用於預測患有癌症之對象對化療之臨床響應的方法
2023-07-07 17:22:01
用於預測患有癌症之對象對化療之臨床響應的方法
【專利摘要】本發明涉及膽鹼激酶α作為預測性標誌物用於在患有癌症之對象中確定對化療性治療之響應的用途，特別是用於預測患有非小細胞肺癌之對象對基於鉑之化療性治療的臨床響應的用途。本發明涉及基於膽鹼激酶α的表達水平為患有癌症(特別是非小細胞肺癌)的對象設計個性化治療的方法，並且涉及基於在對象中使用基於鉑的化療性治療來治療非小細胞肺癌的方法，其中基於膽鹼激酶α的表達水平來選擇所述對象。
【專利說明】用於預測患有癌症之對象對化療之臨床響應的方法
【技術領域】
[0001]本發明涉及診斷學的領域，更具體地涉及基於來自對象之樣品中ChoKd基因的表達水平，用於預測患有癌症之對象對化療性治療(chemotherapeutic treatment)之臨床響應的方法，特別是用於預測患有非小細胞肺癌之對象對基於鉬之化療性治療的臨床響應的方法。本發明還涉及用於為患有所述疾病之對象設計個體化治療(individual therapy)的方法，並且涉及用於選擇可對給定治療作出響應之患者的方法。
【背景技術】
[0002]使用化療的常規癌症控制(無論是決定性治療還是輔助治療)在與非化療對照相比時具有改善的患者絕對生存。但是，不是所有可用的化療性治療都適用於所有患者。在患有癌症的患者中化療藥的效力受某些遺傳標誌物之存在的影響。其腫瘤具有對化療性治療作出響應的低概率的患者可完全排除化療，或者可以是避免不必要治療副作用的替代治療的候選者。
[0003]因此，需要個性化途徑來治療疾病，特別是癌症，例如肺癌、結腸癌、黑素瘤、胰腺癌、前列腺癌、膠質瘤、膀胱癌、卵巢癌、肝膽癌、乳腺癌和淋巴瘤。
[0004]肺癌是全世界死亡的首要原因之一，並且非小細胞肺癌(non-small cell lungcancer,NSCLC)佔所有肺癌的約85%，全世界每年有120萬新病例。2001年NSCLC導致全世界多於一百萬的死亡，並且是男性和女性二者中癌相關死亡率的首要原因(分別為31%和 25% )。
[0005]晚期NSCLC的預後是悲觀的。最近1155名患者的東部腫瘤學協作組(EasternCooperative Oncology Group)試驗顯示出，所使用的化療之間沒有差異:順鉬/紫杉醇、順鉬/吉西他濱、順鉬/多西他賽和卡鉬/紫杉醇。總體中位進展時間為3.6個月，並且中位生存為7.9個月。
[0006]五年生存率根據惡性腫瘤的TW分類而不同。T匪是基於腫瘤的程度(T)、擴散至淋巴結的程度(N)和轉移的存在(M)來描述患者身體中癌症程度的癌症分期系統。在馬約診所(Mayo Clinic)進行的研究顯示出，估計的非小細胞肺癌(NSCLC)患者的總體五年生存率根據疾病分期為:IA病理期66%、IB期53%、IIA期42%、IIB期36%、IIIA期10%、IIIB 期 12%和 IV 期 4% (Yang P.等 2005.Chest, 128:452-462)。
[0007]約70%的NSCLC病例在診斷時是晚期的並且一直用化療進行治療。雖然使用較新藥劑的基於鉬的組合已被廣泛接受為晚期NSCLC的一線治療，但是鉬抗性的頻繁發生是目前治療這些患者的主要障礙。此外，還有許多接受化療而未從中受益的患者，其通常經歷不必要的毒性並且對其生命質量有負面影響。因此，為了通過支持使NSCLC患者適應最有效的可用個性化抗癌治療來改善患者的結果，任何新生物標誌物的預測值的出現都是必要的。
[0008]Lord 等(Clin.Cancer Res.，2002，8:2286-2291)和 Ceppi P.等(Ann.0ncol.,2006，17:1818-1825)(使用 ERCC 作為標誌物)；Davidson 等(Cancer Res.,2004,64:3761-3766)和 Rosell 等(Clin.Cancer Res.,2004,10:1318-1325)(使用核糖核苷酸還原酶大亞基I作為標誌物)；Ceppi P.等(Ann.0ncol.,2006,17:1818-1825)(使用核糖核苷酸還原酶Ml 亞基作為標誌物)；Ceppi,P.等(Clin Cancer Res.,2009,15:1039-45)(使用DNA 聚合酶 eta 作為標誌物)以及 Taron 等(Hum.Mol.Genetics, 2004，13:2443-2449)(使用BRCAl作為標誌物)進行了嘗試，提供了肺癌患者對基於鉬之化療作出響應的可靠標誌物。
[0009]但是，仍然需要可用於預測癌症患者對化療性治療的響應(特別是用於預測NSCLC肺癌患者對基於鉬之化療性治療的響應的另外的標誌物。
[0010]發明概述
[0011]在第一方面中，本發明涉及一種用於預測患有癌症之對象對化療性治療之臨床響應的體外方法，其包括確定來自對象的樣品中膽鹼激酶α (choline kinase alpha,ChoK α )基因的表達水平。
[0012]在另一個方面中，本發明涉及一種用於為患有癌症之對象設計個體化治療的體外方法，其包括確定來自對象的樣品中膽鹼激酶a (ChoKa)基因的表達水平。
[0013]在另一個方面中，本發明涉及能夠確定來自對象之樣品中ChoKa基因表達水平的試劑用於預測所述對象對化療性治療之臨床響應以及用於為患有所述癌症之對象設計個體化治療的用途。
[0014]在另一個方面中，本發明涉及基於鉬的化療性治療，其用於在對象中治療NSCLC，其中所述對象的樣品顯示出與參考值相比低的或基本相同的ChoKa基因表達水平。
[0015]在另一個方面中，本發明涉及ChoKa抑制劑、葉酸抗代謝物、EGFR靶向藥物或者以上一種或更多種的組合，其用於患有NSCLC之對象的治療中，其中所述對象的樣品顯示出與參考值相比高的ChoKa基因表達水平。
[0016]附圖簡述
[0017]圖1示出用基於鉬的化療性治療進行治療的晚期NSCLC對象中ChoK α表達和無進展生存的卡-邁圖(Kaplan-Meier plot)。
[0018]發明詳述
[0019]本發明的發明人已出乎意料地發現，ChoKa基因的表達水平也可用於預測患有癌症之對象對化療性治療的響應，特別是用於預測患有非小細胞肺癌(NSCLC)之對象對基於鉬之化療性治療的響應。在這個意義上，ChoKa基因的高表達水平與患有NSCLC之對象對基於鉬之化療的不良響應相關。基於這些發現，本發明人在其不同實施方案中開發了本發明的方法，現在將進行詳細描述。
[0020]本發明實施例中提供的結果清楚地顯示出ChoKa表達與無法對基於鉬的化療作出響應顯著相關。因此，這些結果表明，具有ChoKa高表達的對象的預後在用鉬進行化療(其在NSCLC控制中發揮核心作用)之後會是不良的。
[0021]用於預測癌症患者的臨床結果的方法
[0022]在一個方面中，本發明涉及一種用於預測患有癌症之對象對化療性治療的臨床響應的體外方法(下文中為本發明的第一方法)，其包括確定來自對象的樣品中膽鹼激酶a (ChoKa)基因的表達水平。
[0023]本文中使用的術語「預測」是指確定患有癌症之對象對給定治療作出有利或不利響應的可能性。尤其地，本文中使用的術語「預測」涉及如果用給定治療來治療腫瘤對患有癌症之對象的期望響應的個體化評估。在一個優選實施方案中，術語「預測」是指確定患有NSCLC之對象對給定治療作出有利或不利響應的可能性。
[0024]本文中使用的術語「臨床響應」是指患有癌症的對象對化療性治療的響應。在一個優選實施方案中，「臨床響應」是指患有NSCLC之對象對用基於鉬之化療性治療進行的治療的響應。可與其一起用於評價對化療之響應的標準指標(standard criteria) (Miller等.Cancer, 1981 ；47:207-14)包括響應、穩定和進展。
[0025]本文中使用的術語「響應」可以是所有可檢測惡性疾病消失的完全響應(或完全緩解)，或者是定義為一個或更多個病變(腫瘤病變)的最大垂直直徑乘積之和降低約>50%、沒有新病變和沒有任何病變進展的部分響應。實現完全或部分響應的對象被認為是「響應者」，並且所有其他的對象被認為是「非響應者」。如本領域技術人員所理解的，通常不期望這樣的評估對於所有(即100% )待鑑定對象都是正確的。但是，所述術語要求可鑑定統計顯著部分的對象(例如，隊列研究中的一個隊列)。本領域技術人員可使用多種公知的統計評價工具毫不費力地確定部分是否是統計顯著的，所述統計評價工具例如，置信區間確定、P值確定、t檢驗(Student’s t-test)、曼-惠特尼檢驗(Mann-Whitney test)等。細節見於 Dowdy 和 Wearden, Statistics for Research, John Wiley and Sons, NewYorkl983中。優選的置信區間為至少90%、至少95%、至少97%、至少98%或至少99%。P值優選為0.1,0.05,0.01,0.005或0.0001。更優選地，可通過本發明方法適當地鑑定群體中至少60%、至少70%、至少80%或至少90%的對象。
[0026]本文中使用的術語「穩定」定義為腫瘤大小降低〈50%或提高〈25%。
[0027]本文中使用的術語「進展」定義為腫瘤病變的大小提高>25%或出現新的病變。
[0028]被廣泛接受用於對替代治療的效力進行比較的任何其他參數可用於確定對治療的響應，並且包括但不限於:
[0029].無疾病進展，如本文中使用的`，其描述了在研究時間段期間沒有疾病復發的完全緩解之對象的比例。
[0030].無疾病生存(DFS)，如與其一起使用的，理解為疾病治療之後對象沒有疾病體徵地生存的時間長度。
[0031].客觀響應，如本發明中使用的，其描述經治療對象中觀察到完全或部分響應的比例。
[0032].腫瘤控制，如本發明中使用的，其涉及經治療對象中觀察到完全響應、部分響應、小響應或穩定疾病> 6個月的比例。
[0033].無進展生存，如本文中使用的，其定義為由治療開始到首次測量到癌症生長的時間。
[0034]?進展時間(Time to proRression, TTP),如本文中使用的，其涉及治療疾病之後直至疾病開始轉壞的時間。術語「進展」已在先前定義。
[0035]?六個月無進展生存或「PFS6」率，如本文中使用的，其涉及其中在開始治療之後前六個月中無進展的對象百分比，以及
[0036].中位生存，如本文中使用的，其涉及參加研究的一半對象仍然活著的時間。
[0037]在本發明第一方法的一個具體的實施方案中，作為進展時間或無進展生存來測量臨床響應。
[0038]本文中使用的術語「對象」是指歸類為哺乳動物的所有動物並且包括但不限於家養動物和農場動物、靈長類和人類(例如人、非人靈長類)、牛、馬、豬、綿羊、山羊、狗、貓或齧齒動物。優選地，所述對象是任意年齡或種族的男性或女性。在本發明的情況中，所述對象是患有癌症或先前診斷為癌症的對象，優選地是患有NSCLC或先前診斷為NSCLC的對象。
[0039]術語「癌症」和「腫瘤」是指哺乳動物中以不受調節的細胞生長為特徵的生理學病症。本發明的方法可用於任何癌症或腫瘤，例如但不限於乳腺、心臟、肺、小腸、結腸、脾、腎、膀胱、頭、頸、卵巢、前列腺、腦、胰、皮膚、骨、骨髓、血液、胸腺、子宮、辜丸、肝膽和肝的腫瘤。特別地，可用本發明的方法預測其化療響應的腫瘤包括腺瘤、血管肉瘤(angiosarcoma)、星形細胞瘤、上皮癌、生殖細胞瘤、成膠質細胞瘤、膠質瘤、血管內皮瘤(hemangioendothelioma)、血管肉瘤(hemangiosarcoma)、血腫、成肝細胞瘤、白血病、淋巴瘤、成神經管細胞瘤(medulloblastoma)、黑素瘤、成神經細胞瘤、肝膽癌、骨肉瘤、成視網膜細胞瘤、橫紋肌肉瘤、肉瘤和畸胎瘤。特別地，所述腫瘤/癌症選自:肢端雀斑樣黑素瘤(acral lentiginous melanoma)、光化性角化病(actinic keratosis)腺癌、腺樣囊性癌、腺瘤、腺肉瘤、腺鱗癌、星形細胞腫瘤、巴氏腺癌(bartholin glandcarcinoma)、基底細胞癌、支氣管腺癌、毛細管類癌、癌、癌肉瘤、膽管癌、囊腺瘤、內胚竇瘤(endodermal sinus tumor)、子宮內膜增生、子宮內膜間質肉瘤、子宮內膜樣腺癌、室管膜肉瘤(ependymal sarcoma)、Swing肉瘤、局灶性結節性增生、生殖細胞腫瘤、成膠質細胞瘤、胰高血糖素瘤、成血管細胞瘤(hemangioblastoma)、血管內皮瘤、血管瘤、肝腺瘤、肝腺瘤病(hepatic adenomatosis)、肝細胞癌、肝膽癌、胰島素瘤(insulinoma)、上皮內瘤形成(intraepithelial neoplasia)、上皮內鱗狀細胞月中瘤(interepithelial squamous cellneoplasia)、侵襲性鱗狀細胞癌、大細胞癌、平滑肌肉瘤、黑素瘤、惡性黑素瘤、惡性間皮腫瘤(malignant mesothelial tumor)、成神經管細胞瘤、髓質上皮瘤、黏液表皮樣癌、成神經細胞瘤、神經上皮腺癌、結節性黑素瘤、骨肉瘤、漿液性乳頭狀腺癌、垂體瘤、漿細胞瘤、假肉瘤、肺胚細胞瘤(pulmona`ry blastoma)、腎細胞癌、成視網膜細胞瘤、橫紋肌肉瘤、肉瘤、漿液性癌、小細胞癌、軟組織癌、生長抑素分泌腫瘤、鱗癌、鱗狀細胞癌、未分化癌、葡萄膜黑素瘤、撫狀癌(verrucous carcinoma)、血管活性腸肽瘤(vipoma)、維爾姆斯瘤(Wilm’stumor)。甚至更優選地,所述腫瘤/癌症包括腦內癌、頭頸癌、直腸癌、星形細胞瘤、成膠質細胞瘤、小細胞癌和非小細胞癌，優選非小細胞肺癌、轉移性黑素瘤、雄激素非依賴性轉移性前列腺癌、雄激素依賴性轉移性前列腺癌和乳腺癌。在一個優選實施方案中，所述癌症選自肺癌、結腸癌、黑素瘤、胰腺癌、前列腺癌、膠質瘤、膀胱癌、卵巢癌、肝膽癌、乳腺癌和淋巴瘤。在一個更優選實施方案中，所述癌症是肺癌，優選非小細胞肺癌(NSCLC)。
[0040]本文中使用的術語非小細胞肺癌(NSCLC)是指因為其預後和控制大致相同而分組在一起的一組異質性疾病，並且根據世界衛生組織/國際肺癌研究協會的組織學分類(Travis WD 等.Histological typing of lung and pleural tumours.第 3 版.Berlin:Springer-Verlag, 1999)包括:
[0041](i)鱗狀細胞癌(squamous cell carcinoma, SCC),佔 NSCLC 的 30%至 40%,在較大的呼吸管中開始但是生長更緩慢，意味著這些腫瘤的大小在診斷中不同。
[0042](ii)腺癌是NSCLC的最常見亞型，佔NSCLC的50%至60%，其在肺的氣體交換表面附近開始並且包括細支氣管肺泡癌這種可對治療具有不同響應的亞型。
[0043](iii)大細胞癌是在肺表面附近生長的快速生長形式。其主要是排除診斷，並且當進行更多的調查時，其通常被再分類為鱗狀細胞癌或腺癌。
[0044](iv)腺鱗癌是包含以下兩種類型細胞的癌症類型:鱗狀細胞(襯裡於某些器官的薄的扁平細胞)和腺樣細胞。
[0045](V)具有多形性、肉瘤樣或肉瘤狀元件的癌。這是一組反映組織學異質性連續體以及上皮和間質分化的稀有腫瘤。 [0046](vi)類癌腫瘤是緩慢生長的神經內分泌肺腫瘤並且始於能夠對神經系統提供的刺激作出響應釋放激素的細胞。
[0047](vii)唾液腺型癌，在位於肺的大氣道內側的涎腺細胞中開始。
[0048](viii)未分類癌，包括不符合上述肺癌分類中任何一種的癌症。
[0049]在一個優選實施方案中，NSCLC選自肺鱗狀細胞癌、肺大細胞癌和肺腺癌。
[0050]根據本發明的預測性方法允許在具有不同NSCLC分期的患者中確定患有癌症之對象對化療性治療的臨床響應，所述具有不同NSCLC分期的患者包括患I期NSCLC、II期NSCLC, III期NSCLC和IV期NSCLC的患者。肺癌的1、I1、III和IV期如下定義。
[0051]本文中使用的術語「I期NSCLC」是指存在於肺中的腫瘤，但是在胸部淋巴結中或在胸部外的其他位置中沒有發現癌症。I期NSCLC通常基於腫瘤的大小或胸膜(沿肺外側的襯裡)的累及被再分為IA和IB期。在IA期中，腫瘤的大小為3釐米(cm)或更小並且最小程度地入侵附近組織(如果發生的話)。癌症沒有擴散到淋巴結或任何遠端位置。在IB期中，腫瘤的大小大於3cm，入侵肺周圍的胸膜襯裡，或者引起肺的一部分塌陷。癌症沒有擴散到淋巴結或任何遠端位置。IA期對應於TW分類的T1N0M0期。IB期對應於TW分類的 T2M0N0。
[0052]本文中使用的術語「II期NSCLC」是指已開始累及胸部內的淋巴結或已更廣泛地入侵胸部結構和組織的癌症。但是，在胸部所累及側之外不能發現擴散，並且癌症仍被認為是局部疾病。II期被再分為IIA和IIB期。IIA期是指3cm或更小並且已最小程度地入侵附近組織(如果發生的話)的腫瘤。累及胸部相同側上的一個或更多個淋巴結，但是沒有擴散到遠端位置。IIB期分為兩種情況:腫瘤大於3cm，一些入侵附近組織並且累及胸部相同側上的一個或更多個淋巴結；或者癌症沒有淋巴結累及，但是已入侵肺外側的胸部結構或位於隆突(carina)(氣管或攜帶空氣進入肺的管分叉以到達右肺和左肺的點)的2cm內。IIA期對應於TNM分類的TlNlMO或T2N1M0期。IIB期對應於根據TNM的T3N0M0。
[0053]本文中使用的術語「III期NSCLC」是指比II期更廣泛地入侵胸部中的組織的腫瘤，和/或擴散到縱隔膜中的淋巴結的癌症。但是，未檢測到擴散(轉移)至身體其他部分。III期被分為IIIA和IIIB期。IIIA期是指未入侵任何相鄰器官的單個腫瘤或團塊並且累及遠離腫瘤但不在胸部外側的一個或更多個淋巴結。IIIB期是指擴散至胸部的多於一個區域但不未擴散至胸部外側的癌症。IIIA期對應於根據TNM分類的T1N2M0、T2N2M0、T3N1M0、T3N2M0.T4N0M0 或 T4N1M0。IIIB 期對應於根據 TNM 分類的 T1N3M0、T2N3M0、T3N3M0、T4N2M0或 T4N3M0。
[0054]本文中使用的術語「IV期NSCLC」是指擴散或轉移至身體的不同位置的癌症，所述位置可包括肝、腦或其他器官。IV期對應於具有Ml的任何T或任何N。[0055]TW分類是惡性癌症的分期系統。本文中使用的術語「?M分類」是指Sobin等所定義的第 6 版 TNM 分期(國際抗癌聯盟(International Union Against Cancer, UICC),TNM Classification of Malignant tumors,第6版.New York ;Springer,2002,第191-203頁)(TNM6)和AJCC癌症分期手冊第6版；第19章；肺-原始第167-177頁，其中腫瘤按數種因素分類，即，對於腫瘤的T，對於淋巴結的N，對於轉移的M，如下:
[0056]T:不可評估原發性腫瘤，或者通過唾液或支氣管衝洗液中惡性腫瘤細胞的存在來證明但通過成像或支氣管鏡檢觀察不到的腫瘤。
[0057]-TO沒有原發性腫瘤的證據；
[0058]-Tis 原位癌；
[0059]-Tl最大尺寸為3cm或更小的腫瘤，被肺或髒層胸膜包圍，沒有肺葉支氣管更近端入侵的支氣管鏡檢查證據(例如，沒有入侵主支氣管)；
[0060]-T2大於3cm但為7cm或更小的腫瘤或具有以下特徵中任意一種的腫瘤(如果為5cm或更小，則具有這些特徵的T2腫瘤分類為T2a):累及主支氣管，距隆突2cm或更遠；入侵髒層胸膜(PLl或PL2);伴有延伸至肺門區但不累及整個肺的肺不張或阻塞性肺炎；
[0061]-T3:大於7cm的腫瘤或者直接入侵以下中任意一種的腫瘤:壁層胸膜(PL3)、胸壁(包括上溝瘤(superior sulcus tumor))、橫隔、膈神經、縱膈胸膜、心包壁層(parietalpericardium);或者主支氣管中距隆突小於2cm遠但不累及隆突的腫瘤；或者伴有整個肺或同一肺葉中單獨腫瘤結節的肺不張或阻塞性肺炎；以及
[0062]-T4入侵以下任意一種的任意大小的腫瘤:縱隔、心臟、大血管、氣管、喉返神經(recurrent laryngeal ne rve)、食管、椎體、隆突、不同的同側肺葉中有單獨的腫瘤結節。
[0063]N (局部淋巴結)
[0064]-NX不可評估局部淋巴結
[0065]-NO沒有局部淋巴結轉移
[0066]-NI轉移到同側支氣管周圍淋巴結和/或同側肺門淋巴結和肺內結節中，包括通過直接延伸的累及
[0067]-N2轉移到同側縱隔淋巴結和/或隆突下淋巴結
[0068]-N3轉移到對側縱隔淋巴結、對側肺門淋巴結、同側或對側斜角肌淋巴結或鎖骨上淋巴結
[0069]M:遠端轉移
[0070]-MO沒有遠端轉移
[0071]-MI遠端轉移
[0072]在一個優選實施方案中，NSCLC是晚期NSCLC。在另一個實施方案中，NSCLC是IIIA、IIIB 或 IV 期 NSCLCo
[0073]如之前所解釋的，本發明的第一方法允許本領域技術人員預測患有癌症的對象對化療性治療的臨床響應。
[0074]術語「治療」 是指治療性治療以及預防性或防護方法，其中目的是防止或降低不想要的生理變化或疾病，例如癌症。有益或期望的臨床結果包括但不限於症狀的緩解、病程的縮短、穩定的病理狀態(特別是不惡化)、疾病進展的延遲、病理狀態的改善和緩解(部分和總體兩種)，二者均可檢測和不可檢測。「治療」也可意指與如果未施用治療的期望生存相比延長生存。需要治療的那些對象包括患癌症的那些，以及具有患癌症的傾向的那些。在一個優選實施方案中，需要治療的那些對象包括患NSCLC的那些，以及具有患NSCLC之傾向的那些。
[0075]在本發明的上下文中，「化療性治療」是指用用於治療癌症的抗腫瘤藥或將多於一種的這些藥物組合成細胞毒性標準化治療方案的治療。在本發明的上下文中，術語「化療性治療」包括任意的抗腫瘤劑，其包括用於治療任意類型癌症及相關進程(例如血管生成或轉移)的小有機分子、肽、寡核苷酸等。化療的定義中包括的藥物為(但不限於)烷化劑類例如氮芥類/氧氮環膦類(oxazaphosphorine)(例如，環磷醯胺、異環磷醯胺)、亞硝基脲類(例如，卡莫司汀)、三氮烯類(例如，替莫唑胺)和烷基磺酸酯(例如，白消安)、蒽環類抗生素如阿黴素和正定黴素、紫杉烷類如Taxol?和多西他賽、長春花生物鹼類如新長春鹼和長春鹼、5-氟尿嘧唳(5-FU)、亞葉酸(Ieucovorin)、伊立替康、伊達比星、絲裂黴素C、奧沙利鉬、雷替曲塞、培美曲塞(pemetrexed)、他莫昔芬、順鉬、卡鉬、甲氨蝶呤、放線菌素D、米託蒽醌、博來黴素(blenoxane)、光神黴素(mithramycin)、甲氨蝶呤、紫杉醇、2-甲氧雌二醇、普馬司他(prinomastat)、巴馬司他(batimastat)、BAY12-9566、羧胺三唑(carboxyamidotriazole)、CC-1088、右美沙芬乙酸、二甲基咕噸酮乙酸、內皮抑素、頂-862、馬立馬司他(marimastat)、青黴胺、PTK787 / ZK222584、RP1.4610、乳酸角鯊胺、SU5416、沙利度胺、康普立停(combretastatin)、他莫昔芬、C0L-3、新伐司他(neovastat)、BMS-275291、SU6668、抗 VEGF 抗體、Med1-522 (Vitaxin II)、CA1、白介素 12、頂862、阿米洛利、血管抑素、血管抑素K1-3、血管抑素K1-5、卡託普利、DL-α - 二氟甲基鳥氨酸、DL-α - 二氟甲基鳥氨酸HC1、內皮抑素、煙麴黴素(fumagillin)、除莠黴素A(herbimycin A) >4- ψ?基苯基維甲醯胺(4-hydroxyphenylretinamide)、胡桃醌(juglone)、層黏連蛋白、層黏連蛋白六肽、層黏連蛋白五肽、燻草菌素Adavendustin A)、甲羥孕酮、米諾環素、胎盤核糖核酸酶抑制劑、蘇拉明(suramin)、血小板反應蛋白(thrombospondin)、祀向促血管發生因子的抗體(例如，阿瓦斯汀(Avastin)、愛必妥(Erbitux)、維克替比(Vectibix)、赫賽汀(Herceptin))、拓撲異構酶抑制劑、抗微管劑、促血管發生生長因子的低分子量酪氨酸激酶抑制劑(例如特羅凱(Tarceva)、多吉美(Nexavar)、索坦(Sutent)、易瑞沙(Iressa))、GTP酶抑制劑、組蛋白脫乙醯化酶抑制劑、AKT激酶或ATP酶抑制劑、Wnt信號傳導抑制劑、E2F轉錄因子抑制劑；mT0R抑制劑(例如馱瑞塞`爾(Torisel))、α、β和Y幹擾素、IL-12、基質金屬蛋白酶抑制劑(例如，C0L3、馬立馬司他(Marimastat)、巴馬司他(Batimastat))、ZD6474、SUl 1248、vitaxin、PDGFR 抑制劑(例如，格列衛(Gleevec))、NM3 和 2-ME2、環肽例如西侖吉肽(cilengitide)。The Merck Index CD-ROM第13版中詳細描述了另一些合適的化療劑。
[0076]本發明中公開的方法可用於預測患有癌症之對象對化療性治療的響應。用於治療癌症的治療取決於癌症的具體類型。因此，下表1示出了癌症的不同種類及其對應的化療性治療。
[0077]表1.癌症及對應的一線化療性治療
[0078]
【權利要求】
1.用於預測患有癌症之對象對化療性治療之臨床響應的體外方法，其包括確定來自所述對象的樣品中膽鹼激酶a (ChoKa)基因的表達水平。
2.根據權利要求1所述的方法，其中所述方法還包括將ChoKa的表達水平與參考值進行比較，其中所述樣品中ChoKa基因的表達水平相對於所述參考值的改變指示所述對象對所述化療性治療的不良臨床響應或所述對象對所述化療性治療的良好臨床響應。
3.根據權利要求2所述的體外方法，其中ChoKa表達水平的改變是所述表達水平相對於所述參考值的升聞，並且其中所述表達水平的升聞指不不良的臨床響應；或者其中ChoK a表達水平的改變是所述表達水平相對於所述參考值的降低，並且其中所述表達水平的降低指示良好的臨床響應。
4.用於為患有癌症之對象設計個體化治療的體外方法，其包括確定來自所述對象的樣品中膽鹼激酶a (ChoKa)基因的表達水平。
5.根據權利要求4所述的體外方法，其中所述方法還包括將ChoKa的表達水平與參考值進行比較， 其中所述樣品中ChoKa基因的表達水平相對於所述參考值的降低或不變指示所述對象是基於所述化療性治療之治療的候選者， 或者 其中所述樣品中ChoKa基因的表達水平相對於所述參考值的升高指示所述對象是用選自以下之治療來進行治療的候選者: (i) ChoK a抑制劑、 (?)葉酸抗代謝物、 (iii)抗微管劑、 (i V) EGFR靶向藥物、 (v)以上(i)至(iv)中一種或更多種的組合。
6.根據權利要求5所述的體外方法，其中所述化療性治療是基於鉬的化療性治療。
7.根據前述權利要求中任一項所述的體外方法，其中所述癌症是非小細胞肺癌(NSCLC)。
8.根據權利要求7所述的體外方法，其中所述NSCLC選自肺鱗狀細胞癌、肺大細胞癌和肺腺癌。
9.根據權利要求7或8中任一項所述的體外方法，其中所述NSCLC是晚期NSCLC，優選IIIA、IIIB 或 IV 期。
10.根據權利要求1至9中任一項所述的體外方法，其中所述樣品是組織樣品，優選腫瘤組織樣品，更優選肺腫瘤組織樣品。
11.能夠確定來自患有癌症之對象的樣品中ChoKd基因之表達水平的試劑用於預測所述對象對化療性治療之臨床響應或者用於為患有所述癌症之對象設計個體化治療的用途。
12.根據權利要求11所述的用途，其中所述癌症是非小細胞肺癌(NSCLC)。
13.根據權利要求11或12所述的用途，其中所述化療性治療是基於鉬的化療性治療。
14.基於鉬的化療性治療，其用於在對象中治療NSCLC，其中所述對象的樣品顯示出與參考值相比低的或相等的ChoKa基因表達水平。
15.ChoKa抑制劑、葉酸抗代謝物、EGFR靶向藥物或者以上一種或更多種的組合，其用於治療患有NSCLC的對象，其中所述對象的樣品顯示出與參考值相比高的ChoK a基因表達水平。
16.用於鑑定可對選自以下之治療作出響應的患者的體外方法: (i)膽鹼激酶a(ChoKa)抑制劑、 (ii)葉酸抗代謝物、 (iii)抗微管劑、 (i V) EGFR靶向藥物、和 (v)以上α)至αν)中一種或更多種的組合， 所述方法包括確定所述患者的樣品中ChoKd基因的表達水平以及將所述水平與參考值進行比較， 其中所述樣品中ChoKa基因的表達水平相對於所述參考值的升高指示所述患者可對所述治療作出響應，或者 其中所述樣品中ChoKa基因的表達水平相對於所述參考值的降低或不變指示所述患者不太可能對所述治療作出響應。
17.根據權利要求16所述的方法，其中所述治療是ChoKa抑制劑。
18.根據權利要求17所述的方法，其中所述ChoKa抑制劑是選自表2的化合物。
19.根據權利要求18所述的方法，其中所述ChoKa抑制劑具有以下結構或其可藥用鹽或溶劑合物:
20.根據權利要求16至19中任一項所述的方法，其中所述患者患有癌症。
21.根據權利要求20所述的方法，其中所述癌症選自肺癌、乳腺癌、結腸癌和胰腺癌。
22.根據權利要求21所述的方法，其中所述癌症是肺癌。
23.根據權利要求22所述的方法，其中所述肺癌是非小細胞肺癌(NSCLC)。
24.根據權利要求23所述的方法，其中所述NSCLC選自肺鱗狀細胞癌、肺大細胞癌和肺腺癌。
25.根據權利要求23或24中任一項所述的方法，其中所述NSCLC是晚期NSCLC，優選ΙΙΙΑ、ΙΙΙΒ 或 IV 期。
26.根據權利要求16至25中任一項所述的方法，其中所述樣品是組織樣品，優選腫瘤組織樣品，更優選肺腫瘤組織樣品。
27.根據權利要求16至26中任一項所述的方法，其中所述ChoKa基因的表達水平通過測量由所述ChoK a基因編碼的mRNA的水平或者ChoK a蛋白或其變體的水平來確定。
28.根據權利要求27所述的方法，其中所述mRNA表達水平通過定量PCR優選實時PCR來確定，和/或其中ChoKa蛋白或其變體的表達水平通過Western印跡或免疫組織化學來確定。
29.能夠確定來自患者的樣品中ChoKa基因之表達水平的試劑用於預測所述患者對選自以下之治療的臨床響應或無臨床響應的用途: (i) ChoK a抑制劑、 (?)葉酸抗代謝物、 (iii)抗微管劑、 (i V) EGFR靶向藥物、 (v)以上(i)至(iv)中一種或更多種的組合。
30.根據權利要求29所述的用途，其中所述治療是ChoKa抑制劑。
31.根據權利要求30所述的用途，其中所述ChoKa抑制劑選自表2。
32.根據權利要求31所述的用途，其中所述ChoKa抑制劑具有以下結構或其可藥用鹽或溶劑合物:
33.根據權利要求19至31中任一項所述的用途，其中所述患者患有癌症。
34.根據權利要求32所述的用途，其中所述癌症選自肺癌、乳腺癌、結腸癌和胰腺癌。
35.根據權利要求34所述的用途，其中所述癌症是肺癌。
36.根據權利要求35所述的用途，其中所述癌症是非小細胞肺癌(NSCLC)。
37.根據權利要求36所述的用途，其中所述NSCLC選自肺鱗狀細胞癌、肺大細胞癌和肺腺癌。
38.根據權利要求36或37中任一項所述的用途，其中所述NSCLC是晚期NSCLC，優選IIIA、IIIB 或 IV 期。
39.根據權利要求29至38中任一項所述的用途，其中所述樣品是組織樣品，優選腫瘤組織樣品，更優選肺腫瘤組織樣品。
40.根據權利要求29至39中任一項所述的用途，其中所述ChoKa基因的表達水平通過測量由所述ChoK a基因編碼的mRNA的水平或者ChoK a蛋白或其變體的水平來確定。
41.根據權利要求30所述的用途，其中所述mRNA表達水平通過定量PCR優選實時PCR來確定，和/或其中ChoKa蛋白或其變體的表達水平通過Western印跡或免疫組織化學來確定。
【文檔編號】C12Q1/68GK103687964SQ201280035399
【公開日】2014年3月26日 申請日期:2012年6月20日 優先權日:2011年6月20日
【發明者】胡安·卡洛斯·拉卡爾聖胡安 申請人:特拉斯雷神諾癌症醫藥有限公司