用於診斷卒中及其致因的生物標誌物的製作方法

2023-05-27 16:03:26 4

專利名稱：用於診斷卒中及其致因的生物標誌物的製作方法
技術領域：
本發明提供了用於診斷卒中和卒中風險以及用於診斷卒中致因的組合物和方法。
背景技術：
卒中是成年人死亡和殘疾的主要致因[Thom T et al., Circulation, 113:e85-151(2006) ；WH0, The atlas of heart disease and stroke (2005)]。利用臨床評估聯合腦成像來作出缺血性卒中(IS)的診斷。然而，診斷並非總是明確的，尤其對於急性狀況而言，準確、低價且快速的診斷對於最理想地治療患者是至關重要的。大量的工作致力於鑑定基於血液的IS生物標誌物。超過58種蛋白和7組蛋白已被描述為 IS 的生物標誌物[Whiteley W et al.，Stroke, 39:2902-2909 (2008) ；FoerchC et al., Neurology, 73:393-399 (2009) ； Jensen MB et al., Expert Rev CardiovascTher., 7:389-393(2009)] o 還描述了 IS 中血液中的 RNA 表達譜[Tang Y et al., J CerebBlood Flow Metab.，26:1089-1102(2006) ；Moore DF et al., Circulation, 111:212-2212005]。我們以前報導了預測IS的29個探針組的表達譜[Tang Y et al.，J Cereb BloodFlowMetab.，26:1089-1102 (2006)]。該譜需要在另一隊列中進行驗證，這在本研究中已完成。本文描述了能區別IS與對照(例如，健康的個體、具有血管風險因子的個體或經歷過心肌梗塞的個體)的97個探針組的表達譜。這些譜進一步表明基因表達可以作為急性IS患者的診斷工具。最通常利用急性卒中治療標準的0RG10172測試(TOAST)來分類缺血性卒中，其中將患者分為心源性、大血管性、小血管腔隙性、其它以及不明致因性[Adams HP, Jr., etal.，Stroke, 24:35-41 (1993)]。TOAST標準提高了評價可靠性，並且當能明確鑑定出已知致因時，能指導治療[Goldstein LB et al., Stroke, 32:1091-1098 (2001) ；Ay H etal., Stroke, 38:2979-2984 (2007)]。然而，在很多患者中，儘管進行了大量的研究，卒中致因仍是未知的或不明的。由於致因不明的卒中佔所有缺血性卒的大約30%，則需要更好的能夠鑑定卒中致因的工具[1nita CC et al., Prev Cardiol.，8:41-46 (2005)]。基於血液的生物標誌物提供了確定卒中致因的有價值的工具。很多蛋白生物標誌物與卒中亞型相關。例如，心源性卒中與腦利鈉肽和D-二聚物相關；大血管性卒中與C反應蛋白相關；小血管腔隙性卒中與高半胱氨酸、ICAM-1和血栓調節蛋白相關[Laskowitz DT et al., Stroke, 40:77-85(2009) ；Shibazaki K et al., InternMed., 48:259-264(2009) ；Montaner J et al., Stroke, 39:2280-2287(2008) ；Hassan A etal.,Brain, 126:424-432 (2003)]。然而，目前，缺血性卒中亞型的生物標誌物缺乏在臨床實踐中使用的足夠的靈敏性和特異性。因此，將生物標誌物組合到生物標誌物譜中可能是能夠提高診斷的特異性和靈敏性的方法。本研究確定了，血液中的基因表達特徵能夠用於區分心源性卒中和大血管性缺血性卒中，以及能夠用於預測致因不明的卒中患者的心源性致因和大血管性致因。缺血性卒中中發生血細胞RNA表達改變的原因包括與急性腦缺血、有症狀的動脈粥樣硬化和血栓栓塞相關的炎症改變[Xu H et al., J Cereb Blood Flow Metab.，28:1320-1328 (2008) 9 ;Tang Y et al., J Cereb Blood Flow Metab.，26: 1089-1102 (2006) ；Du X etal.，Genomics, 87:693-703 (2006)]。利用全基因組微陣列，鑑定出40個基因的譜以區別心源性卒中和大血管性卒中，並鑑定了 37個基因的譜以區別由於心房纖顫導致的心源性卒中和非心房纖顫致因導致的心源性卒中。這些基因在炎症中起作用並且代表向更好地確定致因不明的卒中的致因邁進了一步。發明概述本發明提供了通過測 定血液中生物標誌物的過表達和低表達來診斷或預測卒中的發生以及卒中的致因的方法。因此，一方面，本發明提供了診斷缺血性卒中的發生和致因或發展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括:a)測定來自患者的生物樣本中至少15種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中所述生物標誌物選自表7A的多種生物標誌物、表13A的多種生物標誌物、表14的多種生物標誌物以及表15的多種生物標誌物；b)將缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平進行比較，其中與多種內源性參照生物標誌物的表達水平相比，選自表7A的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險；其中與多種內源性參照生物標誌物的表達水平相比，選自表13A的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患心源性卒中或有發展為心源性卒中的風險；其中與多種內源性參照生物標誌物的表達水平相比，選自表14的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患頸動脈狹窄或有發展為頸動脈狹窄的風險；其中與多種內源性參照生物標誌物的表達水平相比，選自表15的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患心房纖顫或有發展為心房纖顫的風險，進而診斷缺血性卒中的發生和致因或發展為缺血性卒中的傾向。可同時或相繼測定多種生物標誌物的表達水平。在相關的方面中，本發明提供了診斷缺血性卒中的發生和致因或發展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括:a)測定來自患者的生物樣本中多種(例如至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或更多種或全部)缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平,其中所述生物標誌物選自表7A的多種生物標誌物、表13A的多種生物標誌物、表14的多種生物標誌物以及表15的多種生物標誌物；b)將缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平與對照表達水平進行比較，其中與對照表達水平相比，選自表7A的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險；其中與對照表達水平相比，選自表13A的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患心源性卒中或有發展為心源性卒中的風險；其中與對照表達水平相比，選自表14的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患頸動脈狹窄或有發展為頸動脈狹窄的風險；其中與對照表達水平相比，選自表15的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患心房纖顫或有發展為心房纖顫的風險，進而診斷缺血性卒中的發生和致因或發展為缺血性卒中的傾向。能夠同時或相繼測定多種生物標誌物的表達水平。對照表達水平可以例如涉及多種穩定表達的內源性參照生物標誌物、涉及在另外的健康個體中相同的缺血相關生物標誌物的表達水平(任選地，相對於多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平進行標準化)，或涉及代表另外的健康個體中相同的缺血相關生物標誌物的表達水平的閾值水平(任選地，相對於多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平進行標準化)。在多個實施方案中，測定的多種生物標誌物來自表7A。在多個實施方案中，測定的多種生物標誌物來自表13A。在多個實施方案中，測定的多種生物標誌物來自表14。在多個實施方案中，測定的多種生物標誌物來自表15。在多個實施方案中，測定的多種生物標誌物來自表7A、表13A、表14和表15中的兩個或更多個。在一些實施方案中，多種穩定表達的內源性參照生物標誌物選自表16中所示的生物標誌物。在一些實施方案中，與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物(例如表16中所示的那些生物標誌物)的表達水平相比,缺血性卒中相關生物標誌物為過表達或低表達至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4倍或3.5倍或更多倍。在一些實施方案中，選自以下的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30,35種或全部內源性參照生物標誌物的表達水平被確定為對照:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、P14KB、CRTC1、HADHA、MAPILC3B、KAT5、CDC2LI///CDC2L2、GTSE1、CDC2LI///CDC2L2、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PU DAXX, UBE2NL、EIFUKCMFl、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPU ClOorf104,ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACC1、LOC100133445///L0C115110、PEX16。在一些實施方案中，測定了約15-85、20-70、30-60或40-50種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定了約 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、
90、95或100種生物標誌物。在一些實施方案中，測定了來自表7A的至少約3、5、10、15、20、25、30或更多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定了來自表13A的至少約
3、5、10、15、20、25、 30或更多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定了來自表14的至少約3、5、10、15、20、25、30或更多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定了來自表15的至少約3、5、10、15、20、25、30或更多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定了表7A中所示的所有生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定了表13A中所示的所有生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定了表14中所示的所有生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定了表15中所示的所有生物標誌物的表達水平。可以測定例如與對照表達水平相比，表達水平升高和/或降低的卒中相關生物標誌物。在一些實施方案中，在疑似缺血事件的3小時內測定指示卒中發生的生物標誌物的表達水平。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞，無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:FAT3、GADLl、CXADR、RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、ANKRD28、TIMM8A、PTPRD、CCRL1、FCRL4、DLX6、GABRB2、GYPA、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB,MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GABU UBR5、VAPA, MCTPl和SH3GL3。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CXDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX, TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、SNRPN、GLYATLKDKRZP434L187、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、CCDC144A、ALD0AP2、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、HNRNPUL2、ELAVL2、PRTG、F0XA2、SCD5、L0C283027、L0C344595、RPL22、L0C100129488 和 RPL22。

在一些實施方案中，在疑似缺血事件的3小時內測定指示卒中發生的生物標誌物的表達水平。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:FGD4、F5、ABCA1、LOC100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、CLEC4E、PHTF1、ENTPD1、OSBPLIA、RRAGD、CPEB2、CKLF、BSTl 和 CKLF。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:CLEC4E、 ΜΡ2、FGD4、CPEB2、LTB4R和VNN3。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、SPIB、BXDC5、UNC5B, ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CKLF、L0C100290882, UBXN2B、ENTPD1、BSTl、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA,L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22、MCTPl和 SH3GL3。
在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、
25、26、27、28、29、30或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、 ΜΜ8Α、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5、SCD5、FCRL4、SHOX、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、RBMS3、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、SPTLC3、F0XA2、DLX6、ALD0AP2 和 FLJ35934。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血症或吸菸)的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA和MCTPl。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血症或吸菸)的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的1、2、3或4種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、ELL2、TIMP2和CLEC4E。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、
7、8、9、10、11、12、13、14、15種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、GLYATLK RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLl、SHOX、TBX5、UNC5B、PGM5 和 CXADR。 在一些實施方案中，在疑似缺血事件之後3小時或更長時間測定指示卒中發生的生物標誌物的表達水平。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、CLEC4E、BXDC5、UNC5B、 ΜΡ2、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、 ΜΜ8Α、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRA⑶、CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA, L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488和MCTPI。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中,表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:SPTLC3、DKRZP434L187、SPIB、HNRNPUL2、F0XA2、RPL22 和 SH3GL3。在一些實施方案中，在疑似缺血事件之後至少24小時測定指示卒中發生的生物標誌物的表達水平。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19 或 20 種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:ZNF608、FCH02、S T3GAL6、ABCAl、THBD、AMN1、QK1、KIAA0319、MCTPl、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMP1B、LAMP2、VAPA、IFRD1、HNRNPH2、REM2 和 GAB1。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:ZNF608、FCH02、ST3GAL6、ABCAl、THBD、AMNl、QK1、KIAA0319、MCTPl 和VNN3。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、HNRNPUL2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、UBXN2B、BST1、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、ZNF608、FAR2、GAB1、VAPA 和 MCTPI。在多個實施方案中,在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SH0X、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATLK GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD,L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C100290882、ENTPDl、CHMPIB, FCH02、L0C283027、REM2、QK1、RBM25、ST3GAL6、HNRNPH2、UBR5、L0C344595、RPL22、L0C100129488、RPL22 和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件之後至少24小時，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RPL22、L0C100129488、L0C283027、L0C344595、THSD4、FAT3、P704P。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA 和 MCTPI。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件之後至少24小時，表7A中選自 ΜΡ2和MCTPl的一種或兩種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險。在多個實施方案中,在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件之後至少24小時，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6或7種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RPL22、SNIP、SH3GL3、FAT3、SPTLC3、RBMS3和 SNRPN。關於對卒中致因的確定,在一些實施方案中，表13A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP、BANKU HLA-DOA, EBF1、TMEM19、LHFP、FCRLU OOEP 和 LRRC37A3。在一些實施方案中，表13A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:L0C284751、⑶46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCU ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和GSTKl。在一些實施方案中，表13A 中選自以下的 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19或20種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:EBF1、GRM5、AP3S2、LRRC37A3、IRF6、LHFP、BANKUARHGEF5、ZNF254、C0L13A1、P2RX5、LHFP、PIK3C2B、EXT2、HLA-DOA, OOEP, ZNF185、TMEM19、FCRLl和PTPN20A///PTPN20B。在一些實施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、
8、9、10、11、12或13種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:TSKS、ENPP2、C16orf68、L0C284751、TFDPU GSTKUADAMTSL4、CHURCl、FLJ40125、ARHGEF12、CLEC18A、CD46 和 C19orf28。

在一些實施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:EBF1、GRM5、AP3S2、LRRC37A3、IRF6、LHFP、BANK1、ARHGEF5、ZNF254 和 C0L13A1。在一些實施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:TSKS、ENPP2、C16orf68、L0C284751、TFDPl、GSTKl、ADAMTSL4、CHURCl、FLJ40125 和ARHGEF12 ο關於對卒中致因的確定，在一些實施方案中，表14中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、COL13AK LHFP, RNF7、CYTH3、EBFl、RANBP10、PRSS35、C12orf42和L0C100127980。在一些實施方案中，表14中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL、L0C146880、SLC20Al、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。關於對卒中致因的確定，在一些實施方案中，表14中選自以下的2、5、10、15或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:EBF1、C0L13A1、LHFP、GRM5、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、RANBP10,L0C100127980、CYTH3、PROCR、C12orf42、PRSS35、NT5E 和 AKR1C3。在一些實施方案中，表14中選自以下的2、5、10、15或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、L0C284751、L0C100144603、MTBP、SH0X2、GIPC2、CMBL、L0C146880、SLC6A19、ICAM4、ARHGEFI2 和 L0C10027183。關於對卒中致因的確定,在一些實施方案中,表15中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:SMC1A、SN0RA68、GRLFl、SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl 和 TTC7A。在一些實施方案中，表15中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16、L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64 和 MAP3K7IP1。關於對卒中致因的確定，在一些實施方案中，表15中選自以下的1、2、3、4、5、6、7或8種缺血性卒中相關生物 標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:CMTM1、SDC4、SN0RA68、HIPK2、TTC7A、GRLFl、L0C100129034、SMC1A。在一些實施方案中，表15中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:C0L13A1、C6orfl64、GPR176、BRUN0L6、MIF///SLC2A11、DUSP16、PPIE、MAP3K7IP1、PER3、LRRC43。在相關的方面中，本發明提供了確定是否已發生卒中或預測是否將發生卒中的方法。因此，本發明提供了診斷缺血性卒中或發展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險，其中所述多種缺血性卒中相關生物標誌物選自表7A中所示的生物標誌物。在一些實施方案中，確定卒中發生的方法進一步包括測定表7B中所示的一種或多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，缺血性卒中是選自以下的一種:栓塞性卒中、血栓性卒中、短暫性缺血發作、心源性卒中和動脈粥樣硬化性血栓性卒中。在一些實施方案中，在疑似缺血事件的3小時內測定指示卒中發生的生物標誌物的表達水平。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:FAT3、GADLU CXADR、RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、ANKRD28、TIMM8A、PTPRD、CCRLl、FCRL4、DLX6、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD,CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPU VNN3、AMNU LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GABU UBR5、VAPA, MCTPl 和 SH3GL3。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、SNRPN、GLYATL1、DKRZP434L187、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、CCDC144A、ALD0AP2、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、HNRNPUL2、ELAVL2、PRTG、F0XA2、SCD5、L0C283027、L0C344595、RPL22、L0C100129488 和 RPL22。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:CLEC4E、 ΜΡ2、FGD4、CPEB2、LTB4R和 VNN3。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CKLF、L0C100290882, UBXN2B、ENTPD1、BSTl、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA,L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22、MCTPl和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血症或吸菸)的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA和MCTPl。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。
在一些實施方案中，在疑似缺血事件之後3小時或更長時間測定指示卒中發生的生物標誌物的表達水平。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、CLEC4E、BXDC5、UNC5B、 ΜΡ2、ASTN2、FLJ35934, ANKRD28、CCDC144A、 ΜΜ8Α、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA, L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488和MCTPI。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中,表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:SPTLC3、DKRZP434L187、SPIB、HNRNPUL2、F0XA2、RPL22 和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、HNRNPUL2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、UBXN2B、BST1、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、ZNF608、FAR2、GAB1、VAPA 和 MCTPI。在多個實施方案中,在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SH0X、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATLK GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD,L0C729222///PPFIBP1、CCRLU FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C100290882、ENTPDl、CHMPIB, FCH02、L0C283027、REM2、QK1、RBM25、ST3GAL6、HNRNPH2、UBR5、L0C344595、RPL22、L0C100129488、RPL22 和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA 和 MCTPI。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。在另一方面，本發明提供了確定個體心源性卒中的發生或患心源性卒中的傾向的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，水平的升高或降低指示所述患者已經歷心源性卒中，其中所述多種缺血性卒中相關生物標誌物選自表13A中所示的生物標誌物。在一些實施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP、BANKU HLA-DOA, EBFl、TMEM19、LHFP、FCRLl、OOEP 和LRRC37A3。在一些實施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:L0C284751、CD46、ENPP2、CI9orf28、TSKS、CHURC1、ADAMTSL4、FLJ40I25、CLECI8A、ARHGEFI2、CI6orf68、TFDPl和GSTK1。在一些實施方案中，還測定表13B中所示的多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險。在一些實施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:EBF1、GRM5、AP3S2、LRRC37A3、IRF6、LHFP、BANK1、ARHGEF5、ZNF254和C0L13A1。在一些實施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:TSKS、ENPP2、C16orf68、L0C284751、TFDPU GSTKU ADAMTSL4、CHURCl、FLJ40125 和 ARHGEF12。 在另一方面，本發明提供了確定個體頸動脈狹窄的發生或患頸動脈狹窄的傾向的方法，所述方法包括:測定 來自缺血性卒中患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄，其中所述多種缺血性卒中相關生物標誌物選自表14中所示的生物標誌物。在一些實施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、COL13AK LHFP, RNF7、CYTH3、EBFU RANBP10, PRSS35、C12orf42 和 L0C100127980。在一些實施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:FLJ31945、L0C284751、LOC100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL、LOC146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2和L0C100144603。在一些實施方案中，表14中選自以下的2、5、10、15或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:EBF1、C0L13A1、LHFP、GRM5、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、RANBP10,L0C100127980、CYTH3、PROCR、C12orf42、PRSS35、NT5E 和 AKR1C3。在一些實施方案中，表14中選自以下的2、5、10、15或更多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、L0C284751、LOClOO144603、MTBP、SH0X2、GIPC2、CMBL、L0C146880、SLC6A19、ICAM4、ARHGEFI2 和 L0C10027183。
在另一方面，本發明提供了確定個體心房纖顫的發生或患心房纖顫的傾向的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險，其中所述多種缺血性卒中相關生物標誌物選自表15中所示的生物標誌物。在一些實施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:SMC1A、SN0RA68、GRLFU SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl和TTC7A。在一些實施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16, L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64和MAP3K7IP1。在一些實施方案中，表15中選自以下的1、2、3、4、5、6、7或8種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:CMTM1、SDC4、SN0RA68、HIPK2、TTC7A、GRLFl、L0C100129034、SMC1A。在一些實施方案中，表15中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:C0L13Al、C6orfl64、GPR176、BRUN0L6、MIF///SLC2A11、DUSP16、PPIE、MAP3K7IP1、PER3、LRRC43。關於確定卒中的發生和/或致因的方法的實施方案，在一些實施方案中，總共測定約15-85、20-70、30-60或40-50種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定約
15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95 或 100 種生物標誌物。能夠同時或相繼測定多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，對照水平是多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，多種穩定表達的內源性參照生物標誌物選自表16中所不的生物標誌物。在一些實施方案中，與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物(例如，表16中所示的那些生物標誌物)的表達水平相比,缺血性卒中相關生物標誌物過表達或低表達至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4 倍或
3.5倍或更多倍。在一些實施方案中，測定選自以下的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35種或全部內源性參照生物標誌物的表達水平，將其作為對照:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、P14KB、CRTC1、HADHA、MAPILC3B、KAT5、CDC2LI///CDC2L2、GTSE1、CDC2LI///CDC2L2、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PI, DAXX, UBE2NL、EIFl、KCMFl、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPU ClOorf104,ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACCl、L0C100133445///L0C115110、PEX16。
在一些實施方案中，對照水平是健康個體中相同生物標誌物的表達水平，所述健康個體例如未經歷血管事件和/或沒有經歷血管事件(例如，TIA、缺血性卒中、心肌梗塞、周圍血管性疾病或靜脈血栓栓塞)風險的個體。在一些實施方案中，對照是代表健康的個體群體的(例如相同缺血性卒中相關生物標誌物的)閾值表達水平,所述閾值表達水平任選地相對於穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平進行標準化。確定缺血事件的發生或傾向的方法還可以包括確定患者是否已患心肌梗塞或患者是否具有血管風險因子的步驟。在一些實施方案中，患者沒有症狀。在一些實施方案中，患者表現出缺血性卒中的症狀，例如，已經歷缺血事件的症狀、正經歷缺血事件的症狀或即將經歷缺血事件的症狀。在一些實施方案中，患者已經歷缺血事件。在一些實施方案中，測定步驟在缺血事件之後3小時或更短時間進行。在一些實施方案中，測定步驟在缺血事件之後3小時或更長時間進行。在一些實施方案中，所述方法還包括向患者推薦或提供適於確定的卒中致因的治療方案的步驟。例如，在診斷為經歷心源性卒中或有經歷心源性卒中的傾向的患者中，所述方法還包括推薦或提供心源性卒中的治療或預防方案。在診斷為經歷頸動脈狹窄或有經歷頸動脈狹窄的傾向的患者中，所述方法還包括推薦或提供頸動脈狹窄的治療或預防方案。在診斷為經歷心房纖顫或有經歷心房纖顫的傾向的患者中，所述方法還包括推薦或提供心房纖顫的治療或預防方案。關於測定生物標誌物的表達水平的實施方案，在一些實施方案中，在轉錄水平上測定生物標誌物的表達水平。例如,在一些實施方案中,通過檢測缺血性卒中相關基因探針與生物樣本中生物標誌物的基因轉錄物的雜交來測定表達水平。在一些實施方案中，雜交步驟在核酸陣列晶片上進行。在一些實施方案中，雜交步驟在微流體陣列板中進行。在一些實施方案中，通過擴增生物標誌物的基因轉錄物來測定表達水平。在一些實施方案中，擴增反應是聚合酶鏈式反應(PCR)。在一些實施方案中，在蛋白水平上測定生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，所述方法還包括獲得來自患者的生物樣本。在一些實施方案中，生物樣本是血液、血清或血漿。在另一方面，本發明提供了固體支持物，其包含多種能夠與表7A、7B、13A、3B、14和15 (以及任選地表16)中所示的多個基因雜交的核酸，其中多種核酸與固體支持物連接。固體支持物任選地可以包含多種能夠與表16中所示的多個基因雜交的核酸。在多個實施方案中，固體支持物是微陣列。在多個實施方案中，固體支持物與表7A、7B、13A、13B、14、15和 / 或 16 中所示的至少約 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、80、85、90、95 或 100 或更多個或全部基因連接。在一實施方案中，固體支持物包含多種能夠與表7A(以及7B)中所示的多個基因雜交的核酸。例如，在一實施方案中，固體支持物包含2、5、10、15、20或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關生物標誌物雜交的核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATL1、RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLU SHOX、TBX5、UNC5B、PGM5、 ΜΡ2、ELL2、CXADR 和 RNF141。在一實施方案中，固體支持物包含2、3、4、5、6、7、8或9種能夠與選自以下的多種卒中相關生物標誌物雜交的核酸:RPL22、SNIP、SH3GL3、MCTPU FAT3、SPTLC3、RBMS3、SNRPN 和 ΜΡ2。在一實施方案中，固體支持物包含2、5、10、15或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關生物標誌物雜交的核酸:FGD4、F5、ABCAl、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、CLEC4E、PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD, CPEB2、CKLF、BSTl 和 CKLF。在一實施方案中，固體支持物包含 2、5、10、15,20或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關生物標誌物雜交的核酸:ZNF608、FCH02、ST3GAL6、ABCAl、THBD、AMNl、QK1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB、LAMP2、VAPA, IFRDU H NRNPH2、REM2和GAB1。在一實施方案中，固體支持物包含2、5、10、
15、20、25、30或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關生物標誌物雜交的核酸:THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、TIMM8A、CCDC144C//L0C100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5、SCD5、FCRL4、SHOX、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、RBMS3、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、SPTLC3、F0XA2、DLX6、ALD0AP2 和 FLJ35934。在一實施方案中，固體支持物包含2、5、6、7或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關生物標誌物雜交的核酸:RPL22、L0C100129488、L0C283027、L0C344595、THSD4、FAT3和 P704P。在一實施方案中，固體支持物包含 15、20、25、30、35、40、50、55、60、65、70、75、
80、85、90、95、100或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關生物標誌物雜交的核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATL1、RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADL1、SHOX、TBX5、UNC5B、PGM5、 ΜΡ2、ELL2、CXADR、RNF141、RPL22、SH3GL3、MCTP1、SNRPN、FGD4、F5、ABCA1、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD, CPEB2、CKLF、BSTl、ZNF608、FCH02、ST3GAL6、THBD、AMNl、QK1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB、LAMP2、VAPA,IFRD1、HNRNPH2、REM2、GABl、ASTN2、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、SCD5、FCRL4、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、F0XA2、DLX6、ALD0AP2、FLJ35934、L0C100129488、L0C283027 和 L0C344595。 在一實施方案中，固體支持物包含多種能夠與表13A(以及13B)中所示的多個基因雜交的核酸。在一實施方案中，固體支持物包含2、5、10、15、20、25、30、35或更多種或全部能夠與選自以下的多種心源性卒中相關生物標誌物雜交的核酸:EBF1、GRM5、TSKS,ENPP2、AP3S2、LRRC37A3、C16orf68、L0C284751、IRF6、LHFP、BANK1、ARHGEF5、ZNF254、TFDP1、C0L13A1、GSTKl、ADAMTSL4、P2RX5、LHFP、PIK3C2B、CHURCl、EXT2、HLA-DOA, OOEP, ZNF185、TMEM19、FCRLl、FLJ40125、ARHGEF12、CLEC18A、CD46、PTPN20A///PTPN20B 和 C19orf28。在一實施方案中，固體支持物包含多種能夠與表14中所示的多個基因雜交的核酸。在一實施方案中，固體支持物包含2、5、10、15、20、25、30、35或更多種或全部能夠與選自以下的多種心房纖顫卒中相關生物標誌物雜交的核酸:EBF1、FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、COL13A1、LHFP、L0C284751、GRM5、LOClOO 144603、MTBP、SH0X2、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、GIPC2、RANBP10, CMBL、L0C100127980、CYTH3、PROCR、L0C146880、SLC6A19、ICAM4、C12orf42、ARHGEF12、PRSS35、NT5E、L0C100271832、LHFP、NT5E 和 AKR1C3。在一實施方案中，固體支持物包含多種能夠與表15中所不的多個基因雜交的核酸。在一實施方案中，固體支持物包含2、5、10、15、18或更多種或全部能夠與選自以下的多種心房纖顫卒中相關生物標誌物雜交的核酸:CMTM1、C0L13A1、SDC4、C6orfl64、GPR176、BRUN0L6、SN0RA68、MIF///SLC2A11、DUSP16、HIPK2、TTC7A、PPIE、GRLFU MAP3K7IP1、L0C100129034、PER3、SMClA 和 LRRC43。在多個實施方案中，固體支持物還包含多種能夠與選自以下的多種內源性參照基因雜交的核酸:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、PI4KB、CRTCl、HADHA, MAP1LC3B、KAT5、CDC2L1///CDC2L2、GTSEl、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PUDAXX、UBE2NL、EIF1、KCMF1、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、P0DNL1、FBX042、L0C441258、RRPU ClOorf 104, ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACCl、L0C100133445///L0C115110、PEX16。定義除非另外限定，本文使用的所有技術和科學術語通常具有與本發明所述技術領域的普通技術人員所通常理解的相同的含義。通常，本文使用的命名以及下文描述的細胞培養、分子遺傳學、有機化學和核酸化學與雜交中的實驗方案是本領域內公知且常用的那些。核酸和肽合成中使用標準技術。通常，酶促反應以及純化步驟按照廠商的說明書進行。技術和方案通常按照本領域內常規的方法和各種普通參考文獻進行(通常參見，Sambrooket al.MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL, 3rd ed.(2001)Cold Spring HarborLaboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.和Ausubel，et a1., CURRENT PROTOCOLS INMOLECULAR BIOLOGY, 1990-2008, Wiley Interscience)，其提供在整篇文件中。本文使用的命名以及下文描述的分析化學和有機合成中的實驗方案是本領域內公知且常用的那些。化學合成和化學分析中使用標準技術或其改進技術。本文使用的「缺血」或「缺血事件」指特徵為由於向局部區域的血管堵塞而造成對該區域的血液供給(即循環)不足的疾病和病症。缺血包括例如，卒中和短暫性缺血發作。卒中包括例如，缺血性卒中(包括但不限於，心源性卒中、動脈粥樣硬化性栓塞性或動脈粥樣硬化性血栓性卒中(即由頸動脈、主動脈、心臟和腦的動脈粥樣硬化導致的卒中)、小血管性卒中(即腔隙性卒中)、由血管壁疾病(即血管炎)導致的卒中、由感染導致的卒中、由血液學病症導致的卒中、由偏頭痛導致的卒中以及由藥物(如激素療法)導致的卒中)、出血性缺血性卒中、腦出血以及蛛網膜下出血。「缺血參照表達譜·」指相對於對照(例如，沒有缺血事件的個體中的表達水平或穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平)，在缺血中差異表達(即過表達或低表達)的一組基因(例如，表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個基因)的表達模式。來自表7A、7B、13A、13B、14和15的以高於對照水平至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、
1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、
2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍的水平表達的基因是缺血中過表達的基因，來自表7A、7B、13A、13B、14和15的以低於對照水平至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍的水平表達的基因是缺血中低表達的基因。可選地，以高於對照水平至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的水平表達的基因是缺血中過表達的基因，以低於對照水平至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的水平表達的基因是缺血中低表達的基因。「多種」指兩種或更多種或全部，例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、
17、18、19、20、21、22、23或更多種(例如，基因)。在一些實施方案中，多種指約15_85、20_60或 40-50 個基因(例如，約 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95 或100或更多種或全部基因)的同時或相繼測定。在一些實施方案中，「多種」指一個或多個表格中所示的全部基因，例如，表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的全部基因。「樣本」或「生物樣本」包括諸如活檢和屍檢樣本的組織切片以及採集用於組織學目的的冷凍切片。這類樣本包括血液、唾液、組織、裂解的細胞、腦活檢物、培養的細胞(例如，原代培養物、外植體和轉化的細胞)、糞便、尿液等。生物樣本通常獲自真核生物，最優選獲自哺乳動物，如靈長類，例如，黑猩猩或人；牛；狗；貓；嚙齒類，例如，豚鼠、大鼠、小鼠；兔；或鳥；爬行類動物；或魚。本文使用的「陣列」指包含連接的核酸或肽探針的固體支持物。陣列通常包含按照不同的已知位置連接至基底表面的多種不同的核酸或肽探針。這些陣列，也稱為「微陣列」或通俗來講也稱為「晶片」，通常描述於現有技術中，例如，美國專利號5，143，854、5，445，934、5，744，305、5，677， 195、6，040，193、5，424， 186 和 Fodor et al.、 Science、251:767-777(1991)。通常可以利用機械合成方法或光引導合成方法來產生這些陣列，所述光引導合成方法合併了光刻方法和固相合成方法的組合。利用機械合成方法合成這些陣列的技術描述於例如，美國專利號5，384，261。陣列可以包含平坦的表面，或者可以是珠子、凝膠、聚合物表面、諸如光纖的纖維、玻璃或任何其它合適的基底上的核酸或肽，其它合適的基底描述於例如，美國專利號 5，770，358,5, 789，162,5, 708，153,6, 040，193 和 5，800，992。可以以一定的方式來包裝陣列，從而允許進行全功能裝置的診斷或其它方式的操縱，其描述於例如美國專利號5，856，174和5，922，591。術語「基因」表示參與產生多肽鏈的DNA區段；其包括編碼區之前和之後的區域(前導區和尾區)以及各個編碼區段(外顯子)之間的間插序列(內含子)。術語「核酸」和「多核苷酸」在本文可交換使用，指單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸及它們的聚合物。該術語包括含有已知核苷酸類似物或修飾的主鏈殘基或連接的核酸，所述核酸是合成的、天然存在的和非天然存在的，與參照核酸具有相似的結合特性，以及與參照核酸以相似的方式代謝。這類類似物的實例包括但不限於，硫代磷酸、磷醯胺、甲基磷酸、手性甲基磷酸、2-0-甲基核苷酸、肽核酸(PNA)。除非另外指出，具體的核酸序列還包括其保守型修飾的變體(例如，簡併密碼子取代)和互補序列，以及明確指明的序列。具體來說，簡併密碼子取代可以通過產生下述序列來實現，該序列中一個或多個選擇(或全部)的密碼子的第三位用混合喊基和 / 或脫氧肌苷殘基替代(Batzer et al.、Nucleic Acid Res.19:5081 (1991)；Ohtsuka et al.> J.Biol.Chem.260:2605-2608(1985) ；Rossolini et al.> Mol.Cell.Probes8:91-98 (1994) ) 0術語核酸與基因、cDNA、mRNA、寡核苷酸和多核苷酸可交換使用。短語「嚴緊雜交條件」指這樣的條件:在該條件下，探針與其靶序列(通常位於核酸的複雜混合物中)雜 交，而不與其它序列雜交。嚴緊雜交條件是序列依賴性的，且在不同的環境下是不同的。較長的序列在較高溫度下特異性雜交。核酸雜交的詳細指導見於Tijssen,Techniques in Biochemistry and Molecular Biology—Hybridization withNucleic Probes, 「Overview of principles of hybridization and the strategy ofnucleic acid assays」(1993)。通常,對於規定的離子強度、Ph下的具體序列,嚴緊雜交條件選擇為低於其熱熔點約5-10° C。Tm是這樣的溫度(在規定的離子強度、Ph和核酸濃度下):在該溫度下，在平衡時，與靶標互補的探針中的50%與靶序列雜交(由於靶序列過量存在，因此在Tm下，平衡時，50%的探針被佔據)。嚴緊雜交條件是下述條件，其中鹽濃度低於約1.0M鈉離子，通常為約0.01至1.0M鈉離子濃度(或其它鹽)、Ph7.0至8.3、溫度對於短探針(例如，10至50個核苷酸)為至少約30° C，對於長探針(例如，大於50個核苷酸)為至少約60° C。還可以通過添加去穩定劑(如甲醯胺)來實現嚴緊雜交條件。對於選擇性或特異性雜交，陽性信號是背景的至少2倍，任選地為背景雜交的10倍。示例性的嚴緊雜交條件可以如下:50%甲醯胺、5XSSC和1%SDS，於42° C孵育，或者5XSSC、1%SDS，於65。C孵育，在65。(:下、0.2\55(:和0.1%503中洗滌。如果核酸編碼的多肽基本上相同，則在嚴緊雜交條件不彼此雜交的這些核酸仍是基本上相同的。例如，當利用遺傳密碼允許的最大密碼子簡併性產生一個核酸拷貝時，就會發生這種情況。在這種情況下，核酸通常在中等嚴緊的雜交條件下雜交。示例性的「中等嚴緊的雜交條件」包括在37° C下在40%甲醯胺、IM NaCl、1%SDS的緩衝液中雜交，以及在45° C下在IXSSC中洗滌。陽性雜交是背景的至少兩倍。本領域技術人員容易意識到，可以利用其它雜交和洗滌條件來提供相似嚴緊度的條件。術語「分離的」、「純化的」或「生物學純的」指基本上或實質上不含在材料天然狀態下通常伴隨其的成分的材料。通常利用分析化學技術(如聚丙烯醯胺凝膠電泳或高效液相色譜)來確定純度和同質性。作為製劑中的主要種類存在的蛋白是基本上純化的。術語「純化的」表示在電泳凝膠中基本上產生一個條帶的核酸或蛋白。具體來說，其表示核酸或蛋白是至少85%純的、更優選至少95%純的，最優選至少99%純的。當涉及核酸的部分時，術語「異源的」表示核酸包含兩種或更多種在自然界中沒有發現彼此有相同關係的子序列。例如，核酸通常是通過重組產生的，具有來自不相關的基因的兩條或更多條序列，這些序列被排列從而產生新的功能性核酸，例如，來自一種來源的啟動子和來自另一來源的編碼區。相似地，異源蛋白表示蛋白包含兩種或更多種在自然界中沒有發現彼此有相同關係的子序列(例如，融合蛋白)。「表達載體」是利用一系列允許具體核酸在宿主細胞中轉錄的指定核酸元件，通過重組或合成方式產生的核酸構建體。表達載體可以是質粒、病毒或核酸片段的一部分。通常，表達載體包括與啟動子可操作地連接的待轉錄的核酸。術語「多肽」、「肽」和「蛋白」在本文可交換使用，是指胺基酸殘基的聚合物。該術語適用於一個或多個胺基酸殘基是對應的天然存在的胺基酸的人工化學類似物的胺基酸聚合物，也適用於天然存在的胺基酸聚合物和非天然存在的胺基酸聚合物。術語「胺基酸」指天然存在的和合成的胺基酸，以及與天然存在的胺基酸以相似的方式發揮作用的胺基酸類似物和胺基酸模擬物。天然存在的胺基酸是由遺傳密碼編碼的胺基酸以及隨後經修飾的胺基酸(例如，羥脯氨酸、α -羧基穀氨酸和O-磷酸絲氨酸)。「胺基酸類似物」指與天然存在 的胺基酸具有相同的基本化學結構(即，與氫相連的α碳、羧基、氨基和R基)的化合物，例如，高絲氨酸、正亮氨酸、蛋氨酸亞碸、蛋氨酸甲基鋶。這種類似物具有修飾的R基(例如，正亮氨酸)或修飾的肽主鏈，但保留與天然存在的胺基酸相同的基本化學結構。「胺基酸模擬物」指具有不同於胺基酸的一般化學結構的結構，但與天然存在的胺基酸以相似的方式發揮作用的化合物。在本文中，胺基酸可以通過其公知的三字母符號或IUPAC-1UB生化命名委員會(Biochemical Nomenclature Commission)推薦的單字母符號來表不。同樣，核苷酸可以通過其普遍接受的單字母密碼來表示。「保守型修飾的變體」適用於胺基酸和核酸序列。就具體的核酸序列而言，保守型修飾的變體指編碼相同的或基本相同的胺基酸序列的那些核酸，或者如果核酸不編碼胺基酸序列，保守型修飾的變體指基本相同的序列。由於遺傳密碼的簡併性，大量功能相同的核酸編碼任一給定的蛋白。例如，密碼子GCA、GCC、GCG和GCU都編碼丙氨酸。因而，在由密碼子指定為丙氨酸的每一位置，密碼子可以被改變成所述的任一對應密碼子，而不會改變所編碼的多肽。這類核酸變異是「沉默變異」，其是一類保守型修飾的變異。本文中，編碼多肽的每一核酸序列還描述了該核酸的每一種可能的沉默變異。本領域技術人員應當意識到，核酸中的每一密碼子(除了 AUG以及TGG，其中AUG通常是蛋氨酸的唯一密碼子，TGG通常是色氨酸的唯一密碼子)都能被修飾，而產生功能相同的分子。因此，編碼多肽的核酸的每一沉默變異都暗含在每一所描述的序列中。就胺基酸序列而言，本領域技術人員應當意識到，對於改變、添加或缺失所編碼的序列中的單個胺基酸或小比例胺基酸的對核酸、肽、多肽或蛋白序列的取代、缺失或添加，如果這些改變導致胺基酸被化學上相似的胺基酸取代，則認為是「保守型修飾的變體」。提供功能上相似的胺基酸的保守型取代表是本領域內公知的。這類保守型修飾的變體是除本發明的多態變體、種間同系物和等位基因之外的，但並不排除它們。以下八組每組均含有彼此為保守型取代的胺基酸:I)丙氨酸(A)、甘氨酸(G)；2)天冬氨酸(D)、穀氨酸(E)；3)天冬醯胺(N)、穀氨醯胺(Q)；4)精氨酸(I)、賴氨酸(K)；5)異亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、纈氨酸(V)；6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W)；7)絲氨酸(S)、蘇氨酸⑴；以及8)半胱氨酸(C) 、蛋氨酸(M)(參見例如，Creighton、Proteins(1984))。對於兩條或更多條核酸或多肽序列，術語「一致的」或「一致性」百分比是指，當利用以下序列比較算法中的一種或通過手動比對和目測檢查，在比較窗或指定區域時上進行最大對應的比較和比對的測量時，相同的或具有指定百分比的相同胺基酸殘基或核苷酸(即在缺血相關基因(例如，表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的基因)的指定區域上具有60% —致性，優選65%、70%、75%、80%、85%、90%或95% —致性)的兩條或更多條序列或子序列。這類序列被稱為「基本上一致的」。該定義還指測試序列的互補體。優選地，一致性存在於長度為至少約25個胺基酸或核苷酸的區域上，或更優選在長度為50-100個胺基酸或核苷酸的區域上。為了序列比較，通常將一條序列用作參照序列，將測試序列與其比較。當利用序列比較算法時，將測試序列和參照序列輸入計算機，如果需要的話，指定子序列坐標，並指定序列算法程序參數。可以使用默認程序參數或可以指定備選參數。隨後，序列比較算法基於程序參數計算測試序列相對於參照序列的序列一致性百分比。對於核酸和蛋白與缺血相關核酸和蛋白的序列比較，使用下文所述的BLAST和BLAST2.0算法以及默認參數。本文使用的「比較窗」包括具有選自20至600，通常為約50至約200，更通常為約100至約150中任一連續位置數的區段，其中在兩條序列進行最佳比對之後，序列可以與相同連續位置數的參照序列進行比較。用於比較的序列比對方法是本領域內公知的。可以進行用於比較的最佳序列比對，例如，通過Smith&Waterman, Adv.App1.Math.2:482 (1981)的局部同源性算法、通過Needleman&Wunsch, J.Mol.Biol.48:443 (1970)的同源性比對算法、通過 Pearson&Lipman, Proc.Nat』1.Acad.Sc1.USA85:2444 (1988)的相似性搜索方法、通過這些算法的計算機化執行(Wisconsin Genetics Software Package, Genetics ComputerGroup, 575Science Dr.，Madison, WI 中的 GAP、BESTFIT、FASTA 和 TFASTA)或通過手工比對和目測檢查(參見例如，Current Protocols in Molecular Biology(Ausubel etal., eds.1995 增補))。適於確定序列一致性和序列相似性百分比的算法的優選實例是BLAST和BLAST2.0 算法，其分別描述於 Altschul et al.，Nuc.Acids Res.25:3389-3402 (1977)和Altschulet al.，J.Mol.Biol.215:403-410 (1990)中。利用本文描述的參數，使用 BLAST和BLAST2.0確定本發明的核酸和蛋白的序列一致性百分比。進行BLAST分析的軟體可通過國家生物信息中心(NationalCenter for Biotechnology Information) (http://www.ncb1.nlm.nih.gov/)公開獲得。該算法包括首先通過鑑定查詢序列中長度為W的短字符鑑定高評分序列對(HSP)，當與資料庫序列中相同長度的字符比對時，所述高評分序列對匹配或滿足一些正值的閾值評分T。T被稱為鄰字符評分閾值(Altschul et al.，同上)。這些初始的鄰字符命中作為開始搜索以找到包含它們的更長HSP的種子。所述字符命中沿每條序列雙向延長，只要累積比對評分能夠增加。對於核苷酸序列，利用參數M(對一對匹配殘基的獎勵分；總是>0)和N(對錯配殘基的罰分；總是〈O)計算累積評分。對於胺基酸序列，使用評分矩陣來計算累積分。當出現以下情況時，在每個方向的字符命中延伸停止:累積比對評分從其最大實現值下降量X ;由於一個或多個負評分殘基比對的累積使累積分達到零或以下；或達到任一序列的末端。BLAST算法參數W、T和X決定了比對的靈敏性和速度。BLASTN程序(對於核苷酸序列)使用以下作為默認值:字長(W)為11，期望值(E)為10，M=5，N=-4和兩條鏈的比較。對於胺基酸序列，BLASTP程序使用以下作為默認值:字長為3，期望值(E)為 10，BL0SUM62 評分矩陣(參見 Henikoff&Henikoff, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89:10915 (1989))，比對(B)為50，期望值(E)為10，M=5，N=_4和兩條鏈的比較。BLAST算法還進行兩條序列間相似性的統計學分析(參見例如，Karlin&Altschul, Proc.Nat，1.Acad.Sc1.USA90:5873-5787 (1993))。BLAST 算法提供的一種相似性測量是最小總和概率(P(N))，其提供了兩條核苷酸或胺基酸序列之間偶然發生匹配的概率指徵。例如，如果 在測試核酸與參照核酸的比較中、最小總和概率小於約0.2，更優選小於約0.01，且最優選小於約0.001，則認為核酸與參照序列相似。兩條核酸序列或多肽基本上一致的指徵是由第一核酸編碼的多肽能與針對第二核酸編碼的多肽所產生的抗體發生免疫交叉反應，如下文描述。因而，例如，如果兩條肽的區別僅在於保守型取代，則多肽通常與第二多肽基本上相同。兩條核酸序列基本上一致的另一指徵是兩個分子或其互補物能夠在嚴緊雜交條件下彼此雜交，如下文描述。兩條核酸序列基本上一致的另一指徵是能使用相同引物來擴增序列。短語「與.....選擇性(或特異性)雜交」指在嚴緊雜交條件下，分子僅與複雜混合物(例如，總細胞DNA或RNA，或文庫DNA或RNA)中存在的特定核苷酸序列結合、形成雙螺旋或雜交。「宿主細胞」表示含有表達載體並支持該表達載體的複製或表達的細胞。宿主細胞可以是例如，原核細胞(例如大腸桿菌)或真核細胞(例如酵母細胞或哺乳動物細胞，例如CHO細胞)。表達或活性的「抑制劑」、「活化劑」和「調節劑」分別用來指利用表達或活性的體外和體內測定鑑定出的抑制性分子、活化分子或調解分子，例如，配體、激動劑、拮抗劑及以上的同系物和模擬物。術語「調節劑」包括抑制劑和活化劑。抑制劑是，例如，能抑制本發明多肽或多核苷酸的表達，或結合、部分地或全部地阻斷刺激或酶活性，使本發明多肽或多核苷酸的活性降低、阻止、延遲活化、失活、去敏感化或下調的試劑，例如，拮抗劑。活化劑是，例如，能誘導或活化本發明多肽或多核苷酸的表達，或結合、刺激、增加、開放、活化、促進、增強活化或酶活性，敏感化或上調本發明多肽或多核苷酸的活性的試劑，例如激動劑。調節劑包括天然存在的和合成的配體、拮抗劑、激動劑、小化學分子等。鑑定抑制劑和活化劑的測定包括，例如，在存在或不存在本發明多肽或多核苷酸的情況下，向細胞施加推定的調節劑化合物，隨後測定對本發明多肽或多核苷酸活性的功能影響。將用可能的活化劑、抑制劑或調節劑處理的含有本發明多肽或多核苷酸的樣本或測定與沒有所述抑制劑、活化劑或調節劑的對照樣本進行比較，以檢測影響的程度。將對照樣本(未用調節劑處理)指定為100%的相對活性值。當本發明多肽或多核苷酸的活性值相對於對照為約80%，任選地為50%或25-1%時，實現了抑制。當本發明多肽或多核苷酸的活性值相對於對照為約110%、任選地為150%、任選地為200-500%或1000-3000%或更高時，實現了活化。本文使用的術語「測試化合物」或「候選藥物」或「調節劑」或語法等同詞描述任何分子，天然存在的或合成的，例如，蛋白、寡肽(例如，長度為約5至約25個胺基酸，優選長度為約10至20或12至18個胺基酸，優選長度為12、15或18個胺基酸)、小有機分子、多糖、脂質、脂肪酸、多核苷酸、RNA1、寡核苷酸等。測試化合物可以為測試化合物文庫的形式，諸如提供了足夠多樣性範 圍的組合或隨機文庫。測試化合物任選地與融合伴侶連接，所述融合伴侶例如靶向化合物、救援化合物、二聚化合物、穩定化化合物、可尋址化合物(addressable compound)及其它功能性部分。通常，通過以下來產生具有有用特性的新化學實體:鑑定具有一些期望特性或活性(例如，抑制活性)的測試化合物(稱為「先驅化合物」)，產生先驅化合物的變體，以及評價那些變體化合物的特性或活性。通常，對這類分析利用高通量篩選(HTS)方法。「小有機分子」指天然存在的或合成的、具有大於約50道爾頓且小於約2500道爾頓，優選小於約2000道爾頓，優選約100至約1000道爾頓，更優選約200至約500道爾頓的分子量的有機分子。附圖簡要說明

圖1.利用來自Tang et al, 2006的IS的29個預測基因組，對IS和健康對照的PAM預測準確性。利用來自Tang et al, 2006的29個IS預測基因，在來自本研究的第一隨機半數IS(n=35，100份樣本)和健康(n=19)個體的表達值上訓練微陣列預測分析(PAM)算法(K-NN，鄰近點的數量n=10)。然後，這29個IS預測基因被用於預測另外半數樣本的類別(IS n=35，99份樣本；以及健康者n=19，檢驗集)並計算預測準確性。X軸代表患者樣本號，Y軸代表診斷的檢驗集概率(test set probability)。如果預測的分類以大於0.5的概率與已知分類不匹配，則認為樣本被錯誤分類。圖2A-C.本研究中IS預測基因的PAM預測準確性。利用PAM的檢驗集(Test Set)的預測準確性。微陣列的預測分析(PAM)用於進行預測(K-NN，鄰近點n=10;閾值=0)。對於圖A、B和C，X軸代表患者樣本號，Y軸代表檢驗集概率。如果樣本的正確分類的預測概率小於0.5，則認為樣本被錯誤分類。訓練集中的個體數是:3h IS n=34 ；24h IS n=33 ；SAVVY血管對照n=26 ;以及MI n=9。檢驗集中的個體數是:3h IS n=33 ；24h IS n=33 ；SAVVY n=26 ；以及MI n=8。A.3h IS預測基因。將3h IS的60個探針組預測基因(由3h IS樣本與來自訓練集的健康者、MI和SAVVY樣本的比較組合而來)加入PAM，通過計算它們在給定類別中的概率來預測檢驗集個體樣本的類別。B.24h IS預測基因。將24h IS的46個探針組預測基因(由24h IS樣本與來自訓練集的健康者、MI和SAVVY樣本比較組合而來)加入PAM，通過計算它們在給定類別中的概率來預測檢驗集個體樣本的類別。C.組合的3h和24h IS預測基因。將3h IS和24h IS的97個探針組預測基因(由3h IS和24h IS樣本與來自訓練集的健康者、MI和SAVVY樣本比較組合而來)加入PAM，通過計算它們在給定類別中的概率來預測檢驗集個體樣本的類別。圖3.用於鑑定IS預測基因的分析工作流程圖。圖4.利用來自Tang et al, 2006的IS的29個探針組預測基因，對IS和健康者的PAM預測準確性。來自Tang et al，2006的29個IS預測基因的全部IS(n=70，199份樣本)和健康者(n=38)的內參基因標準化的表達值被用作PAM的輸入值。K-NN(鄰近點的數量n=10)，閾值=0 (包括全部29個預測基因，10倍交叉驗證用於評價預測準確性。X軸代表樣本號，Y軸代表交叉驗證的診斷概率。如果預測的分類以大於0.5的概率與已知分類不匹配，則認為樣本被錯誤分類。圖5.PAM3h相對於健康檢驗集+檢驗集的混淆矩陣(confusion matrix)圖6.PAM3h相對於MI CV+CV的混淆矩陣圖7.PAM3h相對於SAVVY檢驗集+檢驗集的混淆矩陣圖8.PAM24h相對於健康檢驗集+檢驗集的混淆矩陣圖9.PAM24h相對於MI CV+CV的混淆矩陣圖10.PAM24h相對於SAVVY檢驗集+檢驗集的混淆矩陣圖11A-C.組合的3h、24h和3+24h IS預測基因上的PAM。CV概率。圖11A.3h IS預測基因。將來自對3h IS相對於全部對照(健康者、MI和SAVVY)上的組合分析的組合的60個探針組預測基因輸入PAM。圖11B.24h IS預測基因。將來自對24h IS相對於全部對照(健康者、MI和SAVVY)上的組合分析的組合的46個探針組預測基因輸入PAM。圖11C.組合的3h和24h IS預測基因。將來自對3h IS和24h IS相對於全部對照(健康者、MI和SAVVY)上的組合分析的組合的97個探針組預測基因輸入PAM。圖12A-B A.發現能將心源性卒中與大血管性卒中區別開的40個基因的分層聚類圖。基因顯示在Y軸上，個體顯示在X軸上。紅色表示高水平的基因表達，藍色表示低水平的基因表達。一組基因在心源性卒中中具有高表達水平，而在大血管性卒中中具有低表達水平。另一組基因在心源性卒中中具有低表達水平，而在大血管性卒中中具有高表達水平。心源性組似乎聚在兩個亞組中。B.發現能將心源性卒中與大血管性卒中區別開的40個基因的主成分分析(PCA)。每個球體代表一個個體。球體附近的橢圓體代表從組平均值的兩個標準差。圖13.發現能將心源性卒中與大血管性卒中區別開的共40個基因的留一交叉驗證預測分析。預測的診斷的概率顯示在Y軸上。實際的診斷顯示在X軸上。對於69份樣本中的69份，心源性卒中個體被預測為患有心源性卒中(100%正確預測)。對於30份樣本中的29份，大血管性卒中個體被 預測為患有大血管性卒中(96.7%正確預測)。如果預測的分類以大於0.5的概率與已知分類不匹配，則認為樣本錯誤分類。圖14.從心源性卒中與對照的比較以及大血管性卒中與對照的比較鑑定出的基因的文氏圖(p〈0.005、FC>|1.2|)。發現共有503個基因是心源性卒中特有的。554個基因是大血管性卒中特有的，228個基因是卒中亞型共有的。這些基因列表用於表9-11中所示的功能分析。圖15A-B.A.發現能將由心房纖顫引起的心源性卒中與非心房纖顫致因區別開的37個基因的分層聚類分析。基因顯示在Y軸上，個體顯示在X軸上。紅色表示高水平的基因表達，藍色表示低水平的基因表達。可以觀察到個體通過診斷聚簇。一組基因在由心房纖顫引起的心源性卒中中具有高表達水平而在非心房纖顫致因中具有低表達水平。一組基因在由心房纖顫引起的心源性卒中中具有低表達水平而在非心房纖顫致因中具有高表達水平。B.發現能將由心房纖顫引起的心源性卒中與非心房纖顫致因區別開的37個基因的主成分分析。每個球體代表一個個體。球體附近的橢圓體代表從組平均值的兩個標準差。圖16.發現能將由心房纖顫引起的心源性卒中與非心房纖顫致因區別開的37個基因的留一交叉驗證預測分析。預測的診斷的概率顯示在Y軸上。實際的診斷顯示在X軸上。對於30份樣本中的30份，由心房纖顫引起的心源性卒中個體被預測為具有作為卒中致因的心房纖顫(100%正確預測)。在24份樣本中的22份中，由非心房纖顫致因引起的心源性卒中個體被正確預測(91.7%正確預測)。如果預測的分類以大於0.5的概率與已知分類不匹配，則認為樣本錯誤分類。圖17.發現能在卒中發作後3小時、5小時和24小時將心源性卒中與大血管性卒中區別開的40個基因的分層聚類圖和PCA。分層聚類表明，在缺血性卒中發作後3小時、5小時和24小時，心源性卒中與大血管性卒中通過40個基因相區別。這通過PCA確認，所述PCA表明心源性卒中個體與大血管性卒中相差超過兩個標準差。圖18.發現能在卒中發作後3小時、5小時和24小時能將由心房纖顫引起的心源性卒中與非心房纖顫致因區別開的37個基因的分層聚類圖和PCA。分層聚類表明，在缺血性卒中發作後3小時、5小時和24小時，所述37個基因能區別由心房纖顫致因和非心房纖顫致因引起的心源性卒中。這通過PCA分析確認，所述PCA分析表明由心房纖顫引起的心源性卒中個體與非心房纖顫致因相差超過兩個標準差。發明詳細描述1.引言本發明提供了用於診斷患者卒中發生和風險的生物標誌物，以及用於測定診斷為經歷卒中或具有經歷卒中傾向的個體中卒中致因的生物標誌物。例如,血液、血清或血漿樣本中組合的生物標誌物表達水平的評價允許快速診斷經歷疑似卒中事件或經歷指示卒中風險的症狀的患者中卒中的發生和致因。通過同時確定是否發生卒中以及卒中的根本致因，儘可能快地給予患者合適的醫學治療或幹預方案。特別可取的是，能夠在疑似卒中事件的3小時內診斷和治療患者。本發明例如利用有效的微陣列技術使這成為可能。本文描述的用於診斷卒中發生和風險的生物標誌物能夠在，例如，單個微陣列上或單個測定步驟中一起使用。生物標誌物還能獨立地用於診斷卒中的發生，例如，與用於確定卒中致因的其他方法相結合，以及獨立地用於確定卒中致因，例如，與用於確定是否發生卒中的其他方法相結合。2.能夠從本方法受益的患者從本方法受益的個 體可以正表現出缺血性卒中的症狀。在一些實施方案中，個體已經歷缺血事件(例如，TIA、缺血性卒中、心肌梗塞、周圍血管性疾病或靜脈血栓栓塞)。可選地，個體可以疑似經歷缺血事件。在一些實施方案中，個體還未經歷腦出血或出血性卒中和/或沒有發生腦出血或出血性卒中的風險。在一些實施方案中，個體已被診斷為未經歷腦出血或出血性卒中和/或沒有發生腦出血或出血性卒中的風險。在一些實施方案中，在疑似缺血事件的3小時內測定生物標誌物組的表達水平。在一些實施方案中，在疑似缺血事件之後3小時或更長時間測定生物標誌物組的表達水平。在一些實施方案中，在疑似缺血事件的6、12、18、24、36、48小時內測定生物標誌物組的表達水平。在一些情況下，個體沒有症狀，但可以具有經歷缺血性卒中的風險或傾向，例如基於遺傳學、相關的疾病狀態、環境或生活方式。在一些實施方案中，患者具有一種或多種血管風險因子，例如，高血壓、糖尿病、高脂血症或吸菸。3.可用於預測或診斷卒中的生物標誌物可用於預測、診斷或確認缺血性卒中發生的生物標誌物列舉在表7A和7B中。可以測定表7A中多種生物標誌物的表達水平用於預測、診斷或確認卒中的發生，以及聯合本領域內已知的用於預測、診斷或確認卒中發生的其它生物標誌物，本領域內已知的用於診斷卒中的其它方法，本文所描述的和本領域內已知的可用於確定卒中致因的生物標誌物(例如，本文所描述的)和/或本領域內已知的用於確定卒中致因的方法。表7A中多種生物標誌物的表達水平的測定可以用於預測、診斷或確認卒中的發生，也可以獨立進行，例如用來診斷卒中發生或確定患者可能患卒中的風險，不考慮致因。在一些實施方案中，測定來自表7A(和表7B)中至少約3、5、10、15、20、25、30、40、50,60或更多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中,測定表7A中多種生物標誌物和表7B中多種生物標誌物的表達水平。在一些實施 方案中，在疑似缺血事件的3小時內測定指示卒中發生的生物標誌物的表達水平。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:FAT3、GADLU CXADR、RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、ANKRD28、TIMM8A、PTPRD, CCRLl、FCRL4、DLX6、GABRB2、GYPA, PHTFl、CKLF, CKLF,RRAGD、CLEC4E、CKLF,FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPU VNN3、AMNU LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QKI, RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GABU UBR5、VAPA, MCTPl 和 SH3GL3。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX, TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、SNRPN、GLYATL1、DKRZP434L187、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FU35934、CCDC144A、ALD0AP2、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、HNRNPUL2、ELAVL2、PRTG、F0XA2、SCD5、L0C283027、L0C344595、RPL22、L0C100129488 和 RPL22。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:CLEC4E、 ΜΡ2、FGD4、CPEB2、LTB4R和VNN3。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA, PHTFl、CKLF, CKLF, RRAGD, CKLF, L0C100290882, UBXN2B、ENTPD1、BSTl、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA,L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22、MCTPl和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血症或吸菸)的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA和MCTPl。在·多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件的3小時內，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。在一些實施方案中，在疑似缺血事件之後3小時或更長時間測定指示卒中發生的生物標誌物的表達水平。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、CLEC4E、BXDC5、UNC5B、 ΜΡ2、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、 ΜΜ8Α、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA, L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488和MCTPI。在另外的健康個體(即未患心肌梗塞、無血管風險因子)中,表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:SPTLC3、DKRZP434L187、SPIB、HNRNPUL2、F0XA2、RPL22 和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、HNRNPUL2、PHTFUCKLF,CKLF,RRAGD,CLEC4E、CKLF,FGD4、CPEB2、UBXN2B、BST1、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、ZNF608、FAR2、GAB1、VAPA 和 MCTPI。在多個實施方案中，在表現出心肌梗塞的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SH0X、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATLK GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD,L0C729222///PPFIBPU CCRLU FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C100290882、ENTPDl、CHMPIB, FCH02、L0C283027、REM2、QK1、RBM25、ST3GAL6、HNRNPH2、UBR5、L0C344595、RPL22、L0C100129488、RPL22 和 SH3GL3。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTFU CKLF、CKLF、RRA⑶、CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA 和 MCTPI。在多個實施方案中，在表現出一種或多種血管風險因子的個體的疑似缺血事件之後3小時或更長時間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述個體罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。 與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物(例如，表16中所示的生物標誌物)的表達水平相比，表7A(和表7B)的多種生物標誌物過表達或低表達至少約1.2倍、1.3倍、
1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、
2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個體已經歷缺血性卒中或有經歷缺血性卒中的風險。與未經歷血管事件的個體或個體群體中相同生物標誌物的表達水平相比,表7A (和表7B)的多種生物標誌物過表達或低表達至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4 倍或3.5倍或更多倍指示個體已經歷缺血性卒中或有經歷缺血性卒中的風險。4.可用於診斷卒中致因的生物標誌物可用於確定和診斷卒中致因的生物標誌物列舉在表13A、13B、14和15中。可以獨立地測定表13A、13B、14和15中多種生物標誌物表達水平用於確定卒中致因，以及聯合本文所描述的和本領域內已知的用於預測、診斷或確認卒中發生的生物標誌物、本領域內已知的用於診斷卒中的其它方法、本領域內已知的可用於確定卒中致因的其它生物標誌物(例如，本文所描述的)和/或本領域內已知的用於確定卒中致因的方法。卒中亞型的分類是本領域內已知的，並且可參考例如，Amarenco, et al., CerebrovascDis(2009) 27:493-501。表13A、14和15中多種生物標誌物表達水平的測定可以用於確定卒中致因，還可以獨立進行，例如，當已知發生了卒中或患者有經歷缺血性卒中傾向時，用來診斷卒中致因。在一些實施方案中，獨立地測定表13A (和表13B)的至少約3、5、10、15、20、25、30、40、50、60或更多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中,獨立地測定表14的至少約3、5、10、15、20、25、30、40、50、60或更多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，獨立地測定表15的至少約3、5、10、15、20、25、30、40、50、60或更多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中,測定表13A中的多種多種生物標誌物和表13B中的多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定表14中的多種生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，測定表15中的多種生物標誌物的表達水平。表13A和13B中的生物標誌物可用於確定患者是否已經歷心源性卒中(也稱為心臟栓塞、心源性栓塞、栓塞性心臟病)或是否有經歷心源性卒中的傾向。當血栓(凝塊)從心臟離開，通過心血管系統移動，並留在腦中，首先中斷血液供給，然後通常導致出血，此時發生心源性卒中。在一些實施方案中，表13A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中或有經歷心源性卒中的風險:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP、BANK1、HLA-D0A、EBF1、TMEM19、LHFP、FCRL1、00EP 和 LRRC37A3。在一些實施方案中，表13A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有經歷心源性卒中的風險:L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS, CHURC1、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl和 GSTKl。

與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物(例如，表16中所示的生物標誌物)的表達水平相比，表13A (和表13B)的多種生物標誌物過表達或低表達至少約1.2倍、1.3倍、
1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、
2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個體已經歷心源性卒中或有經歷心源性卒中的風險。與未經歷血管事件的個體或個體群體中相同生物標誌物的表達水平相比,表13A(和表13B)的多種生物標誌物過表達或低表達至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、
2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4 倍或3.5倍或更多倍指示個體已經歷心源性卒中或有經歷心源性卒中的風險。表14中的生物標誌物可用於確定患者是否經歷頸動脈狹窄或是否有經歷頸動脈狹窄的傾向。頸動脈狹窄是頸動脈內表面(腔)變窄或縮窄，通常由動脈粥樣硬化引起。斑塊的炎症性形成能夠使頸動脈變窄，並且可以是栓塞的來源。栓塞從斑塊斷裂並通過循環到達腦中的血管而引起缺血，缺血可以是暫時性的(例如，短暫性缺血發作)或永久性的，這導致血栓栓塞性卒中(也稱為動脈粥樣硬化血栓形成、大動脈動脈粥樣硬化、伴隨狹窄的動脈粥樣硬化)。在一些 實施方案中，表14中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、C0L13A1、LHFP、RNF7、CYTH3、EBF1、RANBP10、PRSS35、C12orf42和L0C100127980。在一些實施方案中，表14中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL、L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物(例如，表16中所示的生物標誌物)的表達水平相比，表14的多種生物標誌物過表達或低表達至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個體已經歷頸動脈狹窄或有經歷頸動脈狹窄的風險。與未經歷血管事件的個體或個體群體中相同生物標誌物的表達水平相比,表14的多種生物標誌物過表達或低表達至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個體已經歷頸動脈狹窄或有經歷頸動脈狹窄的風險。

表15中的生物標誌物可用於確定患者是否經歷心房纖顫或是否有經歷心房纖顫的傾向。心房纖顫(AF或A-fib)是最常見的心律失常，並且涉及心臟的兩個上腔(心房)的纖顫(即顫動)而不是協調的收縮。在一些情況下，心源性卒中可以作為心房纖顫的結果發生。心源性卒中可以是心房纖顫的下遊結果，原因是纖顫心房中停滯的血液能夠形成血栓，然後血栓栓塞至腦循環，阻斷動脈血流，並引起缺血性損傷。在一些實施方案中，表15中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:SMC1A、SN0RA68、GRLFU SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl和TTC7A。在一些實施方案中，表15中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16、L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64和 MAP3K7IP1。與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物(例如，表16中所示的生物標誌物)的表達水平相比，表15的多種生物標誌物過表達或低表達至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個體已經歷心房纖顫或有經歷心房纖顫的風險。與未經歷血管事件的個體或個體群體中相同生物標誌物的表達水平相比，表15的多種生物標誌物過表達或低表達至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、
1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、
2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個體已經歷心房纖顫或有經歷心房纖顫的風險。5.與對照表達水平的比較將缺血性卒中相關生物標誌物的表達與對照缺血性卒中的表達水平進行比較。如果合適的話，對照表達水平可以是另外的健康個體(例如，未經歷TIA和/或沒有經歷TIA風險的個體)中相同缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，如本文所述或本領域內已知的，對照表達水平是多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，對照表達水平是，例如，基於另外的健康個體群體中生物標誌物的表達水平，相同缺血性卒中相關生物標誌物的預定閾值表達水平。在一些實施方案中，將缺血性卒中相關生物標誌物和另外的健康個體中缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平相對於例如多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平進行標準化，即，除以多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，相對於另外的健康個體中相同缺血性卒中相關生物標誌物的表達，確定缺血性卒中相關生物標誌物的過表達或低表達。例如，健康或正常對照個體未經歷缺血性卒中和/或沒有經歷缺血性卒中的風險。健康或正常對照個體通常未經歷血管事件(例如，TIA、缺血性卒中、心肌梗塞、周圍血管性疾病或靜脈血栓栓塞)。健康或正常對照個體通常沒有一種或 多種血管風險因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血症或吸菸)。如果合適的話，可以將健康或正常對照個體中目標缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平相對於多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平進行標準化，即，除以多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，相對於一種或多種穩定表達的內源性參照生物標誌物,確定缺血性卒中相關生物標誌物的過表達或低表達。與對照患者相比，卒中或TIA患者的血液中內部控制生物標誌物或內源性參照生物標誌物以相同或接近相同的表達水平表達。卒中或TIA患者的血液中目標生物標誌物以較高或較低的水平表達。通過將目標生物標誌物的表達水平除以多種內源性參照生物標誌物的表達水平，使目標生物標誌物的表達水平相對於參照生物標誌物標準化。目標生物標誌物的標準化的表達水平可以用於預測卒中或TIA的發生與否和/或卒中或TIA的致因。 在一些實施方案中，將來自疑似患有或經歷缺血性卒中的患者和來自對照患者的缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平相對於多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平標準化。將缺血性卒中相關生物標誌物的標準化表達的表達水平與對照患者中相同缺血性卒中相關生物標誌物標準化表達的表達水平進行比較。測定的表達倍數變化=缺血性卒中患者中目標生物標誌物的標準化表達/對照患者中目標生物標誌物的標準化表達。與健康對照患者中標準化的缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平相比,缺血性卒中患者中標準化的缺血性卒中相關生物標誌物過表達或低表達至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、
1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、
2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示所述缺血性卒中患者已經歷缺血性卒中或有經歷缺血性卒中的風險。在一些實施方案中，對照表達水平是預定的閾值水平。閾值水平可以對應於另外的健康個體或另外的健康個體群體中相同缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，任選地，將其相對於多種內源性參照生物標誌物的表達水平標準化。測定具有代表性數量的另外的健康個體和傾向於經歷缺血性卒中的個體中的缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平和標準化表達水平之後，可以將缺血性卒中相關生物標誌物的正常表達水平和缺血性卒中表達水平保持在資料庫中，從而允許確定指示是否有經歷缺血性卒中的風險或缺血性卒中發生的閾值表達水平。如果預定的閾值表達水平是相對於正常對照患者群體，則與閾值水平相比,缺血性卒中患者中缺血性卒中相關生物標誌物過表達或低表達(通常是標準化的)至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4
倍或3.5倍或更多倍指示缺血性卒中患者已經歷缺血性卒中或有經歷缺血性卒中的風險。如果預定的閾值表達水平是相對於已知經歷缺血性卒中或已知具有經歷缺血性卒中風險的患者群體，則疑似經歷缺血性卒中的患者中的表達水平大致等於閾值水平(或過表達或低表達的程度大於閾值表達水平)時，指示缺血性卒中患者已經歷缺血性卒中或有經歷缺血性卒中的風險。關於用於比較的內源性參照生物標誌物，優選地，可用的示例性內源性參照生物標誌物列舉在下文的表16中。其它合適的內源性參照生物標誌物公開於，例如，Stamova, etal., BMC Medical Genomics (2009) 2:49中。在一些實施方案中，測定多種內源性參照生物標誌物的表達水平作為對照。在一些實施方案中，測定例如表16中所示的或本領域內已知的至少約2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35或更多種或全部內源性參照生物標誌物的表達水平作為對照。在一些實施方案中，測定內源性參照生物標誌物GAPDH、ACTB, B2M、HMBS和PPIB的表達水平作為對照。在一些實施方案中，測定選自以下的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多種或全部內源性參照生物標誌物的表達水平作為對照:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、P14KB、CRTC1、HADHA、MAPILC3B、KAT5、CDC2LI///CDC2L2、GTSE1、CDC2LI///CDC2L2、TCF25、CHP, LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PU DAXX, UBE2NL、EIFUKCMFl、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPU ClOorf104,ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACCl、L0C100133445///L0C115110、PEX16。與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平(例如，估計的內源性參照生物標誌物(例如，表16中所示的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35或更多種生物標誌物)的幾何平均表達水平)相比,指示卒中或卒中具體致因的生物標誌物具有至少約1.2倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4 倍或 3.5 倍或更多倍的表達水平。6.檢測生物標誌物的方法可以利用本領域內已知的任何方法測定基因表達。本領域技術人員應當理解，測定基因表達的手段不是本發明的重要方面。可以在轉錄或翻譯(即蛋白)水平上檢測生物標誌物的表達水平。在一些實施方案中，在轉錄水平上檢測生物標誌物的表達水平。利用核酸雜交技術進行具體DNA和RNA測量的多種方法是本領域技術人員已知的(參見Sambrook,同上，和Ausubel,同上)，並且可以用於檢測表74、78、13麼、138、14和15中所示的基因的表達。一些方法涉及電泳分離(例如，用於檢測DNA的Southern印跡和用於檢測RNA的Northern印跡)，但是也可以在不利用電泳分離的情況下進行DNA和RNA的測量(例如，通過斑點印跡)。基因組DNA(例如，來自人)的Southern印跡可用於篩選限制性片段長度多態性(RFLP)，以檢測影響本發明多肽的遺傳病症的存在。可以檢測所有形式的RNA，包括例如，信使 RNA (mRNA)、微 RNA (miRNA)、核糖體 RNA (rRNA)和轉運 RNA (tRNA)。核酸雜交形式的選擇不是關鍵的。多種核酸雜交形式是本領域技術人員已知的。例如，常見的形式包括夾心測定和競爭或替代測定。雜交技術通常描述於Hamesand Higgins Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press(1985)；Gall and Pardue, Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A., 63:378-383 (1969)；以及 John etal.Nature, 223:582-587(1969)。雜交複合物的檢測可需要產信號複合物與靶標和探針多核苷酸或核酸的雙螺旋的結合。通常，這種結合通過配體和抗配體相互作用而發生，例如配體偶聯的探針和偶聯有信號的抗配體之間的相互作用。通過暴露於超聲能，信號生成複合物的結合也易於得到加速。標記也可以允許間接檢測雜交複合物。例如，如果標記是半抗原或抗原,可以通過使用抗體來檢測樣本。在這些系統中，通過將螢光或酶分子連接於抗體，或在一些情況下，通過連接於放射性標記而產生信號(參見例如，Ti jssen, 「Practice and Theoryof Enzyme Immunoassays,，，Laboratory Techniques in Biochemistry and MolecularBiology, Burdon and van Knippenberg Eds.，Elsevier (1985)，pp.9-20)。探針通常被直接標記，例如用同位素、發色團、發光團、色原體，或被間接標記，例如用生物素，鏈黴親和素複合物隨後可以與生物素結合。因此，本發明測定中所用的可檢測的標記可以是一級標記(其中該標記包含可直接檢測的元件或能產生直接可檢測的元件的元件)或二級標記(其中可檢測的標記與一級標記結合，例如，免疫標記中常用的)。通常，標記的信號核酸用於檢測雜交。可以通過常用於檢測雜交多核苷酸存在的數種方法中的任一種標記互補的核酸或信號核酸。最常用的檢測方法是利用用3H、1251、35S、14C或32P標記的探針等的放射自顯影法。其它標記包括，例如，能結合標記抗體的配體、螢光團、化學發光劑、酶以及能作為標記配體的特異結合對成員的抗體。對標記、標記步驟和標記檢測的介紹見於Polak and Van Noorden Introduction to Immunocytochemistry,第二版，SpringerVerlag, NY(1997)；以及 Haugland Handbook of Fluorescent Probes and ResearchChemicals,由 Molecular Probes, Inc.出版的聯合手冊和名錄(1996)。通常，監測具體探針或探針組合的檢測器被用於檢測檢測試劑標記物。典型的檢測器包括分光光度計、光電管和二極體、顯微鏡、閃爍計數器、照相機、膠片等，以及以上的組合。合適的檢測器的實例可廣泛地從本領域技術人員已知的多種商業途徑獲得。一般地，使包含結合的標記部分的底物的光學圖像數位化，用於隨後的計算機分析。最通常地，通過檢測試劑的結合、對固定於固體支持物的標記的量進行定量，來測量RNA的量。通常，相對於不含調節劑的對照孵育或者與為具體反應類型所建立的基線相t匕，孵育過程中調節劑的存在會增加或減少固定於固體支持物的標記的量。檢測和定量標記的手段是本領域技術人員公知的。在優選的實施方案中，將目標核酸或探針固定於固體支持物上。適用於本發明測定中的固體支持物是本領域技術人員已知的。本文使用的固體支持物是基本固定排列的材料基質。例如，在本發明的一實施方案中，使用微陣列來檢測基因表達模式。微陣列提供了一種同時測量大量基因表達水平的方法。每一陣列由連接於固體支持物的可複製模式的多種核酸(例如，能與表74、 78、13八、138、14和15中所示的多個基因雜交的多種核酸)組成。在一實施方案中，陣列含有能與表7A(和7B)中所不的多個基因雜交的多種核酸。在一實施方案中，陣列含有能與表13A(和13B)中所不的多個基因雜交的多種核酸。在一實施方案中，陣列含有能與表14中所示的多個基因雜交的多種核酸。在一實施方案中，陣列含有能與表15中所示的多個基因雜交的多種核酸。標記的RNA或DNA與陣列上互補的探針雜交，然後通過雷射掃描檢測。測定陣列上每個探針的雜交強度，並將其轉化成缺血(例如，卒中或短暫性缺血發作)中相對基因表達水平的定量讀出。在一些實施方案中，從個體獲得樣本，從該樣本分離總mRNA，並將其轉化成標記的cRNA，然後與陣列雜交。通過參照陣列上和樣本中存在的合適對照來計算相對轉錄物水平。參見 Mahadevappa and Warrington, Nat.Biotechnol.17, 1134-1136(1999)。多種自動化固相測定技術也是合適的。例如，可從Affymetrix, Inc.(SantaClara, CA)購得的大規模的固定化多聚物陣列(VLSIPS )能被用於同時檢測參與同一調控通路的多個基因表達水平的變化。參見，Tijssen,同上，Fodor et al.(1991)Science, 251:767-777 ;Sheldon et al.(1993)Clinical Chemistry39(4):718-719,以及 Kozal et al.(1996) Nature Medicine2 (7): 753-759。還可以使用本領域內可利用的集成微流體系統和其它醫療點(point-of-care)診斷裝置。參見，例如，Liuand Mathies, Trends Biotechnol.(2009)27 (10):572-81 和 Tothill, Semin Cell DevBiol (2009) 20 (I): 55-62。在檢測多種核酸的表達水平中使用的微流體系統可獲自，例如，NanoString Technologies,網址為 nanostring, com。例如，可以通過使用能特異性結合雙螺旋核酸的標記的檢測部分(例如，對RNA-DNA雙螺旋具有特異性的抗體)實現檢測。一個優選的實例利用能識別DNA-RNA異雙螺旋的抗體，其中所述抗體與酶連接(通常通過重組或共價化學鍵)。當酶與其底物反應時，產生可檢測的產物時，從而檢測到抗體。Coutlee et al.(1989)Analytical Biochemistryl81:153-162 ；Bogulavski(1986)et al.J.1mmunol.Methods89:123-130 ；Prooijen-Knegt(1982)Exp.Cell Res.141:397-407 ；Rudkin(1976)Nature265:472-473, StolIar(1970)Proc.Nat』 I Acad.Sc1.USA65:993-1000 ；Bal Iard(1982)Mo I.Immunol.19:793-799 ；Pisetsky and Caster(1982)Mol.1mmunol.19:645-650 ;Viscidi et al.(1988) J.Clin.Microbial.41:199-209 ;以及 Kineyet al.(1989) J.Cl in.Microbiol.27:6-12描述了針對RNA雙螺旋(包括同雙螺旋和異雙螺旋)的抗體。包含對DNA = RNA雜合體具有特異性的抗體的試劑盒可獲自，例如，DigeneDiagnostics, Inc.(Beltsville, MD)。除了可購得的抗體之外，本領域技術人員利用已有的技術能夠容易地製備對核酸雙螺旋具有特異性的抗體，或能夠修飾商購的或可公開獲得的那些抗體。除了上文引用的技術之外，產生多克隆和單克隆抗體的一般方法是本領域技術人員已知的(參見例如，Paul (第 3 版)Fundamental Immunology Raven Press, Ltd., NY(1993) ；Coligan, etal., Current Protocols in Immunology, Wiley Interscience(1991-2008) ；Harlow andLane, Antibodies: A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Press, NY(1988) ；Harlowand Lane, Using Antibodies, Cold Spring Harbor Press, NY (1999) ；Stiteset al.(出版)Basic and Clinical Immunology (第 4 版)Lange Medical Publications, LosAltos, CA,以及其中引用的文獻；Goding Monoclonal Antibodies !Principles andPractice (第 2 版)Academic Press, New York, NY, (1986);以及 Kohler and MilsteinNature256:495-497 (1975))。其它適於抗體製備的技術包括選擇噬菌體或相似載體中的重組抗體文庫(參見，Huse et al.Science246:1275-1281 (1989);以及 Ward etal.Nature341:544-546 (1989))。特異性的單克隆和多克隆抗體以及抗血清通常以至少約0.1 μ M，優選至少約0.01 μ M或更好，以及最通常和優選0.001 μ M或更好的Kd來結合。本發明中使用的核酸可以是陽性或陰性探針。陽性探針能與其靶標結合，雙螺旋形成是靶標存在的證據。陰性探針不能與疑似靶標結合，未形成雙螺旋是靶標存在的證據。例如，使用野生型特異性核酸探針或PCR引物可以充當測定樣本中的陰性探針，在所述樣本中，只存在感興趣的核苷酸序列。通過使用能增加待檢測目標核酸的核酸擴增系統，可以增強雜交測定的靈敏性。這類系統的實例包括聚合酶鏈式反應(PCR)系統，尤其是RT-PCR或實時PCR，以及連接酶鏈式反應(LCR)系統。本領域中近期描述的其它方法是基於核酸序列的擴增(NASBA，Cangene, Mississauga, Ontario)和QP複製酶系統。這些系統能用於直接鑑定突變體，其中，PCR或LCR引物被設計成僅在存在選定序列時才會被延伸或連接。可選擇地，通常能夠利用例如非特異性PCR引物擴增選定序列，並且隨後探測擴增的靶區中指示突變的特定序列。還可利用高通量多元核酸測序或「深度測序」來檢測捕獲的表達的生物標誌物基因。高通量測序技術是本領域內已知的(例如，在網址454.com上的454測序)。測定本發明核酸的表達水平的可選方式是原位雜交。原位雜交測定是公知的，並且通常描述於 Angerer et al., Methods Enzymol.152:649-660 (1987)中。在原位雜交測定中，將細胞(優選人細胞，例如血細胞)固定於固體支持物(通常為玻璃載玻片)。如果欲探測DNA，則用加熱或鹼使細胞變性。然後,在中等溫度下使細胞與雜交溶液接觸，從而允許被標記的特異性探針退火。優選用放射性同位素或螢光報告子標記探針。

在其它實施方案中，用定量RT-PCR來檢測表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個基因的表達。在一實施方案中，定量RT-PCR用於檢測表7A(和7B)中所示的多個基因。在一實施方案中，定量RT-PCR用於檢測表13A(和13B)中所示的多個基因。在一實施方案中，定量RT-PCR用於檢測表14中所示的多個基因。在一實施方案中，定量RT-PCR用於檢測表15中所示的多個基因。適用技術的一般性綜述可參見例如，A-Z ofQuantitative PCR, Bustin, ed., 2004, International University Line;QuantitativePCR Protocols, Kochanowski and Reischl,eds., 1999, Humana Press;ClinicalApplications of PCR, Lo, ed., 2006, Humana Press;PCR Protocols:A Guide to Methodsand Applications(Innis et al.eds.(1990))以及 PCR Technology!Principles andApplications for DNA Amplification (Erlich, ed.(1992))。此外，擴增技術描述於美國專利號4，683，195和4，683，202中。本領域內已知的多重PCR方法適用於本發明。因此，在本發明的一實施方案中，提供了包含多種多核苷酸的反應混合物，所述多核苷酸能夠與表74、78、13八、138、14和15中所示的多個基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實施方案中，本發明提供了包含多種多核苷酸的反應混合物，所述多核苷酸能夠與表7A(和7B)中所示的多個基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實施方案中，本發明提供了包含多種多核苷酸的反應混合物，所述多核苷酸能夠與表13A (和13B)中所示的多個基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實施方案中，本發明提供了包含多種多核苷酸的反應混合物，所述多核苷酸能夠與表14中所示的多個基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實施方案中，本發明提供了包含多種多核苷酸的反應混合物，所述多核苷酸能夠與表15中所示的多個基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實施方案中，反應混合物是PCR混合物，例如，多重PCR混合物。本發明依賴於重組遺傳學領域的常規技術。通常，下文描述的重組DNA技術中的術語和實驗方案是本領域內熟知的並且常用於本領域內。使用標準技術來進行克隆、DNA和RNA分離、擴增和純化。通常，涉及DNA連接酶、DNA聚合酶、限制性內切核酸酶等的酶學反應按照廠商的說明書進行。公開了本發明中使用的一般方法的基礎文章包括SambiOOk etal., Molecular Cloning, A Laboratory Manual (第 3 版，2001) ; Kriegler, Gene Transferand Expression:A Laboratory Manual (1990);以及 Current Protocols in MolecularBiology (Ausubel et al., eds., 1994-2008, Wiley Interscience))。對於核酸，以千鹼基(kb)或鹼基對(bp)來給出大小。這些是從瓊脂糖或丙烯醯胺凝膠電泳、測序的核酸或公開的DNA序列得到的估計值。對於蛋白，以千道爾頓(kDa)或胺基酸殘基數給出大小。蛋白大小是從凝膠電泳、測序的蛋白、得到的胺基酸序列或公開的蛋白序列估算出的。不可商購的寡核苷酸可以按照Beaucage&CarutherS，TetrahedronLetts.22:1859-1862(1981·)首次描述的固相亞磷酸醯胺三酯法，利用自動合成儀化學合成，如 Van Devanter et.al., Nucleic Acids Res.12:6159-6168 (1984)中所描述的。通過非變性丙烯醯胺凝膠電泳或通過Pearson&Reanier, J.Chrom.255:137-149 (1983)中所描述的陰離子交換HPLC進行寡核苷酸的純化。在一些實施方案中，在轉錄水平或蛋白水平上檢測本文描述的生物標誌物的表達水平。蛋白檢測是本領域內公知的，並且可以使用本領域內已知的蛋白檢測方法。示例性的測定多種蛋白表達水平的測定包括，例如，ELISA、流式細胞術、質譜分析(例如，MALDI或SELDI)、表面等離子共振(例如，BiaCore)、微流體技術和其它生物傳感器技術。參見例如，Tothill, Semin Cell Dev Biol (2009)20 (I):55-62。7.缺血性卒中參照譜本發明還提供了缺血參照譜。參照譜包括將多種缺血相關基因(即，表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個基因)的表達水平與具體類型的缺血關聯起來的信息。在一實施方案中，缺血參照譜將表7A(和7B)中所不的多個基因的表達水平與缺血的發生或風險關聯起來。在一實施方案中，缺血參照譜將表13A(和13B)中所示的多個基因的表達水平與心源性卒中的發生或風險關聯起來。在一實施方案中，缺血參照譜將表14中所示的多個基因的表達水平與頸動脈狹窄的發生或風險關聯起來。在一實施方案中，缺血參照譜將表15中所示的多個基因的表達水平與心房纖顫的發生或風險關聯起來。這種譜可以方便地用於診斷、監測和預測缺血。本發明的一實施方案提供了已經歷卒中或有經歷卒中風險的個體的缺血參照譜，不考慮致因。因此，缺血參照譜與選自表7A(和表7B)的多個基因的表達水平相關。例如，以下表達譜是已經歷卒中或有卒中風險的個體的參照譜:表現出與對照水平相比，多種以下基因的表達增加至少約1.2倍的表達譜:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SH0X、TBX5、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATLK GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、CLEC4E、BXDC5、UNC5B、 ΜΡ2、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD、L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFU CKLF、CKLF、RRA⑶、CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDUBST1、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、CHMPIB、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QKI, RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GABU UBR5、VAPA, L0C283027、L0C344595、RPL22、L0C100129488和MCTP1，以及表現出與對照水平相比，多種以下基因的表達降低至少約1.2倍的表達譜:SPTLC3、DKRZP434L187、SPIB、HNRNPUL2、F0XA2、RPL22 和 SH3GL3。本發明的一實施方案提供了已經歷心源性卒中或有經歷心源性卒中風險的個體的缺血參照譜。因此，缺血參照譜與選自表13A(和表13B)的多個基因的表達水平相關。例如，以下表達譜是已經歷心源性卒中或有心源性卒中風險的個體的參照譜:表現出與對照水平相比，多種以下基因的表達增加至少約1.2倍的表達譜:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、⑶L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP, BANKl、HLA-DOA, EBFl、TMEM19、LHFP、FCRLl、OOEP和LRRC37A3，以及表現出與對照水平相比，多種以下基因的表達降低至少約1.2 倍的表達譜:L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCl、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和 GSTKl。本發明的一實施方案提供了已經歷頸動脈狹窄和動脈粥樣硬化性卒中或有經歷頸動脈狹窄和動脈粥樣硬化性卒中風險的個體的缺血參照譜。因此，缺血參照譜與選自表14的多個基因的表達水平相關。例如，以下表達譜是已經歷頸動脈狹窄和動脈粥樣硬化性血栓性卒中或有頸動脈狹窄和動脈粥樣硬化性血栓性卒中風險的個體的參照譜:表現出與對照水平相比，多種以下基因的表達增加至少約1.2倍的表達譜:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、COL13AK LHFP, RNF7、CYTH3、EBF1、RANBP10、PRSS35、C12orf42 和L0C100127980，以及表現出與對照水平相比，多種以下基因的表達降低至少約1.2倍的表達譜:FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL、L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2。本發明的一實施方案提供了已經歷心房纖顫或有經歷心房纖顫風險的個體的缺血參照譜。因此， 缺血參照譜與選自表15的多個基因的表達水平相關。例如，以下表達譜是已經歷心房纖顫或有發展為心房纖顫風險的個體的參照譜:表現出與對照水平相比，多種以下基因的表達增加至少約1.2倍的表達譜:SMC1A、SN0RA68、GRLFU SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl和TTC7A，以及表現出與對照水平相比，多種以下基因的表達降低至少約1.2 倍的表達譜:LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16,L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64和 MAP3K7IP1。可以將參照譜輸入資料庫，例如，包含符合預定種類的數據的關係資料庫。每個表格或關係在縱行中含有一種或多種數據類別。每一橫行含有縱行限定的類別的獨有的數據實例。例如，本發明典型的資料庫會包括這樣的表格，在縱行描述樣本的年齡、性別、生殖狀況、表達譜等。另一表格描述疾病:症狀、等級、樣本鑑定、表達譜等。在一實施方案中，本發明將實驗樣本與參照樣本的資料庫匹配。資料庫由多種不同的樣本組合，以便用作參照樣本。在一實施方案中，個體參照樣本將獲自就醫過程中的患者。關於樣本的生理狀態、疾病狀態和/或藥理狀態的信息也將通過任何可用的方法獲得。這可以包括，但不限於，表達譜分析、臨床分析、病史和/或患者面談。例如，能夠當面確定患者的年齡、性別、族源、症狀或既往疾病診斷以及患者正進行的任何治療的特徵。採集多個這種參照樣本。一個個體可以貢獻一個參照樣本或隨時間可以貢獻多個樣本。本領域技術人員應當認識到，當資料庫中參照樣本的數量增加時，基於與資料庫比較的預測的置信度也增加。將資料庫組織為參照樣本組。每個參照樣本含有關於生理狀態、藥理狀態和/或疾病狀態的信息。一方面，資料庫是具有組織到三個數據表格中的數據的關係資料庫，一個是主要通過生理狀態將樣本分組的表格、一個是主要通過疾病狀態將樣本分組的表格，一個是主要通過藥理狀態將樣本分組的表格。在每個表格中，樣本可以進一步按照兩個餘下的類別進行分組。例如，生理狀態表可以按照疾病狀態和藥理狀態被進一步分類。如本領域技術人員所理解的，本發明還可以體現為方法、數據處理系統或程序產品。因此，本發明可以採用數據分析系統、方法、分析軟體等形式。按照本發明編寫的軟體被存儲在一些形式的計算機可讀介質中(諸如存儲器、硬碟、DVD ROM或⑶ROM)或通過網絡傳輸，並通過處理器執行。本發明還提供了用於分析生理狀態、疾病狀態等級和/或治療效力的計算機系統。該計算機系統包括處理器和存儲器，該存儲器與編碼一個或多個程序的所述處理器連接。存儲器中所編碼的程序使處理器執行上述方法的步驟，其中表達譜以及關於生理狀態、藥理狀態 和疾病狀態的信息由計算機系統接收作為輸入。計算機系統可用於執行本發明實施方案的軟體(參見例如，美國專利號5，733，729)。8.為患者提供合適的治療和預防方案例如，一旦利用本文提供的生物標誌物，正面確定或確認患者已經歷卒中並確定卒中致因，本方法還包括制定、提供或實施缺血性卒中的預防或治療方案的步驟。通過利用本文所述的生物標誌物診斷卒中的發生和/或致因，患者可以快速接受經調整適合於已經歷的卒中類型或患者有風險經歷的卒中類型的治療。如果從表7A(和7B)評價的多種生物標誌物的表達水平指示卒中的發生或風險，則可以利用本領域內已知的方法確認卒中的陽性診斷。例如，患者可以進行腦和血管的MRI成像、其它的血液測試、EKG和/或心回波檢查。如果從表13A(和13B)評價的多種生物標誌物的表達水平指示心源性卒中的發生和/或風險，則可以為患者制定或實施抗凝血劑方案。示例性抗凝血劑包括阿司匹林、肝素、華法令和達比加群。如果從表14評價的多種生物標誌物的表達水平指示頸動脈狹窄的發生和/或風險，則可以為患者制定或實施抗血小板藥物方案。最常用的抗血小板藥物是阿司匹林。阿司匹林的替代品是抗血小板藥物氯吡格雷(Plavix)。一些研究表明，阿司匹林與另一種抗血小板藥物組合是最有效的。在一些實施方案中，為患者制定低劑量阿司匹林和抗血小板藥物潘生丁(Aggrenox)的組合，以降低血凝。噻氯匹唳(Ticlid)是另一種可以使用的抗血小板藥物。患有中度或重度頸動脈(neck artery)(頸動脈(carotid))狹窄的患者可能需要或受益於頸動脈內膜切除術。這種預防性的手術清除了頸動脈的脂肪沉積(動脈粥樣硬化斑塊)，從而預防了首次卒中或隨後的卒中。在一些實施方案中，患者可能需要或受益於頸動脈成形術或支架。頸動脈成形術涉及利用囊樣裝置來打開阻塞的動脈，並將小線管(支架)放置在動脈內以保持其暢通。如果從表15評價的多種生物標誌物的表達水平指示心房纖顫的發生和/或風險，則可以為患者制定抗凝血劑(以預防卒中)和/或藥學試劑的方案，以實現心率控制。示例性抗凝血劑包括阿司匹林、肝素、華法令和達比加群。示例性的心率控制藥物包括β阻滯劑(例如，美託洛爾、阿替洛爾、比索洛爾)、非二氫吡啶類鈣通道阻滯劑(例如，地爾硫卓或異搏定)和強心苷(例如，地高辛)。9.固體支持物和試劑盒本發明還提供了包含多種核酸探針的固體支持物，所述核酸探針能夠與表7Α、7Β、13Α、13Β、14、15以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表7Α以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表13Α以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表14以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表15以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。在多個實施方案中，固體支持物被設置為排除與卒中或卒中致因的診斷、預測或確認無關或無法用於卒中或卒中致因的診斷、預測或確認的基因。例如，與對照表達水平相t匕，患有卒中或疑似患有卒中(不考慮致因)的個體中過表達或低表達小於1.2倍的基因可以從本申請的固體支持物排除。在一些實施方案中，與對照表達水平相比，缺血性卒中(包括心源性卒中、動脈粥樣硬化性血栓性卒中以及心房纖顫後的卒中)個體中過表達或低表達小於1.2倍的基因可以從本申請的固體支持物排除。固體支持物可以包含多種核酸探針，所述核酸探針能夠與本文所述的可用於診斷缺血性卒中、心源性卒中、頸動脈狹窄和/或心房纖顫的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。如果合適的話，可以將能夠與可用於診斷缺血性卒中、心源性卒中、頸動脈狹窄和/或心房纖顫的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交的核酸探針以預定的陣列排列在固體支持物上。在多個實施方案中，鑑定的非特異性核酸和/或與缺血性卒中、心源性卒中、頸動脈狹窄和/或心房纖顫的診斷不相關和/或不關聯的核酸不被連接於固體支持物。固體支持物可以是試劑盒中的組分。 本發明還提供了用於診斷缺血或發展為缺血的傾向的試劑盒。例如，本發明提供了包括一個或多個反應容器的試劑盒，所述反應容器中具有本發明的部分或全部反應組分的小份。小份可以為液態或乾燥形式。反應容器可以包括允許在同一容器中容納、處理和/或擴增樣本的樣本處理盒或其它容器。試劑盒可以包含多種能夠與表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個基因雜交的核酸探針。在一實施方案中，試劑盒包含多種能夠與表7A(和7B)中所示的多個基因雜交的核酸探針。在一實施方案中，試劑盒包含多種能夠與表13A(和13B)中所示的多個基因雜交的核酸探針。在一實施方案中，試劑盒包含多種能夠與表14中所不的多個基因雜交的核酸探針。在一實施方案中，試劑盒包含多種能夠與表15中所示的多個基因雜交的核酸探針。探針可以固定在本文所描述的陣列上。在一些實施方案中，試劑盒包含固體支持物，所述固體支持物包含多種核酸探針，所述核酸探針能夠與表7A、7B、13A、13B、14、15以及任選的表16中所示的多個基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表7A、7B、13A、13B、14、15以及任選的表16中所示的多個基因雜交。
此外，試劑盒可以包含合適的緩衝液、鹽及其它試劑，以便於用於測定表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個基因的表達水平的擴增和/或檢測反應(例如，引物、標記)。在一實施方案中，試劑盒包含合適的的緩衝液、鹽及其它試劑，以便於用於測定表7A(和7B)中所示的多個基因的表達水平的擴增和/或檢測反應(例如，引物、標記)。在一實施方案中，試劑盒包含合適的緩衝液、鹽及其它試劑，以便於用於測定表13A(和13B)中所示的多個基因的表達水平的擴增和/或檢測反應(例如，引物、標記)。在一實施方案中，試劑盒包含合適的緩衝液、鹽及其它試劑，以便於用於測定表14中所示的多個基因的表達水平的擴增和/或檢測反應(例如，引物、標記)。在一實施方案中，試劑盒包含合適的緩衝液、鹽及其它試劑，以便於用於測定表15中所示的多個基因的表達水平的擴增和/或檢測反應(例如，引物、標記)。試劑盒還可以包括使用試劑盒的書面說明書。在一實施方案中，試劑盒包含多種能夠與表7八、78、13八、138、14和15中所示的多種生物標誌物結合的抗體。所述抗體可以固定或可以不固定於固體支持物(例如，ELISA板)上。
實施例提供以下實施例用於說明而非限制請求保護的發明。實施例1:用於診斷缺血性卒中的發生和/或風險的生物標誌物材料和方法本研究有兩個目的:(1)證實之前鑑定出的29種探針能在新的隊列中區分IS與健康對照[Tang Y et al., J Cereb Blood Flow Metab.，26:1089-1102 (2006)];以及(2)鑑定能將IS與血管風險因子(SAVVY)對照和心肌梗塞(MI)對照區別開的其它基因。在46kg/m2，癌症史、慢性感染、自身免疫疾病或血質不調。心肌梗塞(MI)患者

從加利福尼亞大學戴維斯醫學中心招募MI個體(n=16)。自事件後的平均時間是58.0h (範圍19.3-176.5)。在採血之前，用抗血小板藥物和抗凝血劑急性治療所有個體。在採血之前，在一些患者中進行了血管成形術(n=8)或CABG(n=l)。無MI患者接受r_tPA。健康對照從辛辛那提大學(n=15)、加利福尼亞大學戴維斯分校(n=3)和史丹福大學(n=20)招募健康對照。這些個體從未住院治療過，沒有在服藥，並且沒有已知的重要醫學、外科和精神學疾病。對於連續變量(年齡)使用Student』 s雙尾t檢驗，對於分類變量(性別、種族)使用X 2或費希爾精確檢驗，比較之前的研究[Tang Y et al., J Cereb Blood FlowMetab.，26:1089-1102 (2006)]和本研究之間的基線人口統計學數據，以及比較本研究的IS和對照個體之間的基線人口統計學數據。探針水平的數據分析利用Robust Multichip Averaging(RMA)標準化[Bolstad BM et al., Bioinformatics, 19:185-193(2003)],以及通過對穩定表達的內參基因的子集[Stamova BS etal., BMC Med Genomics, 2:49 (2009)]的改進的內參基因標準化(準備中的稿件)，將來自Affymetrix U133Plus2.0表達陣列的每個探針的原始表達值轉化成探針組水平的數據。這涉及中位數修正概括步驟，即每個個體基因表達值除以參照基因的幾何平均數，並進行1g2變換。對於目的I中的分析，使用RMA和內參基因標準化的值。對於目的2中的所有分析，利用內參基因標準化的值進行差異基因的分離。在開發分類器中使用相同的值。批次校[H由於各批次的不平衡的性質，因此當將批次用作ANCOVA模型中的因素時，引入偏倚。然而，解釋現存的技術差異仍是可取的。在批次作為或不作為因素的情況下，通過選擇ANCOVA輸出集共有的基因來實現這一點。儘管該項技術引入了對選擇差異基因的嚴格標準，但其意圖在於當進行隨後的研究時能提高結果確認的機率，以及實現更好的普遍化，從而能被轉化成IS預測臨床測試。差異基因的鑑定單獨進行每種比較的分析(分別為每個時間點(3h和24h)的IS相對於健康者、MI和SAVVY)。將樣本隨機分組，以便進行分樣(split-sample)分析,其中預測算法在半數樣本(訓練集)上訓練，而在另外半數樣本(檢驗集)上檢驗分類器的性能。分析的工作流程圖如圖3所示。用於分別在健康者與3h IS和24h IS之間分離差異基因的特徵選擇涉及從四種不同的ANCOVA分析(本文稱為模型1-4)發現共同的探針組。分析中使用的所有因素是所有模型(組、年齡、性別)所共有的，但除了批次，批次僅在模型I和3中作為因素。模型I和2應用於隨機選擇的通過組和時間點(對於IS樣本)分級的半數樣本(在此稱為第一隨機半數)，而模型3和4應用於全部數據集。由於在試圖選擇更加可靠的探針組中批次的不平衡的性質，因此進行了具有批次和不具有批次的模型的重疊。進行完全組模型和分組模型的重疊，以實現比分組模型更好的普遍化，從而能被轉化成IS預測臨床試驗。開發了滿足以下標準的基因列表:FDR校正的P值(組)彡0.05和倍數變化彡-1.5或彡1.5，以及對於其它因素(未校正的P (年齡)>0.5和未校正的P (性別)>0.05，以及對於包括批次的模型，未校正的P (批次)>0.05)是不顯著的。目的是找到表達不受顯著的技術(批次)、性別或年齡影響的基因。

在模型I中用於24h IS相對於健康者的流程圖分析有例外，其中未校正的P (組)〈0.01用於產生更大的基因列表。SAVVY相對於3h IS和24h IS的分析僅包括模型2和4，因為由於批次完全混雜，而批次未作為因素。MI相對於3h IS和24h IS的分析僅包括模型3和4，因為MI患者的樣本大小很小(n=17)。在這種情況下，使用10倍交叉驗證程序來確定分類算法的性能。如果特徵選擇步驟時的探針組數量較大，我們繼續排除未注釋的探針組、注釋為染色體區段的探針組、注釋為假定蛋白的探針組、按照Affimetrix注釋可能檢測出多於一種獨特的基因(*_x_at、*_a_at、*_s_at)的探針組，並排除重複。預測/分類使用不同的預測算法。微陣列預測分析(PAM)使用K-最鄰近法作為分類引擎(默認值k=10)以及最近收縮質心法作為特徵選擇方法[Tibshirani R et al., ProcNatl Acad Sci U S A，99:6567-6572 (2002)]。將通過上文所述的標準的差異表達的基因輸入PAM，並選擇具有最佳分類準確性的最少數量的基因。此外，在組合的3h IS預測基因、24h IS預測基因以及3h加24h IS預測基因的分析中評價多種其它分類方法，以便找到最佳模型並產生預測準確性的無偏估計(Partek Genomics Suite, Partek Inc., St.Louis, MI, USA中進行的分析)。對於我們的特徵約減步驟，使用ANCOVA模型和最近收縮質心法的組合。除了 PAM之外，本研究中使用的分類模型是K最鄰近法(K-NN)，以歐氏距離相似性標準，k=l、3、5、7和9個鄰近點；具有相等和成比例的先驗概率的最近質心法(NC);具有相等和成比例的先驗概率的二次判別分析(QDA)，具有相等和成比例的先驗概率的線性判別分析(LDA),以及支持向量機,組成121模型空間。對於這些方法的概述,參見[AsyaliMH et al., Current Bioinformatics, 1:55-73(2006) ；Jain AK et al., Statisticalpattern recognition:A review, IEEE Transactions On Pattern Analysis and MachineIntelligence.,22:4-37(2000)]。進行2級嵌套式交叉驗證(CV)，產生分類成功的較低的有偏估計(報導為準確性(標準化)估計)。在該方法中，進行「外部」交叉驗證，以產生預測誤差的無偏估計(通過保留樣本作為獨立的檢驗集)。為了選擇應用於保留檢驗樣本的最佳模型，在訓練數據(未通過「外部」交叉驗證保留作為檢驗數據的數據)上進行另外的「內部」交叉驗證。在整個集都用於訓練和CV預測準確性的情況下，使用全留一(leave-one-out)交叉驗證(CV)。對於結果部分中的表4，使用以下參數:*121模型空間的準確性(標準化)估計=91.2%(80.3/88)。最佳模型:SVM(收縮=是，損失=101、nu=0.5、tol=0.001、kern rbfdeg=3、徑向基函數(Y ) =0.01> coef=0.0) κ =0.83。彳* 12 I模型空間的準確性(標準化)估計=87.9%(76.4/87)。最佳模型:SVM(收縮=是，損失=101、nu=0.5、tol=0.001、kernrbf deg=3、徑向基函數(Y ) =0.0001、coef=0.0)。κ =0.83。丨21模型空間的準確性(標準化)估計=91.2%(110/121)。最佳模型:SVM(收縮=是，損失=701、nu=0.5、tol=0.001、kern rbf deg=3、徑向基函數(Y ) =0.00001、coef=0.0)。| 在 3h 的正確分類=76%、在 24h的正確分類=97%。#在3h的正確分類=94%、在24h的正確分類=97%。鑑定組合的3h和24hIS預測基因中的生物學主題的差異基因的基因富集分析信號網絡分析(Ing·enuityPathway Analysis) (IPA8.0> Ingenuity Systems)用於鑑定3h和24h預測基因的組合97個探針組列表中過度表現的生物功能。使用費希爾精確檢驗(P〈0.1)來確定任何給定的生物功能中是否有97個探針組/基因的過度表現。從 Affymetrix NetAffix 網站(網際網路 affymetrix.com/user/login.jsp toURL=-/analysis/netaffx/index, affx)獲得卒中預測基因的基因本體。結果個體人口統計學表1(目的I)和表2(目的2)中提供了人口統計學信息。年齡在IS和對照組間具有顯著差異(ρ〈0.05)(表I和2)。性別在Tang et al, 2006的研究[Tang Y et al., JCereb Blood Flow Metab.，26:1089-1102 (2006)]和本研究(表 I)中的 IS 和健康個體間、以及在本研究中的IS和血管風險因子(SAVVY)對照個體間具有顯著差異(表2) (p〈0.05)。人種在IS與健康者和MI對照之間具有顯著差異(p〈0.05)(表2)。高血壓和糖尿病在各組之間沒有顯著差異。表1.來自我們之前的 Tang et al.2006 研究[Tang Y et al., J Cereb BloodFlow Metab.,26:1089-1102 (2006)]和我們當前的缺血性卒中(IS)和健康對照的個體的
人口統計學總結。N=個體數
權利要求
1.診斷缺血性卒中的發生和致因或發展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括: a)測定來自患者的生物樣本中至少15種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中所述生物標誌物包括選自表7A的多種生物標誌物、選自表13A的多種生物標誌物、選自表14的多種生物標誌物以及選自表15的多種生物標誌物；以及 b)將缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平與多種穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平進行比較， 其中與所述多種內源性參照生物標誌物的表達水平相比，選自表7 A的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險； 其中與所述多種內源性參照生物標誌物的表達水平相比，選自表13A的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患心源性卒中或有發展為心源性卒中的風險； 其中與所述多種內源性參照生物標誌物的表達水平相比，選自表14的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患頸動脈狹窄或有發展為頸動脈狹窄的風險； 其中與所述多種內源性參照生物標誌物的表達水平相比，選自表15的多種生物標誌物的表達水平的升高或降低指示所述患者罹患心房纖顫或有發展為心房纖顫的風險， 進而診斷缺血性卒中的發生和致因或發展為缺血性卒中的傾向。
2.如權利要求1所述的方法，其中同時或相繼測定所述生物標誌物的表達水平。
3.如權利要求1至2中任一項所述的方法，其還包括從患者獲得生物樣本的步驟。
4.如權利要求1至3中任一項所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
5.如權利要求1至4中任一項所述的方法，其中所述多種穩定表達的內源性參照生物標誌物選自表16。
6.如權利要求1至5中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在疑似缺血事件之後的3小時或更短時間進行。
7.如權利要求1至6中任一項所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風險因子，並且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTFU CKLF,CKLF, RRAGD, CLEC4E、CKLF, FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、CHMPIB、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5 和 VAPA。
8.如權利要求1至7中任一項所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風險因子，並且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、OVOL2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALDOAP2、LDB3、PTPRD, LOC729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG, DLX6、FOXA2、SCD5、GABRB2、GYPA, L0C283027、LOC344595、RPL22、L0C100129488、RPL22 和 SH3GL3。
9.如權利要求1至6中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在疑似缺血事件之後至少3小時進行。
10.如權利要求1至6和9中任一項所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風險因子，並且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、HMP2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、LOC100290882、UBXN2B、ENTPD UBSTU LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5 和 VAPA。
11.如權利要求1至6和9-10中任一項所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風險因子，並且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CXDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX, TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA,L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。
12.如權利要求1至11中任一項所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP, BANKU HLA-DOA, EBF1、TMEM19、LHFP, FCRLU OOEP 和 LRRC37A3。
13.如權利要求1至12中任一項所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCl、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和 GSTKl。
14.如權利要求1至13中任一項所述的方法，其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、C0L13A1、LHFP, RNF7、CYTH3、EBFl、RANBP10, PRSS35、C12orf42 和 L0C100127980。
15.如權利要求1至14中任一項所述的方法，其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL,L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。
16.如權利要求1至15中任一項所述的方法,其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:SMC1A、SN0RA68、GRLFl、SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl 和 TTC7A。
17.如權利要求1至16中任一項所述的方法，其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、COL13A1、DUSP16、LOC100129034、BRUN0L6、GPRl76、C6orfl64 和 MAP3K7IP1。
18.如權利要求1至17中任一項所述的方法，其中在轉錄水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
19.如權利要求1至18中任一項所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關基因探針與所述生物樣本中所述生物標誌物的基因轉錄物的雜交來測定表達水平。
20.如權利要求19所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列晶片上進行。
21.如權利要求19所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進行。
22.如權利要求1至18中任一項所述的方法，其中通過擴增所述生物標誌物的基因轉錄物來測定表達水平。
23.如權利要求22所述的方法，其中擴增反應是聚合酶鏈式反應(PCR)。
24.如權利要求1至17中任一項所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
25.診斷缺血性卒中或發展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中，與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險，其中所述多種缺血性卒中相關生物標誌物選自表7A中所示的生物標誌物。
26.如權利要求25所述的方法，其還包括測定表7B中所示的一種或多種生物標誌物的表達水平。
27.如權利要求25至26中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在疑似缺血事件之後3小時或更短時間進行。
28.如權利要求25至27中任一項所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風險因子，並且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、HMP2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、LOC100290882、UBXN2B、ENTPD UBSTU LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5 和 VAPA。
29.如權利要求25至28中任一項所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風險因子，並且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、CXDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX, TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。
30.如權利要求25至26中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在疑似缺血事件之後至少3小時進行。
31.如權利要求25至26和30中任一項所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風險因子，並且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、LOC100290882、UBXN2B、ENTPD UBSTULTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5 和 VAPA。
32.如權利要求25至26和30至31中任一項所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風險因子，並且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發展為缺血性卒中的風險:PGM5、(XDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。
33.如權利要求25至32中任一項所述的方法，其中在轉錄水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
34.如權利要求25至33中任一項所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關基因探針與所述生物樣本中所述生物標誌物的基因轉錄物的雜交來測定表達水平。
35.如權利要求34所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列晶片上進行。
36.如權利要求34所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進行。
37.如權利要求25至33中任一項所述的方法，其中通過擴增所述生物標誌物的基因轉錄物來測定表達水平。
38.如權利要求37所述的方法，其中擴增反應是聚合酶鏈式反應(PCR)。
39.如權利要求25至32中任一項所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
40.如權利要求25至39中任一項所述的方法，其中測定至少15種生物標誌物的表達水平。
41.如權利要求25至40中任一項所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
42.如權利要求25至41中任一項所述的方法，其中所述缺血性卒中是選自以下的一種:栓塞性卒中、血栓性卒中、短暫性缺血發作、心源性卒中和動脈粥樣硬化性血栓性卒中。
43.如權利要求25至42中任一項所述的方法，其中所述對照是穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平。
44.如權利要求25至43中任一項所述的方法，如果確定了缺血性卒中或有缺血性卒中風險的診斷，所述方法還包括確定缺血性卒中致因的步驟。
45.如權利要求44所述的方法，其還包括提供適合於確定的缺血性卒中致因的治療或預防方案的步驟。
46.如權利要求44所述的方法，其中通過測定表13A中所示的多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平來確定缺血性卒中的致因，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險。
47.如權利要求46所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP,BANKl、HLA-DOA、EBF1、TMEM19、LHFP, FCRLU OOEP 和 LRRC37A3。
48.如權利要求46至47中任一項所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險:L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCl、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和 GSTKl。
49.如權利要求46至48中任一項所述的方法，其還包括測定表13B中所示的多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險。
50.如權利要求25至49中任一項所述的方法，其中測定至少15種生物標誌物的表達水平。
51.如權利要求44至50中任一項所述的方法，其中通過測定表14中所示的多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平來確定缺血性卒中的致因，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險。
52.如權利要求51所述的方法，其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKRIC3、COL13A1、LHFP、RNF7、CYTH3、EBF1、RANBPIO、PRSS3 5、C12orf42 和 L0C100127980。
53.如權利要求51至52中任一項所述的方法,其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄或有頸動脈狹窄的風險:FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL,L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。
54.如權利要求25至53中任一項所述的方法，其中測定至少15種生物標誌物的表達水平。
55.如權利要求44至54中任一項所述的方法，其中通過測定表15中所示的多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平來確定缺血性卒中的致因，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險。
56.如權利要求55所述的方法,其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:SMC1A、SN0RA68、GRLFl、SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl 和 TTC7A。
57.如權利要求55至56中任一項所述的方法,其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16, L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64 和 MAP3K7IP1。
58.如權利要求25至58中任一項所述的方法，其中測定至少15種生物標誌物的表達水平。
59.確定有需要的患者中缺血性卒中致因的方法，所述方法包括:測定來自缺血性卒中患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷心源性卒中，其中所述多種缺血性卒中相關生物標誌物選自表13A中所示的生物標誌物。
60.如權利要求59所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心源性卒中:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、⑶L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP, BANKl、HLA-DOA, EBFl、TMEM19、LHFP, FCRLU OOEP 和 LRRC37A3。
61.如權利要求59至60中任一項所述的方法,其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心源性卒中:L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCl、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和 GSTKl。
62.如權利要求59至61中任一項所述的方法，其還包括測定表13B中所示的多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷心源性卒中或有心源性卒中的風險。
63.如權利要求59至62中任一項所述的方法，其中測定至少15種生物標誌物的表達水平。
64.如權利要求59至63中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之後3小時或更短時間進行。
65.如權利要求59至63中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之後3小時或更長時間進行。
66.如權利要求59至65中任一項所述的方法，其還包括治療患者的心源性卒中的步驟。
67.如權利要求59至66中任一項所述的方法，其中在轉錄水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
68.如權利要求59至67中任一項所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關基因探針與所述生物樣本中所述生物標誌物的基因轉錄物的雜交來測定表達水平。
69.如權利要求68所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列晶片上進行。
70.如權利要求68所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進行。
71.如權利要求59至67中任一項所述的方法，其中通過擴增所述生物標誌物的基因轉錄物來測定表達水平。
72.如權利要求71所述的方法，其中擴增反應是聚合酶鏈式反應(PCR)。
73.如權利要求59至66中任一項所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
74.如權利要求59至73中任一項所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
75.如權利要求59至74中任一項所述的方法，其中所述對照是穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平。
76.確定有需要的患者中缺血性卒中致因的方法，所述方法包括:測定來自缺血性卒中患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄，其中所述多種缺血性卒中相關生物標誌物選自表14中所示的生物標誌物。
77.如權利要求76所述的方法，其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷頸動脈狹窄:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、C0L13A1、LHFP、RNF7、CYTH3、EBF1、RANBP10、PRSS35、C12orf42和L0C100127980。
78.如權利要求76至77中任一項所述的方法,其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷頸動脈狹窄:FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL, L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。
79.如權利要求76至78中任一項所述的方法，其中測定至少15種生物標誌物的表達水平。
80.如權利要求76至79中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之後3小時或更短時間進行。
81.如權利要求76至79中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之後3小時或更長時間進行。
82.如權利要求76至81中任一項所述的方法，其還包括治療患者的頸動脈狹窄的步驟。
83.如權利要求76至82中任一項所述的方法，其中在轉錄水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
84.如權利要求76至83中任一項所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關基因探針與所述生物樣本中所述生物標誌物的基因轉錄物的雜交來測定表達水平。
85.如權利要 求84所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列晶片上進行。
86.如權利要求84所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進行。
87.如權利要求76至83中任一項所述的方法，其中通過擴增所述生物標誌物的基因轉錄物來測定表達水平。
88.如權利要求87所述的方法，其中擴增反應是聚合酶鏈式反應(PCR)。
89.如權利要求76至82中任一項所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
90.如權利要求76至89中任一項所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
91.如權利要求76至90中任一項所述的方法，其中所述對照是穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平。
92.確定患者經歷心房纖顫的風險或易感性的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關生物標誌物的表達水平，其中與對照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有經歷心房纖顫的風險，其中所述多種缺血性卒中相關生物標誌物選自表15中所示的生物標誌物。
93.如權利要求92所述的方法，表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的升高指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:SMC1A、SNORA68、GRLF1、SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl 和 TTC7A。
94.如權利要求92至93中任一項所述的方法，其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關生物標誌物表達水平的降低指示所述患者已經歷心房纖顫或有心房纖顫的風險:LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、COL13A1、DUSP16, L0C100129034、BRUNOL6、GPR176、C6orfl64 和 MAP3K7IP1。
95.如權利要求92至94中任一項所述的方法，其中測定至少15種生物標誌物的表達水平。
96.如權利要求92至95中任一項所述的方法，其中所述患者已患缺血性卒中。
97.如權利要求92至96中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之後3小時或更短時間進行。
98.如權利要求92至96中任一項所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之後3小時或更長時間進行。
99.如權利要求92至98中任一項所述的方法，其還包括治療患者的心房纖顫的步驟。
100.如權利要求92至99中任一項所述的方法，其中在轉錄水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
101.如權利要求92至100中任一項所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關基因探針與所述生物樣本中所述生物標誌物的基因轉錄物的雜交來測定表達水平。
102.如權利要求101所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列晶片上進行。
103.如權利要求101所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進行。
104.如權利要求92至100中任一項所述的方法，其中通過擴增所述生物標誌物的基因轉錄物來測定表達水平。
105.如權利要求104所述的方法，其中擴增反應是聚合酶鏈式反應(PCR)。
106.如權利要求92至99中任一項所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標誌物的表達水平。
107.如權利要求92至106中任一項所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
108.如權利要求92至107中任一項所述的方法，其中所述對照是穩定表達的內源性參照生物標誌物的表達水平。
109.固體支持物，其包含能夠與表7A中所示的多個基因雜交的多種核酸、能夠與表13A中所示的多個基因雜交的多種核酸、能夠與表14中所示的多個基因雜交的多種核酸以及能夠與表15中所示的多個基因雜交的多種核酸。
110.如權利要求109所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATLK RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLl、SHOX、TBX5、UNC5B、PGM5、HMP2、ELL2、CXADR 和 RNF141。
111.如權利要求109至110中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:RPL22、SNIP、SH3GL3、MCTPl、FAT3、SPTLC3、RBMS3、SNRPN 和 ΜΡ2。
112.如權利要求109至111中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:FGD4、F5、ABCAl、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF,CLEC4E、PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD、CPEB2、CKLF、BSTl 和 CKLF。
113.如權利要求109至112中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:ZNF608、FCH02、ST3GAL6、ABCAU THBD, AMNU QK1、KIAA0319、MCTPl、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB, LAMP2、VAPA, IFRD1、HNRNPH2、REM2 和GAB I。
114.如權利要求109至113中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5、SCD5、FCRL4、SHOX、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、RBMS3、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、SPTLC3、F0XA2、DLX6、ALD0AP2 和 FLJ35934。
115.如權利要求109至114中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:RPL22、L0C100129488、L0C283027、L0C344595、THSD4、FAT3 和 P704P。
116.如權利要求109至115中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATLK RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLUSHOX、TBX5、UNC5B、PGM5、 ΜΡ2、ELL2、CXADR、RNF141、RPL22、SH3GL3、MCTPl、SNRPN、FGD4、F5、ABCAl、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD, CPEB2、CKLF、BST1、ZNF608、FCH02、ST3GAL6、THBD、AMN1、QK1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB, LAMP2、VAPA, IFRDl、HNRNPH2、REM2、GABl、ASTN2、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、SCD5、FCRL4、CCRLl、LECT2、PTPRD、CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、F0XA2、DLX6、ALD0AP2、FLJ35934、L0C100129488、L0C283027 和 L0C344595。
117.如權利要求109至116中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表13A和13B中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:EBF1、GRM5、TSKS、ENPP2、AP3S2、LRRC37A3、C16orf68、L0C284751、IRF6、LHFP、BANKU ARHGEF5、ZNF254、TFDPU C0L13A1、GSTKUADAMTSL4、P2RX5、LHFP、PIK3C2B、CHURCl、EXT2、HLA-DOA, OOEP, ZNF185、TMEM19、FCRLl、FLJ40125、ARHGEF12、CLEC18A、CD46、PTPN20A///PTPN20B 和 C19orf28。
118.如權利要求109至117中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表14中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:EBF1、FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、C0L13A1、LHFP、L0C284751、GRM5、L0C100144603、MTBP、SH0X2、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、GIPC2、RANBP10, CMBL, L0C100127980、CYTH3、PROCR、L0C146880、SLC6A19、ICAM4、C12orf42、ARHGEF12、PRSS35、NT5E、L0C100271832、LHFP、NT5E 和 AKR1C3。
119.如權利要求109至118中任一項所述的固體支持物，其包含能夠與表15中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:CMTM1、C0L13A1、SDC4、C6orfl64、GPR176、BRUN0L6、SN0RA68、MIF///SLC2A11、DUSP16、HIPK2、TTC7A、PPIE、GRLFl、MAP3K7IP1、L0C100129034、PER3、SMClA 和 LRRC43。
120.如權利要求109至119中任一項所述的固體支持物，其還包含能夠與表16中選自以下的多個基因雜交的多種核酸:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、PI4KB、CRTCl、HADHA, MAP1LC3B、KAT5、CDC2L1///CDC2L2、GTSEU TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2P1、DAXX, UBE2NL、EIFl、KCMFl、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLU FBX042、L0C441258、RRPU C10orfl04, ZDHHC5、C9orf23, LRRC45、NACCUL0C100133445///L0C115110、PEX16。
121.如權利要求109至120中任一項所述的固體支持物，其中所述固體支持物是微陣列。
全文摘要
本發明提供了用於診斷卒中的發生和致因的組合物和方法。
文檔編號C12Q1/68GK103080339SQ201180042576
公開日2013年5月1日 申請日期2011年7月14日 優先權日2010年7月15日
發明者弗蘭克·沙普, 博亞納·斯塔莫瓦, 格蘭·C·吉克靈 申請人:加利福尼亞大學董事會