在植物中通過調節玉米mads框轉錄因子zmm28的產量增強的製作方法

2023-04-29 10:12:41 1

專利名稱：：在植物中通過調節玉米mads框轉錄因子zmm28的產量增強的製作方法
技術領域：
：本發明涉及遺傳學和分子生物學領域。更具體地，本發明涉及在植物中調節轉錄和改善產量的組合物和方法。
背景技術：
：藉助常規育種法的穀粒產量改善已經在玉米中幾乎達到一個平臺期。隨後自然要探索可能用來獲得進一步產量提高的備選、非常規方法。由於玉米中的收穫指數已經在過去百年左右對穀粒產量選擇的期間，保持不變，產量改善已經因提高每單位土地面積的總生物量生產而實現(Sinclair等人(1998)CropScience38:638-643;Duvick等人(1999)CropScience39:1622-1630;和Tollenaar等人(1999)CropScience39:1597-1604)。這種提高的總生物量已經通過增加植物密度實現，這導致適應性表型變更，如葉片角減小和玉米穗狀花序大小降低，前者導致減少對下部葉子的遮蔽並且後者可能提高收穫指數(Duvick等人，(1999)CropScience39:1622-1630)。Z匪28(玉米(Zeamays)MADS)屬於MADS轉錄因子家族，它們在包括花和種子發育在內的植物多樣化發育過程中起著決定性作用(Milnster等人，2002;Parenicova等人，2003)。高度保守的DNA結合MADS結構域以MCM1、AGAM0US、DEFICIENS和SRF(血清應答因子)蛋白質而命名(Schwarz-Sommer等人，1990)。MADS框基因是控制植物中花和種子發育的主要因子。由於MADS框基因在植物發育中的廣泛作用，它們能顯著地修飾轉基因植物中的植物花形態和植物結構。Z匪28主要表達於穗中，且可通過控制每一穗的小穗數、最終穀粒數和穀粒大小來增強產量。本領域需要可以使用此類序列來調節植物中器官發育和產量的方法和組合物。發明簡述提供了用於調節花器官發育、葉形成、趨光性、頂端優勢、果實發育、根發端和用於提高植物中產量的組合物和方法。所述組合物包括Z匪28序列。本發明的組合物包含選自SEQIDNO:1和2的胺基酸序列和核苷酸序列及其變體和片段。在用於目的植物中表達的DNA構建體中提供了編碼Z匪28序列的核苷酸序列。還提供了包含本發明序列的表達盒、植物、植物細胞、植物部分和種子。在具體的實施方案中，多核苷酸與組成型啟動子有效連接。提供了用於調節植物或植物部分中ZMM28序列的水平的方法。所述方法包括將包含本發明的Z匪28序列或Z匪28結構域的異源多核苷酸導入植物或植物部分。可以提高或降低ZMM28多肽的水平。此方法可以用來提高植物中的產量；在一個實施方案中，該方法用來提高穀類中的穀粒產量。附圖簡述圖l提供了幾個來自玉米(SEQIDNO:2)、擬南芥(Arabidopsisthaliana)(SEQIDN0:6)、稻(0ryzasativa)(SEQIDN0:3)、大麥(Horde咖vulgare)(SEQIDN0:5)、小麥(Triti固aesti權)(SEQIDNO:4)和金魚草(Antirrhinummajus)SQUAMOSA(SEQIDNO:7)的Z匪28序列的比對。Z匪28MADS共有的結構域是單下劃線的序列(SEQIDNO:8)。發明詳述現在將參考附圖在下文中更充分地描述本發明，其中顯示了一些但非全部的本發明實施方案。實際上，這些發明可以以多種不同形式體現並且不得解釋為限於本文中所述的實施方案；相反，提供了這些實施方案，從而本公開內容將滿足適用的法律要求。這裡所述的本發明的眾多修改和其它實施方案將是得益於在前面描述和相關附圖中所展示教導的這些發明所涉及領域的技術人員可想起的。因此，應當理解所述發明不意圖限於所公開的具體實施方案並且修改和其它實施方案將意圖被包含於所附權利要求書的範圍中。儘管本文中使用了具體術語，不過它們僅在一般性和描述性意義上使用並且其目的不在於限制。I.概沭提供了在植物中促進花器官發育、根發端及產量和用於調節葉形成、趨光性、頂端優勢、果實發育等的方法和組合物。本發明的組合物和方法通過調節植物中至少一種Z匪28多肽或具有本發明ZMM28多肽的生物學活性變體或片段的多肽的水平導致植物或作物產量改善。II.組合物本發明的組合物包括參與調節轉錄的Z匪28多核苷酸和多肽及其變體和片段。Z匪28編碼具有Z匪28MADS結構域的植物蛋白質。Z匪28中的Z匪28MADS結構域(SEQIDNO:8)是從1到57位的胺基酸殘基對應於SEQIDNO:1的核酸位置(核苷酸位置106到268對應於SEQIDN0:2)。"對應於"意指對於每個結構域的所提到的胺基酸位置涉及所提到SEQIDNO的胺基酸位置，並且意指包含這些結構域的多肽可以通過使用標準比對方法比對所述多肽與所提到SEQIDNO:而找到。本發明的Z匪28序列作為轉錄因子發揮作用，其特異地與靶基因結合以激活(或)抑制靶基因轉錄。Z匪28主要表達於小穗形成期間的幼穗中。如本文中所用，"Z匪28"序列包含編碼Z匪28MADS結構域或該Z匪28MADS結構域的生物學活性變體或片段的多核苷酸或具有Z匪28MADS結構域或該Z匪28MADS結構域的生物學活性變體或片段的多月太。見，例如Jurata和Gill(1997)Mol.Cell.Biol.17:5688-98;和Franks等人(2002)Development129:253-63。在一個實施方案中，本發明提供了包含如SEQIDNO:2所示胺基酸序列的分離的Z匪28多肽及其片段和變體。還提供了包含SEQIDNO:l中所示核苷酸序列的多核苷酸和包含編碼Z匪28MADS結構域(SEQIDN0:8)的多核苷酸的序列。本發明包括分離的或充分純化的多核苷酸或蛋白質組合物。"分離的"或"純化的"多核苷酸或蛋白質或其生物學活性部分實質上或基本上不含這樣的組分，其中所述組分通常伴隨或與該多核苷酸或蛋白質相互作用，如在該組分天然存在環境中所發現的那樣。因此，分離的或純化的多核苷酸或蛋白質通過重組技術產生時基本上不含其它細胞材料或培養基，或當化學合成時基本上不含化學前體或其它化學品。最佳地，"分離的"多核苷酸不含在衍生該多核苷酸的生物的基因組DNA中天然分布於該多核苷酸側翼(即位於該多核苷酸的5'或3'端)的序列(最佳地是蛋白質編碼序列)。例如，在多個實施方案中，這種分離的多核苷酸可以含有在衍生該多核苷酸的細胞的基因組DNA中天然分布於該多核苷酸側翼的小於約5kb、4kb、3kb、2kb、lkb、0.5kb或O.lkb的核苷酸序列。基本上不含細胞材料的蛋白質包括具有小於約30%、20%、10%、5%或1%(乾重)雜質蛋白質的蛋白質製品。當重組地產生本發明的蛋白質或生物學活性部分時，培養基最佳地出現小於約30%、20%、10%、5%或1%(乾重)的化學前體或非目的蛋白質化學品。Z匪28結構域或Z匪28多核苷酸及其所編碼蛋白質的片段和變體也被本發明的方法和組合物包括。"片段"意指多核苷酸的一部分或胺基酸序列的一部分。多核苷酸的片段可以編碼仍保留天然蛋白質生物學活性並且因而調節轉錄的蛋白質片段。例如，多肽片段將包含Z匪28MADS結構域(SEQIDNO:8)。備選地，用於抑制Z匪28序列或使其沉默(即降低表達水平)的片段不需要編碼蛋白質片段，但仍將保留抑制此靶序列表達的能力。另外，用作雜交探針的片段通常不編碼保留生物學活性的蛋白質片段。因此，核苷酸序列的片段可以具有至少約18個核苷酸、約20個核苷酸、約50個核苷酸、約100個核苷酸、和多達編碼本發明蛋白質的全長多核苷酸。編碼Z匪28MADS結構域或Z匪28多肽的多核苷酸的片段將編碼至少15、25、30、50、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、675、700、725、750、775、800、825個連續胺基酸或多達全長ZMM28MADS結構域或ZMM28蛋白(即SEQIDNO:2)中存在的胺基酸總數。用作雜交探針、PCR引物或用作抑制構建體的Z匪28MADS結構域或Z匪28多核苷酸的片段一般不需要編碼Z匪28蛋白或Z匪28結構域的生物學活性部分。可以通過如下方式製備包含Z匪28MADS結構域或Z匪28蛋白的多肽的生物學活性部分，即通過分離Z匪28多核苷酸的一部分，表達Z匪28蛋白的編碼部分(例如通過體外重組表達)並評估Z匪28蛋白的該編碼部分的活性。作為Z匪28核苷酸序列的片段的多核苷酸或作為包含Z匪28MADS結構域的多核苷酸序列包含至少16、20、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、800、900、1，000、1，100、1，200、1，300、1，400、1，500、1，600、1，700、1，800、1，900、2，000、2，050、2，100、2，150、2，200、2，250、2，300、2，350、2，400、2，450、2，500個連續核苷酸或多達全長ZMM28MADS結構域中或ZMM28多核苷酸中存在的核苷酸數目(即SEQIDN0:l，1270個核苷酸)。"變體"意指基本上相似的序列。對於多核苷酸而言，變體包含一個或多個核苷酸在天然多核苷酸內部一個或多個內部位點處的缺失和/或添加和/或一個或多個核苷酸在天然多核苷酸中一個或多個位點處的置換。如本文中所用，"天然"多核苷酸或多肽分別包含天然存在的核苷酸序列或胺基酸序列。對於多核苷酸而言，保守性變體包括這些序列，其中所述序列因遺傳密碼的簡併性而編碼Z匪28多肽之一或Z匪28MADS結構域的胺基酸序列。可以使用熟知的分子生物學技術鑑定天然存在的等位基因變體，例如用下文說明的聚合酶鏈反應(PCR)和雜交技術。變體多核苷酸也包括合成方式衍生的多核苷酸，例如通過位點定向誘變產生、不過仍編碼包含Z匪28MADS結構域的多肽或能夠調節轉錄或能夠降低(即抑制或沉默)Z匪28多核苷酸之表達水平的Z匪28多肽的那些多核苷酸。通常，本發明的特定多核苷酸的變體將與該特定核苷酸具有如通過本文其它地方描述的序列比對程序和參數所確定的至少約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大的序列同一性。本發明的特定多核苷酸(即參照多核苷酸)的變體也可以通過比較在變體多核苷酸所編碼的多肽與這種參照多核苷酸所編碼的多肽之間的序列同一性百分數進行評價。因此，例如公開了一種分離的多核苷酸，其編碼與SEQIDNO.1或SEQIDNO:2的多肽具有給定序列同一性百分數的多肽。可以使用在本文其它地方描述的序列比對程序和參數計算任意兩個多肽之間的序列同一性百分數。在本發明任意給定的多核苷酸配對通過比較由所述多核苷酸編碼的兩個多肽所共有的序列同一性百分數而進行評價的情況下，這兩個編碼的多肽之間的序列同一性百分數是至少約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大的序列同一性。"變體"蛋白質意指從天然蛋白質中通過在該天然蛋白質中一個或多個內部位點處缺失或添加一個或多個胺基酸和/或在該天然蛋白質中一個或多個位點處置換一個或多個胺基酸而衍生的蛋白質。由本發明包括的變體蛋白質是有生物學活性的，即它們繼續具有該天然蛋白質的想要的生物學活性，即如本文中所述調節轉錄。此類變體可以例如因遺傳多態性或因人類操作產生。本發明的Z匪28蛋白的生物學活性變體或匪28MADS結構域的生物學活性變體將與Z匪28蛋白的胺基酸序列或共有的Z匪28MADS結構域的胺基酸序列具有如通過本文其它地方描述的序列比對程序和參數所確定的至少約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大的序列同一性。本發明的Z匪28蛋白的或Z匪28MADS結構域的生物學活性變體可以與該蛋白質具有少至1-15個胺基酸殘基，少至1-10個，如6-10個，少至5個，少至4、3、2個或甚至1個胺基酸殘基的不同。本發明的多核苷酸可以按照多種方式進行改變，所述的方式包括胺基酸置換、缺失、截短和插入。用於此類操作的方法通常是本領域已知的。例如，可以通過在DNA中突變來製備Z匪28蛋白或Z匪28MADS結構域的胺基酸序列變體和片段。用於誘變和多核苷酸變更的方法是本領域熟知的。見，例如，Kunkel，(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.USA82:488-492;Kunkel等人(1987)MethodsinEnzymol.154:367-382;美國專利號4,873，192;Walker禾卩Gaastra編著(1983)，TechniquesinMolecularBiology(MacMillanPublishingCompany,紐約)以及其中引用的參考文獻。關於不影響目的蛋白質的生物學活性的適宜胺基酸置換的指導可以在Dayhoff等人(1978)AtlasofProteinSequenceandStructure(Natl.Biomed.Res.Found.，Washington,D.C.)的模型中找到，所述文獻在本文中引用作為參考。保守性置換，如將一個胺基酸交換為具有相似特性的另一個胺基酸，可以是最佳的。因此，本發明的基因和多核苷酸包括天然存在的序列以及突變形式。同樣，本發明的蛋白質包括天然存在的蛋白質以及其改變和修飾的形式。此類變體將繼續具有想要的活性(即，調節轉錄或降低靶Z匪28序列的表達水平的能力)。在具體的實施方案中，將於編碼該變體的DNA中產生的突變未使該序列不符合可讀框並且不產生可能產生二級mRNA結構的互補性區域。見，EP專利申請公開號75，444。不希望本文中所包括的蛋白質序列的缺失、插入和置換導致該蛋白質特徵的基本變化。然而，當難以在這樣做之前預測所述置換、缺失或插入的確切作用時，本領域技術人員將知道可以通過常規篩選測定法評估這種作用。例如，Z匪28多肽的活性可以通過測試該多肽調節轉錄的能力進行評價。可以使用多種方法來測試這種活性，所述方法包括直接監測靶基因在核苷酸或多肽水平上的表達水平。用於這種分析的方法是已知的，並且包括例如RNA印跡法、S1保護測定法、蛋白質印跡法、酶測定法或比色測定法。測試對轉錄活性的調節作用的方法可以包括監測植物表型的改變。例如，如在本文其它地方更詳細地討論，調節Z匪28多肽的水平可以導致花形成的變化和產量變化。測試這些變化的方法在本文其它地方進一步詳細地描述。變體多核苷酸和蛋白質也包括從誘變的和重組方法如DNA改組法衍生的序列和蛋白質。用這種方法，可以操作一個或多個不同的Z匪28編碼序列以產生具有想要特性的新Z匪28序列或Z匪28MADS結構域。用這種方法，從包含具有顯著序列同一性並且可以進行體外或體內同源重組的序列區的相關序列多核苷酸群體中產生重組多核苷酸的文庫。例如，使用這種方法，可以在本發明的Z匪28基因與其它已知Z匪28基因之間改組編碼目的結構域的序列基序以獲得編碼蛋白質的新基因，其中所述蛋白質具有改善的目的屬性，如在酶的情況下提高的Km。用於此類DNA改組的策略是本領域已知的。見，例如Ste騰r(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA91:10747-10751;Stemmer(1994)Nature370:389-391;Crameri等人(1997)NatureBiotech.15:436-438;Moore等人(1997)J.Mol.Biol.272:336-347;Zhang等人(1997)Proc.Natl.Acad.Sci.USA94:4504-4509;Crameri等人(1998)Nature391:288-291和美國專利號5，605，793和5，837，458。本發明的多核苷酸可以用來分離來自其它生物、特別來自其它植物、更特別來自其它單子葉植物的相應序列。以這種方式，方法如PCR、雜交等可以用來基於它們與本文中所述序列的同源性鑑定此類序列。基於它們與本文中所述的完整Z匪28序列或與本發明的Z匪28MADS結構域或與其變體和片段的序列同一性而分離的序列被本發明包括。此類序列包括作為所公開序列的直向同源物的序列。"直向同源物"意指從共同先祖基因衍生並且作為物種形成的結果而存在於不同物種中的基因。當存在於不同物種中的諸基因的核苷酸序列和/或它們所編碼的蛋白質序列共有至少60%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更大的序列同一性時，將所述存在於不同物種中的諸基因視為直向同源物。直向同源物的功能往往在物種之間是高度保守的。因此，下述分離的多核苷酸被本發明包括，其中所述的分離的多核苷酸能夠沉默或抑制ZMM28序列的表達或編碼ZMM28蛋白的多核苷酸的表達，並在嚴格條件下與本文中公開的ZMM28序列或與其變體或片段雜交。在PCR方法中，可以設計用在PCR反應中的寡核苷酸引物，以從提取自任意目的植物的cDNA或基因組DNA中擴增相應的DNA序列。用於設計PCR引物和PCR克隆的方法是本領域通常已知的並且在Sambrook等人(1989)MolecularCloning:ALaboratoryMa皿al(第2片反，ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview，紐約)。也見I皿is等人編車茸(1990)PCRProtocols:AGuidetoMethodsandApplications(AcademicPress,紐約)；Innis禾PGelfand編輯Q995)PCRStrategies(AcademicPress，紐約)；以及Innis和Gelfand編輯(1999)PCRMethodsManual(AcademicPress,紐約)中公開。已知的PCR方法包括但不限於使用配對引物、巢式引物、單特異性引物、簡併引物、基因特異性引物、載體特異性引物、部分錯配引物等的方法。在雜交技術中，使用已知多核苷酸的全部或部分作為探針，其中所述探針與存在於來自所選生物的克隆基因組DNA片段或cDNA片段群體(即基因組或cDNA文庫)中的其它對應多核苷酸選擇性地雜交。雜交探針可以是基因組DNA片段、cDNA片段、RNA片段或其它寡核苷酸，並且可以用可檢測基團如"P或任何其它可檢測標記物標記。因此，例如，可以通過標記基於本發明Z匪28多核苷酸的合成寡核苷酸產生用於雜交的探針。製備用於雜交的探針和用於構建cDNA和基因組文庫的方法是本領域通常已知的並且在Sambrook等人(1989)MolecularCloning:ALaboratoryMa皿al(第2片反，ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview，紐約)中公開。例如，可以使用完整Z匪28多核苷酸或編碼本文中公開的Z匪28MADS結構域的多核苷酸或其一個或多個部分作為能夠與相應Z匪28多核苷酸和信使RNA特異性雜交的探針。為了在多種條件下實現特異性雜交，此類探針包括在ZMM28多核苷酸序列中獨特並且最佳地具有至少約10個核苷酸長度並且最為最佳地具有至少約20個核苷酸長度的序列。此類探針可以用來通過PCR擴增來自所選植物的相應Z匪28多核苷酸。該項技術可以用來從所需植物分離額外的編碼序列或用作診斷測定法以確定編碼序列在植物中的存在。雜交技術包括鋪板DNA文庫的雜交篩選法(蝕斑或菌落；見，例如，Sambrook等人(1989)MolecularCloning:ALaboratoryManual(第2片反，ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview，紐約)。此類序列的雜交可以在嚴格條件下實施。"嚴格條件"或"嚴格雜交條件"意指這樣的條件，其中探針與其靶序列在所述條件下雜交至大於與其它序列雜交的可檢測程度(例如，高於背景至少2倍)。嚴格條件是序列依賴的並且會在不同環境中不同。通過控制雜交和/或洗滌條件的嚴格性，可以鑑定與探針100%互補的靶序列(同源性探測)。備選地，可以調節嚴格條件以允許序列中的一些錯配，從而檢測到較低程度的相似性(異源性探測)。通常，探針小於約1000個核苷酸長度，最佳地小於500個核苷酸長度。—般，嚴格條件將是這些條件，其中鹽濃度在pH7.0至8.3時小於約1.5MNa離子，一般約0.01至1.0MNa離子濃度(或其它鹽)；並且對於短探針(例如10至50個核苷酸)，溫度是至少約3(TC;對於長探針(例如大於50個核苷酸)，是至少約6(TC。嚴格條件也可以通過添加去穩定劑如甲醯胺來實現。示例的低嚴格條件包括在37t:用30至35%甲醯胺，謹NaCl，l%SDS(十二烷基硫酸鈉)的緩衝液雜交，並且在50至55°C於1X至2XSSC(20XSSC=3.0MNaCl/0.3M檸檬酸三鈉)中洗滌。示例的中等嚴格條件包括在37。C於40至45%甲醯胺，1MNaCl，l%SDS中雜交，並且在55至60°C於0.5X至1XSSC中洗滌。示例的高嚴格條件包括在37t:於50X甲醯胺，lMNaCl，l%SDS中雜交，並且在60至65t:於0.1XSSC中洗滌。任選地，洗滌緩衝液可以包含約O.1%至約1%SDS。雜交的持續時間一般是小於約24小時，通常約4至約12小時。洗滌的持續時間將是至少足以達到平衡的一個時間長度。特異性一般是雜交後洗滌的函數，關鍵因素是終末洗滌液的離子強度和溫度。對於DNA-DNA雜合體，Tm可以從Meinkoth和Wahl(1984)Anal.Biochem.138:267-284的等式Tm=81.5°C+16.6(logM)+0.41(%GC)-O.61(%form)-500/L近似獲得；其中M是單價陽離子的體積摩爾濃度，^GC是DNA中鳥苷和胞嘧啶核苷酸的百分數，Xform是雜交液中甲醯胺的百分數，並且L是該雜合體的鹼基對長度。Tm是50%互補性靶序列與完全匹配的探針雜交的溫度(在定義的離子強度和pH下)。Tm因每ix錯配下降約rc;因此，可以調節L、雜交和/或洗滌條件旨在與具有想要的同一性的序列雜交。例如，若尋求具有>90%同一性的序列，Tm可以降低l(TC。通常，選擇嚴格條件比在定義的離子強度和pH下的特定序列及其互補物低的熱解鏈溫度(Tm)低約5t:。然而，極嚴格條件可以利用比熱解鏈溫度(Tm)低l、2、3或4t:的雜交和/或洗滌；中等嚴格條件可以利用比熱解鏈溫度(TJ低6、7、8、9或l(TC的雜交和/或洗滌；低嚴格條件可以利用比熱解鏈溫度(Tm)低11、12、13、14、15或2(TC的雜交和/或洗滌。使用該等式、雜交與洗滌組合和想要的Tm，普通技術人員將理解本申請固有地描述了雜交液和/或洗滌液的嚴格性的變化。若想要的錯配程度引起小於45t:(水溶液)或32t:(甲醯胺溶液)的Tm，最佳是提高SSC濃度，從而可以使用較高的溫度。對核酸雜交的廣泛指南存在於Tijssen(1993)LaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiology-HybridizationwithNucleicAcidProbes,I部分，第2章(Elsevier,紐約)和Ausubel等人編輯(1995)CurrentProtocolsinMolecularBiology,第2章(GreenePublishing禾口Wiley-Interscience，紐約)。見Sambrook等人(1989)MolecularCloning:ALaboratoryManual(第2片反，ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview，紐約)。使用以下術語來描述兩個或多個多核苷酸或多肽之間的序列關係(a)"參照序列"、(b)"比較窗口"、(c)"序列同一性"和(d)"序列同一性百分數"。(a)如本文中所用，"參照序列"是作為序列比較基礎所用的定義序列。參照序列可以是特定序列的子集或全部；例如，作為全長cDNA或基因序列的節段，或完整的cDNA或基因序列。(b)如本文中所用，"比較窗口"指多核苷酸序列的連續和指定的節段，其中與參照序列(其不包含添加或缺失)相比，在比較窗口中的多核苷酸序列可以包含添加或缺失(即空位)以最佳地比對兩個多核苷酸。通常，該比較窗口是至少20個連續核苷酸長度，並且任選地可以是30、40、50、100個或更長的連續核苷酸長度。本領域技術人員理解為了避免因多核苷酸序列中包含空位而所致與參照序列的高度相似性，一般引入並且從匹配數中扣除空位罰分。出於比較而比對序列的方法是本領域熟知的。因此，可以使用數學算法完成任意兩個序列之間序列同一性百分數的確定。此類數學算法的非限制性實例是Myers和Miller(1988)CABIOS4:11-17的算法;Smith等人(1981)Adv.A卯l.Math.2:482的局部比對算法；Needleman和Wunsch(1970)J.Mol.Biol.48:443-453的全局比對算法；Pearson和Lipman(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.85:2444-2448的搜索-局部比對方法;Karlin和Altschul(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA872264的算法，如Karlin和Altschul(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:5873-5877中那樣進行改良。這些數學算法的計算機執行可以用於序列的比較以確定序列同一性。此類執行包括但不限於PC/Gene程序(從Intelligenetics，MountainView,California可獲得)中的CLUSTAL;ALIGN程序(2.0版本)和GCGWisconsinGenetics軟體包，版本10(從AccelrysInc.，9685ScrantonRoad，SanDiego，California,USA可獲得)中的GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA和TFASTA。使用這些程序的比對可以利用默認參數進行。CLUSTAL程序由Higgins等人(1988)Gene73:237-244(1988);Higgins等人(1989)CABIOS5:151-153;Corpet等人(1988)NucleicAcidsRes.16:10881-90;Huang等人(1992)CABIOS8:155-65和Pearson等人(1994)Meth.Mol.Biol.24:307-331充分地描述。ALIGN程序基於上文的Myers和Miller(1988)算法。當比較胺基酸序列時，可以隨ALIGN程序使用PAM120權重殘基表、空位長度罰分12和空位罰分4。Altschul等人(1990)J.Mol.Biol.215:403的BLAST程序基於上文的Karlin和Altschul(1990)算法。可以用BLASTN程序、分值=100、字長=12進行BLAST核苷酸搜索，以獲得與編碼本發明蛋白質的核苷酸序列同源的核苷酸序列。可以用BLASTX程序、分值二50、字長=3進行BLAST蛋白質搜索，以獲得與本發明的蛋白質或多肽同源的胺基酸序列。為了獲得用於比較目的的空位比對，可以如Altschul等人，(1997)NucleicAcidsRes.25:3389中所述使用空位BLAST(在BLAST2.0中)。備選地，PSI-BLAST(在BLAST2.0中)可以用來進行檢測分子之間遠緣關係的反覆搜索。見上文的Altschul等人(1997)。當使用BLAST、空位BLAST和PSI-BLAST時，可以使用相應程序(例如BLASTN用於核苷酸序列，BLASTX用於蛋白質)的默認參數。見www.ncbi.nlm.nih.gov。比對可以通過目測法人工地進行。除非另外說明，本文中提供的序列同一性/相似性值指使用GAP第IO版，利用以下參數核苷酸序列的％同一性和％相似性，使用GAP權重50和長度權重3，和nwsg即dna.cmp評分矩陣；胺基酸序列的％同一性和％相似性，使用GAP權重8和長度權重2，和BL0SUM62評分矩陣；或其任意的等價程序所獲得的值。"等價程序"意指任意的序列比較程序，其中對於所討論的任意兩個序列而言，與GAP第10版所產生的相應比對比較時，所述序列比較程序產生具有相同核苷酸或胺基酸殘基匹配和相同序列同一性百分數的比對。GAP使用Needleman和Wunsch(1970)J.Mol.Biol.48:443-453的算法來找到兩個互補序列的使匹配數最大並使空位數最小的比對。GAP考慮了全部可能的比對和空位位置並且產生具有最大匹配數和最少空位的比對。它允許提供匹配的鹼基單元中的空位創立罰分和空位延伸罰分。GAP必須為其插入的每個空位產生空位創立罰分匹配數目的收益。若選擇大於零的空位延伸罰分，GAP必須額外地為乘以空位延伸罰分的空位長度的每個所插入空位產生收益。GCGWisconsinGenetics軟體包第10版中的默認空位創立罰分值和空位延伸罰分值對於蛋白質序列分別是8和2。對於核苷酸序列，默認空位創立罰分是50而默認空位延伸罰分是3。空位創立罰分和空位延伸罰分可以表述為選自由0至200的整數組成的組中的整數。因此，例如，空位創立罰分和空位延伸罰分可以是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65或更大。GAP代表顯示最佳比對家族的一個成員。可能存在該家族的眾多成員，不過其它成員均不具有較好的質量。GAP為比對顯示了四個優點特徵品質、比率、同一性和相似性。所述品質是旨在比對序列而最大化的量度。所述比率是除以較短節段中鹼基數的品質。同一性百分數是實際上匹配的符號的百分數。相似性百分數是相似符號的百分數。忽略了在空位對面的符號。當一對符號的評分矩陣值大於或等於相似性閾值0.50時，計為相似性。在GCGWisconsinGenetics軟體包第10版中使用的評分矩陣是BL0SUM62(見Henikoff和Henikoff(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10915)。(c)如本文中所用，"序列同一性"或"同一性"在兩個多核苷酸或多肽序列的環境下意指當對指定比較窗口範圍內的最大對應性進行比對時，在這兩個序列中相同的殘基。當序列同一性百分數就蛋白質而使用時，認識到不相同的殘基位置往往不同在於保守性胺基酸置換，其中胺基酸殘基被置換為具有相似化學屬性(例如電荷或疏水性)的其它胺基酸殘基並且因而不改變該分子的功能性屬性。當序列不同在於保守性置換時，可以向上調節序列同一性百分數以針對該置換的保守本質進行校正。將不同在於此類保守性置換的序列稱作具有"序列相似性"或"相似性"。用於進行這種調節的方法是本領域技術人員熟知的。一般，這包括將保守性置換計算為部分而非完全的錯配，因而提高序列同一性百分數。因此，例如當分值1給予相同胺基酸並且分值0給予非保守性置換的情況下，給予保守性置換在0至1之間的分值。例如，如在程序PC/GENE(Intelligenetics，MountainView，California)中執行的那樣來計算保守性置換的分值。(d)如本文中所用，"序列同一性百分數"意指通過在比較窗口範圍內比較兩個最佳比對的序列而測定的值，其中與參照序列(其不包含添加或缺失)相比時，所述多核苷酸序列在比較窗口中的部分可以包含添加或缺失(即空位)以最佳地比對這兩個序列。通過以下方式計算百分數，即確定其中相同的核酸鹼基或胺基酸殘基在兩個序列中出現的位置的數目以產生匹配位置的數目，將匹配位置的數目除以比較窗口中的位置總數並且將結果乘以100以產生序列同一性百分數。III.棺物在具體的實施方案中，本發明提供了具有改變水平(即提高或降低)的Z匪28序列的植物、植物細胞和植物部分。在一些實施方案中，所述植物和植物部分具有編碼ZMM28多肽或其生物學活性變體或片段的至少一個異源多核苷酸穩定地併入它們的基因組，其中所述的ZMM28多肽包含如SEQIDN0:8中所示的Z匪28MADS結構域。在一個實施方案中，編碼Z匪28多肽的多核苷酸如SEQIDNO:1所示或為其生物學活性變體或片段。又在其它實施方案中，提供了這樣的植物和植物部分，其中穩定整合到所述植物或植物部分的基因組中的異源多核苷酸包含在植物中表達時提高Z匪28多肽或其活性變體或片段的水平的多核苷酸，其中所述的Z匪28多肽包含Z匪28MADS結構域。可以用來增加Z匪28多肽表達的序列包括但不限於如SEQIDNO:1中所示的序列或其變體或片段。如本文中其它地方更詳細地討論，此類植物、植物細胞、植物部分和種子可以具有改變的表型，所述改變的表型包括例如改變的花器官發育、葉形成、向光性、頂端優勢、果實發育、根發端和改善的產量。如本文中所用，術語"植物"包括植物細胞、植物原生質體、從其可以再生出植物的植物細胞組織培養物、植物愈傷組織、植物團塊和在植物或植物部分如胚、花粉、胚珠、種子、葉、花、枝、果實、穀粒、谷穗、穗軸、莢殼、莖、根、根尖、花葯中完整的植物細胞等。穀粒意指由商業種植者產生的用於除生長或再生物種之外目的的成熟種子。再生植物的後代、變體和突變體也包括在本發明的範圍內，只要這些部分包含本文中所公開的導入的或異源的多核苷酸即可。本發明可以用於轉化任何植物物種，包括但不限於單子葉植物和雙子葉植物。目的植物物種的實例包括但不限於玉米(Zeamays)、芸苔屬物種(Brassicasp.)(例如歐洲油菜(B.n即us)、蕪青(B.r即a)、芥菜(B.j皿cea))，尤其是可作為種子油來源的芸苔屬物禾中，首菅(Medicagosativa)、稻(Oryzasativa)、黑麥(Secalecereale)、高梁(雙色蜀黍(Sorghumbicolor)、高粱(Sorghumvulgare))、粟(例如，御谷(Pe皿isetumglaucum)、稷(Panicummiliaceum)、穀子(Setariaitalica)、龍爪稷(Eleusinecoracana))、向日葵(Helianthusann皿s)、紅花(Carthamustinctorius)、小麥(普通小麥(Triticumaestivum)、大豆(Glycinemax)、菸草(Nicotianatabacum)、馬鈴薯(Sola皿mtuberosum)、落花生(Arachishypogaea)、棉(海島棉(Gossypiumbarbadense)、陸地棉(Gossypiumhirsutum))、甘薯(Ipomoeabatatus)、木薯(Manihotesculenta)、咖啡(Coffeaspp.)、椰子(Cocos皿cifera)、鳳梨(Ananascomosus)、柑桔樹(Citrusspp.)、可可(Theobromacacao)、茶(Camelliasinensis)、香薫(色薫屬物禾中(Musaspp.))、魚等梨(Perseaamericana)、無花果(Ficuscasica)、番石槽(Psidiumguajava)、芒果(Mangiferaindica)、油橄欖(Oleaeuropaea)、番木瓜(Caricap即，)、腰果(Anacardiumoccidentale)、全緣口十澳洲l堅果(Macad咖iaintegrifolia)、扁申兆(Primusamygdalus)、甜菜(Betavulgaris)、甘蔗(甘蔗屬物種(Saccharumspp.))、燕麥、大麥、蔬菜、觀賞植物和松柏類植物。蔬菜包括番茄(Xycopersiconesculent咖)、生菜(例如萵苣(Lactucasativa))、青豆(菜豆(Phaseolusvulgaris))、禾U馬豆(Phaseoluslimensis)，豌豆(山黛豆屬物種(Lathyrusspp.))和黃瓜屬(C腦mis)成員如黃瓜(C.sativus)、網紋甜瓜(C.cantalupensis)和香甜瓜(C.melo)。觀賞植物包括杜鵲花(杜鵲屬物種(Rhododendronspp.))、八仙花(Macrophyllahydrangea)、朱樓(Hibiscusrosasanensis)、攻瑰(攻瑰屬物種(Rosas卯.))、鬱金香(鬱金香屬(Tulipas卯.))、水仙(水仙屬物種(Narcissusspp.))、矮牽牛(Petuniahybrida)、康乃馨(Dianthuscaryophyllus)、一品紅(Euphorbiapulcherrima)禾口菊花。可以在實施本發明中使用的松柏類植物例如包括松如火炬松(Pi皿staeda)、溼地松(Pi墜elliotii)、西黃松(Pi墜ponderosa)、小幹松(Pi墜contorta)禾口輻射松(Pi皿sradiate);花方萁松(Pseudotsugamenziesii);力口拿大鐵杉(Tsugacanadensis);白雲杉(Piceaglauca);北美紅杉(Sequoiasempervirens);真冷杉如銀杉(Abiesamabilis)和紅杉(香脂冷杉(Abiesbalsamea))和柏樹如西部紅柏(北美喬柏(Thujaplicata))和阿拉斯加黃柏(黃柏(Chamaecyparisnootkatensis))。在具體的實施方案中，本發明的植物是作物植物(例如玉米、苜蓿、向日葵、芸苔屬(Brassica)植物、大豆、棉、紅花、落花生、高粱、小麥、穀子、菸草等)。在其它實施方案中，玉米和大豆植物是最佳的，並且又在其它實施方案中，玉米植物是最佳的。其它目的植物包括提供目的種子的穀物植物、油籽植物和豆科植物。目的種子包括穀物種子，如玉米、小麥、大麥、稻、高粱、燕麥等。豆科植物包括豆類和豌豆類。油籽植物包括棉、大豆、紅花、向日葵、芸苔屬植物、玉米、苜蓿、棕櫚、椰子等。豆科植物包括豆類和豌豆類。豆類包括瓜爾豆(guar)、角豆(locustbean)、胡盧巴、大豆、四季豆(gardenbean)、虹豆(cowpea)、綠豆、利馬豆(limabean)、蠶豆(favabean)、兵豆(lentil)、鷹嘴豆等。"主題植物或植物細胞"是其中改變(如轉化或導入多肽)已經發生的一種植物或植物細胞或是從經過如此改變的植物或細胞傳遞下來並且包含所述改變的植物或植物細胞。"對照"或"對照植物"或"對照植物細胞"提供了用於測量主題植物或植物細胞的表型變化的參照點。對照植物或植物細胞可以包含例如(a)野生型植物或細胞，即，以相同基因型的野生型植物或細胞作為用於改變的原材料，其中所述改變導致產生主題植物或細胞；(b)相同基因型的植物或植物細胞，作為原材料但是已經用無效構建體(即用已知不影響目的性狀的構建體，如包含標記基因的構建體)轉化；(c)作為主題植物或植物細胞的後代當中非轉化的分離體的植物或植物細胞；(d)遺傳上與主題植物或植物細胞相同但是不暴露於將誘導目的基因表達的條件或剌激的植物或植物細胞；或(e)在不表達目的基因的條件下的該主題植物或植物細胞本身。IV.多核苷酸構建體術語"多核苷酸"的使用不意圖將本發明限於包含DNA的多核苷酸。本領域的普通技術人員將認識到多核苷酸可以包含核糖核苷酸和核糖核苷酸與脫氧核糖核苷酸的組合。此類脫氧核糖核苷酸和核糖核苷酸包括天然存在的分子和合成的類似物。本發明的多核苷酸還包括全部的序列形式，包括但不限於單鏈形式、雙鏈形式、髮夾結構、莖和環結構等。可以在用於目的植物中表達的表達盒中提供在本發明方法和組合物中使用的多種多核苷酸。該表達盒將包括與本發明多核苷酸有效連接的5'和3'調節序列。"有效連接"意指兩個或多個元件之間的功能性連接。例如，目的多核苷酸和調節序列(即啟動子)之間的有效連接是允許該目的多核苷酸表達的功能性連接。有效連接的元件可以是鄰接的或非鄰接的。當用來指兩個蛋白質編碼區的連接時，有效連接意指所述編碼區位於相同的可讀框中。該表達盒可以額外地含有待共轉化至生物內的至少一個額外基因。備選地，可以在多個表達盒上提供所述的額外基因。向這種表達盒提供多個限制性位點和/或重組位點，用於插入ZMM28多核苷酸以處在該調節區的轉錄調節作用下。該表達盒可以額外地含有選擇性標記基因。此表達盒可以在5'-3'轉錄方向上包括在植物中有功能的轉錄和翻譯起始區(即啟動子)、Z匪28多核苷酸以及轉錄和翻譯終止區(即終止區)。調節區(即啟動子、轉錄調節區和翻譯中止區)和/或Z匪28多核苷酸可以對於宿主細胞或彼此是天然的/類似的。備選地，所述調節區和/或Z匪28多核苷酸可以對於宿主細胞或彼此是異源的。如本文中所用，"異源的"對序列而言是這樣的序列，其源自外來物種，或若來自相同的物種，則因人類有意介入在組成和/或基因組位點而被顯著地修飾，有別於其天然形式。例如，與異源多核苷酸有效連接的啟動子來自與衍生該多核苷酸的物種不同的物種，或若來自相同的/類似的物種，其一或二者均受到顯著的修飾而有別於其原始形式和/或基因組位點，或該啟動子不是有效連接的多核苷酸的天然啟動子。如本文中所用，嵌合基因包含編碼序列，其中所述的編碼序列有效連接到對該編碼序列為異源的轉錄起始區。儘管使用異源啟動子表達該序列可能是最佳的，不過可以使用天然啟動子序列。此類構建體可以改變植物或植物細胞中Z匪28轉錄物或蛋白質的表達水平。因此，可以改變植物或植物細胞的表型。終止區可以對於轉錄起始區是天然的，可以對於有效連接的目的Z匪28多核苷酸是天然的，可以對於植物宿主是天然的，或可以從另一來源衍生，即對於所述啟動子、目的Z匪28多核苷酸、植物宿主或其任意組合為外來或異源的。常規終止區可以從根瘤農桿菌(A.t咖efaciens)的Ti質粒得到，如章魚鹼合酶和胭脂鹼合酶終止區。也參見Guerineau等人(1991)Mol.Gen.Genet.262:141-144;Proudfoot(1991)Cell64:671-674;Sanfacon等人(1991)GenesDev.5:141-149;Mogen等人(1990)PlantCel12:1261-1272;Munroe等人(1990)Gene91:151-158;Ballas等人(1989)NucleicAcidsRes.17:7891-7903和Joshi等人(1987)NucleicAcidsRes.15:9627-9639。根據需要，可以優化所述多核苷酸以在轉化植物中增加表達。S卩，可以使用植物優選的密碼子合成該多核苷酸以改進表達。見，例如，Campbell和Gowri(1990)PlantPhysiol.92:1-11對宿主優選的密碼子使用的討論。本領域中可獲得用於合成植物優選的基因的方法。見，例如，美國專利號5，380，831和5，436，391，和Murray等人，(1989)NucleicAcidsRes.17:477-498，所述文獻通過引用的方式併入本文。增強細胞宿主中基因表達的額外序列修飾是已知的。這些序列修飾包括消除編碼假多腺苷酸化信號、外顯子_內含子剪接位點信號、轉座子重複序列和可能有損於基因表達的其它充分表徵的此類序列。可以調整序列的G-C含量至對於給定細胞宿主為平均的水平，其中所述的水平如通過參考在該宿主細胞中表達的已知基因進行計算。當可能時，修飾此序列以避免預測的髮夾二級mRNA結構。表達盒可以額外含有5'前導序列。此類前導序列可以起到增強翻譯的作用。翻譯前導序列是本領域已知的，並且包括小RNA病毒前導序列，例如EMCV前導序列(腦心肌炎病毒5，非編碼區)(Elroy-Stein等人，(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA86:6126-6130);馬鈴薯Y病毒前導序列，例如TEV前導序列(菸草蝕斑病毒)(Gallie等人，(1995)Gene165(2):233-238))、MDMV前導序列(玉米矮化花葉病毒)(Virology154:9-20)，和人免疫球蛋白重鏈結合蛋白(BiP)(Macejak等人，(1991)Nature353:90-94);來自苜蓿花葉病毒的外殼蛋白mRNA(AMVRNA4)的非翻譯前導序列(Jobling等人，(1987)Nature325:622-625);菸草花葉病毒(TMV)前導序列(Gallie等人(1989)，於MolecularBiologyofRNA—書中，Cech編著(Liss，紐約)，第237-256頁)；玉米褪綠斑駁病毒前導序列(MCMV)(Lommel等人，(1991)Virology81:382-385)。也見Della-Cioppa等人(1987)，PlantPhysiol.84:965_968。在製備表達盒時，可以操作多種DNA片段，從而使得DNA序列處於合適方向並且根據需要處於恰當的閱讀框中。為此目的，可以使用銜接頭或接頭來連接所述DNA片段或可以包括其它操作以提供方便的限制性位點、移除多餘的DNA、除去限制性位點等。為此目的，可以涉及體外誘變、引物修復、限制作用、復性和再置換，例如轉換和顛換。可以在本發明的實施中使用眾多啟動子，包括目的多核苷酸序列的天然啟動子。可以基於想要的結果選擇啟動子。核酸可以與用於植物中表達的組成型、組織優選的或其它啟動子組合。例如，此類組成型啟動子包括Rsyn7啟動子的核心啟動子和在W099/43838和美國專利號6，072，050中公開的其它組成型啟動子；核心CaMV35S啟動子(Odell等人(1985)Nature313:810-812);稻肌動蛋白(McElroy等人(1990)PlantCell2:163-171);遍在蛋白(Christensen等人，(1989)PlantMol.Biol.12:619-632和Christensen等人(1992)PlantMol.Biol.18:675-689);pEMU(Last等人(1991)Theor.Appl.Genet.81:581-588);MAS(Velten等人(1984)EMB0J.3:2723-2730);ALS啟動子(美國專利號5，659，026)、G0S2啟動子(dePater等人(1992)PlantJ.2:837-44)等。其它組成型啟動子包括例如美國專利號5，608，149、5，608，144、5，604，121、5，569，597、5，466，785、5，399，680、5，268，463、5，608，142和6，177，611。表達盒也可以包含用於選擇轉化細胞的選擇標記基因。選擇標記基因用於選擇轉化的細胞或組織。標記基因包括編碼抗生素抗性的基因，如編碼新黴素磷酸轉移酶II(NE0)和潮黴素磷酸轉移酶(HPT)的那些基因，以及賦予針對除草劑化合物如草銨膦、溴苯腈、咪唑啉酮和2，4-二氯苯氧乙酸酯(2，4-D)的抗性的基因。額外的選擇標記包括表型標記如e-半乳糖苷酶和螢光蛋白如綠色螢光蛋白(GFP)(Su等人(2004)Biotechno1Bioeng85:610-9和Fetter等人(2004)PlantCell16:215-28)、藍色(cyan)螢光蛋白(CYP)(Bolte等人(2004)J.CellScience117:943-54和Kato等人(2002)PlantPhysio1129:913-42)和黃色螢光蛋白(來自Evrogen的PhiYFpTM，見Bolte等入(2004)J.CellScience117:943-54)。對於額外的選擇標記，一般見Yarranton(1992)Curr.Opin.Biotech.3:506-511;Christopherson等人(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:6314-6318;Yao等人(1992)Cell71:63-72;Reznikoff(1992)Mo1.Microbiol.6:2419-2422;Barkley等人(1980)在The0peron中第177-220頁；Hu等人(1987)Cell48:555-566;Brown等人(1987)Cell49:603-612;Figge等人(1988)Cell52:713-722;Deuschle等人(1989)Proc.Natl.Acad.Aci.USA86:5400-5404;Fuerst等人(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA86:2549-2553;Deuschle等人(1990)Science248:480-483;Gossen(1993)博士論文，海德堡大學;Reines等人(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:1917-1921;Labow等人(1990)Mol.Cell.Biol.10:3343-3356;Zambretti等人(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:3952-3956;Baim等人(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA88:5072-5076;Wyborski等人(1991)NucleicAcidsRes.19:4647-4653;Hille鍾d-Wissman(1989)TopicsMol.St潔.Biol.10:143-162;Degenkolb等人(1991)Antimicrob.AgentsChemother.35:1591-1595;Kleinschnidt等人(1988)Biochemistry27:1094-1104;Bonin(1993)博士論文，海德堡大學;Gossen等人(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:5547-5551;01iva等人(1992)Antimicrob.AgentsChemother.36:913-919;Hlavka等人(1985)HandbookofExperimentalPharmacology,第78巻(Springer-Verlag，Berlin);Gill等人(1988)Nature334:721-724。此類公開內容通過引用的方式併入本文。上述選擇性標記基因的名單不意在限制。在本發明中可以使用任意的選擇性標記基因。在某些實施方案中，本發明的多核苷酸可以與目的多核苷酸序列的任何組合堆積以產生具有所需性狀的植物。如本文中所用，性狀指從特定序列或序列群組衍生的表型。所產生的組合也可以包括任一種目的多核苷酸的多重拷貝。本發明的多核苷酸也可以與所需的對疾病或除草劑抗性(例如煙麴黴毒素解毒基因(美國專利號5，792，931)的性狀；無毒力和疾病抗性基因(Jones等人(1994)Science266:789;Martin等人(1993)Science262:1432;Mindrinos等人(1994)Cell78:1089);導致除草劑抗性的乙醯乳酸合酶(ALS)突變體如S4和/或Hra突變體；穀氨醯胺合酶抑制劑如膦絲菌素或basta(例如bar基因)和草甘磷抗性(EPSPS基因))和加工過程或加工產品想要的性狀如高油(例如美國專利號6，232，529);改性油(例如脂防酸去飽和酶基因(美國專利號5，952，544;W094/11516));改性澱粉(例如ADPG焦磷酸化酶(AGP酶)、澱粉合酶(SS)、澱粉分支酶(SBE)和澱粉脫支酶(SDBE))和聚合物或生物塑料(例如美國專利號5.602，321;促進聚羥基鏈烷酸酯(PHAs)表達的P-酮基硫解酶、聚羥基丁酸酯合酶和乙醯乙醯輔酶A還原酶(Schubert等人(1988)J.Bacteriol.170:5837-5847)堆積；所述文獻的公開內容通過引用的方式併入本文。也可能將本發明的多核苷酸與提供農學性狀如雄性不育(例如見美國專利號5，583，210)、莖強度、開花時間或轉化技術性狀如細胞周期調節作用或基因靶向作用(例如W099/61619、W000/17364和W099/25821)的多核苷酸組合；所述文獻的公開內容通過引用的方式併入本文。這些堆積的組合可以通過任意方法產生，所述的方法包括但不限於通過任何常規方法或頂交法或遺傳轉化法使植物雜交育種。若所述序列通過遺傳方式轉化植物進行堆積，則目的多核苷酸序列可以在任何時間並以任何順序進行組合。例如，可以使用包含一個或多個所需性狀的轉基因植物作為通過後續轉化導入其它性狀的靶標。性狀可以在共轉化方法中用通過轉化盒的任意組合提供的目的多核苷酸同時導入。例如，若導入兩個序列，則這兩個序列可以包含在獨立的轉化盒中(反式)或包含在相同的轉化盒上(順式)。所述序列的表達可以由相同啟動子或由不同啟動子驅動。在某些情況下，可能想要的是導入抑制目的多核苷酸表達的轉化盒。這可以與其它抑制盒或過量表達盒的任意組合進行組合，以在植物中產生想要的性狀組合。進一步認識到，使用位點特異性重組系統，可以在想要的基因組位置處堆積多核苷酸序列。見，例如，W099/25821、W099/25854、W099/25840、W099/25855和W099/25853,全部專利文獻通過引用的方式併入本文。V.導入方法本發明的方法包括導入多肽或多核苷酸到植物中。"導入"意指將多核苷酸或多肽以這樣的方式遞呈至植物中，從而該序列進入該植物的細胞內部。本發明的方法不依賴於用於導入序列至植物中的具體方法，只要多核苷酸或多肽進入該植物的至少一個細胞內部即可。用於導入多核苷酸或多肽到植物中的方法是本領域已知的，所述方法包括但不限於穩定轉化方法、瞬時轉化方法和病毒介導的方法。"穩定轉化"意指導入植物中的核苷酸構建體整合至該植物的基因組中並且能夠由其後代繼承。"瞬時轉化"意指多核苷酸被導入植物且不整合到該植物的基因組中，或多肽被導入植物。轉化方案以及用於導入多肽或多核苷酸序列到植物中的方案可以根據轉化所靶向的植物或植物細胞的類型即單子葉植物或雙子葉植物而變化。導入多肽和多核苷酸到植物細胞中的合適方法包括微量注射法(Crossway等人(1986)Biotechniques4:320-334)、電穿孔法(Riggs等人(1986)Proc.Natl.Acad.Sci.USA83:5602-5606、農桿菌屬(Agrobacterium)介導的轉化法(美國專利號5，563，055和美國專利號5，981，840)、直接基因轉移法(Paszkowski等人(1984)EMB0J.3:2717-2722)和射彈粒子加速法(見例如美國專利號4，945，050;美國專利號5，879，918;美國專利號5，886，244和5，932，782;Tomes等人(1995)在PlantCell,Tissue,andOrganCulture-FundamentalMethods中，Gamborg禾口Phillips編車茸(Springer-Verlag、Berlin);McCabe等人(1988)Biotechnology6:923-926)和Lecl轉化法(W000/28058)。也見Weissinger等人(1988)Ann.Rev-Genet.22:421-477;Sanford等人(1987)ParticulateScienceandTechnology5:27-37(洋蔥);Christou等人(1988)PlantPhysiol.87:671-674(大豆);McCabe等人(1988)Bio/Technology6:923-926(大豆)；Fi證禾口McMullen(1991)InVitroCellDev.Biol.27P:175-182(大豆);Singh等人(1998)Theor.Appl.Genet.96:319-324(大豆);Datta等人(1990)Biotechnology8:736-740(稻)；Klein等人(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:4305-4309(玉米);Klein等人(1988)Biotechnology6:559-563(玉米)；美國專利號5，240，855;5，322，783和5，324，646;Klein等人(1988)PlantPhysiol.91:440-444(玉米)；Fromm等人(1990)Biotechnology8:833-839(玉米)；Hooykaas-VanSlogteren等人(1984)Nature(London)311:763-764;美國專利號5，736，369(穀類);Bytebier等人(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA84:5345-5349(百合科(Liliaceae));DeWet等人(1985)在TheExperimentalManipulationofOvuleTissues,Chapman等人編輯(Longman,紐約)，第197-209頁中(花粉);Ka印pler等人(1990)PlantCellR印orts9:415-418和Ka印pler等人(1992)Theor.A卯l.Genet.84:560-566(晶須介導的轉化法(whisker-mediatedtransformation));D'Halluin等人(1992)PlantCell4:1495-1505(電穿孔法);Li等人(1993)PlantCellR印orts12:250-255;以及Christou禾口Ford(1995)AnnalsofBotany75:407-413(稻)；0sjoda等人(1996)NatureBiotechnology14:745-750(玉米，藉助根癌農桿菌(Agrobacteriumt聽faciens));全部文獻通過引用的方式併入本文。在具體的實施方案中，可以使用多種瞬時轉化方法向植物提供ZMM28序列或其變體和其片段。此類瞬時轉化方法包括但不限於直接導入ZMM28蛋白或其變體和其片段到植物中或導入Z匪28轉錄物到該植物中。此類方法例如包括微量注射法或粒子轟擊法。見，例如，Crossway等人(1986)MolGen.Genet.202:179-185;Nomura等人(1986)PlantSci.44:53-58;H印ler等人(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.91:2176-2180和Hush等人(1994)TheJournalofCellScience107:775-784，全部文獻通過引用的方式併入本文。備選地，Z匪28多核苷酸可以使用本領域已知的技術瞬時地轉化到植物中。此類技術包括病毒載體系統並且以排除DNA的隨後釋放的方式沉澱多核苷酸。因此，來自粒子結合性DNA的轉錄可以發生，但是該DNA被釋放以整合到基因組中的頻率大大降低。此類方法包括使用以聚乙基亞胺(polyethylimine)(PEI;Sigma#P3143)塗敷的粒子。在其它實施方案中，本發明的多核苷酸可以通過使植物與病毒或病毒核酸接觸而導入植物中。通常，此類方法包括併入本發明的核苷酸構建體到病毒DNA或RNA分子中。認識到Z匪28序列或其變體或片段可以最初作為病毒多蛋白質的一部分加以合成，隨後通過體內或體外的蛋白質水解進行加工以產生所需的重組蛋白質。另外，認識到本發明的啟動子也包括用於通過病毒RNA聚合酶轉錄的啟動子。用於導入多核苷酸(包括病毒DNA或RNA分子)到植物中並表達其中所編碼的蛋白質的方法是本領域已知的。見，例如，美國專利號5，889，191、5，889，190、5，866，785、5，589，367、5，316，931和Porta等人(1996)MolecularBiotechnology5:209-221;所述文獻通過引用的方式併入本文。用於在植物基因組中的特定位置處靶向插入多核苷酸的方法是本領域已知的。在一個實施方案中，使用位點特異性重組系統實現在所需的基因組位置處插入多核苷酸。見，例如，W099/2582KW099/25854、W099/25840、W099/25855和W099/25853,全部專利文獻通過引用的方式併入本文。簡而言之，可以在側翼具有兩個非重組性重組位點的轉移盒中含有本發明的多核苷酸。導入該轉移盒到使得在靶位點將該轉移盒穩定併入其基因組的植物，其中所述的靶位點在側翼具有與該轉移盒的位點相對應的兩個非重組性重組位點。提供適宜的重組酶並且該轉移盒在所述靶位點整合。目的多核苷酸因而在植物基因組特定的染色體位置處整合。已經轉化的細胞可以根據常規方法培育成植物。見，例如McCormick等人(1986)PlantCellR印orts5:81-84。隨後可以培育這些植物，並且用相同的轉化株系或不同的株系授粉，並且可以鑑定具有所需表型特徵的組成型表達的所得後代。可以培育兩個或多個世代以確保所需表型特徵的表達是穩定維持和遺傳的，並且隨後可以收穫種子以確保已經實現所需表型特徵的表達。以這種方式，本發明提供了使得本發明的多核苷酸(例如本發明的表達盒)穩定併入其基因組的轉化種子(也稱作"轉基因種子")。VI.使用方法A.用於調節植物或植物部分中至少一個Z匪28序列或其變體或片段的表達的方法多肽的"受調節的水平"或"調節水平"在本發明方法的上下文中指基因產物的表達、濃度或活性的任意提高或降低，包括表達、濃度或活性的任意的相對增量。在轉錄或翻譯水平調節靶基因產物表達或調節靶基因產物活性的任意方法或組合物可以用來實現靶基因產物的受調節的表達、濃度、活性。通常，相對於適宜的對照植物、植物部分或細胞，所述水平提高或降低至少1%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。本發明中的調節可以在植物生長到所需的發育期期間和/或其後發生。在具體的實施方案中，調節了單子葉植物、尤其穀物植物如稻、小麥、玉米等中的本發明多肽。具有Z匪28MADS結構域的多肽或其生物學活性變體或片段的表達水平可以直接測量，例如通過測試植物中Z匪28多肽的水平，或間接地測量，例如通過測量植物中編碼該蛋白質的多核苷酸的水平或通過測量ZMM28多肽的活性。用於確定ZMM28多肽活性的方法在本文其它地方描述。在具體的實施方案中，將本發明的多肽或多核苷酸導入植物細胞。隨後，使用本領域技術人員已知的方法，如，但不限於DNA印跡分析、DNA測序、PCR分析或表型分析法，選擇具有導入的本發明序列的植物細胞。由前述實施方案改變或修飾的植物或植物部分在形成植物的條件下培育一段時間，其中所述時間足以調節本發明多肽在植物中的濃度和/或活性。形成植物的條件是本領域熟知的並且在本文中其它地方簡要討論。還認識到可以通過使用不能在轉化的植物中指導蛋白質或RNA表達的多核苷酸調節多肽的水平和/或活性。例如，本發明的多核苷酸可以用來設計多核苷酸構建體，其中所述的多核苷酸構建體可以在改變或突變生物中基因組核苷酸序列的方法中使用。此類多核苷酸構建體包括但不限於RNA:DNA載體、RNA:DNA突變載體、RNA:DNA修復載體、混合的雙鏈體寡核苷酸、自我互補的RNA:DNA寡核苷酸和重組性寡核酸鹼基。此類核苷酸構建體和使用方法是本領域已知的。見，美國專利號5，565，350;5，731，181;5，756，325;5，760,012;5，795，972和5，871，984;全部專利文獻通過引用的方式併入本文。也見W098/49350、W099/07865、W099/25821和Beetham等人(1999)Proc.Natl.Acad.Sci.USA96:8774-8778;這些文獻通過引用的方式併入本文。因而認識到本發明的方法不依賴於完整的多核苷酸併入基因組中，只要植物或其細胞因導入該多核苷酸到細胞中而改變即可。在本發明的一個實施方案中，基因組可以在導入該多核苷酸至細胞中之後被改變。例如，多核苷酸或其任意部分可以併入植物的基因組。改變本發明的基因組包括但不限於向基因組中添加、缺失和置換核苷酸。儘管本發明的方法不取決於添加、缺失和置換任何具體數目的核苷酸，然而認識到此類添加、缺失或置換包含至少一個核苷酸。在一個實施方案中，Z匪28多肽的活性和/或水平提高。Z匪28多肽的水平和/或活性的提高可以通過向植物提供ZMM28多肽或其生物學活性變體或片段實現。如本文中其它地方所討論，本領域已知用於向植物提供多肽的多種方法，所述方法包括但不限於直接導入Z匪28多肽到植物中或(瞬時或穩定地)導入編碼具有Z匪28活性的多肽的多核苷酸構建體到植物中。還認識到本發明的方法可以使用不能在轉化的植物中指導蛋白質或RNA表達的多核苷酸。因此，Z匪28多肽的水平和/或活性可以通過改變編碼Z匪28多肽的基因或其啟動子而提高。見，例如，Kmiec，美國專利號5，565，350;Zarling等人，PCT/US93/03868。因而，提供了在Z匪28基因中攜帶突變的誘變植物，其中所述的突變增加Z匪28基因的表達或提高所編碼Z匪28多肽的活性。在其它實施方案中，本發明Z匪28多肽的活性和/或水平通過導入抑制多肽水平或活性的多核苷酸到植物中而降低或消除。該多核苷酸可以通過阻止Z匪28信使RNA翻譯而直接抑制Z匪28基因的表達，或通過編碼一種抑制編碼Z匪28蛋白的Z匪28基因轉錄或翻譯的多肽而間接抑制Z匪28基因的表達。用於抑制或消除植物中基因表達的方法是本領域熟知的，並且可以在本發明中使用任意的方法來抑制植物中至少一個Z匪28序列的表達。在本發明的其它實施方案中，Z匪28多肽的活性通過用編碼抑制Z匪28多肽活性的多肽的序列轉化植物細胞而降低或消除。在其它實施方案中，Z匪28多肽的活性可以通過破壞編碼Z匪28多肽的基因而降低或消除。本發明包括在Z匪28基因中攜帶突變的誘變植物，其中所述的突變降低Z匪28基因表達或抑制所編碼Z匪28多肽的活性。降低特定基因的活性(也稱作基因沉默或基因抑制作用)對於植物中的基因工程的幾個方面而言是想要的。用於基因沉默的眾多技術是本領域技術人員熟知的，它們包括但不限於反義技術(見例如Sheehy等人(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:8805-8809和美國專利號5，107，065;5，453，566和5，759，829);共抑制(例如Taylor(1997)PlantCell9:1245;Jorgensen(1990)TrendsBiotech.8(12):340-344;Flavell(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA91:3490-3496;Fi騰gan等人(1994)Bio/Technology12:883-888和Neuhuber等人(1994)Mol.Gen.Genet.244:230-241);RNA幹擾(Napoli等人(1990)PlantCell2:279-289;美國專利號5,034,323;Sharp(1999)GenesDev.13:139-141;Zamore等人(2000)Cell101:25-33和Montgomery等人(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.USA95:15502-15507)、病毒誘導的基因沉默(Burton等人(2000)PlantCell12:691-705;和Baulcombe(1999)Curr.Op.PlantBio.2:109-113);耙RNA特異性核酶(Haseloff等人(1988)Nature334:585-591);髮夾結構物(Smith等人(2000)Nature407:319-320;W099/53050;W002/00904;W098/53083;Chuang和Meyerowitz(2000)Proc.Natl.Acad.Sci.USA97:4985-4990;Stoutjesdijk等人(2002)PlantPhysiol.129:1723-1731;Waterhouse和Helliwell(2003)Nat.Rev.Genet.4:29-38;Pandolfini等人，BMCBiotechnology3:7，美國專利公開號20030175965;Panstr卿等人(2003)Mol.Biol.R印.30:135-140;Wesley等人(2001)PlantJ.27:581-590;Wang和Waterhouse(2001)Curr.Opin.PlantBiol.5:146-150;美國專利公開號20030180945和W002/00904，全部文獻通過引用的方式併入本文)；核酶(Steinecke等人(1992)EMB0J.11:1525;和Perriman等人(1993)AntisenseRes.Dev.3:253);寡核苷酸介導的耙向修飾(例如，W003/076574和WO99/25853);Zn指革巴向的分子(例如WOOl/52620;W003/048345和W000/42219);轉座子標籤法(Maes等人(1999)TrendsPlantSci.4:90-96;Dharm即uri和Sonti(1999)FEMSMicrobiol.Lett.179:53-59;Meissner等人(2000)PlantJ.22:265-274;Phogat等人(2000)J.Biosci.25:57-63;Walbot(2000)Curr.Opin.PlantBiol.2:103-107;Gai等人(2000)NucleicAcidsRes.28:94-96;Fitzmaurice等人(1999)Genetics153:1919-1928;Bensen等人(1995)PlantCell7:75-84;Mena等人(1996)Science274:1537-1540和美國專利號5，962，764);每份文獻通過引用的方式併入本文；和其它方法或本領域技術人員已知的上述方法的組合。認識到藉助本發明的多核苷酸，可以構建與Z匪28序列的信使RNA(mRNA)的至少一部分互補的反義構建體。構建反義核苷酸以同對應的mRNA雜交。可以修飾反義序列，只要所述序列與對應的mRNA雜交並幹擾其表達即可。以這種方式，可以使用與對應的反義序列具有70%、最佳地80%，更為最佳地85%序列同一性的反義構建體。另外，反義核苷酸的部分可以用來破壞靶基因的表達。通常，可以使用具有至少50個核苷酸、100個核苷酸、200個核苷酸、300、400、450、500、550個或更多個核苷酸的序列。本發明的多核苷酸也可以在有義方向上用來抑制植物中內源基因的表達。使用有義方向上的多核苷酸抑制植物中基因表達的方法是本領域已知的。所述方法通常包括用DNA構建體轉化植物，其中所述的DNA構建體包含驅動在植物中表達的與對應於內源基因轉錄物的多核苷酸的至少一部分有效連接的啟動子。一般，這樣的核苷酸序列與該內源基因轉錄物的序列具有相當大的序列同一性，最佳地大於約65%的序列同一性、更為最佳地大於約85%的序列同一性，最為最佳地大於約95%的序列同一性。見，美國專利號5，283，184和5，034，323，它們通過引用的方式併入本文。因此，許多方法可以用來降低或消除Z匪28多肽或其生物學活性變體或片段的活性。另外，可以使用方法的組合來降低或消除至少一種Z匪28多肽的活性。還認識到可以調節單一Z匪28序列的水平以產生所需的表型。備選地，可能想要的是調節(提高和/或降低)具有Z匪28MADS結構域的多種序列或其生物學活性變體或片段的表達水平。如上所討論，可以使用多種啟動子來調節Z匪28序列的水平。在一個實施方案中，調節至少一種ZMM28多肽水平的異源多核苷酸的表達可以由組織優選的啟動子、尤其葉優選的啟動子(即葉肉優選的啟動子或維管束鞘優選的啟動子)和/或種子優選的啟動子(即胚乳優選的啟動子或胚優選的啟動子)調節。B.調節植物中花器官發育和產量的方法本發明的Z匪28核酸分子編碼可用作轉錄因子的蛋白質。此外，Z匪28可在花發育中發揮作用。ZMM28具有包括增強的產量和產量成分的表型。因此，提供了調節Z匪28和Z匪28多肽，並且因此調節植物中花器官發育和產量的方法和組合物。在一個實施方案中，本發明的組合物可以用來提高禾穀類植物中的穀粒產量。在這個實施方案中，在目的禾穀類植物中表達Z匪28編碼序列以增加Z匪28轉錄因子的表達。以這種方式，所述方法和組合物可以用來提高植物中的產量。如本文中所用，術語"改善的產量"意指任何測量的植物產物的產量方面的任意改善。產量的改善可以包括所測量的植物產物提高O.1%、0.5%、1%、3%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。備選地，提高的植物產量可以包括所測量的植物產物提高約0.5倍、1倍、2倍、4倍、8倍、16倍或32倍。例如，與在相同條件下培育的未處理的大豆或玉米的蒲式耳/英畝產量相比，從具有本發明處理的作物衍生的大豆或玉米的蒲式耳/英畝產量提高將視為產量改善。提高的產量也意指總種子數提高、總種子重量提高、根生物量增加和收穫指數提高中的至少一種提高。收穫指數定義為收穫時產量生物量對總累積生物量之比。因此，提供了提高植物產量的多種方法。在一個實施方案中，提高植物或植物部分的產量包括導入異源多核苷酸到該植物或植物部分中；並且在該植物或植物部分中表達該異源多核苷酸。在這種方法中，該異源多核苷酸的表達調節植物或植物部分中至少一種Z匪28多肽的水平，其中所述Z匪28多肽包含具有SEQIDNO:8中所示胺基酸序列的Z匪28MADS結構域或所述結構域的變體或片段。在具體的實施方案中，調節Z匪28多肽的水平包括提高至少一種Z匪28多肽的水平。在此類方法中，導入植物的異源多核苷酸編碼具有Z匪28MADS結構域的多肽或其生物學活性變體或片段。在具體的實施方案中，該異源多核苷酸包含至少一個SEQIDN0:1和/或其生物學活性變體或片段中所示的序列。在其它實施方案中，調節至少一種Z匪28多肽的水平包括降低至少一種Z匪28多肽的水平。在此類方法中，導入植物的異源多核苷酸不需要編碼有功能的Z匪28多肽，但是，該多核苷酸的表達導致包含Z匪28MADS結構域的或包含該Z匪28MADS結構域的生物學活性變體或片段的Z匪28多肽的表達降低。在具體的實施方案中，具有降低水平的Z匪28多肽在SEQIDN0:2或其生物學活性變體或片段中描述。項1.分離的多核苷酸，其包含選自以下的核苷酸序列(a)SEQIDNO:1中所示的核苷酸序列；(b)編碼SEQIDNO:2的胺基酸序列的核苷酸序列；(c)與SEQIDNO:1具有至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述的核苷酸序列編碼具有ZMM28蛋白活性的多肽；(d)包含SEQIDNO:1的至少50個連續核苷酸的核苷酸序列或其互補序列；和，(e)編碼與SEQIDNO:2具有至少80%序列同一性的胺基酸序列的核苷酸序列，其中所述的核苷酸序列編碼具有ZMM28蛋白活性的多肽。2.表達盒，其包含項1的多核苷酸。3.項2的表達盒，其中所述的多核苷酸與驅動在植物中表達的啟動子有效連接。4.項3的表達盒，其中所述的多核苷酸與組成型啟動子有效連接。5.植物，其包含項3或項4的表達盒。6.項5的植物，其中所述植物是單子葉植物。7.項6的植物，其中所述的單子葉植物是玉米、小麥、稻、大麥、高粱或黑麥。8.項7的植物，其中所述單子葉植物是稻。9.項7的植物，其中所述單子葉植物是玉米。10.項5的植物，其中所述的植物具有選自以下的多肽提高的水平(a)包含SEQIDNO:2的胺基酸序列的多肽；(b)與SEQIDNO:2具有至少90X序列同一性的多肽，其中所述的多肽具有Z匪28蛋白活性；禾口(c)包含SEQIDNO:8中所示ZMM28MADS結構域的多肽。11.項5的植物，其中所述的植物具有選自以下的表型(a)提高的總種子數；(b)提高的總種子重量；(c)提高的收穫指數；禾口(d)增加的根生物量。12.提高植物中多肽水平的方法，所述方法包括導入項3或項4的表達盒到所述植物中。13.項12的方法，其中植物的產量提高。14.項12的方法，其中提高所述多肽的水平在植物中產生選自以下的表型(a)提高的總種子數；(b)提高的總種子重量；(c)提高的收穫指數；禾口(d)增加的根生物量。15.項13的方法，其中所述的表達盒穩定地整合到植物的基因組中。16.項13的方法，其中所述植物是單子葉植物。17.項16的方法，其中所述的單子葉植物是玉米、小麥、稻、大麥、高粱或黑麥。18.項17的方法，其中所述單子葉植物是稻。19.項17的方法，其中所述單子葉植物是玉米。20.提高植物中產量的方法，所述方法包括增加Z匪28多肽在所述植物中的表達，其中所述的Z匪28多肽具有Z匪28蛋白活性並且選自以下多肽(a)包含與SEQIDNO:2中所示的序列具有至少80%序列同一性的胺基酸序列的多肽；(b)包含SEQIDNO:8中所示Z匪28MADS結構域的多肽。21.項20的方法，其中所述的多肽包含與SEQIDNO:2中所示序列具有至少95%序列同一性的胺基酸序列。22.項20的方法，其中所述的多肽包含SEQIDNO:2中所示的胺基酸序列。23.項20至22中任一項所述的方法，所述方法包括導入表達盒到所述植物中，其中所述的表達盒包含與驅動植物細胞中表達的啟動子有效連接的編碼所述ZMM28多肽的多核苷酸，其中所述的多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列(a)SEQIDNO:1中所示的核苷酸序列；(b)編碼SEQIDNO:2的多肽的核苷酸序列；(c)包含與SEQIDNO:1中所示序列具有至少95%序列同一性的核苷酸序列；(d)編碼包含SEQIDNO:2中所示胺基酸序列的多肽的核苷酸序列；禾口(e)編碼與SEQIDNO:2中所示序列具有至少90%序列同一性的胺基酸序列的核苷酸序列。24.項23的方法，所述方法包括(a)用所述表達盒轉化植物細胞；禾口(b)從步驟(a)的經轉化植物細胞再生出轉化的植物。25.項23或項24的方法，其中所述的表達盒穩定地併入植物的序列中。26.項23的方法，其中所述啟動子是組成型啟動子。(a)包含SEQIDNO:2的胺基酸序列；(b)包含與SEQIDNO:2具有至少90%序列同一性的胺基酸序列，其中所述的多肽具有調節轉錄的能力；禾口(c)包含SEQIDNO:2的至少30個連續胺基酸的胺基酸序列，其中所述的多肽保留調節轉錄的能力。實驗以說明方式且不以限制方式提供以下實施例。實施例1:玉米Z匪28基因的克隆通過來自EST集合的序列同源性鑑定編碼玉米Z匪28多肽的cDNA，其中使用針對NCBIDNA序列資料庫的BLAST2.0(Altschul等人(1990)J.Mol.Biol.215:403)從玉米cDNA文庫產生所述的EST集合。通過PCR，使用HifiTaqDNA聚合酶，在標準條件下，用包含用於GATEWAY⑧重組克隆的AttB位點的玉米ZMM28-特異性引物從EST質粒擴增玉米Z匪28cDNA片段。使用如Sambrook等人(1989)MolecularCloning:ALaboratoryMa皿al(第2片反，ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview，紐約)所述的標準方法擴增和純化具有預期長度的PCR片段。隨後進行GATEWAY⑧方法的第一步驟，即BP反應，在此期間所述PCR片段與pD0NR201質粒在體內重組以產生"進入克隆"。質粒pD0NR201從Invitrogen購買，作為GATEWAY⑧技術(Invitrogen，Carlsbad,CA)的部分。實施例2:載體構建(pG0S2::Z匪28)該進入克隆隨後在LR反應中與用於稻轉化的目的載體一起使用。這種載體含有植物選擇標記、篩選標記和GATEWAY⑧盒作為T-DNA邊界內部的功能性元件，其中所述的GATEWAY⑧盒意圖與已經在該進入克隆中克隆的目的序列發生LR體內重組。這個GATEWAY⑧盒的上遊是賦予目的基因組成型表達的稻G0S2啟動子(Hensgens等人(1993)PlantMol.Biol.23:643-669)。在LR重組步驟後，將所得的表達載體pG0S2::Z匪28轉化到根癌農桿菌菌株LBA4044中並且隨後轉化至粳稻"日本晴"(0ryzasativavar.Nipponbare)植物(見Chan，MT等人(1993)PlantMolBio122(3):491-506和Chan，MT等人(1992)PlantCellPhysiol33(5):577-583)。培育轉化的稻植物並且如實施例4中所述檢驗多種生長特徵。實施例3:稻轉化方法使用塗敷以核酸構建體的金屬粒子的高速射彈轟擊法用來轉化野生型稻(Klein等人(1987)Nature327:70-73;美國專利號4，945，050，所述文獻通過引用的方式併入本文)。生物射彈PDS-1000/He(BioRADLaboratories,Hercules,CA)用於這些互補作用實驗。使用粒子轟擊技術以pG0S2::Z匪28轉化野生型稻。使用來自吸水鏈黴菌(Str印tomyceshygroscopicus)的細菌潮黴素B磷酸轉移酶(HptII)基因(其賦予抗生素抗性)作為稻轉化的選擇標記。在載體pML18中，對HptII基因設計配備來自花椰菜花葉病毒的35S啟動子以及來自根癌農桿菌章魚鹼合酶基因的終止和聚腺苷酸化信號。pML18在WO97/47731中描述，所述專利的公開內容通過引用的方式併入本文。從正在萌發的稻種子的盾片中衍生的胚發生愈傷組織培養物用作轉化實驗的來源材料。這種材料通過在愈傷組織發端培養基(MS鹽，Nitsch和Nitsch維生素，1.Omg/12，4-D和lOiiMAgN03)上於黑暗中在27_28"萌發無菌稻種子產生。隨後轉移從胚的盾片中增殖的胚發生愈傷組織至CM培養基(N6鹽，Nitsch和Nitsch維生素，lmg/12，4_D;Chu等人(1985)Sci.Sinica18:659-668)。愈傷組織培養物通過常規傳代培養法在CM上間隔兩周維持培養並且在發端的IO周內用於轉化。通過傳代培養置於CM培養基上的圓形Whatman#541濾紙中央的相距大約lmm、排列在約4cm直徑環形區域內的0.5-1.Omm小片，製備用於轉化的愈傷組織。具有愈傷組織的平板在27-2『C於黑暗中溫育3-5日。轟擊前，轉移帶愈傷組織的濾紙至補充有0.25M甘露醇和0.25M山梨醇的CM，在黑暗中持續3小時。隨後在無菌櫃中半開啟培養皿蓋20-45分鐘以使得組織上的潮氣消散。將每個DNA片段與含有稻轉化的選擇標記的pML18共沉澱到金粒子的表面。為實現這一點，將性狀選擇標記DNA比例為2:1的總計10iigDNA添加至已經以60mgm1—1濃度重懸的50ii1等分試樣的金粒子中。隨後添加氯化鈣(2.5M溶液50ii1)和亞精胺(0.1M溶液20ii1)至金-DNA懸液，同時將管子渦旋混合3分鐘。將金粒子在微型離心機中離心1秒鐘並棄去上清液。金粒子隨後用lml無水乙醇洗滌兩次並重懸於50iU無水乙醇中，並超聲處理(浴槽式超聲處理器)1秒鐘以分散金粒子。金懸液在_701:溫育5分鐘並超聲處理(浴槽式超聲處理器)以分散粒子。隨後將6iUDNA塗敷的金粒子加載到邁拉巨載體盤上並且使乙醇蒸發。在乾燥期結束時，含有組織的培養皿置於PDS-1000/He的腔室。隨後排出腔室內的空氣至真空度28-29英寸Hg。使用激波管內He壓力達到1080-1100psi時破裂的防爆膜，用氦激波加速巨載體。組織距中止屏大約8cm放置並且轟擊愈傷組織2次。以這種方式用DNA塗敷的金粒子轟擊2至4個組織平板。轟擊後，將愈傷組織轉移到無山梨醇或甘露醇補充物的CM培養基。轟擊後3至5日，將愈傷組織轉移至SM培養基(含有50mg/l潮黴素的CM培養基)。為實現這一點，將愈傷組織從平板轉移至無菌的50ml錐形管並稱重。使用2.5ml頂層瓊脂/100mg愈傷組織，添加40°C的融化頂層瓊脂。通過10ml吸管反覆分散，將愈傷組織團塊分散成直徑小於2mm的碎片。將3ml等分試樣的愈傷組織懸液塗布在新鮮的SM培養基上並將平板在27-2『C於黑暗中溫育4周。4周後，鑑定轉基因愈傷組織事件、轉移至新鮮的SM平板並在27-2『C於黑暗中培育額外的2周。將正在生長的愈傷組織轉移至RM1培養基(MS鹽，Nitsch和Nitsch維生素，2%蔗糖，3X山梨醇，0.4X脫乙醯吉蘭糖膠+50ppm潮黴素B)在25"於黑暗持續2周。2周後，將愈傷組織轉移至RM2培養基(MS鹽，Nitsch和Nitsch維生素，3%蔗糖，0.4%脫乙醯吉蘭糖膠+50ppm黴素B)並置於冷白光(40iiEm—2s—0下，12小時光周期，25"和30-40%溼度。在光照下2-4周後，愈傷組織開始組織起來並形成幼枝。將幼枝從環繞的愈傷組織/培養基取出並溫和地轉移至植物託盤(phytatrays)(SigmaChemicalCo.，St.Louis，MO)中的RM3培養基(1/2xMS鹽，Nitsch和Nitsch維生素，1%蔗糖+50ppm潮黴素B)，並且使用與前述步驟中所述相同的條件繼續溫育。2-3周後當足夠的根和幼枝生長已經發生時，將所得的TO轉化體從RM3轉移至含有Metromix350的4英寸花缽。實施例4:在用pG0S2::Z匪28轉化的T0、Tl和T2稻植物中評價過量表達ZMM28序列以在稻中提高產量產生大約15至20個獨立的T0轉化體。將原代轉化體從組織培養室轉移至溫室以培育和收穫T1種子。留下對於轉基因存在/不存在以3:1分離的T1子代的6個事件。"無效植物"或"無效分離體"或"失效合子"是按照與轉基因植物相同的方式處理但是其中轉基因已經分離的植物。也可以將無效植物描述為純合的陰性轉化體。對於這些事件中的每一個事件，通過PCR選擇含有轉基因的大約IO株TI籽苗(雜合子和純合子)和缺少該轉基因的大約10株Tl籽苗(失效合子)。基於(本文中描述的)T1評價的結果，選擇在T1水平顯示出改善的生長和產量特徵的4個事件以在T2世代中進一步表徵。至此，通過監測標記表達而篩選來自陽性Tl植物(雜合子和純合子)的種子批次。對於每個所選的事件，隨後選擇雜合種子批次用於T2評價。移植每個種子批次中相等數目的陽性和陰性植物用於在溫室中評價(即對於每個事件40株植物，其中20株對轉基因為陽性並且20株對於該轉基因為陰性)。對於這四個事件，評價T2世代中的總計160株植物。如本文中所述，將Tl和T2植物這兩者都轉移至溫室並評價營養生長參數。對轉某閔Tl和T2品系的統計分析使用對非平衡設計所校正的兩因素ANOVA(方差分析)作為用於所觀察植物表型特徵的數值的統計評價模型。數值接受t-檢驗和F-檢驗。通過比較t-值與t-分布或備選地通過比較F-值與F-分布獲得p-值。p-值代表虛假設(即無轉基因的作用)為正確的概率。對每個事件的全部植物的全部值進行t-檢驗。這種t-檢驗對每個事件和對每個生長特徵重複進行。實施t-檢驗以檢查基因在一個轉化事件中的效應，在本文中也稱作"品系特異的效應"。在t-檢驗中，顯著性品系特異的效應的閾值設在10X概率水平。因此，具有小於10%的t-檢驗的p-值的數據意指在該品系的轉基因植物中觀察到的表型因轉基因的存在所致。在一個轉化事件群體中，一些事件可小於或低於該閾值。這種差異可能因該轉基因在稻基因組中位置的差異所致(即基因可能僅在基因組的某些位置中有效應)。因此，"品系特異的效應"有時稱作"位置依賴的效應"。對全部事件的全部植物的全部值實施F-檢驗。對每個生長特徵重複進行F-檢驗。實施F-檢驗以檢查基因對全部轉化事件的效應並且以驗證該基因的總效應，在本文中也稱作"基因效應"。在F-檢驗中，顯著的總基因效應的閾值設在5X概率水平。因此，具有小於5%的F檢驗的p-值的數據意指觀察到的表型不僅因轉基因的存在、和/或因該轉基因在基因組中的位置引起。"基因效應"是基因在轉基因植物中廣泛應用的一種指示。營養生長測定在溫室中培育選擇的植物。每株植物接受唯一條碼標籤以無誤地將表型數據與相應的植物關聯。選擇的植物在直徑10cm的透明花缽的土壤中，於以下環境設置中培育光周期=11.5小時；晝間光照強度=30，OOOlux或更大；晝間溫度=28t:或更高；夜間溫度=22°〇和相對溼度=60-70%。轉基因植物和相應的失效合子以隨機的位置並排培育。從播種期直至成熟期(即，此期間生物量不再增加)，使植物每周通過數字成像室。在每個時間點上，從至少6個不同角度拍攝每株植物的數字圖像(2048xl536像素，l千6百萬色彩)。使用圖像分析軟體，以自動方式從數字圖像衍生本文中所述的參數。還使植物通過根成像系統，其中所述的根成像系統以數字方式從透明底花缽的基部拍攝根形態和根體的畫面。通過計數來自植物部分的與背景相區別的像素總數確定植物地上部分的面積和根質量。地上部分值對在相同時間點上從不同角度拍攝的圖片平均，並且轉換成經校正的以平方毫米表示的實際表面值。實驗已經顯示對應於以這種方式測量的最大總面積的地上部分植物面積同地上植物部分的生物量相關。除了植物生長期間的數字圖像外，當植物達到成熟並且衰老時，手工計數每株植物的圓錐花序數和每株植物的小花總數。收集乾燥的小花，並且使用封閉式空氣驅動的鼓風系統機械分開具有充實種子的那些小花與空的小花。隨後收集脫殼的種子並且使用種子計數儀計數和使用標準天平稱重。使用每株植物所產生種子的總重量與如本文中所述從數字圖像計算的生物量的比率計算收穫指數。從每株植物的總種子重量與每株植物的充實種子數之比乘以1000計算千粒重。至開花的時間記錄為播種與首個圓錐花序出現之間的天數，通過在檢測到圓錐花序的最早成像過程中圓錐花序的尺寸和該成像過程的日期外推而來。ZMM28在稻中的總效應就所檢驗的5個事件平均而言，與失效合子相比，T1世代中的pG0S2::Z匪28轉基因植物以小於O.002的p-值顯示每一圓錐花序的花數量統計顯著地提高12X、每株植物總種子數提高22%、每株植物充實種子數提高56%、每株植物總種子重量提高53%、並且收穫指數提高48%。這些數據顯示組成型表達的Z匪28基因對植物中幾種重要的產量性狀賦予強的正效應。實施例5:Z匪28序列在玉米中的過量表達來自溫室供體植物的不成熟玉米胚用含有在UB1啟動子控制下的Z匪28序列(如Z匪28/SEQIDN0:1)和賦予除草劑雙丙氨磷抗性的選擇標記基因PAT(Wohlleben等人(1988)Gene70:25-37)的質粒轟擊。備選地，在一個單獨質粒上提供該選擇標記基因。轉化如下文進行。培養基配方如下。靶組織的製備將玉米穗去殼並在加0.5%Micro去垢劑的30%Clorox漂白液中表面消毒20分鐘，並用無菌水漂洗2次。將不成熟胚切下並按照胚軸側面向下(盾片側面向上)方式在560Y培養基上放置4小時，每個平板25個胚，並且隨後排列在準備轟擊的2.5cm耙區內部。產生了包含與遍在蛋白啟動子有效連接的Z匪28序列的質粒載體。使用如下的CaCl2沉澱法100iU製備好的在水中的鎢粒子；lOiU(liig)在TrisEDTA緩衝液中的DNA(1iig總DNA);100ii12.5MCaCl2和10ii10.1M亞精胺，將這種質粒DNA及含有PAT選擇標記的質粒DNA沉澱在1.1ym(平均直徑)鎢沉澱物上。每種試劑依次添加至鎢粒子懸液內，同時在多管渦旋混合器上維持。短暫地超聲處理終末混合物並且使其在恆定的渦旋混合下溫育IO分鐘。在沉澱期後，將管子短暫離心，除去液體，用500mll00X乙醇洗滌並離心30秒。再次除去液體，並添加105yl100%乙醇至最終的鎢粒子沉澱物。對於粒子槍轟擊，短暫地超聲處理鎢/DNA粒子，並且將10iU懸液點在每個巨載體的中心上並且使其在轟擊前乾燥約2分鐘。在水平#4上用粒子槍轟擊樣品平板(美國專利號5，240，855)。全部樣品接受650PSI的單次射擊，從每個製備的粒子/DNA管中取出總計IO個等分試樣。在轟擊後，將胚在560Y培養基上保持2日，隨後轉移到含有3mg/升雙丙胺膦的560R選擇培養基並每隔2周傳代培養。在選擇大約10周後，將抗選擇作用的愈傷組織克隆轉移至288J培養基以啟動植物再生。在體細胞胚成熟(2-4周)後，將充分發育的體細胞胚轉移到培養基以萌發並轉移到光照的培養室內。大約7-10日後，將正在發育的小植物轉移到管中的272V無激素培養基內持續7-10日直至小植物充分地建立。隨後將植物轉移至平臺中含有盆栽土壤的卡盤(等同於2.5"花缽)內並在生長箱中培育l周，隨後在溫室中培育另外l-2周，隨後轉移至常規600花缽(1.6加侖)內並培育至成熟。監測植物並對其氮利用效率增加、產量提高或脅迫耐受性提高進行評分。轟擊培養基(560Y)包含4.Og/1N6基礎鹽(SIGMAC-1416)、1.Oml/lEriksson維生素混合物(1000XSIGMA-1511)、0.5mg/l硫胺素HCl、120.Og/1蔗糖、1.0mg/12，4_D和2.88g/lL-脯氨酸(用KOH調節至pH5.8後，用去離子水H20補足體積)；2.Og/1脫乙醯吉蘭糖膠(用去離子水H20補足體積後添加)和8.5mg/l硝酸銀(將培養基滅菌並冷卻至室溫後添加)。選擇培養基(560R)包含4.0g/1N6基礎鹽(SIGMAC-1416)、1.Oml/1Eriksson維生素混合物(1000XSIGMA-1511)、0.5mg/l硫胺素HC1、30.0g/l蔗糖和2.Omg/12，4-D(用KOH調節至pH5.8後，用去離子水1120補足體積)；3.Og/1脫乙醯吉蘭糖膠(用去離子水H20補足體積後添加)和0.85mg/l硝酸銀和3.Omg/1雙丙胺膦(均在將培養基滅菌並冷卻至室溫後添加)。植物再生培養基(288J)包含4.3g/lMS鹽(GIBCO11117-074)、5.Oml/lMS維生素貯存液(0.100g煙酸、0.02g/l硫胺素HCL、0.10g/l吡哆醇HCL和0.40g/l甘氨酸，用精加工的去離子水補足體積)(Murashige和Skoog(1962)Physiol.Plant.15:473)、100mg/l肌醇、0.5mg/l玉米素、60g/l蔗糖、和1.0ml/l0.ImM脫落酸(調節至pH5.6後，用精加工的去離子水補足體積)；3.Og/1脫乙醯吉蘭糖膠(用去離子水H20補足體積後添加)和1.Omg/1吲哚乙酸和3.Omg/1雙丙胺膦(在將培養基滅菌並冷卻至6(TC後添加)。無激素培養基(272V)包含4.3g/lMS鹽(GIBCO11117-074)、5.Oml/lMS維生素貯存液(0.100g/l煙酸、0.02g/l硫胺素HCL、0.10g/l吡哆醇HCL和0.40g/l甘氨酸，用精加工的去離子水補足體積)、0.lg/l肌醇和40.0g/l蔗糖(調節至pH5.6後，用精加工的去離子水補足體積)和6g/l細菌培養用瓊脂(用精加工的去離子水補足體積後添加)，消毒並冷卻至60°C。實施例6:農桿菌介導的轉化對於用Z匪28多核苷酸進行的農桿菌介導的玉米轉化，使用Zhao的方法(美國專利號5，981，840和PCT專利公開W098/32326;所述文獻的內容通過引用的方式併入)。簡而言之，從玉米分離不成熟的胚並使胚與農桿菌懸液接觸，其中所述的細菌能夠轉移ZMM28多核苷酸到至少一個不成熟胚的至少一個細胞內(步驟l:感染步驟)。在該步驟中，將不成熟胚浸沒在農桿菌懸液中以啟動接種。胚與農桿菌共培養一段時間(步驟2:共培育步驟)。不成熟胚在感染步驟後於固體培養基上培養。在這個共培育時期後，構思了任選的"靜息"步驟。在這個靜息步驟中，在已知抑制農桿菌生長的至少一種抗生素存在下，在不添加用於植物轉化體的選擇劑的情況下，溫育所述胚(步驟3:靜息步驟)。在含抗生素但無選擇劑的固體培養基上培養不成熟胚，以消除農桿菌並且持續感染細胞的靜息期。接下來，在含有選擇劑的培養基上培養接種的胚並且回收生長的轉化愈傷組織(步驟4:選擇步驟)。在含選擇劑的固體培養基上培養不成熟的胚，從而導致轉化細胞的選擇性培育。愈傷組織隨後再生成植物(步驟5:再生步驟)，並且將選擇性培養基上所培育的愈傷組織在固體培養基上培養以再生出植物。實施例7:大豆胚轉化歸脅大豆胚發生懸浮培養物(栽培品種Jack)在150轉/分鐘的旋轉振蕩培養箱上的35ml液體培養基SB196(見下文配方)中維持，26t:，用冷白色螢光燈按照16:8小時晝/夜的光周期以光強度60-85iiE/m2/s照明。培養物每隔7日至2周通過接種大約35mg組織到35ml新鮮液體培養基SB196中進行傳代培養(優選的傳代培養間隔期是每隔7日)。大豆胚發生懸浮培養物用以下實施例中描述的質粒和DNA片段，通過粒子槍轟擊法(Klein等人(1987)Nature,327:70)轉化。t豆還4^雜斜勿,雲力每月兩次啟動大豆培養物，每個啟動之間間隔5-7日。從種植45-55日後的可獲得的大豆植物挑出帶不成熟種子的豆莢，從它們的殼中取出並置於滅菌的深紅色盒中。通過在含1滴象牙色皂的5%Clorox溶液(95ml高壓消毒的蒸餾水外加5mlClorox和l滴皂液)中振搖15分鐘對大豆種子消毒。充分混合。使用2個1升瓶的無菌蒸餾水漂洗種子並且將小於4mm的種子置於分別的顯微鏡載玻片上。切開種子的小端並將子葉從種衣擠出。子葉轉移至含有SB1培養基的平板(每個平板25-30片子葉)。平板用纖維膠帶包裹並貯存8周。這段時間後，切下次生胚並置於SB196液體培養基中7日。製備用於轟擊的DNA含有目的基因和選擇標記基因的完整質粒或DNA質粒片段用於轟擊。使用Promega方案和應用指南2版(第106頁)中所述的方法常規地製備和純化用於轟擊的質粒DNA。通過凝膠分離經雙酶切消化的質粒獲得攜帶Z匪28多核苷酸的質粒片段。在每種情況下，100iig質粒DNA在0.5ml的適於目的質粒的特定酶混合物中消化。所得的DNA片段通過在1%SeaPlaqueGTG瓊脂糖(BioWhitakerMolecularApplications)上凝膠電泳分離和從所述瓊脂糖凝膠切下含有Z匪28多核苷酸的DNA片段。使用GELase消化酶，按照製造商方案從瓊脂糖純化DNA。將含有3mg金粒子(3mg金)的50iU等分試樣的無菌蒸餾水添加至5iU的1yg/y1DNA溶液(如上所述製備的完整質粒或DNA片段)、50iil2.5MCaCl2和20yl的0.1M亞精胺。該混合物在渦旋振蕩器的第3水平振搖3分鐘並在桌面離心機中離心10秒鐘。用400iil100^乙醇洗滌後，通過超聲處理使沉澱懸浮於40ii1的100^乙醇中。將5ii1DNA懸液分配至BiolisticPDS1000/HE儀器盤(instrumentdisk)的每個飛盤(flyingdisk)。每個5等分試樣大約含有每次轟擊(即每個盤)0.375mg金。組織製備和用DNA轟擊將大約150-200mg的7日齡胚懸浮培養物置於一個空的、無菌60X15mm培養皿中並且將該培養皿用塑料網覆蓋。以每個平板1或2次射擊方式轟擊組織，膜破裂壓力設在1100PSI並且將腔室排空至27-28英寸滎柱的真空。距滯留/中止屏大約3.5英寸放置組織。轉化胚的選擇使用潮黴素(當使用潮黴素磷酸轉移酶HPT基因作為選擇標記時)或氯磺隆(當使用乙醯乳酸合酶ALS基因作為選擇標記時)選擇轉化的胚。潮黴素(HPT)詵擇轟擊後，將組織置於新鮮SB196培養基中並且如上所述培養。轟擊6日後，將SB196更換為含有30mg/L潮黴素選擇劑的新鮮SB196。該選擇培養基每周更新。選擇4至6周後，可以觀察到從非轉化的壞死性胚發生團塊中長出的綠色轉化組織。取出分離的綠色組織並接種到多孔板中，以產生新的克隆性繁殖的轉化的胚發生懸浮培養物。氯磺降(ALS)詵擇轟擊後，將組織在含有新鮮SB196培養基的2個燒瓶之間分配並且如上所述培養。轟擊6至7日後，將SB196更換為含有lOOng/ml氯磺隆選擇劑的新鮮SB196。該選擇培養基每周更新。選擇4至6周後，可以觀察到從非轉化的壞死性胚發生團塊中長出的綠色轉化組織。取出分離的綠色組織並接種到含有SB196的多孔板中，以產生新的克隆性繁殖的轉化的胚發生懸浮培養物。t豆細麵靴成纖為了從胚發生懸浮培養物獲得完整植物，必須使組織再生。胚成熟胚在26。C於SB196中，在冷白色螢光燈下(飛利浦冷白色EconowattF40/CW/RS/EW)和Agro(PhillipsF40Agro)(40瓦特)按照16:8小時光周期以光強度90_120uE/m2s培養4-6周。在這段時間後，將胚團移至固體瓊脂培養基SB166持續l-2周。團塊隨後傳代培養於培養基SB103中，持續3周。在這個時段期間，可以從團塊中取出單個的胚並且篩選其Z匪28表達和/或活性的水平。胚乾燥和萌發成熟的單個胚通過置於一個空的、小培養皿(35X10mm)中大約4_7日進行乾燥。平板用纖維膠帶密封(創造一個小溼室)。乾燥的胚接種到SB71-4培養基中，其中使所述胚在上文所述的相同培養條件下萌發。從萌發培養基取出萌發的小植物並用水徹底漂洗並且隨後栽種在24穴填充盤的Redi-Earth內，以透明塑料圓蓋覆蓋。2周後，撤去圓蓋並且使植物硬化又一周。若小植物看上去粗壯，則將它們移植到含Redi-Earth的IO英寸花缽，每個花缽多達3株小植物。10至16周後，收穫成熟種子、切碎並分析蛋白質。培養某ffi方SB196-FNLite液體增殖培養基(每升)-MSFeEDTA-100X原液110mlMS硫酸鹽-100X原液210mlFNLite卣化物-100X原液310mlFNLiteP、B、Mo-100X原液410mlB5維生素(lml/L)1.Oml2，4-D(10mg/L終濃度)1.Oml■32.83gm(NH4)2S040.463gm天冬醯胺1.Ogm蔗糖(1%)10gmpH5.8FNLite貯存液原液#1000ml500mlIMSFeEDTA100X原液Na2EDTA^3.724g1.862gFeS04-7H202.784g1.392gw首先添加，在黑色瓶子中溶解，同時攪拌2MS硫酸鹽100X原液37.0g1.69g0.86g0.0025g-100X原液30.Og0.083g0.0025g18.5g0.845g0.43g0.00125g15.Og0.0715g0.00125gMgS04-7H20MnS04-H20ZnS04-7H20CuS04-5H203FNLite卣化物CaCl2-2H20KICoCl2-6H204FNLiteP、B、Mo100X原液KH2P0418.5g9.25gH3B00.62g0.31gNa2Mo04-2H200.025g0.0125gSB1固體培養基(每升)包含lpkg.MS鹽(GIBCO/BRL-目錄號11117-066);lmlB5維生素1000X原液；31.5g蔗糖;2ml2，4_D(20mg/L終濃度);pH5.7;和8gTC瓊脂。SB166固體培養基(每升)包含lpkg.MS鹽(GIBCO/BRL-目錄號11117-066);lmlB5維生素1000X原液;60g麥芽糖；750mg六水合MgCl2;5g活性炭;pH5.7;和2g脫乙醯吉蘭糖膠。SB103固體培養基(每升)包含lpkg.MS鹽(GIBCO/BRL-目錄號11117-066);lmlB5維生素1000X原液；60g麥芽糖；750mg六水合MgCl2;pH5.7;和2g脫乙醯吉蘭糖膠。SB71-4固體培養基(每升)包含1瓶GamborgB5鹽w/蔗糖(GIBCO/BRL-目錄號21153-036);pH5.7;和5gTC瓊脂。2，4-D原液從Phytotech目錄號D295預製獲得一濃度是lmg/ml。以等分試樣在-2(TC貯存的B5維生素原液(每100ml)包含10g肌醇；100mg煙酸；100mg吡哆醇HC1和lg硫胺素。若該溶液沒有足夠迅速地溶解，則通過熱攪拌板施加低水平的熱。氯磺隆原液包含0.01N氫氧化銨中的lmg/ml。實施例8:Z匪28序列的變體A.不改變所編碼M某酸序列的Z匪28的變體核苷酸序列使用Z匪28核苷酸序列來產生變體核苷酸序列，其中與相應SEQIDNO的初始的未改變的ORF核苷酸序列相比時，所述的變體核苷酸序列具有約70%、75%、80%、85%、90%和95%核苷酸序列同一性的可讀框的核苷酸序列。使用標準密碼子表，產生了這些功能性變體。儘管所述變體的核苷酸序列是被改變了的，但由其可讀框編碼的胺基酸序列沒有變化。B.Z匪28多肽的變體氡某酸序列產生了Z匪28多肽的變體胺基酸序列。在本實施例中，改變了一個胺基酸。具體而言，審查可讀框以確定適宜的胺基酸改變。通過參考蛋白質比對(與其它直向同源物和源自多個物種的其它基因家族成員)做出待改變胺基酸的選擇。選擇了這樣的胺基酸，其中認為所述胺基酸不處在高選擇壓力下(不是高度保守的)並且相當容易地被具有相似化學特徵(即相似的功能性側鏈)的胺基酸替換。使用圖1中所示的蛋白質比對，可以改變適宜的胺基酸。一旦確定了靶胺基酸，遵循以下C部分中概述的方法。使用這種方法，產生了具有約70%、75%、80%、85%、90%和95%序列同一性的變體。C.Z匪28多肽的額外的變體氡某酸序列在本實施例中，產生相對於參考蛋白質序列具有80%、85%、90%和95%同一性的人工蛋白質序列。後一項工作要求從圖1中所示的比對鑑定保守區和可變區並且隨後適宜地使用胺基酸置換表。這些部分將在下文更詳細地討論。總體上，基於Z匪28蛋白中或其它Z匪28多肽中的保守區域，做出改變哪些胺基酸序列的決定。基於序列比對，以小寫字母代表可能可以被改變的Z匪28多肽的多個區域，而保守區域由大寫字母代表。認識到可以在下文的保守區域中進行保守性置換而不改變功能。另外，技術人員將理解的是本發明的Z匪28序列的功能性變體可以在保守結構域中具有少量的非保守胺基酸變化。隨後產生了與原始序列不同在於80-85%、85-90%、90-95%和95-100%同一性區間的人工蛋白質序列。靶向這些區間的中點，例如加或減1%的充分範圍。胺基酸置換將由慣用Perlscript實現。下文在表1中提供置換表。表l:置換表tableseeoriginaldocumentpage32tableseeoriginaldocumentpage33首先，鑑定並且"標出"蛋白質中不應當改變的任意保守胺基酸以杜絕置換。首個甲硫氨酸當然將自動添加至該清單中。接下來，作出改變。在任何情況下不改變H、C和P。改變將首先從異亮氨酸開始，從氨基端涵蓋至羧基端。隨後是亮氨酸，並且如此沿該表格進行下去直至它達到所需靶標。可以作出中間數目的置換，從而不引起改變的逆轉。該清單分成1-17級，從而在亮氨酸之前，從所需要的儘可能多的異亮氨酸改變開始，並且如此向下進行直至甲硫氨酸。顯然，不需要以這種方式改變許多胺基酸。L、I和V涉及兩個備選的最佳置換物的50:50置換。將變體胺基酸序列記錄為輸出形式。使用Perlscript來計算同一性百分數。使用這種方法，產生了與SEQIDN0:1的初始未改變的0RF核苷酸序列具有約80X、85X、90%和95%胺基酸同一性的Z匪28多肽變體。D.破壞Z匪28多肽的靶結構域或序列產生了Z匪28多肽的受破壞的胺基酸序列。在本實施例中，特定的結構域被破壞或從最終的多肽中排除。若破壞氨基端結構域或基序，則通過插入、缺失或鹼基置換改變起始ATG的DNA密碼子以防止翻譯首個甲硫氨酸。通常，下一個可用的甲硫氨酸將決定啟動翻譯，因此越過多肽的氨基端部分。對於ZMM28基因，可以改變所述第一個ATG以有效地防止在該ATG處的翻譯起始並且在下遊第63胺基酸位置處起始，因而除去SEQIDNO:2的頭62個胺基酸。若破壞羧基端結構域，則通過插入、缺失或鹼基置換或更常見地如下文所述通過PCR在想要的位點處產生終止密碼子。提前終止可能導致翻譯丟失羧基端結構域的多肽。用於選擇性分離所靶向結構域以表達的備選方法是設計引物以通過PCR擴增想要的結構域，其中所述的結構域在克隆的5'端具有天然存在的或工程化設計的ATG序列並在克隆的3'端具有天然存在的或工程化設計的終止密碼子。所得的片段具有待克隆到表達載體中的想要的結構域(見實施例2)。使用這些方法，產生了分離的多肽結構域或基序的變體，其中所述變體如實施例8A、B或C中所述產生，具有約70%、75%、80%、85%、90%和95%序列同一性。冠詞"一個"和"一種"在本文中用來指該冠詞的一個或多於一個(即至少一個)的語法對象。例如，"一種要素"意指一種或多種要素。本說明書中提到的全部出版物及專利申請說明了本發明所屬領域的技術人員的水平。全部出版物及專利申請通過引用的方式以相同程度併入本文，如同專門且個別地說明通過引用方式併入每份單獨的出版物或專利申請。儘管已經通過旨在闡明理解的目的以說明和舉例方式詳細描述了前述發明，然而可以在所附帶權利要求書的範圍內實施某些變化和修改。權利要求分離的多核苷酸，其包含選自以下的核苷酸序列(a)SEQIDNO1中所示的核苷酸序列；(b)編碼SEQIDNO2的胺基酸序列的核苷酸序列；(c)與SEQIDNO1具有至少90％序列同一性的核苷酸序列，其中所述的核苷酸序列編碼具有ZMM28蛋白活性的多肽；(d)包含SEQIDNO1的至少50個連續核苷酸的核苷酸序列或其互補序列；和，(e)編碼與SEQIDNO2具有至少80％序列同一性的胺基酸序列的核苷酸序列，其中所述的核苷酸序列編碼具有ZMM28蛋白活性的多肽。2.表達盒，其包含權利要求1的多核苷酸。3.權利要求2的表達盒，其中所述的多核苷酸與驅動在植物中表達的啟動子有效連接，優選地其中所述的多核苷酸與組成型啟動子有效連接。4.植物，其包含權利要求2或權利要求3的表達盒，優選地其中所述的植物是單子葉植物，進一步優選地其中所述的單子葉植物是玉米、小麥、稻、大麥、高粱或黑麥。5.權利要求4的植物，其中所述的植物具有選自以下的多肽提高的水平(a)包含SEQIDN0:2的胺基酸序列的多肽；(b)與SEQIDN0:2具有至少90X序列同一性的多肽，其中所述的多肽具有Z匪28蛋白活性；和(c)包含SEQIDNO:8中所示Z匪28MADS結構域的多肽。6.權利要求4或5的植物，其中所述的植物具有選自以下的表型(a)提高的總種子數；(b)提高的總種子重量；(C)提高的收穫指數；禾口(d)增加的根生物量。7.提高植物中多肽水平的方法，所述方法包括將權利要求2或權利要求3的表達盒導入所述的植物。8.權利要求7的方法，其中植物的產量提高。9.權利要求7或8的方法，其中提高所述多肽的水平在植物中產生選自以下的表型(a)提高的總種子數；(b)提高的總種子重量；(C)提高的收穫指數；禾口(d)增加的根生物量。10.權利要求7至9中任一項所述的方法，其中所述的表達盒穩定地整合到植物的基因組中，優選地其中所述的植物是單子葉植物，進一步優選地其中所述的單子葉植物是玉米、小麥、稻、大麥、高粱或黑麥。11.提高植物中產量的方法，所述方法包括增加ZMM28多肽在所述植物中的表達，其中所述的Z匪28多肽具有Z匪28蛋白活性並且選自以下多肽(a)包含與SEQIDN0:2中所示的序列具有至少80%序列同一性的胺基酸序列的多肽；(b)包含SEQIDNO:8中所示Z匪28MADS結構域的多肽。12.權利要求ll的方法，其中所述的多肽包含與SEQIDN0:2中所示序列具有至少95X序列同一性的胺基酸序列或其中所述的多肽包含SEQIDN0:2中所示的胺基酸序列。13.權利要求7至12中任一項所述的方法，所述方法包括將表達盒導入所述的植物，其中所述的表達盒包含與驅動植物細胞中表達的啟動子有效連接的編碼所述ZMM28多肽的多核苷酸，其中所述的多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列(a)SEQIDNO:1中所示的核苷酸序列;(b)編碼SEQIDNO:2的多肽的核苷酸序列；(c)包含與SEQIDNO:1中所示序列具有至少95%序列同一性的核苷酸序列；(d)編碼包含SEQIDNO:2中所示胺基酸序列的多肽的核苷酸序列；禾口(e)編碼與SEQID冊2中所示序列具有至少90%序列同一性的胺基酸序列的核苷酸序列。14.權利要求13的方法，所述方法包括(a)用所述表達盒轉化植物細胞；禾口(b)從步驟(a)的經轉化植物細胞再生出轉化的植物。15.權利要求13或權利要求14的方法，其中所述的表達盒穩定地併入植物的序列中。16.權利要求13的方法，其中所述的啟動子是組成型啟動子。17.分離的多肽，其包含選自以下的胺基酸序列(a)包含SEQIDNO:2的胺基酸序列;(b)包含與SEQID冊2具有至少90%序列同一性的胺基酸序列，其中所述的多肽具有調節轉錄的能力；和，(c)包含SEQIDNO:2的至少30個連續胺基酸的胺基酸序列，其中所述的多肽保留調節轉錄的能力。全文摘要提供了用於調節花器官發育、葉形成、趨光性、頂端優勢、果實發育、根發端和用於提高植物中產量的組合物和方法。所述組合物包含ZMM28序列。本發明的組合物包含選自SEQIDNO1和2的胺基酸序列和核苷酸序列及其變體和片段。在用於目的植物中表達的DNA構建體中提供了編碼ZMM28序列的核苷酸序列，用來調節植物或植物部分中ZMM28序列的水平。所述方法包括將包含本發明ZMM28序列的異源多核苷酸導入植物或植物部分。可以提高或降低ZMM28多肽的水平。此種方法可以用來提高植物中的產量；在一個實施方案中，該方法用來提高穀類中的穀粒產量。文檔編號C07K14/415GK101702909SQ200880019078公開日2010年5月5日申請日期2008年6月6日優先權日2007年6月6日發明者O·丹尼萊夫斯卡亞,W·布魯斯申請人:克羅普迪塞恩股份有限公司