高通量測序檢測人循環腫瘤DNAEGFR基因的捕獲探針及試劑盒的製作方法

2023-09-16 03:18:00 2

本發明涉及基因檢測領域，具體涉及一種基於高通量測序檢測人循環腫瘤DNAEGFR基因的捕獲的探針及試劑盒。
背景技術：
：在血液中存在著游離的小片段DNA(cell-freeDNA，cfDNA)，它們來自死亡的細胞。通常死亡的細胞會被清除掉，因此cfDNA的含量是非常低的，通常一個健康人的1ml血漿中含25ngcfDNA。而癌症患者的cfDNA的含量高出正常幾倍，其中一部分是ctDNA(circulatingtumorDNA)。ctDNA的相對含量與腫瘤的負荷和對治療的反應是相關的，可用於鑑定驅動基因、指導臨床治療、監測臨床治療效果及癌症復發、揭示治療抗性以及檢測疾病進展。在有些方面ctDNA方法的靈敏度甚至高傳統的手段。例如，與傳統的影像學檢測相比，追蹤早期乳腺癌患者術後血液中的腫瘤DNA，可以提前7.9個月發現乳腺癌復發。在肺癌中檢測cfDNA的EGFR突變對肺癌也有著重要的診斷價值。ctDNA在癌症早期就可以被檢測到。因為cfDNA容易收集，在肺癌中已顯示與組織中的變異高度一致，因此ctDNA的液體活檢越來越受到關注。血液中ctDNA含量，在癌症早期佔cfDNA的比例是非常低，通常小於0.1％。ctDNA檢測方法很多，如用數位化PCR(DigitalPCR)，或下一代測序(NextGenerationSequencing,NGS)等。通過NGS優化ctDNA的深度測序(CAPP-seq)使突變檢測的敏感度達到0.02％，特異性為100％。此方法結合降低背景噪聲的iDES(integratedDigitalErrorSuppression)分析方法後，使檢測頻率的閾值進一步下降到0.004％。從而大大提高了分析CtDNA的檢出率。肺癌(lungcancer)是全球範圍內最普遍和最致命的惡性腫瘤，5年生存率僅為17％左右，每年造成160萬人的死亡。在中國吸菸和環境汙染是兩個最主要的肺癌致病因素。據統計2015年在中國有60萬肺癌患者死亡，新增73萬例。並有增長趨勢，到2025年可能造成100萬人死亡。肺癌根據組織病理學分類分為小細胞肺癌(small-celllungcarcinomas,SCLC)與非小細胞肺癌(no-small-celllungcarcinomas,NSCLC)，非小細胞肺癌又分為肺腺癌(adenocarcinomas)、鱗狀細胞癌(squamouscellcarcinomas)和大細胞肺癌(large-cellcarcinomas)。比例最大的是肺腺癌，佔40％，其次為佔30％的鱗狀細胞癌，大細胞肺癌和小細胞肺癌各佔15％。全身性化療一直是肺癌的主要治療方式，缺乏特異性，副作用大。隨著在NSCLC中一些重要基因變異的發現，針對這些基因變異的靶向藥物被研製出來並已用於臨床治療。如吉非替尼是針對EGFR(epidermalgrowthfactorreceptor)變異的NSCLC靶向治療藥物。EGFR在細胞信號轉導中起著重要作用，一旦被激活，可導致腫瘤細胞內酪氨酸蛋白激酶活化和自身的磷酸化，從而使細胞增生、轉移、血管生成和細胞凋亡的抑制。EGFRexon19缺失和L858R突變激活EGFR，使對EGFR的抑制劑藥物更敏感。在亞洲人中約50％NSCLC中含有EGFR，並且90％是上述激活型的突變。因此EGFR突變的鑑定對治療NSCLC有著非常重要的作用。通過對人循環腫瘤DNAEGFR基因的檢測可篩檢出肺癌及其他相關惡性腫瘤的高危人群，利於該類疾病的早期診斷治療。耗資30億美元歷時10餘年完成的人類基因組計劃(HumanGenomeProject,HGP)給基因組學研究帶來了天翻地覆的變化，通過測定人類基因組DNA的序列，探尋基因在染色體上的位置，明確基因的結構和功能，解讀人類的全部遺傳信息，人類第一次在分子水平上全面認識自我。在這期間，建立了兩項非常重要的高通量技術：基因晶片和第二代測序技術。這兩種技術進一步結合，就產生了一種新的解決方案：目標序列捕獲測序技術。目標序列捕獲是指通過某種方法有選擇性的分離或者富集基因組的特定區域。一種重要的方法是根據核酸分子鹼基互補雜交原理設計與目的區域互補的探針序列，而根據雜交時狀態不同，目標序列捕獲可以分為固相雜交法和液相雜交法。液相雜交是通過在溶液中，目標DNA片段和已帶有生物素標記探針直接雜交，然後通過生物素親和素反應使目標DNA片段錨定在帶有親和素的微珠上。洗去非目標DNA，洗脫後，富集的DNA用於測序。相較於固相雜交，液相雜交具有操作簡便、易於自動化等優點。常規的探針設計方式為探針間首尾相連，且不存在重疊部分，這樣做的缺點是在基因文庫中EGFR基因多數片段只能被單一探針捕獲，且探針交界處的捕獲效果差，造成捕獲效率偏低。同時，常規探針設計方式對探針長度和Tm值無特殊要求，這就導致探針間差異較大，在相同的實驗條件下絕大多數探針不能同時達到最佳的捕獲效果。本發明基於CAPP-seq和數位訊號技術，設計EGFR探針檢測血液cfDNA中EGFR的變異。當測序深度達到10000×時，有效深度可達5000×，檢測突變的敏感性達到0.02％。技術實現要素：本發明的目的是提供一種基於高通量測序檢測人循環腫瘤DNAEGFR基因的捕獲探針及試劑盒。本發明的人循環腫瘤DNAEGFR捕獲探針是多條探針的混合物，所述多條探針分別能夠捕獲人EGFR基因上不同的目標區域。在優選的實施方案中，所述多條探針的集合能夠捕獲人循環腫瘤DNAEGFR基因全部編碼外顯子區域及外顯子內含子交界區域，減少非特異性捕獲，同時雜交溫度相近。根據本發明的一個方面，提供用於人循環腫瘤DNAEGFR基因變異的高通量測序檢測的捕獲探針，所述捕獲探針為多條探針的混合物；所述多條探針能覆蓋全部目標區域；所述多條探針之間存在重疊區，使得所有目標區域均被兩條以上探針覆蓋；所述多條探針的長度均為90-130bp；所述多條探針的Tm值在65-75℃之間。本發明中，目標區域是指包含人EGFR基因上的任何一個或多個變異的區域。本發明中，全部目標區域優選為人EGFR基因全部編碼外顯子區域及外顯子內含子交界區域。根據本發明的一個方面，提供用於人人循環腫瘤DNAEGFR基因變異的高通量測序檢測的捕獲探針混合物，所述捕獲探針混合物至少包括具有SEQIDNO:1-132所示序列的132條探針。在一些實施方案中，所述捕獲探針混合物由具有SEQIDNO:1-132所示序列的132條探針組成。在另一些實施方案中，所述捕獲探針混合物還進一步包括一條或更多條具有選自SEQIDNO:133-195的序列的探針。在預選的實施方案中，所述捕獲探針混合物為SEQIDNO:1-195所示的195條探針的混合物。在一些優選的實施方案中，捕獲探針混合物中包含的探針按相同比例混合在一起。優選地，本發明的捕獲探針混合物中每條探針均具有標記，優選為生物素標記。本發明的捕獲探針混合物的工作濃度是0.1PM～6PM，優選1.5PM；其中PM＝皮摩爾/升。根據本發明的另一個方面，提供人循環腫瘤DNAEGFR基因變異檢測試劑盒，其中包含上述探針混合物。本發明的人循環腫瘤DNAEGFR基因變異檢測試劑盒還可以包含用於人EGFR基因變異的高通量測序檢測的任何其它組分。在優選的實施方案中，所述人循環腫瘤DNAEGFR基因變異檢測試劑盒進一步包含選自末端修復酶混合物、末端修復反應緩衝液、DNA連接酶、連接反應緩衝液、含分子標籤的接頭、文庫擴增引物、PCR預混液、接頭封閉劑、DNA封閉劑、雜交緩衝液、雜交增強劑、磁珠洗液、雜交洗液、捕獲文庫PCR引物、陰性對照和陽性對照、核酸純化磁珠和鏈黴親合素磁珠的一種或多種試劑。在特別優選的實施方案中，所述人循環腫瘤DNAEGFR基因變異檢測試劑盒包含上述全部試劑。根據本發明的又一方面，提供上述用於人循環腫瘤DNAEGFR基因變異的高通量測序檢測的捕獲探針在製備用於人循環腫瘤DNAEGFR基因變異的高通量測序檢測的試劑中的應用。本發明針對當前新一代測序過程中捕獲探針存在的缺陷，採用特殊的設計方式在EGFR基因外顯子區域進行探針設計，解決了循環腫瘤DNAEGFR基因外顯子測序數據質量較差的問題。本發明通過增加探針間的重疊區間，使文庫中EGFR基因每個區域存在被兩個或兩個以上的捕獲探針捕獲的可能，提高了對目的片段的捕獲能力。通過限制探針的長度和Tm值，降低了探針之間的差異性，使絕大多數探針在特定實驗條件下均處於解鏈和二級結構充分打開的狀態，可與目的區域充分結合，提高了對目的區域捕獲的均一性。本發明的捕獲探針具有雜交效果好，捕獲效率高，目的區域測序數據質量好等優點。具體實施方式本文所述的「變異」是指一個或更多個核苷酸的插入、取代或缺失。本文所述的「雜交捕獲」是通過互補DNA序列與靶向DNA進行雜交，對待測核酸進行靶向富集的方法。本文所述的「Tm值」是指DNA熔解溫度，指把DNA的雙螺旋結構熱變性過程中紫外吸收值達到最大值的1/2時的溫度。本文所述的「新一代測序技術」又稱大規模平行測序massivelyparallelsequencing(MPS)，是指採用「邊合成邊測序」的原理、對於幾十萬到幾百萬DNA分子同時進行平行的測序反應，然後通過生物信息學分析所得到的原始圖像數據或電化學信號、最終得到待測樣品的核酸序列或拷貝數等信息的測序技術，又稱為高通量測序、深度測序、二代測序等。高通量測序的基本程序是將待測DNA隨機打斷成小片段，經末端修復、連接接頭序列、PCR擴增等步驟進行文庫構建，最後使用Illumina，IonTorrent等測序儀進行測序。下述實施例中所使用的試驗方法如無特殊說明，均為常規方法。下述實施例中所使用的材料和試劑，如無特殊說明，均可以從商業途徑獲得。實施例1：人循環腫瘤DNAEGFR基因變異檢測質控品的製備1.1.從ATCC購買獲得六株常用的可穩定傳代人腫瘤細胞系A549、NCI-H720、NCI-H1650、NCI-H1975、SW48及SW1417。用數字PCR法對每個細胞系的基因組DNA進行測序，經Sanger法確認的雜合和純合變異位點作為陽性對照位點。經驗證共含有12個陽性變異位點。1.2.採用專用培養基培養這六株人腫瘤細胞系，培養條件：37℃恆溫，5％CO2，溼度50％。培養至細胞密度達培養皿面積80-90％時傳代，在細胞生長對數期收集，1500g的速度4℃離心5min取沉澱棄上清。1.3.使用預冷PBS溶液重懸，5000rpm速度4℃離心5min，吸棄上清。重複本步驟一次。1.4.吸棄上清，使用0.1％TritonX-100重懸沉澱，冰上孵育10min，5000rpm速度4℃離心10min。吸棄上清，加入1XMNaseBuffer，重懸沉澱。1.5.吸棄上清，加入1×MNaseBuffer，重懸沉澱。加入1×BSA及MNase，37℃孵育5min。加入EDTA中止酶反應。2000g離心1min後取上清使用LifeTechMagMax試劑盒提取，最終將提取的六株人腫瘤細胞系核酸稀釋至15±1ng/μL，並等比例混合，-20℃保存。實施例2：人循環腫瘤DNAEGFR基因變異檢測試劑盒的製備2.1.設計併合成針對人循環腫瘤DNAEGFR基因上不同目標區域的多個捕獲探針，所有捕獲探針的集合能夠覆蓋人EGFR基因全部編碼外顯子區域及外顯子內含子交界區域；捕獲探針上具有生物素標記；所述捕獲探針的序列如序列表中SEQIDNO:1-195所示。2.2.將序列表中SEQIDNO:1-195所示的全部捕獲探針按相同比例混合在一起，並將混合物稀釋為工作濃度1.5PM(PM＝皮摩爾/升)，-20℃保存。2.3.將捕獲探針混合物和實施例1中獲得的質控品分別分裝。2.4.準備說明書、外包裝，組裝封口。2.5.其中捕獲探針混合物的用量為6μL/3反應，12μL/6反應，24μL/12反應，48μL/24反應；質控品的用量為5μL/3反應，10μL/6反應，20μL/12反應，40μL/24反應。實施例3：人循環腫瘤DNAEGFR基因變異的測序檢測本實施例中測序所使用的儀器為基因序列自動分析儀CN500。質控品的製備方法同實施例1。3.1.從15例陽性血漿樣本中提取人cfDNA，質控品直接使用，無需提取。3.2.文庫構建3.2.1.末端修復0.2mlPCR反應管，加入30ng提取後的cfDNA樣本或質控品，用LowEDTATE補齊至50μL，震蕩混勻，短暫離心。分別加入1μL末端修復酶混合物和6μL末端修復反應緩衝液，震蕩混勻短暫離心後在37℃保溫5min，隨後在65℃保溫30min，37℃保溫5min，進行末端修復。反應結束後取出PCR反應管，將產物全部轉移至新的1.5mL離心管中；在每個離心管中加入108μL核酸純化磁珠，充分混勻後室溫孵育5min。將離心管轉移至磁力架上，室溫靜置2min後，小心吸棄上清。加入200μL80％乙醇，室溫靜置30s後，小心吸棄上清，重複操作一次，確保無液體殘留。將離心管保持在磁力架上，室溫乾燥5min。在每個離心管中分別加入30μLLowEDTATE、18μL緩衝液、1μL修復酶G3、1μL修復酶G4，充分混勻後，於20℃孵育20min。取出離心管，分別加入50μLPEGNaCl，吹打混勻後室溫孵育5min。將離心管轉移至磁力架上，室溫靜置2min後，小心吸棄上清。加入200μL80％乙醇，室溫靜置30s後，小心吸棄上清。重複操作一次，確保無液體殘留。將離心管保持在磁力架上，室溫乾燥5min。3.2.2.接頭連接向乾燥後的離心管中分別單獨加入5μL接頭，並做好標記；分別加入20μLLowEDTATE、3μL接頭緩衝液、2μL連接酶，充分混勻並重懸磁珠後，25℃恆溫孵育15min。加入49.5μLPEGNaCl，充分混勻後室溫孵育5min。將離心管轉移至磁力架上靜置2min，小心吸棄上清。加入200μL80％乙醇，室溫靜置30s後，小心吸棄上清，重複操作一次，確保無液體殘留。將離心管保持在磁力架上，室溫乾燥5min。分別加入30μLLowEDTATE、16μL緩衝液、3μL連接酶，充分混勻並重懸磁珠後，40℃恆溫孵育10min。加入82.5μLPEGNaCl，充分混勻後室溫孵育5min。將離心管轉移至磁力架上靜置2min，小心吸棄上清。加入200μL80％乙醇，室溫靜置30s後，小心吸棄上清，重複操作一次，確保無液體殘留，室溫乾燥5min(不可使磁珠過度乾燥)。加入20μLLowEDTATE，室溫孵育3min。將離心管轉移至磁力架上，靜置2min，小心吸取上清至新的1.5mL離心管中。3.2.3文庫擴增與純化分別加入25μLPCR擴增酶混合物、5μL引物混合物進行PCR擴增。向反應完成的離心管中，加入1.65倍的PEGNaCl溶液，並吹打混合均勻，室溫孵育。孵育完成後，將離心管置於磁力架上靜置2-3min，待溶液澄清後，吸棄溶液，期間切忌接觸磁珠。在離心管中加入新鮮的80％乙醇200μL，靜置30s後，吸棄乙醇，切勿接觸磁珠，重複操作一次。吸棄乙醇後，將磁珠晾乾至表明呈磨砂狀，切勿使磁珠過幹，出現許多裂縫，磁珠晾乾後，加入LowEDTATEbuffer20μL，並室溫孵育。孵育完成後，置於磁力架上，靜置2-3min，待溶液澄清後，吸取溶液，轉移至新的1.5mLLoBind離心管中。3.3.文庫捕獲3.3.1.雜交幾個文庫混合在一個樣品池中進行雜交捕獲，將文庫按量混合於1.5mLLoBind離心管中成為一個樣品池，樣本用量不低於125ng，樣品池總量不超過1μg。向樣品池中加入2μL接頭封閉劑和5μLDNA封閉劑，震蕩混勻，短暫離心後冷凍真空抽乾。加入8.5μL雜交緩衝液(2×)、2.7μL雜交增強劑和3.8μLPCR-gradewater，震蕩混勻，短暫離心後，室溫靜置5min重溶。將重溶後的液體全部轉移至新的0.2mLPCR反應管中，95℃保溫10min。取出PCR反應管，短暫離心後加入2μL實施例2獲得的捕獲探針混合物，震蕩混勻3-5s，短暫離心後在68℃保溫4h以上，熱蓋溫度為78℃。3.3.2.富集取鏈黴親合素磁珠洗滌後加入1倍體積磁珠洗液，振蕩重懸後按每管100μL分裝到不同的0.2mLPCR反應管中。將步驟3.3.1中的PCR反應管取出，短暫離心後將全部雜交產物轉移至含有鏈黴親和素磁珠的PCR反應管中，充分懸浮後於PCR儀上65℃孵育45min，期間每隔12min吸打混勻一次。孵育結束後，每管加入100μL65℃預熱的1×洗液Ⅰ，將全部懸液轉移至1.5mLLoBind離心管中，震蕩混勻，短暫離心後轉移至磁力架上靜置20s，吸棄上清。加入200μL65℃預熱的1×雜交洗液，震蕩混勻，短暫離心後65℃孵育5min，轉移至磁力架上靜置20s，吸棄上清。重複本步驟一次。再用磁珠洗液充分洗脫後加入18μLNuclease-freewater，震蕩重懸後全部轉移至0.2mLPCR反應管中備用。3.3.3.捕獲文庫擴增與純化向上述PCR反應管中分別加入25μL2×PCR預混液和捕獲文庫PCR引物各2.5μL，充分混勻短暫離心後按下述程序進行PCR擴增：95℃3min；10個循環，每個循環為98℃20s，60℃30s，72℃30s；72℃1min；4℃保存備用。將PCR反應管短暫離心後，將產物全部轉移至1.5mL離心管中。加入75μL核酸純化磁珠，震蕩混勻，室溫靜置10min後短暫離心，轉移至磁力架上靜置1min，吸棄上清。加入200μL80％乙醇，靜置30s後，吸棄上清。重複洗滌一次，開蓋晾乾至無液滴殘留。加入21.6μLNuclease-freewater震蕩重懸磁珠，室溫靜置5min，轉移至磁力架上靜置1min，取20μL上清至新的1.5mLLoBind離心管中備用。取2μL捕獲文庫或捕獲的質控品DNA進行定量(使用Qubit螢光定量儀)。3.4.測序及數據分析3.4.1.測序按照測序儀器及配套試劑使用說明進行上機測序。平均有效覆蓋深度≥5000×。3.4.2.數據分析獲得原始測序數據後，與參比資料庫比對，進行變異分析和解讀。檢測結果如下：臨床樣本的突變位點及檢測結果如表1所示。臨床樣本檢測符合率：15/15＝100％。所有臨床樣本經數字PCR法驗證無誤。表1臨床樣本突變位點及檢測結果質控品的變異位點檢測結果如表2所示，其中參考突變頻率為根據混合比例以及經數字PCR法測定的變異頻率計算獲得的理論檢測值為高通量測序實驗檢測結果。表2質控品變異位點及檢測結果由表2的結果可見，質控品中變異位點檢測符合率為100％。實施例4：可重複性實驗按照實施例1的製備方法製備質控品E-P2，與實施例1的不同之處在於六株細胞系DNA等比例混合製備而成。使用質控品E-P2按照實施例2的製備方法生產三批試劑盒，批號分別為20160314，20160315，20160316。按照實施例3的檢測方法進行高通量測序檢測。同一批次試劑盒20160316，檢測E-P2三次，檢測結果見表3。不同批次試劑盒20160314，20160315，20160316，檢測E-P2各三次，檢測結果見表4。表3批內差異批號樣本名稱陽性變異符合率20160316E-P2100％(12/12)20160316E-P2100％(12/12)20160316E-P2100％(12/12)表4批間差異批號樣本名稱陽性變異符合率20160314E-P2100％(12/12)20160315E-P2100％(12/12)20160316E-P2100％(12/12)檢測結果：試劑盒可重複性滿足要求。實施例5：探針對比測試的性能分析指標分別使用常規捕獲探針和實施例2的捕獲探針，按照與實施例3相同的實驗步驟進行操作。其中常規捕獲探針為107條探針的混合物，其中所包含的107條探針首尾相接覆蓋EGFR的全部目標區域，每條探針長度隨機，Tm值無限制，所有探針均具有生物素標記。經過測序和數據分析，兩種探針的性能指標比較如表5和表6所示。表5常規捕獲探針性能指標驗證分析表6實施例2探針性能指標驗證分析樣本重複率(％)目標區佔比(％)目標區邊緣佔比(％)非目標區佔比(％)10.1269.3319.2011.4720.1368.9719.9011.1330.1279.198.4712.3440.1468.319.4322.2650.0978.4911.859.6760.0974.5012.0113.4870.1270.3219.2210.4780.1270.6519.0910.2790.1070.1418.5311.32100.1068.6617.0214.32110.0971.4317.6610.92120.1072.5016.5110.99130.1067.2115.6817.12140.1068.2915.2116.49150.0972.1916.4611.36均值0.1171.3515.7512.91其中重複率：測序重複的數據量與測序得到的總數據量之比；目標區佔比：目標區域測序測得的數據量與測序得到的總數據量之比；目標區邊緣佔比：目標區邊緣區域測得的數據量與測序得到的總數據量之比；非目標區佔比：非目標區域測得的數據量與測序得到的總數據量之比。實施例6：利用132條探針組合對人循環腫瘤DNAEGFR基因變異進行測序檢測將序列表中SEQIDNO:1-132所示的捕獲探針按相同比例混合在一起，並將混合物稀釋為工作濃度1.5PM(PM＝皮摩爾/升)，-20℃保存。上述132條捕獲探針混合物的用量為6μL/3反應，12μL/6反應，24μL/12反應，48μL/24反應。對人循環腫瘤DNAEGFR基因變異進行測序檢測，步驟與實施例3相同，除了在文庫捕獲步驟中使用上述製備的132條捕獲探針混合物。檢測結果如下：臨床樣本的突變位點及檢測結果如表7所示。臨床樣本檢測符合率：15/15＝100％。所有臨床樣本經數字PCR法驗證無誤。表7132條探針組合臨床樣本檢測結果利用實施例5中所述的常規捕獲探針與本實施例的132條探針在65℃雜交條件下進行捕獲，對比捕獲後核酸得率如下表8所示：表8捕獲核酸得率比較註：樣本捕獲總量1μg；理想得率在1％-4％之間。實施例7：利用174條探針組合對人循環腫瘤DNAEGFR基因變異進行測序檢測將序列表中SEQIDNO:1-174所示的捕獲探針按相同比例混合在一起，並將混合物稀釋為工作濃度1.5PM(PM＝皮摩爾/升)，-20℃保存。上述174條捕獲探針混合物的用量為6μL/3反應，12μL/6反應，24μL/12反應，48μL/24反應。對人循環腫瘤DNAEGFR基因變異進行測序檢測，步驟與實施例3相同，除了在文庫捕獲步驟中使用上述製備的174條捕獲探針混合物。檢測結果如下：臨床樣本的突變位點及檢測結果如表9所示。臨床樣本檢測符合率：15/15＝100％。所有臨床樣本經數字PCR法驗證無誤。表9174條探針組合臨床樣本檢測結果利用實施例5中所述的常規捕獲探針與本實施例的174條探針在65℃雜交條件下進行捕獲，對比捕獲後核酸得率如下表10所示：表10捕獲核酸得率比較樣本編號常規捕獲探針本實施例的174條探針11.5％2.1％21.7％1.7％31.4％2.8％40.6％3.1％50.3％3.7％61.9％3.1％70.4％2.9％80.3％2.5％註：樣本捕獲總量1μg；理想得率在1％-4％之間。SEQUENCELISTING埃提斯生物技術（上海）有限公司高通量測序檢測人循環腫瘤DNAEGFR基因的捕獲探針及試劑盒2016195PatentInversion3.51120DNA人工序列1accggacgacaggccacctcgtcggcgtccgcccgagtccccgcctcgccgccaacgcca60caaccaccgcgcacggccccctgactccgtccagtattgatcgggagagccggagcgagc1202120DNA人工序列2caaccaccgcgcacggccccctgactccgtccagtattgatcgggagagccggagcgagc60tcttcggggagcagcgatgcgaccctccgggacggccggggcagcgctcctggcgctgct1203120DNA人工序列3agatcatcagaggaaatatgtactacgaaaattcctatgccttagcagtcttatctaact60atgatgcaaataaaaccggactgaaggagctgcccatgagaaatttacaggaaatcctgc1204120DNA人工序列4ggctgcgctctgcccggcgagtcgggctctggaggaaaagaaaggtaagggcgtgtctcg60ccggctcccgcgccgcccccggatcgcgccccggaccccgcagcccgcccaaccgcgcac1205120DNA人工序列5ccggctcccgcgccgcccccggatcgcgccccggaccccgcagcccgcccaaccgcgcac60cggcgcaccggctcggcgcccgcgcccccgcccgtcctttcctgtttccttgagatcagc1206120DNA人工序列6atggcgccgtgcggttcagcaacaaccctgccctgtgcaacgtggagagcatccagtggc60gggacatagtcagcagtgactttctcagcaacatgtcgatggacttccagaaccacctgg1207120DNA人工序列7ctggaattgaagtaaaatggatagtgagcctctgtgtatgtgaaggcccgcatctggaac60atgaaagaacctgtctgatgtgttctagtcaggaaagcaggtagccaatactatttatag1208120DNA人工序列8gggcgcagtttcagaaaaccattgggctgcacctgcgtgagcacagctgcaggagcaaaa60gtcagaaaggtcagcaaaggatttcaggagcaaaggtcagaagaaaccctcaaggtggtt1209120DNA人工序列9ttttggtaaaatgaaacccattgtctctgttgattactttgatgagtcaagaagtaacat60cctgggaatgattggccagtttaaatgagtgcctcaggtttttggaatacaagaaatcaa12010120DNA人工序列10agatagctcttggtctgtcatccacgcagctgcctggtgcaagagccaagtttgtgcagc60ctgcagagcactcttcctgagctgtgggctgccaggtcggggggcagggggggcctcact12011120DNA人工序列11tgatatagtcactttatgctgcaggggtgcccctttataaagtgcttgtacaatggatgt60ttgcttttgattttggatttggagtctaatgaatgttctaaattattattagaggagctt12012120DNA人工序列12aggattattgtaaaaacgccaagcacattgcctacacaaactaaatattcagtcaatggc60tgctattttcatgagttcgttttaacatatatttattgtcctctactggatttaagaagt12013120DNA人工序列13gcagctgccaaaagtgtgatccaagctgtcccaatgggagctgctggggtgcaggagagg60agaactgccagaaactgaccaaaatcatctgtgcccagcagtgctccgggcgctgccgtg12014120DNA人工序列14caggaatgggtgagtctctgtgtggagagagtgaagaaactgctacccttaatacctgga60ccttgagggattgttttattttagtttttctgcatttctcagtatttcatgtgatatctg12015120DNA人工序列15ccttgagggattgttttattttagtttttctgcatttctcagtatttcatgtgatatctg60tctttttcttccagtttgccaaggcacgagtaacaagctcacgcagttgggcacttttga12016120DNA人工序列16gccccgctctcagccccgggaaaggccactggaaaccacctcacatggtagggccttgcg60ggagccagtaataaccttatctccgtcaacatgttctgtcagattgaatggggcagccag12017120DNA人工序列17agatcattttctcagcctccagaggatgttcaataactgtgaggtggtccttgggaattt60ggaaattacctatgtgcagaggaattatgatctttccttcttaaaggttggtgactttga12018120DNA人工序列18ggaaattacctatgtgcagaggaattatgatctttccttcttaaaggttggtgactttga60ttttcctacacaaataaaattggagaaaatctaagtggagaaaggcctgggcagaattcc12019120DNA人工序列19ttttcctacacaaataaaattggagaaaatctaagtggagaaaggcctgggcagaattcc60acttgaagtgtgtttatttttgctatggcaatgacaagtcttacagagctacaaacgaga12020120DNA人工序列20agcactcgtgtgcattagggttcaactgggcgtcctagggctccctggacccattttaga60ccttgagttcttgagttcctcaaaagagaaatcacgcatttatgttttctcttcttagac12021120DNA人工序列21ccttgagttcttgagttcctcaaaagagaaatcacgcatttatgttttctcttcttagac60catccaggaggtggctggttatgtcctcattgccctcaacacagtggagcgaattccttt12022120DNA人工序列22catccaggaggtggctggttatgtcctcattgccctcaacacagtggagcgaattccttt60ggaaaacctgcagatcatcagaggaaatatgtactacgaaaattcctatgccttagcagt12023120DNA人工序列23ccccactcatgctctacaaccccaccacgtaccagatggatgtgaaccccgagggcaaat60acagctttggtgccacctgcgtgaagaagtgtccccgtaattatgtggtgacagatcacg12024120DNA人工序列24cttatctaactatgatgcaaataaaaccggactgaaggagctgcccatgagaaatttaca60gggtgagaggctgggatgccaaggctgggggttcataaatgcagacagcagttccgatgg12025120DNA人工序列25gggtgagaggctgggatgccaaggctgggggttcataaatgcagacagcagttccgatgg60ctcccagcgagcttgtcactcaattccacctcggagaaggcttttatttttacccagtac12026120DNA人工序列26gctcgtgcgtccgagcctgtggggccgacagctatgagatggaggaagacggcgtccgca60agtgtaagaagtgcgaagggccttgccgcaaagtgtgtaacggaataggtattggtgaat12027120DNA人工序列27ggaatttaaaggagctggaaagagtgctcaccgcagttccattctcccgcagaaatcctg60catggcgccgtgcggttcagcaacaaccctgccctgtgcaacgtggagagcatccagtgg12028120DNA人工序列28catggcgccgtgcggttcagcaacaaccctgccctgtgcaacgtggagagcatccagtgg60cgggacatagtcagcagtgactttctcagcaacatgtcgatggacttccagaaccacctg12029120DNA人工序列29cgggacatagtcagcagtgactttctcagcaacatgtcgatggacttccagaaccacctg60ggcagctgtaagtgtcgcatacacactatctctgcctccagctcctatgggggacagctc12030120DNA人工序列30ggcagctgtaagtgtcgcatacacactatctctgcctccagctcctatgggggacagctc60tacagcactggggcaggggagagaagccatgtttagtaagtcacattaatcagaaacaaa12031120DNA人工序列31ataagttgaaaagattgtcttcatttattgaatgtgcttaactcaggcccgggaaagggc60gtcatcagtttctcatcatttcactgagatatgcatctattacttttacatttcaggcca12032120DNA人工序列32gtcatcagtttctcatcatttcactgagatatgcatctattacttttacatttcaggcca60aaagtgtgatccaagctgtcccaatgggagctgctggggtgcaggagaggagaactgcca12033120DNA人工序列33ttaaagactcactctccataaatgctacgaatattaaacacttcaaaaactgcacctcca60tcagtggcgatctccacatcctgccggtggcatttaggggtgactccttcacacatactc12034120DNA人工序列34gaaacgtaagtcagtgaacagcctcagacccatgtgtgaccgcccctctcttccttcact60tgcttaggtgattggatttgttttccctctgaagactccaaagagttactttattacagg12035120DNA人工序列35cgttggaagcaaatgtgtcttcactttttcatgaaaaagtctgcaagtgctctgcgacat60ccctgggaaatgatcctaccctcactcttcagctcacagggaacctttgctctttttcag12036120DNA人工序列36ctcctctggatccacaggaactggatattctgaaaaccgtaaaggaaatcacagggtttt60tgctgattcaggcttggcctgaaaacaggacggacctccatgcctttgagaacctagaaa12037120DNA人工序列37tgaccaaaatcatctgtgcccagcagtgctccgggcgctgccgtggcaagtcccccagtg60actgctgccacaaccagtgtgctgcaggctgcacaggcccccgggagagcgactgcctgg12038120DNA人工序列38actgctgccacaaccagtgtgctgcaggctgcacaggcccccgggagagcgactgcctgg60taagatgcccctccagcagcctccctggagcaggctggggctgcacccgccccacccaca12039120DNA人工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