使用外來體來確定表現型的方法和系統與流程
2023-05-27 22:40:47 2
本申請是申請日為2009年11月12日和發明名稱為「使用外來體來確定表現型的方法和系統」的200980154108.3號發明專利申請的分案申請。
交叉引用
本申請要求要求2008年11月12日提交的no.61/114,045、2008年11月12日提交的no.61/114,058、2008年11月13日提交的no.61/114,065、2009年2月9日提交的no.61/151,183、2009年10月2日提交的no.61/278,049、2009年10月9日提交的no.61/250,454、以及2009年10月19日提交的no.61/253,027的美國臨時申請的優先權，這些文獻的每一份均以引用方式全文併入本文。此外，本申請為2009年10月30日提交的美國申請no.12/609,847的相關申請，其中所述的申請要求2008年10月30日提交的美國臨時申請no.61/109,742、2008年11月7日提交的no.61/112,571、2008年11月12日提交的no.61/114,045、2008年11月12日提交的no.61/114,058、2008年11月13日提交的no.61/114,065、2009年2月9日提交的no.61/151,183、2009年10月2日提交的no.61/278,049、2009年10月9日提交的no.61/250,454以及2009年10月19日提交的no.61/253,027的優先權，這些文獻的每一份均以引用方式全文併入本文。
背景技術：
對疾病檢測、預兆性預測、監測以及診斷決策的決定性需求為改善的檢測敏感性和特異性。目前，用於狀況和疾病(例如癌症)的生物標誌物(蛋白質、肽、脂質、rna、dna以及用於疾病相關性分子改變的它們的修飾物)幾乎唯獨依賴於由組織獲得樣品以鑑定狀況或疾病。用於獲得分析用的所關注的組織的方法通常是入侵性的，昂貴的，並且使患者產生併發症的風險。此外，使用體液來分離或檢測生物標誌物通常會顯著地稀釋生物標誌物，使得讀數缺少必需的敏感性。此外，除了疾病組織，正常的組織中產生了低量或適量的大部分的生物標誌物，因此，這種特異性的缺乏也是成問題的。
特異性生物標誌物(例如dna、rna和蛋白質)的鑑定可以提供用於診斷、預後或治療(theranosis)狀況或疾病的生物學特徵。外來體為用於評估存在於外來體表面上的一種或多種生物標誌物的良好來源。此外，鑑定外來體的具體特徵(例如尺寸、表面抗原、細胞源)本身可以提供診斷、預後或治療的讀數。
由癌細胞、其他疾病細胞或在某些生理學過程時(例如妊娠)分泌的外來體促使為診斷以及個體治療決定提供幫助。已經在多種體液中發現了外來體，例如血漿、乳汁、支氣管肺泡灌洗液和尿。外來體還作為蛋白質、rna、dna、病毒和朊病毒的運送載體而參與細胞之間的交流。
本發明為現有技術的測定方法提供了改善。本發明為測定敏感性和特異性得到改善的產物和方法，從而可以用於疾病的檢測、預兆性預測、疾病的監測、疾病的分段、治療決策以及生理學狀態的鑑定。產物和方法包括對外來體的細胞源特異性進行選擇、它們的蛋白質組成、rna組成、dna組成、脂質的概況、相關的代謝物和/或這些分析物的後生修飾進行分析。此外，本發明還提供了確定外來體的生物標誌物和生物學特徵的方法，而未經過現有技術的濃縮或純化樣品中的外來體。
發明概述
本發明公開了用於通過分析外來體來表徵表現型的方法和組合物。表徵受試者或個體的表現型可以包括但不限於診斷疾病或狀況，預後疾病或狀況，確定疾病階段或狀況階段、藥劑的效力、生理學狀況、器官衰竭或器官排斥、疾病或狀況的進展、疾病或狀況的治療相關性結合、或者特定的生理學或生物學狀態。
所述的方法可以包括確定得自受試者的生物學樣品中的外來體的生物學特徵，以及基於所述的生物學特徵表徵所述的受試者的表現型。表徵還可以基於確定生物學樣品中的外來體的量。表現型的表徵可以以至少70％、80％或90％敏感性、特異性或這二者的方式進行。
所述的外來體可以在確定外來體生物學特徵之前分離或濃縮。生物學特徵可以包括表達的水平、存在情況、缺乏情況、突變情況、拷貝數的變化、截短的情況、複製、插入、修飾、序列的變化或者生物標誌物的分子結合情況。生物學特徵還可以包含分離的外來體的定量、外來體半衰期變化的臨時評價、循環外來體的半衰期、外來體新陳代謝的半衰期或者外來體的活性。
所述的外來體可以為細胞源特異性的外來體。所述的外來體可以衍生自腫瘤或癌細胞。外來體的細胞源可以為肺、胰腺、胃、腸、膀胱、腎、卵巢、睪丸、皮膚、結腸直腸、乳腺、前列腺、腦、食道、肝臟、胎盤或胚胎細胞。
可以評估外來體的一種或多種生物標誌物以用於表徵表現型。所述的生物標誌物可以為核酸、肽、蛋白質、脂質、抗原、碳水化合物或蛋白聚糖，例如dna或rna。所述的rna可以為mrna,mirna,snorna,snrna,rrnas,trnas,sirna,hnrna或shrna。所述的生物標誌物可以為選自圖1的抗原，或者選自圖3-60中所列的表中的生物標誌物。可以對一種或多種生物標誌物進行評估，並且可以用於表徵表現型。所述的生物學特徵可以包括選自mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b和mir-222中的一種或多種mirna。所述的生物學特徵可以用於表徵表現型，例如前列腺癌。其他生物標誌物可以選自：cd9,psca(前列腺幹細胞抗原),tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa(前列腺細胞表面抗原),psm(或psma,前列腺特異性膜抗原),5t4,cd59,cd66,cd24和b7h3。與檢測較少的生物標誌物相比，檢測較多的生物標誌物可以提供更高的敏感性或特異性。
此外，還提供了倍增或多重分析多種外來體的方法。倍增多種外來體可以包括使所述的多種外來體形成多種顆粒，其中多種顆粒的子集的每一個顆粒都與不同的捕獲劑偶聯，從而捕獲所得的多種外來體的子集；以及檢測所捕獲的外來體的一種或多種生物標誌物。此外，還可以使用陣列來進行倍增，其中所述的捕獲劑與陣列(並非顆粒或珠)相連。
此外，本發明還提供了分離的外來體。該分離的外來體可以包括任意一種或多種本文所公開的生物標誌物，例如生物標誌物的特異性結合物。此外，還提供了包含一種或多種分離的外來體的組合物。該組合物可以包含相當富集的外來體的群體。外來體的群體對於一種或多種特異性的生物標誌物、對於具體的生物學特徵而言是基本均質的，或者衍生自特定的細胞類型。
此外，還提供了用於評估一種或多種外來體(例如用於分離、隔離或檢測一種或多種外來體)的檢測系統、微流體裝置和試劑盒。
特別地，本發明涉及以下各項：
1.一種表徵受試者中的表現型的方法，該方法包括：
i)確定得自所述的受試者的生物學樣品中的一種或多種外來體的生物學特徵；以及
ii)根據所述的生物學特徵來表徵所述受試者中的表現型，
其中根據所述的生物學特徵的所述表現型的所述表徵具有至少70％敏感性。
2.一種表徵受試者中的表現型的方法，該方法包括：
i)確定得自所述的受試者的生物學樣品中的一種或多種外來體的生物學特徵；
ii)確定具有所述的生物學特徵的所述的一種或多種外來體的量；以及
iii)根據所述的量來表徵所述的受試者中的表現型，
其中所述的表徵具有至少70％敏感性。
3.第1或2項所述的方法，其中所述的敏感性為至少80％。
4.第1或2項所述的方法，其中所述的敏感性為至少90％。
5.第1或2項所述的方法，其中所述的特異性為至少80％。
6.第1或2項所述的方法，其中所述的特異性為至少100％。
7.第1或2項所述的方法，其中所述的生物學樣品為體液樣品。
8.第7項所述的方法，其中所述樣品的體積少於2ml。
9.第7項所述的方法，其中所述的體液為外周血,血清,血漿,腹水,尿,腦脊液(csf),痰,唾液,骨髓,滑液,水樣液,羊膜液,耳垢,乳汁,支氣管肺泡灌洗液,精液,前列腺液,考珀液或預射精液,女性射出液,汗液,排洩物,頭髮,淚液,囊液,胸腔積液和腹水液,心包液,淋巴液,食物糜,乳糜,膽汁,組織液,月經,膿,皮脂,嘔吐物,陰道分泌物,黏膜分泌物,稀便,胰液,鼻腔灌洗液,支氣管抽吸液,囊胚腔液或臍帶血。
10.第1或2項所述的方法，其中所述的外來體的直徑為大約30nm至大約800nm。
11.第9項所述的方法，其中所述的外來體的直徑為大約30nm至大約200nm。
12.第1或2項所述的方法，其中通過體積排阻色譜、密度梯度離心、差速離心、納米膜超濾、免疫吸附捕獲、親和純化、微流體分離或它們的組合來分離所述的外來體。
13.第1或2項所述的方法，其中所述的生物學樣品在確定所述的生物學特徵之前並未對於外來體進行富集。
14.第1或2項所述的方法，其中所述的外來體為細胞源特異性的外來體。
15.第14項所述的方法，其中所述的細胞源為腫瘤或癌症細胞。
16.第14項所述的方法，其中所述的細胞源為肺、胰腺、胃、腸、膀胱、腎、卵巢、睪丸、皮膚、結腸直腸、乳腺、前列腺、腦、食道、肝臟、胎盤或胚胎細胞。
17.第1或2項所述的方法，其中所述的外來體為尿的外來體。
18.第1或2項所述的方法，其中所述的生物學特徵包括表達的水平、存在情況、缺乏情況、突變情況、拷貝數的變化、截短的情況、複製、插入、修飾、序列的變化或者生物標誌物的分子結合情況。
19.第1或2項所述的方法，其中所述的生物學特徵包括分離的外來體的定量、外來體半衰期變化的臨時評價、循環外來體的半衰期、外來體新陳代謝的半衰期或者外來體的活性。
20.第18項所述的方法，其中所述的生物標誌物選自：核酸、肽、蛋白質、脂質、抗原、碳水化合物和蛋白聚糖。
21.第20項所述的方法，其中所述的核酸為dna或rna。
22.第20項所述的方法，其中所述的核酸為擴增的。
23.第21項所述的方法，其中所述的dna選自：雙鏈dna、單鏈dna、互補dna和非編碼dna。
24.第21項所述的方法，其中所述的rna選自：mrna,mirna,snorna,snrna,rrnas,trnas,sirna,hnrna和shrna。
25.第20項所述的方法，其中所述的生物標誌物為選自圖1中的抗原。
26.第20項所述的方法，其中所述的生物標誌物選自圖3-60中所列的表格。
27.第20項所述的方法，其中所述的生物標誌物與腫瘤的臨床上截然不同的類型或亞類有關。
28.第24項所述的方法，其中所述的mirna選自：let-7a；mir-15b；mir-16；mir-19b；mir-21；mir-26a；mir-27a；mir-92；mir-93；mir-320和mir-20。
29.第24項所述的方法，其中所述的mirna選自：mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b和mir-222。
30.第29項所述的方法，其中所述的表現型為前列腺癌。
31.第18項所述的方法，其中所述的生物標誌物選自：egfr,braf,kras,tmprss2-erg,pca-3,psa,鐵調素以及它們的變體。
32.第31項所述的方法，其中所述的egfr變體為egfrviii。
33.第18項所述的方法，其中所述的生物標誌物選自：cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,cd66和b7h3。
34.第1或2項所述的方法，其中所述的生物學特徵包括至少2種生物標誌物。
35.第34項所述的方法，其中所述的至少2種生物標誌物選自：epcam,cd9,psca,cd63,cd81,psma和b7h3。
36.第35項所述的方法，其中選擇至少3種生物標誌物。
37.第33、35或36項所述的方法，其中所述的表現型為前列腺癌。
38.第34項所述的方法，其中所述的至少2種生物標誌物選自：epcam,cd9,cd63和cd66。
39.第33或38項所述的方法，其中所述的表現型為結腸癌。
40.第1或2項所述的方法，其中所述的生物學特徵包括結合劑。
41.第40項所述的方法，其中所述的結合劑為抗原、dna分子、rna分子、抗體、抗體片段、適配體、擬肽、zdna、肽核酸(pna)、鎖核酸(lna)、外源凝集素、肽、枝狀物或化學化合物。
42.第40項所述的方法，其中所述的結合劑選自圖2。
43.第18項所述的方法，其中所述的生物標誌物選自：hiv蛋白質、hcv蛋白質、朊病毒蛋白質或它們的片段。
44.第18項所述的方法，其中所述的生物標誌物通過微陣列分析,pcr,與等位基因特異性探針雜交,酶的突變檢測,連接酶鏈反應(lcr),寡核苷酸連接的測定(ola),流式細胞計數異源雙鏈核酸分子分析,錯配的化學斷裂,質譜,核酸測序,單鏈構象多態性(sscp),變性梯度凝膠電泳(dgge),溫度梯度凝膠電泳(tgge),限制片段長度多態性,基因表達的系列分析(sage)或它們的組合來檢測。
45.第18項所述的方法，其中所述的生物標誌物通過成像細胞計數儀,qrt-pcr,實時pcr,pcr,流式細胞計數儀,質譜或它們的組合來檢測。
46.第18項所述的方法，其中所述的生物標誌物通過以下過程檢測，該過程如下：
i)使用一級抗體捕獲所述的外來體；
ii)使用檢測抗體檢測所述的被捕獲的外來體；
iii)使酶聯二級抗體與所述的檢測抗體反應；
iv)加入檢測試劑；以及
v)檢測所述的試劑與所述的酶聯二級抗體之間的反應。
47.第18項所述的方法，其中所述的生物標誌物通過以下過程檢測，該過程如下：
i)使用一級抗體捕獲所述的外來體；以及
ii)使用檢測抗體檢測所述的被捕獲的外來體，
其中所述的檢測抗體是直接標記的。
48.第46或47項所述的方法，其中所述的一級抗體為針對蛋白質或抗原的抗體，其中所述的蛋白質或抗原選自：rab5b,cd63,小窩蛋白-1,cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,cd66,b7h3以及它們的片段。
49.第46或47項所述的方法，其中所述的檢測抗體為針對蛋白質或抗原的抗體，其中所述的蛋白質或抗原選自：rab5b,cd63,小窩蛋白-1,cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,cd66,b7h3以及它們的片段。
50.第46或47項所述的方法，其中所述的一級抗體與基底連接。
51.第50項所述的方法，其中所述的基底為陣列、孔或粒子。
52.第51項所述的方法，其中所述的粒子是磁性的。
53.第51項所述的方法，其中所述的粒子為在內在標記的。
54.第51項所述的方法，其中所述的粒子是使用多於一種的標記物標記的。
55.第46或47項所述的方法，其中所述的表現型為黑素瘤，所述的一級抗體為抗rab5b，而所述的檢測抗體為抗cd63或抗小窩蛋白-1。
56.第1或2項所述的方法，其中所述的表現型為癌症,炎性疾病,免疫疾病,自身免疫疾病,心血管疾病,神經學疾病,感染性疾病或妊娠相關的狀況。
57.第1或2項所述的方法，其中所述的表現型選自圖3-60中所列的表格。
58.第1或2項所述的方法，其中所述的表現型為腫瘤或癌症。
59.第58項所述的方法，其中所述的表現型為成膠質細胞瘤,前列腺癌,黑素瘤或結腸癌。
60.第1或2項所述的方法，其中所述的表現型為新陳代謝的疾病或狀況。
61.第60項所述的方法，其中所述的新陳代謝的疾病或狀況為糖尿病、炎症、圍產期狀況或與鐵的新陳代謝有關的狀況。
62.第1或2項所述的方法，其中所述的表現型為器官排斥、器官窘迫或移植後的狀況的評估。
63.第1或2項所述的方法，其中所述的表徵為診斷，預後，藥劑效力的確定，針對所述表現型的狀態的監測，或者針對所述表現型的治療的選擇。
64.第1或2項所述的方法，其中所述的受試者對當前的治療是非應答性的。
65.第64項所述的方法，其中所述的當前的治療為癌症的治療。
66.一種用於表徵受試者中的表現型的方法，該方法包括：
i)確定生物學樣品中外來體的生物學特徵；以及
ii)根據所述的生物學特徵表徵所述受試者中的表現型，
其中所述的生物學特徵包括多種生物標誌物，並且所述的生物學特徵與少於多種生物標誌物的檢測相比，在表徵所述的表現型方面提供了更高的敏感性或特異性。
67.第66項所述的方法，其中所述的生物學樣品為體液的樣品。
68.第67項所述的方法，其中所述的體積少於2ml。
69.第66項所述的方法，其中所述的體液為外周血,血清,血漿,腹水,尿,腦脊液(csf),痰,唾液,骨髓,滑液,水樣液,羊膜液,耳垢,乳汁,支氣管肺泡灌洗液,精液,前列腺液,考珀液或預射精液,女性射出液,汗液,排洩物,頭髮,淚液,囊液,胸腔積液和腹水液,心包液,淋巴液,食物糜,乳糜,膽汁,組織液,月經,膿,皮脂,嘔吐物,陰道分泌物,黏膜分泌物,稀便,胰液,鼻腔灌洗液,支氣管抽吸液,囊胚腔液或臍帶血。
70.第66項所述的方法，其中所述的外來體的直徑為大約30nm至大約800nm。
71.第66項所述的方法，其中所述的外來體的直徑為大約30nm至大約200nm。
72.第66項所述的方法，其中通過體積排阻色譜、密度梯度離心、差速離心、納米膜超濾、免疫吸附捕獲、親和純化、微流體分離或它們的組合來分離所述的外來體。
73.第66項所述的方法，其中所述的生物學樣品在確定所述的生物學特徵之前並未對於外來體進行富集。
74.第66項所述的方法，其中所述的外來體為細胞源特異性的外來體。
75.第74項所述的方法，其中所述的細胞源為腫瘤或癌症細胞。
76.第74項所述的方法，其中所述的細胞源為肺、胰腺、胃、腸、膀胱、腎、卵巢、睪丸、皮膚、結腸直腸、乳腺、前列腺、腦、食道、肝臟、胎盤或胚胎細胞。
77.第66項所述的方法，其中所述的外來體為尿的外來體。
78.第66項所述的方法，其中所述的多種生物標誌物的至少一個子集選自：核酸、肽、蛋白質、脂質、抗原、碳水化合物和蛋白聚糖。
79.第78項所述的方法，其中所述的核酸為dna或rna。
80.第78項所述的方法，其中所述的核酸為擴增的。
81.第79項所述的方法，其中所述的dna選自：雙鏈dna、單鏈dna、互補dna和非編碼dna。
82.第79項所述的方法，其中所述的rna選自：mrna,mirna,snorna,snrna,rrnas,trnas,sirna,hnrna和shrna。
83.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物為選自圖1中的抗原。
84.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物選自圖3-60中所列的表格。
85.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物與腫瘤的臨床上截然不同的類型或亞類有關。
86.第82項所述的方法，其中所述的mirna選自：let-7a；mir-15b；mir-16；mir-19b；mir-21；mir-26a；mir-27a；mir-92；mir-93；mir-320和mir-20。
87.第82項所述的方法，其中所述的mirna選自：mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b和mir-222。
88.第87項所述的方法，其中所述的表現型為前列腺癌。
89.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物選自：egfr,braf,kras,tmprss2-erg,pca-3,psa,鐵調素以及它們的變體。
90.第89項所述的方法，其中所述的egfr變體為egfrviii。
91.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物的至少一個子集選自：cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,cd66和b7h3。
92.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物的至少一個子集選自：hiv蛋白質、hcv蛋白質、朊病毒蛋白質或它們的片段。
93.第66項所述的方法，其中所述的多種包括2種生物標誌物。
94.第66項所述的方法，其中所述的多種包括至少3種生物標誌物。
95.第66項所述的方法，其中所述的生物標誌物的至少一個子集包括選自epcam,cd9,psca,cd63,cd81,psma和b7h3中的至少2種生物標誌物。
96.第91或95項所述的方法，其中所述的表現型為前列腺癌。
97.第66項所述的方法，其中所述的生物標誌物的至少一個子集包括選自epcam,cd9,cd63和cd66中的至少2種生物標誌物。
98.第91或97項所述的方法，其中所述的表現型為結腸癌。
99.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物通過微陣列分析,pcr,與等位基因特異性探針雜交,酶的突變檢測,連接酶鏈反應(lcr),寡核苷酸連接的測定(ola),流式細胞計數異源雙鏈核酸分子分析,錯配的化學斷裂,質譜,核酸測序,單鏈構象多態性(sscp),變性梯度凝膠電泳(dgge),溫度梯度凝膠電泳(tgge),限制片段長度多態性,基因表達的系列分析(sage)或它們的組合來檢測。
100.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物通過成像細胞計數儀,qrt-pcr,實時pcr,pcr,流式細胞計數儀,質譜或它們的組合來檢測。
101.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物通過以下過程檢測，該過程如下：
i)使用一級抗體捕獲所述的外來體；
ii)使用檢測抗體檢測所述的被捕獲的外來體；
iii)使酶聯二級抗體與所述的檢測抗體反應；
iv)加入檢測試劑；以及
v)檢測所述的試劑與所述的酶聯二級抗體之間的反應。
102.第78項所述的方法，其中所述的生物標誌物通過以下過程檢測，該過程如下：
i)使用一級抗體捕獲所述的外來體；以及
ii)使用檢測抗體檢測所述的被捕獲的外來體，
其中所述的檢測抗體是直接標記的。
103.第101或102項所述的方法，其中所述的一級抗體為針對蛋白質或抗原的抗體，其中所述的蛋白質或抗原選自：rab5b,cd63,小窩蛋白-1,cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,b7h3以及它們的片段。
104.第101或102項所述的方法，其中所述的檢測抗體為針對蛋白質或抗原的抗體，其中所述的蛋白質或抗原選自：rab5b,cd63,小窩蛋白-1,cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,b7h3以及它們的片段。
105.第101或102項所述的方法，其中所述的一級抗體與基底連接。
106.第105項所述的方法，其中所述的基底為陣列、孔或粒子。
107.第105項所述的方法，其中所述的粒子是磁性的。
108.第105項所述的方法，其中所述的粒子為在內在標記的。
109.第105項所述的方法，其中所述的粒子是使用多於一種的標記物標記的。
110.第101或102項所述的方法，其中所述的表現型為黑素瘤，所述的一級抗體為抗rab5b，而所述的檢測抗體為抗cd63或抗小窩蛋白-1。
111.第66項所述的方法，其中所述的表現型為癌症,炎性疾病,免疫疾病,自身免疫疾病,心血管疾病,神經學疾病,感染性疾病或妊娠相關的狀況。
112.第66項所述的方法，其中所述的表現型選自圖3-60中所列的表格。
113.第66項所述的方法，其中所述的表現型為腫瘤或癌症。
114.第113項所述的方法，其中所述的表現型為成膠質細胞瘤,前列腺癌,黑素瘤或結腸癌。
115.第66項所述的方法，其中所述的表現型為新陳代謝的疾病或狀況。
116.第115項所述的方法，其中所述的新陳代謝的疾病或狀況為糖尿病、炎症、圍產期狀況或與鐵的新陳代謝有關的狀況。
117.第66項所述的方法，其中所述的表現型為器官排斥、器官窘迫或移植後的狀況的評估。
118.第66項所述的方法，其中所述的表徵為診斷，預後，藥劑效力的確定，針對所述表現型的狀態的監測，或者針對所述表現型的治療的選擇。
119.第66項所述的方法，其中所述的受試者對當前的治療是非應答性的。
120.第119項所述的方法，其中所述的當前的治療為癌症的治療。
121.一種用於多種外來體的多重分析的方法，該方法包括：
i)將所述的多種外來體施加到多個基底上，其中每個都與一種或多種捕獲劑偶聯，並且所述的多個基底的每一個子集都包含不同於所述的多個基底的另一個子集的捕獲劑或捕獲劑的組合；
ii)捕獲所述的多種外來體的至少一個子集；並且
iii)檢測所述的捕獲外來體的一種或多種生物標誌物。
122.第121項所述的方法，其中所述的多個基底的每一個子集與所述的多個基底的另一個子集是差異性標記的。
123.第121項所述的方法，其中所述的多個基底的至少一個子集是在內在標記的。
124.第121項所述的方法，其中所述的多個基底的至少一個子集包括多於一種的標記物。
125.第121項所述的方法，其中所述的基底為粒子或珠。
126.一種用於多種外來體的多重分析的方法，該方法包括：
i)將所述的多種外來體施加到平坦基底上，其中所述的基底包括多種捕獲劑；
ii)捕獲所述的多種外來體的至少一個子集；並且
iii)檢測所述的捕獲外來體的一種或多種生物標誌物。
127.第121或126項所述的方法，其中外來體的至少2種不同的群體被捕獲。
128.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物的檢測用於表徵表現型。
129.第128項所述的方法，其中所述的表現型為癌症,炎性疾病,免疫疾病,自身免疫疾病,心血管疾病,神經學疾病,感染性疾病或妊娠相關的狀況。
130.第128項所述的方法，其中所述的表現型選自圖3-60中所列的表格。
131.第128項所述的方法，其中所述的表現型為腫瘤或癌症。
132.第131項所述的方法，其中所述的表現型為成膠質細胞瘤,前列腺癌,黑素瘤或結腸癌。
133.第128項所述的方法，其中所述的表現型為新陳代謝的疾病或狀況。
134.第133項所述的方法，其中所述的新陳代謝的疾病或狀況為糖尿病、炎症、圍產期狀況或與鐵的新陳代謝有關的狀況。
135.第128項所述的方法，其中所述的表現型為器官排斥、器官窘迫或移植後的狀況的評估。
136.第128項所述的方法，其中所述的表徵為診斷，預後，藥劑效力的確定，針對所述表現型的狀態的監測，或者針對所述表現型的治療的選擇。
137.第121或126項所述的方法，其中使用至少5、10、15或20種不同的捕獲劑。
138.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種捕獲劑與靶物結合，其中所述的靶物選自：rab5b,cd63,小窩蛋白-1,cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,cd66,b7h3以及它們的片段。
139.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物選自：核酸、肽、蛋白質、脂質、抗原、碳水化合物以及蛋白聚糖。
140.第138項所述的方法，其中所述的核酸為dna或rna。
141.第138項所述的方法，其中所述的核酸為擴增的。
142.第140項所述的方法，其中所述的dna選自：雙鏈dna、單鏈dna、互補dna和非編碼dna。
143.第140項所述的方法，其中所述的rna選自：mrna,mirna,snorna,snrna,rrnas,trnas,sirna,hnrna和shrna。
144.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物為選自圖1中的抗原。
145.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物選自圖3-60中所列的表格。
146.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物與腫瘤的臨床上截然不同的類型或亞類有關。
147.第143項所述的方法，其中所述的mirna選自：let-7a；mir-15b；mir-16；mir-19b；mir-21；mir-26a；mir-27a；mir-92；mir-93；mir-320和mir-20。
148.第143項所述的方法，其中所述的mirna選自：mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b和mir-222。
149.第148項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物的檢測用於表徵前列腺癌。
150.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物選自：egfr,braf,kras,tmprss2-erg,pca-3,psa,鐵調素以及它們的變體。
151.第150項所述的方法，其中所述的egfr變體為egfrviii。
152.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物選自：rab5b,cd63,小窩蛋白-1,cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,psm,5t4,epcam,psma,cd59,b7h3,cd66和它們的片段。
153.第121或126項所述的方法，其中檢測至少2、3、4或5種生物標誌物。
154.第153項所述的方法，其中所述的至少2種生物標誌物選自：epcam,cd9,psca,cd63,cd81,psma和b7h3。
155.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種捕獲劑靶向epcam，而所述的一種或多種生物標誌物為cd9和cd63。
156.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種捕獲劑靶向pcsa，而所述的一種或多種生物標誌物為b7h3和psma。
157.第121或126項所述的方法，其中所述的一種或多種捕獲劑靶向cd63，而所述的一種或多種生物標誌物為cd81,cd83或cd9。
158.第157項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物為cd81。
159.第157項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物為cd63或cd9。
160.第155、156、157或158項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物的檢測用於表徵前列腺癌。
161.第157或159項所述的方法，其中所述的一種或多種生物標誌物的檢測用於表徵結腸癌。
162.第121或126項所述的方法，其中所述的多個外來體得自生物學樣品。
163.第162項所述的方法，其中所述的生物學樣品為體液。
164.第163項所述的方法，其中所述樣品的體積少於2ml。
165.第163項所述的方法，其中所述的體液為外周血,血清,血漿,腹水,尿,腦脊液(csf),痰,唾液,骨髓,滑液,水樣液,羊膜液,耳垢,乳汁,支氣管肺泡灌洗液,精液,前列腺液,考珀液或預射精液,女性射出液,汗液,排洩物,頭髮,淚液,囊液,胸腔積液和腹水液,心包液,淋巴液,食物糜,乳糜,膽汁,組織液,月經,膿,皮脂,嘔吐物,陰道分泌物,黏膜分泌物,稀便,胰液,鼻腔灌洗液,支氣管抽吸液,囊胚腔液或臍帶血。
166.第121或126項所述的方法，其中所述的多種外來體的至少一個子集具有大約30nm至大約800nm的直徑。
167.第166項所述的方法，其中所述的外來體的直徑為大約30nm至大約200nm。
168.第121或126項所述的方法，其中通過體積排阻色譜、密度梯度離心、差速離心、納米膜超濾、免疫吸附捕獲、親和純化、微流體分離或它們的組合物來分離所述的多種外來體。
169.第162項所述的方法，其中所述的生物學樣品在確定所述的生物學特徵之前並非具有富集的外來體。
170.第121或126項所述的方法，其中所述的多種外來體的至少一個子集包括細胞源特異性的外來體。
171.第170項所述的方法，其中所述的細胞源為腫瘤或癌症細胞。
172.第170項所述的方法，其中所述的細胞源為肺、胰腺、胃、腸、膀胱、腎、卵巢、睪丸、皮膚、結腸直腸、乳腺、前列腺、腦、食道、肝臟、胎盤或胚胎細胞。
173.第121或126項所述的方法，其中所述的多個外來體的至少一個子集包括尿的外來體。
174.一種表徵表現型的方法，該方法包括：
i)確定得自受試者的生物學樣品中的外來體的量；
ii)確定在所述的樣品中細胞源特異性的外來體的量；以及
iii)通過將所述的外來體的量和所述的細胞源特異性的外來體的量與參照值相比來表徵所述的表現型。
175.第174項所述的方法，其中通過檢測一種或多種外來體的生物標誌物來確定步驟i)中所述的外來體的量。
176.第174項所述的方法，其中通過檢測一種或多種細胞源特異性的生物標誌物來確定步驟ii)中所述的細胞源的外來體的量。
177.第174項所述的方法，其中所述的表現型為癌症。
178.第177項所述的方法，該方法進一步包括檢測包含一種或多種癌症特異性生物標誌物的外來體的量。
179.一種包含一種或多種生物標誌物的經分離的外來體，其中所述的外來體：
i)衍生自乳腺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：etv6-ntrk3；以及圖3和圖1中所示的乳腺癌的那些生物標誌物；
ii)衍生自卵巢細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：cd24；以及圖4和圖1中所示的卵巢癌的那些生物標誌物；
iii)衍生自肺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：肝素結合細胞因子,rlf-mycl1,tgf-alk,cd74-ros1；以及圖5和圖1中所示的肺癌的那些生物標誌物；
iv)衍生自結腸細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖6和圖1中所示的結腸癌的那些生物標誌物；
v)衍生自腺瘤，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖7、圖9[結腸直腸癌或crc]或圖10中所示的生物標誌物；
vi)衍生自腸細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖8[腸易激綜合症或ibd對正常情況]或圖10[ibd對crc]中所示的生物標誌物；
vii)衍生自結腸、直腸或闌尾的細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖11[crcdukesb和crcdukesc-d]中所示的生物標誌物；
viii)衍生自腸細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖12[具有低級發育異常的腺瘤及具有高級發育異常的腺瘤]中所示的生物標誌物；
ix)衍生自腸細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖13[潰瘍性結腸炎(uc)對crohn疾病(cd)]中所示的生物標誌物；
x)衍生自增生性息肉，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖14中所示的生物標誌物；
xi)衍生自腸細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖15[在具有低級發育異常的腺瘤與正常情況之間]或圖16[在腺瘤與正常情況之間區分]中所示的生物標誌物；
xii)衍生自腸細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖17[在crc與正常情況之間區分]中所示的生物標誌物；
xiii)衍生自前列腺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖18和圖1中所示的bph的那些生物標誌物；
xiv)衍生自前列腺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：acsl3-etv1,c15orf21-etv1,flj35294-etv1,herv-etv1,tmprss2-erg,tmprss2-etv1/4/5,tmprss2-etv4/5,slc5a3-erg,slc5a3-etv1,slc5a3-etv5或klk2-etv4；以及圖19、60和圖1中所示的前列腺癌的那些生物標誌物；
xv)衍生自黑素瘤細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖20和圖1中所示的黑素瘤的那些生物標誌物；
xvi)衍生自胰腺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖21和圖1中所示的胰腺癌的那些生物標誌物；
xvii)衍生自神經細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：gopc-ros1；以及圖22和圖1中所示的腦癌的那些生物標誌物；
xviii)用於表徵銀屑病，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖23和圖1中所示的銀屑病的那些生物標誌物；
xix)衍生自心臟細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖24中所示的生物標誌物；
xx)衍生自血細胞癌，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：ttl-etv6,cdk6-mll,cdk6-tlx3,etv6-flt3,etv6-runx1,etv6-ttl,mll-aff1,mll-aff3,mll-aff4,mll-gas7,tcba1-etv6,tcf3-pbx1,tcf3-tfpt,bcl11b-tlx3,il2-tnfrfs17,nup214-abl1,nup98-ccdc28a,tal1-stil或etv6-abl2,atic-alk,kiaa1618-alk,msn-alk,myh9-alk,npm1-alk,tgf-alk或tpm3-alk,bcr-abl1,bcr-jak2,etv6-evi1,etv6-mn1,etv6-tcba1,cbfb-myh11,chic2-etv6,etv6-abl1,etv6-abl2,etv6-arnt,etv6-cdx2,etv6-hlxb9,etv6-per1,mef2d-dazap1,aml-aff1,mll-arhgap26,mll-arhgef12,mll-casc5,mll-cbl,mll-crebbp,mll-dab21p,mll-ell,mll-ep300,mll-eps15,mll-fnbp1,mll-foxo3a,mll-gmps,mll-gphn,mll-mllt1,mll-mllt11,mll-mllt3,mll-mllt6,mll-myo1f,mll-picalm,mll-sept2,mll-sept6,mll-sorbs2,myst3-sorbs2,myst-crebbp,npm1-mlf1,nup98-hoxa13,prdm16-evi1,rabep1-pdgfrb,runx1-evi1,runx1-mds1,runx1-rpl22,runx1-runx1t1,runx1-sh3d19,runx1-usp42,runx1-ythdf2,runx1-znf687,taf15-znf-384,ccnd1-fstl3,flip1-pdgfra,flt3-etv6,kiaa1509-pdgfra,pde4dip-pdgfrb,nin-pdgfrb,tp53bp1-pdgfrb或tpm3-pdgfrb；以及圖25和圖1中所示的血細胞癌的那些生物標誌物；
xxi)衍生自血細胞癌，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：bcl3-myc,myc-btg1,bcl7a-myc,brwd3-arhgap20或btg1-myc；以及圖26中所述的生物標誌物；
xxii)衍生自b細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖27中所示的生物標誌物；
xxiii)衍生自b細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：citta-bcl6,cltc-alk,il21r-bcl6,pim1-bcl6,tfcr-bcl6,ikzf1-bcl6,sec31a-alk；以及圖28中所示的生物標誌物；
xxiv)衍生自burkitt淋巴瘤細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：igh-myc,lcp1-bcl6；以及圖29中所示的生物標誌物；
xxv)衍生自肝細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖30和圖1中所示的肝細胞癌的那些生物標誌物；
xxvi)衍生自宮頸細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖31和圖1中所示的宮頸癌的那些生物標誌物；
xxvii)衍生自子宮內膜細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖32和圖1中所示的子宮內膜癌的那些生物標誌物；
xxviii)衍生自頭和頸部細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：chchd7-plag1,ctnnb1-plag1,fhit-hmga2,hmga2-nfib,lifr-plag1,tcea1-plag1；以及圖33和圖1中所示的頭和頸部的癌症的那些生物標誌物；
xxix)衍生自腸細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖34和圖1中所示的ibd的那些生物標誌物；
xxx)衍生自胰腺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖35和圖1中所示的糖尿病的那些生物標誌物；
xxxi)衍生自食管細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖36和圖1中所示的barrett食管的那些生物標誌物；
xxxii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖37和圖1中所示的纖維肌痛的那些生物標誌物；
xxxiii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖38和圖1中所示的中風的那些生物標誌物；
xxxiv)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖39和圖1中所示的多發性硬化症的那些生物標誌物；
xxxv)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖40和圖1中所示的帕金森氏病的那些生物標誌物；
xxxvi)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖41和圖1中所示的風溼病的那些生物標誌物；
xxxvii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖42和圖1中所示的阿爾茨海默氏病的那些生物標誌物；
xxxviii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖43和圖1中所示的朊病毒疾病的那些生物標誌物；
xxxix)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖44中所示的膿毒症的那些生物標誌物；
xl)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖45和圖1中所示的慢性神經病理性疼痛的那些生物標誌物；
xli)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖46和圖1中所示的周圍神經病理性疼痛的那些生物標誌物；
xlii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖47和圖1中所示的精神分裂症的那些生物標誌物；
xliii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖48中所示的雙相情感紊亂的那些生物標誌物；
xliv)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖49中所示的抑鬱症的那些生物標誌物；
xlv)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖50和圖1中所示的胃腸道間質瘤(gist)的那些生物標誌物；
xlvi)衍生自腎細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：alpha-tfeb,nono-tfe3,prcc-tfe3,sfpq-tfe3,cltc-tfe3,malat1-tfeb；以及圖51和圖1中所示的腎細胞癌的那些生物標誌物；
xlvii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖52和圖1中所示的肝硬化的那些生物標誌物；
xlviii)衍生自食管細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖53和圖1中所示的食管癌的那些生物標誌物；
xlix)衍生自胃腸道細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖54中所示的胃癌的那些生物標誌物；
l)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖55和圖1中所示的孤獨症的那些生物標誌物；
li)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖56中所示的器官移植排斥的那些生物標誌物；
lii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖57中所示的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌的那些生物標誌物；
liii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖58和圖1中所示的易損斑塊的那些生物標誌物；
liv)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖1中所示的自身免疫疾病的那些生物標誌物；
lv)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖1中所示的肺結核(tb)的那些生物標誌物；
lvi)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖1中所示的hiv的那些生物標誌物；
lvii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖1中所示的哮喘的那些生物標誌物；
lviii)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖1中所示的狼瘡的那些生物標誌物；
lix)衍生自甲狀腺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：akap9-braf,ccdc6-ret,erc1-retm,golga5-ret,hook3-ret,hrh4-ret,ktn1-ret,ncoa4-ret,pcm1-ret,prkara1a-ret,rfg-ret,rfg9-ret,ria-ret,tgf-ntrk1,tpm3-ntrk1,tpm3-tpr,tpr-met,tpr-ntrk1,trim24-ret,trim27-ret或trim33-ret,pax8-ppary；以及圖1中所示的甲狀腺癌的那些生物標誌物；
lx)包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖59中所示的致癌基因的那些生物標誌物；
lxi)衍生自前列腺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：pfkfb3,rhamm(hmmr),cdnaflj42103,aspm,cenpf,ncapg,雄性激素受體,egfr,hsp90,sparc,dnmt3b,gart,mgmt,sstr3和top2b；或者
lxii)衍生自前列腺細胞，並包括一種或多種生物標誌物，所述的標誌物選自：圖60中所示的生物標誌物。
180.第179項所述的經分離的外來體，其進一步包括一種或多種選自cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,cd66,cd24和b7h3中的生物標誌物。
181.一種包括生物標誌物的經分離的外來體，其中所述的生物標誌物選自：b7h3,psca,mfg-e8,rab,steap,psma,pcsa,5t4,mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b和mir-222。
182.一種包括一種或多種生物標誌物的經分離的外來體，其中所述的生物標誌物選自：bcl-xl,ercc1,角蛋白15,上皮特異性抗原(esa)和肥大細胞胰凝乳蛋白酶。
183.一種包含基本富集的外來體群體的組合物，其中所述的富集的外來體群體就一種或多種特徵而言為至少30％均質的。
184.第183項所述的組合物，其中所述的一種或多種特徵選自：一種或多種相同的生物標誌物；基本相似或相同的生物學特徵；衍生自相同的細胞類型；存在特定尺寸的外來體以及它們的組合。
185.第183項所述的組合物，其中所述的外來體為第179、180、181或182項所述的經分離的外來體。
186.第183項所述的組合物，其進一步包括第二富集的外來體群體，其中所述的第二富集的外來體群體就一種或多種特徵而言為至少30％均質的。
187.第186項所述的組合物，其中所述的外來體是通過使用靶向兩種或多種生物標誌物的兩種或多種結合劑來獲得的。
188.第183項所述的組合物，其中所述的富集的外來體群體佔所述組合物的全部外來體群體的至少30％。
189.第183項所述的組合物，其中與衍生所述組合物的生物學樣品中外來體的濃度相比，所述的組合物包含至少2倍濃度的外來體。
190.第183項所述的組合物，其中所述的組合物基本缺乏細胞殘餘物、細胞、非外來體蛋白質、肽、核酸以及它們的任何組合。
以引用方式併入
本說明書中提及的所有公開和專利申請均以引用方式併入本文，如同每一份單獨的公開或專利申請均特意地且單獨地表明以引用方式併入的那樣。
附圖簡述
圖1(a)-(g)示出了一個表格，其列出了世系的示例性癌症、分組比較的細胞/組織、特定的疾病狀態，以及對這些癌症、分組比較的細胞/組織和特定的疾病狀態具有特異性的抗原。此外，所述的抗原可以為生物標誌物。所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖2(a)-(f)示出了一個表格，其列出了世系的示例性癌症、細胞/組織的分組比較、特定的疾病狀態，以及對這些癌症、分組細胞/組織比較和特定的疾病狀態具有特異性的結合劑。
圖3(a)-(b)示出了列出了示例性乳腺癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對乳腺癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了乳腺癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖4(a)-(b)示出了列出了示例性乳腺癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對卵巢癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了卵巢癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖5示出了列出了示例性肺癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對肺癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了肺癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖6(a)-(d)示出了列出了示例性結腸癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對結腸癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了結腸癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖7示出了列出了對腺瘤及增生性息肉具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對腺瘤及增生性息肉具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖8示出了列出了對炎性腸病(ibd)及正常組織具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對炎性腸病及正常組織具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖9(a)-(c)示出了列出了對腺瘤及結腸直腸癌具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對腺瘤及結腸直腸癌具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖10示出了列出了對ibd及crc具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對ibd及crc具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖11(a)-(b)示出了列出了對crcdukesb及dukesc-d具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對crcdukesb及dukesc-d具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖12(a)-(d)示出了列出了對低級發育異常的腺瘤及高級發育異常的腺瘤具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對低級發育異常的腺瘤及高級發育異常的腺瘤具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖13(a)-(b)示出了列出了對潰瘍性結腸炎(uc)及crohn疾病(cd)具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對uc及cd具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖14示出了列出了對增生性息肉及正常組織具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對增生性息肉及正常組織具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖15示出了列出了對低級發育異常的腺瘤及正常組織具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對低級發育異常的腺瘤及正常組織具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖16示出了列出了對腺瘤及正常組織具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對腺瘤及正常組織具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖17示出了列出了對crc及正常組織具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對crc及正常組織具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖18示出了列出了對良性前列腺增生具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對良性前列腺增生具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖19(a)-(c)示出了列出了示例性前列腺癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對前列腺癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了前列腺癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖20(a)-(c)示出了列出了示例性黑素瘤生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對黑素瘤具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了黑素瘤特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖21(a)-(b)示出了列出了示例性胰腺癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對胰腺癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了胰腺癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖22示出了列出了對腦癌具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對腦癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了腦癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖23(a)-(b)示出了列出了示例性銀屑病生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對銀屑病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了銀屑病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖24(a)-(c)示出了列出了示例性心血管疾病生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對心血管疾病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了心血管疾病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖25示出了列出了對惡性血液病具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對惡性血液病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了惡性血液病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖26(a)-(b)示出了列出了對b細胞慢性淋巴細胞白血病具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對b細胞慢性淋巴細胞白血病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了b細胞慢性淋巴細胞白血病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖27示出了列出了對b細胞慢性淋巴細胞及b細胞淋巴瘤dlbcl具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對b細胞慢性淋巴細胞及b細胞淋巴瘤dlbcl具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖28示出了列出了對b細胞淋巴瘤dlbcl生發中心樣、b細胞淋巴瘤dlbcl活化b細胞樣和b細胞淋巴瘤dlbcl具有特異性的示例性生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對b細胞淋巴瘤dlbcl生發中心樣、b細胞淋巴瘤dlbcl活化b細胞樣和b細胞淋巴瘤dlbcl具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖29示出了列出了示例性burkitt淋巴瘤生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對burkitt淋巴瘤具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了burkitt淋巴瘤特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖30(a)-(b)示出了列出了示例性肝細胞癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對肝細胞癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了肝細胞癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖31示出了列出了示例性宮頸癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對宮頸癌具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖32示出了列出了示例性子宮內膜癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對子宮內膜癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了子宮內膜癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖33(a)-(b)示出了列出了示例性頭和頸部的癌症的生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對頭和頸部的癌症具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了頭和頸部的癌症的特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖34示出了列出了示例性炎性腸病(ibd)生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對ibd具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了ibd特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖35示出了列出了示例性糖尿病生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對糖尿病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了糖尿病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖36示出了列出了示例性barrett食管生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對barrett食管具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了barrett食管特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖37示出了列出了示例性纖維肌痛生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對纖維肌痛具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖38示出了列出了示例性中風生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對中風具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了中風特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖39示出了列出了示例性多發性硬化症(ms)生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對ms具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了ms特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖40(a)-(b)示出了列出了示例性帕金森氏病生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對帕金森氏病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了帕金森氏病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖41示出了列出了示例性風溼病生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對風溼病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了風溼病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖42(a)-(b)示出了列出了示例性阿爾茨海默氏病生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對阿爾茨海默氏病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了阿爾茨海默氏病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖43示出了列出了示例性朊病毒疾病生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對朊病毒疾病具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了朊病毒疾病特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖44示出了列出了示例性膿毒症生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對膿毒症具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了膿毒症特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖45示出了列出了示例性慢性神經病理性疼痛生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對慢性神經病理性疼痛具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖46示出了列出了示例性周圍神經病理性疼痛生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對周圍神經病理性疼痛具有特異性的外來體衍生且分析得到。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖47示出了列出了示例性精神分裂症生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對精神分裂症具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了精神分裂症特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖48示出了列出了示例性雙相情感紊亂或疾病生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對雙相情感紊亂具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了雙相情感紊亂特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖49示出了列出了示例性抑鬱症生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對抑鬱症具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了抑鬱症特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖50示出了列出了示例性胃腸道間質瘤(gist)生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對gist具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了gist特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖51(a)-(b)示出了列出了示例性腎細胞癌(rcc)生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對rcc具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了rcc特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖52示出了列出了示例性肝硬化生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對肝硬化具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了肝硬化特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖53示出了列出了示例性食管癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對食管癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了食管癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖54示出了列出了示例性胃癌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對胃癌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了胃癌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖55示出了列出了示例性孤獨症生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對孤獨症具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了孤獨症特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖56示出了列出了示例性器官排斥生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對器官排斥具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了器官排斥特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖57示出了列出了示例性耐甲氧西林金黃色葡萄球菌生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對耐甲氧西林金黃色葡萄球菌具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖58示出了列出了示例性易損斑塊生物標誌物的表格，其中所述的標誌物可以由對易損斑塊具有特異性的外來體衍生且分析得到，從而產生了易損斑塊特異性的外來體生物學特徵。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖59(a)-(i)示出了列出了示例性基因融合的表格，其中所述的基因融合可以由外來體衍生且分析得到。所述的基因融合可以為生物標誌物，並且可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，或修飾的，例如後生修飾的或翻譯後修飾的。
圖60(a)-(b)為基因及其相關性mirna的表，其中所述的基因(例如該基因的mrna、其相關性mirna或者它們的組合)可以用作可由外來體分析得到的一種或多種生物標誌物。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的。
圖61為本文所公開的方法的流程圖。
圖62詳細說明了可以在本發明的某些示例性實施方案中使用的計算機系統。
圖63詳細說明了通過對外來體上的蛋白質進行篩選而得到的結果，其中所述的蛋白質可以用作針對外來體的生物標誌物，並且對於所述蛋白質的抗體可以用作結合劑。所鑑定的蛋白質的實例包括bcl-xl,ercc1,角蛋白15,cd81/tapa-1,cd9,上皮特異性抗原(esa)和肥大細胞胰凝乳蛋白酶。所述的一種或多種生物標誌物可以為存在或缺乏的，表達不足或過表達的，突變的或修飾的。
圖64詳細說明了基於顆粒的分離外來體的方法。(a)為塗敷有捕獲抗體的珠的簡圖，所述的抗體捕獲了表達所述蛋白質的外來體。在這幅簡圖中，所述的捕獲抗體是針對外來體的蛋白質的，其對衍生自癌細胞的外來體不具有特異性(「癌症外來體」)。檢測抗體與捕獲的外來體結合，並發出螢光信號。在本實例中的檢測抗體檢測了與癌症外來體結合的抗原。(b)為篩選方案的實例，其可以使用如(a)中所示的珠而以倍增方式實施。
圖65描繪了與epcam綴合的珠的掃描電子顯微照片，其中所述的珠已經與vcap外來體溫育。(a)將載玻片塗敷聚-l-賴氨酸並與所述珠的溶液溫育。在連接後，將所述珠(i)依次固定有戊二醛和四氧化鋨，每個固定步驟為30分鐘，並在兩個固定步驟之間少量洗滌；(ii)在丙酮中逐漸脫水，其中所述的丙酮由20％開始逐漸增長，每個步驟大約5-7分鐘；(iii)在臨界點乾燥；以及(iv)用金噴濺塗敷。(b)左側：描述了在如(a)中所示的epcam塗敷的珠上，較高放大倍數的外來體。右側：描述了通過超速離心而分離的外來體，其附著在塗覆有聚-l-賴氨酸的載玻片上，並按照(a)中所述固定並染色。
圖66為外來體蛋白質表達模式的方案。通常，不同的蛋白質並非平均或均以地分布於外來體的殼上。外來體特異性的蛋白質通常是更比較普通的，而癌症特異性的蛋白質是較少見的。使用更普通的較少見的癌症特異性蛋白質可以更容易地完成外來體的捕獲，並且癌症特異性的蛋白質可以用於檢測階段中。
圖67詳細說明了描述使用基於珠的、由受試者中檢測外來體的方法而導致的結果的方法。(a)對於單個的患者而言，使用了在圖64b中所描述的篩選方案的圖表所示的珠數量和信號強度(其中為～100個捕獲珠)用於每個患者的各個捕獲/檢測結合測定方法中。對於給定的患者而言，結果顯示了所檢測的珠的數量與信號的強度。在給定強度下捕獲的珠的數量為外來體以怎樣的頻率在所述的強度下表達檢測蛋白質的指示。對於給定的珠而言，信號的強度越強，則檢測蛋白質的表達越多。(b)為通過將正常的患者結合到一條曲線中而將癌症患者結合到另一條曲線中、並對不同的曲線使用生物統計分析而得到的歸一化的圖。由各個個體得到的數據歸一化從而解釋了通過檢測機器所讀取的珠的數量的變化，將這些數據加和，然後再次歸一化從而解釋了各群體中不同的樣品數量。
圖68詳細說明了前列腺癌的生物學特徵。(a)為由使用了luminex平臺的倍增試驗而收集的強度值的柱狀圖，其中珠被cd63抗體官能化，與由患者血漿純化得到的外來體溫育，然後用藻紅蛋白(pe)綴合的epcam抗體標記。較深的陰影的柱(藍)表示12個正常受試者的群體，而較淺的陰影的柱(綠)得自7位3階段前列腺癌患者。(b)如圖67所述的如(a)中所示的各柱狀圖的歸一化的圖。對於前列腺癌患者樣品和正常樣品而言，所述的分布為對得自(a)的luminex結果的強度值的gaussian擬合。(c)為如(b)中所示的前列腺癌生物學特徵之一的實例，即，cd63與cd63生物學特徵(上方的圖)，其中cd63用作檢測劑及捕獲抗體。下方的3個圖板示出了在3種前列腺癌細胞系(vcap,lncap和22rv1)上的流式細胞計數儀的結果。水平線上方的點表示捕獲了具有cd63的外來體的珠(包含b7h3)。垂直線右側的珠表示捕獲了具有cd63的外來體的珠(包含psma)。在線上方和線右側的這些珠具有所有的3種抗原。cd63為與外來體相關的表面蛋白質，psma為與前列腺細胞相關的表面蛋白質，而b7h3為與攻擊性癌症(具體而言為前列腺癌、卵巢癌和非小細胞肺癌)相關的表面蛋白質。所有這3種抗原結合在一起鑑定出得自癌症前列腺細胞的外來體。表達前列腺癌外來體的大部分cd63還具有前列腺特異性膜抗原、psma和b7h3(涉及調節腫瘤細胞遷移和入侵，並且為攻擊性癌症及臨床結果的指示)。(d)為前列腺癌外來體的地貌。上方的圖板示出了在多種結合中使用cd63、cd9和cd81捕獲並標記的結果。幾乎所有的點都位於上方右側的四分之一，表明這些3種標誌物是高度偶聯的。如果外來體具有它們中的一者，則通常具有所有的3種。下方的一排描述了捕獲具有b7h3的細胞系外來體並標記有cd63和psma的結果。vcap和22rv1顯示出捕獲有b7h3的外來體還具有cd63，並且存在兩種群體，即，具有psma的那些和不具有psma的那些。當lncap不具有大量的包含b7h3的外來體(並非很多的具有cd63的圓點)時，b7h3的存在可以為癌症是如何攻擊的指示。lncap為早期前列腺癌類似物細胞系。
圖69詳細說明了結腸癌的生物學特徵。(a)示出了由使用了luminex平臺的倍增試驗而收集的強度值的柱狀圖，其中珠被捕獲抗體官能化，與外來體溫育，然後用檢測劑抗體標記。較深的陰影的柱(藍)表示得自正常的群體，而較淺的陰影的柱(綠)得自結腸癌患者。(b)示出了如(a)中所示的各柱狀圖的歸一化的圖。(c)示出了由使用了luminex試驗而收集的強度值的柱狀圖，其中在被cd66抗體(捕獲抗體)官能化的珠與由患者血漿純化的外來體溫育，然後用與pe綴合的epcam抗體(檢測劑抗體)標記。紅色的群體得自6為正常的受試者，而綠色得自21為結腸癌患者。由各個個體得到的數據歸一化從而解釋了通過luminex機器所讀取的珠的數量的變化，將這些數據加和，然後再次歸一化從而解釋了各群體中不同的樣品數量。
圖70詳細說明了多種檢測劑可以增大外來體檢測的信號。(a)當外來體標記有與前列腺特異性pe綴合的抗體時，中等強度值被繪製為得自vcap細胞系的純化外來體濃度的函數。捕獲有epcam(左側的圖)或pcsa(右側的圖)的外來體、與被檢測劑抗體所檢測的多種蛋白質被列於各圖的右側。在所述的兩種情況下，cd9與cd63的結合得到了超出背景的最大增強的信號(底部的圖描繪了增強的百分率)。cd9與cd63的結合得到超出背景大約200％的增強百分率。(b)進一步詳細說明了前列腺癌/前列腺外來體特異性標誌物的多重分析改善了前列腺癌細胞衍生的外來體的檢測。當外來體標記有與前列腺特異性pe綴合的抗體時，中等強度值被繪製為得自vcap細胞系的純化外來體濃度的函數。對捕獲有pcsa(左側的圖)及捕獲有epcam(右側的圖)的外來體進行描繪。在所述的兩種情況下，b7h3與psma的結合得到了超出背景的最大增強的信號。
圖71詳細說明了使用cd63檢測劑和cd63捕獲而得到的針對各階段結腸癌的結腸癌生物學特徵。強度柱狀圖得自捕獲了塗敷有cd63的珠並標記有與cd63綴合的pe的外來體。其中，在對照組(a)中有6位患者，在階段i(b)中有4位患者，在階段ii(c)中有5位患者，在階段iii(d)中有8位患者，在階段iv(e)中有4位患者。由各個個體得到的數據歸一化從而解釋了通過luminex機器所讀取的珠的數量的變化，將這些數據加和，然後再次歸一化從而解釋了各群體中不同的樣品數量(f)。
圖72詳細說明了使用epcam檢測劑和cd9捕獲而得到的針對各階段結腸癌的結腸癌生物學特徵。強度柱狀圖得自捕獲了塗敷有cd9的珠並標記有epcam的外來體。其中，在對照組(a)、階段i(b)、階段ii(c)、階段iii(d)和階段iv(e)中都有患者。由各個個體得到的數據歸一化從而解釋了通過luminex機器所讀取的珠的數量的變化，將這些數據加和，然後再次歸一化從而解釋了各群體中不同的樣品數量(f)。
圖73詳細說明了使用針對所列蛋白質的抗體(列出作為檢測劑和捕獲抗體)用於檢測前列腺癌的敏感性、特異性以及可靠性水平。cd63、cd9和cd81為普通的外來體標誌物，並且epcam為癌症標誌物。單個結果描繪於(b)中，對於epcam與cd63而言，可靠性為99％、100％(n＝8)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、77％(n＝10)正常患者的樣品不同於廣義正態分布；(c)對於cd81與cd63而言，可靠性為99％、90％(n＝5)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、77％(n＝10)正常患者的樣品不同於廣義正態分布；(d)對於cd63與cd63而言，可靠性為99％、60％(n＝5)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、80％(n＝10)正常患者的樣品不同於廣義正態分布；(e)對於cd9與cd63而言，可靠性為99％、90％(n＝5)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、77％(n＝10)正常患者的樣品不同於廣義正態分布。
圖74詳細說明了使用針對所列蛋白質的抗體(列出作為檢測劑和捕獲抗體)用於檢測結腸癌的敏感性和可靠性水平。cd63和cd9為普通的外來體標誌物，epcam為癌症標誌物，而cd66為結腸癌標誌物。單個結果描繪於(b)中，對於epcam與cd63而言，可靠性為99％、95％(n＝20)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、100％(n＝6)正常患者的樣品不同於廣義正態分布；(c)對於epcam與cd9而言，可靠性為99％、90％(n＝20)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、77％(n＝6)正常患者的樣品不同於廣義正態分布；(d)對於cd63與cd63而言，可靠性為99％、60％(n＝20)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、80％(n＝6)正常患者的樣品不同於廣義正態分布；(e)對於cd9與cd63而言，可靠性為99％、90％(n＝20)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、77％(n＝6)正常患者的樣品不同於廣義正態分布；(f)對於cd66與cd9而言，可靠性為99％、90％(n＝20)癌症患者的樣品不同於廣義正態分布，可靠性為99％、77％(n＝6)正常患者的樣品不同於廣義正態分布。
圖75通過評估tmprss2-erg的表達而詳細說明了使用epcam對得自血漿的前列腺癌細胞衍生外來體的捕獲。(a)將分級的量的vcap純化外來體摻入正常血漿中。使用具有epcam抗體或其同種型對照的dynal珠分離外來體。分離得自外來體的rna，並使用qrt-pcr測量tmprss2:erg融合轉錄物的表達。(b)將vcap純化的外來體摻入到正常血漿中，然後與塗敷有epcam或同種型對照抗體的dynal磁珠溫育。由dynal珠上直接分離rna。使用得自各樣品的等體積的rna來進行rt-pcr以及隨後的taqman測定。(c)在捕獲有epcam和igg2同種型陰性對照珠的22rv1外來體之間，spink1和gapdh的循環閾值(ct)差異。ct值越高表明轉錄物的表達越低。
圖76詳細說明了在vcap前列腺癌細胞衍生的外來體與正常血漿外來體之間的、前10名差異表達的微小rna。通過超速離心、再通過rna分離得到vcap細胞系外來體和得自正常血漿的外來體。使用qrt-pcr分析得到微小rna概況。前列腺癌細胞系衍生的外來體具有較高水平(較低的ct值)的所示微小rna，如在柱狀圖(a)和表(b)中所描述的那樣。
圖77描述了使用cd9珠捕獲的mir-21表達的柱狀圖。將得自前列腺癌患者的1ml血漿、250ng/ml的lncap或者正常純化的外來體與cd9塗敷的dynal珠溫育。由所述的珠和珠上清液中分離rna。此外，一種樣品(#6)未被捕獲以用於比較。使用qrt-pcr測量mir-21的表達，並比較個樣品的平均ct值。cd9的捕獲改善了前列腺癌樣品中mir-21的檢測。
圖78描述了使用cd9珠捕獲的mir-21表達的柱狀圖。本試驗按照圖77所述的方法實施，其中使用qrt-pcr測量mir-141的表達，而並非mir-21。
圖79描繪了不同前列腺特徵的敏感性和特異性的表。「外來體」列出了外來體水平的閾值或參照值，「前列腺」列出了對於前列腺外來體使用的閾值或參照值，「癌症-1」、「癌症-2」和「癌症-3」列出了前列腺癌的3種不同生物學特徵的閾值或參照值，「qc-1」和「qc-2」列列出了對於定性對照的閾值或參照值、或者可靠性，並且最後的4列列出了良性前列腺增生(bph)的特異性和敏感性。
發明詳述
本發明公開了通過分析外來體來表徵個體的表現型的產品和方法。表現型可以為受試者的任何可觀察的特點或特性，例如疾病或狀況、疾病階段或狀況階段、疾病或狀況的易感性、疾病階段或狀況的預後、生理學狀態或對治療的應答。表現型可以由受試者基因的表達、環境因素的影響以及這二者之間的相互作用引起，以及由對核酸序列的後生修飾引起。
受試者的表現型可以通過獲得所述受試者的生物學樣品並分析所述樣品中的一種或多種外來體來表徵。例如，表徵受試者或個體的表現型可以包括檢測疾病或狀況(包括症候前(前症狀)早期階段的檢測)，確定疾病或狀況的預後、診斷或治療，或者確定疾病或狀況的階段或進程。表徵表現型還可以包括鑑定針對特定疾病，狀況，疾病階段或狀況階段，疾病進程的預測和可能性分析、特殊疾病的復發，轉移擴散或疾病惡化的適當的治療或治療效力。表現型還可以為狀況或疾病的臨床上截然不同的類型或亞類，例如癌症或腫瘤。表現型的確定還可以為生理學狀況的確定、器官衰竭或器官排斥的評估(例如移植後)。本文所述的產品和方法可以在個體的基礎上評估受試者，其可以提供更有效力且經濟決策的治療益處。
所述的表現型可以為如表1中所列的疾病或狀況。例如，所述的表現型為腫瘤、贅生物或癌症。通過本文所述的產品或方法檢測或評估的癌症包括但不限於乳腺癌,卵巢癌,肺癌,結腸癌,增生性息肉,腺瘤,結腸直腸癌,高級發育異常,低級發育異常,前列腺增生,前列腺癌,黑素瘤,胰腺癌,腦癌(例如成膠質細胞瘤),惡性血液病y,肝細胞癌,宮頸癌,子宮內膜癌,頭和頸部的癌症,食管癌,胃腸道間質瘤(gist),腎細胞癌(rcc)或胃癌。所述的結腸直腸癌可以為crcdukesb或dukesc-d。所述的惡性血液病可以為b細胞慢性淋巴細胞白血病,b細胞淋巴瘤dlbcl,b細胞淋巴瘤dlbcl生發中心樣,b細胞淋巴瘤dlbcl活化b細胞樣以及burkitt淋巴瘤。所述的表現型還可以為癌前狀況，例如barrett食管。
所述的表現型還可以為炎性疾病,免疫疾病或自身免疫疾病。例如，所述的疾病可以為炎性腸病(ibd),crohn疾病(cd),潰瘍性結腸炎(uc),盆腔炎,脈管炎,銀屑病,糖尿病,自身免疫性肝炎,多發性硬化症,重症肌無力,i型糖尿病,風溼性關節炎,銀屑病,系統性紅斑狼瘡(sle),hashimoto甲狀腺炎,grave疾病,強直性脊柱炎,sjogrens疾病,crest綜合症,硬皮病,風溼病,器官排斥,原發性硬化性膽管炎或膿毒症。
所述的表現型還可以為心血管疾病，例如動脈粥樣硬化,充血性心力衰竭,易損斑塊,中風或局部缺血。所述的心血管疾病或狀況可以為高血壓,狹窄症,血管阻塞或血栓形成事件。
所述的表現型還可以為神經學疾病，例如多發性硬化症(ms),帕金森氏病(pd),阿爾茨海默氏病(ad),精神分裂症,雙相情感紊亂,抑鬱症,孤獨症,朊病毒疾病,pick疾病,痴呆,huntington疾病(hd),down綜合症,腦血管疾病,rasmussen腦炎,病毒性腦膜炎,神經精神病系統性紅斑狼瘡(npsle),肌萎縮性脊髓側索硬化症,creutzfeldt-jacob疾病,gerstmann-straussler-scheinker疾病,傳播性海綿腦病,缺血再灌注損傷(例如中風),腦外傷,微生物感染或慢性疲勞綜合症。所述的表現型還可以為諸如纖維肌痛、慢性神經病理性疼痛或周圍神經病理性疼痛之類的狀況。
所述的表現型還可以為感染性疾病，例如細菌、病毒或酵母菌感染。例如，所述的疾病或狀況可以為whipple疾病,朊病毒疾病,肝硬化,耐甲氧西林金黃色葡萄球菌,hiv,肝炎,梅毒,腦膜炎,瘧疾,肺結核或流行性感冒。可以評估外來體中的病毒蛋白質(例如hiv或hcv樣顆粒)，從而表徵病毒的狀況。
所述的表現型還可以為圍產期或妊娠相關的狀況(例如先兆性子癇或早產)、新陳代謝的疾病或狀況(例如與鐵的新陳代謝有關的新陳代謝疾病或狀況)。例如，可以在外來體中測定鐵調素，從而表徵鐵缺乏的情況。所述的新陳代謝疾病或狀況還可以為糖尿病、炎症或圍產期狀況。
受試者
還可通過分析得自受試者的生物學樣品中的外來體來確定受試者的一種或多種表現型。受試者或患者可以包括但不限於哺乳動物，例如牛,鳥,犬,馬,貓,綿羊,豬或靈長動物(包括人類及非人類靈長動物)。受試者還可以包括：由於瀕危而變得重要的哺乳動物，例如西伯利亞虎；或者經濟重要性的動物(例如由人類在農場上飼養長大的動物)，或對人類而言具有社會重要性的動物(例如作為寵物或在動物園中飼養的動物)。此類動物的實例包括但不限於：食肉動物，例如貓和狗；生豬，包括豬、公豬和野豬；反芻動物或有蹄類動物，例如牛、公牛、綿羊、長頸鹿、鹿、山羊、野牛、駱駝或馬。此外，還包括瀕危的或在動物園中飼養的鳥；以及禽類，更特別的是家養的禽類，即，家禽，例如火雞和小雞、鴨、鵝、珍珠雞。此外，還包括家養的豬和馬(包括賽馬)。此外，與商業活動有關的任何動物種類也都被包括在內，例如與農業、水產業和其他活動有關的那些動物，其中為了經濟生產率和/或食物鏈的安全，在農業中對疾病進行監測、診斷和選擇治療是常規的實踐。
所述的受試者可以患有早已存在的疾病或狀況，例如癌症。備選地，所述的受試者可以並未患有任何已知的早已存在的狀況。所述的受試者還可以為對現有或過去的治療是非應答性的，例如對癌症的治療。
樣品
得自受試者的生物學樣品可以為任何流體。例如，所述的生物學樣品可以為外周血,血清,血漿,腹水,尿,腦脊液(csf),痰,唾液,骨髓,滑液,水樣液,羊膜液,耳垢,乳汁,支氣管肺泡灌洗液,精液(包括前列腺液),考珀液或預射精液,女性射出液,汗液,排洩物,頭髮,淚液,囊液,胸腔積液和腹水液,心包液,淋巴液,食物糜,乳糜,膽汁,組織液,月經,膿,皮脂,嘔吐物,陰道分泌物,黏膜分泌物,稀便,胰液,鼻腔灌洗液,支氣管抽吸液或其他灌洗液。生物學樣品還可以包括囊胚腔,臍帶血或母體循環(其可以為胎兒來源或母體來源的)。所述的生物學樣品還可以為可獲得外來體的組織樣品或活體組織。例如，如果所述的樣品為固體樣品，可以對得自樣品的細胞進行培養，並誘導外來體產物(例如參見實施例1)。
表1提供了疾病、狀況或生物學狀態的實例的列舉，以及對其中的外來體可以進行分析的生物學樣品的相應列舉。
表1針對多種疾病、狀況或生物學狀態，用於外來體分析的生物學樣品的實例
所述的生物學樣品可以通過第三方獲得，例如未實施外來體分析的一方。例如，所述的樣品可以通過臨床醫生、內科醫生或受試者的其他衛生保健管理人員獲得，其中所述的樣品可以衍生自這些人員。備選地，所述的生物學樣品可以通過分析外來體的同一方獲得。
用於分析外來體的生物學樣品的體積可以為0.1-20ml，例如少於大約20,15,10,9,8,7,6,5,4,3,2,1或0.1ml。
此外，可以使用生物學樣品中的一種或多種外來體的分析結果來確定是否應該獲得其他的生物學樣品來用於分析。例如，可以使用血清樣品中的一種或多種外來體的分析結果來確定是否應該獲得活體組織。
外來體
使用得自用於分析的生物學樣品的外來體來確定表現型。外來體為可以由多種不同的細胞釋放到細胞外環境中的小囊泡，例如但不限於源自或衍生自外胚層、內胚層或中胚層的細胞，包括發生了遺傳、環境和/或任何其他變化或改變的任何此類細胞(例如腫瘤細胞或具有遺傳突變的細胞)。當細胞膜的片段自發地內陷並最終被胞吐出來時，外來體通常是在細胞內生成的(例如參見kelleretal.,immunol.lett.107(2):102–8(2006))。外來體可以具有但不限於大於大約10、20或30nm的直徑。它們可以具有大約30-1000nm、大約30-800nm、大約30-200nm或者大約30-100nm的直徑。在某些實施方案中，外來體可以具有但不限於小於大約10,000nm,1000nm,800nm,500nm,200nm,100nm或50nm的直徑。如全文所用，當術語「大約」用於指值或量時，其在某些實施方案中是指涵蓋由確定的值±10％的變化(如果這種變化是合適的話)。
此外，外來體還指微囊泡、納米囊泡、囊泡、膜小泡、水泡、氣泡、前列腺小體、微顆粒、管腔內囊泡、核內體樣囊泡或胞吐囊泡。如本文所用，外來體還可以包括衍生自血漿膜或內部膜的任何釋放的膜所結合的粒子。外來體還可以包括脂質雙層膜所結合的細胞衍生結構，其中所述的脂質雙層膜由突出的外翻(起泡)發生分離以及血漿膜部分的封孔、或者由包含多種腫瘤來源的膜相關蛋白質的任何細胞內膜結合囊泡結構發生輸出而形成，其中所述的結構包括衍生自宿主循環的表面結合分子，該分子選擇性地與腫瘤衍生的蛋白質以及包含在外來體腔中的分子，包括但不限於腫瘤衍生的微小rna或細胞內蛋白質。氣泡和起泡在charrasetal.,naturereviewsmolecularandcellbiology,vol.9,no.11,p.730-736(2008)中有進一步的描述。外來體還可以包括膜片段。本文所述的循環從的腫瘤衍生的外來體為由腫瘤細胞釋放到循環中或體液中的外來體。cte以及細胞源的特異性外來體通常具有獨特的生物標誌物，其使得它們可以以高度特異性的方式由體液中分離出來。
可以由生物學樣品中直接測定外來體，從而未經先前的外來體的分離、純化或濃縮而確定外來體的水平或者確定外來體的一種或多種生物標誌物。備選地，可以在分析之前分離、純化或濃縮樣品中的外來體。
外來體的分離
在分析之前可以純化或濃縮外來體。外來體的分析可以包括定量生物學樣品中的一種或多種外來體群體的量。例如，可以對外來體的混雜的群體進行定量，或者可以由外來體的混雜群體中分離均質的外來體群體(例如具有特定生物標誌物概況、特定的生物學特徵或衍生自特定的細胞類型(細胞源的特定的外來體)的外來體群體)，並定量。如下所述，外來體的分析還可以包括定量或定性檢測外來體的特定的生物標誌物概況或生物學特徵。
外來體可以儲存和存放在(例如)生物流體集庫(bio-fluidbank)中，並根據需要取回以用於分析。此外，外來體還可以由之前已經由活著或死亡的受試者中收穫或儲存的生物學樣品中分離得到。此外，外來體可以由已經按照kingetal.,乳腺癌res7(5):198-204(2005)中所述的方法收集的生物學樣品中分離得到。外來體可以由存放的或儲存的樣品中分離得到。備選地，外來體可以由生物學樣品中分離得到並未經儲存或存放樣品而進行分析。此外，第三方可以獲得或儲存生物學樣品，或者獲得或儲存外來體以用於分析。
富集的外來體群體可以有生物學樣品得到。例如，可以使用體積排阻色譜、密度梯度離心、差速離心、納米膜超濾、免疫吸附捕獲、親和純化、微流體分離或它們的組合物來濃縮或分離生物學樣品中的外來體。
可以使用體積排阻色譜(例如凝膠滲透柱)、離心或密度梯度離心、以及過濾方法。例如，可以通過差速離心、陰離子交換和/或凝膠滲透色譜(例如在美國專利no.6,899,863和6,812,023中所述)、蔗糖密度梯度細胞器電泳(例如在美國專利no.7,198,923中所述)、磁激活細胞分離術(macs)或納米膜超濾濃縮器來分離外來體。還可以使用分離或濃縮方法的多種結合。
極大量的蛋白質(例如清蛋白和免疫球蛋白)會妨礙生物學樣品中外來體的分離。例如，可以使用一個系統來分離生物學樣品中的外來體，其中所述的系統使用了對血液中所存在的最大量的蛋白質具有特異性的多種抗體。此類系統可以一次性地除去多種蛋白質，由此暴露出較少量的種類，例如細胞源種類的外來體。
這種類型的系統可以用於分離生物學樣品(例如血液、腦脊液或尿)中的外來體。此外，還可以通過在chromyetal.jproteomeres2004；3:1120-1127中所述的極大量蛋白質的除去方法來增強生物學樣品中外來體的分離。在另一個實施方案中，還可以通過在zhangetal,molcellproteomics2005；4:144-155中所述的使用糖肽捕獲來除去血清蛋白質，從而增強生物學樣品中外來體的分離。此外，可以按照在pisitkunetal.,procnatlacadsciusa,2004；101:13368-13373中所述的通過差速離心、然後與定向於細胞質的抗體或抗細胞質的抗原決定部位相接觸來分離生物學樣品(例如尿)中的外來體。
還可以通過使用聲波(例如通過施加超聲波)或者使用洗滌劑、其他膜活化劑或它們的任何組合來增強生物學樣品中外來體的分離或富集。例如，可以將超聲波能量施加到潛在的腫瘤位點，並且不被理論所限制，可以增強組織中外來體的釋放，從而可以使用本文所述的一種或多種方法來分析或評估生物學樣品中富集的外來體群體。
結合劑
結合劑為能夠與外來體的成分(例如外來體的生物標誌物)相結合的試劑。所述的結合劑可以為捕獲劑。捕獲劑能夠通過與外來體靶物(例如外來體上的生物標誌物)結合來捕獲外來體。例如，所述的捕獲劑可以為能夠與外來體上的抗原相結合的捕獲抗體。所述的捕獲劑可以與基底偶聯，並用於分離外來體，例如如本文所述。
可以在由生物學樣品中濃縮或分離外來體之後使用結合劑。例如，可以首先分離生物學樣品中的外來體，然後使用針對生物標誌物的結合劑來分離具有特異的生物標誌物的外來體。因此，具有特異的生物標誌物的外來體由外來體的混雜群體中分離出來。備選地，可以未經之前的外來體的分離步驟或濃縮步驟的條件下在包含外來體的生物學樣品上使用結合劑。例如，使用結合劑來分離生物學樣品中具有特異的生物標誌物的外來體。
結合劑可以為dna,rna,單克隆抗體,多克隆抗體,fabs,fab',單鏈抗體,合成抗體,適配體(dna/rna),擬肽,zdna,肽核酸(pna),鎖核酸(lnas),外源凝集素,合成或天然形成的化學化合物(包括但不限於藥劑、標記試劑),枝狀物或它們的組合。
在某些例子中，可以使用單一的結合劑來分離外來體。在其他例子中，可以使用不同結合劑的組合來分離外來體。例如，可以使用至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,50,75或100種不同的結合劑來分離生物學樣品中的外來體。此外，一種或多種不同的外來體的結合劑可以形成外來體的生物學特徵，下文中進一步描述。
此外，可以使用不同的結合劑來進行多重分析。例如，可以通過使用不同的結合劑來分離各種外來體群體從而實施多於一種的外來體群體(例如得自特定的細胞類型的外來體)的分離。不同的結合劑可以與不同的顆粒結合，其中不同的顆粒被標記。在另一個實施方案中，可以使用包含不同的結合劑的陣列來用於多重分析，其中不同的結合劑被不同的標記，或者可以根據結合劑在陣列上的位置來查明。可以在達到標記物或檢測方法的分辨能力下完成多重分析，例如下文中所述。
所述的結合劑可以為抗體。例如，可以使用對所述外來體上存在的一種或多種抗原具有特異性的一種或多種抗體來分離外來體。例如，外來體在其表面上具有cd63，並且針對cd63的抗體或捕獲抗體可以用於分離外來體。備選地，衍生自腫瘤細胞的外來體能夠表達epcam，可以使用針對epcam和cd63的抗體來分離外來體。用於分離外來體的其他抗體可以包括針對cd9,psca,tnfr,cd63,b7h3,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,psma或5t4的抗體或捕獲抗體。
本文所公開的抗體可以為免疫球蛋白分子或免疫球蛋白分子的免疫活性部分，即，包含能夠特異性地結合抗原的抗原結合位點的分子和合成抗體。免疫球蛋白分子可以為任何種類(例如igg,ige,igm,igd或iga)、或者免疫球蛋白分子的亞類。抗體包括但不限於多克隆抗體,單克隆抗體,雙特異性抗體,合成抗體,人源化的抗體,嵌合抗體,單鏈抗體,fab片段和f(ab')2片段,fv或fv'部分,由fab表達文庫產生的片段,抗獨特型(抗-id)抗體或者上文所述的任一種的抗原決定部位的結合片段。如果抗體優選地與抗原結合，並且例如與另一種分子具有低於大約30％,20％,10％,5％或1％的交叉反應性，則該抗體或者通常為任何分子「特異性地結合」抗原(或其他分子)。
所述的結合劑還可以為多肽或肽。可以使用最廣義的多肽，並且可以包括亞單元胺基酸、胺基酸類似物或仿肽的序列。所述的亞單元可以通過肽鍵連接。所述的多肽可以為天然形成的、天然形成多肽的加工形式(例如通過酶消化)、化學合成的或重組表達的。用於本發明的方法中的多肽可以為使用標準的技術化學合成的。所述的多肽可以包含d胺基酸(其對l胺基酸特異性的蛋白酶具有抗性)、d和l胺基酸的組合、β胺基酸或多種其他設計或非天然形成的胺基酸(例如β-甲基胺基酸、cα-甲基胺基酸和nα-甲基胺基酸等)，從而賦予特定的性質。合成的胺基酸可以包括用於賴氨酸的鳥氨酸、和用於亮氨酸或異亮氨酸的正亮氨酸。此外，所述的多肽可以具有仿肽鍵，例如酯鍵，從而製備具有新的性質的多肽。例如，可以生成引入了還原的肽鍵(即，r1-ch2-nh-r2，其中r1和r2為胺基酸殘基或序列)的多肽。可以將還原的肽鍵作為二肽亞單元引入。這種多肽對蛋白酶的活性具有抗性，並且在體內具有延長的半衰期。多肽還可以包括擬肽(n-取代的甘氨酸)，其中在胺基酸中側鏈與沿著分子主鏈上的氮原子相連，而並非與α-碳相連。在本申請的全文中，多肽和肽將交換使用，即，在使用術語肽的情況下，其還可以包括多肽，而在使用術語多肽的情況下，其還包括肽。
可以使用已知的結合劑來分離外來體。例如，所述的結合劑可以為能夠與外來體的「看家蛋白質」或普通的外來體生物標誌物(例如cd63,cd9,cd81,cd82,cd37,cd53或rab-5b)相結合的試劑。所述的結合劑還可以為能夠與衍生自特定的細胞類型(例如腫瘤細胞(例如針對epcam的結合劑))的或特定的細胞源的外來體相結合的試劑，例如下文中所述。例如，用於分離外來體的結合劑可以為針對選自圖1中的抗原的結合劑。針對外來體的結合劑還可以選自圖2中所列的那些。例如，所述的結合劑可以用於諸如5t4,b7h3,小窩蛋白,cd63,cd9,上皮細胞鈣粘蛋白,mfg-e8,psca,psma,rab-5b,steap,tnfr1,cd81,epcam,cd59或cd66之類的抗原。可以使用一種或多種結合劑(例如針對一種或多種抗原的一種或多種結合劑)來分離外來體。可以根據分離衍生自特定細胞類型的外來體或細胞源特異性的外來體的需要來選擇所用的結合劑。
結合劑還可以與固體表面或基底直接或間接相連。固體表面或基底可以為結合劑可以與其直接或間接相連的、任何可物理分離的固體，包括但不限於通過微陣列和孔,顆粒(例如珠),柱,光纖,手帕,玻璃和經修飾或官能化的玻璃,石英,雲母,重氮化的膜(紙或尼龍),聚甲醛,纖維素,醋酸纖維素,紙,陶瓷,金屬,非金屬,半導體材料,量子點,塗敷的珠或粒子,其他色譜材料,磁粒子所提供的表面；塑料(包括丙烯酸酯,聚苯乙烯,苯乙烯或其他材料的共聚物,聚丙烯,聚乙烯,聚丁烯,聚亞安酯,teflontm等),多糖,尼龍或硝化纖維,樹脂,二氧化矽或基於二氧化矽的材料(包括矽和改性的矽),碳,金屬,無機玻璃,塑料,陶瓷,導電聚合物(包括諸如聚吡咯和聚吲哚之類的聚合物)所提供的表面；微結構或納米結構的表面，例如核酸覆瓦式陣列,納米管,納米線或者納米顆粒裝飾的表面；或者多孔表面或凝膠，例如甲基丙烯酸酯,丙烯醯胺,糖聚合物,纖維素,矽酸酯或者其他纖維狀或鏈狀聚合物。此外，如本領域已知的，可以使用具有任何數量的材料(包括聚合物，如右旋糖苷、丙烯醯胺、凝膠或瓊脂糖)的、被動式或化學衍生的塗料來塗敷基底。這種塗料可以有利於具有生物學樣品的陣列的使用。
例如，用於分離外來體的抗體可以與固體基底(例如多孔板，如市售可得的平板(例如得自nunc,milanitaly))結合。各孔可以塗敷抗體。在某些實施方案中，用於分離外來體的抗體可以與諸如陣列之類的固體基底結合。所述的陣列可以具有預定的分子相互作用的空間排布，結合島，生物分子，結合島的區域、結構域或空間排布，或者分布於離散範圍內的結合劑。此外，術語陣列在本文中可以用於指再表面上排布的多個陣列，例如可以為這樣的情況，即，表面上具有陣列的多個拷貝。這種具有多個陣列的表面還可以指多重陣列或重複陣列。
結合劑還可以與粒子結合，例如珠或微球。例如，對外來體成分具有特異性的抗體可以與粒子結合，並且抗體結合的粒子可以用於分離生物學樣品中的外來體。在某些實施方案中，所述的微球可以為磁性的或螢光標記的。此外，用於分離外來體的結合劑可以為固體基底本身。例如，可以使用橡膠珠，例如乙醛/硫酸鹽珠(interfacialdynamics,portland,or)。
此外，還可以使用與磁珠結合的結合劑來分離外來體。例如，可以收集得自患者的生物學樣品(例如血清)以用於結腸癌篩查。所述的樣品可以與偶聯有磁微珠的抗-ccsa-3(結腸癌特異性抗原)溫育。可以在macs分離器的磁場中放置低密度的微柱，然後將該柱用緩衝溶液(例如tris緩衝的鹽水)洗滌。然後，將磁性免疫絡合物施加到柱上，並廢棄未結合的非特異性的材料。可以通過除去分離器中的柱、並將其放置在收集管上來回收ccsa-3所選的外來體。可以將緩衝劑加入到所述的柱上，並可以通過施加與柱一起提供的活塞來釋放磁標記的外來體。經分離的外來體可以在igg洗脫緩衝劑中稀釋，然後將絡合物離心從而分離外來體中的微珠。經分離的球形細胞源的特異性外來體可以再次懸浮於緩衝劑(例如磷酸鹽緩衝的鹽水)中，並進行定量。備選地，由於抗體捕獲的細胞源的特異性外來體與磁微珠之間的粘附力較強，所以可以使用蛋白水解酶(例如胰蛋白酶)來釋放捕獲的外來體而無需離心。可以將蛋白水解酶與抗體捕獲的細胞源的特異性外來體溫育足以釋放所述外來體的時間。
用於分離外來體的結合劑(例如抗體)優選的是與包含所關注的外來體的生物學樣品接觸至少足以使結合劑與外來體成分發生結合的時間。例如，抗體可以與生物學樣品接觸由秒至天的各種時間段，包括但不限於大約10分鐘、30分鐘、1小時、3小時、5小時、7小時、10小時、15小時、1天、3天、7天或10天。
結合劑(例如對圖1中所列的抗原具有特異性的抗體或者圖2中所列的結合劑)可以用以下物質標記，包括但不限於磁性標記物,螢光部分,酶,化學發光探針,金屬粒子,非金屬膠狀粒子,聚合物染料粒子,顏料分子,顏料粒子,電氣化學活性物質,半導體納米晶體或其他納米粒子(包括量子點或金粒子)。所述的標記物可以為但不限於螢光團、量子點或放射性標記物。例如，所述的標記物可以為放射性同位素(放射性核)，例如3h,11c,14c,18f,32p,35s,64cu,68ga,86y,99tc,111in,123i,124i,125i,131i,133xe,177lu,211at或213bi。所述的標記物可以為螢光標記物，例如稀土螯合物(銪螯合物)；螢光素類型，例如但不限於fitc、5-羧基螢光素、6-羧基螢光素；若丹明類型，例如但不限於tamra；丹黃醯類；麗絲胺；花青素；藻紅蛋白；texas紅；以及它們的類似物。
結合劑可以是直接或間接標記的，即，所述的標記物通過生物素-鏈親和素與抗體連接。備選地，抗體是未被標記的，但是在第一抗體與所關注的抗原結合後，所述的第一抗體在後期與經標記的第二抗體相接觸。
例如，多種酶-底物標記物是可用的，並有所公開(例如參見美國專利no.4,275,149)。所述的酶通常催化了發色體底物的化學改變，可以使用多種技術測量這種改變。例如，所述的酶可以催化底物的顏色發生變化，該底物可以採用分光光度法測量。備選地，所述的酶可以改變底物的螢光性或化學發光性。酶標記物的實例包括螢光素酶(例如螢火蟲螢光素酶和細菌螢光素酶；美國專利no.4,737,456),螢光素,2,3-二氫酞嗪二酮,蘋果酸脫氫酶,脲酶,過氧化物酶(例如辣根過氧化物酶(hrp)),鹼性磷酸酶(ap),β-半乳糖苷酶,葡萄糖澱粉酶,溶菌酶,糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶,半乳糖氧化酶以及葡萄糖-6-磷酸脫氫酶),雜環氧化酶(例如尿酸酶和黃嘌呤氧化酶),乳過氧化物酶,微過氧化物酶等。酶-底物結合的實例包括但不限於：使用過氧化氫酶作為底物的辣根過氧化物酶(hrp)，其中過氧化氫酶氧化染料前體(例如鄰苯二胺(opd)或3,3',5,5'-四甲基聯苯胺氫氯化物(tmb))；使用對硝基苯基磷酸酯作為發色體底物的鹼性磷酸酶(ap)；以及使用發色體底物(例如對硝基苯基-β-d-半乳糖苷酶)或螢光底物(4-甲基傘花基-β-d-半乳糖苷酶)的β-d-半乳糖苷酶(β-d-gal)。
根據所用的分離方法，所述的結合劑可以與固體表面或基底(例如陣列、粒子、孔和上文所述的其他基底)相連。用於將抗體與細胞表面直接化學偶聯的方法是本領域已知的，並且可以包括(例如)使用戊二醛或馬來醯亞胺活化的抗體進行偶聯。用於使用多步驟的方法進行化學偶聯的方法包括生物素化，即，使用苦味酸(tnp)或洋地黃毒苷的琥珀醯亞胺酯來偶聯苦味酸(tnp)或洋地黃毒苷。可以通過(例如)使用d-生物素基-n-羥基琥珀醯亞胺酯來生物素化。琥珀醯亞胺基團在ph值高於7的條件下與氨基有效地反應，並且優選的是在大約ph8.0至大約ph8.5之間。可以通過(例如)使用二硫蘇糖醇、然後加入生物素馬來醯亞胺來處理細胞，從而完成生物素化。
流式細胞計數儀
此外，還可以使用流式細胞計數儀來實施使用了諸如珠或微球之類的粒子的外來體的分離。可以使用流式細胞計數儀來挑選懸浮於液體流中的微小粒子。當粒子通過時，它們可以選擇性地荷電，並在它們離開時可以轉向液體流的分開的路徑中。因此，可以以高度的精確性和速度分離原始混合物(例如生物學樣品)中的多個群體。流式細胞計數儀可以對流過光學/電子檢測儀器的單個細胞的物理和/或化學特徵同時進行多參數分析。單頻率(顏色)的光束(通常為雷射)定向在水動力集中的液體流上。多數的檢測劑針對其中液體流經過了光束的點上；一個散射角在具有光束的線(正向散射或fsc)上，若干個散射角垂直於具有光束的線(側向散射或ssc)上，以及一種或多種螢光檢測器。
通過光束的各個懸浮的粒子以某種方式散射光，並且粒子中的螢光化學品可以被激活為頻率低於光源的發射光。散射光與螢光的這種組合被檢測器所測到，並通過分析各檢測器(一個檢測器用於測定各螢光發射的峰值)中亮度的波動情況，可以推斷關於各單個粒子的物理和化學結構的各種實情。fsc與細胞的尺寸相關，而ssc取決於粒子的內部複雜性，例如核的形狀、細胞質粒的量和類型或者膜的粗糙情況。一些流式細胞計數儀無需螢光，並且僅使用光散射來進行測量。
流式細胞計數儀可以以「實時」的方式每秒分析幾千個粒子，並且可以分割並分離具有特定性質的粒子。在各分析期間，對於大量的單個細胞而言，所述的計數儀提供了設定參數的、高流量自動化的量化和分離。現代化的裝置具有多個雷射和螢光檢測器，例如至多4個雷射和18個螢光檢測器，從而使得待使用的多種標記物可以通過它們的表現型更精確地確定靶物群體。
得自流式細胞計數儀的數據以1維的方式繪製，從而得到柱狀圖，或者以2維的方式如點狀圖或使用較新的軟體以3維方式示出。這些點上的區域可以通過一系列亞提取步驟(其稱為門控)來依次分離這些圓點上的區域。特定的門控方案存在用於診斷和臨床目的，特別是涉及血液學的情況。這些點通常以對數規格完成。因為不同螢光染料的發射譜重疊，所以在檢測器處的信號不得不電學以及計算方式來補償。用於標記生物標誌物的螢光團可包括ormerod,flowcytometry2nded.,springer-verlag,newyork(1999)和nidaetal.,gynecologiconcology2005；4889-894中所述的那些，其通過引用併入本文。
多重分析
不同的結合劑可以用於多重分析不同的外來體群體。可以使用不同的結合劑來分離或檢測不同的外來體群體。生物學樣品中的各外來體群體可以使用不同的信號標記物(例如螢光團、量子點或放射性標記物，如上文所述的那些)標記。所述的標記物可以與結合劑直接綴合，或者間接用於檢測結合劑。在多重測定中檢測的群體的數量取決於標記物的分辨能力和信號總量，其中與兩種或多種親和原件結合的兩種以上的不同標記的外來體群體可以產生總體信號。
可以對至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,50,75或100種不同的外來體群體進行多重分析。例如，對一種細胞源具有特異性的一種外來體群體可以與對不同細胞源具有特異性的第二種外來體群體一起測定。備選地，具有特定的生物標誌物或生物學特徵的外來體群體可以與具有不同生物標誌物或生物學特徵的第二種外來體群體一起測定。
在一個實施方案中，通過將包含多於一種外來體群體的多種外來體施加到多個基底(例如珠)上來進行多重分析。各珠與一種或多種捕獲劑偶聯。將多個珠分為幾個子集，其中具有相同捕獲劑或捕獲劑的組合的珠形成珠的子集，使得珠的各個子集具有不同於另一個珠的子集的捕獲劑或捕獲劑的組合。然後，所述的珠可以用於捕獲包含與捕獲劑相結合的成分的外來體。不同的子集可以用於捕獲不同的外來體群體。然後，可以通過檢測外來體的一種或多種生物標誌物來分析捕獲的外來體。
流式細胞計數儀可以與基於粒子或基於珠的測定方法組合使用。可以使用多參數免疫測定方法或其他高產量的檢測測定方法，其使用了塗敷有同源配基的珠以及具有與高度敏感性自動化技術相一致特異活性的報告分子。例如，各子集中的珠與另一子集的珠是不同標記的。例如，在基於粒子的測定系統中，用於外來體的結合劑或捕獲劑(例如捕獲抗體)可以固定於地址可尋的珠或微球上。用於各單個結合測定(例如當結合劑為抗體的免疫測定)的各結合劑可以與截然不同類型的微球(即，微珠)偶聯，並且結合測定反應發生在微球的表面上。微球可以由於不同的標記物而相區別，例如與具有不同捕獲劑的另一種微球相比，具有特定捕獲劑的微球具有不同的信號標記物。例如，微球可以染色為具有離散的螢光強度，從而使得具有特定結合劑的微球的螢光強度不同於具有不同結合劑的另一種微球的螢光強度。
所述的微球可以標記或染色有至少2種不同的標記物或染料。在某些實施方案中，所述的微球標記有至少3,4,5,6,7,8,9或10種不同的標記物。在多種微球中不同的微球可以具有多於一種的標記物或染料，其中不同子集的微球具有不同比例和組成的標記物或染料，從而可以檢測具有不同結合劑的不同微球。例如，不同比例和組成的標記物和染料可以得到不同的螢光強度。備選地，不同比例和組成可以用於產生不同的檢測節奏，以鑑定結合劑。所述的微球可以在外表面上標記或染色，或者可以具有內部螢光或信號標記物。所述的珠可以單獨地負載有它們合適的結合劑，因此，可以根據不同標記的微球(不同的結合劑與其偶聯)上的不同結合劑來分離不同的外來體群體。
在另一個實施方案中，可以使用平坦的基底進行多元分析，其中所述的基底包含多種捕獲劑。所述的多種捕獲劑可以捕獲一種或多種外來體群體，並檢測所捕獲外來體的一種或多種生物標誌物。平坦的基底可以為微陣列或其他基底，下文中進一步描述。
新型結合劑
可以使用針對外來體的新型成分的結合劑(例如針對所關注外來體的特異性新型抗原的抗體)來分離外來體。可以使用與基底結合的已知組成的不同測試化合物來分離或鑑定所關注外來體的特異性新型抗原，例如粒子的陣列或多個粒子，它們可以具有大量的化學/結構空間，從而得以僅使用小部分的空間進行充分的取樣。例如，針對細胞源特異性的外來體所鑑定的新型抗原可以為針對該特定細胞源特異性的外來體的生物標誌物。
可以通過篩查針對測試化合物的均質的或混雜的外來體群體來鑑定結合劑。由於基底表面上各測試化合物的組成是已知的，所以這構成了用於親和性原件的篩子。例如，測試化合物陣列在基底地址可尋的位置上在特定的位置處包含測試化合物，並可以用於鑑定用於外來體的一種或多種結合劑。基於核心序列或結構的較少變化，測試化合物全部都可以是不相關的或者是相關的。不同的測試化合物可以包含給定測試化合物(例如多肽的同種型)的變體，結構或組成不相關的測試化合物，或它們的組合。
測試化合物可以為擬肽,多糖,有機化合物,無機化合物,聚合物,脂質,核酸,多肽,抗體,等那白紙,多糖或其他化合物。所述的測試化合物可以為天然或合成的。所述的測試化合物可以包含基於鍵的任何數量或鍵的組成(例如氨基化合物、酯、醚、硫醇、自由基加成、金屬配位等)的線性或支化的雜聚化合物、枝狀結構、環狀結構、腔體結構或者具有多個臨近的連接位點從而在進行特定的加成時起到支架作用的其他結構，或者由這些結構組成。可以使用本領域的標準方法將測試化合物繪製在基底上或者原位合成。此外，所述的測試化合物可以以組合方式進行繪製或原位合成，以便檢測有用的相互作用，例如協同結合。
所述的測試化合物可以為具有已知的胺基酸序列的多肽，由此檢測測試化合物與外來體的結合情況可以鑑定可以用作結合劑的已知胺基酸序列的多肽。例如，可以將外來體的均質群體施加到載玻片(包含幾種至1,000,000種長度可變的胺基酸的測試多肽)上的繪製陣列上。所述的多肽可以通過c-末端與所述的表面連接。所述多肽的序列可以由19種胺基酸(不包括半胱氨酸)隨機生成。結合反應可以包括非特異性的競爭劑(例如使用另一種染料標記的過量的細菌蛋白質)，從而可以確定針對各多肽的結合靶物的特定比例。可以選擇特異性最高且結合性最強的多肽。各繪製點上多肽的特徵是已知的，由此可以容易地鑑定。一旦鑑定出對均質的外來體(例如細胞源特異性的外來體)群體具有特異性的新型抗原，則隨後可以使用所述的抗原分離所述的細胞源的特異性外來體，如下文所述的方法。
此外，還可以使用陣列來鑑定用於分離外來體的抗體。測試抗體可以與陣列連接，並針對混雜的外來體群體進行篩選，以鑑定可以用於分離並鑑定外來體的抗體。此外，還可以使用抗體陣列來篩選均質的外來體(例如細胞源的特異性外來體)群體。除了鑑定抗體以用於分離均質的外來體群體之外，還可以鑑定對均質的外來體群體具有特異性的一種或多種蛋白質生物標誌物。可以使用具有預選的測試抗體的或者與所述陣列連接的慣例選擇的測試抗體的、市售可得的平臺。例如，可以使用前列腺癌細胞衍生的外來體來篩選得自fullmoonbiosystems的抗體陣列，從而鑑定作為結合劑(例如參見圖63)的針對bcl-xl,ercc1,角蛋白15,cd81/tapa-1,cd9,上皮特異性抗原(esa)和肥大細胞胰凝乳蛋白酶的抗體，並且所鑑定的蛋白質可以用作用於外來體的生物標誌物。
此外，還可以通過肽陣列鑑定待用作結合劑的抗體或合成抗體。另一種方法是使用通過抗體的噬菌體展示的合成的抗體。抗體(例如fab)的m13噬菌體文庫作為外殼蛋白的融合體展示在噬菌體粒子的表面上。各種噬菌體粒子展示出獨特的抗體，此外還囊封了包含編碼dna的載體。可以構建高度多樣的文庫，並代表了噬菌體池，其可以用於結合固定化抗原的抗體的選擇。通過固定化的抗原而使得抗原結合噬菌體得以保持，而未結合的噬菌體通過洗滌除去。可以通過感染大腸桿菌宿主來擴增保持的噬菌體池，並將擴增的池用於另外若干輪次的選擇，從而最終得到抗原結合克隆佔優勢的群體。在這一階段，可以分離單個的噬菌體克隆，並經歷dna測序，從而推導出展示抗體的序列。通過使用噬菌體展示以及本領域已知的其他方法，可以形成針對外來體的高親和性設計抗體。
此外，基於珠的測定還可以用於鑑定新型結合劑，以分離外來體。測試抗體或肽可以與粒子綴合。例如，珠可以與抗體或肽綴合，並用於檢測和定量在外來體群體的表面上表達的蛋白質，從而發現並特定地選擇可以靶向得自特定組織或腫瘤類型的外來體的新型抗體。可以通過使用市售可得的試劑盒根據製造商提供的說明書，使有機來源的任何分子順利地與聚苯乙烯珠綴合。各套珠都可以染色為某可檢測的波長，並且各組珠都可以與已知的抗體或肽連接，其中所述的抗體或肽可以用於特異性地測量哪些珠與外來體蛋白質(與之前綴合的抗體或肽的抗議決定部位相匹配)連接。所述的珠可以染色有離散的螢光強度，使得具有不同強度的各個珠具有上文所述的不同結合劑。
例如，根據經驗確定的測定動力學範圍，可以將純化的外來體製備物在測定緩衝劑中稀釋至合適的濃度。可以製備足量體積的偶聯珠，並將大約1μl的抗體偶聯珠等分至孔中，並調節至最終體積為大約50μl。一旦抗體綴合的珠加入到真空相容性平板中，便對該珠進行洗滌，以確保合適的結合條件。然後，可以將適量體積的外來體製備物加入到進行測定的各孔中，並將混合物溫育例如15-18小時。可以使用檢測抗體稀釋溶液製備足量體積的檢測抗體，並與混合物溫育1小時或所需的時間。然後，洗滌珠，之後加入由streptavidinphycoereythin構成的檢測抗體混合物(表達生物素)。然後，可以洗滌珠，並若干次吸真空，然後使用與裝置一起提供的軟體在懸浮陣列系統上進行分析。之後，通過分析可以闡明可用於選擇性地提取外來體的抗原的特徵。
使用了成像系統的測定可以用於檢測並定量在外來體的表面上表達的蛋白質，從而發現並特異性地選擇且富集特定組織或腫瘤類型中的外來體。可以使用與多孔碳塗敷的多路徑平板綴合的抗體、肽或細胞。可以通過使用列於圖案化的碳工作表面上的捕獲抗體來同時測量孔中的多種分析物。然後，可以在具有電-化學發光增強板的電極孔中，使用標記有試劑的抗體檢測分析物。有機起源的任何分子可以順利地與碳塗敷的平板綴合。可以由所述的測定鑑定出外來體表面上表達的蛋白質，並且可以用作特異性地選擇並富集特定組織或腫瘤類型的外來體的靶物。
此外，所述的結合劑還可以為新型適配體。可以使用指數富集配基的系統進化(selex)技術鑑定用於靶物的適配體(tuerk&gold,science249:505-510,1990；ellington&szostak,nature346:818-822,1990)，例如在美國專利no.5,270,163中所述。可以將核酸文庫與靶物外來體相接觸，並將特異性地與所述靶物結合的那些核酸與文庫中剩餘的核酸(其不能特異性地結合所述的靶物)分隔。將分隔的核酸擴增，從而得到配基富集的池。進行多個循環的結合、分隔和擴增(即，選擇)，從而鑑定具有所需活性的一種或多種適配體。用於鑑定適配體從而分離外來體的另一種方法在美國專利no.6,376,19中有所描述，所述文獻描述了通過文庫中核酸與化學合成的肽的結合而使得該核酸的頻率增加或降低。此外，還可以使用修改方法，例如在美國專利公開no.20090264508中所述的laserselex或deselex。
微流體
用於分離或鑑定外來體的方法可以與微流體裝置組合使用。可以使用微流體裝置實施本文所公開的分離外來體的方法。微流體裝置(其還可以稱為「晶片上的試驗室」系統、生物醫學微電子機械系統(biomem)或多成分集成系統)可以用於分離和分析外來體。所述的系統使工藝(可以結合外來體、檢測外來體生物標誌物以及其他工藝)小型化並可以進行劃分。
此外，微流體裝置還可以用於通過尺寸差異或親和性選擇來分離外來體。例如，微流體裝置可以根據尺寸而使用多通道來分離生物學樣品中的外來體，或者通過使用一種或多種結合劑來分離生物學樣品中的外來體。可以將生物學樣品引入到一個或多個微流體通道中，其可以選擇性地使外來體通過。可以根據外來體的性質(例如尺寸、形狀、可塑性、生物標誌物概況或生物學特徵)來進行選擇。
備選地，可以將外來體的混雜群體引入到微流體裝置中，並可以得到不同的外來體均質群體。例如，不同的通道可以具有不同的尺寸選擇或結合劑，從而選擇不同的外來體群體。因此，微流體裝置可以分離多種外來體，其中多種外來體的至少一個子集包含不同於所述多種外來體的另一個子集的生物學特徵。例如，所述的微流體裝置可以分離至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,40,50,60,70,80,90或100種不同子集的外來體，其中各子集的外來體包含不同的生物學特徵。
在某些實施方案中，所述的微流體裝置可以包含允許外來體的進一步富集或選擇的一個或多個通道。在通過第一通道後已經富集的外來體群體可以被引入到第二通道中，其可以使所需的外來體群體通過，從而通過(例如)存在於第二通道中的結合劑而進一步富集。
基於陣列的測定和基於珠的測定可以與微流體裝置一起使用。例如，所述的結合劑可以與珠偶聯，並且可以在微流體裝置中實施珠與外來體之間的結合反應。此外，還可以使用微流體裝置進行倍增。不同的劃分可以包含針對不同的外來體群體的不同結合劑，其中各群體為不同的細胞源特異性的外來體群體，或者各群體具有不同的生物學特徵。可以在微流體裝置中實施微球與外來體之間的雜交反應，並且反應混合物可以被傳遞到檢測裝置中。所述的檢測裝置(例如雙重或多重雷射檢測系統)可以為微流體系統的一部分，並且可以使用一束雷射通過微球的色彩編碼來鑑定各珠或微球，而另一束雷射可以檢測與各珠有關的雜交信號。
可以使用的、或者適用於外來體的微流體裝置的實例包括但不限於在美國專利no.7,591,936,7,581,429,7,579,136,7,575,722,7,568,399,7,552,741,7,544,506,7,541,578,7,518,726,7,488,596,7,485,214,7,467,928,7,452,713,7,452,509,7,449,096,7,431,887,7,422,725,7,422,669,7,419,822,7,419,639,7,413,709,7,411,184,7,402,229,7,390,463,7,381,471,7,357,864,7,351,592,7,351,380,7,338,637,7,329,391,7,323,140,7,261,824,7,258,837,7,253,003,7,238,324,7,238,255,7,233,865,7,229,538,7,201,881,7,195,986,7,189,581,7,189,580,7,189,368,7,141,978,7,138,062,7,135,147,7,125,711,7,118,910和7,118,661中描述的那些。
細胞源的外來體和疾病特異性的外來體
本文所公開的結合劑可以用於分離樣品中混雜的外來體群體，或者可以用於分離或鑑定均質的外來體群體，例如細胞源特異性的外來體或具有特定生物學特徵的外來體。可以對均質的外來體群體(例如細胞源特異性的外來體)進行分析，並用於表徵受試者的表現型。細胞源特異性的外來體為衍生自特定細胞類型的外來體，其可以包含但不限於特定組織的細胞、得自所關注的特定腫瘤或者所關注的疾病組織的細胞、循環中的腫瘤細胞、或者母體或胎兒起源的細胞。所述的外來體可以衍生自腫瘤細胞、肺部細胞、胰腺細胞、胃部細胞、腸細胞、膀胱細胞、腎細胞、卵巢細胞、睪丸細胞、皮膚細胞、結腸直腸細胞、乳腺細胞、前列腺細胞、腦細胞、食管細胞、肝細胞、胎盤細胞或胎兒細胞。所述的分離的外來體還可以得自特定的樣品類型，例如尿外來體。
生物學樣品中的細胞源特異性的外來體可以使用對細胞源具有特異性的一種或多種結合劑來分離。用於分析疾病或狀況的外來體可以使用對所述疾病或狀況的生物標誌物具有特異性的一種或多種結合劑來分離。
可以將所述的外來體濃縮，然後按照上文所述通過(例如)離心、色譜或過濾來分離細胞源特異性的外來體，從而得到混雜的外來體群體，然後再分離細胞源特異性的外來體。備選地，所述的外來體並未濃縮，或者所述的生物學樣品並未富集外來體，然後分離細胞源的外來體。
圖61詳細說明了描繪一種用於分離或鑑定細胞源特異性的外來體的方法100的流程圖。首先，在步驟102中，由受試者獲得生物學樣品。所述的樣品可以得自第三方，或者得自實施所述分析的同一方。然後，在步驟104中分離生物學樣品中的細胞源特異性的外來體。接著，在步驟106中分析經分離的細胞源特異性的外來體，並在步驟108中針對特定的表現型來鑑定生物標誌物或生物學特徵。所述的方法可以用於多種表現型。在某些實施方案中，在步驟104之前，將外來體由生物學樣品中濃縮或分離，從而得到混雜的外來體群體。例如，可以使用離心、色譜、過濾或上文所述的其他方法來分離混雜的外來體群體，然後使用一種或多種用於分離或鑑定衍生自特定細胞類型的外來體或細胞源特異性的外來體的特異性結合劑。
可以通過使用以高度的特異性與細胞源特異性的外來體相結合的一種或多種結合劑來分離受試者生物學樣品中的細胞源特異性的外來體。在某些例子中，可以使用單一的結合劑來分離細胞源特異性的外來體。在其他例子中，可以使用結合劑的組合來分離細胞源特異性的外來體。例如，可以使用至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,50,75或100種不同的結合劑來分離細胞源的外來體來分離細胞源的外來體。因此，可以通過使用一種或多種結合劑來鑑定外來體群體(例如具有相同的結合劑概況的外來體)。
可以根據一種或多種結合劑對靶物抗原(其對細胞源、腫瘤或疾病具有特異性)的特異性來選擇這些結合劑。可以單獨使用或組合使用來分離細胞源特異性的外來體、疾病特異性的外來體或腫瘤特異性的外來體的抗原非限定性實例如圖1所示，並在下文還將進行描述。所述的抗原可以為結合劑可達到的膜結合抗原。所述的抗原還可以為所述表現型的生物標誌物。
乳腺癌
可以使用結合劑(例如抗體)來分離衍生自乳腺癌細胞的外來體，其中所述的結合劑對與乳腺癌起源的細胞(例如腺體或基質癌細胞)相關的抗原具有特異性。可以使用抗原來分離衍生自乳腺癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於bca-225,hsp70,mart1,er,vegfa,iii類b-微管蛋白,her2/neu(用於her2+bc),gpr30,erbb4(jm)同種型,mpr8,misiir,它們的片段,它們的任何組合,或者對乳腺癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
卵巢癌
針對對卵巢癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自卵巢癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於ca125,vegfr2,her2,misiir,vegfa,cd24,它們的片段,它們的任何組合,或者對卵巢癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
肺癌
針對對肺癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自肺癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於cyfra21-1,tpa-m,tps,cea,scc-ag,xage-1b,hla類1,ta-muc1,kras,hent1,激肽b1受體,激肽b2受體,tsc403,hti56,dc-lamp,它們的片段,它們的任何組合,或者對肺癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
結腸癌
針對對結腸癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自結腸癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於cea,muc2,gpa33,ceacam5,enfb1,ccsa-3,ccsa-4,adam10,cd44,ng2,蝶素b1,盤狀球蛋白,半乳凝集素4,rack1,四次跨膜超家族-8,fasl,a33,cea,egfr,二肽酶1,pten,na(+)-依賴的葡萄糖轉運蛋白,udp-二磷酸葡萄糖醛酸基轉移酶1a,它們的片段,它們的任何組合,或者對結腸癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
前列腺癌
針對對前列腺癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自前列腺癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於psa,tmprss2,faslg,tnfsf10,psma,ngep,il-7ri,cscr4,cyslt1r,trpm8,kv1.3,trpv6,trpm8,psgr,misiir,半乳凝集素-3,pca3,tmprss2:erg,它們的片段,它們的任何組合,或者對前列腺癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
腦癌
針對對腦癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自腦癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於prmt8,bdnf,egfr,dppx,elk,densin-180,bai2,bai3,它們的片段,它們的任何組合,或者對腦癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
血癌
針對對惡性血液病起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自惡性血液病細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於cd44,cd58,cd31,cd11a,cd49d,garp,bts,raftlin,它們的片段,它們的任何組合,或者對惡性血液病細胞具有特異性的抗原的任何組合。
黑素瘤
針對對黑素瘤起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自黑素瘤細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於dusp1,tyrp1,silv,mlana,mcam,cd63,alix,hsp70,膜突蛋白,p120連環蛋白,pgrl,突觸融合蛋白結合蛋白質1&2,小窩蛋白,它們的片段,它們的任何組合,或者對黑素瘤細胞具有特異性的抗原的任何組合。
肝癌
針對對肝細胞癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自肝細胞癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於hbxag,hbsag,nlt,它們的片段,它們的任何組合,或者對肝細胞癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
宮頸癌
針對對宮頸癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自宮頸癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於mct-1,mct-2,mct-4,它們的片段,它們的任何組合,或者對宮頸癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
子宮內膜癌
針對對子宮內膜癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自子宮內膜癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於αvβ6整合蛋白,它們的片段,它們的任何組合,或者對子宮內膜癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
銀屑病
針對對銀屑病具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵銀屑病的外來體，其中所述的抗原包括但不限於flt-1,vpf受體,kdr,它們的片段,它們的任何組合,或者對子銀屑病具有特異性的抗原的任何組合。
自身免疫疾病
針對對自身免疫疾病具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵自身免疫疾病的外來體，其中所述的抗原包括但不限於tim-2,它們的片段,它們的任何組合,或者對自身免疫疾病具有特異性的抗原的任何組合。
腸易激疾病
針對對腸易激疾病(ibd)或綜合症(ibs)具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵ibd或ibs的外來體，其中所述的抗原包括但不限於il-16,il-1β,il-12,tnf-α,幹擾素-γ,il-6,rantes,ii-12,mcp-1,5ht,它們的片段,或者對ibd或ibs具有特異性的抗原的任何組合。
糖尿病
針對對胰腺起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自胰腺細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於il-6,crp,rbp4,它們的片段,它們的任何組合,或者對胰腺細胞具有特異性的抗原的任何組合。
barrett食管
針對對barrett食管具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵barrett食管的外來體，其中所述的抗原包括但不限於p53,muc1,muc6,它們的片段,它們的任何組合,或者對barrett食管具有特異性的抗原的任何組合。
纖維肌痛
針對對纖維肌痛具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵纖維肌痛的外來體，其中所述的抗原包括但不限於新蝶呤,gp130,它們的片段,它們的任何組合,或者對纖維肌痛具有特異性的抗原的任何組合。
前列腺增生
針對對良性前列腺增生(bph)起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自bph細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於kia1,完整的纖維連接蛋白,它們的片段,它們的任何組合,或者對bph細胞具有特異性的抗原的任何組合。
多發性硬化症
針對對多發性硬化症(ms)具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵ms的外來體，其中所述的抗原包括但不限於b7,b7-2,cd-95(fas),apo-1/fas,它們的片段,它們的任何組合,或者對ms具有特異性的抗原的任何組合。
帕金森氏病
針對對帕金森氏病具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵帕金森氏病的外來體，其中所述的抗原包括但不限於park2,銅藍蛋白,vdbp,tau,dj-1,它們的片段,它們的任何組合,或者對帕金森氏病具有特異性的抗原的任何組合。
風溼病
針對對風溼病具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵風溼病的外來體，其中所述的抗原包括但不限於瓜氨酸纖維蛋白a-鏈,cd5抗原樣纖維蛋白原片段d,cd5抗原樣纖維蛋白原片段b,tnfα,它們的片段,它們的任何組合,或者對風溼病具有特異性的抗原的任何組合。
阿爾茨海默氏病
針對抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來進一步分離衍生自患有阿爾茨海默氏病患者的神經元的外來體，其中所述的抗原包括但不限於app695,app751或app770,bace1,半胱氨酸蛋白酶抑制劑c,澱粉蛋白β,t-tau,補體因子h或α-2-巨球蛋白,它們的片段,它們的任何組合,或者對阿爾茨海默氏病具有特異性的抗原的任何組合。
頭和頸部的癌症
針對對頭和頸部的癌症起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自頭和頸部的癌症細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於egfr,ephb4或蝶素b2,它們的片段,它們的任何組合,或者對頭和頸部的癌症細胞具有特異性的抗原的任何組合。
胃腸道間質瘤
針對對胃腸道間質瘤(gist)起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自gist細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於c-kitpdgfra,nhe-3,它們的片段,它們的任何組合,或者對gist細胞具有特異性的抗原的任何組合。
腎細胞癌
針對對腎細胞癌(rcc)起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自rcc細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於cpdgfra,vegf,hif1α,它們的片段,它們的任何組合,或者對rcc細胞具有特異性的抗原的任何組合。
精神分裂症
針對對精神分裂症具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵精神分裂症的外來體，其中所述的抗原包括但不限於atp5b,atp5h,atp6v1b,dnm1,它們的片段,它們的任何組合,或者對精神分裂症具有特異性的抗原的任何組合。
周圍神經病理性疼痛
針對對周圍神經病理性疼痛具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自患有周圍神經病理性疼痛患者的神經細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於ox42,ed9,它們的片段,它們的任何組合,或者對周圍神經病理性疼痛具有特異性的抗原的任何組合。
慢性神經病理性疼痛
針對對慢性神經病理性疼痛具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自患有慢性神經病理性疼痛患者的神經細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於趨化因子受體(ccr2/4),它們的片段,它們的任何組合,或者對慢性神經病理性疼痛具有特異性的抗原的任何組合。
朊病毒疾病
針對對朊病毒疾病具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自患有朊病毒疾病患者的細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於prpsc,14-3-3zeta,s-100,aqp4,它們的片段,它們的任何組合,或者對朊病毒疾病具有特異性的抗原的任何組合。
中風
針對對中風具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵中風的外來體，其中所述的抗原包括但不限於s-100,神經元特異性烯醇酶,park7,ndka,apoc-i,apoc-iii,saa或at-iii片段,lp-pla2,hs-crp,它們的片段,它們的任何組合,或者對中風具有特異性的抗原的任何組合。
心血管疾病
針對對心血管疾病具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵心血管疾病的外來體，其中所述的抗原包括但不限於fatp6,它們的片段,它們的任何組合,或者對心血管疾病或心細胞具有特異性的抗原的任何組合。
食管癌
針對對食管癌起源的細胞具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離衍生自食管癌細胞的外來體，其中所述的抗原包括但不限於casr,它們的片段,它們的任何組合,或者對食管癌細胞具有特異性的抗原的任何組合。
肺結核
針對對肺結核(tb)具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵tb的外來體，其中所述的抗原包括但不限於抗原60,hsp,脂阿拉伯甘露聚糖,硫脂,醯化海藻糖家族的抗原,dat,tat,海藻糖6,6–二黴菌酸酯(索狀因子)抗原,它們的片段,它們的任何組合,或者對tb具有特異性的抗原的任何組合。
hiv
針對對hiv具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵hiv的外來體，其中所述的抗原包括但不限於gp41,gp120,它們的片段,它們的任何組合,或者對hiv具有特異性的抗原的任何組合。
孤獨症
針對對孤獨症具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵孤獨症的外來體，其中所述的抗原包括但不限於vip,pacap,cgrp,nt3,它們的片段,它們的任何組合,或者對孤獨症具有特異性的抗原的任何組合。
哮喘
針對對哮喘具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵哮喘的外來體，其中所述的抗原包括但不限於ykl-40,s-亞硝基硫醇,ssca2,pai,雙調蛋白,成骨細胞特異性因子2,它們的片段,它們的任何組合,或者對哮喘具有特異性的抗原的任何組合。
狼瘡
針對對狼瘡具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵狼瘡的外來體，其中所述的抗原包括但不限於tnfr,它們的片段,它們的任何組合,或者對狼瘡具有特異性的抗原的任何組合。
肝硬化
針對對肝硬化具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵肝硬化的外來體，其中所述的抗原包括但不限於nlt,hbsag,它們的片段,它們的任何組合,或者對肝硬化具有特異性的抗原的任何組合。
流行性感冒
針對對流行性感冒具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵流行性感冒的外來體，其中所述的抗原包括但不限於紅細胞凝集素,神經氨酸酶,hbsag,它們的片段,它們的任何組合,或者對流行性感冒具有特異性的抗原的任何組合。
易損斑塊
針對對易損斑塊具有特異性的抗原，可以使用抗體或任何其他結合劑來分離用於表徵易損斑塊的外來體，其中所述的抗原包括但不限於αv.β3整合蛋白,mmp9,它們的片段,它們的任何組合,或者對易損斑塊具有特異性的抗原的任何組合。
按照上文所述的方法，使用新型結合劑來分離細胞源特異性的外來體。此外，還可以使用基於所述外來體的細胞結合配偶體或結合劑的分離方法來分離生物學樣品中的細胞源特異性的外來體。所述的細胞結合配偶體可以包括但不限於當存在一種或多種特異性生物標誌物時，僅結合所述的外來體的肽、蛋白質、rna、dna、適配體、細胞或血清相關的蛋白質。可以使用單一的結合配偶體或結合劑、或者結合配偶體或結合劑的組合來實施細胞源特異性的外來體的分離，其中所述的配偶體或結合劑的單獨使用或結合使用可以進行細胞源特異性的分離。所述結合劑的非限定性實例在圖2中提供。例如，可以使用一種或多種結合劑分離用於表徵乳腺癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於雌激素,孕酮,赫塞汀(曲妥單抗),ccnd1,mycpna,igf-1pna,mycpna,sc4適配體(ku),aii-7適配體(erb2),半乳凝集素-3,粘蛋白型o-聚糖,l-pha,半乳凝集素-9,或者它們的任何組合。
此外，結合劑還可以根據i)對細胞源特異性的外來體細胞具有特異性的抗原的存在情況，ii)對細胞源特異性的外來體具有特異性的標誌物的缺乏情況，或者iii)對細胞源特異性的外來體具有特異性的生物標誌物的表達水平而用於分離細胞源特意性的外來體。將混雜的外來體群體施加於塗敷有特異性結合劑的表面上，其中所述的結合劑被設計成能夠排除或鑑定外來體的細胞源的特徵。諸如抗體之類的多種結合劑可以列於固體表面或基底上，並且可以使混雜的外來體群體與所述的固體表面或基底接觸足以發生相互作用的時間。然後，與陣列表面或基底上給定抗體位置的特異性結合或非特異性結合可以起到鑑定對給定細胞源具有特異性的外來體群體的抗原特異性特徵。
可以使用上文所述的磁捕獲方法、螢光激活細胞分離術或雷射細胞計數儀，使用一種或多種結合劑來富集或分離細胞源特異性的外來體。磁捕獲方法可以包括但不限於使用磁激活細胞分離(macs)術的微珠或磁柱。可以使用的免疫親和和磁粒子方法的實例在美國專利no.4,551,435,4,795,698,4,925,788,5,108,933,5,186,827,5,200,084或5,158,871中有所描述。還可以根據美國專利no.7,399,632中所述的常規方法，通過使用對外來體具有特異性的抗原的組合來分離細胞源特異性的外來體。
相對於生物學樣品，用於分離或富集細胞源特異性的外來體的任何其他方法還可以與本發明組合使用。例如，體積排阻色譜(例如凝膠滲透柱)、離心或密度梯度離心、以及過濾方法可以與本文所述的抗原選擇方法組合使用。此外，按照kogaetal.,anticancerresearch,25:3703-3708(2005),tayloretal.,gynecologiconcology,110:13-21(2008),nanjeeetal.,clinchem,2000；46:207-223或美國專利no.7,232,653中所述的方法來分離細胞源特異性的外來體。
外來體的評估
可以通過分析受試者中的生物學樣品，並確定所述樣品中的一種或多種外來體群體的水平、量或濃度來表徵受試者的表現型。可以純化或濃縮外來體，然後確定外來體的量。備選地，可以未經過之前的純化或濃縮，而直接測定樣品中的外來體的量。所述的外來體可以為細胞源特異性的外來體或者具有特定生物標誌物或生物標誌物的組合的細外來體。外來體的量可以用於表徵表現型，例如狀況或疾病的診斷、治療或預後。所述的量可以用於確定生理學或生物學狀態，例如妊娠或妊娠的階段。外來體的量還可以用於確定治療效力、疾病或狀況的階段、或者疾病或狀況的進程。例如，外來體的量可以與疾病階段或進程成比例的增加。
可以通過將外來體的水平與外來體的參照水平或值相比較來評價外來體。參照值對於物理或時間終點而言是特定的。例如，參照值可以得自相同的受試者，針對外來體對該受試者的樣品進行評估，或者參照值可以得自樣品的代表性群體(例如得自正常的並未表現出疾病症狀的受試者的樣品)。因此，參照值可以提供閾值測量值，可以針對給定樣品中測定的一種或多種外來體群體，將所述的測量值與受試者的樣品讀數相比較。可以根據得自相應於特定人群的多組樣品而匯集的數據來設定所述的參照值，其中所述的人群包括但不限於年齡(例如新生兒、嬰兒、青少年、青年、中年、老年以及不同年齡的成人)、種族/文化群組、正常的與患病的受試者、吸菸者與非吸菸者、接受治療的受試者與未治療的受試者、具有相似的診斷或治療但治療的時間點不同的特定的受試者個體或群組、或者它們的組合。
參照值可以基於由相同的受試者評估的樣品，以便提供個體跟蹤。頻繁地對患者進行測試可以為特定的患者之前所建立的參照值提供更好的比較，並且可以使醫生更精確地評估患者的疾病階段或進程，從而提供更好的治療決策。個體內外來體水平變化的減少可以為患者提供更加特定且精確的個體閾值。受試者內臨時的變化使得各個個體為疾病或生理學狀體的最佳分析起到縱向對照的作用。
可以針對不具有特定的表現型的未受影響的個體(不同的年齡、文化背景和性別)，通過確定未受影響的個體中的外來體的量來建立參照值。例如，參照群體的參照值可以用作用於檢測測試受試者中的一種或多種外來體群體的基線。如果得自受試者的樣品具有與所述的參照值相似的水平或值，則所述的受試者可以鑑定為為患有疾病，或者發展成疾病的可能性較低。
備選地，可以針對具有特定表現型的個體，通過確定具有所述表現型的個體中一種或多種外來體群體的量來建立參照值或水平。此外，針對特定的表現型可以形成值的索引。例如，不同的疾病階段可以具有不同的值(例如得自具有不同疾病階段的個體)。可以將受試者的值與所述的索引比較，並且可以確定疾病的診斷或預後，例如疾病的階段或進程。在其他實施方案中，針對治療效力可以形成值的索引。例如，可以形成患有特定疾病的個體的外來體水平，並註明對於該個體而言什麼樣的治療是有效的。所述的水平可以用於形成哪個值是受試者比較的值，並針對該個體選擇處理或治療。
例如，可以使用特異性地靶向特定癌症的抗原來分離外來體，從而針對未受特定癌症影響的個體來確定參照值。例如，可以使用相同技術對患有不同階段結腸直腸癌和肺癌息肉的個體實施手術，並將未受影響的個體以及各組循環外來體的水平定義為平均值±標準偏差，所述的值得自以三個平行試驗實施的至少2組分開的試驗。可以採用統計學應用(例如單因素anova，然後為比較各群體的測試後tukey多重比較)對這些組之間進行比較。
此外，還可以針對疾病的復發監測(或ms中的惡化階段)或者治療應答監測來建立參照值。
所述的值可以為定量的值或定性的值。所述的值可以為外來體水平的直接量度(例如質量/體積)，或者為間接量度(例如特異性外來體標誌物的量)。所述的值可以為定量的，例如數值。在其他實施方案中，所述的值為定性的，例如沒有外來體、低水平的外來體、中等水平的外來體、高水平的外來體或它們的變體。
所述的參照值可以儲存在資料庫中，並可以根據外來體的水平或量(例如外來體的總量)或者特定的外來體群體的量(例如細胞源特異性的外來體或具有一種或多種特異性生物標誌物的外來體)而作為用於疾病或狀況的診斷、預後或治療的參照。
可以使用質譜分析法或流式細胞計數儀來表徵外來體的水平。此外，還可以通過免疫細胞化學染色、western印記、電泳、色譜或x射線結晶學，根據本領域公知的方法來對外來體進行分析。可以按照claytonetal.,journalofimmunologicalmethods2001；163-174中所述，使用流式細胞計數儀來對外來體進行表徵和定量測量，所述的文獻以引用方式全文併入本文。可以使用上文所述的結合劑來確定外來體的水平。例如，針對外來體的結合劑可以被標記，然後檢測標記物並用於確定樣品中外來體的量。如上文所述，所述的結合劑可以與基底(例如陣列或粒子)結合。備選地，所述的外來體可以為直接標記的。
此外，電泳標籤或etag還可以用於確定外來體的量。etag為與核酸或抗體連接的小型螢光分子，並被設計為分別與一個特異的核酸序列或蛋白質結合。在etag與其靶物結合後，使用酶將結合的etag與靶物裂解。由釋放的etag產生的信號(稱為「報告物」)與樣品中靶物核酸或蛋白質的量成比例。可以通過毛細管電泳鑑定etag報告物。各etag報告物的獨特的電荷與質量比(即，電荷除以其分子量)使得其在毛細管電泳讀數上以特定的峰顯示。由此，通過靶向具有etag的外來體的特異性生物標誌物，可以確定外來體的量或水平。
可以由混雜的外來體群體(例如樣品中外來體的總群體)來確定外來體的水平。備選地，由均質的外來體群體或基本均質的外來體群體來確定外來體水平，例如特異性細胞源外來體的水平，例如得自前列腺癌細胞的外來體。在其他實施方案中，使用特定的生物標誌物或生物標誌物的組合(例如對前列腺癌具有特異性的生物標誌物)來確定外來體的水平。確定外來體的水平可以與確定外來體的生物標誌物或外來體的生物標誌物的組合聯合實施。備選地，可以在確定外來體的生物標誌物或外來體的生物標誌物的組合之前或者之後來確定外來體的量。
確定外來體的量可以以多重方式來測定。例如，確定多於一種外來體群體(例如不同細胞源特異性的外來體或者具有不同生物標誌物或生物標誌物的組合的外來體)的量可以按照(例如)本文所公開的那些方法實施。
特異性和敏感性
使用本文所公開的一種或多種方法確定的外來體的水平可以用於表徵敏感性和特異性增強的表現型。所述的敏感性可以通過：(真陽性的數量)/(真陽性的數量+假陰性的數量)來確定。所述的特異性可以通過：(真陰性的數量)/(真陰性的數量+假陽性的數量)來確定。
使用本文所公開的一種或多種方法確定的外來體的水平可以用於表徵敏感性為至少60,61,62,63,64,65,66,67,68,69或70％(例如敏感性為至少71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86或87％)的表現型。例如，所述的表現型可以表徵為敏感性為至少87.1,87.2,87.3,87.4,87.5,87.6,87.7,87.8,87.9,88.0或89％，例如，敏感性為至少90％。所述的表現型可以表徵為敏感性為至少91,92,93,94,95,96,97,98,99或100％。
此外，受試者的表現型還可以表徵為特異性為至少70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96或97％，例如，特異性為至少97.1,97.2,97.3,97.4,97.5,97.6,97.7,97.8,97.8,97.9,98.0,98.1,98.2,98.3,98.4,98.5,98.6,98.7,98.8,98.9,99.0,99.1,99.2,99.3,99.4,99.5,99.6,99.7,99.8,99.9或100％。
此外，所述的表現型還可以表徵為至少70％的敏感性以及至少80,90,95,99或100％的特異性；至少75％敏感性以及至少80,90,95,99或100％特異性；至少80％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少85％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少86％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少87％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少88％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少89％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少90％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少95％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少99％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性；或者，至少100％敏感性以及至少80,85,90,95,99或100％特異性。
此外，用於確定特異性、敏感性或者這二者的可信度水平可以為至少90,91,92,93,94,95,96,97,98或99％的可信度。
生物學特徵
得自受試者的外來體的生物學特徵可以用於表徵表現型。生物學特徵可以反應存在於外來體上的特定抗原或生物標誌物。此外，生物學特徵還可以反應外來體所攜帶的一種或多種生物標誌物。備選地，生物學特徵可以保護存在於外來體(其具有在外來體中所檢測的一種或多種生物標誌物)上的一種或多種抗原或生物標誌物的組合。
可以純化或濃縮外來體，然後確定外來體的生物學特徵。備選地，可以在未經之前的純化或濃縮的條件下，直接測定樣品中的外來體的生物學特徵。此外，還可以分離外來體，然後進行測定。例如，可以分離細胞源特異性的外來體，並確定其生物學特徵。所述的生物學特徵可以用於確定疾病或狀況的診斷、預後或治療。因此，生物學特徵還可以用於確定治療效力、疾病或狀況的階段或者疾病或狀況的進程。此外，生物學特徵可以用於確定生理學狀態，例如妊娠。
可以對外來體中或外來體本身的外來體特徵進行評估，從而確定生物學特徵。所述的外來體特徵可以用於診斷、檢測或確定疾病的階段或進程，疾病或狀況的治療含義(implication)，或者用於表徵生理學狀態。外來體特徵可以包括但不限於外來體的量的水平，對外來體半衰期變化的暫時評價，循環中的外來體的半衰期或者外來體的新陳代謝半衰期，或者外來體的活性。
此外，生物學特徵還對應於一種或多種生物標誌物的表達水平、存在情況、缺乏情況、突變、變體、拷貝數變化、截短、複製、修飾或分子結合。生物標誌物可以為任何外來體成分，並且可以形成其自己的特徵。例如，所述的生物標誌物可以為外來體的rna含量，因此rna的特徵包括一種或多種rna的種類，例如但不限於mrna,mirna,snorna,snrna,rrnas,trnas,sirna,hnrna,shrna或它們的組合。由此，可以測定外來體從而確定rna的特徵。
其他生物標誌物包括但不限於一種或多種蛋白質或肽(例如提供了蛋白質的特徵)、核酸(例如所述的rna特徵或dna特徵)、脂質(例如脂質特徵)或者它們的組合。在某些實施方案中，所述的生物學特徵還可以包括存在於外來體中的藥劑或藥劑代謝物的類型或量(例如藥劑特徵)，其中所述的藥劑可以被受試者服用，然後由該受試者得到生物學樣品，從而得到攜帶所述藥劑或所述藥劑的代謝物的外來體。
此外，rna特徵或dna特徵還可以包括存在於外來體中的rna或dna的突變、後生修飾或基因變體分析。此外，蛋白質特徵可以包括但不限於抗原的突變、修飾、過表達、表達不足、存在或缺乏情況，肽，蛋白質或它們的組合。
外來體的生物學特徵可以包含與一種或多種其他特徵相結合的一種或多種mirna特徵，包括但不限於mrna特徵,dna特徵,蛋白質特徵,肽特徵,抗原特徵或它們的組合。例如，所述的生物學特徵可以包含具有一種或多種dna生物標誌物,一種或多種mrna生物標誌物,一種或多種snorna生物標誌物,一種或多種蛋白質生物標誌物,一種或多種肽生物標誌物,一種或多種抗原生物標誌物,一種或多種抗原生物標誌物,一種或多種脂質生物標誌物或者它們的任何組合的一種或多種mirna生物標誌物。
生物學特徵可以包含一種或多種抗原或結合劑的組合(例如能夠結合一種或多種結合劑)，例如分別列於圖1和2中。所述的生物學特徵可以進一步包含一種或多種其他的生物標誌物，例如但不限於mirna,dna(例如單鏈dna,互補dna或非編碼dna)或mrna。例如，外來體的生物學特徵可以包含針對狀況或疾病的一種或多種抗原(例如如圖1所示)、一種或多種結合劑(例如如圖2所示)、以及一種或多種生物標誌物(例如如圖3-60所示)的組合。所述的生物學特徵可以包含具有對癌細胞具有特異性的一種或多種抗原的一種或多種生物標誌物，例如mirna(例如如圖1所示)。
外來體可以具有對細胞源具有特異性的生物學特徵，由此可以用於衍生代表了細胞源的疾病特異性或生物學狀態特異性的診斷、預後或治療相關性生物學特徵。此外，外來體還可以具有對給定的疾病或生理學狀況具有特異性的生物學特徵，其中所述的生物學特徵可以不同於細胞源的生物學特徵，但是對診斷、預後、分階段、治療相關性的確定或生理學狀態的表徵依然是重要的。
外來體的生物學特徵(例如本文所述的細胞源特異性的外來體)可以在治療模式(包括治療幹預)，診斷標準(例如疾病分階段、疾病監測和疾病分層)，檢測的監控，疾病的轉移、復發或進程方面作出臨床上決定。外來體的生物學特徵(例如經分離的細胞源特異性的外來體)可以進一步用於在臨床上作出治療決策，包括是否實施手術，或者伴隨手術應該使用什麼樣的治療標準(例如術前或術後)。
此外，外來體生物學特徵還可以用於治療相關的診斷，從而提供用於診斷疾病或選擇正確的治療方案、以及監測受試者的應答情況的測試方法。治療相關的測試方法可以用於預測並評估個體受試者中的應答情況，即，提供個性化的醫藥。此外，治療相關的測試方法還可以用於選擇受試者的治療方法，其中所述的受試者特別可能受益於所述的治療，或者特別有可能在個體受試者中提供治療效力的早期或客觀的指示。例如，可以改變治療方法而並未過長地延誤有益的治療方法以及給藥無效藥劑的過多的資金花費。
此外，治療相關性診斷還可以用於臨床診斷並管理多種疾病或紊亂，包括但不限於心血管疾病,癌症,感染性疾病,膿毒症,神經學疾病,中樞神經系統的相關性疾病,血管內相關性疾病,自身免疫相關性疾病或者藥劑的毒性、藥劑的抗性或藥劑應答情況的預測。治療相關性測試方法可以以任何合適的診斷測試形式研發得到，包括但不限於(例如)免疫組織化學測試方法,臨床化學方法,免疫測定方法,基於細胞的技術,核酸測試方法或抗體成像方法。治療相關性測試方法可以進一步包括但不限於目標在於治療的確定情況的測試、監測治療毒性的測試或監測對治療測試的應答情況的測試。例如，生物學特徵可以確定特定的疾病或狀況是否對藥劑具有抗性，因此醫生無需將寶貴的時間浪費在碰巧性的治療中。相反，為了獲得藥劑選擇或治療方案的早期確認，要確定得自受試者的外來體的生物學特徵，其隨後確定了特定的受試者的疾病是否具有與藥劑抗性有關的生物標誌物。由此，這種確定能夠使醫生將寶貴的時間以及患者的資金來源投入到有效的治療中。
此外，外來體的生物學特徵可以用於評估受試者是否受到疾病的折磨、是否處於發展出疾病的風險中或者用於評估疾病的階段或進程。例如，生物學特徵可以用於評估受試者是否患有前列腺癌(例如圖68、73)或者結腸癌(例如圖69、74)。此外，生物學特徵可以用於確定疾病或狀況的階段，例如結腸癌(例如圖71、72)。
此外，確定外來體(例如混雜的外來體群體)的量以及一種或多種均質的外來體群體(例如具有相同生物學特徵的外來體群體)的量可以用於標識表現型。例如，確定樣品中外來體的總量(即，非細胞類型特異性的)以及確定一種或多種不同的細胞源特異性的外來體(例如細胞源特異性的外來體)的存在情況可以用於標準表現型。可以根據正常受試者與具有所關注的表現型的受試者的比較情況來確定閾值、參照值或量，如下文中進一步描述的那樣，並且所確定的閾值或參照值確定標準。不同的標準可以用於表徵表現型。
例如，一個標準可以基於樣品中混雜的外來體群體的量。如果所述的量低於閾值或參照值，則滿足標準。備選地，所述的標準可以基於外來體的量是否高於閾值或參照值。另一個標準可以為具有特定的生物學特徵或生物標誌物的外來體的量。如果具有特定的生物學特徵或生物標誌物的外來體的量低於或高於閾值或參照值，則滿足標準。此外，一個標準還可以基於衍生自特定細胞類型的外來體的量。如果所述的量低於或高於閾值或參照值，則滿足標準。另一個標準可以基於衍生自癌細胞或包含一種或多種癌症特異性生物標誌物的外來體的量。如果所述的量低於或高於閾值或參照值，則滿足標準。此外，一個標準可以為所述結果的可靠性，例如滿足定性對照測量值或值。
可以根據滿足至少1,2,3,4,5,6,7,8,9或10個標準來表徵受試者的表現型。例如，就癌症的表徵而言，可以使用多種不同的標準：1)如果受試者樣品中外來體的量高於參照值；2)如果細胞類型特異性(即，衍生自特定的組織或器官)外來體的量高於參照值；以及3)如果具有一種或多種癌症特異性生物標誌物的外來體的量高於參照值，則所述的受試者被診斷為患有癌症。所述的方法可以進一步包括定性對照測量法，由此，如果所述的樣品滿足定性對照測量法則為受試者提供了結果。
可以通過比較外來體的量、外來體的結構(使用透射電子顯微鏡，例如參見hansenetal.,journalofbiomechanics31,supplement1:134-134(1)(1998)；或掃描電子顯微鏡)或者任何其他外來體的特徵來確定生物學特徵。可以使用多種方法和技術不同組合或者對一種或多種外來體進行分析來確定受試者的表現型。
外來體的特徵可以包括但不限於生物標誌物的存在或缺乏、拷貝數、表達水平或者活性水平。生物標誌物的突變的存在(例如影響了生物標誌物的活性的突變，例如取代、刪除或插入突變)、變體或翻譯後修飾(例如蛋白質生物標誌物)可以包括但不限於醯化、乙醯化、磷酸化、遍在蛋白質化、脫乙醯作用、烷化、甲基化、氨基化、生物素化、γ-羧基化、穀氨醯胺化、糖基化、甘氨醯化、羥基化、亞鐵血紅素部分的共價連接、碘化、異戊二烯化、脂化、異戊稀化、gpi錨定的形成、豆蔻醯化、法尼基化、香葉醯化、核苷酸或其衍生物的共價連接、adp-核糖基化、黃素連接、氧化、棕櫚醯化、聚乙二醇化、磷脂醯肌醇的共價連接、磷酸泛醯巰基乙胺化、聚唾液酸化、焦穀氨酸的形成、通過脯氨醯異構酶的脯氨酸外消旋作用、trna介導的胺基酸的加入(例如精氨醯化)、硫酸鹽化、硫酸基團加入到酪氨酸中，或者生物標誌物的硫酸鹽(selenoylation)也可以為外來體特徵。
上文所述的方法還可以用於鑑定與疾病、狀況或生理學狀態有關的外來體生物學特徵。
此外，所述的生物學特徵還可以用於確定受試者是否收到癌症的折磨或者是否後處於發展成癌症的風險中。處於發展成癌症的風險中的受試者可以包括可能易於患有或者患有前症狀早期階段疾病的那些。
此外，還可以利用生物學特徵來針對其他疾病提供診斷或治療的確定性，所述的其他疾病包括但不限於自身免疫疾病,炎性腸病,阿爾茨海默氏病,帕金森氏病,多發性硬化症,膿毒症,胰腺炎,或者在圖3-58中所列的任何疾病、狀況或症狀。
此外，所述的生物學特徵還可以用於從外周血、臍帶血或羊膜液(例如對downs綜合症具有特異性的mirna特徵)鑑定給定的妊娠狀態，或者不利的妊娠結果，例如先兆子癇、早產、膜的早期破裂、宮內生長遲緩或反覆流產。此外，所述的生物學特徵還可以用於指示母親、整個發育階段的胎兒，植入前胚胎或新生兒的健康情況。
生物學特徵可以用於前症狀的診斷。此外，所述的生物學特徵可以用於檢測疾病，確定疾病的階段或進程，確定疾病的復發情況，鑑定治療方法，確定治療方法的效力，或者評價與年紀或環境暴露有關的個體的生理學狀態。
此外，監測外來體的生物學特徵還可用於鑑定受試者中的毒性暴露情況，包括但不限於早期暴露或暴露於未知的或未鑑定的毒性試劑的情形。不被任何一種作用機制的特定理論所束縛，外來體被損傷細胞所釋放，並在這一過程中，間隔得到了細胞的特定的內含物，包括膜成分以及吞沒的細胞質內含物。暴露於毒性試劑/化學製品的細胞可以增加外來體的釋放，從而排除它們的毒性試劑或新陳代謝物，由此外來體的水平增多。因此，監測外來體和/或生物學特徵可以評估個體對潛在毒性試劑的應答情況。
此外，可以通過檢測外來體的一種或多種特異性的抗原、結合劑、生物標誌物或它們的任何組合可以使外來體用於鑑定藥劑誘導的毒性或器官損傷的狀態。因此，外來體或外來體的生物學特徵可以用於監測個體在急性、慢性或職業性暴露於任何數量的毒性試劑中的情況，包括但不限於藥劑、抗生素、工業化學製品、毒性抗生素新陳代謝物、草藥、家庭化學製品以及其他有機物通過天然形成或自然合成所產生的化學製品。
此外，外來體的生物學特徵可以用於鑑定狀況或疾病，包括未知起源的癌症，也稱為不明原發部位的癌症(cup)。例如，可以按照之前所述的方法分離生物學樣品中的外來體從而得到混雜的外來體群體。然後，將所述的混雜的外來體群體施加到塗敷有特異性結合劑的表面上，其中所述的結合劑被設計為排除或鑑定對給定細胞源具有特異性的外來體群體的抗原特異性特徵。此外，按照上文所述，特異性細胞源的外來體的生物學特徵可以與細胞的癌症狀態有關。能夠抑制受試者中的癌症的化合物可以產生變化，例如特異性細胞源外來體的生物學特徵的變化，這種情況可以在一段時間內或者治療過程中通過對細胞源的外來體進行系列分離而監測到。
備選地，外來體的生物學特徵可以用於評估治療的效力，例如化療、放療或者用於抑制受試者中的癌症的任何其他治療方法。此外，外來體的生物學特徵可以用於篩選測定方法中，從而鑑定對特異性細胞源外來體的生物學特徵具有調節作用的候選物、測試化合物或試劑(例如蛋白質、肽、仿肽、擬肽、小分子或其他藥劑)。通過所述的篩選測定方法所鑑定的化合物可以用於(例如)調節，例如，抑制、改善、治療或預防狀況或疾病。
例如，外來體的生物學特徵可以得自對特定的癌症正發生成功的治療的患者。可以對得自未使用相同的藥劑進行治療的癌症患者的細胞進行培養，並獲得得自培養物的外來體以用於確定生物學特徵。所述的細胞可以使用測試化合物處理，並且可以將得自所述培養物的外來體的生物學特徵與得自正發生成功治療的患者的外來體的生物學特徵進行比較。可以選擇得到了與正發生成功治療的患者相似的那些外來體生物學特徵的測試化合物以用於進一步的研究。
此外，特異性細胞源的外來體的生物學特徵可以用於監測試劑(例如藥劑化合物)在臨床試驗中隊生物學特徵的影響。此外，監測外來體生物學特徵可以用於評估測試化合物的效力的方法，例如用於抑制癌細胞的測試化合物。
此外，外來體的生物學特徵可以用於確定特定治療幹預(藥物或非藥物的)的有效性以及改變所述的幹預，從而1)降低發展成不利結果的風險，2)增加幹預的有效性或者3)鑑定抵抗的狀體。因此，除了診斷或證實發展出疾病、狀況或症狀的存在情況或風險，本文所公開的方法和組合物還提供了用於優化患有所述的疾病、狀況或症狀的受試者的治療系統。例如，可以通過鑑定外來體的生物學特徵來確定治療疾病、狀況或症狀的治療相關性方法(通過整體診斷和治療從而改善受試者的實時治療)。
鑑定出外來體的生物學特徵的測試方法可以用於鑑定哪位患者最適於特定的治療，並對藥劑如何良好的工作提供反饋，從而優化治療方案。例如，在妊娠誘導的高血壓和相關性狀況中，治療相關性診斷可以在一段之間內靈活地監測重要參數的變化(例如細胞因子和/或生長因子的水平)，從而優化治療。
在如fda,mda,ema,usda和emea所定義的調查試劑的臨床試驗設定中，通過本文所公開的生物學特徵而確定的治療相關性診斷可以為優化試驗設計、監測效力以及增加藥劑安全性提供重要的信息。例如，就試驗設計而言，治療相關性診斷可以用於患者分層、患者資格的確定(納入/排除)、均質治療組的創建、以及被優化為匹配的病例對照人群的患者樣品的選擇。因此，所述的治療相關性診斷可以提供了有效力的富集患者的手段，由此減少了需要試驗募集所需的個體的數量。例如，就效力而言，治療相關性診斷可以用於監測診療並評估效力標準。備選地，就安全性而言，治療相關性診斷可以用於預防不利的藥劑反應或避免醫療錯誤並監測對治療方案的順應性。
因此，外來體生物學特徵可以用於監測藥劑的效力，確定應答情況或對給定藥劑的抗性，由此增加藥劑的安全性。例如，在結腸癌中，外來體通常由結腸癌細胞所釋放，並可以由外周血中分離，並且可以用於分離一種或多種生物標誌物(例如krasmrna)。在mrna生物標誌物的情況下，mrna可以反轉錄形成cdna，並進行測序(例如通過sanger測序)，從而確定是否存在賦予對抗藥劑(例如西妥昔單抗或panitumimab)的突變。
在另一個實施例中，分離生物學樣品中由肺癌細胞特異性地釋放的外來體，並用於分離肺癌的生物標誌物，例如egfrmrna。將egfrmrna加工成cdna，並測序，從而確定是否存在egfr突變(其顯示出對特定的藥劑具有抗性或應答，或者用於治療肺癌)。
可以將一種或多種外來體的生物學特徵分組，使得在特定的組中關於生物學特徵的設定所獲得信息能夠提供用於作出臨床相關性決策的合理基礎，例如但不限於診斷、預後或治療管理，例如治療選擇。
當使用多種診斷標誌物時，通常需要使用足以作出正確的醫學判斷的最少數量的標誌物。這防止了耽擱在進一步分析的治療延誤以及不適當的使用時間和資源。
此外，本文公開了為了在疾病狀態、疾病階段、進程、預後；治療效力或選擇；或者生理學狀況方面將定性和定量性質(例如外來體的生物學特徵)與臨床結果相關聯而對樣品(例如血清和組織資庫)實施回顧性分析的方法。此外，本文所公開的方法和組合物可用於為了在疾病狀態、疾病階段、進程、預後；治療效力或選擇；或者生理學狀況方面將定性和定量的外來體生物學特徵與臨床結果相關聯而對樣品(例如在臨床試驗中由個體中收集的血清和/或組織)實施前瞻性分析或可實施生理條件。如本文所用，外來體的生物學特徵可以為細胞源特異性的外來體。此外，生物學特徵可以根據外來體表面標誌物概況和/或外來體內含物(例如生物標誌物)來確定。
外來體的生物學特徵可以包括至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,30,40,50,75或100種特徵。具有多於一種的外來體特徵(例如至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,30,40,50,75或100種特徵)的生物學特徵可以在確定表現型方面提供更高的敏感性、特異性或這二者。例如，與評估少於多種外來體特性的情況相比，評估多種外來體特徵可以提供增加的敏感性、特異性或這二者。
包含多於一種外來體特徵的生物學特徵可以用於以至少60,61,62,63,64,65,66,67,68,69或70％敏感性(例如以至少71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86或87％敏感性)標準表現型。例如，所述的表現型可以以至少87.1,87.2,87.3,87.4,87.5,87.6,87.7,87.8,87.9,88.0或89％敏感性(例如至少90％敏感性)來表徵。所述的表現型可以以至少91,92,93,94,95,96,97,98,99或100％敏感性來表徵。
所述的生物學特徵可以用於以至少70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96或97％特異性(例如以至少97.1,97.2,97.3,97.4,97.5,97.6,97.7,97.8,97.8,97.9,98.0,98.1,98.2,98.3,98.4,98.5,98.6,98.7,98.8,98.9,99.0,99.1,99.2,99.3,99.4,99.5,99.6,99.7,99.8,99.9或100％特異性)表徵受試者的表現型。
此外，還可以使用具有至少70％敏感性和至少80,90,95,99或100％特異性；至少75％敏感性和至少80,90,95,99或100％特異性；至少80％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少85％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少86％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少87％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少88％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少89％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少90％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少95％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少99％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；或者至少100％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性的生物學特徵來表徵所述的表現型。
此外，用於確定特異性、敏感性或這二者的可靠性的水平可以為至少90,91,92,93,94,95,96,97,98或99％可靠性。
生物學特徵：外來體的生物標誌物
外來體的生物學特徵可以包含一種或多種生物標誌物。外來體的生物標誌物可以為存在於外來體中或外來體上的任何成分，例如任何核酸(例如rna或dna)、蛋白質、肽、多肽、抗原、脂質、碳水化合物或蛋白聚糖。
所述的生物學特徵可以包含生物標誌物(例如圖1、3-60中所列的任何一種或多種生物標誌物)的存在或缺乏、表達水平、突變狀態、遺傳變體的狀態或任何修飾(例如後生修飾、翻譯後修飾)。可以將生物標誌物的表達水平與對照或參照相比，以確定樣品中生物標誌物的過表達或表達不足(上調節或下調節)。所述的對照或參照水平可以為生物標誌物的量，例如對照樣品(例如得自未患有或者未表現出狀況或疾病的受試者的樣品)中的mirna，下文將進一步描述。
所述的核酸可以為任何rna或dna種類。例如，所述的生物標誌物可以為mrna,mirna,小核仁rna(snorna),小核rna(snrna),核糖體rna(rrna),混雜的核rna(hnrna),核糖體rna(rrna),sirna,轉運rna(trna)或shrna。所述的dna可以為雙鏈dna、單鏈dna、互補dna或非編碼dna。
此外，所述的生物標誌物可以為多肽、肽或蛋白質，例如修飾狀態、截短、突變、表達水平(與參照水平相比為過表達或表達不足)以及翻譯後修飾，例如如上文所述。
外來體的生物學特徵可以包括多種相同類型的生物標誌物(例如兩種不同的mrna，分別對應於不同的基因)，或者一種或多種不同類型的生物標誌物(例如mrna、mirna、蛋白質、肽、配基和抗原)。
一種或多種外來體的生物學特徵可以包含選自圖1、3-60中所列的納西的至少一種生物標誌物。特異性細胞源的生物學特徵可以包括一種或多種生物標誌物。圖3-58描繪了列出了多種疾病或狀況特異性生物標誌物的表，其中所述的生物標誌物由外來體衍生並分析得到。此外，所述的生物標誌物還可以為cd24,肝素結合細胞因子,鐵調素,tmprss2-erg,pca-3,psa,egfr,egfrviii,braf變體,met,ckit,pdgfr,wnt,β-連環蛋白,k-ras,h-ras,n-ras,raf,n-myc,c-myc,igfr,pi3k,akt,brca1,brca2,pten,vegfr-2,vegfr-1,tie-2,tem-1,cd276,her-2,her-3或her-4。此外，所述的生物標誌物還可以為膜聯蛋白v,cd63,rab-5b,小窩蛋白或mirna，例如let-7a；mir-15b；mir-16；mir-19b；mir-21；mir-26a；mir-27a；mir-92；mir-93；mir-320或mir-20。此外，所述的生物標誌物還可以為在pct公開no.wo2009/100029中所述的任何基因或其片段，例如表3-15中所列的那些。
在本文所公開的方法和組合物中用於評估的其他生物標誌物可以包括與在rajendranetal.,procnatlacadsciusa2006；103:11172-11177,tayloretal.,gynecoloncol2008；110:13-21,zhouetal.,kidneyint2008；74:613-621,buningetal.,immunology2008,pradoetal.jimmunol2008；181:1519-1525,vellaetal.(2008)vetimmunolimmunopathol124(3-4):385-93,gouldetal.(2003).procnatlacadsciusa100(19):10592-7,fangetal.(2007).plosbiol5(6):e158,chen,b.j.andr.a.lamb(2008).virology372(2):221-32,bhatnagar,s.andj.s.schorey(2007).jbiolchem282(35):25779-89,bhatnagaretal.(2007)blood110(9):3234-44,yuyama,etal.(2008).jneurochem105(1):217-24,gomesetal.(2007).neuroscilett428(1):43-6,nagahamaetal.(2003).autoimmunity36(3):125-31,taylor,d.d.,s.akyol,etal.(2006).jimmunol176(3):1534-42,peche,etal.(2006).amjtransplant6(7):1541-50,iero,m.,m.valenti,etal.(2008).celldeathanddifferentiation15:80–88,gesierich,s.,i.berezoversuskiy,etal.(2006),cancerres66(14):7083-94,clayton,a.,a.turkes,etal.(2004).fasebj18(9):977-9,skriner.,k.adolph,etal.(2006).arthritisrheum54(12):3809-14,brouwer,r.,g.j.pruijn,etal.(2001).arthritisres3(2):102-6,kim,s.h.,n.bianco,etal.(2006).molther13(2):289-300,evans,c.h.,s.c.ghivizzani,etal.(2000).clinorthoprelatres(379suppl):s300-7,zhang,h.g.,c.liu,etal.(2006).jimmunol176(12):7385-93,vanniel,g.,j.mallegol,etal.(2004).gut52:1690-1697,fiasse,r.ando.dewit(2007).expertopinionontherapeuticpatents17(12):1423-1441(19)中公開的狀況或生理學狀態有關的那些。
可以由外來體衍生並分析得到的生物標誌物包括但不限於mirna(mir)和mirna*無意(mir*)、以及其他rna(包括但不限於mrna,prerna,prirna,hnrna,snrna,sirna,shrna)的存在或缺乏、表達水平、突變(例如基因突變，如刪除、易位、複製、核苷酸或胺基酸取代等)，dna，蛋白質，肽和配基。此外，還可以分析生物標誌物的任何後生調控或拷貝數變化。mirna生物標誌物不僅包括其mirna和微小rna*無意，而且包括其前體分子：pri-微小rna(pri-mirs)和pre-微小rnas(pre-mirs)也作為生物標誌物包括在內。mirna的序列可以得自公開可得的資料庫，例如http://www.mirbase.org/,http://www.microrna.org/,或者任何其他可得的資料庫。
由外來體分析得到的一種或多種生物標誌物可以為特定組織或細胞源、疾病或生理學狀態的指示，如下文進一步描述。此外，本文所述的一種或多種生物標誌物的存在、缺乏或表達水平可以與受試者的表現型(包括疾病、狀況、預後或藥劑效力)有關。下文所列的特異性生物標誌物和生物學特徵構成了各種疾病、狀況比較、狀況和/或生理學狀態的非包括性實例。此外，針對表現型所評估的一種或多種生物標誌物可以為細胞源特異性的外來體，例如上文所述的那些。
用於表徵表現型的一種或多種mirna可以選自在pct公開no.wo2009/036236中所述的那些。例如，在表i-vi(圖6-11)中所列的一種或多種mirna可以用於表徵結腸腺癌,結腸直腸癌,前列腺癌,肺癌,乳腺癌,b-細胞淋巴瘤,胰腺癌,瀰漫性大b細胞淋巴瘤,cll,膀胱癌,腎癌,缺氧腫瘤,子宮肌瘤,卵巢癌,肝炎c病毒相關性肝細胞癌,all,阿爾茨海默氏病,骨髓纖維變性,骨髓纖維變性,真性紅細胞增多症,血小板增多症,hiv或hiv-i潛伏，本文中進一步描述。
可以在血漿外來體中檢測一種或多種mirna。所述的一種或多種mirna可以為mir-223,mir-484,mir-191,mir-146a,mir-016,mir-026a,mir-222,mir-024,mir-126和mir-32。此外，還可以在pbmc中檢測一種或多種mirna。所述的一種或多種mirna可以為mir-223,mir-150,mir-146b,mir-016,mir-484,mir-146a,mir-191,mir-026a,mir-019b或mir-020a。所述的一種或多種mirna可以用於表徵特定的疾病或狀況。例如，對於疾病膀胱癌而言，可以檢測一種或多種mirna，例如mir-223,mir-26b,mir-221,mir-103-1,mir-185,mir-23b,mir-203,mir-17-5p,mir-23a,mir-205或它們的任何組合。所述的一種或多種mirna可以被上調節或過表達。
在某些實施方案中，所述的一種或多種mirna可以用於表徵缺氧腫瘤。所述的一種或多種mirna可以為mir-23,mir-24,mir-26,mir-27,mir-103,mir-107,mir-181,mir-210或mir-213，並且可以上調節。此外，一種或多種mirna還可以用於表徵子宮肌瘤。例如，可以用於表徵子宮肌瘤的一種或多種mirna可以為let-7家族的成員,mir-21,mir-23b,mir-29b或mir-197。所述的mirna可以被上調節。
此外，還可以通過一種或多種mirna表徵骨髓纖維變性，其中所述的mirna例如有：mirna，其可以被上調節；mir-31,mir-150和mir-95，其可以被下調解；或者它們的組合。此外，還可以通過檢測一種或多種mirna來表徵骨髓纖維變性、真性紅細胞增多症或血小板增多症，其中所述的mirna例如但不限於mir-34a,mir-342,mir-326,mir-105,mir-149,mir-147或者它們的組合。所述的一種或多種mirna可以被下調節。
可以通過評估外來體的一種或多種生物標誌物來表徵的表現型的其他實例在下文中進一步描述。
可以通過探針檢測一種或多種生物標誌物。探針可以包括寡核苷酸(例如dna或rna),適配體,單克隆抗體,多克隆抗體,fabs,fab',單鏈抗體,合成抗體,擬肽,zdna,肽核酸(pna),鎖核酸(lna),外源凝集素,合成或天然形成的化學化合物(包括但不限於藥劑或標記試劑),枝狀物或它們的任何組合。可以通過(例如)直接標記來直接檢測所述的探針，或者通過(例如)標記試劑來間接檢測所述的探針。所述的探針可以選擇性地與生物標誌物雜交。例如，作為寡核苷酸的探針可以選擇性地與mirna生物標誌物雜交。
乳腺癌
乳腺癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖3中所列的那些。
可以評估一種或多種乳腺癌特異性生物標誌物，從而提高乳腺癌特異性外來體生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，包括但不限於mir-21,mir-155,mir-206,mir-122a,mir-210,mir-21,mir-21,mir-155,mir-206,mir-122a,mir-210或mir-21或者它們的任何組合。
此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於let-7,mir-10b,mir-125a,mir-125b,mir-145,mir-143,mir-145,mir-16,let-7,let-7,let-7,mir-10b,mir-125a,mir-125b,mir-145或它們的任何組合。
可以分析的mrna可以包括但不限於er,pr,her2,muc1,egfr或它們的任何組合。此外，突變(包括但不限於與kras,b-raf,cyp2d6或者它們的任何組合有關的那些)還可以用作得自乳腺癌外來體的特異性生物標誌物。此外，可以用作得自乳腺癌特異性外來體的生物標誌物的蛋白質、配基或肽包括但不限於hsp70,mart-1,trp,her2,hsp70,mart-1,trp,her2,er,pr,iii類b-微管蛋白,vegfa或它們的任何組合。此外，可以用作乳腺癌的外來體生物標誌物的snorna包括但不限於gas5。此外，基因融合etv6-ntrk3還可以用作乳腺癌的生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種乳腺癌特異性生物標誌物，例如etv6-ntrk3；或者圖3和圖1中所列的乳腺癌的生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種乳腺癌特異性生物標誌物，例如etv6-ntrk3；或者圖3和圖1中所列的乳腺癌的生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體基本上為均質的乳腺癌特異性外來體、或者包含一種或多種乳腺癌特異性生物標誌物(例如etv6-ntrk3)或圖3和圖1中所列的乳腺癌的生物標誌物的外來體。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵乳腺癌的一種或多種系統來檢測一種或多種乳腺癌特異性生物標誌物(例如etv6-ntrk3)或圖3和圖1中所列的乳腺癌的生物標誌物。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種乳腺癌特異性生物標誌物(例如etv6-ntrk3)或圖3和圖1中所列的乳腺癌的生物標誌物。
卵巢癌
得自外來體的卵巢癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖4中所列的那些，並且可以用於創建卵巢癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-200a,mir-141,mir-200c,mir-200b,mir-21,mir-141,mir-200a,mir-200b,mir-200c,mir-203,mir-205,mir-214,mir-199*,mir-215或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-199a,mir-140,mir-145,mir-100,mir-let-7聚簇,mir-125b-1或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於ercc1,er,topo1,top2a,ar,pten,her2/neu,cd24,egfr或它們的任何組合。
外來體中可以評估的卵巢癌生物標誌物突變包括但不限於kras突變、b-raf突變或者卵巢癌特異性的突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於vegfa,vegfr2,her2或它們的任何組合。此外，所分離或測定的外來體可以為卵巢癌細胞特異性的或者是衍生自卵巢癌細胞的。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種卵巢癌特異性生物標誌物，例如cd24；或者圖4和圖1中所列的卵巢癌的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種卵巢癌特異性生物標誌物，例如cd24；或者圖4和圖1中所列的卵巢癌的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體基本上為均質的卵巢癌特異性外來體、或者包含一種或多種卵巢癌特異性生物標誌物(例如cd24)或圖4和圖1中所列的卵巢癌的那些生物標誌物的外來體。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵卵巢癌的一種或多種系統來檢測一種或多種卵巢癌特異性生物標誌物(例如cd24)或圖4和圖1中所列的卵巢癌的那些生物標誌物。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種卵巢癌特異性生物標誌物(例如cd24)或圖4和圖1中所列的卵巢癌的那些生物標誌物。
肺癌
得自外來體的肺癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖5中所列的那些，並且可以用於創建肺癌特異性外來體的生物學特徵。
所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-21,mir-205,mir-221(保護性),let-7a(保護性),mir-137(危險性),mir-372(危險性),mir-122a(危險性)或它們的任何組合。所述的生物學特徵可以包括一種或多種上調節的或過表達的mirna，例如mir-17-92,mir-19a,mir-21,mir-92,mir-155,mir-191,mir-205或mir-210；一種或多種下調節或表達不足的mirna，例如mir-let-7,或它們的任何組合。
可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於egfr,pten,rrm1,rrm2,abcb1,abcg2,lrp,vegfr2,vegfr3,iii類b-微管蛋白或它們的任何組合。
外來體中可以評估的肺癌生物標誌物突變包括但不限於egfr,kras,b-raf,ugt1a1突變；或者肺癌特異性的突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於kras,hent1或它們的任何組合。
此外，所述的生物標誌物還可以為。肝素結合細胞因子(mk或mdk)。此外，所分離或測定的外來體可以為肺癌細胞特異性的或者是衍生自肺癌細胞的。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種肺癌特異性生物標誌物，例如rlf-mycl1,tgf-alk或cd74-ros1；或者圖5和圖1中所列的肺癌的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種肺癌特異性生物標誌物，例如rlf-mycl1,tgf-alk或cd74-ros1；或者圖5和圖1中所列的肺癌的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體基本上為均質的肺癌特異性外來體、或者包含一種或多種肺癌特異性生物標誌物(例如rlf-mycl1,tgf-alk或cd74-ros1)或圖5和圖1中所列的肺癌的那些生物標誌物的外來體。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵肺癌的一種或多種系統來檢測一種或多種肺癌特異性生物標誌物(例如rlf-mycl1,tgf-alk或cd74-ros1)或圖5和圖1中所列的肺癌的那些生物標誌物。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種肺癌特異性生物標誌物(例如rlf-mycl1,tgf-alk或cd74-ros1)或圖5和圖1中所列的肺癌的那些生物標誌物。
結腸癌
得自外來體的結腸癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖6中所列的那些，並且可以用於創建結腸癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-24-1,mir-29b-2,mir-20a,mir-10a,mir-32,mir-203,mir-106a,mir-17-5p,mir-30c,mir-223,mir-126,mir-128b,mir-21,mir-24-2,mir-99b,mir-155,mir-213,mir-150,mir-107,mir-191,mir-221,mir-20a,mir-510,mir-92,mir-513,mir-19a,mir-21,mir-20,mir-183,mir-96,mir-135b,mir-31,mir-21,mir-92,mir-222,mir-181b,mir-210,mir-20a,mir-106a,mir-93,mir-335,mir-338,mir-133b,mir-346,mir-106b,mir-153a,mir-219,mir-34a,mir-99b,mir-185,mir-223,mir-211,mir-135a,mir-127,mir-203,mir-212,mir-95,mir-17-5p或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如mir-143,mir-145,mir-143,mir-126,mir-34b,mir-34c,let-7,mir-9-3,mir-34a,mir-145,mir-455,mir-484,mir-101,mir-145,mir-133b,mir-129,mir-124a,mir-30-3p,mir-328,mir-106a,mir-17-5p,mir-342,mir-192,mir-1,mir-34b,mir-215,mir-192,mir-301,mir-324-5p,mir-30a-3p,mir-34c,mir-331,mir-148b或它們的任何組合。
所述的一種或多種生物標誌物可以為上調節的或過表達的mirna(例如mir-20a,mir-21,mir-106a,mir-181b或mir-203)以用於標準結腸腺癌。所述的一種或多種生物標誌物可以用於表徵結腸直腸癌，例如上調節或過表達mirna(該mirna選自mir-19a,mir-21,mir-127,mir-31,mir-96,mir-135b和mir-183)；下調節或表達不足mirna(例如mir-30c,mir-133a,mirl43,mir-133b,mir-145或它們的任何組合)。
可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於efnb1,ercc1,her2,vegf,egfr或它們的任何組合。外來體中可以評估的結腸癌生物標誌物突變包括但不限於egfr,kras,vegfa,b-raf,apc或p53突變；或者結腸癌特異性的突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於afrs,rabs,adam10,cd44,ng2,蝶素-b1,mif,b-連環蛋白,接合,盤狀球蛋白,半乳凝集素-4,rack1,四次跨膜超家族-8,fasl,trail,a33,cea,egfr,二肽酶1,hsc-70,四次跨膜超家族,escrt,ts,pten,topo1或它們的任何組合。此外，所分離或測定的外來體可以為結腸癌細胞特異性的或者是衍生自結腸癌細胞的。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種結腸癌特異性生物標誌物，例如圖6和圖1中所列的結腸癌的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種結腸癌特異性生物標誌物，例如圖6和圖1中所列的結腸癌的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體基本上為均質的結腸癌特異性外來體、或者包含一種或多種結腸癌特異性生物標誌物(例如圖6和圖1中所列的結腸癌的那些生物標誌物)的外來體。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵結腸癌的一種或多種系統來檢測一種或多種結腸癌特異性生物標誌物(例如圖6和圖1中所列的結腸癌的那些生物標誌物)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種結腸癌特異性生物標誌物(例如圖6和圖1中所列的結腸癌的那些生物標誌物)。
腺瘤與增生性息肉
得自外來體的腺瘤與增生性息肉特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽或者它們的任何組合，例如圖7中所列的那些，並且可以用於創建腺瘤與增生性息肉特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於abca8,kiaa1199,gcg,mamdc2,c2orf32,229670_at,igf1,pcdh7,prdx6,pcna,cox2,muc6或它們的任何組合。
外來體中可以評估的用於區分腺瘤與增生性息肉的生物標誌物突變包括但不限於kras突變、b-raf突變或者特異性地區分腺瘤與增生性息肉的突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於htert。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分腺瘤和增生性息肉的特異性生物標誌物，例如圖7中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分腺瘤和增生性息肉的特異性生物標誌物，例如圖7中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分腺瘤和增生性息肉的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖7中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分腺瘤和增生性息肉的一種或多種系統來檢測用於區分腺瘤和增生性息肉的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖7中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分腺瘤和增生性息肉的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖7中所列的那些)。
腸易激疾病(ibd)
得自外來體的ibd與正常的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖8中所列的那些，並且可以用於創建ibd與正常的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於reg1a,mmp3或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分ibd與正常樣品的特異性生物標誌物，例如圖8中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分ibd與正常樣品的特異性生物標誌物，例如圖8中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分ibd與正常樣品的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖8中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分ibd和正常樣品的一種或多種系統來檢測用於區分ibd和正常樣品的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖8中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分ibd和正常樣品的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖8中所列的那些)。
腺瘤與結腸直腸癌(crc)
得自外來體的腺瘤與crc特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖9中所列的那些，並且可以用於創建腺瘤與crc特異性的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於grem1,ddr2,gucy1a3,tns1,adamts1,fbln1,flj38028,rdx,fam129a,aspn,frmd6,mcc,rbms1,snai2,meis1,dock10,plekhc1,fam126a,tbc1d9,vwf,dcn,robo1,msrb3,lats2,mef2c,igfbp3,gnb4,rcn3,akap12,rftn1,226834_at,col5a1,gng2,nr3c1*,sparcl1,mab21l2,axin2,236894_at,aebp1,ap1s2,c10orf56,lphn2,akt3,frmd6,col15a1,cryab,col14a1,loc286167,qki,wwtr1,gng11,pappa,eldt1或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分腺瘤和crc的特異性生物標誌物，例如圖9中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分腺瘤和crc的特異性生物標誌物，例如圖9中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分腺瘤和crc的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖9中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分腺瘤和crc的一種或多種系統來檢測用於區分腺瘤和crc的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖9中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分腺瘤和crc的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖9中所列的那些)。
ibd與crc
得自外來體的ibd與crc特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖10中所列的那些，並且可以用於創建ibd與crc的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於227458_at,indo,cxcl9,ccr2,cd38,rarres3,cxcl10,fam26f,tnip3,nos2a,ccrl1,tlr8,il18bp,fcrl5,samd9l,ecgf1,tnfsf13b,gbp5,gbp1或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分ibd與crc的特異性生物標誌物，例如圖10中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分ibd與crc的特異性生物標誌物，例如圖10中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分ibd與crc的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖10中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分ibd與crc的一種或多種系統來檢測用於區分ibd與crc的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖10中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分ibd與crc的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖10中所列的那些)。
crcdukesb與dukesc-d
得自外來體的crcdukesb與dukesc-d特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖11中所列的那些，並且可以用於創建crcdukesb與dukesc-d的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於tmem37*,il33,ca4,ccdc58,clic6,versusnl1,espn,apcdd1,c13orf18,cyp4x1,atp2a3,loc646627,mupcdh,anpep,c1orf115,hsd3b2,gba3,gabrb2,gyltl1b,lyz,spc25,cdkn2b,fam89a,mogat2,sema6d,229376_at,tspan5,il6r,slc26a2或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分crcdukesb與dukesc-d的特異性生物標誌物，例如圖11中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分crcdukesb與dukesc-d的特異性生物標誌物，例如圖11中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分crcdukesb與dukesc-d的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖11中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分crcdukesb與dukesc-d的一種或多種系統來檢測用於區分crcdukesb與dukesc-d的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖11中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分crcdukesb與dukesc-d的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖11中所列的那些)。
具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤
得自外來體的具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖12中所列的那些，並且可以用於創建具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於si,dmbt1,cfi*,aqp1,apod,tnfrsf17,cxcl10,ctse,igha1,slc9a3,slc7a1,batf2,socs1,dock2,nos2a,hk2,cxcl2,il15ra,pou2af1,clec3b,ani3bp,mgc13057,lck*,c4bpa,hoxc6,golt1a,c2orf32,il10ra,,240856_at,socs3,,meis3p1,hipk1,gls,cplx1,236045_x_at,galc,amn,ccdc69,ccl28,cpa3,trib2,hmga2,plcl2,nr3c1,eif5a,larp4,rp5-1022p6.2,phldb2,fkbp1b,indo,cldn8,cntn3,pbef1,slc16a9,cdc25b,tpsb2,pbef1,id4,gjb5,chn2,limch1,cxcl9或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤的特異性生物標誌物，例如圖12中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤的特異性生物標誌物，例如圖12中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖12中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤的一種或多種系統來檢測用於區分具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖12中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分具有低級發育異常的腺瘤與具有高級發育異常的腺瘤的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖12中所列的那些)。
潰瘍性結腸炎(uc)與crohn疾病(cd)
得自外來體的潰瘍性結腸炎(uc)與crohn疾病(cd)特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖13中所列的那些，並且可以用於創建uc與cd的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於ifitm1,ifitm3,stat1,stat3,tap1,psme2,psmb8,hnf4g,klf5,aqp8,apt2b1,slc16a,mfap4,ccng2,slc44a4,ddah1,tob1,231152_at,mknk1,ceacam7*,1562836_at,cdc42se2,psd3,,231169_at,igl@*,gsn,gpm6b,cdv3*,pdpk1,anp32e,adam9,cdh1,nlrp2,215777_at,osbpl1,vnn1,rabgap1l,phactr2,ash1l,213710_s_at,cdh1,nlrp2,215777_at,osbpl1,vnn1,rabgap1l,phactr2,ash1,213710_s_at,znf3,fut2,igha1,edem1,gpr171,229713_at,loc643187,flvcr1,snap23*,etnk1,loc728411,postn,muc12,hoxa5,siglec1,larp5,pigr,sptbn1,ufm1,c6orf62,wdr90,aldh1a3,f2rl1,ighv1-69,duox2,rab5a或cp；或者它們的任何組合也都可以用作得自外來體的uc與cd的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的用於區分uc與cd的生物標誌物突變包括但不限於card15突變或者特異性地區分uc與cd的突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於(p)asca。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分uc與cd的特異性生物標誌物，例如圖13中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分uc與cd的特異性生物標誌物，例如圖13中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分uc與cd的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖13中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分uc與cd的一種或多種系統來檢測用於區分uc與cd的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖13中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分uc與cd的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖13中所列的那些)。
增生性息肉
得自外來體的增生性息肉與正常情況的特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖14中所列的那些，並且可以用於創建增生性息肉與正常情況的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於slc6a14,arhgef10,als2,il1rn,spry4,ptger3,trim29,serpinb5,1560327_at,zak,bag4,trib3,ttl,foxq1或任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種增生性息肉的特異性生物標誌物，例如圖14中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種增生性息肉的特異性生物標誌物，例如圖14中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體基本上為均質的增生性息肉特異性外來體、或者包含一種或多種增生性息肉特異性生物標誌物(例如圖14中所列的那些)的外來體。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵增生性息肉的一種或多種系統來檢測一種或多種增生性息肉的特異性生物標誌物(例如圖14中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測圖14中所列的一種或多種生物標誌物。生物學樣品的一種或多種外來體的一種或多種增生性特異性生物標誌物(例如圖14中所列的那些)。
具有低級發育異常的腺瘤與正常情況
得自外來體的具有低級發育異常的腺瘤與正常情況的特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖15中所列的那些，並且可以用於創建具有低級發育異常的腺瘤與正常情況的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的rna包括但不限於ugt2a3,klk11,kiaa1199,foxq1,cldn8,abca8,pyy或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的具有低級發育異常與正常情況的特異性生物標誌物。此外，可以用於具有低級發育異常與正常情況的外來體生物標誌物的snorna可以包括但不限於gas5。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分具有低級發育異常的腺瘤與正常情況的特異性生物標誌物，例如圖15中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分具有低級發育異常的腺瘤與正常情況的特異性生物標誌物，例如圖15中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分具有低級發育異常的腺瘤與正常情況的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖15中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分具有低級發育異常的腺瘤與正常情況的一種或多種系統來檢測用於區分具有低級發育異常的腺瘤與正常情況的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖15中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分具有低級發育異常的腺瘤與正常情況的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖15中所列的那些)。
腺瘤與正常情況
得自外來體的腺瘤與正常情況的特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖16中所列的那些，並且可以用於創建腺瘤與正常情況的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種rna包括但不限於kiaa1199,foxq1,ca7或它們的任何組合。可以用作得自外來體的生物標誌物(其對腺瘤與正常情況具有特異性)的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於叢生蛋白。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分具有腺瘤與正常情況的特異性生物標誌物，例如圖16中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分腺瘤與正常情況的特異性生物標誌物，例如圖16中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分腺瘤與正常情況的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖16中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分腺瘤與正常情況的一種或多種系統來檢測用於區分腺瘤與正常情況的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖16中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分腺瘤與正常情況的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖16中所列的那些)。
crc與正常情況
得自外來體的crc與正常情況的特異性的生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖17中所列的那些，並且可以用於創建crc與正常情況的特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna包括但不限於vwf,il8,chi3l1,s100a8,grem1,odc或它們的任何組合，並且可以用於得自外來體的crc與正常情況的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的用於crc與正常情況的生物標誌物突變包括但不限於kras,braf,apc,msh2或mlh1突變；或者特異性地區分crc與正常情況的突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於細胞角蛋白13,鈣依賴磷酸酶,chk1,網格蛋白輕鏈,磷酸-erk,磷酸-ptk2,mdm2或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種用於區分crc與正常情況的特異性生物標誌物，例如圖17中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種用於區分crc與正常情況的特異性生物標誌物，例如圖17中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為用於區分crc與正常情況的基本上均質的一種或多種特異性生物標誌物，例如圖17中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於區分crc與正常情況的一種或多種系統來檢測用於區分crc與正常情況的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖17中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的、用於區分crc與正常情況的一種或多種特異性生物標誌物(例如圖17中所列的那些)。
良性前列腺增生(bph)
得自外來體的良性前列腺增生(bph)的特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖18中所列的那些，並且可以用於創建bph的特異性外來體的生物學特徵。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於完整的纖維連接蛋白。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種bph特異性生物標誌物，例如圖18和圖1中所列的bph的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種bph特異性生物標誌物，例如圖18和圖1中所列的bph的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的bph特異性外來體、或者包含一種或多種bph特異性生物標誌物的外來體，例如圖18和圖1中所列的bph的那些生物標誌物。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵bph的一種或多種系統來檢測一種或多種bph特異性生物標誌物(例如圖18和圖1中所列的bph的那些生物標誌物)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種bph特異性生物標誌物(例如圖18和圖1中所列的bph的那些生物標誌物)。
前列腺癌
得自外來體的前列腺癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖19中所列的那些，並且可以用於創建前列腺癌特異性外來體的生物學特徵。例如，前列腺癌的生物學特徵可以包括mir-9,mir-21,mir-141,mir-370,mir-200b,mir-210,mir-155或mir-196a。在某些實施方案中，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-202,mir-210,mir-296,mir-320,mir-370,mir-373,mir-498,mir-503,mir-184,mir-198,mir-302c,mir-345,mir-491,mir-513,mir-32,mir-182,mir-31,mir-26a-1/2,mir-200c,mir-375,mir-196a-1/2,mir-370,mir-425,mir-425,mir-194-1/2,mir-181a-1/2,mir-34b,let-7i,mir-188,mir-25,mir-106b,mir-449,mir-99b,mir-93,mir-92-1/2,mir-125a,mir-141或它們的任何組合。
此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於let-7a,let-7b,let-7c,let-7d,let-7g,mir-16,mir-23a,mir-23b,mir-26a,mir-92,mir-99a,mir-103,mir-125a,mir-125b,mir-143,mir-145,mir-195,mir-199,mir-221,mir-222,mir-497,let-7f,mir-19b,mir-22,mir-26b,mir-27a,mir-27b,mir-29a,mir-29b,mir-30_5p,mir-30c,mir-100,mir-141,mir-148a,mir-205,mir-520h,mir-494,mir-490,mir-133a-1,mir-1-2,mir-218-2,mir-220,mir-128a,mir-221,mir-499,mir-329,mir-340,mir-345,mir-410,mir-126,mir-205,mir-7-1/2,mir-145,mir-34a,mir-487,et-7b或它們的任何組合。所述的生物學特徵可以包括上調節或過表達的mir-21；下調節或表達不足的mir-15a,mir-16-1,mir-143或mir-145；或它們的任何組合。
可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於ar,pca3或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的前列腺癌的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於faslg、tnfsf10或它們的任何組合。此外，所分離或測定的外來體可以為前列腺癌細胞特異性的，或者衍生自前列腺癌細胞的。此外，可以用作前列腺癌的外來體生物標誌物的snorna可以包括但不限於u50。前列腺癌的生物學特徵的實例在下文中進一步描述。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種前列腺癌特異性生物標誌物，例如acsl3-etv1,c15orf21-etv1,flj35294-etv1,herv-etv1,tmprss2-erg,tmprss2-etv1/4/5,tmprss2-etv4/5,slc5a3-erg,slc5a3-etv1,slc5a3-etv5或klk2-etv4；或者圖19、60以及圖1中所列的前列腺癌的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種前列腺癌特異性生物標誌物，例如acsl3-etv1,c15orf21-etv1,flj35294-etv1,herv-etv1,tmprss2-erg,tmprss2-etv1/4/5,tmprss2-etv4/5,slc5a3-erg,slc5a3-etv1,slc5a3-etv5或klk2-etv4；或者圖19、60以及圖1中所列的前列腺癌的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的前列腺癌特異性外來體、或者包含一種或多種前列腺癌特異性生物標誌物的外來體，例如acsl3-etv1,c15orf21-etv1,flj35294-etv1,herv-etv1,tmprss2-erg,tmprss2-etv1/4/5,tmprss2-etv4/5,slc5a3-erg,slc5a3-etv1,slc5a3-etv5或klk2-etv4；或者圖19、60以及圖1中所列的前列腺癌的那些生物標誌物。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵前列腺癌的一種或多種系統來檢測一種或多種前列腺癌特異性生物標誌物(例如acsl3-etv1,c15orf21-etv1,flj35294-etv1,herv-etv1,tmprss2-erg,tmprss2-etv1/4/5,tmprss2-etv4/5,slc5a3-erg,slc5a3-etv1,slc5a3-etv5或klk2-etv4；或者圖19、60以及圖1中所列的前列腺癌的那些生物標誌物)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種前列腺癌特異性生物標誌物(例如acsl3-etv1,c15orf21-etv1,flj35294-etv1,herv-etv1,tmprss2-erg,tmprss2-etv1/4/5,tmprss2-etv4/5,slc5a3-erg,slc5a3-etv1,slc5a3-etv5或klk2-etv4；或者圖19、60以及圖1中所列的前列腺癌的那些生物標誌物)。
黑素瘤
得自外來體的黑素瘤特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖20中所列的那些，並且可以用於創建黑素瘤特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-19a,mir-144,mir-200c,mir-211,mir-324-5p,mir-331,mir-374或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包括表達不足的mirs，例如但不限於mir-9,mir-15a,mir-17-3p,mir-23b,mir-27a,mir-28,mir-29b,mir-30b,mir-31,mir-34b,mir-34c,mir-95,mir-96,mir-100,mir-104,mir-105,mir-106a,mir-107,mir-122a,mir-124a,mir-125b,mir-127,mir-128a,mir-128b,mir-129,mir-135a,mir-135b,mir-137,mir-138,mir-139,mir-140,mir-141,mir-149,mir-154,mir-154#3,mir-181a,mir-182,mir-183,mir-184,mir-185,mir-189,mir-190,mir-199,mir-199b,mir-200a,mir-200b,mir-204,mir-213,mir-215,mir-216,mir-219,mir-222,mir-224,mir-299,mir-302a,mir-302b,mir-302c,mir-302d,mir-323,mir-325,let-7a,let-7b,let-7d,let-7e,let-7g或它們的任何組合。
可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於mum-1,beta-連環蛋白,nop/5/sik或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的黑素瘤的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的黑素瘤的生物標誌物突變包括但不限於cdk4突變；或者黑素瘤特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於dusp-1,alix,hsp70,gib2,gia,膜突蛋白,gapdh,蘋果酸脫氫酶,p120連環蛋白,pgrl,突觸融合蛋白結合蛋白質1&2,胞裂蛋白-2,包含重複wd的蛋白質1或它們的任何組合。可以用作黑素瘤的外來體生物標誌物的snorna包括但不限於h/aca(u107f),snora11d或它們的任何組合。此外，所分離或測定的外來體可以為黑素瘤細胞特異性的，或者衍生自黑素瘤細胞的。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種黑素瘤特異性生物標誌物，例如圖20和圖1中所列的黑素瘤的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種黑素瘤特異性生物標誌物，例如圖20和圖1中所列的黑素瘤的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的黑素瘤特異性外來體、或者包含一種或多種黑素瘤特異性生物標誌物的外來體，例如圖20和圖1中所列的黑素瘤的那些生物標誌物。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵黑素瘤的一種或多種系統來檢測一種或多種黑素瘤特異性生物標誌物(例如圖20和圖1中所列的黑素瘤的那些生物標誌物)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種癌症特異性生物標誌物(例如圖20和圖1中所列的黑素瘤的那些生物標誌物)。
胰腺癌
得自外來體的胰腺癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖21中所列的那些，並且可以用於創建胰腺癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-221,mir-181a,mir-155,mir-210,mir-213,mir-181b,mir-222,mir-181b-2,mir-21,mir-181b-1,mir-220,mir-181d,mir-223,mir-100-1/2,mir-125a,mir-143,mir-10a,mir-146,mir-99,mir-100,mir-199a-1,mir-10b,mir-199a-2,mir-221,mir-181a,mir-155,mir-210,mir-213,mir-181b,mir-222,mir-181b-2,mir-21,mir-181b-1,mir-181c,mir-220,mir-181d,mir-223,mir-100-1/2,mir-125a,mir-143,mir-10a,mir-146,mir-99,mir-100,mir-199a-1,mir-10b,mir-199a-2,mir-107,mir-103,mir-103-2,mir-125b-1,mir-205,mir-23a,mir-221,mir-424,mir-301,mir-100,mir-376a,mir-125b-1,mir-21,mir-16-1,mir-181a,mir-181c,mir-92,mir-15,mir-155,let-7f-1,mir-212,mir-107,mir-024-1/2,mir-18a,mir-31,mir-93,mir-224,let-7d或它們的任何組合。
此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-148a,mir-148b,mir-375,mir-345,mir-142,mir-133a,mir-216,mir-217,mir-139或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於psca,間皮素,骨橋蛋白或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的胰腺癌的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的胰腺癌的生物標誌物突變包括但不限於kras,ctnnlb1,akt,ncoa3或b-raf突變；或者胰腺癌特異性突變的任何組合。此外，所述的生物標誌物還可以為brca2,palb2或p16。此外，所分離或測定的外來體可以為胰腺癌細胞特異性的，或者衍生自胰腺癌細胞的。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種胰腺癌特異性生物標誌物，例如圖21所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種胰腺癌特異性生物標誌物，例如圖21中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的胰腺癌特異性外來體、或者包含一種或多種胰腺癌特異性生物標誌物的外來體，例如圖21中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵胰腺癌的一種或多種系統來檢測一種或多種胰腺癌特異性生物標誌物(例如圖21中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種胰腺癌特異性生物標誌物(例如圖21中所列的那些)。
腦癌
得自外來體的腦癌(包括但不限於神經膠質瘤,成膠質細胞瘤,腦膜瘤,聽神經瘤/神經鞘瘤,成神經管細胞瘤)特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖22中所列的那些，並且可以用於創建腦癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-21,mir-10b,mir-130a,mir-221,mir-125b-1,mir-125b-2,mir-9-2,mir-21,mir-25,mir-123或它們的任何組合。
此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-128a,mir-181c,mir-181a,mir-181b或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於mgmt，其可以用作得自外來體的腦癌的特異性生物標誌物。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於egfr。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種腦癌特異性生物標誌物，例如gopc-ros1；或者圖22和圖1中所列的腦癌的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種腦癌特異性生物標誌物，例如gopc-ros1；或者圖22和圖1中所列的腦癌的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的腦癌特異性外來體、或者包含一種或多種腦癌特異性生物標誌物的外來體，例如gopc-ros1；或者圖22和圖1中所列的腦癌的那些生物標誌物。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵腦癌的一種或多種系統來檢測一種或多種腦癌特異性生物標誌物(例如圖22和圖1中所列的腦癌的那些生物標誌物)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種腦癌特異性生物標誌物(例如gopc-ros1；或者圖22和圖1中所列的腦癌的那些生物標誌物)。
銀屑病
得自外來體的銀屑病特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖23中所列的那些，並且可以用於創建銀屑病特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-146b,mir-20a,mir-146a,mir-31,mir-200a,mir-17-5p,mir-30e-5p,mir-141,mir-203,mir-142-3p,mir-21,mir-106a或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包含一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-125b,mir-99b,mir-122a,mir-197,mir-100,mir-381,mir-518b,mir-524,let-7e,mir-30c,mir-365,mir-133b,mir-10a,mir-133a,mir-22,mir-326,mir-215或它們的任何組合。
可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於il-20,vegfr-1,vegfr-2,vegfr-3,egr1或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的銀屑病的特異性生物標誌物。外來體中可以評估的銀屑病的生物標誌物突變包括但不限於mgst2的突變；或者銀屑病特異性突變的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種銀屑病特異性生物標誌物，例如圖23和圖1中所列的銀屑病的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種銀屑病特異性生物標誌物，例如圖23和圖1中所列的銀屑病的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的銀屑病特異性外來體、或者包含一種或多種銀屑病特異性生物標誌物的外來體，例如圖23和圖1中所列的銀屑病的那些生物標誌物。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵銀屑病的一種或多種系統來檢測一種或多種銀屑病特異性生物標誌物(例如圖23和圖1中所列的銀屑病的那些生物標誌物)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種銀屑病特異性生物標誌物(例如圖23和圖1中所列的銀屑病的那些生物標誌物)。
心血管疾病(cvd)
得自外來體的cvd特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖24中所列的那些，並且可以用於創建cvd特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-195,mir-208,mir-214,let-7b,let-7c,let-7e,mir-15b,mir-23a,mir-24,mir-27a,mir-27b,mir-93,mir-99b,mir-100,mir-103,mir-125b,mir-140,mir-145,mir-181a,mir-191,mir-195,mir-199a,mir-320,mir-342,mir-451,mir-499或它們的任何組合。
此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-1,mir-10a,mir-17-5p,mir-19a,mir-19b,mir-20a,mir-20b,mir-26b,mir-28,mir-30e-5p,mir-101,mir-106a,mir-126,mir-222,mir-374,mir-422b,mir-423或它們的任何組合。可以分析的mrna可以包括但不限於mrp14,cd69或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的cvd的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的cvd的生物標誌物突變包括但不限於myh7,scn5a或chrm2的突變；或者cvd特異性突變的任何組合。
外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於ck-mb,ctni(心肌肌鈣蛋白),crp,bpn,il-6,mcsf,cd40,cd40l或它們的任何組合。此外，所分離或測定的外來體可以為cvd細胞特異性的，或者衍生自心肌細胞的。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種cvd特異性生物標誌物，例如圖24和圖1中所列的cvd的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種cvd特異性生物標誌物，例如圖24和圖1中所列的cvd的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的cvd特異性外來體、或者包含一種或多種cvd特異性生物標誌物的外來體，例如圖24和圖1中所列的cvd的那些生物標誌物。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵cvd的一種或多種系統來檢測一種或多種cvd特異性生物標誌物(例如圖24和圖1中所列的cvd的那些生物標誌物)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種cvd特異性生物標誌物(例如圖24和圖1中所列的cvd的那些生物標誌物)。
血癌
得自外來體的惡性血液病特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖25中所列的那些，並且可以用於創建惡性血液病特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於hox11,tal1,ly1,lmo1,lmo2或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的惡性血液病的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的血癌生物標誌物突變包括但不限於c-kit,pdgfr或abl突變；或者惡性血液病特異性突變的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種血癌特異性生物標誌物，例如圖25和圖1中所列的血癌的那些生物標誌物。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種血癌特異性生物標誌物，例如圖25和圖1中所列的血癌的那些生物標誌物。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的血癌特異性外來體、或者包含一種或多種血癌特異性生物標誌物的外來體，例如圖25和圖1中所列的cvd的那些生物標誌物。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵血癌的一種或多種系統來檢測一種或多種血癌特異性生物標誌物(例如圖25和圖1中所列的血癌的那些生物標誌物)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種血癌特異性生物標誌物(例如圖25和圖1中所列的血癌的那些生物標誌物)。
此外，所述的一種或多種血癌特異性生物標誌物還可以為基因融合物，其選自：對於急病淋巴性白血病(all)而言，為ttl-etv6,cdk6-mll,cdk6-tlx3,etv6-flt3,etv6-runx1,etv6-ttl,mll-aff1,mll-aff3,mll-aff4,mll-gas7,tcba1-etv6,tcf3-pbx1或tcf3-tfpt；對於t細胞急病淋巴性白血病(t-all)而言，為bcl11b-tlx3,il2-tnfrfs17,nup214-abl1,nup98-ccdc28a,tal1-stil或etv6-abl2；對於間變大細胞瘤(alcl)而言，為atic-alk,kiaa1618-alk,msn-alk,myh9-alk,npm1-alk,tgf-alk或tpm3-alk；對於慢性粒細胞白血病(cml)而言，為bcr-abl1,bcr-jak2,etv6-evi1,etv6-mn1或etv6-tcba1；對於aml而言，為cbfb-myh11,chic2-etv6,etv6-abl1,etv6-abl2,etv6-arnt,etv6-cdx2,etv6-hlxb9,etv6-per1,mef2d-dazap1,aml-aff1,mll-arhgap26,mll-arhgef12,mll-casc5,mll-cbl,mll-crebbp,mll-dab21p,mll-ell,mll-ep300,mll-eps15,mll-fnbp1,mll-foxo3a,mll-gmps,mll-gphn,mll-mllt1,mll-mllt11,mll-mllt3,mll-mllt6,mll-myo1f,mll-picalm,mll-sept2,mll-sept6,mll-sorbs2,myst3-sorbs2,myst-crebbp,npm1-mlf1,nup98-hoxa13,prdm16-evi1,rabep1-pdgfrb,runx1-evi1,runx1-mds1,runx1-rpl22,runx1-runx1t1,runx1-sh3d19,runx1-usp42,runx1-ythdf2,runx1-znf687或taf15-znf-384；對於慢性淋巴性白血病(cll)而言，為ccnd1-fstl3；以及對於嗜酸性粒細胞增多/慢性嗜酸性粒細胞增多而言，為flip1-pdgfra,flt3-etv6,kiaa1509-pdgfra,pde4dip-pdgfrb,nin-pdgfrb,tp53bp1-pdgfrb或tpm3-pdgfrb。
此外，cll的一種或多種生物標誌物還可以包括以下上調節或過表達的mirna的一種或多種，例如mir-23b,mir-24-1,mir-146,mir-155,mir-195,mir-221,mir-331,mir-29a,mir-195,mir-34a或mir-29c；以及下調解或表達不足的mirs的一種或多種，例如mir-15a,mir-16-1,mir-29或mir-223；或它們的任何組合。
此外，all的一種或多種生物標誌物還可以包括以下上調節或過表達的mirna的一種或多種，例如例如mir-128b,mir-204,mir-218,mir-331,mir-181b-1,mir-17-92或它們的任何組合。
b細胞慢性淋巴細胞白血病(b-cll)
得自外來體的b-cll特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖26中所列的那些，並且可以用於創建b-cll特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-183-prec,mir-190,mir-24-1-prec,mir-33,mir-19a,mir-140,mir-123,mir-10b,mir-15b-prec,mir-92-1,mir-188,mir-154,mir-217,mir-101,mir-141-prec,mir-153-prec,mir-196-2,mir-134,mir-141,mir-132,mir-192,mir-181b-prec或它們的任何組合。
此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-213,mir-220或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於zap70,adipor1或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的b-cll的特異性生物標誌物。外來體中可以評估的b-cll的生物標誌物突變包括但不限於ighv,p53或atm突變；或者b-cll特異性突變的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種b-cll特異性生物標誌物，例如bcl3-myc,myc-btg1,bcl7a-myc,brwd3-arhgap20或btg1-myc；或者圖26中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種b-cll特異性生物標誌物，例如bcl3-myc,myc-btg1,bcl7a-myc,brwd3-arhgap20或btg1-myc；或者圖26中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的b-cll特異性外來體、或者包含一種或多種b-cll特異性生物標誌物的外來體，例如bcl3-myc,myc-btg1,bcl7a-myc,brwd3-arhgap20或btg1-myc；或者圖26中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵b-cll的一種或多種系統來檢測一種或多種b-cll特異性生物標誌物(例如bcl3-myc,myc-btg1,bcl7a-myc,brwd3-arhgap20或btg1-myc；或者圖26中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種b-cll特異性生物標誌物(例如bcl3-myc,myc-btg1,bcl7a-myc,brwd3-arhgap20或btg1-myc；或者圖26中所列的那些)。
b-細胞淋巴瘤
得自外來體的b-細胞淋巴瘤特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖27中所列的那些，並且可以用於創建b-細胞淋巴瘤特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-17-92多順反子,mir-155,mir-210,mir-21,mir-19a,mir-92,mir-142mir-155,mir-221mir-17-92,mir-21,mir-191,mir-205或它們的任何組合。此外，可以用作b-細胞淋巴瘤的外來體生物標誌物的snorna可以包括但不限於u50。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種b-細胞淋巴瘤特異性生物標誌物，例如圖27中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種b-細胞淋巴瘤特異性生物標誌物，例如圖27中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的b-細胞淋巴瘤特異性外來體、或者包含一種或多種b-細胞淋巴瘤特異性生物標誌物的外來體，例如圖27中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵b-細胞淋巴瘤的一種或多種系統來檢測一種或多種b-細胞淋巴瘤特異性生物標誌物(例如圖27中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種b-細胞淋巴瘤特異性生物標誌物(例如圖27中所列的那些)。
瀰漫性大b細胞淋巴瘤(dlbcl)
得自外來體的dlbcl特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖28中所列的那些，並且可以用於創建dlbcl特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-17-92,mir-155,mir-210,mir-21或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於a-myb,lmo2,jnk3,cd10,bcl-6,cyclind2,irf4,flip,cd44或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的dlbcl的特異性生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種dlbcl特異性生物標誌物，例如citta-bcl6,cltc-alk,il21r-bcl6,pim1-bcl6,tfcr-bcl6,ikzf1-bcl6或sec31a-alk；或者圖28中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種dlbcl特異性生物標誌物，例如citta-bcl6,cltc-alk,il21r-bcl6,pim1-bcl6,tfcr-bcl6,ikzf1-bcl6或sec31a-alk；或者圖28中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的dlbcl特異性外來體、或者包含一種或多種dlbcl特異性生物標誌物的外來體，例如citta-bcl6,cltc-alk,il21r-bcl6,pim1-bcl6,tfcr-bcl6,ikzf1-bcl6或sec31a-alk；或者圖28中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵dlbcl的一種或多種系統來檢測一種或多種dlbcl特異性生物標誌物(例如citta-bcl6,cltc-alk,il21r-bcl6,pim1-bcl6,tfcr-bcl6,ikzf1-bcl6或sec31a-alk；或者圖28中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種dlbcl特異性生物標誌物(例如citta-bcl6,cltc-alk,il21r-bcl6,pim1-bcl6,tfcr-bcl6,ikzf1-bcl6或sec31a-alk；或者圖28中所列的那些)。
burkitt淋巴瘤
得自外來體的burkitt淋巴瘤特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖29中所列的那些，並且可以用於創建burkitt淋巴瘤特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於pri-mir-155或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於myc,tert,ns,np,maz,rcf3,bysl,ide3,cdc7,tcl1a,auts2,mybl1,bmp7,itpr3,cdc2,back2,ttk,mme,alox5,top1或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的burkitt淋巴瘤的特異性生物標誌物。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於bcl6,ki-67或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種burkitt淋巴瘤特異性生物標誌物，例如igh-myc,lcp1-bcl6；或者圖29中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種burkitt淋巴瘤特異性生物標誌物，例如igh-myc,lcp1-bcl6；或者圖29中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的burkitt淋巴瘤特異性外來體、或者包含一種或多種burkitt淋巴瘤特異性生物標誌物的外來體，例如igh-myc,lcp1-bcl6；或者圖29中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵burkitt淋巴瘤的一種或多種系統來檢測一種或多種burkitt淋巴瘤特異性生物標誌物(例如igh-myc,lcp1-bcl6；或者圖29中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種burkitt淋巴瘤特異性生物標誌物(例如igh-myc,lcp1-bcl6；或者圖29中所列的那些)。
肝細胞癌
得自外來體的肝細胞癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖30中所列的那些，並且可以用於創建肝細胞癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-221。此外，所述的生物學特徵可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於let-7a-1,let-7a-2,let-7a-3,let-7b,let-7c,let-7d,let-7e,let-7f-2,let-fg,mir-122a,mir-124a-2,mir-130a,mir-132,mir-136,mir-141,mir-142,mir-143,mir-145,mir-146,mir-150,mir-155(bic),mir-181a-1,mir-181a-2,mir-181c,mir-195,mir-199a-1-5p,mir-199a-2-5p,mir-199b,mir-200b,mir-214,mir-223,pre-mir-594或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於fat10。
此外，生物學特徵的一種或多種生物標誌物還可以用於表徵肝炎c病毒相關性肝細胞癌。所述的一種或多種生物標誌物可以為mirna，例如過表達的或表達不足的mirna。例如，上調節的或過表達的mirna可以為mir-122,mir-100或mir-10a，而下調節的mirna可以為mir-198或mir-145。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種肝細胞癌特異性生物標誌物，例如圖30和圖1中所列的肝細胞癌的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種肝細胞癌特異性生物標誌物，例如圖30和圖1中所列的肝細胞癌的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的肝細胞癌特異性外來體、或者包含一種或多種肝細胞癌特異性生物標誌物的外來體，例如圖30和圖1中所列的肝細胞癌的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵肝細胞癌的一種或多種系統來檢測一種或多種肝細胞癌特異性生物標誌物(例如圖30和圖1中所列的肝細胞癌的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種肝細胞癌特異性生物標誌物(例如圖30和圖1中所列的肝細胞癌的那些)。
宮頸癌
得自外來體的宮頸癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖31中所列的那些，並且可以用於創建肝宮頸癌特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分子的一種或多種mrna可以包括但不限於hpve6,hpve7,p53或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的宮頸癌的特異性生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種宮頸癌特異性生物標誌物，例如圖31和圖1中所列的宮頸癌的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種宮頸癌特異性生物標誌物，例如圖31和圖1中所列的宮頸癌的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的宮頸癌特異性外來體、或者包含一種或多種宮頸癌特異性生物標誌物的外來體，例如圖31和圖1中所列的宮頸癌的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵宮頸癌的一種或多種系統來檢測一種或多種宮頸癌特異性生物標誌物(例如圖31和圖1中所列的宮頸癌的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種宮頸癌特異性生物標誌物(例如圖31和圖1中所列的肝細胞癌的那些)。
子宮內膜癌
得自外來體的子宮內膜癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖32中所列的那些，並且可以用於創建子宮內膜癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包含一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-185,mir-106a,mir-181a,mir-210,mir-423,mir-103,mir-107,let-7c或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包含一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-7i,mir-221,mir-193,mir-152,mir-30c或它們的任何組合。
外來體中可以評估的子宮內膜癌的生物標誌物突變包括但不限於pten,k-ras,b-連環蛋白,p53,her2/neu的突變；或者子宮內膜癌特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於nlrp7,αvβ6整合蛋白或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種子宮內膜癌特異性生物標誌物，例如圖32和圖1中所列的子宮內膜癌的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種子宮內膜癌特異性生物標誌物，例如圖32和圖1中所列的子宮內膜癌的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的子宮內膜癌特異性外來體、或者包含一種或多種子宮內膜癌特異性生物標誌物的外來體，例如圖32和圖1中所列的子宮內膜癌的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵子宮內膜癌的一種或多種系統來檢測一種或多種子宮內膜癌特異性生物標誌物(例如圖32和圖1中所列的子宮內膜癌的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種子宮內膜癌特異性生物標誌物(例如圖32和圖1中所列的子宮內膜癌的那些)。
頭和頸部的癌症
得自外來體的頭和頸部癌症的特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖33中所列的那些，並且可以用於創建頭和頸部癌症的特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包含一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-21,let-7,mir-18,mir-29c,mir-142-3p,mir-155,mir-146b,mir-205,mir-21或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包含一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-494。可以分析的一種或多種mrna包括但不限於hpve6,hpve7,p53,il-8,sat,h3fa3,egfr或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的頭和頸部癌症的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的頭和頸部的癌症的生物標誌物突變包括但不限於gstm1,gstt1,gstp1,ogg1,xrcc1,xpd,rad51,egfr,p53的突變；或者頭和頸部癌症的特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於egfr,ephb4,ephb2或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種頭和頸部癌症的特異性生物標誌物，例如chchd7-plag1,ctnnb1-plag1,fhit-hmga2,hmga2-nfib,lifr-plag1或tcea1-plag1；或者圖33和圖1中所列的頭和頸部的癌症的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種頭和頸部癌症的特異性生物標誌物，例如chchd7-plag1,ctnnb1-plag1,fhit-hmga2,hmga2-nfib,lifr-plag1或tcea1-plag1；或者圖33和圖1中所列的頭和頸部的癌症的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的頭和頸部癌症的特異性外來體、或者包含一種或多種頭和頸部癌症的特異性生物標誌物的外來體，例如chchd7-plag1,ctnnb1-plag1,fhit-hmga2,hmga2-nfib,lifr-plag1或tcea1-plag1；或者圖33和圖1中所列的頭和頸部的癌症的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵頭和頸部的癌症的一種或多種系統來檢測一種或多種頭和頸部癌症的特異性生物標誌物(例如圖33和圖1中所列的頭和頸部的癌症的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種頭和頸部癌症的特異性生物標誌物(例如chchd7-plag1,ctnnb1-plag1,fhit-hmga2,hmga2-nfib,lifr-plag1或tcea1-plag1；或者圖33和圖1中所列的頭和頸部的癌症的那些)。
炎性腸病(ibd)
得自外來體的ibd特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖34中所列的那些，並且可以用於創建ibd特異性外來體的生物學特徵。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於胰蛋白酶原iv,sert或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的ibd特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的ibd生物標誌物突變可以包括但不限於card15的突變；或者ibd特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於ii-16,ii-1β,ii-12,tnf-α,幹擾素γ,ii-6,rantes,mcp-1,抵抗素,5-ht或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種ibd特異性生物標誌物，例如圖34和圖1中所列的ibd的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種ibd特異性生物標誌物，例如圖34和圖1中所列的ibd的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的ibd特異性外來體、或者包含一種或多種ibd特異性生物標誌物的外來體，例如圖34和圖1中所列的ibd的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵ibd的一種或多種系統來檢測一種或多種ibd的特異性生物標誌物(例如圖34和圖1中所列的ibd的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種ibd特異性生物標誌物(例如圖34和圖1中所列的ibd的那些)。
糖尿病
得自外來體的糖尿病特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖35中所列的那些，並且可以用於創建糖尿病特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於il-8,ctss,itgb2,hla-dra,cd53,plag27,mmp9或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的糖尿病的特異性生物標誌物。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於rbp4。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種糖尿病特異性生物標誌物，例如圖35和圖1中所列的糖尿病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種糖尿病特異性生物標誌物，例如圖35和圖1中所列的糖尿病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的糖尿病特異性外來體、或者包含一種或多種糖尿病特異性生物標誌物的外來體，例如圖35和圖1中所列的ibd的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵糖尿病的一種或多種系統來檢測一種或多種糖尿病的特異性生物標誌物(例如圖35和圖1中所列的糖尿病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種糖尿病特異性生物標誌物(例如圖35和圖1中所列的糖尿病的那些)。
barrett食管
得自外來體的barrett食管特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖36中所列的那些，並且可以用於創建barrett食管特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包含一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-21,mir-143,mir-145,mir-194,mir-215或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna包括但不限於s100a2,s100a4或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的barrett食管特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的barrett食管生物標誌物突變可以包括但不限於p53的突變；或者barrett食管特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於p53,muc1,muc2或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種barrett食管特異性生物標誌物，例如圖36和圖1中所列的barrett食管的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種barrett食管特異性生物標誌物，例如圖36和圖1中所列的barrett食管的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的barrett食管特異性外來體、或者包含一種或多種barrett食管特異性生物標誌物的外來體，例如圖36和圖1中所列的barrett食管的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵barrett食管的一種或多種系統來檢測一種或多種barrett食管的特異性生物標誌物(例如圖36和圖1中所列的barrett食管的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種barrett食管特異性生物標誌物(例如圖36和圖1中所列的barrett食管的那些)。
纖維肌痛
得自外來體的纖維肌痛特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖37中所列的那些，並且可以用於創建纖維肌痛特異性外來體的生物學特徵。可以分析的一種或多種mrna包括但不限於nr2d，其可以用作得自外來體的纖維肌痛特異性生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種纖維肌痛特異性生物標誌物，例如圖37和圖1中所列的纖維肌痛的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種纖維肌痛特異性生物標誌物，例如圖37和圖1中所列的纖維肌痛的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的纖維肌痛特異性外來體、或者包含一種或多種纖維肌痛特異性生物標誌物的外來體，例如圖37和圖1中所列的纖維肌痛的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵纖維肌痛的一種或多種系統來檢測一種或多種纖維肌痛的特異性生物標誌物(例如圖37和圖1中所列的纖維肌痛的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種纖維肌痛特異性生物標誌物(例如圖37和圖1中所列的纖維肌痛的那些)。
中風
得自外來體的中風特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖38中所列的那些，並且可以用於創建中風特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於mmp9,s100-p,s100a12,s100a9,凝血因子v,精氨酸酶i,ca-iv,單羧酸轉運蛋白,ets-2,eif2α,細胞骨架相關的蛋白質4,n-甲醯肽受體,核糖核酸酶2,n-乙醯神經氨酸丙酮酯裂解酶,bcl-6,糖原磷酸化酶或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的中風特異性生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種中風特異性生物標誌物，例如圖38和圖1中所列的中風的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種中風特異性生物標誌物，例如圖38和圖1中所列的中風的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的中風特異性外來體、或者包含一種或多種中風特異性生物標誌物的外來體，例如圖38和圖1中所列的中風的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵中風的一種或多種系統來檢測一種或多種中風的特異性生物標誌物(例如圖38和圖1中所列的中風的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種中風特異性生物標誌物(例如圖38和圖1中所列的中風的那些)。
多發性硬化症(ms)
得自外來體的ms特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖39中所列的那些，並且可以用於創建ms特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於il-6,il-17,par-3,il-17,t1/st2,jund,5-lo,lta4h,mbp,plp,α-β晶狀體球蛋白或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的ms特異性生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種ms特異性生物標誌物，例如圖39和圖1中所列的ms的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種ms特異性生物標誌物，例如圖39和圖1中所列的ms的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的ms特異性外來體、或者包含一種或多種ms特異性生物標誌物的外來體，例如圖39和圖1中所列的ms的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵ms的一種或多種系統來檢測一種或多種ms的特異性生物標誌物(例如圖39和圖1中所列的ms的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種ms特異性生物標誌物(例如圖39和圖1中所列的ms的那些)。
帕金森氏病
得自外來體的帕金森氏病特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖40中所列的那些，並且可以用於創建帕金森氏病特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括但不限於一種或多種表達不足的mirs，例如mir-133b。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於nurr1,bdnf,trkb,gstm1,s100beta或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的帕金森氏病特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的帕金森氏病的生物標誌物突變可以包括但不限於fgf20,α-突觸核蛋白,fgf20,ndufv2,fgf2,calb1,b2m的突變；或者帕金森氏病特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於apo-h,銅藍蛋白,bdnf,il-8,β2-微球蛋白,apoaii,tau,aβ1-42,dj-1或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種帕金森氏病特異性生物標誌物，例如圖40和圖1中所列的帕金森氏病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種帕金森氏病特異性生物標誌物，例如圖40和圖1中所列的帕金森氏病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的帕金森氏病特異性外來體、或者包含一種或多種帕金森氏病特異性生物標誌物的外來體，例如圖40和圖1中所列的帕金森氏病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵帕金森氏病的一種或多種系統來檢測一種或多種帕金森氏病的特異性生物標誌物(例如圖40和圖1中所列的帕金森氏病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種帕金森氏病特異性生物標誌物(例如圖40和圖1中所列的帕金森氏病的那些)。
風溼病
得自外來體的風溼病特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖41中所列的那些，並且可以用於創建風溼病特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-146a,mir-155,mir-132,mir-16,mir-181或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於hoxd10,hoxd11,hoxd13,ccl8,lim同源框2,cenp-e或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的風溼病特異性生物標誌物。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於tnf。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種風溼病特異性生物標誌物，例如圖41和圖1中所列的風溼病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種風溼病特異性生物標誌物，例如圖41和圖1中所列的風溼病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的風溼病特異性外來體、或者包含一種或多種風溼病特異性生物標誌物的外來體，例如圖41和圖1中所列的風溼病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵風溼病的一種或多種系統來檢測一種或多種風溼病特異性生物標誌物(例如圖41和圖1中所列的風溼病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種風溼病特異性生物標誌物(例如圖41和圖1中所列的風溼病的那些)。
阿爾茨海默氏病
得自外來體的阿爾茨海默氏病特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖42中所列的那些，並且可以用於創建阿爾茨海默氏病特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如mir-107,mir-29a,mir-29b-1,mir-9或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種過表達的mirs，例如mir-128或它們的任何組合。
可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於hif-1,bace1,reelin,chrna7,3rtau/4rtau或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的阿爾茨海默氏病的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的阿爾茨海默氏病的生物標誌物突變可以包括但不限於app,早衰蛋白1,早衰蛋白2,apoe4的突變；或者阿爾茨海默氏病特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於bace1,reelin,半胱氨酸蛋白酶抑制劑c,截短的半胱氨酸蛋白酶抑制劑c,澱粉蛋白β,c3a,t-tau,補體因子h,α-2-巨球蛋白或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種阿爾茨海默氏病特異性生物標誌物，例如圖42和圖1中所列的阿爾茨海默氏病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種阿爾茨海默氏病特異性生物標誌物，例如圖42和圖1中所列的阿爾茨海默氏病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的阿爾茨海默氏病特異性外來體、或者包含一種或多種阿爾茨海默氏病特異性生物標誌物的外來體，例如圖42和圖1中所列的阿爾茨海默氏病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵阿爾茨海默氏病的一種或多種系統來檢測一種或多種阿爾茨海默氏病特異性生物標誌物(例如圖42和圖1中所列的阿爾茨海默氏病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種阿爾茨海默氏病特異性生物標誌物(例如圖42和圖1中所列的阿爾茨海默氏病的那些)。
朊病毒疾病
得自外來體的朊病毒疾病特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖43中所列的那些，並且可以用於創建朊病毒疾病特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於澱粉蛋白b4,app,il-1r1,sod1或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的朊病毒疾病特異性生物標誌物。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於prp(c),14-3-3,nse,s-100,tau,aqp-4或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種朊病毒疾病特異性生物標誌物，例如圖43和圖1中所列的朊病毒疾病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種朊病毒疾病特異性生物標誌物，例如圖43和圖1中所列的朊病毒疾病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的朊病毒疾病特異性外來體、或者包含一種或多種朊病毒疾病特異性生物標誌物的外來體，例如圖43和圖1中所列的朊病毒疾病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵朊病毒疾病的一種或多種系統來檢測一種或多種朊病毒疾病特異性生物標誌物(例如圖43和圖1中所列的朊病毒疾病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種朊病毒疾病特異性生物標誌物(例如圖43和圖1中所列的朊病毒疾病的那些)。
膿毒症
得自外來體的膿毒症特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖44中所列的那些，並且可以用於創建膿毒症特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於15-羥基-pg脫氫酶(上),lair1(上),nfkb1a(上),tlr2,pglypr1,tlr4,md2,tlr5,ifnar2,irak2,irak3,irak4,pi3k,pi3kcb,map2k6,mapk14,nfkb1a,nfkb1,il1r1,map2k1ip1,mknk1,fas,casp4,gadd45b,socs3,tnfsf10,tnfsf13b,osm,hgf,il18r1或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的膿毒症特異性生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種膿毒症特異性生物標誌物，例如圖44所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種膿毒症特異性生物標誌物，例如圖44中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的膿毒症特異性外來體、或者包含一種或多種膿毒症特異性生物標誌物的外來體，例如圖44中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵膿毒症的一種或多種系統來檢測一種或多種膿毒症特異性生物標誌物(例如圖44中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種膿毒症特異性生物標誌物(例如圖44中所列的那些)。
慢性神經病理性疼痛
得自外來體的慢性神經病理性疼痛(cnp)特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖45中所列的那些，並且可以用於創建cnp特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於icam-1(齧齒動物),cgrp(齧齒動物),timp-1(齧齒動物),clr-1(齧齒動物),hsp-27(齧齒動物),fabp(齧齒動物),載脂蛋白d(齧齒動物)或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的cnp特異性生物標誌物。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於趨化因子,趨化因子受體(ccr2/4)或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種慢性神經病理性疼痛特異性生物標誌物，例如圖45和圖1中所列的慢性神經病理性疼痛的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種慢性神經病理性疼痛特異性生物標誌物，例如圖45和圖1中所列的慢性神經病理性疼痛的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的慢性神經病理性疼痛特異性外來體、或者包含一種或多種慢性神經病理性疼痛特異性生物標誌物的外來體，例如圖45和圖1中所列的慢性神經病理性疼痛的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵慢性神經病理性疼痛的一種或多種系統來檢測一種或多種慢性神經病理性疼痛特異性生物標誌物(例如圖45和圖1中所列的慢性神經病理性疼痛的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種慢性神經病理性疼痛特異性生物標誌物(例如圖45和圖1中所列的慢性神經病理性疼痛的那些)。
周圍神經病理性疼痛
得自外來體的周圍神經病理性疼痛(pnp)特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖46中所列的那些，並且可以用於創建pnp特異性外來體的生物學特徵。例如，外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於ox42,ed9或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種周圍神經病理性疼痛特異性生物標誌物，例如圖46和圖1中所列的周圍神經病理性疼痛的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種周圍神經病理性疼痛特異性生物標誌物，例如圖46和圖1中所列的周圍神經病理性疼痛的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的周圍神經病理性疼痛特異性外來體、或者包含一種或多種周圍神經病理性疼痛特異性生物標誌物的外來體，例如圖46和圖1中所列的周圍神經病理性疼痛的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵周圍神經病理性疼痛的一種或多種系統來檢測一種或多種周圍神經病理性疼痛特異性生物標誌物(例如圖46和圖1中所列的周圍神經病理性疼痛的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種周圍神經病理性疼痛特異性生物標誌物(例如圖46和圖1中所列的周圍神經病理性疼痛的那些)。
精神分裂症
得自外來體的精神分裂症特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖47中所列的那些，並且可以用於創建精神分裂症特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-181b。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-7,mir-24,mir-26b,mir-29b,mir-30b,mir-30e,mir-92,mir-195或它們的任何組合。
可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於ifitm3,serpina3,gls,aldh7a1basp1或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的精神分裂症的特異性生物標誌物。外來體中可以評估的精神分裂症生物標誌物突變包括但不限於disc1,精神分裂症易感基因抗體,神經調節蛋白-1,seratonin2a受體,nurr1的突變；或者精神分裂症特異性突變的任何組合。
外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於atp5b,atp5h,atp6v1b,dnm1,ndufv2,nsf,pdhb或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種精神分裂症特異性生物標誌物，例如圖47和圖1中所列的精神分裂症的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種精神分裂症特異性生物標誌物，例如圖47和圖1中所列的精神分裂症的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的精神分裂症特異性外來體、或者包含一種或多種精神分裂症特異性生物標誌物的外來體，例如圖47和圖1中所列的精神分裂症的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵精神分裂症的一種或多種系統來檢測一種或多種精神分裂症特異性生物標誌物(例如圖47和圖1中所列的精神分裂症的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種精神分裂症特異性生物標誌物(例如圖47和圖1中所列的精神分裂症的那些)。
雙極性精神失調疾病
得自外來體的雙極性精神失調疾病特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖48中所列的那些，並且可以用於創建雙極性精神失調疾病特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於fgf2,aldh7a1,agxt2l1,aqp4,pcnt2或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的雙極性精神失調疾病的特異性生物標誌物。外來體中可以評估的雙極性精神失調疾病的生物標誌物突變包括但不限於精神分裂症易感基因抗體,daoa/g30,disc1,神經調節蛋白-1的突變；或者雙極性精神失調疾病特異性突變的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種雙極性精神失調疾病特異性生物標誌物，例如圖48中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種雙極性精神失調疾病特異性生物標誌物，例如圖48中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的雙極性精神失調疾病特異性外來體、或者包含一種或多種雙極性精神失調疾病特異性生物標誌物的外來體，例如圖48中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵雙極性精神失調疾病的一種或多種系統來檢測一種或多種雙極性精神失調疾病特異性生物標誌物(例如圖48中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種雙極性精神失調疾病特異性生物標誌物(例如圖48中所列的那些)。
抑鬱症
得自外來體的抑鬱症特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖49中所列的那些，並且可以用於創建抑鬱症特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於fgfr1,fgfr2,fgfr3,aqp4或它們的任何組合，並且還可以用作得自外來體的抑鬱症的特異性生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種抑鬱症特異性生物標誌物，例如圖49中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種抑鬱症特異性生物標誌物，例如圖49中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的抑鬱症特異性外來體、或者包含一種或多種抑鬱症特異性生物標誌物的外來體，例如圖49中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵抑鬱症的一種或多種系統來檢測一種或多種抑鬱症特異性生物標誌物(例如圖49中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種抑鬱症特異性生物標誌物(例如圖49中所列的那些)。
胃腸道間質瘤(gist)
得自外來體的gist特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖50中所列的那些，並且可以用於創建gist特異性外來體的生物學特徵。例如，可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於dog-1,pkc-theta,kit,gpr20,prkcq,kcnk3,kcnh2,scg2,tnfrsf6b,cd34或它們的任何組合，並且還可以用作得自外來體的gist的特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的gist的生物標誌物突變可以包括但不限於pkc-theta的突變；或者gist特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於pdgfra,c-kit或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種gist特異性生物標誌物，例如圖50和圖1中所列的gist的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種gist特異性生物標誌物，例如圖50和圖1中所列的gist的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的gist特異性外來體、或者包含一種或多種gist特異性生物標誌物的外來體，例如圖50和圖1中所列的gist的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵gist的一種或多種系統來檢測一種或多種gist特異性生物標誌物(例如圖50和圖1中所列的gist的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種gist特異性生物標誌物(例如圖50和圖1中所列的gist的那些)。
腎細胞癌
得自外來體的腎細胞癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖51中所列的那些，並且可以用於創建腎細胞癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-141,mir-200c或它們的任何組合。所述的一種或多種上調節的或過表達的mirna可以為mir-28,mir-185,mir-27,mir-let-7f-2或它們的任何組合。
可以分析的一種或多種mrna可以包括但不限於層粘連蛋白受體1,betaig-h3,半乳凝集素-1,a-2巨球蛋白,脂肪組織分化相關蛋白質,促血管新生蛋白因子2,鈣調素金結合蛋白質1,ii類mhc-相關的不變鏈(cd74),膠原蛋白iv-a1,補體成分,補體成分3,細胞色素p450,iij亞家族多肽2,δ促睡眠肽,fcg受體iiia(cd16),hla-b,hla-dra,hla-drb,hla-sb,ifn-誘導的跨膜蛋白3,ifn-誘導的跨膜蛋白1,賴氨醯氧化酶或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的腎細胞癌特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的腎細胞癌生物標誌物的突變包括但不限於vhl的突變；或者腎細胞癌特異性突變的任何組合。
外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於if1α,vegf,pdgfra或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種rcc特異性生物標誌物，例如alpha-tfeb,nono-tfe3,prcc-tfe3,sfpq-tfe3,cltc-tfe3或malat1-tfeb；或者圖51和圖1中所列的rcc的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種rcc特異性生物標誌物，例如alpha-tfeb,nono-tfe3,prcc-tfe3,sfpq-tfe3,cltc-tfe3或malat1-tfeb；或者圖51和圖1中所列的rcc的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的rcc特異性外來體、或者包含一種或多種rcc特異性生物標誌物的外來體，例如alpha-tfeb,nono-tfe3,prcc-tfe3,sfpq-tfe3,cltc-tfe3或malat1-tfeb；或者圖51和圖1中所列的rcc的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵rcc的一種或多種系統來檢測一種或多種rcc特異性生物標誌物(例如alpha-tfeb,nono-tfe3,prcc-tfe3,sfpq-tfe3,cltc-tfe3或malat1-tfeb；或者圖51和圖1中所列的rcc的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種rcc特異性生物標誌物(例如alpha-tfeb,nono-tfe3,prcc-tfe3,sfpq-tfe3,cltc-tfe3或malat1-tfeb；或者圖51和圖1中所列的rcc的那些)。
肝硬化
得自外來體的肝硬化特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖52中所列的那些，並且可以用於創建肝硬化特異性外來體的生物學特徵。可以分析的一種或多種mrna包括但不限於nlt，其可以用作得自外來體的肝硬化非特異性生物標誌物。
外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於nlt,hbsag,ast,ykl-40,透明質酸,timp-1,α2巨球蛋白,a-1-抗胰蛋白酶plz等位基因,結合珠蛋白,酸性磷酸酶acpac或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種肝硬化特異性生物標誌物，例如圖52和圖1中所列的肝硬化的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種肝硬化特異性生物標誌物，例如圖52和圖1中所列的肝硬化的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的肝硬化特異性外來體、或者包含一種或多種肝硬化特異性生物標誌物的外來體，例如圖52和圖1中所列的肝硬化的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵肝硬化的一種或多種系統來檢測一種或多種肝硬化特異性生物標誌物(例如圖52和圖1中所列的肝硬化的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種肝硬化特異性生物標誌物(例如圖52和圖1中所列的肝硬化的那些)。
食管癌
得自外來體的食管癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖53中所列的那些，並且可以用於創建食管癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-192,mir-194,mir-21,mir-200c,mir-93,mir-342,mir-152,mir-93,mir-25,mir-424,mir-151或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-27b,mir-205,mir-203,mir-342,let-7c,mir-125b,mir-100,mir-152,mir-192,mir-194,mir-27b,mir-205,mir-203,mir-200c,mir-99a,mir-29c,mir-140,mir-103,mir-107或它們的任何組合。可以分析的一種或多種mrna包括但不限於mthfr，並且可以用作得自外來體的食管癌非特異性生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種食管癌特異性生物標誌物，例如圖53和圖1中所列的食管癌的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種食管癌特異性生物標誌物，例如圖53和圖1中所列的食管癌的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的食管癌特異性外來體、或者包含一種或多種食管癌特異性生物標誌物的外來體，例如圖53和圖1中所列的食管癌的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵食管癌的一種或多種系統來檢測一種或多種食管癌特異性生物標誌物(例如圖53和圖1中所列的食管癌的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種食管癌特異性生物標誌物(例如圖53和圖1中所列的食管癌的那些)。
胃癌
得自外來體的胃癌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖54中所列的那些，並且可以用於創建胃癌特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-106a,mir-21,mir-191,mir-223,mir-24-1,mir-24-2,mir-107,mir-92-2,mir-214,mir-25,mir-221或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於let-7a。
可以分析的一種或多種mrna包括但不限於rrm2,epha4,存活素或它們的任何組合，並且可以用作得自外來體的胃癌特異性生物標誌物。外來體中可以評估的胃癌的生物標誌物突變包括但不限於apc的突變；或者胃癌特異性的突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於epha4。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種胃癌特異性生物標誌物，例如圖54中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種胃癌特異性生物標誌物，例如圖54中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的胃癌特異性外來體、或者包含一種或多種胃癌特異性生物標誌物的外來體，例如圖54中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵胃癌的一種或多種系統來檢測一種或多種胃癌特異性生物標誌物(例如圖54中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種胃癌特異性生物標誌物(例如圖54中所列的那些)。
孤獨症
得自外來體的孤獨症特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖55中所列的那些，並且可以用於創建孤獨症特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-484,mir-21,mir-212,mir-23a,mir-598,mir-95,mir-129,mir-431,mir-7,mir-15a,mir-27a,mir-15b,mir-148b,mir-132,mir-128或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-93,mir-106a,mir-539,mir-652,mir-550,mir-432,mir-193b,mir-181d,mir-146b,mir-140,mir-381,mir-320a,mir-106b或它們的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於gm1,gdla,gdlb,gtlb或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種孤獨症特異性生物標誌物，例如圖55和圖1中所列的孤獨症的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種孤獨症特異性生物標誌物，例如圖55和圖1中所列的孤獨症的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的孤獨症特異性外來體、或者包含一種或多種孤獨症特異性生物標誌物的外來體，例如圖55和圖1中所列的孤獨症的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵孤獨症的一種或多種系統來檢測一種或多種孤獨症特異性生物標誌物(例如圖55和圖1中所列的孤獨症的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種孤獨症特異性生物標誌物(例如圖55和圖1中所列的孤獨症的那些)。
器官排斥
得自外來體的器官排斥特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖56中所列的那些，並且可以用於創建器官排斥特異性外來體的生物學特徵。例如，所述的生物學特徵可以包括一種或多種過表達的mirs，例如但不限於mir-658,mir-125a,mir-320,mir-381,mir-628,mir-602,mir-629,mir-125a或它們的任何組合。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mirs，例如但不限於mir-324-3p,mir-611,mir-654,mir-330_mm1,mir-524,mir-17-3p_mm1,mir-483,mir-663,mir-516-5p,mir-326,mir-197_mm2,mir-346或它們的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於基質金屬蛋白酶-9,蛋白酶3,hnp或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種器官排斥特異性生物標誌物，例如圖56中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種器官排斥特異性生物標誌物，例如圖56中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的器官排斥特異性外來體、或者包含一種或多種器官排斥特異性生物標誌物的外來體，例如圖56中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵器官排斥的一種或多種系統來檢測一種或多種器官排斥特異性生物標誌物(例如圖56中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種器官排斥特異性生物標誌物(例如圖56中所列的那些)。
耐甲氧西林金黃色葡萄球菌
得自外來體的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖57中所列的那些，並且可以用於創建耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性外來體的生物學特徵。
可以分析的一種或多種mrna包括但不限於tsst-1，其可以用作得自外來體的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌的特異性生物標誌物。外來體中可以評估的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌的生物標誌物突變包括但不限於meca,蛋白質asnp的突變；或者耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性突變的任何組合。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於eta,etb,tsst-1,殺白細胞素或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性生物標誌物，例如圖57中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性生物標誌物，例如圖57中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性外來體、或者包含一種或多種耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性生物標誌物的外來體，例如圖57中所列的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵耐甲氧西林金黃色葡萄球菌的一種或多種系統來檢測一種或多種耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性生物標誌物(例如圖57中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種耐甲氧西林金黃色葡萄球菌特異性生物標誌物(例如圖57中所列的那些)。
易損斑塊
得自外來體的易損斑塊特異性生物標誌物可以包括一種或多種(例如,2,3,4,5,6,7,8或更多)過表達的mirs,表達不足的mirs,mrna,基因突變,蛋白質,配基,肽,snorna或者它們的任何組合，例如圖58中所列的那些，並且可以用於創建易損斑塊特異性外來體的生物學特徵。外來體中可以評估的蛋白質、配基或肽可以包括但不限於,il-6,mmp-9,papp-a,d-二聚體,纖維蛋白原,lp-pla2,scd40l,il-18,oxldl,gpx-1,mcp-1,pigf,crp或它們的任何組合。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種易損斑塊特異性生物標誌物，例如圖58和圖1中所列的易損斑塊的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種易損斑塊特異性生物標誌物，例如圖58和圖1中所列的易損斑塊的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的易損斑塊特異性外來體、或者包含一種或多種易損斑塊特異性生物標誌物的外來體，例如圖58和圖1中所列的易損斑塊的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵易損斑塊的一種或多種系統來檢測一種或多種易損斑塊特異性生物標誌物(例如圖58和圖1中所列的易損斑塊的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種易損斑塊特異性生物標誌物(例如圖58和圖1中所列的易損斑塊的那些)。
自身免疫疾病
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種自身免疫疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的自身免疫疾病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種自身免疫疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的自身免疫疾病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的自身免疫疾病特異性外來體、或者包含一種或多種自身免疫疾病特異性生物標誌物的外來體，例如圖1中所列的自身免疫疾病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵自身免疫疾病的一種或多種系統來檢測一種或多種自身免疫疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的自身免疫疾病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種自身免疫疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的自身免疫疾病的那些)。
肺結核(tb)
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種tb疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的tb疾病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種tb疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的tb疾病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的tb疾病特異性外來體、或者包含一種或多種tb疾病特異性生物標誌物的外來體，例如圖1中所列的tb疾病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵tb疾病的一種或多種系統來檢測一種或多種tb疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的tb疾病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種tb疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的tb疾病的那些)。
hiv
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種hiv疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的hiv疾病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種hiv疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的hiv疾病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的hiv疾病特異性外來體、或者包含一種或多種hiv疾病特異性生物標誌物的外來體，例如圖1中所列的hiv疾病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵hiv疾病的一種或多種系統來檢測一種或多種hiv疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的hiv疾病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種hiv疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的hiv疾病的那些)。
此外，所述的一種或多種生物標誌物還可以為mirna，例如上調節的或過表達的mirna。所述的上調節的mirna可以為mir-29a,mir-29b,mir-149,mir-378或mir-324-5p。此外，一種或多種生物標誌物還可以通過評估一種或多種mirna來用於表徵hiv-1的潛伏。所述的mirna可以為mir-28,mir-125b,mir-150,mir-223和mir-382，並且是上調節的。
哮喘
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種哮喘疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的哮喘疾病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種哮喘疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的哮喘疾病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的哮喘疾病特異性外來體、或者包含一種或多種哮喘疾病特異性生物標誌物的外來體，例如圖1中所列的哮喘疾病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵哮喘疾病的一種或多種系統來檢測一種或多種哮喘疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的哮喘疾病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種哮喘疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的哮喘疾病的那些)。
狼瘡
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種狼瘡疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的狼瘡疾病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種狼瘡疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的狼瘡疾病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的狼瘡疾病特異性外來體、或者包含一種或多種狼瘡疾病特異性生物標誌物的外來體，例如圖1中所列的狼瘡疾病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵狼瘡疾病的一種或多種系統來檢測一種或多種狼瘡疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的狼瘡疾病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種狼瘡疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的狼瘡疾病的那些)。
流行性感冒
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種流行性感冒疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的流行性感冒疾病的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種流行性感冒疾病特異性生物標誌物，例如圖1中所列的流行性感冒疾病的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的流行性感冒疾病特異性外來體、或者包含一種或多種流行性感冒疾病特異性生物標誌物的外來體，例如圖1中所列的流行性感冒疾病的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵流行性感冒疾病的一種或多種系統來檢測一種或多種流行性感冒疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的流行性感冒疾病的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種流行性感冒疾病特異性生物標誌物(例如圖1中所列的流行性感冒疾病的那些)。
甲狀腺癌
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種甲狀腺癌特異性生物標誌物，例如甲狀腺乳頭狀癌特徵的akap9-braf,ccdc6-ret,erc1-retm,golga5-ret,hook3-ret,hrh4-ret,ktn1-ret,ncoa4-ret,pcm1-ret,prkara1a-ret,rfg-ret,rfg9-ret,ria-ret,tgf-ntrk1,tpm3-ntrk1,tpm3-tpr,tpr-met,tpr-ntrk1,trim24-ret,trim27-ret或trim33-ret；或者濾泡性甲狀腺癌特徵的pax8-ppary。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種甲狀腺癌特異性生物標誌物，例如圖1中所列的甲狀腺癌的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的甲狀腺癌特異性外來體、或者包含一種或多種甲狀腺癌特異性生物標誌物的外來體，例如圖1中所列的甲狀腺癌的那些。
此外，還可以通過本文所述的用於表徵甲狀腺癌的一種或多種系統來檢測一種或多種甲狀腺癌特異性生物標誌物(例如圖1中所列的甲狀腺癌的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種甲狀腺癌特異性生物標誌物(例如圖1中所列的甲狀腺癌的那些)。
基因融合
所評估的外來體的一種或多種生物標誌物可以為基因融合，例如圖59中所列出的一種或多種。融合基因為通過將兩個之前分開的基因並列而創建的雜交基因。這種情況可以通過染色體易位或倒位、刪除或通過反式剪接來形成。所得的融合基因可以導致基因的異常時空表達，例如使得細胞生長因子、血管再生術因子、腫瘤啟動子或有助於細胞的贅生性轉化和腫瘤創建的其他因子的異常表達。所述的融合基因可以由於以下條件的並列而具有致癌性，其中所述的條件為：1)與細胞生長因子的編碼區域相鄰的一個基因的強啟動子區域、腫瘤啟動子或導致基因表達增多的促進致癌性的其他基因；或者2)由於兩個不同基因的編碼區域發生融合，從而得到嵌合基因並由此得到具有異常活性的嵌合蛋白質。
融合基因的實例為bcr-abl，其為～90％慢性粒細胞白血病(cml)發生異常的特徵分子，並且為疾病白血病的子集(kurzrocketal.,annalsofinternalmedicine2003；138(10):819-830)。bcr-abl是由於染色體9和22之間的易位所導致的。所述的易位將bcr基因的5』區域與abl1的3』區域結合在一起，從而得到嵌合bcr-abl1基因，該基因編碼了具有構成性活性酪氨酸激酶活性的蛋白質(mittlemanetal.,naturereviewscancer2007；7(4):233-245)。異常的酪氨酸激酶活性使得受調節的細胞信號傳遞被解除、細胞生長、細胞存活、細胞凋亡的抗性以及細胞因子依賴性，所有這些都有助於白血病的病例生理學(kurzrocketal.,annalsofinternalmedicine2003；138(10):819-830)。
另一個融合基因為igh-myc，其為～80％burkitt淋巴瘤的指定特徵(ferryetal.oncologist2006；11(4):375-83)。造成該結果的因果事件為染色體8與14之間的易位，從而得到與免疫球蛋白重鏈基因的強啟動子相鄰的c-myc致癌基因，從而導致c-myc過表達(mittlemanetal.,naturereviewscancer2007；7(4):233-245)。c-myc重排為淋巴瘤基因的重要事件，這是由於其導致無限的增殖狀態。其通過細胞循環、細胞分化、細胞凋亡和細胞粘附而對進程起到廣泛的作用(ferryetal.oncologist2006；11(4):375-83)。
頻發的融合基因的數量已經編碼於mittleman資料庫(http://cgap.nci.nih.gov/chromosomes/mitelman)中，並且可以在外來體中進行評估，而且可以用於表徵表現型。所述的基因融合可以用於表徵惡性血液病或上皮腫瘤。例如可以檢測tmprss2-erg,tmprss2-etv和slc45a3-elk4的融合情況並用於表徵前列腺癌；並且etv6-ntrk3和odz4-nrg1可以用於乳腺癌。
此外，評估融合基因的存在或缺乏情況、或者表達水平可以用於診斷表現型(例如癌症)以及監測對選擇性療法的治療應答情況。例如，bcr-abl融合基因的存在不僅為診斷cml的特徵，而且為治療cml的novartis藥劑甲磺酸伊馬替尼(其為受體酪氨酸激酶的抑制劑)(gleevec)。伊馬替尼的治療會產生分子應答(bcr-abl+血細胞消失)，以及bcr-abl+cml患者中改善的無進展存活期(kantarjianetal.,clinicalcancerresearch2007；13(4):1089-1097)。
針對基因融合的存在、缺乏或表達水平來評估的外來體可以為混雜的外來體群體。備選地，所述的外來體可以衍生自特異性的細胞類型，例如細胞源特異性的外來體，如上文所述。
乳腺癌
為了表徵乳腺癌，可以針對一種或多種乳腺癌特異性的融合(包括但不限於etv6-ntrk3)來評估外來體。所述的外來體可以衍生自乳腺癌細胞。
肺癌
為了表徵肺癌，可以針對一種或多種乳腺癌特異性的融合(包括但不限於rlf-mycl1,tgf-alk或cd74-ros1)來評估外來體。所述的外來體可以衍生自肺癌細胞。
前列腺癌
為了表徵前列腺癌，可以針對一種或多種前列腺癌特異性的融合(包括但不限於acsl3-etv1,c15orf21-etv1,flj35294-etv1,herv-etv1,tmprss2-erg,tmprss2-etv1/4/5,tmprss2-etv4/5,slc5a3-erg,slc5a3-etv1,slc5a3-etv5或klk2-etv4)來評估外來體。所述的外來體可以衍生自前列腺癌細胞。
腦癌
為了表徵腦癌，可以針對一種或多種腦癌特異性的融合(包括但不限於gopc-ros1)來評估外來體。所述的外來體可以衍生自腦癌細胞。
頭和頸部的癌症
為了表徵頭和頸部的癌症，可以針對一種或多種頭和頸部的癌症的特異性的融合(包括但不限於chchd7-plag1,ctnnb1-plag1,fhit-hmga2,hmga2-nfib,lifr-plag1或tcea1-plag1)來評估外來體。所述的外來體可以衍生自頭和頸部的癌症的細胞。
腎細胞癌(rcc)
為了表徵rcc，可以針對一種或多種rcc特異性的融合(包括但不限於alpha-tfeb,nono-tfe3,prcc-tfe3,sfpq-tfe3,cltc-tfe3或malat1-tfeb)來評估外來體。所述的外來體可以衍生自rcc細胞。
甲狀腺癌
為了表徵甲狀腺癌，可以針對一種或多種甲狀腺癌特異性的融合(包括但不限於：甲狀腺乳頭狀癌的特徵，akap9-braf,ccdc6-ret,erc1-retm,golga5-ret,hook3-ret,hrh4-ret,ktn1-ret,ncoa4-ret,pcm1-ret,prkara1a-ret,rfg-ret,rfg9-ret,ria-ret,tgf-ntrk1,tpm3-ntrk1,tpm3-tpr,tpr-met,tpr-ntrk1,trim24-ret,trim27-ret或trim33-ret；或者濾泡性甲狀腺癌的特徵，pax8-ppary)來評估外來體。所述的外來體可以衍生自甲狀腺癌細胞。
血癌
為了表徵血癌，可以針對一種或多種血癌特異性的融合(包括但不限於：急病淋巴性白血病(all)的特徵，ttl-etv6,cdk6-mll,cdk6-tlx3,etv6-flt3,etv6-runx1,etv6-ttl,mll-aff1,mll-aff3,mll-aff4,mll-gas7,tcba1-etv6,tcf3-pbx1或tcf3-tfpt；t細胞急性淋巴性白血病(t-all)的特徵，bcl11b-tlx3,il2-tnfrfs17,nup214-abl1,nup98-ccdc28a,tal1-stil或etv6-abl2；間變大細胞瘤(alcl)的特徵，atic-alk,kiaa1618-alk,msn-alk,myh9-alk,npm1-alk,tgf-alk或tpm3-alk；慢性粒細胞白血病(cml)的特徵，bcr-abl1,bcr-jak2,etv6-evi1,etv6-mn1或etv6-tcba1；aml的特徵，cbfb-myh11,chic2-etv6,etv6-abl1,etv6-abl2,etv6-arnt,etv6-cdx2,etv6-hlxb9,etv6-per1,mef2d-dazap1,aml-aff1,mll-arhgap26,mll-arhgef12,mll-casc5,mll-cbl,mll-crebbp,mll-dab21p,mll-ell,mll-ep300,mll-eps15,mll-fnbp1,mll-foxo3a,mll-gmps,mll-gphn,mll-mllt1,mll-mllt11,mll-mllt3,mll-mllt6,mll-myo1f,mll-picalm,mll-sept2,mll-sept6,mll-sorbs2,myst3-sorbs2,myst-crebbp,npm1-mlf1,nup98-hoxa13,prdm16-evi1,rabep1-pdgfrb,runx1-evi1,runx1-mds1,runx1-rpl22,runx1-runx1t1,runx1-sh3d19,runx1-usp42,runx1-ythdf2,runx1-znf687或taf15-znf-384；慢性淋巴性白血病(cll)的特徵，ccnd1-fstl3；b細胞慢性淋巴細胞白血病(b-cll)的特徵，bcl3-myc,myc-btg1,bcl7a-myc,brwd3-arhgap20或btg1-myc；瀰漫性大b細胞淋巴瘤(dlbcl)的特徵，citta-bcl6,cltc-alk,il21r-bcl6,pim1-bcl6,tfcr-bcl6,ikzf1-bcl6或sec31a-alk；嗜酸性粒細胞增多/慢性嗜酸性粒細胞增多的特徵，flip1-pdgfra,flt3-etv6,kiaa1509-pdgfra,pde4dip-pdgfrb,nin-pdgfrb,tp53bp1-pdgfrb或tpm3-pdgfrb；burkitt淋巴瘤的特徵，igh-myc或lcp1-bcl6)來評估外來體。所述的外來體可以衍生自血癌細胞。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種本文所述的基因融合特異性生物標誌物，例如圖59中所列的那些。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種基因融合，例如圖59中所列的那些。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種基因融合的外來體，例如圖59中所列的那些。
此外，本文還提供了用於檢測一種或多種基因融合的檢測系統，例如圖59中所列的那些。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測圖59中所列的一種或多種基因融合。一種或多種基因融合的檢測可以用於表徵癌症。
基因相關性mirna生物標誌物
此外，所評估的一種或多種生物標誌物還可以包括一種或多種基因，該基因選自pfkfb3,rhamm(hmmr),cdnaflj42103,aspm,cenpf,ncapg,雄性激素受體,egfr,hsp90,sparc,dnmt3b,gart,mgmt,sstr3和top2b。此外，與所述的一種或多種基因相互作用的微小rna還可以為生物標誌物(例如參見圖60)。此外，所述的一種或多種生物標誌物可以用於表徵前列腺癌。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種生物標誌物，該生物標誌物由pfkfb3,rhamm(hmmr),cdnaflj42103,aspm,cenpf,ncapg,雄性激素受體,egfr,hsp90,sparc,dnmt3b,gart,mgmt,sstr3和top2b；或者與一種或多種基因相互作用的微小rna(例如參見圖60)構成。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，該生物標誌物由pfkfb3,rhamm(hmmr),cdnaflj42103,aspm,cenpf,ncapg,雄性激素受體,egfr,hsp90,sparc,dnmt3b,gart,mgmt,sstr3和top2b；或者與一種或多種基因相互作用的微小rna(例如參見圖60)構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種生物標誌物的外來體，該生物標誌物由pfkfb3,rhamm(hmmr),cdnaflj42103,aspm,cenpf,ncapg,雄性激素受體,egfr,hsp90,sparc,dnmt3b,gart,mgmt,sstr3和top2b；或者與一種或多種基因相互作用的微小rna(例如參見圖60)構成。
此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測一種或多種前列腺癌特異性生物標誌物(例如圖60中所列的那些)。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的一種或多種前列腺癌特異性生物標誌物(例如圖60中所列的那些)。
與pfkfb3相互作用的mirna可以為mir-513a-3p,mir-128,mir-488,mir-539,mir-658,mir-524-5p,mir-1258,mir-150,mir-216b,mir-377,mir-135a,mir-26a,mir-548a-5p,mir-26b,mir-520d-5p,mir-224,mir-1297,mir-1197,mir-182,mir-452,mir-509-3-5p,mir-548m,mir-625,mir-509-5p,mir-1266,mir-135b,mir-190b,mir-496,mir-616,mir-621,mir-650,mir-105,mir-19a,mir-346,mir-620,mir-637,mir-651,mir-1283,mir-590-3p,mir-942,mir-1185,mir-577,mir-602,mir-1305,mir-220c,mir-1270,mir-1282,mir-432,mir-491-5p,mir-548n,mir-765,mir-768-3p或mir-924，並且可以用作生物標誌物。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與pfkfb3相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與pfkfb3相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與pfkfb3相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與pfkfb3相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與pfkfb3相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與rhamm相互作用的mirna可以為mir-936,mir-656,mir-105,mir-361-5p,mir-194,mir-374a,mir-590-3p,mir-186,mir-769-5p,mir-892a,mir-380,mir-875-3p,mir-208a,mir-208b,mir-586,mir-125a-3p,mir-630,mir-374b,mir-411,mir-629,mir-1286,mir-1185,mir-16,mir-200b,mir-671-5p,mir-95,mir-421,mir-496,mir-633,mir-1243,mir-127-5p,mir-143,mir-15b,mir-200c,mir-24或mir-34c-3p。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與rhamm相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與rhamm相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與rhamm相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與rhamm相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與rhamm相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與cenpf相互作用的mirna可以為mir-30c,mir-30b,mir-190,mir-508-3p,mir-384,mir-512-5p,mir-548p,mir-297,mir-520f,mir-376a,mir-1184,mir-577,mir-708,mir-205,mir-376b,mir-520g,mir-520h,mir-519d,mir-596,mir-768-3p,mir-340,mir-620,mir-539,mir-567,mir-671-5p,mir-1183,mir-129-3p,mir-636,mir-106a,mir-1301,mir-17,mir-20a,mir-570,mir-656,mir-1263,mir-1324,mir-142-5p,mir-28-5p,mir-302b,mir-452,mir-520d-3p,mir-548o,mir-892b,mir-302d,mir-875-3p,mir-106b,mir-1266,mir-1323,mir-20b,mir-221,mir-520e,mir-664,mir-920,mir-922,mir-93,mir-1228,mir-1271,mir-30e,mir-483-3p,mir-509-3-5p,mir-515-3p,mir-519e,mir-520b,mir-520c-3p或mir-582-3p。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與cenpf相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與cenpf相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與cenpf相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與cenpf相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與cenpf相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與ncapg相互作用的mirna可以為mir-876-5p,mir-1260,mir-1246,mir-548c-3p,mir-1224-3p,mir-619,mir-605,mir-490-5p,mir-186,mir-448,mir-129-5p,mir-188-3p,mir-516b,mir-342-3p,mir-1270,mir-548k,mir-654-3p,mir-1290,mir-656,mir-34b,mir-520g,mir-1231,mir-1289,mir-1229,mir-23a,mir-23b,mir-616或mir-620。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與ncapg相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與ncapg相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與ncapg相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與ncapg相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與ncapg相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與雄性激素受體相互作用的mirna可以為mir-124a,mir-130a,mir-130b,mir-143,mir-149,mir-194,mir-29b,mir-29c,mir-301,mir-30a-5p,mir-30d,mir-30e-5p,mir-337,mir-342,mir-368,mir-488,mir-493-5p,mir-506,mir-512-5p,mir-644,mir-768-5p或mir-801。
與egfr相互作用的mirna可以為mir-105,mir-128a,mir-128b,mir-140,mir-141,mir-146a,mir-146b,mir-27a,mir-27b,mir-302a,mir-302d,mir-370,mir-548c,mir-574,mir-587或mir-7。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與ar相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與ar相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與ar相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與ar相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與ar相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與hsp90相互作用的mirna可以為mir-1,mir-513a-3p,mir-548d-3p,mir-642,mir-206,mir-450b-3p,mir-152,mir-148a,mir-148b,mir-188-3p,mir-23a,mir-23b,mir-578,mir-653,mir-1206,mir-192,mir-215,mir-181b,mir-181d,mir-223,mir-613,mir-769-3p,mir-99a,mir-100,mir-454,mir-548n,mir-640,mir-99b,mir-150,mir-181a,mir-181c,mir-522,mir-624,mir-130a,mir-130b,mir-146,mir-148a,mir-148b,mir-152,mir-181a,mir-181b,mir-181c,mir-204,mir-206,mir-211,mir-212,mir-215,mir-223,mir-23a,mir-23b,mir-301,mir-31,mir-325,mir-363,mir-566,mir-9或mir-99b。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與hsp90相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與hsp90相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與hsp90相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與hsp90相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與hsp90相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與sparc相互作用的mirna可以為mir-768-5p,mir-203,mir-196a,mir-569,mir-187,mir-641,mir-1275,mir-432,mir-622,mir-296-3p,mir-646,mir-196b,mir-499-5p,mir-590-5p,mir-495,mir-625,mir-1244,mir-512-5p,mir-1206,mir-1303,mir-186,mir-302d,mir-494,mir-562,mir-573,mir-10a,mir-203,mir-204,mir-211,mir-29,mir-29b,mir-29c,mir-339,mir-433,mir-452,mir-515-5p,mir-517a,mir-517b,mir-517c,mir-592或mir-96。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與sparc相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與sparc相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與sparc相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與sparc相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與sparc相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與dnmt3b相互作用的mirna可以為mir-618,mir-1253,mir-765,mir-561,mir-330-5p,mir-326,mir-188,mir-203,mir-221,mir-222,mir-26a,mir-26b,mir-29a,mir-29b,mir-29c,mir-370,mir-379,mir-429,mir-519e,mir-598,mir-618或mir-635。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與dnmt3b相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與dnmt3b相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與dnmt3b相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與dnmt3b相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與dnmt3b相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與gart相互作用的mirna可以為mir-101,mir-141,mir-144,mir-182,mir-189,mir-199a,mir-199b,mir-200a,mir-200b,mir-202,mir-203,mir-223,mir-329,mir-383,mir-429,mir-433,mir-485-5p,mir-493-5p,mir-499,mir-519a,mir-519b,mir-519c,mir-569,mir-591,mir-607,mir-627,mir-635,mir-636或mir-659。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與gart相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與gart相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與gart相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與gart相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與gart相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與mgmt相互作用的mirna可以為mir-122a,mir-142-3p,mir-17-3p,mir-181a,mir-181b,mir-181c,mir-181d,mir-199b,mir-200a,mir-217,mir-302b,mir-32,mir-324-3p,mir-34a,mir-371,mir-425-5p,mir-496,mir-514,mir-515-3p,mir-516-3p,mir-574,mir-597,mir-603,mir-653,mir-655,mir-92,mir-92b或mir-99a。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與mgmt相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與mgmt相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與mgmt相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與mgmt相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與mgmt相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與sstr3相互作用的mirna可以為mir-125a,mir-125b,mir-133a,mir-133b,mir-136,mir-150,mir-21,mir-380-5p,mir-504,mir-550,mir-671,mir-766或mir-767-3p。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與sstr3相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與sstr3相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與sstr3相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與sstr3相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與sstr3相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
與top2b相互作用的mirna可以為mir-548f,mir-548a-3p,mir-548g,mir-513a-3p,mir-548c-3p,mir-101,mir-653,mir-548d-3p,mir-575,mir-297,mir-576-3p,mir-548b-3p,mir-624,mir-548n,mir-758,mir-1253,mir-1324,mir-23b,mir-320a,mir-320b,mir-1183,mir-1244,mir-23a,mir-451,mir-568,mir-1276,mir-548e,mir-590-3p,mir-1,mir-101,mir-126,mir-129,mir-136,mir-140,mir-141,mir-144,mir-147,mir-149,mir-18,mir-181b,mir-181c,mir-182,mir-184,mir-186,mir-189,mir-191,mir-19a,mir-19b,mir-200a,mir-206,mir-210,mir-218,mir-223,mir-23a,mir-23b,mir-24,mir-27a,mir-302,mir-30a,mir-31,mir-320,mir-323,mir-362,mir-374,mir-383,mir-409-3p,mir-451,mir-489,mir-493-3p,mir-514,mir-542-3p,mir-544,mir-548a,mir-548b,mir-548c,mir-548d,mir-559,mir-568,mir-575,mir-579,mir-585,mir-591,mir-598,mir-613,mir-649,mir-651,mir-758,mir-768-3p或mir-9。
此外，本文還提供了經分離的外來體，其包含一種或多種一種或多種與top2b相互作用的mirna。此外，還提供了包含經分離的外來體的組合物。因此，在某些實施方案中，所述的組合物包含外來體群體，該群體包含一種或多種生物標誌物，而該生物標誌物由與top2b相互作用的mirna構成。所述的組合物可以包含相當富集的外來體群體，其中所述的外來體群體為基本均質的包含一種或多種與top2b相互作用的mirna的外來體。此外，還可以通過本文所述的一種或多種系統來檢測與top2b相互作用的一種或多種mirna。例如，檢測系統可以包含一種或多種探針，從而檢測生物學樣品中一種或多種外來體的與top2b相互作用的一種或多種一種或多種mirna。
生物學特徵：生物標誌物的檢測
可以定性或定量檢測生物學特徵。可以按照上文所述來表徵外來體的水平。對外來體的分析可以包括檢測外來體的水平以及確定外來體的生物標誌物。確定外來體的水平或量可以與確定外來體的生物標誌物聯合實施。備選地，可以在確定外來體的生物標誌物之前或之後來確定外來體的量。可以使用分析組織或細胞的生物標誌物的方法來分析與外來體有關的或者外來體所包含的生物標誌物。
例如，可以通過以下方法來檢測生物標誌物，所述的方法為微陣列分析,pcr(包括基於pcr的方法，例如rt-pcr,qpcr等),與等位基因特異性探針雜交,酶的突變檢測,連接酶鏈反應(lcr),寡核苷酸連接的測定(ola),流式細胞計數異源雙鏈核酸分子分析,錯配的化學斷裂,質譜,核酸測序,單鏈構象多態性(sscp),變性梯度凝膠電泳(dgge),溫度梯度凝膠電泳(tgge),限制片段長度多態性,基因表達的系列分析(sage)或它們的任何組合。可以在檢測之前擴增所述的生物標誌物，例如核酸。此外，還可以通過免疫印跡、免疫沉澱反應、elisa、ria、流式細胞計數儀或電子顯微鏡來檢測生物標誌物。
檢測生物標誌物的一種方法可以包括按照上文所述純化或分離生物學樣品中混雜的外來體群體，並實施夾心測定。可以使用一級抗體(例如與基底(例如陣列、孔或粒子)結合的抗體)捕獲所述群體中的外來體。可以使用檢測抗體來檢測捕獲的或結合的外來體。例如，所述的檢測抗體可以針對所述外來體的抗原。所述的檢測抗體可以是直接標記並檢測的。備選地，酶連接的二級抗體可以與所述的檢測抗體反應。加入檢測試劑或檢測底物，並檢測所述的反應，例如pct公開no.wo2009092386中所述。所述的一級抗體可以為抗rab5b抗體，而所述的檢測抗體可以為抗cd6或抗小窩蛋白1。備選地，所述的捕獲抗體可以為針對cd9,psca,tnfr,cd63,b7h3,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,psma或5t4的抗體。所述的檢測抗體可以為針對cd63,cd9,cd81,b7h3或epcam的抗體。
在某些實施方案中，所述的捕獲劑與epcam結合或靶向epcam，並且所檢測的外來體上的一種或多種生物標誌物為cd9和/或cd63。在其他實施方案中，所述的捕獲劑靶向pcsa，並且所檢測的捕獲外來體上的一種或多種生物標誌物為b7h3和/或psma。在其他實施方案中，所述的捕獲劑靶向cd63，並且所檢測的外來體上的一種或多種生物標誌物為cd81,cd83,cd9,cd63或它們的任何組合。不同的捕獲劑與生物標誌物的組合可以用於表徵表現型，例如前列腺癌或結腸癌。例如，可以使用靶向epcam的捕獲劑來捕獲一種或多種外來體，並檢測cd9或cd63；可以使用靶向pcsa的捕獲劑來捕獲一種或多種外來體，並檢測b7h3和psma；或者可以使用靶向cd63的捕獲劑來捕獲一種或多種外來體，並檢測cd81；從而可以用於表徵前列腺癌。可以使用靶向cd63的捕獲劑來捕獲一種或多種外來體，並檢測cd63；或者可以使用靶向cd9的捕獲劑來捕獲一種或多種外來體，並檢測cd63；從而可以用於表徵結腸癌。
其他方法可以包括具有固定化分子作為捕獲劑的平坦基底(例如陣列(即，生物晶片或微陣列))的用途，其中所述的平坦基底有利於外來體特定生物學特徵的檢測。所述的陣列可以作為測定外來體的試劑盒的一部分的形式提供。鑑定上文所述的及圖3-60中所示的生物標誌物的分子以及圖1中所示的抗原可以包含在用於檢測和診斷疾病(包括症狀前疾病)的定製陣列中。包含生物學分子(其特異性地鑑定所選的生物標誌物)的陣列可以用於使用本說明書所提供的數據而發展成信息資料庫。鑑定生物學特徵的其他生物學分子(其可以在多元預測模型中得到改善的交叉確認錯誤率(例如邏輯回歸、判別分析或回歸樹模型))可以包含在定製陣列中。
定製的陣列提供了研究疾病、狀況或症狀的生物學的機會，並概括以定義的生理學狀態釋放的外來體。可以選擇具有顯著意義的標準p值(0.05)來排除或包括在鑑定特定生物標誌物的微陣列上的其他特異性生物學分子。
平坦的陣列通常可以以陣列形式包含生物學分子的地址可尋的位置(例如便籤、地址或微位置)。陣列的尺寸取決於所述的組合物以及陣列的最終用途。可以製得包含大約2種不同的分子至數千種不同分子的陣列。通常，所述的陣列可以包含2種至100000或更多種分子，該數量取決於陣列的最終用途以及製造方法。微陣列通常可以包含至少一者生物學分子，該分子鑑定或捕獲存在於特異性細胞源外來體的生物學特徵中的生物標誌物。在某些實施方案中，本發明的組合物可以不為陣列形式；即，對於某些實施方案而言，還可以製得包含單一生物學分子的組合物。此外，在某些陣列中，可以使用不同組成或相同組成的多重基底。因此，例如，大型的平坦陣列可以包含多種較小的基底。
本發明的陣列涵蓋了用於檢測生物標誌物的任何方式。例如，微陣列可以為提高了識別分子(例如抗體)的高密度固定化陣列的生物晶片，其中以間接方式(例如通過螢光)監測生物標誌物的結合。此外，陣列可以為這樣的形式，其涉及通過生物化學或分子間的相互作用來捕獲蛋白質(外加通過質譜(ms)進行直接檢測)。
可以用於檢測外來體生物學特徵的生物標誌物的陣列和微陣列可以根據美國專利no.6,329,209；6,365,418；6,406,921；6,475,808；以及6,475,809和美國專利申請系列no.10/884,269中所述的方法來製得，其中所述的文獻以引用方式全文併入本文。此外，可以使用上述專利中所述的方法製得用於檢測特異性選擇的本文所述的多組生物標誌物的新型陣列。此外，還可以使用市售可得的微陣列(例如用於蛋白質或核酸的檢測)，例如得自affymetrix(santaclara,ca),illumina(sandiego,ca),agilent(santaclara,ca),exiqon(denmark)或invitrogen(carlsbad,ca)。
在許多實施方案中，固定化的分子或者待固定的分子為蛋白質或肽。一種或多種類型的蛋白質可以被固定在表面上。在某些實施方案中，使用使蛋白質的變性程度最小化(其可以使蛋白質的活性變化最小)或者使蛋白質與其固定化的表面之間的相互作用最小化的方法和材料來固定所述的蛋白質。
可以使用的表面可以為任何所需的形狀(形式)和尺寸。表面的非限定性實例包括晶片、連續的表面、弧形表面、韌性表面、薄膜、平板、片、管等。所述的表面可以具有大約幾平方微米至大約500cm2的面積。根據本發明的表面的面積、長和寬可以根據待實施的測定方法的需求而變化。需要考慮的事項可以包括(例如)觸感的舒適度、所形成表面的材料的限定、檢測系統的需要、沉積系統的需要(例如點樣儀)等。
在某些實施方案中，需要使用物理方式來分離多組或多陣列的結合的島或固定化的生物學分子：這種物理分離將不同的組或陣列暴露於不同的所關注的溶液中。因此，在某些實施方案中，陣列處於具有任何數量的孔的微孔板中。在這種實施方案中，所述孔的底部可以起到形成陣列的表面的作用，或者陣列可以在其他表面上形成然後被放置在孔中。在某些實施方案中，例如在使用不具有孔的表面的情況下，可以形成結合的島；或者分子可以被固定在表面上以及具有空間排列的洞的襯墊上，使得它們相應於所述的島；或者生物學分子可以被放置在所述的表面上。所述的襯墊優選為液體密閉的。襯墊可以在製造陣列的過程中的任何時間放置在表面上，並且如果分離的各組或陣列不再需要，則可以除去。
固定化的分子可以與覆蓋在固定化分子上方的生物學樣品中所存在的外來體結合。備選地，所述的固定化的分子修飾了覆蓋在固定化分子上方的外來體中所存在的分子，或者被該分子所修飾。
可以使用本領域已知的檢測技術來檢測溶液中或固定化在陣列上的分子的修飾或結合情況。這種技術的實例包括免疫技術，例如競爭性結合測定和夾心測定；使用諸如共聚焦掃描儀、共聚焦顯微鏡或基於ccd的系統之類的裝置以及諸如螢光、螢光偏振(fp)、螢光共振能量轉移(fret)、全內反射螢光(tirf)、螢光相關譜(fcs)之類的技術進行螢光檢測；比色/光譜技術；表面等離子共振技術，通過該技術可以測量被表面所吸附的材料的質量變化；使用放射性同位素的技術，包括傳統的同位素結合以及閃爍親和測定法(spa)；質譜，例如基質輔助雷射解吸/電離質譜(maldi)和maldi飛行時間(tof)質譜；橢圓光度法，其為測量蛋白質薄膜厚度的光學方法；石英晶體微天平(qcm)，其為測量吸附在表面上的材料質量的極其敏感的方法；掃描探針顯微鏡，例如afm和sem；以及諸如電氣化學、阻抗技術、聲學技術、微波和ir/raman檢測之類的技術。例如參見merel,etal.,"miniaturizedfretassaysandmicrofluidics:keycomponentsforultra-high-throughputscreening,"drugdiscoverytoday4(8):363-369(1999),andreferencescitedtherein；lakowiczjr,principlesoffluorescencespectroscopy,2ndedition,plenumpress(1999),或jainkk:integrativeomics,pharmacoproteomics,andhumanbodyfluids.in:thongboonkerdv,ed.,ed.proteomicsofhumanbodyfluids:principles,methodsandapplications.volume1:totowa,n.j.:humanapress,2007，這些文獻的每一份均以引用方式全文併入本文。
微陣列技術可以與質譜(ms)分析和其他工具相結合。對質譜進行電噴霧的界面可以與微流體裝置中的毛細管結合。例如，一種市售可得的系統包含etag報告物，其為具有獨特且良好定義的電泳流動性的螢光標記物；各個標記物均通過可斷裂的鍵而與生物或化學探針偶聯。各個etag報告物的不同的流動性地址使得這些標記物的混合物可以快速地去捲曲並通過毛細管電泳定量。該系統可以使同一樣品同時進行基因表達、蛋白質表達和蛋白質功能分析，jainkk:integrativeomics,pharmacoproteomics,andhumanbodyfluids.in:thongboonkerdv,ed.,ed.proteomicsofhumanbodyfluids:principles,methodsandapplications.volume1:totowa,n.j.:humanapress,2007，這些文獻均以引用方式全文併入本文。
這些生物晶片可以包含用於微流體或納米流體測定的成分。微流體裝置可以用於分離外來體(例如本文中所述)以及分析所述的外來體(例如確定生物學特徵)。這種系統使得方法可以(可以用於捕獲外來體、檢測外來體生物標誌物或其他方法)小型化及劃分。在所述系統的至少一個方面中，所述的微流體裝置可以使用檢測試劑，並且這種檢測試劑可以用於檢測外來體的一種或多種生物標誌物。例如，所述的裝置可以檢測經分離的外來體上或結合的外來體上的生物標誌物。可以通過使用微流體裝置來檢測經分離的外來體樣品的一種或多種生物標誌物。例如，多種探針、抗體、蛋白質或其他結合劑可以用於檢測生物標誌物。所述的檢測試劑可以固定化在微流體裝置的不同劃分區域上，或者通過所述裝置的多個通道進入到雜交或檢測反應區域。
微流體裝置中的外來體可以被溶解，並且可以在微流體裝置中檢測所述的內含物(例如蛋白質或核酸，如dna或rna(如mirna,mrna))。可以在檢測之前擴增核酸，或者在微流體裝置中直接檢測。因此，微流體系統還可以用於多重檢測多種生物標誌物。
新型的納米加工技術開啟了生物傳感器(其依賴於高密度且精確的陣列的納米加工技術，例如基於核苷酸的晶片和蛋白質陣列，也稱為混雜的納米陣列)應用的可能性。納米流體可以進一步減少微晶片中流體分析物的量，並且本文所用的晶片稱為納米晶片。(例如參見ungermetal.,biotechniques1999；27(5):1008-14,kartalovepetal.,biotechniques2006；40(1):85-90，該文獻以引用方式全文併入本文。)目前，市售可得的納米晶片提供了簡單的單步驟測定方法，例如總膽固醇、總蛋白或葡萄糖測定方法，其可以通過將樣品與試劑相結合，混合併檢測所述的反應來運行。基於液相色譜(lc)和納米lc分離(cutillasetal.proteomics,2005；5:101-112andcutillasetal.,molcellproteomics2005；4:1038-1051，該文獻以引用方式全文併入本文)的無凝膠分析方法可以與納米晶片結合使用。
適用於鑑定疾病、狀況、症狀或生理學情況的陣列可以包含在試劑盒中。此外，這種試劑盒還可以包含用於製備將分子固定到結合島或者陣列區域上的試劑(非限定性實例)；用於檢測外來體或外來體成分與固定化的分子的結合情況的試劑以及使用說明書。
此外，本文還提供了有利於檢測生物學樣品中外來體的特定生物學特徵的快速檢測裝置。該裝置可以將生物學樣品的製備以及聚合酶鏈式反應(pcr)集成在晶片上。所述的裝置可以有利於檢測生物學樣品中外來體的特定生物學特徵，其實例以在pipperetal.,angewandtechemie,47(21),p.3900-3904(2008)中所描述的方式提供，該文獻以引用方式全文併入本文。可以使用用於診斷的微/納米電氣化學系統(mems/nems)傳感器和口服流體來引入外來體的生物學特徵，如在lietal.,advdentres18(1):3-5(2005)中所述，該文獻以引用方式全文併入本文。
作為平坦陣列的備選物，使用粒子的測定(例如基於珠的測定，如本文所述)可以與流式細胞計數儀結合使用。可以使用多參數測定方法或其他高產量的檢測測定方法(使用了具有同源配基的珠的塗料以及與高度敏感性自動化技術相一致的具有特異性活性的報告分子)。在基於珠的測定系統中，結合劑(例如外來體的抗體)可以被固定化在地址可尋的微球上。用於各個個體結合測定的各種結合劑與不同類型的微球(即，微珠)偶聯，並且測定反應在微球的表面上進行，例如圖64a所描述的那樣。用於外來體的結合劑(例如捕獲抗體)與珠偶聯。具有不同螢光強度的染色微球分別加載有它們的合適的結合劑或捕獲探針。可以根據需要將攜帶不同結合劑的不同組別的珠匯聚在一起，從而形成定製珠陣列。然後，將珠陣列在單個反應容器中與樣品溫育，從而進行測定。可以使用的或者適用於外來體的微流體裝置的實例包括但不限於本文所述的那些。
可以使用基於螢光的報告系統檢測所述的生物標誌物與它們的固定化捕獲分子或結合劑形成的產物(例如參見圖64a)。所述的生物標誌物可以通過螢光團直接標記，或者通過第二螢光標記的捕獲生物學分子檢測。在流式細胞計數儀中測量衍生自捕獲的生物標誌物的信號強度。流式細胞計數儀首先通過各顏色密碼來鑑定各微球。例如，不同的珠可以染色有不同的螢光強度，使得具有不同強度的各珠具有不同的結合劑。所述的珠可以標記或染色有至少2種不同的標記物或染料。在某些實施方案中，所述的珠標記有至少3,4,5,6,7,8,9或10種不同的標記物。此外，具有多於一種標記物或染料的珠還可以具有不同比例和組成的標記物或染料。所述的珠可以在外部標記或染色，或者可以具有內部螢光或信號標記物。
各個珠上捕獲的生物標誌物的量可以通過對結合的靶物具有特異性的第二顏色螢光來測量。這可以在同一試驗中由單一的樣品得到倍增量的多種靶物。可以對比敏感性、可靠性和精確性，或者可以改善為標準的微量滴定elisa方法。基於珠的系統的益處在於外來體的捕獲生物學分子或結合劑與不同的微球單獨偶聯，由此提供了多重分析。例如，如圖64b所描述的那樣，5種不同的待檢測(通過針對抗原的抗體檢測，例如cd63,cd9,cd81,b7h3和epcam)生物標誌物與20種生物標誌物(針對該標誌物來捕獲所述的外來體(使用了捕獲抗體，例如針對cd9,psca,tnfr,cd63,b7h3,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,psma和5t4的抗體))可以得到100種待檢測的組合。因此，可以使用檢測試劑(例如抗體)來檢測捕獲的外來體。所述的檢測試劑可以是直接或間接標記的，例如上文所述的那樣。
可以進行至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,50,75或100種不同生物標誌物的多重分析。例如，可以使用多種不同標記的粒子來進行混雜外來體群體的測定。可以具有至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,50,75或100種不同標記的粒子。所述的粒子可以使用例如標籤由外部標記，或者它們可以是內在標記的。各種不同標記的粒子可以與外來體的捕獲劑偶聯，例如結合劑，從而捕獲外來體。然後，可以通過多種結合劑來檢測捕獲外來體的生物標誌物。所述的結合劑可以是直接標記的，並由此進行檢測。備選地，所述的結合劑被第二種試劑標記。例如，所述的結合劑可以為針對外來體上的生物標誌物的抗體。所述的結合劑與生物素連接。第二種試劑包括與報告物連接的鏈黴親和素，並且可以加入以用於檢測所述的生物標誌物。在某些實施方案中，可以針對至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,50,75或100種不同的生物標誌物來測定捕獲的外來體。例如，如圖70所描述的那樣，多種檢測劑(即，檢測捕獲外來體的多種生物標誌物)可以增加所得的信號，得到增加的敏感性、特異性或者這二者，並且可以使用較少量的樣品。
此外，基於elisa的方法(如夾心測定方法)還可以用於檢測外來體上的生物標誌物。結合劑或捕獲劑可以與孔結合，例如針對外來體抗原的抗體。可以根據本文所述的方法來檢測捕獲外來體上的生物標誌物。
可以通過質譜或流式細胞計數儀來分析肽或蛋白質的生物標誌物。此外，還可以根據本領域公知的方法通過免疫細胞化學染色、western印記、電泳、色譜或x射線結晶學來在外來體上進行外來體的蛋白質組分析。在其他實施方案中，可以使用chromyetal.jproteomeres,2004；3:1120-1127(該文獻以引用方式全文併入本文)中所述的2d差異凝膠電泳或者使用zhangetal.molcellproteomics,2005；4:144-155(該文獻以引用方式全文併入本文)中所述的液相色譜質譜來分析外來體的蛋白質生物學特徵。外來體可以經受例如bergeretal.,amjpharmacogenomics,2004；4:371-381中所述的、基於活性的蛋白質概況，所述文獻以引用方式全文併入本文。在其他實施方案中，可以使用pisitkunetal.,procnatlacadsciusa,2004；101:13368-13373中所述的納升電噴霧液相色譜-串聯質譜來概括外來體，所述文獻以引用方式全文併入本文。在另一個實施方案中，使用串聯質譜(ms)(例如液相色譜/ms/ms(lc-ms/ms)，使用例如ltq和ltq-ft離子阱技術質譜儀)來概括外來體。可以按照smalleyetal.,jproteomeres,2008；7:2088-2096所述比較譜數來確定蛋白質的鑑定並評估相對的量，所述文獻以引用方式全文併入本文。
此外，可以在例如分析細胞源特異性的外來體之後，鑑定外來體的蛋白質表達，這種外來體可以再次懸浮於緩衝劑中，使用細胞離心法在粘性玻片上在100xg下離心(例如)3分鐘進行製備，以用於免疫細胞化學染色。可以將細胞離心塗片風乾過夜，並儲存在-80℃下，直到進行染色。然後固定玻片並用無血清的封閉試劑封閉。之後，將所述的玻片與特異性的抗體溫育，從而檢測所關注蛋白質的表達情況。在某些實施方案中，所述的外來體在進行蛋白質表達分析之前是未被純化、分離或濃縮的。
諸如經分離的細胞源特異性的外來體之類的外來體可以通過分析新陳代謝標誌物或新陳代謝物來進行表徵，其中所述的新陳代謝標誌物或新陳代謝物也可以形成外來體的生物學特徵。已經描述了多種新陳代謝物導向的方法，例如新陳代謝靶物的分析、新陳代謝物的概況或者新陳代謝的指紋圖譜，例如參見denkertetal.,molecularcancer2008；7:4598-4617,ellisetal.,analyst2006；8:875-885,kuhnetal.,clinicalcancerresearch2007；24:7401-7406,fiehno.,compfunctgenomics2001；2:155-168,fancyetal.,rapidcommunmassspectrom20(15):2271-80(2006),lindonetal.,pharmres,23(6):1075-88(2006),holmesetal.,analchem.2007apr1；79(7):2629-40.epub2007feb27.erratumin:analchem.2008aug1；80(15):6142-3,stanleyetal.,analbiochem.2005aug15；343(2):195-202.,etal.,jbiolchem.2003nov14；278(46):45915-23，這些文獻以引用方式全文併入本文。
可以通過jainkk:integrativeomics,pharmacoproteomics,andhumanbodyfluids.in:thongboonkerdv,ed.,ed.proteomicsofhumanbodyfluids:principles,methodsandapplications.volume1:totowa,n.j.:humanapress,c2007.,2007中所述的系統來分析得自外來體的肽，該文獻以引用方式全文併入本文。該系統可以生成在體液以及外來體中存在的蛋白質的敏感性分子指紋圖譜。商業用途(包括色譜/質譜以及人體中所有穩定的新陳代謝物的參照文庫的使用，例如paradigmgenetic’shumanmetabolomeproject)可以用於確定外來體(例如經分離的細胞源特異性的外來體)的新陳代謝物的生物學特徵。用於分析新陳代謝的概況的其他方法可以包括在美國專利no.6,683,455(metabometrix)、美國專利申請公開no.20070003965和20070004044(biocrateslifescience)中所述的方法和裝置，所述的文獻以引用方式全文併入本文。其他蛋白質組概況的技術在kennedy,toxicollett120:379-384(2001),bervenetal.,currpharmbiotechnol7(3):147-58(2006),conradsetal.,expertrevproteomics2(5):693-703,decrameretal.,worldjurol25(5):457-65(2007),decrameretal.,molcellproteomics7(10):1850-62(2008),decrameretal.,contribnephrol,160:127-41(2008),diamandis,jproteomeres5(9):2079-82(2006),immleretal.,proteomics6(10):2947-58(2006),khanetal.,jproteomeres5(10):2824-38(2006),kumaretal.,biomarkers11(5):385-405(2006),nobleetal.,breastcancerrestreat104(2):191-6(2007),omenn,dismarkers20(3):131-4(2004),powelletal.,expertrevproteomics3(1):63-74(2006),raietal.,archpathollabmed,126(12):1518-26(2002),ramstrometal.,proteomics,3(2):184-90(2003),tammenetal.,breastcancerrestreat,79(1):83-93(2003),theodorescuetal.,lancetoncol,7(3):230-40(2006),或zurbigetal.,electrophoresis,27(11):2111-25(2006)中有所描述。
對於mrna、mirna或其他小rna的分析而言，可以使用用於分離核酸的任何其他已知的方法(例如在美國專利申請公開no.2008132694中所述的方法，該文獻以引用方式全文併入本文)首先由外來體中分離總rna。所述的方法包括但不限於用於實施基於膜的rna純化的試劑盒，該試劑盒是市售可得的。通常，試劑盒可以用於由細胞和組織進行小規模(30mg或更少)的製備rna，用於由細胞和組織進行中等規模(250mg組織)的製備rna，以及用於由細胞和組織進行大規模(1g最多)的製備rna。用於有效地分離包含小rna的總rna的其他市售可得的試劑盒也是可用的。
備選地，可以使用美國專利no.7,267,950中所述的方法來分離rna，所述的文獻以引用方式全文併入本文。美國專利no.7,267,950描述了由生物學系統(細胞、細胞片段、細胞器、組織、器官或有機體)中提取rna的方法，其中可以將包含rna的溶液與rna可以結合的基底相結合，並通過施加負壓而由所述的基底上回收rna。備選地，可以使用在美國專利申請no.20050059024(其描述了小rna分子的分離)中所述的方法來分離rna，所述的文獻以引用方式全文併入本文。其他方法在美國專利申請no.20050208510、20050277121、20070238118中有所描述，所述的每一份均以引用方式全文併入本文。
在一個實施方案中，可以在由樣品中分離得到的外來體的mrna上進行mrna表達的分析。在某些實施方案中，所述的外來體為細胞源特異性的外來體。由這些外來體所產生的表達模式可以為給定的疾病狀態、疾病階段、治療相關性特徵或生理學狀況的指示。一旦分離得到總rna，則可以合成cdna，並根據製造商提供的方案來進行針對特定mrna靶物進行qrt-pcr測定(例如appliedbiosystem’s測定)，或者實施表達微陣列以觀察一個試驗中高度倍增的多組表達標誌物。用於建立基因表達概況的方法包括確定由基因(其可以編碼蛋白質或肽)所產生的rna的量。這可以通過定量逆轉錄酶pcr(qrt-pcr)、競爭性rt-pcr、實時rt-pcr、差異顯示rt-pcr、northern印記分析或其他相關測試來完成。雖然可以使用單獨的pcr反應來實施所述的這些技術，但是還可以擴增由mrna產生的互補dna(cdna)或互補rna(crna)，並通過微陣列進行分析。
可以使用適用於檢測生物學樣品中mrna表達水平的任何技術(包括但不限於northern印記分析、rt-pcr、qrt-pcr、原位雜交或微陣列分析)來測量樣品中mirna產物的水平。例如，使用基因特異性的引物和靶物cdna，qrt-pcr能夠使少量的靶物mirna進行敏感且定量的mirna測量(通過單一或多元分析)，或者可以使用平臺(使用96孔或384孔平板形式)來實施高產量的測量。例如參見rossjsetal,oncologist.2008may；13(5):477-93，該文獻以引用方式全文併入本文。大量不同的陣列構造以及用於產生微陣列的方法是本領域的技術人員已知的，並且在美國專利(例如美國專利no.5,445,934；5,532,128；5,556,752；5,242,974；5,384,261；5,405,783；5,412,087；5,424,186；5,429,807；5,436,327；5,472,672；5,527,681；5,529,756；5,545,531；5,554,501；5,561,071；5,571,639；5,593,839；5,599,695；5,624,711；5,658,734或5,700,637，這些文獻以引用方式全文併入本文)中有所描述。概括mirna的其他方法在tayloretal.,gynecoloncol.2008jul；110(1):13-21,giladetal,plosone.2008sep5；3(9):e3148,leeetal.,annurevpathol.2008sep25andmitchelletal,procnatlacadsciusa.2008jul29；105(30):10513-8,shenretal,bmcgenomics.2004dec14；5(1):94,minaletal,breastcancerrestreat.2007jun；103(2):197-208,zhangletal,procnatlacadsciusa.2008may13；105(19):7004-9,rossjsetal,oncologist.2008may；13(5):477-93,schetterajetal,jama.2008jan30；299(4):425-36,staudtlm,nengljmed2003；348:1777-85,mulligangetal,blood.2007apr15；109(8):3177-88.epub2006dec21,mclendonretal,nature.2008oct23；455(7216):1061-8，以及美國專利no.5,538,848,5,723,591,5,876,930,6,030,787,6,258,569和5,804,375中有所描述，其中所述的文獻以引用方式全文併入本文。
微陣列技術可以同時測量數千個轉錄物或mirna的恆定狀態的mrna或mirna水平，由此提供了用於鑑定效果(例如對非受控細胞增殖的起效、組織或調控)的有利工具。可以使用諸如cdna陣列和寡核苷酸陣列之類的兩種微陣列技術。這些分析的產物通常為由標記的探針接受得到的信號強度的量度，其中所述的探針用於檢測得自樣品的cdna序列，該序列與所述微陣列上已知位置上的核酸序列雜交。通常，信號的強度與在樣品細胞中表達的cdna以及由此得到的mrna或mirna的量成比例。多種此類的技術是方便可用的。用於確定基因表達情況的方法可以在linsley,etal.的美國專利no.6,271,002、friend,etal.的美國專利no.6,218,122、pecketal.的美國專利no.6,218,114或者wang,etal.的美國專利no.6,004,755中找到，其中所述的每份專利文獻以引用方式全文併入本文。
通過對比所述的強度來進行表達水平的分析。這可以通過生成測試樣品中基因的表達強度與對照樣品中基因的表達強度的比例矩陣來進行。所述的對照樣品可以用作參照，並且可以使用用於說明年齡、種族和性別的不同參照。不同的參照可以用於不同的狀況或疾病、疾病或狀況的不同階段以及用於確定治療效力。
例如，由衍生自疾病組織的外來體分離得到的mrna或mirna的基因表達強度可以與由相同類型正常組織(例如疾病中的乳腺組織樣品與正常乳腺組織樣品)分離得到的外來體所產生的表達強度作對比。這些表達強度的比例表明在測試樣品與對照樣品之間，基因的表達發生了數倍的變化。備選地，如果正常情況下外來體並不存在於正常組織(例如乳腺)中，則如本領域已知的，可以使用絕對定量方法來定義所存在的mirna分子的數量而無需由衍生自正常組織的外來體分離得到的mirna或mrna。
此外，還可以以多種方式展示基因表達的概況。最普通的方法是將原始螢光強度或比例矩陣排布於樹枝形圖中，其中豎列表示測試樣品，橫行表示基因。將數據如此排布，使得基因具有相似表達概況的基因彼此相鄰。將各基因的表達比例設想為一種顏色。例如，比例低於1(表示下調節)可以顯示為光譜中的藍色部分，而比例大於1(表示上調節)可以顯示為光譜的紅色部分的顏色。市售可得的計算機軟體程序可以用於展示這種數據。
被認為是差異表達的mrna或mirna可以為在患病患者中相對於無疾病患者是過表達或表達不足的。過表達或表達不足是相對的術語，是指發現mrna或mirna的表達量相對於某些基線具有可檢測的差異(在用於測量的系統中高出噪聲的部分)。在這種情況下，所述的基線為非疾病個體的測量mrna/mirna表達情況。接著，在疾病細胞中所關注的mrna/mirna相對於使用相同的測量方法得到的基線水平是過表達或表達不足的。就這一方面而言，疾病的是指肌體狀態的改變，這種改變會在發生細胞未受控的增殖的同時打斷或幹擾肌體功能的正確執行，或者具有幹擾肌體功能正確執行的可能性。當個體的基因型或表現型的某些方法與發生的疾病相一致時，該個體被診斷為患有這種疾病。然而，實施診斷或預後的行為包括疾病/狀態問題的確定，包括確定復發或轉移的可能性以及進行治療監測。在治療監測中，通過對比一段時間內基因的表達情況來對給定的治療過程的效果作出臨床判斷，從而確定mrna/mirna的表達概況是否變化或者是否變為與正常組織更加一致的模式。
根據雜交微陣列探針的強度測量值的數倍變化來區分過表達和表達不足的水平。對於作出所述的這種區分而言，2x差異是優選的，或者p值小於0.05。即，在據信mrna/mirna在疾病/復發與正常/非復發細胞中是差異表達之前，發現與正常細胞相比，疾病細胞產生了至少2倍多或者不到2倍的強度。倍數差異越大，所述基因用作診斷或預後的工具則越優選。針對本發明的表達概況所選的mrna/mirna具有產生這樣的信號的表達水平，所述的信號通過量(其超出了使用臨床試驗儀器所得到的背景信號)而區別於正常或非調控基因的信號。
統計學值可以用於確定性地區分調控的與非調控的mrna/mirna與噪聲。統計學測試發現在多組樣品之間mrna/mirna具有最顯著的差異。student'st檢驗為全面的統計學測試的實例，其可以用於發現兩組之間的顯著差異。p值越低，在不同組之間基因顯示出差異的證據則越讓人信服。但是，由於單次微陣列測量了多於一種的mrna/mirna，則每次可以實施幾萬份的統計學測試。鑑於此，人們可能經常見到小的p值，並針對這種情況可以使用sidak校正以及隨機/輪排試驗作出判斷。通過t-檢驗p值小於0.05為基因具有顯著差異的證據。更令人信服的證據為在將sidak校正作為因素納入之後p值小於0.05。對於各組中大量的樣品而言，在隨機/輪排測試之後p值小於0.05是具有顯著性差異的最令人信服的證據。
在一個實施方案中，可以通過由具有統計學意義的數量的患者外來體(例如細胞源特異性的外來體)得到mrna或mirna(生物標誌物)的表達情況；對所述的數據進行線性判別分析從而得到所選的生物標誌物；並將加權的表達水平應用於具有判別函數因子的所選生物標誌物，從而得到可以用作後驗概率得分的預測模型，由此形成能夠進行診斷、預後、治療相關的或者生理學狀態特異性的生物學特徵得分的後驗概率得分的方法。此外，其他分析工具還可以用於解答相同的問題，例如邏輯回歸和神經網絡方法。
例如，以下說明可以用於線性判別分析：其中
i(psid)＝括號內所包括的探針組以2為底的強度的對數。d(cp)＝疾病陽性類的判別函數。d(cn)＝疾病陰性類的判別函數。
p(cp)＝疾病陽性類的後驗p值。
p(cn)＝疾病陰性類的後驗p值。
模式識別的多種其他公知的方法是可用的。以下參考文獻提供了實例：weightedvoting:golubetal.(1999)；supportvectormachines:suetal.(2001)；andramaswamyetal.(2001)；k-nearestneighbors:ramaswamy(2001)；andcorrelationcoefficients:van'tveeretal.(2002)，所有這些文獻均以引用方式全文併入本文。
可以建立下文進一步描述的生物學特徵系列組，使得所述系列組中的生物標誌物的組合相對於單獨的生物標誌物或生物標誌物的隨機選擇的組合而言具有改善的敏感性和特異性。在一個實施方案中，可以以數倍的差異反映生物學特徵系列組的敏感性，其中所述的差異(例如)通過在疾病狀態(相對於正常狀態而言)中轉錄物的表達所表現。在與患有所關注的轉錄物表達的信號相關的統計學測量中，可以反應特異性。例如，標準偏差可以用作這種測量。在考慮將一組生物標誌物包含在生物學特徵系列組的過程中，表達測量中小的標準偏差與較高的特異性有關。此外，變化的其他測量(例如相關係數)也可以用於這種能力。
可以用於選擇mrna/mirna的另一個參數為絕對信號差異的測量值的使用，其中所述的mrna/mirna會產生高於非調控mrna/mirna或噪聲的信號。由調控的mrna/mirna表達物所產生的信號與正常的或非調控基因所產生的信號具有至少20％的差異。甚至更優選的是，所述的這種mrna/mirna會產生這樣的表達模式，該模式與正常的或非調控的mrna/mirna具有至少30％的差異。
此外，還可以通過由生物學樣品進行擴增來檢測和測量mirna，並且可以使用在美國專利no.7,250,496，美國申請公開no.20070292878,20070042380或20050222399，以及其中所引用的參考文獻中所述的方法來測量mirna，這些文獻的每一份均以引用方式全文併入本文。
作為一類新的合成核酸類似物的肽核酸(pna)可以用於分析外來體的生物學特徵，其中磷酸-糖多核苷酸主鏈被撓性的類肽聚合物取代。pna能夠以高度的親和性和特異性與互補rna和dna序列雜交，並且對核酸酶和蛋白酶的降解具有高度的抗性。肽核酸(pna)為用於細胞遺傳學的一類具有吸引力的探針(其用於快速原位鑑定人的染色體以及檢測拷貝數的變化(cnv))。多色肽核酸-螢光原位雜交(pna-fish)方案已經有描述用於鑑定多種人cnv相關的紊亂和感染性疾病。此外，pna還可以用作分子診斷的工具，從而用於非入侵性地測量具有腫瘤靶向的放射性核-pna-肽嵌合體的致癌性mrna。使用pna的方法在pellestorfetal,currpharmdes.2008；14(24):2439-44,tianxetal,annnyacadsci.2005nov；1059:106-44,paulasovapandpellestorf,annalesdegénétique,47(2004)349–358,stenderh.expertrevmoldiagn.2003sep；3(5):649-55.review,vigneaultetal.,naturemethods,5(9),777–779(2008)中有進一步的描述，所述的各參考文獻均以引用方式全文併入本文。這些方法可以用於篩選有外來體中分離得到的遺傳材料。當對細胞源特異性的外來體應用這些技術時，它們可以用於鑑定與細胞源直接相關的給定分子的信號。
此外，對由外來體中鑑定的mrna和dna可以實施突變分析。對於rna起源的靶物或生物標誌物的突變分析而言，所述的rna(mrna,mirna或其他)可以被逆轉錄到cdna中，隨後針對已知的snp或單個的核苷酸突變進行測序或測定(例如通過taqmansnp測定方法)，以及使用測序來觀察插入或刪除從而確定在細胞源中存在的突變。多重連接依賴性的探針擴增(mlpa)可以備選地在所述的小且特異性的區域用於鑑定cnv。例如，一旦由分離的結腸癌特異性外來體得到總rna，則可以合成cdna，並且kras基因的外顯子2和3的特異性引物可以用於擴增包含kras基因的密碼子12、13和61的兩個外顯子。用於pcr擴增的相同的引物可以用於abi3730上的bigdyeterminator序列分析，從而鑑定kras的外顯子2和3中的突變。已知，這些密碼子中的突變賦予了對藥劑(例如西妥昔單抗和panitumimab)的抗性。實施突變分析的方法在maheswaransetal,july2,2008(10.1056/nejmoa0800668)和orita,metal,pnas1989,(86):2766-70中有所描述，其中所述的每一份文獻均以引用方式全文併入本文。實施突變分析的其他方法可以包括mirna測序。鑑定和概括mirna的應用可以通過克隆技術、以及使用毛細管dna測序或「下一代」測序技術來實施。當前可用的新的測序技術可以鑑定富含量低的mirna或者在樣品之間表現為最普通的表達差異的那些，其中所述的mirna是不可以通過基於雜交的方法檢測的。這種新的測序技術包括在nakanoetal.2006,nucleicacidsres.2006；34:d731–d735.doi:10.1093/nar/gkj077中所述的大規模平行籤名測序(mpss)方法、marguliesetal.2005,nature.2005；437:376–380中所述的roche/454平臺或者berezikovetal.nat.genet.2006b；38:1375–1377中所述的illumina測序平臺，其中所述的每一份文獻均以引用方式全文併入本文。
用於確定生物學特徵的其他方法包括通過等位基因特異性pcr(其包括特異性的引物，以用於同時擴增和分辨基因的兩個等位基因)和單鏈構象多態性(sscp)(其涉及基於序列以及dna和rna適配體中的微小差異來電泳分離單鏈核苷酸)來測定生物標誌物。dna和rna適配體為短的寡核苷酸序列，該序列可以根據其以高度的親和性與特定分子的結合能力而由隨機庫中選擇。使用適配體的方法在ulrichhetal,combchemhighthroughputscreen.2006sep；9(8):619-32,ferreiracsetal,analbioanalchem.2008feb；390(4):1039-50,ferreiracsetal,tumourbiol.2006；27(6):289-301中有所描述，所述的每一份文獻均以引用方式全文併入本文。
此外，還可以使用螢光原位雜交(fish)技術來檢測外來體的生物標誌物。使用fish來檢測和定位特異性dna序列、定位組織樣品中的特異性mrna或者鑑定染色體的異常的方法在shafferdretal,clincancerres.2007apr1；13(7):2023-9,cappuzofetal,journalofthoraciconcology,volume2,number5,may2007,moronimetal,lancetoncol.2005may；6(5):279-86中有所描述，所述的每一份文獻均以引用方式全文併入本文。
生物學特徵：結合劑
外來體的生物學特徵可以包括針對外來體的結合劑。所述的結合劑可以為dna,rna,適配體,單克隆抗體,多克隆抗體,fabs,fab',單鏈抗體,合成抗體,適配體(dna/rna),擬肽,zdna,肽核酸(pna),鎖核酸(lnas,外源凝集素,合成或天然形成的化學化合物(包括但不限於藥劑,標記試劑)。
按照上文所述，結合劑可以通過與外來體的成分相結合而用於分離外來體。所述的結合劑可以用於檢測外來體，例如檢測細胞源特異性的外來體。一種結合劑或者多種結合劑本身可以形成結合劑概況，其可以提供針對外來體的生物學特徵。一種或多種結合劑可以選自圖2。例如，如果在差異性檢測或由混雜的外來體群體中分離外來體中使用2、3或4種結合劑來檢測或分離外來體群體，則針對外來體群體的特定結合劑概況提供了針對特定外來體群體的生物學特徵。
作為示意性實例，可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析肺癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於sclc特異性適配體hca12,sclc特異性適配體hcc03,sclc特異性適配體hch07,sclc特異性適配體hch01,a-p50適配體(nf-kb),西妥昔單抗,panitumumab,貝伐單抗,l19ab,f16ab,抗cd45(抗icam-1,akauv3),l2g7ab(抗hgf)或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析結腸癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於促血管新生蛋白因子2特異性適配體,β-連環蛋白適配體,tcf1適配體,抗derlin1ab,抗rage,mabgb3.1,半乳凝集素-3,西妥昔單抗,panitumumab,馬妥珠單抗,貝伐單抗,mac-2或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析腺瘤與結腸直腸癌(crc)的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於補體c3,富含組氨酸的糖蛋白,激肽原-1,半乳凝集素-3或它們的任何組合。
可以使用結合劑來檢測用於分析具有低級增生的腺瘤與具有高級增生的腺瘤的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於半乳凝集素-3或者對所述的比對具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析crc與正常狀態的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於抗odcmab,抗ceamab,mac-2或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析前列腺癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於psa,psma,tmprss2,mab5d4,xpsm-a9,xpsm-a10,半乳凝集素-3,e-選擇蛋白,半乳凝集素-1,e4(igg2akappa)或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析黑素瘤的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於tremelimumab(抗ctla4),ipilimumumab(抗ctla4),ctla-4適配體,stat-3肽適配體,半乳凝集素-1,半乳凝集素-3,pna或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析胰腺癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於h38-15(抗hgf)適配體,h38-21(抗hgf)適配體,馬妥珠單抗,cetuximanb,貝伐單抗或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析腦癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於適配體iii.1(pigpen)和/或tta1(tenascin-c)適配體或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析銀屑病的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於e-選擇蛋白,icam-1,vla-4,vcam-1,αeβ7或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析心血管疾病(cvd)的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於rb007(因子ixa適配體),arc1779(抗vwf)適配體,lox1,或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析惡性血液病的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於抗cd20和/或抗cd52或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析b細胞慢性淋巴細胞白血病的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於利妥昔單抗,阿侖單抗,apt48(bcl6),r0-60,d-r15-8或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析b-細胞淋巴瘤的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於替伊莫單抗,託西莫單抗,抗cd20抗體,阿侖單抗,加利昔單抗,抗cd40抗體,依帕珠單抗,魯昔單抗,hu1d10,半乳凝集素-3,apt48或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析burkitt淋巴瘤的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於td05適配體,igmmab(38-13)或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析宮頸癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於半乳凝集素-9和/或hpve7適配體或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析子宮內膜癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於半乳凝集素-1或對子宮內膜癌具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析頭和頸部的癌症的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於(111)in-cmabu36,抗loxl4,u36,biwa-1,biwa-2,biwa-4,biwa-8或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析ibd的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於acca(抗多糖ab),alca(抗多糖ab),amca(抗多糖ab)或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析糖尿病的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於rbp4適配體或對糖尿病具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析纖維肌痛的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於l-半乳凝集素或對纖維肌痛具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析多發性硬化症(ms)的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於那他珠單抗(tysabri)或對ms具有特異性的結合劑的任何組合。
此外，可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析風溼病的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於利妥昔單抗(抗cd20ab)和/或凱利昔單抗(抗cd4ab)或對風溼病具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析阿爾茨海默氏病的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於th14-bace1aptapers,s10-bace1aptapers,抗abeta,巴匹珠單抗(aab-001)-elan,ly2062430(抗澱粉蛋白βab)-elililly,bace1-反義或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析朊病毒特異性疾病的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於rhuprp(c)適配體,dp7適配體,硫代適配體97,saf-93適配體,15b3(抗prpscab),單克隆抗prpsc抗體p1:1,1.5d7,1.6f4abs,mab14d3,mab4f2,mab8g8,mab12f10或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析膿毒症的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於ha-1amab,e-5mab,tnf-αmab,阿非莫單抗,e-半乳凝集素或它們的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析精神分裂症的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於l-半乳凝集素和/或n-cam或對精神分裂症具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析抑鬱症的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於gpib或對抑鬱症具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析gist的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於anti-dog1ab或對gist具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析食管癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於casr結合劑或對食管癌具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析胃癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於鈣蛋白酶ncl-2結合劑和/或肌動蛋白結合蛋白結合劑或對胃癌具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析copd的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於cxcr3結合劑,ccr5結合劑,cxcr6結合劑或對copd具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析copd的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於cxcr3結合劑,ccr5結合劑,cxcr6結合劑或對copd具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析哮喘的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於vip結合劑,pacap結合劑,cgrp結合劑,nt3結合劑,ykl-40結合劑,s-亞硝基硫醇,scca2結合劑,pai結合劑,雙向調節因子結合劑,骨膜素結合劑或對哮喘具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析易損斑塊的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於gd-dtpa-g-mimrgd(αvβ3整合蛋白結合肽),mmp-9結合劑或對易損斑塊具有特異性的結合劑的任何組合。
可以使用一種或多種結合劑來檢測用於分析卵巢癌的外來體，其中所述的結合劑包括但不限於(90)y-muhmfg1結合劑和/或oc125(抗ca125抗體)或對卵巢癌具有特異性的結合劑的任何組合。
所述的結合劑可以用於普通的外來體標誌物、「看家蛋白質」或抗原(例如cd9,cd63或cd81)。例如，所述的結合劑可以為針對cd9,cd63或cd81的抗體。此外，所述的結合劑還可以用於其它外來體蛋白質，例如前列腺特異性外來體或癌症特異性外來體(例如pcsa,psma,epcam,b7h3或steap)。例如，所述的結合劑可以為針對pcsa,psma,epcam,b7h3或steap的抗體。
此外，可以通過本領域已知的任何常規方法或本文所述的方法來鑑定其它細胞結合配偶體或結合劑，並且所述的配偶體或結合劑還可以用作診斷、預後或治療相關的標誌物。
生物學特徵：前列腺癌、結腸癌和卵巢癌
前列腺癌
外來體生物學特徵可以用於表徵前列腺癌。如上文所述，前列腺癌的生物學特徵可以包括與前列腺癌有關的結合劑(例如如圖2所示)；以及一種或多種其它生物標誌物，例如如圖19所示。例如，前列腺癌的生物學特徵可以包括針對psa,psma,tmprss2,mab5d4,xpsm-a9,xpsm-a10,半乳凝集素-3,e-半乳凝集素,半乳凝集素-1,e4(igg2akappa)或它們的任何組合的結合劑；以及一種或多種其它生物標誌物，例如一種或多種mirna,一種或多種dna,一種或多種與前列腺癌有關的其它肽、蛋白質或抗原，例如但不限於圖19中所示的那些。
前列腺癌的生物學特徵可以包括與前列腺癌有關的抗原(例如如圖1所示)，以及一種或多種其它生物標誌物，例如如圖19所示。前列腺癌的生物學特徵可以包括與前列腺癌有關的一種或多種抗原，例如但不限於kia1,完整的纖維連接蛋白,psa,tmprss2,faslg,tnfsf10,psma,ngep,il-7ri,cscr4,cyslt1r,trpm8,kv1.3,trpv6,trpm8,psgr,misiir或它們的任何組合。前列腺癌的生物學特徵可以包括一種或多種之前所述的抗原以及一種或多種其它生物標誌物，例如但不限於mirna,mrna,dna或它們的任何組合。
此外，前列腺癌的生物學特徵還可以包括一種或多種與前列腺癌有關的抗原，例如但不限於kia1,完整的纖維連接蛋白,psa,tmprss2,faslg,tnfsf10,psma,ngep,il-7ri,cscr4,cyslt1r,trpm8,kv1.3,trpv6,trpm8,psgr,misiir或它們的任何組合；以及一種或多種mirna生物標誌物，例如但不限於mir-202,mir-210,mir-296,mir-320,mir-370,mir-373,mir-498,mir-503,mir-184,mir-198,mir-302c,mir-345,mir-491,mir-513,mir-32,mir-182,mir-31,mir-26a-1/2,mir-200c,mir-375,mir-196a-1/2,mir-370,mir-425,mir-425,mir-194-1/2,mir-181a-1/2,mir-34b,let-7i,mir-188,mir-25,mir-106b,mir-449,mir-99b,mir-93,mir-92-1/2,mir-125a,mir-141,let-7a,let-7b,let-7c,let-7d,let-7g,mir-16,mir-23a,mir-23b,mir-26a,mir-92,mir-99a,mir-103,mir-125a,mir-125b,mir-143,mir-145,mir-195,mir-199,mir-221,mir-222,mir-497,let-7f,mir-19b,mir-22,mir-26b,mir-27a,mir-27b,mir-29a,mir-29b,mir-30_5p,mir-30c,mir-100,mir-141,mir-148a,mir-205,mir-520h,mir-494,mir-490,mir-133a-1,mir-1-2,mir-218-2,mir-220,mir-128a,mir-221,mir-499,mir-329,mir-340,mir-345,mir-410,mir-126,mir-205,mir-7-1/2,mir-145,mir-34a,mir-487,let-7b或它們的任何組合。
此外，前列腺癌生物學特徵的mirna可以為與pfkfb3,rhamm(hmmr),cdnaflj42103,aspm,cenpf,ncapg,雄性激素受體,egfr,hsp90,sparc,dnmt3b,gart,mgmt,sstr3,top2b或它們的任何組合相互作用的mirna，例如本文所述的以及圖60中所示的那些。此外，所述的mirna可以為mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b,mir-222或它們的任何組合。
前列腺癌的生物學特徵可以包括一種或多種與前列腺癌有關的抗原，例如但不限於kia1,完整的纖維連接蛋白,psa,tmprss2,faslg,tnfsf10,psma,ngep,il-7ri,cscr4,cyslt1r,trpm8,kv1.3,trpv6,trpm8,psgr,misiir或它們的任何組合；以及一種或多種其它生物標誌物，例如但不限於之前所述的mirna,mrna(例如但不限於ar或pca3),snorna(例如但不限於u50)或它們的任何組合。
此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種基因融合,例如acsl3-etv1,c15orf21-etv1,flj35294-etv1,herv-etv1,tmprss2-erg,tmprss2-etv1/4/5,tmprss2-etv4/5,slc5a3-erg,slc5a3-etv1,slc5a3-etv5或klk2-etv4。
可以針對一種或多種mirna和一種或多種與前列腺癌有關的抗原來分離並測定外來體，從而提供診斷、預後或治療診斷學概況，例如癌症的階段、癌症的效力或癌症的其它特徵。備選地，可以由樣品直接測定外來體，由此在針對一種或多種mirna或者與前列腺癌有關的抗原進行測定之前所述的外來體是未經純化或濃縮的。
如圖68所示，前列腺癌的生物學特徵可以包括測定外來體的epcam,cd63,cd81,cd9或它們的任何組合。所述的前列腺癌的生物學特徵可以包括檢測epcam,cd9,cd63,cd81,pcsa或它們的任何組合。例如，所述的前列腺癌的生物學特徵可以包括epcam,cd9,cd63和cd81或pcsa,cd9,cd63和cd81(例如參見圖70a)。此外，所述的前列腺癌的生物學特徵還可以包括pcsa,psma,b7h3或它們的任何組合(例如參見圖70b)。
此外，與評估少於多種生物標誌物的情況相比，評估多種生物標誌物可以提供增加的敏感性、特異性或信號強度。例如，與單獨評估pmsa或b7h3相比，評估psma和b7h3可以在檢測中提供增加的敏感性。與單獨評估cd或cd63相比，評估cd9和cd63可以在檢測中提供增加的敏感性。
此外，還可以根據滿足至少1,2,3,4,5,6,7,8,9或10個標準來表徵前列腺癌。例如，可以使用多種不同的標準：1)如果得自受試者的樣品中的外來體的量高於參照值；2)如果衍生自外來體的前列腺細胞的量高於參照值；以及3)如果具有一種或多種癌症特異性生物標誌物的外來體的量高於參照值，則所述的受試者被診斷為前列腺癌。所述的方法可以進一步包括定性對照測量，從而如果確定了其他標準，則所述的受試者被診斷為前列腺癌。
可以使用本文所述的具有至少60,61,62,63,64,65,66,67,68,69或70％敏感性的一種或多種方法來表徵前列腺癌。可以以至少80,81,82,83,84,85,86或87％敏感性來表徵前列腺癌。例如，可以以至少87.1,87.2,87.3,87.4,87.5,87.6,87.7,87.8,87.9,88.0或89％敏感性(例如以至少90％敏感性，例如至少91,92,93,94,95,96,97,98,99或100％敏感性)來表徵前列腺癌。
可以以至少70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96或97％特異性(例如以至少97.1,97.2,97.3,97.4,97.5,97.6,97.7,97.8,97.8,97.9,98.0,98.1,98.2,98.3,98.4,98.5,98.6,98.7,98.8,98.9,99.0,99.1,99.2,99.3,99.4,99.5,99.6,99.7,99.8,99.9或100％特異性)來表徵受試者的前列腺癌。
此外，還可以以至少70％敏感性和至少80,90,95,99或100％特異性；至少80％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少85％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少86％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少87％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少88％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少89％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少90％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少95％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少99％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；或者至少100％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性來表徵前列腺癌。
此外，用於確定特異性、敏感性或者這二者的可靠性水平為至少90,91,92,93,94,95,96,97,98或99％可靠性。
結腸癌
結腸癌的生物學特徵可以包括一種或多種如圖1中所列的針對結腸癌的抗原、任何一種或多種與分離用於表徵結腸癌的外來體有關的結合劑(例如圖2中所示的那些)、任何一種或多種如圖6中所示的其他生物標誌物。
所述的生物學特徵可以包括一種或多種選自mir-24-1,mir-29b-2,mir-20a,mir-10a,mir-32,mir-203,mir-106a,mir-17-5p,mir-30c,mir-223,mir-126,mir-128b,mir-21,mir-24-2,mir-99b,mir-155,mir-213,mir-150,mir-107,mir-191,mir-221,mir-20a,mir-510,mir-92,mir-513,mir-19a,mir-21,mir-20,mir-183,mir-96,mir-135b,mir-31,mir-21,mir-92,mir-222,mir-181b,mir-210,mir-20a,mir-106a,mir-93,mir-335,mir-338,mir-133b,mir-346,mir-106b,mir-153a,mir-219,mir-34a,mir-99b,mir-185,mir-223,mir-211,mir-135a,mir-127,mir-203,mir-212,mir-95,mir-17-5p或它們的任何組合中的mirna。此外，所述的生物學特徵還可以包括一種或多種表達不足的mir，例如mir-143,mir-145,mir-143,mir-126,mir-34b,mir-34c,let-7,mir-9-3,mir-34a,mir-145,mir-455,mir-484,mir-101,mir-145,mir-133b,mir-129,mir-124a,mir-30-3p,mir-328,mir-106a,mir-17-5p,mir-342,mir-192,mir-1,mir-34b,mir-215,mir-192,mir-301,mir-324-5p,mir-30a-3p,mir-34c,mir-331和mir-148b。
所述的生物學特徵可以包括評估一種或多種基因，例如efnb1,ercc1,her2,vegf和egfr。此外，外來體中可以評估結腸癌的生物標誌物突變還可以包括一種或多種egfr,kras,vegfa,b-raf,apc或p53的突變。此外，所述的生物學特徵還可以包括可評估的外來體的一種或多種蛋白質、配基或肽，例如afr,rab,adam10,cd44,ng2,蝶素-b1,mif,b-連環蛋白,接合,盤狀球蛋白,glalectin-4,rack1,四次跨膜超家族-8,fasl,trail,a33,cea,egfr,二肽酶1,hsc-70,四次跨膜超家族,escrt,ts,pten或topo1。
可以分離和測定外來體以用於提供診斷、預後或治療診斷學概況，例如癌症的階段、癌症的效力或癌症的其他特徵。備選地，可以由樣品直接測定外來體，由此在針對與結腸癌有關的生物學特徵進行測定之前所述的外來體是未經純化或濃縮的。
如圖69所示，結腸癌的特徵可以包括檢測外來體的epcam,cd63,cd81,cd9,cd66或它們的任何組合。此外，針對癌症的不同階段的結腸癌生物學特徵可以包括cd63,cd9,epcam或它們的任何組合(例如參見圖71和72)。例如，所述的生物學特徵可以包括cd9和epcam。
可以使用本文所述的具有至少60,61,62,63,64,65,66,67,68,69或70％敏感性的一種或多種方法來表徵結腸癌。可以以至少80,81,82,83,84,85,86或87％敏感性來表徵結腸癌。例如，可以以至少87.1,87.2,87.3,87.4,87.5,87.6,87.7,87.8,87.9,88.0或89％敏感性(例如以至少90％敏感性，例如至少91,92,93,94,95,96,97,98,99或100％敏感性)來表徵結腸癌。
此外，還可以以至少70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96或97％特異性(例如以至少97.1,97.2,97.3,97.4,97.5,97.6,97.7,97.8,97.8,97.9,98.0,98.1,98.2,98.3,98.4,98.5,98.6,98.7,98.8,98.9,99.0,99.1,99.2,99.3,99.4,99.5,99.6,99.7,99.8,99.9或100％特異性)來表徵受試者的結腸癌。
此外，還可以以至少70％敏感性和至少80,90,95,99或100％特異性；至少80％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少85％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少86％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少87％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少88％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少89％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少90％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少95％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；至少99％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性；或者至少100％敏感性和至少80,85,90,95,99或100％特異性來表徵結腸癌。
此外，用於確定特異性、敏感性或者這二者的可靠性水平為至少90,91,92,93,94,95,96,97,98或99％可靠性。
卵巢癌
用於表徵卵巢癌的生物學特徵可以包括與卵巢癌有關的抗原(例如如圖1中所示)以及一種或多種其他的生物標誌物，例如如圖4所示。在一個實施方案中，卵巢癌的生物學特徵可以包括一種或多種與卵巢癌有關的抗原，例如但不限於cd24,ca125,vegf1,vegfr2,her2,misiir或它們的任何組合。卵巢癌的生物學特徵可以包括一種或多種之前所述的抗原以及一種或多種其他的生物標誌物，例如但不限於mirna,mrna,dna或它們的任何組合。卵巢癌的生物學特徵可以包括一種或多種與卵巢癌有關的抗原，例如但不限於cd24,ca125,vegf1,vegfr2,her2,misiir或它們的任何組合；以及一種或多種mirna生物標誌物，例如但不限於mir-200a,mir-141,mir-200c,mir-200b,mir-21,mir-141,mir-200a,mir-200b,mir-200c,mir-203,mir-205,mir-214,mir-215,mir-199a,mir-140,mir-145,mir-125b-1或它們的任何組合。
卵巢癌的生物學特徵可以包括一種或多種與卵巢癌有關的抗原，例如但不限於cd24,ca125,vegf1,vegfr2,her2,misiir或它們的任何組合；以及一種或多種mirna生物標誌物(例如之外所述的mirna),mrnas(例如但不限於ercc1,er,topo1,top2a,ar,pten,her2/neu,egfr),突變(包括但不限於與kras和/或b-raf有關的那些)或它們的任何組合。
可以針對一種或多種mirna和一種或多種與卵巢癌有關的抗原來分離並測定外來體，從而提供診斷、預後或治療診斷學概況。備選地，可以由樣品直接測定外來體，由此在針對一種或多種mirna或者與卵巢癌有關的抗原進行測定之前所述的外來體是未經純化或濃縮的。
生物學特徵：評估器官移植排斥和自身免疫狀況
此外，外來體可以用於確定表現型，例如器官窘迫和/或器官移植排斥。如本文所用，器官移植包括部分器官或組織移植。評估外來體中存在的一種或多種生物標誌物的存在、缺乏或水平來監測器官排斥或成功。此外，樣品中外來體的水平或量可以用於評估器官排斥或成功。以至少80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98或99％特異性、敏感性或者這二者來確定評估情況。例如，以至少97.5,97.6,97.7,97.8,97.8,97.9,98.0,98.1,98.2,98.3,98.4,98.5,98.6,98.7,98.8,98.9,99.0,99.1,998.2,99.3,99.4,99.5,99.6,99.7,99.8,99.9％敏感性、特異性或者這二者來確定評估情況。
所述的外來體可以在分析之前是純化的或濃縮的。備選地，可以未經之前的純化或濃縮而直接測定樣品中外來體的水平或量。定量的外來體可以為細胞源特異性的外來體。例如，可以使用對特定器官具有特異性的一種或多種結合劑來分離細胞或組織特異性的外來體。可以針對一種或多種分子特徵(例如與器官窘迫或器官移植排斥有關的一種或多種生物標誌物)來評估細胞源特異性的外來體。可以評估在分離的細胞源特異性的外來體中存在的一種或多種生物標誌物的存在、缺乏或水平，從而監測器官排斥或成功。
可以分析一種或多種外來體以用於評估、檢測或診斷受試者中組織或器官移植的排斥情況。組織或器官移植的排斥可以為超急性、急性或慢性排斥。此外，還可以分析外來體以用於評估、檢測或診斷受試者中的移植物對抗宿主疾病。所述的受試者可以為自體、異體或異種組織或器官移植的接受者。
此外，還可以分析外來體以用於檢測組織或器官移植的排斥情況。所述的外來體可以通過組織或器官移植所產生。這種組織或器官包括但不限於心,肺,胰腺,腎,眼睛,眼角膜,肌肉,骨髓,皮膚,軟骨,骨,附屬器官,頭髮,臉,腱,胃,腸,靜脈,動脈,分化的細胞,部分分化的細胞或幹細胞。
所述的外來體可以包括至少一種生物標誌物，該生物標誌物可以用於評估、診斷或確定受試者中組織或器官移植的排斥的可能性或發生情況。此外，生物標誌物還可以用於評估、診斷或檢測受試者中移植物對抗宿主疾病。所述的生物標誌物可以為蛋白質、多糖、脂肪酸或核酸(例如dna或rna)。所述的生物標誌物可以與特定的組織或器官排斥或者系統性器官衰竭有關。可以分析多於一種的生物標誌物，例如，一種或多種蛋白質標誌物可以與一種或多種核酸標誌物組合分析。所述的生物標誌物可以為細胞內或細胞外標誌物。
此外，可以針對至少一種標誌物來分析外來體，以用於評估、檢測或診斷與受試者中組織或器官移植有關的細胞凋亡或壞疽、受試者中組織或器官移植的原因、受試者中組織或器官移植的排斥。
生物標誌物的存在可以為受試者中組織或器官的排斥的指示，其中所述的生物標誌物包括但不限於cd40,cd40配基,n-乙醯胞壁醯-l-丙氨酸醯胺酶前體,脂肪細胞因子,ambp蛋白質前體,c4b-結合蛋白質a-鏈前體,銅藍蛋白前體,補體c3前體,補體成分c9前體,補體因子d前體,α1-b-糖蛋白,β2-糖蛋白i前體,肝素輔助因子ii前體,免疫球蛋白mu鏈c區蛋白質,富含亮氨酸α2-糖蛋白前體,色素上皮細胞衍生因子前體,血漿視黃醇結合蛋白質前體,翻譯起始因子3亞單元10,核糖體蛋白質l7,β-轉運蛋白,1-traf或賴氨醯-trna合成酶。
此外，可以通過針對β-轉運蛋白來分析外來體從而檢測受試者中腎的排斥。此外，還可以通過由表達cd40的細胞分離細胞源特異性的外來體並針對bcl-2或tnfα的增多進行檢測來檢測移植組織的排斥。
可以通過針對f1抗原標誌物的存在情況來分析外來體從而檢測受試者中肝臟移植的排斥。不被理論所限制，f1抗原對肝臟具有特異性並可以用於檢測肝臟細胞源特異性的外來體的增多。這種增多可以用作器官窘迫/排斥的早期指示。
此外，還可以通過分析外來體來診斷由於骨髓和/或肺移植或其他原因引起的閉塞性細支氣管炎、或移植動脈粥樣硬化/移植慢性靜脈炎。
此外，還可以分析外來體以用於檢測、診斷或評估受試者中自身免疫或其他免疫反應相關性表現型。這種紊亂的實例包括但不限於系統性紅斑狼瘡(sle),盤狀紅斑狼瘡,狼瘡性腎炎,結節病,炎性關節炎(包括幼年關節炎,風溼性關節炎,銀屑病關節炎,reiter綜合症,強直性脊柱炎和通風性關節炎),多發性硬化症,高ige綜合症,結節性多動脈炎,原發性膽汁性肝硬化,炎性腸病,crohn疾病,腹腔疾病(麥膠敏感性腸病),自身免疫性肝炎,惡性貧血,自身免疫性溶血性貧血,銀屑病,硬皮病,重症肌無力,自身免疫性血小板減少性紫癜,自身免疫性甲狀腺炎,grave疾病,hasimoto甲狀腺炎,免疫複合體疾病,慢性疲勞免疫功能紊亂症候群(cfids),多肌炎和皮肌炎,冷球蛋白症,血栓溶解,心肌病,尋常性天皰瘡,肺間質纖維化,哮喘,churg-strauss綜合症(變應性肉芽腫),異位性皮炎,變應性接觸性皮炎,蕁麻疹,ige介導的過敏症,動脈粥樣硬化,脈管炎,特發性炎性肌病,溶血病,阿爾茨海默氏病,慢性炎性脫髓鞘性多發性神經根神經病和aid。
得自外來體的一種或多種生物標誌物可以用於評估、診斷或確定受試者中自身免疫或其他免疫反應相關性紊亂的發生的可能性。所述的生物標誌物可以為蛋白質、多糖、脂肪酸或核酸(例如dna或rna)。所述的生物標誌物可以與特異性自身免疫紊亂、系統性自身免疫紊亂和其他免疫反應相關性紊亂有關。可以分析多於一種的生物標誌物。例如，一種或多種蛋白質標誌物可以與一種或多種核酸標誌物組合分析。所述的生物標誌物可以為細胞內或細胞外標誌物。此外，所述的生物標誌物可以用於檢測、診斷或評估炎症。
可以使用得自受試者的外來體分析來鑑定受試者的炎症，其中所述的炎症與哮喘,結節病,肺氣腫,囊腫性纖維化,特發性肺纖維化,慢性支氣管炎,過敏性鼻炎,肺的過敏性疾病(例如過敏性肺炎,嗜酸粒細胞性肺炎以及膠原蛋白所導致的肺纖維症),脈管炎和自身免疫疾病(例如風溼性關節炎)有關。
外來體組合物
此外，本文還提供了具有特定生物學特徵的經分離的外來體。所述的經分離的外來體可以包括對特定的細胞類型具有特異性的、或者用於表徵表現型的一種或多種生物標誌物或生物學特徵，例如上文所述的那些。例如，經分離的外來體可以包括一種或多種生物標誌物，例如cd63,epcam,cd81,cd9,pcsa,psma,b7h3,tnfr,mfg-e8,rab,steap,5t4或cd59。經分離的外來體在該外來體中的表面上可以具有一種或多種生物標誌物。此外，所述的經分離的外來體還可以包括一種或多種mirna，例如mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b或mir-222。經分離的外來體可以包括生物標誌物，例如cd66，並且進一步包括選自epcam,cd63或cd9中的一種或多種生物標誌物。此外，經分離的外來體還可以包括融合基因或蛋白質，例如tmrssg2:erg。
此外，經分離的外來體還可以包括一種或多種生物標誌物，其中與衍生自正常細胞(即，衍生自不具有所關注的表現型的受試者的細胞)的經分離的外來體相比，所述的一種或多種生物標誌物的表達水平高於、低於或等於所述的經分離的外來體。例如，經分離的外來體可以包括選自b7h3,psca,mfg-e8,rab,steap,psma,pcsa,5t4,mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b和mir-222中的一種或多種生物標誌物，其中與衍生自正常細胞的經分離的外來體相比，所述的一種或多種生物標誌物的表達水平高於所述的外來體。所述的經分離的外來體可以包括選自所述組中的至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,13,14,15,16,17,18或19種生物標誌物。經分離的外來體可以進一步包括選自epcam,cd63,cd59,cd81或cd9中的一種或多種生物標誌物。
經分離的外來體可以包括生物標誌物pcsa,epcam,cd63和cd8；生物標誌物pcsa,epcam,b7h3和psma。經分離的外來體可以包括生物標誌物mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b和mir-222。
此外，本文還提供了包含經分離的外來體的組合物。所述的組合物可以包括一種或多種經分離的外來體。例如，所述的組合物可以包括多種外來體或者外來體的一個或多個群體。
所述的組合物可以為基本富集的外來體。例如，所述的組合物基本上不存在細胞殘餘物、細胞、非外來體蛋白質、肽或核酸(例如非包含於所述外來體中的生物學分子)。細胞殘餘物、細胞、非外來體蛋白質、肽或核酸(例如非包含於所述外來體中的生物學分子)可以通過本文所公開的任何方法得到，例如通過使用一種或多種針對一種或多種外來體的結合劑或捕獲劑。所述的外來體可以佔全部組合物的總量或質量的至少30,40,50,60,70,80,90,95或99％。所述組合物的外來體可以為混雜的或均質的外來體群體。例如，均質的外來體群體包括對於一種或多種性質或特徵而言為均質的外來體。例如，所述的一種或多種特徵可以選自：一種或多種相同的生物標誌物、基本相似或一致的生物學特徵、衍生自相同的細胞類型、特定尺寸的外來體以及它們的組合。
因此，在某些實施方案中，所述的組合物包括基本富集的外來體群體。所述的組合物可以為富集的外來體群體，對於一種或多種性質或特徵而言，所述的群體為至少30,40,50,60,70,80,90,95或99％均質的。例如，所述的一種或多種特徵可以選自：一種或多種相同的生物標誌物、基本相似或一致的生物學特徵、衍生自相同的細胞類型、特定尺寸的外來體以及它們的組合。例如，所述的外來體群體可以通過都具有特定的生物學特徵、具有相同的生物標誌物、具有相同的生物標誌物的組合或者衍生自相同的細胞類型而成為均質的。在某些實施方案中，所述的組合物包括基本均質的外來體群體，例如，具有特定生物學特徵、衍生自特定的細胞或者這二者的群體。
外來體群體可以包括一種或多種相同的生物標誌物。所述的生物標誌物可以為存在於外來體中或在外來體上的任何成分，例如，任何核酸(例如rna或dna)、蛋白質、肽、多肽、抗原、脂質、碳水化合物或蛋白聚糖。例如，群體中的各種外來體可以包括相同或一致的一種或多種生物標誌物。在某些實施方案中，群體中的各種外來體包括相同1,2,3,4,5,6,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,50,75或100種生物標誌物。所述的一種或多種生物標誌物可以選自圖1、3-60。
包括相同或一致的生物標誌物的外來體群體可以指所述群體的各種外來體都具有相同的存在或缺乏、表達水平、突變狀態或修飾情況的生物標誌物。例如，富集的外來體群體可以包括這樣的外來體，其中各種外來體具有相同的生物標誌物的存在情況、相同的生物標誌物的缺乏情況、相同的生物標誌物的表達水平、相同的生物標誌物的修飾情況或者相同的生物標誌物的突變情況。相同的生物標誌物的表達水平可以指定量或定性測量，例如，與參照水平相比，所述群體中的外來體是表達不足的、過表達的或者具有相同的生物標誌物的表達水平。備選地，相同的生物標誌物的表達水平可以為數值，該數值代表了與群體中各種外來體相同的生物標誌物的表達情況。例如，mirna的拷貝數、蛋白質的量或者各種外來體的mrna的水平可以與群體中的各種外來體在數量上相同，使得各種外來體的數量為所述群體中各種其他外來體的量的±1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,15或20％，只要這種變化是合適的即可。
在某些實施方案中，所述的組合物包括基本富集的外來體群體，其中在富集群體中的所述的外來體具有基本相似或一致的生物學特徵。所述的生物學特徵可以包括一種或多種外來體特徵，例如外來體的水平或量、外來體半衰期變化的暫時評價、循環下的外來體半衰期或外來體新陳代謝的半衰期、或者外來體的活性。此外，所述的生物學特徵還可以包括生物標誌物的存在或缺乏、表達水平、突變狀態或修飾，例如本文所述的那些。
所述群體中各種外來體的生物學特徵可以為至少30,40,50,60,70,80,90,95或99％一致性。在某些實施方案中，各種外來體的生物學特徵為100％一致性。在所述的富集的群體中各種外來體的生物學特徵可以具有相同的1,2,3,4,5,6,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,25,50,75或100種外來體特徵。例如，在富集的群體中外來體的生物學特徵可以為第一種生物標誌物的存在情況、第二種生物標誌物的存在情況以及第三種生物標誌物的表達不足情況。相同的群體中的另一種外來體可以為100％一致性，即，具有相同的第一和第二生物標誌物的存在情況以及表達不足的第三生物標誌物。備選地，相同群體中的外來體可以具有相同的第一和第二生物標誌物，但是不具有表達不足的第三生物標誌物。
在某些實施方案中，所述的組合物包括基本富集的外來體群體，其中所述的外來體衍生自相同的細胞類型。例如，所述的外來體可以都衍生自特定組織的細胞、所關注的特定腫瘤或所關注的疾病組織的細胞、循環中的腫瘤細胞、或者母體或胎兒起源的細胞。所述的外來體可以都衍生自腫瘤細胞。所述的外來體可以都衍生自肺、胰腺、胃、腸、膀胱、腎、卵巢、睪丸、皮膚、結腸直腸、乳腺、前列腺、腦、食管、肝臟、胎盤或胎兒的細胞。
此外，包括基本富集的外來體群體的組合物還可以包括特定尺寸的外來體。例如，所述的外來體可以都具有大於大約10,20或30nm的直徑。它們可以都具有大約30-1000nm,大約30-800nm,大約30-200nm或者大約30-100nm的直徑。在某些實施方案中，所述的外來體可以都具有小於大約10,000nm,1000nm,800nm,500nm,200nm,100nm或50nm的直徑。
對於一種或多種特徵而言為均質的外來體群體可以佔所述組合物的全部外來體群體的至少大約30,40,50,60,70,80,90,95或99％。在某些實施方案中，與其中衍生有所述組合物的生物學樣品中的外來體的濃度相比，包括基本富集的外來體群體的組合物包括至少2,3,4,5,10,20,25,50,100,250,500或1000倍的外來體的濃度。在另一個實施方案中，所述的組合物可以進一步包括第二種富集的外來體群體，其中對於一種或多種特徵而言，所述的外來體為至少30％均質的，如本文所述。
可以使用多重分析來獲得對於多於一種(例如至少2,3,4,5,6,7,8,9,10種外來體群體)的外來體群體而言為基本富集的組合物。各種基本富集的外來體群體可以佔所述組合物的重量或質量的至少5,10,15,20,25,30,35,40,45,46,47,48或49％。在某些實施方案中，基本富集的外來體群體佔所述組合物的重量或質量的至少大約30,40,50,60,70,80,90,95或99％。
基本富集的外來體群體可以通過使用本文所述的一種或多種方法、工藝或系統來獲得。例如，由樣品中分離外來體群體可以通過使用一種或多種針對外來體的一種或多種生物標誌物的結合劑來實施，例如使用兩種或多種靶向外來體的兩種或多種生物標誌物的結合劑。可以使用一種或多種捕獲劑來獲得基本富集的外來體群體。可以使用一種或多種檢測試劑來鑑定基本富集的外來體群體。
在一個實施方案中，具有特定生物學特徵的外來體群體是通過使用一種或多種針對所述生物學特徵的所述生物標誌物的結合劑而獲得的。可以分離所述的外來體，從而得到包含基本富集的具有特定生物學特徵的外來體群體的組合物。在另一個實施方案中，具有所關注的特定生物學特徵的外來體群體可以通過使用一種或多種針對生物標誌物的結合劑來獲得，其中所述的結合劑並非為所關注的生物學特徵的成分。因此，所述的結合劑可以用於除去不具有所關注的生物學特徵的外來體，並且所得的組合物對於具有所關注的特定生物學特徵的外來體群體而言是基本富集的。所得的組合物可以為基本缺乏具有針對所述結合劑的生物標誌物的外來體。
檢測系統和試劑盒
此外，還提供了設定為用於確定外來體的一種或多種生物學特徵的檢測系統。該檢測系統可以用於檢測混雜的外來體群體或者一種或多種均質的外來體群體。所述的檢測系統可以被設定用於檢測多種外來體，其中所述多種外來體的至少一個子集包括不同於所述的多種外來體的另一個子集的生物學特徵。所述的檢測系統檢測了至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,40,50,60,70,80,90或100種不同的外來體的子集，其中各外來體的子集包括不同的生物學特徵。例如，檢測系統(例如使用了本文所公開的一種或多種方法、工藝和組合物)可以用於檢測至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,40,50,60,70,80,90或100種不同的外來體群體。
所述的檢測系統可以被設定用於評估一種或多種外來體的至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,40,50,60,70,80,90,100,1000,2500,5000,7500,10,000,100,000,150,000,200,000,250,000,300,000,350,000,400,000,450,000,500,000,750,000或1,000,000種不同的生物標誌物。在某些實施方案中，所述的一種或多種生物標誌物選自圖1、3-60，或者本文所公開的那些。所述的檢測系統可以被設定用於評估特異性的外來體群體，例如得自特定細胞源的外來體；或者用於評估多種特異性的外來體群體，其中各種外來體群體具有特定的生物學特徵。
所述的檢測系統可以為低密度檢測系統或高密度檢測系統。例如，低密度檢測系統可以檢測至多1,2,3,4,5,6,7,8,9或10種不同的外來體群體，而高密度檢測系統可以檢測至少大約15,20,25,50或100種不同的外來體群體。在另一個實施方案中，低密度檢測系統可以檢測至多大約100,200,300,400或500種不同的生物標誌物，而高密度檢測系統可以檢測至少大約750,1000,2000,3000,4000,5000,6000,7000,8000,9,000,10,000,15,000,20,000,25,000,50,000或100,000種不同的生物標誌物。在另一個實施方案中，低密度檢測系統可以檢測至多大約100,200,300,400或500種不同的生物學特徵或生物標誌物的組合，而高密度檢測系統可以檢測至少大約750,1000,2000,3000,4000,5000,6000,7000,8000,9,000,10,000,15,000,20,000,25,000,50,000或100,000種生物學特徵或生物標誌物的組合。
所述的檢測系統可以包括選擇性地與外來體雜交的探針。所述的檢測系統可以包括用於檢測外來體的多種探針。在某些實施方案中，多種探針用於檢測混雜外來體群體中的外來體的量。在另一個實施方案中，多種探針用於檢測均質的外來體群體。多種探針可以用於分離或檢測至少兩種不同的外來體的子集，其中各個外來體的子集包括不同的生物學特徵。
檢測系統(例如使用了本文所公開的一種或多種方法、工藝和組合物)可以包括多種探針，這些探針被設定用於檢測或分離(例如使用了本文所公開的一種或多種方法、工藝和組合物)至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,40,50,60,70,80,90或100種不同的外來體的子集，其中各個外來體的子集包括不同的生物學特徵。
例如，檢測系統可以包括多種探針，這些探針被設定用於檢測至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,40,50,60,70,80,90或100種不同的外來體群體。所述的檢測系統可以包括多種探針，這些探針被設定用於選擇性地與一種或多種外來體的至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,40,50,60,70,80,90,100,1000,2500,5000,7500,10,000,100,000,150,000,200,000,250,000,300,000,350,000,400,000,450,000,500,000,750,000或1,000,000種不同的生物標誌物雜交。在某些實施方案中，所述的一種或多種生物標誌物選自圖1、3-60，或者本文所公開的那些。多種探針可以被設定用於評估特異性的外來體群體，例如得自特定細胞源的外來體；或者用於評估多種特異性的外來體群體，其中各種外來體群體具有特定的生物學特徵。
所述的檢測系統可以為包括用於檢測外來體的探針的低密度檢測系統或高密度檢測系統。例如，低密度檢測系統可以包括用於檢測至多1,2,3,4,5,6,7,8,9或10種不同的外來體群體的探針，而高密度檢測系統可以包括用於檢測至少大約15,20,25,50或100種不同的外來體群體的探針。在另一個實施方案中，低密度檢測系統可以包括用於檢測至多大約100,200,300,400或500種不同的生物標誌物的探針，而高密度檢測系統可以包括用於檢測至少大約750,1000,2000,3000,4000,5000,6000,7000,8000,9,000,10,000,15,000,20,000,25,000,50,000或100,000種不同的生物標誌物的探針。在另一個實施方案中，低密度檢測系統可以包括用於檢測至多大約100,200,300,400或500種不同的生物學特徵或生物標誌物的組合的探針，而高密度檢測系統可以包括用於檢測至少大約750,1000,2000,3000,4000,5000,6000,7000,8000,9,000,10,000,15,000,20,000,25,000,50,000或100,000種生物學特徵或生物標誌物的組合的探針。
所述的探針可以特異性地用於檢測特異性的外來體群體，例如具有特定生物學特徵的外來體以及上文所述的那些。此外，還提供了多種用於檢測前列腺特異性外來體的探針。多種探針可以包括用於檢測一種或多種以下生物標誌物的探針，所述的生物標誌物為：cd9,psca,tnfr,cd63,mfg-e8,epcam,rab,cd81,steap,pcsa,5t4,epcam,psma,cd59,cd66,cd24和b7h3。此外，還提供了用於檢測bcl-xl,ercc1,角蛋白15,cd81/tapa-1,cd9,上皮特異性抗原(esa)和肥大細胞胰凝乳蛋白酶的多種探針。用於檢測外來體的一種或多種mirna的多種探針可以包括用於檢測一種或多種以下mirna的探針：mir-9,mir-629,mir-141,mir-671-3p,mir-491,mir-182,mir-125a-3p,mir-324-5p,mir-148b和mir-222。
所述的探針可以與固定基底連接，例如陣列或珠。備選地，所述的探針是非連接的。所述的檢測系統可以為基於陣列的系統、測序系統、基於pcr的系統或者基於珠的系統，例如上文所述的那些。例如，所述的檢測系統可以為上文所述的微流體裝置。
所述的檢測系統可以為試劑盒的一部分。備選地，所述的試劑盒可以包括一種或多種探針組，或者多種探針，如上文所述的那些。所述的試劑盒可以包括用於檢測經分離的外來體、多種外來體(例如混雜群體中的外來體)的探針。所述的試劑盒可以包括用於檢測均質的外來體群體的探針。例如，所述的試劑盒可以包括用於檢測特異性細胞源外來體或者具有相同的特異性生物學特徵的外來體的群體的探針。
系列組
可以建立指導臨床決策和疾病檢測及管理的多重標誌物的系列組，所述系列組中的生物學特徵的組合相對於單個的生物學特徵或隨機選擇的生物學特徵的組合，表現出改善的敏感性和特異性。在本發明的內容中，在相對於正常狀態的疾病狀態下，可以通過生物學特徵的表達情況所表現的數倍差異來反應系列組的敏感性。可以在與基因表達(例如具有所關注的狀況(例如可以將標準偏差用作此類測量))的信號有關的統計學測量中反應特異性。就系列組中所包含的一組生物特徵而言，測量中小的標準偏差與更高的特異性有關。此外，其他變化測量(例如相關係數)也可以用於這種能力中。
當在本發明中將生物標誌物或生物學特徵相結合時，可以使用體外診斷多元化指數分析測定(ivdmia)的指導原則和規程。ivdmia可以運用由一套2種或多種標誌物所定義的生物學特徵，使得在所述組中由所述的一套生物學特徵獲得的信息可以提供用於作出臨床相關性判斷(例如診斷、預後或治療選擇)的合理基礎，其中所述的標誌物由基因、基因改變、突變、擴增、刪除、多態性或甲基化、蛋白質、肽、多肽、rna分子、mirna、mrna、snorna、hnrna或可以分組的rna的任何組合構成。所述的多套生物學特徵構成了本發明的多個系列組。當使用大量的診斷標誌物時，通常理想的是使用足以作出正確的醫學判斷的最少數量的標誌物。這防止了耽擱在進一步分析的治療延誤以及不適當的使用時間和資源。優選的是，建立系列組使得所述系列組中的生物學特徵的組合相對於單個的生物學特徵或隨機選擇的生物學特徵的組合而言，表現出改善的敏感性和特異性。在本發明的內容中，在相對於正常狀態的疾病狀態下，可以通過生物學特徵的表達情況所表現的數倍差異來反應系列組的敏感性。可以在與基因表達(例如具有所關注的狀況)的信號有關的統計學測量中反應特異性。就系列組中所包含的一組生物特徵而言，標準偏差、方差、協方差、相關係數、加權平均值、算術和、平均值、乘法值、加權值、平衡值或者可以一起用於計算值或得分(作為一個整體)的2種或多種標誌物的值的任何數學變化都可以顯示，從而產生更高的敏感性、特異性、陰性預測值、陽性預測值；此外精確度也可以用於所述的這種能力中並且也在本發明的範圍內。
在另一個實施方案中，可以使用模式識別方法。一個實例涉及針對各種生物標誌物(或者生物學特徵系列組)來對比生物標誌物的表達概況，從而歸於診斷。包括生物學特徵系列組的各種生物標誌物的表達概況被固定在媒介中，例如計算機可讀媒介。
在一個實例中，可以建立表格，其中輸入疾病或生理學狀態的信號指示(例如強度測量值)範圍。然後，將精確的患者的數據與表格中的值比較，從而確定患者的樣品是否是正常的、良性的、疾病的或者代表了特定的生理學狀態。在更完善的實施方案中，以數字或圖表方式記錄表達信號(例如螢光強度)的模式。在rna的實例中，將得自生物標誌物系列組(與患者的樣品關聯使用)的表達模式與所述的表達模式相對比。然後，使用模式對比軟體來確定患者的樣品是否具有指示疾病的模式、指示給定預後的模式、指示對治療的應答可能性的模式或者指示特定生理學狀態的模式。然後，將樣品的表達概況與對照細胞的系列組對比。如果所述的表達模式與疾病、預後或治療相關性的應答的表達模式相一致，則患者被診斷為滿足與所述的這些不同的環境相關的狀況(在不具有補充醫學考慮的情況下)。如果所述的表達模式與衍生自正常/對照外來體群體的表達模式相一致，則對於所述的這些狀況，患者被診斷為是陰性的。
在另一個示例性實施方案中，建立生物標誌物表達系列組的方法使用了最佳算法，例如在建立儲備系列組中廣泛使用的平均方差算法。這種方法在美國申請公開no.20030194734中進行了詳細的描述，其中所述文獻以引用方式併入本文。備選地，可以使用美國專利no.7,089,168、7,415,359和美國申請公開no.20080208784、20040243354和20040088116中所述的算法、系統和方法來建模並分析針對效力和毒性的表現型讀數的、測量的dna的改變，以及mrna、蛋白質或新陳代謝物的變化，其中所述的每一份文獻均以引用方式全部併入本文。
未知的生物學特徵系列組的選擇和表徵的示例性工藝概況如下：
1.選擇基線的類別。
2.針對基線類別樣品，計算各種生物標誌物的平均值和標準偏差。
3.計算各生物標誌物的(x*標準偏差+平均值)。該值為基線讀值，所有其他的樣品與該讀值進行比較。x為嚴格條件的，其是可變的，並且較高的x值比較低的x值更嚴格。
4.計算各試驗樣品與步驟3中計算得到的基線讀數的比值。
5.改變比值，使得低於1的比值為陰性的(例如，使用以10為底的對數)。(當前，表達不足的生物標誌物恰好具有mv優化所需的陰性值)。
6.這些改變的比值替代通常在軟體應用中使用的價值回復(assetreturns)而用作輸入值。
7.所述的軟體繪製出有效的邊界，並在沿著有效邊界的任何位點處返回優化的系列組。
8.選擇有效邊界處的所需的返回值或方差。
9.通過加和多個各基因的強度值來計算系列組的值，權重由系列組選擇算法產生。
10.通過加和基線組至多個y的平均生物學特徵系列組值來計算邊界值，基線生物學特徵系列組值的標準偏差。大於該邊界值的值應該被分類為試驗類別。
11.任選地，可重複該過程直到最佳預測。
此外，選擇生物學特徵系列組還可以包括啟發式規則的應用。優選的是，這種規則是根據生物學以及對用於產生臨床結果的技術的理解而規劃的。更優選的是，它們適用於由優化的方法輸出。例如，對於在具有特定疾病的受試者中差異表達的大量生物標誌物而言，生物學特徵系列組的選擇的平均方差方法可以適用於微陣列數據。由所述方法的輸出可以為一套優化的生物標誌物，該標誌物包括在外來體以及疾病組織中表達的那些。如果用於所述的測試方法中的樣品得自外來體並且在疾病或生理學狀態的例子中差異表達的某些生物標誌物在外來體中也是差異表達的，則可以使用啟發式規則，其中生物學特徵系列組選自排除了在外來體中差異表達的那些的有效邊界。當然，可以在形成有效的邊界之前(例如通過在數據預選過程中使用所述的規則)使用所述的規則。
用於分析大規模資料組的線性和非線性特徵子空間、特徵提取和信號反卷積來鑑定外來體衍生的多元分析概況來診斷、預後和治療選擇和/或定義生理學狀態的特徵的其他統計、數學和計算機算法可以使用無監督分析方法的任何組合來實施，包括但不限於：主成分分析(pca)以及線性和非線性獨立成分分析(ica)；盲源分離、非高斯分析、天然梯度最大似然評估；聯合近似對角化；特徵矩陣；gaussian徑向基函數、內核和內核分析多項式連續漂浮向前選擇。
計算機系統
可以針對分子特徵來測定外來體，例如通過確定一種或多種生物標誌物(例如圖1、3-60中所列的那些)的量、存在或缺乏情況。所生成的數據可以用於產生生物學特徵，其可以通過計算機系統儲存並分析，例如圖62所示的那些。此外，測定生物學特徵或者將生物學特徵與一種或多種表現型相關聯還可以通過計算機系統來實施(例如通過使用計算機可執行邏輯)。
計算機系統(例如圖62所示)可以用於傳送數據，並進行以下分析。因此，圖62為示出了代表性實例的邏輯裝置的簡圖，其中通過所述的裝置可以報告或生成得自外來體分析的結果。圖62示出了計算機系統(或數字裝置)800，其用於接收或儲存由外來體分析所產生的數據、分析產生一種或多種生物學特徵的數據、並產生一種或多種生物學特徵的報告。此外，所述的計算機系統還可以進行比較並分析所產生的生物學特徵，並傳送所得的結果。備選地，所述的計算機系統可以接受外來體分析的原始數據(例如通過網絡傳送數據)，並進行分析。
計算機系統800可以理解為能夠讀取媒介811和/或網絡埠805的指令的邏輯設備，其可以可任選地與具有固定媒介812的伺服器809連通。圖62中所示的系統包括cpu801、磁碟驅動器803、可任選的輸入裝置，例如鍵盤815和/或滑鼠816和可任選的監視器807。數據通信可以通過所示的通信媒介來實現，從而到達局部位置或遠距離位置的伺服器809。所述的通信媒介可以包括傳送和/或接收數據的任何手段。例如，通信媒介可以為網絡連接、無線連接或網際網路連接。這種連接可以在全球資訊網上提供通信。可以想像，關於本發明的數據可以在所述的這種網絡或連接上進行傳送，以便被一方用戶822所接收和/或檢驗。接收的一方822可以為但不限於個人、健康護理提供者或者健康護理管理者。在一個實施方案中，計算機可讀媒介包括適用於傳送生物學樣品的分析結果的媒介，例如外來體的生物學特徵。所述的媒介可以包括與受試者的外來體生物學特徵有關的結果，其中所述的結果是使用本文所述的方法衍生得到的。
外來體的體外收穫
此外，用於分析和確定表現型的外來體還可以得自體外收穫。可以對細胞進行培養，由培養物中所關注的細胞釋放的外來體可以是自發得到的，或者可以使受到刺激的，從而將外來體釋放到媒介中。(例如參見zitvogel,etal.1998.nat.med.4:594–600；chaput,etal.2004.j.immunol.172:2137–214631:2892–2900；escudier,etal.2005.j.transl.med.3:10；morse,etal.2005,j.transl.med.3:9；peche,etal.2006.am.j.transplant.6:1541–1550；kim,etal.2005.j.immunol.174:6440–6448，所有這些文獻以引用方式全文併入本文)。可以在細胞系或組織樣品生長至80％融合率之後，在新鮮的dmem中培養72小時。隨後可以刺激外來體的生成(例如參見dressel,etal.2003.cancerres.63:8212-8220所述的黑素瘤細胞的熱激處理，所述文獻以引用方式全文併入本文)。然後，可以收穫上清液，並按照本文所述製備外來體。
在一個實例中，體外產生的外來體可以由所關注的細胞源或細胞系培養得到，外來體可以由細胞培養介質中分離得到並隨後使用磁性標記物、螢光部分、放射性同位素、酶、化學反光探針、金屬粒子、非金屬膠狀粒子、聚合物染料粒子、顏料分子、顏料粒子、電氣化學活性的物質、半導體納米晶體或其他納米粒子(包括在體內作為用於成像分析的標記物而被再次引入的量子點或金粒子)進行標記。備選地，可以通過以下過程來使用體外培養的外來體鑑定新型的生物學特徵，所述的過程為：建立針對具有所關注的特徵的給定細胞源(例如具有已知的egfr突變的肺癌細胞或細胞系的培養物，其中所述的突變賦予了對吉非替尼的抗性或感受性)的培養條件；然後將所述的細胞培養物暴露于吉非替尼中；分離由所述的培養物中產生的外來體；隨後在發現陣列上分析這些外來體以尋找在外來體的外部上表達的新型抗原或結合劑，該抗原或結合劑可以用作生物學特徵以捕獲這種類型的外來體。此外，可以分離在所述的這些外來體中發現的任何其他生物標誌物或生物學特徵，以用於發現可以具有臨床診斷、預後或治療相關的含義的新型特徵(包括但不限於核酸、蛋白質、脂質或它們的組合)。
此外，可以首先分離所關注的細胞，並由所關注的組織進行培養。例如，可以使用無菌設備和塑料器具由患者的頭皮上單獨地拔下處於生長階段(毛髮生長初期)的人類頭髮的毛囊，注意不要損壞毛囊。可以將各樣品轉移到裝有用於組織培養的無菌pbs的petri培養皿中。可以將分離的人類毛髮生長初期的頭髮的毛囊小心地轉移至裝有1mlwilliam’se培養基的24孔平板的各孔中。將毛囊以自由浮動的方式保持在37℃、5％co2和95％空氣的氣氛下的潮溼溫育箱中。每3天更換一次培養基，注意不要損壞毛囊。然後，收集細胞，並由培養基中離心。然後，可以使用之前所述的方法，使用對所述的細胞源特異性的外來體具有特異性的抗原或細胞結合配偶體來分離外來體。然後通過本領域的技術人員所知的方法來分離和表徵生物標誌物和生物學特徵。
此外，在微重力或失重條件下或者在自由下落的環境下培養所關注的細胞。例如，nasa生物反應器技術可以使所述的細胞以更快的速率及更多的數量生長。然後，可以使用之前所述的方法，使用對所述的細胞源特異性的外來體具有特異性的抗原或細胞結合配偶體來分離外來體。
此外，還可以使用旋轉壁式生物反應器或rwversus，其為一類由nasa並針對nasa所發展出的生物反應器，這類生物反應器被設計為在模仿了微重力的靜態環境下生長細胞的懸浮培養物。(例如參見美國專利no.5,026,650；5,153,131；5,153,133；5,437,998；5,665,594；5,702,941；7,351,584,5,523,228,5,104,802,6,117,674；martinetal.,trendsinbiotechnology2004；22；80-86,lietal.,biochemicalengineeringjournal2004；18；97-104,ashammakhietal.,journalnanosciencenanotechnology2006；9-10:2693-2711,zhangetal.,internationaljournalofmedicine2007；4:623-638,cowger,nl,etal.,biotechnol.bioeng64:14-26,1999,spaulding,gf,etal.,j.cell.biochem.51:249-251,1993,goodwin,tj,etal.,proc.soc.exp.biol.med.202:181-192,1993；freed,leetal.,invitrocell.dev.biol.33:381-385,1997,clejan,s.etal,biotechnol.bioeng.50:587-597,1996).khaoustov,vi,etal.,invitrocell.dev.biol.35:501-509.1999，所述的每一份文獻均以引用方式全文併入本文)。
備選地，可以按照在美國專利no.6,911,201以及美國申請公開no.20050181504,20050180958,20050176143和20050176137中常規描述的方法，在固定相活塞流生物反應器中培養已經分離的所關注的細胞或細胞源特異性的外來體，其中所述的每一份文獻均以引用方式全文併入本文。備選地，還可以按照在美國專利no.5,486,359中常規描述的方法來分離和培養所關注的細胞或細胞源特異性的外來體。
如美國專利no.5,486,359中常規描述的那樣，一個實施方案可以包括多個步驟：提供包含所關注的細胞或細胞源特異性的外來體的組織樣本；將組織樣本中的細胞或外來體加入到培養基中，當進行培養時，所述的培養基僅使得所關注的細胞或細胞源特異性的外來體選擇性地粘附在基底表面上；培養樣本-培養基的混合物；並除去由基底表面上除去未粘附的物質，所述的文獻以引用的方式全文併入本文。
作為成像工具的外來體
在其他實施方案中，外來體可以用作成像工具。當經標記的循環腫瘤細胞(ctc)流動通過外周脈管系統時，想像它們在體內是非入侵性的(he,wetal.(2007)pnas104(28)11760-11765)。所述的方法可以涉及(即)注射腫瘤特異性的螢光配基，然後通過對淺表血管進行多光子螢光成像來定量流動的ctc。在患有轉移性腫瘤的小鼠中的研究證明在通過其他手段檢測到轉移性疾病之前的幾個星期就可以定量ctc。相似的方法也同樣用於並適用於循環細胞源特異性的外來體。在腫瘤切除後給予化學療法的決策通常取決於腫瘤醫生對微小轉移性疾病存在的評估。雖然x射線電子計算機斷層攝影術、mri、組織/前哨淋巴結活檢術或血清癌症標誌物分子均可以檢測一定水平的殘留疾病，但是循環腫瘤衍生的外來體的存在可以以最高的敏感性與癌症的進程和轉移有關。當所述的外來體流動通過外周脈管系統時對該外來體進行實時非入侵性成像可以通過能夠分析相當大量的血液(可能為患者的全血量)而改善檢測敏感性。由體液分離得到的、經純化、標記然後被再次引入到所述系統中的外來體可以用於鑑定通過傳統方法尚未可見的早期腫瘤(例如早期乳腺腫瘤或早期卵巢腫瘤細胞)。此外，經標記的外來體可以用作用於鑑定具有轉移可能性的腫瘤的信號。
在一個實施方案中，可以通過肽/抗原的靶向來在體內或體外標記外來體，從而標記所述的外來體，然後被再次引入到循環系統中以達到診斷成像的目的。合適的標記物可以包括可以通過活體流式細胞計數儀,x射線照相術,nmr,pet/spect或mri檢測的那些。例如，對於x射線照相技術而言，合適的標記物包括可以放射可檢測的射線、但不會明顯損害患者的任何放射性同位素，例如鋇或銫。適用於nmr或mri的標記物通常包括具有可檢測的特徵性旋轉的那些，例如氘。合適的成像系統可以用於檢測循環系統中的經標記的外來體。
可以通過動脈或靜脈注射給予經標記的外來體，並且可以配製為無菌無熱原的腸胃外可接受的水性溶液。這種腸胃外可接受的溶液(適當考慮了ph、等滲性、穩定性等)的製備在本領域的技術範圍內。用於靜脈注射的優選的配製物除了包含經標記的外來體以外，還包括等張媒介物，例如氯化鈉注射液、ringer注射液、葡萄糖注射液、葡萄糖及氯化鈉注射液、乳酸ringer注射液或其他媒介物。標記外來體的有效量可以為使用臨床上可用的設備足以產生可接受的圖像的量。標記外來體的有效量可以以多於一次的注射而給予。標記外來體的有效量可以根據多種因素變化，所述的因素例如為個體的感受度，個體年齡、性別和體重，個體的特殊應答，以及劑量測定方法。此外，標記外來體的有效量還可以根據裝置和薄膜相關因素而變化。
在另一個實施方案中，活體流式細胞計數儀可以在標記的外來體流動通過外周脈管系統時用於以非入侵的方式計數體內標記的外來體。所述的方法可以包括(即)注射腫瘤特異性的螢光配基，然後通過對淺表血管進行多光子螢光成像來定量流動的外來體。在患有轉移性腫瘤的小鼠中的研究證明在通過其他手段檢測到轉移性疾病之前的幾個星期就可以定量ctc。用於檢測外來體的活體流式細胞計數儀避免了樣品的限制，並通過能夠分析大量的患者的血液量(≈5升)而使得稀少事件的定量具有統計學意義。
很多人類的癌症都過表達了維生素葉酸的受體(卵巢癌和子宮內膜癌>90％，腎癌>86％，非小細胞肺癌>78％等)。備選地，正常組織或者缺少可測量的葉酸受體(fr)，或者在腸胃外給藥的藥劑不可接近的位點處表達fr。由於可以通過注射與fr以納摩爾親和性相結合的放射性或螢光葉酸綴合物來選擇性地標記表達fr的癌症團塊，所以對於單一的外來體而言，可以結合足量的葉酸綴合物，從而使得當它們通過患者的外周脈管系統時能夠進行體內檢測。為了增大信號與背景的比例，可以使用能夠快速清除循環系統(如果未被外來體捕獲)的腫瘤特異性探針。就這一目的而言，由於發現腫瘤特異性抗體會促進吞噬細胞清除這些細胞所結合外來體，從而導致顯著地低估外來體的數量，所以可以使用葉酸-染料綴合物(例如葉酸-alexafluor488綴合物)。為了進一步確保使用葉酸-alexafluor488標記的細胞確實是惡性的，可以使用單克隆抗人抗體(例如就卵巢癌而言為ca125)加上與玫瑰精-x綴合的合適的二級抗體。
在另一個實施方案中，可以通過以靜脈內的方式引入特異性地靶向外來體以用於下遊成像應用(與上文所述的那些相似)的標記試劑，來在體內標記所述的外來體。
補償密碼
在一個實施方案中，在疾病、疾病階段、進程或治療的鑑定中，將外來體用作診斷、治療相關性或預後的標誌物可以指定為特定的美國醫療保險補充密碼。在一個實施方案中，利用細胞源特異性的外來體的分離和使用。所述的補償密碼可以為在處方藥物程序職業製藥服務(prescriptiondrugprogramsprofessionalpharmacyservices)的國家理事會下發展形成的密碼(ncpdp/pps密碼)。例如，補償密碼可以為保險公司所使用或識別的診斷密碼。根據第三方的補償需要，所述的診斷密碼是可指定的。備選地，根據分析醫學資源的用途的需要，所述的診斷密碼是可指定的。一套診斷密碼可以符合和/或與(例如)icd(internationalclassificationofdiseases)codes,9th版,clinicalmodification,(icd-9-cm),卷1,2和3；icd-10,其被保持並分配在u.s.healthandhumanservicesdepartment中；hcpcs(healthcarefinancingadministrationcommonprocedurecodingsystem)；ndc(nationaldrugcodes)；cpt-4(currentproceduralterminology)；第四版cdpn(codeondentalproceduresandnomenclature)；snomed-rt"systematicizednomenclatureofmedicine,referenceterminology"，collegeofamericanpathologists；umls(unifiedmedicallanguagesystem),bythenationallibraryofmedicine；loinclogicalobservationidentifiers,names,andcodes；regenstriefinstituteandthelogicalobservationidentifiersnamesandcodescommittee；臨床術語還稱為"readcodes"；dindrugidentificationnumbers；reimbursementclassificationsincludingdrgs(diagnosisrelatedgroups)；cdtcurrentdentalterminology；nic(nursinginterventioncodes)；或commercialvocabularyservices(例如healthlanguagebyhealthlanguageinc.)相容，這些文獻的每一份均以引用方式全文併入本文。
在一個實施方案中，本文所述的外來體的各種分離方法可以指定為特定的補償密碼。例如，本文所述的細胞源特異性外來體的各種分離方法可以指定為特定的補償密碼。在另一個實施方案中，由外來體的分析所得到的特異性生物學特徵可以指定為特定的補償密碼。在另一個實施方案中，由細胞源特異性的外來體的分析所得到的特異性生物學特徵可以指定為特定的補償密碼。備選地，用於檢測生物學樣品中外來體的特定生物學特徵的試劑盒可以指定為特定的補償密碼。備選地，用於檢測生物學樣品中特異性細胞源外來體的特定生物學特徵的試劑盒可以指定為特定的補償密碼。
雖然本文已經顯示並描述本發明的優選實施方案，但是對於本領域的技術人員顯而易見的是這些實施方案僅以實例的方式提供。目前，在不脫離本發明的情況下，本領域的技術人員可以進行多種變化、改變和替代。應該理解的是在實施本發明的過程中，可以使用本文所述的本發明的實施方案的多種候選方案。應該想到的是，以下權利要求書定義了本發明的範圍，並由此涵蓋了在所述的權利要求書範圍內的方法和結構、以及它們的等價物。
實施例
實施例1：得自前列腺癌細胞系的外來體的純化
在包含20％fbs(胎牛血清)和1％p/s/g的培養基中，將前列腺癌細胞系培養3-4天。然後在4℃下，將所述的細胞在400xg下預離心10分鐘。保留上清液，並在4℃下在2000xg下離心20分鐘。可以使用milliporecentriconplus-70(編號#ufc710008fisher)離心包含外來體的上清液。
在室溫下，在1000xg下，將離心超濾管用30ml的pbs預洗滌3分鐘。然後，將15-70ml的預離心細胞培養物上清液倒入到濃縮杯(concentratecup)中，並在室溫下在1000xg下在swingbucketadapter(fisher編號#75-008-144)中離心30分鐘。
將通過收集杯(collectioncup)中的流體倒出。使用任何其他的上清液，將濃縮杯中的體積調至60ml。在室溫下在1000xg下，將濃縮杯離心30分鐘，直到所有的細胞上清液被濃縮。
通過加入70mlpbs洗滌濃縮杯，並在1000xg下離心30-60分鐘，直到剩餘大約2ml。通過將濃縮物倒置於小的樣品杯中來除去過濾器上的外來體，並在4℃下離心1分鐘。使用pbs將體積調至25ml。現在，濃縮外來體並將其加入到30％蔗糖墊上。
為了製作墊，將4mltris/30％蔗糖/d2o溶液(30g無蛋白酶的蔗糖、2.4gtris鹼、50mld2o，滴加10nncl將ph調節至7.4，使用d2o將體積調節至100ml，通過0.22um過濾器進行滅菌)加入到30mlv底薄壁超離心管的底部。在上述蔗糖墊上方，溫和地加入稀釋的25ml濃縮外來體而未攪亂界面，並在4℃下在100000xg下離心75分鐘。使用10ml吸管小心地除去蔗糖墊上方的～25ml濃縮外來體，並用細尖轉移管(samco233)收集～3.5ml的外來體，然後轉移至新的超離心管中，其中加有30mlpbs。在4℃下在100000xg下將所述的管離心70分鐘。小心地倒出上清液。將團塊再次懸浮於200ulpbs中，並可以儲存在4℃下或者用於測定。bca測定(1:2)可以用於確定蛋白質的含量，western印記和電子顯微鏡可以用於確定外來體的純化情況。
實施例2：得自vcap和22rv1的外來體的純化
通過首先用等體積的pbs(1ml)稀釋血漿，再通過超離心收集得自前列腺(vcap)和22rv1(其為人類前列腺癌細胞系，衍生自人類前列腺癌異種移植物(cwr22r))的椎體癌症的外來體。將稀釋的流體轉移至15mlfalcon離心管中，並在4℃下在2000xg下離心30分鐘。將上清液(～2ml)轉移至超離心管5.0mlpa薄壁管(sorvall#03127)中，並在4℃下在12000xg下離心45分鐘。
將上清液(～2ml)轉移至新的5.0ml超離心管中，並加入2.5mlpbs而填加至最大體積，然後在4℃下在110000xg下離心90分鐘。倒出上清液而未攪亂團塊，再將團塊再次懸浮於1mlpbs中。加入4.5mlpbs而將所述的管填加至最大的體積，並在4℃下在110000xg下離心70分鐘。
倒出上清液而未攪亂團塊，另外加入1mlpbs以洗滌所述的團塊。加入4.5mlpbs而將體積增大至最大體積，並在4℃下在110000xg下離心70分鐘。使用p-1000移液管除去上清液，直到管底為～100μl的pbs。使用p-200移液管除去～90μl剩餘物，並將使用～10μlpbs收集的團塊通過使用p-20移液管溫和地吸取到微離心管中。通過加入5μl新的pbs而由乾燥管的底部洗滌殘留的團塊，並收集到微離心管中，然後懸浮於磷酸鹽緩衝鹽水(pbs)中直到濃度為500μg/ml。
實施例3：血漿的收集和外來體的純化
通過標準的穿刺將血液收集到7mlk2-edta管中。在4℃的離心機(sorvalllegendrt+離心機)中，在400g下將樣品離心10分鐘，從而由血細胞中分離出血漿。通過小心地吸取，將上清液(血漿)轉移至15mlfalcon離心管中。在2000g下將血漿離心20分鐘，並收集上清液。
就存儲而言，將大約1ml的血漿(上清液)等分到冷凍管中，放置於乾冰中以使它們凍結，在儲存在-80℃下。在純化外來體之前，如果樣品被儲存在-80℃下，則在冷水浴中緩和5分鐘。通過手工操作將樣品顛倒混合，從而使未溶解的材料消失。
在第一次預離心中，使用等體積的pbs(例如，使用2mlpbs稀釋大約2ml的血漿)稀釋血漿。將稀釋液轉移至15mlfalcon管中，並在4℃下在2000xg下離心30分鐘。
對於第二次離心而言，將上清液(大約4ml)小心地轉移至50mlfalcon管中，並在sorval離心機中在4℃下，在12000xg下離心45分鐘。
在分離步驟中，使用p1000移液管將上清液(大約2ml)小心地轉移至5.0ml超離心pa薄壁管(sorvall#03127)中，並加入0.5mlpbs填加至最大的體積。在4℃下，在110000xg下將離心管離心90分鐘。
在第一次洗滌中，倒出上清液而未攪亂團塊。將該團塊再次懸浮或者用1mlpbs洗滌，並加入4.5mlpbs將離心管填加至最大的體積。在4℃下在110000下將離心管離心70分鐘。通過重複相同的步驟進行第二次洗滌。
通過使用p-1000移液管除去上清液直到管底為大約100μlpbs來收集外來體。除去大約90μlbps，並用p-200移液管廢棄。通過使用p-20移液管溫和地吸取來收集團塊和剩餘的pbs。加入5μl新的pbs來由乾燥管的底部洗滌殘留的團塊，並收集到微離心管中。
實施例4：使用抗體偶聯的微球和直接綴合的抗體來分析外來體
本實施例舉例說明與抗體偶聯的粒子的使用，其中所述的抗體捕獲了外來體(例如參見圖64a)。抗體(檢測劑抗體)與標記物直接偶聯，並用於檢測捕獲外來體上的生物標誌物。
首先，選擇一套抗體偶聯的微球(luminex,austin,tx)。所述的這套微球可以包括多種抗體，並因此可以進行多重分析。通過渦流和超聲處理大約20秒使微球再次懸浮。通過在startblock(pierce(37538))中將偶聯的微球原液稀釋至最終濃度為每套100個微球/μl來製備工作微球混合物。(註：每個孔中需要50μl工作微球混合物)。pbs-1％bsa或pbs-bn(pbs,1％bsa,0.05％疊氮化物,ph7.4)可以用作測定緩衝劑。
將1.2μm微孔濾板用100μl/孔的pbs-1％bsa(sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))預潤溼，並通過真空岐管吸取。將50μl等分的工作微球混合物分配於濾板(milliporemultiscreenhts(msbvn1250))的合適的孔中。將50μl等分的標準品或樣品分配到合適的孔中。覆蓋濾板，並在室溫下在濾板混合器上溫育60分鐘。用密封劑覆蓋所述的濾板，放置在迴旋混合器上，並設定在900下持續15-30秒，從而使珠再次懸浮。之後，將速度設定在550下並持續溫育的時間。
通過真空岐管對上清液進行吸取(在所有的吸取步驟中都低於5英寸hg)。將各孔用100μl的pbs-1％bsa(sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))洗滌2次，並通過真空岐管吸取。將微球再次懸浮於50μl的pbs-1％bsa(sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))中。將pe綴合的檢測抗體在pbs-1％bsa(sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))中稀釋至4μg/ml(或適當的濃度)。(註：各反應需要50μl稀釋的檢測抗體)。將50μl等分的經稀釋的檢測抗體加入到各孔中。覆蓋濾板，並在濾板混合器上在室溫下溫育60分鐘。用密封劑覆蓋所述的濾板，放置在迴旋混合器上，並設定在900下持續15-30秒，從而使珠再次懸浮。之後，將速度設定在550下並持續溫育的時間。通過真空岐管對上清液進行吸取。將各孔用100μl的pbs-1％bsa(sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))洗滌2次，並通過真空岐管吸取。將微球再次懸浮於100μl的pbs-1％bsa(sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))中。根據所述系統的操作指南在luminex分析儀上分析所述的微球。
實施例5：使用抗體偶聯的微球和生物素化的抗體來分析外來體
本實施例舉例說明與抗體偶聯的粒子的使用，其中所述的抗體捕獲了外來體。抗體(檢測劑抗體)為生物素標記的。與鏈黴親和素偶聯的標記物用於檢測所述的生物標誌物。
首選，選擇一組合適的抗體偶聯的微球(luminex,austin,tx)。通過渦流和超聲處理大約20秒使微球再次懸浮。通過在startblock(pierce(37538))中將偶聯的微球原液稀釋至最終濃度為每套50個微球/μl來製備工作微球混合物。(註：每個孔中需要50μl工作微球混合物)。startblock中的珠應該封閉30分鐘但不超過1小時。
將1.2μm微孔濾板用100μl/孔的pbs-1％bsa+疊氮化物(pbs-bn)((sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))預潤溼，並通過真空岐管吸取。將50μl等分的工作微球混合物分配於濾板(milliporemultiscreenhts(msbvn1250))的合適的孔中。將50μl等分的標準品或樣品分配到合適的孔中。覆蓋濾板，並在室溫下在濾板混合器上溫育60分鐘。將覆蓋的濾板放置在迴旋混合器上，並設定在900下持續15-30秒，從而使珠再次懸浮。之後，將速度設定在550下並持續溫育的時間。
通過真空岐管對上清液進行吸取(在所有的吸取步驟中都低於5英寸hg)。可以使用pall真空岐管完成吸取。當將濾板放置在岐管上時，將閥門放置在充滿的位置處。為了緩慢地吸取，將閥門開放，從而吸取所述孔中的流體，為了將100μl的樣品和珠完全由孔中吸出，需要大約3秒。一旦所有的樣品被排光，便擠壓岐管上的清洗按鈕，從而釋放濾板中的殘餘真空壓力。
將各孔用100μl的pbs-1％bsa+疊氮化物(pbs-bn)(sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))洗滌2次，並通過真空岐管吸取。將微球再次懸浮於50μl的pbs-1％bsa+疊氮化物(pbs-bn)((sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))中。
將生物素化的檢測抗體在pbs-1％bsa+疊氮化物(pbs-bn)((sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))中稀釋至4μg/ml。(註：各反應需要50μl稀釋的檢測抗體)。將50μl等分的經稀釋的檢測抗體加入到各孔中。
覆蓋濾板，並在室溫下在濾板混合器上溫育60分鐘。將濾板放置在迴旋混合器上，並設定在900下持續15-30秒，從而使珠再次懸浮。之後，將速度設定在550下並持續溫育的時間。
通過真空岐管對上清液進行吸取。可以使用pall真空岐管完成吸取。當將濾板放置在岐管上時，在充滿的位置中放置閥門。為了緩慢地吸取，將閥門開放，從而吸取所述孔中的流體，為了將100μl的樣品和珠完全由孔中吸出，需要大約3秒。一旦所有的樣品被排光，便擠壓岐管上的清洗按鈕，從而釋放濾板中的殘餘真空壓力。
將各孔用100μl的pbs-1％bsa+疊氮化物(pbs-bn)((sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))洗滌2次，並通過真空岐管吸取。將微球再次懸浮於50μl的pbs-1％bsa(sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))中。
將鏈黴親和素-r-藻紅蛋白受體(分子探針1mg/ml)在pbs-1％bsa+疊氮化物(pbs-bn)中稀釋至4μg/ml。(註：各反應需要50μl稀釋的鏈黴親和素-r-藻紅蛋白)。將50μl等分的經稀釋的鏈黴親和素-r-藻紅蛋白加入到各孔中。
用密封劑覆蓋濾板，並在室溫下在濾板混合器上溫育60分鐘。將濾板放置在迴旋混合器上，並設定在900下持續15-30秒，從而使珠再次懸浮。之後，將速度設定在550下並持續溫育的時間。
通過真空岐管對上清液進行吸取。可以使用pall真空岐管完成吸取。當將濾板放置在岐管上時，在充滿的位置中放置閥門。為了緩慢地吸取，將閥門開放，從而吸取所述孔中的流體，為了將100μl的樣品和珠完全由孔中吸出，需要大約3秒。一旦所有的樣品被排光，便擠壓岐管上的清洗按鈕，從而釋放濾板中的殘餘真空壓力。
將各孔用100μl的pbs-1％bsa+疊氮化物(pbs-bn)((sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))洗滌2次，並通過真空岐管吸取。將微球再次懸浮於100μl的pbs-1％bsa+疊氮化物(pbs-bn)((sigma(p3688-10pak+0.05％疊氮化鈉(s8032)))中，並根據所述系統的操作指南在luminex分析儀上進行分析。
實施例6：使用多重分析方法來確定前列腺癌的生物學特徵
按照實施例4和5所述，將使用實施例1-3中所述的方法得到的外來體樣品用於多重測定。所用的檢測抗體為cd63,cd9,cd81,b7h3和epcam。所用的捕獲抗體為cd9,psca,tnfr,cd632x,b7h3,mfg-e8,epcam2x,cd63,rab,cd81,setap,pcsa,psma,5t4,rabigg(對照)和igg(對照)，從而得到100種待篩選的組合(圖64b)。
篩選10名前列腺癌患者和12名正常對照患者。結果示於圖68和圖70a中。圖70b示出了使用pcsa捕獲抗體(fig.70b,左側的圖)或epcam捕獲抗體(fig.70b,右側的圖)的結果，以及使用一種或多種檢測劑抗體的檢測。不同組合的敏感性和特異性示於圖73中。
實施例7：使用多重分析法確定結腸癌的生物學特徵
按照實施例4和5所述，將使用實施例3中所述的方法得到的外來體樣品用於多重測定。所用的檢測抗體為cd63,cd9,cd81,b7h3和epcam。所用的捕獲抗體為cd9,psca,tnfr,cd632x,b7h3,mfg-e8,epcam2x,cd63,rab,cd81,setap,pcsa,psma,5t4,rabigg(對照)和igg(對照)，從而得到100種待篩選的組合。
所得結果示於圖69、71和72中。不同組合物的敏感性示於圖74中。
實施例9：使用磁珠捕獲外來體
使用按照實施例2所述的方法分離的外來體。將大約40ul的外來體與大約5ug(～50μl)epcam抗體塗敷的dynal珠(invitrogen,carlsbad,ca)和50μl起始材料塊(block)一起溫育。在45℃下，將外來體和珠在搖動溫育器中在搖動條件下溫育2小時。將裝有dynal珠的管在磁力分離器上放置1分鐘，並除去上清液。將所述的珠洗滌2次，並且每次都除去上清液。將所述的珠洗滌2次，並且每次都廢棄上清液。
實施例10：外來體中tmprss2:erg的檢測
使用qiagenmirneasytm試劑盒(編號no.217061)，根據製造商提供的說明書分離得自實施例9的珠結合外來體的rna。
將所述的外來體在qiazoltm裂解試劑(編號no.79306)中均化。在加入氯仿之後，通過離心，均勻的混合物分離成水相和有機相。rna分隔在上層水相中，dna分隔在中間相中，而蛋白質分隔在下層、有機相或中間相中。對上層水相進行萃取，並加入乙醇從而提供合適的結合條件以用於來自正向18核苷酸(nt)的所有rna分子。然後，將樣品施加到rneasytmmini離心柱上，其中全部的rna都與所述的膜結合，並有效地洗脫苯酚和其他汙染物。然後，在不含rnase的水中稀釋高質量的rna。
使用taqmantmprss:erg融合轉錄物測定法(kirstend.mertzetal.neoplasia.2007march；9(3):200–206.)來測量vcap珠捕獲的外來體的rna。使用taqmanspink1轉錄物測定法(scotta.tomlinsetal.cancercell2008june13(6):519-528)來測量22rv1珠捕獲的外來體的rna。此外，針對兩套外來體rna來測量gapdh轉錄物(對照轉錄物)。
較高的ct值表示轉錄物的表達較低。循環閾值(ct)的1個變化相當於2個倍數變化，3ct差異相當於4個倍數變化等等，其可以通過下式計算：2^ct1-ct2。本試驗顯示出融合轉錄物tmprss:erg表達ct中的差異以及使用igg2陰性對照珠捕獲的當量(圖75)。22rv1外來體中spink1轉錄物的相同比較示出，ct差異6.14相當於倍數變化70.5(圖75c)。
實施例11：外來體中微小rna概況
按照實施例1和2所述，通過超離心由22rv1,lncap,vcap和正常血漿(由16名提供者收集得到)收集外來體。使用exiqonmir分離試劑盒(編碼no.300110,300111)來提取rna。按照bca測定方法確定的那樣，使用等量的外來體(30μg)。
將用於微小rna的逆轉錄反應物處於等體積(5μl)下。將逆轉錄酶反應物在81μl的不含核酸酶的水中稀釋，然後向各單獨的mir測定中加入9μl所述的溶液。發現，mir-629隻在pca(前列腺癌)外來體中表達，並且事實上在正常的血漿外來體中是不可檢測的。發現，mir-9在所有的pca細胞系中都是高度過表達的(通過拷貝數測量，超出正常情況～704倍)，而在正常的血漿外來體中具有極低的表達。前10名差異表達的mirna示於圖76中。
實施例12：磁性epcam捕獲的外來體的微小rna概況
將實施例9的珠結合外來體放置於qiazoltm裂解試劑(編號#79306)中。加入等分的125fmol秀麗隱杆線蟲(c.elegans)mir-39。使用qiagenmirneasytm試劑盒(編號#217061)，根據製造商提供的說明書來分離得自外來體的rna，並在30ul不含rnase的水中稀釋。
使用veriti96孔熱循環儀，將10μl純化的rna放置到用於mir-9,mir-141和mir-629的預擴增反應器中。使用1:5稀釋的預擴增溶液來建立用於mir9(abi4373285),mir-141(abi4373137)和mir-629(abi4380969)以及c.elegansmir-39(abi4373455)的qrt-pcr反應。將各樣品的結果歸一化為c.elegans的結果。
實施例13：cd9-捕獲的外來體的微小rna
按照實施例12所述，使用cd9塗敷的dynal珠(invitrogen,carlsbad,ca)，而並非使用epcam塗敷的珠。將得自前列腺癌患者的外來體,lncap或正常的純化的外來體與cd9塗敷的珠一起溫育，並按照實施例12所述分離rna。通過qrt-pcr檢測mir-21和mir-141的表達，結果示於圖77和78中。
實施例14：前列腺癌的參照值
對14名3期前列腺癌受試者、11名良性前列腺肥大(bph)樣品以及15名正常的樣品進行測試。使用實施例3中所述的方法得到外來體樣品，並用於多重測試，例如實施例4和5中所述。對樣品進行測試以確定4個標準：1)樣品是否過表達外來體；2)樣品是否過表達前列腺外來體；3)樣品是否過表達癌症外來體；以及4)樣品是否可靠。如果樣品滿足所有的4個標準，則根據以下所述(癌症-1、癌症-2和癌症-3，圖79)的樣品所存在的不同生物學特徵，作為陽性前列腺癌的樣品的分類具有不同的敏感性和特異性。4個標準如下：
外來體的過表達
在三次測定中得到的樣品的平均螢光強度(mfi)取平均值，以確定所述樣品的值。各次測定使用了不同的捕獲抗體。第一次測定使用了cd9捕獲抗體，第二次測定使用了cd81捕獲抗體，而第三次測定使用cd63抗體。檢測抗體(針對cd9,cd81和cd63的抗體)的相同的組合用於各次測定中。如果三次測定所得的平均值大於3000，則樣品被歸類為具有過表達的外來體(圖79，外來體)。
前列腺外來體的表達
對兩次測定樣品的mfi取平均值，以確定所述樣品的值。各次測定都使用了不同的捕獲抗體。第一次使用了pcsa捕獲抗體，而第二次使用了psma捕獲抗體。檢測抗體(針對cd9,cd81和cd63的抗體)的相同的組合用於各次測定中。如果兩次次測定所得的平均值大於100，則樣品被歸類為具有過表達的前列腺外來體(圖79，外來體)。
癌症外來體的表達
使用3種不同的癌症生物學特徵來確定樣品中的癌症外來體是否過表達。第一次(癌症-1)使用了epcam捕獲抗體，並檢測針對cd81,cd9和cd63的抗體。第二次(癌症-2)使用了cd9捕獲抗體以及針對epcam和b7h3的檢測抗體。如果三個癌症生物學特徵的任何兩個樣品的mfi值高於參照值，則樣品被歸類為具有過表達的癌症(圖79，癌症-1、癌症-2和癌症-3)。
樣品的可靠性
針對各樣品，確定兩個定性對照測量，qc-1和qc-2。如果所述的樣品滿足其中之一，則該樣品被歸類為是可靠的。
對於qc-1而言，確定7次測定的所有mfi的總和。7次測定的每一次都使用了針對cd59和psma的檢測抗體。用於各次測定的捕獲抗體為cd63,cd81,pcsa,psma,steap,b7h3和epcam。如果總和大於4000，則該樣品是不可靠的並且不被包含在內。
對於qc-2而言，確定5次測定的所有mfi的總和。5次測定的每一次都使用了針對cd9,cd81和cd63的檢測抗體。用於各次測定的捕獲抗體為pcsa,psma,steap,b7h3和epcam。如果總和大於8000，則該樣品是不可靠的並且不被包含在內。
在樣品滿足本文所述的標準之後，患有bph的樣品和未患有bph的樣品的敏感性和特異性示於圖79中。
此外，應該理解的是，之前的描述為本發明的示例性實施方案，並且本發明不限於本文所示的或所描述的特定形式。在本文所公開的元件的設計、排布和類型，以及使用本發明的步驟在不脫離如所述的權利要求書中表達的本文所述的範圍的條件下可以進行各種修改。