選擇人類腫瘤最佳療法的分子診斷和計算機決策輔助系統的製作方法
2023-05-10 22:12:01
專利名稱：選擇人類腫瘤最佳療法的分子診斷和計算機決策輔助系統的製作方法
技術領域：
本發明涉及疾病患者的治療方法，特別是用於預測哪種或哪些適合治療患者腫瘤的藥物是最佳藥物的計算機決策輔助系統和方法，上述選擇是建立在特定患者的基因型上。
2.現有技術許多人類腫瘤疾病可以用單一藥物或藥物組合治療，這在醫學界是眾所周知的。在特定情況下，醫學專業人士可能只從許多可治療特定腫瘤疾病的藥物中選擇一個或幾個藥物來治療某個患者，醫師的選擇是基於可知的最佳臨床數據。在某些情況下該數據僅包含臨床試驗的報告結果，該結果提示試驗表明某一種藥物對一定百分數的使用藥物的受試患者有治療腫瘤的效果。決策制定過程與與醫師使用許多藥物通過試錯法取得治療腫瘤疾病最佳機會的過程是一致的。
治療疾病，特別是腫瘤疾病的特定藥物的功效在患者與患者之間並不完全一致，這也是眾所周知的。一種對某一個患者的疾病有效的藥物可能對另一個有同樣疾病的患者無效。在某些情況下某一個藥物在患者群體中的功效在30％到70％。而且在整個人口中有一個或更多的特殊人群甚至不能作為有希望使用藥物的候選人。同時，用於治療腫瘤的某一種藥物會對患者產生副作用甚至對患者有毒。同藥物的功效一樣，某一種藥物引起的副作用在患者與患者之間也是不同的，某一個患者使用某一種藥物後可能只有很小的副作用而另一位患者卻可能有許多副作用，有的甚至是致命的。
有關某一種腫瘤藥物在特定人群中的功效和毒性的變異性在醫學界是眾所周知的。實際上，有著某一種基因型的患者對某一種特定藥物的反應是相似的，而有不同基因型的患者對同一種藥物的反應是不同的。因此，存在著一個已知的記錄這些發現的信息的資料庫—該資料庫常通過臨床試驗開發。實際上，隨著新藥的開發和對已知藥物的使用越來越多，資料庫也不斷增大。
鑑定一個特定患者的某一種基因進而測定患者的基因型的現有技術系統確已存在。在特定的現有技術系統中有用於測定某一個患者是否有某一基因型的方法，該檢測是通過使用檢測器裝置如由Vysis/Abbott製造並銷售的FISH裝置來完成的。在該現有技術中只能檢測一種基因和聯繫一種藥物。該系統只能向操作者提供某一基因在患者樣本中擴增程度的指示。
至於使用PCR技術，還沒有使用多種基因來檢測上市腫瘤藥物的功效的已知現有技術。
上述現有技術系統有多個潛在缺點。特別是，考慮到每次只能進行一次基因檢測和測定一種藥物，該現有技術系統不能有效地工作。為了檢測患者組織樣本中與多個藥物有關的多個基因型，必須反覆進行操作以測定基因與藥物的組合。大多數情況下這些組合是未知的。
而且，更明顯的潛在缺點是檢測器的輸出對操作者，如醫師或技術人員，很少有直接意義。實際上，使用該現有技術裝置的醫師或技術人員必須解釋檢測器的輸出以判別經典應用的眾多藥物中的某種藥物是否適合治療某一特定患者。為了進行該判別工作，操作者必須把檢測器一次或多次反覆檢測的輸出結果與多次臨床試驗所收集信息的原始資料庫進行比較，這些臨床試驗由醫學界總結試驗結果並特別指出何種腫瘤藥物已被試驗證明對治療某種基因型的患者有用。此外，藥物對個體基因型數據的反應常常是得不到的或尚未確定的。
上述現有技術的缺點還在於為了測定基因/突變是否存在於患者的樣本中或在患者樣本中的調控情況需要多次反覆操作，系統可能會產生錯誤。技術人員完全有可能會在一系列多種組織樣本中汙染或錯誤操作一個單個組織標本，而一個有缺陷的樣本經過正確處理有可能會顯示和產生需要的結果。而且，患者的腫瘤樣本可能也不夠多次測試的。在這種情況下，醫師可能會指定一種並非最佳的治療藥物，完全不知道經過檢測器用來測試的樣本中的某個樣本是有缺陷的。
因此，本發明的一個目的是提供一個系統，使醫師能使用它在許多可選擇藥物中確定對患者特定疾病真正最合適的藥物。
尤其是，需要根據患者的基因型決定具有最小毒性反應或其他副作用的最有效的藥物。例如，使用本系統，根據患者的基因型確定對治療腫瘤疾病最佳的某種藥物，確定對不同基因型的患者有不同的藥物。
為了解決某一藥物可能效果不佳，醫師在治療特定疾病時，如乳腺癌，會指定藥物組合。這些藥物組合可能會產生更嚴重或更多的副作用。本發明的另一個目的和願望就是確定治療特定疾病最有效的單一藥物或已知的藥物組合。
本發明的目的還在於清除用於指定抗腫瘤藥物的現有技術實踐的試錯法和向醫師提供診斷的工具和系統，根據個體患者的基因型在某一藥物開始治療前預測其結果。
本發明的目的還在於確定治療某種基因型的乳腺癌患者的最佳藥物。
本發明的目的還在於確定治療其他腫瘤疾病患者的最佳藥物。
本發明的目的還在於提供計算機決策輔助系統通過簡單的語言向醫師建議指定對某一患者的最佳抗腫瘤藥物。
本發明的上述特徵及其它合乎需要的特徵將明顯體現在本文內容中，包括權利要求和附圖中。
發明概述本發明揭示了用於選擇人類患者腫瘤症狀最佳療法的計算機決策輔助系統和裝置。所述系統包括採用患者的組織或血液標本以檢測與特定腫瘤相關的多種基因、表達和/或突變的PCR試劑盒和/或基因晶片；接受基因晶片以分析患者基因型的檢測器；描述患者的基因型與用於治療特定腫瘤患者的多種抗腫瘤藥物的功效和毒性關係的資料庫；和可操作連接於檢測器以將檢測器的輸出與資料庫相關的計算機決策輔助系統。因此操作者就可得到哪種或哪些藥物是治療患者腫瘤最佳藥物的明確推薦。
本發明還揭示了用於選擇人類患者腫瘤疾病最佳療法的方法，所述方法包括以下步驟使用提取緩衝液從患者的腫瘤和血液樣本中分離mRNA；使用對目標腫瘤基因高度特異的引物合成並擴增患者腫瘤或血液樣本中cDNA；使用試劑盒和/或基因晶片檢測腫瘤基因、突變；使用與計算機決策輔助系統連接的檢測器分析和解釋PCR和/或基因晶片的結果，該計算機決策輔助系統運行帶有資料庫的診斷軟體程序，以提供具有最少藥物副作用的治療患者腫瘤的最佳藥物的提示。
本發明的一個具體實施例中，從患者的腫瘤或血液樣本中分離mRNA的步驟包括以下分步驟在1ml含有4M硫氰酸胍，25mM檸檬酸鈉和0.1mM 2-巰基乙醇的變性溶液中混勻患者的腫瘤、血液或血清樣本；混合所得物並用0.1ml 49∶1氯仿/異戊醇混勻；將所得混合物在冰上孵育15分鐘並在4攝氏度下以10,000Xg離心20分鐘；把上層含水層移入新容器並加入1ml 100％異丙醇混合；將所得混合物在-20攝氏度孵育30分鐘並以10,000Xg離心20分鐘；用1ml 75％乙醇洗滌所得顆粒並用不含RNA酶的水再次溶解；以及然後用分光光度計在260nm處量化所得RNA樣品，並儲存於-70攝氏度。
使用乳腺癌基因的特異性引物合成和擴增患者腫瘤或血液樣本中的cDNA的步驟包括以下分步驟在25μg含有0.4mM各種dNTP，2.4mM硫酸鎂，16U反轉錄酶和2.5U Tag DNA聚合酶和10μM的乳腺癌基因cDNA擴增引物的2×反應混合物中加入RNA樣本(1μg)；用高壓滅菌的蒸餾水調節最終溶液的體積至50μl；使用DNA熱循環儀按下述步驟完成cDNA的合成和擴增，-cDNA合成是在45-55攝氏度20-30分鐘循環1次，隨後在94攝氏度孵育2分鐘；-cDNA擴增是用94攝氏度15秒(變性)/55-60攝氏度30秒(退火)/68-72攝氏度1分鐘(延伸)循環35-40次；和-最終延伸是在72攝氏度5-10分鐘循環1次。
乳腺癌基因的擴增引物包括ERα、Her2、ErbB1、ERCA1和BRCA2。
在優選實施例中，進一步檢測和分析PCR產物步驟的分步驟包括以下分步驟在1.5％瓊脂糖凝膠中用電泳分離PCR產物；用電螢光顯影；和使用連接計算機決策輔助系統的檢測器裝置分析PCR片段的數目。該系統自動把檢測器的輸出與資料庫相關，該資料庫包含測試治療某種基因型的乳腺癌患者的多種藥物的功效和毒性的臨床研究結果；並提供治療患者乳腺癌效果最好、副作用最小的一種或幾種最佳藥物的提示。
在該實施例中，PCR引物對包括Erα 5』-gctactgtgcagtgtgcaat(F)， 5』-tcgtatcccacctttcatca(B)；Her2 5』-aggatatccaggaggtgcag(F)， 5』-actgctcatggcagcagtca(B)；ErbB1 5』-gtggagaactctgagtgcat(F)，5』-cgaggatttccttgttggct(B)；BRCA2 5』-ctgtccaggtatcagatgct(F)，5』-atgtgtggcatgacttggca(B)；和BRCA1 5』-tagctgatgtattggacgtt(F)，5』-gagatctttggggtcttcag(B)。
本發明的另一個實施例包括聯合PCR和基因晶片閱讀器功能的集成檢測器/分析器。集成檢測器/分析器的輸出與計算機決策輔助系統相連接。
附圖簡述
圖1是本發明的基本組成的圖解說明，包括樣本準備緩衝液，PCR檢測試劑盒，SNP基因晶片和集成分析器；圖2是本發明的操作運行的圖解說明，包括準備血液或組織樣本，進行PCR反應和基因晶片雜交和檢測及分析結果；圖3是關於使用特異性引物在PCR機上擴增5個乳腺癌基因的結果的圖解說明；圖4是幫助醫師指定最有效藥物的臨床決策輔助系統軟體的圖解說明。
附圖詳述本發明允許有多種不同形式的實施方案，在附圖中和正文中詳細描述的是一種具體實施方案，本發明應當理解為發明原則的實例而不應該被所述實施方案所限制。
圖1闡明本發明的一種實施方式。圖解中顯示用於選擇人類患者腫瘤疾病的最佳療法的系統包括用於準備患者血液或組織樣本的化學試劑和化合物11，鋪於玻璃平片上的基因晶片12，含用於檢測乳腺癌基因的特異性引物和試劑的PCR試劑盒13和運行生物信息學軟體程序的檢測器14和計算機17。
準備患者血液或組織樣本，與基因晶片12雜交或用PCR檢測試劑盒13擴增，隨後放入檢測器14的容器16中。基因晶片12的分析或PCR的反應由檢測器14運行和由在計算機18上運行的生物信息學軟體程序包解釋。輸出顯示在監視器19上，用簡單的語言向醫師提供分析結果。
圖2闡明用於本發明的基因組技術。使用下文實施例描述的統一的提取緩衝液從患者血液或腫瘤組織20中製備高純度的mRNA 21。患者的腫瘤組織或血細胞在含有4M硫氰酸胍，25mM檸檬酸鈉和0.1mM 2-巰基乙醇的1ml變性溶液中混勻。隨後用0.1ml 49∶1氯仿/異戊醇混勻反應物。將所得混合物在冰上孵育15分鐘並在4攝氏度下以10,000Xg離心20分鐘。把上層含水層移入新容器並與1ml 100％異丙醇混合。將所得混合物-20攝氏度孵育30分鐘並以10,000Xg離心20分鐘。用1ml 75％乙醇洗滌所得顆粒並用不含RNA酶的水再次溶解。RNA樣本21用分光光度計在260nm處確定並分別用PCR試劑盒或SNP晶片檢測腫瘤基因的表達或突變。血液或腫瘤組織樣本的製備可選擇使用手工操作或自動設備操作。
對於使用PCR試劑盒22檢測基因表達，cDNA的合成和擴增是一步完成的。RNA樣本(1μg)加到25μg的2×反應混合物中，該混合物含有0.4mM各種dNTP，2.4mM硫酸鎂，16U反轉錄酶和2.5U Tag DNA聚合酶及10μM的乳腺癌基因的擴增引物ERα，Her2，ErbB1，ERCA1和BRCA2。用高壓滅菌的蒸餾水調節最終反應量至50μl。cDNA的合成和擴增使用DNA熱循環儀按下述步驟進行A)cDNA合成45-55攝氏度達20-30分鐘，循環1次，隨後在94攝氏度孵育2分鐘。
B)cDNA擴增在94攝氏度15秒(變性)/55-60攝氏度30秒(退火)/68-72攝氏度1分鐘(延伸)，循環35-40次。
C)最終延伸在72攝氏度5-10分鐘，循環1次。
反應結果由檢測器分析，該檢測器按照大小把DNA片段區分成不同的組並確定每組的拷貝數量。
為了檢測基因突變12，準備了預先製備的疾病特異性(如乳腺癌，肝癌或卵巢癌)SNP基因晶片，該晶片包括標記在碟片上的化學處理DNA片段。這些DNA片段是特別設計用來檢測涉及不同腫瘤發展階段和藥物反應的基因位點突變。該碟片的製備可能與商品化產品有很大不同。本發明揭示了涉及詳細描述把內容物或DNA和/或DNA片段安置在基因晶片上的獨特技術。
純化的mRNA樣本21在反轉錄中直接與螢光Cy3-dUTP(紅光)或Cy5-dUTP(綠光)結合標記。標記後，在自動雜交儀中，樣本與鋪在基因晶片上的寡核苷酸雜交。隨後該晶片移到集成檢測器14並檢測螢光強度進而使用GDC臨床決策支援軟體(Clinical Decision Support Software，CDSS)17轉換為基因突變形態和與藥物反應的相關性，詳見圖4。CDSS在計算機18上運行。輸出顯示在監視器19上，用簡單的語言向醫師顯示分析結果。
本發明的一個獨特方面是通過在聯合步驟中同時測定基因表達和突變來確定患者的基因型並把這些數據轉化為最合適的藥物治療。
圖3表示用於在膠電螢光檢測乳腺癌基因ERα，Her2，ErbB1，ERCA1和BRCA2的PCR引物的特異性。如路徑1-5第31，32，33，34，35號所示，每個包含使用單獨基因引物對的PCR反應。用於PCR反應的mRNA樣本是從MCF7中分離的，MCF7是一種乳腺癌細胞株。
圖2中用於較佳實施例的檢測器14有許多關鍵部件包括一個以上的傳感器，如免疫組化、螢光等，用於生物基因型的界面晶片，連接檢測器14到運行數據和生物信息學軟體程序包的計算機18的界面電路板，基因晶片閱讀器及支架和樣本支架。
檢測器裝備有界面板(未示出)，該界面板用於電子連接檢測器14到運行生物信息學軟體程序的計算機18。
使用的生物信息學軟體程序包包括相關性、計算、判別和解釋功能，用於把從檢測器14輸出的基因組數據與資料庫相關，該資料庫的數據以普通的英語向醫師提供建議幫助醫師選擇對患者效果最好，副作用最小的藥物。個體基因型與藥物的相互作用或相關性是由臨床回顧文獻和/或出版的同等回顧文獻中獲得的。該軟體可以進一步按照單—疾病或多個疾病的要求定製。
圖4表示進一步描述該生物信息學軟體程序的流程圖。隨著在分子生物學水平提供患者診斷信息的技術能力的提高和市場上患者治療藥物數量的增多，醫師再也不能依靠傳統方法指定抗腫瘤藥物，該方法基本上通過試錯法步驟為患者指定藥物。本發明的臨床決策輔助系統和生物信息學軟體是用於幫助醫師制定決策，該決策是基於關於患者診斷的可得到的和負擔得起的信息、臨床知識資料庫、分析生物學模型和醫師的經驗。
圖4的圖解說明該軟體的處理過程和組成部分，該軟體用普通的語言向醫師建議用於某個患者的藥物。步驟40闡明了檢測器按照基因表達水平和基因突變類型輸出數據，輸出的數據提供至前處理器41，該處理器把基因檢測器的結果定位到用系統生物模型和基因及藥物資料庫，43和42，處理的算法系統。基因和藥物資料庫是儲存基於公共領域或私人進行的臨床試驗結果的統計聯繫表的組件。基本數據變量包括患者基因型和按時間測定的患者要反應。系統生物模型43是儲存分子生物學水平上多種基因和多種藥物通路分析模型的組件，該多種基因和多種藥物通路分析模型是基於公共領域或私人進行的研究的。該組件還儲存在細胞生物學和分子生物學水平上的疾病開發分析過程。
最優化處理器46包括許多研究算法規則，該算法規則使用系統生物模型和基因及藥物資料庫，如果需要，甚至是醫師的反饋意見中的知識來尋找對患者最合適的結果。報告處理器47以列印形式或顯示在計算機屏幕上的形式提供最優化處理器的計算機分析。
醫師交流組件48向醫師提供使用最優化處理器46進行「如果...如何」分析的機會，該處理器使用基於醫師在行醫中的經驗和患者的經驗。計算機18和顯示器19以可理解的形式向醫師提供基於患者基因型的最佳藥物的建議，例如，基於患者的特定基因型列出藥物的益處、功效，基於患者的基因型和其他有關信息列出藥物的副作用。
本發明系統操作和方法的詳細描述第一步，系統用改進的提取緩衝液從患者的腫瘤或血液樣本中分離mRNA。第二步，系統用對5種乳腺癌基因高度特異的引物合成和擴增cDNA。最後，系統用與計算機相連的檢測器裝置檢測和分析PCR產物，該計算機運行裝有預測基因和藥物相互反應的資料庫的診斷軟體系統。
本發明的實施方式中用於選擇乳腺癌的治療藥物，乳腺癌基因的PCR檢測的特異性基因引物如下基因引物預測大小Erα5』-gctactgtgcagtgtgcaat(F)202bp5』-tcgtatcccacctttcatca(B)Her2 5』-aggatatccaggaggtgcag(F)416bp5』-actgctcatggcagcagtca(B)ErbB15』-gtggagaactctgagtgcat(F)603bp5』-cgaggatttccttgttggct(B)BRCA25』-ctgtccaggtatcagatgct(F)799bp5』-atgtgtggcatgacttggca(B)BRCA15』-tagctgatgtattggacgtt(F)1024bp5』-gagatctttggggtcttcag(B)本發明中使用檢測試劑盒準備患者乳腺腫瘤樣本和/或血液樣本，依檢測器組件中傳感器的鑑定或檢測器模式而定。患者的乳腺癌樣本用一步檢測法準備，該方法是用來檢測多種腫瘤基因以提取涉及目標藥物如Herception，Tamoxifen(他莫昔芬)和Fermera。
已準備的含有選出的mRNA的檢測樣本應用於基因晶片或平片上。隨後基因晶片或平片置於檢測器樣本支架，該支架依次插入檢測器裝置。生物信息學軟體程序用來聯繫和計算由檢測器裝置提供的原始信號/數據和按照系統資料庫儲存的標準和藥物信息來解釋原始信號/數據。生物信息學軟體把基因和藥物數據翻譯成普通語言(可以是英語，漢語等等)以幫助醫師選擇治療特定患者的乳腺癌最有效的藥物。
系統檢測器產生原始信號或數據的樣本如下基因類型表達水平ErbB2 正調節(1.5)ErbB1 正調節(1.6)ERα 負調節(0.8)BRCA1 正調節(2.0)BRCA2 負調節(0.5)
上述通過傳統的檢測器單元產生的原始數據不是特別直觀的和不能向醫師或技術人員直接提供有關治療患者最合適藥物的提示。因此，本發明對使用者更好的提供輸出結果，該結果可包括普通的語言信息如「建議可使用Fermera和/或Herception。如Bcl-2基因正調節，Tamoxifen(他莫昔芬)可能會有抵抗。(進一步使用Bcl-2檢測試劑盒指導)」系統檢測器產生原始信號或數據輸出的另一個樣本如下突變類型表達水平Val335Leu 正調節Glu386Ter 正調節根據本發明系統對使用者生成較好的輸出結果；「建議由於DPD蛋白相關毒性不要使用5-FU。」為此目的，用電泳分離PCR產物，完成PCR產物的檢測和分析。用配備螢光傳感器並電子連接17到系統計算機上的檢測器14分析PCR片段數量。
本發明的另一方面是使用該方法和裝置預測或確定治療乳腺癌以外的腫瘤的最佳藥物。甚至，該自動系統可用於確定任何疾病的最佳藥物，只要患者的基因型與治療各種疾病的各種藥物的功效和毒性存在確定的相關性。
因此，上述描述和附圖只用於解釋和說明本發明，本發明不應被限制在權利要求範圍內，因為權利要求是十分有限的，精通此領域的技術人員能夠在不背離本發明範圍的情況中做出修改和變化。
權利要求
1.用於選擇人類患者腫瘤疾病最佳療法的計算機決策輔助系統和裝置，其特徵在於，所述裝置包括-使用患者的組織或血液樣本來檢測與特定腫瘤相關的多個基因的表達和/或突變的PCR試劑盒和/或基因晶片；-分析PCR和基因晶片的結果的集成檢測器；-接受基因晶片以分析患者基因型的檢測器；和-用來描述患者的基因型與用於治療特定腫瘤患者的多種抗腫瘤藥物的功效和毒性關係的資料庫；-可操作連接於檢測器以將檢測器的輸出與資料庫相關的計算機決策輔助系統；-操作者藉此可得到哪種或哪些藥物是治療患者腫瘤最佳藥物的明確推薦。
2.一種用於選擇人類患者腫瘤疾病最佳療法的方法，其特徵在於，所述方法包括-準備PCR試劑盒和基因晶片；-使用提取緩衝液從患者的腫瘤和血液樣本中分離mRNA；-使用對目標腫瘤基因高度特異的引物合成並擴增患者腫瘤或血液樣本中cDNA；-使用基因晶片檢測腫瘤基因、突變；-使用與計算機決策輔助系統連接的檢測器分析和解釋PCR和/或基因晶片的結果，該計算機決策輔助系統運行帶有資料庫的診斷軟體程序，以提供具有最少藥物副作用的治療患者腫瘤的最佳藥物的提示。
3.如權利要求2所述的方法，其特徵在於，從患者腫瘤或血液樣本中分離mRNA的步驟包括以下分步驟-在1ml含有4M硫氰酸胍，25mM檸檬酸鈉和0.1mM 2-巰基乙醇的變性溶液中混勻患者的腫瘤、血液或血清樣本；-混合所得物並用0.1ml 49∶1氯仿/異戊醇混勻；-將所得混合物在冰上孵育15分鐘並在4攝氏度下以10,000Xg離心20分鐘；-把上層含水層移入新容器並加入1ml 100％異丙醇混合；-將所得混合物在-20攝氏度孵育30分鐘並以10,000Xg離心20分鐘；-用1ml 75％乙醇洗滌所得顆粒並用不含RNA酶的水再次溶解；和-用分光光度計在260nm處量化所得RNA樣品，並儲存於-70攝氏度。
4.如權利要求2所述的方法，其特徵在於，使用乳腺癌基因的特異性引物合成和擴增患者腫瘤或血液樣本中的cDNA的步驟包括以下分步驟-在25μg含有0.4mM各種dNTP，2.4mM硫酸鎂，16U反轉錄酶和2.5U Tag DNA聚合酶和10μM的乳腺癌基因cDNA擴增引物的2×反應混合物中加入RNA樣本(1μg)；-用高壓滅菌的蒸餾水調節最終溶液的體積至50μl；-使用DNA熱循環儀按下述步驟完成cDNA的合成和擴增，-cDNA合成是在45-55攝氏度20-30分鐘循環1次，隨後在94攝氏度孵育2分鐘；-cDNA擴增是用94攝氏度15秒(變性)/55-60攝氏度30秒(退火)/68-72攝氏度1分鐘(延伸)循環35-40次；和-最終延伸是在72攝氏度5-10分鐘循環1次。
5.如權利要求4所述的方法，包括乳腺癌基因的特異性引物ERα、Her2、ErbB1、ERCA1和BRCA2。
6.如權利要求2所述的檢測和分析PCR產物的方法，包括以下分步驟-在1.5％瓊脂糖凝膠中用電泳分離PCR產物；-用電螢光顯影；和-使用連接計算機決策輔助系統的檢測器裝置分析PCR片段的數目。
7.使用臨床計算機決策輔助系統為乳腺癌患者選擇最佳療法的方法，其特徵在於，所述方法包括-將基因晶片與PCR引物結合以在患者的組織或血液樣本中檢測特定乳腺癌基因；-使用自動檢測器對化學和生物反應結果進行光學檢查；-把集成檢測器的軟體輸出與疾病分析模型資料庫和/或包含臨床研究結果的資料庫相關，所述研究測試了多種藥物治療特定基因型乳腺癌患者的功效和毒性；和-提供治療患者乳腺癌效果最好、副作用最小的一種或幾種最佳藥物的提示。
8.如權利要求7所述的方法，其特徵在於，所述PCR引物包括Erα 5』-gctactgtgcagtgtgcaat(F)，5』-tcgtatcccacctttcatca(B)；Her2 5』-aggatatccaggaggtgcag(F)，5』-actgctcatggcagcagtca(B)；ErbB1 5』-gtggagaactctgagtgcat(F)，5』-cgaggatttccttgttggct(B)；BRCA2 5』-ctgtccaggtatcagatgct(F)，5』-atgtgtggcatgacttggca(B)；和BRCA1 5』-tagctgatgtattggacgtt(F)，5』-gagatctttggggtcttcag(B)。
全文摘要
一種用於預測一種或多種藥物是適合治療患者腫瘤疾病的最佳藥物的計算機決策輔助系統和方法，上述選擇是建立在特定患者的基因型上。使用患者的組織或血液樣本，通過PCR試劑盒和/或基因晶片檢測與特定腫瘤相關的多個基因、表達和/或突變。檢測器接受基因晶片並分析患者的基因型；同時與檢測器連接的計算機系統，該系統使用了聯繫患者基因型和各種用於治療特定腫瘤症狀的抗腫瘤藥物的功效和毒性的資料庫，將檢測器輸出與資料庫相關以提供治療患者腫瘤最佳藥物的建議。
文檔編號G06F19/00GK1568425SQ02820211
公開日2005年1月19日 申請日期2002年8月9日 優先權日2001年8月13日
發明者M·-Y·F·陸, R·於 申請人:遺傳學發展股份有限公司