用於確定牙周病的嚴重性和進展的改進方法和試劑盒的製作方法
2023-12-03 08:55:36
用於確定牙周病的嚴重性和進展的改進方法和試劑盒的製作方法
【專利摘要】確定患者是否傾向於患有重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的改進方法和試劑盒，其包含以下步驟：(i)從所述患者採集生物樣本；(ii)針對包含IL1B(rs16944)、IL1B(rs1143623)和IL1B(rs4848306)的遺傳多態性模式將所述生物樣本基因分型；和(iii)將所述遺傳多態性模式與參照的複合基因型模式相比較；其中所述的遺傳多態性模式與所述的參照模式的相似性顯示所述患者患有重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的傾向。
【專利說明】用於確定牙周病的嚴重性和進展的改進方法和試劑盒
[0001]相關申請
本專利申請要求自美國臨時專利申請號61/452，157 (在2011年3月13日提交)和61/421,628 (在2010年12月9日提交)的優先權，其中每個均通過引用其整體而結合於本文中。
發明領域
[0002]本發明總體上涉及用於確定患者的重度牙周病風險和/或牙周病進展的風險的改進方法和在所述改進方法中使用的試劑盒。
[0003]發明背景
齒齦炎為牙周病的早期階段，其中齒齦可變成紅色、腫脹並容易出血。齒齦炎通常為不痛的，如果不治療，可發展為牙周炎，其可根據組織破壞的強度分為輕度、中度或重度。牙周炎主要為成年人疾病，通常直到35歲以後才可發覺。通常存在於牙菌斑中的細菌引起牙周病。由菌斑中的細菌產生的毒素激活人體的發炎機制和其他免疫機制，其最終導致支持牙齒的骨和齒齦組織的破壞。隨著疾病進展，齒齦從牙齒脫離並且形成牙周袋，其為細菌提供了保護環境，因此導致持續循環。然而，一些位點並不持續是活性的。美國專利號5，328，829公開了通過測定位點上的白介素IL-1.β.來確定口腔內活性的牙周病位點的方法。吸菸與牙周炎患病率和嚴重性增加相關聯。然而，非常大量的患有牙周炎的個體從未吸菸。
[0004]在過去15年中，已證明影響兒童和青少年的某些形式的牙周炎是遺傳決定的。這些在人群中具有特別低的發病率的疾病，在青春期年齡之前的某些個體和在青春期和18歲之間的其他個體中產生重 度牙周炎。在那些病例中確定的遺傳因素涉及非常明顯的生物學機制，其很可能使個體傾向於產生多種健康問題。迄今，還沒有成功地在成人形式的牙周炎中發現同型的遺傳因素。
[0005]已可對與1-2種基因有關或由其引起的疾病進行疾病預測的遺傳檢測(參見美國專利號4，582，788和5，110，920)，一旦鑑定出基因，可確定攜帶給定基因的人的患疾病風險(參見例如美國專利號4，801，531,4, 666，828和5，268，267)。
[0006]已開發了遺傳檢測試劑盒來預測牙周病的風險，其使用人類基因組中的兩處變異，一處位於ILlA基因(IL1A +4845)，另一處位於ILlB基因(IL1B +3954)。具有這些基因變異的每個中的至少一個拷貝的次要等位基因(minor allele)的攜帶者具有增加的對牙周病的易感性。參見美國專利號5，686，246。然而，這樣的檢測在某些人種群體中的應用有限，並且在那些群體中該檢測只能鑑定出小部分具有牙周病風險的人。有必要找到在所有人種群體中確定牙周病風險的更靈敏的方法。
[0007]發明簡述
本發明涉及確定患者是否傾向於患有重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的方法，其包括以下步驟:(i)從所述患者採集生物樣本；(ii)針對包括IL IB (rsl6944)、ILIB (rsl 143623)和IL IB (rs4848306)的遺傳多態性模式對所述生物樣本進行基因分型；和(iii)將所述遺傳多態性模式與參照的複合基因型模式(composite genotype pattern)相比較；其中所述的遺傳多態性模式與所述的參照模式的相似性顯示所述患者患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的傾向。
[0008]本發明還涉及用於確定患者是否傾向於患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的檢測試劑盒，其包含:(i)生物樣本採集工具；(ii)確定遺傳多態性模式的工具；和(iii)含有 IL IB (rsl6944), IL IB (rsll43623), IL IB (rs4S48306)和 IL IB(rsl 143633)對照樣本。
[0009]本文引用的專利和出版物的內容和在這些專利和出版物中引用的文獻的內容通過引用其許可的範圍而結合於本文中。
[0010]詳述 本發明涉及IL-1B基因中多態性的發現，其與牙周病的易感性有關聯。因此，該多態性的基因型的確認為牙周病的易感性提供了有用的遺傳學檢測。
[0011]如本文所用，「亞洲人」指其祖籍為亞洲國家之一的人，包括但不限於中國、印度、日本，與他們當前的居住地無關。「非洲人」指其祖籍為非洲國家之一的人，與他們當前的居住地無關。
[0012]除非另外說明，涉及DNA技術的反應和操作按Sambrook等，1989，分子克隆:實驗室手冊(Molecular Cloning: A Laboratory Manual), Cold Spring HarborLaboratory Press中所述進行,其通過引用結合於本文。除非另外說明，還可使用如美國專利號4，666，828,4, 801，531和5，272，057以及McDowell等，1995中所述的方法學。通過Taqman "*測定或使用連續單鹼基延伸的PCR進行基因分型。
[0013]本文提供確定患者是否傾向於患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的方法，其包含以下步驟:(i)從所述患者採集生物樣本；(?)針對包含IL IB (rsl6944)、ILIB (rsl 143623)和IL IB (rs4848306)的遺傳多態性模式對所述生物樣本進行基因分型；和(iii)將所述遺傳多態性模式與參照的複合基因型模式相比較；其中所述的遺傳多態性模式與所述的參照模式的相似性顯示所述患者患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的傾向。
[0014]本文還提供確定患者是否傾向於患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的方法，其包含以下步驟:(i)從所述患者採集生物樣本；(?)針對包含IL IB (rsl6944)、IL IB (rsl 143623)和IL IB (rs4848306)的遺傳多態性模式對所述生物樣本進行基因分型，其中表4-6中所列的遺傳多態性模式之一的存在顯示所述患者患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的傾向。
[0015]在一個優選的實施方案中，遺傳多態性模式選自(B1B1和IL1B3877=1.1)、B2B3、B2B4、B3B3、B3B4、B4B4、(B1B4 和 IL1B3877=1.1)、(B2B4 和 IL1B3877=1.1)、(B3B4 和 IL1B3877=1.1)、(B4B4 和 IL1B3877=1.1)、(B2B3 和 IL1B3877=1.1)、(B3B3 和IL1B3877=1.1)、BlBl、B1B4、(B2B4 和 IL1B3877=2.*)、(B4B4 和 IL1B3877=2.*)、(B3B4 和IL1B3877=2.*)、(IL1B 3737=1.1和IL1B3877=1.1)、B2B2、B1B3、(B1B3和 3877=1.1)、(B2B2和 3877=1.1)和 IL1B3877=1.1。
[0016]在一個優選的實施方案中，高加索人群中的遺傳多態性模式選自(B1B1和 IL1B3877=1.1)、B2B3、B2B4、B3B3、B3B4、B4B4、(B1B4 和 IL1B3877=1.1)、(B2B4和 IL1B3877=1.1)、(B3B4 和 IL1B3877=1.1)、(B4B4 和 IL1B3877=1.1)、(B2B3 和IL1B3877=1.1)、(B3B3 和 IL1B3877=1.1)、BlBl、B1B4、(B2B4 和 IL1B3877=2.*)、(B4B4 和IL1B3877=2.*)、(B3B4 和 IL1B3877=2.*)和(IL1B 3737=1.1 和 IL1B3877=1.1)。
[0017]在另一優選的實施方案中，非洲人群中的遺傳多態性模式選自(B1B1和IL1B3877=1.1)、B2B3、B2B4、B3B3、B3B4、B4B4、(B1B4 和 IL1B3877=1.1)、BlBU (B3B4和 IL1B3877=1.1)、(B3B4 和 IL1B3877=2.*)、(B2B4 和 IL1B3877=1.1)、(B4B4 和IL1B3877=1.1)和(B1B4 和 IL1B3877=1.1)。
[0018]在另一優選的實施方案中，中國人群中的遺傳多態性模式選自B2B2、B1B3、(B1B3和 3877=1.1)、(B2B2 和 3877=1.1)和 IL1B3877=1.1。
[0019]ILlB單倍型的定義:
最常見的單倍型用數字表示為如下表所述，其顯示在每個SNP上的等位基因:
【權利要求】
1.確定患者是否傾向於患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的方法，所述方法包括以下步驟: (i)從所述患者採集生物學樣本； (ii)針對包含IL IB (rsl6944)、IL IB (rsll43623)和 IL IB (rs4848306)的遺傳多態性模式對所述生物學樣本進行基因分型； (iii)將所述遺傳多態性模式與參照複合基因型模式相比較，其中所述遺傳多態性模式與所述參照模式的類似性顯示所述患者患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的傾向。
2.權利要求1的方法,其中所述生物學樣本為唾液、口腔細胞、血液、組織樣本或尿液。
3.權利要求1的方法，其中所述遺傳多態性模式還包含ILIB (rsll43633)。
4.權利要求1的方法，其用於確定所述患者是否傾向於患重度牙周病。
5.權利要求1的方法，其用於確定所述患者的牙周病進展的風險。
6.權利要求1的方法，其中所述患者為高加索人、非洲人、中國人或其他人種。
7.用於確定患者是否傾向於患重度牙周病和/或具有高風險的牙周病進展的檢測試劑盒，所述檢測試劑盒包含: (i)生物學樣本採集工具； (ii)確定包含IL IB (rsl6944)、IL IB (rsll43623)和 IL IB (rs4848306)的遺傳多態性模式的工具；和 (iii)作為參照的對照樣本。
8.權利要求7的檢測試劑盒，其中所述遺傳多態性模式還包含ILIB (rsll43633)。
9.權利要求6的檢測試劑盒，其中所述患者為高加索人、非洲人、中國人或其他人種。
【文檔編號】G01N33/50GK103547680SQ201180067082
【公開日】2014年1月29日 申請日期:2011年12月9日 優先權日:2010年12月9日
【發明者】K.S.科恩曼, X.吳, H-Y.王, J.羅古斯 申請人:白細胞介素遺傳學公司