mirna靶基因怎麼找（保姆式教程miRNA與轉錄因子）

2023-04-23 06:29:37 2

miRGen資料庫使用教程

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親愛的小夥伴們大家好，歡迎大家來到資料庫專欄~本周我們繼續討論一下miRNA和轉錄因子的資料庫。上周我們介紹了Transmir資料庫，用來查詢轉錄因子下遊的靶miRNA或者已知miRNA查詢上遊的轉錄因子。無獨有偶，還有一個Mirtrans資料庫有類似的功能，總歸是逃不過mir和trans哈哈，可惜的是Mirtrans資料庫最近伺服器有點問題不能正常使用，我們先Mark一下，下次再介紹。今天介紹的主角是DIANA Tools下的一個子資料庫miRGen資料庫。說到DIANA Tools下的資料庫簡直各個都是我的心頭好啊，不僅頁面簡潔大氣，操作起來也非常容易，各個子資料庫之間長的還像，簡直是學廢了一個其他都可以一併學廢，這種活好不粘人的資料庫誰不愛呢？

miRGen資料庫網址為：

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3/index

大家使用的時候不要忘記引用參考文獻哦：

Georgios Georgakilas, Ioannis S. Vlachos, Konstantinos Zagganas, Thanasis Vergoulis, Maria D. Paraskevopoulou, Ilias Kanellos, Panayiotis Tsanakas, Dimitris Dellis, Athanasios Fevgas, Theodore Dalamagas, and Artemis G. Hatzigeorgiou "DIANA-miRGen v3.0: accurate characterization of microRNA promoters and their regulators" Nucl. Acids Res. (2016) gkv1254

一、miRGen資料庫功能介紹

miRGen資料庫於2016年由希臘色薩利大學巴斯德研究所開發，是DIANA tool資料庫網中的一個子資料庫，主要用來分析miRNA的啟動子和調控因子，並可批量下載。點擊資料庫主頁面右上角的「Tools」，可連結到DIANA資料庫的其他子資料庫。miRGen資料庫收錄了7個人類細胞株（SK-N-SH, IMR90, HUVEC, HepG2, A549, K562, ESCs）和8個小鼠細胞株的結果，今年更新到了第四個版本，本次講解以第三版為例說明。

輸入網址http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3/index，進入資料庫主頁面：

可以看到資料庫中需要我們輸入的一共兩個地方，分別為頁面中央的miRNA與Transcription factor檢索框。其中在miRNA檢索框中輸入miRNA，即可檢索可以調控該miRNA轉錄的轉錄因子，在Transcription factor中輸入轉錄因子，即可檢索該轉錄因子可以調控轉錄的miRNA。點擊右上方的「Download」可以輸入個人信息後請求下載miRGen資料庫收錄的內容。我們點擊最下方的「Run our example」，以示例數據為例說明該資料庫的功能：

示例數據中同時輸入了miRNA（hsa-let-7a-1，hsa-mir-22）與轉錄因子（SP2，REST，EGR1），則結果頁面展示了這兩個miRNA與三個轉錄因子之間存在的可能的調控關係：

頁面下拉，左側為檢索結果的過濾器，可以通過設置Tissues & cell lines（細胞株），Upstream & Downstream （上/下遊位置），P-value（p值）以及TPM（TPM值，對，就是測序中的那個TPM，Transcripts Per Kilobase of exon model per million mapped reads）等來對結果進行篩選。右側為對應的檢索結果列表，其中miRNA name為miRBase v21收錄的miRNA名稱，TSS Coordinates為轉錄起始位點，Tissue &cell line為結果檢索的細胞系/組織，DIANA Links即DIANA資料庫的其他連結（mT：microT-CDS，TB: TargetBase V7, lnE: lncBASE Experimental, InP: lncBASE Predict, mP: miRPath V3）。我們以第一條hsa-let-7a-1為例，點擊最右側向下的箭頭看下具體內容：

中間四行分別提供了指向miRBASE資料庫、UCSC資料庫、DIANA資料庫的連結。下方TF name及Num of binding sites分別顯示了轉錄因子名稱和結合位點數量。我們以SP2為例，點擊最右側向下的小箭頭：

出現了結合位點的具體信息，依次為motif序列，轉錄因子在細胞株中的表達量，Ensembl ID以及在染色體上的具體坐標等。本次示例數據是同時輸入了miRNA與TF進行檢索的結果，單次輸入miRNA和轉錄因子的操作相同，此處不再贅述。

二、文章復現

我們接著結合一篇文獻來看下如何使用miRGen資料庫。案例文獻於2018年發表在Biomedicines雜誌上，影響因子為4.717分。文章的題目為Roles of NF-κB Signaling in the Regulation of miRNAs Impacting on Inflammation in Cancer，PMID：29601548：

本文為一篇綜述，探討NF-κB轉錄因子在腫瘤炎症中的作用，我們來嘗試復現一下文章的Table 1：

結合文章內容可知，這個表主要是為了展示可以受NF-κB轉錄調控的miRNA有哪些。那麼打開miRGen資料庫後，在轉錄因子一欄輸入NFYB。注意，在miRGen資料庫中，NF-κB即為NFYB：

如上圖所示，保留hsa開頭的人的miRNA，並將結果整理到Excel中，即為文章中的Table 1。

好了，miRGen資料庫的介紹就到這裡了，大家也可以感受到這個資料庫的操作屬實簡單，功能卻十分強大。如果預測的結果比較多，大家還可以結合Transmir資料庫的結果取個交集縮小一下範圍。我們下期再見~

—END—

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