檢測多核苷酸的系統的製作方法

2023-05-17 04:53:21

專利名稱：：檢測多核苷酸的系統的製作方法
技術領域：
：本發明涉及用於檢測多核苷酸的方法、組合物和分析系統。
背景技術：
：人們強烈需要對多核苷酸進行鑑定及定量。目前用於對目標多核苷酸進行鑑定的現有方法依賴於聚合酶鏈式反應(PCR)、NASBA、TMA或bDNA等方法，所述目標多核苷酸例如是與以下相關的病原體、病原感染、與疾病和紊亂相關的人類基因、經遺傳修飾的生物(GMO)、生物戰爭試劑、獸醫應用和農業應用。上述方法需要熟練的技術人員和專門的設備。因此，人們強烈需要對目標多核苷酸進行檢測、鑑定和定量的方便而經濟的方法。本發明達到了這一目的和其它目的。
發明內容在一個方面，本發明涉及檢測樣品中目標多核苷酸是否存在或存在含量的方法。在進一步的方面，一種方法包括如下步驟將核酸類似物(其能以序列特異性的方式，與目標多核苷酸的目標核酸序列結合)與染料(有或沒有目標多核苷酸/核酸類似物雜交體存在的情況下，其光學性能的變化速率(rateofchange)會有所不同)組合起來，產生混合物。將混合物中染料光學性能的變化速率與類似混合物中染料光學性能變化速率所特有的參照值相比較，以確定光學性能的相對變化速率，所述類似混合物含有已知量的目標多核苷酸/核酸類似物雜交體。混合物中染料光學性能的相對變化速率與樣品中是否存在特定的目標多核苷酸或存在的量相關。在另一個方面，方法包括如下步驟將肽核酸(PNA)(其能以序列特異性的方式，與目標多核苷酸的目標核酸序列結合)與染料(有或沒有目標多核苷酸/PNA雜交體存在的情況下，其光學性能的變化速率會有所不同)組合起來，產生混合物。將混合物中染料光學性能的變化速率與類似混合物中染料光學性能變化速率所特有的參照值相比，以確定光學性能的相對變化速率，所述類似混合物含有已知量的目標多核苷酸/PNA雜交體。混合物中染料光學性能的相對變化速率與樣品中是否存在特定的目標多核苷酸或存在的量相關。在其它方面，核酸類似物可以是鎖核酸(lockednucleicacid，LNA)、蘇糖核酸(threosenucleicacid)或連接有金屬的核酸。有或沒有目標多核苷酸/核酸類似物雜交體存在的情況下，以及當向混合物提供輕微刺激時，染料光學性能的變化速率會有所不同。樣品可以是組織、細胞收集物、細胞裂解物、經純化的多核苷酸或經分離的多核苷酸、病毒、環境樣品、工業樣品、醫學樣品、食物樣品、農業樣品、獸醫樣品、農業牲畜樣品、水樣品、土壤樣品、空氣樣品、與生物武器試劑相關的樣品或與農業戰爭試劑相關的樣品。在一個方面，目標多核苷酸可以是DNA。在一些變化的情況下，目標多核苷酸可以從全細胞DNA、核DNA、線粒體DNA、核糖體DNA、葉綠體DNA或病毒DNA、質粒DNA、人工DNA、表觀基因組(epigenomic)DNA、表觀遺傳化(epigenetic)DNA、體外擴增出的DNA或嵌合DNA獲得。在另一方面，目標多核苷酸可以是RNA。在一些變化的情況下，RNA可以從核糖體RNA(rRNA)、信使RNA(mRNA)、轉運RNA(tRNA)、帶盔甲RNA(armoredRNA)、病毒RNA、小分子RNA(microRNA)、siRNA、人工RNA或嵌合RNA獲得。目標多核苷酸可以從任何生物中獲得。在一種實施方式中，該生物可以是人。在另一種實施方式中，該生物可以是病原體。在又一種實施方式中，目標多核苷酸可以來自病原體，例如病毒、細菌或真菌。關於此類病毒或細菌的非限制性的例子包括Bacillusanthracis、Clostridiumbotulinum、Brucellae、Vibriocholera、Clostridiumperfringes、Ebola病毒、Yersiniapesits、Coxiellaburnetii、天花病毒、C型肝炎病毒、B型肝炎病毒和人類免疫缺陷病毒。核酸類似物可以與目標核酸序列部分互補。或者，核酸類似物可以與目標核酸序列精確互補。核酸類似物的長度可以大於大約4個核酸鹼基和/或小於大約24個核酸鹼基。在另一種變化中，核酸類似物的長度還可以是大約12個核酸鹼基。核酸類似物或目標多核苷酸可以被固定於固體基底(substrate)上。固定可以通過非共價相互作用來進行，例如生物素和鏈親合素(streptavidin)之間的作用。在另一種變化中，核酸類似物可與生物素共價結合。在又一種變化中，非共價相互作用可以是抗原/抗體相互作用。核酸類似物或目標多核苷酸還可以與固體基底共價結合。在另一個方面，染料是青色素(cyanine)染料。青色素染料的例子是碘化3』，3』-二乙基硫雜羰花青、碘化3』，3』-二乙基硫雜二羰花青和碘化3』，3』-二乙基硫雜三羰花青。較之不存在核酸類似物/目標多核苷酸雜交體的情況，在存在有核酸類似物/目標多核苷酸雜交體的時候，染料可以具有更高的光學性能變化速率。或者，較之不存在核酸類似物/目標多核苷酸雜交體的情況，在存在有核酸類似物/目標多核苷酸雜交體的時候，染料可以具有更低的光學性能變化速率。染料的光學性能變化速率可以通過對染料的光學性能進行測量來測定。此類光學性能的例子包括吸光度、螢光、反射率或化學發光。可在一個或多個時間點對光學性能進行測量。在又一個方面，在多個時間點對染料的光學性能進行測量。在另一個方面，僅在一個時間點對光學性能進行測量。在另一個方面，本發明涉及對樣品中生物進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該生物是否存在或存在的量。在另一個方面，本發明涉及對樣品中一類生物進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該類生物是否存在或存在的量。在又一個方面，本發明涉及對樣品中生物的某些株系(strain)進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該種類是否存在或存在的量。在另一個方面，本發明涉及對樣品中經過遺傳修飾的生物(GMO)進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該經過遺傳修飾生物是否存在或存在的量。本發明還涉及對受試對象(subject)是否存在疾病狀態進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該疾病狀態。本發明還涉及對受試對象是否存在遺傳變異進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該遺傳變異。在又一個方面，本發明涉及對病原體引起的宿主的感染進行檢測的方法，其中，目標多核苷酸是否存在或存在含量(其中目標核酸是核糖核酸(RNA))，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能對初病原體引起的宿主感染進行鑑定。在又一個方面，本發明涉及對樣品中單核苷酸多態性(SNP)進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明SNP是否存在或存在的量。在又一個方面，本發明涉及對樣品中遺傳序列進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該遺傳序列是否存在或存在的量。在又一個方面，本發明涉及對樣品中體外擴增的序列進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該體外擴增的序列是否存在或存在的量。在又一個方面，本發明涉及對樣品中鹼基對改變進行檢測的方法，所述方法通過對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在含量進行檢測來進行，其中，目標多核苷酸是否存在或存在的量能表明該鹼基對改變是否存在或存在的量。本發明還涉及對兩份或多份樣品中目標多核苷酸進行檢測的方法，所述方法通過如下步驟來進行利用第一種核酸類似物分子，在多位點設備的第一個位點對第一份樣品中的目標多核苷酸進行檢測；利用第二種核酸類似物分子，在多位點設備的第二個位點對第二份樣品中的目標多核苷酸進行檢測。在一種實施方式中，核酸類似物分子被固定於固體基底上。本方法包括在兩份或多份樣品中對兩條或多條目標核苷酸序列進行檢測。或者，樣品可被固定於固體基底上。本發明還涉及用於檢測目標多核苷酸的試劑盒。試劑盒可以包括一種或多種包括目標多核苷酸的樣品、與目標多核苷酸的目標核酸序列至少部分互補的一種或多種核酸類似物以及一種或多種染料。可選地，試劑盒可以包括刺激的來源。試劑盒可以包括用於使用試劑盒的說明書。圖1示出了使用PNA的分析系統的示意圖。圖2顯示了DNA分子和樣品PNA分子之間的結構區別。圖3是光激活的基於PNA的分析系統的示意圖。圖4示出了光激活的分析系統。圖5示出了將不同濃度的目標多核苷酸暴露給PNA和光刺激之後碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料的發射率(emission)對時間的圖。圖6示出了對於不同DNA濃度而言，碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料的發射率的百分比變化。圖7比較了用不同波長的光刺激的情況下，樣品中碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料的發射率的百分比變化。圖8對來自GMO大豆的DNA和來自非GMO大豆的DNA樣品中的染料發射率百分比變化進行了比較。圖9示出了用混合波長光源時對於不同待測DNA濃度的分析靈敏度。每行表示在不同DNA濃度下，暴露給光刺激後，染料的發射率的百分比變化。PNA是N』CACTGCTGCCTCCCCGTAG-Lys(SEQIDNO1)，多核苷酸序列是5』CTACGGGAGGCAGCAGTG3』(SEQIDNO2)。圖10示出了在目標多核苷酸的不同濃度下，碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青發射率出現20％的變化的時間。圖11示出了在DNA樣品和具有不同濃度的RNA的樣品中，染料發射率的百分比變化。圖12對存在或不存在deliwash背景的情況下，含有PNA和DNA的樣品中，碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青的發射率的百分比變化的比較。圖13示出了PNA「楔子」(「wedges」)的加入。圖14A-D比較了對一系列樣品應用不同波長之後的發射率。圖15示出了用通用細菌PNA探針的情況下，被固定的反應對時間的圖。圖16示出了人類SRY檢測。圖17圖示了對核酸類似物進行的光激活的、表面固定的檢測。圖18A-D示出了引入多核苷酸/核酸類似物雜交體的不同方案。圖19示出了不同波長的光刺激的作用。圖20示出了對不同濃度的大豆DNA的檢測。圖21示出了光學性能的百分比變化對GMO陽性大豆基因組數量的圖。圖22示出了不同濃度的tween20的效果。圖23示出了對於不同濃度的tween20而言發射率的百分比變化。圖24比較了具有不同濃度tween20的液體形式中，用PNA探針進行的反應和用LNA探針進行的反應。圖25示出了用PNA對LNA的反應中，發射率的百分比變化。圖26示出了用不同數量的病毒RNA對C型肝炎病毒進行的檢測。圖27示出了暴露給光刺激後一分鐘時血漿的不同拷貝的發射率。圖28示出了用對HCV或細菌具有特異性的核酸類似物及細菌的情況下發射率的百分比變化。圖29示出了用短核酸類似物或用短核酸類似物的組合的情況下發射率的百分比變化。發明詳述本發明提供了用核酸類似物來檢測具有目標核酸序列的多核苷酸的方法、組合物和分析系統。I.普通技術如無另外指明，本發明的應用中使用分子生物學(包括重組技術)、微生物學、細胞生物學、生物化學、免疫學、蛋白質動力學和質譜方面的傳統技術，這些都是本領域已知的技術。此類技術在文獻中也有完整闡述，例如，MolecularCloningALaboratoryManual，thirdedition(Sambrooketal.，2000)ColdSpringHarborPress；MolecularCloningALaboratoryManual，secondedition(Sambrooketal.，1989)ColdSpringHarborPress；OligonucleotideSynthesis(M.J.Gait，ed.，1984)；MethodsinMolecularBiology，HumanaPress；CellBiologyALaboratoryNotebook(J.E.Cellis，ed.，1998)AcademicPress；AnimalCellCulture(R.I.Freshney，ed.，1987)；IntroductiontoCellandTissueCulture(J.P.MatherandP.E.Roberts，1998)PlenumPress；CellandTissueCultureLaboratoryProcedures(A.Doyle，J.B.Griffiths，andD.G.Newell，eds.，1993-8)J.WileyandSons；MethodsinEnzymology(AcademicPress，Inc.)；HandbookofExperimentalImmunology(D.M.WeirandC.C.Blackwell，eds.)；GeneTransferVectorsforMammalianCells(J.M.MillerandM.P.Calos，eds.，1987)；CurrentProtocolsinMolecularBiology(F.M.Ausubeletal.，eds.，1987includingsupplementsthroughMay1，2004)；PCRThePolymeraseChainReaction，(Mullisetal.，eds.，1994)；CurrentProtocolsinImmunology(J.E.Coliganetal.，eds.，1991)；andShortProtocolsinMolecularBiology(WileyandSons，1999)；上述所有文獻都通過引用的方式被全文包括在本文中。此外，如無特別指明，通常按照廠商給出的方案，來使用通過商業途徑可獲得的分析試劑盒和試劑。II.定義術語「目標核酸序列」通常指通過本發明的方法、組合物和分析系統檢測到的核酸序列。目標核酸序列的全部或部分可通過序列特異性雜交與核酸類似物分子結合。目標核酸序列可以是任何長度的，但是，通常，其長度小於1Kb，小於500個鹼基，小於24個鹼基或者小於12個鹼基。在另一種實施方式中，目標核酸序列的長度可以是10、12、14或18個鹼基。在其它實施方式中，目標核酸的長度可以是至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個、至少9個、至少10個、至少12個、至少14個、至少15個、至少18個、至少20個、至少25個、至少30個、至少35個、至少40個、至少45個或至少50個鹼基。本發明的目標核酸序列可以包括蛋白質編碼序列和非編碼序列(例如，調控序列、內含子等)。術語「多核苷酸」指核苷酸的任何長度的聚合形式，其可以是脫氧核糖核酸或核糖核酸或其類似物。下述是多核苷酸的非限制性例子基因或基因片段、外顯子、內含子、信使RNA(mRNA)、轉運RNA、核糖體RNA、核酸性酶(ribozyme)、cDNA、重組多核苷酸、分支多核苷酸、質粒、載體、核酸探針、引物和擴增得到的DNA。多核苷酸可以含有經過修飾的核苷酸，例如甲基化的核苷酸和核苷酸類似物。核苷酸的序列可被非核苷酸組分打斷。多核苷酸可以在聚合之前或之後被進一步地修飾，例如與標記組分結合。多核苷酸可以是擴增得到的更長的多核苷酸區域。術語「目標多核苷酸」指包括目標核酸序列的多核苷酸。術語「核酸類似物」包括具有一個或多個不同於鳥嘌呤、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶的鹼基，和/或在RNA主鏈上的磷酸核糖或DNA主鏈上的磷酸去氧核糖上具有一處或多處不同的任何核酸類似物。「核酸類似物」包括但不限於肽核酸(PNA)，鎖核酸(LNA)(例如TrendsinBiotechnology2174-81，2003所公開的)，連接有金屬的核酸，經修飾的多核苷酸(例如經蒽醌修飾的)(如Yamanaetal.，2003所公開的)，蘇糖核酸(TNA)(例如Chaputetal.，JournaloftheAmericanChemicalSociety，125，856-857，(2003)所公開的)以及嵌合核酸。術語「肽核酸」或「PNA」包括下述任何核酸類似物，所述核酸類似物中，核酸的去氧核糖磷酸主鏈已被合成的類肽主鏈所取代，包括，例如，n-(2-氨基-乙基)-甘氨酸單元，例如，非限制性地，如圖2所示(Nielsenetal.，1991)以及U.S.PatentNos.5,786,461、6,357,163、6,107,470、5,773,571；6,441,130，6,451,968；6,228,982；5,641,625；5,766,855；5,736,336；5,719,262；5,714,331；5,719,262和6,414,112中所公開的。嘌呤和嘧啶鹼基可以通過任何共價鍵連接結合，包括，例如，亞甲基羰基連接。本文中所使用的PNA分子可以在PNA主鏈和核酸鹼基(nucleobase)之間具有其它原子。上述類似物包括，例如，D-賴氨酸鏈、環形結構(例如環戊烷或吡咯烷環)和/或手性取代結構，包括U.S.PatentNo.6,403,763、U.S.PatentApplicationNo.US2003/0162699和U.S.PatentApplicationNo.US2003/0157500中所述的PNA分子。PNA主鏈可以包括肽主鏈上的取代或延伸。PNA可以包括基於肽的核酸模仿物(PENAM)(例如，例如U.S.PatentNO.5,705,333中所公開的)、具有不常見的手性中心的原子(例如D-手性中心和潛手性中心)以及PNA主鏈上的原子取代。術語「核酸類似物/多核苷酸雜交體」和「多核苷酸/核酸類似物雜交體」是同義的，它們指以序列特異性方式雜交的核酸類似物和多核苷酸。術語「PNA/多核苷酸雜交體」和「多核苷酸/PNA雜交體」是同義的，它們指以序列特異性方式雜交的PNA和多核苷酸。「互補的」指單鏈核酸類似物分子具有以鹼基特異性方式與多核苷酸結合的能力。可合成核酸類似物分子，以結合目標多核苷酸，例如全長多核苷酸鏈或其一部分。「互補的」核酸類似物分子可以具有一個或多個單個鹼基對的錯配、添加和/或缺失，但仍能夠在選定的雜交條件下與目標多核苷酸結合。在一種實施方式中，互補的序列可以通過Watson-Crick方式(A-T或A-U及C-G)雜交。在另一種實施方式中，互補的序列可以通過核酸類似物和多核苷酸核酸鹼基之間的Hoogstein鹼基配對進行雜交。「精確互補的」指單鏈核酸類似物分子具有與目標核酸序列結合的能力，且不含錯配。如果在核酸類似物和目標多核苷酸之間具有單個鹼基對的錯配，那麼核酸類似物分子就並非與目標多核苷酸精確互補的。術語「速率」指變化(例如組合物或化合物性能的變化)。速率可以比速率常數的形式表示。可通過在一段時間內進行測量來確定速率。可通過測量對速率進行描述，通過在過程中兩個不同的時間點進行測量(例如，特定刺激、組分加入等之前或之後)，或在至少三個、至少四個或至少五個時間點進行測量來確定速率。可用定量或定性(例如，變化是「快」或「慢」的)的形式來表述速率。可通過對化合物的性能與相對值的比較來確定速率，或者通過其它方法來確定。本文中使用的術語「相對速率」指與另一過程的速率相比較的一種過程的速率。「相對速率」可以是大致的(例如，一種過程的速率可以比另一過程的速率「更快」或「更慢」)或定量的(例如，比較對兩種過程測量出的速率)。本文中使用的術語「染料」指具有可被測量的光學性能的化合物，或者可以轉化為具有可被測量的光學性能的化合物的化合物。可被測量的光學性能包括但不限於顏色、吸光度、螢光、反射率或化學發光。染料在某些條件下可以展示出光學性能，例如結合上多核苷酸/核酸類似物雜交體時，或未結合上多核苷酸/核酸類似物雜交體時。「帶盔甲RNATM」指由於RNA被細菌噬菌體蛋白質包裹上外殼從而對核糖核酸酶具有抗性的RNA。在例如U.S.Pat.Nos.6,399,307、6,214,982、5,939,262、5,919,625和5,677124中，有對「帶盔甲RNATM」的進一步描述。本文中使用的「非特異性載體多核苷酸」指非目標多核苷酸分子，其能增加核酸類似物與特異性目標多核苷酸之間的結合親合力和/或提高分析系統的靈敏度。本文中使用的術語「核酸類似物結合位點」指一個或多個核酸類似物分子與固體支持物結合的位點。本文中使用的術語「PNA結合位點」指一個或多個PNA分子與固體支持物結合的位點。「樣品」指任何類型的液體樣品(例如，血液、血清、水或尿液)和/或任何類型的固體樣品(例如，細胞、食物、水、空氣、泥土或穀物)和/或任何類型的空氣傳播樣品。術語「受試對象」指動物，例如脊椎動物，優選為哺乳動物，更優選為人。術語「受試對象」還指植物。術語「病原體」指任何會導致疾病、紊亂和/或病理狀態和/或症狀的介質。舉例而言，病原體可以是自然界中發現的、實驗室中產生的生物(或其伴隨的毒素)，其會導致生物體中疾病的出現，或病理狀態或症狀的發展，使得生物失去能力、虛弱和/或死亡。病原體包括但不限於病毒、細菌、真菌、真核生物和/或原核生物，以及生物武器試劑、傳染性疾病、水傳播的(waterborne)病原體和食物病原體。術語「生物武器試劑」指自然界中發現的或實驗室中產生的下述任何生物(或其伴隨的毒素)，其被主要用於在另外的活的生物體中導致疾病、使其失去能力或使其死亡。生物武器試劑的例子包括但不限於致病細菌、真菌、原生動物、立克次體和病毒。本文中使用的「感染(infection)」指宿主中存在病原體。感染可以是潛伏的或發作的。在一種實施方式中，病原體的存在由宿主多核苷酸和/或多肽表達的變化所指示。感染可以通過下述途徑發生，其包括但不限於空氣傳播的唾沫、直接接觸、動物和昆蟲載體和受汙染的食物或飲料。本文中使用的術語「宿主應答多核苷酸」指在應答刺激(例如病原體感染和/或接觸)的宿主中，有所改變的多核苷酸或其表達有所改變的多核苷酸。本文中使用的術語「宿主」指動物和植物。動物可以是哺乳動物。哺乳動物的例子包括人類、非人類靈長類、畜牧動物、體育競技動物(sportanimal)、小鼠和大鼠。植物的例子包括但不限於農業作物。III.檢測多核苷酸的方法本發明提供了用核酸類似物來檢測具有目標核酸序列的多核苷酸的方法、組合物和分析系統。在一種實施方式中，(i)含有、被認為含有、或預期不含有目標多核苷酸的樣品，(ii)能以序列特異性方式與多核苷酸的目標核酸序列結合的核酸類似物和(iii)存在和不存在多核苷酸/核酸類似物雜交體的情況下，其光學性能變化速率會有所不同的染料，被組合起來產生混合物。該混合物還可以包括非特異性載體多核苷酸，例如但不限於非特異性植物DNA、酵母DNA、鮭魚精DNA或tRNA。將混合物中染料光學性能的變化速率與類似混合物中染料光學性能變化速率所特有的參照值相比，以確定光學性能的相對變化速率，所述類似混合物含有已知量(包括量為零的情況)的多核苷酸/核酸類似物雜交體。混合物中染料光學性能的相對變化速率與樣品中是否存在特定的目標多核苷酸或存在的含量相關。在一個方面，本發明提供了用肽核酸(PNA)分子來檢測具有目標核酸序列的多核苷酸的方法、組合物和分析系統。在一種實施方式中，(i)含有、被認為含有、或預期不含有目標多核苷酸的樣品，(ii)能以序列特異性方式與多核苷酸的目標核酸序列結合的肽核酸(PNA)和(iii)存在和不存在多核苷酸/PNA雜交體的情況下，其光學性能變化速率會有所不同的染料，被組合起來產生混合物。該混合物還可以包括非特異性載體多核苷酸，例如但不限於非特異性植物DNA、酵母DNA、鮭魚精DNA或tRNA。將混合物中染料光學性能的變化速率與類似混合物中染料光學性能變化速率所特有的參照值相比，以確定光學性能的相對變化速率，所述類似混合物含有已知量(包括量為零的情況)的多核苷酸/PNA雜交體。混合物中染料光學性能的相對變化速率與樣品中是否存在特定的目標多核苷酸或存在的含量相關。參照值可以是具有已知特徵的組合物或化合物的性能所特有的值。例如，在多種實施方式中，可用不含多核苷酸/核酸雜交體、含有一定量(例如，已知量)的多核苷酸/核酸雜交體、多核苷酸/核酸雜交體含量為零的混合物，或其中一種或多種組分(例如，核酸類似物、目標多核苷酸或染料)不存在的反應混合物，來確定參照值。進一步的關於參照值的非限制性的例子包括未暴露給光刺激的混合物的光學性能所特有的值，或，在另外一種實施方式中，已暴露給光刺激的混合物的光學性能所特有的值。上述例子用於闡述，而非意欲限制本發明，在本申請文件的指導下，其它的例子對於操作者來說也是顯而易見的。應當認識到，可經實驗來確定參照值，但這並非必須(例如，如果知道，在不存在目標多核苷酸/核酸類似物雜交體的情況下，含有染料的組合物的光學性能不發生變化，或者最小限度地變化，可對參照值進行計算或推理，可不對其進行測量)。參照值可以是恆定值。雖然在某些情況下，同時對「對照」樣品和測試樣品進行分析是方便的，但並非必須要如此操作。可在一個時間點對參照值進行測定，該值被記錄下來在較後的時間點進行比較。應當理解到，上述例子僅用於闡述，而非加以限制。本申請文件中示出了多種不同的參照值。在一個方面，參照值是不含多核苷酸/核酸類似物雜交體的類似混合物的染料光學性能變化速率所特有的。在一種實施方式中，參照值可以是在所有組分組合於混合物之前的染料的光學性能所特有的。在另一種實施方式中，參照值可以是標準值。對於將混合物暴露給光刺激的實施方式而言，參照值可以是使用光刺激前染料光學性能所特有的。應當清楚地認識到，無須同時對樣品、核酸類似物和染料混合物中染料的光學性能進行測定。此外，還應理解，參照值可以是恆定的值。參考特定的實施例將有助於理解本發明。實施例1和圖4種示出了本發明的使用PNA的基於液體的方法。在微離心管中混合10μM與花菜花葉病毒35S啟動子互補的PNA分子(35SPNA)和1μM35S啟動子DNA(35SDNA)，加入150μM染料。將所述的管暴露於光刺激，在超過1分鐘的時間段內觀察到了顏色變化(圖4)；即染料光學性能發生變化。在對照管中，目標核苷酸不存在，甚至在24小時後，顏色仍為粉紅色(無光刺激)，表明光學性能變化速率非常低。當35SPNA不存在(管3)或沒有特異性目標時(管1)，在管中幾乎觀察不到光學性能(該情況下，即顏色變化)的變化。圖1中示出了另一種使用PNA探針的實施例。A)將帶有與一種或多種目標多核苷酸序列互補的PNA序列的離散點的膜帶置於裂解/雜交管1中。B)將樣品加入到裂解/雜交緩衝液中，對混合物在＞95℃上加熱3分鐘，以及C)冷卻至室溫。D)將該膜帶轉移至新的管(管2)中，其中含有用於溫育的洗滌緩衝液。移去未結合的DNA、RNA和其它細胞殘餘物。E)將所述膜帶轉移至含有檢測染料的新的管(管3)，對其進行大約1分鐘的溫育。F)將所述的管在洗滌緩衝液中進行簡單的洗滌(管4)，去除殘餘的未結合的染料。G)在該膜系統中，染料僅與PNA/目標多核苷酸複合物結合。基於雜交圖案，可確定出特定目標多核苷酸是否存在。通過與已知的圖案卡進行比較，可確定物質是否存在並對其進行鑑定。圖22中示出了另一個實施例。在微離心管中混合10μM與目標核酸序列互補的PNA分子和1μM目標多核苷酸。加入2μM染料和不同量的tween20。將微離心管暴露於光刺激，在超過10分鐘的時間段內觀察到光學性能的變化(圖22)。當超過1.0％的tween20存在時，對於含有染料而不含目標多核苷酸/核酸類似物雜交體的樣品來說，僅觀察到光學性能的很小的變化。當將含有目標多核苷酸/核酸雜交體的樣品暴露給光刺激時，染料的螢光(或其它光學性能)發生改變。通過觀察螢光(或其它光學性能)的變化對是否存在目標多核苷酸或其存在的量進行檢測。應當認識到，可通過單次測量來測知是否存在目標多核苷酸或其存在的量。在另一種實施方式中，可將多種核酸類似物序列組合於混合物中，以通過多元技術(multiplexing)來檢測多種目標多核苷酸。可在美國專利5582989中發現涉及已知核酸分析系統的多元反應。不打算受限於特定的機理或理論的情況下，在一個方面，核酸類似物/多核苷酸雜交體可以催化涉及染料的化學反應。染料與作為催化位點的核酸類似物/多核苷酸雜交體的小溝(minorgroove)結合。光刺激的使用向混合物中增加了能量，導致核酸類似物/多核苷酸雜交體中染料的光學性能以較之不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體的情況下更快的速率變化。例如，使用光刺激時，碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青變得澄清(turnsclear)。染料光學性能變化速率較高對應於樣品中目標多核苷酸的存在量增加。下述部分更為詳細地描述了本發明。A.設計核酸類似物序列為用於本發明，可對核酸類似物進行設計，使其與目標多核苷酸的核酸序列互補或精確互補。在一種實施方式中，除接頭、胺基酸和標記之外，核酸類似物長度大於大約4個核苷酸，並且小於大約24個核酸鹼基。在其它實施方式中，核酸類似物長度可以為5-100、8-60或10-25個核酸鹼基。在另一種實施方式中，除接頭、胺基酸和標記之外，核酸類似物的長度可以是10、12、14或18個鹼基。在其它實施方式中，目標核酸的長度可以是至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個、至少9個、至少10個、至少12個、至少14個、至少15個、至少18個、至少20個、至少25個、至少30個、至少35個、至少40個、至少45個或至少50個鹼基。核酸類似物可被設計為含有與目標多核苷酸不互補的區域，例如在多核苷酸末尾延伸出去的序列。可用多種不同的方法來設計核酸類似物分子的序列。非限制性地舉例而言，核酸類似物分子可被設計為具有基於已知引物的序列，所述引物是用於基於PCR的擴增以及對特定目標序列的檢測的。核酸類似物分子還可被設計為與多核苷酸的任何目標核酸序列互補或精確互補。舉例而言，核酸類似物分子的序列可以基於PCR引物的序列，所述引物用於檢測與病原體相關的多核苷酸、宿主中病原體的存在與否、疾病基因或遺傳情況。核酸類似物分子還可與下述序列互補或精確互補，所述序列包括編碼蛋白質活性或功能結構域的全部或部分序列，編碼完整蛋白質的全部或部分序列或非編碼序列(例如，調控序列、內含子等)。在一種實施方式中，核酸類似物可被用於區分具有精確互補序列的多核苷酸和具有單個鹼基錯配的多核苷酸。非限制性地舉例而言，用於本發明的核酸類似物可被設計為用以檢測單核苷酸多態性(SNPs)。核酸類似物/多核苷酸雜交受到鹼基錯配的影響。根據本發明的方法，加入染料後，目標序列(例如SNP)和核酸類似物之間的單個鹼基錯配導致染料光學性能變化速率不同，這是較之不具有錯配的核酸類似物而言的。對用於診斷目的的對SNPs的鑑定方法和其它方法是本領域內公知的。在另一種實施方式中，核酸類似物可被設計為用於檢測一類生物是否存在或存在的量。生物的類指，所有這些生物都具有與核酸類似物序列互補或精確互補的一條或多條序列。可基於核酸序列的互補性將此類生物與其它生物區分開來。在一種實施方式中，核酸類似物分子具有小於大約60％的嘌呤含量，並在一排中最多具有4個嘌呤鹼基或三個鳥嘌呤鹼基。富含嘌呤的核酸類似物分子傾向於聚集，在水溶液中溶解度很低。對核酸類似物分子加以選擇，以避免具有反向重複、發卡結構和迴文結構的自身互補的序列，或使其最小化。核酸類似物分子可以任何方向與多核苷酸雜交，但是反平行(anti-parallel)的方向是優選的。反平行是用於反義和DNA探針類型應用的優選構型。當核酸類似物的方向為反平行時，核酸類似物探針的N-末端等同於DNA的5』末端。N』和5』都用於本文中。在本文的指導下，本領域技術人員將會認識到，除本文特別列出的核酸類似物之外，其它核酸類似物(包括未來發現或發展出的核酸類似物)也可用於本發明的方法。在本文所述的分析條件下能形成多核苷酸/核酸類似物雜交體的核酸類似物適於本發明的方法，其能影響到光學性能變化的速率。可用若干篩選方法中的任何方法，來鑑定適合用於本發明方法中的核酸類似物。在一種方法中，非限制性地舉例而言，在能形成核酸類似物/多核苷酸雜交體的條件下，將含有候選核酸類似物(可選地，以不同濃度存在的)的樣品，與具有互補序列的多核苷酸組合。在一種實施方式中，然後加入染料。然後對染料光學性能的變化速率進行測定。將該速率與不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體時染料光學性能變化速率所特有的參照值進行比較。在另一種實施方式中，參照值是不存在多核苷酸的情況所特有的。在又一種實施方式中，參照值是存在目標多核苷酸(單鏈或雙鏈的)的情況所特有的。應當認識到，加入的順序不是關鍵因素，組分可按照另外的順序加入。在另一種實施方式中，參照值是多核苷酸濃度不為零的情況所特有的。在該種實施方式中，相對參照值(例如，存在雙鏈多核苷酸但不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體)而言，光學性能隨時間以不同速率變化的核酸類似物/多核苷酸雜交體被選用於本發明所要求保護的方法。光學性能的相對變化速率與特定多核苷酸是否存在或者存在的量相關。B.肽核酸(PNAs)在一個方面，核酸類似物是PNAs。PNA通過序列特異性雜交，與目標多核苷酸中的目標核酸序列的全部或部分雜交。或者，條件變化使得單個鹼基對的改變被區分出來。PNA分子能與目標多核苷酸迅速雜交。PNA對多核苷酸的雜交不依賴於鹽濃度(Demidovetal.，1994)。PNA對核酸酶和蛋白酶的攻擊具有抗性，相對於傳統的DNA而言，其能以更高的特異性與多核苷酸結合。短探針可用於序列特異性高的情況(RayandNorden，2000)。此外，PNA/多核苷酸雜交體較之相應的DNA/多核苷酸雜交體具有更高的熱穩定性，PNA/多核苷酸雜交體的熔點對離子強度相對不敏感，在低鹽濃度(＜10mMNaCl)和中等鹽濃度(500mMNaCl)顯示出相等的熱穩定性。在低鹽濃度下PNA/多核苷酸雜交體形成的能力是顯著的，因為dsDNA和rRNA的內部結構在鹽濃度低於200mM時會被顯著去穩定。因此，可對分析條件進行選擇，選出偏向於對目標核酸進行破壞而仍能促進PNA分子的強烈雜交的條件(StefanoandHyldig-Nielsen，1997)。PNA/多核苷酸雜交會受到鹼基錯配的嚴重影響，PNA分子在僅有單個錯配的水平下仍能保持對序列差異的分辨。例如，可從Eurogentec(UK)、BlueHeronBiotechnology(Bothell，WA)和AppliedBiosystemsInc.(ABI)購得PNA分子，或通過本領域已知的方法對PNA分子進行合成。C.雜交條件通常，對雜交條件的設計和/或選擇受若干參數的影響，其例如但不限於核酸類似物分子與目標多核苷酸互補的程度、將要使用的核酸類似物分子以及目標多核苷酸本身的長度。優選的雜交條件能使下述情況的一種或多種發生核酸類似物與目標多核苷酸高效結合，RNA或DNA二級結構最小化，RNA的降解最小化，以及，一個或多個鹼基對的變化得以被分辨，或一個或多個鹼基對的變化被包含進來。雜交反應可在不同「嚴謹度」條件下進行。影響雜交反應嚴謹度的條件眾所周知，並在本領域中公開過。例如，見MolecularCloning，ALaboratoryManual，thirdedition(Sambrooketa1.2000)，ColdSpringHarborPress。相關條件的例子包括但不限於鹽濃度、pH(緩衝液)和溫度。使用低鹽濃度的雜交條件通常會增加DNA的不穩定性和PNA/多核苷酸的穩定性。可以使用的緩衝液的例子包括但不限於，Na3PO4、NaHSO4、K2HPO4、K2SO4或CaSO4。舉例而言，緩衝液的摩爾濃度範圍在大約10mM至大約0.5M之間，pH在大約4至大約10之間，或在大約7至大約10之間，例如大約7.0或大約7.5。舉例而言，可使用大約0.5mM至0.5M之間的Na3PO4，例如，2.5mM，其pH在大約至大約10之間，或在大約7至大約10之間，例如大約7.0或大約7.5。作為示例的條件的例子包括但不限於(以嚴謹度逐漸增加的順序)溫育溫度為25℃、37℃、50℃和68℃；緩衝液濃度為10XSSC、6XSSC、4XSSC、1XSSC、0.1XSSC(其中SSC是0.15MNaCl和15mM如本文所述的任何緩衝液)以及使用其它緩衝液體系的其等同條件；甲醯胺濃度為0％、25％、50％和75％；溫育時間從5分鐘至24小時，1個、2個或多個洗滌步驟；洗滌溫育時間為1、2或15分鐘；洗滌溶液為6XSSC、1XSSC、0.1XSSC或去離子水。在優選的實施方式中，雜交和洗滌條件都在高嚴謹度下進行。舉例而言，雜交可在下述條件下進行50％甲醯胺、4XSSC，接著在50℃用2xSSC/甲醯胺和1xSSC進行洗滌。緩衝液可以含有離子或其他化合物，或不同的緩衝能力。或者，緩衝液中的成分可以具有穩定化能力；例如可使三體DNA穩定的新黴素或其它氨基糖苷(Aryaetal，2003)或增強三體穩定性的二醯亞胺萘(GianolioandMcLaughlin，2001)或萘基喹啉(Keppleretal，1999)。D.染料可使用一種或多種染料來測定是否存在多核苷酸或其存在的量，其中，存在核酸類似物/多核苷酸雜交體的情況與已知濃度的核酸類似物/多核苷酸雜交體的情況相比，所述染料光學性能變化速率不同。在一個方面，光學性能可以是顏色、吸光度、螢光、反射率或化學發光方面的變化。還可在分析期間的單個或多個時間點對光學性能進行測量。可將染料光學性能變化的速率與含有已知量的核酸類似物/多核苷酸雜交體或多核苷酸/PNA雜交體的混合物中染料光學性能變化速率所特有的參照值相比，以確定光學性能的相對變化速率。參照值可以是定性的或近似的值(例如，存在或不存在顏色)。或者，參照值可以是用數字表示的值。如另一個實施例所示，可在對樣品中染料光學性能變化速率的測定之前、期間或之後，對參照值進行測量。在另一個實施例中，參照值可以是恆定的，例如速率常數。參照值還可以是不存在目標多核苷酸或多核苷酸/核酸類似物雜交體的情況下(即，核酸類似物/多核苷酸雜交體的量已知為零)光學性能的變化速率。在一些情況下，存在核酸類似物/多核苷酸雜交體時，染料的光學性能的變化速率要比不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體時高。因此，通過光學性能較之參照值的相對變化速率的增加，可檢測到多核苷酸的存在或其存在的量。存在有核酸類似物/DNA雜交體的情況下其光學性能變化會更為迅速的染料的例子包括羰花青染料，其是多環芳香化合物。這些染料在可見光範圍內具有強烈的吸收，優先與溶液中的核酸類似物/多核苷酸雜交體結合，結合之後顏色會有所改變。羰花青染料的例子包括但不限於碘化3，3』-二乙基硫雜青色素、碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青、碘化3，3』-二乙基硫雜二羰花青和碘化3，3』-二乙基硫雜三羰花青。在一種示例性的實施方式中，本文所述的分析條件下，存在有目標核酸和互補PNA時，光刺激使得3』，3』-二乙基硫雜羰花青從桃紅色(hotpink)變得澄清(clear)。不存在目標核酸時，染料的變化速率較慢。存在目標核酸和互補PNA時，光刺激還會降低染料的螢光發射。不存在光刺激時，存在目標核酸時，染料立刻從桃紅變回暗粉色(dullpink)，並且，存在目標核酸時，染料的螢光發射立刻減少。在本文所述的分析條件下，存在目標核酸時，3，3』-二乙基硫雜二羰花青從藍色變為紫色。在本文所述的分析條件下，存在目標核酸時，3，3-二乙基硫雜三羰花青保持為水藍色，不存在目標核酸時，其變得澄清。在其它情況下，存在核酸類似物/多核苷酸雜交體時，染料光學性能變化速率要比不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體時慢。因此，可以通過光學性能的相對變化速率的降低來檢測出多核苷酸是否存在或存在的量，所述相對變化速率的降低是較之不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體的情況下速率所特有的參照值而言的。染料可以選自，例如，能以若干種方法中的任何方法與核酸結合的分子。有用的染料包括小溝結合物、大溝結合物、嵌入物(intercalator)以及與其它多核苷酸結合的分子、其衍生物或其結合物(conjugates)。可用於本發明方法中的一些染料與核酸類似物/多核苷酸雜交體的小溝結合。這些染料包括羰花青染料，例如碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青、碘化3，3』-二乙基硫雜二羰花青和碘化3，3』-二乙基硫雜三羰花青。例子包括但不限於溴化乙錠(Fiebigetal，1999)、螢光素、吩噻嗪染料(例如亞甲基藍(Wagner，2002)，DAPI(Kapuscinski，1995))、噻唑橙(BogerandTse，2001，Carreonetal，2004)、Hoechst33258(Adhikaryetal，2003，Maitietal，2003，Morozkinetal，2003，Taniousetal.，2004，Tawaretal，2003)、SYBRGreenII(Morozkinetal.，2003)、BEBO、BETO、BOXTO、BO、BO-PRO、TO-PRO，YO-PRO(Karlssonetal.，2003，Erikssonetal，2003)、PicoGreen(ToluandMyers，2003)、TO-PRO-3(Sovenyhazyetal，2003)、二青色素染料(Schaberleetal，2003)、甲基綠-派洛寧Y(PrentoandLyon，2003)、溴化乙錠和吖啶橙(Johnsonetal，2003，Laurettietal，2003，Luedtkeetal，2003)、中性紅(Wangetal，2003)、BO(Karlssonetal，2003)、單lexitropsins及雙lexitropsins和噴他脒(Pentamidine)(Puckowskaetal，2004)、2-(甲基硫雜)苯基水楊基醛亞胺Schiff鹼銅(II)(Reddyetal，2004)、雙功能鉑(II)複合物(MaandChe，2003)、雙(9-氨基吖啶-4-羧基醯胺)(Wakelinetal，2003)、二咪唑吖啶酮(Tarasovetal，2003)、平行或反平行羧基醯胺小溝結合物(Boutorineetal，2003)、具有小溝結合物的寡(2′-O-甲基核糖核苷酸)結合物(Novopashinaetal，2003)、吡咯咪唑多胺(Briehnetal，2003，DervanandEdelson，2003，Reddyetal，2003，RennebergandDervan，2003)、吡咯(Huangetal，2000)、二吡咯(Carrascoetal.，2003)、釕複合物(Kuwabaraetal，2003)、鉈(Ouameuretal，2003)、芳香二脒(Nguyenetal，2002)、教酒菌素(Chartreusin)(Barceloetal，2002)、鉑複合物(Silvermanetal，2002)、S-3-硝基-2-吡啶亞磺醯-N-乙醯基-半胱氨酸(Shimetal，2004)、甲基磺酸酯(Varadarajanetal，2003)、肽雙嵌入物(bis-intercalator)(Guelevetal，2001)、金屬嵌入物(Proudfootetal，2001)、2，2′-聯二萘(Kondoetal，2004)、嵌入核酸(ChristensenandPedersen，2002，Nielsenetal，2004)、釕(II)複合物(Liuetal，2004)、環狀多胺新三烯/銅(II)複合物(Biveretal，2004)、2，6-二磺酸蒽醌(WongandGooding，2003)、二茂鐵基蒽、二茂鐵和其它萘二醯亞胺衍生物(GianolioandMcLaughlin，2001，Takenakaetal，2002，TokandFenker，2001)、阿黴素(Patolskyetal，2002，Xiaoetal，2003)、吖啶-9-基硫脲(BaruahandBierbach，2003)、萘二醯亞胺(Nojimaetal，2001，Nunezetal，2000)、米託蔥醌(mitoxantrone)(Wangetal，2003)、白葉藤鹼和新白葉藤鹼(Guittatetal，2003)、與亞氨基二乙酸相連的聚醯胺(Woodsetal，2002)、樹枝狀多胺結合物(Branaetal，2002)、雙嵌入物delta-delta[mu-C49cpdppz)(2)-(phen)(4)Ru(2)](Onfeltetal，200l，Onfeltetal，2002)、地特諾(ditercalinium)(Bergeetal，2002)、8-甲氧補骨脂素(Arabzadehetal，2002)、道諾黴素和玫瑰樹鹼(ellipticine)(Rehaetal，2002)、1，4，5，8-萘四羧基二醯亞胺(Guelevetal，2002)、白葉藤鹼(Lisgartenetal，2002)、AMAC(Ferryetal，2001)、(-)-6-[[(氨基烷基)氧]甲基]-4-去甲氧基-6，7-二去氧柔紅黴酮(1)(DienesandVogel，1996)、NLCQ-1(Papadopoulouetal，2000)、YOYO-1(Wongetal，2001)、DACA(Hicksetal，2001)、環金屬化Rh(III)(KiskoandBarton，2000)、CI-958(Deesetal，2000)，pyrazoloacridine(Pelleyetal，2000)、順二氯鉑(II)複合物(Perrinetal，2000)、咪唑吖啶酮(MazerskiandMuchewicz，2000)、咔唑(SajewiczandDlugosz，2000)、5，11-二甲基-5H-吲哚[2，3-b]喹啉(Osiadaczetal，2000)、YOYO-3、紡錘菌素、SN6999、A3和SN6113(Kirschsteinetal，2000)、唑黃(Inoueetal，1999)、銠(III)的5，6-屈醌二亞胺複合物(chrysenequinonediimine)(JacksonandBarton，2000)、尼羅藍(Chenetal，1999)、usambarensine(Dassonnevilleetal，1999)、3-甲氧基苯並蒽酮(Yangetal，1999)、1，8-二羥基蒽醌(MuellerandStopper，1999)、環丙吡咯並吲哚(cyclopropapyrroloindole)(Dempcyetal，1999)、蒽(Ostaszewskietal，1998)、吡咯裡嗪(pyrrolizine)和咪唑(Atwelletal，1998)、蒽環複合物(Milanoetal，1998)、雜二聚體(例如，噻唑橙-噻唑藍，噻唑橙-溴乙非啶和螢光素-溴乙非啶(Bensonetal，1993a，Bensonetal1993b)。此外，公司(例如MolecularProbes)出售與本發明兼容的多種類型的核酸染劑。JournaloftheAmericanChemicalSociety1254132-4145(2003)和BioconjugateChemistry13387-391(2002)中，可發現其它類別的青色素染料和具有狀態反應的(statereactive)染料。其它染料的例子包括但不限於三銅(II)複合物(Dharetal，2003)、偏端黴素A(Hirakuetal，2002，Woodsetal，2002)、吲哚[2，3-b]-quinolizinium溴(Viola，2002)、海鞘素(ecteinascidins)(AnthoneyandTwelves，2001)、金屬氨絡物(Barryetal，2002)或2-苯基喹啉-碳水化合物雜合體(Toshimaetal，1999)。在某些實施方式中，染料不是會促進分裂的化合物。染料還可以包括孔雀綠、紅色雙砷化合物染料和螢光素。在某些實施方式中，染料不是孔雀綠、紅色雙砷化合物染料和螢光素。本領域技術人員將認識到，可對染料加以篩選，以確定出可以在本發明方法中使用的那些染料。可結合核酸類似物/多核苷酸雜交體，並展示出光學性能隨時間的變化(可選地，在被提供了刺激之後)的那些染料可被容易地鑑定和選擇出。本領域的技術人員在本申請文件的指導下將認識到，除了本文所列出的染料外，其它染料(包括未來發現或發展出的染料)也可用於本發明的方法。在本文所述的分析條件下，存在和不存在目標多核苷酸/核酸類似物雜交體的情況下，其光學性能變化速率不同的染料是適合用於本發明的。可使用若干篩選方法中的任何方法來鑑定出合適的染料。非限制性地舉例而言，將含有核酸類似物的樣品與具有互補序列的多核苷酸在能形成核酸類似物/多核苷酸雜交體的條件下組合。在一種實施方式中，然後加入候選染料，可選地，為不同濃度的。加入的順序並不重要，組分可按照其它順序加入。然後對光學性能隨時間變化的速率進行測定。將該速率與不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體的情況下染料光學性能變化速率所特有的參照值進行比較。在一種實施方式中，參照值是不存在多核苷酸的情況所特有的。在一種實施方式中，參照值是存在多核苷酸(單鏈的或雙鏈的)的情況所特有的。在另一種實施方式中，參照值是多核苷酸含量非零的情況所特有的。較之參照值，展示出其光學性能以不同速率隨時間變化的現象的染料可被選用於本發明所要求保護的方法。光學性能的相對變化速率與特定多核苷酸是否存在或存在的量相關。E.光刺雷射刺激可被提供給樣品、核酸類似物和染料混合物，可與混合物的產生同時提供，或者可在混合物產生後的特定時刻提供。光刺激導致染料光學性能變化速率的變化。光刺激可以是可見光譜中的，或者是可見光譜以外的。光刺激可以是多種波長的白光。或者，光刺激可以是特定波長的，或是具有波長範圍的。光刺激也可以具有特定強度。光源是本領域已知的。不同的光源會導致不同的反應速率，因為光源的強度或波長不同。光源的例子包括(以反應速率升高的順序排列)SylvaniaCoolWhiteT8-CW、GeneralElectricT8-C50和FritzAurora50/50。其它光源包括SylvaniaduluxS9WCF9DS/藍和OsramF9TT/50K，它們都能導致比GeneralElectricT8-C50更快的光刺激反應速率。本領域技術人員將認識到，針對特定染料、或特定核酸類似物、多核苷酸以及染料混合物，不用進行過多實驗，就能確定出最優的光刺激。還可針對特定混合物測試出單獨的一套溫度和濃度條件。IV.形成目標多核苷酸/核酸類似物雜交體可用多種雜交流程來進行對目標多核苷酸的檢測分析。在一種形式中，可以通過目標多核苷酸與核酸類似物直接雜交，形成目標多核苷酸/核酸類似物雜交體，來鑑定多核苷酸序列。在一種形式中，核酸類似物可以是PNA。PNA/PNA的距離(distance)與DNA/DNA距離和PNA/DNA距離有所不同。PNA/PNA與PNA/DNA雙鏈雜交體的具體結構已被NMR和X-射線晶體分析給出。PNA/PNA雙鏈雜交體具有非常寬且深的大溝，以及非常窄且淺的小溝，該雙鏈體具有非常大的每周為18個鹼基對的螺距(pitch)以及非常大的螺距高度(57.6)。就DNA/DNA雙鏈雜交體而言，規範的B型螺旋(helix)具有每周為10個鹼基對的螺距，螺距高度為34，而PNA/DNA雙鏈雜交體具有每周13個鹼基對的螺距，螺距高度為42。因為PNA/DNA雙鏈雜交體的鹼基對較之DNA雙螺旋具有不同的幾何學特性，人們認為，PNA/DNA雙鏈雜交體的堆積(stacking)相互作用的強度與DNA/DNA雙鏈雜交體不同。10、12和16mer的PNA/DNA雙鏈雜交體的CD譜暗示了這些雙鏈雜交體的不同的鹼基構型。染料與核酸類似物/多核苷酸雜交體的結合位點可對反應是否進行產生影響，這取決於染料。例如，與雜交體的大溝或小溝結合的染料可能需要雜交體含有一定量的鹼基對，以進行有效結合。鹼基對的最小數目可由本領域技術人員很容易地確定。在一個方面，目標核酸類似物分子與部分互補的核酸類似物互補。核酸類似物同時與核酸類似物分子及目標多核苷酸雜交，如圖18A所示。這可在一步或多步過程中完成。在一步過程中，目標多核苷酸和核酸類似物於一個步驟中組合。在多步過程中，目標多核苷酸和核酸類似物依序組合。在另一個方面，可通過形成分支反應的十字架型結構，來檢測目標多核苷酸的存在，其例子如圖18B所示。在該形式中，目標多核苷酸與兩種中間產物多核苷酸雜交，後二者是與目標多核苷酸部分互補的。中間產物多核苷酸形成帶分支的結構，其與目標多核苷酸和最初的核酸類似物分子雜交。可對中間產物多核苷酸的目標雜交區域進行設計，使其短到不能令染料與核酸類似物分子單獨結合，但是又要足夠長以便能在雜交時結合核酸類似物分子。然後對染料光學變化速率加以測定。在一種實施方式中，單個核酸類似物分子可以是用於所有分析中的通用核酸類似物，已針對染料光學性能有效變化對其進行了最優化。通用核酸類似物可被用於任何目標核酸，中間產物序列可被改動。可將該流程改造為使用被固定的核酸類似物的形式。在另一種形式中，多種核酸類似物分子在目標多核苷酸的相鄰區域形成核酸類似物/多核苷酸雜交體。在該形式中，每種核酸類似物分子都短到不能令染料結合併導致染料光學性能的速率變化，但是多種核酸類似物分子可以提供足夠大到能獲得光學性能變化速率的區域。如圖18C所示，作為單個分子的目標多核苷酸可與三條與相鄰序列雜交的單獨的核酸類似物分子結合，形成核酸類似物/多核苷酸雙鏈體。但是，如果中心核酸類似物分子不能雜交，如圖18D所示，可能就不會觀察到光學性能的變化。在這種形式中，核酸類似物分子中的一種可被固定。V.對目標多核苷酸進行定量本發明的方法、組合物和分析系統可被用於對樣品中目標多核苷酸進行定量。在一種實施方式中，可通過下述方法對目標多核苷酸的含量進行檢測配製核酸類似物分子的一系列稀釋液，加入各種含量的目標多核苷酸樣品，將樣品與已知濃度的對照品進行比較。在另一種實施方式中，可通過如下方法來對目標多核苷酸的含量進行檢測配製目標多核苷酸的一系列稀釋液，加入各種含量的核酸類似物分子，將樣品與已知濃度的對照品進行比較。或者，可通過基於時間的動力學分析，來檢測目標多核苷酸的含量。對組合起來的混合物中染料的測量可以以規律間隔進行於對混合物的製備之後，或應用光刺激之後。可在混合物組合起來後，或應用光刺激後，於特定時間來對染料進行檢測。時間可以是任何的時間段，例如，針對光學性能變化的總的時間，或光學性能已發生了某個百分比的變化所需的時間，該百分比例如但不限於，大約20％。可對反應體系進行冷凍(進一步的變化被停止)，例如，通過加入溶劑來進行，例如，20％甲醇、15％異丙醇、15％DMSO或10％丁醇。反應還可以包括一個範圍內的緩衝液和溶劑。上述緩衝液和溶劑包括磷酸緩衝液、水、0.1％SDS、0.1％TritonX、0.1％Tween-20、3％丁醇、10％甲醇、10％異丙醇、10％DMSO、1X血液裂解緩衝液(0.15MNH4Cl、10mMNaHCO3、0.1mMEDTApH7.4)和蔗糖裂解緩衝液(0.32M蔗糖、10mMTris、1％Triton-X-100、5mMMgCl2)。可在暴露給光刺激後再測定樣品中多核苷酸的量。可在暴露給光刺激之前就開始對染料光學性能的變化進行測量，用作為起始光學性能。暴露給光刺激之後，可在特定的時間(例如，取30秒的間隔)來進行測量。可按上文所述對反應體系進行冷凍(進一步的變化被停止)。可通過多種方法來觀察到由於暴露給光刺激所造成的樣品變化。光學性能的變化可作為顏色、吸光度、螢光、反射率、化學發光或其組合的變化被觀察到。或者，可用讀出裝置(reader)來讀出光學性能的變化。可以用分光光度計，例如TecanGenios或者TecanSafire來測量該變化。特定的波長可被觀察到，例如，通過濾光器來進行。陽性對照展示出了較陰性試驗更快的吸光度變化。其可作為變化速率的差異，或在設定時間處變化的差異被測量到。如果使用光刺激，並觀察螢光性能，那麼提供給樣品的光刺激就比觀察到的發射光具有更高的能量(更低的波長)。激發可以在，例如535nm處，發射光可以在590nm處讀出。螢光可作為變化速率的差異，或在設定時間處變化的差異被測量到。此外，混合物可以具有發生於暴露給光刺激之前的變化。該差異可以在分光光度分析系統、螢光發射系統或化學發光系統中被觀察到。VI.分析形式A.基於液體的分析系統如實施例1-4所示，用於檢測目標多核苷酸的方法和分析系統可以是基於液體的。樣品、能以序列特異性方式與多核苷酸的目標核酸序列結合的核酸類似物、存在和不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體時期光學性能變化速率會有所不同的染料被組合起來，產生液體溶液中的混合物。將混合物中染料光學性能的變化速率與類似混合物中染料光學性能的變化速率所特有的參照值進行比較，以測定光學術性的相對變化速率，所述類似混合物中含有已知量的核酸類似物/多核苷酸雜交體。混合物中染料光學性能的相對變化速率與樣品中特定多核苷酸是否存在或存在的量相關，這樣來測定樣品中是否存在多核苷酸或存在的量。本發明的方法和分析系統還可被製備於任何容器中，例如微離心管、試管和通過表面張力裝有液體的晶片。本發明的方法和分析系統還可被製備於多孔板中。所述的板可以含有任何數量的孔。在一種形式中，使用96孔板。在另一種形式中，使用384孔板。當分析實驗以微孔形式進行時，液體保留於微滴定板的每個孔中。B.基於固體支持物的分析系統本發明的方法和分析系統可以是基於固體的(例如，一種或多種組分被固定於固體支持物上)。最為常見地，核酸類似物或目標多核苷酸被固定。可以在其上連接核酸類似物或目標多核苷酸的固體支持物有很多種類型，其包括但不限於鑄膜(castmembranes)(硝酸纖維素、尼龍)、陶瓷製品、痕跡刻蝕膜(TEM)、聚偏二氟乙烯、膠乳、順磁性珠粒、所有類型的塑料支持物、玻璃；支持物基質上的粉狀矽土或礬土。如果使用柵格模式，核酸類似物分子/固體支持物就形成了微陣列。在另一種變化中，可對核酸類似物或目標多核苷酸分子進行共價修飾，以使其包括連接部分，例如生物素或醯胺鍵，其被固定到膜上。在又一種變化中，可通過與一條或多條序列進行序列特異性雜交來固定核酸類似物或目標多核苷酸分子。圖17示出了對核酸類似物進行的光刺激激活的、表面固定的檢測的示意圖。A)鏈親合素孔。B)將生物素化的核酸類似物加入到孔中，並允許其連接到支持物上。C)對該孔進行洗滌，移去過量的核酸類似物。D)加入樣品多核苷酸，特定序列目標連接到互補的核酸類似物上。E)洗去非特異性多核苷酸和過量的多核苷酸。F)加入染料，暴露給光刺激。將核酸類似物分子連接到支持物上的任何手段都被包括於本發明中。在一個方面，核酸類似物可以直接連接到膜上。核酸類似物可以是PNA(例如，AGiger，LesterA，KleiberJ，andOrumH，1998，PNAarraytechnologyinmoleculardiagnostics.NucleotidesandNucleoside，17(1717-1724))。可簡單地將核酸類似物的(水)溶液施加到帶電荷或經化學修飾的過濾器，並對其進行空氣乾燥。然後將過濾器用於雜交。在另一個方面，經過生物素標記的核酸類似物分子可被連接到塗有鏈親合素的表面上，例如珠粒或孔(見，例如，Chandler，D.P.，Stults，J.R.，Anderson，K.K.，Cebula，S.，Schuck，B.L.，andBrockman，F.J.2000.AffinityCaptureandRecoveryofDNAatFemtomolarConcentrationswithPeptideNucleicAcidProbes.AnalyticalBiochem.283241-249)。經過生物素標記的核酸類似物分子與經過鏈親合素標記的膠乳或聚碳酸酯珠粒混合。生物素與鏈親合素緊密結合，使得核酸類似物分子可以以非定向的方式與珠粒結合。然後將珠粒施加到不帶電荷的膜上，所述的膜具有比珠粒直徑大25-30％的孔徑。珠粒被捕獲於網孔中，因此製得了「結合有核酸類似物分子的」局部區域。用標準的9-芴甲氧羰基(Fmoc)蛋白質合成化學方法，可在固體支持物上，例如聚丙烯膜上，對核酸類似物分子進行直接合成(見，例如，MatysiakS.，ReuthnerF.，andHoheiselJD.2001Automatingparallelpeptidesynthesisfortheproductionofnucleicacidanaloglibraryarrays，BioTechniques31896-904)。在另一個方面，通過將含有核酸類似物分子的水溶液直接施加到玻璃或其它支持物上並使其經歷空氣乾燥，可將核酸類似物分子固定到玻璃或其它固體支持物上。在一種變化中，核酸類似物分子被設計為能產生正電荷，其可以與帶有負電荷的膜連接。例如，在核酸類似物分子的5』或3』末端的帶正電荷的賴氨酸或甘氨酸可被用於將核酸類似物分子連接到帶負電荷的尼龍膜上。帶負電荷的膜會抵制與核酸類似物不互補和/或不精確互補的任何核酸，因此使得非特異性結合最小化。可以通過基於固體支持物的系統來檢測任何目標多核苷酸，或目標多核苷酸的組。在這種情況下，固體支持物含有多種核酸類似物分子，其被固定於固體支持物上。固體支持物上還可以包括對照核酸類似物，其不能形成核酸類似物/多核苷酸雜交體分子，不能雜交。基於固體支持物的分析系統可被用於檢測至少一種目標多核苷酸。在其它的變化中，基於固體支持物的分析系統檢測或測量至少大約8種、至少大約10種、至少大約20種、至少大約30種、至少大約40種、至少大約50種或至少大約60種不同的目標多核苷酸的表達。在另一種變化中，基於固體支持物的系統檢測及區分60或更多種的目標多核苷酸。非限制性地舉例而言，圖3中示出了使用膜作為固體支持物的基於固體支持物的分析系統。該分析用於檢測目標多核苷酸的存在。該系統允許在數分鐘內對小量特定目標多核苷酸進行鑑定和/或定量，並給出可見信號(例如，粉紅色變澄清的速率)，而無需大量設備即可進行。在非常迅速的樣品裂解、雜交和引入染料後，提供光刺激，觀察膜上帶顏色圖案的變化速率。膜上帶顏色條帶的圖案的變化速率使得使用者易於確定目標多核苷酸的存在與否及對其進行鑑定。可選地，可在裝有小電池的手持式儀器中來進行該方法或其變化。在自動機器人系統中，所有步驟都可由機器完成，無需人力介入。基於固體支持物的分析系統可以處於微滴定板的裝置中。本領域已知的任何微滴定板都可使用。在此類分析系統中，分析系統的組件可以用於保留液體。在一種形式中，使用96孔板。在另一種形式中，使用384孔板。當分析是微滴定板的形式時，所有組分(除了與固體表面結合的那些)以液體形式保留於微滴定板的每個孔中。VII.目標多核苷酸和目標多核苷酸的來源目標多核苷酸可以是任何多核苷酸，包括天然存在的、合成的或擴增出的。其它類型的多核苷酸可以是單鏈的或雙鏈的。目標多核苷酸的非限制性例子包括DNA、RNA、調控RNA、mRNA、調控小分子RNA、siRNA、人工RNA和嵌合RNA。目標多核苷酸的其它非限制性例子包括表觀基因組DNA、表觀遺傳化DNA、體外擴增出的DNA或嵌合DNA。目標多核苷酸可以含有SNPs，可通過本文公開的方法對其進行鑑定和定量。本文描述的方法、系統和分析具有多種用途。這些用途的非限制性例子包括對生物、病原體(例如食物來源的病原體、環境病原體、水傳播的病原體或農業恐怖攻擊中包含的病原體)進行檢測和定量。其它非限制性的用途包括疾病診斷(例如對性傳播疾病的診斷)、對帶來抗生物抗性的基因進行檢測、對有效藥物應答中涉及到的基因進行檢測、對經遺傳修飾的生物進行檢測以及對非本地植物或動物進行檢測。另外的非限制性的應用包括農業應用和獸醫應用。下面描述的例子用於闡述而非用於限制。A.病原體在一個方面，本發明涉及用於檢測病原體是否存在和/或宿主是否被病原體感染的方法、組合物和分析系統。通常，通過對樣品中目標多核苷酸進行分析來檢測病原體是否存在和/或宿主中是否存在病原體。更具體地，本發明涉及用於分析目標多核苷酸的方法、物質組合物和分析系統，其是通過與核酸類似物分子進行序列特異性雜交以及加入染料形成混合物來實現的。然後對染料光學性能的變化速率進行觀察，以檢測目標多核苷酸是否存在或存在的量。可通過本發明的方法和分析系統檢測到的病原體或宿主中存在的病原體的例子包括但不限於Staphylococcusepidermidis、Escherichiacoli、具有甲氧苯青黴素抗性的Staphylococcusaureus(MSRA)、Staphylococcusaureus、Staphylococcushominis、Enterococcusfaecalis、Pseudomonasaeruginosa、Staphylococcuscapitis、Staphylococcuswarneri、Klebsiellapneumoniae、Haemophilusinflunzae、Staphylococcussimulans、Streptococcuspneumoniae和Candidaalbicans。另外的例子包括但不限於Bacillusanthracis(炭疽病)、Clostridiumbotulinum(肉毒桿菌中毒)、Brucellae(普魯氏菌病)、Vibriocholera(霍亂)、Clostridiumperfringens(氣性壞疽、梭菌性肌炎、壞死性腸炎)、Ebola病毒(伊波拉出血熱)、Yersiniapesits(瘟疫)、Coxiellaburnetii(Q熱)和天花病毒(天花)。在一種優選的變化中，對由Bacillusanthracis造成的感染進行檢測。針對Bacillusanthracis的宿主應答多核苷酸的例子包括但不限於MockM，MignotT.Anthraxtoxinsandthehostastoryofintimacy.CellMicrobiol.2003Jan；5(1)15-23.和ReedDS，SmollJ，GibbsP，LittleSF.RelatedArticles，LinksMappingofantibodyresponsestotheprotectiveantigenofBacillusanthracisbyflowcytometricanalysis.Cytometry.2002Sep1；49(1)1-7公開的那些，或者很容易由本領域已知的方法獲得的那些。可基於其目標多核苷酸，將病原體與其它病原體區分開來。特定的病原體具有特定的目標多核苷酸，這是不會在其它病原體中發現的。核酸類似物分子被設計為與用於鑑定特定病原體的一種或多種目標多核苷酸互補或精確互補。當與病原體的目標多核苷酸接觸時，核酸類似物分子會與含有目標多核苷酸的多核苷酸雜交，而不會與不含目標多核苷酸的多核苷酸雜交。因此可將含有目標多核苷酸的特定病原體與不含目標多核苷酸的病原體區分開。此外，可以區分開相同病原體的不同株系。相同病原體的不同株系具有不同的多核苷酸序列。通常，這種差異小到只涉及單個的核苷酸。核酸類似物分子被設計為與用於鑑定病原體特定株系的一種或多種目標多核苷酸互補或精確互補。當與病原體的目標多核苷酸接觸時，核酸類似物分子會與含有目標多核苷酸的多核苷酸雜交，而不會與不含目標多核苷酸的多核苷酸雜交。當目標多核苷酸是特異於特定病原體株系的時候，核酸類似物分子會與該病原體株系含有的目標多核苷酸雜交，而不會與不同株系的目標多核苷酸雜交。下面列出了具有臨床重要性的病原體的例子，以及用於基於PCR的檢測的對照的例子。核酸類似物分子可被設計為具有特定病原體PCR引物序列的序列，並可與本文所述的本發明的多種實施方式組合使用。在一種實施方式中，病原體可以是Staphylococcusepidermidis。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Staphylococcusepidermidis的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Francois，P.，D.Pittet，M.Bento，B.Pepey，P.Vaudaux，D.Lew，andJ.Schrenzel.2003.RapidDetectionofMethicillin-ResistantStaphylococcusaureusDirectlyfromSterileorNonsterileClinicalSamplesbyaNewMolecularAssay.JClinMicrobiol41(1)254-60.，Fitzpatrick，F.，H.Humphreys，E.Smyth，C.A.Kennedy，andJ.P.O′Gara.2002.EnvironmentalregulationofbiofilmformationinintensivecareunitisolatesofStaphylococcusepidermidis.JHospInfect52(3)212-8.和Yugueros，J.，A.Temprano，B.Berzal，M.Sanchez，C.Hernanz，J.M.Luengo，andG.Naharro.2000.Glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase-encodinggeneasausefultaxonomictoolforStaphylococcusspp.JClinMicrobiol38(12)4351-5)。病原體可以是Escherichiacoli。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Escherichiacoli的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Heller，L.C.，C.R.Davis，K.K.Peak，D.Wingfield，A.C.Cannons，P.T.Amuso，andJ.Cattani.2003.ComparisonofMethodsforDNAIsolationfromFoodSamplesforDetectionofShigaToxin-ProducingEscherichiacolibyReal-TimePCR.ApplEnvironMicrobiol69(3)1844-6.，Rahman，H.2002.MultiplexPCRfordetectionofstxgenesofEscherichiacoli.IndianJMedRes115251-4.和Frahm，E.，andU.Obst.2003.Applicationofthefluorogenicprobetechnique(TaqManPCR)tothedetectionofEnterococcusspp.andEscherichiacoliinwatersamples.JMicrobiolMethods52(1)123-31)。病原體可以是具有甲氧苯青黴素抗性的Staphylococcusaureus(MSRA)。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Staphylococcusaureus(MSRA)的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如(vanLeeuwen，W.B.，C.vanPelt，A.Luijendijk，H.A.Verbrugh，andW.H.Goessens.1999.RapiddetectionofmethicillinresistanceinStaphylococcusaureusisolatesbytheMRSA-screenlatexagglutinationtest.JClinMicrobiol37(9)3029-30.，Francois，P.，D.Pittet，M.Bento，B.Pepey，P.Vaudaux，D.Lew，andJ.Schrenzel.2003.RapidDetectionofMethicillin-ResistantStaphylococcusaureusDirectlyfromSterileorNonsterileClinicalSamplesbyaNewMolecularAssay.JClinMicrobiol41(1)254-60和Tsuruoka，M.，andI.Karube.2003.RapidhybridizationathighsaltconcentrationanddetectionofbacterialDNAusingfluorescencepolarization.CombChemHighThroughputScreen6(3)225-34)。病原體可以是Candida。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Candida的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如(Ahmad，S.，Z.Khan，A.S.Mustafa，andZ.U.Khan.2002.SeminestedPCRfordiagnosisofcandidemiacomparisonwithculture，antigendetection，andbiochemicalmethodsforspeciesidentification.JClinMicrobiol40(7)2483-9和Tirodker，U.H.，J.P.Nataro，S.Smith，L.LasCasas，andK.D.Fairchild.2003.Detectionoffungemiabypolymerasechainreactionincriticallyillneonatesandchildren.JPerinatol23(2)117-22)。病原體可以是Candidaalbicans。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Candidaalbicans的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如White，P.L.，A.Shetty，andR.A.Barnes.2003.DetectionofsevenCandidaspeciesusingtheLight-Cyclersystem.JMedMicrobiol52(Pt3)229-38.，Grijalva，M.，R.Horvath，M.Dendis，J.Erny，andJ.Benedik.2003.Moleculardiagnosisofculturenegativeinfectiveendocarditisclinicalvalidationinagroupofsurgicallytreatedpatients.Heart89(3)263-8.和Willinger，B.，A.Obradovic，B.Selitsch，J.Beck-Mannagetta，W.Buzina，H.Braun，P.Apfalter，A.M.Hirschl，A.Makristathis，andM.Rotter.2003.Detectionandidentificationoffungifromfungusballsofthemaxillarysinusbymoleculartechniques.JClinMicrobiol41(2)581-5.)。病原體可以是Staphylococcusaureus。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Staphylococcusaureus的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Francois，P.，D.Pittet，M.Bento，B.Pepey，P.Vaudaux，D.Lew，andJ.Schrenzel.2003.RapidDetectionofMethicillin-ResistantStaphylococcusaureusDirectlyfromSterileorNonsterileClinicalSamplesbyaNewMolecularAssay.JClinMicrobiol41(1)254-60.，Palomares，C.，M.J.Torres，A.Torres，J.Aznar，andJ.C.Palomares.2003.RapiddetectionandidentificationofStaphylococcusaureusfrombloodculturespecimensusingreal-timefluorescencePCR.DiagnMicrobiolInfectDis45(3)183-9.和Xu，J.，B.C.Millar，J.E.Moore，K.Murphy，H.Webb，A.J.Fox，M.Cafferkey，andM.J.Crowe.2003.Employmentofbroad-range16SrRNAPCRtodetectaetiologicalagentsofinfectionfromclinicalspecimensinpatientswithacutemeningitis--rapidseparationof16SrRNAPCRampliconswithouttheneedforcloning.JApplMicrobiol94(2)197-206.)。病原體可以是Staphylococcushominis。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Staphylococcushominis的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Marsou，R.，M.Bes，Y.Brun，M.Boudouma，L.Idrissi，H.Meugnier，J.Freney，andJ.Etienne.2001.Moleculartechniquesopenupnewvistasfortypingofcoagulase-negativestaphylococci.PatholBiol(Paris)49(3)205-15.，Yugueros，J.，A.Temprano，B.Berzal，M.Sanchez，C.Hernanz，J.M.Luengo，andG.Naharro.2000.Glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase-encodinggeneasausefultaxonomictoolforStaphylococcusspp.JClinMicrobiol38(12)4351-5.和Wieser，M.，andH.J.Busse.2000.RapididentificationofStaphylococcusepidermidis.IntJSystEvolMicrobiol50Pt31087-93.)。病原體可以是Enterococcusfaecalis。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Enterococcusfaecalis的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Hudson，C.R.，P.J.Fedorka-Cray，M.C.Jackson-Hall，andL.M.Hiott.2003.Anomaliesinspeciesidentificationofenterococcifromveterinarysourcesusingacommercialbiochemicalidentificationsystem.LettApplMicrobiol36(4)245-50.，Donabedian，S.M.，L.A.Thal，E.Hershberger，M.B.Perri，J.W.Chow，P.Bartlett，R.Jones，K.Joyce，S.Rossiter，K.Gay，J.Johnson，C.Mackinson，E.Debess，J.Madden，F.Angulo，andM.J.Zervos.2003.Molecularcharacterizationofgentamicin-resistantEnterococciintheUnitedStatesevidenceofspreadfromanimalstohumansthroughfood.JClinMicrobiol41(3)1109-13.和Gauduchon，V.，L.Chalabreysse，J.Etienne，M.Celard，Y.Benito，H.Lepidi，F.Thivolet-Bejui，andF.Vandenesch.2003.MoleculardiagnosisofinfectiveendocarditisbyPCRamplificationanddirectsequencingofDNAfromvalvetissue.JClinMicrobiol41(2)763-6.)。病原體可以是Pseudomonasaeriginosa。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Pseudomonasaeriginosa的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Corbella，M.E.，andA.Puyet.2003.Real-TimeReverseTranscription-PCRAnalysisofExpressionofHalobenzoateandSalicylateCatabolism-AssociatedOperonsinTwoStrainsofPseudomonasaeruginosa.ApplEnvironMicrobiol69(4)2269-75.，Agarwal，G.，A.Kapil，S.K.Kabra，R.Chandra，B.Das，andS.N.Diwedi.2002.PhenotypicgenotypicvariantsofPseudomonasaeruginosaisolatedfromchildrenwithcysticfibrosisinIndia.IndianJMedRes11673-81.和Dabrowski，W.，U.Czekajlo-Kolodziej，D.Medrala，andS.Giedrys-Kalemba.2003.OptimisationofAP-PCRfingerprintingdiscriminatorypowerforclinicalisolatesofPseudomonasaeruginosa.FEMSMicrobiolLett218(1)51-7.)。病原體可以是Staphylococcuscapitis。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Staphylococcuscapitis的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Wieser，M.，andH.J.Busse.2000.RapididentificationofStaphylococcusepidermidis.IntJSystEvolMicrobiol50Pt31087-93.和Martineau，F.，F.J.Picard，P.H.Roy，M.Ouellette，andM.G.Bergeron.1996.Species-specificandubiquitousDNA-basedassaysforrapididentificationofStaphylococcusepidermidis.JClinMicrobiol34(12)2888-93.)。病原體可以是Staphylococcuswarneri。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Staphylococcuswarneri的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Wieser，M.，andH.J.Busse.2000.RapididentificationofStaphylococcusepidermidis.IntJSystEvolMicrobiol50Pt31087-93.和Sashihara，T.，H.Kimura，T.Higuchi，A.Adachi，H.Matsusalci，K.Sonomoto，andA.Ishizalci.2000.Anovelantibiotic，nukacinISK-1，ofStaphylococcuswarneriISK-1cloningofthestructuralgeneandidentificationofthestructure.BiosciBiotechnolBiochem64(11)2420-8.)。病原體可以是Klebsiellapneumoniae。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Klebsiellapneumoniae的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Perez-Perez，F.J.，andN.D.Hanson.2002.Detectionofplasmid-mediatedAmpCbeta-lactamasegenesinclinicalisolatesbyusingmultiplexPCR.JClinMicrobiol40(6)2153-62，Steward，C.D.，J.K.Rasheed，S.K.Hubert，J.W.Biddle，P.M.Raney，G.J.Anderson，P.P.Williams，K.L.Brittain，A.Oliver，J.E.McGowan，Jr.，andF.C.Tenover.2001.CharacterizationofclinicalisolatesofKlebsiellapneumoniaefrom19laboratoriesusingtheNationalCommitteeforClinicalLaboratoryStandardsextended-spectrumbeta-lactamasedetectionmethods.JClinMicrobiol39(8)2864-72.和Carter，J.S.，andD.J.Kemp.2000.AcolorimetricdetectionsystemforCalymmatobacteriumgranulomatis.SexTransmInfect76(2)134-6.)。病原體可以是Haemophilusinflunzae。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Haemophilusinflunzae的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Shoma，S.，M.Rahman，andM.Yasmin.2001.RapiddetectionofHaemophilusinfluenzaetypebinBangladeshichildrenwithpneumoniaandmeningitisbyPCRandanalysisofantimicrobialresistance.JHealthPopulNutr19(4)268-74.，Corless，C.E.，M.Guiver，R.Borrow，V.Edwards-Jones，A.J.Fox，andE.B.Kaczmarslci.2001.SimultaneousdetectionofNeisseriameningitidis，Haemophilusinfluenzae，andStreptococcuspneumoniaeinsuspectedcasesofmeningitisandsepticemiausingreal-timePCR.JClinMicrobiol39(4)1553-8.和Carter，J.S.，andD.J.Kemp.2000.AcolorimetricdetectionsystemforCalymmatobacteriumgranulomatis.SexTransmInfect76(2)134-6.)。病原體可以是Staphylococcussimulans。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Staphylococcussimulans的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Yugueros，J.，A.Temprano，B.Berzal，M.Sanchez，C.Hernanz，J.M.Luengo，andG.Naharro.2000.Glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase-encodinggeneasausefultaxonomictoolforStaphylococcusspp.JClinMicrobiol38(12)4351-5和Szweda，P.，R.Pladzylc，R.Kotlowslci，andJ.Kur.2001.Cloning，expression，andpurificationoftheStaphylococcussimulanslysostaphinusingtheintein-chitin-bindingdomain(CBD)system.ProteinExprPurif22(3)467-71.)。病原體可以是Streptococcuspneumoniae。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定Streptococcuspneumoniae的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如xu，J.，B.C.Millar，J.E.Moore，K.Murphy，H.Webb，A.J.Fox，M.Cafferkey，andM.J.Crowe.2003.Employmentofbroad-range16SrRNAPCRtodetectaetiologicalagentsofinfectionfromclinicalspecimensinpatientswithacutemeningitis--rapidseparationof16SrRNAPCRampliconswithouttheneedforcloning.JApplMicrobiol94(2)197-206.，Greiner，O.，P.J.Day，P.P.Bosshard，F.Imeri，M.Altwegg，andD.Nadal.2001.QuantitativedetectionofStreptococcuspneumoniaeinnasopharyngealsecretionsbyreal-timePCR.JClinMicrobiol39(9)3129-34.和Corless，C.E.，M.Guiver，R.Borrow，V.Edwards-Jones，A.J.Fox，andE.B.Kaczmarski.2001.SimultaneousdetectionofNeisseriameningitidis，Haemophilusinfluenzae，andStreptococcuspneumoniaeinsuspectedcasesofmeningitisandsepticemiausingreal-timePCR.JClinMicrobiol39(4)1553-8.)。病原體可以是冠狀病毒(一種RNA病毒)，用於檢測SARS。冠狀病毒的序列可被發現於，例如CenterforDiseaseControl網站上。這些目標多核苷酸的例子被公開於現有技術中。(見，例如Ksiazek，T.G.，D.Erdman，C.S.Goldsmith，S.R.Zaki，T.Peret，S.Emery，S.Tong，C.Urbani，J.A.Comer，W.Lim，P.E.Rollin，S.F.Dowell，A.E.Ling，C.D.Humphrey，W.J.Shieh，J.Garner，C.D.Paddock，P.Rota，B.Fields，J.DeRisi，J.Y.Yang，N.Cox，J.M.Hughes，J.W.LeDuc，W.J.Bellini，andL.J.Anderson.2003.ANovelCoronavirusAssociatedwithSevereAcuteRespiratorySyndrome.NEnglJMed1616；Drosten，C.，S.Gunther，W.Preiser，S.VanDerWerf，H.R.Brodt，S.Becker，H.Rabenau，M.Panning，L.Kolesnikova，R.A.Fouchier，A.Berger，A.M.Burguiere，J.Cinatl，M.Eickmann，N.Escriou，K.Grywna，S.Kramme，J.C.Manuguerra，S.Muller，V.Rickerts，M.Sturmer，S.Vieth，H.D.Klenk，A.D.Osterhaus，H.Schmitz，andH.W.Doerr.2003.IdentificationofaNovelCoronavirusinPatientswithSevereAcuteRespiratorySyndrome.NEnglJMed1010)。病原體可以是Bordetellapertussis或百日咳(whoppingcough)。這些目標多核苷酸的例子被公開於現有技術中(Doucet-Populaire，F.，N.Bourgeois，0.Charara，M.Bellaiche，F.Richardin，J.L.Salomon，L.Berardi-Grassias，J.C.Ghnassia，andP.Foucaud.2002.[Routineuseofgeneamplificationforpertussisdiagnosisinchildren].ArchPediatr9(11)1145-52；Lingappa，J.R.，W.Lawrence，S.West-Keefe，R.Gautom，andB.T.Cookson.2002.Diagnosisofcommunity-acquiredpertussisinfectioncomparisonofbothcultureandfluorescent-antibodyassayswithPCRdetectionusingelectrophoresisordotblothybridization.JClinMicrobiol40(8)2908-12)。病原體可以是Phytophthoraramorum(櫟樹猝死病的成因)。這些目標多核苷酸的例子被公開於現有技術中(見，例如Levy，L.，andV.Mavrodieva.2003.EvaluationofthePCRDetectionandDNAisolationmethodsforuseinthePhytophthoraramorum.NationalPilotSurvey，vol.2003，可從thePurdueUniversity網站獲得；McPherson，B.A.，D.M.Rizzo，M.Garbelotto，P.Svihra，D.L.Wood，A.J.Storer，N.M.Kelly，N.Palkovsky，S.A.Tjosvold，R.B.Standiford，andS.T.Koike.2002.SuddenOakDeathinCalifornia，vol.2003.HomeLandscape，可從theUniversityofCaliforniaatDavis網站獲得)。病原體可以是諾沃克(norwalk)病毒。這些目標多核苷酸的例子被公開於現有技術中(見，例如Khan，A.S.，C.L.Moe，R.I.Glass，S.S.Monroe，M.K.Estes，L.E.Chapman，X.Jiang，C.Humphrey，E.Pon，J.K.Iskander，andetal.1994.Norwalkvirus-associatedgastroenteritistracedtoiceconsumptionaboardacruiseshipinHawaiicomparisonandapplicationofmolecularmethod-basedassays.JClinMicrobiol32(2)318-22；Herwaldt，B.L.，J.F.Lew，C.L.Moe，D.C.Lewis，C.D.Humphrey，S.S.Monroe，E.W.Pon，andR.I.Glass.1994.CharacterizationofavariantstrainofNorwalkvirusfromafood-borneoutbreakofgastroenteritisonacruiseshipinHawaii.JClinMicrobiol32(4)861-6)。病原體可以是HIV。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定HIV的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Smith，K.M.，K.A.Crandall，M.L.Kneissl，andB.A.Navia.2000.PCRdetectionofhostandHIV-1sequencesfromarchivalbraintissue.JNeurovirol6(2)164-71；Cuchacovich，R.，S.Quinet，andA.M.Santos.2003.Applicationsofpolymerasechainreactioninrheumatology.RheumDisClinNorthAm29(1)1-20，v；Cunningham，P.，D.Marriott，C.Harris，S.Hancock，A.Carr，andD.Cooper.2003.FalsenegativeHIV-1proviralDNApolymerasechainreactioninapatientwithprimaryinfectionacquiredinThailand.JClinVirol26(2)163-9)。病原體可以是Mycobacteriumtuberculosis。核酸類似物可被設計為具有與用於鑑定tuberculosis的PCR引物相似或相同的序列或序列片段。這些PCR引物的例子被公開於現有技術中。(見，例如Torres，M.J.，A.Criado，M.Ruiz，A.C.Llanos，J.C.Palomares，andJ.Aznar.2003.Improvedreal-timePCRforrapiddetectionofrifampinandisoniazidresistanceinMycobacteriumtuberculosisclinicalisolates.DiagnMicrobiolInfectDis45(3)207-12；Bhattacharya，B.，K.Karak，A.G.Ghosal，A.Roy，S.Das，P.Dandapat，D.Khetawat，D.K.Mondal，S.Bhattacharya，andS.Chakrabarti.2003.Developmentofanewsensitiveandefficientmultiplexpolymerasechainreaction(PCR)foridentificationanddifferentiationofdifferentmycobacterialspecies.TropMedIntHealth8(2)150-7；Kafwabulula，M.，K.Ahmed，T.Nagatake，J.Gotoh，S.Mitarai，K.Oizumi，andA.Zumla.2002.EvaluationofPCR-basedmethodsforthediagnosisoftuberculosisbyidentificationofmycobacterialDNAinurinesamples.IntJTubercLungDis6(8)732-7)。在另一種實施方式中，核酸類似物被設計為能與病原體整個組所共有的目標多核苷酸結合。例如，可將核酸類似物設計為用於檢測細菌(BP6)、革蘭氏陽性細菌(BP19)、革蘭氏陰性細菌(BP3)和真菌(FP8)。用於BP6、BP19、BP3和FP8的核酸類似物的序列的例子如下所示。BP6oI20185′gaaSSMYcYaacacYtagcact(SEQIDNo3)oI20195′tacaaMgagYYgcWagacSgYgaS(SEQIDNO4)BP19oI20215′gcagYWaacgcattaagcact(SEQIDNO5)oI20225′acgacacgagctgacgacaa(SEQIDNO6)BP3oI20035′tctagctggtctgagaggatgac(SEQIDNO7)oI20045′gagttagccggtgcttcttct(SEQIDNO8)FP8O120555′cctgcggcttaatttgactca(SEQIDNO9)O120575′tagcgacgggcggtgtgta(SEQIDNO10)核酸類似物可被用於臨床應用，用於診斷敗血症的微生物成因，或者用於其它應用，其中，產品的微生物含量對於判斷其保質期或穩定性很重要，或者是用於要對其滅菌情況進行評判的其它產品。目標多核苷酸可以是特異於核糖體RNA序列的，例如E.coli中的16SRNA。核糖體RNA含有對其生物來說所特有的特定序列。通過使用與核糖體RNA序列特有的目標多核苷酸互補或精確互補的核酸類似物序列，可基於其核糖體RNA序列鑑定出病原體。不同病原體或病原體株系所特有的核糖體RNA序列可被發現於，例如(DinshawJ.Patel，AsifK.Suri，FengJiang，LicongJiang，PeiFanR.AjayKumarandSylvieNonin，Structure，RecognitionandAdaptiveBindinginRNAAptamerComplexesJ.Mol.Biol.(1997)272，645-664)。B.宿主應答多核苷酸目標多核苷酸還可以是宿主應答多核苷酸。宿主被病原體感染後，宿主基因可能會應答於病原體，表達發生差異，從而產生一種mRNA表達模式(基因表達圖，geneexpressionprofile)。其表達模式與特定病原體感染相關的宿主基因被稱為針對該誘因的「診斷標誌基因」。典型地，mRNA從樣品中的白細胞獲得。對宿主應答和被改變的基因表達圖進行鑑定的方法可被發現於，例如，1)Das，R.，Mendis，C.，Yan，Z.，Neill，R.，Boyle，T.，andJett，M.(1998)Alterationsingeneexpressionshowuniquepatternsinresponsetoagents.在Proceeingsofthe21stArmyScienceConference，F-P9和Mendis，C.，Das，R.，Yang，D.，andJett，M.(1998)IdentificationofalterationsingeneexpressioninresponsetoStaphylococcalenterotoxinB(SEB)usingdifferentialdisplay(DD).在theASCB38thAnnualMeeting，SanFrancisco，CA。用於檢測基因表達狀況的方法已被發展，用於診斷多種醫學條件，例如，如Eberwineetal.的U.S.5,723,290、Friendetal.的U.S.6,218,122、Yarramillietal.的WO99/10536和Prasharetal.的WO99/57130所述。簡言之，該方法涉及獲得與選定條件相關的選定的細胞中的mRNA表達水平，將其與用構建的對照獲得的相關水平進行比較。然後基於對mRNA表達水平的比較來進行診斷。可通過本領域公知的若干技術中的任何一種，從細胞中分離出mRNA，但是通常是，對細胞進行裂解，然後富集或純化出RNA。然後通過本領域已知的任何方法來獲知基因表達圖，這些方法包括但不限於由Prasharetal.在WO97/05286；Liangetal.在Science257967-971(1992)；Ivanovaetal.在NucleicAcidsRes.232954-2959(1995)和Prasharetal.在Proc.Natl.Acad.Sci.USA93659-663(1996)所公開的方法。典型地，上述技術使用northern分析、FRET檢測、寡核苷酸陣列雜交、cDNA陣列雜交、cDNA測序、cDNA指紋等來獲知基因表達圖。通常，基因表達圖指各種mRNA表達的示意圖，例如，可發現於對被標記的cDNA片段進行的自動放射照相中的，所述cDNA片段產生自細胞總mRNA，其是通過平板凝膠(slabgel)電泳、毛細管凝膠電泳、HPLC以及其它分離方法，基於大小尺寸分離出來的。本發明的分析系統和方法提供了另一種對mRNA表達進行判斷的方法。如下文進一步所述，對mRNA表達的水平(即基因表達圖)進行比較，或者，通過對宿主應答mRNA與其互補或精確互補核酸類似物雜交情況的判斷，來檢測診斷標誌基因的mRNA表達變化。C.食物來源的病原體和環境病原體本發明可用於檢測任何食物來源的病原體和環境病原體。食物來源的病原體包括但不限於Listeria、Campylobacter、E.coli和Salmonella。用本文公開的核酸類似物方法可以很容易地對食物來源的特定病原體進行檢測。例如，可以容易地將Listeria與Salmonella分開。此外，可對食物來源的病原體的特定株系，例如L.monocytogenes的特定株系，進行檢測。通過本發明的方法，可對與食物來源的病原體相關的任何目標多核苷酸進行鑑定。如上所述，可對特定病原體和病原體株系所特有的目標多核苷酸進行鑑定。本發明可用於檢測與Listeria、Campylobacter、E.coli和Salmonella相關的目標多核苷酸。例如，可用本文公開的方法來檢測的特定Listeria基因包括hly(李斯特溶素O，listeriolysinO)和iap(侵入相關蛋白)基因和mRNA(分別為HLYPNA和IAPPNA)。可用本發明的方法，對具有與Salmonellaspp相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於Salmonellaspp的序列是本領域已知的(見，例如Perez-Perez，F.J.，andN.D.Hanson.2002.Detectionofplasmid-mediatedAmpCbeta-lactamasegenesinclinicalisolatesbyusingmultiplexPCR.JClinMicrobiol40(6)2153-62.，Oliveira，S.D.，C.R.Rodenbusch，M.C.Ce，S.L.Rocha，andC.W.Canal.2003.Evaluationofselectiveandnon-selectiveenrichmentPCRproceduresforSalmonelladetection.LettApplMicrobiol36(4)217-21.和Strapp，C.M.，A.E.Shearer，andR.D.Joerger.2003.SurveyofretailalfalfasproutsandmushroomsforthepresenceofEscherichiacoilO157H7，Salmonella，andListeriawithBAX，andevaluationofthispolymerasechainreaction-basedsystemwithexperimentallycontaminatedsamples.JFoodProt66(2)182-7.)。在另一種實施方式中，可對具有與Escherichiacoli相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於Escherichiacoli的序列是本領域已知的(見，例如Heller，L.C.，C.R.Davis，K.K.Peak，D.Wingfield，A.C.Cannons，P.T.Amuso，andJ.Cattani.2003.ComparisonofMethodsforDNAIsolationfromFoodSamplesforDetectionofShigaToxin-ProducingEscherichiacolibyReal-TimePCR.ApplEnvironMicrobiol69(3)1844-6.，Rahman，H.2002.MultiplexPCRfordetectionofstxgenesofEscherichiacoli.IndianJMedRes115251-4.和Frahm，E.，andU.Obst.2003.Applicationofthefluorogenicprobetechnique(TaqManPCR)tothedetectionofEnterococcusspp.andEscherichiacoliinwatersamples.JMicrobiolMethods52(1)123-31.)。在另一種實施方式中，可對具有與Campylobacterspp.相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於Campylobacterspp.的序列是本領域已知的(見，例如Carter，J.S.，andD.J.Kemp.2000.AcolorimetricdetectionsystemforCalymmatobacteriumgranulomatis.SexTransmInfect76(2)134-6.，Moreno，Y.，S.Botella，J.L.Alonso，M.A.Ferrus，M.Hernandez，andJ.Hernandez.2003.SpecificdetectionofArcobacterandCampylobacterstrainsinwaterandsewagebyPCRandfluorescentinsituhybridization.ApplEnvironMicrobiol69(2)1181-6.和Bang，D.D.，A.Wedderkopp，K.Pedersen，andM.Madsen.2002.RapidPCRusingnestedprimersofthe16SrRNAandthehippuricase(hipO)genestodetectCampylobacterjejuniandCampylobactercoliinenvironmentalsamples.MolCellProbes16(5)359-69.)。在又一種實施方式中，可對具有與Bacillusspp.相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於Bacillusspp.的序列是本領域已知的(見，例如Mantynen，V.，andK.Lindstrom.1998.ArapidPCR-basedDNAtestforenterotoxicBacilluscereus.ApplEnvironMicrobiol64(5)1634-9.，Schraft，H.，andM.W.Griffiths.1995.Specificoligonucleotideprimersfordetectionoflecithinase-positiveBacillusspp.byPCR.ApplEnvironMicrobiol61(1)98-102.和Ley，B.E.，C.J.Linton，D.M.Bennett，H.Jalal，A.B.Foot，andM.R.Millar.1998.Detectionofbacteraemiainpatientswithfeverandneutropeniausingl6SrRNAgeneamplificationbypolymerasechainreaction.EurJClinMicrobiolInfectDis17(4)247-53)。還可對具有與Pseudomonasspp.相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於Pseudomonasspp.的序列是本領域已知的(見，例如Xu，J.，B.C.Millar，J.E.Moore，K.Murphy，H.Webb，A.J.Fox，M.Cafferkey，andM.J.Crowe.2003.Employmentofbroad-range16SrRNAPCRtodetectaetiologicalagentsofinfectionfromclinicalspecimensinpatientswithacutemeningitis--rapidseparationof16SrRNAPCRampliconswithouttheneedforcloning.JApplMicrobiol94(2)197-206，Ley，B.E.，C.J.Linton，D.M.Bennett，H.Jalal，A.B.Foot，andM.R.Millar.1998.Detectionofbacteraemiainpatientswithfeverandneutropeniausing16SrRNAgeneamplificationbypolymerasechainreaction.EurJClinMicrobiolInfectDis17(4)247-53和Johnsen，K.，O.Enger，C.S.Jacobsen，L.Thirup，andV.Torsvik.1999.QuantitativeselectivePCRof16SribosomalDNAcorrelateswellwithselectiveagarplatingindescribingpopulationdynamicsofindigenousPseudomonasspp.insoilhotspots.ApplEnvironMicrobiol65(4)1786-8)。還可對具有與Enterococcusspp.相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於Enterococcusspp.的序列是本領域已知的(見，例如Hudson，C.R.，P.J.Fedorka-Cray，M.C.Jackson-Hall，andL.M.Hiott.2003.Anomaliesinspeciesidentificationofenterococcifromveterinarysourcesusingacommercialbiochemicalidentificationsystem.LettApplMicrobiol36(4)245-50，Donabedian，S.M.，L.A.Thal，E.Hershberger，M.B.Perri，J.W.Chow，P.Bartlett，R.Jones，K.Joyce，S.Rossiter，K.Gay，J.Johnson，C.Mackinson，E.Debess，J.Madden，F.Angulo，andM.J.Zervos.2003.Molecularcharacterizationofgentamicin-resistantEnterococciintheUnitedStatesevidenceofspreadfromanimalstohumansthroughfood.JClinMicrobiol41(3)1109-13.和Vakulenko，S.B.，S.M.Donabedian，A.M.Voskresenskiy，M.J.Zervos，S.A.Lerner，andJ.W.Chow.2003.MultiplexPCRfordetectionofaminoglycosideresistancegenesinenterococci.AntimicrobAgentsChemother47(4)1423-6)。目標多核苷酸還可具有與E.coliO157相應的多核苷酸序列。特異於E.coliO157的序列是本領域已知的(見，例如PanTM，ChenLM，SuYC.IdentificationofEscherichiacoliO157H7bymultiplexPCRwithprimersspecifictothehlyA，eaeA，stx1，stx2，fliCandrfbgenes，JFormosMedAssoc.2002Sep；101(9)66l-4；BoppDJ，SaudersBD，WaringAL，AckelsbergJ，DumasN，Braun-HowlandE，DziewulskiD，WallaceBJ，KellyM，HalseT，MusserKA，SmithPF，MorseDL，LimbergerRJ.Detection，Isolation，andMolecularSubtypingofEscherichiacoliO157H7andCampylobacterjejuniAssociatedwithaLargeWaterborneOutbreak，JClinMicrobiol.2003Jan；41(1)174-80；IbekweAM，GrieveCM.DetectionandquantificationofEscherichiacoliO157H7inenvironmentalsamplesbyreal-timePCR，JApplMicrobiol.2003；94(3)421-31)。目標多核苷酸還可具有與Listeriaspp.和L.monocytogenes相應的多核苷酸序列。特異於Listeriaspp.和L.monocytogenes的序列是本領域已知的(見，例如VolokhovD，RasoolyA，ChumakovK，ChizhikovV.IdentificationofListeriaspeciesbymicroarray-basedassay.JClinMicrobiol.2002Dec；40(12)4720-8；CocolinL，RantsiouK，IacuminL，CantoniC，ComiG.DirectidentificationinfoodsamplesofListeriaspp.andListeriamonocytogenesbymolecularmethods.ApplEnvironMicrobiol.2002Dec；68(12)6273-82；ShearerAE，StrappCM，JoergerRD.Evaluationofapolymerasechainreaction-basedsvstemfordetectionofSalmonellaenteritidis，EscherichiacoliO157H7，Listeriaspp.，andListeriamonocytogenesonfreshfruitsandvegetables.JFoodProt.2001Jun；64(6)788-95；BubertA，HeinI，RauchM，LehnerA，YoonB，GoebelW，WagnerM.DetectionanddifferentiationofListeriaspp.byasinglereactionbasedonmultiplexPCR.ApplEnvironMicrobiol.1999Oct；65(10)4688-92；JungYS，FrankJF，BrackettRE，ChenJ.PolymerasechainreactiondetectionofListeriamonocytogenesonfrankfurtersusingoligonucleotideprimerstargetingthegenesencodinginternalAB.JFoodProt.2003Feb；66(2)237-41和PangalloD，KaclikovaE，KuchtaT，DrahovskaH.DetectionofListeriamonocytogenesbypolymerasechainreactionorientedtoinlBgene.NewMicrobiol.2001Oct；24(4)333-9)。可對具有與大腸菌(coliform)相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於大腸菌的序列是本領域已知的(見，例如CasasN，SunenE.Detectionofenteroviruses，hepatitisAviruSandrotavirusesinsewagebymeansofanimmunomagneticcapturereversetranscription-PCRassay.MicrobiolRes.2002；157(3)169-7；SchvoererE，VenturaM，DubosO，CazauxG，SerceauR，GoumierN，DuboisV，CaminadeP，FleuryHJ，LafonMEQualitativeandquantitativemoleculardetectionofenterovirusesinwaterfrombathingareasandfromasewagetreatmentplant；ResMicrobiol.2001Mar；152(2)179-86.BernhardAE，FieldKG.Identificationofnonpointsourcesoffecalpollutionincoastalwatersbyusinghost-specific16SribosomalDNAgeneticmarkersfromfecalanaerobes.ApplEnvironMicrobiol.2000Apr；66(4)1587-94)。在另一種實施方式中，可對具有與Vibriocholerae和V.parahaemolyticus相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於Vibriocholerae和V.parahaemolyticus的序列是本領域已知的(見，例如MyersML，PanickerG，BejAK.PCRDetectionofaNewlyEmergedPandemicVibrioparahaemolyticusO3K6PathogeninPureCulturesandSeededWatersfromtheGulfofMexico.ApplEnvironMicrobiol.2003Apr；69(4)2194-200；BlackstoneGM，NordstromJL，VickeryMC，BowenMD，MeyerRF，DePaolaA.DetectionofpathogenicVibrioparahaemolyticusinoysterenrichmentsbyrealtimePCR.JMicrobiolMethods.2003May；53(2)149-155和LyonWJ.TaqManPCRfordetectionofVibriocholeraeO1，O139，non-O1，andnon-O139inpurecultures，rawoysters，andsyntheticseawater.ApplEnvironMicrobiol.2001Oct；67(10)4685-93)。在又一種實施方式中，可對具有與黴菌相應的多核苷酸序列的目標多核苷酸進行檢測。特異於黴菌的序列是本領域已知的(見，例如ZurG，ShimoniE，HallermanE，KashiY.DetectionofAlternariafungalcontaminationincerealgrainsbyapolymerasechainreaction-basedassay.JFoodProt.2002Sep；65(9)1433-40；JimenezL，SmallsS，IgnarR.UseofPCRanalysisfordetectinglowlevelsofbacteriaandmoldcontaminationinpharmaceuticalsamples.JMicrobiolMethods.2000Aug；41(3)259-65；andVanittanalcomN，VanittanakomP，HayRJ.RapididentificationofPenicilliummarneffeibyPCR-baseddetectionofspecificsequencesontherRNAgene，JClinMicrobiol.2002May；40(5)1739-42)。目標多核苷酸還可具有與Legionella相應的多核苷酸序列。特異於Legionella的序列是本領域已知的(見，例如AokiS，HirakataY，MiyazakiY，IzumikawaK，YanagiharaK，TomonoK，YamadaY，TashiroT，KohnoS，KamihiraS.DetectionofLegionellaDNAbyPCRofwhole-bloodsamplesinamousemodel.JMedMicrobiol.2003Apr；52(Pt4)325-9；RaggamRB，LeitnerE，MuhlbauerG，BergJ，StocherM，GrisoldAJ，MarthE，KesslerHH.QualitativedetectionofLegionellaspeciesinbronchoalveolarlavagesandinducedsputabyautomatedDNAextractionandreal-timepolymerasechainreaction.MedMicrobiolImmunol(Berl).2002Oct；191(2)119-25和Alexiou-DanielS，StylianakisA，PapoutsiA，ZorbasI，PapaA，LambropoulosAF，AntoniadisA.ApplicationofpolymerasechainreactionfordetectionofLegionellapneumophilainserumsamples.ClinMicrobiolInfect.1998Mar；4(3)144-148)。還可通過對食物來源的病原體的感染的應答來檢測宿主應答mRNA。D.水傳播的病原體本文公開的方法還提供了一種快速且敏感的試驗方法，用於判斷水傳播的病原體存在與否以及存在的量。水傳播的病原體包括細菌、病毒和原生動物。水傳播的病原體的例子包括Enterococci、E.coli、Bacillusspp.、Psuedomonasspp、Cryptosporidium和Giardia。水傳播的病原體可以從任何水樣中獲得，其包括但不限於遊泳池、有水的公園、井、家庭飲用水、水庫、海灘、湖泊、海洋、魚和貝類養殖場、農業用水、透析用水、醫藥補充用水、水處理設備、郵輪、太空梭汙水和瓶裝水。用本文公開的方法可以很容易地對水傳播的病原體進行檢測。舉例而言，可對特定株系進行檢測。例如，可與其它株系區分開並檢測到的Enterococci的特定株系包括Enterococciavium、E.casseliflavus、E.cecorum、E.columbae、E.dispar、E.durans、E.faecium、E.faecalis、E.gallinarum、E.hirae、E.malodoratus、E.mundtii、E.pseudovium、E.raffinosus、E.saccharolyticus和E.sulfurous。通過本發明的方法可對任何與水傳播的病原體相關的多核苷酸進行鑑定。本發明可用於檢測與Enterococcusspp.，E.coli，Bacillusspp.和Psuedomonasspp.相關的基因，其已被描述(見，例如EscherichiacoliHeller，L.C.，C.R.Davis，K.K.Peak，D.Wingfield，A.C.Cannons，P.T.Amuso，andJ.Cattani.2003，ComparisonofMethodsforDNAIsolationfromFoodSamplesforDetectionofShigaToxin-ProducingEscherichiacolibyReal-TimePCR.ApplEnvironMicrobiol69(3)1844-6.；Rahman，H.2002.MultiplexPCRfordetectionofstxgenesofEscherichiacoli.IndianJMedRes115251-4.和Frahm，E.，andU.Obst.2003.Applicationofthefluorogenicprobetechnique(TaqManPCR)tothedetectionofEnterococcusspp.andEscherichiacoliinwatersamples.JMicrobiolMethods52(1)123-31.BacillussppMantynen，V.，andK.Lindstrom.1998.ArapidPCR-basedDNAtestforenterotoxicBacilluscereus.ApplEnvironMicrobiol64(5)1634-9.，Schaft，H.，andM.W.Griffiths.1995.Specificoligonucleotideprimersfordetectionoflecithinase-positiveBacillusspp.byPCR.ApplEnvironMicrobiol61(1)98-102.和Ley，B.E.，C.J.Linton，D.M.Bennett，H.Jalal，A.B.Foot，andM.R.Millar.1998.Detectionofbacteraemiainpatientswithfeverandneutropeniausing16SrRNAgeneamplificationbypolymerasechainreaction.EurJClinMicrobiolInfectDis17(4)247-53.PseudomonassppXu，J.，B.C.Millar，J.E.Moore，K.Murphy，H.Webb，A.J.Fox，M.Cafferkey，andM.J.Crowe.2003.Employmentofbroad-range16SrRNAPCRtodetectaetiologicalagentsofinfectionfromclinicalspecimensinpatientswithacutemeningitis-rapidseparationof16SrRNAPCRampliconswithouttheneedforcloning.JApplMicrobiol94(2)197-206.，Ley，B.E.，C.J.Linton，D.M.Bennett，H.Jalal，A.B.Foot，andM.R.Millar.1998.Detectionofbacteraemiainpatientswithfeverandneutropeniausing16SrRNAgeneamplificationbypolymerasechainreaction.EurJClinMicrobiolInfectDis17(4)247-53.和Johnsen，K.，O.Enger，C.S.Jacobsen，L.Thirup，andV.Torsvik.1999.QuantitativeselectivePCRof16SribosomalDNAcorrelateswellwithselectiveagarplatingindescribingpopulationdynamicsofindigenousPseudomonasspp.insoilhotspots.ApplEnvironMicrobiol65(4)1786-8.EnterococcussppHudson，C.R.，P.J.Fedorka-Cray，M.C.Jackson-Hall，andL.M.Hiott.2003.Anomaliesinspeciesidentificationofenterococcifromveterinarysourcesusingacommercialbiochemicalidentificationsystem.LettApplMicrobiol36(4)245-50.，Donabedian，S.M.，L.A.Thal，E.Hershberger，M.B.Perri，J.W.Chow，P.Bartlett，R.Jones，K.Joyce，S.Rossiter，K.Gay，J.Johnson，C.Mackinson，E.Debess，J.Madden，F.Angulo，andM.J.Zervos.2003.Molecularcharacterizationofgentamicin-resistantEnterococciintheUnitedStatesevidenceofspreadfromanimalstohumansthroughfood.JClinMicrobiol41(3)1109-13.，andVakulenko，S.B.，S.M.Donabedian，A.M.Voskresenskiy，M.J.Zervos，S.A.Lerner，andJ.W.Chow.2003.MultiplexPCRfordetectionofaminoglycosideresistancegenesinenterococci.AntimicrobAgentsChemother47(4)1423-6)。例如，可通過本文公開的方法進行檢測的特定的Enterococci基因包括Enterococci中保守的16S核糖體RNA序列。還可通過其對水傳播病原體造成的感染的應答，來檢測宿主應答mRNA。E.農業恐怖攻擊核酸類似物可被設計為具有用於對農業恐怖攻擊中涉及的病原體進行基於PCR的檢測的引物的序列。下面列出了具有臨床重要性的病原體的例子，以及用於基於PCR的檢測的參照的例子。核酸類似物可被設計為具有特定PCR引物序列的序列，並可與本文所述的發明的很多種實施方式組合使用。核酸類似物可被設計為，例如，具有用於對Toxoplasmagondii進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。Toxoplasmagondii具有非常低的宿主特異性，可能會感染幾乎所有的哺乳動物。已有報導稱其來自鳥類，事實上其已被發現於世界上每一個國家。與Apicomplexa中的大多數一樣，Toxoplasma(弓形蟲)是專性的細胞內寄生蟲。在感染了Toxoplasma的人類中的大多數中，該疾病是沒有症狀的。但是，在某些條件下，弓形蟲病能導致嚴重的病理，包括肝炎、肺炎、失明和嚴重的神經紊亂。用於對Toxoplasmagondii進行基於PCR的檢測的引物是本領域內已知的(見，例如Aspinall，T.V.，D.Marlee，J.E.Hyde，andP.F.Sims.2002.PrevalenceofToxoplasmagondiiincommercialmeatproductsasmonitoredbvpolymerasechainreaction--foodforthought？IntJParasitol32(9)1193-9.，Aspinall，T.V.，E.C.Guy，K.E.Roberts，D.H.Joynson，J.E.Hyde，andP.F.Sims.2003.MolecularevidenceformultipleToxoplasmagondiiinfectionsinindividualpatientsinEnglandandWalespublichealthimplications.IntJParasitol33(1)97-103.，Fuentes，I.，J.M.Rubio，C.Ramirez，andJ.Alvar.2001.GenotypiccharacterizationofToxoplasmagondiistrainsassociatedwithhumantoxoplasmosisinSpaindirectanalysisfromclinicalsamples.JClinMicrobiol39(4)1566-70.和Warnekulasuriya，M.R.，J.D.Johnson，andR.E.Holliman.1998.DetectionofToxoplasmagondiiincuredmeats.IntJFoodMicrobiol45(3)211-5.)。在另一種實施方式中，核酸類似物可被設計為，具有用於對Shingellaspp(一種革蘭氏陰性細菌)進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。用於對Shingellaspp進行基於PCR的檢測的引物是本領域內已知的(Hartman，A.B.，Essiet，II，D.W.Isenbarger，andL.E.Lindler.2003.EpidemiologyofTetracyclineResistanceDeterminantsinShigellaspp.andEnteroinvasiveEscherichiacoliCharacterizationandDisseminationoftet(A)-1.JClinMicrobiol41(3)1023-32.，Lampel，K.A.，andP.A.Orlandi.2002.PolymerasechainreactiondetectionofinvasiveShigellaandSalmonellaentericainfood.MethodsMolBiol179235-44.，Wang，R.F.，W.W.Cao，andC.E.Cerniglia.1997.AuniversalprotocolforPCRdetectionof13speciesoffoodbornepathogensinfoods.JApplMicrobiol83(6)727-36.和Lampel，K.A.，J.A.Jagow，M.Trucksess，andW.E.Hill.1990.PolymerasechainreactionfordetectionofinvasiveShigellaflexneriinfood.ApplEnvironMicrobiol56(6)1536-40.)。在又一種實施方式中，核酸類似物可被設計為，具有用於對Cyclosporacayetanensis進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。Cyclosporacayetanensis是由一個細胞組成的寄生蟲，其非常之小，不用顯微鏡無法看見。由Cyclospora感染導致的人類疾病(即，環孢子蟲病)的第一個已知例子被報導於1979年。在80年代中期開始有對此情況的更為經常的報導。在最近若干年，在美國和加拿大都已報導過環孢子蟲病的爆發。Cyclospora分布於被受感染糞便汙染過的水或食物中。環孢子蟲病的爆發與各種生鮮製品有關。Cyclospora經過腸道運動排出後需要一段時間(數天或數周)才能具有感染性。因此，Cyclospora不太可能從一個人直接傳染給另一個人。用於對Cyclosporacayetanensis進行基於PCR的檢測的引物是本領域內已知的(見，例如，Eberhard，M.L.，N.J.Pieniazek，andM.J.Arrowood.1997.LaboratorydiagnosisofCyclosporainfections.ArchPatholLabMed121(8)792-7.，PieniazekN.J.，S.B.Slemenda，A.J.daSilva，E.M.Alfano，andM.J.Arrowood.1996.PCRconfirmationofinfectionwithCyclosporacayetanensis.EmergInfectDis2(4)357-9.，Quintero-Betancourt，W.，E.R.Peele，andJ.B.Rose.2002.CryptosporidiumparvumandCyclosporacayetanensisareviewoflaboratorymethodsfordetectionofthesewaterborneparasites.JMicrobiolMethods49(3)209-24.和Varma，M.，J.D.Hester，F.W.Schaefer，3rd，M.W.Ware，andH.D.Lindquist.2003.DetectionofCyclosporacayetanensisusingaquantitativereal-timePCRassay.JMicrobiolMethods53(1)27-36.)。F.疾病診斷本文中公開的方法還提供了對是否存在基因(例如，疾病等位基因)或改變的基因表達進行快速且靈敏的診斷測試的方法。被檢測的基因序列可以是遺傳疾病、紊亂和易感體質所涉及的。目標多核苷酸的一個例子包括包括突變、多態性、添加或缺失在內的特定基因組序列。目標多核苷酸的另一個例子是在特定疾病或紊亂中基因表達會發生改變(例如正調或負調表達)的多核苷酸序列。疾病和紊亂相關的基因的例子包括但不限於癌症、囊腫性纖維化和Down’s症候群以及與多態性和突變相關的疾病所涉及的基因。還可對遺傳性血色病、因子11和因子V以及用於組織移植的HLA基因型進行鑑定。核酸類似物可被設計為具有用於對癌症或細胞增殖變化所涉及的目標多核苷酸進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。癌症或細胞增殖變化所涉及的目標多核苷酸可被檢測。癌症中涉及的許多基因都是本領域內已知的。在一種實施方式中，核酸類似物可被設計為具有用於對胰腺癌進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。用於對胰腺癌(例如，DPC4缺失)進行基於PCR的檢測的引物是本領域內已知的(見，例如Barbera，V.M.，M.Martin，L.Marinoso，A.Munne，A.Carrato，F.X.Real，andM.Fabre.2000.The18q21regionincolorectalandpancreaticcancerindependentlossofDCCandDPC4expression.BiochimBiophysActa1502(2)283-96，Bartsch，D.，P.Barth，D.Bastian，A.Ramaswamy，B.Gerdes，B.Chaloupka，Y.Deiss，B.Simon，andA.Schudy.1999.HigherfrequencyofDPC4/Smad4alterationsinpancreaticcancercelllinesthaninprimarypancreaticadenocarcinomas.CancerLett139(1)43-9和Bartsch，D.，S.A.Hahn，K.D.Danichevslsi，A.Ramaswamy，D.Bastian，H.Galehdari，P.Barth，W.Schmiegel，B.Simon，andM.Rothmund.1999.MutationsoftheDPC4/Smad4geneinneuroendocrinepancreatictumors.Oncogene18(14)2367-71)。在另一種實施方式中，核酸類似物可被設計為具有用於對子宮頸癌進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。用於對子宮頸癌進行基於PCR的檢測的引物。對應於子宮頸癌相關基因的全部或部分的目標多核苷酸也可被鑑定(見，例如Si，H.X.，S.W.Tsao，C.S.Poon，L.D.Wang，Y.C.Wong，andA.L.Cheung.2003.ViralloadofHPVinesophagealsquamouscellcarcinoma.IntJCancer103(4)496-500，Si，H.X.，S.W.Tsao，C.S.Poon，L.D.Wang，Y.C.Wong，andA.L.Cheung.2003.ViralloadofHPVinesophagealsquamouscellcarcinoma.IntJCancer103(4)496-500和Castle，P.E.，M.Schiffman，P.E.Gravitt，H.Kendall，S.Fishman，H.Dong，A.Hildesheim，R.Herrero，M.C.Bratti，M.E.Sherman，A.Lorincz，J.E.Schussler，andR.D.Burk.2002.ComparisonsofHPVDNAdetectionbyMY09/11PCRmethods.JMedVirol68(3)417-23)。核酸類似物可被設計為具有用於對乳腺癌進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。用於對乳腺癌進行基於PCR的檢測的引物。可將目標多核苷酸選為具有對應於乳腺癌相關基因的全部或部分的序列的多核苷酸(見，例如Min，C.J.，L.Tafra，andK.M.Verbanac.1998.Identificationofsuperiormarkersforpolymerasechainreactiondetectionofbreastcancermetastasesinsentinellymphnodes.CancerRes58(20)4581-4，Abbaszadegan，M.R.，J.P.Struewing，K.M.Brown，J.V.Snider，F.Goodsaid，R.Gore-Langton，andM.R.Hughes.1997.AutomateddetectionofprevalentmutationsinBRCA1andBRCA2genes，usingafluorogenicPCRallelicdiscriminationassay.GenetTest1(3)171-80和Tamura，G.，C.Maesawa，Y.Suzuki，M.Kashiwaba，M.Ishida，K.Saito，andR.Satodate.1994.Improveddetectionoflossofheterozygosityatretinoblastomagenelocusinhumanbreastcarcinoma.PatholInt44(1)34-8)。核酸類似物可被設計為具有用於對黑色素瘤進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。用於對黑色素瘤進行基於PCR的檢測的引物。可將目標多核苷酸選為具有對應於黑色素瘤相關基因的全部或部分的序列的多核苷酸。例如，目標多核苷酸可以包括CDKN2突變。(見，例如Gonzalgo，M.L.，C.M.Bender，E.H.You，J.M.Glendening，J.F.Flores，G.J.Walker，N.K.Hayward，P.A.Jones，andJ.W.Fountain.1997.Lowfrequencyofp16/CDKN2Amethylationinsporadicmelanomacomparativeapproachesformethylationanalysisofprimarytumors.CancerRes57(23)5336-47，Chan，J.，E.S.Robinson，J.Atencio，Z.Wang，S.Kazianis，L.D.Coletta，R.S.Nairn，andJ.R.McCarrey.2001.CharacterizationoftheCDKN2AandARFgenesinUV-inducedmelanocytichyperplasiasandmelanomasofanopossum(Monodelphisdomestica).MolCarcinog31(1)16-26和Pollock，P.M.，J.Welch，andN.K.Hayward.2001.Evidenceforthreetumorsuppressorlocionchromosome9pinvolvedinmelanomadevelopment.CancerRes61(3)1154-61)。此外，核酸類似物可被設計為具有用於對直腸癌進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。用於對直腸癌進行基於PCR的檢測的引物。可將目標多核苷酸選為具有對應於直腸癌相關基因的全部或部分的序列的多核苷酸(見，例如AokiS.，Y.Takagi，M.Hayakawa，K.Yamaguchi，M.Futamura，K.Kunieda，andS.Saji.2002.Detectionofperitonealmicrometastasesbyreversetranscriptase-polymerasechainreactiontargetingcarcinoembryonicantigenandcytokeratin20incoloncancerpatients.JExpClinCancerRes21(4)555-62.，Shtoyerman-Chen，R.，E.Friedman，A.Figer，M.Carmel，Y.Patael，P.Rath，H.H.Fidder，S.Bar-Meir，andL.Theodor.2001.TheI1307KAPCpolymorphismprevalenceinnon-AshkenaiiJewsandevidenceforafoundereffect.GenetTest5(2)141-6.和Smith，W.M.，N.J.VanOrsouw，E.A.Fox，R.D.Kolodner，J.Vijg，andC.Eng.1998.Accurate，high-throughput″snapshot″detectionofhMLH1mutationsbytwo-dimensionalDNAelectrophoresis.GenetTest2(1)43-53.)。核酸類似物可被設計為具有用於對視網膜母細胞瘤進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。用於對視網膜母細胞瘤進行基於PCR的檢測的引物。可將目標多核苷酸選為具有對應於視網膜母細胞瘤相關基因的全部或部分的序列的多核苷酸(見，例如Acikbas，I.，I.Keser，S.Kilic，H.Bagci，G.Karpuzoglu，andG.Luleci.2002.DetectionofLOHoftheRB1geneinbladdercancersbyPCR-RFLP.UrolInt68(3)189-92，Tamura，G.，C.Maesawa，Y.Suzuki，M.Kashiwaba，M.Ishida，K.Saito，andR.Satodate.1994.Improveddetectionoflossofheterozygosityatretinoblastomagenelocusinhumanbreastcarcinoma.PatholInt44(1)34-8和Lohmann，D.，B.Horsthemke，G.Gillessen-Kaesbach，F.H.Stefani，andH.Hofler.1992.DetectionofsmallRB1genedeletionsinretinoblastomabymultiplexPCRandhigh-resolutiongelelectrophoresis.HumGenet89(1)49-53)。在又一種實施方式中，核酸類似物可被設計為具有用於對血友病進行基於PCR的檢測的引物的序列或其片段。用於對血友病進行基於PCR的檢測的引物。可將目標多核苷酸選為具有對應於血友病相關基因的全部或部分的序列的多核苷酸(見，例如Mannucci，P.M.2002.Ham-wassermanlecturehemophiliaandrelatedbleedingdisordersastoryofdismayandsuccess.Hematology(AmSocHematolEducProgram)1-9和Citron，M.，L.Godmilow，T.Ganguly，andA.Ganguly.2002.HighthroughputmutationscreeningofthefactorVIIIgene(F8C)inhemophiliaA37novelmutationsandgenotype-phenotypecorrelation.HumMutat20(4)267-74)。具有對應於苯丙酮尿症(PKU)相關基因的序列的目標多核苷酸可被選擇(見，例如Pronina，N.，S.Giannattasio，P.Lattanzio，R.Lugovska，P.Vevere，andA.Kornejeva.2003.ThemolecularbasisofphenylketonuriainLatvia.HumMutat21(4)398-9，Sueoka，H.，M.Nagao，andS.Chiba.2000.Rapidmutationscreeningofphenylketonuriabypolymerasechainreaction-linkedrestrictionenzymeassayanddirectsequenceofthephenylalaninehydroxylasegeneclinicalapplicationinnorthernJapanandnorthernChina.GenetTest4(3)249-56，andEisensmith，R.C.，A.A.Goltsov，andS.L.Woo.1994.Asimple，rapid，andhighlyinformativePCR-basedprocedureforprenataldiagnosisandcarrierscreeningofphenylketonuria.PrenatDiagn14(12)1113-8.).Alford，R.L.，T.Ashizawa，J.Jankovic，C.T.Caskey，andC.S.Richards.1996.Moleculardetectionofnewmutations，resolutionofambiguousresultsandcomplexgeneticcounselingissuesinHuntingtondisease.AmJMedGenet66(3)281-6，Vnencak-Jones，C.L.2003.FluorescencePCRandGeneScananalysisforthedetectionofCAGrepeatexpansionsassociatedwithHuntington′sdisease.MethodsMolBiol217101-8和Panagopoulos，I.，C.Lassen，U.Kristoffersson，andP.Aman.1999.AnovelPCR-basedapproachforthedetectionoftheHuntingtondiseaseassociatedtrinucleotiderepeatexpansion.HumMutat13(3)232-6)。具有對應於Huntington’s症相關基因的序列的目標多核苷酸可被選擇，例如，由於增加的CAG重複(見，例如Alford，R.L.，T.Ashizawa，J.Jankovic，C.T.Caskey，andC.S.Richards.1996.Moleculardetectionofnewmutations，resolutionofambiguousresultsandcomplexgeneticcounselingissuesinHuntingtondisease.AmJMedGenet66(3)281-6，Vnencak-Jones，C.L.2003.FluorescencePCRandGeneScananalysisforthedetectionofCAGrepeatexpansionsassociatedwithHuntington′sdisease.MethodsMolBiol217101-8和Panagopoulos，I.，C.Lassen，U.Kristoffersson，andP.Aman.1999.AnovelPCR-basedapproachforthedetectionoftheHuntingtondiseaseassociatedtrinucleotiderepeatexpansion.HumMutat13(3)232-6.)。具有對應於血友病相關基因的序列的目標多核苷酸可被選擇(見，例如Mannucci，P.M.2002.Ham-wassermanlecturehemophiliaandrelatedbleedingdisordersastoryofdismayandsuccess.Hematology(AmSocHematolEducProgram)1-9和Citron，M.，L.Godmilow，T.Ganguly，andA.Ganguly.2002.HighthroughputmutationscreeningofthefactorVIIIgene(F8C)inhemophiliaA37novelmntationsandgenotype-phenotypecorrelation.HumMutat20(4)267-74.)。具有對應於Tay-Sach’s症相關基因的序列的目標多核苷酸可被選擇(見，例如Rice，J.E.，J.A.Sanchez，K.E.Pierce，andL.J.Wangh.2002.Real-timePCRwithmolecularbeaconsprovidesahighlyaccurateassayfordetectionofTay-Sachsallelesinsinglecells.PrenatDiagn22(12)1130-4，Tamasu，S.，H.Nishio，H.Ayaki，M.J.Lee，M.Mizutori，Y.Takeshima，H.Nakamura，M.Matsuo，T.Maruo，andK.Sumino.1999.PrenataldiagnosisofaJapanesefamilyatriskforTay-Sachsdisease.Applicationofafluorescentcompetitiveallele-specificpolymerasechainreaction(PCR)method.KobeJMedSci45(6)259-70，andSermon，K.，W.Lissens，Z.P.Nagy，A.VanSteirteghem，andI.Liebaers.1995.SimultaneousamplificationofthetwomostfrequentmutationsofinfantileTay-Sachsdiseaseinsingleblastomeres.HumReprod10(8)2214-7.)。具有對應於多發性硬化(MultipleSchlorosis，MS)相關基因的序列的目標多核苷酸可被選擇(見，例如Lauwers，S.，Y.VanderHeyden，andB.Rombaut.2002.ScreeningandoptimisationofanELISAmethodforthequantitativedetectionofenterovirusspecificRT-PCRproductsbymeansofatwo-levelexperimentaldesign.JPharmBiomedAnal29(4)659-68，Perron，H.，J.A.Garson，F.Bedin，F.Beseme，G.Paranhos-Baccala，F.Komurian-Pradel，F.Mallet，P.W.Tuke，C.Voisset，J.L.Blond，B.Lalande，J.M.Seigneurin，andB.Mandrand.1997.Molecularidentificationofanovelretrovirusrepeatedlyisolatedfrompatientswithmultiplesclerosis.TheCollaborativeResearchGrouponMultipleSclerosis.ProcNatlAcadSciUSA94(14)7583-8和Kuhne，B.S.，andP.Oschmann.2002.Quantitativereal-timeRT-PCRusinghybridizationprobesandimportedstandardcurvesforcytokinegeneexpressionanalysis.Biotechniques33(5)1078，1080-2，1084各處.)。目標多核苷酸可選用具有對應於Burkitt’s淋巴瘤相關基因的序列的多核苷酸(見，例如Wu，Y.，Y.Chen，J.Xu，andL.Lu.2002.AnticanceractivitiesofcurcuminonhumanBurkitt′slymphoma.ZhonghuaZhongLiuZaZhi24(4)348-52，Basso，K.，E.Frascella，L.Zanesco，andA.Rosolen.1999.Improvedlong-distancepolymerasechainreactionforthedetectionoft(8；14)(q24；q32)inBurkitt′slymphomas.AmJPathol155(5)1479-85和Asada，M.，T.Miyashita，F.Bessho，N.Kobayashi，andS.Mizutani.1991.MalignantcelldetectioninBurkitt′slymphomausingthird-complementarity-determiningregion(CDRIII)，clone-specificprobedevelopedbysequencingDNAfromstoredslides.JpnJCancerRes82(7)848-53)。目標多核苷酸可選用具有對應於囊性纖維化相關基因的序列的多核苷酸(見，例如Tomaiuolo，R.，M.Spina，andG.Castaldo.2003.Moleculardiagnosisofcysticfibrosiscomparisonoffouranalyticalprocedures.ClinChemLabMed41(1)26-32，Gonzalez-Gonzalez，M.C.，M.Garcia-Hoyos，M.J.Trujillo，M.RodriguezdeAlba，I.Lorda-Sanchez，J.Diaz-Recasens，E.Gallardo，C.Ayuso，andC.Ramos.2002.PrenataldetectionofacysticfibrosismutationinfetalDNAfrommaternalplasma.PrenatDiagn22(10)946-8和Corbetta，C.，M.Seia，A.Bassotti，A.Ambrosioni，A.Giunta，andR.Padoan.2002.Screeningforcysticfibrosisinnewborninfantsresultsofapilotprogrammebasedonatwotierprotocol(IRT/DNA/IRT)intheItalianpopulation.JMedScreen9(2)60-3.)。目標多核苷酸可選用具有對應於青少年期發病的糖尿病相關基因的序列的多核苷酸(見，例如Knerr，I.，R.Repp，J.Dotsch，N.Gratzki，J.Hanze，T.Kapellen，andW.Rascher.1999.Quantitationofgeneexpressionbyreal-timePCRdisprovesa″retroviralhypothesis″forchildhood-onsetdiabetesmellitus.PediatrRes46(1)57-60，Lauwers，S.，Y.VanderHeyden，andB.Rombaut.2002.ScreeningandoptimisationofanELISAmethodforthequantitativedetectionofenterovirusspecificRT-PCRproductsbymeansofatwo-levelexperimentaldesign.JPharmBiomedAnal29(4)659-68和Salminen，K.，K.Sadeharju，M.Lonnrot，P.Vahasalo，A.Kupila，S.Korhonen，J.Ilonen，O.Simell，M.Knip，andH.Hyoty.2003.Enterovirusinfectionsareassociatedwiththeinductionofbeta-cellautoimmunityinaprospectivebirthcohortstudy.JMedVirol69(1)91-8.)。目標多核苷酸可選用具有對應於Parkinson’s症相關基因的序列的多核苷酸(見，例如Hoenicka，J.，L.Vidal，B.Morales，I.Ampuero，F.J.Jimenez-Jimenez，J.Berciano，T.delSer，A.Jimenez，P.G.Ruiz，andJ.G.deYebenes.2002.MolecularfindingsinfamilialParkinsondiseaseinSpain.ArchNeurol59(6)966-70.；Lucking，C.B.，andA.Brice.2003.SemiquantitativePCRforthedetectionofexonrearrangementsintheParkingene.MethodsMolBiol21713-26；Le，W.D.，P.Xu，J.Jankovic，H.Jiang，S.H.Appel，R.G.Smith，andD.K.Vassilatis.2003.MutationsinNR4A2associatedwithfamilialParkinsondisease.NatGenet33(1)85-9.；andForoud，T.，S.K.Uniacke，L.Liu，N.Panllt；ratz，A.Rudolph，C.Halter，C.Shults，K.Marder，P.M.Conneally，andW.C.Nichols.2003.HeterozygosityforamutationintheparkingeneleadstolateronsetParkinsondisease.Neurology60(5)796-801)。目標多核苷酸可選用具有對應於Alzheimer′s症相關基因的序列的多核苷酸(見，例如Maresh，G.A.，D.Erezyilmaz，C.E.Murry，D.Nochlin，andA.D.Snow.1996.DetectionandquantitationofperlecanmRNAlevelsinAlzheimer′sdiseaseandnormalagedhippocampusbycompetitivereversetranscription-polymerasechainreaction.JNeurochem67(3)1132-44和Smith，M.J.，R.J.Gardner，M.A.Knight，S.M.Forrest，K.Beyreuther，E.Storey，C.A.McLean，R.G.Cotton，R.Cappal，andC.L.Masters.1999.Early-onsetAlzheimer′sdiseasecausedbyanovelmutationatcodon219ofthepresenilin-1gene.Neuroreport10(3)503-7)。目標多核苷酸可選用具有對應於血栓症相關基因的序列的多核苷酸(見，例如SandersSevall，J.2000.FactorVLeidengenotypingusingreal-timefluorescentpolymerasechainreaction.MolCellProbes14(4)249-53；Ferreira-Gonzalez，A.，L.M.Fisher，C.M.Lehman，M.H.Langley，D.H.Lofland，Q.Xia，N.X.Nguyen，D.Modesto，J.B.Willoughby，D.S.Wilkinson，andC.T.Garrett.1997.DetectionofacommonmutationinfactorVgeneresponsibleforresistancetoactivateproteinCcausingpredispositiontothrombosis.JClinLabAnal11(6)328-35；Warshawsky，I.，C.Hren，L.Sercia，B.Shadrach，S.R.Deitcher，E.Newton，andK.Kottke-Marchant.2002.Detectionofanovelpointmutationoftheprothrombingeneatposition20209.DiagnMolPathol11(3)152-6.)。目標多核苷酸可選用具有對應於結核病易感性相關基因的序列的多核苷酸(見，例如BellamyR.Susceptibilitytomycobacterialinfectionstheimportanceofhostgenetics.GenesImmun.2003Jan；4(1)4-11；AwomoyiAA，MarchantA，HowsonJM，McAdamKP，BlackwellJM，NewportMJ.Interleukin-10，polymorphisminSLC11A1(formerlyNRAMP1)，andsusceptibilitytotuberculosis.JInfectDis.2002Dec15；186(12)1808-14.BellamyR.NRAMP1andsusceptibilitytotuberculosis.IntJTubercLungDis.2002Sep；6(9)747)。目標多核苷酸可選用具有對應於人類免疫缺陷病毒(HIV)相關基因的序列的多核苷酸(見，例如IferganI，BernardNF，BruneauJ，AlaryM，TsoukasCM，RogerM.AllelefrequencyofthreefunctionallyactivepolymorphismsoftheMDR-1Geneinhigh-riskHIV-negativeandHIV-positiveCaucasians.AIDS.2002Nov22；16(17)2340-2和FarzanM，MirzabekovT，KolchinskyP，WyattR，CayabyabM，GerardNP，GerardC，SodroskiJ，ChoeH.TyrosinesulfationoftheaminoterminusofCCR5facilitatesHIV-1entry.Cell.1999Mar5；96(5)667-76)。本文中的方法還提供了一種快速且靈敏的診斷檢驗的方法，其用於在其它遺傳分析中檢驗是否存在基因或基因表達有所改變。例如，這可用於確定人類樣品的同一性，例如，在親子鑑定、計算機法醫學中，或用於匹配有親緣關係或無親緣關係的器官捐贈者。診斷也可開展於非人類樣品中，例如用於確定牛的家系。G.性傳播疾病核酸類似物可被設計為具有用於對導致性傳播疾病(STD)的病原體進行基於PCR的檢測的引物的序列或序列片段。下面列出了具有臨床重要性的STD的例子，以及用於基於PCR的檢測的參照的例子。核酸類似物可被設計為具有特定PCR引物序列的序列，並可與本文所述的本發明的很多種實施方式組合使用。在一種實施方式中，核酸類似物被設計為具有用於對衣原體進行基於PCR的檢測的引物的序列。很多此類引物都是本領域內已知的(見，例如Koumans，E.H.，C.M.Black，L.E.Markowitz，E.Unger，A.Pierce，M.K.Sawyer，andJ.R.Papp.2003.ComparisonofmethodsfordetectionofChlamydiatrachomatisandNeisseriagonorrhoeaeusingcommerciallyavailablenucleicacidamplificationtestsandaliquidpapsmearmedium.JClinMicrobiol41(4)1507-11；Puolakkainen，M.，E.Hiltunen-Back，T.Reunala，S.Suhonen，P.Lahteenmaki，M.Lehtinen，andJ.Paavonen.1998.Comparisonofperformancesoftwocommerciallyavailabletests，aPCRassayandaligasechainreactiontest，indetectionofurogenitalChlamydiatrachomatisinfection.JClinMicrobiol36(6)1489-93；BetsouF，BeaumontK，SueurJM，OrfilaJ.ConstructionandevaluationofinternalcontrolDNAforPCRamplificationofChlamydiatrachomatisDNAfromurinesamples.JClinMicrobiol.2003Mar；41(3)1274-6；KnoxJ，TabriziSN，MillerP，PetoumenosK，LawM，ChenS，GarlandSM.Evaluationofself-collectedsamplesincontrasttopractitioner-collectedsamplesfordetectionofChlamydiatrachomatis，Neisseriagonorrhoeae，andTrichomonasvaginalisbypolymerasechainreactionamongwomenlivinginremoteareas.SexTransmDis.2002Nov；29(11)647-54；MygindT，BirkelundS，BirlcebaekN，OestergaardL，JensenJ，ChristiansenG.DeterminationofPCRefficiencyinchelex-100purifiedclinicalsamplesandcomparisonofreal-timequantitativePCRandconventionalPCRfordetectionofChlamydiapneumoniae.BMCMicrobiol.2002Jul9；2(1)17)。在另一種實施方式中，核酸類似物被設計為具有用於對梅毒螺旋體(Treponemapallidum)進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析對梅毒螺旋體進行鑑定的引物的例子是本領域內已知的(見，例如Centurion-Lara，A.，C.Castro，J.M.Shaffer，W.C.VanVoorhis，C.M.Marra，andS.A.Lukehart.1997.DetectionofTreponemapallidumbyasensitivereversetranscriptasePCR.JClinMicrobiol35(6)1348-52；Martin，A.A.，H.Liu，M.Y.Sutton，B.Steiner，A.Pillay，andL.E.Markowitz.2001.AmplificationoftheDNApolymeraseIgeneofTreponemapallidumfromwholebloodofpersonswithsyphilis.DiagnMicrobiolInfectDis40(4)163-6；Orton，S.L.，H.Liu，R.Y.Dodd，andA.E.Williams.2002.PrevalenceofcirculatingTreponemapallidumDNAandRNAinblooddonorswithconfirmed-positivesyphilistests.Transfusion42(1)94-9)。在另一種實施方式中，核酸類似物被設計為具有用於對HIV進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析對HIV進行鑑定的引物的例子是本領域內已知的(見，例如Gibney，L.，M.Macaluso，K.Kirk，M.S.Hassan，J.Schwebe，S.H.Vermund，andP.Choudhury.2001.PrevalenceofinfectiousdiseasesinBangladeshiwomenlivingadjacenttoatruckstandHIV/STD/hepatitis/genitaltractinfections.SexTransmInfect77(5)344-50；Spinillo，A.，M.Debiaggi，F.Zara，R.Maserati，F.Polatti，andA.DeSantolo.2001.Factorsassociatedwithnucleicacidsrelatedtohumanimmunodeficiencyvirustype1incervico-vaginalsecretions.Bjog108(6)634-41)。在又一種實施方式中，核酸類似物被設計為具有用於對人乳頭瘤病毒(HPV)進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析對HPV進行鑑定的引物的例子是本領域內已知的(見，例如Winer，R.L.，S.K.Lee，J.P.Hughes，D.E.Adam，N.B.Kiviat，andL.A.Koutsky.2003.Genitalhumanpapillomavirusinfectionincidenceandriskfactorsinacohortoffemaleuniversitystudents.AmJEpidemiol157(3)218-26；Levi，J.E.，B.Kleter，W.G.Quint，M.C.Fink，C.L.Canto，R.Matsubara，I.Linhares，A.Segurado，B.Vanderborght，J.E.Neto，andL.J.VanDoorn.2002.Highprevalenceofhumanpapillomavirus(HPV)infectionsandhighfrequencyofmultipleHPVgenotypesinhumanimmunodeficiencyvirus-infectedwomeninBrazil.JClinMicrobiol40(9)3341-5；Skerlev，M.，M.Grce，M.Sirotkoviae-Slcerlev，K.Husnjak，andJ.Lipozencic.2002.Humanpapillomavirusmalegenitalinfections；clinicalvariationsandthesignificanceofDNAtyping.ClinDermatol20(2)173-8)。在另一種實施方式中，核酸類似物被設計為具有用於對Neisseriagonorrhoeae進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析對Neisseriagonorrhoeae進行鑑定的引物的例子是本領域內已知的(見，例如Mgone，C.S.，T.Lupiwa，andW.Yeka.2002.HighprevalenceofNeisseriagonorrhoeaeandmultiplesexuallytransmitteddiseasesamongruralwomenintheEasternHighlandsProvinceofPapuaNewGuinea，detectedbypolymerasechainreaction.SexTransmDis29(12)775-9；Gomes，J.P.，L.Tavira，F.Exposto，E.Prieto，andM.A.Catry.2001.NeisseriagonorrhoeaeandChlamydiatrachomatisinfectionsinpatientsattendingSTDandfamilyplanningclinicsinBissau，Guinea-Bissau.ActaTrop80(3)261-4；Diemert，D.J.，M.D.Libman，andP.Lebel.2002.Confirmationby16SrRNAPCRoftheCOBASAMPLICORCT/NGtestfordiagnosisofNeisseriagonorrhoeaeinfectioninalow-prevalencepopulation.JClinMicrobiol40(11)4056-9)。在另一種實施方式中，核酸類似物被設計為具有用於對生殖器皰疹進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析對生殖器皰疹進行鑑定的引物的例子是本領域內已知的(見，例如Wolff，M.H.，J.Schmitt，M.Rahaus，H.Dudda，andW.Hatzmann.2002.Clinicalandsubclinicalreactivationofgenitalherpesvirus.Intervirology45(1)20-3；Wald，A.2002.Testingforgenitalherpeshow，who，andwhy.CurrClinTopInfectDis22166-80；Scoular，A.2002.Usingtheevidencebaseongenitalherpesoptimisingtheuseofdiagnostictestsandinformationprovision.SexTransmInfect78(3)160-5)。核酸類似物也可以被設計為具有用於對Trichomonasvanginalis進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析對Trichomonasvanginalis進行鑑定的引物的例子是本領域內已知的(見，例如Wendel，K.A.，E.J.Erbelding，C.A.Gaydos，andA.M.Rompalo.2002.Trichomonasvaginalispolymerasechainreactioncomparedwithstandarddiagnosticandtherapeuticprotocolsfordetectionandtreatmentofvaginaltrichomoniasis.ClinInfectDis35(5)576-80；Wendel，K.A.，E.J.Erbelding，C.A.Gaydos，andA.M.Rompalo.2003.UseofurinepolymerasechainreactiontodefinetheprevalenceandclinicalpresentationofTrichomonasvaginalisinmenattendinganSTDclinic.SexTransmInfect79(2)151-153)。最後，核酸類似物可被設計為用於檢測普通的STD。用於通過基於PCR的分析對STD進行鑑定的引物的例子是本領域內已知的(見，例如Mitrani-Rosenbaum，S.，R.Tsvieli，O.Lavie，R.Boldes，E.Anteby，S.Shimonovitch，T.Lazarovitch，andA.Friedmann.1994.Simultaneousdetectionofthreecommonsexuallytransmittedagentsbypolymerasechainreaction.AmJObstetGynecol171(3)784-90)。H.抗生素抗性本發明的方法、組合物和分析系統可用於檢測賦予抗生素抗性的基因表達是否存在或是否有所改變。目標多核苷酸可與對病原體賦予抗生素抗性的基因相對應。或者，目標多核苷酸可以對應於其代謝發生了可能影響到抗生素療效的改變的宿主的基因。表達抗生素抗性的基因的例子可在下述文獻中找到。提供例子並非是用提供的例子進行限制。編碼例如beta內醯胺酶的基因賦予對如下抗生素的抗性，所述抗生素包括但不限於青黴素、紅黴素、頭孢噻肟(cefotaxime)、氨苄青黴素、哌拉西林(piperacillin)、先鋒必素(cefoperazone)、頭孢他啶(ceftazidime)、頭孢吡肟(cefepime)、拉氧頭孢(moxalactam)、伊米配能(imipenem)(見，例如Livermore，D.M.1995.β-LactamasesinLaboratoryandClinicalResistance.Clin.Microbiol.Reviews.8557-584.，Hsueh，P.，Teng，L.，Lee，L.，Yang，P.，Ho，S.，andLuh，K，1999.DisseminationofHigh-LevelPenicillin-，Extended-SpectrumCephalosporin-，andErythromycin-ResistantStreptococcuspneumoniaeClonesinTaiwan.J.Clin.Microbiol.37221-224.，Setchanova，L.，andTomasz，A.1999.MolecularCharacterizationofPenicillin-ResistantStreptococcuspneumoniaeIsolatesfromBulgaria.J.Clin.Microbiol.37638-648.，Wichelhaus，T.A.，Kern，S.，Schfer，V.，Brade，V.1999.RapidDetectionofEpidemicStrainsofMethicillin-ResistantStaphylococcusaureus.J.Clin.Microbiol.37690-693.和JacobyG.A.1994.GeneticsofExtended-SpectrumBeta-Lactamases.Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis.13suppl.12-11)。抗生素抗性賦予基因的其它非限制性例子包括喹諾酮類(quinolones)抗性基因，其賦予對下述抗生素的抗性，例如ceprofloxacin、氧氟沙星(ofloxacin)、諾氟沙星(norfloxacin)、依諾沙星(enoxacin)、司氟沙星(sparfloxacin)(見，例如Margerrison，E.E.C.，Hopewell，R.，andFisher，L.M.1992.NucleotideSequenceoftheStaphylococcusaureusgyrB-gyrALocusEncodingtheDNAGyraseAandBProteins.J.Bacteriol.1741596-1603.，McWhinney，P.H.M.，Patel，S.，Whiley，R.A.，Hardie，J.M.，Gillespie，S.H.，andKibbler，C.C.1993.ActivitiesofPotentialTherapeuticandProphylacticAntibioticsagainstBloodCultureIsolatesofViridansGroupStreptococcifromNeutropenicPatientsReceivingCiprofloxacin.Antimicrob.Agents.Chemother.372493-2495.，andYoshida，H.，Bogaki，M.，Nakamura，S.，Ubukata，K.，andKonno，M.1990.NucleotideSequenceandCharacterizationoftheStaphylococcusaureusnorAGene，WhichConfersResistancetoQuinolones.J.Bacteriol.1726942-6949)。抗生素抗性賦予基因的其它例子包括糖肽抗性基因，其賦予對下述抗生素的抗性，例如萬古黴素和壁黴素(teicoplanin)(見，例如Tremlett，C.H.，Brown，D.F.J，andWoodford，N.1999.VariationinStructureandLocationofVanAGlycopeptideResistanceElementsamongEnterococcifromaSinglePatient.J.Clin.Microbiol.37818-820.，andArthur，M.，Depardieu，F.，Molinas，C.，Reynolds，P.，andCourvalin，P.1995.ThevanZgeneofTnl546fromEnterococcusfaeciumBM4147confersresistancetoteicoplanin.Gene，154(1995)87-92.)aminoglycosideresistancegeneswhichconveyresistancetoantibioticssuchas託普黴素(tobramycin)，慶大黴素(gentamicin)，鏈黴素(strepomycin)，卡那黴素(kanamycin)，氨基丁卡黴素(amikacin)(GalimandM.，Lambert，T.，Gerbaud，G.，andCourvalin，P.1993.Characterizationoftheaac(6′)-IbgeneEncodinganAminoglycoside6′-N-AcetyltransferaseinPseudomonasaeruginosaBM2656.Antimicrob.Agents.Chemother.371456-1462.，Lambert，T.，Gerbaud，G.，andCourvalin，P.1994.CharacterizationofTransposonTnl528，WhichConfersAmikacinResistancebySynthesisofAminoglycoside3′-O-PhosphotransferaseTypeVI.Antimicrob.Agents.Chemother.38702-706，andShaw，K.J.，Munayyer，H.，Rather，P.N.，Hare，R.S.，andMiller，G.H.1993.NucleotideSequenceAnalysisandDNAHybridizationStudiesoftheant(4′)-IIaGenefromPseudomonasaeruginosa.Antimicrob.Agents.Chemother.37708-714)。某些情況下，存在引起高度關注的某些特定種類的抗性。它們包括具有甲氧西林(methicillin)抗性的Staphylococcusaureus(見，例如Ito，T.，K.Okuma，X.X.Ma，H.Yuzawa，andK.Hiramatsu.2003.InsightsonantibioticresistanceofStaphylococcusaureusfromitswholegenomegenomicislandSCC.DrugResistUpdate6(1)41-52，Kuroda，M.，T.Ohta，I.Uchiyama，T.Baba，H.Yuzawa，I.Kobayashi，L.Cui，A.Oguchi，K.Aoki，Y.Nagai，J.Lian，T.Ito，M.Kanamori，H.Matsumaru，A.Maruyama，H.Murakami，A.Hosoyama，Y.Mizutani-Ui，N.K.Takahashi，T.Sawano，R.Inoue，C.Kaito，K.Sekimizu，H.Hirakawa，S.Kuhara，S.Goto，J.Yabuzaki，M.Kanehisa，A.Yamashita，K.Oshima，K.Furuya，C.Yoshino，T.Shiba，M.Hattori，N.Ogasawara，H.Hayashi，andK.Hiramatsu.2001.Wholegenomesequencingofmeticillin-resistantStaphylococcusaureus.Lancet357(9264)1225-40，andSkurray，R.A.，andN.Firth.1997.Molecularevolutionofmultiply-antibiotic-resistantstaphylococci.CibaFoundSymp207167-83′)。其它可被檢測到的抗生素抗性賦予基因包括結核病抗生素抗性基因(見，例如Mokrousov，I.，T.Otten，M.Filipenko，A.Vyazovaya，E.Chrapov，E.Limeschenko，L.Steldova，B.Vyshnevskiy，andO.Narvskaya.2002.Detectionofisoniazid-resistantMycobacteriumtuberculosisstrainsbyamultiplexallele-specificPCRassaytargetingkatGcodon315variation.JClinMicrobiol40(7)2509-12；Gong，G.，H.Lee，G.H.Kang，Y.H.Shim，J.Huh，andS.K.Khang.2002.NestedPCRfordiagnosisoftuberculouslymphadenitisandPCR-SSCPforidentificationofrifampicinresistanceinfine-needleaspirates.DiagnCytopathol26(4)228-31；GarciadeViedma，D.，M.delSolDiazInfantes，F.Lasala，F.Chaves，L.Alcala，andE.Bouza.2002.Newreal-timePCRabletodetectinasingletubemultiplerifampinresistancemutationsandhigh-levelisoniazidresistancemutationsinMycobacteriumtuberculosis.JClinMicrobiol40(3)988-95)。I.對藥物應答(DrugResponse)易感體質的遺傳篩選本發明的方法、組合物和分析方法可被用於檢測造成對藥物應答的易感體質的基因。目標多核苷酸可對應於造成對藥物應答的易感體質的任何多核苷酸序列。目標多核苷酸可對應於影響心血管系統的藥物的易感體質所涉及的序列(見，例如Dudley，C.，B.Keavney，B.Casadei，J.Conway，R.Bird，andP.Ratcliffe.1996.Predictionofpatientresponsestoantihypertensivedrugsusinggeneticpolymorphismsinvestigationofrenin-angiotensinsystemgenes.JHypertens14(2)259-62；Lima，P.R.，J.A.Gontijo，J.B.LopesdeFaria，F.F.Costa，andS.T.Saad.1997.Band3Campinasanovelsplicingmutationintheband3gene(AE1)associatedwithhereditaryspherocytosis，hyperactivityofNa+/Li+countertransportandanabnormalrenalbicarbonatehandling.Blood90(7)2810-8；Sakaeda，T.，T.Nalcamura，M.Horinouchi，M.Kakumoto，N.Ohmoto，T.Sakai，Y.Morita，T.Tamura，N.Aoyama，M.Hirai，M.Kasuga，andK.Olcumura.2001.MDR1genotype-relatedpharmacokineticsofdigoxinaftersingleoraladministrationinhealthyJapanesesubiects.PharmRes18(10)1400-4.)。目標多核苷酸還可對應於對精神病藥物的易感體質所涉及的基因和其它多核苷酸(見，例如Nikoloff，D.，J.C.Shim，M.Fairchild，N.Patten，B.A.Fijal，W.H.Koch，A.MacPherson，D.Flockhart，Y.R.Yoon，J.S.Yoon，Y.H.Kim，andJ.G.Shin.2002.AssociationbetweenCYP2D6genotypeandtardivedyskinesiainKoreanschizophrenics.PharmacogenomicsJ2(6)400-7；Bertilsson，L.，M.L.Dahl，andG.Tybring.1997.Pharmacogeneticsofantidepressantsclinicalaspects.ActaPsychiatrScandSuppl39114-21.；Chen，S.，W.H.Chou，R.A.Blouin，Z.Mao，L.L.Humphries，Q.C.Meek，J.R.Neill，W.L.Martin，L.R.Hays，andP.J.Wedlund.1996.ThecytochromeP4502D6(CYP2D6)enzymepolymorphismscreeningcostsandinfluenceonclinicaloutcomesinpsychiatry.ClinPharmacolTher60(5)522-34)。目標多核苷酸還可對應於與應答止痛藥的易感體質相對應的基因序列或其它多核苷酸序列(見，例如Torres-Galvan，M.J.，N.Ortega，F.Sanchez-Garcia，C.Blanco，T.Carrillo，andJ.Quiralte.2001.LTC4-synthaseA-444CpolymorphismlackofassociationwithNSAID-inducedisolatedperiorbitalangioedemainaSpanishpopulation.AnnAllergyAsthmaImmunol87(6)506-10.)。J.有效藥物應答中涉及的基因本發明的方法、組合物和分析系統可用於遺傳檢驗，用於對藥物反應的可能的指示。本發明的方法、組合物和分析系統可用於確定目前的治療是否有效，或是否抗性(或耐受性)正在發展。基因表達檢驗可被用於檢測腫瘤是否形成，或將要形成，對治療的抗性。基於基因的診斷試驗還可包括對在未來發展成疾病或紊亂的可能性進行初篩，對某些類型的癌症的遺傳易感體質進行初篩，以及確定遺傳多態性。核酸類似物可被設計為用於檢測特定基因是否存在以及是否表達。在一個方面，本發明的方法可用於檢測能代謝相關藥物的酶的表達水平。多態性酶會改變藥物的效果，並因此改變它們用於治療的能力。可對影響到相關藥物應答(並因此影響到藥物用於治療的能力)的基因中的遺傳多態性進行檢測。在一種實施方式中，核酸類似物可被設計為用於檢測編碼細胞色素CYP2D6的序列或序列片段。細胞色素CYP2D6可代謝用於治療抗高血壓的Debrisoquin。CYP2D6表達的提高暗示了對Debrisoquin的抗性(見，例如Mahgoub，A.，J.R.Idle，L.G.Dring，R.Lancaster，andR.L.Smith.1977.PolymorphichydroxylationofDebrisoquineinman.Lancet2(8038)584-6；andWennerholm，A.，I.Johansson，A.Y.Massele，M.Lande，C.Alm，Y.Aden-Abdi，M.L.Dahl，M.Ingelman-Sundberg，L.Bertilsson，andL.L.Gustafsson.1999.DecreasedcapacityfordebrisoquinemetabolismamongblackTanzaniansanalysesoftheCYP2D6genotypeandphenotype.Pharmacogenetics9(6)707-14)。細胞色素CYP2D6的存在或表達可被用於測定對司巴丁(sparteine)(用於治療手術後疼痛)的抗性(見，例如Eichelbaum，M.，N.Spannbrucker，B.Steincke，andH.J.Dengler.1979.DefectiveN-oxidationofsparteineinmananewpharmacogeneticdefect.EurJClinPharmacol16(3)183-7；Broly，F.，D.Marez，N.Sabbagh，M.Legrand，S.Millecamps，J.M.LoGuidice，P.Boone，andU.A.Meyer.1995.AnefficientstrategyfordetectionofknownandnewmutationsoftheCYP2D6geneusingsinglestrandconformationpolymorphismanalysis.Pharmacogenetics5(6)373-84)。細胞色素CYP2D6的存在或表達可被用於測定對去甲替林(用於治療抑鬱或心血管疾病)的抗性(見，例如Dalen，P.，M.L.Dahl，M.L.Ruiz，J.Nordin，andL.Bertilsson.1998.10-Hydroxylationofnortriptylineinwhitepersonswith0，1，2，3，and13functionalCYP2D6genes.ClinPharmacolTher63(4)444-52；Yue，Q.Y.，Z.H.Zhong，G.Tybring，P.Dalen，M.L.Dahl，L.Bertilsson，andF.sjoqvist.1998.Pharmacokineticsofnortriptylineandits10-hydroxymetaboliteinChinesesubjectsofdifferentCYP2D6genotypes.ClinPharmacolTher64(4)384-90)。細胞色素P459的存在或表達可被用於測定改變的可待因(codeine)代謝(見，例如Sindrup，S.H.，andK.Brosen.1995.Thepharmacogeneticsofcodeinehypoalgesia.Pharmacogenetics5(6)335-46；Mortimer，O.，K.Persson，M.G.Ladona，D.Spalding，U.M.Zanger，U.A.Meyer，andA.Rane.1990.PolymorphicformationofmorphinefromcodeineinpoorandextensivemetabolizersofdextromethorphanrelationshiptothepresenceofimmunoidentifiedcytochromeP-450IID1.ClinPharmacolTher47(1)27-35)。在另一種實施方式中，核酸類似物被設計為用於檢測編碼細胞色素CYP2C9的序列或序列片段。細胞色素CYP2C9可代謝華法林(Warfarin)(其被用作為抗凝血劑)(見，例如Aithal，G.P.，C.P.Day，P.J.Kesteven，andA.K.Daly.1999.AssociationofpolymorphismsinthecytochromeP450CYP2C9withwarfarindoserequirementandriskofbleedingcomplications.Lancet353(9154)717-9；Loebstein，R.，H.Yonath，D.Peleg，S.Almog，M.Rotenberg，A.Lubetsky，J.Roitelman，D.Harats，H.Halkin，andD.Ezra.2001.Interindividualvariabilityinsensitivitytowarfarin--Natureornurture？ClinPharmacolTher70(2)159-64)。細胞色素CYP2C9還可代謝用於治療腦部損傷的苯妥英(Phenytoin)(見，例如vanderWeide，J.，L.S.Steijns，M.J.vanWeelden，andK.deHaan.2001.TheeffectofgeneticpolymorphismofcytochromeP450CYP2C9onphenytoindoserequirement.Pharmacogenetics11(4)287-91；Brandolese，R.，M.G.Scordo，E.Spina，M.Gusella，andR.Padrini.2001.SeverephenytoinintoxicationinasubjecthomozygousforCYP2C9*3.ClinPharmacolTher70(4)391-4)。此外，細胞色素CYP2C19可代謝用於治療胃酸返流疾病的奧美拉唑(Omeprazole)(見，例如Balian，J.D.，N.Sukhova，J.W.Harris，J.Hewett，L.Pickle，J.A.Goldstein，R.L.Woosley，andD.A.Flockhart.1995.ThehydroxylationofomeprazolecorrelateswithS-mephenytoinmetabolismapopulationstudy.ClinPharmacolTher57(6)662-9；Tybring，G.，Y.Bottiger，J.Widen，andL.Bertilsson.1997.EnantioselectivehydroxylationofomeprazolecatalyzedbyCYP2C19inSwedishwhitesubjects.ClinPharmacolTher62(2)129-37)。在又一種實施方式中，核酸類似物可被設計為用於檢測編碼二氫嘧啶脫氫酶的序列或序列片段。二氫嘧啶脫氫酶可代謝氟尿嘧啶(其被用於治療抗腫瘤類疾病(對多種癌症的治療))(見，例如Tuchman，M.，J.S.Stoeckeler，D.T.Kiang，R.F.O′Dea，M.L.Ramnaraine，andB.L.Mirkin.1985.Familialpyrimidinemiaandpyrimidinuriaassociatedwithseverefluorouraciltoxicity.NEnglJMed313(4)245-9；Diasio，R.B.，T.L.Beavers，andJ.T.Carpenter.1988.Familialdeficiencyofdihydropyrimidinedehydrogenase.Biochemicalbasisforfamilialpyrimidinemiaandsevere5-fluorouracil-inducedtoxicity.JClinInvest81(1)47-51)。核酸類似物可被設計為用於檢測編碼丁醯膽鹼酯酶的序列或序列片段，丁醯膽鹼酯酶可代謝作為肌肉弛緩劑的琥珀膽鹼(見，例如Lockridge，O.1990.Geneticvariantsofhumanserumcholinesteraseinfuencemetabolismofthemusclerelaxantsuccinylcholine.PharmacolTher47(1)35-60；andCeppa，F.，S.Gidenne，A.Benois，E.Fontan，andP.Burnat.2002.RapididentificationofatypicalvariantofplasmabutyrylcholinesterasebyPCR.ClinChemLabMed40(8)799-801)。核酸類似物可被設計為用於檢測編碼N-乙醯轉移酶2的序列或序列片段，N-乙醯轉移酶2可代謝用於治療結核病的異煙肼(Isoniazid)(見，例如Furet，Y.，Y.Bechtel，C.LeGuellec，P.R.Bechtel，E.Autret-Leca，andG.Paintaud.2002.ClinicalrelevanceofN-acetyltransferasetype2(NAT2)geneticpo1ymorphism，Therapie57(5)427-31；Kita，T.，Y.Tanigawara，S.Chikazawa，H.Hatanaka，T.Sakaeda，F.Komada，S.Iwakawa，andK.Okumura.2001.N-Acetyltransferase2genotypecorrelatedwithisoniazidacetylationinJapanesetuberculouspatients.BiolPharmBull24(5)544-9；andHiratsuka，M.2002.Developmentofsimplifiedandrapiddetectionassayforgeneticpolymorphismsinfluencingdrugresponseanditsclinicalapplications.YakugakuZasshi122(7)451-63)。N-乙醯轉移酶2還可代謝用於治療抗高血壓的肼苯噠嗪(Hydralazine)(見，例如Timbrell，J.A.，S.J.Harland，andV.Facchini.1980.Polymorphicacetylationofhydralazine.ClinPharmacolTher28(3)350-5；和Zschieschang，P.，F.Hiepe，E.Gromnica-Ihle，I.Roots，andI.Cascorbi.2002.LackofassociationbetweenarylamineN-acetyltransferase2(NAT2)polymorphismandsystemiclupuserythematosus.Pharmacogenetics12(7)559-63)。N-乙醯轉移酶2可代謝用於治療抗心律不齊的普魯卡因胺(Procainamide)(見，例如Reidenberg，M.M.，D.E.Drayer，M.Levy，andH.Warner.1975.Polymorphicacetylationprocainamideinman.ClinPharmacolTher17(6)722-30；andHickman，D.，J.R.Palamanda，J.D.Unadlcat，andE.Sim.1995.EnzymekineticpropertiesofhumanrecombinantarylamineN-acetyltransferase2allotypicvariantsexpressedinEscherichiacoli.BiochemPharmacol50(5)697-703)。在另一個方面，核酸類似物可被設計為用於檢測編碼尿苷二磷酸葡萄糖醛酸轉移酶(ruidinedisphosphate-glucuronosyltransferase)1A1的序列或序列片段。尿苷二磷酸葡萄糖醛酸轉移酶1A1可代謝用於治療直腸癌的伊立替康(Irinotecan)(見，例如Iyer，L.，D.Hall，S.Das，M.A.Mortell，J.Ramirez，S.Kim，A.DiRienzo，andM.J.Ratain.1999.Phenotype-genotypecorrelationofinvitroSN-38(activemetaboliteofirinotecan)andbilirubinglucuronidationinhumanlivertissuewithUGT1A1promoterpolymorphism.ClinPharmacolTher65(5)576-82；Ando，Y.，H.Saka，G.Asai，S.Sugiura，K.Shimokata，andT.Kamataki.1998.UGTlAlgenotypesandglucuronidationofSN-38，theactivemetaboliteofirinotecan.AnnOncol9(8)845-7)。尿苷二磷酸葡萄糖醛酸轉移酶1A1還可代謝用於治療Gilbert’s症候群(溫和的肝臟紊亂)的膽紅素(見，例如Bosma，P.J.，J.R.Chowdhury，C.Bakker，S.Gantla，A.deBoer，B.A.Oostra，D.Lindhout，G.N.Tytgat，P.L.Jansen，R.P.OudeElferink，andetal.1995.ThegeneticbasisofthereducedexpressionofbilirubinUDP-glucuronosyltransferase1inGilbert′ssyndrome.NEnglJMed333(18)1171-5；Kim，Y.H.，J.E.Yeon，G.M.Jung，H.J.Kim，J.S.Kim，K.S.Byun，Y.T.Bak，andC.H.Lee.2002.AstudyofpolymorphisminUDP-glucuronosyltransferase1(UGT-1A1)promotergeneinKoreanpatientswithGilbert′ssyndrome.TaehanKanHakhoeChi8(2)132-8)。核酸類似物還可被設計為用於檢測編碼硫嘌呤S-甲基轉移酶的序列或序列片段，硫嘌呤S-甲基轉移酶可代謝用於治療Crohn′s症的巰基嘌呤(Mercaptopurine)(見，例如Weinshilboum，R.M.1992.Methylationpharmacogeneticsthiopurinemethyltransferaseasamodelsystem.Xenobiotica22(9-10)1055-71；andWennerholm，A.，I.Johansson，A.Y.Massele，M.Lande，C.Alm，Y.Aden-Abdi，M.L.Dahl，M.Ingelman-Sundberg，L.Bertilsson，andL.L.Gustafsson.1999.DecreasedcapacityfordebrisoquinemetabolismamongblackTanzaniansanalysesoftheCYP2D6genotypeandphenotype.Pharmacogenetics9(6)707-14)。硫嘌呤S-甲基轉移酶還可代謝也是用於治療Crohn′s症的咪唑硫嘌呤(Azathioprine)(見，例如Kaskas，B.A.，E.Louis，U.Hindorf，E.Schaeffeler，J.Deflandre，F.Graepler，K.Schmiegelow，M.Gregor，U.M.Zanger，M.Eichelbaum，andM.Schwab.2003.SafetreatmentofthiopurineS-methyltransferasedeficientCrohn′sdiseasepatientswithazathioprine.Gut52(1)140-2；andMarra，C.A.，J.M.Esdaile，andA.H.Anis.2002.PracticalPharmacogenetiesTheCostEffectivenessofScreeningforThiopurines-MethyltransferasePolymorphismsinPatientswithRheumatologicalConditionsTreatedwithAzathioprine.JRheumatol29(12)2507-12)。核酸類似物還可被設計為用於檢測編碼兒茶酚O-甲基轉移酶的序列或序列片段，兒茶酚O-甲基轉移酶可代謝用於治療Parkinson′s症的左旋多巴(Levodopa)(見，例如Reilly，D.K.，L.Rivera-Calimlim，andD.VanDyke.1980.Catechol-O-methyltransferaseactivityadeterminantoflevodoparesponse.ClinPharmacolTher28(2)278-86；andWennerholm，A.，I.Johansson，A.Y.Massele，M.Lande，C.Alm，Y.Aden-Abdi，M.L.Dahl，M.Ingelman-Sundberg，L.Bertilsson，andL.L.Gustafsson.1999.DecreasedcapacityfordebrisoquinemetabolismamongblackTanzaniansanalysesoftheCYP2D6genotypeandphenotype.Pharmacogenetics9(6)707-14)。核酸類似物還可被設計為用於檢測與藥物抗性相關的遺傳多態性。在一種實施方式中，核酸類似物可被設計為用於檢測ACE多態性，其會影響到ACE抑制劑抗高血壓藥(用於治療心力衰竭)的應答(見，例如Jacobsen，P.，K.Rossing，P.Rossing，L.Tarnow，C.Mallet，O.Poirier，F.Cambien，andH.H.Parving.1998.AngiotensinconvertingenzymegenepolymorphismandACEinhibitionindiabeticnephropathy.KidneyInt53(4)1002-6；Kohno，M.，K.Yokokawa，M.Minami，H.Kano，K.Yasunari，T.Hanehira，andJ.Yoshikawa.1999.Associationbetweenangiotensin-convertingenzymegenepolymorphismsandregressionofleftventricularhypertrophyinpatientstreatedwithangiotensin-convertingenzymeinhibitors.AmJMed106(5)544-9)。ACE多態性還會影響對氟伐他汀(Fluvastatin，用於治療冠狀動脈粥樣硬化)的應答(見，例如Marian，A.J.，F.Safavi，L.Ferlic，J.K.Dunn，A.M.Gotto，andC.M.Ballantyne.2000.Interactionsbetweenangiotensin-Iconvertingenzymeinsertion/deletionpolymorphismandresponseofplasmalipidsandcoronaryatherosclerosistotreatmentwithfluvastatinthelipoproteinandcoronaryatherosclerosisstudy.JAmCollCardiol35(1)89-95；Bosse，Y.，M.C.Vohl，M.Dumont，M.Brochu，J.Bergeron，J.P.Despres，andD.Prud′homme.2002.Influenceoftheangiotensin-convertingenzymegeneinsertion/deletionpolymorphismonlipoprotein/lipidresponsetogemfibrozil.ClinGenet62(1)45-52)。在另一種實施方式中，核酸類似物可被設計為用於檢測花生四烯酸5-酯加氧酶多態性，其會影響到用作為抗炎藥的白細胞三烯抑制劑的應答(見，例如Fowler，S.J.，I.P.Hall，A.M.Wilson，A.P.Wheatley，andB.J.Lipworth.2002.5-Lipoxygenasepolymorphismandin-vivoresponsetoleukotrienereceptorantagonists.EurJClinPharmacol58(3)187-90；andKoshino，T.，S.Takano，S.Kitani，N.Ohshima，Y.Sano，T.Takaishi，K.Hirai，K.Yamamoto，andY.Morita.1999.Novelpolymorphismofthe5-lipoxygenaseactivatingprotein(FLAP)promotergeneassociatedwithasthma.MolCellBiolResCommun2(1)32-5)。核酸類似物可被設計為用於檢測β2-腎上腺素受體多態性，其會影響到用於治療哮喘和肺部疾病的β2激動藥的應答(見，例如Liggett，S.B.2000.beta(2)-adrenergicreceptorpharmacogenetics.AmJRespirCritCareMed161(3Pt2)S197-201；Dishy，V.，G.G.Sofowora，H.G.Xie，R.B.Kim，D.W.Byrne，C.M.Stein，andA.J.Wood.2001.Theeffectofcommonpolymorphismsofthebeta2-adrenergicreceptoronagonist-mediatedvasculardesensitization.NEnglJMed345(14)1030-5)。核酸類似物可被設計為用於檢測緩激肽B2受體多態性，其會影響到用於治療心力衰竭的ACE抑制劑的應答(見，例如Mukae，S.，S.Aoki，S.Itoh，T.Iwata，H.Ueda，andT.Katagiri.2000.BradykininB(2)receptorgenepolymorphismisassociatedwithangiotensin-convertingenzymeinhibitor-relatedcough.Hypertension36(1)127-31；Mukae，S.，S.Itoh，S.Aoki，T.Iwata，K.Nishio，R.Sato，andT.Katagiri.2002.Associationofpolymorphismsoftherenin-angiotensinsystemandbradykininB2receptorwithACE-inhibitor-relatedcough.JHumHypertens16(12)857-63)。核酸類似物可被設計為用於檢測多巴胺受體(D2、D3、D4)多態性，其會影響到抗精神病藥的應答(見，例如Arranz，M.J.，J.Munro，J.Birkett，A.Bolonna，D.Mancama，M.Sodhi，K.P.Lesch，J.F.Meyer，P.Sham，D.A.Collier，R.M.Murray，andR.W.Kerwin.2000.Pharmacogeneticpredictionofclozapineresponse.Lancet355(9215)1615-6；IBasile，V.S.，M.Masellis，F.Badri，A.D.Paterson，H.Y.Meltzer，J.A.Lieberman，S.G.Potkin，F.Macciardi，andJ.L.Kennedy.1999.AssociationoftheMscIpolymorphismofthedopamineD3receptorgenewithtardivedyskinesiainschizophrenia.Neuropsychopharmacology21(1)17-27)。核酸類似物還可被設計為用於檢測雌激素(Estrogen)受體-α多態性，其會影響到共軛雌激素的應答，並可用於對絕經、骨質疏鬆症進行的激素替代療法(見，例如Herrington，D.M.，T.D.Howard，G.A.Hawkins，D.M.Reboussin，J.Xu，S.L.Zheng，K.B.Brosnihan，D.A.Meyers，andE.R.Bleecker.2002.Estrogen-receptorpolymorphismsandeffectsofestrogenreplacementonhigh-densitylipoproteincholesterolinwomenwithcoronarydisease.NEnglJMed346(13)967-74；Ongphiphadhanakul，B.，S.Chanprasertyothin，P.Payatikul，S.S.Tung，N.Piaseu，L.Chailurkit，S.Chansirikarn，G.Puavilai，andR.Rajatanavin.2000.Oestrogen-receptor-alphagenepolymorphismaffectsresponseinbonemineraldensitytooestrogeninpost-menopausalwomen.ClinEndocrinol(Oxf)52(5)581-5)。核酸類似物可被設計為用於檢測糖蛋白IIb/IIIa的糖蛋白IIIa亞基多態性，其會影響到阿司匹林或糖蛋白IIb/IIIa抑制劑(用於治療心肌梗塞)的應答(見，例如Michelson，A.D.，M.I.Furman，P.Goldschmidt-Clermont，M.A.Mascelli，C.Hendrix，L.Coleman，J.Hamlington，M.R.Barnard，T.Kickler，D.J.Christie，S.Kundu，andP.F.Bray.2000.PlateletGPIIIaP1(A)polymorphismsdisplaydifferentsensitivitiestoagonists.Circulation101(9)1013-8；Andrioli，G.，P.Minuz，P.Solero，S.Pincelli，R.Ortolani，S.Lussignoli，andP.Bellavite.2000.DefectiveplateletresponsetoarachidonicacidandthromboxaneA(2)insubjectswithP1(A2)polymorphismofbeta(3)subunit(glycoproteinIIIa).BrJHaematol110(4)911-8)。在又一種實施方式中，核酸類似物可被設計為用於檢測複合胺(5-羥色胺)轉運蛋白的多態性，其會影響到用於治療Alzheimer′s症和抑鬱症的抗抑鬱藥的應答(見，例如Kim，D.K.，S.W.Lim，S.Lee，S.E.Sohn，S.Kim，C.G.Hahn，andB.J.Carroll.2000.Serotonintransportergenepolymorphismandantidepressantresponse.Neuroreport11(1)215-9和Smeraldi，E.，R.Zanardi，F.Benedetti，D.DiBella，J.Perez，andM.Catalano.1998.Polymorphismwithinthepromoteroftheserotonintransportergeneandantidepressantefficacyoffluvoxamine.MolPsychiatry3(6)508-11)。核酸類似物可被設計為用於檢測內收蛋白(adducin)多態性，其會影響到用於治療心肌梗塞、高血壓的利尿劑的應答(見，例如Sciarrone，M.T.，P.Stella，C.Barlassina，P.Manunta，C.Lanzani，G.Bianchi，andD.Cusi.2003.ACEandalpha-adducinpolymorphismasmarkersofindividualresponsetodiuretictherapy.Hypertension41(3)398-403；Psaty，B.M.，N.L.Smith，S.R.Heckbert，H.L.Vos，R.N.Lemaitre，A.P.Reiner，D.S.Siscovick，J.Bis，T.Lumley，W.T.Longstreth，Jr.，andF.R.Rosendaal.2002.Diuretictherapy，thealpha-adducingenevariant，andtheriskofmyocardialinfarctionorstrokeinpersonswithtreatedhypertension.Jama287(13)1680-9)。核酸類似物還可被設計為用於檢測載脂蛋白E(APOE)多態性，其會影響到用於治療冠狀動脈疾病、膽固醇和動脈粥樣硬化的斯達汀(statin)的應答(見，例如Ordovas，J.M.，J.Lopez-Miranda，F.Perez-Jimenez，C.Rodriguez，J.S.Park，T.Cole，andE.J.Schaefer.1995.EffectofapolipoproteinEandA-IVphenotypesonthelowdensitylipoproteinresponsetoHMGCoAreductaseinhibitortherapy.Atherosclerosis113(2)157-66；Gerdes，L.U.，C.Gerdes，K.Kervinen，M.Savolainen，I.C.Klausen，P.S.Hansen，Y.A.Kesaniemi，andO.Faergeman.2000.Theapolipoproteinepsilon4alleledeterminesprognosisandtheeffectonprognosisofsimvastatininsurvivorsofmyocardialinfarctionasubstudyoftheScandinaviansimvastatinsurvivalstudy.Circulation101(12)1366-71)。APOE多態性還能影響到用於治療Alzheimer’s症的他克林(Tacrine)的應答(見，例如Poirier，J.，M.C.Delisle，R.Quirion，I.Aubert，M.Farlow，D.Lahiri，S.Hui，P.Bertrand，J.Nalbantoglu，B.M.Gilfix，andetal.1995.ApolipoproteinE4alleleasapredictorofcholinergicdeficitsandtreatmentoutcomeinAlzheimerdisease.ProcNatlAcadSciUSA92(26)12260-4.Poirier，J.1999.ApolipoproteinEapharmacogenetictargetforthetreatmentofAlzheimer′sdisease.MolDiagn4(4)335-41；Soininen，H.，O.Kosunen，S.Helisalmi，A.Mannermaa，L.Paljarvi，S.Talasniemi，M.Ryynanen，andP.Riekkinen，Sr.1995.AseverelossofcholineacetyltransferaseinthefrontalcortexofAlzheimerpatientscarryingapolipoproteinepsilon4allele.NeurosciLett187(2)79-82)。在另一種實施方式中，核酸類似物還可被設計為用於檢測HLA多態性，其會影響到用作為抗病毒藥及用於治療HIV的阿巴卡韋(Abacavir)的應答(見，例如Mallal，S.，D.Nolan，C.Witt，G.Masel，A.M.Martin，C.Moore，D.Sayer，A.Castley，C.Mamotte，D.Maxwell，I.James，andF.T.Christiansen.2002.AssociationbetweenpresenceofHLA-B*5701，HLA-DR7，andHLA-DQ3andhypersensitivitytoHIV-1reverse-transcriptaseinhibitorabacavir.Lancet359(9308)727-32和Hetherington，S.，A.R.Hughes，M.Mosteller，D.Shortino，K.L.Baker，W.Spreen，E.Lai，K.Davies，A.Handley，D.J.Dow，M.E.Fling，M.Stocum，C.Bowman，L.M.Thurmond，andA.D.Roses.2002.GeneticvariationsinHLA-BregionandhyPersensitivityreactionstoabacavir.Lancet359(9312)1121-2)。核酸類似物還可被設計為用於檢測膽固醇酯轉運蛋白(CETP)多態性，其會影響到用於治療冠狀動脈疾病、膽固醇和動脈粥樣硬化的斯達汀的應答(見，例如Kuivenhoven，J.A.，J.W.Jukema，A.H.Zwinderman，P.deKnjiff.R.McPherson，A.V.Bruschke，K.I.Lie，andJ.J.Kastelein.1998.Theroleofacommonvariantofthecholesterylestertransferproteingeneintheprogressionofcoronaryatherosclerosis.TheRegressionGrowthEvaluationStatinStudyGroup.NEnglJMed338(2)86-93；Rump，P.，R.P.Mensink，andG.Hornstra.2002.InteractionbetweenacommonvariantofthecholesterylestertransferproteingeneandtheapolipoproteinEpolymorphismeffectsonplasmalipidsandlipoproteinsinacohortof7-year-oldchildren.NutrMetabCardiovascDis12(6)317-24和vanVenrooij，F.V.，R.P.Stolk，J.D.Banga，T.P.Sijmonsma，A.vanTol，D.W.Erkelens，andG.M.Dallinga-Thie.2003.Commoncholesterylestertransferproteingenepolymorphismsandtheeffectofatorvastatintherapyintype2diabetes.DiabetesCare26(4)1216-23)。在另一種實施方式中，核酸類似物可被設計為用於檢測離子通道相關的多態性，其會影響到用於治療細菌感染的紅黴素(一種抗生素)的應答(見，例如Sesti，F.，G.W.Abbott，J.Wei，K.T.Murray，S.Saksena，P.J.Schwartz，S.G.Priori，D.M.Roden，A.L.George，Jr.，andS.A.Goldstein.2000.Acommonpolymorphismassociatedwithantibiotic-inducedcardiacarrhythmia.ProcNatlAcadSciUSA97(19)10613-8；Abbott，G.W.，F.Sesti，I.Splawslci，M.E.Buck，M.H.Lehmann，K.W.Timothy，M.T.Keating，andS.A.Goldstein.1999.MiRPlformsIKrpotassiumchannelswithHERGandisassociatedwithcardiacarrhythmia.Cell97(2)175-87)。核酸類似物還可被設計為用於檢測甲基鳥嘌呤甲基轉移酶多態性，其會影響到用於治療膠質瘤的卡氯芥(Carmustine)的應答(見，例如Esteller，M.，J.Garcia-Foncillas，E.Andion，S.N.Goodman，O.F.Hidalgo，V.Vanaclocha，S.B.Baylin，andJ.G.Herman.2000.InactivationoftheDNA-repairgeneMGMTandtheclinicalresponseofgliomastoalkylatingagents.NEnglJMed343(19)1350-4；Gerson，S.L.2002.ClinicalrelevanceofMGMTinthetreatmentofcancer.JClinOncol20(9)2388-99)。核酸類似物可被設計為用於檢測Parkin多態性，其會影響到用於治療parkinson′s症的左旋多巴的應答(見，例如Lucking，C.B.，A.Durr，V.Bonifati，J.Vaughan，G.DeMichele，T.Gasser，B.S.Harhangi，G.Meco，P.Denefle，N.W.Wood，Y.Agid，andA.Brice.2000.Associationbetweenearly-onsetParkinson′sdiseaseandmutationsintheparkingene.FrenchParkinson′sDiseaseGeneticsStudyGroup.NEnglJMed342(21)1560-7；Bonifati，V.，G.DeMichele，C.B.Lucking，A.Durr，E.Fabrizio，G.Ambrosio，N.Vanacore，M.DeMari，R.Marconi，L.Capus，M.M.Breteler，T.Gasser，B.Oostra，N.Wood，Y.Agid，A.Filla，G.Meco，andA.Brice.2001.Theparkingeneanditsphenotype.ItalianPDGeneticsStudyGroup，FrenchPDGeneticsStudyGroupandtheEuropeanConsortiumonGeneticSusceptibilityinParkinson′sDisease.NeurolSci22(1)51-2)。核酸類似物可被設計為用於檢測凝血素和因子V多態性，其會影響到口服避孕藥的應答，並能指示出血栓形成發展的潛在風險(見，例如Tassin，J.，A.Durr，A.M.Bonnet，R.Gil，M.Vidailhet，C.B.Lucking，J.Y.Goas，F.Durif，M.Abada，B.Echenne，J.Motte，A.Lagueny，L.Lacomblez，P.Jedynak，B.Bartholome，Y.Agid，andA.Brice.2000.Levodopa-responsivedystonia.GTPcyclohydrolaseIorparkinmutations？Brain123(Pt6)1112-21；Martinelli，I.，E.Sacchi，G.Landi，E.Taioli，F.Duca，andP.M.Mannucci.1998.Highriskofcerebral-veinthrombosisincarriersofaprothrombin-genemutationandinusersoforalcontraceptives.NEnglJMed338(25)1793-7；andMartinelli，I.，E.Taioli，P.Bucciarelli，S.Akhavan，andP.M.Mannucci.1999.InteractionbetweentheG20210Amutationoftheprothrombingeneandoralcontraceptiveuseindeepveinthrombosis.ArteriosclerThrombVaseBiol19(3)700-3)。核酸類似物還可被設計為用於檢測基質溶解酶-1(Stromelysin-1)多態性，其會影響到用於治療動脈粥樣硬化的斯達汀的應答(見，例如Legnani，C.，G.Palareti，G.Guazzaloca，B.Cosmi，B.Lunghi，F.Bernard，andS.Coccheri.2002.Venousthromboembolisminyoungwomen；roleofthrombophilicmutationsandoralcontraceptiveuse.EurHeartJ23(12)984-90；Liggett，S.B.2000.beta(2)-adrenergicreceptorpharmacogenetics.AmJRespirCritCareMed161(3Pt2)S197-201；Humphries，S.E.，L.A.Luong，P.J.Talmud，M.H.Frick，Y.A.Kesaniemi，A.Pasternack，M.R.Taskinen，andM.Syvanne.1998.The5A/6Apolymorphisminthepromoterofthestromelysin-1(MMP-3)genepredictsprogressionofangiographicallydeterminedcoronaryarterydiseaseinmenintheLOCATgemfibrozilstudy.LopidCoronaryAngiographyTrial.Atherosclerosis139(1)49-56).Humphries，S.，C.Bauters，A.Meirhaeghe，L.Luong，M.Bertrand，andP.Amouyel.2002.The5A6Apolymorphisminthepromoterofthestromelysin-1(MMP3)geneasariskfactorforrestenosis.EurHeartJ23(9)721-5；anddeMaat，M.P.，J.W.Jukema，S.Ye，A.H.Zwinderman，P.H.Moghaddam，M.Beekman，J.J.Kastelein，A.J.vanBoven，A.V.Bruschke，S.E.Humphries，C.Kluft，andA.M.Henney.1999.Effectofthestromelysin-1promoteronefficacyofpravastatinincoronaryatherosclerosisandrestenosis.AmJCardiol83(6)852-6)。K.經遺傳修飾的生物本文公開的方法還提供了對是否存在經遺傳修飾的生物(GMO)進行快速且靈敏的診斷試驗的方法。GMO的例子包括但不限於其中一種或多種基因已經經過修飾、添加或缺失的生物。GMO可具有如下特徵存在一種或多種特定基因、不存在一種或多種特定基因、特定變化、或一種或多種特定基因的表達有所改變。核酸類似物可被設計為用於與GMO所特有的目標多核苷酸互補。用本反應的方法可對GMO是否存在和存在的量進行測量。L.非本地植物和動物本文公開的方法還提供了對非本地植物和動物是否存在以及存在的數量進行快速且靈敏的診斷試驗的方法。對特定區域來說是非本地的生物會對本地植物和動物造成環境和生物危害。核酸類似物可被設計為與非本地植物和動物所特有的目標多核苷酸互補。用本發明的方法，可對是否存在非本地植物和動物以及存在的量進行測量。M.農業應用本文公開的方法還提供了對特定植物和植物變異體是否存在以及存在的數量進行快速且靈敏的診斷試驗的方法。核酸類似物可被設計為與特定植物和植物變異體所特有的目標多核苷酸互補。用本發明的方法，可對是否存在特定植物和植物變異體以及存在的量進行測量。N.獸醫應用本文公開的方法、組合物和分析系統還提供了用於獸醫應用中的快速且靈敏的診斷試驗方法。核酸類似物可被設計為與目標多核苷酸互補，所述目標多核苷酸對應於基於動物的感染，或對應於遺傳疾病或紊亂。在一種實施方式中，本發明的方法、組合物和分析系統可被用於檢測是否存在狂犬病病毒或是否被其感染。核酸類似物可被設計為具有用於對狂犬病進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析來鑑定狂犬病的引物的例子是本領域內已知的(見，例如ItoM，ItouT，ShojiY，SakaiT，ItoFH，AraiYT，TakasakiT，KuraneI.Discriminationbetweendog-relatedandvampirebat-relatedrabiesvirusesinBrazilbystrain-specificreversetranscriptase-polymerasechainreactionandrestrictionfragmentlengthpolymorphismanalysis.JClinVirol.2003Apr；26(3)317-30；BlackEM，LowingsJP，SmithJ，HeatonPR，McElhinneyLM.ArapidRT-PCRmethodtodifferentiatesixestablishedgenotypesofrabiesandrabies-relatedvirusesusingTaqMantechnology.JVirolMethods.2002Aug；105(1)25-35；DavidD，YakobsonB，RotenbergD，DveresN，DavidsonI，StramY.RabiesvirusdetectionbyRT-PCRindecomposednaturallyinfectedbrains.VetMicrobiol.2002Jun20；87(2)111-8；ItoM，ItouT，SakaiT，SantosMF，AraiYT，TakasakiT，KuraneI，ItoFH.DetectionofrabiesvirusRNAisolatedfromseveralspeciesofanimalsinBrazilbyRT-PCR，JVetMedSci.2001Dec；63(12)1309-13)。在另一種實施方式中，本發明的方法、組合物和分析系統可用於檢測豬應激症候群。豬應激症候群是蘭尼定(ryanodine)受體(RYR-1)基因(同源的或異源的)突變所導致的。核酸類似物可被設計為具有用於對豬應激症候群進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析來鑑定豬應激症候群的引物的例子是本領域內已知的(見，例如LeeSH，ChoKK，KangSK，KimCW，ParkHC，ChoyYH，ChoiYJ.Detectionofpigsresistanttopost-weaningdiarrheaea，oedemadiseaseandporcinestresssyndromebyallele-specificpolymerasechainreaction.AnimGenet.2002Jun；33(3)237-9，BuH，LiuJ，LiSF.TheRYR1genotypeofChineseinbredpigs.ZhongguoXiuFuChongJianWaiKeZaZhi.2000Sep；14(5)311-4)。本發明的方法、組合物和分析系統可用於檢測高鉀性周期性麻痺疾病(HyPP)。HyPP是美國夸特(Quarter)馬或雜交種的遺傳疾病。數據暗示，HyPP作為共顯性遺傳缺陷被遺傳，因為純合體較之雜合體顯示出更為嚴重的臨床徵候。核酸類似物可被設計為具有用於對HyPP進行基於PCR的檢測的引物的序列。在另一種實施方式中，本發明的方法、組合物和分析系統可用於檢測FeCV(貓科冠狀病毒)。核酸類似物可被設計為具有用於對貓科冠狀病毒進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析來鑑定貓科冠狀病毒的引物的例子是本領域內已知的(見，例如KennedyM，CitinoS，McNabbAH，MoffattAS，GertzK，KaniaS.DetectionoffelinecoronavirusincaptiveFelidaeintheUSA.JVetDiagnInvest.2002Nov；14(6)520-2；AddieDD，JarrettO.Useofareverse-transcriptasepolymerasechainreactionformonitoringthesheddingoffelinecoronavirusbyhealthycats.VetRec.2001May26；148(21)649-53；HerreweghAA，MahlerM，HedrichHJ，HaagmansBL，EgberinkHF，HorzinekMC，RottierPJ，deGrootRJ.Persistenceandevolutionoffelinecoronavirusinaclosedcat-breedingcolony.Virology.1997Aug4；234(2)349-63)。在另一種實施方式中，本發明的方法、組合物和分析系統可用於檢測FIP病毒(普遍存在於貓科腸道的冠狀病毒(FECV)的突變體)是否存在或是否被其感染。核酸類似物可被設計為具有用於對FIP病毒進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析來鑑定FIP的引物的例子是本領域內已知的(見，例如Gunn-MooreDA，Gruffydd-JonesTJ，HarbourDA.Detectionoffelinecoronavirusesbycultureandreversetranscriptase-polymerasechainreactionofbloodsamplesfromhealthycatsandcatswithclinicalfelineinfectiousperitonitis.VetMicrobiol.1998Jul；62(3)193-205；KennedyM，BoedekerN，GibbsP，KaniaS.Deletionsinthe7aORFoffelinecoronavirusassociatedwithanepidemicoffelineinfectiousperitonitis.VetMicrobiol.2001Aug8；81(3)227-34)。本發明的方法、組合物和分析系統還可用於檢測馬傳染性貧血症病毒(EIAV)是否存在或是否被其感染。核酸類似物可被設計為具有用於對EIAV病毒進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析來鑑定EIAV的引物的例子是本領域內已知的(見，例如CookRF，CookSJ，LiFL，MontelaroRC，IsselCJ.Developmentofamultiplexreal-timereversetranscriptase-polymerasechainreactionforequineinfectiousanemiavirus(EIAV).JVirolMethods.2002Aug；105(1)171-9；LangemeierJL，CookSJ，CookRF，RushlowKE，MontelaroRC，IsselCJ.DetectionofequineinfectiousanemiaviralRNAinplasmasamplesfromrecentlyinfectedandlong-terminapparentcarrieranimalsbyPCR.JClinMicrobiol.1996Jun；34(6)1481-7；NagarajanMM，SimardC.Detectionofhorsesinfectednaturallywithequineinfectiousanemiavirusbynestedpolymerasechainreaction.JVirolMethods.2001May；94(1-2)97-109)。本發明的方法、組合物和分析系統還可用於檢測Brucellaovis是否存在或是否被其感染。核酸類似物可被設計為具有用於對Brucellaovis病毒進行基於PCR的檢測的引物的序列。用於通過基於PCR的分析來鑑定Brucellaovis的引物的例子是本領域內已知的(見，例如ManterolaL，Tejero-GarcesA，FicapalA，ShopayevaG，BlascoJM，MarinCM，Lopez-GoniI.EvaluationofaPCRtestforthediagnosisofBrucellaovisinfectioninsemensamplesfromrams.，VetMicrobiol.2003Mar20；92(1-2)65-72；HamdyME，AminAS.DetectionofBrucellaspeciesinthemilkofinfectedcattle，sheep，goatsandcamelsbyPCR.VetJ.2002May；163(3)299-305；BrickerBJ，HallingSM.DifferentiationofBrucellaabortusbv.1，2，and4，Brucellamelitensis，Brucellaovis，andBrucellasuisbv.1byPCR.JClinMicrobiol.1994Nov；32(11)2660-6)。前述例子僅僅是示例性的。目標多核苷酸可以包括與本領域已知的、能賦予抗生素抗性的其它基因相對應的多核苷酸。VIII.試劑盒在一個方面，本發明提供了用於檢測目標多核苷酸的試劑盒。試劑盒可以包括一種或多種可用於本發明中的試劑，例如，染料、核酸類似物、光刺激的來源、緩衝液、用於對照的標準、顯示對照樣品陽性或陰性以用於判斷反應結果的參考(key)。可選地，提供一種或多種緩衝液。試劑盒還可以包括對下文公開的組合物、說明書和/或其它可選的組分的合適的包裝。A.染料本文提供的試劑盒包括一種或多種染料。染料可以以預先包裝的量來提供，或者可以以單獨的小管來提供，從所述小管中可分出一定份量。還可以將染料進一步包裝於任何合適的包裝中，以使其與試劑盒的其它組分分離，以及促進組合物的調劑。B.核酸類似物試劑盒還可以包括一種或多種核酸類似物。核酸類似物可以是本文所述的任何形式的核酸類似物。在一種實施方式中，核酸類似物是LNA。在另一種實施方式中，核酸類似物是PNA。核酸類似物可以具有任何與目標核酸序列互補或完全互補的序列。所述序列可以是本領域內已知的任何序列。在一種實施方式中，核酸類似物具有本文中公開的序列。核酸類似物可被提供於任何合適的容器中，並可以預先分裝為適於使用的份量，或者被提供於將進行分裝的單獨的小管中。還可以將容器進一步包裝於任何合適的包裝中，以使其與試劑盒的其它組分分離，以及促進淨制組合物的調劑。在另一種實施方式中，同一包裝中可含有兩種或多種核酸類似物序列。試劑盒還可以包括媒介物，用於促進核酸類似物與目標多核苷酸有效雜交，例如鮭魚精DNA。C.光刺激的來源可選地，試劑盒還可以包括光刺激的來源。光源的非限制性的例子包括SylvaniaCoolWhiteT8-CW、GeneralElectricT8-C50和FritzAurora50/50、SylvaniaduluxS9WCF9DS/藍和OsramF9TT/50K。D.多核苷酸操作組分試劑盒還可包括用於對多核苷酸進行操作的組分，例如緩衝液、酶、柱和其它物質。緩衝液、酶、柱和其它物質可以包括用於對細胞進行裂解或從細胞中提取DNA或RNA的那些。緩衝液、酶、柱和其它物質還可包括用於對多核苷酸(包括DNA和RNA)進行操作的組分。此類組分包括，例如，MolecularCloningALaboratoryManual，thirdedition(Sambrooketa1.，2000)ColdSpringHarborPress或本文公開的任何其它參考文獻中所公開的那些。E.說明書試劑盒還可包括用於開展本文所述的方法的說明書。說明書可作為單獨的部分和/或作為包裝或容器的一部分(例如，作為貼到容器上的標籤，或者，被寫上去或用其它手段整合為容器一部分)被包括進來。說明書可以告訴使用者應用和/或移除試劑盒中內含物的方法、關於對物質進行操作的預警和方法、期待結果、關於不正確使用的警告等。F.試劑盒的其它可選組分試劑盒還可含有可用於進行本文公開的方法的組分。示例性的其它組分包括對化學物質具有抗性的一次性包、試管、稀釋劑、手套、剪刀、記號筆和眼保護罩。實施例下述非限制性的實施例用於更為完整地描述使用上文所述的本發明的手段。應當理解，這些實施例並非以任何方式來限制本發明的範圍，其僅僅只作闡述示例目的之用。除非另有指明，下文中所有核酸類似物和DNA貯藏溶液都被配製於pH7.5的5mM磷酸緩衝液中。貯藏染料被配製於甲醇或DMSO中。實施例1用於檢測PNA/多核苷酸結合的基於液體的分析系統PNA/多核苷酸複合物的形成導致指示劑染料的顏色變化。花菜花葉病毒35S啟動子DNA被用作為特定的目標多核苷酸。染料是3』，3』-二乙基硫雜羰花青。在試管中，將15μM與花菜花葉病毒35S啟動子互補的PNA分子(35SPNA)加入到5μM35S啟動子DNA(35SDNA)中。PNA序列是CCCACCCACGAGG-LYS(SEQIDNO11)。加入處於5mM磷酸緩衝液(pH7.5)中的150μM染料。35SPNA和染料在系統中是過量的。顏色變化顯示多核苷酸的存在。用1μl2.5mM染料(稀釋於總體積為50μl的5mMPO4反應緩衝液中)來進行基於液體的分析。系統和方法都經過檢驗，其在pH4-10的範圍內是成功的，但是，在pH大於5時，系統能更好地運作。在時間為零時，pH4-10範圍內的反應看上去互相都近乎一致，但較之缺少PNA/目標多核苷酸雜交體的對照具有更少的變動。暴露給光刺激後，反應物開始變澄清。進一步暴露給光刺激後，有PNA/多核苷酸雜交體的反應物變得完全澄清，pH6-10之間的反應物變化速率都相同。具有PNA/多核苷酸雜交體的、pH4-5之間的反應物具有殘餘染料，以不同深淺的粉紅存在。已經使用了大量10mM濃度的緩衝液。在不同的pH對一些緩衝液進行了檢測。在高達0.5M的濃度下對NaPO4緩衝液進行了檢測。最理想地，使用的緩衝液和鹽包括NaPO4、NaHSO4、K2HPO4、K2SO4和CaSO4。不能使本發明的方法成功進行的緩衝液和鹽包括檸檬酸鈉、NaCl、CaH2PO4、FeSO4和MgSO4。本發明的方法還可使用純淨水、0.1％SDS、0.1％TritonX、0.1％Tween-20、3％丁醇、10％甲醇、10％異丙醇或10％DMSO、1X血液裂解緩衝液(0.15MNH4Cl、10mMNaHCO3、1mMEDTA)(pH7.4)或蔗糖裂解緩衝液(0.32M蔗糖、10mMTris、1％TritionX-100、5mMMgCl2)。在pH4、5、5.5、6、7、8、9、10處對磷酸鈉緩衝液進行了檢驗。在pH7.5時對其它所有緩衝液都進行了檢驗。pH7時，磷酸鈉緩衝液能提供最快的反應。對每微升反應物中300個目標多核苷酸進行檢測。還檢測了濃度為1.5×1014目標多核苷酸/反應(3×1012目標多核苷酸/μl反應物)；108擴增出的目標多核苷酸/反應(2×106擴增目標多核苷酸/μl反應物)。實施例2測定PNA分子對PCR反應的影響本實施例展示了不同PNA分子對PCR反應的影響。PCR組分如下組分體積終濃度水38μlN/A上遊引物，50μM0.5μl25μM下遊引物，50μM0.5μl25μMMgCl2，25mM3μl1.5mM10X反應緩衝液(Promega)5μl1XPCR核苷酸混合物(Promega)，1μl800μM10mM每種dNTPTaqDNA聚合酶，0.5μl0.05u/μlStorageBufferB(Promega)中，5u/μl10X反應緩衝液的組成Tris-HCl100mMKCl500mMTritonX-1001％引物序列如下熱循環儀程序(MJResearchPTC-200)95℃，1分鐘42個循環94℃，10秒53℃，10秒72℃，20秒保存於4℃。通過PCR對下述樣品進行分析，以確定PNA分子是否會抑制PCR反應；1.1μlBt/RR玉米DNA(Bt/RR玉米已經經過了遺傳修飾)2.1μlBt/RR玉米DNA，1μlPNA(100mM)3.1μlBt/RR玉米DNA，5μlPNA(100mM)4.1μl水用2％TBEE瓊脂糖凝膠電泳來觀察PCR結果。對下述樣品進行分析，以確定PNA的存在是否會抑制PCR。此外，測定PNA和甲醇對PCR效果的影響。1.1μlBt/RR玉米DNA2.1μlBt/RR玉米DNA，1μlPNA(100mM)3.1μlBt/RR玉米DNA，5μlPNA(100mM)4.1μlBt/RR玉米DNA，1μl甲醇5.1μlBt/RR玉米DNA，5μl甲醇6.1μlWater用2％TBEE瓊脂糖凝膠電泳來觀察PCR結果。結果顯示，當向反應物中加入1μlPNA時，PNA不抑制PCR(管2)。當向向反應物中加入5μlPNA時，PNA抑制PCR(管3)。當向反應物中加入1μl甲醇時，甲醇不抑制PCR(管4)。當向反應物中加入5μl甲醇時，甲醇抑制PCR(管5)。實施例3針對特定的目標多核苷酸序列和PNA序列，對不同濃度的DNA分子，測定碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青光學性能受光刺激產生的變化的時間段。目標多核苷酸是5′CTACGGGAGGCAGCAGTG3′(SEQIDNO2)，互補的PNA分子是N′CACTGCTGCCTCCCCGTAG-Lys.(SEQIDNO1)。目標多核苷酸濃度是列於圖5的圖例說明中的那些。PNA濃度為14.4pmol/反應。染料濃度為6nmol/反應。圖5示出了對不同濃度的DNA而言，暴露給光刺激後碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料發射率隨時間的變化。用混合波長的光源來刺激變化時，不同待測DNA濃度下的分析敏感度。圖例中描述了多核苷酸(本例中，DNA)的不同濃度。圖例濃度代表每項反應中的DNA終濃度。(□)代表僅含有探針和染料的樣品；(△)代表僅含有染料的樣品；(×)代表僅含有緩衝液的樣品。圖6示出了不同DNA濃度下發射率的百分比變化。在較高的DNA濃度下，染料具有較高的發射率變化速率。通過對較高PNA濃度下染料光學性能變化速率與較低PNA濃度下(或不存在PNA時)染料光學性能變化速率進行比較，對目標多核苷酸的存在情況進行檢測，並可對其進行定量，如圖10所示。多核苷酸濃度與圖5的圖例中所示一致。實施例4本實施例表明不同波長的光刺激下，染料光學性能的變化速率也不同。將具有序列5′CTACGGGAGGCAGCAGTG3′(SEQIDNO2)的目標多核苷酸(20pmol/反應)和具有序列N′CACTGCTGCCTCCCCGTAG-Lys(SEQIDNO1)的PNA分子(14.4pmol/反應)與碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料組合起來，形成混合物。然後將該混合物暴露給不同光譜產生的光刺激(超過10分鐘)，測量染料發射率隨時間的百分比變化。圖7描述了本實驗的結果。用FritzAurora50/50可見光譜來產生白光刺激，產生400nm至700nm之間的波長。用藍色濾光器來產生藍光刺激。得到的藍光在450nm至480nm之間。用綠色濾光器來產生綠光刺激。得到的綠光在450nm至480nm之間。用紅色濾光器來產生紅光刺激，得到的紅光在630nm至720nm之間。白光刺激得到了最大的發射率百分比變化。藍光和綠光波長導致發射率的百分比變化初始時更慢。紅光波長顯示了非常慢的發射率百分比變化。實施例5本實施例表明本發明的方法可用於檢測核酸序列的區別。準備兩種樣品。第一種樣品含有與DMO大豆多核苷酸中發現的GMO序列互補的PNA、GMO大豆多核苷酸以及碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青的混合物。第二種樣品含有與DMO大豆多核苷酸中發現的GMO序列互補的PNA、非GMO大豆多核苷酸以及碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青的混合物。暴露給光刺激後，對兩種樣品都觀察其發射率隨時間的百分比變化。對兩種混合物而言，大豆多核苷酸都是從大豆植株葉片中獲得的。在兩種混合物中，使用1μl經過分離的DNA，反應體積為100μl，DNA濃度為25ng/μl。圖8中示出了得到的發射率隨時間的變化速率。對樣品測量碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青發射率隨時間的百分比變化，樣品中含有碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青、與經遺傳修飾的生物(GMO)大豆的35S多核苷酸區域互補的PNA分子和經遺傳修飾的生物(GMO)大豆多核苷酸或非GMO多核苷酸。染料的發射率變化來自PNA與GMO大豆的雜交，而雜交不會由非GMO大豆所導致。本方法能檢測到GMO大豆，而檢測不到的是非GMO大豆。本方法提供了檢測DNA中存在的多核苷酸序列的區別的方法。實施例6本實施例顯示可以通過下述方法來測定樣品中多核苷酸的含量測量具有未知濃度的多核苷酸的樣品中染料光學性能的變化速率，將光學性能的變化速率與已知的光學性能變化速率的曲線進行比較。時間可以是固定的，可在特定的反應時間對變化進行測量。對速率的測定還可包括測定單個時間點處光學性能的變化，將光學性能的變化關聯於具有已知濃度的一種或多種樣品的濃度。計算出對一系列多核苷酸濃度而言，發射率發生20％變化所需要的時間。目標多核苷酸序列是5′CTACGGGAGGCAGCAGTG3′(SEQIDNO2)PNA分子序列是N′CACTGCTGCCTCCCCGTAG-Lys(SEQIDNO1)。圖10中示出了作為目標多核苷酸濃度的函數的降低20％所需要的時間。數據對應於圖6中的百分比變化數據。對分析的一種方式而言，對具有未知濃度的樣品，測量其發射率發生20％改變時的時間點。可通過外推標準曲線來測定給定樣品中多核苷酸的含量。實施例7本實施例表明目標多核苷酸可以是RNA。組合PNA、RNA和碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料。目標RNA序列是5′CUACGGGAGGCAGCAGUG3′(SEQIDNO15)，PNA序列是通用的細菌PNA探針，其具有與RNA序列互補的序列。將混合物暴露給光刺激，測量染料的發射率隨時間的百分比變化，將其與包括DNA多核苷酸(用於代替RNA多核苷酸序列)的樣品進行比較。圖11中示出了得到的光學性能隨時間的百分比變化。對20pmol目標DNA/反應(■)和目標RNA(●)(RNA濃度為20pmol/反應、10pmol/反應和2pmol/反應)進行了比較。Y軸代表較之僅有探針和染料的情況，螢光隨時間的百分比變化。RNA多核苷酸導致了染料的發射率隨時間變化。基於染料光學性能變化的速率，檢測到了RNA的存在。實施例8本實施例顯示，本方法可進行於汙染背景存在的情況下。在熟食肉汁的汙染背景下，測量樣品中碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青發射率隨時間的百分比變化。製備碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料和PNA分子。目標多核苷酸是5′CTACGGGAGGCAGCAGTG3′(SEQIDNO2)，PNA序列是CACTGCTGCCTCCCCGTAG-Lys(SEQIDNO1)。圖12中示出了結果。其中示出了以(■)表示的未受汙染的、清潔的系統的百分比變化，和濃度為1□l、2□l和4□l的熟食肉汁背景中受汙染的樣品(以空心圖例表示)中的百分比變化。本例說明可以在受汙染背景中檢測到多核苷酸的存在實施例9圖13描述了向系統中加入PNA「楔子」。將生物素化的PNA((5′bio-oo-gatagtgggattgtgcgt)(SEQIDNO16)結合到鏈親合素孔上，然後與多核苷酸反應。雜交後，加入染料，系統被暴露於光刺激中，然後測量隨時間的百分比變化。多核苷酸可以是合成的多核苷酸或是擴增子(amplicon)目標多核苷酸。「試驗/a」代表35SPNA5′bio-oo-gatagtgggattgtgcgt(SEQIDNO16)和195bp的擴增子目標多核苷酸。「試驗/a+1」包括35SPNA5′bio-oo-gatagtgggattgtgcgt(SEQIDNO16)以及195bp的擴增子目標多核苷酸和PNA5′tcttctttttccacg-LYS(SEQIDNO17)。「試驗/a+2」包括35SPNA5′bio-oo-gatagtgggattgtgcgt(SEQIDNO16)以及195bp的擴增子目標多核苷酸和PNA5′tcttctttttccacg-LYS(SEQIDNO17)。「試驗/a+b」包括35SPNA5′bio-oo-gatagtgggattgtgcgt(SEQIDNO16)以及195bp的擴增子目標多核苷酸、5′tcttctttttccacg-LYS(SEQIDNO17)和5′tcacatcaatccact-LYS(SEQIDNO18)。「試驗/a+bpre」包括35SPNA5′bio-oo-gatagtgggattgtgcgt(SEQIDNO16)以及195bp的擴增子目標多核苷酸、5′tcttctttttccacg-LYS(SEQIDNO17)和5′tcacatcaatccact-LYS(SEQIDNO18)，其中，在與結合的PNA雜交之前，5′tcttctttttccacg-LYS(SEQIDNO17)和5′tcacatcaatccact-LYS(SEQIDNO18)與擴增子目標多核苷酸共同溫育。「試驗/o」代表35SPNA5′bio-oo-gatagtgggattgtgcgt(SEQIDNO16)以及互補的多核苷酸.接頭(linker)-oo-是8-氨基-3，6-二氧辛酸。在本實施方式和其它實施方式中，接頭可以是本領域內已知得任何化學連接基團。將核酸類似物加入到目標多核苷酸的不同位點會改變變化速率。實施例10本實施例描述了不同波長下染料光學性能的變化速率。圖14示出了對一系列樣品暴露給不同波長的光刺激的情況的比較。製備目標多核苷酸、PNA和碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料的混合物，觀察染料光學性能的變化。目標多核苷酸是5′CTACGGGAGGCAGCAGTG3′(SEQIDNO2)，PNA分子是CACTGCTGCCTCCCCGTAG-Lys(SEQIDNO1)。圖14a)-d)示出了在一系列波長下，染料發射率隨時間的變化圖，波長如下所示a)混合光；b)藍光源，450nm；c)綠光源，510nm；d)紅光源，645nm。對a)-d)中的每種而言，(■)示出了陽性對照或試驗樣品；(□)示出了僅有PNA探針的情況；(▲)示出了僅有碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料的情況；(×)示出了緩衝液背景。發射率對應於圖7中所示的百分比變化。實施例11本實施例顯示，通過在與固體支持物結合之前或之後製備PNA/多核苷酸雜交體，本發明的方法可被用於基於固體的形式。將通用的細菌PNA探針及其互補的多核苷酸用於下述實驗。目標多核苷酸是5′CTACGGGAGGCAGCAGTG3′(SEQIDNO2)，PNA分子是5′bio-CACTGCTGCCTCCCCGTAG3′(SEQIDNO1)。在第一種樣品中，通過鏈親合素-生物素結合，將經生物素化的PNA探針固定到孔上。然後加入多核苷酸和碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料。將樣品暴露給光刺激，對染料螢光發射率的百分比變化進行測量。在第二種樣品中，使生物素化的探針和目標多核苷酸得以相互雜交，以形成PNA/多核苷酸雜交體。然後將PNA/多核苷酸雜交體加入到塗有鏈親合素的孔中，使雜交體得以與孔的表面結合。圖15示出了在第一種和第二種樣品中觀察到的發射率隨時間的百分比變化。在試驗1(■)中，在與目標DNA和染料反應之前，通過鏈親合素-生物素的結合，對探針進行生物固定，固定到孔上。試驗2(●)中，PNA分子和目標得以在加入到孔中之前在溶液中互相雜交。Y-軸表示較之僅有探針的情況，螢光隨時間的百分比變化。實施例12本實施例表明本發明的方法可被用於對從血液樣品中獲得的目標多核苷酸進行鑑定和/或定量。通過靜脈穿刺將人類血液收集到EDTA管中。將10μl男性血液和10μl女性血液加入到含有180μl裂解緩衝液的微離心管中，所述緩衝液為6M硫氰酸胍、20mMEDTA、10mMTRIS.HCl(pH6.5)、40g/LTritonX、10g/L二硫代蘇糖醇。加入血液之前，在60℃對緩衝液進行加熱至其溶解。將10μl女性血液加入到含有190μl同樣的裂解緩衝液的微離心管中。反應在室溫溫育10分鐘。在4000rpm對反應物進行5分鐘的離心。棄去上清液，用500μl裂解緩衝液對沉澱進行洗滌。在最高速度下再對沉澱離心2分鐘。棄去上清液，用500μl洗滌緩衝液(25％乙醇、25％異丙醇、100mMNaCl、10mMTris.HCl(pH8.0))對沉澱進行洗滌。再在最高速度下對反應物進行2分鐘的離心，棄去上清液。用用於PNA雜交反應的5mM磷酸緩衝液對反應物進行兩次洗滌。最後一次漂洗後，將反應物重新懸浮於200μl5mM的磷酸衝液中。下表顯示了用於在微孔中的試驗條件。2.5μl全血液被用於50μl的反應體積中。這相當於300目標/μl反應物和1ng的DNA。PNA序列5′Bio-OO-TGAGTGTGTGGCTTTCG3′(SEQIDNO19)。用Genios分光光度計在激發波長為535nm和發射波長為590nm處來收集發射率數據。最初的零分鐘讀數後，樣品被暴露給Aurora50/50的光刺激，暴露30秒。在10分鐘內，每30秒測一次螢光。圖16顯示，本分析檢測到了目標男性血液的樣品，以(■)表示，而以(□)表示的女性血液作為陰性對照則沒有被檢測到。實施例14大量的核酸序列已被用於或可被用於檢測目標多核苷酸。下面列出了這些序列。實施例15圖19示出了暴露給不同波長的光刺激的影響。將包括16SPNA(5′cactgctgcctcccgtag-LYS)(SEQIDNO1)、多核苷酸(5′ctacgggaggcagcagtg)(SEQIDNO2)和碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青染料的混合物暴露給具有所有可見波長的白光刺激、藍光源(450nm)、綠光源(510nm)和紅光源(645nm)，以及無光刺激暴露。用於混合光的光源是來自FITZ的Aurora50/50。為獲得藍、綠和紅光，將濾光器置於Aurora50/50上。在Safire多孔板讀數器(Tecan製造)上進行讀數。暴露給光刺激的混合物導致染料光學性能較之參照值具有了不同的變化速率。沒暴露給光刺激的混合物在測量中沒有表現出可被測量到的隨著時間的變化。不同的波長導致了光學性能變化的不同速率。本實施例顯示，發光可被用於產生染料光學性能的不同變化速率。實施例16將PNA固定於固體支持物上，基於染料螢光變化速率對DNA的量進行檢測。下述反應物被用於本實施例中a)10μM探針-BIO(來自實施例14)；b)2mM碘化二乙基硫雜羰花青染料(DMSO中100mM的貯液；5mM緩衝液中，2mM工作濃度)；c)5mM緩衝液(pH5.5)(1ml100mMNa2HPO4·7H2O+24ml100mMNa2H2PO4·H2O+475mlH2O，pH至5.5)；d)1XPBS+0.05％Tween20(PBST)(1XPBS＝0.137MNaCl+2.68mMKCl+4.3mMNaH2PO4+1.47mMKH2PO4)；e)鏈親合素微滴定板(NUNC)和f)含有或缺乏目標多核苷酸的試驗樣品。對孔的數量進行計算，每個孔都通過用200μl1XPBST對孔進行3次預洗滌來準備。將1μlPNA探針用於50μl總反應體積。將3μl探針加入到147μl的PBST中。將PNA探針結合到微滴定孔的固體表面上。在輕微振蕩下，於室溫對混合物進行1小時的溫育。然後用100μl的PBST對孔進行3X洗滌。移去液體。然後用5mM磷酸緩衝液再對孔進行3X洗滌。對陽性對照而言，將1μl反應物加入到49μl5mM磷酸緩衝液中，然後加入到陽性對照孔中。將1μl樣品稀釋於49μl磷酸緩衝液中，然後加入到試驗樣品孔中。對於僅有探針和緩衝液的孔，加入50μl磷酸緩衝液。在輕微振蕩下，於室溫對所有的孔進行30分鐘的溫育。用100μl上述磷酸緩衝液對孔進行5X洗滌。通過用1μl2mM的染料與49μl磷酸緩衝液/孔來製備染料溶液。將染料溶液加入到所有的孔中，除了僅有陰性對照緩衝液的孔。將50μl磷酸緩衝液加入到僅有緩衝液的孔中。觀察染料的螢光情況。在提供來自Aurora50/50光源的光刺激以前，對最初的螢光讀數進行檢測。激發位於535nm處，用Genios多孔板讀數器，對590nm處的發射率，每2分鐘進行一次觀察。實施例17A.用液體PNA樣品來進行下述方案。準備對於試驗樣品的數目來說足夠多的孔，再加3個供對照使用。分離DNA或RNA。每份試驗反應物含有1μLPNA探針、47μL緩衝液[(5mM)、2ml100mMNa2HPO4·7H2O+48mlNa2H2PO4·H2O/L(pH5.5)]以及1μL試驗樣品。將樣品上樣至Greiner96孔條狀平板(stripplate)(#705070)。探針、染料和緩衝液組合起來形成混合物，對每個孔的安排如下將49μL混合物加入到所有孔中，只除了僅有緩衝液的孔。輕輕混合溶液。在下述波長下，對沒有暴露給光刺激的螢光吸光度進行測量吸收562nm；螢光發射535nm以及螢光激發590nm。用Aurora50/50，將樣品暴露給光刺激，暴露給光刺激每30秒後，測定吸光度或螢光。B.用固定到固體表面的PNA分子來進行下述方案。下述體系被用於本方案a)10μMPNA(ABI)；b)2mM碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青(Sigma-Aldrich，目錄#173738)染料；c)5mM1XPBS(0.137MNaCl、2.68mMKCl、4.3mMNaH2PO4、1.47mMKH2PO4)+0.05％Tween-20；d)1XPBS(0.137MNaCl、2.68mMKCl、4.3mMNaH2PO4、1.47mMKH2PO4)+0.05％Tween-20；e)包括目標多核苷酸的試驗樣品和f)塗布有鏈親合素的平板(NuncbrandImmobilizerTM(目錄號436014))。在一種變化方式中，在引入多核苷酸樣品之前對PNA進行固定。通過用300μl1XPBST洗三次，來準備對於待試驗樣品來說足夠多的孔(n)，再加3個額外的孔用於對照。分離出待試驗的DNA或RNA。通過將1μl10μMPNA貯液加入到49μlPBST中，將經生物素化的PNA固定到塗布有鏈親合素的孔上。製備PNA的總體預混合物(mastermix)，其中包括(n+2)X1μl10μMPNA貯液以及(n+2)X49μlPBST。向所有孔中加入50μlPNA混合物，只除了僅有緩衝液的孔。將混合物蓋住，在輕柔的搖床上，於室溫對其進行1小時的溫育。用200μlPBST對每個孔進行3X洗滌，然後用5mM磷酸緩衝液進行3X洗滌，將核酸樣品加入到被固定的探針上。將1μl樣品加入到49μl5mM磷酸緩衝液中。按照下表來製備對照孔將孔蓋住，在輕微振蕩下，於室溫對其進行30分鐘的溫育。然後用100μl5mM磷酸緩衝液對每個孔進行6X洗滌。通過將1μl2mM染料溶液加入到49μl5mM磷酸緩衝液中(對每份樣品而言)來製備染料溶液。向僅有緩衝液的孔中加入50μl5mM磷酸緩衝液。在下述波長下，對暴露給光刺激之前的最初的螢光或吸光度進行測量吸收562nm；螢光發射535nm以及螢光激發590nm。用Aurora50/50，將樣品暴露給光刺激。Aurora50/50還可與不同顏色的濾光器(藍、綠、紅)一起使用，以在暴露給光刺激每20分鐘時提供人們感興趣的波長。在另一種變化中，PNA被固定，同時用目標多核苷酸進行雜交。通過用300μl1XPBST洗三次，來準備對於待試驗樣品來說足夠多的孔(n)，再加3個額外的孔用於對照。對DNA或RNA進行分離。按照下表來製備PNA探針和樣品的混合物在輕微振蕩下，於室溫對混合物進行10-120分鐘(取決於應用)的加蓋溫育。用100μl5mM磷酸緩衝液對混合物進行6X洗滌。按照上文所述來製備染料溶液。向每個孔中加入50μl溶液，只除了僅有緩衝液的孔。實施例18用植物DNA來進行下述方案。品係為RR2701大豆。其中使用的DNA來自經過純化的DNA提取物，其中含有62ng/μl。對樣品進行一系列稀釋，從62ng/μl至0.062ng/μl。將稀釋液中的1μl用於50μl反應物。用400μl磷酸緩衝過的鹽緩衝液(PBS)(+0.5％tween(PBST))在室溫對鏈親合素平板進行3X洗滌。用移液槍來進行所有的洗滌、上樣、移開步驟。將400μl用於洗滌的溶液直接加入到孔中。然後用同樣的移液槍和槍頭吸走溶液。將PNAbio-18(35S)在水中進行1/10的稀釋。(1μlPNA貯液到9μl水)。(BIO-OO-GATAGTGGGATTGTGCGT(SEQIDNO16)，其中OO是兩個接頭)。將1μl經稀釋的PNA加入到49μlPBST中。製備總體預混合物，其中包括所有要用於結合的孔，再加上一個過量的孔。因此，如果我們要結合10個孔，那麼要準備足夠用於11個孔的混合物。(11μl經稀釋的PNA+539μlPBST)。向每個孔中加入50μl該混合物。在軌道搖床(orbitalshaker)上，輕微振蕩下，於室溫對平板進行1小時的溫育。同時，通過在微PCR管中，對每種DNA樣品製備一系列的稀釋水溶液(1/10、1/100、1/1000)，來製備DNA。將管置於熱循環儀中，開始進行變性程序(95℃，5分鐘)。完成後將管放置於冰上，直至對其進行使用。溫育之後，用上述PBST對平板進行3X洗滌。然後用如上文所述的5mMPO4緩衝液(pH5.7)對平板進行3X洗滌。將1μlDNA或經稀釋的DNA樣品加入到每個孔中，(GM或非GMDNA，每個孔一種樣品)。加入49μl的PO4緩衝液。輕輕混合平板，在軌道搖床上，輕微振蕩下，於室溫對其進行30分鐘的溫育。溫育之後，用上述的PO4緩衝液對平板進行5X洗滌。向49μlPO4緩衝液中加入1μl碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青(3mM)(總體預混合物被製備為包括足夠用於所有的孔再加一個多餘的孔的量)。用移液槍向每個孔中加入50μl染料/緩衝液。然後將平板置於Tecan掃描儀上，以監測535nm激發和590nm發射處的光譜發射率。在時間為零處記錄最初的讀數。然後將平板暴露給光刺激，以1分鐘為間隔進行讀數。在Excel中進行數據分析，用公式100-(樣品/僅有PNA染料)X100來繪製基於百分比變化對時間的圖。圖20顯示，檢測到了不同濃度的大豆DNA。這些被表示為+。不含GMO序列的大豆DNA與背景水平接近。這些被表示為-。本發明可以檢測到0.0625ng的GMO大豆DNA，其相應於大約21個基因組。圖21示出了光學性能百分比變化對GMO陽性大豆和不含PNA目標序列的野生型大豆基因組數量的圖。實施例19下述反應顯示了對僅有磷酸緩衝液以及具有多種tween20濃度中的目標多核苷酸的檢測。用其它非離子去垢劑(包括NP-40和tritonX-100)進行了類似的實驗。下述體系被用於本方案a)10μMPNA(ABI)；b)2mM碘化3，3』-二乙基硫雜羰花青(Sigma-Aldrich，目錄#173738)染料；c)5mM緩衝液(pH5.5)(2ml100mMNa2HPO4·7H2O+48mlNaH2PO4·H2O/L)；d)試驗樣品。根據待試驗樣品數目加上用於對照的3個，來準備足夠的孔。對DNA或RNA進行分離。每份試驗反應物含有1μL探針、47μL緩衝液和1μL樣品，以組成混合物。向除了僅有緩衝液的孔之外的所有孔中，加入49μL混合物，對溶液進行輕柔的混合。在沒有暴露給光刺激的情況下，發射設置為535nm，激發設置為590nm，對最初的螢光進行測量。用Aurora50/50，將樣品暴露給光刺激，每暴露給光刺激60秒後，對吸光度和/或螢光進行測量。使用標準的5mM磷酸緩衝液(pH5.5)，將其與含有0.05％、0.1％、0.5％、1.0％、1.5％和2％tween20的磷酸緩衝液中的反應物進行比較。圖22示出了使用不同濃度的tween時的發射率。(■)代表與目標DNA進行的反應，(□)代表僅有探針的情況，(△)代表緩衝液中有染料的情況，(*)代表僅有緩衝液的情況。圖23示出了對於不同濃度的tween而言發射率的％變化。實施例20本實施例顯示，反應可用不是PNA的核酸類似物來進行。本反應使用鎖核酸(LNA)。還對磷酸緩衝液中多種濃度的tween20進行了檢測。使用下述LNA序列LNA-ATgmcmCtmcmcmCGTAG(SEQIDNO25)LNA-BTGcmCtmCcmCGTAG(SEQIDNO26)LNA-CTGCCTCcmCGTAG(SEQIDNO27)帶有m的小寫字母代表經過修飾的序列。根據上文實施例19中公開的方法，以液體形式進行反應。圖24比較了在液體反應中使用PNA探針和LNA探針的原始數據。將磷酸緩衝液中的標準反應與加入到磷酸緩衝液中的多種濃度的tween20的情況進行比較。實心符號代表試驗反應，空心符號代表僅存在各自的探針的情況。(■，□)PNA；(◆，◇)LNA-A；(▲，△)LNA-B；(●，○)LNA-C。圖25示出了用PNA和LNA時發射率的百分比變化比較。(■)代表與單獨使用PNA探針相比時，反應中的百分比變化。(◆)代表與單獨使用LNA-A探針和染料相比時，LNA-A試驗反應中的百分比變化。(▲)代表與單獨使用LNA-B探針相比時，LNA-B試驗反應中的百分比變化。(●)代表與單獨使用LNA-C探針相比時，LNA-C試驗反應中的百分比變化。實施例21本發明的分析方法還可用於檢測C型肝炎病毒。使用標準方法，從存在已知量的C型肝炎病毒的血漿中分離出C型肝炎病毒的RNA。按照上文實施例19中公開的方法，使用該分離出的RNA，以液體形式來開展反應。圖26示出了用不同量的血漿對C型肝炎病毒探針進行的檢測。對病毒而言，甚至在非常低的拷貝數的情況下，光學性能的變化速率也是不同的。還可對C型肝炎病毒的拷貝數進行定量。圖27示出了將不同數量C型肝炎病毒RNA引入到分析中時獲得的染料發射率。系統中病毒RNA的數量較低，通常會使得一分鐘後的螢光發射率也較低。實施例22本實施例表明，本發明的方法可用於對細菌中的目標多核苷酸進行鑑定和/或定量。通過將500μl細菌(E.coli或Bacilluscereus)培養物(在TSB(典型大豆培養基)中培養過夜的)在6000rpm下離心5分鐘，獲得沉澱，然後將沉澱重新懸浮於500μl磷酸緩衝液中，靜置於室溫下，5分鐘。此後將PNA(用於16S序列的5′bio-oo-gatagtgggattgtgcgt(SEQIDNO16)或用於非特異性HCV陰性對照序列的5′Bio-OO-TGAGTGTGTGGCTTTCG3′(SEQIDNO19))以及染料加入到系統中，暴露給光刺激，並讀取讀數。下表顯示了用於50μl反應體積的微孔的試驗條件。用Genios分光光度計在激發波長為535nm和發射波長為590nm處來收集發射率數據。讀取零分鐘時的最初讀數後，將樣品暴露給來自Aurora50/50的光刺激，暴露60秒。十分鐘內，每60秒對螢光進行一次測量。圖28描述了較之不存在核酸類似物/多核苷酸雜交體的情況下，每份樣品中的螢光變化率。在分析中使用16SPNA探針，檢測到了目標E.coli或B.cereus的樣品(分別由x和+表示)，而在分析中使用病毒性HCVPNA探針，則無法檢測到目標E.coli或B.cereus的樣品(分別由◇和▲表示)。黑色的方形顯示了用寡核苷酸對作為目標多核苷酸的16S序列做出的陽性對照。實施例23將寡核苷酸(5′tgtgaacgca3′and5′tgcgttcaca3′)混合於退火緩衝液(10mMTris，pH7.5-8.0，50mMNaCl，1mMEDTA)中，至10mM，在熱循環儀中於95℃加熱10分鐘。加熱後，將寡核苷酸混合物在室溫冷卻l小時。每份反應中使用1微升的該混合物。將PNAN′Bio-OO-gatagtgggattgtgcgt，C(1)′和N′tcacatcaatccact-lys，C′，(2)混合使用，在反應緩衝液(5mMPO4+0.05％Tween)中每種都為10mM。每份反應中使用1微升的該混合物。將10mM3』，3』-二乙基硫雜羰花青染料貯液在反應緩衝液中稀釋為4mM。每份反應中使用1微升的該混合物。參考文獻1.Chandler，D.P.，J.R.Stults.，K.K.Anderson，S.Cebula，B.L.Schuck.，andF.J.Broclcman.2000.AffinitycaptureandrecoveryofDNAatfemtomolarconcentrationswithpeptidenucleicacidprobes.Anal.Biochem.283241-249.2.Das，R.，Cummings，C.，Mendis，C.，Neill，R.，Ludwig，G.，Hoover，D.，Paranavitana，C.，Yang，D.H.C.，Lindler，L.，Huang，X.，Henchal，E.，andJett，M.(2001).GlobalGeneAnalysisofVariousBiologicalThreatandInfectiousAgentsUsingPBMCImplicationsforTherapyandRapidDiagnostics.InDianneMcQuestion(ed)Proceedings，ChemicalandBiologicalDefenseSymposium.3.Demidov，V.V.，Potaman，V.N.，Frank-Kamenetskii，M.D.，Egholm，M.，Buchard，O.，Sonnichsen，S.H.，andNielsen，P.E.(1994).Stabilityofpeptidenucleicacidsinhumanserumandcellularextracts.BiochemPharmacol48，1310-3.4.Haaima，G.，Lohse，A.，Buchardt，O.andNielsen，P.E.(1996).PeptideNucleicAcids(PNA)containingthyminemonomersderivedfromchiralaminoacids.Hybridizationandsolubilitypropertiesofd-lysinePNA.AngChem35，1939-1941.5.Jett，M.，Das，R.，Cummings，C.，Mendis，C.，Neill，R.，Hoover，D.，Lindler，L.，Paranavitana，C.，Huang，X.，Ludwig，G.，Henchal，E.，andYang，D.H.C.(2001).IdentificationOfChangesInGeneExpressionInducedByToxicAgentsImplicationsforTherapyAndRapidDiagnosis.InProceedingsofNATOConferenceOperationalIssuesinChemicalandBiologicalDefenseHumanFactorsinMedicinePanel.Wade(ed).6.Mikheikin，A.L.，Zhuze，A.L.，andZasedatelev，A.S.(2000).BindingofsymmetricalcyaninedyesintotheDNAminorgroove.JBiomolStructDyn18，59-72.7.Nielsen，P.E.，Egholm，M.，Berg，R.H.，andBuchardt，O.(1991).Sequence-selectiverecognitionofDNAbystranddisplacementwithathymine-substitutedpolyamide.Science254，1497-500.8.Nielsen，P.E.(2001).Peptidenucleicacidaversatiletoolingeneticdiagnosticsandmo1ecularbiology.CurrOpinBiotechnol12，16-20.9.Ray，A.，andNorden，B.(2000).Peptidenucleicacid(PNA)itsmedicalandbiotechnicalapplicationsandpromiseforthefuture.FasebJ14，1041-60.10.Stefano，K.andHyldig-Nielsen，J.J.(1997).DiagnosticApplicationsofPNAoligomers.InDiagnosticGeneDetectionandQuantificationTechnologiesMinden(ed).pp.19-39.11.Wang，J.，Palecek，E.，Nielsen，P.E.，Rivas，G.，Cai，X.，Shiraishi，H.，Dontha，N.，Luo，D.，andFarias，P.A.M.(1996).PeptideNucleicAcidProbesforSequence-SpecificDNABiosensors.JAmChemSoc118，7667-70.12.Wilhelmsson，L.M.，Norden，B.，Mukherjee，K.，Dulay，M.T.，andZare，R.N.(2002).GeneticscreeningusingthecolorchangeofaPNA-DNAhybrid-bindingcyaninedye.NucleicAcidsRes30，E3.13.InstituteofFoodTechnologists(2002).EmergingMicrobiologicalFoodSafetyIssuesImplicationsforControlinthe215′Century.14.Wagner，SJ.2002.Virusinactivationinbloodcomponentsbyphotoactivephenothiazinedyes.Transfus.Med.Rev.1661-6.15.Kapuscinski，J.1995.DAPIaDNA-specificfluorescentprobe.Biotech.Histochem.70220-33.16.Carreon，JR.，Mahon，KPjr.，Kelley，SO.2004.Thiazoleorange-peptideconjugatessensitivityofDNAbindingtochemicalstrueture.Org.Lett.6517-9.17.Morozkin，ES.，Lalcionov，PP.，Rykova，EY.，Vlassov，VV.2003.FluorometricquantificationofRNAandDNAinsolutionscontainingbothnucleicacids.Anal.Biochem.32248-50.18.Eriksson，M.，Karlson，HJ.，Westman，G.，Akerman，B.2003.Groove-bindingunsymmetricalcyaninedyesforstainingofDNAdissociationratesinfreesolutionandelectrophoresisgels.NucleicAcid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光學性能變化速率會有所不同；b)將所述混合物中染料光學性能的變化速率與類似混合物中染料光學性能的變化速率所特有的參照值相比較，以測定光學性能的相對變化速率，其中，所述類似混合物含有已知量的多核苷酸/核酸類似物雜交體；以及c)將所述混合物中染料光學性能的相對變化速率與樣品中是否存在特定的目標多核苷酸或存在的量關聯起來。2.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸類似物是肽核酸(PNA)。3.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸類似物是鎖核酸(LNA)。4.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸類似物是蘇糖核酸(TNA)。5.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸類似物是連接有金屬的核酸。6.如權利要求1所述的方法，其中所述樣品包括組織、細胞收集物、細胞裂解物、經純化的多核苷酸或經分離的多核苷酸、病毒、環境樣品、工業樣品、醫學樣品、食物樣品、農業樣品、獸醫樣品、農業牲畜樣品、水樣品、土壤樣品、空氣樣品、與生物武器試劑相關的樣品或與農業戰爭試劑相關的樣品。7.如權利要求6所述的方法，其中所述混合物被暴露給光刺激。8.如權利要求1所述的方法，其中所述目標多核苷酸是DNA。9.如權利要求8所述的方法，其中所述目標多核苷酸是全細胞DNA、核DNA、線粒體DNA、核糖體DNA、葉綠體DNA、病毒DNA、質粒DNA、人工DNA、表觀基因組DNA、表觀遺傳化DNA、體外擴增出的DNA或嵌合DNA。10.如權利要求1所述的方法，其中所述目標多核苷酸是RNA。11.如權利要求10所述的方法，其中所述RNA是核糖體RNA(rRNA)、信使RNA(mRNA)、轉運RNA(tRNA)、帶盔甲RNA、病毒RNA、小分子RNA、siRNA、人工RNA或嵌合RNA。12.如權利要求1所述的方法，其中所述目標多核苷酸從生物中獲得。13.如權利要求12所述的方法，其中所述生物是人類。14.如權利要求12所述的方法，其中所述樣品是環境樣品。15.如權利要求12所述的方法，其中所述生物是病原體。16.如權利要求15所述的方法，其中所述病原體是病毒。17.如權利要求15所述的方法，其中所述病原體是細菌。18.如權利要求12所述的方法，其中所述生物是真菌。19.如權利要求15所述的方法，其中所述病原體選自由Bacillusanthracis、Clostridiumbotulinum、Brucellae、Vibriocholera、Clostridiumperfringes、Ebola病毒、Yersiniapesits、Coxiellaburnetii、天花病毒、C型肝炎病毒、B型肝炎病毒和人類免疫缺陷病毒所構成的組。20.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸類似物與目標多核苷酸序列互補。21.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸序列與目標多核苷酸精確互補。22.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸類似物的互補區域長度大於大約4個核酸鹼基，並且長度小於大約24個核酸鹼基。23.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸類似物長度為大約12個核酸鹼基。24.如權利要求1所述的方法，其中所述核酸類似物被固定於固體基底上。25.如權利要求24所述的方法，其中所述核酸類似物通過非共價相互作用被固定於固體基底上。26.如權利要求25所述的方法，其中所述非共價相互作用是生物素和抗生物素蛋白或鏈親合素之間的相互作用。27.如權利要求25所述的方法，其中所述非共價相互作用是抗原/抗體反應。28.如權利要求1所述的方法，其中所述目標多核苷酸被固定於固體基底上。29.如權利要求24所述的方法，其中所述核酸類似物與固體基底共價結合。30.如權利要求1所述的方法，其中，較之不存在核酸類似物/目標多核苷酸雜交體的情況，在存在有核酸類似物/目標多核苷酸雜交體的時候，所述染料可以具有更高的光學性能變化速率。31.如權利要求1所述的方法，其中，較之不存在核酸類似物/目標多核苷酸雜交體的情況，在存在有核酸類似物/目標多核苷酸雜交體的時候，所述染料可以具有更低的光學性能變化速率。32.如權利要求1所述的方法，其中所述染料是青色素染料。33.如權利要求32所述的方法，其中所述染料選自由碘化3』，3』-二乙基硫雜羰花青、碘化3』，3』-二乙基硫雜二羰花青和碘化3』，3』-二乙基硫雜三羰花青所構成的組。34.如權利要求1所述的方法，其中所述光學性能選自由吸光度、螢光、反射率或化學發光所構成的組。35.如權利要求1所述的方法，還進一步包括在多個時間點對所述光學性能進行測量。36.如權利要求1所述的方法，還進一步包括在單一時間點對所述光學性能進行測量。37.一種用於對樣品中生物進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於所述生物的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述生物是否存在或存在的量。38.一種用於對樣品中一類生物進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於所述的類的生物的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述的類的生物是否存在或存在的量。39.一種用於對樣品中生物的株系進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於所述生物的所述株系的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述生物的所述株系是否存在或存在的量。40.一種用於對樣品中經遺傳修飾的生物(GMO)進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於所述經遺傳修飾的生物的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述經遺傳修飾的生物是否存在或存在的量。41.一種用於對受試對象中是否存在疾病狀態進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於所述疾病狀態的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述疾病狀態。42.一種用於對受試對象中是否存在遺傳變異進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於所述遺傳變異的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述遺傳變異。43.一種用於對單核苷酸多態性(SNP)進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於SNP的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述SNP。44.一種用於對樣品中的遺傳序列進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於所述生物的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述生物是否存在或存在的量。45.一種用於對樣品中的體外擴增序列進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於所述生物的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述生物是否存在或存在的量。46.一種用於檢測鹼基對變化的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸序列是特異於SNP的序列，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述SNP是否存在或存在的量。47.一種用於檢測宿主是否被病原體感染的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法對樣品中是否存在目標多核苷酸或存在的量進行檢測，其中，所述目標核酸是特異於所述病原體的核糖核酸(RNA)，並且，其中，所述目標多核苷酸是否存在或存在的量能夠表明所述宿主是否被所述病原體感染。48.一種用於對兩份或多份樣品中目標多核苷酸進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法，用第一種核酸類似物分子，在多位點設備的第一個位點對第一份所述樣品中的所述目標多核苷酸進行檢測；以及按照權利要求1所述的方法，用第二種核酸類似物分子，在多位點設備的第二個位點對第二份所述樣品中的所述目標多核苷酸進行檢測。49.如權利要求48所述的方法，其中所述核酸類似物分子被固定於固體基底上。50.一種對樣品中兩種或多種目標多核苷酸是否存在或存在的量進行檢測的方法，所述方法包括按照權利要求1所述的方法，對樣品中第一種目標多核苷酸進行檢測；按照權利要求1所述的方法，對樣品中第二種目標多核苷酸序列進行檢測。51.如權利要求50所述的方法，其中，兩種或多種序列被固定於固體基底上。52.用於檢測目標多核苷酸的試劑盒，所述試劑盒包含a)與所述目標多核苷酸的目標核酸序列至少部分互補的一種或多種核酸類似物，以及b)一種或多種染料53.如權利要求52所述的試劑盒，還包括刺激源。54.如權利要求52所述的試劑盒，其中，所述染料選自由碘化3』，3』-二乙基硫雜羰花青、碘化3』，3』-二乙基硫雜二羰花青和碘化3』，3』-二乙基硫雜三羰花青所構成的組。全文摘要本發明涉及檢測目標多核苷酸是否存在或存在含量的方法。多核苷酸、目標核酸類似物和染料組合起來形成混合物。將染料的光學性能與類似混合物中染料光學性能變化速率所特有的參照值相比，以確定光學性能的相對變化速率，所述類似混合物含有已知量的目標多核苷酸/核酸類似物雜交體。混合物中染料光學性能的相對變化速率與樣品中是否存在特定的目標多核苷酸或存在的量相關。文檔編號C12Q1/68GK1894423SQ200480020948公開日2007年1月10日申請日期2004年5月20日優先權日2003年5月20日發明者希瑟·克施恩斯克,麥可·S·茲維克,永·K·喬依申請人:因維斯蒂恩有限公司