用於跟蹤和識別感染傳送的系統和方法與流程

2024-03-05 04:03:15

醫療保健相關聯的感染(HAI)是在針對與感染不相關的狀況的醫療保健處置期間接收到的患者受到的感染。入院進行手術流程以修復疝氣而隨後在康復病房中在手術位點處出現葡糖球菌感染的健康患者是患者受到HAI的範例。HAI在醫學文獻中常常被稱為醫院內感染。根據在2011年由CDC實行的手術，住院的每25位患者中大約有1位將染上HAI。研究估計存在大約721000例HAI。HAI引起或者促成每年大約75000例死亡。

醫院內感染能夠引起重度肺炎以及尿路、血流和身體的其他部分的感染。許多類型難以利用抗生素治療，並且抗生素耐藥性正擴散至會感染醫院外部的人的革蘭氏陰性菌。在USA，最常見類型的醫院範圍感染是肺炎(21.8％)，緊接著是手術位點感染(21.8％)以及胃腸道感染(17.1％)。(Magill SS、Edwards JR、Bamberg W等人的「Multistate Point-Prevalence Survey of Health Care–Associated Infections」，N Engl J Med 2014；370：1198-208。)

根據CDC的2009年度報告，HAI每年花費美國醫院大約350億美元。許多花費與更長的患者停留、隔離醫院的部分、以及對感染源的發現和根除有關。HAI中的大約25.6％被認為是由諸如導管和呼吸機的醫學設備所引起的。其餘的感染被認為與醫院內的手術流程和其他源相關聯。存在這樣的需求：能夠跟蹤醫院相關聯的感染並且確定傳送源，以降低額外感染的數量。(Scott II、R.D.的「The Direct Medical Costs of Healthcare-Associated Infections in U.S.Hospitals and the Benefits of Prevention」，CDC，2009年3月。)

技術實現要素：

根據本發明的說明性實施例，一種方法，可以包括：接收表示感染隔離序列的電子數據；將表示所述感染隔離序列的所述電子數據與被存儲在資料庫中的至少一個參考序列進行比較，以確定在所述感染隔離序列與所述至少一個參考序列之間的變異；可以至少部分地基於所述變異來確定所述感染隔離的演變歷史的至少部分；可以至少部分地基於所述演變歷史的所述部分來計算所述感染隔離的種系發生學(phylogenetic)度量；將所述感染隔離的所述種系發生學度量與所述至少一個參考序列的種系發生學度量進行比較；可以至少部分地基於在所述感染隔離的所述種系發生學度量與所述至少一個參考序列的所述種系發生學度量之間的差異，來確定所述感染隔離是否是由第一存儲庫還是由第二存儲庫傳送的；並且提供所述感染隔離是為由第一存儲庫或第二存儲庫傳送的指示。所述演變距離可以由Jukes-Cantor方法來計算。

根據本發明的說明性實施例，一種方法，可以包括：利用至少一個處理單元將可以被存儲在能由所述至少一個處理單元訪問的存儲器中的感染隔離的序列與被存儲在能由所述至少一個處理單元訪問的資料庫中的至少一個參考序列進行比較，以確定感染隔離序列與所述至少一個參考序列之間的變異；可以至少部分地基於所述變異利用所述至少一個處理單元來確定所述感染隔離的複製速率；利用所述至少一個處理單元將所述感染隔離的所述複製速率與所述至少一個參考序列的複製速率進行比較，以可以至少部分地基於所述感染隔離的複製速率與所述至少一個參考序列的複製速率的差異來確定所述感染隔離是否是由第一存儲庫還是由第二存儲庫傳送的；並且利用顯示器向用戶提供對所述感染隔離是否是由第一存儲庫還是由第二存儲庫傳送的所述確定。所述第一存儲庫可以是活體有機體並且第二存儲庫可以是非活體域。

根據本發明的說明性實施例，一種方法，可以包括：利用至少一個處理單元將可以被存儲在能由所述至少一個處理單元訪問的存儲器中的感染隔離的序列與被存儲在能由所述至少一個處理單元訪問的資料庫中的至少一個參考序列進行比較，以確定在所述感染隔離序列與所述至少一個參考序列之間的變異；可以至少部分地基於所述變異利用所述至少一個處理單元來確定所述感染隔離距所述至少一個參考序列的演變距離；利用所述至少一個處理單元將所述感染隔離的所述演變距離與被存儲在所述資料庫中的多個序列距所述至少一個參考序列的演變距離的分布進行比較，以可以至少部分地基於所述感染隔離的所述演變距離與所述多個序列的演變距離的所述分布之間的差異來確定所述感染隔離是否是由第一存儲庫還是由第二存儲庫傳送的；並且利用顯示器向用戶提供所述感染隔離是否是由所述第一存儲庫還是由所述第二存儲庫傳送的確定。對所述感染隔離是否是由第一存儲庫還是由第二存儲庫傳送的所述確定可以至少部分地基於所述感染隔離的所述演變距離是否落在多個序列的演變距離的分布的期望置信區間內。

根據本發明的說明性實施例，一種系統，可以包括：處理單元、能由所述處理單元訪問的存儲器、能由所述處理單元訪問的資料庫、以及被耦合到所述處理單元的顯示器，其中，所述處理單元可以被配置為：將被存儲在所述存儲器中的感染隔離的序列與被存儲在所述資料庫中的至少一個參考序列進行比較，以確定在所述感染隔離與所述至少一個參考序列之間的變異；至少部分地基於所述變異來確定所述感染隔離的複製速率；將所述感染隔離的所述複製速率與所述至少一個參考序列的複製速率進行比較，以至少部分地基於所述感染隔離的所述複製速率與所述至少一個參考序列的所述複製速率的差異來確定所述感染隔離是否是由第一存儲庫還是由第二存儲庫傳送的；並且向所述顯示器提供所述感染隔離是否是由所述第一存儲庫還是由所述第二存儲庫傳送的所述確定。所述系統還可以包括能由所述處理單元訪問的計算機系統，其中，所述處理單元可以被配置為提供所述感染隔離是否是由第一存儲庫還是由第二存儲庫傳送的所述確定。所述系統還可以包括測序單元，所述測序單元可以被配置為將所述感染隔離的所述序列提供到所述存儲器。

附圖說明

圖1是根據本公開的實施例的傳送向量的框圖。

圖2A是根據本公開的實施例的種系發生學樹。

圖2B是根據本公開的實施例的定日期的種系發生學樹。

圖3是根據本公開的實施例的方法的流程圖。

圖4是根據系統的實施例的系統的框圖。

圖5是根據本公開的實施例的生長速率曲線的圖。

圖6是根據本公開的實施例的經驗性累積分布函數圖。

圖7是根據本公開的實施例的密度圖。

圖8是根據本公開的實施例的過程的流程圖。

具體實施方式

下文對特定示範性實施例的描述在本質上僅僅是示範性的，並且根本不旨在限制本發明或者其應用或使用。在下文中對本系統和方法的實施例的詳細描述中對附圖進行參考，所述附圖形成說明書的部分，並且其中，通過在其中可以實踐所描述的系統和方法的圖示特定實施例的方式示出。足夠詳細地描述這些實施例，以使得本領域技術人員能夠實踐當前所公開的系統和方法，並且應當理解，可以利用其他實施例，並且可以做出結構和邏輯變化而不偏離本系統的主旨和範圍。

因此，下文的詳細描述沒有限制性的含義，並且僅由權利要求來定義本系統的範圍。在本文中在附圖中的附圖標記的(一個或多個)首數字通常對應於附圖編號，其中，例外情況是，由相同的附圖標記來識別在多個附圖中出現的相同部件。此外，出於簡潔的目的，當特定特徵對於本領域技術人員而言將是顯而易見的時，將不討論對這些特定特徵的詳細描述，從而不混淆對本系統的描述。

可能由諸如細菌、病毒、真菌、寄生蟲或其他有機體的病原體引起感染。一些感染可能由同時存在的多種類型的有機體引起。感染可能由各種不同的傳送向量來擴散。在圖1中圖示了範例傳送向量。在一些實例中，可能在兩個活體有機體之間傳送感染。例如，醫生可能處置具有感染的第一患者。如果醫生不對其手徹底地消毒，他可能將所述感染從第一患者傳送到第二患者。該範例可以對應於傳送向量100。受感染的有機體還可能將感染直接傳送到另一有機體。例如，受感染的人可能在另一人的附近打噴嚏或咳嗽，所述另一人吸入病原體並且隨後變得被感染。該範例可以對應於傳送向量105。在其他實例中，感染可能從非活體域被傳送到活體有機體。非活體域可能是諸如桌臺或臺面的表面。非活體域也可以是諸如透析機器或內窺鏡的醫學裝備的件。例如，當患者身上的開放性傷口接觸非無菌檢查桌臺時，患者可能接觸感染。該範例被圖示為傳送向量110。

確定傳送向量(例如，患者如何被感染)可以允許將感染追溯回其源。然後，所述源可以被消除，以防止感染的進一步傳送。例如，如果源是患者，則所述患者可以被隔離以避免感染其他患者，直到所述感染能夠利用處置(例如，抗生素)來清除。在一個範例中，如果源是裝備的件，則所述裝備可以被消毒或者利用新的裝備來替換。在醫院設置中，將感染追溯回其源的能力可以降低HAI的發生率以及其相關聯的成本。其還可以減少利用並非連結到HAI的消毒劑不必要地處置區的時間和成本。

當檢測到諸如HAI的感染時，可以由醫學工作人員從患者、表面、食物、裝備或其他懷疑的源收集樣本。樣本可以包括組織、血液、水、表面的分泌物。然後，可以處理所述樣本以將引起所述感染的病原體與樣本中的其他材料隔離。然後，可以通過各種方法來分析感染隔離。所述分析可以確定病原體類型、物類、抗藥性和/或其他性質。儘管該分析可以利用確定有效的處置來輔助，但是其可能不足以識別傳送向量。

通過收集來自受感染有機體或非活體域的感染隔離並且分析其基因序列，可以確定通過使用種系發生學方法的感染的傳送向量。感染隔離是樣本的包括來自病原體的基因信息的分量。種系發生學是對有機體之間的演變關係的研究。這樣的關係常常被表示為諸如樹的加權圖。在圖2A-B中示出了種系發生學樹的範例。種系發生學方法分析有機體的基因序列的所有或部分。通過確定感染的演變歷史，感染可以被追溯回其源。所述演變歷史可以提供對感染的不同事件如何相關或不相關的理解。例如，可以將來自多位受感染患者的感染隔離的序列進行比較。可以確定患者被感染時的時間。還可以確定，所述患者中的一位或多位患者被不同的源感染。

存在多種種系發生學方法，包括基於演變距離、簡約和最大似然的方法。基於距離的方法是其中在每個有機體之間計算演變距離。基於在有機體的基因序列之間的相似性的程度來計算所述演變距離。用於確定演變距離的一種這樣的方法被稱為Jukes-Cantor(由M.N.Munro編輯的T.H.Jukes，C.R.Cantor的Evolution of protein molecules In Mammalian protein metabolism，第III卷、第21-132頁(1969))方法，其中，從基因中的任意特定核苷酸到另一核苷酸的轉變，即轉換或顛換，能夠以相同的概率發生：

在以上等式1中，瞬時率矩陣Q表示每時刻在核苷酸對之間的變化率。P—概率轉換矩陣被給出為：

p(t)＝eQt 等式2

結果，在該模型下的在任意兩個有機體之間的演變距離是簡單的：

其中，p是在所述序列之間不同的沿著單個核苷酸多態性(SNP)/DNA的位點的數量。所述距離轉到無限，因為p接近平衡值(位點的75％不同)。然而，該簡單模型不考慮生物學因素：轉換(嘌呤到嘌呤(a-g)或者嘧啶到嘧啶(t-c))或顛換(嘌呤到嘧啶或者反之亦然)以不同的比例發生。另一距離模型，Kimura 2參數模型(Kimura,Motoo.的「A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences」，ournal of molecular evolution 16.2(1980)：111-120)試圖對此進行校正。在這種情況下：

針對p(轉換的比例)和q(顛換的比例)。

一旦感染隔離序列已經被比較以確定其演變距離，則可以確定演變的比率。然後，在來自樣本的感染隔離之間的演變距離和關係能夠以諸如樹圖的圖形形式來進行繪製。鄰接法(Saitou N，Nei M.的「The neighbor-joining method:a new method for reconstructing phylogenetic trees」，Molecular Biology and Evolution，第4卷、第4期、第406-425頁(1987年7月))是建立無根樹的一種方法。所述方法通過首先找到具有相同父節點k的相鄰葉i和j的對來校正序列之間的不相等的演變比率。亦即，葉i和j可以是從公共病原體k演變而來的病原體。葉i和j然後可以被從葉節點的列表中移除，並且k被添加到節點的當前列表，並且重新計算節點距離。該算法是貪婪「最小演變」算法的範例。

使用許多感染隔離序列樣本的樹形表示，可以估計一種感染對於另一種感染的相對定時。不失一般性地，被稱為平均路徑長度(MPL)的方法可以被使用(Britton，Tom等人的「Phylogenetic dating with confidence intervals using mean path lengths」，Molecular phylogenetics and evolution 24.1(2002)：58-65)。MPL方法利用從該節點到其下遊的所有葉的距離的均值來估計節點的年齡(age)。在假設相似分子鐘亦即，演變的比率的情況下，能夠計算估計的節點年齡的標準差。使用該方法，可以針對不同的感染隔離來計算突變率。

感染的源可以基於複製速率來確定。病原體可以在不同的環境中以不同的速率複製。可能具有以不同速率複製的病原體的存儲庫的不同環境可以包括，但不限於：血液、唾液、食物、手術臺、水槽、廁所和床上製品。複製速率可以與突變率相關。複製速率、總複製、突變率、總核苷酸改變以及表示種系發生學關係、種系發生學狀態的其他度量，樣本的再現或複製歷史可以被用於在本文中所描述的度量的附加或者作為對在本文中所描述的度量的替換。這樣一來，任何種系發生學度量、量度、指示器或預測器處在本發明的範圍之內，並且在下文被稱為種系發生學度量。通常，突變率針對以較低速率複製的病原體而言能夠是較低的。如果病原體的複製速率對於一環境是已知的，則其可以基於所計算的突變率來確定源自該環境的感染隔離。例如，病原體在諸如血液的流體環境中比在諸如家具表面的乾燥環境中可以更快速地複製。如果從患者獲取的感染隔離與參考感染隔離相比呈現高突變率，則可以確定該患者從另一活體有機體被傳送感染。該確定可以允許醫院工作人員將其對感染牽制的努力聚焦於其他患者而非針對汙染來測試裝備。這可以允許醫院工作人員減少確定感染源的時間，並且消除對裝備不必要消毒的成本。

圖3圖示了根據本公開的實施例的確定感染的源的方法300的流程圖。醫學工作人員可以在步驟305處首先收集來自不同環境的樣本，以採集感染隔離或多個感染隔離。樣本可以被例行地收集或者可以響應於識別的HAI來收集。所述感染隔離可以在步驟310處根據在本領域中已知的測序技術來處理和測序。提供測序技術的公司的範例包括454生命科學，羅氏公司和太平洋生物科學公司。在本領域中已知的測序技術可以允許測定感染隔離的整個基因組。醫院可能在現場具有測序技術，或者醫院可以將樣本發送到分離的測序公司。序列的數字表示可以被生成並且被存儲在一個或多個處理單元能訪問的存儲器中，以允許對序列進行分析。除非另外指明，將假設基於基因序列的任何比較、分析或確定是由一個或多個處理單元執行的。然後，所述感染隔離序列可以由處理單元在步驟315處與一個或多個序列進行比較。其他序列可以來自其他收集的感染隔離，來自公共或私人資料庫的已知病原體的參考序列，和/或來自其他源的序列。所述比較可以包括確定在感染隔離序列與一個或多個其他序列之間的變異。在下文中，變異或基因變異涉及單核苷酸差異或以基因水平差異。變異可以使用諸如BWA-samstools和Golden Helix的現有軟體工具找到。

這些變異可以被用在步驟320處以確定與所述一個或多個序列有關的感染隔離序列的演變歷史。例如，可以假設給定感染因子跨所有傳送域、活體或非活體以相似的比率呈現單核苷酸突變。結果，單核苷酸改變的累積數量可以被用於估計序列複製發生的總數量，即，世代的總數量。這樣一來，能夠做出進一步的推理：在演變歷史中的變異或者世代的總數量可以歸於傳送域的類型。所述演變歷史可以通過上文所描述的方法中的一種方法或另種方法來確定。基於所述演變歷史，在步驟325處計算感染隔離的突變率。所述突變率可以通過上文所描述的方法中的一種方法或另一種方法來計算。

根據一個說明性實施例，所述感染隔離的所述突變率在步驟330處與一個或多個其他序列的突變率進行比較。基於對突變率的比較，在步驟335中進行對感染的源的確定。可以通過突變率來對感染隔離序列和其他序列進行聚類，並且每個聚類被分配給不同感染源。

根據另一說明性實施例，所述感染隔離的所述複製速率在步驟330處與一個或多個其他序列的複製速率進行比較。基於對複製速率的比較，在步驟335中進行對感染的源的確定。可以通過複製速率來對感染隔離序列和其他序列進行聚類，並且每個聚類被分配給不同感染源。所述感染隔離序列可以與來自不同已知環境的參考序列複製速率進行比較並且被分配源環境，如將在下文中更為詳細地描述的。可以執行確定感染源或者感染隔離的感染源的類別的其他方法。

根據本公開的實施例的被用於確定感染的傳送的源的系統400的範例被示為在圖4中的框圖。數字形式的感染隔離序列可以被包括在存儲405中。存儲器405可以是處理單元415能訪問的。處理單元415可以包括一個或多個處理單元。處理單元415可以訪問包括一個或多個序列的資料庫410。處理單元415可以將其確定的結果提供給顯示器820和/或資料庫410。顯示器420可以是用戶可見的電子顯示器。任選地，處理單元415還可以訪問計算機系統425。計算機系統425可以包括額外的資料庫、存儲器和/或處理單元。計算機系統425可以是系統400的部分或者由系統400遠程地訪問。在一些實施例中，系統400還可以包括測序單元430。測序單元430可以處理所述感染隔離以生成序列並產生感染隔離序列的數字形式。

圖2A-B圖示了根據本公開的實施例的範例。在該範例中，可以從處在相似或不同環境中的各種存儲庫收集10個HAI樣本，並且可以對針對感染隔離的整個基因組進行測序。可以確定變異並且可以計算演變距離。基於這些演變距離，可以繪製原始樹200，如圖2A中所示的。在該範例中，原始樹200是基於Kimura 2參數距離估計使用鄰近連接樹方法來生成的。樹200圖示了在10個HAI之間的演變距離和關係。分支的長度與這些計算的距離成比例。例如，對應於兩個不同HAI的節點11和節點12具有0.72的演變距離。如先前所描述的，這是在兩個HAI之間的相似度的量度。演變距離越大，在兩個HAI的序列之間的相似度越低。針對每個節點/HAI樣本在時間上的相對年齡可以通過使用定日期(dating)方法(諸如上文所描述的MPL方法)基於演變距離的原始樹200來計算。在圖2B中示出了定日期的樹205。在該範例中，在原始樹100中，從第11節點到第12節點的邊緣長度為0.72，並且從第12節點到節點/葉t10的邊緣距離為0.99。如果特定節點的年齡是已知的，則可以估計其餘的節點的年齡。在該範例中，第11節點的年齡是已知的，並且是針對所述樹的所有其他節點的公共祖先。針對第11節點的MPL統計結果為1.56。假設節點11偏離兩天前的最小值，則其餘的節點可以通過除以0.78＝1.56/2被變換為在天中的最小年齡。例如，使用針對年齡的該方程，節點12偏離節點11，1.479天之前。

使用該定日期信息，可以預期樣本可以具有針對特定環境的小的突變數量。如果演變距離與其他樣本或參考序列相比是高的，和/或所計算的突變率或複製速率與其他樣本或參考序列相比更高，則對應於該樣本的感染可以被確定為從以下環境傳送得到：其允許病原體的高的複製速率。高複製速率可以允許針對突變的更大的概率和發生率，增加在不同時間點處收集的感染隔離的序列之間的差異。例如，與另一細菌序列具有大的演變距離的細菌的序列可以被確定為已經通過活體有機體傳送。活體有機體可以比非活體域提供更多的營養並且支持針對病原體的更好的複製速率。因此，呈現在期望閾值之上或之下的演變距離、累積突變發生率、突變率或者其組合的感染隔離可以被確定為由特定的源傳送。

備選地或者除了上文所使用的方法之外，可以獲知針對一種或多種環境的病原體的複製速率或生長速率。在圖5A中示出了根據本公開的實施例的生長速率的範例繪圖500。基於已知的生長速率，可以預期每世代的突變的具體數量。

根據一個說明性實施例，參考圖5B，通過將樣本的序列與被存儲在資料庫中的過往樣本的序列進行比較，可以針對在研究中的樣本520確定種系發生地最接近的相鄰者。一旦識別了最接近的相鄰者，就可以推測差異的數量(被歸一化到核苷酸基的總數量比較)。在假設針對該有機體的每複製周期的公共突變率的情況下，可以針對多個存儲庫(例如，在圖5B中所示的存儲庫1、2和3)來繪製特徵突變曲線。突變曲線可以基於在不同存儲庫(即，傳送域)中的該有機體的複製速率來選取。基於在研究中的樣本的隔離與其確定的最近的相鄰者之間的按時間順序排列的時間差異，針對不同的生長速率來估計累積的突變的預期數量。最接近實際的、觀察到的突變的生長速率可以被識別為樣本的生長速率，並且已知與該生長速率相關聯的存儲庫可以被識別為傳送的最可能的源(在圖5B中針對樣本520的存儲庫2)。

感染隔離可以基於其估計的生長速率被擬合到生長速率曲線。例如，如果感染隔離被發現具有低的生長速率(例如，0.2)並且擬合到曲線505，則其可以被確定通過表面傳送感染。如果感染隔離被發現具有中等生長速率(例如，0.5)並且擬合到曲線510，則其可以確定通過諸如廁所的溼環境傳送感染。如果感染隔離被發現具有高的生長速率(例如，1.0)並且擬合到曲線515，則所述感染隔離可以被確定為已經通過活體有機體傳送。

除了上文所使用的方法之外或者對於上文所使用的方法而言備選地，可以估計感染隔離樣本和/或參考序列的演變距離分布。新的感染隔離樣本的演變距離可以與已知參考序列或先前分析的感染隔離樣本的演變距離進行比較。經驗累積分布函數(ECDF)可以使用已知的統計學方法來生成。在圖6中示出了根據本公開的實施例的示範性ECDF繪圖600。在該範例中，如果感染隔離被確定為落在期望的置信區間(例如，95％)之外，則所述感染隔離可以被確定已經從與參考序列的不同的源傳送。在圖6中所示的繪圖中，可以確定具有x>.8的任何感染隔離序列具有與參考序列相比高的突變率，並且因此，所述感染通過活體有機體傳送。

圖7圖示了基於演變距離根據聚類序列的本公開的實施例的不同的方法。儘管以不同的圖形形式來表示，如在核密度繪圖700中所示的，所述方法類似於參考圖6所描述的方法。如果感染隔離序列落在參考序列的演變距離的期望置信區間之外，則所述感染隔離序列被確定為已經通過與參考序列的不同的源而傳送。在繪圖700中，具有0.2或更大的演變距離的感染隔離可以被確定為已經在相對年齡較低時通過活體有機體傳送。

儘管參考序列被分組為在圖6和圖7中所示的樣本的單個聚類，但是其可以具有參考序的多個聚類。每個聚類可以表示針對特定環境中的病原體的演變距離。針對屬於每個聚類的新的感染隔離的置信區間然後可以使用已知的統計方法來計算。然後，感染的傳送的源可以基於所述感染隔離序列對於哪一個聚類具有包括的最高概率來確定。

圖8圖示了概述根據確定感染的傳送的源的根據本公開的實施例的範例過程800A和800B的流程圖。過程800A和/或800B可以被包括在圖3中的方法300的步驟335中。方法300的步驟335可以包括用於確定感染的傳送的源的一個或多個過程。過程800A基於感染隔離的突變率是否比期望閾值X更大或更小來確定感染源是否是第一存儲庫還是第二存儲庫。過程800B基於感染隔離的演變距離是否落在置信區間X之內來確定所述感染源是否是第一存儲庫還是第二存儲庫。所述置信區間可以基於一個或多個樣本序列的分布。還可以執行其他過程。儘管僅示出了兩個存儲庫，但是本公開的實施例可以包括在任意數量的存儲庫之間做出確定。例如，在過程800A中，值X可以由定義突變率的範圍的多個值來替換。每個範圍可以與不同的存儲庫相關聯。

一旦通過一個或多個處理單元做出了對感染的傳送的源的確定，基於被存儲在存儲器中的感染隔離序列，可以通過至少一個處理單元將所述確定提供給用戶、資料庫和/或計算機系統。用戶可以是在醫院的感染控制工作人員的成員。用戶可以在被耦合到處理單元的電子顯示器上接收視覺指示器。然後，所述用戶可以使用對感染源的所述確定來協調感染控制工作人員的努力，以採取措施來隔離和移除感染的源。例如，如果所述感染源被確定為來自活體有機體，諸如特定的患者，所述感染控制工作人員可以隔離患者，並且確保護士和醫生在處置所述患者之後在接觸其他患者之前使用提高的消毒方法。如果所述感染源被確定為來自非活體域，諸如支氣管鏡，則所述裝備可以在被用於額外的患者之前被消毒並且再針對病原體進行測試。

多個感染隔離可以被確定為全部來自不同的不相關的源。在這些實例中，感染控制工作人員可以確定消毒流程和/或感染控制協議已經在醫療保健設施處出故障。可以執行對恰當的流程的醫學工作人員的進一步的分析和/或再訓練，以減少感染的傳送。

所述確定和感染隔離序列可以被存儲在資料庫中，以用於將來的感染源確定。所述數據還可以被轉移到能由額外的用戶、醫院或代理訪問的計算機系統。這可以允許更容易的信息共享並且改進感染控制。其還可以允許對感染的更容易的報告，其可能是規定所要求的。例如，所述處理單元可以自動地生成具有所述確定的報告，並且將所述報告提供到感染疾病跟蹤代理，諸如美國疾病控制中心(CDC)。

當然，應當意識到，根據本系統、設備和方法，以上實施例或過程中的任意一個可以與一個或多個其他實施例和/或過程進行組合，或者分離，和/或在分離的設備和設備部分之中執行。

最終，以上討論旨在僅僅圖示說明本系統，而不應當被解釋為將權利要求限定到任何特定的實施例或實施例的組。因此，儘管已經參考示範性實施例具體詳細地描述了本系統，但是還應當意識到，本領域技術人員可以在不背離如在下文的權利要求書中所闡述的本發明的寬和意圖的泛的主旨和範圍的情況下設計許多修改和備選實施例。因此，說明書和附圖被認為是採取說明性的方式，而不旨在限制權利要求的範圍。