一種複雜疾病易感性綜合遺傳分析方法
2023-12-09 08:52:46
專利名稱：一種複雜疾病易感性綜合遺傳分析方法
技術領域：
本發明涉及一種複雜疾病易感性綜合遺傳分析方法。
背景技術：
複雜疾病，如高血壓病、冠心病等，發病率及致死率高，已成為影響我國整體健康水平的主要原因，也是制約我國社會和經濟發展的重要因素。對複雜疾病相關基因及變異 位點進行基因檢測，可早期評估疾病的易感性並採取相應預防措施降低疾病的發生機率。 大量研究證實遺傳因素在疾病的易感性中發揮重要作用，複雜疾病的遺傳因素已證實存在 微效基因劑量效應，即微效基因作用的累加才可以形成明顯的表型綜合效應，因此，對多個 疾病相關遺傳變異位點(特別是針對基因組中最主要的遺傳變異形式_單核苷酸多態性， SNP，它約佔整個基因組中遺傳變異的92% )進行檢測及綜合遺傳評估至關重要。目前，在複雜疾病基因檢測及遺傳分析方面主要存在以下不足1、針對單個SNP位點檢測及分析較多，多SNP位點聯合分析不多，並缺乏有效的 分析方法。最近，美國Navigenics推出一種基於美國Affymetrix公司6. 0基因檢測芯 片在對個體疾病相關遺傳位點進行基因分型的基礎上，通過計算疾病綜合遺傳風險指數 (Combined Genetic risk, CGR)值來預測個體患疾病的風險程度，採用CGR值綜合評估疾 病的易感程度是目前最先進的疾病易感性分析方法，預計將被廣泛推廣和應用。這種方法 的基本原理如下在創建的疾病相關的遺傳資料庫中，每種疾病相關SNP位點有多個不等， 根據相關文獻中的報導。疾病相關各SNP位點的每種基因型都將對應一個疾病風險值，CGR 是綜合疾病相關的所有SNP位點基因型患病風險與相應位點的同民族人群之平均患病風 險(利用單倍體型計劃中本民族的數據計算得出)比值的乘積計算得來的，CGR呈現個體 的患病風險與同民族人群之平均患病風險相比之結果，CGR作為判定個體患病風險的標準 如CGR值小於或等於1表明在無其它因素(如環境因素、生活習慣等)的影響下，個體患疾 病的風險如同一般人，對此疾病的患病風險較低；如CGR值大於1表明個體的風險較同民族 平均綜合風險為高，個體對此疾病的患病風險增高，當飲食習慣不良或處於不良的環境時， 個體較易患此疾病。目前，採用通過計算CGR值對複雜疾病進行遺傳分析在我國還未見報 道。2、雖然關於尋找複雜疾病相關易感基因及SNP位點的研究成果很多，但由於SNP 位點存在著明顯的種族或種群間的差異以及各種族或種群的疾病相關其它危險因素的種 類及作用強度也不同，因此，針對中國漢族人的複雜疾病的基因檢測和遺傳分析必須建立 在中國漢族人專有的數據基礎上來進行，而我國關於中國漢族人高血壓病、冠心病相關易 感基因及SNP位點缺乏有效整合及評估體系。3、CGR計算過程繁瑣，耗費時間長，遺傳分析所需時間長，不能很好地滿足顧客的 縮短基因檢測和遺傳分析周期的要求。4、由於西方發達國家用Affymetrixe. 0晶片進行全基因組關聯分析研究結果較 多，他們選用的檢測位點都是針對歐美人群的全基因組關聯分析所得出的位點，把握性較大；而我國到目前為止，複雜疾病全基因組關聯分析研究結果寥寥無幾，但採用候選基因法 得出的複雜疾病相關的位點較多，但對這些位點缺乏有效的整合，如何將這些位點進行有 效整合是確定現階段我國複雜疾病易感性預測把握性高低的主要因素。
發明內容
本發明為解決背景技術中存在的上述技術問題，而提供一種複雜疾病易感性綜合 遺傳分析方 法。本發明的技術解決方案是本發明為一種複雜疾病易感性綜合遺傳分析方法，其 特殊之處在於該方法包括以下步驟1)建立複雜疾病相關遺傳資料庫並確定相關檢測位點；2)採用AffymetriX6. 0晶片技術對個體全基因組範圍內SNPs位點進行基因分型， 得出各SNP位點對應的基因型；3)從6. 0晶片90萬個SNP位點檢測結果中導出確定的疾病相關SNP位點分型結 果，依據基因分型結果，結合各SNP位點基因型相對應的疾病風險值(OR值)和單倍體型計 劃中86個中國漢族人群個基因型在群體中的分布頻率，計算CGR值；4)根據所計算出的疾病相關CGR值對風險增高疾病(CGR值大於1)及高風險疾病 進行詳細和深度遺傳分析，並給出個體化健康管理建議和疾病預防措施。上述步驟1)中的具體步驟如下1. 1)收集複雜疾病研究相關遺傳數據，確定有統計學意義的疾病相關SNP位點；1. 2)依據研究類型、樣本量、是否有漢族人研究數據，對疾病相關遺傳數據進行等 級劃分並進行評估；1. 3)在對SNP位點進行等級評估的基礎上，選擇把握性大的、運用大樣本進行研 究的、經過多民族驗證的且有中國人研究數據的SNP位點為基因檢測位點。上述步驟3)中是通過計算機設計和編程，計算CGR值。本發明對基於CGR值的複雜疾病綜合遺傳分析方法的部分步驟進行修正和改良 可提高針對中國漢族人群複雜疾病易感性預測的把握性，縮短遺傳分析時間並避免由於人 工計算所帶來的計算誤差。
具體實施例方式本發明的具體步驟如下1)建立複雜疾病相關遺傳資料庫並確定相關檢測位點。本發明引進「循證」的概 念，對疾病相關遺傳數據進行等級劃分並進行評估(主要依據研究類型、樣本量、是否有漢 族人研究數據等指標)，篩選出用於中國漢族人複雜疾病易感基因檢測SNP位點，以提高針 對中國漢族人群複雜疾病易感性預測的把握性。2)採用AffymetriX6. 0晶片技術對個體全基因組範圍內SNPs位點進行基因分型， 得出各SNP位點對應的基因型。3)從6. 0晶片90萬個SNP位點檢測結果中導出我們確定的疾病相關SNP位點分 型結果，依據基因分型結果，結合從原論文中查到的各SNP位點基因型相對應的疾病風險 值(OR值)和單倍體型計劃中86個中國漢族人群個基因型在群體中的分布頻率，計算CGR值。本發明通過計算機設計和編程，使數據導出和CGR值計算自動化，數據處理時間由以前2-3天時間縮短至3-4個小時；同時，本發明完全遵循原論文(哪個論文？)中才用的不同 遺傳分析模型得出的原始疾病相關的OR值(而不是沿用Navigenics公司採用的找出雜合 變異的OR值，純合變異的OR值是雜合變異OR值的平方來計算)以增加遺傳分析的可靠性。
4)根據所計算出的疾病相關CGR值對風險增高疾病(CGR值大於1)及高風險疾病 進行詳細和深度遺傳分析，並給出個體化健康管理建議和疾病預防措施。
權利要求
一種複雜疾病易感性綜合遺傳分析方法，其特徵在於該方法包括以下步驟1)建立複雜疾病相關遺傳資料庫並確定相關檢測位點；2)採用Affymetrix6.0晶片技術對個體全基因組範圍內SNPs位點進行基因分型，得出各SNP位點對應的基因型；3)從6.0晶片90萬個SNP位點檢測結果中導出確定的疾病相關SNP位點分型結果，依據基因分型結果，結合各SNP位點基因型相對應的疾病風險值(OR值)和單倍體型計劃中86個中國漢族人群個基因型在群體中的分布頻率，計算CGR值；4)根據所計算出的疾病相關CGR值對風險增高疾病(CGR值大於1)及高風險疾病進行詳細和深度遺傳分析，並給出個體化健康管理建議和疾病預防措施。
2.根據權利要求1所述的複雜疾病易感性綜合遺傳分析方法，其特徵在於所述步驟 1)中的具體步驟如下`1. 1)收集複雜疾病研究相關遺傳數據，確定有統計學意義的疾病相關SNP位點；`1. 2)依據研究類型、樣本量、是否有漢族人研究數據，對疾病相關遺傳數據進行等級劃 分並進行評估；`1. 3)在對SNP位點進行等級評估的基礎上，選擇把握性大的、運用大樣本進行研究的、 經過多民族驗證的且有中國人研究數據的SNP位點為基因檢測位點。
3.根據權利要求1或2)所述的複雜疾病易感性綜合遺傳分析方法，其特徵在於所述 步驟3)中是通過計算機設計和編程，計算CGR值。
全文摘要
本發明為一種複雜疾病易感性綜合遺傳分析方法，包括以下步驟1)建立複雜疾病相關遺傳資料庫並確定相關檢測位點；2)採用Affymetrix6.0晶片技術對個體全基因組範圍內SNPs位點進行基因分型，得出各SNP位點對應的基因型；3)從6.0晶片90萬個SNP位點檢測結果中導出確定的疾病相關SNP位點分型結果，依據基因分型結果，計算CGR值；4)根據所計算出的疾病相關CGR值對風險增高疾病及高風險疾病進行詳細和深度遺傳分析。本發明可提高針對中國漢族人群複雜疾病易感性預測的把握性，縮短遺傳分析時間並避免由於人工計算所帶來的計算誤差。
文檔編號G06F19/00GK101845501SQ201010176088
公開日2010年9月29日 申請日期2010年5月18日 優先權日2010年5月18日
發明者孟濤, 楊進 申請人:孟濤;楊進