與關節炎相關的b細胞基因表達的製作方法

2023-12-09 09:36:51 1

專利名稱：：與關節炎相關的b細胞基因表達的製作方法
技術領域：
：本發明涉及與關節炎相關的B細胞基因表達和使用其診斷和治療的方法。關於序列表本申請案涉及2006年8月25日申請的美國臨時專利申請案第60/840,380號，其包括兩張光碟作為最初申請的標的物部分，標記為"拷貝1"和"拷貝2"，每一光碟含有序列表。每張光碟的機器格式為IBM-PC，且每張光碟的作業系統為MS-Windows。每張光碟包括單一文本文件，名為"WYE-068PR.ST25.txt"(583KB,2006年8月25日生成)。標記為"拷貝1"和"拷貝2"的光碟內容以引用的方式全文併入本文中用於所有目的。
背景技術：
：越來越多的證據顯示B細胞通過分泌自體抗體和細胞激素(cytokines)和通過向T細胞呈遞抗原而在維持自體免疫炎症中發揮重要作用。最近使用單克隆抗體的臨床研究已顯示B細胞去除(depletion)對於患有類風溼性關節炎(RA)、全身性紅斑性狼瘡症(SLE)和其它自體免疫疾病的患者為有效的治療方法。類風溼性關節炎中的患病關節組織顯示活化B細胞的浸潤。
發明內容本發明涉及在諸如類風溼性關節炎的自體免疫疾病中B細胞中表達水平受調節的基因。因此，檢測這些基因(在本文中稱為"B細胞活化調節基因"或"BCARG")的表達水平可用於檢測或監控自體免疫疾病。類似地，這些基因或基因產物可用作治療自體免疫疾病的標耙。BCARG包括本文中所述在自體免疫疾病中差異表達於活化B細胞中的各基因，其包括例如表1中所列的各基因。一些基因在這些活化B細胞中較高度表達("上調"(upre-gulated)):所述基因包括例如PBEF/內脂素(visfatin)、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體(exosome)組份10、鈣激活蛋白酶(calpain)3、類Src接頭(adaptor)蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、5Ro52和鋅指蛋白106的基因。其它基因是下調(downregulated)基因，其包括例如頂蓋蛋白(c叩ine)III、宿主細胞因子調節因子I、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體l、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白(choroideremia)、泛素(ubiquitin)B和STK10的基因。因此，在一方面中，本發明提供一種用於評估與關節炎相關的B細胞活化的方法。所述方法包括檢測B細胞的一種或多種基因的表達水平，且將所述表達水平與表示B細胞活化狀態的參考表達水平進行比較。所述一種或多種基因較佳包括以下基因中的至少一者PBEF/內脂素、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細胞因子C1調節因子1、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B或鋅指蛋白106。由於在B細胞中檢測到的基因表達為內源性基因表達，因此如果B細胞是源自人類，那麼將檢測到一種或多種人類基因的表達；如果B細胞是源自小鼠，那麼將檢測到一種或多種小鼠基因的表達，等。在一個實施例中，所述一種或多種基因包括以下人類基因中的至少一者AHCYLl(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細胞因子Cl調節因子1、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B或鋅指蛋白106。類似地，本發明提供一種評估諸如人類的患者自體免疫反應徵象的方法。所述方法包括檢測所述患者的樣本中B細胞的一種或多種基因的表達水平，且將所述表達水平與表示患者免疫反應的參考表達水平進行比較。所述免疫反應可為自體免疫反應，諸如類風溼性關節炎。樣本可為流體樣本，諸如血液、淋巴或滑膜組織，且可在檢測步驟之前任選從所述樣本純化B細胞，諸如通過螢光活化細胞分選(sorting)。所述一種或多種基因較佳包括以下基因中的至少一者PBEF/內脂素、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶62、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份IO、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細胞因子Cl調節因子1、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B或鋅指蛋白106。由於在B細胞中檢測到的基因表達為內源性基因表達，因此如果B細胞是源自人類，那麼將檢測到一種或多種人類基因的表達；如果B細胞是源自小鼠，那麼將檢測到一種或多種小鼠基因的表達，等。在一個實施例中，所述一種或多種基因包括以下人類基因中的至少一者AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細胞因子C1調節因子1、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B或鋅指蛋白106。本發明也提供處理B細胞以例如減少、預防、阻礙或遏制B細胞活化的方法，所述方法是通過活化在活化B細胞中下調的基因或基因產物來進行諸如頂蓋蛋白III、宿主細胞因子調節因子I、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B或STK10;或通過抑制在活化B細胞中上調的基因或基因產物來進行諸如AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52或鋅指蛋白106。所述方法可任選合併活化一種或多種下調的基因或基因產物和抑制一種或多種上調的基因或基因產物。所述方法可任選用於通過處理患者的B細胞來治療所述患者的類風溼性關節炎。本發明也提供一種用於評估B細胞處理的方法。所述方法包括在施用處理之後檢測B細胞的一種或多種基因的表達水平，且將所述表達水平與表示B細胞活化狀態的參考表達水平進行比較，從而評估處理的功效。舉例來說，參考表達水平可對應於施用處理前的表達水平。所述一種或多種基因較佳包括以下基因中的至少一者AHCYLl、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細胞因子C1調節因子1、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B和鋅指蛋白106;如果患者為人類，那麼所述基因為人類基因。本發明也提供抗體，諸如純化抗體和單克隆抗體，其與以下在活化B細胞中(例如在自體免疫疾病中的活化人類B細胞中)過度表達的基因產物特異性結合諸如PBEF/內脂素、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氮酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份IO、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和鋅指蛋白106。本文中所用的詞"抗體"包括具有可變域和恆定域的全長抗體、保留可變域或其能夠與抗原特異性結合的一部分的抗體片段、單鏈抗體等。如果抗原易於接近，那麼抗體的投藥(例如投予細胞培養物或人類個體)可用於靶向活化B細胞(例如源自先前經診斷患有類風溼性關節炎的人類，其可通過使用所述抗體耙向活化B細胞來治療)。本發明的其它特徵、目標和優點可在以下具體實施方式中顯而易見。然而應了解，雖然具體實施方式指示本發明的較佳實施例，但其僅為舉例說明而非限制。所屬領域的技術人員根據實施方式可清楚了解本發明的範疇內的多種改變和修改。圖1描述在第0天膠原蛋白免疫後和第21天加強後小鼠關節炎症狀的誘發情況。在第28、35、42、49、56、63和70天評估臨床計分，且如下對四隻爪的炎症計分0(無炎症)；1(一或兩個腫脹足趾)；2(兩個以上腫脹足趾或輕度至中度爪腫脹)；3(整個爪大範圍腫脹)；4(腫脹消退，爪關節僵直)。所示計分為對於各動物的個別總計分。具有高臨床計分的動物在第56天後處死。因此，在第63和70天觀察到的計分表示繼續參與實驗的部分動物在那些天中疾病的持續進展情況，而非在第56天後疾病嚴重程度降低。具體實施例方式在疾病中差異表達的基因可用作疾病的標記物和治療介入的標靶。使用類風溼性關節炎的小滑鼠記物，可識別在B細胞中差異表達的基因。這些基因在本文中稱為"B細胞活化調節基因"或"BCARG"。BCARG的識別為識別在類似於人類類風溼性關節炎的自體免疫反應過程中受調節的新穎B細胞標靶，對小鼠膠原蛋白誘發的關節炎(CIA)模型中B細胞的轉錄概況的臨時變化進行評估。鼠科膠原蛋白誘發的關節炎(CIA)模型為一種具有RA的所有特點的慢性發炎性疾病，所述特點例如多發性關節炎、滑膜炎和繼發性軟骨/骨侵蝕。通過使用在完全弗氏(Freund's)佐劑(CFA)中乳化的異源II型膠原蛋白進行免疫(第0天)和使用在不完全弗氏佐劑(IFA)中乳化的膠原蛋白II加強(boost)(第21天)而在易感品系的小鼠(例如DBA1/J)中誘發CIA。CIA的發展被認為取決於T細胞，疾病的易感性是與MHC區相關聯。在T細胞活化後，激發涉及T細胞、B細胞、巨噬細胞/單核細胞、和活化滑膜細胞的發炎級聯(cascade)。在免疫和加強後的多個時間點由從引流(draining)淋巴結純化的B細胞中提取用於基因晶片雜交的RNA。將僅注射CFA(或IFA用於加強)的動物作為對照組，因為它們顯示相似的總體免疫反應，但關節中決不發生關節炎症狀。如實例1中所述識別BCARG。在發生抗膠原蛋白免疫反應的小鼠的B細胞中識別460種以上的基因具有差異表達。當然，這些基因可單獨地或共同地用於評估小鼠B細胞的活化狀態且為治療介入的標耙。由於CIA為廣泛公認的人類類風溼性關節炎的動物模型，因此也可如此使用相應的人類基因。數種這些人類基因概括於下表中且在下文中論述。表1表l:B細胞活化調節基因tableseeoriginaldocumentpage9tableseeoriginaldocumentpage10AHCYL1;類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1人類類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1(AHCYL1)基因也稱為腺苷高半胱氨酸酶2(S-腺苷-L-高半胱氨酸水解酶2)(AdoHcyase2)且已定位於人類染色體1上的lpl3.2。其蛋白質和核酸序列為人熟知。代表性蛋白質和核酸序列分別以SEQIDNO:l和SEQIDNO:2顯示於序列表中。德克(Dekker)等人(2002)免疫遺傳學(Immunogenetics)53(12):993-1001測定AHCYL1mRNA在血液和皮膚樹突狀細胞(DCs)活化期間顯著增加，但在末端分化的扁桃體DCs中減少。PKCS人類nPKCS基因已定位於染色體3上的3p21.31。對應於所述人類基因的蛋白質和核酸序列為人熟知，代表性核酸和蛋白質序列分別以SEQIDNO:3和SEQIDNO:4提供。nPKCS與B細胞信號傳遞和多種細胞類型的生長、凋亡和分化的調節有關。nPKCS在正常小鼠的淋巴器官、大腦和腸的B淋巴細胞和T淋巴細胞中最為豐富。nPKCS使轉錄因子CREB在Ser-133磷酸化，促進其活化。通過產生在Prkcd基因中具有破壞的小鼠，宮本(Miyamoto)等人(2002)自然(Nature)416(6883):865-9觀察到所述小鼠可存活至l年，但易患自體免疫疾病，伴有含有大量生長中心(germinalcenters)的增大淋巴結和脾臟。使用小鼠模型，梅克倫布勞克(Mecklenbrauker)等人(2004)自然(Nature)431:456-461報告一種以絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶C-S調節周邊B細胞存活的機制靜止B細胞的自發性死亡是通過Pkcd的核定位調節，其造成組蛋白H2B在絲氨酸-14磷酸化。GNG12;鳥嘌呤核苷酸結合蛋白(G蛋白)，Yl2G蛋白"2已定位於人類染色體1上的lp31.3。其蛋白質和核酸序列為人熟知，SEQIDNO:5和SEQIDNO:6提供代表性核酸和蛋白質序列。已報導所述蛋白質為活化PKC的磷酸化標靶(森下(Morishita)等人(1995)生物化學期刊(J.Biol.Chem.270(49):29469-29475)。PDE7A;磷酸二酯酶7A人類PDE7A基因已定位於染色體8上的8ql3。所述人類基因的蛋白質和核酸序列是已知的，SEQIDNO:7和SEQIDNO:8提供代表性序列。PDE7A表達於人類前發炎(pro-inflammatory)細胞和免疫細胞中，具有調節人類T細胞功能(包括細胞激素產生、增殖、和活化標記物的表達)的潛力。類STE-20激酶(SLK)已提出Ste20組激酶為MAP激酶級聯的調節因子。SLK已定位於人類染色體10上的10q25.1。SLK的核酸和蛋白質序列是己知的，SEQIDNO:9和SEQIDNO:10提供示範性序列。MAP4K5人類MAP4K5基因已定位於染色體1上的14qll.2-q21，為高度類似於酵母SPSl/STE20激酶的絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族的成員。MAP4K5已展示活化哺乳動物細胞中的Jun激酶，表明其在應力反應中的作用。對於這個基因已描述兩種編碼相同蛋白質的選擇性剪接轉錄變異體。SEQIDNO:ll和SEQIDNO:13展示示範性核酸序列，SEQIDNO:12和SEQIDNO:14展示兩蛋白質翻譯。MAP4K5具有激酶活性，活化JNK但不活化ERKl。MKNK2;MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2;G蛋白偶合受體激酶7MKNK2基因已定位於人類染色體19上的19pl3.3。已報導此基因具有編碼C端不同的蛋白質的選擇性剪接轉錄變異體，已報導所述蛋白質的兩種形式可磷酸化真核細胞起始因子elF4E(謝佩爾(Scheper)等人(2003)分子和細胞生物學(Mol.Cell.Biol.)23(16):5692-705)。SEQIDNO:15和SEQIDNO:17展示示範性核酸序列，SEQIDNO:16和SEQIDNO:18分別展示相應蛋白質序列。FAM60A;具有序列相似性的智人家族60，成員AFAM60A已定位於人類染色體12上的12pll。人類FAM60A的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:19和SEQIDNO:20提供代表性序列。TCTE1L;DYNLT3;動力蛋白(Dynein)輕鏈Tctex-第3型11TCTE1L已定位於人類X染色體上的Xp21。人類TCTE1L的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:21和SEQIDNO:22提供代表性序列。PIK3R4;磷酸肌醇-3-激酶，調節亞單位4，p150PIK3R4在活體內與磷酸肌醇-3-激酶締合，在活體外可增強其活性(帕拉利託(Panaretou)等人(1997)生物化學期刊(J.Biol.Chem.)272(4):2477-85)。PIK3R4已定位於人類染色體3上的3q22.1。人類PIK3R4的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:23和SEQIDNO:24提供代表性序列。STUB1/CHIP;STIP1同源且含U盒(box)的蛋白質lCHIP已定位於人類染色體16上的16p33。人類CHIP的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:25和SEQIDNO:26提供代表性序列。使用以重組蛋白進行的活體外泛素化分析，蔣(Jiang)等人(2001)生物化學期刊(J.Biol.Chem.)276(46):42938-42944證明CHIP具有固有E3泛素連接酶活性且促進泛素化。這種活性視C端U盒(一個與酵母UFD2具有類似性的結構域)而定。CHIP與應力反應性泛素共軛酶家族UBCH5在功能上和物理上相互作用。CHIP的泛素連接酶活性的一個主要標靶為HSC70自身。CHIP泛素化HSC70,主要具有短的非典型多泛素鏈，但對於這種蛋白質的穩態水平或半衰期無顯著影響。作者推斷CHIP為真正的泛素連接酶，且提出含U盒的蛋白質可能構成新穎的E3s家族。SSAl/TRIM21/Ro52Ro/SSA為一種核糖核蛋白，在35%至50%患有全身性紅斑性狼瘡症(SLE)的患者和多達97%的患有乾燥綜合症(Sjogrensyndrome)的患者體內與自體抗體結合。由這種基因所編碼的蛋白質為三聯(tripartite)基元(motif)(TRIM)家族的成員。TRIM基元包括3個鋅結合域，RING、第1型B盒與第2型B盒、和巻曲螺旋區。這種蛋白質為RoSSA核糖核蛋白的一部分，所述核糖核蛋白包括單一多肽和四種小RNA分子之一。RoSSA顆粒定位於細胞質和細胞核。RoSSA與患有乾燥綜合症和全身性紅斑性狼瘡症的患者體內的自體抗原相互作用。TRIM21基因已定位於人類染色體11上的11P15.5。已描述這種基因的兩種選擇性剪接轉錄變異體。分別以SEQIDNO:27和SEQIDNO:28提供代表性核酸和蛋白質序列。SMC5:智人染色體結構維持蛋白5人類SMC5與人類SMC6相互作用(泰勒(Taylor)等人(2001)分子和細胞生物學(Mol.Cell.Biol.)12(6):1583-1594)且與人類MMS21相互作用(波茲(Potts)等人(2005)分子和細胞生物學(Mol.Cell.Biol,)25(16):7021-7032)且可能會參與DNA修復。SMC5已定位於人類染色體9上的9q21.ll。人類SMC5的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:29和SEQIDNO:30提供代表性序列。WDR12;WD重複域12這種基因編碼WD重複蛋白家族的一成員，且已報導在活體內與Pesl和Bopl締合，為核糖體RNA處理所需(霍爾澤(H61zel)等人(2005)細胞生物學期刊(J.Cell.Biol.)170(3):367-378)。所述基因已定位於人類染色體2上的2q33.1。人類WDR12的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:31和SEQIDNO:32提供代表性序列。EXOSC10;外來體(exosome)組份10外來體是一種在多種細胞處理(均與RNA的處理或降解有關)中發揮作用的3'-〉5'核糖核酸外切酶的複合體。人類EXOSC10基因已定位於染色體l上的lp36.22。EXOSC10的蛋白質和核酸序列是已知的。SEQIDNO:33和SEQIDNO:35提供代表性核酸序列，SEQIDNO:34和SEQIDNO:36分別提供相應的胺基酸翻譯。CAPN3;鈣激活蛋白酶(Calpain)3鈣激活蛋白酶3為優先表達於B淋巴細胞和T細胞中但在自然殺手細胞中低表達且在多形核細胞中幾乎檢測不到的細胞內蛋白酶。所述基因的突變與2A型肢帶(limb-girdle)肌營養不良相關。所述基因經選擇性剪接形成數種已知的轉錄變異體和相關蛋白質同功異型物(isoforms)。示範性核酸以SEQIDNO:37、SEQIDNO:39、SEQIDNO:4KSEQIDNO:43、SEQIDNO:45、SEQIDNO:47、SEQIDNO:49、SEQIDNO:51和SEQIDNO:53展示，相應的多肽序列分別以SEQIDNO:38、SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:48、SEQIDNO:50、SEQIDNO:52和SEQIDNO:54展示。SLA;類Src接頭蛋白(adaptor);SLAP類Src接頭蛋白(SLAP)在選擇TCR基因譜時於胸腺細胞發育的特定階段期間下調T細胞受體(TCR)-CD3複合體的表達。重組SLAP已展示與活化的Eck受體酪氨酸激酶結合。所述人類基因已定位於人類染色體8上的8q22.3-qterl8q24。人類WDR12的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:55和SEQIDNO:56提供代表性序列。類CDC激酶1(CLK1)CLK1已定位於人類染色體2上的2q33。人類CLK1基因經選擇性剪接，包括或省略外顯子(exon)4。所述基因的蛋白質和核酸序列是已知的。SEQIDNO:57和SEQIDNO:59提供代表性核酸序列，SEQIDNO:58和SEQIDNO:60分別提供其翻譯產物。HCFC1R1;宿主細胞因子CI調節因子1(XPOl依賴性)13已報導HCFC1R1與HCF-1(—種細胞轉錄因子LZIP和GABP的共活化劑)結合，且可通過調整HCF-1的亞細胞定位來調節HCF-1(馬哈詹(Mahajan)等人(2002)生物化學期刊(J.Biol.Chem.)277(46):44292-44299)。所述基因己定位於人類染色體16上的16pl3.3。人類HCFC1R1的蛋白質和核酸序列是已知的。SEQIDNO:61、SEQIDNO:63和SEQIDNO:65提供代表性核酸序列，SEQIDNO:62、SEQIDNO:64和SEQIDNO:66分別提供其翻譯產物。RAB3DRab3D為已知的囊泡運輸調節因子。所述基因已定位於人類染色體19的19pl3.2。人類RAB3D的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:67和SEQIDNO:68提供代表性序列。BLOCISI;溶酶體相關細胞器生物發生複合體1，亞單位1BLOCISI為BLOC-1(溶酶體相關細胞器生物發生複合體1)複合體("一種核內體(endosomal)-溶酶體系統的專門細胞器(諸如黑素體和血小板緻密顆粒)正常生物發生所需的廣布表達的多亞單位蛋白複合體")的亞單位(史達斯域(Starcevic)等人(2004)生物化學期刊(J.Biol.Chem.)279(27):28393-401)。所述基因已定位於人類染色體12的12ql3-q14。人類BLOCISI的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:69和SEQIDNO:70提供代表性序列。頂蓋蛋白(C叩ine)III;CPNE3;鈣依賴性磷脂結合蛋白CPNE3儘管缺少典型激酶結構域，但仍顯示出具有內源性激酶活性(考戴爾(Caudell)等人(2000)生物化學(Biochem.)39(42):13034-43)。所述基因己定位於人類染色體8的8q21.3。人類CPNE3的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:71和SEQIDNO:72提供代表性序列。TMEM4;跨膜蛋白4MSAP/TMEM4為一種MIR相互作用蛋白質，其增強神經突外生長且提高肌球蛋白調節輕鏈含量(伯恩豪斯(Bornhauser)等人(2003)生物化學期刊(J,Biol.Chem.)278(37):35412-35420)。TMEM4基因已定位於人類染色體12的12ql5。人類TMEM4的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:73和SEQIDNO:74提供代表性序列。STK10STKlO為類polo激酶激酶家族的成員且高度表達於造血組織中(沃爾特(Walter)等人(2003)生物化學期刊(J.Biol.Chem.)278(20):18221-8)。所述基因已定位於人類染色體5的5q35.1。人類STK10的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:75和SEQIDNO:76提供代表性序列。酸性磷酸酶5;ACP5;抗酒石酸鹽酸性磷酸酶(TRACP)ACP5為一種含鐵糖蛋白，其催化正磷酸單酯轉化為醇和正磷酸酯。ACP5為最基本的酸性磷酸酶且是唯一不受L-酒石酸鹽抑制的形式。已在類風溼性關節炎中檢測到血清抗酒石酸鹽酸性磷酸酶同功異型物，其可能是由炎性巨噬細胞或樹突狀細胞分泌(Janckila等人(2002)臨床化學學報國際臨床化學期刊(CIin.Chem.Acta)320(1-2):49-58)。活化巨噬細胞和破骨細胞表達大量抗酒石酸鹽酸性磷酸酶。由ACP5生成的反應性氧物質可能會參與活化巨噬細胞中抗原呈遞期間外來化合物的降解。所述基因已定位於人類染色體19上的19pl3.3-pl3.2。人類ACP5的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:77和SEQIDNO:78提供代表性序列。CHM;脈絡膜缺損蛋白(choroideremia)(Rab護送蛋白l)脈絡膜缺損基因編碼一種與膜運輸相關的蛋白質，Rab護送蛋白1(REP1)。所述基因己定位於人類X染色體上的Xq21.2。所述人類基因的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:79和SEQIDNO:80提供代表性序列。PBEF前B細胞群落增強因子(PBEF)為早期B細胞的生長因子，且也稱為內脂素(visfatin)和菸鹼醯胺磷酸核糖基轉移酶(Nampt)。所述基因已定位於7q22.2且其蛋白質和核酸序列為人熟知。代表性核酸和蛋白質序列分別以SEQIDNO:81和SEQIDNO:82展示於序列表中。PBEF在嗜中性白血球中經IL-lp上調，且為回應多種炎症刺激的細胞凋亡的新穎抑制劑。PBEF也為一種脂肪細胞激素(adipocytokine),其高度富含於人類和小鼠內臟脂肪中，在肥胖發展期間在血漿中的表達水平升高。UBB;泛素(ubiquitin)B泛素B基因編碼泛素，其與待降解的蛋白質共價結合。所述基因已定位於人類染色體17上的17pl2-pll.2。所述人類基因的蛋白質和核酸序列是已知的。SEQIDNO:83提供代表性核酸序列。翻譯產物為聚泛素(polyubiquitin)前體，具有一個額外纈氨酸作為最終胺基酸，SEQIDNO:84提供聚泛素前體的代表性胺基酸序列。ZFP106:鋅指蛋白106;SH3BP3;SIRM(胰島素受體突變體的子代)ZFP106基因編碼一種鋅指蛋白，其與核仁共定位(格拉斯伯格(Gmsberger)等人(2005)國際生物化學和細胞生物學期刊(Int.J.Biochem.CellBiol.)37(7):1421-37)。所述基因已定位於人類染色體15上的15ql5.1。所述人類基因的蛋白質和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:85和SEQIDNO:86提供代表性序列。評估和治療本發明的BCARG可用於評估與關節炎相關的B細胞活化和用於關節炎或其它自體免疫疾病的預測、診斷或預後。舉例來說，所述基因可用於識別可能會發生類風溼性關節炎的患者。所述基因也可用於評估對於所關注患者的自體免疫疾病治療的進展或有效性。可將BCARG在所關注個體的B細胞樣本中的表達水平與相同基因的參考表達水平進行比較來預測、診斷或評估所關注個體的類風溼性關節炎的進展或治療。可使用與所關注個體的樣本相同類型的B細胞樣本(例如源自相同來源組織，諸如血液、淋巴、脾臟或滑膜組織)來準備參考表達水平。可使用相同製備程序或方法測定兩種表達水平。可預先測定或預先記錄參考表達水平。也可在測定所關注個體的BCARG表達水平的同時或之後準備。本發明中所採用的參考表達水平通常包括表明所述基因在無疾病人類或已知患有或發生類風溼性關節炎的患者的B細胞樣本中的表達型式的值或範圍，或由所述值或範圍組成。在一個實施例中，參考表達水平包含所述基因在無疾病人類的B細胞樣本中的平均表達水平。在另一個實例中，參考表達水平包含所述基因在已知患有或發生類風溼性關節炎的患者的B細胞樣本中的平均表達水平。可使用任何平均法，包括(但不限於)算術平均值、調和平均值、絕對值的平均值、對數轉換值的平均值、和加權(weighted)平均值。在本發明中也可使用其它類型的參考表達水平。舉例來說，數限(numericalthreshold)可用作參考。所關注患者的表達水平和參考表達水平可以任何形式建構。表達水平可為絕對量、標準化量或相對量。合適的標準化程序包括(但不限於)核酸陣列(army)基因表達分析中所用的程序，或希爾(Hill等人)，(2001)基因生物學(GenomeBiol.)，2:研究0055.1-0055.13中描述的程序。在一個實例中，將表達水平標準化，使得平均值為0且標準偏差為1。在另一個實例中，如所屬領域的技術人員所了解，根據內對照或外對照將表達水平標準化。在另一個實例中，針對B細胞中具有已知豐度的一種或多種對照轉錄物，將表達水平標準化。B細胞可從個體的任何合適來源分離。來源可為流體樣本，諸如血液或淋巴樣本。例如，可從個體分離血液，諸如周邊血液，接著可使用細胞製備管(CPT)分離周邊血液單核細胞(PBMC)。可通過使PBMC經過選擇性結合非B細胞的抗體管柱而使B細胞高度富集。16BCARG在所關注個體中的表達水平可通過測量個體的B細胞樣本中各基因的RNA轉錄水平來測定。適用於這個目的的方法包括(但不限於)定量RT-PCR、競爭性RT-PCR、實時(realtime)RT-PCR、差異顯示RT-PCR、北方墨點法、原位雜交、狹縫墨點法、核酸酶保護分析、和核酸陣列(包括微珠陣列)。BCARG的RNA轉錄水平的檢測可合併使用一種與RNA或與相應cDNA互補的探針。可與所關注的轉錄物雜交的探針可經標記或不標記。經標記的探針可通過光譜方法、光化學方法、生物化學方法、生物電子方法、免疫化學方法、電學方法、光學方法、化學方法或其它合適方法來檢測。探針的示範性標記部分包括放射性同位素、化學發光化合物、經標記的結合蛋白、重金屬原子、光譜標記物(諸如螢光標記物和染料)、磁性標記、連接酶、質譜標籤、自旋標記、電子轉移供體和接受體等。在一個實施例中，使探針穩定附著於一個或多個底物支撐物上。可在底物支撐物上直接進行核酸雜交或免疫分析。適用於這個目的的底物支撐物包括(但不限於)玻璃、二氧化矽、陶瓷、尼龍、石英晶片(wafers)、凝膠、金屬、紙、微珠、管、纖維、薄膜、膜、管柱基質或微量滴定盤孔。基於雜交的方法(諸如北方墨點法)可包括在嚴格或高度嚴格條件下雜交和洗滌。如本文中所用，"嚴格條件"是至少如表2中的條件G至L般嚴格。"高度嚴格條件"是至少如表2中的條件A至F般嚴格。對於各條件，可在相應雜交條件("雜交溫度和緩衝液")下進行雜交約4小時，隨後在相應洗滌條件("洗滌溫度和緩衝液")下進行兩次20分鐘的洗滌。表2嚴格條件嚴格條件聚核苷酸雜交體雜交體長度(bp)1雜交溫度和緩衝液H洗滌溫度和緩衝液HADNA:DNA>5065。C;lxSSC或42。C;lxSSC，50%甲醯胺65°C;0.3xSSCBDNA:DNA5067。C;lxSSC或45。C;lxSSC，50%甲醯胺67°C;0.3xSSCDDNA:RNA5070°C;lxSSC或50。C;lxSSC，50%甲醯胺7(TC;0.3xSSCFRNA:RNA5065°C;4xSSC或42。C;4xSSC，50%甲醯胺65°C;lxSSC17tableseeoriginaldocumentpage181:雜交體長度為雜交的聚核苷酸的雜交區域的預期長度。當聚核苷酸與未知序列的靶聚核苷酸雜交時，雜交體長度假定為雜交的聚核苷酸的長度。當已知序列的聚核苷酸雜交時，可通過比對聚核苷酸的序列和識別具有最佳序列互補性的區域來判定雜交體長度。H:在雜交和洗滌緩衝液中可用SSPE(lxSSPE為0.15MNaCl、10mMNaH2P04禾口1.25mMEDTA，pH7.4)替代SSC(lxSSC為0.15MNaCl和15mM檸檬酸鈉)。T^至T^:預期長度小於50個鹼基對的雜交體的雜交溫度應小於雜交體的熔融溫度(Tm)5至l(TC，其中Tm是根據以下方程確定。對於長度小於18個鹼基對的雜交體，Tm(°C)=2(A+T鹼基弁)+4(G+C鹼基並)。對於長度為18與49個鹼基對之間的雜交體，Tm(°C)=81.5+16.6(log10Na+)+0.41(%G+C)-(600/N),其中N為雜交體中的鹼基數，Na+為雜交緩衝液中的鈉離子莫耳濃度(lxSSC的Na+=0.165M)。疾病基因的表達概況也可通過測量所關注個體的B細胞樣本中各基因的蛋白質產物含量來測定。適用於這個目的的方法包括(但不限於)免疫分析(例如，ELISA(酶連免疫吸附分析)、RIA(放射性免疫分析))、FACS(螢光活化細胞分選器)、西方墨點法、點漬墨法、免疫組織化學、基於抗體的放射成像、蛋白質陣列、高通量蛋白質測序、二維SDS-聚丙烯醯胺凝膠電泳和質譜。另外，由疾病基因編碼的蛋白質產物的生物活性(例如酶活性或蛋白質/DNA結合活性)也可用於測量所述基因在所關注B細胞樣本中的表達水平。所關注個體的表達水平與參考表達水平之間的差異或類似性可通過評估例如標準化後的倍數變化、絕對差或相對差來測定。在一個實例中，如果BCARG在所關注個體體內的表達水平與相應參考表達水平之間的差小於參考表達水平的50%、40%、30%、20%或10%，那麼認為兩種表達水平相似。在另一個實例中，如果BCARG在所關注個體體內的表達水平在相應參考表達水平的標準偏差(或倍數或分數)之內，那麼認為兩種表達水平相似。在評估患者的多種BCARG表達水平的情況下，可產生BCARG在患者的B細胞中的表達概況，且將其與參考表達概況進行比較。可對所關注個體的表達概況與參考表達概況之間的總體相似性的標準進行選擇以使得預測、診斷或評估的準確度(正確預測與正確和不正確預測總和的比)相對較高。舉例來說，可對相似性標準進行選擇以使得預測、診斷或評估的準確度為至少50%、60%、70%、80%、90%或更高。在一個實例中，如果所關注個體的表達概況中至少50%、60%、70%、80%、90%或更多的組份被視為與參考表達概況中的相應組份相似，那麼作出總體相似性預測。表達概況中的不同組份在比較中可具有相同或不同的加權數(weights)。基於基因表達的方法也可與其它臨床測試組合以改良預測、診斷或評估的準確度。加權表決算法能夠對所關注個體分配類別成員。參看格拉伯(Golub)等人，(1999)科學(Science)286:531-537;斯洛尼姆(Slonim)等人，(2000)日本東京第四屆國際計算分子生物學年會學報(Procs.oftheFourthAnnualInternationalConferenceonComputationalMolecularBiology,Tokyo,Japan),4月8-11日，第263-272頁。適用於這個目的的軟體程序包括(但不限於)基因簇(GeneCluster)2軟體(麻薩諸塞州劍橋布勞德研究院(BroadInstitute,Cambridge,MA))。在一種形式的加權表決分析中，將所關注個體分為兩類中的一類(亦即O類和l類)，每一類表示不同的狀態(例如類風溼性關節炎或無疾病)。舉例來說，O類可包括無疾病人類，1類包括類風溼性關節炎患者。可從表1中選擇一組BCARG形成分類器(classifier)(亦即類別預測器)。分類器中的各基因對兩類中的一類(0類或1類)進行加權表決。基因"g"的表決可定義為vg=ag(xg-bg)，其中ag=P(g，c)且反映基因"g"的表達水平與0類和l類之間類別差異之間的相互關係。bg=[x0(g)+xl(g)]/2，其為在0類和1類中基因"g"表達水平的平均對數的平均值。Xg表示基因"g"在所關注樣本中表達水平的標準化對數。正vg表示對0類的表決，而負vg表示對1類的表決。VO表示所有正表決的和，而VI表示所有負表決的和的絕對值。預測強度PS定義為PS=(V0-V1)/(V0+V1)。在本發明中可採用任何數目的BCARG。在一個實施例中，使用至少l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多種選自表1的基因用於對所關注個體的免疫反應治療的有效性進行預測、診斷或評估。本發明中所採用的疾病基因可經選擇以包括與無疾病人類相比在類風溼性關節炎患者中上調的基因，以及與無疾病人類相比在類風溼性關節炎患者中下調的基因。本發明的BCARG也可用於識別或測試用於調整B細胞介導的免疫反應的藥物。候19選藥物使BCARG表達水平返回更接近類似於無疾病人類體內的表達水平的狀態的能力表明候選藥物在自體免疫疾病中的有效性。用於篩選或評估候選藥物的方法在此項技術中是熟知的。這些方法可在動物模型中或在人類臨床試驗期間進行。本發明也涵蓋編碼BCARG的表達載體，其中一些BCARG在自體免疫疾病患者的B細胞中表達不足。通過將表達載體引入有需要的患者體內，可修正這些基因的異常表達。適用於這個目的的表達載體和基因輸送技術在此項技術中是熟知的。另外，本發明也涵蓋BCARG的反義序列或編碼所述序列的表達載體，其中一些BCARG在自體免疫疾病患者的B細胞中過度表達。通過引入反義序列或編碼所述序列的表達載體，可修正這些疾病基因的異常表達。也可通過RNA幹擾("RNAi")抑制BCARG的表達。RNAi是一種用於轉錄後基因沉默(silencing)("PTGS")的技術，其中特異性消除靶基因活性。在一個實施例中，將至少約21個核苷酸的dsRNA引入細胞中以使靶基因的表達沉默。另外，本發明也涉及可特異性識別由BCARG編碼的多肽的抗體。可將這些抗體投予有需要的患者。在一個實施例中，本發明的抗體可大體上降低或抑制疾病基因的活性。舉例來說，所述抗體可降低BCARG的活性至少約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。適用於本發明的抗體包括(但不限於)多株抗體、單克隆抗體、嵌合抗體、人化抗體、單鏈抗體、Fab片段、或由Fab表達庫產生的片段。在許多實施例中，本發明的抗體可以至少106M"、107M"、108M"、109M"或更高的結合親和常數&與各別BCARG產物或其它所要抗原結合。可製備包含本發明的抗體或聚核苷酸的醫藥組合物。可將醫藥組合物調配成與其所需投藥途徑相容。投藥途徑的實例包括(但不限於)非經腸、靜脈內、皮內、皮下、經口、吸入、經皮、局部、經黏膜和直腸投藥。用於製備所需醫藥組合物的方法在此項技術中是熟知的。應了解上述實施例和以下實例是以舉例說明而非限制的方式提供。所屬領域的技術人員根據本說明書可清楚了解本發明的範疇內的多種改變和修改。實例1在免疫和加強後的多個時間點由從引流(draining)淋巴結純化的B細胞中提取用於基因晶片雜交的RNA。將僅注射完全弗氏佐劑(CFA)(且在加強時使用不完全弗氏佐劑(IFA))的動物用作對照組，因為它們展示相似的總體免疫反應，但其關節中不發生關節炎症狀。關節炎誘發DBA/lLacJ雄性小鼠在尾基部經皮內僅使用CFA(對照組)或使用在CFA中乳化的100pg牛II型膠原蛋白(接受關節炎誘發的組)免疫。接著小鼠在第21天使用IFA(對照組)或使用在IFA中的100ng牛II型膠原蛋白(接受關節炎誘發的組)加強。在免疫(第O天)後第28、35、42、49、56、63和70天評估臨床計分，且如下對四隻爪的炎症計分0:無炎症1:一個或兩個腫脹足趾2:兩個以上腫脹足趾或輕度至中度腫脹3:整個爪大範圍腫脹4:腫脹消退，爪僵直。圖1展示另一群動物的疾病進展情況，其與用於轉錄概況實驗的動物並行進行實驗。RNA分離、定量和雜交通過使用CD19抗體進行FACS分選，從淋巴結樣本中分離B細胞。使用標準凱傑(Qiagen)RNeasy小型試劑盒程序，將B細胞中的總RNA純化至極高純度(88.5%至99.5%的範圍)。通過UV-Vis吸收光譜定量RNA，總RNA量通常約為1(ig(在500ng至3.5)ag的範圍內)。由於總RNA量低，因此採用兩輪線性擴增方法。在RNA分離步驟後，先將樣本隨機分組以避免可能向樣本引入隨後影響分析的處理偏差。然後按照昂飛(Affymetrix)雙循環耙標記試劑盒所提供的方案來製備生物素標記的cRNA。使用標準方案進行Affymetrix晶片MOE4302.0的晶片雜交。儘管所有樣本的標靶生成需要兩輪擴增，但必須自進一步分析中排除極少的系統離群值(outliers)。一組樣本的復樣本之間的皮爾遜相關係數(Pearsoncorrelation)高(r-皮爾遜>96%且通常>98%)，表示在給定時間/處理點上穩固和可重現B細胞反應。無監督(雙向)聚類歸類主要彼此靠近的復樣本，且將總樣本分為3個主要分支，可將其描述為未處理(nai've)(所有未處理樣本加上免疫後30和35天的樣本)反應前(所有2天CFA或CFA+CI1)和早期反應(6、8和20天樣本)加強後(加強後的大部分樣本，非常後期(30至35天)的樣本除外)。隨後的轉錄概況(profiling)分析集中於第21天加強前後的時間點，因為這個處理在經CFA+CII處理的動物淋巴結來源B細胞中提供強健反應強於僅注射CFA的動物的反應。通過在第22天(加強後l天)搜尋經CFA+CII處理動物的B細胞差異表達並扣除在任一下列條件下也有差異的基因來建立差異基因清單經CFA處理動物在第22天的B細胞與第2天未處理動物的B細胞之間差異表達的基因(使所述差異基因清單集中於膠原蛋白反應特異性基因)經CFA或CFA+CII處理動物在第20天的B細胞與第2天未處理動物的B細胞之間差異表達的基因(以避免在早期反應中誘發但未必為加強後B細胞活化所需的基因，B細胞活化是在這個模型中產生類RA症狀所必需)。這個分析揭示470種在CFA+CII加強後在B細胞中差異表達且符合所有其它標準的基因。表3中展示這些基因。除基因名稱外，表3包括加強後B細胞與未處理B細胞相比較基因表達的倍數變化，其中正數表示與未處理B細胞相比表達增加，而負數表示表達減少；t檢驗p值表示表達水平差異的顯著性；未處理樣本中的平均表達水平；和加強後樣本中的平均表達水平。表3膠原蛋白加強後在B細胞中差異表達的基因基因名稱倍數變化帶符號的量值(第2天未處理對第22天CFA+膠原蛋白)t試驗p值(第2天未處理對第22天CFA+膠原蛋白)平均值(第2天未處理)平均值(第22天CFA+膠原蛋白)(神經節苷脂誘導分化相關性蛋白IO，前B細胞群落增強因子l)1.774.24E-08170.76302,57RIKENcDNA2600011C06基因2.764.66E-0825.0669.11MAF1同系物(酵母)-1.391.16E-06984.12707.41全六聚體(per-hexamer)重複基因41.81.18E-06114.73206.59聚合酶(RNA)II(DNA引導的)多肽L-1.71.54E-06283.34166.75(RIKENcDNA231002801l基因，類似於類真菌後生動物起源的蛋白質(11.1kD)(2C514))-1.641.94E-06929.06567.87(真核細胞翻譯起始因子4A2，表達序列AA408556)2.562.11E-0622.3357.23(RIKENcDNA5330401F18基因，自然殺手腫瘤識別序列)1.472.19E-06234.47345.69(核糖體蛋白L7，類似於60S核糖體蛋白L7)-1.332.61E-062699.192032.57RIKENcDNA201(X)03O02基因-2.193.82E-06116.6253,16微管蛋白，(35-1.414.66E-06762.95539.88(ESTAI225873，轉運蛋白3)2.115.05E-0633.7171.21(RIKENcDNA4930511P09基因，RIKENcDNA9130427A09基因)1.375.74E-06282.85387.0622tableseeoriginaldocumentpage23核糖體蛋白S28-1.394.34E-053934.92837.58N-乙基順丁烯二醯亞胺敏感性融合蛋白連接蛋白Y1.334.37E-05303.78405,37RIKENcDNA2310001H13基因1,434.41E-05104.46149.66鋅指蛋白361.314.53E-05387.61507.51類異質細胞核核糖核蛋白D1.364.93E-05711.51964.59NADH脫氫酶(泛醌)黃素蛋白2-1,515.2犯-05436.12289.77白細胞介素7受體1,895.30E-0528.4653.84核糖體蛋白S15-1.415.31E-051547.711098.44(組蛋白3，H2a，組蛋白3，H2bb)-1.435.37E-05224.71157.18(DNA片段，ChrlO，百翰和女性遺傳學(Brigham&Women'sGenetics)1070表達，RIKENcDNA5730421K10基因，類似於異質細胞核核糖核蛋白H3同功異型物a，類似於異質細胞核核糖核蛋白H3，同功異型物a)1.535.43E-05258.1395,49(核糖體蛋白Sll，類似於40S核糖體蛋白Sll)-1.386.2犯-053091.632233.2轉錄調節因子，SIN3B(酵母)-1.46J7E-05905.22644.55(RIKENcDNA2310033F14基因，前B細胞白血病轉錄因子相互作用蛋白l)1.426.44E-05453.38643.63RIKENcDNA5430405G24基因-1.396.48E-0584.360.78粒線體核糖體蛋白Sll1.496.50E-0534.3151.15NADH脫氫酶(泛醌)Fe-S蛋白8-1.516.73E-05545.4360.76肌營養素-1.477.52E-05624.31423.48(類似於血影蛋白(Spectrin)ot鏈，腦(血影蛋白，非紅血球系(non-erythroid)a鏈)(a-II血影蛋白)(胞襯蛋白(Fodrin)a鏈)，血影蛋白a2)-1,337.84E-05749.48562.39PRP4前mRNA處理因子4同系物B(酵母)1.558.44E-05159.16246.28STIP1同源且含U盒的蛋白質11.328.74E-05411.61542.5H2A組蛋白家族，成員Z-1.418.78E-05838.92593.14(組織相容性2，II類，基因座DMa，組織相容性2,II類，基因座Mbl)-1.328.85E-051154.56873.62空泡蛋白分選蛋白54(酵母)1.318.87E-05304.91400.69小細胞核核糖核蛋白D1-1.399.08E-05105,1775.52(SET易位，類似於蛋白磷酸酶2A抑制因子-2I-2PP2A)-1.539.27E-05441.19288.05CDK2(細胞周期素依賴性激酶2)相關蛋白1-1.69.72E-05951.61596.38(RIKENcDNA5830412H02基因，與SWI/SNF相關，基質結合，染色質的肌動蛋白依賴性調節因子，亞族e，成員l)-1.319,95E-05108.782.86(色素框(chromobox)同系物3(果蠅HP^)，沉默)-1,321.02E-04248.32187.94腺嘌呤磷酸核糖基轉移酶-1.451.03E-04459.58316.5224tableseeoriginaldocumentpage25cDNA1500011L16基因)後期促進複合體亞單位5-1.331.98E-042026.041523,79(RIKENcDNAD930010H05基因，酪蛋白激酶l，s)1.341.98E-0499.87133.37肌凝蛋白，輕鏈多肽6，鹼性，平滑肌和非肌肉-1.452.05E-043011.92080.09NADH脫氫酶(泛醌)1(3子複合體，9-1.342.12E-04233.93174.12絲氨酸/蘇氨酸激酶10-1.492.15E-04568.54380.97(活性BCR相關基因，表達序列AI853502，核糖體蛋白L18)-1.372.20E-042055.121502,36RIKENcDNA1110039B18基因1.472.33E-0454.8480.52溶質載體家族37(丙三醇-3-磷酸酯轉運體)，成員l1.622.33E-0445.3873.47含COMM結構域4-1.442.39E-04529.79367,14類蘇氨醯基-tRNA合成酶l1.562.42E-04183.49285.72(RIKENcDNA2310040A13基因，RIKENcDNA4930597O21基因，鳥嘌呤核苷酸結合蛋白(G蛋白)，y12)1.72.46E-0430.551.82跨膜蛋白4-1.492.64E-04148.9999.76蛋白激酶抑制劑(3，cAMP依賴性，睪丸特異性1.592.66E-04153.75244.64RIKENcDNAC730025P13基因-1.442.82E-04145.94101.55帕金森氏症(Parkinsondisease)(常染色體隱性基因，早期發作)7-1.42.85E-04748.64533.15(RIKENcDNA1110059E24基因，RIKENcDNA5730446C15基因，RIKENcDNA9030607L02基因)-1.332.91E-04327.73246.88磷脂醯肌醇多糖(glycan)，O類1.432.95E-0496,22138.03核糖體蛋白L221.392.95E-04296.4411.22NADH脫氫酶(泛醌)ip次複合體，2-2.152.96E-0468.5531,93(ESTX83328,表達序列AA408420)-1.352.98E-04115.0185.27(類ADP-核糖基化因子6，myc誘導細胞核抗原，嗅覺受體203)-1.363.02E-0496.1870.7類超級殺手因子殺病毒活性2(釀酒酵母)1.893.07E-0445,8386.49(肽基脯氨醯基異構酶A，類似於肽基-脯氨醯基順反異構酶A(PPIase)(旋轉異構酶)(Rotamase)(親環素(Cyclophilin)A)(環孢素A結合蛋白(SP18))-1.423.08E-043202,672250.98(RIKENcDNAA230103N10基因，核糖體蛋白L30)1.573.12E-0497.85154.07過食(surfeit)基因l-1.323.20E-04195.45147.64外來體組份IO1.363.23E-0450.7869.02蘇氨醯基-tRNA合成酶1.373.34E-04200.54275.34角質細胞相關蛋白2-1.433.37E-04593.9414.01組織相容性2，O區ot基因座-1.413.38E-041270.84903.6426tableseeoriginaldocumentpage27tableseeoriginaldocumentpage28tableseeoriginaldocumentpage29免疫球蛋白K鏈可變區28(V28)，免疫球蛋白K鏈可變區8(V8)，免疫球蛋白K鏈，恆定區，重組抗神經氨酸酶單鏈IgVH和VL結構域)蛋白激酶，AMP活化，(31非催化性亞單位-1.411.39E-03156.04111.03RIKENcDNA1810073N04基因1.511.39E-03180.09271,07(RIKENcDNA1110059H15基因，類似於CG1530-PA)1.531.40E-0349.4575.5含COMM結構域l-1.771.41E-03110.0262.22(RIKENcDNA2310035P21基因，程序性(programmed)細胞死亡4)-1.441.41E-03542.69376.01過氧化物還原酶(peroxiredoxin)4-1.811.42E-03114.162,9RIKENcDNA1200002G13基因-1.351.43E-0387.6865.09溶質載體家族37(丙三醇-3-磷酸酯轉運體)，成員31.561.45E-0344.4769.2核糖體蛋白L6-1.361.48E-033785.232777,28蛋白激酶C，51.361.48E-03542.91736.76小核RNA活化複合體，多肽2-1.351.50E-03209.12154.59(轉移粘附蛋白(metadherin)，RIKENcDNA9930017N22基因)-1.31.58E-0398.4775,7半胱氨醯基-tRNA合成酶1,571.61E-0363.4399.9RIKENcDNA2410018G20基因-1,311.65E-0372.2155.14鋅指，含DHHC結構域161.31.66E-03142.44185.75環指蛋白1531.321.6犯-03445.8590.59(IL2-誘導性T細胞激酶，RIKENcDNA5830453J16基因)1.561.70E-0337.0257.61WD重複域333.061.71E-0317.7854.49(RIKENcDNA5730589L02基因，TCF3(E2A)融合搭配物，白血球受體簇(LRC)成員l，破骨細胞相關受體，類跨膜通道基因家族4)1.361.73E-0368.1292.87(表達序列T25620，溶質載體家族25,成員28)1.391.73E-03289.58403.84鋅指RNA結合蛋白1.691.76E-0331.1752.6類Src接頭蛋白1.451.76E-03522.58757.15著色性幹皮病，互補群c1.381.76E-0393.67129.46DnaJ(Hsp40)同系物，亞族B，成員61.391.76E-03159.27221.44過氧化物酶體生物發生因子261.341.82E-0390.79121.43cDNA序列BC023829-1,481.87E-03167.91113.6磷酸醯肌醇3激酶，調節亞單位，多肽4，p1501.781.91E-03121.1216.02類S-腺苷高半胱氨酸水解酶11.771.91E-0331.0555.11含START結構域IO-1.41.93E-03152.18108.6(RIKENcDNA5430407F15基因，類異質細胞核核糖核蛋白甲基轉移酶3(釀酒酵母))1,31.95E-03240.11312.69NADH脫氫酶(泛醌)1，未知次複合體，2-1.342.00E-03632.81473.7930SEC24相關基因家族，成員C(釀酒酵母)1.432.03E-03581.27831.66三聯基元蛋白343.112.03E-0319.6561.11TAF4ARNA聚合酶n，TATA盒結合蛋白1.822細墨0344.5181.16(TBP)相關因子cDNA序列BC004728-1.472.04E-036846.11(DNA片段，Chr2,ERATODoi554，表達，氯離子通道，核苷酸敏感性，1A)-1.422.05E-031085.79766.9DNA片段，ChrlO，ERATODoi641，表達-1.482.08E-0351.8934.98ATP-結合序列盒，亞族A(ABC1),成員l1.52.15E-0333.950.87RIKENcDNA0910001K20基因1.332.17E-03123.12164.16(RIKENcDNA2610510B01基因，類似於蛋1,412.20E-0386.82122.04白C21或f5)三肽基肽酶II1.632.23E-0330.9950.39(SH2結構域結合蛋白1(含34肽重複序列)，表達序列AI785031)1.52.27E-0378.16117.3有絲分裂原活化蛋白激酶激酶激酶81,322.32E-03152.83201.68(切除修復交叉互補齧齒動物修復缺陷，互補群l，假想蛋白1190028F09)-1.512.32E-0361.3140.48(RIKENcDNA1190002A23基因，TARDNA結合蛋白，甘露聚糖結合凝集素(lectin)1.462.3犯-03259.7379.6絲氨酸蛋白酶2)(DNA片段，Chr9,ERATODoi338，表達，酪蛋白水解蛋白酶X(大腸桿菌(E.coli)))1.82.44E-0370.31126,29(DNA片段，Chr6，ERATODoi365，表達，RIKENcDNA2610209C05基因)1.722.47E-0342.7473.72(RNA結合基元蛋白12,頂蓋蛋白I)1.342.48E-03142.79191.09(RIKENcDNA0610025L06基因，RIKENcDNAB930069K15基因，表達序列-1.532.51E-03913.2595.47AU022928)RAN結合蛋白IO1,372.51E-03116.11159,34前摺疊素(prefoldin)5-2.382.53E-03165.4869.48(RIKENcDNA0610009L18基因，肌動蛋-1.362.53E-033558.712610.61白，Y，細胞質l)非轉移性細胞中表達l，蛋白質-1.332.5犯-03642.31481.29(F盒蛋白ll，mutS同系物6(大腸桿菌))1.332.59E-03152.86203.1(RIKENcDNA2310073E15基因，調節因子-1.662.61E-0371.4743.06X相關含錨蛋白的蛋白質)(鈣/轉調蛋白(calmodulin)依賴性蛋白激酶II,S，表達序列C78441)2.922.6犯-0318.8454.99ErbB-2.1轉導子(transducer)-1.512.64E-0359.6639.5泛素B-1.362.64E-035354.83930.89(矢車菊苷(centaurin),52，基因模型1094，(NCBI))1.612.68E-03169.29272.87RIKENcDNA1110025L05基因-1.312.68E-03139,6106.31類似於鋅指蛋白187-1.962.70E-03150.5676.9431表達序列AI3254642.332.71E-0321.4650.05RIKENcDNA2310003L22基因-1.42.74E-0385.0360.76類kelch9(果蠅)-1.422.77E-0375.7853.33B淋巴激酶1.322.80E-031001.11323.57接頭蛋白相關蛋白複合體AP-4，el-1.372.83E-0382.3760,09N-甲基嘌呤-DNA糖基化酶-1.342.艦-03172.32129.06核糖體蛋白S18-1.692.89E-032822.551674.5中心體蛋白(centrin)31.32.91E-03216,77282.13趨化激素(chemokine)(C-C基元)受體51.322.92E-0386.73114.19(假想LOC381225，核糖體蛋白L15)-1.412.94E-033590.142545.26粒線體核糖體蛋白L47-1.382.95E-0384.3361,23TAF4ARNA聚合酶n，TATA盒結合蛋白(TBP)相關因子1.732.99E-0330.3452,34幹擾素(a和p)受體21.683.00E-0353.9290.39(RIKENcDNA2600001Mll基因，RIKENcDNAB930028Lll基因，Sec61，a亞單位21.513.03E-0349.2274.49(釀酒酵母))(RIKENcDNA5430410E06基因，組織相容性2,D區，組織相容性2，D區基因座l，組1.573.05E-031259.431982.41織相容性2，Q區基因座2，精子特異性抗原l)託辛蛋白(torsin)家族2，成員A-1.313.07E-0392.8270.85神經病靶酯酶1.53.08E-0334.5251.92泛素B-1.433.09E-033296.322306.23RIKENcDNA1810020E01基因-1.693.15E-03317.96187.9ATP酶家族，含AAA結構域3A1.513.17E-03130.76197.02甲硫氨醯基氨基肽酶l1.613.17E-0394.53151.77CD84抗原-1,353.19E-03112.9983.72(RIKENcDNAE430007M08基因，色素框-1.683.21E-03112.2366.88同系物l(果蠅HPip))(RIKENcDNA1110054H05基因，RIKEN1.543.26E-0357.75訓4cDNA6230415M23基因)3-單加氧酶/色氨酸5-單加氧酶活化蛋白，Y多肽1.33.27E-03208.96272,13EL0VL家族成員6，長鏈脂肪酸延長(酵母)-1.443.31E-0364.144.37(DNA片段，Chrl5，MouseGenomeInformatics25,小細胞核核糖核蛋白多肽G)-2.213.32E-0370,6932.03類細胞核前核纖層蛋白(prelamin)A識別因子-1.363.32E-03217.54160.41過氧化物酶體生物發生因子121.343,3犯-0360.0380.22類SH3-域GRB2B1(內啡啉蛋白-1.423.33E-0387.6361,59(endophilin))unc-119同系物(線蟲(C.elegans))-1,383.38E-03204.95148.52酸性(富含白氨酸)細胞核磷蛋白32家族，成員A-1.653.3犯-03224.34136,09RIKENcDNA4930470D19基因1.333.41E-03117.64156.7532tableseeoriginaldocumentpage33tableseeoriginaldocumentpage34tableseeoriginaldocumentpage35tableseeoriginaldocumentpage36tableseeoriginaldocumentpage37本發明的上述說明提供例示說明和描述，但並非意欲詳盡無遺或限制本發明於一種明確揭示。根據以上教示可進行修改和變更，或可自本發明的實踐獲得修改和變更。因此，應注意本發明的範疇是由權利要求書和其相等物界定。本申請案與2006年8月25日申請的美國臨時專利申請案第60/840,380號相關，其全文以引用的方式併入本文中用於所有目的。權利要求1.一種評估與關節炎相關的B細胞活化的方法，所述方法包含以下步驟(a)檢測B細胞的一種或多種基因的表達水平，和(b)將所述表達水平與表示B細胞活化狀態的參考表達水平進行比較，其中所述一種或多種基因是選自由下列組成的群組的基因AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-δ、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白(copine)III、STK10、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(p150)、Ro52、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體(exosome)組份10、鈣激活蛋白酶(calpain)3、類Src接頭(adaptor)蛋白、類CDC激酶1、宿主細胞因子C1調節因子1、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白(choroideremia)、PBEF/內脂素(visfatin)、泛素(ubiquitin)B和鋅指蛋白106。2.如權利要求1所述的方法，其中所述B細胞為人類B細胞且所述一種或多種基因為人類基因。3.—種評估患者自體免疫反應徵象的方法，所述方法包含以下步驟(a)檢測所述患者的樣本中B細胞的一種或多種基因的表達水平，和(b)將所述表達水平與表示所述患者免疫反應的參考表達水平進行比較，其中所述一種或多種基因是選自由下列組成的群組的基因AHCYL1、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細胞因子Cl調節因子1、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、PBEF/內脂素、泛素B和鋅指蛋白106。4.如權利要求3所述的方法，其中所述免疫反應為自體免疫反應。5.如權利要求4所述的方法，其中所述自體免疫反應為類風溼性關節炎。6.如權利要求3至5中任一或多個權利要求所述的方法，其中所述樣本為選自由血液、淋巴和滑膜組織組成的群組的流體樣本。7.如權利要求1至6中任一或多個權利要求所述的方法，其進一步包含在步驟(a)之前從所述樣本純化B細胞的步驟。8.如權利要求1至7中任一或多個權利要求所述的方法，其中所述患者為人類患者且所述一種或多種基因為人類基因。9.一種處理B細胞的方法，所述方法包含活化選自由下列組成的群組的基因或基因產物的步驟頂蓋蛋白III、宿主細胞因子調節因子I、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B和/或STK10;或抑制選自由下列組成的群組的基因或基因產物的步驟AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶l)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和鋅指蛋白106。10.如權利要求9所述的方法，其中所述方法包含選自由下列組成的群組的基因或基因產物通過表達編碼所述基因產物的核酸來活化頂蓋蛋白III、宿主細胞因子調節因子I、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B和STKIO。11.如權利要求9所述的方法，其中所述方法包含選自由下列組成的群組的基因通過表達抑制所述基因表達的核酸來抑制AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份IO、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和鋅指蛋白106。12.—種治療患者的類風溼性關節炎的方法，所述方法包含根據權利要求9至11中任一或多個權利要求所述的方法來處理所述患者B細胞的步驟。13.—種評估B細胞處理的方法，所述方法包含以下步驟在施用所述處理後檢測B細胞的一種或多種基因的表達水平和將所述表達水平與表示B鄰胞活化狀態的參考表達水平進行比較，從而評估所述處理的功效，其中所述一種或多種基因是選自由下列組成的群組的基因AHCYL1、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細胞因子Cl調節因子1、Rab3D、溶酶體相關細胞器生物發生複合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡膜缺損蛋白、泛素B和鋅指蛋白106。14.如權利要求13所述的方法，其中所述參考表達水平對應於施用所述處理前的表達水平。15.如權利要求13至14中任一或多個權利要求所述的方法，其中所述一種或多種基因為人類基因。16.—種純化抗體或單克隆抗體，其是與選自由下列組成的群組的基因產物特異性結合PBEF/內脂素、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調節亞單位4(pl50)、染色體結構維持蛋白5、WD重複域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和鋅指蛋白106。17.如權利要求16所述的抗體，其中所述基因產物為人類基因產物。18.—種靶向活化B細胞的方法，所述方法包含投予如權利要求16至17中任一或多個權利要求所述的抗體的步驟。19.如權利要求18所述的方法，其中所述抗體是投予給人類。20.如權利要求19所述的方法，其中所述人類先前已診斷出患有類風溼性關節炎，其可通過使用所述抗體靶向活化B細胞來治療。全文摘要本發明涉及從關節炎相關的B細胞中觀測到差異基因表達而獲益的方法和組合物。文檔編號C12Q1/68GK101535503SQ200780031590公開日2009年9月16日申請日期2007年8月22日優先權日2006年8月25日發明者基裡亞基·杜努西-約安諾普洛斯,尤金·布朗,戴維·馮沙克,瑪麗·柯林斯,馬修·惠特爾斯申請人:惠氏公司