衣原體抗原組合物及其用途

2023-12-09 04:34:56 6

衣原體抗原組合物及其用途
【專利摘要】本發明的部分內容提供了來源自衣原體屬的肽和多肽。本發明的部分內容還提供了使用肽和多肽治療、預防或診斷衣原體感染的方法。
【專利說明】衣原體抗原組合物及其用途
[0001]關於聯邦資助研究的聲明
[0002]該研究至少部分得到來自國家過敏症和傳染病研究所(the National InstituteOf Allergy and Infectious Diseases, NIAID)的美國聯邦政府基金 N0.R01A1076483 的資助。美國聯邦政府可以具有本發明的某些權利。
【技術領域】
[0003]本發明涉及細菌感染的治療。更具體地，本發明的部分內容提供了用於對抗衣原體感染的肽和多肽。
【背景技術】
[0004]沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)是導致了全世界每年超過9200萬例性傳播感染和8500例眼部感染的細胞內病原體(Starnbach, M.N.和N.R.Roan.2008.Conquering sexually transmitted diseases.Nat Rev Tmmunol 8:313-317)。性傳播的沙眼衣原體是女性長期疾病後遺症(如不孕症和異位妊娠)的主要原因(Brunham，R.C., D.J.Zhang, X.Yang和 G.M.McClarty.2000.The potential for vaccine developmentagainst chlamydial infection and disease.J Infect Disl81Suppl3:S538-543 ;Igietseme, J.U., C.M.Black和H.D.Caldwell.2002.Chlamydia vaccines: strategies andstatus.BioDrugsl6 :19-35)。女性的沙眼衣原體感染常常被忽視，直至已經產生嚴重的生殖損害(不育、盆腔炎、異位妊娠)。此外，女性感染沙眼衣原體增加了暴露後感染HIV的風險。
[0005]預防和控制沙眼衣原體性傳播感染的「尋找並治療」(seek and treat)的項目似乎是失敗的，因為患病率和再感染率持續上升(Brunham，R.C.，B.Pourbohloul，S.Mak,R.White 和 Μ.L.Rekart.2005.The unexpected impact of a Chlamydia trachomatisinfection control program on susceptibility to reinfection.J InfectDisl92:1836-1844)，其可能是由於早期治療幹擾了保護性免疫應答的發展(Su，H.，R.Morrison, R.Messer, ff.Whitmire, S.Hughes 和 H.D.Caldwell.1999.The effect ofdoxycycline treatment on the development of protective immunity in a murinemodel of chlamydial genital infection.J Infect Disl80:1252-1258)。
[0006]之前曾經試圖利用死的原生小體(EB)在人類和小鼠模型中接種疫苗以對抗沙眼衣原體和鼠衣原體(C.muridarum)感染,死的原生小體是在受感染細胞破裂時所釋放的不可複製的具有傳染性的顆粒，並提供了有限的保護(Grayston，J.T.和S.P.Wang.1978.The potential for vaccine against infection of the genital tract withChlamydia trachomatis.Sex Transm Dis5:73-77 ；Grayston, J.T., S.P.Wang, L.J.Yeh和 C.C.Ku0.1985.1mportance of reinfection in the pathogenesis of trachoma.RevInfect Dis7:717-725 ；Lu,H., Z.Xing 和 R.C.Brunham.2002.GM-CSF transgene-basedadjuvant allows the establishment of protective mucosal immunity followingvaccination with inactivated Chlamydia trachomatis.J Immunol169:6324-6331 ；Schachterj J.和 H.D.Caldwell.1980.Chlamydiae.Annu Rev Microbiol34:285-309)。然而，用活鼠衣原體EB免疫的小鼠顯示產生了更好的保護(Lu，H.，Z.Xing和R.C.Brunham.2002.GM-CSF transgene-based adjuvant allows the establishment ofprotective mucosal immunity following vaccination with inactivated Chlamydiatrachomatis.J Immunol169:6324-6331 ;Su，H.，R.Messer, W.Whitmire, E.Fischer,J.C.Portis 和 H.D.Caldwell.1998.Vaccination against chlamydial genital tractinfection after immunization with dendritic cells pulsed ex vivo with nonviableChlamydiae.J Exp Medl88:809-818)。
[0007]活鼠衣原體與死的有機體相比所提供的免疫的有效誘導的機理的研究表明，暴露於活的或死的鼠衣原體下的樹突細胞(DC)發育成不同的表型。具體地，暴露於活的鼠衣原體下的DC變的成熟並刺激抗原特異性的CD4T細胞，而暴露於死的鼠衣原體下的DC被抑制，不能發展為成熟的表型。用死的EB和CpG寡脫氧核苷酸共刺激DC表明，其部分克服了死的 EB 對 DC 成熟的抑制(Rey-Ladino, J.，K.M.Koochesfahani, M.L.Zaharik, C.Shen 和R.C.Brunham.2005.A live and inactivated Chlamydia trachomatis mouse pneumonitisstrain induces the maturation of dendritic cells that are phenotypicallyand immunologically distinct.1nfect Immun73:1568-1577)。利用基因晶片微陣列研究暴露於活的和死的鼠衣原體後的骨髓起源的DC的轉錄反應揭示了暴露於活的或死的生物體的DC在CXC趨化因子譜上的顯著不同(Zaharik，M.L.，T.Nayar, R.White，C.Ma, B.A.Vallance，Ν.Straka, X.Jiang, J.Rey-Ladino, C.Shen 和 R.C.Brunham.2007.Genetic profiling of dendritic cells exposed to live-or ultraviolet-1rradiatedChlamydia muridarum reveals marked differences in CXC chemokine profiles.1mmunologyl20:160-172)。總之，數據表明，暴露於活的EB的DC在表型上和功能上都與暴露於死的EB所產生的DC不同。
[0008]對鼠衣原體感染的免疫被認為主要由細胞介導，因此，其依賴於通過抗原呈遞細胞上的MHC分子呈遞於⑶4T細胞上的衣原體衍生肽(Brunham, R.C.和J.Rey-Ladin0.2005.1mmunology of Chlamydia infection:1mplications for aChlamydia trachomatis vaccine.Nat Rev Immunol5:149-161 ；Steinman, R.M.和M.Pope.2002.Exploiting dendritic cells to improve vaccine efficacy.J ClinInvestl09:1519-1526 ；Su,H.和 H.D.Caldwell.1995.CD4+T cells play a significantrole in adoptive immunity to Chlamydia trachomatis infection of the mousegenital tract.1nfect Immun63: 3302-3308 ；Morrison, S.G.，H.Su, H.D.Caldwell 和R.P.Morrison.2000.1mmunity to murine Chlamydia trachomatis genital tractreinfection involves B cells and CD4(+)T cells but not CD8(+)T cells.1nfect Immun68:6979-6987 ;Morrison，R.P.和 Η.D.Caldwell.2002.1mmunity tomurine chlamydial genital infection.1nfect Immun70:2741—2751 ;Igietseme，J.U.，Κ.H.Ramsey, D.M.Magee, D.M.Williams, T.J.Kincy 和 R.G.Rank.1993.Resolutionof murine chlamydial genital infection by the adoptive transfer of abiovar-specific, Thllymphocyte clone.Reg Immunol 5:317-324)。[0009]用免疫蛋白質組學方法(Hunt,D.F., R.A.Henderson, J.Shabanowitz,K.Sakaguchi, H.Michel, N.Sevilir, A.L.Cox, E.Appel la 和 V.H.Engelhard.1992.Characterization of peptides bound to the class I MHC molecule HLA—A2.1bymass spectrometry.Science255:1261-1263 ；de Jong, A.1998.Contribution of massspectrometry to contemporary immunology.Mass Spectrom Rev 17:311-335 ；01sen, J.V., L.M.de Godoy, G.Li, B.Macek, P.Mortensen, R.Pesch, A.Makarov, 0.Lange, S.Horning和M.Mann.2005.Parts per million mass accuracy on an Orbitrap mass spectrometervia lock mass injection into a C-trap.Mol Cell Proteomics4:2010-2021)鑑定鼠衣原體T細胞抗原，其基於與呈遞於經活的EB刺激(pulsed)後的DC的表面上的MHC II類分子相結合的病 原體衍生肽的分離和測序，鑑定了大量衍生自8個新表位的鼠衣原體妝(Karunakaran, K.P., J.Rey-Ladino, N.Stoynov, K.Berg, C.Shen, X.Jiang,
B.R.Gabel, H.Yu, L.J.Foster 和 R.C.Brunham.2008.1mmunoproteomic discovery ofnovel T cell antigens from the obligate intracellular pathogen Chlamydia.JImmunol 180:2459-2465)。這些肽在體外被抗原特異性⑶4T細胞所識別並且含有MHC結合肽的重組蛋白能夠在體內通過抗鼠衣原體感染的免疫來誘導部分保護(Yu，H.,X.Jiang,
C.Shen, K.P.Karunakaran 和 R.C.Brunham.2009.Novel Chlamydia muridarum T cellantigens induce protective immunity against lung and genital tract infection inmurine models.J Tmmunol 182:1602-1608)。
[0010]衣原體序列(核酸和多肽)描述於，例如US6030799、US6696421、US6676949、US6464979、US6653461、US6642023、US6887843 和 US7459524 ;或美國專利公布2005/0232941,2009/0022755和2008/0102112。具體的衣原體抗原描述於，例如PCT公布N0.W02010/085896 ο

【發明內容】

[0011]本發明的部分內容提供了衍生自衣原體屬的肽和多肽。本發明的部分內容還提供了利用肽和多肽治療、預防或診斷衣原體感染的方法。
[0012]在一個實施方式中，本發明提供了免疫原性組合物，其包括包含實質上(substantially)與 SPQVLTPNVIIPFKGDD、 SMLIIPALGG、 LAAAVMHADSGAILKEK、DDPEVIRAYIVPPKEP, KIFSPAGLLSAFAKNGA, DPVDMFQMTKIVSKH, KLEG11NNNNTPS、AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ、APILARLS相同的胺基酸序列的多肽或這些多肽的組合和生理上可接受的載體。
[0013]在一些實施方式中，多肽包含與:多形態膜蛋白H(PmpH)、核苷三磷酸酶(YggV)、D-丙氨醯-D-丙氨酸羧肽酶(DacC)、與基因座標籤CT538對應的假想蛋白、DNA修復蛋白(RecO)、SWIB (YM74)複合體蛋白、轉位磷酸肌動蛋白(Tarp)、外切脫氧核糖核酸酶V α亞基(RecD_2)、N利用物質蛋白A(NusA)、與基因座標籤CT017對應的假想蛋白實質上相同的胺基酸序列，或這些多肽的組合，以及生理上可接受的載體。
[0014]在其他實施方式中，組合物進一步包括另外的多肽，多肽包含實質上與AFHLFASPAANYIHTG、NAKTVFLSNVASPIYVDPA、ASPIYVDPAAAGGQPPA、VKGNEVFVSPAAHI IDRPG,SPGQTNYAAAKAGIIGFS, KLDGVSSPAVQESISE、IGQEITEPLANTVIA、MTTVHAATATQSVVD、DLNVTGPKIQTDVD、 EGTKIPIGTPIAVFSTEQN、 SVPSYVYYPSGNRAPVV, YDHIIVTPGANADIL、LPLMIVSSPKASESGAA、GANAIPVHCPIGAESQ、VFffLGSKINIIDTPG, ISRALYTPVNSNQSVG、FEVQLISPVALEEGMR、⑶AAYIEKVRELMQ、SRALYAQPMLAISEA 或 KPAEEEAGSIVHNAREQ 相同的胺基酸序列，或這些多肽的組合。
[0015]在一些實施方式中，另外的多肽包括包含實質上與:多形態膜蛋白F(PmpF)、多形態膜蛋白G(PmpG)、核糖體蛋白L6 (RplF)、3_氧代醯基_(醯基載體蛋白)還原酶(FabG)、抗-抗-σ因子(Aasf)、ATP依賴Clp蛋白酶的蛋白水解亞基(ClpP)、甘油醛3_磷酸脫氫酶(Gap)、與基因座標籤CT143對應的假想蛋白、丙酮酸脫氫酶(PdhC)、巰基二硫化物互換蛋白(DsbD)、氧化還原酶DadA家族、金屬蛋白酶胰島素酶家族、翻譯延長因子G(FusA)、翻譯延長因子Ts(Tsf)、翻譯延長因子Tu(Tuf)、多形態膜蛋白E(PmpE)、V型ATP合酶亞基E (AtpE)相同的胺基酸序列的多肽，或這些多肽的組合。
[0016]在一些實施方式中，組合物包括PmpG、PmpE、PmpF和PmpH和任選的Μ0ΜΡ。在其他實施方式中，組合物包括PmpG、PmpE, PmpF和TC0420和任選的Μ0ΜΡ。
[0017]在其他實施方式中，組合物進一步包括佐劑，例如DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL。
[0018]在一些實施方式中，本發明提供了在動物中引發抗衣原體屬或抗衣原體屬組分的免疫應答的方法，其通過給動物施用有效量的本文所述的組合物，從而引發動物的免疫應答。在其他實施方式中，本發明提供了本文所述的組合物用於引發動物的抗衣原體屬或抗其組分的免疫應答的用途。免疫應答可以是細胞免疫應答。
[0019]在一些實施方式中，本發明提供了治療或預防動物的衣原體屬感染的方法，其通過給動物施用有效量的本文所述的組合物，從而治療或預防動物的衣原體屬感染。在其他實施方式中，本發 明提供了本文所述的組合物用於治療或預防動物的衣原體屬感染的用途。
[0020]在一些實施方式中，本發明提供了診斷動物的衣原體感染的方法，其通過測定動物樣品中存在或不存在對多肽的T細胞應答進行，其中多肽包括實質上與 SPQVLTPNVIIPFKGDD、 SMLIIPALGG、 LAAAVMHADSGAILKEK、 DDPEVIRAYIVPPKEP、KIFSPAGLLSAFAKNGA、DPVDMFQMTKIVSKH、KLEGIINNNNTPS、AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ 或APILARLS相同的胺基酸序列，其中存在T細胞應答表明動物中存在衣原體感染。
[0021]在一些實施方式中，多肽包含實質上與:多形態膜蛋白H(PmpH)、核苷三磷酸酶(YggV)、D-丙氨醯-D-丙氨酸羧肽酶(DacC)、與基因座標籤CT538對應的假想蛋白、DNA修復蛋白(RecO)、SWIB (YM74)複合體蛋白、轉位磷酸肌動蛋白(Tarp)、外切脫氧核糖核酸酶V的α亞基(RecD_2)、N利用物質蛋白A(NusA)、與基因座標籤CT017對應的假想蛋白相同的胺基酸序列。
[0022]在其他實施方式中，樣品可以是陰道液、陰道組織、陰道衝洗物、陰道拭子、尿道拭子、尿液、血液、血清、血漿、唾液、精液、尿道分泌物、陰道分泌物、眼液(ocular fluid)、眼分泌物或其任意組合；動物可以是人類；衣原體屬可以是沙眼衣原體或鼠衣原體。
[0023]該
【發明內容】
並不必然公開了本發明的所有特性。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0024]通過下述描述並參考附圖，本發明的這些特徵和其它特徵變得更加明確，其中:[0025]圖1是涉及用於衣原體T細胞疫苗開發的免疫蛋白質組學方法的步驟順序的示意圖。
[0026] 圖2顯示了在免疫接種了不同的獨立的用DDA/MPL佐劑配製的衣原體蛋白的C57小鼠中抗衣原體生殖道感染的保護性功效。在感染後的6天、13天和20天時取得子宮頸陰道洗液，並且在HeLa229細胞上測定細菌滴度。*、**和***分別表示，相對於PBS組，P值〈0.05、〈0.01 和〈0.001。
[0027]圖3列出了表1所列多肽的胺基酸序列。
【具體實施方式】
[0028]本發明部分內容提供了衍生自衣原體屬的肽和多肽。本發明部分內容還提供了利用肽和多肽治療、預防或診斷衣原體感染的方法。
[0029]利用如圖1所述的免疫蛋白質組學方法，我們已經鑑定了幾個新的抗原。在一些實施方式中，這些抗原可以用作用於衣原體屬感染的預防或治療中的疫苗或診斷劑。
[0030]衣原體屬
[0031]「衣原體屬」是指細菌的屬，其是專性細胞內寄生蟲。衣原體屬包括沙眼衣原體(人類病原體)和鼠衣原體(對於小鼠和倉鼠是致病性的)。由於鼠衣原體和沙眼衣原體是高度同源的病原微生物，其與其宿主物種共進化，鼠衣原體用作用於研究細胞免疫和疫苗開發的穩健的動物模型。
[0032]在一些實施方式中，沙眼衣原體包括但不限於沙眼衣原體血清型D/UW-3/CX以及血清型A、B、Ba、C(涉及沙眼)，血清型D、E、F、G、H、1、J、K(涉及泌尿生殖道感染)和L1、L2、L3(性病淋巴肉芽腫血清型)。
[0033]在一些實施方式中，鼠衣原體包括鼠衣原體小鼠肺炎(MoPn)株Nigg。
[0034]各種衣原體屬的基因組序列已然確定。沙眼衣原體株D/UW-3/CX的基因組序列描述於，例如 Stephens, R.S.等人，1998 (Genome sequence of an obligate intracellularpathogen of humans:Chlamydia trachomatis.Science282(5389):754-759), 並以GenBank登錄號NC_000117.1，G1:15604717提供；本文稱為「沙眼衣原體基因組序列」)。
[0035]鼠衣原體的基因組序列描述於，例如Read, T.等人,2000 (Genome sequencesof Chlamydia trachomatis MoPn and Chlamydia pneumoniae AR39Nucleic AcidsRes.28 (6): 1397-1406)，並以 GenBank 登錄號 NC_002620.2，G1:29337300 提供；本文稱為「鼠衣原體基因組序列」)。
[0036]衣原體屬的多肽和核酸分子
[0037]用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於本文所述的肽或多肽，例如那些在表1-4中所列的，以及編碼這些肽或多肽的核酸分子。
[0038]在一些實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於鼠衣原體或沙眼衣原體序列，如與表1-4所列的一個或多個序列實質相同的胺基酸序列。
[0039]在一些實施方式，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於鼠衣原體或沙眼衣原體序列，如編碼與表1-4所列的一個或多個序列實質相同的胺基酸序列的核酸序列。
[0040]在其他實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於表1所述的肽或多肽的一個或多個。
[0041]在其他實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於一個或多個包括下列胺基酸序列的肽:SPQVLTPNVIIPFKGDD、SMLIIPALGG、LAAAVMHADSGAILKEK、DDPEVIRAYIVPPKEP、KIFSPAGLLSAFAKNGA, DPVDMFQMTKIVSKH, KLEGIINNNNTPS、AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ 或 APILARLS(SEQ ID NO:1-10)。
[0042]在其他實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於表1所述的肽或多肽的一個或多個與表2所述的肽或多肽中的一個或多個的組合。
[0043]在其他實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於表1所述的肽或多肽中的一個或多個與表3或4所述的肽或多肽中的一個或多個的組合。
[0044]在其他實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物還包括但不限於一種或多種沙眼衣原體多肽，如胺基酸通透酶(g1:3328837)、核糖體蛋白L6(RpIF，g1:3328951)、3_氧代醯基-(醯基載體蛋白)還原酶(FabG, g1: 15604958)、抗-抗-σ因子(Aasf，g1:15605151)、多形態膜蛋白 G(PmpG, g1:3329346)、假想蛋白(TC0420，g1: 15604862)、ATP 依賴 CIp 蛋白酶(Clpl，g1: 15605439)、多形態膜蛋白 F (PmpF, gi:3329345)、甘油醛3-磷酸脫氫酶(Gap, g1:15605234)和主要外膜蛋白I (MOMP) (gi:3329133)或其片段或部分。上述參考的多肽的片段或部分的實例包括PmpG的胺基酸25-512 (PmpG25^512)、PmpF 的胺基酸 26-585 (PmpF26^585)和 MOMP 的胺基酸 22-393。
[0045]在其他實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物還包括但不限於一種或多種鼠衣原體多肽，例如胺基酸通透酶(gi =15835268)、核糖體蛋白L6(RpIF，gi:15835415)、3_氧代醯基-(醯基載體蛋白)還原酶(FabG，g1:15835126)、抗-抗-σ因子(Aasf，g1:15835322)、多形態膜蛋白 G(PmpG 或 PmpG-1，g1: 15834883)、假想蛋白TC0420(g1:15835038)、ATP依賴CIp蛋白酶的蛋白水解亞基(CIp, g1:15834704)、多形態膜蛋白 F(PmpF*PmpE/F，g1:15834882)、甘油醛 3-磷酸脫氫酶(Gap, g1:15835406)和主要外膜蛋白1(M0MP，gi7190091)或其片段或部分。上述參考的多肽的片段或部分的實例包括 PmpG-1 的胺基酸 25-500 (PmpG-125^500)、PmpE/F-2 的胺基酸 25-575 (PmpE/F_225_575)和MOMP的胺基酸23-387。
[0046]在一些實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於來自PmpG、PmpF、PmpE、PmpH、RplF、Aasf、Rec0、Tarp、AtpE、TC0420、TC0190、TC0825 或 TC0285 中的兩種或更多種的組合的肽或多肽，只要至少一個多肽是PmpH、RecO, Tarp、AtpE、TC0190、TC0825或TC0285或其免疫原性片段。
[0047]在一些實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於來自PmpE, σ調節因子(RsbV)、50S核糖體蛋白L6(R16)、PmpH、預測的D-胺基酸脫氫酶、3-酮脂醯_(醯基載體蛋白)還原酶(FabG)、二氫硫乙醯轉移酶(PdhC)、甘油醛3-磷酸脫氫酶(GapA)、假想蛋白CT143和PmpG中的兩種或更多種的組合的肽或多肽，只要至少一個多肽是PmpH或其免疫原性片段。
[0048] 在一些實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於來自金屬蛋白酶(胰島素酶家族)、PmpE、AtpE、PmpH、TC0825、RecO、SffIB(YM74)複合體蛋白和TC0285中的兩種或更多種的組合的肽或多肽，只要至少一個多肽是PmpH、RecO、AtpE或TC0825或其免疫原性片段。[0049]在一些實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於來自PmpG> PmpE> PmpF和PmpH以及任選的MOMP中的組合的肽或多肽。
[0050]在一些實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於來自PmpG、PmpE, PmpF和TC0420以及任選的MOMP中的組合的肽或多肽。
[0051]通常，應當理解，本文所參考的多肽和胺基酸的序列對應於在沙眼衣原體基因組序列和/或鼠衣原體基因組序列中所參考的基因座標籤所示的那些序列。
[0052]在一些實施方式中，根據本發明使用的組合物包括多個肽和/或多肽，例如至少
2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16 或更多個。
[0053]本領域公知，可在多肽的結構上進行一些修飾和變化，而沒有實質性改變肽的生物學功能，以獲得生物學等效的多肽。因此，本領域技術人員理解，序列內胺基酸位置的數字標號是相對於特定序列而言的。相同的位置也可被賦予不同的數字標號，這取決於序列編號和序列選擇的方式。此外，序列變化如插入或缺失可以改變位點和位點周圍的特定的胺基酸的相對位置以及隨後的數字標號。
[0054]在一些實施方式中，可以以異源肽或多肽的組合來提供肽或多肽，例如表位標籤。
[0055]「蛋白」、「肽」或「多肽」是兩個或更多個胺基酸的任何鏈，包括天然存在的或非天然存在的胺基酸或胺基酸類似物，而不考慮是否存在翻譯後修飾(例如，糖基化或磷酸化)。本發明的「胺基酸序列」、「多肽」、「肽」或「蛋白」可以包括具有異常連接、交叉連接和末端帽、非肽鍵或替 代的修飾基團的肽或蛋白。這樣的修飾的肽也在本發明的範圍之內。術語「修飾基團」包括直接連接到肽結構(如通過共價偶聯)的結構，以及那些間接連接到肽結構(如通過穩定的非共價交聯或通過共價偶聯到另外的胺基酸殘基或其模擬物、類似物或衍生物，其可位於核心肽結構的側翼)的結構。例如，修飾基團可以被偶聯到肽結構的氨基末端或羧基末端，或核心結構域側翼的肽或模擬肽區域。
[0056]或者，修飾基團可以被偶聯到肽結構的至少一個胺基酸殘基的側鏈或核心結構域側翼的肽或模擬肽區域(例如，通過賴氨醯殘基的ε氨基、通過天冬氨酸殘基或穀氨酸殘基的羧基、通過酪氨醯殘基、絲氨酸殘基或蘇氨酸殘基的羥基基團或通過胺基酸側鏈上的其它合適反應基團)。共價偶聯到肽結構的修飾基團可以利用本領域公知的用於連接化學結構的手段和使用方法進行連接，包括如醯胺、烷基氨基、氨基甲酸酯或脲鍵。
[0057]在本發明的一個方面中，本發明的多肽還拓展至生物學等效的肽或「變體」，其通過保守的胺基酸取代或通過不影響生理功能如免疫原性的非保守取代，而與本發明的多肽的序列的部分不同。如本文所用，術語「保守的胺基酸取代」是指在肽的給定位置的一個胺基酸取代另一個胺基酸，其中產生該取代而不實質性損失相關功能。在作出這樣的變化時，類似胺基酸殘基的取代可以基於側鏈取代基的相對相似性，例如其大小、電荷、疏水性、親水性等而完成，並且這樣的取代可以通過常規測試來測定其對肽的功能的影響。
[0058]如本文所用，術語「胺基酸」是指那些天然存在的蛋白中常見的L-胺基酸、D-胺基酸和那些被修飾的胺基酸。因此，本發明的胺基酸可以包括例如:2_氨基己二酸；3_氨基己二酸；β -丙氨酸；β -氨基丙酸；2_氨基丁酸；4_氨基丁酸；哌啶酸；6_氨基己酸；2_氨基庚酸；2_氨基異丁酸；3_氨基異丁酸；2_氨基庚二酸；2，4 二氨基丁酸；鎖鏈素；2，2』 - 二氨基庚二酸；2，3- 二氨基丙酸；Ν-乙基甘氨酸；Ν-乙基天冬醯胺；羥賴氨酸?』異-羥賴氨酸；
3-羥脯氨酸；4_羥基脯氨酸；異鎖鏈素；異-異亮氨酸；Ν-甲基甘氨酸；肌氨酸；Ν-甲基異亮氨酸；6-N-甲基賴氨酸；N-甲基纈氨酸；正纈氨酸；正亮氨酸和鳥氨酸。
[0059]在一些實施方式中，產生的保守的胺基酸取代可以是由另一個具有相似親水性值的胺基酸殘基取代該胺基酸殘基(例如，在加或減2.0、加或減1.5、加或減1.0或加或減0.5的值內)，其中，以下可以是具有被分配給胺基酸殘基的約-1.6的親水指數的胺基酸，如酪氨酸(-1.3)或脯氨酸(-1.6)(在美國專利號4，554，101中詳述，通過引用併入本文):Arg (+3.0)、Lys (+3.0)、Asp (+3.0)、Glu (+3.0)、Ser (+0.3)、Asn (+0.2)、Gin (+0.2)、Gly(O) ,Pro (-0.5) ,Thr (-0.4)、Ala(_0.5)、His(_0.5) ,Cys (-1.0)、Met(_l.3) ,Val (-1.5)、Leu (-1.8), lie (-1.8)、Tyr (-2.3)、Phe (-2.5)和 Trp (-3.4)。
[0060]在其他實施方式中，產生的保守的胺基酸取代可以是由另一個具有相似親水性指數的胺基酸殘基取代該胺基酸殘基(例如，在加或減2.0、加或減1.5、加或減1.0或加或減0.5的值內)。在這樣的實施方式中，每個胺基酸殘基可基於其疏水性和電荷特性來分配親水指數，如下所示:He (+4.5)、Val (+4.2)、Leu (+3.8)、Phe (+2.8)、Cys (+2.5)、Met (+1.9)、Ala (+1.8)、Gly (-0.4)、Thr (-0.7)、Ser (-0.8)、Trp (-0.9)、Tyr (-1.3)、Pro (—1.6)、His (-3.2)、Glu (-3.5)、Gin (-3.5)、Asp (-3.5)、Asn (-3.5)、Lys (-3.9)和 Arg (-4.5)。 [0061]在其他實施方式中，保守的胺基酸取代的產生可利用公開可用的相似性矩陣的家族(60、70、102、103、94、104、86)?41矩陣基於從演化模型得出的計數，而犯0811111矩陣使用從比對內的高度保守模塊獲得的計數。在PAM或Blosum矩陣中大於O的相似性分數可以用來產生保守的胺基酸取代。
[0062]在其他實施方式中，產生的保守的胺基酸取代可以是由另一個同一類型的胺基酸殘基取代該胺基酸殘基，其中胺基酸分為非極性、酸性、鹼性和中性類型，如下所示:非極性:Ala、Val、Leu、He、Phe> Trp> Pro、Met ;酸性:Asp、Glu ;鹼性:Lys、Arg、His ;中性:Gly、Serλ Thrλ Cys、Asn、Gin、Tyr0
[0063]保守的胺基酸改變可以包括用相應的D-胺基酸、用保守的D-胺基酸或用胺基酸的天然存在的非遺傳編碼形式的形式以及L-胺基酸的保守取代來取代L-胺基酸。天然存在的非遺傳編碼的胺基酸包括β -丙氨酸、3-氨基-丙酸、2，3- 二氨基丙酸、α -氨基異丁酸、4-氨基-丁酸、N-甲基甘氨酸(肌氨酸)、羥脯氨酸、鳥氨酸、瓜氨酸、叔丁基丙氨酸、叔丁基甘氨酸、N-甲基異亮氨酸、苯基甘氨酸、環己基丙氨酸、正亮氨酸、正纈氨酸、2-萘基丙氨酸、吡啶基丙氨酸、3-苯並噻吩基丙氨酸、4-氯苯丙氨酸、2-氟苯丙氨酸、3-氟苯丙氨酸、4-氟苯丙氨酸、青黴胺、1，2，3，4-四氫-異喹啉-3-羧酸、β -2-噻吩丙氨酸、甲硫氨酸亞碸、高精氨酸、N-乙醯基賴氨酸、2-氨基丁酸、2-氨基丁酸、2，4，- 二氨基丁酸、對-氨基苯丙氨酸、N-甲基纈氨酸、高半胱氨酸、高絲氨酸、磺基丙氨酸、ε -氨基己酸、δ -氨基戊酸或2，3-二氨基丁酸。
[0064]在其他實施方式中，保守的胺基酸改變包括基於親水性或疏水性、大小或體積或電荷的考慮的改變。胺基酸通常可以表徵為疏水的或親水的，這主要取決於胺基酸側鏈的性質。疏水胺基酸表現了大於O的疏水性且親水胺基酸表現了小於O的親水性，這基於Eisenberg 等人的歸一化的一致疏水性標度(Ann.Rev.Biochem.53:595 - 623, 1984)。遺傳編碼的疏水胺基酸包括Gly、Ala、Phe, Val、Leu、He、Pro、Met和Trp，遺傳編碼的親水胺基酸包括Thr、His、Glu、Gin、Asp、Arg、Ser和Lys。非遺傳編碼的疏水胺基酸包括叔丁基丙氨酸，而非遺傳編碼的親水胺基酸包括瓜氨酸和高半胱氨酸。[0065]疏水或親水胺基酸可以進一步根據其側鏈的特徵進行細分。例如，芳香族胺基酸是具有包含至少一個芳族或雜芳族環的側鏈的疏水胺基酸，其可包含一個或多個取代基，如-OH、-SH、-CN、-F、-Cl、-Br、-1、-NO2, -NO、-NH2, -NHR、-NRR、-C(O)R、-C(O)OH, -C(O)
OR、-C(O) NH2、-C (O) NHR、-C (O) NRR 等，其中 R 獨立地是(-C6)烷基、取代的(C1-C6)烷基、(CC6)烯基、取代的(-C6)烯基、(Cj-C6)炔基、取代的(C 1-C6)炔基、(C5-C2O)芳基、取代的(C5-C20)芳基、(C6-C26)烷芳基、取代的(C6-C26)烷芳基、5-20元的雜芳基、取代的5-20元的雜芳基、6-26元的烷雜芳基或取代的6-26元的烷雜芳基。遺傳編碼的芳族胺基酸包括Phe、Tyl和Trp，而非遺傳編碼的芳族胺基酸包括苯基甘氨酸、2-萘基丙氨酸、β _2_噻吩基丙氨酸、I, 2, 3, 4-四氫-異喹啉-3-羧酸、4-氯苯丙氨酸、2-氟苯基丙氨酸、3-氟苯基丙氨酸和 4-氟苯基丙氨酸。
[0066]非極性胺基酸是具有在生理pH下不帶電荷且其具有其中兩個原子所共享的一對電子通常被兩個原子的每個原子均等佔據的鍵的側鏈的(即，側鏈不是極性的)疏水胺基酸。遺傳編碼的非極性胺基酸包括Gly、Leu、Val、He、Ala和Met，而非遺傳編碼的非極性胺基酸包括環己基丙氨酸。非極性胺基酸可以進一步細分以包括脂肪族胺基酸，其是具有脂肪族烴側鏈的疏水胺基酸。遺傳編碼的脂肪族胺基酸包括Ala、Leu、Val和He，而非遺傳編碼的脂肪族胺基酸包括正亮氨酸。
[0067]極性胺基酸是具有在生理pH下不帶電荷但其具有其中兩個原子通常所共享的一對電子更接近於原子之一的一個鍵的側鏈的親水胺基酸。遺傳編碼的極性胺基酸包括Ser、Thr> Asn和Gin,而非遺傳編碼的極性胺基酸包括瓜氨酸、N-乙醯基賴氨酸和甲硫氨酸亞碸。
[0068]酸性胺基酸是具有小於7的側鏈pKa值的親水胺基酸。酸性胺基酸通常具有在生理pH下帶負電荷的側鏈，這是由於氫離子的缺失。遺傳編碼的酸性胺基酸包括Asp和Glu。鹼性胺基酸是具有大於7的側鏈pKa值的親水胺基酸。鹼性胺基酸通常具有在生理pH下帶正電荷的側鏈，這是由於與水合離子的結合。遺傳編碼的鹼性胺基酸包括Arg、Lys和His，非遺傳編碼的鹼性胺基酸包括非環狀胺基酸鳥氨酸、2，3，- 二氨基丙酸、2，4- 二氨基丁酸和高精氨酸。本領域技術人員理解，上述分類不是絕對的，並且胺基酸可以被歸類於多個類型中。此外，胺基酸可以基於已知的行為和/或基於特定分析的特徵性的化學、物理或生物性質或與先前鑑定的胺基酸相比較來分類。胺基酸還可以包括具有類胺基酸側鏈的雙官能部分。
[0069]保守的改變還可以包括化學衍生的部分取代非衍生的殘基，其通過例如，胺基酸的官能側基團的反應。因此，這些取代可以包括這樣的化合物，其游離的氨基基團被衍生成胺鹽酸鹽、對甲苯磺醯基、苄氧羰基、叔丁氧羰基、氯乙醯基或甲醯基。相似地，游離的羧基可以被衍生形成鹽、甲酯和乙酯或其它類型的酯或醯肼，並且側鏈可以被衍生以對於游離的羥基形成O-醯基或O-烷基衍生物，或對於組氨酸的咪唑氮形成N-1m-苄基組氨酸。
[0070]肽或肽類似物可以通過標準化學技術進行合成，例如，通過利用液相或固相合成方法進行自動合成。自動化的肽合成器是市售的，並且所使用的技術是本領域公知的。肽和妝類似物也可利用使用如 Sambrook 等人(Molecular Cloning:A Laboratory Manual.第3版，冷泉港實驗室，冷泉港實驗室出版社，冷泉港，紐約，2000)或Ausubel等人(CurrentProtocols in Molecular Biology, John Wiley&Sons,紐約，紐約，1987-2012)中所述的那些標準方法的重組DNA技術進行製備。
[0071]因此，如本文所討論，根據本發明所使用的化合物包括編碼本文所述的肽或多肽的核酸分子。
[0072]術語「核酸」或「核酸分子」包括RNA (正和負鏈)和DNA 二者，DNA包括cDNA、基因組DNA和合成的(如化學合成的)DNA。核酸可以是雙鏈或單鏈。當其是單鏈時，核酸可以是正義鏈或反義鏈。核酸分子可以是具有兩個或更多個共價鍵合的核苷酸的任何鏈，其包括天然存在的或非天然存在的核苷酸、核苷酸類似物或衍生物。「RNA」是指具有兩個或更多個共價鍵合的天然存在的或修飾的核糖核苷酸的序列。該術語所包括的修飾的RNA的一個實例是硫代磷酸酯RNA。「DNA」是指具有兩個或更多個共價鍵合的天然存在的或修飾的脫氧核糖核苷酸的序列。「cDNA」是指通過RNA依賴的DNA聚合酶(逆轉錄酶)的作用而產生自RNA模板的互補或複製DNA。因此，「cDNA克隆」是指互補於目標RNA分子並裝入克隆載體中的雙鏈DNA序列。「互補」是指兩個核酸，如DNA或RNA，包含足夠數量的核苷酸，所述核苷酸能夠形成Watson-Crick鹼基對，以產生兩個核酸之間的雙鏈區域。因此，DNA或RNA的一條鏈上的腺嘌呤與相對的互補DNA鏈上的胸腺嘧啶配對或與相對的互補RNA鏈上的尿嘧啶配對。應當理解，核酸分子上不必每個核苷酸都與相對的互補鏈上的核苷酸形成匹配的Watson-Crick鹼基配對以形成雙鏈。核酸分子「互補」於另一個核酸分子，如果其在高嚴謹條件下與第二核酸分子雜交。
[0073]當化合物從天然伴隨其的組分中分離出來時，化合物是「分離的」。通常，化合物被分離時，其按重量計是樣品中的總物質的至少10 %、20 %、30 %、40 %、50 %或60 %或更通常至少70 %、75 %、80 %、85 %、90 %、95 %或99 %。因此，例如，化學合成的或通過重組技術產生的多肽通常基本上不含其天然相關的組分。核酸分子通常基本上是純的或「分離的」時，當其不是直接連接到(例如，共價連接到)編碼序列，編碼序列通常連接到本發明的DNA來源的有機體的天 然存在的基因組上。因此，「分離的」基因或核酸分子是指基因或核酸分子，其側翼並沒有通常(天然)在基因或核酸分子側翼的核酸分子(例如在基因組序列中)，和/或其是指從其它轉錄的序列中完全或部分純化的(如在cDNA或RNA文庫中)。例如，本發明的分離的核酸可基本上與其天然存在其中的複雜細胞環境相分離。因此該術語包括例如插入載體如自主複製質粒或病毒的重組核酸；或插入原核生物或真核生物的基因組DNA的重組核酸，或其作為獨立於其它序列的單獨的分子(例如，通過PCR或限制性內切酶處理所產生的cDNA或基因組DNA片段)存在的重組核酸。其也包括是編碼另外的多肽序列的雜合基因的部分的重組核酸。優選地，分離的核酸包括所存在的所有大分子種類的至少約50、80或90% (以摩爾計)。因此，分離的基因或核酸分子可以包括化學合成的或通過重組方法合成的基因或核酸分子。包含於載體中的重組DNA包括在本文所用的「分離的」的定義中。此外，分離的核酸分子包括異源宿主細胞中的重組DNA分子，以及溶液中的部分或基本上純化的DNA分子。本發明的DNA分子的體內和體外RNA轉錄物也包括在「分尚的」核酸分子內。
[0074]本發明的各種基因和核酸序列可以是重組序列。術語「重組」是指某物已經被重組，因此，涉及核酸構建體時，該術語是指由連接在一起的或通過分子生物學技術手段產生的核酸序列組成的分子。涉及蛋白或多肽時，術語「重組」是指由分子生物學技術手段產生的重組核酸構建體所表達的蛋白或多肽分子。涉及遺傳組合物時，術語「重組」是指具有與未出現在親本基因組中的等位基因新組合的配子或後代。重組核酸構建體可以包括被連接至或被操縱以連接至核酸序列的核苷酸序列，而該核酸序列在天然中未曾被連接至該核苷酸序列或其在天然中連接於不同的位置。涉及核酸構建體時，「重組」表示核酸分子已經利用遺傳工程，即通過人為幹預，進行了操作。
[0075]重組核酸構建體可例如通過轉化導入宿主細胞。這樣的重組核酸構建體可以包括來自相同宿主細胞物種或來自不同宿主細胞物種的序列，其被分離並被重新引入到宿主物種的細胞中。重組核酸構建體的序列可以被整合到宿主細胞基因組中，或者作為宿主細胞的原始轉化的結果，或者作為隨後重組和/或修復事件的結果。
[0076]如本文所使用，涉及核酸或蛋白的「異源的」是指通過人為幹預操作分子，使其位於天然發現其的位置以外的位置上。例如，來自一個物種的核酸序列可以被引入到另一個物種的基因組中，或來自一個基因座的核酸序列可以被移動到同一物種中的另一個基因座或染色體外基因座(extrachromasomal locus)。異源蛋白包括,例如從異源編碼序列表達的蛋白或從天然不表達該蛋白的細胞中的重組基因所表達的蛋白。
[0077]「實質相同的」序列是僅僅因本文所討論的一個或多個保守取代，或者因在不破壞胺基酸或核酸分子的生物功能的序列位置上的一個或多個非保守的取代、缺失或插入，而不同於參考序列的胺基酸或核苷酸序列。這樣的序列可以在胺基酸或核酸水平，相對於用於使用如比對程序(Align Program) (96)或FASTA比較的序列，具有從10%至99%的任何整數，或更通常地至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%或 60%，或至少 65%、75%、80%、85%、90%或95%，或高達96%、97%、98%或99%的同一性。對於多肽，比較序列的長度可以是至少2、5、10或15個胺基酸，或至少20、25或30個胺基酸。在其他實施方式中，比較序列的長度可以是至少35、40或50個胺基酸，或超過60、80或100個胺基酸。對於核酸分子，比較序列的長度可以是至少5、10、15、20或25個核苷酸，或者至少30、40或50個核苷酸。在其他實施方式 中，比較序列的長度可以是至少60、70、80或90個核苷酸，或超過100、200或500個核苷酸。序列同一性可以通過使用公開可得的序列分析軟體容易地測量(如Genetics Computer Group 的序列分析軟體包(Sequence Analysis Software Package),University of Wisconsin Biotechnology Center,1710University Avenue, Madison,Wis.53705，或來自國立醫學圖書館(National Library ofMedicine)的BLAST軟體，或如本文所述的)。有用的軟體的實例包括程序Pile-up和PrettyBox。這樣的軟體通過對各種的取代、缺失、取代和其它修飾賦予同源性程度來匹配相似的序列。
[0078]可選地或另外地，如果兩個核酸序列在高嚴謹條件下雜交，其可以是「實質相同的」。在一些實施方式中，高嚴謹條件是例如允許可與使用至少500個核苷酸長的DNA探針、在含有0.5M NaHPO4, pH值7.2,7% SDSUMmEDTA和1% BSA(部分V)的緩衝液中、溫度為65°C 的條件，或在含有 48% 甲醯胺、4.8XSSC、0.2M Tris-Cl，pH 值 7.6、I XDenhardt 氏溶液、10%硫酸葡聚糖和0.1% SDS的緩衝液中、溫度為42°C的條件(這樣的條件是典型的高嚴謹的Northern或Southern雜交的件)下發生的雜交相比的雜交發生的條件。雜交可進行約20至30分鐘，或約2至6小時，或約10至15小時，或者超過24小時或更長時間。高嚴謹雜交還依賴於由分子生物學家常規進行的多種技術的成功，如高嚴謹PCR、DNA測序、單鏈構象多態性分析和原位雜交。相比於Northern和Southern雜交,這些技術通常用相對短的探針進行(例如，通常約16個核苷酸，或對於PCR或測序則更長，並且對於原位雜交則約40個核苷酸或更長)。這些技術中所使用的高嚴謹條件對於分子生物學領域的技術人員是公知的(Ausubel 等人，Current Protocols in Molecular Biology, John ffiley&Sons,New York, N.Y.，1998)。
[0079]實質相同的序列可以例如是實質上與如本文所述或所參考的衣原體屬序列相同的序列。實質相同的序列可以例如是實質上與SEQ ID NO:1-76任意一個的序列或與本文所述的沙眼衣原體基因組序列和/或鼠衣原體基因組序列中所引用的基因座標籤所指的任何一個序列或其片段或變體相同的胺基酸序列；或實質上與SEQ ID NO:1-76任意一個的序列或本文所述的沙眼衣原體基因組序列和/或鼠衣原體基因組序列中所引用的基因座標籤所指的任何一個序列或其片段或其變體相同的核苷酸序列。在一些實施方式中，實質相同的序列可以例如是與SEQ ID NO:1-76任意一個的序列或本文所述的沙眼衣原體基因組序列和/或鼠衣原體基因組序列中所引用的基因座標籤所指的任何一個序列或其片段或其變體互補或雜交的核苷酸序列。在一些實施方式中，實質相同的序列可來源於衣原體屬，如沙眼衣原體或鼠衣原體。
[0080]藥學或獸醫組合物、劑量和給藥
[0081]本文所述的化合物和組合物可用於製備疫苗或其它製劑。化合物和組合物可以單獨提供或與其它化合物(例如，核酸分子、小分子、多肽、肽或肽類似物)組合提供，在存在脂質體、佐劑或任何藥學上可接受的載體時，並以適於施用給動物受試者如小鼠、人、豬等的形式。如果需要的話，利用本發明的化合物的治療可以與更傳統的和現有的衣原體感染療法相組合。
[0082]可以採用常規的藥學實踐，以提供合適的製劑，以對感染了衣原體病原體的受試者施用化合物或組合物。可以採用任何合適的施用途徑，例如腸胃外、靜脈內、皮下、肌內、顱內、鞘內、眶內、眼部、心室內、囊內、脊柱內、腦池內、腹膜內、鼻內、表皮、經皮、黏膜氣霧劑、經鼻、直腸、陰道、局部或口服給藥。在一些實施方式中，本文所述的化合物或組合物可應用於上皮細胞表面。一些上皮細胞表面可包括黏膜，例如口腔、齒銀、鼻、氣管、支氣管、胃腸、直腸、尿道、陰道、宮頸、子宮等。一些上皮細胞表面可包括角化細胞，例如皮膚、舌、牙銀、上顆等。
[0083]製劑可以是液體溶液或懸浮液、片劑或膠囊劑、粉劑、滴鼻劑或氣霧劑的形式。方法是製劑領域公知的(Berge 等人 1977.J.Pharm Sc1.66:1 - 19 ;Remington_The Scienceand Practice of Pharmacy,第 21 版，Gennaro 等人編，Lippincott ffilliams&ffilkinsPhiladelphia)。這樣的賦形劑可以包括,例如鹽、緩衝劑、抗氧化劑、絡合劑、等滲劑、冷凍保護劑、凍幹保護劑、助懸劑、乳化劑、抗菌劑、防腐劑、螯合劑、粘合劑、表面活性劑、潤溼劑、抗粘著劑、崩解劑(disentegrant)、包衣、助流劑、抗絮凝劑、抗成核劑、表面活性劑、穩定劑、非水性載體如固定油、用於緩釋或控釋的聚合物或密封劑、軟膏基質、脂肪酸、膏基、潤膚劑、乳化劑、增稠劑、防腐劑、增溶劑、保溼劑、水、醇等。
[0084] 用於腸胃外給藥的製劑可以例如包含賦形劑、無菌水或鹽水、聚亞烷基二醇如聚乙二醇、植物來源的油或氫化萘類。生物相容的、可生物降解的丙交酯聚合物、丙交酯/乙交酯共聚物或聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物可以用於控制化合物或組合物的釋放。用於調節化合物的其它潛在有用的胃腸外遞送系統包括乙烯-醋酸乙烯酯共聚物顆粒、滲透泵、可植入輸注系統和脂質體。用於吸入的製劑可以含有賦形劑，例如乳糖，或可以是含有如聚氧乙烯-9-月桂基醚、甘膽酸鹽和脫氧膽酸鹽的含水溶液，或可以是以滴鼻劑形式或作為凝膠的用於給藥的油性溶液。
[0085]對於治療或預防的組合物,對動物施用有效量的化合物或組合物以阻止或減緩衣原體感染。
[0086]本發明的化合物的「有效量」包括治療有效量或預防有效量。「治療有效量」是指達到所需的治療結果所需的劑量和時間段的有效的量，，例如減少衣原體感染或誘導對抗衣原體抗原或表位的免疫應答。化合物的治療有效量可根據因素如受試者的疾病狀態、年齡、性別和體重以及化合物在受試者中引發所需應答的能力而變化。可以調整劑量方案以提供最佳的治療反應。治療有效量也是一個其中治療有利作用優於化合物的任何毒性或有害作用的劑量。「預防有效量」是指達到所需的預防結果所需的劑量和時間段的有效的量，例如預防衣原體感染或誘導對抗衣原體抗原或表位的免疫應答。通常，預防劑量用於受試者的疾病的前期或早期階段，因此預防有效量可以少於治療有效量。化合物的治療或預防有效量的合適的範圍可以是從 0.1nM-0.1M、0.1nM-0.05Μ、0.05ηΜ_15 μ M 或 0.01nM-1O μ M中的任意整數。
[0087]在一些實施方式中，有效量可以基於質量/質量進行計算(例如，微克或毫克每千克受試者)，或可以基於質量/體積進行計算(例如濃度，微克或毫克每毫升)。使用質量/體積單位時，一個或多個肽或多肽可以是以約0.lug/ml至約20mg/ml的量或其間的任意量而存在，例如 0.1,0.5、1、2、5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000、5000、10000、20000ug/ml 或其間的任意量；或約 lug/ml 至約 2 000ug/ml 或其間的任意量，例如 1.0,2.0,5.0、10.0、15.0,20.0,25.0、
30.0.35.0.40.0.50.0.60.0.70.0.80.0.90.0、100、120、140、160180、200、250、500、750、1000、1500、2000ug/ml或其間的任意量；或約10ug/ml至約1000ug/ml或其間的任意量，例如 10.0,15.0,20.0,25.0,30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/ml 或其間的任意量；或約 30ug/ml 至約 1000ug/ml 或其間的任意量，例如 30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/ml。
[0088]數量和/或濃度可以基於質量/質量進行計算(例如，微克或毫克每千克受試者)，或可以基於質量/體積進行計算(例如濃度，微克或毫克每毫升)。使用質量/體積單位時，一個或多個肽或多肽可以是以約0.lug/ml至約20mg/ml或其間的任意量而存在，例如 0.1,0.5、1、2、5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000、5000、10000、20000ug/ml 或其間的任意量；或約 Iug/ml 至約 2000ug/ml 或其間的任意量，例如 1.0,2.0,5.0,10.0,15.0,20.0,25.0,30.0,35.0、
40.0.50.0.60.0.70.0.80.0.90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000ug/ml或其間的任意量；或約10ug/ml至約1000ug/ml或其間的任意量，例如10.0、
15.0.20.0.25.0.30.0.35.0.40.0.50、0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/ml或其間的任意量；或約30ug/ml至約1000ug/ml或其間的任意量，例如 30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/ml。
[0089]包括治療組合物在內的根據本發明的各種實施方式的組合物可以按包含有效量的一種或多種肽或多肽的劑量進行施用。劑量可以包括約0.lug/kg至約20mg/kg(基於受試者的質量)，例如 0.1,0.5、1、2、5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000、5000、10000、20000ug/kg 或其間的任意量；或約 lug/kg 至約 2000ug/kg 或其間的任意量，例如 1.0、2.0、5.0、10.0、15.0、20.0、25.0,30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000、1500、2000ug/kg或其間的任意量；或約10ug/kg至約1000ug/kg或其間的任意量，例如 10.0、15.0、20.0、25.0、30.0、35.0、40.0、50.0、60.0、70.0、80.0、90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/kg 或其間的任意量；或約 30ug/kg 至約 1000ug/kg或其間的任意量，例如 30.0,35.0,40.0,50.0,60.0,70.0,80.0,90.0、100、120、140、160、180、200、250、500、750、1000ug/kg。
[0090]本領域技術人員能夠容易地根據需要互相轉換單位，將受試者的質量，組合物、各個組分或其組合的濃度，組合物、各個組分或其組合的體積轉換成適合於所需應用的格式。
[0091]應當指出，劑量值可以隨待緩解疾病的嚴重程度而變化。對任何特定的受試者而言，具體的劑量方案可根據個體需要和施用組合物或監督組合物給藥的人的專業判斷而隨時間調整。本文所述的劑量範圍僅是示例性的，並不限制醫生可以選擇的劑量範圍。組合物中的活性化合物的量可根據因素例如個體的疾病狀態、年齡、性別和體重而不同。劑量方案可以進行調整以獲得最佳的治療反應。例如，可以施用單一的推注，可以一段時間內施用幾個分份劑量，或者可以依據治療情況的緊急程度所示，按比例減少或增加劑量。以劑量單位形式配製胃腸外組合物以易於給藥和使劑量均勻是有利的。
[0092]當施用時，所施用的組合物的量，給藥方式和給藥期限都可以影響所觀察到的效果。例如，組合物可以全身給藥，例如靜脈內給藥且具有毒性或不良效果，而同樣的組合物通過皮下或鼻內給藥可以不產生相同的不良效果。在一些實施方式中，在接近皮下注射部位的淋巴結中的免疫細胞的局部刺激可以是有利的，而全身性免疫刺激可以是不利的。
[0093]通常，使用化合物或組合物而沒有造成實質性的毒性。本發明的化合物的毒性可以使用標準技術來確定，例如通過檢測細胞培養物或實驗動物並確定治療指數，即LD50(群體的50%致死的劑量)和LD100 (群體的100%致死的劑量)之間的比。然而，在某些情況下，例如在嚴重的疾病的條件下，施用大量過量的組合物可能是必需的。
[0094]根據本發明的各種實施方式的組合物可以以單位劑量形式或以適合在使用點配製或稀釋的散裝形式(bulk form)來提供。根據本發明的各種實施方式的組合物可以以單劑量或一段時間內施用的幾個劑量施用於受試者。劑量時間表可以依賴於例如受試者的病況、年齡、性別、體重、給藥途徑、劑型或一般健康狀況。劑量時間表可以通過測量受試者的吸收、分布、代謝、排洩和毒性進行計算，或可以從實驗動物如大鼠或小鼠的測量推算出人類受 試者的使用情況。劑量和治療方案的優化討論於例如Goodman&Gilman的 The Pharmacological Basis of Therapeutics,第 11 版，2006, LL Brunton,編輯，McGraw-Hi 11, New York 5? Remington-The Science and Practice of Pharmacy,第 21 版，Gennaro 等人編，Lippincott ffilliams&ffilkins Philadelphia。
[0095]「疫苗」是包含引發所需的免疫應答的材料的組合物。所需的免疫應答可以包括防止衣原體屬病原體的感染。例如，所需的免疫應答可以包括，與未經免疫接種的動物相比，在免疫接種的動物中防止10%至100%之間任意值的衣原體屬病原體的感染，例如10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%。
[0096]「免疫應答」通常可以指適應性免疫系統的應答，如體液應答、細胞介導的應答。體液應答是免疫的一個方面，其是由B淋巴細胞譜系的細胞(B細胞)產生的分泌的抗體所介導。分泌的抗體在入侵的微生物(如病毒或細菌)的表面上結合抗原，其標記它們以進行摧毀。體液免疫通常用來指抗體的產生以及伴隨其的過程，以及抗體的效應子功能，包括Th2細胞活化和細胞因子產生，記憶細胞產生，吞噬作用的調理素增強，病原體消除等。細胞介導的應答可以指不涉及抗體而是涉及巨噬細胞、天然殺傷細胞(NK)、抗原特異性細胞毒性T-淋巴細胞的活化以及各種響應抗原的細胞因子的釋放的免疫應答。細胞介導的免疫通常是指某些Th細胞的活化、Tc細胞的活化和T細胞介導的應答。
[0097]抗原提呈細胞(APC)如樹突細胞(DC)吸收多肽並在DC MHC I和II複合物的環境內呈遞這樣的多肽的表位至包括⑶4+和⑶8+細胞的其它免疫細胞。「MHC複合物」或「MHC受體」是由受試者的主要組織相容性複合物編碼的細胞表面受體，其在免疫系統中具有抗原呈遞的作用。數種細胞類型中都可發現MHC蛋白，包括抗原提呈細胞(APC)如巨噬細胞或樹突細胞(DC)，或在哺乳動物中發現的其它細胞。與MHC I類相關的表位的長度範圍可為約8-11個胺基酸，而與MHC II類相關的表位可以更長，長度範圍為約9-25個胺基酸。
[0098]因此，「免疫應答」包括但不限於下列的哺乳動物中的一個或多個應答:施用組合物或疫苗後，誘導特異性針對組合物或疫苗中的抗原的抗體、B細胞、T細胞(包括輔助性T細胞、抑制性T細胞、細胞毒性T細胞、Y δΤ細胞)。因此，針對組合物或疫苗的免疫應答通常包括在宿主哺乳動物中發展針對目標組合物或疫苗的細胞和/或抗體介導的應答。通常，免疫應答導致預防或減少衣原體屬病原體的感染。在一些實施方式中，免疫應答具體指細胞介導的應答。在一些實施方式中，免疫應答具體指針對衣原體屬病原體的細胞介導的應答。
[0099]本發明的疫苗可包括本文所述的多肽和核酸分子或其免疫原性片段，並且可以使用本領域已知的或本文所述的任何給藥形式進行給藥。
[0100]多肽或核酸分子的「免疫原性片段」是指引發免疫應答的表位或胺基酸或核苷酸序列。術語「表位」是指在蛋白中的胺基酸的排布或其上的修飾(例如糖基化)。胺基酸可以線性方式進行排布，如蛋白的一級序列，或可以是，當蛋白部分地或完全地裝配時，緊密相鄰的胺基酸的二級或三級排列。表位可以特異性結合於抗體、抗體片段、肽、模擬肽等，或可以特異性結合配體或保持在MHC I或MHC II複合物內。
[0101] 因此，免疫原性片段可以包括但不限於本文所述的任何序列或與其實質相同的序列的任何部分，其包括一個或多個表位(由特異性的免疫系統細胞如T細胞所識別的位點)。例如，免疫原性片段可以包括但不限於，來自本文所述的任意一個或多個序列的胺基酸長度為6和60之間或超過60的任意值的肽，例如胺基酸長度為10和20之間任意值的肽或胺基酸長度為20和40之間任意值的肽。這些片段可以使用本領域技術人員已知的標準方法來鑑定，如表位作圖技術或使用Oxford Molecular Group的Omigal.0版程序(參見，例如美國專利4，708，871)(76，77，81，92，73，)的抗原性或親水性圖。表位可以具有一系列尺寸-例如線性表位可以小至2個胺基酸或可更大，約3個胺基酸至約20個胺基酸。在一些實施方式中，表位長度可以是約5個胺基酸至約10個胺基酸或約15個胺基酸。具有胺基酸的二級或三級排列的表位可以包含小至2個胺基酸或可更大，約3個胺基酸至約20個胺基酸。在一些實施方式中，二級或三級的表位可以是鄰近表位內的一些或其它的約5個胺基酸至約10個胺基酸或約15個胺基酸。
[0102]在一些實施方式中，疫苗包含合適的載體如佐劑，該試劑的作用在於以非特異性方式增加針對特定抗原或一組抗原的免疫應答，使得能夠減少在任何給定的疫苗劑量中的抗原的量，或減少產 生所需的免疫應答所需的劑量頻率。
[0103]示例性的佐劑包括但不限於氫氧化鋁、明礬、鋁膠?(三水合鋁)或其它含鋁的鹽、病毒體、包括CpG基序如CpG寡脫氧核苷酸(CpG-ODN)的核酸、角鯊烯、油、MF59 (Novartis), LTK63 (Novartis), QS21、各種皂甙、病毒樣顆粒、單分枝醯甘油(MMG)、單磷醯脂質A(MPL)/海藻糖二棒分枝菌酸酯(trehalose dicorynomycolate)、toll樣受體激動劑、共聚物如聚氧丙烯和聚氧乙烯、AbISCO, ISCOM(AbISCO-1OO)、Montanide ISA51、Montanide ISA720+CpG等或其任意的組合。在一些實施方式中，示例性的佐劑包括陽離子脂質傳遞劑如二甲基雙十八烷基溴化銨(DDA)以及修飾的分枝桿菌索狀因子海藻糖6，6』 - 二山嵛酸酯(TDB) (DDA/TDB)、DDA/MMG或DDA/MPL或其任意的組合。摻入或未摻入MPL的脂質體進一步被吸附到氫氧化鋁中也可以是有用的，參見，例如美國專利6093406和6793923B2。在一些實施方式中，示例性的佐劑包括原核生物RNA。在一些實施方式中，示例性的佐劑包括描述於例如美國專利公布2006/0286128中的佐劑。在一些實施方式中，示例性的佐劑包括DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL和原核生物RNA。
[0104]在一些實施方式中，疫苗組合物包括但不限於來自PmpG、PmpE、PmpF和PmpH和任選的MOMP的組合中的肽或多肽與DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL和任選的原核生物RNA的組合。
[0105]在一些實施方式中，用於根據本發明的組合物和方法的化合物包括但不限於來自PmpG、PmpE、PmpF和TC0420和任選的MOMP的組合中的肽或多肽與DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL和任選的原核生物RNA的組合。
[0106]在一些實施方式中，本文所述的組合物可用於接種測試受試者，例如衣原體感染的動物模型如小鼠。實驗性接種實驗動物的方法是本領域已知的。例如，測試衣原體屬疫苗可以包括在感染之前，對小鼠鼻內接種包括具有感染性的衣原體菌株的接種物，並評估肺炎的發展。示例性的分析描述於例如Tammiruusu等人,2007.Vaccine25 (2): 283-290或Rey-Ladino 等人,2005.1nfection and Immunity73:1568-1577。本領域技術人員能做出任何細微的修改以使該分析適應特定的病原體模型。
[0107]在另一個實施例中，測試衣原體疫苗可以包括用如上所述克隆和表達的候選T-細胞抗原連續接種雌性小鼠。連續接種可以包括2、3或更多個連續接種。候選T-細胞抗原可以與佐劑組合。連續接種的最後一次接種後約三周，給小鼠皮下注射2.5mg的狄波普維拉，I周后，使未經處理的和免疫接種的小鼠陰道內感染衣原體。感染過程後，監測脫落的有機體數量，每隔2至7天監測一次，連續6周。脫落的有機體數量可以通過使用適當稀釋的陰道衝洗樣品對HeLa細胞中衣原體包裹體的形成進行計數來確定。免疫可以通過相較於未經處理的小鼠，免疫接種的小鼠中所減少的脫落的有機體數量來測定。
[0108]在一些實施方式中，本發明還提供了用於誘導受試者的免疫應答的組合物。根據本發明的各種實施方式的組合物可以用作疫苗或用於疫苗的製備。
[0109]在另一個實施方式中，本文所述的肽或多肽可以用於製備藥物，如用於預防或治療衣原體感染的疫苗組合物。治療包括預防，除非預防已明確排除在外，如在本發明的其他實施方式中。治療是指完全地或部分地降低衣原體感染的嚴重程度，和/或延緩衣原體感染的發作，和/或降低衣原體感染的一種或多種症狀或特徵的發生率，所述症狀或特徵包括降低存活、生長和/或衣原體屬如鼠衣原體或沙眼衣原體的傳播。在一些實施方式中，治療包括誘導動物受試者的免疫。在其他實施方式中，治療包括誘導動物受試者的細胞免疫。治療可以施用給未表現出疾病、紊亂和/或病況的徵兆的受試者(無症狀受試者)和/或僅表現出疾病、紊亂和/或病況的早期徵兆的受試者，其目的在於降低與疾病、紊亂和/或病況相關病理的發展的風險。在一些實施方式中，治療包括遞送免疫原性組合物(例如，疫苗)到受試者。
[0110]組合物或藥物可以用於預防或治療患有或懷疑患有衣原體感染的受試者的衣原體感染。在一些實施方式中，組合物或藥物可以用於泌尿生殖道或眼部病況的預防或治療。泌尿生殖病況包括但不限於尿道炎、宮頸炎、咽頭炎(pharyngitis)、直腸炎、附睪炎和前列腺炎。眼部病況包括但不限於沙眼和結膜炎。
[0111]在一些實施方式中，單獨或組合使用的本文所述的肽或多肽可用於診斷受試者中衣原體感染的存在，例如甚至在無症狀受試者中。診斷可是測定T細胞應答，並且可以通過使用本文所述的或本領域技術人員已知的任何技術來實施。 [0112]製造的物品
[0113]本發明還提供了製造的物品，其包括包裝材料和包含一種或多種本文所述的肽或多肽的組合物。組合物包含生理學上或藥學上可接受的賦形劑，並可以進一步包括佐劑、遞送劑或佐劑和遞送劑，包裝材料可以包括顯示組合物的活性成分(如存在的肽或多肽、佐劑或遞送劑)的標籤。標籤可進一步包括組合物的預期用途，例如作為以本文所述的方式進行使用的治療或預防組合物。
[0114]試劑盒
[0115]在另一個實施方式中，提供了用於製備藥物的試劑盒，其包括包含本文所述的一個或多個肽的組合物，以及其使用說明書。說明書可包括一系列用於製備藥物的步驟，藥物用於誘導被給藥的受試者的治療性或預防性免疫應答。試劑盒可以進一步包括藥物用於治療的說明書，其中治療是為了治療、預防或改善衣原體感染的一種或多種症狀，並且說明書包括例如劑量濃度、劑量間隔、優選的給藥方法等。
[0116]在下述實施例中進一步說明了本發明。
[0117]實施例
[0118]材料與方法
[0119]衣原體
[0120]鼠衣原體小鼠肺炎(MoPn)菌株Nigg生長於補充有10% FCS的Eagle基本必需培養基(Invitrogen)中的Hela229中。原生小體(EB)通過不連續密度梯度離心進行純化,如先前所述(Caldwell, H.D., J.Kromhout 和 J.Schachter.1981.Purification and partialcharacterization of the major outer membrane protein of Chlamydia trachomatis.1nfect Immun31:1161-1176)。將純化的EB等分並於鹿糖-磷酸鹽-穀氨酸緩衝液中儲存在_80°C，使用前解凍。純化的EB的感染性和包裹體形成單位的數量(IFU)通過使用抗-EB小鼠多克隆抗體、然後的生物素標記的抗-小鼠IgG(Jackson ImmunoResearchLaboratories)和二氨基聯苯胺(DAB)底物(Vector Laboratories)的免疫染色來確定(Yang, X.,K.T.HayGlass和R.C.Brunham.1996.Genetically determined differences inIL-1Oand IFN-gamma responses correlate with clearance of Chlamydia trachomatismouse pneumonitis infection.J Immunol 156:4338-4344)。活的 EB 的 IFU 由如上所述的純化的起始鼠衣原體EB儲液所確定的滴度進行計算。
[0121]小鼠
[0122]雌性 C57BL/6 或 BALB/c 小鼠(5-6 周齡)購自 Charles River Canada,並飼養於無病原體的條件下。
[0123]使用免疫蛋白質組學方法分離和質譜鑑定MHC-結合肽
[0124]本發明使用的衣原體疫苗的候選T細胞抗原的鑑定的總體過程示意性示於圖1中並在下文進行詳述。
[0125]用活EB進行DC脈衝
[0126]DC 的產生如先前所述(Inaba, K.，M.1naba, N.Romani, H.Aya, M.Deguchi，S.1kehara, S.Muramatsu 和 R.M.Steinman.1992.Generation of large numbers ofdendritic cell from mouse bone marrow cultures supplemented with granulocyte/macrophage colony-stimulating factor.J Exp Medl76:1693-1702)。簡言之，骨髓細胞分離自BALB/c小鼠的股骨或脛骨中，並於Falcon培養皿中以4X IO7個細胞在50ml DC培養基中進行培養。DC培養基是Iscove改良的Dulbecco培養基(MDM)並且其補充有10%FCS,0.5mM2-ME、4mM L-穀氨醯胺、50 μ g/ml 慶大黴素和分別含有 10ng/ml GM-CSF和 IOng/ml IL-4的5%鼠GM-CSF-轉染的漿細胞瘤X63_Ag8的培養物上清和5%鼠IL-4轉染的漿細胞瘤X63-Ag8的培養物上清。在第3天，去除一半的培養物上清並加入新鮮的DC培養基。在第5天，非貼壁細胞(CDllc+純度>50% )、所指定的來自骨髓的樹突細胞(BM-DC)被轉移到新的皿中，並於50ml的含有25 X IO7的IFU活EB的DC培養基中以25 X IO7個細胞進行培養，37°C，5% C02，12h。然後，收穫用活EB脈衝的細胞並儲存於-80°C。
[0127]MHC II類-結合肽的鑑定
[0128]我們獲得了 6 X IO9的用活EB脈衝的BM-DC。從脈衝的DC中鑑定MHC 11類-結合肽的免疫蛋白質組學方法包括如先前所述的多個步驟(Karunakaran, K.P.,J.Rey-Ladino, N.Stoynov, K.Berg, C.Shen, X.Jiang, B.R.Gabel, H.Yu, L.J.Foster 和R.C.Brunham.2008.1mmunoproteomic discovery of novel T cell antigens from theobligate intracellular pathogen Chlamydia.J Immunoll80:2459_2465)。簡言之，脈衝的DC被裂解，並且MHC II類(1-Ab)分子使用等位基因特異性抗-MHC單克隆抗體親和柱進行純化。然後，結合到親和層析柱的MHC II類分子進行洗脫，通過乙酸處理和通過5-kDa截斷值膜的超濾從MHC分子分離MHC-結合肽，以去除高分子量的材料。純化的MHC-結合肽通過使用偶聯了使用納米噴霧電離源的納米流HPLC的在線LTQ-OrbitrapXL(ThermoElectron)進行定性分析。質譜儀設定為每循環5個最強烈的多電荷離子的片段。片段譜使用 DTASuperCharge (http://msquant.sourceforge.net)進行提取，並使用 Mascot 算法在由來自鼠衣原體的蛋白序列組成的資料庫中進行檢索。
[0129]統計分析
[0130]數據在GraphPad Prism軟體程序的輔助下進行分析。進行Kruskal-Wallis檢驗以分析來自多個組的鼠衣原體脫落物的數據，並採用Mann-WhitneyU檢驗來比較對之間的中值。P值〈0.05認為是顯著。數據表示為平均值土平均值的標準誤差(SEM)。
[0131]利用免疫蛋白質組學鑑定候選T細胞疫苗抗原(MHC-結合肽的分離和質譜鑑定)
[0132]表1列出了在輕微修改的試驗條件下應用免疫蛋白質組學方法所鑑定的抗原。在這種情況下，從BALB/c小鼠分離來源於骨髓的樹突細胞(BM-DC)(相對於C57BL/6系)並與鼠衣原體孵育12小時。
[0133]表2列出了在兩個採用不同實驗條件的先前的研究中分別鑑定的T細胞抗原。
[0134]
【權利要求】
1.一種免疫原性組合物，其包括包含與SPQVLTPNVIIPFKGDD、SMLIIPALGG,LAAAVMHADSGAILKEK、DDPEVIRAYIVPPKEP、KIFSPAGLLSAFAKNGA、DPVDMFQMTKIVSKH、KLEGIINNNNTPS, AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ、APILARLS 實質上相同的胺基酸序列的多肽或其組合，以及生理上可接受的載體。
2.如權利要求1所述的組合物，其中多肽包含實質上與下述蛋白相同的胺基酸序列:多形態膜蛋白H(PmpH)、核苷三磷酸酶(YggV)、D-丙氨醯-D-丙氨酸羧肽酶(DacC)、與基因座標籤CT538對應的假想蛋白、DNA修復蛋白(RecO) ,SffIB(YM74)複合體蛋白、轉位磷酸肌動蛋白(Tarp)、外切脫氧核糖核酸酶V的α亞基(RecD_2)、Ν利用物質蛋白A(NusA)、與基因座標籤CT017對應的假想蛋白或其組合，以及生理上可接受的載體。
3.如權利要求1或2所述的組合物，其還包括包含與AFHLFASPAANYIHTG、NAKTVFLSNVASPIYVDPA,ASPIYVDPAAAGGQPPA、VKGNEVFVSPAAHIIDRPG、SPGQTNYAAAKAGIIGFS,KLDGVSSPAVQESISE、IGQEITEPLANTVIA、MTTVHAATATQSVVD、DLNVTGPKIQTDVD、EGTKIPIGTPIAVFSTEQN、SVPSYVYYPSGNRAPVV, YDHIIVTPGANADIL、LPLMIVSSPKASESGAA、GANAIPVHCPIGAESQ、VFffLGSKINIIDTPG, ISRALYTPVNSNQSVG、FEVQLISPVALEEGMR、GDAAYIEKVRELMQ、SRALYAQPMLAISEA 或 KPAEEEAGSIVHNAREQ 實質上相同的胺基酸序列的多肽或其組合。
4.如權利要求1或2所述的組合物，其還包括包含與下述蛋白實質上相同的胺基酸序列的多肽:多形態膜蛋白F(PmpF)、多形態膜蛋白G(PmpG)、核糖體蛋白L6 (RplF)、3_氧代醯基_(醯基載體蛋白)還原酶(FabG)、抗-抗-σ因子(Aasf)、ΑΤΡ依賴Clp蛋白酶的蛋白水解亞基(ClpP)、甘油醛3-磷酸脫氫酶(Gap)、與基因座標籤CT143對應的假想蛋白、丙酮酸脫氫酶(PdhC)、巰基二硫化物互換蛋白(DsbD)、氧化還原酶DadA家族、金屬蛋白酶胰島素酶家族、翻譯延長因子G(FusA)、翻譯延長因子Ts(Tsf)、翻譯延長因子Tu (Tuf)、多形態膜蛋白E (PmpE)、V型ATP合酶亞基E (AtpE)、或其組合。
5.如權利要求1至4任一項所述的組合物,其中組合物包括PmpG、PmpE、PmpF和PmpH,以及任選的MOMP。
6.如權利要求1至4任一項所述的組合物，其中組合物包括PmpG、PmpE>PmpF和TC0420,以及任選的MOMP。
7.如權利要求1至6任一項所述的組合物，其還包括佐劑。
8.如權利要求7所述的組合物，其中佐劑選自DDA/TDB、DDA/MMG或DDA/MPL。
9.一種引發動物對抗衣原體屬或其組分的免疫應答的方法，包括對動物施用有效量的權利要求1至8任一項所述的組合物，藉此引發動物的免疫應答。
10.如權利要求9所述的方法，其中免疫應答是細胞免疫應答。
11.一種治療或預防動物的衣原體屬感染的方法，包括對動物施用有效量的權利要求1至8任一項所述的組合物,藉此治療或預防動物的衣原體屬感染。
12.如權利要求9至11任一項所述的方法，其中衣原體屬是沙眼衣原體或鼠衣原體。
13.如權利要求9至12任一項所述的方法，其中所述動物是人類。
14.權利要求1至9任一項所述的組合物用於引發動物對抗衣原體屬或其組分的免疫應答的用途。
15.如權利要求13所述的用途，其中免疫應答是細胞免疫應答。
16.權利要求1至9任一項所述的組合物用於治療或預防動物的衣原體屬感染的用途。
17.如權利要求14至16任一項所述的用途，其中衣原體屬是沙眼衣原體或鼠衣原體。
18.如權利要求14至16任一項所述的用途，其中所述動物是人類。
19.一種診斷動物中衣原體感染的方法，包括測定在來自動物的樣品中存在或不存在針對多肽的T細胞應答，其中所述多肽包含與SPQVLTPNVIIPFKGDD、SMLIIPALGG、LAAAVMHADSGAILKEK、DDPEVIRAYIVPPKEP、KIFSPAGLLSAFAKNGA、DPVDMFQMTKIVSKH、KLEGI INNNNTPS、AVPRTSLIF、GGAEVILSRSHPEFVKQ 或 APILARLS 實質上相同的胺基酸序列，其中存在T細胞應答表明動物中存在衣原體感染。
20.如權利要求21所述的方法，其中多肽包含與下述蛋白實質上相同的胺基酸序列:多形態膜蛋白H(PmpH)、核苷三磷酸酶(YggV)、D-丙氨醯-D-丙氨酸羧肽酶(DacC)、與基因座標籤CT538對應的假想蛋白、DNA修復蛋白(RecO) ,SffIB(YM74)複合體蛋白、轉位磷酸肌動蛋白(Tarp)、外切脫氧核糖核酸酶V的α亞基(RecD_2)、Ν利用物質蛋白A(NusA)、與基因座標籤CT017對應的假想蛋白。
21.如權利要求20或21所述的方法，其中所述樣品選自陰道液、陰道組織、陰道洗液、陰道拭子、尿道拭子、尿液、血液、血清、血漿、唾液、精液、尿道分泌物、陰道分泌物、眼液體、眼分泌物或其任意組合。
22.如權利要求20-2 1任一項所述的方法，其中所述動物是人類。
【文檔編號】A61P31/04GK103987404SQ201280058664
【公開日】2014年8月13日 申請日期:2012年10月1日 優先權日:2011年9月30日
【發明者】R·C·布魯漢姆, L·J·福斯特 申請人:英屬哥倫比亞大學