用於為抗egfr藥物治療鑑定非小細胞肺癌患者的組織學標誌物的製作方法

2023-12-10 03:53:56 3

用於為抗egfr藥物治療鑑定非小細胞肺癌患者的組織學標誌物的製作方法
【專利摘要】本發明提供使用針對EGFR的藥物(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗(cetuximab))治療肺癌患者(尤其是具有SCC或PLC的NSCLC)的方法。另外，本發明提供根據組織學測定為使用針對EGFR藥物(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗)的治療鑑定或選擇肺癌患者的方法。
【專利說明】用於為抗EGFR藥物治療鑑定非小細胞肺癌患者的組織學標誌物
[0001]對相關申請的交叉引用
[0002]本申請要求2012年7月31日提交的國際專利申請N0.PCT/CN2012/079399的優先權,通過述及將其完整收入本文。
發明領域
[0003]本發明涉及治療肺癌患者以及為用針對表皮生長因子受體(EGFR)的藥物(諸如抗EGFR抗體治療,例如西妥昔單抗(cetuximab))的治療鑑定和選擇肺癌患者。
[0004]背景
[0005]非小細胞肺癌(NSCLC)是一種常見的癌症，具有首要的全球死亡率但具有很少的有效治療選項。NSCLC還是多種類型的疾病，主要亞型為腺癌(ADC，40% )，鱗狀細胞癌(SCC，25?30% )，未分化大細胞癌(LCC，10?15 % )，腺鱗癌(多形癌或PLC)，肉瘤樣癌(<5%)，等等。新批准的靶向療法(NSCLC)帶來了新的希望，包括靶向EGFR的酪氨酸激酶抑制劑(TKI)(例如厄洛替尼，吉非替尼(gefitinib)，等)和ALK(克唑替尼(crizotinib))。然而,兩項主要的挑戰限制這些藥物的使用。首先，NSCLC患者中只有一個小子集響應該等治療。具有在亞洲女性中更常見的EGFR激活性突變的患者(?10% )更有可能響應 EGFR-TKI (Lynch TJ, et al.N Engl J Med.2004 ;350: 2129-39 及 Paez JG, etal.Science.2004 ;304:1497-500)，而具有ALK-EML4融合的患者(3?5% )更有可能響應克唑替尼(Rodig SJ, et al.Curr Opin Investig Drugs.2010 ;11:1477-90)。其次，該等治療總是導致快速形成藥物抗性(Gazdar AF, Oncogene.2009 ；28Suppl 1: S24-31 ；Bean J, etal.Proc Natl Acad Sci U S A.2007 ； 104:20932-7 ;&Kubo T, et al.1nt J Cancer.2009 ；124:1778-84)。因此，迫切需要新的靶向藥物來彌補現有的靶向治療。本領域仍然需要針對NSCLC的有效療法。
[0006]本發明的方法滿足這種需要且提供用於有效治療NSCLC的方法。
[0007]發明概述
[0008]本發明提供用於治療肺癌的方法。在一些實施方案中，該肺癌為非小細胞肺癌(NSCLC)。在一些實施方案中，該NSCLC為具有某些組織學的NSCLC，例如具有鱗狀細胞癌(SCC)或腺鱗癌(多形癌或PLC)的NSCLC。在一個實施方案中，本發明提供用於治療具有肺癌的患者的方法，其通過對該患者施用有效量的藥物來進行。在一些實施方案中，該藥物針對表皮生長因子受體(EGFR)。在一些實施方案中，該藥物靶向EGFR。在一些實施方案中，該藥物靶向EGFR下遊的信號傳導途徑。在一些實施方案中，該藥物為EGFR的配體的拮抗劑或抗體，例如表皮生長因子(EGF)，轉化生長因子a (TGF α ), HB-EGF，雙調蛋白(amphiregulin), β細胞素(betacellulin),上皮促分裂原(epigen),和/或表調蛋白(epiregulin)的拮抗劑或抗體。在一些實施方案中，該藥物為小分子。在一些實施方案中，該藥物針對由EGFR和ErbB受體家族的另一種成員(諸如EfbB2/Her2/neu)形成的異二聚體。在一些實施方案中，該藥物針對由EGFR形成的同二聚體。在一些實施方案中，該藥物為針對EGFR的抗體或抗體樣治療劑實體(抗EGFR抗體治療)，例如西妥昔單抗。在另一個實施方案中，本發明提供用於治療具有肺癌諸如NSCLC的患者的方法，其通過測定NSCLC的組織學並當該NSCLC為鱗狀細胞癌(SCC)或腺鱗癌(PLC)時用針對EGFR的抗體(例如西妥昔單抗)治療患者來進行。
[0009]在另一個實施方案中，本發明提供用於鑑定針對EGFR的治療的響應者和/或不響應者肺癌患者的方法，其包括在來自具有肺癌的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，其中該肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗治療)的響應者，而該NSCLC為腺癌(ADC)或大細胞癌(LCC)的測定結果指示針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗治療)的不響應者。
[0010]在另一個實施方案中，本發明提供用於為在有需要的患者中治療肺癌確定治療方案的方法。該方法包括在來自具有肺癌的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，其中所述肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗治療)的響應者，而該NSCLC為ADC或LCC的測定結果指示針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗治療)的不響應者，並當該NSCLC為SCC或PLC時，用針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗)治療所述患者。
[0011]在另一個實施方案中，本發明提供用於改變或修改針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗)的治療方案的方法，其包括在來自正在接受治療(例如標準護理肺癌治療或西妥昔單抗)的具有肺癌的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，並根據肺癌的組織學改變該治療方案。例如，當所述肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC時，繼續針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗)的治療方案，或當所述NSCLC為ADC或LCC時，中止所述治療方案。
[0012]本發明提供為用針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗)的治療選擇具有肺癌的患者的方法，其包括在來自患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，其中該肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗治療)的響應者，而該NSCLC為ADC或LCC的測定結果指示針對EGFR的治療(例如西妥昔單抗治療)的不響應者，並為用針對EGFR的藥物(例如西妥昔單抗)的治療選擇那些測定為具有SCC或PLC的患者。
[0013]本發明提供為用針對EGFR的藥物(例如西妥昔單抗)治療肺癌的確定或評估提供有用信息的方法。該方法包括在來自患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，並給根據肺癌的組織學提供治療的確定或評估的實體提供組織學的測定結果。在一些實施方案中，該肺癌為NSCLC。
[0014]本發明提供試劑盒。該試劑盒包括一種或多種適合於測定肺癌的組織學的試劑，和任選的關於利用該組織學結果來確定肺癌的治療的指令，例如當該肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC時，該測定結果指示響應者，而當該NSCLC為ADC或LCC時，該測定結果指示針對EGFR的藥物(例如西妥昔單抗)的不響應者。
[0015]附圖簡述
[0016]圖1顯示代表性NSCLC-HuPrime模型對西妥昔單抗的響應。為LU1204(SCC)，LU2505 (ADC)，LU1901 (LCC)，和LU1235 (PLC)顯示了媒介對照(圓形)和Img/小鼠西妥昔單抗(方形)的腫瘤尺寸。LU1235先前有記載。
[0017]圖2顯示代表性NSCLC HuPrime?模型中西妥昔單抗的藥效學研究。圖1中所示西妥昔單抗單劑治療，並在為生物標誌物PERK的IHC分析顯示的時間點收穫腫瘤樣品。圖2A描繪IHC圖像，而圖2B是顯示IHC得分的柱形圖。
[0018]圖3顯示西妥昔單抗的抗腫瘤活性，連同EGFR，AREG和EREG的基因表達。自頂部至底部的小圖:AT/AC，EGFR，AREG和EREG。紅色塊為SCC，而藍色塊為非SCC腫瘤。含有黑色邊框的塊具有EGFR突變。
[0019]圖4 顯示四種代表性 NSCLC-HuPrime 模型(LU357，LU1204, LU1513，和 LU387)的EGFR-1HC 染色。
[0020]圖5顯示NSCLC的組織學亞型一代表性圖像。
[0021]發明詳述
[0022]本發明部分基於下述發現，即抗EGFR抗體治療有效治療NSCLC，尤其是具有某些組織學亞型的NSCLC。因而，本發明提供用針對EGFR的藥物治療NSCLC患者(尤其是具有SCC或PLC的NSCLC)的方法。
[0023]根據本發明，「針對EGFR的藥物」指能改變EGFR信號傳導途徑的活性的組合物，諸如能提高，降低，消除，增強，延遲，減小，或阻斷EGFR信號傳導途徑的活性的組合物。在一些實施方案中，該組合物在DNA水平，轉錄水平，翻譯水平，翻譯後水平，和/或蛋白質水平針對EGFR，或者EGFR信號傳導途徑的一種或多種成分。該組合物可特異性靶向EGFR，或至少靶向EGFR。在一些實施方案中，該組合物能引起EGFR和/或EGFR信號傳導途徑中的成分的基因阻抑和/或基因沉默，例如敲低或敲除EGFR和/或EGFR信號傳導途徑中的成分。在一些實施方案中，該組合物能改變EGFR蛋白活性，諸如改變EGFR對其配體的結合活性和/或其誘導下遊信號傳導途徑的能力。在一些實施方案中，該藥物為EGFR的配體的拮抗劑或抗體，例如表皮生長因子(EGF)，轉化生長因子a (TGFa)，HB_EGF，雙調蛋白，β細胞素，上皮促分裂原，和/或表調蛋白的拮抗劑或抗體。在一些實施方案中，該藥物可靶向EGFR和/或配體及阻斷配體-受體結合。在一些實施方案中，該藥物能引起受體和/或配體的構象變化及降低或滅活EGFR介導的細胞信號傳導。在一些實施方案中，該藥物針對由EGFR和ErbB受體家族的另一種成員(諸如EfbB2/Her2/neu)形成的異二聚體，或由兩個EGFR分子形成的同二聚體。EGFR信號傳導途徑記載於Sechacharyulu et al.(Targeting theEGFR signaling pathway in cancer therapy, Expert Opin Ther Targets, 2012January,16 (I):15-31) ；0da et al.(A comprehensive pathway map of epidermal growth factorreceptor signaling, Molecular Systems B1logy 1:2005.0010);及 Development EGFRSignaling Pathway (Pathway Maps, Thomson Reuters, 2012),將其每一篇完整收入本文用於所有目的。
[0024]在一些實施方案中，該藥物包含小分子。如本文中使用的，術語「小分子」指具有小於500MW的分子量的分子，其中該藥物為非肽或肽劑。在一些實施方案中，該藥物包含蛋白質或多肽。在一些實施方案中，該藥物包含雜合分子。在一些實施方案中，該藥物為抗體。在一些實施方案中，該藥物為抗EGFR抗體。在一些實施方案中，該藥物為抗EGFR配體抗體。在一些實施方案中，該藥物為人源化抗EGFR配體抗體。在一些實施方案中，該抗體為單克隆抗體。
[0025]在一些實施方案中，該藥物為抗EGFR抗體。在一些實施方案中，該藥物為西妥昔單抗或其功能性變體或衍生物。抗EGFR抗體的非限制性例子記載於PCT公開文本 N0.W0/2011/140151， W0/2007/058823， W0/2011/080209， W0/2010/080463，W0/2012/020059, W0/2011/080209, W0/2011/059762, W0/2011/152525, W0/2011/140254,W0/2010/034441, W0/2011/156617, W0/2005/090407, W0/2013/006547, W0/2008/140493,W0/2011/156617，美國專利 N0.5942602，6129915，7723484，7618631，7598350，及美國專利申請公開文本 N0.20100166755, 20080274114, 20130142812, 20110158987, 20120107234,20110117110,20110287002,20120149879,20120282633,20100009390,20050238640,20060154334，20120231021和20130149299，通過述及將其每一篇完整收入本文用於所有目的。
[0026]另外，本發明還提供根據患者的組織學亞型為某些抗EGFR抗體治療選擇NSCLC患者的方法，例如具有SCC或PLC的NSCLC適合於針對EGFR的治療，諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗。根據本發明，術語「針對EGFR的治療」指使用針對EGFR的藥物的治療。
[0027]在一個實施方案中，本發明提供用於在患者中治療肺癌的方法，其包括測定肺癌的組織學。在一個實施方案中，該方法進一步包括當該肺癌為NSCLC，且該NSCLC為鱗狀細胞癌(SCC)或腺鱗癌(多形癌或PLC)時，用針對EGFR的藥物治療該患者。在一個實施方案中，該方法包括用針對EGFR的藥物治療患者。在一些實施方案中，該針對EGFR的藥物為抗EGFR抗體，諸如西妥昔單抗或其功能性變體。
[0028]在另一個實施方案中，本發明提供用於鑑定響應者和不響應者患者的方法，其包括在來自具有肺癌的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，其中所述肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)的響應者，而該NSCLC為腺癌(ADC)或大細胞癌(LCC)的測定結果指示針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)的不響應者。
[0029]在另一個實施方案中，本發明提供用於為在有需要的患者中治療肺癌確定治療方案的方法。該方法包括在來自具有NSCLC的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學。該肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)的響應者，而該NSCLC為ADC或LCC的測定結果指示針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)的不響應者。然後當該NSCLC為SCC或PLC時，用針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗)治療該患者。
[0030]在另一個實施方案中，本發明提供用於為具有肺癌的患者改變或修改針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗)的治療方案的方法，其包括在來自接受肺癌標準護理或針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療,例如西妥昔單抗)、具有肺癌的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，並根據肺癌的組織學改變或修改治療方案。例如，當所述肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC時，繼續針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗)的治療方案，或者當所述NSCLC為ADC或LCC時，中止針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗)的治療方案。
[0031]在另一個實施方案中，本發明提供用於為用針對EGFR的藥物的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗)選擇具有肺癌的患者的方法，其包括在來自患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學。該肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)的響應者，而該NSCLC為ADC或LCC的測定結果指示針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)的不響應者。為針對EGFR的治療(諸如用抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗的治療)選擇測定為具有SCC或PLC的患者。
[0032]該肺癌為NSCLC，其該NSCLC為SCC或PLC的組織學測定結果指示針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)的響應者。該NSCLC為ADC或LCC的組織學測定結果指示針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)的不響應者。在一些實施方案中，在針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)之前進行肺癌組織學測定。在一些實施方案中，在針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)期間進行肺癌組織學測定。在一些實施方案中，在針對EGFR的治療(諸如抗EGFR抗體治療，例如西妥昔單抗治療)之後進行肺癌組織學測定。
[0033]根據本發明的響應者為展現治療功效的個體，而不響應者不展現治療功效。短語「測定治療功效」或「測定治療的功效」及其變型可包括用於確定治療對受試者提供益處的任何方法。術語「治療功效」及其變型一般變現為與疾病有關的一種或多種體徵或症狀的緩解，而且可以由本領域技術人員容易地確定。「治療功效」也可以指通常與疾病的標準或非標準治療(即用於治療癌症的化療或放療)有關的毒性的體徵和症狀的預防或改善。治療功效的測定通常是適應證和疾病特異性的，而且可包括本領域已知或可得的、用於確定治療對患者提供有益效果的任何方法。例如，治療功效的證據可包括但不限於疾病或適應證的消退，對於癌症，這可包括但不限於腫瘤尺寸，腫瘤轉移，等的縮小和減輕等。而且，治療功效還可包括受試者整體健康的總體改善,諸如但不限於患者生活質量的提高,預測受試者存活率的升高，沮喪的減輕或適應證再發生率的降低(消退時間的延長)(參見例如Physicians』 Desk Reference(2010))。
[0034]抗EGFR抗體治療可包括使用抗EGFR抗體或抗體樣治療劑(包括但不限於具有一個或多個抗EGFR CDR的任何分子)的任何治療。在一個實施方案中，抗EGFR抗體治療包括任何已批准的抗EGFR抗體，例如西妥昔單抗(也稱作erbitux)或其生物類似物或衍生物，例如完全人的抗EGFR抗體,等。西妥昔單抗(在北美洲由ImClone和Bristol-MyersSquibb銷售，在世界其它地方由Merck KGaA銷售)是一種重組，人/小鼠嵌合單克隆抗體，其阻斷表皮生長因子(EGF)受體(EGFR)的活化。可以通過靜脈內輸注給予西妥昔單抗來治療轉移性結直腸癌及頭和頸癌。在一些實施方案中，在PH 7.0至7.4的無菌、無色液體中配製西妥昔單抗。在一些實施方案中，以2mg/mL的濃度以100mg(50mL)或200mg(10mL)任一配製西妥昔單抗。在一些實施方案中，在單次使用管形瓶中配製西妥昔單抗。在一些實施方案中，西妥昔單抗配製劑包括8.48mg/mL氯化鈉，1.88mg/mL磷酸氫二鈉七水合物，
0.41mg/mL磷酸二氫鈉單水合物，和注射用無菌水。用於施用西妥昔單抗的方法和配製劑是醫學領域技術人員熟知的，而且涵蓋任何公知的西妥昔單抗的施用方法，西妥昔單抗的劑量給藥方案或西妥昔單抗的配製劑以用於本發明方法。使用西妥昔單抗的詳細組合物和方法記載於美國專利N0.8075916,N0.7977336,N0.6217866，通過述及完整收錄其每一篇用於所有目的。
[0035]用於測定癌症的組織學的方法是本領域公知的，而且本領域技術人員能使用任何已知方法來測定癌症樣品的SCC，PLC, ADC或LCC組織學。
[0036]鱗狀細胞肺癌(SCC)通常為位於中央的大細胞癌(非小細胞肺癌或NSCLC)，其常常具有引起副甲狀腺激素相關蛋白(PTHrP)異位生成的副腫瘤症候群，導致高鈣血症。這主要是由於吸菸。SCC細胞為大的，平的且以高細胞質對核比分層。關鍵診斷特徵包括存在胞質內角蛋白，這可以聯繫細胞間橋的存在和鱗狀珠形成。大多數SCC細胞出現於主，葉，段或亞段支氣管內的中央，但是一些存在於更加周圍的部位。腫瘤塊一般延伸入氣道的內腔，伴有侵入下面的壁。鱗狀細胞癌要求存在下述至少一項:角蛋白，角蛋白珠或細胞間橋。
[0037]肺的腺癌(ADC)是肺癌的一種常見的組織學形式，其含有某些獨特的惡性組織體系結構，細胞學，或分子特徵，包括腺和/或導管形成和/或生成大量的粘液。腺癌是終身不吸菸者中最常見的肺癌類型。腺癌是高度異質的腫瘤，而且當前認識幾種主要組織學亞型:腺泡腺癌，乳頭狀腺癌，支氣管肺泡腺癌，具有粘蛋白生成的實體腺癌，和混合類型。肺的腺癌趨於粘蛋白染色陽性，因為它衍生自肺的粘液生成腺。與其它腺癌類似，如果這種腫瘤分化較好(低級)，那麼它會類似正常腺結構。分化較差的腺癌不會類似正常腺(高級)，而且會通過看出它們粘蛋白(由腺生成)染色陽性來檢測。腺癌要求存在鱗屑(I印idic)樣式(先前的支氣管肺泡樣式)，腺泡樣式(明確腺形成)，乳頭狀樣式，沒有基質核的乳頭狀結節(微乳頭狀樣式)或其它方面未分化的癌瘤的兩個連續高倍視野中的超過五個細胞中有細胞內含粘蛋白液泡(實體樣式)。因為大多數ADC是組織學異質的，所以它們一般落入混合範疇。腫瘤通常出現於較小的周圍氣道(不同於帶有軟骨的支氣管)，但是能在更加中央的部位找到它們。ADC的關鍵診斷特徵包括腺形成-在那裡腫瘤細胞圍繞中央腔排列-和/或粘蛋白生成。
[0038]大細胞肺癌(LCC)指源自肺中轉化上皮細胞的未分化惡性贅生物的異質群。實際上，LCC是一種「排除式診斷」，即腫瘤細胞缺乏會將贅生物歸類為小細胞癌，鱗狀細胞癌，腺癌，或其它更加具體的肺癌組織學類型的光學顯微鏡特徵，例如，病變細胞不是柱形的，不含粘液，不顯示鱗狀分化，且沒有神經內分泌特性或小細胞特徵。LCC與小細胞肺癌(SCC)的區別主要在於退化細胞更大，細胞質對核大小比更大，及缺乏「椒鹽」染色質。腫瘤趨於由具有豐富細胞質，大核和明顯核仁的大細胞組成，而且它們可存在於周圍或中央。LCC的變型包括透明細胞癌，巨細胞癌和大細胞神經內分泌癌(LCNEC)。最新版本的世界衛生組織肺癌組織學分型大綱包括LCC的幾種變型，包括(a)基底細胞樣，(b)透明細胞，(c)淋巴上皮瘤樣，(d)杆狀表型，和(e)大細胞神經內分泌癌。另外，新系統下認識到稱作「組合大細胞神經內分泌癌」或c-LCNEC的「亞變型」。要指派為c-LCNEC，腫瘤必須含有至少10%LCNEC細胞與至少10%其它形式NSCLC的組合。
[0039]肺多形癌是一種罕見的上皮腫瘤且具有攻擊性臨床過程。肺多形癌的研究少有記載，參見 Kaira et al.(Pulmonary Pleomorphic Carcinoma:A ClinicopathologicalStudy Including EGFR Mutat1n Analysis,Journal of Thoracic Oncology:April2010-Volume 5-1ssue 4-pp 460-465)。
[0040]可使用任何合適測試來測定癌症的組織學。此類測試和檢查包括但不限於肺癌的常見體徵和症狀，霍納(Horner)症候群，上腔靜脈症候群，副腫瘤症候群，病歷和體檢，成像測試，胸部X射線，計算機斷層照相(CT)掃描，磁共振成像(MRI)掃描，正電子發射斷層照相(PET)掃描,骨掃描,痰細胞學，穿刺活檢,支氣管鏡檢查術,支氣管內超聲，內窺鏡食道超聲，縱隔鏡檢查術和縱隔切開術，胸腔穿刺術，胸腔鏡檢查術，免疫組織化學，分子測試，驗血，肺功能測試，或自其衍生的任何合適方法。用於測定癌症組織學的方法的非限制性例子記載於 Walter et al.(The Histology of Lung Cancer, Thorax, 1955, 10:107)；Nicholson et al.(Standards and Datasets for Reportin Cancers Dataset forlung cancer histophathology reports(3rd Edit1n), The Royal College ofPathoglogistsj April 2011) ；Travis et al.(Internat1nal Associat1n for theStudy of Lung Cancer/American Thoracic Society/European Respiratory Societyinternat1nal multidisciplinary classificat1n of lung adenocarcinoma.JThorac Oncol 2011 ；6:244-285);世界衛生組織(Tumours of the lung, pleura, thymusand heart.Lyons:1ARC Press,2004) ；Tan et al.(A5_MicroRNA Signature for LungSquamous Cell Carcinoma Diagnosis and hsa_miR-31for Prognosis, Imaging, Diagnosis，Prognosis，DO1:10.1158/1078-0432.CCR-11-0419) ；Bishop et al.(ρ40(ΔΝρ63)is Super1r top63for the Diagnosis of Pulmonary Squamous Cell Carcinoma, ModPathol.2012 ；25(3):405-415)；及 Iwasaki et al.(Pulmonary PleomorphicCarcinoma:Diagnosis Using Small B1psy Specimens, Journal of ThoracicOncology: September 2010-Volume 5-1ssue 9_p 1492)，通過述及將其每一篇完整收入本文用於所有目的。
[0041]用於獲得生物學樣品的方法是本領域公知的，而且可以釆用用於獲得生物學樣品的任何標準方法。可用於本發明方法的生物學樣品包括但不限於血清，血液，血漿，全血及其衍生物，皮膚，毛髮，毛囊，唾液，口腔粘液，陰道尿液，汗液，淚液，上皮組織，尿液，精子，精液，精液漿，前列腺液，射精前液(Cowper氏液)，排洩物/分泌物，活檢，腹水，腦脊液，淋巴，和組織提取物樣品或活檢(參見例如Clinical Proteomics:Methods andProtocols, Vol.428in Methods in Molecular B1logy,Ed.Antonia Vlahou(2008))。在一個實施方案中，本發明的生物學樣品包括肺的任何細胞或組織樣品，例如NSCLC的就地或循環或迀移細胞。在另一個實施方案中，本發明的生物學樣品包括肺的細胞或組織樣品的任何提取物或部分或完整級分，例如NSCLC的就地或循環或迀移細胞。
[0042]在一些實施方案中，適合於通過本發明的方法來治療的患者為亞洲血統。在一些實施方案中，該患者為亞洲血統，具有展現SCC或PLC組織學的NSCLC。在一些實施方案中，該患者為東亞血統。
[0043]在一些實施方案中，抗EGFR抗體治療(例如西妥昔單抗)可以與一種或多種化療齊U，放射治療劑，化學放射治療劑，或靶向治療劑共施用。
[0044]在一些實施方案中，化療劑包括但不限於長春鹼(vinblastine)，長春新減(vincristine),放線菌素 D (dactinomycin)，柔紅黴素(daunorubicin)，多柔比星(doxorubicin)，依託泊苷(etoposide)，光神黴素(mithramycin)，帕利他賽(paclitaxel)，多西他賽(docetaxel)，順鉬(cisplatin)，卡鉬(carboplatin)，氟尿啼唳(fluorouracil)，亞葉酸(folinic acid)和依立替康(irinotecan)。
[0045]在一些實施方案中，祀向治療劑包括但不限於貝伐單抗(bevacizumab)，曲妥單抗(trastuzumab)，厄洛替尼(erlotinib)，帕尼單抗(panitumumab)，索拉非尼(sorafenib)，英夫利昔單抗(infliximab)，阿達木單抗(adalimumab)，巴利昔單抗(basiliximab)，達克珠單抗(daclizumab)和奧馬珠單抗(omalizumab)。
[0046]在一些實施方案中，以約40Gy至約80Gy的劑量施用放射治療劑。在一些實施方案中，劑量為約50Gy至約70Gy，在一些實施方案中，劑量為約50Gy至約65Gy。在一些實施方案中，以約50Gy，約55Gy，約60Gy或約65Gy的劑量施用放射療法。
[0047]在還有另一個實施方案中，本發明提供為例如用抗EGFR抗體治療(例如用西妥昔單抗)的NSCLC治療或治療功效的預測，確定，評估或監測提供有用信息的方法。該方法包括在來自患者的生物學樣品中測定NSCLC的組織學並給根據NSCLC的組織學提供治療和/或治療功效的確定，預測，或評估的實體提供組織學的測定結果。如果組織學為SCC或PLC，那麼該實體可提供應當使用或應當繼續用抗EGFR抗體治療的治療(例如西妥昔單抗)的決定。如果組織學為ADC或LLC，那麼該實體可提供不應當使用或應當中止用抗EGFR抗體治療的治療(例如西妥昔單抗)的決定。
[0048]本發明提供試劑盒。該試劑盒包括一種或多種用於測定NSCLC的組織學的試劑和任選的關於利用該組織學結果來確定NSCLC患者的治療(例如抗EGFR抗體治療)的指令。例如，當NSCLC為SCC或PLC時，該測定結果指示響應者，而當NSCLC為ADC或LCC時，該測定結果指示抗EGFR抗體治療的不響應者。
實施例
[0049]實施例1:NSCLC_SCC PDX對西妥昔單杭的高響應率(RR)
[0050]因為對於可能的響應者缺乏令人信服的預測性生物標誌物，所以雖然數項臨床試驗指示在一些患者中的臨床好處，但是西妥昔單抗尚未批准用於治療非小細胞肺癌(NSCLC)(Pirker R, et al.Lancet.2009 ；373:1525-31 ；Khambata-Ford S，et al.J ClinOncol.2010 ;28:918-27 ;及 O』Byrne KJ, et al.Lancet Oncol.2011 ;12:795_805)。為了探索西妥昔單抗響應的預測性生物標誌物，我們自具有不同NSCLC組織學亞型(包括腺癌(ADC)，鱗狀細胞癌(SCC)，多形癌(PLC)和大細胞癌(LCC)，等)的亞洲患者建立了患者衍生異種移植物O3DX)的大型集合。有趣的是，雖然NSCLC具有25%的總體移植採納率(takerate)，但是SCC的採納率為?31 %，接近ADC的?17 %的兩倍，這一現象可能對於腫瘤轉移潛力和預後具有生物學意義。當我們在一組隨機選擇的32種PDX模型中測試西妥昔單抗時，我們確認了它們中的一個子基響應西妥昔單抗(15/32)(定義為％ ΔΤ/Δ050 %)包括 ADC (7/17)，LCC (2/17)，和 SCC (7/17)。雖然響應者沒有，但是1/7的非響應性SCC具有活化性KRASG12D突變。一種部分響應者具有ALK-EML4融合δτ/δο = 37% )0 一般而言，非響應性或部分響應性SCC趨於具有與較好的響應者(% ΛΤ/Λ(Χ20% )相比相對較低的EGFR表達。在較好的響應者中有包括活化性EGFR突變(刪除，插入和點突變)的。總之，我們的數據看來提示亞洲SCC具有比亞洲ADC更高的移植採納率和更高的西妥昔單抗響應率(RR)，其中可能的正面因子為更高EGFR表達和突變，及負面因子為KRAS突變，ALK融合和c-Met擴增。
[0051]在一般認為NSCLC是攻擊性疾病的同時，在兩種主要組織學亞型之間，SCC在轉移和較差的預後方面甚至更具攻擊性(What is non-small cell lung cancer, AmericanCancer Society，2012)。相信酪氨酸激酶抑制劑(TKI)治療腺癌比SCC更加有效，因為TKI治療好處的正面因子EGFR突變常常與腺癌有關(20%?40%) (Pao et al.，2009及Billahet al., 2011)且很少與 SCC 有關 ?3% ) (Sequest LV et al., 2011) ? 因為認為 EGFR 突變測試是ADC而非SCC的TKI治療的預測性測試(NCCN臨床實踐指南)，或者換言之，大多認為TKI是除SCC外的ADC的治療。因此，今天本質上沒有針對SCC的明顯靶向治療。然而，導致這種觀點的大多數臨床研究大多是在西方及對高加索人患者進行的。這對於亞洲患者(例如中國人NSCLC患者)有多正確仍然有待確定。
[0052]所有這些使得為NSCLC患者提供別的治療選項極其迫切，特別是那些已經在銷售但尚未批准用於這種適應證的藥物。在它們中有針對EGFR(也是兩種已經批准的NSCLC藥物(EGFR-TKI)的靶物)的單克隆抗體(包括西妥昔單抗和帕尼單抗)(還有未批准的Matuzumab)就是此類潛在選項。
[0053]西妥昔單抗是一種IgGl單克隆抗體。它靶向EGFR且阻斷配體-受體結合，引起受體構象變化並滅活EGFR介導的細胞信號傳導(Mendelsohn J, et al.J Clin Oncol.2003 ；21:2787-99)。它得到美國食品和藥品管理局(FDA)批准用於治療表達EGFR的轉移性結腸直腸癌(mCRC)，或是作為單一藥劑(用於依立替康/奧沙利鉬不應性患者)或是與依立替康組合(用於依立替康不應性患者)(Ciardiello F，et al.N Engl J Med.2008 ；358:1160-74)，排除那些在密碼子12和13處具有KRAS突變的(De Roock W，et al.LancetOncol.2011 ;12:594_603)。西妥昔單抗還批准作為與化療(Vermorken JB, et al.N Engl JMed.2008 ；359:1116-27)和放射(Bonner JA, et al.N Engl J Med.2006 ；354:567-78)的組合治療用於適應證具有局部晚期且處於復發/轉移性疾病的頭和頸鱗狀細胞癌(SCC)。然而，它尚未批准用於治療NSCLC，儘管在與化療劑組合時臨床試驗(例如FLEX)在一些患者中指示抗腫瘤活性(Pirker R, et al.Lancet.2009 ；373:1525-31)。這是因為未能對於可能的響應者鑑定出令人信服的預測性生物標誌物(BMS099) (Khambata-Ford S，et al.J ClinOncol.2010 ;28:918-27及O』Byrne KJ, et al.Lancet Oncol.2011 ; 12:795-805)，儘管最近的努力提示較高的EGFR-1HC得分證明更長的存活(Pirker R, et al.Lancet Oncol.2012 ；13:33-42)。
[0054]沒有任何體外操作，患者衍生異種移植物(rox)反映患者的組織病理學和遺傳概況，包括 NSCLC PDX 模型(Ding L, et al.Nature.2010 ；464:999-1005 ；MarangoniE, et al.Clin Cancer Res.2007 ; 13:3989-98 ;Nemati F, et al.Clin Cancer Res.2010 ；16:2352-62 ;Nemati F,et al.Anticancer Drugs.2010 ；21:25-32 ；Fichtner I,etal.Clin Cancer Res.2008 ; 14:6456-68 ;及 Hennessey PT,et al.PLoS One.2011 ；6:e20584)。PDX提高了臨床前癌症模型的預測效力且使得能夠發現靶向治療劑的預測性生物標誌物。先前記載了通過將初始亞洲NSCLC患者腫瘤組織移植入免疫受損的小鼠來建立 PDX 模型的大型集合(稱作 NSCLC HuPrime⑧)(Yang M, et al.0vercoming drugresistance with tailored treatment regimen in patient derived xenografts fromnaive Asian NSCLC patients resistant to EGFR inhibitors.2012 ;提交)。這個集合使得能夠緊密檢查NSCLC亞型的性質及還能夠基於一個隨機選擇組實施臨床試驗樣研究。我們發現SCC亞型具有比ADC顯著較高的移植率，還具有較高百分比的EGFR突變率，及特別是具有較高的針對西妥昔單抗治療的響應率(RR)-在測試的NSCLC模型中，所有響應者至今幾乎唯獨是SCC，至少對於亞洲患者衍生模型而言。一組隨機選擇的移植模型的西妥昔單抗治療證明不僅它們中的一個子基響應治療，而且所有響應者至今令人驚訝地幾乎唯獨是SCC，提示SCC比非SCC顯著更高的響應率(RR)，至少對於亞洲患者而言。另外，我們還鑑定出可能影響響應的一些因子，或是正面的或是負面的。此發現指示NSCLC-SCC可能是西妥昔單抗以及其它EGFR拮抗性單克隆抗體藥物的較好疾病靶。這些觀察結果可能潛在有助於在臨床中對亞洲患者定義可能的NSCLC西妥昔單抗響應者。
[0055]材料和方法
[0056]患者腫瘤樣品，免疫受損的小鼠中的移植和化合物功效評估。自診斷為NSCLC的患者新鮮和手術切除的腫瘤組織的移植先前有記載(Yang M, et al.0vercoming drugresistance with tailored treatment regimen in patient derived xenograftsfrom naive iVsian NSCLC patients resistant to EGFR inhibitors.2012 ;提交)，而且得到了河北醫科大學第四醫院制度審查委員會的批准，自患者得到了知情同意書。所有涉及實驗動物的研究是嚴格依照(美國)國家衛生研究院實驗室動物護理和使用指南的推薦進行的。方案得到Crown B1science公司動物實驗倫理委員會(Crown B1science IAQJC委員會)的批准。西妥昔單抗在已建立的NSCLC-PDX模型中的抗腫瘤活性的評估先前也有記載(Yang Mj et al.0vercoming drug resistance with tailored treatment regimenin patient derived xenografts from naive Asian NSCLC patients resistant to EGFRinhibitors.2012 ;提交)。每周兩次監測腫瘤生長，並計算％ Λ T/Λ C值以評估腫瘤對治療的響應(AT =治療組的腫瘤體積變化，AC =對照組的腫瘤體積變化)。
[0057]熱點癌基因突變分析。NSCL-PDX模型的EGFR基因熱點分析先前有記載(Yang M, et al.0vercoming drug resistance with tailored treatmentregimen in patient derived xenografts from naive Asian NSCLC patientsresistant to EGFR inhibitors.2012 ;提交)。對於其它癌基因突變分析，PCR引物為:KRAS-外顯子 2，正向:5』-TTATGTGTGACAT GTTCTAAT-3』 (SEQ ID NO:1);反向:5』 -AGAATGGTCCTGCACCAGTAA-3』(SEQ ID NO:2)。KRAS-夕卜顯子 3，正向:5，-TCAAGTCCTTTGCCCATTTT-3』 (SEQ ID NO:3);反向:5，TGCATGGCATTAGCAAAGAC-3，(SEQID NO:4) o KRAS-外顯子 4，正向:5』 -TTGTGGACAGGTTTTGAAAGA-3』 (SEQ ID NO:5);反向:5』 -AGAAGCAATGCCCTCTCAAG-3』 (SEQ ID NO:6)。EGFR-外顯子 18，正向:5，-CATGGTGAGGGCTGAGGTGA-3』 (SEQ ID NO:7)，反向:5，-CCCCACCAGACCATGAGAGG-3』 (SEQID NO:8) o EGFR-外顯子 19，正向:5，-GTGCATCGCTGGTAACATCCA-3』 (SEQ ID NO:9)，反向:5』 -GGAGATGAGCAGGGTCTAGAGCA-3』 (SEQ ID NO:10)。EGFR-外顯子 20，正向:5，-CGCATTCATGCGTCTTCACC-3，(SEQ ID NO: 11)，反向:5，-CTATCCCAGGAGCGCAGACC-3，(SEQID NO:12) o EGFR-外顯子 21，正向:5』-TGGCATGAACATGACCCTGAA-3』 (SEQ ID NO:13)，反向:5，-CAGCCTGGTCCCTGGTGTC-3』 (SEQ ID NO:14)。PI3K-外顯子 1，正向:5，-CTCCACGACCATCATCAGG-3』 (SEQ ID NO:15)反向:5，-GATTACGAAGGTATTGGTTTAGACAG-3』 (SEQ ID NO:16)。PI3K-外顯子 9，正向:5』 -GATTGGTTCTTTCCTGTCTCTG-3』 (SEQ ID NO:17)，反向:5』-CCACAAATATCAATTTACAACCATTG-3』 (SEQ ID NO: 18)，PI3K-外顯子 20:正向:5』-TGGGGTAAAGGGAATCAAAAG-3』 (SEQ ID NO:19)，反向:5』-CCTATGCAATCGGTCTTTGC_3』 (SEQID NO:20)。AKT-外顯子 3，正向:5，-ACATCTGTCCTGGCACAC-3，(SEQ ID NO:21)，反向:5』 -GCCAGTGCTTGTTGCTTG-3』 (SEQ ID NO:22)。BRAF-外顯子 15，正向:5，-CTCTTCATAATGCTTGCTC-3，(SEQ ID NO:23)，反向:5，-GTGAATACTGGGAACTATG-3』 (SEQID NO:24)。ERK-外顯子 2，正向:5』 -ACTTTACCAACT TGCCTTCT-3』 (SEQ ID NO:25)，反向:5』 -TCACAACAAACCATCCCT-3』 (SEQ ID NO:26)。ERK-外顯子 8，正向:5，-TGCCTTACCCATAAC-3，(SEQ ID NO:27)，反向:5，-GGACCTTGAGGAACATAAT-3，(SEQID NO:28)。用於這些癌基因的PCR方法與先前記載用於EGFR突變分析的相同(YangM, et al.0vercoming drug resistance with tailored treatment regimen inpatient derived xenografts from naive Asian NSCLC patients resistant to EGFRinhibitors.2012 ;提交)。
[0058]NSCLC-HuPrime?,模型的EGFR和C-Met表達和基因拷貝分析。測定EGFR和C-Met表達和基因拷貝數的方法包括標準免疫組織化學(IHC)，Affy_U219，qRT-PCR，qPCR, SNP6 分析,它們先前都有記載(Yang M, et al.0vercoming drug resistance withtailored treatment regimen in patient derived xenografts from naive Asian NSCLCpatients resistant to EGFR inhibitors.2012 ;提交)。
[0059]結果
[0060]SCC具有比ADC顯著更高的移植率。經在Balb/c裸鼠中皮下移植通過移植自未接受治療的亞洲患者手術切除的腫瘤組織建立了一大組NSCLC PDX模型(YangM, et al.0vercoming drug resistance with tailored treatment regimen inpatient derived xenografts from naive Asian NSCLC patients resistant to EGFRinhibitors.2012 ;提交)。來自醫院且用於移植的腫瘤組織是所有NSCLC組織病理學類型的，沒有預先的包括或排除標準，由?47%的腺癌(ADC)，?33%的鱗狀細胞癌(SCC)，3%的腺鱗癌(多形癌或PLC)，2%的大細胞癌(LCC)JP 15%的其它組成。ADC和SCC之間的分布率與患者群體中的(見上文)大致相似。一般而言，NSCLC 25%的整體米納率與其他人報告的那些一致(Fichtner I, et al.Clin Cancer Res.2008 ; 14:6456-68)。有趣的是，SCC?31%的採納率顯著高於ADC的(?17% )。在這項實驗中，PLC(腺鱗癌)的採納率為?35%，而LCC為?50%，但是這二者的樣本大小對於達到有意義還太小。從未報告SCC(P值0.002)超出ADC的統計學顯著高採納率(Fichtner I, et al.Clin CancerRes.2008 ； 14:6456-68)，而且暗示這兩種主要組織學類型之間腫瘤生物學的根本差異，包括在模型中和可能在患者中SCC比ADC更加攻擊性的生長表型和轉移潛力(見上文)。報告了 PDX更像轉移性腫瘤多於原發性腫瘤(Ding L, et al.Nature.2010 ;464:999-1005)，這可能也解釋了 SCC比ADC高的採納率。
[0061]為了確保模型的組織學，由其他病理學家獨立且不知情地仔細檢查模型腫瘤組織。還實施針對分化標誌物的IHC染色以進一步確認模型的組織學，這匯總於表1，圖5顯示代表性圖像。
[0062]表1:患者信息。
[0063]
【權利要求】
1.用於在患者中治療肺癌的方法，其包括對該患者施用有效量的針對表皮生長因子受體(EGFR)的藥物。
2.用於在患者中治療肺癌的方法，其包括測定該肺癌的組織學並用針對表皮生長因子受體(EGFR)的藥物治療患者。
3.用於鑑定響應者和不響應者肺癌患者的方法，其包括在來自具有肺癌的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，其中所述肺癌為非小細胞肺癌(NSCLC)，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示針對EGFR的藥物的響應者，而該NSCLC為ADC或LCC的測定結果指示針對EGFR的藥物的不響應者。
4.用於為在患者中治療肺癌確定治療方案的方法，其包括在來自具有肺癌的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，其中該肺癌為非小細胞肺癌(NSCLC)，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示針對EGFR的藥物的響應者，而該NSCLC為ADC或LCC的測定結果指示針對EGFR的藥物的不響應者，並當該肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC時，用針對EGFR的治療治療所述患者。
5.用於評估針對EGFR的藥物的肺癌治療方案的方法，其包括在來自正在接受該藥物的具有肺癌的患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，並根據肺癌的組織學修改治療方案，其中當所述肺癌為NSCLC，且該NSCLC為SCC或PLC時，繼續該治療方案；或當所述NSCLC為ADC或LCC時，中止所述治療方案。
6.為針對EGFR的藥物的治療選擇具有肺癌的患者的方法,其包括在來自患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學，其中該肺癌為非小細胞肺癌(NSCLC)，且該NSCLC為SCC或PLC的測定結果指示該藥物的響應者，而該NSCLC為ADC或LCC的測定結果指示該藥物的不響應者，並為用抗EGFR抗體治療的治療選擇那些測定為具有SCC或PLC的患者。
7.權利要求1或2的方法，其中該肺癌為非小細胞肺癌(NSCLC)。
8.權利要求1或2的方法，其中該NSCLC為SCC或PLC。
9.權利要求1-8任一項的方法，其中該藥物為抗EGFR抗體。
10.權利要求1-9任一項的方法，其中該患者為亞洲血統。
11.權利要求ι-?ο任一項的方法，其中該藥物與一種或多種化療劑，放射治療劑，化學放射治療劑或靶向治療劑共施用。
12.權利要求11的方法，其中所述化療劑選自長春鹼(vinblastine),長春新喊(vincristine),放線菌素 D (dactinomycin),柔紅黴素(daunorubicin),多柔比星(doxorubicin)，依託泊苷(etoposide)，光神黴素(mithramycin)，帕利他賽(paclitaxel),多西他賽(docetaxel),順鉬(cisplatin),卡鉬(carboplatin),氟尿卩密唆(fluorouracil),亞葉酸(folinic acid)和依立替康(irinotecan)。
13.權利要求11的方法，其中該祀向治療劑選自貝伐單抗(bevacizumab),曲妥單抗(trastuzumab),厄洛替尼(erlotinib),帕尼單抗(panitumumab),索拉非尼(sorafenib),英夫利昔單抗(infliximab),阿達木單抗(adalimumab),巴利昔單抗(basiliximab),達克珠單抗(daclizumab)和奧馬珠單抗(omalizumab)。
14.權利要求9-13任一項的方法,其中該抗EGFR抗體為西妥昔單抗(cetuximab)或其功能性變體。
15.為用針對EGFR的藥物的肺癌治療或治療功效的確定，評估或監測提供有用信息的方法，其包括在來自患者的生物學樣品中測定肺癌的組織學並給根據肺癌的組織學提供治療或功效的確定或評估的實體提供組織學的測定結果。
【文檔編號】A61K39/395GK104168921SQ201380015223
【公開日】2014年11月26日 申請日期:2013年7月31日 優先權日:2012年7月31日
【發明者】李其翔, 楊蒙蒙 申請人:中美冠科生物技術有限公司