核苷酸序列陣列和使用該陣列的方法

2023-11-06 07:33:37

專利名稱：：核苷酸序列陣列和使用該陣列的方法核苷^f列陣列和^^)該軒'J的方法發明領域本發明^Hf了一種用於在te物樣品中'fel和同時鑑定某些基因存在的核苷斷列陣列，所ii^因編碼生物衝脈中itf勁目關活性的蛋白，和4捐該陣列鑑^ji錄因的方法。*#^來說，鑑定的是編碼涉;Ll物膜形成、C02固定、能量代謝、趨化'1±^#動性、4AIU匕、氮代謝、硫同^^^^^^的氣化/ii^的蛋白的基因。當需要"Whto物群落的質量時，這種核苷斷列的陣列是一種有效的生物4i^x具。發明背景信息物系統(例如復^t^物群落)、活的生物(m物:動物或者植物)或者它們的衍生物(代謝產物，蛋白，核酸)的^WM^應用。^發明中，我們專注於^^1微生物的生物技術，特別M物iM戶^t生物生物除汙。iM廣情況下存在於礦石中或者生物除汙情況下存在^汙染的i^U者水中的群落的增殖)的許多微生物生物才iMut程。^!些情況下具有能^h存在群落的代麟點性的工*#非常有用，例如，可判斷利用存在的群落是否能實賊們感^的it^呈，或者我們是否應該M^i當的菌株。直到#，最常用的^H^te物群落的方法是通過^t才i^方法，例M棒眺養、熒^f、位雜交(FISH)，與特異標沐例:H^測探針條，聚^im(PCR)以狄綠DNA陣列鑑定存在的糾。在Jii^it^中，所有涉及^"生物學的a^，即FISH、檢觀J^針、PCR以^^LDNA陣列都基於未知樣品的DM與已知序列的雜交，所述已知序列對需JN^測或者鑑定的微生物而言具有特斧1^，例如某個種或者屬的微生物，當前方法的問4I^於這些M物群落中可肯t^在許多類型的不同微生物，因此需要進4t^多測試耒確定它們的^，然後將這些獲得的數據與每個巳鑑定的分類群的'fctt關WM^，^!定^i。中是否存4^^的功能.如^在先前沒有描iiit的M物，即^t該M物的^U^活'li^e^的，JLxtii^呈也是很重要，這種關聯也不船皮實現.因此需^t用於直接W^控制微生物群^^*#性，而不^於鑑定其由什麼^tl物^^的方法.本發明的方^Utlt立用於在^t物樣品中^8'J和鑑定編碼基因的核苷酸序列軒'J^M^該陣列的方法解決了這個狄問題，所絲因編碼在生物絲中相關活性的蛋白.時，我們直接專注於生物it^的;^t:3^f實5(Lil些:^的代謝功能.例如，每M^^IUt程中尋找鉤端螺菌屬(Zepfo砂/i^/咖朋p.)的存在實質Ji^正尋找的是^MMt，與一些生物ii^B關的"^N^WfP^p此.我們設計的新方法財生物^M^的IMt者的需^ft出蹈回應辦落li^^嗎？它|^<嗎？它固定ca嗎？它固定氮嗎？^:W^的方法回^S同的問題，IMt者首^^了)5f^在哪""^t，然後M者d^必須員信息與這些稱衝中的^t的棒liii行關耽^4^t情況下，我40i殳計用於萘定ife^基因的DNA片段，所錄因^W有生^L術中相關活性的蛋白，所述片W^個重M件所述片段的特異性必須t^一對應^因，另一方面，已^^可能尋找了對各Jfe^因特異和直向同源(orthologically)的保守區域.ill^於以下思想^fs^H'〗ei^抓亭的基因，^Wl!l那些雖然^Mt描述但卻與^te^因同源的基因.這種絲的結果對應於特定區域內特^^類群中某種基因或者功食^t異的片艮利用這^i殳計的鵬A片段，我們開發出能夠鑑定齡物#^中這些基因存在的DNA片W^〗，所i^因I^R^"生物^^中相關活性的蛋白.卵A辭，j的明確^5Ui由Schena和其同事提出的"允許同時彿複雜DNA樣品的^U9l^系絲酸排列"(SchenaSt，Heller,TheriauU，P.，K加rad，！，Uche鵬ier,E.andDavis,U.TrendsBiotechnol.16，301-306，1998).根提印記的DNA瓶泉的直徑，存在兩種類型的陣列，宏陣列(300IMU^更大)，和WW(小於100微米).前者可以在實驗室手工製備，無需藉助特i^3L就可以看到瓶泉.後者需要自動化印記系統(通常是機器人印刷平臺)以及專業化的採集和圖^uts^.^ML明中，DNA片l^ij^印ie^平;fl^面，例:fcP""層玻璃、自^yy^h的有序的系列瓶泉，其中^h瓶氛^大量拷貝的DNA片段，所述DNA片狄e^p的，^4^4W生物錄中感魏的某種基因.^DNA片段PM，J的檢測方法包括陣列的"極條、"組與來自#^J#^的標記DM提取物的同時雜交.通常，使被;^&^在指定情況下斷裂的#&DNA經歷變性階段，在該階段中，利用例如加熱的方式^l鏈DNA分離.當';sjL^H氐時，因為物理^tt:學特性，DNA傾向於和與其^t確互補的序列雜交.當該DNA接觸辭ij時，如^#&咖A和私氛所輛DM片段之間存在重合，#&的械DNA拷貝最;TT能絲與該徵泉的特異絲.這源於P^瓶泉中^^更高的互補DNA拷貝釓在雜交醉ij的圖像採集和處理階段，這種^^允i嫩，W^，J^A中存在的觸物.可以利用賄e^的櫥e^t^i^行DNA樹，其中最常見的;Obt^絲PMI]和它們的^是已知的，我們^#^中發現了檢測#^中#^物存在的陣列實例，但它們沒有專注於基因的檢測，其中所述基因編碼生物M中的相關活性蛋白*5^^N^f"的帝洛DNA片WMi的^，以及提供這種!^'J帝j4^務的實鼓.因此，附'J特異ti^有效'liX絲於基因的4^所用DM片段的設計，因為命洛中支飾、DNA片lfe^合支持物的方法、支躲Ji^吝、的空間分布等^NP^變化，而i^^於^PM製備的公司^"實驗室本身所M的方案(Ye等人，JournalofMicrobiologicalMethods47(2001)257-272).發明簡述^明^i^f"了^t用於4^物^&中^bfe^同時筌U些基因存在的核，序列陣列^Ht用該陣列鑑^Nl&因的方法，所迷基因^W生物M中相關活性的蛋白.我《W殳計了長100絲iliV'氣^a^的加A片段，使鑑狄因的存在^可能，所錄因糾涉狄物膜形成、Ca固定、能量代謝、趨"ft"fci^動性、Wffc、氮代謝、疏同^tt^fWr^b的IUt/i^f、的蛋白.所有設計的片IW編碼與感^^的功ffe^目關的特定蛋白的基因都是特異的，因jHi^們說它們對某些代謝功食IA特異的.在一些情況下，設計絲苷^/斤基於的基因只對一個種是特異的，因此，所iUW香斷功f,都是特異的.在頻的^區域下，發鶴械的基因^JL向同源保守的，^il些情況下，在JJi直向同源物中設計絲苷酸，因jH^斤il3^^S^/^寸絲功食fe^分類群是特異的.當軒'J中存^il些DNA片段的至少一時，就能夠"PH^觸辦落的代謝特性.^i&提供了^^fti8:計的DNA片段的IS^'J，所iil^，j使同時和一步鑑定4a^或者4^基因的存在勁可能，所錄因輛涉;s^物膜形成、ca固定、能量代謝、趨化性、氮代謝、疏同4t^p石;W^^的li^/ii^的蛋白.當涉及特定代謝功能的肚物群落的質i^JHW^控制時，該方法U物狄中的有紅具.附圖簡述圖i對應於生物^r^^i與械明w^雜交的結果.械明的片斷應於表2所述片段的子片亂表l中詳娜述了W^扭置的內容，表3概括了雜交的陽'tt者陰'鵬果.結WL示基因的存在，所述基因一涉及下列功能的蛋白確rf^b^物的代謝、C02固定、^JiM匕、氮固定，以及涉及能量代謝關麟.#^以乎不含鑑定的關於趨化一生物膜形成的基因.陽^Jft照顯示雜交信號，而陰'feW照仍閨2對應於笫二生物iM^M^與M明W^雜交的結果.^的W^iJ與絲1朋的相同，其內^S^於表1中.該實例中朋的片段包含錄2描述的序列中，表4條了雜交的陽'lii^陰'l^果.結^JL示基因的存在，所i^因編碼涉:s^斤有被鑑定功能的蛋白-因此它似乎是iR^頻.與先前#^不同，我們)9i^到涉;SJg歸動^^fei以及生物膜形成的基因的高i^JL陽'I4^E^示雜交信號，而陰'^照仍4Mfc標記.發明詳述^明提#^用於4#^物#&中^^同時鑑M因存在的l^iJ^^用該附，!的方法，所戰罔lfe^W生物狄中相關活性的蛋白，所iWU可用於工商業的各^H^域，例如，評價生物ii^物(例如生物iM"^r石；生物除汙itm汙染的i^者水，^r生物a^應用中的^r^fe^質中)存在的野生m物群落.第二方面是其允許控制涉^物a^處理的m^物群落.為了滿;ui些生物^^工商業的需要，我們設計了長ioo或者ii^、氣^^基的基因特異liDNA片段，所錄因輛涉;8Li物膜形成、ca固定、能量代謝、趁化fei^移動性、^化、氣代謝、》汰同化^^^W^^物的爽^V還原的蛋白.這些分布在DNA辭忡的片段，使鑑定#&中這些基因的存《{^可能，所述#/0來自野生的或已涉;SL^物^M:理的^^W落.所有設計的片教對基因都是特異的，所述基因^涉及感M的功能的特絲白，因jrt^們說它們對某些代謝功^i特異的，*^狄下列功能生物膜形成、ca固定、能量代謝、趨化fei^動性、Wft、氮代謝、硫同^ft^疏似t^的JIMt鄉毛在一些情況下，詔:計^苷^^斤基於的基因只對一個種是特異的，因此，所^fe苷^t功食wt都是特異的.^fc情況下，發麟M的基因在某m的不同^t中AJl向同源保守的.>|5^1些情況下，^hiiiL向同源間的一致區域設計絲苷酸，因jH^il^香斷所討輛功食沐分類群是特異的.為了更^Sj^^們:W^開發這種方法，我們將簡單的描^用的步驟>首先，我們確定了我們^^測的生物技術中感^^的功能，以及這些功能的關M因.>其次，錄財涉;su^絲功能的基因的觸物，所述觸物應將兩個^S4^Ht，一方面W任意感^的功能，另一方面，e^全iU^^序.>再次，產生參考序列的列表，所述序列編^^^^物，例如大場桿菌UcoZ/)中^^的蛋白絲功能，^r查所迷6^基因和感狄的基因組之間的同源性.^c現同源性的情況下，rn^"同源"區對應於感3^st^物中>通itit種方法獲得包含^t感^^t生物中的^t感^^因序列的絲資料庫.41^然，不4j9f有感狄的基因:Hll^在於所有感絲的做物(這是e^的觸物/已承沐的基因組)中.>^資料庫中^^i基因序列與感^to物的所有基因進行^^，只選樹感3^^因特異的區域，換句絲，該區域與具有^fe^能的基因不顯示同源性.通it^輸入了這些限制^ff的M算法實5S^種選擇.>這^ii輛特異區職高度桐以^ii行歸類，所述的高度才射以性H鄉為所設計^fe苷酸的lliHyt的大約8(Wi的一致性，其目的是4測可能的一致區域(consensusregion),>考^^S^苷酸的物理H匕學變量(GCiaiM^平，雜交逸t，可能的二総構)，這些特異區^L確i^用於^^的區域.^il些糾的區^tiM;4JW苷酸勉物，>絲苷酸M^物與,林已知基因序列t嫩同源性，W嫩中朝H^財明顯同源性的感魏的基因，其中所^fe普i^J^於所錄因設計的，>我們^#異的絲脊,1^**^的功能.如前面所指出，笫""#^^擇感^^的功能，我們在DNA附iJ中選擇了存在於觸物群落中的j^生物絲中有用的8^H^謝功能生物膜形成、ca固定、能量代謝、趨化fci^動性、^UM乜、氳代謝、疏同^H^^W^^的氣它們的重要M"通曉該^^的^P^A員來i)t^是顯而易見的.這些功能中的一些給我們提供了關於任意M物群落的""^MH關信息，例如，能量代il^落是否能夠或者不能固定ca絲氮與^^落^t,目關.了解群落的生物膜形成能力，或者能夠輛落中移動的觸物的存在，對於iti我們缺實現的生物^Mia的培^t同樣是重要的.另一方面，鐵雞、碟同^H^/^Mfc^的IU匕/^^ii^非常重J^)特^^物^Mt理，例如生物財和生物除汙中狄非HM:翻抓其次，確定設計絲苷i^斤基於的感絲的觸物，所il^fe苷酸^t在IW列中.i^時考;^i)兩個相關方面首先，M物M至少一種感M的功能，其次，它們的基因ia^全iUNi^沐.考j^^il些因素，選擇菌*所迷菌4rWBk)sigma:We加len(D激16786)和Licanantay(DSM17318)的贈，財一或多種所迷代謝功能，並且財已勁誶的基因組.還^r財鐵和硫化化合物氣化功能的氧化亞鐵碟桿菌(^/(/aA/oftsc/Ziw屍e/TOQjrids/w)ATCC23270種.兩種公開序列用於類鼻疽假單胞菌(加r處aT(feWfl;wew/鵬/ie/)種類#^假單胞菌1710b和類##假單胞菌K96243.選擇J!JtMUP6^L菌(Zte卯/ZbW6Wo(f柳7/lw7c娜)用於^HMt6I5U1菌G20系列；還^r脫^M^f菌(7S/otec"iiwrf幼"/7/i麵)ATCC25259，^賊;^M^MMt.還^生物扭觸物Ferroplas咖，鉤端ifil菌屬(Leptospirill咖)，減4t葉菌屬(Sulfolobus)和熱原體屬(Thermoplas咖)，其中^的序列對應於下列M物Ferroplas咖acidar腿nus，Ferroplas咖sp.(II)，Leptospirill咖sp,(II)，Izeptospirill咖sp.(III)，嗜^Wfcffc葉菌(5W,o/o6wac/必caAfer/做)DSM639，J5fc^礦^Mt葉菌(5W/b/o6iww//afar/w),超嗜熱古菌(5W/b/o6wfoiod!s//)，嗜酸熱原體(7Sei2W!p/a鵬"油/力//咖)和火山熱原體(7SanDo/7/a鵬一旦明確感絲的功HI^我們將^f究的觸物是什麼，我們就能決狄用什麼基因^^/斤述功能的存在.下面列出了^t感絲的功食fe^^擇用來^fl^它們的基因的簡述.^^功能的描述^MMtuFe"到Fe"的4MM^^物漫W^H的^^步驟，因為產生的鐵(III)是強勤^W，能夠IU^4在的^(^MU^H^需要IU匕的^^,從而向^1中#^^的金屬。為了鑑定功能的存在，基於lt^J^^餅菌(A/"erroM7'ds/7)i^^下列^^該it^目關蛋白的基因rus，cycl,cyc2，cycAycycA2^^t^物(已^t^物/已承^的基因組)中所有這些基因序列的定義^^T獲得，因jrt^需^^^序列.生物膜形成.形M物膜或者粉土的能力對於^H細菌群落的增3B6^是很重JH^，因為它確^附在支持物上的生^1:的持夂性.為了鑑定"生物膜形成"功能的存在，選擇下列編碼該it^目關蛋白的基因galE，galU，rfbA，rfbB,rfbC，rfW)，鄰sD，g他，manB,manC,p鵬u卯S，wza，wzc不食^得關於^^i物中這些基因的倌息，所以需^tMM^基因尋:^9T錄因和感^^物基因組^J的同源性，以確定這些基因的"可能"存在.在大^HI"況下，大麻桿菌的基因被用作除基因鄰sD外的^基因的參考，乳酸孚Uf菌(Zfl"o6ac///w/ac""用作印sD的參考.C02固定.C02固^^觸物生物^UUt理中是重要的，因為它允iWW落是否是自養的，而這^予該處雌^fi勢，因為無需向群落中添加碳"《^物.為了鑑定"Ca固定"功能的存在，ii^下列^fe^ii^目關蛋白的基因cbbLl，cbbL2，cbbMcbbSl,cbbS2，cbbArchea，ppc，prkSL^只fl^得關於感^^t生物的這些基因中的一些，即cbbLl，cbbL2，cbhM^cbbSlycbbS2的倌息.在^+f況下，脅絲基因進行工作，尋艦些##基因與感3^物基因組^1'司的同源性，以確定這些基因的"可能"存在，Metha加sarcinaacetivorans^L^j作古細菌(ifrcA鄉s)的基因cbb的;^&桿菌的基因^作基因ppc的M,^菌(i)77ecAa^c做)的基因*^作基因prk的M,趁化|±^#動性.觸物移動性源於鞭毛的存在；在指定情況下，移動源於J^^基中代謝產物M的應答，這被稱為趨^^.了解了M物群落是否具有趁化一移動性的性質以後，^T可能以更圩的方式為待開發的生物^M^處為了鑑定"趨化^^動性"功能的存在，選擇下列糾該it^目關蛋白的基因flh^flhB,fliF,fliG,fli諷fliN，motA，motB不食yt得關於感^L的^ti物的任意這些基因的信息，所以#^參考基因進行工作，尋4JUl些;^t基因與感3^t^物基因組之間的同源性，以確^>斤錄因的呵能"存在.在#"^情況下，^J^桿菌的基因翻作絲.氮代謝.關於氮^Wb^的代謝，存在兩利^fcM重要的ii^.它們中的"^ftA^固定，其^a^A固iMI.另^^bi辨^^^sl^的氮^rfb^的絲.為了筌定"氣代iT功能的存在，ifc^下列lfe^ii^B關蛋白的基因nifK，narHjnirA不HI^得關於感3^t^物的這些基因的倌息，所以^4^M"基因i^ft工作，尋^Ui些^^基因與感^^物基因組^f司的同源性，以確定這些基因的呵能"存在.大腸桿菌的基因被用作narH的參考；棕色固氮菌(ho^wcferW加7a^///)柳作nifK的#^"，^l菌(iy"ec力ococctf"柳作nirA的參考.疏同化.硫同4tH將棘中的硫固;Ob有;tMiJL^用於細J!fc^yim雄.該iim的兩種主^f產物A^需^ltJJ^Ny^^甲多;M^.為了鑑定"疏同化"功能的存在，4#下列編順,目關蛋白的基因cysl，cysJ不食l^得關於感^^物的這些基因的信息，所以M^^考基因i4^f工作，尋4^1些參考基因與感^^物基因組之間的同源性，以確X^斤錄因的"可能"存在.大腸桿菌的基因^作基因cysl和cys:r的參考.>5&^^^的|1^1/^^.與生物浸取高^目關的it^l^W^的承/化.例如，嗜酸菌(^/(//幼/06^///^)屬的#^物能夠利用氧作為電子受體，催4fc^fc^的J^^^(例如49Wi^，元素硫，(thionate),等等)的IU匕，產生終產物M，^f例如i^m&和J5MW^^Nt類為中間產物，這^^r石中與^we^結^金屬的'^^可能.為了鑑定"^flM^^的舉兆/還原"功能的>^在，選擇下列^^該itW目關蛋白的基因dox、doxD，doxDAl，doxDA2，dsrA,dsrB，dsrC，dsrE,dsrF，dsrK，dsrL,dsrMjdsrN，dsr0，dsrP，dsrS，soxB只獲得了感3^t^物的doxDAl，doxDA2基因的信息.^f^情況下，根據參考基因進行工作，尋^1些參考基因與^^^物基因組力'司的同源性，以確定it些基因的呵能"存在.AcidannamisAmbivale加翻作基因doxA，doxD的參考，脫氮副球菌(/^racoowrfa2/fW/7ca/w)的基因柳作基因soxB的參考，Allochro咖ti咖vi加s咖的基因被用作所有dsr基因的參考.能量代謝.為了審定"能量代詢f功能的存在，ii^T列^^ifc^關蛋白的基因pfk，korAkorB，idh，pdhA,pdhB，pdhC,glt、accA^accB,aaC,accD只獲得了^^^物的pdhC基因的信息.^fe情況下，#||^#基因進行工作，尋^Sl^些^t基因與感^^物基因組4U司的同源性，以確定這些基因的呵能"存在,;fc^桿菌的基因柳作基因pfk，idh^glU，acc&;ccB，aaC和accD的##.AfcfA幼ocs/dlococcw力/wascAi/^t^作基因korA和korB的參考，結核^L桿菌(^^cofe"eW咖^/terctf/os/s)^J作基因pdhA和pdhB的棘/M的用於4^物棒&中檢測和鑑^^因的核苷敗亭列陣列，所a因編^t生物狄中相關活性的蛋白，fe^附著於其表面的下列DNA片段中的《絲或者所有狄a.至少^t特異鑑定編碼生物膜形^目關蛋白的基因的DNA片^;b.至少"^t特異鑑定編碼C02固定相關蛋白的基因的DNA片^;c.至少""^特異鑑定編碼能量代目關蛋白的基因的DM片^;d.至少"^t特異鑑定^^f^i^動'N目關蛋白的基因的DM片^;e.至少一^特異鑑定編>^^關蛋白的基因的0^片^;f.至少—特異鑑定躺氮代浙目關蛋白的基因的DM片乾g.至少"^特異鑑定IW^同^^關蛋白的基因的DNA片乾h.至少""^特異^^定編;5^^M^^iMt/iE^相關蛋白的基因的DM片其中每種DNA片!^4fp4^lt百個拷貝，形成同源組賴乾泉，立體分布於支持物表面，對於^-"^t這些Ji^因我們設計長80到100^Ht異氮^^，M100^Ht異氣^ys^^^的片段，這些片lfi^列表中^Hh我們一^i殳計了232個DNA片糊於^^狄因，所i^因^W生物技術中相關活性的蛋白，所有片段長100個核苷l設計的232個DM片段的序列^t^列表中.在設計的232個序列中，序列號1到86狄生物膜形成功^#異的，序列87到101是對C02固定功食1#異的.序列102到156^j"能量代謝功食felt異的.序列157到192是對趨化14^動性功食1#異的.序列號193到197是對4MM^H^t異的.序列號198到203^t氣代謝功Hl^異的.序列號204到210;l^疏同4fc^1ll^異的.和序列211到232^t^Wbf"b^lUfc^^^異的.設計的片段可以被印在醉忡，其可以狄整的或者&^的更長片段，或者與片段中包輛任意子片段部W目似的片段，或者所有Jliii^項的反向互補序列.可以方便的印50到70個核苷酸的子片亂需辨^ML明^^l解iJ^^少-^tfe^絲列號1到232的DNA片段的陣列，而不管該片《&4^整的；所述片段存在於更大的區域JM^^過2將的該更大區域(就像PCR產物)；i^i部^j，作為包^"如jH^bJ^的每個片段中的子片段之一，或者所有Jiiiii項的反向互補序列.上財面非常重要，因為核苷餅列的特務Ii與其反向互補序列相同.這種特性，即特異l:i^設計DNA片段中IU^lJ的.歸通曉該^Mi的人員利用KL^^^中e^r的一系列工具，能夠區絲力學穗定和械定的絲苷酸，但仍有可能出似補序列的穗定性不適合在解忡朋的情況.械明片段號1到232的所有反向互補序列均被"M屬於械明的範圍，即不管所述片^1^整的；所述片lfc4在於狄的區械JL^^過2將的該更大區域、(就像PCR產物>，i^A"IP^，作為包襯如jH^/iHf的斜片段中的子片段之一.對於陣列絲^^至少-^t片m者每種感姨的片段的子片釓絲可能帝]4^^所有公斤的DM片^^子片段的陣列，威者在指定情況下，只包含其中-"^f的陣列，所有這些選項，以;SJ斤有可能的中間組合，均包含^E^發明的範圍內.M明辭i的有效'l^:於待印記片段的特務^^定性.這些特'1^^lu9^:計片段中所輛各子片段中.這t^MH^果朋核香酸i到ioo，絲42到92絲15到65il^t^^可能的缺，特^i是相同的，輛選糾對應子片段，並^^M^L明的範圍內.i^TTHfeit過合^^作為PCR產物獲得包^IHftl^為^WM的^L明片M者子片段的DNA片亂包含當前^^片段的Jt^區域也fe^^iL明的範閨內，其中所iUl大區域的特務fcM^發明設it^^的片^子片^^予的.為了實3^L明的陣列，^選擇的片^iUr子片lfc^須被合iyft百個拷貝，在IS^ij械的支郝上，例如玻璃、棚、；g^者^!M5^t的絲其4&^質上印記(如同源徵泉)在討論械明的背景信息時我們指出，DM片段合錄辭，〗命j^t^是e^的，它們均可用於帝洛^L明的陣列.除了封對輛生物技術中的相關活性蛋白的基因的這些特異DNA片段i^卜，可以m^便的在每個陣列中包括陰性和陽'l^j"照.陰'fei^照應該對應^M^會在生物狄內緣中發現的核苷斷列.陽'1±^照應該對應總在問趙#&中存在的核苷,列.對於^JI域的專家，顯而易見的4^發明的232個設計的DNA片^4l^，J中銅，和絲於iM^DNA與特異片段雜交的^^生物學絲中翻時，都能夠養定編^t生物絲中的相關活性蛋白的基因.^it些襯生物學技術中，我們可以H^L例:fe^勸J^針，FISH，PCR和效'諱.在^T襯生物學狄中利用極明^J^的232個DNA片段，均被M是>^/>開的明^用，屬於本發明的範圍，而不管所述片IU^整的；所迷片段存在於狄的區^E^^1過20X的該狄的區域，(就像PCR產物>，i^Ji部分的，作為包襯如jH^b^f的斜片段中的子片段之一；或者所有Jii^項的反向互補序列.陣列的用途為了利用械明的醉'〗>15*1物#^中檢測和鑑狄些基因的存在，所述基因編碼生物狄中的相關活性的蛋白，首先需絲離我們感3^^4tww朋A.i8f可HIjW用cDNA，其中唯一的區別;l^it種情況下第一階敗^離的是#/"似.44^域中，AUf^h&i^養物中提取DNA和RNA的不同方式是e^的，可以^11##清況下#^的特定'頓朋它們中的絲"-^.第二階段，所有#^的朋人絲肌丸必須轉^短的#^0狀片段，所述片UUt合與附'J瓶泉中印記的片軟雜交.如^^DNA已經齡離，它必須被片斷>^#^.當不利用^^的RNA時，片斷化不^J6需的，只需進"ft^i6步驟以獲得稱&的c朋A,—種能夠片斷>^#DNA的^A^卵A的6核^4fcM^束器(aleatorysplitters)標記.利用^g有的任何抝長，例如;^"性、生M、5bt^^M^，^被#^的或者對易於#^的核苷酸進"^|#^如果賴宏輛，#^￡^賴錄1*#^、32P，如果朋#1^，將用^*，例如，利用Cy5絲Cy3.所描述的用於帝J^列的DNA或者cDNA的方法不限於M明，可以使用任mt狄中e^的加A絲cDM帝i4"方法，it^表示解'的^能夠私離本發明的範圍.一旦DNA被製備，它M於DNA變性階lt在陣列J^等^fDNA物，該變性的DNA然後在解ijji^育、讓陣列在40到701C的';Syl^圍內雜U少一個小時，>^^^1±夜雜交.雜^，^^fe^^.通常在，;a^的iS^下，例如35-50lC，M40"45XJ,利用粉4i^t(softeningsolutions)進^ffjfe^,一JJSMU被絲，它^^tHk^過離心艱乾燥，例如，在Falcon管或者一些勤以物中，短時間和中^NH(200"3000xg每l到5膀)離心.*^，需要顯現哪個瓶吝、顯示#^.^ie^吝、的位置指示基因的存在，所狄因^^r生物狀中相關活性的蛋白，且DNA片^l^於所錄因設計的.需^r查對應於陰'fciXt照的瓶泉仍^M^，因為如^4在與這些DNA片段的雜交，它表明該iL&是非特異的，所g果必須被棄除，因為它們可能包對應陽'l!W照的瓶吝、同樣應該被才斜己，因為當沒有與該DM片段的雜n生時，它表明A^中存在幹擾，因jtb^有信號的徵泉可食fe^應假陰性，^!IJiit內容，確定Jt^物群落中某些基因的存在將被簡化為本發明陣列中#^泉的#，所*因^*^生物^^中相關活性的蛋白.實施例實施例1:^^〗和鑑;Ufe些基因存在的W^，所^因I^W"生物^^中的相關活性的蛋白.#^^"械明23個不同DNA片段的m，〗，所述m列鑑定^W生物狄中相關活性蛋白的基因，其中這些活性與下述功食沐關疏同化，ca固定，^UMt，氮代謝，能量代謝，趨化ti^動性，和生物膜形成.^J^列中還^t^個陽'^t照和兩個陰'feW照，該W^^(i置的內容詳述於下表l.表ltableseeoriginaldocumentpage19所有印記的片,為60個核苷酸。所選的本發明DNA片^f應於表2所示片段的60個絲苷酸的子片段，所述片^R^序列表中定義。表2tableseeoriginaldocumentpage19委4t^供這項服務的專ik/^司制^s^f車列，實施例2:孩M車列用於檢測和鑑^^因的用途，所錄因編石^Rr有生物技術中的相關活性的蛋白。實施例l所獲微牢列用於確定兩個生物浸W^v^液樣品，即樣品l(S"和#&2(S2)中觸物群落的賦利用常規DNA提^r法提取Sl和S2中的總DNA,M^A提取2m1DNA，置於Eppendorf管中.在##情況下遵循下列方法添加36m1d肌0和3.3mL商JMt6核苷酸(六聚體)^^束器(aleatorysplitters).;1^5^，然後置於冰中.添加2m1核苷^R^物，其中核苷酸dUTP用lbt團Cy標記.顯示紅色螢光的Cy5用於Sl，而顯示緣色螢光的Cy3用於S2.此後，添加4nlUenow型聚^Sl^5"適於聚^g^緩衝絲(^^供貨商)；在371c孵育4小時.用5ylAEDT0.5Mp朋終jh^應.使用離子交換柱回收標記的DM,真空乾燥包含DNA的^J！^添加100plTrispH7緩衝^L作為威fcii^分，重懸DNA，並置於lOOC下1.5辨以使DNA變性.^W^'J上551C下振蕩整絲成雜交.笫二天早晨，^^NW^在45TC用2xSSC，0.1%SDS(十二)K^^5jl^^鈉)jfe^5次；在42"C用0.2xSSC,0.IXSDSjfe^-"次，在42^C用0.2xSSC絲一次.(對於500SSC20x，87.6gNaCl，50g檸^^鈉(2h20)，調整到pH7.0),W陣列置於盛有miliQ水的盒中15分鐘，然後在Falcon管或者一些類似物中以1.100rpm離心幹;!^^K^^有可食W^到W^的結果，圖1顯示S1結果，圖2顯示S2結果.M3中，指示了W^列中不同片段的位置，並m了圖l顯示的與獲自Sl的DNA雜交的結果.所有陽'樹照均顯示雜交，陰'樹照仍^#^.表3,tableseeoriginaldocumentpage21結絲示基因的>^在，所迷基因輛涉;^L同化、C02固定、^MMfc和氮固定功能的蛋白，以及涉^L能量f^i^關^:蛋白.該^f以乎^^定的涉^b^化脈生物膜形成的基因.^4中，再經示m列中不同片段的位置，#^圖2顯示的與獲自S2的DM雜交的結艮所有陽樹照均顯示雜交，陰'樹照仍未被#^,表4，s(2)tableseeoriginaldocumentpage22標記(+):陽性；(-):'陰性.結絲示基因的存在，所錄因編碼涉;z^斤有^H^功能的蛋白.^JL然這是^^培養物的例子.與先前樣品不同，我們，J^到細胞的細胞移動和趨化性以M物膜形成的高^m,本實施例是為了說明特徵，不應被i/^是對本發明範圍的限制，本發明的範圍在附;^，決求中限定.序列表<110〉拜奧希格馬公司用於檢測和鑑定基因的核苷酸序列陣列和使用該陣列的方法，所述基因編碼具有微生物樣品中生物過程相關活性的蛋白〈130〉IIC080532232Patentlnversion3.4<210〉1<211〉101DNA<213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS92;基因印sDmisc—feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a，c,g或t<400〉1gggaagtcatccaggtcatctccgtcctggctgtcctcaatgcggctttcgccttttccg60gcaggctgccattgtcgcggctgtggctgttcagtacctgn101<210〉2101腿人工序列功能生物膜形成；代碼BMS196;基因印sDmisc_feature<222〉(101),(101)〈223〉n是a,c，g或t2atggccaccataagaaccagtatgcgcacacactctaccttccaatggtctagctggacgccttttattatggcgctgggagatattttagcctttcttgn3101<212〉DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS229;基因印sD<221〉misc—feature<222〉(101)…(101)n是a，c,g或t〈400>3gggtgctttatcccgtcgccatggcggcaggtgatctggttgcgttctattcggcgttgctggcagcgtatUcctcagggtccatcttttggggcactgn〈210>4<211〉101〈212〉DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS10308;基因印sD<221〉misc一feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a，c,g或t4ctcgccgcgaagcccggcatgacggggctttggcaagtgagcgggcgcaacgataccagc60tacgcgacacgggtgtcgctcgacgtgtcgtacgtgaaggn1015101腿人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS598;基因印sD<221〉misc—feature(101)..(101)n是a，c，g或t<400〉5atgaatgaggga/tgtacgctgcagggcggttgccggctgatgacttccggcatgcgtatg60acgctgctgatgctggcatcggata/tctttgcactggtctn1016〈211〉101腿〈213〉人工序列〈220〉功能生物膜形成；代碼BMS678;基因印sD<220〉misc—feature<222〉(101)(101)<223〉n是a，c,g或t<400〉6ggggatttgtctgcgttctatctggctctgtggatctcttacattttgagagtggacctt60ctcagtcggtggattccagttccctttacccgaagcttcgn1017〈211〉101〈212〉DNA〈213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS10025;基因galE<220〉misc—feature〈222〉(101)…(101)<223〉n是a,c，g或t7ttacccaacgcccgatggcacctgcrttcgggattacattcatgtctgggatctgtgcag60cgcccacttgctggctttagagcatttgctggcygatgggn101〈210〉8101〈212〉DNA〈213〉人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS607;基因galEmisc一feature(IOI).,(IOI)n是a,c,g或t8cggcataggtgaggcgcattcgcccgaaacccatctgctgcccaacgtactgctggcggc60attgggcagaaacgacggcctgaagatattcggcgatgatn101<210〉9101<212〉DNA〈213〉人工序列〈220〉misc—feature(101)…(101)n是a，c,g或t9gatcgaggcggtcatccattttgcggccgcgatcgaagtcggggaatccgtccaggatcc60yctcaaatactgggacaacaacctgaacggcacgctccggn10110〈211〉101腿<213〉人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS673;基因galEmisc_feature(101),,(101)n是a，c，g或t〈400〉10ggtgcggatcgagctacagcatcctcgacctcgtcaaggccctctctgagatcctgaagg60tcacgccggagatccgccacaaccctccccgggccggggan101<210〉11皿DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS920;基因galE〈220><221〉misc_feature(101)…(101)n是a，c，g或t11acgatggccgaggtcgggctgaagacaatcgtgttctcgtcgtcggcgacggtctacggc60gacccggtccgggtgccgatcaccgaagattttccgctgtn10112101<212〉麗〈213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS65;基因galUmisc—feature(101)(101)<223〉n是a,c,g或t<400〉12tga/tggcccgtccggtggtgggtgacgaaccctttgcggtcttgctggcggacgatctta60tgctgagcgagtctcctgtgcttgcgcaaatggtggaacan101<210〉13101<212〉廳〈213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS155;基因galUmisc—feature(101)(101)〈223>n是a,c，g或t〈400〉13ggggtaaacgtgc"tattgccgaccattttgatgtcgcctatgagctggaaacagaacttg60aaaagcgcggtaaaacagctctactgaaggaaattcagaan10114〈211〉101腿〈213〉人工序列〈223〉功能生物膜形成；代碼BMS247;基因galU<221〉misc—feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a,c,g或t14ttgtcgacggacccgcaccggccctgcgccagctggtggaggtgttcagaaaagtcaagg60gacctgtgattggagtccagaaagttccgcagcaggatgtn10115101〈212〉腿人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS540;基因galUmisc—feature(101)..(101)n是a，c,g或t15ccccggtattttcagagtgcacgatcttgtggaaaagcccgccgtcagcgaagctccgtc60gcgtcttgccattgtgggacgttacattctgactcctgatn101<210〉16101〈212〉DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS717;基因galU〈220〉misc—feature(101)..(101)n是a,c,g或t16ggggaagcgcgcgatcgaggatcactttgatatctcctacgaactxgaagacgtcctccg60tcagaaaggcaagatggccctcctggaagaggtccgcaagn10117皿DNA〈213>人工序列〈223〉功能生物膜形成；代碼BMS703;基因galU〈221>misc一feature(101)(101)〈223〉n是a，c，g或t〈400〉17cgctttgccctcaagcggccggatcttgcggaggagttccggcacttcctggccgcgacc60ctcgggaaggagggctcttcgtccctgggagacggacacgn101<210〉18<211〉101廳<213〉人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS1012;基因galll<221〉misc一feature(101).(101)n是a,c,g或t<400〉18gacggcgcgacgtcggtcatgaagcagatggtcgaccagtacagctattaccagtgctcg60gtcctcggcgtacagcaggtcgcgccggaagacacggcatn101<210〉19101〈212>DNA〈213〉人工序列<220〉〈223〉功能生物膜形成；代碼BMS10249;基因gdh<220〉misc—feature(101)…(101)n是a，c,g或t〈400〉19tagccgacgccgtgggccgacatctrcagcgcccggcyatcgtcatcaaca犯tccaccg60tyccagtgggcacggcgcaaaaagtgcgggaacgcatcgcn10120〈211>101艦〈213>人工序列〈220〉功能生物膜形成；代碼BMS171;基因gdh<221〉misc—feature<222〉(IOI)..(IOI)20atgaaagtaacggttgtcggaaccggatatgtgggtctggtcactggagcctgccttgcc60caggtcggtaatcaggtgctttgcgtggatattgatgcggn101〈210〉21101<212〉DNA人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS10146;基因gdhmisc—feature(101)…(101)n是a，c,g或t21gctcggcatcgagtactacccgatcgggcggcccggcgcggcgccgcgcacggcggcggg60cgagtccgacgccgctcgcgccgcgcgcgccggcgcgtgan101〈210>22〈211〉101DNA<213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS584;基因gdh<220〉<221〉misc—feature<222〉(101).(101)<223〉n是a,c,g或t22atgaacgtttgtattgtcggtactggctatgt鄉acttgtcagcgccgcctgctttgct60gaaatgggtaataccgtccgttgcgtggacgtgaatcccgn10123101醒人工序列<220〉misc_feature(101).(101)n是a，c,g或t〈400>23tagatttctcttcaccacagattactccgcgttaaaagacgtggatattgtctttattac60agtcgctacacctaccgtagaagggaagaactatataggcn10124101〈212>畫人工序列功能生物膜形成；代碼BMS1077;基因gdhtniscfeature(IOI).,(IOI)〈223>n是a，c，g或t24gcgtttccgcctacgacccggcggcgatggacgagacccgccgtatctacggcgagcggg60ctgacctgcaactcgtcgacagcccgatggacgccttgaan10125〈211〉101<212〉謹人工序列功能生物膜形成；代碼BMS322;基因鵬nBmisc一feature(皿)..(皿)<223〉n是a，c，g或t25gggatctctacagctccctgggaattgacgccaaatttctgtacgaggaaccggacggac60attttccccaccaccacccggacccgaccgttcccgaaaan10126101醒人工序列〈220〉功能生物膜形成；代碼BMS591;基因manB<221〉misc—feature(IOI)..(皿)〈223〉n是a,c,g或t〈400〉26taaaattttttgataaagacggattcaagctgccggattcgcaggaagatgccataactg60aaatggttctgaaccagaaccaccgctgggactacccggan10127<211〉101DNA人工序列〈220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS656;基因manB<220〉misc—feature〈222〉(101)…(101)<223〉n是a，c,g或t27gaatcggttaatagtgaagccatcagagaaaggcatttgaatgtggcaattga/tacagga60aatggtgcatcatattacacaagcccggcaatattgtcagn101〈210〉28〈211〉101<212〉醒<223〉功能生物膜形成；代碼BMS798;基因manB<221〉misc一feature<222〉(101)..(101)n是a，c,g或t28gttaaaaatcctaaagctataaagaagattgttactgctgtttcaagctcaagcttagta60gaagagtatttaagtaaatataatattcaagttgattggan101<210〉29101腿<213〉人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS827;基因inanB<221〉misc_feature<222〉(101)…(101)<223〉n是a,c,g或t29gggttgggaagagcataggcatgttcgtatctggcgacgttgccgtcggaagggatacac60ggatcagcggcgatatgatagcctcttccgttctggctggn10130101DNA<213〉人工序列<220〉<221〉misc一feature〈222〉(101).(101)〈223〉n是a，c,g或t30gtacttgctgatgcaggaaatggtgcggcatactattcaactcctaaattgcttgaaaaa60cttggatgctcaatcactacgttaaatgcaaatccggatgn10131101人工序列〈220〉功能生物膜形成；代碼BMS969;基因nianBmisc—feature(皿)..(IOI)〈223>n是a，c,g或t〈400〉31gaccttcacgcctgaaatcgtcgaggccatcggtcatgccatcggctcggaagccgccgc60ccgcggccagaaggaaatctgcatcggccgcgacggccgtn10132101<212〉腿<213〉人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS10015;基因manCmisc_feature(101).(101)n是a，c，g或t<400〉32tatycacrccaccgtccaycgyccctggggcacctacaccacgctggaagarggcgaccr60yttcaagatcaagcggattgtcgtcaagcccggtgaaaagn101<210〉33101畫人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS301;基因manC〈221〉misc一feature(IOI).,(IOI)〈223>n是a,c，g或t33gggccgaagcatgaatcggaaacccgccgcattcttcgtctcgcggaaaagg犯ggtctt60ccggcgaaggtatttgtcgaaccccagtcccggaacacccn10134101<212〉腿〈213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS10130;基因manCmisc一feature(101)..(101)〈223〉n是a，c,g或t34gggtactactggaatagcggcatgttcatgctgaaagccgccacgtacatgg卿肌ctg60catcgccatgcaccggaaattgcccgccaggccgaattcgn10135101DNA人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS535;基因manC<221〉miscfeature<222〉(101)..(101)n是a,c,g或t<400〉35agcgtgccgtgcaggcaggggcggaactggccgcaca.gaaccactttgtgacgttcggca60tacctccggcacatccggaaactggttacggatacattcan101<210〉36<211〉101DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS927;基因manC〈220>misc一feature(皿)..(IOI)<223〉n是a,c，g或t36acgaggttatgctcctggccgaaaaccagtcgacctacataccgctcggcaccacccacc60ggctcgagaaccccggcaaggtcgatcttcacatgatcgan10137<211〉101<212〉腿<213〉人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS227;基因pgm<220〉misc一feature(IOI).,(IOI)n是a,c,g或t37tcttcctggggttcgatacccatgccctttcctggcccgcttttgtctcggccgtggaag60tcctggcggcaaacgatgtggatgtccggatcgccgaaaan10138〈211〉101〈212〉DNA〈213〉人工序列〈220〉功能生物膜形成；代碼BMS567;基因pgmmisc—feature<222〉(101).(101)n是a,c,g或t38atgactactgccgccaaagccggccagttgcctgctcacgacgagcttataaacatagca60cggcttgtaagcgacttttacaccgtcagcccggaccgccn101〈210〉39101〈212〉DNA人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS11;基因rfbA<220〉misc—feature(101)..(101)<223〉n是a,c，g或t<400〉39cgaccaccaggccgtcggtctcgaagaaaaaccggacgttccgcgctcgtgctacgcggt60aaccgggctgtatttctatgacggaagtggcagtcggatgn101<210〉40〈211〉101〈212〉艦〈213〉人工序列〈223〉功能生物膜形成；代碼BMS166;基因rfbA〈220〉misc—feature(101).(101)n是a，c，g或t<400〉40ggggcaacgatttttgcctaccacgttgccaatcccaaggcttatggcgtggtggagttt60gaccgtcaggggattgccattggactggaagaaaaacctgn101<210〉41101DNA人工序列〈223>功能生物膜形成；代碼BMS253;基因rfbA〈220〉misc—feature(101),,(101)n是a，c,g或t41tcttcggccacggacttctggagagtctccgccggggaacaaacctccgcaagggtgcac60tgattttcggctatccggtccgggacccggagcgatatggn10142101DNA<213〉人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS10265;基因rfbA<220〉misc—feature<222〉(101)(101)n是a，c，g或t〈400〉42ccgatcacgcatgcggtgtcgaagcagctgytgccgrtytacgacaagccgatgatctat60tacccgctgtcgacgctgatggtggcggacattcgcgatgn101〈210〉43<211〉101DNA<213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS600;基因rfbA<221〉misc—feature(101)..(101)n是a，c，g或t〈400>43ccggtatatgacaagcccatgata/tattatccgctttccgtgctgatgctggcaggcatc60cgcgaggtgtgcatcatctccacgcctgccgacctgccgcn10144〈211〉101DNA<213〉人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS671;基因rfbAmisc—feature(101)…(101)n是a，c，g或t44ggggtagcctggttcgacaccggatttttctgttttcccgttgtttgcccgcgccctttc60ctctccttgctttttgaggatatcattgtcatgttttcgtn101<210〉45101〈212〉DNA人工序列〈220〉功能生物膜形成；代碼BMS744;基因rfbA<220〉misc—feature(101)■.(101)45acacacaggaccaaagcaactcatcaagatcgccggcaaacccatatccttatggggcgt60tttatcactgagggatataggcataagagactttgggattn10146101〈212〉DNA<213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS10237;基因rfbA<221〉miscfeature(IOI)..(IOI)<223〉n是a，c,g或t46atggaggcagtaatcttacacggaggacaaggaactcgtttaagaccattaactcayact60ggycct犯rcarttaa/taaaagttgcaggaaagccaatatn10147〈211〉101腿人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS843;基因rfbA〈220〉misc一feature(IOI)..(IOI)n是a，c,g或t47ctct幼tctatatgaagattttacaaatgctggatcggatggccatctaggtttagttcc60agttgataatccttcccaattcggtatagctgaggtcgacn10148〈211〉101DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS10049;基因rfbBmisc—feature<222〉(101)..(101)n是a，c,g或t<400〉48atcatcgtcaatattcttcacaataaagccctgcccatytatggygatggycrgcagatc60cgtgactggctctatgtggaagaycaytgccgggggatcgn10149101〈212〉腦A人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS296;基因rfbB〈221〉misc—feature(101).(101)n是a,c,g或t<400〉49ctgtcgatcctggacgcaaggcggccgcgtccgtcgggggcttcctaccgggatctgatc60cgctttgttccggaccgccccggccacgacagacgatacgn皿50<211〉101DNA人工序列〈220>功能生物膜形成；代碼BMS10312;基因rfbB<221〉misc—feature<222〉(101),.(101)〈223〉n是a，c'g或t50aagccggccg卿cgttcgagaccggacttgcga卿ccgtgcgctggtatctcgaccat60caggagtgggtcgacg卿tggtgtcgggcgattaccgcan101<210〉51〈211〉101<212〉DNA人工序列〈220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS617;基因rfbBmisc一feature(皿)，.(IOI)51ataaagcgttttgtccacatatccacggacgaggtgtacggttcgctgctgccccacgag60gcacccttcacggaaagcaaccctctgctgcccaacagccn101<210〉52人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS682;基因rfbB<221〉misc一feature〈222〉(101)…(101)〈223〉n是a,c,g或t52tccgggggagacctacgccattggcgcggggaacccccgcaccaataaagagctggtcct60gaccctctgcgagatcctcgaccggctggctccacgtcccn10153〈211>101人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS729;基因rfbB<221〉misc—feature(101)..(101)<223〉n是a，c,g或t<400〉53tggagtagtaaacttgttagaaatatgcagaaggtatgatacccgcctagttcaaatctc60aactgacgaagtttacgg3gaacaggagaatgctacagagn101<210〉54101〈212〉廳人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS10334;基因rfbBmisc一feature(101)…(101)n是a，c,g或t54ggaaattcaatttcaaatacgtccacatctctacagatgaggtttayggtgaggagtgyg60gggatgagraytcacctttaaaaccctcttctccttatagn10155101醒人工序列功能生物膜形成；代碼BMS862;基因rfbB<220〉misc一feature(101)…(101)<223〉n是a,c,g或t55caattttagaatacctatttacggaagtggaaggcaaattagagactggatacatgtact60ggatcactgtagtgcgatcgaagctatactggaaagaggcn10156101DNA<213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS1094;基因rfbB(皿)…(101)n是a,c,g或t56acacctacgggctgccggtgctgacgaccaactgctxcaacaactacggtccctaccaat60tccccgaaaaactcattccgctgatcgtgctcaatgccgtn10157<211〉101<212〉腿人工序列功能生物膜形成；代碼BMS30;基因rfbCmiscfeature(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t<400〉57ctcctggtttcgcccacggcttttacgtgctcagcgagtcggcggactttctctacaaaa60ccacggagttttatgccccggaagcggagcgctgcgtgatn10158〈211〉101<212〉畫人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS181;基因rfbC<220〉<221〉misc—feature(101),,(101)n是a,c，g或t<400〉58ctttgcgcatggcttttatgtattaagtaattccgctgacttcctctataaaacaaccga60attttacgccccggaagccgagcgctgcatagtctggaatn101〈210〉59101〈212〉DNA<213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS250;基因rfbCmisc—feature(101)..(101)n是a，c，g或t59cacattcggccagtggttcggactcgttxtcacggcccgtgatccggagttcctgtatgt60tccggagggattggcccacggctttctgtcgctcgaagaan10160<211〉101<212〉DNA人工序列misc一feature〈222>(IOI)..(IOI)〈223〉n是a,c，g或t60gggcatcgaattcgttcaggacaatcactcccgatccgcccgtggcgtgcttcgcggcct60gcactatcaaattcagcacgcgcaagggaaactcgtgcgtn10161〈211〉101DNA人工序列〈223〉功能生物膜形成；代碼BMS531;基因rfbCmisc—feature(101).(101)n是a,c，g或t61gtaaagcctacacagcggtgctcagtgccgcaaactttctgcgcctgttcattccccggg60gcttcgcgcacggctacatgacactggaaccccacaccgan101〈210>62101腿人工序列〈220>〈223>功能生物膜形成；代碼BMS837;基因rfbC<220〉<221〉misc_feature(101)..(101)n是a，c,g或t62tattgtgtgcaatagatatgaagataacag3gggtattttgaag3gcgttacaaagcttc60agaatttgatcgaatactacatgttagatttgttcaggatn10163101DNA<213〉人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS980;基因rfbC〈220〉<221〉tnisc一feature(IOI).,(IOI)n是a,c,g或t〈400>63tcgccgaatttcggccgctgggtgggttacgagctgtcggccgaaaatcagagaatgctg60tggattccgcccggcttcgcccatggctttctggtgttgtn10164101〈212>DNA〈213〉人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS5;基因rfbD〈220〉<221〉misc—feature<222〉(101)…(101)<223〉n是a，c，g或t64acggtgagcggcaggtacaggccattctcggtgataccgcactcatcctgcgtaccgcct60gggtctatagcgcccacggcagcaacttcgtcaaaaccatn10165〈211>101DNA<213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS168;基因rfbD<220〉misc—feature<222〉(IOI),.(IOI)<223〉n是a，c,g或t65gggatggtgccgttcattgtgcagaggctgcccgtaaacattctgcccggctcatccata60tttccacggattttgtatttgatgggagtcaggcgaccccn10166〈211〉101DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS10142;基因rfbD〈220〉misc一feature(IOI)..(IOI)n是a，c，g或t<400〉66tggcggttgcggagaccggcggcgactggctgacgtttcgcaccacgtgggtgttcgccg60cacgcggcaagaacttcctgcgaacgatgcttcgtcttgcn101〈210〉67<211〉101DNA人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS622;基因rfbDmisc一feature(101)(101)n是a，c,g或t〈400>67ggcaacatgcatcttgtccactacagcaccgacttcgtctttaacggacgcaaggaaacg60ccgtatacagaagatgacgaaaccgccccgcagagcatctn皿<210〉68<211〉101<212〉腿人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS940;基因rfbDmisc一feature(IOI).,(IOI)n是a，c，g或t〈400>68gcgcgaggcagcaacttcctgctgacgatgacgcgcctcatgcgcgaacggccggaactc60aagatcgtcgccgatcagatgggcgccccgacctggtgtcn10169101DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS畫O;基因卿Smisc一feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t69gggagatggtgcagtcctgcgcggatctcggtattccctacctgacgcttttcgctttca60gcaccgag犯ctggcgacgtccagccattgaagttcgtttn10170101<212〉DNA人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS186;基因uppSmisc一feature(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t70gggagatggttcagtcgtgtgtagacttgaatattccccatcttactctctttgcgttta60gcactgaaaattggcggcggcctcctttggaggtgcgtctn101〈210〉71101〈212〉腿人工序列〈220〉功能生物膜形成；代碼BMS10109;基因叩pSmisc_feature101DNA人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS595;基因uppS<221〉misc—feature(101)..(101)〈223〉n是a,c，g或t72gactctttacgcgttttcgcaggaaaactggggacggcccaaaa幼gaagtggggttcct60ctttgatctgctggtcagctttctgcgtgatgaactgcccn101101DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS642;基因uppS<221〉misc一feature<222〉(IOI)..(IOI)<223〉n是a,c，g或t73atgagtatagcccataagataggagatatcgcctcaggcgtttacgaacaggctttaatg60gaagagataaggaaagccgatgtcccacttcatctagggan101〈210>74101醒〈213>人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS659;基因uppSmisc一feature(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t<鄰0〉74gggttatctacaaatgaggggcatgtgaggggaaaagataaattagaagaggtccttgac60tgggctatggaggttggaatcaaaateigttacagta/tacgn101<210〉75101DNA〈213>人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS麗4;基因卿Smisc_feature(101)…(101)75tggcctayaccgaaatgtactttacrccgaccytgtggccggatttcagagaagaggatt60ttcggcaggcgatcgaagatttccaggagagaagacgccgn101<210〉76101〈212>DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS733;基因卯pS<221〉misc—feature(IOI)..(皿)n是a,c,g或t76cgatttgttatggaggcaggcaagaaatattggatgctata鄉aaaatcatgaatgatt60ataaeittaggtataatagattcaaaatccatagatgagtcn101<210〉77<211〉101<212〉DNA人工序列<220〉<223〉功能生物膜形成；代碼BMS775;基因uppSmisc—feature<222〉(IOI)..(IOI)77gctatcaataataacaacatatattaagagaggtatacaagatttactagaagatcccat60cgtagataagtatg肌gttaaagtaagtgcaataggtaaan101〈210〉78<211〉101〈212〉讓人工序列功能生物膜形成；代碼BMS810;基因uppS〈221>misc—feature(101)..(101)〈223〉n是a,c，g或t78atacgaataagtaatttccttttatggcatatagcgtattcagaactcttttttgtagac60acata/ttggccagactttagaaagatagacttatggagagn10179101〈212〉DNA<213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS822;基因叩pS<221〉misc_feature(IOI)..(IOI)n是a，c，g或t79ttgttgactggtgcatggaactagacataagaatcgtaacgttttatgcattctcgacag60agaactttcgtaggagtcccgaagaggtcgatttcctcttn10180〈211>101DNA〈213〉人工序列功能生物膜形成；代碼BMS857;基因uppS〈221>misc—feature(101)..(101)n是a,c，g或t〈400〉80tcaatgctcccagagtatctaagstgagaccatta卿taac卿ggaaacgactaaaaac60ttctctaattaccatatgaacctcgccatagggtacggagn10181101<212〉頭A人工序列<220〉功能生物膜形成；代碼BMS1044;基因u卯Smisc一feature(IOI).,(IOI)<223〉n是a，c,g或t81gacaacagccgcctcacgttcacggtcgccgcgaattacggcggacgctgggacgtcgtg60c鄉ccgtcaagaaactcgtcgcgtcgggcgaaccggtgan10182101〈212〉DNA人工序列〈223>功能生物膜形成；代碼BMS2;基因wzamisc一feature(IOI)..(IOI)n是a，c'g或t<400〉82gggagatatcgtctacgtgccgcaaacgaccgtcagcagctggaatcaagccatactgct60cctgttgccgtccctgcaggccatcaaccagttgctcaacn10183101<212〉DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS208;基因wzamisc一feature〈222>(101)..(101)n是a,c,g或t83tttgggtggcacagtgaatctaccagaggccgatttgcgtggggcttatatcgtacaaaa60cggtaagaaattgccggtcaacttxcatcagctactcagan10184<211〉101DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS10190;基因wzamisc—feature〈222〉(101)..(101)<223〉n是a,c,g或t84cgcgctcacggcgggaggcggcattctcgataccgatgcgaatccgcgtcaggtgtacgt60gttgcgcgatctgcaggacaagccgaacacaccggacatcn101<210〉85101DNA人工序列功能生物膜形成；代碼BMS10037;基因wzcmisc—feature(101)■.(101)<223〉n是a，c，g或t85cagtatcagattctccatcacggccaagccttgctcaccggcaagatcgaycagccygcc60gttggacccgagttgcggctgatgctgactgcggtgaagtn10186101<212〉DNA<213〉人工序列<223〉功能生物膜形成；代碼BMS209;基因wzc<221〉misc一feature(IOI)..(IOI)〈223〉n是a，c,g或t86gtgactgatcacactgaaaatatgcatccgtccgagaacgtcga/tctgcaacggcggcca60tcaattgccaacaactctgaacgt3tgggagatgaaggagn101<210〉87101人工序列〈220〉〈223>功能C02固定;代碼BMS10077;基因cbbArcheamisc一feature(101)..(101)<223〉n是a，c,g或t87tggagg肪ctggcccgccttgaaaaggcgccgatcatggcccayatggccatgtccggyt60ggctctggcacaaggacgggatgtcggtgcgttcctggacn101<210〉88101DNA人工序列〈220〉功能C02固定；代碼BMS692;基因cbbArchea<221〉misc—feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a,c，g或t〈400〉88agtcctgggacgcctggtcccagaagatccctcttgaaaaataccgaaagggccacaagg60ctctggatcgggcactcacagcctttgctacctatgtgtgn10189〈211〉101<212〉DNA人工序列<220〉<223〉功能C02固定；代碼BMS10344;基因cbbLlmisc一feature〈222>(101).(101)n是a,c,g或t89aaggcaaggctgttctcactgaggcggccaagcactcccccgaactcaagatygccatgg60aaacgtggaaagagatcaagttcgarttcgatacggtcgan10190101<212〉DNA<213〉人工序列功能C02固定;代碼BMS薩3;基因cbbL2〈220〉<221〉miscfeature(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t90ccccgagtacgtgcctttggactctgatatcttagcctgtttcaaaattacgccacaacc60aggggtggatcgtgaag卿ccgccgccgcggtagccgccn10191皿DNA人工序列功能C02固定;代碼BMS10069;基因cbbM〈221〉misc—feature(101)..(101)n是a,c,g或t<400〉91atggaccagtcctcacgttatgccgatctctctctgcgcg卿aagatctgatcgccggt60ggcaagcacatactggttgcctacaaaatgaaacccaaagn101<210〉92101〈212〉賺<213〉人工序列〈220〉功能C02固定;代碼BMS10325;基因cbbM<221〉misc一feature(101)(101)<223〉n是a,c'g或t92ggtcaggccaagctgttctcgatgaacatcaccgcygacgaccaytacgaratgtgcgcc60cgcgccgactacgcgctcgaagtcttcggccccgacgccgn101〈210>93101〈212>DNA〈213>人工序列功能C02固定；代碼BMS64;基因cbbSl<221〉misc_feature(IOI),.(IOI)n是a，c，g或t93ggcaactactggtatatgtggaagttgcccatgttcggcgaaacggacgtggacaccatt60ctgaaagaagcggaagcctgccataaggcgaatccccatan101<210〉94101<212〉DNA〈213〉人工序列功能C02固定;代碼BMS廳O;基因cbbS2misc一featu:re〈222>(IOI)..(IOI)〈223〉n是a，c,g或t94cgcatcaacatactactggtacatgtggaaactgcccatgttcggcgagcagtcagtgga60caccgttattgccgaactggaggcatgccatcgcgcccacn101<210〉95〈211〉101<212〉DNA人工序列〈220〉功能C02固定;代碼BMS203;基因cbbS2〈220〉<221〉misc—feature(101).(101)n是a,c,g或t〈400〉95gggctcagattcagtacattgtcgctcagggttggaaccctgcagtagagcatgtcgagc60ccagtcgctcgttcacgcattactggtacatgtggaagctn101<210〉恥<211〉101腿〈213〉人工序列〈220〉misc一feature(101).(101)〈223〉n是a，c,g或t〈400>96gcggacatccgcaagcaggtcgagtacctggtctccaagggctggaacccggccatcgag60cacaccgagcccgagcacctgatggactcgtactggtacan10197<211〉皿DNA〈213〉人工序列〈220〉<223〉功能C02固定；代碼BMS10006;基因ppcmisc—feature〈222〉(101).(101)〈223〉n是a,c,g或t97gggactytacagygaratygccgtyaccccrctgtttgaraccattcacgatctggagcg60tatggatrctgtcatgtccacgctgctcgataacccggttn10198〈211〉101DNA〈213〉人工序列功能C02固定;代碼BMS10137;基因ppc〈220>〈221〉misc—feature<222〉(101).(101)<223〉n是a,c，g或t〈400〉98aggaagtgatgctcggctattcggacagcaacaaggacggcggcttcctcacgtcgaact60gggagctctatcgcgcggaactggcgctcgtcgatctgttn101<210〉99101<212〉腿人工序列<220〉<223〉功能C02固定；代碼BMS1032;基因ppcmisc—feature(IOI),.(IOI)〈223〉n是a，c，g或t99caggaggtcatgctcggctattccgactcgtgcaaggacggcggcatcctcgcgtcgaac60tggaacctctatcaggcgcagctttcgatcatcgcactgan101100<211〉101腿人工序列<220〉功能C02固定；代碼BMS9;基因prkmisc一feature(IOI)..(皿)n是a，c，g或t<400〉100gggcgctgtcgatgtaaccaattacgtcgatctgctggtgggtgtggtgccggtggtcaa60cttggagtggattcagaagattcaccgtgacaatgcccagn101101101DNA人工序列〈223>功能C02固定；代碼BMS1098;基因prkmisc_feature(101).(101)〈223〉n是a,c，g或t<400〉101gccgaagccgaaggcaatttctcgttcagccacttcggcccgcaggccaaccatttcgac60aagctcgcggaactgttcaagacctatggcgagaccggcgn皿102101DNA人工序列〈220〉〈223>功能能量代謝；代碼BMS誦9;基因aaC<220〉misc一feature(皿)，.(IOI)n是a，c，g或t102gtcgacagtcatatttatgcgggttatcgggtaccrcctttctatgaytccatgatcggy60aaaatcatcgccttcgggggtgaccgcgaggaagccaacan101103101<212〉DNA人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS誰0;基因aaC<221〉misc_feature(101).(101)n是a，c,g或t103ggggcatgcggatcgtccatcaggaaagtgaattcgaaaacgctctccatgcagcccaga60cggaagcttttcaggccttcggatcgaaagaggtttacatn101104101DNA人工序列<220〉<223〉功能能量代謝；代碼BMS564;基因aaC<221〉misc—feature(101)…(101)<223〉n是a,c,g或t104ggtggccgaaatttcggccaagggatataacccgcatgtgaagcttgacgagtaccgcac60ccgcgagactccgcgcatgcctgatttcaggcctgtgctgn101105<211〉101DNA〈213〉人工序列功能能量代謝；代碼BMS10001;基因aaC〈221>misc—feature〈222〉(101)…(101)<223〉n是a，c,g或t105ctgtcgttcccggaagtcagggagcgatctcgtctgaagaggaagccatcacgctctccc60gagaaatcggctatcccctgatcatcaaggcttccgcaggn101106<211〉101<212〉DNA人工序列<223〉功能能量代謝；代碼BMS10235;基因aaCmisc_feature(101)..(101)〈223〉n是a，c,g或t〈400〉106cgagacagtgttctccgatgtaagcagagarttytayttccttgarttaaayaamgryt60acaagttgaacatccaataacagagaccatattcagaatan101107101DNA人工序列功能能量代謝代碼BMS748;基因aaCmisc一feature(101)..(101)<223〉n是a,c'g或t〈400〉107gggaggtggagcaggagtgggtattataaaggttgataatcctagtgaactagctgaggc60ttttgaaagaagcaaaagattagcgtactctgcctttggcn101108〈211>101DNA人工序列〈220〉<223〉功能能量代謝；代碼BMS10331;基因aaC〈220〉misc_feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a,c，g或t108cgtcgggyttcacgttcatcggcccgcgccccgacaacatccgcctgatgggcgacaaag60tcgcggccaagcaggccatgatcgacgccaaggtgccctgn101109<211〉101<212〉腿人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS10034;基因accAmisc—feature(101)…(101)n是a,c,g或t<400〉109tattatcggcggtctggcgcgcttcaatggacagccgatcgtctggatgggacatcagaa60gggccgygacacyaaggaaaaratycagcgyaaytttgggn101<210〉110101〈212〉醒人工序列功能能量代謝；代碼BMS271;基因accA〈220〉misc—feature(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t110gggcccaggaaaggccgacggctctcgactatatccagcggctctgcacccagttcatcgaaattcacggtgaccgttccttcagggatgacccttccatn〈210〉111101<212〉DNA人工序列〈223〉功能能量代謝；代碼BMS翻7;基因accA<221〉misc一feature(101),(101)<223〉n是a,c,g或t111ggcgaccgcgcgttcgcggacgaccagtcgatcgtcggcggccttgctcgcttcaacggccatgcgtgcatggtgatcggccatcagaagggccgcg3tan112DNA〈213〉人工序列功能能量代謝；代碼BMS897;基因accA<220〉miscfeature(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t112cgatcctgaccttcatcgacaccccgggcgcctatcccgggatcggtgcagaggagcgcg60gccagtcggaagcgatcgcccgcaacctctatgtcatggcn101〈210〉113101〈212>DNA人工序列功能能量代謝；代碼BMS99;基因accB〈220>〈221>misc_feature<222〉(101).(101)n是a,c,g或t<400〉113ccagggctatatgatcaaatcccccatggtcgggactttttatcgcgcatcctctccgga60atctccacccttcgtggaagaaggcagcatggtgaaggccn101114101DNA〈213〉人工序列功能能量代謝；代碼BMS204;基因accB〈221>misc—feature<222〉(101).(101)〈223〉n是a，c,g或t<400〉114atggatatccaattcattcgtcgccttgccgaattacttgaaaaaagcgctattgacgaa60attgaagttgtggaaggtgaaagtaaggtgcgtattacccn101<210〉115〈211〉101■<213〉人工序列〈220〉功能能量代謝；代碼BMS342;基因accB<221〉misc_feature(101)..(101)n是a,c，g或t115gaatccggcatctccgaactggaagtcaccgaaggcgaaggtaaggtgcgcatcgtcaag60aacgcgccgccggtctatgtgcagccgtcggccggcttcgn101〈210〉116101DNA〈213〉人工序列<223〉功能能量代謝；代碼BMS458;基因accBmisc一feature(101)..(101)n是a，c，g或t〈400>116catctccgaactggaagtcaccgaaggcgaaggtaaggtgcgcatcgtcaagaacgcgcc60gccggtctatgtgcagccgtcggccggcttcgcgccgcagn101<210〉117101<212〉DNA人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS986;基因accB<220〉<221〉misc—feature(101),,(101)n是a,c，g或t<400〉117atggatctcagaaaactgaaaaagctcattgatctggtcgaggcctccggcatcgccgaa60ctcgaaatcaccgaaggcgaggaaaaggtccgcatcgccan101<210〉118101〈212>艦人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS誦9;基因accD<220〉<221〉misc—feature<222〉(101).(101)〈223〉n是a，c，g或t〈400〉118ctggattttttcctggatgcagaaccgcgcctggaaattgccaaggaatatgtccccgtt60gatcccctgcgyttcaargatcagaagcgctayaaggagcn101101DNA〈213〉人工序列功能能量代謝；代碼BMS217;基因accD<221〉raise—feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a，c，g或t〈400〉119gggttcctgagggattgtggatcaagtgttccctctgtcgacaaattgtctaccggaaag60aagtcgaaaaagcaggaaaagtctgtccgaaatgc犯ttan101〈210>120101腿<213〉人工序列<220〉功能能量代謝;代碼BMS10215;基因accDmisc一feature〈222>(皿)，.(IOI)n是a,c，g或t120cccgagggcctgtgggtcaagtgcccgtcgtgcgaggccgtgctgtaccgcaacgacgtc60gatgcgaatcagcacgtgtgcccgaagtgcgatcaccacan101<210〉121101〈212〉DNA人工序列功能能量代謝；代碼BMS694;基因accDmisc—feature(101).(101)n是a，c，g或t121gggtctcgaagatgccgtcaaggtcggagagtgtcggatcgagggaatcccgaccgttct60tggtctcttctcctttcatttcatgggaggatctatggggn101122101DNA〈213>人工序列功能能量代謝；代碼BMS928;基因accD<220〉<221〉misc一feature(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t122cccagttgtcgcgcaaccggctgcccttcgtttcggtgctgaccgacccgacgatgggtg60gcgtttccgccagcttcgcgatgctcggcgacctgatcgtn101<210〉123101DNA人工序列功能能量代謝；代碼BMS101;基因gltA<221〉misc—feature(101)(101)n是a，c,g或t<400〉123ggaaccgaactttgcgccaggtctggagggtgtggctgcaacccagtccagcatttccaa60catcgatggcgctgccggcctgctgagttaccgtggttttn101<210〉124101DNA<213〉人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS10147;基因gltA<221〉misc—feature<222〉(IOI),.(IOI)n是a，c,g或t124atgaccccgtctgatgttaaagccacgctatcgttcagcgataattcgccgagcgtcgaa60ctgccgatctacaagggtacgatgggccccgacgtgatcgn101125皿<212〉DNA人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS10229;基因gltAmisc—feature(101)…(101)n是a，c，g或t<400〉125ctctttgaaattgcagtraaactygaggaacttggtgtaaargarttcggtggcaaaggg60aatatatccaatacagattattattccggcatagttttcan101126〈211〉101DNA人工序列<223〉功能能量代謝；代碼BMS723;基因gltA〈220〉<221〉misc一feature(皿)..(皿)n是a,c,g或t〈400>126taagaagtatcttgacattgctgaaagacttgaaaagttaggagtag幼acattctcagg60taaaggagtctatccaaatacagacttctactcagggattn101<210〉127101〈212〉廳人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS755;基因:gltA<220〉misc一feature<222〉(101).(101)n是a，c,g或t127tat卿agaaaggagggtaataagccaagaattcc卿gccctcagatagttttgcaaaaagctttcttttagcgagtttcgctaggg犯cctactacagn128101腿<213〉人工序列〈220〉<223〉功能能量代謝；代碼BMS804;基因gltA〈220〉misc一feature(IOI).,(IOI)n是a，c，g或t128acgcatcaacctttgcctcattagttgtagcctctactttttcagatttatattcttcta60tagtagctgggatatcagcattgaaagggcctttgcacggn101129101DNA人工序列功能能量代謝；代碼BMS10243;基因gltAmisc一featui-e(101)..(101)<223〉n是a，c,g或t<400〉129catcggarayaaagttcaagtggaayaaggeiteicggacagrgaygttgcagcag朋atga60tcggcagga/tgtc柳gataaccgtgaacgtgtacaggcan101130<211〉101<212〉DNA人工序列〈223〉功能能量代謝；代碼BMS1014;基因gltA〈220〉misc_feature<222〉(101).(101)n是a,c，g或t130acgaaggcctgctgtactaccggggctacccgatcgaccaactcgcctaccagtcggact60tcatggaagtcagctacctgctgctgcacggcgaactgccn101〈210〉131<211〉101DNA人工序列<223〉功能能量代謝；代碼BMS50;基因idhmisc一feature〈222〉(101)..(101)n是a，c,g或t〈400〉131gtgaccatggcgcatgttcagattccggctcaggggaagcccatcacccaggtggacggg60gtgctgcgggtgcccgatcaaccgattattcccttcatcgn101132<211〉101DNA人工序列功能能量代謝；代碼BMS275;基因idhmisc一feature(IOI)..(IOI)n是a，c,g或t132gggtcaggatatctggaacgcctccgtgcgcgtgttcgatgccgctgtcgaaaaagctta60caagggc犯gaaa幼agtggtctggttcgaagtgtatgccn101〈210〉133101<212〉DNA人工序列功能能量代謝；代碼BMS542;基因idh<221〉misc一feature(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t134<211〉101〈212〉DNA〈213〉人工序列<220〉<223〉功能能量代謝；代碼BMS646;基因idh〈220〉miscfeature(101),(101)n是a,c，g或t<400〉134agagtggaaagaaattcttgtaggggacaaagcactgaaagagaaaaatgatcgtttccc60ggaagaatcacaggaggcaataaaacaataccgtgtactgn101135101〈212>DNA〈213〉人工序列〈223>功能能量代謝；代碼BMS669;基因idh〈220〉misc一feature<222〉(IOI)..(IOI)〈223〉n是a,c,g或t〈400〉135gggagtgatgatgctccgctggatcggtgaaaatgccgccgcggacaagatcgagaaggg60catgaacaaggttctggccgaggccaagaccctgacctacn101101<212〉DNA<213〉人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS742;基因idh<221〉misc—feature(IOI).,(IOI)〈223〉n是a，c,g或t〈400>136acaaaagaaagtcacccaggatatagcgagatacctaggtatcacacctctaggaacaaa60ggaatatactgacacacttgtgcaaataatggactccttcn101〈210〉137101〈212〉廳〈213>人工序列<220〉<223〉功能能量代謝；代碼BMS778;基因idh<221〉misc一feature<222〉(101)…(101)n是a,c，g或t101〈212>DNA〈213〉人工序列<220〉〈223〉功能能量代謝；代碼BMS823;基因idh<220〉misc一feature(101)..(101)n是a，c，g或t〈400〉138ggcata/ta/ttcaagtgaaggaggatggaacccttcaggttccagatagagtaactatagg60atatatagagggcgatggaataggacctgatatatcaaagn101formulaseeoriginaldocumentpage87人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS57;基因pdhA<220〉misc一featu:ren是a,c,g或t141caacggtcgagcgtatgcgccaagaggttcaggaagaagtggcagatgcggtcacttttg60ccgaacagagcgccgcaccggatatggaggatgcctggaan101142DNA人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS10222;基因pdhAmisc—feature(101).■(101)n是a,c，g或t<400〉142gtccgggatgcaagaccgatttttcttacctgcgcctgtcgccagccggcaaggtgcgca60aaccccccatcgacgtcgcccccgccgacacgagcgacttn101143101<212〉廳<213〉人工序列<220〉<223〉功能能量代謝；代碼BMS758;基因pdhA<221〉misc一feature(101).(101)〈223>n是a,c，g或t143gggatttgtgcatctctatgtaggtgaagaggctgtagctgtaggggttatgagtacgct60aagagatgatgactatataactagtacgcatagaggacatn101〈210〉144101<212〉腿<213〉人工序列功能能量代謝;代碼BMS819;基因pdhAmisc—feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a,c，g或t144cagatctggaaatccgattctggtggaggcgagaagctacaggatggggccgcattcaac60atcggacgatcccagcaagtaccgcaagaacgaggtgcagn101145101醒人工序列功能能量代謝；代碼BMS854;基因pdhAmisc—feature〈222〉(101)(101)n是a，c，g或t145gtgtttacgttgatggaaacgacttcataaaaacttacaatgccgtaaaggaggctgttg60aatacgcaagatcaggaaatccgatacttgtcgaggccagn101146<211〉101〈212〉DNA人工序列<220〉〈221>misc一feature〈222>(101)..(101)<223〉n是a,c，g或t〈400〉146gtggttcccgctactccgcaggatgcctactggcagttgcgccaagccatccgcagcgat60gatcccgtgatagttctcgagcatgagttgctctatttcgn101147101腿〈213>人工序列功能能量代謝；代碼BMS138;基因pdhBmisc—feature(101)…(101)n是a,c，g或t147cggcgatgctgggtctgcgcccggtggtcgaaatcatgaccatcaattttgctttgtttg60ccattgacgccatcatcaacatggccgccaagatcccgttn101148101DNA人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS225;基因pdhB〈221>misc_feature〈222>(101).(101)<223〉n是a,c,g或t148agatgcaaagggactgatgctttcctccatcgaggacaacaatcctgtcctgatctttga60acaccgctggctcatgaaaaggaaaggggccgttccggaan101149101DNA人工序列功能能量代謝；代碼BMS10180;基因pdhBmisc一featu:re<222〉(101),(101)n是a，c，g或t149gcggctctacaacggcccgttcgacggccaccacgaacggccggtgacgccgtggagcaa60gcatccggcgagcctcgtgcccgacggctactacacggtgn101150101〈212〉DNA人工序列功能能量代謝；代碼BMS637;基因pdhB〈220〉misc一feature(101)…(101)n是a，c,g或t〈400>150tatttttgataaaaaggttaatttcgcctgtgccggaattgtaggttcatcttttccctc60tgcacttggagcagccctggcatcgaaactcgatggtaaan101151<211〉101<212〉DNA人工序列<220〉<223〉功能能量代謝；代碼BMS653;基因pdhBraise—feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t151atgactcagatgac肌tggtaaaagcactgaacagcggtttaaataatgccatggagaga60gatgattccatcatacttctgggagaagatgttggtaccgn101152101<212〉廳人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS704;基因pdhB<220〉misc—feature(101)..(101)n是a，c，g或t152accacggagggtcttctggcaacgtacggagattggcgggtccgggacacgcccatctcc60gagaacagctttaccggcctcggcgtgggagcggccatggn101153〈211>101DNA<213〉人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS750;基因pdhB<221〉misc一feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a,c，g或t<400〉153atacacccattactgaacaaacatttatgggcattagcgttggcgctgcttcctctggct60tacacccagttgtttcattaa/tgttcgtagactttctaggn101<210〉154101<212〉DNA<223〉功能能量代謝；代碼BMS814;基因pdhB<221〉misc—feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t<400〉154atgaacatggttcaggcactgaacagtgcaatggatctcaagatgtccgaggatgacagc60gtaataatactcggagaggacgtaggcagggatggaggtgn101<210〉155<211〉101腿人工序列<223〉功能能量代謝；代碼BMS865;基因pdhBmisc一featu:re(101)..(101)n是a，c,g或t〈400〉155catttacaccgcaatggatcaaataataaatcagatggcaaagalaaggtacageitctgg60tggagattacacagtgccgcttgtccttaggactcctgttn101156101薩<213〉人工序列<220〉功能能量代謝；代碼BMS1041;基因pdhBmisc一feature〈222>(101),,(101)n是a，c，g或t156cttcggctataacatttctgtgcactggtgcctgaaagccgccgaaatcctcgacaagca60gtacggcatctcggccgaggtcgtcgacctttattcgctcn101<210〉157〈211〉101DNA人工序列〈223>功能趨化性和移動性；代碼BMS149;基因flhAmisc一feature(IOI)..(IOI)n是a，c，g或t〈400>157gataaaagcgtggctttggggtataccgtagtggacccggccaccgtcattgccacccag60ttgcaccagattctccaaagccatggtgcggacttactggn101158101腿人工序列<223〉功能:趨化性和移動性；代碼BMS264;基因:flhAmisc—feature(皿)..(IOI)n是a，c,g或t158gggaaaaacaggagtttgccgatcatcagttttgaccggagatgggaagatgtgtttctc60aagcaggccgcacagacaccgcagggatcgcccctcgcccn101<210〉159101DNA人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS10328;基因flM〈220〉misc—feature(IOI)..(IOI)n是a，c，g或t<400〉159gggatggctcagcacgacatgagcttcgccgcggcgggcaagaactacacgctgctcacg60atcggcgacggcctcgtcgcgcagatcccgtcgctcgtgan101<210〉160101〈212〉廳人工序列功能:趨化性和移動性；代碼BMS612;基因flhAmisc一feature(101),,(101)<223〉n是a,c,g或t<400〉160tgtgacttccatgttcatgctttccccgcttgaattttccatttttccttcgcttctgct60ggttaccacgctgctgcgtcttgctcttaacgtggcaagtn101161101<212〉DNA人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS144;基因flhB<221〉misc—feature(101)..(101)n是a，c，g或t〈400〉161gggaaatggcgcgccggcgga/tg3tggcagccattcctaaagccgatgtcattgtgacca60acccaacccactatgccgttgccctgcgttataaagaaggn101〈210〉162101DNA人工序列功能趨化性和移動性;代碼BMS265;基因flhB<220〉<221〉misc—feature<222〉(101)..(101)162agccgcgaggtcggttcgctgttttttctgatctcggcccttctcctgttcggcgcgacc60ggacacggcatcatggtcagtcttgaagaccagatggccan101163101<212〉DNA<213〉人工序列<223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS10113;基因flhBmisc一feature〈222〉(101)..(皿)n是a,c，g或t〈400〉163gcaccatgctgcacaccgcattctcgttcgaccgcgcagccgcgttcgatacgaaccgga60tgctgtcgcacgcgggcacgctgagcctcgaagggctctan101164〈211〉101<212〉麗A人工序列<223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS631;基因flhB〈220〉<221〉misc一feature〈222〉(101).(101)n是a，c，g或t164caagctggcgctcatgctgctgccca/tca/tgctgtttctcgcgcttgtggcgtatgtggt60catccgtctgcaggtgggcaaactg'tgggcgcccaaagttn101165〈211>101DNA<213〉人工序列<220〉功能:趨化性和移動性；代碼BMS983;基因flhB〈220〉<221〉misc一feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t<400〉165ctggccaaggtcggtctgctcggcggcgttgccgcatggctcgtctggtcgaacgtcgag60gcgatcgtgagcctgagcctcgaagcacccacggccgcgan101166〈211>101DNA<213〉人工序列misc一feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a,c,g或t<400〉166atgccaaacgtatttacacgttc鄉灘acctgcgcaagaaagctatgcaatggtggtct60gataaaagtcagcaacacaagttatttattctcataggcgn101167<211〉101DNA人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS238;基因fliF<221〉miscfeature(101)…(101)n是a,c，g或t〈400〉167gggaaagtggcttctccgccgctggggccgaacaatacctcggaaacgcgctactccaag60aaaaaacagatcgcccattatcatgtcagccggacggaccn101168<211〉101腿<213〉人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS10124;基因fliF〈220>misc—featu:re(101)..(101)168aacagcgcgttctcggccgcggccgatccgttcgcgaacctgccgtggtggcgccagccg60gacatgatcgaactcggcaaggacatcgcgaaatggctggn101〈210>169〈211〉101<212〉DNA人工序列功能:趨化性和移動性；代碼BMS582;基因:fliF<221〉misc—feature(101)…(101)<223〉n是a,c,g或t〈400〉169gggcaagattctgtactaccccaa卿cgaacagtcgcttgacggcatgacctccaccca60gctggaacacaagctgaccatgcagcagaatttcgaacgcn101170〈211〉101〈212〉DNA人工序列〈220〉功能趨化性和移動性；代碼BMS687;基因fliF〈220>misc—feature(101)(101)n是a，c,g或t〈400>170CCCCttgggCCCC33gg3tgg33CgC3g3Cg犯3t3ttcg肪g33g33gg3t3tCg33C360ctacgacgtgagccataccatgagccacatcgttctccccn101171101<212〉DNA<213〉人工序列〈223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS933;基因fliF<221〉misc—feature<222〉(101)..(101)n是a,c,g或t171tcaccgtcgtcgaccagaacggcaatctgctgtccgacgccggcaaggccccgcgcgtca60acggcatggatccgagccaga/tcaaatacgtgcaagagctn101172〈211〉101<212〉DNA人工序列<220〉<223〉功能:趨化性和移動性；代碼BMS179;基因fliG<220〉misc_feature<222〉(101),,(101)n是a,c，g或t172atggctgatctgacaggccgtacaggcacgttgaatagtgggttggattatgccgcagtc60tttctcctgggcgtcggcccagatgatgcttctttgattan101173101DNA人工序列<223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS288;基因fliG<221〉misc一feature<222〉(101)…(101)n是a,c,g或t173gggaaggagcaggcggacaagattctcgagatgatgaacgatcaggaagggagcagtctc60cagtcgctgaagtggatggatcccaaatccatcgccaaccn101174<211〉101鵬〈213〉人工序列<220〉功能:趨化性和移動性；代碼BMS10110;基因fliG<221〉inisc—feature(101)..(101)<223〉n是a,c,g或t174ctgaaggcttgaacaagagcgcgctcctgctgatgtcgatcggcgaggaagaggccgcgc60aggtattcaaattcctcgcgccgcgcgaagtgcagaagatn101175〈211>101DNA<213〉人工序列<220〉功能趨化性和移動性;代碼BMS528;基因fliG<220〉misc_feature(皿)..(IOI)〈223〉n是a,c，g或t175cttatcagcaacctgccggcaggtgtgcgccccgaagtgctgatgcgccttgccaaactg60gaagcagtgcccgaagacatgctgatggaagtggacaaggn101〈210〉176101<212〉DNA人工序列〈220>功能趨化性和移動性；代碼BMS675;基因fliG<221〉misc一feature<222〉(101).(101)n是a，c,g或t176tcacgagtctcggcgtcagccggatcgagaagacggcgaaccttttgaacgagatggacc60gctccacctcggaggggatcctcgacttcatcagccagaan101〈210〉177101〈212〉DNA<213〉人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS961;基因fliG〈220〉<221〉misc一feature(101)..(101)n是a，c,g或t〈400〉177caacttcatgagcggcgaaaacgaggcaatcgcgatggagtacctgaaaagctacgaccc60cgacatggcgcagaagatcatggacgagatgttcgtgttcn101178101〈212>DNA〈213>人工序列<223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS150;基因fliM<221〉miscfeature〈222〉(101).(101)〈223〉n是a，c，g或t178atggtacaggatattctttctcaggatgaagtggatgccctatttaagggcatgtcagat60ggtgatgtcgaaatgcacgctgaacctgagcctgatccggn101〈210〉179〈211>101腿人工序列〈223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS316;基因fliM<220〉misc一feature<222〉(101)…(101)n是a，c,g或t<400〉179tggaaaaccggagatgtcttttccctggaccggtatgtcagcgagcctgtggaggttcgc60gtggagggcatcctccgctttctggggaggcccggaatttn101180101〈212〉DNA人工序列<223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS簡1;基因fliMmisc一feature(IOI).,(IOI)n是a,c，g或t180gcctcgaaatcatcaacgatcgcttcgcgcgcctcttgcggatcggcatcttcaacttca60tgcggcgcacggcggaaatctccgtgagccaggtgaaggtn101181<211〉101DNA人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS628;基因fliM〈220><221〉misc—feature(101).(101)<223〉n是a,c,g或t181ctgccattgtgccgcccagtgacgttgttgtggtcatcacctttgaggtggaactggaat60cggccatcggttcgctggttatgtgtctgccgtatgccacn101〈210>182101DNA人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS665;基因:fliMmisc_feature(IOI).,(IOI)n是a，c,g或t182ccccgtctccacggagatgatcaagtttggggagttcatcaagaaaatccctctcccgtc60gaacatcaacattcttcgcctcgaaccgatgaaacgcaacn101183101<212〉DNA<213〉人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS1011;基因fliMmisc—feature(101)(101)<223〉n是a，c，g或t〈400〉183atgcgcatacggaa組tcaacggccagtacaccctgcgcgtcgaaaagctgttgtcgac60cagcgcggtcgaaccgaaaacaggagagcagcatgtctgan101184<211〉101<212〉DNA人工序列功能:趨化性和移動性；代碼BMS332;基因fliNmisc—feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t<400〉184gatcgcgcagggcgaagtggtggtcgtcaacgacaagttcggcatccggctcaccgacat60catcacgccgtccgaacgcatccggaagctgaaccgatgan101〈210〉185<211〉101DNA<213〉人工序列〈220〉<223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS472;基因fliN<220〉misc_feature(101),■(101)n是a,c，g或t〈400〉185gatcgcgcagggcgaagtggtggtcgtcaacgacaagttcggcatccggctcaccgacat60catcacgccgtccgaacgcatccggaagctgaaccgatgan101<210〉186〈211〉101DNA<213〉人工序列<220〉<223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS1079;基因fliN<221〉misc_feature<222〉(IOI).,(IOI)<223〉n是a,c，g或t186gaagacaccacgcaaacgatcgccgaggacgattgggccgcggcca/tggccgagcaggcc60gcgccggccgccgcccccgcccccgagatcttcaaggaatn101187101畫人工序列〈220><223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS216;基因motA<221〉misc—feature(IOI)..(IOI)〈223>n是a，c，g或t<400〉187gggagatggaaattcccattcatgccctggttcgtaccgccgacggaatgcctgccttcg60gtattgttgctgcggtaatgggcgtggtaaa/taccatgggn101<210〉188101〈212〉腿<213〉人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS廳7;基因motA〈221>misc—feature(101)…(101)n是a，c，g或t188catcatcggcaacggcatcaagacgatcaaggcgacgctgcgcgtgctgcccacgctgtt60caagggctcgaagtacaacaaggacatctacatggagctgn101〈210〉189〈211〉101DNA<223〉功能趨化性和移動性；代碼BMS1082;基因motA<220〉misc—feature101)n是a,c,g或t<400〉189cctttctcgtcggcaacaacaacaaggtgatcaaggcgacgctgaaggccttgccgaccg60tgctcaaaggctcgaagtacacgcgcgcgctttacatggan101190〈211>101賺〈213〉人工序列〈220〉功能趨化性和移動性；代碼BMS195;基因motB〈220〉misc_feature〈222〉(101).,(101)n是a,c,g或t190gggacgtgccaacgctgttcgccaggtgctggttcagaatggtctggatgaaagtaaaat60actg卿gtagtcggcatgggatcggcggtgttgtacgtgn101191101<212〉DNA〈213〉人工序列〈223>功能趨化性和移動性；代碼BMS10108;基因motB<221〉misc一featu:re(101).(101)n是a,c,g或t〈400〉191aggtgaagctgatggcrgccatcgaggcgaatccgacgctgcgccagttcaagcagcaga60tccgcatcgattcgacgctgatggggctgcgcatcgaaatn101192<211〉101〈212〉DNA人工序列功能趨化性和移動性；代碼BMS912;基因motBmisc一feature(101),(101)n是a,c，g或t〈400>192ggccaatgttcaacctcgcgagcgccgagttgcagccctataccaaggtcatcctgcacg60agatcgcacaggtcctcaacgacgtcgaaaaccgcatcagn101<210〉193<211〉101腿<213〉人工序列〈220〉功能鐵氧化；代碼BMS薩1;基因cycl<221〉misc—feature<222〉(101)…(101)n是a,c,g或t193atgatggaaaccgggtgaatcccatcatgcagcccgtggcggaaaagctgaccaaccggc60aaa/tgcgggaggtggcggcttatctgtccggtctgcattgn101194101〈212〉DNA人工序列功能鐵氧化；代碼BMS10057;基因cyc2〈220>misc一feature〈222〉(101)(101)<223〉n是a，c,g或t194gggtatcggcacttacgaagcctatatttttgggcaggataaggccaactggctctactt60cgaggcggacggatacaccaacgcggacggtattggtgtan101195101<212〉DNA<213〉人工序列功能鐵氧化;代碼BMS124;基因cycA<220〉misc—feature(101)…(101)〈223〉n是a,c,g或t〈400〉195aagatggtggccatggtatctgtcgtgtttattggtatgggtgcgatgccttttgacaca60attgcttatggagcggcaagcgcaccgaacagcaagattgn101<210〉196〈211〉101〈212〉DNA人工序列<220〉功能鐵氧化；代碼BMS腿3;基因cycA2〈220>〈221>misc—feature〈222〉(101),.(101)<223〉n是a，c，g或t196gggacacgtttacgatcccaaactcgtggccgaagggaaaaagctgtacttcggtggtct60gcccgacaaacacatgccggcctgcatggcctgccatggcn101197<211〉101<212〉醒<213〉人工序列〈223〉功能鐵氧化；代碼BMS10042;基因rusmisc—featu:re〈222〉(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t197gcccaacatcaaacccatcgtcgcgggtaccggattcagtcctgttcccaagggtggaaa60gttcggrtayacggayttyacctggcatccgacrgccggcn101<210〉198<211〉101<212〉DNA人工序列<223〉功能氮代謝；代碼BMS10066;基因匿H<221〉misc—feature(101)(101)<223〉n是a,c，g或t198atgaaagtacgtgcacaatttgctctcgtttttaatctagataagtgcatcggttgtcat60acatgctcggtgacctgcaaaaatacctggaccaaccgtcn101199101腿<213〉人工序列功能氮代謝；代碼BMS10100;基因匿H<220〉raise—feature(皿)，.(IOI)n是a，c,g或t<400〉199aactgggaagacgacctcggcggcgagttcaagtcgcgcagccgcgacaagctgttcgag60gccgtgcaaaaggagatgtactcgacgttcgagaacacctn101<210〉200〈211〉101DNA人工序列<220〉功能:氮代謝；代碼BMS999;基因narHmisc—feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a，c，g或t200atgaaagtcagagcgcaattcgccttcgtcttcaacctggacaagtgcatcggatgtcac60acctgctcggtgacctgcaagaacgtctggaccaaccgcan101201<211〉101DNA〈213〉人工序列功能氮代謝；代碼BMS10064;基因nifK<221〉misc—feature(IOI)..(IOI)〈223〉n是a，c，g或t201gcggaagtgatcggtgacgacctgaacgccttcatcaaaacctccaaggaaaagggcagc60gtaccagaagaatatgatgtgcctttcgcccatactccggn101101<212〉謹〈213〉人工序列〈220〉功能氮代謝；代碼BMS698;基因nifK<221〉raise—feature(IOI)..(IOI)<223〉n是a，c，g或t〈400〉202aaaaaggatcggttccccaggaatacgatgttccctttgcccataccccggccttcgtgg60ggtcgcacatcaccggctacgacaatgcgctgaagggaatn101<210〉203101腿〈213〉人工序列〈220〉<223〉功能氮代謝；代碼BMS284;基因nirAmisc一feature(IOI)..(IOI)〈223〉n是a，c，g或t203ggggcctgcggagacga/tacgagaaacatcaccacctgcccgatgagcggtctggatccc60catcccgaaaacaatttttcgga/tctggtcgaagaagcgan101<210〉204〈211〉101<212〉DNA功能硫同化；代碼BMS76;基因cysl〈221〉misc一feature(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t<400〉204caggtgttggccatagccgaagccgtgctcattacccagcgtgaccacggagaccgaagc60aatcgaagccacgcccgcctcaaatacacggtagaccgtan101205101〈212〉畫人工序列<220〉功能:硫同化；代碼BMS737;基因cyslmisc_feature〈222〉(101)…(101)〈223>n是a,c，g或t〈400>205tagagaaatatcagttgtatgttggtggaggaatgggcgagaataatggttatccgacat60tttctgctttagcacttcctttgggtacagtaagtgaggan101206〈211〉101<212〉DNA人工序列<220〉功能硫同化；代碼BMS772;基因cyslmisc一feature(IOI).,(IOI)n是a,c，g或t206ctggatatccctcacca/tctctaaaactgactacgagacaagctattcaatttcaccacg60taaagaaaagggatttacctaaccttataagagaggtcgcn101207101DNA人工序列<223〉功能硫同化；代碼BMS800;基因cyslmisc—feature(101),,(101)〈223>n是a,c，g或t207tagatgctatagttaggatacaacaagaatggggtgatagaaagaatcgtcerttgggcta60ggttgaaatatttagtatataaaatgggagtagaatggatn101208101腿人工序列<220〉<223〉功能:硫同化；代碼BMS46;基因cysj<220〉misc—feature<222〉(IOI)..(IOI)<223〉n是a,c,g或t<400〉208ggggttgcctcgacatttctggcggatcgtgtcgccatcggccggcctgtacccatattt60atcgaacccaatgccgaattccggctacccgaagattccgn101209101腿人工序列〈223〉功能硫同化；代碼BMS300;基因cysj<220〉misc_feature<222〉(101).(101)n是a，c,g或t209aacggcgtgcacggggtgacaagggccgcaactggttgttctttggcgagcacacgcagc60caccgatttctactatcgcgacgaacttgctagctagctan101210101<212〉DNA<213〉人工序列〈220〉功能硫同化;代碼BMS10168;基因cysj<220〉misc一feature(101).(101)n是a,c,g或t210tcgcggctcgtcgcgaacctgcggctcaacgagccgggtgcggcgaaggacacgcgctgc60gtgtcgctgtcgrcggacggcgcggcgatcgaatacgaaan101211〈211>101腿〈213>人工序列功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS789;基因doxAmisc—feature(IOI),.(IOI)n是a,c，g或t211aggtactgggcagtgggcatatggaaacgttgtaggacctctatttaataactctaagct60tccaaaacttgaaa/taacatacataagtgcatccccagagn101<210〉212101<212〉腿人工序列<220〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS809;基因doxA〈220><221〉misc一feature(101)..(101)n是a,c，g或t<400〉212ctccgcaaggcttatgcttgatcatgaatatcactgatattgatggtccagatgcatatc60cagcatctgctcccttaatggaaatatctaatggaacatgn101213<211〉101腿〈213〉人工序列功能硫化化合物的氧化還原；代碼BMS760;基因doxD<221〉misc一feature(101).(101)n是a,c,g或t213gtgggaaagatggcaaataaacaagtcgtagataacctaactagaaaggaatacttgttc60cctataaggttcgcagtaggttggatgttcttcgatggagn101<210〉214<211〉皿〈212〉廳人工序列<220〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS793;基因doxDmisc一feature(101)…(101)n是a,c,g或t〈400〉214tattcttagttataggacttttgacaagattagctgcctttggtgcagctgtaatggcta60ttggtatggctccagcttactggttaggttcaacgtgcgan101215101〈212>DNA〈223〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS10027;基因doxDAlmisc—feature<222〉(101).(101)n是a，c，g或t215ccccgga/tcatcaggagaaagatcatgggtagtgcaacgagcgtaaacggcagtacattt60tcagtggacagaggatggcgcctggcggcgatagggctgcn101216101〈212>腿〈213〉人工序列<220〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS620;基因dsrAmisc一feature〈222>(IOI)..(IOI)〈223〉n是a，c，g或t〈400〉216atatctgggacctgcgcggttccggcctgaccaacatgcacggctccaccggtgacatcg60ttctgctgggtaccaccactccccagctggaagagattttn101〈210〉217101〈212>DNA人工序列〈220〉功能硫化化合物的氧化還原；代碼BMS10336;基因dsrA<220〉misc—feature(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t217ggcccttcgctgcggacctcgatgtcctgcgtcggcgccgcacgctgcgagcattcctgt60tatgacgaggcccatgcgctgcgcactgtcatcaacaacan101218101賺人工序列功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS575;基因dsrB<220〉misc_feature(101).,(101)n是a，c,g或t218tgtgcgaaatcccgctggccgttgcttcctgccccaccgccgctgttcgtcccaccaagg60ttgaactggacggcaaaaaggtgaacagcatcgccatcaan101219〈211>101〈212〉DNA<213〉人工序列<220〉〈223〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS955;基因dsrBmisc_feature(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t219tcaagctgtcgacctcctgctgcgaaatcaactgcggcggccaggctgacatcgccatca60tcgtccagcacaccaagccgccgaagatcaaccacgatctn101220101<212〉DNA人工序列〈220>功能硫化化合物的氧化還原；代碼BMS978;基因dsrC<221〉misc_feature(101)…(101)<223〉n是a,c，g或t220aggctatctggtcgacctgtcgcagtggaacgaagacatcgccaagtacatggccgtcga60agaaaaagtcgaactgaccgacagccactggg83gtcgtcn101221<211〉101〈212〉DNA<213〉人工序列〈220〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS998;基因dsrEmisc—feature(101)…(101)n是a,c，g或t221tcaaggacgaactccttgcccccggattccggatctccggactgggtcagttggtcgaga60tgggcattcagtacgatcgtctcgtgacgttcggtgattan101222101DNA〈213〉人工序列<220〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS908;基因dsrF<220〉<221〉miscfeature<222〉(IOI)..(IOI)〈223〉n是a,c，g或t222ttcaccgacgacgggatctaccagttgatgaagggcatcgacaccaagggcatcgaggtc60aaggacttctcgaagacctatcgtgcgctggaaggctacgn101223<211〉101DNA〈213〉人工序列<220〉<223〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS579;基因dsrKmisc一feature〈222〉(IOI)..(IOI)<223〉n是a，c,g或t223gggtatttacaccttcatgggatatctgatgctcttccacgagatagggctggactatac60cctgtccacctacgcatcagaaggcggcaacttcggtctgn101224〈211〉101醒〈213〉人工序列<220〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS963;基因dsrK<221〉misc_featin:e(101)..(101)n是a，c，g或t224gtggcggctgctgaatttgacgttccggaactgaaggacgacatcgaagttcccaag3ta60aggga鄉ctcgatggcgcacgccaagtcgttcctcgcgcn101225皿〈212>醒人工序列<223〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS867;基因dsrL〈220〉<221〉misc_feature〈222〉(101)(101)〈223〉n是a，c，g或t225atggctgtcacgacgaacaaagcagcaaagaccgaaggcatgacgtggcgtcgctacaag60gatggcgagtcggaagcgaaca/tccgttcggctcaggaccn101〈210〉226101〈212〉DNA人工序列〈223>功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS547;基因dsrM<221〉misc一feature(101),,(101)<223〉n是a，c,g或t226gggattcgtgtacagaatcatggattgggcaaaatcgcccgttcctttccgcatcccgac60aacgagtggacagcagaaatctttgccctggatcaagcccn101〈210〉227101DNA人工序列〈223〉功能硫化化合物的氧化還原；代碼BMS900;基因dsrMmisc—feature(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t227ccagaagggcgtcatctaccggatggccaaggaagtcgtgctgttcgaatccctgttcaa60gtccaacaagtggatctgggtgttcggctggctcttccatn101228<211〉101DNA<213〉人工序列<220〉功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS893;基因dsrN<221〉misc—feature(101).(101)<223〉n是a，c,g或t〈400〉228ttctcgcgggctacgtgcatcgccgcggcgcgggggcgcgcggctggatcgtcccgtttc60tgaatcaggtacgcgcgcacaaggcgcgcgtttccgcttan101〈210〉229101薩人工序列功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS952;基因dsr0〈220〉〈221>misc—feature(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t229ccccgatagcgagatctcgaagcgtttgcgcgaactgcccaccaagcaggtgcgtgccga60cctcaagctcaataccggcgttcgctatcacggaatctaan101<210〉230<211〉101<212〉腿人工序列功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS1090;基因dsrPmisc一feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a,c，g或t230aactctacggcagcgcgatgctggcgccgatgttcatcatcatgtccttcgcctacggtc60tcgcgatctacctgatggtgctggttgctgcctacgcctgn101〈210〉231101腿人工序列功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS882;基因dsrS〈220〉misc一feature<222〉(IOI)..(IOI)n是a,c,g或t<400〉231acgacgcgctgtccccggaagacgagctccgcctgcacgtactcttcaacaccgagctgc60gggcggttcgcatcgacgagtcgagcatgaccctatgggcn101<210〉232〈211〉100<212〉DNA人工序列功能:硫化化合物的氧化還原；代碼BMS993;基因soxB〈400>232accacgctcaccgagatgacgggcgaaacgatcaagacgatcatggaagacgtcgccgac60aatctgttcaacgccgacccgtactaccagcagggcggcg100權利要求1.用於微生物樣品中檢測和鑑定基因的核苷酸序列陣列，所述基因編碼具有生物技術中相關活性的蛋白，其特徵在於該陣列包括附著於其表面的下列DNA片段中的一種、數種或者所有種a.至少一種特異鑑定編碼生物膜形成相關蛋白的基因的DNA片段；b.至少一種特異鑑定編碼CO2固定相關蛋白的基因的DNA片段；c.至少一種特異鑑定編碼能量代謝相關蛋白的基因的DNA片段；d.至少一種特異鑑定編碼趨化性和移動性相關蛋白的基因的DNA片段；e.至少一種特異鑑定編碼鐵氧化相關蛋白的基因的DNA片段；f.至少一種特異鑑定編碼氮代謝相關蛋白的基因的DNA片段；g.至少一種特異鑑定編碼硫同化相關蛋白的基因的DNA片段；h.至少一種特異鑑定編碼硫化化合物氧化/還原相關蛋白的基因的DNA片段；其中每種DNA片段都存在數百個拷貝，形成同源組分的斑點，並立體分布於支持物表面。2、dMsU怯求l所述的陣列，絲棘於特異鑑定編碼生物膜形餘關蛋白的基因的DNA片段，選自序列號1-86所I^IL^的DNA片^它們的反向互補序列，3、fc^，溪求2所迷的辭i〗，^!t絲於DNA片^i^^lDNA片段，或者在財所述片段產生的特務性的更狄列內，或者為勤以於其包賴任意子片段.4、d^M怯求3所迷的糊，絲絲於子片段艦狄50~70個核脊晚5、^']^求1所述的附,〗，^^絲於特異鑑定輛C02固定ii^關蛋白的基因的DM片銜&自序列號87-101所PIL^的DNA片^它們的反向互補序列.6、WUi]^求5所述的辭iJ，^it棘於DNA片^S^整的DM片段，或者在財所i^段產生的特務性的更長序列內，絲為勤以於其包賴絲子片艮7、:N5U怯求6所述的解'J，絲絲於子片段她狄50-70個核香酸,8、^^怯求1所述的輛，絲棘於特異鑑定編碼能量代綱關蛋白的基因的DM片銜逸自序列號102-156所限定的DNA片^它們的反向互補序列.9、N5U，J^求8所述的解i，^^Nt於DNA片IS^;整的DM片段，或者在財所述片段產生的特務ki的更M列內，或者為勤以於其包輛任意子片亂10、H5U'溪求9所述的附'J，^It棘於子片段M^5070個核苷酸.11、ft^，決求1所述的斷'j，^#4^於特異鑑定編^1|化|^#動性相關蛋白的基因的DNA片殷逸自序列號157-192和它們的反向互補序列所限定的DNA片艮12、d^'JJI"求ll所述的解iJ,^H^於DNA片^A姊DNA片段，或者在財所述片段產生的特務性的更M列內，或者為^f以於其包賴絲子片艮13、H5U'漆求12所述的解'J，^t絲於子片段to包含50"70個核苷14、M5U'漆求1所迷的l^'，^t4^於特異鑑定編^jMW目關蛋白的基因的DM片段選自序列號193-197和它們的反向互補序列所限定的DNA片15、fc^，J^求14所述的附'h^^棘於DNA片^A4H^DNA片段，或者在財所述片段產生的特務逸的更^列內，或者為勤以於其包輛絲子片亂16、M3U，J^求15所述的軒'J，^#棘於子片段線狄50"70個核苷亂17、H5U怯求1所述的輛，絲絲於特異狄編碼氮f^關蛋白的基因的DNA片班先自序列號198-203和它們的反向互補序列所fl^的DNA片艮18、ftwM，決求17所迷的P^'，^4^i4於鵬A片lfcl^DNA片段，或者在^所述片lt產生的特;^l生的更M列內，M為勤以於其包^任意子片亂19、N3U'決求18所述的解i，^#棘於子片段艦包含50"70個核苷酸.20、fc^'決求1所述的陣列，^#^於特異鑑定編>^同^4目關蛋白的基因的DNA片段逸自序列號204-210和它們的反向互補序列所限定的DNA片21、H5U')^求20所述的陣列，^^棘於DNA片^i錄DNA片段，或者在財所述片段產生的特務性的更辦列內，或者為勤以於其包含的絲子片艮22、N5U'溪求21所述的陣列，^^ML於子片段M包含50"70個核香23、dkM快求1所述的解'J，絲棘於特異鑑定^WW^M:i^f4B關蛋白的基因的DM片銜&自序列號211-232和它們的反向互補序列所限定的DNA片亂24、H5UiJ^求23所述的解iJ，^t棘於DNA片lftA4H^DNA片段，或者在絲所述片段產生的特異逸的更甜列內，或者為勤以於其包賴任意子片艮25、N5U慎求24所述的柳絲絲於子片段艦狄5(F70個核香酸.26、在觸物#^中檢勸膝因的方法，所錄因編^W生物^^中相關活性的蛋白，^N^於^:a.^j^U，決求1所述的辭'JJlft|m6^#^^#i6^^#^.b.孵育後，^WMij以除去未雜交的栴&DNA片段，c.對顯示樹的糊徵泉進行顯影，確定《^>%^"涉及下列功能活性的蛋白的基因存在於#^中生物膜形成、C02固定、能量代謝、趁化^^動性、4*fl^、氣代謝、疏同^Mt27、^，決求26所^4#^物#^中鑑狄因的方法，所ili^^^r有生物絲中相關活性的蛋白，^#棘於如果需要，還fe^在:M5U'決求1所迷的l^'JJi^育^ie^酸^M^前實施的下列在先步聚a.M4^物絲提絲晚和/或b.利用被#^的或者易於#^的核苷酸，蹄酸#^。進行片段4沐標絲酸瓶全文摘要本發明公開了一種用於在微生物樣品中快速和同時鑑定某些基因存在的核苷酸序列陣列，所述基因編碼具有生物技術中的相關活性的蛋白，和使用該陣列鑑定上述基因的方法。具體的，鑑定的是編碼涉及生物膜形成、CO2固定、能量代謝、趨化性和移動性、鐵氧化、氮代謝、硫同化和硫化化合物的氧化/還原的蛋白的基因。在所有需要評價微生物群落質量的情況下，該核苷酸序列陣列是一種有效的生物技術工具。文檔編號C12Q1/02GK101275168SQ20081009517公開日2008年10月1日申請日期2008年3月12日優先權日2007年3月13日發明者杜阿爾特A·阿拉韋納,塞普爾韋達A·馬斯,J·烏加爾德,斯託爾岑巴赫K·埃倫費爾德,N·盧瓦拉,巴爾德坎託斯P·帕拉達,奧爾鮑姆R·巴迪利亞申請人:拜奧希格馬公司