包含法呢烷和法呢烷衍生物的燃料組合物及其製備和使用方法

2023-08-06 09:40:11

專利名稱：：包含法呢烷和法呢烷衍生物的燃料組合物及其製備和使用方法
技術領域：
：除了別的以外，本發明包括柴油燃料和噴氣燃料等燃料組合物。具體地，本發明包括包含法呢烷的燃料組合物，以及製備和使用該種燃料組合物的方法。在某些實施方案中，本發明包括穩定的燃料組合物，其包含簡單有效地生成的、至少部分來自微生物的法呢烷。在某些實施方案中，本發明包括包含高濃度生物工程化法呢烷的燃料組合物。
背景技術：
：在過去幾十年來，由於對石油價格不斷上漲、迫切的供應限制以及全球二氧化碳排放量上升的擔憂，生物生產的燃料("生物燃料")受到了諸多關注。與諸如石油和煤等不可再生的天然能源不同，生物燃料來自於可再生的天然來源，通常為活的有機體及其代謝副產物、迄今為止，適用於柴油發動機等內燃機的生物燃料通常來自於植物油。所謂的第一代"生物柴油"通常為由植物油轉酯形成的C16-Cw脂肪酸甲酯。最近，通過如NExBTL工藝(披露於W(:)206/75057)等新型工藝生產了第二代"生物柴油"，其通過氯化植物油或動物脂肪以獲取相應的烷烴或石蠟':.由於該起始原料的性質，兩種方法均生成了可能隨批次變化的複雜的不均勻的產品混合物。這種產品的變化性使得生產具有特定規範或要求的燃料變得比較複雜。因此，需要燃料添加劑和燃料組分來製備燃料組合物，並需要能用於例如柴油發動機和噴氣發動機的可簡單製備並具有可再生性的燃豐f組分。發明概述本發明提供了包含類異戊二烯或其衍生物的燃料組合物、燃料組分或燃料添加劑，及其製備和使用方法。這些組合物的實施方案被認為能夠滿足上述需求。更特別地，類異戊二晞及其衍生物可用作該燃料組合物中的燃料組分。在某些實施方案中，該類異戊二烯或其衍生物可被用作該燃料異戊二烯及其衍生物可從微生物(包括生物工程化微生物)製備得到。本發明所公開的燃料組合物可用作內燃機，如汽油發動機、柴油發動機和噴氣發動才'L的燃-料。在某些實施方案中，本發明包括含有一種或多種生物工程化燃料組分的柴油燃料。在某些實施方案中，本發明包括含有--種或多種生物工程化燃料組分的噴氣燃料。在這些實施方案中，該生物工程化燃料組分可由任意能夠生成該生物工程化燃料組分的微生物，例如遺傳工程化微生物、野生型微生物或選擇的其菌抹生成。在某些實施方案中，該生物工程化燃料組分為本發明所公開的類異戊二烯或其衍生物。在某些實施方案中，所述生物工程化燃料組分可來自容易獲得的、可再生的材料。令人注目的是，本發明從而提供了容易獲得的、可再生的能源，以及使用它們進行能量生產的方法。在某些實施方案中，該生物工程j匕燃料組分可來自糖，例如單糖或二糖。在某些其它實施方案中，所述生物工程化燃料組分可來自容易獲得的非發酵性碳源，例如醋酸鹽或甘油。圖1是生成異戊烯基焦磷酸("〖PP")的甲羥戊酸("MEV")途徑的示意圖。圖2是生成IPP和二甲基丙'陣焦磷酸脂("DMAPP")的DXP途徑的示意圖,,:Dxs為1-脫氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶;Dxr為卜脫氧-D-木酮糖-5-磷酸還原異構酶(也稱為IspC);Isp:D為4-二磷酸胞啶基-2C-甲基-D-赤藻糖醇合成酶；IspE為4-二磷酸胞啶基-2C-甲基-D-赤藻糖醇合成酶；1spF為2C-甲基-D-赤藻糖醇2，4-環二磷酸合成酶；IspG為1-羥基-2-甲基-2-(E)-T烯基—4-二磷酸合成酶(I:spG);ispH為異戊烯基/二甲基蹄丙基二磷酸合成酶。圖3顯示了表達質粒pAM97的圖譜。圖4顯示了表達質粒pAM48的圖譜。圖5顯示了表達質粒pAM424的圖譜。圖6A-E顯示了載體pAM489的ERG20-PGAL-tHMGR插入物、載體pAM49:l的ERG13-PGA,tHM:GR插入物、栽體pAM:493的IDII-PGAL4HMGR插入物、載體pAM495的E.RG10-PGAL-ERG12插入物、以及載體pAM.497的ERG8-PGAL-ERG19插入物的圖譜。圖7顯示了表達質粒pAM373和pAM342的圖譜。圖8顯示了表達質粒pAM44的圖譜。圖9顯示了來自BPWhiting煉油廠的2號柴油以及5%、2《)％和50%法呢烷(AMD-2)與該燃料的混合物的ASTM[)975測試數據,圖10顯示了來自BPCarson煉油廠的滿足美國加外'!空氣資源理事:會(Ca:lioraiaAirResourcesBoard)要求的柴油燃料(CAR:B燃料)以及5%、2%、50%和65%法呢烷混合物(AMD-200與該燃料)的ASTMD975測試數據。CARB燃料的該具體樣本不包含通常存在於CARB燃料中的潤滑增強劑。圖11A-B顯示了與不同量法呢烷(AMD-200)混合的2號柴油和CARB柴油的蒸餾曲線。定義由ASTM國際公布的ASTMD975規範對在美國使用的不同等級柴油燃料提出了一些最低驗收要求。例如，2-D級超低疏柴油燃料應具有以重量計最大.5%的疏含量(根據ASTMD2622測試)，以重量計最大.(:),〗％的灰分含量(根據ASTMD482測試)，最小為40的十六烷值(根據ASTMD6079測試)，在4(rC下從1.9eSt至2.4cSt的粘度(根據ASTMI:)445測試)，以及最小為52i:的閃點。日本和歐洲對於等級相當的柴油燃料具有與美國類似的柴油燃料規範。例如，日本的JISK2204中，2級柴油燃料應在4(rC:下'具有2.0cSt的最低粘度，具有以重量計最大0.5%的硫含量，以及最小為45的十六烷值。與之相應地，在歐洲的CEN590中，A-F級柴油燃料應在40"C下具有2.0cSt至4.5cSt的粘度，具有以重量計最大0.05%的疏含量，以及最小為49的十六烷值。在一些實施方案中，本發.明所公開的燃料組合物滿足上述屬性的至少一個或全部。由ASTM國際公布的ASTMD1655規範對.letA提出了一些最低驗收要求o"灰分含量"指柴油燃料在ASTMD482所述的條件下燃燒後剩餘的殘留物的數量。"生物柴油"指各種來自生物來源(例如植物油或動物脂肪)的柴油燃料。生物柴油主要指烷基酯的混合物，包括由油和甲醇轉酯後得到的脂肪酸甲酯。儘管大豆油是生物柴油的最大來源，但來自其它植物或動物脂肪的油"生物工程化燃料組分"指至少部分由宿主細胞，包括任意的古細菌、細菌或真核細胞生成的燃料組分。"生物燃料"指來自於生物量(biomass)(即存活的有機體或其代謝副產物，例如牛的肥料)的任意燃料。與其它天然來源如石油、煤和核燃料不同，它是一種可再生能源。"C15類異戊二烯起始原料"指法呢基焦磷酸("FPP")或能夠由:F:PP衍生的化合物。"十六烷值"指在ASTM:D613所述的條泮下燃料開始燃燒(自燃)的容易度。具有高十六烷值的燃料會在注入圓筒後短時間內燃燒，它具有短著火延遲期。相反地，具有低十六烷值的燃料不易自燃，其具有較長的著火延遲期。"濁點"指在ASTMD2500所述的條件下冷卻時燃料樣衣中首次出現蠟晶濁斑的溫度。"冷濾堵塞點"(CFPP)指燃料在設定時間段內首次無法通過鐵絲網時的溫度的大約指示。ASTMD6371測試模擬了燃料系統中冷卻的燃料通過過濾器的流動。因此，CF:PP是燃料的動力學冷流屬性的量度。"柴油燃料"指適用於柴油發動機的燃料，在柴油發動機中該燃料髙壓下經空氣加熱引燃。柴油燃料的類別包括具有較大分予量範圍的烴類。在一些實施方案中，本發明的柴油燃料包括包含至少15個碳的烴一在其它實施方案中，本發明的柴油燃料包括包含至少15個碳的烴、包含至少3個碳的醇、包含至少10個碳的脂肪酸酯，及其混合物。柴油燃料的類型包括但不限於石油柴油、生物柴油、生物工程化柴油或其混合物。柴油燃料還可從合成燃料，例如頁巖油或Fischer-Tropsch燃料，如由合成氣和煤液化物衍生的燃料中獲得。或其立體異構體。在--些實施方案中，法呢烷包括基本純的法呢烷立體異構體。在其它實施方案中，法呢烷包括法呢烷的立體異構體(例如對映異構體和非對映異構體)的混合物。在進一步的實施方眾中，法呢烷混合物中的每種立體異構體的量獨立地佔該法呢烷混合物總重的約0,1wt.M至約99.9wt,%、約0.5wt.(^至約99.5wt.%、約1wt，o至約99wt.%、糹勺5wt，o至約95wt.%、約10wt.。/o至約卯wt.(K,、約20、1.%至約80wt,%。"a-法呢晞"指具有下式的化合物法呢烷"指具有式(III)的化合物:或其立體異構體。在一些實施方案中，a-法呢烯包括基本純的a-法呢烯立體異構體。在其它實施方案中，a-法呢烯包括立體異構體(例如，順式-反式異構體)的混合物。在進一步的實施方案中，a-法呢蹄混合物中的每種立體異構體的量獨立地佔該a-法呢烯混合物總重的約0.1wt,o/o至約99.9wt.%、約0.5wt，o至約99.5wt.%、約1wH至約99wt.%、約5wH至約95wt%、約10wU至約90wt.%、約20wt.%—￡約80wt.%。"(3-法呢烯"指具有下式的化合物"或其立體異構體。在一些實施方案中，P-法呢烯包括基本純的j3-法呢烯立體異構體。在其它實施方案中，(3-法呢蹄包括立體異構體(例如，順式-反式異構體)的混合物。在進一步的實施方案中，P-法呢烯混合物中的每種立體異構體的量獨立地佔該(3-法呢烯混合物總重的約0.1wt.W至約99.9wt.%、約0.5vvt.o/o至約99.5wt.%、約1\\化.％至約99wt.%、約5wt/i至約95wt,%、約10wt，。至約90wt.%、約20wt，。至約80wt,%。"閃點"指在ASTMD93所述的條件下應用火源使得柴油燃料上的蒸汽燃燒的最低溫度。"燃料"指--種或多種烴、一種或多種醇、一種或多種脂肪酸酯或其混合物。優選地，可使用液體烴。燃料可用於嚮往復發動機(例如，汽油發動機和柴油發動機)、Wankel發動機、噴氣發動機、一些火箭發動機、飛彈發動機、以及燃氣渦輪發動機等內燃機提供動力。在一些實施方眾中，燃料通常包含烷烴、環烷烴和芳香烴等烴類的混合物。在一些實施方案中，燃料包括本發明所公開的一種或多種Qs類異戊二烯化合物。''燃料添加劑"指向燃料中添加以改變該燃料的性質(例如，提高發動機性能、燃料處理、燃料穩定性、或汙染控制)的微量燃料組分，如化學組分。添加劑的類型包括但不限於抗氧化劑、熱穩定性改進劑、十六垸值增進劑、穩定劑、低溫流動性改進劑、助燃劑、消泡劑、消光霧添加劑、緩蝕劑、潤滑性能改進劑、防冰劑、噴射器清潔添加劑、防煙劑、減阻添加劑、金屬減活劑、分散劑、清潔劑、反乳化劑、染料、標記物、防靜電劑、殺蟲劑及其組合。術語"常規添加劑"指除了本發明的類異戊二烯化合物外，本領域技術人員已知的燃4+添加劑，例如上述燃料添加劑。"燃料組合物"指包含至少兩種燃料組分的燃料。"燃料組分"指用於配製燃料組合物的任意化合物或化合物的混合物。存在"主要燃料組分"和"次要燃料組分"。主要的燃料組分在燃料組合物中至少佔50%的體積；而次要燃料組分在燃料組合物中的比例小於50%。燃料添加劑為次要燃料組分。本發明所公開的類異戊二烯其自身或與其它燃料組分的混合物可作為主要組分或次要組分。"類異戊二烯"和"類異戊二歸化合物"在此可互換，並指由異戊蹄基焦磷酸("IPP")衍生的化合物。"初滯點"和"終沛點"指蒸餾曲線中的點，其與樣本中被加熱樣本而逐漸升高的溫度除去的部分相關。初始沸點是第--滴液體離開冷凝器時的沐點溫度，而終沛點是最後一滴液體離開冷凝器時的沸點溫度。當樣本由單個組分組成時，該初和終沸點相同，並被稱為"沐點"。ASTM標準D86是測定燃料蒸餾曲線的常用步驟。"噴氣燃料"指適合在噴氣發動機中使用的燃料。"煤油"指通常在大氣壓下150"(:〕和275"C之間的石油(也稱為"原油")的特定蒸餾組分。原油主要由石蠟族、環烷和芳香族的烴組成:，"潤滑性"指柴油燃料在ASTMD6079所述的條件下進行高壓滾動點接觸的金屬間接觸過程中對發動機元件提供更有效磨損保護的能力的量度。"石油柴油"指通常在大氣壓下120。C和380°C之間的石油的特定蒸餾組分。在另一實施方案中，石油柴油為1個大氣壓下15"C和37(rc之間的石油的蒸餾組分。"傾點"指燃料可注入容器或從容器移出或者可通過管道流動的最低溫度的大概指示，傾點可在ASTMD97所迷的條件下測定。傾點是確定燃料在較冷氣候下的有用性和適用性的特徵之一c"基本純的"化合物的組合物指基本不含一種或多種其它化合物的組合物，即基於該組合物的總體積或總重，該組合物包含大於80%、大f90%、大於95%、大於96%、大於97%、大於98%、大於99%、大於99.5%、大於99.6%、大於99,7%、大於99.8%、大於99.9%的該化合物，或者包含小f.1%的--種或多種其它化合物。"基本不含"一種化合物的組合物指基於該組合物的總體積或總重，包含少於20%、少於1%、少於5%、少於4%、少於3%、少於2%、少亍1%、少於0.5%、少於0.1%、或少於0.01%的該化合物的組合物。除了上述定義外，本發明所述的某些化合物具有一個或多個雙鍵，其可以作為一種或多種立體異構體(例如順式異構體、反式異構體、E異構體和Z異構體)存在。在某些實施方案中，這些作為單獨立體異構體的化合物基本不含其它立體異構體。在某些其它實施方案中，這些化合物為各種立體異構體的混合物。"Tx"指根據A.STM::[)-86(在此通過引用併入本文)，燃料組合物的原始體積的xM被蒸餾時的蒸餾溫度。例如，"Ti"、"T5"和"T90"指根據ASTMD86，該燃料組合物的原始體積的10%、50%和90%分別被蒸餾時的蒸餾溫度。"T-iO"、"T50"和'T90"還分別被稱為10vol,M溫度、50vo!.^溫度和90voH溫度。在下文的描述中，本發明所公開的所有數值均為大約值，不論其是否連接了"大約"或"約"等詞。數值可能有1%、2%、5%或有時為10-2%的變化。當公開的數值範圍具有下限R1'和上限Ru時，則該範圍內的任意數值都被特別地公開。具體地，在該範圍內的下列數值被特別地公開R=RL+k*(Ru-RL)，其中k為1%至100%範圍內以1%遞增的變量，即k為1%、2%、3%、4%、5%、5%、…、50%、51%、52、…、95%、96%、97%、98%、99或100%。此外，還特別地公開上文所述的由兩個R值定義的任意數值範圍。具體實施方案本發明的實施方案提供了包含作為主要或次要燃料組分的一種或多種(:15類異戊二烯化合物的燃料組合物。本發明可使用任意cl5類異戊二烯化合物。在一些實施方案中，該cl5類異戊二烯中的每一個具有式(i)和(n)之其中Z為H、(:)-r、或(:)-c(-)R;R為:H、烷基、環烷基、芳基、*或芳烷基。在一些實施方案中，Z為O-R或O-C(=)R;R為(；(::6烷基。在其它實施方案中，z為(:)-R或(:)-C(K))R，其中R為甲基。在其它實施方案中，Z為-:R或0-C(=)R，其中R為乙基。在其它實施方案中，該c15類異戊二歸化合物為法呢烷，即式(:i:)或(n)的z為h。在一組實施方案中，所述類異戊二烯化合物為:(i)其中Z如上文定義。在另一組實施方案所述類異戊二烯化合物為(ii)其中Z如上文定義,在另一組實施方案中，所述類異戊二烯化合物為具有下式的種化合物-種或多formulaseeoriginaldocumentpage23其中Z如上文定義。式(1-a)、(I-b)、(I-c)和(i-d)是式(I)的四種可能的立體異構體，而式(n)是式(n-a)、(II-b)、(U-c)和(n-d)的四種可能的立體異構體。在另一組實施方案中，所述類異戊二埽化合物為(川)或其立體異構體在另一組實施方案中，所述類異戊二烯化合物為(IV)或其立體異構體，其中R採用前述定義,在另一組實施方案中烷基。在另一組實施方案中，R為甲基。在另一組實施方案中，在另一組實施方案中，所述類異戊二烯化合物為R為C,.C;R為乙基。或其立體異構體，其中R採用前述定義,:烷基。在另一組實施方案中，R為甲基。在另一組實施方案中，所述類異戊—(V)在另一組實施方案中在另一組實施方案中:R為(V(—:3R為乙基。-烯化合物具有式(川)，(IV)或(V):或其中R為烷基，例如甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、叔丁基、以及線性或帶支鏈的戊基、己基、庚基、四癸基、六t基、八癸基、二十烷基、二辛基、壬基、癸基、十二烷基、.十二烷基等。在其它實施方案中該類異戊二烯化合物包含式(ni)、(:[v)或(v)的混合物,在另一組實施方案中，所述類異戊二蹄化合物包含具有式(m)、(iv)或(V)的至少兩種不同的化合物formulaseeoriginaldocumentpage25或其立體異構體，其中R為Ci乂〕5烷基，該兩種化合物存在的量分別至少佔該燃料組合物總重或總體積的約5%。在另一組實施方案中，所述類異戊二蜂化合物為如下其中之一formulaseeoriginaldocumentpage25其中R.如上文定義。式(ni-a)、(in-b)、(in-c)和(ni-d)是式(m)的四種可能的立體異構體。式(rv-a)、(:[v-b)、(iv-c)和(:rv-d)是式(i:v)的四種可能的立體異構體。式(V-a)、(V-b)、(V-c)和(V-d)是式(V)的四種可能的立體異構體。所述燃料組合物中的每一種類異戊二蜂化合物均能作為燃料組分，在與氧氣等氧化劑進行化學反應時釋放能量；或可作為燃料添加劑，改變該燃料組分的性能或屬性。在一些實施方案中，該類異戊二烯化合物佔該燃料組合物的總重或總體積至少約2%、至少約3%、至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約80%、或至少約9%。在其它實施方案中，該類異戊二烯化合物佔該燃料組合物的總重或總體積最多約5%、最多約U)%、最多約15%、最多約20%、最多約25%、最多約30%、最多約35%、最多約4(》％、最多約45%、最多約50%、最多約60%、最多約70%、最多約80%、或最多約90%。在進一步的實施方案中，該類異戊二烯化合物佔該燃料組合物的總重或總體積約2%至約99%、約2.5%至約95%、約5%至約9%、約7.5%至約85%、約；0%至約8%、約15%至約8%、約20%至約75%、或約25%至約75%。在一些實施方案中，所述Ci5類異戊二蹄化合物衍生自生物工程化Cl5類異戊二烯起始原料。在某些實施方案中，該生物工程化C!5類異戈二烯起始原料可通過宿主細胞將碳源轉化為C15類異戊二歸起始原料製備得到。在其它實施方案中，所述碳源為糖，例如單糖、二糖或其一種或多種組合。在某些實施方案中，該糖為能夠支持本發明所提供的一種或多種細胞生長的單糖。該單糖為本領域技術人員已知的任意單糖。部分適用的單糖的非限制性範例包括葡萄糖、半乳糖、甘露糖、果糖、核糖及其組合。適用的二糖的一些非限制性範例包括蔗糖、乳糖、麥芽糖、海藻糖、纖維二糖及其組合。在其它實施方案中，所述碳源為多糖。適用的多糖的一些非限制性範例包括澱粉、糖原、纖維素、幾丁質及其組合。在其它實施方案中，所述碳源為不可發酵的碳源。合適的不可發酵碳源的一些非限制性範例包括乙酸酯或鹽和甘油。在其它實施方案中，所述燃料組合物可進一步包含來自於石油、煤、木材或任意其它烴類來源的常規燃料組分。常規燃料組分的示範性範例包括柴油燃料、噴氣燃料、煤油、汽油、以及Fischer-Tropsch衍生燃料。在一些實施方案中，該常規燃料組分來自石油或煤油。在特定實施方案中，該燃料組分為柴油燃料、噴氣燃料、煤油、汽油、或其組合，或者包含柴油燃料、噴氣燃料、煤油、汽油、或其組合。在其它實施方案中，該燃料組分為蒸餾柴油燃料或者包含蒸餾柴油燃料。在進一步的實施方案中，該燃料組分的量佔該燃料組合物的總重量或總體積的至少1%、至少2%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、或至少卯％。在進一步的實施方案中，該燃料組分的量佔該燃料組合物的總重量或總體積最多10%、最多20%、最多30%、最多40%、最多50%、最.多60%、最多70%、最多80%、或最多90%。在一些實施方案中，所述燃料組合物可進一步包舍常規燃料添加劑。該一種或多種添加劑的性質和量取決於最終燃料組合物的目標用途。在某些實施方案中，所述燃料組合物預期用於柴油發動機.美國檢測與材料學會(ASTM)將柴油燃料分為三個大組。對這些燃料進行分類的需求源於柴油發動機的不同用途，該柴油發動機被設計成可用其中一種標準柴1-I)號為輕餾分，與煤油類似，可用於需要頻繁變化負荷和速度的發動機(例如，卡車、拖拉機發動機)。該燃料具有大於38T的閃點，最大十六烷值為40。該燃料特別適用於寒冷天氣下的運轉。2-D號是中餾分燃料，具有比1-D號更低的揮發性和更高的密度。該燃料可用於更重型的發動機，例如，鐵路發動機，其可比1-D號在使用中得到勻速但更高負荷的運轉。其閃點大於52。C,最小十六烷值為40。4-1〕號是重餾分燃料，其具有三種柴油燃料中最高的密度和最低的揮發性。它可用於能在持續負荷下運轉的低和中速發動機，例如船用發動機和發電機。其閃點大於55T,最低十六烷值為3.,高級柴油燃料為滿足或超過了國家度量衡公會(NCWM)或發動機製造商協會(EMA)之一的高級柴油定義的柴油燃料。一般而言，柴油燃料為數千種個體化合物的複雜混合物。這些化合物中多數為C,(rC22烴類，且通常為石蠟族、環烷(環石蠟族)和芳香族烴類。普通的石蠟指具有直碳鏈的烷烴(由氫和碳組成)。柴油燃料在1個大氣壓下通常具有390至715。1'，(200至380"C)的蒸餾區間和0.760至0.935範圍內的比重,除了這些性質，柴油燃料應含有<1wt.M的疏、<0.1wt.%的灰分、<0.5vol.M的水和沉積物，並具有大於55t:的閃點。柴油燃料品質可根據十六烷值(通常在30至60範圍內)進行表徵。高十六烷值表示該發動機易於發動並平穩運轉的潛力。該十六烷值與汽車發動機十六烷值類似，其中十六烷(正十六烷，(:16:〖134)具有指定值io。在該等級的另一端，十六烷的異構體七甲基壬烷具有指定值。柴油燃料的十六烷值可通過與十六烷和七甲基壬烷的混合物進行比較來測定。它對應於具有該燃料相同的燃燒性質的十六烷-七甲基壬烷混合物中十六烷的體積份數的值。一般而言，普通柴油燃料具有高於20wH的芳族含量，數百ppm.或更高的疏含量。它們可進一步包含額外的氧和/或氮雜質。為獲得所需的柴油燃料，普通柴油燃料通常需要進行轉化，其中該普通柴油燃料中的芳香烴被轉化為非芳香烴，例如，環石蠟。這通常可通過將普通柴油燃料在氫化催化劑存在下進行氫化得以實現。也可採用其它的轉化方法。通常而言，原油經簡單蒸餾生成的"直餾"柴油燃料具有較低的芳香烴含量。然而，通過催化裂化殘油提高汽油和柴油生成可導致芳香族含量的上升。典型的蒸餾柴油可包含20至25%體積的芳香烴，而混合了催化裂化的原料的柴油可具有40至50%的芳香烴。本發明所公開的燃料組合物的芳香烴含量佔該燃料組合物的總體積小於約50vol.%、約45voL。/"約40vol.%、約35vo1.%、約30vo1.%、約25vo1.%、或約20vol.%。在一些實施方案中，該燃料組合物的芳香烴含量佔該燃料組合物的總體積小於約15vol.%、小於約10vol.%、小亍約5vol.%、小於約2.5vol.0/"或小於約1vol.%。在其它實施方案中，該燃料組合物基本不含芳香族烴。芳香烴具有較差的自燃品質，因此含有高比例芳香烴的柴油燃料通常具有較低的十六烷值。直餾柴油的典型十六烷值在50至55範圍內，高芳香烴柴油燃料的十六烷值通常在40至45範圍內，甚至可能更低。這可能由亍著火延遲而引發冷啟動的困難，並提高燃燒噪音。為了減少本發明所述的燃料組合物的疏含量，可採用脫疏工藝減少該燃料組合物中的柴油燃料組分和/或可採用更高的類異戊二烯化合物量。任意脫疏方法可用於本發明的實施方案。還可使用其它脫氧和/或氮的步驟，以獲得所需的柴油燃料。美國專利號5,611,912、5,068,025、4,746,420和4,675,102披露了可用於本發明的實施方案中的氫化和/或脫硫工藝。所有前述專利的披露內容在此全文通過引用併入本文。本發明所公開的燃料組合物可具有或可製備成具有佔該燃料組合物總重少於約500ppni、約100ppra、約50ppm、約30ppm、糹令20ppm、或約15ppm的疏含量。在其它實施方案中，該燃料組合物的疏含量少於約H:)ppm。在其它實施方案中，該燃剩組合物基本不含疏。規範。僅在美國還採用了稱為JetA的一種JetA-1類型。在民航中常用的另一種噴氣燃料被稱為Jet:B。JetB是石油腦-煤油(naptha-kerosene)領域的一種因其寒冷天氣性能而被使用的點火器燃油。JetB的蒸餾範圍通,在140至460。F(:50至250°C)。JetA、JetA-1和JetB在ASTM規範D.1655-68中有具體說明。替代性地，噴氣燃料可採用JP編號系統在全世界進行軍用分類。部分幾乎與其民用對象一致，僅在少量添加劑的量上有所區別。例如，JetA-1與JP-8類似，而JetB與JP-4類似。或者，噴氣燃料也可被分類為煤油型或石油腦型。煤油型噴氣燃料的一些非限制性範例包括JetA、JetA1、JP-5和JP-8。石油腦型噴氣燃料的一些非限制性範例包括JetB和JP-4。在其它實施方案中，當燃料組合物包含式(m)或式(i)或式(ii)(其中Z為H)時不包含根據ASTM規範D1655-68的JetB。JetA是美國自1950年以來使用的標準噴氣燃料類型。除了-4(rC的更高凍點外，JetA與Jet-A1類似。與JetA-〗類似，JetA具有最低38"C的較高閃點，自燃溫度為21(TC。在某些實施方案中，所述燃料組合物包含至少一種常規燃料添加劑。常規燃料添加劑的一些非限制性範例包括抗氧化劑、熱穩定性改進劑、十六烷值增進劑、穩定劑、低溫流動性改進劑、助燃劑、消泡劑、消光霧添加劑、緩蝕劑、潤滑性能改進劑、防冰劑、噴射器清潔添加劑、防煙劑、減阻添加劑、金屬減活劑、分-敬劑、清潔劑、反乳化劑、染料、標記物、在某些實施方案中，所述燃料糹於噴氣發動機。最常見的其被分類為JetA-l，其生產滿足囯際標準防靜電劑、殺蟲劑及其組合.。該燃料組合物中的燃料添加劑的總量可佔該燃剩-組合物總重的O.Ol至H)wt%，在--個實施方案中為O.l至5wt%。一些常規燃料添加劑的描述可見ChunshamSong等人，"C/kw"//:)'o/'t/人"'/./認/,"Taylor&Francis,London,第一章，第32-36頁(2000),其在此通過引用併入本文。此外，如下美國專利披露了各種可用-f本發明實施方案的添加劑6,054,420、6,05!,039、5,997,593、5,997,592、5,993,498、5,968,211、5,958,089、5,931,977、5,891,203、5,882,364、5,880,075、5,8,72、5,855,629、5,853,436、5,743,922、5,630,852、5,529,706、5,505,867、5,492,544、5,490,864、5,484,462、5,321,172、以及5,284,492。所有前述專利的披露內容在此全文通過引用併入本文。在某些其它實施方案中，所述燃料組合物包含作為潤滑性能改進劑或增強劑的燃料添加劑，在一些實施方案中，一種或多種潤滑性能改進劑與該柴油燃料相混合。該潤滑性能改進劑在該燃料中的濃度通常佔該燃料組4、物的總重'的糹々1p:pm至約5(:).(:)ppm、約10.ppm至約2,0p.pm、25pp.ra至約〗，Oppm、或50ppm至約1000ppm。合適的潤滑性能改進劑的——些非限制性範例包括脂肪酸的酯，例如甘油單油酸酯和二異癸基己二酸酯；基於醯胺的添加劑，例如可從LubrizoJChemicalCompany獲得的添加劑(如LZ539C);二聚亞油酸；氨烷基嗎啉；二硫磷酸二酯-二醇；以及具有至少一個羰基基團的烷基芳香族化合物。一些適用的潤滑性能改進劑或增強劑描述於專利文獻中，例如WO95/33805;W94/17160;W(:)98/01516及美國專利號5,484,462和5,490,864,以及Da.叩ingWeiamiH.A.Spikes,"TheLubricityofDieselFuels"，Wear，III(1986)217235，所有這些文.獻均在此通過引用併入本文。商用潤滑性能改進劑的一些非限制性範例包括OLI9000(來自Octe!Corporation"Manchester,UK)，PARADYNE655和VEKTRON601.0(來自lnilneum，Linden，R",以及HITECE58(:)(來自EthylCorporation,Richmond,VA)。在某些其它實施方案中，所述燃料組合物包含怍為清潔劑的燃料添加劑。一般而言，該清潔劑添加劑的量佔該燃料組合物的總重的少於io,oppm、少於1000pp.m、少於10《)pp.m、或少於10ppm。合適的清潔劑的-一些非限制性範例包括聚烯烴取代的丁二醜亞胺或聚胺的丁二酸醯胺，例如聚異丁烯丁二醯亞胺或聚異丁烯胺丁二酸醯胺、脂肪族胺、Mannich鹼或胺，以及聚烯烴(例如，聚異丁烯)馬來酸酐。一些適用的丁二醯亞胺清潔劑描述於GB960493、EI)0147240、EP0482253、EP0613938、EP0557561以及WO98/42808(全部在此通過引用併入本文)。在一些實施方案中，該清潔劑為聚.烯烴取代的丁二醯亞胺，例如聚異丁烯丁二醯亞胺。商用清潔劑添加劑的一些非限制性範例包括F7661和F7685(來自Infiiieum，Linden，NJ)以及OMA413:[X,來自(:)ctelCorporation,Manchester,UK)。在某些其它實施方案中，所述燃料組合物包含作為十六烷值增進劑的燃料添加劑。十六烷值增進劑的一些非限制性範例包括過氧化物、硝酸鹽、亞硝酸鹽、偶氮化合物等。可使.用硝酸烷基酯例如硝酸戊酯、硝酸己酯和混合的硝酸辛酯、2-甲基-2-硝基丙基硝酸酯，和2-乙基硝酸己酯。在一些實施方案中，該十六烷基增進劑為2-乙基硝酸己酯，其可從AssociatedctelCompanyLimited購得,商標為CI-81。該十六烷基增進劑的濃度可為該燃料組合物的總重的約o,ocn至5wt%,在一個實施方案中從0.01至2.5wt%。在某些其它實施方案中，所述燃料組合物包含作為穩定劑的燃料添加劑。穩定劑的一些非限制性範例包括叔烷基伯胺。許多:穩定劑也可作為緩蝕劑。穩定劑在該燃料組合物中的濃度可為該燃料組合物總重的約.l至2Wt%,在一個實施方案中0.01至1Wt%。在某些其它實施方案中，所述燃料組合物包含作為助燃劑的燃料添加劑。助燃劑的一些非限制性範例包括二茂鐵(二(環戊二烯)鐵)、鐵基助燃劑(例如、TU:RBOTE〔TTM:ER-18、來自於Turbotecl(USA)i:nc.、Tomball、Texas)、鋇基助燃劑、鈰助燃劑、以及鐵和鎂基助燃劑(例如，TURBOTECT703，來自Turbotect(USA)Inc,，Tombal〗，Texas),,助燃劑在該燃料組合物中的濃度可為該燃料組合物總重的約0.001至1wt%,在一個實施方案中0.01至〗wt%。另一方面，提供了包含如下的組合物(a)具有式(I)或(II)的類異戊二烯化合物(b)常規燃料組分；以及(c)燃料添加劑其中Z為:H、O-R、或-C(二O)R;R為H、烷基、環烷基、芳基、烷芳基、或芳烷基；基於該燃料組合物的總體積，該類異戊二烯的量至少為約1vol.%，而該常規燃料組分的f至少為約5vol.%;且其中該燃料組合物具有等於或大於38'C的閃點，並具有介於約100"(〕和約200°C之間的初沛點0在一些實施方案中，所述類異戊二烯化合物在本發明所公開的燃料組合物中的量為該燃料組合物的總體積的至少2vol.%、3vol.%或4vol.%.:.在其它實施方案中，該類異戊二烯化合物的量為該燃料組合物的總體積的約1vol.o/。至約卯vol.%、約2vH至約90vol.%、約3vol.Q/。至約90vol.%、或約4vol.o/。至約90vol.%。另一方面，提供了包含如下的組合物(a)具有式(I:)或(II)的類異戊二烯化合物formulaseeoriginaldocumentpage34(b)常規燃料組分；以及(c)燃豐f添加劑其中Z為H、O-R、或OC(-:O):R;R為H:、烷基、環烷基、芳基、烷芳基、或芳烷基；基於該燃料組合物的總體積，該類異戊二烯的量至少為約5vol.%，而該常規燃料組分的量至少為約5vol.%;且其中該燃料組合物具有等於或大於38°C的閃點，並具有介於約100。C和約200"C之間的初沸點。在一些實施方案中，所述類異戊二烯化合物在本發明所公開的燃料組合物中的量為該燃料組合物的總體積的約5voLM至約90vol,%。在其它實施方案中，該類異戊二烯化合物的量佔該燃料組合物的總體積小於約75vol.%、小於約65vo1,%、小於約5vo1,%、或小於約45vo1.%。在其它實施方案中，該類異戊二烯化合物的量為約5vo:I.M至約10vo:!.%。在其它實施方案中，該類異戊二烯化合物的量為約15voH至約25vol.%。在其它實施方案中，該類異戊二烯化合物的量為約45vol.M至約55vol.%。在其它實施方案中，基於所述燃料組合物的總體積，本發明所公開的燃料組合物中所述常規燃料組分的量為至少約20%,而所述類異戊二烯化合物的量為約5%至約75%。在某些實施方案中，基於該燃料組合物的總體積，該常規燃料組分的量為至少約30%,而該類異戊二烯化合物的量為約5%至約65%。在某些實施方案中，基於該燃料組合物的總體積，該常規燃料的量為至少約40%，而該類異戊二烯化合物的量為約5%至約50%。在某些實施方案中，基於該燃料組合物的總體積，該常規燃料的量為至少約50%,而該類異戊二烯化合物的量為約5%至約45%。在一些實施方案中，所述常規燃料組分為基於煤的燃料。在其它實施方案中，該常規燃料組分為石油柴油。在其它實施方案中，該常規燃料組分為煤油。在一些實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有大於約ior、大於約i.i(rc、大於約i2o°c、大於約〗3(rc、或大於約14(rc的初::弗點,:，在其它實施方案中，該初沛點為約io(rc至約i5°c。在一些實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有大於約2(rc的終沐點。在其它實施方案中，該終沸點大於約225t:、大於約25(TC、大於約275°C、大於約300"C、或大於約325'C。在進一步的實施方案中，該終沐點為大於約35(TC。在某些實施方案中，該終沸點為大於約375"C。在其它實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有約IO(TC至約200"C的初沐點和大於約300'C的終沸點。在另一實施方案中，該燃料組合物具有約110。C至約140'C的初沸點和大於約35(T'C的終沸點。在另一實施方案中，該燃料組合物具有約li(r'C至約14"C的初沸點和大於約375"C的終沸點。在一些實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有約27(rc至約35(TC的T90蒸餾溫度。在其它實施方案中，該T9蒸餾溫度為約282"C至約338°C。在其它實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有從約175"C至約375"C、從約200"C至約350"C、從約225'C至約325"C、或從約25(TC至約300"C的T50蒸餾溫度。在其它實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有從約150t'至約350。C、從約175"C至約325。C、從約200。C至約300。C、或從約225T〕至約275。C的T10蒸餾溫度c在--些實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有至少約40、至少約45、至少約50、至少約55、至少約60、或至少約65的十六烷值。在其它實施方案中，該燃料組合物具有至少約70的十六烷值。在某些實施方案中，該燃料組合物具有約40至90、約45至80、或約50至70的十六烷值。在一些實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有等於或小於(rc的濁點。在另一組實施方囊中，該燃料組合物具有等於或小於-5°〔〕的濁點。在另一組實施方案中，該燃料組合物具有等於或小於-i(rc的濁點。在另一組實施方案中，該燃料組合物具有等於或小於-15"C的濁點。在另一組實施方案中，該燃料組合物具有等於或小於-2(TC的濁點。在另一組實施方眾中，該燃料組合物具有等於或小於-25"C的濁點。在--些實施方案中，本發明所公開的燃料組合物具有低含硫量。在其它的實施方案中，該燃料組合物的含疏量相比該燃料組合物的總重低於500ppm。在其它實施方案中，該含疏量相比該燃料組合物的總重低於25ppm,<氐於15p'pm、'《氐於100.p.pm、J氐於50ppm、j氐於25ppm、'f氐於20ppm、低於1ppm、或低於5ppm。在某些實施方案中，該燃料組合物不具有可測的含疏量。在一些實施方案中，本發明所公開的燃料組合物滿足ASTMD975對於2號柴油的規定。另一方面，4t供了包含如下的組合物(a.)量為至少約1vol.%的C20烴;和(b)具有式(I)或(II)的類異戊二烯化合物其量為至少約1vol.%,其中各種量均基於該燃料組合物的總體積，Z為H、O-R、或0-C(=)R;R為H或d-Q，烷基。在一些實施方案中，該類異戊二蹄化合物的量為至少約2voL%，3vo:L%，或4voi.%。在一些實施方案中，該燃料組合物進一步包含(c)佔該燃料組合物總體積至少約1vol.M的Qo烴類。另一方面，提供了包含如下的組合物(a)量為至少約lvoH的《320烴；和(b)具有式(I)或(II)的類異戊二蟑化合物z(I)formulaseeoriginaldocumentpage38其量至少為約5vol.%,其中各種量均基於該燃料組合物的總體積，Z為H、O-R、或0-C(=0)R;R為H或C!.Q，烷基.,在一些實施方案中，該燃料組合物進一步包含(c)佔該燃料組合物總體積至少約ivol.M的Ci烴類。在一些實施方案中，所述C,o烴類的量為至少約2vol.%、3vol.%、4vol.%、或5vol.%o在其它的實施方案中，該C加烴類的量為至少約2vol,%、3vol.%、4vol.%、或5vol,%。在一些實施方案中，所述燃料組合物進一步包含(::n-Ci9烴類，其中每--組Cu、Cl2、Cl3、C|4、C15、C16、(〕n、C1S、和(::w烴類的量為該燃料組合物的總體積的至少約1vo:i%。本發明所公開的燃料組合物可用於為需要燃料(例如，柴油燃料或噴氣燃料)的任意設備(例如應急發電機或內燃機)提供動力。在某些實施方案中，提供了包括一種或多種上述燃料組合物的應急燃料。在某些實施方案中，本發明提供了上述燃料組合物作為應急燃料的用途。術語"應急燃料"指通常儲存在車輛氣罐以外的容器中的燃料。該燃料應當在較長的時間段(例如，六至十二個月)中保持穩定。當該牟輛燃料用盡時，該應急燃料被添加至該車輛的氣罐，並向車輛提供燃料。由於根據本發明的實施方案製備的柴油燃料的閃點通常超過140下，因此可將其安全的儲存在柴油車輛的行李箱中。該燃料組合物還可被用作替代燃料，如美囯專利號6,096,103所述，其全文在此通過《j用併入本文。另一方面，提供了包括含有本發明所提供的燃料組合物的燃料箱的燃料系統。該燃料系統可選地進一步包括具有再循環發動機冷卻液的發動機冷卻系統，連接該燃料箱和內燃機的燃料管和/或設置在燃料管.濾器。內燃機的一些非限制性範例包括往復發動機(例如，汽油發動機和柴油發動機)、Wan.ke:l發動機、噴氣發動機、一些火箭發動機、以及燃氣渦輪發動機。在一些實施方案中，所述燃料箱與所述冷卻系統設置在一起,從而允許所述再循環發動機冷卻液到該燃料箱中的燃料組合物的熱傳遞。在其它實施方案中，該燃料系統進一步包括含有用於柴油發動機的第二燃料的第二燃料箱和連接該第二燃料箱和該內燃機的第二燃料管。可選地，該第一和第二燃料管可配備電磁操作閥，該閥可彼此獨立地或同步地開啟或關閉。在其它實施方案中，該第二燃料為石油柴油。另一方面，提供了發動機裝i，其包括內燃機，包括本發明所公開的^J燃料箱，連接該燃料箱和內燃機的燃料管。可選地，該發動機裝置進一步包括燃料過濾器和/或包括再循環發動機冷卻液的發動系統。在一些實施方案中，該內燃機為柴油發動機。在其它實施方案中，該內燃機為噴氣發動機。當使用本發明所公開的燃料組合物時,需要在將其注入該發動機前除去該燃料組合物中的徵粒狀物質。因此，需要在本發明所公開的燃料系統中選用適當的燃料過濾器。內燃機燃料中的水.，即使量極少，可對該發動機引起極大的危害。因此，需要在燃料組合物注入發動機前除去其中的水分。在--些實施方案中，可通過採用渦輪式離心機的燃料過濾器去除水和微粒狀物質，其中水和徵粒狀物質從該燃料組合物中分離的程度使得過濾後的燃料組合物可以注入該發動機而不帶來損傷該發動機的危險。也可採用其它類型的燃料過濾器來去除水和/或微粒狀物質。另一方面，提供了交通工具，其包括內燃機，包括本發明所公開的燃料組合物的燃料箱，連接該燃料箱和內燃機的燃料管。可選地，該交通工具進一步包括燃料過濾器和z或包括再循環發動機冷卻液的發動機冷卻系統。交通工具的一些非限制性範例包括汽車、摩託車、火牟、輪船和航空器。另一方面，提.4^了製備式(i)或(n)的類異戊二烯化合物的方法(ii)，其中z為h、0-r、或o-c(:-)r;r為h、烷基、環烷基、芳基、烷芳基或芳烷基。該方法包括a)從生物來源獲得C！5類異戊二烯起始原料，和b)將該C15類異戊二埽起始原料通過化學合^趙另一方面，提供了類異戊二蹄化合物(l)或(II)(:)(n),其中Z為H、O-R、或O-C(O)R;R為h、烷基、環烷基、芳基、烷芳基、或芳烷基，其中該化合物通過如下方法製備a)從生物來源獲得C,5類異戊二蹄起始原料，和b)將該Cl5類異戊二烯起始原料通過化學合成轉化為所述化合物。另一方面，提供了通過如下方法生成的生物燃料a)從生物來源獲得C,5類異戊二烯起始原料，和b)將該Ci5類異戊二埽起始原料通過化學合成轉化為式(I)或(I:l)的類異戊二蜂化合物^A^x/L/^^仰，其中z為h、o-r、或(:)-(:(=(:))r;r為h、烷基、環烷基、芳基、烷芳基、或芳烷基。在一組實施方案中，所述(:〕15類異戊二蹄化合物起始原料為或其立體異構'沐。在另一組實施方案中，所述c15類異戊二錄化合物起始原料為或其立體異構體，其中r為烷基。在另一組實施方案中，所述cl5類異戊二烯化合物起始原料為formulaseeoriginaldocumentpage42或其立體異構體，其中R為烷基。另一方面，提供了製備燃料組合物的方法，其包4左a)在適於生成所述Cl5類異戊二烯起始原料的條件下，將能夠生成該C,5類異戊二烯起始原料的細胞與單糖相接觸；b)氫化該C15類異戊二烯起始原料，以形成氫化的Cl5類異戊二烯化合物；和c)將該氫化的C15類異戊二烯化合物與一種或多種燃料組分或燃料添加劑相混合以製備該燃料組合物。另一方面，提供了製備燃料組合物的方法，其包括a)在適於生成所述C15類異戊二烯起始原料的條件下，將能夠生成該C!5類異戊二烯起始原料的細胞與非發酵碳源相接觸；b)氫化該Cb類異戊二烯起始原料，以形成氫化的C,5類異戊二烯化合物；和c)將該氫化的Cl5類異戊二烯化合物與一種或多種燃料組分或燃料添加劑相混合以製備該燃料組合物。另一方面，提供了用於生產本發明的燃剩-、生物工程化燃料組分或生物工程化燃料添加劑的裝置。在某些實施方案中，該裝置能夠以生物學方法生產所述(:、5起始原料。在某些實施方案中，該裝置進一步能夠從該起始原料製備類異戊二烯燃料添加劑或燃料組分,所述裝置可包括能夠採用微生物製備所述Ci5起始原料的任意結構'在一些實施方案中，該生物裝置包括本發明所公開的一種或多種細胞。在一些實施方案中，該生物裝置包括細胞培養物，該細胞培養物至少包含佔其總重至少約1wt.%、至少約5wt.%、至少約10wt.%、至少約20wt.%、或至少約30wt.M的C,5起始原料。在其它實施方案中，該生物裝置包括含有本發明所述的一種或多種細胞的發酵罐。本發明可使用能夠提供適於細胞或微生物生長或繁殖的穩定和適宜環境的任意發酵罐。在--些實施方案中，該發酵罐包括具有本發明所公開的一種或多種細胞的培養物。在其它實施方案中，該發酵罐包括能夠以生物學方式生成法呢基焦磷酸(FPP)的細胞培養物。在其它實施方案中，該發酵罐包括能夠以生物學方式生成異戊烯基焦磷酸(IPP)的細胞培養物。在某些實施方案中，該發酵罐包含細胞培養物，該細胞培養物至少包含佔其總重至少約1wt.%、至少約5wt.%、至少約1wt,%、至少約20wt.%、或至少約30wt.W的C,5起始原料。所述裝置可進一步包括能夠由所述C15起始原料生產所述燃料組分或燃料添加劑的任意結構。該結構可包括用於氮化該C15起始原料的氬化器。本發明可使用能在本領域技術人員已知的條件下將C二C雙鍵還原為C-C單鍵的任意氫化器。該氬化器可包括本發明所公開的的氫化催化劑。在一些實施方案中，該結構進一步包括混合器、容器、以及在該容器中的來自氫化步驟的氮化產物和常規燃料添加劑的混合物。宿主細胞Cl5類異戊二烯起始原料可通過本領域技術人員已知的任意方法製備，包括生物學方法、化學合成(不使用生物學來源的原料)以及同時採用生物學和化學手段的混合方法。當該C,5類異戊二烯起始原料通過生物學方法製備時，一種方法包括使用經改造可生成目標產物的宿主細胞。與所有的類異戊二烯類似，Cl5類異戊二蜂起始原料可通過常見的中間體異戊烯基焦磷酸("IPP")經生物化學方法製備。所述宿主細胞可根據本領域技術人員已知的任意技術進行生長。具體地，該宿主細胞可生長在適合該宿主細胞的培養基中。在有利的實施方案中，該培養基包含容易獲得的可再生的組分「因此，本發明提供了容易獲得的可再生的能源，將其用於生成燃料組合物的方法。在某些實施方案中，該宿主細胞在適亍其生長和生成C，5類異戊二烯的條件下通過與單糖接觸進行生長或培養.:.在某些實施方案中，該宿主細胞可通過與葡萄糖、半乳糖、甘露糖、果糖、核糖或其組合接觸進行生長或培養。因此，本發明提供了來自單糖，例如葡萄糖、半乳糖、甘露糖、果糖、核糖及其組合的燃料組合物，以及通過該單糖生成該燃料組合物的方法。任意合適的宿主細胞均可用於實施本發明。在一個實施方案中，該宿主細胞為遺傳工程改造的宿主徵生物，其核酸分子已經過插入、刪除或更改(即突變；例如通過核普酸的插入、刪除、取代和/或倒位)以生成所需的類異戌二烯或類異戊二烯衍生物，或者提高所需的該類異戊二烯或類並戊二烯衍生物的產量。在另--實施方案中，該宿主細胞能夠在液體生長培養基中生長。適用的宿主細胞的範例包括古細菌細胞、細菌細胞和真核細胞。古細菌細胞的一些非限制性範例包括屬於氣火菌屬(/〗er鄰yraw)、/J/Y/"eg/W船、嗜鹽桿菌屬(//a/o6flC/^r/,卵)、甲坑球菌屬(M〃awococt'船)、甲烷If菌屬(Mf/70TO9/)a"eT/"附)、熱球菌屬(7^vraco'cw50、疏化葉菌屬(S"^9fo/w's')、和嗜熱枝原體屬(77erwo//^/")的古細菌細胞。古細菌菌抹的--些非限制性範例包括嗜熱菌敏捷氣熱菌、閃爍古生球菌、詹氏甲烷球菌、嗜熱自養甲烷桿菌、/).w'o","'"'tf/少'A',s/、/))'raoxns'/z6w/rtw/w'/'、嗜酉ll熱原體.和77w/'附(9//as'附"w/"ww附等o細菌細胞的一些非限制性範例包括屬於農桿菌屬、脂環睃桿菌屬、魚腥藻屬、組囊藍細菌屬、節桿菌屬、定氮菌屬、芽孢桿菌屬、短桿菌屬、產色菌屬、梭狀芽孢桿菌屬、棒狀桿菌屬、腸桿菌屬、歐文氏菌屬、大腸桿菌屬、乳酸桿菌屬、乳球菌屬、慢生根瘤菌屬、甲基桿菌屬、微桿菌屬、席藍細菌屬、假單胞菌屬、紅細菌屬、紅假單胞菌屬、深紅紅螺菌、紅球菌屬、沙門氏菌屬、&e"ft;feMwn、沙雷氏菌屬、志賀氏菌屬、葡萄球菌屬、鏈黴菌屬、^v'"wecocc附和發酵單月包菌屬的糹B菌細月包。細菌菌林的--些非限制性範例包括枯草芽孢桿菌、醫學環狀桿菌、產氨短桿菌、5re.W6aCw/ww/附附"〃'o/M"附、拜季林斯基(氏)梭菌、Ewten^/虛',s'ate"紐、大腸桿菌、乳酸乳球菌、中慢生根瘤菌、銅綠假單孢菌、/)W狄:foOTWMW附eV"/(.)/7//、./)WM6fcwWWM'/議/k'(7、莢月莫.紅糹田菌、J求形糹工細菌、深紅紅螺菌、腸炎沙門(氏)菌、沙門氏菌傷寒桿菌、鼠傷寒沙門(氏)菌、志賀氏痢疾桿菌、弗氏志賀(氏)菌、宋內志賀菌、金黃色葡萄球菌等。一般而言，如果使用細菌宿主細胞，優選採用非病原性菌林。非病原性菌抹的一些非限制性範例包括枯草芽孢桿菌、大腸桿菌、丄ac"&K'/:/Z織c"c//"/"x、瑞士乳(酸)軒菌、銅綠孑艮單月包菌、ftratfo/船"os附ev"/o;//、惡臭假單月包菌、球形紅細菌、光合菌、深紅紅螺菌等。真核細胞的一些非限制性範例包括真菌細胞。真菌細胞的一些非限制性範例包括屬於麴黴屬、念珠菌屬、金孢子菌屬、0>'otoax'CM、鐮孢菌屬、克魯維酵母屬、內生真菌屬、鏈孢黴屬、青黴菌屬、畢赤酵母屬、酵母菌屬和木黴菌屬的真菌細胞。真核細胞菌抹的一些非限制性範例包括構巢麴黴、黑麴黴、米麴黴、白色念珠菌、C72/^w^wr/w附/mc々wo、禾.谷鐮孢菌、鐮孢黴、乳酸克省-維酵母、粗糙脈孢菌、安格斯畢赤酵母、吉利蒙德(氏)畢赤酵母、庫德畢赤酵母、膜醭畢赤酵母、甲醇畢赤酵母、奧默酵母、巴斯德畢赤酵母、屍/c//"7"、樹千畢赤酵母、抗菌素鏈黴菌、金色鏈黴菌、鏈金黃色葡萄球菌、5V/ccm'cwy;ces6a[rara/s、布氏西孝'母、商良酒酵母、殺真菌素鏈黴菌、灰產色鏈黴菌、灰色鏈黴菌、鉛青鏈黴菌、產橄欖色鏈黴菌、枝鏈黴菌、田無鏈黴菌、酒紅鏈黴菌、和裡氏木黴。一般而言，當使用真核細胞時，優選非病原性菌抹。非病原性菌株的一些非限制性範例包括禾穀鐮孢菌、鐮孢黴、巴斯德畢赤氏酵母、布拉氏酵母和釀酒酵母。此外，某些菌株已經經食品藥品管理局指定為GRAS或通常認為安全,這些菌棘的一些非限制性範例包括枯草芽孢桿菌，Lrtrt//"c/〃"、"c'/J，/i,7船'，瑞士乳(酸)桿菌和釀酒酵母。IPP途徑存在兩種已知的合成I:PP及其異構體二甲基丙烯焦磷酸脂("DMAPP")的生物合成途徑。不同於植物，真核生物專有地使用甲羥戊酸.-依賴性("MEV")類異戊二烯途徑將乙醯輔酶A("acetyl-(:A")轉化為IPP，〗PP隨後被異構化為:DMAP:P。原核生物(存在少數例外)使用甲羥戊酸-非依賴性或脫氧木酮糖5-磷酸("DXP")途徑通過一個分支點分別生成:PP和DMAPP。一般而言，植物同時使用MEV和DXP途徑進行〗:PP合成。MEV途徑圖1顯示了M:EV途徑的示意圖。一般而言，該途徑包括六個步驟。在第一步，兩個乙醯輔酶A分子經酶催化合併形成乙醯乙醯輔酶A。已知催化該步驟的酶是，例如，乙醯輔酶A疏解酶。編碼該種酶的核苷酸序列的--些非限制性範例包括如下GeriBank登錄號和可獲得該序列的有機物(NC—000913REGION:2324131,,2325315;大腸軒菌)、(D49362;脫氮微球菌)、和(L2428;釀酒酵母)。在MEV途徑的第二步，乙醯乙醯輔酶A與另一乙醯輔酶A分子縮合形成3-羥基-3-甲基戊二醯輔酶A(HMG-CoA)。已知催化該步驟的酶是，例如，HMG輔酶A合成酶。編碼該種酶的核苷酸序列的一些非限制性範例包括(NC—001145.補體19061..20536;釀酒酵母)、(X96617;釀酒酵母)，(X83882;擬南芥)、(AB037907;K故"'a仍/orag〃》朋/a)，(BT007302;智人)、和(NCJ)02758，LocustagSAV2546，GeneID112257；金黃色葡萄球菌)。在第三步，HMG輔酶A酶催化轉化為甲羥戊酸。已知催化該步驟的酶是，例如，HMG輔酶A還原酶。編碼該種酶的核苷酸序列的一些非限制性範例包括(NM—206548;果蠅)、(NC—002758，LocustagSAV2545，Genel—D1122570;會夷-色葡萄球離)、(剛—204485;Gallusgailus)、(ABi5627;鏈黴菌屬K3988)、(AF542543;漸俠葉菸草)、(AB37907;A'/她7/罕)rat油)、(AX128213，提供編碼截短HMGR的序列；釀酒酵母)以及(NC—001M5:補體(115734.,118898;釀酒fl孝母),.在第四步，甲鞋戊酸被踏催化磷酸化形成甲鞋戊酸5-磷酸。已知催化該步驟的裕是，例如，甲鞋戊酸激賂。編碼該種i給的核苷酸序列的一些非限制性範例包括(L77688;擬南齊)和(X55875;釀酒酵母)。在第五步，向所述甲鞋戊酸5-磷酸酶催化添加另--個磷酸基間，從而形成甲幾戊酸5-焦磷酸脂。已知催化該步驟的豫是，例如，磷酸甲鞋戊酸激雜、，編碼該種酵的核普酸序列的一些非限制性範例包括(AF429385;巴西橡膠樹)、(畫—一006556;智人)和(NC001145.樸體712315J13670;釀酒酵母)。在第六步，甲羥戊酸5-焦磷酸脂被酷.催化轉化為1PP,已知催化該'少-呢的酶是，例如，甲鞋戊酸焦磷酸脂脫羧酵、編碼該祌t給的核苷酸序列的一些非限制性範例包括(X97557;喊酒酵母)、(AF2卯Q5;屎腸球菌)和(U4926;智人)。如要將IPP轉化為〖)MAPP,則需要進行第七少-。已知催化該少驟的ft,是，例如，1PP異構條。編碼該種酶的核脊酸序列的一些非限制性範洌包括(NC—000913，3031087..3031635;大腸桿菌)和(AH82326;雨生紅球藻),-DXP途徑圖2顯示了DXP途徑的示意圖，一4i而言，DXP途徑包括七個步驟。在第一步，將丙酮酸鹽與D-甘油醛3-疇酸縮合形成1-脫氧-D-木酮糖-5-磷酸。已知催化該步驟的的是，例如，1-脫氣-D-木酮糖-5-磷酸合成的..編碼該種酶的核普酸序列的一些非限制性範例包括(AF035440;大腸軒簡)、(NC—002947，k)custagPP527;惡臾假單胞菌KT244(.))、(CP26，locustagSPA2301;腸炎副傷寒沙門氏菌，見ATCC9150)、(NC—007493，ioeustagRSP—0254;球形紅細菌2.4.1)、(NC—005296，locuslagRPA0952;沼澤紅假單胞菌CGA009)、(NC—004556，k)custagPD1293;A>'/t'〃《/^、////"A'"'"/"/)和(NC—003076，locustagAT5(;1380;擬南務)。在第二步，i-脫氧-D-木酮糖-5-磷酸被轉化為2C-甲基-D-赤藻糖酌-4-磷酸。已知催化該步驟的酵是,例如，i-脫氧-D-木酮糖-5-磷酸還原年構萌、編碼該種酶的核苷酸序列的—些非限制性範例包括(AB13300;大腸軒菌)、(AF148852;擬南芥)、(NC002947，locustagPP1597;惡是假單胞菌KT2440)、(AL939i24,iocustagSC05694;天藍色鏈黴渴A3(2))、(NC—007493，locustagRSP2709;球形紅細菌2.4.1)和(NC007492,locustagPf1.一H07;炎光假單胞菌PfO-1),在第三步，2C-甲基-D-赤藻糖醉-4-磷酸被轉化為4-二礙酸胞啶基-2(:-甲基-D-赤藻糖醇。已知催化該歩驟的酶是，例如，4-二疇酸胞啶基-2('甲基-D-赤藻糖醇合成酶。編碼該種酶的核苷酸序列的一些非限制性範例包括(AF230736;大腸桿菌)、(NC—007493，bcus—tagRSP—2835;球形紅細菌2.4.1)、(NC一03071,locus—tagAT2G025;擬南芥)和(N(:—002947,locusjagPP1614;惡臭假單胞菌KT2440),在第四步，4-二磷酸胞啶基-2C-甲基-D-赤藻糖醇被轉化為4-二磷酸胞啶基-2C-甲基-D-赤藻糖醉-2-磷酸。已知催化該步驟的酶是，例如，4-二磷酸胞啶基-2C-甲基-D-赤藻糖醇激酶。編碼該種酶的核普酸序列的一些非限制性範例包括(AF2J630;大腸桿菌)和(NC.007493，bciis.tagRSP—779;球形紅細菌2.4.1)。在第五步，4-二磷酸胞啶基-2C-甲基-D-赤藻糖醇-2-磷酸被轉化為2C-甲基-D-赤藻糖醇2,4-環二磷酸。已知催化該步驟的酶是，例如，2C-甲基-D-赤藻糖醇2，4-環二疇酸合成酶。編碼該種酶的核苷酸序列的--些非限制性範例包括(AF230738;大腸桿菌)、(NC—007493，1ocus」agRS.P—6071;球形紅細菌2.4.1)和(NC—002947，locusjagPP1618;惡臭假單胞菌K.T244)。在第六步中，2C-甲基-D-赤藻糖醇2,4-環二磷酸被轉化為1-羥基-2-甲基-2-(E>-丁烯基-4-二磷酸。已知催化該步驟的酶是，例如，卜羥基》2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸合成酶。編碼該種酶的核苷酸序列的一些非限制性範例包括(AY0335!5;大腸軒菌)、(NC002947，locus—tagPP085);惡臭假單胞菌KT2440)和(NC007493，locustagRS:P_2982;球形紅細菌2,4.〗)。在第七步中，1幾基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸被轉化為IPP或其異構體，即I:)MAPP。已知催化該步驟.的酶是，例如，異戊基/二甲基歸丙基二磷酸合成酶。編碼該種酶的核苷酸序列的一些非限制性範例包括(AY62212;大腸桿菌)和(NC—002947，locus—tagPP66;惡臭假單胞菌KT244)0在--些實施方案中，宿主細胞自身的代謝過程和本發明提供的涉及IPP生成的過程之間的"串音"(或千擾)被最小化或完全消除。例如，當該宿主微生物專門依賴DXP途徑合成:PP，而將MEV途徑導入以提供額外的1P:P時，串音被最小化或完全消除。該種宿主微生物不會被賦予改變該MEV途徑酶的表達的能力或被賦予處理與該MEV途徑相關的中間體的能力。專門或主要依賴DXP途徑的有機體包括，例如，大腸桿菌。在一些實施方案中，所述宿主細胞專門通過MEV途徑或與I)XP途徑聯合生成i:pp。在其它實施方案中，宿主[)xp途徑失去功能，從而使宿主細胞專門通過外部引入的MEV途徑生成PP。可通過使一種或多種DXP途徑酶停止基因表達或功能失活使該DXP途徑失去功能。G,5類異戊二烯起始原料類似i:pp,法呢基焦磷酸("FPP")也可通過生物學方法製備,、一般而言，可將兩分子的.IPP與一分子的DMAPP縮合形成.FPP。在一些實施方案中，該反應可被已知催化該步驟的酶(例如，法呢基焦磷酸合成酶)所催化。編碼法呢基焦磷酸合成酶的核苷酸序列的一些非限制性範例包括(ATU80605;擬南芥)、(ATHFPS2R;擬南芥)、(AAU36376;青蒿素)、(AF461050;牛)、(D00694;大腸桿菌K-12)、(AE009951,LocusAAL95523;具核梭桿菌亞種皿cleatumATCC25586)、(GFFPPSGEN;騰倉赤霧菌)、(CP009，LocusAAW6(X)34;氧化葡糖桿菌62〗H)、(A:F1卿2;向日葵)、0-ll.層'APS;智人)、(KLPFPSQCR;乳酸克魯維酵母)、(LAUI5777;白羽扇豆)、(LAU2(:)771;白羽扇豆)、(A:F3958;小家鼠)、(NCFPPSGEN;粗糙鏈孢黴)、(PAFPS1;銀膠菊)、(PAFPS2;銀膠菊)、(RATFAPS;褐鼠)、(YSCFPP;釀酒酵母)、(:D89104;粟酒裂殖酵母)、(CP000(B,LocusAAT87386;化膿性鏈球菌)、(C:PO017,LocusAAZ51849;化膿性鏈球菌)、(NC—008022，LocusYP—598856;化膿性鏈球菌MGASi0270)、(NC—008023,LocusYP—600845;化膿性鏈球菌MGAS2096)、(NC—008024，LocusYP—602832;化膿性鏈球菌MGAS10750)和(MZEFPS;玉朱)。同時生物生成ipp和fp:p的方法已有描述，可參考包括w(:)2006/0〗4837和美國專利公開號2003/0J48479、24/05678和2006/0079476。實施例1和2還提供了製備這些化合物的實施方囊。F:PP隨後可被轉化為多種cl5類異戊二烯。一般而言，可以非環式(帶支鏈或線性)和環式(帶有或不帶有側鏈)的c15類異戊二烯作為起始原料。然而，在本發明的實施中，通過非環式c,5類異戊二烯生成日標化合物需要更少的化學步驟。適用的c!5類異戊二晞起始原料的一些非限制性範例包括但不限於a-法呢蜂a-法呢烯，其結構為發現存在於多種生物來源，包括但不限於，螞蟻的杜氏腺以及蘋果和梨皮的覆層。從生物化學角度看，a-法呢烯可由FPP通過a-法呢烯合成酶生成。編碼該種酶的適用核苷酸序列的一些非限制性範例包括(DQ3934;P，附cowww/,s'cw//'/vflrJ'』^/'oM);ft(AY182241;iW"/Mscfo/&"/c")。^#-見Pechouus等人，Planta219(1):84-94(2004)。卩-法呢烯卩-法呢烯，其結構為formulaseeoriginaldocumentpage53發現存在於多種生物來源，包括但不限於，蚜蟲和精油(如薄荷油)。在一些植物(如野生馬鈴薯)中，P-法呢埽作為天然驅昆蟲劑被合成。從生物化學角度看，p-法呢晞可由F:PP通過p-法呢烯合成酶生成。編碼該種酶的適用核苷酸序列的一些非限制性範例包括(A.F024615;x/々;e;'/to)和(AY835398;^Tfe冊"'/'o"/w認)。參見Picaud等人，Phytochemistry66(9):961-967(2005)。法呢商f法呢醇，其結構為formulaseeoriginaldocumentpage53發現存在於多種生物來源，包括昆蟲和來自巖蘭草(cintronella)、橙花油、仙客來、檸檬草、晚香玉以及玫瑰的精油。從生物化學角度看，法呢醇可由FPP通過法呢醇合成酶等羥化酶生成。編碼該種酶的適用核普酸序列的--些非限制性範例包括(AF529266;玉米)和(YDR48〗C;釀酒酵母)。參見Song，L.,AppliedBiochemistryandBiotechnology128:149-158(2006)。橙花叔醇橙花叔醇，其結構為也稱為peruviol,其發現存在於多種生物來源，包括來自橙花油、姜、茉莉、薰衣草、茶樹和檸懞草的精油。從生物化學角度看，橙花叔醇可由FPP通過橙花叔醇合成酶等鞋化酶生成。編碼該種酶的適用核苷酸序列6糹一些一〉限制性範例包括來自玉米的AF529266(玉蜀恭；基因tpsl):,在一些實施方案中，所述類異戊二烯起始原料可從天然存在的萜烯獲得或製備得到，該裕烯可由多種植物(例如，Co^"^ra/w吸wfor//、針葉樹，和大戟樹)，昆蟲(例如，燕尾蝶、葉甲、白蟻以及松葉蜂)和海洋生物(例如，海藻、海綿、珊瑚、軟體動物和魚)生成。Co/，a〖;/en3/""g,"/o/:/h'或Copaifera樹也稱為柴油樹和煤油樹。它在；也方i吾言中具有多個名稱，包"l舌/("pa:v、c"/"、'附o和o/r〃)'ra。Copaifera樹可在其木材和葉子中生成大量的綜蜂烴。一般而言,一顆Copaifera樹每年可生成約30至約40升的裕蜂油。萜烯油還可從針葉樹和大戟樹獲得。針葉樹屬於植物中的松柏r](Pinophyta或Coniferae),且通常為具有維管組織的以松果攜帶種子的植物。針葉樹中大部分是樹，但有些針葉樹可能是灌木。合適的針葉樹的一些非限制性範例包括雪松、柏樹、道格拉斯椒樹、機樹、杜松、貝殼松、落葉松、松樹、紅杉、雲杉、以及紫杉.大戟樹，也稱為E叩horbia，是在全世界廣泛分布的植物，屬f-大戟家族(E叩horbiaceae)。大戟樹由約2")個種類，是植物王國最大的物種之一。所述C,5類異戊二烯起始原料為倍半稱，它是稱為薛烯的更大類別化合物的一部分。作為烴類中較大的類別，薛烯包括半薛烯、單薛烯、倍半萜、二萜烯、二倍半碎、三碎烯、四萜烯和多裕烯。因此，適用的Ci5類異戊二烯起始原料可從本發明中採用的路烯油分離。化學轉化本發明所公開的燃料組合物可包含(1)，或其中Z如上文定義。式(I)或(1I)可通過本領域已知的任意方法製備得到，包括生物學方法和化學合成(不使用生物來源的原料)。在一個實施方案中，所述Ci5類異戊二烯起始原料可從天然存在的來源分離得到。例如，法呢醇可從巖蘭草、enroli、仙客來、檸懞草、晚香玉和玫瑰分離得到。在另一實施方案中，該C!5類異戊二烯起始原料可通過經改造生成該化合物或提高了該天然存在的化合物的產量的宿主細胞製備得到。不管其來源為何，每一種Ci5類異戊二烯起始原料均可通過任何已知的還原反應(例如氫化，或者還原反應和酯化的組合)被化學轉化為燃料組分或燃料添加劑。在--些實施方案中，該C15類異戊二烯起始原料採用催化劑(洌如Pd、Pd/C、Pt、Pt(:)2、Ru(PPh3)2C:l2、蘭尼鎳、或其組合)被氯化還原。在一個實施方案中，該催化劑為Pd催化劑。在另一實施方案中，該催化劑為5%Pd/c。在進一步的實施方囊中，該催化劑為高壓反應容器中的.!%Pd/(::'，該反應允許進行至完成。一般而言，在完成後，可洗滌該反應混合物，濃縮，並千燥以獲得相應的氫化產物。替代性地，也可使用任何能將C::C鍵還原為c-c鍵的還原劑。例如，該Cj5類異戊二烯起始原料可通過在(:)2下，在催化劑(例如，5-乙基-3-甲基光黃素高氯酸g旨)存在下以肼處理氫化得到相應的氫化產物。該種用肼進行的還原反應披露於.Imada等人，J,Am.Chem,Soc,127，14544-14545(2005)(在此通過引用併入本文)。在一些實施方案中，所述C,5類異戊二烯起始原料中的C二C鍵在室溫下於催化劑和氫的存在下被氮化還原為相應的C-C鍵,:.在進一步的實施方案中，該催化劑為下文流程1所示的10%Pd/C。流程1formulaseeoriginaldocumentpage56根據上述流程1獲得的全飽和Cu醇可通過任何已知的酯化劑(例如羧酸、羧酸滷化物(例如氟化物、氯化物、溴化物和碘化物)和羧酸酐)被進一步修飾以生成相應的飽和C!5酯。該酯化反應可在任意被技術人員認可的條件下進行。在一些實施方案中，該C,5醇起始原料通過在酸或鹼催化劑的存在下，或在Fischer或Steglich酯化條件下與目標羧酸反應被酯化。在其它實施方案中，該Ci5醇起始原料可在鹼催化劑(例如，胺或吡啶化合物)的存在或缺失下與目標羧酸卣化物反應被酯化。在其它實施方案中，如下文流程2所示，該C,5醇起始原料可在鹼催化劑(例如，胺化合物(如，三乙胺))的存在或缺失下與日標羧酸酐反應被酯化。完成的反應混合物可被濃縮、洗滌並千燥生成相應的酯。流程2替代性地，所述飽和Ci5酯可從所述飽和的Ci5醇獲得.，可通過下文流程3所示的轉酯反應得到所需的酯。該轉酯反應可在任意被技術人員認可的條件下進行。在一些實施方案中，該轉酯反應被鹼催化劑(例如鹼金屬(如:Li、Na、K.、Rb和Cs)和鹼性(例如Mg、Ca、Sr和Ba)氬氧化物、碳酸鹽或醋酸鹽或其組合)所催化。流程3"R『QR+'R"-OH在一些實施方案中,所述全飽和C，5醇可通過任何已知的烷化劑如R-X被進一步修飾生成相應的酯，其中R為烷基，而X為良好的離去基團，例如卣素、磺醯基、疏酸根基團等。烷化劑的一些非限制性範例包括烷基滷化物、烷基磺酸酯和烷基疏酸酯等。一般而言，該C!5醇可首先通過鹼轉化為(:15烷氧化物，然後該C,5烷氧化物可如下文流程4所示與R-X反應形成相應的酯，其中X為CI、Br或i。在一些實施方案中，該鹼可以是活性金屬，例如金屬鈉或金屬氮氧化物，如氬氧化鈉、氮化鋁鋰以及硼氫化鈉。'、々程4飛0HX=C1、Br或I替代性地，c^烯醇可首先如上文所述被烷基化或酯化，然後如下文流程5所述被氫化，其中R'為R或CeO)R,而R為H或烷基。流程5formulaseeoriginaldocumentpage59參照下文流程6，所述酯化可通過與如上所述相同的方式進行。後續的氫化可以以如上所述的相同方式進行。替代性地，可採用任意不影響所迷-0-C(=0)R基團的氫化催化劑進行雙鍵的後續選擇性氫化。在一些實施方案中，該氫化催化劑為Pd/C，以二苯疏醚為催化劑毒物，從而選擇性還原烯烴光能團，而不會氬化該0-C(=0)R基團，參見Mori等人，Org,Lett,8,3279-328〗.(2006)，在此通過引用併入本文。在其它實施方案中，可使用聚.(乙二西f)和Adams催化劑(即，Pt02)作為溶劑，從而在1個大氣壓下通過氫氣選擇性氫化雙鍵。Adams催化劑的使用披露於Chandrasekhai'等人，J,Org,Chem.71，2196-2199(2006)，其在此通過引用併入本文。流程6所述Ci5類異戊二烯起始原料的氫化可在不對稱氫化催化劑(例如銠-手性雙膦複合物)存在的情況下進行，從而形成基本不含其它立體異構體的立體特異性氫化產物。該非對稱氫化催化劑的非限制性範例包括銠-D1PAMP催化劑。該銠-DIPAMP催化劑和其它非對稱氫化催化劑披露於Vineyard等人，J.Am,Chem,Soc.1977,99，(18)，5946;RyojiNoyori，"AsymmetricCatalysisInOrganicSynthesis,"JohnWii.ey&■SonsInc.,NewYork,第2章,pp.16-94(1994);和Blaser等人,"AsymmetricCatalysisonIndustrialScale:Challenges,ApproachesandSolutions,"Wiley-VCH，Weinheim，pp.23-52(2004)，其全文均在此通過引用併入本文。在一些實施方案中，a-法呢煤和p-法呢烯可在不對稱氫化催化劑存在的情況下氫化形成下文所示的法呢烷的四種可能的立體異構體之一，即，化合物(ni-a)、(iH:-b)、(in-c)、和(m-d)之一。formulaseeoriginaldocumentpage0類似地，法呢醇可在不對稱氫化催化劑存在的情況下氬化形成如下所示的3,7Ji-三甲基十二烷-1-醇的四種可能的立體異構體之一。類似地，橙花叔醇可在不對稱氫化催化劑存在的情況下氫化形成如下所示的3，7,11-三甲基十二烷-3-醇的四種可能的立體異構體之一。formulaseeoriginaldocumentpage6213(\萬H3、，類似地，C!5烯醇或其烷基化的、酯化的、疏酸化的、磷酸化、^t酸化的或是膦酸化的產物可在不對稱氫化催化劑的存在下被氫化形成相應的立體特異性氫化產物。在另--替代性的方法中，所述C!5烯醇的烷基化、S旨化、疏酸化、磺酸化、磷酸化或膦酸化可同時進行。燃剩-組合物本發明所公開的燃料組合物可通過具有成本效益的和環境友好的方式製備。有利的是，本發明所提供的類異戊二烯化合物可通過一種或多種微生物生成。因而，這些類異戊二烯化合物可以提供可用於柴油或噴氣燃料，特別是本發明所提供的燃料組合物的可再生能源。此外，這些類異戊二烯化合物可降低對不可再生的燃料、燃料組分和/或燃料添加劑來源的依賴性。如上文所述，本發明的實施方案提供了特別地可用作柴油燃料或噴氣燃料的各種燃料組合物。與目前的柴油和脂肪酸甲s旨化衍生的生物柴油燃料相比，本發明所公開的燃料組合物能夠更好地耐受氧化降解，因而具有更高的保存期。相應地，在一些實施方案中，該燃料組合物具有至少約一年、至少約兩年、至少約三年、至少約四年、至少約五年、至少約十年、至少約十五年、至少約二十年或至少約二十五年的保存期。在其它實施方案中，該燃料組合物具有至少約五十年的保存期。在其它實施方案中，該燃料組合物具有超過五十年的保存期。儘管本發明已通過有限量的實施方案進行了描述，但一個實施方案的特定特徵不應歸因於本發明的其它實施方案。沒有一個單獨的實施方案可代表本發明的所有方面。在一些實施方案中，所述組合物或方法可包括多種此本發明未提及的化合物或步驟。在其它實施方案中，該組合物或方法不包括，或基本不包括，本發明未列舉的任何化合物或步驟.。本發明所述的實施方案存在變體和變動。例如，所述柴油燃料不需要是普通石蠟和支鏈石蠟的混合物。它可包含任意類型的烴，只要該柴油燃料中的芳香烴含量以重量計小於10%,硫含量小於100ppm。儘管優選該柴油燃料具有以重量計小於10%的芳香烴含量和小於lOppm的硫含量，但針對某些目的，可接受含有以重量計大亍10%的芳香烴含量和高於100ppm的疏含量的柴油燃料。應注意，該柴油燃料的應用不限於柴油發動機；它可用於任何需要柴油燃料的裝備，例如應急發電機。儘管法規要求所有的柴油燃料具有至少40的十六烷值，但並非所有本發明的實施方案的柴油燃料需要滿足該法規要求。換言之，可接受十六烷值低於40的柴油燃料。應注意，所述的製備和使用該柴油燃料的方法涉及多個步驟。在一些實施方案中，這些步驟可以任意順序實施。在一些實施方案中，可省略或合併--個或多個步驟，但依然實現基本相同的結果。附加的權利要求書意在覆蓋所有落入本發明範圍的該種變體和變動。本說明書中所涉及的所有出版物和專浮'j申請均通過引用併入衣文，其引用程度如同每一個單獨的出版物和專利申請特定地單獨通過引用併入本文一樣。儘管前述發明已通過闡釋目的的圖示和範例進行詳細描述，但本領域的普通技術人員根據本發明的教導應當能夠輕易理解可在不脫離附加權利要求的精神和範圍的情況下對其進行一定的更改和調整。實施例除非另行指明，本發明的實施可採用在本領域技術範圍內的生物合成等行業中的常規技術。對於本發明未完全描述的該種技術，人們可在科技文獻中找到有關於此的充分參考。在如下的實施例中，我們努力確保所用數字(例如量、溫度等)的精確性，但應容許變化和偏差，且當此處存在該種數值的書寫錯誤時，本發明所述領域的普通技術人員應能根據本發明的其餘公開推導出正確的值。除非另行指明，溫度用攝氏度表示，壓力等於或接近海平面的大氣壓。除非另行指明、所有的試劑可通過化學方法獲得。以下實施例意在闡述目的，不以任何方式限制本發明的範圍。實施例1本實施例描述了的編碼酶(包括來自操縱子調節的釀酒酵母MEV途徑的酶)的表達質粒的製備方法。表達質粒pMevT可通過將MevT操縱子插入pBAD33載體後生成。該MevT操縱子編碼MEV途徑的一組可共同將普遍存在的前體乙醯輔酶A轉化為(R)-甲羥戊酸的酶，即乙醯乙醯輔酶A硫解酶、HMG輔酶A合成酶和HM'G輔酶A還原酶。從大腸桿菌基因組DNA得到基因的編碼序列(GenBank登錄號N(〕—000913REGION23241312325315)(編碼乙跳乙醯輔酶A硫解酶)，從釀酒酵基因組DNA獲得服;"基因的編碼序列(Gen:Bank登錄號X96617,REGION2201695)(編碼HMG輔酶A合成酶),並從釀酒酵母基因組DNA獲得.//M(7/基因的編碼區域的一個片段(GenBank登錄號M22002,REGION16603165)(編碼截短HMG輔酶A還原酶(tHMGR)),通過PCR擴增生成該MevT操縱子。用於//MG7基因片段擴增的上遊:PCR引物包括人工起始密碼子。通過重疊延伸(SOEirig)將擴增的片段拼接在--起，在該過程中，將核糖體接合位點導入到"toA和￡/(7/J編碼序列的後面。添加3'A懸掛後，將該MevT操縱子連接至TA克隆載體pCR4(Invi加gen，Carlsbad,CA)。隨後，該MevT操縱子被連接至栽體pBAD33的A^船/ft//限制性位點(Guzman等人(199S)JBacterid177(14)4121-4130)。為使該操縱子受到Pn啟動子的控制，以pBBRIMCS的M',7-U片段替換pBAD33的《raC-/^,l0A^//-^mZ片段，從而得到表達載體pM:evT(參見美國專利7,192,751)。表達質粒pAM36-MevT66可通過將M:evT66操縱子插入pA.M36栽體生成。pAM36載體可通過將含有^/~A/S/-Xto/-P"c/-Ks//-JP,we/限制性位點的寡聚核苷酸盒插入pACYCi84載體(GenBank登錄號XO6403),並除去pACYC〗84中四黴素耐受性獲得基因(conferringgene)後獲得。該MevT66操縱子可通過以SEQIDNOI為模板合成得到，該SEQIDNO1包含了來自大腸軒菌的atoS基因(GenBank登錄號NC—000913REGION2324131..2325315)，來自釀酒酵母的￡膨3基因(GenBank登錄號X96617,REGION220..1695),以及來自釀酒酵母的截短型//MG7基因(GenBank登錄號:M22(:)02，REGION1777J285),所有這三種序列被密碼子優化以在大腸桿菌內表達。該合成生成的MevT66操縱子被5'限制性位點和3!州"J/〃限制性位點所包夾，因此可被克隆進入克隆載體(例如標準pUC或pACYC來源的載體)的相容限制性位點。該MevT66操縱予被PCR擴增，並帶有側翼的胡/和限制性位點，使用斬/和A/5/限制性內切酶將擴增的DNA片段消化完全，通過凝膠電泳分離反應混合物，通過凝膠純化試劑盒(Qiagen，Valencia,CA)凝膠提取約4.2kbDNA片段，並將分離的DNA片段連接至pAM36載體的鄰/Av/S/限制性位點，從而獲得表達質粒pAM36-MevT66。表達質粒pAM25可通過將MevT66操縱子插入pAM29載體生成。該pAM29載體可通過將來自pZS24-MCS1的pl5A複製起始區和卡那黴素耐受性獲得基因(LutzandBqjard<1997)NuclAcidsRes,25:〗203-1210)與寡聚核苷酸生成的啟動子裝配產生。使用i"說/和/〃/限制性內切酶將包含MevT66操縱子(參見上述pAM36-MevT66的描述)的I)NA合成抅建體消化完全，通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取約4.2kbI)NA片段，並將分離的DNA片段連接至pA:M296的￡co./////^//限制性位點，從而獲得表達質粒pAM:25。表達質粒pMev:B-Cm可通過將Mev:B操縱子插入pB:BRlMCS-1載體,後生成。該MevB操縱子編碼一組能共同將(:r.)-甲羥戊酸化為:i:pp的酶，即甲羥戊酸激酶、褲酸甲羥戊酸激酶以及甲幾戊酸焦磷酸脂羧化酶。該MevB操縱子可通過從釀酒酵母基因組DNA中PC.R擴增基因(Gen.Bank登錄號X55875,REGION:580..1911)(編碼甲鞋戊酸激酶)、基因(GenBank登錄號Z49939,REGION:3363..4718)(編碼磷酸甲鞋戊酸激酶)、以及MFD/基因(Gen:Bank登錄號X97557,REGION:544,,1734)(編碼甲羥戊酸焦磷酸脂羧化酶)的編碼序列，並通過重疊延伸(S(:)Eing)將PCR片段拼接在一起後獲得。通過選擇適當的引物序列，在擴增過程中將￡/"G/2和的終止密碼子由TAA變為TAG,以引入核糖體結合位點。添加3'A懸掛後，將M:evB操縱子連接至TA克隆載體pCR4(:Invitrogen，Carlsbad,CA)一通過以限制性內切酶完全消化該克隆構建體以切除該MevB操縱子，通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取約4.2kbDNA片段，並將分離的DNA片段連接至pBBRlMCS-1載體的限制性位點(Kova.ch等人，Gene66(1):175-176(1995)),從而獲得表達質粒pMevB-Cim。表達質粒pMBI可通過將MBI操縱子插入pBBRlMCS-3載體生成。除了該MevB操縱子的酶外，該MBI操縱子還編碼異戊烯基焦磷酸酶異構酶，其將IPP催化轉化為DM:APP,:,該MBI操縱子可通過如下方式獲得以在5'端包含A^m/限制性位點的引物從大腸桿菌基因組DNA中PCR擴增基因(GenBank登錄號AF119715)的編碼序列，使用限制性內切酶將擴增的I)NA片段消化完全，通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取約0.5kb片段，並將分離的DNA片段連接至pMevB-Cm表達質粒的限制性位點，從而將置於MevB操縱子的3'端。將該MBI操縱子亞克隆進入栽體pBBRlMCS-3的&//5^.〃艮制性位點(:1^0乂3(:11等人，Gene")6(i):175-176(1995))，從而獲得表達栽休p:MB:〖(參見美國專利7,192,751)。通過將^p/i基因插入p:MBI生成表達質粒pMBIS。該/平j基因編碼法呢基焦磷酸合成酶，該酶將兩分子IPP與一分予DMAPP催化縮合生成FPP。採用具有&c〃限制性位點的正向引物和具有限制性位點的反向引物從大腸桿菌基因組DNA中PCR擴增該/取4基因(GenBank登錄號D00694，REGION:484..D83)的編碼序列。使用S"c〃和&k/限制性內切Sl將擴增的DNA產物消化完全，通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取約.9kb片段，並將分離的DNA片段連接至p:M:BI.表達質粒的&^〃&'/限制性位點，從而將該/'v^基因置於和MevB操縱子的3'端，並獲得表達質粒pMB！S(參見美國專利號7,192,751)。可通過將所述MBIS操縱子插入pAM36-MevT66,並在MB1S和M:evT66操縱子之前添加《:/K5啟動子以形成表達質粒pAM45。通過包含5'屈o/限制性位點和3'屍"c/限制性位點的引物從pMBIS中PCR擴增該MBIS操縱子，使用和屍"('/限制性內切酶將擴增的PCR產物消化完全，通過凝膠電泳分離反應混合物,凝膠提取約5.4kbDNA片段,並將分離的DNA片段連接至pAM36-MevT66的屈o/Pflc/限制性位點，獲得表達質粒pAM:43。包含編碼/ac/K5啟動子的核苷酸序列的DNA片段可由寡聚核普酸合成得到，並亞克隆進入pAM43的，4,w/和Av/S/A7o/限制性位點，從而獲得表達質粒pAM45。實施例2本實施例描述了的編碼酶(包括來自操縱子調節的金黃色葡萄球菌MEV途徑的酶)的表達載體的製備方法。可通過將表達質粒pAM25的//似G./基因(編碼戴短釀酒酵母HM(]輔酶A還原酶)的編碼序列替換為"";W基因(編碼金黃色葡萄球菌HMG輔酶A還原酶(GenBank登錄號BA00007，REGION:2688925,2687648))的編碼序列獲得表達質粒pAM41。使用引物4-49mvaAS/—(SEQIDNO:13)和4-49mvaAR(SEQIDNO:14)從金黃色葡萄球菌(ATCC70069)基因組DNA.中PCR擴增附'ra/i基因的編碼序列，使用5^e/限制性內切酶將擴增的:DNA片段消化完全，通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取約！.3kbDNA片段。通過使用////k////限制性內切酶將pAM25消化完全，從該質粒去除/7AG/編碼序列。泉用T4I)NA聚合酶截短所得線性DNA片段的末端懸掛。然後採用限制性內切酶部分消化該DNA片段，通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取約4.8kbDNA片段，將分離的DNA片段連接至5i^/-消化的wra」PCR產物，以獲得表達質粒pAM41。可通過將表達質粒pAM41的￡WG73基因(編碼釀酒酵母HMG輔酶A合成酶)的編碼序列替換為ww"5基因(金黃色葡萄球菌HMG輔酶A合成酶(GenBank登錄號BA000017，REGION:2689180,.2690346))的編碼序列獲得表達質粒pAM52。使用引物HMGS5'Sa""處S"-S(SEQIDNO:15)和HMGS3'Sa續S-AS(SE.QIDNO:16)從金黃色葡萄球菌(ATCC7069)基因組DNA中PCR擴增基因的編碼序列，該擴增的DNA片段可用作PCR引物，以根據Geiser等人(BioTechniques3i:88-92(2001))的方法替換pAM41中的Z/MG/基因的編碼序列，從而獲得表達質粒pAM52。pAM52中包含的"toy5(opt):/m'，aS:附ra/操縱子的核普酸序列為SEQIDNO:2。可通過將表達質粒pAM45的MevT66操縱子替換為pAM52的("to^(opt):wmS:wva4)操縱子獲得表達質粒pAM97。使用A/S/和鄰/限制性內切酶將表達質粒pAM45消化完全，通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取缺失該MevT66搡縱子的約8.3kbDNA片段。使用引物！9-25e加S鄰/"S(SEQIDNO:17)和19-25wra,4-J,s/S/-AS(SEQ11)NO:18)PCR擴增pAM52的(flto5(opt):附v必:"n說4)操縱子，使用柳和/lx說限制性內切酶PCR產物消化完全，通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取約3.8kbDNA片段，將分離的DNA片段連接至表達質粒pAM45的A必Y胡/限制性位點，獲得表達質粒pAM97(參見圖3的質粒圖譜)。實施例3本實施例描述了編碼酶(包括來自操縱子調節的大腸桿菌DXP途徑的酶)的表達質粒的製備方法。表達質粒pA:M408可通過將編碼"頂端"DX:P途徑的酶的基因插入pAM29載體後生成。"頂端"DXP途徑的酶包括l-脫氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(由大腸桿菌的基因編碼)、1-脫氧-D-木酮糖》5-砩酸還原異構酶(由大腸桿菌的血r基因編碼)、4-二磷酸胞啶基-2C-甲基4)-赤藻糖醇合成酶(由大腸桿菌的/,spD基因編碼)以及4-二磷酸胞啶基-2C-甲基-D-赤藻糖醇合成酶(由大腸桿菌的基因編碼)，這些酶共同將丙酮酸鹽和D-甘油醛-3-磷酸轉化為4-二磷酸胞啶基-2C-甲基-D-赤藻糖醇-2-磷酸。包含編碼"頂端"DXP途徑的酶的核普酸序列的DNA片段可通過使用SEQIDNO:19-26所示的PCR引物PCR.擴增來自大腸桿菌菌抹DH1(AT(:C弁33849)的(GenBaiik登錄號1腦％REGION:437539..439401),At(GenBank登錄號U%REGION:1.93521,.194717)、一D(GenB肌k登錄號U0%REGK:)N:2869803..28705.12)以及,'s屍五(Gen:B肌k登錄號U00%REGION1261249.」2621.OO)基因編碼序列並添加最佳ShineDalgarno序列以及5'和3'限制性位點來生成。凝膠電泳分離PCR產物，凝膠提取，使用適當的限制性內切酶(.狄0/和用於包含基因的PCR產物；和Jpfl/用於包含血r基因的PCR產物；卻tf/和用亍包含一D基因的PCR產物；AWe/和Mw/用於包含/印￡基因的PCR產物)消化至完全，並使用PCR純化試劑盒(Qiagen,Valencia,CA)進行純化。然後將大約等摩爾的各PCR產物添加至連接反應，以將單個基因組裝配入操縱子,:，1ul的該連接反應的反應混合物被用於PCR.擴增兩個單獨的基因盒，即血"、t和—純/，￡基因盒。使用引物67-IA-C(SEQIDNO:19)和67-1D-C(SEQDNO:22)PCR擴增該ofe-血r基因盒，並使用引物67-lE-C(SEQII)NO:23)和67陽1H-C(SEQIDNO:26)PCR擴增該基因盒。通過凝膠電泳分離兩種PCR產物，並凝膠提取。使用和々;a/限制性內切酶將包含該血r基因盒的PCR產物消化完全，使用j戸/和M/m/限制性內切酶將包含該一Z)-—￡基因盒的PCR產物消化完全。純化該兩種PCR產物，並將純化的DNA片段連接至pAM29載體的5^//.緒///限制性位點，從而獲得表達質粒pAM408(參見圖4的質粒圖譜)。表達質粒pAM409可通過將編碼"底部"DXP途徑的酶的基因插入pAM369載體後生成,"底部"DXP途徑的酶包括2C-甲基-D-赤錄糖醇2，4-環二磷酸合成酶(由大腸桿菌的,'一，基因編碼)、1-羥基-2-甲基-2-(E)--〗-雄.基—4-二磷酸合成酶(由大.腸軒菌的/5/)G基因編碼)以及異戊烯基—/二甲基蹄丙基二磷酸合成酶(由大腸桿菌的m//Z基因編碼)，這些酶共同將4-二磷酸胞咬基-2C-甲基-D-赤藻糖醇-2-磷酸轉化為IPP和I:〕MAPP。:1PP還可通過並戊基二磷酸異構酶(由大腸桿菌的基因編碼)的活性轉化為DMAPP。DMAPP還可通過法呢基二磷酸合成酶(例如由大腸桿菌的基因編碼)的活性進一步轉化為FPP。編碼"底部"DXP途徑的酶以及異戊基二磷酸異構酶和法呢基二磷酸合成酶的操縱子可通過使用SEQIDNO:27-36所示的PCR引物PCR擴增來自大腸桿菌菌抹DH1(ATCC#33849)的/平F(GenBaiik登錄號U00096REGION:2869323..2869802)、/:spG(GenBank登錄號U00096REGION:2638708,2639826)、(GenBank登錄號U00096REGION:26277..27227)、滅(Gen:Ban.k登錄號AF119715)以及/,sp/f(GenBank登錄號D00694REGION:484,.!383)基因並添加最佳ShineDalga腦序列以及5'和3'限制性位點來生成。凝膠電泳分離PCR產物，凝膠提取，使用適當的限制性內切酶(i證///和/用於包舍/一，基因的PCR產物;一/和卻"/用於包含/^G基因的PCR產物；&〃和用於包含/.^//基因的PCR產物;S"〃和用於包含W基因的PCR產物;〃,W〃/和A/ra/用於包含基因的PCR產物)消化至完全，並純化。然後將大約等摩爾的各PCR產物添加至連接反應，以將單個基因組裝進入操縱子。1ul的該連接反應的反應混合物被用於PCR擴增兩個單獨的基因盒，即/,甲/^罕G和基因盒。使用引物67-2A-C(SEQIDNO:27)和(SEQIDNO:30)PCR擴增該is/^/5/G基因盒，並使用引物67-2E-C(SEQIDNO:31)和67-2J-C(SEQIDNO:36)PCR擴增該基因盒。通過凝膠電泳分離兩種PCR產物，並凝膠提取。使用和/(p"./限制性內切酶將包含該/平f/5pG基因盒的PCR產物消化完全，使用和臉o/限制性內切酶將包含該基因盒的PCR產物消化完全。純化兩種PCR產物o載體可通過將來自pAM29的pl5A複製起始區，來自pZE12-luc的用於氨比西林耐受的卩內醯胺酶基因(Lutz和Bujard(1997)NuclAcidsRes.25:1203-12!)與寡聚核普酸生成的/"d/F5啟動子裝配後生成。將包含"底部"DXP途徑操縱子的兩種分離PCR產物連接至pAM369載體的5""///Ato/限制性位點，以獲得表達質粒pAM409。表達質粒PAM424，即包含廣鐠宿主性的RK.2複製起始區的表達質粒pAM409的衍生物，可通過將/ac'"K5啟動子和pAM409的/'印FGH-操縱子轉移至pAM257載體生成。載體pAM257可通過如下方式生成採用引物9-156A(SEQIDNO:)7)和9-156B(SEQIDNO:38)從RK2質粒DNA擴增RK2pork)cus(Meyer等人(1975)Science190:1226-1228)，使用顛//和Z/w/限制性內切酶將該2.6kbPCR產物完全消化，並將該〖)NA片段連接至含有p15複製起始區和來自載體pZA31-luc的氯黴素耐受性獲得基因的質粒(Lutz和Bujard(1997)NuclAcidsRes.25:1203-1210),以獲得質粒pAM37-戸,'；使用限制性內切酶和///w////將pAM37-/;"r消化完全，通過凝膠電泳分離該反應混合物，並凝膠提取包含/"rlocus和氯黴素耐受性獲得基因的DNA片段，將分離的DNA片段連接至徵-RK.2複製子pRR10的5^'////>^///位點(110&6115等人(1990)JBacteriol.172:6204-6216)，獲得載體pAM133;使用Sg///和///wi///限制性內切酶將pAM133消化完全，通過凝膠電泳分離該反應混合物，並凝膠提取缺失該氨比西林耐受性基因和or/r結合起始區的約6.4kbDNA片段，將分離的DNA片段連接至合成生成的包含包括屍c//和A7w/限制性位點的多克隆位點的DNA片段，獲得載體pAM257。使用為/和/)('//限制性內切酶將pAM:49消化完全,通過凝膠電泳分離該反應混合物，並凝膠提取約4.4kbDNA片段，將分離的[)NA片段連接至pAM257載體的A7w/屍d/限制性位點，從而獲得表達質粒pAM424(參見圖5的質粒圖譜)。實施例4本實施例描述了將編碼酶(包括MEV途徑的晦)的核酸定向整合至S良酒酵母的特定染色體位置以製備載體的方法。基因組DNA分離自釀酒酵母菌沐Y002(CEN.PK2背景；MATA;ura3-52;trp1-289;ieu2-3,112;his3Al;MAL2-8C;SUC2)、Y7(S228C背景MATAtrplA63)、Y051(S228C背景；MATahis3A1leu2A0lys2Aura3A0PGALI-HMG11586.3323pGAU.i!pc2-1erg9::PMm-ERG9::HIS3Pgau-ERG20Pg八u-HMG1，"3")以及EG123(MATALira3;trpl;leu2;his4can1)。該菌抹在含有1%酵母提取物、2%細菌蛋白腖和2%右旋糖的液體培養基(YPD培養基)中生長過夜。將10mL液體培養物3,100rpm離心，以10mL超純水洗滌細胞團，再次離心以分離細胞。使用Y-DER酵母DNA抽提試劑盒(PierceBiotechnologies,Rockford，IL)根據生產商的.建議方案抽提基因組DNA。將抽提的基因組DNA重懸浮於中100uL10inMTris-Cl(pH8.5)，在ND-1000分光光度計(NanoDropTechnologies,Wi!mington,DE)上讀取OD2柳湖讀數，以確定基因組:DNA濃度和純度。在AppliedBiosystems2720ThermocycSer(AppliedBiosystemsInc，FosterCity,CA)中，採用Phusion高保真DNA聚合酶系統(Finnzymes(:)Y，Espoo,Finland),並參照生產商的建議方案，通過聚合酶鏈式反應(PCR)擴增DNA。在完成待插入TOP(:)TAp(〕R2.1克隆載體(Invitrgen，Cadsbad,CA)的DNA片段的PCR擴增後，通過向該反應混合物添加1uL的QiagenTaq聚合酶(Qiagen，Valencia,CA)，額外運行10分鐘72°CPCR伸展步驟，然後冷卻至4i:,以生成核苷酸懸掛。在PCR擴增完成後，將8uL的50M甘油溶液添加至反應混合物，並將完整的混合物加載至含有0.5ug/mL溴化乙啡啶的1%TBE(0.89MTris，0.89M碉酸，0.02MEDTA鈉鹽)瓊脂糖凝股。在120V,400mA下進行瓊脂糖凝膠電泳30分鐘，並採用紫外線顯示:DNA條帶。使用無菌刀片從凝膠中切除DNA條帶，並採用Zymoclean凝膠DNA回收試劑盒(ZymoResearch，Orange，CA)參照生產商的建議方案對切除的DNA進行凝膠純化。將純化的DNA洗脫進入10uL超純水，在ND-1000分光光度計上讀取OD祝,/，讀數，以確定I)NA濃度和純度。使用100-500ug的純化:PCR產物和高濃度的14DNA連接酶(NewEnglandBioiabs,lpswich，MA)，參照生產商的建議方案進行連接。為進行質粒增殖，將連接的構建體參照生產商的建議方案轉化入大腸桿菌DH5a化學感受態細胞(.invitrogen,Cadsbad，CA)。在含有1.5%Bacto瓊脂、1%胰蛋白腖、0.5%酵母提取物、l%NaCl、以及50ug/mL適當抗生素的固體培養基上選擇陽性轉化體。使分離的轉化體在含有50ug/mL羧苄青黴素或卡那黴素的液體LB培養基中於37。C下生長16小時，使用QIAprepSpinMiniprep試劑盒(Qiagen，Valencia,CA)參照生產商的建議方案分離和純化質粒,通過診斷性限制性內切酶消化驗證構建體，並在瓊脂糖凝膠上分離和顯示DNA片段。還可通過DNA測序驗證選擇的構建體，該工作由ElimBiopharrnaceut.icaisInc.(H:ay沐ard,CA)完成。通過將載體pAM471的ERG20-PGAL-tHM:GR插入物插入載體pAM466生成質粒pAM489。通過將DNA片段ERG20-:PGAi4HMGR插入TOP(:)ZeroBluntII.克隆載體(Invitrogen，Carlsbad,CA)生成載體pAM471，該DNA片段ERG20-PGAl,tHMG:R包含ERG20的開放閱讀框架(ORF)(ERG20核香酸位置1至1208;ATG起始密碼子的A為核苦酸1)(ERG20)，包含趨異進化GAL1和GAL10啟動子的基因組基因座(GAL1核苷酸位置-1至-668)(P(iAL)，以及//M7/的截短ORF(/7MG/核苷酸位置1586至3323)(tHMGR)。通過將DNA片段TRP1-856至+鄰插入TOPOTApCR'2.1克隆載體(〗nvitrogen，Carlsbad，CA)生成載體pAM466，該DNA片段TRP1-856至+548包含從核苷酸位置-856延伸至位置548的釀酒酵母野生型TRP1基因座，並在鹼基-226和-225之間帶有非天然內部X服"限制性位點。參照表1的概述通過PCR擴增生成DNA片段ERG20-PGAL-tHMGR和TRP1-856至+548。為構建pAM489，使用義附rt/限制性內切酶(NewEnglandBiolabs,ipswkh，MA)將400ng的pAM471和100ng的pAM466消化完全，將對應於E:RG2-PGAL-tHMGR插入物和線性化的pAM466載體的DNA片段凝膠純化，並將4摩爾當量的該純化插入物和1.摩爾當量的該種純化線性化載體相連接，獲得pAM489《參見圖6A的圖鐠，以及ERG20-PGAL-tHMGR插入物的核苷酸序列SEQIDNO:3)。表1-生成pAM489APCR擴增tableseeoriginaldocumentpage76通過將載體pAM472的ERG13-PGAL-t.HMGR插入物插入載體pAM467生成質粒pAM491。通過將DNA片段E.RG13-PGA1,tHMGR插入TOPOZeroBluntII克隆載體的限制性位點生成載體pAM472,該[)NA片段ERGi3-PGAI-tHMGR包含ERG13的RF(ERG13核普酸位置1至1626)(ERGL3)，包含趨異進化GAL1和GA.Ll啟動子的基因組基因座(GAL1核苷酸位置-1至-668)(P(;a,)，以及/做;/的載短(:)RF(///V/G/核苷酸位置1586至3323)(tHMGR)。通過將DNA片段URA3-723*701插入T(:)POTApCR2,!克隆載體生成載體pAM:467，該DNA片段URA3-723s701包含從核苷酸位置-723延伸至位置-224的釀酒酵母野生型URA3基因座、並在鹼基-224和-223之間帶有非天然內部A7w"/限制性位點。參照表2的概述通過PCR擴增生成DNA片段ERG13-PGA-tHMGR和URA,723至7ul。為構建pAM49(,使用X腿/限制性內切酶將400ng的pAM472和100ng的pAM467消化完全，將對應於ERG13-PGAl-tHMGR插入物和線性化的pAM467栽體的DNA片段凝膠純化，並將4摩爾當量的該純化插入物和1摩爾當量的該種純化線性化載體相連接、獲得pAM491(參見圖6B的圖譜，以及ERG13-PGAI,t:HMGR插入物的核普酸序列SEQIDNO:4)。表2-i威pAM491的PCR擴增tableseeoriginaldocumentpage78通過將載體pAM473的IDU-PGAI.4HMGR.插入物插入載體pAM468生成質粒pAM493。通過將DNA片段1DI1-PGAL-tHMGR.插入TOPOZeroBluntn克隆載體生成載體pAM473，該DNA片段IDI1-PGAL-t腦:GR包舍IDI1的ORF(II)n核苷酸位置〗至1017)(IDI1),包含趨異進化GAL1和GA.Ll啟動子的基因組基因座(GA:Li核苷酸位置-1至-668)(PGAI,),以及ffiWG/的截短ORF(服G7核普酸位置1586至3323)(t:HMGR)。通過將DNA片段ADEr825至653插入TOPOTApCR2.1克隆載體生成載體pAM468，該DNA片段A:D:E1—825至653包含從核苷酸位置-225延伸至位置653的釀酒酵母野生型A:D.El基因座，並在鹼基-226和-225之間帶有非天然內部A>wa/限制性位點。參照表3的概述通過PCR擴增生成DNA片段1DI1-:PGAl-tHM:GR和ADE1—825至653。為構建pAM493,使用為"/限制性內切酶將400ng的pAM473和100ng的pAM468消化完全，將對應於IDIl-PGA1,tHMGR插入物和線性化的pAM468栽體的DNA片段凝膠純化，並將4摩爾當f的該純化插入物和1摩爾當量的該種純化線性化載休相連接，獲得pAM493(參見圖6C的圖譜，以及:i:[)n-p(,A1,tHM:G:R插入物的核苷酸序列seqidno:5)。表3-生成。AM493的PCR擴增PCR循環模板引物1引物2引物3，IOOng的Y007基因組DNA6N67-CPK009-G(S即關O:47)6I-67-CPK0I0-G<SEQIDNO:鄰61-67-CPKOli-G(SEQro脆49)G(SEQIDNO:50)100ng的Y002基因組DNAG(SEQ.iD冊69)6卜67'CPK064.G(SEQIDNO:M)ion(3f卿10NO;72)6J-67-CPK065-G(SEQ!DNO:85)G(SEQNO:63)61-67-C陽53.G(S印！DNO:73)t,GR100ng的每種ADE'r825"26和ADE1-225至653純化PCR產物G(SK，DNO:47》G(SEQIDNO:50)100ng的每種IDI1和PGAL純化PCR產物G(SEQIDNO:斷6M7-CPK052*G(SEONO:72)IDU-P緣3100ng的每種IDI1-PGAL和tHMGR純化PCR產物G(鄉！DNO:63)G(SEQ!DNO:69)IDU-IWt剛GR通過將載體pAM474的ERG10-PGA1-ERG12插入物插入載體pAM469生成質粒pAM495。通過將DNA片段ERG10-PGAI,ERG12插入topoZeroBluntII克隆載體生成載體pAM474，該DNA片段ERG10-PGAI,ERG12包含ERG10的ORF(ERGJO核香酸位置1至1347)(ERGIO)，包含趨異進化GAU和GALIO啟動子的基因組基因座(GALI核苷酸位置-1至-668)(p(;a!)，以及ERG12的ORJF(ERG2核苷酸位置1至1482)(ERG12).通過將DN.A片段h1s3—32至-1000-hismx-his3訓至—!朋插入topotapCR2.1克隆栽體生成載體pAM469，該DNA片段HI:S3-32至-翻-HISMX-:〖HS3504至—1103包含從核苷酸位置-32延伸至位置-1000的釀酒酵母野生型his基因座、h:1SMX標記、和在his3鄉至-"的序列和該hismx標記之間的非天然力w"/限制性位點。79參照表4的概述通過P(::'R擴增生成DNA片段ERG1-P(;AL-ERG12和HIS3"':'￡—iO0G-HISMX-HlS35O4i—'103。為構建pAM495，使用X顧/限制性內切酶將400ng的pAM474和lOng的pAM469消化完全，將對應於ERGI0-PGAL-ERG12插入物和線性化的pAM:469載體的DNA片段凝膠純化，並將4摩爾當量的該純化插入物和1摩爾當量的該種純化線性化載體相連接，獲得pAM495(參見圖6D的圖傳，以及ERG1-PGAL-ERG12插入物的核苦酸序列SEQIDNO:6)。表4-生成pAM495的PCR擴增tableseeoriginaldocumentpage80**'該pAM330中的HISMX標記束自手pFA6a-HISMX6-PGALl,如vanDijken等人((2000)EnzymeMicrob.Technol.26(9-10):706-714)所述，通過將載體pAM470的ERG8-P(iAl-ERG19插入物插入栽體pAM470生成質粒pAM497。通過將I)NA片段ERG8-P(,讓-ERG19插入T(:)P(::)ZeroBlunt!:I克隆載體生成載體pAM475，該DNA片段ERG8-PGAI,ERG19包含ERG8的ORF(ERG8核苷酸位置1至1512)(ERG8)，包含趨異進化GALl和GAL10啟動子的基因組基因座(GAI」核苷酸.位置-i至-668)(Pgal)，以及erg19的C)RF(ERG19核苷酸位置1至1341)(ERG19)。通過將DNA片段LEUT100至450-h:〖smx-:LEU21096至1770插入t(:):p(:)tapcr2.i克隆載體生成栽體pAM470，該DNA片段LEIJ2-!00至450-H1SM:X-LEU21096至1770包含從核香酸位置-100延伸至位置450和核苷酸位置10%延伸至位置〗770的兩釀酒酵母野生型L:EU2基因座片斷、fflSMX標記、和LEU2")96至'77序列與該HI:SMX標記之間的非天然限制性位點。參照表5的概述通過:pcr擴增生成DNA片段ERG8-PGAL-erg19和LEU2"00至45u-HISMX-LEU2隨至1770。為構建pAM497，使用力做/限制性內切晦將400ng的pAM475和100ng的pAM4709消化完全，將對應於ERG8-PGA1,ERG19插入物和線性化的pAM470載體的DNA片段凝膠純化，並將4摩爾當量的該純化插入物和1摩爾當量的該種純化線性化載體相連接，獲得pAM497(參見圖6E的圖譜，以及ERG8-PGAL-ERG19插入物的核苷酸序列SEQIDno:7)。PCR循環模板引物1引物2引物3100ng的Y007基因組DNAG(SEQIDNO:56)G,IDNO:LEU2'嫩至婦6〗-67-CP,3-G(SEQIE>船，10ng的質粒pAM330DNA**袋麼乂DG(SEQIDNO:59)H隨XG(SEQDNO:印G《SEQ10船卿E'陽100ng的Y002基因組DNA<3(SEQIDNO:g!)82)G(SEQiDNO:68)61-67-'CPK啦-G(SEQIDNO:■ERG19200ng的每種LEU2畫"77o和H1SMX純化PCR產物6〗-67-CP隨卜G(SEQID船竭—G(SEQIDNO:s"至"70100ng的每種ERG8和PGAL純化PCR產物W7-CP,卜G(SEQDMO:67》G(SEQ!.DNO:曙100ng的每種LEU2—'00*450和HISMX-LEU2l096i'77o純化PCR產物G(SEQ!DMO:56)G(SBQ固O:崎LEU5穆氣一H麵X-LEU2'衡3100ng的每種ERG8-PGAL和ERG19純化PCR產物GEnzyme實施例5本實施例描述了編碼轉化FPP的酶的表達質粒的製備方法。表達質粒pAM373可通過將針對在大腸桿菌中表達進行密碼子優化的編碼青蒿素p-法呢烯合成酶(GenBank.登錄號AY835398)的核苷酸序列插入載體pTrc99A後生成。編碼(3-法呢歸合成酶的核苷酸序列可通過以SEQIDNO:8為模板合成得到，並採用引物A(SEQIDNO:86)和S|物B(SEQIDNO:87)為引物從DNA合成構建體通過PCR進行擴增。為了在包含該p-法呢烯合成酶的PCR產物中創建前導M:'o/限制性位點，以在5'PCR引物中編碼天冬氨酸(GAC)的密碼子替換原始肽序列中編碼第二胺基酸的密碼子(TCG編碼絲氨酸)。使用M:'a/限制性內切晦部分消化所得的PCR產物，並使用&c./限制性內切酶消化完全，通過凝膠電泳分離該反應混合物，凝膠提取包含該|3-法呢烯合成酶編碼序列的約1.7kbDNA片段，將分離的DNA片段連接至pTrc99A載體的Wm/限制性位點，從而獲得表達質粒pAM373(參見圖7的質粒圖譜)。表達質粒pAM342可通過將針對在大腸桿菌中表達進行密碼子優化的編碼挪威雲杉a-法呢蜂合成酶(GeiiBank登錄號'AY473627,REGION:24..1766)的核苷酸序列插入載體pTrc99A後生成。編碼a-法呢烯合成酶的核苷酸序列可通過以SEQIDNO:9為模板合成得到，並採用引物C(SEQII.)NO:88)和引物D(SEQIDNO:89)為引物從DNA合成構建體通過PCR進行擴增。使用iVco/和&c/限制性內切酶完全消化所得的PCR產物，通過凝膠電泳分離該反應混合物，凝膠提取包含該a-法呢烯合成酶編碼序列的約1.7kbI)NA片段，將分離的DNA片段連接至pTrc99A載體的./Vco/&c/限制性位點，從而獲得表達質粒pAM342(參見圖7的質粒圖譜)。表達質粒pAM341和pAM:353可通過分別將編碼a-法呢烯合成酶或卩-法呢蹄合成酶的核苷酸序列插入載體p:RS425-Gail後生成(Mu.mbERG等人，(1994)Nud.Acids.Res.22(25):5767-5768)。該核苷酸序列插入物可採用經過均針對在釀酒酵母中表達進行密碼子優化的挪威雲杉ct-法呢烯合成酶基因(GenBank登錄號AY473627,REGION:24..1766)編碼序列或青蒿素卩-法呢雄合成酶基因(Gen.Bank登錄號AY835398)編碼序列(分別為SEQIDNO:11和IO)作為模板合成得到。該合成得到的核苷酸序列被5'5朋/附和3'屈o./83限制性位點包夾，因此可被克隆進入克隆載體(例如標準pUC或pACYC來源栽體)的相容限制性位點,」每種合成生成的核苷酸序列可採用和A7w./限制性內切酶將該DNA合成構建休消化完全後分離得到。通過凝膠電泳分離反應混合物，凝膠提取包含該a-法呢晞合成酶或P-法呢蹄合成酶編碼序列的約1.7kbDNA片段，將分離的:DNA片段連接至pRS425-Gall栽體的限制性位點，從而分別獲得表達質粒pAM341或pAM353。表達質粒pAM404可通過將針對在釀酒酵母中表達進行密碼子優化的編碼青蒿素f3-法呢烯合成酶(GenBank登錄號AY835398)的核苷酸序列插入載體pAM178後生成。採用'〗i物GW-52-84pAM326(SEQIDNO:90)和GW-52-84pAM326Me/(SEQIDNO:91)從pAM353PCR擴增編碼卩-法呢烯合成酶的核苷酸序列。使用S〃w州和A%e/限制性內切晦完全消化所得的PCR產物，通過凝膠電泳分離該反應混合物，凝膠提取包含該P-法呢蟑合成酶編碼序列的約1.7kbDNA片段，將分離的DNA片段連接至pAM178載體的限制性位點,從而獲得表達質粒pAM404(參見圖8的質粒圖譜)。實施例6本實施例描述了可用於本發明的大腸桿菌宿主菌抹的生成。如表6所述，可通過實施例1至3和實施例5的一種或多種表達質粒將化學感受態大腸桿菌親代細胞轉化生成宿主菌抹。84表6大腸桿菌宿主菌才朱tableseeoriginaldocumentpage85在含有抗生素的LuriaBertoni(LB)瓊脂上選擇宿主細胞轉化體。將單克隆從LB瓊脂轉移至含有5mL的LB液體培養基和抗生素的培養管中。在250rpm的旋轉振蕩器上於37°C下孵育B526、B552和B592宿主細胞轉化體，直至生長至靜止期。在250卬m的旋轉振蕩器上於3(TC下孵育B650、B651、B652和B653宿主細胞轉化體30小時。通過將細胞在含有0.8%葡萄糖和抗生素的M9-M(:)PS培養基(M9-MOPS培養基的組分可參見表7)中連續傳代4至5輪，使細胞適應最少培養基.。將含於由4uL無菌5M甘油和600uL液體培養基組成的1m:L儲存液中的細胞儲存在-8°C下的冷凍小瓶中。表7M9-MOPS培養基的組成組分量(每升)12.8gKH2P04■3緊，"NaC豕0.3g1g輸，........20,1'mmirf碌胺素MOPS緩沖液I5M7.,43、7ugM，BO4"u緊€:載,lug2,.4贈l".g2,，FeSO40,28rag實施例7本實施例描述了可用於本發明的釀酒酵母菌林的生成。為了製備釀酒酵母菌抹Y141和Y140，通過在卓富培養基中培養來從釀酒酵母菌抹EPY224去除表達質粒(Ro等人(2006)Nature440:940-943;:PCT專利公布WO2007/005604)，獲得菌抹EPY3。然後以表達質粒pAM341或pAM353轉化菌抹EPY3(:)，分別獲得宿主菌棘Y141或Y亂在含有2%葡萄糖和除亮氨酸外所有胺基酸的合成的確定組分培養基(SM-glu)上選擇宿主細胞轉化體。將單個克隆轉移至含有5mL缺乏亮氨酸的液體SM-g:!u的培養瓶中，並在3(TC下振蕩孵育該培養物直至達到靜止期。將含於由400uL無菌50M甘油和600uL液體培養基組成的1mL儲存液中的細胞儲存在-80°C下的冷凍d、瓶中o為製備釀酒酵母菌抹Y258，通過以釀酒酵母ME73啟動子替換E.RG9啟動子，並以光滑念珠菌LEO基因(Cg丄M72)替換爿D五/ORF製備釀酒酵86母菌株CEN.PK2-1C(Y2)(MATA;ura3-52;trpl-289;leu2-3,H2;:his3A1;MA:L2-8C;SUC2)和CEN.PK2-1D(Y03)(MATot;ura3-52;trpi-289;ieu2-3,112;his3Al;MAL2-8C;SU(:2),以用於導入可誘導的MEV途徑基因(vanDijken等人(2000)EnzymeMici'ob.Technol.26(9-1):76-714)。這可通過如下步驟實現使用引物50-56-pw100-G(SEQIDNO:93)和50-56-pwl01-G(SEQ:[DNO:94)PCR擴增栽體pAM328的KanMX-PMET3區(其包含與天然啟動子同源的45個鹼基對)，使用40%w/w聚乙二醇3350(Sigma-Aldrich，St.Louis,MO)、100mM醋酸鋰(Sigma-Aldrich，St.Louis，MO)以及10ug鮭魚精子DNA(InvitrogenCorp.，Cadsbad，CA)將10ug所得的PCR產物轉化進入指數生長的Y002和Y003細胞，將該細胞在30"C下孵育30分鐘後在42"C下熱衝擊30分鐘(Schiestl和Gietz.(1989)Cm'r.Genet.16,339-346)。陽性重組體可通過其在含有0.5ug/m—L遺傳黴素(Geneticin)(InvitrogenCorp.，Carlsbad，CA)的牟富培養基上生長的能力進行鑑定，並可通過診斷性PCR對所選的克隆進行確認~所得克隆命名為Y93(MATA)和Y94(MATa)。然後使用引物61-67-CPK066-G(SEQIDNO:95)和61-67-CPK067-G(SEQIDNO:96)從光滑念珠菌基因組DNA(ATC(:，Manassas,VA)擴增該3.5kbCgLM:/2基因組基因座(其包含與，4Z)￡/ORF同源的50個鹼基對)，將10ug所得的PCR產物轉化進入指數生長的Y93和Y94細胞，選擇在沒有亮氨酸添加下生長的陽性重組體，並通過診斷PCR確認所選的克隆。所得克隆命名為Y176(MATA)和Y177(MAT(x)。然後通過使用屍附e/限制性內切酶(NewEnglandBiolabs，Beverly,MA)消化2ug的pAM491和pAM495質粒DNA，並將該純化的DNA插入物導入指數生長的YJ76細胞得到菌抹Y88。選擇可在缺乏尿嘧啶和組氨酸的培養基上生長的陽性重組體，並通過診斷性PCR確認整合進入正確的基因組基因座。然後通過使用屍附e/限制性內切酶消化2ug的pAM489和pAM497質粒DNA，並將該純化的DNA插入物導入指數生長的Y177細胞得到菌抹Y189。選擇可在缺乏尿嘧啶和組氨酸的培養基上生長的陽性重組體，並通過診斷性:PC:R確認整合進入正確的基因組基因座。為了生成菌抹Y238,接著將來自菌抹Y188和Y189的約1Xl(f細胞在YPD培養板上室溫下混合6小時進行接合，然後將混合的細胞培養物塗覆在缺乏組氨酸、尿嘧啶和色氨酸的培養基上生長來選擇二倍體細胞。然後以被屍we/限制性內切酶完全消化的2ug的pAM493質粒DNA轉化該二倍體細胞，並將純化的DNA插入物導入指數生長的二倍體細胞。選擇可在缺乏腺嘌呤的培養基上生長的陽性重組體，並通過診斷性PCR確認整合進入正確的基因組基因座。單倍體菌抹Y—21l(MATot)可通過如下方式生成在2%醋酸鉀和0.02%棉子糖液體培養基中使菌株Y238形成孢子，採用SingerInstrumentsMSM300系列顯微操作儀(SingerInstrumentLTD，Somerset,UK)分離約200個遺傳四分體，通過在缺乏腺噤呤、組氨酸、尿嘧啶和色氨酸的培養基中生長的能力鑑定包含誘導的遺傳物質的適當補體的獨立遺傳分離物，並通過診斷性PCR確認所有誘導的DNA的整合。最後，通過以pAM404質粒:D:NA轉化菌抹Y211.得到宿主菌抹Y258。在含有2%葡萄糖和除亮氨酸外的所有胺基酸的合成的確定組分培養基(SM-glu)上選擇宿主細胞轉化體。將單個克隆轉移至含有5mL缺乏亮氨酸的液體SM-glu的培養瓶中，並在3CTC下振蕩孵育該培養物直至達到靜止期。將含於由400u:L無菌50%甘油和600uL液體培養基組成的1mL儲存液中的細胞儲存在-8(rc下的冷凍小瓶中。實施例8本實施例描述了在大腸桿菌宿主菌株中通過MEV途徑生成a-法呢烯和(3-法呢烯。將宿主菌抹B552和B592的等分儲液各自添加至單獨的含有25m:LM9-MOPS、0.8%葡萄糖、0.5%酵母提取物以及表6中所述的抗生素的125mL燒瓶中，並生長過夜，以形成各宿主菌林的接種培養物。該接種培養物可用於以約0.05的初始OD柳)接種單獨的含有40mLM9-MOPS、2%葡萄糖、0.5%酵母提取物、以及抗生素的250mL燒瓶。在250卬m的旋轉振蕩器上於30。C下孵育培養物直至其達到約0.2的OD,、此時通過向培養基添加40uL的1MIPTG誘導宿主細胞中的法呢烯的生成、在誘導時，在培養物上覆蓋8mL的有機覆蓋物(organicoverlay)以捕獲法呢烯。每24小時通過將2-10uL的該有機覆蓋物轉移至含有1mL乙酸乙酯，並添加了反式丁香烯作為內標的清潔玻璃瓶中以完成採樣。在配有Agilent5975質譜的Agilent6890N氣象色譜儀(GC/MS)(AgilentTechnologiesInc.,PaloA.lto，CA)上以全離予掃描模式(50-5(X)m/z)分析該乙酸乙酯樣本.。在採用HP-5:MS柱(AgilentTechnologies,Inc.,PaloAlto,CA)、氦載氣以及如下溫度程序分離luL的各種樣本中的化合物150"C維持3分鐘，以25"C/分鐘升溫至的20(TC溫度，以60"C/分鐘升溫至30CTC,並300"C下維持1分鐘。使用該方案，已顯示P-法呢烯具有4.33分鐘的保留時間。法呢烯滴度可通過將生成的峰面積與含於添加反式丁香蹄的乙酸乙酯中的純j3—法呢蜂(Sigma-AlckichChemicalCompany,St.Louis,M(:))的定量校正曲線進行比較後計算得到。宿主菌株:B592在120小時生成了約4mg/L的a-法呢烯(3個獨立克隆的平均值；在時間點0誘導)，並具有約46mg/L/OD柳)的最大單位生產率(1個代表性克隆)。宿主菌抹B552在120小時生成了約LIg/L的P-法呢烯(3個獨立克隆的平均值)，並具有約％mg/L/D柳)的最大單位生產率(1個代表性克隆)。實施例9本實施例描述了在大腸桿菌宿主菌抹中通過DXP途徑生成(3-法呢烯。將宿主菌抹B650、B65J、B652和B653的等分儲液各自添加至單獨的含有25mLM9-MOPS、0,8%葡萄糖、0.5%酵母提取.物、以及表6中所述的抗生素的125mL燒瓶中，並生長過夜，以形成各菌抹的接種培養物。該接種培養物可用於以約0.05的初始D柳接種舉獨的含有40mLM9-M(:)PS、45ug/mL硫胺素、微量營養素、U):E-5molFeS(:)4、O.IMM:PS、2%葡萄糖、.5%酵母提取物、以及抗生素的250m:L燒瓶。在250rprn的潮溫孵育振蕩器上於3"C下孵育培養物直至其達到約0.2至0.3的(:)D60,此時通過向培養基添加40uL的1MIPTG誘導宿主細胞中的法呢烯的生成。在誘導時，在培養物上覆蓋8mL的有機覆蓋物(organicoverlay)以捕獲p-法呢烯。通過將上層有機覆蓋物的100uL樣本轉移至清潔的管中以獲取不同時間點的樣本。離心該管以分離任意殘留的細胞或培養基，將10uL該有機覆蓋物樣本轉移至清潔玻璃瓶中500uL乙酸乙酯中，以卩或反式丁香烯作為內標。將混合物渦旋30秒，然後參照實施例8所述進行分析。90宿主菌抹B653生成了約7mg/gD(::'W的(3-法呢婦(I:)CW指"細胞乾重")。實施例10本.實施例描述了在釀酒酵母宿主菌抹中生成a-法呢蹄和p-法呢烯。將宿主菌抹Y14i、Y140和Y258的等分儲液各自添加至單獨的含有缺乏亮氨酸的25mLSM-glu的125niL燒瓶中，並生長過夜，以形成各菌林的接種培養物。該接種培養物可用於以約0.05的初始OD癒,接種單獨的250mL帶擋板燒瓶，該燒瓶包含含有0.2%葡萄糖和1.8%半乳糖，缺乏亮氨酸的40mL合成的組分明確培養基。在200rpm的旋轉振蕩器上於30°C下孵育培養物。以8mL的十二烷覆蓋Y141和Y140培養物；以8mL的異丙基十四酸酯覆蓋Y258培養物。每24小時採集Y〖41和Y140培養物的樣本，直至120小時，而Y258培養物的樣本可通過在誘導後72小時將2uL至10uL的有機覆蓋物轉移至5(0(0uL乙酸乙酯的清潔玻璃瓶中來採集，以p或反式丁香烯作為內標。YI41和Y140樣本可參照實施例8所述進行分析，而該Y258樣本可參照實施例11所述進行分析。宿主菌抹Y1.41在120小時生成了約9.8mg/L的a-法呢烯(3個獨立克隆的平均值)，並具有約3mg/L/0:D6(,的最大單位生產率(1個代表性克隆)。宿主菌林Y140在120小時生成了約56mg/L的p-法呢晞(3個獨立克隆的平均值.)，並具有約20mg/L/OD綱的最大單位生產率(1個代表性克隆)。宿主菌抹Y258在72小時生成了約762mg/L的卩-法呢蜂(3個獨立克隆的平均值>,並具有約145mg/L/OD柳)的最大單位生產率(1個代表性克隆)。91實施例11本實施例描述了在有氧、氮限制、補料分批培養條件下在大腸軒菌宿主菌抹中生成P-法呢蹄。將宿主菌抹B526的等分儲液添加至含有50mLM9-M(:)PS培養基和抗生素的250m:L燒瓶中,並在250rpm的旋轉振蕩器上於3'7。C下孵育該培養物過夜，以形成用於發酵的宿主菌抹B526的接種培養物。該接種培養物可用於以約的初始OD柳)接種含有40mLM9-:MOPS培養基和抗生素的250mL燒瓶。在250rpm的旋轉振蕩器上於37"C下再次孵育該培養物，直至其達到約3至5的OD600。表8顯示了發酵批次070522-l(氮過量)和070522-5(氮限制)的最終培養基組成。將兩個生物反應器(2LApplikonBk)consoleADI1025,帶有ADI1010控制器，AppiikonBiotechnology,FosterCity,CA)中的整批培養基分別在12rC下加熱30分鐘滅菌。將滅菌後的添加物(PSA)和抗生素(終濃度100ug/L的羧千青黴素和終濃度34ug/L的氯黴素)無菌過濾怍為儲備液，並通過頂板注入各生物反應器。所有的痕量金屬被合併並預製備為濃縮溶液(表9)，添加至該PSA或投料培養基。各發酵批次的起始體積為1L。所有的批次均通過經頂板注入50mL接種培養物(5%(v/v))進行接種。92表8發酵培養基的組成tableseeoriginaldocumentpage93表9痕量金屬溶液的組成tableseeoriginaldocumentpage93當初始葡萄糖團(15g)被消耗時啟動具有6小時倍增時間的指數期葡萄糖投料，並注入溶解氧。在最大為31g/hr的前提下，將發酵罐軟體(BioXpert、ApplikonBiotechnology,FosterCity,CA)編程成參照如下方程計算紹率/i=0,12'其中nv是底物質量流速(g/hi-)，p是比生長速率，1是初始的葡耗盡的時間，So是初始底物濃度。達到最大速率時，葡萄糖給料被減少至l丄7g/hr的it率，並在該發S牟-餘匕次的剩餘時間內保持該速率恆定。在30"C的降低溫度下進行發酵；生物反應器內的氣流設定為1vvm;初始攪拌為700rpm;通過Biosp腿ex消泡劑200K控制泡沫;使用高落攪拌(700-1,200卬rn)和氧富集將溶解氧張力控制在40M;使用9.9NNH4OH(2份濃縮的NH4H,i份〖.12(:))將pH維持在7,在NOVA:Bk)pro:〖11e300分析儀(NovaBiomedicalCorp.,Waltham，MA)上參照生產商的說明檢測氨.在約30的(:)D柳)下通過向所述培養基添加1mL的1M.I:PTG誘導宿主細胞生成[3-法呢烯。通過使排出的氣體經過含有200m.L庚醇的氣洗儀捕獲揮發的P-法呢烯。然後將該庚醇溶液稀釋至乙酸乙酯(稀釋因子K)X)。可溶性P-法呢晞可通過如下方式從發酵液中萃取將50uL發酵液與950uLHPLC級甲醇混合，在FisherVortex.Genie2'頂混合器(ScientificIndustries，Inc.,Bohemia,NY)上以最大速度振蕩該樣本約30分鐘，14,000Xg離心IO分鐘從該樣本獲取細胞碎片團，並將該乙腈溶液在玻璃HPLC瓶中用9卯uLHPLC級乙酸乙酯稀釋。在配備了火焰離子化檢測器(GCFID)的Agilent6890NNetwork氣象色譜系統(AgilentTechnologies，Inc.,PaloAlto，CA)上分析該乙酸乙酯樣本。注射1.uL等分的各樣本，採用DBi-MS柱(30mX250umX0.25um;AgjlentTechnologies,I.nc,，PaloAlto,CA)，氦載氣以及如下的溫度程序分離該樣本中含有的化合物2or維持i分鐘，以1(rc/分鐘升溫至23(rc,以4(rc/分鐘升溫至3(rc，並3。C下維持1分鐘使用該方案，已顯示卩-法呢'蹄具有4.33分鐘的保留時間。法呢婦滴度可通過將生成的峰面積與含於添加了反式丁香烯的乙酸乙酯(作為內標)中的純p-法呢烯(Sigma-A!drichChemical.Company,St.Louis,M:O)的定量校正曲線進行比較後計算得到。發酵批次070522-5(氮限制)比批次070522-l(氮過量)顯示了更低的細胞培養密度和更高的P-法呢烯滴度。發酵批次070522-5(氮限制)在50小時內消耗了發酵培養基中所有的銨，而批次070522-1(氮過量)在所有採樣的時間點均含有過f的銨。如表l所示，兩個發酵批次中均在培養液中包含了生成的大部分(3-法呢歸。表10在生物反應器和氣體洗滌器之間的法呢烯分布發酵批次位￡體積滴度(g&)P-法呢烯fe》佔重量的％0仍22！(N過量)發酵液i:2，4328.797.2%(N過量)庚醇0.24,1仏8070S22-5(N過景)《酵液223.647.2亂1%OTOSM-S(N限制')發酵液|0.2《S0.91.9%實施例12本實施例描述了大腸桿菌宿主菌抹培養物中的p-法呢婦分布的測定。將由發酵批次070522-1經65.5小時培養(參見實施例1)後獲得的冷凍全細胞培養液(WCB)在環境溫度下融解。將1.4mL的WCB置-f2mL帶刻度的按蓋管(snap-captube)中，並在懸杯式離心機(swingingcuprotor)上以10,600RCF離心10分鐘。離心後，可在管中見到三個不同的層細胞團、上清液、以及有機固體(輕固體)層。在將管子傾斜時，可在該有機固體上方見到另--液體(輕液體)層(可能是穿過該輕固體的上清液)。將輕液體吸取至單獨的管子；使用吸管尖端將輕固體轉移至單獨的管子並稱重'；將上清液傾倒入單獨的管子並重新離心以去除所有的細胞碎片；並將細胞團重懸浮於去離子水中，所得體積為1.4m:L。對每一層採用H::PLC級甲醇進行萃取，以參照實施例11.所述進行GCF〗:D分析。約50%在培養中生成的j3-法呢烯存在於該輕固體中。約32%所生成的卩-法呢烯位於各層中，無法確定，這可能是由於微量體積操作困難所導致。95表ll萃取比例和產物分布位置曱醇稀釋乙酸乙酯稀釋p-法呢烯(mg/mL.)體積p-法呢烯(mg)WCB20咖24.10，，4wjL33.74輕液體20柳12,i40.01mL0.12細胞團20253.641,4mL5.09輕固體(以^L量計)l加O326,75謹,4g上;f液2000鄰1.07mL實》包例13本實施例描述了由a-法呢烯氳化得到法呢烷。將a-法呢烯(204g，1mole，255mL)添加至含有10%Pd/C(5g，a-法呢烯重量的5%)的500mLPa]T高壓容器中。將反應容器密封，通過吸塵器抽真空5分鐘，然後在25'C下以H2將該反應混合物增壓至35psi。振蕩該反應混合物，直至未觀察到H2壓力的進一步下降(約16小時)。通過吸塵器將多餘的H2氣體移除，排放至N2大氣中。薄層層析("TLC"，R，0.95，己烷，對茴香醛染色或碘)顯示了所述反應物完全消失.:.經矽膠(60A，來自Aldrich)墊真空過濾該反應物組分，然後以己烷(2L)從矽膠上洗滌。以旋轉蒸發儀濃縮該濾出液。進一步真空乾燥分離的產物，以去除殘留己烷，得到無色液體狀的法呢烷(195g，244mL，95%)。'H-NMR(CDC13，5MHz):51,56-U1加，HH)，0,88-0.79(重疊t&d,15H).實施例14本實施例描述了將3,7，11-三甲基十二烷-2,6,10-三烯-1-醇或法呢醇氫化為3,7,11-三甲基十二烷-l-醇。將法呢醇(572g，2.58摩爾，650mL)添加至含有10%Pd/C(23g，法呢醇重量的4%)的1000mLParr高壓容器。將反應容器密封，通過吸塵器96抽真空5分鐘，然後以H2將該反應混合物增壓至〗psi。在25"C下攪拌該反應混合物，並在約12小時後通過薄層層析("T:L(::"'，Rf=.32，:H:)己烷乙酸乙酯)判斷反應完全。將反應容器在真空下減壓，然後通過N2氣。經矽膠(60人，來自Aldrich)墊真空過濾該反應物組分，然後以乙酸乙酯("EtOAc"，3L)從矽膠上洗滌。以旋辨蒸發儀濃縮該濾出液。將分離的產物在高真空下進一步千燥以去除任意殘留的EtOAc，提供淺黃色粘稠液體狀的3,7，1〗-三甲基十二烷-l陽醇。':H-NMR(CDC1:"500MHz):53.71(nm，2H)，1.65-1.05(ra，17H)，0.89-0.83(重疊t&d，12H).實施例15本實施例描述了從3,7,11-三甲基十二烷-1-醇合成3,7,1.-三甲基十二烷乙酯。在25。C下向攪拌中的3,7,11-三甲基十二烷-l-醇(542g,2.38摩爾)的(::1-{2(〕12溶液(1500mL)添加乙酸酐(267g，2.63mol,247m:L)，然後添加三乙胺(36g，3.57mol，497m:L)，以生成無色溶液。在環境溫度下繼續攪拌約12小時，然後生成深鏽色的溶液。TLC(Rf=0.32，96:4己烷乙酸乙酯)分忻判斷反應完全。按如下方式終止反應，並處理。旋轉蒸發濃縮反應組分以去除CH:2Cb,並以Et(〕Ac(2L)稀釋。以H:2(3X,1L)洗滌有機層，然後倒入錐形瓶。添加脫色木炭(20g)，攪拌15分鐘，經Celite床過濾，以EtOAc(2:L)洗滌生成淺黃色濾出液。旋轉蒸發濃縮濾出液，並在真空下進一步乾燥得到淺黃色粘稠液體狀的3,7,11-三甲基十二烷乙酯。'H-NMR(CDCl3，500MHz):S4.ll(t,2H)，2.04(s,3H)，1.62:1.09(m，17H)0.91-0.83(重疊t&d，12H).實施例16本實施洌描述了將徵生物來源的P-法呢烯氫化為法呢烷。將P-法呢烯(5.014g的KJF-41-1.20-05和KJF-41-120-06)裝入玻璃耐壓瓶,向瓶中添加101mg10%碳載鈀(Sigma-Aldric:h#205699-50G)。將燒瓶抽真空10分鐘，然後在振蕩下以氳氣(AirgasUHP)增壓至55psi。8分鐘後，排除氫氣，以氫氣將容器增壓至53psi，然後在16分鐘內排除。停止振蕩，然後將燒瓶在53psi下開放至4L氳氣鋼瓶48小時以上。使用Fene-Fane-Split100方法以GC/MS進行分析顯示反應完全，然後將燒瓶增壓至52psi，並振蕩過夜。在隨後數天內，當壓力下降至48psi以下時，將反應重新增壓至48psi。當GC/MS分析顯示反應依然未完全時，添加另外101mg的相同碳載鈀，再次將反應增壓至48psi。17分鐘後,氫氣消耗完全，再將其增壓至48psL在隨後數天內，當壓力下降至48psi以下時，將反應重新增壓至48psi，直至GC/MS分析顯示反應完全。在多空漏鬥上使用矽膠濾走該催化劑，獲得L47g無色油。使用GC/FI:D分析產物顯示產物純度為99.42%。實施例17本實施例描述了P-法呢烯大規模氫化生成法呢烷。向2加侖的反應器添加4kg(4.65L=〗,23加侖)法呢烯液體和24g的10wt.%Pd/C(千)催化劑.,由此得到5.J6g/L的初始催化劑裝載量。將容器密封，以氮氣清洗，然後抽真空。開始攪拌，並以100psig連續添加壓縮氫氣。將反應器加熱至8(TC。23小時後，採集樣本進行分忻。經GC-FID檢測該法呢烷濃度為45.87%。另外4小時後，採集第二個樣本並進行分析。經GC-FID檢測該法呢烷濃度98為47%。冷卻該反應器，開啟，添加10g10wt.%Pd/(:(千)催化劑(總計34g)。使反應器返回上述反應條件。24小時後，採集第三個樣本並進行分忻c經GC-FII:)檢測該法呢烷濃度為67.86%。冷卻該反應器，開啟，添加24g10wt.%Pd/C(千)催化劑(總計58g)。使反應器返回上述反應條件。24小時後，採集第四個樣本並進行分析。經GC-FI:D檢測該法呢烷濃度為97.27%。冷卻該反應器，開啟，添加lg10wt，oPd/C(千)催化劑(總計68g)。使反應器返回上述反應條件。24小時後，採集第五個樣本和最終樣本並進行分析。經GC-FID檢測最終法呢烷濃度為99.71%(:冷卻該反應器，通風，開啟。然後使用0.5微米過濾筒過濾該反應混合物，以l加侖玻璃瓶收集。總/￡應時間約為96小時。基於前述批次的經驗，對該流程進行修改，以進行後續的批次。向2加侖的反應器添加4kg(4.65L=L23加侖)法呢烯液體和75g的iwt.%Pd/C(幹)催化劑。由此得到16.13g/L的初始催化劑裝栽量。將容器密封，以氮氣清洗，然後抽真空.開始攪拌，並以100psig連續添加壓縮氫氣。將反應器加熱至8(rC。總反應時間約為48小時。經GC-FID檢測最終法呢烷濃度為99.76%。冷卻該反應器，通風，開啟。然後使用0.5微米過濾筒過濾該反應混合物，以1加侖玻璃瓶收集。如果需要，該產物可通過蒸餾進一步純化。如下提供了示範性的1L蒸餾方案。將約1L的法呢烷裝入2L圓底燒瓶，該燒瓶上具有水冷蒸餾頭和與該接頭連接的Vigreaux柱。攪拌液體，並抽真空至14Toir。此時，將該液體加熱至155"C，將燒瓶包在具有4S箔的玻璃棉中。在加熱時，液體由澄清變為淺黃色。在120'C下開始出現蒸汽。在蒸餾終止前收集了約950n止的澄清法呢烷。本實施例描述了9%的超低疏柴油(2號柴油，達到ASTM1)975標準)與10%的包含3,7,H-三甲基十二烷基乙S旨和法呢烷的混合物的混合產品的屬性。該種混合物主要包含3,7丄1-三甲基十二烷基乙酯，存在少量法呢烷。表12ASTM測試方法卯。/。ULSD和10%法呢烷以及3，7，11-三甲基十二烷基乙酸酯十六烷值細3冷濾堵塞點(t;)D6371:<-22濁點('c)D2500<-22傾點('c)訴7<-2440'C下的粘度D44S3,594實施例19本實施例描述了從Whitting(ln.dia.na)的BP煉油廠或Carson(California)的BP煉油廣獲得的超低疏柴油中不同量的法呢烷的檢測。來自BPCarson煉油廣的柴油是CARB燃料，其滿足美國加州空氣資源理事會(Cali腦iaAirResourcesBoard)要求。儘管在煉油過程中常向CARB燃料添加潤滑劑，但該CARB燃料樣本在添加任何潤滑劑之前獲得。圖9和10顯示了與來自該煉油廠的柴油燃料混合的不同量法呢烷的測試數據。圖11A-B顯示了測試的各種燃料和混合物的蒸餾曲線。實施例20100本實施例描述了在石油柴油(具有數千種單獨化合物的複雜混合物)中天然發現的法呢烷的量的測定。這些化合物中多數為Cur"(:22烴類，且通常為石蟲t族、環烷和芳香族烴類。將柴油樣本在己烷中稀釋，然後參照Zielinsk.a等人，J.Air&WasteManage.Assoc.54:1138-1150(2004)所述以GC-MS測定。表13顯示的結果一,{立為ug/m:L、wt.%#口vol,%。表..13tableseeoriginaldocumentpage101除了表13最後兩種樣本外，所有的柴油樣本為從加油站購買的柴油燃料。該2號柴油來自於BPWhiting煉油廣。該CARB柴油來自於BPCarson煉油廠，且不含潤滑性能改進劑。'實施例21本實施例描述了向法呢烷與自於BPWhiting煉油廠的柴油或來自於BPCarson煉油廠的CARB柴油的混合物中添加潤滑性能改進劑。該來自BPWhiting煉油廣的柴油燃料包含200ppm的InfmimiiR6%潤滑性能改進劑(:曾被稱為ECD-1》。向該基礎燃料再添加100ppm，並參照ASTMD6079測試5vol.%、20voli和50volM的法呢烷與該基礎燃料的混合物的潤滑性能。5vol.%、20voi.%和50vol。/o的法呢烷與該基礎燃料的混來自於BPCarson煉油廠的CARB柴油不含潤滑性添加劑,:，向該基礎燃料添加300ppm的lnfmi薩R6%，並參照ASTMD6079測試5vol.0/"20vol.0/"50volo/o和65volM的法呢烷與該基礎燃料的混合物的潤滑性能。5vol.%、20vol.%、50vo!。/。和65volM的混合物的潤滑性能(HFRR鍵6t:)分別為200(im、240「im、280sim以及240pni。》別為300fim、240,以及450降.序列表SEQIDNO1MevT66操縱子(5，to3')GAATTCAAAGGAGGAAAATAAAATGAA(MACTGTCTGATTGTTTCTGCGGTCCGCACGGCGATCGGCAGCTTTAACCiGCTCTTTAGCCMGCACCTCTGCAATCGATCTroCiGTGCGACClGTCATTAAGGCTGTGTGGCTTCACCGTCAATAAGGTTTGCGGCTCTGGCCTGAAGAGCGTGGCCCTGGCAGCACAAGCAGCA.GC03CGATC<3AGTCTC<JTCC<3rJTAC<3<}CG<MAATCGTGCCAC5TTAACGTGGTCACGCGCAAGAAGACGTTCGTTTTCAGCCAGGACGAGTTCCCGAAGGCAAACAGCACCGCGGAC5GCCTTAGGTGCCTTACGCCCAGCCTTTCACAAAGCGGGCACCJGTCACCGCCGGTAATCCGAGCGGCATCCATTM5CGCGCATTAAATCTTATGCCAGCGOCGGCC3TCCCACCAC5CCCTGATGGGCATGGGTCCGAGGCGAACGAGGCGTTTGCAGCGCAGTTCCTGGCGC3TGGGTAAGAATCTGG(XTTCGACACiCGAGAAAGTCAATCTGAACGGTGGCGCGATTGCGTTAGGCCATCCGATTGGTGCAAOCC3GCGCACGCATCTTAGTGACGTTACTGCACGCCATGCAGGCACOCGACAAGACCTTAGOCCTGGCGACCTTATGGCAAAAGACCCGCCCGCAGAACGTTGGCATCAAGGCiCATCCAGATTTATATCCCGACGCAGTCJTGAGACGCTGATTGACAAGAGCAAAAGCGTGAAGTCTCTCTTAATGCAGCTGTTCGGCGACMACA、CTTTTACAAGCCGGACTTCACGAGCGAATACCCGTACGTOGACGGCCACTTCTCTCTGACCTGCTATC'rGAAGGCGCTGGACCAGGTTTATAAGTCTTATAOCAAAAAGGCGATTTCTAAGGGCCTGGTCAGC■GACCCGGCAGGCAGOMCGCCCTGAACGTCCTGAAGTATTTCGACTACAACGTGTTCCATGTCCCOACCTGCAAATTAGTGACCAAATCTTATGGCCGCCTGTTATATAATGATTTCCGTGCCAACCCGCGAACATCGAGAAGACCTTCGTCAACOTCGCGAAGCCGTTCCACAAAGAGCGTOTCGCCCAAAGCCTC5ATCGTCCCC5ACCAACACCK3G"ACATGTATACCGCGTCTGTCTACGOGGCATTCC5CGACiCCTGCTTAGCGGCCAGCCTGTATAGCTGCAAAATTGTCGGCGACGTCCAGCACATCATCAAGGAGCTCGAGTTACGCGAGAATGCGCATCTGAAGAAGAACTTCAAGCCGCAAGGTAGCATCGAGCACCTGCAGAGCGGCGTCTACTACCTCMCGAACArrcACGACAAGTTCCGCCGTTCTTATGACGTCAAAAA^gGC^GCAACACCAAGCAGCTGAAGAACAAGGAAGTTCCAGCGpJGGTCATCCACGCTAAGCOACTACGACCGCOTG'TTTGGCGCGTCCTGCGAGAATGTCATTGGCTACATGCCCJTTACCGC5TTGGGTTAACCAAGGATGGTATGACGCGCGGTCCGGTCOTCCGCTTCCCAACGCTGAAGCGCAGCGGCGCGTCTAAGATTTGGCTGGATTCTGAGGAGGCJCCAAAACGCGATCAAGAAAGCCTTCAACTCTACGAGCCGTTTOSCGCGTTTACAGCATATCCAGACCrcCCTCGCCGGlCGACCTGCTGTrCATGOaCTTGCACCGACAA0AAGCC(3(3CAGCCATTAACTCK3ATTCMK3GTCGCC3GCAAAAGCGTCGTGC1CAAGTTAAATATCGCGAAAAACCTGGTCGGCAGCGCGATGGCGGGCAGCGTGGGTCGCTTTAACGCACATGCAGCGAATCTOGTTACGGCGGTTTTCTTAGCCTTAGGTCAGGACCCAGCCCAAAATGTCGAC3AGCAGCAACTCCATTACCTTAATCAAAGAGG丁TGACGGTCACCTGCGCATCAGCGTTTCTATGCCGTCTATCGAGGTCOGCACGATCGGCGGCGGCACCGTTTTAGAACCGCAAGGTGCGATCCTCOTAAGCTTSEOIDNO:2,pAM52的ato￡fop":mva5V/va^操縱子(5'至3')ATGAAGAACTGTGTGATTGTTTCTGCGGTCCGCACGGCGATCOCiCACiCTTTAACGGCTCTrrAGCCAGCGCGTCAAGCACTGTTAAAATCTCGTCTGGCCGAGACCGTGTGTCGCTTCACCGTCAATAAGGTTTGCGGCTCTGGCCT<3AA<3AGCGTGGCCCTGGCAGCACAAGCGATTCAAGCCCiGTCAG3CACAAAGCATCGTTGCGGGTGGCATGOAGAACATCTCTCTGGCGCCGTACTTATTAGATGCCAAAGCCCGCAGCGGTTATCGCCTGGGCGATGGTCAGCFTGTACGACGTCATCTTACGCGATCGCTTAATGTGGTGCGTTTACGGCOGAAATCGTGCCAGTTAACGTOCn'CACGCGCAAGAAGACCiTrcGTTTTCAGCCAGGACGAGTTCCCGAAGGCAAACAGCACCOCGGAGGCCTTAGGTCCCTTACGCCCAGCCTTTTCATCATGGAA<3AGAGCGCCGCATTAGCAGCGG<}TCTGACCCCATTAGCGCGCATTAAATCTrATGCCAGCGOCGGCGTCCCACCAGCCCTGATOGGCATGGGTCCGGTCCCAGCCACGCAAAAAGCCCTGCAATTAGC(KKJCCTGCAACTGGCCGACA1了GATCTCATCC3AGGCGAACGAGGCGTTTGCAGCGCAGTTCCTC(3CGGTGG(5TAAGAATCTGGGCTTCCiACAGCGAGAAAGTCAATGTOAACGGTGGC;GCGATTGCGTTAOGCCATCCGATTGGTCCAAGCGOCGCACOCATCTTAGTCACGTTACTCCACGCCATGCAGGCACOCGACAAGACCn'AGGCCTGGCGACCTTATGTATTCGTGGCGCTCAAGGTATCCAAAATAAACTTTTACGTTCCAAAGTACTATGTAGACATGGCTAAATTAGCAGAAOCACGCCAAGTAGACCCAAACAAATTTTTAATTGGAATTGGTCAAACTGAAATGGCTGTTAGTCCTCTAAACCAAGACATCGTTTCAATGGGCGCTAACGCTGCTAAGGACATTATAACAGACGAAGATAAAAAGAAAATTGGTATGOTAATTGTCK3CAACTGAATCAGCAGTTGATGCTCCTAAAGCAGCCGCTGTTCAAATTCACAACTTATTAGGTATTCAACCTTTroCACGTTCCTTTGAAATGAAAGAAGCTTGTTATGCTGCAACACCAGCAATTCAATTAGCTAAAGATTATTTAGCAACTAGACCGAATGAAAAAGTATTAGTTATTGCTACAGATACAGCACGTTATGGATTCAATTCAC3GCGC3CGAGCCAACACAAGC5TGCTGGCGCA(3TTCCGATOGTTATTGCACATAATCCAAGCATm'CraCATTAAATCAAGATGCT<3TT<3CTrACAC'roAAGACGTTTATGATTTCTCGCGTCCAACTGGACATAAATATCCATTAGTTGATGGTGCATTATCTAAAGATGCTTATATCCGCTCATTCCAACAAAGCroGAA'roAATACGCAAAACGTCAAGGTAACTCGCTAGCTGACTTCGCATCTCTATGCTTCCATGTTCCATTTACAAAAATCGGTAAAAAGGCATTAGAGTCAATCATTGATAACGCTGATGAAACAACTCAAGAGCGTTTACCTTCAGGATATGAAGATGCTGTAGATTATAACCGTTATGTCGCTAATATTTATACTGGATCATTATATTTAAGCCTAATATCATTACTTGAAAATCGTOATTrACAAGCTOTGAAACAATCGGTTTATTCAGTMTGGCTCAGGTTCAGTTGGTC3AATTTTATAGTGCGACATTAGTTCAAGGCTACAAM5ATCATTTAGATCAAGCTGCGTTTTCATGACGTTCAATTTGACGAAGAACAAGATOCTGTrcATGAAGATCGTCATATTTTCTACATCATCCAAAGTTTAGATAAGAATTTCCGACATTTATCTCGTCAACAAAAGTTACAACAATTGGTAGATAAGCAATGGTTATCAGAAGATCAATTCGACATTTTATTGAATCATCCATTAATTGATGAGGAAGTAGCAAATAGTTTAATTGAAAATGTCATCGCGCAAGGTGCATrACCCGTTGGATTATTACCGAATATCATTGTGGACGATAAOGCATATGTroTACCTATGATGGTGGAAGAOCCTTCAGTTGTCGCT(3CA<3CTAGTTATC<5TGCAAAGCTAGTGAATCAGACTCGCG<MTTTAAAACGGTATCTTCT(3AACGTATTATGATAGGTCAAATCCTCTTTGATGGCGTTGACGATACTGAAAAATTATCAGCAGACATTAAAGCTTTAGAAAAGCAAATTCATAAAATTGCOGATGAGGCATATCCTTCTATTAAAGCGCGTGGTOOTGGTTACCAACGTATAGCTATTGATACATrTCCTCAGCAACAGTrACTATCTTTAAAAGTATTTCTTGATACGAAAGATGCTATGOGCGCTAATATGCTTAATACGATTTTAGAGGCCATAACTGCATnTTAAAAAATGAATCTCCACAAAGCOACATTrTAATGAGTATTTTATCCAATCATOCAACAO104pAM498的ERG20-PGAL-tHMGR插入物(5'至3，)ACAGTTGTTCCACCACCGCCAGCATTGATTCCCTTACAGCCACGCATGGCAGAAGCTACCAAACAACCCTCTGTAGTTGCCA'rroCTATATGATAAGATGTACCAT03ATAACCAAGGGGCCTATAACAAAAGTATAGAGOTATATTAACAATTTTTTGTTGATACTnTATGACATTTGAATAAGAAGTAATAGCGAGGCACATCTGCGTTTCAGGAACGC(3ACCGGTGAAGACCAGGACGCACGGAGGAGAGTCTTTTCCACAACATATAAGTAAGATTAGATATGGATATCTATATGGTGGTATTGCCATGTAATATGATTATTAAACTTCTTTGCGTCCATCCAAAAAAAAAGTAAGAATTTTTGAAAATTCAATATAAATGGC105GrA;Gr3cA了GTGbGAGTAccGrcTGGtAcbGAAcgAGtA-AGwcT一uGMTAGGcAcGSGGAc，15PwAcHGA^ACCAGAc丁GA5TcSCO5cAPGAT玎AGGAGAcAGAA:AcAA:TTGoATAcGGAGGcTTAGAAcccGAGccccAcGA:AATAAccAGAAc<AAGGGATAgGTTTA5GAcAGcAAGPAA:cAcGTA:cccVrcwGTJSCcAwcMcbAcGGGT訂A;A:GcGAACGCATCGCTTTTGGCTTACGGTATGCCTAAGGAAGCATGTGACTGGTATGCCCACTCATTGAAACATACTACTCAGTGCAGCTTCACAGAAACCTCATTCGTTTATTCCCTTGTTTGATTCAGAAGCAGCGAAAGCTTACATTTTATGTTAGCTGGTGGACTGACGCCGTTTAAACSEOIDNO:4tpAM491的ERG13-PGAL-tHMGR插入物(5'至3')ACAATAATTTCAAATCTTTATTTGCATTArn'GAAACTAGGGAAGACAAGCAACGAAACGTTnrGAAAATrTrGAGTATTTTCAATAAATTreTAGAGGACTCAGATATTGAAAAAAAGCTACAGCAATCAACCCTCTGTAGTTCCCATTGGTATATGATAAGATGTACCATCOATAACCAAGGGGCCTATAACACCAACGGGCAAAGGCATGTAACCTATAACATTTTCACAACAAGCGCCAAATACCiCGGTCGTAGTCATAATTTTTATATGGTAAACGATCAGATCCTAATACAGGAOCTTCTCCCAAAATTGAAAGAGCCTTCCTACGTACCGCAACCGCTCTCGTACTATCACCTAATTTTTTCTCCAAAGCGTACAAAGGTAACTTACCGTGAATAACCAAGGCAGCGACCTCTTTGTTCTTCAATTGTTTTGTATTTCCACTACTTAATAATGCTTCTAATrCTTCTAAAGGACGTATTTTCTTATCCAAGCTTTCAATATCGCGGGAATCATCTTCCTCACTAGATGATGAAGGTCCTGATGAGCTCGATTGCGCAGATGATAAACTTTTGACTTTCGATCCAGAAATGACTCTnTATTCGTTAAAACTCGTGTAGAAGCCTTnraTACAGGAGCAGTAAAAGACTTCTTGGTCACTTCAGTCTTCACCAATTGGTCTGCAGCCATTATAGTTTTTTCTCCTTGACGTTAAAGTATAGAGGTATATTAACAATTnTTGTTGATACTTTTATCACATTTGAATAAGAAGTAATACAAACCGAAAATGTTGAAAGTATrAGTTAAAGTGGTTATGCAGCTnTGCATTTATATATCTGT■TAATAGATCAAAAATCATCGCTTCOCTCJATTAATTACCCCAGAAATAAGGCTAAAAAACTAATCGCATTATTATCCTATGGTTGTTAATTTGATTCGTrGATTTCAAGGTTTGTCGGGCCAGG1TACTGCCAATTTTTCCTCTTCATAACCATAAAAGCTAGTATTGTAGAATCTTTATTGTTCGGAOCAGTGCGGCGCGAGGCACATCT(3CGTTTCAGGAACGCGACCGGTGAAGACC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GTACTTT(3CAGTS即DNO:42引物6-67-CP畫4-G(5，至3')GTTTAAACGGCGTCAGTCCACCAGCTAACAS即DMO:43引物61-67-CPK005-G(5，至3')GTTTAAACTTGCTAAATTCGAGTGAAACAC■SEQIDNO:44引物61-67-CPK006-G(5，至3')AAAGATGAATTCAAAAGCTTCCCGGGTATGGACCCTGAAACCACAGSEQIDNO:45引物61-67-CP隨7-G(5'至3')CTGTCGTTTCAGGGTCCATACCCGGGAAGCTTTTCAATTCATCTTTSEQIDNO:46引物61-67-CPK008-G(5，至3')GTTTAAACCCAACAATAATA.ATGTCAGATCSEOIDNO:47引物61-67-CP陽9-G(5，至3，)GTTTAAACTACTCAGTATATTAAGTTTCGASEOIDNO:48引物61-67-CPK010-G(5'至3')ATCTCTCGCAAGAGTCAGACTGACTCCCGGGCGTGAATAAGCTrcGGCTGACCCTTATOGCATTCSEOmNO:49引物61-67-CPK0U-G(5'至3')AGAGAT引物61-67-CPK012-G(5'至3')GTTTAAACAATTTAGTGTCTGCGATGATCASEOIDNO:51引物6-67-CPK013-G(5，至3')GTTTAAACTATTCTGAGGGTCAGTTATTTCSECMDNO:52引物61-67-CPK014alt-G(5，至3，)GCGGGGACGAGGCAAGCTAAACTTTAGmTATTCTTCGAAGAAASEQIDNO:53引物61-67-CPK015alt-G(5，至3，)TTTCTTCGAAGAATATACTAAAGTTTAGCTTGCCTCGTCCCCGCSEQIDNO:54引物61-67-CPK017-G(5'至3')SEQIDNO:55引物61-67-CPKO18-G(5'至3')GTTTAAACGCCGCCGTTGTTGTTATTGTAGSEOIDNO:56引物61-67-CPKO19-G(5'至3')GTTTAAACTTTTCCAATAGGTGGTTAGCAASEOIDNO:57引物61-67-CPK020-G(5，至3')SEQIDNO:58引物61-67-CPK021-G(5'至3')SE(JIDNO:59引物61-67-CPK022-G(5，至3')AATATCATAAAAAAAGAGAATCTTTCCCGGGTCGATGGCGGCGTTAGTATCGAATCGACAGCSEQIDNO:60引物61-67-CPK023-G(5'至3')SEO訓0:61引物61-67-CPK024-G(5，至3')GTTTAAACGTGTTAACGTTTCTTTCGCCTACX3TOGAAGGAGAATCSEOro勵62引物61-67-CPK025-G(5'至3')TCCCCCCGGGTTAAAAAAAATCCTTGCiACTAGTCASEOIDNO:63引物61陽67-CPK031-G(5，至3')TCCCCCCGGGAGTTATGACAATTACAACAACAGAAS即DNO:64引物61-67-CPK032-G(5'至3')TCCCCCCGGGTATATATATATCATTGTTATSEOIDNO:65引物61-67-CPK035-G(5'至3，)TCCCCCCGGGAAAAGTAAGTCAAAAGGCACSEOIDNO:66引物61-67-CPK040-G(5'至3，)TCCCCCCGGGATGGTCTGCTTAAATTTCATSEOIDNO:67引物61-67-CPK041-G(5，至3')TCCCCCCGGGTAGCTTGTACCCATTAAAAGAATTTTATCATGCCGSEOIDNO:68引物6卜67-CPK046-G(5'至3，)118TCCCCCCGGGTTTCTCATTCAAGTGGTAACSEQIDNO:69引物61-67-CPK047-G(5'至3，)■TCCCCCCGGGTAAATAAAGAAAATAAAGTTSEQIDNO:70引物61-67-CPK050-G(5，至3，)AATTTTTGAAAATTCAATATAAATGGCTTCAGAAAAAGAAATTAGGASEQ!關O:71引物61-67-CPK051-G(5，至3，)TCCTAATTTCTTnTCTGAAGCCATTTATATTCAATTTTCAAAAATTSEQIDNO:72引物61-67-CPK052-G(5，至3')SEOIDNO:7.3引物61-67-CPK053-G(5，至3')TAACGTCAAGGAGAAAAAACTATAATGGCTGCAGACCAATTGC'TGAAAACTSEQroNO:74引物61-67-CPK054-G(5'至3，)AATTnTGAAAATTCAATATAAATGAAACTCTCAACTAAACTTTGTTSEO!DNO:75引物61-67-CPK055-G(5'至3')AACAAAGTTTAGTTGAGAGTTTCATTTATATTGAATrrTCAAAAATTSEQIDNO:76引物61-67-CPK056-G(5，至3')AATTTTTGAAAATTCAATATAAA'roTCTCAGAACGTTTACATTOTAT引物61-67-CPK057-G(5'至3')ATACAATGTAAACGTTCT!3AGACATTTATATreAATrr:rCAAAAATTSBOIDMO:7S引物61-67-CPK058-G(5'至3，)TGCAGAAGTMAGAACGGTAATGACATTATAGTTTTTTCTCCTTCACGTTASEO，DNO:79引物61-67-CPK059-G(5'至3')TAACG丁CAAGGAGAAAAAACTATAATGTCATTACCGTTCTTAACTTCTGCASEOID船船引物6卜67-CPK060-G(5'至3，)AATrTTTGAAAATTCAATATAAATGTCAOAGTTGAGACJCCTTCAGTCSEOiDNO:JH引物61-67-CPK061-G(5，至3，)CACTGAAGGCTCTCAACTCTGACATTT織TTGAATTTTCAAAAATTSEO,DNO:82引物61-67-CPK062-G(5'至3')GGTAACOGATGCTGTGTAAACGGTCATTATAGTnTTTCTCCTTGACC3TTASEQID船O引物61-67-CPK063-G(5，至3，)119SEQIDNO:84引物61-67-CPK064-G(5，至3，)AATTTTTGAAAATTCAATATAAATGACTGCCGACAACAATAGTATGCSEQ1DNO:85引物61-67-CPK065-G(5'至3')GCATACTATTGTTGTCGGCAGTCATTTATATTGAATTTTCAAAAATTSEOiDNO:86引物A(5'至3')CCATGGACACTCTGCCGATCTCTTCCGTAAGCSECIDNO:87引物B(5'至3')(JAGCTCTCATACGACCATAGGGTGTACGSEQ1DNO:88引物C(5'至3')CCATGGACCTGGCAGTAGAAATTGCSEQIDNO:89引物D(5'至3')GAGCTCTTACATCGGTACCGGCTCCAGSEQiDNO:卯引物GW-52-84pAM326BamHI(5'至3')TAATAAGGATCCATGTCAACTTTGCCTATTTCSEQiDNO:91引物GW-52-84pAM326Nhel(5'至3')TTATAGCTAGCTCAAACGACCATAGGATGAACSEQIDNO:92引物61-67-CPK016-G(5'至3"SEQIDNO:93引物50-56-pwlOO-G(5'至3，)CSEQIDNO:94引物50-56-pwl01-G(5'至3')S￡QIDNO:95引物61-67-CPK066-G(5'至3')TGACCSEQ1DN0:96引物61-67-CPK067-G(5，至3，)CCAGT120權利要求1.燃料組合物，其包含或荻自一種混合物，該混合物包含(a)具有式(I)或(II)的類異戊二烯化合物或其立體異構體，其中Z為H、O-R或O-C(＝O)R；R為H、烷基、環烷基、芳基、烷芳基或芳烷基，其中該類異戊二烯化合物佔該燃料組合物的總重的約1wt.％至約99wt.％；和(b)燃料組分。2.如權利要求l所述的燃料組^物，其中所迷T9蒸餾溫度為約282X:至約338。C。3.如權利要求i所述的燃料組合物，其中所述類異戊二烯化合物佔該燃料組合物的總重的約5wt.。/。至約90wt.%。4.如權利要求1所述的燃料組合物，其中所述類異戊二烯化合物佔該燃料組合物的總重的至少10wt.%。5.如權利要求1所述的燃料組合物，其中所述類異戊二烯化合物佔該燃料組合物的總f的至少20wt.%.6.如權利要求1所述的燃料組合物，其中所述類)-^二'膝化合物佔該7.如權利要求l所述的燃料組合物，其中該燃料組合物-!t冇基於其總重、￡少於20ppm的硫含量，8.如權利要求1所述的燃料組合物，其中該燃料組合物具有佔其總休積少於20%的芳族含量(.9.如權利要求i所述的燃料組合物，其中該燃料組'&物凡冇大於joor的初沸點，10.如權利要求1所述的燃料組合物，其中該燃料組合物凡冇大於20"C的終遊,點。11.如權利要求i所述的燃料組合物，其中所述初';弗點介於ioo"c和15(TC，且該燃料組合物具有大於30。C的終沐點。12.如權利要求l所述的燃料組合物，其中所述燃料組分來自於石油或13.如權利要求12所述的燃料組合物，其中所述燃料組分包含柴油燃料、^氣燃料、煤油、汽油、或其組合。14.如權利要求1所述的燃料組合物，其中所述燃枓組分包含蒸餾柴油燃料，其中該蒸餾柴油燃料的量至少為該燃扦組合物總f的10%。15.如權利要求1所述的燃料組合物，進一步包含燃科添加劑。16.如權利要求15所述的燃料組合物，其中所述燃料添加劑選自潤滑性能改進劑、抗氧化劑、熱穩定性改進劑、十六烷值增進劑、穩定劑、低溫流動性改進劑、助燃劑、消泡劑、消光霧添加劑、緩蝕劑、防冰劑、嘖射器清潔添加劑、防煙劑、減阻添加劑、金屬減活劑、分散劑、清潔劑、反乳化劑、染料、標記物、防靜電劑、殺蟲劑及其組合。17.如權利要求15所述的燃料組合物，其中所述燃料添加劑為潤滑性改進劑。18.如權利要求1所述的燃扦組合物,其中所迷類異戊二烯化合物為孔有式(IV)的化合物formulaseeoriginaldocumentpage4或其立體異構體、其中R為H、烷基、環烷基、芳基、烷芳基或芳統基19.如權利要求.18，其中所述r為(:'i—(:'3烷基,20.如權利要求19所述的燃料組合物，其中所述R為甲基r21.如權利要求l所述的燃料組合物，其中所述類異戊二J有式(iV)的基本純的化合物(IV),formulaseeoriginaldocumentpage5或其立體異構體，其中r為h、烷基、環烷基、芳基、烷芳基或芳烷基22.燃料組合物，其包含或獲自一種混合物，該混合物包含(a)按體積計至少50%的燃料組分；和(b)按體積計大於.1%但小亍5%的式(i)或(U)的類異戊二烯化合物(〗:i)，或其立體異構體，其中Z為H、(:)-R、或O-C(O)R;:R為H、烷基、環烷基、芳基、烷芳基、或芳烷基。23.如權利要求22所述的燃料組合物，進一步包含燃料添加劑24.如權利要求23所述的燃料組合物，其中所述燃抖添加劑選自潤滑性能改進劑、抗氧化劑、熱穩定性改進劑、十六烷值增進劑、穩定劑、低溫流動性改進劑、助燃劑、消泡劑、消光霧添加劑、緩蝕劑、防冰劑、噴—射器清潔添加劑、防煙劑、減阻添加劑、金屬減活劑、分散劑、清潔劑、良乳化劑、染料、標記物、防靜電劑、殺蟲劑及其組合。25.如權利要求22所述的燃料組合物，其中所述燃料組分為噴氣燃料。26.如權利要求22所述的燃料組合物，其中所述燃料組分為柴油燃料。27.如權利要求22所述的燃料組合物，其中所述柴油燃料為蒸餾柴油燃料。28.如權利要求22所述的燃料組合物，其中所述類異戊二烯化合物為或其立體異構體，其中R為H:、烷基、環烷基、芳基、烷芳基或芳烷基。29,如權利要求28所述的燃料組合物，其中所述類異戊二歸化合物為式(I:V)，其中R為C,-C,烷基o或其立體異構體，其中Z為OH，或30.如權利要求29所述的燃料組合物，其中所述R為甲基。31.製備燃料組合物的方法，其包括將具有式(I)或(I1)的類異戊二^化合物或其立體異構體，與燃料組分、燃料添加劑或其組合相混合，其中Z為H、O-R或0-C^O)R;R為H、烷基、環烷基、芳基、烷芳基、或芳烷基，其中該類異戊二烯化合物佔該燃料組合物的總重的約1wt,W至約99wt,%。32.如權利要求31所述的燃料組合物，其中所述T9蒸餾溫度為約282'C至約338°C。33.如權利要求31所述的燃料組合物，其中所述類異戊二烯化合物的量為該燃料組合物總重的約5wt。/o至約90wt.%。34.如權利要求31所迷的方法，其中所述類異戊二烯化合物由Ci5類異戊二烯起始原料經化學轉化獲得。35.如權利要求34所述的方法，其中所述Ci5類異戊二烯起始原料為或或其立體異構體。36.如權利要求31所述的方法，其中所述燃料組合物具有基於其總重量少於20ppm的疏含量。37.製備燃料的方法，其包括將燃料添加劑與具有式(i)或(n)的類異戊二烯化合物或其立體異構體相混合，其中z為h、(:)-r或(::)-c(K:))R;r為i...:i:、烷基、環烷基、芳基、烷芳基或芳烷基。38.如權利要求37所述的方法，其中所述式(:〖)或(:I1)的類異戊二烯化合物由cl5類異戊二烯起始原料經化學轉化獲得。39.如權利要求38所述的方法，其中所述C15類異戊二烯起始原料可從生物來源獲得。40.如權利要求39所述的方法，其中所述(:|5類異戊二烯起始原料為或其立體異構體，其被氫化或酯化生成formulaseeoriginaldocumentpage9或其立體異構體，其中R為H、烷基、環烷基、芳基、烷芳基或芳烷JL41.如權利要求4所述的方法，其中R為C"C;烷基c42.如權利要求41所述的方法，其中R是甲基,43.如權利要求39所述的方法，其中所述(:|5類異戊二烯起始原料為或其立體弄構體，其被氬化或酯化生成(V)或其立體井構體，其中R為H、烷基、環烷基、芳基、烷芳基或芳烷基,:44.如權利要求43所述的方法，其中R為Ci-C:;烷基.:45.如權利要求44所述的方法，其中R是甲基。46.如權利要求37所述的方法，進一步包括將所述燃料添加劑和所述類異戊二烯化合物與燃料組分相混合。47.如權利要求46所述的方法，其中所述燃料組分為蒸餾柴油燃料。48.由權利要求3749,燃料組合物，其包含或獲自一種混合物，該混合物包含至少兩種不同的化合物或其立體異構體，所述化合物分別獨立地具有式(n)、(iv)或(v):formulaseeoriginaldocumentpage10其中R為C,.Cs烷基，總重的5wt.%。量分別至少佔該燃料組合物50,包括內燃機、與該內燃機連接的燃料箱、以及燃料箱中的如權利要求〗所述的燃料組合物的車輛，其中該燃料組合物用於向該內燃機提供動力。51.如權利要求50所述的車輛，其中所述內燃機為柴油機。52.如權利要求1所述的燃料組合物，其中所述燃料組合物的沸點為282"C至338。C。53.如權利要求1所述的燃料組合物，其中所述燃料組合物的沸點為14(TC至320"C。54.如權利要求l所述的燃料組合物，其中所述燃料組合物的沸點低於約200"C。55.向發動機提供動力的方法，其包括燃燒如權利要求l所述的燃料組合物的步驟。56.包含燃料組分和生物工程化C!5類異戊二烯化合物的燃料組合物。57.通過以微生物製備法呢烯，由該法呢烯製備法呢烷，並由該法呢烷58.包含來自於單糖的燃料組分的燃料組合物。59.如權利要求58所述的燃料組合物，其中所述單糖為葡萄糖、半乳糖、甘露糖、果糖、核糖或其組合。60.由單糖製備燃料組合物的方法，其包括如下步驟(a)在適於生成(::i5類異戊二烯起始原料的條件下，將能夠生成該cl5類異戊二烯起始原料的細胞與所述單糖相接觸；(b)氫化該C15類異戊二烯起始原料，以形成氫化的C!5類異戊二烯化合物;和(C)將該氫化的C!5類異戊二蹄化合物與一種或多種燃料組分或燃料添加劑相混合以製備該燃料組合物。61.如權利要求60所述的方法、其中所述單糖為葡萄糖、半乳糖、甘露糖、果糖、核糖或其組合。全文摘要包含法呢烷(farnesane)和/或法呢烷衍生物以及選自柴油燃料、噴氣燃料、煤油或汽油的常規燃料組分的燃料組合物。該法呢烷或法呢烷衍生物可在該燃料組合物中用作燃料組分或燃料添加劑。該燃料組合物可進一步包含常規燃料添加劑。還披露了該燃料組合物的製備和使用方法。文檔編號C10L10/16GK101553558SQ200780045575公開日2009年10月7日申請日期2007年10月10日優先權日2006年10月10日發明者尼爾·史蒂芬·倫寧格,德裡克·J·麥克菲申請人:阿邁瑞斯生物技術公司