與鯉魚免疫相關的遺傳標記的製作方法
2023-11-04 03:54:12 2
專利名稱：與鯉魚免疫相關的遺傳標記的製作方法
技術領域：
本發明涉及鯉魚的遺傳標記。
背景技術：
鯉魚是世界範圍內重要的養殖魚類，然而隨著對水產品需求的增加，集約化養殖已成為鯉魚重要的養殖方式，而這種集約化養殖帶來了鯉魚多種疾病的爆發，如皰疹病毒(KHV)、嗜水氣單胞菌(Aeromonas hydrophila)。以皰疫病毒為例,該病毒感染後的鯉魚,其死亡率高達80% 100%。皰疹病毒導致1997 1998年以色列和歐洲錦鯉和鯉魚出現了大批量死亡事件。目前因皰疹病毒而引發的大規模死亡事件幾乎遍布所有的鯉魚主養區，除歐洲和以色列外，在世界多個鯉魚養殖區均爆發過大規模的死亡事件，目前，藥物治療效果甚微，嚴重影響了鯉魚產業的健康、穩定和可持續發展。而且，藥物極易對生態環境造成汙染，因而從長遠看，採用遺傳學方法從遺傳本質上提高鯉魚對病原的抗病，開展抗病育種·具有治本的功效。SNP標記，即單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphism)標記,具有以下優點(I)遺傳穩定，突變率低，受選擇影響小。SNP的突變概率非常低，僅為I X 10_9 5 X 10_9，遠低於微衛星的10_4 10_6。此外，SNP在單個基因或整個基因組中的分布是不均勻的，在非轉錄序列中要多於轉錄序列，而且即使在轉錄區也是非同義突變的頻率較大。因此無論在自然選擇還是人工選擇的過程中，SNP標記都能夠很穩定的遺傳，不受選擇壓的影響。(2)準確性高，方便自動化、高通量檢測。SNP通常只是二等位基因或二態(biallelic)的遺傳變異，即在該位置上存在兩種不同的鹼基，因此判型非常簡單，二進位的形式可以通過計算機實現自動化，大大減少了人為錯誤的發生，提高判型準確性，節約勞動力和成本。據報導在目前大規模SNP檢測的研究中，SNP的判型錯誤率為O. 0001
O.005，並且SNP判型和數據處理技術與軟體發展快速，方便了實驗室互相交流和重複實驗。(3)DNA樣品量要求低。SNP是單鹼基突變，在PCR過程中一般只需要擴增IOObp左右片段長度，因此對DNA樣品量以及樣品的質量要求進一步降低，例如，使用時間飛行質譜(MALDI-T0F)的方法對SNP標記進行分型使用的DNA樣品量只需達到2. 5 5ng即可。因此，提供與鯉魚免疫相關的SNP遺傳標記將對鯉魚的抗病性提高及生物學檢測具有重大意義。
發明內容
本發明提供與鯉魚免疫相關的SNP遺傳標記為鯉魚抗病選育提供充足的標記。本發明與鯉魚免疫相關的遺傳標記I位於鯉魚ctssb. I基因上，DNA序列如SEQ IDNO I所示，其中有25個SNP位點，分別位於該序列的第32、44、329、605、617、722、899、917、947、38、99、119、153、310、507、1235、92、116、317、788、1067、1107、1366、395 和 584 位鹼基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記2位於鯉魚gsk3b基因上，DNA序列如SEQ ID NO 2所示，其中有33個SNP位點，分別位於該序列的第24、50、95、148、223、321、372、416、529、577、675、687、711、794、806、868、47、187、214、291、377、514、615、690、339、398、499、661、803、624、789、666 和 834 位鹼基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記3位於鯉魚arpc3基因上，DNA序列如SEQ ID NO 3所示，其中有10個SNP位點，分別位於該序列的第14、57、602、16、113、149、531、605、669和25位鹼基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記4位於鯉魚Cf 12基因上，DNA序列如SEQ ID NO 4所示，其中有15個5咿位點，分別位於該序列的第68、125、191、254、272、367、71、83、104、141、149、358、170、187 和 200 位鹼基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記5位於鯉魚rasb基因上，DNA序列如SEQ ID NO 5所示，其中有28個SNP位點，分別位於該序列的第7、14、33、191、226、264、283、384、387、418、37、143、44、65、81、205、217、309、356、416、113、151、362、246、289、314、386 和 442 位鹼基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記6位於鯉魚serpincl基因上，DNA序列如SEQ ID NO 6所示，其中有9個SNP位點，分別位於該序列的第952、1310、1532、969、1375、1447、1724、1923和1513位鹼基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記7位於鯉魚itgbla基因上，DNA序列如SEQ ID NO 7所示，其中有8個SNP位點，分別位於該序列的第44、152、357、83、87、231、328和370位鹼基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記8位於鯉魚itgbla基因上，DNA序列如SEQ ID NO 8所示，其中有8個SNP位點，分別位於該序列的第54、135、149、186、195、234、105和246位喊基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記9位於鯉魚Ick基因上，DNA序列如SEQ ID NO 9所示，其中有15個SNP位點，分別位於該序列的第73、277、318、449、112、363、544、143、151、294、422、500、207、416 和 470 位鹼基。與鯉魚免疫相關的遺傳標記10位於鯉魚actba基因上，DNA序列如SEQ ID NO 10所示，其中有13個SNP位點，分別位於該序列的第32、269、410、455、884、1112、1156、1258、39、386、464、584 和 593 位鹼基。免疫相關功能基因及其SNP標記的挖掘是免疫抗病育種研究的重要部分，也是目前魚類分子抗病輔助育種研究的熱點，而由於目前鯉魚免疫功能基因開發主要來源於單個基因的克隆，因而開發的相關SNP標記非常有限，數量僅在100個左右，嚴重製約了鯉魚抗病育種的研究進展。本發明提供了鯉魚多個免疫相關基因DNA區域內的156個SNP標記，為鯉魚抗病選育提供充足的標記。隨著分子生物學技術的快速發展，作為與性狀直接相關的SNP標記是保護遺傳學、進化遺傳學及分子標記輔助育種的最重要的標記。尤其在動物的選擇育種上，是提高育種效率的重要手段。免疫相關功能基因SNP標記是目前魚類分子抗病輔助育種研究的重要標記，本專利通過生物信息學方法調取鯉魚免疫相關功能基因，並挖掘了批量免疫相關基因SNP標記，該標記將對目前大規模頻繁爆發的鯉魚抗病選育提供充足的標記，同時也將對該物種進行保護遺傳學、進化遺傳遺傳學等研究具有重要的作用。可以根據本發明的與鯉魚免疫相關的遺傳標記直接進行免疫抗病相關性研究；也可以選取其中的部分片段(約50bp)製成基因晶片用於鯉魚抗病相關標記的檢測和篩選研究。與轉錄組資料庫(鏡鯉、興國紅鯉、黃河鯉及荷包紅鯉4種鯉魚腦、皮膚、鰓、血液、腎和肌肉6個組織樣品的轉錄組資料庫，ncbi登錄號SRA050545)進行比對，本發明10個與鯉魚免疫相關的基因均存在於鯉魚基因組，且序列準確無誤；本發明遺傳標記所在基因均與免疫調控和應答相關。
具體實施例方式本發明技術方案不局限於以下所列舉具體實施方式
，還包括各具體實施方式
間的任意組合。
具體實施方式
一本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記位於鯉魚ctssb. I基因上，DNA序列如SEQ ID NO :1所示，其中有25個SNP位點，分別位於該序列的第32、44、329、605、617、722、899、917、947、38、99、119、153、310、507、1235、92、116、317、788、1067、1107、1366、395和584位鹼基。本實施方式該序列的第32、44、329、605、617、722、899、917和947位鹼基為SNP位點 Y(C 或 T);第 38、99、119、153、310、507 和 1235 位鹼基為 SNP 位點 R(A 或 G);第 92、116、317、788、1067、1107和1366位鹼基為SNP位點W(A或T);第395和584位鹼基為SNP位點S (G 或 C)。
具體實施方式
二 本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記位於鯉魚gsk3b基因上，DNA序列如SEQ ID NO 2所示，其中有33個SNP位點，分別位於該序列的第24、50、95、148、223、321、372、416、529、577、675、687、711、794、806、868、47、187、214、291、377、514、615、690、339、398、499、661、803、624、789、666 和 834 位鹼基。本實施方式該序列的第24、50、95、148、223、321、372、416、529、577、675、687、711、794,806 和 868 位鹼基為 SNP 位點 Y(C 或 T);第 47、187、214、291、377、514、615 和 690 位鹼基為SNP位點R(A或G);第339、398、499、661和803位鹼基為SNP位點M(A或C);第624和789位鹼基為SNP位點S (G或C);第666和834位鹼基為SNP位點K (G或T)。
具體實施方式
三本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記位於鯉魚arpc3基因上，DNA序列如SEQ ID NO :3所示，其中有10個SNP位點，分別位於該序列的第14、57、602、16、113、149、531、605、669 和 25 位鹼基。本實施方式該序列的第16、113、149、531、605和669位鹼基為SNP位點Y(C或T)；第14、57和602位鹼基為SNP位點R(A或G);第25位鹼基為SNP位點S (G或C)。
具體實施方式
四本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記位於鯉魚cfl2基因上，DNA序列如SEQ ID NO 4所示，其中有15個SNP位點，分別位於該序列的第68、125、191、254、272、367、71、83、104、141、149、358、170、187 和 200 位鹼基。本實施方式該序列的第68、125、191、254、272和367位鹼基為SNP位點Y (C或T)；第71、83、104、141、149和358位鹼基為SNP位點R(A或G);第170、187和200位鹼基為SNP位點S (G或C)。
具體實施方式
五本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記位於鯉魚rasb基因上，DNA序列如SEQ ID NO 5所示，其中有28個SNP位點，分別位於該序列的第7、14、33、191、226、264、283、384、387、418、37、143、44、65、81、205、217、309、356、416、113、151、362、246、289、314、386 和 442 位鹼基。本實施方式該序列的第44、65、81、205、217、309、356和416位鹼基為SNP位點Y(C或 T);第 7、14、33、191、226、264、283、384、387 和 418 位鹼基為 SNP 位點 R(A 或 G);第 37 和143位鹼基為SNP位點M(A或C);第246、289、314和386位鹼基為SNP位點S(G或C);第113、151和362位鹼基為SNP位點W(A或T);第442位鹼基為SNP位點V(A或G或C)。
具體實施方式
六本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記位於鯉魚serpincl基因上，DNA序列如SEQ ID NO :6所示，其中有9個SNP位點，分別位於該序列的第952、1310、1532、969、1375、1447、1724、1923 和 1513 位鹼基。
本實施方式該序列的第1447、1724和1923位鹼基為SNP位點Y(C或T);第1375位鹼基為SNP位點R (A或G);第952、1310和1532位鹼基為SNP位點M (A或C);第1513位鹼基為SNP位點S (G或C) ；969位鹼基為SNP位點K (G或T)。
具體實施方式
七本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記位於鯉魚itgbla基因上，DNA序列如SEQ ID NO 7所示，其中有8個SNP位點，分別位於該序列的第44、152、357、83、87、231、328 和 370 位鹼基。本實施方式該序列的第83、87、231、328和370位鹼基為SNP位點Y(C或T);第44、152和357位鹼基為SNP位點R(A或G)。
具體實施方式
八本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記位於鯉魚itgbla基因上，DNA序列如SEQ ID NO 8所示，其中有8個SNP位點，分別位於該序列的第54、135、149、186、195、234、105 和 246 位鹼基。本實施方式該序列的第105和246位鹼基為SNP位點Y(C或T);第54、135、149、186、195和234位鹼基為SNP位點R(A或G)。
具體實施方式
九本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記9位於鯉魚Ick基因上，DNA序列如SEQ ID NO :9所示，其中有15個SNP位點，分別位於該序列的第73、277、318、449、112、363、544、143、151、294、422、500、207、416 和 470 位鹼基。本實施方式該序列的第143、151、294、422和500位鹼基為SNP位點Y(C或T);第73、277、318和449位鹼基為SNP位點R(A或G);第470位鹼基為SNP位點M(A或C);第112、363、544位鹼基為SNP位點S(G或C);第207和416位鹼基為SNP位點ff(A或T)。
具體實施方式
十本實施方式與鯉魚免疫相關的遺傳標記10位於鯉魚actba基因上，DNA序列如SEQ ID NO 10所示，其中有13個SNP位點，分別位於該序列的第32、269、410、455、884、1112、1156、1258、39、386、464、584 和 593 位鹼基。本實施方式該序列的第32、269、410、455、884、1112、1156和1258位鹼基為SNP位點Y(C或T);第39位鹼基為SNP位點M(A或C);第593位鹼基為SNP位點S(G或C);第386、464和584位鹼基為SNP位點W(A或T)。
權利要求
1.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID N0:1所示，其中有 25 個 SNP位點，分別位於該序列的第 32、44、329、605、617、722、899、917、947、38、99、119、153、310、507、1235、92、116、317、788、1067、1107、1366、395 和 584 位鹼基。
2.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO :2所示，其中有33個5冊位點，分別位於該序列的第24、50、95、148、223、321、372、416、529、577、675、687、711、794、806、868、47、187、214、291、377、514、615、690、339、398、499、661、803、624、789、666 和 834 位鹼基。
3.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO :3所示，其中有10個SNP位點，分別位於該序列的第14、57、602、16、113、149、531、605、669和25位喊基。
4.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO :4所示，其中有15個5咿位點，分別位於該序列的第68、125、191、254、272、367、71、83、104、141、149、358、170、187 和 200 位鹼基。
5.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO :5所示，其中有28個SNP位點，分別位於該序列的第7、14、33、191、226、264、283、384、387、418、37、143、44、65、81、205、217、309、356、416、113、151、362、246、289、314、386 和 442 位鹼基。
6.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO :6所示，其中有9個SNP位點，分別位於該序列的第952、1310、1532、969、1375、1447、1724、1923和1513位鹼基。
7.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO :7所示，其中有8個SNP位點，分別位於該序列的第44、152、357、83、87、231、328和370位鹼基。
8.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO :8所示，其中有8個SNP位點，分別位於該序列的第54、135、149、186、195、234、105和246位鹼基。
9.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO :9所示，其中有15個SNP位點，分別位於該序列的第73、277、318、449、112、363、544、143、151、294、422、500、207、416 和 470 位鹼基。
10.與鯉魚免疫相關的遺傳標記，其特徵在於該遺傳標記DNA序列如SEQID NO: 10所示，其中有13個3冊位點，分別位於該序列的第32、269、410、455、884、1112、1156、1258、39、386、464、584 和 593 位鹼基。
全文摘要
與鯉魚免疫相關的遺傳標記，它涉及鯉魚的遺傳標記。本發明提供與鯉魚免疫相關的SNP遺傳標記為鯉魚抗病選育提供充足的標記。與鯉魚免疫相關的遺傳標記DNA序列如SEQ ID NO1～10所示。本發明可用於水產生物工程領域。
文檔編號C12N15/11GK102936595SQ20121047991
公開日2013年2月20日 申請日期2012年11月23日 優先權日2012年11月23日
發明者賈智英, 徐鵬, 石連玉, 李池陶, 許建, 李炯堂, 李盛文, 柏盈盈, 張曉峰, 孫效文, 胡雪松 申請人:中國水產科學研究院黑龍江水產研究所