一種生物醫學知識庫的信息更新方法及系統與流程
2023-07-27 05:02:39 2
本發明涉及數據處理領域，具體涉及一種生物醫學知識庫的信息更新方法及系統。
背景技術：
隨著精準醫療技術的發展，精緻醫療越來越受到人們關注。讓每一個癌症患者在臨床上得到最大可能的實際獲益是醫療服務機構的宗旨。通過國際化和標準化的質控平臺，運用高通量二代測序檢測技術為代表的先進技術，基於生物醫學知識庫檢測所有與癌症治療密切相關的基因異常信息，為每一位患者提供醫療諮詢服務。整套檢測流程中生物醫學知識庫做為實驗室下機數據生成報告的數據支撐，其重要性不言而喻，知識庫信息的準確與否直接影響整個檢測報告的檢測結果。傳統的生物醫學知識庫管理流程中信息更新混亂，生物醫學知識庫更新難以控制，出現問題難以查找，直接導致了檢測報告頻頻出錯，甚至出錯了都不知道。
技術實現要素：
為了解決上述問題，本發明提供了一種生物醫學知識庫的信息更新方法及系統。本發明提供的一種生物醫學知識庫的信息更新方法及系統，讓信息更新的歷史可追溯查詢，同時分離在用生物醫學知識庫和管理生物醫學知識庫，提高在用生物醫學知識庫的使用性能。
本發明採用的技術方案如下：
一種生物醫學知識庫的信息更新方法，包括如下步驟：
第一生物醫學知識庫接收更新信息；第一生物醫學知識庫作為管理生物醫學知識庫，用於對在用生物醫學知識庫提供信息管理；
第一生物醫學知識庫將更新信息生成臨時版本信息；
第一生物醫學知識庫將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫；
第一生物醫學知識庫將臨時版本信息升級為正式版本信息並存儲；
第二生物醫學知識庫作為在用生物醫學知識庫，向用戶提供生物醫學知識，用於生物醫學研究的數據支撐和依據。
上述的一種生物醫學知識庫的信息更新方法，其中，所述第一生物醫學知識庫將更新信息生成臨時版本信息後，第一生物醫學知識庫判斷用戶是否通過審核更新信息，如果是，第一生物醫學知識庫將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫；如果否，第一生物醫學知識庫存儲臨時版本信息以及未通過審核的審核意見，第一生物醫學知識庫不將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫。
上述的一種生物醫學知識庫的信息更新方法，其中，所述第一生物醫學知識庫判斷用戶是否通過審核更新信息包括如下步驟：
第一生物醫學知識庫獲取與臨時版本信息對應的歷史版本信息；
第一生物醫學知識庫對比歷史版本信息與臨時版本信息；
第一生物醫學知識庫在歷史版本信息中突出顯示其與臨時版本信息的差異內容；
第一生物醫學知識庫獲取用戶根據所述差異內容給予的是否通過審核的審核意見。
上述的一種生物醫學知識庫的信息更新方法，其中，所述第一生物醫學知識庫在歷史版本信息中突出顯示其與臨時版本信息的差異內容包括如下步驟：
分別將歷史版本信息與臨時版本信息替換成html的textarea標籤或者inputtext標籤；
每個textarea標籤或者inputtext標籤設置為背景色透明；
創建與textarea標籤或者inputtext標籤等大小的pre標籤在其下層，pre標籤的字體顏色設置為白色；
通過事件監聽方式監聽歷史版本信息的textarea標籤或者inputtext標籤與臨時版本信息的textarea標籤或者inputtext標籤，對比內容是否一致；
當對比出歷史版本信息的textarea標籤信息或者inputtext標籤信息與臨時版本信息的textarea標籤信息或者inputtext標籤信息內容不一致時，將不一致處加上span標籤，span標籤設置背景色為高亮色。
上述的一種生物醫學知識庫的信息更新方法，其中，還包括：
第一生物醫學知識庫判斷用戶是否需要更新與更新信息對應的參考文獻；如果是，第一生物醫學知識庫自動分析更新信息內容中是否有需要更新的參考文獻，如果是，第一生物醫學知識庫通過網絡自動抓取的方式更新所述參考文獻。
一種生物醫學知識庫的信息更新系統，包括第一生物醫學知識庫與第二生物醫學知識庫，所述第一生物醫學知識庫的信息與第二生物醫學知識庫的信息通過唯一編碼建立映射關係；
所述第一生物醫學知識庫用於：
接收更新信息；
將更新信息生成臨時版本信息；
將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫；
將臨時版本信息升級為正式版本信息並存儲；
所述第二生物醫學知識庫用於生物醫學研究的數據支撐和依據。
上述的一種生物醫學知識庫的信息更新系統，其中，所述第一生物醫學知識庫還用於：
獲取與臨時版本信息對應的歷史版本信息；
對比歷史版本信息與臨時版本信息；
在歷史版本信息中突出顯示其與臨時版本信息的差異內容；
獲取用戶根據所述差異內容給予的是否通過審核的審核意見；如果是，第一生物醫學知識庫將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫；如果否，第一生物醫學知識庫存儲臨時版本信息以及未通過審核的審核意見，第一生物醫學知識庫不將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫。
上述的一種生物醫學知識庫的信息更新系統，其中，所述第一生物醫學知識庫通過顯示裝置分為三個區域同時向用戶顯示臨時版本信息、歷史版本信息、審核意見，用於顯示臨時版本信息的區域同時用於向用戶提供對其內容進行編輯的功能。
上述的一種生物醫學知識庫的信息更新系統，其中，所述用於顯示歷史版本信息的區域通過切換方式顯示不同的歷史版本信息。
本發明通過生成並存儲臨時版本信息，利用版本化管理在用生物醫學知識庫的更新，讓更新曆程可追溯查詢；本發明通過將管理生物醫學知識庫和在用生物醫學知識庫分離，從而提高在用生物醫學知識庫的響應性能；本發明提供第一生物醫學知識庫在歷史版本信息中突出顯示其與臨時版本信息的差異內容，實時高亮在線顯示對比差異，為信息更新降低錯誤風險，避免人工校驗即核對；本發明提供自動抓取參考文獻信息的更新動態，避免編輯人員手動維護會出現的遺漏。
附圖說明
為了更清楚地說明本發明實施例或現有技術中的技術方案，下面將對實施例或現有技術描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹，顯而易見地，下面描述中的附圖僅僅是本發明的一些實施例，對於本領域普通技術人員來講，在不付出創造性勞動性的前提下，還可以根據這些附圖獲得其他的附圖。
圖1是本發明一種生物醫學知識庫的信息更新系統的原理框圖；
圖2是本發明一種生物醫學知識庫的信息更新方法的流程示意圖；
圖3是本發明一種生物醫學知識庫的信息更新方法的中對第二生物醫學知識庫的變更歷史進行跟蹤查看流程示意圖；
圖4是本發明一種生物醫學知識庫的信息更新方法中的第一生物醫學知識庫在歷史版本信息中突出顯示其與臨時版本信息的差異內容的流程示意圖。
具體實施方式
下面將結合本發明實施例中的附圖，對本發明實施例中的技術方案進行清楚、完整地描述，顯然，所描述的實施例僅僅是本發明一部分實施例，而不是全部的實施例。基於本發明中的實施例，本領域普通技術人員在沒有作出創造性勞動前提下所獲得的所有其他實施例，都屬於本發明保護的範圍。
實施例
如圖1所示，一種生物醫學知識庫的信息更新系統，包括第一生物醫學知識庫與第二生物醫學知識庫，其中，第一生物醫學知識庫作為管理生物醫學知識庫，用於對第二生物醫學知識庫提供信息管理，具體包括對第二生物醫學知識庫的內容維護、歷史版本追蹤、版本審核、版本升級、更新、重新抓取參考文獻等；第二生物醫學知識庫作為在用生物醫學知識庫，用於生物醫學研究的數據支撐和依據，第二生物醫學知識庫包括基因知識庫、靶向藥物知識庫、精準治療案例知識庫、臨床試驗知識庫、腫瘤知識庫等，用於提取基因變異及位點數據、提取藥品數據、提取實驗記錄數據、提取參考文獻數據、提取其他知識庫數據等。
第一生物醫學知識庫與第二生物醫學知識庫通過唯一編碼建立映射關係；所述唯一編碼是當數據信息首次被第二生物醫學知識庫存儲時生成的系統內部的唯一數據id，該唯一數據id一經生成即確定，不再變更。
第一生物醫學知識庫用於日常的增、刪、改等操作，並進行審核和多版本管理，審核通過的正式版才會同步到第二生物醫學知識庫；第二生物醫學知識庫則用於生產系統中自動化生成報告時使用，系統從在用生物醫學知識庫中提取生成報告所需的相關生物醫學知識庫數據來生成檢測報告。
如圖2所示，一種生物醫學知識庫的信息更新方法，包括如下步驟：
第一生物醫學知識庫接收更新信息；
第一生物醫學知識庫將更新信息生成臨時版本信息；第一生物醫學知識庫判斷用戶是否通過審核更新信息，如果是，第一生物醫學知識庫將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫；如果否，第一生物醫學知識庫存儲臨時版本信息以及未通過審核的審核意見，第一生物醫學知識庫不將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫。所有的更新過程以及更新軌跡都是存儲在第一生物醫學知識庫中的，第二生物醫學知識庫中僅存儲經審核的最新信息。如果需要查看該最新信息的更新軌跡，可通過唯一數據id調用第一生物醫學知識庫中的相關內容；
當有新內容需要維護時，在第一生物醫學知識庫中生成一個此條數據的臨時新版本，此時對本條生物醫學知識庫數據的維護都是在維護此條臨時新版本的數據，當維護人員確定數據維護無誤時將此臨時版本提交審核，審核人員會收到第一生物醫學知識庫審核待辦通知。
第一生物醫學知識庫將臨時版本信息更新至第二生物醫學知識庫後，第一生物醫學知識庫將臨時版本信息升級為正式版本信息並存儲；
第一生物醫學知識庫判斷用戶是否需要更新與更新信息對應的參考文獻；如果是，第一生物醫學知識庫自動分析更新信息內容中是否有需要更新的參考文獻，如果有，第一生物醫學知識庫通過網絡自動抓取的方式將所述參考文獻更新至第一生物醫學知識庫及第二生物醫學知識庫。
在第二生物醫學知識庫信息更新的知識庫內容中會包含參考文獻的pmid(pubmed唯一標識碼)，所以在使用該第二生物醫學知識庫內容時，需要附上參考文獻。本發明系統會根據新版本和歷史版本對比找到內容中是否存在新增的參考文獻pmid，如果存在新的pmid，則會自動在網絡中將新增的pmid參考文獻的詳細內容抓取到知識庫資料庫中。
上述第一生物醫學知識庫判斷用戶是否通過審核更新信息包括如下步驟：
第一生物醫學知識庫獲取與臨時版本信息對應的歷史版本信息；
第一生物醫學知識庫對比歷史版本信息與臨時版本信息；
第一生物醫學知識庫在歷史版本信息中突出顯示其與臨時版本信息的差異內容；
所述第一生物醫學知識庫通過顯示裝置分為三個區域同時向用戶顯示臨時版本信息、歷史版本信息、審核意見。在第一生物醫學知識庫維護時，採用三屏顯示的在線可視化差異對比編輯技術。第一區域是歷史數據區域，用於顯示歷史版本的數據，並且可以切換歷史版本，同時會實時高亮顯示出歷史版本和編輯區每個編輯項目的差異。第二區域是審核意見區域，顯示的是審核駁回的意見，作為修改參考。第三屏區域是編輯區域，用於顯示臨時版本信息，並向用戶提供對該區域信息的編輯功能，在這個區域編輯要更新的內容，編輯的同時會實時對比歷史數據區域，並高亮顯示差異內容。
第一生物醫學知識庫獲取用戶根據所述差異內容給予的是否通過審核的審核意見。
有新版本生物醫學知識庫數據待審核時，審核人員在待審核頁面可以查看待審核的生物醫學知識庫數據，並能高亮顯示出和歷史版本的對比，能快速準確的定位修改位置和修改數據項以及內容。審核人員可以在有問題的地方標註審核意見，並駁回。當駁回後，系統自動將審核不通過版本保存為歷史版本，並將駁回版本升級一個小版本號，並返回給知識庫維護人員可以在維護頁面同時查看歷史版本數據以及每一個編輯項的審核意見來進行修改，修改後重新提交新版本。
當審核通過後，系統自動將此版本升級一個大版本號，升級為正式版，並準備同步到第二生物醫學知識庫。在同步到第二生物醫學知識庫之前，系統會判斷知識庫維護時是否需要更新參考文獻，如果需要對參考文獻進行同步更新，那麼系統會主動在線抓取參考文獻，參考文獻更新後，系統會將新版本的生物醫學知識庫數據自動同步到在用生物醫學知識庫中。
如圖3所示，當需要對第二生物醫學知識庫的變更歷史進行跟蹤查看時，可以使用版本信息跟蹤功能，能查看到知識庫數據的每個版本的內容信息，並且還可以查看每個版本之前變更歷程以及變更內容，並高亮顯示和前一個版本的差異，還包括了版本審核通過及不通過的意見。
如圖4所示，上述的一種生物醫學知識庫的信息更新方法，其中，所述第一生物醫學知識庫在歷史版本信息中突出顯示其與臨時版本信息的差異內容包括如下步驟：
分別將歷史版本信息與臨時版本信息替換成html的textarea標籤或者inputtext標籤；將要對比的區域替換成與之內容對應的html的textarea標籤或者inputtext標籤；
每個編輯標籤即textarea標籤或者inputtext標籤設置為背景色透明；
創建與編輯標籤即textarea標籤或者inputtext標籤等大小的pre標籤在其下層，pre標籤的字體顏色設置為白色，從而使頁面上看不到pre的文字；
通過事件監聽方式，監聽歷史版本信息的textarea標籤或者inputtext標籤與臨時版本信息的textarea標籤或者inputtext標籤，對比內容是否一致；在編輯框標籤上加上事件監聽，當編輯框內容變化時對兩個pre標籤內容進行更新，當比對出兩個區域內容不一致時，即找到所述差異內容；
當對比出歷史版本信息的textarea標籤信息或者inputtext標籤信息與臨時版本信息的textarea標籤信息或者inputtext標籤信息內容不一致時，將不一致處加上span標籤，span標籤設置背景色為高亮色。當比對出兩個區域內容不一致時，將比對的不同處加上span標籤，並設置span標籤背景色為高亮色，由於編輯器的背景透明，所以就將下面的pre標籤中的span高亮標籤顯示出來，從而實現出兩個編輯去不同內容高亮對比顯示的效果。
為了增強對在用生物醫學知識庫的管理、提高在用生物醫學知識庫性能、避免生物醫學知識庫數據錯誤，本發明提供一種管、用分離的多版本、可追蹤的生物醫學知識庫更新方法及系統。系統採用b/s結構，基於soa架構j2ee標準進行開發，使業務系統之間具有鬆耦合、高復用、維護靈活等特點。實驗室基於在用生物醫學知識庫生成檢測報告的工作中，在用生物醫學知識庫是檢測報告的數據支撐和依據，在用生物醫學知識庫的數據必須要準確無誤，並且檢索快速。所以要改變在用生物醫學知識庫的管理方法以及技術實現，從而提高檢索效率和準確性。
本發明解決了目前市面上的生物醫學知識庫系統中無法對變更歷程進行查詢的問題，引入了版本化概念，利用版本化管理生物醫學知識庫的變更，讓變更歷程可查。
本發明解決了當引入了多版本化生物醫學知識庫概念後，由於保存了歷史版本信息導致數據量變的巨大，導致使用和匹配生物醫學知識庫時變的性能低下的問題，本發明將在用生物醫學知識庫和管理生物醫學知識庫分離，從而以提高了在用生物醫學知識庫性能。
本發明解決了生物醫學知識庫混亂更新的問題，增加了版本審核功能，審核通過的版本才能正式進入在用生物醫學知識庫，增強了生物醫學知識庫的管理性，同時保證了信息的準確。
本發明解決了生物醫學知識庫系統中進行更新操作時無法進行在線對比差異，人工編輯時常忘記修改過的位置及內容，導致生物醫學知識庫有漏改、錯改的風險，同時修改人要花費大量時間進行校驗及核對的問題，本發明採用三屏顯示的在線可視化差異對比編輯技術，分為編輯區，歷史數據區，審核意見區，同時標記出每個歷史數據項和編輯區的高亮對比。
本發明解決了生物醫學知識庫系統中知識點內容中包含pmid(pubmed唯一標識碼，pubmeduniqueidentifier，是pubmed搜尋引擎中收錄的生命科學和醫學等領域的文獻編號)對應的參考文獻，現有系統不會進行處理參考文獻由知識庫編輯人員手動去維護參考文獻，知識庫編輯人員經常忘記同步更新對應的參考文獻，導致生物醫學知識庫內容無參考文獻信息或參考文獻信息不準確的問題，本發明使用在線自動抓取技術，當生物醫學知識庫內容變化時，自動分析內容中是否有需要更新的參考文獻，然後系統通過網絡自動抓取內容。
另外，本申請的一部分可被應用為電腦程式產品，例如電腦程式指令，當其被計算機執行時，通過該計算機的操作，可以調用或提供根據本申請的方法和/或技術方案。而調用本申請的方法的程序指令，可能被存儲在固定的或可移動的記錄介質中，和/或通過廣播或其他信號承載媒體中的數據流而被傳輸，和/或被存儲在根據所述程序指令運行的計算機設備的工作存儲器中。在此，根據本申請的一個實施例包括一個裝置，該裝置包括用於存儲電腦程式指令的存儲器和用於執行程序指令的處理器，其中，當該電腦程式指令被該處理器執行時，觸發該裝置運行基於前述根據本申請的多個實施例的方法和/或技術方案。
對於本領域技術人員而言，顯然本申請不限於上述示範性實施例的細節，而且在不背離本申請的精神或基本特徵的情況下，能夠以其他的具體形式實現本申請。因此，無論從哪一點來看，均應將實施例看作是示範性的，而且是非限制性的，本申請的範圍由所附權利要求而不是上述說明限定，因此旨在將落在權利要求的等同要件的含義和範圍內的所有變化涵括在本申請內。不應將權利要求中的任何附圖標記視為限制所涉及的權利要求。此外，顯然「包括」一詞不排除其他單元或步驟，單數不排除複數。裝置權利要求中陳述的多個單元或裝置也可以由一個單元或裝置通過軟體或者硬體來實現。第一，第二等詞語用來表示名稱，而並不表示任何特定的順序。
當然，對於本領域技術人員而言，顯然本申請不限於上述示範性實施例的細節，而且在不背離本申請的精神或基本特徵的情況下，能夠以其他的具體形式實現本申請。因此，無論從哪一點來看，均應將實施例看作是示範性的，而且是非限制性的，本申請的範圍由所附權利要求而不是上述說明限定，因此旨在將落在權利要求的等同要件的含義和範圍內的所有變化涵括在本申請內。不應將權利要求中的任何附圖標記視為限制所涉及的權利要求。
以上所述僅為本發明的較佳實施例而已，並不用以限制本發明，凡在本發明的精神和原則之內，所作的任何修改、等同替換、改進等，均應包含在本發明的保護範圍之內。