具有新的單核苷酸多態性的HNF-1α基因變體和其編碼的蛋白質變體的製作方法

2023-10-09 08:45:04 2

專利名稱：具有新的單核苷酸多態性的HNF-1α基因變體和其編碼的蛋白質變體的製作方法
技術領域：
本發明涉及一個含有在1699位置上具有腺嘌呤(A)核苷酸的SEQ IDNO1的多態性位點，或者在位置29上具有胸腺嘧啶(T)核苷酸的SEQ IDNO3的多態性位點，和含有在SEQ ID NO1或3中顯示多於10個連續核苷酸地核酸片段，或其互補序列，和含有多態性位點的蛋白質變體。
背景技術：
按照慣例，分析基因變異的各種方法已經被廣泛用於醫藥領域，用來診斷疾病的發生和/或傾向。這些方法包括利用核酸擴增的方法如聚合酶鏈式反應(PCR)擴增基因和利用核苷酸測序，雜交或單鏈構象多態性(SSCP)分析來分析擴增基因的核苷酸序列。例如，PCR和核苷酸測序在商業上被用於BRCA基因探針。BRCA基因已知與乳腺癌(breast cancer)有關。
MODY3基因引發青春晚期糖尿病(maturity onset diabetes of the young)幼體糖尿病成熟發作，表現為10-30％或更高的II型糖尿病(Yamada，Diabetes 48645，1997；Yoshiuchi等，Human mutation18345，2001；USP 6,187,533；WO 9811254)。
目前，少數MODY3基因突變的病歷已經在韓國被報導(Kim等，KoreanDiabetes Association，23793，1999)，而且被報導的病歷與新的突變不相關。
因此，這就要求研究用於疾病診斷的新的突變，疾病機理的研究和藥物的發現。特別地，篩選特異於種族和地理特性的MODY3基因的突變的需求正在增加。

發明內容
本發明提供一種含有具有新的突變位點的，多於10個連續(contiguous)核苷酸的核酸片段和其互補序列。
本發明也提供了與含有新突變位點的核酸全部和部分雜交的等位基因特異性寡核苷酸。
本發明提供了一種分析核酸的方法，包含測定含有新突變位點的核酸的核苷酸序列。
同樣，本發明提供了一種人HNF-1α多肽的變體或片段，該多肽具有的胺基酸序列由10個或更多個具有相應於包括新的突變位點的核酸的胺基酸突變之胺基酸組成。
本發明提供了一種分析蛋白質的方法，包括測定與含有新突變位點核酸相應的胺基酸突變。


圖1表示具有包含根據本發明的HNF-1α突變核苷酸的部分的基因組DNA；和
圖2表示具有含有根據本發明的HNF-1α突變核苷酸的內含子8的基因組DNA。
本發明的詳細描述
本發明的核酸片段，包括具有在1699位為腺嘌呤(A)的SEQ ID NO1的多態性位點，或29位為胸腺嘧啶(T)的SEQ ID NO3的多態性位點，並且包括在SEQ IDNO1或3中顯示的多於10個連續核苷酸，或其互補序列。
詳細地，根據本發明的核酸片段可以包括任何多核苷酸，該多核苷酸含有1699位為核苷酸A的SEQ ID NO1的多態性位點和在SEQ ID NO1中顯示多於10個連續核苷酸。根據本發明的核酸片段也可以包含HNF-1α基因本身。
核酸片段優選包括在SEQ ID NO1或其互補序列中的10到100個連續核苷酸，更優選地10到50個連續核苷酸，以及最優選地10到20個連續核苷酸。多態性位點可以位於該片段的任何部分。
同樣地，根據本發明的核酸片段可以包括包含SEQ ID NO3中顯示的多於10個連續核苷酸的任何多核苷酸，它與位於人HNF-1α的外顯子8和外顯子9之間的內含子8的序列相對應。
核酸可以是DNA、RNA或PNA，而且在形式上可以是單鏈或雙鏈核酸。核酸片段可以是天然的或是合成的。
在本發明中，術語「多態性」是指在被遺傳檢測的組中存在兩種或更多的可選擇的基因組序列或等位基因。「多態性標記或位點」是變異發生的位置。在被選擇的組中，優選地，標記含有至少兩個具有大於1％，更優選地10％到20％的頻率的等位基因。多態性位點可以是單鹼基對。
此外，本發明提供了等位基因-特異性寡核苷酸，該寡核苷酸包括位點1699有A核苷酸的SEQ ID NO1的多態性位點，或位點29有T核苷酸的SEQ ID NO3的多態性位點，並且與SEQ ID NO3的核苷酸雜交，或其互補序列。
在本發明中，術語「等位基因-特異性」是指特異地與每個等位基因雜交。例如，進行雜交使得特異地鑑定在位點1699上有A核苷酸的SEQ IDNO1的SNP。雜交是在嚴謹條件下進行的，例如1M或更低的鹽濃度和25℃或更高的溫度的條件。例如，5×SSPE(750mM NaCl，50mM磷酸鈉(Naphosphate)，5mM EDTA，pH7.4)和25～30℃的溫度的條件適用於等位基因-特異性探針的雜交。
在本發明中，等位基因特異性寡核苷酸可以是探針。這裡使用的術語「探針」意指雜交探針，它是能與核酸互補鏈序列-特異性結合的寡核苷酸。這種探針包括Nielsen等在Science 254，1497-1500(1991)中描述的肽核酸。本發明的探針是等位基因-特異性探針，其與一種成分衍生的DNA片段雜交，但不與不同成分衍生的DNA片段雜交，這是由於自相同種類兩種成分衍生來的核酸片段有多態性位點。在這種情形下，雜交條件在等位基因間的雜交嚴謹性明顯不同。這樣，雜交條件應該嚴謹到足以允許僅與一個等位基因雜交。依據本發明的探針優選處理，使得中心位點，即15個核苷酸探針時在位點7，或16個核苷酸探針時在位點8或9，與序列的多態性位點匹配(align)，使得等位基因的雜交明顯不同。本發明的探針能夠被用於檢測等位基因的診斷方法中。診斷方法包括基於核酸雜交的檢測方法，例如，southern印跡雜交和當DNA晶片用於檢測特定核酸時，探針可以以在DNA晶片底物上固定的形式被提供。
在本發明中，等位基因特異性寡核苷酸可以是引物。這裡使用的術語「引物」是指能在適當的條件(例如，在含有4種不同核苷三磷酸和聚合酶如DNA和RNA聚合酶或逆轉錄酶的緩衝條件下)和適當的溫度下作為模板引導的DNA合成起始位點的單鏈寡核苷酸。引物的適當長度可以根據使用目的而改變，通常15到30個核苷酸。大體上，短的引物分子需要較低的溫度來與模板形成穩定的雜交。引物序列與模板不需要完全互補，但應該是足以與模板雜交的互補。優選安排引物，使得其3』末端和1699位具有的A核苷酸的SEQ ID NO1的多態性位點或者29位具有的T核苷酸的SEQ IDNO3的多態性位點一起排列(arrange)。引物與含有多態性位點的靶DNA雜交，並且起始於等位基因的擴增，其中引物顯出完全的同源。該引物與在相對位點雜交的第二引物成對使用。擴增反應後，擴增產物從兩個引物獲得，這就意味著有特殊的等位基因形式。
根據本發明的另一方面，提供了一種分析核酸的方法，包括測定在SEQID NO1的1699位或SEQ ID NO3的29位的多態性位點核苷酸序列。該方法可以包括將核酸，例如基因組DNA或RNA從樣品中分離，測定分離核酸的序列並且測定在SEQ ID NO1的1699位或SEQ ID NO3的29位多態性位點的核苷酸序列。如果分析結果顯示出在SEQ ID NO1的1699位的多態性位點的核苷酸序列是不同於鳥嘌呤(G)的核苷酸或SEQ ID NO3的29位的多態性位點是不同於胞嘧啶(C)的核苷酸，這就確定有青年期糖尿病(MODY)增加的危險。這裡，核苷酸序列是通過普通測序方法被測定的，例如，雙脫氧法(Sambrook等，分子克隆，A Laboratory Manual，2nd Ed.CSHPNew York 1989)，或利用自動化設備。
根據本發明的人HNF-1α多肽的變體或片段含有多態性位點，該位點上，SEQ ID NO2的527位胺基酸是一個不同於纈氨酸(Val)的胺基酸，優選地是異亮氨酸(Ile)，而且含有由SEQ ID NO2胺基酸序列衍生而來的多於10個連續胺基酸。如SEQ ID NO2中所示，根據本發明的人HNF-1α多肽的變體或片段，優選地是在567位具有Ile而不是(instead of)Val的SEQ ID NO2胺基酸序列衍生而來。
根據本發明蛋白質的分析方法，包含測定SEQ ID NO2的567位的胺基酸序列。該胺基酸序列是用通常的方法測定的，例如，N-或C-末端鑑定，或使用諸如MS/MS或MALDI-TOF設備。
現在本發明將通過參考下面提到的實施例更詳細地描述。但是，這些實施例僅被提供用於說明，並且本發明不局限於那些實施例。
實施例
從97個臨床推定為MODY患者的血液樣品中分離基因組DNA。為了鹼基測序而擴增MODY3基因的10外顯子和內含子部分，並且MODY3基因的變體被測定。
實施例1人HNF-1α基因中10外顯子DNA的擴增
從97個患者收集血液，並且基因組DNA用QIAGEN質粒中間(midi)試劑盒(QIAGEN德國)分離，10 MODY3外顯子用PCR反應溶液(表1)擴增。PCR擴增的條件是5分鐘(95℃)用於最初的變性，30個循環為30秒(95℃)用於變性，15秒(62℃)用於退火，和30秒(72℃)用於延伸，3分鐘(72℃)用於最後的延伸。PCR擴增中用的引物列於表2。
表2所列的引物中，T7啟動子序列(SEQ ID NO24)被加入到正向引物中，並且T3啟動子序列(SEQ ID NO25)被加入到反向引物的5』末端中。
表1.PCR反應溶液的組成
表2.用於擴增MODY3基因的PCR引物
擴增產物用QIA快速試劑盒純化。純化產物用作核苷酸序列分析的模板。
實施例2MODY3基因的核苷酸序列分析
核苷酸測序PCR是通過ABI PRISM BigDye終止子循環測序預備反應試劑盒(Applied Biosystem，U.S.A)方法，用每種純化的引物對MODY3外顯子10來進行的，並且用乙醇沉澱產物，接著產物在甲醯胺中懸浮，95℃煮沸5分鐘，立即浸入4℃的冰中。最後，序列分析用一種ABI PRISM 3700Genetic Analyzer(Applied Biosystem，U.S.A)來進行。
實施例3用於MODY3基因突變探測的分析
從序列分析得到的DNA序列在NCBI資料庫中與核苷酸序列相比較，並且遺傳突變用DNAstar程序(DNASTAR，Inc，U.S.A)來分析。
用II型糖尿病診斷的97個患者的DNA樣品擴增得到的MODY3基因的10個外顯子序列被用於分析。
結果顯示突變在4個患者中被發現，而且4個患者中1個發現新的突變。也就是，發現該患者的MODY3基因外顯子9的1699位的G變成了A(圖1)。此外，這可能提示MODY3基因編碼的胺基酸序列中567位的纈氨酸(Val)變成了異亮氨酸(Ile)(SEQ ID NO2)。
實施例4MODY3基因中內含子的核苷酸序列分析
實施例1到3所示的同樣的方法被用於HNF-1α中內含子的核苷酸序列分析。分析結果顯示在一個患者身上發現了一個新的突變。那就是位於HNF-1α外顯子8和外顯子9之間的內含子8的29位的C被變成了T(圖2)。
在糖尿病患者中青年期糖尿病(MODY)的病歷在韓國比在歐洲相對低，其中所有糖尿病病歷中MODY估計佔10％，推測是因為MODY基因的分布依據種族和地理特性而不同。這樣，必須作MODY分布的進一步研究。
根據本發明的核酸片段可以被有效用作MODY診斷的探針或引物。
根據本發明的等位基因特異寡核苷酸可以用作MODY診斷的探針或引物。
根據本發明的人HNF-1α多肽的變體或片段可以有效用作MODY診斷的探針或引物。
此外，根據本發明的蛋白分析方法可以有效用作通過多肽序列分析的MODY診斷的探針或引物。
雖然本發明參照示範性的實施方案來特別說明或描述，那些本領域的普通技術人員將明白其中形式和細節上的可作的不同變化不脫離象下面的權利要求定義的本發明的精神和範圍。
序列表三星電子有限公司(samsung Elect ronics Co.Ltd)具有新的單核苷酸多態性的HNF-1α基因變體和其編碼的蛋白質變體25KopatentIn 1.7111896DNA人(Homo sapiens)CDS(1)..(1893)HNF-1α的胺基酸序列1
atg gtt tct aaa ctg agc cag ctg cag acg gag ctc ctg gcg gcc ctg 48
Met Val Ser Lys Leu Ser Gln Leu Gln Thr Glu Leu Leu Ala Ala Leu
1 5 10 15
ctc gag tca ggg ctg agc aaa gag gca ctg atc cag gca ctg ggt gag 96
Leu Glu Ser Gly Leu Ser Lys Glu Ala Leu Ile Gln Ala Leu Gly Glu
20 25 30
ccg ggg ccc tac ctc ctg gct gga gaa ggc ccc ctg gac aag ggg gag 144
Pro Gly Pro Tyr Leu Leu Ala Gly Glu Gly Pro Leu Asp Lys Gly Glu
35 40 45
tcc tgc ggc ggc ggt cga ggg gag ctg gct gag ctg ccc aat ggg ctg 192
Ser Cys Gly Gly Gly Arg Gly Glu Leu Ala Glu Leu Pro Asn Gly Leu
50 55 60
ggg gag act cgg ggc tcc gag gac gag acg gac gac gat ggg gaa gac 240
Gly Glu Thr Arg Gly Ser Glu Asp Glu Thr Asp Asp Asp Gly Glu Asp
65 70 75 80
ttc acg cca ccc atc ctc aaa gag ctg gag aac ctc agc cct gag gag 288
Phe Thr Pro Pro Ile Leu Lys Glu Leu Glu Asn Leu Ser Pro Glu Glu
85 90 95
gcg gcc cac cag aaa gcc gtg gtg gag acc ctt ctg cag gag gac ccg 336
Ala Ala His Gln Lys Ala Val Val Glu Thr Leu Leu Gln Glu Asp Pro
100 105 110
tgg cgt gtg gcg aag atg gtc aag tcc tac ctg cag cag cac aac atc 384
Trp Arg Val Ala Lys Met Val Lys Ser Tyr Leu Gln Gln His Asn Ile
115 120 125
cca cag cgg gag gtg gtc gat acc act ggc ctc aac cag tcc cac ctg 432
Pro Gln Arg Glu Val Val Asp Thr Thr Gly Leu Asn Gln Ser His Leu
130 135 140
tcc caa cac ctc aac aag ggc act ccc atg aag acg cag aag cgg gcc 480
Ser Gln His Leu Asn Lys Gly Thr Pro Met Lys Thr Gln Lys Arg Ala
145 150 155 160
gcc ctg tac acc tgg tac gtc cgc aag cag cga gag gtg gcg cag cag 528
Ala Leu Tyr Thr Trp Tyr Val Arg Lys Gln Arg Glu Val Ala Gln Gln
165 170 175
ttc acc cat gca ggg cag gga ggg ctg att gaa gag ccc aca ggt gat 576
Phe Thr His Ala Gly Gln Gly Gly Leu Ile Glu Glu Pro Thr Gly Asp
180 185 190
gag cta cca acc aag aag ggg cgg agg aac cgt ttc aag tgg ggc cca 624
Glu Leu Pro Thr Lys Lys Gly Arg Arg Asn Arg Phe Lys Trp Gly Pro
195 200 205
gca tcc cag cag atc ctg ttc cag gcc tat gag agg cag aag aac cct 672
Ala Ser Gln Gln Ile Leu Phe Gln Ala Tyr Glu Arg Gln Lys Asn Pro
210 215 220
agc aag gag gag cga gag acg cta gtg gag gag tgc aat agg gcg gaa 720
Ser Lys Glu Glu Arg Glu Thr Leu Val Glu Glu Cys Asn Arg Ala Glu
225 230 235 240
tgc atc cag aga ggg gtg tcc cca tca cag gca cag ggg ctg ggc tcc 768
Cys Ile Gln Arg Gly Val Ser Pro Ser Gln Ala Gln Gly Leu Gly Ser
245 250 255
aac ctc gtc acg gag gtg cgt gtc tac aac tgg ttt gcc aac cgg cgc 816
Asn Leu Val Thr Glu Val Arg Val Tyr Asn Trp Phe Ala Asn Arg Arg
260 265 270
aaa gaa gaa gcc ttc cgg cac aag ctg gcc atg gac acg tac agc ggg 864
Lys Glu Glu Ala Phe Arg His Lys Leu Ala Met Asp Thr Tyr Ser Gly
275 280 285
ccc ccc cca ggg cca ggc ccg gga cct gcg ctg ccc gct cac agc tcc 912
Pro Pro Pro Gly Pro Gly Pro Gly Pro Ala Leu Pro Ala His Ser Ser
290 295 300
cct ggc ctg cct cca cct gcc ctc tcc ccc agt aag gtc cac ggt gtg 960
Pro Gly Leu Pro Pro Pro Ala Leu Ser Pro Ser Lys Val His Gly Val
305 310 315 320
cgc tat gga cag cct gcg acc agt gag act gca gaa gta ccc tca agc 1008
Arg Tyr Gly Gln Pro Ala Thr Ser Glu Thr Ala Glu Val Pro Ser 8er
325 330 335
agc ggc ggt ccc tta gtg aca gtg tct aca ccc ctc cac caa gtg tcc 1056
Ser Gly Gly Pro Leu Val Thr Val Ser Thr Pro Leu His Gln Val Ser
340 345 350
ccc acg ggc ctg gag ccc agc cac agc ctg ctg agt aca gaa gcc aag 1104
Pro Thr Gly Leu Glu Pro Ser His Ser Leu Leu Ser Thr Glu Ala Lys
355 360 365
ctg gtc tca gca gct ggg ggc ccc ctc ccc cct gtc agc acc ctg aca 1152
Leu Val Ser Ala Ala Gly Gly Pro Leu Pro Pro Val Ser Thr Leu Thr
370 375 380
gca ctg cac agc ttg gag cag aca tcc cca ggc ctc aac cag cag ccc 1200
Ala Leu His Ser Leu Glu Gln Thr Ser Pro Gly Leu Asn Gln Gln Pro
385 390 395 400
cag aac ctc arc atg gcc tca ctt cct ggg gtc atg acc atc ggg cct 1248
Gln Asn Leu Ile Met Ala Ser Leu Pro Gly Val Met Thr Ile Gly Pro
405 410 415
ggt gag cct gcc tcc ctg ggt cct acg ttc acc aac aca ggt gcc tcc 1296
Gly Glu Pro Ala Ser Leu Gly Pro Thr Phe Thr Asn Thr Gly Ala Ser
420 425 430
acc ctg gtc atc ggc ctg gcc tcc acg cag gca cag agt gtg ccg gtc 1344
Thr Leu Val Ile Gly Leu Ala Ser Thr Gln Ala Gln Ser Val Pro Val
435 440 445
atc aac agc atg ggc agc agc ctg acc acc ctg cag ccc gtc cag ttc 1392
Ile Asn Ser Met Gly Ser Ser Leu Thr Thr Leu Gln Pro Val Gln Phe
450 455 460
tcc cag ccg ctg cac ccc tcc tac cag cag ccg ctc atg cca cct gtg 1440
Ser Gln Pro Leu His Pro Ser Tyr Gln Gln Pro Leu Met Pro Pro Val
465 470 475 480
cag agc cat gtg acc cag aac ccc ttc atg gcc acc atg gct cag ctg 1488
Gln Ser His Val Thr Gln Asn Pro Phe Met Ala Thr Met Ala Gln Leu
485 490 495
cag agc ccc cac gcc ctc tac agc cac aag ccc gag gtg gcc cag tac 1536
Gln Ser Pro His Ala Leu Tyr Ser His Lys Pro Glu Val Ala Gln Tyr
500 505 510
acc cac acg ggc ctg ctc ccg cag act atg ctc atc acc gac acc acc 1584
Thr His Thr Gly Leu Leu Pro Gln Thr Met Leu Ile Thr Asp Thr Thr
515 520 525
aac ctg agc gcc ctg gcc agc ctc acg ccc acc aag cag gtc ttc acc 1632
Asn Leu Ser Ala Leu Ala Ser Leu Thr Pro Thr Lys Gln Val Phe Thr
530 535 540
tca gac act gag gcc tcc agt gag tcc ggg ctt cac acg ccg gca tct 1680
Ser Asp Thr Glu Ala Ser Ser Glu Ser Gly Leu His Thr Pro Ala Ser
545 550 555 560
cag gcc acc acc ctc cac atc ccc agc cag gac cct gcc ggc atc cag 1728
Gln Ala Thr Thr Leu His Ile Pro Ser Gln Asp Pro Ala Gly Ile Gln
565 570 575
cac ctg cag ccg gcc cac cgg ctc agc gcc agc ccc aca gtg tcc tcc 1776
His Leu Gln Pro Ala His Arg Leu Ser Ala Ser Pro Thr Val Ser Ser
580 585 590
agc agc ctg gtg ctg tac cag agc tca gac tcc agc aat ggc cag agc 1824
Ser Ser Leu Val Leu Tyr Gln Ser Ser Asp Ser Ser Asn Gly Gln Ser
595 600 605
cac ctg ctg cca tcc aac cac agc gtc atc gag acc ttc atc tcc acc 1872
His Leu Leu Pro Ser Asn His Ser Val Ile Glu Thr Phe Ile Ser Thr
610 615 620
cag atg gcc tct tcc tcc cag taa 1896
Gln Met Ala Ser Ser Ser Gln
625 6302631PRT人(Homo sa piens)2
Met Val Ser Lys Leu Ser Gln Leu Gln Thr Glu Leu Leu Ala Ala Leu
1 5 10 15
Leu Glu Ser Gly Leu Ser Lys Glu Ala Leu Ile Gln Ala Leu Gly Glu
20 25 30
Pro Gly Pro Tyr Leu Leu Ala Gly Glu Gly Pro Leu Asp Lys Gly Glu
35 40 45
Ser Cys Gly Gly Gly Arg Gly Glu Leu Ala Glu Leu Pro Asn Gly Leu
50 55 60
Gly Glu Thr Arg Gly Ser Glu Asp Glu Thr Asp Asp Asp Gly Glu Asp
65 70 75 80
Phe Thr Pro Pro Ile Leu Lys Glu Leu Glu Asn Leu Ser Pro Glu Glu
85 90 95
Ala Ala His Gln Lys Ala Val Val Glu Thr Leu Leu Gln Glu Asp Pro
100 105 110
Trp Arg Val Ala Lys Met Val Lys Ser Tyr Leu Gln Gln His Asn Ile
115 120 125
Pro Gln Arg Glu Val Val Asp Thr Thr Gly Leu Asn Gln Ser His Leu
130 135 140
Ser Gln His Leu Asn Lys Gly Thr Pro Met Lys Thr Gln Lys Arg Ala
145 150 155 160
Ala Leu Tyr Thr Trp Tyr Val Arg Lys Gln Arg Glu Val Ala Gln Gln
165 170 175
Phe Thr His Ala Gly Gln Gly Gly Leu Ile Glu Glu Pro Thr Gly Asp
180 185 190
Glu Leu Pro Thr Lys Lys Gly Arg Arg Asn Arg Phe Lys Trp Gly Pro
195 200 205
Ala Ser Gln Gln Ile Leu Phe Gln Ala Tyr Glu Arg Gln Lys Asn Pro
210 215 220
Ser Lys Glu Glu Arg Glu Thr Leu Val Glu Glu Cys Asn Arg Ala Glu
225 230 235 240
Cys Ile Gln Arg Gly Val Ser Pro Ser Gln Ala Gln Gly Leu Gly Ser
245 250 255
Asn Leu Val Thr Glu Val Arg Val Tyr Asn Trp Phe Ala Asn Arg Arg
260 265 270
Lys Glu Glu Ala Phe Arg His Lys Leu Ala Met Asp Thr Tyr Ser Gly
275 280 285
Pro Pro Pro Gly Pro Gly Pro Gly Pro Ala Leu Pro Ala His Ser Ser
290 295 300
Pro Gly Leu Pro Pro Pro Ala Leu Ser Pro Ser Lys Val His Gly Val
305 310 315 320
Arg Tyr Gly Gln Pro Ala Thr Ser Glu Thr Ala Glu Val Pro Ser Ser
325 330 335
Ser Gly Gly Pro Leu Val Thr Val Ser Thr Pro Leu His Gln Val Ser
340 345 350
Pro Thr Gly Leu Glu Pro Ser His Ser Leu Leu Ser Thr Glu Ala Lys
355 360 365
Leu Val Ser Ala Ala Gly Gly Pro Leu Pro Pro Val Ser Thr Leu Thr
370 375 380
Ala Leu His Ser Leu Glu Gln Thr Ser Pro Gly Leu Asn Gln Gln Pro
385 390 395 400
Gln Asn Leu Ile Met Ala Ser Leu Pro Gly Val Met Thr Ile Gly Pro
405 410 415
Gly Glu Pro Ala Ser Leu Gly Pro Thr Phe Thr Asn Thr Gly Ala Ser
420 425 430
Thr Leu Val Ile Gly Leu Ala Ser Thr Gln Ala Gln Ser Val Pro Val
435 440 445
Ile Asn Ser Met Gly Ser Ser Leu Thr Thr Leu Gln Pro Val Gln Phe
450 455 460
Ser Gln Pro Leu His Pro Ser Tyr Gln Gln Pro Leu Met Pro Pro Val
465 470 475 480
Gln Ser His Val Thr Gln Asn Pro Phe Met Ala Thr Met Ala Gln Leu
485 490 495
Gln Ser Pro His Ala Leu Tyr Ser His Lys Pro Glu Val Ala Gln Tyr
500 505 510
Thr His Thr Gly Leu Leu Pro Gln Thr Met Leu Ile Thr Asp Thr Thr
515 520 525
Asn Leu Ser Ala Leu Ala Ser Leu Thr Pro Thr Lys Gln Val Phe Thr
530 535 540
Ser Asp Thr Glu Ala Ser Ser Glu Ser Gly Leu His Thr Pro Ala Ser
545 550 555 560
Gln Ala Thr Thr Leu His Ile Pro Ser Gln Asp Pro Ala Gly Ile Gln
565 570575
His Leu Gln Pro Ala His Arg Leu Ser Ala Ser Pro Thr Val Ser Ser
580 585 590
Ser Ser Leu Val Leu Tyr Gln Ser Ser Asp Ser Ser Asn Gly Gln Ser
595 600 605
His Leu Leu Pro Ser Asn His Ser Val Ile Glu Thr Phe Ile Ser Thr
610 615 620
Gln Met Ala Ser Ser Ser Gln
625 630393DNA人(Homo sapiens)3
gtaaggtcca ggcctgctgg ccctcccttg gcctgtgaca gagcccctca cccccacatc 60
ccccgggctc aggaggctgc tctgctcccc cag 93441DNA人工序列用於擴增MODY3基因啟動子的有義引物4
taatacgact cactataggg tggccgtgag catcctctgc c 41539DNA人工序列用於擴增MODY3基因啟動子的反義引物5
gtaaccctca ctaaagggac gtgggt tgcg tttgcctgc 39640DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子1的有義引物6
taatacgact cactataggg cgtggccctg tggcagccga 40740DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子1的反義引物7
gtaaccctca ctaaagggag ggctcgttag gagctgaggg 40842DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子2的有義引物8
taatacgact cactataggg cccttgctga gcagatcccg tc42940DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子2的反義引物9
gtaaccctca ctaaagggag ggatggtgaa gcttccagcc 401040DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子3的有義引物10
taatacgact cactataggg gcaaggtcag gggaatggac 401142DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子3的反義引物11
gtaaccctca ctaaagggac gccgttgtac ctattgcact cc421243DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子4的有義引物12
taatacgact cactataggg ggctcatggg tggctatttc tgc 431342DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子4的反義引物13
gtaaccctca ctaaagggac gtgtcccttg tccccacata cc421442DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子5的有義引物14
taatacgact cactataggg tgctgaggca ggacactgct tc421542DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子5的反義引物15
gtaaccctca ctaaagggat acaagcaagg acactcacca gc421641DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子6的有義引物16
taatacgact cactataggg cccggacaca gcttggcttc c 411742DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子6的反義引物17
gtaaccctca ctaaagggaa tccccaccag cttaccgatg ac421840DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子7的有義引物18
taatacgact cactataggg caggcctggc ctccacgcag 401940DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子7的反義引物19
gtaaccctca ctaaagggag gggctctgca gctgagccat 402041DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子8和9的有義引物20
taatacgact cactataggg ggcccagtac acccacacgg g 412140DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子8和9的反義引物21
gtaaccctca ctaaagggag ggcagggaca gtaagggagg 402241DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子10的有義引物22
taatacgact cactataggg gccttgtttg cctctgcagt g 412341DNA人工序列用於擴增MODY3基因外顯子10的反義引物23
gtaaccctca ctaaagggag gccatctggg tggagatgaa g 412420DNA人工序列T7啟動子序列24
taatacgact cactataggg 202519DNA人工序列T3啟動子序列25
gtaaccctca ctaaaggga 19
權利要求
1.一種核酸片段，包括在1699位有腺嘌呤(A)的SEQ ID NO1的多態性位點，或29位有胸腺嘧啶(T)的SEQ ID NO3的多態性位點，並且含有SEQ ID NO1或3所示的核苷酸序列衍生的超過10個連續核苷酸，或其互補序列。
2.權利要求1的核酸片段，其中核酸片段含有10到100個連續的核苷酸，或其互補序列。
3.一種與權利要求1的核酸片段或其互補序列雜交的等位基因特異性寡核苷酸。
4.權利要求3的等位基因-特異性寡核苷酸，其中該寡核苷酸是探針。
5.權利要求3的等位基因-特異性寡核苷酸，其中該寡核苷酸是引物。
6.權利要求5的等位基因-特異性寡核苷酸，其中引物的3』末端和核酸片段的多態性位點排列。
7.一種用於分析核酸的方法，包括測定位於SEQ ID NO1的1699位或SEQ ID NO3的29位的多態性位點的核苷酸序列。
8.權利要求7的方法，其中當第1699位的多態性位點的核苷酸序列是A或第29位的多態性位點的核苷酸序列是T時，可確定患有青年期糖尿病(MODY)的危險增加。
9.一種人HNF-1α多肽的變體或片段，含有SEQ ID NO2第567位的胺基酸的多態性位點，並且含有衍生自SEQ ID NO2的胺基酸序列的多於10個連續胺基酸。
10.權利要求9的人HNF-1α多肽的變體或片段，其中在第567位的胺基酸是異亮氨酸。
11.一種用於分析蛋白質的方法，包括測定SEQ ID NO2第567位的胺基酸序列。
12.權利要求11的分析蛋白質的方法，其中當第567位的胺基酸是異亮氨酸時，可確定患有青年期糖尿病(MODY)的危險增加。
全文摘要
一種含有人HNF－1α基因的新的單核苷酸多態性的多核苷酸或核酸片段。該多核苷酸或核酸片段包括SEQ IDNO1的1699位有腺嘌呤(A)或在SEQ ID NO3的29位有胸腺嘧啶(T)的多態性位點，和在SEQ ID NO1或3中顯示的超過10個連續的核苷酸。
文檔編號C12N15/12GK1495191SQ0312727
公開日2004年5月12日 申請日期2003年9月16日 優先權日2002年9月16日
發明者李娟受, 鄭成榮, 安奎定, 金秉俊, 金淑榮, 金美卿 申請人:三星電子株式會社