組合的用於培養試樣容器的檢測儀器和用於對樣品中的微生物劑進行識別和/或表徵的儀器的製作方法

2023-08-13 17:24:41

專利名稱：：組合的用於培養試樣容器的檢測儀器和用於對樣品中的微生物劑進行識別和/或表徵的儀器的製作方法組合的用於培養試樣容器的檢測儀器和用於對樣品中的微生物劑進行識別和/或表徵的儀器相關申請的交叉引用本申請根據美國法典第35卷第119條第(e)款要求以下的優先權，(1)於2009年5月15日提交的名禾爾為「SystemforCombiningaNon-invasiveRapidDetectionBloodCultureSystemwithanInvasiveMicrobialSeparationandCharacterizationSyStem(用於組合非侵入性快速檢測血液培養系統與侵入性微生物分離和表徵系統的系統)」的美國臨時申請序列號61/216，339;(2)於2009年9月30日提交的名稱為"AutomatedLoadingMechanismforMicrobialDetectionApparatus(用於微生物檢測設備的自動化加載機構)」的美國臨時申請序列號61/277，862;和(3)於2010年2月8日提交的名稱為「AutomatedMicrobialDetectionApparatus(自動化微生物檢測設備)，，的美國臨時申請序列號61/337，597，其內容均通過引用併入本文。本申請還與以下的美國專利申請相關，其內容通過引用併入本文於2009年10月30日提交的名稱為「Methodsfortheisolationandidentificationofmicroorganisms(用於微生物的分離和識別的方法)」的美國序列號12/589,929。於2009年10月30日提交的名稱為「kparationdeviceforuseintheseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganisms(ΜΙ^物的分離、識別和/或表徵的分離裝置)，，的美國序列號12/589，969。於2009年10月30日提交的名稱為"Methodforseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingspectroscopy(用於■生物白勺使用光譜學的分離、識別和/或表徵的方法)，，的美國序列號12/589，952。於2009年10月30日提交的名稱為"Methodforseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingmassspectrometry(用於微生物的使用質譜測定的分離、識別和/或表徵的方法)，，的美國序列號12/589，936。於2009年10月30日提交的名稱為「Methodforseparationandcharacterizationofmicroorganismsusingidentifieragents(用於■生白勺iJ用識別物劑的分離和表徵的方法)，，的美國序列號12/589，985。於2009年10月30日提交的名稱為「Methodfordetection,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsinasealedcontainer(MT-WiiWzIIpI11的微生物的檢測、識別和/或表徵的方法)，，的美國序列號12/589，968。於2009年10月30日提交的名稱為"Methodforseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingramanspectroscopy(用於■生·的使用拉曼光譜的分離、識別和/或表徵的方法)，，的美國序列號12/589，976。本申請還與以下的於與本申請同一個日期提交的申請相關，其內容通過引用併入本文案卷號01121，序列號_"Automatedmicrobialdetectionapparatus(自動化微生物檢測設備)」。案卷號09-271-A，序列號_"Methodsforrapididentificationand/orcharacterizationofamicrobialagentinasample(M^l^m^Wil^iii^^LlWft速的識別和/或表徵的方法)」。案卷號09-271-B，序列號_"Systemforrapididentificationand/orcharacterizationofamicrobialagentinasample(M^l^m^Wil^iii^^LlWft速的識別和/或表徵的系統)」。聯邦資助的研究的聲明不適用。背景本發明解決了本領域中對於用於迅速地表徵和/或識別被儲存在試樣容器中的樣品例如血液或其他生物樣品中的微生物劑(microbialagent)的自動化儀器和方法的長期需要。作為實施例，本公開的儀器迅速地和自動地提供關於微生物劑的革蘭氏類型(陽性的或陰性的)、形態、物種或其他相關的臨床信息的信息。目前在美國的市場上具有檢測血液樣品中的微生物的生長並且因此檢測血液樣品中的微生物存在的儀器。一種這樣的儀器是本發明的受讓人bioM6rieuX有限公司的BacT/ALERT3D儀器。該儀器接收容納血液樣品的血液培養瓶，血液樣品例如來自人類患者。該儀器培育(incubate)瓶子。在培育期間，培育器中的光學檢測單元周期性地分析被結合入瓶子的比色傳感器(colorimetricsensor)以檢測微生物生長是否已經在瓶子內發生。光學檢測單元、試樣容器和傳感器在專利文獻中被描述，見美國專利4，945，060；5，094，955；5，162，229；5，164，796；5，217，876；5，795，773；和5，856，175，它們中的每個的全部內容均通過引用併入本文。其他大體上與生物樣品中的微生物的檢測有關的所關心的現有技術包括以下專利:U.S.5，770，394、U.S.5，518，923；U.S.5，498，543、U.S.5，432，061、U.S.5，371，016、U.S.5，397，709、U.S.5，344，417、U.S.5，374，264、U.S.6，709，857；和U.S.7，211，430。在檢測儀器例如BacT/ALERT3D和相似的儀器中，一旦血液培養瓶已經被測試為對於微生物存在是陽性的，那麼獲得高水平的微生物劑的表徵或微生物劑的物種的識別是困難的，這是由於血液組分以及人工製品的用於容納樣品的一次性系統(例如瓶子)的幹擾。因此，目前的方法使用瓶子或其他合適的一次性容器以及有關的儀器以用於樣品中的微生物的自然生長和檢測，如上文描述的。一旦儀器指示出瓶子對於微生物劑的存在是陽性的，那麼根據目前的方法，「陽性」瓶子被手動地從儀器取回並且樣品的一部分被手動地從瓶子移除並且在瓊脂板上培養。在本領域中具有使樣品培養基(samplemedium)在培養板上的劃線培養(streaking)以及對板的培育實現自動化的儀器。一種這樣的儀器在美國專利6，617，146中描述。在劃線培養之後，板被手動地放置在培育器中並且被周期地檢查微生物的次代培養物的生長。在次代培養物已經充分地生長之後，培養物的樣品被從板取得並且放置在試管中。然後試管被引入又另一個儀器中，以通過具有多個單獨的槽道(well)的一次性測試樣品卡進行識別測試。一次性測試卡是在專利文獻中已知的，見例如美國專利4，118，280,3,963，355,4,018，65；4，116，775和4，038，151,5,609，828、5，746，980,5,766，553,5,843，380,5,869，005,5,916，812,5,932，177,5,951，952和66，045，758，它們的全部內容通過引用併入本文。然後測試樣品卡在本領域中已知的分析儀器例如本受讓人的VITEK2儀器中被處理。VITEK2儀器培育測試樣品卡並且使用讀數器單元周期地讀取測試樣品卡的槽道。在卡的其中的一個或多個槽道中的樣品的生長產生微生物劑的識別。VITEK2儀器在專利文獻中描述，見例如美國專利5，762，873和6，086，824，它們的內容通過引用併入本文。從將樣品引入血液收集瓶子中的時刻至培養、微生物存在的檢測以及然後微生物的被VITEK2儀器的識別的這一整個過程通常耗費2-5天。在陽性的瓶子檢測之後發生的識別步驟通常獨自佔用這些天中的1-3天。如果血液樣品中的微生物劑的檢測和識別以及向臨床醫師報告結果所耗費的時間可以被從目前的2-5天減少至少於一天，那麼對於患者而言的很大的並且潛在地能夠挽救生命的臨床益處是可能的。到目前為止本領域中尚沒有滿足這種需要的系統。然而，本發明使對生物樣品例如血液樣品中的微生物劑的這樣的快速的識別和/或表徵成為可能。本文提出的用於迅速地識別和/或表徵微生物劑的系統可以被有利地與用於檢測試樣容器中的劑(agent)的存在的自動化檢測儀器組合，如在本文公開的實施方案中描述的。在這種組合中，本發明的系統和方法組合了這樣一種檢測儀器，該檢測儀器操作成檢測容納有對於微生物劑存在是陽性的血液或其他樣品的容器，以及微生物劑的快速的和自動化的識別。在一個實施方案中，檢測儀器可以被耦合於或集成於如本文描述的在檢測時進行微生物劑的識別和/或表徵所必需的另外的步驟的自動化識別和/或表徵儀器。所得到的組合的系統提出用於在檢測時進行快速的識別和/或表徵的獨特的自動化解決方案，提供了完整的系統解決方案。從首先將生物樣品加載入檢測容器(例如瓶子)中至識別和/或表徵的總時間在大多數情況下通常少於24小時。此外，不同於如現有技術中的在瓶子被測試為是陽性的之後另外耗費一至三天以獲得微生物劑的識別和/或表徵，這樣的結果在使用本發明的系統和方法時可以潛在地在少於一個小時內獲得。本公開的儀器還提供在白晝或黑夜的任何時間提供快速的和自動化的識別和/或表徵結果的能力。本公開的系統和方法具有其他附帶的益處和特徵，包括以下的潛力(a)減少實驗室人員向鋒利的和生物公害的材料的暴露；(b)減少實驗室勞動力和使用者錯誤；(C)改進樣品追蹤、跟蹤能力和信息管理；(d)與實驗室自動化系統的接口連接；(e)改進工作流程和人體工學；(f)通過遞送臨床上相關的可行為信息來改進患者護理；以及(g)通過更早地集中於合適的抗微生物治療和減少住院時間提供更快的結果，由此潛在地減少成本。許多另外的相對於現有技術的優點和益處將在下文在以下的詳細描述中被解釋。概述大體上，公開了一種用於對樣品中的微生物劑進行快速的檢測以及識別和/或表徵微生物劑的自動化系統。在一種形式中，該系統包括接收容納樣品的試樣容器的檢測儀器。檢測儀器包括被加熱的包圍物以及檢測單元，被加熱的包圍物用於培育試樣容器，檢測單元詢問試樣容器以檢測試樣容器是否對於樣品中的微生物劑的存在是陽性的。系統包括一次性分離裝置的供應部。系統還包括自動化識別/表徵儀器。該儀器接收被檢測儀器檢測為是陽性的試樣容器。識別/表徵儀器包括(a)樣品移除設備，其操作成從試樣容器移除樣品的部分並且將所述部分加入從分離裝置的供應部獲得的分離裝置；(b)分離和濃縮站，其在接收樣品的所述部分之後在分離裝置上操作，從而將微生物劑從樣品中的其他產物分離並且在分離裝置內濃縮微生物劑；並且(C)識別和/或表徵模塊，其詢問被濃縮的微生物劑以識別和/或表徵微生物劑。在另一個方面，本發明可以被視為一種用於對樣品中存在的微生物劑進行快速的識別和/或表徵的方法，樣品被加載入試樣容器中，該方法包括以自動化的方式進行以下步驟(a)培育試樣容器；(b)周期性地詢問試樣容器，以確定其是否對於試樣容器內的微生物劑的存在是陽性的；(c)當試樣容器被確定為是陽性的時，從試樣容器抽出樣品的一部分；(d)將生物樣品的所述部分引入一次性分離裝置中；(e)在進行步驟(d)之前或之後，將生物樣品的所述部分中的組分溶解；(f)在分離裝置內分離和濃縮微生物劑；以及(g)分析被濃縮的微生物劑以識別和/或表徵微生物劑。步驟(a)-(g)可以在集成的檢測和識別/表徵儀器內自動地進行，如本文描述的。在一個實施方案中，分析步驟(g)包括對被濃縮的微生物劑進行光譜分析的步驟。在另一個實施方案中，光譜分析包括(i)固有螢光光譜(intrinsicfluorescencespectroscopy)或(ii)拉曼光譜中的一種。該方法還可以包括步驟(f)(1)從分離裝置抽出被濃縮的微生物劑，並且其中步驟(g)在被濃縮的微生物劑從分離裝置抽出之後對被濃縮的微生物劑進行。分析步驟(g)可以包括下述中的至少一個(i)對被濃縮的微生物劑進行光譜分析，(ii)對被濃縮的微生物劑進行質譜測定，(iii)對被濃縮的微生物劑進行分子測試和(iv)將被濃縮的微生物劑引入微生物表徵測試裝置中並且使測試裝置經受分析。在一個配置中，步驟(a)和(b)在自動化檢測儀器中進行，並且其中步驟(c)、(d)、(e)和(f)在自動化識別和/或表徵儀器中進行。在再一個方面，本發明可以被視為公開一種用於對微生物劑進行快速的表徵和/或識別的自動化方法，該方法包括以下步驟(a)提供檢測子系統和檢測設備，檢測子系統具有入口位置，該入口位置用於接收容納有待測試的樣品的試樣容器，檢測設備用於檢測何時試樣容器對於在試樣容器內的樣品中的微生物劑的存在已變為是陽性的；(b)當試樣容器已變為陽性時，自動地將試樣容器運動至遠離檢測子系統的識別和/或表徵子系統；(c)在表徵和/或識別子系統內，自動地進行以下步驟(1)從試樣容器抽出樣品的部分；(2)將樣品的被抽出的部分分配入一次性分離裝置中；(3)將樣品的被抽出的部分內的微生物劑在分離裝置內濃縮；以及(4)分析被濃縮的微生物劑以表徵和/或識別微生物劑。在又一個方面，已經公開一種用於對微生物劑進行快速的表徵和/或識別的自動化方法，該方法包括以下步驟(a)接收容納有待在檢測儀器中測試的樣品的試樣容器；(b)檢測何時試樣容器對於樣品中的微生物劑的存在已變為是陽性的；(C)當這樣的檢測已經發生時，自動地從試樣容器移除樣品的部分並且將樣品的所述部分放置入一次性分離裝置中；(d)在一次性分離裝置中分離和濃縮微生物劑，以及(e)分析被濃縮的微生物劑以識別和/或表徵微生物劑。在又一個方面，已經公開一種樣品測試系統，該系統組合地包括檢測子系統和檢8測設備，檢測子系統具有入口位置，該入口位置用於接收容納有待測試的樣品的試樣容器，檢測設備用於檢測何時試樣容器對於樣品中的微生物劑的存在已變為是陽性的；識別和/或表徵子系統，其接收陽性試樣容器並且具有用於自動地表徵和/或識別陽性試樣容器中的微生物劑的模塊；以及用於自動傳遞的設備，其自動地將陽性檢測容器從檢測子系統傳遞至識別和/或表徵子系統。用於自動傳遞的設備可以採取傳送器系統的形式，如在下文的多個實施方案中描述的。自動傳遞還可以採取機器人臂組件的形式。在又一個實施方案中，傳送器系統包括第一傳送器和第二傳送器，並且其中該系統包括通過第一傳送器而串級連結(daisychain)和耦合於彼此的兩個檢測子系統，並且其中檢測子系統中的一個通過第二傳送器而耦合於識別和/或表徵子系統，並且其中在兩個檢測子系統的任一個中被檢測為陽性的試樣藉助於第二傳送器而被運動至識別和/或表徵子系統。在本文描述的某些實施方案中，自動化識別和/或表徵儀器中的識別模塊在被濃縮的微生物劑被容納在分離裝置內時詢問被濃縮的微生物劑，並且為此分離裝置可以由合適的材料製成並且是光學上透明的以利於光學詢問。例如，識別模塊可以包括以下特徵於2009年10月30日提交的名稱為「Methodsfortheisolationandidentificationofmicroorganisms(用於微生物的分離和識別的方法)，，的美國序列號12/589，929；於2009年10月30日提交的名稱為「Separationdeviceforuseintheseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganisms(用於■L白勺#畠、識別和/或表徵的分離裝置)」的美國序列號12/589，969；於2009年10月30日提交的名禾爾為「Methodforseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingspectroscopy(用於微生物的使用光譜學的分離、識別和/或表徵的方法)」的美國序列號12/589,952；於2009年10月30日提交的名稱為「Methodforseparation，identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingmassspectrometry(用於微生物的使用質譜測定的分離、識別和/或表徵的方法)，，的美國序列號12/589，936；於2009年10月30日提交的名稱為「Methodforseparationandcharacterizationofmicroorganismsusingidentifieragents(用於-LliH]使用識別物劑的分離和表徵的方法)，，的美國序列號12/589，985；於2009年10月30日交的名稱為"Methodfordetection,identificationand/orcharacterizationofmicroorgmismsinasealedcontainer(用於密封容器中的微生物的檢測、識別和/或表徵的方法)」的美國序列號12/589，968；以及於2009年10月30日提交的名稱為「Methodforseparation，identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingramanspectroscopy(用於微生物的使用拉曼光譜的分離、識別和/或表徵的方法)，，的美國序列號12/589，976，其全部內容通過引用併入本文。設想多種用於在識別儀器中使用的光學技術，包括例如光譜測定，例如測量來自被濃縮的微生物劑的固有螢光的螢光光譜、漫反射光譜、拉曼光譜、或其他能夠基於微生物的化學的或物理的組成來表徵和/或識別微生物的光學技術。在其他實施方案中，識別儀器可以包括另外的儀器，該儀器從分離裝置移除被濃縮的微生物劑的全部或一部分並且例如通過質譜儀或通過另一種一次性的測試裝置(例如測試條或測試卡)而直接地分析被濃縮的微生物劑。在樣品的溶解被期望為伴隨著微生物劑在分離裝置中的分離和濃縮這種情況下的應用中，具體的選擇性的溶解緩衝劑(lysisbuffer)(「溶解劑」)可能對於所有預期的在樣品中存在的生物不是最優的。在陽性的樣品由於非最優的溶解過程而不產生識別或表徵結果的這種情況下，系統可以被配置為自動地使用可選擇的溶解緩衝劑製劑再處理樣品。關於在相關聯的檢測儀器中被測量的生長速率的信息可以被用於選擇對於再處理來說最優的溶解緩衝劑製劑。當再處理時，預期的是，真陽性將產生結果。否則，樣品通過檢測子系統而被認為是假陽性的。因此，在該儀器的一個配置中，不同的溶解緩衝劑的多個容器包括在該儀器中，並且所選擇的溶解緩衝劑被獲得，例如被加載入用於從試樣容器抽出樣品的取樣裝置中。對於本領域中已知的檢測技術(例如在BacT/ALERT儀器中)，假陽性以非常低的比率發生。然而，直到培養樣品在培育條件下已經被測試五天，樣品的最終的陰性確定才能夠被作出。因此，在一個可能的實施方案中，識別/表徵儀器可以通過自動地將試樣容器返回至測試的培育/攪拌/檢測模式而繼續測試假的「陽性」培養樣品。根據本實施方案，繼續的測試在被容納在識別/表徵儀器中的培育機架內發生。可選擇的實施方案是將試樣容器返回至相關聯的檢測儀器。因此，自動地再引發試樣容器的培育是本公開的另外的可選擇的方面。可以利用操作者幹預來再引發培育，但是將需要對機構的操作識別儀器的部分的警戒。本公開的這些和很多更多的方面和特徵將在下文結合所附的附圖被討論。附圖簡述以下的詳細描述參照所附的附圖。意圖的是，本文公開的實施方案和附圖被認為是例證性的並且以示例而不是限制性的方式被提供。圖1是用於對測試樣品中的微生物劑的快速的非侵入的檢測的自動化系統的透視圖。如所示的，該系統包括自動化加載機構。圖2是圖1的檢測系統的透視圖，示出了自動化加載機構的近視圖。圖3是圖1的檢測系統的透視圖，其示出了自動化加載機構以及下抽屜，該下抽屜打開以顯露出用於被測試為對於微生物劑的存在是陰性的容器的廢物容器。圖4是被在圖1-3的檢測系統中處理的試樣容器中的一個試樣容器的側視圖。雖然檢測容器可以採取多種形式，但是在一個實施方案中其被配置為是血液培養瓶。圖5A是圖1的檢測系統的一個配置的側視正視圖，其中上門和下門打開，示出了用於保持圖4中示出的類型的多個容器的內部室和機架。圖5B是圖5A中示出的檢測系統的透視圖，其中上門和下門打開，示出了用於保持圖4中示出的類型的多個容器的內部室和機架。圖6是圖5A和5B中示出的傳遞機構的透視圖，示出了水平的和豎直的支撐軌道。還示出了第一旋轉機構和第二旋轉機構，它們可操作成將傳遞機構圍繞一個或多個軸線旋轉。圖7A是圖5A和5B中示出的機器人頭部和豎直的支撐軌道的透視圖。如圖7A中所示的，機器人頭部被定位為處於豎直的取向，使得被保持在機器人頭部內的試樣容器也處於豎直的取向。圖7B是圖5A和5B中示出的機器人頭部和豎直的支撐軌道的另一個透視圖。如圖7B中所示的，機器人頭部被定位為處於水平的取向，使得被保持在機器人頭部內的容器也處於水平的取向。圖8A-C示出了試樣容器的向圖5A和5B中示出的機器人頭部的保持室中的隨時間消逝的加載。如圖8A中所示的，夾緊機構夾緊容器的頂部或帽。圖8B示出了在加載過程中在中間位置中的容器。圖8B示出了在被加載入機器人頭部中之後的容器。圖9A和9B分別是圖1-3和5A-5B的檢測系統的可選擇的配置的透視圖和側視圖，其中上門和下門打開，示出了容器保持結構的可選擇的配置。在圖9A和9B的實施方案中，機架以滾筒或圓柱類型的配置來布置。圖10是自動化加載機構的另一個配置的透視圖，示出了在水平平面中可操作的第一傳送帶以及在豎直平面中可操作的第二傳送帶。圖11是自動化加載機構的又另一個配置的透視圖，示出了在水平平面中可操作的第一傳送帶以及在豎直平面中可操作並且具有多個槳狀物的第二傳送帶。圖12是設置有自動化加載機構的罩體和覆蓋物的透視圖。圖13是被示出為與檢測系統隔離開的自動化加載機構的一個實施方案的透視圖。根據本實施方案，自動化加載機構包括加載站或區域、運輸機構和入口位置，用於試樣容器的全自動化的加載。加載區域的一側的一部分已經被移除以示出了本實施方案的自動化加載機構的另外的細節。圖14是圖14中示出的自動化加載機構的另一個透視圖。容器加載區域被示出為具有可看透內部的特徵以用於顯露自動化加載機構的其他特徵，如本文描述的。圖15是圖14中的滾筒狀加載機構、豎直滑槽、定位裝置和系統傳遞裝置的近視透視圖。滾筒狀加載機構、豎直滑槽、定位裝置和系統傳遞裝置被示出為與檢測系統隔離開。圖16是圖14-15中示出的自動化加載機構的橫截面圖。更具體地，圖16是滾筒狀加載機構和豎直滑槽的橫截面圖，示出了下落穿過滑槽的試樣容器。如圖16中所示的，在試樣容器的底部下落穿過滑槽時，試樣容器的頂部或帽被錐形的橫檔簡單地保持就位，由此使試樣容器直立。圖17是包括圖14中示出的自動化加載機構的自動化檢測設備的透視圖。自動化加載機構的容器加載區域被示出為處於用於微生物劑的快速的非侵入的檢測的自動化系統的前部的使用者可到達位置中。自動化檢測系統和容器加載區域被示出為使側面板被移除和/或具有可看透內部的特徵以顯露其他特徵，如本文描述的。圖18是包括可選擇的加載機構的自動化檢測設備的透視圖。自動化加載機構的容器加載區域被示出為處於用於微生物劑的快速的非侵入的檢測的自動化系統的前部的使用者可到達位置中。自動化檢測系統和容器加載區域被示出為使側面板被移除和/或具有可看透內部的特徵以顯露其他特徵，如本文描述的。圖19是圖17中示出的用於微生物劑的快速的非侵入的檢測的自動化系統的下部分的側視圖。自動化檢測系統被示出為使側面板被移除以顯露系統的其他特徵，如本文描述的。圖20是圖17-19中示出的保持結構和自動化傳遞機構的透視圖。如所示的，在本實施方案中，自動化傳遞機構包括下水平支撐物、豎直支撐物、樞軸板和機器人頭部，用於傳遞檢測設備內的試樣容器。為了清楚，保持結構和自動化傳遞機構被示出為與檢測設備隔罔幵。圖21A-B是圖20中示出的自動化傳遞機構的樞軸板和機器人頭部的透視圖。機器人頭部被示出為具有夾緊機構和試樣容器的橫截面圖，以顯露夾緊機構的特徵。如圖21A中所示的，機器人頭位置於樞軸板的第一端處並且處於水平的取向，使得試樣容器也被定向成處於水平的取向。在圖21B中，機器人頭部被示出為位於樞軸板的第二端處並且處於豎直的取向，使得試樣容器也被定向成處於豎直的取向。圖22是自動化檢測設備的可選擇的配置的透視圖，示出了用戶界面、狀態屏幕、定位器裝置覆蓋物和兩個陽性容器埠。圖23是示出了檢測設備的另一個設計配置的透視圖。如圖23中所示的，檢測系統包括第一檢測設備和第二檢測儀器。圖24是自動化檢測系統的又另一個實施方案的透視圖。如所示的，自動化檢測系統包括具有自動化加載機構的第一檢測設備以及被聯接或「串級連結」於第一檢測設備的第二或下遊檢測設備，如本文描述的。圖25A-C示出了隨時間的消逝用於將試樣容器從第一檢測設備推動至第二或下遊檢測設備的推動器臂機構。圖26示出了被示出為與檢測系統隔離開的保持結構和攪拌組件的透視圖。圖27A是機架保持結構以及用於將試樣容器牢固地保持在機架保持結構內的保持特徵的透視圖。圖27B示出了圖27A中示出的機架保持結構和保持特徵的橫截面圖。圖27C是圖27A的機架保持結構和保持特徵的俯視橫截面圖，示出了傾斜的螺旋彈簧的示意性的圖示。圖28A-B示出了用於將多個試樣容器攜帶至檢測設備的承載器的第一和第二透視圖。如所示的，承載器包括多個用於保持多個試樣容器的保持槽道。圖28A還示出了兩個相對的夾緊特徵或把手，以及用於在加載站處釋放多個試樣容器的分離機構，如本文描述的。圖29示出了檢測系統的另一個可能的配置的透視圖。如圖29中所示的，檢測系統包括用於從圖28A-B中示出的承載器釋放一個或多個試樣容器的釋放機構。圖30是示出了在檢測系統的操作中進行的步驟的流程圖。圖31是用於對在樣品中存在的微生物劑的快速的識別和/或表徵的自動化儀器的框圖。圖32是在圖31中示出的儀器的一個可能的配置的透視圖。儀器包括用於保持試樣容器的機架、一次性物品(包括取樣裝置和分離裝置)的暗盒、機器人傳遞機構、樣品移除設備、離心機形式的分離和濃縮裝置、以及識別和/或表徵模塊(讀取站)，識別和/或表徵模塊(讀取站)操作成詢問容納被濃縮的微生物劑的分離裝置以進行微生物劑的識別和/或表徵。在一個可能的實施方案中，圖32的儀器可以與自動化檢測儀器(見下文的圖58,77-78)集成，在這種情況下，用於試樣容器的機架是在檢測操作期間保持試樣容器的同一個結構。可選擇地，識別和/或表徵儀器位於自動化檢測儀器的遠方但是被耦合於自動化檢測儀器，如圖77中所示的以及在我們的在先臨時申請一中並且結合圖1-30所描述的。圖33是圖32的識別和/或表徵儀器的俯視平面圖，示出了陽性試樣容器的機架12在一個用於培育的位置中。圖34是圖32的儀器的俯視平面圖，示出了用於陽性試樣容器的機架被運動至用於將樣品從瓶子抽出的位置以進行識別和/或表徵測試。圖35是圖32-34的實施方案的另一個透視圖。圖36是被與圖31的識別/表徵儀器共同地使用的分離裝置的透視圖。分離裝置從陽性試樣容器接收樣品的一部分。微生物劑在以本文描述的方式位於分離裝置中的毛細管的底部處濃縮。然後被濃縮的微生物劑被識別和/或表徵讀取模塊詢問以表徵和/或識別微生物劑。圖37是圖36的分離裝置的透視圖。圖38是圖36和37的分離裝置的橫截面圖。圖39是被裝配至圖36-38的分離裝置的下端的端帽的橫截面圖。圖40是圖36的分離裝置的橫截面圖，示出了在離心之後的在分離裝置的毛細管中的被濃縮的微生物劑。圖41是圖36的分離裝置中的被濃縮的微生物劑正在被識別/表徵或讀取模塊詢問的示意性的圖示。圖42是圖36的分離裝置的可選擇的實施方案的透視圖。圖43是圖42的分離裝置的橫截面。圖44是在識別和/或表徵儀器內使用的一次性取樣裝置的一個實施方案的圖示。圖45是示出了識別和/或表徵儀器中的樣品移除設備的從一次性裝置的暗盒拾取圖44的取樣裝置中的一個的操作的詳細透視圖。暗盒包括許多圖46或42的分離裝置以及許多圖44的取樣裝置。圖46是詳細透視圖，示出了樣品移除設備的對檢測容器的頂部處的阻擋器殺菌以及使檢測容器通風的操作。圖47是在圖46中示出的位置中的樣品移除設備的更詳細的圖示。圖48是示出了樣品移除設備的將檢測容器內的樣品的一部分抽出而送入圖44的一次性取樣裝置中的一個中的操作的詳細透視圖。圖49是在圖48的位置中的樣品移除設備的更詳細的圖示。圖50A-50C是樣品移除設備的三個透視圖，示出了將樣品分配入分離裝置中的一個中並且將取樣裝置傳遞至廢物容器的操作。圖51是樣品移除設備的一序列的透視圖，示出了將分離裝置傳遞至分離和濃縮站並且在識別和/或表徵模塊中對分離裝置進行光學詢問的操作。圖52是分離和濃縮站以及識別和/或表徵模塊的更詳細的圖示。圖53是識別和/或表徵儀器的一序列的三個透視圖，示出了拾取分離裝置、將分離裝置傳遞至廢物容器並且將分離裝置放置在廢物容器中的操作。圖54是將分離裝置放置入廢物容器中的操作的更詳細的圖示。圖55是識別和/或表徵儀器的可選擇的配置的框圖，其中被濃縮的微生物劑被從分離裝置移除並且在移除之後被分析。分析可以被許多不同類型的系統或單元中的任何一個進行，系統或單元包括分子診斷測試單元、質譜測定單元、或微生物識別測試裝置以及相關聯的處理儀器。13圖56A-56C是示出了在自動地檢測微生物劑在試樣容器中的存在(圖56A)和自動地識別和/或表徵微生物劑(圖56B和56C)的操作中進行的步驟的流程圖。圖57是用於樣品中的微生物劑的快速的和自動化的識別和/或表徵的儀器的第二實施方案的透視圖。圖58是圖57的儀器的透視圖，示出了用於保持試樣容器的機架的一個可能的配置。在圖58的實施方案中、機架包括用於試樣容器的培育的特徵、用於試樣容器的攪拌的特徵以及用於試樣容器內的微生物生長的自動化檢測的特徵。因此，圖58示出了其中自動化檢測和識別儀器可以被組合為單一的儀器的一個實施方案。圖59是圖57和58的實施方案的另一個透視圖。多軸機器人(multipleaxisrobot)用於接近試樣容器並且使用一次性取樣裝置進行取樣操作。圖60是容納一次性取樣裝置和一次性分離裝置的暗盒的透視圖，暗盒可以在圖32-35或57-59的儀器中使用。圖61是圖59的實施方案中所使用的多軸機器人的透視圖。圖62是一次性取樣裝置的可選擇的實施方案的透視圖，示出了在圖44中示出的大體上的設計的變化。圖63是圖62的取樣裝置的橫截面圖。圖64是被示出為夾緊圖62的取樣裝置的圖61的機器人的臂的遠端的詳細的透視圖。圖65是被示出為夾緊圖62的取樣裝置的圖61的機器人的臂的遠端的另一個詳細的透視圖。圖66是在圖61的機器人上的泵組件的透視圖，泵組件操作成向取樣裝置提供真空和正壓，以(a)從試樣容器中的一個抽出樣品的小部分以及(b)將樣品分配入圖36和60的一次性分離裝置中的一個中(可選擇地在使樣品溶解之後)。圖67是使用圖62的取樣裝置進行對試樣容器中的一個的取樣操作的圖61的機器人的透視圖。圖68是在圖67中示出的取樣操作的更詳細的視圖。圖69是圖62的取樣裝置的透視圖，該取樣裝置被放置入圖56和57中示出的旋渦器(vortexer)中以利於在從試樣容器中的一個抽出的樣品中的細胞組分的溶解。圖69A是旋渦器的透視圖，該旋渦器具有可選擇的圍繞取樣裝置的保持器的盤管加熱器以加熱保持器並且將取樣裝置內的樣品保持在37攝氏度。圖70是在渦流操作期間正在被機器人手保持的圖62的取樣裝置的透視圖。圖7IA和71B是旋渦器和取樣裝置的側視圖和橫截面圖。圖72A和72B是用於被結合入旋渦器中的取樣裝置的保持器的橫截面圖和透視圖。圖73A、73B和73C分別是在樣品從取樣裝置被引入分離裝置中之前取樣裝置和分離裝置的橫截面圖、側視圖和透視圖。圖73D是取樣和分離裝置的另一個透視圖，其中取樣裝置的橡膠針護套顯示為被部分地除去，以示出取樣裝置的針。圖74是處在適當位置中用於將樣品的一部分注射入分離裝置中的取樣裝置的透視圖。圖75是在圖74中示出的注射操作的側視圖。圖76是取樣裝置和分離裝置的示出了注射操作的橫截圖。圖76A是圖57的杯和杯保持器的詳細視圖，示出了杯接收分離裝置中的一個；圖76B示出了被插入圖76A的杯中的分離裝置；圖76C是圖76A的杯保持器、杯和分離裝置的橫截面。圖77是通過傳送器而耦合於自動化識別和/或表徵儀器的用於檢測生物樣品中的微生物劑的檢測儀器的示意性的圖示。圖78是以自動化的方式例如通過傳送器接收試樣容器的組合的自動化檢測和識別儀器的示意性的圖示。圖79是由使用者例如通過打開在儀器的前面板中的門來手動地接收試樣容器的組合的自動化檢測和識別儀器的示意性的圖示。圖79的實施方案可以例如採用在圖57中示出的排列被實施。圖80是示出了控制圖57-86的儀器的操作的計算機系統的示意性的框圖。圖81A-C是示出了一序列的處理指令的流程圖，其使用固有螢光測量來進行對被濃縮的微生物劑的識別和/或表徵。圖82-57是固有螢光(IF)測量及其變換的曲線圖，其圖示了圖51A的預處理指令在最小化生物組內的菌株與菌株間的差異(strain-to-strainvariation)的方面的益處。圖88和89是對數變換的IF測量的一階導數的曲線圖，示出了在315nm和415nm的激發波長的物種的子集之間的識別潛在性。圖90是可以被與圖1的識別/表徵儀器共同地使用的分離裝置的第二實施方案的透視圖。本實施方案的分離裝置具有分離的溶解室和分離的分離室，二者被流體流動通道連接。圖91是圖90的分離裝置實施方案的透視圖，示出了被從分離裝置分離的頂板和基部板圖92是在圖90中示出的分離裝置實施方案的主體部分的俯視圖。圖93是沿著圖92中示出的分離裝置實施方案的線A-A的橫截面圖。圖94是沿著圖92中示出的分離裝置實施方案的線B-B的橫截面圖。圖95是可以被與圖31的識別/表徵儀器共同地使用的組合的取樣和分離裝置的透視圖。圖96是具有被示出為在打開位置中的夾管閥(pinchvalve)的在圖65中示出的組合的取樣和分離裝置的前視圖。圖97是具有被示出為在打開位置中的夾管閥的在圖96中示出的組合的取樣和分離裝置的橫截面圖。圖98是具有被示出為在關閉位置中的夾管閥的在圖95中示出的組合的取樣和分離裝置的前視圖。圖99是具有被示出為在關閉位置中的夾管閥的在圖97中示出的組合的取樣和分離裝置的橫截面圖。圖100是組合的取樣和分離裝置的第二實施方案的透視圖。圖101是圖100中示出的組合的取樣和分離裝置的橫截面圖。圖102是圖101中示出的閥的橫截面圖。圖103是可以被與圖31的識別和/或表徵儀器共同地使用的組合的取樣和分離裝置的第三實施方案的側視圖。圖104是圖103中示出的組合的取樣和分離裝置的橫截面圖。圖105是圖103中示出的組合的取樣和分離裝置的分解圖。圖106是可以被與圖31的識別/表徵儀器共同地使用的組合的取樣和分離裝置的第三實施方案的透視圖。圖107A是圖106中示出的組合的取樣和分離裝置的側視圖。圖107B是圖107A中示出的組合的取樣和分離裝置的橫截面圖。圖108A是圖106中示出的組合的取樣和分離裝置的側視圖。圖108B是圖108A中示出的組合的取樣和分離裝置的橫截面圖。詳細描述如在概述部分中提到的，本文件描述了用於對存在於試樣容器內的微生物劑檢測的自動化系統以及用於對存在於試樣容器內的微生物劑檢測的儀器和方法，以及用於對微生物劑自動識別和/或表徵的儀器和方法。用於對微生物劑的存在進行檢測的儀器和方法將在部分1中提出(圖1-30)。用於對微生物劑進行識別和/或表徵的儀器和方法將在部分2中描述(圖31-108)。用於將兩個儀器集成為分離的儀器或集成為一個組合的儀器的特徵將在本文件中的多個位置處被描述。這些特徵可以包括自動化加載和卸載特徵、傳送器特徵以及在試樣容器——包括但不限於以瓶子或類似物的形式的試樣容器——上操作的機器人操縱特徵。部分1用於對用於微生物劑生長的試樣容器進行檢測的自動化儀器(圖1-30)本文描述了用於對被容納在樣品容器例如培養瓶內的測試樣品中的微生物劑(例如微生物)的存在進行非侵入的檢測的自動化系統或儀器。自動化系統或儀器的一個實施方案在本文中結合圖1-8C描述。其他可能的實施方案和設計替代形式結合圖9A-30被示出，並且在本文中被描述。自動化系統可以包括以下特徵中的一個或多個(1)殼體，其包圍內部室；(2)自動化加載機構，其用於將一個或多個容器加載入系統的內部室中；(3)自動化容器管理機構或定位器裝置，其用於將容器在系統內的多個工作流程站之間運動或定位；(4)自動化傳遞機構，其用於容器在系統內的傳遞；(5)一個或多個容器保持結構，其用於保持多個試樣容器，其可選擇地設置有攪拌組件；(6)檢測單元，其用於微生物生長的檢測；和/或(7)用於將試樣容器從系統自動化卸載的機構。為了更好地意識到檢測系統的被圖示的實施方案如何操作，本說明書可以在具體的檢測儀器(血液培養儀器)和試樣容器(血液培養瓶)的內容中描述自動化檢測設備。然而，本領域技術人員將容易地意識至IJ，檢測設備可以以其他實施方案實施，根據本文公開的具體的實施方案的變化可以被進行以適合具體的實施，並且因此用於實施本發明的優選的實施方案和最好的模式的本發明的描述以例證而不以限制的方式被提供。系統綜述本文描述了自動化檢測系統100(例如，如圖1-3和5A-5B中圖示的)，自動化檢測系統100提供用於對可以在測試樣品或試樣樣品中存在的微生物劑(例如微生物)進行自動化檢測的新的構造和方法。大體上，可以使用任何已知的測試樣品(例如生物樣品)。例如，測試樣品可以是被懷疑含有一種或多種微生物劑的臨床的或非臨床的樣品。例如體液的臨床樣品包括但不限於血液、血清、血漿、血液成份、關節液、尿、精液、唾液、糞便、腦脊液、胃內容物、陰道分泌物、組織均質物、骨髓抽取液、骨均質物、痰、抽吸物、拭子和拭子擦洗物、其他體液、和類似物。可以被測試的非臨床的樣品包括但不限於食品、飲料、藥物、化妝品、水(例如飲用水、非飲用水和廢水)、海水壓載物、空氣、土壤、汙水、植物材料(例如種子、葉、莖、根、花、果實)、血液製品(例如血小板、血清、血漿、白細胞部分等等)、捐獻器官或組織樣品、生物戰樣品、和類似物。在一個實施方案中，被測試的生物樣品是血液樣品。現在參照圖1-30，多個配置對於檢測系統100是可能的。如所示的，例如，在圖1-3和5A-5B中，自動化檢測系統100包括殼體102以及一個或多個自動化機構，自動化機構用於使試樣容器500在檢測系統100內或從檢測系統100加載(見例如200，圖1)、運動或定位(未示出)、傳遞(見例如650，圖5A-5B)、攪拌(未示出)和/或卸載。殼體102包括前面板和後面板104A和104B、相對的側面板(例如左側面板和右側面板)106A和106B、頂部面板或頂壁面板108A以及底部面板或地板面板108B，它們形成包圍物，包圍檢測系統100的內部室620(見例如圖5A-5B)。在一個實施方案中，檢測系統100的內部室620是用於促進或增強微生物生長的氣候受控室(例如其中溫度被保持在約37°C的溫度受控制的培育室)。如圖1-3中所示的，殼體還可以包括第一埠或容器入口位置110、第二埠或讀錯/錯誤位置120、第三埠或陽性容器離開位置130、下進入面板140(圖1)或抽屜142(圖3)、和/或用戶界面顯示器150。如本領域中已知的，下進入面板140或抽屜142可以包括把手144。還如圖1中所示的，殼體102還可以包括上節段160和下節段170，可選擇地每個節段包括可操作門(即上門和下門)162和172(見例如圖5B)。上門162和下門172可操作成允許進入到檢測系統100的內部室620。然而，如本領域技術人員將意識到的，其他設計配置是可能的。例如，在另一個可能的實施方案中，整個前面板可以包括單一的可操作的門(未示出)。在一個設計可能性中，如例如圖1-3中所示的，下節段170可以具有比上節段160大的輪廓或佔位面積(footprint)。根據本實施方案，較大的下節段170的殼體形成擱板180，擱板180在下節段170的頂部表面上並且毗鄰於上節段160或在上節段160的前方。該擱板180可以提供使用者工作站和/或通向檢測系統100的工作流程進入位置。此外，擱板180可以包括自動化加載工具或機構200。擱板180還可以提供用於第一埠或容器入口位置110、第二埠或讀錯/錯誤位置120以及第三埠或陽性容器離開位置130的到達位置。在一個實施方案中，如例如圖1-3和5A-5B中所示的，檢測系統100可以包括自動化加載機構200，用於試樣容器500向檢測系統100中的自動化加載。自動化加載機構200可以包括容器加載站或區域202、運輸機構204和第一埠或容器入口位置110。在操作中，使用者或技術人員可以將一個或多個試樣容器500(見例如圖4)放置在容器加載站或區域202處。運輸機構204，例如傳送帶206，將把試樣容器運輸至第一埠或容器入口位置110，並且然後經過入口位置110並且進入檢測系統100，由此將容器加載入系統中。自動化加載機構200在本文中更詳細地描述。如本領域技術人員將意識到的，其他設計可以被採用以用於自動化加載機構並且在本文中的其它地方被描述。例如，可選擇的自動化加載機構在圖10-16中示出。在一個17實施方案中，如圖13-16中所示的，並且如本文更詳細地描述的，檢測系統100可以採用容器加載區域或儲存器302以及滾筒狀加載裝置308，滾筒狀加載裝置308用於試樣容器的向檢測系統100中的自動化加載。在另一個實施方案中，如例如圖14-15和18中所示的，自動化檢測系統100可以具有一個或多個工作流程站404，一個或多個工作流程站404用於獲得試樣容器的一個或多個測量、讀數、掃描和/或成像，由此提供信息，例如容器類型、容器批號、容器有效期、患者信息、樣品類型、測試類型、填充水平、重量測量等等。此外，一個或多個工作流程站404可以包括一個或多個容器管理站，例如容器拾取站或容器傳遞站。例如，自動化檢測系統可以具有以下工作流程站中的一個或多個(1)條形碼讀取站；(2)容器掃描站；(3)容器成像站；(4)容器稱重站；(5)容器拾取站；和/或(6)容器傳遞站。根據本實施方案，檢測系統100還可以具有容器管理工具或容器定位器裝置400，如例如圖13-15、18和24中所示的。在操作中，容器管理裝置或定位器裝置400操作成將試樣容器500運動或以其他方式定位至一個或多個工作流程站404。在一個設計配置中，工作流程站中的一個或多個被包括在檢測系統100的殼體102內。在一個實施方案中，如在圖14-15中最好地示出的，自動化加載機構300的滾筒或滾筒狀加載裝置308和豎直地取向的滑槽332可以操作成將試樣容器存放或放置入定位器槽道402中，如本文其它地方描述的。在另一個實施方案中，如在圖18和24中最好地示出的，自動化加載機構200的運輸機構204或傳送帶206可以操作成將試樣容器存放或放置入定位器槽道402中，如本文其它地方描述的。如本領域中已知的，檢測系統100還可以包括一個或多個用於將試樣容器導向進入定位器槽道402中的導軌(未示出)。根據這兩個實施方案，然後容器管理裝置或定位裝置400可以旋轉成將試樣容器在系統內的多個工作流程站404之間運動或定位，多個工作流程站404例如條形碼讀取站、容器掃描站、容器成像站、容器稱重站、容器拾取站和/或容器傳遞站。容器管理裝置或定位器裝置400在本文中更詳細地描述。如例如圖5A-8C中所示的，檢測系統100還可以包括自動化傳遞工具或機構650，自動化傳遞工具或機構650用於在檢測系統100的殼體102內傳遞試樣容器500。例如，傳遞機構650可以將試樣容器500從入口位置或埠110(見例如圖1-3)傳遞入檢測系統100的內部室620中，並且將容器500放置入接收結構或槽道602中的一個中，接收結構或槽道602被包含在多個保持結構或機架600中的一個中。在另一個實施方案中，傳遞機構650還可以被用於重新布置、傳遞或以其他方式管理系統內的試樣容器500。例如，在一個實施方案中，傳遞機構650可以用於使被檢測為對於微生物生長是陽性的試樣容器500(在本文中被稱為「陽性」容器)從保持結構或機架600傳遞至陽性容器位置，例如陽性容器離開位置或埠130(見例如圖1)，在陽性容器離開位置或口130處，使用者或技術人員可以容易地從檢測系統100移除陽性容器500。在另一個實施方案中，傳遞機構650可以用於將在指定的時間已經過去之後被確定為對於微生物生長是陰性的容器500(在本文中被稱為「陰性」容器)從保持結構或機架600傳遞至系統內的陰性容器位置(例如陰性容器廢物箱146(見例如圖1))，在陰性容器位置處，使用者或技術人員可以容易地接近廢物箱146以進行容器500的移除和處理。如本領域技術人員將意識到的，其他設計可以被採用以用於自動化傳遞機構並且在本文中的其它地方被描述。例如，另一種設計配置在本文中結合圖17-21B被描述。18檢測系統100將還包括用於檢測試樣容器500中的生長的工具(例如檢測單元)(見例如圖27)。通常，可以使用任何本領域中已知的用於檢測容器中的微生物生長的工具。例如，如本領域中熟知的，每個保持站或機架600可以具有線性掃描光學系統，線性掃描光學系統具有非侵入地監測每個試樣容器500中微生物生長的能力。在一個實施方案中，光學系統可以詢問容器500中的傳感器(例如液體乳液傳感器(LES)傳感器)514(見例如圖4)，由此檢測容器內的微生物生長。檢測系統100還可以包括用於卸載「陽性」和/或「陰性」試樣容器500的自動化卸載機構。該自動化卸載機構可以操作成確保一旦「陽性」或「陰性」讀數已經對於每個試樣容器500被作出，容器500便被從容器接收結構或槽道602移除(見例如圖5A和5B)，留出用於另一個待被加載入檢測系統100中的容器的空間，由此增加系統處理能力。試樣容器試樣容器500，例如在圖4和27B和其他附圖中示出的，以標準的培養瓶(例如血液培養瓶)的形式而示出。然而，培養瓶(例如血液培養瓶)的描述以示例而不作為限制的方式被提供。如圖4中所示的，試樣容器500包括頂部部分502、主體504和基部506。容器500可以包括用於在檢測系統或離線設備內對容器500進行自動化讀取的條件碼標籤508。如圖4和27B中所示的，容器500的頂部部分502典型地包括窄部分或頸部510，開口516延伸穿過窄部分或頸部510以提供與容器的內部室518的連通。如圖27B中所示的，容器還包括封閉器裝置512(例如阻擋器)，封閉器裝置512可選擇地具有可刺穿的隔膜，並且容器還可以具有傳感器514(例如LES傳感器)，傳感器514被形成或設置在容器500的底部中以用於對容器500中的微生物生長的存在進行比色檢測的目的。容器500的配置不是特別重要的，並且本發明的系統和方法可以適應於被設計為用於培養測試樣品(例如生物測試樣品)的多種容器。圖4和27B中示出的類型的容器500是本領域中熟知的並且在本文件的背景部分中所引用的專利文獻中被描述。在一個實施方案中，試樣容器500接種有測試樣品(例如臨床的或非臨床的生物樣品)，並且被加載入檢測系統100中/從檢測系統100卸載出來。容器500還可以包括用於促進和/或增強微生物或微生物生長的生長介質或培養基(growthorculturemedium)(未示出)。使用生長介質或培養基進行微生物培養是熟知的。合適的生長介質或培養基提供對於微生物生長合適的營養的和環境的條件，並且應當含有待被在試樣容器500中培養的微生物所需要的所有營養。在足以允許微生物的自然放大的時間間隔(該時間間隔在物種之間不同)之後，容器500在檢測系統100內被測試微生物或微生物生長的存在。測試可以連續地或周期性地進行，使得容器可以儘可能快地被確定為是對於微生物生長陽性的。在一個實施方案中，一旦容器500在檢測系統100中被檢測為是陽性的，那麼系統將通過指示物190(例如視覺提示)、和/或通過在用戶界面顯示器150的通知、或通過其他工具來通知操作者。自動化加載工具或機構檢測系統100可以包括用於試樣容器500的向檢測系統100中的自動化加載的工具或機構。在一個實施方案中，如例如圖1-3和5A-5B中所示的，自動化加載機構200可以包括容器加載站或區域202、運輸機構204和入口位置或埠110。然而，如本領域技術人員將意識到的，自動化加載機構可以採取許多不同的配置。例如，自動化加載機構300的另一種設計配置在本文中結合圖13-16被描述。本文描述的各種設計配置以例證而非限制的方式。本文示出的自動化加載機構(例如圖1-3、5A-5B和13-16)被示意性地示出並且各部分不是成比例的。使用者或技術人員可以使用任何已知的工具將一個或多個試樣容器500運輸至檢測系統100並且將容器500放置在容器加載站或區域202處。例如，在一個實施方案中，使用者或技術人員可以使用被設計為將多個試樣容器運輸至檢測系統100的加載站或區域202的承載器。一個可能的承載器設計在圖28A和^B中示出。如圖28A和^B中所示的，承載器350包括主體351，主體351具有分別的頂部表面352A和底部表面352B、分別的前部表面354A和背部表面354B、分別的相對的側表面356A和356B(例如右側表面和左側表面)、以及被附接於所述相對的側表面356A、356B的一對相對的使用者把手358A和358B。主體還包括多個通孔360，通孔360每個被配置為將單一的試樣容器500保持在其中。主體351還可以包括滑動板362，滑動板362在滑動接合部364內可操作成在「關閉」位置(以束縛住被加載在承載器350內的試樣容器500)和「打開」位置(以將試樣容器500從承載器350釋放)之間往復滑動(見例如圖28k中的箭頭366)，並且將它們存放至自動化加載機構上或中。滑動接合部364還可以包括彈簧或類似工具，彈簧或類似工具用於在由使用者運輸至檢測系統的期間將滑動板362鎖定在「關閉」位置中。如圖中所示的，承載器350還可以包括一對對準臂368A和368B以及釋放翼片370，其可與釋放機構372—起操作以將試樣容器500在檢測系統100的自動化加載機構200處釋放。釋放機構372包括釋放杆376和相應於一對對準臂368A和368B的一對槽374，一對槽374用於確保承載器350在加載站或區域202處被合適地對準，從而存放試樣容器300。在操作中，技術人員將容納一個或多個試樣容器500的承載器350運輸至自動化加載機構200並且使承載器350壓緊釋放杆376，使對準臂368A和368B與釋放機構372的相應的槽374對準。通過使承載器350壓緊釋放杆376，釋放翼片370被推動或下壓，由此將滑動板362運動至「打開」位置並且允許試樣容器500從通孔360下落出來並且下落至加載站或區域202上。技術人員可以然後將承載器350向上提升，直到承載器主體351和多個通孔360清除試樣容器500，由此將容器存放在自動化加載機構200處以自動加載入檢測系統100中。如本領域技術人員將意識到的，其他設計配置是可能的。如圖1-3中所示的，加載站或區域202通常是自動化加載機構200的可容易地到達的位置或區域，在該位置或區域，使用者或技術人員可以放置一個或多個試樣容器500以加載入檢測系統100中。一旦位於加載站202處，容器500便將通過使用運輸機構204而從加載站或區域202運輸至入口位置或埠110，並且然後被運輸經過入口位置或埠110並且進入檢測系統100中。因此，使用者或技術人員可以簡單地將一個或多個試樣容器500放置在加載站或區域202處而離開，同時容器500被自動地加載入檢測系統100中。一旦試樣容器500已經被運輸入系統中，它們便可以通過使用容器管理裝置或定位器裝置而被運動至一個或多個工作流程站，和/或被傳遞至保持結構或機架，如本文其它地方描述的。在一個實施方案中，如圖1-3、5A和5B中所示的，運輸機構204是傳送帶206，傳送帶206可操作成將容器500運輸(例如傳送)至入口位置或埠110並且然後運輸經過入口位置或埠110並且進入檢測系統100中。然而，用於將試樣容器500從加載站或區域202運輸至入口位置或埠110的其他工具或機構被設想，並且可以包括但不限於進料螺杆、具有凹槽或模塑板的定時帶、和類似物。在其他實施方案中，試樣容器500的向檢測系統100中的自動化加載的過程還可以包括使用傳遞機構650將容器傳遞至保持結構或機架，或使用容器定位器裝置(見例如圖M，400A)將容器運動至一個或多個工作流程站，如下文描述的。如圖1-3、5A和5B中所示的，加載站或區域202和運輸機構204包括傳送帶206。根據本實施方案，使用者或技術人員可以將一個或多個試樣容器500放置在傳送帶206的特定的位置或區域(即加載站或區域202)處，以進行容器500的向檢測系統100中的自動化加載。傳送帶206可以連續地運行，或可以被加載站或區域202處的容器500的物理存在激活。例如，系統控制器可以被用於基於對加載站202處的一個或多個試樣容器的存在或不存在進行指示的信號(例如光傳感器)來操作傳送帶206(即將其啟動或關閉)。相似地，一個或多個傳感器可以在入口位置或埠110處被使用以指示是否容器被不適當地加載和/或已經翻倒並且可能導致堵塞。傳送帶206操作成將容器500從加載站或區域202(例如傳送帶206的左部分，如圖1中所示的)運動或運輸至入口位置或埠110，由此將待被加載入檢測系統100中的一個或多個容器500積聚在入口位置或埠110處。典型地，如圖1-3和5A-5B中所示的，加載站或區域202、運輸機構204或傳送帶206、以及入口位置或埠110被定位在檢測系統100的外部或在檢測系統100的殼體102上。在一個實施方案中，自動化加載機構200被定位在擱板180上，擱板180被定位在下節段170的頂部上並且毗鄰於系統100的上節段160。此外，如所示的，運輸機構或傳送帶206典型地在水平平面中操作，從而將試樣容器500保持為處於豎直的或直立的取向(即，使得容器500的頂部部分506向上)以加載入檢測系統100中(見例如圖1-3和5A-5B)。如圖1_3中所示的，運輸機構或傳送帶206例如從左向右、或從加載站或區域202朝向入口位置或埠110運動，以運輸一個或多個獨立的容器500(見例如圖2，箭頭208)。在一個實施方案中，如例如圖1-3和10-11中所示的，自動化加載機構200將還包括一個或多個導軌210，導軌210被定位為與運輸機構或傳送帶206的一側或兩側並列。一個或多個導軌210起到在運輸機構或傳送帶206的操作期間將試樣容器500導向或引導至入口位置或埠110的作用。在一個實施方案中，導軌操作成將試樣容器引導或導向成在自動化加載機構200的背部處的單一行線(singlefileline)，在單一行線處試樣容器等候其順序以待被每次一個容器地加載入檢測系統100中。在另一個設計方面，如例如圖22中所示的，檢測系統100還可以包括定位器裝置覆蓋物460，覆蓋物460覆蓋定位器裝置(本文其它地方描述的)並且包圍其中的內部定位器裝置室(未示出)。定位器裝置覆蓋物460可以包括一個或多個容器導軌462，一個或多個容器導軌462用於在試樣容器500從自動化加載機構200被運輸至入口位置或埠110並且然後運輸入內部室中時對試樣容器500進行導向，由此自動地將試樣容器加載入系統中。根據本實施方案，內部定位器裝置室(未示出)被認為是內部室的一部分，內部室被在本文其它地方描述。在又另一個實施方案中，自動化加載機構200還可以包括用於在試樣容器500進入檢測系統100時讀取或以其他方式識別試樣容器500的工具或裝置。例如，容器500可以包括能夠被讀取以進行容器識別以及在系統內的追蹤的條件碼標籤508。根據本實施方案，檢測系統100將包括在系統內的一個或多個位置處的一個或多個條形碼讀取器(見例如圖14-15中的410)。例如，檢測系統100可以包括在入口位置或埠110處的條形碼讀取器，以在進入檢測系統時對各個容器500進行讀取、識別和記錄到檢測系統控制器中。在另一個實施方案中，入口位置或埠110還可以包括用於在入口位置或埠110內使容器旋轉以能夠進行條件碼標籤508的讀取的工具或裝置(例如容器旋轉器或旋轉轉盤，如本文其它地方描述的)。在另一個可能的實施方案中，傳遞機構(見例如圖5B，650)可以旋轉容器500以能夠進行條件碼標籤508的讀取。一旦條形碼已經被讀取，那麼傳遞機構將典型地使容器500從入口位置或埠110傳遞至在多個保持結構或機架600中的一個保持結構或機架600中的多個接收結構或槽道602中的一個接收結構或槽道602。在又另一個實施方案中，如果條形碼508不能被合適地讀取(例如標記物被讀錯或讀取錯誤發生)，那麼檢測系統控制器(未示出)可以將容器500引導至讀錯/錯誤位置或埠120，以供使用者獲得不能讀取的或讀錯的容器500。使用者可以使用自動化加載機構200和/或根據使用者的判斷來再加載容器，可以可選擇地手動地加載容器500和將容器500信息手動輸入系統控制器中(例如使用用戶界面150)。在另一個實施方案中，檢測系統100可以含有高優先級(或STAT)裝載站(未示出)，用於高優先級容器的加載和/或用於在標記物已經被讀錯或讀取錯誤已經發生時的容器的手動加載。自動化加載機構的另一個設計配置在圖10中示出。如圖10中所示的，自動化加載機構200包括加載站或區域202、第一傳送帶206以及入口位置或埠110。傳送帶206操作成將試樣容器500從系統100的左邊緣(即加載站202的位置)運輸至入口位置或埠110。在本實施例中，運動是從左至右並且在圖10中由箭頭220表示。自動化加載機構200還可以包括導軌210和第二傳送帶212，第二傳送帶212圍繞一組齒輪或輪214、216操作。根據本實施方案，第二傳送帶212在第一水平傳送帶206的上方的豎直平面中被定向並且可操作，並且可以以順時針的或逆時針的方式操作(即將皮帶從左向右或從右向左運動)。第二豎直定向的傳送帶212的順時針的或逆時針的操作可以向試樣容器500提供圍繞容器的豎直軸線的分別的逆時針的或順時針的旋轉。申請人已經發現，向試樣容器500提供順時針的或逆時針的旋轉可以在多個試樣容器500在入口位置或埠110處積聚時防止和/或減少自動化加載機構200的阻塞或堵塞。一旦容器500已經到達入口位置或埠110，那麼它們可以被運動入檢測系統100中。在又另一個實施方案中，自動化加載機構200還可以含有被定位在第一傳送帶206的下方的水平平面中的背襯板(未示出)。如本領域技術人員將意識到的，傳送帶206可以具有某些屈服性、柔性，或可以以其他方式被認為是「彈性的」。傳送帶206的這種彈性的本質可以在容器被從加載站或區域202經過傳送帶206向第一埠或入口位置110運輸時導致試樣容器500的不穩定性，並且可以導致試樣容器500傾倒或翻倒。申請人已經發現，通過在傳送帶206的下部包括剛性的或半剛性的背襯板，這一問題可以被減小和/或完全消除，由此減少和/或防止(例如載有已翻倒的容器500的)加載機構200的阻塞或堵塞。通常，可以使用任何已知的背襯板材料。例如，背襯板可以是由塑料、木材或金屬製成的剛性的或半剛性的板。自動化加載機構的又另一個配置在圖11中示出。如圖11中所示的，自動化加載機構200可以包括加載站或區域202、傳送帶206以及入口位置或埠110。也如所示的，22傳送帶206可以操作成將試樣容器500從系統100的前邊緣(即加載站20運輸至入口位置或埠110。在本實施例中，加載機構200的運動是從前向後(即從儀器的前邊緣向加載埠110)並且在圖11中由箭頭240表示。如所示的，自動化加載機構200還可以包括一個或多個導軌210，以用於在一個或多個試樣容器500被傳送帶206運輸時將一個或多個試樣容器500導向至入口位置或埠110。可選擇地，如圖11中所示的根據本實施方案，自動化加載機構200可以包括第二運輸機構230。在一個實施方案中，第二運輸機構230可以包括第二傳送帶232，第二傳送帶232被定位在第一傳送帶206上方的豎直平面中並且在第一傳送帶206上方的豎直平面中可操作。如所示的，第二運輸機構230還可以包括被附接於第二傳送帶232的多個槳狀物或板236。根據本實施方案，第一傳送帶206操作成將一個或多個試樣容器500從加載站或區域202運動或運輸至第二運輸機構230，在第二運輸機構230，容器500被分別地運動或運輸入槳狀物或板236之間的槽道或空間234中。第二傳送帶232圍繞一組齒輪或驅動輪(未示出)操作，並且例如從左至右運行或運動經過自動化加載機構200的後邊緣，由此將容器500從左向右沿著加載機構200的背部運輸並且運輸至入口位置或埠110(見例如箭頭250)。一旦容器500已經到達入口位置或埠110，它們便可以被運動入檢測系統100中。在又另一個實施方案中，自動化加載機構200可以被包圍或包封在保護性殼體或罩體沈0中，如例如圖12中所示的。根據本實施方案，自動化加載機構200或其的一個或多個部件(即加載區域、運輸工具(例如傳送帶206)和/或入口位置或口(未示出)中的一個或多個)可以被容納或包封在保護性殼體或罩體260中。保護性殼體或罩體260將具有開口沈2，開口262提供向被容納在保護性殼體或罩體沈0中的自動化加載機構200的接近以及用於將試樣容器500加載入被容納在其中的自動化加載機構200中/上。可選擇地，保護性殼體或罩體260可以還包括覆蓋物工具沈4，覆蓋物工具264可以被關閉或關上以保護自動化加載機構200和/或被容納在自動化加載機構200中的容器500。覆蓋物可以是如所示的可關閉的蓋子266，或是用於關閉殼體或罩體沈0的其他結構或工具。例如，在另一個實施方案中，覆蓋物264可以是能夠在開口262上方被拉動關閉的重量輕的帘子(未示出)。保護性殼體或罩體260還可以提供用於高優先級容器(即STAT容器)和/或讀錯容器的加載的優先級容器加載埠270。在一個實施方案中，容器500可以被手動地加載入優先級埠270中。自動化加載機構的另一個實施方案在圖13-15中示出。相似於上文描述的自動化加載機構，圖13-15中示出的自動化加載機構300包括容器加載站或區域302、運輸機構304和容器入口位置306，它們用於一個或多個試樣容器500向檢測系統100中的全自動化的加載。容器加載區域302處於在檢測系統100上的可容易地到達的位置中，以允許使用者容易地將一個或多個試樣容器500放置在其中，如例如圖17中所示的。根據本實施方案，試樣容器500被以水平的取向加載，使得它們在其側面上躺放，如例如圖13中所示的。一旦處在容器加載區域302處，試樣容器500便可以被運輸機構304從容器加載區域302運輸至入口位置306，容器500從入口位置306將進入檢測系統100，如本文更詳細地描述的。出乎意料地，無論試樣容器500在加載區域302中的取向如何(即與容器500的頂部部分506是正在面向檢測系統100還是面向遠離檢測系統100的方向(如例如圖14中所示的)無關)，本實施方案的自動化加載機構300都能夠將試樣容器500加載入檢測系統100中。在一個實施方案中，容器加載站或區域302包括能夠保持一個或多個試樣容器500的加載儲存器303，如例如圖13中所示的。加載儲存器303可以被設計為保持1至100個試樣容器，1至80個試樣容器或1至50個試樣容器。在其他設計構思中，加載儲存器可以保持100個或更多個試樣容器500。本實施方案的自動化加載機構300還可以包括蓋子或覆蓋物(未示出)，使用者或技術人員可以可選擇地關閉蓋子或覆蓋物以覆蓋加載儲存器303和加載區域302。各種用於蓋子或覆蓋物的設計是可能的並且被設想。如圖13-14中所示的，加載儲存器303容納運輸機構304，例如為向下朝向入口位置306傾斜從而將試樣容器500從加載區域302運輸至入口位置306的傾斜坡道。根據本實施方案，傾斜坡道將允許試樣容器沿著坡道向下滾動或滑動至入口位置306。雖然傾斜坡道在附圖中作為示例，但是用於將試樣容器運輸至入口位置306的運輸工具或機構304的其他設計是可能的並且被設想。例如，在一個可選擇的設計構思中，運輸機構304可以包括傳送帶(未示出)。根據本設計構思，傳送帶可以被設計為保持一個或多個試樣容器並且可以可選擇地被設計為使得傳送帶朝向入口位置306向下傾斜。一旦處在入口位置306處，那麼滾筒或滾筒狀加載裝置308將被用於將試樣容器500加載入檢測系統100中。如所示的，滾筒狀加載裝置308具有一個或多個水平取向的槽310，其用於將一個或多個試樣容器保持在其中。每個分別的槽310能夠保持單一的試樣容器500。在一個實施方案中，滾筒狀加載裝置308具有用於將試樣容器500保持在其中的多個槽，例如1至10個槽、1至8個槽、1至6個槽、1至5個槽、1至4個槽或1至3個槽。在另一個實施方案中，滾筒狀加載裝置308可以被設計為具有能夠將單一的試樣容器500保持在其中的單一的槽。滾筒狀加載裝置308能夠圍繞水平軸線旋轉(沿順時針方向或逆時針方向)，並且能夠拾取各個試樣容器500並且將各個試樣容器500加載入檢測系統100中。在操作中，滾筒或滾筒狀加載裝置308的旋轉將水平取向的試樣容器500拾取在多個水平取向的槽310中的一個槽310中，並且通過滾筒或滾筒狀加載裝置的旋轉將容器500運動至轉臂裝置330(見例如圖16)。本領域中的任何已知的工具可以被用於滾筒或滾筒狀加載裝置308的旋轉。例如，系統可以採用通過使用馬達(未示出)和驅動皮帶316來用於滾筒狀加載裝置308的旋轉。在另一個實施方案中，如圖13中所示的，本實施方案的自動化加載機構300還可以包括單一的容器加載埠312。在操作中，使用者或技術人員可以將單一的試樣容器放置入單一的容器加載口312中以進行迅速的或立即的加載，例如STAT試樣容器的加載。一旦被放置在加載單一的容器加載埠312中，那麼容器將通過重力而下落或掉落至第二運輸機構314上，第二運輸機構314例如是朝向滾筒狀加載裝置308向下傾斜以進行試樣容器的向檢測系統100中的迅速的或直接的自動化加載的傾斜坡道。如圖13-16中所示的，滾筒或滾筒狀加載裝置308在豎直平面中旋轉(即圍繞或繞著水平軸線)，以將試樣容器500從入口位置306運動至轉臂裝置330。轉臂裝置包括在豎直取向的滑槽332的頂部處的開口槽。一旦被運動至轉臂裝置330，那麼試樣容器被凸輪機構和豎直取向的滑槽332而直立(即試樣容器被從水平的容器取向再定位為直立的豎直的容器取向)。在操作中，凸輪機構(未示出)能夠感應試樣容器的頂部和/或底部，並且將試樣容器500沿水平方向從試樣容器的基部推動，由此允許基部掉落或下落穿過豎直取向的滑槽332的開口。因此，轉臂裝置330操作成允許容器500的底部(通過重力)掉落，首先經過豎直滑槽332並且進入容器定位器裝置400的第一定位器槽道(在本文其它地方描述)，由此將容器500再定向為豎直的直立的取向。如例如圖16中所示的，轉臂裝置330具有兩個錐形的橫檔334，在滾筒的每側上有一個橫檔334，每個橫檔334在前邊緣處是窄的並且在後邊緣處較厚。橫檔334被對準，使得容器500的帽部分502將在滾筒旋轉時被橫檔束縛或保持(即帽將在橫檔的頂部側上運動使得帽將停靠在橫檔334的頂部上)。當容器的底部下落經過豎直滑槽332時，橫檔334僅簡單地將容器500的帽部分502保持就位。此外，容器的底部或基部506將不被橫檔捕獲或保持。反而是，在滾筒或滾筒狀加載裝置308旋轉時，錐形的橫檔334將作用成將容器500的底部或基部506沿水平方向從容器500的底部506朝向容器的頂部或帽部分502推動或滑動(見圖4)。這種作用有助於確保容器的帽端502被橫檔334的頂部邊緣保持，由此允許容器500的底部506自由地下落經過豎直滑槽332並且進入容器定位器裝置400中。通過在滾筒或滾筒狀加載裝置308的每側上具有橫檔334，處於正在旋轉的滾筒中的容器500的取向不是關鍵的。容器500將通過轉臂裝置330而直立，無論容器的帽端502在滾筒狀加載裝置308的右側還是左側(見例如圖16)，因為相應的橫檔334將起到在底部506下落經過豎直滑槽332時撐住容器的帽或頂部502的作用。在另一個實施方案中，豎直滑槽332還可以包括較窄的節段333，較窄的節段333有助於引導下落的容器500進入容器定位裝置400中。在操作中，當滾筒或滾筒狀加載裝置308在豎直取向的滑槽332的頂部處的開口槽上旋轉時，容器500的帽或頂部部分502被一個或多個橫檔334保持在滾筒的外邊緣處(見例如圖16)。橫檔334將容器500的帽或頂部部分502保持就位，同時允許容器的底部506自由地從滾筒或滾筒狀加載裝置308擺動或下落出來並且進入豎直取向的滑槽332中，由此在容器500首先通過重力掉落或下落經過豎直取向的滑槽332的底部時而使容器500直立或豎直地定向，如上文描述的。容器管理工具或定位器裝置如例如圖13-15、18和25々_25(中所示的，檢測系統100還可以包括容器管理裝置或定位器裝置400。容器管理裝置或定位器裝置400可以被用於在一旦容器500位於檢測系統100的殼體102內部時將容器500在各種工作流程站404之間進行管理、運動或以其他方式定位。在一個實施方案中，容器管理裝置或定位器裝置400可以與圖13-15中示出的自動化加載機構300組合地使用，如所示的。在另一個實施方案中，容器管理裝置或定位器裝置400可以與例如圖18中示出的自動化加載機構200組合地使用。圖13-15和18中的容器管理裝置或定位器裝置400被示意性地示出並且各部分不是成比例的。容器管理裝置或定位器裝置400包括可旋轉的輪狀裝置或可旋轉的圓盤，可旋轉的輪狀裝置或可旋轉的圓盤具有一個或多個定位器槽道402，例如1至10個定位器槽道、1至8個定位器槽道、1至5個定位器槽道、1至4個定位器槽道或1至3個定位器槽道。在一個實施方案中，定位器裝置包括可相對的平行板或圓盤(見例如圖25A-25C)。每個分別的定位器槽道402能夠保持單一的試樣容器500。在操作中，定位器裝置400在水平平面中(並且圍繞或繞著豎直軸線)旋轉(順時針的或逆時針的)以將分別的容器500運動至各25種工作流程站404或在各種工作流程站404之間(即從站至站)運動。在一個實施方案中，工作流程站404可操作成獲得試樣容器的一個或多個測量或讀取，由此提供關於容器的信息，例如容器批號、容器有效期、患者信息、樣品類型、填充水平等等。在另一個實施方案中，一個或多個工作流程站404可以包括一個或多個容器管理站，例如容器拾取站或容器傳遞站。例如，定位器裝置400能夠將分別的試樣容器500運動至一個或多個工作流程站404，例如(1)條形碼讀取站；(2)容器掃描站；(3)容器成像站；(4)容器稱重站；(4)容器拾取站；和/或(容器傳遞站。在另一個實施方案中，這些測量和/或讀取中的一個或多個可以在同一個站處發生。例如，容器稱重、掃描、成像和/或拾取可以在單一的站位置處發生。在又另一個實施方案中，檢測系統可以具有分離的拾取站。容器可以被傳遞機構(如本文描述的)在拾取位置處拾取，並且被傳遞至檢測系統100內的其他位置(例如傳遞至保持結構和/或攪拌組件)。在又另一個實施方案中，檢測系統100可以具有用於將試樣容器500向另一個儀器傳遞的傳遞站，另一個儀器例如為第二自動化檢測儀器。根據本實施方案，傳遞站可以與系統傳遞裝置440連通。例如，如所示的，系統傳遞裝置440可以是允許試樣容器被傳遞至檢測系統100內另一個位置的傳送帶，或在另一個實施方案中傳遞至另一個儀器(例如第二檢測系統(例如如圖M中所示的))的傳送帶。如圖14-15中所示的，定位器裝置400包括(1)入口站412;(2)條形碼讀取和/或掃描站414;(3)容器稱重站416；(4)容器拾取站418；以及(用於將容器傳遞至另一個儀器的系統傳遞站420。定位器裝置還可以包括用於使容器旋轉以利於條形碼讀取和/或容器掃描的可旋轉的轉盤裝置(turntabledevice)406，和/或用於稱重容器的計量器或稱重裝置408。如上文描述的，在操作中，容器管理裝置或定位器裝置400操作成將給定的試樣容器500運動至或以其他方式定位至給定的工作流程站404。在一個實施方案中，這些工作流程站404被包括在檢測系統100的殼體102內。例如，如圖13-15和18中所示的，自動化加載機構可以將試樣容器500存放或放置入定位器槽道402中，如本文其它地方描述的。然後容器管理工具或定位裝置400可以旋轉成使試樣容器在系統內的多個工作流程站例如條形碼讀取站、容器掃描站、容器成像站、容器稱重站、容器拾取站和/或容器傳遞站之間運動或定位。傳遞工具或機構如例如圖5-9B和17-21中所示的，自動化檢測系統100還可以包括可操作成用於將試樣容器500在系統內進行傳遞和/或用於在系統內進行容器管理的自動化傳遞工具或機構。如已經描述的，入口位置或埠110從例如在圖1-3中最佳地示出的傳送帶系統206接收容器。當容器在入口位置或埠110中積聚時，容器被運動至檢測系統100內，由此傳遞機構(例如具有容器夾緊工具的機器人傳遞臂)可以拾取或以其他方式接收分別的試樣容器500，並且將該容器傳遞和放置入檢測系統100內的保持結構或機架600中，如在本文中更詳細地描述的。如本領域中已知的，傳遞機構可以使用視覺系統(例如照相機)、預編程的維度坐標和/或精確的運動控制以將試樣容器傳遞至保持結構或機架600以及將試樣容器加載入保持結構或機架600中。如圖1-3和13-15中所示的，試樣容器500通過使用自動化加載機構200(圖1-3)或300(圖13-15)而被加載入檢測系統100中和/或在檢測系統100內運輸。如所示的，容器500被典型地以豎直的取向加載入檢測系統100中(即，使得容器500的頂部或帽部分502是直立的)。根據一個實施方案，容器500被放置或保持在多個保持結構或機架600中，並且可選擇地被攪拌以增強其中的微生物生長。如例如圖5A和5B中所示的，保持結構或機架600的接收結構或槽道602可以被定向成沿水平軸線。因此，根據本實施方案，自動化傳遞機構(見例如圖5B，650)必須在容器500從自動化加載機構200、300向接收結構或槽道602的傳遞期間將容器500從豎直的取向再定向成水平的取向。在操作中，自動化傳遞機構(例如圖5B，650或圖20，700)可以操作成將試樣容器500在檢測系統100的內部室620內傳遞或以其他方式運動、或再定位。例如，在一個實施方案中，傳遞機構可以將試樣容器500從入口位置或埠110傳遞至多個保持結構或機架600中的一個。在另一個實施方案中，傳遞機構可以從容器定位器裝置400的槽道402拾取試樣容器500，並且將容器傳遞至保持結構或機架600的保持結構或槽道602。傳遞機構可以操作成將容器500放置在多個容器接收結構或槽道602中的一個中，容器接收結構或槽道602被定位在多個保持結構或機架600中的一個中。在另一個實施方案中，傳遞機構可以操作成從保持結構或機架600移除或卸載「陽性」和「陰性」容器。該自動化卸載機構可以操作成確保一旦「陽性」或「陰性」讀數已經對於每個試樣容器500被作出，容器500便被從容器接收結構或槽道602移除，留出用於另一個待被加載入檢測系統100中的容器的空間，由此增加系統處理能力。在一個實施方案中，傳遞機構可以是機器人傳遞臂。通常，可以使用本領域中已知的任何類型的機器人傳遞臂。例如，機器人傳遞臂可以是多軸機器人臂(例如2、3、4、5或6軸機器人臂)。機器人傳遞臂可以操作成從入口位置或埠110拾取試樣容器500(例如血液培養瓶)，並且將試樣容器500(例如血液培養瓶)從入口位置或埠110傳遞至被定位在多個保持結構或機架600(可選擇地具有攪拌組件)中的一個保持結構或機架中的多個容器接收結構或槽道602中的一個容器接收結構或槽道。此外，為了利於傳遞機構或機器人傳遞臂的必需的運動，檢測系統100的內部室620可以包括對機器人傳遞臂的一個或多個支撐物。例如，可以提供一個或多個豎直支撐物和/或一個或多個水平支撐物。傳遞機構或機器人傳遞臂將向上和向下滑動並滑動經過支撐物，如為了到達保持結構或機架600的接收結構或槽道602中的任何一個所必需的。如上文描述的，機器人傳遞臂可以操作成將試樣容器的取向從豎直的取向(即直立取向，使得容器500的頂部502向上)變化至水平的取向(即，使得容器500在其側上躺放)，例如以利於容器從加載站或位置的傳遞以及容器在保持結構和/或攪拌組件內的放置。在一個實施方案中，機器人傳遞臂是2軸或3軸機器人臂，並且將能夠將容器500在一個或多個水平軸線(例如X軸和/或Z軸)以及可選擇地豎直軸線(y軸)中傳遞至特定的位置，例如本文描述的容器接收結構或槽道602。根據本實施方案，2軸機器人臂將允許在2個軸線(例如χ軸和ζ軸)中的運動，而3軸機器人臂將允許在3個軸線(例如χ軸、y軸和ζ軸)中的運動。在另一個實施方案中，2或3軸機器人臂還可以採用能夠將試樣容器500可旋轉地圍繞一個或多個軸線傳遞或運動的一個或多個旋轉運動。這種旋轉運動可以允許機器人傳遞臂將試樣容器500從豎直的加載取向傳遞至水平的取向。例如，機器人傳遞臂可以採用旋轉運動以將試樣容器可旋轉地圍繞或繞著水平軸線運動。這種類型的機器人傳遞臂將被定義為3或4軸機器人臂。例如，允許在一個水平軸線(χ軸)、一個豎直軸線(例如y軸)和一個旋轉軸線中的運動的機器人臂將被認為是3軸機器人臂。而，允許在兩個水平軸線(例如χ軸和ζ軸)、一個豎直軸線(y軸)和一個旋轉軸線中的運動的機器人臂將被認為是4軸機器人臂。相似地，允許在單一的水平軸線(例如χ軸)、一個豎直軸線(y軸)和兩個旋轉軸線中的運動的機器人臂將也被認為是4軸機器人臂。在又另一個實施方案中，機器人傳遞臂700可以是4、5或6軸機器人臂，由此允許在x、y和ζ軸中的運動，以及繞著或圍繞一個軸線(即5軸機器人)、兩個軸線(即5軸機器人臂)、或所有的三個水平的(χ、和ζ軸)和豎直的軸線(y軸)(即6軸機器人臂)的旋轉運動。在又一個實施方案中，機器人傳遞臂可以包括一個或多個用於獲得試樣容器500的測量、掃描和/或讀取的裝置。例如，機器人傳遞臂可以包括一個或多個攝像機、傳感器、掃描器和/或條形碼讀取器。根據本實施方案，攝像機、傳感器、掃描器和/或條形碼讀取器可以輔助容器定位、容器標記物(例如條形碼)的讀取、容器掃描、系統的遠程現場服務、和/或對於系統內的任何可能的容器洩漏的檢測。在又另一個設計可能性中，機器人傳遞臂可以包括紫外光源以輔助自動化去汙，如果必要的話。傳遞機構的一個設計可能性在圖6-8C中示出。如圖6中所示的，傳遞機構包括機器人傳遞臂650，機器人傳遞臂650包括上水平支撐軌道652A、下水平支撐軌道652B、單一的豎直支撐軌道6M和機器人頭部656，機器人頭部656將包括用於拾取、夾緊或以其他方式保持試樣容器500的夾緊機構(未示出)。圖6-8C中示出的傳遞機構被示意性地示出並且各部分不是按比例的，例如，所示出的水平支撐物652A、652B、豎直支撐物和機器人頭部656不是按比例的。如本領域技術人員將容易地意識到的，水平支撐物652A、652B和豎直支撐物可以根據需要而在長度上被增加或減小。如所示的，機器人頭部656被豎直支撐軌道654支撐，豎直支撐軌道6M進而被水平支撐軌道652A和652B支撐、耦合於水平支撐軌道652A和652B和/或附接於水平支撐軌道652A和652B。也如圖6中所示的，傳遞機構可以包括可以被用於將傳遞機構安裝在檢測系統中的一個或多個安裝支撐物696。在操作中，豎直支撐軌道肪4可以沿著水平支撐軌道652A和652B運動，由此將豎直支撐軌道肪4和機器人頭部656沿著水平軸線(例如χ軸)運動。通常，任何本領域中已知的工具可以被用於將豎直支撐軌道6M沿著水平支撐軌道652A和652B運動。如圖6中所示的，上支撐軌道和下支撐軌道652A和652B可以包括上螺紋軸和下螺紋軸(未示出)，其可操作成分別驅動上水平滑塊和下水平滑塊659A和659B。也如圖6中所示的，上軸和下軸652A和652B可以包括中空的細長形的增強套筒653A、653B，中空的細長形的增強套筒653A.653B延伸上支撐軌道和下支撐軌道652A、652B的長度並且從而圍繞上螺紋螺杆和下螺紋螺杆(見例如美國專利第6，467，362號)。套筒653Α、65!3Β將每個還包括在套筒653Α、653Β中的槽(見例如653C)，該槽延伸上支撐軌道和下支撐軌道652Α、652Β的長度。提供延伸穿過該槽(見例如653C)並且具有與被包封在增強套筒653Α、653Β中的螺紋軸(未示出)可嚙合的螺紋的螺紋舌部(未示出)。當上支撐軌道和下支撐軌道652Α、652Β的螺紋軸(未示出)被第一馬達657轉動時，帶螺紋的舌部(未示出)將水平滑塊659Α、659Β沿著上支撐軌道和下支撐軌道652Α、652Β的縱向長度運動，由此將機器人頭部656沿著水平軸線(例如χ軸)運動(再次地，見例如美國專利第6，467，362號)。第一馬達657可以操作成轉動上螺紋軸和下螺紋軸(未示出)並且從而將上水平滑塊和下水平滑塊659Α和659Β(分別地，各自具有嚙合螺紋軸的內螺紋)在水平方向沿著上螺紋軸和下螺紋軸驅動。28在一個設計可能性中，通過包括驅動皮帶660和滑輪組662，第一馬達657能夠用於使上螺紋軸和下螺紋軸二者轉動，以使螺紋軸中的一個螺紋軸(例如下螺紋軸)在第一螺紋軸被馬達657轉動時平行於第一螺紋軸地轉動。如圖6中所示的，豎直支撐軌道6M還可以包括豎直螺紋驅動軸(未示出)，豎直螺紋驅動軸可操作成驅動豎直滑塊655並且從而將機器人頭部656沿著豎直軸線(例如y軸)運動。在操作中，第二馬達658可以操作成轉動豎直螺紋軸(未示出)並且從而將豎直滑塊655在豎直方向沿著豎直螺紋軸驅動。在另一個實施方案中，如圖6-7B中所示的並且如上文描述的，豎直螺紋軸還可以包括中空的細長形的增強套筒654A，中空的細長形的增強套筒654A延伸豎直支撐軌道654的長度並且從而圍繞豎直螺紋軸(未示出)。套筒654A將還包括延伸豎直支撐軌道654的長度的槽654B。提供延伸穿過槽(未示出)並且具有與螺紋軸(未示出)可嚙合的螺紋的螺紋舌部(未示出)。當螺紋軸(未示出)被馬達658轉動時，螺紋舌部(未示出)運動豎直滑塊655，由此將機器人頭部656沿著豎直軸線(例如1軸)運動(再次地，見例如美國專利第6，467，362號)。豎直滑塊655可以被直接地附接於機器人頭部656，或如圖6中所示的，可以被附接於第一旋轉機構664。豎直滑塊655具有與螺紋豎直軸嚙合並且被操作成將豎直滑塊並因此將機器人頭部656在豎直方向沿著螺紋豎直軸驅動的內螺紋(未示出)。傳遞機構650還可以包括可操作成提供繞著或圍繞一個或多個軸線的旋轉運動的一個或多個旋轉機構。例如，如圖6中所示的，機器人頭部可以包括用於提供繞著或圍繞y軸的旋轉運動的第一旋轉機構664以及用於提供繞著或圍繞χ軸的旋轉運動的第二旋轉機構665。第一旋轉機構664包括可以被附接於機器人頭部656的第一旋轉板667。第一旋轉機構664還包括第一旋轉馬達668、以及第一小齒輪670和第一可相對的環形齒輪672，其操作成將第一旋轉板667並因此將機器人頭部656圍繞豎直軸線(例如圍繞y軸)旋轉。在一個實施方案中，如本領域中熟知的，第一小齒輪670和第一環形齒輪672可以設置有夾緊齒(未示出)或其他夾緊特徵(未示出)。第一旋轉板667可以被直接地附接於機器人頭部656，或如圖6中所示的，可以被附接於第二旋轉機構665。也如圖6中所示的，第一旋轉板667可以包括曲板以利於附接至第二旋轉機構665。第二旋轉機構665，與第一旋轉機構664相似地，包括第二旋轉板674。如圖6中所示的，第二旋轉板674被附接於機器人頭部656。第二旋轉機構665還包括第二旋轉馬達678、第二小齒輪680和第二可相對的環形齒輪682，其操作成將第二旋轉板674並因此將機器人頭部656圍繞水平軸線(例如χ軸)旋轉。在一個實施方案中，如本領域中熟知的，第二小齒輪680和第二環形齒輪682可以設置有夾緊齒(未示出)或其他夾緊特徵(未示出)。在圖7Β中最好地示出的機器人頭部656包括殼體684，殼體684包圍用於將單一的試樣容器500保持在其中的保持室685。機器人頭部還包括夾緊機構686和驅動機構688，驅動機構688用於使夾緊機構686運動並從而使單一的試樣容器500運動入殼體684和保持室685中和從殼體684和保持室685運動出來。夾持機構686，如7Β中所示的，可以包括可操作成鎖扣(snap)在試樣容器500的唇部(Iip)上的彈簧夾687。在將試樣容器500傳遞至保持結構600之後，如本文其它地方描述的，機器人頭部656以及因此夾緊機構686可以相對於保持結構600被升高或下降，以釋放試樣容器500。驅動機構688還包括馬達690、導軌692、螺紋夾緊器軸694以及夾緊器驅動塊696，如圖7B中所示的。在操作中，馬達690使螺紋夾緊軸694轉動，由此使夾緊驅動塊696以及因此將夾緊機構686沿著導軌692運動。傳遞機構的另一個設計可能性在圖9A-9B中示出。如圖9A-9B中所示的，自動化傳遞機構820被結合入圖9A-9B中示出的檢測系統100中，以從入口位置或埠110夾持或拾取容器500，並且將容器500運動或傳遞至上或下滾筒保持結構800(本文其它地方描述的)的給定的接收結構或槽道802。自動化傳遞機構820在本實施方案中也可操作成將陰性容器500運動至廢物位置並且然後使容器500掉落或以其他方式存放入廢物箱146中，或可操作成將陽性容器運動至陽性容器位置(見例如圖1中的130)。為了提供這樣的運動，傳遞機構820包括機器人頭部擬4和可旋轉的支撐棒828，機器人頭部擬4可以包括用於拾取和保持容器500的夾緊機構826，支撐棒828延伸經過系統100的內部室850。如所示的，機器人頭部擬4被可旋轉的支撐棒8支撐、耦合於可旋轉的支撐棒8和/或附接於可旋轉的支撐棒828。通常，夾緊機構可以是任何本領域中已知的夾緊機構。在一個實施方案中，夾緊機構可以是在上文結合圖6-8C描述的夾緊機構和驅動機構。機器人頭部824可運動至沿著可旋轉的支撐棒828的任何位置。在操作中，支撐棒擬8可以被圍繞其的縱軸線旋轉，從而將機器人頭部擬4朝向上或下氣缸或滾筒保持結構800A、800B定向。在一個實施方案中，機器人頭部820可操作成從入口位置或埠110拾取容器500並且將容器500頭部首先地(即首先頂部部分502)加載入滾筒保持結構800A、800B的接收結構或槽道802中。這種取向將容器500的底部或基部506暴露於檢測單元810，檢測單元810可以讀取被定位在容器500的底部處的傳感器514，以檢測容器內的微生物生長或微生物生長。傳遞機構的又另一個設計可能性在圖17-21B中示出。如圖17-21B中所示的，機器人傳遞臂700將包括一個或多個水平支撐物結構702、一個或多個豎直支撐物結構704、以及機器人頭部710，機器人頭部710將包括一個或多個用於拾取、夾緊和/或保持試樣容器500的特徵或裝置(例如夾緊機構)。機器人頭部710可以被水平支撐物和/或豎直支撐物中的一個支撐、耦合於水平支撐物和/或豎直支撐物中的一個和/或附接於水平支撐物和/或豎直支撐物中的一個。例如，在一個實施方案中，如圖17-21B中所示的，機器人傳遞臂700包括下水平支撐物結構702B和單一的豎直支撐物結構704。雖然未示出，但是如本領域技術人員將意識到的，上水平支撐物結構(未示出)或其他相似的工具可以還被用於支撐或導向豎直支撐物結構。通常，任何本領域中已知的工具可以被用於將機器人頭部710沿豎直支撐軌道704向上和向下運動(如由箭頭7表示的(見圖18))，並且將豎直支撐軌道704沿著水平支撐物結構702B向後和向前運動(如由箭頭736表示的(見圖20))。例如，如圖20中所示的，機器人傳遞臂700還可以包括豎直驅動馬達720和豎直驅動皮帶722，豎直驅動馬達720和豎直驅動皮帶722將操作成將機器人頭部710沿豎直支撐軌道704向上和向下(箭頭726)傳遞或運動，以將容器500沿著(即向上和向下)豎直軸線(即y軸)傳遞或運動。豎直支撐物結構704還可以包括豎直導軌7和機器人頭部支撐塊708，如圖20中所示的。因此，豎直支撐物結構704、豎直導軌728、豎直驅動馬達720和豎直驅動皮帶722允許機器人傳遞臂700將機器人頭部支撐塊708以及因此將機器人頭部710和試樣容器500沿著y軸運動或傳遞。同樣地，也如圖20中所示的，機器人傳遞臂700還可以包括第一水平驅動馬達730、第一水平驅動皮帶732和水平導軌738，第一水平驅動馬達730、第一水平驅動皮帶732和水平導軌738將操作成將豎直支撐物結構704沿著水平導軌738並且因此沿著第一水平軸線在檢測系統100的殼體102內向後和向前(即從左向右和/或從右向左)運動(見箭頭736)。因此，水平支撐物結構702B、第一水平驅動馬達730、第一水平驅動皮帶732和水平導軌738允許機器人傳遞臂700將試樣容器500沿著χ軸運動或傳遞。申請人已發現，通過包括沿著水平軸線可運動的豎直支撐物，允許檢測系統內的增加的容量，因為機器人傳遞臂在儀器內的增加的區域上是可運動的。此外，申請人相信，具有可運動的豎直支撐物的機器人傳遞臂可以提供更可靠的機器人傳遞臂。如圖17-21Β中最好地示出的，自動化傳遞機構或機器人傳遞臂700還可以包括線性的或水平的滑動器706和樞軸板750。如例如圖17-20中所示的，線性的或水平的滑動器706支撐機器人頭部710和夾緊器機構712。線性的或水平的滑動器706和機器人頭部710可以被機器人頭部支撐塊708和豎直導軌7(上文描述的)支撐、耦合於機器人頭部支撐塊708和豎直導軌7和/或附接於機器人頭部支撐塊708和豎直導軌728。根據本實施方案，線性的或水平的滑動器706可以被沿著豎直軸線(即y軸)向上和向下運動(見圖18，箭頭726)經過機器人頭部支撐塊708和豎直導軌728，以使機器人頭部710和/或試樣容器500在檢測系統100的殼體102內向上和向下運動或傳遞(即沿著豎直軸線(y軸))。如圖21A-21B中所示的，線性的或水平的滑動器706還可以包括樞軸板750，樞軸板750包括樞軸板導軌752、樞軸槽7M和樞軸槽凸輪從動件756，其可操作成允許機器人頭部710從前向後或從後向前(見圖18，箭頭746)沿著線性的或水平的滑動器706滑動或運動，以將容器500沿著第二水平軸線(即ζ軸)傳遞或運動。根據本實施方案，第二水平驅動馬達或水平滑動馬達760和滑動皮帶(未示出)可以被用於將機器人頭部710沿著ζ軸運動。因此，線性的或水平的滑動器706、水平滑動馬達和滑動皮帶允許機器人頭部710將試樣容器500沿著ζ軸運動或傳遞。如本領域中已知的，一個或多個傳感器(見例如圖21A中的764)可以被用於指示機器人頭部710在線性的或水平的滑動器706上的位置。如圖21A-21B中所示的，當機器人頭部710被沿著線性的或水平的滑動器706、樞軸板750和樞軸板導軌752運動時，樞軸槽7M和樞軸槽凸輪從動件756將樞軸託架758繞著或圍繞水平軸線(即ζ軸)旋轉，並且因此將機器人頭部710從水平取向(如圖21A中所示的)旋轉至豎直取向(如圖21B中所示的)，或反之亦然。如本文其它地方描述的，容器500從豎直進入取向向水平取向的傳遞對於將容器存放或放置在保持結構或機架600的水平取向的接收結構或槽道602中來說可以是必需的。因此，樞軸板750、樞軸槽乃4和樞軸託架758允許機器人頭部710將試樣容器500從被加載時的豎直取向(見例如圖18)再定向成水平取向(如在例如圖21A中看到的)，由此允許試樣容器500從自動化加載機構(見例如圖18中的200)被傳遞至保持結構中的槽道(例如圖18中的602和600)。如圖20中所示的，自動化傳遞機構還可以包括用於檢測系統100內的電纜管理的一個或多個電纜管理鏈條782以及用於控制機器人傳遞機構的電路板784。在又另一個實施方案中，機器人傳遞臂700還可以包括斷開機構786，斷開機構786可以操作成斷開豎直驅動皮帶722，由此防止豎直驅動皮帶722下落至儀器的底部(例如由於停電)。機器人傳遞臂700還可以包括用於拾取、夾緊或以其他方式保持試樣容器500的夾緊機構712。如例如圖21A和21B中所示的，夾緊機構可以包括兩個或更多個夾緊指狀物714。此外，夾緊機構712還可以包括線性致動器716和線性致動器馬達718，線性致動器馬31達718可以操作成使線性致動器運動以打開和關閉夾緊器指狀物714。在操作中，如本領域中熟知的，致動器馬達718可以被用於使夾緊器機構712的線性致動器716運動，由此使夾緊器指狀物714運動。例如，線性致動器可以沿第一方向(例如朝向馬達)運動，以關閉指狀物和夾緊容器500。相反地，線性致動器可以沿第二方向(例如遠離馬達)運動，以打開夾緊器指狀物和釋放容器500。申請人偶然地發現，一個或多個夾緊指狀物714的使用允許夾緊機構712接納(即拾取和/或保持)很多不同的試樣容器500。此外，申請人發現，通過使用從試樣容器500的長度的約四分之一(1/4)處延伸至約二分之一(1/2)處的夾緊器指狀物714，夾緊器指狀物將接納(即拾取和/或保持)多個本領域中熟知的容器(例如長頸血液培養瓶)。如本文進一步描述的，自動化傳遞機構或機器人傳遞臂700可以被設置成受到系統控制器(未示出)的控制並且被編程以進行檢測系統100內的試樣容器500管理(例如拾取、傳遞、放置和/或容器移除)。在又另一個實施方案中，如下文進一步討論的，傳遞機構700可以被用於「陽性」和「陰性」試樣容器500的自動化卸載。具有可選擇的攪拌工具的保持工具或結構檢測系統100的保持工具或結構可以採取多種物理配置，以用於操縱多個分別的試樣容器500使得很多容器(例如200個或400個容器，取決於所使用的具體的保持結構)可以被同時處理。保持工具或結構可以被用於試樣容器500的儲存、攪拌和/或培育。一個可能的配置在圖5A-5B中示出，並且另一個可能的配置在圖9A和9B中示出。這些配置以例證而非限制的方式被提供。如本領域技術人員將意識到的，其他設計是可能的並且被設想。如圖5A-5B和圖17_20中所示的，一個可能的配置使用多個被豎直地堆疊的容器保持結構或機架600，其每個具有多個試樣容器接收結構或槽道602，多個試樣容器接收結構或槽道602每個用於保持分別的試樣容器500。根據本實施方案，可以使用兩個或更多個被豎直地堆疊的保持結構或機架600。例如，可以使用約2至約40、約2至約30、約2至約20或約2至約15個被豎直地堆疊的保持結構或機架。參照圖5A-5B和17-20，在本配置中，檢測系統100包括氣候受控內部室620以及多個被豎直布置的保持結構或機架600(例如，如圖5A-5B中所示的，15個被豎直地堆疊的保持結構或機架600)，氣候受控內部室620包括上內部室622和下內部室624，多個被豎直布置的保持結構或機架600每個具有在其中的多個分別的容器接收結構或槽道602。每個分別的保持結構或機架600可以包括兩個或更多個容器接收結構或槽道602。例如，每個保持結構或機架600可以包括在其中的約2至約40、約2至約30或約2至約20個接收結構或槽道602。在一個實施方案中，如圖5A-5B中所示的，接收結構或槽道602可以包括2列豎直地對準的接收結構或槽道602。在可選擇的實施方案中，接收結構或槽道602可以是交錯的，從而減小每個分別的保持結構或機架600的豎直高度(見例如圖20)，並且從而允許在培育室620內的給定的豎直距離中的總的保持結構或機架600的增加的數量。如例如圖5A-5B中所示的，檢測系統包括15個保持結構或機架600，15個保持結構或機架600每個包括兩列的每列10個分別的容器接收結構或槽道602，由此給予在圖5A-5B中示例的系統300個的總容器容量。在另一個可能的設計配置中，檢測設備可以包括16個被豎直地堆疊的機架，每個含有25個接收結構或槽道，由此給予400個的總容器容量。此外，分別的容器接收結構或槽道602中的每個具有特定的X和Y坐標位置或地址，其中X是每個容器接收結構或槽道602的水平的位置並且Y是每個容器接收結構或槽道602的豎直的位置。分別的槽道602由傳遞機構例如機器人傳遞臂來接近，如上文參照圖17-21描述的。如圖17-21中所示的，自動化傳遞機構700可以操作成將機器人頭部710和因此將試樣容器500運動至機架600中的特定的X、Y位置並且將容器500存放在其中。在操作中，自動化傳遞機構700可以操作成拾取容器定位器裝置400的入口站110或拾取站418處的試樣容器500，將被確定為對於其中的微生物生長是陽性的容器500運動至陽性容器或離開位置130，和/或將被確定為對於微生物生長是陰性的容器500運動至陰性容器位置或廢物箱146。在一個實施方案中，整個保持結構或機架600可以被攪拌組件(未示出)攪拌以促進或增強微生物生長。攪拌組件可以是任何已知的用於向保持結構或機架600提供攪拌(例如向後和向前搖擺運動)的工具或機構。在另一個實施方案中，保持結構或機架600可以以向後和向前運動被搖擺，以對容器內所含有的流體進行攪拌。例如，保持結構或機架600可以被從實質上豎直的位置向後和向前搖擺至實質上水平的位置，並且被重複以提供容器內所含有的流體的攪拌。在又另一個實施方案中，保持結構或機架600可以被從實質上水平的位置向後和向前搖擺至距水平的位置10度、15度、30度、45度或60度的豎直的位置，並且被重複以提供容器內的流體攪拌。在一個實施方案中，從實質上水平的位置向距水平位置約10度至約15度的豎直位置的機架運動可以是優選的。在又另一個實施方案中，保持結構或機架600可以被以線性的或水平的運動而向後和向前搖擺，以提供容器內所含有的流體的攪拌。在本實施方案中，保持結構或機架600和接收結構或槽道602可以被定向為處在豎直位置中，或可選擇地處在水平位置中。申請人發現，通過保持結構600並因此通過接收結構或槽道602和試樣容器500的沿水平取向的線性的或水平的攪拌運動可以使用相對最小的能量輸入來提供很大的攪拌。因此，在某些實施方案中，水平的保持結構或機架600的取向和線性的或水平的攪拌運動可以是優選的。其他的攪拌保持結構或機架600並因此攪拌試樣容器500內的流體的手段被設想並且將被本領域的技術人員很好地理解。這些向後和向前的、線性的和/或水平的搖擺運動可以根據需要而被重複(例如以各種循環和/或速度)以提供容器內的流體的攪拌。攪拌組件的一個可能的設計參照圖沈示出。如圖沈中所示的，攪拌組件6包括一個或多個保持結構600，保持結構600包括用於保持多個試樣容器500的多個保持槽道602。攪拌組件擬6還包括攪拌馬達628、偏心耦合器(eccentriccoupling)630、第一旋轉臂632、第二旋轉臂或聯動臂634以及機架攪拌軸承組件636。在操作中，攪拌馬達6使偏心耦合器630以偏心運動旋轉，由此使第一旋轉臂632以偏心圓或偏心的旋轉運動而運動。第一旋轉臂632的偏心旋轉運動使第二旋轉臂或聯動臂634運動成線性運動(如由箭頭635表示的)。第二旋轉臂或聯動臂634的線性運動使機架攪拌軸承組件636搖擺成向後和向前的搖擺運動，由此向保持結構600提供向後和向前的搖擺攪拌運動(由圖沈的箭頭638表示的)。在另一個可能的設計配置中，如圖9A和9B中所示的，檢測系統100可以包括以圓柱結構或滾筒結構的形式的上保持結構和下保持結構800A和800B，上保持結構和下保持結構800A和800B具有多個用於接收容器500中的一個容器的分別的試樣容器接收結構或槽道802。在本實施方案中，圓柱的或滾筒保持結構800A、800B每個圍繞水平軸線旋轉，以由此提供容器500的攪拌。根據本實施方案，每個滾筒保持結構可以包括約8至約20個列(例如約8至約20、約8至約18或約10至約16個列)，每個包括約8至約20個容器接收結構或槽道802(例如約8至約20、約8至約18或約10至約16個接收結構或槽道802)。如上文描述的，自動化傳遞機構820被結合入圖9A-9B的檢測系統100中，以從入口位置或埠110夾持或拾取容器500，並且將容器500運動或傳遞至上或下滾筒保持結構800的給定的接收結構或槽道802，並且將容器500存放在接收結構或槽道802中。自動化傳遞機構820在本實施方案中可以進一步操作成將陰性容器500運動至廢物箱146，或可以操作成將陽性容器運動至陽性容器位置130，如例如圖1中示出的。也如上文描述的，圖9A-9B的機器人頭部820可以從入口位置或埠110拾取容器500並且將容器500的頭部首先地(即首先頂部部分502)加載入滾筒保持結構800A、800B的接收結構或槽道802中。這種取向將容器500的底部或基部806暴露於檢測單元810，檢測單元810可以讀取被定位在容器500的底部處的傳感器514，以檢測容器內的微生物生長或微生物生長。如本文其它地方描述的，陽性和陰性容器可以被機器人傳遞臂取回並且傳遞至系統內的其他位置。例如，被確定為對於微生物生長是「陽性」的容器可以通過傳遞機構被取回並且傳遞至陽性容器位置或埠，在陽性容器位置或埠處，使用者或技術人員可以容易地移除陽性容器。相似地，在指定的時間已經過去之後被確定為對於微生物生長是「陰性」的容器可以通過傳遞機構而被傳遞至陰性容器位置或廢物箱以進行處置。在一個實施方案中，保持結構或機架600還可以包括可操作成將試樣容器500保持或以其他方式束縛在機架600的接收結構或槽道602中的保持特徵。如圖27A-27C中所示的，保持裝置860包括傾斜的螺旋彈簧864和V形的保持板862。根據本實施方案，通過使用傾斜的螺旋彈簧868，螺旋彈簧的多個位置接觸容器表面以將瓶子束縛在機架槽道602中。傾斜的彈簧864的螺旋被設置為相對於容器的豎直軸線成角度，如圖27C中所示的，其示出了擴大的螺旋以表示相對於容器的豎直軸線的螺旋角度。然而，典型地，傾斜的彈簧864是緊密螺旋彈簧。例如，傾斜的彈簧864可以相對於容器的豎直軸線成約10度至約50度、約20度至約40度或約30度的角度(如圖27C中所示的)。V形的保持板862能夠將所述傾斜的螺旋彈簧864相對於或毗鄰於保持結構600而保持和/或束縛。如所示的，保持板862包括用於束縛傾斜的螺旋彈簧864的有ν形凹槽的束縛器板。有ν形凹槽的束縛器板864防止彈簧864的任何相對於容器500和/或保持結構600的運動。因此，與將典型地在單一的位置處與容器接觸的傳統的張力彈簧(例如板片彈簧)不同，傾斜的螺旋彈簧864可以被ν形的凹槽862剛性地束縛，同時螺旋將在壓力下偏轉。傾斜的彈簧864的使用允許負載被分布，由此提供均一的偏轉。如例如圖27A和27C中所示的，接收結構或槽道602還包括一個或多個肋部868。在一個設計可能性中，如圖27C中所示的，這些肋部868中的兩個被定位為與傾斜的螺旋彈簧864直接地相對。這兩個肋部868形成一凹槽，該凹槽起到使容器500沿著豎直的中心線(未示出)在槽道602內自居中(self-center)的作用。在操作中，傾斜的螺旋彈簧864向容器500壁施加力，由此將容器牢固地保持或束縛在機架600的槽道602內。在一個實施方案中，被定位為與螺旋彈簧864相對的兩個肋部868可以被間隔開30度至約90度，或被間隔開約40度至約80度。在另一個實施方案中，被定位為與傾斜的螺旋彈簧864相對的兩個肋部868可以被間隔開約60度。此外，如圖27C中所示的，保持結構可以包括第一列和第二列的平行的保持槽道，平行的保持列能夠或可操作成將多個容器保持在其中，並且其中保持結構還包括被定位為毗鄰於第一列的第一傾斜的螺旋彈簧以及被定位為毗鄰於第二列的第二傾斜的螺旋彈簧，其中傾斜的螺旋彈簧中的每個可操作成將多個容器束縛在所述保持槽道中。通過使用傾斜的螺旋彈簧864、V形槽束縛器862和被定位為與所述傾斜的螺旋彈簧864相對的兩個肋部868，瓶子將始終被牢固地保持在槽道602內的同一個位置中，與通過攪拌所施加的或在機架室插入期間所施加的的任何側負載無關。傾斜的螺旋彈簧864和V形槽束縛器862還允許採用較短深度的保持槽道602和保持結構600。較短的保持槽道602深度將允許多種容器設計和容器長度被同樣好地束縛，並且允許更多的容器表面被暴露於系統內的培育空氣流。如本領域技術人員將意識到的，其他可能的用於保持結構600和/或攪拌組件的設計或配置是可能的並且被認為是本發明的一部分。檢測單元用於檢測試樣容器內的微生物劑生長的檢測系統100的各種可能的設計配置，如圖1-6、9A-9B、21A-21B和27中所示的，可以包括相似的檢測工具的使用。通常，可以使用任何本領域中已知的用於對用於微生物生長的檢測的試樣容器進行監測和/或詢問的工具。如上文提到的，試樣容器500可以在容器500在檢測系統100中的培育期間被連續地或周期性地監測以對微生物生長的陽性進行檢測。例如，在一個實施方案中，檢測單元(例如圖9B的810)讀取被結合入容器500的底部或基部506中的傳感器514。多種傳感器技術在本領域中是可用的並且可以是合適的。在一個可能的實施方案中，檢測單元採取比色測量，如在美國專利4，945，060；5，094，955；5，162，229；5，164，796；5，217，876；5，795，773；和5，856，175中描述的，它們被併入本文。陽性容器根據這些比色測量而被指示，如在這些專利中解釋的。可選擇地，檢測也可以使用微生物的固有螢光和/或對培養基(media)的光學散射的變化的檢測來實現(如例如在於2009年7月22日提交的名稱為「MethodandSystemforDetectionand/orCharacterizationofaBiologicalParticleinaSample(用於樣品中的生物顆粒的檢測和/或表徵的方法和系統)」的共同待決的美國專利申請序列號12/460，607中公開的)。在又另一個實施方案中，檢測可以通過對容器的培養基或頂部空間中的揮發性有機化合物的生成進行檢測或感應來實現。可以在檢測系統內採用檢測單元的各種設計配置。例如，一個檢測單元可以被設置用於整個機架或託盤，或每個機架或每個託盤可以設置有多個檢測單元。氣候受控內部室如上文描述的，檢測系統100可以包括氣候受控內部室(或培育室)，其用於保持環境以促進和/或增強可以在試樣容器500中存在的任何微生物劑(例如微生物)的生長。根據本實施方案，檢測系統100可以包括加熱元件或熱風鼓風機以保持所述內部室內的恆定的溫度。例如，在一個實施方案中，加熱元件或熱風鼓風機將提供和/或保持內部室處在升高的溫度(即被升高至高於室溫的溫度)下。在另一個實施方案中，檢測系統100可以包括冷卻元件或冷空氣鼓風機(未示出)以將內部室保持在低於室溫的溫度。根據本實施方案，內部室或培育室將處在約18°C至約45°C的溫度。在一個實施方案中，內部室可以是培育室並且可以被保持在約35°C至約40°C、並且優選在約37°C的溫度下。在另一個實施方案中，內部室可以被保持在低於室溫的溫度下、例如約18°C至約25°C，並且優選在約22.5°C。所提供的特別的優點是提供更恆定的溫度環境以促進和/或增強試樣容器500內的微生物生長。檢測系統100通過提供封閉系統來實現這一點，在封閉系統中發生試樣容器500的自動化加載、傳遞和卸載，而不需要打開任何進入面板，否則打開進入面板將擾亂內部室620的培育溫度(從約30°C至40°C，優選從約37°C)。通常，檢測系統100可以採用本領域中任何已知的用於保持氣候受控室以促進或增強微生物生長的工具。例如，為了保持溫度受控室，一個或多個加熱元件或熱風鼓風機、擋板和/或其他本領域中已知的合適的設備可以被使用以將檢測系統100的內部保持在對於培育容器和促進和/或增強微生物生長來說是合適的溫度下。典型地，在系統控制器的控制下的一個或多個加熱元件或熱風鼓風機被用於保持檢測系統100的內部室620內的恆定的溫度。如本領域中已知的，加熱元件或熱風鼓風機可以在內部室內的多個位置中被採用。例如，如圖5和6中所示的，一個或多個加熱元件或熱風鼓風機740可以被定位在保持結構或機架600的基部處，以引導暖空氣經過多個保持結構或機架600。相似的布置可以被設置在圖9A和9B的實施方案中(見例如840)。培育特徵的細節不是特別重要的，並且是本領域中已知的，因此詳細描述被省略。控制器和用戶界面檢測系統100將包括系統控制器(例如計算機控制系統)(未示出)和固件，用於控制系統的各種操作和機構。典型地，用於控制系統的各種機構的操作的系統控制器和固件可以是本領域技術人員已知的任何常規的控制器和固件。在一個實施方案中，控制器和固件將進行用於控制系統的各種機構而所必需的所有的操作，包括試樣容器在系統內的自動化加載、自動化傳遞、自動化檢測和/或自動化卸載。控制器和固件將還提供系統內的試樣容器的識別和追蹤。檢測系統100還可以包括用戶界面150以及相關聯的計算機控制系統，計算機控制系統用於對加載機構、傳遞機構、機架、攪拌裝備、培育設備進行操作並且對來自檢測單元的測量進行接收。這些細節不是特別重要的並且可以廣泛地變化。當容器被檢測為是陽性的時，使用者可以通過用戶界面150和/或通過變為活性(即指示器燈開啟)時的陽性的指示物190而被警告(見例如圖1)。如本文描述的，當作出陽性的確定時，陽性容器可以被自動地運動至陽性容器位置130，如在例如圖1-3、10-11和22-24中示出的，以被使用者取回。用戶界面150還可以向操作者或實驗室技術人員提供與被加載入檢測系統中的容器有關的狀態信息。用戶界面可以包括以下特徵中的一個或多個(1)觸控螢幕顯示器；(2)在觸控螢幕上的鍵盤；(3)系統狀態；(4)陽性警報；(5)向其他系統(DMS、LIS、BCES&其他檢測或識別儀器)的通信；(6)容器或瓶子狀態；(7)取回容器或瓶子；(8)視覺和聽覺陽性指示物；(9)USB接口(後備物(backups)和外部系統接口)；以及(10)陽性、系統狀態和錯誤信息的遠程通知。在另一個實施方案中，如圖22-23中所示的，還可以使用狀態更新屏幕152。狀態更新屏幕152可以被用於提供與被加載入檢測系統中的容器有關的狀態信息，例如(1)系統內的容器位置；(2)容器信息，例如患者信息、樣品類型、輸入時間等等；(3)陽性的或陰性的容器警報；(4)內部室溫度；以及(5)對於廢物箱被充滿並且需要被清空的指示。檢測系統和用戶界面150和/或狀態更新屏幕152的具體的外觀或布局不是特別重要的並且可以廣泛地變化。圖1-2示出了一個可能的實施方式，其被以例證而非限制的方式被提供。圖22-23示出了另一個可能的實施方式，其也被以例證而非限制的方式被提{共。自動化卸載檢測系統100還可以提供「陽性」和「陰性」試樣容器500的自動化傳遞或自動化卸載。如上文描述的，其中存在有微生物劑的容器被稱為「陽性」容器，並且其中在給定時間時期之後沒有微生物生長被檢測到的容器被稱為「陰性」容器。一旦容器被檢測為是陽性的，那麼檢測系統將通過指示物(例如視覺提示190)和/或通過在用戶界面150處的通知來通知操作者結果。現在參照圖1-3和5A-5B，陽性瓶子可以通過傳遞機構650(例如機器人傳遞臂)被自動地取回並且被放置在指定的陽性容器區域中，例如陽性容器位置或出口130。這種陽性容器區域將被定位在儀器殼體的外部，以易於使用者接近容器。在一個實施方案中，容器將以豎直取向而被放置在陽性容器區域內。在一個設計配置中，陽性容器的自動化卸載將採用傳遞管(未示出)，陽性容器(例如陽性的血液培養瓶)可以行進經過傳遞管以被再定位至指定的陽性容器位置或出口130。根據這種設計特徵，傳遞機構(例如機器人傳遞臂)將使陽性試樣容器落入或以其他方式存放入傳遞管的頂端中，並且容器將通過重力行進經過傳遞管到達陽性容器位置或口130。在一個實施方案中，傳遞管(未示出)可以將一個或多個「陽性」試樣容器保持在其中。例如，傳遞管(未示出)可以保持約1至約5個、約1至約4個或約1至約3個「陽性」試樣容器。在另一個實施方案中，例如如圖22-M中所示的，陽性容器位置或出口130可以包括用於一個或多個「陽性」試樣容器的保持槽道，例如用於分離地保持兩個「陽性」試樣容器的兩個保持槽道。在檢測系統100的另一個實施方案中，陰性容器可以被傳遞機構700(例如機器人傳遞臂)從保持結構或機架600傳遞至陰性容器位置，例如廢物箱146。典型地，容器將被從機器人傳遞臂釋放並且掉落入廢物箱146中，然而其他實施方式被設想並且應當是對本領域技術人員明顯的。在一個設計配置中，陰性容器的自動化卸載將採用傳遞管(未示出)，陰性容器(例如陰性的血液培養瓶)可以行進經過傳遞管以被再定位至指定的陰性容器位置，例如廢物箱146。根據這種設計特徵，傳遞機構(例如機器人傳遞臂)將使陰性的試樣容器落入或以其他方式存放入傳遞管的頂端中，並且容器將通過重力行進經過傳遞管到達陰性容器位置或廢物箱146。檢測系統100還可以包括進入門140或抽屜142，其打開以提供使用者能夠接近陰性容器位置，例如陰性容器廢物箱146。在另一個實施方案中，廢物箱146可以包括用於稱重廢物箱146的計量器。如本領域技術人員將意識到的，通過監測廢物箱146的重量，系統控制器(未示出)可以確定廢物箱146的充滿的程度，並且可以可選擇地向使用者或技術人員提供廢物箱146被充滿並且因此需要被清空的信號指示(例如在用戶界面150處)。自動化實驗室系統如上文提出的，本公開的檢測系統100可以採取多種不同的可能的配置。一個37這樣的配置，特別適合於高容量實施方案的，在圖M中示出。如圖M中所示的，檢測系統100A可以在自動化微生物學實驗室系統中被採用。例如，檢測儀器100可以作為自動化實驗室系統的一個部件被包括。在本實施方案中，檢測儀器100A可以被聯接或「串級連結」於用於另外的測試的一個或多個另外的其他的分析模塊或儀器。例如，如圖M中所示的，檢測儀器100A可以被聯接或「串級連結」於第二檢測單元100B。然而，在其他實施方案中，檢測儀器可以被「串級連結」或以其他方式聯接於一個或多個其他的系統或模塊。這些其他的系統或模塊可以包括例如識別測試系統，例如受讓人bioM0rieux有限公司的VITEK或VIDAS系統、革蘭氏染色器、質譜測定單元、分子診斷測試系統、平板劃線器(platestreaker)、自動化表徵和/或識別系統(如在於2009年5月15日提交的名稱為"SystemforRapidNon-invasiveDetectionofaMicrobialAgentinaBiologicalSampleandIdentifyingand/orCharacterizingtheMicrobialAgent(用於生物樣品中的微生物劑的快速的非侵入的檢測以及識別和/或表徵微生物劑的系統)」的共同待決的美國專利申請第60/216，339號中公開的)或其他分析系統。現在參照圖24，自動化實驗室系統可以包括第一檢測系統100A以及第二檢測系統100B。在其他實施方案中，自動化實驗室系統可以包括第一檢測系統100A、第二檢測系統100B以及自動化表徵/識別系統(未示出)。根據本實施方案，陽性容器可以被使用系統傳遞裝置440從第一檢測系統100A運動或傳遞至第二檢測系統100B，和/或然後運動或傳遞至自動化表徵/識別系統。在其他實施方案中，第一檢測系統100A可以被耦合於微生物識別模塊或抗微生物敏感性模塊(antimicrobialsusceptibilitymodule)(未示出)。如圖M-25C中所示的，兩個檢測系統100A和100B被系統傳遞裝置440「串級連結」在一起。這允許容器在第一個檢測系統充滿的情況下從一個檢測系統被傳遞至另一個檢測系統。相似的系統傳遞裝置還可以被提供以用於試樣容器500的從第二檢測系統100B向後續的系統或模塊的後續傳遞，如本文其它地方描述的。系統傳遞機構441包括第一容器定位器裝置400A，第一容器定位器裝置400A具有用於將容器傳遞至第二或下遊儀器的傳遞站420。系統傳遞機構441還包括傳遞橋接物446和被推動器馬達442控制而可操作的推動器臂444，如圖M-25C中所示的。如所示的，推動器臂444可以包括一對平行的臂。在操作中，當待被傳遞的容器被第一容器定位器裝置400A運動至傳遞站420時，推動器臂444被激活以使容器從傳遞站420推動或運動經過傳遞橋接物446而到達下遊檢測系統100B。如所示的，推動器臂444通過推動器臂支撐結構445而連接於推動器馬達442。圖25A-C示出了容器的從第一檢測系統100A的傳遞站420向第二檢測系統100B的傳送帶206B(見圖的傳遞，並且示出了容器處在(1)在推動器臂444開始將容器推動經過傳遞橋接物446時的第一位置(圖25A)；(2)在容器經過傳遞橋接物446時的第二或中間位置(圖25B)；以及C3)在容器到達下遊檢測系統100B的傳送帶(未示出)時的最終位置(圖25C)中。此外，如圖25A-25C中所示的，系統傳遞裝置440還可以包括橋接物導軌446、448和/或一個或多個定位器裝置導軌450，定位器裝置導軌450通過一個或多個導軌支撐物452而附接於定位器裝置404的基部板，橋接物導軌446、448用於將容器從第一定位器裝置400A導向並且使經過橋接物446而到達下遊檢測系統100B的自動化加載機構200B的傳送帶206B(見圖24)。如本領域中熟知的，容器的通過第一容器定位器裝置400A和推動器臂444的操作而從第一檢測系統100A向第二或下遊檢測系統100B的傳遞可以被系統控38制器控制。典型地，如圖M中所示的，僅第一檢測系統100A需要包括用戶界面150。第一檢測系統100A和第二檢測系統100B還可以包括狀態屏幕152A、152B、陽性容器埠130A、130B、下進入面板140A、140B、自動化加載機構200A、200B和傳送帶206A、206B。此外，根據本實施方案，陽性容器可以被傳遞至自動化實驗室系統中的其他系統。例如，如圖M中所示的，在第一檢測系統100A中被確定為是陽性的容器500可以被傳遞至第二檢測系統100B和/或然後傳遞至在圖31、57、77中描述的自動化表徵/識別系統104，以對其中的微生物劑進行自動化表徵和/或識別。如本領域技術人員將意識到的，其他可能的用於自動化實驗室系統的設計或配置是可能的並且被認為是本發明的一部分。操作的方法在一個實施方案中，本文描述了用於對自動化檢測系統中的微生物生長進行檢測的方法；該方法包括(a)提供包括用於促進和/或增強所述微生物生長的培養基的試樣容器；(b)使用待被測試微生物的存在的測試樣品來接種所述試樣容器；(c)使用自動化加載機構將所述被接種的試樣容器加載入所述檢測系統中；(d)使用自動化傳遞機構將所述試樣容器傳遞至被定位在所述檢測系統內的保持結構，所述保持結構包括用於保持所述試樣容器中的一個或多個試樣容器的多個槽道；並且所述保持結構可選擇地提供所述試樣容器的攪拌以促進和/或增強其中的微生物生長；(e)提供用於通過對所述容器內的微生物生長的一種或多種副產物進行檢測來檢測所述試樣容器中的微生物生長的檢測單元；並且(f)使用所述檢測單元來檢測微生物的生長並且從而確定所述容器對於微生物生長是陽性的。現在將參照圖30描述檢測系統100的操作的方法。在(例如由實驗室技術人員或醫生)使用待被測試的樣品來接種試樣容器500之後，試樣容器500被遞送至自動化加載機構200，以進行試樣容器500的向檢測系統100中的自動化加載。在步驟M0，試樣容器500被加載入檢測系統100中，例如通過將容器放置至運輸機構204的加載站或區域202上，如例如圖1中所示的。然後試樣容器500被運輸機構204(例如傳送帶)運動至入口位置或埠110，並且然後經過所述入口位置或埠110並進入檢測系統100，由此自動地將試樣容器500加載入檢測系統100中。在步驟550，自動化傳遞機構700，例如機器人傳遞臂，如例如圖5A-5B中所示的，可以然後被用於將容器500傳遞至被容納在檢測系統100的內部室620內的保持結構或機架600並且將容器存放在保持結構或機架600中。在步驟560，試樣容器500在檢測系統100內被培育。檢測系統100可選擇地提供保持結構或機架600的攪拌(例如使用攪拌組件)和/或用於提供溫度受控環境的一個或多個暖空氣鼓風機(見例如圖5A-5B中的740)，以促進和/或增強試樣容器500內的微生物生長。在步驟570，試樣容器500被檢測單元(見例如圖9A和9B中的810)讀取，以確定試樣容器500是否對於微生物生長是陽性的。在步驟580，試樣容器的讀取被分析，以確定容器是否對於其中的微生物劑(例如微生物)的生長是陽性的。如果不是，那麼過程沿著否分支582前進並且對計時器是否已經到期進行檢查(步驟584)。如果計時器已經到期，那麼容器被認為是陰性的並且容器在步驟586處被傳遞至廢物容器146(見例如圖1)。否則，培育繼續並且試樣容器500的讀取(步驟580)周期性地繼續。如果在步驟580，如果試樣容器500被確定為是陽性的，那麼過程行進至是分支590。在一個實施方案中，試樣容器500在步驟594處被使用自動化傳遞機構(例如容器被自動地卸載，如本文其它地方描述的)運動或傳遞至陽性容器位置或口130(見例如圖1)，以使得使用者接近容器和/或進行進一步的過程。在另一個實施方案中，試樣容器可以使用系統傳遞裝置被傳遞至另一個檢測儀器和/或另一個分析系統(例如至圖31、57、77的自動化表徵和/或識別系統104)以進行進一步的過程。部分2微生物劑的自動識別和/或表徵(圖31-108)I.概述本文描述了一種自動化儀器，其提供用於試樣樣品例如生物樣品中的微生物劑的自動識別和/或表徵的新的構造和方法。識別和/或表徵儀器104在圖31中以框圖形式示出。兩個實施方案在本文中被很詳細地描述，第一實施方案參照圖32-56描述並且第二實施方案參照圖57-76描述。儀器104的實施方案在容納樣品的試樣容器500(圖31)上操作。在一個實例中，試樣容器500是用於將試樣樣品例如血液樣品容納在其中的標準培養瓶，例如血液培養瓶。瓶子可以是在其被遞送至識別和/或表徵儀器104時被上文部分的檢測儀器100剛剛測試為是陽性的。通常，任何類型的可以含有微生物劑，例如細菌、真菌或酵母物種，的樣品都可以被在例如用於生物樣品的儀器104中測試。例如，試樣樣品可以是被懷疑含有一種或多種微生物劑的臨床的或非臨床的樣品。臨床的樣品，例如體液，包括但不限於血液、血清、血漿、血液成份、關節液、尿、精液、唾液、糞便、腦脊液、胃內容物、陰道分泌物、組織均質物、骨髓抽取液、骨均質物、痰、抽吸物、拭子和拭子擦洗物、其他體液、以及類似物。可以被測試的非臨床的樣品包括但不限於食品、飲料、藥物、化妝品、水(例如飲用水、非飲用水和廢水)、海水壓載物、空氣、土壤、汙水、植物材料(例如種子、葉、莖、根、花、果實)、血液製品(例如血小板、血清、血漿、白細胞部分等等)、捐獻器官或組織樣品、生物戰樣品、以及類似物。一個可能的用於本公開的儀器104的配置是在一種組合系統(上文的討論的儀器100)中，該組合系統將試樣容器中的微生物劑的檢測與微生物劑的自動識別和/或表徵集成。這種組合的方法還參照圖27的實施方案被描述。在本配置中，試樣容器500(圖1)被接種有試樣樣品(例如臨床的或非臨床的樣品)並且加載/卸載入自動化檢測儀器102中/從自動化檢測儀器102加載/卸載出來(例如圖77)。在足以允許微生物的自然放大的時間間隔(該時間間隔在物種之間不同)之後，試樣容器在檢測儀器102內被測試微生物的存在。測試周期性地進行，使得如果試樣容器被測試為是陽性的，那麼其立即可以被傳遞至識別和/或表徵儀器104以進行試樣樣品的進一步的分析。檢測可以使用多種技術來實現，例如在專利文獻中描述的比色傳感器(colorimetricsensor)(見美國專利4，945，060；5，094，955；5，162，229；5，164，796；5，217，876；5,795，773；和5，856，175)。檢測還可以使用微生物的固有螢光、對培養基的光學散射的變化的檢測、或對培養基或頂部空間中的揮發性有機物的生成的檢測來實現。這些技術是本領域中已知的並且在本文件的背景部分中的上文所引用的專利文獻中被描述。一旦試樣容器500在自動化檢測儀器102(見圖77)中被檢測為是陽性的，那麼檢測儀器102將通過指示物(例如視覺提示)、或通過在用戶界面顯示器的通知、或通過其他手段來通知操作者。系統可以被設置為自動地分析陽性試樣容器，或需要終端用戶在下文描述的識別/表徵儀器104中進行樣品分析之前確認。當採用自動表徵時，通過電子工具立即通知醫師來自識別/表徵系統的結果，這將是可能的。一旦試樣容器在檢測儀器102中被確定為是陽性的，那麼陽性試樣容器被切換或傳遞至下文描述的識別和/或表徵儀器104。見圖77。實現這一點的方式可以根據檢測和識別/表徵儀器102和104的物理配置而廣泛地變化。能夠實現這一點的方式的一個實施例在下文參照圖57描述。現在具體地參照圖31，試樣容器或瓶子500被接收在識別和/或表徵儀器104中，以自動的或手動的方式。其發生的方式不是特別重要的，並且可以根據儀器104的配置而廣泛地變化。試樣容器500被放置在識別和/或表徵儀器104中的合適的保持結構或機架1906中。圖32、35、57和58示出了多個可能的用於保持結構1906的配置。保持結構1906典型地適合於保持多個試樣容器500。保持結構1906具有這樣一種設施，該設施用於將試樣容器旋轉至高於和低於水平的傾斜位置以利於通風和樣品移除，如下文描述的，以及可選擇地樣品的攪拌並且由此促進微生物生長。在可選擇的配置中，被宣布是陽性的試樣容器可以保留在檢測儀器102內的機架中，並且取樣可以從檢測儀器直接地發生。識別和/或表徵儀器104包括保持或夾持一次性取樣裝置1902的樣品移除設備1912。它們共同地操作以移除測試樣品(即在陽性試樣容器500中的試樣樣品的一部分)，並且然後將該部分加入分離裝置1904(見圖36-41)中。分離裝置1904可以採取多種形式，並且本文描述了一種配置，在該配置中分離裝置包括用於接收樣品的儲存器(圖38，項2602)和被連接於儲存器沈02的毛細管2604。識別/表徵儀器104還包括分離和/或濃縮站1916，分離和/或濃縮站1916可選擇地為離心機的形式並且在分離裝置1904上操作從而將微生物劑從測試樣品中的其他組分分離並且將分離裝置1904內的微生物劑濃縮。在一個實例中，微生物劑以小球或小球狀的團塊的形式在分離裝置1904的毛細管沈04的底部中被濃縮。識別/表徵儀器還包括詢問被濃縮的微生物劑以識別和/或表徵微生物劑的識別和/或表徵模塊或讀取站(圖31，1918)。儀器104接收一次性物品的暗盒1900。一次性物品具有兩種類型(1)取樣裝置1902，其用於通風試樣容器500和從試樣容器500移除測試樣品，以及(分離裝置1904，其通過取樣裝置1902從容器500接收樣品的一部分並且測試樣品中的微生物劑在分離裝置1904中被濃縮。在儀器的可選擇的配置中，取樣裝置1902和分離裝置1904的功能被組合為單一的一次性裝置，如圖60-78中所示的，在這種情況下暗盒1900將僅包括多個組合的取樣和分離裝置。儀器104還包括操作成接近一次性物品1902和1904的機器人傳遞機構1910、被保持在保持器或機架1906中的陽性試樣容器500、廢物容器1908、分離和濃縮裝置1916、以及識別模塊1918。機器人傳遞機構1910還可以操作成從分離的檢測儀器接收陽性試樣容器，並且將陽性試樣容器加載入保持結構或機架1906中。機器人傳遞機構1910根據需要而接近廢物容器、分離和濃縮站1916、識別模塊1918和儀器104中的其他模塊或部件，以進行下文描述的功能。傳遞機構1910的構建的方式可以根據儀器104的配置而廣泛地變化。樣品移除設備1912優選被結合入或耦合於機器人傳遞機構1910，如由虛線1913表示的。設備1912還包括用於夾持通風和取樣裝置1902、分離裝置1904和/或試樣容器500中的一個的機器人夾緊和操縱機構。樣品移除設備1912被連接於能夠進行機器人夾緊功能的氣動系統1914。氣動系統1914可以包括真空泵，如在下文的第二實施方案中描述的。真空泵操作成向通風和取樣裝置1902提供真空以從試樣容器500吸取樣品，並且向取樣裝置1902提供正壓以將來自取樣裝置1902的樣品注射入分離裝置1904中。識別儀器104的這些方面將全部在下文更詳細地描述。在一個實施方案中，識別模塊1918包括照射分離裝置1904中的被濃縮的微生物劑的光源(例如激發光源)。響應於照射，被濃縮的微生物劑發射出可檢測的螢光信號，即固有螢光，如下文描述的。此外，光源對被濃縮的微生物劑的照射將產生反射信號或瑞利散射信號；這種信號具有與激發光相同的波長並且提供另外的關於微生物劑的吸收的信息。反射信號還可以提供螢光數據的歸一化的基礎。識別模塊1918的配置包括用於在空間上分散反射/螢光光譜的工具，其可以採取分光計的形式。這些螢光和反射信號(光譜)被傳感器陣列1920捕獲，傳感器陣列1920產生向計算機1擬4供應的信號。計算機執行算法以處理反射/螢光信號並且響應地識別和/或表徵微生物劑。在一個實施方案中，具有識別或表徵結果的報告被發送至輸出裝置1926(例如顯示器或相關聯的計算機工作站、尋呼機、行動電話或電子郵件伺服器)。所述結果可以包括臨床程序類型、對微生物劑的直接識別(例如達到分類層系中的屬或種水平)、或有關樣品中的微生物劑的其他臨床信息。第一實施方案(圖31-56)樣品移除設備和從試樣容器(例如血液培養瓶500)的取樣(圖31-35、45_46，項1910和1912)以樣品頭1912的形式的樣品移除設備從取樣裝置1902的暗盒1900取回取樣裝置1902(—次性的)(圖31、35)。該取樣裝置1902(圖44，也參見圖62、63)可以採取無菌有護套的針或其他器具的形式，以用於刺穿試樣容器500中的阻擋器或其他封閉器構件並且通風試樣容器(如果必要的話)從而使瓶子壓力和大氣壓力平衡。取樣裝置(圖44、62，1902)包括用於保持被抽出的測試樣品的取樣容器或室3204。測試樣品將包括試樣樣品的一部分和任何存在的培養基。另一個可能的實施方案是取樣裝置含有無菌有護套的針並且被直接地連接於或結合入分離裝置中(即組合的取樣和分離裝置，見圖90-108)。樣品移除設備1912可以可選擇地包括用於在取樣之前淨化瓶子的表面的特徵(如果需要的話)。機器人傳遞機構1910(圖35)除了以圍繞三個互相正交的平移軸線之一的一個旋轉軸線運動之外，還可以以這三個互相正交的平移軸線運動，從而能夠在瓶子被保持在試樣容器保持器1906的機架2310中時將樣品移除設備1912定位為與每個試樣容器/瓶子500的接近部位(例如阻擋器或隔膜)相對。取樣裝置1902的有護套的針3202與瓶子接近部位的對準可以通過內置於容器500的停靠特徵、視覺系統(例如照相機)或使用預編程的維度坐標和控制機器人傳遞機構1910的精確運動來實現。瓶子500優選被首先向上傾斜，使得在接近部位或阻擋器下方的空間容納頂部空間氣體並且不容納液體培養基(liquidmedia)。本步驟的基本原理是容器應當首先被通風使得瓶子中的壓力接近大氣壓力。這將防止氣溶膠從瓶子的通風以及過量的流體傳遞和過分充滿以及在瓶子過壓狀態的42情況下的可能的溢出。相似地，如果培養尚未生成顯著的副產物(例如頂部空間氣體)或微生物不是氣體生產者，那麼將有壓力不足條件，或瓶子內部的壓力將低於大氣壓力，這將使取樣困難。無菌性的通風將平衡壓力，使得流體樣品可以被從瓶子移除。在合適的通風之後，瓶子500被傾斜，使得瓶子的進入口被向下定向並且液體樣品可以被傳遞至取樣裝置1902。取樣裝置從試樣容器抽出血液/培養基的例如0.5ml、1.0ml、或2.Oml樣品。可選擇地，正排量注射器(positivedisplacementsyringe)狀的裝置可以被開發以提供在真空或壓力條件的的寬範圍內的對試樣容器的取樣。測試樣品中的組分的可選擇的溶解在測試樣品已經被從試樣容器500抽出之後，其中所含有的任何細胞組分(例如血細胞)可能需要被溶解，使得它們不幹擾下文描述的分離和識別/表徵過程。可選擇的溶解步驟可以使用溶解緩衝劑(其是PH被平衡的表面活性劑溶液)來進行或可以使用超聲處理來實現。兩種途徑都導致血細胞壁的破裂。溶解操作可以通過離線地或在識別和/或表徵儀器104內將溶解緩衝劑加入一次性取樣裝置1902中被進行。可選擇地，溶解緩衝劑可以在樣品向分離裝置1904中的加載期間與血液/培養基樣品混合。在溶解緩衝劑和血液/培養基樣品被組合之後，需要進行一定量的攪拌或混合，以確保溶解緩衝劑接觸血細胞以及細胞壁破裂發生。在一個可能的實施方案中，機器人傳遞機構可以向上和向下或以其他方式運動以實現這種混合。在另一個實施方案中，混合站(例如在下文的第二實施方案中描述的旋渦器)可以被包括在儀器104中以實現這種混合。作為替代形式，分離裝置1904可以具有兩個隔間，該兩個隔間被熱響應性凝膠分隔或被其他將允許溶解緩衝劑和血液/培養基混合物被組合然後進入微生物分離裝置中的分離材料分隔。另一個途徑可以結合過濾器，以將微生物收集在表面上並且然後將微生物再懸浮入接種物中以進行測試。設想，多個分離裝置1904可以以諸如管殼(cartridge)、暗盒、圓盤或條的形式被提供，以利於使用者容易加載系統。分離和/或濃縮站(圖31、51，項1916)和分離裝置(圖31、36_41、51，項1904)在試樣從試樣容器的抽出之後，並且在取樣裝置1902中的細胞組分(例如血細胞)的可選擇的溶解之後，然後樣品被注射或以其他方式引入分離裝置1904中的一個中。在樣品中存在的微生物劑被從其他組分分離並且在分離裝置1904內被濃縮為小球或小球狀的團塊。分離裝置1904中的微生物的分離和/或濃縮的細節在上文的通過引用被併入本申請的相關專利申請中描述，但是基本的方法將在下文描述。分離使用密度溶液或密度緩衝物過濾來實現。在一個實施方案中，分離裝置1904預加載有密度緩衝物。分離和濃縮藉助於分離裝置1904的離心而發生。分離裝置1904(圖36-41)本身可以採取被密度溶液填充的l_2mm直徑內橫截面毛細管的毛細管設計的形式。在該毛細管區域上方處是開放(即通向較大的橫截面區域)的槽形結構，以提供用於血液/培養基樣品和密度溶液的儲存器。分離裝置的底部表面由具有非常好的紫外線和可見光透射的材料製成。結構的頂部具有在離心之前施用的蓋子。在可選擇的配置中，分離裝置可以被從側面照射，在這種情況下分離裝置的下部分由具有非常好的紫外線和可見光透射的材料製成；毛細管的橫截面形狀可以是圓形的或正方形的。被混合的或被溶解的樣品內容物(溶解緩衝劑和測試樣品)藉助於將來自取樣裝置1902的樣品注射入分離裝置1904中而被加載入分離裝置1904中(見圖50A-C和下文的描述)。密度溶液被在識別和/或表徵儀器104中在線地加載入分離裝置1904中，或更優選地分離裝置1904被裝載成預填充有密度溶液。在混合的或溶解的樣品被加載入分離裝置1904中並且裝置1904被加蓋之後，分離裝置1904被加載入離心機1916中。可選擇地，該蓋子被配置為具有隔膜。樣品可以通過刺穿隔膜被加入裝置1904，這防止了對蓋子移除和更換的需要。離心機被激活和旋轉，例如以高rpm進行幾分鐘。這種動作使微生物劑(未被溶解的)經過密度溶液並且在分離裝置1904中的毛細管的基部處濃縮為在管的最底部中的小球或小球狀的團塊(見圖40，被濃縮的微生物劑小球觀04)。在一個實施方案中，加載有密度緩衝物的裝置1904在測試樣品的加載之前被離心，以除去任何氣泡或可能以其他方式幹擾分離和/或濃縮步驟的類似物。用於微生物識別和/或表徵的識別/表徵模塊(讀取站)(圖31、51、52，項1918)在分離裝置1904已經如上文描述的被離心之後，離心機1916可以被旋轉，使得分離裝置1904在讀取位置中，在讀取位置，識別和/或表徵模塊(讀取站)1918可以詢問被分離的和/或被濃縮的微生物劑(圖40，小球2804)。可選擇地，分離裝置1904可以被機器人傳遞機構1910從離心機移除並且被放置在處於分離位置中的讀取站中。在一個形式中，讀取站1918包括用於詢問分離裝置1904內的被濃縮的微生物劑(小球)的光學讀取器組件。因為血液/培養基樣品中的微生物/微生物劑在分離裝置1904中被強迫至毛細管的底部表面(見圖40和41)，所以微生物劑將與底部表面接觸。在一個可能的實施方案中，光學讀取器組件觀察由於來自激發光源的照射而從被濃縮的微生物劑發射出的螢光信號(例如固有螢光信號)。螢光信號(例如固有螢光)來源於被UV、可見光譜或頂光源的激發(見圖41)。光源可以是連續燈，例如用於UV的氘燈或氙燈和/或用於可見AR激發的滷鎢燈。因為這些光源具有寬範圍的發射，所以激髮帶可以使用光帶通濾光器來減小。其他可以使用的用於發射波長譜寬的方法包括聲光可調濾波器、液晶可調濾波器、一系列的光學幹涉濾光片、稜鏡光譜儀和其他儀器。可選擇地，以從紫外至近紅外的分立波長形式的雷射是可用的；此夕卜，大量的多路方法是本領域技術人員已知的。可選擇地，發光二極體可以被用作窄帶激發光源。從240nm至超過700nm的峰值波長的具有20-40nm的譜寬的LED是可用的。上文的用於譜寬的減小的方法可以與LED的方法結合，以改進激發光譜和發射光譜之間的區分。從樣品的發射可以通過光譜區分的任何合適的工具來測量，最優選採用分光計。分光計可以是掃描單色器，該掃描單色器檢測特定的發射波長，由此使來自該單色器的輸出被光電倍增管檢測；和/或分光計可以被配置為成像攝譜儀，由此輸出被成像檢測器陣列例如電荷耦合器件(CCD)檢測器陣列檢測。在一個實施方案中，鑑別器允許螢光和/或散射信號通過光電探測手段(例如光電倍增管、雪崩光電二極體、CCD檢測器陣列、互補金屬氧化物半導體(CM0Q區域傳感器陣列和/或電子倍增電荷耦合器件(EMCCD)檢測器陣列)(圖1，項1920)來觀察。在傳感器陣列的前方的光學透鏡系統(圖41中的2904)將使形成毛細管2604的底部的0.78-2.Omm2區域放大，使得其填充傳感器陣列的框架。可選擇地，一次性分離裝置1902和光纖之間的耦合是沒有透鏡系統的直接光纖耦合；光纖探針是在遠端端處的六個圍繞一個的配置，使近端端具有用於發射纖維的線性配置以耦合入分光計的進入狹縫。以多個不同的波長的螢光信號強度被獲取和保存在計算機存儲器中。可選擇的配置是將毛細管沈04減小至在直徑上少於Imm以適應低生物質樣品。此夕卜，毛細管區域的幾何形狀可以採取其他形狀，例如矩形形狀的內橫截面。另一個可選擇的實施方案是將毛細管的讀取配置成用從側面讀取來代替從底部讀取。這樣做有兩個可能的益處(1)避免了沉降至毛細管的基部的碎片或纖維以及(提供了在光學上識別多種微生物劑存在的機會。矩形形狀的毛細管可以優選用於這種側面讀取應用。識別和/或表徵模塊1918包括針對被存儲在存儲器中的螢光信號強度測量而進行操作的計算機(圖31，項1擬4)。所述測量與對也被存儲在存儲器中的不同類型的微生物(即革蘭氏陽性的、革蘭氏陰性的、酵母等等)的通過實驗確定的螢光光譜測量進行比較。計算機執行分類算法，並且產生微生物劑的分類結果，例如革蘭氏分類、革蘭氏族和物種。在一個配置中，被捕獲的固有螢光信號的光譜的進一步分析被實現，使得物種識別和/或表徵或對於物種識別的至少最高的三個概率(topthreeprobabilities)被實現。對由計算機執行的用於識別和/或表徵的方法的細節在下文進行解釋。革蘭氏類型、革蘭氏科和物種的識別還可以使用微拉曼評價來實現。拉曼光譜是一種非接觸技術，其中樣品被雷射輻射照射。散射光通過與包括微生物劑的分子相互作用而被彈性地或非彈性地散射。被彈性地散射的光稱為瑞利散射，而被非彈性地散射的光是拉曼散射。拉曼光譜已經被表明是潛在地可行的通過微生物的振動光譜的檢驗而進行的微生物識別和/或表徵的方法。雷射照射和散射聚集光學系統被設計為將光束聚焦於受近衍射限制的斑點尺寸。該尺寸確保在微生物上有足夠的雷射信號，因為拉曼散射是非常無效率的。聚集光學系統被設計為高效率地捕獲散射光並且將其耦合入光學分光計中以進行分析。拉曼信號可以在一個或多個位置處被獲取並且後續的信號被平均化。一旦拉曼光譜被獲得，便針對光譜中的關鍵的峰的位置和強度對其進行分析。將結果與已知的微生物的被存儲的基準數據集比較，從而可以獲得革蘭氏類型、形態信息和物種識別。來自已知的微生物的基準數據集可以在相同的儀器中使用相同的方法和讀取儀器來獲得。用於識別的方法在本文件起始處的通過引用併入本文的於2009年10月提交的共同待決的申請中被更詳細地描述，並且讀者被引導至這樣的專利申請以獲得進一步的細節。採用固有螢光和分類層系分類方法的方法也在下文被詳細地解釋。取樣裝置1902和分離裝置1904的處理(圖31、53，項1908)在測試樣品被從取樣裝置1902注射入分離裝置1904中之後，取樣裝置1902被丟棄入在識別和/或表徵儀器104內的生物廢物容器1908中。在分離裝置1904的讀取之後，分離裝置1904也被丟棄在生物廢物容器1908中。生物廢物容器被周期性地從識別/表徵儀器除去並且被清空，並且然後被放回至識別/表徵儀器中。用戶界面識別儀器104優選包括向操作者提供有關被加載入識別儀器的試樣容器的狀態信息的用戶界面(未示出)。用戶界面可以包括以下特徵中的某些或全部觸控螢幕顯示器在觸控螢幕上的鍵盤。系統狀態陽性警報·向其他系統(DMS、LIS、BCES&其他檢測或識別儀器)的通信。試樣容器狀態取回試樣容器視覺和聽覺陽性指示物·USB接口(後備ups和外部系統接口)識別和/或表徵結果、系統狀態和錯誤信息的遠程通知用戶界面的具體的外觀或布局不是特別重要的。結果被發送至輸出裝置1擬6(圖31)，輸出裝置1擬6可以是計算機存儲器、儀器顯示器、印表機、尋呼機、行動電話、個人數字助理、電子郵件伺服器或其他裝置。結果將典型地包括以下中的一個或多個微生物劑的臨床革蘭氏類型、微生物劑的物種的識別和/或表徵、或其他臨床信息。試樣容器500圖31中示出的試樣容器500被設計為保持和容納樣品並且可以採取標準培養瓶例如血液培養瓶的形式。瓶子的優選的實施方案結合用於識別/表徵儀器104或離線設備內的瓶子500的自動讀取的條形碼(圖31)。瓶子500包括將容器與環境密封開的具有可刺穿的隔膜的阻擋器(未示出)。可選擇地，如果瓶子被既用於檢測又用於自動識別，那麼瓶子包括比色傳感器，該比色傳感器被形成或放置在瓶子的底部中以用於瓶子500中的微生物生長的存在的比色檢測的目的。圖1中示出的類型的試樣容器是本領域中熟知的並且在本文件的背景部分中引用的專利文獻中被描述，因此進一步的描述是不必要的。瓶子的配置不是特別重要的，並且本發明的系統和方法可以被配適成適合用於容納樣品的多種容器。因此，血液培養試樣容器的本發明的描述是以示例而不作為限制的方式被提供。II.第一實施方案的詳細描述(圖31-56)圖32示出了識別/表徵儀器104的一個可能的配置，包括一次性物品的暗盒1900、用於陽性試樣容器的機架或保持器1906、廢物容器1908、機器人傳遞機構1910、被附接於或以其他方式耦合於機器人傳遞機構1910的樣品移除設備1912、分離和濃縮站1916和識別和/或表徵模塊1918。圖33是圖32的布置的俯視平面圖。保持器1906包括三個機架，三個機架被定向為處在用於培育和例如從遠程檢測儀器或手動加載門來接收新的陽性試樣容器的一種位置中。在圖34中，機架被運動至用於從試樣容器移除樣品和將樣品向分離裝置1904中加載的位置。圖35是在圖34的位置中的識別/表徵儀器的透視圖，更詳細地示出了識別/表徵儀器104。保持器1906包括三個分離的機架2310，每個機架2310保持二十個試樣容器500。機架2310作為單元而圍繞水平軸線可旋轉，將試樣容器傾斜為向上的取向(在圖35中示出)從而實現使試樣容器通風的目的以及將試樣容器傾斜為向下的取向(見圖45)從而實現樣品移除的目的。機器人傳遞機構1910包括豎直導軌2320和水平導軌23M。樣品移除設備1912藉助於被連接於導軌的軸環以及馬達皮帶驅動組件(未示出，但是是常規的)而從左至右和向上向下運動。因此，當試樣容器呈向上的或向下的取向時，樣品移除設備1912可以運動至三個機架2310中的瓶子位置中的任何位置。樣品移除設備1912還可以通過沿著導軌2322滑動而向前和向後運動。圖35還表示出儀器104包括電子設備2300，電子設備2300包括用於處理螢光測量的計算機19M、存儲分析的結果的存儲器2302以及另外的用於存儲用於識別/表徵儀器104的操作的程序代碼的存儲器或處理單元2304。電子設備2300優選位於在合適的面板(未示出)的後方。一次性物品的暗盒圖35示出了被加載入識別/表徵儀器104中的一次性裝置的暗盒1900。暗盒1900包括多個取樣裝置1902和分離裝置1904。分離裝置1904在圖36-41中示出。參照這些附圖，分離裝置由主體M02組成，主體M02界定儲存器沈02和被連接於儲存器沈02的毛細管2604。主體M02界定軸線沈08並且毛細管沈04被沿著軸線沈08定向。毛細管沈10的第一端被連接於儲存器沈02，並且毛細管的第二端2612與端件2502的管部分2702連通。儲存器通過可移除的帽M04來被接近，其中可移除的帽M04螺紋連接至在主體M02的頂部部分處形成的螺紋2502上。主體M02的下部分通過端件2502來封閉，其中端件2502藉助於裝配入主體中的相應的凹陷部沈06中的脊2704以及焊接或使用粘合劑而附著於主體。端件2502的底部壁2506具有如圖38中表示的減小的厚度。端件結合有與主體M02的毛細管沈04對準的毛細管2702。緊鄰毛細管的第二端的主體M02由光學透明材料製成；在圖37的實施方案中，端件2502是光學上透明的，以利於位於毛細管沈04的底部處的被濃縮的微生物劑觀04的光學詢問。分離裝置1904加載有密度溶液或「緩衝物」觀02(圖40)，被預加載有材料或較不優選地在識別/表徵儀器內將材料加入分離裝置中。圖42和43示出了分離裝置1904的其中分離裝置1904的主體是一體構造的實施方案。壁3002提供對於毛細管沈02的下部分的支撐。緊鄰毛細管沈04的下部分的主體由光學透明材料製成。圖41示出了分離裝置1904內的被濃縮的微生物劑觀04的詢問操作，該操作由圖31和35的識別模塊1918來實施。來自光源的光沿著光纖四02經過並且被透鏡系統四04引導至分離裝置1904的基部。光刺激螢光從微生物劑觀04的產生，並且螢光通過光纖四06被引導經過透鏡四04和纖維四02到達識別模塊1918中的光譜色散系統(圖31)，到達傳感器陣列(1920，圖1)。取樣裝置1902在圖44中被示意性地並且部分不按比例地示出。裝置1902可以採取注射器狀的裝置的形式，該注射器狀的裝置具有界定室3204的主體3200和有護套的針3202。室3204可以預加載有選擇性的溶解緩衝劑3206。室3204的頂部被密封。室可以具有埠3208，埠3208允許取樣裝置被連接於真空或氣動單元以利於通風或樣品從瓶子500的取樣。溶解緩衝劑3206可以被預加載入取樣裝置1902中，或其可以在使用時在儀器中加載入裝置1902中。在一個實施方案中，被加載入取樣裝置1902中的溶解緩衝劑可以被設計用於預期被發現的物種。在一個可能的配置中，選擇性的溶解緩衝劑的多個儲存器存在於儀器104中，並且溶解緩衝劑中的被選擇為對於被容納在給定試樣容器中的樣品是最優的一種溶解緩衝劑在使用時被加載入取樣裝置1902。此外，樣品可以被各自容納有不同選擇性的溶解緩衝劑的不同取樣裝置來重複。樣品移除設備(取樣頭)1912圖31和35的樣品移除設備1912操作成從陽性檢測容器500除去在陽性檢測容器500中的生物樣品的一部分，並且將該部分加入至從分離裝置1900的供應部獲得的分離裝置1904。樣品移除設備1912的物理配置可以根據試樣容器、取樣裝置和分離裝置的配置而採取多種形式。在圖示的實施方案中，樣品移除設備1912採取打開和關閉從而夾持取樣裝置1902和分離裝置1904的關節指狀物的形式。樣品移除設備1912被運動至所需的位置，以藉助於機器人傳遞機構1910的操作來取樣並向分離裝置中加載。通風和取樣參照圖45，樣品移除設備1912被運動至一位置，在該位置，樣品移除設備1912被直接地放置在暗盒1900中的取樣裝置1902中的一個的上方。樣品移除設備1912的指狀物夾緊取樣裝置1902並且設備1912被向上升高，從暗盒1900移除取樣裝置1902。如圖46中所示的，試樣容器500被向上傾斜。在瓶子的頂部處的阻擋器使用紫外光或消毒劑(例如漂白劑或醇)而被殺菌。如圖47中所示的，瓶子通過將取樣裝置的針3202(圖44)引入穿過瓶子500的阻擋器中的可刺穿的隔膜而被通風，將瓶子的內部內的壓力平衡至環境條件的壓力。取樣裝置的埠3208在該過程期間可以被連接於氣動系統(1914，圖31)，例如如下文的第二實施方案中所示的滾動線式泵(rollingdiagrampump)1710。如圖18和19中所示的，機架2310然後被旋轉至向下的取向。樣品移除設備1912與氣動系統共同地將測試樣品(即試樣樣品的一部分)從瓶子500抽出而送入取樣裝置1902中。溶角軍取樣裝置1902可選擇地加載有約Iml的溶解緩衝劑3206(圖44)。在本實施方案中，約2ml測試樣品被從瓶子500移除，並且在測試樣品加載入取樣裝置1902中之後例如通過裝置1902的攪拌而在取樣裝置1902中與溶解緩衝劑混合。溶解操作對非微生物組分例如血細胞是選擇性的，即微生物劑細胞不被溶解。溶解緩衝劑3206選擇性地溶解可能在樣品中存在的非期望的細胞(即非微生物細胞)，例如血細胞和/或組織細胞。非微生物細胞的選擇性的溶解允許微生物從其他可能在樣品中存在的組分的分離。因此，溶解溶液是能夠選擇性地溶解細胞例如非微生物細胞(例如通過溶解真核細胞膜)的一種溶解溶液。溶解溶液可以包含一種或多種洗滌劑、一種或多種酶、或一種或多種洗滌劑和一種或多種酶的組合。有用的洗滌劑可以包括一種或多種非變性的溶解性洗滌劑，例如TritonCA630、41~13801￥61￥200、81^]_@96/97、0^3、辛基β_D_吡喃葡萄糖苷、皂苷和單十二烷基九乙二醇醚(C12E9，p0lid0Cen0l)。可選擇地，可以包括變性的溶解性洗滌劑，例如十二烷基硫酸鈉、N-十二烷基肌氨酸、脫氧膽酸鈉、膽鹽、十六烷基三甲基溴化銨、SB3-10、SB3-12、胺基硫代甜菜鹼-14和C7Bz0。可選擇地，還可以包括增溶劑，例如Brij98、Brij58、Brij;35、Tween80、Tween20、PluronicL64、PluronicP84、非洗滌劑硫代甜菜鹼(NDSB201)、amphipols(PMAL-C8)、和甲基-β-環糊精。在一個實施方案中，聚氧乙烯洗滌劑可以是優選的。聚氧乙烯洗滌劑可以包含結構C12_18/E9_1(1，其中C12-18表示12至18個碳原子的碳鏈長度並且E9-10表示9至10個聚氧乙烯親水頭基團。例如，聚氧乙烯洗滌劑可以選自由Brij97、Brij96V、GenapolC_100、GenapolX_100、單十二燒基九乙二醇醚(polidocanol)、乙二胺四乙酸(EDTA)或其組合組成的組。溶解溶液還可以包含一種或多種酶。可以在溶解溶液中使用的酶包括但不限於消化核酸的酶和其他堵塞膜的材料(membrane-foulingmaterial)的酶(例如蛋白酶XXIII、脫氧核糖核酸酶、神經氨酸苷酶、多糖酶、Glucanex@和Pectinex)。在另一個實施方案中，可以使用一種或多種另外的劑，包括例如還原劑例如2-巰基乙醇Q-Me)或二硫蘇糖醇(DTT)，穩定劑例如鎂、丙酮酸鹽和溼潤劑，和/或螯合劑例如乙二胺四乙酸(EDTA)。溶解溶液可以以任何適合於溶解所期望的細胞的pH來被緩衝，並且PH將取決於多種因素，包括但不限於樣品的類型、待被溶解的細胞以及所使用的洗滌劑。在某些實施方案中，PH可以在約2至約13、例如約6至約13、例如約8至約13、例如約10至約13的範圍內。合適的pH緩衝劑包括任何能夠將pH保持在期望的範圍內的緩衝劑，所述範圍例如約0.05M至約1.OMCAPS。向分離裝置1904中的分配以及分離/濃縮如圖20A和20B中所示的，樣品移除設備1912將取樣裝置1902(加載有被混合的溶解緩衝劑和樣品溶液)攜帶至暗盒1900中的分離裝置1902中的一個的位置。樣品移除設備使用取樣裝置1902的針3202刺穿分離裝置1904的帽，並且將0.5至1.Oml的測試樣品+溶解緩衝劑混合物注射入分離裝置1904的儲存器中。分配還可以在使分離裝置1904打開蓋之後和在重新加蓋之後重新加蓋分離裝置1904之後被進行。然後樣品移除設備將取樣裝置1902傳遞至廢物容器1908，如圖50C中所示的，並且將其存放入廢物容器中。在一個實施方案中，分離通過離心步驟進行，在離心步驟中樣品(例如被溶解的樣品)被放置在之前被加載在分離裝置1904中的約Iml液相密度緩衝物觀02(圖40)的頂部上，並且裝置1904在允許微生物被分離和濃縮的條件下(例如10，000g)被離心(例如微生物在分離裝置1904的底部和/或側面形成小球或小球狀的團塊)。「密度緩衝物」是指具有整個溶液的同質的密度的溶液。緩衝物的密度被選擇成使得樣品中的微生物穿過緩衝物，而樣品的其他組分(例如血液培養肉湯、細胞碎片)保留在緩衝物的頂部或不穿過貫穿整個密度緩衝物。用於密度緩衝物觀02的材料可以是任何具有對於本發明的方法合適的密度範圍的材料。通常，緩衝物的密度在約1.025g/ml至約1.120g/ml的範圍內。在一個實施方案中，材料是矽膠。矽膠可以是不被包覆的(例如Ludox(W.R.Grace，加利福尼亞州))或被例如矽燒(例如PureSperm(NidaconInt'1，瑞典)或Isolate(IrvineScientific，聖安娜，加利福尼亞州))或聚乙烯吡咯烷酮(例如PercollTM、PercollPlus(Sigma-Aldrich，聖路易斯，密蘇裡州))包覆的。矽膠可以以任何合適的介質來稀釋，以形成合適的密度，例如平衡的鹽溶液、生理鹽水和/或0.25M蔗糖。合適的密度可以使用以約15%至約80%ν/ν例如約20%至約65%ν/ν濃度的矽膠來獲得。另一種合適的用於密度緩衝物的材料是被碘化的對比劑,例如碘海醇(OmnipaqueNycoPr印""或Nycodenz)和碘克沙醇(Visipaque或Optift^p)。合適的密度可以使用以約10%至約25%w/v濃度的碘海醇或碘克沙醇獲得。蔗糖可以被用作對於血液培養樣品的以約10%至約30%w/v例如約15%至約20%w/v濃度的密度緩衝物。其他合適的可以被用於製備密度緩衝物的材料包括低粘度高密度油，例如顯微鏡浸鏡油(例如TypeDF；CargilieLabs,紐約)、礦物油(例如Drakeol5、Draketex50、Peneteck；PenrecoCo.，賓夕法尼亞州)、矽油(聚二甲矽氧烷)、氟化矽油、矽凝膠、metrizoate-Ficoll(Lymphoft^p)，例如以對於血液培養樣品的約75%至約100%的濃度，泛影酸葡聚糖(Polymorphoft印)，例如以對於血液培養樣品的約25%至約50%的濃度，羧甲基纖維素、羥丙基甲基纖維素、聚環氧乙烷(高分子量)、PlUronicF127、PluronicF68,Pluronic化合物的混合物、聚丙烯酸、交聯的聚乙烯醇、交聯的聚乙烯吡咯烷、PEG丙烯酸甲基醚、果膠、瓊脂糖、黃原膠、結冷膠、Phytage1、山梨糖醇、Fico11(例如以對於血液培養樣品的約10%至約15%的濃度的Ficoll400)、甘油、葡聚糖(例如以對於血液培養樣品的約10%至約15%的濃度)、糖原、氯化銫(例如以對於血液培養樣品的約15%至約25%的濃度)、全氟化碳流體(例如全氟正辛烷)、氫氟烴流體(例如VertrelXF)，以及如本領域中熟知的類似物。在一個實施方案中，密度緩衝物選自矽膠、碘克沙醇、碘海醇、氯化銫、甲基泛影酸-Ficoll、泛影酸葡聚糖、蔗糖、ficoll400和/或葡聚糖的以任何組合的的一個或多個。密度緩衝物還可以由材料的組合組成，例如矽膠和油的組合。向分離和濃縮站(離心機)的傳遞如圖51中所示的，在使用被混合的或被溶解的測試樣品加載分離裝置1904之後，樣品移除設備1912取回被加載的分離裝置1904，將其從暗盒1900提升出來，並且將分離裝置1904運動至離心機1916。然後分離器1904被放置入離心機1916的保持器或加載位置中。樣品中的微生物劑的分離和濃縮使用離心機1916而在分離裝置1904內發生。分離步驟可以被實施成將微生物從樣品的其他組分(例如非微生物或其組分)分離以及將微生物濃縮為為了識別和表徵目的而能夠被詢問的小球。分離不必須是完全的，即不要求發生100%分離。全部的要求是，微生物從樣品的其他組分的分離應當足以允許微生物的詢問而沒有來自其他組分的很大的幹擾。離心機在高速下旋轉分離裝置1904，以將微生物劑濃縮在分離裝置1904內的毛細管的底部中。溶解緩衝劑在非微生物細胞(例如血細胞)上的作用、分離裝置1904內的密度溶液的存在以及離心的組合會導致微生物劑從被溶解的血液/肉湯混合物分離以及微生物劑在毛細管的底部中濃縮為小球或小球狀的團塊，如圖40和41中所示的。在一個實施方案中，分離裝置1904在站1916中使用甩開轉頭(swingoutrotor)來被離心，使得微生物直接在分離裝置1904的底部上形成小球(在圖8、10和13中示出的毛細管的底部中)。分離裝置1904被在充分的加速度下離心並且持續充分的時間，以使微生物從樣品的其他組分中分離(例如小球被形成)。離心加速度可以是約1，OOOXg至約20，000Xg、例如約2，500Xg至約15，000Xg、例如約7，500Xg至約12，500Xg等等。離心時間可以是約30秒至約30分鐘、例如約1分鐘至約15分鐘，例如約1分鐘至約5分鐘。讀取50被示出為毗鄰於離心機而定位的識別和/或表徵模塊(讀取站1918)然後使用螢光光譜(例如固有螢光和/或漫反射率)、拉曼光譜或其他光學技術來詢問被濃縮的微生物劑。在其他實施方案中，小球中的微生物可以使用質譜測定技術來被詢問，例如MALDI-T0F質譜測定、解吸電噴霧電離(DESI)質譜測定、GC質譜測定、LC質譜測定、電噴霧電離(ESI)質譜測定和選擇性離子流管(SIFT)光譜測定。如圖22中所示的，識別和/或表徵模塊1918可以物理地定位成緊鄰離心機1916，在這種情況下分離裝置1904不需要被機器人傳遞機構進一步運動。可選擇地，識別和/或表徵模塊1918可以位於識別/表徵儀器內的不同的位置中，並且機器人傳遞機構操作成將分離裝置運動至識別和/或表徵模塊1918的位置。向廢物的傳遞在讀取之後，如圖23中所示的，機器人傳遞機構1910和樣品移除設備1912操作成將分離裝置1904從離心機1916提升，將分離裝置1904側向地傳遞並且將其放置在廢物容器1908中。圖M示出了廢物容器1904容納多個取樣裝置1902和分離裝置1908。當廢物容器1908裝滿時，其被從儀器移除並且然後被空的廢物容器代替。在分離裝置的處理之前，分離裝置的下區域的攝影圖像可以使用照相機(未示出)被取得，以驗證分離過程並且提供關於分離物的身份的重要的信息，例如小球尺寸、形狀、顏色和密度。被濃縮的微生物劑的外部處理雖然在上文的實施方案中被濃縮的微生物劑在其仍然位於分離裝置1904內時被詢問，但是可以從分離裝置移除被濃縮的微生物劑並且直接地測試其以識別和/或表徵微生物劑。在本變化形式中，參照圖55，分離裝置1904被傳遞至移除裝置或站4302。在站4302，分離裝置1904的帽M04被移除並且被濃縮的微生物劑觀04被從分離裝置1904移除。然後微生物劑經受一個或多個另外的測試。在一個可能的配置中，微生物劑被供應至分子診斷測試單元4310，分子診斷測試單元4310可以包括一次性測試條或類似物以及用於劑的識別的處理儀器。可選擇地，微生物劑的樣品可以被施用於MALDI質譜測定板4314，並且板可以被插入質譜測定單元4312中。可選擇地，微生物劑可以被遞送至微生物識別和/或表徵測試裝置4318(例如測試卡)，並且該卡可以被在處理儀器4316中被培育和測試。III.操作的方法流程圖(圖56A、B、C)現在將參照圖56A-56C來描述在試樣容器500經受檢測和識別兩個步驟的實施方案中的識別/表徵儀器104的操作方法。過程在步驟4402處以樣品向容器500中的一個容器的加載以及被加載的容器500向檢測儀器的遞送來開始(如在上文參照圖1-30描述的)。見圖77，儀器102。在步驟4404，容器500被加載入檢測儀器102中，例如通過將檢測容器放置在將容器遞送至檢測儀器的傳送帶上或通過手動地加載容器。(見圖77和78和這些圖的在下文的描述)在步驟4406，容器500被在檢測儀器102內培育。在步驟4408，檢測容器被讀取(通過儀器102中的檢測單元)。在步驟4410，檢測容器的讀取被分析以確定容器是否是陽性的。如果否，那麼過程沿著否支鏈4411分支，並且檢查計時器是否已經到期(步驟4412)。如果計時器已經到期，那麼瓶子被認為是陰性的並且瓶子在步驟4414被傳遞至廢物容器。否則，培育繼續並且步驟4406、4408和4410周期地繼續。如果在步驟4410檢測容器是陽性的，那麼過程前進至是分支4416。檢測容器在步驟4418被運動至在檢測儀器中的離開位置。在步驟4420檢測容器被傳遞至識別/表徵儀器104，例如通過將檢測容器500運動至傳送帶上並且將其運動入識別/表徵儀器的入口位置中(見圖77)。傳遞可以通過某些其他方式發生，其的細節可以廣泛地變化。在步驟4422(圖56B)，檢測容器被放置入識別/表徵儀器104的機架2310中的一個中。機器人傳遞機構1910可以在本過程中使用。在步驟44M，檢測容器被無菌地通風。本步驟可以在取樣裝置的拾取之前發生或可以在拾取取樣裝置之後發生，見圖15和16。在步驟4似6，取樣裝置1902中的一個被從暗盒1900拾取。取樣裝置1902預加載有如圖15中所示的選擇性的溶解緩衝劑；可選擇地，溶解緩衝劑被在本時刻加入取樣裝置。在步驟44，如果裝配了覆蓋取樣裝置的針3202的保護性帽(未示出)，則保護性帽被移除。在步驟4430，針3202被插入直立的被通風的容器500中(見圖16和17)。在步驟4432，檢測容器被反轉(見圖48和49)並且少量樣品(例如2.Oml樣品)被從容器500移除。在步驟4434，容器500被旋轉至直立的取向並且取樣裝置1902的針3202被移除。在步驟4436，小體積(例如0.5ml樣品)的空氣被引入取樣裝置中。這可以使用被連接於取樣裝置的氣動系統1914來自動地實現。在步驟4438，如果裝配了用於針3202的保護性帽，則保護性帽被更換。在步驟4440，取樣裝置1902被反轉和攪拌以將測試樣品與選擇性的溶解緩衝劑徹底混合。在步驟4442，如果裝配了用於針3202的保護性帽，如果適合的話，則保護性帽被再次移除。(注意裝配有合適的夾緊或夾持特徵的站可以被提供，以用於自動地移除和更換針的帽或可選擇地帽可以保留在針上，如在第二實施方案中描述的)在步驟4444，陽性的肉湯/溶解緩衝劑混合物的小部分被丟棄入廢物容器中。在步驟4446，樣品移除設備將取樣裝置1902運動至在分離裝置1904中的一個的上方的位置(見圖76)並且使用取樣裝置的針刺穿帽。分離裝置1904預加載有本實施方案中的密度緩衝物。在一個可能的變化形式中，溶解緩衝劑還被加載入具有密度緩衝物的分離裝置1904中並且樣品和溶解緩衝劑的混合在分離裝置1904內發生。在步驟4448，樣品移除設備1912輕輕地將0.5ml至1.Oml的樣品/溶解緩衝劑混合物(即溶解的樣品)加入已經在分離裝置1904的儲存器中存在的密度緩衝物的頂部。見圖50A和50B。在步驟4450，樣品移除設備1912被運動至廢物容器1908的位置並且取樣裝置1902被丟棄。見圖50C。在步驟4452，樣品移除設備返回至分離裝置1904並且將其從暗盒1900拾取出來並且將其運動至分離和濃縮站1916的位置並且將分離裝置1904放置入離心機中。見圖51。在步驟4妨4，開始離心機循環。在步驟4456，在離心過程完成之後，分離裝置被運動至識別和/或表徵模塊1918(讀取站)。如果讀取站緊鄰離心機，那麼離心機被旋轉至讀取位置，其中分離裝置1904被定位以如11中所示的進行讀取。在步驟4458，開始識別和/或表徵模塊中的分離裝置1904的光學掃描(見圖51、52)。在步驟4460，在讀取操作完成之後，分離裝置1904被放置入廢物容器1908中(見圖53,54)。B.詢問步驟4458，和在識別模塊1918中的微生物的識別和/或表徵一旦在樣品中存在的微生物已經在分離裝置1904中被分離和/或小球化，那麼被分離的樣品或小球可以在步驟4458中被詢問(例如利用光譜方法)以表徵和/或識別樣品或小球化的微生物。詢問可以以非侵入的方式發生，即小球可以在其保留在分離裝置1904中時被詢問。以非侵入的方式識別微生物、可選擇地伴隨使在分離和表徵/識別過程中容器自始至終被保持密封(例如氣密密封)以及使程序自動化的能力，這些能力避免了對被汙染的和/或傳染性的樣品的持續操縱並且很大地增加了整個過程的安全性。此外，通過直接詢問來表徵和/或識別微生物而不用對樣品或小球進一步處理(例如再懸浮、平板接種和菌落的生長)的這種能力很大地增大了可以進行識別/表徵的速度。在一個實施方案中，光學光譜方法可以被用於分析微生物的一種或多種固有性質，例如在不存在另外的劑例如染色劑、染料、結合劑等等時在微生物內存在的性質。在其他實施方案中，光學光譜方法可以被用於分析微生物的一種或多種非固有的性質，例如僅在另外的劑的輔助下才能夠被檢測的性質。詢問可以使用下述光譜來實施，例如螢光光譜法、漫反射光譜法、紅外光譜法、太赫茲光譜法、透射和吸收光譜法、拉曼光譜或其組合，拉曼光譜包括表面增強拉曼光譜(SERS)、空間位移拉曼光譜(SORS)、透射拉曼光譜和/或共振拉曼光譜。光譜詢問可以通過本領域技術人員已知的對於檢測和/或識別微生物的一種或多種固有的或非固有的性質有效的任何技術來進行。例如，正面螢光(其中激發光和發射光進入和離開同一個光學表面，並且如果樣品是大體上光學厚的，那麼激發光穿透至樣品中非常短的距離(見例如Eisinger，J.禾口J.Flores，「Front_facefluorometryOfliquidsamples(液體樣品的正面螢光分析)」Anal.Biochem.94:15(1983))可以被用於小球中的微生物的識別。其他形式的測量，例如落射螢光、反射、吸收和/或散射測量，也可以在步驟4458中採用。典型地，光源或激發源導致樣品的激發，隨後在預確定的時間點或連續地進行樣品的螢光的發射測量。相似地，來自激發源與樣品的相互作用的反射光可以被測量，以提供與識別和/或表徵有關的數據。從樣品的發射可以通過光譜區分的任何合適的工具來測量，最優選採用分光計。在目前優選的實施方案中，對已知的微生物進行控制測量(例如螢光光譜)，從而允許使用本領域技術人員已知的各種數學方法將被測量的測試數據與關心的微生物的表53徵相關聯。來自已知的微生物的被測量的測試數據存儲在機器可讀的存儲器中，例如在儀器104本身內的或在相關聯的數據處理裝置例如被連接的工作站內。例如，來自正在被儀器104測試的樣品的數據可以利用本領域技術人員已知的或本領域技術人員能夠開發的軟體程序而被與基線或控制測量比較。更特別地，數據可以被許多的多變量分析方法分析，例如一般化判別分析(GDA)、偏最小二乘法判別分析(PLSDA)、偏最小二乘法回歸、主成分分析(PCA)、平行因子分析(PARAFAC)、神經網絡分析(NNA)和/或支持向量機(SVM)。這些方法可以被用於在對如上文描述的用於監測、檢測和/或表徵生物的系統進行設計時將正在被測試的樣品中的關心的未知的微生物基於現有的命名法而分類為有關的組(例如物種)，和/或基於生物的新陳代謝、致病性和/或毒力而分類為天然存在的組。對於增強拉曼(SERS)和螢光信號，微生物可以在離心之前被金和/或銀納米粒子覆層，和/或內光學表面可以被具有特定的尺寸和形狀的金屬膠體預塗覆(參考文獻=Lakowicz,Anal.Biochem.337:171(2005)用於參考螢光；Efrima等人，J.Phys.Chem.B.(Letter)102=5947(1998)用於參考SERS)。在另一個實施方案中，納米粒子在離心之前在密度緩衝物中存在，並且在微生物經過密度緩衝物時與微生物相關聯。樣品照明源(見圖41)或激發源可以選自任何數量的如本領域技術人員已知的合適的光源。可以使用電磁波譜的生成有用數據的任何部分。能夠進行在紫外、可見和/或近紅外光譜以及電磁波譜的其他部分中的發射的光源可以被使用並且是本領域技術人員已知的。例如，光源可以是連續燈，例如用於生成紫外光的氘或氙弧燈和/或用於生成可見/近紅外激發的滷鎢燈。這些光源提供寬發射範圍，並且對於具體的激發波長的光譜帶寬可以使用光學幹涉濾光片、稜柱和/或光柵來被減小，如本領域中熟知的。可選擇地，多個窄帶光源，例如發光二極體和/或雷射器，可以在空間上和/或在時間上是多路的，以提供多波長激發源。例如，從MOnm至大於900nm的發光二極體是可用的，並且光源具有20-40nm(半最大值全寬度)的光譜帶寬。在從紫外至近紅外的分立的波長方面雷射器是可用的，並且可以使用為本領域技術人員所熟知的多路方法來採用雷射ο這些光源中的任何的光譜選擇性可以通過使用光譜區分工具例如掃描單色器而被改進。其他的區分的方法可以被使用，如本領域技術人員已知的，例如聲光可調濾波器、液晶可調濾波器、一系列光學幹涉濾光片、稜鏡光譜儀等等，以及以任何組合的形式。在選擇光譜鑑別器時的一種考慮將調整能力的範圍以及選擇性的水平考慮在內。例如，以例證的方式，鑑別器可以利用具有IOnm的選擇性的300-800nm的波長範圍。這些參數大體上確定為了實現調整能力範圍以及選擇性所必需的最優的技術。典型地，光源導致樣品的激發，隨後在預確定的時間點或連續地進行樣品的螢光的發射測量。相似地，來自激發源與樣品的相互作用的反射光可以被測量，以提供與檢測和/或表徵有關的數據。從樣品的發射可以通過光譜區分的任何合適的工具來測量，最優選採用分光計。分光計可以是掃描單色器，該掃描單色器檢測特定的發射波長，由此使來自從該單色器的輸出被光電倍增管檢測；和/或分光計可以被配置為成像攝譜儀，由此輸出被成像檢測器陣列例如電荷耦合器件(CCD)檢測器陣列檢測。在一個實施方案中，鑑別器允許螢光和/或散射信號通過光電檢測工具(例如光電倍增管、雪崩光電二極體、CCD檢測器陣列和/或電子倍增電荷耦合器件(EMCCD)檢測器陣列)來觀察。分光技術用於獲得這樣的測量，即被優選提供為激發-發射矩陣(EEM)測量。如在本文中使用的，EEM被定義為螢光物質的發光光譜發射強度，其作為激發波長和發射波長二者的函數，並且EEM包括全光譜或其子集，其中子集可以含有單一的或多個的激發/發射對。此外，具有固定的激發波長的EEM的橫截面可以用於示出對於具體的激發波長的發射光譜，並且具有固定的發射波長的EEM的橫截面可以用於示出對於樣品的激發光譜。在一個實施方案中，多個EEM在多於一個具體的激發-發射波長對下被測量，例如至少在2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個具體的激發-發射波長對下。已經發現，正面螢光光譜提供在測量高度散射的且高度淬火的樣品的螢光和/或反射性質中的優勢。在一個實施方案中，正面方法可以是特別有用的。例如，正面螢光可能在高度吸收性的樣品中是特別有用的，這是因為激發束和發射束不需要行進經過樣品的大部分，並且因此可以幾乎不被其中可能所含有的幹擾組分(例如血細胞和微生物培養基)影響。分離裝置1904的光學表面可以以使得提供可接受的結果的角度來被照明，如本領域技術人員已知的，(例如Eisinger,J.禾口J.Flores,「Front—facefiuorometryofliquidsamples(液體樣品的正面螢光分析法)」Anal.Biochem.94:15-21(1983))。在一個實施方案中，系統被設計為使得光譜系統除了以最小的一個固定角度來測量被發射的螢光外，還以最小的一個固定角度來測量被漫反射的光。在又另一個實施方案中，來自將試樣容器檢測為「陽性」的檢測系統(圖77中的項102)的非光譜測量，例如探測時間和生長速率，可以被用於輔助對來自被分離的樣品或小球的微生物進行表徵和/或識別。此外，從分離裝置的下區域的攝影圖像取得的測量可以提供與被分離物的身份有關的重要信息，例如小球尺寸、形狀、顏色和密度。在某些實施方案中，對被分離的樣品或小球中的微生物的表徵和/或識別不需要涉及精確的物種的識別。表徵包括生物顆粒的寬泛的編目或分類以及單一的物種的實際的識別。對來自被分離的樣品或小球的微生物的分類可以包括微生物的表型和/或形態特徵的確定。例如，生物顆粒的表徵可以基於可觀察到的差異例如組成、形狀、尺寸、成簇和/或新陳代謝而被實現。在某些實施方案中，所關心的生物顆粒的分類可以不需要在先知曉給定的生物顆粒的特徵，而是僅需要與經驗上的測量存在一致的相關性，從而使這種方法比基於具體的結合事件或代謝反應的方法更通用並且更容易地可適應。如在本文中使用的，「識別」意指確定先前未知的微生物屬於什麼科、屬、物種和/或菌株。例如，識別先前未知的微生物屬於什麼科、屬、物種和/或菌株級別。在某些情況下，表徵包括分類模型，分類模型提供對於待被採取的行動足夠有用的信息。如在本文中使用的，優選的分類模型包括組成以下中的一個或多個(1)革蘭氏組；⑵臨床革蘭氏組；⑶治療組；⑷功能組；以及(5)自然固有螢光組。(1)革蘭氏組在革蘭氏組分類內，微生物可以基於它們的革蘭氏染餼反應和總尺寸而被放置入三個寬泛的分類種類中的一個中，所述組選自以下中的一個或多個(a)使用革蘭氏染色被染成深藍色的革蘭氏陽性微生物；(b)使用革蘭氏染色被染成紅色的革蘭氏陰性微生物；和(c)酵母細胞，其使用革蘭氏染色被染成深藍色但是在它們的形態特徵和尺寸上是與細菌不同的非常大的圓形細胞。(2)臨床革蘭氏組革蘭氏組還可以被分為代表區別件的形傑特徵的多個亞類。這些亞類包括所有的被有經驗的實驗室技術人員報告的相關的臨床信息，並且因此提供比陽性的或陰性的革蘭氏反應更高的水平的識別。這種具體的分類是非常有利於的，這是因為其通過使用自動化系統來提供臨床上等效的相關的信息從而消除了對依賴於革蘭氏染色的品質和/或讀取顯微鏡塗片的技術人員的技術水平的顧慮。更具體地，微生物的基於這種分類模型的亞類可以選自以下中的一個或多個(a)球菌，其是小的圓形的細胞；(b)雙球菌，其是被結合在一起的兩個小的圓形的細胞；(c)杆狀菌(rods)，其是矩形的形狀；以及(d)桿菌，其是杆狀的。這些可以通過另外的形態信息被確定的亞類的實例包括(I)革蘭氏陽性球菌；(ii)成鏈狀的革蘭氏陽性球菌；(iii)成簇狀的(即「葡萄狀」的團簇)革蘭氏陽性球菌；(iv)革蘭氏陽性雙球菌；(ν)革蘭氏陽性杆狀菌；(Vi)具有內生孢子的革蘭氏陽性杆狀菌；(vii)革蘭氏陰性杆狀菌；(viii)革蘭氏陰性球桿菌；(ix)革蘭氏陰性雙球菌；(x)酵母；以及(xi)絲狀真菌。(3)治療組治療組包括多個微牛物物種，這㈣微牛物物種在被從具體的試樣類型分離時被同一類的抗生素或抗生素的混合物治療(例如，如在「SanfordGuidetoAntimicrobialTherapy2008」中描述的)。在很多情況下，臨床醫生不需要種級別的身份來使得能夠進行從初始的經驗療法向更有針對性的療法的改變，這是因為多於一個物種可以被抗生素的同一個選擇治療。這種分類級別正確地將這些「相同治療」的微生物置於單一的治療種類中。這種表徵水平的實例包括將高度抵抗性的腸桿菌科(EB)物種與敏感的EB物種(來自大腸桿菌(E.coli)的腸桿菌屬菌(Enterobacterspp.))區別開，或將對氟康唑抵抗性的念珠菌屬(Candida)物種(光滑念珠菌(C.glabrata)和克魯斯念珠菌(C.kruzei))與敏感的念珠菌屬物種(白色念珠菌(C.albicans)和近平滑念珠菌(C.parapsilosis))區別等等。(4)功能組根據本發明，微生物還可以基於新陳代謝的、毒力的和/或表型的特徵的組合而被置於多個組中。非發酵性生物可以與發酵性生物被清楚地區分。此外，生成溶血素的微生物物種可以獨立於非溶血的物種而被分組。在某些情況下，這些組代表比屬級別更寬泛的種類(例如大腸菌類、革蘭氏陰性的非發酵的杆狀菌)，某些處於屬級別(例如腸球菌屬(Enterococcus)、念珠菌屬)，並且某些具有更接近於種級別的分辨(例如對凝固酶陰性的葡萄球菌、α-溶血性鏈球菌、β-溶血性鏈球菌、對凝固酶陽性的葡萄球菌即金黃色葡萄球菌(S.aureus))。(5)自然固有螢光(「IF」)組微生物還可以基於通過其自然的和/或固有螢光特徵而組合在一起的自然趨勢來被置於各個種類中。這些組中的某些可以是與治療組種類和功能組種類所共有的。這些分組可以包括具有特徵性IF特徵的分別的物種，例如糞腸球菌(E.faecali)、化膿性鏈球菌(S.pyogenes)或銅綠假單胞菌(P.aeruginosa)，和/或可以含有具有相對保守的IF特徵的小生物群落，例如肺炎克雷伯氏菌(K.pneumoniae)-產酸克雷伯氏菌組(K.oxytoca)或產氣腸桿菌(E.aerogenes)-陰溝腸桿菌(E.cloacae)組。除為了識別目的而測量微生物的固有性質(例如固有螢光)之外，方法可以使用另外的識別物劑以輔助分離和/或識別過程。結合於特定的微生物的劑，例如親合力配體，可以被用於分離微生物，以識別微生物的類別或物種(例如通過結合於獨特的表面蛋白質或受體)和/或識別微生物的特徵(例如抗生素抗性)。有用的識別物劑包括但不限於單克隆和多克隆抗體及其片段(例如用於金黃色葡萄球菌識別的抗-Eap)、核酸探針、抗生素(例如青黴素、萬古黴素、多粘菌素B)、適體、肽模擬、噬菌體衍生的結合蛋白、凝集素、宿主天然免疫生物標記物(急性期蛋白、LPS結合蛋白、CD14、甘露糖結合凝集素、鳴鐘狀受體)、宿主防衛肽(例如防禦素、抗菌肽、proteogrins、蛙皮素)、細菌素(例如抗生素，例如乳酸鏈球菌素、美殺菌素、表皮素、gallidermin,以及植物乳桿菌素C、以及II型肽)、噬菌體、以及對核酸選擇性的染料、脂質、碳水化合物、多糖、膠囊劑/粘液或蛋白質、或其的組合任何。如果劑本身不給出可檢測信號，那麼劑可以被標記以提供可檢測信號，例如通過將劑共軛於標記物(例如可見的或螢光的)。標記物包括但不限於螢光的、發光的、發磷光的、放射性的和/或比色的化合物。劑可以在本發明的方法中的任何步驟被加入微生物，例如當樣品被獲得時、在溶解期間和/或在分離期間。在某些實施方案中，劑在小球中的存在可以在小球的詢問期間被確定。其他有用的識別物劑包括微生物酶的底物、螯合劑、光增敏劑、猝滅劑、還原劑、氧化劑、緩衝劑、酸、鹼(base)、溶劑、固定劑、洗滌劑、表面活性劑、消毒劑(例如醇、漂白劑、過氧化氫)以及有毒化合物(例如疊氮化鈉、氰化鉀)以及代謝抑制劑例如環己醯亞胺等等。相似地，用於測量微生物細胞生活力、新陳代謝和/或膜電位的許多螢光化合物可以在本發明中被用作識別物劑。如本領域技術人員將容易地意識到的，具體的微生物對於任何影響其物理狀態或新陳代謝的化合物例如抗生素的敏感性可以通過將該化合物加入樣品、溶解緩衝劑、密度緩衝物或其的任何混合物中而被迅速地確定。現在將參照圖81-89來描述用於使用固有螢光對樣品中的微生物劑進行識別和/或表徵的方法的一個實施方案。基本地，該方法可以被實施為一系列的處理指令，該一系列的處理指令被存儲在存儲器中並且使用常規的數據處理器或計算機來執行。該方法執行圖81A-81C中示出的算法，其被設計為在給出來自預先限定組的發射波長的分離物的固有螢光(IF)掃描下，提供對血液培養分離物(被濃縮的小球)的識別。在優選的實施方案中，所述方法被編碼以作為實施多級別識別算法的軟體指令，不同的級別相應於分類層系的不同的級別。取得輸入數據並且確定微生物的識別的傳統的分類算法使用單一的分類模型。當被給予來自以未知生物的在預先確定組的波長下的固有螢光掃描的數據時，多級別識別算法根據分類層系的分支——革蘭氏類別、科和物種而將生物分類。獨特的特徵是在從最高的革蘭氏類別至最低的物種的每個識別步驟使用獨立的分類模型。此外，該方法結合了平行的分類模型的使用，以評估結果之間的一致性。因此，精確的識別和/或表徵的概率被最大化，並且不正確的識別或表徵結果的產生被最小化。多級別分類層系分類方法適用於除了固有螢光數據之外的其他數據集(例如其可以被用於拉曼光譜數據或質譜數據)。識別方法包括一組數據預處理步驟(被示出為圖81A的塊5102、5104和5106)以及一組分析步驟(圖81B、81C中的其餘的塊5108、5110等等)。該方法以分類層系的多級別來確定生物的識別。預處理步驟被設計為獲取IF掃描數據，並且進行使給定的生物組或物種內的微生物劑的不同菌株之間的變化最小化的數據變換。數據分析步驟使用平行的分類模型來實施多級別的識別，作為將從以下的討論被理解的。如上文提出的，優選的實施方案提供以革蘭氏級別、科級別和物種級別的生物識另|J。在血液培養物中普遍發現的可以被算法識別的生物包括但不是必須受限於表格1中列出的那些。明顯地，對於不同的應用(例如食品、水、環境樣品等等)，生物可以是不同於表1中列出的那些生物，然而方法是相同的。表1固有螢光算法識別生物列表權利要求1.一種用於對樣品中的微生物劑進行快速的檢測以及識別和/或表徵所述微生物劑的自動化系統，組合地包括檢測儀器，其接收容納樣品的試樣容器，所述檢測儀器包括檢測單元以及被加熱的包圍物，所述被加熱的包圍物用於培育所述試樣容器，所述檢測單元詢問所述試樣容器以檢測所述試樣容器是否對於所述樣品中的微生物劑的存在是陽性的；一次性分離裝置的供應部；以及識別/表徵儀器，其接收被所述檢測儀器檢測為是陽性的試樣容器，所述識別/表徵儀器包括(a)樣品移除設備，其操作成從所述試樣容器移除所述樣品的部分並且將所述部分加入從所述分離裝置的供應部獲得的分離裝置；(b)分離和濃縮站，其是在接收所述樣品的所述部分之後在所述分離裝置上操作，從而將所述微生物劑從所述樣品中的其他產物分離並且在所述分離裝置內濃縮所述微生物劑；以及(c)識別和/或表徵模塊，其詢問所濃縮的微生物劑以識別和/或表徵所述微生物劑。2.根據權利要求1所述的系統，還包括用於將陽性的試樣容器從所述檢測儀器傳遞至所述識別/表徵儀器的機器人傳遞機構。3.根據權利要求2所述的系統，其中所述檢測儀器和所述識別/表徵儀器被集成為單一的系統，並且以實質上全自動化的方式操作以檢測微生物生長為陽性的試樣容器以及識別和/或表徵所述微生物劑。4.根據權利要求2所述的系統，其中所述試樣容器包括血液培養瓶並且其中所述生物樣品包括血液的樣品。5.根據權利要求1所述的系統，其中所述試樣容器包括可刺穿的元件，並且其中所述識別/表徵儀器包括一次性取樣裝置的供應部並且操作成使用所述取樣裝置中的一個取樣裝置從所述試樣容器移除所述樣品的所述部分。6.根據權利要求5所述的系統，其中所述取樣裝置容納選擇性的溶解緩衝劑。7.根據權利要求1所述的系統，其中所述分離和濃縮站包括離心機，並且其中所述離心機將所述分離裝置的一部分中的所述微生物劑濃縮。8.根據權利要求7所述的系統，其中所述分離裝置容納密度緩衝物和選擇性的溶解緩衝劑中的至少一種。9.根據權利要求7所述的系統，其中所述分離裝置包括內毛細管，並且其中所述毛細管的外周部分容納所濃縮的微生物劑，並且其中所述識別和/或表徵模塊操作成詢問在所述分離裝置內的所濃縮的微生物劑。10.根據權利要求9所述的系統，其中所述分離裝置至少部分地由透明材料製成。11.根據權利要求10所述的系統，其中所述識別和/或表徵模塊包括用於檢測所濃縮的微生物劑的固有螢光的儀器。12.根據權利要求1所述的系統，其中所述識別和/或表徵模塊包括用於對所濃縮的微生物劑進行拉曼光譜的系統。13.根據權利要求1所述的系統，其中所述識別和/或表徵模塊包括用於從所述分離裝置獲得所濃縮的微生物劑的樣品的子系統，並且所述識別和/或表徵模塊在所濃縮的微生物劑從所述分離裝置的移除之後詢問所濃縮的微生物劑。14.根據權利要求1所述的系統，其中所述識別和/或表徵儀器包括預加載有選擇性的溶解緩衝劑的一次性取樣裝置的源。15.根據權利要求1所述的系統，其中所述識別和/或表徵儀器包括多個容器，每個容器容納不同的選擇性的溶解緩衝劑。16.一種用於對樣品中存在的微生物劑進行快速的識別和/或表徵的方法，所述樣品被加載入試樣容器中，所述方法包括以自動化的方式進行以下步驟(a)培育所述試樣容器；(b)周期性地詢問所述試樣容器，以確定所述試樣容器是否對於所述試樣容器內的微生物劑的存在是陽性的；(c)當所述試樣容器被確定為是陽性的時，從所述試樣容器抽出所述樣品的部分；(d)將所述生物樣品的所述部分引入一次性分離裝置中；(e)在進行步驟(d)之前或之後，將所述生物樣品的所述部分中的組分溶解；(f)在所述分離裝置內分離和濃縮所述微生物劑；以及(g)分析所濃縮的微生物劑以識別和/或表徵所述微生物劑。17.根據權利要求16所述的方法，其中步驟(a)-(g)在集成的檢測和識別/表徵儀器內自動地進行。18.根據權利要求16所述的方法，其中分析步驟(g)包括對所濃縮的微生物劑進行光譜分析的步驟。19.根據權利要求18所述的方法，其中所述光譜分析包括(i)固有螢光光譜或(ii)拉曼光譜中的一種。20.根據權利要求16所述的方法，還包括步驟(f)(1)從所述分離裝置抽出所濃縮的微生物劑，並且其中步驟(g)在所濃縮的微生物劑從所述分離裝置抽出之後對所濃縮的微生物劑進行。21.根據權利要求18所述的方法，其中分析步驟(g)包括下述中的至少一個(i)對所濃縮的微生物劑進行光譜分析，(ii)對所濃縮的微生物劑進行質譜測定，(iii)對所濃縮的微生物劑進行分子測試和(iv)將所濃縮的微生物劑引入微生物表徵測試裝置中並且使所述測試裝置經受分析。22.根據權利要求16所述的方法，其中步驟(f)包括使所述分離器裝置離心的步驟。23.根據權利要求16所述的方法，其中步驟(c)包括將所述樣品的部分抽出而送入至一次性取樣裝置中的步驟，並且其中步驟(d)包括將所述樣品的所述部分分配入所述分離裝置中。24.根據權利要求23所述的方法，其中所述一次性取樣裝置或所述分離裝置中的一個預加載有選擇性的溶解緩衝劑。25.根據權利要求23所述的方法，還包括將所述樣品的所述部分與選擇性的溶解緩衝劑在用於從所述試樣容器抽出所述樣品的所述部分的一次性取樣裝置內混合的步驟，其中混合步驟在進行步驟(d)之前被進行。26.根據權利要求16所述的方法，其中步驟(a)和(b)在自動化檢測儀器中進行，並且其中步驟(c)、(d)、(e)和(f)在自動化識別和/或表徵儀器中進行。27.根據權利要求沈所述的方法，還包括自動地將試樣容器從所述自動化檢測儀器傳遞至所述自動化識別和/或表徵儀器的步驟。28.根據權利要求27所述的方法，其中所述自動化檢測儀器被結合在所述自動化識別和/或表徵儀器內。29.一種用於對微生物劑進行快速的表徵和/或識別的自動化方法，包括以下步驟(a)提供檢測子系統和檢測設備，所述檢測子系統具有入口位置，所述入口位置用於接收容納有待測試的樣品的試樣容器，所述檢測設備用於檢測何時試樣容器對於所述試樣容器內的樣品中的微生物劑的存在已變為是陽性的；(b)當試樣容器已變為陽性時，自動地將所述試樣容器運動至遠離所述檢測子系統的識別和/或表徵子系統；(c)在所述表徵和/或識別子系統內，自動地進行以下步驟(1)從所述試樣容器抽出所述樣品的部分；(2)將所述樣品的所抽出的部分分配入一次性分離裝置中；(3)將所述樣品的所抽出的部分內的微生物劑在所述分離裝置內濃縮；以及(4)分析所濃縮的微生物劑以表徵和/或識別所述微生物劑。30.根據權利要求四所述的方法，其中所述樣品包括生物樣品，並且其中所述方法還包括將所述樣品的所抽出的部分中存在的組分溶解的步驟。31.根據權利要求四所述的方法，其中所述方法還包括以下步驟從所述分離裝置移除所濃縮的微生物劑，和在從所述分離裝置移除所濃縮的微生物劑之後進行分析步驟(e)G)。32.根據權利要求四所述的方法，其中步驟(e)(4)在所述微生物劑在所述分離裝置內被濃縮時進行。33.根據權利要求31所述的方法，其中分析步驟(e)(4)包括對所濃縮的微生物劑進行光譜分析。34.根據權利要求32所述的方法，其中所述光譜分析包括固有螢光光譜。35.根據權利要求四所述的方法，其中濃縮步驟(e)(3)包括使所述分離器裝置離心。36.根據權利要求四所述的方法，其中所述樣品包括血液，並且其中所述試樣容器包括血液培養瓶。全文摘要一種檢測儀器確定試樣容器(例如血液培養瓶)是否對於在其中的微生物劑生長的存在是陽性的。當容器被認為是陽性的時，其變為可用於(例如被傳遞或暴露於)進行微生物劑的識別和/或表徵的自動化儀器。識別和/或表徵儀器從試樣容器移除樣品的一部分並且將其放置入一次性的分離和濃縮裝置中。微生物劑通過可選擇的對可能存在的非微生物劑細胞材料的選擇性的溶解以及通過離心而被濃縮。讀取模塊使用光譜方法例如固有螢光的測量來讀取被濃縮的微生物劑。這樣的詢問可以在微生物劑保持在一次性裝置中被濃縮時發生。文檔編號G01N35/04GK102460180SQ201080031260公開日2012年5月16日申請日期2010年5月14日優先權日2009年5月15日發明者克里斯多福·S·龍西克,布拉德福德·克萊,瓊斯·海曼,瑟曼·索普,約翰·D·沃爾什,羅尼·J·魯賓遜,馬克·S·威爾遜申請人:生物梅裡埃有限公司