甲亢疾病的易感基因及其應用的製作方法

2023-05-07 03:14:11 2

專利名稱：甲亢疾病的易感基因及其應用的製作方法
技術領域：
本發明涉及分子生物學和醫學領域。更具體地，本發明涉及人類基因組中20個單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)及其與甲允疾病的相關性。本發明還涉及檢測這些SNP和甲亢易感性的方法和試劑盒。
背景技術：
甲狀腺功能允進症(Hyperthyroidism,簡稱甲允)係指由多種病因導致甲狀腺激素(TH)分泌過多引起的臨床症候群。甲亢病人較複雜，其中以瀰漫性甲狀腺腫伴甲亢(Graves病，GD)為最多見。GD是一種伴甲狀腺激素分泌增多的、器官特異性自身免疫性疾病，它是機體的免疫系統功能亢進，從而產生抗自身甲狀腺的抗體(免疫球蛋白)而引起的，這種特異性的抗體刺激甲狀腺增生、並使其分泌大量的甲狀腺激素。一般Graves病多 見於女性，男女患病率之比為I : 4-7，特別是青春發育期、妊娠期和更年前期。經研究，Graves病是一種器官特異性自身免疫疾病，一種常見的多基因疾病，因此其發病具有較強的遺傳基礎。Graves病的發病原因一般被認為是由多種易感基因和環境因素共同造成的。已經發現人白細胞抗原(HLA) -II基因、細胞毒性T淋巴細胞抗原4 (CTLA-4)基因，促甲狀腺受體(TSH-R)基因和甲狀腺球蛋白(Tg)基因等多個基因與Graves病存在一定的聯繫。此外，還有其它的免疫相關基因，如白介素-I受體拮抗基因、腫瘤壞死因子β基因和甲狀腺過氧化物酶基因等，但很多結果存在爭議。群體中可能存在多於一種的稱為「多態位點」的核酸序列，多態位點可以允許序列基於取代、插入或缺失而存在差異。因此取代、插入或缺失可以導致移碼、產生過早終止密碼子、多核苷酸所編碼的一個或多個胺基酸的缺失、添加、改變剪切位點。以及影響mRNA的轉運或穩定性。當多態位點長度為單獨一個胺基酸時，將該位點稱為單核苷酸多態性(SNP)。SNP是造成疾病易感性和藥物反應差異的最普遍的遺傳變異形式。SNP可以直接促成許多表型如患者間的疾病危險或藥物反應差異，或者更普遍地作為所述表型的標記。由於甲亢疾病本身的複雜性、多個基因之間的相互作用，以及環境因素對甲亢疾病發展的影響，使甲亢易感基因的確定十分困難。因此，本領域迫切需要深入研究人類基因組，以期找到導致Graves病發生和發展的易感基因，並研發出可用於診斷和檢測Graves病的試劑盒，以及相關的治療藥物。

發明內容
本發明人經過長期深入的研究，發現20個單核苷酸位點(SNP)與甲亢疾病的易感性密切相關。本發明的一個目的是證實20個單核苷酸多態性位點與甲亢疾病密切相關。本發明的另一個目的是證明所述SNP可用於檢測甲亢易感性、製備檢測甲亢疾病易感性試劑及試劑盒、篩選甲亢藥物等。在本發明的第一方面，提供一種分離的含單核苷酸多態性(SNP)位點的多核苷酸，所述多核苷酸中的SNP位點對應於選自下組的SNP I 號染色體 155908307 位 rsl0908583C — T ;I 號染色體 155935902 位 rs3761959G —A;2 號染色體 204416891 位 rs231804C —T;2 號染色體 204429997 位 rsl024161C —T;2 號染色體 204449111 位 rs231726C —T;2 號染色體 204471289 位 rsl0197319A —G;
4 號染色體 39998408 位rs6832151T —G;6 號染色體 31166157 位rs4947296T —C;6 號染色體 31458683 位rsl521C —T;6 號染色體 32536263 位rs6903608T —C;6 號染色體 32771829 位rs6457617C —T;6 號染色體 33168096 位rs2281388C —T;6 號染色體 167293698 位 rs9366076T —C;6 號染色體 167303065 位 rs9355610A — G ;14 號染色體 80438570 位 rsl2050151T —C;14 號染色體 80502299 位 rsl79247G —A;14 號染色體 80514120 位 rs2284722G —A;14 號染色體 80520982 位 rsl2101261C —T;14 號染色體 80538707 位 rs4903964G — A ;14 號染色體 80592881 位 rsl7111394T — C。在另一優選例中，所述SNP是甲亢易感相關的SNP，詳細信息如表I所示表I
權利要求
1.一種分離的含單核苷酸多態性(SNP)位點的多核苷酸,其特徵在於,所述多核苷酸中的SNP位點對應於選自下組的SNP I 號染色體 155908307 位 rsl0908583 C →T ; 1號染色體 155935902 位 rs3761959 G →A; 2號染色體 204416891 位 rs231804 C →T; 2 號染色體 204429997 位 rsl024161 C →T; 2 號染色體 204449111 位 rs231726 C →T; 2 號染色體 204471289 位 rsl0197319 A →G; 4 號染色體 39998408 位 rs6832151 T →G; 6 號染色體 31166157 位 rs4947296 T →C; 6 號染色體 31458683 位 rsl521 C →T; 6 號染色體 32536263 位 rs6903608 T →C ; 6 號染色體 32771829 位 rs6457617 C →T; 6 號染色體 33168096 位 rs2281388 C →T; 6 號染色體 167293698 位 rs9366076 T →C ; 6 號染色體 167303065 位 rs9355610 A →G; 14 號染色體 80438570 位 rsl2050151 T →C; 14 號染色體 80502299 位 rsl79247 G →A; 14 號染色體 80514120 位 rs2284722 G →A; 14 號染色體 80520982 位 rsl2101261 C →T; 14 號染色體 80538707 位 rs4903964 G →A ; 14 號染色體 80592881 位 rsl7111394 T →C。
2.如權利要求I所述的多核苷酸，其特徵在於，所述的SNP是選自表2的與治療後抗體持續陽性(TRab+)相關的SNP。
3.如權利要求I所述的多核苷酸，其特徵在於，所述的SNP選自下組 rs9355610A →G 或 rs6832151T →G。
4.如權利要求I所述的多核苷酸，其特徵在於，所述的多核苷酸包括引物、探針、擴增產物、或質粒。
5.如權利要求I所述的多核苷酸，其特徵在於，所述的多核苷酸的長度為8-5000bp，較佳地 10-3000bp，更佳地 15-1000bp，最佳地 18_500bp。
6.一種核酸引物對，其特徵在於，所述引物對長度為15-50bp，且特異性地雜交並擴增出單核苷酸多態性(SNP)的擴增產物，其中所述的SNP選自表I。
7.一種寡核苷酸探針，其特徵在於，所述探針長度為15-500bp，且特異性地雜交並檢測出含單核苷酸多態性(SNP)的擴增產物，其中所述SNP選自表I。
8.一種試劑盒，其特徵在於，所述試劑盒的擴增產物含有選自表I的突變位點。
9.如權利要求I所述的多核苷酸、如權利要求6所述的引物對、或權利要求7所述的寡核苷酸探針的用途，其特徵在於，用於製備檢測甲亢易感性的試劑盒；或用於製備判斷甲亢病人經抗甲狀腺藥物治療後抗體是否會持續陽性的試劑盒。
10.一種SNP或含所述SNP的多核苷酸的用途，其特徵在於，所述的SNP為rs9355610A — G，用於製備檢測RNASET2基因表達水平的試劑或試劑盒；和/或 所述的SNP為rs6832151T — G，用於製備檢測⑶CG4pl4和CHRNA9基因表達水平的試劑或試劑盒。
全文摘要
本發明公開了甲亢疾病的易感基因及其應用。具體地，本發明公開了20個涉及人類甲亢疾病易感性的單核苷酸多態性位點(SNP)。本發明還首次證實了這20個單核苷酸多態性位點與甲亢疾病存在密切相關性。這些SNP可用於檢測甲亢易感性、製備檢測甲亢疾病易感性試劑及試劑盒、篩選甲亢藥物等，從而為甲亢疾病的診斷、分型、預後和治療提供新的方式。
文檔編號C12Q1/68GK102827834SQ20111016169
公開日2012年12月19日 申請日期2011年6月15日 優先權日2011年6月15日
發明者宋懷東, 潘春明, 趙雙霞 申請人:上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院