一種分析ltq數據的方法
2023-06-17 08:59:06 3
專利名稱：一種分析ltq數據的方法
技術領域：
本發明屬於生物技術領域，涉及一種分析LTQ(線性離子阱四極杆)數據的方法
背景技術：
質譜儀又稱質譜計，是根據帶電粒子在電磁場中能夠偏轉的原理，按物質原子、分子或分子碎片的質量差異進行分離和檢測物質組成的一類儀器。根據分析器的不同，質譜儀可分為很多種，本發明涉及的一類質譜儀叫離子阱質譜儀，它使用一種離子阱裝置作為質量分析器。離子阱(Ion trap)裝置由一對環形電極(ring electrod)和兩個呈雙曲面形的端蓋電極(end cap electrode)組成。該裝置在環形電極上加射頻電壓或再加直流電壓，上下兩個端蓋電極接地。逐漸增大射頻電壓的最高值，離子進入不穩定區，由端蓋極上的小孔排出。因此，將離子阱用於物質的分析中，當射頻電壓的最高值逐漸增高時，質荷比從小到大的物質離子逐次排除並被記錄而獲得質譜圖。離子阱質譜可以很方便地進行多級質譜分析，對於物質定性分析非常有用。在定量分析方面，常用的一類質譜儀是串聯四極杆，它的分析器四極杆由四根帶有直流電壓(DC)和疊加的射頻電壓(RF)的準確平行杆構成，相對的一對電極是等電位的， 兩對電極之間電位相反。當一組質荷比不同的離子進入由DC和RF組成的電場時，只有滿足特定條件的離子作穩定振蕩通過四極杆，到達監測器而被檢測，通過掃描RF場可以獲得質譜圖。LTQ全稱linear ion trap quadrupole，即線性離子阱四極杆，是一種新型的質譜分析技術。該技術的特點是將線性離子阱質譜分析和串聯四極杆技術完美地結合在一起， 既保留了串聯四極杆技術良好的定量功能，又結合線性離子阱質譜定性分析的優勢，將定量和定性分析技術集於一處，成為一種性能優良的質譜分析技術。本發明所述的LTQ質譜數據來源於LTQ Orbitrap組合式質譜儀，這種質譜儀整合高性能的LTQ技術和獲得專利的 Orbitrap技術，所得的分析數據具有高解析度、高質量精度的特點，為此本發明有針對性的設計了一種LTQ數據的分析方法，對一些疾病研究的實驗數據進行生物信息學分析，為臨床疾病的鑑別與診斷提供依據。
發明內容
質譜分析具有靈敏度高，樣品用量少，分析速度快，分離和鑑定同時進行等優點， 常見於生物醫學的實驗研究中，LTQ便是一類優化過的高性能質譜分析技術，本發明有針對性的設計了一套實驗數據的分析方法，應用於LTQ質譜數據的分析，它包含了如下幾個步驟步驟1、數據的預處理步驟2、篩選差異蛋白步驟3、差異蛋白的聚類分析步驟4、構建蛋白相互作用關係網絡
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步驟5、整理結果
圖1、本發明所述一種分析LTQ數據的方法的實施流程圖實施方式本發明專利設計的方法針對於LTQ質譜數據進行分析，為更好的說明本方法的特徵，本發明將以一具體實例來說明它的具體實施過程。該實例是採用胃癌和正常組織原代培養細胞，每組3個樣品，使用LTQ Orbitrap組合式質譜儀進行質譜分析，得到原始的LTQ 質譜數據。步驟1、數據預處理。由於實驗所得數據大多格式多樣，且實驗標準有不同，因此數據分析前，需要對原始數據進行預處理和均一化，得到標準的原始數據。步驟2、篩選差異蛋白。本發明利用兩個樣本的t測驗和fold change (倍性變化) 方法，來對預處理後的LTQ質譜數據進行差異蛋白的篩選。具體參數設置為ρ 1. 5篩選得到差異表達蛋白100個，其中上調蛋白46個，下調蛋白M個。步驟3、差異蛋白的聚類分析。先將步驟2中所有差異蛋白的表達值經過對數轉換處理，作為輸入值。採用層次聚類算法對數據進行聚類分析，其相應參數設置為距離(distance) :Euclidean distance (歐氏距離)連接(linkage) average ( ^ )將聚類分析結果圖像化顯示，做為差異蛋白分析的參考步驟4、構建蛋白相互作用關係網絡。對得到的差異蛋白數據，本方法整合了 3種相互作用關係來進行分析。分別為DKEGG(www. genome, jp/kegg/)資料庫中基因之間的蛋白互做、基因調控、蛋白修飾等關係；2)已有的高通量實驗，如酵母雙雜交等證實的蛋白-蛋白相互作用；3)已有文獻報導中提到的基因之間的相互作用。通過綜合以上3種數據分析的結果，便可以得到所有差異蛋白間的相互作用關係網絡，並利用medusa軟體進行圖形展示步驟5、整理以上各個步驟所得數據，得出了 LTQ質譜數據的分析結果。以上是對本發明的描述而非限定，基於本發明思想的其它實施方式，均在本發明的保護範圍之中。
權利要求
1.本發明所述的一種分析LTQ數據的方法，它的特徵包括如下幾步主要步驟步驟1、數據的預處理步驟2、篩選差異蛋白步驟3、差異蛋白的聚類分析步驟4、構建蛋白相互作用關係網絡步驟5、整理結果
全文摘要
本發明屬於生物技術領域，針對於LTQ質譜分析技術，設計了一套分析LTQ質譜數據的方法，它包括如下幾個步驟步驟1、數據的預處理；步驟2、篩選差異蛋白；步驟3、差異蛋白的聚類分析；步驟4、構建蛋白相互作用關係網絡；步驟5、整理結果。
文檔編號G06F19/24GK102201039SQ20101025808
公開日2011年9月28日 申請日期2010年8月19日 優先權日2010年8月19日
發明者曾華宗 申請人:上海聚類生物科技有限公司