一組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物的製作方法

2023-10-30 07:44:57

一組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物的製作方法
【專利摘要】本發明公開了一組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物，並提供了利用該組引物進行多樣性及群體遺傳結構分析的方法。該組引物是從基因組文庫篩選設計的。該組引物PCR擴增產物穩定、多態性好，可用於多樣性及群體遺傳結構的分析。
【專利說明】—組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物
【技術領域】
[0001]本發明屬於植物保護領域，具體涉及一組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物，可應用於馬鈴薯早疫病原菌茄鏈格孢菌群體遺傳多樣性分析。
【背景技術】
[0002]馬鈴薯是繼水稻、小麥和玉米之後的世界第四大糧食作物，由茄鏈格孢菌(Alternaria solani Sorauer)引起的馬鈴薯早疫病在世界各地馬鈴薯種植區均有發生。早疫病菌在馬鈴薯生長期可反覆多次侵染，以分生孢子形式在薯塊或土壤中越冬。目前在我國某些地區有越來越嚴重的趨勢，給當地馬鈴薯生產造成了巨大損失。
[0003]微衛星DNA又稱SSR(Simple sequence repeat)簡單序列重複，是以幾個鹼基(一般為1-6個)為重複單位組成的簡單串聯重複序列，由核心序列和側翼序列組成，其核心序列呈串聯重複排列，由於重複單元的數目不同而使微衛星呈現出多態性。由於微衛星寡核苷酸的重複次數在同一物種的不同基因型間差異很大，因而SSR標記呈現出多態性。相對於其他標記，SSR標記共顯性，多態性高，特別是具有分類學專化性等特點，是植物病原菌的種類鑑定、無毒基因鑑定與作圖、起源與進化、傳播與流行研究等最理想的分子標記之一。到目前為止，國際上還沒有一套用以分析茄鏈格孢菌遺傳結構的微衛星引物。

【發明內容】

[0004]本發明的目的在於提供用於馬鈴薯早疫病原菌茄鏈格孢菌群體遺傳多樣性分析的微衛星引物，並進一步給出了應用該引物的PCR測定方法。
[0005]一組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物，其特徵在於微衛星引物的核苷酸序列及指標參數`如表1所示:
表1茄鏈格孢菌微衛星引物及對應的指標參數
【權利要求】
1.一組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物，其特徵在於微衛星引物的核苷酸序列為:
PAlF:TATTTCAGCAGGGCAAATCC, PAIR:ATGGACTCCGTCACCTTGTC ；
PA2F:CAATCGTGATGTCGTTACGG, PA2R: TCGCGCACTGTCTCTCTCTA ；
PA3F:GACGTTCGCTTCAAACCATT, PA3R:AGTCAGCGTGGTTCTGACCT ；
PA4F:AGCTGTGAGGGCAGCAGTAT, PA4R: TTCGGGTTGAAGTAACTGGC ；
PA5F:CTCATCCAGCAGATTCGACA, PA5R:AAGGCTTGGGAAAGAGAGGA ；
PA6F:CACTTCCCTACGCAGGTAGC, PA6R: TCGTCTCGCAATTACTCGTG ；
PA7F:AGCTGTGAGGGCAGCAGTAT, PA7R:AGTCAGCGTGGTTCTGACCT ?
2.根據權利要求1所述的一組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物，其特徵在於所述的微衛星引物的指標參數為: 引物PAl重複基序為(TGC) 6，溶解溫度Tm為58°C，擴增片段大小為190_202bp ； 引物PA2重複基序為(GTC) 9，溶解溫度Tm為58°C，擴增片段大小為238_268bp ； 引物PA3重複基序為(GTC) 5，溶解溫度Tm為58°C，擴增片段大小為189_195bp ； 引物PA4重複基序為(GTC) 5，溶解溫度Tm為58°C，擴增片段大小為197_203bp ； 引物PA5重複基序為(ATC) 5，溶解溫度Tm為60°C，擴增片段大小為235_253bp ； 引物PA6重複基序為(CA) 6，溶解溫度Tm為58°C，擴增片段大小為218_224bp ； 引物PA7重複基序為(GTC) 5，溶解溫度Tm為60°C，擴增片段大小為156_168bp。
3.根據權利要求1、2所述的一組用於早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛星引物，其特徵在於:該組微衛星引物用於馬鈴薯早疫病菌茄鏈格孢菌群體遺傳結構分析。
【文檔編號】C12Q1/68GK103484539SQ201310385406
【公開日】2014年1月1日 申請日期:2013年8月30日 優先權日:2013年8月30日
【發明者】祝雯, 蒙靜雯, 詹家綏 申請人:福建農林大學