用於檢測體液中的疾病或病症標記的方法

2023-05-17 14:15:01 1

專利名稱：用於檢測體液中的疾病或病症標記的方法
技術領域：
本發明一般涉及利用無細胞體液和血液細胞診斷、預後或監測疾病或病症的方法。本發明還涉及利用無細胞體液和血液細胞，確認疾病或病症標記物的方法。
背景技術：
疾病的早期診斷常常會増加成功治療或治癒該疾病的可能性。但是，目前的治療方法主要取決於從人口衍生出的平均值(由健康個人獲得)。個性化的診斷方法需要能診斷(尤其是早期診斷)還不知道患有疾病或患有復發性疾病的個人所存在的疾病或病症。白細胞開始是作為骨髓中的多能造血幹細胞，然後沿著骨髄系(單核細胞、巨噬細胞、中性粒細胞、嗜酸性粒細胞，以及嗜鹼性粒細胞)或淋巴系(T淋巴細胞和B淋巴細胞以及自然殺傷細胞)發展。骨髄系細胞(例如，中性粒細胞和巨噬細胞)的主要功能為吞噬傳染性生物體、受損細胞(生存不需要的)、衰老和死亡細胞(凋亡和壞死)，以及清理細胞碎片。源自健康動物的吞噬細胞不能進行複製且為二倍體，即DNA含量為2n。平均來說，每個細胞包含的DNA小於10納克，RNA小於20納克且蛋白質小於300納克。非吞噬細胞也為二倍體且不參與死亡細胞或感染性生物體的內化作用，並DNA指數為I。不同白細胞亞群的生命周期為幾天(例如，中性粒細胞)至幾個月(例如，巨噬細胞)不等。與其他類型細胞ー樣，白細胞會發生老化並最終死亡。在它們的老化過程中，源自人體血液和組織的吞噬細胞(例 如，中性粒細胞)顯示出程序性細胞死亡(例如，細胞凋亡)的所有典型標記物，包括半胱天冬酶活化、緻密核以及染色質碎片。這些細胞還在其細胞外的質膜表面上顯示出許多「吃我(eat-me)」標記(例如，磷脂醯絲氨酸，糖類)。因此，通過其他的吞噬細胞，從組織和血液清除出垂死的和死亡的細胞以及其亞細胞碎片。本發明的其中ー個目的在於提供診斷方法(通過利用無細胞體液和血液細胞，カロ強疾病或病症特異性標記物的檢測，例如，核酸、蛋白質、碳水化合物和/或脂質等等)。本發明的另ー個目的在於提供確認疾病或病症的特異性標記物的方法以及進一歩利用該標記物(單獨的或連同任何已知的標記物)診斷疾病或病症的方法。

發明內容
我們已發明出新的且有用的檢測/診斷疾病或病症的方法，該方法利用無細胞體液結合非吞噬細胞或DNA含量為2n的吞噬細胞(=2n吞噬細胞)。在一些實施例中，無細胞的體液包含病變細胞(diseased cells)的組分，例如DNA和/或蛋白質，並可用作病變細胞的替代物(同時非吞噬細胞或者)。在其他實施例中，將無細胞體液用作病變細胞的替代物，而將=2n的吞噬細胞用作對照細胞。
在一方面，本發明提供了診斷受試者疾病或病症的方法或提供了輔助診斷受試者疾病或病症診斷的方法，包括:a)確定無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜(profile);b)確定非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及c)確認至少ー個或多個所述標記物的第一和第二譜之間的差異，其中該差異表示受試者存在所述的疾病或病症。在另一方面，本發明提供了評估受試者發展疾病或病症的風險的方法，包括:a)確定無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜；b)確定非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及c)確認至少ー個或多個所述標記物的第一和第二譜之間的差異，其中該差異表示受試者發展所述疾病或病症的風險。仍在另一方面，本發明提供了預後受試者疾病或病症的方法以及提供了輔助預後受試者疾病或病症的方法，包括:a)確定無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜山)確定非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及c)確認至少ー個或多個所述標記物的第一和第二譜之間的差異，其中該確認的差異表示受試者所述疾病或病症的預後。仍在另一方面，本發明提供了評估受試者疾病或病症治療效果(efficacy oftreatment)的方法,包括:a)確定治療前受試者無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜；確定治療前受試者非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第一和第二譜之間的第一差異山)確定治療後受試者無細胞體液樣品中的一個或多個標記物的第三譜；確定治療後受試者非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第四譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第三和第四譜之間的第二差異；以及c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中該確認的差異表示受試者的所述疾病或病症的治療效果。仍在另一方面，本發明 提供了監測受試者疾病或病症進展或衰退(regression)的方法，包括:a)在第一時間點,確定受試者無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜；在該第一時間點，確定受試者非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第一譜和第二譜之間的第一差異；b)在第二時間點，確定受試者無細胞體液樣品中的一個或多個標記物的第三譜；在該第二時間點，確定受試者非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第四譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第三譜和第四譜之間的第二差異；以及c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中該確認的差異表示受試者所述疾病或病症的進展或衰退。仍在另ー個方面，本發明提供了確認可改善或治療受試者疾病或病症的化合物的方法，包括:a)在將化合物給予受試者之前,確定受試者無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜；在將化合物給予受試者之前，確定受試者非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第一譜和第二譜之間的第一差異山)在將化合物給予受試者後，確定受試者無細胞體液樣品中的ー個或多個標記物的第三譜；在將化合物給予受試者後，確定受試者非吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第四譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第三譜和第四譜之間的第二差異；以及c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中該確認的差異表示該化合物可改善或治療受試者的所述疾病或病症。
仍在另一方面，本發明提供了用於診斷受試者疾病或病症的方法或提供了輔助診斷受試者疾病或病症的方法，包括:a)確定無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜山)確定無細胞體液樣品中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及c)確認至少ー個或多個所述標記物的第一譜和第二譜之間的差異，其中該差異表示受試者存在所述的疾病或病症。仍在另一方面，本發明提供了評估受試者發展疾病或病症的風險的方法，包括:a)確定無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜山)確定=2n吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及c)確認至少ー個或多個所述標記物的第一和第二譜之間的差異，其中該差異表示受試者發展所述疾病或病症的風險。仍在另一方面，本發明提供了預後受試者疾病或病症的方法以及提供了輔助預後受試者疾病或病症的方法，包括:a)確定無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜山)確定=2n吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及
c)確認至少ー個或多個所述標記物的第一和第二譜之間的差異，其中該差異表示受試者所述疾病或病症的預後。仍在另一方面，本發明提供了評估受試者疾病或病症治療效果的方法，包括:a)確定治療前受試者無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜；確定治療前受試者=2n吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第一和第二譜之間的第一差異山)確定治療後受試者無細胞體液樣品中的一個或多個標記物的第三譜；確定治療後受試者=2n吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第四譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第三和第四譜之間的第二差異；以及c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中該確認的差異表示受試者所述疾病或病症的治療效果。
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仍在另一方面，本發明提供了監測受試者疾病或病症進展或衰退的方法，包括:a)在第一時間點，確定受試者無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜；在該第一時間點，確定受試者=2n吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第一譜和第二譜之間的第一差異；b)在第二時間點，確定受試者無細胞體液樣品中的一個或多個標記物的第三譜；在該第二時間點，確定受試者=2n吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第四譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第三譜和第四譜之間的第二差異；以及c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中該確認的差異表示受試者所述疾病或病症的進展或衰退。仍在另ー個方面，本發明提供了確認可改善或治療受試者疾病或病症的化合物的方法，包括:a)在將化合物給予受試者之前,確定受試者無細胞體液樣品中的ー個或多個疾病或病症標記物的第一譜；在將化合物給予受試者之前，確定受試者=2n吞噬細胞群中的一個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第一譜和第ニ譜之間的第一差異；b)在將化合物給予受試者後，確定受試者無細胞體液樣品中的ー個或多個標記物的第三譜；在將化合物給予受試者後，確定受試者=2n吞噬細胞群中的ー個或多個標記物中的至少ー個的第四譜；確認至少ー個或多個所述標記物的第三譜和第四譜之間的第二差異；以及c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中該確認的差異表示該化合物可改善或治療受試者的所述疾病或病症。
仍在另ー個方面，本發明提供了確認ー個或多個疾病或病症標記物的方法，包括:a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；確定患有所述疾病或病症的受試者的非吞噬細胞中的分析物的第二譜；確認第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中該第一組差異特指(specific to)第一譜相對於第二譜(的差異);b)確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第三譜；確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜；確認第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中該第二組差異特指第三譜相對於第四譜(的差異)；以及c)確認ー個或多個分析物(特指第一組差異相對於第二組差異(的差異))，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。可選地，該方法進ー步包括d)獲得被患有疾病或病症的受試者所述疾病或病症感染(影響，affect)的細胞或組織中的分析物的第五譜；獲得未被受試者(患有疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜；確認第五譜和第六譜間的第三組差異，其中該第三組差異特指第五譜相對於第六譜的差異；以及e)確認存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少ー個標記物。仍在另ー個方面，本發明提供了確認ー個或多個疾病或病症標記物的方法，包括:a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第二譜；確認第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中該第一組差異特指第一譜相對於第二譜的差異山)確定患有所述疾病或病症的受試者的非吞噬細胞中的分析物的第三譜；確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜；確認第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中該第二組差異特指第三譜相對於第四譜的差異；以及c)確認ー個或多個分析物(特指第一組差異相對於第二組差異的差異)，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。且可選地，該方法進ー步包括d)獲得被受試者(患有所述疾病或病症)所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜；獲得未被受試者(患有疾病或病症)所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜；確認第五譜和第六譜間的第三組差異，其中該第三組差異特指第五譜相對於第六譜的差異；以及e)確認存在於第三組差異中的c)的ー個或多個標記物中的至少ー個標記物。仍在另ー個方面，本發明提供了確認ー個或多個疾病或病症標記物的方法，包括:a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；通過數據挖掘，獲得未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第二譜；確認第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中該第一組差異特指第一譜相對於第二譜的差異山)確定患有所述疾病或病症的受試者的非吞噬細胞中的分析物的第三譜；通過數據挖掘，獲得未患有所述疾病或病症的對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜；確認第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中該第二組差異特指第三譜相對於第四譜的差異；以及c)確認ー個或多個分析物(特指第一組差異相對於第二組差異的差異)，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。且可選地，該方法進ー步包括d)通過數據挖掘，獲得被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜；通過數據挖掘，獲得未被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜；確認第五譜和第六譜間的第三組差異，其中該第三組差異特指第五譜相對 於第六譜的差異M及e)確認存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少ー個標記物。
仍在另ー個方面，本發明提供了確認ー個或多個疾病或病症標記物的方法，包括:a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；確定患有所述疾病或病症的受試者的非吞噬細胞中的分析物的第二譜；確認第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中該第一組差異特指第一譜相對於第二譜的差異山)確定被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第三譜；確定未被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第四譜；確認第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中該第二組差異特指第三譜相對於第四譜的差異；c)確認在第一組差異和第二組差異中同時存在的ー個或多個分析物，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。且可選地，該方法進ー步包括d)確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液中的分析物的第五譜；確認第一譜和第五譜間的第三組差異，其中該第三組差異特指第一譜相對於第五譜的差異；以及e)確認存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少ー個標記物。仍在另ー個方面，本發明提供了確認ー個或多個疾病或病症標記物的方法，包括:a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；確定患有所述疾病或病症的受試者的=2n吞噬細胞中的分析物的第二譜；確認第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中該第一組差異特指第一譜相對於第二譜的差異山)確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第三譜；確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的=2n吞噬細胞中的分析物的第四譜；確認第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中該第二組差異特指第三譜相對於第四譜的差異；以及c)確認ー個或多個分析物(特指第一組差異相對於第二組差異的差異)，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。且可選地,該方法進ー步包括d)獲得被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜；獲得未被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜；確認第五譜和第六譜間的第三組差異，其中該第三組差異特指第五譜相對於第六譜的差異M 及e)確認存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少ー個標記物。在一些實施例中，所述的標記物或分析物為核酸(例如，核苷酸、寡核苷酸、DNA、RNA或NDA-RNA雜合體(hybrid))，蛋白質(例如，胺基酸、肽、酶、抗原、抗體、細胞因子、月旨蛋白、糖蛋白或激素)，脂類(例如，脂肪酸、磷脂、膽固醇)，碳水化合物(例如，單糖、雙糖、多糖)，代謝產物(例如，維生素、初級代謝產物、次級代謝產物)，或其組合。在一些實施例中，所述譜為核酸譜(例如，基因型譜，單核苷酸多態性譜，基因突變譜，基因拷貝數譜，DNA甲基化譜，DNAこ醯化譜，染色體劑量譜(chromosome dosageprofile),基因表達譜)，蛋白質譜(例如，蛋白質表達、蛋白質活化)，脂質譜，碳水化合物譜，代謝產物譜，或其組合。在一些實施例中，通過定性測定、定量測定或其組合，確定譜。在一些實施例中，相比非吞噬細胞，無細胞體液中的一個或多個標記物中的至少一個標記物被上調或激活。在一些實施例中，相比非吞噬細胞，無細胞體液樣品中的ー個或多個標記物中的至少ー個標記物被下調或抑制。在一些實施例中，相比=2n吞噬細胞，無細胞體液中的一個或多個標記物中的至少ー個標記物被上調或激活。在一些實施例中，相比=2n吞噬細胞，無細胞體液中的一個或多個標記物中的至少ー個標記物被下調或抑制。在一些實施例中，第一譜、第二譜、第三譜、第四譜、第五譜或第六譜包括缺失(缺少)一個或多個標記物中的至少ー個。在一些實施例中，該差異為至少1.05倍、1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍或10倍差異。在一些實施例中，本發明的方法還包括溶解=2n吞噬細胞和非吞噬細胞；以及從這些細胞中提取出細胞內容物(cellular content)。在一些實施例中，本發明的方法包括從無細胞體液中提取出細胞內容物。在一些實施例中，無細胞體液包括活的病變細胞、死亡的病變細胞、凋亡的病變細胞、循環腫瘤細胞、感染因子(infectious agent)、胎兒細胞、滋養層細胞(trophoblast),或其片段。在一些實施例中，疾病或病症的一個或多個標記物中的至少ー個標記物存在於無細胞體液的細胞內容物中。在一些實施例中，所述疾病或病症的ー個或多個標記物不存在於非吞噬細胞或=2n吞噬細胞的細胞內容物中。在一些實施例中，本發明方法還包括將c)中確定的差異與所述疾病或病症的ー個或多個已知標記物的庫(repository)(即，通過數據挖掘獲得的數據)進行比較。在一些實施例中，吞噬細胞為專業吞噬細胞(例如，嗜中性粒細胞，巨噬細胞，單核細胞，樹突狀細胞，泡沫細胞，肥大細胞，嗜酸性粒細胞)，非專業吞噬細胞(例如，上皮細胞，內皮細胞，成纖維細胞，間充質細胞)，或其組合。在一些實施例中，非吞噬細胞為T細胞、B細胞、裸細胞、嗜鹼性粒細胞，或其組合。在一些實施例中，從受試者的體液樣品(例如，血液、尿液)，組織或細胞(例如，白細胞、胎兒細胞)中分離出吞噬細胞(例如，=2n吞噬細胞)和非吞噬細胞。在一些實施例中，利用標準的/已知的細胞分離/分隔(isolation) /純化技術，例如，抗體、流式細胞術、突光激活細胞分選、過濾、梯度離心(gradient-basedcentrifugation)、洗脫、微 流控(microfluidics)、磁性分離技術、突光磁性分離技術、納米結構、量子點、高通量顯微鏡基平臺、或其組合，從體液、組織或細胞中分離出吞噬細胞(例如，=2n吞噬細胞)和非吞噬細胞或從=2n吞噬細胞中分離出> 2n吞噬細胞。本發明還提供了本發明方法所用的且可通過本發明方法進行確認的標記物。


本專利或申請文件至少包括一個以顏色繪製的圖。可根據要求並支付必要費用，由專利局(Office)提供含彩色圖的本專利或專利申請公布的拷貝件。結合附圖，根據以下說明性實施例的詳細描述，可更加充分地理解本發明的上述和其他的特徵和優勢，其中:圖1示意性地示出了在比較和去除(扣除)患者特異性固有標記(patientspecific intrinsic signature)(由分離自非吞卩遼淋巴細胞的DNA, RNA,蛋白質和/或脂質獲得)後，確認血漿內的疾病/病症特異性DNA，RNA，蛋白質和/或脂質標記的建議性方法。圖2示意性地示出了可用於確認腫瘤特異性標記(表達於癌症患者的血漿中)的分析方法。圖3示意性地示出了本發明方法的一個實施例的一般流程圖。圖4示意性地示出了本發明方法的另ー個實施例的一般流程圖。圖5示意性地示出了本發明方法的仍另ー個實施例的一般流程圖。
圖6示意性地示出了在比較和去除患者特異性固有標記(由分離自DNA含量為2n的WBC的DNA，RNA，蛋白質和/或脂質獲得)後，確認血漿內的疾病/病症特異性DNA，RNA,蛋白質和/或脂質標誌的建議性方法。圖7示意性地示出了可用於確認癌症患者的腫瘤特異性標記的分析方法。圖8示意性地示出了本發明方法的另ー個實施例的一般流程圖。圖9示意性地示出了本發明方法的另ー個實施例的一般流程圖。圖10示出了藉助Hoechst33342 (顯示二倍體WBC的分離以及從這些細胞提取的最終高質量的RNA (RIN=9.2))染色後的人類WBC的FACS譜。圖11示出了總RNA (分離自LNCaP和LLCl細胞)的凝膠電泳分析。圖12列出了從小鼠白細胞(WBC)中獲得的RNA的產量和質量。圖13A-13D示出了顯示七個上調(彡2倍)、癌症相關的基因(檢測於LNCaP (人前列腺癌)荷瘤裸鼠的中性粒細胞)的陣列。(A) LNCaP腫瘤。(B)從荷LNCaP瘤的裸鼠中獲得的中性粒細胞(NT)。(C)從荷LNCaP瘤的裸鼠中獲得的T細胞(TT)。(D)從非荷瘤裸鼠獲得的中性粒細胞(NN)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(A)和荷瘤小鼠的中性粒細胞(B)中表達以及在非荷瘤小鼠的中性粒細胞(D)和非吞噬T細胞(C)中以最低程度地表達。NT中的表達相比於NN和TT中的表達為彡2倍。圖14A-14D示出了顯示三個上調、癌症相關的基因(檢測於LNCaP (人前列腺癌)荷瘤裸鼠的巨噬細胞)的陣列。(A) LNCaP腫瘤。(B)從荷LNCaP瘤的裸鼠中獲得的巨噬細胞(MT)。(C)從荷LNCaP瘤的裸鼠中獲得的T細胞(TT)。(D)從非荷瘤裸鼠獲得的巨噬細胞(MN)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(A)和荷瘤小鼠的巨噬細胞(B)中表達以及在非荷瘤小鼠的巨噬細胞(D)和非吞噬T細胞(C)中以最低程度表達。MT中的表達相比於麗和TT中的表達為彡2倍。圖15A-1 示出了顯示四個上調O 2倍)、癌症相關的基因(檢測於LS174T (人結腸癌)荷瘤裸鼠的中性粒細胞)的陣列。(A)LS174T腫瘤。(B)從荷LS174T瘤的裸鼠中獲得的中性粒細胞(NT)。(C)從荷LS174T瘤的裸鼠中獲得的T細胞(TT)。(D)從非荷瘤裸鼠獲得的中性粒細胞(NN)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(A)和荷瘤小鼠的中性粒細胞(B)中表達以及在非荷瘤小鼠的中性粒細胞(D)和非吞噬T細胞(C)中以最低程度表達的標記。NT中的表達相比於NN和TT中的表達為彡2倍。圖16A-16D示出了顯示三個上調(彡2倍)、癌症相關的基因(檢測於LS174T (人結腸癌)荷瘤裸鼠的巨噬細胞)的陣列。(A)LS174T腫瘤。(B)從荷LS174T瘤的裸鼠中獲得的巨噬細胞(MT)。(C)從荷LS174T瘤的裸鼠中獲得的T細胞(TT)。(D)從非荷瘤裸鼠獲得的巨噬細胞(MN)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(A)和荷瘤小鼠的巨噬細胞(B)中表達以及在非荷瘤小鼠的巨噬細胞(D)和非吞噬T細胞(C)中以最低程度表達。MT中的表達相比於匪和TT中的表達為彡2倍。圖17A-17D示出了顯示出五個上調O 2倍)、癌症相關的基因(檢測於荷LLCl (小鼠轉移性肺癌)瘤的C57/B1鼠的中性粒細胞)的陣列。(A)LLCl腫瘤。(B)從荷LLCl瘤的C57/B1鼠獲得的中性粒細胞(NT)。(C)從荷LLCl瘤的C57/B1鼠獲得的T細胞(TT)。(D)從非荷瘤C57/B1鼠獲得的中性粒細胞(NN)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(A)和荷瘤小鼠的中性粒細胞(B)中表達以及在非荷瘤小鼠的中性粒細胞(D)和非吞噬T細胞(C)中以最低程度表達。NT中的表達相比於NN和TT中的表達為彡2倍。圖18A-18D示出了顯示兩個上調(彡2倍)、癌症相關的基因(檢測於荷LLCl (小鼠轉移性肺癌)瘤的C57/B1鼠的巨噬細胞)的陣列。(A)LLCl腫瘤。(B)從荷LLCl瘤的C57/BI鼠獲得的巨噬細胞(MT)。(C)從荷LLCl瘤的C57/B1鼠獲得的T細胞(TT)。(D)從非荷瘤C57/B1鼠獲得的巨噬細胞(MN)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(A)和荷瘤小鼠的中性粒細胞(B)中表達以及在非荷瘤小鼠的中性粒細胞(D)和非吞噬T細胞(C)中以最低程度表達。MT中的表達相比於麗和TT中的表達為彡2倍。圖19A-19D示出了顯示出兩個上調(彡2倍)、癌症相關的基因(檢測於荷B16F10(小鼠轉移性黑色素瘤)瘤的C57/B1鼠的中性粒細胞)的陣列。(A)B16F10腫瘤。(B)從荷B16F10瘤的C57/B1鼠獲得的中性粒細胞(NT)。(C)從荷B16F10瘤的C57/B1鼠獲得的T細胞(TT)。(D)從非荷瘤C57/B1鼠獲得的中性粒細胞(NN)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(A)和荷瘤小鼠的中性粒細胞(B)中表達以及在非荷瘤小鼠的中性粒細胞(D)和非吞噬T細胞(C)中以最低程度表達。NT中的表達相比於NN和TT中的表達為彡2倍。圖20A-20D示出了顯示出一個上調(彡2倍)、癌症相關的基因(檢測於荷B16F10(小鼠轉移性黑色素瘤)瘤的C57/B1鼠的巨噬細胞)的陣列。(A)B16F10腫瘤。(B)從荷B16F10瘤的C57/B1鼠獲得的巨噬細胞(MT)。(C)從荷B16F10瘤的C57/B1鼠獲得的T細胞(TT)。(D)從非荷瘤C57/B1鼠獲得的巨噬細胞(匪)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(A)和荷瘤小鼠的巨噬細胞(B)中表達以及在非荷瘤小鼠的巨噬細胞(D)和非吞噬T細胞(C)中以最低程度表達。MT中的表達相比於麗和TT中的表達為彡2倍。圖21A-21D示出了顯示出五個上調(彡2倍)、癌症相關基因(檢測於患有頭頸癌(鱗狀細胞癌)的患者的中性粒細胞)的陣列。(A)正常組織(皮膚)活檢。(B)腫瘤組織活檢。(C)從患者血液獲得的中性粒細胞(NT)。(D)從患者血液獲得的T細胞(TT)。圓圈標識表示在腫瘤細胞(B)和患者血液的中性粒細胞(C)中表達以及在正常皮膚(A)或非吞噬T細胞(D)中以最低程度表達或不表達。NT中的表達相比於TT和皮膚中的表達為彡2倍。圖22A-22B示出了顯示出23個上調(彡2倍)、癌症相關的基因(檢測於患有卵巣癌(腺癌)的患者的巨噬細胞)的陣列。(A)從患者血液獲得的巨噬細胞(MT)。(B)從患者血液獲得的T細胞(TT)。圓圈標識表示在患者巨噬細胞(A)中表達以及在非吞噬T細胞(B)中以最低程度表達。MT中的表達相比於TT中的表達為彡2倍。圖23示出了用於確認吞噬細胞中的腫瘤標記的方法。在該示例中，定量測定荷瘤動物的巨噬細胞(MT)中的癌症相關基因的表達強度，將其與源於相同動物的T細胞中的那些癌症相關基因的表達強度進行比較，並確認>2倍的過度表達的癌症相關基因。然後，定量確定MT中的全部表達基因的強度並將其與從非荷瘤動物中獲得的巨噬細胞(MNT)的全部表達基因的強度進行比較，並確認>2倍的過度表達的基因。選擇兩個列表中的共同基因並將其與相同腫瘤所表達的那些基因進行比較(陰影區域)。圖24A-24B示出了(A)從荷LNCaP人前列腺腫瘤的裸鼠獲得的巨噬細胞(MLNCaP)與從相同動物獲得的T細胞(T細胞LNCaP)，(B) MLNCaP與從非荷瘤小鼠(非腫瘤)獲得的巨噬細胞，(C)從荷LNCaP人前列腺腫瘤的裸鼠獲得的中性粒細胞(NLNCaP)與從相同動物獲得的T細胞(T細胞LNCaP)，以及(D) NLNCaP與從非荷瘤小鼠(非腫瘤)獲得的巨噬細胞，的基因表達強度的比較。 紅色的基因為>2倍的過度表達；綠色的基因為>2倍的低表達(表達不足，under-express)o圖25列出了吞噬的中性粒細胞(N)和巨噬細胞(M)中的癌症相關基因的表達。圖26列出了相比非吞噬性T細胞，在患有卵巢癌的患者的吞噬性巨噬細胞中被上調(>2倍)的癌症相關基因。圖27示出了從小鼠WBC獲得的蛋白質樣品(5.9微克)的SDS凝膠(10%)電泳。圖28示出了從荷瘤小鼠獲得的T細胞和單核細胞/巨噬細胞(M/M)中的TAG-72和SPA表達的蛋白質印跡分析，其表明標記僅存在於吞噬細胞中。
具體實施例方式除非另有定義，否則本申請所使用的科學和技術術語與本領域內的那些普通技術人員通常理解的含義相同。通常地，本文所述的有關細胞和組織培養、分子生物學、細胞和癌症生物學、神經生物學、神經化學、病毒學、免疫學、微生物學、藥理學、遺傳學、蛋白質和核酸化學，及其技術所使用的系統命名為本領域內所熟知的且為本領域內所通常使用的。特別地，以上全部的，以及本文所涉及的任何其他的公布、專利和所公布的專利申請均以參考的方式併入本文。在衝突的情況下，以本說明書(包括其具體定義)為準。在整個說明書中，單詞「包含」應該理解為其意味包含指定的整體(或組件)或整體(或組件)群，但是不排除任何其他的整體(或組件)或整體(或組件)群。除非本文另有明確規定，否則單數形式「ー個」包括複數形式。所使用的術語「包括」指的是「包括但不局限幹」。「包括」和「包括但不局限幹」可交換使用。「患者」、「受試者」或「個體」可交換使用且指的是人類或非人類的動物。這些術語包括哺乳動物，例如人類，靈長類動物，家畜動物(例如，牛、豬)，伴侶動物(例如，狗、貓)以及齧齒動物(例如，小鼠和大鼠)。如本文所使用的，對照受試者指的是未被診斷患有所分析的疾病或病症的任何個體。術語「正常對照」，「健康対照」以及「未患病細胞」同樣指的是取自未患有所分析的疾病或病症的來源(例如受試者、對照受試者、細胞系)的樣品(例如，細胞、血清、組織)，因此其可用於確定所分析的疾病或病症的基線。還應該理解的是對照受試者、正常對照以及健康對照包含獲得的並可用作標準的數據，即，其可反覆使用(針對多個不同受試者)。換句話說，例如，當將受試者樣品與對照樣品進行比較時，從對照樣品獲得的數據可在不同組試驗中獲得，例如，其可為從大量健康受試者獲得的且不是當時(獲得受試者數據)所實際獲得的平均值。本文所使用的術語「診斷」指的是方法，技術人員可藉助該方法評估和/或確定患者是否患有指定的疾病或病症。技術人員通常在一個或多個診斷指標的基礎上進行診斷，例如，標記物的存在，不存在，數量或數量變化(表明病症的存在，嚴重性，或不存在)。本文所使用的術語「預後」用在這裡指的是疾病或病症進展的可能性，包括疾病或病症的復發。就所有目的而言，所公開的國際申請PCT/US2009/031395以參考的方式併入本文。

有關本發明方法的描述
本發明提供了通過比較無細胞體液和取自相同個體的非吞噬細胞之間的，或無細胞體液和取自相同個體的吞噬細胞(不含已吞噬的細胞或血液細胞組分)(即，DNA含量為2n的吞噬細胞)之間的與疾病或病症相關的標記物(例如，核酸，蛋白質，脂質，碳水化合物，代謝產物)的譜(例如，基因/蛋白質/脂質/碳水化合物表達譜，基因型，基因拷貝數，基因量，DNA甲基化等)，診斷或輔助診斷疾病或病症的方法。本發明還提供了評估發展疾病或病症的風險、預測所述疾病、監測所述疾病的進展或衰退、評估治療效果或確定能改善或治療所述疾病或病症的化合物的方法。所述的受試者特異性譜之間的比較消除了對從人ロ衍生出的平均值譜(針對特定疾病或病症)的依賴性(可對受試者特定疾病或病症的檢測或診斷產生誤差)。本發明方法可針對個體進行個性化的檢測、診斷和治療。本發明方法(i)具有高特異性、敏感性和準確性並可檢測存在於體液樣品、細胞或組織中的疾病或病症特異性標記物；以及(ii)消除已知發生在個體之間的「基線差異」(由於內在(例如，年齡、性別、種族背景、健康狀況等等)和暫時的標記物表達變化)。因此，在某些方面，本發明提供了用於疾病或病症早期檢測(即在可通過常規診斷技術診斷出疾病之前，例如成像技木)的非侵入性檢測方法，因此提供了與需求和對策(用於幹預、預防和治療患有該疾病或病症的個體)相關的提高的決策的基礎。可將本發明方法與任何熟知的診斷方法聯合使用，例如，物理檢查(physicalinspection)、目視檢查(visual inspection)、活檢(組織切片，biopsy)、掃描、組織檢查、放射檢查、成像、超聲、利用市售試劑盒、基因檢測、免疫檢測、體液分析或神經活動監測。在一些實施例中，所述的吞噬細胞為專業吞噬細胞，例如中性粒細胞、巨噬細胞、單核細胞、樹突狀細胞、泡沫細胞、肥大細胞或嗜酸性細胞。在一些實施例中，所述的吞噬細胞為非專業吞噬細胞，例如上皮細胞、內皮`細胞、成纖維細胞或間質細胞。在其他實施例中，所述的吞噬細胞可為不同類型的吞噬細胞的混合物。可用於本發明的非吞噬細胞包括(但不局限幹)T細胞、B細胞、裸細胞(nulI cells)、嗜鹼粒細胞或其混合物。如本文所使用的，「=2n吞噬細胞」指的是DNA含量為2n的吞噬細胞。根據本發明，ー些吞噬細胞不具有吞沒的活的/垂死的(dying)/死亡的病變細胞或片段和/或存在於體液中的無細胞的疾病特異性的核酸、蛋白質、脂類和/或碳水化合物。該類吞噬細胞的DNA含量保持在2n。如本文所使用的，疾病或病症標記物的「譜」可廣泛涉及與標記物相關的任何信息。該信息可以是定性的(例如，存在或不存在)或定量的(例如，水平、拷貝數或劑量)。在一些實施例中，標記物的譜可表明不存在該標記物。該譜可為核酸(例如，DNA或RNA)譜、蛋白質譜、脂質譜、碳水化合物譜、代謝產物譜或其組合。本文所使用的「標記物」一般指的是吞噬細胞中的可進行差異檢測的分析物(且可指示疾病或病症的存在)。如果吞噬細胞中的分析物具有定量或定性差異，分析物可進行差異檢測。本發明方法可適用於多種疾病或病症。本發明方法可適用於多種疾病或病症。示例性疾病或病症有心血管疾病或病症，與腎相關的疾病或病症，與產前(prenatal)或妊娠相關的疾病或病症，神經(neurological)或神經精神性疾病(neuropsychiatric disease)或病症,與自身免疫或免疫相關的疾病或病症，癌症，傳染性疾病或病症，線粒體疾病，呼吸道-腸胃道疾病或病症，生殖性疾病或病症、眼科疾病或病症，肌肉-骨骼疾病或病症，或皮膚疾病或病症。如本文所使用的，術語「心血管疾病或病症」指的是可影響心臟或血管(動脈和靜脈)系統的任何病症。示例性的心血管疾病包括(但不局限幹)心肌梗塞、冠狀動脈疾病、經皮冠狀動脈腔內血管成形術(PTCA)、冠狀動脈搭橋手術(CABG)、再狹窄、動脈末梢疾病、中風、腹主動脈動脈瘤、顱內動脈瘤、大動脈粥樣硬化性中風、心原性中風、早發性心肌梗死、心カ衰竭、肺栓塞、急性冠狀動脈症候群(ACS)、心絞痛、心臟肥大、動脈硬化、心內膜炎、心肌炎、全心炎、高血壓、充血性心カ衰竭、動脈硬化、腦血管疾病、心臟病(decliningcardiac health)、缺血性心臟病、心包炎、心原性休克、酒精性心肌疾病、先天性心臟病、缺血性心肌病、高血壓性心肌病、瓣膜心肌病、炎症性心肌病、繼發於系統性代謝疾病的心肌病、擴張型心肌病、肥厚型心肌病、失常性右室心肌病、限制性心肌病、內心肌病、心臟瓣膜病、高血壓心臟病、心肌缺血發作、不穩定心絞痛、心肌斷裂、心原性休克、栓塞、深部靜脈血栓形成、心律失常、致心律失常性右室心肌病、糖尿病性心肌病、ニ尖瓣返流、ニ尖瓣脫垂、外周血管疾病、動脈疾病、頸動脈疾病、深部靜脈血栓形成、靜脈疾病、腦血管疾病、動脈瘤、左心室肥大、高血壓腎病、高血壓性視網膜病、血管炎、左主幹病變、動脈血管疾病、靜脈血管疾病、微循環血栓症、短暫的腦血管意外、肢體缺血、動脈瘤、血栓症、表面靜脈血栓症以及深靜脈血栓。如本文所使用的，術語「與腎相關的疾病或病症」指的是可影響腎臟或腎臟系統的任何疾病或病症。示例性的與腎相關的疾病包括(但不局限幹)慢性腎臟疾病，原發性腎臟疾病，非糖尿病性腎臟疾病，血管球性腎炎，間質性腎炎，糖尿病性腎臟疾病，糖尿病性腎病，腎小球硬化症，急進性腎小球腎炎，腎臟纖維化，奧爾波特症候群，IDDM腎炎，繫膜增生系腎小球腎炎，膜性増殖性腎小球腎炎，新月體性腎小球腎炎，腎間質性纖維變性，局灶節段性腎小球硬化，膜性腎病，微小病變型腎病，寡免疫複合物急進性腎炎，IgA腎病，多囊性腎疾病，Dent疾病，球形紅細胞症，海曼腎炎，常染色體顯性(成人)多囊性腎疾病，常染色體隱性(兒童)多囊性腎疾病，急性腎損傷，腎病症候群，腎缺血，足細胞疾病或障礙，蛋白尿，腎小球疾病，膜性腎小球腎炎，局灶性節段性腎小球腎炎，先兆子癇，子癇驚厥，腎臟損害，膠原血管疾病，良性體位性(體位)蛋白尿，IgM腎病，膜性腎病，結節病，糖尿病，由於藥物造成的腎臟損傷，法布瑞氏病， 氨 基酸尿，Fanconi症候群，高血壓腎硬化，間質性腎炎，錸狀細胞病，血紅蛋白尿，肌紅蛋白尿，韋格內肉芽腫病，糖原累積症I型，慢性腎臟疾病，慢性腎功能衰竭，低腎小球濾過率(GFR)，腎動脈硬化，狼瘡腎炎，ANCA陽性寡免疫新月體腎小球腎炎，慢性移植性腎病，中毒性腎損害，腎毒性，腎臟壞死，腎損傷，腎小球和腎小管損傷，腎臟功能障礙，腎臟症候群，急性腎功能衰竭，慢性腎功能衰竭，近端管功能障礙，急性腎移植排斥，慢性腎移植排斥，非IgA繫膜增生性腎炎，感染後腎小球腎炎，任何種類的腎臟血管炎，任何遺傳性腎臟疾病，任何間質性腎炎，腎移植失敗，腎癌，伴隨有其他病症(例如，高血壓、糖尿病、自身免疫性疾病)的腎疾病，Dent氏病，球形紅細胞增多症，海曼腎炎，原發性腎臟疾病，塌陷性腎小球病，緻密物沉積病，冷球蛋白血症相關性腎炎，Henoch-Schonlein疾病，傳染後腎小球腎炎，細菌性心內膜炎，顯微鏡下多血管炎，Churg-Strauss症候群，抗腎小球基底膜抗體介導的腎小球腎炎，澱粉樣變性，單克隆免疫球蛋白沉積病，纖維性腎小球腎炎，免疫觸鬚樣腎小球病，缺血性腎小管損傷，藥物引起的腎小管間質性腎炎，毒性腎小管間質性腎炎，感染性腎小管間質性腎炎，細菌性腎盂腎炎，由多瘤病毒感染或HIV感染導致的病毒感染性腎小管間質性腎炎，代謝誘導的小管間質疾病，混合性結締組織病，管型腎病，由尿酸鹽或草酸鹽或藥物引起的結晶沉積導致的晶體腎病，急性細胞間質移植排斥，由淋巴瘤或移植後淋巴組織增生性疾病導致的腫瘤浸潤性疾病，腎臟的阻塞性疾病，血管疾病，血栓性微血管病，腎動脈硬化，粥狀栓塞性腎疾病，混合結締組織病，結節性多動脈炎，鈣調磷酸酶抑制劑誘導的血管疾病，急性細胞血管移植排斥，急性體液移植排斥，早期腎功能衰竭(ERFD)，終末期腎病(ESRD)，腎靜脈血栓形成，急性腎小管壞死，急性間質性腎炎，慢性腎臟疾病，腎動脈狹窄，缺血性腎病，尿毒症，藥物和毒素誘導的慢性腎炎，返流性腎病，腎結石，古德帕斯丘症候群以及腎盂積水。如本文所使用的，術語「與產前或妊娠相關的疾病或病症」指的是影響孕婦、胚胎或胎兒的任何疾病、障礙或病症。與產前或妊娠相關的病症還可指由懷孕引起的相關或所出現(直接地或間接地)的任何疾病、紊亂或病症。這些疾病或病症可包括任何和所有的出生缺陷，先天性病症，或遺傳性疾病或病症。示例性的與產前或妊娠相關的疾病包括(但不局限幹)恆河猴疾病，新生兒溶血病，P地中海貧血，性別確定障礙，妊娠確定障礙，遺傳性孟德爾遺傳紊亂，染色體畸變，胎兒染色體單體型，8三體型，13三體型(帕陶症候群)，16三體型，18三體型(愛德華氏症候群)，21三體型(唐氏症候群)，X染色體連鎖紊亂，X三體型(XXX症候群)，X單體型(特納症候群)，XXY症候群，XYY症候群，XXXY症候群，XXYY症候群，XYYY症候群，XXXXX症候群，XXXXY症候群，XXXYY症候群，XXYYY症候群，脆性X症候群，胎兒生長受限，囊性纖維化，血紅蛋白病，胎兒死亡，胎兒酒精症候群，錸狀細胞性貧血，血友病，克氏綜合症，dup (17) (pll.2pl.2)症候群,子宮內膜異位症，Pelizaeus-Merzbacher疾病，dup (22) (qll.2qll.2)症候群，貓眼症候群，貓叫症候群，沃爾夫-赫塞豪恩症候群，腓骨肌萎縮症，壓カ易感性神經病，Smith-Magenis症候群,神經纖維瘤病，Alagille症候群，顎心面症候群，迪格奧爾格症候群，類固醇硫酸酷酶缺乏症，Prader-Willi症候群，Kallmann症候群，眼球與線性皮膚缺損綜合症，腎上腺發育不全，甘油激酶缺乏症，Pelizaeus-Merzbacher疾病，Y上的睪丸決定因子,無精子症(因子a),無精子症(因子b),無精子症(因子c)，lp36缺失，苯丙酮尿症，Tay-Sachs疾病，腎上腺增生，範科尼貧血，脊髄性肌萎縮，Duchenne型肌營養不良，亨廷頓氏病,肌強直營養不良，羅伯遜易位，Angelman症候群，結節性腦硬化，共濟失調毛細血管擴張症，開放性脊柱裂，神經管缺陷，腹壁缺損，小於胎齡兒，先天性巨細胞 病毒，軟骨發育不全，碼方式綜合症，先天性甲狀腺功能衰退症，先天性弓形體病，生物素缺乏症，半乳糖血症，楓糖漿尿病，高胱氨酸尿，中鏈醯基輔酶A脫氫酶缺乏症，結構性出生缺陷，心臟缺陷，四肢異常，畸形足，無腦畸形，無嗅腦畸形/前腦無裂畸形，腦積水，無眼畸形/小眼畸形，無耳畸形/小耳畸形，大血管錯位，法洛四聯症，左心發育不全症候群，對導管型主動脈縮窄，不含唇裂的顎裂，含或不含唇裂的顎裂，含或不含瘻的食道閉鎖/狹窄，小腸閉鎖/狹窄，肛管直腸閉鎖/狹窄，尿道下裂，性別不清，腎發育不全，囊性腎，上肢內側多指趾畸形，肢體短縮畸形，膈疝，失明，白內障，視カ問題，聽カ缺失，耳聾，X連鎖腎上腺白質營養不良，Rett症候群，溶酶體障礙，腦癱，自閉症，無舌畸形，白化病，眼白化病，眼皮膚白化病，妊娠糖尿病，Arnold-Chiari畸形，CHARGE症候群，先天性膈ま，brachydactlia,無虹膜,裂足和裂手，異色症，Dwarnian耳，埃萊爾-當洛症候群，大皰性表皮鬆解症，哥爾罕疾病，Hashimoto氏症候群，胎兒水腫，肌張力衰退，Klippel-Feil症候群,肌肉萎縮症,成骨不全症,早衰，Smith Lemli Opitz症候群,色盲，X連鎖淋巴組織疾病，臍突出，腹裂畸形，先兆子癇，子癇驚厥，早產，流產，宮內生長延遲，異位妊娠,妊娠劇吐,孕婦晨吐,或可能性地成功引產。如本文所使用的，術語「神經或神經精神性疾病或病症」指的是影響神經系統的任何疾病或病症。示例性的神經或神經精神性疾病或病症包括(但不局限幹)頭部外傷，中風，中風、缺血性中風，出血性中風，蛛網膜下腔出血，顱內出血，內部短暫性腦缺血發作，血管性痴呆，皮質基底神經節變性，腦炎，癲癇，Landau-Kleffner症候群，腦積水，假性腦瘤，丘腦疾病，腦膜炎，骨髄炎，運動障礙，特發性震顫，脊髄疾病，脊髄空洞症，阿爾茨海默氏症(早髮型)，阿爾茨海默症(晚髮型)，多發腦梗塞性痴呆，匹克病，亨廷頓氏病，帕金森病，帕金森症候群，痴呆，額顳葉痴呆，皮質基底節變性，多系統萎縮，進行性核上性麻痺，路易體病，Creutzfeldt-Jakob 疾病,Dandy-Walker 症候群，弗裡德賴希共濟失調,Machado-Joseph 疾病，偏頭痛，精神分裂症，情緒障礙和抑鬱，路易體痴呆(DLB)，額顳葉性痴呆(FTD)，多種形式的血管性痴呆(VD)，皮層下血管痴呆(Binswanger氏病)，自閉症，發育障礙，運動神經元疾病，肌萎縮側索硬化症(ALS)，神經元或腦損傷，大腦缺氧，大腦性麻痺(CP)，記憶障礙，運動障礙，皮質基底神經節退化症，多種形式的多系統萎縮，與中風相關的疾病，腦血管意夕卜，照射後癲癇性腦病，血管性帕金森症，丘腦腦血管意外，慢性炎性脫髓鞘性多發性神經病，與酒精相關的痴呆，詞義性痴呆，共濟失調，非典型帕金森症，肌張カ障礙，進行性核上性麻痺，特發性震顫，輕度認知障礙，肌萎縮側索硬化症，多發性硬化症，神經病變，匹克病，嗜剛果紅澱粉樣血管病，Creutzfeldt-Jakob疾病，愛滋病痴呆症候群，抑鬱症，焦慮症，恐懼症，面部神經麻痺，癲癇，腦炎，神經肌肉疾病，神經腫瘤疾病，腦部腫瘤，神經血管紊亂，神經免疫疾病，神經系統疾病，神經創傷(包括脊髄損傷)，疼痛(包括神經性疼痛)，兒科神經和神經障礙，睡眠障礙，杜爾雷斯症候群，皮質基底神經節變性，與酒精相關的痴呆，語義性痴呆，與多梗死性痴呆結合的阿爾茨海默病，與路易體痴呆結合的阿爾茨海默病，與路易體痴呆結合的帕金森氏病，與路易體痴呆結合的阿爾茨海默病和帕金森氏病，與慢性炎症性脫髓鞘性多發性神經病結合的額顳葉痴呆，注意缺陷多運動障礙，精神分裂症，強迫症，智力遲鈍，自閉症譜系障礙，視性眼陣攣-肌陣攣症候群(OMS)發作，發音障礙，學習障礙(即，閱讀或運算)，ロ頭或表現 能力缺失，多動症，澱粉樣疾病，阮蛋白病，Tau病變，a-突觸核蛋白病，上癮狀態(例如，由古柯鹼、尼古丁、酒精、事物、迷幻藥、阿拉伯茶、咖啡因、鴉片、海洛因、大麻、安非他命、冰毒或賭博中的至少ー個造成的上癮狀態)，以及法布瑞氏病。如本文所使用的，術語「與自身免疫或免疫相關的疾病或病症」指的是可影響免疫系統功能的任何疾病或病症。示例性的與自身免疫或免疫相關的疾病或病症包括(但不局限幹)抗磷脂症候群，系統性紅斑狼瘡，類風溼性關節炎，自身免疫性血管炎，腹腔疾病，自身免疫性甲狀腺炎，輸血後免疫反應，母胎不兼容，輸血反應，免疫缺乏症(例如，IgA缺乏症)，常見的變異型免疫缺陷病，藥物引起的紅斑狼瘡，糖尿病，I型糖尿病，II型糖尿病，青少年糖尿病，幼年型類風溼性關節炎，銀屑病關節炎，多發性硬化症，免疫缺陷，過敏，哮喘，過敏性皮炎，牛皮癬，過敏性接觸性皮炎，慢性皮膚疾病，肌萎縮性脊髓側索硬化症，化療引起的損傷，移植物抗宿主病，骨髄移植排斥反應，強直性脊柱炎，過敏性溼疹,天皰瘡，Behcet氏病，慢性疲勞症候群纖維肌痛，化療引起的損傷，重症肌無力，腎小球腎炎，過敏性視網膜炎，系統性硬化症，亞急性皮膚紅斑狼瘡，皮膚紅斑狼瘡(包括凍瘡紅斑狼瘡)，Sjogren症候群，自身免疫性腎炎，自身免疫性血管炎，自身免疫性肝炎，自身免疫性心肌炎，自身免疫性腦炎，自身免疫介導的血液系統疾病，Ic-SSc (肢端型硬皮病)，dc-SSc (瀰漫型硬皮病)，自身免疫性甲狀腺炎(AT)，Grave氏病(⑶)，重症肌無力，多發性硬化症(MS)，強直性脊柱炎，移植排斥反應，免疫衰老，風溼病/自身免疫性疾病，混合的結締組織疾病，脊椎關節病，牛皮癬，牛皮癬關節炎，肌炎，硬皮病，皮肌炎，自身免疫性血管炎，混合結締組織病，特發性血小板減少性紫癜，Crohn氏病，人類佐劑病，骨關節炎，青少年慢性關節炎，脊椎關節病，特發性炎性肌病，系統性血管炎，結節病，自身免疫性溶血性貧血，自身免疫性血小板減少症，甲狀腺炎，免疫介導的腎臟疾病，中樞或周圍神經系統的脫髓鞘疾病，特發性脫髓鞘多神經病，Guillain-Barre症候群，慢性炎性脫髓鞘多神經病，肝膽疾病，感染性或自身免疫性慢性活動性肝炎，原發性膽汁性肝硬化，肉芽腫性肝炎，硬化性膽管炎，炎症性腸病，谷膠敏感性腸病，Whipple氏病，自身免疫或免疫介導的皮膚疾病，大皰性皮膚疾病，多形性紅斑，過敏性鼻炎，過敏性皮炎，食物過敏，蕁麻疹，肺部免疫疾病，嗜酸性肺炎，特發性肺纖維化，過敏性肺炎，與移植相關的疾病，移植物排斥或移植物抗宿主病，銀屑病關節炎，牛皮癬，皮炎，多發性肌炎/皮肌炎，中毒性表皮壞死松解症，系統性硬皮症和硬化症，與炎症性腸病相關的反應，Crohn氏病，潰瘍性結腸炎，呼吸窘迫症候群，成人呼吸窘迫症候群(ARDS)，腦膜炎，腦炎，葡萄膜炎，結腸炎，腎小球腎炎，過敏性疾病，溼疹，哮喘，涉及T細胞滲透和慢性炎症反應的病症，動脈粥樣硬化，自身免疫性心肌炎，白細胞粘附缺乏症，變應性腦脊髄炎，與細胞因子和T淋巴細胞介導的急性和延髮型超敏反應相關的免疫反應，肺結核，結節病，肉芽腫病(包括Wegener氏肉芽腫)，粒細胞缺乏症，血管炎(包括ANCA)，再生障礙性貧血，戴-布ニ氏貧血，免疫溶血性貧血(包括自身免疫性溶血性貧血(AIHA))，惡性貧血，純紅細胞再生障礙性貧血(PRCA)，因子VIII缺乏症，血友病A，自身免疫性中性粒細胞減少症，全血細胞減少症，白細胞減少症，涉及白細胞滲出的疾病，中樞神經系統(CNS)炎性疾病，多器官損傷症候群，重症肌無力，抗原-抗體複合物介導的疾病，抗腎小球基底膜病，抗磷脂抗體症候群，過敏神經炎，Bechet疾病，Castleman氏症候群，Goodpasture氏症候群，Lambert-Eaton肌無カ症候群，Reynaud氏症候群，Sjorgen氏症候群，Stevens-Johnson症候群,大皰性類天皰瘡,天皰瘡，自身免疫性聚內分泌，Reiter氏病，僵人症候群，巨細胞性動脈炎，免疫複合物腎炎，IgA腎病，IgM多發性神經病或IgM介導的神經病變，特發性血小板減少性紫癜(ITP)，血栓性血小板減少性紫癜(TTP)，自身免疫性血小板減少症，睪丸和卵巣的自身免疫性疾病(包括自身免疫性睪丸炎和卵巣炎)，原發性甲狀腺功能不足，自身免疫性內分泌疾病(包括自身免疫性甲狀腺炎)，慢性甲狀腺炎(Hashimoto氏甲狀腺炎),亞急性甲狀腺炎,特發性甲狀腺功能衰退，Addison氏病，Grave氏病，自身免疫性多腺體症候群(或多腺體內分泌失調症候群)，Sheehan氏症候群，自身免疫性肝炎，淋巴間質性肺炎(HIV)，閉塞性細支氣管炎(非移植)-NSIP, Guillain-Barre氏症候群，大血管炎(包括風溼性多肌痛和巨細胞(Takayasu氏)動脈炎)，中血管炎(包括Kawasaki氏疾病和結節性多動脈炎)，強直性脊柱炎，Berger氏疾病(IgA腎病)，快速進行性腎小球腎炎，原發性膽汁性肝硬化，乳糜性ロ炎性腹瀉(非熱帶性ロ炎性腹瀉)，冷球蛋白血症，以及肌萎縮側索硬化症(ALS)。

如本文所使用的，術語「癌症」指的是各種類型的惡性腫瘤，其中大部分可侵入周圍組織，且可轉移至不同位置(例如，見PDR醫藥字典，第一版(1995)，其全部內容以引用的方式併入本文)。術語「瘤」和「腫瘤」指的是異常生長的組織，其細胞內増殖速率快於正常増殖速率且當引起増殖的刺激物移除後，仍繼續增長。同上，該異常組織顯示出部分的或完全的缺乏結構組織和與正常組織的功能協調，其可為良性(即，良性腫瘤)或惡性(即，惡性腫瘤)。一般類別的癌症示例包括(但不局限幹)癌(即，來源於上皮細胞的惡性腫瘤，例如常見的乳腺癌、前列腺癌、肺癌和結腸癌)，肉瘤(即，來源於結締組織或間質細胞的惡性腫瘤)，淋巴瘤(即，來源於造血細胞的惡性腫瘤)，白血病(即，來源於造血細胞的惡性腫瘤)，生殖細胞腫瘤(即，來源於全能細胞的腫瘤。在成年人中最常見於睪丸或卵巣中；在胎兒、嬰兒和幼兒中最常見於身體中線上，尤其是尾椎骨頂端)，急性腫瘤(即，類似於不成熟或胚胎組織的典型惡性腫瘤)等等。涵蓋於本發明的瘤類型示例包括(但不局限幹)那些與神經組織癌症、血液形成組織癌症、乳腺癌、皮膚癌、骨骼癌、前列腺癌、卵巢癌、子宮癌、子宮頸癌、肝癌、肺癌、腦癌、喉癌、膽囊癌、胰腺癌、直腸癌、甲狀旁腺癌、甲狀腺癌、腎上腺癌、免疫系統癌症、頭部和頸部癌症、結腸癌、胃癌、支氣管癌和/或腎臟癌相關的瘤。如本文所使用的，術語「感染因子(傳染劑，infectious agent)」包括(但不局限幹)致病生物(例如，病毒、細菌、真菌、寄生物、傳染性蛋白質等等。病毒包括(但不局限於)DNA或RNA動物病毒。如本文所使用的，RNA病毒包括(但不局限幹)病毒家族如微小核糖核酸病毒科(例如，脊髄灰質炎病毒)，呼腸孤病毒科(例如，輪狀病毒)，被膜病毒科(例如，腦炎病毒、黃熱病病毒、風疹病毒)，正粘病毒科(例如，流感病毒)，副粘病毒科(例如，呼吸道合胞病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒、副流感病毒)，彈狀病毒科(例如，狂犬病病毒)，冠狀病毒，本揚病毒科，黃病毒科，纖絲病毒科，沙粒病毒科，本揚病毒科和逆轉錄病毒科(例如，人T細胞白血病病毒(HTLV)，人免疫缺陷病毒(HIV))。如本文所使用的，DNA病毒包括(但不局限幹)病毒家族，如乳多空病毒科(例如，乳頭狀瘤病毒)，腺病毒科(例如，腺病毒)，皰疫病毒科(例如，單純皰疫病毒)以及痘病毒科(例如，天花病毒)。細菌包括(但不局限幹)革蘭氏陽性細菌，革蘭氏陰性細菌，抗酸細菌等等。如本文所使用的，革蘭氏陽性細菌包括(但不局限幹)放線菌，伊氏放線菌，炭疽芽孢桿菌，蠟樣芽孢桿菌，肉毒桿菌，肉毒桿菌，艱難梭狀芽孢桿菌，產氣莢膜梭菌，破傷風梭菌，棒狀桿菌屬，糞腸球菌 ，單核細胞增生李斯特氏菌，諾卡氏菌屬，痤瘡丙酸桿菌，金黃色葡萄球菌，表皮葡萄球菌，變形鏈球菌，肺炎鏈球菌等等。如本文所使用的，革蘭氏陰性菌包括(但不局限幹)貓抓阿菲波菌，擬桿菌屬，桿菌狀巴爾通氏體，百日咳桿菌，伯氏疏螺旋體，回歸熱包柔氏螺旋體，布氏桿菌屬，肉芽腫莢膜桿菌，彎曲桿菌屬，大腸埃希桿菌，土拉熱弗朗西絲氏菌，陰道加德納菌，埃及嗜血桿菌，杜克雷氏嗜血桿菌，流感嗜血桿菌，幽門螺旋桿菌，嗜肺軍團菌，腎臟鉤端螺旋體，腦膜炎奈瑟氏菌，牙齦卟啉單胞菌，斯氏普羅威登斯菌，銅綠假單胞菌，沙門腸炎桿菌，傷寒沙門氏菌，靈桿菌，波伊德氏志賀氏菌，念珠狀鏈桿菌，釀膿鏈球菌，梅毒密螺旋體，霍亂弧菌，小腸結腸炎耶爾森氏菌，鼠疫耶爾森氏菌等等。如本文所使用的，抗酸細菌包括(但不局限幹)鳥分枝桿菌，麻風分枝桿菌，結核分支桿菌等等。如本文所使用的，不涵蓋在另外三類中的其他細菌包括(但不局限幹)漢氏巴爾通體，鸚鵡熱衣原體，沙眼衣原體，貝氏柯克斯體，肺炎支原體，小蛛立克次氏體，普氏立克次體，立克氏立克次氏體，恙蟲病立克次體，地方性斑疹傷寒立克次氏體，解脲脲原體，肺炎鏈球菌，卡氏埃利希體，糞腸球菌，腦膜炎球菌等等。
如本文所使用的，真菌包括(但不局限幹)麴黴菌，念珠菌，白念珠菌，粗球孢子菌，隱球菌屬以及其組合。如本文所使用的，寄生微生物包括(但不局限幹)結腸小袋纖毛蟲，小隱孢子蟲，環孢子球蟲，腦胞內原蟲屬，痢疾變形蟲，比氏腸胞蟲，腸蘭伯式鞭毛蟲，利什曼原蟲，瘧原蟲，剛地弓形蟲，錐蟲，梯形變形蟲等等。如本文所使用的，寄生物包括蟲(例如，蠕蟲)，特別是寄生蟲，包括但不局限於線蟲類(蛔蟲，如鞭蟲、鉤蟲、蟯蟲、絲蟲等等),絛蟲類(例如,絛蟲)。如本文所使用的，「治療」疾病或病症指的是採取措施，以獲得有益或所需的療效，包括臨床療效。有益或所需的臨床療效包括(但不局限幹)與疾病或病症相關的ー個或多個症狀的緩解或改善。如本文所使用的，利用本領域內那些技術人員所熟知的多種方法中的其中ー個，將化合物或藥劑「給予」至受試者。例如，可通過靜脈內、動脈、皮內、肌內、腹膜內、皮下、目艮睛、舌下、ロ服(通過攝入)、鼻內(通過吸入)、椎管內、腦內以及經皮(通過吸收，例如通過皮膚導管)，進行化合物或藥劑給藥。還可通過可再負載的(rechargeable)或生物可降解的聚合物裝置或其他裝置，例如塞片或泵，或可延長、減緩或受控釋放化合物或藥劑的製劑，引入化合物或藥劑。還可進行例如一次，多次，和/或通過ー個或多個延長時間的給藥。在ー些方面，給藥既包括直接給藥，包括自我給藥，還包括間接給藥，包括開藥方。例如,如本文所使用的，指導患者進行自我給藥或間接給藥和/或為患者提供藥物處方的醫生將藥物給予患者。在一些實施例中，通過ロ服進行化合物或藥劑給藥，例如，通過攝取(ingestion)將藥物給予受試者，或通過靜脈給藥，例如，通過注射將藥物引入受試者。在一些實施例中，通過ロ服給藥的化合物或藥劑可採用延長釋放或緩慢釋放的製劑，或者利用可用於該緩慢或延長釋放的裝置進行給藥。在某些實施例中，相比非吞噬細胞，用於本發明方法的標記物在無細胞體液中被上調或激活。在某些實施例中，相比非吞噬細胞，用於本發明方法的標記物在無細胞體液中被下調或抑制。在某些實施例中，相比=2n的吞噬細胞，用於本發明方法的標記物在無細胞體液中被上調或激活。在某些實施例中，相比=2n的吞噬細胞，用於本發明方法的標記物在無細胞體液中被下調或抑制。不同疾病或病症與不同標記物的上調(或激活)或下調(或抑制)相關。如本文所使用的，「上調」可指表達水平(例如，基因表達或蛋白質表達)、基因拷貝數、基因量以及標記物其他的定性或定量可檢測狀態的增加。相似地，「下調」可指表達水平(例如，基因表達或蛋白質表達)、基因拷貝數、基因量以及標記物其他的定性或定量可檢測狀態的降低。如本文所使用的，「激活」可指標記物的激活狀態，例如，磷酸化狀態，DNA甲基化狀態或DNAこ醯化狀態。同樣地，「抑制」可指標記物的抑制或非活化狀態，例如，去磷酸化狀態，泛素化狀態，DNA去甲基化狀態。在某些實施例中，本發明方法還可包括從無細胞體液中提取或富集標記物。此處可利用任何已知的提取或富集方法。在某些實施例中，本發明方法還可包括在確定多個譜之前，實施下述步驟中的至少ー個步驟:i)裂解非吞噬細胞或=2n的吞噬細胞；ii)從裂解的非吞噬細胞或=2n吞噬細胞中提取出細胞內容物。此處可利用任何熟知的細胞裂解和提取方法。在某些實施例中，所述的無細胞體液包含多種類型的已吞沒(engulfed)物質，例如，活的病變細胞，死亡的病變細胞 ，凋亡的病變細胞，循環腫瘤細胞，感染因子，胎兒細胞，滋養層細胞，或其片段。在某些實施例中，無細胞體液中存在疾病或病症的至少ー個或多個標記物。在某些實施例中，非吞噬細胞或=2n吞噬細胞的細胞內容物中不存在標記物。在某些實施例中，本發明方法進ー步包括將疾病或病症特異性標記物的已確定差異與本領域內熟知的至少ー個標記物的庫進行比較。該比較可進ー步證實疾病或病症的存在。在某些實施例中，所已知標記物的庫可通過數據挖掘獲得。本文所使用的術語「數據挖掘(data mining)」指的是從資料庫的已知數據發現新的數據模型、關係或相關性並在以後提取出切實可用的信息的方法。通常地，通過對基於計算機的系統進行數據訓練(train)，實施數據挖掘，例如，對輸入數據進行歸類井隨後利用新的輸入數據，根據訓練數據，做出決策。這些系統包括(但不局限幹)專家系統，模糊邏輯，非線性回歸分析，多元分析(multivariate analysis),決策樹分類器(decision tree classifier)以及貝葉斯信念網絡(Bayesian belief network) 在某些實施例中，無細胞體液來自體液樣品。示例性的體液樣品可為全血、尿液、糞便、唾液、淋巴液、腦脊髓液、滑液、囊液、腹水、胸腔積液、從妊娠頭三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠中三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠後三個月的孕婦獲得的液體、母體血液、羊水、絨毛膜絨毛樣品、源自著床前胚胎的液體、母體尿液、母體唾液、胎盤樣品、胎兒血液、灌洗和子宮頸陰道液(lavage and cervical vaginal fluid)、細胞間液(interstitialfluid)，或者眼液。在一些實施例中，通過本領域內的熟知方法，從體液樣品中分離出細胞，例如提取、離心以及過濾，獲得無細胞體液樣品。在某些實施例中，=2n吞噬細胞或非吞噬細胞分離自白細胞。在某些實施例中，=2n吞噬細胞分離自吞噬細胞群。在某些實施例中，在分離液體(通過靜脈或動脈穿刺，然後通過提取血液、組織活檢、支氣管肺泡灌洗、鼻灌洗、眼睛灌洗、腹膜腔灌洗、陰道灌洗、膀胱灌洗、直腸灌洗、脊髄液細針抽吸、滑液抽吸等等獲得)的非細胞部分(例如，通過離心)後，獲得包含DNA含量為2n的細胞的組織或液體樣品。在分離液體`(通過靜脈或動脈穿刺，然後通過提取血液、組織活檢、支氣管肺泡灌洗、鼻灌洗、眼睛灌洗、腹膜腔灌洗、陰道灌洗、膀胱灌洗、直腸灌洗、脊髄液細針抽吸、滑液抽吸等等獲得)的細胞部分(例如，通過離心)後，獲得無細胞體液。在本發明方法中，利用細胞分離/隔離/純化方法，從受試者的體液樣品、細胞或組織中分離出細胞群。技術人員可利用任何熟知的細胞分離/隔離/純化技術，從體液中分離出=2n吞噬細胞或非吞噬細胞。示例性的細胞提取/分離/隔離技術包括(但不局限幹)使用抗體，流式細胞木，螢光激活細胞分選，過濾，梯度離心，洗脫，微流控，磁分離技術，突光磁分離技術，納米結構，量子點，高通量顯微鏡基平臺(high throughputmicroscope-based platetorm),或兵組合。在本文所述方法的某些方面，被描述其譜的分析物包括核酸、蛋白質、脂質、碳水化合物、代謝物，或其任何組合。在本文所述方法的某些方面，標記物包括核酸、蛋白質、月旨質、碳水化合物、代謝物，或其任何組合。如本文所使用的，術語「核酸」意在包括DNA分子(例如，cDNA或基因組DNA)，RNA分子(例如，mRNA), DNA-RNA雜合體，以及利用核酸類似物形成的DNA或RNA類似物。所述的核酸分子可為核苷酸、寡核苷酸、雙鏈DNA、單鏈DNA、多鏈DNA、互補DNA、基因組DNA、非編碼DNA、信使RNA (mRNA)、微RNA (miRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、核糖體 RNA(rRNA)、轉運 RNA(tRNA)、小幹擾 RNA(siRNA)、不均一核 RNA(hnRNA)，或小髮夾RNA (shRNA)。如本文所使用的，術語「胺基酸」包括含有基本氨基基團和酸性羧基基團的有機化合物。該術語包括天然胺基酸(例如，L胺基酸)、修飾的和不尋常胺基酸(例如，D-胺基酸和￠-胺基酸)，以及在生物學上已知以游離或組合形式出現(通常不出現於蛋白質中)的胺基酸。天然蛋白質所存在的胺基酸包括丙氨酸、精氨酸、天冬醯胺、天冬氨酸、半胱氨酸、穀氨酸、穀氨醯胺、甘氨酸、組氨酸、賴氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸、蘇氨酸、絲氨酸、酪氨酸、色氨酸、脯氨酸以及纈氨酸。天然的非蛋白質胺基酸包括精氨基琥珀酸、瓜氨酸、半胱氨酸硫酸、3，4- ニ羥基苯基丙氨酸、高半胱氨酸、高絲氨酸、鳥氨酸、3-單碘酪氨酸、3，5- ニ碘酪氨酸、3，5, 5-三碘甲腺原氨酸、以及3，3』，5，5』 -四碘甲腺原氨酸。修飾的或不同尋常的胺基酸包括D-胺基酸，羥基賴氨酸，4-羥基脯氨酸，N-苄氧羰基-保護的胺基酸，2，4- ニ氨基丁酸，高精氨酸，正亮氨酸，N-甲基氨基丁酸，萘基丙氨酸，苯基甘氨酸，a-苯基脯氨酸，叔亮氨酸，4-氨基環己基丙氨酸，N-甲基-正亮氨酸，3，4-脫氫脯氨酸，N，N-ニ甲基氨基甘氨酸，N-甲基氨基甘氨酸，4-氨基哌啶-4-羧酸，6-氨基己酸，反式-4_(氨基甲基)環己烷羧酸，2-、3_和4-(氨基甲基)-苯甲酸，1-氨基環戊烷羧酸，1-氨基環丙烷羧酸，以及2-苄基-5-氨基戊酸。如本文所使用的，術語「肽」包括由兩個或更多個胺基酸(通過肽鍵相連)組成的化合物。肽具有的分子量可小於10，000道爾頓，小於5，000道爾頓或小於2，500道爾頓。術語「肽」還包括含有肽和非肽(例如假肽或類肽的殘基或其他非胺基酸組分)組分的化合物。含有肽和非肽組分的該類化合物還可稱為「肽類似物」。如本文所使用的，術語「蛋白質」包括由胺基酸(排列成直鏈並通過相鄰胺基酸殘基的羧基和氨基基團間的肽鍵 相連)組成的化合物。用於本發明方法的蛋白質包括(但不局限幹)胺基酸、肽、抗體、抗體片段、細胞因子、脂蛋白或糖蛋白。如本文所使用的，術語「抗體」包括多克隆抗體，單克隆抗體(包括全長的抗體(具有免疫球蛋白Fe區域))，具有多表位特異性的抗體組合物，多特異性抗體(例如，雙特異性抗體)，雙抗體，單鏈分子，以及抗體片段(例如，Fab或F(ab』)2以及Fv)。有關不同類別的抗體的結構和性能見 Daniel P.Sties, Abba 1.Terr 和 Tristram G.Parsolw 編著的 Basicand Clinical Immunology,第ノV版，Appleton&Lange, Norwalk, Conn., 1994,第六章，第 71頁。如本文所使用的，術語「細胞因子」指的是分泌蛋白或活性片段或其突變體(調節免疫系統的細胞活性)。示例性的細胞因子包括(但不局限幹)白細胞介素、幹擾素、趨化因子、腫瘤壞死因子、免疫細胞前體的集落刺激因子等等。如本文所使用的，術語「脂蛋白」包括帶負電荷的組合物(包含被兩性分子的磷脂(與游離的膽固醇和載脂蛋白結合)表面層包圍的疏水性膽留醇酯和甘油三酸酯核心)。月旨蛋白的特徵在於其密度(例如，極低密度的脂蛋白(VLDL)、低密度脂蛋白(LDL)以及高密度脂蛋白(HDL))，由它們的大小、脂質和蛋白質的相對量決定。脂蛋白的特徵還在於存在或不存在特定修飾(例如，氧化、こ醯化或糖化)。如本文所使用的，術語「糖蛋白」包括具有一個或多個低聚糖或多糖(共價連接至肽或蛋白質)的糖苷。示例性的糖蛋白可包括(但不局限幹)免疫球蛋白，主要組織相容性複合物的成員，膠原蛋白，粘蛋白，糖蛋白Ilb/IIIa，糖蛋白-41 (gp41)以及糖蛋白-120(gpl2),卵泡刺激性激素，甲胎蛋白(alpha-fetoprotein),紅細胞生成素,轉鐵蛋白，鹼性磷酸酶以及凝集素。如文本所使用的，術語「脂質」包括合成的或天然存在的化合物(一般為兩性分子並為生物可相容的)。脂質一般包含親水組分和疏水組分。示例性的脂質包括(但不局限幹)脂肪酸，中性脂肪，磷脂，膽固醇，膽固醇酯類，甘油三酸酷，糖脂類，甘油酯類，甘油磷脂，神經鞘脂類，留醇脂類，異戊烯醇脂類(prenol lipids)，糖脂類，聚酮類，膽鹼甘油磷脂，こ醇胺甘油磷脂，磷脂醯肌醇，磷脂醯甘油，磷脂醯絲氨酸，溶血膽鹼甘油磷脂，溶血こ醇胺甘油磷脂，磷脂酸，溶血磷脂酸，神經鞘磷脂，半乳糖基神經醯胺，葡糖苷脂醯鞘氨醇，硫脂類，游離脂肪酸，前列腺素，三醯甘油，ニ醯甘油，單醯甘油，醯基輔酶A，醯基肉鹼，氧化固醇，神經醯胺，心磷脂，鞘氨基醇鹼-1-磷酸酯，鞘氨醇，溶血神經鞘氨酷，神經節苷脂，縮醛磷脂，硫脂，神經醯胺，低密度脂蛋白(LDL),極低密度脂蛋白(very low density lipoproteins,VLDL),高密度脂蛋白(HDL)，鞘氨基醇鹼-1-磷酸酯或其衍生物。如本文所使用的，術語「碳水化合物」包括(但不局限幹)含有氧、氫和碳原子的化合物，通常為(CH2O)n，其中n為整數。示例性的碳水化合物包括(但不局限幹)單糖、雙糖、多糖或低聚糖。如本文所使用的，術語「代謝物」包括用於代謝的任何分子。代謝物可為代謝過程中的產物、底物或中間物(中間體)。該術語包括初級代謝物、次級代謝物、有機代謝物，或無機代謝物。代謝物包括(但不局限幹)胺基酸、肽、醯基肉鹼、單糖、脂質和磷脂、前列腺素、羥基花生四烯酸、羥基十八碳ニ烯酸、類固醇、膽汁酸，以及糖脂和磷脂。示例性的代謝物可為神經鞘脂類、糖苷神經鞘脂類、鞘氨醇、神經醯胺、神經鞘磷脂、神經鞘氨醇磷膽鹼、ニ氫神經鞘氨醇、磷脂醯膽鹼、磷脂醯肌醇、磷脂醯絲氨酸、溶血磷脂醯膽鹼、溶血磷脂醯肌醇、溶血磷脂醯絲氨酸、縮醒磷脂醯膽鹼(？]^811161^1 11081^1:1(171(31101；[116)、縮醒磷脂醯膽鹼、蛋白質胺基酸，丙氨酸、天門冬氨酸、穀氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、組氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、賴氨酸、甲硫氨酸、脯氨酸、精氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、纈氨酸、色氨酸、酪氨酸、非対稱性ニ甲基精氨酸、対稱性ニ甲 基精氨酸、穀氨醯胺、天門冬醯胺、硝基酪氨酸、羥基脯氨酸、犬尿氨酸、3_羥基犬尿氨酸、非蛋白胺基酸、鳥氨酸、瓜氨酸、醯基肉鹼類、肉鹼、游離的肉鹼、鹼基肉鹼、羥基醯基肉鹼、ニ羧基醯基肉鹼、還原性單糖、己糖、戊糖、脫氧己糖、肌酸酐、肌氨酸、亞精胺、精胺、腐胺、多巴胺、血清素、前列腺素、羥基花生四烯酸、羥基十八碳ニ烯酸、白三烯、血栓素、膽汁酸、留醇類、膽固醇、維生素和輔助因子、藥物，以及藥物代謝物。在本發明的一些實施例中，將疾病或病症的至少ー個或多個標記物的譜進行比較。該比較可以是定量的或定性的。可利用本文所述的任一測定方法進行定量測定。例如，測序、直接測序、隨機鳥槍測序、Sanger雙脫氧鏈終止測序(Sanger dideoxy terminationsequencing)、全基因組測序、藉助雜交測序、焦磷酸測序(pyrosequencing)、毛細管電泳、凝膠電泳、雙重測序、循環測序、單鹼基延伸測序、固相測序、高通量測序、大規模平行信號測序(massively parallel signature sequencing)、乳液 PCR、藉助可逆的染料終止(reversible dye terminator)測序、雙末端測序、近期測序(near-term sequencing)、核酸外切酶測序、連接法測序、短讀測序(short-read sequencing)、單分子測序、合成法測序、實時測序、反向終止測序(reverse-terminator sequencing)、納米孔測序、454測序、Solexa基因組分析儀測序、SOLiD 測序、MS-PET測序、質譜分析、基質輔助雷射解析電離飛行時間(MALD1-TOF)質譜、電噴霧電離(electrospray ionization,ESI)質譜、表面增強雷射解吸電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、聚合酶鏈反應(PCR)分析、定量PCR、實時PCR、螢光測定、比色測定、化學發光測定，或其組合。定量比較可包括統計分析，例如T檢驗、ANOVA、Krustal-Wallis、Wilcoxon、Mann-Whitney以及比值比(odds ratio)。定量差異可包括譜之間的標記物水平的差異或者譜之間所存在的標記物的數量的差異，以及其組合。示例性的標記物水平可以是(不具有限制性)基因表達水平、核酸水平、蛋白質水平、脂質水平等等。定性差異可包括(但不局限幹)激活和失活，蛋白質降解，核酸降解，以及共價修飾。在本發明的某些實施例中，譜為核酸譜、蛋白質譜、脂質譜、碳水化合物譜、代謝物譜，或其組合。所述譜可被定性或定量測定。核酸譜可以是(不具有限制性)基因型譜、單核苷酸多型性譜、基因突變譜、基因拷貝數譜、DNA甲基化譜、DNAこ醯化譜、染色體劑量譜、基因表達譜，或其組合。核酸譜可由本領域內熟知的檢測基因型、單核苷酸多態性、基因突變、基因拷貝數、DNA甲基化狀態、DNAこ醯化狀態、染色體量的任何方法進行確定。示例性方法包括(但不局限幹)聚合酶鏈反應(PCR)分析、測序分析、電泳分析、限制性片段長度多態性(RFLP)分析、Northern印跡分析、定量PCR、逆轉錄酶-PCR分析(RT-PCR)、等位基因特異性寡核苷酸雜交分析、比較基因組雜交、異源雙鏈泳動分析(heteroduplex mobility assay, HMA)、單鏈構象多態性(SSCP)、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、RNA酶錯配分析、質譜分析、串聯質譜分析、基質輔助雷射解吸電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換 質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、表面等離子體共振、Southern印跡分析、原位雜交、突光原位雜交(FISH)、發色原位雜交(chromogenic in situ hybridization,CISH)、免疫組織化學(IHC)、微陣列、比較基因組雜交、染色體組型分析、多重連接探針擴增法(MLPA)、短螢光片段的定量多重PCR (QMPSF)、顯微鏡分析、甲基化特異性PCR (MSP)測定、由連接介導PCR的HpaII小片斷富集(HELP)分析、放射性醋酸標記分析、比色DNAこ醯化分析、與微陣列結合的染色質免疫沉澱(ChlP-on-chip)分析、限制性標記基因組掃描、甲基化DNA免疫沉澱法(MeDIP)、針對DNA腺嘌呤甲基轉移酶活性的分子擊穿光檢測、色譜分離、甲基化敏感的限制酶分析、將非甲基化的胞嘧啶轉換成尿嘧啶的重亞硫酸鹽驅動轉換法、甲基結合PCR分析，或其組合。如本文所使用的，術語「測序」用於廣泛含義且該術語指的是本領域內所熟知的可確定至少部分核酸中的至少ー些連續核苷酸的順序(包括但不局限於延伸產物或載體插入中的至少一部分)的任何技術。示例性測序技術包括直接測序、隨機鳥槍測序、Sanger雙脫氧鏈終止測序、全基因組測序、藉助雜交測序、焦磷酸測序、毛細管電泳、凝膠電泳、雙重測序、循環測序、單鹼基延伸測序、固相測序、高通量測序、大規模平行信號測序、乳液PCR、藉助可逆的染料終止測序、雙末端測序、近期測序、核酸外切酶測序、連接法測序、短讀測序、單分子測序、合成法測序、實時測序、反向終止測序、納米孔測序、454測序、Solexa基因組分析儀測序、SOLID 測序、MS-PET測序、質譜分析，以及其組合。在ー些實施例中，測序包括利用儀器，檢測測序產物，例如但不局限於ABI PRISM 377DNA測序儀，ABI PRISM , 310，3100，3100-Avant, 3730，或 3730x1 基因分析儀，ABI PRISM 3700DNA分析儀,或Applied Biosystems SOLiD 系統(所有均來自 Applied Biosystems),Genome Sequencer20System (Roche Applied Science),或質譜儀。在某些實施例中，測序包括高通量測序技術，例如但不局限於大規模平行信號測序(MPSS)。在本發明的進ー步實施例中，蛋白譜可為蛋白質表達譜，蛋白質激活譜，或其組合。在一些實施例中，蛋白質激活譜可包括確定磷酸化狀態，泛素化狀態，豆蘧醯化狀態，或蛋白質構象狀態。可利用本領域內熟知的任何方法(用於檢測蛋白質表達水平、蛋白質磷酸化狀態、蛋白質泛素化狀態、蛋白質豆蘧醯化狀態，或蛋白質構象狀態)，檢測蛋白質譜。在一些實施例中，利用免疫組織化學測定、酶聯免疫吸附測定(ELISA)、原位雜交法、色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、高效液相色譜法(HPLC)、氣相色譜法、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、放射免疫測定、顯微鏡測定、基於微流控晶片的測定、表面等離子共振技術、測序、蛋白印跡檢測或其組合，確定蛋白質譜。在本發明的一些實施例中，可通過色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、高效液相色譜法(HPLC)、氣相色譜法、質譜 法、串聯質譜、基質輔助雷射解析電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SIMS)、放射免疫測定、基於微流控晶片的測定、螢光檢測、化學發光檢測或其組合，確定脂質譜。用於分析生物樣品中的脂質含量的進ー步方法為本領域內所熟知的(例如，見 Kang 等人,(1992)Biochim.Biophys.Acta.1128:267 ；ffeylandt 等人,(1996)Lipids31:977 ； J.Schiller 等人，(1999) Anal.Biochem.267:46 ;Kang 等人，(2001) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA98:4050 ;Schiller 等人，(2004) Prog.Lipid Res.43:499)。其中ー個示例性脂質分析方法是從生物樣品中提取出脂質(例如，利用氯仿-甲醇(2:1，體積/體積)，包含0.005% 丁基化羥基甲苯(BHT，作為抗氧化劑))，製備脂肪酸甲基酯(例如，利用14%的三氟化硼-甲醇試劑)，然後對脂肪酸甲基酯進行定量測定(例如，通過HPLC、TLC，通過氣相色譜-質譜(利用市售的氣相色譜、質譜和/或氣相色譜/質譜組合))。通過將多個分析的脂肪酸的區域與固定濃度的內部標準的區域進行比較，確定脂肪酸的質量。在本發明ー些實施例中，通過色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、高效液相色譜法(HPLC)、氣相色譜法、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SIMS)、放射免疫測定、基於微流控晶片的測定、螢光檢測、化學發光檢測或其組合，確定碳水化合物譜。在本發明ー些實施例中，通過色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、高效液相色譜法(HPLC)、氣相色譜法、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析電離飛行時間(MALD1-TOF)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SIMS)、放射免疫測定、基於微流控晶片的測定、螢光檢測、化學發光檢測或其組合，確定代謝物譜。如本文所使用的，不同譜(由本發明方法檢測的)之間的「差異」可指不同的基因拷貝數，不同DNA、RNA、蛋白質、脂質或碳水化合物的表達水平，不同的DNA甲基化狀態，不同的DNAこ醯化狀態以及不同的蛋白質修飾狀態。所述差異可大於I倍。在一些實施例中，所述差異為1.05倍、1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍或者10倍差異。在一些實施例中，差異為1-10,2-10,5-10,10-20或10-100倍之間的任何倍數差異。檢測標記物的一般測定原則包括在合適條件下製備樣品或包含標記物(例如，DNA、RNA、蛋白質、多肽、碳水化合物、脂質、代謝物等中的ー個或多個)的反應混合物以及探針，然後保持足夠長時間，使標記物和探針發生相互作用並結合，從而在反應混合物中形成可移除和/或檢測的複合物。這些測定可以多種方式進行。例如，其中一個實施該測定的方法包括將標記物或探針錨定至固相支撐物(也稱為底物)上，然後在反應末期，檢測錨定在固相上的目標標記物/探針複合物。在該方法的一個實施例中，可將從受試者獲得的樣品(將被檢測標記物的存在和/或濃度)錨定至載體或固相支撐物上。在另ー個實施例中，可能存在相反情況，其中可將探針錨定在固相上並將受試者樣品作為測定的未錨定組分進行反應。已確定一些將測定組分錨定至固相的方法。這些包括(不具有限制性)標記物或探針分子(藉助生物素和鏈酶親和素的結合進行固定)。這些生物素化的測定組分可通過生物素-NHS (N-羥基-琥珀醯亞胺)進行製備(利用本領域內的熟知技術(例如，生物素化試劑盒，Pierce Chemical, Rockford, IL)),然後固定在鏈黴親和素塗覆(包被)的96孔板(Pierce Chemical)的小孔中。在某些實施例中，可預先製備並儲存具有固定的測定組分的表面。用於該測定的其他合適載體或固相支撐物包括可結合該類分子(標記物或探針屬於該類分子)的任何材料。熟知的支撐物或載體包括(但不局限幹)玻璃、聚苯こ烯、尼龍、聚丙烯、聚こ烯、葡聚糖、澱粉酶、天然和改性纖維素、聚丙烯醯胺、輝長巖以及磁鐵礦。為了藉助上述方法實施測定，將未固定的組分添加至其上錨定了所述第二組分的固相。反應完成後，可在適當的條件下，去除未複合的組分(例如，通過衝洗)，以保持所形成的任何複合物固定在固相上。可採用本文所述的許多方法，完成錨定在固相上的標記物/探針複合物的檢測。在某些示例性實施例中，可藉助本文所述的可檢測標記(其為本領域內每個技術人員所熟知的)，對探針(當 其為未錨定的測定組分吋)進行標記(以便檢測和測定的讀取(直接地或間接地))。
還可直接地檢測出標記物/探針複合物的形成(不需要進ー步處理或標記任ー組分(標記物或探針))，例如通過利用螢光能量轉移技術(例如見美國專利N0.5，631，169和4，868，103)。根據激發(藉助具有合適波長的入射光)，選擇第一個「供體」分子上的螢光標記，其發射的螢光能量被第二個「受體」分子上的螢光標記吸收，轉而使「受體」分子能發出螢光(由於吸收的能量)。交替地，「供體」蛋白分子可簡單地利用色氨酸殘基的天然螢光能量。選擇發射不同光波長的標記，使得「受體」分子的標記區別於「供體」分子的標記。由於標記之間的能量轉移的效率與分子分開的距離有關，所以可對分子之間的空間關係進行評估。在一種情況(其中結合發生在分子之間)中，在測定中，「受體」分子的標記的螢光發射應該最大。FET結合事件可通過標準的螢光檢測裝置(本領域內所熟知的，例如利用螢光齊U)方便地測得。在另ー個實施例中，可以不標記測定的組分(探針或標記物)(利用技術，例如實時生物分子相互作用分析(BIA))，測定探針識別標記物的能力(例如，見Sj0lander，S.和Urbaniczky, C，1991, Anal.Chem.63:23382345 以及 Szabo 等人,1995, Curr.0pin.Struct.Biol.5:699705)。如本文所使用的，「 BIA」或「表面等離子體共振」是研究生物特異性相互作用(實時)的技術，其不需要標記任一相互作用物(例如，BIAcore)o結合表面(指示結合事件)上的質量變化導致表面附近的光的折射率發生改變(表面等離子體共振(SPR)的光學現象)，從而產生可檢測信號(其可指示生物分子之間的實時反應)。可選地，在另ー個實施例中，可藉助標記物和探針(作為液體相中的溶質)進行類似的診斷和預後分析。在該測定中，利用許多標準技術中的任ー技術，包括但不局限於:差速離心法(differential centrifugation)、色譜法、電泳以及免疫沉澱，從未複合的組分中分離出複合的標記物和探針。在差異離心法中，由於複合物的沉降平衡(根據其不同大小和密度)不同，可通過一系列的離心步驟，將標記物/探針複合物從未複合的測定組分中分離出(例如，見 Rivas 和 Minton (1993) Trends Biochem.Sc1.18:284)。還可利用標準色譜技術，從未複合的分子中分離出複合分子。例如，凝膠過濾色譜法(根據大小分離分子)，以及通過利用合適的凝膠過濾樹脂(採用柱形式)，例如從相對較小的未複合組分中分離出相對較大的複合物。同樣地，可利用標記物/探針複合物的相對不同的電荷性質(相對於未複合的組分)，從未複合的組分中區分出複合物，例如，通過利用離子交換色譜樹脂。所述的樹脂和色譜技術是本領域內的每個技術人員所熟知的(例如，見Heegaard(1998)J.Mol.Recognit.11:141 ；Hage 和 Tweed(1997)J.Chromatogr.B.Biomed.Sc1.App1.12:499)。還可利用凝膠電泳，從未結合的組分中分離出複合的測定組分(例如，見 Ausubel 等人，ed.，Current Protocols in Molecular Biology, John ffiley&Sons, NewYork, 19871999)。在該技術中，例如根據大小或電荷，分離出蛋白質或核酸複合物。為了保持電泳過程中的結合相互作用，一般優選非變性的凝膠基質材料以及缺乏還原劑的環境。用於特定測定的合適環境以及其組分是本領域內的每個技術人員所熟知的。在某些示例性實施例中，通過原位和/或體外形式確定存在於生物樣品中的與標記物相對應的mRNA的水平(利用本領域熟知的方法)。許多表達檢測方法使用了分離的RNA。對於體外方法而言，可利用不與mRNA分離相衝突的任何RNA分離技木，純化出血細胞中的 RNA (例如，見 Ausubel 等人，ed.，Current Protocols in Molecular Biology, Johnffiley&Sons, New Yorkl9871999)。 另外,可利用本領域內那些技術人員所熟知的技術輕易地對大量的細胞和/或樣品進行加工處理，例如Chomczynski的單步RNA分離方法(1989，美國專利 N0.4，843，155)。可將分離的mRNA用於雜交或擴增試驗(包括但不局限於Southern或Northern分祈，聚合酶鏈反應分析以及探針陣列)。在某些示例性實施例中，用於檢測mRNA水平的診斷方法包括將分離的mRNA與可雜交至所檢測基因編碼的mRNA的核酸分子(探針)進行接觸。核酸探針可為(例如)全長的cDNA或其一部分，例如在長度上至少具有7、15、30、50、100、250或500個核苷酸的寡核苷酸，並且其可在嚴格的條件下，足以特異性地雜交至mRNA或基因組DNA (編碼本發明標記物)。用於本發明診斷測定的其他合適探針如本文所述。mRNA與探針的雜交表明正在表達所述的標記物。在ー種形式中，將mRNA固定在固體表面上並將其與探針接觸(例如，通過在瓊脂糖凝膠上操作分離的mRNA並將mRNA從凝膠轉移至膜，例如消化纖維)。在可選擇的形式中，將所述探針固定在固體表面上並使mRNA與探針接觸，例如採用基因晶片陣列。技術人員可輕易地對檢測本發明標記物所編碼的mRNA的水平的熟知mRNA檢測方法做出改變。確定樣品中與本發明標記物相對應的mRNA水平的可選擇方法包括核酸擴增步驟，例如通過RT-PCR (其實驗性實施例如在美國專利N0.4，683，195和4，683，202中描述)，COLD-PCR (Li 等人，(2008) Nat.Med.14:579)，連接酶連鎖反應(Barany, 1991, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 88:189),自持續的序列複製(Guatelli 等人,1990, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA87:1874)，轉錄擴增系統(Kwoh 等人，(1989)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA86:1173)，Q-^ 複製酶(Lizardi 等人,(1988)Bio/Technology6:1197),滾環複製(美國專利N0.5，854，033)或任何其他的核酸擴增方法，然後利用本領域內的那些技術人員所熟知的技術，檢測擴增的分子。這些檢測方法尤其適用於檢測以極低數量存在的核酸分子。如本文所使用的，擴增引物定義為ー對核酸分子，其可退火至基因的5』或3』區域(分別為正鏈和負鏈，或者相反)並且其之間還包含短的區域。通常地，擴增引物的長度為約10至30個核苷酸並且其側接長度為約50至200個核苷酸的區域。當在合適條件並藉助合適試劑吋，該引物可擴增包含核苷酸序列(由引物所側接)的核酸分子。

對於原位方法而言，在檢測前，不需要將mRNA從樣品(例如，體液(如血細胞))分離出。在該方法中，利用熟知的組織學方法製備/加工細胞或組織樣品。然後，將所述樣品固定在支撐物(通常為載玻片)上，再將其與可雜交至編碼標記物的mRNA的探針接觸。在可根據標記物的絕對表達水平做出確定的選擇性方法中，可根據標記物的標準化表達水平進行確定。通過校正標記物的絕對表達水平(通過將它的表達與不為標記物的基因(例如，可組成型表達的持家基因)的表達進行比較)，使表達水平標準化。用於標準化的合適基因包括持家基因，例如肌動蛋白基因，或者上皮細胞特異性基因。該標準化可將源自ー個來源的患者樣品的表達水平與源自另ー個來源的患者樣品的表達水平進行比較，例如，將源自個體的噬血細胞與源自個體的非噬血細胞進行比較。在本發明的一個實施例中，檢測了與標記物相對應的蛋白質或多肽。在某些實施例中，用於檢測蛋白質或多肽的試劑可為能結合至多肽的抗體，例如具有可檢測標記的抗體。如本文所使用的，與探針或抗體相關的術語「標記的」意包括通過將可檢測的物質偶聯(即，物理連接)至探針或抗體，對探針或抗體進行直接標記，以及通過與直接標記的另ー個藥劑反應，對探針或抗體進行間接標記。示例性的間接標記包括利用突光標記的ニ抗檢測ー抗並藉助生物素對DNA探針進行末端標記，使得可藉助螢光標記的鏈黴親和素對其進行檢測。抗體可以是多克隆抗體或單克隆抗體。可利用完整抗體或其片段(例如，Fab或F(ab』)2)。在ー種形式中，在方法中使用了抗體或抗體片段，例如，檢測所表達的蛋白質的Western印跡或免疫螢光技術。在該使用中，一般優選將抗體或蛋白質固定在固體支撐物上。合適的固相支撐物或載體包括能結合抗原或抗體的任何支撐物。熟知的支撐物或載體包括玻璃、聚苯こ烯、聚丙烯、聚こ烯、葡聚糖、尼龍、澱粉酶、天然或修飾的纖維素、聚丙烯醯胺、輝長巖、磁鐵礦等等。可利用多種形式，確定樣品是否包含結合至指定抗體的蛋白質。示例性的形式包括(但不局限幹)競爭性和非競爭性免疫分析、酶免疫測定(EIA)、放射免疫測定(RIA)、抗原捕捉測定、雙抗體夾心測定、Western印跡分析、酶聯免疫吸收測定(ELISA)、平面陣列(planar array)、比色測定、化學發光測定、突光測定等等。本發明方法使用了包含放射免疫測定和酶聯免疫測定的免疫測定法。技術人員可輕易地對用於確定細胞(例如，體液細胞如血細胞)是否表達本發明標記物的蛋白質/抗體的熟知檢測方法做出改變。本領域內的每個技術人員熟知用於結合抗體或抗原的許多其他的合適載體，並可對本發明所使用的這些載體做出變化。例如,可將從細胞(例如,體液細胞如血細胞)中分離出的蛋白質用於聚丙烯醯胺凝膠電泳並可將其固定在固相支撐物上，例如硝化纖維。利用合適的緩衝液對該支撐物進行衝洗，然後利用可檢測標記的抗體對其進行處理。再利用所述緩衝液對固相支撐物進行第二次衝洗，去除未結合的抗體。然後，通過傳統方法檢測固體支撐物上所結合的標記數量。在某些示例性實施例中，提供了用於診斷、預後、評估發展疾病的風險，評估治療效果，監測疾病的進展和衰退以及確定可改善或治療疾病的化合物的方法。有關這些方法的示例性方法包括從測試的受試者獲得體液樣品並將該體液樣品與可檢測疾病或病症的一個或多個標記物(例如，核酸標記物如mRNA、基因組DNA，肽標記物如多肽或蛋白質，脂質標記物如膽固醇或者代謝物標記物如肌酸酐)的化合物或試劑接觸，從而在生物樣品中檢測標記物的存在。在一個實施例中，用於檢測mRNA或基因組DNA標記物的試劑為標記的核酸探針，其可雜交至mRNA或 基因組DNA標記物。核酸探針可為(例如)全長的核酸標記物或其一部分。用於本發明診斷測定的其他合適探針如本文所述。如本文所述的，可改善或治療疾病或病症的化合物可包括(但不局限幹)能改善症狀或預後，阻止疾病或病症發展，促進疾病或病症衰退，或者消除疾病或病症的任何物質。還可利用本發明方法檢測基團標記物中的基因變化，從而確定具有改變的基因的受試者是否具有發展癌症和/或感染因子相關的疾病和/或病症，和/或一個或多個本文所述的其他病症(其特徵在於在蛋白質標記物的活性或核酸表達中的錯誤調節(misregulation)，例如癌症)的風險。在某些實施例中，所述方法包括檢測源自受試者的無細胞體液樣品中是否存在基因變化(其特徵在於變化會影響編碼肽標記物和/或基團標記物的基因的完整性)。例如，可通過確定下述中的至少ー個的存在檢測出所述的基因變化:I)ー個或多個基因標記物缺失ー個或多個核苷酸；2) —個或多個基因標記物附加ー個或多個核苷酸；3) —個或多個基因標記物具有取代的一個或多個核苷酸；4) ー個或多個基因標記物發生染色體重新排列；5) —個或多個基因標記物的信使RNA的轉錄產物的水平發生變化；6)—個或多個基因標記物發生異常修飾，例如基因組DNA的甲基化形式；7)—個或多個基因標記物的信使RNA的轉錄產物存在非野生型剪接形式；8)—個或多個蛋白質標記物具有非野生型水平；9) 一個或多個基因標記物發生等位基團缺失；以及10) —個或多個蛋白質標記物發生不恰當的翻譯後修飾。如本文所述的，在本領域內，具有許多可用於檢測一個或多個基因標記物變化的熟知測定方法。在某些實施例中，檢測所述變化包括將探針/引物用於聚合酶鏈反應(PCR)(例如，見美國專利 N0.4，683，195，4，683，202 和 5，854，033)，例如實時 PCR，COLD-PCR (Li等人，(2008)Nat.Med.14:579)，錨定 PCR，遞歸 PCR (recursive PCR)或 RACE PCR,或可替換地，將探針/引物用於連接酶鏈式反應(LCR)(例如，見Landegran等人，(1988)Science241:1077 ；Prodromou 和 Pearl(1992)Protein Eng.5:827 ；以及 Nakazawa 等人，(1994) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA91:360)，後者特別適用於檢測基因標記物中的點突變(見Abravaya等人，(1995) Nucleic Acids Res.23:675)。該方法可包括收集源自受試者的無細胞體液樣品，從樣品中分離出核酸(例如，基因組、mRNA或兩者)，將核酸樣品與在合適條件下可特異性雜交至基因標記物的一個或多個引物接觸(從而進行基因標記物(如果存在)的雜交和擴增)，以及檢測擴增產物是否存在，或者檢測擴增產物的大小並將其長度與對照樣品的長度進行比較。據預期，將PCR和/或LCR用作初步擴增步驟是可取的(結合任一用於檢測本文所述突變的技術)。可選擇的擴增方法包括:自持續序列複製(Guatelli等人，(1990)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA87:1874),轉錄擴增系統(Kwoh 等人,(1989) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA86:1173), Q-β 複製酶(Lizardi 等人，(1988)Bio-Technology6:1197)，或者任何其他的核酸擴增方法，然後再利用本領域內那些技術人員所熟知的技術，檢測擴增的分子。這些檢測方法尤其適用於檢測核酸分子(如果這類核酸分子以極低數量存在)。在可替換的實施例中，可通過限制性酶切類型的變化確定一個或多個基因標記物(源自樣品)的突變。例如，分離出樣品DNA和對照DNA，可選地，對其進行擴增，利用一個或多個限制性內切酶對其進行切割，然後通過凝膠電泳確定片段的長度大小，並進行比較。樣品DNA和對照DNA的片段的長度大小差異表明樣品DNA發生了突變。另外，還可利用序列特異性核酶(例如，見美國專利N0.5，498，531)對存在的特定突變進行計算(通過開發或刪除核酶裂解位點)。在其他實施例中，可通過將樣品核酸和對照核酸(例如，DNA或RNA)雜交至包含成千上萬寡核苷酸探針的高密度陣列，確定本文所述的一個或多個標記物的基因突變(Cronin 等人，(1996)Human Mutation7:244;Kozal et al.(1996)NatureMedicine2:753)。例如，通過含有光生成的DNA探針(如上Cronin, Μ.T.等人中所述)的二維陣列，確定核酸標記物的基因突變。簡單而言，可利用探針的第一雜交陣列掃描通過樣品和對照中的DNA長鏈段，通過產生連續重疊探針的線性陣列，確定序列之間的鹼基變化。該步驟可鑑定點突變。在該步驟之後，利用可表徵特定突變的第二雜交陣列(利用與所檢測的全部變異或突變互補的較小的專業探針序列)。每個突變陣列由平行的探針集組成，其中一個與野生型基因互補且其他的與突變基因互補。仍在另一個實施例中，可利用本領域內熟知的多個測序反應中的任一測序反應直接對基因標記物進行測序，並通 過將樣品基因標記物的序列與對應的野生型(對照)序列進行比較，檢測突變。示例性的測序反應包括根據Maxam和Gilbert( (1977)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA74:560)或 Sanger ( (1977) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA74:5463)所開發技術的那些測序反應。還應該考慮到，當實施診斷測定((1995)Biotechniquesl9:448)時,可使用多種自動化測序方法中的任一方法，包括質譜測序(例如，見PCT International PublicationN0.W094/16101 ；Cohen 等人，(1996)Adv.Chromatogr.36:127-162 ;以及 Griffin 等人,(1993)Appl.Biochem.Biotechnol.38:147)。其他的用於檢測基因標記物中的突變的方法包括利用酶切保護試劑檢測RNA/RNA或RNA/DNA雜交雙鏈中的錯配鹼基(Myers等人，(1985) Science230:1242)。通常地，通過提供雜交雙鏈(通過雜交包含野生型標記物序列(具有潛在的突變RNA或DNA)(來源於組織樣品)的(標記的)RNA或DNA形成)引發「錯配裂解」技術。利用能裂解雙鏈中的單鏈區域的試劑(例如，當對照鏈和樣品鏈之間存在鹼基對錯配時)對該雙鏈進行處理。例如，利用核糖核酸酶對RNA/DNA雙鏈進行處理並利用SI核酸酶對DNA/DNA雜合體進行處理，利用酶裂解錯配區域。在其他實施例中，可利用羥胺或四氧化鋨以及利用哌啶對DNA/DNA或RNA/DNA雙鏈進行處理，以裂解錯配區域。在裂解錯配區域後，在變性的聚丙烯醯胺凝膠上，根據大小，分隔最終材料，以確定突變位置。例如，見Cotton等人，(1988)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA85:4397 ;Saleeba等人，(1992)Methods Enzymol.217:286。在一個實施例中，可對對照的DNA或RNA進行標記，以便檢測。仍在另一個實施例中，在錯配裂解反應中，利用了可識別雙鏈DNA中的錯配鹼基對的一個或多個蛋白質(所謂的「DNA錯配修復」酶)(在用於檢測和比對cDNA標記物(源於細胞樣品)中的點突變所定義的系統中)。例如，大腸桿菌的mutY酶在G/A錯配時裂解A且HeLa細胞的胸腺嘧啶DNA糖苷酶在G/T錯配時裂解T (Hsu等人，(1994)Carcinogenesisl5:1657)。根據示例性實施例,將依據於標記物序列(例如，野生型標記物序列)的探針雜交至cDNA或其他的DNA產物(源自測試細胞)。利用DNA錯配修復酶對雙鏈進行處理，並通過電泳等，檢測裂解的產物(如果存在)。例如見美國專利N0.5，459，039。在其他實施例中，利用電泳遷移率的變化確定基因標記物中的突變。例如，可利用單鏈構象多態性(SSCP)檢測突變型`核酸和野生型核酸之間的電泳遷移率差異(Orita等人,(1989) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA86:2766,還可見 Cotton (1993)Mutat.Res.285:125 ；以及Hayashi (1992)Genet.Anal.Tech.Appl.9:73)。樣品核酸標記物和對照核酸標記物的單鏈DNA片段發生變性並可進行復性。根據序列，單鏈核酸的二級結構發生變化，最終的電泳遷移率的變化可檢測單個鹼基的變化。可利用標記的探針對DNA片段進行標記或檢測。可通過利用RNA (而不是DNA)，提高測定的敏感性，其中二級結構對發生序列變化更敏感。在一個實施例中，根據電泳遷移率的變化，所述方法利用異源雙鏈分析法，分離雙鏈的異源雙鏈分子(Keen 等人，(1991) Trends Genet.7:5)。仍在另一個實施例中，利用變性梯度凝膠電泳(DGGE)，測定含有梯度變性劑的聚丙烯醯胺凝膠中的突變片段或野生型片段的運動(Myers等人，(1985) Nature313:495)。當利用DGGE進行分析時，需對DNA進行修飾，以確保其不會完全變性，例如通過添加富含高熔GC的DNA的GC鉗(GC clamp)(大約40bp)(通過PCR)。在進一步實施例中，利用溫度梯度替代變性梯度，從而確定對照DNA和樣品DNA的遷移率的差異(Rosenbaum和Reissner (1987)Biophys.Chem.265:12753)。其他的用於檢測點突變的技術的示例包括(但不局限於)選擇性寡核苷酸雜交，選擇性擴增或選擇性引物延伸。例如，製備寡核苷酸引物，其中主要發生已知的突變，然後在僅允許雜交的條件下，將其雜交至靶DNA (如果發現完美匹配)(Saiki等人，(1986)Nature324:163 ；Saiki 等人，(1989)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA86:6230)。當將寡核苷酸連至雜交薄膜並藉助標記的靶DNA進行雜交時，該等位基因特異性寡核苷酸被雜交至PCR擴增的靶DNA或許多不同突變。可替換地，結合本發明，利用等位基因特異性擴增技術(取決於選擇性PCR擴增)。在分子中心(使得擴增取決於差異雜交)(Gibbs等人，(1989) Nucl.AcidsRes.17:2437)或一個引物的3』末端(其中在適當條件下，錯配可阻止或減少聚合酶的延伸(Prossner (1993) Tibtechl1:238)),用作特異性擴增的引物的寡核苷酸可攜帶所研究的突變。另外，理想地，在突變區域引入新的限制性位點，以創建以裂解為基礎的檢測(Gasparini等人，(1992)Mol.Cell Probes6:l)。據預期,在某些實施例中，還可利用用於擴增的 Taq 連接酶，進行擴增(Barany (1991) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA88:189)。在這種情況下，僅在5』序列的3』末端發生連接(如果存在完美匹配)，從而可檢測特定位點上的已知突變的存在(通過查找擴增的存在或不存在)。在一方面，本發明提供了確定疾病或病症的一個或多個標記物的方法，包括:a)確定源自患有所述疾病或病症的受試 者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；確定源自患有所述疾病或病症的受試者的非吞噬細胞中的分析物的第二譜；確定所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述的第一組差異特指所述的第一譜相對於所述的第二譜的差異山)確定源於不患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第三譜；確定源於不患有所述疾病或病症的對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜；確定所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述的第二組差異特指所述的第三譜相對於所述的第四譜的差異；c)確定一個或多個分析物(特指所述的第一組差異相對於所述的第二組的差異)，所確定的分析物為所述疾病或病症的標記物。可選地，該方法進一步包括d)獲得被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜；獲得未被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜；確定所述第五譜和第六譜之間的第三組差異，其中所述的第三組差異特指所述的第五譜相對於所述的第六譜的差異；以及e)確定存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少一個標記物。仍在另一個方面，本發明提供了確定疾病或病症的一個或多個標記物的方法，包括:a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第二譜；確定所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述的第一組差異特指所述的第一譜相對於所述的第二譜的差異山)確定患有所述疾病或病症的受試者的非吞噬細胞中的分析物的第三譜；確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜；確定所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述的第二組差異特指所述的第三譜相對於所述的第四譜的差異；c)確定一個或多個分析物(特指所述的第一組差異相對於所述的第二組差異的差異)，所確定的分析物為所述疾病或病症的標記物。且可選地，該方法進一步包括d)獲得被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜；獲得未被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜；確定所述第五譜和第六譜之間的第三組差異，其中所述的第三組差異特指所述的第五譜相對於所述的第六譜的差異；以及e)確定存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少一個。仍在另一方面，本發明提供了確定疾病或病症的一個或多個標記物的方法，包括:
a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；通過數據挖掘，獲得未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第二譜；確定所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述的第一組差異特指所述的第一譜相對於所述的第二譜的差異山)確定患有所述疾病或病症的受試者的非吞噬細胞中的分析物的第三譜；通過數據挖掘，獲得未患有所述疾病或病症的對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜；確定所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述的第二組差異特指所述的第三譜相對於所述的第四譜的差異；c)確定一個或多個分析物(特指所述的第一組差異相對於所述的第二組差異的差異)，所確定的分析物為所述疾病或病症的標記物。可選地，該方法進一步包括d)通過數據挖掘，獲得被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜；通過數據挖掘，獲得未被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜；確定所述第五譜和第六譜之間的第三組差異，其中所述的第三組差異特指所述的第五譜相對於所述的第六譜的差異；以及e)確定存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少一個。仍在另一個方面，本發明提供了確定疾病或病症的一個或多個標記物的方法，包括:a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；確定患有所述疾病或病症的受試者的非吞噬細胞中的分析物的第二譜；確定所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述的第一組差異特指所述的第一譜相對於所述的第二譜的差異；b)確定被患有所述疾病或病症的受試者的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第三譜；確定未被患有所述疾病或病症的受試者的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第四譜；確定所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述的第二組差異特指所述的第三譜相對於所述的第四譜的差異；c)確定存在於所述第一組差異和所述第二組差異二者中的一個或多個分析物，所確定的分析物為所述疾病或病症的標記物。且可選地，該方法進一步 包括d)確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第五譜；確定所述第一譜和第五譜之間的第三組差異，其中所述的第三組差異特指所述的第一譜相對於所述的第五譜的差異；以及e)確定存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少一個。仍在另一個方面，本發明提供了確定疾病或病症的一個或多個標記物的方法，包括:a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜；確定患有所述疾病或病症的受試者的=2n吞噬細胞中的分析物的第二譜；確定所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述的第一組差異特指所述的第一譜相對於所述的第二譜的差異山)確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第三譜；確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的=2n吞噬細胞中的分析物的第四譜；確定所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述的第二組差異特指所述的第三譜相對於所述的第四譜的差異；c)確定一個或多個分析物(特指所述的第一組差異相對於所述的第二組差異的差異)，所確定的分析物為所述疾病或病症的標記物。且可選地，該方法進一步包括d)獲得被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜；獲得未被受試者(患有所述疾病或病症)的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜；確定所述第五譜和第六譜之間的第三組差異，其中所述的第三組差異特指所述的第五譜相對於所述的第六譜的差異；以及e)確定存在於第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少一個。檢測分析物(例如，DNA, RNA，蛋白質，多肽，碳水化合物，脂質等等)(對應於生物樣品中的本發明標記物)存在或不存在的示例性方法包括獲得所測試的受試者的體液樣品(例如，血液)並將該體液樣品與能檢測一個或多個標記物的化合物或藥劑接觸。在體外以及體內，利用本文所述的檢測方法檢測生物樣品中的一個或多個標記物。例如用於檢測mRNA的體外技術包括Northern雜交和原位雜交。用於檢測多肽(對應於本發明標記物)的體內技術包括酶聯免疫吸附法(ELISA)，Western印跡，免疫沉澱以及免疫螢光。用於檢測基因組DNA的體外技術包括Southern雜交。此外，用於檢測多肽(對應於本發明標記物)的體內技術包括針對多肽，將標記的抗體直接引至受試者。例如，可利用放射性標記物(其在受試者中的存在和位置可通過標準成像技術進行檢測)對該抗體進行標記。因為每個標記物也是分析物，所以可利用檢測標記物存在或不存在的本文所述的任何方法檢測分析物的存在或不存在。用於本發明方法的標記物可包含以上確定的標記物中的任何一個標記物的任一突變。可對突變位點和序列進行確定，例如，通過該信息的資料庫或庫(repositories),例如人類基因突變資料庫(www.hgmd.cf.ac.uk),單核苷酸多態性資料庫(dbSNP, www.ncb1.nlm.nih.gov/pro iects/SNP),以及在線人類孟德爾遺傳(0MIM)，網站(www.ncb1.nlm.nih.gov/omim)。用於本發明方法的標記物可包括與疾病或病症相關的任何熟知的標記物。根據某些實施例，利用白細胞(WBC)亞群(分離自(例如)血液、尿液以及唾液)例如非吞噬白細胞、吞噬白細胞(不具有被吞噬/內在化的活的、垂死的或死亡的原核和真核細胞以及其片段)以及DNA含量為2n的白細胞(即，DNA指數=1 )，報告並排除所評估個體的內在基因組譜、蛋白質組譜、代謝物組譜、糖組譜、糖蛋白組譜、脂質組和/或脂蛋白組譜。確認患者的特異性標誌(與所診斷的疾病、病理和/或病症無關)可確認和檢測懷疑患有癌症或其他疾病或病症的個體的無細胞體液(例如，全血、血漿、血清、尿液、唾液、腦脊髓液、羊水、眼內液、鼻液、肺灌洗液、腹膜液、糞便、淋巴液等等)中的腫瘤/其他疾病/病症的特異性標誌。因此,通過將無細胞體液(例如,全血、血清、血漿、尿液、唾液、腦脊髓液、羊水、眼內液、鼻液、肺灌洗液、腹膜液、糞便、淋巴液)中存在的疾病或病症特異性標記物的譜與任何非吞噬白細胞或細胞(可通過非侵入性方法獲得，例如從頰囊獲得)或任何吞噬和/或非吞噬的白細胞或細胞(DNA指數為I)(可通過非侵入性方法獲得，例如從頰囊獲得)中存在的那些疾病或病症特異性標記物的譜進行比較，確認和檢測患者特異性標記和腫瘤特異性標記、疾病特異性標記或病症特異性標記(在非吞噬細胞或任何白細胞和/或其他的體液細胞(DNA含量等於2,即DNA指數=1)中未表達、低表達的標記或在細胞(不與所診斷或檢測的疾病或病症相關的細胞 ，即與個體的內在基因組、蛋白質組和表型遺傳學譜相關的細胞)中表達的標記)。而且，可通過無細胞體液和非吞噬白細胞(DNA含量為2n)、任何白細胞(其DNA含量等於2，即DNA指數=1)，或任何其他的哺乳動物細胞(可通過非侵入性方法獲得，DNA含量為2η)的蛋白質表達譜，確定和檢測液體中的腫瘤特異性、疾病特異性或病症特異性的蛋白質標記(在非吞噬細胞或任何白細胞和/或其他體液細胞(DNA含量等於2，即DNA指數=1)中未表達、低表達的標記，或者在細胞(不與所診斷或檢測的疾病或病症相關的細胞，即與個體的內在基因組、蛋白質組和表型遺傳學譜相關的細胞)中表達的標記)。此外，可通過無細胞體液和非吞噬白細胞(DNA含量為2η)、任何白細胞(其DNA含量等於2，即DNA指數=1)或任何其他的哺乳動物細胞(可通過非侵入性方法獲得，DNA含量為2η)的脂質譜，確定和檢測液體中的腫瘤特異性、疾病特異性或病症特異性的脂質標記(在非吞噬細胞或任何白細胞和/或其他體液細胞(DNA含量等於2，即DNA指數=1)中未表達、低表達的標記，或者在細胞(不與所診斷或檢測的疾病或病症相關的細胞，即與個體的內在基因組、蛋白質組和表型遺傳學譜相關的細胞)中表達的標記)。用於本發明方法的標記物可包括與疾病或病症相關的任何已知標記物。可用於本發明的標記物為明確表徵為與特定疾病或病症相關的任何標記物，或通過本發明方法確定的任何標記物。在一些實施例中，所述標記物包括至少一個選自由AKT2，BAK1，EGFR，ERBB2，ETS2，FOS，JUN，MAP2KI，MMP2，PDGFB,RBI, SERPLNB2，SNCG 以及 SPPI 組成的組的基因。在一些實施例中，一個或多個標記物包括至少一個選自由AKTl，AKT2，BAK2，CDC25A，E2F1，EGFR, ERBB2,FOS, JUN, MAP2K1,MMP2, NFKBI, PDGFB, PIK3R1, PNN, RBI，SERPINB2, SERPINB5, SNCG, SPPl，TERT,TIMP3以及TP53組成的組的基因。在一些實施例中，一個或多個標記物包括至少一個選自由 CASP8，CASP9，C0L18A1，ETS2，HTATIP2，MMP9，SRC 以及 TWISTl 組成的組的基因。在一些實施例中，一個或多個標記物包括至少一個選自由AKTl，APAFl，ATM,⑶C25A，⑶KN1A，ETS2, FOS, IL8, ITGA4, ITGA6, ITGAV, JUN, MAP2K1, NFKBIA, PLAU, PLAUR, RAFl, SERPLNB2,SYK, TIMPl, TNF, TNFRSFIOB以及TNFRSF1A組成的組的基因。在一些實施例中，所述標記物包括至少一個選自由 ACP2，AK2, AKT3, ARL5B, ATP2B3, BGN, BRAF, BTG2, CAMKK2, CAPG,CAPNl2, CPLX2, DENND5A, DNA2, FAM104A, FNIPl，GFRA4，GLUDI, GNAQ, GPIBB, HNRPLL, H0XA2,HPS3，LNPP4A，ITGAV, KLHL23, LANCL2, LYPD6, MAPKAPK3, MEF2A (包括 EG: 4205)，MEF2C，NVL，PCYT1A，PGLYRP4, PLOD I, PPPICB, PRKAB2, PROS I, PTPRE, RASA4 (包括 EG: 10156)，RBMS2,RBPJ, STAT5B, THBSl, TRIBl, TRIM2, TSPAN6 以及 ZDHHC21 組成的組的基因。在一些實施例中，所述標記物包括至少一個選自由B4GALT5，BOPI, CCL2, CCL3, CCL3L1, CCRL2, CD83，CLEC4G, CLIC4, CTSC, CTSO, CXCLlO, FCGR3A, FPR3, HBAl，HBB, LRMP, MAP1LC3B2, MS4A4A,MSR1，MYADML，NIDI，PF4，PION, RNF217, SAMD9L, SERPING1 以及 SPARC 組成的組的基因。在一些實施例中，所述標記物包括至少一個選自由AC0T9，AMPD2，ARHGAP15，BATF2, C3AR1，C5orf41,CCL3, CCL3L1, CD63, CHSTlI，CHSYl，CLEC4G，CTSZ, CXorf21, CYTH4, CYTIP, DLEU2,DNAJAl, D0CK8, DTX3L, DUSP6, EPSTII, ERF, F2RL1, FYB, GABRB2, GBP5, GLRX, GNB4, ICAMl,IFI35, IFIH1, IFNAR2, IL1R1, IRFl, ITGA5, LAP3, LAPTM5, LCP2, MAP1LC3B, MAP1LC3B2,MICAL2, MT IDP, MTlJP, MT1M, MT2A, MYADML, NEK6, NINJ2, NNMT, NT5C3L, NUB1，PDE4B，PLOD I,PML, PRKCB, PSMB9, RCN3, RGS4, RNASE6, RTP4, SAMD9L, SEL1L, SERPING1, SETX, SIGLEC10,SKIL, SLC7A7, SN0RA21, SP100, SPl 10，SP140, SSFA2, STAT2, STK17B, STK3, TDRD7, TMCCl，TMPRSS11E2, TNFRSF1B, TPMl，TR頂21，TXNDC4, UBE2L6, UBE2W, USP18, VAVl，WARS，WIPFl 以及WIPIl組成的組的基因。在一些實施例中，所述標記物包括至少一個選自由ADAR，ADM,ALAS1, ANKRD22, ARHGAP27, B3GNT5, BCL10, C12orf35, C15orf29, C2orf59, CD177, CEACAM1,CPEB2,DDX58,F2RL1,⑶PD3,GNAI3,HIST2H3A,HIST2H3D, HIST2H4A, HMGCR, HSPA6, HSPC159,IL4R, IMPA2, KPNBl，KREMEN1, KRT23, LDLR, L0C100130904, LTB4R, MAEA, MARK2, MBOAT2,MPZL3，N4BPI，NBEAL2，NMI，NPEPPS，PARP14，PGM2，PPIF，PXN,RALBPl，RODl，RPS6KA1，SIOOP，SERTAD2，SLC9A1，SLPI，SP110，SPINT1，ST14，TBC1D3，TNFRSF9，TRM21，UPP1，VPS24，ZBTB34以及ZNF256組成的組的基因。在一些實施例中，可用於本發明方法的標記物(針對產前或妊娠相關的疾病或病症)包括例如美國專利 7, 655，399，7，651，838，6，660，477，6，172，198，5，594，637，5，514，598，6，258，540，6，664，056，7，235，359 和 7，645，576，美國專利申請公布20090162842,20090155776,20070207466,20060019278,20040086864,20020045176,20010051341,20020192642,20040009518,20040203037,20050282185,20060252071,20070275402,20080153090,20090170102,20090061425,20020045176，20040137452，20050164241,20060019278,20060252068,20060252071,20060257901,20070141625,20070218469, 20070275402,20090155776,20090162842,20090170102,20090317797,20100120056, 20100120076 和 20100137263 以及國際專利申請公布 W0/2006/026020,W0/2002/068685, W0/2005/111626, W0/2009/055487, W0/2009/001392 和 W0/2008/014516所公開的那些標記物。在一些實施例中，用於本發明方法的標記物(針對神經或神經精神疾病或病症)包括例如美國專利7, 723，117,6, 867，236，美國專利申請公布20060115854,20060115855,20060166283,20060234301,20060259990,20060259991,20070162983,20070264197,20080026405,20080038730,20080051334,20080152589,20080220013,20080261226,20080269103,20080286263,20090041862,20090239241,20090275046,20090318354,20090324611,20100009352,20100021929,20100028356,20100055722,20100062463,20100075891,20100105623，20100124756，20100159486，20100167937，20100169988，20100167320,20100112587,20100098705,20100068705,20100009356,20090305265,20100124746，2010009298 3，20070148661,20070141625，20100120050，20090155230，20090274709，國際專利申請公布 TO/2004/040016，W0/2004/071269, W0/2005/033341,W0/2005/052592, W0/2005/103712, W0/2005/114222, W0/2006/020269, W0/2006/048778,W0/2006/050475, W0/2006/061609, W0/2006/105907, W0/2006/133423, W0/2006/134390,W0/2007/098585, W0/2007/119179, W0/2008/010660, W0/2008/014314, W0/2008/028257,W0/2008/046509, W0/2008/046510, W0/2008/046511, W0/2008/046512, W0/2008/063369,W0/2008/085035, W0/2008/095261, W0/2008/100596, W0/2008/120684, W0/2008/125651,W0/2008/127317, W0/2008/132464, W0/2009/000520, W0/2009/001392, W0/2009/068591,W0/2009/074331, W0/2009/100131, W0/2010/005750, W0/2010/011506, W0/2010/019553,W0/2010/059242, W0/2010/061283, W0/2010/063009, W0/2010/066000, W0/2009/121152,W0/2009/121951, W0/2009/097450, W0/2009/092382, W0/2009/075579, W0/2009/058168,W0/2009/053523, W0/2009/034470, W0/2009/032722, W0/2009/014639, W0/2009/003142,W0/2010/041046, W0/2007/131345, W0/2008/003826 以及 W0/2009/07556 所公開的那些標記物。
在一些實施例中，用於本發明方法的標記物(針對心血管疾病或病症)包括例如美國專利 7,670，769，7，445，886，7，432，107，7，157，235 和 7,009,038，美國專利申請公布 20100167320,20100112587,20100098705,20100068705,20100009356,20090305265,20100124746，20100092983，20070148661，20070141625，20100120050，20090155230 和20090274709，以及國際專利申請公布 W0/2009/121152，W0/2009/121951，W0/2009/097450，W0/2009/092382, W0/2009/075579, W0/2009/058168, W0/2009/053523, W0/2009/034470,W0/2009/032722, W0/2009/014639, W0/2009/003142, W0/2010/041046, W0/2007/131345,W0/2008/003826和W0/2009/075566所公開的那些標記物。在一些實施例中，用於本發明方法的標記物(針對腎相關的疾病或病症)包括例如美國專利7, 488，584，7，459，280，7，294，465和7，662，578，美國專利申請公布20100143951,20100124746，20100120056，20100120041，20100081142，20090155230 和20090239242，國際專利申請公布 W0/2010/059996，W0/2010/054389, TO/2010/048347，W0/2010/048497, W0/2010/054167, W0/2010/048346, W0/2010/046137, W0/2010/025434,W0/2010/018185, W0/2010/012306, W0/2009/122387, W0/2009/083950, W0/2009/080780,W0/2009/060035, W0/2009/059259, W0/2008/154238, W0/2008/089936, W0/2008/084331,W0/2008/042012, W0/2007/131345, W0/2005/012907, W0/2004/024098, W0/2003/019193,W0/2007/112999, W0/2007/082733, W0/2006/073941, W0/2010/068686, W0/2010/022210 和W0/2009/127644所公開的那些標記物。在一些實施例中，用於本發明方法的標記物(針對與自身免疫或免疫相關的疾病或病症)包括例如7，604，948，7，670，764，6，986，995和6，631，330，美國專利申請公布 20070141625，20090263474，20100075891，20100104579，20100105086，20100131286，20090176217,20090202469,20020119118,20090258025,20100137393,20100120629,20090318392,20090196927,20090023166,20080227709,20080039402,20080026378,20070224638,20070218519, 20060210562,20050266432,20050164233,20050130245,20090130683，20090110667，20090054321，20090023166 和 20080274118，以及國際專利申請公布 W0/2009/043848，W0/2010/053587, W0/2010/046503, W0/2010/039714,W0/2009/100342, W0/2009/053537, W0/2009/017444, W0/2008/156867, W0/2008/147938,W0/2008/129296, W0/2008/137835, W0/2008/082519, W0/2008/064336, W0/2008/043782,W0/2008/043725, W0/2007/047907, W0/2006/125117, W0/2006/114661，W0/2006/020899,W0/2005/114222, W0/2005/007836, W0/2004/076639, W0/2004/050704 和 W0/2001/014881所公開的那些標記物。本發明還提供了含有標記物檢測試劑(檢測由本發明方法所確定的標記物中的至少一個或多個)的試劑盒。本發明還提供了治療或預防受試者疾病或病症的方法，包括將藥齊IJ(用於調節由本發明方法所確定的至少一個或多個標記物的活性或表達)給予所述受試者。應該理解所描述的本發明實施例僅僅是說明一些本發明原則的應用。根據本文的教導，在不偏離本發明真實精神和保護範圍的情況下，本領域內的那些技術人員可對其做出許多修改。下述實例為本發明的代表性示例。這些實例不應解釋為限制本發明的保護範圍，基於本公開、圖示以及所附的權利要求，這些和其他的等效實施例將是顯而易見的。實例I從非吞噬細胞分離出DNA含量為2η的吞噬細胞的代表性方法I以及表達譜的分析1.將血液樣品分離成血漿和包含白細胞樣品的白細胞層(血沉棕黃層，buffycoat)。白細胞層接收含抗生物素蛋白的白細胞樣品。2.將生物素化的抗體添加至非吞噬血細胞(例如，T細胞)，然後將其加至小孔中，在室溫下，孵育30分鐘，衝洗小孔。3.加入磁珠。4.加入白細胞血液樣品。5.在37°C下孵育(30分鐘-1小時)。6.吞噬細胞吞噬磁珠並將抗生物素蛋白-生物素-抗體結合至非吞噬細胞，將平板放在磁體頂端並進行衝洗(保留內在化磁珠的吞噬細胞以及與抗體結合的非吞噬細胞；衝去所有的其他細胞)。7.移去磁體並收集吞噬細胞，且將其分離成DNA等於2n的吞噬細胞以及DNA大於2n的吞噬細胞。DNA等於2n的非吞噬細胞和吞噬細胞指的是DNA含量等於2n的細胞。8.從血漿中分離出RNA，從DNA含量等於2n的吞噬細胞和非吞噬細胞中分離出RNA，製備cDNA、cRNA並利用其區分血漿基因譜(例如，全部的基因陣列和/或癌症基因陣列)與吞噬細胞和/或非吞噬細胞的基因譜。

9.從血漿和DNA等於2n的細胞中分離出DNA，並確定選擇性存在於血漿中(即，不存在於DNA為2n的細胞中，例如非吞噬細胞)的腫瘤-DNA標記；比較譜(例如，全基因陣列，DNA突變和/或從吞噬細胞和非吞噬細胞中獲得的SNP)。10.從血眾和DNA等於2n的細胞中分離出蛋白質,進行Western印跡分析(將抗體用至人類腫瘤過度表達的熟知蛋白質(例如，前列腺癌中的PSA和PSMA ;結腸癌中的CEA ；以及卵巢癌中的CA125)，並比較從血漿和DNA等於2n的細胞中獲得的譜。可替換地，利用質譜確定蛋白質。11.從血漿和DNA等於2n的細胞中分離出脂質並比較其數量和質量，例如，利用HPLC。實例2從非吞噬細胞分離出吞噬細胞的代表性方法II以及表達譜的分析1.將血液樣品分離成血漿和包含白細胞樣品的白細胞層。2.通過細胞離心塗片(Cytospin)，在載玻片上塗上WBC3.在丙酮/甲醇中固定細胞(_20°C，時間5分鐘)4.利用蘇木精和曙紅染色劑以及抗T細胞抗體進行染色5.利用雷射捕獲顯微術(LCM)，分離T細胞(非吞噬)和巨噬細胞(吞噬)。分離成DNA等於2n的吞噬細胞以及DNA大於2n的吞噬細胞。DNA等於2n的非吞噬細胞和吞噬細胞指的是DNA含量等於2n的細胞。6.從血漿中分離出RNA，從DNA含量等於2n的吞噬細胞和非吞噬細胞中分離出RNA，製備cDNA、cRNA並利用其區分血漿基因譜(例如，全基因陣列和/或癌症基因陣列)與吞噬細胞和/或非吞噬細胞的基因譜。7.從血漿和DNA等於2η的細胞中分離出DNA，並確定選擇性存在於血漿中(即，不存在於DNA為2η的細胞中，例如非吞噬細胞)的腫瘤-DNA標記；比較譜(例如，全基因陣列，DNA突變和/或從吞噬細胞和非吞噬細胞中獲得的SNP)。8.從血眾和DNA等於2η的細胞中分離出蛋白質,進行Western印跡分析(將抗體用至人類腫瘤過度表達的熟知蛋白質(例如，前列腺癌中的PSA和PSMA ;結腸癌中的CEA ;以及卵巢癌中的CA125)，並比較在血漿和DNA等於2n的細胞中獲得的譜。可替換地，利用質譜確定蛋白質。9.從血漿和DNA等於2n的細胞中分離出脂質並比較其數量和質量，例如，利用HPLC。實例3·
從非吞噬細胞分離出吞噬細胞的代表性方法III以及表達譜的分析1.從全血中分離出血漿2.利用磁性抗體共軛的磁珠，從全血中分離出非吞噬細胞(例如，T細胞)和吞噬細胞(例如，嗜中性粒細胞和/或巨噬細胞和/或單核細胞)。分離成DNA等於2n的吞噬細胞和DNA大於2n的吞噬細胞。DNA等於2n的非吞噬細胞和吞噬細胞指的是DNA含量等於2n的細胞。3.從血漿中分離出RNA，從DNA含量等於2n的吞噬細胞和非吞噬細胞中分離出RNA,製備cDNA、cRNA並利用其區分血漿的基因譜(例如，全部的基因陣列和/或癌症基因陣列)與吞噬細胞和/或非吞噬細胞的基因譜。4.從血漿和DNA等於2n的細胞中分離出DNA，並確定選擇性存在於血漿中(即，不存在於DNA為2n的細胞中，例如非吞噬細胞)的腫瘤-DNA標記；比較譜(例如，全基因陣列，DNA突變和/或從吞噬細胞和非吞噬細胞中獲得的SNP)。5.從血眾和DNA等於2n的細胞中分離出蛋白質,進行Western印跡分析(將抗體用至人類腫瘤過表達的熟知蛋白質(例如，前列腺癌中的PSA和PSMA ；結腸癌中的CEA ；以及卵巢癌中的CA125)，並比較在血漿和DNA等於2n的細胞中獲得的譜。可選地，利用質譜確定蛋白質。6.從血漿和DNA等於2n的細胞中分離出脂質並比較其數量和質量，例如，利用HPLC。實例4從非吞噬細胞分離出吞噬細胞的代表性方法IV以及表達譜的分析1.將血液樣品分離成血漿和包含白細胞樣品的白細胞層。利用特異於具體細胞亞群(例如，嗜中性粒細胞、巨噬細胞、單核細胞、T細胞等等)的螢光抗體對白細胞進行染色並對DNA進行染色(例如，Hoechst33342、碘化丙啶)。2.對細胞進行分選(例如，通過FACS)。3.從血漿中分離出RNA，從DNA含量等於2n的吞噬細胞和非吞噬細胞中分離出RNA,製備cDNA、cRNA並用於利用其區分血漿的基因譜(例如，全基因陣列和/或癌症基因陣列)與吞噬細胞和/或非吞噬細胞的基因譜。4.從血漿和DNA等於2n的細胞中分離出DNA，並確定選擇性存在於血漿中(即，不存在於DNA為2η的細胞中，例如非吞噬細胞)的腫瘤-DNA標記；比較譜(例如，全基因陣列，DNA突變和/或在吞噬細胞和非吞噬細胞中獲得的SNP)。5.從血眾和DNA等於2η的細胞中分離出蛋白質,進行Western印跡分析(將抗體用至人類腫瘤過表達的熟知蛋白質(例如，前列腺癌中的PSA和PSMA ;結腸癌中的CEA ;以及卵巢癌中的CA125)，並比較在血漿和DNA等於2n的細胞中獲得的譜。可選地，利用質譜確定蛋白質。6.從血漿和DNA等於2n的細胞中分離出脂質並比較其數量和質量，例如，利用HPLC。實例5檢測從荷瘤小鼠獲得的無細胞體液中的腫瘤特異性基因標記物根據本發明實施例，提供了區分無細胞體液中「正常的非特異性噪聲」與「腫瘤特異性」和/或「疾病特異性」和/或「病症特異性」的標記物的方法。將來自荷瘤小鼠的無細胞體液的基因表達譜與源自相同的供體小鼠的非吞噬T細胞的基因表達譜進行比較，確定無細胞體液中的腫瘤特異性標記(未表達或顯著地差異表達(在源自相同荷瘤小鼠和非荷瘤動物的非吞噬細胞中))。人類前列腺LNCaP癌細胞將人類前列腺LNCaP癌細胞皮下(s.c.)注射至無胸腺裸鼠(n=5)。二十七天後(腫瘤大小= 0.4cm),通過心臟穿刺( ImL/小鼠)至包含EDTA的管(然後進行離心)，對小鼠進行放血。分離出血漿。然後分離出白細胞層並進行衝洗，然後分別利用抗小鼠嗜中性粒細胞免疫磁珠法、抗小鼠巨噬細胞免疫磁珠法以及抗小鼠T細胞免疫磁珠法，分離出嗜中性粒細胞、巨噬細胞和T細胞。從T細胞(Triazop)中分離出RNA。測定RNA的質量。製備cDNA和生物素化的cRNA (cRNA_B)。從血漿製備出生物素化cRNA(cRNA-B)。分別利用癌基因人類微`陣列(Oligo GEArray⑧ Human Cancer PathwayFinderMicroarray-0HS-033-uperArray Bioscience)孵育源自血眾和源自 T 細胞的 cRNA-B 樣品。雜交後，對膜進行衝洗並利用抗生物素蛋白-鹼性磷酸酶進行染色，然後利用化學發光(X射線薄膜)檢測基因。將從T細胞和血漿獲得的基因標記進行比較。從源自血漿的基因標記中去除源自T細胞的基因標記,獲得患者特異性標記(與前列腺癌相關的一個或多個標記物)。人類LS174T結腸腺癌腫瘤LLCl癌細胞，B16F10小鼠黑色素瘤細胞藉助分離自無胸腺裸鼠(n=5)(皮下注射人類LS174T結腸腺癌腫瘤細胞(腫瘤大小= 0.3cm)), C57B1小鼠(n=5)(皮下注射小鼠Lewis肺癌細胞LLCl (腫瘤大小= 0.6cm))以及C57B1小鼠(n=5)(靜脈注射IO6的B16F10小鼠黑素瘤細胞(當為小鼠腫瘤細胞時，將源自血漿和源自T細胞的cRNA-B樣品與Oligo GEArray" Mouse CancerPathwayFinder Microarray-0MM-033_SuperArray Bioscience 進行雜交))的血眾和細胞，進行類似試驗。RNA還可分離自在培養中以指數方式生長的LS174T，LLC1，B16F10和LNCaP細胞以及分離自血漿和T細胞(從非荷瘤的C57B1裸鼠分離的)，並確定它們與癌症相關的基因譜。
根據本發明的一些方面，源自注射有人類前列腺或結腸腫瘤細胞的小鼠和源自荷有小鼠肺癌或黑素瘤的小鼠的血漿具有多種與癌症相關的基因的標記(在其各自的腫瘤細胞中也可發現)。根據進一步方面，(i)分離自荷瘤小鼠的非吞噬T細胞；和(ii)從非荷瘤小鼠獲得的吞噬性嗜中性粒細胞和巨噬細胞不表達或以最低限度表達與癌症相關的基因。實例8檢測源自癌症患者的無細胞體液中的腫瘤特異性基因標記根據本發明的某些實施例，將源自癌症患者的無細胞體液的基因表達譜與源自相同供體的非吞噬T細胞的基團表達譜進行比較，確定無細胞體液中的腫瘤特異性標記(未表達或或顯著地差異表達(在非吞噬細胞中))。患有頭部和頸部 腫瘤的患者從所已知的患有頸部鱗狀細胞癌的患者獲得IOmL靜脈血(插入含EDTA的管)。在室溫下，在2，OOOrpm下離心5分鐘後，保留血漿並將白細胞層轉至管中並利用PBS對其進行衝洗。利用T細胞_、中性粒細胞-和巨噬細胞/單核細胞-大鼠抗人類免疫磁珠
DynaBeadsk (源自INVITROGEN ，Carlsbad, CAT),分離細胞。大體上，將磁珠連續添加至
白細胞樣品然後各自在4°C下，孵育30分鐘後，利用磁體分離出T細胞_、中性粒細胞-和巨噬細胞/單核細胞-結合的磁珠並利用PBS對其衝洗三次。然後從T 細胞中分離出 RNA (利用 TRIZOL' INVITROGEN , Carlsbad, CA)。測定RNA的數量和質量並製備cDNA和生物素化cRNA (cRNA_B)。從血漿中製備出cRNA-B 樣品並利用癌基因人類微陣列(Oligo GEArray k Human Cancer PathwayFinderMicroarray-0HS-033 - SuperArray Bioscience, Frederick, MD)對每個 T 細胞進行孵育(60°C，過夜)。雜交後，對膜進行衝洗並利用抗生物素蛋白-鹼性磷酸酶對其進行染色，然後利用化學發光(X射線薄膜)對基因進行檢測。將從T細胞和從血漿獲得的基因標記進行比較。從源自血漿的基因標記中去除源自T細胞的基因標記，獲得患者特異性標記(與頭部和頸部癌症相關的一個或多個標記物)。根據本發明的一些方面，頭部和頸部癌症患者的血漿具有多種與癌症相關的基因標記(在其各自的腫瘤細胞中也可發現)。可鑑定出下述基因:E26病毒癌基因同源物(ETS2)，HIV-1Tat交互蛋白(HTAT1P2)，IL8 (中性粒細胞活化或趨化)，Jun癌基因(JUN)以及基質金屬蛋白酶9 (MMP9)。根據本發明的另外方面，非吞噬T細胞不表達或以最低限度表達這些與癌症相關的基因。卵巢癌患者藉助分離自卵巢癌患者的血漿和細胞，進行類似試驗。血漿可包括許多與癌症相關的基因(非吞噬T細胞未表達或以最低限度表達的基因)。這些癌基因可包括AKT1，APAFl，ATM, CDC25A，CDKN1A，ETS2, FOS, IL8, ITGA4, ITGA6, ITGAV, JUN, MAP2K1, NFKBIA,PLAU, PLAUR, RAFl, SERPINB2, SYK, TIMPl, TNF, TNFRSFIOB 或 TNFRSF1A 中的一個或多個。實例9檢測荷有人類前列腺LNCaP腫瘤的小鼠的無細胞體液中的腫瘤特異性蛋白質標記人類結腸LS174T腫瘤利用蛋白純化試劑盒(Norgen, Incorporated, Product#23500)從小鼠白細胞、T細胞和巨噬細胞中，分離和純化出蛋白質。該檢測方法非常簡單且快速(大約30分鐘)且可將分離出的蛋白質用於許多下遊應用，例如SDS-PAGE分析和Western印跡分析。 從荷LNCaP和LS174T腫瘤的小鼠的血漿和非吞噬(T-淋巴細胞)細胞中分離出蛋白質樣品(由於前者細胞系表達PSA (Denmeade等人，(2001)Prostate48:1 ；Lin等人，(2001)，J.Urol.166:1943)且後者具有腫瘤特異性糖蛋白(TAG-72)、高分子量粘蛋白(Colcher 等人,(1981)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA78:3199 ；CoIcher 等人,(1984)CancerRes.44:5744 ;Kassis 等人，(1996) J.Nucl.Med.37:343)。利用源自每個血漿和 T 細胞的 16微克純化的蛋白質樣品，進行Western印跡分析。大體上，將每個樣品與兩體積的SDS上樣緩衝液進行混合併利用10%的SDS-PAGE以及在Tris-甘氨酸-SDS緩衝液(pH8.4)中的未染色的精確加(precision plus)蛋白標準品(Biorad)進行運行(在200伏下)。利用MiniTrans-Blot (Biorad)裝置和含有25mMTris、pH8.4、192mM甘氨酸以及20%甲醇的轉移緩衝液，將蛋白質轉移至硝化纖維薄膜(在4°C下過夜)。利用5%的脫脂牛奶封閉膜(在室溫(RT)下，時間60分鐘)並利用B72.3 (針對人TAG-72的小鼠單克隆抗體)或ER-PR8 (針對人PSA的小鼠單克隆抗體)對其進行孵育(室溫下，時間I小時)。對印跡進行衝洗，然後利用Immun-Star山羊抗小鼠-HRP共軛物(Biorad)、特異於小鼠IgG的二抗進行孵育,利用魯米諾溶液(luminol solution)和過氧化氫緩衝液的1:1混合液(Biorad),進行孵育(在室溫下，時間5分鐘)，然後再利用自動射線照相術而顯影。根據本發明的一個方面，荷LNCaP瘤的小鼠的血漿為PSA陽性，而該蛋白在相同動物的非吞噬T細胞中未檢測出。類似地，從荷LS174T瘤的小鼠獲得的單核細胞/巨噬細胞可表達TAG-72且其在相同的動物T細胞中未檢測出。實例10譜實驗分離血液吞噬細胞獲得患者的血液樣品。將該血液( 5毫升)轉移至含有50微升0.5MEDTA (最終的EDTA濃度= 4.8mM)的50毫升的管中。輕輕地渦旋振蕩該管並加入25毫升RBC裂解緩衝液(Norgen, Incorporated) 再次輕輕潤旋振蕩該管,在室溫下進行孵育,直至溶液顏色變成明亮的紅色(3-5分鐘)，然後在2，OOOrpm下離心3分鐘。小心地抽吸上清液後，利用40毫升無Ca/Mg的0.1M PBS (含有2%FBS，2mM EDTA以及20mM葡萄糖)對WBC進行衝洗，然後利用含有(i)DNA，活的細胞滲透性染色H0echst33342 (4微克/毫升；Em=483nm)，
(ii)抗人單核細胞/巨卩遼細胞的單克隆抗體(Alexa Fluor 647-共軛物；Em=668nm)(識別由循環單核細胞/巨噬細胞表達的人F4/80抗原)，以及(iii)抗人中性粒細胞的單克隆抗體(RPE-共軛物；Em=578n m)(識別人循環中性粒細胞)的細胞染色液，對細胞(106/mL)進行孵育(黑暗中，時間30分鐘，4°C下)。然後，對該細胞進行衝洗並將其分選(BD FACSAria)為中性粒細胞(Nn=2)、中性粒細胞(Nn>2)、單核細胞/巨噬細胞(M/Mn=2)以及單核細胞/巨噬細胞(M/Mn>2)。根據本發明的一些方面，將DNA含量為2n的細胞的含量與從相同個體獲得的血漿的含量進行比較。
基因譜實施人類全基因組的基因譜分析。對於源自血漿或人類腫瘤細胞或中性粒細胞(Nn=2，Nn>2)以及單核細胞/巨噬細胞(M/Mn=2，M/Mn>2)的RNA樣品而言，利用Affymetrix股
份有限公司的GeneChi丨Human Genome U133Plus2.0Array0該陣列可分析超過47，000
個轉錄本和變體的表達水平(包括38，500個被很好表徵的人類基因)。通常地，利用提取的RNA確定人類基因的表達譜(利用上述陣列)。為了確保陣列的可重複性，每個樣品重複三次且實驗重複一次。針對與癌症誘導相關的基因(如下所述)，對微陣列數據進行過濾並利用實時定量、逆轉錄酶、聚合酶鏈反應(RT-PCR)進行確證。與癌症誘導相關的基因的上調/下調利用Triazol (Invitrogen股份有限公司)分離RNA並利用試劑盒中的藥筒(cartridge)進行純化。利用 Bioanalyzer2100 (Agilent Technologies 股份有限公司,Palo Alto, CA)和 Degradometer 軟體版本 1.41(Worldwide Web:dnaarrays.0rg),對RNA 的質量和數量進行評估。這些實驗結果可有助於區分擾動的分子途徑(腫瘤的存在所引起)。微陣列實驗的分析所形成的大規模/高通量的分子表達數據的分析在很大程度上依賴於(i)確定血漿中差異表達的基因，(ii)注釋所確定的基因，以及(iii)將所注釋的基因指派至由特定腫瘤特異性表達的基因的能力。可對微陣列數據進行統計學分析，例如，利用dChip包(在其「分析/比較樣品」菜單中可輕易容納該類型基因的列表結構)。當利用Affymetrix基因晶片時，利用一個或多個基因晶片以及相關方法，確定原微陣列數據的質量(Gautier等人,(2004)Bioinformatics20:307)。此外，利用多種背景校正和標準化方法， 獲得合適的標準化方法和匯總的探針集(以獲得表達值)(Huber等人，(2002)Bioinformaticsl8(Suppl.1):S96 ;Wu 等人，(2004)Journal of theAmerican Statistical Association99:909 ；Seo 和 Hoffman(2006)BioMedCentralBi0inf0rmatiCS7:395)。在兩步過濾方法中，將Pn=2的基因譜與Pn>2的基因譜進行比較，並創建所表達基因的列表，然後將這些基因與腫瘤特異性基因(針對每個腫瘤細胞系所確定的)進行比較_Pn=2基因譜過濾後。例如，(i)獲得乳腺癌患者的血液並將血液分離成血漿和白細胞層(T細胞從此分離);(i i )確定基因譜，針對每個血漿和T細胞，重複三次；(i i i )針對每組(Nn>2和Nn=2)，計算出每個所確定基因的平均數(來自3個樣品)以及其各自的標準誤差(SE); (iv)然後比較兩組的基團表達譜，根據Welch改良的兩樣本t檢查，以絕對> 2倍log變化(Nn>2/Nn=2)為基礎，確定所表達基因的列表(L-1) ; (V)比較Nn=2的基因表達譜以及乳腺癌(取自腫瘤和正常乳腺的組織活檢)的基因表達譜並確定所表達基因的列表(L-2)；以及(vi)通過比較L-1和L-2中的基因，確定乳腺癌特異性基因標記物(由Nn>2獲得/表達)(^Analysis/Compare Samples/Combine Comparisons, "dChip)並濾去相同基因。蛋白質譜利用tris-(2_羧基乙基)膦胰蛋白酶(ImM)和0.02%十二烷基硫酸鈉變性並減少50至100微克的總蛋白(源自每個血漿和T細胞)(在60°C下，時間I小時)。然後，阻斷半胱氨酸並在37°C下，利用胰蛋白酶裂解總蛋白質，時間12-16小時。最終的肽被iTRAQ標記(利用標記113-119和121)，時間I小時(4重(4-plex)或8重(8-plex)，取決於所比較的細胞類型的數目)。標記後，將單獨標記的樣品進行結合，然後將其注入配備有強陽離子交.換柱的 Agilentl200Series HPLC 系統(Applied Biosystems4.6xl00Porous)o 然後，將 96個收集的流分合併成14個流分，再將每個流分注入LC Packings Ultimate HPLC系統，在反相條件下，進行第二輪分流(分懼)(LC Packingsl5cm χ75μπι分析柱)。利用LC PackingsProbot將反相流分直接點至目標平板並利用質譜進行分析(Applied Biosystems4800PlusProteomics Analyzer)。獲得數據後，利用ProteinPilot軟體包(Applied Biosystems MDSSciex)對光譜進行處理，利用PiOteinPilot 軟體，藉助其相對表達水平，確定每個血漿和T細胞樣品中的單個蛋白質，然後分析和確定與癌症相關的蛋白質組標記。
權利要求
1.一種用於在受試者中診斷或輔助診斷疾病或病症、或評估發展所述疾病或病症的風險、或預後或輔助預後所述疾病或病症的方法，包括: a)確定無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； b)確定DNA含量為2n的吞噬細胞(=2n吞噬細胞)群或非吞噬細胞群中所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及 c)確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的差異，其中所述差異表示受試者中所述疾病或病症的存在、或發展所述疾病或病症的風險、或所述疾病或病症的預後。
2.一種用於在受試者中評估疾病或病症的治療效果、或監測所述疾病或病症的進展或衰退、或確認能夠改善或治療所述疾病或病症的化合物的方法,包括: a)在第一時間點確定所述受試者的無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； 在所述的第一時間點確定所述受試者的=2n吞噬細胞群或非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的第一差異； b)在第二時間點，確定所述受試者的無細胞體液樣品中的所述的ー個，或在第二時間點，或在給予所述化合物後，或分別地多個標記物的第三譜； 在所述第二時間點確定所述受試者=2n吞噬細胞群或非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第四譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第三譜和第四譜之間的第二差異；以及 c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中所確認的差異表示所述受試者中所述疾病或病症的治療效果、或所述疾病或病症的進展或衰退、或表示所述化合物能夠改善或治療所述疾病或病症。
3.一種用於診斷或輔助診斷受試者疾病或病症的方法，包括: a)確定無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； b)確定非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及 c)確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的差異，其中所述差異表示所述受試者中所述疾病或病症的存在。
4.ー種用於評估受試者發展疾病或病症的風險的方法，包括: a)確定無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； b)確定非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及 c)確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的差異，其中所述差異表示所述受試者發展所述疾病或病症的風險。
5.一種用於預後或輔助預後受試者疾病或病症的方法，包括: a)確定無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； b)確定非吞噬細胞群中的所 述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及 c)確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的差異，其中所確認的差異表示所述受試者中所述疾病或病症的預後。
6.ー種用於評估受試者疾病或病症的治療效果的方法，包括:a)確定治療前所述受試者無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； 確定治療前所述受試者非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第~j並——レ曰； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的第一差異； b)確定治療後所述受試者無細胞體液樣品中的所述ー個或多個標記物的第三譜； 確定治療後所述受試者非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第四譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第三譜和第四譜之間的第二差異；以及 c)確認所述第一差異和所述第 二差異之間的差異，其中所確認的差異表示所述受試者的所述疾病或病症的治療效果。
7.ー種用於監測受試者疾病或病症的進展或衰退的方法，包括: a)在第一時間點，確定所述受試者無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的ー個或多個標記物的第一譜； 在所述第一時間點，確定所述受試者非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的第一差異； b)在第二時間點，確定所述受試者無細胞體液樣品中的所述ー個或多個標記物的第三譜； 在所述第二時間點，確定所述受試者非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第四譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第三譜和第四譜之間的第二差異；以及 c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中所確認的差異表示所述受試者的所述疾病或病症的進展或衰退。
8.ー種用於確認能夠改善或治療受試者疾病或病症的化合物的方法，包括: a)在將所述化合物給予所述受試者之前，確定受試者無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； 在將所述化合物給予所述受試者之前，確定所述受試者非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的第一差異； b)在給予所述化合物後，確定所述受試者無細胞體液樣品中的所述ー個或多個標記物的第二譜； 在給予所述化合物後，確定所述受試者非吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第四譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第三譜和第四譜之間的第二差異；以及 c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中所確認的差異表示所述化合物能夠改善或治療所述受試者的所述疾病或病症。
9.一種用於診斷或輔助診斷受試者疾病或病症的方法，包括: a)確定無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜；b)確定DNA含量為2n的吞噬細胞(=2n吞噬細胞)群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及 c)確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的差異，其中所述差異表示所述受試者中所述疾病或病症的存在。
10.ー種用於評估受試者發展疾病或病症的風險的方法，包括: a)確定無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； b)確定=2n吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及 c)確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的差異，其中所述差異表示所述受試者發展所述疾病或病症的風險。
11.一種用於預後或輔助預後受試者疾病或病症的方法，包括: a)確定無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； b)確定=2n吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜；以及 c)確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的差異，其中所述差異表示所述受試者中所述疾病或病症的預後。
12.一種用於評估受試者中疾病或病症的治療效果的方法，包括: a)確定治療前所述受試者無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； 確定治療前所述受試者=2n吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的第一差異； b)確定治療後所述受試者無細胞體液樣品中的所述ー個或多個標記物的第三譜； 確定治療後所述受試者=2n吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第四譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第三譜和第四譜之間的第二差異；以及 c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中所確認的差異表示所述受試者的所述疾病或病症的治療效果。
13.ー種用於監測受試者疾病或病症的進展或衰退的方法，包括: a)在第一時間點，確定所述受試者無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的ー個或多個標記物的第一譜； 在所述第一時間點，確定所述受試者=2n吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的第一差異； b)在第二時間點，確定所述受試者無細胞體液樣品中的所述ー個或多個標記物的第三譜； 在所述第二時間點，確定所 述受試者=2n吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第四譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第三譜和第四譜之間的第二差異；以及 c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中所確認的差異表示所述受試者的所述疾病或病症的進展或衰退。
14.ー種用於確認能夠改善或治療受試者疾病或病症的化合物的方法，包括: a)在將所述化合物給予所述受試者之前，確定所述受試者無細胞體液樣品中的所述疾病或病症的一個或多個標記物的第一譜； 在將所述化合物給予所述受試者之前，確定所述受試者=2n吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第二譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第一譜和第二譜之間的第一差異； b)在給予所述化合物後，確定所述受試者無細胞體液樣品中的所述ー個或多個標記物的第三譜； 在給予所述化合物後，確定所述受試者=2n吞噬細胞群中的所述ー個或多個標記物中的至少ー個的第四譜； 確認至少ー個或多個所述標記物的所述第三譜和第四譜之間的第二差異；以及 c)確認所述第一差異和所述第二差異之間的差異，其中所確認的差異表示所述化合物能夠改善或治療所述受試者 的所述疾病或病症。
15.根據權利3至8中任一項所述的方法，其中，相比於所述非吞噬細胞，在所述無細胞體液樣品中所述ー個或多個標記物中的至少ー個被上調或激活。
16.根據權利3至8中任一項所述的方法，其中，相比於所述非吞噬細胞，在所述無細胞體液樣品中所述ー個或多個標記物中的至少ー個被下調或抑制。
17.根據權利要求9至14中任一項所述的方法，其中，相比於所述=2n吞噬細胞，在所述無細胞體液樣品中所述ー個或多個標記物中的至少ー個被上調或激活。
18.根據權利要求9至14中任一項所述的方法，其中，相比於所述=2n吞噬細胞，在所述無細胞體液樣品中所述ー個或多個標記物中的至少ー個被下調或抑制。
19.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述第一譜或所述第二譜包括缺乏所述疾病或病症的所述ー個或多個標記物中的至少ー個。
20.根據權利要求6至8以及12至14中任一項所述的方法，其中所述第三譜或所述第四譜包括缺乏所述疾病或病症的所述ー個或多個標記物中的至少ー個。
21.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，進ー步包括從所述無細胞體液樣品中提取所述ー個或多個標記物。
22.根據權利要求3至8中任一項所述的方法，進ー步包括在a)之前溶解所述非吞噬細胞。
23.根據權利要求3至8以及21中任一項所述的方法，進ー步包括在a)之前從所述非吞噬細胞中提取所述細胞內容物。
24.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述無細胞體液樣品包括活的病變細胞、死亡的病變細胞、凋亡的病變細胞、循環腫瘤細胞、感染因子、胎兒細胞、滋養層細胞，或其片段。
25.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述疾病或病症的所述ー個或多個標記物中的至少ー個存在於所述無細胞體液樣品中。
26.根據權利要求23中所述的方法，其中所述疾病或病症的所述ー個或多個標記物不存在於所述非吞噬細胞的細胞內容物中。
27.根據權利要求9至14中任一項所述的方法，進ー步包括在a)之前溶解所述=2n吞噬細胞。
28.根據權利要求9至14以及27中任一項所述的方法，進ー步包括在a)之前從所述=2n吞噬細胞中提取細胞內容物。
29.根據權利要求28所述的方法，其中所述疾病或病症的所述ー個或多個標記物不存在於所述=2n吞噬細胞的細胞內容物中。
30.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，進ー步包括將c)中所確認的差異與所述疾病或病症的ー個或多個已知標記物的庫進行比較。
31.根據權利要求30中所述的方法，其中所述庫通過數據挖掘獲得。
32.根據權利要求9至14中任一項所述的方法，其中所述吞噬細胞為專業吞噬細胞、非專業吞噬細胞，或其混合物。
33.根據權利要求32中所述的方法，其中所述專業吞噬細胞為嗜中性粒細胞、巨噬細胞、單核細胞、樹突狀細胞、泡沫細胞、肥大細胞、嗜酸性粒細胞，或其混合物。
34.根據權利要求32所述的方法，其中所述非專業吞噬細胞為上皮細胞、內皮細胞、成纖維細胞、間充質細胞，或其混合物。
35.根據權利要求3至8中任一項所述的方法，其中所述非吞噬細胞為T細胞、B細胞、裸細胞、嗜鹼性粒細胞，或其混合物。
36.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述無細胞體液樣品分離自體液樣品。
37.根據權利要求36所述的方法，其中所述體液樣品為血液、尿液、糞便、唾液、淋巴液、腦脊髓液、滑液、囊液、腹水、胸腔積液、從妊娠頭三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠中三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠後三個月的孕婦獲得的液體、母體血液、羊水、絨毛膜絨毛樣品、源自著床前胚胎的液體、母體尿液、母體唾液、胎盤樣品、胎兒血液、灌洗和子宮頸陰道液、細胞間液，或者眼液。
38.根據權利要求36所述的方法，其中通過過濾、離心、流式細胞術、螢光激活細胞分選、梯度離心、洗脫、微流控、磁分離技術、螢光磁分離技術、納米結構、量子點、高通量顯微鏡基平臺、或其組合，分離出所述無細胞體液樣品。
39.根據權利要求36所述的方法，其中利用所述樣品中存在的物質分離所述無細胞體液樣品。
40.根據權利要求39所述的方法，其中所述物質為所述疾病或病症的標記物的產物。
41.根據權利要求36所述的方法，其中所述無細胞體液樣品為血漿或血清。
42.根據權利要求3至8中任一項所述的方法，其中所述非吞噬細胞分離自所述受試者的體液樣品、組織或細胞。
43.根據權利要求42所述的方法，其中所述體液樣品為血液、尿液、糞便、唾液、淋巴液、腦脊髓液、滑液、囊液、腹水、胸腔積液、從妊娠頭三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠中三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠後三個月的孕婦獲得的液體、母體血液、羊水、絨毛膜絨毛樣品、源自著床前胚胎的液體 、母體尿液、母體唾液、胎盤樣品、胎兒血液、灌洗和子宮頸陰道液、細胞間液，或者眼液。
44.根據權利要求42所述的方法，其中所述細胞為白細胞。
45.根據權利要求42至44中任一項所述的方法，其中利用抗體分離出所述非吞噬細胞。
46.根據權利要求42至44中任一項所述的方法，其中通過流式細胞術、螢光激活細胞分選、過濾、梯度離心、洗脫、微流控、磁分離技術、螢光磁分離技術、納米結構、量子點、高通量顯微鏡基平臺、或其組合，分離出所述非吞噬細胞。
47.根據權利要求9至14中任一項所述的方法，其中所述=2n吞噬細胞分離自所述受試者的體液樣品、組織或細胞。
48.根據權利要求9至14中任一項所述的方法，其中所述=2n吞噬細胞分離自吞噬細胞群。
49.根據權利要求48所述的方法，其中通過流式細胞術、螢光激活細胞分選、過濾、梯度離心、洗脫、微流控、磁分離技術、螢光磁分離技術、納米結構、量子點、高通量顯微鏡基平臺、或其組合，分離出所述=2n吞噬細胞。
50.根據權利要求48所述的 方法，其中所述吞噬細胞群分離自所述受試者的體液樣品、組織或細胞。
51.根據權利要求47或50所述的方法，其中所述體液樣品為血液、尿液、糞便、唾液、淋巴液、腦脊髓液、滑液、囊液、腹水、胸腔積液、從妊娠頭三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠中三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠後三個月的孕婦獲得的液體、母體血液、羊水、絨毛膜絨毛樣品、源自著床前胚胎的液體、母體尿液、母體唾液、胎盤樣品、胎兒血液、灌洗和子宮頸陰道液、細胞間液，或者眼液。
52.根據權利要求47或50所述的方法，其中所述細胞為白細胞。
53.根據權利要求48以及50至52中任一項所述的方法，其中利用抗體分離出所述吞噬細胞群。
54.根據權利要求48以及50至52中任一項所述的方法，其中通過流式細胞術、螢光激活細胞分選、過濾、梯度離心、洗脫、微流控、磁分離技術、螢光磁分離技術、納米結構、量子點、高通量顯微鏡基平臺、或其組合，分離出所述吞噬細胞群。
55.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物為核酸、蛋白質、脂質、碳水化合物、代謝物，或其組合。
56.根據權利要求54所述的方法，其中所述核酸為核苷酸、寡核苷酸、DNA>RNA或DNA-RNA雜合體。
57.根據權利要求56所述的方法，其中所述DNA為雙鏈DNA、單鏈DNA、多鏈DNA、互補DNA、基因組DNA或非編碼DNA。
58.根據權利要求56所述的方法，其中所述RNA為信使RNA(mRNA)、微RNA (miRNA)、小核仁 RNA (snoRNA)、核糖體 RNA (rRNA)、轉運 RNA (tRNA)、小幹擾 RNA (siRNA)、不均一核 RNA (hnRNA)，或小髮夾 RNA (shRNA)。
59.根據權利要求54所述的方法，其中所述蛋白質為胺基酸、肽、酶、抗原、抗體、細胞因子、脂蛋白、糖蛋白或激素。
60.根據權利要求54所述的方法，其中所述脂質為脂肪酸、中性脂肪、磷脂、膽固醇、膽固醇酯類、甘油三酸酷、糖脂類、甘油酯類、甘油磷脂、神經鞘脂類、留醇脂類、異戊烯醇脂類、糖脂類、聚酮類、膽鹼甘油磷脂、こ醇胺甘油磷脂、磷脂醯肌醇、磷脂醯甘油、磷脂醯絲氨酸、溶血膽鹼甘油磷脂、溶血こ醇胺甘油磷脂、磷脂酸、溶血磷脂酸、神經鞘磷脂、半乳糖基神經醯胺、葡糖神經醯胺、游離脂肪酸、前列腺素、三醯甘油、ニ醯甘油、單醯甘油、醯基輔酶A、醯基肉鹼、氧化固醇、神經醯胺、心磷脂、鞘氨基醇鹼-1-磷酸酯、鞘氨醇、溶血神經鞘氨酷、神經節苷脂、縮醛磷脂、硫脂、低密度脂蛋白(LDL)、極低密度脂蛋白(VLDL)、高密度脂蛋白(HDL)、鞘氨基醇鹼-1-磷酸酯或其衍生物。
61.根據權利要求54所述的方法，其中所述碳水化合物為單糖、雙糖、多糖、低聚糖，或其衍生物。
62.根據權利要求54所述的方法，其中所述代謝物為初級代謝物、次級代謝物、有機代謝物、無機代謝物、前列腺素、羥基花生四烯酸、羥基十八碳ニ烯酸、類固醇、膽汁酸、維生素，或其衍生物。
63.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述譜為核酸譜、蛋白質譜、脂質譜、碳水化合物譜、代謝物譜，或其組合。
64.根據權利要求63所述的方法，其中通過定性測定、定量測定或其組合確定所述譜。
65.根據權利要求64所述的方法，其中所述定量測定利用測序、直接測序、隨機鳥槍測序、Sanger雙脫氧鏈終止測序、全基因組測序、藉助雜交測序、焦磷酸測序、毛細管電泳、凝膠電泳、雙重測序、循環測序、單鹼基延伸測序、固相測序、高通量測序、大規模平行信號測序、乳液PCR、藉助可逆的染料終止測序、雙末端測序、近期測序、核酸外切酶測序、連接法測序、短讀測序、單分子測序、合成法測序、實時測序、反向終止測序、納米孔測序、454測序、Solexa基因組分析儀測序、SOLiD 測序、MS-PET測序、質譜分析、基質輔助雷射解析/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、聚合酶鏈反應(PCR)分析、定量PCR、實時PCR、螢光測定、比色測定、化學發光測定，或其組合。
66.根據權利要求63所述的方法，其中所述核酸譜為基因型譜、單核苷酸多態性譜、基因突變譜、基因拷貝數譜、DNA甲基化譜、DNAこ醯化譜、染色體劑量譜、基因表達譜，或其組合。
67.根據權利要求66所述的方法，其中通過聚合酶鏈反應(PCR)分析、測序分析、電泳分析、限制性片段長度多態性(RFLP)分析、Northern印跡分析、定量PCR、逆轉錄酶-PCR分析(RT-PCR)、等位基因特異性寡核苷酸雜交分析、比較基因組雜交、異源雙鏈泳動分析(HMA)、單鏈構象多態性(SSCP)、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、RNA酶錯配分析、質譜分析、串聯質譜分析、基質輔助雷射解吸/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、表面等離子體共振、Southern印跡分析、原位雜交、螢光原位雜交(FISH)、發色原位雜交(CISH)、免疫組織化學(IHC)、微陣列、比較基因組雜交、染色體組型分析、多重連接探針擴增法(MLPA)、短螢光片段的定量多重PCR(QMPSF)、顯微鏡分析、甲基化特異性PCR(MSP)測定、通過連接介導PCR的HpaII小片斷富集(ffiLP)分析、放射性醋酸標記分析、比色DNAこ醯化分析、與微陣列結合的染色質免疫沉澱(ChlP-on-chip)分析、限制性標記基因組掃描、甲基化DNA免疫沉澱法(MeDIP)、針對DNA腺嘌呤甲基轉移酶活性的分子擊穿光檢測、色譜分離、甲基化敏感的限制酶分析、非甲基化胞嘧啶轉換成尿嘧啶的重亞硫酸鹽驅動轉換法、甲基結合PCR分析，或其組合，確定所述核酸譜。
68.根據權利要求66所述的方法，其中通過選自由直接測序、隨機鳥槍測序、Sanger雙脫氧鏈終止測序、全基因組測序、藉助雜交測序、焦磷酸測序、毛細管電泳、凝膠電泳、雙重測序、循環測序、單鹼基延伸測序、固相測序、高通量測序、大規模平行信號測序、乳液PCR、藉助可逆的染料終止測序、雙末端測序、近期測序、核酸外切酶測序、連接法測序、短讀測序、單分子測序、合成法測序、實時測序、反向終止測序、納米孔測序、454測序、Solexa基因組分析儀測序、SOLiD 測序、MS-PET測序、質譜分析，以及其組合組成的組中的測序技術，確定所述核酸譜。
69.根據權利要求63所 述的方法，其中所述蛋白質譜為蛋白質表達譜、蛋白質激活譜，或其組合。
70.根據權利要求69所述的方法，其中通過免疫組織化學測定、酶聯免疫吸附測定(ELI SA )、原位雜交法、色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、高效液相色譜法(HPLC )、氣相色譜法、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、放射免疫測定、顯微鏡測定、基於微流控晶片的測定、表面等離子共振技術、測序、Western印跡檢測或其組合，確定所述蛋白質譜。
71.根據權利要求69所述的方法，其中所述蛋白質激活譜包括確定所述ー個或多個標記物的磷酸化狀態、泛素化狀態、豆蘧醯化狀態、構象狀態，或其組合。
72.根據權利要求63所述的方法，其中通過色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、高效液相色譜法(HPLC)、氣相色譜法、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SIMS)、放射免疫測定、基於微流控晶片的測定、螢光檢測、化學發光檢測，或其組合，確定所述脂質譜。
73.根據權利要求63所述的方法，其中通過色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、帶有脈衝安培檢測的高效陰離子交換色譜法(HPAEC-PAD )、液相色譜法、氣相色譜法、螢光測定、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、放射免疫測定、基於微流控晶片的測定、螢光檢測、化學發光檢測，或其組合，確定所述碳水化合物譜。
74.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述受試者患有至少兩種疾病或病症。
75.根據權利要求74所述的方法，其中所述受試者患有至少ー種產前或妊娠相關的疾病或病症。
76.根據權利要求74所述的方法，其中所述受試者患有至少ー種疾病或病症，其不是疾病或病症。
77.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述受試者為哺乳動物。
78.根據權利要求77所述的方法，其中所述受試者為人類。
79.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述疾病或病症為心血管疾病或病症、與腎相關的疾病或病症、產前或妊娠相關的疾病或病症、神經性或神經精神性疾病或病症、與自身免疫或免疫相關的疾病或病症、癌症、傳染性疾病或病症、線粒體疾病、呼吸道-腸胃道疾病或病症、生殖性疾病或病症、眼科疾病或病症、肌肉-骨骼疾病或病症，或皮膚疾病或病症。
80.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述差異為大於I倍的差異。
81.根據權利要求80所述的方法，其中所述差異為至少1.05倍、1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍或10倍的差異。
82.—種用於確定疾病或病症的一個或多個標記物的方法,包括: a)確定患有所述疾病或病症的受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第一譜； 確定患有所述疾病或病症的所述受試者的非吞噬細胞中的分析物的第二譜； 確認所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述第一組差異特指所述第一譜相對於所述第二譜； b)確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的無細胞體液樣品中的分析物的第三譜； 確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜； 確認所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述第二組差異特指所述第三譜相對於所述第四譜； c)確認ー個或多個分析物，其特指所述第一組差異相對於所述第二組差異，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。
83.根據權利要求82所述的方法，進ー步包括: d)獲得在患有所述疾病或病症的所述受試者中被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜； 獲得在患有所述疾病或病症的所述受試者中未被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜； 確認所述第五譜和第六譜之間的第三組差異，其中所述第三組差異特指所述第五譜相對於所述第六譜；以及 e)確認存在於所述第三組差異中的c)的所述ー個或多個標記物中的至少ー個。
84.—種用於確認疾病 或病症的一個或多個標記物的方法,包括: a)確定患有所述疾病或病症的受試者的體液樣品中的分析物的第一譜； 確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的體液樣品中的分析物的第二譜； 確認所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述第一組差異特指所述第一譜相對於所述第二譜； b)確定患有所述疾病或病症的所述受試者的非吞噬細胞中的分析物的第三譜；確定未患有所述疾病或病症的所述對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜； 確認所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述第二組差異特指所述第三譜相對於所述第四譜； C)確認ー個或多個分析物，其特指所述第一組差異相對於所述第二組差異，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。
85.根據權利要求84所述的方法，進ー步包括: d)獲得在患有所述疾病或病症的所述受試者中被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜； 獲得在患有所述疾病或病症的所述受試者中未被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜； 確認所述第五譜和第六譜之間的第三組差異，其中所述第三組差異特指所述第五譜相對於所述第六譜；以及 e)確認存在於所述第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少ー個。
86.—種用於確認疾病或病症的一個或多個標記物的方法,包括: a)確定患有所述疾病或病症的受試者的體液樣品中的分析物的第一譜； 通過數據挖掘，獲得未患有所述疾病或病症的對照受試者的體液樣品中的分析物的第二譜； 確認所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述第一組差異特指所述第一譜相對於所述第二譜； b)確定患有所述疾病或病症的所述受試者的非吞噬細胞中的分析物的第三譜； 通過數據挖掘，獲得未患有所述疾病或病症的對照受試者的非吞噬細胞中的分析物的第四譜； 確認所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述第二組差異特指所述第三譜相對於所述第四譜；以及 c)確認ー個或多個分析物，其特指所述第一組差異相對於所述第二組差異，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。
87.根據權利要求86所述的方法，進ー步包括: d)通過數據挖掘，獲得被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜； 通過數據挖掘，獲得未被所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜； 確認所述第五譜和第六譜之間的第三組差異，其中所述第三組差異特指所述第五譜相對於所述第六譜；以及 e)確認存在於所述第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少ー個。
88.—種用於確認疾病或病症的一個或多個標記物的方法,包括: a)確定患有所述疾病或病症的受試者的體液樣品中的分析物的第一譜； 確定患有所述疾病或病症的所述受試者的非吞噬細胞中的分析物的第二譜； 確認所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述第一組差異特指所述第一譜相對於所述第二譜； b)確定被患有所述疾病或病症的所述受試者的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第三譜；確定未被患有所述疾病或病症的所述受試者的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第四譜； 確認所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述第二組差異特指所述第三譜相對於所述第四譜； C)確認在所述第一組差異和所述第二組差異中存在的ー個或多個分析物，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。
89.根據權利要求88所述的方法，進ー步包括: d)確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的體液樣品中的分析物的第五譜； 確認所述第一譜和第五譜之間的第三組差異，其中所述第三組差異特指所述第一譜相對於所述第五譜； e)確認存在於所述第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少ー個。
90.ー種用於確認疾病或病症的一個或多個標記物的方法,包括: a)確定患有所述疾病或病症的受試者的體液樣品中的分析物的第一譜； 確定患有所述疾病或病症的所述受試者的=2n吞噬細胞中的分析物的第二譜； 確認所述第一譜和第二譜之間的第一組差異，其中所述第一組差異特指所述第一譜相對於所述第二譜； b)確定未患有所述疾病或病症的對照受試者的體液樣品中的分析物的第三譜； 確定未患有所述疾病或病症的所述對照受試者的=2n吞噬細胞中的分析物的第四譜； 確認所述第三譜和第四譜之間的第二組差異，其中所述第二組差異特指所述第三譜相對於所述第四譜；以及 c)確認ー個或多個分析物，其特指所述第一組差異相對於所述第二組差異，所確認的分析物為所述疾病或病症的標記物。
91.根據權利要求90所述的方法，進ー步包括: d)獲得被患有所述疾病或病症的所述受試者的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第五譜； 獲得未被患有所述疾病或病症的所述受試者的所述疾病或病症感染的細胞或組織中的分析物的第六譜； 確認所述第五譜和第六譜之間的第三組差異，其中所述第三組差異特指所述第五譜相對於所述第六譜；以及 e)確認存在於所述第三組差異中的c)的一個或多個標記物中的至少ー個。
92.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，進ー步包括從所述無細胞體液樣品中提取所述ー個或多個標記物。
93.根據權利要求82至89中任一項所述的方法，進ー步包括在a)之前溶解所述非吞噬細胞。
94.根據權利要求82-89以及93中任一項所述的方法，進ー步包括在a)之前從所述非吞噬細胞中提取所述細胞內容物。
95.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，其中所述無細胞體液樣品包括活的病變細胞、死亡的病變細胞、凋亡的病變細胞、循環腫瘤細胞、感染因子、胎兒細胞、滋養層細胞，或其片段。
96.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，其中所述疾病或病症的ー個或多個標記物中的至少ー個存在於所述無細胞體液樣品中。
97.根據權利要求94所述的方法，其中所述疾病或病症的所述ー個或多個標記物不存在於所述非吞噬細胞的細胞內容物中。
98.根據權利要求90至91中任一項所述的方法，進ー步包括在a)之前溶解所述=2n吞嗤細胞。
99.根據權利要求90至91以及98中任一項所述的方法，進ー步包括在a)之前，從所述=2n吞噬細胞中提取細胞內容物。
100.根據權利要求99所述的方法，其中所述疾病或病症的所述ー個或多個標記物不存在於所述=2n吞噬細胞的細胞內容物中。
101.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，進ー步包括將c)中所識別的差異與所述疾病或病症的ー個或多個已知標記物的庫進行比較。
102.根據權利要求101所述的方法，其中所述庫通過數據挖掘獲得。
103.根據權利要求90至91中任一項所述的方法，其中所述吞噬細胞為專業吞噬細胞、非專業吞噬細胞，或其混合物。
104.根據權利要求111所述的方法，其中所述專業吞噬細胞為嗜中性粒細胞、巨噬細胞、單核細胞、樹突狀細胞、泡沫細胞、肥大細胞、嗜酸性粒細胞，或其混合物。
105.根據權利要求111所述的方法，其中所述非專業吞噬細胞為上皮細胞、內皮細胞、成纖維細胞、間充質細胞，或其混合物。
106.根據權利要求82至89中所述的方法，其中所述非吞噬細胞為T細胞、B細胞、裸細胞、嗜鹼性粒細胞，或其混合物。
107.根據權利要求90至91中任一項所述的方法，其中所述無細胞體液樣品分離自體液樣品。
108.根據權利要求107所述的方法，其中所述體液樣品為血液、尿液、糞便、唾液、淋巴液、腦脊髓液、滑液、囊液、腹水、胸腔積液、從妊娠頭三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠中三個月的孕婦獲得的液體、從妊娠後三個月的孕婦獲得的液體、母體血液、羊水、絨毛膜絨毛樣品、源自著床前胚胎的液體、母體尿液、母體唾液、胎盤樣品、胎兒血液、灌洗和子宮頸陰道液、細胞間液，或者眼液。
109.根據權利要求107所述的方法，其中通過過濾、離心、流式細胞術、螢光激活細胞分選、梯度離心、洗脫、微流控、磁分離技術、螢光磁分離技術、納米結構、量子點、高通量顯微鏡基平臺，或其組合，分離出所述無細胞體液樣品。
110.根據權利要求107所述的方法，其中利用樣品中存在的物質分離出所述無細胞體液樣品。
111.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物為核酸、蛋白質、脂質、碳水化合物、代謝物，或其組合。
112.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，其中所述分析物為核酸、蛋白質、月旨質、碳水化合物、代謝物，或其組合。
113.根據權利要求111或112所述的方法，其中所述核酸為核苷酸、寡核苷酸、DNA,RNA或DNA-RNA雜合體。
114.根據權利要求113所述的方法，其中所述DNA為雙鏈DNA、單鏈DNA、多鏈DNA、互補DNA、基因組DNA或非編碼DNA。
115.根據權利要求113所述的方法，其中所述RNA為信使RNA(mRNA)JiRNA(miRNA)、小核仁 RNA (snoRNA)、核糖體 RNA (rRNA)、轉運 RNA (tRNA)、小幹擾 RNA (siRNA)、不均一核 RNA (hnRNA)，或小髮夾 RNA (shRNA)。
116.根據權利要求111或112所述的方法，其中所述蛋白質為胺基酸、肽、酶、抗原、抗體、細胞因子、脂蛋白、糖蛋白或激素。
117.根據權利要求111或112所述的方法，其中所述脂質為脂肪酸、中性脂肪、磷脂、膽固醇、膽固醇酯類、甘油三酸酷、糖脂類、甘油酯類、甘油磷脂、神經鞘脂類、留醇脂類、異戊烯醇脂類、糖脂類、聚酮類、膽鹼甘油磷脂、こ醇胺甘油磷脂、磷脂醯肌醇、磷脂醯甘油、磷脂醯絲氨酸、溶血膽鹼甘油磷脂、溶血こ醇胺甘油磷脂、磷脂酸、溶血磷脂酸、神經鞘磷脂、半乳糖基神經醯胺、葡糖神經醯胺、游離脂肪酸、前列腺素、三醯甘油、ニ醯甘油、單醯甘油、醯基輔酶A、醯基肉鹼、氧化固醇、 神經醯胺、心磷脂、鞘氨基醇鹼-1-磷酸酯、鞘氨醇、溶血神經鞘氨酷、神經節苷脂、縮醛磷脂、硫脂、低密度脂蛋白(LDL)、極低密度脂蛋白(VLDL)、高密度脂蛋白(HDL)、鞘氨基醇鹼-1-磷酸酯或其衍生物。
118.根據權利要求111或112所述的方法，其中所述碳水化合物為單糖、雙糖、多糖、低聚糖，或其衍生物。
119.根據權利要求111或112所述的方法，其中所述代謝物為初級代謝物、次級代謝物、有機代謝物、無機代謝物、前列腺素、羥基花生四烯酸、羥基十八碳ニ烯酸、類固醇、膽汁酸、維生素，或其衍生物。
120.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，其中所述譜為核酸譜、蛋白質譜、月旨質譜、碳水化合物譜、代謝物譜，或其組合。
121.根據權利要求120所述的方法，其中通過定性測定、定量測定或其組合確定所述レ曰。
122.根據權利要求121所述的方法，其中所述定量測定利用測序、直接測序、隨機鳥槍測序、Sanger雙脫氧鏈終止測序、全基因組測序、藉助雜交測序、焦磷酸測序、毛細管電泳、凝膠電泳、雙重測序、循環測序、單鹼基延伸測序、固相測序、高通量測序、大規模平行信號測序、乳液PCR、藉助可逆的染料終止測序、雙末端測序、近期測序、核酸外切酶測序、連接法測序、短讀測序、單分子測序、合成法測序、實時測序、反向終止測序、納米孔測序、454測序、Solexa基因組分析儀測序、SOLiD 測序、MS-PET測序、質譜分析、基質輔助雷射解析/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、聚合酶鏈反應(PCR)分析、定量PCR、實時PCR、螢光測定、比色測定、化學發光測定，或其組合。
123.根據權利要求120所述的方法，其中所述核酸譜為基因型譜、單核苷酸多態性譜、基因突變譜、基因拷貝數譜、DNA甲基化譜、DNAこ醯化譜、染色體劑量譜、基因表達譜，或其組合。
124.根據權利要求123所述的方法，其中通過聚合酶鏈反應(PCR)分析、測序分析、電泳分析、限制性片段長度多態性(RFLP)分析、Northern印跡分析、定量PCR、逆轉錄酶-PCR分析(RT-PCR)、等位基因特異性寡核苷酸雜交分析、比較基因組雜交、異源雙鏈泳動分析(HMA)、單鏈構象多態性(SSCP)、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、RNA酶錯配分析、質譜分析、串聯質譜分析、基質輔助雷射解吸/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、表面等離子體共振、Southern印跡分析、原位雜交、螢光原位雜交(FISH)、發色原位雜交(CISH)、免疫組織化學(IHC)、微陣列、比較基因組雜交、染色體組型分析、多重連接探針擴增法(MLPA)、短螢光片段的定量多重PCR(QMPSF)、顯微鏡分析、甲基化特異性PCR(MSP)測定、通過連接介導PCR的HpaII小片斷富集(ffiLP)分析、放射性醋酸標記分析、比色DNAこ醯化分析、與微陣列結合的染色質免疫沉澱(ChlP-on-chip)分析、限制性標記基因組掃描、甲基化DNA免疫沉澱法(MeDIP)、針對DNA腺嘌呤甲基轉移酶活性的分子擊穿光檢測、色譜分離、甲基化敏感的限制酶分析、非甲基化胞嘧啶轉換成尿嘧啶的重亞硫酸鹽驅動轉換法、甲基結合PCR分析，或其組合，確定所述核酸譜。
125.根據權利要求123所述的方法，其中通過選自由直接測序、隨機鳥槍測序、Sanger雙脫氧鏈終止測序、全基因組測序、藉助雜交測序、焦磷酸測序、毛細管電泳、凝膠電泳、雙重測序、循環測序、單鹼基延伸測序、固相測序、高通量測序、大規模平行信號測序、乳液PCR、藉助可逆的染料終止測序、雙末端測序、近期測序、核酸外切酶測序、連接法測序、短讀測序、單分子測序、合成法測序、實時測序、反向終止測序、納米孔測序、454測序、Solexa基因組分析儀測序、SOLiD 測序、MS-PET測序、質譜分析，以及其組合組成的組中的測序技術，確定所述核酸譜。
126.根據權利要求120所述的方法，其中所述蛋白質譜為蛋白質表達譜、蛋白質激活譜，或其組合。
127.根據權利要求126所述的方法，其中所述蛋白質激活譜包括確定所述ー個或多個標記物的磷酸化狀態、泛素化狀態、豆蘧醯化狀態或構象狀態。
128.根據權利要求126中所述的方法，其中通過免疫組織化學測定、酶聯免疫吸附測定(ELI SA )、色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、高效液相色譜法(HPLC )、氣相色譜法、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、放射免疫測定、表面等離子共振技術、基於微流控晶片的測定、蛋白印跡檢測或其組合，確定所述蛋白質譜。
129.根據權 利要求126所述的方法，其中通過色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、高效液相色譜法(HPLC)、氣相色譜法、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析/電離飛行時間(MALD1-T0F)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SIMS)、放射免疫測定、基於微流控晶片的測定、螢光檢測、化學發光檢測，或其組合，確定所述脂質譜。
130.根據權利要求126中所述的方法，其中通過色譜法、液相色譜法、尺寸排阻色譜法、帶有脈衝安培檢測的高效陰離子交換色譜法(HPAEC-PAD )、液相色譜法、氣相色譜法、螢光測定、質譜法、串聯質譜、基質輔助雷射解析/電離飛行時間(MALD1-TOF)質譜、電噴霧電離(ESI)質譜、表面增強雷射解吸/電離飛行時間(SELD1-T0F)質譜、四極杆-飛行時間(Q-TOF)質譜、大氣壓光離子質譜(APP1-MS)、傅立葉變換質譜(FTMS)、基質輔助雷射解吸/電離傅立葉變換離子迴旋共振(MALD1-FT-1CR)質譜、二次離子質譜(SMS)、放射免疫測定、基於微流控晶片的測定、螢光檢測、化學發光檢測，或其組合，確定所述碳水化合物譜。
131.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，其中所述受試者為哺乳動物。
132.根據權利要求131所述的方法，其中所述受試者為人類。
133.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，其中所述疾病或病症為心血管疾病或病症、與腎相關的疾病或病症、產前或妊娠相關的疾病或病症、神經性或神經精神性疾病或病症、與自身免疫或免疫相關的疾病或病症、癌症、傳染性疾病或病症、線粒體疾病、呼吸道-腸胃道疾病或病症、生殖性疾病或病症、眼科疾病或病症、肌肉-骨骼疾病或病症，或皮膚疾病或病症。
134.根據權利要求82至91中任一項所述的方法，其中所述差異為大於I倍的差異。
135.根據權利要求134中所述的方法，其中所述差異為至少1.05倍、1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍或10倍的差異。
136.根據權利要求3或9所述的方法，進ー步包括確定所述疾病或病症的至少ー個診斷參數。
137.根據權利要求136所述的方法，其中通過物理檢查、目視檢查、活檢、掃描、組織檢查、放射檢查、成像、超聲、利用市售試劑盒、基因檢測、免疫檢測、體液分析或神經活動監測，確定所述診斷參數。
138.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包含至少ー個選自由 AKT2、BAK1、EGFR、ERBB2、ETS2、FOS、JUN、MAP2K1、MMP2、PDGFB、RBl、SERPINB2、SNCG以及SPPl組成的組中的基因。
139.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包括至少ー個選自由 AKT1、AKT2、BAK2、CDC25A、E2F1、EGFR、ERBB2、FOS、JUN、MAP2K1、MMP2、NFKBl、PDGFB, PIK3R1、PNN、RBl、SERPINB2、SERPINB5、SNCG, SPPl、TERT、TIMP3 以及 TP53 組成的組中的基因。
140.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包括至少ー個選自由 CASP8、CASP9、C0L18A1、ETS2、HTATIP2、MMP9、SRC 以及 TWISTl 組成的組中的基因。
141.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包括至少ー個選自由 AKTl、APAFl、ATM、CDC25A、CDKN1A、ETS2、FOS、IL8、ITGA4、ITGA6、ITGAV, JUN、MAP2K1、NFKBIA、PLAU, PLAUR、RAFl、SERPLNB2、SYK, TIMPU TNF, TNFRSFIOB 以及 TNFRSF1A組成的組中的基因。
142.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包括至少ー個選自由 ACP2、AK2、AKT3、ARL5B、ATP2B3、BGN、BRAF, BTG2、CAMKK2、CAPG, CAPNl 2,CPLX2、DENND5A、DNA2、FAM104A、FNIPl、GFRA4、GLUDU GNAQ, GPIBB, HNRPLL, H0XA2、HPS3、LNPP4A、ITGAV, KLHL23、LANCL2、LYPD6、MAPKAPK3、MEF2A (包括 EG:4205)、MEF2C、NVL,PCYT1A、PGLYRP4、PLODU PPPICB, PRKAB2、PROSU PTPRE, RASA4 (包括 EG: 10156)、RBMS2、RBPJ, STAT5B、THBS1、TRIB1、TR頂2、TSPAN6 以及 ZDHHC21 組成的組中的基因。
143.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包括至少ー個選自由 B4GALT5、B0P1、CCL2、CCL3、CCL3L1、CCRL2、CD83、CLEC4G、CLIC4、CTSC、CTS0、CXCL10、FCGR3A、FPR3、HBA1、HBB、LRMP、MAPILC3B2、MS4A4A、MSR1、MYADML、NID1、PF4、PION、RNF217、SAMD9L、SERPING1以及SPARC組成的組中的基因。
144.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包括至少ー個選自由 AC0T9、AMPD2、ARHGAP15、BATF2、C3AR1、C5orf41、CCL3、CCL3L1、CD63、CHST11、CHSY1、CLEC4G、CTSZ、CXorf21、CYTH4、CYTIP、DLEU2、DNAJA1、D0CK8、DTX3L、DUSP6、EPSTI1、ERF、F2RL1、FYB、GABRB2、GBP5、GLRX、GNB4、ICAMl、IFI35、IFIHl、IFNAR2、ILlRl、IRF1、ITGA5、LAP3、LAPTM5、LCP2、MAP1LC3B、MAP1LC3B2、MICAL2、MT1DP、MT1JP、MT1M、MT2A、MYADML, NEK6、NINJ2、NNMT, NT5C3L、NUBl、PDE4B、PLODl、PML, PRKCB, PSMB9、RCN3、RGS4、RNASE6、RTP4、SAMD9L、SEL1L、SERPING1、SETX, SIGLEC10、SKIL、SLC7A7、SN0RA21、SP100、SPl 10、SP140、SSFA2、STAT2、STK17B、STK3、TDRD7、TMCCl、TMPRSS11E2、TNFRSF1B、TPMl、TR頂21、TXNDC4、UBE2L6、UBE2W、USP18、VAVl、WARS、WIPFl 以及 WIPIl 組成的組中的基因。
145.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包括至少ー個選自由 ADAR、ADM、ALASl、ANKRD22、ARHGAP27、B3GNT5、BCL10、C12orf35、C15orf29、C2orf59、CD177、CEACAMU CPEB2、DDX58、F2RL1、⑶PD3、GNAI3, HIST2H3A、HIST2H3D、HIST2H4A、HMGCR、HSPA6、HSPC159、IL4R、IMPA2, KPNBl、KREMENU KRT23、LDLR、L0C100130904、LTB4R、MAEA, MARK2、MB0AT2、MPZL3、N4BP1、NBEAL2、NM1、NPEPPS, PARP14,PGM2、PPIF、PXN、RALBPl、RODl、RPS6KA1、S100P、SERTAD2、SLC9A1、SLP1、SPl 10、SPINTl、ST14、TBC1D3、TNFRSF9、TRIM2U UPPU VPS24, ZBTB34 以及 ZNF256 組成的組中的基因。
146.根據權利要求3至14中任一項所述的方法，其中所述ー個或多個標記物包括由權利要求82至91中任一項所述的方法所確認的標記物中的至少ー個或多個。
147.—種含有多個標記物檢測試劑的試劑盒，所述標記物檢測試劑檢測由權利要求82至91中任一項所述的方法所確 認的標記物中的至少ー個或多個。
148.一種治療或預防受試者疾病或病症的方法，包括將藥劑給予所述受試者，所述藥劑調節由權利要求82至91中任一項所述的方法所確認的標記物中的至少ー個或多個的活性或表達。
全文摘要
本發明提供了利用無細胞體液和血細胞診斷、預後或監測疾病或病症的方法。本發明還涉及利用無細胞體液和血細胞確認疾病或病症標記物的方法。
文檔編號G01N33/53GK103119179SQ201180046173
公開日2013年5月22日 申請日期2011年7月22日 優先權日2010年7月23日
發明者阿明·I·卡斯西斯 申請人:哈佛大學校長及研究員協會