花魚骨微衛星位點及引物的製作方法

2023-10-04 20:50:34 2

專利名稱：花魚骨微衛星位點及引物的製作方法
技術領域：
本發明屬於分子生物學DNA標記技術領域，具體涉及花魚骨微衛星位點及引物。
背景技術：
花魚骨(Hemibarbus maculates)，隸屬鯉科、鉤亞科、魚骨魚屬，廣泛分布於我國 江河湖泊中，是天然水體中一種常見的中小型野生經濟魚類。但過去的十幾年中，由於過度 捕撈、築壩挖沙以及水體汙染，花魚骨的野生資源已被嚴重的破壞。為了滿足市場的需求， 已經對花魚骨進行了大規模的人工養殖，但目前的苗種沒有經過人工選育，存在著生長速 率低、抗病性差等現象，因此，獲得優良的養殖品種已經成為我國花魚骨養殖產業健康、可 持續發展急待解決的重要課題之一。家系選育是獲得優良品種的重要手段之一，家系選育過程中，保持完整、準確的系 譜信息才可以有效指導親本選留，從而避免近交衰退現象。在良種培育中，為了實現家系遺 傳參數的準確評估，需要早期對選育品系進行標記。而採用物理標記對幼體進行標識存在 較大的局限性，如標記存續時間短，成本高、工作量大，幼體達到標記大小才能標記，無法完 全消除環境誤差等問題。因此，選用有效的分子標記，進行高通量的親子鑑定和家系管理已 成為花魚骨養殖業亟待解決的問題。

發明內容
本發明的目的是提供花魚骨微衛星位點及多態性引物，即提供10個花魚骨的微 衛星位點，以及相應的多態性微衛星引物，為花魚骨的遺傳選育提供可用於種群、家系鑑定 的分子標記，以彌補現有技術的不足。本發明通過磁珠雜交法從花魚骨基因組DNA中篩選出10個微衛星位點，其核苷酸 序列分別是SEQ ID NO =I-IO0微衛星序列還包括在嚴格條件下與上述的核苷酸序列雜交的，包含相同微衛星重 復單位的核苷酸序列分子。本發明的微衛星引物是從序列SEQ ID NO :1_10的微衛星重複的側翼序列上設計 的正向、反向引物。微衛星引物序列分別為SEQ ID N0:ll-30。微衛星位點，位點序列和對應的引物信息如表1 表1 :10個微衛星位點及對應引物信息
權利要求
花魚骨微衛星位點，其特徵在於1)微衛星位點的核苷酸序列為SEQ ID NO1 10；2)是在嚴格條件下與1)中的核苷酸雜交的微衛星位點。
2.花魚骨微衛星引物，其特徵在於，微衛星引物是在權利要求1所述的微衛星位點的 側翼序列上設計的，設計參數為1)引物長度為15_40bp ；2)GC含量30% -70% ；3)退火溫 度40-65°C ；4)預期PCR產物長度為80_350bp。
3.如權利要求2所述的花魚骨微衛星引物，其特徵在於上述的微衛星引物序列為SEQ ID NO 11-30。
4.權利要求2或3所述花魚骨微衛星引物用於花魚骨種群遺傳多樣性檢測。
5.如權利要求4所述的花魚骨種群遺傳多樣性檢測，包括如下步驟1)基因組DNA的提取採用酚抽提法提取花魚骨基因組DNA；2)微衛星PCR擴增用FAM、HEX和TMR螢光標記的微衛星引物擴增基因組DNA，獲得花 魚骨個體微衛星擴增產物；3)擴增產物電泳在ABI3100自動測序儀上檢測，用R0X500作為分子量內標，個體微 衛星擴增產物用軟體GeneMapper 3. 2來分析分子量大小；4)遺傳多樣性分析根據每個個體微衛星擴增產物的分子量大小確定基因型，利用 GENEPOP Version 3. 4計算遺傳多樣性參數。
全文摘要
一種花魚骨微衛星位點及多態性引物，其特徵在於微衛星位點的核苷酸序列為SEQ ID NO1-10，微衛星引物的序列為SEQ ID NO11-30。本發明從花魚骨基因組DNA中篩選出10個微衛星位點，並根據這些位點在微衛星位點兩端的側翼序列設計特異性引物，所獲引物的擴增結果具有高的多態性和穩定性，可用於花魚骨的種群遺傳多樣性檢測，個體鑑定以及分子輔助育種領域。
文檔編號C12N15/11GK101955934SQ20101051824
公開日2011年1月26日 申請日期2010年10月25日 優先權日2010年10月25日
發明者劉金殿, 原居林, 張愛菊, 朱俊傑, 練青平 申請人:浙江省淡水水產研究所