抗菌噬菌體、噬菌體肽及其使用方法

2023-06-01 17:09:21 1

專利名稱：抗菌噬菌體、噬菌體肽及其使用方法
技術領域：
本申請涉及用於治療和控制細菌感染的噬菌體治療的領域。具體地，本發明涉及新的噬菌體 F1245/05, F168/08, F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06 和 F91a/06, 它們的分離的多肽，包含一種或多種所述新的噬菌體和/或分離的多肽的組合物，以及用於治療和預防由下列引起的細菌感染的方法鮑氏不動桿菌(AcinetcAacter baumannii), 糞腸球菌(Enterococcus faecalis)、屎腸球菌(E. faecium)、銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和/或金黃色葡萄球菌Staphylococcus aureus)，所述方法是單獨的或與其它抗菌治療(例如抗生素或其它噬菌體治療)相組合。
3.
背景技術：
噬菌體(噬菌體(Phage))是特異性感染並裂解細菌的病毒。噬菌體治療是由 Felix d'Herelle在二十世紀二十年代提出的使用完整的噬菌體病毒來治療細菌感染性疾病的方法。最初，對噬菌體治療進行了廣泛的探究，並進行了大量的研究來評估噬菌體治療對於治療人類和動物中的細菌感染的潛在可能。早期的成功推動了多種商業上的噬菌體製備物的開發。例如，在1940年，Eli Lilly Company生產了 7種用於人類的噬菌體產品，包括用於治療由葡萄球菌屬Staphylococcus sp.)、大腸桿菌(E. coli)和其它致病細菌引起的不同疾病的噬菌體製備物。這些製備物被用於治療引起膿腫、膿性創傷、陰道炎、急性慢性上呼吸道感染和乳突狀感染的感染。然而，隨著二十世紀四十年代抗生素的發展，西方世界中對於基於噬菌體的治療的興趣下降了。導致這種下降的最重要的因素之一是缺乏標準化的測試程序和生產方法。 由於未能建立用來測試噬菌體治療的工業廣泛標準，所以幹擾了研究結果的文件記錄，導致感覺缺乏功效以及關於噬菌體治療的價值的可靠性的問題。此外，關於生產噬菌體樣品 /樣本的問題使最初的研究和探究複雜化。最初，在嘗試增加噬菌體治療劑的存活性中，使用了各種穩定劑和防腐劑。但是，由於對噬菌體和各種穩定劑的生物學知之甚少，故在嘗試延長噬菌體製備物的存活性時添加的很多成分被證明是對人類有毒的，或者是對長期保存具有不利影響。與噬菌體生產相關的另一個問題是這些病毒的商業製備物的純度等級。那時候，噬菌體治療製備物一般由經目標噬菌體處理的宿主細菌的粗裂解物組成。因此，很多製備物含有現在被認為是不希望的細菌成分的物質，例如內毒素。因此，所述製備物經常伴有副作用，尤其是在通過靜脈內方式接受這些製備物的患者中。然而，在東歐和前蘇聯，對抗生素的獲得是有限的，在那裡，噬菌體治療的開發和使用與抗生素持續並行，或取代抗生
ο然而，隨著細菌的抗生素抗性株的出現，西方世界恢復了對於基於噬菌體的治療的興趣。雖然可能開發新類別的抗生素，但是，「細菌終將對新藥物產生抗性」的展望已加強了對用於控制、預防和治療細菌感染的非化療方法的探尋。對於在臨床環境中使用噬菌體治療有3種主要的基於噬菌體的策略1)施用有毒力的噬菌體；2)使用由噬菌體編碼的內溶素或純化的溶素；3)使用所鑑定的噬菌體的結構蛋白作為用於合成細菌肽多糖的關鍵性酶類的代謝抑制劑。因此，需要開發新的噬菌體和噬菌體產品作為潛在治療劑和預防劑，用於在體內清除致病細菌。具體地，需要能夠裂解醫院的細菌(包括鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌)的噬菌體。由於目前所研究的大部分噬菌體和噬菌體肽顯示出通常局限於它們所分離自的細菌的相關種或亞種的活性，所以新的基於噬菌體的治療在醫院環境中可具有特別的應用，選擇性靶向醫院病原體而不影響正常的周圍菌群。4.發明概述本發明涉及用於治療、預防或管理與由革蘭氏陽性或革蘭氏陰性細菌引起的感染相關的病況的分離的噬菌體和噬菌體來源的分離的抗菌多肽。具體地，本發明的分離的噬菌體或多肽可被用在用於治療、預防或管理由醫院病原體引起的感染的藥物組合物中，所述病原體為例如革蘭氏陽性細菌，包括但不限於糞腸球菌、屎腸球菌、希氏腸球菌 (E.hirae)、鳥腸球菌(E. avium)、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌(S.印idermidis)、耳葡萄球菌(S. auricularis)、頭葡萄球菌(S. capitis)、溶血性葡萄球菌(S. haemolyticus) > 人葡萄球菌(S. hominis)、腐生性葡萄球菌(S. saprophyticus)、模仿葡萄球菌 (S. simulans)和木糖葡萄球菌(S. xylosis)；和/或革蘭氏陰性細菌，包括但不限於鮑氏不動桿菌和銅綠假單胞菌。在一些實施方式中，本發明的藥物組合物用於治療與由細菌的抗生素抗性株(例如金黃色葡萄球菌的甲氧西林抗性株(MRSA))引起的感染相關的病況。在具體的實施方式中，本發明的分離的噬菌體或多肽用於表面治療有此需要的受試者中由醫院病原體引起的感染。在其它實施方式中，本發明的分離的噬菌體或多肽用於診斷源自患者的樣品(例如組織、血液、尿、痰樣品)中的感染性試劑。在其它實施方式中，本發明的分離的噬菌體或多肽被用作用於製備固體表面(包括皮膚或其它表皮表面)的預防性消毒劑或抗感染劑。在一些實施方式中，本發明提供了具有分別包含SEQ ID NO :1或SEQ ID NO 2的核酸序列的基因組並顯示出針對糞腸球菌和/或屎腸球菌的一種或多種菌株的抗菌活性的分離的噬菌體F168/08或F170/08。在其它實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO 3的核酸序列的基因組並顯示出針對銅綠假單胞菌的一種或多種菌株的抗菌活性的分離的噬菌體F770/05。在其它實施方式中，本發明提供了具有分別包含SEQ ID NO :4，SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6或SEQ ID NO :7的核酸序列的基因組並顯示出針對金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性的分離的噬菌體F197/08，F86/06，F87s/06或F91a/06。在其它實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列的基因組並顯示出針對鮑氏不動桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性的分離的噬菌體F1M5/05。
本發明還包括經本發明的一種或多種噬菌體感染的分離的細菌。在具體的實施方式中，本發明提供了經噬菌體感染的分離的糞腸球菌，所述噬菌體具有包含SEQ ID N0:1和 /或SEQ ID NO :2的核酸序列的基因組或由SEQ ID N0:1和/或SEQ ID NO :2的核酸序列組成的基因組。在其它實施方式中，本發明提供了經噬菌體感染的分離的屎腸球菌，所述噬菌體具有包含SEQ ID N0:1和/或SEQ ID NO :2的核酸序列的基因組或由SEQ ID NO: 1和/或SEQ ID NO :2的核酸序列組成的基因組。在其它實施方式中，本發明提供了經噬菌體感染的分離的銅綠假單胞菌，所述噬菌體具有包含SEQ ID NO :3的核酸序列的基因組或由SEQ ID NO :3的核酸序列組成的基因組。在其它實施方式中，本發明提供了經一種或多種噬菌體感染的分離的金黃色葡萄球菌，所述一種或多種噬菌體具有包含SEQ ID NO 4, SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6 禾口 / 或 SEQ ID NO 7 的核酸序列的基因組或由 SEQ ID NO :4， SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6和/或SEQ ID NO :7的核酸序列組成的基因組。在其它實施方式中，本發明提供了經噬菌體感染的分離的鮑氏不動桿菌，所述噬菌體具有包含SEQ ID NO 760的核酸序列的基因組或由SEQ ID NO :760的核酸序列組成的基因組。本發明包括分離自噬菌體F1245/05，F168/08, F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06和/或F91a/06的多肽，所述多肽顯示出針對革蘭氏陽性或革蘭氏陰性細菌(例如鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌)的一個或多個種或菌株的抗菌活性。在具體的實施方式中，本發明的分離自或源自F168/08 或F/170/08的多肽顯示出至少針對糞腸球菌和/或屎腸球菌的抗菌或抗微生物活性(例如溶解殺滅活性)；分離自或源自F770/05的那些至少針對銅綠假單胞菌；分離自或源自 F197/08, F86/06, F87s/06或F91a/06的那些至少針對金黃色葡萄球菌；分離自或源自 F1245/05的那些至少針對鮑氏不動桿菌。在一些實施方式中，本發明的多肽包含分離的內溶素或其片段(例如CHAP結構域)或由分離的內溶素或其片段組成，所述分離的內溶素或其片段顯示出針對細菌(例如革蘭氏陽性細菌或革蘭氏陰性細菌，例如鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌)的一個或多個種或菌株的抗菌活性。在具體的實施方式中，本發明的多肽是分離的溶素蛋白，例如內溶素或尾部溶素，其包含SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :446，SEQ ID NO :447，SEQ ID NO :448， SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的胺基酸序列或由所述胺基酸序列組成。在其它實施方式中，本發明提供了包含選自SEQ ID NO :761至SEQ ID NO :816的胺基酸序列或由所述胺基酸序列組成的多肽。在其它實施方式中，本發明的多肽包含SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184，SEQ ID NO :202, SEQ ID NO 203, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO 447, SEQ ID NO 448, SEQ ID NO :575， SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物具有針對糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的一個或多個菌株的抗菌活性或抗微生物活性(例如溶解殺滅活性)。在根據該實施方式的具體實例中，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184, SEQ ID NO :202 和 / 或 SEQ ID NO :203 的胺基酸序列的變體、片段或衍生物顯示出針對屎腸球菌和/或糞腸球菌的一個或多個菌株的抗細菌或抗微生物活性(例如溶解殺滅活性)。在根據該實施方式的其它實例中，SEQ ID NO :446, SEQ ID NO 447，SEQ ID NO :448，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :641 和 / 或 SEQ ID NO :712 的胺基酸序列的變體、片段或衍生物顯示出針對金黃色葡萄球菌的一個或多個菌株的抗細菌或抗微生物活性(例如溶解殺滅活性)。在具體的實施方式中，本發明的分離的多肽包含SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :446， SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :641 或 SEQ ID NO :712 的 CHAP 結構域或由所述 CHAP 結構域組成。在一些實施方式中，分離的多肽包含SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO :575， SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的CHAP結構域或由所述CHAP結構域組成，例如分別具有 SEQ ID NO :755, SEQ ID NO 756, SEQ ID NO 757, SEQ ID NO :758 或 SEQ ID NO :759 的胺基酸序列。在其它實施方式中，本發明的多肽包含SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756，SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758或SEQ ID NO :759的片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物具有針對糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的至少一個或多個菌株的抗菌活性或抗微生物活性(例如溶解殺滅活性)。在其它實施方式中，本發明的多肽包含SEQ IDNO :761至SEQ ID NO :816的片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物具有針對鮑氏不動桿菌的至少一個或多個菌株的抗菌活性或抗微生物活性(例如溶解殺滅活性)。在其它實施方式中，本發明的多肽包含分離的尾部長度帶測定蛋白或尾部蛋白 (例如尾部成分、尾部纖毛蛋白、吸附相關尾部蛋白)或其片段或由所述蛋白或其片段組成，其具有與其所源自的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌和/或鮑氏不動桿菌的至少一個或多個種或菌株。在具體的實施方式中，本發明的多肽是分離的尾部長度帶測定蛋白或尾部蛋白，其包含下列胺基酸序列或由其組成SEQ ID NO 61, SEQ ID NO 63,SEQ ID NO 204,SEQ ID N0:214，SEQ ID NO 435,SEQ ID NO 438,SEQ ID NO :440， SEQ ID NO :525, SEQ ID NO 526, SEQ ID NO 527, SEQ ID NO 528, SEQ ID NO 529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532，SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534，SEQ ID NO 535，SEQ ID NO :536，SEQ ID NO :537，SEQ ID NO :538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO :567， SEQ ID NO :568,SEQ ID N0:632，SEQ ID N0:633，SEQ ID NO :700,SEQ ID NO :701,SEQ ID NO :702, SEQ ID NO :703，SEQ ID NO :704 或 SEQ ID NO :795。在其它實施方式中，本發明的多肽包含 SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :204，SEQ ID NO :214，SEQ ID NO 435，SEQ ID NO :438，SEQ ID NO :440，SEQ ID NO :525，SEQ ID NO :526，SEQ ID NO :527， SEQ ID NO :528,SEQ ID NO 529,SEQ ID NO 530,SEQ ID N0:531，SEQ ID NO 532,SEQ ID NO :533, SEQ ID NO :534，SEQ ID NO :535，SEQ ID NO :536，SEQ ID NO :537，SEQ ID NO 538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO :567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO :633， SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703，SEQ ID NO :704 或 SEQ ID NO 795的片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物顯示出與其所源自的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌和/或鮑氏不動桿菌的一個或多個菌株。在一些實施方式中，本發明包括SEQ ID NO :61或SEQ ID NO 63的胺基酸序列的變體、片段或衍生物，所述變體、片段或衍生物顯示出與具有包含SEQ ID NO :1的核酸序列或由SEQ ID NO :1的核酸序列組成的基因組的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對糞腸球菌和/或屎腸球菌的一個或多個菌株。在其它實施方式中，本發明包括SEQ ID NO :204或SEQ ID NO :214的胺基酸序列的變體、片段或衍生物，所述變體、片段或衍生物顯示出與具有包含SEQ ID NO :2的核酸序列或由SEQ ID NO :2的核酸序列組成的基因組的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對糞腸球菌和/或屎腸球菌的一個或多個菌株。在一些實施方式中，本發明包括SEQ ID NO :435或SEQ ID NO :438的胺基酸序列的變體、片段或衍生物，所述變體、片段或衍生物顯示出與具有包含SEQ ID NO :3的核酸序列或由SEQ ID NO :3的核酸序列組成的基因組的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對銅綠假單胞菌的一個或多個菌株。在一些實施方式中，本發明包括SEQID NO 440, SEQ ID NO 525, SEQ ID NO :526， SEQ ID NO :527,SEQ ID NO 528,SEQ ID NO 529,SEQ ID NO 530,SEQ ID NO :531,SEQ ID NO :532, SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534，SEQ ID NO :535，SEQ ID NO :536，SEQ ID NO 537，SEQ ID NO :538或SEQ ID NO :539的胺基酸序列的變體、片段或衍生物，所述變體、片段或衍生物顯示出與具有包含SEQ ID NO 4的核酸序列或由SEQ ID NO 4的核酸序列組成的基因組的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)， 所述功能針對金黃色葡萄球菌的一個或多個菌株。在其它實施方式中，本發明包括SEQ ID NO :567或SEQ ID NO :568的胺基酸序列的變體、片段或衍生物，所述變體、片段或衍生物顯示出與具有包含SEQ ID NO :5的核酸序列或由SEQ ID NO :5的核酸序列組成的基因組的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對金黃色葡萄球菌的一個或多個菌株。在其它實施方式中，本發明包括SEQ ID NO :632或SEQ ID NO 633的胺基酸序列的變體、片段或衍生物，所述變體、片段或衍生物顯示出與具有包含SEQ ID NO :6的核酸序列或由SEQ ID NO :6的核酸序列組成的基因組的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對金黃色葡萄球菌的一個或多個菌株。在其它實施方式中，本發明包括SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702, SEQ ID NO :703或SEQ ID NO :704的胺基酸序列的變體、片段或衍生物，所述變體、片段或衍生物顯示出與具有包含SEQ ID NO 7的核酸序列或由SEQ ID NO 7的核酸序列組成的基因組的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對金黃色葡萄球菌的一個或多個菌株。在某些實施方式中，本發明包括SEQ ID NO :761-816的胺基酸序列的變體、片段或衍生物，所述變體、片段或衍生物顯示出與具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO 760的核酸序列組成的基因組的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，所述功能針對鮑氏不動桿菌的一個或多個菌株。在一些實施方式中，本發明提供了顯示出針對細菌(例如革蘭氏陽性細菌(例如糞腸球菌、屎腸球菌、金黃色葡萄球菌)、革蘭氏陰性細菌(例如鮑氏不動桿菌、銅綠假單胞菌)或未被分類為革蘭氏陽性或革蘭氏陰性的細菌)的一種或多種菌株的抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)的分離的多肽，其中所述分離的多肽具有與相同長度(即由相同數目的殘基組成)的第二胺基酸序列至少60%，65%，70%，75%，80%，85%，86%， 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % 或更高的序列同一性的胺基酸序列，其中所述第二胺基酸序列是SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184, SEQ ID NO 202, SEQ ID NO 203, SEQ ID NO 204, SEQ ID NO :214，SEQ ID NO :435, SEQ ID NO 438, SEQ ID NO 440, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO 447, SEQ ID NO :448, SEQ ID NO :525，SEQ ID NO :526，SEQ ID NO :527，SEQ ID NO :528，SEQ ID NO 529，SEQ ID NO :530，SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532，SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534， SEQ ID NO :535,SEQ ID NO 536,SEQ ID NO :537,SEQ ID NO 538,SEQ ID NO 539,SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO 641，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703，SEQ ID NO :704， SEQ ID NO :712, SEQ ID NO 755, SEQ ID NO 756, SEQ ID NO 757, SEQ ID NO 758, SEQ ID NO :759, SEQ ID NOS :761-816 和 / 或其片段。本發明還提供了包含SEQ ID NOS :8-130, SEQ ID NOS 131-343，SEQ ID NOS 344-438，SEQ ID NOS :439-553,SEQ ID NOS :554-616,SEQ ID NOS :617-681，SEQ ID NOS 682-759和SEQ ID NOS :761-816中任意項的胺基酸序列或由所述胺基酸序列組成的分離的多肽。在其它實施方式中，提供了重組地融合或化學地綴合(例如共價或非共價綴合) 至治療劑(例如異源多肽或小分子)的本發明的分離的多肽。本發明還包括編碼本發明的多肽的多核苷酸。在具體的實施方式中，本發明體提供了包含編碼 SEQ ID NOS :8-130, SEQ ID NOS :131-343, SEQ ID NOS :344-438，SEQ ID NOS 439-553,SEQ ID NOS :554-616，SEQ ID NOS :617-681，SEQ ID NOS :682-759 和 SEQ ID NOS 761-816中的任意項的多肽的核酸序列的分離的核酸。在其它實施方式中，本發明提供了包含編碼 N0:61，SEQ ID N0:63，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :184, SEQ ID NO :202, SEQ ID NO: 203，SEQ ID NO :204, SEQ ID NO :214, SEQ ID NO :435, SEQ ID NO :438, SEQ ID NO :440, SEQ ID NO :446, SEQ ID NO :447, SEQ ID NO :448, SEQ ID NO :525, SEQ ID NO :526, SEQ ID NO :527, SEQ ID NO :528, SEQ ID NO :529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531，SEQ ID NO 532，SEQ ID NO :533, SEQ ID NO :534, SEQ ID NO :535, SEQ ID NO :536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568, SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :632, SEQ ID NO :633, SEQ ID NO :641，SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701，SEQ ID NO 702，SEQ ID NO :703, SEQ ID NO :704, SEQ ID NO :712, SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756, SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758, SEQ ID NO :759, SEQ ID NOS 761-816 中的任意項的多肽或其活性片段、變體或衍生物的核酸序列的分離的核酸，其中所述多肽或活性片段、變體或衍生物顯示出與其所分離自和/或源自的噬菌體相關的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)。本發明還涉及包含所述核酸的載體。在一個具體實施方式
中， 所述載體是表達載體。本發明還提供了含有包含編碼本發明的多肽的多核苷酸的載體的宿主細胞。本發明包括用於產生本發明的多肽或其活性片段(尤其是用於藥物組合物即抗微生物組合物中)的方法。例如，本發明的多肽可以直接分離自經噬菌體F1245/05， F168/08, F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06 或 F9la/06 感染的細胞培養物(例如細菌細胞培養物)。備選地，可以使用包含編碼本發明的多肽例如SEQ ID NO 61, SEQ ID NO 63, SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :204， SEQ ID NO :214, SEQ ID NO 435, SEQ ID NO 438, SEQ ID NO 440, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO :447, SEQ ID NO :448, SEQ ID NO :525, SEQ ID NO :526, SEQ ID NO :527, SEQ ID NO 528，SEQ ID NO :529，SEQ ID NO :530，SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532，SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534, SEQ ID NO 535, SEQ ID NO 536, SEQ ID NO 537, SEQ ID NO 538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO 633，SEQ ID NO :641，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703， SEQ ID NO :704, SEQ ID N0:712，SEQ ID N0:755，SEQ ID NO :756, SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758, SEQ ID NO =759, SEQ ID NOS :761-816或其活性片段、衍生物或變體的核酸序列的表達載體通過重組方式衍生本發明的多肽。可以通過本領域已知的用於產生多肽的任意方法、尤其是通過化學合成或通過重組表達技術來產生本發明的多肽或其片段。在具體的實施方式中，本發明涉及用於重組產生噬菌體蛋白例如溶素蛋白、尾部蛋白或其活性片段、變體或衍生物的方法，所述方法包括(i)在適合於在培養基中表達所述蛋白的條件下培養含有包含編碼 SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :184，SEQ ID NO 202，SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 204,SEQ ID N0:214，SEQ ID N0:435，SEQ ID NO :438,SEQ ID NO :440,SEQ ID NO :446,SEQ ID NO :447,SEQ ID NO :448,SEQ ID NO :525,SEQ ID NO: 526，SEQ ID NO :527, SEQ ID NO :528, SEQ ID NO :529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531, SEQ ID NO :532, SEQ ID NO :533, SEQ ID NO :534, SEQ ID NO :535, SEQ ID NO :536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568, SEQ ID NO 575，SEQ ID NO :632, SEQ ID NO :633, SEQ ID NO :641, SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701, SEQ ID NO :702, SEQ ID NO :703, SEQ ID NO :704, SEQ ID NO :712, SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756, SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758, SEQ ID NO :759, SEQ ID NOS :761-816 的胺基酸序列或其片段的核酸序列的載體的宿主細胞；和(ii)從所述培養基中回收所述蛋白。在一些實施方式中，編碼本發明的多肽的核酸序列可操作地與異源啟動子連接。本發明還包括用於診斷細菌感染的臨床顯現中的誘因劑的方法。本發明的分離的噬菌體或多肽可被用於通過建立樣品中的細菌對於本發明的噬菌體和/或多肽的敏感性而輔助確定患者樣品中的細菌的種。此類方法還包括評價本發明的分離的噬菌體和/或多肽的抗菌活性的方法。可以通過本領域已知的和/或本文描述的任何方法來評估本發明的噬菌體或多肽的抗菌活性，或未知樣品對於此活性的敏感性。在一些實施方式中，通過根據標準技術(例如在液體培養物或在瓊脂平板上)培養已知的細菌和/或患者組織、血液、流體或拭子樣品、將培養物與本發明的噬菌體或多肽接觸並監測在所述接觸之後細胞的生長來評估抗菌活性和/或敏感性。例如，在液體培養物中，可以使細菌(例如鮑氏不動桿菌、 糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌)生長至代表培養物的指數生長中點的光密度(「0D」)；使培養物暴露於一種或多種濃度的本發明的一種或多種噬菌體和/或多肽，並相對於對照培養物監測0D。相對於對照培養物降低的OD表示噬菌體和/或多肽顯示出針對測試樣品或培養物中的細菌的種和/或菌株的抗菌活性(例如顯示出溶解殺滅活性)。類似地，可以允許細菌菌落在瓊脂平板上形成，使平板暴露於本發明的噬菌體或多肽，然後評價相對於對照平板的菌落生長情況。菌落的減小的大小或菌落的減少的總數目表示噬菌體和/或多肽具有針對測試樣品和/或所培養的種或菌株的抗菌活性。本發明還涉及包含噬菌體或由噬菌體組成的藥物組合物，所述噬菌體具有包含 SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO 6 或 SEQ ID NO :7或SEQ ID NO :760的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組。在一些實施方式中，本發明的藥物組合物除了一種或多種其它噬菌體以外，還包含這樣的噬菌體其具有包含 SEQ ID NO 1, SEQ ID N0:2，SEQ ID N0:3，SEQ ID N0:4，SEQ ID N0:5，SEQ ID NO: 6或SEQ ID NO 7或SEQ ID NO :760的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組。所述一種或多種其它噬菌體可以是本發明的一種或多種噬菌體(例如具有包含SEQ ID NO=LSEQ ID NO 2, SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO 6 或 SEQ ID NO 7 或 SEQ ID NO 760的核酸序列的基因組或由所述核酸序列組成的基因組)，其一種或多種菌株，或者可以是本領域已知的一種或多種噬菌體。此外，本發明的藥物組合物中的一種或多種噬菌體可以靶向細菌的相同或不同的種或菌株。在一些實施方式中，包含本發明的一種或多種噬菌體的藥物組合物進一步包含本發明的一種或多種多肽和/或本文描述的或本領域已知的其它噬菌體產品。在一些實施方式中，本發明提供了包含多肽或其活性片段(特別是具有抗微生物和/或抗菌活性的那些)的藥物組合物，所述多肽或其活性片段分離自具有包含SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6SEQ ID NO 7和/或SEQ ID NO :760的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組的噬菌體。在具體的實施方式中，本發明的藥物組合物包含具有SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :68， SEQ ID NO :184,SEQ ID NO 202,SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 204,SEQ ID N0:214，SEQ ID NO :435, SEQ ID NO :438，SEQ ID NO :440, SEQ ID NO :446，SEQ ID NO :447，SEQ ID NO 448，SEQ ID NO :525，SEQ ID NO :526，SEQ ID NO :527，SEQ ID NO :528，SEQ ID NO :529， SEQ ID NO :530,SEQ ID N0:531，SEQ ID NO 532,SEQ ID NO 533,SEQ ID NO 534,SEQ ID NO :535, SEQ ID NO :536，SEQ ID NO :537，SEQ ID NO :538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO 567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO :641， SEQ ID NO :700,SEQ ID N0:701，SEQ ID NO 702,SEQ ID NO 703,SEQ ID NO 704,SEQ ID NO :712,SEQ ID NO 755,SEQ ID NO 756,SEQ ID NO 757,SEQ ID NO 758,SEQ ID NO :759 或SEQ ID NOS :761-816的胺基酸序列的一種或多種多肽。在其它實施方式中，本發明的藥物組合物包含這樣的多肽所述多肽是SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :184,SEQ ID NO 202,SEQ ID NO 203,SEQ ID NO :204，SEQ ID N0:214，SEQ ID NO: 435，SEQ ID NO :438, SEQ ID NO :440, SEQ ID NO :446, SEQ ID NO :447, SEQ ID NO :448, SEQ ID NO :525, SEQ ID NO :526, SEQ ID NO :527, SEQ ID NO :528, SEQ ID NO :529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532, SEQ ID NO :533, SEQ ID NO :534, SEQ ID NO 535，SEQ ID NO :536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568,SEQ ID NO :575,SEQ ID NO :632,SEQ ID NO :633,SEQ ID NO :641,SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702, SEQ ID NO :703, SEQ ID NO :704, SEQ ID NO 712，SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756, SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758, SEQ ID NO :759 或 SEQ ID NOS :761-816的變體、衍生物或片段，其中所述變體、衍生物或片段保持其所衍生自的多肽的生物學功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解殺滅活性)，優選針對鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。本發明的藥物組合物可以另外包含藥學上可接受的載體、賦形劑或穩定劑。在一些實施方式中，本發明的藥物組合物是用於治療、預防和/或緩解有此需要的受試者中與由細菌引起的感染相關的疾病或病症的症狀的抗菌組合物(在於它們顯示出抗菌活性)或治療性組合物。在具體的實施方式中，本發明的藥物組合物是用於治療、預防和/或緩解與由鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌引起的感染相關的疾病或病症的症狀的抗菌組合物或治療性組合物。在一些實施方式中，接受本發明的藥物組合物的受試者是哺乳動物(例如牛、綿羊、山羊、馬、靈長類(例如人)、嚙齒類、兔類或禽類(例如雞、鴨、鵝))。本發明提供了用於治療或預防細菌感染的方法，包括向有此需要的受試者施用包含一種或多種噬菌體或噬菌體產品(例如分離的噬菌體多肽或其活性片段、變體或衍生物)、以及任選地一種或多種如本文所描述的其它噬菌體或其它噬菌體產品的藥物組合物。在本發明的上下文中，「治療」是指治療性處理和預防性(prophylactic)或預防性 (preventative)措施，其中目標是消除、減輕、降低致病病況或病症的嚴重性、延緩致病病況或病症的進展，或者延遲或預防與致病病況或病症相關的症狀或根本誘因(例如細菌感染)。本發明的藥物組合物可被用於治療或處理與任何細菌感染相關的感染，包括但不限於鮑氏不動桿菌、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、耳葡萄球菌、頭葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生性葡萄球菌、模仿葡萄球菌、木糖葡萄球菌、滕黃微球菌(M. luteus), 枯草芽孢桿菌(B. subtilis)、短小芽孢桿菌(B. pumilus)、糞腸球菌、E. hirae，屎腸球菌、 鳥腸球菌(E. avium)、銅綠假單胞菌及其組合。在一些實施方式中，藥物組合物可被用於治療與細菌感染相關的病況或病症，包括但不限於手術後眼內炎、心內膜炎、中樞神經系統感染、肺炎、骨髓炎、創傷感染(例如糖尿病性足潰瘍)、乳腺炎、敗血症、食物中毒和腦膜炎和 /或與醫院細菌感染相關的其它病況。在一些實施方式中，本發明提供了噬菌體或分離的噬菌體產品(例如，分離的噬菌體多肽或其活性片段、變體或衍生物)作為單一試劑治療的用途。在其它實施方式中，本發明提供了噬菌體或噬菌體產品(例如，分離的噬菌體多肽或其活性片段、變體或衍生物) 與用於細菌感染的標準的或實驗的治療相組合的用途。此類組合治療可以增強所述標準的或實驗的治療的功效。與本發明的多肽組合的特別有用的治療劑的實例為抗炎劑，標準化療抗生素試劑(例如青黴素、合成的青黴素、桿菌肽、甲氧西林、頭孢菌素、多粘菌素、頭孢克洛、頭孢羥氨苄、頭孢孟多酯鈉、頭孢唑林、頭孢克肟、頭孢美唑、頭孢尼西(cefonioid)、 頭孢哌酮、頭孢雷特、cefotanme、頭孢噻肟、頭孢替坦、頭孢西丁、頭孢泊肟酯、頭孢他啶、頭孢唑肟、頭孢曲松、頭孢曲松拉氧頭孢、頭孢呋辛、頭孢氨苄、頭孢菌素C、頭孢菌素C鈉鹽、 頭孢噻吩、頭孢噻吩鈉鹽、頭孢匹林、頭孢拉定、頭孢呋辛酯、二水頭孢噻吩、拉氧頭孢、氯碳頭孢mafate和螯合劑)、局部麻醉劑和/或皮質類固醇。在另一個實施方式中，本發明的組合物可以與本領域已知的一種或多種噬菌體或噬菌體產品組合。本發明所包括的組合治療可被配製為單一的藥物組合物或者可作為單獨的組合物、但是為整體治療方案的一部分來施用。本發明的藥物組合物可以通過本領域已知的任何適合於施用抗菌化合物的方法來施用(例如，經口或腸胃外(例如吸入、肌肉內、靜脈內或表皮))遞送。在優選的實施方式中，本發明的藥物組合物被表面施用，例如在表面製劑中。本發明的組合物可被表面地用於治療和/或預防常見的醫院感染，例如在手術切割位點處的感染或與導管或引流相關的感染。在其它實施方式中，本發明的組合物用於治療皮膚或上真皮層的細菌感染(例如足的糖尿病性潰瘍的感染)。本發明的藥物組合物還可用於傳統的非治療性應用，例如化妝品中的抗菌劑，或用於固體表面以防止細菌定殖的噴霧劑或溶液中的抗菌劑(即作為消毒劑)。本發明還涉及用於就抗菌活性篩選肽的方法。在一個實施方式中，所述方法包括就抗菌活性篩選由核酸序列 SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 7或SEQ ID NO :760的開放閱讀框編碼的長度為至少 6、10、15、20或25個殘基的連續胺基酸序列，所述抗菌活性由肽抑制瓊脂或液體培養物中的細菌生長的能力來測定。4. 1 定義如本文所使用的，術語「片段」是指包含蛋白的胺基酸序列的至少5個連續胺基酸殘基，至少10個連續胺基酸殘基，至少15個連續胺基酸殘基，至少20個連續胺基酸殘基， 至少25個連續胺基酸殘基，至少40個連續胺基酸殘基，至少50個連續胺基酸殘基，至少60 個連續胺基酸殘基，至少70個連續胺基酸殘基，至少80個連續胺基酸殘基、至少90個連續胺基酸殘基，至少100個連續胺基酸殘基，至少125個連續胺基酸殘基，至少150個連續胺基酸殘基，至少175個連續胺基酸殘基，至少200個連續胺基酸殘基，或至少250個連續胺基酸殘基的胺基酸序列的肽或多肽。在具體的實施方式中，所述片段是保持其所分離自的蛋白的至少一種功能的功能性片段(例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解細胞殺滅))。如本文所使用的，術語「活性噬菌體產品，，和「噬菌體產品，，是指分離自本發明的噬菌體的多肽，或其片段、變體或衍生物，所述多肽或其片段、變體或衍生物顯示出與其所分離自或衍生自的噬菌體相關的生物學功能或活性(例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解細胞殺滅))。如本文所使用的，在肽、多肽或融合蛋白的上下文中，術語「分離的」是指實質上不含來自其所源自的細胞或組織來源的細胞材料或汙染性蛋白的肽、多肽或融合蛋白；或者， 當通過化學方式合成時，指實質上不含化學前體或其它化學物質的肽、多肽或融合蛋白。用語「實質上不含細胞材料」包括這樣的肽、多肽或融合蛋白的製備物其中肽、多肽或融合蛋白與其所分離自或重組產生自的細胞的細胞成分分離。因此，實質上不含細胞材料的肽、 多肽或融合蛋白包括具有小於大約30<%，20%，10%或5% (按乾重計)的異源蛋白(在本文中也稱作「汙染性蛋白」)的肽、多肽或融合蛋白的製備物。當重組產生肽、多肽或融合蛋白時，優選地其實質上也不含培養基，即培養基少於蛋白製備物體積的大約20%，10%或 5%。當通過化學合成來產生肽、多肽或融合蛋白時，其優選地實質上不含化學前體或其它化學物質，即其與參與肽、多肽或融合蛋白合成的化學前體或其它化學物質分離。因此，肽、 多肽、融合蛋白或抗體的此類製備物具有小於大約30^,20^,10^,5% (按乾重計)的除了目標肽、多肽或融合蛋白之外的化學前體或化合物。如本文所使用的，在核酸分子的上下文中術語「分離的」是指與存在於第一核酸分子的天然來源中的其它核酸分子分離的核酸分子。此外，「分離的」核酸分子(例如cDNA分子)實質上不含其它細胞材料或培養基(當通過重組技術產生時)，或實質上不含化學前體或其它化學物質(當通過化學合成時)，並且可以不含cDNA或其它基因組DNA分子，例如， 已經與核酸文庫中的其它克隆分離。術語「純化的」意思是肽、多肽、融合蛋白或核酸分子已經通過任意純化方法可測地增加了濃度(所述方法包括但不限於柱色譜、HPLC、沉澱、電泳等)從而部分地、實質地或完全地除掉雜質(例如在製備肽、多肽、融合蛋白或核酸分子中所涉及的前體或其它化學物質)。本領域技術人員將理解對於給定的用途所需的純化的量。例如，意在用於旨在向人類施用的治療性組合物中的分離的蛋白通常必須是符合管理標準和貨物製備過程的高純度的。如本文所使用的，在多肽的上下文中，術語「衍生物」是指包含已經通過導入胺基酸殘基置換、刪除或添加而被改變的胺基酸序列的多肽。術語「衍生物」在本文中也用於指經過修飾(即通過將任意類型的分子與多肽共價結合)的多肽。例如但不限於，可以通過下列方式修飾多肽，例如糖基化、乙醯化、聚乙二醇化、磷酸化、醯胺化、通過已知的保護/封閉基團衍生、蛋白水解切害U、連接至細胞配體或其它蛋白等。可以使用本領域技術人員已知的技術通過化學修飾產生衍生物多肽，所述技術包括但不限於特異性化學切割、乙醯化、 甲醯化、衣黴素的代謝合成等。此外，衍生物多肽可以含有一個或多個非常規胺基酸。多肽衍生物具有與其所衍生自的多肽相似或相同的功能。在關於「衍生」自生物體的多肽時，術語「衍生」也可以指從所述生物體(例如細菌細胞或噬菌體)直接分離多肽。如本文所使用的，術語「宿主細胞」是指以核酸分子轉染的特定受試者細胞以及包含所述核酸分子或其染色體整合形式的此類細胞的後代或潛在後代。由於在後續世代中或核酸分子整合進入宿主細胞基因組時可能發生的突變或環境的影響，此類細胞的後代可能與經核酸分子轉染的親代細胞不完全相同。為了表達噬菌體蛋白和多肽，宿主細胞優選與噬菌體所分離自或培養自的種或菌株是不同的種或菌株。如本文所使用的，「組合」是指使用多於一種預防和/或治療劑。術語「組合」的使用不限制向具有疾病或病症的受試者施用的預防和/或治療劑的順序。可以在向具有疾病或病症的受試者施用第二預防劑或治療劑(與第一預防劑或治療劑不同)之前(例如5分鐘、15分鐘、30分鐘、45分鐘、1小時、2小時、4小時、6小時、12小時、24小時、48小時、72小時、96小時、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周之前)，與之同時，或在其之後(例如5分鐘、15分鐘、30分鐘、45分鐘、1小時、2小時、4小時、6小時、12小時、24小時、48小時、72小時、96小時、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周之後)施用第一預防劑或治療劑。如本文所使用的，術語「核酸」和「核苷酸序列，，包括單鏈的和雙鏈的DNA和/或 RNA分子或其組合。如本文所使用的，術語「由核酸編碼」是指使用如本領域熟知的標準遺傳密碼(即標準的三聯體密碼子)從參考核酸序列的正向、反向、互補或反向互補序列翻譯而來的胺基酸序列。如本文所使用的，術語「預防性試劑」是指本發明的噬菌體和/或多肽，其可用於預防、治療、管理或緩解與由細菌引起的感染相關的一種或多種症狀。如本文所使用的，術語「治療劑」是指本發明的噬菌體和/或多肽，其可用於預防、 治療、管理或緩解疾病或病症(尤其是與細菌感染相關的疾病或病症)的一種或多種症狀。如本文所使用的，術語「治療上有效量」是指足以弓I起疾病或病症(尤其是與細菌感染相關的疾病或病症)的一種或多種症狀的緩解的治療劑的量。如本文所使用的，術語「治療」是指通過施用本發明的一種或多種噬菌體和/或多肽而引起的與細菌感染相關的一種或多種症狀的緩解。如上所述，「治療」以及相關的術語是指治療性處理和預防性(prophylactic)或預防性(preventative)措施，其中目標是消除、減輕、降低致病病況或病症的嚴重性、延緩致病病況或病症的進展，或者延遲或防止與致病病況或病症相關的症狀或根本誘因(例如細菌感染)。當提及噬菌體、分離的噬菌體蛋白(或其變體、衍生物或片段)或噬菌體產品時， 如本文所使用的，術語「抗菌活性」和「抗微生物活性」可互換地用於指殺死和/或抑制微生物(尤其是噬菌體所感染的種或菌株的細菌)的生長或繁殖的能力。在一些實施方式中， 通過下列方式評估抗菌或抗微生物活性根據標準技術(例如在液體培養物或在瓊脂平板上)培養細菌(例如革蘭氏陽性細菌(例如糞腸球菌、屎腸球菌、金黃色葡萄球菌)、革蘭氏陰性細菌(例如鮑氏不動桿菌、銅綠假單胞菌)或未被分類為革蘭氏陽性或革蘭氏陰性的細菌)，使培養物與本發明的噬菌體或多肽接觸，和在所述接觸之後監測細胞生長。例如， 在液體培養物中，可以使細菌生長至代表培養物的指數生長中點的光密度(「0D」)；將培養物暴露於一種或多種濃度的本發明的一種或多種噬菌體或多肽，並相對於對照培養物監測 0D。相對於對照培養物降低的OD表示噬菌體或多肽顯示出抗菌活性(例如顯示出溶解殺滅活性)。類似地，可以允許細菌菌落在瓊脂平板上形成，使平板暴露於本發明的噬菌體或多肽，然後評價相對於對照平板的菌落生長情況。菌落的減小的大小或菌落的減少的總數目表示噬菌體或多肽具有抗菌活性。如本文所使用的，「CHAP結構域」是指存在於數種噬菌體編碼的肽聚糖水解酶中的保守性醯胺酶結構域，其表示「半胱氨酸、組氨酸依賴性氨基水解酶/肽酶(cysteine， histidine-dependent amidohydrolases/peptidases)，，。參見例如 Rigden D, et. al., Trends Biochem Sci. 2003May 28(5) :230_4。其存在於醯胺酶(包括GSP醯胺酶)和肽聚糖水解酶的超家族中。該家族包括至少兩種不同類型的肽聚糖切割活性L-胞壁醯-L-丙氨酸醯胺酶和D-丙氨醯-甘氨醯內肽酶活性。CHAP結構域一般包含保守性半胱氨酸和組氨酸殘基並水解含有Y-穀氨醯的底物。相信這些半胱氨酸殘基對於這些醯胺酶中的數種的活性是關鍵的，並且它們的巰基似乎在包含該結構域的所有酶的催化機制中作為親核體發揮作用。CHAP結構域經常被發現與切割肽聚糖的其它結構域結合，例如以協作方式起作用而切割特定的底物。也參見 Bateman A 等人，Trends Biochem Sci. 2003May 28(5) :234-7
5.


圖1 :F168/08基因組的組織結構示意圖，其包含SEQ ID NO=I的核酸序列。基因組中所預測的開放閱讀框(「0RF」)以箭頭表示並以黑色編號。箭頭的方向表示轉錄的方向。顏色編碼黑色-可以基於同源蛋白的已知功能為其產物進行功能分配的ORF(使用相同的數字標明並通過小寫字母區分了編碼顯示出與相同或相似蛋白的同源性的產物的 0RF)；灰色-編碼類似於具有未知功能的蛋白的產物的ORF ；白色或空白-編碼與可獲得的資料庫中的蛋白沒有顯著同源性的蛋白的0RF。在圖中也列出了按功能分配的0RF。圖中的信息也包括在圖2的表格形式中。圖2A-X 噬菌體F168/08基因組的特徵，包括基因產物和推定功能的分配。圖中包括基因組的ORF的列表並為每個ORF提供了⑴其在基因組中的位置；(ii)其編碼的胺基酸序列；(iii)同源蛋白，和其編碼的多肽內的保守性結構域的列表；和(iv)推定功能的分配。圖2中列出的ORF 1-116分別編碼SEQ ID NO :8-130的胺基酸序列。圖3A-B 通過分離自臨床樣品的105個糞腸球菌(EFS) (3A)和56個屎腸球菌 (EFM) (3B)菌株中的斑點測試確定的F168/08的宿主範圍。每個斑點包含5μ 1具有所示滴度的噬菌體懸浮液(從CsCl純化的裂解物製備而來)。基於混濁μ+)至清晰(++++)範圍
內裂解色圈的相對等級評價每個菌株對於噬菌體的敏感性。對噬菌體感染的抗性被標記為 ㈠。圖4 :F170/08基因組的組織結構示意圖，其包含SEQ ID NO 2的核酸序列。基因組中所預測的ORF以箭頭表示並以黑色編號。箭頭的方向表示轉錄的方向。顏色編碼黑色-可以基於同源蛋白的已知功能為其產物進行功能分配的ORF(使用相同的數字標明並通過小寫字母區分了編碼顯示出與相同或相似蛋白的同源性的產物的0RF)；灰色-編碼類似於具有未知功能的蛋白的產物的0RF;白色或空白-編碼與可獲得的資料庫中的蛋白沒有顯著同源性的蛋白的0RF。在圖中也列出了按功能分配的0RF。圖中的信息也包括在圖 5的表格形式中。圖5A-AR 噬菌體F170/08基因組的特徵，包括基因產物和推定功能的分配。圖中包括基因組的ORF的列表並為每個ORF提供了⑴其在基因組中的位置；(ii)其編碼的胺基酸序列；(iii)同源蛋白，和其編碼的多肽內的保守性結構域的列表；和(iv)推定功能的分配。圖5中列出的ORF 1-213分別編碼SEQ ID NO 131-343的胺基酸序列。圖6A-B 通過分離自臨床樣品的105個糞腸球菌(EFS) (6A)和56個屎腸球菌 (EFM) (6B)菌株中的斑點試驗確定的F170/08的宿主範圍。每個斑點包含5μ 1具有標明的滴度的噬菌體懸浮液(從CsCl純化的裂解物製備而來)。基於混濁(+)至清晰(++++)範圍內的裂解色圈的相對等級評價每個菌株對於噬菌體的敏感性。對噬菌體感染的抗性標記為㈠。圖7 :F770/05基因組的組織結構示意圖，其包含SEQ ID NO 3的核酸序列。基因組中的預測的ORF以箭頭表示並以黑色編號。箭頭的方向表示轉錄的方向。顏色編碼黑色-可以基於同源蛋白的已知功能為其產物進行功能分配的ORF(使用相同的數字標明並通過小寫字母區分了編碼顯示出與相同或相似蛋白的同源性的產物的0RF)；灰色_編碼類似於具有未知功能的蛋白的產物的0RF;白色或空白-編碼與可獲得的資料庫中的蛋白沒有顯著同源性的蛋白的0RF。在圖中也列出了按功能分配的0RF。圖中的信息也包括在圖 8的表格形式中。圖8A-AC 噬菌體F770/05基因組的特徵，包括基因產物和推定功能的分配。圖中包括基因組的ORF的列表並為每個ORF提供了⑴其在基因組中的位置；(ii)其編碼的胺基酸序列；(iii)同源蛋白，和其編碼的多肽內的保守性結構域的列表；和(iv)推定功能的分配。圖8中列出的ORF 1-95分別編碼SEQ ID NO =344-438的胺基酸序列。圖9 通過分離自臨床樣品的100個銅綠假單胞菌(PSA)菌株中的斑點試驗確定的F770/05的宿主範圍。每個斑點包含5 μ 1具有標明的滴度的噬菌體懸浮液(從CsCl純化的裂解物製備而來)。基於混濁(+)至清晰(++++)範圍內裂解色圈的相對等級評價每個菌株對於噬菌體的敏感性。對噬菌體感染的抗性標記為(_)。圖10 :F197/08基因組的組織結構示意圖，其包含SEQ ID NO 4的核酸序列。基因組中所預測的ORF以箭頭表示並以黑色編號。箭頭的方向表示轉錄的方向。顏色編碼黑色-可以基於同源蛋白的已知功能為其產物進行功能分配的ORF(使用相同的數字標明並通過小寫字母區分了編碼顯示出與相同或相似蛋白的同源性的產物的0RF)；灰色-編碼類似於具有未知功能的蛋白的產物的0RF;白色或空白-編碼與可獲得的資料庫中的蛋白沒有顯著同源性的蛋白的0RF。在圖中也列出了按功能分配的0RF。圖中的信息也包括在圖 11的表格形式中。圖IlA-AA 噬菌體F197/08基因組的特徵，包括基因產物和推定功能的分配。圖中包括基因組的ORF的列表並為每個ORF提供了⑴其在基因組中的位置；(ii)其編碼的胺基酸序列；(iii)同源蛋白，和其編碼的多肽內的保守性結構域的列表；和(iv)推定功能的分配。圖11中列出的ORF 1-66分別編碼SEQ ID NO =439-553的胺基酸序列。圖12 通過分離自臨床樣品的100個金黃色葡萄球菌(STA)菌株中的斑點試驗確定的F197/08的宿主範圍。每個斑點包含5μ 1具有標明的滴度的噬菌體懸浮液(從CsCl 純化的裂解物製備而來)。基於混濁(+)至清晰(++++)範圍內裂解色圈的相對等級評價每個菌株對於噬菌體的敏感性。對噬菌體感染的抗性標記為(_)。圖13 :F86/06基因組的組織結構示意圖，其包含SEQ ID NO 5的核酸序列。基因組中所預測的ORF以箭頭表示並以黑色編號。箭頭的方向表示轉錄的方向。顏色編碼黑色-可以基於同源蛋白的已知功能為其產物進行功能分配的ORF(使用相同的數字標明並通過小寫字母區分了編碼顯示出與相同或相似蛋白的同源性的產物的0RF)；灰色-編碼類似於具有未知功能的蛋白的產物的0RF;白色或空白-編碼與可獲得的資料庫中的蛋白沒有顯著同源性的蛋白的0RF。在圖中也列出了按功能分配的0RF。圖中的信息也包括在圖 14的表格形式中。圖14A-S 噬菌體F86/06基因組的特徵，包括基因產物和推定功能的分配。圖中包括基因組的ORF的列表並為每個ORF提供了⑴其在基因組中的位置；(ii)其編碼的胺基酸序列；(iii)同源蛋白，和其編碼的多肽內的保守性結構域的列表；和(iv)推定的功能的分配。圖14中列出的ORF 1-63分別編碼SEQ ID NO =554-616的胺基酸序列。圖15 通過分離自臨床樣品的100個金黃色葡萄球菌(STA)菌株中的斑點試驗確定的F86/06的宿主範圍。每個斑點包含5μ1具有標明的滴度的噬菌體懸浮液(從CsCl 純化的裂解物製備而來)。基於混濁(+)至清晰(++++)範圍內裂解色圈的相對等級評價每個菌株對於噬菌體的敏感性。對噬菌體感染的抗性標記為(_)。圖16 :F87s/06基因組的組織結構示意圖，其包含SEQ ID NO 6的核酸序列。基因組中所預測的ORF以箭頭表示並以黑色編號。箭頭的方向表示轉錄的方向。顏色編碼黑色-可以基於同源蛋白的已知功能為其產物進行功能分配的ORF(使用相同的數字標明並通過小寫字母區分了編碼顯示出與相同或相似蛋白的同源性的產物的0RF)；灰色-編碼類似於具有未知功能的蛋白的產物的0RF;白色或空白-編碼與可獲得的資料庫中的蛋白沒有顯著同源性的蛋白的0RF。在圖中也列出了按功能分配的0RF。圖中的信息也包括在圖 17的表格形式中。圖17A-U 噬菌體F87s/06基因組的特徵，包括基因產物和推定功能的分配。圖中包括基因組的ORF的列表並為每個ORF提供了⑴其在基因組中的位置；(ii)其編碼的胺基酸序列；(iii)同源蛋白，和其編碼的多肽內的保守性結構域的列表；和(iv)推定功能的分配。圖17中列出的ORF 1-61分別編碼SEQ ID NO =617-681的胺基酸序列。圖18 通過分離自臨床樣品的100個金黃色葡萄球菌(STA)菌株中的斑點試驗確定的F87s/06的宿主範圍。每個斑點包含5μ 1具有標明的滴度的噬菌體懸浮液(從CsCl 純化的裂解物製備而來)。基於混濁(+)至清晰(++++)範圍內裂解色圈的相對等級評價每個菌株對於噬菌體的敏感性。對噬菌體感染的抗性標記為(_)。圖19 :F91a/06基因組的組織結構示意圖，其包含SEQ ID NO 7的核酸序列。基因組中所預測的ORF以箭頭表示並以黑色編號。箭頭的方向表示轉錄的方向。顏色編碼黑色-可以基於同源蛋白的已知功能為其產物進行功能分配的ORF(使用相同的數字標明並通過小寫字母區分了編碼顯示出與相同或相似蛋白的同源性的產物的0RF)；灰色-編碼類似於具有未知功能的蛋白的產物的0RF;白色或空白-編碼與可獲得的資料庫中的蛋白沒有顯著同源性的蛋白的0RF。在圖中也列出了按功能分配的0RF。圖中的信息也包括在圖 20的表格形式中。圖20A-U 噬菌體F91a/06基因組的特徵，包括基因產物和推定功能的分配。圖中包括基因組的ORF的列表並為每個ORF提供了⑴其在基因組中的位置；(ii)其編碼的胺基酸序列；(iii)同源蛋白，和其編碼的多肽內的保守性結構域的列表；和(iv)推定功能的分配。圖20中列出的ORF 1-64分別編碼SEQ ID NO =682-754的胺基酸序列。圖21 通過分離自臨床樣品的100個金黃色葡萄球菌(STA)菌株中的斑點試驗確定的F91a/06的宿主範圍。每個斑點包含5μ 1具有標明的滴度的噬菌體懸浮液(從CsCl 純化的裂解物製備而來)。基於混濁(+)至清晰(++++)範圍內裂解色圈的相對等級評價每個菌株對於噬菌體的敏感性。對噬菌體感染的抗性標記為(_)。圖22 :F1245/05基因組的組織結構示意圖，其包含SEQ ID NO :760的核酸序列。 431Λ基因組中所預測的ORF以箭頭表示並以黑色編號。對於按功能分配的0RF，將數字替換為所預測的功能。箭頭的方向表示轉錄的方向。顏色編碼黑色-可以基於同源蛋白為其產物進行功能分配的ORF ；灰色-編碼類似於具有未知功能的蛋白的產物的ORF ；條紋-具有基於其相對基因組位置以及基於編碼的產物中推定的跨膜結構域的存在而分配的功能的ORF ；空白箭頭-編碼與數據中的蛋白沒有顯著同源性的蛋白的0RF。圖23A-I 噬菌體F1M5/05基因組的特徵，包括基因產物並提供了推定功能的分配。圖24A-E:提供了通過分離自臨床樣品的100個鮑氏不動桿菌菌株中的斑點測試確定的F1M5/05的宿主範圍。每個斑點包含5μ1具有標明的滴度的噬菌體懸浮液(從 CsCl純化的裂解物製備而來)。基於混濁(+)至清晰(++++)範圍內裂解色圈的相對等級評價對於噬菌體的敏感性。對噬菌體感染的抗性標記為(_)。6.發明詳述本發明涉及具有針對醫院病原體鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌的一個或多個種或菌株的抗菌活性的分離的噬菌體及其分離的多肽產物。在一個實施方式中，提供了顯示出針對金黃色葡萄球菌的甲氧西林抗性株 (MRSA)的抗微生物和/或抗菌活性的分離的噬菌體或多肽。另外，本發明的噬菌體和多肽可以顯示出針對致病細菌的一個或多個種或菌株的抗菌或抗微生物活性，所述致病細菌包括但不限於表皮葡萄球菌(S.印idermidis)、耳葡萄球菌(S. auricularis)、頭葡萄球菌(S. capitis)、溶血性葡萄球菌(S. haemolyticus)、人葡萄球菌(S. hominis)、腐生性葡萄球菌(S. saprophyticus)、模仿葡萄球菌(S. simulans)、木糖葡萄球菌(S. xylosis)、 滕黃微球菌(Micrococcus luteus)、枯草芽孢桿菌(Bacilus subtilis)、短小芽孢桿菌 (B. pumilus)、E. hirae 禾口鳥腸球菌(E. avium)。
在一個實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO=I的核酸序列或由SEQ ID NO 1的核酸序列組成的基因組的噬菌體。根據該實施方式的具體實例是分離的噬菌體 F168/08，其靶向糞腸球菌和屎腸球菌的多種菌株。在圖2中提供了 F168/08基因組中的開放閱讀框(ORF)，由所述ORF編碼的胺基酸序列和所編碼的胺基酸序列(即所編碼的蛋白和 /或多肽)的推定功能的分配(還提供了胺基酸序列SEQ ID NO :8-130)。腸球菌屬是革蘭氏陽性的球形菌，其以組或鏈形成菌落。其被發現是很多哺乳動物(包括人類)中的消化道菌群的一部分。腸球菌屬感染佔所有醫院感染的12%。腸球菌屬感染可以引起複雜的腹部感染、皮膚和皮膚結構感染、尿道感染和血流的感染，這些可能是難於治療的，尤其是在所涉及的菌株產生了針對數種抗生素的抗性的情況下。在這樣的情況下，感染可能危及生命，尤其是當患者已經是免疫缺損的時候。糞腸球菌構成主要的腸球菌屬感染，並且是位於人類和其它哺乳動物的胃腸道中的革蘭氏陽性的共生細菌。其是非能動和兼性厭氧的。糞腸球菌可以引起人類中的心內膜炎，以及膀胱、前列腺和附睪感染，包括危及生命的感染，尤其是在醫院環境中。糞腸球菌對於很多通常使用的抗微生物試劑(例如，氨基糖苷類、氨曲南、頭孢菌素、氯潔黴素、半合成的青黴素萘夫西林和苯唑西林、三甲氧苄氨嘧啶一磺胺甲異噁唑等)有抗性。已知屎腸球菌對於數種類型的抗生素(包括喹諾酮類和氨基糖苷類)具有抗性。 屎腸球菌的萬古黴素抗性菌株也是已知的。對於數種抗生素的抗性和對於不利條件的耐受使得屎腸球菌成為醫學界的一個主要擔憂，這使得該微生物獲得了「超級細菌」的稱號。在另一個實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO 2的核酸序列或由SEQ ID NO 2的核酸序列組成的基因組的噬菌體。根據該實施方式的具體實例是分離的噬菌體F170/08， 其靶向糞腸球菌和屎腸球菌的多種菌株。在圖5中提供了 F170/08基因組中的開放閱讀框 (ORF)，由所述ORF編碼的胺基酸序列和所編碼的胺基酸序列(即編碼的蛋白和/或多肽) 的推定功能的分配(還提供了胺基酸序列SEQ ID NO :131-343)。在另一個實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO :3的核酸序列或由SEQ ID NO :3的核酸序列組成的基因組的噬菌體。根據該實施方式的具體實例是分離的噬菌體 F770/05，其靶向銅綠假單胞菌的多種菌株。在圖8中提供了 F770/05基因組中的開放閱讀框(ORF)，由所述ORF編碼的胺基酸序列和所編碼的胺基酸序列(即編碼的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(還提供了胺基酸序列SEQ ID NO :344-438)。銅綠假單胞菌是常見的革蘭氏陰性的棒狀細菌，其存在於土壤、水、皮膚菌群和多數人造環境中。其不僅在正常大氣中茁壯成長，而且在極少的氧的情況下作為兼性厭氧微生物茁壯成長，並且其可以感染受損的組織或免疫缺損的個體。當此類定殖發生於關鍵的身體器官例如肺、尿道和腎中時，結果可以是致命的。由於其在表面上茁壯成長，所以該細菌也存在於醫學設備(包括導管)之上和之內，引起醫院和診所中的交叉感染。銅綠假單胞菌是最相關的機會性、醫院的病原體之一，據估計10例在醫院中獲得的感染中有1例是來自假單胞菌屬。銅綠假單胞菌也是燒傷感染的最常見的誘因，以及醫學設備(例如導管) 的最常見的定殖者。在另一個實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO :4的核酸序列或由SEQ ID NO :4的核酸序列組成的基因組的噬菌體。根據該實施方式的具體實例是分離的噬菌體 F197/08，其靶向金黃色葡萄球菌的多種菌株。在圖11中提供了 F197/08基因組中的開放閱讀框(ORF)，由所述ORF編碼的胺基酸序列和所編碼的胺基酸序列(即編碼的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(還提供了胺基酸序列SEQ ID NO :439-553)。在另一個實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO :5的核酸序列或由SEQ ID NO :5的核酸序列組成的基因組的噬菌體。根據該實施方式的具體實例是分離的噬菌體 F86/06，其靶向金黃色葡萄球菌的多種菌株。在圖14中提供了 F86/06基因組中的開放閱讀框(ORF)，由所述ORF編碼的胺基酸序列和所編碼的胺基酸序列(即編碼的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(還提供了胺基酸序列SEQ ID NO =554-616) 0在另一個實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO :6的核酸序列或由SEQ ID NO :6的核酸序列組成的基因組的噬菌體。根據該實施方式的具體實例是分離的噬菌體 F87s/06，其靶向金黃色葡萄球菌的多種菌株。在圖17中提供了 F87s/06基因組中的開放閱讀框(ORF)，由所述ORF編碼的胺基酸序列和所編碼的胺基酸序列(即編碼的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(還提供了胺基酸序列SEQ ID NO :617-681)。在另一個實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO :7的核酸序列或由SEQ ID NO :7的核酸序列組成的基因組的噬菌體。根據該實施方式的具體實例是分離的噬菌體 F91a/06，其靶向金黃色葡萄球菌的多種菌株。在圖20中提供了 F91a/06基因組中的開放閱讀框(0RF)，由所述ORF編碼的胺基酸序列和所編碼的胺基酸序列(即編碼的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(還提供了胺基酸序列SEQ ID NO =682-754) 0金黃色葡萄球菌是球形的、兼性厭氧的、革蘭氏陽性細菌，通常是存在於鼻子中和皮膚上的皮膚菌群的一部分。金黃色葡萄球菌可以引起多種疾病，既有小的皮膚感染(例如丘疹)，又有腸胃炎，還有危及生命的疾病，例如肺炎、腦膜炎、骨髓炎、心內膜炎、中毒性休克症候群(TSS)、菌血症和敗血症。其是醫院感染的5種最常見的誘因之一，並且經常是手術後創傷感染的誘因。目前，金黃色葡萄球菌已經對很多常用的抗生素產生了抗性，據估計，僅有2%的金黃色葡萄球菌分離體對於青黴素是敏感的。開發了第二代青黴素，例如甲氧西林、苯唑西林、氯唑西林和氟氯西林，以治療青黴素抗性的金黃色葡萄球菌。甲氧西林是該類別中第一個被使用的抗生素，但是僅僅2年後就報導了甲氧西林抗性的金黃色葡萄球菌(MRSA)的第一例。從二十世紀九十年代開始，在醫院中爆發了 MRSA的流行，其現在被認為是地方性流行。在另一個實施方式中，本發明提供了具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO :760的核酸序列組成的基因組的噬菌體。根據該實施方式的具體實例是分離的噬菌體F1245/05，其靶向鮑氏不動桿菌的多種菌株。在圖23中提供了 F1M5/05基因組中的開放閱讀框(ORF)，由所述ORF編碼的胺基酸序列和所編碼的胺基酸序列(即編碼的蛋白和/ 或多肽)的推定功能的分配(還提供了胺基酸序列SEQ ID NO :761-816)。鮑氏不動桿菌是引起(尤其是在具有缺陷的免疫系統的個體中)多種嚴重的臨床感染的細菌種類。鮑氏不動桿菌是多形的需氧的革蘭氏陰性細菌，其通常分離自醫院環境和住院的患者。該細菌通常進入身體的開放性傷口、導管或呼吸管。鮑氏不動桿菌通常定殖於含水的環境，並且通常培養自住院患者的痰或呼吸分泌物、傷口和尿。在醫院環境中， 鮑氏不動桿菌通常定殖於灌洗液和靜脈內溶液。還已知其對於多種抗生素有抗性，近年來由鮑氏不動桿菌引起的醫院感染的數目增加了。在一些實施方式中，本發明的噬菌體包含與SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ IDNO 3, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 7 或 SEQ ID NO :760 的核酸序列具有至少85%，90%，95%，96%，97%，98%或至少99%序列同一性的基因組或由其組成，所述噬菌體顯示出噬菌體 F168/08，F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06, F91a/06和F1M5/05中的一種或多種的至少一個生物學(例如抗微生物或抗菌)活性(例如溶解殺滅活性)。備選地或另外，本發明的噬菌體可以具有包含SEQ ID N0:1,SEQ ID NO 2，SEQ ID NO 3, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 7 或 SEQ ID NO 760的核酸序列的功能性片段(包括圖2、5、8、11、14、17、20和23中描述的任意開放閱讀框的序列)的基因組。本發明還提供了經本發明的一種或多種噬菌體感染的分離的細菌。在一些實施方式中，本發明提供了經具有包含SEQ ID NO :1和/或SEQID NO :2的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組的噬菌體感染的分離的糞腸球菌或屎腸球菌。在其它實施方式中，本發明提供了經具有包含SEQ ID NO :3的核酸序列或由SEQ ID NO :3的核酸序列組成的基因組的噬菌體感染的分離的銅綠假單胞菌。在其它實施方式中，本發明提供了經具有包含 SEQ ID NO 4, SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6 禾口 / 或 SEQ ID NO 7 的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組的噬菌體感染的分離的金黃色葡萄球菌。在其它實施方式中，本發明提供了經具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO :760的核酸序列組成的基因組的噬菌體感染的分離的鮑氏不動桿菌。本發明提供了產生和分離噬菌體的方法，所述噬菌體具有包含SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 2, SEQ ID N0:3，SEQ ID N0:4，SEQ ID N0:5，SEQ ID N0:6，SEQ ID NO :7 或 SEQ ID NO 760的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組。在一些實施方式中，本發明提供了生產和/或分離噬菌體的方法，所述噬菌體具有包含SEQ ID NO :1或SEQ ID NO :2的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組，所述方法包括(i)獲得糞腸球菌或屎腸球菌的培養物； (ii)用具有包含SEQ ID NO :1或SEQ ID NO :2的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組的噬菌體感染所述培養物；(iii)培養，直至觀察到培養物的顯著裂解；和(iv)從培養物中分離噬菌體。在其它實施方式中，本發明提供了生產和/或分離噬菌體的方法，所述噬菌體具有包含SEQ ID NO 3的核酸序列或由SEQ ID NO 3的核酸序列組成的基因組，所述方法包括(i)獲得銅綠假單胞菌的培養物；( )用具有包含SEQ ID NO 3的核酸序列或由SEQ ID NO 3的核酸序列組成的基因組的噬菌體感染所述培養物；(iii)培養，直至觀察到培養物的顯著裂解；和(iv)從培養物中分離噬菌體。在其它實施方式中，本發明提供了生產和 /或分離噬菌體的方法，所述噬菌體具有包含SEQ ID NO 4, SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6或 SEQ ID NO :7的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組，所述方法包括(i)獲得金黃色葡萄球菌的培養物；(ii)用具有包含SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO 6或SEQ ID NO 7的核酸序列或由所述核酸序列組成的基因組的噬菌體感染所述培養物；(iii)培養， 直至觀察到培養物的顯著裂解；和(iv)從培養物中分離噬菌體。在其它實施方式中，本發明提供了生產和/或分離噬菌體方法，所述噬菌體具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO :760的核酸序列組成的基因組，所述方法包括(i)獲得鮑氏不動桿菌的培養物；(ii)用具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO :760的核酸序列組成的基因組的噬菌體感染所述培養物；(iii)培養，直至觀察到培養物的顯著裂解；和(iv)從培養物中分離噬菌體。
可以使用本文所描述的或本領域已知的任意方法從細菌樣品中分離噬菌體(見， 例如Carlson,"Working with bacteriophages common techniques and methodological approaches,，，In, Kutter 禾口 Sulakvel idze (Eds) Bacteriophages :Biology and Applications, 5th ed. CRC Press (2005)；通過引用方式全文併入本文)。本發明還提供了分離自本發明的噬菌體的多肽。所述分離的多肽可以是全長噬菌體蛋白或者可以是噬菌體蛋白的片段、變體或衍生物，條件是所述片段、變體或衍生物顯示出與其所衍生自的噬菌體或多肽相關的至少一種生物學活性。在一些實施方式中，本發明的多肽分離自噬菌體F1M5/05 (其通常感染鮑氏不動桿菌)、F168/08或F170/08 (它們通常感染糞腸球菌和/或屎腸球菌)、噬菌體F770/05 (其通常感染銅綠假單胞菌)或噬菌體 F197/08, F86/06, F87s/06或F91a/06 (它們通常感染金黃色葡萄球菌)。在具體的實施方式中，本發明的多肽是分離自噬菌體的內溶素或溶素，所述噬菌體具有包含 SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO :7或SEQ ID NO :760或由所述序列組成的基因組(例如分別是噬菌體F168/08， F170/08, F197/08, F86/06, F87s/06, F9la/06 或 F1245/05)。在具體的實施方式中，本發明的多肽是內溶素或溶素，其具有包含SEQ ID NO :797, SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202,SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 446,SEQ ID NO 447,SEQ ID NO 448,SEQ ID N0: 575, SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的胺基酸序列或由所述胺基酸序列組成。在其它實施方式中，本發明的分離的多肽是分離自本發明的噬菌體的內溶素或溶素的片段、變體或衍生物，所述片段、變體或衍生物顯示出其所分離自或衍生自的內溶素、溶素或噬菌體的至少一種生物學活性，優選為抗菌活性(例如溶解殺滅活性)。因此，在一些實施方式中，本發明提供了分離的多肽，其是分離自本發明的噬菌體的內溶素或溶素的片段、變體或衍生物， 所述片段、變體或衍生物顯示出針對鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌或金黃色葡萄球菌中的一種或多種的抗菌或抗微生物活性(例如溶解殺滅活性)。在其它實施方式中，所述分離的多肽是分離自本發明的噬菌體的內溶素或溶素的片段、變體或衍生物，其顯示出針對鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌或金黃色葡萄球菌之外的一種或多種細菌(例如銅綠假單胞菌)的抗菌或抗微生物活性(例如溶解殺滅活性)。在一些實施方式中，本發明的多肽包含胺基酸序列 SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184, SEQ ID NO :202 或 SEQ ID NO :203 或其片段、變體或衍生物，或由所述胺基酸序列或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對糞腸球菌或屎腸球菌的抗菌或抗微生物活性。在其它實施方式中，本發明的多肽包含胺基酸序列 SEQ ID NO :446, SEQ ID NO 447, SEQ ID NO 448, SEQ ID NO 575, SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712或其片段、變體或衍生物，或由所述胺基酸序列或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性。在其它實施方式中，本發明的多肽包含胺基酸序列SEQ ID NO :797或其片段、變體或衍生物，或由所述胺基酸序列或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對鮑氏不動桿菌的抗菌或抗微生物活性。在一些實施方式中，本發明的多肽包含分離自噬菌體F168/08，Fl70/08，F770/05， F197/08, F86/06, F87s/06或F91a/06的內溶素或溶素的CHAP結構域或由所述CHAP結構域組成。已經證明所述分離的CHAP結構域保留其所衍生自的內溶素或溶素的抗菌活性，例如溶解殺滅活性；可以通過本領域的常規方法鑑定並分離CHAP結構域(見，例如Rigden等A, 2003, Trends Biochem. Sci. 28 :230-234 ；Bateman等人，2003，iTrends Biochem. Scu. 28 234-237，其各自通過引用方式全文併入本文)。在具體的實施方式中，本發明的多肽包含分離自具有 SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO 446，SEQ ID NO :447，SEQ ID NO :448，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :641 或 SEQ ID NO :712 的胺基酸序列的多肽的CHAP結構域或由所述CHAP結構域組成。在具體的實施方式中，本發明提供了分離的多肽，其包含源自具有SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO :575， SEQ ID NO 641或SEQ ID NO :712的胺基酸序列的第二多肽的CHAP結構域或由所述CHAP 結構域組成，其中所述CHAP結構域分別具有SEQ ID NO :755，SEQ ID NO :756，SEQ ID NO 757，SEQ ID NO :758或SEQ ID NO :759的胺基酸序列。即，SEQ ID NO :755對應於源自具有SEQ ID NO :68的胺基酸序列的多肽的CHAP結構域；SEQ ID NO :756對應於源自具有SEQ ID NO :446的胺基酸序列的多肽的CHAP結構域，以此類推。在其它實施方式中，本發明提供了分離自噬菌體 F168/08, F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06 或 F9la/06 的內溶素或溶素的CHAP結構域的片段、變體或衍生物，所述片段、變體或衍生物顯示出其所衍生自的CHAP結構域的至少一種生物學活性，例如溶解細胞殺滅，並且其中所述CHAP結構域具有 SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756，SEQ ID NO :757，SEQ ID NO :758 或 SEQ ID NO :759 的胺基酸序列。表1中提供了 SEQ ID NO :755-SEQ ID NO :759的胺基酸序列。表1 分離自本發明的噬菌體的CHAP結構域的胺基酸序列
權利要求
1.分離的噬菌體，其具有包含SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO 4，SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 7 或 SEQ ID NO :760 的核酸序列的基因組。
2.藥物組合物，其包含權利要求1的噬菌體和藥學上可接受的載體。
3.權利要求2的藥物組合物，其包含具有包含SEQID NO :1或SEQ ID NO 2的核酸序列的基因組的噬菌體；還包含有效抵抗糞腸球菌(Enterococcus faecalis)或屎腸球菌(Enterococcus faecium)的一種或多種其它噬菌體。
4.權利要求2的藥物組合物，其包含具有包含SEQID NO :1或SEQ ID NO 2的核酸序列的基因組的噬菌體；還包含有效抵抗糞腸球菌或屎腸球菌之外的細菌的一種或多種其它噬菌體。
5.權利要求2的藥物組合物，其包含具有包含SEQID NO 3的核酸序列的基因組的噬菌體；還包含有效抵抗銅綠假單胞菌O^seudomonas aeruginosa)的一種或多種其它噬菌體。
6.權利要求2的藥物組合物，其包含具有包含SEQID NO 3的核酸序列的基因組的噬菌體；還包含有效抵抗銅綠假單胞菌之外的細菌的一種或多種其它噬菌體。
7.權利要求2的藥物組合物，其包含具有包含SEQID NO 4, SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6或SEQ ID NO :7的核酸序列的基因組的噬菌體；還包含有效抵抗金黃色葡萄球菌 (Staphylococcus aureus)的一種或多種其它噬菌體。
8.權利要求2的藥物組合物，其包含具有包含SEQID NO 4, SEQ ID NO :5，SEQ ID NO 6或SEQ ID NO 7的核酸序列的基因組的噬菌體；還包含有效抵抗金黃色葡萄球菌之外的細菌的一種或多種其它噬菌體。
9.權利要求2的藥物組合物，其包含具有包含SEQID NO :760的核酸序列的基因組的噬菌體；還包含有效抵抗鮑氏不動桿菌(AcinetcAacter baumannii)的一種或多種其它噬菌體。
10.權利要求2的藥物組合物，其包含具有包含SEQID NO :760的核酸序列的基因組的噬菌體；還包含有效抵抗鮑氏不動桿菌之外的細菌的一種或多種其它噬菌體。
11.來自噬菌體F1245/05, F168/08, F170/08, F197/08, F86/06, F87s/06 或 F9la/06 的分離的溶素蛋白或其片段、變體或衍生物，具有針對鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌和金黃色葡萄球菌中的一種或多種的抗菌或抗微生物活性。
12.權利要求11的分離的溶素蛋白，所述蛋白具有SEQID NO 68, SEQ ID NO 184, SEQ ID NO :202,SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 446,SEQ ID NO 447,SEQ ID NO 448,SEQ ID N0: 575，SEQ ID NO :641，SEQ ID NO :712，SEQ ID NO :797的胺基酸序列，或其片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物具有針對糞腸球菌、屎腸球菌、金黃色葡萄球菌和鮑氏不動桿菌中的一種或多種的抗菌或抗微生物活性。
13.與相同大小的第二蛋白具有至少85%序列同一性的分離的第一蛋白，其中所述第一蛋白具有針對鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌和金黃色葡萄球菌中的一種或多種的抗菌或抗微生物活性，並且所述第二蛋白具有SEQ ID NO :797, SEQ ID NO 68，SEQ ID N0: 184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :446，SEQ ID NO :447，SEQ ID NO :448， SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :641，SEQ ID NO :712 的胺基酸序列或其片段。
14.權利要求13的分離的第一蛋白，其與所述第二蛋白具有至少95%的序列同一性。
15.權利要求11的片段，其中所述片段是分離自具有SEQID NO 68, SEQ ID NO 184， SEQ ID NO :202, SEQ ID NO 203, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO 447, SEQ ID NO 448, SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的胺基酸序列的多肽的CHAP結構域。
16.權利要求15的片段，其中所述片段具有SEQID NO :755，SEQ ID NO :756，SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758 或 SEQ ID NO :759 的胺基酸序列。
17.來自噬菌體F168/08，F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06, F9la/06 或 F1M5/05的分離的尾部帶測定蛋白或尾部蛋白，或其片段、變體或衍生物，其具有與其所分離自的噬菌體相關的生物學活性。
18.權利要求17的分離的尾部帶測定蛋白或尾部蛋白，所述蛋白具有SEQID NO :61， SEQ ID NO 63, SEQ ID NO :204，SEQ ID NO :214，SEQ ID NO :435，SEQ ID NO :438，SEQ ID NO :440, SEQ ID NO :525，SEQ ID NO :526，SEQ ID NO :527，SEQ ID NO :528，SEQ ID NO 529，SEQ ID NO :530，SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532，SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534， SEQ ID NO :535,SEQ ID NO 536,SEQ ID NO :537,SEQ ID NO 538,SEQ ID NO 539,SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO 701, SEQ ID NO 702, SEQ ID NO 703, SEQ ID NO 704, SEQ ID NO :795 的胺基酸序列，或其片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物具有與其所分離自或衍生自的噬菌體相關的生物學活性。
19.與相同大小的第二蛋白具有至少85%序列同一性的分離的第一蛋白，其中所述第一蛋白具有與噬菌體 F168/08，F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06, F9la/06 或 F1M5/05相關的生物學活性，並且所述第二蛋白具有SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :204, SEQ ID N0:214，SEQ ID N0:435，SEQ ID NO :438, SEQ ID NO :440, SEQ ID NO: 525，SEQ ID NO :526, SEQ ID NO :527, SEQ ID NO :528, SEQ ID NO :529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531,SEQ ID NO :532,SEQ ID NO :533,SEQ ID NO :534,SEQ ID NO :535,SEQ ID NO: 536，SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568, SEQ ID NO :632,SEQ ID NO :633,SEQ ID NO :700,SEQ ID NO :701,SEQ ID NO :702,SEQ ID NO :703, SEQ ID NO =704, SEQ ID NO :795 的胺基酸序列或其片段。
20.權利要求19的分離的第一蛋白，其與所述第二蛋白具有至少95%的序列同一性。
21.藥物組合物，其包含權利要求11或17的分離的蛋白和藥學上可接受的載體。
22.權利要求21的藥物組合物，其包含具有SEQID NO :61，SEQ ID NO :63，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :204 或 SEQ ID NO 214的胺基酸序列的分離的蛋白，或其具有針對糞腸球菌或屎腸球菌的抗菌或抗微生物活性的片段、變體或衍生物；還包含有效抵抗糞腸球菌或屎腸球菌的一種或多種噬菌體或其它蛋白。
23.權利要求21的藥物組合物，其包含具有SEQID NO :61，SEQ ID NO :63，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :204 或 SEQ ID NO 214的胺基酸序列的分離的蛋白，或其具有針對糞腸球菌或屎腸球菌的抗菌或抗微生物活性的片段、變體或衍生物；還包含有效抵抗糞腸球菌或屎腸球菌之外的細菌的一種或多種噬菌體或其它蛋白。
24.權利要求21的藥物組合物，其包含具有SEQID NO :435或SEQ ID NO :438的胺基酸序列的分離的蛋白，或其具有針對銅綠假單胞菌的抗菌或抗微生物活性的片段、變體或衍生物；還包含有效抵抗銅綠假單胞菌的一種或多種噬菌體或其它蛋白。
25.權利要求21的藥物組合物，其包含具有SEQID NO :435或SEQ ID NO :438的胺基酸序列的分離的蛋白，或其具有針對銅綠假單胞菌的抗菌或抗微生物活性的片段、變體或衍生物；還包含有效抵抗銅綠假單胞菌之外的細菌的一種或多種噬菌體或其它蛋白。
26.權利要求21的藥物組合物，其包含具有SEQID NO 440, SEQ ID NO 525, SEQ ID NO :526, SEQ ID NO 527, SEQ ID NO 528, SEQ ID NO 529, SEQ ID NO 530, SEQ ID NO :531， SEQ ID NO :532, SEQ ID NO 533, SEQ ID NO 534, SEQ ID NO 535, SEQ ID NO 536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO :567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO 632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703， SEQ ID NO :704的胺基酸序列的分離的蛋白，或其具有針對金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性的片段、變體或衍生物；還包含有效抵抗金黃色葡萄球菌的一種或多種噬菌體或其它蛋白。
27.權利要求21的藥物組合物，其包含具有SEQID NO 440, SEQ ID NO 525, SEQ ID NO :526,SEQ ID NO 527,SEQ ID NO 528,SEQ ID NO 529,SEQ ID NO 530,SEQ ID NO :531， SEQ ID NO :532, SEQ ID NO 533, SEQ ID NO 534, SEQ ID NO 535, SEQ ID NO 536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO :567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO 632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703， SEQ ID NO :704的胺基酸序列的分離的蛋白，或其具有針對金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性的片段、變體或衍生物；還包含有效抵抗金黃色葡萄球菌之外的細菌的一種或多種噬菌體或其它蛋白。
28.權利要求21的藥物組合物，其包含具有SEQID NOS :761-816的胺基酸序列的分離的蛋白，或其具有針對鮑氏不動桿菌的抗菌或抗微生物活性的片段、變體或衍生物；還包含有效抵抗鮑氏不動桿菌的一種或多種噬菌體或其它蛋白。
29.權利要求21的藥物組合物，其包含具有SEQID NOS :761-816的胺基酸序列的分離的蛋白，或其具有針對鮑氏不動桿菌的抗菌或抗微生物活性的片段、變體或衍生物；還包含有效抵抗鮑氏不動桿菌之外的細菌的一種或多種噬菌體或其它蛋白。
30.分離的核酸，其包含編碼權利要求11或17的蛋白的核苷酸序列。
31.治療或預防有此需要的受試者中的細菌感染的方法，包括向所述受試者施用治療量的權利要求2或21的藥物組合物。
32.權利要求31的方法，其中所述細菌感染是由鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、 銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌中的一種或多種引起的感染。
33.權利要求31的方法，其中所述細菌感染是由鮑氏不動桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、 銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌之外的細菌引起的感染。
34.權利要求31的方法，其中所述感染是醫院感染。
35.權利要求31的方法，其中所述組合物被表面地施用。
36.權利要求31的方法，其中所述受試者是哺乳動物。
37.權利要求36的方法，其中所述哺乳動物是人。
38.權利要求31的方法，其中所治療的感染是皮膚的感染。
39.權利要求38的方法，其中所述皮膚的感染是與糖尿病性足潰瘍相關的感染。
40.用於診斷細菌感染的誘因劑的方法，包括 (i)培養來自患者的組織樣品；( )將步驟(i)的培養物與權利要求1、11或17的噬菌體或蛋白接觸； (iii)就培養物裂解或生長的證據進行監測，其中培養物裂解的證據指示該培養物包含已知對於步驟(ii)中所使用的噬菌體或多肽敏感的細菌的種或菌株。
41.權利要求40的方法，其中所述組織樣品是收集自所述患者的血液、流體、組織活檢、或拭子樣品。
42.用於減少或抑制細菌在表面上的定殖或生長的方法，包括使所述表面與權利要求 1、11或17的噬菌體或多肽接觸。
43.權利要求42的方法，其中所述表面是哺乳動物的皮膚或黏膜。
44.權利要求43的方法，其中所述哺乳動物是人。
45.權利要求42的方法，其中所述表面是醫院器械或醫院設備的表面。
46.權利要求45的方法，其中所述器械或設備是手術器械或手術設備。
全文摘要
本發明涉及用於治療和控制細菌感染的噬菌體治療的領域。具體地，本發明涉及新的噬菌體F1245/05，F168/08，F170/08，F770/05，F197/08，F86/06，F87s/06和F91a/06，它們的分離的多肽，包含一種或多種所述新的噬菌體和/或分離的多肽的組合物，以及用於治療和預防細菌感染的方法，所述方法是單獨的或與其它抗菌治療(例如抗生素或其它噬菌體治療)相組合。
文檔編號C12N9/14GK102348460SQ201080011689
公開日2012年2月8日 申請日期2010年2月5日 優先權日2009年2月6日
發明者C·I·羅德裡格斯萊安德羅, C·J·索薩德聖若澤, F·M·羅德裡格斯帕爾達爾迪亞斯安圖內斯馬薩爾達席爾瓦, M·A·達科斯塔加西亞, S·費雷拉略倫斯格蘭舒洛倫索 申請人:抗菌技術,生物技術研究與發展股份有限公司, 藥物技術業製藥技術股份有限公司