用於評估b細胞淋巴瘤對抗cd40抗體治療的響應性的方法
2023-12-03 01:58:11 1
專利名稱：用於評估b細胞淋巴瘤對抗cd40抗體治療的響應性的方法
技術領域：
一般而言，本發明涉及預測、評估、幫助評估具有B細胞淋巴瘤的或者對抗CD40抗體治療的響應性的領域，及用於治療鑑定為抗CD40抗體治療候選者的個體的方法。
背景技術：
⑶40是腫瘤壞死受體超家族的I型跨膜蛋白質。⑶40是涉及B細胞增殖和分化、 免疫球蛋白同種型轉換、及細胞存活力的重要分子。受體信號傳導由CD40結合CD40配體 (⑶40L或⑶154)來啟動，⑶40配體主要在活化的⑶4+T細胞上表達。在正常細胞上，⑶40在具有高度增殖潛力的細胞上表達，包括造血祖細胞、上皮和內皮細胞，及所有抗原呈遞細胞(樹突細胞、活化的B淋巴細胞、和活化的單核細胞)。CD40 在數種類型的B細胞血液學惡性腫瘤上高度表達，包括多發性骨髓瘤、非何杰金氏淋巴瘤 (NHL)、和慢性淋巴細胞性白血病(CLL)。CD40在B細胞惡性腫瘤上的高表達使之成為基於抗體的癌症療法的誘人的潛在靶物。CD40還在大多數膀胱癌、顯著比例的其它實體瘤(包括頭頸癌、腎細胞癌、卵巢和肺癌)上表達。抗⑶40抗體及其用於治療B細胞血液學惡性腫瘤的用途已有記載。參見例如美國專利 6，946，129 ；6，843，989 ；6，838，261 ；WO 2000/075348 ；US-2002-0197256 ；WO 2006/U8103 ；和WO 2007/075326。已經顯示了人源化抗CD40抗體經由直接信號轉導在血液學腫瘤細胞的一個子集中誘導⑶40陽性細胞的生長抑制和凋亡。WO 2006/128103 ； WO 2007/075326。另外，人源化抗⑶40抗體經免疫效應器功能殺死腫瘤細胞，包括抗體依賴性細胞的細胞毒性(ADCC)和抗體依賴性細胞的吞噬(ADCP)。在體內，使用多發性骨髓瘤(MM)和非何杰金氏淋巴瘤(NHL)的異種移植物模型，抗⑶40抗體在重度聯合免疫缺陷 (SCID)小鼠中遏制腫瘤生長並改善存活。在數種模型中比較抗CD40抗體與利妥昔單抗 (Genentech,Inc.)揭示了抗⑶40抗體的抗腫瘤活性至少像利妥昔單抗一樣有效。啟動了臨床試驗在具有復發性和頑固性多發性骨髓瘤(MM)、復發性非何杰金氏淋巴瘤(NHL)Jg 性淋巴細胞性淋巴瘤(CLL)、或復發性瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)的患者中測試人源化抗⑶40抗體。雖然已經顯示了抗⑶40抗體能誘導⑶40陽性細胞的生長抑制和凋亡，而且在多種類型的B細胞淋巴瘤患者中可具有抗腫瘤活性，但是並非所有B淋巴瘤細胞都對由抗 CD40抗體介導的細胞死亡敏感。仍然需要為B細胞淋巴瘤患者對抗CD40抗體療法的響應性鑑定一種或多種預測標誌物。通過述及完整收錄本文中所引用的所有參考文獻(包括專利申請和出版物)。發明概述本發明提供了用於預測、評估或幫助評估具有某種類型的B細胞淋巴瘤的受試者對抗CD40抗體治療的響應性的方法和組合物。一方面，本發明提供了用於評估或幫助評估具有B細胞淋巴瘤的受試者對抗CD40 抗體治療的響應性的方法，包括與參照水平比較來自所述受試者的B細胞淋巴瘤樣品中選自下組的至少一種標誌物基因的測量表達水平UAP1、BTG2、⑶40、VNN2、RGS13、⑶22、LM02、 IFITMl、CTSC、CD44、PUS7、BCL6、EPDRl、IGFlR 和 CD79B。另一方面，本發明提供了用於在具有B細胞淋巴瘤的受試者中預測抗CD40抗體治療的響應性或監測治療/對抗CD40抗體治療的響應性的方法，包括與參照水平比較來自所述受試者的B細胞淋巴瘤樣品中選自下組的至少一種標誌物基因的測量表達水平 UAP1、BTG2、CD40、VNN2、RGS13、CD22、LM02、IFITMl、CTSC、CD44、PUS7、BCL6、EPDRl、IGFlR 和 CD79B。另一方面，本發明提供了用於預測、評估或幫助評估具有B細胞淋巴瘤的受試者對抗CD40抗體治療的響應性的方法，包括下述步驟(a)測量自所述受試者獲得的包含B 淋巴瘤細胞的樣品中選自下組的一種或多種標誌物基因的表達水平IFITM1、⑶40、RGS13、 VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRU UAPU PUS7、和 BCL6 ；並(b)基於來自步驟(a)的一種或多種標誌物基因的測量表達水平預測所述受試者是否有可能響應抗CD40抗體治療。在一些實施方案中，測量來自該組的至少兩種、至少三種、至少四種、 至少五種、至少六種、至少七種、至少八種、至少九種、至少十種、至少i^一種、至少十二種、 至少十三種、至少十四種、或十五種標誌物基因的表達水平並用於預測、評估、或幫助評估。 在一些實施方案中，所述預測、評估、或幫助評估是通過與參照水平比較一種或多種標誌物基因的測量表達水平來確定的。在一些實施方案中，參照水平是基於如下樣品中相應標誌物基因的測量表達水平而確定的值或範圍，所述樣品包含B淋巴瘤細胞且來自在抗CD40抗體治療後腫瘤體積增大或縮小的受試者。在一些實施方案中，來自用於確定參照水平的受試者的樣品與來自對抗CD40抗體治療的響應性預測的受試者的樣品包含相同類型的B淋巴瘤細胞。在一些實施方案中，使用基於一種或多種標誌物基因的測量表達水平確定的敏感指數值來預測或評估響應性。在一些實施方案中，通過使用本文所述K-最近鄰居分析 (nearest neighbors analysis)對受試者歸類來預測或評估響應性。另一方面，本發明提供了用於為具有B細胞淋巴瘤的受試者製備個性化基因型序型(personalized genomics profile)的方法，包括下述步驟(a)測定自所述受試者獲得的包含B淋巴瘤細胞的樣品中選自下組的一種或多種標誌物基因的表達水平IFITM1、 CD40、RGS13、VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRl、UAP1、PUS7、和 BCL6 ； 並(b)生成總結步驟(a)中獲得的一種或多種標誌物基因的表達水平的報告。在一些實施方案中，測量來自該組的至少兩種、至少三種、至少四種、至少五種、至少六種、至少七種、 至少八種、至少九種、至少十種、至少i^一種、至少十二種、至少十三種、至少十四種、或至少十五種標誌物基因的表達水平並用於生成個性化基因組序型的報告。在一些實施方案中， 所述報告包括對所述受試者推薦抗CD40抗體治療。在一些實施方案中，所述推薦是通過與參照水平比較標誌物基因的測量表達水平而確定的。在一些實施方案中，參照水平是基於如下樣品中相應標誌物基因的測量表達水平而確定的值或範圍，所述樣品來自在抗CD40 抗體治療後腫瘤體積增大或縮小的受試者且包含B淋巴瘤細胞。在一些實施方案中，由基於標誌物基因的測量表達水平確定的敏感指數值來確定所述推薦。在一些實施方案中，通過使用本文所述K-最近鄰居分析對受試者歸類來確定所述推薦。另一方面，本發明提供了用於預測、評估或幫助評估具有B細胞淋巴瘤的受試者對抗CD40抗體治療的響應性的方法，包括下述步驟(a)測量自所述受試者獲得的包含B 淋巴瘤細胞的樣品中選自下組的至少兩種標誌物基因的表達水平IFITM1、⑶40、RGS13、 VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRl、UAPl、PUS7、和 BCL6 ； (b)基於步驟(a)中的標誌物基因的測量表達水平通過下述方程計算敏感指數值(Si)
權利要求
1.一種用於預測具有B細胞淋巴瘤的受試者對抗CD40抗體治療的響應性的方法，包括下述步驟(a)測量自所述受試者獲得的包含B細胞淋巴瘤細胞的樣品中選自下組的一種或多種標誌物基因的表達水平BCL6、IFITMl、CD40、RGS13、VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、 CD44、CTSC、EPDRl、UAPUP PUS7 ；並(b)使用K-最近鄰居分析基於來自受試者的樣品和類別已知的參照樣品中一種或多種標誌物基因的表達水平將受試者歸為響應或不響應受試者。
2.權利要求1的方法，其中所述測量表達水平是標準化的。
3.權利要求1的方法，其中所述參照樣品是自已經測試了對抗CD40抗體治療的響應性的受試者獲得的包含B淋巴瘤細胞的樣品。
4.權利要求3的方法，其中所述參照樣品與所述來自預測對抗CD40抗體治療的響應性的受試者的樣品包含相同類型的B淋巴瘤細胞。
5.權利要求1-4任一項的方法，其中在對受試者歸類時測量並使用至少兩種、至少三種、至少四種、至少五種、至少六種、至少七種、至少八種、至少九種、至少十種、至少i^一種、 至少十二種、至少十三種、至少十四種、或所有十五種標誌物基因的表達水平。
6.權利要求5的方法，其中在對受試者歸類時測量並使用BCL6、IFITM1、CD22、IGF1R、 CD44、EPDRUP UAPl 的表達水平。
7.權利要求1的方法，其中步驟(b)中對受試者歸類如下進行(1)確定參數K； (2)計算來自受試者的樣品中標誌物基因的測量表達水平與每一參照樣品中相應標誌物基因的表達水平之間的差異；C3)通過選擇那些來自受試者的樣品和參照樣品之間絕對差異加權平均值(WAAD)最小的樣品來確定最近參照樣品；(4)基於K最近參照樣品的已知類別來確定受試者的類別。
8.權利要求7的方法，其中K-最近鄰居分析中的參數K為4、5、6、7、8、9、10、11、12、或13。
9.權利要求1-8任一項的方法，其中所述抗CD40抗體治療是用激動性抗CD40抗體進行的治療。
10.權利要求9的方法，其中所述激動性抗⑶40抗體刺激⑶40且增強⑶40和⑶40配體之間的相互作用。
11.權利要求9的方法，其中所述激動性抗⑶40抗體包含SEQID NO :1所示重鏈胺基酸序列和SEQ ID NO 2所示輕鏈胺基酸序列。
12.權利要求9的方法，其中所述激動性抗CD40抗體刺激CD40且不增強或抑制CD40 和⑶40配體之間的相互作用。
13.權利要求1-12任一項的方法，其中所述B細胞淋巴瘤是瀰漫性大B細胞淋巴瘤 (DLBCL)。
14.權利要求1-12任一項的方法，其中所述B細胞淋巴瘤是非何杰金氏淋巴瘤。
15.權利要求14的方法，其中所述非何杰金氏淋巴瘤是濾泡性淋巴瘤、套細胞性淋巴瘤、邊緣區淋巴瘤、或小淋巴細胞性淋巴瘤。
16.權利要求1-15任一項的方法，其中所述樣品是福馬林固定、石蠟包埋的活檢樣品。
17.權利要求1-16任一項的方法，其中所述一種或多種標誌物基因的表達水平是通過所述一種或多種標誌物基因的RNA轉錄物水平測量的。
18.權利要求17的方法，其中所述RNA轉錄物是通過qRT-PCR測量的。
19.權利要求17的方法，其中所述RNA轉錄物是通過微陣列測量的。
20.權利要求1-16任一項的方法，其中所述一種或多種標誌物基因的表達水平是通過所述一種或多種標誌物基因的蛋白質表達水平測量的。
21.一種用於預測具有B細胞淋巴瘤的受試者對抗CD40抗體治療的響應性的試劑盒， 包括用於測量來自受試者的包含B淋巴瘤細胞的樣品中選自下組的一種或多種標誌物基因的表達水平的試劑BCL6，IFITMl，CD40, RGS13, VNN2, LM02, CD79B, CD22, BTG2, IGF1R, ⑶44，CTSC，EPDRl，UAPl和PUS7，及關於使用K-最近鄰居分析基於來自受試者的樣品和類別已知的參照樣品中所述一種或多種標誌物基因的表達水平將受試者歸為響應或不響應受試者的說明書。
22.權利要求21的試劑盒，其中所述試劑包括用於通過qRT-PCR檢測所述一種或多種標誌物基因的表達水平的至少一對引物和至少一種探針。
23.權利要求22的試劑盒，其中所述引物對和探針選自下組SEQID N0:102、103和 104 ；SEQ ID NO :108、109 和 110 ;SEQ ID NO :27、28 和 29 ;SEQ ID NO :60、61、和 62 ;SEQ ID NO :93、94、和 95 ;SEQ ID NO :24、25、和 26 ;SEQ ID NO :57、58、和 59 ;SEQ ID NO :90、91 禾口 92 ；SEQID NO :114、115、禾口 116 ；SEQ ID NO :126、127、禾口 128 ；SEQ ID NO :30、31、禾口 32 ；SEQ ID NO :63、64、禾口 65 ；SEQ ID NO :96、97、禾口 98 ；SEQID NO :12、13、禾口 14 ；SEQ ID NO :45、46、 和 47 ；SEQ ID NO :78、79、禾口 80 ；SEQ ID NO :141、142、禾口 143 ；SEQ ID NO :150、151、和 152 ； SEQ ID NO :159、160、禾口161 ;SEQ ID NO 15、16、和17 ;SEQ ID NO :48、49、和50 ;SEQ ID NO: 81、82、和 83 ;SEQ ID NO :9、10、和 11 ;SEQ ID NO :42、43、和 44 ;SEQ ID NO :75、76、和 77 ； SEQ ID NO :6、7、和 8 ;SEQ ID NO :39、40、和 41 ;SEQ ID NO :72、73、和 74 ;SEQ IDNO :174、 175、和176;SEQ ID NO :180、181、和182 ;SEQ ID NO 186、187、和188 ;SEQ ID NO :165,166, ^P 167 ；SEQ ID NO 168、169、和 170 ;SEQ ID NO :171、172、和 173 ;SEQ ID NO :21、22、和23 ； SEQID NO:54、55、和56 ;SEQ ID NO :87、88、和89 ;SEQ ID NO 129、130、和131 ;SEQ ID NO: 132、133、和 134 ;SEQ ID NO 135、136、禾口 137 ;SEQ ID NO :138、139、禾口 140 ;SEQ ID NO :147、 148、和 149;SEQ ID NO 156、157、和158 ;SEQ ID NO 177、178、和179 ;SEQ IDNO :183、184、 和 185 ；及 SEQ ID NO 189、190、和 191。
全文摘要
本發明提供了對於預測或評估具有B細胞淋巴瘤的患者對抗CD40抗體治療的響應性有用的方法和試劑盒。
文檔編號C12Q1/68GK102459639SQ201080027267
公開日2012年5月16日 申請日期2010年4月17日 優先權日2009年4月18日
發明者B.伯林頓, D.多南 申請人:健泰科生物技術公司