用於藥物發現的探針、系統和方法

2023-08-02 12:40:56 4

專利名稱：用於藥物發現的探針、系統和方法
技術領域：
本發明的方面包括既能夠獨立使用、又可以包含一種藥物發現系統或方法的特點的探針、方法和系統。本發明還包括了藥物組合物。
更詳細地說，本發明提供了分子探針以及生產分子探針的方法。本發明還提供了用於新藥物發現的系統和方法。本發明的一個實施方案在一個藥物發現方法中使用了本發明的探針組和一種新的計算化學方法，該方法與目前所用的組合化學方法相比正獲得越來越多的關注。本發明還提供了用於藥物發現系統的計算機軟體和硬體工具。在本發明的藥物發現方法的一個實施方案中，計算機(in silico)方法和生物(in biologico)篩選方法均被利用來最大化成功的可能性，同時最小化了為獲得成功所必需的時間和令人傷感的實驗室步驟的數目。
背景技術：
可用作藥物的化學實體的發現一般是從對可獲得的化學實體進行隨機篩選開始的，這些化學實體通常來自於一個給定機構(公司或大學)的化學物質收藏中心。在經過數據分析等相當的努力之後，這樣的工作可能會發現一些少量的活性分子，稱為「命中物(hits)」。使用常規的方法系統性地提高這些命中物的活性通常來說是困難的，這是因為這些命中物具有不同的結構指紋，從而使根據結構及其生物學活性在這些分子間直觀地建立衍生關係變得困難。
由於工業和學術對化學物質的啟動能力越來越高，使得化學物質的多樣性以一種無序的方式持續擴展。此外，這種連續的高通量化學實踐經常產生越來越大的分子，它們作為起始點進行最適化的有用性受到限制，另外，一系列組合衍生的分子可能不容易在彼此間建立相關性(通過直覺或甚至計算機衍生的分子描述符)。
因此，需要一種新的藥物發現方法。
發明概述本發明包括不同的方面，既可以獨立使用，也可以包含一個藥物發現系統的部分。
一方面，本發明提供了分子探針。所述探針可用於藥物發現方法中。該探針還可用於藥物組合物，它是基於與治療的靶的一個結合位點相關聯。
另一方面，本發明提供了生產探針的化學合成方法。這些方法可用來製備探針進行生物學篩選。
另一方面，本發明提供了探針組。探針組可以包括結構嵌套的探針。探針組可用於藥物發現的系統和方法中，可以包括計算機表示和/或物理探針。
另一方面，本發明提供了生產探針組的方法。這些方法可以包括本發明的化學合成方法。這些方法也可選擇地或附加地包括計算機軟體和/或硬體方法，以生產探針的計算機表示。
本發明還提供了藥物發現的系統。本發明的系統可以有利地使用本發明的探針和/或探針組，和/或可以使用現有的分子。
本發明還提供了藥物發現方法。所述藥物發現方法可以有利地使用本發明的探針和/或探針組。
本發明的藥物發現系統和方法的實施方案可在計算機或生物或在兩者中同時使用。本發明的系統和方法的特定實施方案的一個特點是這些方法包括了產生、評估、鑑定和/或選擇探針的重複的步驟。
另一方面，本發明提供了藥物組合物。這些藥物組合物可以通過本發明的藥物發現系統或方法進行鑑定。
在參照對藥用化學化合物或藥物的搜索和鑑定描述了本發明的特點之後，本發明的特點和方面適用於任何嘗試對具有所需生理特性的識別化學化合物進行搜索。
本發明的一個優點是本發明的探針的實施方案可用於研究一個靶的結合位點的特徵。本發明的探針的實施方案具有足夠低的分子量，例如分子量1000或以下，以便與其它可能的組合物相比允許研究較小物理尺寸的結合位點。
本發明的另一個優點是本發明的探針的實施方案可以構建在計算機或生物體內。
本發明的另一個優點是本發明的系統和方法的實施方案提供了一種令人關注的方法，使得以更高成功率、更快速地篩選與一個特定結合位點具有結合潛力的探針成為可能。
本發明的其它細節和優點將在下面的部分和附圖中闡述。
附圖簡述本發明將參考附圖進行描述，其中

圖1示出本發明的一個實施方案的示例性環境。
圖2示出本發明的一個實施方案的多層應用框架。
圖3將本發明的一個實施方案示出為相關模塊的3級結構。
圖4示出根據圖3的高級模塊，在本發明的一個實施方案中的通用步驟。
圖5示出在本發明的一個實施方案中蛋白序列翻譯模塊所執行的步驟。
圖6示出在本發明的一個實施方案中的結合位點假說步驟。
圖7示出在本發明的一個實施方案中的對接或篩選步驟。
圖8示出在本發明的一個實施方案中選擇和分析模塊所執行的步驟。
圖9示出在本發明的一個實施方案中呈現和更新用戶界面以及安排和執行任務的通用步驟。
圖10示出在本發明的一個實施方案中的搜索步驟。
圖11示出在本發明的一個實施方案中產生和執行任務的通用步驟。
圖12示出在本發明的一個實施方案中正在使用的模板和定製的任務。
圖13示出在本發明的一個實施方案中提供的搜索結果的電子郵件通告。
圖14示出在本發明的一個實施方案中通過電子郵件提供的模型結果。
圖15示出在本發明的一個實施方案中通過電子郵件提供結合位點結果。
圖16示出在本發明的一個實施方案中通過電子郵件的自動對接結果。
圖17示出在本發明的一個實施方案中對一個商業應用成分產生和執行用戶腳本。
圖18示出在本發明的一個實施方案中預並行化步驟。
圖19示出在本發明的一個實施方案中一個步驟的並行化。
圖20示出本發明的一個實施方案的示例性環境。
圖21a示出在本發明的一個實施方案中的一個步驟。
圖21b是在本發明的一個實施方案中登錄屏的屏幕取景。
圖21c是在本發明的一個實施方案中搜索屏的屏幕取景。
圖21d是在本發明的一個實施方案中模板產生和修改屏的屏幕取景。
圖21e是在本發明的一個實施方案中分析數據視圖的屏幕取景。
圖21f是在本發明的一個實施方案中作圖器視圖的屏幕取景。
圖22到25(除了圖23b之外)是本發明的不同實施方案的步驟模型。
圖23b是在本發明的一個實施方案中模板視圖的屏幕取景。
圖26是本發明的藥物發現方法的框圖。
圖27描述了計算機分析方法操作的流程圖。
圖28描述了生物分析方法操作的流程圖。
圖29是一個流程圖，描述了計算機分析方法和生物分析方法的探針命中物的名單的加工。
圖30是一個流程框圖，描述了一個探針組的產生和計算機分析方法和生物分析方法的探針命中物的名單位置。
圖31描述了一組探針(第一組)隨著特定藥效團特徵之間距離的變化而表現出的特定藥效團特徵。
圖32描述了一組探針(第二組)隨著特定藥效團特徵之間距離的變化而表現出的特定藥效團特徵。
圖33描述了一組探針(第三組)隨著特定藥效團特徵之間距離的變化而表現出的特定藥效團特徵。
圖34描述了一組探針(第四組)隨著特定藥效團特徵之間距離的變化而表現出的特定藥效團特徵。
圖35示出一組識別元件、結合位點和框架。
圖36示出一組表現不同識別元件的探針和靶蛋白上的一個假設的結合位點。
圖37示出一個探針和一個靶蛋白上的一個結合位點之間的一個假設的結合。
圖38示出一個探針和一個靶蛋白上的一個結合位點之間的一個假設的結合。
圖39示出一個探針和一個靶蛋白上的一個結合位點之間的一個假設的結合。
圖40示出一個探針和一個靶蛋白上的一個結合位點之間的一個假設的結合。
圖41示出將所選的識別元件和框架組合產生一個第二代探針。
圖42示出一個第二代探針與一個靶分子之間的一個假設的結合。
發明詳述如前所述，本發明提供了探針、方法和系統，並且還提供了藥物組合物。
一個探針包括一個框架和一個輸入片段，其中探針包含了一個識別元件。在本發明的實施方案中探針包括了多個輸入片段。
探針也可以包含多個識別元件。識別元件可以位於輸入片段上，也可以位於框架上。本發明的一個在藥物發現方法中特別有用的探針的一個實施方案，含有至少3個輸入片段和至少3個識別元件。
本發明的探針可以是任何結構和/或任何大小，由選擇的框架和輸入片段所支配。當用於藥物發現方法時，使用本發明的分子量小於1000的探針可能有利。更小的探針，例如分子量小於700、或小於500的探針可能更為有利。
本發明還提供了一種生產探針的方法。該方法可以在計算機中或生物中使用。
其它與本發明的探針、框架、輸入片段和識別元件相關的細節，包括化學結構，在下文中描述。
本發明還提供了藥物組合物。
一種藥物組合物包括了本發明的一個探針。這個藥物組合物還可以包括一種藥物上可接受的載體和/或附加的藥物活性成份。
其它與本發明的藥物組合物相關的細節將在下文中描述。
本發明還提供了用於藥物發現的系統。
一個用於藥物發現的系統包括一組探針，每一個探針包含一個框架，一個輸入片段，其中探針包含了一個識別元件；試圖將探針組中的一個探針與治療靶上的一個結合位點連接起來的方法；評估探針和結合位點之間連接的方法；和篩選與結合位點具有所需連接的探針的方法。
藥物發現系統還可以包含從一個所選探針產生藥物組合物的方法。藥物發現系統還可以包含產生一組探針的方法。本發明中適合用於藥物發現系統的探針組的實施方案包括含有本發明探針的探針組，但不僅限於此。產生一組探針的方法包括用於生產本發明探針的方法，包括計算機方法和生物方法，但不僅限於此。
在本發明的藥物發現系統的一個實施方案中，試圖將一個探針與一個結合位點連接起來的方法可以在計算機中進行，從而這樣的方法包含了計算機軟體。同樣，評估探針和結合位點之間連接的方法也可以在計算機中進行，這樣的方法包含了計算機軟體。此外，篩選與結合位點具有所需連接的探針的方法也可以在計算機中進行，這樣的方法包含了計算機軟體。在本發明系統的實施方案中，這些方法中的一個或全部可以在計算機中進行，同時其它的方法，如果還有，可以在生物中進行。
本發明還提供了使用一組探針用於藥物發現的方法，包括試圖將探針組中的一個探針與治療靶上的一個結合位點連接起來；評估探針和結合位點之間的連接；和篩選與結合位點具有所需連接的探針。
藥物發現方法還可以包含從一個所選探針中產生藥物組合物。藥物發現方法還可以包含產生一組探針的方法。本發明中適合用於藥物發現方法的探針組的實施方案包括含有本發明探針的探針組，但不僅限於此。產生一組探針的方法包括用於生產本發明探針的方法，包括計算機方法和生物方法，但不僅限於此。
在本發明的一種方法的一個實施方案中，試圖將一個探針與一個結合位點連接起來的步驟可以在計算機中進行，這樣的方法包含了計算機軟體。同樣，評估探針和結合位點之間連接的步驟也可以在計算機中進行，這樣的方法包含了計算機軟體。此外，篩選與結合位點具有所需連接的探針的步驟也可以在計算機中進行，這樣的方法包含了計算機軟體。在本發明系統的實施方案中，這些方法中的一個或全部可以在計算機中進行，同時其它的方法，如果還有，可以在生物中進行。
上文描述提供了本發明的各個方面的總體概要。每個方面的進一步細節將在下文中描述。
本發明涉及框架，這些框架當用輸入片段修飾時，構成了探針，它們是用於篩選針對生物靶的有用分子。然後研究探針分子與生物靶的潛在的相互作用。
本發明也涉及一組探針、合成它們的方法、在這些探針中選擇一個子集進行計算機和生物篩選的方法，以及重複地選擇進一步的探針子集進行次級篩選的方法。
本發明的探針a)可以使用固相或液相有機化學技術進行合成，然後使用本領域已知的生物化學技術針對生物靶進行篩選，b)可以用計算的方法列出，然後使用一組確定的分子描述符用計算的方法表徵，c)可以用計算的方法列出，然後推演出每個探針的三維結構。可以通過計算的方法檢查每個探針與一個蛋白在一個或多個潛在結合位點的結合潛力，可以給出每個探針與靶蛋白「適合」的計算分數。在選擇一個命中物分子時步驟a)、b)和c)可以同時使用，也可以單獨使用，還可以以任何順序重複地使用。
治療劑是含有通常稱為藥效團特徵的亞結構基團的化學實體。一個藥物分子中的這些藥效團特徵的類型和幾何布置決定了它與特定藥物靶的結合親和性。
藥物化學家通常識別5種藥效團特徵疏水基團(H)、氫鍵受體(A)、氫鍵供體(D)、帶負電基團(N)和帶正電基團(P)。每一種基團可以被一種以上的化學基團所代表。例如一個疏水基團可以對應於一個烷基、取代或非取代的苯基或噻吩環等等。一個帶負電基團可以對應於羧基、磺酸基或其它酸性官能團以及四唑環。一套藥效基團含有5種藥效基團{H、A、D、N、P}。許多治療劑含有從這套基團中選出的2到5種藥效團特徵。
治療劑的療效對治療劑中存在的藥效團特徵的類型和幾何布置的依賴性，自然地導出了超集的概念，目的在於耗盡藥效團空間。「超集」被定義為一組代表了所有可能的藥效團特徵組合方式的探針，並且其中每個組合由涵蓋對於該種藥效團特徵組合來說所有可能的合理的幾何結構的分子集合所代表。藥效團特徵的合理幾何結構可以從已知的藥物靶的三維結構推斷出來。在不同的框架上裝載藥效團特徵可以使藥效團特徵採取不同的幾何結構，使藥效團特徵之間的三維關係涵蓋所有合理的幾何結構。
應該注意到，除了上一段描述的構建跨越的幾何結構之外，在超集中一個探針的構象可變性代表了另外一個熱學可達到的幾何結構的集合。
預期超集包括了能夠與具有廣泛多樣性的藥物和治療靶結合的化合物。此外，由於每種藥效團特徵的化學簡併性，構建幾個超集的範例是有可能的。每個範例完全代表了一套選定的藥效團特徵的組合和幾何結構。超集的不同的範例區別在於代表單個藥效團特徵的特定的化學結構實體。
構建一個超集首先是列出從特徵組中選出的藥效團特徵的所有可能的組合方式。通過選擇代表每個所選的特徵組成員的化學結構基團，構建了一個超集的範例。然後對於每個特徵的組合構建一個分子集合，以便在這個集合中特徵的幾何結構均勻分布在合理的範圍之內。這個過程圖示如下。
表1顯示了對於含有2到5種特徵的探針從特徵組中選出的特徵的可能組合的計數。
表2、3、4和5分別列出了從特徵組中選出2、3、4和5種特徵的所有組合方式。
一個超集的例子中可以包含從特徵組中選出的兩個A特徵和H、P、D、N特徵各一個，在這個超集的例子中分別代表這些藥效團特徵的化學結構是 另外選擇代表這6個藥效團特徵的化學結構基團可以產生其它超集的例子。因此，使用苯環代表H以及唑的氮或氧代表第一個、第二個或兩個A將產生其它超集的例子。
構建一個完整的超集需要將這6種藥效團特徵的適當的子集整合到代表了表2到表5中所列的每種藥效團特徵組合的分子。下面的討論圖示了將這6種藥效團特徵中的5個(H、P、A、A、D)的一種特定組合整合到一個這樣的分子中(結構1)。
結構1下面的討論描述了構建一個結構1類型的分子集。在組I、II、III和IV中的結構是在一個特定的框架上H、P、A、A、D的所有合理的幾何結構的集合的子集。這些結構圖示了一個特定的分子，例如結構1，是如何能夠被精心製作成一個合理的幾何結構的集合的。在這個超集的例子中，組I、II、III和IV中的結構(分別顯示在圖31、32、33和34中)構成了這種特定選擇藥效團特徵的所有合理的幾何結構的集合的一個子集。
在組I中，(P、A、A、D)之間的距離(幾何)彼此之間相對固定，而H與(P、A、A、D)藥效團特徵之間的距離跨越了合理的幾何結構。
在組II中，(P、A、A、D)之間的距離(幾何)彼此之間也是相對固定的，而H與(P、A、A、D)藥效團特徵之間的距離跨越了合理的範圍。組II與組I的區別在於P和其它4個藥效團特徵之間的距離與組I中的相應值不同。
組III和組IV除了由(C(＝O)-NH)所代表的(A、D)特徵進一步延伸遠離A、P和H之外，與組I和組II相同。
在此所用的術語「探針」是指一個含有連接元件的分子框架，適合於同大分子生物靶相互作用，這些大分子生物靶例如DNA、RNA、肽和蛋白，但不限於此，所述蛋白是酶和受體，但不限於此。
在此所用的術語「框架」是指一個獨特的化學結構，它被賦予了化學和物理性質以致於一個或多個適當的連接元件可以在其上得到安排並展示。
在此所用的術語「輸入片段」是指在框架上通過廣泛的相關化學試劑輕易所完成的一類分子取代。取代優先在框架上的一個或多個活性氫位點上進行。
在此所用的術語「結合元件」或「連接元件」是指在兩種分子之間特定的連接點。這樣的連接點包括例如氫鍵供體、氫鍵受體、範德華氏相互作用促進基團、π堆積促進基團、帶正電基團或帶負電基團，但不限於此。
在此所用的術語「連接」是指一個分子與另一個分子以非共價或可逆的共價的方式相結合。「連接」的例子可以包括有機分子與肽的連接、有機分子與蛋白的連接、或有機分子與多核苷酸如RNA寡聚體或DNA寡聚體的連接。
第一方面，本發明提供了一個探針組，含有用於篩選針對生物靶的探針，該探針包括從多個框架中任意選擇的一個框架，該框架由一個或多個輸入片段修飾。本發明的探針可以包含至少三個藥效團特徵。本發明的探針也可以包含至少三個識別元件。本發明探針組的一個或多個探針用於產生與大分子生物靶的連接或「結合」，從而引起一個或多個藥理學結果。在上述的框架的任意選擇中，對該框架的選擇既可以是完全隨機的，也可以包括一定部分的對給定生物靶適當框架的現有知識。
本發明提供的探針含有下面圖表1所示的分子式之一。
圖表1
圖表1
圖表1
其中Ar1包括芳基、雜芳基、稠合的環烷基芳基、稠合的環烷基雜芳基、稠合的雜環基芳基或稠合的雜環基雜芳基；L1包括亞烷基；L2和L3獨立地包括亞烷基、亞烯基、亞炔基或一個直接的鍵；R1和R2獨立地包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基或氫；R1和R2可以一起構成一個氧代基團；R3和R4獨立地包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基、氫、-O-G3、-O-G4、-G3、-G4、-N(G6)G3或-N(G6)G4；R3和R4可以一起構成一個環烷基或雜環基環，或者當L4是一個直接的鍵時，R3和R4可以一起構成一個稠合的芳基或雜芳基環；R5包括亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環烷基、亞雜環基、亞芳基或亞雜芳基；R6包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基或氫；Ar2包括亞芳基、亞雜芳基、稠合的亞芳基或稠合的亞雜芳基；Ar3包括亞芳基、亞雜芳基、稠合的亞芳基或稠合的亞雜芳基；T包括亞烷基、亞烯基、亞炔基或一個直接的鍵；E和K獨立地包括N或CH；L4包括亞烷基、-O-、-C(O)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-或一個直接的單鍵或雙鍵；L5和L6獨立地是亞烷基或一個直接的鍵，其前提是L5和L6不同時是直接的鍵；R7和R8獨立地包括烷基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基、烷氧基、烷基芳基、亞烷基芳基、亞烷基雜芳基、-O-芳基、-O-雜芳基或氫；R7和R8也可以一起構成一個環烷基或雜環基環；R9包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基、烷基芳基、烷基雜芳基或氫；R10包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基、烷基芳基、烷基雜芳基，或是一個天然或非天然的α-胺基酸的側鏈，其中任何官能基團都可以被保護；G1、G3、G4和G14獨立地包括下列結構 或 其中L7、L8、L9、L10、L11、L12、L13和L14獨立地包括亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環烷基、亞環烯基、亞芳基、亞雜環基、亞雜芳基、稠合的環烷基亞芳基、稠合的環烷基亞雜芳基、稠合的雜環基亞芳基、稠合的雜環基亞雜芳基或一個直接的鍵；以及R11、R12、R13、R14、R15、R16和R17獨立地包括烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、雜環基、雜芳基、芳基、稠合的環烷基芳基、稠合的環烷基雜芳基、稠合的雜環基芳基、稠合的雜環基雜芳基、NR18R19、OR18、SR18或氫，其中R18和R19在下面定義；R28包括烷基、烯基、炔基、芳基、雜芳基、亞烷基芳基或亞烷基雜芳基；R29包括H、烷基、烯基、炔基、亞烷基芳基或亞烷基雜芳基；R30包括O或H/OH；R31包括H、烷基或芳基；G2包括-O-L15-R20或 其中L15、L16和L17獨立地包括亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環烷基、亞環烯基、亞芳基、亞雜環基、亞雜芳基、稠合的環烷基亞芳基、稠合的環烷基亞雜芳基、稠合的雜環基亞芳基、稠合的雜環基亞雜芳基或一個直接的鍵；以及R20、R21、R22獨立地包括烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、雜環基、雜芳基、芳基、稠合的環烷基芳基、稠合的環烷基雜芳基、稠合的雜環基芳基、稠合的雜環基雜芳基、NR23R24、OR23、SR23或氫，其中R23和R24在下面定義；G5、G6和G13獨立地包括-L18-R25或 其中L18包括亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環烷基、亞環烯基、亞芳基、亞雜環基、亞雜芳基、稠合的環烷基亞芳基、稠合的環烷基亞雜芳基、稠合的雜環基亞芳基、稠合的雜環基亞雜芳基、-亞烷基-(芳基)2-或一個直接的鍵；以及R25包括烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、雜環基、雜芳基、芳基、稠合的環烷基芳基、稠合的環烷基雜芳基、稠合的雜環基芳基、稠合的雜環基雜芳基、NR26R27、OR26、SR26或氫，其中R26和R27在下面定義；R18、R19、R23、R24、R26和R27獨立地包括氫、烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、芳基、雜環基或雜芳基；任選地，G1和G5可以結合在一起構成一個雜環或雜芳基環，其中該雜環或雜芳基環可以被一個基團 任選地取代；任選地，G2和G1或G5之一可以結合在一起構成一個雜環；任選地，一個探針的G2和另一個探針的G1、G3、G4、G5或G6之一可以結合在一起形成一個直接的鍵；任選地，第一個探針的G2和第二個探針的G1可以結合在一起形成一個直接的鍵，第二個探針的G2也可以和第一個探針的G1結合在一起形成一個直接的鍵；任選地，一個探針的G1、G3、G4、G5或G6之一和另一個探針的G1、G3、G4、G5或G6之一可以結合在一起形成一個基團，含有下列結構； 本發明還提供了一個探針組，含有至少一個圖表1所示通式的探針。探針組一般包括多個探針，其中單個探針含有圖表1所示通式所述的分子結構。
本發明還提供了探針，它們採用一種或多種下面圖表2所示通式分子。
圖表2
圖表2
圖表2
圖表2
圖表2
圖表2 其中G7、G9和G10獨立地包括 G8包括-OH，-OCH3， 或 G11和G12獨立地包括氫或-CH3；任選地，一個探針的G8和另一個探針的G7、G9或G10之一可以結合在一起形成一個直接的鍵。
本發明還提供了一個探針組，含有至少一個圖表2所示通式的探針。探針組一般包括多個探針，其中每個單個的探針含有圖表2所示通式所描述的分子結構。
在上述探針組的探針中，所代表的各種官能基團應該被理解為在官能基團劃有連字符的地方有一個連接點。換句話說，在-C1-6烷基芳基的情況下，應該理解為連接點為烷基基團；一個例子是苯甲基。在一個基團如-C(O)-NH-C1-6烷基芳基的情況下，連接點是羰基碳。
在本發明的範圍內還包括了上述探針的單一對映體以及它們的任何完全或部分的消旋混合物。本發明還包括了上述探針的單一對映體以及它們的非對映異構體混合物，其中一個或多個立構中心是相反的。
在此所用的術語「低級」是指一個基團具有1到6個碳。
在此所用的術語「烷基」是指一個具有1到10個碳原子的直鏈或支鏈烴，被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。這種「烷基」可含有一種或多種O、S、S(O)或S(O)2原子。在此所用的「烷基」的例子包括甲基、正丁基、正戊基、異丁基和異丙基等，但不限於此。
在此所用的術語「亞烷基」是指一個具有1到10個碳原子的直鏈或支鏈二價烴，被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。這樣的一個「亞烷基」基團可以含有一個或多個O、S、S(O)或S(O)2原子。在此所用的「亞烷基」的例子包括亞甲基、亞乙基等，但不限於此。
在此所用的術語「烯基」是指一個具有2到10個碳原子並且至少具有一個碳-碳雙鍵的烴，被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。這樣的一個「烯基」基團可以含有一個或多個O、S、S(O)或S(O)2原子。
在此所用的術語「亞烯基」是指一個具有2到10個碳原子並且具有一個或多個碳-碳雙鍵的直鏈或支鏈二價烴，被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。這樣的一個「亞烯基」基團可以含有一個或多個O、S、S(O)或S(O)2原子。在此所用的「亞烯基」的例子包括乙烯-1，2-二基、丙烯-1，3-二基、亞甲基-1，1-二基等，但不限於此。
在此所用的術語「炔基」是指一個具有2到10個碳原子並且至少具有一個碳-碳叄鍵的烴，被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。這樣的一個「炔基」基團可以含有一個或多個O、S、S(O)或S(O)2原子。
在此所用的術語「亞炔基」是指一個具有2到10個碳原子並且具有一個或多個碳-碳叄鍵的直鏈或支鏈二價烴，被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。這樣的一個「亞炔基」基團可以含有一個或多個O、S、S(O)或S(O)2原子。在此所用的「亞炔基」的例子包括乙炔-1，2-二基、丙炔-1，3-二基等，但不限於此。
在此所用的術語「環烷基」是指一個具有3到12個碳原子並且具有一級或多級不飽和性的脂環族烴基團，被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。「環烷基」的例子包括環丙基、環丁基、環戊基、環己基、環庚基或環辛基等。
在此所用的術語「亞環烷基」是指一個具有3到12個碳原子並且任選具有一級或多級不飽和性的非芳香脂環族二價烴，選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。在此所用的「亞環烷基」的例子包括環丙基-1，1-二基、環丙基-1，2-二基、環丁基-1，2-二基、環戊基-1，3-二基、環己基-1，4-二基、環庚基-1，4-二基或環辛基-1，5-二基等，但不限於此。
在此所用的術語「雜環」或「雜環基」是指一個3到12員的雜環，具有一級或多級不飽和性，含有一個或多個選自S、SO、SO2、O或N的雜原子取代，它被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。這樣的一個環可以任選與一個或多個其它的「雜環」或環烷基的環稠合。「雜環基」的例子包括四氫呋喃、1，4-二噁烷、1，3-二噁烷、哌啶、吡咯烷、嗎啉、哌嗪等，但不限於此。
在此所用的術語「亞雜環基」是指一個3到12員的雜環二價自由基，任選具有一級或多級不飽和性，含有一個或多個選自S、SO、SO2、O或N中的雜原子，它被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。這樣的一個環可以任選與一個或多個苯環或一個或多個其它的「雜環」或環烷基的環稠合。「亞雜環基」的例子包括四氫呋喃-2，5-二基、嗎啉-2，3-二基、吡喃-2，4-二基、1，4-二噁烷-2，3-二基、1，3-二噁烷-2，4-二基、哌啶-2，4-二基、哌啶-1，4-二基、吡咯烷-1，3-二基、嗎啉-2，4-二基、哌嗪-1，4-二基等，但不限於此。
在此所用的術語「芳基」是指一個苯環或一個與一個或多個被任選取代的苯環稠合的任選取代的苯環系統，它被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、四唑基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、醯基、芳醯基、雜芳醯基、醯氧基、芳醯氧基、雜芳醯氧基、烷氧羰基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。芳基的例子包括苯基、2-萘基、1-萘基、1-蒽基等，但不限於此。
在此所用的術語「亞芳基」是指一個苯環二價自由基或一個與一個或多個任選取代的苯環稠合的苯環系統二價自由基，它被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、四唑基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、醯基、芳醯基、雜芳醯基、醯氧基、芳醯氧基、雜芳醯氧基、烷氧羰基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。亞芳基的例子包括苯-1，4-二基、萘-1，8-二基等，但不限於此。
在此所用的術語「雜芳基」是指一個5到7員的芳香環，或是一個多環雜環芳香環，含有一個或多個氮、氧或硫雜原子，其中N-氧化物和硫單氧化物或硫二氧化物允許被雜芳基取代，它被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、四唑基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、醯基、芳醯基、雜芳醯基、醯氧基、芳醯氧基、雜芳醯氧基、烷氧羰基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。對於多環的芳香環系統而言，其中的一個或多個環可以含有一個或多個雜原子。在此所用的「雜芳基」的例子包括呋喃、噻吩、吡咯、咪唑、吡唑、三唑、四唑、噻唑、噁唑、異噁唑、噁二唑、噻二唑、異噻唑、吡啶、噠嗪、吡嗪、嘧啶、喹啉、異喹啉、苯並呋喃、苯並噻吩、吲哚和吲唑等。
在此所用的術語「亞雜芳基」是指一個5到7員的芳香環二價自由基，或是一個多環雜環芳香環二價自由基，含有一個或多個氮、氧或硫雜原子，其中N-氧化物和硫單氧化物或硫二氧化物允許被雜芳基取代，它被選自下列基團的取代基任選取代低級烷基、低級烷氧基、低級烷基硫烷基、低級烷基亞氧硫基、低級烷基磺醯基、氧代、羥基、巰基、被烷基任選取代的氨基、羧基、四唑基、被烷基任選取代的氨基甲醯基、被烷基任選取代的氨基磺醯基、醯基、芳醯基、雜芳醯基、醯氧基、芳醯氧基、雜芳醯氧基、烷氧羰基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽氧基、被烷氧基、烷基或芳基任選取代的甲矽烷基、硝基、氰基、滷素或低級全氟代烷基，多級的取代也允許。對於多環的芳香環系統而言，其中的一個或多個環可以含有一個或多個雜原子。在此所用的「亞雜芳基」的例子包括呋喃-2，5-二基、噻吩-2，4-二基、1，3，4-噁二唑-2，5-二基、1，3，4-噻二唑-2，5-二基、1，3-噻唑-2，4-二基、1，3-噻唑-2，5-二基、吡啶-2，4-二基、吡啶-2，3-二基、吡啶-2，5-二基、嘧啶-2，4-二基、喹啉-2，3-二基等。
在此所用的術語「稠合的環烷芳基」是指一個與芳基稠合的環烷基團，二者共用兩個原子。在此所用的「稠合的環烷芳基」的例子包括1-茚滿基、2-茚滿基、1-(1，2，3，4-四氫萘)基等。
在此所用的術語「稠合的環烷雜芳基」是指一個與雜芳基稠合的環烷基團，二者共用兩個原子。在此所用的「稠合的環烷雜芳基」的例子包括5-氮雜-1-茚滿基等。
在此所用的術語「稠合的雜環基芳基」是指一個與芳基稠合的雜環基團，二者共用兩個原子。在此所用的「稠合的雜環基芳基」的例子包括2，3-苯並二氧芑等。
在此所用的術語「稠合的雜環基雜芳基」是指一個與雜芳基稠合的雜環基團，二者共用兩個原子。在此所用的「稠合的雜環基雜芳基」的例子包括3，4-亞甲基二氧吡啶等。
在此所用的術語「一個天然或非天然的α-胺基酸的側鏈」是指一個通式為H2N-CH(R)-CO2H的天然或非天然α-胺基酸內的R基團。這樣的側鏈的例子包括例如丙氨酸、精氨酸、天冬醯胺、半胱氨酸、胱氨酸、天冬氨酸、穀氨酸、叔-亮氨酸、組氨酸、5-羥基賴氨酸、4-羥基脯氨酸、異亮氨酸、亮氨酸、賴氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、色氨酸、酪氨酸、纈氨酸、α-氨基己二酸、α-氨基丁酸、高絲氨酸、α-甲基絲氨酸、甲狀腺素、哌啶酸、鳥氨酸和3，4-二羥基苯丙氨酸的側鏈，但不限於此。一個天然或非天然的α-胺基酸的側鏈上的官能基團可以被保護。羧基可以被酯化為例如一個烷基酯，但不限於此，或者也可以被一個羧基保護基團取代。氨基基團可以被一個醯基基團、芳醯基基團、雜芳醯基基團、烷氧羰基基團或氨基保護基團取代。羥基可以被轉化為酯或醚或被醇保護基團所取代。巰基可以被轉化為硫酯。
在此所用的術語「直接的鍵」，作為一個結構變量的說明部分，是指在這個變量兩側的(前面和後面的)取代基直接相連形成一個「直接的鍵」。
在此所用的術語「烷氧基」是指RaO-基團，其中Ra是烷基。
在此所用的術語「烯氧基」是指RaO-基團，其中Ra是烯基。
在此所用的術語「炔氧基」是指RaO-基團，其中Ra是炔基。
在此所用的術語「烷基硫烷基」是指RaS-基團，其中Ra是烷基。
在此所用的術語「烯基硫烷基」是指RaS-基團，其中Ra是烯基。
在此所用的術語「炔基硫烷基」是指RaS-基團，其中Ra是炔基。
在此所用的術語「烷基亞氧硫基」是指RaS(O)-基團，其中Ra是烷基。
在此所用的術語「烯基亞氧硫基」是指RaS(O)-基團，其中Ra是烯基。
在此所用的術語「炔基亞氧硫基」是指RaS(O)-基團，其中Ra是炔基。
在此所用的術語「烷基磺醯基」是指RaS(O)2-基團，其中Ra是烷基。
在此所用的術語「烯基磺醯基」是指RaS(O)2-基團，其中Ra是烯基。
在此所用的術語「炔基磺醯基」是指RaS(O)2-基團，其中Ra是炔基。
在此所用的術語「醯基」是指RaC(O)-基團，其中Ra是烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基或雜環基。
在此所用的術語「芳醯基」是指RaC(O)-基團，其中Ra是芳基。
在此所用的術語「雜芳醯基」是指RaC(O)-基團，其中Ra是雜芳基。
在此所用的術語「烷氧羰基」是指RaOC(O)-基團，其中Ra是烷基。
在此所用的術語「醯氧基」是指RaC(O)O-基團，其中Ra是烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基或雜環基。
在此所用的術語「芳醯氧基」是指RaC(O)O-基團，其中Ra是芳基。
在此所用的術語「雜芳醯氧基」是指RaC(O)O-基團，其中Ra是雜芳基。
在此所用的術語「任選地」是指其後描述的事件可以發生也可以不發生，既包括發生的事件也包括沒發生的事件。
在此所用的術語「取代的」是指用列出名稱的取代基進行取代，除非另外說明，多級的取代是被允許的。
在此所用的術語「包含」或「含有」可以指在任何位置用O、S、SO、SO2、N或N-烷基包括例如-CH2-O-CH2-、-CH2-SO2-CH2-、-CH2-NH-CH3等中任何一種或多種對上面定義的烷基、烯基、炔基或環烷基取代基進行在線取代。
無論術語「烷基」或「芳基」或任何一個作為前綴何時出現在一個取代基的名字中(例如芳基烷氧基芳氧基)，它們應該被解釋為包括了上述給「烷基」和「芳基」所設定的那些限制。烷基和環烷基取代基應該被當作在功能上與具有一級或多級不飽和性的那些烷基和環烷基取代基等同。指定的碳原子的數目(例如C1-10)應該獨立地指在一個烷基、烯基、炔基或環烷基基團中碳原子的數目，或是術語「烷基」以其前綴出現在較大的取代基的烷基部分的碳原子數目。
在此所用的術語「氧代」是指＝O取代基。
在此所用的術語「滷素」或「滷代」應包括碘、溴、氯和氟。
在此所用的術語「巰基」是指-SH取代基。
在此所用的術語「羧基」是指-COOH取代基。
在此所用的術語「氰基」是指-CN取代基。
在此所用的術語「氨基磺醯基」是指-SO2NH2取代基。
在此所用的術語「氨基甲醯基」是指-C(O)NH2取代基。
在此所用的術語「硫烷基」是指-S-取代基。
在此所用的術語「亞氧硫基」是指-S(O)-取代基。
在此所用的術語「磺醯基」是指-S(O)2-取代基。
按照下述的反應流程圖(變量有的在前面已經定義，有的在其中定義)，使用容易獲得的起始材料、試劑和常規的合成步驟，可以容易地製備化合物。在這些反應中，也可能利用那些對於本領域普通技術的人來說已經是眾所周知，但未更詳細提及的各種變量。
在此所用的樹脂試劑的常用名和定義包括Merrifield 對-羥甲基聚苯乙烯Wang(4-羥甲基)苯氧甲基聚苯乙烯
Wang碳酸酯 4-(對-硝基苯基碳酸酯)苯氧甲基聚苯乙烯Rink樹脂 4-(2』，4』-二甲氧基苯基-Fmco-氨甲基)-苯氧基聚苯乙烯樹脂Wang溴代樹脂 α-溴-α-甲基苯甲醯甲基聚苯乙烯樹脂THP樹脂3，4-二氫-二氫吡喃-2-基甲氧甲基聚苯乙烯醛類樹脂是指下列樹脂甲醯基聚苯乙烯，4-苄氧基苯甲醛聚苯乙烯，3-苄氧基苯甲醛聚苯乙烯，4-(4-甲醯基-3-甲氧基苯氧基)丁醯基-氨甲基聚苯乙烯，2-(4-甲醯基-3-甲氧基苯氧基)乙基聚苯乙烯，2-(3，5-二甲氧基-4-甲醯基苯氧基)乙氧基-甲基聚苯乙烯，2-(3，5-二甲氧基-4-甲醯基苯氧基)乙氧基聚苯乙烯，(3-甲醯基吲哚基)乙醯氨甲基聚苯乙烯，(4-甲醯基-3-甲氧基苯氧基)接枝(聚乙二醇)-聚苯乙烯；或(4-甲醯基-3-甲氧基苯氧基)甲基聚苯乙烯。
在此所用的縮寫如下APCI大氣壓化學離子化BOC叔丁氧羰基BOP(1-苯並三唑氧基)三(二甲基氨基)磷鎓六氟磷酸BuOH丁醇d天DBU1，8-二氮雜二環[5.4.0]十一-7-烯DCB1，2-二氯苯DCC二環己基碳二亞胺DCE1，2-二氯乙烷DCM1，2-二氯甲烷DIAD二異丙基偶氮二羧酸酯DIEA二異丙基乙胺
DIPCDI1，3-二異丙基碳二亞胺DMAP4-二甲基氨基吡啶DME1，2-二甲氧基乙烷DMFN，N-二甲基甲醯胺DMS甲硫醚DMPU1，3-二甲基丙烯脲DMSO二甲亞碸EDC1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亞胺氫氯化物EDTA乙二胺四乙酸ELISA酶聯免疫吸附分析Eq.或equiv.當量ESI電子噴濺離子化ether乙醚EtOAc乙酸乙酯EtOH乙醇FBS胎牛血清Fmoc9-芴基甲氧基羰基g克h小時HBTUO-苯並三唑-1-基-N，N，N』，N』-四甲基脲鎓六氟磷酸HMPA六甲基磷酸三醯胺HOBt1-羥基苯並三唑HOAc冰乙酸Hz赫茲i.v.靜脈內kD千道爾頓L升LAH氫化鋁鋰LDA二異丙醯胺鋰LPS脂多糖
M摩爾(濃度)m/z荷質比mbar毫巴MeOH甲醇mg毫克min分鐘mL毫升mM毫摩爾(濃度)mmol毫摩爾mol摩爾mp熔點MS質譜N當量NMMN-甲基嗎啉，4-甲基嗎啉NMP1-甲基2-吡咯烷酮NMR核磁共振光譜p.o.口服PBS磷酸緩衝的鹽溶液PMA佛波醇豆蔻酸乙酸酯PPh3三苯基膦PS聚苯乙烯ppm百萬分之一psi磅每平方英寸Rf薄層層析相對遷移率rt室溫s.c.皮下SPA閃爍親近測定法TBu叔丁基TEA三乙胺TES三乙基矽烷
TFA三氟乙酸THF四氫呋喃THP四氫吡喃基TLC薄層層析Tol甲苯Trityl(Trt)三苯基甲基Tr保留時間下面的反應流程圖描述了合成探針的方法。反應流程圖1描述了探針的合成方法，其中X是NH、O、-C(R1)(R2)-O-或-C(R1)(R2)-NH-。M是一個具有適當的化合價，能夠展示W、Q、X和Y基元的框架；W是N；Q是O、N或者一個直接的鍵，Y是NH、O或者一個直接的鍵，PG1、PG2、PG3和PG4是適當的氨基保護基團、醇保護基團或羧基保護基團，或是氫；G1、G2、G3、G4、G5和G6的意義如前面所定義。W、Q和Y可以獨立地作為a)M基團的取代基，或者b)可以包括在全部或部分被M基團所含有的一個環結構內。M可以代表α-胺基酸中除了-NH2和-CO2H之外的任何片段。換句話說，M可以代表一個精心準備的α-胺基酸的α-碳及其取代基。當變量上有「撇」號(』)標記時，這些變量一般也象上述的定義一樣，但是相對於它們不帶「撇」號的對應物來說可以是相同的，也可以是不同的，前提是在PG1、PG2、PG3、PG4、PG1』、PG2』、PG3』和PG4』中有一個，而且只有一個可以是一種聚合物，如聚苯乙烯或經過適當的修飾、帶有與探針共價連接的適當的接頭的聚苯乙烯，其可以選擇性地從探針上切下。
反應流程圖1
反應流程圖1(續) 使用適當的試劑可以對中間體(1)在W、Q、Y和S位點進行保護。或者，目的產物(2)也可以商業購買。如果G5是烷基或取代烷基，可以在這個階段引入G5，方法是在(2)中當R28是H時，用例如甲醛處理，然後分離加成物，再用NaBH3CN處理。在(3)中當PG4』是H、X』是-C(O)-時，用Merrifield樹脂和碳酸銫的DMF處理，或者在(3)中當PG4』是H、X』是-C(O)-時，用Wang樹脂和例如在含和不含DMAP和/或HOBt的情況下DIPCDI的DMF處理，都可以使(3)連接到一個聚合物上。(3)可以在K』位點去保護並與酸(2)反應(當X是-C(O)-、PG4是H時，可以使用例如在含和不含DMAP和/或HOBt的情況下DIC的DMF處理形成(5))。接下來胺和醇保護基團也可以被除去，然後引入輸入片段，如反應流程圖1所描述。例如，當PG3是一個FMOC基團時，用的哌啶的DCM處理(4)，然後引入一個試劑如乙酸酐和吡啶就可以得到(6)，其中B是-C(O)CH3-。醇、羧基和胺保護基團的去保護可以按照已建立的技術進行，例如J.W.Barton，「有機化學中的保護基團」J.G.W.McOmie編，Plenum出版社，紐約，1973年；T.W.Greene，「有機合成中的保護基團」John Wiley and Sons，紐約，1981年；或M.Bodansky，「肽合成原理」Springer-Verlag，Berlin Heidelburg，1993年。
反應流程圖2 反應流程圖2描述了一個通式為(16)的探針的合成，在合成探針(16)的過程中使用了一個單一的「M」框架。X，其意義同前述，可以以同樣的方式連接到一個固相支持物上。輸入A可以是一個接頭，用於連接到一個聚苯乙烯固相支持物上，例如Wang、對-硝基苯基羰基Wang、2-四氫吡喃基-5-甲氧基Merrifield、Merrifield或Rink樹脂，其中X是NH、O、-C(R1)(R2)-O-、或-C(R1)(R2)-NH-。接下來胺和醇保護基團也可以被除去，然後引入輸入片段，如反應流程圖2進一步所述。
通過使用下列方法可以引入G1、G3和G4輸入a)在-C(O)CH3的情況下，使用乙酸酐的吡啶或TEA/DMAP；b)在-SO2CH3的情況下，使用甲磺醯氯的DCM和TEA/DMAP；
c)在-C(O)N(H)CH3、-C(O)N(H)CH2CH3或-C(O)N(H)CH(CH3)2的情況下，在含或不含吡啶時使用異氰酸甲酯、異氰酸乙酯或異氰酸異丙酯；d)在-C(O)N(CH3)2的情況下，使用N，N-二甲基氨基甲醯氯的DCM和TEA/DMAP；e)在-C(O)OCH3的情況下，使用氯代甲酸甲酯的DCM和TEA/DMAP；f)在-SO2-NHCH3的情況下，使用CH3NHSO2Cl或CH3N(PG5)SO2Cl的TEA/DMAP，然後當PG5是FMOC時，用例如哌啶的DMF除去PG5；g)在-S(O)2N(CH3)2的情況下，使用(CH3)2NSO2Cl的TEA/DMAP；通過使用下列方法可以引入G2輸入a)在含有DIEA的情況下，使用重氮甲烷的乙酸乙酯，或者是甲基碘化物的DMF，其中羧酸被修飾；b)在含有或不含HOBT的情況下，使用甲胺或甲胺氫氯化物和DIC的DMF，其中羧酸被修飾，對於-NHCH3而言；c)使用甲胺的溶劑如二噁烷或異丙醇，其中酯被修飾，對於-NHCH3而言；d)在含有或不含HOBT的情況下，使用二甲胺或二甲胺氫氯化物和DIC的DMF，其中羧酸被修飾，對於-N(CH3)2而言；e)使用二甲胺的溶劑如二噁烷或異丙醇，其中酯被修飾，對於-N(CH3)2而言；f)使用鈉甲氧化物的甲醇，或者甲醇和二異丙基乙胺的THF，其中酯被修飾，對於-OCH3而言；g)使用水和二異丙基乙胺的THF，或者鹼金屬氫氧化物的THF-甲醇-水或甲醇-水或THF-水，對於-OH而言；從(10)到(11)和從(15)到(16)的轉化可以包含一個將(10)和(15)從聚合物支持物上切割下來的過程。在(11)和(14)的情況下，當PG4或PG4』是一個Wang樹脂連接時，用TFA的DCM處理(11)或(14)，然後過濾和濃縮獲得羧酸。在(11)和(14)的情況下，當PG4或PG4』是一個Merrifield樹脂連接時，用氫氧化鋰或氫氧化鈉水溶液處理(11)或(14)，然後過濾、用質子型離子交換樹脂中和、接著濃縮獲得羧酸。羧酸可以用前述的方法加工成酯或醯胺。或者，在(11)和(14)的情況下，當PG4或PG4』是一個Wang樹脂連接或Merrifield樹脂連接時，用甲胺或二甲胺的極性溶劑如DMF、異丙醇或二噁烷處理(11)或(14)，然後過濾和濃縮獲得甲基醯胺或二甲基醯胺。在(11)和(14)的情況下，當PG4或PG4』是一個Rink樹脂連接時，用TFA的DCM處理(11)或(14)，然後過濾和濃縮獲得甲醯胺。在(11)和(14)的情況下，當PG4或PG4』是通過一個氨基甲酸酯或碳酸酯與Wang樹脂連接時，用TFA的DCM處理(11)或(14)，然後過濾和濃縮獲得醇或胺。
反應流程圖3提供了通式為(25)和(26)的探針的合成方法。被保護的胺基酸(17)在羧基氧上去保護，再用A保護獲得(18)。A可以是一個烷基輸入或作為一個連接到聚合物支持物上的接頭。在這個流程圖和隨後的流程圖中，M代表了一個可變性質的探針框架，例如1，1-環烷基或氨基保護的4，4-哌啶基，但不限於此。L19代表亞烷基或一個直接的鍵。(18)的氨基保護基團去保護，游離胺用(19)進行還原胺化，使用例如三乙醯氧基硼氫化鈉作為還原劑的溶劑如THF，得到(20)。R53和R54可以獨立地是例如烷基或亞烷基-芳基基團，但不限於此。(20)中的胺用一個溴代亞烷基羧酸如溴代乙酸烷基化，得到(22)。(22)與胺(23)反應產生(24)。(24)可以如前所述用一個G2輸入進行修飾得到(25)。或者，當R56是H時，(24)可以在溶劑如甲苯中在40℃到100℃的溫度加熱環化，得到(26)。
反應流程圖3 反應流程圖4描述了通式為(33)和(35)的探針的合成。一個醛類樹脂，如4-苯甲氧基苯甲醛聚苯乙烯(27)，但不限於此，與一個胺(28)進行還原胺化得到(29)。在這種情況下，R57是一個雜芳基或-亞烷基-芳基，但不限於此。使用一個試劑如DIPCDI和HOBt /DMAP將樹脂(29)偶聯到(30)上得到(31)。氨基保護基團PG1被除去，將氨基基團用於與羰基化合物(19)進行還原胺化，R53和R54的定義如前述。胺(32)用試劑如TFA的DCM處理，得到醯胺(3)。不含氨基取代基的酸(34)，可以按照前面選擇的反應序列偶聯到樹脂(29)上，然後切割下來得到(35)。
反應流程圖4 反應流程圖5描述了通式為(40)的探針的合成。將保護的或固相支持的酯(18)去保護，其中A可以是一個固相支持物例如Wang樹脂，游離胺在存在一個偶聯試劑如DIPCDI或EDC及存在HOBt的情況下，與一個溴代酸(36)反應產生(37)。L20可以是一個例如亞烷基或-亞烷基-亞芳基基團，但不限於此。溴化物(37)可以與一個巰基試劑(38)反應產生(39)。在這種情況下，R58可以是一個例如芳基、雜芳基或烷基基團，但不限於此。硫醚(39)如前所述引入G2輸入，得到(40)。
反應流程圖5 反應流程圖6描述了通式為(44)和(46)的探針的合成。在存在一個鹼如TEA的溶劑如DCM或THF情況下，將其中R60是-OH的中間體(41)偶聯到一個樹脂，如用光氣、雙光氣或三光氣處理Wang樹脂形成的Wang碳酸樹脂或氯代碳酸樹脂上，形成(42)。或者，R60可以是-NH2或-NH-R，其中R是一個例如烷基或環烷基的基團，但不限於此。氨基保護基團PG1被除去，胺如前述與羰基化合物(19)還原偶合。產物(43)可以用一個取代基R40採用前述的用於G1、G3和G4輸入的方式進行修飾，得到(45)。或者，(43)也可以用例如TFA的DCM從樹脂上切割下來，產生(44)。(45)可以用同樣的方式從樹脂上切割下來，產生(46)。
反應流程圖6
反應流程圖7描述了通式為(52)和(53)的探針的製備。前述的溴代醯胺(37)可以用肼的溶劑如DMF或THF處理，得到(47)。肼加成物可以用1，3-二酮如(49)處理，產生吡唑(51)。R63、R64和R65可以是例如烷基、烯基、-亞烷基-芳基或氫，但不限於此。中間體(51)可以去保護或從固相支持物上切下，引入G2輸入產生(53)。醯肼(47)可以用一個酮酸(48)的溶劑如二氯乙烷或THF，在25℃到100℃的溫度處理，得到加成物(50)。L21在優選情況下是亞甲基或亞乙基，用例如烷基、烯基、芳基、亞烷基-雜芳基等基團任選取代，但不限於此。R62是一個例如芳基、烷基-芳基等的基團，但不限於此。如前所述引入G2輸入得到探針(52)。
反應流程圖7
反應流程圖8描述了通式為(61)的探針的合成。一個如前面定義的醛類樹脂與一個胺(54)使用一個試劑如氰基硼氫化鈉的溶劑如THF進行還原胺化，得到(55)。R67和R66獨立地是例如烷基、氫等基團，但不限於此，或連在一起形成一個雜環基環或環烷基環。(55)的氮可以用一個氨基保護基團如Fmoc進行保護。然後使用一個試劑如吡啶-三氧化硫複合物和DMSO將伯醇氧化為醛，再用TEA處理得到(56)。接著用甲醇-THF中的異氰化物(57)和鄰氨基苯甲酸(58)的甲醇，在25℃到100℃的溫度處理(56)，得到加成物(59)。R68可以是一個烷基或芳基基團，但不限於此。使用本領域已知的方法除去保護基團PG1。產物在一個溶劑如氯苯中在50℃到150℃的溫度處理，使用催化量的鑭系金屬triflate如鋱(III)triflate，得到環化產物(60)。用TFA的DCM、DCM-二甲基硫化物或水-二甲基硫化物處理(60)將其從聚合物支持物上切割下來，得到(61)。在這個例子中，Ar1代表一個可任選取代的芳基或雜芳基環系統。
反應流程圖8
反應流程圖9描述了通式為(68)的探針的合成。將保護的羧酸(62)去保護，使用DIPCDI和HOBt/DMAP的DCM將其與一個聚合物支持物如Wang樹脂反應，得到(63)。將氨基保護基團PG1除去得到(64)，所得的胺在溶劑如甲苯或THF中，在25℃到80℃的溫度下與一個硼酸(65)和一個酮化合物(66)反應，得到加成物(67)。R69在優選情況下是氫、烷基或亞烷基-芳基，但不限於此。R70是烯基、芳基，或被基團如但不限於此的環烷基、芳基或烷基取代的烯基。R72是例如烷基或氫的基團，但不限於此。R71是例如烷基、芳基或氫的基團，但不限於此。R73可以是O或H/OH。然後通過引入G2輸入將產物(67)從樹脂上切下，得到(68)。例如，當G2是OH時，如果POL是Wang樹脂，用TFA的DCM在25℃到50℃的溫度下處理(67)得到(68)。
反應流程圖9
反應流程圖10提供通式為(70)的探針的合成。將保護的羧酸(62)去保護，如前所述將其與一個聚合物支持物如但不限於此的Wang樹脂反應。R69在優選情況下是氫、烷基或亞烷基-芳基，但不限於此。將氨基保護基團除去得到(64)，所得的游離胺與一個R70-NCO異氰酸酯反應，得到(69)。R70是例如烷基、亞烷基-芳基或亞烷基-環烷基的基團，但不限於此。化合物(69)在含或不含TEA的情況下，在溶劑如THF或甲苯中在40℃到120℃的溫度下加熱，得到(70)。在這個例子中，L19在優選情況下是一個直接的鍵或一個取代的亞甲基或亞乙基，其中的取代基可以是烷基、亞烷基-芳基等，但不限於此。
反應流程圖10
反應流程圖11描述了通式為(76)的探針的合成。將保護的胺基酸(71)在羧基上去保護，然後在羧基上與一個聚合物試劑如Wang樹脂反應，得到(72)。將氨基保護基團除去得到(73)，游離胺在0℃到50℃的溫度下與一個R70-NCO異氰酸酯的溶劑如DCM反應，得到(74)。R70是例如烷基、亞烷基-芳基或亞烷基-環烷基的基團，但不限於此。在25℃到100℃的溫度下，在一個溶劑如THF、DCM或DMF中，用一個乙烯酮試劑例如雙烯酮(其中R71是甲基)處理(74)，得到(75)。如前所述引入G2輸入，得到探針(76)。
反應流程圖11
反應流程圖12提供了通式為(82)的探針的合成。在這個流程圖中，L19在優選情況下是一個直接的鍵。在聚合物支持物上的胺基酸(73)，在25℃到80℃的溫度下，用異氰酸酯(77)、醛(78)和N-保護的鄰氨基苯甲酸(79)的溶劑如THF或DCM處理，得到加成物(80)。Ar2代表了一個任選取代的芳基或雜芳基環系統。PG1保護基團被除去。PG1是例如Fmoc的基團，它可以在一個溶劑如DMF中，在25℃到50℃的溫度下，用哌啶處理而除去。在一個溶劑如甲苯中，在50℃到110℃的溫度下加熱(81)，將其從固相支持物上切下，得到探針(82)。
反應流程圖12
反應流程圖13描述了通式為(87)和(88)的探針的合成。將保護的胺基酸(71)在羧基處去保護，與一個聚合物支持物如但不限於此的Wang樹脂反應，得到(72)。將氨基保護基團PG1除去，得到(73)。當PG1是Fmoc時，可以在一個溶劑如DMF中，在25℃到50℃的溫度下，用哌啶處理(72)而將其除去。所得到的胺在一個溶劑如DMF或氯苯中，在25℃到120℃的溫度下，用一個取代的雜芳基團(83)處理，得到(85)。LG2是一個離去基團如氟或氯，在優選情況下，離去基團LG2的位置鄰接雜環基環系統hAr的一個雜原子。胺(73)可以用一個芳環系統(84)處理得到(86)。在(84)中，LG2的意義與在(85)中相同，在優選情況下位於一個吸電子取代基如但不限於此的-NO2或-CN的鄰位或對位。取代產物(85)和(86)如前所述引入G2輸入，轉化為產物(87)和(88)。
反應流程圖13
反應流程圖14描述了通式為(91)的探針的合成。將被保護的胺基酸去保護，然後如前所述與一個聚合物支持物如Wang樹脂反應。當氨基保護基團PG1是Fmoc時，可以在一個溶劑如DMF中，在25℃到50℃的溫度下，用哌啶處理而將PG1除去，得到(73)。在一個溶劑如THF或DCM中，在25℃到80℃的溫度下，用試劑(77)、(78)和(89)處理(73)，得到加成物(90)。(77)和(78)中的變量R72和R73與前述意義相同；R74可以是一個例如環烷基、芳基或烷基基團，但不限於此。如前所述可將G2輸入引入該化合物，然後從樹脂上切下，得到(91)。
反應流程圖14
在上述流程圖中，「PG1」、「PG2」、「PG3」和「PG4」可以代表氨基保護基團。在此所用的術語「氨基保護基團」是指氨基基團上的取代基，當化合物上的其它功能基團進行反應時一般用於封閉或保護氨基官能團。這樣的氨基保護基團的例子包括甲醯基、三苯甲基、苯二甲醯亞氨基、三氯乙醯基、氯乙醯基、溴乙醯基和碘乙醯基、氨基甲酸乙酯型的封閉基團如苄氧基羰基、4-苯基苄氧基羰基、2-甲基苄氧基羰基、4-甲氧基苄氧基羰基、4-氟苄氧基羰基、4-氯苄氧基羰基、3-氯苄氧基羰基、2-氯苄氧基羰基、2，4-二氯苄氧基羰基、4-溴苄氧基羰基、3-溴苄氧基羰基、4-硝基苄氧基羰基、4-氰基苄氧基羰基、2-(4-聯苯基)異丙氧基羰基、1，1-二苯基乙-1-基氧基羰基、1，1-二苯基丙-1-基氧基羰基、2-苯基丙-2-基氧基羰基、2-(對-甲苯甲醯基)丙-2-基氧基羰基、環戊基氧基羰基、1-甲基環戊基氧基羰基、環己基氧基羰基、1-甲基環己基氧基羰基、2-甲基環己基氧基羰基、2-(4-甲苯甲醯磺醯基)乙氧基羰基、2-甲基磺醯基乙氧基羰基、2-(三苯基膦基)乙氧基羰基、9-芴基甲氧基羰基(「FMOC」)、叔-丁氧基羰基(「BOC」)、2-(三甲基甲矽烷基)乙氧基羰基、烯丙氧基羰基、1-(三甲基甲矽烷基甲基)丙-1-烯基氧基羰基、5-苯甲基isoxalyl甲氧基羰基、4-乙氧基苄氧基羰基、2，2，2-三氯乙氧基羰基、2-乙炔基-2-丙氧基羰基、環丙基甲氧基羰基、4-(癸氧基)苄氧基羰基、異冰片基氧基羰基、1-哌啶基氧基羰基等；苯甲醯基甲基磺醯基、2-(硝基)苯基亞氧硫基、二苯基膦氧化物基團等氨基保護基團。所用的氨基保護基團的種類並不重要，只要衍生的氨基基團在通式(1)所示化合物的其它位置上隨後進行的反應條件下是穩定的，並且可以在所希望的點被去除而不幹擾分子的其它部分。優選的氨基保護基團是烯丙氧基羰基、叔-丁氧基羰基、9-芴基甲氧基羰基和三苯甲基。在頭孢黴素、青黴素和肽領域中使用的同樣的氨基保護基團也包含於上述術語中。上述術語的其它基團的例子在下述文獻中有描述J.W.Barton「有機化學中的保護基團」J.G.W.McOmie編，Plenum出版社，紐約，1973年；以及T.W.Greene「有機合成中的保護基團」John Wiley and Sons，紐約，1981年。相關的術語「保護的氨基」定義一個如上面討論的用氨基保護基團所取代的氨基基團。
在上述的流程圖中，「PG1」、「PG2」、「PG3」和「PG4」可以代表一個羥基保護基團。在此所用的術語「羥基保護基團」是指醇基團上的取代基，當化合物上的其它功能基團進行反應時一般用於封閉或保護醇官能團。這樣的醇保護基團的例子包括2-四氫吡喃基、2-乙氧基乙基、三苯甲基、三氯乙醯基、氨基甲酸酯型封閉基團如苄氧基羰基和三烷基甲矽烷基基團，例如三甲基甲矽烷基、叔丁基二甲基甲矽烷基、苯基二甲基甲矽烷基、三異丙基甲矽烷基和thexyl二甲基甲矽烷基。對所用的醇保護基團種類的選擇並不重要，只要衍生的醇基團在通式所示化合物的其它位置上隨後進行的反應條件下是穩定的，並且可以在所希望的點被去除而不幹擾分子的其它部分。上述術語的基團的其它例子在下述文獻中有描述J.W.Barton「有機化學中的保護基團」J.G.W.McOmie編，Plenum出版社，紐約，1973年；以及T.W.Greene「有機合成中的保護基團」John Wiley and Sons，紐約，1981年。相關的術語「保護的羥基」或「保護的醇」定義一個如上面討論用羥基保護基團所取代的羥基基團。
在上述的流程圖中，「PG1」、「PG2」、「PG3」和「PG4」可以代表一個羧基保護基團。在此所用的術語「羧基保護基團」是指羧基基團上的取代基，當化合物上的其它功能基團進行反應時一般用於封閉或保護-OH官能團。這樣的醇保護基團的例子包括2-四氫吡喃基、2-乙氧基乙基、三苯甲基、烯丙基、三甲基甲矽烷基乙氧基甲基、2，2，2-三氯乙基、苯甲基、以及三烷基甲矽烷基基團，例如三甲基甲矽烷基、叔-丁基二甲基甲矽烷基、苯基二甲基甲矽烷基、三異丙基甲矽烷基和thexyl二甲基甲矽烷基。對所用的羧基保護基團種類的選擇並不重要，只要衍生的醇基團在通式所示化合物的其它位置上隨後進行的反應條件下是穩定的，並且可以在所希望的點被去除而不幹擾分子的其它部分。上述術語的基團的其它例子在下述文獻中有描述J.W.Barton「有機化學中的保護基團」J.G.W.McOmie編，Plenum出版社，紐約，1973年；以及T.W.Greene「有機合成中的保護基團」John Wiley andSons，紐約，1981年。相關的術語「保護的羧基」定義一個如上面討論的用羧基保護基團所取代的羧基基團。
通用步驟1、與樹脂的連接1A、羥甲基聚苯乙烯樹脂1.A.1 DIPCDI/DMAP0.1mmol的羥甲基聚苯乙烯用0.4mmol適當保護的胺基酸或羧酸(4當量)、0.4mmol DIPCDI(4當量)和0.01mmol DMAP(0.1當量)的1MDMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1.A.2 HBTU/DIEA0.1mmol的羥甲基聚苯乙烯用0.4mmol適當保護的胺基酸或羧酸(4當量)、0.4mmol HBTU(4當量)和0.8mmol DIEA(8當量)的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1B、Wang樹脂1.B.1 DIPCDI/DMAP0.1mmol的Wang樹脂用0.4mmol適當保護的胺基酸或羧酸(4當量)、0.4mmol DIPCDI(4當量)和0.01mmol DMAP(0.1當量)的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1.B.2 HBTU/DIEA0.1mmol的Wang樹脂用0.4mmol適當保護的胺基酸或羧酸(4當量)、0.4mmol HBTU(4當量)和0.8mmol DIEA(8當量)的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1C、Rink樹脂1.C.1 DIPCDI/HOBt0.1mmol的Rink樹脂按照通用步驟2.A.用哌啶處理。得到的樹脂用0.4mmol適當保護的胺基酸或羧酸(4當量)、0.4mmol DIPCDI(4當量)和0.4mmol HOBt(4當量)的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1.C.2 HBTU/DIEA0.1mmol的Rink樹脂按照通用步驟2.A.用哌啶處理。得到的樹脂用0.4mmol適當保護的胺基酸或羧酸(4當量)、0.4mmol HBTU(4當量)和0.8mmol DIEA(8當量)的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1D、醛類樹脂1.D.1 DIPCDI/HOBt0.1mmol的醛類樹脂按照通用步驟5.B.用一個伯胺還原胺化。得到的樹脂用0.4mmol適當保護的胺基酸或羧酸(4當量)、0.4mmolDIPCDI(4當量)和0.4mmol HOBt(4當量)的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1.D.2 HBTU/DIEA0.1mmol的醛類樹脂按照通用步驟5.B.用一個伯胺還原胺化。得到的樹脂用0.4mmol適當保護的胺基酸或羧酸(4當量)、0.4mmolHBTU(4當量)和0.8mmol DIEA(8當量)的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1.D.3 Ugi0.1mmol的醛類樹脂用0.3mmol(3當量)適當保護的胺基酸或羧酸(1M，甲醇或甲醇-氯仿)、0.3mmol(3當量)胺(1M，氯仿)和0.3mmol(3當量)的異氰酸酯(1M，甲醇)的溶液處理。淤漿加熱至60℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1.D.4 DIPCDI/HOBt，三重偶聯0.1mmol的醛類樹脂按照通用步驟5.B.用一個伯胺還原胺化。得到的樹脂用5當量羧酸(1M的DMF)、5當量DIPCDI(1M的DMF)和5當量HOBt(1M的DMF)處理。反應攪拌24小時。然後用3×DMF和3×DCM洗滌樹脂。接著將這個醯化-洗滌的步驟再重複兩次。
1.D.5 僅還原胺化0.1mmol的醛類樹脂按照通用步驟5.B.用一個伯胺還原胺化。
1.D.6 DIPCDI/HOBt，1小時0.1mmol的醛類樹脂按照通用步驟5.B.用一個伯胺還原胺化。得到的樹脂用0.5mmol適當保護的胺基酸或羧酸(5當量)、0.5mmolDIPCDI(5當量)和0.5mmol HOBt(5當量)的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1E、Wang碳酸酯樹脂1.E.1 方法10.1mmol的Wang碳酸酯樹脂用0.5mmol(5當量)的胺和1.0mmol(10當量)的DIEA的1M DCM溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1.E.2 方法20.1mmol的Wang碳酸酯樹脂用0.4mmol(4當量)的胺和0.8mmol(8當量)的DIEA的1M DCM或DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1F、Wang溴代樹脂Wang溴代樹脂用4.0mmol(40當量)的胺和1.0mmol(10當量)的DIEA的1M DMF溶液處理。所得的反應混合物在50℃加熱16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
1G、THP樹脂THP樹脂用0.3mmol(3當量)的醇和1.0mmol(10當量)的對-甲苯磺酸酯的1M 1，2-二氯乙烷溶液處理。產生的混合物在80℃加熱16小時，用過量的吡啶淬滅，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
2、去保護2.A. Fmoc保護基團的去除用2mL 20％哌啶的DMF處理20到60分鐘以除去Fmoc基團。然後將樹脂用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌。
2.B. 基於Boc/t-bu的保護基團的去除用2mL 20％TFA的DCM處理20到60分鐘以除去基於Boc或叔丁基的保護基團。然後將樹脂用3×DMF、3×10％TEA的DCM、3×甲醇和3×DCM洗滌。
2.C. O-三苯甲基保護基團的去除用2mL DCM-TFA-三乙基矽烷(94∶1∶5)處理1分鐘以除去三苯甲基基團。樹脂抽乾並重複步驟4次。然後將樹脂用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌。
3、醯化3.A. DIPCDI/HOBt0.1mmol的樹脂結合的胺或樹脂結合的芳基肼用4當量的羧酸(1M的DMF)、4當量的DIPCDI(1M的DMF)和4當量的HOBt(1M的DMF)處理。反應攪拌24小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
3.B. HBTU/DIEA0.1mmol的樹脂結合的胺用4當量的羧酸(1M的DMF)、4當量的HBTU(1M的DMF)和8當量的DIEA(純品或1M的DMF)處理。反應攪拌24小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
3.C. 酸酐3.C.1 商業可獲得的0.1mmol的樹脂結合的胺用8當量的酸酐(1M的DCM)和2當量的TEA(1M的DCM)處理。反應攪拌8小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
3.C.1 非商業可獲得的對於非商業可獲得的酸酐，8當量的羧酸(1M的DCM)用4當量的DIPCDI(純品)處理5分鐘，然後加入樹脂結合的胺。反應攪拌8小時。然後用3×DMF和3×DCM洗滌樹脂。
3.D. DIPCDI/HOBt/TEA0.1mmol的樹脂結合的胺用5當量的羧酸(1M的DMF)、5當量的DIPCDI(1M的DMF)、10當量的TEA(1M的DMF)和5當量的HOBt(1M的DMF)處理。反應攪拌24小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
3.E. 醯基氯0.1mmol的樹脂結合的胺用5當量的醯基氯(1M的DCM)和10當量的TEA(1M的DCM)處理。反應攪拌24小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
3.F. 方法60.1mmol的樹脂結合的羧酸用5當量的胺(1M的DMF)、5當量的DIPCDI(1M的DMF)和5當量的HOBt(1M的DMF)處理。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
3.G. 方法70.1mmol樹脂結合的羧酸的0.4mL DMF用2當量的胺等價物(即氯化銨)、1.5當量的HBTU、1.5當量的HOBt和4當量的DIEA處理。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂得到未取代的伯胺。
3.H. DIPCDI/HOBt0.1mmol的樹脂結合的胺或樹脂結合的芳基肼用4當量的羧酸(1M的DMF)、4當量的DIPCDI(1M的DMF)和4當量的HOBt(1M的DMF)處理。反應攪拌24小時。然後用3×DMF和3×DCM洗滌樹脂。接著將整個過程再重複兩次。
4、磺醯胺和磺醯脲的形成4.A. 方法1磺醯胺的形成0.1mmol的樹脂結合的胺用7當量的磺醯氯(1M的DCM)和2當量的TEA(1M的DCM)處理。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
4.B. 磺醯脲的形成4.B.1 方法10.1mmol的樹脂結合的胺用5當量的氨磺醯氯(1M的DCM)和10當量的TEA(1M的DCM)處理。反應加熱到50℃，歷時16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
4.B.2 方法20.1mmol的樹脂結合的胺用3當量的1，1』-磺醯基二咪唑(0.5M的DCM/DMF，50∶50)和6當量的DIEA(0.5M的DCM/DMF，50∶50)處理。混合物攪拌4小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。樹脂結合的磺醯咪唑用3.5當量的胺(1M的DMF)和10當量的DIEA(1M的DMF)處理。混合物攪拌16小時，然後在50℃加熱4小時。用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
5、還原胺化5.A. 樹脂結合的胺0.1mmol的樹脂結合的胺用4當量的醛或酮(1M的DCE)、2當量的HOAc(1M的DCE)和7當量的NaCNBH3(1M的THF)處理。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×10％TEA的DCM、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
5.B. 用親核的胺處理樹脂結合的羰基(醛或酮)0.1mmol的樹脂結合的羰基用5當量的胺(1M的DCE)、2當量的HOAc(1M的DCE)和7當量的NaCNBH3(1M的THF)處理。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×10％TEA的DCM、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
5.C. 用非親核的胺處理樹脂結合的羰基(醛或酮)0.1mmol的樹脂結合的羰基用20當量的胺(1M的DCE)、2當量的HOAc(1M的DCE)和7當量的NaCNBH3(1M的THF)處理。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×10％TEA的DCM、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
6、脲的形成6.A. 異氰酸酯0.1mmol的樹脂結合的胺用0.7mmol(7當量)異氰酸酯的1M DCM溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
6.B. 三光氣/胺0.1mmol的樹脂結合的胺用0.3mmol(3當量)三光氣和1.0mmol(10當量)DIEA的1M DCM溶液處理。淤漿在室溫下振蕩3小時，過濾，然後用3×DMF和3×DCM連續洗滌樹脂。得到的樹脂用0.5mmol(5當量)胺和1.0mmol(10當量)DIEA的1M DMF溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
6.C. 氨基甲醯氯0.1mmol的樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)N，N-雙取代的氨基甲醯氯和1.0mmol(10當量)DIEA的1M DCM溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
7、氨基甲酸酯的形成7.A. 氯甲酸酯7.A.1 方法10.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)氯甲酸酯和1.0mmol(10當量)DIEA的1M DCM溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
7.A.2 方法20.1mmol樹脂結合的胺用0.11mmol(1.1當量)氯甲酸酯(1M，NMP)和0.2mmol(2當量)DIEA(1M，NMP)的溶液處理。淤漿在室溫下振蕩18小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
7.B. 三光氣/醇0.1mmol樹脂結合的胺用0.3mmol(3當量)三光氣和1.0mmol(10當量)DIEA的1M DCM溶液處理。淤漿在室溫下振蕩3小時，過濾，然後用3×DMF和3×DCM連續洗滌樹脂。得到的樹脂用1.0mmol(5當量)醇和0.10mmol(1當量)DIEA的1M DCM溶液處理。淤漿加熱回流16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
8、α-滷代羰基取代8.A. 胺取代8.A.1 方法1向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入5當量的胺(1M的DMF)和10當量的DIEA(1M的DMF)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
8.A.2 方法2向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入5當量的胺(1M的DMF)和10當量的DIEA(1M的DMF)。反應在60℃加熱進行16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
8.B. 硫醇取代8.B.1 方法1向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入5當量的硫醇(1M的DMF)和10當量的DIEA(1M的DMF)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
8.B.2 方法2
向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入5當量的硫醇(1M的DMF)和10當量的DIEA(1M的DMF)。反應加至熱60℃，歷時16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
8.C. 肼取代向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入5當量的水合肼(15％的二噁烷溶液，V/V)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF和3×DCM洗滌樹脂。
8.D. 氨基硫脲加成8.D.1 方法1氨基硫脲加成向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入10當量的氨基硫脲(1M的DMF)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
8.D.2 方法2取代的氨基硫脲加成向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入10當量的取代的氨基硫脲(1M的DMF)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
8.E. 硫脲加成8.E.1 方法1硫脲加成向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入10當量的硫脲(1M的DMF)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
8.D.2 方法2取代的硫脲加成向0.1mmol樹脂結合的α-滷代羰基中加入10當量的取代的硫脲(1M的DMF)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
9、Ugi反應9.A. 方法10.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)醛或酮(1M，THF或甲醇)、0.5mmol(5當量)羧酸(0.5M，THF)和0.5mmol(5當量)異氰酸酯(1M，甲醇)的溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
9.B. 方法20.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)醛或酮(1M，THF或甲醇)、0.5mmol(5當量)羧酸(0.5M，THF)、0.5mmol(5當量)異氰酸酯(1M，甲醇)和0.25mmol(2.5當量)氯化鋅(0.5M，THF)的溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
9.C. 方法30.1mmol樹脂結合的胺用1.0mmol(10當量)醛或酮或半縮醛(1M，氯仿)、1.0mmol(10當量)羧酸(1M，甲醇或甲醇-氯仿)和1.0mmol(10當量)異氰酸酯(1M，甲醇)的溶液處理。淤漿加熱至60℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
9.D. 方法40.1mmol樹脂結合的醛或酮用0.5mmol(5當量)鄰氨基苯甲酸(1M，甲醇)和1.0mmol(10當量)異丙氧化鈦(1M，甲醇)的溶液處理。淤漿在室溫下振蕩72小時，過濾，然後用2X DCM洗滌樹脂。得到的樹脂用0.5mmol(5當量)的異氰酸酯(1M，甲醇)處理，在室溫下振蕩18小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
9.E. 方法50.1mmol樹脂結合的異氰酸酯用10當量的胺(1M的甲醇)、10當量的羧酸(1M的甲醇)和10當量的醛(1M的氯仿)處理。樹脂攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
9.F. 方法60.1mmol樹脂結合的醛用10當量的胺(1M的甲醇)、10當量的羧酸(1M的氯仿)和10當量的異氰酸酯(1M的甲醇)處理。樹脂攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
9.G. 方法70.1mmol樹脂結合的羧酸用10當量的醛、酮或半縮醛(1M的氯仿)、10當量的胺(1M的甲醇)和10當量的異氰酸酯(1M的甲醇)處理。樹脂攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
9.H. 方法80.1mmol樹脂結合的仲胺用1.0mmol(10當量)醛或酮或半縮醛(1M的氯仿溶液)、1.0mmol(10當量)異氰酸酯(1M的甲醇溶液)和催化劑量的乙酸的溶液處理。淤漿在加熱至60℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
10、Mitsunobu反應10.A. 樹脂結合的酚向0.1mmol樹脂結合的酚中加入10當量的醇(1M的THF)和10當量的三苯基膦(1M的THF)，然後將混合物攪拌30分鐘。向混合物中加入10當量的DIAD(1M的THF)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
10.B. 樹脂結合的醇向0.1mmol樹脂結合的酚中加入10當量的酚或苯硫酚(1M的THF)和10當量的三苯基膦(1M的THF)，然後將混合物攪拌30分鐘。向混合物中加入10當量的DIAD(1M的THF)。反應攪拌16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
11、切割11.A. Wang/Rink的酸解向0.1mmol樹脂結合的產物中加入2mL 20％TFA的DCM。反應攪拌30到120分鐘。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.B. 烷基胺切割向0.1mmol結合在Wang或Merrifield樹脂上的產物中加入2mL1M甲胺的THF。反應攪拌16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.C. 烷基胺的加熱切割向0.1mmol結合在Wang或Merrifield樹脂上的產物中加入2mL1M烷基胺的THF。反應在60℃加熱16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.D. 乙內醯脲和七員環的鹼環化切割向0.1mmol結合在Wang或Merrifield樹脂上的產物中加入2mL1M TEA的THF。反應在60℃加熱16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.E. 七員環的酸環化切割向0.1mmol結合在Merrifield樹脂上的產物中加入2mL 10％HOAc的DCE。反應在60℃加熱24小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.F. 從THP樹脂切割醇向0.1mmol結合在THP樹脂上的產物中加入2mL乙酸/THF/水(5/3/1.5，v/v)溶液。反應在80℃加熱16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.G. 環化切割形成苯並二嗪(benzodiazaphine)11.G.1 方法1向0.1mmol結合在Wang或Merrifield樹脂上的產物中加入2mL2％乙酸的DCE溶液。反應在100℃加熱16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.G.2 方法2向0.1mmol結合在Wang或Merrifield樹脂上的產物中加入2mL20％乙酸的異丁醇溶液。反應在100℃加熱16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.H. 氫氧化物切割向0.1mmol結合在Wang或Merrifield樹脂上的產物中加入2mL1.0M NaOH/THF或1.0M NaOH/二噁烷的50∶50溶液。反應攪拌16小時。收集切割產物，中和，並將溶劑蒸發。
11.I. Wang碳酸酯樹脂切割11.I.1 方法1向0.1mmol樹脂結合的產物中加入2mL 20％TFA的DCM溶液。反應攪拌30到120分鐘。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.I.2 方法2向0.1mmol樹脂結合的產物中加入2mL 2％TFA的甲苯溶液。反應在60℃加熱16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.J. 通過加熱進行醇切割向0.1mmol結合在Wang或Merrifield樹脂上的產物中加入1mL1M脂族醇的THF和1mL 1M TEA的THF。反應在50℃加熱16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.K. 環化切割形成2-氨基咪唑啉酮0.1mmol樹脂結合的N，N，S-三取代的硫脲用1mL DMSO在80℃處理16小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.L. 從醛類樹脂上切割11.L.1 方法1向0.1mmol結合在醛類樹脂上的產物中加入2mL TFA/DMS/水(90∶5∶5)溶液。反應攪拌24小時。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.L.2 方法2向0.1mmol結合在醛類樹脂上的產物中加入2mL 5％TFA的DCM溶液。反應攪拌30到120分鐘。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.L.3 方法3向0.1mmol結合在醛類樹脂上的產物中加入2mL 20％TFA的DCM溶液。反應攪拌30到120分鐘。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
11.M. 從三苯甲基樹脂上切割向0.1mmol結合在醛類樹脂上的產物中加入2mLTFA/TES/DCM(5∶1∶94)溶液。反應攪拌30到120分鐘。收集切割產物，並將溶劑蒸發。
12、酞嗪/噠嗪酮12.A. 方法10.1mmol樹脂結合的肼用1.0mmol(10當量)的γ-酮酸(0.5M，THF-EtOH)溶液處理。淤漿加熱到60℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
13、吡唑
13.A. 方法10.1mmol樹脂結合的肼用1.0mmol(10當量)1，3-二酮(1M，DMF)和1.0mmol(10當量)DIEA(1M，DMF)的溶液處理。淤漿加熱到100℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
13.B. 方法20.1mmol樹脂結合的肼用1.0mmol(10當量)1，3-二酮(1M，1，2-二氯乙烷)和1.0mmol(10當量)DIEA(1M，1，2-二氯乙烷)的溶液處理。淤漿加熱到80℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
13.C. 方法30.1mmol樹脂結合的肼用10當量的1，3-二酮(1M，DCE)和10當量的TEA(1M，DCE)處理。混合物加熱到80℃反應16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
14、吡唑啉酮(pyrazolinone)14.A. 方法10.1mmol樹脂結合的肼用1.0mmol(10當量)β-酮酸酯(1M，DMF)和1.0mmol(10當量)DIEA(1M，DMF)的溶液處理。淤漿加熱到100℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
15、尿嘧啶15.A. 方法1 1，3-二取代尿嘧啶0.1mmol樹脂結合的脲用2mL HOAc、60μL TEA和100μL雙烯酮處理。淤漿加熱到100℃，歷時3小時，過濾，然後用3×HOAc、3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
15.B. 方法2 6-氨基尿嘧啶0.1mmol樹脂結合的脲用0.5mmol(5當量)氰基乙酸(0.5M，乙酸酐)的溶液處理。淤漿加熱到70℃，歷時4小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
16、各種各樣的環化16.A. 苯並二氮雜草16.A.1 方法1 苯並二氮雜草環化0.1mmol樹脂結合的未環化的Ugi甲基酯產物用2mL 0.002M三氟甲烷磺酸鋱(III)的1，2-二氯苯處理。混合物在120℃加熱18小時。然後用3×DCB、3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
16.A.2 方法2 苯並二氮雜草形成向0.1mmol在THP樹脂上結合的產物中加入2mL乙酸/THF/水(5/3/1.5，v/v)溶液。反應在80℃加熱16小時。
16.B. 二酮哌嗪的形成16.B.1 方法1向0.1mmol在THP樹脂上結合的產物中加入2mL乙酸/THF/水(5/3/1.5，v/v)溶液。反應在80℃加熱16小時。
16.B.2 方法2向0.1mmol在Wang或Merrifield樹脂上結合的產物中加入2mL2％TFA的甲苯溶液。反應在60℃加熱16小時。
16.C. 1，3，4-噻二唑的形成0.1mmol樹脂結合的1-羰基-氨基硫脲用10當量的HOAc(1M的二噁烷)處理。混合物攪拌反應16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
16.D. 1，3，4-噁二唑的形成0.1mmol樹脂結合的1-羰基-氨基脲用1mL二噁烷處理。混合物在80℃加熱反應16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
16.E. [1，3]噻唑並[2，3-c][1，2，4]三唑的形成0.1mmol樹脂結合的取代的N-1，3-噻唑-2-基醯肼用10當量的HOAc(1M的1，2-二氯乙烷)處理。混合物加熱到50℃，歷時16小時。然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
16.F. 乙內醯脲0.1mmol二肽醯胺用1.5當量的光氣(20％的甲苯溶液)、三乙胺(1M的DCM)和1mL DCM處理。混合物攪拌16小時，然後蒸發。
16.G. 碘化甲基鋶的分子內環化0.1mmol樹脂結合的碘化甲基鋶二肽懸浮在1mL 1M DBU的DMF/DCM1∶1(1.0mmol，10當量)中，振蕩過夜。用3×DMF、3×DCM和3×甲醇洗滌樹脂。全部步驟再次重複以便進行第二次環化。
17、胺的9-芴基甲基加成0.1mmol樹脂結合的胺用1.0mmol(10當量)9H-芴-9-基甲基-3-硝基苯磺酸(1M，DMF)和1.0mmol(10當量)DIEA(1M，DMF)的溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
18、硫脲的形成0.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)的Fmoc-異硫氰酸酯(0.5M，DCM)溶液處理。淤漿在室溫下振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
19、胺、酚或硫醇的烷基化或芳基化19.A. 酚的烷基化0.1mmol樹脂結合的酚用0.5mmol(5當量)滷代烷(1M，DMF)和1.0mmol(10當量)DBU(1M，DMF)的溶液處理。淤漿加熱到50℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
19.B. 胺的烷基化或芳基化19.B.1 滷代烷0.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)滷代烷(1M，溶於DMF)和1.0mmol(10當量)DBU(1M，DMF)的溶液處理。淤漿加熱到50℃歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
19.B.2 取代的環氧乙烷0.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)取代的環氧乙烷(1M，異丙醇)溶液處理。淤漿加熱到50℃，歷時48小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
19.B.3 芳基滷代0.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)4-氯喹唑啉、1-氯酞嗪或5-溴-1-芳基-1H-四唑(0.5M，DMF-THF)和1.0mmol(10當量)TEA(1M，DMF)的溶液處理。淤漿加熱到55℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
19.B.4 用二氯雜環使胺烷基化0.1mmol樹脂結合的胺與0.2mmol(2當量)二氯雜環和3當量的DIEA的2mL正丁醇一起在80℃加熱反應24小時。然後用3×DMF、3×DCM和3×甲醇洗滌樹脂。
19.B.5 在氯代雜環上的胺取代0.1mmol樹脂結合的氯代雜環與0.5mmol(5當量)胺的2mL正丁醇一起在90℃加熱反應12小時。然後用3×DMF、3×DCM和3×甲醇洗滌樹脂。
19.B.6 3-[(二甲氨基)亞甲基]-1，3-二氫-2H-吲哚-2-酮0.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)3-[(二甲氨基)亞甲基]-1，3-二氫-2H-吲哚-2-酮(0.5M，DMF-THF)的溶液處理。淤漿加熱到55℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
19.B.7 三嗪(trazine)0.1mmol樹脂結合的胺用3當量的2-取代-4，6-二氯-1，3，5-三嗪(0.5M的DCM/DMF，50∶50)和6當量的DIEA(0.5M的DCM/DMF，50∶50)處理。混合物攪拌4小時。用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。樹脂結合的2-取代-4-氯-1，3，5-三嗪用3.5當量的胺(1M的DMF)和10當量的DIEA(1M的DMF)處理。混合物攪拌16小時，然後在50℃加熱4小時。用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
19.B.8 烷基triflate0.1mmol樹脂結合的胺用0.1mmol(1當量)烷基triflate(1.0M，DCM)、0.1mmol(1當量)吡啶(1.0M，DCM)和0.5mmol(5當量)DIEA(1.0M，DCM)的溶液處理。淤漿振蕩反應16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
19.B.9 碘化甲基鋶的形成0.1mmol樹脂結合的硫酯懸浮於2mL純的甲基碘中，振蕩過夜。然後用3×DMF和3×DCM洗滌樹脂。
19.B.10 親核芳香取代0.1mmol樹脂結合的氟-硝基苯甲酸用4當量胺和8當量DIEA的2mL DMF在室溫下處理過夜。然後用3×DMF、3×DCM和3×甲醇洗滌樹脂。
20、帶有有機硼衍生物的胺和胺基酸的製備0.1mmol樹脂結合的胺用10當量的羰基成分(即乙基乙醛酸、丙酮酸、水楊醛、甲基丙酮酸、甘油醛、水合乙醛酸，1M的DMF)和10當量的硼酸(1M的DCM/甲苯，50∶50)處理。反應攪拌16小時。用3×DMF、3×甲醇和3×DCM洗滌樹脂。
21、樹脂結合的醇的氧化0.1mmol樹脂結合的醇用氮氣除氣1小時，然後與無水DMSO混合(對Pyr-SO3使用兩倍體積的DMSO)。8.6當量的Pyr-SO3用氮氣除氣30分鐘，然後加入無水DMSO(每克Pyr-SO3加10mL DMSO)和三乙胺(與DMSO 1∶1的混合物)。混合物攪拌15分鐘，然後加入到樹脂-DMSO混合物中。混合物振蕩4小時，然後樹脂用3×DMSO和6X THF洗滌，真空乾燥。
22、樹脂結合的硫脲鎓的製備0.1mmol氯甲基化的聚苯乙烯樹脂用5當量的取代硫脲(2M的二噁烷/乙醇，4∶1)處理。混合物在90℃加熱反應16小時。用3×乙醇(在70℃)、3×二噁烷和3×戊烷洗滌樹脂，然後真空乾燥。
23、甲醯化0.1mmol樹脂結合的胺用1.0mmol(10當量)的甲乙酸酐(1M，DCM)溶液處理。淤漿振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
24、異氰化物的形成0.1mmol樹脂結合的甲醯胺用0.5mmol(5當量)TEA(1M，DCM)和0.15mmol(1.5當量)POCl3(1M，DCM)的溶液處理。淤漿振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
25、醯肼的形成0.1mmol樹脂結合的酯用2mL 15％水合肼的二噁烷溶液處理。淤漿振蕩16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
26、吲唑的形成0.1mmol樹脂結合的肼用1.0mmol(10當量)的取代的2-氟-苯甲醛或2-氟芳基酮(1M，DMF)溶液處理。淤漿加熱到100℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
27、β-酮醯胺的形成0.1mmol樹脂結合的胺用0.5mmol(5當量)雙烯酮(1M，溶於DCM)和2mL DCM的溶液處理。淤漿振蕩4小時，過濾，然後用3×DMF和3×DCM連續洗滌樹脂。
28、β-酮酸酯的形成0.1mmol樹脂結合的醇用0.3mmol(3當量)雙烯酮(1M，DCM)、0.1mmol(1當量)DMAP(1M，DCM)和2mL DCM的溶液處理。淤漿振蕩4小時，過濾，然後用3×DMF和3×DCM連續洗滌樹脂。
29、1-羰基-氨基脲的形成0.1mmol樹脂結合的醯肼用0.2mmol(2當量)異氰酸酯(1M，DCM)和2mL DCM的溶液處理。淤漿振蕩反應16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
30、1-羰基-氨基硫脲的形成0.1mmol樹脂結合的醯肼用0.2mmol(2當量)的異硫氰酸酯(1M，DCM)和2mL DCM的溶液處理。淤漿振蕩反應16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
31、1，3-四氫噻唑-4-酮0.1mmol樹脂結合的醯肼用1.0mmol(10當量)的醛(1M，試劑於醇)溶液處理。淤漿加熱到55℃，歷時16小時，過濾。得到的樹脂用1.0mmol(10當量)巰基乙酸(1M，二噁烷)和1.0mmol(10當量)TEA(1M，二噁烷)的溶液處理。淤漿加熱到55℃，歷時16小時，過濾，然後用3×DMF、3×甲醇和3×DCM連續洗滌樹脂。
32、芳香硝基的還原0.1mmol含有硝基芳基的樹脂用10當量的SnCl2的2mL DMF處理過夜。然後用3×DMF、3×DCM和3×甲醇洗滌樹脂。
33、用樹脂結合的硼氫化物樹脂還原酯0.1mmol酯溶於DCM/甲醇(1M，50∶50)，用5當量的(聚苯乙烯基甲基)-三甲基硼氫化銨在室溫處理16小時。抽乾樹脂，並將溶劑蒸發得到伯醇。
探針庫實施例探針庫1
按照通用步驟1.C.2將Fmoc保護的胺基酸連接到Rink樹脂上，並按照通用步驟2.A將氨基基團去保護。按照通用步驟3.C.2使用溴乙酸或2-取代的2-溴乙酸將胺醯化。按照通用步驟8.C用水合肼處理樹脂，然後按照通用步驟12.A與-酮酸反應。根據通用步驟11.A從樹脂上切割下來。
探針庫2按照通用步驟1.D.2將Fmoc保護的胺基酸連接到還原胺化的醛類樹脂上，並按照通用步驟2.A將氨基基團去保護。按照通用步驟3.C.2使用溴乙酸或2-取代的2-溴乙酸將胺醯化。按照通用步驟8.C用水合肼處理樹脂，然後按照通用步驟12.A與-酮酸反應。根據通用步驟11.L.2從樹脂上切割下來。
探針庫3按照通用步驟2.A將Rink樹脂去保護，並按照通用步驟9.C用醛或酮、羧酸和異氰酸酯處理樹脂。根據通用步驟11.A從樹脂上切割下來。
探針庫4按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的α-胺基酸連接到羥甲基聚苯乙烯樹脂上，對於Fmoc按照通用步驟2.A、對於Boc按照通用步驟2.B將氨基基團去保護。按照通用步驟6.B將胺與三光氣反應，再與胺反應。根據通用步驟11.D從樹脂上環化/切割下來。
探針庫5按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的α-胺基酸連接到羥甲基聚苯乙烯樹脂上，對於Fmoc按照通用步驟2.A、對於Boc按照通用步驟2.B將氨基基團去保護。按照通用步驟5.A用醛或酮將胺還原胺化。按照通用步驟6.B將胺與三光氣反應，再與胺反應。根據通用步驟11.D從樹脂上環化/切割下來。
探針庫6按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的α-胺基酸連接到Wang樹脂上，並按照通用步驟2.A將氨基基團去保護。按照通用步驟6.B將胺與三光氣反應，再與胺反應。根據通用步驟11.D從樹脂上環化/切割下來。
探針庫7按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的β-胺基酸連接到羥甲基聚苯乙烯樹脂上，對於Fmoc按照通用步驟2.A、對於Boc按照通用步驟2.B將氨基基團去保護。按照通用步驟5.A用醛或酮將胺還原胺化。按照通用步驟3.C.2使用溴乙酸或2-取代的-2-溴乙酸將得到的胺醯化。按照通用步驟8.A.1用伯胺處理樹脂。根據通用步驟11.D或11.E從樹脂上環化/切割下來。
探針庫8按照通用步驟1.D.4將溴代丙酮酸連接到還原胺化的醛類樹脂上。按照通用步驟8.D.1用氨基硫脲處理得到的樹脂，然後按照通用步驟13.B與1，3-二酮反應。根據通用步驟11.L.2將最終的產物從樹脂上切割下來。
探針庫9按照通用步驟1.C.2將Fmoc保護的胺基酸連接到Rink樹脂上，並按照通用步驟2.A將氨基基團去保護。按照通用步驟3.C.2使用溴乙酸或2-取代的2-溴乙酸將胺醯化。按照通用步驟8.C用水合肼處理樹脂，然後按照通用步驟13.A與1，3-二酮反應。根據通用步驟11.A從樹脂上切割下來。
探針庫10按照通用步驟1.D.2將Fmoc保護的胺基酸連接到還原胺化的醛類樹脂上，並按照通用步驟2.A將氨基基團去保護。按照通用步驟3.C.2使用溴乙酸或2-取代的2-溴乙酸將胺醯化。按照通用步驟8.C用水合肼處理樹脂，然後按照通用步驟13.A與1，3-二酮反應。根據通用步驟11.L.2從樹脂上切割下來。
探針庫11按照通用步驟1.D.5將2-氨基醇還原胺化到醛類樹脂上。按照通用步驟7.A.2使用Fmoc氯代甲酸將仲胺用Fmoc保護。按照通用步驟21將醇氧化，並按照通用步驟9.D將得到的樹脂用於Ugi反應。按照通用步驟2.A將Fmoc基團除去，並按通用步驟16.A.1將得到的樹脂結合的分子環化為苯並二氮雜草。根據通用步驟11.L.1將最終的苯並二氮雜草從樹脂上釋放出來。
探針庫12按照通用步驟1.D.6將羧基酚連接到還原胺化的醛類樹脂上。然後按照通用步驟10.A將得到的樹脂結合的酚進行Mitsunobu反應。根據通用步驟11.L.2從樹脂上切割下來。
探針庫13按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。使用通用步驟2.B將側鏈氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C、6.A將側鏈氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。按照通用步驟2.A將α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C、6.A將α-氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。根據通用步驟11.B或11.H將產物從樹脂上切割下來。
探針庫14按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.A將α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C、6.A將α-氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。使用通用步驟2.B將側鏈氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C、6.A將側鏈氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。根據通用步驟11.B或11.H將產物從樹脂上切割下來。
探針庫15按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。對於Fmoc保護的基團按照通用步驟2.A、對於Boc保護的基團按照通用步驟2.B將樹脂結合的被保護的胺基酸去保護。然後按照通用步驟9.A用取代的或未取代的Fmoc-保護的2-氨基苯甲酸作為羧酸成分與樹脂結合的胺反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Ugi產物去保護。然後按照通用步驟11.G.1將樹脂結合的胺環化並切割下來。
探針庫16按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。對於Fmoc保護的基團按照通用步驟2.A、對於Boc保護的基團按照通用步驟2.B將樹脂結合的被保護的胺基酸去保護。然後按照通用步驟9.A用取代的或未取代的Fmoc-保護的2-氨基苯甲酸作為羧酸成分與樹脂結合的胺反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Ugi產物去保護。然後按照通用步驟11.G.2將樹脂結合的胺環化並切割下來。
探針庫17按照通用步驟1.G將Fmoc保護的氨基酯醇偶聯到THP樹脂上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的被保護的氨基酯去保護。然後按照通用步驟9.A方法1用取代的或未取代的Fmoc-保護的2-氨基苯甲酸作為羧酸成分與樹脂結合的胺反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Ugi產物去保護。然後按照通用步驟11.F和16.A.2將樹脂結合的胺環化並切割下來。
探針庫18按照通用步驟1.E.2將單Fmoc保護的二氨基酯偶聯到Wang碳酸酯樹脂上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的被保護的胺基酸去保護。然後按照通用步驟9.B用Fmoc-保護的胺基酸作為羧酸成分與樹脂結合的胺反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Ugi產物去保護。然後按照通用步驟11.I.2和16.B.1將樹脂結合的胺環化並切割下來。
探針庫19按照通用步驟1.G將Fmoc保護的氨基酯醇偶聯到THP樹脂上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的被保護的氨基酯去保護。然後按照通用步驟9.B用Fmoc-保護的胺基酸作為羧酸成分與樹脂結合的胺反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Ugi產物去保護。然後按照通用步驟11.F和16.A.2將樹脂結合的胺環化並切割下來。
探針庫20按照通用步驟2.B將結合在羥甲基聚苯乙烯樹脂上的Boc保護的胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到樹脂結合的胺上。使用通用步驟2.B將側鏈氨基去保護。然後按照通用步驟3.A將側鏈氨基醯化。按照通用步驟2.A將α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.A將α-氨基醯化。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上切割下來。
探針庫21按照通用步驟2.B將結合在羥甲基聚苯乙烯樹脂上的Boc保護的胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到樹脂結合的胺上。使用通用步驟2.B將側鏈氨基去保護。然後按照通用步驟3.A將側鏈氨基醯化。按照通用步驟2.A將α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.A將α-氨基醯化。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上切割下來。
探針庫22按照通用步驟1.D.5將伯胺結合到醛類樹脂上。然後按照通用步驟3.C.2將胺醯化。按照通用步驟8.A.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與胺反應。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫23按照通用步驟1.D.5將伯胺結合到醛類樹脂上。然後按照通用步驟3.C.2將胺醯化。使用通用步驟8.A.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與胺反應。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫24按照通用步驟1.D.5將伯胺結合到醛類樹脂上。然後按照通用步驟3.C.2將胺醯化。按照通用步驟8.B.1將樹脂結合的的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫25按照通用步驟1.D.5將伯胺結合到醛類樹脂上。然後按照通用步驟3.C.2將胺醯化。按照通用步驟8.B.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫26按照通用步驟1.A.1或1.A.2將Fmoc或Boc保護的胺基酸偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。對於去除Fmoc按照通用步驟2.A、對於去除Boc按照通用步驟2.B將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與胺反應。然後按照通用步驟11.B、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫27按照通用步驟1.A.1或1.A.2將Fmoc或Boc保護的胺基酸偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。對於去除Fmoc按照通用步驟2.A、對於去除Boc按照通用步驟2.B將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與胺反應。然後根據通用步驟11.B、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫28按照通用步驟1.A.1或1.A.2將Fmoc或Boc保護的胺基酸偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。對於去除Fmoc按照通用步驟2.A、對於去除Boc按照通用步驟2.B將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.B、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫29按照通用步驟1.A.1或1.A.2將Fmoc或Boc保護的α-胺基酸偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。對於去除Fmoc按照通用步驟2.A、對於去除Boc按照通用步驟2.B將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.B、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫30按照通用步驟1.C.1或1.C.2將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到Rink樹脂上。按照通用步驟2.A將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與胺反應。然後按照通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來。
探針庫31按照通用步驟1.C.1或1.C.2將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到Rink樹脂上。按照通用步驟2.A將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與胺反應。然後按照通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來。
探針庫32按照通用步驟1.C.1或1.C.2將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到Rink樹脂上。按照通用步驟2.A將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後使用通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來。
探針庫33按照通用步驟1.C.1或1.C.2將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到Rink樹脂上。按照通用步驟2.A將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來。
探針庫34按照通用步驟1.B.1或1.B.2將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與胺反應。然後使用通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來。
探針庫35
按照通用步驟1.B.1或1.B.2將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與胺反應。然後按照通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來。
探針庫36按照通用步驟1.B.1或1.B.2將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來。
探針庫37按照通用步驟1.B.1或1.B.2將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來。
探針庫38按照通用步驟1.D.1將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與胺反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫39按照通用步驟1.D.1將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與胺反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫40按照通用步驟1.D.1將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫41按照通用步驟1.D.1將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫42按照通用步驟1.D.2將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與胺反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫43按照通用步驟1.D.2將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.A.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與胺反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫44按照通用步驟1.D.2將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.1將樹脂結合的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫45按照通用步驟1.D.2將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.C.2將樹脂結合的胺醯化。接著按照通用步驟8.B.2將樹脂結合的取代的α-溴代醯胺與硫醇反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫46按照通用步驟1.D.2將Fmoc保護的胺基酸偶聯到醛類樹脂的胺上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟20將樹脂結合的胺與羰基成分以及乙烯基或芳基硼酸反應。游離酸按照通用步驟3.F醯化或留下來不反應。然後按照通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來並收集。
探針庫47按照通用步驟1.B.1或1.B.2將Fmoc保護的胺基酸偶聯到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟20將樹脂結合的胺與羰基成分以及乙烯基或芳基硼酸反應。游離酸按照通用步驟3.F醯化或留下來不反應。然後按照通用步驟11.A將產物從樹脂上切割下來並收集。
探針庫48
按照通用步驟1.A.1或1.A.2將Fmoc或Boc保護的胺基酸偶聯到Merrifield樹脂上。按照通用步驟2.A或2.B將Fmoc或Boc保護的樹脂結合的胺基酸去保護。然後按照通用步驟20將樹脂結合的胺與羰基成分以及乙烯基或芳基硼酸反應。游離酸按照通用步驟3.F醯化或留下來不反應。然後按照通用步驟11.B將產物從樹脂上切割下來並收集。
探針庫49按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A.將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C或6.A將樹脂結合的α-氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。根據通用步驟11.B、11.C、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫50按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A.將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。根據通用步驟11.B、11.C、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫51按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A.將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.C.1、4.A、6.C或6.A將樹脂結合的α-氨基分別與酸酐、磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。使用通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。根據通用步驟11.B或11.H將產物從樹脂上切割下來。
探針庫52按照通用步驟1.A.1將Fmoc或Boc保護的α-胺基酸偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.A或2.B將樹脂結合的被保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A.將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C.或6.A.將樹脂結合的α-氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。根據通用步驟11.B、11.C、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫53按照通用步驟1.A.1將Fmoc或Boc保護的α-胺基酸偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.A或2.B將樹脂結合的被保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A.將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C或6.A將樹脂結合的α-氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。根據通用步驟11.B、11.C、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫54按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的被保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A.將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C或6.A將樹脂結合的α-氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。根據通用步驟11.B、11.C、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫55按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A.將Fmoc保護的α-胺基酸偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的Fmoc保護的α-氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C或6.A將樹脂結合的α-氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。根據通用步驟11.B、11.C、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫56按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.B將側鏈Boc保護的氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C或6.A將樹脂結合的側鏈氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應。按照通用步驟2.A將樹脂結合的保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A.將Boc保護的α-胺基酸偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.B將Boc保護的樹脂結合的氨基去保護。然後按照通用步驟3.A.、5.A.、3.C.1、4.A、4.B.1、6.C或6.A將樹脂結合的氨基分別與羧酸、醛或酮、酸酐、磺醯氯、氨磺醯氯、甲氨醯氯或異氰酸酯反應，或者留下來不反應。根據通用步驟11.B、11.C、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫57
按照通用步驟1.A.1將Fmoc/Boc保護的α-胺基酸(Fmoc位於α-氨基上，Boc位於側鏈氨基上)偶聯到羥甲基聚苯乙烯樹脂上。按照通用步驟2.A將樹脂結合的保護的α-氨基去保護。按照通用步驟3.A將Boc保護的胺基酸偶聯到樹脂結合的α-氨基上。按照通用步驟2.B將Boc保護的氨基去保護。根據通用步驟11.B、11.C、11.H或11.J將產物從樹脂上切割下來。
探針庫58按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫59按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫60按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫61按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫62按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.B.形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫63按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.B.形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫64按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫65按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫66按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫67按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫68按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫69按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫70按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟5.A還原胺化。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫71按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟5.A還原胺化。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫72按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟5.A還原胺化。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫73按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟5.A還原胺化。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫74按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫75按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫76按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫77按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫78按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫79按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫80按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫81按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫82按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫83按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.B.形成脲。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫84按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫85按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫86按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫87按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫88按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫89按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫90按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫91按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫92按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫93按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫94按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫95按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫96按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫97按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫98按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫99按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫100按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫101按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫102按照通用步驟1.C.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Rink樹脂上。按照通用步驟2.B將胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.A將游離的氨基醯化。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫103按照通用步驟1.C.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Rink樹脂上。按照通用步驟2.B將胺基酸去保護。然後按照通用步驟5.A將游離的氨基還原胺化。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫104按照通用步驟1.C.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Rink樹脂上。按照通用步驟2.B將胺基酸去保護。然後按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫105按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。然後按照通用步驟3.A將游離的氨基醯化，並根據通用步驟11.A將產物從樹脂上釋放出來。
探針庫106按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。然後按照通用步驟5.A將游離的氨基還原胺化。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫107按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。然後按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫108按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟3.C.1進行醯化。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫109按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫110按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫111按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫112按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫113按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫114按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟7.B形成脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫115按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫116按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫117按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Boc保護的胺基酸醯化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫118按照通用步驟1.D.5將醛類樹脂還原胺化。然後按照通用步驟3.A將氨基醯化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫119按照通用步驟1.D.5製備醛類樹脂。然後按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫120按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。然後按照通用步驟5.A將游離的氨基還原胺化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫121按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，並按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫122按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後按照通用步驟3.A將游離的氨基醯化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫123按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後按照通用步驟3.C.1將游離的氨基醯化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫124按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫125按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫126按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫127按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫128按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫129按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化並用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫130按照通用步驟1.D.5製備醛類樹脂。然後按照通用步驟5.A將氨基還原胺化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫131按照通用步驟1.D.5製備醛類樹脂。然後按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫132按照通用步驟1.D.5製備醛類樹脂。然後按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫133按照通用步驟1.D.5製備醛類樹脂。然後按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫134按照通用步驟1.D.5製備醛類樹脂。然後按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫135按照通用步驟1.D.5製備醛類樹脂。然後按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫136按照通用步驟1.D.5製備醛類樹脂。然後按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫137按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A.將氨基用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，並根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫138按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將氨基用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，並根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫139按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將氨基用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，並根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫140按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將氨基用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，並根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫141按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫142按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫143按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫144按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫145按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫146按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。然後按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫147按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A.將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫148按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫149按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟5.A將游離的氨基還原胺化。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫150按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟5.A將游離的氨基還原胺化。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫151按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。然後按照通用步驟5.A將游離的氨基還原胺化。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫152按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟5.A將游離的氨基還原胺化。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫153按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫154按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫155按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫156按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫157按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫158按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫159
按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫160按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫161按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫162按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫163按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫164按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫165按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫166按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫167按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫168按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫169按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫170
按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫171按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫172按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團。接著按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫173按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，接著按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫174按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，接著按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫175按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，接著按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫176按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，接著按照通用步驟3.A醯化。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫177按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，接著按照通用步驟3.C.1醯化。根據通用步驟11.B將產物從樹脂上移出。
探針庫178按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，接著按照通用步驟3.C.1醯化。根據通用步驟11.C將產物從樹脂上移出。
探針庫179按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，接著按照通用步驟3.C.1醯化。根據通用步驟11.H將產物從樹脂上移出。
探針庫180按照通用步驟1.A.1將Boc或Fmoc保護的胺基酸連接到Merrifield樹脂上。對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將樹脂用第二個Fmoc或Boc保護的胺基酸醯化，然後對於Fmoc胺基酸按照通用步驟2.B、或對於Boc胺基酸按照通用步驟2.A除去保護基團，接著按照通用步驟3.C.1醯化。根據通用步驟11.J將產物從樹脂上移出。
探針庫181按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上釋放出來。
探針庫182按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。按照通用步驟3.A將游離氨基醯化，然後根據通用步驟11.A將產物從樹脂上釋放出來。
探針庫183按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，然後按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。按照通用步驟5.A將游離氨基還原胺化。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫184按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫185按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟3.C.1將游離氨基醯化。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫186按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫187按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫188按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A.將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫189按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫190
按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫191按照通用步驟1.B.1將Fmoc保護的胺基酸連接到Wang樹脂上。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟7.B形成脲。根據通用步驟11.A將產物從樹脂上移出。
探針庫192按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護，然後根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫193按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟5.A將游離氨基還原胺化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫194按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟6.A形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫195按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團。然後按照通用步驟3.A將游離氨基醯化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫196按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團，然後按照通用步驟3.C.1將游離氨基醯化。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫197按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團，然後按照通用步驟4.B.1形成磺醯脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫198按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團，然後按照通用步驟6.C形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫199按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團，然後按照通用步驟4.A形成磺醯胺。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫200按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團，然後按照通用步驟7.B形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫201按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團，然後按照通用步驟6.B形成脲。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
探針庫202按照通用步驟1.D.1將醛類樹脂還原胺化，然後用Fmoc保護的胺基酸醯化。按照通用步驟2.A將胺基酸去保護。按照通用步驟3.A將游離氨基用Fmoc保護的胺基酸醯化，並按照通用步驟2.A除去Fmoc基團，然後按照通用步驟7.A.1形成氨基甲酸酯。根據通用步驟11.L.2將產物從樹脂上切割下來。
圖35到圖42示出了在此討論的本發明的概念上的框架。圖35代表識別元件、蛋白結合元件和框架。敘述不是為了表示特定的化學結構。
圖36示出了如在一個靶蛋白活性位點上所展示的蛋白結合元件(36200)。
圖36還示出了包含框架和識別元件的探針36100、36300、36400和36500。
圖37示出了一個與蛋白結合元件結合的探針36300。
圖38示出了一個與蛋白結合元件結合的探針。
圖39示出了一個與蛋白結合元件結合的探針。
圖40示出了一個與蛋白結合元件結合的探針。
圖37到圖40示出了一組探針試圖結合一個靶蛋白。
圖41示出產生一個第二代探針或侯選藥物，它含有一個命中物探針、附加框架和識別元件。
圖42示出了第二代探針或侯選藥物與蛋白結合靶的結合。
本發明提供了使用本發明的一個探針組進行藥物發現的方法。本發明的藥物發現方法可以單獨、平行或組合地使用計算機和生物學的方法篩選探針，以鑑定開發的侯選藥物。如圖26所示，本發明的一個探針組(26100)可以用於生物靶的計算機篩選(26200)和生物學篩選(26300)。
為了獲得探針組(261000)，對於一個侯選探針組(302000)或其一個適當的子集，限定了適當的輸入片段和框架。適當的用於連接輸入片段和框架的試劑由計算機指定。圖30包含了一個步驟的框圖，按照所述步驟產生一個用於藥物發現方法的探針組。侯選探針組在計算機中列舉(30510)。在此所用的術語「列舉」被定義為通過計算機對由用輸入片段修飾一組框架後所形成的一組探針中單個成員的描述或列表。可用於計算機列舉探針組的幾個計算程序包括Cerius2_(Accelrys Incorporated，San Diego，California)、Project Library(MDLInformation Systems，San Leandro，California)或Molecular OperatingEnvironment(MOE，Chemical Computing Group，Montreal，Canada)、CombiLibMaker(Tripos，St.Louis，Missouri)，但不限於此。
然後對探針或一個適當的子集(30515)進行生理化學描述符的計算。表6給出了可用於描述探針的描述符的非窮盡的列表。計算的描述符的值確定了侯選探針組或其適當的子集中的探針在一個多維空間，在此稱為「化學空間」(30520)中的「位置」。物理世界是三維的，而上述定義的「化學空間」維數的選擇最好適合於藥物發現方法的需要，一般來說維數大於三維。儘管也可能定義有一個一維、二維或三維的「化學空間」。
主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)是一種有效的數據簡化技術。PCA包括了一個數學過程，將眾多(潛在)相關的描述符轉化為較少量的被稱為主成分的不相關的描述符。第一個主成分(如果可能的話)解釋了大多數數據的可變性，而剩餘的可變性由每個後續的成分解釋。
「簡化」維數可以使「化學空間」變得可視化。位於「化學空間」中的化合物的「多樣性」或「相似性」直觀地與在這個空間中測量的化合物間的距離相關。在「化學空間」中，一根軸可以對應於一種結構相關的性質，例如是否存在一個氯取代基、或是否存在一個芳香環、或原子的電荷、或極性。從一個主成分分析(PCA)中計算出的主成分可以被用作「化學空間」的軸，因為等價的(正交的)描述符之間的相關性在分析中被去除。通過計算探針在「化學空間」中的化合物間的距離鑑定不同或相似探針的電腦程式，既有內部開發的，也有商業可獲得的，例如「C2.Diversity」(Accelrys Inc.，San Diego，California)或MOE中的「Diverse Subset」(Chemical Computing Group Inc.，Montreal，Canada)或「DiverseSolutions」或「Selector」(Tripos，Inc.，St.Louis，Missouri)，但不限於此。
在本實施方案中，對列於表6的描述符的子集進行了PCA，以使侯選探針組在「化學空間」中定位，並減少描述符空間的維數，以便可以用圖形描述「化學空間」，並可視化分析探針彼此之間的多樣性或相似性。
其它數據分析和數據簡化的統計方法也可用來代替PCA。這些為本領域技術人員所熟知的方法例如x2統計、部分最小平方(PLS)、神經網絡等。
然後可以按照前述和流程圖1到9所示的方法合成侯選探針組或一個子集(30525)。每個合成的探針被分配一個註冊標識符。然後將合成的探針儲存於平皿或其它適當的容器中，使用條形碼或其它能夠將標識符與平皿或其它容器聯繫起來的方法進行標記。記錄探針在平皿或其它容器中的位置。探針的結構、組成、質量保證數據包括但不限於光譜數據、化學分析數據、純度信息和濃度、註冊標識符、探針在平皿中的位置(例如行/列信息)、平板的物理位置、以及其它相關化合物、平皿和發明的相關屬性，可以使用本領域技術人員熟知的方法記錄在資料庫(30535)中，並與探針的註冊標識符聯繫起來。對每個探針來說，在計算機中確定的數據例如但不限於描述符、ADME數據、藥物類似特徵(Lipinski等，Adv.Drug Delivery Rev.，23，3-25，1997)和其它計算數據，也可以記錄在資料庫中，並與此時的探針註冊標識符聯繫起來。上述的過程可以使人們定位任何已經合成的探針，包括儲存它們的平皿或其它容器。
在任選合成侯選探針組或其適當的子集中的每個探針後，確定一個探針組(261000)，然後可以針對一種特定的治療劑用計算機或生物的方法篩選。此外，計算機或生物篩選探針組的數據可用於修改或縮小附加的計算機或生物篩選的範圍。
圖28是參照圖26中作為模(block)26300的生物篩選方法的更詳細的框圖。在圖28中，圖30中合成的探針組(261000)或該探針組的一個適當子集(28310)針對一個或多個生物靶進行篩選(28330)。結合常數、解離常數、IC50值或其它適當的生物活性測量值被獲得並儲存於資料庫中，其中數據與探針註冊標識符相聯繫。生物學探針命中物，定義為具有超過閾值的特定的生物活性，被篩選出來(28340)並提升為發展侯選物(Development Candidate)(265000)。此外，生物學探針命中物的列表可以按照圖29和圖30的框圖中描述的任一方法或兩種方法進行進一步處理。
在圖30中，檢查活性最高的化合物在「化學空間」中與可能尚未生物法篩選的鄰近化合物的「接近性」。生物學探針命中物位於「化學空間」(30565)，並鑑定與這個生物學探針最接近的鄰居(30570)。在「化學空間」(或其它性質的空間)中與生物學探針命中物「接近」的探針被選出來用於進一步測試(28310)。化合物在「化學空間」中的位置確定了它們的相似性在「化學空間」中與一個命中物接近的化合物是相似的，因而與在「化學空間」中位置遠的化合物相比，更可能表現出生物活性。在這一事件中，「鄰居」探針尚未合成，該探針可以被合成並註冊(30580)。
另一種描述兩個探針之間的多樣性(因此也是相似性)程度的方法，是計算探針「指紋」之間的成對Tanimoto係數。指紋是比特串(1和0組成的序列)，代表在一個探針的分子結構中存在或不存在各種亞結構特徵。每一個比特代表了在一個多維化學空間中的一根軸。一般來說指紋由數百甚至數千的比特組成。因此，一個1000比特的指紋代表了在一個1000維的化學空間中的一個點。預計相似的化合物在這個空間中彼此位置接近；不相似或「差異的「化合物被預計彼此間距離更遠。
可以計算探針指紋的電腦程式是市售的，例如MDL信息系統公司(MDL Information Systems)(San Leandro，California)(ISIS指紋)或日光化學信息公司(Daylight Chemical Information SystemsInc.)(Mission Viejo，California)(日光指紋)，但不限於此。在文獻中也描述了其它的指紋定義，可以用同樣的方式使用。
兩個指紋間的Tanimoto係數的計算公式為Tc＝[Nab]/[Na+Nb-Nab]，其中Na是在分子a中比特設定為「開」的數目，Nb是在分子b中比特設定為「開」的數目，Nab是在兩個分子中比特共同設定為「開」的數目。兩個完全相同的分子的Tc為1。兩個化合物，如果它們的Tanimoto係數大於一個截留值，就可以被描述為相似。這個值依賴於所用的指紋，但通常是0.8或以上。在此描述的開發的電腦程式允許在對計算機篩選命中物(27240)或生物法篩選命中物(28340)而言Tc高於一個用戶設定的截留值的探針組(261000或302000)中篩選探針。
另一種鑑定計算機或生物法獲得的命中物的近鄰的方法包括使用Tanimoto係數(Tc)在一個化學空間中定位靠近一個「命中物」的探針。這允許人們在化學空間中距離一個探針命中物的用戶選擇的截留距離之內篩選探針。
表6用於計算探針的分子描述符的非窮盡列表
再參考圖26，第二方面的實施方案提供了一種基於計算機(insilico)的篩選方法(26200)，用於在藥物發現中使用探針組(261000)發現針對一個或多個治療靶的發展侯選物(265000)。圖27的流程圖中詳細地描述了這種基於計算機的篩選方法。這種基於計算機的篩選方法的其它詳細方面在下文詳述。
如果分子靶是一個蛋白，將靶的序列(27270)與已知三維結構的蛋白的序列進行比較。使用序列線程化算法、其它為本領域技術人員所熟知的方法和算法、或使用例如下面所描述的方法，可以進行多序列比對(27250)。序列比對試圖將幾個蛋白的序列進行比對，以便能夠識別並突出結構和/或功能相似的區域。不同的矩陣可用來進行這樣的比對，例如但不限於可免費獲得的引擎ClustalW(Jeanmougin，F.，Thompson，J.D.，Gouy，M.，Higgins，D.G.和Gibson，T.J.(1998)TrendsBiochem Sci，23，403-5)或MatchBox(Depiereux，E.，Baudoux，G.，Briffeuil，P.，Reginster，I.，De Bolle，X.，Vinals，C.，Feytmans，E.，(1997)Comput.Appl.Biosci.13(3)249-256)。蛋白序列資料庫可用來鑑定與未知結構的靶蛋白具有某種程度(由用戶定義)的相似性的蛋白序列，例如但不限於可免費獲得的基於網際網路的程序FASTA或BLAST。市售的電腦程式，例如但不限於MOE(Chemical Computing Group Inc，Montreal，Canada)或Modeler_(Andrej Sali，Rockefeller University，NewYork，New York，http//guitar.rockefeller.edu/modeller/modeller.html)，可以將資料庫搜索和序列比對結合在一起進行。為了不僅可以預測靶蛋白的結構，而且可以預測其可能的功能，可以將重點放在尋找已知與某些生物功能相關的序列中的相似性。
一旦已經鑑別一個三維結構已知的蛋白(模板)與靶蛋白序列同源，就可以使用本領域技術人員所熟知的同源模擬技術，基於模板的三維結構建立起靶蛋白的一個或多個三維結構(27255)。
在同源模擬過程中，人們試圖從同源的蛋白開發一個未知蛋白的模型。這些同源的蛋白在同系物中將有一定程度的序列相似性和保守的摺疊。業已假定對於一組同源的蛋白來說，它們的三維結構要比它們的序列更為保守。這個發現已被用於從序列相似性非常低的同系物中產生蛋白的模型。
產生一個同源模型的步驟可概括如下a.鑑定同源蛋白並確定它們彼此之間以及與未知蛋白的序列相似性程度；b.將序列比對；c.鑑定結構上保守和結構上可變的區域；d.產生未知結構的核心(結構上保守的)殘基與已知結構的核心殘基的坐標；e.產生未知結構中的環(結構可變區)的構象；f.建立側鏈構象；g.改善和評估未知結構幾種可以購買到的電腦程式，例如但不限於MOE(ChemicalComputing Group Inc，Montreal，Canada)、Insight-II_(Accelrys，Inc.，SanDiego，California)、Homology_(Accelrys，Inc.，San Diego，California)和ComposerTM(Tripos，Inc.，St.Louis，Missouri)，可用於進行同源模擬。線程化算法(threading algorithm)描述在Godzik A，Skolnick J，KolinskiA.1992，J Mol Biol 227227-238和其它文獻中。可以購買到的線程化軟體包括MatchMakerTM(Tripos，Inc.，St.Louis，Missouri)。
幾個模板可以被鑑定並用來為靶蛋白衍生出一個或多個三維結構。靶蛋白的這些不同的三維結構可以平行的方式用於下述的計算機篩選過程(27220)。一旦獲得了靶蛋白的三維結構(27255)，就可以使用電腦程式來預測在這些三維結構中可能的藥物結合位點(27260)。
有幾種電腦程式可用於鑑定可能的結合位點(27260)，例如但不限於來自「Cerius2_LigandFit」(Accelrys，Inc.，San Diego，California)的基於形狀的方法，或來自「MOE Site Finder」(Chemical ComputingGroup Inc，Montreal，Canada)的大小/性質混合的方法。
在基於形狀的方法的情況下，位點根據靶蛋白的形狀來確定。一種填充溢出(Flood-filling)算法被用來在靶蛋白的容積內搜索未被佔據的、連接起來的網格點，它們形成孔穴(位點)。所有檢測到的位點按照它們的大小進行瀏覽，使用用戶定義的大小截留將小於特定大小的位點消除。大小/性質混合位點被定義為疏水和親水範圍與靶蛋白主要的疏水區域接觸的連接處。位點按照與受體的疏水接觸的數量進行排序，因此包括了關於受體的化學以及幾何學的信息。
一旦使用一種或多種上述的方法鑑定了可能的結合位點，就可以用來進行探針(261000)或其適當子集的計算機篩選(27220)。這個篩選可以分成兩個部分(i)探針的對接和(ii)探針的評分/排序(27230)。兩個過程可以並行進行。
探針組(261000)可以被按序地處理，並能夠並行進行。對於每個探針來說，通過旋轉探針的鍵產生用戶定義數量的三維構象異構體(conformer)(27210)。一般來說，通過一個Monte-Carlo過程對每個探針可以產生1000個構象異構體。也可以使用其它的構象搜索程序，例如但不限於模擬退火、基於知識的搜索、系統構象搜索以及其它本領域技術人員熟知的程序。
使用例如但不限於下文描述的計算方法將每個這些構象異構體對接在結合位點(27220)。一種這樣的方法將探針與結合位點的慣性非質量加力的三維主要勢差進行匹配。構象異構體被移動到與結合位點最佳的匹配方向以改進對接。將探針與結合位點的慣性非質量加力的三維主要勢差之間的配合最適化的構象異構體方向存檔，然後用下述方法計算那種構象異構體的對接分值(27230)，再用同樣探針的一個新構象異構體重複對接過程。用於對接過程的電腦程式例如但不限於「Cerius2_LigandFit」(Accelrys，Inc.，San Diego，California)、DOCK(University of California at San Franciso，UCSF)、F.R.E.D.(OpenEye Sciencific Software，Santa Fe，New Mexico)等。
在象上述的構象異構體對接之後，計算每個結合位點上的探針構象異構體的分值(27230)。有幾種記分函數可用於此目的。下面描述了其中一種。
在這種方法中，ΔE為探針與靶蛋白之間非鍵合的相互作用，根據一個經驗的勢能函數的庫侖項和範德華項計算出來。理論上ΔE被定義為ΔE＝E(複合物)-[E(探針)+E(蛋白)]，其中E(複合物)是(蛋白+對接探針)複合物的勢能，E(探針)是探針在它的對接構象的內部勢能，以及E(蛋白)是蛋白自身、即沒有探針對接時的勢能。在對接過程中蛋白可以保持固定，因此E(蛋白)只需要估計一次。E(複合物)可以從所有蛋白原子的顯式或結合位點的網格表示中計算出來，在篩選大量化合物的情況下，後者更快一些。這種方法明顯地包括了使用一個Lennard Jones函數計算原子之間的範德華相互作用。記分函數有利於小的(最小化範德華碰撞)探針，和有利於探針和受體之間的電荷-電荷相互作用大的(最大化靜電相互作用)探針。記分函數也不利於在探針和受體之間表現出大的範德華碰撞的探針和/或構象異構體。
其它的記分函數也可以使用。這些包括但不限於LUDI(B_hm，H.J.J.Comp.Aided Molec.Design，8，243-256(1994))、PLP(分段的線性電勢，Gehlhaar等，Chem.Bio.，2，317-324(1995))、DOCK(Meng，E.C.，Shoichet，B.K.和Kuntz，I.D.J.Comp.Chem.1992 13505-524)和Poisson-Boltzman(Honig，B.等，Science，268，1144-9(1995))。
一些上述的記分函數，實施於幾個可購買到的軟體包中，例如但不限於Cerius2_(Accelrys，Inc.，San Diego，California)和MOE(ChemicalComputing Group Inc，Montreal，Canada)。
對於每個探針，對接(27220)/記分(27230)步驟獨立地進行。對一個探針的構象異構體計算的分值不依賴於其它探針或構象異構體的計算。因此，這個過程是高度可升級的，可分布在任何數量具有所需程序的計算機中。對於例如兩個計算機，可以將探針分為兩組，並行地加以對接和記分。最終，每個探針可在一個處理器上被單獨地對接和記分。然後大量並行的計算機結構可用來線性地提高這個過程的效率。上述的對接(27220)/記分(27230)方法可用於高通量地對化合物進行計算機篩選(27220)。
蛋白結構和探針構象異構體的各個組合可以按照上述計算的分值進行排序。在本實施方案中，對於每個探針，將兩個排序最高的蛋白結構-探針構象異構體複合物(基於它們的分值)予以保存。任選地，也可以利用幾種記分函數(如上所述)，對每個蛋白結構-探針構象異構體複合物產生一組分值，從這組分值中確定一致的分值和排序，並用於最後的排序。其它為本領域技術人員所熟知的排序方法也可以使用。
上面排序的探針列表被用來從為生物學篩選有待考慮的完整的探針組中選取一個探針子集。使用下列方案中的一個或多個或其它為本領域技術人員所熟知的方案可以確定這個子集。
a)一個用戶指定的排序探針列表百分數b)排序探針列表的前「N」個成員，其中N是用戶要求的探針的數量c)樣品平皿，其中含有在步驟a或b中選擇的探針d)前「M」個樣品平皿，其中含有在步驟a或b中選擇的探針，其中「M」由用戶規定e)任選地，在步驟a或b中選擇的探針的最接近的鄰居，其中鄰居的選擇標準由用戶規定(探針最接近的鄰居是探針自身)f)含有步驟e中選擇的探針的樣品平皿g)含有步驟f中選擇的探針的前「M」個樣品平皿，其中「M」由用戶規定h)高排序探針的多個不同的子集含有步驟h的探針子集的相應的樣品平皿在上述方案中，用戶規定的百分數一般範圍可從10％到60％。更優選在10％到50％之間。被命名為「N」或「M」的樣品或平皿的數目依賴於生物分析的特異性，但是一般分別為1,000到100,000個化合物或10到1,000個平皿。
上述獲得的探針排序列表(27240或28310)用於針對靶進行生物學篩選(28330)。任選地，整個探針組(261000)、或者整個探針組的多個不同子集(用為本領域技術人員所熟知的方法選擇)、或其它篩選一個定製的子集的方法(為本領域技術人員已知)也可用於針對靶進行生物學篩選(28330)。基於用戶選擇的在生物學篩選中測定的生物活性水平，在這個篩選中測定的生物學活性(前面描述)用來選擇一個探針子集。這個探針子集被確定為生物學命中物的列表(28340)。
任選地，上面選擇的生物學命中物的最近的鄰居可以利用如上所述的鄰居列表選擇的方法來確定(30570)，並進一步用於生物學篩選(28330)。在一個或多個鄰近的鄰居探針尚未合成的情況下，它們可以被合成(30580)。
如圖29所示，計算機和生物學命中物的列表分為3個目錄(29410)只在計算機方法中發現的命中物(29420)、只在生物學方法中發現的命中物(29430)以及在計算機方法和生物學方法中都發現的命中物(29440)。目錄29420的成員是計算機方法的命中物，它們未被鑑定成生物學方法命中物。相反，目錄29430的成員是生物學方法的命中物，它們未被鑑定成計算機方法命中物。目錄29440是計算機方法命中物，也被鑑定成生物學方法命中物。目錄29440的群體用來驗證整個過程特別是基於計算機方法的步驟。在實際應用中，計算機選擇的命中物(27240)中的10％或更多被認為是非常有效的。
命中物成員多的目錄29440和29430被當作發展侯選藥物(265000)，可任選用於產生更多的探針複合物並包含在侯選探針組(302000)中。
任選地，還可以縱覽目錄29420、29430和29440的相對群體以確定是否需要改善(460)圖27描述的基於計算機的方案。在實際應用中，如果目錄29420含有超過50％到60％的計算機命中物(27240)(閾值水平29470)，就推薦進行改善。同樣地，如果目錄29430的成員多(閾值水平29470)，也推薦進行改善。
在將計算機命中物和/或含有計算機命中物的平皿的鄰居用於生物學篩選的情況下，一些生物學命中物(28340)在計算機篩選(27240)中沒有被選上的可能性增加。在這種情況下，目錄29430的成員可能過多。
預測方法描述如前所述，本發明的方法可以使用計算機軟體執行基於計算機方法中的一個或多個步驟。適用於本發明的計算機系統和軟體的實施方案的詳細描述在美國臨時專利申請系列號________中提出，律師備案號41305.272624(TTP2002-03)，2002年4月10日提交，其內容在此引做參考。關於軟體的實施方案的細節也將在下面提出。
本系統的實施方案提供了一個集成的計算機輔助的分子發現系統和方法。在這個系統的實施方案中，給用戶提供一個集成的用戶界面，所述用戶界面給用戶提供廣泛排列的多種商業和定製應用程式的部件，如計算引擎的能力。計算不依賴於模型。因此，執行新的計算方法非常簡單。該系統的一個實施方案能夠利用許多不同的計算機平臺，包括UNIX和LINUX，並允許對異源簇進行負載平衡。
因為系統能夠利用多種應用程式和部件，所以本系統靈活性極強。用戶和/或系統管理員對用於執行每個任務或子任務的部件進行選擇。
同樣，本系統的一個實施方案在可升級性方面提供了大量益處。系統的每個過程可以利用網絡化計算機的異源簇以並行的方式執行。這些計算機彼此之間在硬體和作業系統之間可以不同。系統決定簇中的哪些節點可以使用，並且可以將任何步驟的一部分處理卸載到未充分使用的節點上。
本系統的一個實施方案的靈活性為計算機輔助分子發現市場上的多種不同成員提供了優勢。例如，一個實驗室或其它機構可以提高它的科學家的效率、減少它的計算機資源的利用不足並且容易地整合進行發現所必需的多種應用程式。同樣，通過利用本系統的一個實施方案，軟體開發者能夠產生定製的或其它的商業化部件，可以容易地與極其普遍的商業性應用程式整合。本系統的一個實施方案也為軟體銷售者提供極大的靈活性。銷售者可以兜銷多種商業性應用程式的好處，所述多種商業性應用程式可以整合在一個單一的易於使用的界面下。系統整合人也受益於使用本系統的一個實施方案。因為整合者不必為整合每個分子發現實驗室所用的各種部件編寫不同的單獨應用軟體，整合過程變得更為簡單。
本發明的進一步細節和優點在下文描述。
本系統的實施方案利用來自不同應用程式的多種第三方和定製的部件在一個集成的用戶界面中提供了進行計算機輔助分子發現的系統和方法。一個實施方案提供了了水平整合，利用多種應用程式部件執行一個分子發現過程中的步驟，例如結構匹配。另一個實施方案利用多種應用程式部件執行多個分子發現過程中的步驟，例如檢測一組潛在的結合位點、然後從這組位點中消除明顯錯誤位點的步驟。還有另一個實施方案將水平整合和垂直整合結合起來。本系統的一個實施方案可以利用在任何硬體/作業系統平臺上執行的應用程式部件，並提供以並行的方式執行部件的能力。此外，本系統的一個實施方案為了試圖為用戶增強結果和/或簡化過程可以以重複的方式執行任何部分的發現過程。
圖1示出了本系統的一個實施方案的示例性環境，該實施方案使用了水平和垂直整合以及並行運行。在顯示的實施方案中，用戶工作站顯示了用戶界面。工作站可以提供一個命令行界面、一個圖形用戶界面或其它任何可與用戶互動的界面。有多種硬體和作業系統組合可以支持這個界面，包括Silicon Graphics(SGI)工作站102、Unix和Linux(*NIX)工作站104和能夠支持Microsoft Windows 106的多種特色系統中的一種的工作站。
在顯示的實施方案中，用戶工作站102-106接通一個網絡伺服器108。這個網絡伺服器產生用戶界面、從用戶界面接受參數、並將那些參數插入一個資料庫，其目的之一在於啟動應用程式中的程序流，這將在後面詳細討論。為了呈現用戶界面並提供其它各種特點，例如控制或管理資料庫，網絡伺服器108存取許多資料庫，包括遠端資料庫110和本地資料庫112。這些資料庫可以包括公司的或商業化的資料庫。這些資料庫可以是在一臺單獨的資料庫伺服器上的單機資料庫，例如資料庫102和104，也可以包括成簇的資料庫114。
在本系統的一個實施方案中，網絡伺服器108使用CGI(公共網關接口)、XML和標準的數據接入模塊以提供用戶界面並處理用戶的需求。為了開始工作，網絡伺服器108還接通了一個執行一種應用程式部件的計算機，例如異源簇116的一臺伺服器或其它成員。
一個應用程式部件是一個程序或程序的一個部分，可以通過用戶界面以某種方式運行。這個部件可以是一個完整的商業化應用程式、一個商業化應用程式的單一模塊、一個用戶定製的部件、或其它一些可執行的代碼。
通過利用各種應用程式部件進行計算，本系統的一個實施方案獨立於任何一個商業化應用程式的限制而操作。此外，執行新的計算方法相對簡單。此外，本系統的一個實施方案不限於在單一硬體和軟體平臺上運行。部件可以在任何被設計能夠發揮作用的平臺上運行，包括*NIX、Microsoft Windows和其它平臺。這個平臺的獨立性不僅增加了本系統的靈活性，而且增加了可升級性。本系統的一個實施方案能夠平衡在異源簇、例如異源簇116間進行計算的處理負載。
一些商業化應用程式只能夠在有限數量的不同的硬體和作業系統環境中運行，注意到這一點很重要。本系統的一個實施方案不試圖為應用程式提供一種方法，以在它沒有被設計來運行的硬體或作業系統中運行，而是允許用戶從一個整合的用戶界面去控制商業化應用程式的一種或多種部件運行。
在圖1所示的實施方案中，網絡伺服器108不是接通一個單一伺服器，而是接通了一個異源的計算機簇116，執行網絡伺服器108規定的應用程式部件。異源簇可以包括任何類型和數量的計算機，包括工作站和伺服器。在所示的實施方案中，異源簇包括了一個槽伺服器118、SGI 102和*NIX 104工作站，其也可以顯示用戶界面，和一個伺服器簇120。網絡伺服器108利用異源簇116的方式的一個例子在下面詳細描述。
為了提供最大的靈活性和可升級性，本系統的一個實施方案利用了圖2所示的多層應用程式框架以處理來自用戶界面的要求。現在將參考圖1所示的示例性環境對圖2進行描述。然而，圖1所示的環境僅僅是一個例子，圖2所示的應用程式框架絕不限於在圖1所示的環境中操作。
圖2所示的應用程式框架包括了一個運行在用戶工作站如SGI工作站102上的用戶界面202。用戶界面包括模塊204a-d。模塊204a-d可以單獨呈現在用戶界面202上，例如模塊-1 204a和模塊-2 204b，或者與204c、d組合在一起呈現。當用戶在用戶界面102中規定了一個要求時，圖2所示的實施方案執行了一個「增加作業」步驟206。這個「增加作業」步驟206在一個資料庫、如本地資料庫110的表中產生了一個資料庫記錄。對於模塊204a-d中的每一個，多個「增加作業」步驟206可以執行，產生了多個作業208。此外，在多用戶環境中，每個用戶界面產生獨立的作業208。當作業208產生時，如果特定的作業208的狀態發生變化，一個「狀態」步驟209通過用戶工作站或其它方式警告用戶。
在圖2所示的實施方案中，當作業208在資料庫110中產生時，一個背景步驟或後臺程序210被促發。後臺程序210運行對在異源網絡116中產生對應於作業208所必需的編碼。後臺程序210在*NIX或其它環境中可以是一個背景步驟，或者在微軟視窗環境中可以以屏幕保護的形式存在。
一個假設的搜索提供了一個圖2所示的過程如何工作的例子。一個用戶希望對一個蛋白或核酸的結構進行搜索，所以用戶進入了用戶界面202的模塊204中的搜索標準。搜索要求導致了「增加作業」步驟206在資料庫110中加入了一個作業208。作業208含有多種參數，包括例如序列、用戶名、使用的搜尋引擎等。後臺程序210對這些參數進行評估，然後將作業208發送到一個或多個應用程式部件，在圖2中的搜索212，以進行處理。搜索部件212執行必需的處理，然後確定添加的作業是否必須執行218。如果是，「增加作業」步驟206再次執行。如果否，一個「通知」步驟220通知用戶該過程完成102。在這個例子中，通知通過用戶工作站102發生。然而，通知可以使用多種方法發生，包括傳真、即時訊息、自動電話訊息或其他任何能夠通知用戶的方法。如圖2所示，本系統的一個實施方案可以利用多種應用程式部件，包括模擬部件214和對接部件216。
圖3將本系統的一個實施方案圖示為相關模塊的3級結構。所示的實施方案使用了不同應用程式部件的水平和垂直整合以及以並行方式運行各種部件的能力。所示的實施方案將可視化、模擬和應用程式改進整合在一個綜合的用戶界面202的控制下。用戶界面202可以是一個命令行界面、一個基於瀏覽器的界面或其它GUI。所示的實施方案的科學方面包括4個寬大的高級模塊302-308，其中包括12個低級模塊312-334。此外，所示的實施方案還包括一個應用程式框架模塊310，它包含了3個低級模塊336-340。本系統的實施方案不必須包括所有圖3所示的模塊，注意到這一點很重要。所示的結構僅僅是為了舉例說明本系統的一個實施方案。
本系統的一個實施方案通過將計算化學和高通量篩選相耦合呈遞高通量計算機輔助的分子發現。利用軟體工業現有的工具開發或自主產生定製的方法模塊進行數據分析、挖掘和可視化。本系統可以使用命令、宏和腳本，允許應用程式通過一個結構由終端用戶來加以定製。
例如，本系統的一個實施方案使用了下列可以購買到的軟體包Cerius2(C2)(Accelrys Inc，San Diego，California)和MOE(ChemicalComputing Group Inc.，Montreal，Canada)在它的某些模塊中作為計算引擎。然而，本系統的實施方案並不限於那些或其它商業上可以獲得的應用程式。實施方案的模塊結構允許運行其它的計算引擎。
5個第一級模塊包括(1)蛋白序列翻譯模塊302，它可以以一種有效的方式將一個蛋白序列自動翻譯成三維結構(在本說明書中蛋白只是作為一個例子；在本系統的實施方案中任何靶都可以測序和排位)；(2)識別結合位點模塊304，它自動地檢測所需的結合位點，計算它們的生理化學性質，還可以執行由用戶指定的其它功能，例如消除不正確的位點；(3)對接化合物模塊306，根據蛋白的結構和蛋白的位點，通過並行的方式將過程在不同的處理器中分配，可以以一種有效的方式自動對接大量的化合物，並使用多種記分函數將它們排序；(4)選擇和分析模塊308，它選擇排序高的探針或化合物(在本說明書中探針和化合物作為例子可以交換使用)，並將查詢發送到Oracle和公司資料庫以識別它們所在的平皿，分析它們，進行鑑定、相似性和成簇檢測，然後通過產生含有平皿數量、位置和所有成分的化學結構的結構和位點特異性報告，將它們排序以便於生物學篩選；以及(5)應用程式框架模塊310，它提供了圖3所示的實施方案中的用戶界面、作業控制和並行運行管理。
圖4示出了本系統的一個實施方案參照圖3所示的高級模塊所用的通用方法。圖4也描述了可應用於方法中每一步的示例性計算引擎。蛋白序列翻譯模塊302首先確定發送的序列是否對應於一個現有的晶體結構或其它實驗確定的三維結構402。如果否，確定序列404的三維結構。實驗結構可以從蛋白資料庫(www.rcsb.org)檢索，或者使用商業產品，例如但不限於MOE或Insight II來確定。一旦確定了三維結構，或者如果晶體結構已經存在，過程就可以進行下一步，即結合位點假設406，其由識別結合位點模塊304執行。商業應用軟體，例如MOE、Dock或Cerius2，可以執行結合位點假設步驟。
通用方法的下一步是篩選408，由對接化合物模塊306執行。可用於此過程的這一步驟的商業產品包括但不限於MOE、C2和Schr_dinger。過程中的這一步驟也可從一個資料庫，例如本地資料庫110中檢索數據。計算機過程的最後一步是平皿選擇410，由選擇和分析模塊308完成。在本系統的一個實施方案中，平皿選擇是通過用戶編碼來完成的。一旦計算機方法的步驟完成，化合物就進入到生物學篩選412。
現在將參照圖3詳細地描述本系統的實施方案的每一個模塊。第一個高級模塊是蛋白序列翻譯模塊302。模塊302的目標是從一個蛋白序列自動地產生一個三維蛋白模型。幾個資料庫可以協調地使用，以最適化可用於計算機篩選的最終的三維模型的結構多樣性和相關性，這些資料庫包括商業的、公共的和私人資料庫。這一過程的目的不是取代科學家，而是在於以一種不需要用戶幹預的方式快速、自動地執行任務。在本系統的一個實施方案中，模塊302產生了一系列記錄文件。科學家能夠檢查記錄文件來進行質量控制檢查和鑑定任何潛在的問題，並在需要時可以重新運行經修改的特定的作業。
圖3所示的實施方案僅僅是一個例子。本系統的其它實施方案包括了所示的模塊的子集和其它部件。例如，本系統的一個實施方案提供了與一個整合的數據分析解決方案的連接。在這樣的實施方案中，計算機和生物學篩選的信息被組合在一個整合的用戶界面中。這樣的一個實施方案在律師備案號41305-272623中有描述，與此一起提交並在此引為參考。
圖5示出了由蛋白序列翻譯模塊302所執行的步驟。模塊302首先接受序列作為一個輸入502。模塊302在商業和/或私人資料庫中搜索相似的序列，然後進行多序列比對504。
序列比對試圖將幾個蛋白序列比對，以便結構和/或功能相似的區域可以被識別並突出。不同的矩陣被用來執行這樣的比對，例如但不限於免費獲得的引擎ClustalW(Jeanmougin，F.，Thompson，J.D.，Gouy，M.，Higgins，D.G.和Gibson，T.J.，Trends Biochem Sci，23，403-5(1998))或MatchBox(Depiereux，E.，Baudoux，G.，Briffeuil，P.，Reginster，I.，De Bolle，X.，Vinals，C.，Feytmans，E.，Comput.Appl.Biosci.13(3)249-256(1997))。蛋白序列資料庫可用於鑑定與未知結構的靶蛋白具有一定程度(用戶定義)的相似性的蛋白序列，這些蛋白序列資料庫例如但不限於可免費獲得的基於網際網路的程序FASTA(Http//www.ebi.ac.uk/fasta3)或BLAST(Http//www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)。
同樣，可以購買到的電腦程式，例如但不限於MOE(ChemicalComputing Group Inc，Montreal，Canada)、Homology(Accelrys，Inc.，SanDiego，California)和ComposerTM(Tripos，Inc.，St.Louis，Missouri)，可以將應用私人資料庫的資料庫搜索和序列比對作為一個合併的步驟執行。為了不僅可以預測靶蛋白的結構，而且可以預測它可能的功能，可以將重點放在尋找已知與某些生物功能相關的序列中的相似性。
接下來，模塊302選擇與已知三維結構高度同源的序列506，並構建三維模型508(同源模型)。三維模型的構建一旦完成，過程就可以進行圖6描述的結合位點假設步驟406。
圖6所示的步驟首先從三維結構的輸出開始，從序列步驟404中確定結構。這些三維結構被用於結合和/或連接位點的檢測602(在此稱為「結合位點」)。一旦完成結合位點的檢測，結合位點物理上被表徵為604。然後將結合位點排序606，用戶指定數量的位點被用於後面的計算機篩選。過程進入到篩選408。
再次參考圖3，蛋白序列翻譯模塊302包括3個低級模塊檢索蛋白序列/結構312、執行序列比對314和產生三維結構316。在檢索蛋白序列/結構模塊312中，本系統的一個實施方案從一個靶序列開始，並檢索與靶序列具有結構/生物學相似性的蛋白結構。模塊通過一個搜尋引擎，例如BLAST或NCBI來處理靶序列，以搜索具有相似序列的已知蛋白。模塊312可以利用公共序列和三維結構資料庫。在一個實施方案中，模塊312在一個資料庫，例如蛋白資料庫(PDB)中執行搜索。在本系統的另一個實施方案中，用戶可以執行一個關鍵詞搜索。關鍵詞描述了蛋白的生物學性質。例如激酶、GPCR可以是用戶設定的關鍵詞。其它的模塊在運行中使用檢索的三維結構。例如，在所示的實施方案中，這些三維的蛋白結構被用來構建靶的同源模型。
幾種可以購買到的電腦程式，例如但不限於MOE(ChemicalComputing Group Inc，Montreal，Canada)、Insight-II_(Accelrys，Inc.，SanDiego，California)、Modeler_(Andrej Sali，Rockefeller University，NewYork，New York，Http//guitar.rockefeller.edu/modeller/modeller.html)可用於進行同源模擬。線程化算法描述在Godzik A，Skolnick J，KolinskiA.1992，J Mol Biol 227227-238和其它文獻中。可以購買到的線程化軟體包括MatchMakerTM(Tripos，Inc.，St.Louis，Missouri)。
圖3所示的實施方案中的下一個模塊是執行序列比對模塊314。這個模塊以標準格式例如FASTA格式接受序列，在商業或公司資料庫(如MOE)中搜索具有相似序列的蛋白。這個模塊對這些三維的蛋白結構和前一個模塊312的三維蛋白結構進行檢索，將它們全部進行序列比對。匹配的鏈、包括比對分值進入隨後的模塊。
三維結構模塊316對具有最高比對分值的鏈運行同源模型引擎，並以PDB格式產生一個靶序列的三維模型。用戶可以通過用戶界面202修改同源模擬過程的預設值。用戶也可以進行質量控制檢查和其它處理。
在圖4所示的實施方案中，三維結構模塊316是蛋白序列翻譯模塊302的最後一個低級模塊。下一個高級模塊是識別結合位點模塊304。
識別結合位點模塊304包括一個低級模塊，識別和排序結合位點模塊318。模塊318接受靶蛋白的三維模型，然後通過一個定製的或商業化的計算引擎如C2對它進行加工。模塊318使用計算引擎來識別可能的蛋白結合位點，並按照大小對結合位點進行排序，保存前n個結合位點(n由用戶設定)。然後將這些位點與蛋白信息一起通過一個特定的計算引擎。模塊318也可以利用針對識別可能位點的附加的或其它的算法。
在基於形狀的方法中，位點基於靶蛋白的形狀來限定。一種填充溢出(Flood-filling)算法被用來在靶蛋白的容積內搜索未被佔據的、連接起來的網格點，它們形成孔穴(位點)。所有檢測到的位點按照它們的大小進行瀏覽，使用用戶限定的大小截留將比小於特定大小的位點消除。大小/性質混合位點被定義為疏水和親水範圍與靶蛋白互補相互作用區域接觸的連接處。位點按照與受體的疏水接觸的數量進行排序，因此包括了關於蛋白的化學以及幾何學的信息。
一旦獲得了靶蛋白的三維結構，就可以使用電腦程式在這些三維結構中預測可能的藥物結合位點。這些結果被用於接下來的計算機篩選過程中。對接化合物模塊306執行這一功能，是圖4所示的下一個高級模塊。在所示的實施方案中，模塊306使用對接引擎以並行的方式針對蛋白模型篩選一個化合物的庫或探針組等，從而預測與蛋白具有較高結合親和性的化合物。然後各種記分函數和記分函數組合可以根據用戶對對接蛋白-化合物複合物記分的偏好加以利用。
圖7顯示了對接或篩選過程。這個過程以結合位點假設過程406的輸出為開始。並行的最適化器從一個資料庫，例如本地資料庫110，抽取化合物或探針的三維結構，並準備數據用於並行加工702。在所示的實施方案中，數據被並行處理用於化合物結構704和識別的結合位點706。接下來，進行自動的對接708。一旦對接完成，化合物按照記分函數值710進行排序。然後對接和記分信息被輸出到平皿選擇步驟410。
在此所用的術語「探針」是指一個含有連接元件的分子框架，適合於同大分子生物靶相互作用，這些大分子生物靶例如DNA、RNA、肽和蛋白，但不限於此，所述蛋白是酶和受體，但不限於此。
如圖7所示過程的例子一樣，在一個實施方案中，一個探針組被按續地處理，對接可以並行地操作。對於每個探針，通過旋轉探針的鍵可以產生用戶定義數量的構象異構體。一般來說，通過一個Monte-Carlo過程對每個探針可以產生1000個構象異構體。也可以使用其它的構象搜索過程，例如但不限於模擬退火、基於現有知識的搜索、系統構象搜索以及其它本領域技術人員所熟知的方法。
使用例如但不限於下面描述的計算方法將每個這些構象異構體對接在結合位點。一種這樣的方法將探針與結合位點的慣性非質量加力的三維主要勢差進行匹配。構象異構體被移動到與結合位點最佳的匹配方向以改進對接。將探針與結合位點的慣性非質量加力的三維主要勢差之間的配合最適化的構象異構體方向存檔，然後用下述方法計算這種構象異構體的對接分值，再用同樣探針的一個新構象異構體重複對接過程。可用於對接過程的電腦程式有例如但不限於「Cerius2_ LigandFit」(Accelrys，Inc.，San Diego，California)、DOCK(University of California at San Franciso，UCSF)、F.R.E.D.(OpenEye Sciencific Software，Santa Fe，New Mexico)等。
在構象異構體對接之後，計算每個結合位點上的探針構象異構體的分值。有幾種記分函數可用於此目的。下面描述了其中一種。
可以進行非鍵合的靜電相互作用和體積排阻計算。在這種方法中，ΔE為探針與靶蛋白之間的非鍵合的相互作用，根據一個經驗的勢能函數的庫侖項和範德華項計算出來。理論上ΔE被定義為ΔE＝E(複合物)-[E(探針)+E(蛋白)]，其中E(複合物)是(蛋白+對接探針)複合物的勢能，E(探針)是探針在它的對接構象的內部勢能，以及E(蛋白)是蛋白自身、即沒有探針對接時的勢能。在對接過程中蛋白可以保持固定，因此E(蛋白)只需要估計一次。E(複合物)可以從所有蛋白原子的顯式或結合位點的網格表示中計算出來，在篩選大量化合物的情況下，後者更快一些。這種方法明顯地包括了使用一個Lennard-Jones函數計算原子之間的範德華相互作用。記分函數有利於小的(最小化了範德華碰撞)探針，以及有利於探針和蛋白之間的電荷-電荷相互作用大的(最大化了靜電相互作用)的探針。記分函數也不利於在探針和蛋白之間表現出大的範德華碰撞的探針和/或構象異構體。
其它的記分函數也可以使用。這些函數包括但不限於LUDI(B_hm，H.J.J.Comp.Aided Molec.Design，8，243-256(1994))、PLP(分段式線性電勢，Gehlhaar等，Chem.Bio.，2，317-324(1995))、DOCK(Meng，E.C.，Shoichet，B.K.，and Kuntz，I.D.J.Comp.Chem.1992 13505-524)和Poisson-Boltzman(Honig，B.等，Science，268，1144-9(1995))。
一些上述的記分函數，實施於一些可購買到的軟體包中，例如但不限於Cerius2_(Accelrys，Inc.，San Diego，California)和MOE(ChemicalComputing Group Inc，Montreal，Canada)。
對於每個探針，對接/記分步驟獨立地執行。對一個探針構象異構體計算的分值不依賴於其它探針的計算。因此，這個過程是高度可升級的，可分布在任何數量具有所需程序的計算機中。對於例如兩個計算機，可以將探針分為兩組，並行地進行對接和記分。最終，每個探針可在一個處理器上被單獨地對接和記分。然後大量並行的計算機結構可用來線性地提高這個過程的效率。上述的對接/記分方法可用於高通量地對化合物進行計算機篩選。
再次參考圖3，對接化合物模塊306包括多種低級模塊或亞模塊。第一個低級模塊是計算節點負載模塊320。該模塊320計算在一個給定的異源簇上的每個節點的負載。然後分配數據模塊322將數據分為幾個部分，以並行的方式在每個節點上獨立地處理。例如，在一個大的化學結構的結構資料庫(SD)文件的情況下，數據被分開以便異源簇116的一個成員只處理全部數據組的一個部分。這些模塊320和322都是預處理模塊；它們啟動和發動為準備對接數據所必需的任務。
產生腳本和拷貝數據模塊324也是預處理模塊。該模塊324(1)執行程序為每個節點產生對接引擎腳本和外殼腳本以確保數據管理和適當的數據分配，以及(2)拷貝數據到每個單獨的節點。例如，模塊324產生的腳本被後面的模塊用來處理前面模塊所分配的SD文件的每個部分。一旦文件被分為較小的文件，每個較小的文件就可以由例如FTP(文件轉送協議)拷貝到異源簇116的節點上。
一旦預處理完成，並行運行對接模塊326就開始運行。該模塊326並行地、即同時在異源簇116的不同成員上運行對接程序。模塊326可以在簇116的任何成員上運行，例如前導節點上。特別地，模塊326運行和管理所有由前面的模塊322-324產生的過程的執行，直到它們都成功地完成。
在圖3所示的實施方案中，一旦預處理和對接完成320-324，執行後處理模塊328開始運行。該模塊328運行後處理程序，包括程序(1)在計算篩選分值後將單獨的SD文件合併為一個大的最終的SD文件，(2)清理單獨節點上的數據，移除不用的文件，以及(3)執行其他任何在此點可能需要的每個節點運算。這些模塊322-324可以使用不同的格式。例如，為了最小化由模塊322-324所用的網絡交通的體積，文件可以以一種壓縮的格式例如gzip來傳送和處理。
所示的實施方案中的下一個高級模塊是選擇和分析模塊308。這個模塊包括3個低級模塊一個選擇最佳化合物模塊330、一個檢索位置信息模塊332和一個運行相似性分析模塊334。
圖8顯示了由選擇和分析模塊308所執行的過程。圖8所示的過程接收篩選過程408的輸出。在排序過程的基礎上，最佳的n個化合物被選出(其中n由用戶定義)802。使用識別信息，例如化合物或ID號，從資料庫(110)中抽取平皿信息804。平皿被分析806。例如在一個實施方案中，將在計算機排序過程中沒有被選中的每個平皿中的其它孔加以分析，以確定在篩選過程中所識別的計算機排序和選擇化合物中是否存在相似性。這些化合物基於它們與計算機排序的化合物之間的相似性和接近程度來加以任選地考慮。對於每個位點重複這一過程808。
並不是對所有獲得的計算機探針命中物都進行生物學篩選，只有那些排序高的探針才被用於後面的篩選活動。儘管僅對在平皿中被鑑定為計算機探針命中物的那些探針進行篩選可能相關性更高，但是各種相似性測定，例如Tanimoto係數(Tc)、也可以揭示在含有計算機探針命中物的每個平皿中的其它探針可能是近鄰。因此，在所有含有一個計算機探針命中物的平皿中含有的所有探針都可以用於生物學篩選。一旦平皿篩選過程完成，結果就被用於識別和選定的化合物的生物學篩選412。
選擇和分析模塊308提供了化學支架的自動選擇。模塊308還提供了對商業、公共和私人資料庫的自動查詢，以選擇有待進一步跟蹤的被建議的化學。此外，模塊308還提供平皿分析和分簇，提供位點特異性和支架識別的信任指標。模塊308還可以自動生成最終報告。
選擇最佳化合物模塊330為每個選中的化合物選擇最佳排序的構象。接下來，模塊330在所有最佳構象的化合物中選擇n個或m％最佳的化合物。n和m的值可以由系統管理員或用戶設定。模塊330輸出各種化合物標誌符，例如化合物的ID號碼，以便可以對每個化合物檢索其相關信息，例如平皿ID號、孔ID號和結構。
檢索位置信息模塊332使用相關的信息在附加的資料庫表中搜索信息，例如根據平皿ID號識別的平皿的位置。一旦識別了一個平皿，信息就被傳到下一個模塊，運行相似性分析模塊334。模塊334可以接收一個或多個平皿的信息。
運行相似性分析模塊334在建議的平皿名單中運行相似性分析以鑑定任何潛在多餘的名單，並提供附加的信息，例如在優先化用於生物學篩選的發送名單的過程中有所幫助的信息。模塊334也允許對名單進行過濾，可以從名單中除去任何平皿或化合物。這個特點允許用戶以任何數量的原因，例如化合物的性質或在另一個計劃中已經存在，來將化合物從篩選名單中除去。其他各種分析功能也可以作為這個模塊的一部分來執行。
在圖3所示的本系統的實施方案中，上述的模塊302-308以及亞模塊312-334都在圖2描述相關的應用程式框架中運行。這個應用程式框架在圖3中示為應用程式框架模塊310。
應用程式框架模塊包括3個低級模塊作業計劃模塊336、用戶界面模塊338和開發工具模塊340。
作業計劃模塊336允許一個資料庫，例如MySQL或Oracle，用作圖3所示的實施方案的任何和所有模塊的一個作業查詢系統。模塊336包括圖2所示的添加作業206和後臺程序210，如果需要還可以包括每個模塊的繞接(wrapper)。
用戶界面模塊338提供了用戶界面202。在一個實施方案中，模塊338提供了一個網絡界面用於作業發送、作業管理以及作業務結果的觀看。模塊338可以允許跨平臺的獨立性、遠處進入作業信息和其它有用的功能。
開發工具模塊340提供了在圖3所示的實施方案中添加定製模塊的能力。這些模塊在圖2所示的應用程式框架下運行。它們可以用任何語言寫成，包括例如Perl和C++。
圖9示出了在本系統的一個實施方案中呈現和更新用戶界面以及安排和執行作業的通用步驟。在所示的實施方案中，界面是一個html頁面名為Ul.html 902。Ul.html包括top.html 904，它包括了一個動態閃爍(flash)部件，和內容產生器906，它基於由閃爍(flash)電影或其它用戶界面部件傳送到腳本的值產生網頁內容。這個腳本產生所有形式的元件，允許用戶進入信息並將多個文件上傳到應用程式中。Status.html 908，它向用戶展示狀態，由Add2Quene部件910更新。
內容產生器906訪問Add2Quene部件910以產生作業。Add2Quene部件910從例如一個FASTA或其它格式文件912讀取序列信息，檢查錯誤，然後利用數據與內容產生器906供應的用戶參數一起來執行qAddJob詢問914。qAddJob詢問914將記錄插入到本地資料庫qDB 110中。
在所示的實施方案中qDB 110是一系列資料庫表，儲存了有關被要求的作業計算、對於一個用戶位點何種計算類型可以使用、如何操作每種計算類型、以及特定計算機的qDaemon 916參數，包括預設參數的信息。qDB 110不依賴於計算機或用戶對計算的需求以及將操縱計算的計算機。qDB 110可以執行的一個功能是儲存計算需求、計算參數、輸入和輸出數據、計算狀態和其它與被要求的計算相關的信息。其它與被要求的計算相關的信息的例子包括但不限於誰要求計算、計算何時被要求、計算的優先級以及與被要求的計算相關的可搜索的用戶提供的意見。qDB 110還可以儲存輸入和輸出的數據文件信息，例如每個計算類型的文件名模式和文件數量。
QDaemon 916代表了一個在背景處理中等待作業插入qDB 110中時運行的一個查詢。當發現一個新作業時，qDaemon 916開始一個作業920。對資料庫110中作業表的改變通過qStatus 922和qIDStatus924查詢反映在Ul.html 902中。
QDaemon 916是一個預先編譯的可執行的後臺程序，管理在後臺程序啟動的計算機上運行的計算。QDaemon 916基於多種參數，例如但不限於時間天數和現在的CPU使用，決定了何時開始計算。QDaemon 916要求qDB 110的信息用於後臺程序可以運行的下一個計算作業；然後qDB 110基於由qDaemon 916情況、目前等待的要求和優先算法所提供的有效計算類型的名單，為下一個可用的、有效的、被要求的計算返回信息。如果計算類型需要從qDB 110輸入的數據文件，qDaemon 916產生儲存在qDB 110、與將要運行的計算相關的工作目錄內的任何輸入數據文件。然後qDaemon 916基於計算的類型和所需計算的參數，要求一個計算特定的繞接(wrapper)腳本。如果計算類型要求上傳數據文件，qDaemon 916將輸出的數據文件上傳到qDB 110；記錄文件和錯誤記錄文件可以作為輸出數據文件處理。
可由QDaemon 916的特定情況執行的有效計算類型在後臺程序開始時通過命令行參數確定。許多情況下，QDaemon 916允許在一個單一的計算機上，這使多個處理器的計算機可以同時運行多個非並行的計算。
圖10示出了在本系統的一個實施方案中的搜索步驟。用戶通過開始一個遠處或本地資料庫的搜索(初始搜索)，例如BLAST搜索，來起始所示的步驟。初始搜索啟動BLAST搜索、pdb文件搜索或其它搜索程序。這個部件執行遠處和本地搜索。如果搜索在本地進行，運行本地搜索。否則，運行鏡像搜索(mirror search)。
如果用戶以遠處資料庫1002的搜索開始，用戶訪問第三方搜索應用1004。對於遠處公共資料庫的查詢要求鏡像搜索。這個部件將結果文件反映到本地伺服器進行搜索1006。相反，如果用戶以一個本地搜索1008開始，本地搜索部件將一個本地文件解析以進行搜索1010。
在遠處或本地搜索中，用戶都可以指定將要搜索什麼。在所示的實施方案中，用戶指定「搜索全部」，啟動了相應的搜索_全部部件1012的運行。Pdb_搜索接受關鍵詞，並在遠處的公共域資料庫查詢相關的pdb文件。然後它將結果反映到本地，解析獲得的文件，產生一個pdb文件名的名單1014。然後要求下載_pdb 1016。
下載_pdb接收一個pdb文件名的名單，並使用查詢_PDB部件1018查詢本地的pdb資料庫以檢查pdb文件是否在本地存在。如果文件在本地存在，腳本向記錄文件報告結果並終止1020。如果在本地沒有發現這些文件，下載_pdb產生下載1022文件所必需的要求，然後要求updateDB 1024。updateDB 1024用下載文件的名稱和位置更新內部資料庫。
圖11示出了在本系統的一個實施方案中產生和執行作業的通用過程。在開始1101後過程的第一步是qAddJob步驟1102。該步驟1102作為一個用戶命令的結果可執行一個自動的系統事件或其他任何引起作業的產生和執行的過程或事件。qAddJob步驟1102簡單地在qDB資料庫110中添加記錄。qDaemon 916是等待作業添加到資料庫110中的一個背景步驟。當作業添加到資料庫110中時，qDaemon步驟916評估記錄並開始相應的步驟。
在圖11所示的實施方案中，步驟可以是qSearch 1108、qModel1110、qSite 1112、qDock 1114或qSelect 1115之一。步驟不限於這5個所示的作業，注意到這一點很重要。其他任何步驟，例如其它1116，也可以以這種方式執行，只需要對整合的用戶界面稍加改動或不變動。因此，本系統的一個實施方案在執行和定製計算機輔助的分子發現系統時提供了極大的靈活性。
圖12示出了在本系統的一個實施方案中使用模板和定製作業。在所示的實施方案中，在開始1201後的第一步是qAddJob 1210步驟，它在qDB 110資料庫中添加了一個作業記錄。QDaemon 916再次等待作業添加到資料庫110中。當作業添加後，應用程式模板qTemplate1202被運行，它又執行了一個定製計算1204。如果從計算1206產生附加的作業，簡單地通過qAddJob 1210在資料庫qDB 110中添加另一個作業。如果沒有，通知通過某種方式傳送出來，例如即時訊息、電子郵件或另一方法1208。
圖13到17示出了在本系統的一個實施方案中通過例如電子郵件或其它方法提供作業完成的通知的過程。作為本系統的其他方面，qDaemon步驟916等待作業添加到資料庫qDB 110中。當作業添加後，qDaemon 916開始適當的作業。在所示的實施方案中，作業是qSearch 1108、qModel 1110、qSite 1112、qDock 1114、qSelect 1115或其它部件過程1116之一。每個這些作業執行一個相應的處理或一系列處理，如圖中所示，分別通過下載_PDB 1302、Modelseq 1402、Site 1501和Dock/Dockrepeat 1504進行初始搜索。一旦處理完成，通知部件1304通過例如電子郵件、傳真、即時訊息或其它適當的通訊方法通知用戶。
圖15a示出了本系統的一個實施方案中產生和運行用於商業化應用程式部件的定製腳本。在所示的實施方案中，如上所述，通過向作業資料庫添加一個作業開始位點步驟』502。位點步驟的執行導致產生了一個腳本，它控制了一個第三方的商業化、公共或定製的應用程式的執行。在圖17中，這個步驟所示為Site.scriptMaker步驟1504。然後這個腳本在Site.exe 1506中執行，它執行了要運行位點步驟的計算所必需的計算引擎1506。
本系統的實施方案相對於常規的計算機輔助分子發現系統和過程提供了許多優點。一個優點是跨過異源簇並行處理的能力。圖18示出了本系統的一個實施方案中的預並行化過程。在圖18中顯示對接過程只是為了說明目的。然而，任何本系統的過程都可以以同樣的方式並行。在所示的實施方案中，將對接過程啟動1802。這個過程的啟動觸發了並行過程1804。為了並行地處理信息，數據文件，其在所示的實施方案中是一個SD文件，必需被分為多個較小的文件1806。這個分開的過程由一個WorkerBee 1808來執行，其細節在下面描述。接下來WorkerBee 1808將較小的數據文件拷貝到異源簇1810的適當的節點上。下一個步驟是開始1812，在圖19中示出。
圖19示出了在本系統的一個實施方案中一個過程的並行化。這個過程的有效並行化是通過一個稱作WorkerBees(WBs)的組合過程來實現的，它對並行運行所需的任務進行了預處理和後處理。整個過程中由QueenBee(QB)來管理幾個節點上對接引擎的實際運行。這個過程的安全性由運行適當的防火牆來保證。
WB是一個動態過程，對計算機篩選過程中所包含的所有任務的並行化進行管理。通常有幾個WBs以連貫的方式對不同的計算階段進行預處理和後處理。例如，一個WB可以為對接引擎產生輸入文件；另一個WB可以管理所有化學結構在所有節點上的分布；另一個WB可以對收集的數據進行後處理。
為執行此功能，WB需要了解計算機簇的構成(輸入cluster.conf文件)。這個文件含有關於伺服器名稱、特定機器的通用目錄、用於異源簇負載平衡的校正數據的信息。
並行化過程可以用在異源Unix/Linux簇上，包括SGI機器或SUN或IBM或帶有不同CPU混頻的Linex盒。
QB接收了一個描述什麼程序將要並行運行的文件，並同時運行它們。QB可以位於簇的任何成員上，但在優選情況下位於簇的引導節點上。預處理WBs產生和分配在每個節點上運行的程序。此後，QB運行和管理所有這些過程的執行，直到它們全都成功完成。在完成之後，後處理WBs對數據進行後處理。
如圖19所示的對接過程提供了本發明的一個實施方案中WorkerBees和QueenBee的圖解例。圖19所示的過程從圖18的過程結束的地方開始。在待篩選的化學結構具有大的SD文件的情況下，數據被分成幾個部分，在每個節點上以並行的方式獨立地處理。預處理WBs 1808a、b起始和發動任務並準備數據。
一個WB 1808a在每個節點產生對接引擎腳本1906。另一個WB(沒有顯示)在每個節點上產生框架腳本以確保數據的管理和適當的數據分布。一個WB 1008b例如在原始的大SD文件分開的情況下將數據拷貝到單一節點1908。WB 1808b也產生將被QB 1910所用的文件。然後QB 1910運行。完成之後，後處理WB 1808c運行。後處理WB 1808c合併數據並拷貝數據結果1916。
WB 1808c實際上可能是多個WBs。例如在一個實施方案中，一個WB在計算機篩選的分值計算之後將分開的SD文件合併為一個大的最終的SD文件。一個WB清理每個節點上的數據，除去不用的文件。一個WB執行其他任何在此點上可能是必需的每個節點計算。
本系統的一個實施方案使用了多種軟體語言來整合各種部件。例如在本系統的一個實施方案中，Perl被用於執行用戶界面內的整合；SVL被用於蛋白模擬；C2和其它私人和公共腳本被用於執行商業軟體包中的步驟。同樣，當需要時，例如用於並行化操作時，框架腳本也被執行。HTML、XML、Java和JavaScript為表現用戶界面提供了必需的功能。
本系統的實施方案可以支持上述過程之外的與分子發現相關的多種功能。例如，實施方案可以支持(1)文庫化合物的大規模(以百萬計)計數；(2)並行化構象的生成；(3)大規模的生理化學描述符和分子指紋的計算；(4)同樣的配基組、不同的蛋白模型分析；(5)交叉位點同樣蛋白/變量培基組分析；和(5)基於計算機高通量地篩選化合物。
除了上面詳述的功能以外，本系統的一個實施方案可以包括許多其它的功能和過程。例如一個實施方案可以包括管理功能。各種用戶類型被定義，例如管理員、高級用戶、偶然用戶或新用戶，以及基於用戶的類型系統的界面和功能可以改變。
很有可能一些利用本系統的一個實施方案的組織要求進行安全性測量以確保由系統產生或使用的數據不會被組織之外的人知道。本系統的一個實施方案只在防火牆內操作，利用了安全插口層以提供安全性。
本系統的一個實施方案可以在一個單一的客戶位點或利用標準步驟例如TCP/IP跨過多個客戶位點運行。因此，許多收費和許可策略可以使用。例如，一個組織可以購買一個無限制許可，或者一個組織可以只購買一個或多個單席位許可。此外，本系統的一個實施方案可以作為組織訂閱的一個應用程式或網絡服務來運行。
篩選方法描述本系統的實施方案提供了用於數據分析的系統和方法，包括數據檢索、動態腳本生成和執行、數據挖掘、儲存和可視化。本系統的一個實施方案提供了一種集成的軟體解決方案，用於快速有效地管理大量數字數據。另一個實施方案提供了完整和靈活的數據獲取、管理和操作的解決方案。
一個按照本系統的系統能夠管理的數據類型包括但不限於初級和次級體內和體外篩選。本系統的一個實施方案儲存和整合了一個資料庫中數字數據，例如生物和化學數據。這個系統使用了一種面向對象的方法用於數據分析、編程、挖掘、儲存和數據的可視化。
本系統的實施方案與常規的數據分析工具相比提供了許多優點。一個按照本系統的系統提供了一個整合的用戶界面，可以在其中觀看和修飾數據。當對表格或圖形數據進行改動時，用戶界面自動地改變了在其它視圖中的相應的數據。通過自動地改變數據，用戶避免了在常規系統中常見的在視圖間切換的問題。
本系統的一個實施方案還允許用戶管理多種類型的信息，包括例如與分子發現相關的信息，其範圍從來自高通量篩選程序所生成的大量數據到多種IC50確定和造型再到複雜的實驗方案和動力學研究。
本系統的一個實施方案還提供了一個高度靈活的用戶界面。這個用戶界面提供了一個配置圖(layout feature)。系統的配置圖使生物學家們可以交互式地改變實驗參數。例如，使用這個圖，研究人員可以容易地進行幾個測試平皿的劑量反應滴定，而不必產生對單個平皿的劑量反應。
在本系統的一個實施方案中，用戶界面提供了交互式的曲線擬合能力，與強大的圖形和圖表工具結合用於統計分析，與強大的查詢和報告工具結合用於產生結構-活性關係報告、樣品名單和圖形。為了提供更豐富、更直觀的用戶界面，每個對話信息被儲存，通過「DB搜索」選項可以容易地檢索，既快速又有效。
本系統的一個實施方案還允許用戶產生定製的模板用於化合物的篩選或其它類型的分析。在一個平皿中，對照、化合物和濃度都可以改變以允許最適的布置。由於這樣的靈活性，本系統的一個實施方案允許用戶基於他們在本領域的專長來進行改變。
本系統的一個實施方案保持了原始數據的完整性。在保持原始數據時，應用程式是快速和動態的。系統可以操作單個或多個平皿分析。一旦信息被上載，它就被儲存在中央資料庫中。可以定義任何模板的組合；在需要時可以重新定義對照和數據位置。對話被儲存下來，並在將來參考時是容易可用的。一個鍵擊就可以定義閾值，並可對每個實驗進行調整。
本系統的實施方案提供了用於數據分析的系統和方法，包括數據檢索、動態腳本生成和執行、數據挖掘、儲存和可視化。本系統的一個實施方案提供了一種集成的軟體解決方案，用於快速有效地管理大量數字數據。另一個實施方案提供了完整和靈活的數據獲取、管理和操作的解決方案。一個按照本系統的系統能夠管理的數據類型包括但不限於初級和次級體內和體外篩選。本系統的一個實施方案儲存和整合了一個資料庫中數字數據，例如生物和化學數據。這個系統使用了一種面向對象的方法用於數據分析、編程、挖掘、儲存和數據的可視化。
圖20示出了本系統的示例性實施方案。用戶通過用戶界面訪問本系統。在所示的實施方案中，用戶界面是一個基於網絡瀏覽器的界面，可以在任何數量的平臺上運行，包括Silicon Graphics(SGI)2002、Unix和LINUX(*NIX)2004以及微軟視窗2006。一個網絡伺服器2008產生用戶界面。這個網絡伺服器2008還接收來自用戶界面的參數和要求。為了產生用戶界面並對用戶的要求作出反應，網絡伺服器2008接通一個資料庫(DB)2010，例如MySQL、Oracle、ISIS等。通過利用基於網絡的方法，圖21所示的實施方案對於伺服器和工作站來說，都是不依賴於平臺的；任何能夠支持程序語言和特點的網絡平臺，例如C、C++、cookies、DHTML、Java、JavaScripts、PERL、servlet等，都能夠支持本系統。
本系統的一個實施方案管理多種類型的信息。例如，在一個實施方案中，本系統管理與分子發現相關的信息，其範圍從來自高通量篩選程序的大量數據到多種IC50確定和造型再到複雜的實驗方案和動力學研究。
本系統的一個實施方案還提供了一個高度靈活的用戶界面。這個用戶界面提供了一個配置圖。系統的配置圖使生物學家們可以交互式地改變實驗參數。例如，使用這個圖，研究人員可以容易地進行幾個測試平皿的劑量反應滴定，而不必產生對單個平皿的劑量反應。
本系統的一個實施方案提供了一個安全層以確保敏感的數據不被侵害。一個基於網絡的實施方案很容易允許網絡內任何地方的多個對話同時運行；為了執行應用程式，客戶需要的僅僅是一個瀏覽器。
在本系統的一個實施方案中，用戶界面提供了交互式的曲線擬合能力，與強大的圖形合圖表工具結合用於統計分析，與一個強大的查詢和報告工具結合用於產生結構-活性關係報告、樣品名單和圖形。為了提供更豐富、更直觀的用戶界面，每個對話信息被儲存，並通過「DB搜索」選項可以容易地檢索，既快速又有效。
本系統的一個實施方案保持了原始數據的完整性。在保持原始數據時，應用程式是快速和動態的。本系統可以操作單個或多個平皿分析。一旦信息被上載，它就被儲存在中央資料庫中。可以定義任何模板的組合；在需要時可以重新定義對照和數據位置。對話被儲存下來，並在將來參考時是容易可用的。一個鍵擊就可以定義閾值，並可對每個實驗進行調整。
在本系統的一個實施方案中，用戶界面是一個基於Java的圖形應用程式，對於每個IC50分析是高度可定製的。使用GUI和鍵盤例程，可以很快地將界面的圖形部件和IC作圖器調整到適合每個用戶。IC作圖器直接接通資料庫以獲得作圖信息並在每次分析後更新修改的數據。由於它的特點和靈活性，IC作圖器是實施方案中一個極其有力的部件。
本系統是一種易於使用的分析應用程式，它是動態、快速和有效的，並可以用於任何平臺。它含有對用戶友好的(user-friendly)特點，包括定製模板、直接數據訪問、中央資料庫、靈活的計劃生成以及多平皿計劃。它非常先進；它允許多個用戶同時地開始新的計劃、回到以前完成的計劃，並且易於擴展以用於將來的實驗類型和方法。通過按鍵，報告可以在系統內動態地生成。對每個孔的快速遮蔽使用戶可以解釋結果，對彩色和黑白列印都通用。網絡報告被專門格式化用於標準的頁面布置。
圖21a將本系統的一個實施方案的多個方面圖示為一個科學的數據分析應用程式。首先，用戶登錄2102。圖21b是在本系統的一個實施方案中註冊屏的屏幕取景。系統為用戶提供了一個用戶界面2104。在所示的實施方案中，用戶界面包括各種各樣的部分，包括IC502106、觸發2108和搜索2110。由於用戶界面的靈活性，許多其它潛在的部分可以包括在界面中。
在所示的實施方案中，用戶可以選擇觀看(搜索)或產生(IC50、觸發)一個模板配置2112。模板配置2112是指一個將被用來進行分析的平皿的表示。圖21c在本發明的一個實施方案中示出這樣一個表示。模板配置2112包括一個化合物布置2114和一個化合物濃度2116的選項，對應於用戶界面的屬性。用戶使用這些視圖來規定或觀看一個化合物應位於平皿的什麼地方，以及每個平皿孔的濃度是多少。
當用戶使用如圖21d所示的屏幕取景一類的方式搜索模板配置時，本系統的一個實施方案使用了一個查詢部件2118來訪問資料庫(DB)2010。然後，從資料庫得到的結果由格式部件2120格式化並提供某些部分的用戶界面2104、模板配置2112或分析部件2122。
當用戶完成模板配置2112後，所示的實施方案提供了一個分析界面2122。這個分析界面提供了各種不同的數據視圖，包括一個計算視圖2124和一個可視化視圖2126。重要的是，這些視圖互相併不排斥。同樣，一個視圖中數據的改變可以自動和即時地在其它相應的視圖中改變。因為在一些應用程式中維持原始數據的完整性非常關鍵，本系統的一個實施方案對原始數據進行了一份拷貝，所有的數據變化都發生在數據的拷貝上，留置原始數據在原始狀態，既不改變也不刪除。
在所示的實施方案中，測試數據顯示在計算或測試分析視圖2124中，數據相應的圖顯示在可視化或IC作圖器視圖2126中。本系統的一個實施方案使用圖21e所示的測試分析視圖2124和圖21f所示的IC作圖器視圖2126。
在本系統的一個實施方案中，測試分析視圖2124可以作為一個java或其它模塊部件(在此稱為techlet)來執行。測試分析視圖2124將收集自前兩個視圖的信息和來自一個文件的信息結合起來，所述文件可以被輸入和分析以在上半部顯示原始數據並在下半部顯示計算值。一個實施方案可以利用色碼來增強techlet的可用性。例如，一個用戶想快速鑑定他們正在看的數據組是什麼，現在選定的化合物是淺蘭色的。用戶可以通過單擊用戶界面中的數碼鍵來改變他們想選擇的化合物。
其它的特點也可以被用來增強techlet的靈活性。例如，從測試分析視圖2124，用戶可以通過單擊和/或在任何數量的孔上拖動來突出高於優選的閾值的數據點。突出的孔遮蔽上暗綠色，正常的孔遮蔽上淺綠色。用戶還可以將那些與同樣數據組中的其它數據相比太極端的數據點設為無效。無效的數據將顯示為在孔上有一個細的紅色X。對於需要原始數據完整的應用程式，在用戶界面將數據設為無效不會影響原始數據，設為無效只影響數據的拷貝。當用戶完成數據的分析、操作和可視化後，用戶選擇控制，例如標有「作圖」的命令鍵來訪問IC作圖器視圖或techlet 2126，並觀察與數據的相互作用。一個實施方案還可以包括其它特點。例如，一個在測試分析視圖2124中設為無效的孔，在曲線擬合和在IC作圖器2126計算圖之前將被設為無效。同樣，任何在作圖配置中被設為無效的點也在測試分析視圖2124中將被設為無效。
正如上面指出的，在本系統的一個實施方案中，IC作圖器2126從測試分析視圖2124接收數據，並產生一個圖或多個圖——每個圖對應於平皿上的一種化合物，並在主窗口上顯示第一個圖。為了在化合物間改變選擇和顯示，用戶可以單擊任何嵌入的java鍵以改變選擇，或可按壓1～0顯示前10個化合物，按壓Shift+[1～0]顯示第11到20個化合物，以及按壓Ctrl+Shift+[1～5]顯示剩餘的第21到25個化合物。由於計算機顯示的大小受到限制，在任何一個時間顯示的化合物的最大數量可能需要受到限制。例如，在一個實施方案中，一次可以顯示在IC作圖器2126上的化合物的最大數量是25個化合物。如果用戶正在分析超過25個化合物，按照本系統，用戶界面可以在用戶界面內的附加「頁」上顯示附加的化合物，同時每頁的化合物數量仍保持在25個或以下。
在一個實施方案中，IC作圖器2126包括兩個視圖一個單一圖視圖和一個多圖視圖。單一圖視圖允許放大地和更詳細地顯示一個單一化合物。如果用戶按壓Ctrl+[2～5]或M，IC作圖器2126將改變成多圖狀態和從2×2到5×5的網格的任何地方，並將顯示多個化合物分布在網格的空間中。在按壓任何其它的網格大小前按壓M將顯示預設設置的最大網格5×5；此後按壓M將觸發在最後使用的網格大小和單一圖之間的切換。按壓Ctrl+1或M，將返回到單一圖，顯示當前選擇的化合物的放大的詳細的圖。
通過在HTML中輸入界限或使用箭頭鍵按照需要定標和變換圖，用戶可以設置X和Y軸的最小和最大範圍，以便最好地顯示他們的數據。軸的記號和標記值在每次變化時被動態地重新計算和重新標記。當Ctrl鍵被保持壓下時，Shift鍵被用來加速軸的定標和移動，或者當Ctrl鍵被釋放時，Shift鍵被用來在定標和移動之間切換，預設設置為定標。指定的標記...
對於當前選擇的化合物，用戶可以通過點擊或在數據點上拖動來將任何數量的數據點設為無效。當用戶放開滑鼠按鍵時，如果曲線能夠成功地適合數據，曲線擬合被重新計算和作圖。如果曲線不能適合數據點，那麼只顯示數據點而不會畫出曲線。如果對曲線進行了擬合，但是用戶不接受，用戶可以按壓Ctrl+Shift，同時點擊在表中或圖形區中的化合物。當一個化合物沒有被作圖時，表格中該化合物所有格子中的值變為破折號「—」，以表明這些值不被接受。
IC作圖器2126的下半部含有一個表格，每個格子中含有一種化合物。每個格子中的成分對應於顯示在圖上的信息。在單一圖視圖上，如果用戶點擊任何格子，那個圖就將馬上顯示在主窗口中，格子被突出以便快速參考。在多圖視圖上，如果新選擇的化合物沒有被顯示，它將把當前顯示的化合物移進移出，直到選擇的化合物可以看見，表中的格子將為此化合物變得突出。如果新選擇的化合物已經顯示了，只有表格中的格子變得突出，主窗口不會發生變化。
當用戶完成了對從他們的數據點產生的圖的分析後，可以列印當前顯示的圖，並點擊「完成(Done)」返回測試分析2124，他們修改的數據現在顯示在平皿布置上。
本系統的一個實施方案可以包括多種鍵盤控制以執行用戶界面中測試分析2124和IC作圖器2126視圖的功能，包括圖形的和非圖形的。在一個實施方案中利用了下面的命令列表鍵盤選擇1-0 選擇化合物1-10Shift+1-0 選擇化合物11-20Ctrl+Shift+1-5 選擇化合物21-25基本鍵盤控制「Left」 將數據向左移動「Right」將數據向右移動「Up」 增加Y軸的刻度「Down」 減小Y軸的刻度Ctrl+」Left」減小X軸的刻度Ctrl+」Right」 增加X軸的刻度Shift+dir 將動作乘以5「G」切換坐標視圖開或關「D」切換標準偏差狀態「M」在多圖和單一圖之間切換高級鍵盤控制「A」對於動態作圖在自動作圖打開或關閉之間切換以加速複雜計算「P」或「R」 強制數據重新作圖「I」重新初始化IC作圖器(應用程式的軟重新啟動)「[」減少整個作圖屏幕「]」增大整個作圖屏幕「O」在重疊狀態間切換(將來發行)「C」切換IC50軸基準線(將來發行)在本系統的一個實施方案中還可以提供其它的視圖。例如，圖21a所示的實施方案包括一個報告視圖2128。從報告視圖，用戶可以設定一個特定的化合物，用戶最希望了解有關這個化合物的其它細節。然後本系統給用戶提供一個結構和化合物數據視圖2130，它提供了有關目的化合物的詳細信息。
在圖21a所示的實施方案中，一旦用戶對正在操作和觀看的數據拷貝的改變感到滿意，就可以將這些改變保存到DB 110。用戶被提問是否關閉當前顯示的項目2132，如果用戶反應為確定，用戶將退出系統2134。
圖22示出本系統的一個實施方案中所用的顯示用戶界面和對用戶的要求作出反應的過程。在所示的實施方案中，當用戶訪問系統時，用戶必需登錄2202。系統接受了用戶名和密碼後允許選擇分析和搜索選項。分析包括單一和分批分析。在一個實施方案中，例如基於網絡瀏覽器的應用程式，點擊頁面的發送按鍵，設置一個帶有用戶名和密碼的cookie。應用程式基於分析的類型或搜索選項的選擇確定將顯示的下一個頁面。
如果選擇分批分析，它們被導向到ListDir 304。如果用戶選擇單一分析，它們被導向到BioSelect 2210。如果選擇「搜索」，用戶被導向到搜索2214。在一個實施方案中，當用戶點擊一個標記為「(登錄)Login」的命令按鍵時，下一個腳本被運行。用於產生用戶界面的模塊對用戶的輸入作出反應，以及執行程序控制可以是一個程序語言或任何程序語言的組合，包括但不限於Perl、Java、C、C++、Javascript和HTML。
ListDir 2204在本系統的一個實施方案中，ListDir部件2204使用一個預設的網絡目錄用於文件上載。對於多平皿分析，用於這個分析的文件被放在預設的網絡目錄中的一個新文件夾內。ListDir 2204讀取最上一級預設目錄的內容，並將它們在頁面內列表，在每個列表旁帶有一個檢查框。
「全部選擇(Select All)」命令按鍵導致選擇用戶界面頁面內的所有檢查框。「全部不選(Deselect All)」則導致對所有的檢查框不加選擇。「反向選擇(Invert Selection)」將檢查框的選擇顛倒。點擊標記為「發送(Submit)」的命令按鍵則導致程序訪問BioSelectBDI模塊2206。
BioSelectBDI 2206在本系統的一個實施方案中，BioSelectBDI部件2206為用戶提供了通過靶和實驗類型對已經上載到用戶界面的多個文件限定分析對話的能力。可以在不同的計算類型之間進行選擇，輸入的參數根據用戶的選擇而變化。在一個運行如基於網絡的用戶界面的實施方案中，HTML表格成分隨著用戶與頁面的互動而被動態地設置。
在一個實施方案中，一個超連結被放置在頁面頂部，允許用戶重新將項目導向搜索狀態。超連結訪問腳本搜索。
一個標記為「發送(Submit)」的按鍵使一個cookie被設置，其中包括了選擇。如上所述，表格成分基於用戶的選擇而設定，然後運行AssayFilterBDI部件2208。
AssayFilterBDI 2208在本系統的一個實施方案中，AssayFilterBDI 2208部件將前面選擇的文件上載到ListDir 2202中，對文件進行分析，然後將數據插入資料庫。可以有其它的選項出現在用戶面前。基於用戶的選擇或BioSelectBDI部件中預先確定的邏輯流，顯示部件被運行。AssayFilterBDI 2208還為項目提供平皿布置。
為了顯示適用的計算類型而運行APTIC部件(在下面描述)。如果計算類型不合適，緊接著執行appViewBDI部件(在下面描述)。
如果來自前一次發送的信息丟失了，讀取cookie。如果所需的信息仍然得不到，系統會使用BioSelect 2210或BioSelectBDI 2206部件給用戶提供一個動態產生的發送顯示，以補充失去的信息。
一旦AssayFilterBDI 2208部件完成，在本系統的一個實施方案中就產生了輸出，包括但不限於IC50 2226、PIH 2228、觸發(Activation)2230、和其它2232輸出。輸出可以顯示在上述的分析數據2124和IC作圖器2126視圖中。
BioSelect 2210在本系統的一個實施方案中BioSelect部件2210允許用戶根據靶和實驗類型確定分析對話。用戶將實驗數據文件上載到用戶界面。可以在不同的計算類型之間作出選擇，按照用戶的選擇改變輸入參數。表格成分隨著用戶與頁面的互動而被動態地設置。
用戶界面可以在頁面上包括一個超連結，允許用戶進行搜索。超連結訪問搜索部件2214。
在一個實施方案中，當用戶點擊標記為「發送」的命令按鍵後，cookie被設置為保存這個選擇，基於用戶的選擇設置表格成分，然後將表格成分發送到AssayFilter部件2212。
AssayFilter 2212AssayFilter 2212部件將前述在BioSelect部件2210中選擇的文件上載到一個文檔目錄並分析數據文件，將數據插入資料庫。基於在BioSelect部件2210控制下在用戶界面中所做的選擇，運行下一個部件。AssayFilter 2212部件還為項目提供平皿布置。
在一個實施方案中，當使用AssayFilterBDI部件2208時，AssayFilter 2212部件運行APTIC部件(在下面描述)以顯示一個可作圖的計算類型。如果計算類型不能作圖，AssayFilter部件運行dbParameters2304部件(與下面圖23的所示相關)。
如果來自前一次發送的信息丟失了，讀取cookie。如果所需的信息仍然得不到，系統會使用BioSelect 2210或BioSelectBDI 2206部件給用戶提供一個動態地產生的發送顯示，以補充失去的信息。
一旦AssayFilter部件完成，在本系統的一個實施方案中就產生了輸出，包括但不限於IC50 2226、PIH 2228、觸發(Activation)2230和其它2232輸出。
搜索2214在本系統的一個實施方案中，為了進行搜索，搜索部件2214首先從cookie讀取用戶的用戶名和密碼。接著應用程式在用戶面前顯示一個可以從中進行選擇的搜索參數的名單，包括但不限於化合物ID號碼、平板號碼或BDI號碼。用戶輸入正確的搜索信息，並選擇用於每個搜索項的計算類型。計算可以是一個預定的計算，如IC50、觸發或抑制，也可以是一個用戶提供的定製的計算。當用戶點擊「搜索」，輸入的有效性被檢查，Cookie被更新，表格成分被發送到格式_搜索部件2216。
格式_搜索2216格式_搜索部件2216在用戶輸入的搜索類型的基礎上使搜索標準格式化。例如，在一個實施方案中，如果用戶選擇IC50或觸發，格式_搜索部件2216訪問更新DBIC50部件2310(在下面描述)；否則格式_搜索部件訪問appViewBDI2部件2412(在下面描述)。在資料庫中的信息與用戶定義選擇的信息之間進行比較。如果出現錯誤，或者選擇進行得不恰當，部件2216檢測到錯誤並給用戶顯示搜索用戶界面。如果信息丟失，檢查cookie尋找丟失的值。如果信息正確，頁面繼續到下一個腳本。
本系統的一個實施方案能夠進行不同類型的搜索，包括但不限於IC50 2218、PIH 2220、觸發2222和其它2224搜索。
圖23示出在本系統的一個實施方案中分析和操作IC50數據的過程。許多在實施方案中用於進行IC50分析、數據操作和搜索的部件也可以用於其它類型的搜索。在這種情況下，部件在圖23-25中被同一地標號。
Dbparameters 2304在本系統的一個實施方案中，dbparameters部件2304是一個動態的用戶界面，例如一個網頁，用於提供可用於識別被發送的平皿的附加信息。在一個實施方案中，界面包括了控制，其中用戶輸入識別平皿的數字。這些數字用於在一個公司、私人或其它資料庫結構中查找與這些平皿相關的信息。
在某些情況下，平皿布置是從以前發送到資料庫結構中的信息衍生而來的。在這種情況下，dbparameters部件2304利用這些儲存的信息填寫至少一部分用戶界面的成分，因此限制了用戶的需求。
在一個實施方案中，如果平皿布置信息可以獲得，一個代表平皿的模板從這種信息中動態地產生並顯示在該項目內的用戶界面上。模板可以在用戶界面的分析部分中由用戶進行修改，減少了用戶在用戶界面屏幕之間移動以進行修改的需要。
在一個進行IC50分析、操作和/或可視化的實施方案中，dbparameters部件2304訪問模板選擇BDI部件2306，傳送用戶提供的或資料庫衍生的參數。在其它如分析觸發和PIH的實施方案中，訪問更新BDI_信息部件2406。
模板選擇BDI 2306
在本系統的一個實施方案中，模板選擇BDI部件2306是一個用戶界面部件，例如一個網頁，允許用戶定義一個用於分析的模板。在多平皿分析中，模板也用於一批平皿。這個動態的界面使用來自dbparameters部件2304的用戶或資料庫衍生的信息以及來自資料庫的附加信息以動態地確定一個基本模板。
在一個實施方案中，如圖23a的屏幕取景所示，平皿中不含化合物的孔是黑色的。C+或C-控制的孔分別為淺灰色和深灰色。化合物的孔是預設的白色。
用戶界面提供了改變模板的方法。例如，在圖23a所示的實施方案中，界面內存在的命令按鍵允許用戶定義滑鼠與部件或techlet的相互作用。如果用戶點擊「C+」，滑鼠在techlet上拖動將定義C+對照孔。同樣，如果用戶點擊「C-」，滑鼠在techlet上拖動將定義C-對照孔。如果用戶點擊「無效」，滑鼠定義空的孔，而如果用戶點擊「數據」，滑鼠定義數據孔。
在所示的實施方案中點擊「重新設置」，將techlet重新設置為預設的計算模板。點擊「發送」則設置cookie和頁面成分，並將頁面成分發送到更新DB選擇部件2310。
更新DB選擇2310在所示的實施方案中，更新DB選擇部件2310從模板選擇BDI2308部件接收數據成分，並通過如圖23a所示的模板用戶界面用新產生的值更新資料庫。然後部件2310從資料庫檢索值，並且訪問更新DBIC50 2310或appViewBDI 2314部件。
更新DBIC50 2310在圖23所示的一個實施方案中，更新DBIC50部件2310產生了一個與資料庫的連接，並為APTCO部件(在後面描述)檢索必需的數據。更新DBIC50部件2310也可以用一個分析對話得到的計算值更新資料庫，並在對話中可以執行幾次。它可以使用多種其它部件來執行功能。例如，在一個實施方案中，更新DBIC50部件訪問更新DBICflag，它可以用計算值和所做的任何與分析或化合物相關的變化來更新資料庫。在另一個實施方案中，部件2310訪問APTCO部件(在後面描述)。
appViewBDI 2314在本系統的一個實施方案中，appViewBDI部件2314是一個用戶界面產生腳本，例如一個產生html文件的Perl腳本。用戶界面包括測試分析視圖部件2124，與上面的圖21所示相關。用戶界面為用戶提供了一個控制。例如一個文本框，以設定篩選閾值。數值的變化自動地或對用戶的行動，如點擊一個命令按鍵作出反應，從而反映在視圖2124中。
在一個實施方案中，用戶界面的成分被動態地產生。例如，在一個實施方案中，對每個化合物動態地產生按鍵。當選擇每個按鍵時，相關的化合物在techlet 2124中突出。點擊「繼續(Continue)」更新cookie，設置表格成分並訪問bkBioReport 2314和更新DBcalc 2416，更新資料庫並通過腳本bkBioReport產生一個可列印的報告。鍵入「Help」則顯示幫助。
如果對於當前對話發送了多個平皿，按鍵出現在techlet 2124的底端，允許導航通過平皿的陣列。按鍵通過箭頭指示用法。按鍵首先允許用戶處理第一個平皿。下一個按鍵允許導航到前面的平皿顯示。第三個按鍵導向下一頁，以及最後一個按鍵導向平皿陣列中的最後一個平皿。
更新BDI_info 2406更新BDI_info部件2406是一個用於資料庫更新的背景部件。它接收由dbparameters部件2304收集的信息並更新資料庫。在一個實施方案中，如果來自dbparameters 2304的信息丟失，更新BDI_info部件重新訪問dbparameters用戶界面。如果成功，它訪問模板選擇BDI部件2306。
更新DBcalc 2416在圖24和25所示的本系統的實施方案中，更新DBcalc部件2416從appViewBDI 2314接收更新的表格成分並更新資料庫。部件2416後面的部件基於用戶的輸入；如果用戶選擇「繼續」，部件2416訪問bkBioReport部件2316。如果用戶正在分析多個平皿，並且已經選擇「下一個」、「前一個」、「第一個」或「最後一個」，appViewBDI部件2314被執行，傳遞適當的參數以完成用戶的要求。
APTICAPTIC部件(沒有顯示)是一個能夠產生用戶界面，例如含有techlet的HTML頁面的部件。用戶界面允許用戶確定化合物在一個平皿布置中的位置。APTIC訪問APTIC2部件(在下面描述)。
APTIC2APTIC部件(沒有顯示)是一個能夠產生用戶界面，例如含有techlet的HTML頁面的部件。用戶界面允許用戶確定濃度在一個平皿布置中的位置。APTIC訪問APTCO部件(在下面描述)。
APTCOAPTCO部件產生一個用戶界面，顯示在前兩個部件(APTIC和APTIC2)中確定的化合物和濃度定義之間的關係。Techlet基於計算類型和數據文件的原始數據動態地用公式表示計算的值。如果沒有任何成分出現在由更新DBIC50 2310所做的資料庫詢問中，它們被從cookie中檢索。
用戶界面包括一個上述的篩選閾值控制。
其它的用戶控制，例如按鍵，對於每個化合物動態地產生。當每個按鍵被選擇時，相關的化合物在techlet中被突出。通過點擊「作圖」按鍵可以對化合物作圖。這訪問更新DBIC50 2310。通過點擊「無效」，平皿布置中的孔可以從計算中除去。點擊「繼續」更新cookie，設置表格成分並訪問bkBioReport(上述)和更新DBICflag(上述，與更新DBIC50部件2310相關)，更新資料庫並通過腳本bkBioReport產生一個可列印的報告。
IC作圖器ICplotBDI(沒有顯示)由APTCO執行。在一個實施方案中，部件是一個Perl腳本，能夠產生一個含有techlet的HTML文件。這個techlet動態地對化合物進行作圖。這個techlet還整合了鍵盤和滑鼠的相互作用，以改變作圖應用程式的方面。
位於頁面上的按鍵也可以與techlet相互作用。通過在適當的文本框中輸入數值並點擊「設置Y軸」或「設置X軸」，techlet中的軸的數值被改變。通過點擊「網格」，一個可視的網格切換在techlet顯示中。點擊「偏差」使顯示變為偏差計算顯示。例如，可以用數據點的平均值和標準偏差作圖，代替同樣濃度的單個數據點，即一個實驗可以被運行多次，以便用戶可以顯示所有的數據點或取這些數據點的平均值和標準偏差。
在一個實施方案中，按鍵「重新作圖」導致對圖手動地進行重新計算。「自動作圖」按鍵被點擊時，切換techlet的作圖狀態。在「開」的狀態下，techlet在檢測到變化後自動地重新作圖，但是在「關」的狀態下，techlet在變化後不會自動地重新作圖，必須使用「重新作圖」按鍵手動地重新作圖。「列印(Print)」鍵被點擊時，列印techlet。「獲得結構(Get Structure)」是另一個按鍵，當點擊時訪問一個叫做QueryChem的腳本。
在一個實施方案中，當點擊「繼續」鍵時，訪問更新DBIC50和更新DBICflag。這兩個腳本用techlet內作出的變化來更新資料庫，APTCO被刷新，整合了作圖時作出的變化。
如果用戶點擊「關閉」，作圖器被關閉，不記錄任何變化。
QueryChem在本系統的一個實施方案中，QueryChem(沒有顯示)是一個部件，例如一個腳本，它產生一個HTML表格，自動地將自己發送到另一個分開的伺服器上的infosearch.html。
bkBioReport2在本系統的一個實施方案中，bkBioReport2部件(沒有顯示)是一個動態的Perl腳本，可以產生一個帶有三個表格的可列印的報告。第一個表格顯示了相關平皿格式中的原始數據。第二個表格顯示了相關平皿格式中的計算的抑制百分值。第三個表格顯示根據化合物ID和濃度分類的抑制百分數，包括每個化合物每種濃度的平均值和標準偏差。
表格基於APTCO和IC作圖器確定的值用顏色編碼。綠色表示根據用戶定義的閾值表現出抑制的化合物。紅色表示無效的點，沒有在計算中使用。淺灰色表示C+值，深灰色表示C-值。
位於頁面底部是一個圖例，描述了色碼和三個按鍵。第一個按鍵是「列印」，其列印報告。第二個按鍵是執行「回到上載」。當點擊時，「回到上載」引起當前的項目關閉，將用戶返回到BioSelect。第三個按鍵是執行「編輯注釋(Edit Comments)」。
當點擊「編輯注釋」按鍵時，一個叫做editComments的腳本被執行，它使用戶可以編輯儲存在資料庫中與分析對話相關的注釋。
bkBioReport 2316在本系統的一個實施方案中，bkBioReport部件2316產生一個含有數據表的可列印的報告。例如，在一個實施方案中，部件2316產生了三個表格。第一個表格顯示了相關平皿格式中的原始數據。第二個表格顯示了相關平皿格式中的計算的抑制百分值。第三個表格以列表的格式顯示了根據用戶定義的閾值表現出抑制的化合物，根據抑制值分類。列表根據ID和平皿與孔的位置鑑定化合物。化合物的ID是超連結的，當點擊時，訪問QueryChem，其為由特定ID號碼識別的化合物顯示公司資料庫的信息。
表格基於APTCO和IC作圖器確定的值用顏色編碼。綠色表示根據用戶定義的閾值表現出抑制的化合物。紅色表示無效的點，沒有在計算中使用。淺灰色表示C+值，以及深灰色表示C-值。
位於頁面底部是一個圖例，描述了色碼和三個按鍵。第一個按鍵是「列印」，其列印報告。第二個按鍵是執行「回到上載」。當點擊時，「回到上載」引起當前項目關閉，將用戶返回到BioSelect。第三個按鍵是執行「編輯注釋」。
當點擊「編輯注釋」按鍵時，一個叫做editComments的腳本被執行，它使用戶可以編輯儲存在資料庫中與分析對話相關的注釋。
EditComments 2310EditComments部件2310是一個被bkBioReport 2316和bkBioReport2(上面描述)訪問的腳本。部件2310從在BioSelect 2210或BioSelectBDI 2206中定義的資料庫中檢索注釋，並在一個文本區顯示注釋以供編輯。
當用戶點擊該窗口中的「重新設置」時，注釋從資料庫刷新。當用戶點擊「更新」時，文本的內容被發送到updateComments(更新注釋)2318。
updateComments 2318在本系統的一個實施方案中，updateComments部件接收在EditComments 2320的顯示中所做的注釋和任何變化，這些變化被更新到資料庫中，先前的報告頁面(bkBioReport 2316或bkBioReport2(未顯示))被刷新。它在更新和自動關閉自身時也可以顯示一個瞬間出現的「成功」信息。
化合物選擇模板化合物選擇模板(未顯示)允許用戶選擇平皿中將要與單個化合物相關的區域。用戶選擇他們首先想要關聯的標記，然後點擊和拖動任何數量和組合的平皿上的孔。這些孔將被突出成深蘭色以用於當前的標記。當用戶選擇下一個化合物標記時，如果在平皿上有一種以上的化合物，那麼所選的其它標記的區域將褪色成為淺蘭色，以標明它們已經被使用過了。
一旦平皿上所有的化合物都被標明了，用戶就可以選擇孔用於分析的「對照」。淺灰色被指定為陽性對照(control-plus)，通常為最大值，深灰色被指定為陰性對照(control-minus)，通常為背景。一旦對照被確定，如果還有剩餘區域，用戶就可以將它們定義為無效。無效的區域著色為黑色，以方便地顯示不被使用的區域。
當所有的區域都被指定後，用戶選擇「下一個(Next)」來繼續濃度選擇模板。
濃度選擇模板在本系統的一個實施方案中，濃度選擇模板部件與化合物選擇模板或techlet相似，但是它維持了前面的techlet關於無效區域和對照點區域的設置，留下的不使用的區域為白色或空白。用戶再次選擇他們希望關聯的濃度，然後點擊和拖動任何數量和組合的平皿上的孔。這些孔將被突出成深蘭色以用於當前的濃度。當用戶選擇下一個濃度時，如果在平皿上有一種以上的濃度，那麼所選的其它濃度的區域將褪色成為淺蘭色，以標明它們已經被使用過了。
當所有的區域都被指定後，用戶選擇「下一個」來繼續測試分析。
本系統的一個實施方案可以在各種情況下被用於進行數字分析。例如，本系統的實施方案可以被用於進行分子發現、藥物數據分析、化學物質功效結果研究、統計分析以及其它科學和數學功能。
正如本領域技術人員所公知的，本系統的實施方案包括管理部件和數據結構。因為按照本系統在用戶界面內被分析的數據可能被當作秘密的和/或私人物品，本系統的實施方案還將包括各種安全特點。同樣，因為本系統的實施方案可以用於分析、操作和可視化不同類型的數據，軟體的付費和許可可以採取多種方式。例如，根據本系統，一個軟體開發者為了許可目的可以將每個不同的部件製造成單獨使用的產品。另一開發者可以製造單一的整合的應用程式，包含了所有上述的部件。
探針實施例在一個帶有ESI連續流動探針的微型質譜儀ZMD4000上獲得質譜圖，所述質譜儀裝備有一個CTC分析型PAL自動進樣器和一個Waters 600泵。樣品以1mg/mL的濃度溶解於甲醇/四氫呋喃中，轉移到96孔微量滴定板中，在30秒後收集數據。
探針實施例1
上面的化合物根據探針庫7的步驟製備，利用3-N-Boc-氨基-3-(4-氟苯基)丙酸作為胺基酸，苯甲醛用於還原胺化，溴乙酸和糠胺。MS(M/Z)463.9(M+H)。
探針實施例2 上面的化合物根據探針庫120的步驟製備，利用正丁胺將樹脂還原胺化，4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-四氫噻喃作為Fmoc保護的胺基酸，苯甲醛作為醛。MS(M/Z)307.8(M+H)。
探針實施例3 上面的化合物根據探針庫12的步驟製備，利用正丁胺將樹脂還原胺化，4-羥基-3-甲氧基-苯甲酸和四氫呋喃-3-醇。MS(M/Z)294.8(M+H)。
探針實施例4 上面的化合物根據探針庫63的步驟製備，利用3-N-Boc-氨基-3-(2-氯苯基)丙酸作為胺基酸，苯甲醇和甲醇用來切割。MS(M/Z)348.7(M+H)。
探針實施例5 上面的化合物根據探針庫102的步驟製備，利用4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-四氫吡喃作為Fmoc保護的胺基酸，和4-氟苯甲酸。MS(M/Z)268.7(M+H)。
探針實施例6
上面的化合物根據探針庫95的步驟製備，利用N-Fmoc-氨基-4-(1，1-二氧-四氫噻喃基)乙酸作為胺基酸，乙硫基乙酸和甲醇用於切割。MS(M/Z)324.8(M+H)。
探針實施例7 上面的化合物根據探針庫119的步驟製備，利用正丁胺還原胺化到樹脂上，和3，5-二氯苯基磺醯氯。MS(M/Z)284.7(M+H)。
探針實施例8 上面的化合物根據探針庫103的步驟製備，使用N-Fmoc-氨基-4(乙烯縮酮)環己烷基羧酸作為胺基酸，和2-乙氧基苯甲醛。MS(M/Z)335.9(M+H)。
探針實施例9
上面的化合物根據探針庫105的步驟製備，使用4-N-Fmoc-氨基-二苯乙酸作為Fmoc保護的胺基酸，和4-羥基-3-甲氧基苯甲酸。MS(M/Z)378.8(M+H)。
探針實施例10 上面的化合物根據探針庫136的步驟製備，利用正丁胺還原胺化到樹脂上，和2-哌啶-1-基乙醇。MS(M/Z)229.7(M+H)。
探針實施例11 上面的化合物根據探針庫118的步驟製備，利用糠胺還原胺化到樹脂上，和苯氧乙酸。MS(M/Z)232.7(M+H)。
探針實施例12
上面的化合物根據探針庫24的步驟製備，利用糠胺還原胺化到樹脂上，-溴苯乙酸和苯硫酚。MS(M/Z)324.8(M+H)。
探針實施例13 上面的化合物根據探針庫74的步驟製備，使用N-Fmoc-氨基(1，1-二氧-四氫噻喃基)乙酸作為胺基酸，3，4-二甲氧基苯基磺醯氯和甲醇進行切割。MS(M/Z)422.8(M+H)。
探針實施例14 上面的化合物根據探針庫73的步驟製備，使用3-N-Boc-氨基-3-(2-氟苯基)丙酸作為胺基酸，2-羥基苯甲醛和異丁胺進行切割。MS(M/Z)345.9(M+H)。
探針實施例15 上面的化合物根據探針庫126的步驟製備，使用3，4-二甲氧苄胺還原胺化到樹脂上，Fmoc-2-氨基-1，3-噻唑-4-羧酸作為胺基酸，和2，4，5-三氯苯基磺醯氯。MS(M/Z)538.5(M+H)。
探針實施例16 上面的化合物根據探針庫1的步驟製備，使用Fmoc-氨基-(3-噻吩基)乙酸作為Fmoc保護的胺基酸，溴乙酸和3-(4-氯苯甲醯基)丙酸。MS(M/Z)405.71(M+H)。
探針實施例17 上面的化合物根據探針庫121的步驟製備，使用1-氨基-哌啶還原胺化到樹脂上，Fmoc-2-氨基-1，3-噻唑-4-羧酸作為胺基酸，和1-萘基異氰酸酯。MS(M/Z)397.8(M+H)。
探針實施例18
上面的化合物根據探針庫122的步驟製備，使用正丁胺還原胺化到樹脂上，2-N-Fmoc-氨基-3-(2-N-Boc-氨基-吡咯烷基)丙酸作為胺基酸，和3-氰基苯甲酸。MS(M/Z)343.9(M+H)。
探針實施例19 上面的化合物根據探針庫32的步驟製備，使用N-Fmoc-氨基-(4-四氫吡喃基)乙酸作為胺基酸，溴乙酸和4H-1，2，4-三唑-3-硫醇。MS(M/Z)300.7(M+H)。
探針實施例20 上面的化合物根據探針庫33的步驟製備，使用N-Fmoc-3-氨基-2-萘甲酸作為胺基酸，2-溴己酸和4-甲基-4H-1，2，4-三唑-3-硫醇。MS(M/Z)398.8(M+H)。
探針實施例21 上面的化合物根據探針庫123的步驟製備，使用四氫糠胺還原胺化到樹脂上，4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-四氫噻喃作為胺基酸，和乙酸酐。MS(M/Z)287.7(M+H)。
探針實施例22 上面的化合物根據探針庫128的步驟製備，使用正丁胺還原胺化到樹脂上，4-N-Fmoc-氨基-(4-叔丁氧基環己基)羧酸作為胺基酸，和4-氨基苯基氰。MS(M/Z)415.9(M+H)。
探針實施例23 上面的化合物根據探針庫115的步驟製備，使用正丁胺還原胺化到樹脂上，N-Fmoc-氨基-(4-四氫噻喃基)乙酸作為胺基酸。MS(M/Z)453.9(M+H)。
探針實施例24 上面的化合物根據探針庫38的步驟製備，使用四氫糠胺還原胺化到樹脂上，4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-1，1-二氧-四氫噻喃作為胺基酸，溴乙酸和甘氨酸甲基酯。MS(M/Z)406.8(M+H)。
探針實施例25 上面的化合物根據探針庫42的步驟製備，使用正丁胺還原胺化到樹脂上，N-Fmoc-氨基-4(1，1-二氧-四氫噻喃基)乙酸作為胺基酸，溴苯乙酸和哌啶。MS(M/Z)464.9(M+H)。
探針實施例26 上面的化合物根據探針庫116的步驟製備，使用四氫糠胺還原胺化到樹脂上，和4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-四氫吡喃作為胺基酸。MS(M/Z)228.7(M+H)。
探針實施例27 上面的化合物根據探針庫117的步驟製備，使用甘氨酸甲酯還原胺化到樹脂上，和N-Boc-氨基-環戊-3-烯-羧酸作為胺基酸。MS(M/Z)200.6(M+H)。
探針實施例28 上面的化合物根據探針庫178的步驟製備，使用N-Fmoc-氨基-(4-四氫吡喃基)乙酸作為第一個胺基酸，3-吡啶基-N-Fmoc-氨基乙酸作為第二個胺基酸，乙酸酐和異丁胺用於切割。MS(M/Z)391.9(M+H)。
探針實施例29
上面的化合物根據探針庫180的步驟製備，使用N-Fmoc-氨基-二苯基乙酸作為第一個胺基酸，3-N-Boc-氨基-3-(2-氟苯基)丙酸作為第二個胺基酸，乙酸酐和甲醇用於切割。MS(M/Z)449.9(M+H)。
探針實施例30 上面的化合物根據探針庫9的步驟製備，使用Fmoc-苯丙氨酸作為Fmoc保護的胺基酸，溴苯乙酸和3-甲基-2，4-戊二酮。MS(M/Z)392.0(M+H)。
探針實施例31
上面的化合物根據探針庫8的步驟製備，使用苄胺還原胺化樹脂，2，4-戊二酮作為1，3-二酮。MS(M/Z)314.0(M+H)。
探針實施例32 上面的化合物根據探針庫11的步驟製備，使用乙醇胺還原胺化樹脂，在Ugi反應中使用Fmoc-鄰氨基苯甲酸和環己基異氰酸酯。MS(M/Z)389.0(M+H)。
探針實施例33 上面的化合物根據探針庫139的步驟製備，使用3-N-Boc-氨基-3-(2-氯苯基)丙酸和甲醇用於切割。MS(M/Z)397.8(M+2H)+。
探針實施例34
上面的化合物根據探針庫176的步驟製備，使用Fmoc-2-氨基茚滿-2-羧酸、3-N-Boc-氨基-3-(3-氯苯基)丙酸，以及乙酸酐和甲醇用於切割。MS(M/Z)399.9(M+H)+。
探針實施例35 上面的化合物根據探針庫168的步驟製備，使用3-N-Boc-氨基-3-(3-氟苯基)丙酸、N-Fmoc-氨基-4-(乙烯縮酮)環己基羧酸、二甲基甲氨醯氯和甲胺。MS(M/Z)452.0(M+H)+。
探針實施例36 上面分子的合成根據探針庫148的步驟進行，使用Fmoc-2-氨基苯甲酸、3-N-Boc-氨基-3-(4-甲氧基苯基)丙酸、甲基氯甲酸酯和甲醇。MS(M/Z)387.8(M+H)+。
探針實施例37
上面的分子根據探針庫146的步驟合成，使用4-N-Fmoc-氨基-4-羧基四氫噻喃、N-Fmoc-氨基-(3，5．二氯苯基)乙酸、甲基氯甲酸酯和二甲胺。MS(M/Z)450．0(M+2H)+。
探針實施例38 上面的分子根據探針庫50的步驟合成，使用N-Fmoc-氨基．4．(1，1．二氧四氫噻喃基)乙酸、N-Fmoc-氨基-(4-N-Boc-哌啶基)羧酸、甲基氯甲酸酯、乙酸酐和甲醇。MS(M/Z)450．8(M+2H)+。
探針實施例39
上面的分子根據探針庫54的步驟合成，使用N-Fmoc-氨基-(4-N-Boc-哌啶基)羧酸、異氰酸乙酯、3-N-Fmoc-氨基-2-萘甲酸、乙酸酐和二甲胺。MS(M/Z)454.9(M+H)+。
探針實施例40 上面的分子根據探針庫170的步驟合成，使用3-N-Boc-氨基-3-(3-甲氧基苯基)丙酸、3-N-Boc-氨基-3-苯基丙酸、二甲基甲氨醯氯和二甲胺。MS(M/Z)442.0(M+H)+。
探針實施例41 上面的分子根據探針庫147的步驟合成，使用3-N-Boc-氨基-3-(4-氟苯基)丙酸、3-N-Boc-氨基-3-(3-甲氧基苯基)丙酸、甲基氯甲酸酯和氫氧化鈉。MS(M/Z)419.9(M+H)+。
探針實施例42 上面分子的合成根據探針庫94的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(2-氯苯基)丙酸、4-氟苯氧基乙酸和甲胺。MS(M/Z)365.8(M+H)+。
探針實施例43 上面分子的合成根據探針庫75的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(2-氯苯基)丙酸、苯磺醯氯和甲胺。MS(M/Z)353.8(M+H)+。
探針實施例44
上面分子的合成根據探針庫70的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基-3-二苯基丙酸、2-甲氧基萘甲醛和甲胺。MS(M/Z)426.0(M+H)+。
探針實施例45 上面分子的合成根據探針庫72的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-苯基丙酸、2-氯苯甲醛和甲醇。MS(M/Z)304.79(M+H)+。
探針實施例46 上面分子的合成根據探針庫160的步驟進行，使用4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-1，1-二氧四氫噻喃、N-Boc-氨基-環戊-3-烯-羧酸、二甲基氨磺醯氯和氫氧化鈉。MS(M/Z)410.8(M+H)+。
探針實施例47 上面分子的合成根據探針庫47的步驟進行，使用N-Fmoc-亮氨酸、水合乙醛酸和4-苯氧基苯基硼酸。MS(M/Z)358.7(M+H)+。
探針實施例48 上面分子的合成根據探針庫22的步驟進行，使用丁胺、苯基溴乙酸和2-甲氧基乙胺。MS(M/Z)265.8(M+H)+。
探針實施例49 上面分子的合成根據探針庫46的步驟進行使用N-Fmoc-L-天冬氨酸-叔丁酯、水合乙醛酸和3，4-亞甲基二氧苯基硼酸。MS(M/Z)395.7(M+H)+。
探針實施例50 上面分子的合成根據探針庫159的步驟進行，使用3-N-Boc-3-(3-氯苯基)丙酸、N-Fmoc-氨基環己基羧酸和二甲基氨磺醯氯。MS(M/Z)431.6(M+H)+。
探針實施例51 上面分子的合成根據探針庫181的步驟進行，使用4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-1，1-二氧-四氫噻喃和3-N-Fmoc-2-萘甲酸。MS(M/Z)363.8(M+H)+。
探針實施例52
上面分子的合成根據探針庫49的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基-3-[2-N-Boc-4-(叔丁基二甲基甲矽氧基)吡咯烷基]丙酸、N-Fmoc-氨基-(4-N-Boc-哌啶基)乙酸、甲磺醯氯和甲胺。MS(M/Z)563.0(M+H)+。
探針實施例53 上面分子的合成根據探針庫179的步驟進行，使用3-N-Boc-3-(3-甲氧基苯基)丙酸、4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-四噻喃和乙酸酐。MS(M/Z)381.8(M+H)+。
探針實施例54
上面分子的合成根據探針庫153的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-4(1，1-二氧基四噻喃基)乙酸、4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-1，1-二氧-四噻喃、甲磺醯氯和甲胺。MS(M/Z)474.8(M+H)+。
探針實施例55 上面分子的合成根據探針庫140的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(4-氯苯基)丙酸和N-Fmoc-氨基-(3，5-二氯苯基)乙酸。MS(M/Z)403.6(M+H)+。
探針實施例56
上面分子的合成根據探針庫185的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-4-(1，1-二氧基四氫噻喃基)乙酸、N-Fmoc-氨基-(3，5-二氯苯基)乙酸和乙酸酐。MS(M/Z)453.8(M+H)+。
探針實施例57 上面分子的合成根據探針庫138的步驟進行，使用3-N-Boc-3-(3-甲氧基苯基)丙酸、N-Fmoc-氨基-(3，5-二氯苯基)乙酸和甲胺。MS(M/Z)411.8(M+H)+。
探針實施例58
上面分子的合成根據探針庫168的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基苯甲酸、3-N-Boc-氨基-3-(4-氟苯基)丙酸、異氰酸乙酯和甲醇。MS(M/Z)388.9(M+H)+。
探針實施例59 上面分子的合成根據探針庫147的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-(3，5-二氯苯基)乙酸、N-Fmoc-氨基環己基羧酸和甲基氯甲酸酯。MS(M/Z)405.8(M+H)+。
探針實施例60 上面分子的合成根據探針庫165的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基苯甲酸、3-N-Boc-氨基-3-(3，5-二氯苯基)乙酸、異氰酸乙酯和甲胺。MS(M/Z)425.8(M+H)+。
探針實施例61
上面分子的合成根據探針庫149的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-4-(乙烯縮酮)環己基羧酸、4-N-Fmoc-氨基-4-羧基四氫噻喃、甲醛和甲胺。MS(M/Z)371.9(M+H)+。
探針實施例62 上面分子的合成根據探針庫148的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(3-甲氧基苯基)丙酸、N-Fmoc-氨基環己基羧酸、甲基氯甲酸酯和甲醇。MS(M/Z)394.8(M+H)+。
探針實施例63 上面分子的合成根據探針庫171的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-(3-噻吩基)乙酸、3-N-Boc-氨基-3-(3-甲氧苯基)丙酸、二甲基甲氨醯氯和氫氧化鈉。MS(M/Z)406.9(M+H)+。
探針實施例64 上面分子的合成根據探針庫154的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-(2-萘基)乙酸、3-N-Boc-氨基-3-(3-甲氧苯基)丙酸、甲磺醯氯和丙胺。MS(M/Z)498.95(M+H)+。
探針實施例65 上面分子的合成根據探針庫170的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-二苯基乙酸、N-Fmoc-氨基環己基羧酸、二甲基甲氨醯氯和丙胺。MS(M/Z)466.0(M+H)+。
探針實施例66
上面分子的合成根據探針庫145的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(4-甲氧基苯基)丙酸、N-Fmoc-氨基-4-(1，1-二氧-四氫噻喃基)乙酸、甲基氯甲酸酯和甲胺。MS(M/Z)456.9(M+H)+。
探針實施例67 上面分子的合成根據探針庫137的步驟進行，使用N-Boc-氨基-二苯基乙酸、3-吡啶基-N-Fmoc-氨基乙酸和丙胺。MS(M/Z)403.9(M+H)+。
探針實施例68
上面分子的合成根據探針庫26的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(3-甲氧基苯基)-丙酸、4-丁氧基苯甲胺和甲胺。MS(M/Z)428.9(M+H)+。
探針實施例69 上面分子的合成根據探針庫146的步驟進行，使用N-Boc-氨基-二苯基乙酸、3-吡啶基-N-Fmoc-氨基乙酸、甲基氯甲酸酯和丙胺。MS(M/Z)462.0(M+H)+。
探針實施例70
上面分子的合成根據探針庫106的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-4-(1，1-二氧-四氫噻喃基)乙酸和2-甲基戊烷。MS(M/Z)292.8(M+H)+。
探針實施例71 上面分子的合成根據探針庫71的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基-3-[4-(1，1-二氧-四氫噻喃基)]丙酸、苯甲醛和氫氧化物。MS(M/Z)312.8(M+H)+。
探針實施例72 上面分子的合成根據探針庫34的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基-3-(2-N-Boc-氨基-吡咯烷基)丙酸和異戊醛。MS(M/Z)286.9(M+H)+。
探針實施例73 上面分子的合成根據探針庫76的步驟進行，使用N-Boc-氨基-環戊-3-烯-羧酸、4-乙基苯基磺醯氯和氫氧化物。MS(M/Z)296.8(M+H)+。
探針實施例74 上面分子的合成根據探針庫30的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-二苯基乙酸、溴乙酸和2-甲氧基-乙胺。MS(M/Z)342.9(M+H)+。
探針實施例75
上面分子的合成根據探針庫97的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(4-氯苯基)-丙酸、3-甲基巰基丙酸和異丁胺。MS(M/Z)357.9(M+H)+。
探針實施例76 上面分子的合成根據探針庫82的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(4-氯苯基)-丙酸、4-氟苯胺和甲胺。MS(M/Z)350.8(M+H)+。
探針實施例77 上面分子的合成根據探針庫6的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基-3-(2-N-Boc-氨基-吡咯烷基)丙酸和4-氟苯胺。MS(M/Z)278.8(M+H)+。
探針實施例78 上面分子的合成根據探針庫100的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(4-氯苯基)-丙酸、祛酯酸和氫氧化物。MS(M/Z)420.7(M+Na)+。
探針實施例79 上面分子的合成根據探針庫132的步驟進行，使用正丁胺和3，4-二甲氧基苯甲胺。MS(M/Z)267.9(M+H)+。
探針實施例80 上面分子的合成根據探針庫53的步驟進行，使用4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-四氫噻喃、N-Fmoc-(3-N-Boc-哌啶基)羧酸、乙酸酐和甲胺。MS(M/Z)385.9(M+H)+。
探針實施例81 上面分子的合成根據探針庫65的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(4-氯苯基)丙酸、1-(2-羥乙基)吡咯烷酮和異丁胺。MS(M/Z)410.8(M+H)+。
探針實施例82 上面分子的合成根據探針庫107的步驟進行，使用Fmoc-2-氨基茚滿-2-羧酸和4-氯-3-硝基苯磺醯氯。MS(M/Z)399.3(M+H)+。
探針實施例83
上面分子的合成根據探針庫158的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基-四氫-2-萘甲酸、4-N-Fmoc-氨基-4-羧基-1，1-二氧四氫噻喃、二甲基氨磺醯氯和丙胺。MS(M/Z)516.1(M+H)+。
探針實施例84 上面分子的合成根據探針庫184的步驟進行，使用N-Fmoc-氨基-4-(乙烯縮酮)環己基羧酸、4-N-Fmoc-氨基-羧基四氫吡喃和甲磺醯氯。MS(M/Z)407.0(M+H)+。
探針實施例85 上面分子的合成根據探針庫187的步驟進行，使用2-N-Fmoc-氨基苯甲酸、4-N-Fmoc-氨基-羧基四氫吡喃和異氰酸乙酯。MS(M/Z)407.3(M+H)+。
探針實施例86
上面分子的合成根據探針庫156的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-苯基丙酸、2-N-Fmoc-氨基-二苯基乙酸、甲磺醯氯和甲醇。MS(M/Z)467.8(M+H)+。
探針實施例87 上面分子的合成根據探針庫121的步驟進行，使用異戊胺、2-N-Fmoc-氨基-2-四氫噻喃乙酸和2-氯苯基異氰酸酯。MS(M/Z)398.7(M+H)+。
探針實施例88
上面分子的合成根據探針庫26的步驟進行，使用3-N-Boc-氨基-3-(4-氟苯基)丙酸、α-苯基溴乙酸、環戊硫醇和甲胺。MS(M/Z)415.8(M+H)+。
探針實施例89 上面分子的合成根據探針庫3的步驟進行，使用4-氰基苯甲酸、2-呋喃甲醛和正丁基異氰化物。MS(M/Z)326.8(M+H)+。
實施例90凝血酶是使用本方法進行藥物發現的一個合適的靶。凝血酶位於正常的血凝途徑的最後一步，將纖維蛋白原水解為纖維蛋白，從而產生生物聚合物，組成哺乳動物血凝塊的一部分。因此，抑制凝血酶預期可以產生抗血栓形成效應。
在本實施方案中，從蛋白資料庫檢索到的人凝血酶的X射線結構(PDB編碼1EB1)被用作(27280)靶結構代替同源模型。為進行計算機篩選，將抑制劑和溶劑分子中的靶結構去掉。同時，靶結構中任何未填充的價用氫原子佔據，靶結構的Gasteiger原子電荷被賦值。結合位點的特徵(260)在於利用「Cerius2_LigandFit」(Accelrys，Inc.，SanDiego，California)以及使用連接到靶上的抑制劑的三維結構。因為本實施方案的一個目的是發現凝血酶的抑制劑探針，作為一個參與藥物發現過程的方法的說明，其它靶上鑑定的結合位點沒有進一步追蹤。
在一個並行過程中，從資料庫中檢索到大約55,000個探針組(261000)化合物，代表一個侯選探針組(302000)的子集，包括圖示在流程圖1-14、探針庫1-202和探針實施例1-89中的框架結構的子集。儲存在資料庫中的探針的二維結構首先進行清理，以除去鹽(如果存在)，然後進行能量最小化以產生探針的三維構象。
在下一步中，使用探針組(261000)針對靶結合位點(27260)進行計算機篩選。對於每個探針，使用在「Cerius2_」(Accelrys，Inc.，San Diego，California)中執行的Monte Carlo步驟產生最多1000個「在飛行中」的三維構象。這些探針的每一個構象被匹配/對接在靶結合位點(27220)上。使用LigScore_Dreiding記分函數(27230)為每個靶/探針構象異構體複合物分配一個分值。但是，對於每個探針只有排序最高的兩個靶/探針構象異構體被儲存。接下來，使用其它4個記分函數(PLP1、PLP2、PMF和DOCK)對每個探針儲存的兩個靶/探針構象異構體複合物進行記分。從5個記分函數獲得的一個關聯矩陣在PLP1和PLP2之間顯示了80％以上的關聯性。因此，PLP2的結果不被進一步使用或考慮。
然後，將大約110,000個靶/探針複合物連同它們的5個記分函數值輸入MOE(Chemical Computing Group Inc，Montreal，Canada)中的數據瀏覽器，用於探針組(261000)按照它們的分值進行排序。對於4個函數的每種分值，鑑定出2000個排序最高的不同探針，標記為計算機探針命中物(27240)並分別保存。因此產生了8,000個計算機探針命中物。接下來，獲得含有計算機探針命中物的平皿的識別號碼以及在這些平皿的每一個中計算機探針命中物的數目。
通過篩選利用4種記分函數的每種排序最高的前2000個不同的探針而獲得的8,000個計算機探針命中物不是進行生物學篩選，而是將獲得的這8,000個計算機探針命中物的子集來用於下一步篩選活動。對於每個記分函數含有計算機探針命中物數量最多的前5個平皿被選出，得到20個平皿用於針對凝血酶進行生物學篩選，從而得到一個8,00個計算機探針命中物的子集。儘管只篩選在這些平皿中被鑑定為計算機探針命中物的那些探針相關性更高，然而計算的Tc表明在每個含有計算機探針命中物的平皿中的其它探針是近鄰(30570)。因此，在所有20個平皿中所含的全部探針都進行針對凝血酶的生物學篩選。
基於生物學篩選探針的劑量反應性質，計算機步驟在發現針對任何給定靶的探針中的成功，使用也被鑑定為生物學探針命中物(29440)的計算機探針命中物之一作為例子。
通過蛋白資料庫(PDB)可以免費獲得多個凝血酶的X射線晶體結構(27280)，使得按照本發明公開內容能夠基於計算機篩選與凝血酶結合的探針分子。
凝血酶抑制活性的生物學分析(28320)詳述如下。在Nunc 96孔黑色螢光板的孔中加入70微升測定緩衝液，接著加入10微升的1毫摩爾底物溶液。然後按照所需的測定濃度在孔中加入測試探針(10微升的30％DMSO)。混合物在37℃保溫5分鐘，然後加入10微升凝血酶(100微克/毫升的測定緩衝液)，使測定終體積到100微升。板輕輕地混合，在37℃保溫15分鐘。加入終止緩衝液(100微升)，檢測460納米處的發射來讀板。測試化合物的抑制百分數通過與對照孔的比較而計算出來。「測定緩衝液」含有100mM KH2PO4、100mM Na2HPO4、1mM EDTA、0.01％BRIJ-35和1mM二硫蘇糖醇(在測定當天新鮮加入)。「終止緩衝液」含有100mM NaO(O)CCH2Cl和30mM乙酸鈉，用冰乙酸將pH調整到2.5。凝血酶從Sigma公司購買(目錄號T-3399)。凝血酶螢光底物III購自ICN(目錄號195915)。乙酸鈉、二硫蘇糖醇和Brij-35購自Sigma。單氯乙酸鈉購自Lancaster 223-498-3。冰乙酸購自Alfa Aesar(目錄號33252)。凝血酶儲存於-20℃。凝血酶螢光底物儲存在-20℃(5mM的DMSO)。
在一個給定的測試探針濃度下結果被表示為抑制百分數，見下表
備註
凝血酶抑制文庫的合成通用步驟如通用步驟1.D.5所述，用一個胺輸入將醛類樹脂還原胺化。如通用步驟1.D.1所述，將它與N-Fmoc-氨基-(4-N-Boc-哌啶基)乙酸(B-AA1)或2-N-Fmoc-氨基-5-氯苯甲酸(B-AA2)偶聯。按照通用步驟2.A所述，用20％哌啶的DMF將Fmoc基團除去。得到的游離胺按照通用步驟3.A所述用一個羧酸輸入進行醯化。按照通用步驟11.L.2所述，將得到的二醯胺從樹脂上移出並除去Boc基團，從而產生下面圖示的I或II





權利要求
1.一種探針，其含有一個框架和一個輸入片段，其中探針含有一個識別元件。
2.權利要求1所述的探針，其中框架、輸入片段和識別元件共同包含下列分子式中的一種圖表1 圖表1 其中Ar1包括芳基、雜芳基、稠合的環烷基芳基、稠合的環烷基雜芳基、稠合的雜環基芳基或稠合的雜環基雜芳基；L1包括亞烷基；L2和L3獨立地包括亞烷基、亞烯基、亞炔基或一個直接的鍵；R1和R2獨立地包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基或氫；R1和R2可以一起構成一個氧代基團；R3和R4獨立地包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基、氫、-O-G3、-O-G4、-G3、-G4、-N(G6)G3或-N(G6)G4；R3和R4可以一起構成一個環烷基或雜環基環，或者當L4是一個直接的鍵時，R3和R4可以一起構成一個稠合的芳基或雜芳基環；R5包括亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環烷基、亞雜環基、亞芳基或亞雜芳基；R6包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基或氫；Ar2包括亞芳基、亞雜芳基、稠合的亞芳基或稠合的亞雜芳基；Ar3包括亞芳基、亞雜芳基、稠合的亞芳基或稠合的亞雜芳基；T包括亞烷基、亞烯基、亞炔基或一個直接的鍵；E和K獨立地包括N或CH；L4包括亞烷基、-O-、-C(O)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-或一個直接的單鍵或雙鍵；L5和L6獨立地是亞烷基，也可以是一個直接的鍵，其前提是L5和L6不同時是直接的鍵；R7和R8獨立地包括烷基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基、烷氧基、烷基芳基、亞烷基芳基、亞烷基雜芳基、-O-芳基、-O-雜芳基或氫；R7和R8也可以一起構成一個環烷基或雜環基環；R9包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基、烷基芳基、烷基雜芳基或氫；R10包括烷基、烯基、炔基、環烷基、雜環基、芳基、雜芳基、烷基芳基、烷基雜芳基，或是一個天然或非天然的α-胺基酸的側鏈，其中任何官能基團都可以被保護；G1、G3、G4和G14獨立地包括下列結構-L7-R10， 或 ；其中L7、L8、L9、L10、L11、L12、L13和L14獨立地包括亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環烷基、亞環烯基、亞芳基、亞雜環基、亞雜芳基、稠合的環烷基亞芳基、稠合的環烷基亞雜芳基、稠合的雜環基亞芳基、稠合的雜環基亞雜芳基或一個直接的鍵；以及R11、R12、R13、R14、R15、R16和R17獨立地包括烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、雜環基、雜芳基、芳基、稠合的環烷基芳基、稠合的環烷基雜芳基、稠合的雜環基芳基、稠合的雜環基雜芳基、NR18R19、OR18、SR18或氫，其中R18和R19在下面定義；R28包括烷基、烯基、炔基、芳基、雜芳基、亞烷基芳基或亞烷基雜芳基；R29包括H、烷基、烯基、炔基、亞烷基芳基或亞烷基雜芳基；R30包括O或H/OH；R31包括H、烷基或芳基；G2包括-O-L15-R20或 其中L15、L16和L17獨立地包括亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環烷基、亞環烯基、亞芳基、亞雜環基、亞雜芳基、稠合的環烷基亞芳基、稠合的環烷基亞雜芳基、稠合的雜環基亞芳基、稠合的雜環基亞雜芳基或一個直接的鍵；以及R20、R21、R22獨立地包括烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、雜環基、雜芳基、芳基、稠合的環烷基芳基、稠合的環烷基雜芳基、稠合的雜環基芳基、稠合的雜環基雜芳基、NR23R24、OR23、SR23或氫，其中R23和R24在下面定義；G5、G6和G13獨立地包括-L18-R25或 其中L18包括亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環烷基、亞環烯基、亞芳基、亞雜環基、亞雜芳基、稠合的環烷基亞芳基、稠合的環烷基亞雜芳基、稠合的雜環基亞芳基、稠合的雜環基亞雜芳基、-亞烷基-(芳基)2-或一個直接的鍵；以及R25包括烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、雜環基、雜芳基、芳基、稠合的環烷基芳基、稠合的環烷基雜芳基、稠合的雜環基芳基、稠合的雜環基雜芳基、NR26R27、OR26、SR26或氫，其中R26和R27在下面定義；R18、R19、R23、R24、R26和R27獨立地包括氫、烷基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、芳基、雜環基或雜芳基；任選地，G1和G5可以結合在一起構成一個雜環或雜芳基環，其中該雜環或雜芳基環可以被一個基團 任選地取代；任選地，G2和G1或G5之一可以結合在一起構成一個雜環；任選地，一個探針的G2和另一個探針的G1、G3、G4、G5或G6之一可以結合在一起形成一個直接的鍵；任選地，第一個探針的G2和第二個探針的G1可以結合在一起形成一個直接的鍵，其中第二個探針的G2也可以和第一個探針的G1結合在一起形成一個直接的鍵；任選地，一個探針的G1、G3、G4、G5或G6之一和另一個探針的G1、G3、G4、G5或G6之一可以結合在一起形成一個基團，含有下列結構； 或
3.權利要求2所述的探針，其中探針的分子量小於1000。
4.權利要求2所述的探針，其中探針含有下列分子式中的一種圖表2 圖表2 圖表2 圖表2 圖表2 圖表2 其中G7、G9和G10獨立地包括-H，-CH3， 或 G8包括-OH，-OCH3， 或 G11和G12獨立地包括氫或-CH3；任選地，一個探針的G8和另一個探針的G7、G9或G10之一可以結合在一起形成一個直接的鍵。
4.一組探針，其中每個探針分別包含權利要求2所述的探針。
5.一組探針，其中每個探針分別包含權利要求3所述的探針。
6.權利要求3所述的探針，其中探針包含
7.權利要求3所述的探針，其中探針包括
8.權利要求3所述的探針，其中探針包括
9.一種藥物組合物，其含有權利要求2所述的探針。
10.一種藥物組合物，其含有權利要求6所述的探針。
11.一種藥物組合物，其含有權利要求7所述的探針。
12.一種藥物組合物，其含有權利要求8所述的探針。
13.一種藥物發現系統，其包含一組探針，每個探針含有一個框架和一個輸入片段，其中探針含有一個識別元件；試圖將探針組中的一個探針與一個治療靶上的結合位點連接起來的方法；評估探針與結合位點之間連接的方法；以及選擇與結合位點具有所需連接的探針的方法。
14.權利要求13所述的系統，其進一步包含產生一組探針的方法。
15.權利要求13所述的系統，其中每個探針包含權利要求2所述的探針。
16.權利要求15所述的系統，其中試圖連接探針的方法、評估連接的方法和/或選擇探針的方法中的至少一種包含計算機軟體。
17.權利要求14所述的系統，其中產生一組探針的方法、試圖連接探針的方法、評估連接的方法和/或選擇探針的方法中的至少一種包含計算機軟體。
18.權利要求17所述的方法，其中的方法反覆地相互作用。
19.一種藥物發現方法，其包含試圖將探針組中的一個探針與一個治療靶上的結合位點連接起來的方法；評估探針與結合位點之間連接的方法；以及選擇與結合位點具有所需連接的探針的方法。
20.權利要求19所述的方法，其進一步包含產生一組探針。
21.權利要求20所述的方法，其中每個探針包含權利要求2所述的探針。
22.權利要求19所述的方法，其中試圖連接探針、評估連接和/或選擇探針的步驟中的一個步驟的至少一部分是使用計算機軟體進行的。
23.權利要求21所述的方法，其中產生一組探針、試圖連接探針、評估連接和/或選擇探針的步驟之一中的至少一部分是使用計算機軟體進行的。
24.權利要求23所述的方法，其中的計算機軟體在方法步驟中反覆地相互作用。
全文摘要
本發明的方面包括獨立使用的探針、方法和系統，並可以包含一種藥物發現系統或方法的特點。本發明還包括了藥物組合物。更詳細地說，本發明包括提供了分子探針以及生產分子探針的方法。本發明還提供了用於新藥物發現的系統和方法。本發明的一個實施方案在一個藥物發現方法中使用了本發明的探針組和一種新的計算化學方法，該方法與目前所用的組合化學方法相比正獲得越來越多的關注。本發明還提供了用於藥物發現系統的計算機軟體和硬體工具。在本發明的藥物發現方法的一個實施方案中，計算機方法和生物篩選方法都被利用來最大化成功的可能性，同時最小化了為獲得成功所必需的時間和令人討厭的實驗室步驟的數目。
文檔編號C07C237/24GK1533400SQ02808037
公開日2004年9月29日 申請日期2002年4月10日 優先權日2001年4月10日
發明者阿德南·M·M·米亞麗, 羅伯特·安德魯, 傑羅姆·博德裡, 斯科特·約庫姆, 威廉·班納, 克里斯多福·懷頌, 博德裡, 安德魯, 約庫姆, 託弗 懷頌, 班納, 阿德南 M M 米亞麗 申請人:特蘭斯泰克製藥公司