一種與豬肉pH性狀相關的SNP分子標記及其應用的製作方法
2023-05-30 12:31:46
一種與豬肉pH性狀相關的SNP分子標記及其應用的製作方法
【專利摘要】本發明屬於家畜分子標記製備【技術領域】，具體涉及一種與豬肉pH性狀相關的SNP分子標記的製備與應用，從豬的miR-29原初轉錄本即miR-29-b2/c簇中克隆獲得一種作為分子標記應用的與豬肉pH性狀相關的基因片段，其核苷酸序列如序列表SEQ?ID?NO.1所示，在SEQ?ID?NO.1的632bp處有一個T632-C532的鹼基替換，導致NcoI-RFLP多態性。本發明還公開了製備與豬肉質性狀相關分子標記的方法以及製備的分子標記在豬肉豬肉pH性狀多態性檢測中的應用，為豬肉質性狀的標記輔助選擇提供了一個新的標記。
【專利說明】一種與豬肉PH性狀相關的SNP分子標記及其應用
【技術領域】
[0001] 本發明屬於家畜分子標記製備【技術領域】，具體涉及一種利用miR_29c原初轉錄本單核苷酸多態性預測豬肉質性狀的方法及其分子標記，該方法具體與豬肉PH值相關的SNP分子標記有關。
技術背景
[0002]遺傳學標記主要包括形態學標記、細胞學標記、生化標記和分子標記。分子標記因其直接從DNA水平上反應個體間的差異，幾乎不受環境、發育階段、組織等的影響(陳旭，張元悅.2006)。分子育種不僅能大大縮短育種年限還能減少育種過程中的人力物力消耗，而且分子標記呈現多樣性，使其在動物育種中具有很大的潛力，因此分子育種在家畜育種被廣泛應用。目前應用比較廣泛的包括DNA指紋標記技術、微衛星標記、SNP標記等(於中偉.2009)。單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism, SNP),主要是指在基因組上由於單個核苷酸的變異而形成的遺傳標記，其數量很多，多態性豐富。其檢測方法包括PCR-SSCP，PCR-RFLP，測序及SNP晶片等。限制性內切酶片段長度多態性(RestrictionFragment Length Polymorphism, RFLP)是指由於不同品種(個體)基因組的限制性內切酶的酶切位點處的鹼基發生突變，或酶切位點之間發生了鹼基的插入、缺失等，導致酶切片段大小發生了變化，這種變化可以通過瓊脂糖電泳或聚丙烯醯胺凝膠電泳進行檢測，從而可比較不同品種(個體)的DNA水平的多態性(Beuzen N.D.，et al.2000)。
[0003]最近，科研人員提出了一個測評豬肉質量的新依據——豬肉的PH值，研究發現，高PH值和豬肉質量之間有著密切的聯繫，肉的pH可以用來作為評定肉新鮮度的參考指標。因此與肉的PH相關的基因可作為提高肉質性狀的候選基因。miciORNA是一類存在於真核生物的18-24bp的非編碼RNA(Lee et al, 1993)，它們在多種生物學過程中發揮重要的作用。MiR-29c位於9號染色體，參與多種不同的生命過程。研究結果表明miR-29在骨骼肌的發育過程中發揮重要的作用，miR-29可以促進骨骼肌分化(Wei Wei, et al.2013)，參與調節肌肉疾病(Perbellini et al.2010)。
[0004]目前，利用microRNA的單核苷酸多態性對豬肉質性狀的分子標記研究很少，本發明在miR-29c原初轉錄本上找到的與豬肉pH相關的SNP屬首次發現。
【發明內容】
[0005]本發明的目的在於克服現有技術的不足，提供一種與豬肉pH性狀相關的單核苷酸多態性(SNP)分子標記。本發明另一個目的在於提供與豬肉PH性狀相關的單核苷酸多態性分子標記的應用。
[0006]本發明的技術方案如下所述:
[0007] 申請人:從報導的豬miR-29b-2/c簇中克隆得到一種與豬肉pH性狀相關的SNP分子標記，其核苷酸序列如下所示:
[0008]
【權利要求】
1.一種與豬肉PH性狀相關的SNP分子標記，其核苷酸序列如下所示:
2.擴增如權利要求1所述分子標記的引物組合，其DNA序列如下所示: 正向引物:AITTCTGCCCGGTCACGAGT， 反向引物:TCCCCCTACATCATAACCGA。 反轉錄miR-29c的特異引物:
3.權利要求1所述的分子標記在豬肉pH性狀相關的SNP分子標記性狀檢測中的應用。
4.權利要求2所述的引物組合在豬肉pH性狀相關的SNP分子標記性狀檢測中的應用。
5.一種與豬肉pH性狀相關的SNP分子標記的製備方法，其特徵在於下列步驟: 提取豬基因組DNA，根據的豬miR-29b-2/c簇序列信息，選取miR-29_b2/C初始轉錄本上下遊各2000bp的序列設計PCR擴增引物組合，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2和3所示，用該引物組合進行PCR擴增，得到752bp的擴增片段，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，對所獲得的PCR產物酶切分型，進行基因型與豬肉pH性狀相關的SNP分子標記之間的關聯分析。
【文檔編號】C12N15/11GK103898231SQ201410156198
【公開日】2014年7月2日 申請日期:2014年4月17日 優先權日:2014年4月17日
【發明者】趙書紅, 張維婭, 李新雲, 曹建華, 朱猛進, 餘梅 申請人:華中農業大學