、所述DNA片段10、所述DNA片段11、所述DNA片段12、所述DNA片段13、所述DNA片段14、所述DNA片段15、所述DNA片段16、所述DNA片段17、所述DNA片段18、所述DNA片段19、所述DNA片段20、所述DNA片段21、所述DNA片段22、所述DNA片段23、所述DNA片段24、所述DNA片段25和所述DNA片段26的質量比為1:(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2)。

所述DNA片段1、所述DNA片段2、所述DNA片段3、所述DNA片段4、所述DNA片段5、所述DNA片段6、所述DNA片段7、所述DNA片段8、所述DNA片段9、所述DNA片段10、所述DNA片段11、所述DNA片段12、所述DNA片段13、所述DNA片段14、所述DNA片段15、所述DNA片段16、所述DNA片段17、所述DNA片段18、所述DNA片段19、所述DNA片段20、所述DNA片段21、所述DNA片段22、所述DNA片段23、所述DNA片段24、所述DNA片段25和所述DNA片段26的質量比具體可為1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1。

為解決上述技術問題,本發明還提供了一種作為STR分型陽性參照物的重組質粒混合物。

本發明所提供的作為STR分型陽性參照物的重組質粒混合物,可通過如下方法製備的:

將所述DNA片段1、所述DNA片段2、所述DNA片段3、所述DNA片段4、所述DNA片段5、所述DNA片段6、所述DNA片段7、所述DNA片段8、所述DNA片段9、所述DNA片段10、所述DNA片段11、所述DNA片段12、所述DNA片段13、所述DNA片段14、所述DNA片段15、所述DNA片段16、所述DNA片段17、所述DNA片段18、所述DNA片段19、所述DNA片段20、所述DNA片段21、所述DNA片段22、所述DNA片段23、所述DNA片段24、所述DNA片段25和所述DNA片段26分別插入到26個載體中,得到26個重組載體;將所述26個重組載體混合,得到重組質粒混合物。

上述重組質粒混合物中,所述26個重組載體的質量比可為1:(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2):(0.8~1.2)。

上述重組質粒混合物中,所述26個重組載體的質量比具體可為1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1:1。

上述重組質粒混合物中,所述DNA片段1、所述DNA片段2、所述DNA片段3、所述DNA片段4、所述DNA片段5、所述DNA片段6、所述DNA片段7、所述DNA片段8、所述DNA片段9、所述DNA片段10、所述DNA片段11、所述DNA片段12、所述DNA片段13、所述DNA片段14、所述DNA片段15、所述DNA片段16、所述DNA片段17、所述DNA片段18、所述DNA片段19、所述DNA片段20、所述DNA片段21、所述DNA片段22、所述DNA片段23、所述DNA片段24、所述DNA片段25和所述DNA片段26可以分別插入到同一個載體中,也可以分別插入到不同的載體中。進一步,可以插入到載體的相同位置,也可以分別插入載體的不同位置。

所述載體為克隆載體。

所述克隆載體可為T載體。

所述T載體具體可為質粒pMD18-T。

所述重組載體具體可為將質粒pMD18-T和DNA片段(所述DNA片段1、所述DNA片段2、所述DNA片段3、所述DNA片段4、所述DNA片段5、所述DNA片段6、所述DNA片段7、所述DNA片段8、所述DNA片段9、所述DNA片段10、所述DNA片段11、所述DNA片段12、所述DNA片段13、所述DNA片段14、所述DNA片段15、所述DNA片段16、所述DNA片段17、所述DNA片段18、所述DNA片段19、所述DNA片段20、所述DNA片段21、所述DNA片段22、所述DNA片段23、所述DNA片段24、所述DNA片段25或所述DNA片段26)連接,得到重組載體。

上述任一所述的DNA混合物或上述任一所述的重組質粒混合物在STR分型擴增中作為STR分型陽性參照物的應用也屬於本發明的保護範圍。

上述應用中,每12.5μL所述STR分型擴增的體系中,上述任一所述的DNA混合物中,所述DNA片段1—所述DNA片段26的26個DNA片段的質量比可為0.5pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg。

上述應用中,每12.5μL所述STR分型擴增的體系中,上述任一所述的DNA混合物中,所述DNA片段1—所述DNA片段26的26個DNA片段的質量比具體可為0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg。

上述應用中,每12.5μL所述STR分型擴增的體系中,上述任一所述的重組質粒混合物中,含有所述DNA片段1—所述DNA片段26的26個重組載體的質量比可為0.5pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg:0.4~0.6pg。

上述應用中,每12.5μL所述STR分型擴增的體系中,上述任一所述的重組質粒混合物中,含有所述DNA片段1—所述DNA片段26的26個重組載體的質量比具體可為0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg:0.5pg。

本發明根據目前法醫分子遺傳學中已發現的STR基因座位點,製備了用於STR分型陽性參照物。實驗證明,本發明提供的STR分型陽性參照物可作為多種商業試劑盒所使用的標準物質,具有重要的應用價值。

附圖說明

圖1為實施例1步驟三中1的DNA檢測圖譜。

圖2為實施例1步驟三中2的DNA檢測圖譜。

具體實施方式

下面結合具體實施方式對本發明進行進一步的詳細描述,給出的實施例僅為了闡明本發明,而不是為了限制本發明的範圍。

下述實施例中的實驗方法,如無特殊說明,均為常規方法。

下述實施例中所用的材料、試劑等,如無特殊說明,均可從商業途徑得到。

以下實施例中的定量試驗,均設置三次重複實驗,結果取平均值。

Nanodrop1000微量分光光度計為Applied Biosystems產品。PCR Amplification Kit為Applied Biosystems公司產品。9948人類基因組DNA為Promaga公司產品。質粒pMD18-T為TaKaRa公司產品,產品目錄號為6011。內標為Typer500內標,公安部物證鑑定中心產品。去離子甲醯胺為ABI公司產品,產品目錄號為4311320。ABI3130xl遺傳分析儀為ABI公司產品。

實施例1、STR分型陽性參照物的製備和驗證

一、重組質粒的獲得

製備表1所示的26個重組質粒,包含22個Y染色體STR基因座以及性別判定基因座Amelogenin,共26個等位基因。

根據測序結果,各重組質粒的詳細信息如下(人類基因組hg38Y染色體和人類基因組hg38X染色體的基因信息見網址:

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?chromInfoPage=&hgsid=500042597_ceYXRRTAWoGaTHVgpCtg3gj4PilI):

重組質粒1:將DNA片段1和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒1;DNA片段1為將人類基因組hg38Y染色體上第4402412至4403492位核苷酸所示DNA分子中的區段A替換為5』-[AGAT]15-3』得到的;所述區段A如人類基因組hg38Y染色體上第4402919至4402978位核苷酸所示;

重組質粒2:將DNA片段2和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒2;DNA片段2為將人類基因組hg38Y染色體上第12499943至12501067位核苷酸所示DNA分子中的區段B替換為5』-[TCTG]5[TCTA]12-3』得到的;所述區段B如人類基因組hg38Y染色體上第12500544至12500611位核苷酸所示;

重組質粒3:將DNA片段3和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒3;DNA片段3為將人類基因組hg38Y染色體上第12499943至12501067位核苷酸所示DNA分子中的區段C替換為5』

-[TCTG]5[TCTA]12TCATTATACCTACTTCTGTATCCAACTCTCATCTGTATTATCTATGTA[TCTG]3[TCTA]9[TCCC]2-3』得到的;所述區段C如人類基因組hg38Y染色體上第12500440至12500611位核苷酸所示;

重組質粒4:將DNA片段4和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒4;DNA片段4為人類基因組hg38Y染色體上第15162506至15163693位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒5:將DNA片段5和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒5;DNA片段5為將人類基因組hg38Y染色體上第7999327至8000423位核苷酸所示DNA分子中的區段E替換為5』-[GAAA]16-3』得到的;所述區段E如人類基因組hg38Y染色體上第7999839至7999902位核苷酸所示;

重組質粒6:將DNA片段6和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒6;DNA片段6為將人類基因組hg38Y染色體上第9683880至9684943位核苷酸所示DNA分子中的區段F替換為5』-[GAAA]16-3』得到的;所述區段F如人類基因組hg38Y染色體上第9684380至9684443位核苷酸所示;;

重組質粒7:將DNA片段7和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒7;DNA片段7為人類基因組hg38Y染色體上第18639212至18640255位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒8:將DNA片段8和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒8;DNA片段8為人類基因組hg38Y染色體上第18680133至18681188位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒9:將DNA片段9和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒9;DNA片段9為將人類基因組hg38Y染色體上第3262548至3263624位核苷酸所示DNA分子中的區段I替換為5』-[AGAT]12-3』得到的;所述區段I如人類基因組hg38Y染色體上第3263111至3263158位核苷酸所示;

重組質粒10:將DNA片段10和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒10;DNA片段10為將人類基因組hg38Y染色體上第11981535至11982727位核苷酸所示DNA分子中的區段J替換為5』-[TCTA]11-3』得到的;所述區段J如人類基因組hg38Y染色體上第11982089至11982132位核苷酸所示;

重組質粒11:將DNA片段11和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒11;DNA片段11為人類基因組hg38Y染色體上第12403016至12404148位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒12:將DNA片段12和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒12;DNA片段12為人類基因組hg38Y染色體上第12258360至12259484位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒13:將DNA片段13和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒13;DNA片段13為人類基因組hg38Y染色體上第20471493至20472591位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒14:將DNA片段14和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒14;DNA片段14為人類基因組hg38Y染色體上第16631132至16632289位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒15:將DNA片段15和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒15;DNA片段15為人類基因組hg38Y染色體上第12345767至12346826位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒16:將DNA片段16和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒16;DNA片段16為將人類基因組hg38Y染色體上第12825368至12826501位核苷酸所示DNA分子中的區段P替換為5』-[TTTTC]12-3』得到的;所述區段P如人類基因組hg38Y染色體上第12825889至12825948位核苷酸所示;

重組質粒17:將DNA片段17和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒17;DNA片段17為人類基因組hg38Y染色體上第22218501至22219600位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒18:將DNA片段18和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒18;DNA片段18為人類基因組hg38Y染色體上第7546860至7548164位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒19:將DNA片段19和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒19;DNA片段19為將人類基因組hg38Y染色體上第17113629至17114936位核苷酸所示DNA分子中的區段S替換為5』-[ATAG]14-3』得到的;所述區段S如人類基因組hg38Y染色體上第17114309至17114364位核苷酸所示;

重組質粒20:將DNA片段20和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒20;DNA片段20為將人類基因組hg38Y染色體上第18888396至18889560位核苷酸所示DNA分子中的區段T替換為5』-[ATAG]10-3』得到的;所述區段T如人類基因組hg38Y染色體上第18888956至18888995位核苷酸所示;

重組質粒21:將DNA片段21和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒21;DNA片段21為人類基因組hg38Y染色體上第13166268至13167351位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒22:將DNA片段22和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒22;DNA片段22為人類基因組hg38Y染色體上第16968971至16970301位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒23:將DNA片段23和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒23;DNA片段23為將人類基因組hg38Y染色體上第23739148至23740275位核苷酸所示DNA分子中的區段W替換為5』-[GAAA]15[GGAA]7-3』得到的;所述區段W如人類基因組hg38Y染色體上第23739648至23739735位核苷酸所示;

重組質粒24:將DNA片段24和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒24;DNA片段24為人類基因組hg38Y染色體上第25929809至25930928位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒25:將DNA片段25和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒25;DNA片段25為人類基因組hg38X染色體上第11296467至11296999位核苷酸所示DNA分子;

重組質粒26:將DNA片段26和質粒pMD18-T連接,得到重組質粒26;DNA片段26為人類基因組hg38Y染色體上第6869827至6870365位核苷酸所示DNA分子。

表19948人類基因組DNA中存在的STR基因座及相應的等位基因型

二、STR分型陽性參照物的製備

1、利用Nanodrop1000微量分光光度計分別測量並稀釋步驟一中獲得的重組質粒DNA的濃度至1ng/μL,獲得各質粒的稀釋液。

2、完成步驟1後,取各質粒的稀釋液1μL進行混合,然後用超純水定容至1mL,得到STR分型陽性參照物。

STR分型陽性參照物中,步驟一中各個等位基因的DNA濃度均為1pg/μL。

三、STR分型陽性參照物的驗證

1、確定STR分型陽性參照物的最佳稀釋倍數

(1)取步驟二製備的STR分型陽性參照物,然後依次用超純水稀釋至10倍、100倍、1000倍和10000倍,分別得到稀釋液1、稀釋液2、稀釋液3和稀釋液4。

(2)取0.5μL步驟(1)得到的稀釋液1、稀釋液2、稀釋液3或稀釋液4,並以其作為DNA模板,使用PCR Amplification Kit並按其操作說明書的步驟進行PCR擴增(反應體系為12.5μL),得到PCR擴增產物。

反應程序為:95℃預變性11min;94℃變性1min,61℃退火1min,72℃延伸1min,30次循環;60℃延伸80min;4℃保存備檢。

(3)完成步驟(2)後,向去離子甲醯胺中加入1μL PCR擴增產物和0.2μL內標,然後用去離子甲醯胺定容至20μL,得到混合液。

(4)完成步驟(3)後,取混合液,95℃變性5min,迅速轉移至-20℃放置5min,然後用ABI3130xl遺傳分析儀進行毛細管電泳檢測,得到相應的DNA檢測圖譜。根據DNA檢測圖譜中的檢測峰高確定STR分型陽性參照物的最佳濃度。電泳條件為:進樣電壓2kV,進樣時間為18s。

實驗結果見圖1(A為稀釋液1,B為稀釋液2,C為稀釋液3,D為稀釋液4)。結果表明:以稀釋液1作為DNA模板,多數等位基因的檢測峰出現滲透現象;以稀釋液2作為DNA模板,所有等位基因分型完整,一些基因座的等位基因檢測峰出現滲透,峰高為4000~8000;以稀釋液3作為DNA模板,所有等位基因分型完整,峰高為3000~4000;以稀釋液4作為DNA模板,由於模板量低一些基因座出現等位基因的丟失,峰高為200~600。因此,STR分型陽性參照物的最佳稀釋倍數為1000倍,也就是說,使用STR分型陽性參照物擴增時,每個等位基因的DNA濃度為0.001pg/μL。

2、STR分型陽性參照物的驗證

①取1μL步驟1得到的稀釋液3,並以其作為DNA模板,使用PCR Amplification Kit並按其操作說明書的步驟,進行PCR擴增,得到PCR擴增產物。

②完成步驟①後,向去離子甲醯胺中加入1μL PCR擴增產物和0.2μL內標,然後用去離子甲醯胺定容至20μL,得到混合液。

③完成步驟②後,取混合液,95℃變性5min,迅速轉移至-20℃放置5min,然後用ABI3130xl遺傳分析儀進行毛細管電泳檢測,得到相應的DNA檢測圖譜。電泳條件為:進樣電壓2kV,進樣時間為18s。

按照上述步驟,將步驟①中的稀釋液3替換為9948人類基因組DNA,其它步驟均不變,得到9948人類基因組DNA的DNA檢測圖譜。

實驗結果見圖2(A為STR分型陽性參照物的DNA檢測圖譜,B為9948人類基因組DNA的DNA檢測圖譜)。結果表明,A中無滲透峰,峰高為2000~3500,基因座內各等位基因分型完整、正確,峰型尖銳清晰,無stutter峰,基因座內兩等位基因間差異較小,基因座間均衡性良好。STR分型陽性參照物的DNA檢測圖譜和9948人類基因組DNA的DNA檢測圖譜的檢測峰高相當,各基因座分型一致。可見,步驟二製備的STR分型陽性參照物與9948人類基因組DNA擴增檢測結果無差異,可完全替代9948人類基因組DNA進行STR分型檢測。

同类文章

一種新型多功能組合攝影箱的製作方法

一種新型多功能組合攝影箱的製作方法【專利摘要】本實用新型公開了一種新型多功能組合攝影箱,包括敞開式箱體和前攝影蓋,在箱體頂部設有移動式光源盒,在箱體底部設有LED脫影板,LED脫影板放置在底板上;移動式光源盒包括上蓋,上蓋內設有光源,上蓋部設有磨沙透光片,磨沙透光片將光源封閉在上蓋內;所述LED脫影

壓縮模式圖樣重疊檢測方法與裝置與流程

本發明涉及通信領域,特別涉及一種壓縮模式圖樣重疊檢測方法與裝置。背景技術:在寬帶碼分多址(WCDMA,WidebandCodeDivisionMultipleAccess)系統頻分復用(FDD,FrequencyDivisionDuplex)模式下,為了進行異頻硬切換、FDD到時分復用(TDD,Ti

個性化檯曆的製作方法

專利名稱::個性化檯曆的製作方法技術領域::本實用新型涉及一種檯曆,尤其涉及一種既顯示月曆、又能插入照片的個性化檯曆,屬於生活文化藝術用品領域。背景技術::公知的立式檯曆每頁皆由月曆和畫面兩部分構成,這兩部分都是事先印刷好,固定而不能更換的。畫面或為風景,或為模特、明星。功能單一局限性較大。特別是畫

一種實現縮放的視頻解碼方法

專利名稱:一種實現縮放的視頻解碼方法技術領域:本發明涉及視頻信號處理領域,特別是一種實現縮放的視頻解碼方法。背景技術: Mpeg標準是由運動圖像專家組(Moving Picture Expert Group,MPEG)開發的用於視頻和音頻壓縮的一系列演進的標準。按照Mpeg標準,視頻圖像壓縮編碼後包

基於加熱模壓的纖維增強PBT複合材料成型工藝的製作方法

本發明涉及一種基於加熱模壓的纖維增強pbt複合材料成型工藝。背景技術:熱塑性複合材料與傳統熱固性複合材料相比其具有較好的韌性和抗衝擊性能,此外其還具有可回收利用等優點。熱塑性塑料在液態時流動能力差,使得其與纖維結合浸潤困難。環狀對苯二甲酸丁二醇酯(cbt)是一種環狀預聚物,該材料力學性能差不適合做纖

一種pe滾塑儲槽的製作方法

專利名稱:一種pe滾塑儲槽的製作方法技術領域:一種PE滾塑儲槽一、 技術領域 本實用新型涉及一種PE滾塑儲槽,主要用於化工、染料、醫藥、農藥、冶金、稀土、機械、電子、電力、環保、紡織、釀造、釀造、食品、給水、排水等行業儲存液體使用。二、 背景技術 目前,化工液體耐腐蝕貯運設備,普遍使用傳統的玻璃鋼容

釘的製作方法

專利名稱:釘的製作方法技術領域:本實用新型涉及一種釘,尤其涉及一種可提供方便拔除的鐵(鋼)釘。背景技術:考慮到廢木材回收後再加工利用作業的方便性與安全性,根據環保規定,廢木材的回收是必須將釘於廢木材上的鐵(鋼)釘拔除。如圖1、圖2所示,目前用以釘入木材的鐵(鋼)釘10主要是在一釘體11的一端形成一尖

直流氧噴裝置的製作方法

專利名稱:直流氧噴裝置的製作方法技術領域:本實用新型涉及ー種醫療器械,具體地說是ー種直流氧噴裝置。背景技術:臨床上的放療過程極易造成患者的局部皮膚損傷和炎症,被稱為「放射性皮炎」。目前對於放射性皮炎的主要治療措施是塗抹藥膏,而放射性皮炎患者多伴有局部疼痛,對於止痛,多是通過ロ服或靜脈注射進行止痛治療

新型熱網閥門操作手輪的製作方法

專利名稱:新型熱網閥門操作手輪的製作方法技術領域:新型熱網閥門操作手輪技術領域:本實用新型涉及一種新型熱網閥門操作手輪,屬於機械領域。背景技術::閥門作為流體控制裝置應用廣泛,手輪傳動的閥門使用比例佔90%以上。國家標準中提及手輪所起作用為傳動功能,不作為閥門的運輸、起吊裝置,不承受軸向力。現有閥門

用來自動讀取管狀容器所載識別碼的裝置的製作方法

專利名稱:用來自動讀取管狀容器所載識別碼的裝置的製作方法背景技術:1-本發明所屬領域本發明涉及一種用來自動讀取管狀容器所載識別碼的裝置,其中的管狀容器被放在循環於配送鏈上的文檔匣或託架裝置中。本發明特別適用於,然而並非僅僅專用於,對引入自動分析系統的血液樣本試管之類的自動識別。本發明還涉及專為實現讀