通過抑制吡咯啉-5-羧酸還原酶1(pycr1)的天然反義轉錄物而治療pycr1相關疾病的製作方法

2023-05-13 20:30:16

專利名稱：通過抑制吡咯啉-5-羧酸還原酶1(pycr1)的天然反義轉錄物而治療pycr1相關疾病的製作方法
技術領域：
本申請要求2010年2月22日提交的美國臨時專利申請No. 61/306748的優先權，其通過引用整體併入本文。本發明的實施方案包括調節PYCRl和相關分子的表達和/或功能的寡核苷酸。背景DNA-RNA和RNA-RNA雜交對於核酸功能的許多方面是重要的，包括DNA複製、轉錄和翻譯。雜交對於檢測特定核酸或改變其表達的多種技術也是關鍵的。反義核苷酸，例如通過與靶RNA雜交從而幹擾RNA剪接、轉錄、翻譯和複製來破壞基因表達。反義DNA具有額 外的特性，即DNA-RNA雜交物作被核糖核酸酶H消化的底物，這是在大多數細胞類型中存在的活性。反義分子可被遞送到細胞中，如寡脫氧核苷酸(ODN)的情形，或反義分子可從內源基因表達為RNA分子。FDA最近批准了一種反義藥物VITRAVENE (用於治療巨細胞病毒視網膜炎)，反映了反義藥物具有治療效用。概述提供本概述以展示本發明的概述，以簡要地指出本發明的性質和實質。提交本概述應理解的是，其不會用來解釋或限制權利要求書的範圍或含義。在一個實施方案中，本發明提供通過利用靶向天然反義轉錄物任何區域的反義寡核苷酸而導致相應有義基因的上調來抑制天然反義轉錄物作用的方法。本文還預期，天然反義轉錄物的抑制可由siRNA、核酶和小分子實現，認為這些在本發明的範圍中。一個實施方案提供體內或體外調節患者細胞或組織中PYCRl多核苷酸的功能和/或表達的方法，包括將所述細胞或組織與長度為5至30個核苷酸的反義寡核苷酸接觸，其中所述寡核苷酸與包括SEQ ID NO:2的核苷酸I至380中的5至30個連續核苷酸的多核苷酸的反向互補序列具有至少50%序列同一性，從而體內或體外調節患者細胞或組織中PYCRl多核苷酸的功能和/或表達。在實施方案中，寡核苷酸靶向PYCRl多核苷酸的天然反義序列，例如，SEQ ID NO: 2所列的核苷酸及其任何變體、等位基因、同系物、突變體、衍生物、片段及其互補序列。反義寡核苷酸的實例如SEQ ID N0:3至6所列。另一實施方案提供體內或體外調節患者細胞或組織中PYCRl多核苷酸的功能和/或表達的方法，包括將所述細胞或組織與長度為5至30個核苷酸的反義寡核苷酸接觸，其中所述寡核苷酸與PYCRl多核苷酸的反義的反向互補序列具有至少50%序列同一'丨生;從而體內或體外調節患者細胞或組織中PYCRl多核苷酸的功能和/或表達。另一實施方案提供體內或體外調節患者細胞或組織中PYCRl多核苷酸的功能和/或表達的方法，包括將所述細胞或組織與長度為5至30個核苷酸的反義寡核苷酸接觸，其中所述寡核苷酸與PYCRl反義多核苷酸的反義寡核苷酸具有至少50%序列同一性；從而體內或體外調節患者細胞或組織中PYCRl多核苷酸的功能和/或表達。在實施方案中，組合物包括一種或多種結合有義和/或反義PYCRl多核苷酸的反義寡核苷酸。在實施方案中，寡核苷酸包括一種或多種修飾或取代的核苷酸。在實施方案中，寡核苷酸包括一種或多種修飾的鍵。在又一實施方案中，修飾的核苷酸包括包含硫代磷酸酯、膦酸甲酯、肽核酸、2』 -O-甲基、氟代-或碳、亞甲基或其它鎖核酸(LNA)分子的修飾的鹼基。優選地，修飾的核苷酸是鎖核酸分子，包括a-L-LNA。在實施方案中，將寡核苷酸皮下、肌內、靜脈內或腹膜內施用給患者。在實施方案中，寡核苷酸以藥物組合物施用。治療方案包括向患者施用反義化合物至少一次；然而，可修改該治療以包括經一段時間的多個劑量。該治療可與一種或多種其它類型的治療聯合。
在實施方案中，將寡核苷酸封裝在脂質體中或連接於載體分子(例如，膽固醇、TAT 肽)。其它方面在以下描述。附圖
簡述圖I是實時PCR結果的圖，顯示利用Lipofectamine 2000引入的硫代磷酸酯寡核苷酸處理MCF-7細胞後與對照相比PYCRl mRNA的倍數變化+標準差。實時PCR結果顯示，用針對PYCRl反義teesmer. aApr07設計的寡核苷酸之一處理後48h，MCF-7細胞中PYCRlmRNA的水平顯著增加。標為⑶R-1424、⑶R-1423、⑶R-1426和⑶R-1425的條柱分別對應用SEQ ID N0:3、4、5或6處理的樣品。序列表描述-SEQ ID NO: I :智人吡咯啉_5_羧酸還原酶I (PYCRl)、轉錄變體I、mRNA (NCBI 登記號NM_006907) ；SEQ ID NO: 2 :天然 PYCRl 反義序列 teesmer. aApr07_ 未剪接型；SEQ ID N0:3至6 :反義寡核苷酸。*指示硫代磷酸酯鍵。詳述下面參考用於示例的實例應用來描述本發明的多個方面。應理解的是，列出許多具體細節、關聯和方法以提供對本發明的完全理解。然而，相關領域普通技術人員將容易認識到，可沒有一種或多種具體細節地實踐本發明或以其它方法實踐本發明。本發明不限於行為或事件的順序，因為一些行為可以不同順序進行和/或與其它行為或事件同時進行。而且，並非所有列舉的行為或事件都是實施根據本發明的方法所需的。本文公開的所有基因、基因名稱和基因產物預期對應來自本文公開的組合物和方法可適用的任何物種的同系物。因此，這些術語包括但不限於來自人和小鼠的基因和基因產物。應理解的是，當公開來自具體物種的基因或基因產物時，這一公開僅旨在示例，不應解釋為限制，除非在其存在的上下文清楚地指明。因此，例如，對於本文公開的基因，其在一些實施方案中涉及哺乳動物核酸和胺基酸序列，預期涵蓋來自其它動物的同源和/或直系同源基因和基因產物，所述其它動物包括但不限於其它哺乳動物、魚、兩棲類、爬行動物和鳥類。在實施方案中，基因或核酸序列是人的。定義本文所用的術語僅是為了描述具體實施方案的目的，並不旨在限制本發明。除非上下文另外清楚地指明，否則本文所用的單數形式〃一個/ 一種(a)〃、〃一個/ 一種(an)〃和〃該(the)"預期包括複數形式。而且，就詳述和/或權利要求書中使用術語〃包括(including) 〃、〃 包括(includes) 〃、〃 具有(having) 〃、〃 具有(has)"、〃帶有(with) 〃或其變化形式來說，這些術語預期以類似於術語〃包含(comprising) 〃的方式被包括。術語〃約〃或〃大約〃是指在由本領域普通技術人員確定的特定數值的可接受誤差範圍內，其將部分地取決於如何測量或確定該數值，即，測量系統的限度。例如，按照本領域中的實踐，〃約〃可表示在I個或多於I個標準差內。可選地，〃約〃可表示給定數值的達20%、優選地達10%、更優選地達5%、仍更優選地達1%的範圍。可選地，尤其是有關生物系統或方法，術語可表示在數值的數量級內，優選地在5倍內，更優選地在2倍內。當在本申請和權利要求書中描述特定數值時，除非另外指明，否則應假設術語"約"表示在特定數值可接受的誤差範圍內。本文所用的術語"mRNA"是指靶基因的目前已知的mRNA轉錄物和可能說明的任何進一步的轉錄物。〃反義寡核苷酸〃或〃反義化合物〃是指結合另一 RNA或DNA (靶RNA、DNA)的RNA 或DNA分子。例如，如果其是RNA寡核苷酸，其藉助於RNA-RNA相互作用結合另一 RNA靶並且改變靶RNA的活性。反義寡核苷酸可上調或下調特定多核苷酸的表達和/或功能。該定義意為包括從治療、診斷或其它觀點來說有用的任何外來RNA或DNA分子。這種分子包括，例如，反義RNA或DNA分子、幹擾RNA(RNAi)、微RNA、誘餌RNA分子、siRNA、酶促RNA、治療性編輯RNA和激動劑與拮抗劑RNA、反義寡聚化合物、反義寡核苷酸、外部指導序列(EGS)寡核苷酸、可選剪接體、引物、探針以及與靶核酸的至少一部分雜交的其它寡聚化合物。因此，這些化合物可以單鏈、雙鏈、部分單鏈或環狀寡聚化合物的形式引入。在本發明的範疇中，術語"寡核苷酸"是指核糖核酸(RNA)或脫氧核糖核酸(DNA)或其模擬物的寡聚物或聚合物。術語"寡核苷酸"還包括天然和/或修飾的單體或鍵合的線性或環狀寡聚物，包括脫氧核糖核苷、核糖核苷、其取代形式和其α -異頭形式、肽核酸(PNA)、鎖核酸(LNA)、硫代磷酸酯、膦酸甲酯和類似物。寡核苷酸能夠經由規則方式的單體與單體間的相互作用，例如Watson-Crick型鹼基配對、Hodgsteen或逆HoSgsteen型鹼基配對或類似物特異性結合靶多核苷酸。本文所用的術語〃反義互補序列〃當被用來形容核酸序列時，是指遵守鹼基配對規則以便與給定核酸序列互補而且以相反的方向使得在結合兩個序列時產生互補性的任何核酸序列。該術語包括兩個核酸序列之間的部分互補性(其中根據鹼基配對規則僅僅一部分鹼基匹配)和完全互補性。第一核酸序列和第二核酸序列之間的互補性程度可對兩個核酸分子之間的相互作用的效力和強度具有顯著效應。寡核苷酸可以是〃嵌合的"，即，包括不同區域。在本發明的範疇中，"嵌合〃化合物是寡核苷酸，其包含兩個或更多個化學區域，例如，DNA區域、RNA區域、PNA區域等等。每個化學區域由至少一個單體單位構成，在寡核苷酸化合物的情形中所述單體單位即為核苷酸。這些寡核苷酸通常包括至少一個區域，其中寡核苷酸經修飾以表現一種或多種期望特性。寡核苷酸的期望特性包括但不限於，例如，對核酸酶降解增加的耐受性、增加的細胞攝取和/或對靶核酸增加的結合親和力。因此，寡核苷酸的不同區域可具有不同特性。如上所述，本發明的嵌合寡核苷酸可形成為兩種或更多種寡核苷酸的混合結構、修飾的寡核苷酸、寡核苷和/或寡核苷酸類似物。寡核苷酸可由可被〃成行〃地連接(即當單體被連續地連接時，如在天然DNA中)的區域或經由間隔物連接的區域構成。預期間隔物構成區域之間的共價"橋"，在優選情形中具有不超過約100個碳原子的長度。間隔物可攜帶不同功能性，例如，具有正電荷或負電荷，攜帶特殊的核酸結合特性(嵌入劑、槽溝結合物、毒素、螢光團等等)，為親脂性的，誘導特殊的二級結構，如例如，誘導α -螺旋的含丙氨酸的肽。本文所用的"PYCR1"和〃吡咯啉-5-羧酸還原酶I"包括所有家族成員、突變體、等位基因、片段、種類(species)、編碼和非編碼序列、有義和反義多核苷酸鏈等等。本文所用的詞語』吡咯啉-5-羧酸還原酶I』、PYCRl、PYCR、P5CR1、P5C還原酶、P5C還原酶I、增殖介導蛋白45、PIG45、吡咯啉-5-羧酸還原酶I和PP222被認為在文獻中是相同的，且在本申請中可交換地使用。本文所用的術語〃對…有特異性的寡核苷酸〃或〃靶向…的寡核苷酸〃是指具有(i)能夠與靶基因的一部分形成穩定複合體，或(ii)能夠與靶基因的mRNA轉錄物的一部分形成穩定雙鏈體的序列的寡核苷酸。複合體和雙鏈體的穩定性可通過理論計算和/或體外 測定來確定。用於確定雜交複合體和雙鏈體的穩定性的示例性測定在以下實施例中描述。本文所用的術語〃靶核酸〃涵蓋DNA、從這種DNA轉錄的RNA (包括前體mRNA和mRNA)、還有從這種RNA衍生的cDNA、編碼序列、非編碼序列、有義或反義多核苷酸。寡聚化合物與其靶核酸的特異性雜交幹擾核酸的正常功能。特異性地與靶核酸雜交的化合物對靶核酸功能的這一調節通常稱為〃反義〃。待幹擾的DNA功能包括，例如複製和轉錄。待幹擾的RNA功能包括所有重要功能，例如，RNA向蛋白翻譯位置的移位，從RNA翻譯為蛋白，剪接RNA以產生一種或多種mRNA種類以及可能由RNA參與或促進的催化活性。這種幹擾靶核酸功能的總效果是調節編碼的產物或寡核苷酸的表達。RNA幹擾"RNAi "由對其〃靶〃核酸序列具有序列特異性的同源性的雙鏈RNA(dsRNA)分子介導。在本發明的某些實施方案中，介導物是5-25個核苷酸的〃小幹擾"RNA雙鏈體(siRNA)。siRNA來源於稱為Dicer的RNA酶對dsRNA的加工。siRNA雙鏈體產物被募集到稱為RISC (RNA誘導沉默複合體)的多蛋白siRNA複合體中。不希望受任何特定理論束縛，認為隨後RISC被引導至靶核酸(適當地為mRNA)，在那裡siRNA雙鏈體以序列特異性方式相互作用來以催化方式介導裂解。根據本發明可使用的小幹擾RNA可根據本領域公知並且本領域普通技術人員熟悉的方案合成和使用。用於本發明方法的小幹擾RNA適當地包括約I至約50個核苷酸(nt)。在非限制性實施方案的實例中，siRNA可包括約5至約40nt、約5至約30nt、約10至約30nt、約15至約25nt或約20-25個核苷酸。通過利用自動比對核酸序列並指明同一性或同源性的區域的電腦程式來便於選擇適當的寡核苷酸。這種程序用來比較獲得的核酸序列，例如通過搜尋資料庫例如GenBank或通過對PCR產物測序。比較來自一系列物種的核酸序列允許選擇在物種之間展示適當的同一性程度的核酸序列。在未被測序的基因的情形中，進行DNA印跡以允許確定靶物種與其它物種的基因之間的同一性程度。如本領域所熟知的，通過以不同的嚴格性程度進行DNA印跡，可能獲得近似的同一性測量。這些方案允許選擇展現與待控制的受治療者中的靶核酸序列的高程度互補性和與其它物種中的相應核酸序列的較低程度互補性的寡核苷酸。本領域技術人員將認識到，在選擇用於本發明的基因的適當區域方面存在相當大的自由。 〃酶促 RNA"是指具有酶促活性的 RNA 分子(Cech, (1988) J. American. Med.Assoc. 260，3030-3035)。酶促核酸(核酶)通過首先結合靶RNA來作用。這種結合經由被保持在鄰近用於裂解靶RNA的分子的酶促部分處的酶促核酸的靶結合部分來進行。因此，酶促核酸首先識別靶RNA然後經由鹼基配對結合靶RNA，結合到正確位置時，酶促地作用以切割靶RNA。〃誘餌RNA〃是指模擬配體的天然結合結構域的RNA分子。因此，誘餌RNA與天然結合靶競爭結合特定配體。例如，已經顯示HIV反式激活響應(TAR)RNA的過表達可作為〃誘餌〃起作用並有效地結合HIV tat蛋白，從而阻止其結合HIV RNA中編碼的TAR序列。這表示一個特定的實例。本領域技術人員將認識到，這僅是一個實例，利用本領域通常已知的技術可容易地產生其它實施方案。本文所用的術語〃單體〃通常是指由磷酸二酯鍵或其類似物連接以形成大小從數個單體單位例如約3-4個至約數百個單體單位範圍的寡核苷酸的單體。磷酸二酯鍵合的類似物包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、硒代磷酸酯、氨基磷酸酯和類似物，如以下更充分地描述。
術語「核苷酸」涵蓋天然存在的核苷酸以及非天然存在的核苷酸。本領域技術人員應清楚的是，此前被認為是"非天然存在的"各種核苷酸後來已在自然界中發現。因此，"核苷酸"不僅包括已知的含嘌呤和嘧啶雜環的分子，還包括其雜環類似物和互變異構體。其它類型的核苷酸的示例性實例是含腺嘌呤、鳥嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、尿嘧啶、嘌呤、黃嘌呤、二氨基嘌呤、8-氧代-N6-甲基腺嘌呤、7-脫氮雜黃嘌呤、7-脫氮雜鳥嘌呤、N4，N4-橋亞乙基胞嘧啶、郵，郵-橋亞乙基-2，6-二氨基嘌呤、5-甲基胞嘧啶、5-(C3-C6)_炔基胞嘧啶、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、假異胞嘧啶、2-羥基-5-甲基-4-三唑並吡啶、異胞嘧啶、異鳥嘌呤、肌苷的分子以及Benner等，美國專利No. 5，432，272中描述的〃非天然存在的〃核苷酸。術語"核苷酸"預期涵蓋這些實例的每一種和所有以及其類似物和互變異構體。尤其關注的核苷酸是包含腺嘌呤、鳥嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和尿嘧啶的那些，它們被認為是與在人的治療和診斷應用有關的天然存在的核苷酸。核苷酸包括天然2』 -脫氧糖和2』 -羥基糖，例如在Kornberg和Baker, DNA Replication,第 2版· (Freeman, San Francisco, 1992)中描述的，以及它們的類似物。提及核苷酸的"類似物"包括具有修飾的鹼基部分和/或修飾的糖部分的合成的核苷酸(參見例如，通常描述於Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York, 1980 ；Freier & Altmann, (1997) NucI. Acid. Res. , 25 (22), 4429-4443, Toulme, J. J. , (2001)Nature Biotechnology 19:17-18 ；Manoharan M., (1999)Biochemica et BiophysicaActa 1489:117-139 ；Freier S. M. , (1997)Nucleic Acid Research, 25:4429-4443，Uhlman, E. , (2000)Drug Discovery & Development, 3:203-213, Herdewin P., (2000)Antisense & Nucleic Acid Drug Dev.，10:297-310) ;2』-0，3'-C-連接的[3.2.0] 二環阿拉伯糖核苷。這種類似物包括經設計以增強結合特性，例如，雙鏈體或三鏈體穩定性、特異性或類似特性的合成的核苷酸。本文所用的〃雜交〃是指寡聚化合物的大致互補鏈的配對。配對的一種機制包括寡聚化合物的鏈的互補核苷或核苷酸鹼基(核苷酸)之間的氫鍵合，其可以是Watson-Crick、Ho0gsteen或逆Ho0gsteen氫鍵合。例如，腺嘌呤和胸腺嘧啶是經由氫鍵形成而配對的互補核苷酸。雜交可在不同情況下發生。
當反義化合物與靶核酸的結合幹擾靶核酸的正常功能以導致功能和/或活性的調節時，該化合物是"可特異性雜交的"，且在期望特異性結合的條件下(即，在體內測定或治療性治療的情形中的生理條件下和在體外測定的情形中進行測定的條件下)存在足夠程度的互補性以避免反義化合物與非靶核酸序列的非特異性結合。本文所用的短語"嚴格雜交條件"或"嚴格條件"是指本發明化合物將與其靶序列雜交，但與最小數目的其它序列雜交的條件。嚴格條件是序列依賴性的且在不同情況中將是不同的，並且在本發明範疇中，寡聚化合物與靶序列雜交的"嚴格條件"由寡聚化合物的性質和組成以及研究它們的測定決定。通常，嚴格雜交條件包括低濃度(〈O. 15M)的帶有無機陽離子例如Na++或K++的鹽(即，低離子強度)、高於20°C _25°C低於寡聚化合物靶序列複合體的Tm的溫度、和存在變性劑例如甲醯胺、二甲基甲醯胺、二甲亞碸或去垢劑十二烷基硫酸鈉(SDS)。例如，對於每種1%甲醯胺，雜交率降低I. 1%。高嚴格雜交條件的實例是在60°C下O. I X氯化鈉-檸檬酸鈉緩衝液(SSC) /0. l%(w/v) SDS進行30分鐘。本文所用的〃互補〃是指一條或兩條寡聚鏈上的兩個核苷酸之間準確配對的能 力。例如，如果在反義化合物某一位置的核鹼基能夠與在靶核酸某一位置的核鹼基氫鍵結合，所述靶核酸為DNA、RNA或寡核苷酸分子，則認為寡核苷酸與靶核酸之間的氫鍵結合位置是互補位置。當每個分子的足夠數目的互補位置由可彼此成氫鍵的核苷酸佔據時，寡聚化合物和另外的DNA、RNA或寡核苷酸分子是彼此互補的。因此，〃可特異性雜交〃和〃互補"是用來表示經足夠數目的核苷酸足夠程度的準確配對或互補性，從而在寡聚化合物和靶核酸之間發生穩定和特異性結合的術語。本領域應理解的是，寡聚化合物的序列不必與待可特異性雜交的其靶核酸的序列100%互補。而且，寡核苷酸可經一個或多個區段雜交，從而其間的或相鄰區段不牽涉在雜交事件中(例如，環結構、錯配或髮夾結構)。本發明的寡聚化合物包括與其所靶向的靶核酸序列中靶區域具有至少約70%、或至少約75%、或至少約80%、或至少約85%、或至少約90%、或至少約95%、或至少約99%序列互補性。例如，其中反義化合物的20個核苷酸中的18個與靶區域互補從而將特異性雜交的反義化合物將表示90%互補性。在這一實例中，其餘非互補核苷酸可成串或散布於互補核苷酸，不必彼此連續或與互補核苷酸連續。因此，具有側翼為與靶核酸具有完全互補性的兩個區域的4(四)個非互補核苷酸的長度為18個核苷酸的反義化合物將與靶核酸具有77. 8%總互補性，因此屬於本發明的範圍中。反義化合物與靶核酸的區域的互補性百分比可常規地利用本領域已知的BLAST程序(基本局部比對搜索工具)和PowerBLAST程序來確定。同源性、序列同一性或互補性的百分比可通過例如使用Smith 和 Waterman 的算法(Adv. Appl. Math. , (1981)2，482-489)的 Gap 程序(Wisconsin序列分析軟體包，用於 Unix 的版本 8，Genetics Computer Group, University ResearchPark, Madison ffis.)確定，並使用默認設置。本文所用的術語"熱熔點(Tm)"是指在指定的離子強度、pH和核酸濃度下，與靶序列互補的寡核苷酸的50%平衡地與靶序列雜交的溫度。通常，嚴格條件將是其中鹽濃度為至少約O. 01至I. OM Na離子濃度(或其它鹽)、pH 7. O至8. 3，且對於短寡核苷酸(例如，10至50個核苷酸)溫度為至少約30°C的條件。嚴格條件還可通過加入去穩定劑例如甲醯胺來實現。本文所用的〃調節〃是指基因表達的增加(刺激)或減少(抑制)。
術語〃變體〃當在多核苷酸序列的上下文中使用時，可涵蓋與野生型基因相關的多核苷酸序列。這一定義還可包括，例如，〃等位〃、〃剪接〃、〃物種〃或〃多態〃變體。剪接變體可與參考分子具有顯著的同一性，但由於在mRNA加工期間外顯子的可選剪接通常將具有更大數目或更小數目的多核苷酸。相應的多肽可具有另外的功能結構域或缺少結構域。物種變體是在物種之間不同的多核苷酸序列。本發明中特別有用的是野生型基因產物的變體。變體可來源於核酸序列中至少一種突變，並可產生改變的mRNA或產生結構或功能可能改變或可能不改變的多肽。任何給定的天然或重組基因可具有O種、一種或多種等位基因形式。產生變體的常見突變改變通常歸因於核苷酸的天然缺失、添加或取代。在給定序列中，這些類型改變的每一種可單獨發生，或組合其它類型改變發生一次或多次。所得的多肽通常將具有相對於彼此顯著的胺基酸同一性。多態變體是給定物種的個體之間特定基因的多核苷酸序列的變化。多態變體還可涵蓋"單核苷酸多態性"(SNP)或其中多核苷酸序列差異為一個鹼基的單鹼基突變。SNP的存在可指示，例如，具有疾病狀 態的傾向的某一群體，所述傾向相比於耐受性為易感性。衍生的多核苷酸包括經受化學修飾(例如以烷基、醯基或氨基代替氫)的核酸。衍生物例如，衍生物寡核苷酸，可包括非天然存在的部分，例如改變的糖部分或糖間鍵合。其中示例的有硫代磷酸酯和本領域已知的其它含硫物質。衍生的核酸還可包含標記，包括放射性核苷酸、酶、螢光劑、化學發光劑、顯色劑、底物、輔因子、抑制劑、磁性粒子和類似物。〃衍生物〃多肽或肽是例如通過糖基化、聚乙二醇化、磷酸化、硫酸化、還原/烷基化、醯化、化學偶合或適度福馬林處理修飾的多肽或肽。還可修飾衍生物以直接或間接包含可檢測的標記，包括但不限於，放射性同位素、螢光和酶標記。本文所用的術語〃動物〃或〃患者〃意為包括，例如人、綿羊、麋鹿、鹿、長耳鹿、貂、哺乳動物、猴、馬、牛、豬、山羊、犬、貓、大鼠、小鼠、鳥類、雞、爬行動物、魚、昆蟲和蛛形綱動物。〃哺乳動物〃涵蓋通常處於醫療護理下的溫血哺乳動物(例如，人和馴養的動物)。實例包括貓科動物、犬科動物、馬科動物、牛科動物和人，以及僅僅人。〃治療(Treating) 〃或〃治療(treatment) 〃涵蓋治療哺乳動物的疾病狀態,並包括(a)防止疾病狀態在哺乳動物中發生，尤其是當所述哺乳動物傾向於疾病狀態但還未被診斷為患有其的時候；(b)抑制疾病狀態，例如阻止其發展；和/或(C)緩解疾病狀態，例如導致疾病狀態消退，直到達到期望端點。治療還包括疾病症狀的改善(例如，減輕疼痛或不適)，其中所述改善可或不可直接影響疾病(例如起因、傳染、表達等等)。本文所用的〃癌症〃是指在哺乳動物中發現的所有類型的癌症或贅生物或惡性腫瘤，包括但不限於白血病、淋巴瘤、黑素瘤、癌和肉瘤。癌症本身表現為〃腫瘤〃或包括癌症惡性細胞的組織。腫瘤的實例包括肉瘤和癌，例如但不限於纖維肉瘤、粘液肉瘤、月旨肪肉瘤、軟骨肉瘤、成骨肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、滑膜瘤、間皮瘤、尤因氏瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、結腸癌、胰腺癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、囊腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、腎母細胞瘤、宮頸癌、睪丸腫瘤、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星形細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、少突神經膠質瘤、腦膜瘤、黑素瘤、神經母細胞瘤和視網膜母細胞瘤。可用根據本發明公開的組合物治療的其它癌症包括但不限於，例如霍奇金病、非霍奇金淋巴瘤、多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、乳腺癌、卵巢癌、肺癌、橫紋肌肉瘤、原發性血小板增多症、原發性巨球蛋白血症、小細胞肺腫瘤、原發性腦瘤、胃癌、結腸癌、惡性胰島腫瘤、惡性類癌瘤、膀胱癌、胃癌、惡變前皮膚損傷、睪丸癌、淋巴瘤、甲狀腺癌、神經母細胞瘤、食管癌、泌尿生殖道癌、惡性高鈣血症、宮頸癌、子宮內膜癌、腎上腺皮質癌和前列腺癌。多核苷酸和寡核苷酸組合物和分子靶在一個實施方案中，靶包括吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)的核酸序列，包括但不限於PYCRl相關的有義和/或反義的非編碼和/或編碼序列。吡咯啉-5-羧酸(P5C) 』還原酶(EC I. 5. I. 2)在NAD (P)依賴性反應中催化P5C還原為脯氨酸，其兼是脯氨酸合成中的第一關鍵步驟和最後一個步驟。該酶還可以在某些細胞類型中在產生NADP(+)方面起生理學作用。蛋白質形成均聚物並且定域於線粒體。選 擇性剪接產生編碼不同同種型的轉錄變體。P5C還原酶活性存在於幾乎所有哺乳動物組織和培養細胞的細胞溶質中。除其在脯氨酸合成中的作用之外，P5C還原酶還與P5C和脯氨酸代謝的其它酶一起可影響氧化型/還原型吡啶核苷酸的比率。在實施方案中，反義寡核苷酸用來預防或治療PYCRl家族成員相關的疾病或病症。可用從利用反義化合物獲得的幹細胞再生的細胞/組織治療的示例性吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)介導的疾病和病症包括與PYCRl的異常功能和/或表達相關的疾病或病症、結締組織疾病或病症(例如囊性纖維化、心肌纖維化、骨髓纖維化、肝纖維化、間質性肺纖維化、腫瘤纖維化、胰囊性纖維化、肺纖維化、表皮下纖維化、全膀胱壁纖維變性、增殖性纖維化、替代性纖維化、腹膜後纖維化和神經根袖套樣纖維化、成骨不全、埃當症候群、軟骨發育異常、馬方症候群、Alport症候群、家族性主動脈瘤、軟骨發育不全、粘多糖增多症、骨質疏鬆症、骨硬化症、佩吉特氏病、佝僂病、骨軟化症、甲狀旁腺功能亢進、腎性骨病變、骨壞死、骨髓炎、骨瘤、骨樣骨瘤、成骨細胞瘤、骨肉瘤、骨軟骨瘤、軟骨瘤、成軟骨細胞瘤、軟骨粘液樣纖維瘤、軟骨肉瘤、纖維性皮質缺陷、非骨化性纖維瘤、纖維性結構不良、纖維肉瘤、惡性纖維組織細胞瘤、尤因氏肉瘤、原發性神經外胚層瘤、巨細胞瘤、骨關節炎、類風溼性關節炎、強直性脊椎關節炎、賴特爾症候群、銀屑病性關節炎、腸病性關節炎、感染性關節炎、痛風、痛風性關節炎、焦磷酸鈣結晶沉積病、腱鞘囊腫、滑囊囊腫、絨毛結節性滑膜炎、全身性硬化症、杜普伊特倫氏攣縮、紅斑狼瘡、混合性結締組織病、單純性大皰性表皮鬆解、大皰性先天性魚鱗病樣紅皮病(表皮鬆解性角化過度)、非表皮鬆解性和表皮鬆解性掌蹠角化病、Siemens大皰性魚鱗病、先天性厚甲症、白色海綿狀斑痣等)、與結締組織早衰樣變化相關的疾病或病症(例如，皮膚鬆弛症、I型皮膚鬆弛症、2型皮膚鬆弛症、Walt Disney侏儒症常染色體隱性皮膚鬆弛(ARCL)、老年樣皮膚骨發育不良、De Barsy型早衰樣症候群、皺皮症候群等)、與脯氨酸代謝受損相關的疾病或病症、與其中P5CR表達減少的細胞增殖相關的疾病或病症(例如光化性角化病、動脈硬化、動脈粥樣硬化、滑囊炎、肝硬變、肝炎、混合型結締組織疾病(MCTD)、骨髓纖維化、陣發性夜間血紅蛋白尿、真性紅細胞增多、銀屑病、原發性血小板增多和癌症(包括腺癌、白血病、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、肉瘤、畸胎癌，且特別是腎上腺癌、膀胱癌、骨癌、骨髓癌、腦癌、乳腺癌、宮頸癌、膽囊癌、神經節癌、胃腸道癌、心癌、腎癌、肝癌、肺癌、肌肉癌、卵巢癌、胰腺癌、甲狀旁腺癌、陰莖癌、前列腺癌、唾液腺癌、皮膚癌、脾癌、睪丸癌、胸腺癌、甲狀腺癌、子宮癌等))、神經元疾病或病症(例如，靜坐不能、阿爾茨海默病、健忘症、肌萎縮性側索硬化、雙相型障礙、緊張症、腦腫瘤、痴呆、抑鬱症、糖尿病性神經病變、唐氏症候群、遲發性運動障礙、張力障礙、癲癇、亨延頓氏舞蹈病、周圍神經病變、多發性硬化、神經纖維瘤病、帕金森病、偏執型精神病、帶狀皰疹後神經痛、精神分裂症、Tourette病症等)、視網膜變性、與線粒體功能受損和早產兒皮膚老化相關的疾病或病症。本發明的優選實施方案提供包含PYCRl的抗老化組合。在實施方案中，將一種或多種反義寡核苷酸對PYCRl的調節向需要其的患者施用以預防或治療與正常對照相比的PYCRl異常表達、功能、活性相關的任何疾病或病症。在實施方案中，寡核苷酸是對PYCRl多核苷酸有特異性，該多核苷酸包括但不限於非編碼區。PYCRl靶包括PYCRl的變體；PYCR1的突變體，包括SNP ；PYCR1的非編碼序列；等位基因、片段和類似物。優選地寡核苷酸是反義RNA分子。
根據本發明的實施方案，靶核酸分子不限於僅PYCRl多核苷酸，還延伸到PYCRl的任何同種型、受體、同系物、非編碼區和類似物。在實施方案中，寡核苷酸靶向PYCRl靶的天然反義序列(與編碼區和非編碼區天然反義)，包括但不限於，其變體、等位基因、同系物、突變體、衍生物、片段及其互補序列。優選地寡核苷酸是反義RNA或DNA分子。在實施方案中，本發明的寡聚化合物還包括變體，其中在化合物中一個或多個核苷酸位置存在不同鹼基。例如，如果第一個核苷酸是腺嘌呤，可產生在這一位置包含胸苷、鳥苷、胞苷或其它天然或非天然核苷酸的變體。這可在反義化合物的任何位置進行。隨後利用本文所述的方法測定這些化合物以確定它們抑制靶核酸表達的能力。在一些實施方案中，反義化合物與靶之間的同源性、序列同一性或互補性是從約50%至約60%。在一些實施方案中，同源性、序列同一性或互補性是從約60%至約70%。在一些實施方案中，同源性、序列同一性或互補性是從約70%至約80%。在一些實施方案中，同源性、序列同一性或互補性是從約80%至約90%。在一些實施方案中，同源性、序列同一性或互補性是約90%、約92%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或約100%。當反義化合物與靶核酸的結合幹擾靶核酸的正常功能以導致活性的喪失時，該化合物是可特異性雜交的，且在期望特異性結合的條件下存在足夠程度的互補性以避免反義化合物與非靶核酸序列的非特異性結合。這種條件包括，即，在體內測定或治療性治療的情形中的生理條件以及在體外測定的情形中進行測定的條件。當反義化合物(無論是DNA、RNA、嵌合、取代的等等)與靶DNA或RNA分子的結合幹擾靶DNA或RNA的正常功能以導致效用的喪失時，該化合物是可特異性雜交的，且在期望特異性結合的條件下(即，在體內測定或治療性治療的情形中的生理條件下以及在體外測定的情形中進行測定的條件下)存在足夠程度的互補性以避免反義化合物與非靶序列的非特異性結合。在實施方案中，PYCRl的靶向包括但不限於，利用例如PCR、雜交等鑑定和擴展的反義序列、一種或多種如SEQ ID NO:2所列的序列和調節PYCRl表達或功能的類似物。在一個實施方案中，與對照相比表達或功能被上調。在實施方案中，與對照相比表達或功能被下調。在實施方案中，寡核苷酸包括如SEQ ID NO: 3至6所列的核酸序列，包括利用例如PCR、雜交等鑑定和擴展的反義序列。這些寡核苷酸可包括一種或多種修飾的核苷酸、更短或更長的片段、修飾的鍵和類似物。修飾的鍵或核苷酸間鍵合的實例包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯或類似物。在實施方案中，核苷酸包括磷衍生物。可附加於本發明的修飾的寡核苷酸中的糖或糖類似物部分的磷衍生物(或修飾的磷酸酯基團)可以是單磷酸酯、二磷酸酯、三磷酸酯、磷酸烷基酯、磷酸烷烴酯、硫代磷酸酯和類似物。上述磷酸酯類似物的製備和將其向核苷酸、修飾的核苷酸和寡核苷酸的併入本身是已知的，不必在此描述。反義的特異性和靈敏性還由本領域技術人員利用以用於治療用途。反義寡核苷酸已在動物和人的疾病狀態的治療中用作治療部分。反義寡核苷酸已經安全且有效地施用於人，目前正在進行許多臨床試驗。因此已經確定，寡核苷酸可以是有用的治療形態，可被配置以用於治療細胞、組織和動物(尤其是人)的治療方案。在本發明的實施方案中，寡聚反義化合物，尤其是寡核苷酸，結合靶核酸分子並調節靶基因編碼的分子的表達和/或功能。待幹擾的DNA的功能包括，例如複製和轉錄。待幹擾的RNA功能包括所有重要功能，例如RNA向蛋白翻譯位置的移位，從RNA翻譯為蛋白，剪接RNA以產生一種或多種mRNA種類以及可由RNA參與或促進的催化活性。取決於期望 的功能，功能可被上調或抑制。反義化合物包括反義寡聚化合物、反義寡核苷酸、外部指導序列(EGS)寡核苷酸、可選剪接體、引物、探針以及與靶核酸的至少一部分雜交的其它寡聚化合物。因此，這些化合物可以單鏈、雙鏈、部分單鏈或環狀寡聚化合物的形式引入。在本發明範疇中，將反義化合物靶向特定核酸分子可以是多步驟的過程。該過程通常開始於鑑定待調節其功能的靶核酸。這一靶核酸可以是，例如，其表達與特定病症或疾病狀態相關的細胞基因(或從基因轉錄的mRNA)或來自感染物的核酸分子。在本發明中，靶核酸編碼性激素集合球蛋白吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)。靶向過程通常還包括確定靶核酸中發生反義相互作用從而產生期望作用例如調節表達的至少一個靶區域、區段或位置。在本發明範疇中，術語〃區域〃定義為具有至少一種可鑑定結構、功能或特徵的靶核酸的一部分。靶核酸區域中是區段。"區段"定義為靶核酸中較小區域或區域的亞部分。本發明中使用的"位置"定義為靶核酸中的位置。 在實施方案中，反義寡核苷酸結合吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)的天然反義序列並調節PYCRl (SEQ ID NO: I)的表達和/或功能。反義序列的實例包括SEQ ID NO:2至6。在實施方案中，反義寡核苷酸結合吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的一個或多個區並調節PYCRl的表達和/或功能。區段包括PYCRl的有義或反義多核苷酸的至少五個連續核苷酸。在實施方案中，反義寡核苷酸是對PYCRl的天然反義序列有特異性，其中寡核苷酸對PYCRl的天然反義序列的結合調節PYCRl的表達和/或功能。在實施方案中，寡核苷酸化合物包括如SEQ ID N0:3至6所列的序列、利用例如PCR、雜交等鑑定和擴展的反義序列。這些寡核苷酸可包括一種或多種修飾的核苷酸、更短或更長的片段、修飾的鍵和類似物。修飾的鍵或核苷酸間鍵合的實例包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯或類似物。在實施方案中，核苷酸包括磷衍生物。可附加於本發明的修飾的寡核苷酸中的糖或糖類似物部分的磷衍生物(或修飾的磷酸酯基團)可以是單磷酸酯、二磷酸酯、三磷酸酯、磷酸烷基酯、磷酸烷烴酯、硫代磷酸酯和類似物。上述磷酸酯類似物的製備和將其向核苷酸、修飾的核苷酸和寡核苷酸的併入本身是已知的，不必在此描述。如本領域已知的，因為翻譯起始密碼子通常是5』 -AUG(在轉錄的mRNA分子中；在相應DNA分子中是5』 -ATG)，翻譯起始密碼子也稱為"AUG密碼子〃、〃起始密碼子〃或"AUG起始密碼子"。少數基因具有具有RNA序列5』 -GUG、5』 -UUG或5』 -CUG的翻譯起始密碼子；且5』 -AUA、5』 -ACG和5』 -CUG已顯示在體內起作用。因此，術語〃翻譯起始密碼子〃和〃起始密碼子"可涵蓋許多密碼子序列，儘管每種情形中的起始胺基酸通常是甲硫氨酸(真核細胞中)或甲醯甲硫氨酸(原核細胞中)。真核基因和原核基因可具有兩個或更多個替代性起始密碼子，其中的任何一個可在特定細胞類型或組織中或在特定條件設置下優先地用於翻譯起始。在本發明範疇中，"起始密碼子"和"翻譯起始密碼子"是指體內用於起始從編碼吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)的基因轉錄的mRNA的翻譯的一種或多種密碼子，而不論這種密碼子的序列。基因的翻譯終止密碼子(或〃終止密碼子〃)可具有三種序列即 5』 -UAA、5』 -UAG 和 5』 -UGA 之一(相應的 DNA 序列分別是 5』 _TAA、5』 -TAG 和 5』 -TGA)。術語〃起始密碼子區〃和〃翻譯起始密碼子區〃是指這種mRNA或基因的一部分， 涵蓋以任一方向(即，5』或3』)從翻譯起始密碼子的約25至約50個連續核苷酸。類似地，術語〃終止密碼子區〃和〃翻譯終止密碼子區〃是指這種mRNA或基因的一部分，涵蓋以任一方向(即，5』或3』)從翻譯終止密碼子的約25至約50個連續核苷酸。因此，〃起始密碼子區〃(或"翻譯起始密碼子區〃)和"終止密碼子區〃(或"翻譯終止密碼子區〃)都是可用本發明的反義化合物有效地靶向的區域。本領域已知開放讀碼框(ORF)或〃編碼區〃是指翻譯起始密碼子與翻譯終止密碼子之間的區域，也是可被有效地靶向的區域。在本發明範疇中，靶向的區域是涵蓋基因開放讀碼框(ORF)的翻譯起始或終止密碼子的基因內區域。另一靶區域包括5'非翻譯區(5』 UTR)，本領域已知是指mRNA以5』方向從翻譯起始密碼子的部分，因此包括mRNA的5』帽位置與翻譯起始密碼子之間的核苷酸(或基因上相應的核苷酸)。又一靶區域包括3'非翻譯區(3』UTR)，本領域已知是指mRNA以3』方向從翻譯終止密碼子的部分，因此包括mRNA的翻譯終止密碼子與3』端之間的核苷酸(或基因上相應的核苷酸)。mRNA的5』帽位置包括經由5』 -5』三磷酸酯鍵合與mRNA的最5』殘基連接的N7-甲基化鳥苷殘基。認為mRNA的5』帽區域包括5』帽結構本身以及與帽位置相鄰的前50個核苷酸。本發明的另一靶區域是5'帽區域。儘管一些真核mRNA轉錄物被直接翻譯，但是許多包含一個或多個稱為〃內含子〃的區域，在翻譯前從轉錄物切除。其餘(因此被翻譯的)區域稱為"外顯子"，被剪接在一起以形成連續的mRNA序列。在一個實施方案中，靶向剪接位置，即，內含子-外顯子結點或外顯子-內含子結點在其中疾病中牽涉異常剪接的情形或其中疾病中牽涉特定剪接產物的過度產生的情形尤其有用。由於重排或缺失的異常融合結點是靶位置的另一形式。由剪接來自不同基因來源的兩個(或更多個)mRNA的過程產生的mRNA轉錄物稱為"融合轉錄物"。利用靶向例如DNA或前體mRNA的反義化合物可有效地靶向內含子。在實施方案中，反義寡核苷酸結合靶多核苷酸的編碼區和/或非編碼區並調節靶分子的表達和/或功能。在實施方案中，反義寡核苷酸結合天然反義多核苷酸並調節靶分子的表達和/或功能。在實施方案中，反義寡核苷酸結合有義多核苷酸並調節靶分子的表達和/或功倉泛。可從DNA的相同基因組區域產生可選RNA轉錄物。這些可選轉錄物通常稱為〃變體"。更具體地，〃前體mRNA變體〃是從相同基因組DNA產生的轉錄物，在其起始或終止位置與從相同基因組DNA產生的其它轉錄物不同，並包含內含子序列和外顯子序列兩者。在剪接期間切除一個或多個外顯子或內含子區域或其部分後，前體mRNA變體產生更小的"mRNA變體〃。因此，mRNA變體是加工的前體mRNA變體，且每個獨特的前體mRNA變體必定因為剪接而產生獨特的mRNA變體。這些mRNA變體還稱為〃可選剪接變體〃。如果不進行前體mRNA變體的剪接，則前體mRNA變體與mRNA變體相同。變體可經由使用可選信號產生以起始或終止轉錄。前體mRNA和mRNA可具有多於一個起始密碼子或終止密碼子。來源於使用可選起始密碼子的前體mRNA或mRNA的變體稱 為該前體mRNA或mRNA的"可選起始變體"。使用可選終止密碼子的那些轉錄物稱為該前體mRNA或mRNA的〃可選終止變體"。一種特定類型的可選終止變體是〃聚腺苷酸變體"，其中產生的多個轉錄物由"聚腺苷酸終止信號"之一被轉錄機制可選選擇所致，從而產生在獨特聚腺苷酸位點終止的轉錄物。在本發明範疇中，本文所述的變體類型也是靶核酸的實施方案。靶核酸上與反義化合物雜交的位置定義為活性反義化合物靶向的靶區域的至少5-核苷酸長的部分。儘管本文列出了某些示例性靶區段的具體序列，但是本領域技術人員將理解這些用於闡釋和描述於本發明範圍中的具體實施方案。本領域普通技術人員考慮到本公開內容可容易地鑑定另外的靶區段。認為包括選自示例性優選的靶區段中的至少五(5)個連續核苷酸的段的長度為5-100個核苷酸的靶區段也適合於靶向。靶區段可包括包括從示例性優選的靶區段之一的5』 -末端的至少5個連續核苷酸的DNA或RNA序列(其餘核苷酸為從靶區段5』 -末端的緊鄰上遊開始的相同DNA或RNA的連續段並延伸直到DNA或RNA包含約5至約100個核苷酸)。類似地優選的靶區段由包括從示例性優選的靶區段之一的3』 -末端的至少5個連續核苷酸的DNA或RNA序列代表(其餘核苷酸為從靶區段3』 -末端的緊鄰下遊開始的相同DNA或RNA的連續段並延伸直到DNA或RNA包含約5至約100個核苷酸)。藉助本文所示例的靶區段的本領域技術人員將能夠鑑定另外的優選的靶區段而不需過度試驗。已經鑑定出一種或多種靶區域、區段或位置後，選擇與靶足夠地互補，S卩，充分良好並以足夠特異性雜交的反義化合物以獲得期望作用。在本發明的實施方案中，寡核苷酸結合特定靶的反義鏈。寡核苷酸長度為至少5個核苷酸並可合成以使每個寡核苷酸靶向重疊序列，從而寡核苷酸被合成以覆蓋靶多核苷酸的整個長度。靶還包括編碼區以及非編碼區。在一個實施方案中，將反義寡核苷酸靶向特定核酸是優選的。將反義化合物靶向特定核酸是多步驟的過程。該過程通常開始於鑑定待調節其功能的核酸序列。這一核酸序列可以是，例如，其表達與特定病症或疾病狀態相關的細胞基因(或從基因轉錄的mRNA)、或非編碼多核苷酸，例如非編碼RNA(ncRNA)。RNA可分為(I)信使RNA(mRNA)，其被翻譯為蛋白，和(2)非蛋白編碼RNA(ncRNA)。ncRNA包括微RNA、反義轉錄物和包含高密度終止密碼子和缺少任何廣泛的〃開放讀碼框〃的其它轉錄單位(TU)。許多ncRNA表現為從蛋白-編碼基因座的3'非翻譯區(3』UTR)中的起始位點開始。ncRNA通常是罕見的，已被FANTOM財團測序的ncRNA的至少一半似乎不是多腺苷酸化的。出於明顯的原因，大多數研究者集中於被加工並輸出到細胞質的多腺苷酸化mRNA。最近，顯示非多腺苷酸化的核RNA的組可能是非常大的，且許多這樣的轉錄物來源於所謂的基因間區。ncRNA可調節基因表達的機制是通過與靶轉錄物的鹼基配對。通過鹼基配對起作用的RNA可分為(I)順式編碼的RNA，其在它們所作用的RNA的相同遺傳位置 但在相對鏈上被編碼，因此與其靶展示極佳的互補性，和(2)反式編碼的RNA，其在不同於它們所作用的RNA的染色體位置被編碼，通常不與其靶展示極佳的鹼基-配對可能。不希望受限於理論，反義多核苷酸被本文所述的反義寡核苷酸的擾動可改變相應有義信使RNA的表達。然而，這一調節可以是不一致的(反義敲低導致信使RNA升高)或一致的(反義敲低導致相伴的信使RNA減少)。在這些情形中，反義寡核苷酸可靶向於反義轉錄物的重疊或非重疊部分，導致其敲低或隔離。編碼以及非編碼反義可以相同方式靶向，任一種類能夠調節相應的有義轉錄物-以一致的或不一致的方式。鑑定針對靶使用的新寡核苷酸中採用的策略可基於反義RNA轉錄物被反義寡核苷酸的敲低或調節期望靶的任何其它手段。策略I :在不一致調節的情形下，敲低反義轉錄物升高常規(有義)基因的表達。如果後者基因編碼已知或推測的藥物靶，則其反義對應物的敲低能夠可設想地模擬受體激動劑或酶刺激劑的作用。策略2 :在一致調節的情形下，人們可以協同地敲低反義轉錄物和有義轉錄物兩者，從而實現常規(有義)基因表達的協同減少。例如，如果反義寡核苷酸用來實現敲低，則這一策略可用來施加靶向有義轉錄物的一種反義寡核苷酸和靶向相應反義轉錄物的另一反義寡核苷酸，或同時靶向重疊的有義轉錄物和反義轉錄物的單個有力地對稱的反義寡核苷酸。根據本發明，反義化合物包括反義寡核苷酸、核酶、外部指導序列(EGS)寡核苷酸、siRNA化合物、單鏈或雙鏈RNA幹擾(RNAi)化合物例如siRNA化合物以及雜交於靶核酸的至少一部分並調節其功能的其它寡聚化合物。因此，它們可以是DNA、RNA、DNA-樣、RNA-樣或其混合物，或可以是一種或多種這些的模擬物。這些化合物可以是單鏈、雙鏈、環狀或髮夾寡聚化合物，並可包含結構元件，例如內部凸出或末端凸出、錯配或環。常規線性地製備反義化合物，但可被連接或以其它方式製備為環狀和/或分支的。反義化合物可包括構建體，例如，兩條鏈雜交以形成完全或部分雙鏈的化合物或者具有足夠自互補性的單鏈以允許雜交和形成完全或部分雙鏈的化合物。兩條鏈可在內部被連接，留下游離的3』或5』末端，或可被連接以形成連續的髮夾結構或環。髮夾結構可包含在5』或3』末端的突出，產生單鏈特徵的延伸段。雙鏈化合物任選地可包括在末端的突出。進一步的修飾可包括附加於末端之一、所選的核苷酸位置、糖位置或核苷間鍵合之一的綴合物基團。可選地，兩條鏈可經由非核酸部分或接頭基團連接。當僅由一條鏈形成時，dsRNA可採取自互補髮夾型分子的形式，其與自身對摺以形成雙鏈體。因此，dsRNA可以是完全或部分雙鏈的。基因表達的特異性調節可通過在轉基因細胞系中穩定表達dsRNA髮夾來實現,然而,在一些實施方案中，基因表達或功能被上調。當由兩條鏈或採取與自身對摺以形成雙鏈體的自互補髮夾型分子形式的單鏈形成時，兩條鏈(或單鏈的雙鏈體形成區)是以Watson-Crick方式鹼基配對的互補RNA鏈。被引入系統中後，本發明的化合物可引發一種或多種酶或結構蛋白的作用以實現靶核酸的裂解或其它修飾，或可經由基於佔位性的機製作用。通常，核酸(包括寡核苷酸)可描述為"DNA-樣〃(S卩，通常具有一個或多個2』 -脫氧糖，且通常具有T而不是U鹼基)或〃RNA-樣〃(即，通常具有一個或多個2』 -羥基或2』 -修飾的糖，且通常具有U而不是T鹼基)。核酸螺旋可採用多於一種類型的結構，最通常是A-和B-形式。通常認為，具有B-形式-樣結構的寡核苷酸是"DNA-樣〃，且具有A-形式樣結構的是"RNA-樣〃。在一些(嵌合)實施方案中，反義化合物可包含A-形式區域和B-形式區域兩者。在實施方案中，期望寡核苷酸或反義化合物包括以下至少一種反義RNA、反義DNA、嵌合反義寡核苷酸、包括修飾的鍵合的反義寡核苷酸、幹擾RNA(RNAi)、短幹擾RNA (siRNA)、微幹擾 RNA (miRNA)、時序調節小 RNA (stRNA)或短髮夾 RNA (shRNA)、小 RNA-誘 導的基因活化(RNAa)、小活化RNA(saRNA)或其組合。dsRNA還可活化基因表達，這是已被稱為"小RNA-誘導的基因活化〃或RNAa的機制。dsRNA靶向基因啟動子誘導相關基因的有效的轉錄活化。RNAa在人細胞中利用合成的dsRNA證實，稱為"小活化RNA" (saRNA)。目前未知RNAa在其它生物體中是否是保守的。已發現小雙鏈RNA (dsRNA)，例如小幹擾RNA (siRNA)和微RNA (miRNA)是稱為RNA幹擾(RNAi)的進化保守機制的觸發物。RNAi不變性經由重建染色質導致基因沉默，從而阻遏轉錄、降解互補mRNA或阻斷蛋白翻譯。然而在以下實施例部分詳細描述的情況中，寡核苷酸顯示增加吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸和其編碼的產物的表達和/或功能。dsRNA還可作為小活化RNA(saRNA)作用。不希望受理論束縛，通過靶向基因啟動子中的序列，saRNA將以稱為dsRNA-誘導的轉錄活化(RNAa)的現象誘導靶基因表達。在進一步的實施方案中，本文鑑定的"優選的靶區段"可用於篩選調節吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸表達的另外的化合物。"調節劑"是減少或增加編碼PYCRl的核酸分子表達的那些化合物，且包括與優選的靶區段互補的至少5-核苷酸部分。篩選方法包括以下步驟將編碼PYCRl的有義或天然反義多核苷酸的核酸分子的優選的靶區段與一種或多種候選調節劑接觸，並選擇減少或增加編碼PYCRl多核苷酸的核酸分子(例如SEQ ID N0:3至6)的表達的一種或多種候選調節劑。顯示一種或多種候選調節劑能夠調節(例如，減少或增加)編碼PYCRl多核苷酸的核酸分子的表達後，隨後調節劑可用於PYCRl多核苷酸功能的進一步研究性研究，或用作根據本發明的研究劑、診斷劑或治療劑。靶向天然反義序列優選地調節靶基因的功能。例如，PYCRl基因(例如，登錄號匪006907)。在實施方案中，靶是PYCRl基因的反義多核苷酸。在實施方案中，反義寡核苷酸靶向PYCRl多核苷酸(例如，登錄號匪006907)的有義和/或天然反義序列、變體、等位基因、同種型、同系物、突變體、衍生物、片段及其互補序列。優選地寡核苷酸是反義分子且靶包括反義和/或有義PYCRl多核苷酸的編碼區和非編碼區。本發明優選的靶區段還可與本發明的其各自的互補反義化合物組合以形成穩定的雙鏈(雙鏈體)寡核苷酸。在本領域中，這種雙鏈寡核苷酸部分已顯示經由反義機制調節靶表達和調節翻譯以及RNA加工。而且，可對雙鏈部分進行化學修飾。例如，這種雙鏈部分已經顯示通過雙鏈體的反義鏈與靶經典雜交，從而觸發靶的酶促降解來抑制靶。在實施方案中，反義寡核苷酸祀向卩比咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸(例如，登錄號匪006907)、變體、等位基因、同種型、同系物、突變體、衍生物、片段及其互補序列。優選地寡核苷酸是反義分子。根據本發明的實施方案，靶核酸分子不限於僅PYCR1，還延伸到PYCRl分子的同種型、受體、同系物和類似物的任一種。在實施方案中，寡核苷酸靶向PYCRl多核苷酸的天然反義序列，例如，如SEQ IDN0:2所列的多核苷酸，和任何變體、等位基因、同系物、突變體、衍生物、片段及其互補序列。 反義寡核苷酸的實例列在SEQ ID N0:3至6。在一個實施方案中，寡核苷酸與PYCRl反義的核酸序列互補或結合，包括但不限於PYCRl多核苷酸相關的非編碼有義和/或反義序列，並調節PYCRl分子的表達和/或功倉泛。在實施方案中，寡核苷酸與如SEQ ID NO:2所列的PYCRl天然反義的核酸序列互補或結合，並調節PYCRl分子的表達和/或功能。在實施方案中，寡核苷酸包括SEQ ID N0:3至6的至少5個連續核苷酸的序列，並調節PYCRl分子的表達和/或功能。多核苷酸靶包括PYCR1，包括其家族成員、PYCRl的變體；PYCR1的突變體，包括SNP ；PYCR1的非編碼序列；PYCR1的等位基因；物種變體、片段和類似物。優選地寡核苷酸是反義分子。在實施方案中，靶向PYCRl多核苷酸的寡核苷酸包括反義RNA、幹擾RNA(RNAi)、短幹擾RNA(siRNA);微幹擾RNA(miRNA);時序調節小RNA (stRNA);或短髮夾RNA (shRNA)；小RNA誘導的基因活化(RNAa);或小活化RNA(saRNA)。在實施方案中，靶向吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸(例如SEQ IDNO:2)調節這些靶的表達或功能。在一個實施方案中，與對照相比表達或功能被上調。在實施方案中，與對照相比表達或功能被下調。在實施方案中，反義化合物包括如SEQ ID N0:3至6所列的序列。這些寡核苷酸可包括一種或多種修飾的核苷酸、更短或更長片段、修飾的鍵和類似物。在實施方案中，SEQ ID NO: 3至6包括一種或多種LNA核苷酸。表I示出本發明方法中有用的示例性反義寡核苷酸。表I:
序列ID序列名稱~ 序列
SEQ ID NO: 3 CUR-1424 A*G*T*OOOT*G*OT*G*T*OT*G*G*OT*G*A SEQ ID NO:4 CUR-1423 a*OA*T*OOT*OOA*OOG*OOA*OT*OT
權利要求
1.一種體內或體外調節患者細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸的功能和/或表達的方法，所述方法包括將所述細胞或組織與長度為5至30個核苷酸的至少一種反義寡核苷酸接觸，其中所述至少一種寡核苷酸與包括SEQ ID NO:2的核苷酸I至380中的5至30個連續核苷酸的多核苷酸的反向互補序列具有至少50%序列同一'丨生；從而體內或體外調節患者細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的功能和/或表達。
2.—種體內或體外調節患者細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸的功能和/或表達的方法，所述方法包括將所述細胞或組織與長度為5至30個核苷酸的至少一種反義寡核苷酸接觸，其中所述至少一種寡核苷酸與吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的天然反義的反向互補序列具有至少50%序列同一性；從而體內或體外調節患者細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的功能和/或表達。
3.一種體內或體外調節患者細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸的功能和/或表達的方法，所述方法包括將所述細胞或組織與長度為5至30個核苷酸的至少一種反義寡核苷酸接觸，其中所述寡核苷酸與吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的反義寡核苷酸具有至少50%序列同一性；從而體內或體外調節患者細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的功能和/或表達。
4.一種體內或體外調節患者細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸的功能和/或表達的方法，所述方法包括將所述細胞或組織與靶向吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸的天然反義寡核苷酸的區域的至少一種反義寡核苷酸接觸；從而體內或體外調節患者細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的功能和/或表達。
5.如權利要求4所述的方法，其中吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)的功能和/或表達相對於對照體內或體外增加。
6.如權利要求4所述的方法，其中所述至少一種反義寡核苷酸靶向吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的天然反義序列。
7.如權利要求4所述的方法，其中所述至少一種反義寡核苷酸靶向包括吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的編碼核酸序列和/或非編碼核酸序列的核酸序列。
8.如權利要求4所述的方法，其中所述至少一種反義寡核苷酸靶向吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的重疊序列和/或非重疊序列。
9.如權利要求4所述的方法，其中所述至少一種反義寡核苷酸包括選自以下的一種或多種修飾至少一種修飾的糖部分、至少一種修飾的核苷間鍵合、至少一種修飾的核苷酸及其組合。
10.如權利要求9所述的方法，其中所述一種或多種修飾包括選自以下的至少一種修飾的糖部分2』 -O-甲氧基乙基修飾的糖部分、2』 -甲氧基修飾的糖部分、2』 -O-烷基修飾的糖部分、二環的糖部分及其組合。
11.如權利要求9所述的方法，其中所述一種或多種修飾包括選自以下的至少一種修飾的核苷間鍵合硫代磷酸酯、2』-O甲氧基乙基(MOE)、2』 -氟代、膦酸烷基酯、二硫代磷酸酯、烷基硫代膦酸酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯、碳酸酯、磷酸三酯、乙醯胺酯、羧甲基酯及其組合。
12.如權利要求9所述的方法，其中所述一種或多種修飾包括選自以下的至少一種修飾的核苷酸肽核酸(PNA)、鎖核酸(LNA)、阿拉伯糖-核酸(FANA)、類似物、衍生物及其組口 ο
13.如權利要求I所述的方法，其中所述至少一種寡核苷酸包括如SEQID N0:3至6所列的至少一種寡核苷酸序列。
14.一種體內或體外調節哺乳動物細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)基因的功能和/或表達的方法，所述方法包括將所述細胞或組織與長度為5至30個核苷酸的至少一種短幹擾RNA (siRNA)寡核苷酸接觸，所述至少一種siRNA寡核苷酸對吡咯啉_5_羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的反義多核苷酸有特異性，其中所述至少一種siRNA寡核苷酸與吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的反義核酸分子和/或有義核酸分子的至少約五個連續核酸的互補序列具有至少50%序列同一性；以及體內或體外調節哺乳動物細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)的功能和/或表達。
15.如權利要求14所述的方法，其中所述寡核苷酸與吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸的反義核酸分子和/或有義核酸分子互補的至少約五個連續核酸的序列具有至少80%序列同一1丨生。
16.一種體內或體外調節哺乳動物細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)的功能和/或表達的方法，所述方法包括將所述細胞或組織與長度為約5至30個核苷酸的至少一種反義寡核苷酸接觸，所述至少一種反義寡核苷酸對吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的有義和/或天然反義鏈的非編碼序列和/或編碼序列有特異性，其中所述至少一種反義寡核苷酸與如SEQ ID NO: I和2所列的至少一種核酸序列具有至少50%序列同一性；以及體內或體外調節哺乳動物細胞或組織中吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)的功能和/或表達。
17.一種合成的、修飾的寡核苷酸，所述寡核苷酸包括至少一種修飾，其中所述至少一種修飾選自至少一種修飾的糖部分；至少一種修飾的核苷酸間鍵合；至少一種修飾的核苷酸及其組合；其中所述寡核苷酸是與吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)基因雜交並與正常對照相比體內或體外調節其功能和/或表達的反義化合物。
18.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述至少一種修飾包括選自以下組成的組的核苷酸間鍵合硫代磷酸酯、膦酸烷基酯、二硫代磷酸酯、烷基硫代膦酸酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯、碳酸酯、磷酸三酯、乙醯胺酯、羧甲基酯及其組合。
19.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括至少一種硫代磷酸酯核苷酸間鍵合。
20.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括硫代磷酸酯核苷酸間鍵合的主鏈。
21.如權利要求17所述的寡核苷酸,其中所述寡核苷酸包括至少一種修飾的核苷酸，所述修飾的核苷酸選自肽核酸、鎖核酸(LNA)、類似物、衍生物及其組合。
22.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括多種修飾，其中所述修飾包括選自以下的修飾的核苷酸硫代磷酸酯、膦酸烷基酯、二硫代磷酸酯、烷基硫代膦酸酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯、碳酸酯、磷酸三酯、乙醯胺酯、羧甲基酯及其組合。
23.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括多種修飾，其中所述修飾包括選自以下的修飾的核苷酸肽核酸、鎖核酸(LNA)、類似物、衍生物及其組合。
24.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括選自以下的至少一種修飾的糖部分2』 -O-甲氧基乙基修飾的糖部分、2』 -甲氧基修飾的糖部分、2』 -O-烷基修飾的糖部分、二環的糖部分及其組合。
25.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括多種修飾，其中所述修飾包括選自以下的修飾的糖部分2』-0_甲氧基乙基修飾的糖部分、2』-甲氧基修飾的糖部分、2』 -O-烷基修飾的糖部分、二環的糖部分及其組合。
26.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸長度為至少約5至30個核苷酸並與吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的反義和/或有義鏈雜交，其中所述寡核苷酸與吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的反義和/或有義編碼和/或非編碼核酸序列的至少約五個連續核酸的互補序列具有至少約20%序列同一性。
27.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸與吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸的反義和/或有義編碼和/或非編碼核酸序列的至少約五個連續核酸的互補序列具有至少約80%序列同一性。
28.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸與至少一種吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸雜交並與正常對照相比體內或體外調節其表達和/或功能。
29.如權利要求17所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括如SEQID NO:3至6所列的序列。
30.一種組合物，所述組合物包括對一種或多種吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸有特異性的一種或多種寡核苷酸，所述多核苷酸包括反義序列、互補序列、等位基因、同系物、同種型、變體、衍生物、突變體、片段或其組合。
31.如權利要求30所述的組合物，其中所述寡核苷酸與如SEQID NO:3至6所列的任一種核苷酸序列相比具有至少約40%序列同一性。
32.如權利要求30所述的組合物，其中所述寡核苷酸包括如SEQID NO:3至6所列的核苷酸序列。
33.如權利要求32所述的組合物，其中如SEQID NO:3至6所列的寡核苷酸包括一種或多種修飾或取代。
34.如權利要求33所述的組合物，其中所述一種或多種修飾選自硫代磷酸酯、膦酸甲酯、肽核酸、鎖核酸(LNA)分子及其組合。
35.一種預防或治療至少一種吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸和/或至少一種其編碼的產物相關的疾病的方法，所述方法包括向患者施用治療有效劑量的結合所述至少一種吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的天然反義序列並調節所述至少一種吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸的表達的至少一種反義寡核苷酸；從而預防或治療至少一種吡咯啉-5-羧酸還原酶I (PYCRl)多核苷酸和/或至少一種其編碼的產物相關的疾病。
36.如權利要求35所述的方法，其中至少一種吡咯啉-5-羧酸還原酶I(PYCRl)多核苷酸相關的疾病選自與PYCRl的異常功能和/或表達相關的疾病或病症、結締組織疾病或病症(例如囊性纖維化、心肌纖維化、骨髓纖維化、肝纖維化、間質性肺纖維化、腫瘤纖維化、胰囊性纖維化、肺纖維化、表皮下纖維化、全膀胱壁纖維變性、增殖性纖維化、替代性纖維化、腹膜後纖維化和神經根袖套樣纖維化、成骨不全、埃當症候群、軟骨發育異常、馬方症候群、Alport症候群、家族性主動脈瘤、軟骨發育不全、粘多糖增多症、骨質疏鬆症、骨硬化症、佩吉特氏病、佝僂病、骨軟化症、甲狀旁腺功能亢進、腎性骨病變、骨壞死、骨髓炎、骨瘤、骨樣骨瘤、成骨細胞瘤、骨肉瘤、骨軟骨瘤、軟骨瘤、成軟骨細胞瘤、軟骨粘液樣纖維瘤、軟骨肉瘤、纖維性皮質缺陷、非骨化性纖維瘤、纖維性結構不良、纖維肉瘤、惡性纖維組織細胞瘤、尤因氏肉瘤、原發性神經外胚層瘤、巨細胞瘤、骨關節炎、類風溼性關節炎、強直性脊椎關節炎、賴特爾症候群、銀屑病性關節炎、腸病性關節炎、感染性關節炎、痛風、痛風性關節炎、焦磷酸鈣結晶沉積病、腱鞘囊腫、滑囊囊腫、絨毛結節性滑膜炎、全身性硬化症、杜普伊特倫氏攣縮、紅斑狼瘡、混合性結締組織病、單純性大皰性表皮鬆解、大皰性先天性魚鱗病樣紅皮病(表皮鬆解性角化過度)、非表皮鬆解性和表皮鬆解性掌蹠角化病、Siemens大皰性魚鱗病、先天性厚甲症、白色海綿狀斑痣等)、與結締組織早衰樣變化相關的疾病或病症(例如，皮膚鬆弛症、I型皮膚鬆弛症、2型皮膚鬆弛症、Walt Disney侏儒症常染色體隱性皮膚鬆弛(ARCL)、老年樣皮膚骨發育不良、De Barsy型早衰樣症候群、皺皮症候群等)、與脯氨酸代謝受損相關的疾病或病症、與其中P5CR表達減少的細胞增殖相關的疾病或病症(例如光化性角化病、動脈硬化、動脈粥樣硬化、滑囊炎、肝硬變、肝炎、混合型結締組織疾病(MCTD)、骨髓纖維化、陣發性夜間血紅蛋白尿、真性紅細胞增多、銀屑病、原發性血小板增多和癌症(包括腺癌、白血病、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、肉瘤、畸胎癌，且特別是腎上腺癌、膀胱癌、骨癌、骨髓癌、腦癌、乳腺癌、宮頸癌、膽囊癌、神經節癌、胃腸道癌、心癌、腎癌、肝癌、肺癌、肌肉癌、卵巢癌、胰腺癌、甲狀旁腺癌、陰莖癌、前列腺癌、唾液腺癌、皮膚癌、脾癌、睪丸癌、胸腺癌、甲狀腺癌、子宮癌等))、神經元疾病或病症(例如，靜坐不能、阿爾茨海默病、健忘症、肌萎縮性側索硬化、雙相型障礙、緊張症、腦腫瘤、痴呆、抑鬱症、糖尿病性神經病變、唐氏症候群、遲發性運動障礙、張力障礙、癲癇、亨延頓氏舞蹈病、周圍神經病變、多發性硬化、神經纖維瘤病、帕金森病、偏執型精神病、帶狀皰疹後神經痛、精神分裂症、Tourette病症等)、視網膜變性、與線粒體功能受損和早產兒皮膚老化相關的疾病或病症。
37.一種鑑定和選擇用於體內施用的至少一種寡核苷酸的方法，所述方法包括選擇與疾病狀態相關的靶多核苷酸；鑑定包括與所選靶多核苷酸或與所選靶多核苷酸的反義多核苷酸互補的至少五個連續核苷酸的至少一種寡核苷酸；測量反義寡核苷酸和所述靶多核苷酸或與所選靶多核苷酸反義的多核苷酸在嚴格雜交條件下的雜合體的熱熔點；和基於所獲得的信息選擇用於體內施用的至少一種寡核苷酸。
全文摘要
本發明涉及調節吡咯啉-5-羧酸還原酶1(PYCR1)的表達和/或功能的反義寡核苷酸，尤其是通過靶向吡咯啉-5-羧酸還原酶1(PYCR1)的天然反義多核苷酸。本發明還涉及這些反義寡核苷酸的鑑定和它們在治療PYCR1表達相關的疾病和病症中的用途。
文檔編號A61K48/00GK102844435SQ201180014347
公開日2012年12月26日 申請日期2011年2月21日 優先權日2010年2月22日
發明者J·克拉德, O·霍克瓦舍曼 申請人:庫爾納公司