一種生成用藥方案報告的方法及裝置與流程

2024-02-24 09:43:15 2

本發明涉及醫療信息技術領域，具體而言，涉及一種生成用藥方案報告的方法及裝置。

背景技術：

個體間的基因型差異對藥物的治療效果會產生重要影響，不同基因型的用戶在服用同一種藥物後，對藥物產生不同的代謝和反應，有的人可能會得到很好的治療效果，有的人可能會出現嚴重的不良反應，甚至危及生命，因此，需要根據用戶的基因型指導用藥。

在根據用戶的基因型指導用藥時，一般需要對用戶的基因檢測結果進行分析得到用戶的基因型，並根據用戶的基因型從資料庫中查找該基因型對待用藥品的反應信息，最終確定出用藥方案，由醫務工作者將用藥方案信息填入表格，得到用藥方案報告。

現有技術中，上述過程均是通過人工方式實現的，耗時較長，並且，通過人工方式進行上述工作時，容易出錯，準確性較低。

技術實現要素：

有鑑於此，本發明實施例的目的在於提供一種生成用藥方案報告的方法及裝置，解決現有技術中，通過人工方式得到用藥方案報告耗時較長，且準確性較差的問題。

第一方面，本發明實施例提供了一種生成用藥方案報告的方法，其中，所述方法包括：

接收到終端發送的報告生成請求後，獲取用戶的基因測序結果數據，所述報告生成請求中攜帶有所述用戶的個人信息和待用藥品的標識信息；

根據所述用戶的基因測序結果數據，確定所述用戶的基因型；

根據所述用戶的基因型和所述待用藥品的標識信息，確定所述基因型和所述待用藥品對應的用藥方案；

將所述用戶的個人信息、所述待用藥品、所述用戶的基因型和所述用藥方案組成用藥方案報告，並發送給所述終端。

結合第一方面，本發明實施例提供了上述第一方面的第一種可能的實現方式，其中，所述根據所述用戶的基因測序結果數據，確定所述用戶的基因型，包括：

根據所述用戶的基因測序結果數據，確定所述用戶的基因變異信息；

根據所述用戶的基因變異信息，確定所述用戶的基因型。

結合第一方面的第一種可能的實現方式，本發明實施例提供了上述第一方面的第二種可能的實現方式，其中，所述基因變異信息包括變異在染色體上的位置；

所述根據所述用戶的基因變異信息，確定所述用戶的基因型，包括：

遍歷預設的基因型資料庫，將所述變異在染色體上的位置與所述基因型資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；

將與所述變異在染色體上的位置一致的基因型確定為所述用戶的基因型。

結合第一方面的第二種可能的實現方式，本發明實施例提供了上述第一方面的第三種可能的實現方式，其中，所述遍歷預設的基因型資料庫，將所述變異在染色體上的位置與所述基因型資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配，包括：

遍歷第一基因型子資料庫，將所述變異在染色體上的位置與所述第一基因型子資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；

遍歷第二基因型子資料庫，將所述變異在染色體上的位置與所述第二基因型子資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；

其中，所述第一基因型子資料庫和所述第二基因型子資料庫均為所述基因型資料庫的子資料庫；

所述將與所述變異在染色體上的位置一致的基因型確定為所述用戶的基因型，包括：

將所述第一基因型子資料庫中與所述變異在染色體上的位置一致的基因型，和所述第二基因型子資料庫中與所述變異在染色體上的位置一致的基因型確定為所述用戶的基因型。

結合第一方面，本發明實施例提供了上述第一方面的第四種可能的實現方式，其中，所述根據所述用戶的基因型和所述待用藥品的標識信息，確定所述基因型和所述待用藥品對應的用藥方案，包括：

調取預先建立的用藥方案列表，所述用藥方案列表中存儲有基因型、藥品的標識信息和用藥方案的對應關係；

根據所述用戶的基因型和所述待用藥品的標識信息，從所述用藥方案列表中查找所述用戶的基因型和所述待用藥品對應的用藥方案。

第二方面，本發明實施例提供了一種生成用藥方案報告的裝置，其中，所述裝置包括：

獲取模塊，用於接收到終端發送的報告生成請求後，獲取用戶的基因測序結果數據，所述報告生成請求中攜帶有所述用戶的個人信息和待用藥品的標識信息；

第一確定模塊，用於根據所述用戶的基因測序結果數據，確定所述用戶的基因型；

第二確定模塊，用於根據所述用戶的基因型和所述待用藥品的標識信息，確定所述基因型和所述待用藥品對應的用藥方案；

發送模塊，用於將所述用戶的個人信息、所述待用藥品、所述用戶的基因型和所述用藥方案組成用藥方案報告，並發送給所述終端。

結合第二方面，本發明實施例提供了上述第二方面的第一種可能的實現方式，其中，所述第一確定模塊包括：

第一確定單元，用於根據所述用戶的基因測序結果數據，確定所述用戶的基因變異信息；

第二確定單元，用於根據所述用戶的基因變異信息，確定所述用戶的基因型。

結合第二方面的第一種可能的實現方式，本發明實施例提供了上述第二方面的第二種可能的實現方式，其中，所述基因變異信息包括變異在染色體上的位置；

所述第二確定單元包括：

匹配子單元，用於遍歷預設的基因型資料庫，將所述變異在染色體上的位置與所述基因型資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；

確定子單元，用於將與所述變異在染色體上的位置一致的基因型確定為所述用戶的基因型。

結合第二方面的第二種可能的實現方式，本發明實施例提供了上述第二方面的第三種可能的實現方式，其中，所述匹配子單元具體用於，

遍歷第一基因型子資料庫，將所述變異在染色體上的位置與所述第一基因型子資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；遍歷第二基因型子資料庫，將所述變異在染色體上的位置與所述第二基因型子資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；

其中，所述第一基因型子資料庫和所述第二基因型子資料庫均為所述基因型資料庫的子資料庫；

所述確定子單元具體用於，

將所述第一基因型子資料庫中與所述變異在染色體上的位置一致的基因型，和所述第二基因型子資料庫中與所述變異在染色體上的位置一致的基因型確定為所述用戶的基因型。

結合第二方面，本發明實施例提供了上述第二方面的第四種可能的實現方式，其中，所述第二確定模塊包括：

調取單元，用於調取預先建立的用藥方案列表，所述用藥方案列表中存儲有基因型、藥品的標識信息和用藥方案的對應關係；

查找單元，用於根據所述用戶的基因型和所述待用藥品的標識信息，從所述用藥方案列表中查找所述用戶的基因型和所述待用藥品對應的用藥方案。

在本發明實施例提供的生成用藥方案報告的方法及裝置中，當獲取到用戶的基因測序結果數據後，對基因測序結果數據進行自動化分析，自動生成用藥方案報告，降低了生成用藥方案報告的時間，且準確性較高。

為使本發明的上述目的、特徵和優點能更明顯易懂，下文特舉較佳實施例，並配合所附附圖，作詳細說明如下。

附圖說明

為了更清楚地說明本發明實施例的技術方案，下面將對實施例中所需要使用的附圖作簡單地介紹，應當理解，以下附圖僅示出了本發明的某些實施例，因此不應被看作是對範圍的限定，對於本領域普通技術人員來講，在不付出創造性勞動的前提下，還可以根據這些附圖獲得其他相關的附圖。

圖1示出了本發明實施例所提供的一種生成用藥方案報告的方法的流程圖；

圖2示出了本發明實施例所提供的一種生成用藥方案報告的方法中，根據用戶的基因變異信息確定用戶的基因型的流程圖；

圖3示出了本發明實施例所提供的一種生成用藥方案報告的裝置的結構示意圖；

圖4示出了本發明實施例所提供的一種生成用藥方案報告的裝置的第二種結構示意圖。

具體實施方式

為使本發明實施例的目的、技術方案和優點更加清楚，下面將結合本發明實施例中附圖，對本發明實施例中的技術方案進行清楚、完整地描述，顯然，所描述的實施例僅僅是本發明一部分實施例，而不是全部的實施例。通常在此處附圖中描述和示出的本發明實施例的組件可以以各種不同的配置來布置和設計。因此，以下對在附圖中提供的本發明的實施例的詳細描述並非旨在限制要求保護的本發明的範圍，而是僅僅表示本發明的選定實施例。基於本發明的實施例，本領域技術人員在沒有做出創造性勞動的前提下所獲得的所有其他實施例，都屬於本發明保護的範圍。

本發明實施例提供的生成用藥方案報告的方法，可以應用於醫院、診所等醫務人員在給病人制定用藥方案等場景中，其中，上述用藥方案可以是正常服用藥品、調整藥品的劑量或者更換藥品等。

參考圖1所示，本發明實施例提供了一種生成用藥方案報告的方法，該方法包括步驟s110-s140，具體如下。

s110，接收到終端發送的報告生成請求後，獲取用戶的基因測序結果數據，上述報告生成請求中攜帶有上述用戶的個人信息和待用藥品的標識信息。

上述終端可以是醫務人員所使用的計算機、手機或者平板電腦等。

本發明實施例的執行主體可以是伺服器，當伺服器接收到終端發送的報告生成請求後，從基因測序儀獲取該用戶的基因測序結果數據。

具體的，伺服器可以向基因測序儀發送獲取指令，以從基因測序儀中獲取該用戶的基因測序結果數據，其中，該獲取指令中攜帶有用戶的個人信息。

上述用戶的個人信息包括用戶的姓名、年齡、檢測的基因等信息。

上述待用藥品的標識信息可以是待用藥品的名稱、待用藥品的編號等標識。

s120，根據上述用戶的基因測序結果數據，確定上述用戶的基因型。

上述基因型指的是一個生物體內dna(deoxyribonucleicacid，脫氧核糖核酸)所包含的基因，也就是說該生物的細胞內所包含的、它所特有的那組基因，一個細胞的基因信息的總和被稱為個體基因型。

上述根據用戶的基因測序結果數據，確定上述用戶的基因型，具體包括：

根據上述用戶的基因測序結果數據，確定上述用戶的基因變異信息；根據上述用戶的基因變異信息，確定上述用戶的基因型。

其中，上述基因測序結果數據包括多個基因序列。

在本發明實施例中，上述根據基因測序結果數據確定用戶的基因變異信息的過程如下：

當獲取到用戶的基因測序結果數據後，去掉上述基因測序結果數據中基因序列的接頭序列和低質量的讀數，得到一系列的基因短序列，將上述得到的基因短序列與參考基因組進行比對，確定出上述基因短序列在基因組上的位置，將上述基因短序列組裝成完整的人類基因組；其中，上述將短序列與參考基因組進行比對是通過bwa(burrows-wheeleralignmenttool，生物序列對比工具)軟體實現的。

當組裝成完整的人類基因組後，使用samtools軟體調整上述人類基因組中的基因短序列的排序，並進行數據格式轉換，即將原來的sam格式轉換成bam文件。

接下來，採用picard軟體把上述得到的數據中的冗餘信息和噪聲去掉。

之後，使用gatk軟體在上述數據中尋找上述數據與參考序列的差異，最後，對上述變異信息進行注釋，生成包括變異所在的染色體、變異在所述染色體上的起始物理位置、變異在所述染色體上的終止物理位置、參考序列信息和觀察到的序列信息的列表在內的基因變異信息，並且該基因變異信息的格式為csv。

因此，上述基因變異信息包括變異所在的染色體和變異在染色體上的位置，該位置包括變異在染色體上的起始物理位置及變異在染色體上的終止物理位置。

參考圖2所示，在本發明實施例中，上述根據用戶的基因變異信息，確定用戶的基因型，包括步驟s210-s220，具體如下。

s210，遍歷預設的基因型資料庫，將上述變異在染色體上的位置與上述基因型資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；

s220，將與上述變異在染色體上的位置一致的基因型確定為用戶的基因型。

上述預設的基因型資料庫中存儲有多種基因型，以及每種基因型的變異位點和變異位點在染色體上的位置。

在本發明實施例中，上述基因變異信息上發生變異的位點可以是一個，也可以是兩個或者多個，由於變異位點為一個或者多個時，對應的基因型的格式是不一樣的，因此，需要分別對變異位點為一個及變異位點為兩個或者多個的基因變異進行處理，具體包括：

遍歷第一基因型子資料庫，將上述變異在染色體上的位置與第一基因型子資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；遍歷第二基因型子資料庫，將上述變異在染色體上的位置與第二基因型子資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；

其中，上述第一基因型自資料庫和第二基因型子資料庫均為上述基因型資料庫的子資料庫。

上述遍歷第一基因型子資料庫時，將包含單個變異位點的基因與基因型進行匹配，之後，再遍歷第二基因型子資料庫，將包含兩個或多個變異位點的基因與基因型進行匹配。

具體的，上述將與變異在染色體上的位置一致的基因型確定為用戶的基因型，包括：

將第一基因型子資料庫中與變異在染色體上的位置一致的基因型，和第二基因型子資料庫中與變異在染色體上的位置一致的基因型確定為用戶的基因型。

在本發明實施例中，將遍歷第一基因型子資料庫和遍歷第二基因型子資料庫得到的基因型的合集確定為用戶的基因型。

因此，上述確定出的用戶的基因型可以是一個，兩個或者多個，上述用戶的基因型指的是用戶發生基因突變的基因型。

s130，根據上述用戶的基因型和上述待用藥品的標識信息，確定上述基因型和待用藥品對應的用藥方案。

當確定出用戶的基因型後，則需要根據用戶的基因型和待用藥品的標識信息，確定出上述基因型和待用藥品對應的用藥方案，具體過程如下：

調取預先建立的用藥方案列表，上述用藥方案列表中存儲有基因型、藥品的標識信息和用藥方案的對應關係；

根據上述用戶的基因型和待用藥品的標識信息，從上述用藥方案列表中查找上述用戶的基因型和待用藥品對應的用藥方案。

上述用藥方案列表是預先建立好的，存儲在伺服器中的存儲器中，當伺服器在生成用藥方案報告時，從存儲器中調用該用藥方案列表。

上述用藥方案列表中存儲有多種藥品和對多種藥品中每種藥品產生影響的基因型，以及其對應的用藥方案，如表1所示，根據用戶的基因型和待用藥品以及上述列表，可以從用戶的基因型中確定出對上述待用藥品產生影響的基因型；

之後根據待用藥品、對待用藥品產生影響的基因型在用藥方案列表中查找該待用藥品及對待用藥品產生影響的基因型對應的用藥方案，上述用藥方案具體包括正常用藥、增大或者減小用藥劑量或者更換其他藥品等。

表1

上述表1中只是列出了氯吡格雷與基因型cyp2c19*1/*1對應的用藥方案、氯吡格雷與基因型cyp2c19*2/*2對應的用藥方案，以及氟尿嘧啶與基因型dpydta(rs67376798)對應的用藥方案，上述表1隻是舉例進行說明。

s140，將上述用戶的個人信息、上述待用藥品、上述用戶的基因型和上述用藥方案組成用藥方案報告，並發送給上述終端。

其中，上述用藥方案報告具體生成過程如下：

當獲取到上述用藥方案後，則調取pdf報告模板，並確定該pdf報告模板中包括的元素，將該元素與上述獲取的用戶的個人信息、待用藥品、用戶的基因型以及用藥方案進行匹配，確定出用戶的個人信息、待用藥品、用戶的基因型以及用藥方案分別在pdf報告模板中的對應區域位置，將上述信息分別添加到對應的區域位置處，得到上述用藥方案報告。

在本發明實施例中，上述報告生成請求中還攜帶有終端標識，當生成了用藥方案報告後，根據上述終端標識，將該用藥方案報告發送給上述終端。

其中，上述終端標識可以是終端的ip(internetprotocol，網際網路協議)地址等。

本發明實施例提供的生成用藥方案報告的方法，當獲取到用戶的基因測序結果數據後，對基因測序結果數據進行自動化分析，自動生成用藥方案報告，降低了生成用藥方案報告的時間，且準確性較高。

參考圖3所示，本發明實施例還提供了一種生成用藥方案報告的裝置，該裝置用於執行本發明實施例提供的生成用藥方案報告的方法，該裝置可以是伺服器，該裝置包括獲取模塊310、第一確定模塊320、第二確定模塊330和發送模塊340；

上述獲取模塊310，用於接收到終端發送的報告生成請求後，獲取用戶的基因測序結果數據，上述報告生成請求中攜帶有用戶的個人信息和待用藥品的標識信息；

上述第一確定模塊320，用於根據上述用戶的基因測序結果數據，確定用戶的基因型；

上述第二確定模塊330，用於根據用戶的基因型和待用藥品的標識信息，確定上述基因型和上述待用藥品對應的用藥方案；

上述發送模塊340，用於將上述用戶的個人信息、待用藥品、用戶的基因型和用藥方案組成用藥方案報告，並發送給上述終端。

具體的，參考圖4所示，上述第一確定模塊320根據用戶的基因測序結果數據，確定用戶的基因型是通過第一確定單元321和第二確定單元322實現的，具體包括：

上述第一確定單元321，用於根據用戶的基因測序結果數據，確定用戶的基因變異信息；上述第二確定單元322，用於根據用戶的基因變異信息，確定上述用戶的基因型。

上述基因變異信息包括變異在染色體上的位置；

上述第二確定單元322，根據用戶的基因變異信息，確定用戶的基因型是通過匹配子單元和確定子單元實現的，具體包括：

上述匹配子單元，用於遍歷預設的基因型資料庫，將上述變異在染色體上的位置與上述基因型資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；上述確定子單元，用於將上述變異在染色體上的位置一致的基因型確定為用戶的基因型。

在本本發明實施例中，上述匹配子單元具體用於，

遍歷第一基因型子資料庫，將變異在染色體上的位置與第一基因型子資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；遍歷第二基因型子資料庫，將變異在染色體上的位置與第二基因型子資料庫中的基因型發生變異的位置進行匹配；

其中，上述第一基因型子資料庫和上述第二基因型子資料庫均為上述基因型資料庫的子資料庫；

上述確定子單元具體用於，

將上述第一基因型子資料庫中與上述變異在染色體上的位置一致的基因型，和上述第二基因型子資料庫中與上述變異在染色體上的位置一致的基因型確定為用戶的基因型。

具體的，上述第二確定模塊330根據用戶的基因型和待用藥品的標識信息，確定上述基因型和上述待用藥品對應的用藥方案，是通過調取單元和查找單元實現的，具體包括：

上述調取單元，用於調取預先建立的用藥方案列表，上述用藥方案列表中存儲有基因型、藥品的標識信息和用藥方案的對應關係；上述查找單元，用於根據上述用戶的基因型和上述待用藥品的標識信息，從上述用藥方案列表中查找上述用戶的基因型和待用藥品對應的用藥方案。

本發明實施例提供的生成用藥方案報告的裝置，當獲取到用戶的基因測序結果數據後，對基因測序結果數據進行自動化分析，自動生成用藥方案報告，降低了生成用藥方案報告的時間，且準確性較高。

本發明實施例所提供的生成用藥方案報告的裝置可以為設備上的特定硬體或者安裝於設備上的軟體或固件等。本發明實施例所提供的裝置，其實現原理及產生的技術效果和前述方法實施例相同，為簡要描述，裝置實施例部分未提及之處，可參考前述方法實施例中相應內容。所屬領域的技術人員可以清楚地了解到，為描述的方便和簡潔，前述描述的系統、裝置和單元的具體工作過程，均可以參考上述方法實施例中的對應過程，在此不再贅述。

在本發明所提供的實施例中，應該理解到，所揭露裝置和方法，可以通過其它的方式實現。以上所描述的裝置實施例僅僅是示意性的，例如，所述單元的劃分，僅僅為一種邏輯功能劃分，實際實現時可以有另外的劃分方式，又例如，多個單元或組件可以結合或者可以集成到另一個系統，或一些特徵可以忽略，或不執行。另一點，所顯示或討論的相互之間的耦合或直接耦合或通信連接可以是通過一些通信接口，裝置或單元的間接耦合或通信連接，可以是電性，機械或其它的形式。

所述作為分離部件說明的單元可以是或者也可以不是物理上分開的，作為單元顯示的部件可以是或者也可以不是物理單元，即可以位於一個地方，或者也可以分布到多個網絡單元上。可以根據實際的需要選擇其中的部分或者全部單元來實現本實施例方案的目的。

另外，在本發明提供的實施例中的各功能單元可以集成在一個處理單元中，也可以是各個單元單獨物理存在，也可以兩個或兩個以上單元集成在一個單元中。

所述功能如果以軟體功能單元的形式實現並作為獨立的產品銷售或使用時，可以存儲在一個計算機可讀取存儲介質中。基於這樣的理解，本發明的技術方案本質上或者說對現有技術做出貢獻的部分或者該技術方案的部分可以以軟體產品的形式體現出來，該計算機軟體產品存儲在一個存儲介質中，包括若干指令用以使得一臺計算機設備(可以是個人計算機，伺服器，或者網絡設備等)執行本發明各個實施例所述方法的全部或部分步驟。而前述的存儲介質包括：u盤、移動硬碟、只讀存儲器(rom，read-onlymemory)、隨機存取存儲器(ram，randomaccessmemory)、磁碟或者光碟等各種可以存儲程序代碼的介質。

應注意到：相似的標號和字母在下面的附圖中表示類似項，因此，一旦某一項在一個附圖中被定義，則在隨後的附圖中不需要對其進行進一步定義和解釋，此外，術語「第一」、「第二」、「第三」等僅用於區分描述，而不能理解為指示或暗示相對重要性。

最後應說明的是：以上所述實施例，僅為本發明的具體實施方式，用以說明本發明的技術方案，而非對其限制，本發明的保護範圍並不局限於此，儘管參照前述實施例對本發明進行了詳細的說明，本領域的普通技術人員應當理解：任何熟悉本技術領域的技術人員在本發明揭露的技術範圍內，其依然可以對前述實施例所記載的技術方案進行修改或可輕易想到變化，或者對其中部分技術特徵進行等同替換；而這些修改、變化或者替換，並不使相應技術方案的本質脫離本發明實施例技術方案的精神和範圍。都應涵蓋在本發明的保護範圍之內。因此，本發明的保護範圍應所述以權利要求的保護範圍為準。