用於治療、診斷和監測狼瘡的方法

2023-06-22 00:19:11 3

專利名稱：用於治療、診斷和監測狼瘡的方法
技術領域：
提供鑑定、診斷和預測(prognosing)狼瘡，包括狼瘡的某些亞表型 (subphenotype)的方法，以及治療狼瘡，包括某些患者亞群的方法。還提供用於鑑定有效的狼瘡治療劑和預測對狼瘡治療劑的反應性的方法。
背景技術：
狼瘡是自身免疫疾病，據估計其幾乎影響一百萬美國人，主要是年齡在20-40歲之間的女性。狼瘡涉及攻擊結締組織的抗體。狼瘡的主要形式是系統性狼瘡(系統性紅斑狼瘡；SLE)。SLE是具有強遺傳及環境成分的慢性自身免疫疾病(見例如Hochberg MC, Dubois'LupusErythematosus.第 5版· ,Wallace DJ,Hahn BH,編輯Baltimore :Williams禾口 Wilkins (1997) ；Wakeland EK 等，Immunity2001 ；15(3) :397-408 ;NathSK 等，Curr. Opin. Immunol. 2004 ； 16 (6) :794-800 ；D，Cruz 等，Lancet (2007)，369 :587-596)。已知多種其他形式的狼瘡，包括但不限於皮膚紅斑狼瘡(CLE)、狼瘡性腎炎和新生兒期狼瘡。隨著它從攻擊皮膚和關節進展至攻擊內臟，包括肺、心臟和腎(主要關注腎病)， 未治療的狼瘡可以是致死的，從而使得早期和準確診斷狼瘡和/或評估罹患狼瘡的風險尤其關鍵。狼瘡主要表現為一系列發作(flare-up)，具有少量疾病現象或無疾病現象的間隔期。通過尿中蛋白尿的量測量的腎損傷是與SLE中的致病性相關的最尖銳的損傷區域之一，並解釋了該疾病的至少50%的死亡率和發病率。在臨床上，SLE是表徵為高親和力自身抗體(autoAb)的異質性障礙 (heterogeneous disorder)。自身抗體在SLE的發病機理中發揮重要作用，且該疾病多樣的臨床現象是由包含抗體的免疫複合物在血管中沉積導致腎、腦和皮膚中的炎症引起的。自身抗體還具有促進溶血性貧血和血小板減少的直接致病作用。SLE與抗核抗體、循環免疫複合物的產生和補體系統的激活相關。SLE在20至60步之間的婦女中具有約1/700的發病率。SLE可以影響任意器官系統，並可以引起嚴重的組織損傷。SLE中存在大量具有不同特異性的自身抗體。SLE患者通常產生具有抗DNA、抗Ro和抗血小板特異性，且能夠起始該疾病的臨床特徵，如腎小球腎炎、關節炎、漿膜炎、新生兒完全性心臟傳導阻滯和血液學異常的自身抗體。這些自身抗體還可能與中樞神經系統障礙相關。Arbuckle等描述了自身抗體在 SLE 的臨床發作前的出現(Arbuckle 等 N. Engl. J. Med. 349(16) 1526-1533 (2003)) 在超過40年以前首次在SLE中表徵了識別RNA結合蛋白(RBP ；也稱為可提取的核抗原)的自身抗體(Ho Iman，Ann N Y Acad. Sci. 124(2) :800-6 (1965))。這類 RBP 包括在RNA加工和生物化學中具有作用的一組蛋白質SSA(Ro52/TRIM21和Ro60/TR0VE2)、 SSB(La)、核糖核蛋白(RNP/U1核小RNP複合物)和Smith自身抗原複合物(Sm)。抗SSA和抗SSB IgG自身抗體不僅見於SLE中，還見於類風溼性關節炎和舍格倫綜合症(Sjogren's syndrome)中。抗SSA自身抗體與亞急性皮膚紅斑狼瘡和與抗SSA陽性婦女的孩子中的先天性心臟傳導阻滯(congenital heart block)和新生兒期狼瘡相關。幾乎總是與抗SSA自身抗體一起發現抗SSB自身抗體，且兩種自身抗原都與胞質hYRNA結合(Lerner等，Science 211(4480) :400-2(1981))。抗Sm自身抗體對SLE高度特異，且一般與抗RNP自身抗體一起被發現。Sm和RNP蛋白質都結合核RNA剪接體中的常見snRNA種類(Lerner等，Proc Natl Acad Sci USA76(11) :5495-9 (1979))。抗RNP自身抗體還見於患有混合性結締組織病(mixed connective tissue disease)的患者中。已表明，抗RNP自身抗體的存在可以鑑定在B細胞清除治療後顯示持續較短的反應的SLE病例(Cambridge等，Ann Rheum Dis 67 :1011-16(2008))ο最近的報導顯示，在某些情況下，I型幹擾素(IFN)途徑在SLE疾病發病機理中發揮重要作用。I型IFN存在於SLE病例的血清中，且IFN的產生與包含抗體和核酸的免疫複合物的存在相聯繫(綜述於Rormblom等，J Exp Med 194 :F59(2001)中)。大多數SLE 病例在血細胞中顯示顯著的I型IFN基因表達「特徵」(Baechler等，Proc Natl Acad Sci USAlOO :2160(2003) ；Bennett 等，J Exp Med 197 :711 Q003))，且在血清中具有提高水平的IFN誘導的細胞因子和趨化因子(Bauer等，PLoS Med3 :e491 (2006)) 包含天然DNA和 RNA的免疫複合物刺激由樹突細胞和B細胞表達的toll樣受體(TLR) 7和9，以產生進一步刺激免疫複合物形成的I型幹擾素(綜述於(Marshak-Rothstein等，Annu Rev Immunol 25,419(2007))中)。複雜自身免疫疾病如狼瘡的臨床管理中最困難的挑戰之一是該疾病在患者中的準確和早期鑑定。此外，雖然已鑑定了認為其促進SLE易感性的大量候選基因和等位基因(變體)，但尚未鑑定出使得臨床醫生或其他人能夠準確定義SLE的病理生理學方面、臨床活性、對治療的反應或預測的可靠的診斷標記，例如生物標記。例如，已報導了在歐洲家系個體中促進SLE風險的至少13個常見等位基因(Kyogoku等，Am J Hum Genet75(3) :504-7(2004) ；Sigurdsson 等，Am J Hum Genet 76(3) :528-37(2005) ；Graham 等，Nat Genet 38(5) :550-55(2006) ；Graham 等，Proc Natl Acad SciUSA 104(16) 6758-63(2007) ；Remmers 等，N Engl J Med 357(10) :977-86(2007) ；Cunninghame Graham 等，Nat Genet 40(1) :83-89(2008) ；Harley 等，Nat Genet 40 (2) :204-10(2008) ；Hom 等，N Engl J Med 358(9) :900-9(2008) ；Kozyrev 等，Nat Genet 40(2) :211-6(2008)； Nath 等，Nat Genet40 (2) :152-4(2008) ；Sawalha 等，PloS ONE 3(3) :el727 (2008))。已知 HLA-DR3、HLA-DR2、FCGR2A、PTPN22、ITGAM 禾口 BANKl 的假定的致病等位基因(causal allele) (Kyogoku 等，Am J Hum Genet 75(3) :504-7 (2004) ；Kozyrev 等，Nat Genet 40(2) :211-6(2008) ；Nath 等，Nat Genet40 (2) :152-4 (2008)),而 IRF5、TNFSF4 和 BLK 的風險單元型可能通過影響mRNA和蛋白質表達水平促進SLE (Sigurdsson等，Am J Hum Genet76(3) :528-37(2005) ；Graham 等，Nat Genet 38(5) :550-55(2006) ；Graham 等，Proc Natl Acad Sci USA 104(16) :6758-63(2007) ；Cunninghame Graham等，Nat Genet 40(1) 83-89(2008) ；Hom 等，N Engl J Med 358(9) :900-9 (2008)) 尚未確定 STAT4、KIAA1542、 IRAKI 和 PXK 的致病等位基因(Remmers 等，N Engl J Med 357(10) :977-86(2007) ；Harley 等，Nat Genet40(2) :204-10(2008) ；Hom 等，N Engl J Med 358(9) :900-9(2008) ；Sawalha等，PLoS ONE 3(3) :el727 (2008)) 0還不清楚這種遺傳變異對SLE顯著的臨床異質性的貢獻。因此，具有基於分子的診斷方法將是高度有利的，該方法可以用來客觀地在患者中鑑定該疾病的存在和/或分類該疾病、定義狼瘡的病理生理學方面、臨床活性、對治療的反應或預測。此外，具有與疾病的多種臨床和/或病理生理學和/或生物學指示物，例如但不限於自身抗體的存在或缺乏相關的基於分子的診斷標記將是有利的。這類相關將極大地有利於在患者中鑑定狼瘡的存在或確定對罹患該疾病的易感性。這類相關還將有利於鑑定狼瘡的病理生理學方面、臨床活性、對治療的反應或預測。此外，在鑑定預期將顯著受益於用特定治療劑治療的具體患者亞群的努力中，例如在臨床研究中顯示或已顯示該治療劑在這種具體的狼瘡患者亞群中具有治療益處時，可以將關於這類相關的統計學和生物學上顯著和可再現的信息用作整體成分。本文所描述的發明滿足上述需要並提供其他益處。本文引用的所有參考文獻，包括專利申請和出版物為了所有目的以其整體引入作為參考。
發明概述本發明的方法至少部分基於與SLE相關和促進疾病風險的一組基因座(SLE風險基因座)的發現。此外，本發明包括與SLE風險基因座相關的一組等位基因。本發明的另一方面是發現某些SLE風險基因座與涉及抗RNA結合蛋白的自身抗體、I型幹擾素途徑中的基因的誘導表達和/或疾病的早期發作的SLE亞表型相關。在一方面，提供在受試者中鑑定狼瘡的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中每個基因座上的變異存在於對應於表2所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上。在某些實施方案中，在至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少7個基因座， 或至少10個基因座，或至少12個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，在16個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，該3個SLE風險基因座是PTTG1、ATG5和UBE2L3。在一個實施方案中，每個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，每個變異包含表2 所示的SNP。在一個實施方案中，該檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標(beacon)的測定和寡核苷酸連接測定的方法。在另一方面，提供用於預測患有狼瘡的受試者對狼瘡治療劑的反應性的方法，該方法包括測定該受試者是否在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中包含變異， 其中每個基因座上的變異存在於表2所示的每一個基因座的單核苷酸多態性(SNP)對應位置的核苷酸位置上，其中變異在每個基因座上的存在指示該受試者對該治療劑的反應性。 在某些實施方案中，該受試者在至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少7個基因座，或至少10個基因座，或至少12個基因座中包含變異。在一個實施方案中，該受試者在16個基因座中包含變異。在一個實施方案中，該3個SLE風險基因座是PTTGl、ATG5和UBE2L3。 在一個實施方案中，每個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，每個變異包含表2所示的SNP。還在另一方面，提供在受試者中診斷狼瘡或狼瘡預測的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有表2所示的至少3個SLE風險基因座的核酸，每個基因座包含變異；每個基因座上的該變異包含表2所示的SNP或定位在對應於表2 所示的SNP的核苷酸位置上；該變異在每個基因座上的存在是該受試者中狼瘡的診斷或預測。在某些實施方案中，在至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少7個基因座，或至少 10個基因座，或至少12個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，在16個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，該3個SLE風險基因座是PTTGl、ATG5和UBE2L3。還在另一方面，提供在受試者中輔助診斷或預測狼瘡的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有表2所示的至少3個SLE風險基因座的核酸，每個基因座包含變異；每個基因座上的該變異包含表2所示的SNP或定位在對應於表2 所示的SNP的核苷酸位置上；該變異在每個基因座上的存在是該受試者中狼瘡的診斷或預測。在某些實施方案中，在至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少7個基因座，或至少 10個基因座，或至少12個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，在16個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，該3個SLE風險基因座是PTTGl、ATG5和UBE2L3。在一方面，提供在受試者中治療狼瘡的方法，在該受試者中，已知在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，該方法包括對該受試者施用對治療該病症有效的治療劑。在一個實施方案中，該3個SLE風險基因座是PTTGl、ATG5和UBE2L3。在另一方面，提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑，該治療劑對在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療該病症有效。在一個實施方案中，該3個SLE風險基因座是PTTG1、ATG5和UBE2L3。還在另一方面，提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑，該治療劑在對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療該病症有效，該至少5名人受試者各自在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應與表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異。在一個實施方案中，該3個SLE風險基因座是PTTGl、ATG5和UBE2L3。在一方面，提供在受試者中鑑定狼瘡亞表型的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中每個基因座上的該變異存在於對應於表2 所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，且其中該受試者疑似患有狼瘡和疑似具有狼瘡亞表型。在某些實施方案中，在至少4個基因座或至少5個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，在7個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，每個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，每個變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的
14自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自 SSA、SSB、RNP和Sm。在一個實施方案中，該生物樣品是血清。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在，及與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。在另一方面，提供用於預測具有鑑定的狼瘡亞表型的受試者對狼瘡治療劑的反應性的方法，該方法包括測定該受試者是否在選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、 UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中包含變異，其中每個基因座上的該變異存在於表2所示的每一個基因座對應於單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上， 其中變異在每個基因座上的存在指示該受試者對該治療劑的反應性。在某些實施方案中， 該受試者在至少4個基因座或至少5個基因座中包含變異。在一個實施方案中，該受試者在7個基因座中包含變異。在一個實施方案中，每個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，每個變異包含表2所示的SNP。還在另一方面，在受試者中診斷或預測狼瘡亞表型的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3和 IRF5的至少3個SLE風險基因座的核酸，每個基因座包含變異；每個基因座上的該變異包含表2所示的SNP，或定位在對應於表2所示的SNP的核苷酸位置上；該變異在每個基因座上的存在是該受試者中該狼瘡亞表型的診斷或預測。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。在一個實施方案中，該生物樣品是血清。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在，及與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。還在另一方面，在受試者中輔助診斷或預測狼瘡的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3和IRF5 的至少3個SLE風險基因座的核酸，每個基因座包含變異；每個基因座上的該變異包含表2 所示的SNP，或定位在對應於表2所示的SNP的核苷酸位置上；該變異在每個基因座上的存在是該受試者中該狼瘡亞表型的診斷或預測。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。在一個實施方案中，該生物樣品是血清。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比， 源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在，及與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。在一方面，提供在受試者中治療狼瘡病症的方法，在該受試者中，已知在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，其中該狼瘡病症至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在，和/或與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達，該方法包括對該受試者施用對治療該病症有效的治療劑。在另一方面，提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑，該治療劑對在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 禾口 IRF5 的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療該病症有效，其中該狼瘡病症至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在，和/或與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。還在另一方面，提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑，該治療劑在對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療該病症有效，該至少5名人受試者各自在選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、 UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性 (SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異，其中該狼瘡病症至少部分表徵為抗一種或多種RNA 結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在，和/或與一名或多名對照受試者相比，源自該受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。還在另一方面，鑑定對在患者亞群中治療狼瘡有效的治療劑的方法，該方法包括使該藥劑的功效與遺傳變異在在該患者亞群中在選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、 STAT4.UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在相關，從而將該藥劑鑑定為對在該患者亞群中治療狼瘡有效。在一個實施方案中，該藥劑的功效與遺傳變異在至少4個基因座，或至少5個基因座，或7個基因座的每一個中對應於表2所示的SNP的核苷酸位置上的存在相關。在一方面，提供治療具體的狼瘡患者亞群的狼瘡受試者的方法，其中該亞群至少部分表徵為與選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 禾口 IRF5 的至少 3 個 SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異相關，且其中該方法包括對該受試者施用有效量的批准作為用於該亞群的治療劑的治療劑。在一個實施方案中，該亞群至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體的存在，其中能夠在生物樣品中檢測該自身抗體。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。在一個實施方案中，該亞群至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比更高水平的幹擾素誘導的基因表達，其中能夠在生物樣品中檢測該幹擾素誘導的基因表達並定量。在一個實施方案中，該亞群是女性。在一個實施方案中，該亞群屬於歐洲家系。在另一方面，提供包括製備狼瘡治療劑的方法，其包括與對受試者施用該藥劑的說明一起包裝該藥劑，該受試者患有或認為其患有狼瘡，且在表2所示的至少3個SLE風險
16基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的位置上具有遺傳變異。在另一方面，提供指定用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，該方法包括提供對患者亞群施用該治療劑的說明，該患者亞群至少部分表徵為選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、 IRAKI、STAT4、UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異。還在另一方面，提供用於銷售用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，該方法包括告知目標聽眾關於該治療劑在治療該患者亞群中的用途，該患者亞群至少部分表徵為在這種亞群的患者中，在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異。還在另一方面，提供用於在受試者中調節通過I型幹擾素途徑的信號發放的方法，在該受試者中，已知在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，該方法包括對該受試者施用對調節一個或多個幹擾素誘導基因的基因表達有效的治療劑。在一方面，提供用於選擇患有狼瘡的患者來用狼瘡治療劑治療的方法，該方法包括檢測遺傳變異在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在。在某些實施方案中，在至少4個基因座或至少5個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，在7個基因座中檢測變異。在一個實施方案中，每個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，每個變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。在一個實施方案中，該狼瘡是狼瘡亞表型，其至少部分表徵為抗一種或多種RNA 結合蛋白的自身抗體在源自所治療的患者的生物樣品中的存在，和/或與一名或多名對照受試者相比更高水平的幹擾素誘導的基因表達。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自 SSA、SSB、RNP 禾口 Sm。在另一方面，提供評估受試者是否具有罹患狼瘡的風險的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測指示罹患狼瘡的風險的遺傳特徵的存在，其中該遺傳特徵包括一組至少3個單核苷酸多態性(SNP)，每個SNP存在於表2所示的SLE風險基因座中。在某些實施方案中，該遺傳特徵包括一組至少4個SNP，或至少5個SNP，或至少7個SNP，或至少10個SNP，或至少12個SNP。在一個實施方案中，該遺傳特徵包括一組16個SNP。在一個實施方案中，該 SLE 風險基因座選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3 和IRF5。在一個實施方案中，該SLE風險基因座是PTTG1、ATG5和UBE2L3。還在另一方面，提供在受試者中診斷狼瘡的方法，該方法包括在獲自該受試者的生物樣品中檢測指示狼瘡的遺傳特徵的存在，其中該遺傳特徵包括一組至少3個單核苷酸多態性(SNP)，每個SNP存在於表2所示的SLE風險基因座中。在某些實施方案中，該遺傳特徵包括一組至少4個SNP，或至少5個SNP，或至少7個SNP，或至少10個SNP，或至少12 個SNP。在一個實施方案中，該遺傳特徵包括一組16個SNP。在一個實施方案中，該SLE風險基因座選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5。在一個實施方案中，該SLE風險基因座是PTTGl、ATG5和UBE2L3。還在另一方面，提供評估受試者是否具有罹患狼瘡的風險的方法，該狼瘡表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體的存在，該方法包括在獲自該受試者的生物樣品中檢測指示該風險的遺傳特徵的存在，其中該遺傳特徵包括一組至少3個單核苷酸多態性(SNP)，每個SNP存在於SLE風險基因座中，其中每個SLE風險基因座選自HLA-DR3、 HLA-DI^JNFSF^IRAKLSTAI^UBEZLS和IRF5。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自 SSA、SSB、RNP 禾Π Sm。在另一方面，提供評估受試者是否具有罹患狼瘡的風險的方法，該狼瘡表徵為與對照受試者相比更高水平的幹擾素誘導的基因表達，該方法包括在獲自該受試者的生物樣品中檢測指示該風險的遺傳特徵的存在，其中該遺傳特徵包括一組至少3個單核苷酸多態性(SNP)，每個SNP存在於SLE風險基因座中，其中每個SLE風險基因座選自HLA-DR3、 HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 禾口 IRF5。還在另一方面，提供在受試者中鑑定狼瘡的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在表12所示的至少一個SLE相關基因座中的存在，其中該至少一個基因座上的該變異存在於對應表12所示的至少一個基因座的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，且其中該受試者疑似患有狼瘡。在某些實施方案中，在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。在某些實施方案中，該至少一個SLE相關基因座選自GLG1、MAPKAP1、 L0C646841、C6orfl03、CPM、NCKAPlL、ASB7、NUMBL、NR3C2、HSPA12A、L0C646187、L0C132817、 L0C728073,NC0A4,KIAA1486,FDPSL2B,NDRG3,C19orf6 和 L0C7^826。在一個實施方案中， 每個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，該至少一個基因座上的該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』 核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。在另一方面，提供用於預測患有狼瘡的受試者對狼瘡治療劑的反應性的方法，該方法包括測定該受試者是否在表12所示的至少一個SLE相關基因座中包含變異，其中該至少一個基因座上的該變異存在於對應表12所示的至少一個基因座的單核苷酸多態性 (SNP)位置的核苷酸位置上，其中變異在每個基因座上的存在指示該受試者對該治療劑的反應性。在某些實施方案中，該受試者在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4 個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上包含變異。在某些實施方案中，該至少一個SLE相關基因座選自GLG1、MAPKAP1、L0C646841、C6orfl03、 CPM、NCKAP1L、ASB7、NUMBL, NR3C2、HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、NC0A4、 KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6和L0C7^826。在一個實施方案中，每個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，該至少一個基因座上的該變異包含表12所示的SNP。還在另一方面，提供在受試者中診斷或預測狼瘡的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在表12所示的至少一個SLE相關基因座中的存在，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有表12所示的至少一個SLE相關基因座的核酸，每個基因座包含變異；該至少一個基因座上的該變異包含表12所示的SNP，或定位在對應於表12所示
18的SNP的核苷酸位置上；且該變異在該至少一個基因座上的存在是該受試者中狼瘡的診斷或預測。在某些實施方案中，在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。在某些實施方案中， 該至少一個 SLE 相關基因座選自 GLGl、MAPKAPl、L0C646841、C6orfl03、CPM、NCKAPlL、ASB7、 NUMBL, NR3C2、HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、NC0A4、KIAA1486、FDPSL2B、 NDRG3、C19orf6 和 L0C729826。還在另一方面，提供在受試者中輔助診斷或預測狼瘡的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在表12所示的至少一個SLE相關基因座中的存在，其中 已知該生物樣品包含或疑似包含含有表12所示的至少一個SLE相關基因座的核酸，該至少一個基因座包含變異；該至少一個基因座上的該變異包含表12所示的SNP，或定位在對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上；且該變異在該至少一個基因座上的存在是該受試者中狼瘡的診斷或預測。在某些實施方案中，在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少 4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。在某些實施方案中，該至少一個SLE相關基因座選自GLG1、MAPKAPU L0C646841、C6orfl03、 CPM、NCKAP1L、ASB7、NUMBL, NR3C2、HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、NC0A4、 KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6 和 L0C729826。在一方面，提供在受試者中治療狼瘡病症的方法，在該受試者中，已知在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性的核苷酸位置上存在遺傳變異，該方法包括對該受試者施用對治療該病症有效的治療劑。在另一方面，提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑，該治療劑對在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療該病症有效。還在另一方面，提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑，該治療劑在對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療該病症有效，該至少5名人受試者各自在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異。在一方面，提供在受試者中鑑定狼瘡亞表型的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在至少一個SLE相關基因座中的存在，其中該至少一個基因座上的該變異存在於對應表12所示的至少一個基因座的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，且其中該受試者疑似患有狼瘡和疑似具有狼瘡亞表型。在某些實施方案中，在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。在某些實施方案中，該至少一個SLE相關基因座選自 GLGl、MAPKAPU L0C646841、C6orfl03、CPM、NCKAP1L、ASB7、NUMBL, NR3C2、 HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、NC0A4、KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6 和 L0C729826.在一個實施方案中，該至少一個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，該至少一個基因座上的該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、 等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。
在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自 SSA、SSB、RNP和Sm。在一個實施方案中，該生物樣品是血清。在另一方面，提供用於預測具有鑑定的狼瘡亞表型的受試者對狼瘡治療劑的反應性的方法，該方法包括測定該受試者是否在至少一個SLE相關基因座中包含變異，其中該至少一個基因座上的該變異存在於對應表12所示的至少一個基因座的單核苷酸多態性 (SNP)位置的核苷酸位置上，其中變異在該至少一個基因座上的存在指示該受試者對該治療劑的反應性。在某些實施方案中，該受試者在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上包含變異。 在某些實施方案中，該至少一個SLE相關基因座選自GLGl、MAPKAPl、L0C646841、C6orf 103、 CPM、NCKAP1L、ASB7、NUMBL, NR3C2、HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、NC0A4、 KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6和L0C7^826。在一個實施方案中，每個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，該至少一個基因座中的該變異包含表12所示的SNP。還在另一方面，提供在受試者中診斷或預測狼瘡亞表型的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在表12所示的至少一個SLE相關基因座中的存在，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有表12所示的至少一個SLE相關基因座的核酸，每個基因座包含變異；該至少一個基因座上的該變異包含表12所示的SNP，或定位在對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上；且該變異在該至少一個基因座上的存在是該受試者中狼瘡亞表型的診斷或預測。在某些實施方案中，在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。 在某些實施方案中，該至少一個SLE相關基因座選自GLGl、MAPKAPl、L0C646841、C6orf 103、 CPM、NCKAP1L、ASB7、NUMBL, NR3C2、HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、NC0A4、 KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6和L0C7^826。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在。 在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。在一個實施方案中，該生物樣品是血清。還在另一方面，在受試者中輔助診斷或預測狼瘡的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測變異在至少一個SLE相關基因座中的存在，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有至少一個SLE相關基因座的核酸，該至少一個基因座包含變異；該至少一個基因座上的該變異包含表12所示的SNP，或定位在對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上；且該變異在該至少一個基因座上的存在是該受試者中該狼瘡亞表型的診斷或預測。在一個實施方案中，該狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自SSA、 SSB, RNP和Sm。在一個實施方案中，該生物樣品是血清。在一方面，在受試者中治療狼瘡病症的方法，在該受試者中，已知在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，其中該狼瘡病症至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在，該方法包括對該受試者施用對治療該病症有效的治療劑。
在另一方面，提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑，該治療劑對在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療該病症有效，其中該狼瘡病症至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在。還在另一方面，提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑，該治療劑在對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療該病症有效，該至少5名人受試者各自在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異，其中該狼瘡病症至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比，在源自該受試者的生物樣品中，抗一種或多種RNA 結合蛋白的自身抗體在源自該受試者的生物樣品中的存在。還在另一方面，鑑定對在患者亞群中治療狼瘡有效的治療劑的方法，該方法包括使該藥劑的功效與遺傳變異在該患者亞群中在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在相關，從而將該藥劑鑑定為對在該患者亞群中治療狼瘡有效。在一個實施方案中，該藥劑的功效與遺傳變異在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座，或19個基因座的每一個中對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上的存在相關。在某些實施方案中，該至少一個SLE相關基因座選自GLG1、MAPKAP1、L0C646841、C6orfl03、 CPM、NCKAPIL, ASB7、NUMBL, NR3C2、HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、NC0A4、 KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6 和 L0C729826。在一方面，提供治療具體的狼瘡患者亞群的狼瘡受試者的方法，其中該亞群至少部分表徵為與表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性 (SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異相關，且其中該方法包括對該受試者施用有效量的批准作為用於該亞群的治療劑的治療劑。在一個實施方案中，該亞群至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體的存在，其中能夠在生物樣品中檢測該自身抗體。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。在另一方面，提供包括製備狼瘡治療劑的方法，其包括與對受試者施用該藥劑的說明一起包裝該藥劑，該受試者患有或認為其患有狼瘡，且在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的位置上具有遺傳變異。還在另一方面，提供指定用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，該方法包括提供對患者亞群施用該治療劑的說明，該患者亞群至少部分表徵為表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異。還在另一方面，提供用於銷售用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，該方法包括告知目標聽眾關於該治療劑在治療該患者亞群中的用途，該患者亞群至少部分表徵為在這種亞群的患者中，在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異。在一方面，提供用於選擇患有狼瘡的患者來用狼瘡治療劑治療的方法，該方法包括檢測遺傳變異在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在。在某些實施方案中，在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。在某些實施方案中，該至少一個SLE相關基因座選自GLGl、MAPKAPU L0C646841、 C6orfl03、CPM、NCKAP1L、ASB7、NUMBL、NR3C2、HSPAl2A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、 NC0A4、KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6 和 L0C7^826。在一個實施方案中，該至少一個基因座上的該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，該至少一個基因座上的該變異包含表 12所示的SNP。在一個實施方案中，該檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。在一個實施方案中，該狼瘡是狼瘡亞表型，其至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比，抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自所治療的患者的生物樣品中的存在。在一個實施方案中，該RNA結合蛋白選自 SSA、SSB、RNP 禾口 Sm。 附圖簡述

圖1顯示與抗RNA結合蛋白的自身抗體相關的SLE風險基因座亞群。㈧針對16 個確認的SLE風險等位基因、3個獨立病例系列顯示對照(N = 7859)和RBP陽性SLE病例 (總計N = 487個病例，空心符號)或RBP陰性SLE病例(總計N = 782個病例，黑色實心符號)之間的等位基因頻率差異。針對HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和IRF5觀察到了等位基因頻率的顯著性差異。(B)以95%置信區間一起顯示組合的RBP 陽性和RBP陰性亞群的優勢比。(C)基於抗RBP自身抗體風險等位基因的總數對RBP陽性 (空心區)或RBP陰性(陰影區)SLE病例的頻率進行作圖。圖2顯示抗RBP自身抗體等位基因與幹擾素(IFN)基因表達特徵的相關。在23個健康對照和274個SLE病例中用微陣列測量了外周血細胞中的IFN基因表達得分。將IFN 基因表達複合得分的分布對抗RBP風險等位基因的數目作圖。空心符號表示具有血清抗 RBP自身抗體的個體；黑色實心符號表示缺乏血清抗RBP自身抗體的個體；灰色三角形表示健康對照。用斯氏T檢驗針對IFN基因表達得分分布中的差異檢驗了具有0-1、2-4或> 5 個抗RBP自身抗體風險等位基因的個體。顯示了每個配對組比較的P值。虛線表示平均對照IFN基因表達得分以上2個標準差的閾值。
發明詳述除非另有指明，本發明的實施將利用本領域技術內的常規分子生物學(包括重組技術)、微生物學、細胞生物學、生物化學和免疫學技術。諸如「Molecular Cloning =A Laboratory Manual，，，第二版(Sambrook 等，1989) ；"Oligonucleotide Synthesis" (Μ. J. Grait 編輯，1984) ；"Animal CelICulture，，(R. I. Freshney 編輯，1987) ；"Methods in Enzymology」(AcademicPress, Inc.) ；"Current Protocols in Molecular Biology，， (F. M. Ausubel 等編輯，1987 和定期更新)；「PCR :The Polymerase Chain Reaction，，， (Mullis等編輯，1994)的文獻中充分解釋了這類技術。可以用本領域已知的標準技術產生用於本發明的引物、寡核苷酸和多核苷酸。除非另作定義，本文所使用的技術和科學術語具有與本發明所屬領域的普通技術人員的通常理解相同的意義。Singleton 等，Dictionary ofMicrobiology and Molecular Biology 第二 版，J. Wiley & Sons (New York, N. Y. 1994)禾口 March，Advanced Organic Chemistry Reactions,Mechanismsand Structure 第四版，John Wiley & Sons (New York,N. Y. 1992)為本領域技術人員提供了用於本申請中的許多術語的一般指導。 定義為了解釋本說明書的目的，以下術語將適用，且在任何適當的時侯，以單數使用的術語還將包括複數，反之亦然。在下文所示的任意定義與本文引入作為參考的任意文件矛盾的情況下，將以下文所示的定義為準(shall control) 0本文使用的「狼瘡」或「狼瘡病症」是一般涉及攻擊結締組織的抗體的自身免疫疾病或障礙。狼瘡的主要形式是系統性狼瘡，系統性紅斑狼瘡(SLE)，其包括皮膚SLE和亞急性皮膚SLE，以及其他類型的狼瘡(包括腎炎、腎外、腦炎、兒科、非腎、盤狀和脫毛症)。一般見D』 Cruz等，上文。本文互換使用的術語「多核苷酸」或「核酸」指任意長度的核苷酸聚合物，且包括 DNA和RNA。該核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修飾核苷酸或鹼基和/或它們的類似物，或可以通過DNA或RNA聚合酶摻入聚合物中的任意底物。多核苷酸可以包含修飾核苷酸，如甲基化核苷酸和它們的類似物。若存在，對核苷酸結構的修飾可以在組裝聚合物之前或之後進行。核苷酸序列可以由非核苷酸成分中斷。可以在聚合作用之後如通過與標記成分綴合來進一步修飾多核苷酸。其他類型的修飾包括，例如「帽」;用類似物取代一個或多個天然存在的核苷酸；核苷酸間修飾，例如具有不帶電荷的鍵(例如甲基膦酸酯、磷酸三酯、磷醯胺、氨基甲酸酯(cabamate)等)和具有帶電荷的鍵(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的那些、包含懸垂部分例如蛋白質(例如核酸酶、毒素、抗體、信號肽、聚-L-賴氨酸等)的那些、具有嵌入劑(例如吖啶、補骨脂素等)的那些、含有螯合劑(例如金屬、放射性金屬、硼、氧化金屬等)的那些、含有烷化劑(alkylator)的那些、具有修飾鍵(例如α異頭核酸等)的那些、以及未修飾形式的多核苷酸。此外，通常存在於糖類中的任意羥基可以例如通過磷酸酯基、磷酸基來取代，通過標準保護基來保護，或活化以製備與其他核苷酸的其他鍵，或可以與固相支持體綴合。可以磷酸化或用胺或1至20個碳原子的有機帽化基團部分取代5』和3』端的0Η。還可以將其他羥基衍生為標準保護基團。多核苷酸還可以包含一般為本領域已知的類似物形式的核糖或脫氧核糖糖類，其包括例如2』 -0-甲基-2』 -0-烯丙基，2』 -氟-或2』 -疊氮基-核糖，碳環糖類似物，α-異頭糖類，差向異構糖類如阿拉伯糖、木糖或來蘇糖，吡喃糖類，呋喃糖類，景天庚酮糖，無環類似物和無鹼基核苷類似物如甲基核苷。可以通過其他連接基團來取代一個或多個磷酸二酯鍵。這些其他連接基團包括但不限於其中通過 P(O)S( 「硫代酯(thioate)」)、P(S)S( 「二硫代酯(dithiOate)」)、(0) NR2 ( 「醯胺化物」)、P (0) P、P (0) OR，、CO或CH2 ( "formacetal，，)取代磷酸的實施方案，其中R或R』獨立地是H或可選地包含醚(一0--)鍵的取代或非取代烷基(1-20C)、芳基、鏈烯基、環烷基、環烯基或araldyl。無需多核苷酸中的所有鍵都相同。前述適用於本文提到的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。本文所用的「寡核苷酸」指長度至少為約7個核苷酸且長度少於約250個核苷酸的短的單鏈多核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。術語「寡核苷酸」和「多核苷酸」並不互相排斥。上文對多核苷酸的描述同等地和完全地適用於寡核苷酸。術語「引物」指單鏈多核苷酸，其能夠與核酸雜交，且一般通過提供自由3』 -OH基團來允許互補核酸的聚合作用。術語「遺傳變異」或「核苷酸變異」指核苷酸序列中相對於參考序列(例如常見和
23/或野生型序列和/或主要等位基因的序列)的改變(例如一個或多個核苷酸的插入、缺失、倒位或取代，如單核苷酸多態性(SNP))。除非另有指明，該術語還包括該核苷酸序列的互補序列中對應的改變。在一個實施方案中，遺傳變異是體細胞多態性。在一個實施方案中，遺傳變異是種系多態性。「單核苷酸多態性」或「SNP」指DNA中的單個鹼基位置，在該位置上，不同的等位基因或其他核苷酸存在於群體中。SNP位置之前和之後通常具有高度保守的等位基因序列 (例如在群體的少於1/100或1/1000的成員中不同的序列)。就每個SNP位置上的等位基因而言，個體可以是純合的或雜合的。術語「胺基酸變異」指胺基酸序列中相對於參考序列的改變(例如一個或多個胺基酸的插入、取代或缺失，如內部缺失或N端或C端截短)。術語「變異」指核苷酸變異或胺基酸變異。術語「對應於SNP的核苷酸位置上的遺傳變異」、「對應於SNP的核苷酸位置上的核苷酸變異」及其語法變通形式指多核苷酸序列中相對對應的DNA位置上的遺傳變異，該位置在基因組中由該SNP佔據。除非另作指明，該術語還包括該核苷酸序列的互補序列中對應的變異。術語「陣列，，或「微陣列，，指可雜交的陣列元件，優選多核苷酸探針(例如寡核苷酸)在底材上的有序排列。該底材可以是固體底材，如載玻片，或半固體底材，如硝酸纖維素膜。術語「擴增」指產生參考核酸序列或其互補序列的一個或多個拷貝的方法。擴增可以是線形擴增或指數式擴增(例如PCR)。「拷貝」並非意味著相對於模板序列的完美的序列互補性或同一性。例如，拷貝可以包含核苷酸類似物，如脫氧肌苷、有意的序列改變(如通過包含可與模板雜交但不完全互補的序列的引物引入的序列改變)和/或擴增過程中出現的序列錯誤。術語「等位基因特異的寡核苷酸」指與包含核苷酸變異(一般是取代)的靶核酸區域雜交的寡核苷酸。「等位基因特異的雜交」指在使等位基因特異的寡核苷酸與其靶核酸雜交時，該等位基因特異的寡核苷酸中的核苷酸特異性地與該核苷酸變異鹼基配對。能夠對特定核苷酸變異進行等位基因特異的雜交的等位基因特異的寡核苷酸稱為對該變異「特異的」。術語「等位基因特異的引物」指等位基因特異的寡核苷酸，其是引物。術語「引物延伸測定」指這樣的測定，其中將核苷酸加入核酸中，產生直接或間接檢測的更長的核酸或「延伸產物」。可以加入核苷酸來延伸該核酸的5』或3』末端。術語「等位基因特異的核苷酸摻入測定」指這樣的引物延伸測定，其中使引物(a) 在處於核苷酸變異3』或5』的區域與靶核酸雜交，並(b)通過聚合酶延伸，從而將與該核苷酸變異互補的核苷酸摻入延伸產物中。術語「等位基因特異的引物延伸測定」指這樣的引物延伸測定，其中使等位基因特異的引物與靶核酸雜交並延伸。術語「等位基因特異的寡核苷酸雜交測定」指這樣的測定，其中(a)使等位基因特異的寡核苷酸與靶核酸雜交，並(b)直接或間接檢測雜交。術語「5』核酸酶測定」指這樣的測定，其中等位基因特異的寡核苷酸與靶核酸的雜交允許雜交探針的核酸降解切割(nucleolytic cleavage)，產生可檢測的信號。術語「利用分子信標的測定」指這樣的測定，其中等位基因特異的寡核苷酸與靶核酸的雜交產生檢測信號水平，其高於由自由寡核苷酸發射的檢測信號水平。術語「寡核苷酸連接測定」指這樣的測定，其中使等位基因特異的寡核苷酸和第二寡核苷酸彼此相鄰地在靶核酸上雜交和連接在一起(直接地或通過間插核苷酸間接地)， 並直接或間接檢測該連接產物。術語「靶序列」、「靶核酸」或「靶核酸序列，，一般指疑似或已知其中包含核苷酸變異的目的多核苷酸序列，包括通過擴增產生的這種靶核酸的拷貝。術語「檢測」包括任意檢測手段，包括直接和間接檢測。術語「SLE風險基因座」和「確認的SLE風險基因座」指表2中所示的基因座 HLA-DR3、IRF5、STAT4、ITGAM、BLK、PTTG1、ATG5、TNFSF4、PTPN22,IRAKUFCGR2A、KIAA1542、 UBE2L3、PXK、HLA-DR2、BANKl。術語「SLE相關基因座」指表12中所示的基因座=GLGU MAPKAPU L0C646841、 C6orfl03、CPM、NCKAPlL、ASB7、NUMBL、NR3C2、HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、 NC0A4、KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6 和 L0C729826。術語「SLE風險等位基因」和「確認的SLE風險等位基因」指存在於SLE風險基因座中的變異。這類變異包括但不限於單核苷酸多態性、插入和缺失。表2中顯示了某些示例性SLE風險等位基因。術語「SLE相關等位基因」指存在於SLE相關基因座中的變異。這類變異包括但不限於單核苷酸多態性、插入和缺失。表12中顯示了某些示例性SLE相關等位基因。如本文所使用，具有罹患狼瘡的「風險」的受試者可以具有或不具有可檢測的疾病或疾病症狀，且在本文所述的治療方法之前可以已顯示或尚未顯示可檢測的疾病或疾病症狀。「處於風險」表示受試者具有一個或多個風險因子，如本文所述和本領域已知，風險因子是與狼瘡的患有相關的可測量的參數。有一個或多個這些風險因子的受試者比無一個或多個這些風險因子的受試者具有更高的罹患狼瘡的概率。本文用術語「診斷」來指分子或病理狀態、疾病或病症的鑑定和分類。例如，「診斷」 可以指狼瘡病症的特定類型，例如SLE的鑑定。「診斷」還可以指狼瘡的特定亞型的分類，例如通過所涉及的組織/器官(狼瘡性腎炎)，通過分子特徵(例如表徵為特定基因或核酸區域中的遺傳變異的患者亞群)。本文用術語「輔助診斷」來指輔助進行關於狼瘡的特定類型的症狀或病症的存在或性質的臨床測定的方法。例如，輔助診斷狼瘡的方法可以包括測量來自個體的生物樣品中缺乏一個或多個SLE風險基因座或SLE風險等位基因的存在。本文用術語「預測」來指可歸因於自身免疫障礙的疾病症狀，包括例如自身免疫疾病如狼瘡的復發、突發(flaring)和藥物抗性的可能性的預測。本文用術語「預測」來指患者將有利地或不利地對藥物或藥物組反應的可能性。在一個實施方案中，該預測涉及那些反應的程度。在一個實施方案中，該預測涉及患者是否將在治療，例如用特定治療劑治療後存活或改善且在一定時期內無疾病復發和/或其概率。通過選擇最適合於任意特定患者的治療模式，可以在臨床上使用本發明的預測方法作出治療決定。本發明的預測方法是預測患者是否可能有利地對治療方案(如給定的治療方案，包括例如給定的治療劑或組合的施用、手術幹預、類固醇治療等)反應，或該患者是否可能在治療方案之後長期存活的有價值的工具。SLE的診斷可以根據目前的American College of Rheumatology (ACR)標準。可以通過一條 British Isles Lupus Activity Group's (BILAG) "Α」標準或兩條 BILAG 「B」 標準來定義活性疾病。修改自 Tan 等「The Revised Criteria forthe Classification of SLE」Arth Rheum 25(1982)的用於診斷SLE的一些病徵、症狀或其他指示物可以是面頰疹，如頰疹、盤狀疹或紅色隆起斑塊；光敏感性，如對陽光反應，導致皮疹的發展或增加；口腔潰瘍，如鼻或口中的潰瘍，通常無痛；關節炎，如涉及兩個或多個外周關節的非侵蝕性關節炎(關節周圍的骨骼未受破壞的關節炎)；漿膜炎、胸膜炎或心包炎；腎功能障礙，如尿中過量的蛋白質(大於0. 5gm/天或在測試棒上為3+)和/或細胞管型(源自尿和/或白細胞和/或腎小管細胞的異常成分)；神經學病徵、症狀或其他指示物，癲癇發作(驚厥)，和 /或無藥物情況下的精神病，或已知引起這些效應的代謝紊亂；和血液學病徵、症狀或其他指示物，如溶血性貧血或白細胞減少(白細胞計數低於4，000細胞/mm3)或淋巴細胞減少 (少於1，500淋巴細胞/mm3)或血小板減少(少於100，000血小板/mm3)。白細胞減少和淋巴細胞減少一般必須在兩個或多個時刻檢測。血小板減少一般必須在缺乏已知誘導血小板減少的藥物的情況下檢測。本發明不限制於狼瘡的這些病徵、症狀或其他指示物。如本文所使用，「治療」指嘗試改變所治療的個體或細胞的天然過程的臨床幹預， 並可以在臨床病理過程之前或期間進行。希望的治療效應包括預防疾病或其病症或症狀的發生或復發、減輕該疾病的病症或症狀、減少該疾病的任何直接或間接的病理結果、降低疾病進行速率、改善或緩和疾病狀態和達到緩解或改善的預測。在一些實施方案中，本發明的方法和組合物用於延遲罹患疾病或障礙的嘗試中。「有效量」指對達到希望的治療或預防結果有效的量(所需的劑量和時間)。治療劑的「治療有效量」可以根據諸如個體的疾病狀態、年齡、性別和體重，及抗體在個體中引起希望的反應的能力的因素而不同。治療有效量還是這樣的量，其中治療上的有益作用勝於治療劑的任何毒性或有害作用。「預防有效量」指對達到希望的預防結果有效的量(所需的劑量和時間)。由於在疾病之前或疾病的早期階段在受試者中使用預防劑量，預防有效量通常但並非必然低於治療有效量。「個體」、「受試者」或「患者」是脊椎動物。在某些實施方案中，該脊椎動物是哺乳動物。哺乳動物包括但不限於靈長類(包括人和非人靈長類)和嚙齒類動物(例如小鼠和大鼠)。在某些實施方案中，哺乳動物是人。如本文所使用，「患者亞群」及其語法變通形式指表徵為具有一種或多種獨特的可測量和/或可鑑定的特徵的患者亞群，該特徵將該患者亞群從其所屬的更廣的疾病分類中的其他患者區分開來。這類特徵包括疾病亞類(例如SLE、狼瘡性腎炎)、性別、生活方式、 健康史、所涉及的器官/組織、治療史等。在一個實施方案中，患者亞群表徵為在特定核苷酸位置和/或區域中包含遺傳變異(如SNP)的遺傳特徵。「對照受試者」指尚未診斷為患有狼瘡或狼瘡病症，且不患有與狼瘡或狼瘡病症相關的任何病徵或症狀的健康受試者。本文所用的術語「樣品」指獲自或源自目的受試者的組合物，其包含待例如根據物理、生化、化學和/或生理學特徵表徵和/或鑑定的細胞和/或其他分子實體。例如，短語 「疾病樣品」及其變通形式指獲自預期或已知其包含待表徵的細胞和/或分子實體的目的受試者的任意樣品。「組織或細胞樣品」意指一批獲自受試者或患者組織的類似的細胞。該組織或細胞樣品的來源可以是實體組織，如來自新鮮的、冷凍的和/或保藏的器官或組織樣品或活組織檢查或吸出物(aspirate)；血液或任意血液組分；體液，如腦脊液、羊膜液、腹膜液或組織液；來自該受試者的妊娠或發育中的任意時間的細胞。組織樣品還可以是原代或培養的細胞或細胞系。可選地，組織或細胞樣品獲自疾病組織/器官。組織樣品可以包含並非在自然界中天然與組織混合的化合物，如防腐劑、抗凝劑、緩衝劑、固定劑、養分、抗生素等。本文所用的「參考樣品」、「參考細胞」、「參考組織」、「對照樣品」、「對照細胞」或「對照組織」指獲自已知或認為未患有正用本發明的方法或組合物鑑定的疾病或病症的來源的細胞或組織。 在一個實施方案中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織獲自正用本發明的組合物或方法在其中鑑定疾病或病症的同一受試者或患者的身體健康部分。在一個實施方案中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織獲自個體的身體健康部分，該個體不是正用本發明的組合物或方法在其中鑑定疾病或病症的受試者或患者。為了本文的目的，組織樣品的「切片」意指單部分或單塊組織樣品，例如從組織樣品切下的組織或細胞的薄片。若理解了本發明包括在形態學水平和分子水平二者上分析或就蛋白質和核酸二者分析組織樣品的同一切片的方法，則理解了可以取得組織樣品的多個切片並按照本發明進行分析。「相關」或「相關的」意指以任意方式將第一分析或流程的表現和/或結果與第二分析或流程的表現和/或結果相比較。例如，可以將第一分析或流程的結果用於進行第二流程，和/或可以用第一分析或流程的結果來確定是否應進行第二分析或流程。就基因表達分析或流程的實施方案而言，可以用基因表達分析或流程的結果來確定是否應進行具體的治療方案。在本文中使用時，詞「標記」指直接或間接與諸如核酸探針或抗體的試劑綴合或融合，並便於其與之綴合或融合的試劑的檢測的化合物或組合物。標記本身可以是可檢測的 (例如放射性同位素標記或螢光標記)，或者在酶標記的情況下，其可以催化可檢測的底物化合物或組合物的化學改變。「藥劑」是治療疾病、障礙和/或病症的活性藥物。在一個實施方案中，該疾病、障礙和/或病症是狼瘡或其症狀或副作用。在按照本發明使用時，術語對特定治療劑或治療選擇的「提高的抗性」意指對標準劑量的藥物或對標準治療流程的降低的反應。在按照本發明使用時，術語對特定治療劑或治療選擇的「降低的敏感性」意指對標準劑量的藥劑或對標準治療流程的降低的反應，其中可以通過提高藥劑劑量或治療強度來補償(至少部分補償)降低的反應。可以用顯示對患者的益處的任意終點來評估「患者反應」，其非限制性地包括(1) 疾病進展的某種程度的抑制，包括減慢和完全停止；(2)疾病發作次數和/或症狀的減少； (3)病灶大小的減小；(4)疾病細胞浸潤入相鄰的周圍器官和/或組織的抑制(即降低、減慢或完全停止)；( 疾病擴散的抑制(即降低、減慢或完全停止)；(6)自身免疫應答的減少，其可以但並非必然導致疾病病灶的消退或脫離；(7)與該障礙相關的一種或多種症狀某種程度的減輕；(8)治療後顯示無疾病的長度的增加；和/或(9)治療後在給定時間點的降低的死亡率。本文所用的「狼瘡治療劑」、「對治療狼瘡有效的治療劑」及其語法變通形式指在以有效量提供時，已知、臨床上顯示或臨床醫生預期在患有狼瘡的受試者中提供治療益處的藥劑(agent)。在一個實施方案中，該短語包括作為臨床上接受的藥劑由廠家銷售，或以其他方式由有執照的臨床醫生使用的任意藥劑，預期在以有效量提供時，其將在患有狼瘡的受試者中提供治療效應。在一個實施方案中，狼瘡治療劑包括非類固醇抗炎藥(NSAID)， 其包括乙醯水楊酸(例如阿司匹林)、布洛芬(Motrin)、萘普生(Naprosyn)、吲哚美辛 (Indocin)、萘丁美酮(Relafen)、託美丁(Tolectin)，及包括在治療上等同的活性成分及其製劑的任意其他實施方案。在一個實施方案中，狼瘡治療劑包括對乙醯氨基酚(例如 Tylenol)、皮質類固醇或抗瘧劑3 (例如氯喹、羥基氯喹)。在一個實施方案中，狼瘡治療劑包括免疫調節藥物(例如硫唑嘌呤、環磷醯胺、氨甲喋呤、環孢菌素)。在一個實施方案中， 狼瘡治療劑是抗B細胞劑(例如抗CD20 (例如利妥昔單抗)、抗CD22)、抗細胞因子劑(例如抗腫瘤壞死因子α、抗白細胞介素-1-受體(例如阿那白滯素(anakinra))、抗白細胞介素10、抗白細胞介素6受體、抗幹擾素α、抗B淋巴細胞刺激物)、共刺激抑制劑(例如抗CD154、CTLA4-Ig(例如abatac印t))、B細胞能量調節劑(例如LJP394 (例如阿貝莫司 (abetimus)))。在一個實施方案中，狼瘡治療劑包括激素治療(例如DHEA)和抗激素療法 (例如抗促乳素劑溴麥角環肽)。在一個實施方案中，狼瘡治療劑是提供免疫吸附的藥劑、 是抗補體因子(例如抗C5a)、T細胞接種、用T細胞受體ζ鏈轉染細胞或肽療法(例如靶向抗DNA獨特型的edratide)。本文所用的具有「銷售批准」或已「批准作為治療劑」的治療劑或這些短語的語法變通形式指由相關政府實體(例如聯邦、州或地方管理機構、部門、辦公室)批准、許可、註冊或授權由和/或通過和/或代表商業實體(例如盈利實體)銷售用於治療特定障礙(例如狼瘡)或患者亞群(例如患有狼瘡性腎炎的患者，特定種族、性別、生活方式、疾病風險譜的患者等)的藥劑(例如藥物製劑、藥劑的形式)。相關政府實體包括例如美國食品及藥品管理局(FDA)、歐洲藥品管理局(EMEA)及其等同機構。「抗體」 (Ab)和「免疫球蛋白」(Ig)指具有相似結構特徵的糖蛋白。抗體顯示對具體抗原的結合特異性，而免疫球蛋白包括抗體和一般缺乏抗原特異性的其他抗體樣分子二者。後一類型的多肽例如由淋巴系統按低水平和由骨髓瘤按提高的水平產生。術語「抗體」和「免疫球蛋白」在最廣泛的意義中可互換使用，並包含單克隆抗體 (例如全長或完整的單克隆抗體)、多克隆抗體、單價抗體、多價抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體，只要它們顯示希望的生物活性)，且還可以包括某些抗體片段(如本文更詳細地描述)。抗體可以是嵌合抗體、人抗體、人源化抗體和/或親和力成熟抗體。本文將術語「全長抗體」、「完整抗體」和「全抗體」可互換地使用來指處於其基本上完整的形式的抗體，而不是下文所定義的抗體片段。該術語尤其指具有包含Fc區的重鏈的抗體。「抗體片段」包含完整抗體的部分，尤其是包含其抗原結合區。抗體片段的實例包括Fab、Fab，、F(ab，)2和Fv片段；雙抗體；線性抗體；單鏈抗體分子；和從抗體片段形成的多特異性抗體。
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木瓜蛋白酶消化抗體產生兩個相同的抗原結合片段(稱為「Fab」片段，每個片段具有單個抗原結合部位)和剩餘的「Fe」片段(其名稱反映了它易於結晶的能力)。胃蛋白酶處理產生具有兩個抗原結合部位且仍然能夠交聯抗原的F(ab』)2片段。「Fv」是包含完整抗原結合部位的最小抗體片段。在一個實施方案中，雙鏈Fv種類由緊密非共價結合的一個重鏈可變結構域和一個輕鏈可變結構域的二聚體組成。Fv的6 個CDR共同賦予抗體抗原結合特異性。但是，甚至單個可變結構域(或僅包含3個對抗原特異的CDR的半個Fv)也具有識別和結合抗原的能力，雖然以低於整個結合部位的親和力。Fab片段包含重鏈可變結構域和輕鏈可變結構域，且還包含輕鏈的恆定結構域和重鏈的第一恆定結構域(CHl)。Fab』片段與Fab片段不同在於在包含一個或多個來自抗體鉸鏈區的半胱氨酸的重鏈CHl結構域的C端加入了幾個殘基。Fab』-SH是本文對其中恆定結構域的半胱氨酸殘基具有自由巰基的Fab』的命名。最初作為其間具有鉸合部半胱氨酸的Fab』片段對產生F(ab』)2。還已知抗體片段的其他化學偶聯。本文所用的術語「單克隆抗體」指獲自基本上同質的抗體群體的抗體，即除了可以以較少的量存在的可能的突變，例如天然存在的突變外，包含單種抗體的群體是同一的。因此，修飾詞「單克隆」表示該抗體不是分離的抗體的混合物的性狀。在某些實施方案中，這種單克隆抗體通常包括含有結合靶標的多肽序列的抗體，其中該結合靶標的多肽序列是通過包括從多個多肽序列選擇單個結合靶標的多肽序列的方法獲得的。例如，該選擇方法可以是從多個克隆，如雜交瘤克隆、噬菌體克隆或重組DNA克隆的庫選擇唯一的克隆。應理解，可以進一步改變所選擇的結合靶標的序列，例如以改善對該靶標的親和力、以人源化該結合靶標的序列、以改善其在細胞培養物中的產生、以降低其在體內的免疫原性、以產生多特異性抗體等，且包含該改變的結合靶標的序列的抗體也是本發明的單克隆抗體。與通常包含針對不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體製劑不同，單克隆抗體製劑的每個單克隆抗體針對抗原上的單個決定簇。除了其特異性外，單克隆抗體製劑的優勢在於它們一般未受其他免疫球蛋白汙染。修飾詞「單克隆」表示該抗體獲自基本上同質的抗體群體的性狀，而不解釋為需要通過任意特定的方法產生該抗體。例如，可以通過多種技術產生待按照本發明使用的單克隆抗體，例如雜交瘤法(例如 Kohler 等，Nature，256 :495(1975) :Harlow 等，Antibodies :A LaboratoryManual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press,第二版 1998) ；Hammer ling 等，在 Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas563_681(Elsevier, N. Y. ,1981) 中)、重組DNA法(見例如美國專利號4，816，567)、噬菌體展示技術(見例如Clackson 等，Nature, 352 :624-628(1991) ；Marks 等，J. Mol. Biol. 222 :581-597(1992)) ；Sidhu 等， J. Mol. Biol. 338(2) :299-310(2004) ；Lee 等，J. Mol. Biol. 340(5) :1073-1093(2004)； Fellouse,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34) :12467-12472(2004)；和 Lee 等，J. Immunol. Methods 284(1-2) :119-132(2004))和用於在具有編碼人免疫球蛋白序列的部分或全部人免疫球蛋白基因座或基因的動物中產生人或人樣抗體的技術(見例如W098/24893 ； W096/34096 ；W096/33735 ；W091/10741 Jakobovits 等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 2551 (1993) Jakobovits 等，Nature 362 :255-258 (1993) ；Bruggemann 等，Year in Immunol. 7 :33(1993)；美國專利號 5，545，807、5，545，806、5，569，825、5，625，126、 5, 633, 425,5, 661, 016 ；Marks 等，Bio. Technology 10:779-783(1992) ；Lonberg 等，Nature 368:856—859(1994) ；Morrison,Nature 368:812—813(1994) ；Fishwild 等，Nature Biotechnol. 14 :845-859(1996) ；Neuberger, Nature Biotechnol. 14 :826(1996) ； R Lonberg 禾口 Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13 :65-93 (1995))。本文的單克隆抗體特異性地包括「嵌合」抗體，其中部分重鏈和/或輕鏈與源自特定物種或隸屬於特定抗體種類或亞類的抗體中對應的序列相同或同源，而鏈的其餘部分與源自另一物種或隸屬於另一抗體種類或亞類的抗體中對應的序列相同或同源，以及這類抗體的片段，只要它們顯示希望的生物活性(美國專利號4，816，567 ；和Morrison等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81 :6855-9855 (1984))。「人源化」形式的非人(例如鼠)抗體是包含源自非人免疫球蛋白的最小序列的嵌合抗體。在一個實施方案中，人源化抗體是這樣的人免疫球蛋白(受體抗體)，其中通過來自非人物種(供體抗體)如小鼠、大鼠、兔或非人靈長類的具有希望的特異性、親和力和/或容量的高變區的殘基取代來自該受體高變區的殘基。在一些情況下，通過對應的非人殘基取代該人免疫球蛋白的構架區(FR)殘基。此外，人源化抗體可以包含不見於該受體抗體或供體抗體中的殘基。可以進行這些修飾來進一步精製抗體性能。一般而言，人源化抗體將包含至少1個，且通常2個可變結構域的基本上全部，其中全部或基本上全部高變環對應於非人免疫球蛋白的高變環，而全部或基本上全部FR是人免疫球蛋白序列的 FR。人源化抗體還將可選地包含至少部分免疫球蛋白恆定區(Fe)，通常是人免疫球蛋白恆定區。進一步的詳情見 Jones 等，Nature 321 :522-525(1986) ；Riechmann 等，Nature 332 :323-329 (1998)；和 Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2 :593-596 (1992)。還見以下綜述文章禾口其中弓I用的參考文獻Vaswani 禾口 Hamilton，Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1 105-115(1998) ；Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035—1038(1995) ；Hurle 禾口 Gross, Curr. Op. Biotech. 5 :428-433(1994)。「人抗體」是包含對應於由人產生和/或已用本文所公開的用於產生人抗體的技術中的任一種產生的抗體的胺基酸序列的胺基酸序列的抗體。這類技術包括篩選人衍生的組合文庫，如噬菌體展示文庫(見例如Marks等，J. Mol. Biol.，222 :581-597(1991) 和 Hoogenboom 等，Nucl. AcidsRes.，19 :4133-4137 (1991))；用人骨髓瘤和小鼠-人雜骨髓瘤(heteromyeloma)細胞系來產生人單克隆抗體(見例如Kozbor J. Immunol., 133 :3001 (1984) ；Brodeur 等，Monoclonal Antibody ProductionTechniques and Applications,55-93 頁(Marcel Dekker, Inc. , New York,1987)； 禾口 Boerner 等， J. Immunol. , 147 :86(1991))；和在能夠在無內源性免疫球蛋白產生的情況下產生人抗體的所有組成成分的轉基因動物(例如小鼠)中產生單克隆抗體(見例如Jakobovits 等，Proc. Natl. Acad. Sci USA，90 :2551 (1993) Jakobovits 等，Nature, 362 :255(1993)； Bruggermann等，Year in Immunol.，7 :33 (1993))。人抗體的此定義特異性排除了包含來自非人動物的抗原結合殘基的人源化抗體。「親和力成熟的」抗體是與不具有這些改變的親本抗體相比，在其一個或多個⑶R 中具有導致該抗體對抗原的親和力改善的一個或多個改變的抗體。在一個實施方案中，親和力成熟的抗體對靶抗原具有納摩爾或甚至皮摩爾親和力。通過本領域已知的方法產生親和力成熟的抗體。Marks等，Bio/Technology 10:779-783(1992)描述了通過VH和VL結構域改組的親和力成熟。Barbas 等 Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809-3813(1994) ；Schier等 Gene 169 :147-155(1995) ；Yelton 等 J. Immunol. 155 :1994-2004(1995) Jackson 等， J. Immunol. 154(7) :3310-9(1995)；和 Hawkins 等，J. Mol. Biol. 226 :889-896(1992)描述了 HVR和/或構架殘基的隨機誘變。「封閉性抗體」或「拮抗抗體」是抑制或降低其所結合的抗原生物活性的抗體。某些封閉性抗體或拮抗抗體部分或完全抑制該抗原的生物活性。本文將「小分子」或「小的有機分子」定義為具有低於約500道爾頓的分子量的有機分子。在本文中使用時，詞「標記」指可檢測的化合物或組合物。標記本身可以是可檢測的(例如放射性同位素標記或螢光標記)，或者在酶標記的情況下，其可以催化產生可檢測產物的底物化合物或組合物的化學改變。可以作為檢測標記的放射性核素包括例如1-131、 1-123、1-125、Y-90、Re-188、Re-186、At-211、Cu-67、Bi-212 和 Pd-109。「分離的」生物分子，如核酸、多肽或抗體是已鑑定並從其天然環境的至少一個組分分開和/或回收的生物分子。本文提到「約」某個值或參數時包括(描述)了涉及該值或參數本身的實施方案。 例如，提到「約X」的描述包括了 「X」的描述。
一般技術本文提供與狼瘡相關的核苷酸變異。這些變異提供了用於狼瘡和/或傾向於或有助於狼瘡的罹患、持續和/或進展的生物標記。因此，本文所公開的發明用於多種背景 (setting)中，例如用於涉及狼瘡診斷和治療的方法和組合物中。
遺傳變異的檢測以上方法中任一種的核酸可以是基因組DNA、從基因組DNA轉錄的RNA或從RNA產生的cDNA。核酸可以源自脊椎動物，例如哺乳動物。如果它是直接從該來源獲得的或者如果它是見於該來源中的核酸的拷貝，則將核酸稱為「源自」特定來源。核酸包括該核酸的拷貝，例如產生自擴增的拷貝。在某些情況下擴增可以是想要的，例如為了獲得希望的量的材料用於檢測變異。然後可以對擴增子進行變異檢測方法，如下文所述的方法，以測定變異是否存在於該擴增子中。可以通過本領域技術人員已知的某些方法來檢測變異。這些方法包括但不限於 DNA測序；引物延伸測定，包括等位基因特異的核苷酸摻入測定和等位基因特異的引物延伸測定(例如等位基因特異的PCR、等位基因特異的連接鏈反應(LCR)和缺口 LCR)；等位基因特異的寡核苷酸雜交測定(例如寡核苷酸連接測定)；切割保護測定，其中用保護免遭切割物質來檢測核酸雙鏈體中的錯配鹼基；MutS蛋白質結合分析；比較變體和野生型核酸分子遷移率的電泳分析；變性梯度凝膠電泳(DGGE，如例如Myers等(1985)Nature 313 :495 中)；RNase在錯配鹼基對處切割的分析；異源雙鏈體DNA的化學或酶切割的分析；質譜分析法(例如MALDI-T0F)；遺傳位元分析法(genetic bit analysis, GBA) ；5，核酸酶測定 (例如TaqMan )；和利用分子信標的測定。下文進一步詳細討論了這些方法中的某些。可以通過用本領域公知的技術對靶核酸進行分子克隆和測序來實現該靶核酸中變異的檢測。備選地，可以用擴增技術如聚合酶鏈反應(PCR)來直接從來自腫瘤組織的基因組DNA製備物擴增靶核酸序列。然後可以測定所擴增的序列的核酸序列，並從其鑑定變異。擴增技術為本領域公知，例如聚合酶鏈反應描述於Saiki等，Science 239 487,1988 ；美國專利號4，683，203和4，683，195中。還可以用本領域已知的連接酶鏈反應來擴增靶核酸序列。見例如mi等，Genomics 4:560-569(1989)。此外，還可以用稱為等位基因特異PCR的技術來檢測變異(例如取代)。見例如 Ruano 和 Kidd (1989) Nucleic Acids Research 17 :8392 ;McClay 等 Q002) Analytical Biochem. 301 :200-206.在此技術的某些實施方案中，使用等位基因特異的引物，其中該引物的3』端核苷酸與該靶核酸中的特定變異互補(即能夠與之特異性鹼基配對)。若該特定變異不存在，則觀察不到擴增產物。還可以用Amplification Refractory Mutation System(ARMS)來檢測變異(例如取代)。ARMS描述於例如歐洲專利申請公開號 0332435 中和 Newton 等，Nucleic Acids Research, 17 :7,1989 中。用於檢測變異(例如取代)的其他方法包括但不限於(1)等位基因特異的核苷酸摻入測定，如單鹼基延伸測定(見例如Chen等(2000) Genome Res. 10 :549-557 ；Fan等 (2000)Genome Res. 10 :853-860 ；Pastinen 等(1997)Genome Res. 7 :606-614 ；和 Ye 等 (200DHum. Mut. 17 =305-316) ； (2)等位基因特異的引物延伸測定(見例如如等(2001) Hum. Mut. 17 :305-316 ；和 Shen 等Genetic Engineering News，卷 23，2003 年 3 月 15 日)，包括等位基因特異的PCR; (3) 5』核酸酶測定(見例如De La Vega等(2002) Bio Techniques 32 :S48-S54(描述 TaqMan 測定)；Ranade 等 U001) Genome Res. 11 :1262-1268 ；和 Shi (2001)Clin. Chem. 47 :164-172) ； (4)利用分子信標的測定(見例如 Tyagi 等(1998) Nature Biotech. 16 :49-53 ；和 Mhlanga 等(2001)Methods 25 :463-71)；和( 寡核苷酸連接測定(見例如Grossman等(1994) Nuc. Acids Res. 22 :4527-4534 ；專利申請公開號US 2003/0119004A1 ；PCT 國際公開號 WO 01/92579A2 ；和美國專利號 6，027，889)。還可以通過錯配檢測法來檢測變異。錯配是並非100%互補的雜交核酸雙鏈體。 完全互補的缺乏可以由缺失、插入、倒位或取代引起。錯配檢測法的一個實例是描述於例如 Faham 等，Proc. Natl Acad. Sci USA102 :14717-14722(2005)禾Π Faham 等，Hum. Mo 1. Genet. 10 :1657-1664(2001)中的錯配修復檢測(MRD)測定。錯配切割技術的另一實例是 RNase 保護法，其描述於 Winter 等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82 :7575,1985 和 Myers 等， Science 230 1M2，1985中。例如，本發明的方法可以涉及與人野生型靶核酸互補的標記的核糖核酸探針的使用。將核糖核酸探針與源自組織樣品的靶核酸復性(雜交)在一起，隨後用能夠檢測雙鏈體RNA結構中的一些錯配的酶RNase A消化。若RNase A檢測到錯配，則它在該錯配位點處切割。因此，在電泳凝膠基質上分離復性的RNA製備物時，若RNaseA已檢測到並切割了錯配，則將看到比核糖核酸探針與mRNA或DNA的全長雙鏈體RNA小的RNA 產物。核糖核酸探針無需是靶核酸的全長，而可以是靶核酸的部分，只要它包含疑似具有變異的位置。可以以類似的方式用DNA探針來檢測錯配，例如通過酶或化學切割。見例如 Cotton 等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85 :4397,1988 ；和 Shenk 等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72 :989,1975。備選地，可以通過錯配雙鏈體相對於配對雙鏈體的電泳遷移率變動來檢測錯配。見例如Cariello，Human Genetics,42 726,19880可以在雜交前用核糖核酸探針或DNA探針擴增疑似包含變異的靶核酸。還可以用Southern雜交檢測靶核酸中的改變，尤其是如果該改變是總體重排(gross rearrangement)，如缺失和插入。可以用用於靶核酸或周圍標記基因的限制性片段長度多態性(RFLP)探針來檢測變異，例如插入或缺失。還可以通過靶核酸的克隆、測序和擴增來檢測插入和缺失。還可以用單鏈構象多態性(SSCP)分析來檢測等位基因的鹼基改變變體。見例如Orita等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA86 :2766-2770,1989 和 Genomics，5 :874-879,1989。可以用本領域技術人員已知的某些方法獲得生物樣品。可以從脊椎動物，且尤其是哺乳動物獲得生物樣品。通常用組織活組織檢查獲得代表性腫瘤組織塊。備選地，可以以已知或認為其包含目的腫瘤細胞的組織或流體形式直接獲得腫瘤細胞。例如，可以通過切除、支氣管鏡檢查術、細針抽吸、支氣管刷檢，或從唾液、胸膜液或血液獲得肺癌病灶的樣品。可以從腫瘤樣品或從其他身體樣品如尿、唾液或血清(腫瘤細胞從腫瘤脫落並出現在這類身體樣品中)檢測靶核酸(或所編碼的多肽)中的變異。通過篩選這類身體樣品，可以達到疾病如癌症的簡單早期診斷。此外，通過針對靶核酸(或所編碼的多肽)中的變異測試這類身體樣品，可以更容易地監測治療的進展。此外，本領域已知用於針對腫瘤細胞富集組織製備物的方法。例如，可以從石蠟或恆冷箱切片分離組織。還可以通過流式細胞術或雷射捕獲顯微解剖從正常細胞分離癌細胞。確定受試者或組織或細胞樣品包含本文公開的遺傳變異之後，考慮可以對該受試者施用有效量的適當的狼瘡治療劑，以在該受試者中治療該狼瘡病症。可以由熟練的從業者在哺乳動物中進行本文所述的多種病理病症的診斷。允許例如在哺乳動物中診斷或檢測狼瘡的診斷技術是本領域可得的。可以按照已知的方法施用狼瘡治療劑，如作為快速濃注或通過在一段時間內連續輸注靜脈內施用，通過肌內、腹膜內、intracerobrospinal、皮下、關節內、滑膜內、鞘內、口腔、局部或吸入途徑。可選地，可以通過使用多種市售器械的微泵輸注來進行施用。可以根據經驗來測定施用狼瘡治療劑的有效劑量和時間表，且進行這類測定在本領域技術範圍內。可以利用單個或多個劑量。例如，單獨使用的幹擾素抑制劑的有效劑量或量可以在從每天約lmg/kg體重至約100mg/kg體重的範圍內。可以以本領域已知的方式， 例如按Mordenti等，Pharmaceut. Res.，8 :1351 (1991)中所公開進行劑量的物種間增減。在利用狼瘡治療劑的體內施用時，取決於施用途徑，正常劑量可以從每天約IOng/ kg至至多100mg/kg哺乳動物體重或更多變動，優選約1 μ g/kg/天至10mg/kg/天。文獻中提供了關於特定劑量和遞送方法的指導；見例如美國專利號4，657，760,5, 206，344或 5，225，212。預期不同的製劑將對不同治療化合物和不同障礙有效，靶向一個器官或組織的施用例如可以使得必需以不同於另一器官或組織的方式遞送。考慮還可以在該方法中利用其他療法。該一種或多種其他療法可以包括但不限於對所討論的障礙施用類固醇和護理方案的其他標準。考慮可以將這類其他療法用作從例如定向狼瘡治療劑分開的藥劑。提供通過檢測源自生物樣品的一個或多個SLE風險基因座和/或一個或多個SLE 相關基因座中的變異來檢測狼瘡的存在的方法。在一個實施方案中，該生物樣品獲自疑似患有狼瘡的哺乳動物。提供通過檢測遺傳變異是否存在於源自生物樣品的一個或多個SLE風險基因座和/或一個或多個SLE相關基因座中來測定該生物樣品的基因型的方法。在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表2所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表12所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該 SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在另一實施方案中，已知該生物樣品包含或疑似包含含有一個或多個SLE風險基因座和/或一個或多個SLE相關基因座的核酸，每個基因座包含變異。在另一實施方案中，該生物樣品是細胞系，例如原代或無限增殖化細胞系。在一個這種實施方案中，該基因型分型為分類或再分類 (sub-classifying)疾病提供了基礎。還提供通過檢測一個或多個變異在包含源自獲自哺乳動物的生物樣品的一個或多個SLE風險基因座和/或一個或多個SLE相關基因座的核酸中的存在來在該哺乳動物中診斷狼瘡的方法，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有一個或多個SLE風險基因座或一個或多個SLE相關基因座的核酸，每個基因座包含變異。還提供通過檢測一個或多個變異在包含源自獲自哺乳動物的生物樣品的一個或多個SLE風險基因座和/或一個或多個 SLE相關基因座的核酸中的存在，來在該哺乳動物中輔助診斷狼瘡的方法，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有一個或多個SLE風險基因座和/或一個或多個SLE相關基因座的核酸，每個基因座包含變異。在一個實施方案中，該變異是遺傳變異。在一個實施方案中， 該遺傳變異在對應於表2所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表12所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP 在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在另一實施方案中，提供通過測定受試者是否在表2所示的一個或多個SLE風險基因座中和/或表12所示的一個或多個SLE相關基因座中包含變異來預測該患有狼瘡的受試者是否將對治療劑反應的方法，其中每個基因座上的該變異存在於分別對應於表2或表12所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，其中變異在每個基因座上的存在指示該受試者將對該治療劑反應。在一個實施方案中，該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表2所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。 在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表12所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供通過在受試者中檢測變異在表2所示的一個或多個SLE風險基因座和/或表12所示的一個或多個SLE相關基因座中的存在或缺乏來評估該受試者罹患狼瘡的素質的方法，其中每個基因座上的該變異分別存在於對應於表2或表12所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，其中變異在每個基因座上的存在指示該受試者傾向於罹患狼瘡。在一個實施方案中，該變異是遺傳變異。在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表2所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表12所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組 DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供在哺乳動物中再分類狼瘡的方法，該方法包括在源自該哺乳動物的生物樣品中檢測變異在表2所示的一個或多個SLE風險基因座和/或表12所示的一個或多個SLE 相關基因座中的存在，其中每個基因座上的該變異分別存在於對應於表2或表12所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，其中已知該生物樣品包含或疑似包含含有該變異的核酸。在一個實施方案中，該變異是遺傳變異。在一個實施方案中， 該變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP 在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在一個實施方案中，該再分類表徵為所涉及的組織/器官(例如狼瘡性腎炎)、性別和/或種族。在本發明的檢測方法的一個實施方案中，該檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。還提供鑑定對在患者亞群中治療狼瘡有效的治療劑的方法，該方法包括使該藥劑的功效與遺傳變異在選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3和IRF5的至少 3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在相關，從而將該藥劑鑑定為對在該患者亞群中治療狼瘡有效。在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表2所示的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP 在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供鑑定對在患者亞群中治療狼瘡有效的治療劑的方法，該方法包括使該藥劑的功效與遺傳變異在表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在相關，從而將該藥劑鑑定為對在該患者亞群中治療狼瘡有效。在一個實施方案中，該遺傳變異在對應於表12所示的SNP位置的核苷酸位置上。 在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的 SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。根據需要，其他方法提供用於確定適當的臨床幹預步驟的信息。因此，在本發明的方法的一個實施方案中，該方法進一步包括臨床幹預步驟，其基於變異在本文所公開的一個或多個SLE風險基因座和/或一個或多個SLE相關基因座中的存在或缺乏的評估結果。 例如，適當的幹預可以涉及預防和治療步驟，或根據通過本發明的方法獲得的遺傳信息調整任意當時的預防或治療步驟。如對本領域技術人員而言顯而易見的，在本文所述的任意方法中，雖然檢測到變異的存在將肯定地指示疾病特徵(例如疾病亞型的存在)，但通過提供該疾病的反向 (reciprocal)表徵，未檢測到變異也將是提供信息的。還提供擴增包含SLE風險基因座或其片段的核酸的方法，其中該SLE風險基因座或其片段包含遺傳變異。還提供擴增包含SLE相關基因座或其片段的核酸的方法，其中該 SLE相關基因座或其片段包含遺傳變異。在一個實施方案中，該方法包括(a)使該核酸與雜交至該遺傳變異的5』或3』序列的引物接觸，和(b)延伸該引物以產生包含該遺傳變異的擴增產物。在一個實施方案中，該方法進一步包括使該擴增產物與雜交至該遺傳變異的 5』或3』序列的第二引物接觸，並延伸該第二引物以產生第二擴增產物。在一個這種實施方案，該方法進一步包括例如通過聚合酶鏈反應擴增該擴增產物和第二擴增產物。在一些實施方案中，該遺傳變異在對應於本發明的SNP位置的核苷酸位置上。在一個這種實施方案，該遺傳變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。 在一個這種實施方案中，該遺傳變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的 SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。其他方法還包括在哺乳動物中治療狼瘡的方法，其包括以下步驟從該哺乳動物獲得組織或細胞樣品，針對本文所公開的變異的存在或缺乏檢查該組織或細胞，並在測定變異在該組織或細胞樣品中的存在或缺乏後對該哺乳動物施用有效量的適當的治療劑。可選地，該方法包括對該哺乳動物施用有效量的定向狼瘡治療劑和可選地施用第二治療劑 (例如類固醇等)。還提供在受試者中治療狼瘡病症的方法，在該受試者中，已知在表2所列的一個或多個SLE風險基因座中對應於表2所列的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，該方法包括對該受試者施用對治療該病症有效的治療劑。在一個實施方案中，該變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供在受試者中治療狼瘡病症的方法，在該受試者中，已知在表12所列的一個或多個SLE相關基因座中對應於表12所列的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，該方法包括對該受試者施用對治療該病症有效的治療劑。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑， 已知該治療劑對在表2所列的一個或多個SLE風險基因座中對應於表2所列的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療該病症有效。在一個實施方案中，該變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區) 的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該 SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑， 已知該治療劑對在表12所列的一個或多個SLE相關基因座中對應於表12所列的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療該病症有效。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑， 該治療劑在之前對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療該病症有效，該至少5名人受試者各自在表2所列的一個或多個SLE風險基因座中對應於表2 所列的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異。在一個實施方案中，該變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在一個實施方案中，對於該至少5名受試者的組，該至少5名受試者總計具有兩個或多個不同的SNP。在一個實施方案中，對於至少5名受試者的整個組，該至少5名受試者具有相同的SNP。還提供治療患有狼瘡病症的受試者的方法，該方法包括對該受試者施用治療劑， 該治療劑在之前對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療該病症有效，該至少5名人受試者各自在表12所列的一個或多個SLE相關基因座中對應於表12 所列的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在一個實施方案中，對於該至少5名受試者的組，該至少5名受試者總計具有兩個或多個不同的SNP。在一個實施方案中，對於至少5名受試者的整個組，該至少5名受試者具有相同的SNP。還提供治療隸屬於具體的狼瘡患者亞群的狼瘡受試者的方法，其包括對該受試者施用有效量的批准作為用於該亞群的治療劑的治療劑，其中該亞群至少部分表徵為與選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異相關。在一個實施方案中，該變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。 在一個實施方案中，該亞群屬於歐洲家系。在一個實施方案中，本發明提供包括製備狼瘡治
37療劑，並與對受試者施用該藥劑的說明一起包裝該藥劑的方法，該受試者患有或認為其患有狼瘡，且在對應於表2所列的單核苷酸多態性(SNP)的位置上具有遺傳變異。在一個實施方案中，該變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供治療隸屬於具體的狼瘡患者亞群的狼瘡受試者的方法，其包括對該受試者施用有效量的批准作為用於該亞群的治療劑的治療劑，其中該亞群至少部分表徵為與表12 給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異相關。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在一個實施方案中，本發明提供包括製備狼瘡治療劑，並與對受試者施用該藥劑的說明一起包裝該藥劑的方法，該受試者患有或認為其患有狼瘡， 且在對應於表12所列的單核苷酸多態性(SNP)的位置上具有遺傳變異。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供指定用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，該方法包括提供對患者亞群施用該治療劑的說明，該患者亞群至少部分表徵為選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、 STAT4、UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異。在一個實施方案中，該變異包含表2所示的 SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在一個實施方案中，該亞群屬於歐洲家系。還提供指定用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，該方法包括提供對患者亞群施用該治療劑的說明，該患者亞群至少部分表徵為表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該 SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在一個實施方案中，該亞群屬於歐洲家系。還提供用於銷售用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，該方法包括告知目標聽眾關於該治療劑在治療該患者亞群中的用途，該患者亞群至少部分表徵為在這種亞群的患者中，在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異。在一個實施方案中，該變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。 在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在以上包括使用治療劑的方法中任一種的實施方案中，這種藥劑包含本文所公開的狼瘡治療劑。還提供用於銷售用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，該方法包括告知目標聽眾關於該治療劑在治療該患者亞群中的用途，該患者亞群至少部分表徵為在這種亞群的患者中，在表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP) 的核苷酸位置上存在遺傳變異。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。在以上包括使用治療劑的方法中任一種的實施方案中，這種藥劑包含本文所公開的狼瘡治療劑。還提供用於在受試者中調節通過I型幹擾素途徑的信號發放的方法，在該受試者中，已知在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，該方法包括對該受試者施用對調節一個或多個幹擾素誘導基因的基因表達有效的治療劑。還提供用於選擇患有狼瘡的患者來用狼瘡治療劑治療的方法，其包括檢測遺傳變異在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在。在一個實施方案中，該變異包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表2所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。還提供用於選擇患有狼瘡的患者來用狼瘡治療劑治療的方法，其包括檢測遺傳變異在表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在。在一個實施方案中，該變異包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該遺傳變異在編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中，其中該基因(或其調節區)包含表12所示的SNP。在一個實施方案中，該SNP在該基因的非編碼區中。在一個實施方案中，該SNP在該基因的編碼區中。
試劑盒在本發明的一個實施方案中，提供試劑盒。在一個實施方案中，試劑盒包含本文所述的任意多核苷酸，可選地具有酶。在一個實施方案中，該酶是選自核酸酶、連接酶和聚合酶的至少一種酶。在一個實施方案中，本發明提供試劑盒，其包含本發明的組合物，及用該組合物通過測定受試者的基因組中是否包含本文所公開的遺傳變異來檢測狼瘡的說明。在一個實施方案中，本發明的組合物包含多個能夠特異性與表2所示的一個以上SLE風險基因座或其互補序列雜交的多核苷酸，每個SLE風險基因座在對應於表2所示的SNP位置的核苷酸位置上包含遺傳變異。在一個實施方案中，本發明的組合物包含能夠結合至少部分SLE風險基因座並影響其聚合作用(例如擴增)的核酸引物。在一個實施方案中，本發明的組合物包含特異性檢測含有SLE風險基因座(或其互補序列)的多核苷酸的結合劑(例如引物、 探針)。在一個實施方案中，本發明提供製備物品，其包含與用該藥劑治療在本文所公開的一個或多個SLE風險基因座中具有變異的狼瘡患者的說明組合的治療劑。還提供試劑盒，其包含本發明的組合物，及用該組合物通過測定受試者的基因組中是否包含本文所公開的遺傳變異來檢測狼瘡的說明。在一個實施方案中，本發明的組合物包含多個能夠特異性與表12所示的一個以上SLE相關基因座或其互補序列雜交的多核苷酸，每個SLE相關基因座在對應於表12所示的SNP位置的核苷酸位置上包含遺傳變異。 在一個實施方案中，本發明的組合物包含能夠結合至少部分SLE相關基因座並影響其聚合作用(例如擴增)的核酸引物。在一個實施方案中，本發明的組合物包含特異性檢測含有 SLE相關基因座(或其互補序列)的多核苷酸的結合劑(例如引物、探針)。在一個實施方案中，本發明提供製備物品，其包含與用該藥劑治療在本文所公開的一個或多個SLE相關基因座中具有變異的狼瘡患者的說明組合的治療劑。為了用於上文描述或暗示的應用中，本發明還提供試劑盒或製備物品。這類試劑盒可以包含載體工具，將其分隔以緊密限制(closeconfinement)地容納一個或多個容器工具如小瓶、管等，每個容器工具包含待用於該方法的分開的元件之一。例如，容器工具之一可以包含是檢測標記的探針，或包含可以檢測標記的探針。這種探針可以是對包含SLE 風險基因座或SLE相關基因座的多核苷酸特異的多核苷酸。在該試劑盒利用核酸雜交來檢測靶核酸時，該試劑盒還可以具有包含用於擴增該靶核酸序列的核苷酸的容器和/或包含報導工具的容器，該報導工具如生物素結合蛋白質，如與諸如酶標記、螢光標記或放射性同位素標記的報導分子結合的抗生物素蛋白或鏈黴抗生物素蛋白。本發明的試劑盒通常將包含上文所述的容器和一個或多個其他容器，其包含從商業和使用者的觀點看所需要的材料，包括緩衝液、稀釋液、濾器、針、注射器和具有使用說明的包裝插入物。容器上可以存在標籤來指示該組合物用於具體的治療或非治療性應用，且還可以指示如上文所述的體內或體外使用的方向。本發明的試劑盒具有許多實施方案。典型的實施方案是包含容器、該容器上的標籤和包含於該容器內的組合物的試劑盒；其中該組合物包含用於含有SLE風險基因座和/ 或SLE相關基因座的多核苷酸的檢測劑，該容器上的標籤指示該組合物可以用於評價包含 SLE風險基因座和/或SLE相關基因座的多核苷酸在至少一種類型的哺乳動物細胞中的存在，及用該檢測劑來評價包含SLE風險基因座和/或SLE相關基因座的多核苷酸在至少一種類型的哺乳動物細胞中的存在的說明。該試劑盒還可以包含用於製備組織樣品及對組織樣品的同一切片應用抗體和探針的一套說明和材料。例如，試劑盒可以包含容器、該容器上的標籤和包含於該容器內的組合物，其中該組合物包含在嚴格條件下與含有SLE風險基因座或SLE相關基因座的多核苷酸的互補序列雜交的多核苷酸，該容器上的標籤指示該組合物可以用於評價包含SLE風險基因座或SLE相關基因座的多核苷酸在至少一種類型的哺乳動物細胞中的存在，及用該多核苷酸評價包含SLE風險基因座或SLE相關基因座的多核苷酸在至少一種類型的哺乳動物細胞中的存在的說明。該試劑盒中的其他可選組分包括一種或多種緩衝液(例如封閉緩衝液、洗滌緩衝液、底物緩衝液等)、其他試劑如通過酶標籤化學改變的底物(例如色素原)、表位恢復溶液 (epitope retrieval solution)、對照樣品(陽性和/或陰性對照)、對照載玻片等。
銷售方法本發明還包括用於銷售狼瘡治療劑或其可藥用組合物的方法，其包括向目標聽眾宣傳、告知和/或說明該藥劑或其藥物組合物在治療已從其獲得樣品顯示存在本文所公開的遺傳變異的狼瘡患者或患者亞群中的用途。銷售一般是通過非人媒介的付費傳播，其中確認廣告客戶並控制信息。為了本文的目的，銷售包括宣傳、公關活動、產品放置、贊助、包銷和促銷。此術語還包括贊助的出現在任意印刷傳播媒介中的信息公告，其設計用於呼籲大量讀者，以說服、告知、促進、刺激， 或以其他方式改變對偏好的購買、支持或批准本發明的模式的行為。可以通過任意手段來實現本文的診斷方法的銷售。用於傳遞這些信息的銷售媒介的實例包括電視、廣播、電影、雜誌、報紙、網絡和廣告牌，包括廣告，其是出現在廣播媒介中的信息。所使用的銷售類型將取決於許多因素，例如取決於要達到的目標聽眾的性質，例如醫院、保險公司、診所、醫生、護士和患者，以及成本考慮和管理藥劑和診斷劑銷售的相關管轄法律(jurisdictional law)和法規。可以根據通過服務互動確定的用戶特徵和/或其他資料如使用者的人口統計和地理位置來個性化或定製銷售。以下是本發明的方法和組合物的實施例。應理解，由於上文提供的一般描述，可以實施多種其他實施方案。
實施例在實施例通篇中，通過數字表示對某些出版物的引用，其在實施例部分末尾具有完整的目錄信息。
實施例1
已確認的SLE風險基因座和SLE風險等位基因的鑑定之前已描述了 SLE病例以及來自New York HealthProject (NYHP)標本收藏(Mitchell等，J Urban Health 81(2) :301-10(2004))的對照的選擇和基因型分型 (Hom等，N Engl J Med 358(9) :900-9 (2008))。如下文詳述，該SLE病例由3個病例系列組成a)來自由 NIH/NIAMS 資助的貯藏處 Autoimmune Biomarkers Collaborative Network (ABCoN) (Bauer 等，PLoS medicine 3(12) :e491 (2006))的 338 個病例和來自 Multiple Autoimmune Disease Genetics Consortium(MADGC)(Criswell 等，Am J Hum Genet 76(4) :561-71(2005))的 141 個病例；b)來自 Universityof California San Francisco (UCSF) Lupus Genetics Project (Seligman 等，Arthritis Rheum 44(3) 618-25(2001) ；Remmers 等，N Engl J Med357(10) :977-86(2007))的 613 個病例；和 c)來自 University of PittsburghMedical Center (UPMC)(Demirci 等，Ann Hum Genet 71 (Pt 3) :308-11(2007))的 335個病例和來自 The Feinstein Institute for Medical Research 的8個病例。對照是來自NYHP標本收藏的1861個樣本、來自公開可得的iControlDB資料庫 (可在Illumina Inc.獲得)的1722個樣本和來自公開可得的National Cancer Institute Cancer Genetic Markers ofSusceptibiIity (CGEMS)項目(可在 cgems. cancer, gov 下在網際網路上獲得)的4564個樣本。
1310個SLE病例和7859個對照的全基因組數據集我們之前描述了 SLE病例樣本的選擇和基因型分型(Hom等，N Engl J Med 358(9) :900-9(2008)).如通過自我報告確定並通過基因型分型確認，所有SLE病例都是歐洲血統的北美人。通過醫療記錄審查(94%)或通過主治風溼病學家書寫的標準文件(6% )在所有病例中確認了 SLE的診斷(達到4條或多條American College of Rheumatology [ACR]定義的標準[Hochberg 等，Arthritis Rheum 40(9) : 1725 [1997]])。 這些病例系列的臨床資料在其他地方給出Geligman等，Arthritis Rheum 44(3) 618-25 (2001) ；Criswell 等，Am J Hum Genet 76 (4) :561-71 (2005) ；Bauer 等， PLoSmedicine 3(12) :e419(2006) ；Demirci 等，Ann Hum Genet 71 (Pt 3) :308-11(2007)； Remmers 等，N Engl J Med 357(10) :977-86 (2007)) 之前描述了 NYHP 樣本的基因型分型和選擇(Hom 等，N Engl J Med 358(9) 900-9 (2008)) 用下文所述的軟體程序PLINK和EIGENSTRAT內的分析模塊進行樣本和SNP過濾 (還見 Purcell 等，Am J Hum Genet 81 (3) :559-75(2007) ；Price 等，Nat Genet 38(8) 904-09(2006)).將全基因組SNP數據用於此研究中，以便於病例和對照的緊密匹配，提供已確認的和疑似的SLE基因座上的基因型。
a)SLE病例、NYHP樣本和iControlDB樣本按照之前所述(Hom等，N Engl J Med 358(9) 900-9 (2008)), M Illumina 550K SNP陣列版本l(HH550vl)對464個病例和1962個對照進行基因型分型，用Illumina 550K SNP陣列版本3(HH550v3)對971個病例和1621個對照進行基因型分型。將報告性別與觀察到的性別不匹配的樣本(HH550vl 10, HH550v3 11)和具有> 5%缺失基因型的樣本 (HH550vl :25,HH550v3 :21)從該分析排除。通過針對所有可能的配對樣本組合的跨越整個基因組的狀態等同(IBQ的估計來測定SLE病例和對照之間隱藏的相關性。排除來自估計為重複或第一至第三級親屬的每一對的樣本(Pi_hat彡0. 10和Zl彡0. 15 ；HH550vl :88， HH550v3 73)。去除了對照中HWE P 彡 1Χ1(Γ6 的 SNP(HH550vl :3176, HH550v3 :2240)和具有 > 5%缺失數據的SNP(HH550vl 12605，HH550v3 :7137)。針對病例和對照間缺失數據頻率的顯著性差異檢驗了 SNP，並去除了在PLINK中執行的差異缺失檢驗(differential missingnesstest)中 P 1 X 10Λ針對分批效應(例如在ABCoN樣本和所有其他病例之間)的存在檢查了數據，並排除了等位基因頻率差異P < 1 X IO"9的SNP(HH550vl :18,HH550v3 :10)。將具有雜合單倍體基因型的變體設置為缺失(HH550vl :2305, HH550v3 :875)。此外，去除了具有較小的等位基因頻率< 0. 0001 的變體(HH550vl 97, HH550v3 :57)。
b)CGEMS 樣本對於2277個前列腺癌樣本和分開的2297個乳腺癌樣本，將雜合單倍體基因型設置為缺失(前列腺癌2717，乳腺癌0)。排除報告性別與觀察到的性別不匹配的樣本(前列腺癌0，乳腺癌 和具有> 5%缺失數據的樣本(前列腺癌15，乳腺癌1)。按上文所述針對隱藏的相關性檢驗樣本，我們從估計為重複或第一至第三級親屬(relative)的每一對去除了一個樣本(Pi_hat彡0. 10和Zl彡0. 15 ；前列腺癌12，乳腺癌7)。去除MAF < 0. 0001 (前列腺癌3254，乳腺癌2166)的SNP。
c)所有樣本將其他數據質量過濾應用於由SLE病例和對照組成的合併數據集。去除具有>5%缺失數據的SNP (N = 65，421)和具有> 5%缺失數據的樣本(N = 0)。用MAF彡0. 45 的957個獨立的SNP進行了針對重複樣本的檢驗，未發現重複樣本。去除對照中HWE P彡1 X IO"6的SNP (N = 2174)和具有> 2%缺失數據的SNP (N = 5522)。我們針對病例和對照之間缺失數據比例的顯著性差異檢驗了 SNP，並去除了具有過度缺失數據差異的 SNP(P ( IX 10_5，N = 16080)。針對性別間的顯著性差異檢驗了 SNP，對照中所有SNP具有 P彡1 X 10Λ還針對分批效應的存在檢查了 SNP ；尤其是CGEMS乳腺癌樣本和所有其他對照之間，及CGEMS前列腺癌樣本和所有其他對照之間，並去除了 P < IX 10_9的SNP(N = 73)。 應用以上質量過濾之後，剩餘480，831個SNP。用EIGENSTRAT針對群體逸出值(outlier)檢驗了病例和對照。為了確定變異的主成分(EIGENSTRAT)以檢驗群體逸出值的目的，排除了病例中MAF 缺失數據(N = 17029)的 SNP ；由染色體 6 Q4_36Mb)、 8(8-12Mb)Ul(42-58Mb)和17(40-43Mb)上的結構變異引起的異常LD帶型區中的SNP ；和染色體X的假常染色區中的SNP(N= 12)。去除沿前10個主成分的任一個高於平均值6個標準差的樣本(N = 148)。最終的數據集具有1310個病例、7859個對照和480，831個SNP。最終的基因組對照膨脹因子(inflation factor) ( λ g。)1(1為1. 06，表明病例和對照的良好匹配。
確認的SLE風險基因座和SLE風險等位基因的鑑定我們檢查了涉及SLE風險基因座和等位基因的文獻，並應用本文所述的方法來鑑定確認的SLE風險基因座和確認的SLE風險等位基因。簡言之，我們鑑定了在非重疊SLE 群組中具有2篇獨立的發表的報告，各自具有PSlX ΙΟ"5的基因座。總計7個基因座滿足該要求(見表1)。因此，表1中所列的基因座的每一個是確認的SLE風險基因座。表1 還列出了確認的SLE風險基因座的每一個的等位基因，因此，那些基因是確認的SLE風險等位基因。鑑定了另外18個基因座，其中單個出版物報導了 P0.75)。對於這14個基因座，進行了元分析來組合報導的相關和我們的數據集中的相關；這些基因座中的9個達到 P <5X10_8，因此，我們也將它們鑑定為確認的SLE風險基因座(表3)。下文給出這些分析的進一步細節。
具有2篇獨立的發表的報告的SLE風險基因座和SLE風險等位基因我們鑑定了在非重疊SLE群組中具有2篇獨立的發表的報告，各自具有 P ^ 1X10_5(對應於使用 Fisher，s 組合概率檢驗(combinedprobability test)的 P 值為2.4X10_9)的基因座(表1)。需要顯示以相同的作用方向與SLE相關的相同的變體 (或r2>0.3的取代物)。總計7個基因座滿足該要求，包括等位基因HLA * 0301(對於基因座 HLA-DR3) (Hartung 等，J Clin Invest 90 :1346-51(1992) ；Yao 等，Eur J Immunogenet20 (5) :259-66 (1993))、等位基因 HLA-DRBl * 1501 (對於基因座 HLA-DR2) (Hartung 等，J Clin Invest 90 :1346-51 (1992) ；Yao 等，Eur J Immunogenet20 (5) 259-66 (1993))和以下基因座蛋白酪氨酸磷酸酶非受體型22 (PTPN22) (Lee等， Rheumatology (Oxford, England) 46 (1) :49-56(2007) ；Harley 等，Nat Genet 40(2) 204-10(2008)),幹擾素調節因子 5(IRF5) (Sigurdsson 等，Am J Hum Genet 76(3)528-37(2005) ；Graham 等，NatGenet 38(5) :550-55 (2006))、轉錄 4 的信號轉導物和激活物 (STAT4) (Remmers 等，N Engl J Med 357(10) :977-86(2007) ；Harley 等，Nat Genet40 (2) 204-l(K2008))、B 淋巴酪氨酸激酶(BLK) (Hom 等，N Engl J Med358 (9) :900-9(2008)； Harley等，Nat Genet 40(2) :204-10(2008))和整聯蛋白 aM(ITGAM) (Horn等，N Engl J Med 358(9) :900-9(2008) ；Nath 等，NatGenet 40(2) 152-4 (2008)) 使我們的 I3IO 個 SLE 病例和7859個對照的全基因組數據集中相同的等位基因或最佳取代物(r2 > 0. 85)進入該分析(表1)。
具有1篇發表的報告的SLE風險基因座和SLE風險等位基因鑑定了另外18個基因座，其中存在報導IXlO-5的相關的單個出版物 (Prokunina^, Nat Genet 32(4) :666-9(2002) ；Sigurdsson φ, Am J Hum Genet 76(3) 528-37(2005) Jacob φ, Arthritis Rheum56(12) :4164-73(2007) ；Cunninghame Graham 等，Nat Genet 40(1) :83-89(2008) ；Edberg 等，Hum Mol Genet 17(8) :1147-55(2008)； Harley 等，NatGenet 40(2) :204-10(2008) ；Kozyrev 等，Nat Genet 40(2) :211-6(2008)； Oishi 等，Journal of human genetics 53(2) :151-62(2008) ；Sawalha 等，PLoS 0NE3 (3) el727(2008))。在這些基因座中的14個中，在我們的1310個SLE病例和7859個對照的全基因組數據集中對相同的變體或近乎完美的取代物(r2>0. 75)進行了基因型分型(表3)。 用下文所述的方法對這14個基因座進行了元分析，這些基因座中的9個達到P ( 5X 10_8。 達到全基因組顯著性的基因座(通過該基因座內的單個基因來標記)包括垂體腫瘤轉化蛋白1 (PTPGl)、APG5自體吞噬5-樣(ATG5)、結合CTD的SR樣蛋白rA9 (KIAA1542)、泛素綴合酶E2L3 (UBE2L3)、包含PX結構域的絲氨酸/蘇氨酸激酶(PXK)、IgG的Fc片段、低親和力Ila、受體(FCGR2A)、腫瘤壞死因子(配體)超家族4(TNFSF4)、白細胞介素_1受體結合激酶I(IRAKl)和具有錨蛋白重複1的B細胞支架蛋白(BANKl)。使在元分析中達到全基因組顯著性的變體進入分析(表2、表幻。在其餘4個基因座中，未在我們的1310個SLE病例和7859個對照的全基因組數據集中對報導的變體或近乎完美的取代物(r2 > 0. 75)進行基因型分型(表4)。通過加和針對當前病例系列的群組大小加權的Z得分和來自Kozyrev等，Nat Genet 40(2) :211-6(2008), Oishi 等，Journal of HumanGenetics 53(2) :151-62(2008) 和Sawalha等，PLoS ONE 3(3) :el727(2008)的報導測定校正的元分析相關統計值。當前的病例系列間的元分析和Harley等，Nat Genet 40(2) =204-10(2008)所述的相關掃描在所使用的對照樣本中具有大量重疊。因此，通過合併來自Harley等的報導和當前的病例系列的SLE病例並計算相對於上文所述的7859個對照的相關統計值來進行這些等位基因的元分析。對於 Cunninghame Graham 等，Nat Genet 40(1) :83-89(2008)所述的基於家族的研究，用Fisher』 s組合概率檢驗進行元分析。
4權利要求
1.在受試者中鑑定狼瘡的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中每個基因座上的所述變異存在於對應於表2所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，且其中所述受試者疑似患有狼瘡。
2.權利要求1的方法，其中在至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少7個基因座， 或至少10個基因座，或至少12個基因座中檢測變異。
3.權權利要求1的方法，其中在16個基因座中檢測變異。
4.權利要求1的方法，其中每個基因座上的所述變異是遺傳變異。
5.權利要求4的方法，其中每個變異包含表2所示的SNP。
6.權利要求5的方法，其中所述檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。
7.用於預測患有狼瘡的受試者對狼瘡治療劑的反應性的方法，所述方法包括測定所述受試者是否在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中包含變異，其中每個基因座上的所述變異存在於對應於表2所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，其中變異在每個基因座上的存在指示所述受試者對所述治療劑的反應性。
8.權利要求7的方法，其中所述受試者在至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少 7個基因座，或至少10個基因座，或至少12個基因座中包含變異。
9.權利要求7的方法，其中所述受試者在16個基因座中包含變異。
10.權利要求7的方法，其中每個基因座上的所述變異是遺傳變異。
11.權利要求10的方法，其中每個變異包含表2所示的SNP。
12.在受試者中診斷或預測狼瘡的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中(a)已知所述生物樣品包含或疑似包含含有表2所示的至少3個SLE風險基因座的核酸，每個基因座包含變異；(b)每個基因座上的所述變異包含表2所示的SNP，或定位在對應於表2所示的SNP的核苷酸位置上；和(c)所述變異在每個基因座上的存在是所述受試者中狼瘡的診斷或預測。
13.在受試者中輔助診斷或預測狼瘡的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中(a)已知所述生物樣品包含或疑似包含含有表2所示的至少3個SLE風險基因座的核酸，每個基因座包含變異；(b)每個基因座上的所述變異包含表2所示的SNP，或定位在對應於表2所示的SNP的核苷酸位置上；和(c)所述變異在每個基因座上的存在是所述受試者中狼瘡的診斷或預測。
14.權利要求12或13的方法，其中在至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少7個基因座，或至少10個基因座，或至少12個基因座中檢測變異。
15.權利要求14的方法，其中在16個基因座中檢測變異。
16.在受試者中治療狼瘡病症的方法，在所述受試者中，已知在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，所述方法包括對所述受試者施用對治療所述病症有效的治療劑。
17.治療患有狼瘡病症的受試者的方法，所述方法包括對所述受試者施用治療劑，所述治療劑對在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療所述病症有效。
18.治療患有狼瘡病症的受試者的方法，所述方法包括對所述受試者施用治療劑，所述治療劑在對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療所述病症有效，所述至少5名人受試者各自在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異。
19.權利要求1、7、12、13、16、17或18中任一項的方法，其中所述至少3個SLE風險基因座是 PTTGl、ATG5 和 UBE2L3。
20.在受試者中鑑定狼瘡亞表型的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 禾口 IRF5 的至少 3 個 SLE風險基因座的每一個中的存在，其中每個基因座上的所述變異存在於對應於表2所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，且其中所述受試者疑似患有狼瘡和疑似具有狼瘡的亞表型。
21.權利要求20的方法，其中在至少4個基因座或至少5個基因座中檢測變異。
22.權利要求20的方法，其中在7個基因座中檢測變異。
23.權利要求20的方法，其中每個基因座上的所述變異是遺傳變異。
24.權利要求23的方法，其中每個變異包含表2所示的SNP。
25.權利要求M的方法，其中所述檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。
26.權利要求20的方法，其中所述狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在。
27.權利要求沈的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。
28.權利要求沈的方法，其中所述生物樣品是血清。
29.權利要求20的方法，其中所述狼瘡亞表型至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比，源自所述受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。
30.權利要求20的方法，其中所述狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在，及與一名或多名對照受試者相比，源自所述受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。
31.用於預測具有鑑定的狼瘡亞表型的受試者對狼瘡治療劑的反應性的方法，所述方法包括測定所述受試者是否在選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3和 IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中包含變異，其中每個基因座上的所述變異存在於對應於表2所示的基因座的每一個的單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，其中變異在每個基因座上的存在指示所述受試者對所述治療劑的反應性。
32.權利要求30的方法，其中所述受試者在至少4個基因座或至少5個基因座中包含變異。
33.權利要求30的方法，其中所述受試者在7個基因座中包含變異。
34.權利要求30的方法，其中每個基因座上的所述變異是遺傳變異。
35.權利要求33的方法，其中每個變異包含表2所示的SNP。
36.在受試者中診斷或預測狼瘡亞表型的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中(a)已知所述生物樣品包含或疑似包含含有選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、 STAT4、UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的核酸，每個基因座包含變異；(b)每個基因座上的所述變異包含表2所示的SNP，或定位在對應於表2所示的SNP的核苷酸位置上；和(c)所述變異在每個基因座上的存在是所述受試者中所述狼瘡亞表型的診斷或預測。
37.在受試者中輔助診斷或預測狼瘡的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在至少3個SLE風險基因座的每一個中的存在，其中(a)已知所述生物樣品包含或疑似包含含有選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、 STAT4、UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的核酸，每個基因座包含變異；(b)每個基因座上的所述變異包含表2所示的SNP，或定位在對應於表2所示的SNP的核苷酸位置上；和(c)所述變異在每個基因座上的存在是所述受試者中所述狼瘡亞表型的診斷或預測。
38.權利要求36或37的方法，其中所述狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA 結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在。
39.權利要求38的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。
40.權利要求38的方法，其中所述生物樣品是血清。
41.權利要求36或37的方法，其中所述狼瘡亞表型至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比，源自所述受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。
42.權利要求36或37的方法，其中所述狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA 結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在，及與一名或多名對照受試者相比，源自所述受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。
43.在受試者中治療狼瘡病症的方法，在所述受試者中，已知在選自HLA-DR3、 HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，其中所述狼瘡病症至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在，和/或與一名或多名對照受試者相比，源自所述受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達，所述方法包括對所述受試者施用對治療所述病症有效的治療劑。
44.治療患有狼瘡病症的受試者的方法，所述方法包括對所述受試者施用治療劑，所述治療劑對在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療所述病症有效，其中所述狼瘡病症至少部分表徵為抗一種或多種RNA 結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在，和/或與一名或多名對照受試者相比，源自所述受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。
45.治療患有狼瘡病症的受試者的方法，所述方法包括對所述受試者施用治療劑，所述治療劑在對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療所述病症有效，所述至少5名人受試者各自在選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3和 IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異，其中所述狼瘡病症至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在，和/或與一名或多名對照受試者相比，源自所述受試者的生物樣品中更高水平的幹擾素誘導的基因表達。
46.鑑定對在患者亞群中治療狼瘡有效的治療劑的方法，所述方法包括使所述藥劑的功效與遺傳變異在所述患者亞群中在選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3 和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP) 的核苷酸位置上的存在相關，從而將所述藥劑鑑定為對在所述患者亞群中治療狼瘡有效。
47.權利要求46的方法，其中所述藥劑的功效與遺傳變異在至少4個基因座，或至少5 個基因座，或7個基因座的每一個中對應於表2所示的SNP的核苷酸位置上的存在相關。
48.治療具體的狼瘡患者亞群的狼瘡受試者的方法，其中所述亞群至少部分表徵為與選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異相關，且其中所述方法包括對所述受試者施用有效量的批准作為用於所述亞群的治療劑的治療劑。
49.權利要求48的方法，其中所述亞群至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體的存在，其中能夠在生物樣品中檢測所述自身抗體。
50.權利要求49的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB,RNP和Sm。
51.權利要求48的方法，其中所述亞群至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比更高水平的幹擾素誘導的基因表達，其中能夠在生物樣品中檢測所述幹擾素誘導的基因表達並定量。
52.權利要求48的方法，其中所述亞群是女性。
53.權利要求48的方法，其中所述亞群屬於歐洲家系。
54.包括製備狼瘡治療劑和與對受試者施用所述藥劑的說明一起包裝所述藥劑的方法，所述受試者患有或認為其患有狼瘡，且在表2所示的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的位置上具有遺傳變異。
55.指定用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，所述方法包括提供對患者亞群施用所述治療劑的說明，所述患者亞群至少部分表徵為選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、 STAT4.UBE2L3和IRF5的至少3個SLE風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異。
56.用於銷售用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，所述方法包括告知目標聽眾關於所述治療劑在治療所述患者亞群中的用途，所述患者亞群至少部分表徵為在這種亞群的患者中，在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異。
57.用於在受試者中調節通過I型幹擾素途徑的信號發放的方法，在所述受試者中，已知在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異， 所述方法包括對所述受試者施用對調節一個或多個幹擾素誘導基因的基因表達有效的治療劑。
58.用於選擇患有狼瘡的患者來用狼瘡治療劑治療的方法，所述方法包括檢測遺傳變異在選自 HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5 的至少 3 個 SLE 風險基因座的每一個中對應於表2所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在。
59.權利要求58的方法，其中在至少4個基因座或至少5個基因座中檢測變異。
60.權利要求58的方法，其中在7個基因座中檢測變異。
61.權利要求58的方法，其中每個基因座上的所述變異是遺傳變異。
62.權利要求61的方法，其中每個變異包含表2所示的SNP。
63.權利要求62的方法，其中所述檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。
64.權利要求58的方法，其中所述狼瘡是狼瘡亞表型，所述狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自所治療的患者的生物樣品中的存在，和/ 或與一名或多名對照受試者相比更高水平的幹擾素誘導的基因表達。
65.權利要求64的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。
66.評估受試者是否具有罹患狼瘡的風險的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測指示罹患狼瘡的風險的遺傳特徵的存在，其中所述遺傳特徵包含一組至少 3個單核苷酸多態性(SNP)，每個SNP存在於表2所示的SLE風險基因座中。
67.權利要求66的方法，其中所述遺傳特徵包含一組至少4個SNP，或至少5個SNP，或至少7個SNP，或至少10個SNP，或至少12個SNP。
68.權利要求66的方法，其中所述遺傳特徵包含一組16個SNP。
69.權利要求66的方法，其中所述SLE風險基因座選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、 IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5。
70.權利要求66的方法，其中所述SLE風險基因座是PTTG1、ATG5和UBE2L3。
71.在受試者中診斷狼瘡的方法，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測指示狼瘡的遺傳特徵的存在，其中所述遺傳特徵包含一組至少3個單核苷酸多態性(SNP)， 每個SNP存在於表2所示的SLE風險基因座中。
72.權利要求71的方法，其中所述遺傳特徵包含一組至少4個SNP，或至少5個SNP，或至少7個SNP，或至少10個SNP，或至少12個SNP。
73.權利要求71的方法，其中所述遺傳特徵包含一組16個SNP。
74.權利要求71的方法，其中所述SLE風險基因座選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、 IRAKI、STAT4、UBE2L3 禾口 IRF5。
75.權利要求71的方法，其中所述SLE風險基因座是PTTG1、ATG5和UBE2L3。
76.評估受試者是否具有罹患狼瘡的風險的方法，所述狼瘡表徵為抗一種或多種RNA 結合蛋白的自身抗體的存在，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測指示所述風險的遺傳特徵的存在，其中所述遺傳特徵包含一組至少3個單核苷酸多態性(SNP)，每個 SNP存在於SLE風險基因座中，其中每個SLE風險基因座選自HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、 IRAKI、STAT4、UBE2L3 和 IRF5。
77.權利要求76的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。
78.評估受試者是否具有罹患狼瘡的風險的方法，所述狼瘡表徵為與對照受試者相比更高水平的幹擾素誘導的基因表達，所述方法包括在獲自所述受試者的生物樣品中檢測指示所述風險的遺傳特徵的存在，其中所述遺傳特徵包含一組至少3個單核苷酸多態性(SNP)，每個SNP存在於SLE風險基因座中，其中每個SLE風險基因座選自HLA-DR3、 HLA-DR2、TNFSF4、IRAKI、STAT4、UBE2L3 禾口 IRF5。
79.在受試者中鑑定狼瘡的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在表12所示的至少一個SLE相關基因座中的存在，其中每個基因座上的所述變異存在於表12所示的至少一個基因座的對應於單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，且其中所述受試者疑似患有狼瘡。
80.權利要求79的方法，其中在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。
81.權利要求79的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異是遺傳變異。
82.權利要求81的方法，其中所述變異包含表12所示的SNP。
83.權利要求82的方法，其中所述檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。
84.用於預測患有狼瘡的受試者對狼瘡治療劑的反應性的方法，所述方法包括測定所述受試者是否在表12所示的至少一個SLE相關基因座中包含變異，其中所述至少一個基因座上的所述變異存在於表12所示的至少一個基因座的對應於單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，其中變異在每個基因座上的存在指示所述受試者對所述治療劑的反應性。
85.權利要求84的方法，其中所述受試者在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上包含變異。
86.權利要求84的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異是遺傳變異。
87.權利要求86的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異包含表12所示的SNP。
88.在受試者中診斷或預測狼瘡的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在表12所示的至少一個SLE相關基因座中的存在，其中(d)已知所述生物樣品包含或疑似包含含有表12所示的至少一個SLE相關基因座的核酸，所述至少一個基因座包含變異；(e)所述至少一個基因座上的所述變異包含表12所示的SNP，或定位在對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上；和(f)所述變異在所述至少一個基因座上的存在是所述受試者中狼瘡的診斷或預測。
89.在受試者中輔助診斷或預測狼瘡的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在表12所示的至少一個SLE相關基因座中的存在，其中(d)已知所述生物樣品包含或疑似包含含有表12所示的至少一個SLE相關基因座的核酸，所述至少一個基因座包含變異；(e)所述至少一個基因座上的所述變異包含表12所示的SNP，或定位在對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上；和(f)所述變異在所述至少一個基因座上的存在是所述受試者中狼瘡的診斷或預測。
90.權利要求88或89的方法，其中在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。
91.在受試者中治療狼瘡病症的方法，在所述受試者中，已知在表12所示的至少一個 SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上存在遺傳變異，所述方法包括對所述受試者施用對治療所述病症有效的治療劑。
92.治療患有狼瘡病症的受試者的方法，所述方法包括對所述受試者施用治療劑，所述治療劑對在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性 (SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異的受試者中治療所述病症有效。
93.治療患有狼瘡病症的受試者的方法，所述方法包括對所述受試者施用治療劑，所述治療劑在對至少5名人受試者施用該藥劑的至少一個臨床研究中顯示對治療所述病症有效，所述至少5名人受試者各自在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上具有遺傳變異。
94.在受試者中鑑定狼瘡亞表型的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在表12中給出的至少一個SLE相關基因座中的存在，其中所述至少一個基因座上的所述變異存在於表12所示的至少一個基因座的對應於單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，且其中所述受試者疑似患有狼瘡和疑似具有狼瘡亞表型。
95.權利要求94的方法，其中在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。
96.權利要求94的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異是遺傳變異。
97.權利要求96的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異包含表12所示的SNP。
98.權利要求97的方法，其中所述檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。
99.權利要求94的方法，其中所述狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在。
100.權利要求99的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。
101.權利要求99的方法，其中所述生物樣品是血清。
102.用於預測具有鑑定的狼瘡亞表型的受試者對狼瘡治療劑的反應性的方法，所述方法包括測定所述受試者是否在表12中給出的至少一個SLE相關基因座中包含變異，其中所述至少一個基因座上的所述變異存在於表12所示的至少一個基因座的對應於單核苷酸多態性(SNP)位置的核苷酸位置上，其中變異在每個基因座上的存在指示所述受試者對所述治療劑的反應性。
103.權利要求102的方法，其中所述受試者在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上包含變異。
104.權利要求102的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異是遺傳變異。
105.權利要求104的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異包含表12所示的SNP。
106.在受試者中診斷或預測狼瘡亞表型的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在至少一個SLE相關基因座中的存在，其中(d)已知所述生物樣品包含或疑似包含含有表12給出的至少一個SLE相關基因座的核酸，每個基因座包含變異；(e)所述至少一個基因座上的所述變異包含表12所示的SNP，或定位在對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上；和(f)所述變異在所述至少一個基因座上的存在是所述受試者中所述狼瘡亞表型的診斷或預測。
107.在受試者中輔助診斷或預測狼瘡的方法，所述方法包括在源自所述受試者的生物樣品中檢測變異在至少一個SLE相關基因座中的存在，其中(d)已知所述生物樣品包含或疑似包含含有表12給出的至少一個SLE相關基因座的核酸，每個基因座包含變異；(e)所述至少一個基因座上的所述變異包含表12所示的SNP，或定位在對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上；和(f)所述變異在每個基因座上的存在是所述受試者中所述狼瘡亞表型的診斷或預測。
108.權利要求106或107的方法，其中所述狼瘡亞表型至少部分表徵為抗一種或多種 RNA結合蛋白的自身抗體在源自所述受試者的生物樣品中的存在。
109.權利要求108的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。
110.權利要求108的方法，其中所述生物樣品是血清。
111.鑑定對在患者亞群中治療狼瘡有效的治療劑的方法，所述方法包括使所述藥劑的功效與遺傳變異在所述患者亞群中在表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12 所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在相關，從而將所述藥劑鑑定為對在所述患者亞群中治療狼瘡有效。
112.權利要求111的方法，其中所述藥劑的功效與遺傳變異在表12給出的至少一個 SLE相關基因座中對應於表12所示的SNP的核苷酸位置上的存在相關。
113.治療具體的狼瘡患者亞群的狼瘡受試者的方法，其中所述亞群至少部分表徵為與表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異相關，且其中所述方法包括對所述受試者施用有效量的批准作為用於所述亞群的治療劑的治療劑。
114.權利要求113的方法，其中所述亞群至少部分表徵為抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體的存在，其中能夠在生物樣品中檢測所述自身抗體。
115.權利要求114的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。
116.權利要求113的方法，其中所述亞群是女性。
117.權利要求113的方法，其中所述亞群屬於歐洲家系。
118.包括製備狼瘡治療劑和與對受試者施用所述治療劑的說明一起包裝所述藥劑的方法，所述受試者患有或認為其患有狼瘡，且在表12所示的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的位置上具有遺傳變異。
119.指定用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，所述方法包括提供對患者亞群施用所述治療劑的說明，所述患者亞群至少部分表徵為表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的遺傳變異。
120.用於銷售用於狼瘡患者亞群的治療劑的方法，所述方法包括告知目標聽眾關於所述治療劑在治療所述患者亞群中的用途，所述患者亞群至少部分表徵為在這種亞群的患者中，在表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP) 的核苷酸位置上存在遺傳變異。
121.用於選擇患有狼瘡的患者來用狼瘡治療劑治療的方法，所述方法包括檢測遺傳變異在表12給出的至少一個SLE相關基因座中對應於表12所示的單核苷酸多態性(SNP)的核苷酸位置上的存在。
122.權利要求121的方法，其中在至少2個基因座，或至少3個基因座，或至少4個基因座，或至少5個基因座，或至少10個基因座中，或在19個基因座上檢測變異。
123.權利要求121的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異是遺傳變異。
124.權利要求123的方法，其中所述至少一個基因座上的所述變異包含表12所示的SNP。
125.權利要求124的方法，其中所述檢測包括進行選自引物延伸測定、等位基因特異的引物延伸測定、等位基因特異的核苷酸摻入測定、等位基因特異的寡核苷酸雜交測定、5』 核酸酶測定、利用分子信標的測定和寡核苷酸連接測定的方法。
126.權利要求121的方法，其中所述狼瘡是狼瘡亞表型，所述狼瘡亞表型至少部分表徵為與一名或多名對照受試者相比，抗一種或多種RNA結合蛋白的自身抗體在源自所治療的患者的生物樣品中的存在。
127.權利要求126的方法，其中所述RNA結合蛋白選自SSA、SSB、RNP和Sm。
128.權利要求79、84、88、89、94、102或121中任一項的方法，其中所述至少一個SLE 相關基因座選自 GLG1、MAPKAP1、L0C646841、C6orfl03、CPM、NCKAP1L、ASB7、NUMBL, NR3C2、 HSPA12A、L0C646187、L0C132817、L0C728073、NC0A4、KIAA1486、FDPSL2B、NDRG3、C19orf6 和 L0C729
全文摘要
提供鑑定、診斷和預測狼瘡，包括某些狼瘡亞表型的方法，以及治療狼瘡，包括某些患者亞群的方法。還提供用於鑑定有效的狼瘡治療劑和預測對狼瘡治療劑的反應性的方法。
文檔編號A61K48/00GK102224258SQ200980146949
公開日2011年10月19日 申請日期2009年9月25日 優先權日2008年9月26日
發明者G·霍姆, R·R·格拉姆, T·W·伯倫斯, W·A·奧特曼 申請人:弗·哈夫曼-拉羅切有限公司